lowQualScore : 111 1 11111 55555555 11111111111 111111 111 1111111 1 1111 1111 222 1 22 2
lowQualScore : 3 3 3 3 777 9999 44444 3 9 77777 88888888 9999 3 99999999999 77777 0 6 44 6 111111 11 444 77777 1111111 2 777 0 1111 8 5555 8 111 0 3 7 55 666 4 7 77 66 6 6
lowQualScore : . . . . ... .... ..... . . ..... ........ .... . ........... ..... . . .. . ...... .. ... ..... ....... . ... . .... . .... . ... . . . .. ... . . .. .. . .
lowQualScore : 3 3 3 3 777 5555 99999 3 8 00000 33333333 6666 1 77777777777 77777 7 2 22 2 222222 66 555 33333 8888888 9 000 5 7777 4 1111 4 888 9 2 6 00 444 6 5 55 99 7 0
consensus : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAA-GTCG--GATT-TCGTAA-AA-TAAACA---A-GTTT---GC-GTTTATC----AAT-TTT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAAA--CATNCAC-----ATGAGCCTAACAAA----TTGTGTGAATTTTATTGGAAAATAT-------TANCAA---TTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCA-CTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATT--AGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
Reference ( gi|4 ) : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAT-GTCA--GATT-TCGTAA-AAATAAACA---A-GTTC--AGC-ATTTATC----AAT-TTC----A--ATCAA-----ATTTGGCAACAA-TAAA--CATACAT-----ATAAGCCTAGCAAA----TTGTGTGAATTTTATTGGAAAATAT-------TATCAA---TTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACAGTGTTG---AGAAATATTGTTTCA-CTCCTGACCCAAGGAGGGGGAAAGCTCATTAAAGTTCCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGTGTCTACCCAACTCATCCCAGACATTATCAATT--GGAATTTTGCG-TTTTAAAGTCTCT
gi|5 : ACTGGGGGAC-TTT-A-CAAA-CGCAAAA-GTGA--GATT-TCGTAA-AG-CAATCA---A-GTTT--TCT-ATTTATC----AAT-ATT----A--ATAAA-----AATTAGCAACAA-TAAA--CATACAT-----ATAAACCACACAAA----GTTTGTGAATTATATT-GAAAATAT-------TATTAA---TTCCCTGAAA
gi|8 : cACTAAGGAAC-TTT-A-AAA--CACAAAA-GTCA--GATT-TAGTGA-AAATAAACA---A-GTTT--TGT-ATTTATC----AAT-TTA----G--ATAAA-----AATTGGCCACAG-AAAA--TGTACAT-----ATAAGCCACACAAA----GTGTGTGAATTTTATTGGAAAATAT-------TATCGA---TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgttgagagatattgttccactcctgaccaaaggtttgggaaagctcattaacttttctcgatggtggccgacaagcgttaatgcgtctacctaactcatctcagacacgccctagtggagttttacgttt
gi|6 : cACTGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgttgttccactcctgatccagggcgtgggaaagctcattaatatttatcgatggtggccgcaggcgttaatgcgtctacccaactcatcccaaacatgcccaattagaattttg
gi|10 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaaACTGAAGGACCTTT-A-AAAA-CGCCTTG-GTAG--GACT-TTGTAA-AA-TAAACA---AGGTTCT-TGC---TTATC----AAT-TCT----A--ATAAA-----ATTTGACAACAAGTAAAGCCA---AC-----ATAAGC----CAAAGATTTTGTGTGAGTTTTATTGAAAAATAT-------TAACAA---TTCCCTGAGA
gi|9 : cACTGAGGGAT-TTTTATAAAA-CGCAAAA-GTCG--------CG-----------CA---T-GTTT----C-AT--GTC----AAT-TTT----A--ATAAATTAAAATTTAACTACAA-TAAA--CATTCAT-----ATGAGCCAAACAAA----TTGGGTTAATTTTATTGaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgtaaggaaaagttgttcctctcctgaaccaaggcgtgaaaaagttcagtaaagtttctcggtggtggctgac
gi|13 : acACTG-GGGAT-TTT-A-AATA-CGTAAAA-GTC---GACT-TTATAA-AA-TATATA---A--TT----GT-GTTTAT-----AGT-TTTTTTTATTATAAA-----ATTTGCCAAAAAATGAA--AATTCAC-----ATAAGCCTAACAAG----TTATGTGAATTTCATTGGAAAATAT-------TAacgttgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgtggggaaatgttgttctctcttgaaccaaggcgttttaaaactcagtaccgtttctggacggtagctgacgaacgttaatgcgtcttctctacttacctcagacatattcaattggagttttg
gi|14 : tacACTCAGGGAC-TTT-A-AAAA-TGAAAAA-CTCT--GATT-
gi|15 : atatttgcaatatggccaacaagcatttatgtgtctacctaactcatcctaaacatgcccATTGAAGGAC-TTT-T-AAAA-C---------------TT-TTGTAA-AA-TAAACA---ACGTTC---TT-GTTTGTA----AATATTC-------ATTAA-----AGTTAGCACCAA-TAAA--CATCCAC-----ATgt
gi|6 : acCCGAAAGAC-TTT-A-AAAAACGCATAG-GTCG--GACT-------------AA-A---A-GTTT-------TTTGTCCAACAAG-TTT----T--ATAAG-----ATTTGGCAACAT-TGAA--CATA-----------GGCCTAACACT----TTGTGTGGGTCTTATTGTAAAATAT-------TGACAA---TTCTCTGAGA
gi|7 : TGAGGAAT-ATT-A-AAAA-CGCAAAA-GTCA--GATT-TCCTAA-GAATAAATA---A-ATTT----CTATATATG----AAT-TTT----A--ATAAC-----AATTGGCTACTA-TAAA--CATATAT-----ATAAGCCAAACAAT----GTGTGTGCAATTTATTGGAAAATAT-------TATCAA---TTCCCTGAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaatgagtttttaaaatccctcagt
gi|2 : TGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CACAAAA-GTCG--GACT-TT-TAACAAATAAATA---AGGTTC---TC-GCTTATCA---AAT-ATT----A--AC--A-----ATTTGGCAACAA-TAAT--CAATCATCCGCCA-GAGCCTAACAAG----TTGTTTGAATTTTATTGGAACATACATATATGTATTAACATTTCCCTGAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgagaaacgttattcagctcctgacccaatgggtgggaaagctcatcaacgtttcttggtggcggccgacaagcattaatgcgtctacccagctcatcccagacatgcccaattagagtatg
gi|1 : caaAC-TTT-A-AAAA-CGCAA-----TA---ATT-T-GTAA-AA-TAAACA---T-GGTT--ATT-GTTTA------------C----A--A---A-----AGTAGGCAGCAC-TGAA--CATCCGC-----AGGAATCTAACAAA----CGGTGTGAGTTTCATTAAAAAATAT-------TACCAA---ATCTCTGAGAattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaacgcaatgctgggaaaagctgttccactcttgaaccaaagcgaaggaaagttaatgttacttggtggtaaacgacgagcgttaatgcatattctcaacttattccagacatgtctgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|11 : CAAGTCGTCG--ACTC-TCGAAA-AATTAAACATCTA-GTTTTTAG---TTTATC----AAT-TTT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAAA--TCTCCAC-----CTGAGCCTTACAAA----TTGTGTAATTTTTATTTTAAAATAT-------TAATAC---TTCCCTGAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|12 : aa-GTCATCGACTCTCGAAA-AATTAAACATCTA-GTTTTTAG---TTTATC----AAT-TTT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAAA--TCTCCAC-----CTGAGCCTTACAAA----TTGTGTAATTTTTATTTTAAAATAT-------TAATAC---TTCCCTGAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgatggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactc
gi|16 : aTTTACC----AGA-ATG----A--GTCAA-----ATT-GGCAACAA-TAAA--CATACA----------------CAAA----GTGTGTGAATTTTATTGGAAAATAT-------AATCAT---TTCCCTGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgctggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactca
gi|2 : CGCAATGCTG---GGAAAAGCTGTTCCA-CTCTTGAACCAAAGCGAAGGAAAG----TTAATGTTACTTGGT--GGTAAACGACGAGCGTTA---ATGCATATTCTCAACTTATTCCAGACAT
gi|6 : caatgagggattttaaaaacacaaaagtcggacttttaacaaataaataaggttctcgcttatcaaatattaacaatttggcaacaataatcaatcatccgccagagcctaacaagttgtttgaattttattggaacatacatatatgtattaacatttccctgagaattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaaACATTGTTG---GGAAATGTTGTT-CATCTCCTGGACCAAGGCGTGGGAAAGCTCAGTTACGTTTCTCGAT--GGTGGCTGACGAGCGATA---ATGCGTCTTCCCAACCCATCTCCGACATTCTCAATTAGAGAA---TGAGTTTTTAAAATCCCTgtctgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|1 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACATTGCCG---GGAAAT---GTTCAA-CTCCTGAACAAAGTCGAGGGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GGTGACAGACGAGCGTTAATTATACGTATTCCCGACCTATTCCAGACATGCTCAATT--AAAAcagt
gi|9 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatACATTGTGG---GGAAATGTTGTT-CT-CTCTTGAACCAAGGCGTTTTAAAACTCAGTACCGTTTCTGGAC--GGTAGCTGACGAACGTTA---ATGCGTCTTCTCTACTTACCTCAGACATATTCAATT--GGAGTTTTGacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|7 : acactgagggatttttataaaacgcaaaagtcgcgcatgtttcatgtcaattttaataaattaaaatttaactacaataaacattcatatgagccaaacaaattgggttaattttattgacgttgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATGTTG---AGAAACGTTATTCAG-CTCCTGACCCAATGGGTGGGAAAGCTCATCAACGTTTCTTGGT--GGCGGCCGACAAGCATTA---ATGCGTCTACCCAGCTCATCCCAGACATGCCCAATT--AGAGT
gi|10 : tgaggaatattaaaaacgcaaaagtcagatttcctaagaataaataaatttctatatatgaattttaataacaattggctactataaacatatatataagccaaacaatgtgtgtgcaatttattggaaaatattatcaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATGTTGTAAGGAAAAGTTGTTCCT-CTCCTGAACCAAGGCGTGAAAAAGTTCAGTAAAGTTTCTCGGT--GGTGGCTGACatg
gi|5 : cactgaaggacctttaaaaacgccttggtaggactttgtaaaataaacaaggttcttgcttatcaattctaataaaatttgacaacaagtaaagccaacataagccaaagattttgtgtgagttttattgaaaaatattaacaattccctgagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTGTTG---AGAGATATTGTTCCA-CTCCTGACCAAAGGTTTGGGAAAGCTCATTAACTTTTCTCGAT--GGTGGCCGACAAGCGTTA---ATGCGTCTACCTAACTCATCTCAGACACGCCCTAGT--GGAGTTTTACG-TTT
gi|8 : cactgggggactttacaaacgcaaaagtgagatttcgtaaagcaatcaagttttctatttatcaatattaataaaaattagcaacaataaacatacatataaaccacacaaagtttgtgaattatattgaaaatattattaattccctgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacATGTTGTTCCA-CTCCTGATCCAGGGCGTGGGAAAGCTCATTAATATTTATCGAT--GGTGGCCG-CAGGCGTTA---ATGCGTCTACCCAACTCATCCCAAACATGCCCAATT--AGAATTTTG
gi|3 : cactaaggaactttaaaacacaaaagtcagatttagtgaaaataaacaagttttgtatttatcaatttagataaaaattggccacagaaaatgtacatataagccacacaaagtgtgtgaattttattggaaaatattatcgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTCATGAACCAAGGCACGTGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GATGACCGACAGGAGTTA---ATTCGCATTCCAAACTCATTCCAGACATGCTCAATT--GGAA
gi|3 : tCATTAACGTTTCTCCGT--GGGGGCAGACGAGTGT-A---ATGCGTCTTCACAACTGATTCCAGACAacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgaactgcgcctgtctggaatcagttgtgaagacgcattacactcgtctgcccccacggagaaacgttaatgtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|1 : ttcatgaaccaaggcacgtgaaagtttattaacgtttctcggtgatgaccgacaggagttaattcgcattccaaactcattccagacatgctcaattggaaacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgaactgcgccATTAACGTTGCTCGGTTAGG-GGTTGATGAGGATTA---ATGCGTATTCGCAACTCATTTCAGGCATtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|14 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcTGGCCAACAAGCATTT---ATGTGTCTACCTAACTCATCCTAAACATGCCCAATC--AGAGTTTTTCATTTTTAAAGTCCCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 3333 1111111 1111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 3 3 3 777 3 5555 77 3 6 3333333 0000 6666 6 2222222 77777 5 555 66 2 1 33 4444444444 1 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 777 22 44 555 1 3
lowQualScore : . . . . ... . .... .. . . ....... .... .... . ....... ..... . ... .. . . .. .......... . . ........................................................................................................................... . ... .. .. ... . .
lowQualScore : 3 3 3 3 000 1 2222 33 1 2 8888888 9999 5555 2 5555555 11111 7 000 88 0 2 44 6666666666 0 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 000 77 66 888 8 2
consensus : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCG--GATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-TC-GTTTATC----AATT-TT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTGGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
Reference ( family-2885 ) : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCG--GATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-GC-GTTTATC----AATT-TT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTAGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
gi|1 : AC-TTT-A-AAAA-CGCAATA-------ATT-T-GT-AA--AA-T-AAACA---------T-G--GTT---------ATTGTT----T--ACAAA-----AGTAGGCAGCAC-TGA---A--CATCCGCAGGAATCTAACAAACGGTGTGAGTTTCATTAAAAAA----------TATTACCAAATCTCTGAGA
gi|1 : CATTGCCG---GGAAATGTT---CAACTCCTGAACAAAGTCGAGGGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GGTGACAGACGAGCGTTAATTATACGTATTCCCGACCTATTCCAGACATGCTCAATTAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|1 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaataATTAACGTTGCTCGGTTAGG-GGTTGATGAGGATTA---ATGCGTATTCGCAACTCATTTCAGGCATGCaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|10 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacACTGAAGGACCTTT-A-AAAA-CGCCTTGGTAG--GACT-TTGT-AA--AA-T-AAACA---A-GGTTC-TT-GCTTATC----AATT-CT----A--ATAAA-----ATTTGACAACAAGTAA---AGCCA---ACATAAGCCAAAGATTTTGTGTGAGTTTTATTGAAAAA----------TATTAACAATTCCCTGAGA
gi|10 : cAATGTTGTAAGGAAAAGTTGTTCCTCTCCTGAACCAAGGCGTGAAAAAGTTCAGTAAAGTTTCTCGGT--GGTGGCTGACaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgtaaggaaaagttgttcctctcctgaaccaaggcgtgaaaaagttcagtaaagtttctcggtggtggctgac
gi|11 : cactgaaggacctttaaaaacgccttggtaggactttgtaaaataaacaaggttcttgcttatcaattctaataaaatttgacaacaagtaaagccaacataagccaaagattttgtgtgagttttattgaaaaatattaacaattccctgagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAAGTCGTCGACTCTCGA-AA--AA-TTAAACATCTA-G-TTT-TTAGTTTATC----AATT-TT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAA---A--TCTCCACCTGAGCCTTACAAATTGTGTAATTTTTATTTTAAAA----------TATTAATACTTCCCTGAGA
gi|11 : aacCACCGATG---GGGAATGTTGTTCTACTCATGAACCAAGGCGTGGGAAAACTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgatggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactc
gi|12 : aacaagtcgtcgactctcgaaaaattaaacatctagtttttagtttatcaattttcataaagtatggcaacaataaatctccacctgagccttacaaattgtgtaatttttattttaaaatattaatacttccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaTCG--ACTC-TCGA-AA--AA-TTAAACATCTA-G-TTT-TTAGTTTATC----AATT-TT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAA---A--TCTCCACCTGAGCCTTACAAATTGTGTAATTTTTATTTTAAAA----------TATTAATACTTCCCTGAGA
gi|12 : agtcaCACCGCTG---GGGAATGTTGTTCTACTCATGAACCAAGGCGTGGGAAAACTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgctggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactca
gi|13 : agtcatcgactctcgaaaaattaaacatctagtttttagtttatcaattttcataaagtatggcaacaataaatctccacctgagccttacaaattgtgtaatttttattttaaaatattaatacttccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaACTG-GGGAT-TTT-A-AATA-CGTAAAAGTCG---ACT-TTAT-AA--AA-T-ATATA---A----TT-GT-GTTTAT-----AGTT-TTTTTTATTATAAA-----ATTTGCCAAAAAATGA---A--AATTCACATAAGCCTAACAAGTTATGTGAATTTCATTGGAAAA----------TATTA
gi|14 : tacTGGCCAACAAGCATTT---ATGTGTCTACCTAACTCATCCTAAACATGCCCAATCAGAGTTTTTCATTTTTAAAGTCCCT
gi|15 : atatttgcaataATTGAAGGAC-TTT-T-AAAA-C--------------TT-TTGT-AA--AA-T-AAACA---ACG-TTC-TT-GTTTGTA----AATA-TT----C--ATTAA-----AGTTAGCACCAA-TAA---A--CATCCACATgagtgt
gi|16 : acAA-----ATT-GGCAACAA-TAA---A--CATACACA-----------AAGTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATAATCATTTCCCTGAG
gi|2 : tttaccagaatgagtcTGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CACAAAAGTCG--GACT-TT-T-AACAAA-T-AAATA---A-GGTTC-TC-GCTTATC----AAATATT----A--ACAA-------TTTGGCAACAA-TAATCAAT-CATCCGCCAGAGCCTAACAAGTTGTTTGAATTTTATTGGAACATACATATATGTATTAACATTTCCCTGAGA
gi|2 : caaCGCAATGCTG---GGAAAAGCTGTTCCACTCTTGAACCAAAGCGAAGGAAAG----TTAATGTTACTTGGT--GGTAAACGACGAGCGTTA---ATGCATATTCTCAACTTATTCCAGACATGTCattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaacgcaatgctgggaaaagctgttccactcttgaaccaaagcgaaggaaagttaatgttacttggtggtaaacgacgagcgttaatgcatattctcaacttattccagacatgtctgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|3 : caatgagggattttaaaaacacaaaagtcggacttttaacaaataaataaggttctcgcttatcaaatattaacaatttggcaacaataatcaatcatccgccagagcctaacaagttgtttgaattttattggaacatacatatatgtattaacatttccctgagaattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaaTCATGAACCAAGGCACGTGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GATGACCGACAGGAGTTA---ATTCGCATTCCAAACTCATTCCAGACATGCTCAATTGGAtgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|3 : tCATTAACGTTTCTCCGT--GGGGGCAGACGAGTGT-A---ATGCGTCTTCACAACTGATTCCAGACAGGCGCAGTTaacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgaactgcgcctgtctggaatcagttgtgaagacgcattacactcgtctgcccccacggagaaacgttaatgtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|4 : ttcatgaaccaaggcacgtgaaagtttattaacgtttctcggtgatgaccgacaggagttaattcgcattccaaactcattccagacatgctcaattggaaacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAATGTCA--GATT-TCGT-AA--AAAT-AAACA---A-G-TTCAGC-ATTTATC----AATT-TC----A--ATCAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATACATATAAGCCTAGCAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTATCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACAGTGTTG---AGAAATATTGTTTCACTCCTGACCCAAGGAGGGGGAAAGCTCATTAAAGTTCCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGTGTCTACCCAACTCATCCCAGACATTATCAATTGGAATTTTGCG-TTTTAAAGTCTCTtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|5 : ACTGGGGGAC-TTT-A-CAAA-CGCAAAAGTGA--GATT-TCGT-AA--AG-C-AATCA---A-G-TTT-TCTATTTATC----AATA-TT----A--ATAAA-----AATTAGCAACAA-TAA---A--CATACATATAAACCACACAAAGTTTGTGAATTATATT-GAAAA----------TATTATTAATTCCCTGAAA
gi|5 : cACTGTTG---AGAGATATTGTTCCACTCCTGACCAAAGGTTTGGGAAAGCTCATTAACTTTTCTCGAT--GGTGGCCGACAAGCGTTA---ATGCGTCTACCTAACTCATCTCAGACACGCCCTAGTGGAGTTTTACGTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgttgagagatattgttccactcctgaccaaaggtttgggaaagctcattaacttttctcgatggtggccgacaagcgttaatgcgtctacctaactcatctcagacacgccctagtggagttttacgttt
gi|6 : cactgggggactttacaaacgcaaaagtgagatttcgtaaagcaatcaagttttctatttatcaatattaataaaaattagcaacaataaacatacatataaaccacacaaagtttgtgaattatattgaaaatattattaattccctgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCCGAAAGAC-TTT-A-AAAAACGCATAGGTCG--GACT----------------AA-A---A-G-TTT-----TTTGTCCAACAAGT-TT----T--ATAAG-----ATTTGGCAACAT-TGA---A--CATA------GGCCTAACACTTTGTGTGGGTCTTATTGTAAAA----------TATTGACAATTCTCTGAGA
gi|6 : CATTGTTG---GGAAATGTTGTTCATCTCCTGGACCAAGGCGTGGGAAAGCTCAGTTACGTTTCTCGAT--GGTGGCTGACGAGCGATA---ATGCGTCTTCCCAACCCATCTCCGACATTCTCAATTAGAG-AATGAGTTTTTAAAATCCCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaatgagtttttaaaatccctcagt
gi|6 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaACTGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CTCAcagt
gi|7 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaaTGAGGAAT-ATT-A-AAAA-CGCAAAAGTCA--GATT-TCCT-AAG-AA-T-AAATA---A-A-TTT-CT-ATATATG----AATT-TT----A--ATAAC-----AATTGGCTACTA-TAA---A--CATATATATAAGCCAAACAATGTGTGTGCAATTTATTGGAAAA----------TATTATCAATTCCCTGAGA
gi|7 : AATGTTG---AGAAACGTTATTCAGCTCCTGACCCAATGGGTGGGAAAGCTCATCAACGTTTCTTGGT--GGCGGCCGACAAGCATTA---ATGCGTCTACCCAGCTCATCCCAGACATGCCCAATTAGAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgagaaacgttattcagctcctgacccaatgggtgggaaagctcatcaacgtttcttggtggcggccgacaagcattaatgcgtctacccagctcatcccagacatgcccaattagagtatg
gi|8 : tgaggaatattaaaaacgcaaaagtcagatttcctaagaataaataaatttctatatatgaattttaataacaattggctactataaacatatatataagccaaacaatgtgtgtgcaatttattggaaaatattatcaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTAAGGAAC-TTT-A-AAA--CACAAAAGTCA--GATT-TAGTGAA--AA-T-AAACA---A-G-TTTTGT-ATTTATC----AATT-TA----G--ATAAA-----AATTGGCCACAG-AAA---A--TGTACATATAAGCCACACAAAGTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTATCGATTatg
gi|8 : cATGTTGTTCCACTCCTGATCCAGGGCGTGGGAAAGCTCATTAATATTTATCGAT--GGTGGCCG-CAGGCGTTA---ATGCGTCTACCCAACTCATCCCAAACATGCCCAATTAGAATTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgttgttccactcctgatccagggcgtgggaaagctcattaatatttatcgatggtggccgcaggcgttaatgcgtctacccaactcatcccaaacatgcccaattagaattttg
gi|9 : cactaaggaactttaaaacacaaaagtcagatttagtgaaaataaacaagttttgtatttatcaatttagataaaaattggccacagaaaatgtacatataagccacacaaagtgtgtgaattttattggaaaatattatcgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTGAGGGAT-TTTTATAAAA-CGCAAAAGTCG--------CG--------------CA---T-G-TTT--C-AT--GTC----AATT-TT----A--ATAAATTAAAATTTAACTACAA-TAA---A--CATTCATATGAGCCAAACAAATTGGGTTAATTTTATTG
gi|9 : acCATTGTGG---GGAAATGTTGTTCT-CTCTTGAACCAAGGCGTTTTAAAACTCAGTACCGTTTCTGGAC--GGTAGCTGACGAACGTTA---ATGCGTCTTCTCTACTTACCTCAGACATATTCAATTGGAGTTTTGacgttgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgtggggaaatgttgttctctcttgaaccaaggcgttttaaaactcagtaccgtttctggacggtagctgacgaacgttaatgcgtcttctctacttacctcagacatattcaattggagttttg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 1111111 1111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 3 3 3 777 3 5555 77 3 6 333 3 6 99999 1 3 2222222 77777 5 555 66 2 1 33 4444444444 1 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 777 22 44 555 1 3
lowQualScore : . . . . ... . .... .. . . ... . . ..... . . ....... ..... . ... .. . . .. .......... . . ........................................................................................................................... . ... .. .. ... . .
lowQualScore : 3 3 3 3 000 1 2222 33 1 2 888 1 2 22222 5 1 3333333 11111 7 000 88 0 2 44 6666666666 0 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 000 77 66 888 8 2
consensus : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCG--GATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-T-C-GTTTATCAATT-TT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTGGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
Reference ( family-2885 ) : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCG--GATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-T-C-GTTTATCAATT-TT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTGGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
gi|1 : AC-TTT-A-AAAA-CGCAATA-------ATT-T-GT-AA--AA-T-AAACAT--G-G-TTA-T-T-GTTTAC-----------------AAA-----AGTAGGCAGCAC-TGA---A--CATCCGCAGGAATCTAACAAACGGTGTGAGTTTCATTAAAAAA----------TATTACCAAATCTCTGAGA
gi|1 : CATTGCCG---GGAAATGTT---CAACTCCTGAACAAAGTCGAGGGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GGTGACAGACGAGCGTTAATTATACGTATTCCCGACCTATTCCAGACATGCTCAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|1 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaataATTAACGTTGCTCGGTTAGG-GGTTGATGAGGATTA---ATGCGTATTCGCAACTCATTTCAGGCATGCaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|10 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacACTGAAGGACCTTT-A-AAAA-CGCCTTGGTAG--GACT-TTGT-AA--AA-T-AAACA---A-GGTTC-T-T-GCTTATCAATT-CT----A--ATAAA-----ATTTGACAACAAGTAA---AGCCA---ACATAAGCCAAAGATTTTGTGTGAGTTTTATTGAAAAA----------TATTAACAATTCCCTGAGA
gi|10 : cAATGTTGTAAGGAAAAGTTGTTCCTCTCCTGAACCAAGGCGTGAAAAAGTTCAGTAAAGTTTCTCGGT--GGTGGCTGACaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgtaaggaaaagttgttcctctcctgaaccaaggcgtgaaaaagttcagtaaagtttctcggtggtggctgac
gi|11 : cactgaaggacctttaaaaacgccttggtaggactttgtaaaataaacaaggttcttgcttatcaattctaataaaatttgacaacaagtaaagccaacataagccaaagattttgtgtgagttttattgaaaaatattaacaattccctgagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAAGTCGTCGACTCTCGA-AA--AA-TTAAACATCTA-G-TTT-T-TAGTTTATCAATT-TT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAA---A--TCTCCACCTGAGCCTTACAAATTGTGTAATTTTTATTTTAAAA----------TATTAATACTTCCCTGAGA
gi|11 : aacCACCGATG---GGGAATGTTGTTCTACTCATGAACCAAGGCGTGGGAAAACTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgatggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactc
gi|12 : aacaagtcgtcgactctcgaaaaattaaacatctagtttttagtttatcaattttcataaagtatggcaacaataaatctccacctgagccttacaaattgtgtaatttttattttaaaatattaatacttccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaTCG--ACTC-TCGA-AA--AA-TTAAACATCTA-G-TTT-T-TAGTTTATCAATT-TT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAA---A--TCTCCACCTGAGCCTTACAAATTGTGTAATTTTTATTTTAAAA----------TATTAATACTTCCCTGAGA
gi|12 : agtcaCACCGCTG---GGGAATGTTGTTCTACTCATGAACCAAGGCGTGGGAAAACTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgctggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactca
gi|13 : agtcatcgactctcgaaaaattaaacatctagtttttagtttatcaattttcataaagtatggcaacaataaatctccacctgagccttacaaattgtgtaatttttattttaaaatattaatacttccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaACTG-GGGAT-TTT-A-AATA-CGTAAAAGTCG---ACT-TTAT-AA--AA-T-ATATA---A----TT-G-T-GTTTAT-AGTT-TTTTTTATTATAAA-----ATTTGCCAAAAAATGA---A--AATTCACATAAGCCTAACAAGTTATGTGAATTTCATTGGAAAA----------TATTA
gi|14 : tacTGGCCAACAAGCATTT---ATGTGTCTACCTAACTCATCCTAAACATGCCCAATCAGAGTTTTTCATTTTTAAAGTCCCT
gi|15 : atatttgcaataATTGAAGGAC-TTT-T-AAAA-C--------------TT-TTGT-AA--AA-T-AAACA---ACG-TTC-T-T-GTTTGTAAATA-TT----C--ATTAA-----AGTTAGCACCAA-TAA---A--CATCCACATgagtgt
gi|16 : acAA-----ATT-GGCAACAA-TAA---A--CATACACA-----------AAGTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATAATCATTTCCCTGAG
gi|2 : tttaccagaatgagtcTGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CACAAAAGTCG--GACT-TT-T-AACAAA-T-AAATA---A-GGTTC-T-C-GCTTATCAAATATT----A--ACAA-------TTTGGCAACAA-TAATCAAT-CATCCGCCAGAGCCTAACAAGTTGTTTGAATTTTATTGGAACATACATATATGTATTAACATTTCCCTGAGA
gi|2 : caaCGCAATGCTG---GGAAAAGCTGTTCCACTCTTGAACCAAAGCGAAGGAAAG----TTAATGTTACTTGGT--GGTAAACGACGAGCGTTA---ATGCATATTCTCAACTTATTCCAGACATGTCattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaacgcaatgctgggaaaagctgttccactcttgaaccaaagcgaaggaaagttaatgttacttggtggtaaacgacgagcgttaatgcatattctcaacttattccagacatgtctgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|3 : caatgagggattttaaaaacacaaaagtcggacttttaacaaataaataaggttctcgcttatcaaatattaacaatttggcaacaataatcaatcatccgccagagcctaacaagttgtttgaattttattggaacatacatatatgtattaacatttccctgagaattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaaTCATGAACCAAGGCACGTGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GATGACCGACAGGAGTTA---ATTCGCATTCCAAACTCATTCCAGACATGCTCAATTGGAtgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|3 : tCATTAACGTTTCTCCGT--GGGGGCAGACGAGTGT-A---ATGCGTCTTCACAACTGATTCCAGACAGGCGCAGTTaacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgaactgcgcctgtctggaatcagttgtgaagacgcattacactcgtctgcccccacggagaaacgttaatgtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|4 : ttcatgaaccaaggcacgtgaaagtttattaacgtttctcggtgatgaccgacaggagttaattcgcattccaaactcattccagacatgctcaattggaaacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAATGTCA--GATT-TCGT-AA--AAAT-AAACA---A-G-TTCAG-C-ATTTATCAATT-TC----A--ATCAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATACATATAAGCCTAGCAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTATCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACAGTGTTG---AGAAATATTGTTTCACTCCTGACCCAAGGAGGGGGAAAGCTCATTAAAGTTCCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGTGTCTACCCAACTCATCCCAGACATTATCAATTGGAATTTTGCG-TTTTAAAGTCTCTtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|5 : ACTGGGGGAC-TTT-A-CAAA-CGCAAAAGTGA--GATT-TCGT-AA--AG-C-AATCA---A-G-TTT-T-CTATTTATCAATA-TT----A--ATAAA-----AATTAGCAACAA-TAA---A--CATACATATAAACCACACAAAGTTTGTGAATTATATT-GAAAA----------TATTATTAATTCCCTGAAA
gi|5 : cACTGTTG---AGAGATATTGTTCCACTCCTGACCAAAGGTTTGGGAAAGCTCATTAACTTTTCTCGAT--GGTGGCCGACAAGCGTTA---ATGCGTCTACCTAACTCATCTCAGACACGCCCTAGTGGAGTTTTACGTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgttgagagatattgttccactcctgaccaaaggtttgggaaagctcattaacttttctcgatggtggccgacaagcgttaatgcgtctacctaactcatctcagacacgccctagtggagttttacgttt
gi|6 : cactgggggactttacaaacgcaaaagtgagatttcgtaaagcaatcaagttttctatttatcaatattaataaaaattagcaacaataaacatacatataaaccacacaaagtttgtgaattatattgaaaatattattaattccctgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCCGAAAGAC-TTT-A-AAAAACGCATAGGTCG--GACT----------------AA-A---A-G-TTT-T-TTGTCCAACAAGT-TT----T--ATAAG-----ATTTGGCAACAT-TGA---A--CATA------GGCCTAACACTTTGTGTGGGTCTTATTGTAAAA----------TATTGACAATTCTCTGAGA
gi|6 : CATTGTTG---GGAAATGTTGTTCATCTCCTGGACCAAGGCGTGGGAAAGCTCAGTTACGTTTCTCGAT--GGTGGCTGACGAGCGATA---ATGCGTCTTCCCAACCCATCTCCGACATTCTCAATTAGAG-AATGAGTTTTTAAAATCCCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaatgagtttttaaaatccctcagt
gi|6 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaACTGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CTCAcagt
gi|7 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaaTGAGGAAT-ATT-A-AAAA-CGCAAAAGTCA--GATT-TCCT-AAG-AA-T-AAATA---A-A-TTT-C-T-ATATATGAATT-TT----A--ATAAC-----AATTGGCTACTA-TAA---A--CATATATATAAGCCAAACAATGTGTGTGCAATTTATTGGAAAA----------TATTATCAATTCCCTGAGA
gi|7 : AATGTTG---AGAAACGTTATTCAGCTCCTGACCCAATGGGTGGGAAAGCTCATCAACGTTTCTTGGT--GGCGGCCGACAAGCATTA---ATGCGTCTACCCAGCTCATCCCAGACATGCCCAATTAGAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgagaaacgttattcagctcctgacccaatgggtgggaaagctcatcaacgtttcttggtggcggccgacaagcattaatgcgtctacccagctcatcccagacatgcccaattagagtatg
gi|8 : tgaggaatattaaaaacgcaaaagtcagatttcctaagaataaataaatttctatatatgaattttaataacaattggctactataaacatatatataagccaaacaatgtgtgtgcaatttattggaaaatattatcaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTAAGGAAC-TTT-A-AAA--CACAAAAGTCA--GATT-TAGTGAA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-TGT-ATTTATCAATT-TA----G--ATAAA-----AATTGGCCACAG-AAA---A--TGTACATATAAGCCACACAAAGTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTATCGATTatg
gi|8 : cATGTTGTTCCACTCCTGATCCAGGGCGTGGGAAAGCTCATTAATATTTATCGAT--GGTGGCCG-CAGGCGTTA---ATGCGTCTACCCAACTCATCCCAAACATGCCCAATTAGAATTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgttgttccactcctgatccagggcgtgggaaagctcattaatatttatcgatggtggccgcaggcgttaatgcgtctacccaactcatcccaaacatgcccaattagaattttg
gi|9 : cactaaggaactttaaaacacaaaagtcagatttagtgaaaataaacaagttttgtatttatcaatttagataaaaattggccacagaaaatgtacatataagccacacaaagtgtgtgaattttattggaaaatattatcgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTGAGGGAT-TTTTATAAAA-CGCAAAAGTCG--------CG--------------CA---T-G-TTT---C-AT--GTCAATT-TT----A--ATAAATTAAAATTTAACTACAA-TAA---A--CATTCATATGAGCCAAACAAATTGGGTTAATTTTATTG
gi|9 : acCATTGTGG---GGAAATGTTGTTCT-CTCTTGAACCAAGGCGTTTTAAAACTCAGTACCGTTTCTGGAC--GGTAGCTGACGAACGTTA---ATGCGTCTTCTCTACTTACCTCAGACATATTCAATTGGAGTTTTGacgttgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgtggggaaatgttgttctctcttgaaccaaggcgttttaaaactcagtaccgtttctggacggtagctgacgaacgttaatgcgtcttctctacttacctcagacatattcaattggagttttg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 1111111 1111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 3 3 3 777 3 5555 77 3 6 333 3 6 99999 1 3 2222222 77777 5 555 66 2 1 33 4444444444 1 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 777 22 44 555 1 3
lowQualScore : . . . . ... . .... .. . . ... . . ..... . . ....... ..... . ... .. . . .. .......... . . ........................................................................................................................... . ... .. .. ... . .
lowQualScore : 3 3 3 3 000 1 2222 33 1 2 888 1 2 22222 5 1 3333333 11111 7 000 88 0 2 44 6666666666 0 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 000 77 66 888 8 2
consensus : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCG--GATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-T-C-GTTTATCAATT-TT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTGGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
Reference ( family-2885 ) : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCG--GATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-T-C-GTTTATCAATT-TT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTGGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
gi|1 : AC-TTT-A-AAAA-CGCAATA-------ATT-T-GT-AA--AA-T-AAACAT--G-G-TTA-T-T-GTTTAC-----------------AAA-----AGTAGGCAGCAC-TGA---A--CATCCGCAGGAATCTAACAAACGGTGTGAGTTTCATTAAAAAA----------TATTACCAAATCTCTGAGA
gi|1 : CATTGCCG---GGAAATGTT---CAACTCCTGAACAAAGTCGAGGGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GGTGACAGACGAGCGTTAATTATACGTATTCCCGACCTATTCCAGACATGCTCAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|1 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaataATTAACGTTGCTCGGTTAGG-GGTTGATGAGGATTA---ATGCGTATTCGCAACTCATTTCAGGCATGCaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|10 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacACTGAAGGACCTTT-A-AAAA-CGCCTTGGTAG--GACT-TTGT-AA--AA-T-AAACA---A-GGTTC-T-T-GCTTATCAATT-CT----A--ATAAA-----ATTTGACAACAAGTAA---AGCCA---ACATAAGCCAAAGATTTTGTGTGAGTTTTATTGAAAAA----------TATTAACAATTCCCTGAGA
gi|10 : cAATGTTGTAAGGAAAAGTTGTTCCTCTCCTGAACCAAGGCGTGAAAAAGTTCAGTAAAGTTTCTCGGT--GGTGGCTGACaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgtaaggaaaagttgttcctctcctgaaccaaggcgtgaaaaagttcagtaaagtttctcggtggtggctgac
gi|11 : cactgaaggacctttaaaaacgccttggtaggactttgtaaaataaacaaggttcttgcttatcaattctaataaaatttgacaacaagtaaagccaacataagccaaagattttgtgtgagttttattgaaaaatattaacaattccctgagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAAGTCGTCGACTCTCGA-AA--AA-TTAAACATCTA-G-TTT-T-TAGTTTATCAATT-TT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAA---A--TCTCCACCTGAGCCTTACAAATTGTGTAATTTTTATTTTAAAA----------TATTAATACTTCCCTGAGA
gi|11 : aacCACCGATG---GGGAATGTTGTTCTACTCATGAACCAAGGCGTGGGAAAACTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgatggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactc
gi|12 : aacaagtcgtcgactctcgaaaaattaaacatctagtttttagtttatcaattttcataaagtatggcaacaataaatctccacctgagccttacaaattgtgtaatttttattttaaaatattaatacttccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaTCG--ACTC-TCGA-AA--AA-TTAAACATCTA-G-TTT-T-TAGTTTATCAATT-TT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAA---A--TCTCCACCTGAGCCTTACAAATTGTGTAATTTTTATTTTAAAA----------TATTAATACTTCCCTGAGA
gi|12 : agtcaCACCGCTG---GGGAATGTTGTTCTACTCATGAACCAAGGCGTGGGAAAACTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgctggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactca
gi|13 : agtcatcgactctcgaaaaattaaacatctagtttttagtttatcaattttcataaagtatggcaacaataaatctccacctgagccttacaaattgtgtaatttttattttaaaatattaatacttccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaACTG-GGGAT-TTT-A-AATA-CGTAAAAGTCG---ACT-TTAT-AA--AA-T-ATATA---A----TT-G-T-GTTTAT-AGTT-TTTTTTATTATAAA-----ATTTGCCAAAAAATGA---A--AATTCACATAAGCCTAACAAGTTATGTGAATTTCATTGGAAAA----------TATTA
gi|14 : tacTGGCCAACAAGCATTT---ATGTGTCTACCTAACTCATCCTAAACATGCCCAATCAGAGTTTTTCATTTTTAAAGTCCCT
gi|15 : atatttgcaataATTGAAGGAC-TTT-T-AAAA-C--------------TT-TTGT-AA--AA-T-AAACA---ACG-TTC-T-T-GTTTGTAAATA-TT----C--ATTAA-----AGTTAGCACCAA-TAA---A--CATCCACATgagtgt
gi|16 : acAA-----ATT-GGCAACAA-TAA---A--CATACACA-----------AAGTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATAATCATTTCCCTGAG
gi|2 : tttaccagaatgagtcTGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CACAAAAGTCG--GACT-TT-T-AACAAA-T-AAATA---A-GGTTC-T-C-GCTTATCAAATATT----A--ACAA-------TTTGGCAACAA-TAATCAAT-CATCCGCCAGAGCCTAACAAGTTGTTTGAATTTTATTGGAACATACATATATGTATTAACATTTCCCTGAGA
gi|2 : caaCGCAATGCTG---GGAAAAGCTGTTCCACTCTTGAACCAAAGCGAAGGAAAG----TTAATGTTACTTGGT--GGTAAACGACGAGCGTTA---ATGCATATTCTCAACTTATTCCAGACATGTCattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaacgcaatgctgggaaaagctgttccactcttgaaccaaagcgaaggaaagttaatgttacttggtggtaaacgacgagcgttaatgcatattctcaacttattccagacatgtctgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|3 : caatgagggattttaaaaacacaaaagtcggacttttaacaaataaataaggttctcgcttatcaaatattaacaatttggcaacaataatcaatcatccgccagagcctaacaagttgtttgaattttattggaacatacatatatgtattaacatttccctgagaattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaaTCATGAACCAAGGCACGTGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GATGACCGACAGGAGTTA---ATTCGCATTCCAAACTCATTCCAGACATGCTCAATTGGAtgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|3 : tCATTAACGTTTCTCCGT--GGGGGCAGACGAGTGT-A---ATGCGTCTTCACAACTGATTCCAGACAGGCGCAGTTaacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgaactgcgcctgtctggaatcagttgtgaagacgcattacactcgtctgcccccacggagaaacgttaatgtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|4 : ttcatgaaccaaggcacgtgaaagtttattaacgtttctcggtgatgaccgacaggagttaattcgcattccaaactcattccagacatgctcaattggaaacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAATGTCA--GATT-TCGT-AA--AAAT-AAACA---A-G-TTCAG-C-ATTTATCAATT-TC----A--ATCAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATACATATAAGCCTAGCAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTATCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACAGTGTTG---AGAAATATTGTTTCACTCCTGACCCAAGGAGGGGGAAAGCTCATTAAAGTTCCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGTGTCTACCCAACTCATCCCAGACATTATCAATTGGAATTTTGCG-TTTTAAAGTCTCTtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|5 : ACTGGGGGAC-TTT-A-CAAA-CGCAAAAGTGA--GATT-TCGT-AA--AG-C-AATCA---A-G-TTT-T-CTATTTATCAATA-TT----A--ATAAA-----AATTAGCAACAA-TAA---A--CATACATATAAACCACACAAAGTTTGTGAATTATATT-GAAAA----------TATTATTAATTCCCTGAAA
gi|5 : cACTGTTG---AGAGATATTGTTCCACTCCTGACCAAAGGTTTGGGAAAGCTCATTAACTTTTCTCGAT--GGTGGCCGACAAGCGTTA---ATGCGTCTACCTAACTCATCTCAGACACGCCCTAGTGGAGTTTTACGTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgttgagagatattgttccactcctgaccaaaggtttgggaaagctcattaacttttctcgatggtggccgacaagcgttaatgcgtctacctaactcatctcagacacgccctagtggagttttacgttt
gi|6 : cactgggggactttacaaacgcaaaagtgagatttcgtaaagcaatcaagttttctatttatcaatattaataaaaattagcaacaataaacatacatataaaccacacaaagtttgtgaattatattgaaaatattattaattccctgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCCGAAAGAC-TTT-A-AAAAACGCATAGGTCG--GACT----------------AA-A---A-G-TTT-T-TTGTCCAACAAGT-TT----T--ATAAG-----ATTTGGCAACAT-TGA---A--CATA------GGCCTAACACTTTGTGTGGGTCTTATTGTAAAA----------TATTGACAATTCTCTGAGA
gi|6 : CATTGTTG---GGAAATGTTGTTCATCTCCTGGACCAAGGCGTGGGAAAGCTCAGTTACGTTTCTCGAT--GGTGGCTGACGAGCGATA---ATGCGTCTTCCCAACCCATCTCCGACATTCTCAATTAGAG-AATGAGTTTTTAAAATCCCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaatgagtttttaaaatccctcagt
gi|6 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaACTGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CTCAcagt
gi|7 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaaTGAGGAAT-ATT-A-AAAA-CGCAAAAGTCA--GATT-TCCT-AAG-AA-T-AAATA---A-A-TTT-C-T-ATATATGAATT-TT----A--ATAAC-----AATTGGCTACTA-TAA---A--CATATATATAAGCCAAACAATGTGTGTGCAATTTATTGGAAAA----------TATTATCAATTCCCTGAGA
gi|7 : AATGTTG---AGAAACGTTATTCAGCTCCTGACCCAATGGGTGGGAAAGCTCATCAACGTTTCTTGGT--GGCGGCCGACAAGCATTA---ATGCGTCTACCCAGCTCATCCCAGACATGCCCAATTAGAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgagaaacgttattcagctcctgacccaatgggtgggaaagctcatcaacgtttcttggtggcggccgacaagcattaatgcgtctacccagctcatcccagacatgcccaattagagtatg
gi|8 : tgaggaatattaaaaacgcaaaagtcagatttcctaagaataaataaatttctatatatgaattttaataacaattggctactataaacatatatataagccaaacaatgtgtgtgcaatttattggaaaatattatcaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTAAGGAAC-TTT-A-AAA--CACAAAAGTCA--GATT-TAGTGAA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-TGT-ATTTATCAATT-TA----G--ATAAA-----AATTGGCCACAG-AAA---A--TGTACATATAAGCCACACAAAGTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTATCGATTatg
gi|8 : cATGTTGTTCCACTCCTGATCCAGGGCGTGGGAAAGCTCATTAATATTTATCGAT--GGTGGCCG-CAGGCGTTA---ATGCGTCTACCCAACTCATCCCAAACATGCCCAATTAGAATTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgttgttccactcctgatccagggcgtgggaaagctcattaatatttatcgatggtggccgcaggcgttaatgcgtctacccaactcatcccaaacatgcccaattagaattttg
gi|9 : cactaaggaactttaaaacacaaaagtcagatttagtgaaaataaacaagttttgtatttatcaatttagataaaaattggccacagaaaatgtacatataagccacacaaagtgtgtgaattttattggaaaatattatcgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTGAGGGAT-TTTTATAAAA-CGCAAAAGTCG--------CG--------------CA---T-G-TTT---C-AT--GTCAATT-TT----A--ATAAATTAAAATTTAACTACAA-TAA---A--CATTCATATGAGCCAAACAAATTGGGTTAATTTTATTG
gi|9 : acCATTGTGG---GGAAATGTTGTTCT-CTCTTGAACCAAGGCGTTTTAAAACTCAGTACCGTTTCTGGAC--GGTAGCTGACGAACGTTA---ATGCGTCTTCTCTACTTACCTCAGACATATTCAATTGGAGTTTTGacgttgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgtggggaaatgttgttctctcttgaaccaaggcgttttaaaactcagtaccgtttctggacggtagctgacgaacgttaatgcgtcttctctacttacctcagacatattcaattggagttttg
blockSeqs : C T T A TCG C AGTG CA A T TCT C G TTA C A TTTTATT TTAAA G TCA GC C A AA TACATATATG A A TAA CT TA . T T
blockSeqs : . . . . G . TGT G . T TCT . G TTA C . A . A . T C G TT . A C . TA . . A T
blockSeqs : . . . . A . CGA . . . . . . AGC C . C . . . . T G TT . A C . TA . . T .
blockSeqs : . . . . G . CGA . . . . . . TCT A . C . . . . C A TA . T A . CA . . T
blockSeqs : . . . . G . TAT . . . . . . TTT C . C . . . . A G TA . A G . CA . . T
blockSeqs : . . . . G . TGT . . . . . . TGT C . A . . . . C A TA . T C . CA . . A
blockSeqs : . . . . G . CGT . . . . . . TT C . A . . . . A A AC . T T . AT . . A
blockSeqs : . . . . G . CGT . . . . . . GT C . A . . . . A A TA . A A . AG . . T
blockSeqs : . . . . G . CCT . . . . . . TT G . T . . . . A A AA . T T . CA . . A
blockSeqs : . . . . . . TT . . . . . . TC C . A . . . . A G AC . T T . . A
blockSeqs : . . . . . . CG . . . . . . CT C . G . . . . A . AA . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . A . . . . T . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : G** CGT* *** TT*** A****** ***
originalCons : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCG--GATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-T-C-GTTTATCAATT-TT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTGGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
finalCons : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCGG--ATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTTTT---GTTTATCAATT-TTA------ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTGGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 1111111 1111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 3 3 3 3 777 3 5555 77 3 6 333 3 6 11111 1 3 2222222 77777 5 555 66 2 1 33 4444444444 1 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 777 22 44 555 1 3
lowQualScore : . . . . ... . .... .. . . ... . . ..... . . ....... ..... . ... .. . . .. .......... . . ........................................................................................................................... . ... .. .. ... . .
lowQualScore : 3 3 3 3 000 1 2222 33 1 2 888 1 2 88888 5 1 3333333 11111 7 000 88 0 2 44 6666666666 0 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 000 77 66 888 8 2
consensus : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCG--GATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-T-T-GTTTATCAATT-TT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTGGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
Reference ( family-2885 ) : ACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAAAGTCG--GATT-TCGT-AA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-T-T-GTTTATCAATT-TT----A--ATAAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATNCACATGAGCCTAACAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTANCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGCANTGTTG---GGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGGGAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGCGTCTTCCCAACTCATCCCAGACATGCCCAATTGGAGTTTTGCGTTTTTAAAGTCCCT
gi|1 : AC-TTT-A-AAAA-CGCAATA-------ATT-T-GT-AA--AA-T-AAACAT--G-G-TTA-T-T-GTTTAC-----------------AAA-----AGTAGGCAGCAC-TGA---A--CATCCGCAGGAATCTAACAAACGGTGTGAGTTTCATTAAAAAA----------TATTACCAAATCTCTGAGA
gi|1 : CATTGCCG---GGAAATGTT---CAACTCCTGAACAAAGTCGAGGGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GGTGACAGACGAGCGTTAATTATACGTATTCCCGACCTATTCCAGACATGCTCAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|1 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaataATTAACGTTGCTCGGTTAGG-GGTTGATGAGGATTA---ATGCGTATTCGCAACTCATTTCAGGCATGCaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacgcatgcctgaaatgagttgcgaatacgcattaatcctcatcaacccctaaccgagcaacgttaat
gi|10 : actttaaaaacgcaataatttgtaaaataaacatggttattgtttacaaaagtaggcagcactgaacatccgcaggaatctaacaaacggtgtgagtttcattaaaaaatattaccaaatctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtataagtaacacttctcatttaaagcacagtgttttaaatacattgccgggaaatgttcaactcctgaacaaagtcgagggaaagtttattaacgtttctcggtggtgacagacgagcgttaattatacgtattcccgacctattccagacatgctcaattaaaaacatatctaggggacaaaggtagccactctagagtccggatcgcattggattgaagaaaacatgttttgcgaggcgagtcgtatgtgactgccggcgcattatcacgtttaaaaaacaaagtgacctcccttataatcacgtcgtaaaaacagtatgcgacagggcgtaaaacgtcgtcattgtaagtgtcagcaatcatataaccaccgaggataacacacccgatgtagaggaacaacACTGAAGGACCTTT-A-AAAA-CGCCTTGGTAG--GACT-TTGT-AA--AA-T-AAACA---A-GGTTC-T-T-GCTTATCAATT-CT----A--ATAAA-----ATTTGACAACAAGTAA---AGCCA---ACATAAGCCAAAGATTTTGTGTGAGTTTTATTGAAAAA----------TATTAACAATTCCCTGAGA
gi|10 : cAATGTTGTAAGGAAAAGTTGTTCCTCTCCTGAACCAAGGCGTGAAAAAGTTCAGTAAAGTTTCTCGGT--GGTGGCTGACaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgtaaggaaaagttgttcctctcctgaaccaaggcgtgaaaaagttcagtaaagtttctcggtggtggctgac
gi|11 : cactgaaggacctttaaaaacgccttggtaggactttgtaaaataaacaaggttcttgcttatcaattctaataaaatttgacaacaagtaaagccaacataagccaaagattttgtgtgagttttattgaaaaatattaacaattccctgagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAAGTCGTCGACTCTCGA-AA--AA-TTAAACATCTA-G-TTT-T-TAGTTTATCAATT-TT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAA---A--TCTCCACCTGAGCCTTACAAATTGTGTAATTTTTATTTTAAAA----------TATTAATACTTCCCTGAGA
gi|11 : aacCACCGATG---GGGAATGTTGTTCTACTCATGAACCAAGGCGTGGGAAAACTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgatggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactc
gi|12 : aacaagtcgtcgactctcgaaaaattaaacatctagtttttagtttatcaattttcataaagtatggcaacaataaatctccacctgagccttacaaattgtgtaatttttattttaaaatattaatacttccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaTCG--ACTC-TCGA-AA--AA-TTAAACATCTA-G-TTT-T-TAGTTTATCAATT-TT----C--ATAAA-----GTATGGCAACAA-TAA---A--TCTCCACCTGAGCCTTACAAATTGTGTAATTTTTATTTTAAAA----------TATTAATACTTCCCTGAGA
gi|12 : agtcaCACCGCTG---GGGAATGTTGTTCTACTCATGAACCAAGGCGTGGGAAAACTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaccgctggggaatgttgttctactcatgaaccaaggcgtgggaaaactca
gi|13 : agtcatcgactctcgaaaaattaaacatctagtttttagtttatcaattttcataaagtatggcaacaataaatctccacctgagccttacaaattgtgtaatttttattttaaaatattaatacttccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaACTG-GGGAT-TTT-A-AATA-CGTAAAAGTCG---ACT-TTAT-AA--AA-T-ATATA---A----TT-G-T-GTTTAT-AGTT-TTTTTTATTATAAA-----ATTTGCCAAAAAATGA---A--AATTCACATAAGCCTAACAAGTTATGTGAATTTCATTGGAAAA----------TATTA
gi|14 : tacTGGCCAACAAGCATTT---ATGTGTCTACCTAACTCATCCTAAACATGCCCAATCAGAGTTTTTCATTTTTAAAGTCCCT
gi|15 : atatttgcaataATTGAAGGAC-TTT-T-AAAA-C--------------TT-TTGT-AA--AA-T-AAACA---ACG-TTC-T-T-GTTTGTAAATA-TT----C--ATTAA-----AGTTAGCACCAA-TAA---A--CATCCACATgagtgt
gi|16 : acAA-----ATT-GGCAACAA-TAA---A--CATACACA-----------AAGTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATAATCATTTCCCTGAG
gi|2 : tttaccagaatgagtcTGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CACAAAAGTCG--GACT-TT-T-AACAAA-T-AAATA---A-GGTTC-T-C-GCTTATCAAATATT----A--ACAA-------TTTGGCAACAA-TAATCAAT-CATCCGCCAGAGCCTAACAAGTTGTTTGAATTTTATTGGAACATACATATATGTATTAACATTTCCCTGAGA
gi|2 : caaCGCAATGCTG---GGAAAAGCTGTTCCACTCTTGAACCAAAGCGAAGGAAAG----TTAATGTTACTTGGT--GGTAAACGACGAGCGTTA---ATGCATATTCTCAACTTATTCCAGACATGTCattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaacgcaatgctgggaaaagctgttccactcttgaaccaaagcgaaggaaagttaatgttacttggtggtaaacgacgagcgttaatgcatattctcaacttattccagacatgtctgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|3 : caatgagggattttaaaaacacaaaagtcggacttttaacaaataaataaggttctcgcttatcaaatattaacaatttggcaacaataatcaatcatccgccagagcctaacaagttgtttgaattttattggaacatacatatatgtattaacatttccctgagaattaattcaccccaaatcacattctttgtaattagtagcggacataactaccagtgtagcagtgcacgtaaagtaacacttctcattggaagcacaaagtgttttcaaTCATGAACCAAGGCACGTGAAAGTTTATTAACGTTTCTCGGT--GATGACCGACAGGAGTTA---ATTCGCATTCCAAACTCATTCCAGACATGCTCAATTGGAtgaggacaaagatggaccattctagagtcggaattgcattttcttgaagaatccctgttgtgagtcgagctgtattcgacgcgcattatcatgttgaaatagtaatctcctttataattacatcataaaatccaaacgtgcgtcatcaatgtaagacattaccattaggataaca
gi|3 : tCATTAACGTTTCTCCGT--GGGGGCAGACGAGTGT-A---ATGCGTCTTCACAACTGATTCCAGACAGGCGCAGTTaacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgaactgcgcctgtctggaatcagttgtgaagacgcattacactcgtctgcccccacggagaaacgttaatgtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|4 : ttcatgaaccaaggcacgtgaaagtttattaacgtttctcggtgatgaccgacaggagttaattcgcattccaaactcattccagacatgctcaattggaaacatatttagaggacaaagctggccattctaaagtctgaattgcattggcttgaagggaagttgttgtaaggcaagccgtatgtgccggtgtattgtcatgttgaaagacgaagtgagttgaaacggcagtacgacaggacgcaaacatcgtcaatgtaaaaccaacagtcacgctgtcattagataacaagctaacaagctaacaaggatcataagcttaactgatgttgACTGAGGGAC-TTT-A-AAAA-CGCAAATGTCA--GATT-TCGT-AA--AAAT-AAACA---A-G-TTCAG-C-ATTTATCAATT-TC----A--ATCAA-----ATTTGGCAACAA-TAA---A--CATACATATAAGCCTAGCAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTATCAATTCCCTGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACAGTGTTG---AGAAATATTGTTTCACTCCTGACCCAAGGAGGGGGAAAGCTCATTAAAGTTCCTCGGT--GGTGGCCGACGAGCGTTA---ATGTGTCTACCCAACTCATCCCAGACATTATCAATTGGAATTTTGCG-TTTTAAAGTCTCTtgaataacttctcttgagagtttgt
gi|5 : ACTGGGGGAC-TTT-A-CAAA-CGCAAAAGTGA--GATT-TCGT-AA--AG-C-AATCA---A-G-TTT-TCT-ATTTATCAATA-TT----A--ATAAA-----AATTAGCAACAA-TAA---A--CATACATATAAACCACACAAAGTTTGTGAATTATATT-GAAAA----------TATTATTAATTCCCTGAAA
gi|5 : cACTGTTG---AGAGATATTGTTCCACTCCTGACCAAAGGTTTGGGAAAGCTCATTAACTTTTCTCGAT--GGTGGCCGACAAGCGTTA---ATGCGTCTACCTAACTCATCTCAGACACGCCCTAGTGGAGTTTTACGTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntactgttgagagatattgttccactcctgaccaaaggtttgggaaagctcattaacttttctcgatggtggccgacaagcgttaatgcgtctacctaactcatctcagacacgccctagtggagttttacgttt
gi|6 : cactgggggactttacaaacgcaaaagtgagatttcgtaaagcaatcaagttttctatttatcaatattaataaaaattagcaacaataaacatacatataaaccacacaaagtttgtgaattatattgaaaatattattaattccctgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCCGAAAGAC-TTT-A-AAAAACGCATAGGTCG--GACT----------------AA-A---A-G-TTT-T-TTGTCCAACAAGT-TT----T--ATAAG-----ATTTGGCAACAT-TGA---A--CATA------GGCCTAACACTTTGTGTGGGTCTTATTGTAAAA----------TATTGACAATTCTCTGAGA
gi|6 : CATTGTTG---GGAAATGTTGTTCATCTCCTGGACCAAGGCGTGGGAAAGCTCAGTTACGTTTCTCGAT--GGTGGCTGACGAGCGATA---ATGCGTCTTCCCAACCCATCTCCGACATTCTCAATTAGAG-AATGAGTTTTTAAAATCCCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaatgagtttttaaaatccctcagt
gi|6 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaACTGAGGGAT-TTT-A-AAAA-CTCAcagt
gi|7 : ccgaaagactttaaaaaacgcataggtcggactaaaagttttttgtccaacaagttttataagatttggcaacattgaacataggcctaacactttgtgtgggtcttattgtaaaatattgacaattctctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttgttcatctcctggaccaaggcgtgggaaagctcagttacgtttctcgatggtggctgacgagcgataatgcgtcttcccaacccatctccgacattctcaattagagaaTGAGGAAT-ATT-A-AAAA-CGCAAAAGTCA--GATT-TCCT-AAG-AA-T-AAATA---A-A-TTT-C-T-ATATATGAATT-TT----A--ATAAC-----AATTGGCTACTA-TAA---A--CATATATATAAGCCAAACAATGTGTGTGCAATTTATTGGAAAA----------TATTATCAATTCCCTGAGA
gi|7 : AATGTTG---AGAAACGTTATTCAGCTCCTGACCCAATGGGTGGGAAAGCTCATCAACGTTTCTTGGT--GGCGGCCGACAAGCATTA---ATGCGTCTACCCAGCTCATCCCAGACATGCCCAATTAGAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatgttgagaaacgttattcagctcctgacccaatgggtgggaaagctcatcaacgtttcttggtggcggccgacaagcattaatgcgtctacccagctcatcccagacatgcccaattagagtatg
gi|8 : tgaggaatattaaaaacgcaaaagtcagatttcctaagaataaataaatttctatatatgaattttaataacaattggctactataaacatatatataagccaaacaatgtgtgtgcaatttattggaaaatattatcaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTAAGGAAC-TTT-A-AAA--CACAAAAGTCA--GATT-TAGTGAA--AA-T-AAACA---A-G-TTT-TGT-ATTTATCAATT-TA----G--ATAAA-----AATTGGCCACAG-AAA---A--TGTACATATAAGCCACACAAAGTGTGTGAATTTTATTGGAAAA----------TATTATCGATTatg
gi|8 : cATGTTGTTCCACTCCTGATCCAGGGCGTGGGAAAGCTCATTAATATTTATCGAT--GGTGGCCG-CAGGCGTTA---ATGCGTCTACCCAACTCATCCCAAACATGCCCAATTAGAATTTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatgttgttccactcctgatccagggcgtgggaaagctcattaatatttatcgatggtggccgcaggcgttaatgcgtctacccaactcatcccaaacatgcccaattagaattttg
gi|9 : cactaaggaactttaaaacacaaaagtcagatttagtgaaaataaacaagttttgtatttatcaatttagataaaaattggccacagaaaatgtacatataagccacacaaagtgtgtgaattttattggaaaatattatcgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntACTGAGGGAT-TTTTATAAAA-CGCAAAAGTCG--------CG--------------CA---T-G-TTT-CAT-GT----CAATT-TT----A--ATAAATTAAAATTTAACTACAA-TAA---A--CATTCATATGAGCCAAACAAATTGGGTTAATTTTATTG
gi|9 : acCATTGTGG---GGAAATGTTGTTCT-CTCTTGAACCAAGGCGTTTTAAAACTCAGTACCGTTTCTGGAC--GGTAGCTGACGAACGTTA---ATGCGTCTTCTCTACTTACCTCAGACATATTCAATTGGAGTTTTGacgttgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgtggggaaatgttgttctctcttgaaccaaggcgttttaaaactcagtaccgtttctggacggtagctgacgaacgttaatgcgtcttctctacttacctcagacatattcaattggagttttg