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lowQualScore                  :           .          ...      ......  ..  .   ............   ..  ....       .       ....................................   ....        . .       .. ....  ......       . 
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Reference ( gi|7 )            : TGCATGCATATTATGAATATA---TTGTAT-CCTT-GA--TTATTA-----T--T-T-ATA--TTAA-CTATGTTTATGCTGTT---GT---G---GA---T-ATGA--C------C---TTTA---AATGCTACATATCCTGTTGAA----CA---AA-TGTATTTCA
gi|2                          :        ATAGTATGAATATAGTTTTATAT-A-TA-GA--CTATAA-----T--T-TTATA--TTGA-ATGTGTTTTCGCTAGT---GT---GATGGC---T-GTGA--C------C---TTTG---AATCCTGCGTCTTCTGACGGATATGCA---AA-TGTATTT
gi|1                          :            gtgctttaTA---TTGTCTACCAT-AA--CCATTA-----TACTGT-ATA--CTGA-TTGTGTTTGCGTTGTT---GT---G---G-------TGG--CAGTGTAC---TTGG---ATCGTTACATCTCATGCTGAA----C-----A-TGTATTTtgttttcaatgaaggtgtgtacaactttcacactttaat
gi|8                          :                             AT-TCTTAGACTTTATTAAGACTT--TGT-ATA--TTGGGCTATGTTTGCGCTGTTAA-GT---T---GAC--T-GTGT--C------C---TTTA---AATGCTATATTGCCTGTTCAA----CA---tcttattttgatatgattcaacaggtttacactacagagataaagaaaacaaaatattttacgaattcacacatg
gi|16                         :                               aaCTC-GA--TT--TA-----C--T-A-ATACGTTGA-TTATGATCCTGCTGTT---GTCGTG---GC---T-GAGT--T------C---TTTG---AATGCTACAAATCCTGTTttttttttttattt
gi|15                         :                                       tgaTAATA-----T--A-T-GTG--TTGA-CAATGGTTATGATGTT---GT---G---GG---G-ACGATTC------C---TTTG---AATGATACGTGTCCTGTTGGA----CATC-AT-TTTATTT
gi|6                          :                                          aaTTA-----T--T-A-ATACGTTGT-TTGTGTTTGTTCTGTTACGGT---G---GC---T-GTTT--T------C---TGTG---AATGCTACGTCTCCCGTTTGA----CA---A---GTATTTtc
gi|3                          :                                tttttataactatTA-----T--T-T-A-A--TTGA-TTGTGTTTATGCTGTT---GT---G---GAGGCT-TTGA--C------G---TTTC---AATGCTACATCTCCAGTTTGA----CATGTAATTGTATTTTtttgttttattttgaagagacaacaagct
gi|17                         :                                               -----T--T-C-ACA--TAGA-TTATGTTTATGCTGTT---GT---G---AAGGCT-GT-A--CA-----T---TTTA---AATGTTATGTCTCCtattttagatatgaccaatagacgctttcttcagtacaaataaaacaattaagtttctggattacacttacacatg
gi|4                          :                                                      tattcagA--TTGG-TTATGTTTATGCTGAT---GG---G---AA---TGGTGG--C------CTTGTTTATCCAATGCTACGTCTACTGTTGGT----CAT--CA-TATATTTag
gi|10                         :                                                                 TAA-TTGTGCGTATG-TGTT---GT---G---G----T-GTG----------C---CTTG---AATGCTACGCCTTCCATTTGA----CA---AA-TATtcctatatttcatgagatataatctttcatataaattttttttgtcaaccaataaagcttcacaattaag
gi|9                          :                                                                  gttaacgagacttaCTGTTACAGC---G---GC---T-GTGT--T------C---TTTG---AATGCCGCGTTTCCTGTTTAA----Ctgtcttatctttaagaatgataccaata
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTTATTTTAAAGTATGATTACGCTTCAATGATGGCTGTGCGTCTGAATACTGCGTCTCTTGATGGTTATAGTATAATGTTTTCTTATTTTCTTATTGGAATGAACCTTTATTAAAGTGCAACTTTCTGTAAAGTTTAAC
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Unaligned ( gi|14 ): GTTCTACATATTGATTGTGTTTGTATGTTGTTTGGGCGGTGCAATTTGGATGCTACATCTTACATTGGACATATCTGTTCTTATTTGT






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Reference ( family-2838 )     :  NNNNNNNATAGTATGAATATAGTTTTGTATNCTCGACTATT-A-T--T-TATA--TTGA-TTGTGTTT--AC---GC---TGTT---G---T---G--GNT---G---TGN--CCTT---TG---AATGCTACGTCTCC-TGTTNGACA--T---AA-TGTATTTTA
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gi|10                         :                             tattgtctaccata-A-C--T-TATA-----A-TTGTGCGT--AT---G----TGTT---G---T---G--G-T---G---TGC--C--T---TG---AATGCTACGCCTTC-CATTTGACA------AA-TATcttattttgatatgattcaacaggtttacactacagagataaagaaaacaaaatattttacgaattcacacatg
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gi|14                         :                                                   cATA--TTGA-TTGTGTTTGTAT---GT---TGTT---T---G---G--GCG---G---TGC--AATT---TG---GATGCTACATCTTA-CATTGGACA--T---Acttattttttatgtaaaaagttacatta
gi|15                         :                                gttctacTAAT-A-T--A-TGTG--TTGA-CAATGGTT--AT---GA---TGTT---G---T---G--GGG---A---CGATTCCTT---TG---AATGATACGTGTCC-TGTTGGACA--T---CATTTTATTTTtctgttcttatttgt
gi|16                         :                               aaCTCGATT--T-A-C--T-AATACGTTGA-TTATGATC--CT---GC---TGTT---G---TCGTG--GCT---G---AGT--TCTT---TG---AATGCTACAAATCC-TGTTc
gi|17                         :                                          tga-T--T-CACA--TAGA-TTATGTTT--AT---GC---TGTT---G---TGAAG--GCT---G---TAC--ATTT---TA---AATGTTATGTCTCC-
gi|2                          :  tattcagATAGTATGAATATAGTTTTATATA-TAGACTATA-ATT--T-TATA--TTGA-ATGTGTTT--TC---GCTAGTGTG---A---T---G--GCT---G---TGA--CCTT---TG---AATCCTGCGTCTTC-TGACGGATA--TGCAAA-TGTATTTTag
gi|3                          :                                  gtgctttaT-A-T--T-TA-A--TTGA-TTGTGTTT--AT---GC---TGTT---G---T---G--GAG---GCTTTGA--CGTT---TC---AATGCTACATCTCC-AGTTTGACATGT---AATTGTATTTTAgttttcaatgaaggtgtgtacaactttcacactttaat
gi|4                          :                                                      A--TTGG-TTATGTTT--AT---GC---TGAT---G---G---G--AAT---GG--TGG--CCTTGTTTATCCAATGCTACGTCTAC-TGTTGGTCA--T---CA-TATATTTTtattttagatatgaccaatagacgctttcttcagtacaaataaaacaattaagtttctggattacacttacacatg
gi|6                          :                                     ACTATTTA-T--T-AATACGTTGT-TTGTGTTT--GT---TC---TGTTACGG---T---G--GCT---G---TTT--TCTG---TG---AATGCTACGTCTCC-CGTTTGACA------A---GTATTTTcctatatttcatgagatataatctttcatataaattttttttgtcaaccaataaagcttcacaattaag
gi|7                          : tttttataATATTATGAATATA---TTGTATCCTTGATTATT-A-T--T-TATA--TTAA-CTATGTTT--AT---GC---TGTT---G---T---G--GAT---A---TGA--CCTT---TA---AATGCTACATATCC-TGTTGAACA------AA-TGTATTTCAttgttttattttgaagagacaacaagct
gi|8                          :                                           tgcatgc-TATA--TTGGGCTATGTTT--GC---GC---TGTT---AAGTT---G--ACT---G---TGT--CCTT---TA---AATGCTATATTGCC-TGTTCAACA--T---
gi|9                          :                            aaattcttagactttattaagactttg--TTGA---GTGTTC--TC----C---TGTTACAG---C---G--GCT---G---TGT--TCTT---TG---AATGCCGCGTTTCC-TGTTTAACtttttttttattt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTTATTTTAAAGTATGATTACGCTTCAATGATGGCTGTGCGTCTGAATACTGCGTCTCTTGATGGTTATAGTATAATGTTTTCTTATTTTCTTATTGGAATGAACCTTTATTAAAGTGCAACTTTCTGTAAAGTTTAAC
Unaligned ( gi|12 ): TATTGCTGCTATTACAATTATTGTATGTACAGATTTCGTTTGTGTTGTTGTGGTTGTATTTTGAATCCTGTTTGATATGTACTTTCTTATTTT
Unaligned ( gi|13 ): CCGTATATTAATTGTATTCATTCTGCTTTCGTGGCTGTGTGTTATGAATGTTATGTCTCTTATTGGTAACATATATTCTTATTTTAAATA






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Reference ( family-2838 )     :  NNNNNNNATANTATGAATATAGTTTTGTATNCTCGACTATT-AT--T-T-ATA--TTGA-TTGTGTTT--AC---GCT---GTT---G---T---G---GCTG-TGN--CCTT---TG---AATGCTACGTCTCCCGTTGG--ACA--T---A-A-T--GTA---TTTTA
gi|1                          :                                     ACCATT-ATACTGT-ATA--CTGA-TTGTGTTT--GC---GTT---GTTGTGG---T---G---GCAG-TGT--ACTT---GG---ATCGTTACATCTCATGCTGA--AC---------A-T--GTA---TTTT
gi|10                         :                             tattgtctaccata-AC--T-T-ATA-----A-TTGTGCGT--AT---G-T---GTT---G---T---G---G-TG-TGC--C--T---TG---AATGCTACGCCTTCCATTTG--ACA------A-A-T--ATcttattttgatatgattcaacaggtttacactacagagataaagaaaacaaaatattttacgaattcacacatg
gi|11                         :                                                 gttaacgagTGA-TTGTGTAT--ACGATGTT---GTT---G---T---GTA-GCTG-T-A--TCTT---TG---AATGCTCCAT-----GCTGG--ACA--T-----A-T--ACA---TTTTtgtcttatctttaagaatgataccaata
gi|13                         :                                                c-T-ATA--TTAA-TTGTATTC--AT---TCT---GCTTTCG---T---G---GCTG-TGT--GTTA---TG---AATGTTATGTCTCTTATTGGTAACA--T---ATA-TTCTTA---TTTTActtattttttatgtaaaaagttacatta
gi|14                         :                                                ccg-ATA--TTGA-TTGTGTTTGTAT---GTT---GTT---T---G---G---GCGG-TGC--AATT---TG---GATGCTACATCTTACATTGG--ACA--T---A-aata
gi|15                         :                                gttctacTAAT-AT--A-T-GTG--TTGA-CAATGGTT--AT---GAT---GTT---G---T---G---GGGA-CGATTCCTT---TG---AATGATACGTGTCCTGTTGG--ACA--T---C-ATT--TTA---TTTTtctgttcttatttgt
gi|16                         :                               aaCTCGATT--T-AC--T-A-ATACGTTGA-TTATGATC--CT---GCT---GTT---G---TCGTG---GCTG-AGT--TCTT---TG---AATGCTACAAATCCTGTTc
gi|17                         :                                          tgaT--T-C-ACA--TAGA-TTATGTTT--AT---GCT---GTT---G---TGAAG---GCTG-TAC--ATTT---TA---AATGTTATGTCTCC
gi|2                          :  tattcagATAGTATGAATATAGTTTTATATA-TAGACTATA-AT--T-TTATA--TTGA-ATGTGTTT--TC---GCT---AGT---G---T---GATGGCTG-TGA--CCTT---TG---AATCCTGCGTCTTCTGACGG--ATA--TGCAA-A-T--GTA---TTTTag
gi|3                          :                                  gtgctttaT-AT--T-T-A-A--TTGA-TTGTGTTT--AT---GCT---GTT---G---TGGAG---GCTT-TGA--CGTT---TC---AATGCTACATCTCCAGTTTG--ACATGT---A-ATT--GTA---TTTTAgttttcaatgaaggtgtgtacaactttcacactttaat
gi|4                          :                                                      A--TTGG-TTATGTTT--AT---GCT---GAT---G---G---G---AATGGTGG--CCTTGTTTATCCAATGCTACGTCTACTGTTGG--TCA--T---C-A-T--ATA---TTTTtattttagatatgaccaatagacgctttcttcagtacaaataaaacaattaagtttctggattacacttacacatg
gi|5                          :                                             T--T-T-ATT--TTAAAGTATGATT--AC---GCTTCAATG---A---T---G---GCTG-TG---CGTC---TG---AATACTGCGTCTCTTGATGG--TTA--T---A-G-T--ATAATGTTTTcctatatttcatgagatataatctttcatataaattttttttgtcaaccaataaagcttcacaattaag
gi|6                          :                                    tACTATTTAT--T-A-ATACGTTGT-TTGTGTTT--GT---TCT---GTTACGG---T---G---GCTG-TTT--TCTG---TG---AATGCTACGTCTCCCGTTTG--ACA------A------GTA---TTTTcttattttcttattggaatgaacctttattaaagtgcaactttctgtaaagtttaac
gi|7                          : tttttataATATTATGAATATA---TTGTATCCTTGATTATT-AT--T-T-ATA--TTAA-CTATGTTT--AT---GCT---GTT---G---T---G---GATA-TGA--CCTT---TA---AATGCTACATATCCTGTTGA--ACA------A-A-T--GTA---TTTCAttgttttattttgaagagacaacaagct
gi|8                          :                                          tgcatgc-T-ATA--TTGGGCTATGTTT--GC---GCT---GTT---AAGTT---G---ACTG-TGT--CCTT---TA---AATGCTATATTGCCTGTTCA--ACA--T---
gi|9                          :                            aaattcttagactttattaagactttg--TTGA---GTGTTC--TC----CT---GTTACAG---C---G---GCTG-TGT--TCTT---TG---AATGCCGCGTTTCCTGTTtttttttttattt
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Reference ( family-2838 )     :  NNNNNNNATANTATGAATATAGTTTTGTATNCTCGACTATT-AT--T-T-ATA--TTGA-TTGTGTTT--AC---GCT---GTT---G---T---G---GCTG-TGN--CCTT---TG---AATGCTACGTCTCC-TGTTGG--ACA--T---A-A-T--GTA---TTTTA
gi|1                          :                                     ACCATT-ATACTGT-ATA--CTGA-TTGTGTTT--GC---GTT---GTTGTGG---T---G---GCAG-TGT--ACTT---GG---ATCGTTACATCTCA-TGCTGA--AC---------A-T--GTA---TTTT
gi|10                         :                             tattgtctaccata-AC--T-T-ATA-----A-TTGTGCGT--AT---G-T---GTT---G---T---G---G-TG-TGC--C--T---TG---AATGCTACGCCTTC-CATTTG--ACA------A-A-T--ATcttattttgatatgattcaacaggtttacactacagagataaagaaaacaaaatattttacgaattcacacatg
gi|11                         :                                                 gttaacgagTGA-TTGTGTAT--ACGATGTT---GTT---G---T---GTA-GCTG-T-A--TCTT---TG---AATG------CTCCATGCTGG--ACA--T-----A-T--ACA---TTTTtgtcttatctttaagaatgataccaata
gi|13                         :                                                c-T-ATA--TTAA-TTGTATTC--AT---TCT---GCTTTCG---T---G---GCTG-TGT--GTTA---TG---AATGTTATGTCTCT-TATTGGTAACA--T---ATA-TTCTTA---TTTTActtattttttatgtaaaaagttacatta
gi|14                         :                                                ccg-ATA--TTGA-TTGTGTTTGTAT---GTT---GTT---T---G---G---GCGG-TGC--AATT---TG---GATGCTACATCTTA-CATTGG--ACA--T---A-aata
gi|15                         :                                gttctacTAAT-AT--A-T-GTG--TTGA-CAATGGTT--AT---GAT---GTT---G---T---G---GGGA-CGATTCCTT---TG---AATGATACGTGTCC-TGTTGG--ACA--T---C-ATT--TTA---TTTTtctgttcttatttgt
gi|16                         :                               aaCTCGATT--T-AC--T-A-ATACGTTGA-TTATGATC--CT---GCT---GTT---G---TCGTG---GCTG-AGT--TCTT---TG---AATGCTACAAATCC-TGTTc
gi|17                         :                                          tgaT--T-C-ACA--TAGA-TTATGTTT--AT---GCT---GTT---G---TGAAG---GCTG-TAC--ATTT---TA---AATGTTATGTCTCC-
gi|2                          :  tattcagATAGTATGAATATAGTTTTATATA-TAGACTATA-AT--T-TTATA--TTGA-ATGTGTTT--TC---GCT---AGT---G---T---GATGGCTG-TGA--CCTT---TG---AATCCTGCGTCTTC-TGACGG--ATA--TGCAA-A-T--GTA---TTTTag
gi|3                          :                                  gtgctttaT-AT--T-T-A-A--TTGA-TTGTGTTT--AT---GCT---GTT---G---TGGAG---GCTT-TGA--CGTT---TC---AATGCTACATCTCC-AGTTTG--ACATGT---A-ATT--GTA---TTTTAgttttcaatgaaggtgtgtacaactttcacactttaat
gi|4                          :                                                      A--TTGG-TTATGTTT--AT---GCT---GAT---G---G---G---AATGGTGG--CCTTGTTTATCCAATGCTACGTCTAC-TGTTGG--TCA--T---C-A-T--ATA---TTTTtattttagatatgaccaatagacgctttcttcagtacaaataaaacaattaagtttctggattacacttacacatg
gi|5                          :                                             T--T-T-ATT--TTAAAGTATGATT--AC---GCTTCAATG---A---T---G---GCTG-TG---CGTC---TG---AATACTGCGTCTCT-TGATGG--TTA--T---A-G-T--ATAATGTTTTcctatatttcatgagatataatctttcatataaattttttttgtcaaccaataaagcttcacaattaag
gi|6                          :                                    tACTATTTAT--T-A-ATACGTTGT-TTGTGTTT--GT---TCT---GTTACGG---T---G---GCTG-TTT--TCTG---TG---AATGCTACGTCTCC-CGTTTG--ACA------A------GTA---TTTTcttattttcttattggaatgaacctttattaaagtgcaactttctgtaaagtttaac
gi|7                          : tttttataATATTATGAATATA---TTGTATCCTTGATTATT-AT--T-T-ATA--TTAA-CTATGTTT--AT---GCT---GTT---G---T---G---GATA-TGA--CCTT---TA---AATGCTACATATCC-TGTTGA--ACA------A-A-T--GTA---TTTCAttgttttattttgaagagacaacaagct
gi|8                          :                                          tgcatgc-T-ATA--TTGGGCTATGTTT--GC---GCT---GTT---AAGTT---G---ACTG-TGT--CCTT---TA---AATGCTATATTGCC-TGTTCA--ACA--T---
gi|9                          :                            aaattcttagactttattaagactttg--TTGA---GTGTTC--TC----CT---GTTACAG---C---G---GCTG-TGT--TCTT---TG---AATGCCGCGTTTCC-TGTTtttttttttattt
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Reference ( family-2838 )     :  NNNNNNNATANTATGAATATAGTTTTGTATNCTCGACTATT-AT--T-T-ATA--TTGA-TTGTGTTT--AC---GCT---GTT---G---T---G---GCTG-TGN--CCTT---TG---AATGCTACGTCTCC-TGTTGG--ACA--T---A-A-T--GTA---TTTTA
gi|1                          :                                     ACCATT-ATACTGT-ATA--CTGA-TTGTGTTT--GC---GTT---GTTGTGG---T---G---GCAG-TGT--ACTT---GG---ATCGTTACATCTCA-TGCTGA--AC---------A-T--GTA---TTTT
gi|10                         :                             tattgtctaccata-AC--T-T-ATA-----A-TTGTGCGT--AT---G-T---GTT---G---T---G---G-TG-TGC--C--T---TG---AATGCTACGCCTTC-CATTTG--ACA------A-A-T--ATcttattttgatatgattcaacaggtttacactacagagataaagaaaacaaaatattttacgaattcacacatg
gi|11                         :                                                 gttaacgagTGA-TTGTGTAT--ACGATGTT---GTT---G---T---GTA-GCTG-T-A--TCTT---TG---AATG------CTCCATGCTGG--ACA--T-----A-T--ACA---TTTTtgtcttatctttaagaatgataccaata
gi|13                         :                                                c-T-ATA--TTAA-TTGTATTC--AT---TCT---GCTTTCG---T---G---GCTG-TGT--GTTA---TG---AATGTTATGTCTCT-TATTGGTAACA--T---ATA-TTCTTA---TTTTActtattttttatgtaaaaagttacatta
gi|14                         :                                                ccg-ATA--TTGA-TTGTGTTTGTAT---GTT---GTT---T---G---G---GCGG-TGC--AATT---TG---GATGCTACATCTTA-CATTGG--ACA--T---A-aata
gi|15                         :                                gttctacTAAT-AT--A-T-GTG--TTGA-CAATGGTT--AT---GAT---GTT---G---T---G---GGGA-CGATTCCTT---TG---AATGATACGTGTCC-TGTTGG--ACA--T---C-ATT--TTA---TTTTtctgttcttatttgt
gi|16                         :                               aaCTCGATT--T-AC--T-A-ATACGTTGA-TTATGATC--CT---GCT---GTT---G---TCGTG---GCTG-AGT--TCTT---TG---AATGCTACAAATCC-TGTTc
gi|17                         :                                          tgaT--T-C-ACA--TAGA-TTATGTTT--AT---GCT---GTT---G---TGAAG---GCTG-TAC--ATTT---TA---AATGTTATGTCTCC-
gi|2                          :  tattcagATAGTATGAATATAGTTTTATATA-TAGACTATA-AT--T-TTATA--TTGA-ATGTGTTT--TC---GCT---AGT---G---T---GATGGCTG-TGA--CCTT---TG---AATCCTGCGTCTTC-TGACGG--ATA--TGCAA-A-T--GTA---TTTTag
gi|3                          :                                  gtgctttaT-AT--T-T-A-A--TTGA-TTGTGTTT--AT---GCT---GTT---G---TGGAG---GCTT-TGA--CGTT---TC---AATGCTACATCTCC-AGTTTG--ACATGT---A-ATT--GTA---TTTTAgttttcaatgaaggtgtgtacaactttcacactttaat
gi|4                          :                                                      A--TTGG-TTATGTTT--AT---GCT---GAT---G---G---G---AATGGTGG--CCTTGTTTATCCAATGCTACGTCTAC-TGTTGG--TCA--T---C-A-T--ATA---TTTTtattttagatatgaccaatagacgctttcttcagtacaaataaaacaattaagtttctggattacacttacacatg
gi|5                          :                                             T--T-T-ATT--TTAAAGTATGATT--AC---GCTTCAATG---A---T---G---GCTG-TG---CGTC---TG---AATACTGCGTCTCT-TGATGG--TTA--T---A-G-T--ATAATGTTTTcctatatttcatgagatataatctttcatataaattttttttgtcaaccaataaagcttcacaattaag
gi|6                          :                                    tACTATTTAT--T-A-ATACGTTGT-TTGTGTTT--GT---TCT---GTTACGG---T---G---GCTG-TTT--TCTG---TG---AATGCTACGTCTCC-CGTTTG--ACA------A------GTA---TTTTcttattttcttattggaatgaacctttattaaagtgcaactttctgtaaagtttaac
gi|7                          : tttttataATATTATGAATATA---TTGTATCCTTGATTATT-AT--T-T-ATA--TTAA-CTATGTTT--AT---GCT---GTT---G---T---G---GATA-TGA--CCTT---TA---AATGCTACATATCC-TGTTGA--ACA------A-A-T--GTA---TTTCAttgttttattttgaagagacaacaagct
gi|8                          :                                          tgcatgc-T-ATA--TTGGGCTATGTTT--GC---GCT---GTT---AAGTT---G---ACTG-TGT--CCTT---TA---AATGCTATATTGCC-TGTTCA--ACA--T---
gi|9                          :                            aaattcttagactttattaagactttg--TTGA---GTGTTC--TC----CT---GTTACAG---C---G---GCTG-TGT--TCTT---TG---AATGCCGCGTTTCC-TGTTtttttttttattt


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blockSeqs                     :                                   T       .  .  . .   CG    G        GTAT      .     GTCGT       TA     .  CC     .    .                .      .    TGTAAT     A    .  
blockSeqs                     :                                           .  .  . .   .     .        AT        .     GTGAA       .      .  AT     .    .                .      .    TATA       A    .  
blockSeqs                     :                                           .  .  . .   .     .        AT        .     GTGGA       .      .  TG     .    .                .      .    TCAT       T    .  
blockSeqs                     :                                           .  .  . .   .     .        AT        .     ACGGT       .      .  CA     .    .                .      .    TCA        G    .  
blockSeqs                     :                                           .  .  . .   .     .        CT        .     AAGTT       .      .  TT     .    .                .      .    TAG        G    .  
blockSeqs                     :                                           .  .  . .   .     .        AT        .     ACAGC       .      .  CA     .    .                .      .    AA         A    .  
blockSeqs                     :                                              .  . .   .     .        TC        .     GT          .      .  AC     .    .                .      .    TA         A    .  
blockSeqs                     :                                              .  . .   .     .        AT        .     GT          .      .  AC     .    .                .      .    AA         G    .  
blockSeqs                     :                                                 . .   .     .        AT        .     TG          .      .  GC     .    .                .      .    A          G       
blockSeqs                     :                                                 . .   .     .        AC        .     GT          .      .  TT     .    .                .      .                       
blockSeqs                     :                                                   .   .     .        GT        .     GT          .      .  AC     .    .                .      .                       
blockSeqs                     :                                                       .     .        AT        .     GG          .      .  TC     .    .                .                              
blockSeqs                     :                                                       .     .        GC        .     AT          .      .  TT     .    .                .                              
blockSeqs                     :                                                             .        TC        .     GT          .      .  C      .    .                .                              


blockSeqCons                  :                                              **                                      GT*********                                                    TA********
originalCons                  :  NNNNNNNATANTATGAATATAGTTTTGTATNCTCGACTATT-AT--T-T-ATA--TTGA-TTGTGTTT--AC---GCT---GTT---G---T---G---GCTG-TGN--CCTT---TG---AATGCTACGTCTCC-TGTTGG--ACA--T---A-A-T--GTA---TTTTA
finalCons                     :  NNNNNNNATANTATGAATATAGTTTTGTATNCTCGACTATT-AT--T-T-ATA--TTGA-TTGTGTTT--AC---GCT---GTTGT---------G---GCTG-TGN--CCTT---TG---AATGCTACGTCTCC-TGTTGG--ACATA--------T--GTA---TTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TATTGCTGCTATTACAATTATTGTATGTACAGATTTCGTTTGTGTTGTTGTGGTTGTATTTTGAATCCTGTTTGATATGTACTTTCTTATTTT






Alignments
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lowQualScore                  :            .          ...      .. .       .  .. . .   ..    .        .......   ...   ........... ... ...   .  ....   ...  ...              .      ..  ..  ...............       
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consensus                     :  NNNNNNNATANTATGAATATAGTTTTGTATNCTCGACTATT-AT--T-T-ATA--TTGA-TTGTGTTT--AC---GCT---GTT---G---T---G---G---CTG-TGN--CCTT---TG---AATGCTACGTCTCC-TGTTGG--AC--AT----A----TG----TATTTTA
Reference ( family-2838 )     :  NNNNNNNATANTATGAATATAGTTTTGTATNCTCGACTATT-AT--T-T-ATA--TTGA-TTGTGTTT--AC---GCT---GTT---G---T---G---G---CTG-TGN--CCTT---TG---AATGCTACGTCTCC-TGTTGG--AC--AT----A----TG----TATTTTA
gi|1                          :                                     ACCATT-ATACTGT-ATA--CTGA-TTGTGTTT--GC---GTT---GTTGTGG---T---G---G---CAG-TGT--ACTT---GG---ATCGTTACATCTCA-TGCTGA--AC--------A----TG----TATTTT
gi|10                         :                             tattgtctaccata-AC--T-T-ATA-----A-TTGTGCGT--AT---G-T---GTT---G---T---G---G----TG-TGC--C--T---TG---AATGCTACGCCTTC-CATTTG--ACAAAT----A----T-----TGTCTTActtattttgatatgattcaacaggtttacactacagagataaagaaaacaaaatattttacgaattcacacatg
gi|11                         :                                                 gttaacgagTGA-TTGTGTAT--ACGATGTT---GTT---G---T---GTA-G---CTG-T-A--TCTT---TG---AATG------CTCCATGCTGG--AC--AT----A----TA----CATTTTtctttaagaatgataccaata
gi|13                         :                                                c-T-ATA--TTAA-TTGTATTC--AT---TCT---GCTTTCG---T---G---G---CTG-TGT--GTTA---TG---AATGTTATGTCTCT-TATTGGTAAC--AT----A----TATTCTTATTTTActtattttttatgtaaaaagttacatta
gi|14                         :                                                ccg-ATA--TTGA-TTGTGTTTGTAT---GTT---GTT---T---G---G---G---CGG-TGC--AATT---TG---GATGCTACATCTTA-CATTGG--AC--AT----A----TC----TGTTCTaata
gi|15                         :                                gttctacTAAT-AT--A-T-GTG--TTGA-CAATGGTT--AT---GAT---GTT---G---T---G---G---GGA-CGATTCCTT---TG---AATGATACGTGTCC-TGTTGG--AC--AT---------------CATTTTAtatttgt
gi|16                         :                               aaCTCGATT--T-AC--T-A-ATACGTTGA-TTATGATC--CT---GCT---GTT---G---TCGTG---G---CTG-AGT--TCTT---TG---AATGCTACAAATCC-TGTTttttc
gi|17                         :                                          tgaT--T-C-ACA--TAGA-TTATGTTT--AT---GCT---GTT---G---TGAAG---G---CTG-TAC--ATTT---TA---AATGTTATGTCTCC-
gi|2                          :  tattcagATAGTATGAATATAGTTTTATATA-TAGACTATA-AT--T-TTATA--TTGA-ATGTGTTT--TC---GCT---AGT---G---T---GATGG---CTG-TGA--CCTT---TG---AATCCTGCGTCTTC-TGACGG--AT--ATGCAAA----TG----TATTTTag
gi|3                          :                                  gtgctttaT-AT--T-T-A-A--TTGA-TTGTGTTT--AT---GCT---GTT---G---T---G---GAGGCTT-TGA--CGTT---TC---AATGCTACATCTCC-AGTTTG--AC--AT----GTAATTG----TATTTTAgttttcaatgaaggtgtgtacaactttcacactttaat
gi|4                          :                                                      A--TTGG-TTATGTTT--AT---GCT---GAT---G---G---G---A---ATGGTGG--CCTTGTTTATCCAATGCTACGTCTAC-TGTTGG--TC--ATC---A----TA----TATTTTtattttagatatgaccaatagacgctttcttcagtacaaataaaacaattaagtttctggattacacttacacatg
gi|5                          :                                             T--T-T-ATT--TTAAAGTATGATT--AC---GCTTCAATG---A---T---G---G---CTG-TG---CGTC---TG---AATACTGCGTCTCT-TGATGG--TT--AT----A-----G----TATcctatatttcatgagatataatctttcatataaattttttttgtcaaccaataaagcttcacaattaag
gi|6                          :                                    tACTATTTAT--T-A-ATACGTTGT-TTGTGTTT--GT---TCT---GTTACGG---T---G---G---CTG-TTT--TCTG---TG---AATGCTACGTCTCC-CGTTTG--AC--A-----A-----G----TATTTTaatgttttcttattttcttattggaatgaacctttattaaagtgcaactttctgtaaagtttaac
gi|7                          : tttttataATATTATGAATATA---TTGTATCCTTGATTATT-AT--T-T-ATA--TTAA-CTATGTTT--AT---GCT---GTT---G---T---G---G---ATA-TGA--CCTT---TA---AATGCTACATATCC-TGTTGA--AC--AA----A----TG----TATTTCAttgttttattttgaagagacaacaagct
gi|8                          :                                          tgcatgc-T-ATA--TTGGGCTATGTTT--GC---GCT---GTT---AAGTT---G---A---CTG-TGT--CCTT---TA---AATGCTATATTGCC-TGTTCA--AC--AT----T----TT----TTTTTTA
gi|9                          :                            aaattcttagactttattaagactttg--TTGA---GTGTTC--TC----CT---GTTACAG---C---G---G---CTG-TGT--TCTT---TG---AATGCCGCGTTTCC-TGTTttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TATTGCTGCTATTACAATTATTGTATGTACAGATTTCGTTTGTGTTGTTGTGGTTGTATTTTGAATCCTGTTTGATATGTACTTTCTTATTTT