lowQualScore                  :                                     1            88888888888888888888888888888888888888888                                  1111                  11                         
lowQualScore                  :                1    1 11 1          4   1   11   00000000000000000000000000000000000000000   222  5   1   1   1    1   2222 5555  111       3   1 00 0  111    1    3        
lowQualScore                  :                .    . .. .          .   .   ..   .........................................   ...  .   .   .   .    .   .... ....  ...       .   . .. .  ...    .    .        
lowQualScore                  :                8    4 99 4          7   1   55   99999999999999999999999999999999999999999   111  6   1   1   1    1   4444 3333  666       9   6 55 8  666    6    2        
consensus                     :   CTAGTTATTGAACGGAAA-C--G-AAAAACTTGACGCC-GCC--CAT----C--C---------------GCCCGC------------CCG---CCCGCC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
Reference ( gi|5 )            :   CTAGTTATTGAACAGAAA-C--G-AAAAACTTGAAGCC-GCC--CAT----C--CACC---A--------GCCCGC------------CCG---CCTGCC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TT---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|7                          :   CTAGTTATTGAATGGAAA-C--G-AAAAACTCGACGCC-GTC--CAT----C---------A--------GACCGC------------CTG---CCCGCC-GAC-TTT-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|8                          :  tCTAGTTATTGAAGGGAAA-C--G-AAAAACTTGATGCT-GCA--CAT-----------------------------------------CCG---CCCACT-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|1                          :  tCTAGTTATTGAACGGAAA-C--GCAAAAACTTGAGGCC-ACG--CAT----C--CGCCTGTACTCCATCTGCCTGCCGATACATCTGGCCG---CCCGCC-GAC-TTT-GCCA-ATC----TT---AT---AACCAGG-TTT-T--
gi|39                         : ttCTAGTTATTGAACGGAAA-C--A-AAAAACTTGACGCC-GCC--
gi|28                         :    TAGTTATTGAACAGAAA-C--G-AAAAACTTGACGCC-GCC--AAT-------------------------TCGG------------CCG---CCCGCC-AAC-TTC-GCCA-ATC----TT---AT---AACCAGt
gi|21                         :    TGGTTATTGAGCAGAAA-C--G-GG------------------CAT----C--C-------------------GT------------CCG---CCCGCC-AAC-TTG-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTT
gi|29                         :    TAGTTATTGAAGGGAAA-C--G-AAAAACTTGC-GCT-GCC--CAT----C--C-------------------GC------------CCA---CCCACC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCA
gi|38                         :    TAGTTATTGAACGGAAAAT--G-AAAAACTTGATGTC-GCC--CAT----C--CACC---C--------TCCCGC------------Ca
gi|10                         :     AGTCATTGAACGGAAA-C--G-AAAAACTTGAAGCC-GTC--CAT----C--C-------------------GC------------CCG---CCCACC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCATG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGG
gi|14                         :     AGTTATTGAACGGAAA-CAAA-AAAAATTTGACGCT-GCC--CTTC---C--CACC------------GCCTGC------------CCG---TCCGAG-GACATTC-GCCA-ATC----TA---AT---AAC------------C-AA--CTTTG-AAAA
gi|4                          :      GTGATTGAACAGAAA-C--G-AAAAACTTGACGCC-GCC--CATGC--C--CAAC---C--------GCCTGT------------CCG---CCCGCC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--TTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|2                          :      GTTATTGAACGGAAA-C--A-AAAAACTTGACGCC-GCC--CATCTGCC--CATC---C--------GCCTGC------------TCGCCCCCTGCC-GAA-TTC-GCAA-A-C----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--ATTTG-AAAAATCTGGTTAa
gi|13                         :      GTTATTGAACAGAAA-C--A-AAAAACTTGGCGCT-GTC--CAT----T--C-------------------GC------------CTG---CCGGTC-AAA-TTT-GCCA-ATC----TA---AT---AACTAGG-TTT-T--C-AA--CTCCG--AAAACCTGG
gi|15                         :      GTTATTGGACGGAAA-C--A-AAAAATTTGACGCC-GCC--AAT----C--C-------------------GA------------CCG---CCTGCC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---TT---AACCAGGTTTT-T--C-AAAGTTTTT-AAA
gi|31                         :      GTTATTGAACGGAAA-C--G-AAAAACATGACACC-GCC--CAT-----------------------------------------CTG---CCCACT-GAC-TTT-GCCA-ATC----TA---AT---GACCAGG-
gi|35                         :     tGTTATTGAACGGAAA-C--G-AAAAACTTGACGCG-GCC--CAT----C--TA
gi|17                         :       TTATTGAACGGAAA-C--G-AAAAACTTGA-GCT-GCC--CAT----C--T-------------------GC------------CCA---CCCACC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAAG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCtttcaactttgaaaaacctggttaa
gi|3                          :       TTATTGAACAGAAA-C--C-AAATGC-TGAAGCCTGCCTGCAA----A--CAC-------------GCCCGC------------CCG---CCAGCTAGAC-AT--ACCATATCGGCATTCAAAT---AACAAAG-TCT-T--T-----TTTTA-AAAAACCTGGTTA
gi|12                         :          TTGAAAGGAAA-C--A-AAAAACTTGACTTC-GCC--CAT----C--CGTC---A------------GC------------CTG---CCTGCT-GAC-TTT-GCCA-ATC-----T---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-TAAAACCTGGTa
gi|11                         :          TTGAAAGGAAA-C--A-AAAAACTTGACTTC-GCC--CAT----C--CGTC---A------------GC------------CTG---CCTGCT-GAC-TTT-GCCA-ATC-----T---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-TAAAACCTGGT
gi|9                          :           TGAACAGAAA-C--G-AAAAACTTGACGCC-ACC--CAT----C---------A--------GCTCGA------------CCG---CCCGCC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGA-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTT
gi|16                         :           TGAACGGAAA-T--T-AAAAACTTGACGCT-GCC--CAT----C--C-------------------GC------------CCG---CCCGCC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGA-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|19                         :            GAACAGAAA-C--G-AAAAATTTGACGCC-GCC--CAT----C--C-----------------------------------G---CCTGCC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|18                         :            GAACGGAAA-C--A-AAAAACTTGACGCC-GCC--CAT----C--C---------------GCCCG---------------G---CC-GCC-GAC-TTT-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGG
gi|30                         :            GAATGGAAA-T--G-AAAAACTAGACACT-GCC--CAT----C--
gi|27                         :                 GAAA-C--G-AAAAACTTGACGGT-GCC--CAT-----------------------------------------CCG---CCCGCC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AG--CTTTG-AAAAAagccaatctaataaccatgttttcaactttataaacctggtt
gi|33                         :                  AAA-C--G-AAAAACTTGA---C-GCT--------------------------------GC------------CCA---CCTGCC------------A-ATC----TA---AT---AACCAGG-TGT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|20                         :                   AA-C--A-ATAAACTTGACGCC-GCC--CAT----C---------A--------GACTGC------------CCG---CCTGCC-CAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCAGG
gi|25                         :                     -C--G-AAAAACTTGAAGCC-ACC--CAT----C--C-----------------------------------G---CCCGCT-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AT--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|23                         :                            AAAACTTGATGCC-GCC--CAT-----------------------------------------CCG---CCCGCC-GAC-TTT-GCCA-ATC----TA---AT---TACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|26                         :                            AAAACTTGACGCC-ACC--CAT----C--AGCC---C--------GCCTGC------------CTG---CCCGCC-GAC-TTT-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAAG-TTT-T--C-AA--CTTTG-Aa
gi|24                         :                             AAACTTGACGCC-ACC--CAT----C--CGCC---A--------GCTCGC------------T------------GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--T-AA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|22                         :                             AAACTTGACGCC-ACC--CAT----C---------A--------GCCCAC------------CCA---CC-----GAG-TTC-ACCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTC-AAAAACCTGGTTA
gi|36                         :                                CTTGAGGCC-GCG--CAT----CTGCAC-------------GCCCAT------------CCA---CCCGCC-TAC-TTC-GCCA-ATT----TA---AT---AACac
gi|32                         :                                      GCC-GCC--CAT----C--T-------------------GC------------CCG---CCCACC-GAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTT-T--C-AA--CTTTGAAAAAACCTGGaaaaacctg
gi|6                          :                                      cCC-GCT--CGC----C--CGCT---T--------GCCTGC------------CTG---CCCGCC-AAC-TTC-GCCA-ATC----TA---AT---AATCAGG-TGTAT--T-AA--TTTTG-AAAAATCTAGT
gi|34                         :                                          aaaaatttgacgctgaccatccgcctacccatCCCAT------------CCG---CCGGCC-AAC-TTC-GCCA-ATC----TA---ATAACAACCAGG-GTT-T--C-AA--CTTTGAAAAAACCTGG
gi|30                         :                                                                                                 aCTGCC-CA---TCAGCCA-ATC----TA---AT---AACCATG-TTT-T--C-AA--CTTT--ATAAACCTGGTT
gi|37                         :                                                                              gaatggaaatgaaaaactagacaCC-GAC-TTC-CCAA-ATC----TA---AT---AACCAGG-TTTAT--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|4                          :                                                                                                                                 tT---AACCAGG-TTT-TT-C-AA--AATTG-AAAA-CCTGGTTAa
gi|8                          :                                                      gtgattgaacagaaacgaaaaacttgacgccgcccatgcccaaccgcctgtccgcccgccgacttcgccaatctaaT---AACCAGG-TTT-TT-C-AA--AGTTG-AAAA-CCTGGTTAa
gi|2                          :                                                                tctagttattgaagggaaacgaaaaacttgatgctgcacatccgcccactgacttcgccaatctaaT---AACCAGA-TTT-TT-C-AA--ATTTG-AAAA-CCTGGTTA
gi|23                         :                                                  gttattgaacggaaacaaaaaacttgacgccgcccatctgcccatccgcctgctcgccccctgccgaattcgcaaactaaT---AACCAGGTTTT-T--C-AA--AGTTG--AAAACCTGGT
gi|22                         :                                                                                    aaaacttgatgccgcccatccgcccgccgactttgccaatctaattT---AACCAGG-TTT-T--TGAA--AGTTG-AAAA-CCTGGTTAa
gi|37                         :                                                                                   aaacttgacgccacccatcagcccacccaccgagttcaccaatctaaT---AACCAGG-TTT-TT-C-AA--AGTTG-ATAAACCTGGTTAac
gi|9                          :                                                                                                                tccgacttcccaaatctaa---AACCAGGTTTT-T--C-AA--AGTTG--AAAATCTGGTTAa
gi|21                         :                                                                  tgaacagaaacgaaaaacttgacgccacccatcagctcgaccgcccgccgacttcgccaatctaa---AACCAGG-TTT-TT-C-AA--AGTTG-AAAA-CCTGGTTA
gi|7                          :                                                                                  tggttattgagcagaaacgggcatccgtccgcccgccaacttggccaatctaaACCAGG-TTT-TT-C-AA--AGTTG-AAAA-CCTGGTTA
gi|19                         :                                                             tctagttattgaatggaaacgaaaaactcgacgccgtccatcagaccgcctgcccgccgactttgccaatctaaACCAGG-TTT-TT-C-AA--AGTTG-AAAA-CCTGGTTA
gi|16                         :                                                                               gaacagaaacgaaaaatttgacgccgcccatccgcctgccgacttcgccaatctaaACCAGGTTTT-T--C-AA--AGTTG--AAAATCTGGTTA
gi|12                         :                                                                          tgaacggaaattaaaaacttgacgctgcccatccgcccgcccgccgacttcgccaatctaaACCAGG-TTT-TA-C-AA--AGTTG-AAAA-CCTGGTTA
gi|11                         :                                                                      ttgaaaggaaacaaaaaacttgacttcgcccatccgtcagcctgcctgctgactttgccaatctaACCAGG-TTT-TA-C-AA--AGTTG-AAAA-CCTGGTTA
gi|25                         :                                                                      ttgaaaggaaacaaaaaacttgacttcgcccatccgtcagcctgcctgctgactttgccaatctaACCAGG-TTT-TT-C-AA--AGATG-AAAA-CCTGGTTA
gi|24                         :                                                                                        cgaaaaacttgaagccacccatccgcccgctgacttcgccaatctaaACCAGG-TTT-TT-C-AA--AGTT--AAAAACCTGGTTA
gi|33                         :                                                                                        aaacttgacgccacccatccgccagctcgctgacttcgccaatctaaACCAGGTTTT-T--C-AA--AGTTG--AACACCTGGTTA
gi|18                         :                                                                                                   aaacgaaaaacttgacgctgcccacctgccaatctaaCCAGG-TTT-TT-C-AA--AGTTG-AAAA-CCTGGTTA
gi|32                         :                                                                            gaacggaaacaaaaaacttgacgccgcccatccgcccggccgccgactttgccaatctaaCCAGG-TTT-TTTC-AA--AGTTG-AAAA-CCTGGTTA
gi|40                         :                                                                                                    cgccgcccatctgcccgcccaccgacttcgccaatctaaGG-TTT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|35                         :                                                                                                                                               TT-T--C-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAaaaataaca
gi|15                         :                                                                                                              gttattgaacggaaacgaaaaacttgacgcggcccatcta-AA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAa





Alignments
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lowQualScore                  :                                1  1     11         55555555 555555555555     7777777777777777  55555555555 1   1  888888888888888888888888888888888  0   1 555555555555             111       1   2    11     2             
lowQualScore                  :                                .  .     ..         ........ ............     ................  ........... .   .  .................................  .   . ............             ...       .   .    ..     .             
lowQualScore                  :                                3  3     55         00000000 555555555555     0000000000000000  33333333333 2   0  444444444444444444444444444444444  4   1 777777777777             999       2   4    77     4             
consensus                     :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
Reference ( family-2802 )     :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|1                          :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CGCAAAAA--CTTGAGGCC--------A------------CGCAT------C----C----GCCTGTACTCCATCTGCCTGC------------CGATACATCTGGCCGCCC---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTTAT---AACCAGG-TTT-T
gi|10                         :              ttAGTCATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGAAGCC--------G------------TCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCATG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGG
gi|11                         :                     TTGAAAGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACTTC--------G------------CCCAT------C----C----GT-----------CAGCCTGC------------C----------------T---GCTGAC-T------------TTGCCAATCT-AT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-TAAAACCTGGT
gi|12                         :                     TTGAAAGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACTTC--------G------------CCCAT------C----C----GT-----------CAGCCTGC------------C----------------T---GCTGAC-T------------TTGCCAATCT-AT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-TAAAACCTGGT
gi|13                         :                 GTTATTGAACAGAAA-CA-AAAAA--CTTGGCGCT--------G------------TCCAT------T----C----GC-----------CTGCC-G----------------------------------GTCAAA-T------------TTGCCAATCTAAT---AACTAGG-TTT-TCAA--CTCCG--AAAACCTGG
gi|14                         :                AGTTATTGAACGGAAA-CA-AAAAAAATTTGACGCT--------G------------CCCTTCCCA--C----C----GC-----------CTGCCCGT------------C----------------C---GAGGACAT------------TCGCCAATCTAAT---AAC----------CAA--CTTTG-AAAA
gi|15                         :                 GTTATTGGACGGAAA-CA-AAAAA--TTTGACGCC--------G------------CCAAT-----------------------------CCGACCGC------------C----------------T---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTATT---AACCAGGTTTT-TCAAAGTTTTT-AAA
gi|16                         :                      TGAACGGAAA-TT-AAAAA--CTTGACGCT--------G------------CCCAT------C----C----GC---------------CCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGA-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|17                         :                  TTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGA-GCT--------G------------CCCAT------C----T----GC-----------CCACCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAAG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACC
gi|18                         :                       GAACGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCG---GC------------C--------------------GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGG
gi|19                         :                       GAACAGAAA-CG-AAAAA--TTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CTGCC---------------------------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|2                          :                 GTTATTGAACGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACGCCGCCCATCTG------------CCCAT------C----C----GC-----------CTGCTCGC------------C----------------CCCTGCCGAA-T------------TCGCAAA-CTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--ATTTG-AAAAATCTGGTTA
gi|20                         :                              AA-CA-ATAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----A----GA-----------CTGCCCGC------------C----------------T---GCCCAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCAGG
gi|21                         :               TGGTTATTGAGCAGAAA-CG-GG-------------------------------------CAT------C----C----GT-----------CCGCCCGC------------C-----------------------AAC-T------------TGGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTT
gi|22                         :                                      AAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------C----A----GC-----------CCACCCAC------------C-----------------------GAG-T------------TCACCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTC-AAAAACCTGGTTA
gi|23                         :                                     AAAA--CTTGATGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-------------------------------C----------------C---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---TACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAac
gi|24                         :                                      AAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------C----C----GC-----------CAGCTCGC------------T-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TTAA--CTTTG-AAAAACCTGGTa
gi|25                         :                                -CG-AAAAA--CTTGAAGCC--------A------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCT---------------------------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAT--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|26                         :                                     AAAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------CAGCCC----GC-----------CTGCCTGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---AACCAAG-TTT-TCAA--CTTTG-
gi|27                         :                            GAAA-CG-AAAAA--CTTGACGGT--------G------------CCCAT---------------------------------CCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAG--CTTTG-AAAAAC
gi|28                         :               TAGTTATTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCAAT------T----C----G--------------G-CCGC------------C----------------C---GCCAAC-T------------TCGCCAATCTTAT---AACCAG
gi|29                         :               TAGTTATTGAAGGGAAA-CG-AAAAA--CTTG-CGCT--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCACCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCA
gi|3                          :                  TTATTGAACAGAAA-CC-AAATG--CT-GAAGCCT-------G------------CCTGC------A----A----AC-----------ACGCCCGC------------C----------------C---GCCAGC-TAGACATACCATATCGGCATTCAAAT---AACAAAG-TCT-TT----TTTTA-AAAAACCTGGTTAa
gi|30                         :                       GAATGGAAA-TG-AAAAA--CTAGACACT--------G------------CCCAT------C-------------------------------------------------------------------A-----------------GCCAATCTAAT---AACCATG-TTT-TCAA--CTTT--ATAAACCTGGTTa
gi|31                         :                 GTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CATGACACC--------G------------CCCAT---------------------------------CTGC------------C----------------C---ACTGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---GACCAGG-
gi|32                         :                                               tCGCC--------G------------CCCAT------C----T----GC-----------CCGCCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTGAAAAAACCTGG
gi|33                         :                             AAA-CG-AAAAA--CTTGACGCT--------G------------CCCAC------C----T----GC-----------C-----------------------------------------------------------------AATCTAAT---AACCAGG-TGT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|34                         :                                                                                               C-----------CCATCCGC------------C----------------G---GCCAAC-T------------TCGCCAATCTAATAACAACCAGG-GTT-TCAA--CTTTGAAAAAACCTGG
gi|35                         :                aGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCG--------G------------CCCAT------C----
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                 TT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAtatttcaactttgaaaaacctggttaa
gi|36                         : gttattgaacggaaacgaaaaacttgacgcggcccatcta--CTTGAGGCC--------G------------CGCAT------CTGCAC----GC-----------CCATCCAC------------C----------------C---GCCTAC-T------------TCGCCAATTTAAT---AACa
gi|37                         :                                                                                                                                                     CCGAC-T------------TCCCAAATCTAAT---AACCAGG-TTTATCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAaaaaacctg
gi|38                         :              tTAGTTATTGAACGGAAAATG-AAAAA--CTTGATGTC--------G------------CCCAT------C----C----AC-----------CCTCCCGC------------C----------------a
gi|39                         :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CC
gi|4                          :                 GTGATTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCATGCCCAAC----C----GC-----------CTGTCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--TTTTG-AAAAACCTGGTTAt
gi|40                         :                                                                                                                                                                                             GG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAa
gi|5                          :              CTAGTTATTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGAAGCC--------G------------CCCAT------C----CACCAGC-----------CCGCCCGC------------C----------------T---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTTAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAaaaataaca
gi|6                          :                                   -AAAAA--TTTGACGCT--------GACCATCCGCCTACCCAT------C----C----GC-----------TCGCCCGCTTGCCTGCCTGCC----------------C---GCCAAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AATCAGG-TGTATTAA--TTTTG-AAAAATCTAGT
gi|7                          :              CTAGTTATTGAATGGAAA-CG-AAAAA--CTCGACGCC--------G------------TCCAT------C----A----GA-----------CCGCCTGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|8                          :             tCTAGTTATTGAAGGGAAA-CG-AAAAA--CTTGATGCT--------G------------CACAT------C----C----GC-----------CCACT---------------------------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|9                          :                     tTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------C----A----GC-----------TCGACCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGA-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                   111111111111111111111111111111111                                                                         
lowQualScore                  :                                1  1     11         55555555 555555555555     7777777777777777  55555555555 1   1  888888888888888888888888888888888  0   1 555555555555             111       1   2    11     2             
lowQualScore                  :                                .  .     ..         ........ ............     ................  ........... .   .  .................................  .   . ............             ...       .   .    ..     .             
lowQualScore                  :                                3  3     55         00000000 555555555555     0000000000000000  33333333333 2   0  444444444444444444444444444444444  4   1 777777777777             999       2   4    77     4             
consensus                     :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
Reference ( family-2802 )     :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|1                          :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CGCAAAAA--CTTGAGGCC--------A------------CGCAT------C----C----GCCTGTACTCCATCTGCCTGC------------CGATACATCTGGCCGCCC---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTTAT---AACCAGG-TTT-T
gi|10                         :              ttAGTCATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGAAGCC--------G------------TCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCATG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGG
gi|11                         :                     TTGAAAGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACTTC--------G------------CCCAT------C----C----GT-----------CAGCCTGC------------C----------------T---GCTGAC-T------------TTGCCAATCT-AT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-TAAAACCTGGT
gi|12                         :                     TTGAAAGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACTTC--------G------------CCCAT------C----C----GT-----------CAGCCTGC------------C----------------T---GCTGAC-T------------TTGCCAATCT-AT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-TAAAACCTGGT
gi|13                         :                 GTTATTGAACAGAAA-CA-AAAAA--CTTGGCGCT--------G------------TCCAT------T----C----GC-----------CTGCC-G----------------------------------GTCAAA-T------------TTGCCAATCTAAT---AACTAGG-TTT-TCAA--CTCCG--AAAACCTGG
gi|14                         :                AGTTATTGAACGGAAA-CA-AAAAAAATTTGACGCT--------G------------CCCTTCCCA--C----C----GC-----------CTGCCCGT------------C----------------C---GAGGACAT------------TCGCCAATCTAAT---AAC----------CAA--CTTTG-AAAA
gi|15                         :                 GTTATTGGACGGAAA-CA-AAAAA--TTTGACGCC--------G------------CCAAT-----------------------------CCGACCGC------------C----------------T---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTATT---AACCAGGTTTT-TCAAAGTTTTT-AAA
gi|16                         :                      TGAACGGAAA-TT-AAAAA--CTTGACGCT--------G------------CCCAT------C----C----GC---------------CCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGA-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|17                         :                  TTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGA-GCT--------G------------CCCAT------C----T----GC-----------CCACCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAAG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACC
gi|18                         :                       GAACGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCG---GC------------C--------------------GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGG
gi|19                         :                       GAACAGAAA-CG-AAAAA--TTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CTGCC---------------------------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|2                          :                 GTTATTGAACGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACGCCGCCCATCTG------------CCCAT------C----C----GC-----------CTGCTCGC------------C----------------CCCTGCCGAA-T------------TCGCAAA-CTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--ATTTG-AAAAATCTGGTTA
gi|20                         :                              AA-CA-ATAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----A----GA-----------CTGCCCGC------------C----------------T---GCCCAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCAGG
gi|21                         :               TGGTTATTGAGCAGAAA-CG-GG-------------------------------------CAT------C----C----GT-----------CCGCCCGC------------C-----------------------AAC-T------------TGGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTT
gi|22                         :                                      AAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------C----A----GC-----------CCACCCAC------------C-----------------------GAG-T------------TCACCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTC-AAAAACCTGGTTA
gi|23                         :                                     AAAA--CTTGATGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-------------------------------C----------------C---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---TACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAac
gi|24                         :                                      AAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------C----C----GC-----------CAGCTCGC------------T-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TTAA--CTTTG-AAAAACCTGGTa
gi|25                         :                                -CG-AAAAA--CTTGAAGCC--------A------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCT---------------------------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAT--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|26                         :                                     AAAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------CAGCCC----GC-----------CTGCCTGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---AACCAAG-TTT-TCAA--CTTTG-
gi|27                         :                            GAAA-CG-AAAAA--CTTGACGGT--------G------------CCCAT---------------------------------CCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAG--CTTTG-AAAAAC
gi|28                         :               TAGTTATTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCAAT------T----C----G--------------G-CCGC------------C----------------C---GCCAAC-T------------TCGCCAATCTTAT---AACCAG
gi|29                         :               TAGTTATTGAAGGGAAA-CG-AAAAA--CTTG-CGCT--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCACCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCA
gi|3                          :                  TTATTGAACAGAAA-CC-AAATG--CT-GAAGCCT-------G------------CCTGC------A----A----AC-----------ACGCCCGC------------C----------------C---GCCAGC-TAGACATACCATATCGGCATTCAAAT---AACAAAG-TCT-TT----TTTTA-AAAAACCTGGTTAa
gi|30                         :                       GAATGGAAA-TG-AAAAA--CTAGACACT--------G------------CCCAT------C-------------------------------------------------------------------A-----------------GCCAATCTAAT---AACCATG-TTT-TCAA--CTTT--ATAAACCTGGTTa
gi|31                         :                 GTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CATGACACC--------G------------CCCAT---------------------------------CTGC------------C----------------C---ACTGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---GACCAGG-
gi|32                         :                                               tCGCC--------G------------CCCAT------C----T----GC-----------CCGCCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTGAAAAAACCTGG
gi|33                         :                             AAA-CG-AAAAA--CTTGACGCT--------G------------CCCAC------C----T----GC-----------C-----------------------------------------------------------------AATCTAAT---AACCAGG-TGT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|34                         :                                                                                               C-----------CCATCCGC------------C----------------G---GCCAAC-T------------TCGCCAATCTAATAACAACCAGG-GTT-TCAA--CTTTGAAAAAACCTGG
gi|35                         :                aGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCG--------G------------CCCAT------C----
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                 TT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAtatttcaactttgaaaaacctggttaa
gi|36                         : gttattgaacggaaacgaaaaacttgacgcggcccatcta--CTTGAGGCC--------G------------CGCAT------CTGCAC----GC-----------CCATCCAC------------C----------------C---GCCTAC-T------------TCGCCAATTTAAT---AACa
gi|37                         :                                                                                                                                                     CCGAC-T------------TCCCAAATCTAAT---AACCAGG-TTTATCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAaaaaacctg
gi|38                         :              tTAGTTATTGAACGGAAAATG-AAAAA--CTTGATGTC--------G------------CCCAT------C----C----AC-----------CCTCCCGC------------C----------------a
gi|39                         :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CC
gi|4                          :                 GTGATTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCATGCCCAAC----C----GC-----------CTGTCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--TTTTG-AAAAACCTGGTTAt
gi|40                         :                                                                                                                                                                                             GG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAa
gi|5                          :              CTAGTTATTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGAAGCC--------G------------CCCAT------C----CACCAGC-----------CCGCCCGC------------C----------------T---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTTAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAaaaataaca
gi|6                          :                                   -AAAAA--TTTGACGCT--------GACCATCCGCCTACCCAT------C----C----GC-----------TCGCCCGCTTGCCTGCCTGCC----------------C---GCCAAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AATCAGG-TGTATTAA--TTTTG-AAAAATCTAGT
gi|7                          :              CTAGTTATTGAATGGAAA-CG-AAAAA--CTCGACGCC--------G------------TCCAT------C----A----GA-----------CCGCCTGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|8                          :             tCTAGTTATTGAAGGGAAA-CG-AAAAA--CTTGATGCT--------G------------CACAT------C----C----GC-----------CCACT---------------------------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|9                          :                     tTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------C----A----GC-----------TCGACCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGA-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTT


blockSeqs                     :                                A  .     AA         GCCCATCT ACCATCCGCCTA     GCCCAACC          .           C   C  TTGCCTGCCTGCCC                         A AGACATACCATA             AAC       T   A    AG     A
blockSeqs                     :                                .  .     .          T        .                CCCACC            .           A   T  CCCCT                                  . .                        .         .   A    .      A
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CAGCCC            .           A   T  CT                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CTGCAC            .           T   C  CT                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CCACCA            .           T   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   C  CT                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   C  CT                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                TC                .           T   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           T   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CT                .           T   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   T  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           A   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CA                .           C   C  CG                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           T   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CA                .           C   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   T  CT                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   C  CC                                     . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                TC                .           C   C  C                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   C  C                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                AA                .           T   C  C                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CT                .           C   C  C                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CT                .           C   C  C                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   T  T                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           C   C  C                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CA                .           C   .  C                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                .  .     .          .        .                CC                .           .   .  .                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                   .     .          .        .                CA                .           .   .  .                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                         .          .        .                C                 .           .   .  .                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                         .          .        .                .                 .           .   .  .                                      . .                        .         .   .    .      .
blockSeqs                     :                                         .          .        .                .                 .           .   .  .                                      . .                        .         .   .            
blockSeqs                     :                                         .          .        .                .                 .           .   .  .                                      . .                        .                          
blockSeqs                     :                                         .          .        .                                  .           .   .                                         . .                        .                          
blockSeqs                     :                                                    .        .                                                                                                                                                  


blockSeqCons                  :                                                                                                ***********        CC*******************************
originalCons                  :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
finalCons                     :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCGCCC-------------------------------GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA





Alignments
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lowQualScore                  :                                1  1     11         55555555 555555555555     7777777777777777  55555555555 1   1  888888888888888888888888888888888  0   1 555555555555             111       1   2    11     2             
lowQualScore                  :                                .  .     ..         ........ ............     ................  ........... .   .  .................................  .   . ............             ...       .   .    ..     .             
lowQualScore                  :                                3  3     55         00000000 555555555555     0000000000000000  33333333333 2   0  444444444444444444444444444444444  4   1 777777777777             999       2   4    77     4             
consensus                     :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
Reference ( family-2802 )     :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|1                          :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CGCAAAAA--CTTGAGGCC--------A------------CGCAT------C----C----GCCTGTACTCCATCTGCCTGC------------CGATACATCTGGCCGCCC---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTTAT---AACCAGG-TTT-T
gi|10                         :              ttAGTCATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGAAGCC--------G------------TCCAT------C----C----GC-----------CCGCCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCATG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGG
gi|11                         :                     TTGAAAGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACTTC--------G------------CCCAT------C----C----GT-----------CAGCCTGC------------C----------------T---GCTGAC-T------------TTGCCAATCT-AT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-TAAAACCTGGT
gi|12                         :                     TTGAAAGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACTTC--------G------------CCCAT------C----C----GT-----------CAGCCTGC------------C----------------T---GCTGAC-T------------TTGCCAATCT-AT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-TAAAACCTGGT
gi|13                         :                 GTTATTGAACAGAAA-CA-AAAAA--CTTGGCGCT--------G------------TCCAT------T----C----GC-----------CTGCC-G----------------------------------GTCAAA-T------------TTGCCAATCTAAT---AACTAGG-TTT-TCAA--CTCCG--AAAACCTGG
gi|14                         :                AGTTATTGAACGGAAA-CA-AAAAAAATTTGACGCT--------G------------CCCTTCCCA--C----C----GC-----------CTGCCCGT------------C----------------C---GAGGACAT------------TCGCCAATCTAAT---AAC----------CAA--CTTTG-AAAA
gi|15                         :                 GTTATTGGACGGAAA-CA-AAAAA--TTTGACGCC--------G------------CCAAT-----------------------------CCGACCGC------------C----------------T---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTATT---AACCAGGTTTT-TCAAAGTTTTT-AAA
gi|16                         :                      TGAACGGAAA-TT-AAAAA--CTTGACGCT--------G------------CCCAT------C----C----GC---------------CCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGA-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|17                         :                  TTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGA-GCT--------G------------CCCAT------C----T----GC-----------CCACCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAAG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACC
gi|18                         :                       GAACGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCG---GC------------C--------------------GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGG
gi|19                         :                       GAACAGAAA-CG-AAAAA--TTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CTGCC---------------------------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|2                          :                 GTTATTGAACGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACGCCGCCCATCTG------------CCCAT------C----C----GC-----------CTGCTCGC------------C----------------CCCTGCCGAA-T------------TCGCAAA-CTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--ATTTG-AAAAATCTGGTTA
gi|20                         :                              AA-CA-ATAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCAT------C----A----GA-----------CTGCCCGC------------C----------------T---GCCCAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCAGG
gi|21                         :               TGGTTATTGAGCAGAAA-CG-GG-------------------------------------CAT------C----C----GT-----------CCGCCCGC------------C-----------------------AAC-T------------TGGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTT
gi|22                         :                                      AAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------C----A----GC-----------CCACCCAC------------C-----------------------GAG-T------------TCACCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTC-AAAAACCTGGTTA
gi|23                         :                                     AAAA--CTTGATGCC--------G------------CCCAT------C----C----GC-------------------------------C----------------C---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---TACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAac
gi|24                         :                                      AAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------C----C----GC-----------CAGCTCGC------------T-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TTAA--CTTTG-AAAAACCTGGTa
gi|25                         :                                -CG-AAAAA--CTTGAAGCC--------A------------CCCAT------C----C----GC-----------CCGCT---------------------------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAT--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|26                         :                                     AAAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------CAGCCC----GC-----------CTGCCTGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---AACCAAG-TTT-TCAA--CTTTG-
gi|27                         :                            GAAA-CG-AAAAA--CTTGACGGT--------G------------CCCAT---------------------------------CCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAG--CTTTG-AAAAAC
gi|28                         :               TAGTTATTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCAAT------T----C----G--------------G-CCGC------------C----------------C---GCCAAC-T------------TCGCCAATCTTAT---AACCAG
gi|29                         :               TAGTTATTGAAGGGAAA-CG-AAAAA--CTTG-CGCT--------G------------CCCAT------C----C----GC-----------CCACCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCA
gi|3                          :                  TTATTGAACAGAAA-CC-AAATG--CT-GAAGCCT-------G------------CCTGC------A----A----AC-----------ACGCCCGC------------C----------------C---GCCAGC-TAGACATACCATATCGGCATTCAAAT---AACAAAG-TCT-TT----TTTTA-AAAAACCTGGTTAa
gi|30                         :                       GAATGGAAA-TG-AAAAA--CTAGACACT--------G------------CCCAT------C-------------------------------------------------------------------A-----------------GCCAATCTAAT---AACCATG-TTT-TCAA--CTTT--ATAAACCTGGTTa
gi|31                         :                 GTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CATGACACC--------G------------CCCAT---------------------------------CTGC------------C----------------C---ACTGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---GACCAGG-
gi|32                         :                                               tCGCC--------G------------CCCAT------C----T----GC-----------CCGCCCAC------------C-----------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTGAAAAAACCTGG
gi|33                         :                             AAA-CG-AAAAA--CTTGACGCT--------G------------CCCAC------C----T----GC-----------C-----------------------------------------------------------------AATCTAAT---AACCAGG-TGT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|34                         :                                                                                               C-----------CCATCCGC------------C----------------G---GCCAAC-T------------TCGCCAATCTAATAACAACCAGG-GTT-TCAA--CTTTGAAAAAACCTGG
gi|35                         :                aGTTATTGAACGGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCG--------G------------CCCAT------C----
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                 TT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAtatttcaactttgaaaaacctggttaa
gi|36                         : gttattgaacggaaacgaaaaacttgacgcggcccatcta--CTTGAGGCC--------G------------CGCAT------CTGCAC----GC-----------CCATCCAC------------C----------------C---GCCTAC-T------------TCGCCAATTTAAT---AACa
gi|37                         :                                                                                                                                                     CCGAC-T------------TCCCAAATCTAAT---AACCAGG-TTTATCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAaaaaacctg
gi|38                         :              tTAGTTATTGAACGGAAAATG-AAAAA--CTTGATGTC--------G------------CCCAT------C----C----AC-----------CCTCCCGC------------C----------------a
gi|39                         :              CTAGTTATTGAACGGAAA-CA-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CC
gi|4                          :                 GTGATTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------G------------CCCATGCCCAAC----C----GC-----------CTGTCCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--TTTTG-AAAAACCTGGTTAt
gi|40                         :                                                                                                                                                                                             GG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAa
gi|5                          :              CTAGTTATTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGAAGCC--------G------------CCCAT------C----CACCAGC-----------CCGCCCGC------------C----------------T---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTTAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTAaaaataaca
gi|6                          :                                   -AAAAA--TTTGACGCT--------GACCATCCGCCTACCCAT------C----C----GC-----------TCGCCCGCTTGCCTGCCTGCC----------------C---GCCAAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AATCAGG-TGTATTAA--TTTTG-AAAAATCTAGT
gi|7                          :              CTAGTTATTGAATGGAAA-CG-AAAAA--CTCGACGCC--------G------------TCCAT------C----A----GA-----------CCGCCTGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TTGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGT
gi|8                          :             tCTAGTTATTGAAGGGAAA-CG-AAAAA--CTTGATGCT--------G------------CACAT------C----C----GC-----------CCACT---------------------------------------GAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGG-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTTA
gi|9                          :                     tTGAACAGAAA-CG-AAAAA--CTTGACGCC--------A------------CCCAT------C----A----GC-----------TCGACCGC------------C----------------C---GCCGAC-T------------TCGCCAATCTAAT---AACCAGA-TTT-TCAA--CTTTG-AAAAACCTGGTT