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Reference ( gi|2 ) : AAGATATTGATATAGTTTTGGGCAACAAAAATATCGATTATGTTATTAATAATATACTGTTTTCTGGAAAGTATTTTATATTTAAACAAAGATTAAAAGATTCAGAGCCTGAGATAATACAGTTCAAAA---CTTGCATTAGGACACAAAACAACATAGGAAGATGTATCGCTCAGAAAAACTTAGAAGTACAAAAATTCGGAAACATGTGGACTCA-TATATAAGCATTCTAGATTGATGTAAACACTTAAACATATTAAACATACCATAGTATAAGTCTATAGGTGTATATATATATATATTATATATATATGTGTGTGTGTATGTTTACAGATGTTTACAGATGTACACAATTGTTATATGATGTATATATATATAATATAACTTTATGTTCCA-TAA-GTTT-TTATGAAAACCATA----------T-----GTTT--G---TATACATGTATGTGAAAACCTAT---------ATGGTGCATTCTATTTTT----GCGTTTCATGTTTT-TACAACATCGATTTTT-T---ATTA-ATTTCATAGACAGTAAATTAAA------T----ATA--------TATATATATAT--------------T-------T-------------------ACC-GAAGAGCTAAGGCATGATTCTTTCAAACATTTTTGCTTTCATAAAATACCCAGAGTTGA-CATAGA-A-T-AAATATTTTCATCT--ACAAAAATCAACTC--A-CTTTTGTAGA-GACAA-TTTTCATTTTTATGC---T---TTTTG---ATGTATT--ATGAAGG-T-TT--C---------TAT-TGCATTAGA-TT-T-GATAATTCCA---------TTGT---------TAAA---------TG---T-AAACAGCA-ACATA-----ATCAGAAGA--CGAATTATAAA----------CAAAAAGGGTTAAGAATA---TT-TT--TAGATTTTGATATTCTTA-ACTGTATGTT------------TT--T--TTGTTT-TTGT--TG---T-TGTTGTTCATTTTTCTTT----T-----TTCTT-TTAAC--TTTC----TCA------AAC----ACGAA-AA---A-A--------A----CACTCAAAACATTGATTTGCTGCCTCCAAA------ATT-GACAC---CAAC-TTA-ATA--GCACC--ATATGGTAAA-ATCCAATGTTATTCACTAT----TCAAATAATATAA-TT--AAAATTAGATATTATCTGTAG--AAAATAA--TC-TGTT---ATT--TATA---TATGTAAATACTATACATGTTGTTAATTG-----AAATTGTATTAGCATATTGTAAAAGCTCATGTATAGGAGAATGAAAATAAAAAAGAT
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gi|11 : tgtatagcattgtattaaaataaatttattataactactatagatttttttttgtgtgtattcatgtatgtggaaatctatatggtgcattctattttttgcgtttcatgtttatacaacatcgttttttattaatttcagaggcagtaagtcaaatatatacatttttttttttcagaagatctaaggcatgattctttcaagcatttttgCCTTAATAAAACATCAAAAA---G-CATAAA-AAT-GAAAATTGTC-TCT--ACAAAAGTGAGTTC--A-TTTTTGTAGA-TGTAA-ATATAAATTTTATGT---CAA-CTCTG---G-GTATTTAATGAAAG-tttcatagtgaattaaatttgacaattccattgttaaatgtaaacagcaacataaccagaagacgaattataaaaaaaaaagataaaaaaaggtcaagaatattttttagatttttctttccttaactgtatgttatagtgcgtttttcttttttttttttttttttttcttttaactttctaattattaaggagaaaaaaacacactcaaaatacttatttgctacctccaaaattgacactaacttaatagcaccatatggtaaaatccaatgttattcgctattcaaataatataattaaataagatattatctgtagaaaaataatctgttatttatatatgtaaatattatacatcttgttaactgaaattgtactagtatattgtaatatctcatgtattggagaatgaaaataaaaaattac
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gi|10 : ccaacaaaagatataaaatggcaacatattgatatagttttgggcaacaaaaaaatcgatgatgttattaatgatatactgttttctgcaaagtattatatatttaaacaaagattaaaagattcagagactgagctaacacagttcaaaaaaacacattaggacacaatataacataggaagatgtatcgctcagaaaaacttagtagtacaacaatttgaaaacatgtggactcaatatatgaacattctagattgatgtaaacacttaaacataatcaacataccataatataagtatataggtctatgcatatatatattatatatgtatgtgtatgtttacagatgtacacatttgttacatgatatatataatacaacttcatgttccatacgattttatgaaaaccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaagatttaattgtattaaaatttattataactactattgatttttttcccaagtattgacaagaaatgatatttatccttttatagataacaatagatataaagacaaatttgtgcagaacgttttcatgaatcatttaaaacagttcgcaatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacatgtatgtgaaaacccatagggtgcattctattttttgcgtttcattttttacaacatcgatttttattaatgtcatgggcagtaaataaaaaatatatatatattacagaagatctaaggcatgattcttacaagtatttttg--A-CTTCTGTGGA-GACGA-TTTTTAATTCTATGC---T---TTTTGTGTGTGTATT--ATGAGGG-TGTC--C---------CGG-TGAATTATA-TT-T-GACAATTCCAAAGTTAAAATTTC---------TAAA---------TG---T-AAATAGCA-ACCTT-----ATCAGAAAATCCAAAAAAAAAA----------TAAAAGAA---ACAAATA---TT-TT--T----TTT----TTCT----CTGT---TC------------TT--T--TAGT-----------------GT-GTGC-TTTTTCTAT----T-----TTATTCTTAAT--TACT----TTA------GAG----ATAAA-AACA-ACA--------A----CACT-GAAACATTGATTTGCTGCCTCCAAT------ATT-GACAC---TAACAGTATATA--GAACC--ATATGTGAAC-ATCCAATGTTATACATTAT----TTAGATAATATAA-TCCAAAAATTA--TATTATCTGTAGAAAAAATAATGTT-TGTT---ACC--TCTA-------TGAACGCTATACAGGTT-TTAGTAGTCTATAAA-TGTCTCATTATA-TGTACAATTTCATatgctttttgatgtctagtgaattagatttgataaatccattgttaaatgtaaacagcaacataatcagaagacgaattataaaaaaaaggtcaagaatatttttttagattttgctattcttaacggcatgttgttgtgttgtcgtttttttttttgttgttgttttcttttgttttttcttttaactttctaattatttaagagaaaaaaaacaacacacactcaaaacattgatttgttgccgccaaaattaatagcaccatatggtaaaatctaatgttattccctattcaaaaaatataagatattgtctgtagagaataatctgttatttatataggttaatactatacatgttgttaattgaaattgtattagcattttgtaatatgtcgtgtattggagaatgaaaataaaaaa
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Reference ( family-2793 ) : AACATATTGATATAGTTTTGGGCAACAAAAAAATCGATGATGTTATTAATGATATACTGTTTTCTGCAAAGTATTATATATTTAAACAAAGATTAAAAGATTCAGAGACTGAGCTAACACAGTTCAAAAAAAC--ACATTAGGACACAATATAACATAGGAAGATGTATCGCTCAGAAAAACTTAGTAGT--ACAACAAT--TTGAAAACATGT---GGACTCAATATATGAACA-TTCTGGATTGNTGTAAACACTTAAACNTANCNAACATACCATAATATAAGTCTATAGGTGTATGTATATATATATTATATATGTATGTGT----------------ATGTTTACAGATGTACACATTTGTTACATGAT---TATATATATAATATAACTTCGTGTTCCA-TAA-GTTT-TTATGAAAACCAT----ATA---------GTT-TG---TATACATGTATGTGAAAACCTAT---------ATGGTGCATTCTATTTTTT---GCGTTTCATGTTTT-TACAACATCGATTTTT-T---ATTA-ATTTCATAGGCAGTAAATTAAA------T----ATA--------TATATATATAT--------------T-------T-------------------A-CNGAAGATCTAAGGCATGATTCTTTCAAGCATTTTTGCTTTCATAAAATACCCAGAGTTGA-CATAGAATAAATATTTNCATCT--ACAAAAATGAATTC--A-CTTTTGTAGAGACGATTTTT-ANTTTTATGC-TTTTTG---GTGTATTATGAAGG-T-TT--C-TAN-TGAATTANA-TTT-GATAATTCCA---------TTGT---------T---------A-AA--TG-TAAACAGCAACATA-----A----TCAGAAGA--CGAATTATAAACA--AAAAGG----------GTCAAGAATA---TT-TTT--AGATTTTGATATTCTTA-ACTGT-ATGT-T-T--TT---TTG-------TTT--T--T-TTGTTG------T-TGTTCATTTTTCTTT----T-----TTCTT-TTAA---C--TTTCTAA------AANACGAA-AA---A-A--------A----CAC--TCAAAACATTGATTTGCTGCCTCCAAA-ATTGACAC---T---AAC-TTA-ATA--GCACC--ATATGGTAAA-ATCCAATGTTATTCACTAT----TCAAATAATATAA-TTAAAATAAGATATTATCTGTAG--AAAATAA--TC-TGTT---ATT--TATA---TATGTAAATACTATAC-------ATGTTGTTAATTG-----AAATTGTATNAGCATATTGTAATATCTC---ATGTATTGGAGAAT-------GAAAATAAAAAA
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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gi|10 : ccaacaaaagatataaaatggcaacatattgatatagttttgggcaacaaaaaaatcgatgatgttattaatgatatactgttttctgcaaagtattatatatttaaacaaagattaaaagattcagagactgagctaacacagttcaaaaaaacacattaggacacaatataacataggaagatgtatcgctcagaaaaacttagtagtacaacaatttgaaaacatgtggactcaatatatgaacattctagattgatgtaaacacttaaacataatcaacataccataatataagtatataggtctatgcatatatatattatatatgtatgtgtatgtttacagatgtacacatttgttacatgatatatataatacaacttcatgttccatacgattttatgaaaaccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaagatttaattgtattaaaatttattataactactattgatttttttcccaagtattgacaagaaatgatatttatccttttatagataacaatagatataaagacaaatttgtgcagaacgttttcatgaatcatttaaaacagttcgcaatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc--A-CTTCTGTGGAGACGATTTTT-AATTCTATGC-TTTTTGTGTGTGTATTATGAGGGTGT-CCCGGTGAATTATA-TTT-GACAATTCCAAAGTTAAAATTTC---------T---------A-AA--TG-TAAATAGCAACCTT-----A----TCAGAAAATCCAAA--AAAAA----------AAT-AAAAGAAACAA--ATA---TT-TTT----------------TT-----------T-T-T--CT---CTG-------TTC--T--T-TTAGTG------T--GTGC-TTTTTCTAT----T-----TTATTCTTAATTAC--TTT---A------GAGATAAA-AACA-ACA--------A----CACT-GAAACATTGATTTGCTGCCTCCAAT-ATTGACAC---T---AACAGTATATA--GAACC--ATATGTGAAC-ATCCAATGTTATACATTAT----TTAGATAATATAA-TCCAAAAATTATATTATCTGTAGAAAAAATAATGTT-TGTT---ACC--TCTA-------TGAACGCTATAC-------AGGTT-TTAGTAGTCTATAAA-TGTCTCATTATA-TGTACAATTTC---AT
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gi|14 : ataagtctataggtgtatgtatatataaattatatatgaatgtgtatgtttacagatgtacacatttgtatatatataatataacttcatgttccttaattttctatgaaaaccataatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatgtatagattatactatagaattttcccccagaatatcaaaggatacaaagacaaatttgtgcagaatgttttcatgaatcatttaatacagttcAAG----------CA--AAAAGGGTCAAGAATA---TT-TTTTTAGATTTTGATATTCTTA-ACTGT-ATGT-T-G--TT---TT---------TT--T--T-TTGTTG------T-TGTTTATTTTCCTTT----T-----TTCTT-TTAA---C--TTTCTTA------AACACGAA-AAGTCA-C--------T----CACTCAAAACATTGATTTGCTGCCTCAAAA-ACTGACAC---T---AAC-TTA-ATA--GCACC--ATATGGTAAA-ATCCAATGTTATTCACTTT----TCAAATAATATAA-TTAAAATAAAATATTTTCTGTAA--AAAATAA--TC-TGTT---ATCTATATA---TATATAAATACTATAC-------ATGTTGTTAATTG-----AAATTGTATAGGCATATTGTAATATCTC---ATGTATTGGAGAAT-------GAAAATAAAAAA
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gi|9 : caacatggctcgttaatgtatttttactttcatgaaatactcaaattaaaaatattatacatatttatatctgcaacgtcactccaacttttgcagaggttatttttagttttatgctttttggtttctccgtaaattatgtttgatagcaccactgttaaaattgaaaaatgtaaatagcaattttgtcaaaagctttaaaaacgaaaacattttttctctctgttcttttgtttgtgtgtgttgtttttatttgttttgttttttgttgttttgtttgtggtgttttatgggatggtggtggaagggatggTAA--TT-CATT---ATT--TA------AT-TAAATGATATACTTAGAATATGCTACTG-TT-------AGTAGTAT---CATATTGTCATATTTC---ACGTATAGGAGAATGGAATTCGAAAATAAAAAtatcatattgtcatatttcacgtataggagaatggaattcgaaaataaaaataaattaa
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blockSeqs : . . . . . . . . A . G . . C . . . T T AT . TTCCAAGA T TTTGGTTTTGTA GA G . A A C . . A . A . C . A T . . . . . . . . C C TATTTT GACG T T TAGC GGT . . AGATTTTGA AACTGTA . T . T . . . GTTGTTC C T C . TGA G GT C C . AAAAACC T A . T AAA . . . . . A . . . . . . G . . A C . .
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Reference ( family-2793 ) : AANATATTGATATAGTTTTGGGCAACAAAAANATCGATNATGTTATTAATGATATACTGTTTTCTGNAAAGTATTNTATATTTAAACAAAGATTAAAAGATTCAGAGNCTGAGNTAACACAGTTCAAAAAAACTTGCATTAGGACACAANACAACATAGGAAGATGTATCGCTCAGAAAAACTTAGTAGTACAAAA-ATTCG---AAAACATGT---GGACTCAATATATGAACA-TTCTAGATTGATGTAAACACTTAAACATATTAAACATACCATAATATAAGTCTATAGGTGTATGTATATATATATTATATATGTATGTGT----------------ATGTTTACAGATGTACACATTTGTTATATGATGTATATATATA--ATATAACTTCGTGTTCCA-TAA-GTTT-TTATGAAAACCATATAT--------GTTT--G---TA-----TACATGTATGTGA-AAACCTAT---------ATGGTGCAT-TCTATTTTTT---GCGTTTCATGTTTT-TACAACATCGATTTTT-T---ATTA-ATTTCATAGGCAGTAAATTAAA------T----ATA--------TATATATATAT--------------T-------T-------------------A-CAGAAGATCTAAGGCATGATTCTTTCAAGCATTTTTGCTTTCATAAAATACCCAGAGTTGA-CATAGAATANATATTTACATCTACAAAAATNAATTC--A-CTTTTGTAGAGACGATTTTT-ATTTTTATGC-TTTTTG---ATGTATTATGAAGGTTT-CCTAGTGAATTANA-TTT-GATAATTCCA---------TTGT---------T---------A-AA--TG-TAAACAGCAACATA-----A----TCAGAAGA--CGAATTATAAA----------CA--AAAAGGGTCAAGAATA---TT-TTT--AGATTTTGATATTCTTA-ACTGT-ATGT-T-T--TT---TTG-------TTT--T--T-TTGTTG------T-TGTTCATTTTTCTTT----T-----TTCTT-TTAA---C--TTTCTAA------AANACG-------AAAAA-A------A--C-A-CACTC---A-------AAACATTGATTTGCTGCCTCCAAA-ATTGACAC---T---AAC-TTA-ATA--GCACC--ATATGGTAAA-ATCCAATGTTATTCACTAT----TCAAATAATATAA-TTAAAATAAGATATTATCTGTAG--AAAATAA--TC-TGTT---ATT--TATA---TATGTAAATACTATAC-------ATGTTGTTAATTG-----AAATTGTATNAGCATATTGTAATATCTC---ATGTATTGGAGAAT-------GAAAATAAAAAA
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