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lowQualScore                  :          2 3  2                                                444 6  999999        999  2 555      33 2      3                2    55555     22    2                                               1   333                                    666666    77777777                                           
lowQualScore                  :          . .  .                                                ... .  ......        ...  . ...      .. .      .                .    .....     ..    .                                               .   ...                                    ......    ........                                           
lowQualScore                  :          9 3  7                                                111 8  111111        777  4 000      22 4      2                2    66666     99    1                                               8   777                                    111111    66666666                                           
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Reference ( gi|4 )            : ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT---TGTT------CTGTTTAT---TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
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gi|6                          : ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT---T-TT------CTGTTTAT---TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTCTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
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gi|10                         : ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCTTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT---T-TT------CTGTTTAT---TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTCTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|7                          : ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGTCATAGTCCTGAACTCGTCCACATTTT---T-TT------CTGTTTAT---TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACTGTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
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gi|11                         : ATATGTTGT-TTGT-ATGCTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCGTCTTTT---T-TT------CTGTTTAT---CT-T--TTTTTAA--A-TTCTAAATTATATGATTAATTATAAAAA-----TTTTA---TTT-CTTTTAAAACATACCAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATTATATTTCT---TTTATAGAACTGTATTTTGT---TATGTCAAAACAA------ATCT--------AATGAATCTTCGCAACCTTACATAAATGATTATA
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gi|13                         :     GTTGT-TTGT-CTGCTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGACCTGAACTCGTCCGCCTTTT---T--T------CTGTTTATC--TT-T--GTTTT-A--A-TTCTTAATTATATGATTAATTAG-AAAA-----TTTTG--TTTT-CCTTTAAAACATACCAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATTATATTTCT---TTTATAGAACTGTTTTTTGTTGATATGTCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTAAATGTTACT
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Alignments
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lowQualScore                  :            2 0  2                                                88           8888888888  2 444      33 2      1                2    55555     22    2                                               1   333                                    555555    77777777                                           
lowQualScore                  :            . .  .                                                ..           ..........  . ...      .. .      .                .    .....     ..    .                                               .   ...                                    ......    ........                                           
lowQualScore                  :            7 0  5                                                33           9999999999  2 222      11 2      0                1    33333     88    0                                               3   555                                    888888    22222222                                           
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Reference ( family-2775 )     :   ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCGCCTTTT-TTTTCTGTTTAT----------TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAANTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTAATATGTCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
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gi|13                         :      TGTT---T-GT-CTGCTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGACCTGAACTCGTCCGCCTTTT---TTCTGTTTATC---------TT-T--G-TTTTA--A-TTCTTAATTATATGATTAATTAG-AAAA-----TTTTG--TTTT-CCTTTAAAACATACCAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATTATATTTCT---TTTATAGAACTGTTTTTTGTTGATATGTCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTAAATGTTACT
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gi|16                         :                             GGTTCGCTCGACTTAGTCCCGAACTCGTAGGA-TTTT-CTTTCTGTTTATCTC-------TT-T--TTTTTTA--A-TTCTGAATTAAATGATTAATTAT-AAAA------GTTG--TTTTCCTTTTAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAATATTGTATTTCT---TTAATAGAACTGTATTTTGTTGATATGTCAAAACAA------ACCT--------AACGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGATTGTATAAATTAC
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gi|9                          :   ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT--TTTCTGTTTAT----------TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTCTATTTTGTTAATATGTCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT


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gi|11                         :   ATATGTTGT-TTGT-ATGCTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCGTCTTTT--TTTCTGTTTAT----------CT-T--TTTTTAA--A-TTCTAAATTATATGATTAATTATAAAAA-----TTTTA---TTT-CTTTTAAAACATACCAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATTATATTTCT---TTTATAGAACTGTATTTTGT---TATGTCAAAACAA------ATCT--------AATGAATCTTCGCAACCTTACATAAATGATTATA
gi|12                         :   ATATGTT---T-GT-CTGCTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCGCCTTTA-TTTTCTGTTTAT----------CT-T--TTTTTTA--A-TTCTAAATTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTGTG--TTTT-CTTTTAAAACATACCAAGACATAAAACTATCGATGTAAAAATTATATTCCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTGATATGTCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATG-TTGTAAATGTTAaatgcta
gi|13                         :      TGTT---T-GT-CTGCTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGACCTGAACTCGTCCGCCTTTT---TTCTGTTTATC---------TT-T--G-TTTTA--A-TTCTTAATTATATGATTAATTAG-AAAA-----TTTTG--TTTT-CCTTTAAAACATACCAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATTATATTTCT---TTTATAGAACTGTTTTTTGTTGATATGTCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTAAATGTTACT
gi|14                         :            gt-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT--TTTCTGTTTAT----------TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|15                         :   ATATGTTGC-TTGT-CTTTTTCTCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTTGTCCGCCTTTT-TTTTCTGGTTATCT--------TT-T--TTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----CTTTG--TTTT-CCTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCTATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTAATATATCAAAACCA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCATACACAAATGT
gi|16                         :                             GGTTCGCTCGACTTAGTCCCGAACTCGTAGGA-TTTT-CTTTCTGTTTATCTC-------TT-T--TTTTTTA--A-TTCTGAATTAAATGATTAATTAT-AAAA------GTTG--TTTTCCTTTTAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAATATTGTATTTCT---TTAATAGAACTGTATTTTGTTGATATGTCAAAACAA------ACCT--------AACGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGATTGTATAAATTAC
gi|17                         :                                             TCCTGAACTCGTCCGCCTTTT--TTTCTGTTTAT----------CT-T--TTTTTTA--A-TTCTAAATTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTTAAAACATATCAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATTATATTTCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTGATATGTCAAAACTA------ATCG--------AATGAATCTACGCCACCTTACACAAATGATTCTAAATGTTAC
gi|18                         : taATATGTTGCCT-GA-CTGTT-CCTTTGGCTCGAACGCCTTAGTCCTGAACTTGTCCGCCTTTT-CTTTCTGTTTAT----------CT-CGAGTCCTTATTA-TTTTAAATTTTATGATTAATTAT-AAAAGCAACTCTTAATTTTT-CTTTGAAAACTGAACATGATATACAAC
gi|19                         :                                                                                                                 TTA-ATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTTTCCATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTTATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACatgagtatacttatatagtcgatttttag
gi|2                          :    TATGATGC-T-TTTCTGTTTCCCTTTGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCGCCTTTTTTTTTCTGTTTAT----------TT-T--TTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTGTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCTATATTTATAGAACTGTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|20                         :                                                                                                                                               G--TTTT-ATCTTAAAACTTCACGTGA-GTA----TATCAAAGTAAAG---------CT---TTCAAAGAACTGTACTTAGTTAATATGTCAAAATTAATATTGATCTACCAACCAAATGAATCTTCGTCACCATACACGAATGTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                              AATCATATATAT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTGTTATGTCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTTGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                CACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|3                          :   ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCTTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT-TTTTCTGTTTAT----------TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTCTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|4                          :   ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT-TGTTCTGTTTAT----------TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|5                          :   ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT-TTTTCTGTTTAT----------TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTCTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|6                          :   ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT--TTTCTGTTTAT----------TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTCTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|7                          :   ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGTCATAGTCCTGAACTCGTCCACATTTT--TTTCTGTTTAT----------TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTGTATTTTGTTAATATATCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACTGTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT
gi|8                          :   ATATGTTGC-TTGT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCGCCTTTT-CTTTCTGTTTAT----------TTAT--TTTTTTA--A-TTCTAAATTATATGATTAACTAT-AAAA-----GTTTT--TTTT-CTTTTAAAACTGAACAGGACATACAACTATCGATGTAAAA--TATATTTAT---TTTATAGAACTGGATTTTTTTGTTATGACAAAACTA------ACCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTGTGTATAAGTTAC
gi|9                          :   ATATGTTGC-T-GT-CTGTTTCCCTTGGCTCGCTCGCCTTAGTCCTGAACTCGTCCACCTTTT--TTTCTGTTTAT----------TT-T--GTTTTTA--A-TTCTAATTTATATGATTAATTAT-AAAA-----TTTTG--TTTT-CTTTCAAAACTTAACAAGACATACAACTATCGATGTAAAAATCATATATCT---TTTATAGAACTCTATTTTGTTAATATGTCAAAACTA------ATCT--------AATGAATCTTCGCCACCTTACACAAATGTTTGTATAAGTTACT