lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 5555555555 1 11 2222 4444444444444444444 11 111 2222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 1111 11111111111 3333333333333333333333333333333333333333 1111111 11111 1111 111111 555555
lowQualScore : 1 3 8888888888 8 6 8 11 7777 2 7 6666666666666666666 11 555 8888888 2 4 8888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222 5 2222 5 66 2 5 88888888888 9999999999999999999999999999999999999999 4444444 3 11111 5 0 2222 888888 7 2 777777 6
lowQualScore : . . .......... . . . .. .... . . ................... .. ... ....... . . .... ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .... . .... . .. . . ........... ........................................ ....... . ..... . . .... ...... . . ...... .
lowQualScore : 5 7 3333333333 2 0 0 00 2222 8 8 7777777777777777777 00 555 9999999 0 5 4444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 7 7777 0 99 0 2 66666666666 0000000000000000000000000000000000000000 9999999 3 66666 7 1 1111 111111 3 5 555555 0
consensus : NACCNCNAATTAT---ATAC-GCACAAGCCACG-CCT-TT--TCCGGGAG-TGACCTNTGT-GTGAAA--A--T--G--AGG-TCA--GGAAAA-TCACAGAATGGCAGGAAA-AT-TG---TACCTA-TTGA-TATTTTTNATAAAGT-NTNAGGT-TAA-AT--T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-GACATCAGTTTT-ATACA-------AAACGTT-T-TT-TTCATTTCTAATTTTGCATGA-TT-AAACCC---C-----A------A-----T-----TTC-GGTCAT-TTTTCA---CTGCGGATC-TGGCATG--TTTGTA-------AACA------AA--T---GG-NC------------TG----------G-----T-----AG------CT-----T---A--------NTT--TT--TA----TA----A----TT---GCGTNTG--TTT-----------AAA----ATG-ATAGGA-TTTG--ATTGTTTCTTGGATATAA-CNGT-GANATATTGGCAAGT---C--N-ATGTCTAN-AATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCATCAACGATCTACACTG
Reference ( gi|1 ) : AACCTCCAATTAT---TTACTCAACAAGCTACG-CCT-TT--TCCAGAAT-TGGCCTCTGT-GTGAAA--A--T--G--AGG-CCA--AGAAAA-TCCCATAACGGCAGGAAA-AT-TA---CAACTA-TTGATTATTTTTTTTAAAGT-GTCAGCT-TAA-AT--T-----ATT-T-AT--TATAATTA-ATAGTGTCATCAGTTTT-ATACA-------AAACTTT-TCTT-TTCATTTCTAATTTTGCATGA-GT-AAACCC---C-----A------A-----T-----CTT-GGTCAT-TTTACA---CTGCGAATC-TGGCATG--TTTGTA-------AACA------AA--T---GG-CC------------TG----------G-----T-----AG------CT-----T---A--------TTT--TT--TA----TA----A----TT---ATGTCTG--TTT-----------AAA----ATG-ATTGAA-TTTG--ATTGTTTCTTGAATATAG-CAGT-GATATATTGTCAAAT---C--G-ATGTCTAT-AATTTCTACTAGGGGCAGTTAC--TTTCATACAGCAGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCACA------ATCTACATTGA
gi|5 : ACCCCGAATTATAGATTAC---ACAAGCAATGGCCT-TT--TCTGTGAG-TGACCTGTAT-GTATAG--G--T--GTCAAG-TCATTAGGAAA-TGACAGAATGGCAG--AA-TT-TG---TATTTA-TTGA--ATCTTTAAAAAAGT-TTGAGGT-TAA-ATA-TG----ATT-C-AT--T-TGATT---TAA-GACAT-AGTTTTGATACA-------AAACTTT-TTTTATTTATTTCTAATTTATCGTGATGT-AACTGC---C-----ATTGTG-A-----T-----TTC-AAACAT-TTTTTA---CTGCAA-------CATG--TTTATA-------AACA------AA--T---GG-AA------------TG----------G-----T-----AG------AA-----A---A--------ATT--TT---------A----A----CT---GTGT-----TTT-----------AAA-----TG-ATAGGA-TCTG--ATGGTTTCTTGGATATAATCATG-GAT-TATTAGTAAGT---C--
gi|2 : ctaggttgcagCCACTAATTTT---ATACTGTACAAGTCATG-TCT-TTATTCGAGG----GGAAACTGT-A--AAAGTA--T--A--TGG-TGA--GGAAAA-TCATAAAATGGCAG-AAC-ATGTG---TGCCTT-TTGAATGTTT-----AAAGT-ATGAGGC-TAA-AT--G-----AG---------ATGATT-------GT----AGTTGT-ATACATACATGTAAA---T-TGTT-TT-ATTTCTAATTT------------AACCC---A-----A------A-----TGT---CTTCGAT--T-TTTTCA----TGCTGATC-TGGTATGATTTTGTGTTAACCGAACA------AAGGT---GA-TA------------TG----------GGGAAATCCACAAGGA----CT-----T---ACCGAACAGTTT--TT--TG----TA-----------------------TTT-----------AAA----ATG-ACGGAA-TTTG--AT------------ATAA-AAGTTGA-ATATTGGCAAGT---CT-G-A-GTCTAG-AATTGTCA-TAGGGTCTGTTAC--TTGTGTTCAACGGC---A-CATA-GGAAGTATATG----A-Ata
gi|9 : gttacagttaggttacgtgCCAATTAT---AGACAGCATAAGCCACGACCA-TT--TCCAGGAG-TGACCTGAGC-ATGGA------C--G---GG-TCA--GTAAAA-TATCGGAATTGCAGGAAA-AC-TGGGCCAATTAATTAATTAATT-----AAA-----CA-----AG-AT--C-----ATT-TCAT--TA--ATTA-AT---GACATCAGTTTT-ATACA-------AAAGATT-TTTA-TTCA----TAATTTTCCGTGA-TT--AACCC---T-----A------G-----TGAGA-CTTCGGCCAT-TTTTCA---CAGCAGTTC-CAGTATG--TTTGTA-------aaaagtgtaatcgtaaat
gi|3 : cagactgATAAGCCACA-TTT-TT--TTCCGCATGTGACATTAGT-ATAGAA--A--TTGG--AGG-TTAG-AGAAAA-------AATGGCAGGAAA-AG-TA---TACCTG-ATAA--AATTCTGATGAAGCAGAAAGTT-CAATATGGT-----ATTCT-ATCCTATCACTA-A-------AT--GTTTT-ATTGA-------AAACGTTATATT-TTTATTTCTAATTATACATGA-TT-AAACCC---C-----A------A-----TGGGATTTT-GGTAAT-TTTTCA---CGGAGAATC-TGGCGTA--CTTGTG-------AACA------AA--T---GGACT------------TG----------A-----A-----AG-----------------------------------TA----TA----T----TT---CCGTC------------------AAGGGGGACGTATTCCACTTTG--TGTGTGTTTTAAATATTT-CTTT-GAT----TGTT---T---C--G--TGAC-----ATTT-TATTAAG--CCGTTAT--TATTGCACAGTGGC---C-TATG-AG-A----ATG----C-ATTAGCAAACCGCA------Ag
gi|16 : taggttgcggaacactatttttagattgcACAGGTCACG-CTTATT--CCCAGGAA-TGACCTGTGT-TTG--------T--G--AGA-TTA--TCAAAA-TCAGCGAACGGCAGGAAA-cattcaga
gi|7 : aggctgcagacatcactaatcatagatggcCTTTGTAGTGAGA--AGTT--A--AGGGTCA--GGAAAA-TCACAGAACAGCTGGAAATGT-TG---TGCTTA-TTG--TATTTTTCATAAAGC-TTTAGGT-TAA-AT--TAATTGATT-T-AT--T----TTA-TTAGAGACATCGATGAA-AT-CA-------AAAAAT----------ATTTCTAGTTTTGCATTT-AT-AA--CC---C-----ATATGGGA-----T-----TTC-AGCCATATTTG-G---CCGCAAATC-TAACATA--TTTGTA-------TATA------AA--
gi|6 : ggggtgcaaT-GTGAAA------------GG-TCA--GGACAA-TCACAGAATAGCAGAAAA-AC-TG---GAACAA-TTGA--ATCTATAATTAATT-TTCAGGT-TGA-----T-----GAT-T-AA--GATGATTATAT----TCATTGG-----AGACA---------------------TCAA--CTGATTTTTCATGA-TT-TAGCCC---C-----A------ACAAGAT-----TTT-GGCCAT-TTTTCA---CTGCGGATC-TGGCATG--TATGTA-------AACA------GAACT---GA-ACATA---------TGGGGAGAAAATG-----T-----AGGAGGTCCC-----C---A--------CTT--TT-------------------------TGTTTG--TTT-----------TGA----ATG-ATAGCA-TTTG--GTTACTTTTTGGATACAG-CAAC-GGAATATTGGGAAGT---C--A-ATGTCTCT-Aagaattgttagaaatgcaactggaacatccaacatgcaacatttagagtattctgaatgatagaaataggagtttattttggattaagtagttgagaatttgcaagtatatgtatgtacct
gi|4 : aggttacaaaccgctaattataatttatatgagtaaactgtattcagaG-TCA--GGAAAAATTTCAAAATGGGAGGATT-GT-TA---TT-CTA-TTGG--ATTTTTTTCGGAGG-CTTAGCTCTAA-AA--T-----ATTGTGAT--T-TCATTG-ATAATTATATAA--TTT-ATAAA-------TAAAT-----------ATTACTAATTTTGCATAA-AT-AAA-CC---C-----A------G-------------T-GATTAT-TCAGCAATTTTTCGTATC-TAGTATA--TTTGTG-------AACA------AA--C---AG-GT------------TG----------A-----T-----AG------CCAGCAATGGAA--------CTT--GC--T-----TA----G----TC---ACTTTCG--TTTTTGTTATAAGAAAA----ATG-A--AAA-TATGCTGTCGTTTCTTTGATATAA-CTTTAGAT-TACTGGCAGAT---G--T-ATGTATATAAATTTGT-CAAGTGACTGTTACGATT---TACAGCGGCGGAT-TATT-AGGA----ATAGACTA-ATTAAC-AGCAACATCAACGATCTACACTG
gi|11 : A-ATGGTTATATTAATTTA-ATACC-------AAACGCC-GCTT-TTCCCCTC-AATTT-GCATTA-TTTAAACCCAGTC-----AG-----A-----T-----CTC-AATCAT-TATTCA---CTGCGCATC-TGATCTG--TTTGTA-------AACA------AA--T---AG-C
gi|17 : tgagggattagccaaattacagaatggcaatacaattgtgtttattaagattttacaaaaaacagcaatttaaaaaTT-TTCATTTCTAATTTTGCATGA-TT-TATCAC---CAATGGA------A-----T-----ATT-AGCCAT-ATTTTA---TTGTGAATC-TAGTATA--TTTGTA-------AACA------
gi|10 : ttctatATTTCTAATTTTGAATGA---------------------------------------TT------T-TTT-------TGAGAATC-TAGAATA--TTGGTA-------ATCA------AG--TTTTAG-CC------------AG----------A-----------AA------TT-----G---A--------ATT--GGGATA----CA----ACACTTT---GTGTGTA--TTT-----------TAA----ATG-GTGGGA-TTGG--ACTGTTTCTTGGATATAA-CAGT-GTAATATTGGC-AGT---C--T-ATGTCTA--GATTTTTTTAAGGGACTGTTAC--TTTTATACAGAGGT---C-TATG-GGAA----ATC----T-ATTA
gi|8 : tACTTTTAATTTTGCATGT-TT-A--TCA---C-----A------A-----T-----C-------AT-TTTTCA---CTTCGA-TCATAGTATG--TTTGTA-------AACAGAAGCTGA--T---GG-TCAAAACTCCGACATGAA--------G-----T-----AT------CT-----TTAAG--------TTTAGTT--TAAGCCTATTGTA----TTTCGATATGTGTGTTT-----------CAA----AAG-ATAGGA-TTTG--ATTACGGCTTGGATATAA-ATGT-GACATATCAATAAGTATACTAGTATGTATAG-AATTGCT-CTAAGTGCTGATAC--TTTCGTACAACAGT---C-CATGAGGAA----AAG----ATATTTACAtgctgtaaaaccagaaa
gi|13 : CTAATATTGCTTGA-TT-AAACCC---CCGTGAA------A-----T-----ATC-GATCTT-TTTTCA---CTGCAGAGT-AGGCATG--TTCGTA-------GAGA------TA--T---GA-AC------------T-----------G-----T-----AG------AT-----TTC-A--------TTG--TT--T
gi|14 : -----A------A-----T-----TTC-GGTCAT-TTCTCA---GTGAGA-TT-TGGCATG--TCTGTA-------AACA------cttggaaattaccgtgaaatactggtaagtatatgtctagactgctttacgtcactcagcagccatattggaattgaa
gi|18 : catcaattatatatatcatttatccttaatga------A-----T-----TTT-GATCAT-TTTTCA---TTGCTGTTG-TAACATG--TCTGTA-------AACA------caacagacaatacgatgacatctatcaggaatttccaactttttgtgtgttttaa
gi|13 : tttcgtgatttaaccaattgagA-TTTC--ATTGTTTCTTGGAAATTA-CCGT-GAAATACTGGTAAGT---A--T-ATGTCTAG-A----CTGCT--------TTAC---GTCACTCAGCAGC---CATATT-GGAA----TTG----A-A
gi|15 : ctaatattgcttgattaaacccccgtgaaatatcgatcttttttcactgcagagtaggcatgttcgtagagatatgaactgtag-GAGATATTTTAAAGT---A--T-ATGTCTAT-ATTCTTT-CTAGGGGTTGTTAT--ATTTGCATATCTAC---C-TATG-GGAA----ATG----G-ATT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATACATGAATGATCGGACAGCAAATCACAGCTTTACAGGAACATATGCCTAATTGAGTTTTTAACAAAACTTCAGGTTACATTATTCGGATATAGGTTATTCATAAATGTTCATGATTTAGCTCAAATGAGATTTTGTCAATTTCCATCGCGTATCTAGCATGCTTATATACAAA
Unaligned ( gi|19 ): TATTATAGATGACACAAGACACGCCCATTCCAAGGAGTGACTTGCGCACGTACAGTAC
Unaligned ( gi|20 ): TGCTATTTATAGATTGAATAAGCCACGCCCATTTCCAGGAGTGATGATAATGG
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 1 1 222222222222222 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555555555555555555555555555555555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11111111 1111 111111 1111
lowQualScore : 1 1 8 555 5 0 0 5 77 4 4 88 5 4 333333333333333 88 55 3 3 0 3 4 6666 4 44 55 444 1 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 2 2 333 44444444444444444444444444444444444 0 0 3 2 33 8888888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 66 5 7 0000 4 1 4 0 1 11 0 44444444 66 3 0 5 22 777 444 88888 5 0000 444444 3 7777
lowQualScore : . . . ... . . . . .. . . .. . . ............... .. .. . . . . . .... . .. .. ... . . .......................................................................... . . . . . ... ................................... . . . . .. ....... ............................................................................................................................... . .. . . .... . . . . . .. . ........ .. . . . .. ... ... ..... . .... ...... . ....
lowQualScore : 0 0 1 111 0 0 0 0 66 4 4 22 0 1 888888888888888 66 00 6 6 1 6 0 3333 0 55 88 999 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 1 7 7 222 66666666666666666666666666666666666 3 8 8 5 44 1111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 99 0 0 6666 1 9 4 8 0 66 9 99999999 77 6 8 0 88 222 555 99999 0 6666 888888 2 0000
consensus : NACCGCTAATTATAGAC-G-CA-CAAGCCACG-CCT-TT-TCCG-GGA-GTG-ACCTGTGT-GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGT-GC-CTA-TTGA--ATTTTTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACAAA------TGGNC------------TG----------G-----T-----A-------G------CC-----T-------ANTT---T-------T----TA---------TA----A----TT----GTGTGT--GTT-TNA----AATGATAGGAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAACNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
Reference ( family-2753 ) : NACCNCNAATTATATAC-G-CA-CAAGCCACG-CCT-TT-TCCG-GGA-GTG-ACCTNTGT-GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAATGGCAGGAAA-AT-TGT-AC-CTA-TTGAT-ATTTTTNATAAAGTNTNAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACAAA------TGGNC------------TG----------G-----T-----A-------G------CT-----T-------ANTT---T-------T----TA---------TA----A----TT----GCGTNT--GTT-TAA----AATGATAGGAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAACNGTGANATATTGGCAAGT---C---NATGTCTA-NAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCATCAACGATCTACACTG
gi|1 : ACCTCCAATTATTTAC-T-CAACAAGCTACG-CCT-TT-TCCA-GAA-TTG-GCCTCTGT-GTGAAA--A--T--G--A--GG--CCA--A-GAAAA-TCCCATAACGGCAGGAAA-AT-TAC-AA-CTA-TTGATTATTTTTTTTAAAGTGTCAGCT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATAATTA-ATAGTG-TCATCAGTTTT-ATACA-AAACTT---T-TCTT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-G-TAAACCC---C-----A------A-----T-----C------TTGGTCATTTTACACTGCGAATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACAAA------TGGCC------------TG----------G-----T-----A-------G------CT-----T-------ATTT---T-------T----TA---------TA----A----TT----ATGTCT--GTT-TAA----AATGATTGAAT-TTGATTGTTTCTTGAATATAGCAGTGATATATTGTCAAAT---C---GATGTCTA-TAATTTCTACTAGGGGCAGTTAC--TTTCATACAGCAGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCC------ACAATCTACATTG
gi|10 : aATTTCTAATTTTGAATGA-T-T-------------------------------------------------TTTT---TGAGAATC-TAGAATA--TTGGT-------AATCAA---------GTT------------T-----------------T-----A-------G------CC-----AGA-----AATTGAAT-------TGGGATA---------CA----ACACTTT----GTGTGT--ATT-TTA----AATGGTGGGAT-TGGACTGTTTCTTGGATATAACAGTGTAATATTGGC-AGT---C---TATGTCTA-GATTTTTT-TAAGGGACTGTTAC--TTTTATACAGAGGT---C-TATG-GGAA----ATC----T-ATTAa
gi|11 : t--T--G--A--GGGATTA--G-CCAAA-TTACAGAATGGCAATACA-AT-TGT-GT-TTA-TTAAG-ATTTTACAAAAAACAGCAATT-TAAA-----------------AA--AATGGTT---------ATATTAATTTA-ATACC-AAACGC---CGC-TT-T--TCCCCTC-AA-TTTGCATTATT-TAAACCCAGTC-----AG-----A-----T-----C------TCAATCATTATTCACTGCGCATC-TGATCTG--TTTGT-------AAACAAA------TAGtgctgtaaaaccagaaa
gi|12 : A--A--T--G--ATCGG--ACA--G-CAAA--TCACAGCTTTACAGGAAC-AT--AT-GC-CTAATTGA--GTTTTTAACAAAACTTCAGGT-TACAT----T-----ATT-C-G------GAT---ATAG-G----------TT-ATTCATAAATGT---T------------------------CATGA-T-TTAGCTC---A-----A------A-----TGAGA-T------TTTGTCAATTTCCATCGCGTATC-TAGCATG--CTTAT-------ATACAAA------c
gi|13 : atacatgCTAATATTGCTTGA-T-TAAACCC---CCGTGAA------A-----T-----A------TCGATCTTTTTTCACTGCAGAGT-AGGCATG--TTCGT-------AGAGATA------TGAAC------------T-----------G-----T-----A-------G------AT-----T-------
gi|13 : GAT-TTCATTGTTTCTTGGAAATTACCGTGAAATACTGGTAAGT---A---TATGTCTA-GA-------CT----GCT-TTAC---GTCACTCAGCAGC---CATATT-GGAA----TTG----A-Atcattgtttcttggaaattaccgtgaaatactggtaagtatatgtctagactgctttacgtcactcagcagccatattggaattgaa
gi|14 : ctaatattgcttgattaaacccccgtgaaatatcgatcttttttcactgcagagtaggcatgttcgtagagatatgaactgta-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTCTCAGTG-AGATT-TGGCATG--TCTGT-------AAACA
gi|15 : catcaattatatatatcatttatccttaatgaGAGATATTTTAAAGT---A---TATGTCTA-TATTCTTT-CTAGGGGTTGTTAT--ATTTGCATATCTAC---C-TATG-GGAA----ATG----G-ATTcaacagacaatacgatgacatctatcaggaatttccaactttttgtgtgttttaa
gi|16 : ATCACTAATCATAGAT-GGCA-CAGGTCACG-CTTATT-CCCA-GGA-ATG-ACCTGTGT-TTG--------T--G--A--GA--TTA--T-CAAAA-TCAGCGAACGGCAGGAAA-cgtgaataaaacataacataaataac
gi|17 : aggctgcagac-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TTATCAC---C-----A------A-----TGGAA-TA-----TTAGCCATATTTTATTGTGAATC-TAGTATA--TTTGT-------AAACA
gi|18 : ttctaTTTCGTGA-T-TTAACC----------A------A-----T-----TGAGATTTTGATCATTTTTCATTGCTGTTG-TAACATG--TCTGT-------AAACA
gi|19 : ATTATAGAT-GACA-CAAGACACG-CCC-AT-TCCAAGGA-GTG-ACTTGCG
gi|2 : tCCACTAATTTTATACTG-TA-CAAGTCATG-TCT-TTATTCG-AGG-GGA-AACT-----GTAAAAGTA--T--A--T--GG--TGA--G-GAAAA-TCATAAAATGGCA-GAAC-ATGTGT-GC-CTT-TTGA--ATGTT---TAAAGTATGAGGC-TAAAT----G-----A---------GATGATTG------------TAGTTGT-ATACATACATGTAAAT-T-GT-T--TTATTTCTAATTT------------AACCC---A-----A------A-----TGTC--T------TCGAT--TTTTTCA-TGCTGATC-TGGTATGATTTTGTGTTAACCGAACAAAGG----TGATA------------TG----------GGGAAATCCACAA-------GGA----CT-----TACCGAACAGTT---T-------T----T------------------------------TGT--ATT-TAA----AATGACGGAAT-TT------------GATATAAAAGTTGAATATTGGCAAGT---C---TGAGTCTA-GAATTGTC-ATAGGGTCTGTTAC--TTGTGTTCAACGGC---A-CATA-GGAAGTATATG----A-Acacgtacagtac
gi|20 : gttacagttaggttacgtgCTATTTATAGATTG-AA-TAAGCCACG-CCCATT-TCCA-GGA-GTG-Aaaaagtgtaatcgtaaat
gi|3 : tg-G-CA-TAAGCCACA-TTT-TT-TTCC-GCATGTG-ACATTAGT-ATAGAA--A--TTGG--A--GG--TTA--GAGAAAA-------AATGGCAGGAAA-AG-TAT-AC-CTG-ATAAA-ATTCT-GATGAAGCAGAAAGT-TCAATATGGT-----ATTCT-ATCCTATCACTA-A--------AT--GTTTT-ATTGA-AAACGT---TATATT-T--TTATTTCTAATTATACATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----TGGGATT------TTGGTAATTTTTCACGGAGAATC-TGGCGTA--CTTGT-------GAACAAA------TGGACT-----------TG----------A-----A-----A-------G------TA-----T-------ATTT---CCG-----T----CAAGGGGGACGTATTCCACT--TT----GTGTGT--GTT-TTA----AATATT--TCT-TTGATTGTTTCGTGtgataatgg
gi|3 : taggttgcggaacactatttttagattATTTTA-TTAAG--CCGTTAT--TATTGCACAGTGGC---C-TATG-AG-A----ATG----C-ATTAGCAAACCGCAACAacattttattaagccgttattattgcacagtggcctatgagaatgcattagcaaaccgcaacattcaga
gi|4 : taggttgcggaacactatttttagattgcataagccacatttttttccgcatgtgacattagtatagaaattggaggttagagaaaaaatggcaggaaaagtatacctgataaaattctgatgaagcagaaagttcaatatggtattctatcctatcactaaatgttttattgaaaacgttatatttttatttctaattatacatgattaaaccccaatgggattttggtaatttttcacggagaatctggcgtacttgtgaacaaatggacttgaaagtatatttccgtcaagggggacgtattccactttgtgtgtgttttaaatatttctttgattgtttcgtgacG--TCA--G-GAAAAATTTCAAAATGGGAGGA----T-TGTTATTCTA-TTGG--ATTTTTTTCGGAGGCTTAGCTCTAAAA----T-----ATTGTGAT--T-TCATTG-ATAA-TTATATAA--TTT-ATAAATAAAT-----------------ATTACTAATTTTGCATAA-A-TAAACCCAG-T-----G------A-----T-----TAT----TCAGCAATTTTTC-----GTATC-TAGTATA--TTTGT-------GAACAAA------CAGGT------------TG----------A-----T-----A-------G------CCAGCAATGGA----ACTTG--C-------T----TAGT-------CA----C----TT----TCGTTTTTGTTATAAGAAAAATGAAAATATGCTG-TCGTTTCTTTGATATAACTTTAGATTACTGGCAGAT---G---TATGTATATAAATTTGT-CAAGTGACTGTTACGATTT---ACAGCGGCGGAT-TATT-AGGA----ATAGACTA-ATTAAC-AGCAACATCAACGATCTACACTGttcaga
gi|5 : ACCCCGAATTATAGATTA-CA-CAAGCAATGGCCT-TT-TCTG-TGA-GTG-ACCTGTAT-GTATAG--G--T--GTCA--AG--TCATTA-GGAAA-TGACAGAATGGCAG--AA-TT-TGT-AT-TTA-TTGA--ATCTTTAAAAAAGTTTGAGGT-TAAATA---TG----ATT-C-AT--T-TGATT---TAA-G-ACAT-AGTTTTGATACA-AAACTT---T-T-TT-TATTTATTTCTAATTTATCGTGA-TGTAACTGC---C-----ATTGTG-A-----T-----T------TCAAACATTTTTTACTGCAA-------CATG--TTTAT-------AAACAAA------TGGAA------------TG----------G-----T-----A-------G------AA-----A-------AATT---T-------T----------------A----A----CT----G----T--GTT-TTA----AATGATAGGAT-CTGATGGTTTCTTGGATATAATCATGGATTATTAGTAAGT---C---TA
gi|6 : ctaggttgcagT-GTGAAA--------------GG--TCA--G-GACAA-TCACAGAATAGCAGAAAA-AC-TGG-AA-CAA-TTGA--ATCTATAATTAATTTTCAGGT-TGA------T-----GAT-T-AA--GATGATTATAT--------TCA-TTGG-AGACA--------------------TCAA--CTGATTTTTCATGA-T-TTAGCCC---C-----A------ACAAGAT-----T------TTGGCCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TATGT-------AAACAGAAC----TGAACATA---------TGGGGAGAAAATG-----T-----A-------GGAGGTCCC-----C-------ACTT---T-------T----T-----------------------------GTTT--GTT-TTG----AATGATAGCAT-TTGGTTACTTTTTGGATACAGCAACGGAATATTGGGAAGT---C---AATGTCT
gi|7 : aggttacaaaccgctaattataatttatatgagtaaactgtattcaga-GGG-GTGCAACTTTGTAGTGAGA--AGTT--A--A--GGG-TCA--G-GAAAA-TCACAGAACAGCTGGAAATGT-TGT-GC-TTA-TTG-T-ATTTTTCATAAAGCTTTAGGT-TAAAT----TAATTGATT-T-AT--T----TTA-TTAGAG-ACATCGATGAA-AT-CA-AAAAAT---------------ATTTCTAGTTTTGCAT---T-TATAACC---C-----ATATGGGA-----T-----T------TCAGCCATATTTGGCCGCAAATC-TAACATA--TTTGT-------ATATAAA------AGAAT------------TG----------T-----T-----A-------G------cta
gi|8 : ACTTTTAATTTTGCATGT-T-TA--TCA---C-----A------A-----T-----------------CATTTTTCACTTCG-ATCATAGTATG--TTTGT-------AAACAGAAGCTGATGGTCAAAACTCCGACATGAA--------G-----T-----ATCTTTAAG------TT-----T-------AGTT---TAAGCCTAT----TG---------TA----T----TTCGATATGTGT--GTT-TCA----AAAGATAGGAT-TTGATTACGGCTTGGATATAAATGTGACATATCAATAAGTATACTAGTATGTATA-GAATTGCT-CTAAGTGCTGATAC--TTTCGTACAACAGT---C-CATGAGGAA----AAG----ATATTTACAaaatgcaactggaacatccaacatgcaacatttagagtattctgaatgatagaaataggagtttattttggattaagtagttgagaatttgcaagtatatgtatgtacct
gi|9 : ACTGCCAATTATAGACAG-CA-TAAGCCACGACCA-TT-TCCA-GGA-GTG-ACCTGAGC-ATGGA------C--G-----GG--TCA--G-TAAAA-TATCGGAATTGCAGGAAA-AC-TGG-GC-CAA-TTAAT------TAATTAA---TTAAAC-AAGAT----C-----ATT-TCAT--TA--ATTA-AT---G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAAGAT---T-T-TTAT--TCAT----AATTTTCCGTGA-T-TAA-CCC---T-----A------G-----TGAGACT------TCGGCCATTTTTCACAGCAGTTC-CAGTATG--TTTGT-------A
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333 1 1 33333333333333333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555555555555555555555555555555555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222 1111111 1111 111111 222222
lowQualScore : 4 000 5 0 0 5 77 4 4 44444444444444444444444444 88 55 3 3 0 1 6666 55 4 99 4 2 444 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 2 2 333 44444444444444444444444444444444444 0 0 11 2 33 8888888 777777 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 000000000 66 4 1 9999 2 66 4 444 4444444 5 3 0 5 22 777 444 88888 5 0000 444444 3 888888
lowQualScore : . ... . . . . .. . . .......................... .. .. . . . . .... .. . .. . . ... . .......................................................................... . . . . . ... ................................... . . .. . .. ....... ...... .. ............................................................................................... .. ......... .. . . .... . .. . ... ....... . . . . .. ... ... ..... . .... ...... . ......
lowQualScore : 0 111 0 0 0 0 66 0 0 66666666666666666666666666 66 00 6 6 1 6 4444 55 0 55 0 4 999 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 1 7 7 222 66666666666666666666666666666666666 3 8 99 5 44 1111111 777777 22 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 000000000 11 4 0 4444 7 33 0 666 0000000 7 6 8 0 88 222 555 99999 0 6666 888888 2 222222
consensus : NACCGCTAATTATAGATTG-CA-CAAGCCACG-CCT-TT-TCCG-GGA-GTG-ACCTGTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------AA--TGGNC------------TG----------GT--AG------CC-----T---A-----NTT---T--T----T---A---------CA-----A----TT--GTGT--------GTGT--T-TTA----AATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
Reference ( family-2753 ) : NACCGCTAATTATAGAC-G-CA-CAAGCCACG-CCT-TT-TCCG-GGA-GTG-ACCTGTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------AA--TGGNC------------TG----------GT--AG------CC-----T---A-----NTT---T--T----T---A---------TA-----A----TT--GTGT--------GTGT--T-TNA----AATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
gi|1 : ACCTCCAATTATTTAC-T-CAACAAGCTACG-CCT-TT-TCCA-GAA-TTG-GCCTCTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--CCA--A-GAAAA-TCCCATAACGGCAGGAAA-AT-TACA--ACT-ATTGATTATTT-TTTTTAAAGTGTCAGCT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATAATTA-ATAGTG-TCATCAGTTTT-ATACA-AAACTT---T-TCTT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-G-TAAACCC---C-----A------A-----T-----C------TTGGTCATTTTACACTGCGAATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------AA--TGGCC------------TG----------GT--AG------CT-----T---A-----TTT---T--T----T---A---------TA-----A----TT--ATGT--------CTGT--T-TAA----AATGATTG-AAT-TTGATTGTTTCTTGAATATAG-CAGTGATATATTGTCAAAT---C---GATGTCTA-TAATTTCTACTAGGGGCAGTTAC--TTTCATACAGCAGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCC------ACAATCTACATTG
gi|10 : aATTTCTAATTTTGAATGA-T-T-------------------------------------------------TTTT---TGAGAATC-TAGAATA--TTGGT-------AATCA------A-----GTT------------T------------T--AG------CC-----AGA-A-----ATTGAAT--TGGGAT---A---------CA-----ACACTTT--GTGT--------GTAT--T-TTA----AATGGTGG-GAT-TGGACTGTTTCTTGGATATAA-CAGTGTAATATTGGC-AGT---C---TATGTCTA-GATTTTTT-TAAGGGACTGTTAC--TTTTATACAGAGGT---C-TATG-GGAA----ATC----T-ATTAa
gi|11 : t--T--G--A--GGGATTA--G-CCAAA-TTACAGAATGGCAATACA-AT-TGTG--TTT-ATTAAG-ATTT-TACAAAAAACAGCAATT-TAAA-----------------AA--AATGGTT---------ATATTAATTTA-ATACC-AAACGC---CGC-TT-T--TCCCCTC-AA-TTTGCATTATT-TAAACCCAGTC-----AG-----A-----T-----C------TCAATCATTATTCACTGCGCATC-TGATCTG--TTTGT-------AAACA------AA--TAGtgctgtaaaaccagaaa
gi|12 : A--A--T--G--ATCGG--ACA--G-CAAA--TCACAGCTTTACAGGAAC-A--TATG--CCTAATTGA--GTTT-TTAACAAAACTTCAGGT-TACAT----T-----ATT-C-G------GAT---ATAG-G----------TT-ATTCATAAATGT---T------------------------CATGA-T-TTAGCTC---A-----A------A-----TGAGA-T------TTTGTCAATTTCCATCGCGTATC-TAGCATG--CTTAT-------ATACA------AA--c
gi|13 : atacatgCTAATATTGCTTGA-T-TAAACCC---CCGTGAA------A-----T-----A------TCGATCTTTTTTCACTGCAGAGT-AGGCATG--TTCGT-------AGAGA------TA--TGAAC------------T-----------GT--AG------
gi|13 : -GAT-TTCATTGTTTCTTGGAAATTA-CCGTGAAATACTGGTAAGT---A---TATGTCTA-GA-------CT----GCT-TTAC---GTCACTCAGCAGC---CATATT-GGAA----TTG----A-Aatttcattgtttcttggaaattaccgtgaaatactggtaagtatatgtctagactgctttacgtcactcagcagccatattggaattgaa
gi|14 : ctaatattgcttgattaaacccccgtgaaatatcgatcttttttcactgcagagtaggcatgttcgtagagatatgaactgta-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTCTCAGTG-AGATT-TGGCATG--TCTGT-------AAACA------
gi|15 : catcaattatatatatcatttatccttaatgaAAGT---A---TATGTCTA-TATTCTTT-CTAGGGGTTGTTAT--ATTTGCATATCTAC---C-TATG-GGAA----ATG----G-ATTcaacagacaatacgatgacatctatcaggaatttccaactttttgtgtgttttaa
gi|16 : gagatattttaATCACTAATCATAGAT-GGCA-CAGGTCACG-CTTATT-CCCA-GGA-ATG-ACCTGTGT------TTG--------T--G--A--GA--TTA--T-CAAAA-TCAGCGAACGGCAGGAAA-cgtgaataaaacataacataaataac
gi|17 : aggctgcagac-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TTATCAC---C-----A------A-----TGGAA-TA-----TTAGCCATATTTTATTGTGAATC-TAGTATA--TTTGT-------AAACA------
gi|18 : ttctaTTTCGTGA-T-TTAACC----------A------A-----T-----TGAGATTTTGATCATTTTTCATTGCTGTTG-TAACATG--TCTGT-------AAACA------
gi|19 : ATTATAGAT-GACA-CAAGACACG-CCC-AT-TCCAAGGA-GTG-ACTTGCG
gi|2 : tCCACTAATTTTATACTG-TA-CAAGTCATG-TCT-TTATTCG-AGG-GGA-AACTGTA----------AAAGTA--T--A--T--GG--TGA--G-GAAAA-TCATAAAATGGCA-GAAC-ATGTGTG--CCT-TTTGA--ATGT-T---TAAAGTATGAGGC-TAAAT----G-----A---------GATGATTG------------TAGTTGT-ATACATACATGTAAAT-T-GT-T--TTATTTCTAATTT------------AACCC---A-----A------A-----TGTC--T------TCGAT--TTTTTCA-TGCTGATC-TGGTATGATTTTGTGTTAACCGAACA------AAGGTGATA------------TG----------GGGAAA------TC-----C---ACAAGGACT---T--A----CCGAA---------CA-----G----TT--TTTT--------GTAT--T-TAA----AATGACGG-AAT-TT------------GATATAA-AAGTTGAATATTGGCAAGT---C---TGAGTCTA-GAATTGTC-ATAGGGTCTGTTAC--TTGTGTTCAACGGC---A-CATA-GGAAGTATATG----A-Acacgtacagtac
gi|20 : gttacagttaggttacgtgGCTATTTATAGATTG-AA-TAAGCCACG-CCCATT-TCCA-GGA-GTG-Aaaaagtgtaatcgtaaat
gi|3 : tCACTATTTTTAGATTG-CA-TAAGCCACA-TTT-TT-TTCC-GCATGTG-ACATTAGT------ATAGAA--A--TTGG--A--GG--TTA--GAGAAAA-------AATGGCAGGAAA-AG-TATA--CCT-GATAA--AATT-CTGATGAAGCAGAAAGT-TCAATATGGT-----ATTCT-ATCCTATCACTA-A--------AT--GTTTT-ATTGA-AAACGT---TATATT-T--TTATTTCTAATTATACATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----TGGGATT------TTGGTAATTTTTCACGGAGAATC-TGGCGTA--CTTGT-------GAACA------AA--TGGACT-----------TG----------AA--AG------TA-----T---A-----TTT---CCGT----C---AAGGGGGACGTATTCC-ACT--TT--GTGT--------GTGT--T-TTA----AATATT---TCT-TTGATTGTTTCGTGtgataatgg
gi|3 : taggttgcggaaATTTTA-TTAAG--CCGTTAT--TATTGCACAGTGGC---C-TATG-AG-A----ATG----C-ATTAGCAAACCGCA-acattttattaagccgttattattgcacagtggcctatgagaatgcattagcaaaccgcaacattcaga
gi|4 : taggttgcggaacactatttttagattgcataagccacatttttttccgcatgtgacattagtatagaaattggaggttagagaaaaaatggcaggaaaagtatacctgataaaattctgatgaagcagaaagttcaatatggtattctatcctatcactaaatgttttattgaaaacgttatatttttatttctaattatacatgattaaaccccaatgggattttggtaatttttcacggagaatctggcgtacttgtgaacaaatggacttgaaagtatatttccgtcaagggggacgtattccactttgtgtgtgttttaaatatttctttgattgtttcgtgacG--TCA--G-GAAAAATTTCAAAATGGGAGGA----T-TGTTATTCT-ATTGG--ATTT-TTTTCGGAGGCTTAGCTCTAAAA----T-----ATTGTGAT--T-TCATTG-ATAA-TTATATAA--TTT-ATAAATAAAT-----------------ATTACTAATTTTGCATAA-A-TAAACCCAG-T-----G------A-----T-----TAT----TCAGCAATTTTTC-----GTATC-TAGTATA--TTTGT-------GAACA------AA--CAGGT------------TG----------AT--AG------CCAGCAATGGAA-----CTTG--C--T----T---AGT-------CA-----C----TTTCGTTT--------TTGT--TATAAGAAAAATGAAAA-TATGCTG-TCGTTTCTTTGATATAA-CTTTAGATTACTGGCAGAT---G---TATGTATATAAATTTGT-CAAGTGACTGTTACGATTT---ACAGCGGCGGAT-TATT-AGGA----ATAGACTA-ATTAAC-AGCAACATCAACGATCTACACTGacattcaga
gi|5 : ACCCCGAATTATAGATTA-CA-CAAGCAATGGCCT-TT-TCTG-TGA-GTG-ACCTGTAT------GTATAG--G--T--GTCA--AG--TCATTA-GGAAA-TGACAGAATGGCAG--AA-TT-TGTA--TTT-ATTGA--ATCT-TTAAAAAAGTTTGAGGT-TAAATA---TG----ATT-C-AT--T-TGATT---TAA-G-ACAT-AGTTTTGATACA-AAACTT---T-T-TT-TATTTATTTCTAATTTATCGTGA-TGTAACTGC---C-----ATTGTG-A-----T-----T------TCAAACATTTTTTACTGCAA-------CATG--TTTAT-------AAACA------AA--TGGAA------------TG----------GT--AG------AA-----A---A-----ATT---T--T-------------------A-----A----CT--GTGT--------------T-TTA----AATGATAG-GAT-CTGATGGTTTCTTGGATATAA-TCATGGATTATTAGTAAGT---C---TA
gi|6 : ctaggttgcagGA-GTA-AACTGTATTCAGATGTGAAA--------------GG--TCA--G-GACAA-TCACAGAATAGCAGAAAA-AC-TGGA--ACA-ATTGA--ATCT-ATAATTAATTTTCAGGT-TGA------T-----GAT-T-AA--GATGATTATAT--------TCA-TTGG-AGACA--------------------TCAA--CTGATTTTTCATGA-T-TTAGCCC---C-----A------ACAAGAT-----T------TTGGCCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TATGT-------AAACA------GAACTGAACATA---------TGGGGAGAAAATGT--AGGAGGTCCC-----C---A-----CTT---T--T-----------------------------------TGT--------TTGT--T-TTG----AATGATAG-CAT-TTGGTTACTTTTTGGATACAG-CAACGGAATATTGGGAAGT---C---AATGTCT
gi|7 : aggttacaaaccgctaattataatttatat-GGG-GTGCAACTTTGTA-----GTGAGA--AGTT--A--A--GGG-TCA--G-GAAAA-TCACAGAACAGCTGGAAATGT-TGTG--CTT-ATTGT--ATTT-TTCATAAAGCTTTAGGT-TAAAT----TAATTGATT-T-AT--T----TTA-TTAGAG-ACATCGATGAA-AT-CA-AAAAAT---------------ATTTCTAGTTTTGCAT---T-TATAACC---C-----ATATGGGA-----T-----T------TCAGCCATATTTGGCCGCAAATC-TAACATA--TTTGT-------ATATA------AA--AGAAT------------TG----------TT--AG------cta
gi|7 : --------GTAT--T-CTG----AATGATAGAAAT-AGGAGTTTATTTTGGAT-TAAGTAGTTGAGAATTTGCAAGT---A---TATGTaaatgcaactggaacatccaacatgcaacatttagagtattctgaatgatagaaataggagtttattttggattaagtagttgagaatttgcaagtatatgtatgtacct
gi|8 : ggggtgcaactttgtagtgagaagttaagggtcaggaaaatcacagaacagctggaaatgttgtgcttattgtatttttcataaagctttaggttaaattaattgatttattttattagagacatcgatgaaatcaaaaaatatttctagttttgcatttataacccatatgggatttcagccatatttggccgcaaatctaacatatttgtatataaaagaattgttagaaatgcaactggaacatccaacatgcaacatttagaACTTTTAATTTTGCATGT-T-TA--TCA---C-----A------A-----T-----------------CATTTTTCACTTC-GATCATAGTATG--TTTGT-------AAACAGAAGCTGA--TGGTCAAAACTCCGACATGAA--------GT--AT------CT-----TTA-A-----GTT---TAGT----T-------------TAAGCCTA----TT--GTATTTCGATATGTGTGTT-TCA----AAAGATAG-GAT-TTGATTACGGCTTGGATATAA-ATGTGACATATCAATAAGTATACTAGTATGTATA-GAATTGCT-CTAAGTGCTGATAC--TTTCGTACAACAGT---C-CATGAGGAA----AAG----ATATTTACAatgtacct
gi|9 : ACTGCCAATTATAGACAG-CA-TAAGCCACGACCA-TT-TCCA-GGA-GTG-ACCTGAGC------ATGGA------C--G-----GG--TCA--G-TAAAA-TATCGGAATTGCAGGAAA-AC-TGGG--CCA-ATT-A--ATTAATTAATTAAACA--------AGAT----C-----ATT-TCAT--TA--ATTA-AT---G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAAGAT---T-T-TTAT--TCAT----AATTTTCCGTGA-T-TAA-CCC---T-----A------G-----TGAGACT------TCGGCCATTTTTCACAGCAGTTC-CAGTATG--TTTGT-------A
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33333333333333333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555555555555555555555555555555555 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 1111111 1111 111111 222222
lowQualScore : 4 0 888 0 0 5 88 4 4 44444444444444444444444444 88 55 3 3 0 1 6666 55 4 99 4 2 444 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 2 2 333 44444444444444444444444444444444444 0 0 11 2 33 8888888 000000 88 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00000 2 66 4 444 4444444 5 3 0 5 22 777 444 88888 5 0000 444444 3 888888
lowQualScore : . . ... . . . .. . . .......................... .. .. . . . . .... .. . .. . . ... . .......................................................................... . . . . . ... ................................... . . .. . .. ....... ...... .. . .............................................................................................................................. ..... . .. . ... ....... . . . . .. ... ... ..... . .... ...... . ......
lowQualScore : 0 2 888 0 0 0 11 0 0 66666666666666666666666666 66 00 6 6 1 6 4444 55 0 55 0 4 999 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 1 7 7 222 66666666666666666666666666666666666 3 8 99 5 44 1111111 333333 55 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00000 7 33 0 666 0000000 7 6 8 0 88 222 555 99999 0 6666 888888 2 222222
consensus : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------AA--TGGAC------------TG----------GT--A-----G------C--C-----T---A-----NT----T---TT----T---A---CA------A-----------------TT--GT----------GTGTGTTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
Reference ( family-2753 ) : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------AA--TGGNC------------TG----------GT--A-----G------C--C-----T---A-----NT----T---TT----T---A---CA------A-----------------TT--GT----------GTGTGTTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
gi|1 : ACCTCCAATTAT---TTACTCAACAAGCTACG-CCT-TT-TCC-AGAA-TTG-GCCTCTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--CCA--A-GAAAA-TCCCATAACGGCAGGAAA-AT-TACA--ACT-ATTGATTATTT-TTTTTAAAGTGTCAGCT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATAATTA-ATAGTG-TCATCAGTTTT-ATACA-AAACTT---T-TCTT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-G-TAAACCC---C-----A------A-----T-----C------TTGGTCATTTTACACTGCGAATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------AA--TGGCC------------TG----------GT--A-----G------C--T-----T---A-----TT----T---TT----T---A---TA------A-----------------TT--AT----------GTCTGTTTAAA-----ATGATTG-AAT-TTGATTGTTTCTTGAATATAG-CAGTGATATATTGTCAAAT---C---GATGTCTA-TAATTTCTACTAGGGGCAGTTAC--TTTCATACAGCAGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCC------ACAATCTACATTG
gi|10 : aATTTCTAATTTTGAATGA-T-T-------------------------------------------------TTTT---TGAGAATC-TAGAATA--TTGGT-------AATCA------A-----GTT------------T------------T--A-----G------C--C-----AGA-A-----AT----TGAATTGGGAT---A---CA------ACACT-------------TT--GT----------GTGTATTTTAA-----ATGGTGG-GAT-TGGACTGTTTCTTGGATATAA-CAGTGTAATATTGGC-AGT---C---TATGTCTA-GATTTTTT-TAAGGGACTGTTAC--TTTTATACAGAGGT---C-TATG-GGAA----ATC----T-ATTAa
gi|11 : t--T--G--A--GGGATTA--G-CCAAA-TTACAGAATGGCAATACA-AT-TGTG--TTT-ATTAAG-ATTT-TACAAAAAACAGCAATT-TAAA-----------------AA--AATGGTT---------ATATTAATTTA-ATACC-AAACGC---CGC-TT-T--TCCCCTC-AA-TTTGCATTATT-TAAACCCAGTC-----AG-----A-----T-----C------TCAATCATTATTCACTGCGCATC-TGATCTG--TTTGT-------AAACA------AA--TAGtgctgtaaaaccagaaa
gi|12 : A--A--T--G--ATCGG--ACA--G-CAAA--TCACAGCTTTACAGGAAC-A--TATG--CCTAATTGA--GTTT-TTAACAAAACTTCAGGT-TACAT----T-----ATT-C-G------GAT---ATAG-G----------TT-ATTCATAAATGT---T------------------------CATGA-T-TTAGCTC---A-----A------A-----TGAGA-T------TTTGTCAATTTCCATCGCGTATC-TAGCATG--CTTAT-------ATACA------AA--c
gi|13 : atacatgCTAATATTGCTTGA-T-TAAACCC---CCGTGAA------A-----T-----A------TCGATCTTTTTTCACTGCAGAGT-AGGCATG--TTCGT-------AGAGA------TA--TGAAC------------T-----------GT--A-----G------
gi|13 : -GAT-TTCATTGTTTCTTGGAAATTA-CCGTGAAATACTGGTAAGT---A---TATGTCTA-GA-------CT----GCT-TTAC---GTCACTCAGCAGC---CATATT-GGAA----TTG----A-Aatttcattgtttcttggaaattaccgtgaaatactggtaagtatatgtctagactgctttacgtcactcagcagccatattggaattgaa
gi|14 : ctaatattgcttgattaaacccccgtgaaatatcgatcttttttcactgcagagtaggcatgttcgtagagatatgaactgta-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTCTCAGTG-AGATT-TGGCATG--TCTGT-------AAACAC-----AA--CAGACAATA--------CG----------AT--G-----A------CATC-----T---A-----TCAGGAA---TT----T---C---CA------ACT---------------TT--TT----------GTGTGTTTTAA-----
gi|15 : catcaattatatatatcatttatccttaatgaAAGT---A---TATGTCTA-TATTCTTT-CTAGGGGTTGTTAT--ATTTGCATATCTAC---C-TATG-GGAA----ATG----G-ATT
gi|16 : gagatattttaATCACTAATCATAGATGGC---ACAGGTCACG-CTTATT-CCC-AGGA-ATG-ACCTGTGT------TTG--------T--G--A--GA--TTA--T-CAAAA-TCAGCGAACGGCAGGAAA-cgtgaataaaacataacataaataac
gi|17 : aggctgcagac-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TTATCAC---C-----A------A-----TGGAA-TA-----TTAGCCATATTTTATTGTGAATC-TAGTATA--TTTGT-------AAACA------
gi|18 : ttctaTTTCGTGA-T-TTAACC----------A------A-----T-----TGAGATTTTGATCATTTTTCATTGCTGTTG-TAACATG--TCTGT-------AAACA------
gi|19 : ATTATAGATGAC---ACAAGACACG-CCC-AT-TCCAAGGA-GTG-ACTTGCG
gi|2 : tCCACTAATTTTATACTGT---ACAAGTCATG-TCT-TTATTC-GAGG-GGA-AACTGTA----------AAAGTA--T--A--T--GG--TGA--G-GAAAA-TCATAAAATGGCA-GAAC-ATGTGTG--CCT-TTTGA--ATGT-T---TAAAGTATGAGGC-TAAAT----G-----A---------GATGATTG------------TAGTTGT-ATACATACATGTAAAT-T-GT-T--TTATTTCTAATTT------------AACCC---A-----A------A-----TGTC--T------TCGAT--TTTTTCA-TGCTGATC-TGGTATGATTTTGTGTTAACCGAACA------AAGGTGATA------------TG----------GGGAA-----A------T--C-----C---ACAAGGAC----T---TA----CCGAA---CA------G-----------------TT--TT----------TTGTATTTAAA-----ATGACGG-AAT-TT------------GATATAA-AAGTTGAATATTGGCAAGT---C---TGAGTCTA-GAATTGTC-ATAGGGTCTGTTAC--TTGTGTTCAACGGC---A-CATA-GGAAGTATATG----A-Acacgtacagtac
gi|20 : gttacagttaggttacgtgGCTATTTATAGATTGA---ATAAGCCACG-CCCATT-TCC-AGGA-GTG-Aaaaagtgtaatcgtaaat
gi|3 : tCACTATTTTTAGATTGC---ATAAGCCACA-TTT-TT-TTC-CGCATGTG-ACATTAGT------ATAGAA--A--TTGG--A--GG--TTA--GAGAAAA-------AATGGCAGGAAA-AG-TATA--CCT-GATAA--AATT-CTGATGAAGCAGAAAGT-TCAATATGGT-----ATTCT-ATCCTATCACTA-A--------AT--GTTTT-ATTGA-AAACGT---TATATT-T--TTATTTCTAATTATACATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----TGGGATT------TTGGTAATTTTTCACGGAGAATC-TGGCGTA--CTTGT-------GAACA------AA--TGGACT-----------TG----------AA--A-----G------T--A-----T---A-----TT----T---CC----G---T---CA------AGGGGGACGTATTCCACTTT--GT----------GTGTGTTTTAA-----ATATT---TCT-TTGATTGTTTCGTGtgataatgg
gi|3 : taggttgcggaaATTTTA-TTAAG--CCGTTAT--TATTGCACAGTGGC---C-TATG-AG-A----ATG----C-ATTAGCAAACCGCA-acattttattaagccgttattattgcacagtggcctatgagaatgcattagcaaaccgcaacattcaga
gi|4 : taggttgcggaacactatttttagattgcataagccacatttttttccgcatgtgacattagtatagaaattggaggttagagaaaaaatggcaggaaaagtatacctgataaaattctgatgaagcagaaagttcaatatggtattctatcctatcactaaatgttttattgaaaacgttatatttttatttctaattatacatgattaaaccccaatgggattttggtaatttttcacggagaatctggcgtacttgtgaacaaatggacttgaaagtatatttccgtcaagggggacgtattccactttgtgtgtgttttaaatatttctttgattgtttcgtgacG--TCA--G-GAAAAATTTCAAAATGGGAGGA----T-TGTTATTCT-ATTGG--ATTT-TTTTCGGAGGCTTAGCTCTAAAA----T-----ATTGTGAT--T-TCATTG-ATAA-TTATATAA--TTT-ATAAATAAAT-----------------ATTACTAATTTTGCATAA-A-TAAACCCAG-T-----G------A-----T-----TAT----TCAGCAATTTTTC-----GTATC-TAGTATA--TTTGT-------GAACA------AA--CAGGT------------TG----------AT--A-----G------C--CAGCAATGGAA-----CT----TG--CT----T---AGT-CA------C-----------------TTTCGT----------TTTTGTTATAAGAAAAATGAAAA-TATGCTG-TCGTTTCTTTGATATAA-CTTTAGATTACTGGCAGAT---G---TATGTATATAAATTTGT-CAAGTGACTGTTACGATTT---ACAGCGGCGGAT-TATT-AGGA----ATAGACTA-ATTAAC-AGCAACATCAACGATCTACACTGacattcaga
gi|5 : ACCCCGAATTATAGATTAC---ACAAGCAATGGCCT-TT-TCT-GTGA-GTG-ACCTGTAT------GTATAG--G--T--GTCA--AG--TCATTA-GGAAA-TGACAGAATGGCAG--AA-TT-TGTA--TTT-ATTGA--ATCT-TTAAAAAAGTTTGAGGT-TAAATA---TG----ATT-C-AT--T-TGATT---TAA-G-ACAT-AGTTTTGATACA-AAACTT---T-T-TT-TATTTATTTCTAATTTATCGTGA-TGTAACTGC---C-----ATTGTG-A-----T-----T------TCAAACATTTTTTACTGCAA-------CATG--TTTAT-------AAACA------AA--TGGAA------------TG----------GT--A-----G------A--A-----A---A-----AT----T---TT----A---A---C------------------------------------------TGTGTTTTAA-----ATGATAG-GAT-CTGATGGTTTCTTGGATATAA-TCATGGATTATTAGTAAGT---C---TA
gi|6 : ctaggttgcagGA-GTA-AACTGTATTCAGATGTGAAA--------------GG--TCA--G-GACAA-TCACAGAATAGCAGAAAA-AC-TGGA--ACA-ATTGA--ATCT-ATAATTAATTTTCAGGT-TGA------T-----GAT-T-AA--GATGATTATAT--------TCA-TTGG-AGACA--------------------TCAA--CTGATTTTTCATGA-T-TTAGCCC---C-----A------ACAAGAT-----T------TTGGCCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TATGT-------AAACA------GAACTGAACATA---------TGGGGAGAAAATGT--A-----GGAGGTCC--C-----C---A-----CT----T---TT-------------------------------------------T----------GTTTGTTTTGA-----ATGATAG-CAT-TTGGTTACTTTTTGGATACAG-CAACGGAATATTGGGAAGT---C---AATGTCT
gi|7 : aggttacaaaccgctaattataatttatatGGG-GTGCAACTTTGTA-----GTGAGA--AGTT--A--A--GGG-TCA--G-GAAAA-TCACAGAACAGCTGGAAATGT-TGTG--CTT-ATTGT--ATTT-TTCATAAAGCTTTAGGT-TAAAT----TAATTGATT-T-AT--T----TTA-TTAGAG-ACATCGATGAA-AT-CA-AAAAAT---------------ATTTCTAGTTTTGCAT---T-TATAACC---C-----ATATGGGA-----T-----T------TCAGCCATATTTGGCCGCAAATC-TAACATA--TTTGT-------ATATA------AA--AGAAT------------TG----------TT--AGAAATG------CAAC-----TGGAA-----CA----T---CC----A---A---CATGCAACA-----------------TT--TA----------GAGTATTCTGA-----ATGATAGAAAT-AGGAGTTTATTTTGGAT-TAAGTAGTTGAGAATTTGCAAGT---A---TATGTcta
gi|8 : ACTTTTAATTTTGCATGT-T-TA--TCA---C-----A------A-----T-----------------CATTTTTCACTTC-GATCATAGTATG--TTTGT-------AAACAGAAGCTGA--TGGTCAAAACTCCGACATGAA--------GT--A-----T------C--T-----TTA-A-----GT----TTAGTT----T---AAGCCT------A-----------------TT--GTATTTCGATATGTGTGTTTCAA-----AAGATAG-GAT-TTGATTACGGCTTGGATATAA-ATGTGACATATCAATAAGTATACTAGTATGTATA-GAATTGCT-CTAAGTGCTGATAC--TTTCGTACAACAGT---C-CATGAGGAA----AAG----ATATTTACAatgtacct
gi|9 : ACTGCCAATTATAGACAGC---ATAAGCCACGACCA-TT-TCC-AGGA-GTG-ACCTGAGC------ATGGA------C--G-----GG--TCA--G-TAAAA-TATCGGAATTGCAGGAAA-AC-TGGG--CCA-ATT-A--ATTAATTAATTAAACA--------AGAT----C-----ATT-TCAT--TA--ATTA-AT---G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAAGAT---T-T-TTAT--TCAT----AATTTTCCGTGA-T-TAA-CCC---T-----A------G-----TGAGACT------TCGGCCATTTTTCACAGCAGTTC-CAGTATG--TTTGT-------A
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33333333333333333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555555555555555555555555555555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1111111 1111 111111 222222
lowQualScore : 4 0 888 0 0 5 88 4 4 44444444444444444444444444 88 55 3 3 0 1 6666 55 4 99 4 2 444 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 2 2 333 44444444444444444444444444444444444 0 0 11 2 33 8888888 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 00000 2 66 4 444 4444444 5 3 0 5 22 777 444 88888 5 0000 444444 3 888888
lowQualScore : . . ... . . . .. . . .......................... .. .. . . . . .... .. . .. . . ... . .......................................................................... . . . . . ... ................................... . . .. . .. ....... ........................................................................................................................................................ .. ..... . .. . ... ....... . . . . .. ... ... ..... . .... ...... . ......
lowQualScore : 0 2 888 0 0 0 11 0 0 66666666666666666666666666 66 00 6 6 1 6 4444 55 0 55 0 4 999 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 1 7 7 222 66666666666666666666666666666666666 3 8 99 5 44 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 00000 7 33 0 666 0000000 7 6 8 0 88 222 555 99999 0 6666 888888 2 222222
consensus : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TGG-----AC----T---------G----------GTA-----G------C--C-----T---A-----NT----T---TT----T---A---CA------A-----------------TT--GTGT--------GTG--TTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
Reference ( family-2753 ) : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TGG-----AC----T---------G----------GTA-----G------C--C-----T---A-----NT----T---TT----T---A---CA------A-----------------TT--GTGT--------GTG--TTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
gi|1 : ACCTCCAATTAT---TTACTCAACAAGCTACG-CCT-TT-TCC-AGAA-TTG-GCCTCTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--CCA--A-GAAAA-TCCCATAACGGCAGGAAA-AT-TACA--ACT-ATTGATTATTT-TTTTTAAAGTGTCAGCT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATAATTA-ATAGTG-TCATCAGTTTT-ATACA-AAACTT---T-TCTT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-G-TAAACCC---C-----A------A-----T-----C------TTGGTCATTTTACACTGCGAATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TGG-----CC----T---------G----------GTA-----G------C--T-----T---A-----TT----T---TT----T---A---TA------A-----------------TT--ATGT--------CTG--TTTAAA-----ATGATTG-AAT-TTGATTGTTTCTTGAATATAG-CAGTGATATATTGTCAAAT---C---GATGTCTA-TAATTTCTACTAGGGGCAGTTAC--TTTCATACAGCAGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCC------ACAATCTACATTG
gi|10 : aATTTCTAATTTTGAATGA-T-T-------------------------------------------------TTTT---TGAGAATC-TAGAATA--TTGGT-------AATCA------A-------G--T--------T----T---------------------TA-----G------C--C-----AGA-A-----AT----TGAATTGGGAT---A---CA------ACACT-------------TT--GTGT--------GTA--TTTTAA-----ATGGTGG-GAT-TGGACTGTTTCTTGGATATAA-CAGTGTAATATTGGC-AGT---C---TATGTCTA-GATTTTTT-TAAGGGACTGTTAC--TTTTATACAGAGGT---C-TATG-GGAA----ATC----T-ATTAa
gi|11 : t--T--G--A--GGGATTA--G-CCAAA-TTACAGAATGGCAATACA-AT-TGTG--TTT-ATTAAG-ATTT-TACAAAAAACAGCAATT-TAAA-----------------AA--AATGGTT---------ATATTAATTTA-ATACC-AAACGC---CGC-TT-T--TCCCCTC-AA-TTTGCATTATT-TAAACCCAGTC-----AG-----A-----T-----C------TCAATCATTATTCACTGCGCATC-TGATCTG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TAG-----tgctgtaaaaccagaaa
gi|12 : A--A--T--G--ATCGG--ACA--G-CAAA--TCACAGCTTTACAGGAAC-A--TATG--CCTAATTGA--GTTT-TTAACAAAACTTCAGGT-TACAT----T-----ATT-C-G------GAT---ATAG-G----------TT-ATTCATAAATGT---T------------------------CATGA-T-TTAGCTC---A-----A------A-----TGAGA-T------TTTGTCAATTTCCATCGCGTATC-TAGCATG--CTTAT-------ATACA------A-------A--c
gi|13 : atacatgCTAATATTGCTTGA-T-TAAACCC---CCGTGAA------A-----T-----A------TCGATCTTTTTTCACTGCAGAGT-AGGCATG--TTCGT-------AGAGA------T-------A--TGA-----AC----T--------------------GTA-----G------
gi|13 : -GAT-TTCATTGTTTCTTGGAAATTA-CCGTGAAATACTGGTAAGT---A---TATGTCTA-GA-------CT----GCT-TTAC---GTCACTCAGCAGC---CATATT-GGAA----TTG----A-Aatttcattgtttcttggaaattaccgtgaaatactggtaagtatatgtctagactgctttacgtcactcagcagccatattggaattgaa
gi|14 : ctaatattgcttgattaaacccccgtgaaatatcgatcttttttcactgcagagtaggcatgttcgtagagatatgaactgta-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTCTCAGTG-AGATT-TGGCATG--TCTGT-------AAACAC-----A-------A--CAG-----ACAATAC---------G----------ATG-----A------CATC-----T---A-----TCAGGAA---TT----T---C---CA------ACT---------------TT--TTGT--------GTG--TTTTAA-----
gi|15 : catcaattatatatatcatttatccttaatgaAAGT---A---TATGTCTA-TATTCTTT-CTAGGGGTTGTTAT--ATTTGCATATCTAC---C-TATG-GGAA----ATG----G-ATT
gi|16 : gagatattttaATCACTAATCATAGATGGC---ACAGGTCACG-CTTATT-CCC-AGGA-ATG-ACCTGTGT------TTG--------T--G--A--GA--TTA--T-CAAAA-TCAGCGAACGGCAGGAAA-cgtgaataaaacataacataaataac
gi|17 : aggctgcagac-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TTATCAC---C-----A------A-----TGGAA-TA-----TTAGCCATATTTTATTGTGAATC-TAGTATA--TTTGT-------AAACA------
gi|18 : ttctaTTTCGTGA-T-TTAACC----------A------A-----T-----TGAGATTTTGATCATTTTTCATTGCTGTTG-TAACATG--TCTGT-------AAACA------
gi|19 : ATTATAGATGAC---ACAAGACACG-CCC-AT-TCCAAGGA-GTG-ACTTGCG
gi|2 : tCCACTAATTTTATACTGT---ACAAGTCATG-TCT-TTATTC-GAGG-GGA-AACTGTA----------AAAGTA--T--A--T--GG--TGA--G-GAAAA-TCATAAAATGGCA-GAAC-ATGTGTG--CCT-TTTGA--ATGT-T---TAAAGTATGAGGC-TAAAT----G-----A---------GATGATTG------------TAGTTGT-ATACATACATGTAAAT-T-GT-T--TTATTTCTAATTT------------AACCC---A-----A------A-----TGTC--T------TCGAT--TTTTTCA-TGCTGATC-TGGTATGATTTTGTGTTAACCGAACA------AAGGTGATA--TGG---------------------G----------GAA-----A------T--C-----C---ACAAGGAC----T---TA----CCGAA---CA------G-----------------TT--TTTT--------GTA--TTTAAA-----ATGACGG-AAT-TT------------GATATAA-AAGTTGAATATTGGCAAGT---C---TGAGTCTA-GAATTGTC-ATAGGGTCTGTTAC--TTGTGTTCAACGGC---A-CATA-GGAAGTATATG----A-Acacgtacagtac
gi|20 : gttacagttaggttacgtgGCTATTTATAGATTGA---ATAAGCCACG-CCCATT-TCC-AGGA-GTG-Aaaaagtgtaatcgtaaat
gi|3 : tCACTATTTTTAGATTGC---ATAAGCCACA-TTT-TT-TTC-CGCATGTG-ACATTAGT------ATAGAA--A--TTGG--A--GG--TTA--GAGAAAA-------AATGGCAGGAAA-AG-TATA--CCT-GATAA--AATT-CTGATGAAGCAGAAAGT-TCAATATGGT-----ATTCT-ATCCTATCACTA-A--------AT--GTTTT-ATTGA-AAACGT---TATATT-T--TTATTTCTAATTATACATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----TGGGATT------TTGGTAATTTTTCACGGAGAATC-TGGCGTA--CTTGT-------GAACA------A-------A--TGG-----ACT---T---------G----------AAA-----G------T--A-----T---A-----TT----T---CC----G---T---CA------AGGGGGACGTATTCCACTTT--GTGT--------GTG--TTTTAA-----ATATT---TCT-TTGATTGTTTCGTGtgataatgg
gi|3 : taggttgcggaaATTTTA-TTAAG--CCGTTAT--TATTGCACAGTGGC---C-TATG-AG-A----ATG----C-ATTAGCAAACCGCA-acattttattaagccgttattattgcacagtggcctatgagaatgcattagcaaaccgcaacattcaga
gi|4 : taggttgcggaacactatttttagattgcataagccacatttttttccgcatgtgacattagtatagaaattggaggttagagaaaaaatggcaggaaaagtatacctgataaaattctgatgaagcagaaagttcaatatggtattctatcctatcactaaatgttttattgaaaacgttatatttttatttctaattatacatgattaaaccccaatgggattttggtaatttttcacggagaatctggcgtacttgtgaacaaatggacttgaaagtatatttccgtcaagggggacgtattccactttgtgtgtgttttaaatatttctttgattgtttcgtgacG--TCA--G-GAAAAATTTCAAAATGGGAGGA----T-TGTTATTCT-ATTGG--ATTT-TTTTCGGAGGCTTAGCTCTAAAA----T-----ATTGTGAT--T-TCATTG-ATAA-TTATATAA--TTT-ATAAATAAAT-----------------ATTACTAATTTTGCATAA-A-TAAACCCAG-T-----G------A-----T-----TAT----TCAGCAATTTTTC-----GTATC-TAGTATA--TTTGT-------GAACA------A-------A--CAG-----GT----T---------G----------ATA-----G------C--CAGCAATGGAA-----CT----TG--CT----T---AGT-CA------C-----------------TTTCGTTT--------TTG--TTATAAGAAAAATGAAAA-TATGCTG-TCGTTTCTTTGATATAA-CTTTAGATTACTGGCAGAT---G---TATGTATATAAATTTGT-CAAGTGACTGTTACGATTT---ACAGCGGCGGAT-TATT-AGGA----ATAGACTA-ATTAAC-AGCAACATCAACGATCTACACTGacattcaga
gi|5 : ACCCCGAATTATAGATTAC---ACAAGCAATGGCCT-TT-TCT-GTGA-GTG-ACCTGTAT------GTATAG--G--T--GTCA--AG--TCATTA-GGAAA-TGACAGAATGGCAG--AA-TT-TGTA--TTT-ATTGA--ATCT-TTAAAAAAGTTTGAGGT-TAAATA---TG----ATT-C-AT--T-TGATT---TAA-G-ACAT-AGTTTTGATACA-AAACTT---T-T-TT-TATTTATTTCTAATTTATCGTGA-TGTAACTGC---C-----ATTGTG-A-----T-----T------TCAAACATTTTTTACTGCAA-------CATG--TTTAT-------AAACA------A-------A--TGG-----AA----T---------G----------GTA-----G------A--A-----A---A-----AT----T---TT----A---A---C--------------------------------T--------GTG--TTTTAA-----ATGATAG-GAT-CTGATGGTTTCTTGGATATAA-TCATGGATTATTAGTAAGT---C---TA
gi|6 : ctaggttgcagGA-GTA-AACTGTATTCAGATGTGAAA--------------GG--TCA--G-GACAA-TCACAGAATAGCAGAAAA-AC-TGGA--ACA-ATTGA--ATCT-ATAATTAATTTTCAGGT-TGA------T-----GAT-T-AA--GATGATTATAT--------TCA-TTGG-AGACA--------------------TCAA--CTGATTTTTCATGA-T-TTAGCCC---C-----A------ACAAGAT-----T------TTGGCCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TATGT-------AAACA------G-------AACTGA-----ACATA-T---------GGGGAGAAAATGTA-----GGAGGTCC--C-----C---A-----CT----T---TT-------------------------------------------TGT--------TTG--TTTTGA-----ATGATAG-CAT-TTGGTTACTTTTTGGATACAG-CAACGGAATATTGGGAAGT---C---AATGTCT
gi|7 : aggttacaaaccgctaattataatttatatGGG-GTGCAACTTTGTA-----GTGAGA--AGTT--A--A--GGG-TCA--G-GAAAA-TCACAGAACAGCTGGAAATGT-TGTG--CTT-ATTGT--ATTT-TTCATAAAGCTTTAGGT-TAAAT----TAATTGATT-T-AT--T----TTA-TTAGAG-ACATCGATGAA-AT-CA-AAAAAT---------------ATTTCTAGTTTTGCAT---T-TATAACC---C-----ATATGGGA-----T-----T------TCAGCCATATTTGGCCGCAAATC-TAACATA--TTTGT-------ATATA------A-------A--AGA-----AT----T---------G----------TTAGAAATG------CAAC-----TGGAA-----CA----T---CC----A---A---CATGCAACA-----------------TT--TAGA--------GTA--TTCTGA-----ATGATAGAAAT-AGGAGTTTATTTTGGAT-TAAGTAGTTGAGAATTTGCAAGT---A---TATGTcta
gi|8 : ACTTTTAATTTTGCATGT-T-TA--TCA---C-----A------A-----T-----------------CATTTTTCACTTC-GATCATAGTATG--TTTGT-------AAACAGAAGCTG-------A--TGGTCAAAAC----TCCGACATGAA----------GTA-----T------C--T-----TTA-A-----GT----TTAGTT----T---AAGCCT------A-----------------TT--GTATTTCGATATGTGTGTTTCAA-----AAGATAG-GAT-TTGATTACGGCTTGGATATAA-ATGTGACATATCAATAAGTATACTAGTATGTATA-GAATTGCT-CTAAGTGCTGATAC--TTTCGTACAACAGT---C-CATGAGGAA----AAG----ATATTTACAatgtacct
gi|9 : ACTGCCAATTATAGACAGC---ATAAGCCACGACCA-TT-TCC-AGGA-GTG-ACCTGAGC------ATGGA------C--G-----GG--TCA--G-TAAAA-TATCGGAATTGCAGGAAA-AC-TGGG--CCA-ATT-A--ATTAATTAATTAAACA--------AGAT----C-----ATT-TCAT--TA--ATTA-AT---G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAAGAT---T-T-TTAT--TCAT----AATTTTCCGTGA-T-TAA-CCC---T-----A------G-----TGAGACT------TCGGCCATTTTTCACAGCAGTTC-CAGTATG--TTTGT-------A
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33333333333333333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555555555555555555555555555555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1111111 1111 111111 222222
lowQualScore : 4 0 888 0 0 5 88 4 4 44444444444444444444444444 88 55 3 3 0 1 6666 55 4 99 4 2 444 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 2 2 333 44444444444444444444444444444444444 0 0 11 2 33 8888888 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 00000 2 66 4 444 4444444 5 3 0 5 22 777 444 88888 5 0000 444444 3 888888
lowQualScore : . . ... . . . .. . . .......................... .. .. . . . . .... .. . .. . . ... . .......................................................................... . . . . . ... ................................... . . .. . .. ....... ........................................................................................................................................................ .. ..... . .. . ... ....... . . . . .. ... ... ..... . .... ...... . ......
lowQualScore : 0 2 888 0 0 0 11 0 0 66666666666666666666666666 66 00 6 6 1 6 4444 55 0 55 0 4 999 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 1 7 7 222 66666666666666666666666666666666666 3 8 99 5 44 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 00000 7 33 0 666 0000000 7 6 8 0 88 222 555 99999 0 6666 888888 2 222222
consensus : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TGG-----AC----T---------G----------GTA-----G------C--C-----T---A-----NT----T---TT----T---A---CA------A-----------------TT--GTGT--------GTG--TTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
Reference ( family-2753 ) : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TGG-----AC----T---------G----------GTA-----G------C--C-----T---A-----NT----T---TT----T---A---CA------A-----------------TT--GTGT--------GTG--TTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
gi|1 : ACCTCCAATTAT---TTACTCAACAAGCTACG-CCT-TT-TCC-AGAA-TTG-GCCTCTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--CCA--A-GAAAA-TCCCATAACGGCAGGAAA-AT-TACA--ACT-ATTGATTATTT-TTTTTAAAGTGTCAGCT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATAATTA-ATAGTG-TCATCAGTTTT-ATACA-AAACTT---T-TCTT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-G-TAAACCC---C-----A------A-----T-----C------TTGGTCATTTTACACTGCGAATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TGG-----CC----T---------G----------GTA-----G------C--T-----T---A-----TT----T---TT----T---A---TA------A-----------------TT--ATGT--------CTG--TTTAAA-----ATGATTG-AAT-TTGATTGTTTCTTGAATATAG-CAGTGATATATTGTCAAAT---C---GATGTCTA-TAATTTCTACTAGGGGCAGTTAC--TTTCATACAGCAGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCC------ACAATCTACATTG
gi|10 : aATTTCTAATTTTGAATGA-T-T-------------------------------------------------TTTT---TGAGAATC-TAGAATA--TTGGT-------AATCA------A-------G--T--------T----T---------------------TA-----G------C--C-----AGA-A-----AT----TGAATTGGGAT---A---CA------ACACT-------------TT--GTGT--------GTA--TTTTAA-----ATGGTGG-GAT-TGGACTGTTTCTTGGATATAA-CAGTGTAATATTGGC-AGT---C---TATGTCTA-GATTTTTT-TAAGGGACTGTTAC--TTTTATACAGAGGT---C-TATG-GGAA----ATC----T-ATTAa
gi|11 : t--T--G--A--GGGATTA--G-CCAAA-TTACAGAATGGCAATACA-AT-TGTG--TTT-ATTAAG-ATTT-TACAAAAAACAGCAATT-TAAA-----------------AA--AATGGTT---------ATATTAATTTA-ATACC-AAACGC---CGC-TT-T--TCCCCTC-AA-TTTGCATTATT-TAAACCCAGTC-----AG-----A-----T-----C------TCAATCATTATTCACTGCGCATC-TGATCTG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TAG-----tgctgtaaaaccagaaa
gi|12 : A--A--T--G--ATCGG--ACA--G-CAAA--TCACAGCTTTACAGGAAC-A--TATG--CCTAATTGA--GTTT-TTAACAAAACTTCAGGT-TACAT----T-----ATT-C-G------GAT---ATAG-G----------TT-ATTCATAAATGT---T------------------------CATGA-T-TTAGCTC---A-----A------A-----TGAGA-T------TTTGTCAATTTCCATCGCGTATC-TAGCATG--CTTAT-------ATACA------A-------A--c
gi|13 : atacatgCTAATATTGCTTGA-T-TAAACCC---CCGTGAA------A-----T-----A------TCGATCTTTTTTCACTGCAGAGT-AGGCATG--TTCGT-------AGAGA------T-------A--TGA-----AC----T--------------------GTA-----G------
gi|13 : -GAT-TTCATTGTTTCTTGGAAATTA-CCGTGAAATACTGGTAAGT---A---TATGTCTA-GA-------CT----GCT-TTAC---GTCACTCAGCAGC---CATATT-GGAA----TTG----A-Aatttcattgtttcttggaaattaccgtgaaatactggtaagtatatgtctagactgctttacgtcactcagcagccatattggaattgaa
gi|14 : ctaatattgcttgattaaacccccgtgaaatatcgatcttttttcactgcagagtaggcatgttcgtagagatatgaactgta-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTCTCAGTG-AGATT-TGGCATG--TCTGT-------AAACAC-----A-------A--CAG-----ACAATAC---------G----------ATG-----A------CATC-----T---A-----TCAGGAA---TT----T---C---CA------ACT---------------TT--TTGT--------GTG--TTTTAA-----
gi|15 : catcaattatatatatcatttatccttaatgaAAGT---A---TATGTCTA-TATTCTTT-CTAGGGGTTGTTAT--ATTTGCATATCTAC---C-TATG-GGAA----ATG----G-ATT
gi|16 : gagatattttaATCACTAATCATAGATGGC---ACAGGTCACG-CTTATT-CCC-AGGA-ATG-ACCTGTGT------TTG--------T--G--A--GA--TTA--T-CAAAA-TCAGCGAACGGCAGGAAA-cgtgaataaaacataacataaataac
gi|17 : aggctgcagac-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TTATCAC---C-----A------A-----TGGAA-TA-----TTAGCCATATTTTATTGTGAATC-TAGTATA--TTTGT-------AAACA------
gi|18 : ttctaTTTCGTGA-T-TTAACC----------A------A-----T-----TGAGATTTTGATCATTTTTCATTGCTGTTG-TAACATG--TCTGT-------AAACA------
gi|19 : ATTATAGATGAC---ACAAGACACG-CCC-AT-TCCAAGGA-GTG-ACTTGCG
gi|2 : tCCACTAATTTTATACTGT---ACAAGTCATG-TCT-TTATTC-GAGG-GGA-AACTGTA----------AAAGTA--T--A--T--GG--TGA--G-GAAAA-TCATAAAATGGCA-GAAC-ATGTGTG--CCT-TTTGA--ATGT-T---TAAAGTATGAGGC-TAAAT----G-----A---------GATGATTG------------TAGTTGT-ATACATACATGTAAAT-T-GT-T--TTATTTCTAATTT------------AACCC---A-----A------A-----TGTC--T------TCGAT--TTTTTCA-TGCTGATC-TGGTATGATTTTGTGTTAACCGAACA------AAGGTGATA--TGG---------------------G----------GAA-----A------T--C-----C---ACAAGGAC----T---TA----CCGAA---CA------G-----------------TT--TTTT--------GTA--TTTAAA-----ATGACGG-AAT-TT------------GATATAA-AAGTTGAATATTGGCAAGT---C---TGAGTCTA-GAATTGTC-ATAGGGTCTGTTAC--TTGTGTTCAACGGC---A-CATA-GGAAGTATATG----A-Acacgtacagtac
gi|20 : gttacagttaggttacgtgGCTATTTATAGATTGA---ATAAGCCACG-CCCATT-TCC-AGGA-GTG-Aaaaagtgtaatcgtaaat
gi|3 : tCACTATTTTTAGATTGC---ATAAGCCACA-TTT-TT-TTC-CGCATGTG-ACATTAGT------ATAGAA--A--TTGG--A--GG--TTA--GAGAAAA-------AATGGCAGGAAA-AG-TATA--CCT-GATAA--AATT-CTGATGAAGCAGAAAGT-TCAATATGGT-----ATTCT-ATCCTATCACTA-A--------AT--GTTTT-ATTGA-AAACGT---TATATT-T--TTATTTCTAATTATACATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----TGGGATT------TTGGTAATTTTTCACGGAGAATC-TGGCGTA--CTTGT-------GAACA------A-------A--TGG-----ACT---T---------G----------AAA-----G------T--A-----T---A-----TT----T---CC----G---T---CA------AGGGGGACGTATTCCACTTT--GTGT--------GTG--TTTTAA-----ATATT---TCT-TTGATTGTTTCGTGtgataatgg
gi|3 : taggttgcggaaATTTTA-TTAAG--CCGTTAT--TATTGCACAGTGGC---C-TATG-AG-A----ATG----C-ATTAGCAAACCGCA-acattttattaagccgttattattgcacagtggcctatgagaatgcattagcaaaccgcaacattcaga
gi|4 : taggttgcggaacactatttttagattgcataagccacatttttttccgcatgtgacattagtatagaaattggaggttagagaaaaaatggcaggaaaagtatacctgataaaattctgatgaagcagaaagttcaatatggtattctatcctatcactaaatgttttattgaaaacgttatatttttatttctaattatacatgattaaaccccaatgggattttggtaatttttcacggagaatctggcgtacttgtgaacaaatggacttgaaagtatatttccgtcaagggggacgtattccactttgtgtgtgttttaaatatttctttgattgtttcgtgacG--TCA--G-GAAAAATTTCAAAATGGGAGGA----T-TGTTATTCT-ATTGG--ATTT-TTTTCGGAGGCTTAGCTCTAAAA----T-----ATTGTGAT--T-TCATTG-ATAA-TTATATAA--TTT-ATAAATAAAT-----------------ATTACTAATTTTGCATAA-A-TAAACCCAG-T-----G------A-----T-----TAT----TCAGCAATTTTTC-----GTATC-TAGTATA--TTTGT-------GAACA------A-------A--CAG-----GT----T---------G----------ATA-----G------C--CAGCAATGGAA-----CT----TG--CT----T---AGT-CA------C-----------------TTTCGTTT--------TTG--TTATAAGAAAAATGAAAA-TATGCTG-TCGTTTCTTTGATATAA-CTTTAGATTACTGGCAGAT---G---TATGTATATAAATTTGT-CAAGTGACTGTTACGATTT---ACAGCGGCGGAT-TATT-AGGA----ATAGACTA-ATTAAC-AGCAACATCAACGATCTACACTGacattcaga
gi|5 : ACCCCGAATTATAGATTAC---ACAAGCAATGGCCT-TT-TCT-GTGA-GTG-ACCTGTAT------GTATAG--G--T--GTCA--AG--TCATTA-GGAAA-TGACAGAATGGCAG--AA-TT-TGTA--TTT-ATTGA--ATCT-TTAAAAAAGTTTGAGGT-TAAATA---TG----ATT-C-AT--T-TGATT---TAA-G-ACAT-AGTTTTGATACA-AAACTT---T-T-TT-TATTTATTTCTAATTTATCGTGA-TGTAACTGC---C-----ATTGTG-A-----T-----T------TCAAACATTTTTTACTGCAA-------CATG--TTTAT-------AAACA------A-------A--TGG-----AA----T---------G----------GTA-----G------A--A-----A---A-----AT----T---TT----A---A---C--------------------------------T--------GTG--TTTTAA-----ATGATAG-GAT-CTGATGGTTTCTTGGATATAA-TCATGGATTATTAGTAAGT---C---TA
gi|6 : ctaggttgcagGA-GTA-AACTGTATTCAGATGTGAAA--------------GG--TCA--G-GACAA-TCACAGAATAGCAGAAAA-AC-TGGA--ACA-ATTGA--ATCT-ATAATTAATTTTCAGGT-TGA------T-----GAT-T-AA--GATGATTATAT--------TCA-TTGG-AGACA--------------------TCAA--CTGATTTTTCATGA-T-TTAGCCC---C-----A------ACAAGAT-----T------TTGGCCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TATGT-------AAACA------G-------AACTGA-----ACATA-T---------GGGGAGAAAATGTA-----GGAGGTCC--C-----C---A-----CT----T---TT-------------------------------------------TGT--------TTG--TTTTGA-----ATGATAG-CAT-TTGGTTACTTTTTGGATACAG-CAACGGAATATTGGGAAGT---C---AATGTCT
gi|7 : aggttacaaaccgctaattataatttatatGGG-GTGCAACTTTGTA-----GTGAGA--AGTT--A--A--GGG-TCA--G-GAAAA-TCACAGAACAGCTGGAAATGT-TGTG--CTT-ATTGT--ATTT-TTCATAAAGCTTTAGGT-TAAAT----TAATTGATT-T-AT--T----TTA-TTAGAG-ACATCGATGAA-AT-CA-AAAAAT---------------ATTTCTAGTTTTGCAT---T-TATAACC---C-----ATATGGGA-----T-----T------TCAGCCATATTTGGCCGCAAATC-TAACATA--TTTGT-------ATATA------A-------A--AGA-----AT----T---------G----------TTAGAAATG------CAAC-----TGGAA-----CA----T---CC----A---A---CATGCAACA-----------------TT--TAGA--------GTA--TTCTGA-----ATGATAGAAAT-AGGAGTTTATTTTGGAT-TAAGTAGTTGAGAATTTGCAAGT---A---TATGTcta
gi|8 : ACTTTTAATTTTGCATGT-T-TA--TCA---C-----A------A-----T-----------------CATTTTTCACTTC-GATCATAGTATG--TTTGT-------AAACAGAAGCTG-------A--TGGTCAAAAC----TCCGACATGAA----------GTA-----T------C--T-----TTA-A-----GT----TTAGTT----T---AAGCCT------A-----------------TT--GTATTTCGATATGTGTGTTTCAA-----AAGATAG-GAT-TTGATTACGGCTTGGATATAA-ATGTGACATATCAATAAGTATACTAGTATGTATA-GAATTGCT-CTAAGTGCTGATAC--TTTCGTACAACAGT---C-CATGAGGAA----AAG----ATATTTACAatgtacct
gi|9 : ACTGCCAATTATAGACAGC---ATAAGCCACGACCA-TT-TCC-AGGA-GTG-ACCTGAGC------ATGGA------C--G-----GG--TCA--G-TAAAA-TATCGGAATTGCAGGAAA-AC-TGGG--CCA-ATT-A--ATTAATTAATTAAACA--------AGAT----C-----ATT-TCAT--TA--ATTA-AT---G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAAGAT---T-T-TTAT--TCAT----AATTTTCCGTGA-T-TAA-CCC---T-----A------G-----TGAGACT------TCGGCCATTTTTCACAGCAGTTC-CAGTATG--TTTGT-------A
blockSeqs : A . G A A AA T C AGTGAGAAGTTAA GA TT A A T ATG AT A G A C AGC C TATGGTATTCTATCCTATCACTAAATGTTTTATTGAAAACGTTATATTT C T G T G AAA CATATGGGATT GA A AT GTTAACC GAAGCTGATGGTCAAAACTCCGACATGAAGTATCTTTAAGTTTAGTTTAAGCCTATTGTATTTCGATAT TG GAAAA G AA G GTA ATACTAG T T . GA GAT TAT GGAT A GTAT GACTA A ACATCA
blockSeqs : A . A A . A . . ATAGAAATTGGA G . . . T TGT . . . . A TTC . TATGATTCATTTGATTTAAGACATAGTTTTGATACAAAACTTTTTTTAT C C G . . TAG CCGTGAAATA GC . . . AATGGACTTGAAAGTATATTTCCGTCAAGGGGGACGTATTCCACTTTGTGT . . G G . CA C . T . GG T CAC CA . . AT A
blockSeqs : G . . . . G . . GTATAGGTGTCA . . . . C AT . . . . G ATG . TCATTTCATTAATTAATGACATCAGTTTTATACAAAAGATTTTTAT T T G . . AAA CAATGGAATA GT . . . AAAGAATTGTTAGAAATGCAACTGGAACATCCAACATGCAACATTTAGA . . A G . CC A . A . GT A TGC C . . T .
blockSeqs : A . . . . A . . TCAGATGTGAAA . . . . T AG . . . . T AGA . TTAATTGATTTATTTTATTAGAGACATCGATGAAATCAAAAAAT T T G . . TAT AATTGAGATT AG . . . CAACAGACAATACGATGACATCTATCAGGAATTTCCAACTTTTTGT . . A A . AA A . A . GA T TGT C . . A
blockSeqs : C . . . . C . . AAAGTATAT . . . . T TT . . . . A CTT . ATATTGTGATTTCATTGATAATTATATAATTTATAAATAAAT T T T . . TAA CAATGGGATT AG . . . AACAGGTTGATAGCCAGCAATGGAACTTGCTTAGTCACTTTCGTTT . . A T . CT C . A . TG T TGC A . . G
blockSeqs : G . . . . G . . ATGGACG . . . . T AC . . . . A TTG . TGAGATGATTGTAGTTGTATACATACATGTAAATTGTT C T A . . AAA CATTGTGATT GA . . . GAACTGAACATATGGGGAGAAAATGTAGGAGGTCCCCACTTTTTGT . . A T . TC G . A . G T CGT C . . A
blockSeqs : . . . . A . . TTGTGA . . . . T AC . . . . C TTC . AAAATGGTTATATTAATTTAATACCAAACGCCGCTTT C T G . . AAA CAACAAGATT TG . . . AAGGTGATATGGGGAAATCCACAAGGACTTACCGAACAGTTTTTT . . A G . CA C . . . . . C . . C
blockSeqs : . . . . . . T A . . . . A TTT . TTATTCGGATATAGGTTATTCATAAATGTT . T T . . AAC TAGTGAGACT TG . . . AGTTTTAGCCAGAAATTGAATTGGGATACAACACTTTGTGT . . . C . AT C
blockSeqs : . . . . . . C T . . . . . A . TGATTAAGATGATTATATTCATTGGAGACA . T T . . TAG AGTCAGATC GA . . . AATGGAATGGTAGAAAAATTTTAACT . . G . A
blockSeqs : . . . . T . . G . . ATA AAATGAGAT GT . . .
blockSeqs : . G . . AA AGTGATTAT AA . . .
blockSeqs : . C . . AA AAATGTCT GG . . .
blockSeqs : . . . A CAAT AA . . .
blockSeqs : . . . . . AG . . .
blockSeqs : G . . .
blockSeqCons : *** ATAGAGTNGA**************** ** CAATGAGATT*************************
originalCons : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGTGT------GTGAAA--A--T--G--A--GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCC---C-----A------A-----T-----T------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TGG-----AC----T---------G----------GTA-----G------C--C-----T---A-----NT----T---TT----T---A---CA------A-----------------TT--GTGT--------GTG--TTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
finalCons : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGTGTATAGAGTNGA----------------GG--TCA--G-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGA-T-TAAACCCCAATGAGATT-------------------------TCGGTCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA------A-------A--TGG-----AC----T---------G----------GTA-----G------C--C-----T---A-----NT----T---TT----T---A---CA------A-----------------TT--GTGT--------GTG--TTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33333333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111111 1111 111111 222222
lowQualScore : 4 0 888 0 0 5 88 4 4 66 00000000000000000 55 99 4 3 0 1 6666 55 4 99 4 2 444 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 1 2 55 2 2 444 2 2 0 11 2 33 8888888 2 0000000 44 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000 2 66 4 444 4444444 5 3 0 5 22 777 444 88888 5 0000 444444 3 888888
lowQualScore : . . ... . . . .. . . .. ................. .. .. . . . . .... .. . .. . . ... . .......................................................................... . . . . .. . . ... . . . .. . .. ....... . ....... .. ........................................................................................................... ..... . .. . ... ....... . . . . .. ... ... ..... . .... ...... . ......
lowQualScore : 0 2 888 0 0 0 11 0 0 11 11111111111111111 55 55 0 6 1 6 4444 55 0 55 0 4 999 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 5 1 5 77 9 1 333 5 5 8 99 5 44 1111111 7 8888888 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 7 33 0 666 0000000 7 6 8 0 88 222 555 99999 0 6666 888888 2 222222
consensus : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGT--GTA--T-AGA-G--TCGA-G--G--TCAG-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGAT-TN-AACCCCAAT-GAGAT-TTCGG-TCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA-A-------A--TGGAC----TG----------GTA-----G------C--C-----T---A-----NT----T---T-T----T---A--CA------A-----------------TT--NTGTGTGTTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
Reference ( family-2753 ) : NACCGCTAATTATAGATTGC---ACAAGCCACG-CCT-TT-TCC-GGGA-GTG-ACCTGT--GTA--T-AGA-G--TNGA-G--G--TCAG-GAAAA-TCACAGAACGGCAGGAAA-AT-TGTG--CCT-ATTGA--ATTT-TTNATAAAGCNTCAGGT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATGATTA-ATAG-G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAACGT---T-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGAT-TA-AACCCCAAT-GAGAT-TTCGG-TCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA-A-------A--TGGAC----TG----------GTA-----G------C--C-----T---A-----NT----T---T-T----T---A--CA------A-----------------TT--GTGTGTGTTTTAA-----ATGATAG-GAT-TTGATTGTTTCTTGGATATAA-CNGTGGAATATTGGCAAGT---C---TATGTCTA-GAATTTTT-CTAGGGGCTGTTAC--TTTCGCACAGCGGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCCGCA-CAACGATCTACACTG
gi|1 : ACCTCCAATTAT---TTACTCAACAAGCTACG-CCT-TT-TCC-AGAA-TTG-GCCTCT--GTG--T-GAA-A--ATGA-G--G--CCAA-GAAAA-TCCCATAACGGCAGGAAA-AT-TACA--ACT-ATTGATTATTT-TTTTTAAAGTGTCAGCT-TAAAT----T-----ATT-T-AT--TATAATTA-ATAGTG-TCATCAGTTTT-ATACA-AAACTT---T-TCTT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGAG-TA-AACCCCAAT-------CTTGG-TCATTTTACACTGCGAATC-TGGCATG--TTTGT-------AAACA-A-------A--TGGCC----TG----------GTA-----G------C--T-----T---A-----TT----T---T-T----T---A--TA------A-----------------TT--ATGTCTGTTTAAA-----ATGATTG-AAT-TTGATTGTTTCTTGAATATAG-CAGTGATATATTGTCAAAT---C---GATGTCTA-TAATTTCTACTAGGGGCAGTTAC--TTTCATACAGCAGC---C-TATG-GGAA----ATG----A-ATTAACAAGCC------ACAATCTACATTG
gi|10 : aATTTCTAATTTTGAATGAT-Ta
gi|10 : tAT-TTTGAATGATTTTTT--TGAGAATC-TAGAATA--TTGGT-------AATCA-A-------G--T---T----T------------TA-----G------C--C-----AGA-A-----AT----TGAAT-TGGGAT---A--CA------ACACT-------------TT--GTGTGTATTTTAA-----ATGGTGG-GAT-TGGACTGTTTCTTGGATATAA-CAGTGTAATATTGGC-AGT---C---TATGTCTA-GATTTTTT-TAAGGGACTGTTAC--TTTTATACAGAGGT---C-TATG-GGAA----ATC----T-ATTAtttttgagaatctagaatattggtaatcaagttttagccagaaattgaattgggatacaacactttgtgtgtattttaaatggtgggattggactgtttcttggatataacagtgtaatattggcagtctatgtctagatttttttaagggactgttacttttatacagaggtctatgggaaatctattatgctgtaaaaccagaaa
gi|11 : tatttctaGA-G--GGATTAG-CCAAA-TTACAGAATGGCAATACA-AT-TGTG--TTT-ATTAAG-ATTT-TACAAAAAACAGCAATT-TAAA-----------------AA--AATGGTT---------ATATTAATTTA-ATACC-AAACGC---CGC-TT-T--TCCCCTC-AA-TTTGCATTAT-TT-AAACCCAGT-CAGAT-CTCAA-TCATTATTCACTGCGCATC-TGATCTG--TTTGT-------AAACA-A-------A--TAGtgctgtaaaaccagaaa
gi|12 : tAAA-TCACAGCTTTACAGGAAC-A--TATG--CCTAATTGA--GTTT-TTAACAAAACTTCAGGT-TACAT----T-----ATT-C-G------GAT---ATAG-G----------TT-ATTCATAAATGT---T------------------------CATGAT-TT-AGCTCAAAT-GAGAT-TTT-G-TCAATTTCCATCGCGTATC-TAGCATG--CTTAT-------ATACA-A-------A--c
gi|13 : atacatgaatgatcggacagcCTAATATTGCTTGAT-TA-AACCCCCGT-GAAAT-ATCGA-TCTTTTTTCACTGCAGAGT-AGGCATG--TTCGT-------AGAGA-T-------A--TGAAC----T-----------GTA-----G------
gi|13 : -GAT-TTCATTGTTTCTTGGAAATTA-CCGTGAAATACTGGTAAGT---A---TATGTCTA-GA-------CT----GCT-TTAC---GTCACTCAGCAGC---CATATT-GGAA----TTG----A-Aatttcattgtttcttggaaattaccgtgaaatactggtaagtatatgtctagactgctttacgtcactcagcagccatattggaattgaa
gi|14 : ctaatattgcttgattaaacccccgtgaaatatcgatcttttttcactgcagagtaggcatgttcgtagagatatgaactgtaATCAT-TT-ATCCTTAAT-GAAAT-TTCGG-TCATTTCTCAGTG-AGATT-TGGCATG--TCTGT-------AAACACA-------A--CAGACAATACG----------ATG-----A------CATC-----T---A-----TCAGGAA---T-T----T---C--CA------ACT---------------TT--TTGTGTGTTTTAA-----
gi|15 : catcaattatatatAAGT---A---TATGTCTA-TATTCTTT-CTAGGGGTTGTTAT--ATTTGCATATCTAC---C-TATG-GGAA----ATG----G-ATT
gi|16 : gagatattttaATCACTAATCATAGATGGC---ACAGGTCACG-CTTATT-CCC-AGGA-ATG-ACCTGT--GTT--T-----G--T-GA-G--A--TTAT-CAAAA-TCAGCGAACGGCAGGAAA-cgtgaataaaacataacataaataac
gi|17 : aggctgcagac-T-TT-T--TCATTTCTAATTTTGCATGAT-TT-ATCACCAAT-GGAAT-ATTAG-CCATATTTTATTGTGAATC-TAGTATA--TTTGT-------AAACA-
gi|18 : ttctaTTTCGTGAT-TT-AACC--AATTGAGAT-TTTGA-TCATTTTTCATTGCTGTTG-TAACATG--TCTGT-------AAACA-
gi|19 : ATTATAGATGAC---ACAAGACACG-CCC-AT-TCCAAGGA-GTG-ACTTGC--GCACGT-ACA-G--T
gi|2 : tCCACTAATTTTATACTGT---ACAAGTCATG-TCT-TTATTC-GAGG-GGA-AACTGT--A------AAA-G--TATATG--G--TGAG-GAAAA-TCATAAAATGGCA-GAAC-ATGTGTG--CCT-TTTGA--ATGT-T---TAAAGTATGAGGC-TAAAT----G-----A---------GATGATTG------------TAGTTGT-ATACATACATGTAAAT-T-GT-T--TTATTTCTAATTT------------AACCCAAAT-G---TCTTCGA-T--TTTTTCA-TGCTGATC-TGGTATGATTTTGTGTTAACCGAACA-AAGGTGATA--TGG-------G----------GAA-----A------T--C-----C---ACAAGGAC----T---T-A----CCGAA--CA------G-----------------TT--TTTTGTATTTAAA-----ATGACGG-AAT-TT------------GATATAA-AAGTTGAATATTGGCAAGT---C---TGAGTCTA-GAATTGTC-ATAGGGTCTGTTAC--TTGTGTTCAACGGC---A-CATA-GGAAGTATATG----A-Aac
gi|20 : gttacagttaggttacgtgGCTATTTATAGATTGA---ATAAGCCACG-CCCATT-TCC-AGGA-GTG-Aaaaagtgtaatcgtaaat
gi|3 : tCACTATTTTTAGATTGC---ATAAGCCACA-TTT-TT-TTC-CGCATGTG-ACATTA--GTA--T-AGA-AATTGGA-G--G--TTAGAGAAAA-------AATGGCAGGAAA-AG-TATA--CCT-GATAA--AATT-CTGATGAAGCAGAAAGT-TCAATATGGT-----ATTCT-ATCCTATCACTA-A--------AT--GTTTT-ATTGA-AAACGT---TATATT-T--TTATTTCTAATTATACATGAT-TA-AACCCCAAT-GGGAT-TTTGG-TAATTTTTCACGGAGAATC-TGGCGTA--CTTGT-------GAACA-A-------A--TGGACT---TG----------AAA-----G------T--A-----T---A-----TT----T---C-C----G---T--CA------AGGGGGACGTATTCCACTTT--GTGTGTGTTTTAA-----ATATT---TCT-TTGATTGTTTCGTGtgataatgg
gi|3 : taggttgcggaaATTTTA-TTAAG--CCGTTAT--TATTGCACAGTGGC---C-TATG-AG-A----ATG----C-ATTAGCAAACCGCA-acattttattaagccgttattattgcacagtggcctatgagaatgcattagcaaaccgcaacattcaga
gi|4 : taggttgcggaacactatttttagattgcataagccacatttttttccgcatgtgacattagtatagaaattggaggttagagaaaaaatggcaggaaaagtatacctgataaaattctgatgaagcagaaagttcaatatggtattctatcctatcactaaatgttttattgaaaacgttatatttttatttctaattatacatgattaaaccccaatgggattttggtaatttttcacggagaatctggcgtacttgtgaacaaatggacttgaaagtatatttccgtcaagggggacgtattccactttgtgtgtgttttaaatatttctttgattgtttcgtgac--G--TCAG-GAAAAATTTCAAAATGGGAGGA----T-TGTTATTCT-ATTGG--ATTT-TTTTCGGAGGCTTAGCTCTAAAA----T-----ATTGTGAT--T-TCATTG-ATAA-TTATATAA--TTT-ATAAATAAAT-----------------ATTACTAATTTTGCATAAA-TA-AACCC-AGT-GATTA-TTCAG-CAATTTTTC-----GTATC-TAGTATA--TTTGT-------GAACA-A-------A--CAGGT----TG----------ATA-----G------C--CAGCAATGGAA-----CT----TG--C-T----T---AGTCA------C-----------------TTTCGTTTTTGTTATAAGAAAAATGAAAA-TATGCTG-TCGTTTCTTTGATATAA-CTTTAGATTACTGGCAGAT---G---TATGTATATAAATTTGT-CAAGTGACTGTTACGATTT---ACAGCGGCGGAT-TATT-AGGA----ATAGACTA-ATTAAC-AGCAACATCAACGATCTACACTGacattcaga
gi|5 : ACCCCGAATTATAGATTAC---ACAAGCAATGGCCT-TT-TCT-GTGA-GTG-ACCTGTATGTA--T-AGGTG--TCAA-GTCA--TTAG-GAAA--TGACAGAATGGCAG--AA-TT-TGTA--TTT-ATTGA--ATCT-TTAAAAAAGTTTGAGGT-TAAATA---TG----ATT-C-AT--T-TGATT---TAA-G-ACAT-AGTTTTGATACA-AAACTT---T-T-TT-TATTTATTTCTAATTTATCGTGATGTA-ACTGCCATT-GTGAT-TTCAA-ACATTTTTTACTGCAA-------CATG--TTTAT-------AAACA-A-------A--TGGAA----TG----------GTA-----G------A--A-----A---A-----AT----T---T-T----A---A--C--------------------------------TGTGTTTTAA-----ATGATAG-GAT-CTGATGGTTTCTTGGATATAA-TCATGGATTATTAGTAAGT---C---TA
gi|6 : ctaggttgcagGA-GTA-AACTGT--ATT--C-AGATG--TGAAAG--G--TCAG-GACAA-TCACAGAATAGCAGAAAA-AC-TGGA--ACA-ATTGA--ATCT-ATAATTAATTTTCAGGT-TGA------T-----GAT-T-AA--GATGATTATAT--------TCA-TTGG-AGACA--------------------TCAA--CTGATTTTTCATGAT-TT-AGCCCCAAC-AAGAT-TTTGG-CCATTTTTCACTGCGGATC-TGGCATG--TATGT-------AAACA-G-------AACTGAACATA-TGGGGAGAAAATGTA-----GGAGGTCC--C-----C---A-----CT----T---T-T------------------------------------------TGTTTGTTTTGA-----ATGATAG-CAT-TTGGTTACTTTTTGGATACAG-CAACGGAATATTGGGAAGT---C---AATGTCT
gi|7 : aggttacaaaccgctaattataatttatatGGG-GTGCAACTTT--GTAG-TGAGAAG--TTAA-G--GG-TCAG-GAAAA-TCACAGAACAGCTGGAAATGT-TGTG--CTT-ATTGT--ATTT-TTCATAAAGCTTTAGGT-TAAAT----TAATTGATT-T-AT--T----TTA-TTAGAG-ACATCGATGAA-AT-CA-AAAAAT---------------ATTTCTAGTTTTGCAT--T-TATAACCCATAT-GGGAT-TTCAG-CCATATTTGGCCGCAAATC-TAACATA--TTTGT-------ATATA-A-------A--AGAAT----TG----------TTAGAAATG------CAAC-----TGGAA-----CA----T---C-C----A---A--CATGCAACA-----------------TT--TAGAGTATTCTGA-----ATGATAGAAAT-AGGAGTTTATTTTGGAT-TAAGTAGTTGAGAATTTGCAAGT---A---TATGTcta
gi|8 : ACTTTTAATTTTGCATGTT-TA---TCACAAT--------------CATTTTTCACTTC-GATCATAGTATG--TTTGT-------AAACA-atgtacct
gi|8 : A-----G------C--C-----T---A-----TT----G---TAT----T---T--CG------A-----------------T---ATGTGTGTTTCAA-----AAGATAG-GAT-TTGATTACGGCTTGGATATAA-ATGTGACATATCAATAAGTATACTAGTATGTATA-GAATTGCT-CTAAGTGCTGATAC--TTTCGTACAACAGT---C-CATGAGGAA----AAG----ATATTTACAgaagctgatggtcaaaactccgacatgaagtatctttaagtttagtttaagcctattgtatttcgatatgtgtgtttcaaaagataggatttgattacggcttggatataaatgtgacatatcaataagtatactagtatgtatagaattgctctaagtgctgatactttcgtacaacagtccatgaggaaaagatatttaca
gi|9 : acttttaattttgcatgtttatcacaatcatttttcacttcgatcatagtatgtttgtaaacagaagctgatggtcaaaactccgacatgaagtatctttaagtttagtttaACTGCCAATTATAGACAGC---ATAAGCCACGACCA-TT-TCC-AGGA-GTG-ACCTGA--GCA--T-GGA-----CG--G--G--TCAG-TAAAA-TATCGGAATTGCAGGAAA-AC-TGGG--CCA-ATT-A--ATTAATTAATTAAACA--------AGAT----C-----ATT-TCAT--TA--ATTA-AT---G-ACATCAGTTTT-ATACA-AAAGAT---T-T-TTAT--TCAT----AATTTTCCGTGAT-TA-A-CCCTAGT-GAGAC-TTCGG-CCATTTTTCACAGCAGTTC-CAGTATG--TTTGT-------A