lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222222 1111111111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 11 555555 1 1 1 1 33333333333333333333333333333333 2222
lowQualScore : 0 1 222 22 11 000000000000000 2222222222222222222 555555555555 1 1 333 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 33 33333 3333333 1 1 1 9 11 5 1 444444444 111 1 3333 77 11 111 55 1 666666 33333 5 4444 5 0 44 11 0 777777 0 2 3 4 6 7 5 2 4 3 4 0 2 77777777777777777777777777777777 88888 2 3 88888888 3 2222 3
lowQualScore : . . ... .. .. ............... ................... ............ . . ... . ............................................................................................................................................... ... .. ..... ....... . . . . .. . . ......... ... . .... .. .. ... .. . ...... ..... . .... . . .. .. . ...... . . . . . . . . . . . . . ................................ ..... . . ........ . .... .
lowQualScore : 3 1 000 77 66 666666666666666 3333333333333333333 777777777777 2 2 999 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 33 00000 6666666 2 2 2 6 66 0 1 333333333 999 1 7777 11 44 888 55 2 111111 66666 7 5555 5 6 66 88 7 000000 5 5 0 0 0 0 5 5 0 0 0 0 5 33333333333333333333333333333333 33333 1 1 99999999 1 9999 3
consensus : CAAATAATACACGGTGTTGAGGTC-C---ATA--T--GC-----------AA-GTT-------------------TAC-G---------GAC-T-GG---GC-AG--------------T-C-A-----------GA-C-----------------C---------T--------------G------------------A-GC----G-----A--------A-----GC---T--G----A----G---GTC--CA-----TATA------ACA-TT-C-TAGG--TCTGACTGCCCAGT-C---------CGTA---AACT-TGC----AT-NTG--G---ACCGAAACAC-CATGT-----ATTATTT-----GTTA----TATTATACCGAA--TACAATN-AATCAGAAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAACTGATAGTGTNAAGGTCGCNANATNGGTGCGTCGTAAAATAANCACATCCGTGANATNAGCNC-TTTTATATTGGACCGGG---GCC-G-CC--T--A-TAT-----------TA-----TATTGACCGGATGACGTCACATTGAACAAAGA-A--GG----AA-ATATGAAAA-TGAGGTA
Reference ( gi|1 ) : CAAATAATACATGGTGTTGAGGTC-C---ATA--T--GT-----------AT-GTT-------------------TAC-G---------GAC-T-GG---GC-A---------------T-C-A-----------GA-C-----------------C---------T--------------G------------------A-GC----G-----A--------A-----GC---T--G----A----G---GTC--CA-----TATA------ACA-TT-C-TATG--TCTGACTGTCCAGT-C---------CGTA---AACT-TGC----AT-TTG--G---ACCGAAACAC-CATGT-----TTTATTT-----GCTA----TACTATACCGAA--TACAATG-AATCAGAGGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTAATTTCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAA--GGTCGTGTGAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCATTAAATAAGCACATCCGTGAAATTAGCAC-TTTTATATTGGACCGGG---G---------------AT-----------TA-----TATTGACCGGATGACGTCACATTGAACAAAGA-A--GA----AA-ATAGGCAAA-TGAGGTA
gi|24 : CAAATAATACATGGTGTTGAGGTC-C---ATA--T--GC-----------AA-GTT-------------------TAC-G---------GAC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------T--G----A----G----TC--CA-----TATA------ACC-TT-C-TAGG--TCTGACTGCCCAGT-C---------CGTA---AGAT-TGC----AT-ATG--G---ACCTCAACAC-CATGT-----TTTATTT-----
gi|4 : taaCAAATAATACGCGGTGTTTCTGTC-A---AAAA-T--CA-----------AT--TT-------------------TAC-A---------GGC-T-GT---AC-AG--------------T-C-A-----------GA-C-----------------C---------T--------------A---------------------C----C-----A--------ATATATGC---T--G----A----------C--CG--------A------ACA-TT-G-TATG--CCTGACTGCCCAGT-C---------AGTA---AGGT-TTG----AT-ATG--G---ACCTCAACAC-CTTGT-----ATTATCT-----
gi|5 : attatacctcattttcgaatgatcttattcgttgaatgtgacttcatccggtcaatatattagtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaatattgtgtttgaatgtatttcgtacaacataaCGAATAATGCATGGTGTTTCGGTC-A---AGA--T--GC-----------AA-GTG-------------------TAC-G---------GAT-T-GG---ACTG---------------T-C-A-----------GA-C-----------------C---------T--------------t
gi|17 : cttcggtctatattactttctCAAATAATACATGGTGTTGAGTTC-C---ACA--A--GC-----------A---------------------------------------------G---GC-AG--------------T-C-G-----------GA-C-----------------CC--------T--------------G------------------A-AT----GT----A--------ATATGGAC---C--G----A----A---G-----A-----TATG-----------T-C-TGGG--TGTAACTGCACAGT-C---------TGTT---AACA-TGA----AT-TTG--G---AACGATACAC-CAGAC-----ACTATTT-----GTTA----TGTTATACCAAA--TACAACC-AATCAGAAGttattagtattataccgaatatagtctatcactaaaaacaaatgtgtcgtttcatttaggcacaatacaccatttggacgtgcttgcatattgaaacgcttacacacattttgtatattggataagatgacgatattcttgatagtatactgggtcgggttgggtgtatatgagaacttatatatactcttatatataactgga
gi|17 : CAAATAGTGTCTGGTGTATCGTTC-C---AAA--T--TC-----------AT-GTT-------------------AAC-A---------GAC-T-GT---GC-AG--------------T-T-A-----------CA-C-----------------C---------C--------------A------------------G-AC----A-----T--------A-----TC---T--T----C----G---GTC--CA-----TATT------ACA-TT-C-AGGG--TCCGACTG-CCTG---------------------CT-TG---------TG--G---AACTCAACAC-CATGT-----ATTATTT-----G
gi|11 : cttctgattggttgtatttggtataacataaCAATTAATACACGGGGTTCCGGTC-C---ACA--T--GC-----------AA-GTT-------------------TAG-C---------CAC-C-GG---AA-AG--------------T-C-A-----------GA-C-----------------
gi|10 : taactactaaggtcaatgtataagtttacgaaataatttaagatccatataatatatttCAAATAATACATGGCAATAAGATC-C---GTA--T--GT------------T-ATT-------------------TAAAG---------GAC-T-CG---AC-A---------------GGC-G-----------GT-C-----------------T---------T--------------GG-----------------A-GT----G-----T--------A-----ACA--T--GGACCA----C---GTT--TA-----TGCACTTCTGATA-TT-C-TGCG--TCCGGCTGCCCAGT-A---------CGTA---AACTCTTCAACTAT-TTAGTG---ACCTCGACAC-AATGT-----ACTATAT-----GTTA----TATTTTACCAAA--TATAttacattataccgaatacgagtacatttaaacaatatataaaatagcaaatccattgattcgtttg
gi|10 : tataggcctgtgtatttcttgttgtgaaCATATAGTACATTGTGTCGAGGTCACTAAATAGTT--GA-----------AGAGTT-------------------TAC-G---------TAC-T-GG---GC-AG--------------C-C-G-----------GA-CG----------------C---------A--------------G------------------A-ATATCAG-----A--------A-----GTGCAT--A----AACGTG---GTC--CA-----TGTT------ACA-CT-C-CAAG--ACCGCCTGTCGAGT-C---------CTTT---AAAT-AAC----AT-ACG--G---ATCTTATTGC-CATGT-----ATTATTT-----G
gi|25 : tataggcctgtgtatttcttgttgtgaatatatttggtaaaatataaCACATAATACATGATATTGAGATC-C---GTA--T--GA-----------AA-GTT-------------------AAA-G---------GAT-C-GG---AC-AG--------------T-C-A-----------AA-T-----------------C---------T--------------GGAATAGTATGTAGACCGAA-GC----G-----A--------A-----AC---T--G----A----G---GTT--CA-----TACC------ACT-TT-C-TAGG--TCTGAC
gi|39 : aatagCAAGTAATACACGGTGTTGAGGTC-C---ATA--T--GC-----------CA-GTT-------------------TAC-A---------CAC-T-GGCT-G--G---------------T-T-A-----------GA-C-----------------C---------T--------------G------------------
gi|30 : tcCAAAGAGTACACGATGCTGATGTC-C---TTA--T--GC-----------AA-GTT-------------------TAC-T---------GAC-T-TG---GT-AG--------------T-C-A-----------GA-C-----------------C---------T--------------ttaaata
gi|19 : aCAAATAATACATAGCATCAAGGTA-C---ATA--T--GT-----------TA-GTT-------------------AAT-A---------GACGTAGA---GC-G---------------T-T-A-----------TA-----------------------------T--------------G------------------A-AC----C-----C--------C-----CT---T--T----C----G---GTC--CT-----TATA------ATT-TT-T-TAAG--TCCGACAGCTGAAT-CATTATTACTCATA---AA-T-TAT----AT-ATG--G---ACACAGACAC-TGTGT-----ATTATTT-----Gagaatattatggaccggttcatgttaagaatcaaat
gi|19 : CAAATAATACACAGTGTCTGTGTC-C---ATA--T--AT-----------A--ATT-------------------TAT-GAGTAATAATGAT-T-CA---GCTG---------------T-C-G-----------GA-C-----------------T---------TAAAAAATTATAAG-G------------------A-CC----GA----A--------A-----G-------G----G----G---GTT--CA-----TATA------ACG-CT-C-TACG--TCT-ATT-------------------------AACT-AAC----AT-ATG--T---ACCTTGATGC-TATGT-----ATTATTT-----Gta
gi|29 : CAAA-AGTACACAGTTTTGAGGTT-G---ATA--T--GT-----------AC-CTTAT-----------------TA------------GAC-T-GG---GC-A---------------T-TAA-----------GA-C-----------------C---------T--------------A--------------------------G-----A--------A-----CT---T--T----T----T---TTC--GA-----CAGA------AGA--T-C-TAAG--TTTGACTATTCAGta
gi|7 : aAAATAAAAAATGTGGCTGTGGTC-C---AAC--T--GC-----------AC-GTT-------------------TAT-G---------GAC-T-GT---GCTA---------------T-C-A-----------GA-C-----------------C---------TTGAAATGTTATATGG------------------A-CC----T-----C--------A-----GC---TTCGATT-A----G---GTC--CA-----AATA------ACA-T------TA--CCGGCCTGCCCAGT-C---------CGTA---AACG-TCCAA--AT-ATA--G---ACATCAACAA-CATGTA----TTCAATT-----G
gi|2 : aacattcaccaggggttttggtcgtttaaattcttcagtcttcatattgtgtacatgaatatatttaaacAAATAATACATGGTGTTGAGGTC-C---ATA--T--GC-----------AG-GTT-------------------AAC-G---------GAC-T-GG---GC-AG--------------T-C-A-----------GA-CGTAGAATGTTATATGGAC---------C--------------GA-----------------A-GA----G-----A--------A-----GC---T--G----T----G---ATC--TG-----TATA------GCA-TT-C-TA-------GA----------C---------CTTA---AACT-TGC----AT-TTT--G---ACCAAAACAC-CATGT-----ATTCTTT-----ATTA----TTTTATACCTTA--TACAACA-ATTCAGAAGTAatcatagtgtaccggatacaac
gi|2 : attttatacctcatttgcatattcctttcattgttcaatgtgacgtcatccggtcaatatattagtatattggaccggcccggccccggtccaatataacatgagctcatatcacggatgtgattttttacgacgcaccaatcttgcgatcttaacactgtcggttatttatcatttttgttgtttttatgtaggccAAAGAATACATGGTGTTTTGGTC-A---AAA--T--GC-----------AA-GTT-------------------TAA-G---------GTC-T-AGAATGCTA---------------TAC-A-----------GA-T-----------------C---------A--------------C------------------A-GC----T-----T--------C-----TC---T--T----C----G---GTC--CA-----TATA------ACA-TT-C-TACG--TCTGACTGCCCAGT-C---------CGTT---AACC-TGC----AT-ATG--G---ACCTCAACAC-CATGT-----ATTATTT-----
gi|24 : attttatacctcatttgcatattcctttcattgttcaatgtgacgtcatccggtcaatatattagtatattggaccggcccggccccggtccaatataacatgagctcatatcacggatgtgattttttacgacgcaccaatcttgcgatcttaacactgtcggttatttatcatttttgttgtttttatgtaggcctacttctgaattgttgtataaggtataaaataatAAATAAAACATGGTGTTGAGGTC-C---ATA--T--GC-----------AA-TCT-------------------TAC-G---------GAC-T-GG---GC-AG--------------T-C-A-----------GA-C-----------------C---------T--------------A--------------------------G-----A--------A-----G---------------------------------------------G-TT-A-TATG-----GACT---CAGT-C---------CGTA---AACT-TGC----AT-ATG--G---ACCTCAACAC-CATGT-----ATTATTT-----GTTA----
gi|3 : AAATAATATA---------AGTC-C---ATA--T--CC-----------AA-GTT-------------------TAT-G---------GAC-T-GG---GC-AA--------------T-C-A-----------GA-C-----------------T---------T--------------A--------------------------G-----A--------A----------T--G----G----G---ATATGCA-----TATA------ACT-TT-C-TAGG--TCTGATTG-CCAGT-C---------GGTA---AACT-TGC----AT-TTG--G---ACCAAAACAC-C------------ATTT-----GTTA----TGTTTTACTGAG--TATATTT-AAGCAAA
gi|4 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttatAGATAATACAAGGTGTTGAGGTC-C---ATA--T--CA-----------AA-CCT-------------------TAC-T---------GAC-T-GG---GC-AG--------------T-C-A-----------GG-C-----------------A---------T--------------A---------------------C----A-----A--------T-----GT---T--C---------G---GTCAGCA-----TATA----------TT-GGTAGG--TCTGACTGTACAGC-C---------TGTA---AAAT-TGA----TT-TTT--G---ACAGAAACAC-CGCGT-----ATTATTT-----GTTA----TGTTGTACGAAA--TACAataaat
gi|14 : attatacctcattttcgaatgatcttattcgttgaatgtgacttcatccggtcaatatattagtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaatattgtgtttgaaAAACAACACATGGTGTTGAGGTC-C---ACT--T--GC-----------AA-GCT-------------------TAG-A---------GGC-T-GG---GC-AG--------------T-T-G-----------GAGC-----------------C---------A--------------G------------------A-GG----GTTTATATGGCTCTCA-----GC---T--T----A----GCTTGTC--CA-----TATA------AAAATT-C-TAGA--TCTGAGTGCTAAGT-C---------AGTA---TACT-TGC----AT-ATG--G---ACAGAAACAC-TGTGT-----t
gi|21 : atAAATA-TACATAATGTTGATGTC-T---ATA--T--AC-----------AA-GTTGTCAGATGTAGAATTAATATAT-G---------GAC-T-GA----C-A-----------------C-G-----------AA-A-----------------C---------T--------------G------------------A-AA----C-----A--------A-----CT---T--G----A----G---TTC--CA-----TTTA------ACA-TT-C-TATT--TGTGAATGCCCAGT-C---------CGTA--------TGT----AT-TTA--GTATACCGAAattaattatactctgtcaata
gi|28 : caAAATGAAACATGTT-TTG--GTC-C---AGA--T--GG-----------AA-GTG-------------------TAC-A---------TAC-T-GG---GC-A---------------
gi|45 : gaagtacttctagtttttttgtgtttgaatacatttggtaaaatttaacgtaagAAATACTACATGCTTTTTAAGTC-C---ACA--T--GC-----------AA-GTT-------------------TAC-G---------Gatcgg
gi|22 : tcaatAGATAAAGCATGGTGTTGAAGCG-C---ATA--T--GCAGGTTATCGGAAT-GTTA------------------TAT-G---------GAC-T-G-------A---------------C-G-A-----------GA-G-----------------C---------C--------------A------------------A-GT-------------------A-----GC---A--C----G----G---GT----------TATA------TCA-TA-T-CA-G--ACCAACTGTC--AT-G---------CG-A---A--T-TCC----ATATTT--G---ACCAAAACAA-CATG
gi|44 : tgAAATAATACACTGTTTTGAGATT-C---ATA--T--Ga
gi|48 : ccactggcaaactgagAACAGTACACAGTGTTGAGGTC-C---ATA--T--G
gi|3 : cacaaactggATAACAAATGGTGTTTTGGTC-C---AAA--T--GC-----------AA-GTT-------------------TAC-C---------GAC-T-GG---CA-A---------------T-C-A-----------GA-C-----------------C---------T---------------------------------A-G-----A-----A--------A-----GT---T-------A----T---ATG--CA-----TATC------CCA-TT-C-TAAG--TCTGATTGCCCAGT-C---------CATA---AACT-TGG----AT-ATG--G---AC
gi|13 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacATGAAACATAGTGTTTAGGTC-T---ATA--T--GG-----------AA-CTT-------------------TAT-G---------AAT-T-GG---GC-A---------------G-T-A-----------TA-C-----------------TCTTGATTTAT--------------G------------------A-GC----CT----C--------A-----GC---A--A----A----G---GCC--CA-----TATA------TAA-TT-A-TATG--TCTAACTTCTTAGA-C---------CATA---AACT-TGC----AT-TGG--T---ATTGAAACAttatattatttataaat
gi|7 : acttcaaatatgttgtatttgggtaaacattacttaAATACATGTTGTTGATGTC-T---ATA--TTTGG-----------AC-GTT-------------------TAC-G---------GAC-T-GG---GC-AGGCCGGTAATGTTATT-T-G-----------GA-C-----------------C---------T--------------A------------------A-TC----G-----A--------A-----GC---T--G----A----G---GTC--CA-----TATA------ACA-TTTC-AAGG--TCTGATAGCACAGT-C---------CATA---AACG-TGC----AG-TTG--G---ACCACAGCCA-CATTT-----TTTATTT-----ATCA----TAGTGTACCGGA--TACAAaatttt
gi|14 : aacattcaccaggggttttggtcgtttaaattcttcagtcttcatattgtgtacatgaatatatttaaaccaattgATACACAGTGTTTCTGTC-C---ATA--T--GC-----------AA-GTA-------------------TAC-T---------GAC-T-TA---GC-AC--------------T-C-A-----------GA-T-----------------C---------T--------------AGAATTTTTATATGGACA-A-GC----T-----A--------A-----GC---T--G----A----G---AGC--CA-----TATA------A-A-CC-C-TCTGGCTCCAACTGCCCAGC-C---------TCTA---AGCT-TGC----AA-GTG--G---ACCTCAACAC-CATGT-----GTTGTTT-----ATTA-----ATTATACc
gi|27 : ATACATGGTTTTGGGGTT-C---ATA--T--TC-----------AC-AAC-------------------TAG-G---------GAC-T-TG---GC-A---------------tctgtcaata
gi|31 : tacaatacagcttcccttcagttcatataacattttaaacgtgactgcccagtttacagtggcCACGCTGATGAGGTT-C---ATA--T--AC-----------AA-GTT-------------------TAC-T---------GGC-T-GG---GC-AG--------------T-C-ACTCCCGGAGTGGA-C-----------------C---------A--------------A------------------A-GC----G-----A--------A-----AC---T--G----A----A---ATC--CA-----AATA------ACggtta
gi|46 : tGGTGTTTCGGTC-C---ATA--T--GC-----------AA-GTT-------------------TAT-G---------GAG-T-GG---GT-AG--------------T-C-A-----------Gtt
gi|11 : TAAGGTC-A---ATG--T--AT-----------AA-GTT-------------------TAC-G---------AA------------A---------------T----------------------------------------------------------------------------------------------A--------A-----TT---T--A----A----G---ATC--CA-----TATA------ATA-TA-T-T-TG--TCTGACTTTCCGGT-G---------GCTA---AACT-TGC----AT-GTG--G---ACCGGAACCC-CGTGT-----ATTAATT-----GTTA----CATTATACCGAA--TACGA
gi|20 : taactacA-C-----------------C---------G--------------A------------------A-GC----A-----A--------A-----GC---T--G-------------TTC--TG-----T-TA------GCC-TT-C-TAGA--TTTGACTGATTAGTAC---------C--A---AACT-TGC----AT-TAG--G---ACTGAAACAC-CAGGT-----gtacatttaaacaatatataaaatagcaaatccattgattcgtttg
gi|49 : -----------------C---------T--------------G------------------AAGT----G-----A--------A-----AC---T--G----A----G---GTT--CA-----TATA------ACT-GT-C-TAtcccttcaacagcagaattcctggtctcatgtccgttaactggcataaggacaacaatccaatctatcaa
gi|5 : a----G---GTC--TA-----TATT------ACT-TT-C-TAGG--TCTGACAGTCCAAT-C---------CGTA---CACT-TGC----AT-CTT--G---ACCGAAACAC-CATGC-----ATTATTC-----GTTATTAGTATTATACCGAA--TATAGTC-TATCAgg
gi|25 : cttc----G---GTC--TA-----CATA------CTA-TT-C-CAGA--TTTGACTGTCCGAT-C---------CTTT---AACT-TTC----AT-ACG--G---ATCTCAATAT-CATGT-----ATTATGT-----GCTA----Tctaaaaacaaatgtgtcgtttcatttaggcacaatacaccatttggacgtgcttgcatattgaaacgcttacacacattttgtatattggataagatgacgatattcttgatagtatactgggtcgggttgggtgtatatgagaacttatatatactcttatatataactgga
gi|34 : a----G---GTC--CAAAAAGTATA------CCA-TT-C-TTGG--TCAGACTGCCTGGA-C---------AGTA---AACT-TGC----TT-CTT--G---ACTGAAACAC-CATGT-----Tgaagcgaaactgaggttcataccactttctaggtctgac
gi|30 : ttt----G---GTC--CA-----TA--------ATA-TT-C-TAGG--TCTGACTACCAAGT-C---------AGTA---AACT-TGC----AT-AAG--G---ACATCAGCAT-CGTGT-----ACTCTTT-----Gatt
gi|16 : a---GTC--CA-----TATG------CCA-TT-G-AAGG--TCCTACTGTCAAGG-C---------CGTA---AAAC-TGT----TT-TAG--A---ACCAGAACAT-CATGC-----ATTATTT-----ATTG----CGTGATATCGAA--Tggttcatgttaagaatcaaat
gi|27 : aaaatcatatggagttttt---GTT--CA-----TATA------ACA-TT-T-TAAA--CGTGACTGCCCAGT-ttacttaaacactaaaataacaaatgcatatttcattgtagcaaaacacaccatttgg
gi|39 : tacaatacagcttcccttcaT-C-CAGG--TCTAACCAGCCAGT-G---------TGTA---AACT-GGC----AT-ATG--G---ACCTCAACAC-CGTGT-----ATTACTT-----GTTA----ttacagtggctgccaagtccctagttgtgaatatgaaccccaaaaccatgtatggtta
gi|37 : TA--TTTGACTGTCAGGT-T---------TGTA---AACT-TGC----AT-CTG--G---ACTGAGACAC-GATGT-----ATAACTT-----G-TA----TGTTTTACCaata
gi|40 : tagTG--TACGACAGTCCAGT-C---------TGTA---AATT-TGA----AT-TTG--G---ACCTA---AT-CAT-T-----TTTATAT-------TA----TAC
gi|46 : nCTGACTACCCACT-C---------CATA---AACT-TGC----AT-ATG--G---ACCGAAACAC-C
gi|28 : CCGATTGCCCAGT-A---------TGTA---CACT-TCC----AT-CTG--G---ACCAAAACA----TGT-----TTCATTTCTTACGTTA----AATTTTACCAAA--T
gi|31 : gaagtacttctagtttttttgtgtttgaatacTGACTGCCCAGC-C---------AGTA---AACT-TGT----AT-ATG--A---ACC
gi|9 : tcacgctgatgaCAGT-A---------TGTA---AACT-TGT----AT-TTA--A---A-AGAAAAAC-AATATAATGATTTATTT-----GTTT----TActcccggagtggaccaaagcgaaactgaaatccaaataactt
gi|15 : aatgttaaacagaggatgacgtcattcgatctagtattcaaaatgtgtaagtatttcaatatgcagcaccttcaaatgatatgttatgccgaaatggaaaaatgaattaatattttttgtattgtgcttgaatatattttcagattatataatttacaGT-T---------CGTATTCAACT-TGC----AT-AAA--G---ACCAATACGC-CA-GT-----ATCATTA-----GCTA----TATTATACCGAATCTACCATG-AA
gi|45 : -C---------CGTA---AACT-TGC----AT-GTG--G---ACTTAAAAAG-CATGTAGTA-TTTATTaatacaaaataactagttcaattgtttcattggggcatatcacatcctttggaaaagatggagaaatcataataacacacattatacatcttttatggatatt
gi|38 : tcC----AT-TTG--G---ACCGAAACTCATATGG-----TATATGA-----GCTA----TATCACACCTAA--TACAATGCAATTAAAGTTA
gi|18 : TAAACTGATAGTGTAAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAATTAGCAC-TTTTATATTGGACCGGG---GCCAGTCCTATATACTAT-----------TA-----TATTGATCGGATGA---------AAACAAAGA-A--GG----AA-ATAGGCAAA-TGAGGTAaaaa
gi|2 : GTGTTAAGATCGCAAGATTGGTGCGTCGTAAAA-AATCACATCCGTGATATGAGCTCATGTTATATTGGACCGGG---GCCGGGCCGGTCCAATATACTAA------TA-----TATTGACCGGATGACGTCACATTGAACAATGA-A--AG----GA-ATATGCAAA-TGAGGTAtaatacaatact
gi|3 : atttta-TTTTATATTGGACCA----------------------------------TA-----TATTGACTGGATGACGTCACATTGAACAAAAA-AT-GAATTGAA-AT-----AA-TGAGGTtgtcggttatttatcatttttgttgtttttatgtaggcctacttctgaattgttgtataaggtataaaataataaagaatacatggtgttttggtcaaaatgcaagtttaaggtctagaatgctatacagatcacagcttctcttcggtccatataacattctacgtctgactgcccagtccgttaacctgcatatggacctcaacaccatgtattattt
gi|12 : aaatcac-TTTTATATTGGACCAGGTCCG---------------GTCCTTATACATATACCAATTATTGACCGGATGACGTCACATTGAACAAAGG-A--AG----AA-ATAATGAAA-TGAGtaaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacataacaaatggtgttttggtccaaatgcaagtttaccgactggcaatcagacctagaaagttatatgcatatcccattctaagtctgattgcccagtccataaacttggatatggacttatattatttataaat
gi|41 : aa---------------AT-----------AA-----TATTGATCGGATGACGTCAAATCGAACAAAGA-A--GG----AA-ATATAAAAA-TGAGGttagaaatgcatccggtaaaacttgtaagtttgtaaaatttgtaagtatttcagtatttaagcacatgcaaggtataattaatatc
gi|4 : g-----------TA-----TATTGACCGGATGAAGTCACATTCAACGAATA-A--GA----TC-ATTCGAAAA-TGAGGTA
gi|26 : atta-----------TA-----TATTGACCGGATGAC-----ATTGAACAAAGA-A--GG----AA-ATATGAAAA-TGAGGTAttagtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaatattgtgtttgaatgtatttcgtacaacataacaaataatacgcggtgtttctgtcaaaaatcaattttacaggctgtacagtcagacctaccaatatatgctgaccgaacattgtatgcctgactgcccagtcagtaaggtttgatatggacctcaacaccttgtattatctt
gi|32 : gtatca-----------TA-----GATTTACCGGATGACGTCACGTTGAACAAAGA-A--GG----AA-ATATGAAAA-AGAttagtataaactatgaggtcagcctatctaatacataaaatgagcaagattttcaata
gi|23 : cag-----------TA-----TATTGACCGGGTAACATCAAATTGAACAAAGA-A--AG----AA-ATGTGAAAA-TGATGTAaccttttatgctgacgctaaaagcacc
gi|35 : ataacataa-----------TA-----TATTGACTGGATGATGTCATATTGATCAAAGC-G--GG----AA-ATGTGAAAACTGAttaggatataaattgaatgtgaggtaagttggtctattaaacacaatttgttggtttttcaat
gi|36 : tatgacatcgtccagtcaatataA-----TATGGACGAAATGACGTCATA-TAAACAAAAA-AATGA----AATATAA--AAA-TGAGGCAtta
gi|6 : ta-----TATT-ACCGGACGACGTGACTTTGAACAAAGATA--GA----AA-ATtttaatagacagaccagtgccg
gi|8 : gtatctaTGCCTAGATGACGTCAGGTTGAACAAAAA-C--GG----AG-ATGTGAAGA-TGAGGTAacagtattactatatgaaccagacacaatgtgtaagtatttaaatatatatgcatataaagtagaacgacaaataatttttttattttcatatttggatgtataaaaccaataataaacggtgttaaagttcaaagctaaattgccgccagttttgctttgatctattatataccagtccacacagtccataagtcttaaggaacgtagcagcattgttttatttgtta
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TATATCATACCTCAGTTTTAAATAGTATAATTATTCGTATGTGATGTCATCCGGTTAATATATTAACTTATGGAGTGGC
Unaligned ( gi|42 ): ACATTTGAATTGTAAATGATTGTAAAACTACTATAAACTTGGTATGTTGTAGATA
Unaligned ( gi|43 ): CAGTCAGACCTAGAATAGTAAATGAACTGAAGTAAAACTGAGGTCTATA
Unaligned ( gi|47 ): ATATAACCGAAGCACTGGTGAAACCAGAGGAAAAAACCGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 1 22 1 6666666666666666666 888888888 2 22 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999999 55555 44 44444 66666666 1 1 1 1 1 333 1 3333 1 555 0 55555 22 5555 0 33 0 999 0 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00 1 1 1 1 0 7 1 1 1 1 1 66 0 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444 2 7777777 2 2 2 6666 33 2
lowQualScore : . . .. . ................... ......... . .. ............................................................................................................... ........ ..... .. ..... ........ . . . . . ... . .... . ... . ..... .. .... . .. . ... . . ...................................................................................... .. . . . . . . . . . . . .. . .. ................................................. . ....... . . . .... .. .
lowQualScore : 0 9 55 8 6666666666666666666 000000000 0 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77777777 77777 66 22222 99999999 4 7 7 7 7 000 7 5555 0 222 2 00000 99 3333 9 99 2 666 1 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 0 0 0 0 7 3 0 0 0 0 4 99 2 99 4444444444444444444444444444444444444444444444444 4 6666666 7 7 7 2222 99 9
consensus : CAAATAATACACGG-TGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------TC---------G-----------G---A-C-----------------C---------T-------------G------------------A-GCG-AA-----GC-TG----AGGTC--CA-----TATA------A-CAT-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----TNTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----G--TTA----TATTATACCGAA--TACAAT--CAATCAGAAGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTAATTTCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAACCGATAGTGTNAAGGTCGCCATATAGGTGCGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAATTAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGG--GGCC-----GG------CCN-------A-----TAT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
Reference ( family-265 ) : CAAATAATACACGG-TGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------TC---------A-----------G---A-C-----------------C---------T-------------G------------------A-GCG-AA-----GC-TG----AGGTC--CA-----TATA------A-CAT-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----TNTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----G--TTA----TATTATACCGAA--TACAAT--NAATCAGAAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAACTGATAGTGTNAAGGTCGCNANATNGGTGCGTCGTAAAATAANCACATCCGTGANATNAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGG--GGCC-----G-------CCT-------A-----TAT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
gi|1 : CAAATAATACATGG-TGTTGAGGTCCATAT--GT-ATGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CA---------------TC---------A-----------G---A-C-----------------C---------T-------------G------------------A-GCG-AA-----GC-TG----AGGTC--CA-----TATA------A-CAT-T-C-TATGTCTGACTGTCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----TTTGG---ACCGAAACACCATGTTTTATTT-----G--CTA----TACTATACCGAA--TACAAT--GAATCAGAGGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTAATTTCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAA--GGTCGTGTGAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCATTAAATAAGCACATCCGTGAAATTAGCAC-TTTTAT--ATTGGACCGG--GG--------------------------------AT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-AA-AAT-A--GGCA--AA-TGAGGTA
gi|10 : CAAATAATACATGG-CAATAAGATCCGTAT--GT-TATTT-------------------AAAG---------GAC-TCGA--CAG--------------GC---------G-----------G---T-C-----------------T---------T-------------GG-----------------A-GTG-TA-----ACATGGACCACGTT--TA-----TGCACTTCTGA-TAT-T-C-TGCGTCCGGCTGCCCAGT-ACGTA---AACTCTTCAACTATTTAGTG-ACCTCGACACAATGTACTATAT-----G--TTA----TATTTTACCAAA--TATATTCACAACAAGAAATA
gi|11 : tataggcctgtgTAAGGTCAATGT--AT-AAGTT-------------------TACG---------AAA-T----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA-----TT-TA----AGATC--CA-----TATA------A-TATAT-T-T--GTCTGACTTTCCGGT-GGCTA---AACT-TGCA----TGTGG---ACCGGAACCCCGTGTATTAATT-----G--TTA----CATTATACCGAA--TACGA
gi|12 : taactac-TTTTAT--ATTGGACCAG--GTCC-----GGT-----CCTTATACATA-----TAC-----CAAT-----TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGG-AA-GA-AATAA--TG-A--AA-TGAGgtacatttaaacaatatataaaatagcaaatccattgattcgtttg
gi|13 : aaATGAAACATAG-TGTTTAGGTCTATAT--GG-AACTT-------------------TATG---------AAT-TGGG--CAG--------------T----------A-----------T---A-C-----------------TCTTGATTTAT-------------G------------------A-GCCTCA-----GC-AA----AGGCC--CA-----TATA------T-AAT-T-A-TATGTCTAACTTCTTAGA-CCATA---AACT-TGCA----TTGGT---ATTGAAACATAA-GTAATGTTT-----A--C-------------CCAAA--TACAAC--ATATTTGAAGTttagaaatgcatccggtaaaacttgtaagtttgtaaaatttgtaagtatttcagtatttaagcacatgcaaggtataattaatatc
gi|14 : ATACACAG-TGTTTCTGTCCATAT--GC-AAGTA-------------------TACT---------GAC-TTAG--CAC--------------TC---------A-----------G---A-T-----------------C---------T-------------AGAATTTTTATATGGACA-A-GCT-AA-----GC-TG----AGAGC--CA-----TATA------AACCC-T-C-TGGCTCCAACTGCCCAGC-CTCTA---AGCT-TGCA----AGTGG---ACCTCAACACCATGTGTTGTTT-----A--TTA-----ATTATACaatttt
gi|15 : GT-TCGTATTCAACT-TGCA----TAAAG---ACCAATACGCCA-GTATCATTA-----G--CTA----TATTATACCGAATCTACCAT--GAAtctgtcaata
gi|16 : GTC--CA-----TATG------C-CAT-T-G-AAGGTCCTACTGTCAAGG-CCGTA---AAAC-TGTT----TTAGA---ACCAGAACATCATGCATTATTT-----A--TTG----CGTGATATCGAA--Taatacaaaataactagttcaattgtttcattggggcatatcacatcctttggaaaagatggagaaatcataataacacacattatacatcttttatggatatt
gi|17 : aaaatcatatggagtttttCAAATAATACATGG-TGTTGAGTTCCACAA--GC-A------------------------------------------GG--CAG--------------TC---------G-----------G---ACC-----------------C---------T-------------G------------------A-ATGTAATATGGAC-CG----AAG-----A-----TATG------------T-C-TGGGTGTAACTGCACAGT-CTGTT---AACA-TGAA----TTTGG---AACGATACACCAGACACTATTT-----G--TTA----TGTTATACCAAA--TACAAC--CAATCAGAAGttacttaaacactaaaataacaaatgcatatttcattgtagcaaaacacaccatttgg
gi|18 : TAAACTGATAGTGTAAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAATTAGCAC-TTTTAT--ATTGGACCGG--GGCC-----AGT-----CCT-------ATATACTAT-----TA-------TAT-TGATCGGATGA----------------AAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--GGCA--AA-TGAGGTA
gi|19 : CAAATAATACACAG-TGTCTGTGTCCATAT--AT-AA-TT-------------------TATGAGTAATAATGAT-TCAG--CTG--------------TC---------G-----------G---A-C-----------------T---------TAAAAAATTATAAGG------------------A-CCGAAA-----G---G----GGGTT--CA-----TATA------A-CGC-T-C-TACGTCT-ATT----------------AACT-AACA----TATGT---ACCTTGATGCTATGTATTATTT-----G--Ttaatacaatact
gi|2 : AACCGACAGTGTTAAGATCGCAAGATTGGTGCGTCGTAAAA-AATCACATCCGTGATATGAGCTCATGTTAT--ATTGGACCGG--GGCC-----GGGCCGGTCCA-------A-----TATACTAATA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAATGA-AA-GG-AAT-A--TGCA--AA-TGAGGTAa
gi|2 : attttaAAATAATACATGG-TGTTGAGGTCCATAT--GC-AGGTT-------------------AACG---------GAC-TGGG--CAG--------------TC---------A-----------G---A-CGTAGAATGTTATATGGAC---------C-------------GA-----------------A-GAG-AA-----GC-TG----TGATC--TG-----TATA------G-CAT-T-C-TAGACCT---------------TA---AACT-TGCA----TTTTG---ACCAAAACACCATGTATTCTTT-----A--TTA----TTTTATACCTTA--TACAAC--AATTCAGAAGTAatttatcatttttgttgtttttatgtaggcctacttctgaattgttgtataaggtataaaataataaagaatacatggtgttttggtcaaaatgcaagtttaaggtctagaatgctatacagatcacagcttctcttcggtccatataacattctacgtctgactgcccagtccgttaacctgcatatggacctcaacaccatgtattattt
gi|20 : attttatacctcatttgcatattcctttcattgttcaatgtgacgtcatccggtcaatatattagtatattggaccggcccggccccggtccaatataacatgagctcatatcacggatgtgattttttacgacgcaccaatcttgcgatcttaacactgtcggttatttatcatttttgttgtttttatgtaggcc-TGTTG---TCCTTAT--GC-CAGTT-------------------AACG---------GACATGAGACCAGGAAT----------TCTGCTGTTGAA-----------GGGAA-C-----------------C---------G-------------A------------------A-GCA-AA-----GC-TG------TTC--TG-----T-TA------G-CCT-T-C-TAGATTTGACTGATTAGTACC--A---AACT-TGCA----TTAGG---ACTGAAACACCAGGT
gi|21 : AAATA-TACATAA-TGTTGATGTCTATAT--AC-AAGTTGTCAGATGTAGAATTAATATATG---------GAC-TGA---CA----------------C---------G-----------A---A-A-----------------C---------T-------------G------------------A-AAC-AA-----CT-TG----AGTTC--CA-----TTTA------A-CAT-T-C-TATTTGTGAATGCCCAGT-CCGTA--------TGTA----TTTAGTATACCGAAatccaatctatcaa
gi|22 : caAGATAAAGCATGG-TGTTGAAGCGCATAT--GC-AGGTT-------------------ATCG---------GAA-TG
gi|23 : tgcatgttgttttggtcaaatatggaattcgcatgacagttggtctgatatgatataacccgtgctacttggctctcgtcagtccatataa-----TAA-----TA-------TAT-TGACCGGGTAACATCA-------AATTGAACAAAGA-AA-GA-AAT-G--TGAA--AA-TGATGTAa
gi|24 : ataacataaCAAATAATACATGG-TGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-T---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G----AG-TC--CA-----TATA------A-CCT-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AGAT-TGCA----TATGG---ACCTCAACACCATGTTTTATTT-----ggatataaattgaatgtgaggtaagttggtctattaaacacaatttgttggtttttcaat
gi|25 : taaCACATAATACATGA-TATTGAGATCCGTAT--GA-AAGTT-------------------AAAG---------GAT-CGGA--CAG--------------TC---------A-----------A---A-T-----------------C---------T-------------GGAATAGTATGTAGACCGAA-GCG-AA-----AC-TG----AGGTT--CA-----TACC------A-CTT-T-C-TAGGTCTGAC
gi|26 : aatagGCTCATTTTATGTATTAGATAGGCTGACCTCATAG-------TTT-------A-----TAC-----TAATA----TAT-TGACCGGATGAC------------ATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
gi|27 : gtatcaGTT--CA-----TATA------A-CAT-T-T-TAAACGTGACTGCCCAGT-aagattttcaata
gi|28 : tacaatacagcttcccttcaCCGATTGCCCAGT-ATGTA---CACT-TCCA----TCTGG---ACCAAAA---CATGTTTCATTTCTTACG--TTA----AATTTTACCAAA--TGTATT--CAAACACAAttacagtggctgccaagtccctagttgtgaatatgaaccccaaaaccatgtatggtta
gi|29 : gaagtacttctagtttttCAAA-AGTACACAG-TTTTGAGGTTGATAT--GT-ACCTTAT-----------------TA-----------GAC-TGGG--CAT--------------TA---------A-----------G---A-C-----------------C---------T-------------A----------------------G-AA-----CT-TT----TTTTC--GA-----CAGA------A-GA--T-C-TAAGTTTGACTATTCAG
gi|3 : a-TTTTAT--ATTGGACCA--------------------------------------------TA-------TAT-TGACTGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAAA-AT-G--AAT----TGAAATAA-TGAGGT
gi|3 : aaatcacT-TGACCGGATGACGTCA-------taaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacataacaaatggtgttttggtccaaatgcaagtttaccgactggcaatcagacctagaaagttatatgcatatcccattctaagtctgattgcccagtccataaacttggatatggacttatattatttataaat
gi|3 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggaAAATAATATA----------AGTCCATAT--CC-AAGTT-------------------TATG---------GAC-TGGG--CAA--------------TC---------A-----------G---A-C-----------------T---------T-------------A----------------------G-AA--------TG----GGATATGCA-----TATA------A-CTT-T-C-TAGGTCTGATTGCC-AGT-CGGTA---AACT-TGCA----TTTGG---ACCAAAACACC-------ATTT-----G--TTA----TGTTTTACTGAG--TATATT--TAAGCAAAAatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacataacaaatggtgttttggtccaaatgcaagtttaccgactggcaatcagacctagaaagttatatgcatatcccattctaagtctgattgcccagtccataaacttggatatggacttatattatttataaat
gi|30 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttaGGTC--CA-----TA--------A-TAT-T-C-TAGGTCTGACTACCAAGT-CAGTA---AACT-TGCA----TAAGG---ACATCAGCATCGTGTACTCTTT-----G--Tataaat
gi|31 : CACGC-TGATGAGGTTCATAT--AC-AAGTT-------------------TACT---------GGC-TGGG--CAG--------------TC---------ACTCCCGGAGTGG---A-C-----------------C---------A-------------A------------------A-GCG-AA-----AC-TG----AAATC--CA-----AATA------A-Cggttcatgttaagaatcaaat
gi|32 : t-----TA-------GAT-TTACCGGATGACGTCA-------CGTTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-AGAtt
gi|33 : cag-----TAA-----TA-------TAT-TAACCGGATGACATCA-------CAT---ACGAATA-AT-TATACT-ATTTAAA--AC-TGAGGTAaccttttatgctgacgctaaaagcacc
gi|34 : tatatcaGGTC--CAAAAAGTATA------C-CAT-T-C-TTGGTCAGACTGCCTGGA-CAGTA---AACT-TGCT----TCTTG---ACTGAAACACCATG--TTATTacttatggagtggc
gi|35 : ttt-----TAA-----TA-------TAT-TGACTGGATGATGTCA-------TATTGATCAAAGC-GG-GA-AAT-G--TGAA--AACTGA
gi|36 : tatgacatcgtccagtcaatata-----TAT-----TAAAA----TAT-GGACGAAATGACGTCA-------TA-TAAACAAAAA-AATGA-AAT-A--TAAA--AA-TGAGGCA
gi|37 : taTTTGACTGTCAGGT-TTGTA---AACT-TGCA----TCTGG---ACTGAGACACGATGTATAACTT-----G---TA----TGTTTTACCgacagaccagtgccg
gi|38 : tagtaCA----TTTGG---ACCGAAAC-TCATATGGTATAT-----GAGCTA----TATCACACCTAA--TACAATG-CAATTA-AAGT
gi|39 : CAAGTAATACACGG-TGTTGAGGTCCATAT--GC-CAGTT-------------------TACA---------CAC-TGGC--TGG--------------TT---------A-----------G---A-C-----------------C---------T-------------G------------------taaaaa
gi|4 : tc-----TAA-----TA-------TAT-TGACCGGATGAAGTCA-------CATTCAACGAATA-AG-AT-CAT-T--CGAA--AA-TGAGGTAttaaata
gi|4 : attaAGATAATACAAGG-TGTTGAGGTCCATAT--CA-AACCT-------------------TACT---------GAC-TGGG--CAG--------------TC---------A-----------G---G-C-----------------A---------T-------------A---------------------CA-AT-----GT-TC-----GGTCAGCA-----TATA----------T-T-GGTAGGTCTGACTGTACAGC-CTGTA---AAAT-TGAT----TTTTG---ACAGAAACACCGCGTATTATTT-----G--TTA----TGTTGTACGAAA--TACATT--CAAACACAAgtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaatattgtgtttgaatgtatttcgtacaacataacaaataatacgcggtgtttctgtcaaaaatcaattttacaggctgtacagtcagacctaccaatatatgctgaccgaacattgtatgcctgactgcccagtcagtaaggtttgatatggacctcaacaccttgtattatctt
gi|40 : attatacctcattttcgaatgatcttattcgttgaatgtgacttcatccggtcaatatattagtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaataATAATATAAAAATGATTAGGTCCAAAT--TC-AAATT-------------------TACA---------GAC-TGGA--CTG--------------TC---------t
gi|41 : ntgtacAT-----AA-------TAT-TGATCGGATGACGTCA-------AATCGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TAAA--AA-TGAGGac
gi|43 : gGTT--CA-----TTTA------C-TAT-T-C-TAGGTCTGACTG
gi|44 : AAATAATACACTG-TTTTGAGATTCATAT--GCTCAGTT-------------------TGCtgaagtaaaactgaggtctata
gi|45 : ccactg-CCGTA---AACT-TGCA----TGTGG---ACTTAAAAAGCATGTAGTATTT-----A--TT
gi|46 : tcCTGACTACCCACT-CCATA---AACT-TGCA----TATGG---ACCGAAACACC
gi|48 : AACAGTACACAG-TGTTGAGGTCCATAT--GC-CAGTT-------------------T
gi|49 : cac-----------------C---------T-------------G------------------AAGTG-AA-----AC-TG----AGGTT--CA-----TATA------A-CTG-T-C-TAGG
gi|5 : aGGTC--TA-----TATT------A-CTT-T-C-TAGGTCTGACAGTCCAAT-CCGTA---CACT-TGCA----TCTTG---ACCGAAACACCATGCATTATTC-----G--TTATTAGTATTATACCGAA--TATAGT--CTATCA
gi|6 : cttc-------TAT-T-ACCGGACGACGTGA-------CTTTGAACAAAGATAG-AA-AAT-ctaaaaacaaatgtgtcgtttcatttaggcacaatacaccatttggacgtgcttgcatattgaaacgcttacacacattttgtatattggataagatgacgatattcttgatagtatactgggtcgggttgggtgtatatgagaacttatatatactcttatatataactgga
gi|7 : gtatctaAATACATGT-TGTTGATGTCTATATTTGG-ACGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAGGCCGGTAATGTTATTT---------G-----------G---A-C-----------------C---------T-------------A------------------A-TCG-AA-----GC-TG----AGGTC--CA-----TATA------A-CAT-TTC-AAGGTCTGATAGCACAGT-CCATA---AACG-TGCA----GTTGG---ACCACAGCCACATTTTTTATTT-----A--TCA----TAGTGTACCGGA--TACAAacagtattactatatgaaccagacacaatgtgtaagtatttaaatatatatgcatataaagtagaacgacaaataatttttttattttcatatttggatgtataaaaccaataataaacggtgttaaagttcaaagctaaattgccgccagttttgctttgatctattatataccagtccacacagtccataagtcttaaggaacgtagcagcattgttttatttgtta
gi|8 : aacattcaccaggggttttggtcgtttaaattcttcagtcttcatattgtgtacatgaatatatttaaaccaattgTTAT--ATTGGACTTG--G-CCAA---G-------TCC-------A-----TAT-----AAAAGAAAACATCTGCCTAGATGACGTCA-------GGTTGAACAAAAA-CG-GA-GAT-G--TGAA--GA-TGAGGTAc
gi|8 : ttgtggtggggatattaataagtatagaaC-TTTTAT--AT-GGACTTG--G-CC-----AAGT----CCA-------A-----TAT-----AA-------TAC-CG--TGGATGACGTCATTTGGTCCAATAAACAAAtaccgtggatgacgtcatttggtccaataaacaaaatttgtaagtacttcaaaatgcaactgcatccaaattgtgcattatgcctgatttgaatgacacatttgctatttttttat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTTAAACAGAGGATGACGTCATTCGATCTAGTATTCAAAATGTGTAAGTATTTCAATATGCAGCACCTTCAAATGATATGTTATGCCGAAATGGAAAAATGAATTAATATTTTTTGTATTGTGCTTGAATATATTTTCAGATTATATAATTTACATAAAACAAATAAATCATTATATTGTTTTTCTTTTAAATACAAGTTTACATACTG
Unaligned ( gi|42 ): ACATTTGAATTGTAAATGATTGTAAAACTACTATAAACTTGGTATGTTGTAGATA
Unaligned ( gi|47 ): ATATAACCGAAGCACTGGTGAAACCAGAGGAAAAAACCGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 2222 222 2 11 111 1 77777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 3 22 1 7777777777777777777 0 888888888 2 1 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444 555 44 66666 5555555 1 1 1 1 1 1 0 222 1 3333 22 444 0 77777 5555 0 1111 3 3 6 3333 111 0 3 00 1 0 7 777 3 1 1 66 33 33333333333333333333333333333333333333333333333 2 7777777 2 2 2 6666 33 2
lowQualScore : . .. . ................... . ......... . . .. ............................................................................................................ ..... ... .. ..... ....... . . . . . . . ... . .... .. ... . ..... .... . .... . . . .... ... . . .. . . . ... . . . .. .. ............................................... . ....... . . . .... .. .
lowQualScore : 2 66 9 4444444444444444444 7 444444444 1 8 99 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999 000 44 88888 7777777 7 7 7 7 9 5 2 888 6 3333 55 888 1 88888 3333 9 4444 6 6 6 0000 000 0 0 33 0 7 3 555 2 0 4 99 66 66666666666666666666666666666666666666666666666 4 6666666 7 7 7 2222 99 9
consensus : CAAATAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------GGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----GTTA----TATTATACCGAATACAAT--CA-A-TCAGAAGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTCAATTNCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAACCGATAGTGTNAAGGTCGCCATATAGGTGCGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGGGGCC--GG------CCN--------A-----TAT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
Reference ( family-265 ) : CAAATAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------GGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-NTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----GTTA----TATTATACCGAATACAAT--CA-A-TCAGAAGTACAGAACCCATGGCTATCAGTT-AATTTCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAACCGATAGTGTNAAGGTCGCCATATAGGTGCGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGGGGCC--GG------CCN--------A-----TAT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
gi|1 : CAAATAATACATGGTGTTGAGGTCCATAT--GT-ATGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CA---------------T------C------------------AGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TATGTCTGACTGTCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTTTTATTT-----GCTA----TACTATACCGAATACAAT--GA-A-TCAGAGGTACAGAACCCATGGCTATCAGTT-AATTTCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAA--GGTCGTGTGAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCATTAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCAC-TTTTAT--ATTGGACCGGGG------------------------------AT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-AA-AAT-A--GGCA--AA-TGAGGTA
gi|10 : CAAATAATACATGGCAATAAGATCCGTAT--GT-TATTT-------------------AAAG---------GAC-TCGA--CAG--------------G------C------------------GGT-CTT-------------GG-----------------A-GTG-----T--------A-----ACATGGACCAC---GTT--TA-----TGCACTTCTGATA-T-T-C-TGCGTCCGGCTGCCCAGT-ACGTA---AACTCTTCAACTAT-TTAGTG-ACCTCGACACAATGTACTATAT-----GTTA----TATTTTACCAAATATATTCACA-A-CAAGAAATACA
gi|11 : tataggcctgTAAGGTCAATGT--AT-AAGTT-------------------TACG---------AAA-T-------------------------------------------------------------------------------------------------A--------A-----TT-TA----AG---ATC--CA-----TATA------ATA-TAT-T-T--GTCTGACTTTCCGGT-GGCTA---AACT-TGCA----T-GTGG---ACCGGAACCCCGTGTATTAATT-----GTTA----CATTATACCGAATACGA
gi|12 : taactac-TTTTAT--ATTGGACCAGGTCC--GG------TCC--------T-----TATACATATACCAAT--TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGG-AA-GA-AATAA--TG-A--AA-TGAGgtacatttaaacaatatataaaatagcaaatccattgattcgtttg
gi|13 : aaATGAAACATAGTGTTTAGGTCTATAT--GG-AACTT-------------------TATG---------AAT-TGGG--CAG--------------TATACTCT------------------TGA-TTTAT-----------G------------------A-GCCT----C--------A-----GC-AA----AG---GCC--CA-----TATA------TAA-T-T-A-TATGTCTAACTTCTTAGA-CCATA---AACT-TGCA----T-TGGT---ATTGAAACATAA-GTAATGTTT-----AC-------------CCAAATACAA---CATA-TTTGAAGTttagaaatgcatccggtaaaacttgtaagtttgtaaaatttgtaagtatttcagtatttaagcacatgcaaggtataattaatatc
gi|14 : AAACAACACATGGTGTTGAGGTCCACTT--GC-AAGCT-------------------TAGA---------GGC-TGGG--CAG--------------T------T------------------GGAGCCA-------------G------------------A-GGGTTTATATGGCTCTCA-----GC-TT----AGCTTGTC--CA-----TATA------AAAAT-T-C-TAGATCTGAGTGCTAAGT-CAGTA---TACT-TGCA----T-ATGG---ACAGAAACACTGTGTATaatttt
gi|15 : GT-TCGTATTCAACT-TGCA----T-AAAG---ACCAATACGCCA-GTATCATTA-----GCTA----TATTATACCGAAT-CTAC--C--A-TGA-AAATACAAA----ATAACT---AGTTCAATTGTTTCAattaattatactctgtcaata
gi|16 : ---GTC--CA-----TATG------CCA-T-T-G-AAGGTCCTACTGTCAAGG-CCGTA---AAAC-TGTT----T-TAGA---ACCAGAACATCATGCATTATTT-----ATTG----CGTGATATCGAATttggggcatatcacatcctttggaaaagatggagaaatcataataacacacattatacatcttttatggatatt
gi|17 : aaaatcatatggagtttttCAAATAATACATGGTGTTGAGTTCCACAA--GC-A------------------------------------------GG--CAG--------------T------C------------------GGACCCT-------------G------------------A-ATGT----A--------ATATGGAC-CG----AA---G-----A-----TATG------------T-C-TGGGTGTAACTGCACAGT-CTGTT---AACA-TGAA----T-TTGG---AACGATACACCAGACACTATTT-----GTTA----TGTTATACCAAATACAAC--CA-A-TCAGAAGttacttaaacactaaaataacaaatgcatatttcattgtagcaaaacacaccatttgg
gi|18 : TAAACTGATAGTGTAAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCAC-TTTTAT--ATTGGACCGGGGCC--AGT-----CCT--------ATATACTAT-----TA-------TAT-TGATCGGATGA----------------AAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--GGCA--AA-TGAGGTA
gi|19 : CAAATAATACACAGTGTCTGTGTCCATAT--AT-AA-TT-------------------TATGAGTAATAATGAT-TCAG--CTG--------------T------C------------------GGA-CTTAAAAAATTATAAGG------------------A-CCGA----A--------A-----G---G----GG---GTT--CA-----TATA------ACG-C-T-C-TACGTCT-ATT----------------AACT-AACA----T-ATGT---ACCTTGATGCTATGTATTATTT-----GTtaatacaatact
gi|2 : AACCGACAGTGTTAAGATCGCAAGATTGGTGCGTCGTAAAA-AATCACATCCGTGATA---TGAGCTCATGTTAT--ATTGGACCGGGGCC--GGGCCGGTCCA--------A-----TATACTAATA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAATGA-AA-GG-AAT-A--TGCA--AA-TGAGGTAa
gi|2 : attttaAAATAATACATGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AGGTT-------------------AACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------CAGACGTAGAATGTTATATGGA-CCG-------------A------------------A-GAG-----A--------A-----GC-TG----TG---ATC--TG-----TATA------GCA-T-T-C-TAGACCT---------------TA---AACT-TGCA----T-TTTG---ACCAAAACACCATGTATTCTTT-----ATTA----TTTTATACCTTATACAA---CA-ATTCAGAAGTAatttatcatttttgttgtttttatgtaggcctacttctgaattgttgtataaggtataaaataataaagaatacatggtgttttggtcaaaatgcaagtttaaggtctagaatgctatacagatcacagcttctcttcggtccatataacattctacgtctgactgcccagtccgttaacctgcatatggacctcaacaccatgtattattt
gi|20 : attttatacctcatttgcatattcctttcattgttcaatgtgacgtcatccggtcaatatattagtatattggaccggcccggccccggtccaatataacatgagctcatatcacggatgtgattttttacgacgcaccaatcttgcgatcttaacactgtcggttatttatcatttttgttgtttttatgtaggccTGTTG---TCCTTAT--GC-CAGTT-------------------AACG---------GACATGAGACCAGGAAT----------T------CTGCTGTTGAAGG------GAA-CCG-------------A------------------A-GCA-----A--------A-----GC-TG---------TTC--TG-----T-TA------GCC-T-T-C-TAGATTTGACTGATTAGTACC--A---AACT-TGCA----T-TAGG---ACTGAAACACCAGGT
gi|21 : AAATA-TACATAATGTTGATGTCTATAT--AC-AAGTTGTCAGATGTAGAATTAATATATG---------GAC-TGA---CA----------------------C------------------GAA-ACT-------------G------------------A-AAC-----A--------A-----CT-TG----AG---TTC--CA-----TTTA------ACA-T-T-C-TATTTGTGAATGCCCAGT-CCGTA--------TGTA----T-TTAGTATACCGAAatccaatctatcaa
gi|22 : caAGATAAAGCATGGTGTTGAAGCGCATAT--GC-AGGTT-------------------ATCG---------GAA-T-GT--TAT--------------A------T------------------GGA--CT-------------G------------------A--CG-----AG-------A-----GC-CA----AGTA-GCA--CGGGT--TATA------TCA-T-A-T-CAGA-CCAACTGTC--AT-GCG-A---A--T-TCCA----TATTTG---ACCAAAACAACATGCA
gi|23 : -----TAA-----TA-------TAT-TGACCGGGTAACATCA-------AATTGAACAAAGA-AA-GA-AAT-G--TGAA--AA-TGATGTAa
gi|24 : ataacataaCAAATAATACATGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G----AG----TC--CA-----TATA------ACC-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AGAT-TGCA----T-ATGG---ACCTCAACACCATGTTTTATTT-----ggatataaattgaatgtgaggtaagttggtctattaaacacaatttgttggtttttcaat
gi|25 : taaCACATAATACATGATATTGAGATCCGTAT--GA-AAGTT-------------------AAAG---------GAT-CGGA--CAG--------------T------C------------------AAA-TCT-------------GGAATAGTATGTAGACCGAA-GCG-----A--------A-----AC-TG----AG---GTT--CA-----TACC------ACT-T-T-C-TAGGTCTGAC
gi|26 : aatagTGAAAATCTT-GCTCATTTTATGTATTAGAT--AGGCT--GA------CCTCATAGTTTA-----TAC-----TAATA----TAT-TGACCGGATGAC------------ATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
gi|27 : gtatca---GTT--CA-----TATA------ACA-T-T-T-TAAACGTGACTGCCCAGT-ata
gi|28 : tacaatacagcttcccttcaCCGATTGCCCAGT-ATGTA---CACT-TCCA----T-CTGG---ACCAAAA---CATGTTTCATTTCTTACGTTA----AATTTTACCAAATGTATT--CA-A-ACACAAttacagtggctgccaagtccctagttgtgaatatgaaccccaaaaccatgtatggtta
gi|29 : gaagtacttctagtttttCAAA-AGTACACAGTTTTGAGGTTGATAT--GT-ACCTTAT-----------------TA-----------GAC-TGGG--CAT--------------T------A------------------AGA-CCT-------------A----------------------G-----A--------A-----CT-TT----TT---TTC--GA-----CAGA------AGA---T-C-TAAGTTTGACTATTCAG
gi|3 : a-TTTTAT--ATTGGACCA----------------------------------------TA-------TAT-TGACTGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAAA-AT-G--AAT----TGAAATAA-TGAGGT
gi|3 : aaatcacT-TGACCGGATGACGTCA-------taaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacataacaaatggtgttttggtccaaatgcaagtttaccgactggcaatcagacctagaaagttatatgcatatcccattctaagtctgattgcccagtccataaacttggatatggacttatattatttataaat
gi|3 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggaAAATAATATA---------AGTCCATAT--CC-AAGTT-------------------TATG---------GAC-TGGG--CAA--------------T------C------------------AGA-CTT-------------A----------------------G-----A--------A--------TG----GG---ATATGCA-----TATA------ACT-T-T-C-TAGGTCTGATTGCC-AGT-CGGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCAAAACACC-------ATTT-----GTTA----TGTTTTACTGAGTATATT--TA-A-GCAAAAatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacataacaaatggtgttttggtccaaatgcaagtttaccgactggcaatcagacctagaaagttatatgcatatcccattctaagtctgattgcccagtccataaacttggatatggacttatattatttataaat
gi|30 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttaG---GTC--CA-----TA--------ATA-T-T-C-TAGGTCTGACTACCAAGT-CAGTA---AACT-TGCA----T-AAGG---ACATCAGCATCGTGTACTCTTT-----GTataaat
gi|31 : CACGCTGATGAGGTTCATAT--AC-AAGTT-------------------TACT---------GGC-TGGG--CAG--------------T------CACTCCCGGAGT-------GGA-CCA-------------A------------------A-GCG-----A--------A-----AC-TG----AA---ATC--CA-----AATA------ACggttcatgttaagaatcaaat
gi|32 : t-----TA-------GAT-TTACCGGATGACGTCA-------CGTTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-AGAtt
gi|33 : cag-----TAA-----TA-------TAT-TAACCGGATGACATCA-------CAT---ACGAATA-AT-TATACT-ATTTAAA--AC-TGAGGTAaccttttatgctgacgctaaaagcacc
gi|34 : tatatcaG---GTC--CAAAAAGTATA------CCA-T-T-C-TTGGTCAGACTGCCTGGA-CAGTA---AACT-TGCT----T-CTTG---ACTGAAACACCATG--TTATTacttatggagtggc
gi|35 : ttt-----TAA-----TA-------TAT-TGACTGGATGATGTCA-------TATTGATCAAAGC-GG-GA-AAT-G--TGAA--AACTGA
gi|36 : tatgacatcgtccagtcaatata-----TAT-----TAAAA----TAT-GGACGAAATGACGTCA-------TA-TAAACAAAAA-AATGA-AAT-A--TAAA--AA-TGAGGCA
gi|37 : taTTTGACTGTCAGGT-TTGTA---AACT-TGCA----T-CTGG---ACTGAGACACGATGTATAACTT-----G-TA----TGTTTTACCgacagaccagtgccg
gi|38 : tagtaCA----T-TTGG---ACCGAAAC-TCATATGGTATATGA---GCTA----TATCACACCTAATACAATG-CA-A-TTA-AAGT
gi|39 : CAAGTAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-CAGTT-------------------TACA---------CAC-TGGC--TGG--------------T------T------------------AGA-CCT-------------G------------------taaaaa
gi|4 : tc-----TAA-----TA-------TAT-TGACCGGATGAAGTCA-------CATTCAACGAATA-AG-AT-CAT-T--CGAA--AA-TGAGGTAttaaata
gi|4 : attaAGATAATACAAGGTGTTGAGGTCCATAT--CA-AACCT-------------------TACT---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------AGG-CAT-------------A---------------------CA-----A--------T-----GT-TC-----G---GTCAGCA-----TATA----------T-T-GGTAGGTCTGACTGTACAGC-CTGTA---AAAT-TGAT----T-TTTG---ACAGAAACACCGCGTATTATTT-----GTTA----TGTTGTACGAAATACATT--CA-A-ACACAAgtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaatattgtgtttgaatgtatttcgtacaacataacaaataatacgcggtgtttctgtcaaaaatcaattttacaggctgtacagtcagacctaccaatatatgctgaccgaacattgtatgcctgactgcccagtcagtaaggtttgatatggacctcaacaccttgtattatctt
gi|40 : attatacctcattttcgaatgatcttattcgttgaatgtgacttcatccggtcaatatattagtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaataGACAGTCCAGT-CTGTA---AATT-TGAA----T-TTGG---ACCTA----------ATCATTT------TTA----TATTATACt
gi|41 : ntgtacAT-----AA-------TAT-TGATCGGATGACGTCA-------AATCGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TAAA--AA-TGAGG
gi|43 : g---GTT--CA-----TTTA------CTA-T-T-C-TAGGTCTGACTG
gi|44 : AAATAATACACTGTTTTGAGATTCATAT--GCTCAGTT-------------------TGCtgaagtaaaactgaggtctata
gi|45 : ccactg-CCGTA---AACT-TGCA----T-GTGG---ACTTAAAAAGCATGTAGTATTT-----ATT
gi|46 : tcCTGACTACCCACT-CCATA---AACT-TGCA----T-ATGG---ACCGAAACACC
gi|48 : AACAGTACACAGTGTTGAGGTCCATAT--GC-CAGTT-------------------T
gi|49 : cacCT-------------G------------------AAGTG-----A--------A-----AC-TG----AG---GTT--CA-----TATA------ACT-G-T-C-TAGG
gi|5 : aG---GTC--TA-----TATT------ACT-T-T-C-TAGGTCTGACAGTCCAAT-CCGTA---CACT-TGCA----T-CTTG---ACCGAAACACCATGCATTATTC-----GTTATTAGTATTATACCGAATATAGT--CT-A-TCA
gi|6 : cttc-------TAT-T-ACCGGACGACGTGA-------CTTTGAACAAAGATAG-AA-AAT-ctaaaaacaaatgtgtcgtttcatttaggcacaatacaccatttggacgtgcttgcatattgaaacgcttacacacattttgtatattggataagatgacgatattcttgatagtatactgggtcgggttgggtgtatatgagaacttatatatactcttatatataactgga
gi|7 : gtatctaAATACATGTTGTTGATGTCTATATTTGG-ACGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAGGCCGGTAATGTTATT------T------------------GGA-CCT-------------A------------------A-TCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-TTC-AAGGTCTGATAGCACAGT-CCATA---AACG-TGCA----G-TTGG---ACCACAGCCACATTTTTTATTT-----ATCA----TAGTGTACCGGATACAAacagtattactatatgaaccagacacaatgtgtaagtatttaaatatatatgcatataaagtagaacgacaaataatttttttattttcatatttggatgtataaaaccaataataaacggtgttaaagttcaaagctaaattgccgccagttttgctttgatctattatataccagtccacacagtccataagtcttaaggaacgtagcagcattgttttatttgtta
gi|8 : aacattcaccaggggttttggtcgtttaaattcttcagtcttcatattgtgtacatgaatatatttaaaccaattgTTAT--ATTGGACTTGGCCA--AG------TCC--------A-----TAT-----AAAAGAAAACATCTGCCTAGATGACGTCA-------GGTTGAACAAAAA-CG-GA-GAT-G--TGAA--GA-TGAGGTAc
gi|8 : ttgtggtggggatattaataagtatagaaC-TTTTAT--AT-GGACTTGG-CCAAGT------CCA--------A-----TAT-----AA-------TAC-CG--TGGATGACGTCATTTGGTCCAATAAACAAAtaccgtggatgacgtcatttggtccaataaacaaaatttgtaagtacttcaaaatgcaactgcatccaaattgtgcattatgcctgatttgaatgacacatttgctatttttttat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTTAAACAGAGGATGACGTCATTCGATCTAGTATTCAAAATGTGTAAGTATTTCAATATGCAGCACCTTCAAATGATATGTTATGCCGAAATGGAAAAATGAATTAATATTTTTTGTATTGTGCTTGAATATATTTTCAGATTATATAATTTACATAAAACAAATAAATCATTATATTGTTTTTCTTTTAAATACAAGTTTACATACTG
Unaligned ( gi|42 ): ACATTTGAATTGTAAATGATTGTAAAACTACTATAAACTTGGTATGTTGTAGATA
Unaligned ( gi|47 ): ATATAACCGAAGCACTGGTGAAACCAGAGGAAAAAACCGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 2222 222 1 11 111 1 77777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 3 22 1 7777777777777777777 0 888888888 2 1 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444 555 44 66666 5555555 1 1 1 1 1 1 0 222 1 3333 22 444 0 77777 5555 0 1111 3 3 6 3333 111 5 1 00 1 0 7 777 3 1 1 66 33 33333333333333333333333333333333333333333333333 2 7777777 2 2 2 6666 33 2
lowQualScore : . .. . ................... . ......... . . .. ............................................................................................................ ..... ... .. ..... ....... . . . . . . . ... . .... .. ... . ..... .... . .... . . . .... ... . . .. . . . ... . . . .. .. ............................................... . ....... . . . .... .. .
lowQualScore : 2 66 9 4444444444444444444 7 444444444 1 8 99 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999 000 44 88888 7777777 7 7 7 7 9 5 2 888 6 3333 77 888 1 88888 3333 9 4444 6 6 6 0000 000 0 0 33 0 7 3 555 2 0 4 99 66 66666666666666666666666666666666666666666666666 4 6666666 7 7 7 2222 99 9
consensus : CAAATAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------GGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----GTTA----TATTATACCGAATACAAT--CA-A-TCAGAAGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTCAATTNCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAACCGATAGTGTNAAGGTCGCCATATAGGTGCGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGGGGCC--GG------CCN--------A-----TAT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
Reference ( family-265 ) : CAAATAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------GGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----GTTA----TATTATACCGAATACAAT--CA-A-TCAGAAGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTCAATTNCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAACCGATAGTGTNAAGGTCGCCATATAGGTGCGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGGGGCC--GG------CCN--------A-----TAT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
gi|1 : CAAATAATACATGGTGTTGAGGTCCATAT--GT-ATGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CA---------------T------C------------------AGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TATGTCTGACTGTCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTTTTATTT-----GCTA----TACTATACCGAATACAAT--GA-A-TCAGAGGTACAGAACCCATGGCTATCAGTT-AATTTCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAA--GGTCGTGTGAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCATTAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCAC-TTTTAT--ATTGGACCGGGG------------------------------AT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-AA-AAT-A--GGCA--AA-TGAGGTA
gi|10 : CAAATAATACATGGCAATAAGATCCGTAT--GT-TATTT-------------------AAAG---------GAC-TCGA--CAG--------------G------C------------------GGT-CTT-------------GG-----------------A-GTG-----T--------A-----ACATGGACCAC---GTT--TA-----TGCACTTCTGATA-T-T-C-TGCGTCCGGCTGCCCAGT-ACGTA---AACTCTTCAACTAT-TTAGTG-ACCTCGACACAATGTACTATAT-----GTTA----TATTTTACCAAATATATTCACA-A-CAAGAAATACA
gi|11 : tataggcctgTAAGGTCAATGT--AT-AAGTT-------------------TACG---------AAA-T-------------------------------------------------------------------------------------------------A--------A-----TT-TA----AG---ATC--CA-----TATA------ATA-TAT-T-T--GTCTGACTTTCCGGT-GGCTA---AACT-TGCA----T-GTGG---ACCGGAACCCCGTGTATTAATT-----GTTA----CATTATACCGAATACGA
gi|12 : taactac-TTTTAT--ATTGGACCAGGTCC--GG------TCC--------T-----TATACATATACCAAT--TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGG-AA-GA-AATAA--TG-A--AA-TGAGgtacatttaaacaatatataaaatagcaaatccattgattcgtttg
gi|13 : aaATGAAACATAGTGTTTAGGTCTATAT--GG-AACTT-------------------TATG---------AAT-TGGG--CAG--------------TATACTCT------------------TGA-TTTAT-----------G------------------A-GCCT----C--------A-----GC-AA----AG---GCC--CA-----TATA------TAA-T-T-A-TATGTCTAACTTCTTAGA-CCATA---AACT-TGCA----T-TGGT---ATTGAAACATAA-GTAATGTTT-----AC-------------CCAAATACAA---CATA-TTTGAAGTttagaaatgcatccggtaaaacttgtaagtttgtaaaatttgtaagtatttcagtatttaagcacatgcaaggtataattaatatc
gi|14 : AAACAACACATGGTGTTGAGGTCCACTT--GC-AAGCT-------------------TAGA---------GGC-TGGG--CAG--------------T------T------------------GGAGCCA-------------G------------------A-GGGTTTATATGGCTCTCA-----GC-TT----AGCTTGTC--CA-----TATA------AAAAT-T-C-TAGATCTGAGTGCTAAGT-CAGTA---TACT-TGCA----T-ATGG---ACAGAAACACTGTGTATaatttt
gi|15 : GT-TCGTATTCAACT-TGCA----T-AAAG---ACCAATACGCCA-GTATCATTA-----GCTA----TATTATACCGAAT-CTAC--C--A-TGA-AAATACAAA----ATAACT---AGTTCAATTGTTTCAattaattatactctgtcaata
gi|16 : ---GTC--CA-----TATG------CCA-T-T-G-AAGGTCCTACTGTCAAGG-CCGTA---AAAC-TGTT----T-TAGA---ACCAGAACATCATGCATTATTT-----ATTG----CGTGATATCGAATttggggcatatcacatcctttggaaaagatggagaaatcataataacacacattatacatcttttatggatatt
gi|17 : aaaatcatatggagtttttCAAATAATACATGGTGTTGAGTTCCACAA--GC-A------------------------------------------GG--CAG--------------T------C------------------GGACCCT-------------G------------------A-ATGT----A--------ATATGGAC-CG----AA---G-----A-----TATG------------T-C-TGGGTGTAACTGCACAGT-CTGTT---AACA-TGAA----T-TTGG---AACGATACACCAGACACTATTT-----GTTA----TGTTATACCAAATACAAC--CA-A-TCAGAAGttacttaaacactaaaataacaaatgcatatttcattgtagcaaaacacaccatttgg
gi|18 : TAAACTGATAGTGTAAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCAC-TTTTAT--ATTGGACCGGGGCC--AGT-----CCT--------ATATACTAT-----TA-------TAT-TGATCGGATGA----------------AAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--GGCA--AA-TGAGGTA
gi|19 : CAAATAATACACAGTGTCTGTGTCCATAT--AT-AA-TT-------------------TATGAGTAATAATGAT-TCAG--CTG--------------T------C------------------GGA-CTTAAAAAATTATAAGG------------------A-CCGA----A--------A-----G---G----GG---GTT--CA-----TATA------ACG-C-T-C-TACGTCT-ATT----------------AACT-AACA----T-ATGT---ACCTTGATGCTATGTATTATTT-----GTtaatacaatact
gi|2 : AACCGACAGTGTTAAGATCGCAAGATTGGTGCGTCGTAAAA-AATCACATCCGTGATA---TGAGCTCATGTTAT--ATTGGACCGGGGCC--GGGCCGGTCCA--------A-----TATACTAATA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAATGA-AA-GG-AAT-A--TGCA--AA-TGAGGTAa
gi|2 : attttaAAATAATACATGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AGGTT-------------------AACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------CAGACGTAGAATGTTATATGGA-CCG-------------A------------------A-GAG-----A--------A-----GC-TG----TG---ATC--TG-----TATA------GCA-T-T-C-TAGACCT---------------TA---AACT-TGCA----T-TTTG---ACCAAAACACCATGTATTCTTT-----ATTA----TTTTATACCTTATACAA---CA-ATTCAGAAGTAatttatcatttttgttgtttttatgtaggcctacttctgaattgttgtataaggtataaaataataaagaatacatggtgttttggtcaaaatgcaagtttaaggtctagaatgctatacagatcacagcttctcttcggtccatataacattctacgtctgactgcccagtccgttaacctgcatatggacctcaacaccatgtattattt
gi|20 : attttatacctcatttgcatattcctttcattgttcaatgtgacgtcatccggtcaatatattagtatattggaccggcccggccccggtccaatataacatgagctcatatcacggatgtgattttttacgacgcaccaatcttgcgatcttaacactgtcggttatttatcatttttgttgtttttatgtaggccTGTTG---TCCTTAT--GC-CAGTT-------------------AACG---------GACATGAGACCAGGAAT----------T------CTGCTGTTGAAGG------GAA-CCG-------------A------------------A-GCA-----A--------A-----GC-TG---------TTC--TG-----T-TA------GCC-T-T-C-TAGATTTGACTGATTAGTACC--A---AACT-TGCA----T-TAGG---ACTGAAACACCAGGT
gi|21 : AAATA-TACATAATGTTGATGTCTATAT--AC-AAGTTGTCAGATGTAGAATTAATATATG---------GAC-TGA---CA----------------------C------------------GAA-ACT-------------G------------------A-AAC-----A--------A-----CT-TG----AG---TTC--CA-----TTTA------ACA-T-T-C-TATTTGTGAATGCCCAGT-CCGTA--------TGTA----T-TTAGTATACCGAAatccaatctatcaa
gi|22 : caAGATAAAGCATGGTGTTGAAGCGCATAT--GC-AGGTT-------------------ATCG---------GAA-T-GT--TAT--------------A------T------------------GGA--CT-------------G------------------A--CG-----AG-------A-----GC-CA----AGTA-GCA--CGGGT--TATA------TCA-T-A-T-CAGA-CCAACTGTC--AT-GCG-A---A--T-TCCA----TATTTG---ACCAAAACAACATGCA
gi|23 : -----TAA-----TA-------TAT-TGACCGGGTAACATCA-------AATTGAACAAAGA-AA-GA-AAT-G--TGAA--AA-TGATGTAa
gi|24 : ataacataaCAAATAATACATGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G----AG----TC--CA-----TATA------ACC-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AGAT-TGCA----T-ATGG---ACCTCAACACCATGTTTTATTT-----ggatataaattgaatgtgaggtaagttggtctattaaacacaatttgttggtttttcaat
gi|25 : taaCACATAATACATGATATTGAGATCCGTAT--GA-AAGTT-------------------AAAG---------GAT-CGGA--CAG--------------T------C------------------AAA-TCT-------------GGAATAGTATGTAGACCGAA-GCG-----A--------A-----AC-TG----AG---GTT--CA-----TACC------ACT-T-T-C-TAGGTCTGAC
gi|26 : aatagTGAAAATCTT-GCTCATTTTATGTATTAGAT--AGGCT--GA------CCTCATAGTTTA-----TAC-----TAATA----TAT-TGACCGGATGAC------------ATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
gi|27 : gtatca---GTT--CA-----TATA------ACA-T-T-T-TAAACGTGACTGCCCAGT-ata
gi|28 : tacaatacagcttcccttcaCCGATTGCCCAGT-ATGTA---CACT-TCCA----T-CTGG---ACCAAAA---CATGTTTCATTTCTTACGTTA----AATTTTACCAAATGTATT--CA-A-ACACAAttacagtggctgccaagtccctagttgtgaatatgaaccccaaaaccatgtatggtta
gi|29 : gaagtacttctagtttttCAAA-AGTACACAGTTTTGAGGTTGATAT--GT-ACCTTAT-----------------TA-----------GAC-TGGG--CAT--------------T------A------------------AGA-CCT-------------A----------------------G-----A--------A-----CT-TT----TT---TTC--GA-----CAGA------AGA---T-C-TAAGTTTGACTATTCAG
gi|3 : a-TTTTAT--ATTGGACCA----------------------------------------TA-------TAT-TGACTGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAAA-AT-G--AAT----TGAAATAA-TGAGGT
gi|3 : aaatcacT-TGACCGGATGACGTCA-------taaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacataacaaatggtgttttggtccaaatgcaagtttaccgactggcaatcagacctagaaagttatatgcatatcccattctaagtctgattgcccagtccataaacttggatatggacttatattatttataaat
gi|3 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggaAAATAATATA---------AGTCCATAT--CC-AAGTT-------------------TATG---------GAC-TGGG--CAA--------------T------C------------------AGA-CTT-------------A----------------------G-----A--------A--------TG----GG---ATATGCA-----TATA------ACT-T-T-C-TAGGTCTGATTGCC-AGT-CGGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCAAAACACC-------ATTT-----GTTA----TGTTTTACTGAGTATATT--TA-A-GCAAAAatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacataacaaatggtgttttggtccaaatgcaagtttaccgactggcaatcagacctagaaagttatatgcatatcccattctaagtctgattgcccagtccataaacttggatatggacttatattatttataaat
gi|30 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttaG---GTC--CA-----TA--------ATA-T-T-C-TAGGTCTGACTACCAAGT-CAGTA---AACT-TGCA----T-AAGG---ACATCAGCATCGTGTACTCTTT-----GTataaat
gi|31 : CACGCTGATGAGGTTCATAT--AC-AAGTT-------------------TACT---------GGC-TGGG--CAG--------------T------CACTCCCGGAGT-------GGA-CCA-------------A------------------A-GCG-----A--------A-----AC-TG----AA---ATC--CA-----AATA------ACggttcatgttaagaatcaaat
gi|32 : t-----TA-------GAT-TTACCGGATGACGTCA-------CGTTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-AGAtt
gi|33 : cag-----TAA-----TA-------TAT-TAACCGGATGACATCA-------CAT---ACGAATA-AT-TATACT-ATTTAAA--AC-TGAGGTAaccttttatgctgacgctaaaagcacc
gi|34 : tatatcaG---GTC--CAAAAAGTATA------CCA-T-T-C-TTGGTCAGACTGCCTGGA-CAGTA---AACT-TGCT----T-CTTG---ACTGAAACACCATG--TTATTacttatggagtggc
gi|35 : ttt-----TAA-----TA-------TAT-TGACTGGATGATGTCA-------TATTGATCAAAGC-GG-GA-AAT-G--TGAA--AACTGA
gi|36 : tatgacatcgtccagtcaatata-----TAT-----TAAAA----TAT-GGACGAAATGACGTCA-------TA-TAAACAAAAA-AATGA-AAT-A--TAAA--AA-TGAGGCA
gi|37 : taTTTGACTGTCAGGT-TTGTA---AACT-TGCA----T-CTGG---ACTGAGACACGATGTATAACTT-----G-TA----TGTTTTACCgacagaccagtgccg
gi|38 : tagtaCA----T-TTGG---ACCGAAAC-TCATATGGTATATGA---GCTA----TATCACACCTAATACAATG-CA-A-TTA-AAGT
gi|39 : CAAGTAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-CAGTT-------------------TACA---------CAC-TGGC--TGG--------------T------T------------------AGA-CCT-------------G------------------taaaaa
gi|4 : tc-----TAA-----TA-------TAT-TGACCGGATGAAGTCA-------CATTCAACGAATA-AG-AT-CAT-T--CGAA--AA-TGAGGTAttaaata
gi|4 : attaAGATAATACAAGGTGTTGAGGTCCATAT--CA-AACCT-------------------TACT---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------AGG-CAT-------------A---------------------CA-----A--------T-----GT-TC-----G---GTCAGCA-----TATA----------T-T-GGTAGGTCTGACTGTACAGC-CTGTA---AAAT-TGAT----T-TTTG---ACAGAAACACCGCGTATTATTT-----GTTA----TGTTGTACGAAATACATT--CA-A-ACACAAgtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaatattgtgtttgaatgtatttcgtacaacataacaaataatacgcggtgtttctgtcaaaaatcaattttacaggctgtacagtcagacctaccaatatatgctgaccgaacattgtatgcctgactgcccagtcagtaaggtttgatatggacctcaacaccttgtattatctt
gi|40 : attatacctcattttcgaatgatcttattcgttgaatgtgacttcatccggtcaatatattagtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaataGACAGTCCAGT-CTGTA---AATT-TGAA----T-TTGG---ACCTA----------ATCATTT------TTA----TATTATACt
gi|41 : ntgtacAT-----AA-------TAT-TGATCGGATGACGTCA-------AATCGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TAAA--AA-TGAGG
gi|43 : g---GTT--CA-----TTTA------CTA-T-T-C-TAGGTCTGACTG
gi|44 : AAATAATACACTGTTTTGAGATTCATAT--GCTCAGTT-------------------TGCtgaagtaaaactgaggtctata
gi|45 : ccactg-CCGTA---AACT-TGCA----T-GTGG---ACTTAAAAAGCATGTAGTATTT-----ATT
gi|46 : tcCTGACTACCCACT-CCATA---AACT-TGCA----T-ATGG---ACCGAAACACC
gi|48 : AACAGTACACAGTGTTGAGGTCCATAT--GC-CAGTT-------------------T
gi|49 : cacCT-------------G------------------AAGTG-----A--------A-----AC-TG----AG---GTT--CA-----TATA------ACT-G-T-C-TAGG
gi|5 : aG---GTC--TA-----TATT------ACT-T-T-C-TAGGTCTGACAGTCCAAT-CCGTA---CACT-TGCA----T-CTTG---ACCGAAACACCATGCATTATTC-----GTTATTAGTATTATACCGAATATAGT--CT-A-TCA
gi|6 : cttc-------TAT-T-ACCGGACGACGTGA-------CTTTGAACAAAGATAG-AA-AAT-ctaaaaacaaatgtgtcgtttcatttaggcacaatacaccatttggacgtgcttgcatattgaaacgcttacacacattttgtatattggataagatgacgatattcttgatagtatactgggtcgggttgggtgtatatgagaacttatatatactcttatatataactgga
gi|7 : gtatctaAATACATGTTGTTGATGTCTATATTTGG-ACGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAGGCCGGTAATGTTATT------T------------------GGA-CCT-------------A------------------A-TCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-TTC-AAGGTCTGATAGCACAGT-CCATA---AACG-TGCA----G-TTGG---ACCACAGCCACATTTTTTATTT-----ATCA----TAGTGTACCGGATACAAacagtattactatatgaaccagacacaatgtgtaagtatttaaatatatatgcatataaagtagaacgacaaataatttttttattttcatatttggatgtataaaaccaataataaacggtgttaaagttcaaagctaaattgccgccagttttgctttgatctattatataccagtccacacagtccataagtcttaaggaacgtagcagcattgttttatttgtta
gi|8 : aacattcaccaggggttttggtcgtttaaattcttcagtcttcatattgtgtacatgaatatatttaaaccaattgTTAT--ATTGGACTTGGCCA--AG------TCC--------A-----TAT-----AAAAGAAAACATCTGCCTAGATGACGTCA-------GGTTGAACAAAAA-CG-GA-GAT-G--TGAA--GA-TGAGGTAc
gi|8 : ttgtggtggggatattaataagtatagaaC-TTTTAT--AT-GGACTTGG-CCAAGT------CCA--------A-----TAT-----AA-------TAC-CG--TGGATGACGTCATTTGGTCCAATAAACAAAtaccgtggatgacgtcatttggtccaataaacaaaatttgtaagtacttcaaaatgcaactgcatccaaattgtgcattatgcctgatttgaatgacacatttgctatttttttat
blockSeqs : T TT T GTCAGATGTAGAATTAATA AGTAATAAT A C AC GTCAGACGTAGAATGTTATATGGACCGAAGAGAAGC GACCA CTT TG AAAAG CTTCTGA A A T G C A TTC C ACTA AT TAT CTTAC TTAG TTCA T T G . . C G CT A T ATC A A A GT CA GCCGGGCCGGTCCAATATACTAATA C TTTGGTC T T T ATT AT C
blockSeqs : T . . AT . . G . GTCAAATCTGGAATAGTATGTAGACCGAAGCGAAAC A TA AG GGT A . . . . C . . . . T TG GA . ATG . . G CC T . . A T A . CG GCTGACCTCATAGTTTATACTAATA . . . . . AA . .
blockSeqs : T . . . . . G . GGAATTCTGCTGTTGAAGGGAACCGAAGCAAAGC A . . . T . . . . T . . . . G . . . AC . . G . . T . . CG TCCGGTCCTTATACATATACCAAT . . . . . A . .
blockSeqs : T . . . . . C . GTTGGAGCCAGAGGGTTTATATGGCTCTCAGC A . . . A . . . . A . . . . T . . . AC . . G . . CA CCAAGTCCATATAAAAGAAAA . . . . . A . .
blockSeqs : C . . . . . G . GGCCGGTAATGTTATTTGGACCTAATCGAAGC A . . . C . . . . A . . . . A . . . TT . . C . . TT GCCAGTCCTATATACTATTA . . . . . G . .
blockSeqs : T . . . . . G . GTCGGACTTAAAAAATTATAAGGACCGAAAG G . . . A . . . . C . . . . A . . . TT . . A . . TT CCAAGTCCAATATAA . . . . . A . .
blockSeqs : T . . . . . G . GTCACTCCCGGAGTGGACCAAAGCGAAAC T . . . G . . . . T . . . . T . . . TT . . C . . TA . . . . . A . .
blockSeqs : T . . . . . G . GTATACTCTTGATTTATGAGCCTCAGC A . . . G . . . . C . . . . T . . . GT . . . . . . . . G . .
blockSeqs : T . . . . . G . GTCGGACCCTGAATGTAATATGGAC A . . . A . . . . C . . . . A . . . A . . . . . . . . A . .
blockSeqs : T . . . . . G . GGCGGTCTTGGAGTGTAACA A . . . T . . . . C . . . . T . . . A . . . . . . . T . .
blockSeqs : C . . . . . G . TATGGACTGACGAGAGC A . . . A . . . . C . . . . T . . . . . . . . A . .
blockSeqs : C . . . . . G . CGAAACTGAAACAACT T . . . A . . . . C . . . . T . . . . . . . . G . .
blockSeqs : C . . . . . G . GTCAGGCATACAATGT G . . . A . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . G . TTAAGACCTAGAACT A . . . A . . . . T . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . ATCAGACTTAGAA A . . . A . . . . A . . . . T . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . AATT A . . . A . . . . C . . . . A . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . A . . . . C . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . C . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . C . . . . T .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . T .
blockSeqCons : NCCGGTCCNATATACTAATA***************************
originalCons : CAAATAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------GGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----GTTA----TATTATACCGAATACAAT--CA-A-TCAGAAGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTCAATTNCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAACCGATAGTGTNAAGGTCGCCATATAGGTGCGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGGGGCC--GG------CCN--------A-----TAT-----TA-------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
finalCons : CAAATAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------GGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----GTTA----TATTATACCGAATACAAT--CA-A-TCAGAAGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTCAATTNCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAACCGATAGTGTNAAGGTCGCCATATAGGTGCGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGGGNCCGGTCCNATATACTAATA---------------------------TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTTAAACAGAGGATGACGTCATTCGATCTAGTATTCAAAATGTGTAAGTATTTCAATATGCAGCACCTTCAAATGATATGTTATGCCGAAATGGAAAAATGAATTAATATTTTTTGTATTGTGCTTGAATATATTTTCAGATTATATAATTTACATAAAACAAATAAATCATTATATTGTTTTTCTTTTAAATACAAGTTTACATACTG
Unaligned ( gi|42 ): ACATTTGAATTGTAAATGATTGTAAAACTACTATAAACTTGGTATGTTGTAGATA
Unaligned ( gi|47 ): ATATAACCGAAGCACTGGTGAAACCAGAGGAAAAAACCGAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 2222 222 1 11 111 1 22222222222222222222222222
lowQualScore : 3 22 1 7777777777777777777 0 888888888 2 1 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444 555 44 66666 5555555 1 1 1 1 1 1 0 222 1 3333 22 444 0 77777 5555 0 1111 3 3 6 3333 111 5 1 00 1 0 7 777 3 1 1 66 2 88888888888888888888888888 3 5555 2 77777777 2 2 2 6666 33 2
lowQualScore : . .. . ................... . ......... . . .. ............................................................................................................ ..... ... .. ..... ....... . . . . . . . ... . .... .. ... . ..... .... . .... . . . .... ... . . .. . . . ... . . . .. . .......................... . .... . ........ . . . .... .. .
lowQualScore : 2 66 9 4444444444444444444 7 444444444 1 8 99 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99999 000 44 88888 7777777 7 7 7 7 9 5 2 888 6 3333 77 888 1 88888 3333 9 4444 6 6 6 0000 000 0 0 33 0 7 3 555 2 0 4 99 9 44444444444444444444444444 0 0000 2 44444444 7 7 7 2222 99 9
consensus : CAAATAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------GGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----GTTA----TATTATACCGAATACAAT--CA-A-TCAGAAGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTCAATTNCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAACCGATAGTGTNAAGGTCGCCATATAGGTGCGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGG--GNCCGG-----TCCN-----A---TATACTAATA----TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
Reference ( family-265 ) : CAAATAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------GGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTATTATTT-----GTTA----TATTATACCGAATACAAT--CA-A-TCAGAAGTACAGAACCCATGGCTATCAGTTCAATTNCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAACCGATAGTGTNAAGGTCGCCATATAGGTGCGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCNC-TTTTAT--ATTGGACCGG--GNCCGG-----TCCN-----A---TATACTAATA----TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
gi|1 : CAAATAATACATGGTGTTGAGGTCCATAT--GT-ATGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CA---------------T------C------------------AGA-CCT-------------G------------------A-GCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-T-C-TATGTCTGACTGTCCAGT-CCGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCGAAACACCATGTTTTATTT-----GCTA----TACTATACCGAATACAAT--GA-A-TCAGAGGTACAGAACCCATGGCTATCAGTT-AATTTCTTCAATTCATCTTCACCAAGTGAAGGAAACCGCTTCATTTTTTTAATCGTCTGACAGTGTAAA--GGTCGTGTGAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCATTAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCAC-TTTTAT--ATTGGACCGG--G-------------G-----A---T-------TA----TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGA-AG-AA-AAT-A--GGCA--AA-TGAGGTA
gi|10 : CAAATAATACATGGCAATAAGATCCGTAT--GT-TATTT-------------------AAAG---------GAC-TCGA--CAG--------------G------C------------------GGT-CTT-------------GG-----------------A-GTG-----T--------A-----ACATGGACCAC---GTT--TA-----TGCACTTCTGATA-T-T-C-TGCGTCCGGCTGCCCAGT-ACGTA---AACTCTTCAACTAT-TTAGTG-ACCTCGACACAATGTACTATAT-----GTTA----TATTTTACCAAATATATTCACA-A-CAAGAAATACA
gi|11 : tataggcctgTAAGGTCAATGT--AT-AAGTT-------------------TACG---------AAA-T-------------------------------------------------------------------------------------------------A--------A-----TT-TA----AG---ATC--CA-----TATA------ATA-TAT-T-T--GTCTGACTTTCCGGT-GGCTA---AACT-TGCA----T-GTGG---ACCGGAACCCCGTGTATTAATT-----GTTA----CATTATACCGAATACGA
gi|12 : taactac-TTTTAT--ATTGGACCAG--GTCCGG-----TCCTTATACA---TATACCAAT-----TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAGG-AA-GA-AATAA--TG-A--AA-TGAGgtacatttaaacaatatataaaatagcaaatccattgattcgtttg
gi|13 : aaATGAAACATAGTGTTTAGGTCTATAT--GG-AACTT-------------------TATG---------AAT-TGGG--CAG--------------TATACTCT------------------TGA-TTTAT-----------G------------------A-GCCT----C--------A-----GC-AA----AG---GCC--CA-----TATA------TAA-T-T-A-TATGTCTAACTTCTTAGA-CCATA---AACT-TGCA----T-TGGT---ATTGAAACATAA-GTAATGTTT-----AC-------------CCAAATACAA---CATA-TTTGAAGTttagaaatgcatccggtaaaacttgtaagtttgtaaaatttgtaagtatttcagtatttaagcacatgcaaggtataattaatatc
gi|14 : AAACAACACATGGTGTTGAGGTCCACTT--GC-AAGCT-------------------TAGA---------GGC-TGGG--CAG--------------T------T------------------GGAGCCA-------------G------------------A-GGGTTTATATGGCTCTCA-----GC-TT----AGCTTGTC--CA-----TATA------AAAAT-T-C-TAGATCTGAGTGCTAAGT-CAGTA---TACT-TGCA----T-ATGG---ACAGAAACACTGTGTATaatttt
gi|15 : GT-TCGTATTCAACT-TGCA----T-AAAG---ACCAATACGCCA-GTATCATTA-----GCTA----TATTATACCGAAT-CTAC--C--A-TGA-AAATACAAA----ATAACT---AGTTCAATTGTTTCAattaattatactctgtcaata
gi|16 : ---GTC--CA-----TATG------CCA-T-T-G-AAGGTCCTACTGTCAAGG-CCGTA---AAAC-TGTT----T-TAGA---ACCAGAACATCATGCATTATTT-----ATTG----CGTGATATCGAATttggggcatatcacatcctttggaaaagatggagaaatcataataacacacattatacatcttttatggatatt
gi|17 : aaaatcatatggagtttttCAAATAATACATGGTGTTGAGTTCCACAA--GC-A------------------------------------------GG--CAG--------------T------C------------------GGACCCT-------------G------------------A-ATGT----A--------ATATGGAC-CG----AA---G-----A-----TATG------------T-C-TGGGTGTAACTGCACAGT-CTGTT---AACA-TGAA----T-TTGG---AACGATACACCAGACACTATTT-----GTTA----TGTTATACCAAATACAAC--CA-A-TCAGAAGttacttaaacactaaaataacaaatgcatatttcattgtagcaaaacacaccatttgg
gi|18 : TAAACTGATAGTGTAAAGGTCGCCATATAGGTGTGTCGTAAAATAAGCACATCCGTGAAA---TTAGCAC-TTTTAT--ATTGGACCGG--GGCCAG-----TCCT-----A---TATACTATTA----TAT-TGATCGGATGA----------------AAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--GGCA--AA-TGAGGTA
gi|19 : CAAATAATACACAGTGTCTGTGTCCATAT--AT-AA-TT-------------------TATGAGTAATAATGAT-TCAG--CTG--------------T------C------------------GGA-CTTAAAAAATTATAAGG------------------A-CCGA----A--------A-----G---G----GG---GTT--CA-----TATA------ACG-C-T-C-TACGTCT-ATT----------------AACT-AACA----T-ATGT---ACCTTGATGCTATGTATTATTT-----GTtaatacaatact
gi|2 : AACCGACAGTGTTAAGATCGCAAGATTGGTGCGTCGTAAAA-AATCACATCCGTGATA---TGAGCTCATGTTAT--ATTGGACCGG--GGCCGGGCCGGTCCA-----A---TATACTAATA----TAT-TGACCGGATGACGTCA-------CATTGAACAATGA-AA-GG-AAT-A--TGCA--AA-TGAGGTAa
gi|2 : attttaAAATAATACATGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AGGTT-------------------AACG---------GAC-TGGG--CAG--------------T------CAGACGTAGAATGTTATATGGA-CCG-------------A------------------A-GAG-----A--------A-----GC-TG----TG---ATC--TG-----TATA------GCA-T-T-C-TAGACCT---------------TA---AACT-TGCA----T-TTTG---ACCAAAACACCATGTATTCTTT-----ATTA----TTTTATACCTTATACAA---CA-ATTCAGAAGTAatttatcatttttgttgtttttatgtaggcctacttctgaattgttgtataaggtataaaataataaagaatacatggtgttttggtcaaaatgcaagtttaaggtctagaatgctatacagatcacagcttctcttcggtccatataacattctacgtctgactgcccagtccgttaacctgcatatggacctcaacaccatgtattattt
gi|20 : attttatacctcatttgcatattcctttcattgttcaatgtgacgtcatccggtcaatatattagtatattggaccggcccggccccggtccaatataacatgagctcatatcacggatgtgattttttacgacgcaccaatcttgcgatcttaacactgtcggttatttatcatttttgttgtttttatgtaggccTGTTG---TCCTTAT--GC-CAGTT-------------------AACG---------GACATGAGACCAGGAAT----------T------CTGCTGTTGAAGG------GAA-CCG-------------A------------------A-GCA-----A--------A-----GC-TG---------TTC--TG-----T-TA------GCC-T-T-C-TAGATTTGACTGATTAGTACC--A---AACT-TGCA----T-TAGG---ACTGAAACACCAGGT
gi|21 : AAATA-TACATAATGTTGATGTCTATAT--AC-AAGTTGTCAGATGTAGAATTAATATATG---------GAC-TGA---CA----------------------C------------------GAA-ACT-------------G------------------A-AAC-----A--------A-----CT-TG----AG---TTC--CA-----TTTA------ACA-T-T-C-TATTTGTGAATGCCCAGT-CCGTA--------TGTA----T-TTAGTATACCGAAatccaatctatcaa
gi|22 : caAGATAAAGCATGGTGTTGAAGCGCATAT--GC-AGGTT-------------------ATCG---------GAA-T-GT--TAT--------------A------T------------------GGA--CT-------------G------------------A--CG-----AG-------A-----GC-CA----AGTA-GCA--CGGGT--TATA------TCA-T-A-T-CAGA-CCAACTGTC--AT-GCG-A---A--T-TCCA----TATTTG---ACCAAAACAACATGCA
gi|23 : -----A---TATCCTAATA----TAT-TGACCGGGTAACATCA-------AATTGAACAAAGA-AA-GA-AAT-G--TGAA--AA-TGATGTAa
gi|24 : ataacataaCAAATAATACATGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-AAGTT-------------------TACG---------GAC-T--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G----AG----TC--CA-----TATA------ACC-T-T-C-TAGGTCTGACTGCCCAGT-CCGTA---AGAT-TGCA----T-ATGG---ACCTCAACACCATGTTTTATTT-----aaattgaatgtgaggtaagttggtctattaaacacaatttgttggtttttcaat
gi|25 : taaCACATAATACATGATATTGAGATCCGTAT--GA-AAGTT-------------------AAAG---------GAT-CGGA--CAG--------------T------C------------------AAA-TCT-------------GGAATAGTATGTAGACCGAA-GCG-----A--------A-----AC-TG----AG---GTT--CA-----TACC------ACT-T-T-C-TAGGTCTGAC
gi|26 : aatagTGAAAATCTT-GCTCATTTTATGTATTAGATAGGCTGACC-------TCAT-----AGTTTATACTAATA----TAT-TGACCGGATGAC------------ATTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-TGAGGTA
gi|27 : gtatca---GTT--CA-----TATA------ACA-T-T-T-TAAACGTGACTGCCCAGT-ata
gi|28 : tacaatacagcttcccttcaCCGATTGCCCAGT-ATGTA---CACT-TCCA----T-CTGG---ACCAAAA---CATGTTTCATTTCTTACGTTA----AATTTTACCAAATGTATT--CA-A-ACACAAttacagtggctgccaagtccctagttgtgaatatgaaccccaaaaccatgtatggtta
gi|29 : gaagtacttctagtttttCAAA-AGTACACAGTTTTGAGGTTGATAT--GT-ACCTTAT-----------------TA-----------GAC-TGGG--CAT--------------T------A------------------AGA-CCT-------------A----------------------G-----A--------A-----CT-TT----TT---TTC--GA-----CAGA------AGA---T-C-TAAGTTTGACTATTCAG
gi|3 : a-TTTTAT--ATTGGACC-----------------------------------ATA----TAT-TGACTGGATGACGTCA-------CATTGAACAAAAA-AT-G--AAT----TGAAATAA-TGAGGT
gi|3 : aaatcacT-TGACCGGATGACGTCA-------taaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacataacaaatggtgttttggtccaaatgcaagtttaccgactggcaatcagacctagaaagttatatgcatatcccattctaagtctgattgcccagtccataaacttggatatggacttatattatttataaat
gi|3 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggaAAATAATATA---------AGTCCATAT--CC-AAGTT-------------------TATG---------GAC-TGGG--CAA--------------T------C------------------AGA-CTT-------------A----------------------G-----A--------A--------TG----GG---ATATGCA-----TATA------ACT-T-T-C-TAGGTCTGATTGCC-AGT-CGGTA---AACT-TGCA----T-TTGG---ACCAAAACACC-------ATTT-----GTTA----TGTTTTACTGAGTATATT--TA-A-GCAAAAatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttattttgcttaaatatactcagtaaaacataacaaatggtgttttggtccaaatgcaagtttaccgactggcaatcagacctagaaagttatatgcatatcccattctaagtctgattgcccagtccataaacttggatatggacttatattatttataaat
gi|30 : aaatcacacctcattatttcaattcattttttgttcaatgtgacgtcatccagtcaatatatggtccaatataaaataaggatgacgtcatccggtcaaatgaacaaattgtgcaagtatttcaatatgcaaccatatgcaaagtgtatatcatgcctaattagaacgacttctttgttaG---GTC--CA-----TA--------ATA-T-T-C-TAGGTCTGACTACCAAGT-CAGTA---AACT-TGCA----T-AAGG---ACATCAGCATCGTGTACTCTTT-----GTataaat
gi|31 : CACGCTGATGAGGTTCATAT--AC-AAGTT-------------------TACT---------GGC-TGGG--CAG--------------T------CACTCCCGGAGT-------GGA-CCA-------------A------------------A-GCG-----A--------A-----AC-TG----AA---ATC--CA-----AATA------ACggttcatgttaagaatcaaat
gi|32 : tAGTA----GAT-TTACCGGATGACGTCA-------CGTTGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TGAA--AA-AGAtt
gi|33 : cCC-----A---TAAGTTAATA----TAT-TAACCGGATGACATCA-------CAT---ACGAATA-AT-TATACT-ATTTAAA--AC-TGAGGTAaccttttatgctgacgctaaaagcacc
gi|34 : tatatcaG---GTC--CAAAAAGTATA------CCA-T-T-C-TTGGTCAGACTGCCTGGA-CAGTA---AACT-TGCT----T-CTTG---ACTGAAACACCATG--TTATTagtggc
gi|35 : tttACTGATA----TAT-TGACTGGACGATGTCA-------TA
gi|35 : TAATA----TAT-TGACTGGATGATGTCA-------TATTGATCAAAGC-GG-GA-AAT-G--TGAA--AACTGAtttcacatttcccgctttgatcaatatgacatcatccagtcaatatatta
gi|36 : tatgacatcgtccagtcaatataCGG--CACTGG-----TCTG---------TCTATTAAAA----TAT-GGACGAAATGACGTCA-------TA-TAAACAAAAA-AATGA-AAT-A--TAAA--AA-TGAGGCA
gi|37 : taTTTGACTGTCAGGT-TTGTA---AACT-TGCA----T-CTGG---ACTGAGACACGATGTATAACTT-----G-TA----TGTTTTACC
gi|38 : tagtaCA----T-TTGG---ACCGAAAC-TCATATGGTATATGA---GCTA----TATCACACCTAATACAATG-CA-A-TTA-AAGT
gi|39 : CAAGTAATACACGGTGTTGAGGTCCATAT--GC-CAGTT-------------------TACA---------CAC-TGGC--TGG--------------T------T------------------AGA-CCT-------------G------------------taaaaa
gi|4 : tcATACTAATA----TAT-TGACCGGATGAAGTCA-------CATTCAACGAATA-AG-AT-CAT-T--CGAA--AA-TGAGGTAttaaata
gi|4 : attaAGATAATACAAGGTGTTGAGGTCCATAT--CA-AACCT-------------------TACT---------GAC-TGGG--CAG--------------T------C------------------AGG-CAT-------------A---------------------CA-----A--------T-----GT-TC-----G---GTCAGCA-----TATA----------T-T-GGTAGGTCTGACTGTACAGC-CTGTA---AAAT-TGAT----T-TTTG---ACAGAAACACCGCGTATTATTT-----GTTA----TGTTGTACGAAATACATT--CA-A-ACACAAttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaatattgtgtttgaatgtatttcgtacaacataacaaataatacgcggtgtttctgtcaaaaatcaattttacaggctgtacagtcagacctaccaatatatgctgaccgaacattgtatgcctgactgcccagtcagtaaggtttgatatggacctcaacaccttgtattatctt
gi|40 : attatacctcattttcgaatgatcttattcgttgaatgtgacttcatccggtcaatatattagtatttgaataatacaaaatgtgtgagtatttcaatacggaaacacatgaaggatgctatgacctaatggtacgagttttttttaataGACAGTCCAGT-CTGTA---AATT-TGAA----T-TTGG---ACCTA----------ATCATTT------TTA----TATTATACt
gi|41 : ntgtacA----TAT-TGATCGGATGACGTCA-------AATCGAACAAAGA-AG-GA-AAT-A--TAAA--AA-TGAGG
gi|43 : g---GTT--CA-----TTTA------CTA-T-T-C-TAGGTCTGACTGtat
gi|44 : AAATAATACACTGTTTTGAGATTCATAT--GCTCAGTT-------------------TGCtgaagtaaaactgaggtctata
gi|45 : ccactg-CCGTA---AACT-TGCA----T-GTGG---ACTTAAAAAGCATGTAGTATTT-----ATT
gi|46 : tcCTGACTACCCACT-CCATA---AACT-TGCA----T-ATGG---ACCGAAACACC
gi|48 : AACAGTACACAGTGTTGAGGTCCATAT--GC-CAGTT-------------------T
gi|49 : cacCT-------------G------------------AAGTG-----A--------A-----AC-TG----AG---GTT--CA-----TATA------ACT-G-T-C-TAGG
gi|5 : aG---GTC--TA-----TATT------ACT-T-T-C-TAGGTCTGACAGTCCAAT-CCGTA---CACT-TGCA----T-CTTG---ACCGAAACACCATGCATTATTC-----GTTATTAGTATTATACCGAATATAGT--CT-A-TCA
gi|6 : cttc--GTCTGG-----TTC------A---TATAGTAATACTGTTAT-T-ACCGGACGACGTGA-------CTTTGAACAAAGATAG-AA-AAT-ctaaaaacaaatgtgtcgtttcatttaggcacaatacaccatttggacgtgcttgcatattgaaacgcttacacacattttgtatattggataagatgacgatattcttgatagtatactgggtcgggttgggtgtatatgagaacttatatatactcttatatataactgga
gi|7 : gtatctaAATACATGTTGTTGATGTCTATATTTGG-ACGTT-------------------TACG---------GAC-TGGG--CAGGCCGGTAATGTTATT------T------------------GGA-CCT-------------A------------------A-TCG-----A--------A-----GC-TG----AG---GTC--CA-----TATA------ACA-T-TTC-AAGGTCTGATAGCACAGT-CCATA---AACG-TGCA----G-TTGG---ACCACAGCCACATTTTTTATTT-----ATCA----TAGTGTACCGGATACAAacaatgtgtaagtatttaaatatatatgcatataaagtagaacgacaaataatttttttattttcatatttggatgtataaaaccaataataaacggtgttaaagttcaaagctaaattgccgccagttttgctttgatctattatataccagtccacacagtccataagtcttaaggaacgtagcagcattgttttatttgtta
gi|8 : aacattcaccaggggttttggtcgtttaaattcttcagtcttcatattgtgtacatgaatatatttaaaccaattgTTAT--ATTGGACTTG--GCCAAG-----TCCAT----A---TAAAAGAAAA----CATCTGCCTAGATGACGTCA-------GGTTGAACAAAAA-CG-GA-GAT-G--TGAA--GA-TGAGGTAc
gi|8 : ttgtggtggggatattaataagtatagaaC-TTTTAT--AT-GGACTTG--GCCAAG-----TCCA-----A---TATA-----A----TAC-CG--TGGATGACGTCATTTGGTCCAATAAACAAAtaccgtggatgacgtcatttggtccaataaacaaaatttgtaagtacttcaaaatgcaactgcatccaaattgtgcattatgcctgatttgaatgacacatttgctatttttttat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTTAAACAGAGGATGACGTCATTCGATCTAGTATTCAAAATGTGTAAGTATTTCAATATGCAGCACCTTCAAATGATATGTTATGCCGAAATGGAAAAATGAATTAATATTTTTTGTATTGTGCTTGAATATATTTTCAGATTATATAATTTACATAAAACAAATAAATCATTATATTGTTTTTCTTTTAAATACAAGTTTACATACTG
Unaligned ( gi|42 ): ACATTTGAATTGTAAATGATTGTAAAACTACTATAAACTTGGTATGTTGTAGATA
Unaligned ( gi|47 ): ATATAACCGAAGCACTGGTGAAACCAGAGGAAAAAACCGAT