lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111111 11 111 1111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 555555555555 1 33333333333333333 11111 11111111 2 1 000000000000000000000000000000000000000000000000 22222222 1 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 666666666666666 33 55 999 5555555555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 9 222 0 66 6 0 4 888888888888 666 0 44444444444444444 1 6 55555 22222222 5555 6 4 3 44 6 1 33 5555 555 4 44 3 1 7777 3 4 4 6 999999999999999999999999999999999999999999999999 2 22222222 8 5 0 4 0 4444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3
lowQualScore : ............... .. .. ... .......... ............................................................................................................................................... . . ... . .. . . . ............ ... . ................. . . ..... ........ .... . . . .. . . .. .... ... . .. . . .... . . . . ................................................ . ........ . . . . . ....... ............................................................................................................ .
lowQualScore : 000000000000000 22 00 444 2222222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 000 5 88 8 4 5 222222222222 444 9 00000000000000000 7 5 11111 11111111 1111 3 6 1 22 2 0 99 3333 888 8 66 1 4 7777 0 4 3 1 888888888888888888888888888888888888888888888888 0 22222222 4 0 8 4 1 3333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------A--------TA-TT--GAA--ATATCGG--T----AT----------A---TC---GC-A----------N-----T-A--C-------T-----GCG--------TATCA-----------C-AT------A--GGC---TGT------N---T--TGT--------------A-----ATACAGCAAGT--AACCGACTAAAATGCATTTTCC------A--ACA---CAG-AAG--T--G---N--AC-C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATA--------CAAT--CAGTGCTGTACTAG-AG--CTAGTGAAGGGTATT--ATTT----AACAT---ACAATCAGTGCTG--TACT-AGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTG-TT-A-AGAG-----GG--TG----NA-A---C-----GT--AT----ATATATTTTA-CTT---AATGTTAAAAGTTACT-CGT-A-A-N-TTCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACAATCTGTATCGTATTGTATCGCGTNTCGGGATAC---C----------T------------ACATATCGT-NN-T-G----CC---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( gi|2 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------A--------TA-AT--GAT--ATATTTG--T----AT----------C---TC---GC-A----------T-----T-A--C-------T-----GCA--------TATCA-----------C-GT------A--GGC---TAT------T---T--TGT--------------A-----ATATAGCATGT--TATCAACTAAAATGCATTTTTT-----TA--GCA---CAG-AAG--T--G---A--AC-C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATA--------CAGT--CAGTGCTGTGCT-G-AG--CTAATGAAGGGTATT--ATTT----AACAT---ACAGTCAGTGCTG--TACT-AGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTG-CC-A-A-AG-----GG--TG----CA-A---C-----GT--AC----ATACATTTTA-CTT---AATATTAAAA-TTATT-CAT-A-A-T-TTCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACAATCTGTATCTTATTATATGACCTTTAAAGATGC---C----------T------------ACATATCGT-TA-T-G----CC---------ATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCT
gi|10 : TAGGGCTGTGGCAAT------A--------TA-TT--AAA--ATATTGGAAT----ATTGCAATACACC---TCATAGC-A----------A-----T-A--C-------G-----GCA--------TATCA-----------T-AT------C--AGC---TGTG-----C---C--TGT--------------ATAGCAATACAGCAAGT--AACCATCTAAAATGTATTTTCC------A--ACA---CAG-AAA--T------A--TCAC-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATA--------CAAT--CAGTGCTGTACTAG-GG--CCAGTGATGGGTATG--ATGT----AACAT---ACAGTCAGTGCTG--TACT-AGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|8 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacTAGGGCTGCAACAAT------A--------TA-TT--GAA--ATATCAG--TCAGCAT----------A---TT---GC-A----------A-----T-ATGC-------T-----TCA--------TAGCAATATGGCATACT-GT------A--TGCCTGTAT------C---TGCTGT--------------ATTGAAATACAGCAGGT--AACCAACTATAATAAATTTTCC------A--ACA---CAG-AAga
gi|18 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaTAGGGCTGTAGCAAT------A--------TA-TT--GAA--ATATCGG--C----AT----------A---TC---G-------------T-----T-A----------T-----GCGCTT-----TATAA-----------CAAT------AC-GGCA--TAT------T---T--Taatcacctaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|17 : TAAGGCTGTAACAAT------A--------TA-CT---AT--AT-------T----AT----------A---TT---GC-A----------A-----T-ATCC-------T-----GC---------TAT-A-----------C-ATC-----A--TGC---TAT------tttatcgtattggccgtgtcttt
gi|1 : taagcAAGGATGTAGCAAT------AAATTATCTCA-ATAAGATTCATAGTTA--T----ATGG--------CATATC---GT-A----------T-----TGA--C-------T-----GTG--------CCTT------------T-AT------T--GGC---TGT------A---T--TGC--------------A-----ATACAGCAAGT--AACCATCTTAAATGCATTTTTC------A--ACA---CA--AAG--T--G---T--GT-C-TGCTGATTTCTGTGTTTTCTTTAACATG--------CAGT--TAGTGCTGTGCTAG-AG--GTAGCAAAGGGAATT--ATTT----acatcatatggcaatacgcaatgtcatacagttttgc
gi|3 : tgaaatctaaaatatatttccataAGAACTGTAGCAAT------A--------TACAT--GAA--ATATCGG--T----AT----------A---TT---GC-AAAATGCTTCATAGCAAT-A--C-------A-----GCG--------TATCG-----------T-ATCAATCAA--GCC---TATACCGTCTAAAT--TGC--------------A-----ATACAGCAAGT--AACCAACTAAAATGTATTTTTC------A--ACG---CAG-AAG--A--A---C--AC-C-TGTTCAGGACTGTGTATGCT-----ATA--------TAAT--CGGTGCTGTTCTAG-AG--CTAgctgaaaatctcccatcctgaaaactaagttttgattatgatgtgctaagagggtgatactctagatgtatattttacttaatgttaaaagttacttatgaatttcatcacattttcaataataatctgtgtcatattgtatggcgtttcaggatacatgttacttatgatgtatgtgtaccttgatatatattggtcaagcaatacacaacctt
gi|11 : AGTGCTGTAGCAAT------A--------TA-TT--GA---ATAATTG--TT---AT----------A---TC---GC-AGCCAGCT---T-----C-A--TAGAGATAT-----G-A--------TATAC-----------C-GT------ATCAGC---CGT------A---T--TGT--------------A-----ATACAACAAGT--TATAAACTAAA---------------------CA---CAG-AAG--T--A---T--GT-T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATA--------CAAT--CAGTGATGTACCAG-AG--GTAGTAAACAGTATT--ATTT----gaaaaactcgaaatcatccatctgaaagctgaatttttgttatgatgtgtcacgagggcgataccatactgtcatatattttaacttttaaatattcaatgttacatgaatttatcacattttcaataataatttttaacaatctttatcatattgtatcacgtataggaatacctgtaccttgaaacatatcatattgccattgatcaagcaatacactgc
gi|13 : AGGGCTGCAGCAAT------A--------TA-CT--GAA--ATATAGG--T----AT----------A---TC---GCAA----------TA----T-A--C-------TTCATAGCAATACAGCCTATCA-----------T-AT------C--AGC---TGTG-----C---C--TGTATCAGCTGTATTTCA-----ATACAGCAAGT--AACCAACT-AAATGTG-TTTTC-----CA--ACA---CAG-AAGAAT--GCATA--AT-T-TTTTCAGTACgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|9 : GGCTGTAGCAAT------A--------TA-TT--GAA--ATATCAG--T----AT----------A---TC---GC-A----------A-----T-A--C-------------GCT--------TCTTA-----------C-AT------A--G-----------------------T--------------A-----ATACAGCATATCATATCGGCTGTATTGCAAT---------------A---CAGCAAG--T--A---A--AA---TG---AATATT---------CCAACACA--------GAAT--TACACCTGT-CC-A-GG--TTAGTG-----TTTG--CTTT----AACAT---ACAATCAGTGCTG--TACT-AGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTG-TC-A-AGAG-----GG-------------------------------AGATATTTTA-CTT---AATGTTAAAAGTTATT-CTTGA-A-G-TTTATCACATTTTC
gi|4 : aGCTGTAGCAAT------A--------TT-AT--GAA--ATATCTG--T----AT----------A---TC---AA-A----------A-----T-ATGC-------T-----TCA--------TAGCAATACAG-----C-GT---------GTC---TAT------TGG-C--TGT-------------------------GCTTGT---ATTGACTGTATTGCA---------------ACA---TAGCAAG--T--T---ACAAA-C-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTACTGTGTT-T--G--CT-----------------TC----AATAT---ACAATCAGTGCTG--TACT-AGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTG-TT-A-AGAG-----GG--GGA---CA-A---T-----GT--------ATATATTTTA-T------ATAT----A-CT-TT-CG--A-A-T-ATCATCACATTTTC---AATAAT-------AATCTGCATTGTATTGTATTGCGTATCGTGA-----------------T------------ACATATTGT-AT-T-G----CC---------ATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATG--------TA-TT--GAA--ATATCAG--T----AT----------A---TA---GC-A----------A-----T-A--C-------G-----GCA--------TATTG-----------T-AT------C--AGC---TGT-----------------------------------------GCAAGT--AACCAACTAAAATGCATTTT-----------------CAG-AAG--TATG---A-----C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------CAG----AGCAT----CTAG-AG--CTAGTGAAGGGTATT--ACTT----
gi|7 : C---TGT------A---T--TGC--------------A-----AAACAGCAAGT--AACCAACTTAA-TGTGTTTTCC------A--ACA---CAG-AAG--A--T---T--AC-A-TTTTCAGTACGGTATTTGCTTCATTATA--------CAAT--CAGTGCTGTACTAG-AG--CTAGTGAAGGGTATC--ATTT----gctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|1 : atcagctgtgcctgtatccaGT--------------T-----ATATGGCATATCGTATTGACTG---TGCCTTTATTGGCTGTATTGCAATACAGCAAG--T------A--AC-CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACACA--------AAGT----GTG-TCTGCT-G-ATTTCT------GTGTTTT--CTTT----AACAT---GCAGTTAGTGCTG--TGCT-AGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAAT----CTCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTG-CT-A-AGAG-----GG--TG----AT-A---CTCTA-G---AT----GTATATTTTA-CTT---AATGTTAAAAGTTACT-TATGA-A-T-TTCATCACATTTTC---AATAAT-------AATCTGTGTCATATTGTATGGCGTTTCAGGATACATGT----------T------------ACTTATGATGTA-T-GTGTACCTTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTTgccaaaaatcatccgtcctgaaaactgagtttttgtaatgacgcgttaaaagggtgacacggtatatattttatttagcgtcaaaaatactcatgactttcatcacattttcaataatactctgtatcgtattgtatcacattttggaatacctgtattgtatcgccattggtcaaccaatagacagcccta
gi|6 : tgaaatctaaaatatatttccataaaggatgtagcaataaattatctcaataagattcata--T--G---C--AT-C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATA--------CAAG--CAGTGCTGTACTAG-AG--CTAGTCAAGGGTATG--ATTT----
gi|20 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcat--AC-C-TGTTCGGTA--ATTTTTGC---AAC-----------------CAGTGCTGTACTAG-AG--CTAGTGAAGGGTATT--AGTT----Agctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|12 : A--------CAAT--CAGTGCTGTACT-GAAA--CTAGTTAAGGGTATT--ATTT----ctgaaaatcatc
gi|8 : aa-G-AG--CTAACGAAAGGTATT--ATTTGCTGAAAATCTGACA-TCAATCCTGAAAACTGGGATTTGGTGAAGgctgaaaatcatccatactcaaaatttaatttttgtcatgatgtgctaagagggtgatactgtgtgtatatatatatatattctacttaatgttcatcacattttcaataatactcggtatcgtattgttttgtgatgcttattatgccgccattggtcaagcaatacacagccct
gi|7 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaaGGTATTTGCTTC----ATTAT---ACAATCAGTGCTG--TACT-AGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAAT----CATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCG-TTAA-A-AG-----GG--TG----AC-A---C-----G---GT----ATATATTTTA-TTT---AGCGTCAAAA-ATACT-CAT-G-ACT-TTCATCACATTTTC---AATAAT-----AC--TCTGTATCGTATTGTATCACATTTTGGAATAC---C----------T--------------GTATTG--TA-TCG----CC---------ATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|5 : atcagctgtgcctgtatccactgtattgcaaaacagcaagtaaccaacttaatgtgttttccaacacagaagattacattttcagtacGTTTT--CTCT----AACAT---ACAG--AGCAT------CT-AGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATAT----CAGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATG---------------------------------A---T-----GT--TC----AT-CTTTTTT-TTT-----TACAAAAA-TTACT-CATGA-A-A-TTCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATAATCTGTATCATATTGTACCGCATATCGGGATAC---CAGTATCTTGAT------------ACATATTGT-AT-T-G----CC---------ATTGGTCAAGCAATACACAACCa
gi|11 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtactTTT----AACAT---ACAATCAGTGATG--TACC-AGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAAT----CACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTG-TT-A-A-GA-----AG---A----CA-ATACC-----GT--AT----ATAt
gi|6 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcTT----AACAT---ACAAGCAGTGCTG--TACT-AGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAAT----CTTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTT-A-G-AGATCTTGGGTTGATACCATA---T-----GTGGGT----ATACATTTTA-CT------TGTTAAAAGTTACC-CGT-A-A-A-TTCATC----------------------GTAATCTGTATCATGTTGTATCGCATATCTAGATAC---CTGTATCTTGAT------------ACATATT-T-TACC-G----CC---------ATTGGTCAAGCAATA
gi|3 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaAT---ATAATCGGTGCTG--TTCT-AGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAAT----CATCCATCT-GAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTG-TC-ACG-AG-----GG--CGA---TA-C---C-----AT--ACTGTCATATATTTTAACTTTTAAATATTCAA---TGTTACAT-G-A-A-TTTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACAATCTTTATCATATTGTATCACGTATAGGAATAC---C----------TGTACCTTGAA--ACATATCAT-AT-T-G----CC---------ATTGATCAAGCAATACACTGCccaa
gi|20 : agaactgtagcaatatacatgaaatatcggtatattgcaaaatgcttcatagcaatacagcgtatcgtatcaatcaagcctataccgtctaaattgcaatacagcaagtaaccaactaaaatgtatttttcaacgcagaagaacacctgttcaggactgtgtatgctT---GCAACCAGTGCTG--TACT-AGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAAT----CATC
gi|12 : acctgttcggtaatttt---ACAATCAGTGCTG--TACT-GAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTG-CT-A-AGAG-----GG--TG----AT-A---CTGTGTGT--AT----ATATAT------------ATAT----A-TTCTA-CTT-A-A-TGTTCATCACATTTTC---AATAAT-----AC--TCGGTATCGTATTGT------TTTGT-GATGC---T----------T------------A-------T-TA-T-G----CCGCC------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|8 : aa-AGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGGATTT
gi|15 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaACT-CAT-AGA-T-TTCATCACATTTTCAATAAT-AT---------TCTGTATTGAATTGTATCGCATATCAGGATGC---CTGTATCATGAT------------ACATATTG--TA-TCA----CC---------ATTGGTCAAGCAATCCACAACCCggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|16 : ttaTATTGTATCACATTCAG-GACGC---C----------TGTATCGTGATACATATATCAT-AT-T-G----CC---------ATTGGTCAAGC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATCAACCATACATTTCTTACAAACATGTTTCTCATTAATTTCTAATGTTAAGCAGCGTACTGTATTGTATCGCGTATTGCCCTACCTGTATCGTGTTATGTATCATATCGGAAATGTCCTGGCAATACACAACCCTAC
Unaligned ( gi|19 ): CGTATTGTATTGCGTATCCGAGATGCCATATTGCAATGTGTATTGTATCAGACACATCCTGGCAATACGCAGCCCTAGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 11111111111 1111111 1 222222222222 11 11111111111 1 111111 7777777777777777777777777777777777 11111 555555555555 666666666666666666666666666 11111111111111 11111111 1111111111
lowQualScore : 000000 3 44 7777 555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 55 5555 22 44444444444 0000000 7 3 3 44 000000000000 22 2 6 44 0 0 0 66666666666 9 3 1 3 66 5555 1 7777 0 2 0 000000 3333333333333333333333333333333333 666 4 4 88888 1 4 3 55555 66 0 222222222222 44 44 1 3 2 222222222222222222222222222 555 77777 55555555555555 22222222 3 4444444444
lowQualScore : ...... . .. .... ... ........................................................................................................ . .. .... .. ........... ....... . . . .. ............ .. . . .. . . . ........... . . . . .. .... . .... . . . ...... .................................. ... . . ..... . . . ..... .. . ............ .. .. . . . ........................... ... ..... .............. ........ . ..........
lowQualScore : 555555 6 77 1111 666 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 00 0000 55 00000000000 8888888 2 3 3 66 444444444444 22 1 5 77 1 8 4 99999999999 2 2 6 3 66 9999 4 1111 9 3 5 555555 0000000000000000000000000000000000 444 0 0 55555 8 7 2 33333 44 7 999999999999 66 66 0 3 3 333333333333333333333333333 222 88888 11111111111111 11111111 3 6666666666
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----ATATCGCAA--T--A--C------------T-------------GCG---TA------TCA------C-AT-A----------G--------------GC-TGTAT-TGTA-----ATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TA---TATATTT-T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NTTCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACATAT--CGT---ATCGC----C---------AT--------TG-GTCA----------AGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----ATATCGCAN--T--A--C------------T-------------GCG---TA------TCA------C-AT-A----------G--------------GC-TGTNT-TGTA-----ATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGT-G-NA------AC-----------GT--A----TA---TATATTT-T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCGT-A-A-NTTCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTNT-CGGGATAC---C----------T----------ACATAT--CGT---NNTGC----C---------AT--------TG-GTCA----------AGCAATACACAGCCCT
gi|1 : ATAT-GGC----ATATCGTAT--TG-A--C------------T-------------GTG---CC------TT-------T-AT-T----------G--------------GC-TGTAT-TGCA-----ATACAGCAAG--TA----ACCATCTTAAATGC----ATT-------TTTC-AACACA--AAG--TG---TGT---C-TGCTGATTTCTGTGTTTTCTTTAACATGCAG----------TTAGTGCTGTGCTAGAGGT-AGCAAAGGGAATT--ATTT
gi|1 : tgaaatctaaaatatatttccataaaggatgtagcaataaattatctcaataagattcatagtt-------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACA--CAA------------AGTG-TGT-CT---GCTGATTTCTGTGTTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAAT----CTCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTCTA-------G---A----TG---TATATTT-T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTATGA-A-TTTCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGTGTCATATT--GTATGGC--GTTT-CAGGATACATGT----------T----------ACTTATGATGTATGTGTAC----CTTGATATATAT--------TG-GTCA----------AGCAATACACAACCTTgctgaaaatctcccatcctgaaaactaagttttgattatgatgtgctaagagggtgatactctagatgtatattttacttaatgttaaaagttacttatgaatttcatcacattttcaataataatctgtgtcatattgtatggcgtttcaggatacatgttacttatgatgtatgtgtaccttgatatatattggtcaagcaatacacaacctt
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataaaggatgtagcaataaattatctcaataagattcatagttatatggcatatcgtattgactgtgcctttattggctgtaTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----ATATTGCAA--T--A--CACCTCATAGCAAT-------------ACGGCATA------TCA------T-AT-C----------A--------------GC-TGTGCCTGTATAGCAATACAGCAAG--TA----ACCATCTAAAATGT----ATT-------TTCC-AACACAG-AAA--TA---TCA---C-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGGGCC-AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAATAATTGTT----ATATCGCAG--CCAG--C------------T-------------TCA---TAGAGATATGA------T-AT-ACCGTATC---A--------------GC-CGTAT-TGTA-----ATACAACAAG--TT----ATAAACTAAA-------------------------CACAG-AAG--TA---TGT---T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATACAA----------TCAGTGATGTACCAGAGGT-AGTAAACAGTATT--ATTTga
gi|11 : TTTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAAT----CACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGA------AGACAA-TA------CC-----------GT--A----TA---TAgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|12 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTGTGTGTATATAT--A----TA---TATATTC-T-ACTT---AATGTT---------------------CATCACATTTTCAATAATA--------C---TCGGTATCGTATT--GT---------TT-TGTGATGC---T----------T----------A----T--TAT---GCCGC----C---------AT--------TG-GTCA----------AGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----ATATCGCAA--T--ATAC------------TTCATAGCAATACAGCC---TA------TCA------T-ATCA----------GCTGTGCCTGTATCAGC-TGTAT-TTCA-----ATACAGCAAG--TA----ACCAACT-AAATGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAGAATGCATAAT---T-TTTTCAGTAC
gi|14 : TCATTA-ATTTCTAATGTTAA------GCA-GC--GTACTGTATT--GTATCGC--GTAT-TGCCCTAC---C----------T----------G--TAT--CGT---GTTATGTATC---------ATATCGGAAATG-TCCT----------GGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaacatgtttcACTCAT-AGA-TTTCATCACATTTTCAATAATA-T----------TCTGTATTGAATT--GTATCGC--ATAT-CAGGATGC---CTGTATCATGAT----------ACATAT--TGT---ATCAC----C---------AT--------TG-GTCA----------AGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAATGAT-----ACATAT-TGTATCACATTCAGGA-CGCCTGTAT-CGTGATAC-------------------------ATATAT--CAT---ATTGC----C---------AT--------TG-GTCA----------AGC
gi|17 : catgtgtagttacattctatccaatttgataatagcaaccgataTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----ATATTGCAA--T--ATCC------------T-------------GC----TA------T-A------C-ATCA----------T--------------GC-TATA--CATC-----ATATGGCAA
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----ATATCG--T--T--A---------------T-------------GCGCTTTA------TAA------CAAT-AC---------G--------------GCATATTT-Ttacgcaatgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATT--GTATTGC--GTATCCGAGATGC--------------------------CATAT--TGC---AATGTG---T---------AT--------TGTATCAGACACATCCTGGCAATACGCAGCCCTtttatcgtattggccgtgtcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----ATCTCGCAT--T--A--C------------T-------------GCA---TA------TCA------C-GT-A----------G--------------GC-TATTT-TGTA-----ATATAGCATG--TT----ATCAACTAAAATGC----ATT-------TTTTTAGCACAG-AAG--TG---AAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTGCTGTGCT-GAGCT-AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-A------GGGT-G-CA------AC-----------GT--A----CA---TACATTT-T-ACTT---AATATTAAAA-TTATTCAT-A-A-TTTCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACA-ATCTGTATCTTATT--ATATGAC--CTTT-AAAGATGC---C----------T----------ACATAT--CGT---TATGC----C---------AT--------TG-GTCA----------AGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC---C-TGTTCGGTA--ATTTTTG----------CAA----------CCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAAT----CATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----ATATTGCAAAAT--G--C------------T-------------TCA---TA------GCA--------AT-AC---------A--------------GC--GTAT-CGTA-----TCA-ATCAAGCCTAT---ACCGTCTAAA------------------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---C-AACTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACACCTGTTC-AGGACT--GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAAT----CATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGA------GGGC-GATA------CC-----------AT--ACTGTCA---TATATTT-TAACTTTTAAATATTCAATGTTA--CAT-G-A-ATTTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACA-ATCTTTATCATATT--GTATCAC--GTAT-AGGAATAC---C----------TGTACCTTGAAACATAT--CAT---ATTGC----C---------AT--------TG-ATCA----------AGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----ATATCAAAA--T--A---------------T-------------GCT---T----------------C-AT-A----------G-------------------------CA-----ATACAGCGTG--TCT---ATTGGCTG---TGCTTGTATTGACTGTATTGC-AACATAGCAAG--T----TACAAAC-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTACTGTGTT---------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGA------GGGG-GACA------AT-----------G--------TA---TATATTT-T-AT------ATAT----ACTT--TCG--A-A-TATCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGCATTGTATT--GTATTGC--GTAT-CGTGA-----------------T----------ACATAT--TGT---ATTGC----C---------AT--------TG-GTAA----------AGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----ATATAGCAA--T--A--C------------G-------------GCA---TA------TTG------T-AT-C----------A--------------GC-TGT-----------------GCAAG--TA----ACCAACTAAAATGC----ATT-------TT-------CAG-AAG--TA---TGA---C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAGC-AT-CTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATAT----CAGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------------C-----------AT--C----TT---TTTTTTT-T-AC-----------AAAAATTACTCATGA-A-ATTCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATA-ATCTGTATCATATT--GTACCGC--ATAT-CGGGATAC---CAGTATCTTGAT----------ACATAT--TGT---ATTGC----C---------AT--------TG-GTCA----------AGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtact--TG---CAT---C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcatTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAAT----CTTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGT-T-GATACCATAT-----------GTGGG----TA---TACATTT-T-ACT------TGTTAAAAGTTACCCGT-A-A-ATTCATC----------------------GTA-ATCTGTATCATGTT--GTATCGC--ATAT-CTAGATAC---CTGTATCTTGAT----------ACATAT--TTT---ACCGC----C---------AT--------TG-GTCA----------AGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaG---TA------TC-------C-A-----------------------------C-TGTAT-TGCA-----AAACAGCAAG--TA----ACCAACTTAA-TGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAG--AT---TAC---A-TTTTCAGTACGGTATTTGCTTCATTATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATC--ATTTGCCA-AAAATCAcaa
gi|7 : atcagctgtgcctGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAAT----CATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAA------GGGT-G-AC------AC-----------G---G----TA---TATATTT-T-ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCAT-G-ACTTTCATCACATTTTC---AATAAT-----AC---TCTGTATCGTATT--GTATCAC--ATTT-TGGAATAC---C----------T------------GTAT--TGT---ATCGC----C---------AT--------TG-GTCA----------ACCAATAGACAGCCCTtccgtcctgaaaactgagtttttgtaatgacgcgttaaaagggtgacacggtatatattttatttagcgtcaaaaatactcatgactttcatcacattttcaataatactctgtatcgtattgtatcacattttggaatacctgtattgtatcgccattggtcaaccaatagacagcccta
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccactgtattgcaaaacagcaagtaaccaacttaatgtgttttccaacacagaagattacattttcagtacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCATATTGCAA--T--ATGC------------T-------------TCA---TA------GCAATATGGC-AT-ACTGTATGCCTGTATCT---------GC-TGTAT-TGAA-----ATACAGCAGG--TA----ACCAACTATAATAA----ATT-------TTCC-AACACAG-AAa
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGGATTTGGTGAAGA--TACT------------GT-G-T--------------------GT--A----TATTTTGTAGTTAT-ACTT---AATGTTaatcacctaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----ATATCGCAA--T--A--C--------------------------GCT---TC------TTA------C-AT-A----------G-------------------------TA-----ATACAGCA----TATCATATCGGCT-----GT----ATT-------G--C-AATACAGCAAG--TA---AAA-----TG---AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACACCTGT-CCAG-GTT-AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGA------GGG-----------------------------------A---GATATTT-T-ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCTTGA-A-GTTTATCACATTTTCcgccattttggttgatcatcatt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11111111111 1111111 1 222222222222 11 11111111111 111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 111 555555555555 777777777777777777777777777777777 111111 111111111
lowQualScore : 000000 3 44 7777 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 5555 22 44444444444 0000000 7 3 3 44 000000000000 22 2 6 44 0 0 0 66666666666 9 3 1 3 66 5555 1 7777 8 000000 5555555555555555555555555555555555 88888888 777 2 66 0 0 333 66 3 0 222222222222 44 44 3 2 999999999999999999999999999999999 66666 111111 3 333333333
lowQualScore : ...... . .. .... ....................................................................................................... . .. .... .. ........... ....... . . . .. ............ .. . . .. . . . ........... . . . . .. .... . .... . ...... .................................. ........ ... . .. . . ... .. . . ............ .. .. . . ................................. ..... ...... . .........
lowQualScore : 555555 6 77 1111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 00 0000 55 00000000000 8888888 2 3 3 66 444444444444 22 1 5 77 1 8 4 99999999999 2 2 6 3 66 9999 4 1111 6 555555 2222222222222222222222222222222222 55555555 000 2 44 7 1 999 44 6 7 999999999999 66 66 3 3 000000000000000000000000000000000 00000 222222 3 333333333
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----ATATCGCA---------------A--T-A---CT-------------GCG---TATCA------C-AT-A----------G--------------GCTGT------ATTGCAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----ATATCGCA---------------A--T-A---CT-------------GCG---TATCA------C-AT-A----------G--------------GCTGT------ATTGTAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|1 : ATAT-GGC----ATATCGTA---------------T--TGA---CT-------------GTG---CCTT-------T-AT-T----------G--------------GCTGT------ATTGCAATACAGCAAG--TA----ACCATCTTAAATGC----ATT-------TTTC-AACACA--AAG--TG---TGT---C-TGCTGATTTCTGTGTTTTCTTTAACATGCAG----------TTAGTGCTGTGCTAGAGGT-AGCAAAGGGAATT--ATTT
gi|1 : tgaaatctaaaatatatttccataaaggatgtagcaataaattatctcaataagattcatagtt-------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACA--CAA------------AGTG-TGT-CT---GCTGATTTCTGTGTTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAATC----TCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTCTA-------G---A----TGTATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTATGA-A-TT-TCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGTGTCATATT--GTATGGC--GTTT-CAGGATACATGT----------T----------ACT-----TATGATG-TATGTGT--AC-CTTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTTgctgaaaatctcccatcctgaaaactaagttttgattatgatgtgctaagagggtgatactctagatgtatattttacttaatgttaaaagttacttatgaatttcatcacattttcaataataatctgtgtcatattgtatggcgtttcaggatacatgttacttatgatgtatgtgtaccttgatatatattggtcaagcaatacacaacctt
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataaaggatgtagcaataaattatctcaataagattcatagttatatggcatatcgtattgactgtgcctttattggctgtaTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----ATATTGCA---------------A--T-ACACCTCATAGCAATACG-GCA---TATCA------T-AT-C----------A--------------GCTGTGCCTGTATAGCAATACAGCAAG--TA----ACCATCTAAAATGT----ATT-------TTCC-AACACAG-AAA--TA---TCA---C-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGGGCC-AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAATAATTGTT----ATATCGCAGCCAGCTTCATAGAGA--T-A---TG-------------ATA---TACCG------T-AT-C----------A--------------GCCGT------ATTGTAATACAACAAG--TT----ATAAACTAAA-------------------------CACAG-AAG--TA---TGT---T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATACAA----------TCAGTGATGTACCAGAGGT-AGTAAACAGTATT--ATTTga
gi|11 : TTTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAATC----ACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGA------AGACAA-TA------CC-----------GT--A----TATAgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|12 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTGTGTGTATATAT--A----TATATATTCT--------ACTT---AATGTT----------------------CATCACATTTTCAATAATA--------C---TCGGTATCGTATT--GTTTTGT--G--------ATGC---T----------T----------A---------T--TA-TGC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----ATATCGCA---------------A--T-ATA-CTTCATAGCAATACAGCC---TATCA------T-ATCA----------GCTGTGCCTGTATCAGCTGT------ATTTCAATACAGCAAG--TA----ACCAACT-AAATGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAGAATGCATAAT---T-TTTTCAGTAC
gi|14 : -TCATTA-ATTTCTAATGTTAA------GCA-GC--GTACTGTATT--GTATCGC--GTAT-TGCCCTAC---CTGTATCGTGTT----------ATG-----TAT--CA-TAT---C--GG-A---------AATGTCCTGGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaacatgtttcACTCAT-AGA-TT-TCATCACATTTTCAATAATA-T----------TCTGTATTGAATT--GTATCGC--ATAT-CAGGATGC---CTGTATCATGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---C--AC-C---------ATTGGTCAAGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAATGAT-----ACATAT-TGTATCACATTCAGGA-CGCCTGTAT-CGTGATAC-------------------------ATA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGC
gi|17 : catgtgtagttacattctatccaatttgataatagcaaccgataTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----ATATTGCA---------------A--T-ATC-CT-------------GC----TAT-A------C-ATCA----------T--------------GCTAT------A-CATCATATGGCAA
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----ATATCGT-------------------T-A----T-------------GCGCTTTATAA------CAAT-AC---------G--------------GC-AT------ATTtacgcaatgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATT--GTATTGC--GTATCCGAGATGC---CATAT------T----------GCAATGTGTAT--TG-TAT---CAGACAC---------AT---CCTGGCAATACGCAGCCCTtttttatcgtattggccgtgtcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----ATCTCGCA---------------T--T-A---CT-------------GCA---TATCA------C-GT-A----------G--------------GCTAT------TTTGTAATATAGCATG--TT----ATCAACTAAAATGC----ATT-------TTTTTAGCACAG-AAG--TG---AAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTGCTGTGCT-GAGCT-AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-A------GGGT-G-CA------AC-----------GT--A----CATACATTTT--------ACTT---AATATTAAAA-TTATTCAT-A-A-TT-TCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACA-ATCTGTATCTTATT--ATATGAC--CTTT-AAAGATGC---C----------T----------ACA-----TAT--CGTTAT------GC-C---------ATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC---C-TGTTCGGTA--ATTTTTG----------CAA----------CCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAATC----ATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----ATATTGCA---------------AAAT-G---CT-------------TCA---TAGCA--------AT-AC---------A--------------GC-GT------ATCGTATCA-ATCAAGCCTAT---ACCGTCTAAA------------------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---C-AACTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACACCTGTTC-AGGACT--GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAATC----ATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGA------GGGC-GATA------CC-----------AT--ACTGTCATATATTTTA-------ACTTTTAAATATTCAATGTTA--CAT-G-A-AT-TTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACA-ATCTTTATCATATT--GTATCAC--GTAT-AGGAATAC---C----------TGTACCTTGAAACA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGATCAAGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----ATATCAAA---------------A--T-A----T-------------GCT---T----------C-AT-A----------G-----------------------------CAATACAGCGTG--TCT---ATTGGCTG---TGCTTGTATTGACTGTATTGC-AACATAGCAAG--T----TACAAAC-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTACTGTGTT---------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGA------GGGG-GACA------AT-----------G--------TATATATTTT--------A--T---A----TA-----TACTTTC-G-A-ATATCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGCATTGTATT--GTATTGC--GTAT-CGTGA-----------------T----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----ATATAGCA---------------A--T-A---CG-------------GCA---TATTG------T-AT-C----------A--------------GCTGT-----------------GCAAG--TA----ACCAACTAAAATGC----ATT-------TT-------CAG-AAG--TA---TGA---C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAGC-AT-CTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATATC----AGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------------C-----------AT--C----TTTTTTTTTT--------AC-----------AAAAATTACTCATGA-A-AT-TCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATA-ATCTGTATCATATT--GTACCGC--ATAT-CGGGATAC---CAGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtact--TG---CAT---C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcatTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAATC----TTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGT-T-GATACCATAT-----------GTGGG----TATACATTTT--------ACT------TGTTAAAAGTTACCCGT-A-A-AT-TCATC----------------------GTA-ATCTGTATCATGTT--GTATCGC--ATAT-CTAGATAC---CTGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TT-TAC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaG---TATC-------C-A-----------------------------CTGT------ATTGCAAAACAGCAAG--TA----ACCAACTTAA-TGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAG--AT---TAC---A-TTTTCAGTACGGTATTTGCTTCATTATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATC--ATTTGCCA-AAAATCAcaa
gi|7 : atcagctgtgcctGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAATC----ATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAA------GGGT-G-AC------AC-----------G---G----TATATATTTT--------ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCAT-G-ACTT-TCATCACATTTTC---AATAAT-----AC---TCTGTATCGTATT--GTATCAC--ATTT-TGGAATAC---C----------T------------G-----TAT--TG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTtccgtcctgaaaactgagtttttgtaatgacgcgttaaaagggtgacacggtatatattttatttagcgtcaaaaatactcatgactttcatcacattttcaataatactctgtatcgtattgtatcacattttggaatacctgtattgtatcgccattggtcaaccaatagacagcccta
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccactgtattgcaaaacagcaagtaaccaacttaatgtgttttccaacacagaagattacattttcagtacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCATATTGCA---------------A--T-ATG-CT-------------TCA---TAGCAATATGGC-AT-ACTGTATGCCTGTATCT---------GCTGT------ATTGAAATACAGCAGG--TA----ACCAACTATAATAA----ATT-------TTCC-AACACAG-AAa
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGGATTT------G--GTG--AAGA-------------TA------CT-----------GT--G----TGTATATTTTGTAGTTATACTT---AATGTTaatcacctaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----ATATCGCA---------------A--T-A---C--------------GCT---TCTTA------C-AT-A----------G-----------------------------TAATACAGCA----TATCATATCGGCT-----GT----ATT-------G--C-AATACAGCAAG--TA---AAA-----TG---AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACACCTGT-CCAG-GTT-AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGA------GGGA-G----------------------------------ATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCTTGA-A-GT-TTATCACATTTTCcgccattttggttgatcatcatt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 11111111111 1111111 1 222222222222 11 11111111111 111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 111 555555555555 777777777777777777777777777777777 111111 111111111
lowQualScore : 000000 3 44 7777 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 55 5555 22 44444444444 0000000 7 3 3 44 000000000000 22 2 6 44 0 0 0 66666666666 9 3 1 3 66 5555 1 7777 8 000000 5555555555555555555555555555555555 88888888 777 2 66 0 0 333 66 3 0 222222222222 44 44 3 2 999999999999999999999999999999999 66666 111111 3 333333333
lowQualScore : ...... . .. .... ............................................................................................................ . .. .... .. ........... ....... . . . .. ............ .. . . .. . . . ........... . . . . .. .... . .... . ...... .................................. ........ ... . .. . . ... .. . . ............ .. .. . . ................................. ..... ...... . .........
lowQualScore : 555555 6 77 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 00 0000 55 00000000000 8888888 2 3 3 66 444444444444 22 1 5 77 1 8 4 99999999999 2 2 6 3 66 9999 4 1111 6 555555 2222222222222222222222222222222222 55555555 000 2 44 7 1 999 44 6 7 999999999999 66 66 3 3 000000000000000000000000000000000 00000 222222 3 333333333
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----ATATCGCA---------------A--T-A---CT-------------GCATATCA------CAT-A----------G--------------GCT-------GT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----ATATCGCA---------------A--T-A---CT-------------GCGTATCA------CAT-A----------G--------------GCT-------GT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|1 : ATAT-GGC----ATATCGTA---------------T--TGA---CT-------------GTGCCTT-------TAT-T----------G--------------GCT-------GT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCATCTTAAATGC----ATT-------TTTC-AACACA--AAG--TG---TGT---C-TGCTGATTTCTGTGTTTTCTTTAACATGCAG----------TTAGTGCTGTGCTAGAGGT-AGCAAAGGGAATT--ATTT
gi|1 : tgaaatctaaaatatatttccataaaggatgtagcaataaattatctcaataagattcatagtt-------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACA--CAA------------AGTG-TGT-CT---GCTGATTTCTGTGTTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAATC----TCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTCTA-------G---A----TGTATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTATGA-A-TT-TCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGTGTCATATT--GTATGGC--GTTT-CAGGATACATGT----------T----------ACT-----TATGATG-TATGTGT--AC-CTTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTTgctgaaaatctcccatcctgaaaactaagttttgattatgatgtgctaagagggtgatactctagatgtatattttacttaatgttaaaagttacttatgaatttcatcacattttcaataataatctgtgtcatattgtatggcgtttcaggatacatgttacttatgatgtatgtgtaccttgatatatattggtcaagcaatacacaacctt
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataaaggatgtagcaataaattatctcaataagattcatagttatatggcatatcgtattgactgtgcctttattggctgtaTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----ATATTGCA---------------A--T-ACACCTCATAGCAATACG-GCATATCA------TAT-C----------A--------------GCT-------GTGCCTGTATAG---CAATACAGCAAG--TA----ACCATCTAAAATGT----ATT-------TTCC-AACACAG-AAA--TA---TCA---C-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGGGCC-AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAATAATTGTT----ATATCGCAGCCAGCTTCATAGAGA--T-A---TG-------------ATATACCG------TAT-C----------A--------------GCC-------GT------ATTG---TAATACAACAAG--TT----ATAAACTAAA-------------------------CACAG-AAG--TA---TGT---T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATACAA----------TCAGTGATGTACCAGAGGT-AGTAAACAGTATT--ATTTga
gi|11 : TTTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAATC----ACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGA------AGACAA-TA------CC-----------GT--A----TATAgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|12 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTGTGTGTATATAT--A----TATATATTCT--------ACTT---AATGTT----------------------CATCACATTTTCAATAATA--------C---TCGGTATCGTATT--GTTTTGT--G--------ATGC---T----------T----------A---------T--TA-TGC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----ATATCGCA---------------A--T-ATA-CTTCATAGCAATACAGCCTATCA------TATCA----------GCTGTGCCTGTATCAGCT-------GT------ATTT---CAATACAGCAAG--TA----ACCAACT-AAATGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAGAATGCATAAT---T-TTTTCAGTAC
gi|14 : -TCATTA-ATTTCTAATGTTAA------GCA-GC--GTACTGTATT--GTATCGC--GTAT-TGCCCTAC---CTGTATCGTGTT----------ATG-----TAT--CA-TAT---C--GG-A---------AATGTCCTGGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaacatgtttcACTCAT-AGA-TT-TCATCACATTTTCAATAATA-T----------TCTGTATTGAATT--GTATCGC--ATAT-CAGGATGC---CTGTATCATGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---C--AC-C---------ATTGGTCAAGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAATGAT-----ACATAT-TGTATCACATTCAGGA-CGCCTGTAT-CGTGATAC-------------------------ATA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGC
gi|17 : catgtgtagttacattctatccaatttgataatagcaaccgataTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----ATATTGCA---------------A--T-ATC-CT-------------GC-TAT-A------CATCA----------T--------------GCTATACATCAT------ATGG---CAATAC-GCAA
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----ATATCGT-------------------T-A----T-------------GC------------------------------------------GCT-------TT------ATAA---CAATACGGCAtgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATT--GTATTGC--GTATCCGAGATGC---CATAT------T----------GCAATGTGTAT--TG-TAT---CAGACAC---------AT---CCTGGCAATACGCAGCCCTtatttttttatcgtattggccgtgtcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----ATCTCGCA---------------T--T-A---CT-------------GCATATCA------CGT-A----------G--------------GCT-------AT------TTTG---TAATATAGCATG--TT----ATCAACTAAAATGC----ATT-------TTTTTAGCACAG-AAG--TG---AAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTGCTGTGCT-GAGCT-AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-A------GGGT-G-CA------AC-----------GT--A----CATACATTTT--------ACTT---AATATTAAAA-TTATTCAT-A-A-TT-TCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACA-ATCTGTATCTTATT--ATATGAC--CTTT-AAAGATGC---C----------T----------ACA-----TAT--CGTTAT------GC-C---------ATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC---C-TGTTCGGTA--ATTTTTG----------CAA----------CCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAATC----ATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----ATATTGCA---------------AAAT-G---CT-------------TCATAGCA-------AT-AC---------A--------------GC--------GT------ATCGTATCAAT----CAAGCCTAT---ACCGTCTAAA------------------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---C-AACTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACACCTGTTC-AGGACT--GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAATC----ATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGA------GGGC-GATA------CC-----------AT--ACTGTCATATATTTTA-------ACTTTTAAATATTCAATGTTA--CAT-G-A-AT-TTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACA-ATCTTTATCATATT--GTATCAC--GTAT-AGGAATAC---C----------TGTACCTTGAAACA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGATCAAGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----ATATCAAA---------------A--T-A----T-------------GCTT----------CAT-A----------G---------------------------------------CAATACAGCGTG--TCT---ATTGGCTG---TGCTTGTATTGACTGTATTGC-AACATAGCAAG--T----TACAAAC-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTACTGTGTT---------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGA------GGGG-GACA------AT-----------G--------TATATATTTT--------A--T---A----TA-----TACTTTC-G-A-ATATCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGCATTGTATT--GTATTGC--GTAT-CGTGA-----------------T----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----ATATAGCA---------------A--T-A---CG-------------GCATATTG------TAT-C----------A--------------GCT-------GT--------------------GCAAG--TA----ACCAACTAAAATGC----ATT-------TT-------CAG-AAG--TA---TGA---C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAGC-AT-CTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATATC----AGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------------C-----------AT--C----TTTTTTTTTT--------AC-----------AAAAATTACTCATGA-A-AT-TCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATA-ATCTGTATCATATT--GTACCGC--ATAT-CGGGATAC---CAGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtact--TG---CAT---C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcatTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAATC----TTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGT-T-GATACCATAT-----------GTGGG----TATACATTTT--------ACT------TGTTAAAAGTTACCCGT-A-A-AT-TCATC----------------------GTA-ATCTGTATCATGTT--GTATCGC--ATAT-CTAGATAC---CTGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TT-TAC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaGTATC-------CA-----------------------------CT-------GT------ATTG---CAAAACAGCAAG--TA----ACCAACTTAA-TGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAG--AT---TAC---A-TTTTCAGTACGGTATTTGCTTCATTATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATC--ATTTGCCA-AAAATCAcaa
gi|7 : atcagctgtgcctGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAATC----ATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAA------GGGT-G-AC------AC-----------G---G----TATATATTTT--------ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCAT-G-ACTT-TCATCACATTTTC---AATAAT-----AC---TCTGTATCGTATT--GTATCAC--ATTT-TGGAATAC---C----------T------------G-----TAT--TG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTtccgtcctgaaaactgagtttttgtaatgacgcgttaaaagggtgacacggtatatattttatttagcgtcaaaaatactcatgactttcatcacattttcaataatactctgtatcgtattgtatcacattttggaatacctgtattgtatcgccattggtcaaccaatagacagcccta
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccactgtattgcaaaacagcaagtaaccaacttaatgtgttttccaacacagaagattacattttcagtacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCATATTGCA---------------A--T-ATG-CT-------------TCATAGCAATATGGCAT-ACTGTATGCCTGTATCT---------GCT-------GT------ATTG---AAATACAGCAGG--TA----ACCAACTATAATAA----ATT-------TTCC-AACACAG-AAa
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGGATTT------G--GTG--AAGA-------------TA------CT-----------GT--G----TGTATATTTTGTAGTTATACTT---AATGTTaatcacctaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----ATATCGCA---------------A--T-A---C--------------GCTTCTTA------CAT-A----------G---------------------------------------TAATACAGCA----TATCATATCGGCT-----GT----ATT-------G--C-AATACAGCAAG--TA---AAA-----TG---AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACACCTGT-CCAG-GTT-AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGA------GGGA-G----------------------------------ATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCTTGA-A-GT-TTATCACATTTTCcgccattttggttgatcatcatt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 11111111111 1111111 1 222222222222 11 11111111111 111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 111 555555555555 777777777777777777777777777777777 111111 111111111
lowQualScore : 000000 3 44 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55 5555 22 44444444444 0000000 7 3 3 44 000000000000 22 2 6 44 0 0 0 66666666666 9 3 1 3 66 5555 1 7777 8 000000 5555555555555555555555555555555555 88888888 777 2 66 0 0 333 66 3 0 222222222222 44 44 3 2 999999999999999999999999999999999 66666 111111 3 333333333
lowQualScore : ...... . .. .... ............................................................................................................... . .. .... .. ........... ....... . . . .. ............ .. . . .. . . . ........... . . . . .. .... . .... . ...... .................................. ........ ... . .. . . ... .. . . ............ .. .. . . ................................. ..... ...... . .........
lowQualScore : 555555 6 77 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 00 0000 55 00000000000 8888888 2 3 3 66 444444444444 22 1 5 77 1 8 4 99999999999 2 2 6 3 66 9999 4 1111 6 555555 2222222222222222222222222222222222 55555555 000 2 44 7 1 999 44 6 7 999999999999 66 66 3 3 000000000000000000000000000000000 00000 222222 3 333333333
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----ATATCGCA---------------A--T-A---CT------------GC---A--------TATCA------TAT-A----------G--------------GCTGT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----ATATCGCA---------------A--T-A---CT------------GC---A--------TATCA------CAT-A----------G--------------GCTGT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|1 : ATAT-GGC----ATATCGTA---------------T--TGA---CT------------GT---G--------CCTT-------TAT-T----------G--------------GCTGT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCATCTTAAATGC----ATT-------TTTC-AACACA--AAG--TG---TGT---C-TGCTGATTTCTGTGTTTTCTTTAACATGCAG----------TTAGTGCTGTGCTAGAGGT-AGCAAAGGGAATT--ATTT
gi|1 : tgaaatctaaaatatatttccataaaggatgtagcaataaattatctcaataagattcatagtt-------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACA--CAA------------AGTG-TGT-CT---GCTGATTTCTGTGTTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAATC----TCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTCTA-------G---A----TGTATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTATGA-A-TT-TCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGTGTCATATT--GTATGGC--GTTT-CAGGATACATGT----------T----------ACT-----TATGATG-TATGTGT--AC-CTTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTTgctgaaaatctcccatcctgaaaactaagttttgattatgatgtgctaagagggtgatactctagatgtatattttacttaatgttaaaagttacttatgaatttcatcacattttcaataataatctgtgtcatattgtatggcgtttcaggatacatgttacttatgatgtatgtgtaccttgatatatattggtcaagcaatacacaacctt
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataaaggatgtagcaataaattatctcaataagattcatagttatatggcatatcgtattgactgtgcctttattggctgtaTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----ATATTGCA---------------A--T-ACACCTCATAGCAATACGGC---A--------TATCA------TAT-C----------A--------------GCTGTGCCTGTATAG---CAATACAGCAAG--TA----ACCATCTAAAATGT----ATT-------TTCC-AACACAG-AAA--TA---TCA---C-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGGGCC-AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAATAATTGTT----ATATCGCAGCCAGCTTCATAGAGA--T-A---TG------------AT---A--------TACCG------TAT-C----------A--------------GCCGT------ATTG---TAATACAACAAG--TT----ATAAACTAAA-------------------------CACAG-AAG--TA---TGT---T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATACAA----------TCAGTGATGTACCAGAGGT-AGTAAACAGTATT--ATTTga
gi|11 : TTTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAATC----ACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGA------AGACAA-TA------CC-----------GT--A----TATAgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|12 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTGTGTGTATATAT--A----TATATATTCT--------ACTT---AATGTT----------------------CATCACATTTTCAATAATA--------C---TCGGTATCGTATT--GTTTTGT--G--------ATGC---T----------T----------A---------T--TA-TGC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----ATATCGCA---------------A--T-ATA-CTTCATA-------GC---AATACAGCCTATCA------TATCA----------GCTGTGCCTGTATCAGCTGT------ATTT---CAATACAGCAAG--TA----ACCAACT-AAATGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAGAATGCATAAT---T-TTTTCAGTAC
gi|14 : -TCATTA-ATTTCTAATGTTAA------GCA-GC--GTACTGTATT--GTATCGC--GTAT-TGCCCTAC---CTGTATCGTGTT----------ATG-----TAT--CA-TAT---C--GG-A---------AATGTCCTGGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaacatgtttcACTCAT-AGA-TT-TCATCACATTTTCAATAATA-T----------TCTGTATTGAATT--GTATCGC--ATAT-CAGGATGC---CTGTATCATGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---C--AC-C---------ATTGGTCAAGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAATGAT-----ACATAT-TGTATCACATTCAGGA-CGCCTGTAT-CGTGATAC-------------------------ATA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGC
gi|17 : catgtgtagttacattctatccaatttgataatagcaaccgataTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----ATATTGCA---------------A--T-ATC-CT------------GCTATA--------CATCATGC---TAT-A----------C--------------ATCAT------ATGG---CAATAC-GCAA
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----ATATCGT-------------------T-A----T------------GC-----------------------------------------------------GCTTT------ATAA---CAATACGGCAtgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATT--GTATTGC--GTATCCGAGATGC---CATAT------T----------GCAATGTGTAT--TG-TAT---CAGACAC---------AT---CCTGGCAATACGCAGCCCTtatttttttatcgtattggccgtgtcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----ATCTCGCA---------------T--T-A---CT------------GC---A--------TATCA------CGT-A----------G--------------GCTAT------TTTG---TAATATAGCATG--TT----ATCAACTAAAATGC----ATT-------TTTTTAGCACAG-AAG--TG---AAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTGCTGTGCT-GAGCT-AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-A------GGGT-G-CA------AC-----------GT--A----CATACATTTT--------ACTT---AATATTAAAA-TTATTCAT-A-A-TT-TCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACA-ATCTGTATCTTATT--ATATGAC--CTTT-AAAGATGC---C----------T----------ACA-----TAT--CGTTAT------GC-C---------ATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC---C-TGTTCGGTA--ATTTTTG----------CAA----------CCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAATC----ATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----ATATTGCA---------------AAAT-G---CT------------TC---A--------TAGCA-------AT-AC---------A--------------GC-GT------ATCGTATCAAT----CAAGCCTAT---ACCGTCTAAA------------------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---C-AACTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACACCTGTTC-AGGACT--GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAATC----ATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGA------GGGC-GATA------CC-----------AT--ACTGTCATATATTTTA-------ACTTTTAAATATTCAATGTTA--CAT-G-A-AT-TTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACA-ATCTTTATCATATT--GTATCAC--GTAT-AGGAATAC---C----------TGTACCTTGAAACA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGATCAAGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----ATATCAAA---------------A--T-A----T------------GC---T--------T----------CAT-A----------G--------------------------------CAATACAGCGTG--TCT---ATTGGCTG---TGCTTGTATTGACTGTATTGC-AACATAGCAAG--T----TACAAAC-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTACTGTGTT---------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGA------GGGG-GACA------AT-----------G--------TATATATTTT--------A--T---A----TA-----TACTTTC-G-A-ATATCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGCATTGTATT--GTATTGC--GTAT-CGTGA-----------------T----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----ATATAGCA---------------A--T-A---CG------------GC---A--------TATTG------TAT-C----------A--------------GCTGT--------------------GCAAG--TA----ACCAACTAAAATGC----ATT-------TT-------CAG-AAG--TA---TGA---C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAGC-AT-CTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATATC----AGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------------C-----------AT--C----TTTTTTTTTT--------AC-----------AAAAATTACTCATGA-A-AT-TCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATA-ATCTGTATCATATT--GTACCGC--ATAT-CGGGATAC---CAGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtact--TG---CAT---C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcatTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAATC----TTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGT-T-GATACCATAT-----------GTGGG----TATACATTTT--------ACT------TGTTAAAAGTTACCCGT-A-A-AT-TCATC----------------------GTA-ATCTGTATCATGTT--GTATCGC--ATAT-CTAGATAC---CTGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TT-TAC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaCTGT------ATTG---CAAAACAGCAAG--TA----ACCAACTTAA-TGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAG--AT---TAC---A-TTTTCAGTACGGTATTTGCTTCATTATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATC--ATTTGCCA-AAAATCAcaa
gi|7 : atcagctgtgcctgtatccaGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAATC----ATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAA------GGGT-G-AC------AC-----------G---G----TATATATTTT--------ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCAT-G-ACTT-TCATCACATTTTC---AATAAT-----AC---TCTGTATCGTATT--GTATCAC--ATTT-TGGAATAC---C----------T------------G-----TAT--TG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTtccgtcctgaaaactgagtttttgtaatgacgcgttaaaagggtgacacggtatatattttatttagcgtcaaaaatactcatgactttcatcacattttcaataatactctgtatcgtattgtatcacattttggaatacctgtattgtatcgccattggtcaaccaatagacagcccta
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccactgtattgcaaaacagcaagtaaccaacttaatgtgttttccaacacagaagattacattttcagtacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCATATTGCA---------------A--T-ATG-CT------------TC---A--------TAGCAATATGGCAT-ACTGTATGCCTGTATCT---------GCTGT------ATTG---AAATACAGCAGG--TA----ACCAACTATAATAA----ATT-------TTCC-AACACAG-AAa
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGGATTT------G--GTG--AAGA-------------TA------CT-----------GT--G----TGTATATTTTGTAGTTATACTT---AATGTTaatcacctaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----ATATCGCA---------------A--T-A---C-------------GC---T--------TCTTA------CAT-A----------G--------------------------------TAATACAGCA----TATCATATCGGCT-----GT----ATT-------G--C-AATACAGCAAG--TA---AAA-----TG---AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACACCTGT-CCAG-GTT-AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGA------GGGA-G----------------------------------ATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCTTGA-A-GT-TTATCACATTTTCcgccattttggttgatcatcatt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 33333333333333333333333333 1 222222222222222 11 11111111111 111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 111 555555555555 777777777777777777777777777777777 111111 111111111
lowQualScore : 999999 3 11 6666 77777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00 3 44 3333 0 1 00000000000000000000000000 3 333333333333333 22 1 8 55 1 1 99999999999 9 4 2 3 88 7777 1 7777 8 000000 5555555555555555555555555555555555 88888888 777 2 66 0 0 333 66 3 0 222222222222 44 44 3 2 999999999999999999999999999999999 66666 111111 3 333333333
lowQualScore : ...... . .. .... ..... .......................................................................................................... .. . .. .... . . .......................... . ............... .. . . .. . . ........... . . . . .. .... . .... . ...... .................................. ........ ... . .. . . ... .. . . ............ .. .. . . ................................. ..... ...... . .........
lowQualScore : 666666 3 88 5555 77777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 6 66 8888 8 4 22222222222222222222222222 3 555555555555555 77 0 0 55 7 4 33333333333 5 4 5 6 88 7777 4 1111 6 555555 2222222222222222222222222222222222 55555555 000 2 44 7 1 999 44 6 7 999999999999 66 66 3 3 000000000000000000000000000000000 00000 222222 3 333333333
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATCGCA----------------------A--TA---CT------------GC---A--------TATC-G---TAT-NG--------------GCTGT------ATT-G---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATCGCA----------------------A--TA---CT------------GC---A--------TATC-A---TAT-AG--------------GCTGT------ATT-G---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|1 : AAGGATGTAGCAAT------AAAT-T---ATCTCAAT----AAGATTCATAGTT----------------------A--TA---TG------------GC---A--------TATC-G---TAT-TG--------------ACTG---------T-G---C-------C--T--TT----ATTGGCT-----GT----ATT-------G--C-AATACAGCAAG--T----AAC---CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACA--CAA------------AGTG-TGT-CT---GCTGATTTCTGTGTTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAATC----TCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTCTA-------G---A----TGTATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTATGA-A-TT-TCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGTGTCATATT--GTATGGC--GTTT-CAGGATACATGT----------T----------ACT-----TATGATG-TATGTGT--AC-CTTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTT
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----A-----TATTGCA----------------------A--TACACCTCATAGCAATACGGC---A--------TATC-A---TAT-CA--------------GCTGTGCCTGTATA-G---CAATACAGCAAG--TA----ACCATCTAAAATGT----ATT-------TTCC-AACACAG-AAA--TA---TCA---C-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGGGCC-AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAATAATTGTT----A-----TATCGCAGCCAGCTTCATAGAG-------A--TA---TG------------AT---A--------TACC-G---TAT-CA--------------GCCGT------ATT-G---TAATACAACAAG--TT----ATAAACTAAA-------------------------CACAG-AAG--TA---TGT---T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATACAA----------TCAGTGATGTACCAGAGGT-AGTAAACAGTATT--ATTTga
gi|11 : TTTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAATC----ACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGA------AGACAA-TA------CC-----------GT--A----TATAgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|12 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTGTGTGTATATAT--A----TATATATTCT--------ACTT---AATGTT----------------------CATCACATTTTCAATAATA--------C---TCGGTATCGTATT--GTTTTGT--G--------ATGC---T----------T----------A---------T--TA-TGC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----A-----TATCGCA----------------------A--TATA-CTTCATA-------GC---AATACAGCCTATC-A---TATCAGCTGTGCCTGTATCAGCTGT------ATT-T---CAATACAGCAAG--TA----ACCAACT-AAATGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAGAATGCATAAT---T-TTTTCAGTAC
gi|14 : -TCATTA-ATTTCTAATGTTAA------GCA-GC--GTACTGTATT--GTATCGC--GTAT-TGCCCTAC---CTGTATCGTGTT----------ATG-----TAT--CA-TAT---C--GG-A---------AATGTCCTGGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaacatgtttcACTCAT-AGA-TT-TCATCACATTTTCAATAATA-T----------TCTGTATTGAATT--GTATCGC--ATAT-CAGGATGC---CTGTATCATGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---C--AC-C---------ATTGGTCAAGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAATGAT-----ACATAT-TGTATCACATTCAGGA-CGCCTGTAT-CGTGATAC-------------------------ATA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGC
gi|17 : catgtgtagttacattctatccaatttgataatagcaaccgataTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----A-----TATTGCA----------------------A--TATC-CT------------GCTATA--------CATC-ATGCTAT-AC--------------ATCAT------ATG-G---CAATAC-GCAA
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----A-----TATCGT--------------------------TA----T------------GC-----------------------------------------GCTTT------ATA-A---CAATACGGCAtgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATT--GTATTGC--GTATCCGAGATGC---CATAT------T----------GCAATGTGTAT--TG-TAT---CAGACAC---------AT---CCTGGCAATACGCAGCCCTtatttttttatcgtattggccgtgtcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----A-----TCTCGCA----------------------T--TA---CT------------GC---A--------TATC-A---CGT-AG--------------GCTAT------TTT-G---TAATATAGCATG--TT----ATCAACTAAAATGC----ATT-------TTTTTAGCACAG-AAG--TG---AAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTGCTGTGCT-GAGCT-AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-A------GGGT-G-CA------AC-----------GT--A----CATACATTTT--------ACTT---AATATTAAAA-TTATTCAT-A-A-TT-TCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACA-ATCTGTATCTTATT--ATATGAC--CTTT-AAAGATGC---C----------T----------ACA-----TAT--CGTTAT------GC-C---------ATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC---C-TGTTCGGTA--ATTTTTG----------CAA----------CCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAATC----ATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----A-----TATTGCA----------------------AAATG---CT------------TC---A--------TAGC-AA--TAC-AG----------------CGT------ATC-GTATCAAT----CAAGCCTAT---ACCGTCTAAA------------------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---C-AACTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACACCTGTTC-AGGACT--GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAATC----ATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGA------GGGC-GATA------CC-----------AT--ACTGTCATATATTTTA-------ACTTTTAAATATTCAATGTTA--CAT-G-A-AT-TTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACA-ATCTTTATCATATT--GTATCAC--GTAT-AGGAATAC---C----------TGTACCTTGAAACA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGATCAAGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----A-----TATCAAA----------------------A--TA----T------------GC------------T-TC-A---TA---------------------------------G---CAATACAGCGTG--TCT---ATTGGCTG---TGCTTGTATTGACTGTATTGC-AACATAGCAAG--T----TACAAAC-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTACTGTGTT---------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGA------GGGG-GACA------AT-----------G--------TATATATTTT--------A--T---A----TA-----TACTTTC-G-A-ATATCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGCATTGTATT--GTATTGC--GTAT-CGTGA-----------------T----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----A-----TATAGCA----------------------A--TA---CG------------GC---A--------TATT-G---TAT-CA--------------GCTGT---------------------GCAAG--TA----ACCAACTAAAATGC----ATT-------TT-------CAG-AAG--TA---TGA---C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAGC-AT-CTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATATC----AGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------------C-----------AT--C----TTTTTTTTTT--------AC-----------AAAAATTACTCATGA-A-AT-TCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATA-ATCTGTATCATATT--GTACCGC--ATAT-CGGGATAC---CAGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtact----A-----TATTACA----------------------A--TA-----------------GC---AA-------TGTC-A---TAT-GA--------------ACTTTC-----ATTAG---CG-TA-AGAACA--TA----A---AAAAAAATGC----ATT--------------------------G---CAT---C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAATC----TTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGT-T-GATACCATAT-----------GTGGG----TATACATTTT--------ACT------TGTTAAAAGTTACCCGT-A-A-AT-TCATC----------------------GTA-ATCTGTATCATGTT--GTATCGC--ATAT-CTAGATAC---CTGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TT-TAC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaCTGT------ATT-G---CAAAACAGCAAG--TA----ACCAACTTAA-TGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAG--AT---TAC---A-TTTTCAGTACGGTATTTGCTTCATTATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATC--ATTTGCCA-AAAATCAcaa
gi|7 : atcagctgtgcctgtatccaGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAATC----ATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAA------GGGT-G-AC------AC-----------G---G----TATATATTTT--------ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCAT-G-ACTT-TCATCACATTTTC---AATAAT-----AC---TCTGTATCGTATT--GTATCAC--ATTT-TGGAATAC---C----------T------------G-----TAT--TG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTtccgtcctgaaaactgagtttttgtaatgacgcgttaaaagggtgacacggtatatattttatttagcgtcaaaaatactcatgactttcatcacattttcaataatactctgtatcgtattgtatcacattttggaatacctgtattgtatcgccattggtcaaccaatagacagcccta
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccactgtattgcaaaacagcaagtaaccaacttaatgtgttttccaacacagaagattacattttcagtacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCA-----TATTGCAATATGCTTCATAGCAATATGGCA--TA---CT------------GT---A--------TGCCTG---TAT-CT--------------GCTGT------ATT-G---AAATACAGCAGG--TA----ACCAACTATAATAA----ATT-------TTCC-AACACAG-AAa
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGGATTT------G--GTG--AAGA-------------TA------CT-----------GT--G----TGTATATTTTGTAGTTATACTT---AATGTTaatcacctaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----A-----TATCGCA----------------------A--TA---C-------------GC---T--------TCTT-A---CAT-AG---------------------------------TAATACAGCA----TATCATATCGGCT-----GT----ATT-------G--C-AATACAGCAAG--TA---AAA-----TG---AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACACCTGT-CCAG-GTT-AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGA------GGGA-G----------------------------------ATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCTTGA-A-GT-TTATCACATTTTCcgccattttggttgatcatcatt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111111 11111 333333333333333333333333 1 222222222222 11 11111111111 111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 111 555555555555 777777777777777777777777777777777 111111 111111111
lowQualScore : 999999 3 11 7777 88888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222 2 555 1 2 55 55555 0 333333333333333333333333 3 4 55 222222222222 22 1 8 55 1 1 99999999999 9 4 2 3 88 7777 1 7777 0 8 000000 5555555555555555555555555555555555 44444444 4 777 2 66 0 0 333 66 3 0 222222222222 44 44 3 2 999999999999999999999999999999999 66666 111111 3 333333333
lowQualScore : ...... . .. .... ..... .............................................................................................................. .............. . ... . . .. ..... . ........................ . . .. ............ .. . . .. . . ........... . . . . .. .... . .... . . ...... .................................. ........ . ... . .. . . ... .. . . ............ .. .. . . ................................. ..... ...... . .........
lowQualScore : 666666 3 88 1111 33333 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555555555555 6 888 1 7 00 33333 2 999999999999999999999999 6 5 00 999999999999 77 0 0 55 7 4 33333333333 5 4 5 6 88 7777 4 1111 2 6 555555 2222222222222222222222222222222222 55555555 0 000 2 44 7 1 999 44 6 7 999999999999 66 66 3 3 000000000000000000000000000000000 00000 222222 3 333333333
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATCG---------------CA----------------------A--TA-------------------CT------------G-C---A--------TATC----------G---TATCGGCCGT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGT----ATT-------TTCC-AACACAGCAAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATCG---------------CA----------------------A--TA-------------------CT------------G-C---A--------TATC----------G---TATNGGCTGT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGC----ATT-------TTCC-AACACAG-AAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|1 : AAGGATGTAGCAAT------AAAT-T---ATCTCAAT----AAGATTCATAG---------------TT----------------------A--TA-------------------TG------------G-C---A--------TATC----------G---TATTGACTG---------TG---C-------C--T--TT----ATTGGCT-----GT----ATT-------G--C-AATACAGCAAG--T----AAC---CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACA--CAA------------AGTG-TGT-CT---GCTGATTTCTGTGTTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAAT----CTCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTCTA-------G---A----TGTATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTATGA-A-TT-TCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGTGTCATATT--GTATGGC--GTTT-CAGGATACATGT----------T----------ACT-----TATGATG-TATGTGT--AC-CTTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTT
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----A-----TATTG---------------CA----------------------A--TACAC----------------CTCATAGCAATACGG-C---A--------TATC----------A---TATCAGCTGTGCCTGTATAG---CAATACAGCAAG--TA----ACCATCTAAAATGT----ATT-------TTCC-AACACAG-AAA--TA---TCA---C-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGGGCC-AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAATAATTGTT----A-----TATCG---------------CAGCCAGCTTCATAGAG-------A--TA-------------------TG------------A-T---A--------TACC----------G---TATCAGCCGT------ATTG---TAATACAACAAG--TT----ATAAACTAAA-------------------------CACAG-AAG--TA---TGT---T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATACAA----------TCAGTGATGTACCAGAGGT-AGTAAACAGTATT--ATTTga
gi|11 : TTTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAAT----CACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGA------AGACAA-TA------CC-----------GT--A----TATAgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|12 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTGTGTGTATATAT--A----TATATATTC--------T-ACTT---AATGTT----------------------CATCACATTTTCAATAATA--------C---TCGGTATCGTATT--GTTTTGT--G--------ATGC---T----------T----------A---------T--TA-TGC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----A-----TATCG---------------CA----------------------A--TATACTTCATAGCAATACAGCCT------------ATC---A--------TATCAGCTGTGCCTG---TATCAGCTGT------ATTT---CAATACAGCAAG--TA----ACCAACT-AAATGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAGAATGCATAAT---T-TTTTCAGTAC
gi|14 : -TCATTA-ATTTCTAATGTTAA------GCA-GC--GTACTGTATT--GTATCGC--GTAT-TGCCCTAC---CTGTATCGTGTT----------ATG-----TAT--CA-TAT---C--GG-A---------AATGTCCTGGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaacatgtttcACTCAT-AGA-TT-TCATCACATTTTCAATAATA-T----------TCTGTATTGAATT--GTATCGC--ATAT-CAGGATGC---CTGTATCATGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---C--AC-C---------ATTGGTCAAGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAATGAT-----ACATAT-TGTATCACATTCAGGA-CGCCTGTAT-CGTGATAC-------------------------ATA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGC
gi|17 : catgtgtagttacattctatccaatttgataatagcaaccgataTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----A-----TATTG---------------CA----------------------A--TATC-----------------CT------------G-CTATA--------CATC----------ATGCTATACATCAT------ATGG---CAATAC-GCAA
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----A-----TATCGTTATGCGCTTTATAACA----------------------A--TA-------------------CG------------G-C---ATATTTTTTTATC----------G---TATTGGCCGT------GTtgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATT--GTATTGC--GTATCCGAGATGC---CATAT------T----------GCAATGTGTAT--TG-TAT---CAGACAC---------AT---CCTGGCAATACGCAGCCCTcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----A-----TCTCG---------------CA----------------------T--TA-------------------CT------------G-C---A--------TATC----------A---CGTAGGCTAT------TTTG---TAATATAGCATG--TT----ATCAACTAAAATGC----ATT-------TTTTTAGCACAG-AAG--TG---AAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTGCTGTGCT-GAGCT-AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-A------GGGT-G-CA------AC-----------GT--A----CATACATTT--------T-ACTT---AATATTAAAA-TTATTCAT-A-A-TT-TCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACA-ATCTGTATCTTATT--ATATGAC--CTTT-AAAGATGC---C----------T----------ACA-----TAT--CGTTAT------GC-C---------ATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC---C-TGTTCGGTA--ATTTTTG----------CAA----------CCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAAT----CATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----A-----TATTG---------------CA----------------------AAATG-------------------CT------------T-C---A--------TAGC----------AA--TACAG--CGT------ATCGTATCAAT----CAAGCCTAT---ACCGTCTAAA------------------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---C-AACTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACACCTGTTC-AGGACT--GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAAT----CATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGA------GGGC-GATA------CC-----------AT--ACTGTCATATATTT--------TAACTTTTAAATATTCAATGTTA--CAT-G-A-AT-TTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACA-ATCTTTATCATATT--GTATCAC--GTAT-AGGAATAC---C----------TGTACCTTGAAACA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGATCAAGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----A-----TATCA---------------AA----------------------A--TA--------------------T------------G-C------------T-TC----------A---TA-----------------G---CAATACAGCGTG--TCT---ATTGGCTG---TGCTTGTATTGACTGTATTGC-AACATAGCAAG--T----TACAAAC-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTACTGTGTT---------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGA------GGGG-GACA------AT-----------G--------TATATATTT--------T-A--T---A----TA-----TACTTTC-G-A-ATATCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGCATTGTATT--GTATTGC--GTAT-CGTGA-----------------T----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----A-----TATAG---------------CA----------------------A--TA-------------------CG------------G-C---A--------TATT----------G---TATCAGCTGT--------------------GCAAG--TA----ACCAACTAAAATGC----ATT-------TT-------CAG-AAG--TA---TGA---C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAGC-AT-CTAGAGCT-AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATAT----CAGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------------C-----------AT--C----TTTTTTTTT--------T-AC-----------AAAAATTACTCATGA-A-AT-TCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATA-ATCTGTATCATATT--GTACCGC--ATAT-CGGGATAC---CAGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtact--TG---CAT---C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcatTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAAT----CTTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGT-T-GATACCATAT-----------GTGGG----TATACATTT--------T-ACT------TGTTAAAAGTTACCCGT-A-A-AT-TCATC----------------------GTA-ATCTGTATCATGTT--GTATCGC--ATAT-CTAGATAC---CTGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TT-TAC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttaca----------G---TATCCACTGT------ATTG---CAAAACAGCAAG--TA----ACCAACTTAA-TGT----GTT-------TTCC-AACACAG-AAG--AT---TAC---A-TTTTCAGTACGGTATTTGCTTCATTATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT-AGTGAAGGGTATC--ATTTGCCA-AAAATCAcaa
gi|7 : atcagctgtgcctGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAAT----CATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAA------GGGT-G-AC------AC-----------G---G----TATATATTT--------T-ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCAT-G-ACTT-TCATCACATTTTC---AATAAT-----AC---TCTGTATCGTATT--GTATCAC--ATTT-TGGAATAC---C----------T------------G-----TAT--TG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTtccgtcctgaaaactgagtttttgtaatgacgcgttaaaagggtgacacggtatatattttatttagcgtcaaaaatactcatgactttcatcacattttcaataatactctgtatcgtattgtatcacattttggaatacctgtattgtatcgccattggtcaaccaatagacagcccta
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccactgtattgcaaaacagcaagtaaccaacttaatgtgttttccaacacagaagattacattttcagtacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCA-----TATTG---------------CAATATGCTTCATAGCAATATGGCA--TA-------------------CT------------G-T---A--------TGCCT---------G---TATCTGCTGT------ATTG---AAATACAGCAGG--TA----ACCAACTATAATAA----ATT-------TTCC-AACACAG-AAa
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGG-ATTTG-------GTG--AAGA-------------TA------CT-----------GT--G----TGTATATTTTGTAGTTAT-ACTT---AATGTTaatcacctaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----A-----TATCG---------------CA----------------------A--TA-------------------C-------------G-C------------T-TC----------T---TAC-------------ATAG---TAATACAGCA----TATCATATCGGCT-----GT----ATT-------G--C-AATACAGCAAG--TA---AAA-----TG---AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACACCTGT-CCAG-GTT-AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGA------GGGA-G----------------------------------ATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCTTGA-A-GT-TTATCACATTTTCcgccattttggttgatcatcatt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 222222222222222222222 1 22222 22 22222222222 11111 111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 111 555555555555 777777777777777777777777777777777 111111 111111111
lowQualScore : 999999 3 11 7777 88888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 3 55 77777 0 888888888888888888888 3 5 44 33333 555 3 33 2 3 1 6 22 1 3 3 33333333333 0 9 4 2 88 33333 8888 1 7777 0 8 000000 5555555555555555555555555555555555 44444444 4 777 2 66 0 0 333 66 3 0 222222222222 44 44 3 2 999999999999999999999999999999999 66666 111111 3 333333333
lowQualScore : ...... . .. .... ..... ..................................................................................................................................... . . .. ..... . ..................... . . .. ..... ... . .. . . . . .. . . . ........... . . . . .. ..... .... . .... . . ...... .................................. ........ . ... . .. . . ... .. . . ............ .. .. . . ................................. ..... ...... . .........
lowQualScore : 666666 3 88 1111 33333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 7 55 77777 7 555555555555555555555 6 0 66 00000 444 1 22 5 1 8 5 44 0 1 6 77777777777 3 5 4 5 66 55555 6666 4 1111 2 6 555555 2222222222222222222222222222222222 55555555 0 000 2 44 7 1 999 44 6 7 999999999999 66 66 3 3 000000000000000000000000000000000 00000 333333 3 333333333
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATCG---------------CA----------------------A--TA-------------------CT------------G-C---A--------TATC----------G---TATCGGCCGT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAAT-GTATT-------TT-C-AACACAGCAAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCCAACACACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT--AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATCG---------------CA----------------------A--TA-------------------CT------------G-C---A--------TATC----------G---TATCGGCCGT------ATTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAAT-GTATT-------TTCC-AACACAGCAAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTTCAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGAGCT--AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|1 : AAGGATGTAGCAAT------AAAT-T---ATCTCAAT----AAGATTCATAG---------------TT----------------------A--TA-------------------TG------------G-C---A--------TATC----------G---TATTGACTGT---------G---C-------C--T--TT----ATTGGCT------GTATT-------G--C-AATACAGCAAG--T----AAC---CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACA--CAA------------AGTG-TGT-CT---GCTG-ATTTCTGTGTTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAAT----CTCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTCTA-------G---A----TGTATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTATGA-A-TT-TCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGTGTCATATT--GTATGGC--GTTT-CAGGATACATGT----------T----------ACT-----TATGATG-TATGTGT--AC-CTTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTT
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----A-----TATTG---------------CA----------------------A--TACAC----------------CTCATAGCAATACGG-C---A--------TATC----------A---TATCAGCTGTGCCTGTATAG---CAATACAGCAAG--TA----ACCATCTAAAAT-GTATT-------TTCC-AACACAG-AAA--TA---TCA---C-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTGCTGTACTAGGGCC--AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAATAATTGTT----A-----TATCG---------------CAGCCAGCTTCATAGAG-------A--TA-------------------TG------------A-T---A--------TACC----------G---TATCAGCCGT------ATTG---TAATACAACAAG--TT----ATAAACTAAA----------------------CACAG-AAG--TA---TGT---T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATACAA----------TCAGTGATGTACCAGAGGT--AGTAAACAGTATT--ATTTga
gi|11 : TTTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAAT----CACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGA------AGACAA-TA------CC-----------GT--A----TATAgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|12 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTGTGTGTATATAT--A----TATATATTC--------T-ACTT---AATGTT----------------------CATCACATTTTCAATAATA--------C---TCGGTATCGTATT--GTTTTGT--G--------ATGC---T----------T----------A---------T--TA-TGC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----A-----TATCG---------------CA----------------------A--TATACTTCATAGCAATACAGCCT------------ATC---A--------TATCAGCTGTGCCTG---TATCAGCTGT------ATTT---CAATACAGCAAG--TA----ACCAACT-AAAT-GTGTT-------TTCC-AACACAG-AAGAATGCATAAT---T-TTTTCAGTAC
gi|14 : -TCATTA-ATTTCTAATGTTAA------GCA-GC--GTACTGTATT--GTATCGC--GTAT-TGCCCTAC---CTGTATCGTGTT----------ATG-----TAT--CA-TAT---C--GG-A---------AATGTCCTGGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaacatgtttcACTCAT-AGA-TT-TCATCACATTTTCAATAATA-T----------TCTGTATTGAATT--GTATCGC--ATAT-CAGGATGC---CTGTATCATGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---C--AC-C---------ATTGGTCAAGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAATGAT-----ACATAT-TGTATCACATTCAGGA-CGCCTGTAT-CGTGATAC-------------------------ATA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGC
gi|17 : catgtgtagttacattctatccaatttgataatagcaaccgataTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----A-----TATTG---------------CA----------------------A--TATC-----------------CT------------G-CTATA--------CATC----------ATGCTATACATCAT------ATGG---CAATAC-GCAA
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----A-----TATCGTTATGCGCTTTATAACA----------------------A--TA-------------------CG------------G-C---ATATTTTTTTATC----------G---TATTGGCCGT------GTtgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATT--GTATTGC--GTATCCGAGATGC---CATAT------T----------GCAATGTGTAT--TG-TAT---CAGACAC---------AT---CCTGGCAATACGCAGCCCTcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----A-----TCTCG---------------CA----------------------T--TA-------------------CT------------G-C---A--------TATC----------A---CGTAGGCTAT------TTTG---TAATATAGCATG--TT----ATCAACTAAAAT-GCATT-------TTTTTAGCACAG-AAG--TG---AAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTGCTGTGCT-GAGCT--AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-A------GGGT-G-CA------AC-----------GT--A----CATACATTT--------T-ACTT---AATATTAAAA-TTATTCAT-A-A-TT-TCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACA-ATCTGTATCTTATT--ATATGAC--CTTT-AAAGATGC---C----------T----------ACA-----TAT--CGTTAT------GC-C---------ATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC---C-TGTTCGGTA--ATTTTTG----------CAA----------CCAGTGCTGTACTAGAGCT--AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAAT----CATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----A-----TATTG---------------CA----------------------AAATG-------------------CT------------T-C---A--------TAGC----------AA--TA-CAGC-GT------ATCGTATCAAT----CAAGCCTAT---ACCGTCTAAA---------------TTGC-AATACAGCAAG--T----AAC---C-AACTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACACCTGTTC-AGGACT---GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAAT----CATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGA------GGGC-GATA------CC-----------AT--ACTGTCATATATTT--------TAACTTTTAAATATTCAATGTTA--CAT-G-A-AT-TTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACA-ATCTTTATCATATT--GTATCAC--GTAT-AGGAATAC---C----------TGTACCTTGAAACA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGATCAAGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----A-----TATCA---------------AA----------------------A--TA--------------------T------------G-C------------T-TC----------A---TA-----------------G---CAATACAGCGTG--TCT---ATTGGCTGTGCTTGTATTGACTGTATTGC-AACATAGCAAG--T----TACAAAC-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTACTGTGTT----------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGA------GGGG-GACA------AT-----------G--------TATATATTT--------T-A--T---A----TA-----TACTTTC-G-A-ATATCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGCATTGTATT--GTATTGC--GTAT-CGTGA-----------------T----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----A-----TATAG---------------CA----------------------A--TA-------------------CG------------G-C---A--------TATT----------G---TATCAGCTGT--------------------GCAAG--TA----ACCAACTAAAAT-GCATT-------TT-------CAG-AAG--TA---TGA---C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAGC-AT-CTAGAGCT--AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATAT----CAGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------------C-----------AT--C----TTTTTTTTT--------T-AC-----------AAAAATTACTCATGA-A-AT-TCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATA-ATCTGTATCATATT--GTACCGC--ATAT-CGGGATAC---CAGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtact--TG---CAT---C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTGCTGTACTAGAGCT--AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcatTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAAT----CTTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGT-T-GATACCATAT-----------GTGGG----TATACATTT--------T-ACT------TGTTAAAAGTTACCCGT-A-A-AT-TCATC----------------------GTA-ATCTGTATCATGTT--GTATCGC--ATAT-CTAGATAC---CTGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TT-TAC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaT-GTATT-------G--C-AAAACAGCAAG--T----AAC---C-AACT---TAATGTGTTT--TCCAACACAGAA------------------G-ATTACATTTTCAGT--ACGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAAT----CATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAA------GGGT-G-AC------AC-----------G---G----TATATATTT--------T-ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCAT-G-ACTT-TCATCACATTTTC---AATAAT-----AC---TCTGTATCGTATT--GTATCAC--ATTT-TGGAATAC---C----------T------------G-----TAT--TG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTcaa
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCA-----TATTG---------------CAATATGCTTCATAGCAATATGGCA--TA-------------------CT------------G-T---A--------TGCCT---------G---TATCTGCTGT------ATTG---AAATACAGCAGG--TA----ACCAACTATAAT-AAATT-------TTCC-AACACAGAAAA--T----CAC---C-Ta
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGG-ATTTG-------GTG--AAGA-------------TA------CT-----------GT--G----TGTATATTTTGTAGTTAT-ACTT---AATGTTaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----A-----TATCG---------------CA----------------------A--TA-------------------C-------------G-C------------T-TC----------T---TA-----CAT------A--G---TAATACAGCA----TATCATATCGGCT------GTATT-------G--C-AATACAGCAAG--TA---AAA-----TG---AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACACCTGT-CCAG-GTT--AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGA------GGGA-G----------------------------------ATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCTTGA-A-GT-TTATCACATTTTCcgccattttggttgatcatcatt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222222222222222222 2222222222222222 1 22222 1111 111111111111 1111 111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 111 555555555555 777777777777777777777777777777777 111111 111111111
lowQualScore : 999999 3 11 7777 88888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 3 2222222222222222222222222222222222 6666666666666666 1 2 44 33333 555 3 33 2 3 1 6 9999 8 999999999999 0 3 7 4 0 55 777 7777 8888 1 7777 8 000000 5555555555555555555555555555555555 88888888 777 2 66 0 0 333 66 3 0 222222222222 44 44 3 2 999999999999999999999999999999999 66666 111111 3 333333333
lowQualScore : ...... . .. .... ..... .............................................................................................................................. .. . .................................. ................ . . .. ..... ... . .. . . . . .... . ............ . . . . . .. ... .... .... . .... . ...... .................................. ........ ... . .. . . ... .. . . ............ .. .. . . ................................. ..... ...... . .........
lowQualScore : 666666 3 88 1111 33333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 5 1111111111111111111111111111111111 0000000000000000 2 7 66 00000 444 1 22 5 1 8 5 6666 2 888888888888 3 6 2 4 4 00 111 3333 6666 4 1111 6 555555 2222222222222222222222222222222222 55555555 000 2 44 7 1 999 44 6 7 999999999999 66 66 3 3 000000000000000000000000000000000 00000 333333 3 333333333
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--TA-------------------CN------------G-C---A--------TATC----------G---TATCGGCCGT------A-TTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGTATTTT-C--AACACAGCAAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCCAACACANAA----------TCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--TA-------------------CT------------G-C---A--------TATC----------G---TATCGGCCGT------A-TTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGTATTTT-C--AACACAGCAAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCCAACACACAA----------TCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|1 : AAGGATGTAGCAAT------AAAT-T---ATCTCAAT----AAGATTCATA---------------G---------------TT----------------------A--TA-------------------TG------------G-C---A--------TATC----------G---TATTGACTGT----------G---C-------C--T--TT----ATTGGCT-----GTATTG--C--AATACAGCAAG--T----AAC---CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACACAAAG----------T--GTGTCTG--CT-GATTTCT---GTG-----TTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAATC----TCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTCTA-------G---A----TGTATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTATGA-A-TT-TCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGTGTCATATT--GTATGGC--GTTT-CAGGATACATGT----------T----------ACT-----TATGATG-TATGTGT--AC-CTTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTT
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----A-----TATT---------------G---------------CA----------------------A--TACAC----------------CTCATAGCAATACGG-C---A--------TATC----------A---TATCAGCTGTGCCTGTA-TAG---CAATACAGCAAG--TA----ACCATCTAAAATGTATTTT-CC-AACACAG-AAA--TA---TCA---C-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTG-CTGTACTAGGG--CC--AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAATAATTGTT----A-----TATC---------------G---------------CAGCCAGCTTCATAGAG-------A--TA-------------------TG------------A-T---A--------TACC----------G---TATCAGCCGT------A-TTG---TAATACAACAAG--TT----ATAAACTAAA---------------CACAG-AAG--TA---TGT---T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATACAA----------TCAGTG-ATGTACCAGAG--GT--AGTAAACAGTATT--ATTTga
gi|11 : TTTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAATC----ACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGA------AGACAA-TA------CC-----------GT--A----TATAgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|12 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTGTGTGTATATAT--A----TATATATTCT--------ACTT---AATGTT----------------------CATCACATTTTCAATAATA--------C---TCGGTATCGTATT--GTTTTGT--G--------ATGC---T----------T----------A---------T--TA-TGC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--TATACTTCATAGCAATACAGCCT------------ATC---A--------TATCAGCTGTGCCTG---TATCAGCTGT------A-TTT---CAATACAGCAAG--TA----ACCAACT-AAATGTGTTTTCC--AACACAG-AAGAATGCATAAT---T-TTTTCAGTAC
gi|14 : -TCATTA-ATTTCTAATGTTAA------GCA-GC--GTACTGTATT--GTATCGC--GTAT-TGCCCTAC---CTGTATCGTGTT----------ATG-----TAT--CA-TAT---C--GG-A---------AATGTCCTGGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaacatgtttcACTCAT-AGA-TT-TCATCACATTTTCAATAATA-T----------TCTGTATTGAATT--GTATCGC--ATAT-CAGGATGC---CTGTATCATGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---C--AC-C---------ATTGGTCAAGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAATGAT-----ACATAT-TGTATCACATTCAGGA-CGCCTGTAT-CGTGATAC-------------------------ATA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGC
gi|17 : catgtgtagttacattctatccaatttgataatagcaaccgataTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----A-----TATT---------------G---------------CA----------------------A--TATC-----------------CT------------G-CTATA--------CATC----------ATGCTATACATCAT------A-TGG---CAATAC-GCAA
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----A-----TATC---------------GTTATGCGCTTTATAACA----------------------A--TA-------------------CG------------G-C---ATATTTTTTTATC----------G---TATTGGCCGT------G-Ttgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATT--GTATTGC--GTATCCGAGATGC---CATAT------T----------GCAATGTGTAT--TG-TAT---CAGACAC---------AT---CCTGGCAATACGCAGCCCTcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----A-----TCTC---------------G---------------CA----------------------T--TA-------------------CT------------G-C---A--------TATC----------A---CGTAGGCTAT------T-TTG---TAATATAGCATG--TT----ATCAACTAAAATGCATTTT-TTTAGCACAG-AAG--TG---AAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTG-CTGTGCT-GAG--CT--AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-A------GGGT-G-CA------AC-----------GT--A----CATACATTTT--------ACTT---AATATTAAAA-TTATTCAT-A-A-TT-TCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACA-ATCTGTATCTTATT--ATATGAC--CTTT-AAAGATGC---C----------T----------ACA-----TAT--CGTTAT------GC-C---------ATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC---C-TGTTCGGTA--ATTTTTGC----------AA----------CCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAATC----ATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----A-----TATT---------------G---------------CA----------------------AAATG-------------------CT------------T-C---A--------TAGC----------AA--TA-CAGC-GT------A-TCGTATCAAT----CAAGCCTAT---ACCGTCTAAA------TTG-C--AATACAGCAAG--T----AAC---C-AACTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACAC-CTGTTC-AGGA--CT---GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAATC----ATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGA------GGGC-GATA------CC-----------AT--ACTGTCATATATTTTA-------ACTTTTAAATATTCAATGTTA--CAT-G-A-AT-TTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACA-ATCTTTATCATATT--GTATCAC--GTAT-AGGAATAC---C----------TGTACCTTGAAACA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGATCAAGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----A-----TATCAAAATATGCTTCATAG---------------CA----------------------A--TA-------------------CA------------G-C---G--------TGTC--------------TATTGGCTGT------GCTTG---TATT-------------------GACT-----GTATTG--C--AACATAGCAAG--T----TACAAAC-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTA-CTGTGTT------------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGA------GGGG-GACA------AT-----------G--------TATATATTTT--------A--T---A----TA-----TACTTTC-G-A-ATATCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGCATTGTATT--GTATTGC--GTAT-CGTGA-----------------T----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----A-----TATA---------------G---------------CA----------------------A--TA-------------------CG------------G-C---A--------TATT----------G---TATCAGCTGT---------------------GCAAG--TA----ACCAACTAAAATGCATTTT-C--AG------AAG--TA---TGA---C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAG-C-AT-CTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATATC----AGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------------C-----------AT--C----TTTTTTTTTT--------AC-----------AAAAATTACTCATGA-A-AT-TCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATA-ATCTGTATCATATT--GTACCGC--ATAT-CGGGATAC---CAGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtact--TG---CAT---C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcatTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAATC----TTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGT-T-GATACCATAT-----------GTGGG----TATACATTTT--------ACT------TGTTAAAAGTTACCCGT-A-A-AT-TCATC----------------------GTA-ATCTGTATCATGTT--GTATCGC--ATAT-CTAGATAC---CTGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TT-TAC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaTGTATTG--C--AAAACAGCAAG--T----AAC---C-AACT---TAATGTGTTT--TCCAACACAGAA-------------------G-ATTACAT--TTTCAGT--ACGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAATC----ATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAA------GGGT-G-AC------AC-----------G---G----TATATATTTT--------ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCAT-G-ACTT-TCATCACATTTTC---AATAAT-----AC---TCTGTATCGTATT--GTATCAC--ATTT-TGGAATAC---C----------T------------G-----TAT--TG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTcaa
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCA-----TATT---------------G---------------CAATATGCTTCATAGCAATATGGCA--TA-------------------CT------------G-T---A--------TGCCT---------G---TATCTGCTGT------A-TTG---AAATACAGCAGG--TA----ACCAACTATAATAAATTTTCC--AACACAGAAAA--T----CAC---C-Ta
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGGATTT------G--GTG--AAGA-------------TA------CT-----------GT--G----TGTATATTTTGTAGTTATACTT---AATGTTaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--TA-------------------C-------------G-C------------T-TC----------T---TA-----CAT------A---G---TAATACAGCA----TATCATATCGGCT-----GTATTG--C--AATACAGCAAG--TA---AAA-----TG---AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACAC-CTGT-CCAG-G--TT--AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGA------GGGA-G----------------------------------ATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCTTGA-A-GT-TTATCACATTTTCcgccattttggttgatcatcatt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222222222222222222 2222222222222222 1 22222 1111 111111111111 1111 111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 111 555555555555 777777777777777777777777777777777 111111 111111111
lowQualScore : 999999 3 11 7777 88888 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 3 2222222222222222222222222222222222 6666666666666666 1 2 44 33333 555 3 33 2 3 1 6 9999 5 999999999999 0 3 7 4 0 55 777 7777 8888 1 7777 8 000000 5555555555555555555555555555555555 88888888 777 2 66 0 0 333 66 3 0 222222222222 44 44 3 2 999999999999999999999999999999999 66666 111111 3 333333333
lowQualScore : ...... . .. .... ..... ................................................................................................................. .. . .................................. ................ . . .. ..... ... . .. . . . . .... . ............ . . . . . .. ... .... .... . .... . ...... .................................. ........ ... . .. . . ... .. . . ............ .. .. . . ................................. ..... ...... . .........
lowQualScore : 666666 3 88 1111 33333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 5 1111111111111111111111111111111111 0000000000000000 2 7 66 00000 444 1 22 5 1 8 5 6666 8 888888888888 3 6 2 4 4 00 111 3333 6666 4 1111 6 555555 2222222222222222222222222222222222 55555555 000 2 44 7 1 999 44 6 7 999999999999 66 66 3 3 000000000000000000000000000000000 00000 333333 3 333333333
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--T---------------A--CGGC-----A--------TATC----------G---TATCGGCCGT------A-TTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGTATTTT-C--AACACAGCAAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCCAACACANAA----------TCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--T---------------A--CNGC-----A--------TATC----------G---TATCGGCCGT------A-TTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGTATTTT-C--AACACAGCAAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCCAACACANAA----------TCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|1 : AAGGATGTAGCAAT------AAAT-T---ATCTCAAT----AAGATTCATA---------------G---------------TT----------------------A--T---------------A--TGGC-----A--------TATC----------G---TATTGACTGT----------G---C-------C--T--TT----ATTGGCT-----GTATTG--C--AATACAGCAAG--T----AAC---CATCTTAAATGC---ATTT--TTCAACACAAAG----------T--GTGTCTG--CT-GATTTCT---GTG-----TTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAATC----TCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTCTA-------G---A----TGTATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTATGA-A-TT-TCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGTGTCATATT--GTATGGC--GTTT-CAGGATACATGT----------T----------ACT-----TATGATG-TATGTGT--AC-CTTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTT
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----A-----TATT---------------G---------------CA----------------------A--TACACCTCATAGCAATA--CGGC-----A--------TATC----------A---TATCAGCTGTGCCTGTA-TAG---CAATACAGCAAG--TA----ACCATCTAAAATGTATTTT-CC-AACACAG-AAA--TA---TCA---C-TCTTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTG-CTGTACTAGGG--CC--AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAATAATTGTT----A-----TATC---------------G---------------CAGCCAGCTTCATAGAG-------A--T---------------A--TGAT-----A--------TACC----------G---TATCAGCCGT------A-TTG---TAATACAACAAG--TT----ATAAACTAAA---------------CACAG-AAG--TA---TGT---T-TGCTCAGTACTGT--TTGCTTTAACATACAA----------TCAGTG-ATGTACCAGAG--GT--AGTAAACAGTATT--ATTTga
gi|11 : TTTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAATC----ACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGA------AGACAA-TA------CC-----------GT--A----TATAgctgaaaatcacccttcctgcaaattgagattttgctttgtgttaagaagacaataccgtatata
gi|12 : agtgctgtagcaatatattgaataattgttatatcgcagccagcttcatagagatatgatataccgtatcagccgtattgtaatacaacaagttataaactaaacacagaagtatgtttgctcagtactgtttgcACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGA------GGGT-G-AT------ACTGTGTGTATATAT--A----TATATATTCT--------ACTT---AATGTT----------------------CATCACATTTTCAATAATA--------C---TCGGTATCGTATT--GTTTTGT--G--------ATGC---T----------T----------A---------T--TA-TGC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--TATACTTCATAGCAATA--CAGCCTATCA--------TATCAGCTGTGCCTG---TATCAGCTGT------A-TTT---CAATACAGCAAG--TA----ACCAACT-AAATGTGTTTTCC--AACACAG-AAGAATGCATAAT---T-TTTTCAGTAC
gi|14 : -TCATTA-ATTTCTAATGTTAA------GCA-GC--GTACTGTATT--GTATCGC--GTAT-TGCCCTAC---CTGTATCGTGTT----------ATG-----TAT--CA-TAT---C--GG-A---------AATGTCCTGGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaacatgtttcACTCAT-AGA-TT-TCATCACATTTTCAATAATA-T----------TCTGTATTGAATT--GTATCGC--ATAT-CAGGATGC---CTGTATCATGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---C--AC-C---------ATTGGTCAAGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAATGAT-----ACATAT-TGTATCACATTCAGGA-CGCCTGTAT-CGTGATAC-------------------------ATA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGC
gi|17 : catgtgtagttacattctatccaatttgataatagcaaccgataTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----A-----TATT---------------G---------------CA----------------------A--T---------------ATCCTGCTAT--A--------CATC----------ATGCTATACATCAT------A-TGG---CAATAC-GCAA
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----A-----TATC---------------GTTATGCGCTTTATAACA----------------------A--T---------------A--CGGC-----ATATTTTTTTATC----------G---TATTGGCCGT------G-Ttgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATT--GTATTGC--GTATCCGAGATGC---CATAT------T----------GCAATGTGTAT--TG-TAT---CAGACAC---------AT---CCTGGCAATACGCAGCCCTcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----A-----TCTC---------------G---------------CA----------------------T--T---------------A--CTGC-----A--------TATC----------A---CGTAGGCTAT------T-TTG---TAATATAGCATG--TT----ATCAACTAAAATGCATTTT-TTTAGCACAG-AAG--TG---AAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTG-CTGTGCT-GAG--CT--AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-A------GGGT-G-CA------AC-----------GT--A----CATACATTTT--------ACTT---AATATTAAAA-TTATTCAT-A-A-TT-TCATCACATTTTCCATAATAATTTTAAACA-ATCTGTATCTTATT--ATATGAC--CTTT-AAAGATGC---C----------T----------ACA-----TAT--CGTTAT------GC-C---------ATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC---C-TGTTCGGTA--ATTTTTGC----------AA----------CCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAATC----ATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----A-----TATT---------------G---------------CA----------------------AAAT---------------G--CTTC-----A--------TAGC----------AA--TA-CAGC-GT------A-TCGTATCAAT----CAAGCCTAT---ACCGTCTAAA------TTG-C--AATACAGCAAG--T----AAC---C-AACTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACAC-CTGTTC-AGGA--CT---GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAATC----ATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGA------GGGC-GATA------CC-----------AT--ACTGTCATATATTTTA-------ACTTTTAAATATTCAATGTTA--CAT-G-A-AT-TTATCACATTTTCAATAATAATTTTTAACA-ATCTTTATCATATT--GTATCAC--GTAT-AGGAATAC---C----------TGTACCTTGAAACA-----TAT--CA-TAT---T--GC-C---------ATTGATCAAGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----A-----TATCAAAATATGCTTCATAG---------------CA----------------------A--T---------------A--CAGC-----G--------TGTC--------------TATTGGCTGT------GCTTG---TATT-------------------GACT-----GTATTG--C--AACATAGCAAG--T----TACAAAC-TA------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTA-CTGTGTT------------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGA------GGGG-GACA------AT-----------G--------TATATATTTT--------A--T---A----TA-----TACTTTC-G-A-ATATCATCACATTTTCAATAAT----------A-ATCTGCATTGTATT--GTATTGC--GTAT-CGTGA-----------------T----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----A-----TATA---------------G---------------CA----------------------A--T---------------A--CGGC-----A--------TATT----------G---TATCAGCTGT---------------------GCAAG--TA----ACCAACTAAAATGCATTTT-C--AG------AAG--TA---TGA---C-TGTTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAG-C-AT-CTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATATC----AGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------------C-----------AT--C----TTTTTTTTTT--------AC-----------AAAAATTACTCATGA-A-AT-TCATCTCATTTTCAATAATAACTTTGAATA-ATCTGTATCATATT--GTACCGC--ATAT-CGGGATAC---CAGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TG-TAT---T--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtact--TG---CAT---C-TGTACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcatTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAATC----TTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGT-T-GATACCATAT-----------GTGGG----TATACATTTT--------ACT------TGTTAAAAGTTACCCGT-A-A-AT-TCATC----------------------GTA-ATCTGTATCATGTT--GTATCGC--ATAT-CTAGATAC---CTGTATCTTGAT----------ACA-----TAT--TT-TAC---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaTGTATTG--C--AAAACAGCAAG--T----AAC---C-AACT---TAATGTGTTT--TCCAACACAGAA-------------------G-ATTACAT--TTTCAGT--ACGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAATC----ATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAA------GGGT-G-AC------AC-----------G---G----TATATATTTT--------ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCAT-G-ACTT-TCATCACATTTTC---AATAAT-----AC---TCTGTATCGTATT--GTATCAC--ATTT-TGGAATAC---C----------T------------G-----TAT--TG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTcaa
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCA-----TATT---------------G---------------CAATATGCTTCATAGCAATATGGCA--T---------------A--CTGT-----A--------TGCCT---------G---TATCTGCTGT------A-TTG---AAATACAGCAGG--TA----ACCAACTATAATAAATTTTCC--AACACAGAAAA--T----CAC---C-Ta
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGGATTT------G--GTG--AAGA-------------TA------CT-----------GT--G----TGTATATTTTGTAGTTATACTT---AATGTTaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--T---------------A--C-GC--------------T-TC----------T---TA-----CAT------A---G---TAATACAGCA----TATCATATCGGCT-----GTATTG--C--AATACAGCAAG--TA---AAA-----TG---AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACAC-CTGT-CCAG-G--TT--AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGA------GGGA-G----------------------------------ATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCTTGA-A-GT-TTATCACATTTTCcgccattttggttgatcatcatt
blockSeqs : CTTCAT A TG CAGC . GCAATATACTTCATAGCAATACAGCCTATCATATCAGCTGTGCCTG CA T GCCTGTATAGCAATACAGCAAGTA AAAATGCATTTTTTT C C AA GCATA AAA . CT C T C G GCTT C GAACACAGTTTC . A A . TCA ATGG TTGC G TGAC T GATCTT TGATACTGTGTGTATATATA GTAGTTAT TTA A GT AG CT A AATTTTAAACA CA CT C C CTGTATCGTGTTATG CGT CAG A .
blockSeqs : . . TG . . GTTATGCGCTTTATAACAATACGGCATATTTTTTTATCG CA C ATCGTATCAATCAAGCCTAT AAAATGTATTTTCC C C . AT . . GC C G C G GCTT C TC . A A . A AACA GA A . A . TTGATACCATATGTGGG A . A AT GA T . AATTTTTAACA . . . G CTGTATCATGATACA TA C . .
blockSeqs : . . AG . . GCAATATGCTTCATAGCAATATGGCATACTGTATGCCTG CA T ATTGTAATACAACAAGTT ATAATAAATTTTCC C C . AT . . TT C G C T GCTC C TC . G A . A AAGG TA T . T . CGATACCATACTGT . . A GT GA T . AACTTTGAATA . . . T CTGTACCTTGAAACA CA C . .
blockSeqs : . . CG . . GCAATACACCTCATAGCAATACGGCATATCA AC C ATTTCAATACAGCAAGTA AAATGTGTTTTCC C A . GA . . GT C G C A ACAT G TC . A A . A AAGG TA G . C . CAATACCGTA . . G GT A A . GATACAT . . . A CAGTATCTTGATACA TG C . .
blockSeqs : . . TT . . GCAGCCAGCTTCATAGAGATATGATATACCG TG C TTTGTAATATAGCATGTT AAAATGCATTTTC T C . AT . . GT C G A G CTC G CC . T A . A AAGG TA G . T . TGCAACGTA . . A T G A . AAGCA . . . A CTGTATCTTGATACA CA T . .
blockSeqs : . . CG . . AAAATATGCTTCATAGCAATACAGCGTGTC AG T ATTGAAATACAGCAGGTA AAATTGC C . . GC . . AC A G A G GC C GA . G A . A AAGG GC A . C . GGACAATG . . A A G A . AATAC . . . G CATATTGCAATGTG TG T . .
blockSeqs : . . CT . . GCAATATCCTGCTATACATCATGC CA T AGTAATACAGCATATCAT GTATTGC A . . AA . . GT C G C G TT G GC . A A . A ACG TA G . T . TGACACGG . . . . A A . GTA . . . T CTACA CA T . .
blockSeqs : . . CA . . GCAAAATGCTTCATAGCAA TG T GCTTGTATT GTATTGC C . . A . . GT C A C . TA G TT . A A . A C TC G . . . TACTGTG . . . . G G . AC . . . G TACA TG T . .
blockSeqs : . . CA . . GCATTACTGCATATCA CA T GCAAGTA AAA T . . T . . AC . . A . TC . C . . . . . . GA C . . . CATC . . . . . . AT . . . A TTA TG C . .
blockSeqs : . . CA . . GCAATACGGCATATTG CT C . . . A . . A . . T . C . . . . . . . . GC G . . . AG . A . . . G ATA TT C . .
blockSeqs : . . . . . GCAATACGCTTCT . . . C . . G . . . . G . . . . . CTG TG . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ***** ATTGNAATACAGCANGTT**************** AN*** GCTC TC********** ** A** AAGG CGATACCGTG************************ G** AAACA******* CTGTATCTGATACA******************* CG*** C***** *********
originalCons : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--T---------------A--CGGC-----A--------TATC----------G---TATCGGCCGT------A-TTG---CAATACAGCAAG--TA----ACCGACTAAAATGTATTTT-C--AACACAGCAAG--TG---NAC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCCAACACANAA----------TCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGC-G-NA------AC-----------GT--A----TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCAT-A-A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAT-----ACA-ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATAC---C----------T----------ACA-----TAT--CG-TAT---C--GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
finalCons : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATC---------------G---------------CA----------------------A--T---------------A--CGGC-----A--------TATC----------G---TATCGGCCGTATTGNAATACAGCANGTT----------------ACCGACTAAAATGTATTTT-C--AACACAGCAAG--TAN---AC---C-TGTTCAGTACTGTGTTTGCTCCAACACANAATC----------AGTG-CTGTACTAGAG--CTA--GTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAATC----ATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGA------GGGCGATACCGTG------------------------TATATATTTT--------ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCATG--A-NT-TCATCACATTTTCAATAATAAACA-------ATCTGTATCGTATT--GTATCGC--GTAT-CGGGATACCTGTATCTGATACA-------------------TATCG---TATC-----GC-C---------ATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222 222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222 11111111 1111111 11111 444444444444444444 111111 3333333333 111111
lowQualScore : 999999 3 1 44 8888888888 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 00000 444444 2 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 7777 0 8 2 99999 66666666666666666666 3 88888888 4 1111111 3 3 3 22222 6 1 555 666 555555555555555555 000000 3 0 3 4444 2222222222 3 44 88888 44 222222
lowQualScore : ...... . . .. .......... ....................................................................................................................................... . ..... ...... . . ................................................................................................ . .... . . . ..... .................... . ........ . ....... . . . ..... . . ... ... .................. ...... . . . .... .......... . .. ..... .. ......
lowQualScore : 666666 3 2 77 4444444444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 11111 888888 6 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 1111 2 6 8 11111 66666666666666666666 6 55555555 0 3333333 2 3 3 88888 7 3 888 444 333333333333333333 555555 6 8 6 1111 4444444444 3 66 88888 66 999999
consensus : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATC---------------G---------------CAA--T---------------ACGGC-----A--------TATC----------G-TA-T--------CGGCTGT------A-TTGTAATACAGCANGT---TACCGNCTAAAATGTATTTT-C--AACACAGCAAGT---ANAC-----CTG--TTCAGTACTGTGTTTGCTCCAACACAGAA----------TCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--NTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGAG-----GG--CGATACCG---T------GT-ATATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCA-T-G-A-N-T-TCATCACATTTTC---AATAA---TA------A------ACAATC------TG-TATCGTATTGTATCGCGTAT-CGGGATACCTG-TA--TC-T-G--ATACATAT--CG-TATC--GC------CATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
Reference ( family-2629 ) : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGT----A-----TATC---------------G---------------CAA--T---------------ACGGC-----A--------TATC----------G-TA-T--------CGGCCGT------A-TTGNAATACAGCANGT---TACCGACTAAAATGTATTTT-C--AACACAGCAAGT---ANAC-----CTG--TTCAGTACTGTGTTTGCTCCAACACANAA----------TCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--ATTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGACGTGTTAAGAG-----GG--CGATACCG---T------GT-ATATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTCA-T-G-A-N-T-TCATCACATTTTC---AATAA---TA------A------ACAATC------TG-TATCGTATTGTATCGCGTAT-CGGGATACCTG-TA--TC-T-G--ATACATAT--CG-TATC--GC------CATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|1 : AAGGATGTAGCAAT------AAAT-T---ATCTCAAT----AAGATTCATA---------------G---------------TTA--T---------------ATGGC-----A--------TATC----------G-TA-T--------TGACTGT------------------GCCT-T---TATTGGCT-----GTATTG--C--AATACAGCAAGT---AACC-----ATC--TTAAATGC---ATTT--TTCAACACAAAG----------T--GTGTCTG--CT-GATTTCT---GTG-----TTTT--CTTTAACATGCAGTTAGTGCTGTGCTAGAGGTAGCAAAGGGAATTATTTGCTGAAAAT----CTCCCATCCTGAAAACTAAGTTTTGATTATGATGTGCTAAGAG-----GG--TGATACTC---TAG----AT-GTATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTACTTA-T-GAA-T-T-TCATCACATTTTC---AATAA---T----------------AATC------TG-TGTCATATTGTATGGCGTTT-CAGGATACATGTTACTTA-T-G--ATGTATGT---G-TACC--TTGATATATATTGGTCAAGCAATACACAACCTT
gi|10 : tgaaatctaaaatatatttccataTAGGGCTGTGGCAAT------ATAT-TAAAATATTGGA----A-----TATT---------------G---------------CAA--TACACCTCATAGCAATACGGC-----A--------TATC----------A-TA-T--------CAGCTGTGCCTGTA-TAGCAATACAGCAAGT---AACCATCTAAAATGTATTTT-CC-AACACAG-AAAT---ATCA-----CTC--TTCATTACTGTGTT-GCTTTAACATACAA----------TCAGTG-CTGTACTAGGG--CC--AGTGATGGGTATG--ATGTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGGGCCAGTGAAGGGTAT
gi|11 : ttgaaactattcatagaaataaataggttttgctgccattaacAGTGCTGTAGCAAT------ATAT-TGA-ATA----------------ATT---------------G---------------T------------------------T-----A--------TATC----------G-CAGC--------CAGCTTC------A-TAGAGATATGATA------TACCGTATCAGCCGTATTGT----AATACAACAAGTTATAAAC------TAAACACAGAAGTATGTTTGCT----------------------CAGTA-CTGT-TT---G--CT-------------------TTAACATACAATCAGTGATGTACCAGAGGTAGTAAACAGTATTATTTGCTGAAAAT----CACCCTTCCTGCAAATTGAGATTTTGCTTT---GTGTTAAGAA-----GA--CAATACCG---T------AT-ATAga
gi|12 : ACAATCAGTGCTGTACTGAAACTAGTTAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATACTCAAAATTTAATTTTTGTCATGATGTGCTAAGAG-----GG--TGATACTG---T------GT-GTATATATA-------T-AT------ATATT-----CTACTTAAT-G-----T-TCATCACATTTTC---AATAA---T--------------AC--TC------GG-TATCGTATTGTTTTG-------------------------T-G--ATGCTTAT--TA-TGCC--GC------CATTGGTCAAGCAATACACAGCCCT
gi|13 : aaAGGGCTGCAGCAAT------ATAC-TGAAATATAGGT----A-----TATC---------------G---------------CAA--TATACTTCATAGCAATACAGCCTATCA--------TATCAGCTGTGCCTG-TA-T--------CAGCTGT------A-TTTCAATACAGCAAGT---AACCAACT-AAATGTGTTTTCC--AACACAG-AAGA---ATGCATAATTTT--TTCAGTAC
gi|14 : CA-T-G-T-T-TCTCATTA-ATTTCT---AATGT---TA------A------GCAGC--------G-TACTGTATTGTATCGCGTAT-TGCCCTACCTG-TA--TCGT-G--TTATGTAT--CA-TATC--GG------AAATGTCCTGGCAATACACAACCCT
gi|15 : atcaaccatacatttcttacaaaACTCA-TAG-A-T-T-TCATCACATTTTC---AATAA---TA------T----------TC------TG-TATTGAATTGTATCGCATAT-CAGGATGCCTG-TA--TCAT-G--ATACATAT--TG-TATC--AC------CATTGGTCAAGCAATCCACAACCCac
gi|16 : ttaAGTTAC--------A-T-T-CTATC-CAATTT----GATAA---TA------G-------CAACCGATAAATGATA-CATATTGTATCACAT-T-CAGGACGCCTG-TA--TCGT-G--ATACATATATCA-TATT--GC------CATTGGTCAAGC
gi|17 : catgtgtTAAGGCTGTAACAAT------ATAC-T---ATAT---T----A-----TATT---------------G---------------CAA--T---------------A
gi|18 : taagcTAGGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCGGC----A-----TATC---------------GTTATGCGCTTTATAACAA--T---------------ACGGC-----ATATTTTTTTATC----------G-TA-T--------TGGCCGT------G-Ttcctgctatacatcatgctatacatcatatggcaatacgcaatgtcatacagttttgc
gi|19 : CGTATTGTATTGCGTATCCGAGATGCC-A-TA--T--T-GCAATGTGTAT--TG-TATCAGACA-----CAT---CCTGGCAATACGCAGCCCTcttt
gi|2 : TAGGGCTGTAGCAAT------ATAA-TGATATATTTGT----A-----TCTC---------------G---------------CAT--T---------------ACTGC-----A--------TATC----------A-CG-T--------AGGCTAT------T-TTGTAATATAGCATGT---TATCAACTAAAATGCATTTT-TTTAGCACAG-AAGT---GAAC-----CTG--TTCAGTACTGTGTTTGCTCTAACATACAG----------TCAGTG-CTGTGCT-GAG--CT--AATGAAGGGTATT--ATTTAACATACAGTCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTATTTGCTGAAAAT----CATCCATCTTGAAAACTGGGTTTTTATTATGAAGTGCCAA-AG-----GG--TG-CAACG---T------AC-ATACATTT--------T-ACTT---AATATTAAAA-TTATTCA-T-A-A-T-T-TCATCACATTTTCCATAATAATTTTA------A------ACAATC------TG-TATCTTATTATATGACCTTT-AAAGATGCC----------------TACATAT--CGTTAT---GC------CATTGGTCAAGCAATAAACAGCCCTagta
gi|20 : AC-----CTG--TTCGGTA--ATTTTTGC----------AA----------CCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--AGTTA
gi|20 : TGCAACCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATTAGTTACTGAAAAT----CATCctgaaaatcatc
gi|3 : acctgttcggtaattttAGAACTGTAGCAAT------ATACATGAAATATCGGT----A-----TATT---------------G---------------CAAAAT---------------GCTTC-----A--------TAGC----------AATA----------CAGC-GT------A-TCGTATCA-ATCAAGCCTATACCGTCTAAA------TTG-C--AATACAGCAAGT---A-AC-----CAA--CTAA--AATGTATTT--TTCAACGCAGAA----------GAACAC-CTGTTC-AGGA--CT---GTG-----TATG--CT-----ATATAATCGGTGCTGTTCTAGAGCTAGAAAA-------ACTCG----AAAT----CATCCATC-TGAAAGCTGAATTTTTGTTATGATGTGTCACGAG-----GG--CGATACCATACT------GTCATATATTT--------TAACTTTTAAATATTCAATGTTA--CA-T-G-A-A-T-TTATCACATTTTC---AATAA---TAATTTTTA------ACAATC------TT-TATCATATTGTATCACGTAT-AGGAATACCTG-TA--CCTT-G--AAACATAT--CA-TATT--GC------CATTGATCAAGCAATACACTGC
gi|4 : GCTGTAGCAAT------ATTA-TGAAATATCTGT----A-----TATCAAAATATGCTTCATAG---------------CAA--T---------------ACAGC-----G--------TGTC------------TA-T--------TGGCTGT------GCTTGTA----------T---T---GACT-----GTATTG--C--AACATAGCAAGT----TACAAA--CTA--------AATGTGTTT--TACAACACAGAAGAACACAGTTTCAGTA-CTGTGTT------------TGC-----------TTCAATATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATT-TTTGCGAAAAAT----CATCCATCCTGAAAACTGAGATATTGTAATGACGTGTTAAGAG-----GG--GGACA--A---T------GT-ATATATTT--------T-A--T---A----TA-----TACTTT-C-G-A-A-TATCATCACATTTTC---AATAA---TA------A----------TC------TG-CATTGTATTGTATTGCGTAT-CG-----------------T-G--ATACATAT--TG-TATT--GC------CATTGGTAAAGCAATACACAGCTCT
gi|5 : GCTGTAGCAATCTTCATGTAT-TGAAATATCAGT----A-----TATA---------------G---------------CAA--T---------------ACGGC-----A--------TATT----------G-TA-T--------CAGCTGT------------------GCAAGT---AACCAACTAAAATGCATTTT-C--AG------AAGT---ATGA-----CTG--TTCAGTACTGT-TTT-CTCTAACATA--------------CAGAG-C-AT-CTAGAG--CT--AGTGAAGGGTATT--ACTT
gi|5 : GTTTT--CTCTAACATACA----GAGC-AT-CTAGAGCTAGTGAAGGGTATTACTTGCTGGATAT----CAGCCATCCTGAAAACAGAGTTTTTGTTATGA--TGTT--------------------CA---T------CT-TTTTTTTT--------T-AC-----------AAAAATTACTCA-T-G-A-AAT-TCATCTCATTTTC---AATAA---TA------ACTTTGAATAATC------TG-TATCATATTGTACCGCATAT-CGGGATACCAG-TA--TC-TTG--ATACATAT--TG-TATT--GC------CATTGGTCAAGCAATACACAACCgctggatatcagccatcctgaaaacagagtttttgttatgatgttcatcttttttttttacaaaaattactcatgaaattcatctcattttcaataataactttgaataatctgtatcatattgtaccgcatatcgggataccagtatcttgatacatattgtattgccattggtcaagcaatacacaacct
gi|6 : gctgtagcaatcttcatgtattgaaatatcagtatatagcaatacggcatattgtatcagctgtgcaagtaaccaactaaaatgcattttcagaagtatgactgttcagtactT---GCAT-----CTG--TACAGTACTGTGTTTACATTAACATACAA----------GCAGTG-CTGTACTAGAG--CT--AGTCAAGGGTATG--ATTTt
gi|6 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcatTTAACATACAAGCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTCAAGGGTATGATTTGCTGAAAAT----CTTCCATCTTGAAAACTGAGTTTTTGTTATGATGTGTTTAGAGATCTTGGGTTGATACCA---TATGTGGGT-ATACATTT--------T-ACT------TGTTAAAAGTTACCCG-T-A-A-A-T-TCATC----------------------------------GTAATC------TG-TATCATGTTGTATCGCATAT-CTAGATACCTG-TA--TCTT-G--ATACATAT--TT-TACC--GC------CATTGGTCAAGCAATACgctgaaaatcttccatcttgaaaactgagtttttgttatgatgtgtttagagatcttgggttgataccatatgtgggtatacattttacttgttaaaagttacccgtaaattcatcgtaatctgtatcatgttgtatcgcatatctagatacctgtatcttgatacatattttaccgccattggtcaagcaataccaa
gi|7 : tcatgaaaattcaattaatattacaatagcaatgtcatatgaactttcattagcgtaagaacataaaaaaaaatgcattgcatctgtacagtactgtgtttacaTGTATTG--C--AAAACAGCAAGT---A-AC-----CAA--CT---TAATGTGTTT--TCCAACACAGAA-------------------G-ATTACAT--TTTCAGT--ACGGTATTTGCTTCATTATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGTGAAGGGTATCATTTGCCAAAAAT----CATCCGTCCTGAAAACTGAGTTTTTGTAATGACGCGTTAAAAG-----GG--TGACA-CG----------GT-ATATATTT--------T-ATTT---AGCGTCAAAAA-TACTCA-T-G-ACT-T-TCATCACATTTTC---AATAA---T--------------AC--TC------TG-TATCGTATTGTATCACATTT-TGGAATACCTG------------------TAT--TG-TATC--GC------CATTGGTCAACCAATAGACAGCCCTcaa
gi|8 : atcagctgtgcctgtatccacTAGGGCTGCAACAAT------ATAT-TGAAATATCAGTCAGCA-----TATT---------------G---------------CAA--TATGCTTCATAGCAATATGGC-----A--------TACT----------G-TA-TGCCTGTATCTGCTGT------A-TTGAAATACAGCAGGT---AACCAACTATAATAAATTTTCC--AACACAGAAAAT----CAC-----CTa
gi|8 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattaAGAGCTAACGAAAGGTATTATTTGCTGAAAATCTGACATCAATCCTGAAAACTGGG-ATTTG-------GTG--AA-------------GATACTG---T------GT-GTATATTTTGTAGTTAT-ACTT---AATGTTaaagagctaacgaaaggtattatttgctgaaaatctgacatcaatcctgaaaactgggatttggtgaagatactgtgtgtatattttgtagttatacttaatgttcgccattttggttgatcatcatt
gi|9 : taaacacatgtttttgttaaataatcgtttattagtaaatattatagggctgcaacaatatattgaaatatcagtcagcatattgcaatatgcttcatagcaatatggcatactgtatgcctgtatctgctgtattgaaatacagcaggtaaccaactataataaattttccaacacagaaaatcacctaaGGCTGTAGCAAT------ATAT-TGAAATATCAGT----A-----TATC---------------G---------------CAA--T---------------ACGCT----------------TC----------T-TA--------------CAT------A---GTAATACAGCATATCA-TATCGGCT-----GTATTG--C--AATACAGCAAGT---AAAA------TG-----AATATT---------CCAACACAGAA----------TTACAC-CTGT-CCAG-G--TT--AGTG-----TTTG--CTTTAACATACAATCAGTGCTGTACTAGAGCTAGT-------ATTATTTGTTGAAAAT----CATCCATCCTGAAAATTGAGTTTATGTTTTGATGTGTCAAGAG-----GG--AG---------------------ATATTT--------T-ACTT---AATGTTAAAAGTTATTCT-T-GAA-G-T-TTATCACATTTTC---cgccattttggttgatcatcatt