lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 888888 2222222 1 11 1 22 22 222222 111 111 1 77777777777777777 22 222 22222222222 1 44444444444444444444444444444 11 1 111
lowQualScore : 88 2 666666 2 2 2222222 5 55 2 00 6 9 6 33 444444 000 2 666 1 1 6 99999999999999999 9 0 33 1 5 777 4 5 22222222222 1 1 33333333333333333333333333333 0 00 5 2 000 5
lowQualScore : .. . ...... . . ....... . .. . .. . . . .. ...... ... . ... . . . ................. . . .. . . ... . . ........... . . ............................. . .. . . ... .
lowQualScore : 55 5 222222 5 5 6666666 0 88 7 22 7 0 7 00 666666 555 5 777 9 3 0 00000000000000000 0 7 00 0 7 333 2 7 99999999999 4 7 33333333333333333333333333333 2 66 1 4 000 7
consensus : CTGACGAACAGACAATNCCNACATTCACACTCACTTGNTTTCAAATTAATTGACGCAACCNCTGACTATTACAAATTCTCGTTTTACCCCA-GAACAGTNTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTNA-TATC-CCTATATTA---CCAACCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAG-A-TTGAACATTAT--CTCACCATAAATTCGTAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTAACAACCGAAACGTCACTGTTTCTTTT-A-ACTTCTTTTT-AAT----A-----TATTTTTAA-ANNCT-----NACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATGCCTA--GGTCCCCAANAGGGGTTTGGC---ATTAAC-GGA
Reference ( gi|1 ) : CTGACGAACAGACAATCTCGACATTCACA------TGCTTTCAAACTAAATGACACCACCTTTGACTTTTACAAATTCTCGTTTTTCCCCA-GAACAGTTTTT-CACTGGAACACATTAGCTCCCTA-TATC-CCTATATTA---CCAACTATAGAACAGTTCAATTCTGAAGTCAGCAG-A-CTGGATATTAT--CTCACCATAAATCCGTAGTATGTTTTTATTTTTGTACCTAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTT-ATACTTCTTTTT-AAT----A-----TAGTTTTAATAAACT-----AACAG-------------GACGACGCATGCCTA--GGTCCCAAAAAGGGGTTTGGT---ATTAAC-GAA
gi|4 : CTGACAAACAGGCAGTGCCGATATTCACACTAACTTGCTTTCAAATTAACTGACGCAACCACTGACCATTACAAATTTTCATTTTCCTCCA-GAACAGTATTT-GCCTGGAATTCGTTAGCTCCTGA-TTTT-CCTATATTA---CCCAGCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAGAA-TTTAACA-CAT--TTCACCATGAATTCATAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTGACAACCGAAACGTCACATTTTCTTTT-A
gi|2 : acaCTCATGAACAGACAATCCCCACATTCACACTCACTTGGTTTCA----------CGCAACCGCTGACTACTACAAATTCTCGTCCCACCTCA-GAACCGTATTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGA-TATC-CGTATATTA---CTAACCACAGAACAGTTCAATTCTGCTATCAGCAG-A-----A---------TCACCATAAATGTGTAGTATGTTTTTATATTTAAACCTAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTC-A-GTTTTCGTTT-AAT----T-----TATTTTTAA-ATTCT-----TACAGTCTTTGTCGGCATGACGACGCATGTATA--GGatt
gi|3 : caTGACGAACAGACAATCCCCACATTCACT------TGGTTTCAAATTAATTGACGCAACCACTGATTTTTACAAATCC-CG-----CCCAA-GAACAGTATTT-CATTGGAATTCATTA-CTTTCTAATATC-CGTGTATTA---CCAACCACAGAACAGTTCAATTCTGCAATCAGCAG-A-----A---------TCACCATAAATGTGTAGTATGTTTTTATTTTTAAATATAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTT-AATCTTC-GTCT-AAT----A-----TATTTTTAA-ACACT-----AACAGTCTTTGTTGGTATGACGACGCAaaataacggaagatata
gi|7 : AACAGACAATGCCGGCATTCACACTCACTTGCTTT------AATTGACACAAAAAATGACTATTTCAAATTCTCGTCT--CCCCAAGAACAGTTTTTTCACTGGAATTCATCAGTTTCTGA-TATT-CCTATGTTA---CCCACCATAGAACAGTTTTATTTTGAAATCAGCAG-A-
gi|11 : tgacacgtaaATTAATTGACAAAACCTCTGACTATTACAAATTCTTATTTTAGCCCA-GAACAGTCTTT-CACTGGAATTCATTAGCT---TT-TG--------ATTAC--CCAAC-ACAGAACAGT
gi|10 : ATTAATTGACAAAACCTCTGACTATTACAAATTCTTATTTTAGCCCA-GAACAGTCTTT-CACTGGAATTCATTAGCT---TT-TG--------ATTAC--CCAAC-ACAGAACAGT
gi|5 : TGAAATTCATTAGCTTCTGA-TATC-CCTATATTA---CCAACCATAGAACAGTTCAATTATGAAAT----------TGAACATTATTTCTCACCATAAATTCATAGTATGCTTTTATTTTTAAACCTAACAACTGAAACATCACTGTTTCTTTT-GAACTTCTTTTT-AAT----AACTAACAGTCTTTGT----T-----GGTAT-------------GACAACGCATGCTTACTGGTCCCAAAAAGGGGTTTGAT---ATTAAC-GAA
gi|13 : TA-TATTTCCTATATTA---CCCATCATAGAACAGTTCAGTTCTGAAATCAGCAG-A-aga
gi|6 : caatatctttaTATATTATGCCCACCT-TAGAACAGTTCATTTCTCCAATTAGCAG-AATTGAACATTAT--CTCACTATAAATTCATAGTATGTTTA-ATTTTTAAACGTAACAACCGAAACATCACTGCTTCTTTTAATA--TATTTTTAAATACTAA-----TAGTTTT-----GTC-----GATAT-------------GACAACACATACCTA--GATCTTCAATAGGGGTTTGGC---ATTAAT-GGAattgaacacatcctac
gi|8 : --CTCACCATAATTTCATAGAATGTTTTTATTTTTAAACTTAATATTCAAAACGTTACTGTTTCTTTT-A-AATCCCTTTT-AAA----A-----TATTTTTAA-ATACT-----TACAGTCTTTGTCGGTATGACAACGCATTCCTAG-GGTCCC-AACAGGTGTTTGTTCAAATTAAC-GAAagatagat
gi|9 : TTT-ATA---CTTTTT-AA-----A-----TA---CTAACAGTCTTTGTCGGTAT-------------GACGACGC------A--GGTCCCCAGGAGGGGTTTGagat
gi|12 : tttaaTTT-GAT----A-----TATTTTTAAAAAACT-----TACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATACCTA--GGTCCCCAAAAGGGGTTTGGC---ATTAAC-GGAccccggtttggcattatgaagataagggtg
gi|14 : -------------GACGTCACATGCCTA--TGTCCCCAAAAGGGGTTTGAC---ATTAACAGAAagataggt
gi|16 : aactaacagtctttgttgatatCGCATGCCTA--GGTCCCCAATAGGAGTTTGGC---ATTAAC-gctagat
gi|15 : TA--GCTCCCCAGA-GGGGTTTGGT---ATTAAC-GGAtaagagaga
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222 1
lowQualScore : 1 1 22222 1 5 0 1 88 5 1 5 22 55 1 55 5 777777777777 66 1 5 5 2 66 66 5 5 888 1 0 55 1 777
lowQualScore : . . ..... . . . . .. . . . .. .. . .. . ............ .. . . . . .. .. . . ... . . .. . ...
lowQualScore : 0 0 00000 0 6 3 0 66 7 0 7 99 33 1 55 4 444444444444 99 4 7 7 4 99 99 0 0 222 0 7 55 0 888
consensus : CTGACGAACAGACAATCCCGACATTCACACTCACTTGCTTTCAAATTAATTGACGCAACCNCTGACTATTACAAATTCTCGTTTTACCCCA-GAACAGTNTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCCACCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAG-A-TTGAACATTAT--CTCACCATAAATTCGTAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTAACAACCGAAACGTCACTGTTTCTTTT-A-ACTTCTT--TTTAAT--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATGCCTA--GGTCCCCAANAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
Reference ( family-2568 ) : CTGACGAACAGACAATNCCNACATTCACACTCACTTGNTTTCAAATTAATTGACGCAACCNCTGACTATTACAAATTCTCGTTTTACCCCA-GAACAGTNTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTNATATC-CCTATATTA--CCAACCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAG-A-TTGAACATTAT--CTCACCATAAATTCGTAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTAACAACCGAAACGTCACTGTTTCTTTT-A-ACTTCTT--TTTAAT--ATA-TTTTTAA-ANN-CTNACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATGCCTA--GGTCCCCAANAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
gi|1 : CTGACGAACAGACAATCTCGACATTCACA------TGCTTTCAAACTAAATGACACCACCTTTGACTTTTACAAATTCTCGTTTTTCCCCA-GAACAGTTTTT-CACTGGAACACATTAGCTCCCTATATC-CCTATATTA--CCAACTATAGAACAGTTCAATTCTGAAGTCAGCAG-A-CTGGATATTAT--CTCACCATAAATCCGTAGTATGTTTTTATTTTTGTACCTAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTT-ATACTTCTT--TTTAAT--ATA-GTTTTAATAAA-CTAACAG-------------GACGACGCATGCCTA--GGTCCCAAAAAGGGGTTTG---GTATTAACGAA
gi|10 : ATTAATTGACAAAACCTCTGACTATTACAAATTCTTATTTTAGCCCA-GAACAGTCTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTTTG-----------ATTA--CCCAACACAGAACAGT
gi|11 : ATTAATTGACAAAACCTCTGACTATTACAAATTCTTATTTTAGCCCA-GAACAGTCTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTTTG-----------ATTA--CCCAACACAGAACAGT
gi|12 : --TTTGAT--ATA-TTTTTAA-AAAACTTACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATACCTA--GGTCCCCAAAAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
gi|13 : CAATATCTTTATATATTTCCTATATTA--CCCATCATAGAACAGTTCAGTTCTGAAATCAGCAGAA-TTGAACA-CAT--CCTACagataggt
gi|14 : -CTAACAGTCTTTGTTGATATGACGTCACATGCCTA--TGTCCCCAAAAGGGGTTTG---ACATTAACAGA
gi|15 : aaCAGTCTTTATTGATATG------------TA--GCTCCCCA-GAGGGGTTTG---GTATTAACGGAagctagat
gi|16 : CGCATGCCTA--GGTCCCCAATAGGAGTTTG---GCATTAACGagatatat
gi|2 : CTCATGAACAGACAATCCCCACATTCACACTCACTTGGTTTCA----------CGCAACCGCTGACTACTACAAATTCTCGTCCCACCTCA-GAACCGTATTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CGTATATTA--CTAACCACAGAACAGTTCAATTCTGCTATCAGCAG-A----A----------TCACCATAAATGTGTAGTATGTTTTTATATTTAAACCTAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTC-A-GTTTTCG--TTTAAT--TTA-TTTTTAA-ATT-CTTACAGTCTTTGTCGGCATGACGACGCATGTATA--GGtaagagaga
gi|3 : caTGACGAACAGACAATCCCCACATTCAC------TTGGTTTCAAATTAATTGACGCAACCACTGATTTTTACAAATCC-CG-----CCCAA-GAACAGTATTT-CATTGGAATTCATTACTTTCTAATATC-CGTGTATTA--CCAACCACAGAACAGTTCAATTCTGCAATCAGCAG-A----------AT--C--ACCATAAATGTGTAGTATGTTTTTATTTTTAAATATAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTT-A-A--TCTTCGTCTAAT--ATA-TTTTTAA-ACA-CTAACAGTCTTTGTTGGTATGACGACGCAaaataacggaagatata
gi|4 : CTGACAAACAGGCAGTGCCGATATTCACACTAACTTGCTTTCAAATTAACTGACGCAACCACTGACCATTACAAATTTTCATTTTCCTCCA-GAACAGTATTT-GCCTGGAATTCGTTAGCTCCTGATTTT-CCTATATTA--CCCAGCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAGAA-TTTAACA-CAT--TTCACCATGAATTCATAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTGACAACCGAAACGTCACATTTTCTTTT-A-ATT
gi|5 : acaTGAAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCAACCATAGAACAGTTCAATTATGAAAT----------TGAACATTATTTCTCACCATAAATTCATAGTATGCTTTTATTTTTAAACCTAACAACTGAAACATCACTGTTTCTTTTGA-ACTTCTT--TTTAAT--A-------------A-CTAACAGTCTTTGTTGGTATGACAACGCATGCTTACTGGTCCCAAAAAGGGGTTTG---ATATTAACGAA
gi|6 : TATATTATGCCCACCTTAGAACAGTTCATTTCTCCAATTAGCAG-AATTGAACATTAT--CTCACTATAAATTCATAGTATGTTTA-ATTTTTAAACGTAACAACCGAAACATCACTGCTTCTTTT-A-A-------------T--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAATAGT-TTTGTCGATATGACAACACATACCTA--GATCTTCAATAGGGGTTTG---GCATTAATGGAaga
gi|7 : AACAGACAATGCCGGCATTCACACTCACTTGCTTT------AATTGACACAAAAAATGACTATTTCAAATTCTCGTCT--CCCCAAGAACAGTTTTTTCACTGGAATTCATCAGTTTCTGATATT-CCTATGTTA--CCCACCATAGAACAGTTTTATTTTGAAATCAGCAG-A-agatagat
gi|8 : tgacacgtaa--CTCACCATAATTTCATAGAATGTTTTTATTTTTAAACTTAATATTCAAAACGTTACTGTTTCTTTT-A-AATCCCT--TTTAAA--ATA-TTTTTAA-ATA-CTTACAGTCTTTGTCGGTATGACAACGCATTCCTA--GGGTCCCAACAGGTGTTTGTTCAAATTAACGAA
gi|9 : --TTTAATTTATACTTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGC------A--GGTCCCCAGGAGGGGTTTG---agat
Alignments
lowQualScore : 222222222222 1
lowQualScore : 5 3 5 0 1 88 5 1 5 1 55 1 55 777777777777 66 1 5 5 2 66 66 5 5 2 4 0 55 1 777
lowQualScore : . . . . . .. . . . . .. . .. ............ .. . . . . .. .. . . . . . .. . ...
lowQualScore : 0 2 6 3 0 66 7 0 7 9 33 1 55 444444444444 99 4 7 7 4 99 99 0 0 4 4 7 55 0 888
consensus : CTGACGAACAGACAATCCCGACATTCACACTCACTTGCTTTCAAATTAATTGACGCAACCNCTGACTATTACAAATTCTCGTTTTACCCCA-GAACAGTNTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCCACCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAG-A-TTGAACATTAT--CTCACCATAAATTCGTAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTAACAACCGAAACGTCACTGTTTCTTTT-A-ACTTCTT--TTTAAT--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATGCCTA--GGTCCCCAANAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
Reference ( family-2568 ) : CTGACGAACAGACAATCCCGACATTCACACTCACTTGCTTTCAAATTAATTGACGCAACCNCTGACTATTACAAATTCTCGTTTTACCCCA-GAACAGTNTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCCACCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAG-A-TTGAACATTAT--CTCACCATAAATTCGTAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTAACAACCGAAACGTCACTGTTTCTTTT-A-ACTTCTT--TTTAAT--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATGCCTA--GGTCCCCAANAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
gi|1 : CTGACGAACAGACAATCTCGACATTCACA------TGCTTTCAAACTAAATGACACCACCTTTGACTTTTACAAATTCTCGTTTTTCCCCA-GAACAGTTTTT-CACTGGAACACATTAGCTCCCTATATC-CCTATATTA--CCAACTATAGAACAGTTCAATTCTGAAGTCAGCAG-A-CTGGATATTAT--CTCACCATAAATCCGTAGTATGTTTTTATTTTTGTACCTAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTT-ATACTTCTT--TTTAAT--ATA-GTTTTAATAAA-CTAACAG-------------GACGACGCATGCCTA--GGTCCCAAAAAGGGGTTTG---GTATTAACGAA
gi|10 : ATTAATTGACAAAACCTCTGACTATTACAAATTCTTATTTTAGCCCA-GAACAGTCTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTTTG-----------ATTA--CCCAACACAGAACAGT
gi|11 : ATTAATTGACAAAACCTCTGACTATTACAAATTCTTATTTTAGCCCA-GAACAGTCTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTTTG-----------ATTA--CCCAACACAGAACAGT
gi|12 : --TTTGAT--ATA-TTTTTAA-AAAACTTACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATACCTA--GGTCCCCAAAAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
gi|13 : ATATTTCCTATATTA--CCCATCATAGAACAGTTCAGTTCTGAAATCAGCAGAA-TTGAACA-CAT--CCTACagataggt
gi|14 : caatatctttatA-CTAACAGTCTTTGTTGATATGACGTCACATGCCTA--TGTCCCCAAAAGGGGTTTG---ACATTAACAGA
gi|15 : aCAGTCTTTATTGATATG------------TA--GCTCCCCA-GAGGGGTTTG---GTATTAACGGAagctagat
gi|16 : CGCATGCCTA--GGTCCCCAATAGGAGTTTG---GCATTAACGagatatat
gi|2 : CTCATGAACAGACAATCCCCACATTCACACTCACTTGGTTTCA----------CGCAACCGCTGACTACTACAAATTCTCGTCCCACCTCA-GAACCGTATTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CGTATATTA--CTAACCACAGAACAGTTCAATTCTGCTATCAGCAG-A----A----------TCACCATAAATGTGTAGTATGTTTTTATATTTAAACCTAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTC-A-GTTTTCG--TTTAAT--TTA-TTTTTAA-ATT-CTTACAGTCTTTGTCGGCATGACGACGCATGTATA--GGtaagagaga
gi|3 : caTGACGAACAGACAATCCC------CACATTCACTTGGTTTCAAATTAATTGACGCAACCACTGATTTTTACAAATCC-CG-----CCCAA-GAACAGTATTT-CATTGGAATTCATTACTTTCTAATATC-CGTGTATTA--CCAACCACAGAACAGTTCAATTCTGCAATCAGCAG-A----------AT--C--ACCATAAATGTGTAGTATGTTTTTATTTTTAAATATAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTT-A-A--TCTTCGTCTAAT--ATA-TTTTTAA-ACA-CTAACAGTCTTTGTTGGTATGACGACGCAaaataacggaagatata
gi|4 : CTGACAAACAGGCAGTGCCGATATTCACACTAACTTGCTTTCAAATTAACTGACGCAACCACTGACCATTACAAATTTTCATTTTCCTCCA-GAACAGTATTT-GCCTGGAATTCGTTAGCTCCTGATTTT-CCTATATTA--CCCAGCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAGAA-TTTAACA-CAT--TTCACCATGAATTCATAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTGACAACCGAAACGTCACATTTTCTTTT-A-ATT
gi|5 : acaTGAAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCAACCATAGAACAGTTCAATTATGAAAT----------TGAACATTATTTCTCACCATAAATTCATAGTATGCTTTTATTTTTAAACCTAACAACTGAAACATCACTGTTTCTTTTGA-ACTTCTT--TTTAAT--A-------------A-CTAACAGTCTTTGTTGGTATGACAACGCATGCTTACTGGTCCCAAAAAGGGGTTTG---ATATTAACGAA
gi|6 : TATATTATGCCCACCTTAGAACAGTTCATTTCTCCAATTAGCAG-AATTGAACATTAT--CTCACTATAAATTCATAGTATGTTTA-ATTTTTAAACGTAACAACCGAAACATCACTGCTTCTTTT-A-A-------------T--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAATAGT-TTTGTCGATATGACAACACATACCTA--GATCTTCAATAGGGGTTTG---GCATTAATGGAaga
gi|7 : AACAGACAATGCCGGCATTCACACTCACTTGCTTT------AATTGACACAAAAAATGACTATTTCAAATTCTCGTCT--CCCCAAGAACAGTTTTTTCACTGGAATTCATCAGTTTCTGATATT-CCTATGTTA--CCCACCATAGAACAGTTTTATTTTGAAATCAGCAG-A-agatagat
gi|8 : tgacacgtaa--CTCACCATAATTTCATAGAATGTTTTTATTTTTAAACTTAATATTCAAAACGTTACTGTTTCTTTT-A-AATCCCT--TTTAAA--ATA-TTTTTAA-ATA-CTTACAGTCTTTGTCGGTATGACAACGCATTCCTA--GGGTCCCAACAGGTGTTTGTTCAAATTAACGAA
gi|9 : --TTTAATTTATACTTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGC------A--GGTCCCCAGGAGGGGTTTG---agat
blockSeqs : C C A T TA A C T A TT C TG AATTGAACATT TT A G . T CG TT C . A A CT A TTC
blockSeqs : G T A T TA . C . A C G . AATTGAACAC . A . . T . . . . T . . A .
blockSeqs : G C . G CA . A . A C G . AATTTAACAC . G . . C . . . . C . . G .
blockSeqs : . C . A TC . A . A T C . TGAACATT . A . . A . . . . T . . T .
blockSeqs : A . . A . A C C . AA . A . . . . . . . T . . A .
blockSeqs : A . . T . A T C . A . G . . . . . . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . G .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : CTGACGAACAGACAATCCCGACATTCACACTCACTTGCTTTCAAATTAATTGACGCAACCNCTGACTATTACAAATTCTCGTTTTACCCCA-GAACAGTNTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCCACCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAG-A-TTGAACATTAT--CTCACCATAAATTCGTAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTAACAACCGAAACGTCACTGTTTCTTTT-A-ACTTCTT--TTTAAT--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATGCCTA--GGTCCCCAANAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
finalCons : CTGACGAACAGACAATCCCGACATTCACACTCACTTGCTTTCAAATTAATTGACGCAACCNCTGACTATTACAAATTCTCGTTTTACCCCA-GAACAGTNTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCCACCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAG-A-TTGAACATTAT--CTCACCATAAATTCGTAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTAACAACCGAAACGTCACTGTTTCTTTT-A-ACTTCTT--TTTAAT--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATGCCTA--GGTCCCCAANAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
Alignments
lowQualScore : 222222222222 1
lowQualScore : 5 3 5 0 1 88 5 1 5 1 55 1 55 777777777777 66 1 5 5 2 66 66 5 5 2 4 0 55 1 777
lowQualScore : . . . . . .. . . . . .. . .. ............ .. . . . . .. .. . . . . . .. . ...
lowQualScore : 0 2 6 3 0 66 7 0 7 9 33 1 55 444444444444 99 4 7 7 4 99 99 0 0 4 4 7 55 0 888
consensus : CTGACGAACAGACAATCCCGACATTCACACTCACTTGCTTTCAAATTAATTGACGCAACCNCTGACTATTACAAATTCTCGTTTTACCCCA-GAACAGTNTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCCACCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAG-A-TTGAACATTAT--CTCACCATAAATTCGTAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTAACAACCGAAACGTCACTGTTTCTTTT-A-ACTTCTT--TTTAAT--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATGCCTA--GGTCCCCAANAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
Reference ( family-2568 ) : CTGACGAACAGACAATCCCGACATTCACACTCACTTGCTTTCAAATTAATTGACGCAACCNCTGACTATTACAAATTCTCGTTTTACCCCA-GAACAGTNTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCCACCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAG-A-TTGAACATTAT--CTCACCATAAATTCGTAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTAACAACCGAAACGTCACTGTTTCTTTT-A-ACTTCTT--TTTAAT--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATGCCTA--GGTCCCCAANAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
gi|1 : CTGACGAACAGACAATCTCGACATTCACA------TGCTTTCAAACTAAATGACACCACCTTTGACTTTTACAAATTCTCGTTTTTCCCCA-GAACAGTTTTT-CACTGGAACACATTAGCTCCCTATATC-CCTATATTA--CCAACTATAGAACAGTTCAATTCTGAAGTCAGCAG-A-CTGGATATTAT--CTCACCATAAATCCGTAGTATGTTTTTATTTTTGTACCTAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTT-ATACTTCTT--TTTAAT--ATA-GTTTTAATAAA-CTAACAG-------------GACGACGCATGCCTA--GGTCCCAAAAAGGGGTTTG---GTATTAACGAA
gi|10 : ATTAATTGACAAAACCTCTGACTATTACAAATTCTTATTTTAGCCCA-GAACAGTCTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTTTG-----------ATTA--CCCAACACAGAACAGT
gi|11 : ATTAATTGACAAAACCTCTGACTATTACAAATTCTTATTTTAGCCCA-GAACAGTCTTT-CACTGGAATTCATTAGCTTTTG-----------ATTA--CCCAACACAGAACAGT
gi|12 : --TTTGAT--ATA-TTTTTAA-AAAACTTACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGCATACCTA--GGTCCCCAAAAGGGGTTTG---GCATTAACGGA
gi|13 : ATATTTCCTATATTA--CCCATCATAGAACAGTTCAGTTCTGAAATCAGCAGAA-TTGAACA-CAT--CCTACagataggt
gi|14 : caatatctttatA-CTAACAGTCTTTGTTGATATGACGTCACATGCCTA--TGTCCCCAAAAGGGGTTTG---ACATTAACAGA
gi|15 : aCAGTCTTTATTGATATG------------TA--GCTCCCCA-GAGGGGTTTG---GTATTAACGGAagctagat
gi|16 : CGCATGCCTA--GGTCCCCAATAGGAGTTTG---GCATTAACGagatatat
gi|2 : CTCATGAACAGACAATCCCCACATTCACACTCACTTGGTTTCA----------CGCAACCGCTGACTACTACAAATTCTCGTCCCACCTCA-GAACCGTATTT-CACTGGAATTCATTAGCTTCTGATATC-CGTATATTA--CTAACCACAGAACAGTTCAATTCTGCTATCAGCAG-A----A----------TCACCATAAATGTGTAGTATGTTTTTATATTTAAACCTAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTC-A-GTTTTCG--TTTAAT--TTA-TTTTTAA-ATT-CTTACAGTCTTTGTCGGCATGACGACGCATGTATA--GGtaagagaga
gi|3 : caTGACGAACAGACAATCCC------CACATTCACTTGGTTTCAAATTAATTGACGCAACCACTGATTTTTACAAATCC-CG-----CCCAA-GAACAGTATTT-CATTGGAATTCATTACTTTCTAATATC-CGTGTATTA--CCAACCACAGAACAGTTCAATTCTGCAATCAGCAG-A----------AT--C--ACCATAAATGTGTAGTATGTTTTTATTTTTAAATATAACAACCGAAACATCACTGTTTCTTTT-A-A--TCTTCGTCTAAT--ATA-TTTTTAA-ACA-CTAACAGTCTTTGTTGGTATGACGACGCAaaataacggaagatata
gi|4 : CTGACAAACAGGCAGTGCCGATATTCACACTAACTTGCTTTCAAATTAACTGACGCAACCACTGACCATTACAAATTTTCATTTTCCTCCA-GAACAGTATTT-GCCTGGAATTCGTTAGCTCCTGATTTT-CCTATATTA--CCCAGCACAGAACAGTTCAATTCTGAAATCAGCAGAA-TTTAACA-CAT--TTCACCATGAATTCATAGTATGTTTTTATTTTTAAACCTGACAACCGAAACGTCACATTTTCTTTT-A-ATT
gi|5 : acaTGAAATTCATTAGCTTCTGATATC-CCTATATTA--CCAACCATAGAACAGTTCAATTATGAAAT----------TGAACATTATTTCTCACCATAAATTCATAGTATGCTTTTATTTTTAAACCTAACAACTGAAACATCACTGTTTCTTTTGA-ACTTCTT--TTTAAT--A-------------A-CTAACAGTCTTTGTTGGTATGACAACGCATGCTTACTGGTCCCAAAAAGGGGTTTG---ATATTAACGAA
gi|6 : TATATTATGCCCACCTTAGAACAGTTCATTTCTCCAATTAGCAG-AATTGAACATTAT--CTCACTATAAATTCATAGTATGTTTA-ATTTTTAAACGTAACAACCGAAACATCACTGCTTCTTTT-A-A-------------T--ATA-TTTTTAA-ATA-CTAATAGT-TTTGTCGATATGACAACACATACCTA--GATCTTCAATAGGGGTTTG---GCATTAATGGAaga
gi|7 : AACAGACAATGCCGGCATTCACACTCACTTGCTTT------AATTGACACAAAAAATGACTATTTCAAATTCTCGTCT--CCCCAAGAACAGTTTTTTCACTGGAATTCATCAGTTTCTGATATT-CCTATGTTA--CCCACCATAGAACAGTTTTATTTTGAAATCAGCAG-A-agatagat
gi|8 : tgacacgtaa--CTCACCATAATTTCATAGAATGTTTTTATTTTTAAACTTAATATTCAAAACGTTACTGTTTCTTTT-A-AATCCCT--TTTAAA--ATA-TTTTTAA-ATA-CTTACAGTCTTTGTCGGTATGACAACGCATTCCTA--GGGTCCCAACAGGTGTTTGTTCAAATTAACGAA
gi|9 : --TTTAATTTATACTTTTTAA-ATA-CTAACAGTCTTTGTCGGTATGACGACGC------A--GGTCCCCAGGAGGGGTTTG---agat