lowQualScore : 11 222222222222 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 111111 111111 1
lowQualScore : 77 77 44 33 77777 222222222222 33 33 2 77777 77 00000 3 999 3 66666 2 888888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 3 44 888 22 0 666 666 7777 000000 2 1 2 4 6 4 777 0 999999 0
lowQualScore : .. .. .. .. ..... ............ .. .. . ..... .. ..... . ... . ..... . ...... ..................................................................... ... . .. ... .. . ... ... .... ...... . . . . . . ... . ...... .
lowQualScore : 99 99 66 88 11111 999999999999 99 99 9 11111 33 11111 1 666 1 66666 9 888888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 1 22 000 11 4 444 444 7777 555555 6 4 3 0 0 5 000 1 000000 0
consensus : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAATATACACACACGCACA-CAC----------ATAT--A------------TG--------------------T--AT---A-T--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
Reference ( gi|4 ) : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAATATACATACACACACA-CAC----------ATAT--A------------TG--------------------T--AT---A-T--AA--AGTATTATCTGACTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCAAAAA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCAAATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|6 : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---TCTTTTTT----AAATG-AAATTAGATATTAAA------TTATTAGAAAAT-TGCACACACACACACCAC----------ATAT--A------------TG--------------------T--AT---A-T--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAAACTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTC
gi|16 : cACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-CTTT-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATA
gi|23 : acACACAAATTCACATGCAAGCATGCATGCACATGCACACACA
gi|5 : tatATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTT-----AAATG-AAATGAAATATTAAA------CTATTAGAAAATATNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTATAT--A------------TG--------------------T--AT---A-T--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTGATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCT
gi|8 : ACACGCAGACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCAGGAAT-----CA------------TGATA--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAA-----------------------------------------------------------------------T--AT---A-T--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCCGATATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGAGGAG---ATAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGATA-TTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTAACTTCATATGCATGATCGTC
gi|1 : ATATAC--ACACACACATATATA--TGTATA-TAAAGCATT
gi|17 : aggaatttactgaaaagcgggaatcattttattttttgcttttttttttaaatgaaattaaatattaaattattagaaaTATAC--GCACACACATATGAACTTGTATATTGAAATATTGAAA--CTGAAAAGCGGGAATTGTAATA------------TTTTA--T--T-A-----T--TCG-A--T-TC---T-TTTTT-------AT----ATT---TATTAAAAAACACTTG-TATAAAATATatctggttcgtcactgatattcacgcgatcggttatggtgtggtagctgttacagggtcaggggagaaaaacaaaatactataacgaaattaattattggaatcttctggattcgtgaatgaggtttgaacactttcgaagagatttatgttgtcttcatatgaatgatcgtcagatccatataacagctttttgacattgagtggatggaacaatcttgtgttttgaaataattcaatcctttgttgtacaaaaaaaaaatgcagttaaaaaagtaatgatcagcatcttccactccatgcgtacagatacatgttggataattttctataacaagtatttataaggtatgtttatatattgataatgatggtgcttcccttaaagcaact
gi|22 : --TGTTTATTAAAATATTG--AAACTGAAAAGCGGGACT-----CA------------TATTA--T--T-T-----cta
gi|11 : TTGAAATATTG--AAACTGAAGTGCGGGAAT-----CA------------TAATA--T--T-T-----TA-TTA-G--T-CG---A-ATATTT----GAATG-AAAATAAATATGGAA------TATTTAGAAGGTATACA--------CA-TAA----------GTAT--A-------------------------------------AA---A-T--AA--GAT-TTATCAGGTTGGTCACTGATATTCACACGATCGGTCATGCTGTGGTAGATGTTACAGAGTTGACAGTGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TACATCGAAATTAATTATTGGAATCTTCTTGATACGTGAATGAAc
gi|3 : TGAGATATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CATAATATGTTTCGTTTTACTT--T-T-----T--TTATC--T-TT---T-TTTTTA----AAATGAAAATTAAGTATTAAA------TTATTAGA
gi|19 : TGAGATATTG--AAACTGAAAAGCGGGAAT-----CAGAATAT------TTTTA--TGAT-T-----CCATTT-T--T-TT---T-TTTTTT----AAAT--AAATTAAATATGAAA------TTATTTGAAAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtattatctggttggtcactgatattcacgcgatcggttaaggtgtggtagctgttacagagtcaggggagaaaaacaaaatacatgtactataaaataattaattattggaatcttctggattcgtgaatgaaagtttgaacactttcgaagagatttatgttgtcttcatatgaatgatcttctgatccatataatagctttttgacattgagtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnGAGGTATTT--A--TTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTTTTATAAATG-AAATTCAATATTAAA------TTATTAAAAAATATACACACACACA-------------------T--A------------TG--------------------T--AT---A-T--AA--AGCATTATCTGGATGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTCGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATG
gi|12 : GAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-TATTTAT--TTA-T--T-TTATTT-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN----------NNNN--N------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAT--GT---A-TATAA--AGTATCATCTGGTTGGTCACTGA
gi|1 : AGGAATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAATATAC----ACACACA-CAT----------ATAT--A------------TG--------------------T--AT---A-T--AA--AGCATTATCTGGTTCGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGGGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATG-AGGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCAGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAGgt
gi|10 : AAT-----TT------------TTTTA--T--GAT-----T--CCA-A--T-TT---A-TTGTTT----TAATG-AAATTAAATATGGAA------TTATTACAAGATATACA------------------------A-AT--A------------TG--------------------T--AT---A-A--AATAAGTAATATCTGGTTTATCACTGATATTCATGCGATTGGTCATGTTGTGATAGATGTTACTGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACCAAATAC------T-T--CGAAATGAGTTATTGGAATCTTCTTGATTC-TTCTTGAAAATTTGAACAC-TTTCGAAGA---GGTTTATtggatggaacaatcttgtgttttgaaataattcaatcctttgttgtacaaaaaaaaaatgcagttaaaaaagtaatgatcagcatcttccactccatgcgtacagatacatgttggataattttctataacaagtatttataaggtatgtttatatattgataatgatggtgcttcccttaaagcaact
gi|13 : aaattgaaatgttgacaccac-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TT-----TATT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAG------TTATTAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN----------NNNN--NNNNNNNNNNNNNTG--------------------TTTAT---A-T--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTTGTATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---TAttatg
gi|14 : ----AAATG-AAATTAAACATTA-----------TTAGGGGATAAACATACACG-------------------TAT--A-------------------------------------AA---A-T--AA---GTGTTAAATGATTGGTCACTGATATTCAAGAAATCGGTTCTGTTGTGATAG
gi|16 : aaactgagatgcgagaacaacattattttagaatttgaattaaaaaaaAAACATACATACACGCACA-CAC----------ATATGAA------------TG--------------------T--AT---GTT--GA--GGTATTTACTGA
gi|7 : acacagacattcacatgcATA-TAC----------ATAT--A------------TG--------------------T--AT---A-A--AATAAGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCGCGCGATCGGTCATTCTGTGTTAGATATTACAGAGT---CAAGGGAG---AAGA----ACAAAATAC------TATATCGAAATTAGTTATTAGAATCTTCTTGATTTGTTAATGAAAATTTGAACTCTTTTTGAAGA---GGTTTATGTTTTCTTCATAAGCATGATCGTCTGAT--------CA-GCTTTTTGACATTGAGaaagcgaaaatcattttattttttgcttttttttttttaaatgaaattaaata
gi|2 : acgcacgcacgcacgcacgaattagtaatagAC----------AAAT--A------------TG--------------------C--ATGAAA-T--AA---GTATTATCCGA----TCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGTCATGGTAGATATTACAGAAT---TAGGGAAGTAAAAAAGGGGACAACATAC------TATATCGAAAACAATTGTTGAACTCGTCTTGATTTGAGAATGGAAACTTGAACAC-TTTTGAAAA---GCTTTATGTTTTATTCATATGAATGATCATCTGATCGATAAAACACATTTTTTGACATTAAGtgaacgagcaaccttgtgttttaaaaagtgtaattctttgttggacacagagaatgcatttaaaaagtaatgttctgcatcttccactgct
gi|3 : A--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTAAGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATACATGTACTATAAAATAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCTTCTGATCCATATAATA-GCTTTTTGACATTGAGtggatggaacaacttgctttgaaacagtttaatcctttgttgtataagagaatgcattttaaaatgtaatgttctgcatcttcaactccaattgtacagataccgttgttaaagtattttggaactataactgatcgaaaacaagtatttagaaggaatcatttatacatgataatgacggaactttcctttaagcagctggtagttagttggttccataacaagacgg
gi|18 : tgagatatttactgaaaagtgggaatcataatatgtttcgttttactttttttatctttttttttaaaatgaaaattaagtattaaattattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG---TAAA----GCAAAATAC------AATATCGAAATAAATTGTCGGTTACTTCTTGATTCGTGAATGAAATTTCGGACAC-TTCCGAAGAGGTGGTTTATATTTTTTAAATACGAATGATCTTCTGtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGATTAACGTATTTTGGAACTGTAACTGGTTGAAAACAAGTATGTAGAAGGCTTCGTTTATATATATATAAATAACGACAGTGCTTCTTCTAAAGGAAATGGTAATTGATTCCATAACGGAACTGT
Unaligned ( gi|20 ): AACTAAATTGTAGGAACCACAATCTTTTATGATTCGATATTTTGAAATGAAATTAAATATGGAATAATTAGAAGATATACACATAATTATGTATAAAATAGC
Unaligned ( gi|21 ): AACAGAAATGTAGGAACCACAATAGTTTATGATTCGAGTTTTATGAAATTACATATGGAATTATTATACATATACATATATA
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 77 77 33 11 66666 000000000000 33 33 2 66666 66 8888 2 222 2 66666 2 777777 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555 33 77 555 555 7777 999999 1 0 1 3 666 1 1 8
lowQualScore : .. .. .. .. ..... ............ .. .. . ..... .. .... . ... . ..... . ...... . .............................................................. ... .. .. ... ... .... ...... . . . . ... . . .
lowQualScore : 99 99 99 88 22222 000000000000 44 44 5 22222 33 5555 7 000 7 22222 5 777777 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 99 33 888 888 1111 666666 7 4 2 6 444 0 0 0
consensus : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAATATACACACACGCA-A-CAC----------ATATA------------TG--------------------T--AT---AT--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
Reference ( family-2540 ) : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAATATACACACACGCACA-CAC----------ATATA------------TG--------------------T--AT---AT--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|1 : AGGAATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAATATACACACAC----A-CAT----------ATATA------------TG--------------------T--AT---AT--AA--AGCATTATCTGGTTCGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGGGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATG-AGGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCAGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|10 : AAT-----TT------------TTTTA--T--GAT-----T--CCA-A--T-TT---A-TTGTTT----TAATG-AAATTAAATATGGAA------TTATTACAAGATATACA------------------------A-ATA------------TG--------------------T--AT---AA--AATAAGTAATATCTGGTTTATCACTGATATTCATGCGATTGGTCATGTTGTGATAGATGTTACTGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACCAAATAC------T-T--CGAAATGAGTTATTGGAATCTTCTTGATTC-TTCTTGAAAATTTGAACAC-TTTCGAAGA---GGTTTATtggatggaacaatcttgtgttttgaaataattcaatcctttgttgtacaaaaaaaaaatgcagttaaaaaagtaatgatcagcatcttccactccatgcgtacagatacatgttggataattttctataacaagtatttataaggtatgtttatatattgataatgatggtgcttcccttaaagcaact
gi|11 : aaattgaaatgttgacaccacTTGAAATATTG--AAACTGAAGTGCGGGAAT-----CA------------TAATA--T--T-T-----TA-TTA-G--T-CG---A-ATATTT----GAATG-AAAATAAATATGGAA------TATTTAGAAGGTATACACATAAG-------------------TATA-------------------------------------AA---AT--AA--GAT-TTATCAGGTTGGTCACTGATATTCACACGATCGGTCATGCTGTGGTAGATGTTACAGAGTTGACAGTGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TACATCGAAATTAATTATTGGAATCTTCTTGATACGTGAATGAAttatg
gi|12 : GAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-TATTTAT--TTA-T--T-TTATTT-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN----------NNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAT--GT---ATATAA--AGTATCATCTGGTTGGTCACTGA
gi|13 : -----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TT-----TATT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAG------TTATTAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNTG--------------------TTTAT---AT--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTTGTATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---TAgt
gi|14 : ----AAATG-AAATTAAACATTA-----------TTAGGGGATAAACATACACG-------------------TATA-------------------------------------AA---AT--AA---GTGTTAAATGATTGGTCACTGATATTCAAGAAATCGGTTCTGTTGTGATAG
gi|16 : aaactgagatgcgagaacaacattattttagaatttgaattaaaaaaaACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-CTTT-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATA
gi|17 : acTATAC--GCACACACATATGAACTTGTATATTGAAATATTGAAA--CTGAAAAGCGGGAATTGTAATA------------TTTTA--T--T-A-----T--TCG-A--T-TC---T-TTTTT-------AT----ATT---TATTAAAAAACACTTG-TATAAAATAT
gi|18 : AG---TAAA----GCAAAATAC------AATATCGAAATAAATTGTCGGTTACTTCTTGATTCGTGAATGAAATTTCGGACAC-TTCCGAAGAGGTGGTTTATATTTTTTAAATACGAATGATCTTCTGcta
gi|19 : TGAGATATTG--AAACTGAAAAGCGGGAAT-----CAGAATAT------TTTTA--TGAT-T-----CCATTT-T--T-TT---T-TTTTTT----AAAT--AAATTAAATATGAAA------TTATTTGAAAATA
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnAC----------AAATA------------TG--------------------C--ATGAAAT--AA---GTATTATCCGAT----CACTGATATTCACGCGATCGGTTATGTCATGGTAGATATTACAGAAT---TAGGGAAGTAAAAAAGGGGACAACATAC------TATATCGAAAACAATTGTTGAACTCGTCTTGATTTGAGAATGGAAACTTGAACAC-TTTTGAAAA---GCTTTATGTTTTATTCATATGAATGATCATCTGATCGATAAAACACATTTTTTGACATTAAG
gi|20 : --A--CTAAATTGTAGGAAC-----CA------------CAATC--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-ATTTTG----AAATG-AAATTAAATATGGAA------TAATTAGAAGATATACACATA--------------------AT-TA------------TG--------------------T--AT---A---AA--Atggatggaacaacttgctttgaaacagtttaatcctttgttgtataagagaatgcattttaaaatgtaatgttctgcatcttcaactccaattgtacagataccgttgttaaagtattttggaactataactgatcgaaaacaagtatttagaaggaatcatttatacatgataatgacggaactttcctttaagcagctggtagttagttggttccataacaagacgg
gi|22 : a--TGTTTATTAAAATATTG--AAACTGAAAAGCGGGACT-----CA------------TATTA--T--T-T-----tagc
gi|23 : ACACAAATTCACATGCAAGCATGCATGCACATGCACACACAc
gi|3 : tatTGAGATATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CATAATATGTTTCGTTTTACTT--T-T-----T--TTATC--T-TT---T-TTTTTA----AAATGAAAATTAAGTATTAAA------TTATTAGA
gi|3 : A--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTAAGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATACATGTACTATAAAATAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCTTCTGATCCATATAATA-GCTTTTTGACATTGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtattatctggttggtcactgatattcacgcgatcggttaaggtgtggtagctgttacagagtcaggggagaaaaacaaaatacatgtactataaaataattaattattggaatcttctggattcgtgaatgaaagtttgaacactttcgaagagatttatgttgtcttcatatgaatgatcttctgatccatataatagctttttgacattgagtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|4 : tgagatatttactgaaaagtgggaatcataatatgtttcgttttactttttttatctttttttttaaaatgaaaattaagtattaaattattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAATATACATACACACACA-CAC----------ATATA------------TG--------------------T--AT---AT--AA--AGTATTATCTGACTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCAAAAA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCAAATAACA-GCTTTTTGACATTGAGtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|5 : ATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTT-----AAATG-AAATGAAATATTAAA------CTATTAGAAAATATNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNTATATA------------TG--------------------T--AT---AT--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTGATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCT
gi|6 : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---TCTTTTTT----AAATG-AAATTAGATATTAAA------TTATTAGAAAAT-TGCACACACACACACCAC----------ATATA------------TG--------------------T--AT---AT--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAAACTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTC
gi|7 : cATA-TAC----------ATATA------------TG--------------------T--AT---AA--AATAAGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCGCGCGATCGGTCATTCTGTGTTAGATATTACAGAGT---CAAGGGAG---AAGA----ACAAAATAC------TATATCGAAATTAGTTATTAGAATCTTCTTGATTTGTTAATGAAAATTTGAACTCTTTTTGAAGA---GGTTTATGTTTTCTTCATAAGCATGATCGTCTGAT--------CA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|8 : acgcacgcacgcacgcacgaattagtaatagACACGCAGACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCAGGAAT-----CA------------TGATA--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAATAT--------------------------------------------------------------------------AT--AA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCCGATATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGAGGAG---ATAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGATA-TTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTAACTTCATATGCATGATCGTCtgaacgagcaaccttgtgttttaaaaagtgtaattctttgttggacacagagaatgcatttaaaaagtaatgttctgcatcttccactgct
gi|9 : GAGGTATTT--A--TTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTTTTATAAATG-AAATTCAATATTAAA------TTATTAAAAAATATACACACACACA-------------------TA------------TG--------------------T--AT---AT--AA--AGCATTATCTGGATGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTCGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGATTAACGTATTTTGGAACTGTAACTGGTTGAAAACAAGTATGTAGAAGGCTTCGTTTATATATATATAAATAACGACAGTGCTTCTTCTAAAGGAAATGGTAATTGATTCCATAACGGAACTGT
Unaligned ( gi|21 ): AACAGAAATGTAGGAACCACAATAGTTTATGATTCGAGTTTTATGAAATTACATATGGAATTATTATACATATACATATATA
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222 111 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666 1111111111111
lowQualScore : 77 77 33 11 66666 000000000000 33 33 2 66666 66 8888 2 222 2 66666 2 777777 5555555555555 2 1 777777777777777777777777777777777777777 33 555 4444444444444 555 555 7777 999999 1 0 1 3 666 1 1 8
lowQualScore : .. .. .. .. ..... ............ .. .. . ..... .. .... . ... . ..... . ...... ............. . . ....................................... .. ... ............. ... ... .... ...... . . . . ... . . .
lowQualScore : 99 99 99 88 22222 000000000000 44 44 5 22222 33 5555 7 000 7 22222 5 777777 7777777777777 9 7 333333333333333333333333333333333333333 99 000 3333333333333 888 888 1111 666666 7 4 2 6 444 0 0 0
consensus : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA-------------AT-ATACACACACGCA--CAC-----------ATATA-------------TGT--AT---ATAA--A----------GTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
Reference ( family-2540 ) : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA-------------AT-ATACACACACGCA-ACAC-----------ATATA-------------TGT--AT---ATAA--A----------GTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|1 : AGGAATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA-------------AT-ATACACACAC----ACAT-----------ATATA-------------TGT--AT---ATAA--A----------GCATTATCTGGTTCGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGGGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATG-AGGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCAGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|10 : AAT-----TT------------TTTTA--T--GAT-----T--CCA-A--T-TT---A-TTGTTT----TAATG-AAATTAAATATGGAA------TTATTACAAG-------------AT-ATACA------------------------A-ATA-------------TGT--AT---AAAATAA----------GTAATATCTGGTTTATCACTGATATTCATGCGATTGGTCATGTTGTGATAGATGTTACTGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACCAAATAC------T-T--CGAAATGAGTTATTGGAATCTTCTTGATTC-TTCTTGAAAATTTGAACAC-TTTCGAAGA---GGTTTATtggatggaacaatcttgtgttttgaaataattcaatcctttgttgtacaaaaaaaaaatgcagttaaaaaagtaatgatcagcatcttccactccatgcgtacagatacatgttggataattttctataacaagtatttataaggtatgtttatatattgataatgatggtgcttcccttaaagcaact
gi|11 : aaattgaaatgttgacaccacTTGAAATATTG--AAACTGAAGTGCGGGAAT-----CA------------TAATA--T--T-T-----TA-TTA-G--T-CG---A-ATATTT----GAATG-AAAATAAATATGGAA------TATTTAGAAG-------------GT-ATACACATAAG-------------------TATA------------------AA---ATAA--G----------AT-TTATCAGGTTGGTCACTGATATTCACACGATCGGTCATGCTGTGGTAGATGTTACAGAGTTGACAGTGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TACATCGAAATTAATTATTGGAATCTTCTTGATACGTGAATGAAttatg
gi|12 : GAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-TATTTAT--TTA-T--T-TTATTT-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAANNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-----------NNNNN-------------NNN--NN---NTAA--ATGTATATAAAGTATCATCTGGTTGGTCACTGA
gi|13 : -----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TT-----TATT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAG------TTATTAGAAA-------------NN-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTAT---ATAA--A----------GTATTATCTGGTTGGTCACTTGTATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---TAgt
gi|14 : ----AAATG-AAATTAAAC-----A------TTATTAGGGG-------------AT-AAACATACACG-------------------TATA------------------AA---AT-A--A----------GTGTTAAATGATTGGTCACTGATATTCAAGAAATCGGTTCTGTTGTGATAG
gi|16 : aaactgagatgcgagaacaacattattttagaatttgaattaaaaaaaACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-CTTT-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATA
gi|17 : acTATAC--GCACACACATATGAACTTGTATATTGAAATATTGAAA--CTGAAAAGCGGGAATTGTAATA------------TTTTA--T--T-A-----T--TCG-A--T-TC---T-TTTTT-------AT----ATT---TATTAAAAAACACTTG-TATAAA-------------AT-AT
gi|18 : AG---TAAA----GCAAAATAC------AATATCGAAATAAATTGTCGGTTACTTCTTGATTCGTGAATGAAATTTCGGACAC-TTCCGAAGAGGTGGTTTATATTTTTTAAATACGAATGATCTTCTGcta
gi|19 : TGAGATATTG--AAACTGAAAAGCGGGAAT-----CAGAATAT------TTTTA--TGAT-T-----CCATTT-T--T-TT---T-TTTTTT----AAAT--AAATTAAATATGAAA------TTATTTGAAA-------------AT-A
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-----------AAATA-------------TGC--ATGAAATAA-------------GTATTATCCGAT----CACTGATATTCACGCGATCGGTTATGTCATGGTAGATATTACAGAAT---TAGGGAAGTAAAAAAGGGGACAACATAC------TATATCGAAAACAATTGTTGAACTCGTCTTGATTTGAGAATGGAAACTTGAACAC-TTTTGAAAA---GCTTTATGTTTTATTCATATGAATGATCATCTGATCGATAAAACACATTTTTTGACATTAAG
gi|20 : --A--CTAAATTGTAGGAAC-----CA------------CAATC--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-ATTTTG----AAATG-AAATTAAATATGGAA------TAATTAGAAG-------------AT-ATACACATA--------------------AT-TA-------------TGT--AT---A-AA--A----------tggatggaacaacttgctttgaaacagtttaatcctttgttgtataagagaatgcattttaaaatgtaatgttctgcatcttcaactccaattgtacagataccgttgttaaagtattttggaactataactgatcgaaaacaagtatttagaaggaatcatttatacatgataatgacggaactttcctttaagcagctggtagttagttggttccataacaagacgg
gi|22 : a--TGTTTATTAAAATATTG--AAACTGAAAAGCGGGACT-----CA------------TATTA--T--T-T-----tagc
gi|23 : ACACAAATTCACATGCAAGCATGCATGCACATGCACACACAc
gi|3 : tatTGAGATATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CATAATATGTTTCGTTTTACTT--T-T-----T--TTATC--T-TT---T-TTTTTA----AAATGAAAATTAAGTATTAAA------TTATTAGA
gi|3 : A--A----------GTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTAAGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATACATGTACTATAAAATAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCTTCTGATCCATATAATA-GCTTTTTGACATTGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtattatctggttggtcactgatattcacgcgatcggttaaggtgtggtagctgttacagagtcaggggagaaaaacaaaatacatgtactataaaataattaattattggaatcttctggattcgtgaatgaaagtttgaacactttcgaagagatttatgttgtcttcatatgaatgatcttctgatccatataatagctttttgacattgagtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|4 : tgagatatttactgaaaagtgggaatcataatatgtttcgttttactttttttatctttttttttaaaatgaaaattaagtattaaattattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA-------------AT-ATACATACACACACACAC-----------ATATA-------------TGT--AT---ATAA--A----------GTATTATCTGACTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCAAAAA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCAAATAACA-GCTTTTTGACATTGAGtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|5 : ATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTT-----AAATG-AAATGAAATATTAAA------CTATTAGAAA-------------AT-ATNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNTATATA-------------TGT--AT---ATAA--A----------GTATTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTGATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCT
gi|6 : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---TCTTTTTT----AAATG-AAATTAGATATTAAA------TTATTAGAAA-------------ATTGCACACACACACA-CCAC-----------ATATA-------------TGT--AT---ATAA--A----------GTATTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAAACTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTC
gi|7 : c-ATAC-----------ATATA-------------TGT--AT---AAAATAA----------GTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCGCGCGATCGGTCATTCTGTGTTAGATATTACAGAGT---CAAGGGAG---AAGA----ACAAAATAC------TATATCGAAATTAGTTATTAGAATCTTCTTGATTTGTTAATGAAAATTTGAACTCTTTTTGAAGA---GGTTTATGTTTTCTTCATAAGCATGATCGTCTGAT--------CA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|8 : acgcacgcacgcacgcacgaattagtaatagatACACGCAGACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCAGGAAT-----CA------------TGATA--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA-------------AT-ATA-------------------------------------------------------TAA--A----------GTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCCGATATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGAGGAG---ATAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGATA-TTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTAACTTCATATGCATGATCGTCtgaacgagcaaccttgtgttttaaaaagtgtaattctttgttggacacagagaatgcatttaaaaagtaatgttctgcatcttccactgct
gi|9 : GAGGTATTT--A--TTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTTTTATAAATG-AAATTCAATATTAAA------TTATTAAAAA-------------AT-ATACACACACACA-------------------TA-------------TGT--AT---ATAA--A----------GCATTATCTGGATGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTCGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGATTAACGTATTTTGGAACTGTAACTGGTTGAAAACAAGTATGTAGAAGGCTTCGTTTATATATATATAAATAACGACAGTGCTTCTTCTAAAGGAAATGGTAATTGATTCCATAACGGAACTGT
Unaligned ( gi|21 ): AACAGAAATGTAGGAACCACAATAGTTTATGATTCGAGTTTTATGAAATTACATATGGAATTATTATACATATACATATATA
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222 111 11111111111111 6666666666666666666666666666666666666666 111111111
lowQualScore : 77 77 33 11 66666 000000000000 33 33 2 66666 66 8888 2 222 2 66666 2 777777 66666666666666 2 444 0000000000000000000000000000000000000000 33 555 77 2 111111111 555 555 7777 999999 1 0 1 3 666 1 1 8
lowQualScore : .. .. .. .. ..... ............ .. .. . ..... .. .... . ... . ..... . ...... .............. . ... ........................................ .. ... .. . ......... ... ... .... ...... . . . . ... . . .
lowQualScore : 99 99 99 88 22222 000000000000 44 44 5 22222 33 5555 7 000 7 22222 5 777777 88888888888888 9 999 0000000000000000000000000000000000000000 99 000 33 7 444444444 888 888 1111 666666 7 4 2 6 444 0 0 0
consensus : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACA--CACACGCAC-AC------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
Reference ( family-2540 ) : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACA--CACACGCAC-AC------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|1 : AGGAATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACA--CACAC--AC-AT------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GCA---------TTATCTGGTTCGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGGGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATG-AGGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCAGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|10 : AAT-----TT------------TTTTA--T--GAT-----T--CCA-A--T-TT---A-TTGTTT----TAATG-AAATTAAATATGGAA------TTATTACAAG--------------AT-ATACA--------------------------A-ATA--------------TGT--AT---AAAATAA-GTA---------ATATCTGGTTTATCACTGATATTCATGCGATTGGTCATGTTGTGATAGATGTTACTGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACCAAATAC------T-T--CGAAATGAGTTATTGGAATCTTCTTGATTC-TTCTTGAAAATTTGAACAC-TTTCGAAGA---GGTTTATtggatggaacaatcttgtgttttgaaataattcaatcctttgttgtacaaaaaaaaaatgcagttaaaaaagtaatgatcagcatcttccactccatgcgtacagatacatgttggataattttctataacaagtatttataaggtatgtttatatattgataatgatggtgcttcccttaaagcaact
gi|11 : aaattgaaatgttgacaccacTTGAAATATTG--AAACTGAAGTGCGGGAAT-----CA------------TAATA--T--T-T-----TA-TTA-G--T-CG---A-ATATTT----GAATG-AAAATAAATATGGAA------TATTTAGAAG--------------GT-ATACA--CATAAG-------------------TATA-------------------AA---ATAA--G-AT----------TTATCAGGTTGGTCACTGATATTCACACGATCGGTCATGCTGTGGTAGATGTTACAGAGTTGACAGTGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TACATCGAAATTAATTATTGGAATCTTCTTGATACGTGAATGAAttatg
gi|12 : GAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-TATTTAT--TTA-T--T-TTATTT-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAANNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNN-NN------------NNNNN--------------NNN--NN---NTAA--ATGTATATAAAGTATCATCTGGTTGGTCACTGA
gi|13 : -----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TT-----TATT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAG------TTATTAGAAA--------------NN-NNNNN--NNNNNNNNN-NN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTAT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTTGTATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---TAgt
gi|14 : ----AAATG-AAATTAAAC-----A------TTATTAGGGG--------------AT-AAACA--TACACG-------------------TATA-------------------AA---AT-A--A-GTG---------TTAAATGATTGGTCACTGATATTCAAGAAATCGGTTCTGTTGTGATAG
gi|16 : aaactgagatgcgagaacaacattattttagaatttgaattaaaaaaaACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-CTTT-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATA
gi|17 : acTATAC--GCACACACATATGAACTTGTATATTGAAATATTGAAA--CTGAAAAGCGGGAATTGTAATA------------TTTTA--T--T-A-----T--TCG-A--T-TC---T-TTTTT-------AT----ATT---TATTAAAAAACACTTG-TATAAA--------------AT-AT
gi|18 : AG---TAAA----GCAAAATAC------AATATCGAAATAAATTGTCGGTTACTTCTTGATTCGTGAATGAAATTTCGGACAC-TTCCGAAGAGGTGGTTTATATTTTTTAAATACGAATGATCTTCTGcta
gi|19 : TGAGATATTG--AAACTGAAAAGCGGGAAT-----CAGAATAT------TTTTA--TGAT-T-----CCATTT-T--T-TT---T-TTTTTT----AAAT--AAATTAAATATGAAA------TTATTTGAAA--------------AT-A
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnn-AC------------AAATA--------------TGC--ATGAAATAA----GTA---------TTATCCGAT----CACTGATATTCACGCGATCGGTTATGTCATGGTAGATATTACAGAAT---TAGGGAAGTAAAAAAGGGGACAACATAC------TATATCGAAAACAATTGTTGAACTCGTCTTGATTTGAGAATGGAAACTTGAACAC-TTTTGAAAA---GCTTTATGTTTTATTCATATGAATGATCATCTGATCGATAAAACACATTTTTTGACATTAAG
gi|20 : --A--CTAAATTGTAGGAAC-----CA------------CAATC--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-ATTTTG----AAATG-AAATTAAATATGGAA------TAATTAGAAG--------------AT-ATACA--CATA--------------------AT-TA--------------TGT--AT---A-AA--A-tggatggaacaacttgctttgaaacagtttaatcctttgttgtataagagaatgcattttaaaatgtaatgttctgcatcttcaactccaattgtacagataccgttgttaaagtattttggaactataactgatcgaaaacaagtatttagaaggaatcatttatacatgataatgacggaactttcctttaagcagctggtagttagttggttccataacaagacgg
gi|22 : a--TGTTTATTAAAATATTG--AAACTGAAAAGCGGGACT-----CA------------TATTA--T--T-T-----tagc
gi|23 : ACACAAATTCACATGCAAGCATGCATGCACATGCACACACAc
gi|3 : tatTGAGATATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CATAATATGTTTCGTTTTACTT--T-T-----T--TTATC--T-TT---T-TTTTTA----AAATGAAAATTAAGTATTAAA------TTATTAGA
gi|3 : A--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTAAGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATACATGTACTATAAAATAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCTTCTGATCCATATAATA-GCTTTTTGACATTGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtattatctggttggtcactgatattcacgcgatcggttaaggtgtggtagctgttacagagtcaggggagaaaaacaaaatacatgtactataaaataattaattattggaatcttctggattcgtgaatgaaagtttgaacactttcgaagagatttatgttgtcttcatatgaatgatcttctgatccatataatagctttttgacattgagtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|4 : tgagatatttactgaaaagtgggaatcataatatgtttcgttttactttttttatctttttttttaaaatgaaaattaagtattaaattattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACATACACACACAC-AC------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGACTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCAAAAA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCAAATAACA-GCTTTTTGACATTGAGtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|5 : ATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTT-----AAATG-AAATGAAATATTAAA------CTATTAGAAA--------------AT-ATNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNTATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTGATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCT
gi|6 : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---TCTTTTTT----AAATG-AAATTAGATATTAAA------TTATTAGAAA--------------ATTGCACA--CACACACACCAC------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAAACTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTC
gi|7 : cAT-AC------------ATATA--------------TGT--AT---AAAATAA-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCGCGCGATCGGTCATTCTGTGTTAGATATTACAGAGT---CAAGGGAG---AAGA----ACAAAATAC------TATATCGAAATTAGTTATTAGAATCTTCTTGATTTGTTAATGAAAATTTGAACTCTTTTTGAAGA---GGTTTATGTTTTCTTCATAAGCATGATCGTCTGAT--------CA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|8 : acgcacgcacgcacgcacgaattagtaatagatACACGCAGACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCAGGAAT-----CA------------TGATA--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATA----------------------------------------------------------TAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCCGATATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGAGGAG---ATAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGATA-TTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTAACTTCATATGCATGATCGTCtgaacgagcaaccttgtgttttaaaaagtgtaattctttgttggacacagagaatgcatttaaaaagtaatgttctgcatcttccactgct
gi|9 : GAGGTATTT--A--TTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTTTTATAAATG-AAATTCAATATTAAA------TTATTAAAAA--------------AT-ATACA--CACACACA-------------------TA--------------TGT--AT---ATAA--A-GCA---------TTATCTGGATGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTCGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGATTAACGTATTTTGGAACTGTAACTGGTTGAAAACAAGTATGTAGAAGGCTTCGTTTATATATATATAAATAACGACAGTGCTTCTTCTAAAGGAAATGGTAATTGATTCCATAACGGAACTGT
Unaligned ( gi|21 ): AACAGAAATGTAGGAACCACAATAGTTTATGATTCGAGTTTTATGAAATTACATATGGAATTATTATACATATACATATATA
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222 111 11111111111111 6666666666666666666666666666666666666666 111111111
lowQualScore : 77 77 33 11 66666 000000000000 33 33 2 66666 66 8888 2 222 2 66666 2 777777 66666666666666 2 444 0000000000000000000000000000000000000000 33 555 77 2 111111111 555 555 7777 999999 1 0 1 3 666 1 1 8
lowQualScore : .. .. .. .. ..... ............ .. .. . ..... .. .... . ... . ..... . ...... .............. . ... ........................................ .. ... .. . ......... ... ... .... ...... . . . . ... . . .
lowQualScore : 99 99 99 88 22222 000000000000 44 44 5 22222 33 5555 7 000 7 22222 5 777777 88888888888888 9 999 0000000000000000000000000000000000000000 99 000 33 7 444444444 888 888 1111 666666 7 4 2 6 444 0 0 0
consensus : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACA--CACACGCAC-AC------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
Reference ( family-2540 ) : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACA--CACACGCAC-AC------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|1 : AGGAATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACA--CACAC--AC-AT------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GCA---------TTATCTGGTTCGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGGGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATG-AGGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCAGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|10 : AAT-----TT------------TTTTA--T--GAT-----T--CCA-A--T-TT---A-TTGTTT----TAATG-AAATTAAATATGGAA------TTATTACAAG--------------AT-ATACA--------------------------A-ATA--------------TGT--AT---AAAATAA-GTA---------ATATCTGGTTTATCACTGATATTCATGCGATTGGTCATGTTGTGATAGATGTTACTGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACCAAATAC------T-T--CGAAATGAGTTATTGGAATCTTCTTGATTC-TTCTTGAAAATTTGAACAC-TTTCGAAGA---GGTTTATtggatggaacaatcttgtgttttgaaataattcaatcctttgttgtacaaaaaaaaaatgcagttaaaaaagtaatgatcagcatcttccactccatgcgtacagatacatgttggataattttctataacaagtatttataaggtatgtttatatattgataatgatggtgcttcccttaaagcaact
gi|11 : aaattgaaatgttgacaccacTTGAAATATTG--AAACTGAAGTGCGGGAAT-----CA------------TAATA--T--T-T-----TA-TTA-G--T-CG---A-ATATTT----GAATG-AAAATAAATATGGAA------TATTTAGAAG--------------GT-ATACA--CATAAG-------------------TATA-------------------AA---ATAA--G-AT----------TTATCAGGTTGGTCACTGATATTCACACGATCGGTCATGCTGTGGTAGATGTTACAGAGTTGACAGTGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TACATCGAAATTAATTATTGGAATCTTCTTGATACGTGAATGAAttatg
gi|12 : GAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-TATTTAT--TTA-T--T-TTATTT-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAANNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNN-NN------------NNNNN--------------NNN--NN---NTAA--ATGTATATAAAGTATCATCTGGTTGGTCACTGA
gi|13 : -----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TT-----TATT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAG------TTATTAGAAA--------------NN-NNNNN--NNNNNNNNN-NN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTAT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTTGTATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---TAgt
gi|14 : ----AAATG-AAATTAAAC-----A------TTATTAGGGG--------------AT-AAACA--TACACG-------------------TATA-------------------AA---AT-A--A-GTG---------TTAAATGATTGGTCACTGATATTCAAGAAATCGGTTCTGTTGTGATAG
gi|16 : aaactgagatgcgagaacaacattattttagaatttgaattaaaaaaaACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-CTTT-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATA
gi|17 : acTATAC--GCACACACATATGAACTTGTATATTGAAATATTGAAA--CTGAAAAGCGGGAATTGTAATA------------TTTTA--T--T-A-----T--TCG-A--T-TC---T-TTTTT-------AT----ATT---TATTAAAAAACACTTG-TATAAA--------------AT-AT
gi|18 : AG---TAAA----GCAAAATAC------AATATCGAAATAAATTGTCGGTTACTTCTTGATTCGTGAATGAAATTTCGGACAC-TTCCGAAGAGGTGGTTTATATTTTTTAAATACGAATGATCTTCTGcta
gi|19 : TGAGATATTG--AAACTGAAAAGCGGGAAT-----CAGAATAT------TTTTA--TGAT-T-----CCATTT-T--T-TT---T-TTTTTT----AAAT--AAATTAAATATGAAA------TTATTTGAAA--------------AT-A
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnn-AC------------AAATA--------------TGC--ATGAAATAA----GTA---------TTATCCGAT----CACTGATATTCACGCGATCGGTTATGTCATGGTAGATATTACAGAAT---TAGGGAAGTAAAAAAGGGGACAACATAC------TATATCGAAAACAATTGTTGAACTCGTCTTGATTTGAGAATGGAAACTTGAACAC-TTTTGAAAA---GCTTTATGTTTTATTCATATGAATGATCATCTGATCGATAAAACACATTTTTTGACATTAAG
gi|20 : --A--CTAAATTGTAGGAAC-----CA------------CAATC--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-ATTTTG----AAATG-AAATTAAATATGGAA------TAATTAGAAG--------------AT-ATACA--CATA--------------------AT-TA--------------TGT--AT---A-AA--A-tggatggaacaacttgctttgaaacagtttaatcctttgttgtataagagaatgcattttaaaatgtaatgttctgcatcttcaactccaattgtacagataccgttgttaaagtattttggaactataactgatcgaaaacaagtatttagaaggaatcatttatacatgataatgacggaactttcctttaagcagctggtagttagttggttccataacaagacgg
gi|22 : a--TGTTTATTAAAATATTG--AAACTGAAAAGCGGGACT-----CA------------TATTA--T--T-T-----tagc
gi|23 : ACACAAATTCACATGCAAGCATGCATGCACATGCACACACAc
gi|3 : tatTGAGATATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CATAATATGTTTCGTTTTACTT--T-T-----T--TTATC--T-TT---T-TTTTTA----AAATGAAAATTAAGTATTAAA------TTATTAGA
gi|3 : A--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTAAGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATACATGTACTATAAAATAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCTTCTGATCCATATAATA-GCTTTTTGACATTGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtattatctggttggtcactgatattcacgcgatcggttaaggtgtggtagctgttacagagtcaggggagaaaaacaaaatacatgtactataaaataattaattattggaatcttctggattcgtgaatgaaagtttgaacactttcgaagagatttatgttgtcttcatatgaatgatcttctgatccatataatagctttttgacattgagtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|4 : tgagatatttactgaaaagtgggaatcataatatgtttcgttttactttttttatctttttttttaaaatgaaaattaagtattaaattattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACATACACACACAC-AC------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGACTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCAAAAA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCAAATAACA-GCTTTTTGACATTGAGtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|5 : ATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTT-----AAATG-AAATGAAATATTAAA------CTATTAGAAA--------------AT-ATNNN--NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNTATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTGATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCT
gi|6 : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---TCTTTTTT----AAATG-AAATTAGATATTAAA------TTATTAGAAA--------------ATTGCACA--CACACACACCAC------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAAACTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTC
gi|7 : cAT-AC------------ATATA--------------TGT--AT---AAAATAA-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCGCGCGATCGGTCATTCTGTGTTAGATATTACAGAGT---CAAGGGAG---AAGA----ACAAAATAC------TATATCGAAATTAGTTATTAGAATCTTCTTGATTTGTTAATGAAAATTTGAACTCTTTTTGAAGA---GGTTTATGTTTTCTTCATAAGCATGATCGTCTGAT--------CA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|8 : acgcacgcacgcacgcacgaattagtaatagatACACGCAGACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCAGGAAT-----CA------------TGATA--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATA----------------------------------------------------------TAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCCGATATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGAGGAG---ATAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGATA-TTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTAACTTCATATGCATGATCGTCtgaacgagcaaccttgtgttttaaaaagtgtaattctttgttggacacagagaatgcatttaaaaagtaatgttctgcatcttccactgct
gi|9 : GAGGTATTT--A--TTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTTTTATAAATG-AAATTCAATATTAAA------TTATTAAAAA--------------AT-ATACA--CACACACA-------------------TA--------------TGT--AT---ATAA--A-GCA---------TTATCTGGATGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTCGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATG
blockSeqs : AT CT AA AA TGTAA TAATATGTTTCG CT GA A ATTTA CA CTT A ATT C TTTAT A AAACAC NNNNNNNNNNNNNN T TAC NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT TT GAA TA T TATAAAGTA TGA TAA GGGG ATGTAC T A T GGT T A C
blockSeqs : . . . AA . GAATAT . . . . A TC . GA . T . . . . C NNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATAT . . TA . . . . . . T T . . T T .
blockSeqs : . . . AA . . . . . . . A . GA . T . . . . N CACACCACATATAT . . . . . . . . . T A . . A T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . T . . . . N NNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . A G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . T CACACACATATAT . . . . . . . . . A G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . T . . . . C CACATAT . . . . . . . . . A G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . T . . . . N AGTATA . . . . . . . . . A G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . G . . . . C CGTATA . . . . . . . . . T A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . A . . . . C AATAT . . . . . . . . . A G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . T . . . . . ATTAT . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : CGATATAT********************************
originalCons : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACA--CACACGCAC-AC------------ATATA--------------TGT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
finalCons : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA--------------AT-ATACA--CACACGATATAT--------------------------------GT--AT---ATAA--A-GTA---------TTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGATTAACGTATTTTGGAACTGTAACTGGTTGAAAACAAGTATGTAGAAGGCTTCGTTTATATATATATAAATAACGACAGTGCTTCTTCTAAAGGAAATGGTAATTGATTCCATAACGGAACTGT
Unaligned ( gi|21 ): AACAGAAATGTAGGAACCACAATAGTTTATGATTCGAGTTTTATGAAATTACATATGGAATTATTATACATATACATATATA
Alignments
lowQualScore : 11 222222222222 111 77777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 77 77 33 11 66666 000000000000 33 33 2 66666 66 8888 2 222 2 66666 2 777777 555 33333333333333333333333333333333333333333333333 33 555 77 555 555 7777 999999 1 0 1 3 666 1 1 8
lowQualScore : .. .. .. .. ..... ............ .. .. . ..... .. .... . ... . ..... . ...... ... ............................................... .. ... .. ... ... .... ...... . . . . ... . . .
lowQualScore : 99 99 99 88 22222 000000000000 44 44 5 22222 33 5555 7 000 7 22222 5 222222 000 11111111111111111111111111111111111111111111111 99 000 33 888 888 1111 666666 7 4 2 6 444 0 0 0
consensus : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAAT---ATACACACACG-----------------ATATA-------------------TGT--AT---ATAA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
Reference ( family-2540 ) : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAAT---ATACACACACG-----------------ATATA-------------------TGT--AT---ATAA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|1 : AGGAATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAAT---ATACACACACACAT--------------ATATA-------------------TGT--AT---ATAA--AGCATTATCTGGTTCGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGGGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATG-AGGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCAGATCCATATAACA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|10 : AAT-----TT------------TTTTA--T--GAT-----T--CCA-A--T-TT---A-TTGTTT----TAATG-AAATTAAATATGGAA------TTATTACAAGAT---ATACA-----------------------A-ATA-------------------TGT--AT---AAAATAAGTAATATCTGGTTTATCACTGATATTCATGCGATTGGTCATGTTGTGATAGATGTTACTGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACCAAATAC------T-T--CGAAATGAGTTATTGGAATCTTCTTGATTC-TTCTTGAAAATTTGAACAC-TTTCGAAGA---GGTTTATtggatggaacaatcttgtgttttgaaataattcaatcctttgttgtacaaaaaaaaaatgcagttaaaaaagtaatgatcagcatcttccactccatgcgtacagatacatgttggataattttctataacaagtatttataaggtatgtttatatattgataatgatggtgcttcccttaaagcaact
gi|11 : aaattgaaatgttgacaccacTTGAAATATTG--AAACTGAAGTGCGGGAAT-----CA------------TAATA--T--T-T-----TA-TTA-G--T-CG---A-ATATTT----GAATG-AAAATAAATATGGAA------TATTTAGAAGGT---ATACACATAAG------------------TATA------------------------AA---ATAA--GAT-TTATCAGGTTGGTCACTGATATTCACACGATCGGTCATGCTGTGGTAGATGTTACAGAGTTGACAGTGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TACATCGAAATTAATTATTGGAATCTTCTTGATACGTGAATGAAttatg
gi|12 : GAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-TATTTAT--TTA-T--T-TTATTT-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAA
gi|12 : TAAA-------------------TGT--AT---ATAA--AGTATCATCTGGTTGGTCACTGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaatgtatataaagtatcatctggttggtcactgagt
gi|13 : gaggtatttactgaaaagcgaaaatcattttatttatttatttattttatttttttttaaatgaaattaaatattaaattattagaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TT-----TATT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAG------TTATTAGAAANN---NNNNNNNNNNN-----------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTTAT---ATAA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTTGTATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---TAgt
gi|14 : ----AAATG-AAATTAAACATTA-----------TTAGGGGAT---AAACATACACG------------------TATA------------------------AA---ATAA---GTGTTAAATGATTGGTCACTGATATTCAAGAAATCGGTTCTGTTGTGATAG
gi|16 : aaactgagatgcgagaacaacattattttagaatttgaattaaaaaaaACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGAAAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-CTTT-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATA
gi|17 : acTATAC--GCACACACATATGAACTTGTATATTGAAATATTGAAA--CTGAAAAGCGGGAATTGTAATA------------TTTTA--T--T-A-----T--TCG-A--T-TC---T-TTTTT-------AT----ATT---TATTAAAAAACACTTG-TATAAAAT---AT
gi|18 : AG---TAAA----GCAAAATAC------AATATCGAAATAAATTGTCGGTTACTTCTTGATTCGTGAATGAAATTTCGGACAC-TTCCGAAGAGGTGGTTTATATTTTTTAAATACGAATGATCTTCTGcta
gi|19 : TGAGATATTG--AAACTGAAAAGCGGGAAT-----CAGAATAT------TTTTA--TGAT-T-----CCATTT-T--T-TT---T-TTTTTT----AAAT--AAATTAAATATGAAA------TTATTTGAAAAT---A
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnATA-------------------TGC--ATGAAATAA---GTATTATCCGAT----CACTGATATTCACGCGATCGGTTATGTCATGGTAGATATTACAGAAT---TAGGGAAGTAAAAAAGGGGACAACATAC------TATATCGAAAACAATTGTTGAACTCGTCTTGATTTGAGAATGGAAACTTGAACAC-TTTTGAAAA---GCTTTATGTTTTATTCATATGAATGATCATCTGATCGATAAAACACATTTTTTGACATTAAG
gi|20 : acaa--A--CTAAATTGTAGGAAC-----CA------------CAATC--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-ATTTTG----AAATG-AAATTAAATATGGAA------TAATTAGAAGAT---ATACACATA-------------------AT-TA-------------------TGT--AT---A-AA--Atggatggaacaacttgctttgaaacagtttaatcctttgttgtataagagaatgcattttaaaatgtaatgttctgcatcttcaactccaattgtacagataccgttgttaaagtattttggaactataactgatcgaaaacaagtatttagaaggaatcatttatacatgataatgacggaactttcctttaagcagctggtagttagttggttccataacaagacgg
gi|22 : a--TGTTTATTAAAATATTG--AAACTGAAAAGCGGGACT-----CA------------TATTA--T--T-T-----tagc
gi|23 : ACACAAATTCACATGCAAGCATGCATGCACATGCACACACAc
gi|3 : tatTGAGATATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CATAATATGTTTCGTTTTACTT--T-T-----T--TTATC--T-TT---T-TTTTTA----AAATGAAAATTAAGTATTAAA------TTATTAGA
gi|3 : A--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTAAGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATACATGTACTATAAAATAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCTTCTGATCCATATAATA-GCTTTTTGACATTGAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtattatctggttggtcactgatattcacgcgatcggttaaggtgtggtagctgttacagagtcaggggagaaaaacaaaatacatgtactataaaataattaattattggaatcttctggattcgtgaatgaaagtttgaacactttcgaagagatttatgttgtcttcatatgaatgatcttctgatccatataatagctttttgacattgagtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|4 : tgagatatttactgaaaagtgggaatcataatatgtttcgttttactttttttatctttttttttaaaatgaaaattaagtattaaattattagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAAT---ATACATACACACACACAC----------ATATA-------------------TGT--AT---ATAA--AGTATTATCTGACTGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCAAAAA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCTGATCCAAATAACA-GCTTTTTGACATTGAGtgtattgaacaaccttgtgttttgaaacaatttaattcttttgta
gi|5 : ATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTT-----AAATG-AAATGAAATATTAAA------CTATTAGAAAAT---ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATATA-------------------TGT--AT---ATAA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTGATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTCT
gi|6 : ACAGACATTCACATGCAAACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGTGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---TCTTTTTT----AAATG-AAATTAGATATTAAA------TTATTAGAAAATTGCACACACACACACCAC-------------ATATA-------------------TGT--AT---ATAA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATCCACGCGATCGGTTATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAAACTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATGATCGTC
gi|7 : cAA------TTAGTAATAGAT---ATACA------------------------TATA-------------------TGT--AT---AAAATAAGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCGCGCGATCGGTCATTCTGTGTTAGATATTACAGAGT---CAAGGGAG---AAGA----ACAAAATAC------TATATCGAAATTAGTTATTAGAATCTTCTTGATTTGTTAATGAAAATTTGAACTCTTTTTGAAGA---GGTTTATGTTTTCTTCATAAGCATGATCGTCTGAT--------CA-GCTTTTTGACATTGAG
gi|8 : acgcacgcacgcacgcacgACACGCAGACATACATACAC--GCACACACATATGAA--TGTATGTTGAGGTATTT--A--CTGAAAAGCAGGAAT-----CA------------TGATA--T--T-T-----T--ATG-A--T-TCGA-T-TTTTTT----AAATG-AAATTAAATATTAAA------TTATTAGAAAAT---ATA------------------------------------------------------------TAA--AGTATTATCTGGTTGGTCACTGATATTCACGCGATCCGATATGGTGTGGTAGCTGTTACAGAGT---CAGAGGAG---ATAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGATA-TTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTAACTTCATATGCATGATCGTCtgaacgagcaaccttgtgttttaaaaagtgtaattctttgttggacacagagaatgcatttaaaaagtaatgttctgcatcttccactgct
gi|9 : GAGGTATTT--A--TTGAAAAGCGGGAAT-----CA------------TTTTA--T--T-T-----T--TTG-C--T-TT---T-TTTTTTTTATAAATG-AAATTCAATATTAAA------TTATTAAAAAAT---ATACACACAC------------------ACATA-------------------TGT--AT---ATAA--AGCATTATCTGGATGGTCACTGATATTCACGCGATCGGTTATGGTGTCGTAGCTGTTACAGAGT---CAGGGGAG---AAAA----ACAAAATAC------TATAACGAAATTAATTATTGGAATCTTCTGGATTCGTGAATGAAAGTTTGAACAC-TTTCGAAGA---GATTTATGTTGTCTTCATATGAATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTGATTAACGTATTTTGGAACTGTAACTGGTTGAAAACAAGTATGTAGAAGGCTTCGTTTATATATATATAAATAACGACAGTGCTTCTTCTAAAGGAAATGGTAATTGATTCCATAACGGAACTGT
Unaligned ( gi|21 ): AACAGAAATGTAGGAACCACAATAGTTTATGATTCGAGTTTTATGAAATTACATATGGAATTATTATACATATACATATATA