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lowQualScore : . . . . . . . . . . ..... . . . . . . ........ . ... ..... . . ... .... . . . ....... .. . ..... . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . ........ . . . .. ..................... . . .. . . . . .
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Reference ( gi|1 ) : ATAGCGCAGAAACTACCAC-ACACGGTTTATTGGGTAACGTGTATCGGTCCATATAGAGTATATAGGGCTG-TTTTTACTTATGAATTGATAACTAAAGCTCTATTTATCCGATAACATTTGTGCAAACACTTTTGGAAAGCCTAATTTATTACGGTTGTTCACA-TATTTTTTTTCATTTTTTTTATGTTTATAGGAACATGGTC-TTTTTTT-CAGTTCCAATACGGCACCATAAAATCATAGTTTTCCCTATATGTCCAATGTAAAATTTGAAACATTATGAGAAGTAGTGTGTATTTAAAAGCAGTTTACGTATCTTTAATATATAATGACATATGTTTTT-GCAATTAATTTCAAAA---TAAACAGATGCTTATCTTTCCAACGGTATATTTTTAAATTGTTTAATCAGTTGGGAACATGGTC-TTTTTT---AACAAAATTATTAGTAATTTTTCTATTTTTC--ACTTTTTTACGTCCGCTAACAAAACCAGAACGATATTGGTCACGTGACTACCTGCGAGCGATAGTTGAAGGTCGCGTTTTAAGAGCTAC---TGCTATGCTACTTTATAACTTTAATATTATTAAGAAATCATGCTGTTATATATATTATTAATGTATGTATGTATAAATGTATCATGAATAGTGAAACTTTAGTAAATTTTATCTATATTAAATAAAGTATTGTTAATACTAA-TATAA-TGCACTATTTGAATGACTTGTGATTTAATGATCTGTTAATTGCCATACGTTATGTTAATCTGCTTTATTGTTGTTGTTATAAAATACACAAAGTAATTATGAAAGCAAGTTTATCAATTATATTTTCACAGTTTTTACAGCGGTAATTGGCAGCGGACCGAACCATATTGTCCTTAATGACAATTAGCAACAGTTTATACCTTCATTATGCTTCAGGGCTAGGTTGAAACTGTAAATTAGGTTCCATATATATCAGAATGGAAGATATCTGCTTGTTATAAGTCAGTTGACACAGTGTCAAATTTTCGCACATAATGGCTTCGTTTTTAAGAAATAAACATAAAACTGATTATAAAAATCTAGACGAAGGACAGGAGTTACCTGTCAGTCCTAAGTTATATTAATTACAACAGAAATATCAACTTACAAAGAACAGTATTACGTCGAACATCTTATCTGGTCCAGGTAGAATTCAGCAACTAAAGTAAGTATATTTCTCTCTC--TCTCTC--TTTCTCT------------CTCTCTCGTGCAATGTAGTATGTTTCTAATATATGTTCTTGACAGATATTTTCATCAGATATTAGAAACTTAACTACATTCATTTCCTA-TTAGGAAGGCGTAATTCATTTTTCATAATTACGCCAAAACATAAGCTAGATGTTTAG
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gi|2 : -TTTTTTT-CAGTTCCAATACGGCACCAGAAAATCATAGTTTTCCATATATGTCCAATGTACAATTTGAAACATTATGAGAAGT-----GTATTTAAAAGCAGTTTACGTATCTTTAATATATAATGACATATTTTTTTTGCAATTAATTTCAAAA---TTTAGATATGCTTATCTTTCCAACGGTATATTTTTAAATTGTTGAATCAGTTGGGAACATGGTC-TTTTTTTTTAACAAAATTATTAGTATTTTTTCTATTTTTTTTACTTTT-TACGTCCGCGAACAGAACCAGAACGATATTGGTCACGTGACTACCTGCGGGCGATAGTTGAAGGTCGCGTTTTAAGAGCTA----------------TTATAACTTTAATATTATTAAGAAATCATGCTGTTATACATATTATTA----ATGTATGTATAAATATATCATGAAAAGTGAAACTTTAGTAAATATTATTTATATTAAATAAAGTATTATTAATAATAA-GAT---TGTTGTATTTAAA
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Reference ( family-2537 ) : ATAGCGCAGAAACTACCTC-ACACGGTTTATCGGGTAACGTGTATCGGTCCATATAGAGTATATAGGGCTG-TTTTTACTTATGAATTGATAACTAAAGTTCTATTTATCCGATAACATTTTTGCAAACACTTTTNGAAAGCCTAATTTATTACGGTTGTTCACATATTTTTTTTCA-T-TTTTTT-ATGTTTATAGGAACATGGTC-TTTTTTT-CAGTTCCAATACGGCACCATAAANTCATAGTTTTCCCTATATGTCCAATGTAAAATTTGAAACATTATGAGAAGTAGTGTGTATTTAAAAGCAGTTTACGTATCTTTAATATATAATGACATATTTTTTT-GCAATTAATTTCAAAATTNAAAGATGCTTATCTTTCCAACGGTATATTTTTAAATTGTTTAATCAGTTGGGAACATGGTCTTTTTTT--AACAAAATTATTAGTAATTTTTCTATTTTTC--AC-TTTTTACGTCCGCGAACAGAACCAGAACGATATTGGTCACGTGACTACCTGCGGGCGATAGTTGAAGGTCGCGTTTTAAGAGCTAC---TGCTATGCTACTTTATAACTTTAATATTATTAAGAAATCATGCTGTTATATATATTATTAA---ATGTATGTATAAATGTATCATGAANAGTGAAACTTTAGTAAATNTTATCTATATTGAATAAAGTATTGTTAATAATAAGNGTAACTGCNGTATTTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGTTG-TATT-TAAAATAAACAAAGTAATTATGAAAGCAAGTTTATCAATTGTATTTTCACAATTTTTGCAGCGCTAATTGGCAGCGGACCGAACCATAGTGTACTTAATGACAATTAGCAACAGTTTATACCTTCATTATGCCTTAGGGCTAAGTTGAAACTGTATATTAGGTTCCATATATATCAGAATCAAAGATATCTGCTTGTTACAAGTCAGTTGACACGGTGTCAAATGTTTGCACATAATGGCTTCATTTTTAAGAAATAAACCTAAAATTTACTATAAAATTCTACACGAAGGACAGAAGTTACCTGTCAGTCCTAAGTTACG-----TACAACAGAAATATCAACTTACAAAGAACAGTATTACGTCGAACGTCTTATATGGTCCAGGAAGAATTCAGCAACTAAAGTAAGTATATTTCTCTCTCACTCTCTCACTCTCTCTCTCCCTCTCATTCTCTCTCGTGCAATGCAGTATGTTTCTTATATCAGTTCTTAACAGATATTTTCATCAGATATTAGAAACTTAACTACATTCATTTCCTATTTAGAAAGGCGTAATTCATTTTTCATTATTGCGCCAAAACATAAGCTAGATGTTTA
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gi|10 : ACCTC-ACACGGGTTATCGGGTAACGTGTATCGGCCCATATAGAGTATATAGGGCTG-TTTTTACTTATGAATTGATAACTAAAGTTCTATTTATCCGATAACATTTTTGCAAACACTTTTTGAAAGCCTAA-TTATTACGGTTGTTCACATATTTTTTTT-A---CTTTTT-ATGTTTATAGGAACATGGTC-TTTTTTT-CAGTTCCAATACGGCACCATAAACTCATAGTTTTCCCTATg
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gi|2 : -TTTTTTT-CAGTTCCAATACGGCACCAGAAAATCATAGTTTTCCATATATGTCCAATGTACAATTTGAAACATTATGAGAAGT-----GTATTTAAAAGCAGTTTACGTATCTTTAATATATAATGACATATTTTTTTTGCAATTAATTTCAAAATTTAGATATGCTTATCTTTCCAACGGTATATTTTTAAATTGTTGAATCAGTTGGGAACATGGTCTTTTTTTTTAACAAAATTATTAGTATTTTTTCTATTTTTTTTAC-TTTTTACGTCCGCGAACAGAACCAGAACGATATTGGTCACGTGACTACCTGCGGGCGATAGTTGAAGGTCGCGTTTTAAGAGCTA----------------TTATAACTTTAATATTATTAAGAAATCATGCTGTTATACATATTATT-A---ATGTATGTATAAATATATCATGAAAAGTGAAACTTTAGTAAATATTATTTATATTAAATAAAGTATTATTAATAATAAG----ATTGTTGTATTTAAAcagttccaatacggcaccagaaaatcatagttttccatatatgtccaatgtacaatttgaaacattatgagaagtgtatttaaaagcagtttacgtatctttaatatataatgacatattttttttgcaattaatttcaaaatttagatatgcttatctttccaacggtatatttttaaattgttgaatcagttgggaacatggtctttttttttaacaaaattattagtattttttctattttttttactttttacgtccgcgaacagaaccagaacgatattggtcacgtgactacctgcgggcgatagttgaaggtcgcgttttaagagctattataactttaatattattaagaaatcatgctgttatacatattattaatgtatgtataaatatatcatgaaaagtgaaactttagtaaatattatttatattaaataaagtattattaataataagattgttgtatttaaaataaacaaagtaattatgaaagcaagtttatcaattgtattttcacaatttttgcagcgctaattggcagcggaccgaaccatagtgtacttaatgacaattagcaacagtttataccttcattatgccttagggctaagttgaaactgtatattaggttccatatatatcagaatcaaagatatctgcttgttacaagtcagttgacacggtgtcaaatgtttgcacataatggcttcatttttaagaaataaacctaaaatttactataaaattctacacgaaggacagaagttacctgtcagtcctaagttacgtacaacagaaatatcaacttacaaagaacagtattacgtcgaacgtcttatatggtccaggaagaattcagcaactaaagtaagtatatttctctctcactctctcactctctctctccctctcattctctctcgtgcaatgcagtatgtttcttatatcagttcttaacagatattttcatcagatattagaaacttaactacattcatttcctatttagaaaggcgtaattcatttttcattattgcgccaaaacataagctagatgttta
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2537 ) : ATAGCGCAGAAACTACCTC-ACACGGTTTATCGGGTAACGTGTATCGGTCCATATAGAGTATATAGGGCTG-TTTTTACTTATGAATTGATAACTAAAGTTCTATTTATCCGATAACATTTTTGCAAACACTTTTNGAAAGCCTAATTTATTACGGTTGTTCACATATTTTTTTTCA-T-TTTTTT-ATGTTTATAGGAACATGGTC-TTTTTTT-CAGTTCCAATACGGCACCATAAANTCATAGTTTTCCCTATATGTCCAATGTAAAATTTGAAACATTATGAGAAGTAGTGTGTATTTAAAAGCAGTTTACGTATCTTTAATATATAATGACATATTTTTTT-GCAATTAATTTCAAAATTNAAAGATGCTTATCTTTCCAACGGTATATTTTTAAATTGTTTAATCAGTTGGGAACATGGTCTTTTTTT--AACAAAATTATTAGTAATTTTTCTATTTTTC--ACTTTTT-ACGTCCGCGAACAGAACCAGAACGATATTGGTCACGTGACTACCTGCGGGCGATAGTTGAAGGTCGCGTTTTAAGAGCTAC---TGCTATGCTACTTTATAACTTTAATATTATTAAGAAATCATGCTGTTATATATATTATTAA---ATGTATGTATAAATGTATCATGAATAGTGAAACTTTAGTAAATTTTATCTATATTAAATAAAGTATTGTTAATAATAAGTGTAACTGCNNTATTTGAATGACTTGTGATTTAATGATCTGTTAATTGCCATACGTTATGTTAATCTGCTTTATTGTTGTTGTTATAAAATANACAAAGTAATTATGAAAGCAAGTTTATCAATTGTATTTTCACAGTTTTTGCAGCGNTAATTGGCAGCGGACCGAACCATANTGTNCTTAATGACAATTAGCAACAGTTTATACCTTCATTATGCCTCAGGGCTAGGTTGAAACTGTANATTAGGTTCCATATATATCAGAATCGAAGATATCTGCTTGTTACAAGTCAGTTGACACGGTGTCAAATNTTCGCACATAATGGCTTCGTTTTTAAGAAATAAACNTAAAACTNACTATAAAANTCTANACGAAGGACAGGAGTTACCTGTCAGTCCTAAGTTACGTTAATTACAACAGAAATATCAACTTACAAAGAACAGTATTACGTCGAACGTCTTATNTGGTCCAGGNAGAATTCAGCAACTAAAGTAAGTATATTTCTCTCTCACTCTCTCACTCTCTCTCTCCCTCTCATTCTCTCTCGTGCAATGCAGTATGTTTCTNATATNNGTTCTTGACAGATATTTTCATCAGATATTAGAAACTTAACTACATTCATTTCCTATTTAGGAAGGCGTAATTCATTTTTCATNATTGCGCCAAAACATAAGCTAGATGTTTA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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