lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 111111111111111 1111111111111 2222 11111 11111111111111 111111111111111 1 11111111 11111 22 3333333333333333333 111 444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 44444444444444444444 2222 1111 1 111111111 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 1 11111 1111111 11
lowQualScore : 6 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 0 44 888888 2 11111 444 4 2 2 22 2 444444444444444 4 5 555 8888888888888 4444 1 1 3333 1 11111 1 1 22222222222222 1 55555 999999999999999 888 1 1 1 2 11111111 22222 333 1 9 1 1 1 7 0 444 66 3 3 22 55 7777777777777777777 6 6 3 000 000000 3 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 3 1 2 77 3 22 4 00000000000000000000 7 1 2222 22 22 222 6666 3 1 6 2 999999999 2222 000 4444 2 1 1 9 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777777 6666666 66 22 2 2 3 3 11111 2 7777777 444 2 3 00
lowQualScore : . . ........................................................................................................................................................................ . . .. ...... . ..... ... . . . .. . ............... . . ... ............. .... . . .... . ..... . . .............. . ..... ............... ... . . . . ........ ..... ... . . . . . . . ... .. . . .. .. ................... . . . ... ...... . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ .. . . . .. . .. . .................... . . .... .. .. ... .... . . . . ......... .... ... .... . . . . . ...................................................................................................... ...... ....... .. .. . . . . ..... . ....... ... . . ..
lowQualScore : 0 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 4 22 222222 4 88888 111 9 0 0 88 0 000000000000000 7 3 111 1111111111111 7777 6 6 4444 5 22222 5 5 33333333333333 5 44444 000000000000000 444 4 4 4 4 11111111 99999 777 5 0 6 6 6 6 5 444 00 8 2 99 66 3333333333333333333 7 0 7 000 888888 2 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 3 5 7 88 2 66 3 33333333333333333333 0 7 7777 33 33 999 6666 2 6 9 6 333333333 9999 000 0000 5 8 8 5 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 777777 5555555 88 88 0 0 3 3 88888 4 8888888 777 7 3 00
consensus : NNNNNNNNNAACAAAAAGTTGAA-----TAGTAT-----TAGA-TTGACTGAGCAATAC-GCTGTA----CTGATTAATA--CATGAACTG-T----CTGTTTTGTATGGTTANNTGCCANCCCATNATTCTACTNATTCGAGTAATATTTACAATGTGT-TTNACA-NATCTGTA-A-------------TNTAT--ACAC------TACTCAA-C-----TT---TCATA-ATCGGTCACCTG-GA--TTT-ATTGAT-A-TT-----TC-GTCAACACGAGTTCG-TA-NAT-TT------CAT--ATTTTAATCTACAATC-TAA-TG----AA-CAAA-T---TC-A-T--------------T-GN----GCATA------------T-TTTCCG-A-AAAT-T-TCATTTAAATTCA-G----ACAG----AAATAA--GCATG-TAACAA-C-TT-TTTGAAATGCACCACCCGCNAAGT---CAANATTCACAATTGTATCAGTATCAGGTATGT--AATACTT---G-CAGCGATTCG-ACCTCATTGA---AACAATGCAT-ATCTCTGCAAGTATCTTT---------------GGACA----------AT---------------GTT-----A---------------------ACGTTCTG--ATACA-AATGCATCAAAAT-------ATGT-------GGTTGTGGTGAAA--GTTG-TCT-----ATG----T-------TT------TN---AA-CAAA-T---CC--TA--N-A----TA-A-AC-TCAA----------TTGGGTTAAGGTCAATGAGGTNGAGATG-------TNTCAC------AA--G-ATA---CATAT-AN-----TGATACAA-------TTGTGAA--TTTTGACTTTG-CGGGTGGTGCA--TTTCAAAAA----GNTT-T----------TA-CATG-CTTA--TTT--CTG--T---C---TG-AATTTAAATGAA-ATTTTCTG---AAA--ATAT-G--C-CCAA----TGA-A-TTTGTTC-AT-------T--------A-------GA-------T----T-------A-------A---A-ATAT-G-AAA--------T-TTA-CA----A----GTG----TTG-----ACGAAA-------TATCAAT-AAA--TC-CAGGT-GACCGATTATGAAA-----G-TT---G---AG---T-GT-A--TATTAGTG
Reference ( gi|1 ) : TTTCAATAGAATAAACAGTTGAAAACAATAATATAATTATAGAGTTGAATG--TAAAACAGCTGTATCACCTTCTTAATAAATATGAA--GATAAAACAGCTTTGCAT--TCAGTTGTTAACTGATT--TTT-TTAGTTC-AGTAA-----ACGCTGTGT-TTCACA-GATCTGTA-A-------------TTTAT--ACAC------TACTCAA-C-----TT---TCGTA-ATCGGTCACCTG-GA--TTT-ATTGAT-G-TT-----TT-GGCAATATGAGTTTG-TA-TGT-TT------CAT--TCTTTAATCTACAATC-TAA-TG----AA-CAAA-C---TC-A-T--------------T-GT----GCATA------------T-GTTCCA-A-AAAT-T-TAATTTAAATTCA-T----AAAG----CAATAA--ACATG-TACCAA-C-TT-TTTGAAATGCACCACCCGCTAAAT---CAATGTTCACAATTATATCAGTATCAAGTATGTAAAATATTT---G-CAGCAATTCG-ACCTTACTGA---AACAATGCATGATCTCTGCAGGTATCTTT---------------AGAAA----------AT---------------GTC-----A---------------------ACGTTCGG--ATACA-AATACATCAAAAT-------ATGT-------GGTTATGATGAAA--GTTG-TCTA---AATG----T-------TT------TC---AC-CAAA-G---CC--TA--A-A----TA-A-AC-TCCT----------TTGGGTTAAGGTCAA-GAGGTCGAGATG-------TATCAC------AA--G-ATA---CATGT-AT-----TAATACTA-------TTGTGAA--TTGTGATTTTA-TGGGTGGTGTA--TTTCAGAAA----CATT-T----------TA-CATG-CTTA--CAT--CTG--T---C---AG-AATTTAAATGAA-ATGTTCTG---ATA--TTAT-G--C-CAAA----TAA-A-TTTTTTC-AT-------T--------A-------AA-------T----C-------A-------A---A-ATAT-G-AAC--------T-TTA-CA----G----GTC----TTA-----ACGAAA-------TATCAAT-TAA--TC-CAGGT-GCCCAATTATGAAA-----G-TT---G---AG---T-GT-A--TATTAGTG
gi|6 : AACAAAAAGTTGAA-----TAGTAT-----TAGA-TTGACTGAGCAATAC-GCTGTA----CTGATTAATA--CATGAACTG-T----CTGTTTT--AT--TTAAATGCCAATTCATG--TCTATTCATTT-AG-AATATTTACAATGTATATTGACATAATAT-TA-A-------------TAAAT--ACAC------TACACAA-C-----AT---TCATC-ATCGGTCACCTT-GA--TGT-ATTG-T-GATT-----TC-GTCAACAGGAGTCGA-TG-AAT-TT------CAT--ATTTTAATCTACAATC-T--------------AA-C---TT-T-T--------------TGGG----GCATA------------T-TATCAG-A-AACT-T-TCATTTAAAATCG-G----ACAG----AAATAA--GCATA-TTACAA-C-TT-ATTGAAATGTACAAACCGCAAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N-NNNNNNNNNG-ACATCATTTA---AACAATGC-T--TCTCTGTAAGTATATTT---------------GGACATGGTTAGCCCAT---------------GCCTGGTTA---------------------ACGTTCTG--ATAC------CATCAAAATCATATTCATGTCCAATTGGGTTATGATAAA
gi|16 : tttcatTTTGTATGGTTACTTGTTATCCCATTATTTT-CTA-TTCGAGT-------------TGT-T--ACA--ATCTGTG-ACTTTGTCTACCTTTTTATCAACACATATGGTACTCAA-C-----CC---TCATA-GTGGCTCACCTG-TT--TTTTCTTGCT-A-TT-----TT-GCCAACATGGGTTTG-TA-AAT-TT------CAC--ATATTAATCTACAATC-TAG-TG----AA-AAAAAT---TC-A-T--------------T-GT----GTATA------------T-TTTCCG-A-ACAT-T-TCTGTCAAATTAA-T----AAAG----CAAAAA--ACATG-TGCTAA-T-GT-TTTTAAATGt
gi|9 : TGT-TTCA-A-G-TTTATA-AAA-----------TATGT--ACAA------TACTCAA-T-----TT---TCATA-ATCGGTCACGAG-GA--TTT-CTTGAT-A-TT-----TC-ATCAACATAAGTTTG-TA-AAT-TT------CAT--ATTTTAATCTACACTC-TAA-TG----AA-CAAT-T---TC-A-T--------------T-AT----GCCTA------------T-GTTCTA-C-AAAT-G-TCACTTATATTTA-T----AAAG----TAGTAA--ACATG-TACCAA-C-AT-TTTGAAATGCACCATCCGCTACAT------------------TATTAGT----AGAATGT---ATA--T---G-CATC-ATTTGTACCTCATTAA---GACAATAC---GTCTCTGCAAGTACCTTT---------------GGACA----------AT---------------GTT-----A---------------------ACGTTC-T--ATACACAAT-TATCCAAAA-------ATGT-------GGTTt
gi|19 : cT-TCTACA-TA-CTGTACA-------------TAT-T--GCAG------TAC-CAATC-----TT---TCATA-ATTGGTCACTTG-GA--TGT-ATTGAT-A-TT-----CC-TTTAACATGAATTCA-TA-T------------------CTTAATATACACTC-TTA-TG----AA-CACA-T---TC-A-T--------------T-GG----AAATA------------TTGTT--A-G-AAGT-TGTCATTTAAATTCA-G----ACAG----AACTAA--GCATG-TAACAC-C-TT-TTTGAAATGCACCAACCGCataataacactaagataaaaccttatgtatacattgtatttatacagcaaagaagcaagaacgatt
gi|8 : TA-A-------------ATTGT--ACAT------TATTCAA-C-----TT---CCATA-ATCGGTCACCTG-GA--TTT-ATGGAT-G-----------GAC----------TG-TA-AAG-TT------CAT--TTTTTAATTTACATTG-TAA-TG----AA-CACA-T---TC-A-T--------------T-GG----GCATA------------T-TTTCTG-A-AAAT-T-CCA-TTAAATTCA-G----ATAG----AAATAAG-AAATGTTAACAA-C-TTCTTTGAAATTCACCATCCGGAAAGT---CGAT-TTCACAA
gi|23 : tcattgaaacaatgcatctctgcaagtatctttggacaatgttattccaggtgtggttaatgttctcattcaaatgcatcacaatatgtggttgtgaaaactgtcttgattttaaaacaaatcctattgatacttaattggggtaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcA-A-------------TTTAT--ACAC------CAAACAA-C-----TT---TAATA-ATTGGTCACATG-GA--ATA-ATTGAT-A-TT-----TT-GTCAACATGGGTTAG-TAACGT-T-------CAT--ATTTTAATCTACAATT-TAA-TG----AT-CAAA-T---GT-A-TTAAA----------T-GT----GCAT-------------T-TTTCCG-T-CAAT-T-TCATtgtaatttctgccgattattgtcaaagaaatgaaatataaatcggcacacaggcttctgtgtatc
gi|2 : ct-A-------------TTTCT--AAA--------ACTCAA-C-----TT---TCATA-CTCGGTCACCTG-GA--TTT-ATTG--------------------------------A-TAT-TT------CAT--CA---AA---ACAATC-CAA-TG----AA-AAAA-T---TC-A-T--------------T-GG----GCATA------------T-TTTCAG-A-AAAT-T-CCATTTAAATTAA-G----ACAG----AAATAA--GCATG-TAACAA-C-TT-TTTTAAATGCACCACTCACAAAAT---t
gi|17 : agtgttttgtttttgctgtttgtagccatTAT--ACGC------TACTC--------------TCATA-ATCGGTCGCCTG-GA--ATC-ATTGAT-T-AT-----TC-GTCAACACGAGTCAA-TA-AAT-TT------CAT--ATCTTAATCTAAAATC-TAA-TA----AG-CAAA-TA--TC-A-T--------------T-GG----GTATA------------T-TTTCTG-A-AAAT-G-TCATCTAAATTCA-T----ACAA----CAATAA--ACAAG-AGCCAA-C-CT-TTTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcagtgaccttaacccagttgtatgtatgtgacaactttcacaaccacatatgttgatgcaattgcaaaaccaggcatggaataacttatccaaagatacttgaatatatgctttgtttcaatgagggtgaatcactgtgataagtatgcatacataaaactgatatgattatgaaaattgttttagtgggtagtgcattttaaagagttggtacatgtgtattgccttaagaatttatatgaaattttcagaaaatatgcacaatcaattattgattaaaatatgaaatttgcaatctggtgttgccagaatatcaataaattcaggtgaccgattatgaaagtttaggagtgtat
gi|11 : taTAA--ACAC------TATTCAA-G-----TT---TCAAA-ATTGGTCACTTG-AA--TGT-ATTGAC-A-TG-----TG-GTCAACACAAGTTTG-TA-AAT-TA------CAT--ATTCTAATCTACAATC-TAA-TG----AA-CAAA-T---TA-ATT--------------T-GT-----CATATT----------T-TTTTCG-A-AAAT-T-TCATTTAACTTCA-G----ACAG----AAACAA--GCATG---------------TGAAATGCATCACCGACAAAGT---CAcgtttgacttgtctaatgtatgtaattcaaaatattaatttcacgaaaacgatatatatgaaatatacatt
gi|2 : ataaatatgtggtcgtcttggtttttaaacacatcctatgtcaatcggttagggccaatgataaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--ACAC------TCCTAAA-C-----TT---TCATA-ATCGGTCACCTG-AA--TTT-ATTGAT-A-TT-----CT-GGCAACACCAGATTG-CA-AAT-TT------CAT--ATTTTAATC---------AA-T----------AA-T---TG-A-T--------------T-GT----GCATA------------T-TTTCTG-A-AAAT-T-TCATATAAATTCT-T----AAGG----CAATAC--ACATG-TACCAA-C-TC-TTTAAAATGCACTACCCACTAAAA---CAATTTTCATAATCATATCAGTTTTATGTATGC---ATACTTATCA-CAGTGATTCA-CCCTCATTGA---AACAAAGCAT-ATATT--CAAGTATCTTT---------------GGATA----------A----------------GTT-----ATTCC-----------------ATGCCTGGTTTTGCA-ATTGCATCAACAT-------ATGT-------GGTT---GTGAAA--GTTG-TC------------------------------------------A---CA--TA--C-A----TACA-AC----------------TGGGTTAAGGTCACTGAG--NNNNNNN-------NNNNNN------NN--N-NNN---NNNNN-NN-----NNNNNNNN-------NNNNNNN--NNNNNATTTTG-TGAGTGGTGCA--TTTAAAAAA----GTTG-T----------TA-CATG-CTTA--TTT--CTG--T---C---TT-AATTTAAATGGA-ATTTTCTG---AAA--ATAT-G--C-CCAA----TGA-A-TTTTTTC-AT-------T--------G-------GA-------T----T--------------------------------------------------------GTT----TTG-----ATGAAA-------TATCAAT-AAA--TC-CAGGT-GACCGAGTATGAAA-----G-TT---G---AG---T-tcctcagaattgat
gi|29 : agtgttttgtttttgctgtttgtagccatatttctaaaAT--ACGC------TACTCAA-C-----TT---TCATA-ATCAGACACTTG-GA---TT-ATTGAT-A-CT-----T
gi|4 : attttttcattagattatagattaagT--ACAC------TATTCAA-C-----TT---TT-TA-ACCAGTCACTAG-GA--TTT-ATTGAT-A-TT-----TC-GTTAACACATGTTTG-TA-AAT-TT------CAT--ATTTT--CCTA------TAA-TG----AAACAAA-T---T--A-T--------------T-AA----GCATA------------T-TTTCTG-A-ATTT-T-TCATCTAAATTAA-TGAATAAAG----CAATAA--ACATG-TACCAA-C-TT-TTTATAATGTATCGCCCACTAAGT---CAtgcaat
gi|18 : --ACAC------TCCTTAA-C-----TG---TCATA-GTCGGTCACCTG-GA--TTG-ATTGATAG-TTGCTATTTAGGTAACACGAACACG-TA-------AAAAAACAT--AGTTTAATCTACAATC-TAA-TG----AA-C-AA-T---TT-A-T--------------T-GT----GCATA------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttgtacgttttaaaaagttttcatgtgcttatttttctctgaatttaaattaaattttctgaaaatatacc
gi|30 : aaaaagtcggggagagttgtgtatggtaataatttgcatttcaaatatgatat------TGCTCAA-CAGATGTT---T--TA-ATCGGTCACGTGTGAAGTTA-ATTGAT-T-TT-----TC-GTCAATACGAATTtcatgtacatttcatagattaatcattgtcataaaaatgatgtggatacaat
gi|3 : ACTCAA-CAAAAGTT-----GTA-ATCGGTTACCTG-CA--TAT-ATTGAC-A-TT-----TC-GTCAACACGAGTTTGCTA--AT-CC------GAT--ATTTTGATTTACACTC-TAT-TG----AT-CAAA-T---CC-A-T--------------T-TG----GTATA------------T-TTTTAG-A-AAAT-T-TCATTTAAATTCA-G----ACAGGAATGAATAA--GCATG-T-CAAA-CATT-TTTTAAATGTACCACTCGCAAAGT---CAAAATTCTGAATTGCATCAGTAACAAG---GT--GATACTT---C-C-------CG-ACCTCATTGA---tatttactagtgta
gi|24 : aaatcattgtgcataaagcaatggatatgtactaactttcatttaaatctagacaggaaaaagcatgaaacaaactttttgaaattcaccacctattaattcaaaattcacaattacattagggtcaggtatgtagactatttgcagcgtttgaaagtgttattccatgcctggttaacgtttgaataaaaatgcatcaaaatatgcggatgagaaagatgtcttgttttttaaacaaacatcatacatattaaattggttcaaggTCAA-C-----ATAAGTTGTA-GTGGGCCACCTG-GA--TTT-ATTGAT-A-TT-----TC-ATCAATA-----CCC-TA-TGTAAC------CAT----TTAAATCCTTAATC-TAT-TG----AA--AAA-T---TC-G-TGTGCTGGCAGAGTGT-GT----GCATA------------T-CTTCTG-A-AAAT-T-gtactctactattgcaa
gi|5 : A-C-----TT---TTATA-ATCGGTCACCTC-GA--TTC-ATTGAT-A-TT-----TC-ATCGACACGAGTTTG-TA-AAT-TT------CAT--ATTTCAATCTACAATC-TAA-TG----AT-CAAA-T---TC-A-C--------------T-GG----GAA-G------------T-TTTTAG-A-AAAT-T-TCATTTGAATTCA-G----ACAG----AAAAAG--GTATG-TAACAA-C-TT-TATGAAATGTCCCTCCCGTAAAGT---CA
gi|15 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTA-ATCGGTCACCTA-GA--TTT-ATTGAT-A-TT-----GT-GTCAATACGAGTT---AA-TG---T------CAT----TTTAATGTCCAATT-TAA-TG----AA-CACA-T---TT-T-T--------------T-GA----GC-TA------------------CA-T-AAA--T-TAA-TCAAATTCA-T----AAAG----AAATGA--ACATG-TAGCAA-C-TA-TTATAAA-GTATCACCCGCAAAAT---CAAAATTGACAATTGTATTATTATCTGGTTTGTgg
gi|10 : attgttccaattatgtagagatgtctcgccgtaaccgGTATACCGGCCACATG-GA--TTT-ACTGAT-A-TT-----TC-GTCAACACGAATA-G-TA-CAT-TT------TATATTGTTT--TCTACAATC-TGA-TG----AA-CAAA-T---TT-A-T--------------T-GG----TCACA------------T---T----A-AATT-T-TCATTTAGATTCA-G----ACAG----ATATAA--GCATG-TTACAA-T-TT-TTGGAATTGCACCACCCGCaggccttctttaagatatatgtgtgcaatgtttgtataatatactgtaa
gi|22 : tacaaatattgtaaatgatatgtggttgggaaagttgtcttgtattttctatacatactcagtttagttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttTA-ATCGGTCTCCTG-AA--TCT-ATTATT-A-TT-----TC-GTCAACATTA-------A-TAT-TA------C---------AATTTACAATC-TAA-TG----CA-CTTA-T---TC-A-T--------------T-GT----GAATA------------T-TTTCT--G-AAAT-T-CCATTAAAATTC---------AG-----ACCAA--GCATG-TAACAA-C-GT-TTTGAAaccgttttatttag
gi|5 : AACACGAGTTAT-CA-TAT-TT------CAT--ATTTTAATCTACATTC-TAA-TG----AA-CAAA-CAAATCTA-G--------------T-GT----GCATA------------T-TTTCCG-G-AAAT-T-GCATTTAAATTAA-T----TAAA----CAATAA--taacctttgatgtaatatggttctggaatatatatat
gi|14 : GAGTCTG-TA-CAT-TTTA----CAT--TCTT--ATATTCAGTC-TTA-TG----AG-CCAA-T---TA-A-T--------------T-GG----GCATA------------T-TTTCAG-A-AAAT-T-TCAATTAAATTCA-G----ACAG----AAATAA--GCATA-TTACAA-C-TT-TTTGAAATGCACCATCCGCAGAGT---AAA--TTCACATTTGTATCAGTATCttaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|12 : aatgcatcgacacgtggttgtggaagttgccttgtgttttattttaaacaaatgctatatacatactcaactgggctaaggtgaacgaggtggagatgacaaacgtgcaacaaAGTTTG-TA-AAT-GT------CAT--ATTTTAATTTCCAGTC-TAAATG----CA-CAAA-T---TC-A-T--------------T-GT----GCATA------------T-TTTCTG-A-AAAT-T-CCATTTACATTAA-T----ACAG----AAAT----ACATG-TAGCAT-C-TT-TTTAAAATGTATCACccgcacacgatgtagtgtgcatcaatgatgtaaccatggtaactatcagcgaa
gi|28 : gtatgtttgggtaatgttttaacaggcctggatatcattctgacacaaatgcatcaaattctgttggctttgaagctgttgtgtgtgtaattttagcaagtcacataaatgctcaatagggttaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-TT------CAT--TATTTAGTCTACAATC-CAA-T-----------------TC-A-T--------------T-GTCAGCGCATA------------T-TTTCCG-CTACGT-T-TA-TTTAAATTCA-C----AAAG----CTATAA--GCATG-Ttgtgct
gi|13 : aaca-TT------CAT--ATTTAAATCTACAATC-TAA-CA----AA-CTAA-T---TC-A-T--------------T-GT----GAATA------------T-TTTCTG-A-AAAT-T-TCATTTAAATTCA-G----ATAG----TAATAA--GCATG-TAAAAA-C--T-TCTGAAATGCg
gi|29 : acaaggtatctcttcaattagttttagaaaatgttattacaggcacaggcctggtaaacttcctgatacaaatgcattaaaatatgtgattgtgaaagatgtcttgtttttttttaacaaatctcatataaactcagttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaggTTAATCTATAATC-TAA-TG----AA-AAAA-
gi|26 : aATTTACAAACATAA-TATATCAA-CACA-T---TT-A-T--------------T-GG----AAATC------------T--TTTCA-A-AAATAT-TCATATAAATTCA-G----ATAG----AAATAA--GCATG-TAACAA-C-CT-TTTGAAATGCAAGATCCGCAAAAgaagtatcaataatccaagtgtctgattatgaaagttgagtagcgtattgcaat
gi|7 : c-CAAA-T---TT-A-T--------------A-GT----GCATA------------T-TTACCA-A-ACGG-T-TCATTTATTTTCAAT----AAA--------TAA--ACATG-TACCAA-A-CT-TTCGAAATGCTCTACATAATAAAT---GAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---N-NNNNNNNNCG-ACCACATTGA---AACAA--AAT-ATCTCTGCAAGTTTATTTGGACAATGATATTCCAGATA----------AT---------------GTT-----T---------------------ACGTTCTG--ATACA-AATGAATCAAAAT-------ATAT------------TG-TGAAA--CTTG-TCTT---GATT----T-------TT------Tagta
gi|3 : aaataaataagtaaaataaacttactggcgcatcttcgtgtaaaactccaagaaatatttcatttaaattcagacagaaacggtttaagatgcacaccccgcaaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcccttaacatttttaaacatgcaaaAA-A---TC-A-T--------------T-GT----GCATAAAGCAATGGATAT-GTACTA-A-C--T-T-TCATTTAAATCTA-G----ACAG----GAAAAA--GCATG-AAACAAAC-TT-TTTGAAATTCACCACCTATTAATT---CAAAATTCACAATTACATTAGGGTCAGGTATGTAGACTATTT---G-CAGCa
gi|4 : ----GTATA------------T-TTTCAG-A-AAAT-T-TAATTTAAATTCA-G----AGAA----AAATAAGCACATG-AA--AA-C-TT-TTTAAAACGTACgtttgaaagtgttattccatgcctggttaacgtttgaataaaaatgcatcaaaatatgcggatgagaaagatgtcttgttttttaaacaaacatcatacatattaaattggttcaaggtcaatgaggtcgggaagtatcaccttgttactgatgcaattcagaattttgactttgcgagtggtacatttaaaaaatgtttgacatgcttattcattcctgtctgaatttaaatgaaattttctaaaaatataccaaatggatttgatcaatagagtgtaaatcaaaatatcggattagcaaactcgtgttgacgaaatgtcaatatatgcaggtaaccgattacaacttttgttgagtgtactctactattgcaa
gi|21 : tacactattcaactttttaaccagtcactaggatttattgatatttcgttaacacatgtttgtaaatttcatattttcctataatgaaacaaattattaagcatattttctgaatttttcatctaaattaatgaataaagcaataaacatgtaccaactttttataatgtatcgcccactaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttATA------------T--TTCCAGA-AAAT-T-TCAGTTAAATTCA-G----ACAG----AAATAA--GCATG-TAACAA-C-TT-TTTAAAATACACAACCTGCTAAGT---c
gi|20 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttATA------------T--TTCCAGA-AAAT-T-TCAGTTAAATTCA-G----ACAG----AAATAA--GCATG-TAACAA-C-TT-TTTAAAATACACAACCTGCTAAGT---
gi|27 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttA-A-AAAC-C---ATTTAATTTCA-T----ATAG----AAATAA--GCATG-TAACAA-C-TT-TTTGGAACACATTATCCAA-AAAT---TAA-AATCACAATTTTATCAGTATC
gi|5 : tacaaAATAATT---AACAGCGATTCG-GCCTCACTGATTGGCCAATG--TTATCCC---AG--ACCT------------------G------------------------------GTG-----A---------------------AAGTTTAT--ATTCA-ACTGCATCAAAAT-------ATGG-------GGTCGTGA--GAG--GTTGTTCT------TG----T-------TT------TA---AA-CAAA-T---CTCATA--A-A----TA-tatagtatggccaa
gi|8 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacTCATTGA---AACAATGCAT---CTCTGCAAGTATCTTT---------------GGACA----------AT---------------GTT-----ATTCCAGGTGTGGTTA------ATGTTCTC--ATTCA-AATGCATCACAAT-------ATGT-------GGTTGTGA---AA--ACTG-TCTT---GAT-----T-------TT------AA---AA-CAAA-T---CC--TATTG-A----TA----C-TTAA----------TTGGGGTAAAGNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NNNNNN------NN--N-NNN---NNNNN-NN-----NNNNNNNNNNNNNTCTTGTGAA--AT-CGACTTTC-CGGATGGTGAA--TTTCAAAGA----AGTTGT----------TAACATTTCTTA--TTT--CTA--T---C---TG-AATTTAA-TGGA-ATTTTCAG---AAA--ATAT-G--C-CCAA----TGA-A-TGTGTTC-AT-------T--------ACAATGTAAA-------T----T-------A-------A---A-AAAT-G-AAC--------T-TTA-CA----G-----TC----C---------------------ATCCAT-AAA--TC-CAGGT-GACCGATTATGGAA-----G-TT---G---AA---T-ctcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|13 : ATCTCTTCAATTAGTTTT---------------AGAAA----------AT---------------GTT-----ATTACAGGCACAGGCCTGGTAAACTTCCTG--ATACA-AATGCATTAAAAT-------ATGT-------GATT---GTGAAA--GATG-TCT------TGTTTTT-------TT------TT---AA-CAAA-T---CT--CA--T-A----TA-A-AC-TC---------------AGTTATGGNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NNNNNN------NN--N-NNN---NNNNN-NN-----NNNNNNNN-------NNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNAAGGGCATT-TCAGAAGTTTTTA-CATG-CTTA--TTA--CTA--T---C---TG-AATTTAAATGAA-ATTTTCAG---AAA--ATAT-T--C-ACAA----TGA-A-TTAGTTT-GT-------T--------A-------GA-------T----T-------GTAGATTTA---A-ATAT-G-AAaatgtacaatttatgtaatttctgccgattattgtcaaagaaatgaaatataaatcggcacacaggcttctgtgtatc
gi|4 : acaaggtTCTGCAGGTATCTTT---------------GGACA----------ATGTTATTCCAGGCCTGGTT-----A---------------------ACATGCCG--ATACA-AATGCATCAAAAT-------ATGT-------GGTT---GTGAAA--TATG-GC------ATG----T-------TT------TTTTAAA-CAAA-T---AC--CA--T-A----TG-T-AC-TCAA----------TTGGGTTATGG
gi|12 : tacactattcaactttttaaccagtcactaggatttattgatatttcgttaacacatgtttgtaaatttcatattttcctataatgaaacaaattattaagcatattttctgaatttttcatctaaattaatgaataaagcaataaacatgtaccaactttttataatgtatcgcccactaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnta----------AT---------------ATC-----A------------------------TTCTG--ACACA-AATGCATCAAATT-------CTGTT------GGCT-T--TGAAGCTGTTG-TGTGTGTAAT-----T-------TTAGCAAGTC---ACATAAATG---CT--CA--ATAGGGTTA-A-AA-NNNN----------NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-------NNNNNN------NN--N-NNN---NNNNN-NN-----NNNNNNNN-------NNNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNGTGATACA--TTTTAAAAA----GATG-C----------TA-CATG---TA--TTT--CTG--T---A---TT-AATGTAAATGGA-ATTTTCAG---AAA--ATAT-G--C-ACAA----TGA-A-TTTGTGC-AT-------TTAGACTGGA-------AA-------T----T-------A-------A---A-ATAT-G-ACA--------T-TTA-CA----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttgtacgttttaaaaagttttcatgtgcttatttttctctgaatttaaattaaattttctgaaaatatacc
gi|3 : gtatgtttgggtaatgttttaacaggcctgg---------------GTT-----A---------------------ACGTTTGA--ATAAA-AATGCATCAAAAT-------ATGC-------GG--ATGA-GAAA--GATG-TCT------TG----T-------TT------TT-------------------TA--A-A----CA-A-ACATCATACATATTAAATTGGTTCAAGGTCAATGAGGTCGGGAAG-------TATCAC------------------CTTGTTAC-----TGATGCAA-------TTCAGAA--TTTTGACTTTG-CGAGTGGTACA--TTTAAAAAA----TGTT-T----------GA-CATG-CTTATTCATTCCTG--T---C---TG-AATTTAAATGAA-ATTTTCTA---AAA--ATAT-A--C-CAAA----TGG-A-TTTGATCAATAGAGTG-T--------A-------AA-------T----C-------A-------A---A-ATATCG-GA-----------TTAGCA----AACTCGTG----TTG-----ACGAAA-------TGTCAAT-ATA--TG-CAGGT-AACCGATTAC--AACTTTTG-TT---G---AG---T-GT-A--aacttgtgct
gi|14 : aaatcattgtgcataaagcaatggatatgtactaactttcatttaaatctagacaggaaaaagcatgaaacaaactttttgaaattcaccacctattaattcaaaattcacaattacattagggtcaggtatgtagactatttgcagcgtttgaaagtgttattccatgcctg-AATGCATCGA--C-------ACGT-------GGTTGTGG---AA--GTTG-CCT------TG----TGTTTTATTT------TA---AA-CAAA-T---GC--TA--T-A----TACATAC-TCAA----------CTGGGCTAAGGTGAACGAGGTGGAGATGACAAACGTGCAAC------AA--G-ATA---C------------TGATACAA-------ATGTGAA--TT-T-ACTCTG-CGGATGGTGCA--TTTCAAAAA-----GTT-G----------TAATATG-CTTA--TTT--CTG--T---C---TG-AATTTAATTGAA-ATTTTCTG---AAA--ATAT-G--C-CCAA----TTA-A-TTGGCTC-ATAAGAC--T--------G-------AA-------TA---T-------A-------AG--A-ATGT-A-AAA--------T-GTA-CA----G----ctctactattgcaa
gi|2 : C-CAAA-GATACT--TG--A-A----TA-T-A--TGCT----------TTG--TT----TCAATGAGGGTGA------------ATCACTGTGATAA--GTATG---CATAC-ATAAAACTGATATGA-------TTATGAAAATTGT---TTTAGTGGGTAGTGCA--TTTTA--AA----GAGT-TGG--------TA-CATG---TG--TAT---TG--C---CTTAAG-AATTTATATGAA-ATTTTCAG---AAA--ATAT-G--C-ACAA----TCA-A-TT------AT-------T--------G-------A--------T----T-------A-------A---A-ATAT-G-AAA--------T-TTG-CAATCTG----GTG----TTG-----CCAGAA-------TATCAAT-AAA--TT-CAGGT-GACCGATTATGAAA-----G-TTTAGG---AG---T-GT-A--actcccgcacacgatgtagtgtgcatcaatgatgtaaccatggtaactatcagcgaa
gi|15 : agtgttttgtttttgctgtttgtagccatatttctaaaactcaactttcatactcggtcacctggatttattgatatttcatcaaaacaatccaatgaaaaaattcattgggcatattttcagaaaattccatttaaattaagacagaaataagcatgtaacaacttttttaaatgcaccactcacaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcagtgaccttaacccagttgtatgtatgtgacaactttcacaaccacatatgttgatgcaattgcaaaaccaggcatggaataacttatGTAGAGATG-------TCTCGCCGT---AACCG-ACAAACCAGAT-AA-----TAATACAA-------TTGTCAA--TTTTGATTTTG-CGGGTG--ATA--CTTTAT-AA----TAGT-TGC--------TA-CATG-TTCA--TTT--CTT--T---A---TG-AATTTGATT--A-AT-TTATG----TA-------G--CTCAAA-----AA-A-TGTGTTC-AT-------T--------A-------AA-------TTGGAC-------ATT-----A---A-A-AT-G-ACA--------T-TAA-CT----C----GTA----TTG-----ACACAA-------TATCAAT-AAA--TC-TAGGT-GACCGATTA
gi|27 : attgttccaattatAC------AA--G-ATA---C------------TGATAAAA-------TTGTGA---TTTTAATTTT--TGGATAATGTG--TTCCAAAAA----GTTG-T----------TA-CATG-CTTA--TTT--CTA--T---A---TG-AAATTAAATG---GT-TTTTT---ATA--GTATGG--C-CAAcaggccttctttaagatatatgtgtgcaatgtttgtataatatactgtaa
gi|3 : t-----TAATGTAA-------TTGTGAA--TTTTGAATTAA-TAGGTGGTGAA--TTTCAAAAA----GTTTGT----------TT-CATG-CTTT--TTC--CTG--T---C---TA-GATTTAAATGAA-A-GTT
gi|5 : aaatcattgtgcataaagcaatggatatgtactTGACTTTA-CGGGAGGGACA--TTTCATAAA----GTTG-T----------TA-CATA-CCTT--TTT--CTG--T---C---TG-AATTCAAATGAA-ATTTTCTA---AAAACTT------C-CCAG----TGA-A-TTTGATC-ATTAGATTGT--------A-------GA-------T----T-------G-------A---A-ATAT-G-AAA--------T-TTA-CA----AACTCGTG----TCG-----ATGAAA-------TATCAAT-GAA--TC-GAGGT-GACCGATTATAAAA-----G-Tgggtcaggtatgtagactatttgcagcgtttgaaagtgttattccatgcctggttaacgtttgaataaaaatgcatcaaaatatgcggatgagaaagatgtcttgttttttaaacaaacatcatacatattaaattggttcaaggtcaatgaggtcgggaagtatcaccttgttactgatgcaattcagaattttgactttgcgagtggtacatttaaaaaatgtttgacatgcttattcattcctgtctgaatttaaatgaaattttctaaaaatataccaaatggatttgatcaatagagtgtaaatcaaaatatcggattagcaaactcgtgttgacgaaatgtcaatatatgcaggtaaccgattacaacttttgttgagtgtactctactattgcaa
gi|4 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGACTTAG-TGGGCGATACA--TT--ATAAA----AAGT-TGG--------TA-CATG-TTTA--TTG--CTT--TATTC---ATTAATTTAGATGAA-AAATTCAG---AAA--ATAT-G--C-TTAA----TAA-T-TTGTTTC-AT-------T--------A-------TA-------G----G-------A-------A---A-ATAT-G-AAA--------T-TTA-CA----AACATGTG----TTA-----ACGAAA-------TATCAAT-AAA--TC-CTAGT-GACTGGTTA-AAAA-----G-TT---GAATAG---T-GT-A--gg
gi|11 : TGACTTTG-TCGGTGATGCA--TTTCA---------------------------CATG-CTTG--TTT--CTG--T---C---TG-AAGTTAAATGAA-ATTTTC-GAAAAAA--ATAT-G--A-CAAA----TTA-A-TTTGTTC-ATTAGATTGT--------A-------GA-------T----T-------A-------G---A-ATAT-G-TAA--------T-TTA-CA----AACTTGTG----TTG-----ACCACA-------TGTCAAT-ACA--TT-CAAGT-GACCAATTTTGAAA-----C-TT---GAATAG---T-GT-T--TATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttgtacgttttaaaaagttttcatgtgcttatttttctctgaatttaaattaaattttctgaaaatatacc
gi|6 : ataaatatgtggtcgtcttggtttttaaacacatcctatgtcaatcggttagggccaatgataaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTTG-CGGTTTGTACA--TTTCAATAA-----GTT-G----------TAATATG-CTTA--TTT--CTG--T---C---CG-ATTTTAAATGAA-AGTTTCTG---ATA--ATAT-GCCC-CAAAAAGTTAG-A-TT-------G-------T--------A-------GA-------T----T-------A-------A---A-ATAT-G-AAA--------T-TCATCG----A----CTCCTG-TTG-----ACGAAA-------TCACAAT-ACA--TC-AAGGT-GACCGATGATGAAT-----G-TT---GTGTAG---T-GT-ATTTATTAATcctcagaattgat
gi|26 : tttcataacaaaaagttgaatagtattagattgactgagcaatacgctgtactgattaatacatgaactgtctgttttatttaaatgccaattcatgtctattcatttagaatatttacaatgtatattgacataatTTTTG-CGGATCTTGCA--TTTCA-AAA----GGTTGT----------TA-CATG-CTTA--TTT--CTA--T---C---TG-AATTTATATGAATAT-TTTTG---AAA--AGAT-T--T-CCAA----TAA-A-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacatcatttaaacaatgcttctctgtaagtatatttggacatggttagcccatgcctggttaacgttctgataccatcaaaatcatattcatgtccaattgggttatgataaat
gi|10 : cTTG-CGGGTGGTGCA--ATTCCAAAA-----ATT-G----------TAACATG-CTTA--TAT--CTG--T---C---TG-AATCTAAATGAA-A-ATT-------TA--ATGT-G--A-CCAA----TAA-A-TTTGTTC-AT-------C--------A-------GA-------T----TGTAG---A-------AAACA-ATAT-A-AAA--------T-GTA-CT----ATTC-GTG----TTG-----ACGAAA-------TATCAGT-AAA--TC-CATGT-GGCCgtgttgatatattatgtttgtaaatagta
gi|9 : tacaaatattgtaaatgatatgtggttgggaaagttgtcttgtattttctatacatactcagtttagttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgGGATGGTGCA--TTTCA-AAA----TGTT-GG---------TA-CATG-TTTA--CTA--CTT--T---A---TA-AATATAAGTGAC-AT-TTGTAGA-ACA--T-AG-G--C-ATAA----TGA-A-ATTGTTC-AT-------T--------A-------GAGTGTAGAT----T-------A-------A---A-ATAT-G-AAA--------T-TTA-CA----A----A-C----TTATGTTGATGAAA-------TATCAAG-AAA--TC-CTCGT-GACCGATTATGAAA-----A-TT---G---AGTATT-GT-A--CATggtatacaccgttttatttag
gi|19 : caaccacatttttggataattgtgtatagaacgttaacattgtccaaaggtacttgcagagacgtattgtcttaatgaggtacaaatgatgcatatacattctactaataatgtagcGGTTGGTGCA--TTTCAAAAA----GGTG-T----------TA-CATG-CTTA--GTT--CTG--T---C---TG-AATTTAAATGAC-AACTTCTA---ACA--ATAT-T--T-CCAA----TGA-A-TGTGTTC-ATAAGAGTGT--------A-------TA-------T----T-------A-------A---G-ATAT-G-AAT--------T-----CA----T----G------TTA-----AAGGAA-------TATCAAT-ACA--TC-CAAGT-GACCAATTATGAAA-----GATT---G---attttataaacttgaaacaataataacactaagataaaaccttatgtatacattgtatttatacagcaaagaagcaagaacgatt
gi|21 : gcGGTTGTGTA--TTTTAAAAA----GTTG-T----------TA-CATG-CTTA--TTT--CTG--T---C---TG-AATTTAACTGAA-ATTTTCTGGAAATA--Tgtactgcaatatgtacagtatgtagaa
gi|20 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacttagcaGGTTGTGTA--TTTTAAAAA----GTTG-T----------TA-CATG-CTTA--TTT--CTG--T---C---TG-AATTTAACTGAA-ATTTTCTGGAAATA--T
gi|4 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttacttagcaTGTACGTTTTAAAAA----GTTT-T----------CA-TGTG-CTTA--TTT--TTC--T---C---TG-AATTTAAATTAA-ATTTTCTG---AAA--ATAT-A--C-C
gi|16 : tacactattcaactttttaaccagtcactaggatttattgatatttcgttaacacatgtttgtaaatttcatattttcctataatgaaacaaattattaagcatattttctgaatttttcatctaaattaatgaataaagcaataaacatgtaccaactttttataatgtatcgcccactaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgttTTTAAAAA----CATTAG----------CA-CATG-TTT-----T--TTGCTT---T---ATTAATTTGACAGAA-ATGTTCGG---AAA--ATAT-A--C-ACAA----TGA-ATTTTTTTC-ACTAGATTGT--------A-------GA-------T----T-------A-------A---T-ATGT-G-AAA--------T-TTA-CA----A----ACCCATGTTG-----GCAAAA-------TAGCAAGAAAA--AA-CAGGT-GAGCCACTATGAGG-----G-TT---G---AG---T-
gi|22 : tttgtatggttacttgttatcccattattttctattcgagttgttacaatctgtgactttgtctacctttttatcaacacatatggtTTCA-AAA----CGTTGT----------TA-CATG-CTTG---------G--T---C---TG-AATTTTAATGGA-AT-TTCAG---AAA--ATAT-T--C-ACAA----TGA-A-TAAGTGC-AT-------T--------A-------GA-------T----T-------GT------A---A-AT-T-GTAAT--------A-TTA------------ATG----TTG-----ACGAAA-------TAATAAT-AGA--TT-CAGGA-GACCGATTATAACC-----T-TT---G---A----T-GTAA--TATtgt
gi|7 : T--CTG--T---C---TG-AATTTAAATGAA-ATATTggttctggaatatatatat
gi|17 : aaataaataagtaaaataaacttactggcgcatcttcgtgtaaaactccaagaG-AATTTAGATGAC-ATTTTCAG---AAA--ATAT-A--C-CCAA----TGATA-TTTGCTT-AT-------T--------A-------GA-------T----TTTAGATTA-------A---G-ATAT-G-AAA--------T-TTA-TT----GACTCGTG----TTG-----ACGAAT-------AATCAAT-GAT--TC-CAGGC-GACCGATTATGAGA-----G-T--------AG---C-GT-A--TAaacggtttaagatgcacaccccgcaaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcccttaacatttttaaacatgcaaaaaaaaatcaagacaagtttcacaatatattttgattcatttgtatcagaacgtaaacattatctggaatatcattgtccaaataaacttgcagagatattttgtttcaatgtggtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttcatttattatgtagagcatttcgaaagtttggtacatgtttatttattgaaaataaatgaaccgtttggtaaatatgcactataaatttga
gi|18 : tacaaaaggttggctcttgtttattgttgtatTG---ATA--TTAT-G--C-ACAA----TAA-A--TTGTTC-AT-------T--------A-------GA-------T----T-------GT------A---G-AT-T-A-AACTATGTTTTT-TTA-CG----T----GTTCGTGTTA-----CCTAAATAGCAACTATCAAT-CAA--TC-CAGGT-GACCGACTATGACA-----G-TTAAGG---AG---T-GT-cgtttgacttgtctaatgtatgtaattcaaaatattaatttcacgaaaacgatatatatgaaatatacatt
gi|23 : aaaaagtcggggagagttgtgtatggtaataatttgcatttcaaataAA----TAC-A-TTTGATC-AT-------T--------A-------AA-------T----TGTAGATTA-------A---A-ATAT-G-AAC--------G-TTA-CT----A----ACCCATGTTG-----ACAAAA-------TATCAAT-TAT--TC-CATGT-GACCAATTATTAAA-----G-TT---GTTTGG---T-GT-A--TAtcatgtacatttcatagattaatcattgtcataaaaatgatgtggatacaat
gi|29 : ctatgaaattgacggaaaaatgcacattt-A-TTTTTTC-AT-------T--------A-------GA-------T-----------------------------------------------TA-TA----G----AT------TA-----A-GAAG-------TATCAAT--AA--TC-CAAGT-GTCTGATTATGAAA-----G-TT---G---AG---TAGC-G--TATTaattt
gi|24 : TTTTTC-AA-------T--------A-------GA-------T----T-------A-------A---GGATTT-A-AAT--------GGTTA-CATAG-G----GTA----TTG-----ATGAAA-------TATCAAT-AAA--TC-CAGGTGGCCCAgcaat
gi|30 : tcaacataagttgtag----GTA----TTG-----ACGAAA-------AATCAAT-TAACTTCACACGT-GACCGATTA--AAACATCTG-TT---G---AG---C-AT-ATTTACTAGTGttcgtgtgctggcagagtgtgtgcatatcttctgaaaatt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): GTCATTGAAAAAAAAACGCAAGACTTAGTATCTTTGGGCAATTCCAGACCTGCTTAACGTTTTAATACCAATACGTCTAACTATGTGCTCGTAGAAATTGTCGTGTGTGTTAGCAAGTCCATTAT
Unaligned ( gi|31 ): TGTACCAATTTTAAGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|32 ): ATCTCATTAACACAATGCATTTTTTCAAGTATCTTTTGTGGACAAATTTTATTCCAG
Unaligned ( gi|33 ): CTTTGGACAATGTTATTCCATGCCTGGTAGATAAGCCGATACAGA
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555 2 11 2 4444 22 666666666 2222 1 2222 44444444444444444 111 2222222 222222222222222 1111111 111111 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 22222 3333333333333333333333 111111111 222 333333333333333333333333333 111111 1111111 111111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 22222 11
lowQualScore : 3 3333333333333333 0 2 88 4 0 2222 55 77 111111111 4 8888 22 11 1 2 88 0 1111 33333333333333333 9 0 888 7 66 7777777 4 66 1 6666 3 2 2 8888888 9 2 3333 2 9999 2 1 4444 55555 1 22 3 333 555 333 3 2 1 77777 777 11 1 0 2 444444444444444 1111111 44 555 555 888888 33333 3 3 0 555 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888 8888888888888 11 555 2 1 33 33 555 2 555 66666 44 9999999999999999999999 3 222222222 44 0 1 0 222 88888 55 2 1 1 0 000000000000000000000000000 222222 0 6 0 0 1111111 3 2 6 3 3 7777 3 3 44 333333333 7777777777 7777 2 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 5 77 5 0 111111 88888 6 33
lowQualScore : . ................ . . .. . . .... .. .. ......... . .... .. .. . . .. . .... ................. . . ... . .. ....... . .. . .... . . . ....... . . .... . .... . . .... ..... . .. . ... ... ... . . . ..... ... .. . . . ............... ....... .. ... ... ...... ..... . . . ... .. ................................................. ............. .. ... . . .. .. ... . ... ..... .. ...................... . ......... .. . . . ... ..... .. . . . . ........................... ...... . . . . ....... . . . . . .... . . .. ......... .......... .... . . ............................................................... . . . .. . . ...... ..... . ..
lowQualScore : 0 0000000000000000 0 5 00 0 0 5555 55 55 555555555 0 0000 00 33 0 0 33 7 7777 88888888888888888 2 2 333 5 77 0000000 4 11 0 5555 1 9 5 1111111 3 6 3333 2 2222 1 2 5555 55555 9 66 5 777 666 666 3 2 0 77777 999 22 8 8 8 444444444444444 9999999 11 888 444 222222 77777 1 1 2 444 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333333 33 444 9 2 99 77 000 9 000 88888 22 2222222222222222222222 1 333333333 22 8 0 5 222 33333 00 6 8 0 5 000000000000000000000000000 888888 9 3 3 7 8888888 6 3 3 6 6 7777 3 3 66 333333333 9999999999 7777 8 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 7 3 99 7 3 999999 66666 7 88
consensus : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGTAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTT-TT-ATTC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTNACA-AATCTGT-----A-A--TATATA----CACTAC-TCAA-CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----GC-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGACA----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGA---TACA-AATGCATC--AAA--ATAT---GT-GG---TTGTGGTGAAA--GTTGTC-T---TG---T--TTTN-----AA-CA---------AA--TCCTATATA-A-ACTCAA-----TT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATG-------TATCACAAGATACNTG-TACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTTGTTA-CATG-CTT----ATTTCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
Reference ( family-2513 ) : NNNNNNNNNAACAAAAAGTTGAA-----TAGTAT-----TAGA-TTGACTGAGCAATAC-GCTGTA----CTGATTAATA--CATGAACTG-T----CTGTTTTGTATGGTTANNTGCCANCCCATNATTCTACTNATTCGAGTAATATTT------ACAATGTGT---TTNACA-NATCTGT-----A-A--TNTATA----CACTAC-TCAA-CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTANATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGN----GC-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTAACAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCNAAGT-----CAAN--ATTCACAATTGTATCAGTATCAGGTATGT--AA--TACTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGACA----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGA---TACA-AATGCATC--AAA--ATAT---GT-GG---TTGTGGTGAAA--GTTGTC-T--ATG---T--TTTN-----AA-CA---------AA--TCCTANATA-A-ACTCAA-----TT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTNGAGATG-------TNTCACAAGATACATA-TANTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGNTTTTA-CATG-CTT----ATTTCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTATGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|1 : AATAAACAGTTGAAAACAATAATATAATTATAGAGTTGAATG--TAAAACAGCTGTATCACCTTCTTAATAAATATGAA--GATAAAACAGCTTTGCAT--TCAGTTGTTAAC---TGATTTTTTTAGTTC-AGTAA-----------ACGCTGTGT---TTCACA-GATCTGT-----A-A--TTTATA----CACTAC-TCAA-CTTTCGTAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TGTTTTGGCAATATGAGTTTGTATGTTT----CATTCTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAC-TCAT----TGT----GC-ATA--TGTTCCAAAAATTTAATTTAAATTC---A--TAAAGC--AATAAACATGTACCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAAT-----CAAT--GTTCACAATTATATCAGTATCAAGTATGTAAAA--TATTTG---CAGCAA-----TTCG-ACCTTACTGA---AACAA---TGCA--TGATCTC-TG--CAG-G-TATCTT---TAGAAA----------AT---------G-TC--A---------------------ACG-------------TTCGGA---TACA-AATACATC--AAA--ATAT---GT-GG---TTATGATGAAA--GTTGTC-TAAATG---T--TTTC-----AC-CA---------AA--GCCTAAATA-A-ACTCCT-----TT--GGGTTAAGGTCAA-GAGGTCGAGATG-------TATCACAAGATACATG-TATTAATACTA------TTGTGAATTGTGATTTTATGGGTGGT-------GTATTTCAGA-AACATTTTA-CATG-CTT----ACATCTGTCAGAATTTAAATGAA-AT-GTTCT--GA---------TATTATGC----------CAA----ATAAATTTTTTCATT--------A-------A-------ATCA-------AA-ATATGA-ACT--TTACA---G----GTCTTAACGAAATATCAATTAA--TC-CAGGTGCCCAATTATGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|10 : tttcaatag---TACA-AAT--ATTGTAAATGATAT---GT-GG---TTG--G-GAAA--GTTGTC-T---TG---T--ATT------------------------TTCTATACA-T-ACTCAG-----TT--TAGTTAGGG
gi|10 : ACCGGCCACATGGATTT-ACTGA-------TATTTCGTCAACACGAAT-AGTACATTT----TATATTGTTTTCTACAATCTGA-TG----AACAAAT-TTAT----TGG----TC-ACA--TT-----AAATTTTCATTTAGATTC---A--GACAGA--TATAAGCATGTTACAA-TTTTTGGAATTGCACCACCCGCAACGT-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttgcgggtggtgcaattccaaaaattgtaacatgcttatatctgtctgaatctaaatgaaaatttaatgtgaccaataaatttgttcatcagattgtagaaaacaatataaaatgtactattcgtgttgacgaaatatcagtaaatccatgtggccggtatacaccgttttatttag
gi|11 : tacaaatattgtaaatgatatgtggttgggaaagttgtcttgtattttctatacatactcagtttagttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA--ATAT---GT-GG---TCGTCTTG--------GT-----------T--TTTA-----AA-CA---------CA--TCCTATG-------TCAA-----TC---GGTTAGGGCCAATGAatacaccgttttatttag
gi|11 : atCA-ATTCTG------A-G--GATAAA----CACTAT-TCAA-GTTTCAAAATTGGTCACTTGAATGT-ATTGA-------CATGTGGTCAACACAAGTTTGTAAATTA----CATATTCTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TAAT----TTG----TC-ATATTTTTTTCGAAAATTTCATTTAACTTC---A--GACAGA--AACAAGCATG------------TGAAATGCATCACCGACAAAGT-----CAtaaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttgtcggtgatgcatttcacatgcttgtttctgtctgaagttaaatgaaattttcgaaaaaaatatgacaaattaatttgttcattagattgtagattagaatatgtaatttacaaacttgtgttgaccacatgtcaatacattcaagtgaccaattttgaaacttgaatagtgtttatcctcagaattgat
gi|12 : ataaatatgtggtcgtcttggtttttaaacacatcctatgtcaatcggttagggccaatgataaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TATGTT---TGGGTA----------AT---------G-TTTTA---------------------ACAGGCCTGGATATCATTCTGA---CACA-AATGCATC--AAA--TTCT---GTTGG---CT-T--TGAAGCTGTTGTG-T--GTG---TAATTTT-----AG-CAAGTCACATAAA--TGCTCAATA-G-GGTTAAAANNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAT-------ACATTTTAAA-AAGATGCTA-CATG---T----ATTTCTGTATTAATGTAAATGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------ACA----ATGAATTTGTGCATTTAGACTGGA-------A-------ATTA-------AA-ATATGA-CAT--TTACA---A----at
gi|12 : AGCACAAGTTTGTAAATGT----CATATTTTAATTTCCAGTCTAAATG----CACAAAT-TCAT----TGT----GC-ATA--TTTTCTGAAAATTCCATTTACATTA---A--TACAGA--AATA--CATGTAGCAT-CTTTTTAAAATGTATCACacttgtgct
gi|13 : gtatgtttgggtaatgttttaacaggcctggatatcattctgacacaaatgcatcaaattctgttggctttgaagctgttgtgtgtgtaattttagcaagtcacataaatgctcaatagggttaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAA---GG----T-ATCTC-TT--CAA-T-TAGTTT---TAGAAA----------AT---------G-TT--ATTACAGGCACAGGCCTGGTAAACT-------------TCCTGA---TACA-AATGCATT--AAA--ATAT---GT-GA---TTGTG---AAA--GATGTC-T---TG---T--TTTTTTTT-AA-CA---------AA--TCTCATATA-A-ACTCAG-----TTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGGCATTTCAGA-A-GTTTTTA-CATG-CTT----ATTACTATCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCA--GA---------AAATATTC----------ACA----ATGAATTAGTTTGTT--------A-------G-------ATTGTAGATTTAA-ATATGA-A
gi|14 : -AATGCATC--GA----CAC---GT-GG---TTGTGG---AA--GTTGCC-TT-GTG---T--TTTATTTTAAA-CA---------AA--TGCTATATACATACTCAA-----CT--GGGCTAAGGTGAACGAGGTGGAGATGACAAACGTGCAACAAGATAC-------TGATACAA------ATGTGAATTT--ACTCTGCGGATGGT-------GCATTTCAAA-AAGTTGTAA-TATG-CTT----ATTTCTGTCTGAATTTAATTGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATTAATTGGCTCATA--------A-------G-------ACT--------GA-ATATAAGAAT--GTA-A---A----ATGT
gi|15 : TAATCGGTCACCTAGATTT-ATTGA-------TATTGTGTCAATACGAGTT----AATGT----C--ATTTTAATGTCCAATTTAA-TG----AACACAT-TTTT----TGA----GCTACA--T-------AAATT--AATCAAATTC---A--TAAAGA--AATGAACATGTAGCAA-CTATTATAAA-GTATCACCCGCAAAAT-----CAAA--ATTGACAATTGTATTATTATCTGGTTTGT------CGGTTA---CGGCGAGACATCTCT-ACATAATTGG---AACAA---Tacagactcccgcacacgatgtagtgtgcatcaatgatgtaaccatggtaactatcagcgaa
gi|16 : TTTGTATGGTTACTTGTTATCCCATTATTTT-CT-ATTCGAGT--TGTT-------ACAATCTGTGACTTTGTC-TACCTTTTTATCA-A--CACATA----TGGTAC-TCAA-CCCTCATAGTGGCTCACCTGTTTTTTCTTGC-------TATTTTGCCAACATGGGTTTGTAAATTT----CACATATTAATCTACAATCTAG-TGA---AAAAAAT-TCAT----TGT----GT-ATA--TTTTCCGAACATTTCTGTCAAATTA---A--TAAAGC--AAAAAACATGTGCTAA-TGTTTTTAAATGcaggccttctttaagatatatgtgtgcaatgtttgtataatatactgtaa
gi|17 : TAATATTTTGAATTACA-TACAT---TAGACA-AGTCA-------A-A--CGTATA----CGCTAC-TC------TCATAATCGGTCGCCTGGAATC-ATTGA-------TTATTCGTCAACACGAGTCAATAAATTT----CATATCTTAATCTAAAATCTAA-TA----AGCAAATATCAT----TGG----GT-ATA--TTTTCTGAAAATGTCATCTAAATTC---A--TACAAC--AATAAACAAGAGCCAA-CCTTTTGt
gi|18 : taATCTATGA---A-A--TGTACATGAACACTCC-TTAA-CTGTCATAGTCGGTCACCTGGATTG-ATTGATAGTTGCTATTTAGGTAACACGAACACGTAAA---AAAACATAGTTTAATCTACAATCTAA-TG----AAC-AAT-TTAT----TGT----GC-ATA--atttcacgaaaacgatatatatgaaatatacatt
gi|19 : aaaaagtcggggagagttgtgtatggtaataatttgcatttcaaatatgatatT---TCTACA-TA-CTGT-----ACA--TAT-TG----CAGTAC--CAATCTTTCATAATTGGTCACTTGGATGT-ATTGA-------TATTCCTTTAACATGAATTC-------------ATATCTTAATATACACTCTTA-TG----AACACAT-TCAT----TGG----AA-ATA--TTGTTAGAAGTTGTCATTTAAATTC---A--GACAGA--ACTAAGCATGTAACAC-CTTTTTGAAATGCACCAACCGCtaatcattgtcataaaaatgatgtggatacaat
gi|2 : ATA----CACTCC-TAAA-CTTTCATAATCGGTCACCTGAATTT-ATTGA-------TATTCTGGCAACACCAGATTGCAAATTT----CATATTTTAATC--------AA-T---------AAT-TGAT----TGT----GC-ATA--TTTTCTGAAAATTTCATATAAATTCTTAA--GGCA-----ATACACATGTACCAA-CTCTTTAAAATGCACTACCCACTAAAA-----CAAT--TTTCATAATCATATCAGTTTTATGTATGC--A---TACTTATCACAGTGA-----TTCA-CCCTCATTGA---AACAA---AGCA--T-ATATT-----CAA-G-TATCTT---TGGATA----------A----------G-TT--ATTCC-----------------ATG--------------CCTGGTTTTGCA-ATTGCATC--AAC--ATAT---GT-GG---TT---GTGAAA--GTTGTC-----------------------A-CA----------------TACATA------CAA-----CT--GGGTTAAGGTCACTGAG--NNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNATTTTGTGAGTGGT-------GCATTTAAAA-AAGTTGTTA-CATG-CTT----ATTTCTGTCTTAATTTAAATGGA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTTTTCATT--------G-------G-------ATT------------------------------------GTTTTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGAGTATGA---AA-----GTTGAGT-
gi|20 : agtgttttgtttttgctgtttgtagccatatttctaaa-ATA--TTTCCAGAAAATTTCAGTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTAACAA-CTTTTTAAAATACACAACCTGCTAAGT-----
gi|21 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt-ATA--TTTCCAGAAAATTTCAGTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTAACAA-CTTTTTAAAATACACAACCTGCTAAGT-----
gi|22 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttA----TATTACATCAA-AGGTTATAATCGGTCTCCTGAATCT-ATTAT-------TATTTCGTCAACA-------------TT----AATATTACAATTTACAATCTAA-TG----CACTTAT-TCAT----TGT----GA-ATA--TTTTCTG-AAATTCCATTAAAATTC---A--GAC-------CAAGCATGTAACAA-CGTTTTGAA
gi|23 : -----A-A--TTTATA----CACCAA-ACAA-CTTTAATAATTGGTCACATGGAATA-ATTGA-------TATTTTGTCAACATGGGTTAGTAACGTT----CATATTTTAATCTACAATTTAA-TG----ATCAAAT-GTATTAAATGT----GC-AT---TTTTCCGTCAATTTCATggttctggaatatatatat
gi|24 : ctA-AT-TTTCA--GA---------AGATATGCACACACTCTGCCAGCACACGAATTT-TTCAAT--------A-------G-------ATTA-------AGGAT-TTA-AATGGTTACATAGG----GTATTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGGCCCACTACAACTTAT-----GTTGAt
gi|25 : TCATTGA---AAAAAAAACGCA--A-GACTT-------A-G-TATCTT---TGGGCA----------ATTCCAGACCTGCTT--A---------------------ACG-------------TTTTAA---TACC-AATACGTC--TAA--CTAT---GT-GC---TCGTAG---AA--ATTGTCGT--GTG---T--GTT------AG-CA---------AG--TCC
gi|26 : gTTTGCGGATCTT-------GCATTTCAAA-AGGTTGTTA-CATG-CTT----ATTTCTATCTGAATTTATATGAATAT-TTT-T--GA---------AAAGATTT----------CCA----ATAAATGTGTTGA-T--------A-------T-------ATTA-------attat
gi|27 : ctACAAGATAC-------TGATAAAA------TTGTGA-TTTTAATTTT-TGGATAAT-------GTGTTCCAAA-AAGTTGTTA-CATG-CTT----ATTTCTATATGAAATTAAATG---GT-TTTTT---A---------TAGTATGG----------CCA----Atgtttgtaaatagta
gi|28 : tACATTT----CATTATTTAGTCTACAATCCAA-T-------------TCAT----TGTCAGCGC-ATA--TTTTCCGCTACGTTTATTTAAATTC---A--CAAAGC--TATAAGCATGT
gi|29 : aATTTTTTCATT--------A-------G-------ATTA-----------TA-GA----------------------TTAA-GAAGTATCAATAA---TC-CAAGTGTCTGATTATGA---AA-----GTTGAGTAGCG--TATTg
gi|29 : ATA----CGCTAC-TCAA-CTTTCATAATCAGACACTTGGA-TT-ATTGA-------TACTTCgcaat
gi|3 : attttttcattagattatagattaaAACTTTCATTTAAATCT---A--GACAGG--AAAAAGCATGAAACAAACTTTTTGAAATTCACCACCTATTAATT-----CAAA--ATTCACAATTACATTAGGGTCAGGTATGT--AGACTATTTG---CAGCG--------------T--TTGA---AA--G---TGT---T-ATTCCATG--C----------C---TGG--------------------------TT--A---------------------ACG-------------TTTGAA---TAAA-AATGCATC--AAA--ATAT---GC-GG-----ATGA-GAAA--GATGTC-T---TG---T--TTTTTA---AA-CA---------AACATCATACATA----TTAAA-----TT--GGTTCAAGGTCAATGAGGTCGGGAAG-------TATCAC------CTTGTTACTGATGCAA------TTCAGAATTTTGACTTTGCGAGTGGT-------ACATTTAAAA-AATGTTTGA-CATG-CTTATTCATTCCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--AA---------AAATATAC----------CAA----ATGGATTTGATCAAT--------A-------GAGTGTAAATCA-------AA-ATATCG-GAT--TAGCA---AACTCGTGTTGACGAAATGTCAATATA--TG-CAGGTAACCGATTAC-----AACTTTTGTTGAGT-GTA--tgcaat
gi|30 : aaatcattgtgcataaagcaatggatatgtact----GTATTGACGAAAAATCAATTAACTTCACACGTGACCGATTA--A---AACATCTGTTGAGC-ATATTTACTAGTGctctactattgcaa
gi|32 : aattc-ATCTCATTAA---CACAA---TGCA--T--TTTT-T---CAA-G-TATCTTTTGTGGACA----------Ata
gi|4 : TA----CACTAT-TCAA-CTTTT-TAACCAGTCACTAGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTTAACACATGTTTGTAAATTT----CATATTTT--CCTA-----TAA-TGA---AACAAAT-T-AT----TAA----GC-ATA--TTTTCTGAATTTTTCATCTAAATTA---ATGAATAAAGCAATAAACATGTACCAA-CTTTTTATAATGTATCGCCCACTAAGT-----CANN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNT-ATC------------------TGCAGGT-ATCTT-TGGACAATGTTATTCC---AGGCC------------TG--------G-TT--A---------------------ACA-------------TGCCGA---TACA-AATGCATC--AAA--ATAT---GT-GG---TT---GTGAAA--TATGGC----ATGTTTT--TTTA-----AA-CA---------AA--TACCATATG-T-ACTCAA-----TT--GGGTTATGGattttattccag
gi|4 : ACTTTGCGTTTG-T-------ACGTTTTAAA-AAGTTTTCA-TGTG-CTT----ATTTTTCTCTGAATTTAAATTAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATAC----------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttgtacgttttaaaaagttttcatgtgcttatttttctctgaatttaaattaaattttctgaaaatatacc
gi|5 : tacactattcaactttttaaccagtcactaggatttattgatatttcgttaacacatgtttgtaaatttcatattttcctataatgaaacaaattattaagcatattttctgaatttttcatctaaattaatgaataaagcaataaacatgtaccaactttttataatgtatcgcccactaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACACGAGTTATCATATTT----CATATTTTAATCTACATTCTAA-TGAACAAACAAAT-CTAG----TGT----GC-ATA--TTTTCCGGAAATTGCATTTAAATT
gi|5 : AATTGCATTTAAATTAATTAAAC--AA--TAATTAA--CAGCGA-----TTCG-GCCTCACTGATTGGCCAA---TGT---T-ATCCC-------A-G--ACCT-----GGTGA----------AA---------G-TT--T---------------------ATA-------------TTC---------A-ACTGCATC--AAA--ATAT---GG-GG---TCGTGA--GAG--GTTGTT-C--TTG---T--TTTA-----AA-CA---------AA--TCTCATAAA-T-ACTCAA-----Taattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|5 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaA-CTTTTATAATCGGTCACCTCGATTC-ATTGA-------TATTTCATCGACACGAGTTTGTAAATTT----CATATTTCAATCTACAATCTAA-TG----ATCAAAT-TCAC----TGG----GA-A-G--TTTTTAGAAAATTTCATTTGAATTC---A--GACAGA--AAAAGGTATGTAACAA-CTTTATGAAATGTCCCTCCCGTAAAGT-----CAaatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|6 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAAAAAGTTGAA-----TAGTAT-----TAGA-TTGACTGAGCAATAC-GCTGTA----CTGATTAATA--CATGAACTG-T----CTGTTTTAT----TTAAATGCCAATTCATG--TCTATTCATTT-AG-AATATTT------ACAATGTATA--TTGACATAATAT-T-----A-A--TAAATA----CACTAC-ACAA-CATTCATCATCGGTCACCTTGATGT-ATTGT-------GATTTCGTCAACAGGAGTCGATGAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-C-----------T-TTTT----GGG----GC-ATA--TTATCAGAAACTTTCATTTAAAATC---G--GACAGA--AATAAGCATATTACAA-CTTATTGAAATGTACAAACCGCAAAGTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNG-ACATCATTTA---AACAA---TGC---T--TCTC-TG--TAA-G-TATATT---TGGACATGGTTAGCCCATGCCTG----G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGA---TAC------CATC--AAA--ATgg
gi|7 : tttcatCAAAT-TTAT----AGT----GC-ATA--TTTACCAAACGGTTCATTTATTTTC---A-----ATA--AATAAACATGTACCAA-ACTTTCGAAATGCTCTACATAATAAAT-----GAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNCG-ACCACATTGA---AACAA-----AA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TTTATT---TGGACA----------AT---------G-AT--ATTCCAGATAATGTTT------ACG-------------TTCTGA---TACA-AATGAATC--AAA--ATATATTGT-GAAACTTGTCTTGATT--TTTTTT-TGCATG---T--TT-------AA--A---------AA--TGTTAAGGG-AGNNNNNN-----NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNACTTTGCGGGGTGT-------GCATCTTAAA-----------------CC----GTTTCTGTCTGAATTTAAATGAA-ATATTTCTTGGAGTTTTACACGAAGATGCG---------CCA----GTAAGTTTATTcatattcatgtccaattgggttatgataaat
gi|8 : aaataaataagtaaTCATTGA---AACAA---TGCA--T---CTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGACA----------AT---------G-TT--ATTCCAGGTGTGGTTA------ATG-------------TTCTCA---TTCA-AATGCATC--ACA--ATAT---GT-GG---TTGTG---AAA--ACTGTC-T---TGA--T--TTTA-----AAACA---------AA--TCCTAT-TG-ATACTTAA-----TT--GGGGTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNTCTTGTGAAATC-GACTTTCCGGATGGT-------GAATTTCAAAGAAGTTGTTAACATTTCTT----ATTTCTATCTGAATTTAA-TGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATGTGTTCATT--------ACAATGTAA-------ATTA-------AA-AAATGA-ACT--TTACA----------GTC-------CATCCATAAA--TC-CAGGTGACCGATTATGG---AA-----GTTGAAT-a
gi|9 : TGT---TT--CA-AGTTTAT-----A-AAATATGTA----CAATAC-TCAA-TTTTCATAATCGGTCACGAGGATTT-CTTGA-------TATTTCATCAACATAAGTTTGTAAATTT----CATATTTTAATCTACACTCTAA-TG----AACAATT-TCAT----TAT----GC-CTA--TGTTCTACAAATGTCACTTATATTT---A--TAAAGT--AGTAAACATGTACCAA-CATTTTGAAATGCACCATCCGCT-----------AC--AT---------TATTAGTA----GAATGT---A--TA--TG---CATC-A-----TTTGTACCTCATTAA---GACAA---TAC-----GTCTC-TG--CAA-G-TACCTT---TGGACA----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCT-A---TACACAAT-TATC--CAA--AAAT---GT-GG---TTGaatgtacaatttatgtaatttctgccgattattgtcaaagaaatgaaatataaatcggcacacaggcttctgtgtatc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TGTACCAATTTTAAGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|33 ): CTTTGGACAATGTTATTCCATGCCTGGTAGATAAGCCGATACAGA
Alignments
lowQualScore : 22222 22222 1 11 1 2222 11 333333333 11 11 1 11 1 1 3333333 111 22222222222222 111111 11111 1111 222222 111 1111111 111111 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 3333333 1111111 33333333333333333333333333333333 111111111 22222222222222222222 111111 1111111 111111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333 11
lowQualScore : 1 77777 77777 5 1 88 1 5 3333 22 88 999999999 1 00 88 1 2 0 0 33 0 0 6666 0000000 5 7 555 77 4 4 55555555555555 33 2 000000 2 8888888 9 3333 2 9999 2 1 4444 44444 2 2 22 2 444 777 555 1 2 1 1 00000 3333 11 3333 111111 5 222 1111111 44 555 555 888888 33333 3 3 0 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888 11 555 2 1 33 33 2 5555555 44 3 0000000 11111111111111111111111111111111 2 2 44 888888888 1 555 1 4 1 0 333 88888888888888888888 0 222222 0 6 2 0000000 3 888888 3 44 3 3 77777 6666 0 2 2 33 111111111 7777777777 7777 2 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 5 77 5 0 0000000000000 6 33
lowQualScore : . ..... ..... . . .. . . .... .. .. ......... . .. .. . . . . .. . . .... ....... . . ... .. . . .............. .. . ...... . ....... . .... . .... . . .... ..... . . .. . ... ... ... . . . . ..... .... .. .... ...... . ... ....... .. ... ... ...... ..... . . . ... ................................................................... ............. .. ... . . .. .. . ....... .. . ....... ................................ . . .. ......... . ... . . . . ... .................... . ...... . . . ....... . ...... . .. . . ..... .... . . . .. ......... .......... .... . . ............................................................... . . . .. . . ............. . ..
lowQualScore : 0 00000 55555 0 0 00 0 5 5555 00 55 000000000 0 77 33 0 0 2 8 88 0 0 4444 5555555 7 8 777 11 4 4 22222222222222 99 9 333333 5 1111111 3 3333 2 2222 1 2 5555 55555 1 1 99 3 111 444 111 9 5 4 4 00000 1111 22 5555 666666 3 222 9999999 11 888 444 222222 77777 1 1 2 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333 33 444 9 2 99 77 9 9999999 22 1 5555555 33333333333333333333333333333333 2 8 66 111111111 8 111 4 1 8 5 999 00000000000000000000 7 888888 9 3 4 0000000 1 888888 1 22 1 1 77777 5555 5 9 9 99 444444444 9999999999 7777 8 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 7 3 99 7 3 1111111111111 7 88
consensus : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTGG-GAAA--GTTGT-C---T---TG----T-------TTTN----A---------A-CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------T-ACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
Reference ( family-2513 ) : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGTAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTNACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTGGTGAAA--GTTGT-C---T---TG----T-------TTTN----A---------A-CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------T-ACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|1 : AATAAACAGTTGAAAACAATAATATAATTATAGAGTTGAATG--TAAAACAGCTGTATCACCTTCTTAATAAATATGAA--GATAAAACAGCTTTGCAT--TCAGTTGTTAAC---TGATTTTTTTAGT-TC-AGTAA-----------ACGCTGTGT---TTCACA-GAT-CTGT-----A-A----TTTAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCGTAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TGTTTTGGCAATATGAGTTTGTATGTTT----CATTCTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAC-TCAT----TGT----G-C-ATA--TGTTCCAAAAATTTAATTTAAATTC---A--TAAAGC--AATAAACATGTACCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAAT-----CAAT--GTTCACAATTATATCAGTATCAAGTATGTAAAA--TATTTG---CAGCAA-----TTCG-ACCTTACTGA---AACAA---TGCA--TGATCTC-TG--CAG-G-TATCTT---TAGAA---------------A----------AT---------G-TC--A---------------------ACG-------------TTCGGAT---ACA-AATACATC--AAA--ATATGT-GGTTATGATGAAA--GTTGT-C---TAAATG----T-------TTTC----A---------C-CAAAGCCT--AAA----TA-A-ACTCCTTT--GGGTTAAGGTCAA-GAGGTCGAGATGTATCACAAGATACATG--------T-ATTAATACTA------TTGTGAATTGTGATTTTATGGGTGGT-------GTATTTCAGA-AACAT------TT-T--A-CATG-CTTA-----CAT----CTGTCAGAATTTAAATGAA-AT-GTTCT--GA---------TATTATGC----------CAA----ATAAATTTTTTCATT--------A-------A-------ATCA-------AA-ATATGA-ACT--TTACA---G----GTCTTAACGAAATATCAATTAA--TC-CAGGTGCCCAATTATGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|10 : tttcaatagT---ACA-AAT--ATTGTAAATGATATGT-GGTTG--G-GAAA--GTTGT-C---T---TG----T-------ATT---------------------TTCT--ATA----CA-T-ACTCAGTT--TAGTTAGGG
gi|10 : ACCGGCCACATGGATTT-ACTGA-------TATTTCGTCAACACGAAT-AGTACATTT----TATATTGTTTTCTACAATCTGA-TG----AACAAAT-TTAT----TGG----T-C-ACA--TT-----AAATTTTCATTTAGATTC---A--GACAGA--TATAAGCATGTTACAA-TTTTTGGAATTGCACCACCCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttgcgggtggtgcaattccaaaaattgtaacatgcttatatctgtctgaatctaaatgaaaatttaatgtgaccaataaatttgttcatcagattgtagaaaacaatataaaatgtactattcgtgttgacgaaatatcagtaaatccatgtggccggtatacaccgttttatttag
gi|11 : tacaaatattgtaaatgatatgtggttgggaaagttgtcttgtattttctatacatactcagtttagttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttAA--ATATGT-G--------------GTCGT-C---T---TGGT--T-------TTTA----A---------A-CACATCCT--ATG-----------TCAATC---GGTTAGGGCCAATGAatacaccgttttatttag
gi|11 : atCA-ATT-CTG------A-G----GATAA--ACACTAT-TCAA------GTTTCAAAATTGGTCACTTGAATGT-ATTGA-------CATGTGGTCAACACAAGTTTGTAAATTA----CATATTCTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TAAT----T-T----GTC-ATATTTTTTTCGAAAATTTCATTTAACTTC---A--GACAGA--AACAAGCATG------------TGAAATGCATCACCGACAAAGT-----CAtaaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttgtcggtgatgcatttcacatgcttgtttctgtctgaagttaaatgaaattttcgaaaaaaatatgacaaattaatttgttcattagattgtagattagaatatgtaatttacaaacttgtgttgaccacatgtcaatacattcaagtgaccaattttgaaacttgaatagtgtttatcctcagaattgat
gi|12 : ataaatatgtggtcgtcttggtttttaaacacatcctatgtcaatcggttagggccaatgataaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TATGTT---TGGGT---------------A----------AT---------G-TTTTA---------------------ACAGGCCTGGATATCATTCTGAC---ACA-AATGCATC--AAA--TTCTGTTGGCT-T--TGAAGCTGTTGT-G---TG--TG----TAA-----TTTT----AGCAAGTCACA-TAAATGCTCAATAGGGTTA-A-AANNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TGAT-------ACATTTTAAA-AAGAT------GC-T--A-CATG---TA-----TTT----CTGTATTAATGTAAATGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------ACA----ATGAATTTGTGCATTTAGACTGGA-------A-------ATTA-------AA-ATATGA-CAT--TTACA---A----at
gi|12 : AGCACAAGTTTGTAAATGT----CATATTTTAATTTCCAGTCTAAATG----CACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTCCATTTACATTA---A--TACAGA--AATA--CATGTAGCAT-CTTTTTAAAATGTATCACacttgtgct
gi|13 : gtatgtttgggtaatgttttaacaggcctggatatcattctgacacaaatgcatcaaattctgttggctttgaagctgttgtgtgtgtaattttagcaagtcacataaatgctcaatagggttaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAA---GG----T-ATCTC-TT--CAA-T-TAGTTT---TAGAA---------------A----------AT---------G-TT--ATTACAGGCACAGGCCTGGTAAACT-------------TCCTGAT---ACA-AATGCATT--AAA--ATATGT-GATTGTG---AAA--GATGT-C---T---TG----T-------TTTTTTTTA---------A-CAAATCTC--ATA----TA-A-ACTCAGTTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGGCATTTCAGA-A-GTT------TT-T--A-CATG-CTTA-----TTA----CTATCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCA--GA---------AAATATTC----------ACA----ATGAATTAGTTTGTT--------A-------G-------ATTGTAGATTTAA-ATATGA-A
gi|14 : -AATGCATC--GA----CACGT-GGTTGTGG---AA--GTTGC-C---T---TG----TGTTTTATTTTA----A---------A-CAAATGCT--ATA----TACATACTCAACT--GGGCTAAGGTGAACGAGGTGGAGATG----ACAA---ACGTGCAACAAGAT-ACTGATACAA------ATGTGAATTT--ACTCTGCGGATGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-A--A-TATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAATTGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATTAATTGGCTCATA--------A-------G-------ACT--------GA-ATATAAGAAT--GTA-A---A----ATGT
gi|15 : TT------ACAGTATAT---TATACA-AACATTGC-----ACA----CATAT--AT----C-TTAAAGAAGGCCT--GTAATCGGTCACCTAGATTT-ATTGA-------TATTGTGTCAATACGAGTT----AATGT----C--ATTTTAATGTCCAATTTAA-TG----AACACAT-TTTT----TGA----G-CTACA--T-------AAATT--AATCAAATTC---A--TAAAGA--AATGAACATGTAGCAA-CTATTATAAA-GTATCACCCGCAAAAT-----CAAA--ATTGACAATTGTATTATTATCTGGTTTGT------CGGTTA---CGGCGAGACATCTCT-ACATAATTGG---AACAA---Tacagactcccgcacacgatgtagtgtgcatcaatgatgtaaccatggtaactatcagcgaa
gi|16 : TTTGTATGGTTACTTGTTATCCCATTATTTTCT--AT-TCGAGT--TGTT-------ACAATCTGTGACTTTGTC-TAC-CTTTTTATCA-A----CACAT--ATGGTAC-TCAA------CCCTCATAGTGGCTCACCTGTTTTTTCTTGC-------TATTTTGCCAACATGGGTTTGTAAATTT----CACATATTAATCTACAATCTAG-TGA---AAAAAAT-TCAT----TGT----G-T-ATA--TTTTCCGAACATTTCTGTCAAATTA---A--TAAAGC--AAAAAACATGTGCTAA-TGTTTTTAAATG
gi|17 : TAATATTTTGAATTACA-TACAT---TAGACA-AGT-CA-------A-A----CGTAT--ACGCTAC-TC-----------TCATAATCGGTCGCCTGGAATC-ATTGA-------TTATTCGTCAACACGAGTCAATAAATTT----CATATCTTAATCTAAAATCTAA-TA----AGCAAATATCAT----TGG----G-T-ATA--TTTTCTGAAAATGTCATCTAAATTC---A--TACAAC--AATAAACAAGAGCCAA-CCTTTTGt
gi|18 : ta-AAT-CTAT-----G-AAATGTACATGAACACTCC-TTAA------CTGTCATAGTCGGTCACCTGGATTG-ATTGATAGTTGCTATTTAGGTAACACGAACACGTAAA---AAAACATAGTTTAATCTACAATCTAA-TG----AAC-AAT-TTAT----TGT----G-C-ATA--atttcacgaaaacgatatatatgaaatatacatt
gi|19 : aaaaagtcggggagagttgtgtatggtaataatttgcatttcaaatatgatatT---TCTACA-TA--CTGT-----ACA----TAT-T--GCAGTAC--CAAT-----CTTTCATAATTGGTCACTTGGATGT-ATTGA-------TATTCCTTTAACATGAATTC-------------ATATCTTAATATACACTCTTA-TG----AACACAT-TCAT----TGG----A-A-ATA--TTGTTAGAAGTTGTCATTTAAATTC---A--GACAGA--ACTAAGCATGTAACAC-CTTTTTGAAATGCACCAACCGCaatcattgtcataaaaatgatgtggatacaat
gi|2 : AT--ACACTCC-TAAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGAATTT-ATTGA-------TATTCTGGCAACACCAGATTGCAAATTT----CATATTTTAATC--------AA-T---------AAT-TGAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTTCATATAAATTCTTAA--GGCA-----ATACACATGTACCAA-CTCTTTAAAATGCACTACCCACTAAAA-----CAAT--TTTCATAATCATATCAGTTTTATGTATGC--A---TACTTATCACAGTGA-----TTCA-CCCTCATTGA---AACAA---AGCA--T-ATATT-----CAA-G-TATCTT---TGGAT---------------A----------A----------G-TT--ATTCC-----------------ATG-------------C-CTGGTTTTGCA-ATTGCATC--AAC--ATATGT-GGTTGTG---AAA--GTTGT-C---------------------------------------A-CA-----T--ACA----TA------CAACT--GGGTTAAGGTCACTGAG--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNATTTTGTGAGTGGT-------GCATTTAAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTTAATTTAAATGGA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTTTTCATT--------G-------G-------ATT------------------------------------GTTTTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGAGTATGA---AA-----GTTGAGT-
gi|20 : agtgttttgtttttgctgtttgtagccatatttctaaaACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|21 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|22 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt--ATATTACATCAA------AGGTTATAATCGGTCTCCTGAATCT-ATTAT-------TATTTCGTCAACA-------------TT----AATATTACAATTTACAATCTAA-TG----CACTTAT-TCAT----TGT----G-A-ATA--TTTTCTG-AAATTCCATTAAAATTC---A--GAC-------CAAGCATGTAACAA-CGTTTTGAA
gi|23 : -----A-A----TTTAT--ACACCAA-ACAA------CTTTAATAATTGGTCACATGGAATA-ATTGA-------TATTTTGTCAACATGGGTTAGTAACGTT----CATATTTTAATCTACAATTTAA-TG----ATCAAAT-GTATTAAATGT----G-C-AT---TTTTCCGTCAATTTCATggttctggaatatatatat
gi|24 : ctA-AT-TTTCA--GA---------AGATATGCACACACTCTGCCAGCACACGAATTT-TTCAAT--------A-------G-------ATTA-------AGGAT-TTA-AATGGTTACATAGG----GTATTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGGCCCACTACAACTTAT-----GTTGAt
gi|25 : TCATTGA---AAAAAAAACGCA--A-GACTT-------A-G-TATCTT---TGGGC---------------A----------ATTCCAGACCTGCTT--A---------------------ACG-------------TTTTAAT---ACC-AATACGTC--TAA--CTATGT-GCTCGTAG---AA--ATTGT-C---G---TG----TG------TGTT----A---------G-CAAGTCC
gi|26 : gTTTGCGGATCTT-------GCATTTCAAA-AGGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTATCTGAATTTATATGAATAT-TTT-T--GA---------AAAGATTT----------CCA----ATAAATGTGTTGA-T--------A-------T-------ATTA-------attat
gi|27 : ctACAAGATAC---------------TGATAAAA------TTGTGA-TTTTAATTTT-TGGATAAT-------GTGTTCCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTATATGAAATTAAATG---GT-TTTTT---A---------TAGTATGG----------CCA----Atgtttgtaaatagta
gi|28 : tATTT----CATTATTTAGTCTACAATCCAA-T-------------TCAT----TGTCAGCG-C-ATA--TTTTCCGCTACGTTTATTTAAATTC---A--CAAAGC--TATAAGCATGT
gi|29 : aacATTTTTTCATT--------A-------G-------ATTA-----------TA-GA----------------------TTAA-GAAGTATCAATAA---TC-CAAGTGTCTGATTATGA---AA-----GTTGAGTAGCG--TATTg
gi|29 : AT--ACGCTAC-TCAA------CTTTCATAATCAGACACTTGGA-TT-ATTGA-------TACTTCgcaat
gi|3 : attttttcattagattatagattaaAACTTTCATTTAAATCT---A--GACAGG--AAAAAGCATGAAACAAACTTTTTGAAATTCACCACCTATTAATT-----CAAA--ATTCACAATTACATTAGGGTCAGGTATGT--AGACTATTTG---CAGCG--------------T--TTGA---AA--G---TGT---T-ATTCCATG--C----------C---TGG-----------------------------------------TT--A---------------------ACG-------------TTTGAAT---AAA-AATGCATC--AAA--ATATGC-GG--ATGA-GAAA--GATGT-C---T---TG----T-------TTTTTA--A---------A-CAAACATC--ATA----CA-T-ATTAAATT--GGTTCAAGGTCAATGAGGTCGGGAAGTATCAC------CTTG--------TTACTGATGCAA------TTCAGAATTTTGACTTTGCGAGTGGT-------ACATTTAAAA-AA--T------GT-TTGA-CATG-CTTA-----TTCATTCCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--AA---------AAATATAC----------CAA----ATGGATTTGATCAAT--------A-------GAGTGTAAATCA-------AA-ATATCG-GAT--TAGCA---AACTCGTGTTGACGAAATGTCAATATA--TG-CAGGTAACCGATTAC-----AACTTTTGTTGAGT-GTA--tgcaat
gi|30 : aaatcattgtgcataaagcaatggatatgtact----GTATTGACGAAAAATCAATTAACTTCACACGTGACCGATTA--A---AACATCTGTTGAGC-ATATTTACTAGTGctctactattgcaa
gi|32 : aattc-ATCTCATTAA---CACAA---TGCA--T--TTTT-T---CAA-G-TATCTTTTGTGGAC---------------A----------Ata
gi|4 : T--ACACTAT-TCAA------CTTTT-TAACCAGTCACTAGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTTAACACATGTTTGTAAATTT----CATATTTT--CCTA-----TAA-TGA---AACAAAT-T-AT----TAA----G-C-ATA--TTTTCTGAATTTTTCATCTAAATTA---ATGAATAAAGCAATAAACATGTACCAA-CTTTTTATAATGTATCGCCCACTAAGT-----CANN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNT-ATC------------------TGCAGGT-ATCTT-TGGACAATGTTATTCC---AGGCC---------------------------TG--------G-TT--A---------------------ACA-------------TGCCGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTT---GTGAAA--TATGG-CATGT---TT----T-------TTTA----A---------A-CAAATACC--ATA----TG-T-ACTCAATT--GGGTTATGGattttattccag
gi|4 : ACTTTGCGTTTG-T-------ACGTTTTAAA-AAGTT------TT-C--A-TGTG-CTTA-----TTT----TTCTCTGAATTTAAATTAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATAC----------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttgtacgttttaaaaagttttcatgtgcttatttttctctgaatttaaattaaattttctgaaaatatacc
gi|5 : tacactattcaactttttaaccagtcactaggatttattgatatttcgttaacacatgtttgtaaatttcatattttcctataatgaaacaaattattaagcatattttctgaatttttcatctaaattaatgaataaagcaataaacatgtaccaactttttataatgtatcgcccactaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACACGAGTTATCATATTT----CATATTTTAATCTACATTCTAA-TGAACAAACAAAT-CTAG----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGGAAATTGCATTTAAATT
gi|5 : --AA--TAATTAA--CAGCGA-----TTCG-GCCTCACTGATTGGCCAA---TGT---T-ATCCC-------A-G--ACCT-----GGTG---------------A----------AA---------G-TT--T---------------------ATA-------------TTC---------A-ACTGCATC--AAA--ATATGG-GGTCGTGA--GAG--GTTGTTC---T---TG----T-------TTTA----A---------A-CAAATCTC--ATA----AA-T-ACTCAATaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|5 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacA------CTTTTATAATCGGTCACCTCGATTC-ATTGA-------TATTTCATCGACACGAGTTTGTAAATTT----CATATTTCAATCTACAATCTAA-TG----ATCAAAT-TCAC----TGG----G-A-A-G--TTTTTAGAAAATTTCATTTGAATTC---A--GACAGA--AAAAGGTATGTAACAA-CTTTATGAAATGTCCCTCCCGTAAAGT-----CAaatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|6 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAAAAAGTTGAA-----TAGTAT-----TAGA-TTGACTGAGCAATAC-GCTGTA----CTGATTAATA--CATGAACTG-T----CTGTTTT--AT--TTAAATGCCAATTCATGTCTATTC--AT-TT-AG-AATATTT------ACAATGTATA--TTGACATAAT-AT-T-----A-A----TAAAT--ACACTAC-ACAA------CATTCATCATCGGTCACCTTGATGT-ATTGT-------GATTTCGTCAACAGGAGTCGATGAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-C-----------T-TTTT----GGG----G-C-ATA--TTATCAGAAACTTTCATTTAAAATC---G--GACAGA--AATAAGCATATTACAA-CTTATTGAAATGTACAAACCGCAAAGTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNG-ACATCATTTA---AACAA---TGC---T--TCTC-TG--TAA-G-TATATT---TGGAC---------------ATGGTTAGCCCATGCCTG----G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---AC------CATC--AAA--ATgg
gi|7 : tttcatCAAAT-TTAT----AGT----G-C-ATA--TTTACCAAACGGTTCATTTATTTTC---A-----ATA--AATAAACATGTACCAA-ACTTTCGAAATGCTCTACATAATAAAT-----GAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNCG-ACCACATTGA---AACAA-----AA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TTTATT---TGGACAATGATATTCCAGATA----------AT---------G-TT--T---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGAATC--AAA--ATATAT---T----GTGAAA--CTTGT-C---T---TGATTTT-------TTTT----T---------G-CA-----T--GTT----TA-A-A---AAT-----GTTAAGG-----GAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NACTTTGCGGGGTGT--G-CAT--CTTAAACCGTTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-ATATTTCTTGGAGTTTTACACGAAGATGCG---------CCA----GTAAGTTTATTcatattcatgtccaattgggttatgataaat
gi|8 : aaataaataagtaaTCATTGA---AACAA---TGCA--T---CTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--ATTCCAGGTGTGGTTA------ATG-------------TTCTCAT---TCA-AATGCATC--ACA--ATATGT-GGTTGTG---AAA--ACTGT-C---T---TGA---T-------TTTA----A---------AACAAATCCT--AT-----TG-ATACTTAATT--GGGGTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNNNNNNTCTTGTGAAATC-GACTTTCCGGATGGT-------GAATTTCAAAGAAGTT------GT-T--AACATTTCTTA-----TTT----CTATCTGAATTTAA-TGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATGTGTTCATT--------ACAATGTAA-------ATTA-------AA-AAATGA-ACT--TTACA----------GTC-------CATCCATAAA--TC-CAGGTGACCGATTATGG---AA-----GTTGAAT-a
gi|9 : CATAAGGTTTT--ATCTT-AGTGTTATT----------AT-TGT---TT--CA-AGT-TTAT-----A-AAA--TATGT--ACAATAC-TCAA------TTTTCATAATCGGTCACGAGGATTT-CTTGA-------TATTTCATCAACATAAGTTTGTAAATTT----CATATTTTAATCTACACTCTAA-TG----AACAATT-TCAT----TAT----G-C-CTA--TGTTCTACAAATGTCACTTATATTT---A--TAAAGT--AGTAAACATGTACCAA-CATTTTGAAATGCACCATCCGCT-----------AC--AT---------TATTAGTA----GAATGT---A--TA--TG---CATC-A-----TTTGTACCTCATTAA---GACAA---TAC-----GTCTC-TG--CAA-G-TACCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCT-AT---ACACAAT-TATC--CAA--AAATGT-GGTTGaatgtacaatttatgtaatttctgccgattattgtcaaagaaatgaaatataaatcggcacacaggcttctgtgtatc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TGTACCAATTTTAAGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|33 ): CTTTGGACAATGTTATTCCATGCCTGGTAGATAAGCCGATACAGA
Alignments
lowQualScore : 22222 22222 1 11 1 2222 11 333333333 11 11 1 11 1 1 3333333 111 22222222222222 111111 11111 1111 222222 111 1111111 111111 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 33333 1111111 33333333333333333333333333333333 111111111 222222222222222222 111111 1111111 111111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333 11
lowQualScore : 1 77777 77777 5 1 88 1 5 3333 22 88 999999999 1 00 88 1 2 0 0 33 0 0 6666 0000000 5 7 555 77 4 4 55555555555555 33 2 000000 2 8888888 9 3333 2 9999 2 1 4444 44444 2 2 22 2 444 777 555 1 2 1 1 00000 3333 11 3333 111111 5 222 1111111 44 555 555 888888 33333 3 3 0 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888 11 555 2 1 33 33 2 00000 44 3 0000000 11111111111111111111111111111111 2 2 44 888888888 1 555 1 4 1 0 333 888888888888888888 0 222222 0 6 2 0000000 3 888888 3 44 3 3 6666 77777 0 2 2 33 111111111 7777777777 7777 2 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 5 77 5 0 0000000000000 6 33
lowQualScore : . ..... ..... . . .. . . .... .. .. ......... . .. .. . . . . .. . . .... ....... . . ... .. . . .............. .. . ...... . ....... . .... . .... . . .... ..... . . .. . ... ... ... . . . . ..... .... .. .... ...... . ... ....... .. ... ... ...... ..... . . . ... ................................................................... ............. .. ... . . .. .. . ..... .. . ....... ................................ . . .. ......... . ... . . . . ... .................. . ...... . . . ....... . ...... . .. . . .... ..... . . . .. ......... .......... .... . . ............................................................... . . . .. . . ............. . ..
lowQualScore : 0 00000 55555 0 0 00 0 5 5555 00 55 000000000 0 33 33 0 0 2 8 88 0 0 4444 5555555 7 8 777 66 4 4 22222222222222 99 9 333333 5 1111111 3 3333 2 2222 1 2 5555 55555 1 1 99 3 111 444 111 9 5 4 4 00000 1111 22 5555 666666 3 222 9999999 11 888 444 222222 77777 1 1 2 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333 33 444 9 2 99 77 9 22222 22 1 5555555 33333333333333333333333333333333 2 8 66 111111111 8 111 4 1 8 5 999 888888888888888888 7 888888 9 3 4 0000000 1 888888 1 22 1 1 5555 77777 5 9 9 99 444444444 9999999999 7777 8 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 7 3 99 7 3 1111111111111 7 88
consensus : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--GAAA--GTTG-TC---T---TG----T-------TTTN----A---------A-CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------TACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTT----A-----TTTCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
Reference ( family-2513 ) : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTGG-GAAA--GTTG-TC---T---TG----T-------TTTN----A---------A-CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------TACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTT----A-----TTTCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|1 : AATAAACAGTTGAAAACAATAATATAATTATAGAGTTGAATG--TAAAACAGCTGTATCACCTTCTTAATAAATATGAA--GATAAAACAGCTTTGCAT--TCAGTTGTTAAC---TGATTTTTTTAGT-TC-AGTAA-----------ACGCTGTGT---TTCACA-GAT-CTGT-----A-A----TTTAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCGTAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TGTTTTGGCAATATGAGTTTGTATGTTT----CATTCTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAC-TCAT----TGT----G-C-ATA--TGTTCCAAAAATTTAATTTAAATTC---A--TAAAGC--AATAAACATGTACCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAAT-----CAAT--GTTCACAATTATATCAGTATCAAGTATGTAAAA--TATTTG---CAGCAA-----TTCG-ACCTTACTGA---AACAA---TGCA--TGATCTC-TG--CAG-G-TATCTT---TAGAA---------------A----------AT---------G-TC--A---------------------ACG-------------TTCGGAT---ACA-AATACATC--AAA--ATATGT-GGTTATGATGAAA--GTTG-TC---TAAATG----T-------TTTC----A---------C-CAAAGCCT--AAA----TA-A-ACTCCTTT--GGGTTAAGGTCAA-GAGGTCGAGATGTATCACAAGATACATG--------TATTAATACTA------TTGTGAATTGTGATTTTATGGGTGGT-------GTATTTCAGA-AACAT------TT-T--A-CATG-CTT----A-----CATCTGTCAGAATTTAAATGAA-AT-GTTCT--GA---------TATTATGC----------CAA----ATAAATTTTTTCATT--------A-------A-------ATCA-------AA-ATATGA-ACT--TTACA---G----GTCTTAACGAAATATCAATTAA--TC-CAGGTGCCCAATTATGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|10 : tttcaatagT---ACA-AAT--ATTGTAAATGATATGT-GGTTG--G-GAAA--GTTG-TC---T---TG----T-------ATT---------------------TTCT--ATA----CA-T-ACTCAGTT--TAGTTAGGG
gi|10 : ACCGGCCACATGGATTT-ACTGA-------TATTTCGTCAACACGAAT-AGTACATTT----TATATTGTTTTCTACAATCTGA-TG----AACAAAT-TTAT----TGG----T-C-ACA--TT-----AAATTTTCATTTAGATTC---A--GACAGA--TATAAGCATGTTACAA-TTTTTGGAATTGCACCACCCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttgcgggtggtgcaattccaaaaattgtaacatgcttatatctgtctgaatctaaatgaaaatttaatgtgaccaataaatttgttcatcagattgtagaaaacaatataaaatgtactattcgtgttgacgaaatatcagtaaatccatgtggccggtatacaccgttttatttag
gi|11 : tacaaatattgtaaatgatatgtggttgggaaagttgtcttgtattttctatacatactcagtttagttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttAA--ATATGT-GGTCGT---------------C---T---TGGT--T-------TTTA----A---------A-CACATCCT--ATG-----------TCAATC---GGTTAGGGCCAATGAatacaccgttttatttag
gi|11 : atCA-ATT-CTG------A-G----GATAA--ACACTAT-TCAA------GTTTCAAAATTGGTCACTTGAATGT-ATTGA-------CATGTGGTCAACACAAGTTTGTAAATTA----CATATTCTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TAAT----T-T----GTC-ATATTTTTTTCGAAAATTTCATTTAACTTC---A--GACAGA--AACAAGCATG------------TGAAATGCATCACCGACAAAGT-----CAtaaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttgtcggtgatgcatttcacatgcttgtttctgtctgaagttaaatgaaattttcgaaaaaaatatgacaaattaatttgttcattagattgtagattagaatatgtaatttacaaacttgtgttgaccacatgtcaatacattcaagtgaccaattttgaaacttgaatagtgtttatcctcagaattgat
gi|12 : ataaatatgtggtcgtcttggtttttaaacacatcctatgtcaatcggttagggccaatgataaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TATGTT---TGGGT---------------A----------AT---------G-TTTTA---------------------ACAGGCCTGGATATCATTCTGAC---ACA-AATGCATC--AAA--TTCTGTTGGCTTTG---AAGCTGTTG-TG---TG--TG----TAA-----TTTT----AGCAAGTCACA-TAAATGCTCAATAGGGTTA-A-AANNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TGAT-------ACATTTTAAA-AAGAT------GC-T--A-CATG---T----A-----TTTCTGTATTAATGTAAATGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------ACA----ATGAATTTGTGCATTTAGACTGGA-------A-------ATTA-------AA-ATATGA-CAT--TTACA---A----at
gi|12 : AGCACAAGTTTGTAAATGT----CATATTTTAATTTCCAGTCTAAATG----CACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTCCATTTACATTA---A--TACAGA--AATA--CATGTAGCAT-CTTTTTAAAATGTATCACacttgtgct
gi|13 : gtatgtttgggtaatgttttaacaggcctggatatcattctgacacaaatgcatcaaattctgttggctttgaagctgttgtgtgtgtaattttagcaagtcacataaatgctcaatagggttaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAA---GG----T-ATCTC-TT--CAA-T-TAGTTT---TAGAA---------------A----------AT---------G-TT--ATTACAGGCACAGGCCTGGTAAACT-------------TCCTGAT---ACA-AATGCATT--AAA--ATATGT-GATTGTG---AAA--GATG-TC---T---TG----T-------TTTTTTTTA---------A-CAAATCTC--ATA----TA-A-ACTCAGTTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGGCATTTCAGA-A-GTT------TT-T--A-CATG-CTT----A-----TTACTATCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCA--GA---------AAATATTC----------ACA----ATGAATTAGTTTGTT--------A-------G-------ATTGTAGATTTAA-ATATGA-A
gi|14 : -AATGCATC--GA----CACGT-GGTTGTGG---AA--GTTG-CC---T---TG----TGTTTTATTTTA----A---------A-CAAATGCT--ATA----TACATACTCAACT--GGGCTAAGGTGAACGAGGTGGAGATG----ACAA---ACGTGCAACAAGATACTGATACAA------ATGTGAATTT--ACTCTGCGGATGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-A--A-TATG-CTT----A-----TTTCTGTCTGAATTTAATTGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATTAATTGGCTCATA--------A-------G-------ACT--------GA-ATATAAGAAT--GTA-A---A----ATGT
gi|15 : TT------ACAGTATAT---TATACA-AACATTGC-----ACA----CATAT--AT----C-TTAAAGAAGGCCT--GTAATCGGTCACCTAGATTT-ATTGA-------TATTGTGTCAATACGAGTT----AATGT----C--ATTTTAATGTCCAATTTAA-TG----AACACAT-TTTT----TGA----G-CTACA--T-------AAATT--AATCAAATTC---A--TAAAGA--AATGAACATGTAGCAA-CTATTATAAA-GTATCACCCGCAAAAT-----CAAA--ATTGACAATTGTATTATTATCTGGTTTGT------CGGTTA---CGGCGAGACATCTCT-ACATAATTGG---AACAA---Tacagactcccgcacacgatgtagtgtgcatcaatgatgtaaccatggtaactatcagcgaa
gi|16 : TTTGTATGGTTACTTGTTATCCCATTATTTTCT--AT-TCGAGT--TGTT-------ACAATCTGTGACTTTGTC-TAC-CTTTTTATCA-A----CACAT--ATGGTAC-TCAA------CCCTCATAGTGGCTCACCTGTTTTTTCTTGC-------TATTTTGCCAACATGGGTTTGTAAATTT----CACATATTAATCTACAATCTAG-TGA---AAAAAAT-TCAT----TGT----G-T-ATA--TTTTCCGAACATTTCTGTCAAATTA---A--TAAAGC--AAAAAACATGTGCTAA-TGTTTTTAAATG
gi|17 : TAATATTTTGAATTACA-TACAT---TAGACA-AGT-CA-------A-A----CGTAT--ACGCTAC-TC-----------TCATAATCGGTCGCCTGGAATC-ATTGA-------TTATTCGTCAACACGAGTCAATAAATTT----CATATCTTAATCTAAAATCTAA-TA----AGCAAATATCAT----TGG----G-T-ATA--TTTTCTGAAAATGTCATCTAAATTC---A--TACAAC--AATAAACAAGAGCCAA-CCTTTTGt
gi|18 : ta-AAT-CTAT-----G-AAATGTACATGAACACTCC-TTAA------CTGTCATAGTCGGTCACCTGGATTG-ATTGATAGTTGCTATTTAGGTAACACGAACACGTAAA---AAAACATAGTTTAATCTACAATCTAA-TG----AAC-AAT-TTAT----TGT----G-C-ATA--atttcacgaaaacgatatatatgaaatatacatt
gi|19 : aaaaagtcggggagagttgtgtatggtaataatttgcatttcaaatatgatatT---TCTACA-TA--CTGT-----ACA----TAT-T--GCAGTAC--CAAT-----CTTTCATAATTGGTCACTTGGATGT-ATTGA-------TATTCCTTTAACATGAATTC-------------ATATCTTAATATACACTCTTA-TG----AACACAT-TCAT----TGG----A-A-ATA--TTGTTAGAAGTTGTCATTTAAATTC---A--GACAGA--ACTAAGCATGTAACAC-CTTTTTGAAATGCACCAACCGCaatcattgtcataaaaatgatgtggatacaat
gi|2 : AT--ACACTCC-TAAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGAATTT-ATTGA-------TATTCTGGCAACACCAGATTGCAAATTT----CATATTTTAATC--------AA-T---------AAT-TGAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTTCATATAAATTCTTAA--GGCA-----ATACACATGTACCAA-CTCTTTAAAATGCACTACCCACTAAAA-----CAAT--TTTCATAATCATATCAGTTTTATGTATGC--A---TACTTATCACAGTGA-----TTCA-CCCTCATTGA---AACAA---AGCA--T-ATATT-----CAA-G-TATCTT---TGGAT---------------A----------A----------G-TT--ATTCC-----------------ATG-------------C-CTGGTTTTGCA-ATTGCATC--AAC--ATATGT-GGTTGTG---AAA--GTTG-TC---------------------------------------A-CA-----T--ACA----TA------CAACT--GGGTTAAGGTCACTGAG--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNATTTTGTGAGTGGT-------GCATTTAAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTT----A-----TTTCTGTCTTAATTTAAATGGA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTTTTCATT--------G-------G-------ATT------------------------------------GTTTTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGAGTATGA---AA-----GTTGAGT-
gi|20 : agtgttttgtttttgctgtttgtagccatatttctaaaACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTT----A-----TTTCTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|21 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTT----A-----TTTCTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|22 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt--ATATTACATCAA------AGGTTATAATCGGTCTCCTGAATCT-ATTAT-------TATTTCGTCAACA-------------TT----AATATTACAATTTACAATCTAA-TG----CACTTAT-TCAT----TGT----G-A-ATA--TTTTCTG-AAATTCCATTAAAATTC---A--GAC-------CAAGCATGTAACAA-CGTTTTGAA
gi|23 : -----A-A----TTTAT--ACACCAA-ACAA------CTTTAATAATTGGTCACATGGAATA-ATTGA-------TATTTTGTCAACATGGGTTAGTAACGTT----CATATTTTAATCTACAATTTAA-TG----ATCAAAT-GTATTAAATGT----G-C-AT---TTTTCCGTCAATTTCATggttctggaatatatatat
gi|24 : ctA-AT-TTTCA--GA---------AGATATGCACACACTCTGCCAGCACACGAATTT-TTCAAT--------A-------G-------ATTA-------AGGAT-TTA-AATGGTTACATAGG----GTATTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGGCCCACTACAACTTAT-----GTTGAt
gi|25 : TCATTGA---AAAAAAAACGCA--A-GACTT-------A-G-TATCTT---TGGGC---------------A----------ATTCCAGACCTGCTT--A---------------------ACG-------------TTTTAAT---ACC-AATACGTC--TAA--CTATGT-GCTCGTAG---AA--ATTG-TC---G---TG----TG------TGTT----A---------G-CAAGTCC
gi|26 : gTTTGCGGATCTT-------GCATTTCAAA-AGGTT------GT-T--A-CATG-CTT----A-----TTTCTATCTGAATTTATATGAATAT-TTT-T--GA---------AAAGATTT----------CCA----ATAAATGTGTTGA-T--------A-------T-------ATTA-------attat
gi|27 : ctACAAGATAC--------------TGATAAAA------TTGTGA-TTTTAATTTT-TGGATAAT-------GTGTTCCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTT----A-----TTTCTATATGAAATTAAATG---GT-TTTTT---A---------TAGTATGG----------CCA----Atgtttgtaaatagta
gi|28 : tATTT----CATTATTTAGTCTACAATCCAA-T-------------TCAT----TGTCAGCG-C-ATA--TTTTCCGCTACGTTTATTTAAATTC---A--CAAAGC--TATAAGCATGT
gi|29 : aacATTTTTTCATT--------A-------G-------ATTA-----------TA-GA----------------------TTAA-GAAGTATCAATAA---TC-CAAGTGTCTGATTATGA---AA-----GTTGAGTAGCG--TATTg
gi|29 : AT--ACGCTAC-TCAA------CTTTCATAATCAGACACTTGGA-TT-ATTGA-------TACTTCgcaat
gi|3 : attttttcattagattatagattaaAACTTTCATTTAAATCT---A--GACAGG--AAAAAGCATGAAACAAACTTTTTGAAATTCACCACCTATTAATT-----CAAA--ATTCACAATTACATTAGGGTCAGGTATGT--AGACTATTTG---CAGCG--------------T--TTGA---AA--G---TGT---T-ATTCCATG--C----------C---TGG-----------------------------------------TT--A---------------------ACG-------------TTTGAAT---AAA-AATGCATC--AAA--ATATGC-GG--ATGA-GAAA--GATG-TC---T---TGTT--T-------TTTA----A---------A-CAAACATC--ATA----CA-T-ATTAAATT--GGTTCAAGGTCAATGAGGTCGGGAAGTATCAC------CTTGT-------TACTGATGCAA------TTCAGAATTTTGACTTTGCGAGTGGT-------ACATTTAAAA-AA--T------GT-TTGA-CATG-CTTATTCA-----TTCCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--AA---------AAATATAC----------CAA----ATGGATTTGATCAAT--------A-------GAGTGTAAATCA-------AA-ATATCG-GAT--TAGCA---AACTCGTGTTGACGAAATGTCAATATA--TG-CAGGTAACCGATTAC-----AACTTTTGTTGAGT-GTA--tgcaat
gi|30 : aaatcattgtgcataaagcaatggatatgtact----GTATTGACGAAAAATCAATTAACTTCACACGTGACCGATTA--A---AACATCTGTTGAGC-ATATTTACTAGTGctctactattgcaa
gi|32 : aattc-ATCTCATTAA---CACAA---TGCA--T--TTTT-T---CAA-G-TATCTTTTGTGGAC---------------A----------Ata
gi|4 : T--ACACTAT-TCAA------CTTTT-TAACCAGTCACTAGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTTAACACATGTTTGTAAATTT----CATATTTT--CCTA-----TAA-TGA---AACAAAT-T-AT----TAA----G-C-ATA--TTTTCTGAATTTTTCATCTAAATTA---ATGAATAAAGCAATAAACATGTACCAA-CTTTTTATAATGTATCGCCCACTAAGT-----CANN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNT-ATC------------------TGCAGGT-ATCTT-TGGACAATGTTATTCC---AGGCC---------------------------TG--------G-TT--A---------------------ACA-------------TGCCGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGT---GAAA--TATG-GCATGT---TT----T-------TTTA----A---------A-CAAATACC--ATA----TG-T-ACTCAATT--GGGTTATGGattttattccag
gi|4 : ACTTTGCGTTTG-T-------ACGTTTTAAA-AAGTT------TT-C--A-TGTG-CTT----A-----TTTTTCTCTGAATTTAAATTAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATAC----------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttgtacgttttaaaaagttttcatgtgcttatttttctctgaatttaaattaaattttctgaaaatatacc
gi|5 : tacactattcaactttttaaccagtcactaggatttattgatatttcgttaacacatgtttgtaaatttcatattttcctataatgaaacaaattattaagcatattttctgaatttttcatctaaattaatgaataaagcaataaacatgtaccaactttttataatgtatcgcccactaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACACGAGTTATCATATTT----CATATTTTAATCTACATTCTAA-TGAACAAACAAAT-CTAG----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGGAAATTGCATTTAAATT
gi|5 : --AA--TAATTAA--CAGCGA-----TTCG-GCCTCACTGATTGGCCAA---TGT---T-ATCCC-------A-G--ACCT-----GGTG---------------A----------AA---------G-TT--T---------------------ATA-------------TTC---------A-ACTGCATC--AAA--ATATGG-GGTCGTGA-G-AG--GTTGTTC---T---TG----T-------TTTA----A---------A-CAAATCTC--ATA----AA-T-ACTCAATaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|5 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacA------CTTTTATAATCGGTCACCTCGATTC-ATTGA-------TATTTCATCGACACGAGTTTGTAAATTT----CATATTTCAATCTACAATCTAA-TG----ATCAAAT-TCAC----TGG----G-A-A-G--TTTTTAGAAAATTTCATTTGAATTC---A--GACAGA--AAAAGGTATGTAACAA-CTTTATGAAATGTCCCTCCCGTAAAGT-----CAaatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|6 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAAAAAGTTGAA-----TAGTAT-----TAGA-TTGACTGAGCAATAC-GCTGTA----CTGATTAATA--CATGAACTG-T----CTGTTTT--AT--TTAAATGCCAATTCATGTCTATTC--AT-TT-AG-AATATTT------ACAATGTATA--TTGACATAAT-AT-T-----A-A----TAAAT--ACACTAC-ACAA------CATTCATCATCGGTCACCTTGATGT-ATTGT-------GATTTCGTCAACAGGAGTCGATGAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-C-----------T-TTTT----GGG----G-C-ATA--TTATCAGAAACTTTCATTTAAAATC---G--GACAGA--AATAAGCATATTACAA-CTTATTGAAATGTACAAACCGCAAAGTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNG-ACATCATTTA---AACAA---TGC---T--TCTC-TG--TAA-G-TATATT---TGGAC---------------ATGGTTAGCCCATGCCTG----G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---AC------CATC--AAA--ATgg
gi|7 : tttcatCAAAT-TTAT----AGT----G-C-ATA--TTTACCAAACGGTTCATTTATTTTC---A-----ATA--AATAAACATGTACCAA-ACTTTCGAAATGCTCTACATAATAAAT-----GAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNCG-ACCACATTGA---AACAA-----AA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TTTATT---TGGACAATGATATTCCAGATA----------AT---------G-TT--T---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGAATC--AAA--ATAT----ATTGT---GAAA--CTTG-TC---T---TGATTTT-------TTTT----T---------G-CA-----T--GTT----TA-A-A---AAT-----GTTAAGG-----GAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NACTTTGCGGGGTGT--G-CAT--CTT----AAACCGTTTCTGTCTGAATTTAAATGAA-ATATTTCTTGGAGTTTTACACGAAGATGCG---------CCA----GTAAGTTTATTcatattcatgtccaattgggttatgataaat
gi|8 : aaataaataagtaaTCATTGA---AACAA---TGCA--T---CTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--ATTCCAGGTGTGGTTA------ATG-------------TTCTCAT---TCA-AATGCATC--ACA--ATATGT-GGTTGTG---AAA--ACTG-TC---T---TGA---T-------TTTA----A---------AACAAATCCT--AT-----TG-ATACTTAATT--GGGGTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNTCTTGTGAAATC-GACTTTCCGGATGGT-------GAATTTCAAAGAAGTT------GT-T--AACATTTCTT----A-----TTTCTATCTGAATTTAA-TGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATGTGTTCATT--------ACAATGTAA-------ATTA-------AA-AAATGA-ACT--TTACA----------GTC-------CATCCATAAA--TC-CAGGTGACCGATTATGG---AA-----GTTGAAT-a
gi|9 : CATAAGGTTTT--ATCTT-AGTGTTATT----------AT-TGT---TT--CA-AGT-TTAT-----A-AAA--TATGT--ACAATAC-TCAA------TTTTCATAATCGGTCACGAGGATTT-CTTGA-------TATTTCATCAACATAAGTTTGTAAATTT----CATATTTTAATCTACACTCTAA-TG----AACAATT-TCAT----TAT----G-C-CTA--TGTTCTACAAATGTCACTTATATTT---A--TAAAGT--AGTAAACATGTACCAA-CATTTTGAAATGCACCATCCGCT-----------AC--AT---------TATTAGTA----GAATGT---A--TA--TG---CATC-A-----TTTGTACCTCATTAA---GACAA---TAC-----GTCTC-TG--CAA-G-TACCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCT-AT---ACACAAT-TATC--CAA--AAATGT-GGTTGaatgtacaatttatgtaatttctgccgattattgtcaaagaaatgaaatataaatcggcacacaggcttctgtgtatc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TGTACCAATTTTAAGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|33 ): CTTTGGACAATGTTATTCCATGCCTGGTAGATAAGCCGATACAGA
Alignments
lowQualScore : 22222 22222 1 11 1 2222 11 333333333 11 11 1 11 1 1 3333333 111 22222222222222 111111 11111 1111 222222 111 1111111 111111 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 33333333333333333333333333333333 111111111 22222222222222222222 111111 1111111 111111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333 11
lowQualScore : 1 77777 77777 5 1 88 1 5 3333 22 88 999999999 1 00 88 1 2 0 0 33 0 0 6666 0000000 5 7 555 77 4 4 55555555555555 33 2 000000 2 8888888 9 3333 2 9999 2 1 4444 44444 2 2 22 2 444 777 555 1 2 1 1 00000 3333 11 3333 111111 5 222 1111111 44 555 555 888888 33333 3 3 0 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888 11 555 2 1 33 33 2 0 888 555 77 888 11111111111111111111111111111111 2 2 44 888888888 1 555 1 4 1 0 333 88888888888888888888 0 222222 0 6 2 0000000 3 888888 3 44 3 3 77777 6666 0 2 2 33 111111111 7777777777 7777 2 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 5 77 5 0 0000000000000 6 33
lowQualScore : . ..... ..... . . .. . . .... .. .. ......... . .. .. . . . . .. . . .... ....... . . ... .. . . .............. .. . ...... . ....... . .... . .... . . .... ..... . . .. . ... ... ... . . . . ..... .... .. .... ...... . ... ....... .. ... ... ...... ..... . . . ... ................................................................... ............. .. ... . . .. .. . . ... ... .. ... ................................ . . .. ......... . ... . . . . ... .................... . ...... . . . ....... . ...... . .. . . ..... .... . . . .. ......... .......... .... . . ............................................................... . . . .. . . ............. . ..
lowQualScore : 0 00000 55555 0 0 00 0 5 5555 00 55 000000000 0 33 33 0 0 2 8 88 0 0 4444 5555555 7 8 777 66 4 4 22222222222222 99 9 333333 5 1111111 3 3333 2 2222 1 2 5555 55555 1 1 99 3 111 444 111 9 5 4 4 00000 1111 22 5555 666666 3 222 9999999 11 888 444 222222 77777 1 1 2 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333 33 444 9 2 99 77 9 4 888 555 33 555 33333333333333333333333333333333 2 8 66 111111111 8 111 4 1 8 5 999 00000000000000000000 7 888888 9 3 4 0000000 1 888888 1 22 1 1 77777 5555 5 9 9 99 444444444 9999999999 7777 8 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 7 3 99 7 3 1111111111111 7 88
consensus : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--GAAA-GTTG--TCT---TG----T-------TTTN----A---------A-CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------T-ACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
Reference ( family-2513 ) : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--GAAA-GTTG--TCT---TG----T-------TTTN----A---------A-CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------T-ACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|1 : AATAAACAGTTGAAAACAATAATATAATTATAGAGTTGAATG--TAAAACAGCTGTATCACCTTCTTAATAAATATGAA--GATAAAACAGCTTTGCAT--TCAGTTGTTAAC---TGATTTTTTTAGT-TC-AGTAA-----------ACGCTGTGT---TTCACA-GAT-CTGT-----A-A----TTTAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCGTAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TGTTTTGGCAATATGAGTTTGTATGTTT----CATTCTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAC-TCAT----TGT----G-C-ATA--TGTTCCAAAAATTTAATTTAAATTC---A--TAAAGC--AATAAACATGTACCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAAT-----CAAT--GTTCACAATTATATCAGTATCAAGTATGTAAAA--TATTTG---CAGCAA-----TTCG-ACCTTACTGA---AACAA---TGCA--TGATCTC-TG--CAG-G-TATCTT---TAGAA---------------A----------AT---------G-TC--A---------------------ACG-------------TTCGGAT---ACA-AATACATC--AAA--ATATGT-GGTTATGATGAAA-GTTG--TCTAAATG----T-------TTTC----A---------C-CAAAGCCT--AAA----TA-A-ACTCCTTT--GGGTTAAGGTCAA-GAGGTCGAGATGTATCACAAGATACATG--------T-ATTAATACTA------TTGTGAATTGTGATTTTATGGGTGGT-------GTATTTCAGA-AACAT------TT-T--A-CATG-CTTA-----CAT----CTGTCAGAATTTAAATGAA-AT-GTTCT--GA---------TATTATGC----------CAA----ATAAATTTTTTCATT--------A-------A-------ATCA-------AA-ATATGA-ACT--TTACA---G----GTCTTAACGAAATATCAATTAA--TC-CAGGTGCCCAATTATGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|10 : tttcaatagT---ACA-AAT--ATTGTAAATGATATGT-GGTTG-G--GAAA-GTTG--TCT---TG----T-------ATT---------------------TTCT--ATA----CA-T-ACTCAGTT--TAGTTAGGG
gi|10 : ACCGGCCACATGGATTT-ACTGA-------TATTTCGTCAACACGAAT-AGTACATTT----TATATTGTTTTCTACAATCTGA-TG----AACAAAT-TTAT----TGG----T-C-ACA--TT-----AAATTTTCATTTAGATTC---A--GACAGA--TATAAGCATGTTACAA-TTTTTGGAATTGCACCACCCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttgcgggtggtgcaattccaaaaattgtaacatgcttatatctgtctgaatctaaatgaaaatttaatgtgaccaataaatttgttcatcagattgtagaaaacaatataaaatgtactattcgtgttgacgaaatatcagtaaatccatgtggccggtatacaccgttttatttag
gi|11 : tacaaatattgtaaatgatatgtggttgggaaagttgtcttgtattttctatacatactcagtttagttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttAA--ATATGT-G-------------GTCG--TCT---TGGT--T-------TTTA----A---------A-CACATCCT--ATG-----------TCAATC---GGTTAGGGCCAATGAatacaccgttttatttag
gi|11 : atCA-ATT-CTG------A-G----GATAA--ACACTAT-TCAA------GTTTCAAAATTGGTCACTTGAATGT-ATTGA-------CATGTGGTCAACACAAGTTTGTAAATTA----CATATTCTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TAAT----T-T----GTC-ATATTTTTTTCGAAAATTTCATTTAACTTC---A--GACAGA--AACAAGCATG------------TGAAATGCATCACCGACAAAGT-----CAtaaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttgtcggtgatgcatttcacatgcttgtttctgtctgaagttaaatgaaattttcgaaaaaaatatgacaaattaatttgttcattagattgtagattagaatatgtaatttacaaacttgtgttgaccacatgtcaatacattcaagtgaccaattttgaaacttgaatagtgtttatcctcagaattgat
gi|12 : ataaatatgtggtcgtcttggtttttaaacacatcctatgtcaatcggttagggccaatgataaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TATGTT---TGGGT---------------A----------AT---------G-TTTTA---------------------ACAGGCCTGGATATCATTCTGAC---ACA-AATGCATC--AAA--TTCTGTTGGCTTTG--AAGCTGTTG--TGTG--TG----TAA-----TTTT----AGCAAGTCACA-TAAATGCTCAATAGGGTTA-A-AANNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TGAT-------ACATTTTAAA-AAGAT------GC-T--A-CATG---TA-----TTT----CTGTATTAATGTAAATGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------ACA----ATGAATTTGTGCATTTAGACTGGA-------A-------ATTA-------AA-ATATGA-CAT--TTACA---A----at
gi|12 : AGCACAAGTTTGTAAATGT----CATATTTTAATTTCCAGTCTAAATG----CACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTCCATTTACATTA---A--TACAGA--AATA--CATGTAGCAT-CTTTTTAAAATGTATCACacttgtgct
gi|13 : gtatgtttgggtaatgttttaacaggcctggatatcattctgacacaaatgcatcaaattctgttggctttgaagctgttgtgtgtgtaattttagcaagtcacataaatgctcaatagggttaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAA---GG----T-ATCTC-TT--CAA-T-TAGTTT---TAGAA---------------A----------AT---------G-TT--ATTACAGGCACAGGCCTGGTAAACT-------------TCCTGAT---ACA-AATGCATT--AAA--ATATGT-GATTGTG---AAA-GATG--TCT---TG----T-------TTTTTTTTA---------A-CAAATCTC--ATA----TA-A-ACTCAGTTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGGCATTTCAGA-A-GTT------TT-T--A-CATG-CTTA-----TTA----CTATCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCA--GA---------AAATATTC----------ACA----ATGAATTAGTTTGTT--------A-------G-------ATTGTAGATTTAA-ATATGA-A
gi|14 : -AATGCATC--GA----CACGT-GGTTGTG--GAA--GTTG--CCT---TG----TGTTTTATTTTA----A---------A-CAAATGCT--ATA----TACATACTCAACT--GGGCTAAGGTGAACGAGGTGGAGATG----ACAA---ACGTGCAACAAGAT-ACTGATACAA------ATGTGAATTT--ACTCTGCGGATGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-A--A-TATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAATTGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATTAATTGGCTCATA--------A-------G-------ACT--------GA-ATATAAGAAT--GTA-A---A----ATGT
gi|15 : TT------ACAGTATAT---TATACA-AACATTGC-----ACA----CATAT--AT----C-TTAAAGAAGGCCT--GTAATCGGTCACCTAGATTT-ATTGA-------TATTGTGTCAATACGAGTT----AATGT----C--ATTTTAATGTCCAATTTAA-TG----AACACAT-TTTT----TGA----G-CTACA--T-------AAATT--AATCAAATTC---A--TAAAGA--AATGAACATGTAGCAA-CTATTATAAA-GTATCACCCGCAAAAT-----CAAA--ATTGACAATTGTATTATTATCTGGTTTGT------CGGTTA---CGGCGAGACATCTCT-ACATAATTGG---AACAA---Tacagactcccgcacacgatgtagtgtgcatcaatgatgtaaccatggtaactatcagcgaa
gi|16 : TTTGTATGGTTACTTGTTATCCCATTATTTTCT--AT-TCGAGT--TGTT-------ACAATCTGTGACTTTGTC-TAC-CTTTTTATCA-A----CACAT--ATGGTAC-TCAA------CCCTCATAGTGGCTCACCTGTTTTTTCTTGC-------TATTTTGCCAACATGGGTTTGTAAATTT----CACATATTAATCTACAATCTAG-TGA---AAAAAAT-TCAT----TGT----G-T-ATA--TTTTCCGAACATTTCTGTCAAATTA---A--TAAAGC--AAAAAACATGTGCTAA-TGTTTTTAAATG
gi|17 : TAATATTTTGAATTACA-TACAT---TAGACA-AGT-CA-------A-A----CGTAT--ACGCTAC-TC-----------TCATAATCGGTCGCCTGGAATC-ATTGA-------TTATTCGTCAACACGAGTCAATAAATTT----CATATCTTAATCTAAAATCTAA-TA----AGCAAATATCAT----TGG----G-T-ATA--TTTTCTGAAAATGTCATCTAAATTC---A--TACAAC--AATAAACAAGAGCCAA-CCTTTTGt
gi|18 : ta-AAT-CTAT-----G-AAATGTACATGAACACTCC-TTAA------CTGTCATAGTCGGTCACCTGGATTG-ATTGATAGTTGCTATTTAGGTAACACGAACACGTAAA---AAAACATAGTTTAATCTACAATCTAA-TG----AAC-AAT-TTAT----TGT----G-C-ATA--atttcacgaaaacgatatatatgaaatatacatt
gi|19 : aaaaagtcggggagagttgtgtatggtaataatttgcatttcaaatatgatatT---TCTACA-TA--CTGT-----ACA----TAT-T--GCAGTAC--CAAT-----CTTTCATAATTGGTCACTTGGATGT-ATTGA-------TATTCCTTTAACATGAATTC-------------ATATCTTAATATACACTCTTA-TG----AACACAT-TCAT----TGG----A-A-ATA--TTGTTAGAAGTTGTCATTTAAATTC---A--GACAGA--ACTAAGCATGTAACAC-CTTTTTGAAATGCACCAACCGCaatcattgtcataaaaatgatgtggatacaat
gi|2 : AT--ACACTCC-TAAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGAATTT-ATTGA-------TATTCTGGCAACACCAGATTGCAAATTT----CATATTTTAATC--------AA-T---------AAT-TGAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTTCATATAAATTCTTAA--GGCA-----ATACACATGTACCAA-CTCTTTAAAATGCACTACCCACTAAAA-----CAAT--TTTCATAATCATATCAGTTTTATGTATGC--A---TACTTATCACAGTGA-----TTCA-CCCTCATTGA---AACAA---AGCA--T-ATATT-----CAA-G-TATCTT---TGGAT---------------A----------A----------G-TT--ATTCC-----------------ATG-------------C-CTGGTTTTGCA-ATTGCATC--AAC--ATATGT-GGTTGTG---AAA-GTTG--TC------------------------------------A-CA-----T--ACA----TA------CAACT--GGGTTAAGGTCACTGAG--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNATTTTGTGAGTGGT-------GCATTTAAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTTAATTTAAATGGA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTTTTCATT--------G-------G-------ATT------------------------------------GTTTTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGAGTATGA---AA-----GTTGAGT-
gi|20 : agtgttttgtttttgctgtttgtagccatatttctaaaACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|21 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|22 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt--ATATTACATCAA------AGGTTATAATCGGTCTCCTGAATCT-ATTAT-------TATTTCGTCAACA-------------TT----AATATTACAATTTACAATCTAA-TG----CACTTAT-TCAT----TGT----G-A-ATA--TTTTCTG-AAATTCCATTAAAATTC---A--GAC-------CAAGCATGTAACAA-CGTTTTGAA
gi|23 : -----A-A----TTTAT--ACACCAA-ACAA------CTTTAATAATTGGTCACATGGAATA-ATTGA-------TATTTTGTCAACATGGGTTAGTAACGTT----CATATTTTAATCTACAATTTAA-TG----ATCAAAT-GTATTAAATGT----G-C-AT---TTTTCCGTCAATTTCATggttctggaatatatatat
gi|24 : ctA-AT-TTTCA--GA---------AGATATGCACACACTCTGCCAGCACACGAATTT-TTCAAT--------A-------G-------ATTA-------AGGAT-TTA-AATGGTTACATAGG----GTATTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGGCCCACTACAACTTAT-----GTTGAt
gi|25 : TCATTGA---AAAAAAAACGCA--A-GACTT-------A-G-TATCTT---TGGGC---------------A----------ATTCCAGACCTGCTT--A---------------------ACG-------------TTTTAAT---ACC-AATACGTC--TAA--CTATGT-GCTCGTA--GAAA--TTG--TCG---TG----TG------TGTT----A---------G-CAAGTCC
gi|26 : gTTTGCGGATCTT-------GCATTTCAAA-AGGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTATCTGAATTTATATGAATAT-TTT-T--GA---------AAAGATTT----------CCA----ATAAATGTGTTGA-T--------A-------T-------ATTA-------attat
gi|27 : ctACAAGATAC---------------TGATAAAA------TTGTGA-TTTTAATTTT-TGGATAAT-------GTGTTCCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTATATGAAATTAAATG---GT-TTTTT---A---------TAGTATGG----------CCA----Atgtttgtaaatagta
gi|28 : tATTT----CATTATTTAGTCTACAATCCAA-T-------------TCAT----TGTCAGCG-C-ATA--TTTTCCGCTACGTTTATTTAAATTC---A--CAAAGC--TATAAGCATGT
gi|29 : aacATTTTTTCATT--------A-------G-------ATTA-----------TA-GA----------------------TTAA-GAAGTATCAATAA---TC-CAAGTGTCTGATTATGA---AA-----GTTGAGTAGCG--TATTg
gi|29 : AT--ACGCTAC-TCAA------CTTTCATAATCAGACACTTGGA-TT-ATTGA-------TACTTCgcaat
gi|3 : attttttcattagattatagattaaAACTTTCATTTAAATCT---A--GACAGG--AAAAAGCATGAAACAAACTTTTTGAAATTCACCACCTATTAATT-----CAAA--ATTCACAATTACATTAGGGTCAGGTATGT--AGACTATTTG---CAGCG--------------T--TTGA---AA--G---TGT---T-ATTCCATG--C----------C---TGG-----------------------------------------TT--A---------------------ACG-------------TTTGAAT---AAA-AATGCATC--AAA--ATATGC-GGATG-A--GAAA-GATG--TCT---TG----T-------TTTTTA--A---------A-CAAACATC--ATA----CA-T-ATTAAATT--GGTTCAAGGTCAATGAGGTCGGGAAGTATCAC------CTTG--------TTACTGATGCAA------TTCAGAATTTTGACTTTGCGAGTGGT-------ACATTTAAAA-AA--T------GT-TTGA-CATG-CTTA-----TTCATTCCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--AA---------AAATATAC----------CAA----ATGGATTTGATCAAT--------A-------GAGTGTAAATCA-------AA-ATATCG-GAT--TAGCA---AACTCGTGTTGACGAAATGTCAATATA--TG-CAGGTAACCGATTAC-----AACTTTTGTTGAGT-GTA--tgcaat
gi|30 : aaatcattgtgcataaagcaatggatatgtact----GTATTGACGAAAAATCAATTAACTTCACACGTGACCGATTA--A---AACATCTGTTGAGC-ATATTTACTAGTGctctactattgcaa
gi|32 : aattc-ATCTCATTAA---CACAA---TGCA--T--TTTT-T---CAA-G-TATCTTTTGTGGAC---------------A----------Ata
gi|4 : T--ACACTAT-TCAA------CTTTT-TAACCAGTCACTAGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTTAACACATGTTTGTAAATTT----CATATTTT--CCTA-----TAA-TGA---AACAAAT-T-AT----TAA----G-C-ATA--TTTTCTGAATTTTTCATCTAAATTA---ATGAATAAAGCAATAAACATGTACCAA-CTTTTTATAATGTATCGCCCACTAAGT-----CANN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNT-ATC------------------TGCAGGT-ATCTT-TGGACAATGTTATTCC---AGGCC---------------------------TG--------G-TT--A---------------------ACA-------------TGCCGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--AAAT-ATGGCATGT---TT----T-------TTTA----A---------A-CAAATACC--ATA----TG-T-ACTCAATT--GGGTTATGGattttattccag
gi|4 : ACTTTGCGTTTG-T-------ACGTTTTAAA-AAGTT------TT-C--A-TGTG-CTTA-----TTT----TTCTCTGAATTTAAATTAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATAC----------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttgtacgttttaaaaagttttcatgtgcttatttttctctgaatttaaattaaattttctgaaaatatacc
gi|5 : tacactattcaactttttaaccagtcactaggatttattgatatttcgttaacacatgtttgtaaatttcatattttcctataatgaaacaaattattaagcatattttctgaatttttcatctaaattaatgaataaagcaataaacatgtaccaactttttataatgtatcgcccactaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACACGAGTTATCATATTT----CATATTTTAATCTACATTCTAA-TGAACAAACAAAT-CTAG----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGGAAATTGCATTTAAATT
gi|5 : --AA--TAATTAA--CAGCGA-----TTCG-GCCTCACTGATTGGCCAA---TGT---T-ATCCC-------A-G--ACCT-----GGTG---------------A----------AA---------G-TT--T---------------------ATA-------------TTC---------A-ACTGCATC--AAA--ATATGG-GGTCGTG--AGAG-GTTGT-TCT---TG----T-------TTTA----A---------A-CAAATCTC--ATA----AA-T-ACTCAATaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|5 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacA------CTTTTATAATCGGTCACCTCGATTC-ATTGA-------TATTTCATCGACACGAGTTTGTAAATTT----CATATTTCAATCTACAATCTAA-TG----ATCAAAT-TCAC----TGG----G-A-A-G--TTTTTAGAAAATTTCATTTGAATTC---A--GACAGA--AAAAGGTATGTAACAA-CTTTATGAAATGTCCCTCCCGTAAAGT-----CAaatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|6 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAAAAAGTTGAA-----TAGTAT-----TAGA-TTGACTGAGCAATAC-GCTGTA----CTGATTAATA--CATGAACTG-T----CTGTTTT--AT--TTAAATGCCAATTCATGTCTATTC--AT-TT-AG-AATATTT------ACAATGTATA--TTGACATAAT-AT-T-----A-A----TAAAT--ACACTAC-ACAA------CATTCATCATCGGTCACCTTGATGT-ATTGT-------GATTTCGTCAACAGGAGTCGATGAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-C-----------T-TTTT----GGG----G-C-ATA--TTATCAGAAACTTTCATTTAAAATC---G--GACAGA--AATAAGCATATTACAA-CTTATTGAAATGTACAAACCGCAAAGTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNG-ACATCATTTA---AACAA---TGC---T--TCTC-TG--TAA-G-TATATT---TGGAC---------------ATGGTTAGCCCATGCCTG----G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---AC------CATC--AAA--ATgg
gi|7 : tttcatCAAAT-TTAT----AGT----G-C-ATA--TTTACCAAACGGTTCATTTATTTTC---A-----ATA--AATAAACATGTACCAA-ACTTTCGAAATGCTCTACATAATAAAT-----GAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNCG-ACCACATTGA---AACAA-----AA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TTTATT---TGGACAATGATATTCCAGATA----------AT---------G-TT--T---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGAATC--AAA--ATAT----ATTGT---GAAA-CTTG--TCT---TGATTTT-------TTTT----T---------G-CA-----T--GTT----TA-A-A---AAT-----GTTAAGG-----GAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NACTTTGCGGGGTGT--G-CAT--CTTAAACCGTTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-ATATTTCTTGGAGTTTTACACGAAGATGCG---------CCA----GTAAGTTTATTcatattcatgtccaattgggttatgataaat
gi|8 : aaataaataagtaaTCATTGA---AACAA---TGCA--T---CTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--ATTCCAGGTGTGGTTA------ATG-------------TTCTCAT---TCA-AATGCATC--ACA--ATATGT-GGTTGTG--AAAA--CTG--TCT---TGA---T-------TTTA----A---------AACAAATCCT--AT-----TG-ATACTTAATT--GGGGTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNNNNNNTCTTGTGAAATC-GACTTTCCGGATGGT-------GAATTTCAAAGAAGTT------GT-T--AACATTTCTTA-----TTT----CTATCTGAATTTAA-TGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATGTGTTCATT--------ACAATGTAA-------ATTA-------AA-AAATGA-ACT--TTACA----------GTC-------CATCCATAAA--TC-CAGGTGACCGATTATGG---AA-----GTTGAAT-a
gi|9 : CATAAGGTTTT--ATCTT-AGTGTTATT----------AT-TGT---TT--CA-AGT-TTAT-----A-AAA--TATGT--ACAATAC-TCAA------TTTTCATAATCGGTCACGAGGATTT-CTTGA-------TATTTCATCAACATAAGTTTGTAAATTT----CATATTTTAATCTACACTCTAA-TG----AACAATT-TCAT----TAT----G-C-CTA--TGTTCTACAAATGTCACTTATATTT---A--TAAAGT--AGTAAACATGTACCAA-CATTTTGAAATGCACCATCCGCT-----------AC--AT---------TATTAGTA----GAATGT---A--TA--TG---CATC-A-----TTTGTACCTCATTAA---GACAA---TAC-----GTCTC-TG--CAA-G-TACCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCT-AT---ACACAAT-TATC--CAA--AAATGT-GGTTGaatgtacaatttatgtaatttctgccgattattgtcaaagaaatgaaatataaatcggcacacaggcttctgtgtatc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TGTACCAATTTTAAGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|33 ): CTTTGGACAATGTTATTCCATGCCTGGTAGATAAGCCGATACAGA
Alignments
lowQualScore : 22222 22222 1 11 1 2222 11 333333333 11 11 1 11 1 1 3333333 111 22222222222222 111111 11111 1111 222222 111 1111111 111111 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 33333333333333333333333333333333 111111111 22222222222222222222 111111 1111111 111111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333 11
lowQualScore : 1 77777 77777 5 1 88 1 5 3333 22 88 999999999 1 00 88 1 2 0 0 33 0 0 6666 0000000 5 7 555 77 4 4 55555555555555 33 2 000000 2 8888888 9 3333 2 9999 2 1 4444 44444 2 2 22 2 444 777 555 1 2 1 1 00000 3333 11 3333 111111 5 222 1111111 44 555 555 888888 33333 3 3 0 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888 11 555 2 1 33 33 2 0 888 555 77 888 11111111111111111111111111111111 2 2 44 888888888 1 555 1 4 1 0 333 88888888888888888888 0 222222 0 6 2 0000000 3 888888 3 44 3 3 77777 6666 0 2 2 33 111111111 7777777777 7777 2 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 5 77 5 0 0000000000000 6 33
lowQualScore : . ..... ..... . . .. . . .... .. .. ......... . .. .. . . . . .. . . .... ....... . . ... .. . . .............. .. . ...... . ....... . .... . .... . . .... ..... . . .. . ... ... ... . . . . ..... .... .. .... ...... . ... ....... .. ... ... ...... ..... . . . ... ................................................................... ............. .. ... . . .. .. . . ... ... .. ... ................................ . . .. ......... . ... . . . . ... .................... . ...... . . . ....... . ...... . .. . . ..... .... . . . .. ......... .......... .... . . ............................................................... . . . .. . . ............. . ..
lowQualScore : 0 00000 55555 0 0 00 0 5 5555 00 55 000000000 0 33 33 0 0 2 8 88 0 0 4444 5555555 7 8 777 66 4 4 22222222222222 99 9 333333 5 1111111 3 3333 2 2222 1 2 5555 55555 1 1 99 3 111 444 111 9 5 4 4 00000 1111 22 5555 666666 3 222 9999999 11 888 444 222222 77777 1 1 2 444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333 33 444 9 2 99 77 9 4 888 555 33 555 33333333333333333333333333333333 2 8 66 111111111 8 111 4 1 8 5 999 00000000000000000000 7 888888 9 3 4 0000000 1 888888 1 22 1 1 77777 5555 5 9 9 99 444444444 9999999999 7777 8 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 7 3 99 7 3 1111111111111 7 88
consensus : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--GAAA-GTTG--TCT---TG----T-------TTTN----A---------A-CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------T-ACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
Reference ( family-2513 ) : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--GAAA-GTTG--TCT---TG----T-------TTTN----A---------A-CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------T-ACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|1 : AATAAACAGTTGAAAACAATAATATAATTATAGAGTTGAATG--TAAAACAGCTGTATCACCTTCTTAATAAATATGAA--GATAAAACAGCTTTGCAT--TCAGTTGTTAAC---TGATTTTTTTAGT-TC-AGTAA-----------ACGCTGTGT---TTCACA-GAT-CTGT-----A-A----TTTAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCGTAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TGTTTTGGCAATATGAGTTTGTATGTTT----CATTCTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAC-TCAT----TGT----G-C-ATA--TGTTCCAAAAATTTAATTTAAATTC---A--TAAAGC--AATAAACATGTACCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAAT-----CAAT--GTTCACAATTATATCAGTATCAAGTATGTAAAA--TATTTG---CAGCAA-----TTCG-ACCTTACTGA---AACAA---TGCA--TGATCTC-TG--CAG-G-TATCTT---TAGAA---------------A----------AT---------G-TC--A---------------------ACG-------------TTCGGAT---ACA-AATACATC--AAA--ATATGT-GGTTATGATGAAA-GTTG--TCTAAATG----T-------TTTC----A---------C-CAAAGCCT--AAA----TA-A-ACTCCTTT--GGGTTAAGGTCAA-GAGGTCGAGATGTATCACAAGATACATG--------T-ATTAATACTA------TTGTGAATTGTGATTTTATGGGTGGT-------GTATTTCAGA-AACAT------TT-T--A-CATG-CTTA-----CAT----CTGTCAGAATTTAAATGAA-AT-GTTCT--GA---------TATTATGC----------CAA----ATAAATTTTTTCATT--------A-------A-------ATCA-------AA-ATATGA-ACT--TTACA---G----GTCTTAACGAAATATCAATTAA--TC-CAGGTGCCCAATTATGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|10 : tttcaatagT---ACA-AAT--ATTGTAAATGATATGT-GGTTG-G--GAAA-GTTG--TCT---TG----T-------ATT---------------------TTCT--ATA----CA-T-ACTCAGTT--TAGTTAGGG
gi|10 : ACCGGCCACATGGATTT-ACTGA-------TATTTCGTCAACACGAAT-AGTACATTT----TATATTGTTTTCTACAATCTGA-TG----AACAAAT-TTAT----TGG----T-C-ACA--TT-----AAATTTTCATTTAGATTC---A--GACAGA--TATAAGCATGTTACAA-TTTTTGGAATTGCACCACCCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttgcgggtggtgcaattccaaaaattgtaacatgcttatatctgtctgaatctaaatgaaaatttaatgtgaccaataaatttgttcatcagattgtagaaaacaatataaaatgtactattcgtgttgacgaaatatcagtaaatccatgtggccggtatacaccgttttatttag
gi|11 : tacaaatattgtaaatgatatgtggttgggaaagttgtcttgtattttctatacatactcagtttagttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttAA--ATATGT-G-------------GTCG--TCT---TGGT--T-------TTTA----A---------A-CACATCCT--ATG-----------TCAATC---GGTTAGGGCCAATGAatacaccgttttatttag
gi|11 : atCA-ATT-CTG------A-G----GATAA--ACACTAT-TCAA------GTTTCAAAATTGGTCACTTGAATGT-ATTGA-------CATGTGGTCAACACAAGTTTGTAAATTA----CATATTCTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TAAT----T-T----GTC-ATATTTTTTTCGAAAATTTCATTTAACTTC---A--GACAGA--AACAAGCATG------------TGAAATGCATCACCGACAAAGT-----CAtaaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttgtcggtgatgcatttcacatgcttgtttctgtctgaagttaaatgaaattttcgaaaaaaatatgacaaattaatttgttcattagattgtagattagaatatgtaatttacaaacttgtgttgaccacatgtcaatacattcaagtgaccaattttgaaacttgaatagtgtttatcctcagaattgat
gi|12 : ataaatatgtggtcgtcttggtttttaaacacatcctatgtcaatcggttagggccaatgataaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TATGTT---TGGGT---------------A----------AT---------G-TTTTA---------------------ACAGGCCTGGATATCATTCTGAC---ACA-AATGCATC--AAA--TTCTGTTGGCTTTG--AAGCTGTTG--TGTG--TG----TAA-----TTTT----AGCAAGTCACA-TAAATGCTCAATAGGGTTA-A-AANNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TGAT-------ACATTTTAAA-AAGAT------GC-T--A-CATG---TA-----TTT----CTGTATTAATGTAAATGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------ACA----ATGAATTTGTGCATTTAGACTGGA-------A-------ATTA-------AA-ATATGA-CAT--TTACA---A----at
gi|12 : AGCACAAGTTTGTAAATGT----CATATTTTAATTTCCAGTCTAAATG----CACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTCCATTTACATTA---A--TACAGA--AATA--CATGTAGCAT-CTTTTTAAAATGTATCACacttgtgct
gi|13 : gtatgtttgggtaatgttttaacaggcctggatatcattctgacacaaatgcatcaaattctgttggctttgaagctgttgtgtgtgtaattttagcaagtcacataaatgctcaatagggttaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAA---GG----T-ATCTC-TT--CAA-T-TAGTTT---TAGAA---------------A----------AT---------G-TT--ATTACAGGCACAGGCCTGGTAAACT-------------TCCTGAT---ACA-AATGCATT--AAA--ATATGT-GATTGTG---AAA-GATG--TCT---TG----T-------TTTTTTTTA---------A-CAAATCTC--ATA----TA-A-ACTCAGTTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGGCATTTCAGA-A-GTT------TT-T--A-CATG-CTTA-----TTA----CTATCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCA--GA---------AAATATTC----------ACA----ATGAATTAGTTTGTT--------A-------G-------ATTGTAGATTTAA-ATATGA-A
gi|14 : -AATGCATC--GA----CACGT-GGTTGTG--GAA--GTTG--CCT---TG----TGTTTTATTTTA----A---------A-CAAATGCT--ATA----TACATACTCAACT--GGGCTAAGGTGAACGAGGTGGAGATG----ACAA---ACGTGCAACAAGAT-ACTGATACAA------ATGTGAATTT--ACTCTGCGGATGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-A--A-TATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAATTGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATTAATTGGCTCATA--------A-------G-------ACT--------GA-ATATAAGAAT--GTA-A---A----ATGT
gi|15 : TT------ACAGTATAT---TATACA-AACATTGC-----ACA----CATAT--AT----C-TTAAAGAAGGCCT--GTAATCGGTCACCTAGATTT-ATTGA-------TATTGTGTCAATACGAGTT----AATGT----C--ATTTTAATGTCCAATTTAA-TG----AACACAT-TTTT----TGA----G-CTACA--T-------AAATT--AATCAAATTC---A--TAAAGA--AATGAACATGTAGCAA-CTATTATAAA-GTATCACCCGCAAAAT-----CAAA--ATTGACAATTGTATTATTATCTGGTTTGT------CGGTTA---CGGCGAGACATCTCT-ACATAATTGG---AACAA---Tacagactcccgcacacgatgtagtgtgcatcaatgatgtaaccatggtaactatcagcgaa
gi|16 : TTTGTATGGTTACTTGTTATCCCATTATTTTCT--AT-TCGAGT--TGTT-------ACAATCTGTGACTTTGTC-TAC-CTTTTTATCA-A----CACAT--ATGGTAC-TCAA------CCCTCATAGTGGCTCACCTGTTTTTTCTTGC-------TATTTTGCCAACATGGGTTTGTAAATTT----CACATATTAATCTACAATCTAG-TGA---AAAAAAT-TCAT----TGT----G-T-ATA--TTTTCCGAACATTTCTGTCAAATTA---A--TAAAGC--AAAAAACATGTGCTAA-TGTTTTTAAATG
gi|17 : TAATATTTTGAATTACA-TACAT---TAGACA-AGT-CA-------A-A----CGTAT--ACGCTAC-TC-----------TCATAATCGGTCGCCTGGAATC-ATTGA-------TTATTCGTCAACACGAGTCAATAAATTT----CATATCTTAATCTAAAATCTAA-TA----AGCAAATATCAT----TGG----G-T-ATA--TTTTCTGAAAATGTCATCTAAATTC---A--TACAAC--AATAAACAAGAGCCAA-CCTTTTGt
gi|18 : ta-AAT-CTAT-----G-AAATGTACATGAACACTCC-TTAA------CTGTCATAGTCGGTCACCTGGATTG-ATTGATAGTTGCTATTTAGGTAACACGAACACGTAAA---AAAACATAGTTTAATCTACAATCTAA-TG----AAC-AAT-TTAT----TGT----G-C-ATA--atttcacgaaaacgatatatatgaaatatacatt
gi|19 : aaaaagtcggggagagttgtgtatggtaataatttgcatttcaaatatgatatT---TCTACA-TA--CTGT-----ACA----TAT-T--GCAGTAC--CAAT-----CTTTCATAATTGGTCACTTGGATGT-ATTGA-------TATTCCTTTAACATGAATTC-------------ATATCTTAATATACACTCTTA-TG----AACACAT-TCAT----TGG----A-A-ATA--TTGTTAGAAGTTGTCATTTAAATTC---A--GACAGA--ACTAAGCATGTAACAC-CTTTTTGAAATGCACCAACCGCaatcattgtcataaaaatgatgtggatacaat
gi|2 : AT--ACACTCC-TAAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGAATTT-ATTGA-------TATTCTGGCAACACCAGATTGCAAATTT----CATATTTTAATC--------AA-T---------AAT-TGAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTTCATATAAATTCTTAA--GGCA-----ATACACATGTACCAA-CTCTTTAAAATGCACTACCCACTAAAA-----CAAT--TTTCATAATCATATCAGTTTTATGTATGC--A---TACTTATCACAGTGA-----TTCA-CCCTCATTGA---AACAA---AGCA--T-ATATT-----CAA-G-TATCTT---TGGAT---------------A----------A----------G-TT--ATTCC-----------------ATG-------------C-CTGGTTTTGCA-ATTGCATC--AAC--ATATGT-GGTTGTG---AAA-GTTG--TC------------------------------------A-CA-----T--ACA----TA------CAACT--GGGTTAAGGTCACTGAG--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNATTTTGTGAGTGGT-------GCATTTAAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTTAATTTAAATGGA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTTTTCATT--------G-------G-------ATT------------------------------------GTTTTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGAGTATGA---AA-----GTTGAGT-
gi|20 : agtgttttgtttttgctgtttgtagccatatttctaaaACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|21 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|22 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt--ATATTACATCAA------AGGTTATAATCGGTCTCCTGAATCT-ATTAT-------TATTTCGTCAACA-------------TT----AATATTACAATTTACAATCTAA-TG----CACTTAT-TCAT----TGT----G-A-ATA--TTTTCTG-AAATTCCATTAAAATTC---A--GAC-------CAAGCATGTAACAA-CGTTTTGAA
gi|23 : -----A-A----TTTAT--ACACCAA-ACAA------CTTTAATAATTGGTCACATGGAATA-ATTGA-------TATTTTGTCAACATGGGTTAGTAACGTT----CATATTTTAATCTACAATTTAA-TG----ATCAAAT-GTATTAAATGT----G-C-AT---TTTTCCGTCAATTTCATggttctggaatatatatat
gi|24 : ctA-AT-TTTCA--GA---------AGATATGCACACACTCTGCCAGCACACGAATTT-TTCAAT--------A-------G-------ATTA-------AGGAT-TTA-AATGGTTACATAGG----GTATTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGGCCCACTACAACTTAT-----GTTGAt
gi|25 : TCATTGA---AAAAAAAACGCA--A-GACTT-------A-G-TATCTT---TGGGC---------------A----------ATTCCAGACCTGCTT--A---------------------ACG-------------TTTTAAT---ACC-AATACGTC--TAA--CTATGT-GCTCGTA--GAAA--TTG--TCG---TG----TG------TGTT----A---------G-CAAGTCC
gi|26 : gTTTGCGGATCTT-------GCATTTCAAA-AGGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTATCTGAATTTATATGAATAT-TTT-T--GA---------AAAGATTT----------CCA----ATAAATGTGTTGA-T--------A-------T-------ATTA-------attat
gi|27 : ctACAAGATAC---------------TGATAAAA------TTGTGA-TTTTAATTTT-TGGATAAT-------GTGTTCCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTATATGAAATTAAATG---GT-TTTTT---A---------TAGTATGG----------CCA----Atgtttgtaaatagta
gi|28 : tATTT----CATTATTTAGTCTACAATCCAA-T-------------TCAT----TGTCAGCG-C-ATA--TTTTCCGCTACGTTTATTTAAATTC---A--CAAAGC--TATAAGCATGT
gi|29 : aacATTTTTTCATT--------A-------G-------ATTA-----------TA-GA----------------------TTAA-GAAGTATCAATAA---TC-CAAGTGTCTGATTATGA---AA-----GTTGAGTAGCG--TATTg
gi|29 : AT--ACGCTAC-TCAA------CTTTCATAATCAGACACTTGGA-TT-ATTGA-------TACTTCgcaat
gi|3 : attttttcattagattatagattaaAACTTTCATTTAAATCT---A--GACAGG--AAAAAGCATGAAACAAACTTTTTGAAATTCACCACCTATTAATT-----CAAA--ATTCACAATTACATTAGGGTCAGGTATGT--AGACTATTTG---CAGCG--------------T--TTGA---AA--G---TGT---T-ATTCCATG--C----------C---TGG-----------------------------------------TT--A---------------------ACG-------------TTTGAAT---AAA-AATGCATC--AAA--ATATGC-GGATG-A--GAAA-GATG--TCT---TG----T-------TTTTTA--A---------A-CAAACATC--ATA----CA-T-ATTAAATT--GGTTCAAGGTCAATGAGGTCGGGAAGTATCAC------CTTG--------TTACTGATGCAA------TTCAGAATTTTGACTTTGCGAGTGGT-------ACATTTAAAA-AA--T------GT-TTGA-CATG-CTTA-----TTCATTCCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--AA---------AAATATAC----------CAA----ATGGATTTGATCAAT--------A-------GAGTGTAAATCA-------AA-ATATCG-GAT--TAGCA---AACTCGTGTTGACGAAATGTCAATATA--TG-CAGGTAACCGATTAC-----AACTTTTGTTGAGT-GTA--tgcaat
gi|30 : aaatcattgtgcataaagcaatggatatgtact----GTATTGACGAAAAATCAATTAACTTCACACGTGACCGATTA--A---AACATCTGTTGAGC-ATATTTACTAGTGctctactattgcaa
gi|32 : aattc-ATCTCATTAA---CACAA---TGCA--T--TTTT-T---CAA-G-TATCTTTTGTGGAC---------------A----------Ata
gi|4 : T--ACACTAT-TCAA------CTTTT-TAACCAGTCACTAGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTTAACACATGTTTGTAAATTT----CATATTTT--CCTA-----TAA-TGA---AACAAAT-T-AT----TAA----G-C-ATA--TTTTCTGAATTTTTCATCTAAATTA---ATGAATAAAGCAATAAACATGTACCAA-CTTTTTATAATGTATCGCCCACTAAGT-----CANN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNT-ATC------------------TGCAGGT-ATCTT-TGGACAATGTTATTCC---AGGCC---------------------------TG--------G-TT--A---------------------ACA-------------TGCCGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--AAAT-ATGGCATGT---TT----T-------TTTA----A---------A-CAAATACC--ATA----TG-T-ACTCAATT--GGGTTATGGattttattccag
gi|4 : ACTTTGCGTTTG-T-------ACGTTTTAAA-AAGTT------TT-C--A-TGTG-CTTA-----TTT----TTCTCTGAATTTAAATTAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATAC----------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttgtacgttttaaaaagttttcatgtgcttatttttctctgaatttaaattaaattttctgaaaatatacc
gi|5 : tacactattcaactttttaaccagtcactaggatttattgatatttcgttaacacatgtttgtaaatttcatattttcctataatgaaacaaattattaagcatattttctgaatttttcatctaaattaatgaataaagcaataaacatgtaccaactttttataatgtatcgcccactaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACACGAGTTATCATATTT----CATATTTTAATCTACATTCTAA-TGAACAAACAAAT-CTAG----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGGAAATTGCATTTAAATT
gi|5 : --AA--TAATTAA--CAGCGA-----TTCG-GCCTCACTGATTGGCCAA---TGT---T-ATCCC-------A-G--ACCT-----GGTG---------------A----------AA---------G-TT--T---------------------ATA-------------TTC---------A-ACTGCATC--AAA--ATATGG-GGTCGTG--AGAG-GTTGT-TCT---TG----T-------TTTA----A---------A-CAAATCTC--ATA----AA-T-ACTCAATaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|5 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacA------CTTTTATAATCGGTCACCTCGATTC-ATTGA-------TATTTCATCGACACGAGTTTGTAAATTT----CATATTTCAATCTACAATCTAA-TG----ATCAAAT-TCAC----TGG----G-A-A-G--TTTTTAGAAAATTTCATTTGAATTC---A--GACAGA--AAAAGGTATGTAACAA-CTTTATGAAATGTCCCTCCCGTAAAGT-----CAaatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|6 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAAAAAGTTGAA-----TAGTAT-----TAGA-TTGACTGAGCAATAC-GCTGTA----CTGATTAATA--CATGAACTG-T----CTGTTTT--AT--TTAAATGCCAATTCATGTCTATTC--AT-TT-AG-AATATTT------ACAATGTATA--TTGACATAAT-AT-T-----A-A----TAAAT--ACACTAC-ACAA------CATTCATCATCGGTCACCTTGATGT-ATTGT-------GATTTCGTCAACAGGAGTCGATGAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-C-----------T-TTTT----GGG----G-C-ATA--TTATCAGAAACTTTCATTTAAAATC---G--GACAGA--AATAAGCATATTACAA-CTTATTGAAATGTACAAACCGCAAAGTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNNG-ACATCATTTA---AACAA---TGC---T--TCTC-TG--TAA-G-TATATT---TGGAC---------------ATGGTTAGCCCATGCCTG----G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---AC------CATC--AAA--ATgg
gi|7 : tttcatCAAAT-TTAT----AGT----G-C-ATA--TTTACCAAACGGTTCATTTATTTTC---A-----ATA--AATAAACATGTACCAA-ACTTTCGAAATGCTCTACATAATAAAT-----GAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNN---NNNNNN-----NNCG-ACCACATTGA---AACAA-----AA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TTTATT---TGGACAATGATATTCCAGATA----------AT---------G-TT--T---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGAATC--AAA--ATAT----ATTGT---GAAA-CTTG--TCT---TGATTTT-------TTTT----T---------G-CA-----T--GTT----TA-A-A---AAT-----GTTAAGG-----GAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN-NACTTTGCGGGGTGT--G-CAT--CTTAAACCGTTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-ATATTTCTTGGAGTTTTACACGAAGATGCG---------CCA----GTAAGTTTATTcatattcatgtccaattgggttatgataaat
gi|8 : aaataaataagtaaTCATTGA---AACAA---TGCA--T---CTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--ATTCCAGGTGTGGTTA------ATG-------------TTCTCAT---TCA-AATGCATC--ACA--ATATGT-GGTTGTG--AAAA--CTG--TCT---TGA---T-------TTTA----A---------AACAAATCCT--AT-----TG-ATACTTAATT--GGGGTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------N-NNNNNNNNNNNNNNTCTTGTGAAATC-GACTTTCCGGATGGT-------GAATTTCAAAGAAGTT------GT-T--AACATTTCTTA-----TTT----CTATCTGAATTTAA-TGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATGTGTTCATT--------ACAATGTAA-------ATTA-------AA-AAATGA-ACT--TTACA----------GTC-------CATCCATAAA--TC-CAGGTGACCGATTATGG---AA-----GTTGAAT-a
gi|9 : CATAAGGTTTT--ATCTT-AGTGTTATT----------AT-TGT---TT--CA-AGT-TTAT-----A-AAA--TATGT--ACAATAC-TCAA------TTTTCATAATCGGTCACGAGGATTT-CTTGA-------TATTTCATCAACATAAGTTTGTAAATTT----CATATTTTAATCTACACTCTAA-TG----AACAATT-TCAT----TAT----G-C-CTA--TGTTCTACAAATGTCACTTATATTT---A--TAAAGT--AGTAAACATGTACCAA-CATTTTGAAATGCACCATCCGCT-----------AC--AT---------TATTAGTA----GAATGT---A--TA--TG---CATC-A-----TTTGTACCTCATTAA---GACAA---TAC-----GTCTC-TG--CAA-G-TACCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCT-AT---ACACAAT-TATC--CAA--AAATGT-GGTTGaatgtacaatttatgtaatttctgccgattattgtcaaagaaatgaaatataaatcggcacacaggcttctgtgtatc
blockSeqs : A . . . C AG T . . GA . CTGT T GT GG C C . C G TAAT TTGAATT G A GAC AT T A TTTTATCAA GA A AGAAGG T TAGTTGC A AAAA A AACA A T TAAA TCAGC T T TT C TTA TGA AGC A A A G NNNNN CTNN TG TCTG AGAC G TCA GAGACAT GT TTG AAA AGGTA TGGA T T TTG AAAATGTTATTACAGGCACAGGCCTGGTAA GGCCTGGATATCA TG TTT C G GT TG T G CTG CA G TAATTTTAGCAAGTCACA C T CA GGGTTAA C ATG C T N NNN AAACGTGCAACAAGAT NNNNTC N N NNNAAGG G TGCGGG G TG A T AACCG ATTC T A TG GTTTTACAC ACACACTCTG GCAC G T AGAGTGTAAATCAAAATATCGGATTAGCAAACTC G G T CT A CAACTTAT A TT
blockSeqs : . . A T . . . TGTT T A C A TT . . ATGAAATG . . T . . T . . A . A . G . . . T . G A G . A A . AA TC TTAT NN C A GA T . . ATA ATG . . . ACATGGTTAGCCCATGCCTGGTTA . TG . . G . . . A AG T . TGTTTTATTTTAAA A C . TACAT A T N N N NNN NNNNNNNNNNN . N A . . . . . . . . . . . . . G . G T TAGACTGGAAATTAAAATATGACATTTACAA T G T . . CAACTTTT . .
blockSeqs : . . . AAT T A A . AG . . ATAAAA . . . . . T . . A . C . T . . . C . G A G . T A . TT TC TCAG AA T . NN A . . AAG TT . . . ACAATGATATTCCAGATAATGTTT . TG . . G . . . G AG . . TTTTTTTTTAA A G . TGAT C N N N G NNN NNNNNNNNNNN . N G . . . . . . . . . . . . . . . G T ACAATGTAAATTAAAAAATGAACTTTACA A A C . . AAACATCT . .
blockSeqs : TT . A G . CT . . GCACA . . . . . T . . . . T . T . . . T . T A C . T T . AA NN NNNN NN N . GA T . . ATA TG . . . ACAATGTTATTCCAGGTGTGGTTA . TA . . G . . . G AG . . ATTTTTTTTTG A C . CAT C G T C G TAT NNNNNNNNNNN . T G . . . . . . . . . . . . . . . T T AGATTAAGGATTTAAATGGTTACATAGG G G C . . TGAAA .
blockSeqs : . . . . TG . . GTACA . . . . . A . . . . C . A . . . A . T A C . T G . NN NN NNNN NN A . NN G . . TA TG . . . GCAATTCCAGACCTGCTTA . GA . . A . . . G AG . . GTTTTTAAA A G . TAA T G T T N NNN NNNNNNNNNNN . T G . . . . . . . . . . . . . . . G A AGACTGAATATAAGAATGTAAA A G . . . TGAAA .
blockSeqs : . T . . GAG . . . . . C . . . . C . T . . . T . T C A . A G . NN NN NNNN A N . NN G . . TA TG . . . ATAAGTTATTCC . CG . . G . . . A TA . . TTTTTTAAA A C . CAT C G T T N NNN NNNNNNNNNNN . N A . . . . . . . . . . . . . . . T T AGATTATAGA G . . . . TGGAA
blockSeqs : . . TAA . . . . . C . . . . T . G . . . T . T C C . A G . CA . . A N . G G . . AT TG . . . GTAATGTTTTA . TG . . G . . . A GG . . ATTTTAAAA A A . TGT C G N N . . AAGATAC . . A . . . . . . . . . . . . . . . G A GGATT .
blockSeqs : . . AA . . . . . T . . . . C . T . . . C . G A A . T A . . . . A . . . TA T . . . TGAAAGTTT . TG . . G . . . G AC . . TGTGTTAG A A . AAT C G . . CTTGTT . . G . . . . . . . . . . . . . . . A T
blockSeqs : . . . . . A . . . . G . G . . . C . G C A . T . . . . AT . . . . ACAATGTTA . TC . . G . . . A G . . TTTTAAA A C . TAA . . T . . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . T . . . . C . T . . . T . G G C . . . T . . . . CCTGGTTA . T . . G . . . . G . . TTTTAAA . C . TA . . N . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . T . T . . . C . C A A . . . G . . . . TTA . . . . . . . . . A . . TATT . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . C . T . . . A . G A A . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . T . A . . . A . G A C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . C . T . . . C . G T C . .
blockSeqs : . . . . . . . T . G . . . T . T . . .
blockSeqs : . . . . . T . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . .
blockSeqCons : TGT* T****** GTAA********** AA**** ATA*** G** *** TTTTTTAAA*********************** CGAAACTT*****
originalCons : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAATATTT------ACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--GAAA-GTTG--TCT---TG----T-------TTTN----A---------A-CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------T-ACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGA---AA-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
finalCons : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTGT-ATTT------ACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGTAA----------TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGTAA----TANTTG---CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCATA---TCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGAC---------------A----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGAT---ACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTGG--AAA-GTTG--TCT---TGTTTTTTAAA-----------------------CAAATCCT--ATA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------T-ACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTT------GT-T--A-CATG-CTTA-----TTT----CTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGAAACTT-----GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TGTACCAATTTTAAGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|33 ): CTTTGGACAATGTTATTCCATGCCTGGTAGATAAGCCGATACAGA
Alignments
lowQualScore : 22222 22222 1 11 1 2222 11 333333333 11 11 1 11 1 1 3333333 111 22222222222222 111111 11111 1111 222222 11111 1111111 111111 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111111 1111 1111111 2222222222222222222222222222 222222222 222222222222222222 111111 1111111 111111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 5555555 11
lowQualScore : 1 77777 77777 5 1 88 1 5 3333 22 88 999999999 1 00 88 1 2 0 0 33 0 0 2222222 8 888 5 4 4 55555555555555 33 2 000000 2 8888888 9 3333 2 9999 2 1 4444 44444 2 2 22 2 444 777 555 1 2 1 1 00000 3333 11 3333 111111 5 11111 1111111 44 555 555 888888 33333 3 3 0 555 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888 8888888888888 11 555 2 1 33 33 2 1111 66 3333333 888 0000000000000000000000000000 3 44 3 111111111 55 2 1 0 333 888888888888888888 0 222222 0 6 1 0000000 3 44 3 3 6666 0 2 2 33 111111111 7777777777 7777 2 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 5 5 77 5 0 44 3333333 6 33
lowQualScore : . ..... ..... . . .. . . .... .. .. ......... . .. .. . . . . .. . . ....... . ... . . . .............. .. . ...... . ....... . .... . .... . . .... ..... . . .. . ... ... ... . . . . ..... .... .. .... ...... . ..... ....... .. ... ... ...... ..... . . . ... .. ................................................. ............. .. ... . . .. .. . .... .. ....... ... ............................ . .. . ......... .. . . . ... .................. . ...... . . . ....... . .. . . .... . . . .. ......... .......... .... . . ............................................................... . . . . .. . . .. ....... . ..
lowQualScore : 0 00000 55555 0 0 00 0 5 5555 00 55 000000000 0 33 33 0 0 2 8 88 0 0 9999999 2 333 7 4 4 22222222222222 99 9 333333 5 1111111 3 3333 2 2222 1 2 5555 55555 1 1 99 3 111 444 111 9 5 4 4 00000 1111 22 5555 666666 3 22222 9999999 11 888 444 222222 77777 1 1 2 444 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333333 33 444 9 2 99 77 9 5555 55 1111111 555 0000000000000000000000000000 5 66 3 333333333 00 6 8 5 999 888888888888888888 7 888888 9 3 5 0000000 1 22 1 1 5555 5 9 9 99 444444444 9999999999 7777 8 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 7 3 4 99 7 3 11 7777777 7 88
consensus : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTAT-ATTTACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTT---G-CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGACA----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGA---TACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--GAAA-GTTG-------TCT---TG-T----T-T-----TT--TA--A-----ACAAATCCT--A-TA----TA-N-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------TACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTTGTT--A-CATG-CTT----ATTTCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGAAAC-----TGTTGAGT-GTA--TATTAGTG
Reference ( family-2513 ) : NNNNNNNNNAACAAANAGTTGAAAACAATAGTATAATTATAGAGTTGANTGAGCAANACAGCTGTATCACCTNNTTAATAAACATGAACTGATAAAACNGCTTTGCAT--TTANTTGTTAACCCATGATTTTTT--AT-TC-AGTGT-ATTTACAATGTGT---TTTACA-AAT-CTGT-----A-A----TATAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTCAACACGAGTTCGTAAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGAAAATTTCATTTAAATTC---A--GACAGA--AATAAGCATGTANCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAGT-----CAAC--GTTCACAATTATATTAGTATCAGGTATGT--AA--TANTT---G-CAGCGA-----TTCG-ACCTCATTGA---AACAA---TGCA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGACA----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGA---TACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGTG--GAAA-GTTG-------TCT---TG-T----T-T-----TT--TA--A-----ACAAATCCT--A-TA----TA-A-ACTCAATT--GGGTTAAGGTCAATGAGGTCGAGATGTATCACAAGATACNTG--------TACTGATACAA------TTGTGAATTTTGACTTTGCGGGTGGT-------GCATTTCAAA-AAGTTGTT--A-CATG-CTT----ATTTCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTGTTCATT--------A-------G-------ATTA-------AA-ATATGA-AAT--TTACA---A----GTGTTGACGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGATTACGAAAC--T--TGTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|1 : AATAAACAGTTGAAAACAATAATATAATTATAGAGTTGAATG--TAAAACAGCTGTATCACCTTCTTAATAAATATGAA--GATAAAACAGCTTTGCAT--TCAGTTGTTAAC---TGATTTTTTTAGT-TC-AGTA--A---ACGCTGTGT---TTCACA-GAT-CTGT-----A-A----TTTAT--ACACTAC-TCAA------CTTTCGTAATCGGTCACCTGGATTT-ATTGA-------TGTTTTGGCAATATGAGTTTGTATGTTT----CATTCTTTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAC-TCAT----TGT----G-C-ATA--TGTTCCAAAAATTTAATTTAAATTC---A--TAAAGC--AATAAACATGTACCAA-CTTTTTGAAATGCACCACCCGCTAAAT-----CAAT--GTTCACAATTATATCAGTATCAAGTATGTAAAA--TATTT---G-CAGCAA-----TTCG-ACCTTACTGA---AACAA---TGCA--TGATCTC-TG--CAG-G-TATCTT---TAGAAA----------AT---------G-TC--A---------------------ACG-------------TTCGGA---TACA-AATACATC--AAA--ATATGT-GGTTATGATGAAA-GTTG-------TCTAAATG-T----T-T-----TC------A-----CCAAAGCCT--A-AA----TA-A-ACTCCTTT--GGGTTAAGGTCAA-GAGGTCGAGATGTATCACAAGATACATG--------TATTAATACTA------TTGTGAATTGTGATTTTATGGGTGGT-------GTATTTCAGA-AACATTTT--A-CATG-CTT----ACATCTGTCAGAATTTAAATGAA-AT-GTTCT--GA---------TATTATGC----------CAA----ATAAATTTTTTCATT--------A-------A-------ATCA-------AA-ATATGA-ACT--TTACA---G----GTCTTAACGAAATATCAATTAA--TC-CAGGTGCCCAATTATGAAA-------GTTGAGT-GTA--TATTAGTG
gi|10 : tttcaatag---TACA-AAT--ATTGTAAATGATATGT-GGTTG-G--GAAA-GTTG-------TCT---TG-T----A-T-----TT--T----------------CT--A-TA----CA-T-ACTCAGTT--TAGTTAGGG
gi|10 : ACCGGCCACATGGATTT-ACTGA-------TATTTCGTCAACACGAAT-AGTACATTT----TATATTGTTTTCTACAATCTGA-TG----AACAAAT-TTAT----TGG----T-C-ACA--TT-----AAATTTTCATTTAGATTC---A--GACAGA--TATAAGCATGTTACAA-TTTTTGGAATTGCACCACCCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttgcgggtggtgcaattccaaaaattgtaacatgcttatatctgtctgaatctaaatgaaaatttaatgtgaccaataaatttgttcatcagattgtagaaaacaatataaaatgtactattcgtgttgacgaaatatcagtaaatccatgtggccggtatacaccgttttatttag
gi|11 : tacaaatattgtaaatgatatgtggttgggaaagttgtcttgtattttctatacatactcagtttagttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgttAA--ATATGT-GGTCGT--------------------CT---TG-G----T-T-----TT--TA--A-----ACACATCCT--A-TG-----------TCAATC---GGTTAGGGCCAATGAatacaccgttttatttag
gi|11 : atCA-ATT-CTG------A-G----GATAA--ACACTAT-TCAA------GTTTCAAAATTGGTCACTTGAATGT-ATTGA-------CATGTGGTCAACACAAGTTTGTAAATTA----CATATTCTAATCTACAATCTAA-TG----AACAAAT-TAAT----T-T----GTC-ATATTTTTTTCGAAAATTTCATTTAACTTC---A--GACAGA--AACAAGCATG------------TGAAATGCATCACCGACAAAGT-----CAtaaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttgtcggtgatgcatttcacatgcttgtttctgtctgaagttaaatgaaattttcgaaaaaaatatgacaaattaatttgttcattagattgtagattagaatatgtaatttacaaacttgtgttgaccacatgtcaatacattcaagtgaccaattttgaaacttgaatagtgtttatcctcagaattgat
gi|12 : ataaatatgtggtcgtcttggtttttaaacacatcctatgtcaatcggttagggccaatgataaaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G-TATGTT---TGGGTA----------AT---------G-TTTTA---------------------ACAGGCCTGGATATCATTCTGA---CACA-AATGCATC--AAA--TTCTGTTGGCTTTG--AAGCTGTTG-------TGTG--TG-TAA--T-T-----TTAGCA--AGTCACATAAATGCTCAA-TAGGGTTA-A-AANNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-TGAT-------ACATTTTAAA-AAGATGCT--A-CATG---T----ATTTCTGTATTAATGTAAATGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------ACA----ATGAATTTGTGCATTTAGACTGGA-------A-------ATTA-------AA-ATATGA-CAT--TTACA---A----at
gi|12 : AGCACAAGTTTGTAAATGT----CATATTTTAATTTCCAGTCTAAATG----CACAAAT-TCAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTCCATTTACATTA---A--TACAGA--AATA--CATGTAGCAT-CTTTTTAAAATGTATCACacttgtgct
gi|13 : gtatgtttgggtaatgttttaacaggcctggatatcattctgacacaaatgcatcaaattctgttggctttgaagctgttgtgtgtgtaattttagcaagtcacataaatgctcaatagggttaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAA---GG----T-ATCTC-TT--CAA-T-TAGTTT---TAGAAA----------AT---------G-TT--ATTACAGGCACAGGCCTGGTAAACT-------------TCCTGA---TACA-AATGCATT--AAA--ATATGT-GATTGTG---AAA-GATG-------TCT---TG-T----T-T-----TT--TTTTA-----ACAAATCTC--A-TA----TA-A-ACTCAGTTATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGGCATTTCAGA-A-GTTTTT--A-CATG-CTT----ATTACTATCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCA--GA---------AAATATTC----------ACA----ATGAATTAGTTTGTT--------A-------G-------ATTGTAGATTTAA-ATATGA-A
gi|14 : -AATGCATC--GA----CACGT-GGTTGTG--GAA--GTTG-------CCT---TG-TGTTTTAT-----TT--TA--A-----ACAAATGCT--A-TA----TACATACTCAACT--GGGCTAAGGTGAACGAGGTGGAGATG----ACAA---ACGTGCAACAAGATACTGATACAA------ATGTGAATTT--ACTCTGCGGATGGT-------GCATTTCAAA-AAGTTGTA--A-TATG-CTT----ATTTCTGTCTGAATTTAATTGAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATTAATTGGCTCATA--------A-------G-------ACT--------GA-ATATAAGAAT--GTA-A---A----ATGT
gi|15 : TTACAGTATAT---TATACA-AACATTGC-----ACA----CATAT--AT----C-TTAAAGAAGGCCT--GTAATCGGTCACCTAGATTT-ATTGA-------TATTGTGTCAATACGAGTT----AATGT----C--ATTTTAATGTCCAATTTAA-TG----AACACAT-TTTT----TGA----G-CTACA--T-------AAATT--AATCAAATTC---A--TAAAGA--AATGAACATGTAGCAA-CTATTATAAA-GTATCACCCGCAAAAT-----CAAA--ATTGACAATTGTATTATTATCTGGTTTGT------CGGTT---A-CGGCGAGACATCTCT-ACATAATTGG---AACAA---Tacagactcccgcacacgatgtagtgtgcatcaatgatgtaaccatggtaactatcagcgaa
gi|16 : TTTGTATGGTTACTTGTTATCCCATTATTTTCT--AT-TCGAGT-T-GTT-ACAATCTGTGACTTTGTC-TAC-CTTTTTATCA-A----CACAT--ATGGTAC-TCAA------CCCTCATAGTGGCTCACCTGTTTTTTCTTGC-------TATTTTGCCAACATGGGTTTGTAAATTT----CACATATTAATCTACAATCTAG-TGA---AAAAAAT-TCAT----TGT----G-T-ATA--TTTTCCGAACATTTCTGTCAAATTA---A--TAAAGC--AAAAAACATGTGCTAA-TGTTTTTAAATG
gi|17 : ACA-AGT-CA-------A-A----CGTAT--ACGCTAC-TC-----------TCATAATCGGTCGCCTGGAATC-ATTGA-------TTATTCGTCAACACGAGTCAATAAATTT----CATATCTTAATCTAAAATCTAA-TA----AGCAAATATCAT----TGG----G-T-ATA--TTTTCTGAAAATGTCATCTAAATTC---A--TACAAC--AATAAACAAGAGCCAA-CCTTTTGt
gi|18 : ta-AAT-CTAT-----G-AAATGTACATGAACACTCC-TTAA------CTGTCATAGTCGGTCACCTGGATTG-ATTGATAGTTGCTATTTAGGTAACACGAACACGTAAA---AAAACATAGTTTAATCTACAATCTAA-TG----AAC-AAT-TTAT----TGT----G-C-ATA--ctaatgtatgtaattcaaaatattaatttcacgaaaacgatatatatgaaatatacatt
gi|19 : aaaaagtcggggagagttgtgtatggtaataatttgcatttcaaatatgatatT---TCTACA-TA--CTGT-----ACA----TAT-T--GCAGTAC--CAAT-----CTTTCATAATTGGTCACTTGGATGT-ATTGA-------TATTCCTTTAACATGAATTC-------------ATATCTTAATATACACTCTTA-TG----AACACAT-TCAT----TGG----A-A-ATA--TTGTTAGAAGTTGTCATTTAAATTC---A--GACAGA--ACTAAGCATGTAACAC-CTTTTTGAAATGCACCAACCGCaatcattgtcataaaaatgatgtggatacaat
gi|2 : AT--ACACTCC-TAAA------CTTTCATAATCGGTCACCTGAATTT-ATTGA-------TATTCTGGCAACACCAGATTGCAAATTT----CATATTTTAATC--------AA-T---------AAT-TGAT----TGT----G-C-ATA--TTTTCTGAAAATTTCATATAAATTCTTAA--GGC-----AATACACATGTACCAA-CTCTTTAAAATGCACTACCCACTAAAA-----CAAT--TTTCATAATCATATCAGTTTTATGTATGC---A--TACTTATCA-CAGTGA-----TTCA-CCCTCATTGA---AACAA---AGCA--T-ATATT-----CAA-G-TATCTT---TGGATA----------A----------G-TT--ATTCC-----------------ATG--------------CCTGGTTTTGCA-ATTGCATC--AAC--ATATGT-GGTTGT---GAAA-GTTG-------TC----------------------------------ACA-----T--A-CA----TA------CAACT--GGGTTAAGGTCACTGAG--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNATTTTGTGAGTGGT-------GCATTTAAAA-AAGTTGTT--A-CATG-CTT----ATTTCTGTCTTAATTTAAATGGA-AT-TTTCT--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATTTTTTCATT--------G-------G-------ATT------------------------------------GTTTTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGACCGAGTATGAAA-------GTTGAGT-
gi|20 : agtgttttgtttttgctgtttgtagccatatttctaaaACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTTGTT--A-CATG-CTT----ATTTCTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|21 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttACTTAGCAGGTTGT-------GTATTTTAAA-AAGTTGTT--A-CATG-CTT----ATTTCTGTCTGAATTTAACTGAA-AT-TTTCT--GG---------AAATAT
gi|22 : aaattctcatacattctcaatttggttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt--ATATTACATCAA------AGGTTATAATCGGTCTCCTGAATCT-ATTAT-------TATTTCGTCAACA-------------TT----AATATTACAATTTACAATCTAA-TG----CACTTAT-TCAT----TGT----G-A-ATA--TTTTCTG-AAATTCCATTAAAATTC---A--GAC-------CAAGCATGTAACAA-CGTTTTGAA
gi|23 : -----A-A----TTTAT--ACACCAA-ACAA------CTTTAATAATTGGTCACATGGAATA-ATTGA-------TATTTTGTCAACATGGGTTAGTAACGTT----CATATTTTAATCTACAATTTAA-TG----ATCAAAT-GTATTAAATGT----G-C-AT---TTTTCCGTCAATTTCATggttctggaatatatatat
gi|24 : ctA-AT-TTTCA--GA---------AGATATGCACACACTCTGCCAGCACACGAATTT-TTCAAT--------A-------G-------ATTA-------AGGAT-TTA-AATGGTTACATAGG----GTATTGATGAAATATCAATAAA--TC-CAGGTGGCCCACTAC--AAC--TTATGTTGAt
gi|25 : TCATTGA---AAAAAAAACGCA--A-GACTT-------A-G-TATCTT---TGGGCA----------ATTCCAGACCTGCTT--A---------------------ACG-------------TTTTAA---TACC-AATACGTC--TAA--CTATGT-GCTCGTA--GAAA--TTG-------TCG---TG-T----G-T-----GT--T---A-----GCAAGTCC
gi|26 : gTTTGCGGATCTT-------GCATTTCAAA-AGGTTGTT--A-CATG-CTT----ATTTCTATCTGAATTTATATGAATAT-TTT-T--GA---------AAAGATTT----------CCA----ATAAATGTGTTGA-T--------A-------T-------ATTA-------attat
gi|27 : ctACAAGATAC--------------TGATAAAA------TTGTGA-TTTTAATTTT-TGGATAAT-------GTGTTCCAAA-AAGTTGTT--A-CATG-CTT----ATTTCTATATGAAATTAAATG---GT-TTTTT---A---------TAGTATGG----------CCA----Atgtttgtaaatagta
gi|28 : tATTT----CATTATTTAGTCTACAATCCAA-T-------------TCAT----TGTCAGCG-C-ATA--TTTTCCGCTACGTTTATTTAAATTC---A--CAAAGC--TATAAGCATGT
gi|29 : aacATTTTTTCATT--------A-------G-------ATTA-----------TA-GA----------------------TTAA-GAAGTATCAAT-AA--TC-CAAGTGTCTGATTATGAAA-------GTTGAGTAGCG--TATTg
gi|29 : AT--ACGCTAC-TCAA------CTTTCATAATCAGACACTTGGA-TT-ATTGA-------TACTTCgcaat
gi|3 : attttttcattagattatagattaaAACTTTCATTTAAATCT---A--GACAGG--AAAAAGCATGAAACAAACTTTTTGAAATTCACCACCTATTAATT-----CAAA--ATTCACAATTACATTAGGGTCAGGTATGT--AGACTATTT---G-CAGCG--------------T--TTGA---AA--G---TGT---T-ATTCCATG--C----------C---TGG--------------------------TT--A---------------------ACG-------------TTTGAA---TAAA-AATGCATC--AAA--ATATGC-GGATG-A--GAAA-GATG-------TCT---TG-T----T-T-----TT--TA--A-----ACAAACATC--A-TA----CA-T-ATTAAATT--GGTTCAAGGTCAATGAGGTCGGGAAGTATCAC------CTTGT-------TACTGATGCAA------TTCAGAATTTTGACTTTGCGAGTGGT-------ACATTTAAAA-AA--TGTTTGA-CATG-CTTATTCATTCCTGTCTGAATTTAAATGAA-AT-TTTCT--AA---------AAATATAC----------CAA----ATGGATTTGATCAAT--------A-------GAGTGTAAATCA-------AA-ATATCG-GAT--TAGCA---AACTCGTGTTGACGAAATGTCAATATA--TG-CAGGTAACCGATTAC--AACTTT--TGTTGAGT-GTA--tgcaat
gi|30 : aaatcattgtgcataaagcaatggatatgtact----GTATTGACGAAAAATCAATTAACTTCACACGTGACCGATTA--AAACATC--TGTTGAGC-ATATTTACTAGTGctctactattgcaa
gi|32 : aattc-ATCTCATTAA---CACAA---TGCA--T--TTTT-T---CAA-G-TATCTTTTGTGGACA----------Ata
gi|4 : T--ACACTAT-TCAA------CTTTT-TAACCAGTCACTAGGATTT-ATTGA-------TATTTCGTTAACACATGTTTGTAAATTT----CATATTTT--CCTA-----TAA-TGA---AACAAAT-T-AT----TAA----G-C-ATA--TTTTCTGAATTTTTCATCTAAATTA---ATGAATAAAGCAATAAACATGTACCAA-CTTTTTATAATGTATCGCCCACTAAGT-----CANN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN---N-NNNNNN-----NNNT-ATC------------------TGCAGGT-ATCTT-TGGACAATGTTATTCC---AGGCC------------TG--------G-TT--A---------------------ACA-------------TGCCGA---TACA-AATGCATC--AAA--ATATGT-GGTTGT---GAAA-TATG-------GCA---TGTT----T-T-----TT--TA--A-----ACAAATACC--A-TA----TG-T-ACTCAATT--GGGTTATGGattttattccag
gi|4 : ACTTTGCGTTTG-T-------ACGTTTTAAA-AAGTTTTC--A-TGTG-CTT----ATTTTTCTCTGAATTTAAATTAA-AT-TTTCT--GA---------AAATATAC----------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactttgcgtttgtacgttttaaaaagttttcatgtgcttatttttctctgaatttaaattaaattttctgaaaatatacc
gi|5 : tacactattcaactttttaaccagtcactaggatttattgatatttcgttaacacatgtttgtaaatttcatattttcctataatgaaacaaattattaagcatattttctgaatttttcatctaaattaatgaataaagcaataaacatgtaccaactttttataatgtatcgcccactaagtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctgcaggtatctttggacaatgttattccaggcctggttaacatgccgatacaaatgcatcaaaatatgtggttgtgaaatatggcatgtttttttaaacaaataccatatgtactcaattgggttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACACGAGTTATCATATTT----CATATTTTAATCTACATTCTAA-TGAACAAACAAAT-CTAG----TGT----G-C-ATA--TTTTCCGGAAATTGCATTTAAATT
gi|5 : --AA--TAATT---AACAGCGA-----TTCG-GCCTCACTGATTGGCCAA---TGT---T-ATCCC-------A-G--ACCT-----GGTGA----------AA---------G-TT--T---------------------ATA-------------TTC---------A-ACTGCATC--AAA--ATATGG-GGTCGTG--AGAG-GTTGT------TCT---TG--------T-----TT--TA--A-----ACAAATCTC--A-TA----AA-T-ACTCAATaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|5 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacA------CTTTTATAATCGGTCACCTCGATTC-ATTGA-------TATTTCATCGACACGAGTTTGTAAATTT----CATATTTCAATCTACAATCTAA-TG----ATCAAAT-TCAC----TGG----G-A-A-G--TTTTTAGAAAATTTCATTTGAATTC---A--GACAGA--AAAAGGTATGTAACAA-CTTTATGAAATGTCCCTCCCGTAAAGT-----CAaatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgactttacgggagggacatttcataaagttgttacatacctttttctgtctgaattcaaatgaaattttctaaaaacttcccagtgaatttgatcattagattgtagattgaaatatgaaatttacaaactcgtgtcgatgaaatatcaatgaatcgaggtgaccgattataaaagtgg
gi|6 : aacacgagttatcatatttcatattttaatctacattctaatgaacaaacaaatctagtgtgcatattttccggaaattgcatttaaattaattaaacaataattaacagcgattcggcctcactgattggccaatgttatcccagacctggtgaaagtttatattcaactgcatcaaaatatggggtcgtgagaggttgttcttgttttaaacaaatctcataaatactcaataatggctcatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACAAAAAGTTGAA-----TAGTAT-----TAGA-TTGACTGAGCAATAC-GCTGTA----CTGATTAATA--CATGAACTG-T----CTGTTTT--AT--TTAAATGCCAATTCATGTCTATTC--AT-TT-AGAAT-ATTTACAATGTATA--TTGACATAAT-AT-T-----A-A----TAAAT--ACACTAC-ACAA------CATTCATCATCGGTCACCTTGATGT-ATTGT-------GATTTCGTCAACAGGAGTCGATGAATTT----CATATTTTAATCTACAATCTAA-C-----------T-TTTT----GGG----G-C-ATA--TTATCAGAAACTTTCATTTAAAATC---G--GACAGA--AATAAGCATATTACAA-CTTATTGAAATGTACAAACCGCAAAGTNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN---N-NNNNNN-----NNNG-ACATCATTTA---AACAA---TGC---T--TCTC-TG--TAA-G-TATATT---TGGACATGGTTAGCCCATGCCTG----G-TT--A---------------------ACG-------------TTCTGA---TAC------CATC--AAA--ATgg
gi|7 : tttcatCAAAT-TTAT----AGT----G-C-ATA--TTTACCAAACGGTTCATTTATTTTC---A-----ATA--AATAAACATGTACCAA-ACTTTCGAAATGCTCTACATAATAAAT-----GAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNN---N-NNNNNN-----NNCG-ACCACATTGA---AACAA-----AA--T-ATCTC-TG--CAA-G-TTTATT---TGGACA----------AT---------G-AT--ATTCCAGATAATGTTT------ACG-------------TTCTGA---TACA-AATGAATC--AAA--ATATAT----TGTG---AAA-CTTGTCTTGATTTT---TT-T----T-TGCATGTT--TA--A-----A--AATGTT--AAGG----GA-G-NNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNACTTTGCGGGGTGT-------GCATCTTAAA-------------------CC----GTTTCTGTCTGAATTTAAATGAA-ATATTTCTTGGAGTTTTACACGAAGATGCG---------CCA----GTAAGTTTATTcatattcatgtccaattgggttatgataaat
gi|8 : aaataaataagtaaTCATTGA---AACAA---TGCA--T---CTC-TG--CAA-G-TATCTT---TGGACA----------AT---------G-TT--ATTCCAGGTGTGGTTA------ATG-------------TTCTCA---TTCA-AATGCATC--ACA--ATATGT-GGTTGTG--AAAA--CTG-------TCT---TG-A----T-T-----TT--AA--A-----ACAAATCCT--A-T-----TG-ATACTTAATT--GGGGTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNTCTTGTGAAATC-GACTTTCCGGATGGT-------GAATTTCAAAGAAGTTGTT--AACATTTCTT----ATTTCTATCTGAATTTAA-TGGA-AT-TTTCA--GA---------AAATATGC----------CCA----ATGAATGTGTTCATT--------ACAATGTAA-------ATTA-------AA-AAATGA-ACT--TTACA----------GTC-------CATCCATAAA--TC-CAGGTGACCGATTATGGAA-------GTTGAAT-a
gi|9 : CATAAGGTTTT--ATCTT-AGTGTTATT----AT-TGT---TT--CA-AGT-TTAT-----A-AAA--TATGT--ACAATAC-TCAA------TTTTCATAATCGGTCACGAGGATTT-CTTGA-------TATTTCATCAACATAAGTTTGTAAATTT----CATATTTTAATCTACACTCTAA-TG----AACAATT-TCAT----TAT----G-C-CTA--TGTTCTACAAATGTCACTTATATTT---A--TAAAGT--AGTAAACATGTACCAA-CATTTTGAAATGCACCATCCGCT-----------AC--AT---------TATTAGTA----GAATGT---A--TA--T---G-CATC-A-----TTTGTACCTCATTAA---GACAA---TAC-----GTCTC-TG--CAA-G-TACCTT---TGGACA----------AT---------G-TT--A---------------------ACG-------------TTCT-A---TACACAAT-TATC--CAA--AAATGT-GGTTGaatgtacaatttatgtaatttctgccgattattgtcaaagaaatgaaatataaatcggcacacaggcttctgtgtatc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TGTACCAATTTTAAGTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC
Unaligned ( gi|33 ): CTTTGGACAATGTTATTCCATGCCTGGTAGATAAGCCGATACAGA