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consensus                     :          TGTGTTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----ACCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GC----TAGAC--ATATTCTATACTTTAAACTT---ATT--CCT--TAAAC----A-AATAA----------TAATAATACTTT--TT-TTT------GTCATAAGCTTTAGTCT-GATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAAC----ACACAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCGAAAATGAATGTATTTCTGACGTCAAAAGCTTTGAATGTATACGTTGCTAAGTTTTTAAT-CAGAG------------TTTTGTTGTCAGACTGTAATAACTCGAC-NGTC-----TTATACATGCTGCGGTTT-C--TAAAAATAAGGCTTTAAGCACTGACGTCCTNTGTTACTATATGCGCTGC
Reference ( gi|2 )            :          TGTGTTCAATGTCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-CA-----ACCTATT--CCTGTGAAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GC----TAGAC--AAATTCTATACTTTAAACTT---ATT--CCT--TAAAC----A-AATAA----------TACTAATAC-----GT-TTT------GTCATAAGCTTTAGTTT-GATTAGATGTTCAACTTTAAATCAAC----ACACAGTTGTGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGTTTTGAATGTATATGTTGCTTAGTTTTAAAT-CATTG------------TTTTGTTATCAGACTATAATAACTCGAC-CGTC-----TTATACATGCTGCAGTTTAC--TAAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACATCTTATGTTATTATATGCACTGCATT
gi|1                          :          TGTGTTCAATATCACGCGAATCGTATGAAATACCTT-ATATACCTATAT-------GTTT-AA-----ACCTATT--CATGTGTAAAGAAACATTTCCCC----GC------CA--AAAATGA----TAGGC--ATATTTTATACTTTAAACTT---ATT--CCT--TAAAC----A-AATAA----------TAATAACAT-----TT-TTT------GTCATAAGCTTTAGTTTGGATT-GCTGTTTAACTTTAAATCAAC----ACACAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAGATATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT-CAGAG------------TTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGAC-TGTC-----TTATACAGGCTGCGGTTT-CTTTAAAAATAAGGCTTTAAGTACTGACATCCTGTGTTATTATATA-ACTGC
gi|5                          :          TGGGTTCAATGACACACGAATCA-------------TATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----ACCTATT--CTTGTGTAAAGACATATTT-CCCAAATGC------CATTATAA-GCTATATAGAC--ACATTCTATACTTTTAACTA---ATT--CCTTATAAAG----ATAATAA----------CAATAATAT-----TTCTTT------GTCAAAAGTTT--GTT---GTTTGATG-------TTAAATCAACACAGACACAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCGAAAATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGCTTTGAATATATATGTTGCTAAGTTTTTAAT-CAGAG------------TTTTGTTGCCAAACTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagtcttgttatggtcttctaaattttttaatgttcactatttcttaatatgactgaaaattaaatgtagaaaaagccctgtcaaaacgatgcccgtgaggagttatttaatcgttcattcaaattttgaatataataagcccgtagtctttgttcatcatcactgtttttgaaccaatatttta
gi|7                          :          TGTGTTAAATGGCACACGAATCATACGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----ACCTATT--ACTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------TATTGTAA-GC----TAGAT--ATATTCTATACTTTAAACGT---ATT--CCT--TAAAC----A-AATAA----------TAATAATACTT---TT-TTT------GTCATAAGCTTTAGTCT-GATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAAT----A
gi|8                          :         gTGTGTTCAATGGTATGTGAATCATATTAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----ACCTATT--ACTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------TATTATAA-GC----TAGAC--ATATTTTATACTTTAAACCT---ATT--CCT--TAAAC----A-AATAA----------TAATTATACTTTTTTT-TTT------GTCATAAGCTTTAGTCT-GATTTGCTGTTCAACTTTAtgtgacatacttatttcaca
gi|10                         :         gTGTGTTCAATGGC-TGCGAATCGTATGAAAT--CTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----ACCTATT--TCTGTGTAAAAATACATTTCCC-ATATGT------TATTATAA-GC----AAGAC--ATATTTTATACTTTAAACCT---ATT--CCT--TAAAC----A-AATAA----------AAATAATAC-----TT-TTT------
gi|16                         :        tgTATGTTCAATG--GCGCG---CGTTTGAAATATCTTTATCTACCTGTTT-------ATTTAAA-----ACCTATT--CCTGTGTAAAt
gi|11                         : acatgtataTGTGTTCAATGGCACACGAATAGTATTACTTAT-TTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----ACCTATTACCCTG------GATATATTTTCTTAAtatatgtatatattaaac
gi|20                         :    tgtgtgTGTGTTCAATAGCACGTGAATCATATGAAATATTTTTATTTCCCTATAT-------ACTtatttaactgaaaatttgactcgacctatagtaaaacagaatagttgta
gi|6                          :         tgGTGTTCAATGACAAACGAATCATATAAAATATCTTTATCTACCTATAT-------CTTT-AA-----ACCTATT--TCTGTGTAAAGAAATATTTCCCCAAATGC------TATTATAA-GC----TAGAC--ATATTTTATGCTTTAAACTT---ATT--CCT--TAAACAACTA-AATAA-----------AATAATACTTT--TT-TTT------GTCATAAGCTTTAGTCT-GATTTGCTGTTCAACTTTAAATCGAC----ACACAGTTATGTAACTTTCACAACCGGATAGTGTTGTTAATTTgt
gi|19                         :            TGTTCAAAGGCATGCAAATCAAATGAAATA------------------------------------GTCTATT--TCTGTGTAAAGAAACATTTCCCTCAATGC------TATTATAA-GC----TAGAT--A
gi|14                         :           gttTTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATATTTATCTGCCTTTAT-------ATTT-AA-----AACTAT-------------------TTTTCCAAAATGC------CA-TATAA-CT----TAGACTTAAAT
gi|3                          :                                      atgtatctcATCTGCCTGTATGATTATTATTT-AACGAGTACGTGTT--CCTATGTAAAGG----TTTTCCTAATTG---------TTATAA--T----TA--------TGCTATATTTTAAAATTTTAATTGATCA--TAATT----ATAATAAGTATTCTTATTATTGATGCTGTT-AT-TTTAAAGATGTTATAAGCTGTAGTAT-TATTTGCTGTTAAAGTTTAAATCCGC----ATACAGTTTTATGATTATTACAACAGGAGAATGTTGTTAG-TTTCAAAAATCAATGCATTTCTGACATTAAAATCTTTGAATGTGCACATTGCAAAGGCTTTAATACA-TGCAACAAACAGGTTTTTGTTTTCAGATTGAAATAGTTCGATACATA-----TTATGCatt
gi|12                         :                                                 tatcacaTAT-------ATTT-AA-----ACCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCACCAAATGC------TATTATAA-GC----TAGAC--ATATTCTATACTTTAAACTT---ATT--CCT--TAAAC----A-GATAA----------TAATAATAC-----GT-TTT------gaa
gi|13                         :                                                                        A-----ACCTATT--CCTGTGTTAAGAAATATTTCCCTAAATACATGTACCATTATTT-AC----CAGAC--A--TTCTATACTTTAAACGT---ATT--CCT--TAAAC----A-AATAA----------TAtg
gi|15                         :                                                                   tttaaA-----ACCTATT--CCTGTGTTAAGAAATATTTCCCTAAATAC------CATTATTT-AC----CTGAC----ATTCTATACTTTAAATGT---ATT--CCT--TAAAC----A-AATGA----------TAATAAat
gi|18                         :                                                                           atttaaTATT--CCTGTGTAAAGAAACGTTTTCCCAAATGC------CATTATAA-AC----TAGAC--AAATTCTTTACTTTAAACTT---ATT--CCA--TAAAC----c
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttaactaATGTATTTCTGA--------GCTTTAAAATTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT-CTGAG------------TTATGTTGTCAGATTGTAATAACTCTAC-AGCC-----TTGTACATGCTGCGGTTTCT--TAAAAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tTTTGTTATCAGACTATAATAACATGAC-AGTCTCAAGTTATACATGCTGC------------------GGTTTTAAGCACTGATGTCTTCTGTTACTATATGCGCTGCatgtttctgatgttaaattttaaaactctggattaattttacacttaaatgaaatgt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTTGTTAACGCTTTTTATAAATTTCGTAATGTTCACCATGTCTGAATAAAAACTTATATTGAAGAGTTTTTGTACCGTTCATTCAAATTTTGAATATAATTATCTCGCAGTCTTTGTTTTAATGTTGAAATAAATATATTTATAACGCACACTCCTTCCTTGTGCTAACCACACATAATAAGGTCTTAATTTAAATAGTAATGAATCTCTGACAAGCGAGGCTCAATAAATGGTATTTGCTGAGTTTTCTACATATTTAAACATCATTTAGTAAACATGATGCATATTCGATCGTAACAGTTCAATACTTTGAACCAGTGTTTAACAA






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consensus                     :        TGTGTTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGACGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGACNGTC-----TTATACATGCTGCGGTTT-C--T--AAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACGTCTTNTGTTATTATATGCACTGC
Reference ( family-249 )      :        TGTGTTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCGAAAATGAATGTATTTCTGACGTCAAAAGCTTTGAATGTATACGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTGTCAGACTGTAATAACTCGACNGTC-----TTATACATGCTGCGGTTT-C--T--AAAAATAAGGCTTTAAGCACTGACGTCCTNTGTTACTATATGCGCTGC
gi|1                          :        TGTGTTCAATATCACGCGAATCGTATGAAATACCTT-ATATACCTATAT-------GTTT-AA-----A-CCTATT--CATGTGTAAAGAAACATTTCCCC----GC------CA--AAAATGATA----GGC----ATATTTTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-CA------TT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTTTGGATTGCTGTTTAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAGATATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGACTGTC-----TTATACAGGCTGCGGTTT-CTTT--AAAAATAAGGCTTTAAGTACTGACATCCTGTGTTATTATATA-ACTGC
gi|10                         :        TGTGTTCAATGGC-TGCGAATCGTATGAAAT--CTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--TCTGTGTAAAAATACATTTCCC-ATATGT------TATTATAA-GCAA----GAC----ATATTTTATACTTTAAACCTATTCCTTAAAC----A-AATAAAAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagtcttgttatggtcttctaaattttttaatgttcactatttcttaatatgactgaaaattaaatgtagaaaaagccctgtcaaaacgatgcccgtgaggagttatttaatcgttcattcaaattttgaatataataagcccgtagtctttgttcatcatcactgtttttgaaccaatatttta
gi|11                         :      tgTGTGTTCAATGGCACACGAATAGTATTACTTAT-TTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATTACCCTG------GATATATTTTCTTAA
gi|12                         :                                                tgtgtgTAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCACCAAATGC------TATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-GATAATAATAA-TAC--G-TTT-----------------TTtatttaactgaaaatttgactcgacctatagtaaaacagaatagttgta
gi|13                         :                                                                 TTT-AA-----AACCTATT--CCTGTGTTAAGAAATATTTCCCTAAATACATGTACCATTATTT-ACCA----GAC----AT--TCTATACTTTAAACGTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATg
gi|14                         :            TTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATATTTATCTGCCTTTAT-------ATTT-AA-----A-ACTAT-------------------TTTTCCAAAATGC------CA-TATAA-CTTA----GACTTAAATATT
gi|15                         :                                                atgtatctc-------ATTT-AA-----AACCTATT--CCTGTGTTAAGAAATATTTCCCTAAATAC------CATTATTT-ACCT----GAC------ATTCTATACTTTAAATGTATTCCTTAAAC----A-AATGATAATAA-
gi|16                         :        TATGTTCAATGGCGCGCG-----TTTGAAATATCTTTATCTACCTGTTT-------ATTTAAA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acatgtataTTTGTTATCAGACTATAATAACATGACAGTCTCAAGTTATACATGCTGCGGT--------------------TTTAAGCACTGATGTCTTCTGTTACTATATGCGCTGCtatatgtatatattaaac
gi|18                         :                                                                                TATT--CCTGTGTAAAGAAACGTTTTCCCAAATGC------CATTATAA-ACTA----GAC----AAATTCTTTACTTTAAACTTATTCCATAAAC----
gi|19                         :   ttaactaTGTTCAAAGGCATGCAAATCAAATGAAATA------------------------------------G-TCTATT--TCTGTGTAAAGAAACATTTCCCTCAATGC------TATTATAA-GCTA----GAT----A
gi|2                          :     gttTGTGTTCAATGTCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-CA-----A-CCTATT--CCTGTGAAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----AAATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATACTAA-TAC--G-TTT-----------------T--------GTCATAAGCTTTAGTTTGATTAGATGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTGTGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGTTTTGAATGTATATGTTGCTTAGTTTTAAAT------------CATTGTTTTGTTATCAGACTATAATAACTCGACCGTC-----TTATACATGCTGCAGTTTAC--T--AAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACATCTTATGTTATTATATGCACTGC
gi|20                         :        TGTGTTCAATAGCACGTGAATCATATGAAATATTTTTATTTCCCTATAT-------ACTatt
gi|3                          :                                           tgATCTGCCTGTATGATTATTATTT-AACGAGTA-CGTGTT--CCTATGTAAAGG----TTTTCCTAATTG---------TTATAA---T-------------TATGCTATATTTTAAAATT-TTAATTGATC----ATAATTATAATAAGTAT--T-CTTATTATTGATGCTGTTATTTTAAAGATGTTATAAGCTGTAGTATTATTTGCTGTTAAAGTTTAAATCCGCAT---A----CAGTTTTATGATTATTACAACAGGAGAATGTTGTTAG-TTTCAAAAATCAATGCATTTCTGACATTAAAATCTTTGAATGTGCACATTGCAAAGGCTTTAATACATGCAACAAACAGGTTTTTGTTTTCAGATTGAAATAGTTCGAgt
gi|5                          : tatcacaTGGGTTCAATGACACACGAATCATAT-------------CTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CTTGTGTAAAGACATATTTCCC-AAATGC------CATTATAA-GCTATATAGAC----ACATTCTATACTTTTAACTAATTCCTTATAA----A-GATAATAACAA-TAA--TATTT-----------------CTT-----TGTCAAAAG-----------TTTGTTGTTTGATGTTAAATCAACAC---AGACACAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCGAAAATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGCTTTGAATATATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTGCCAAACTGTtacatattatgcgaa
gi|6                          :         GTGTTCAATGACAAACGAATCATATAAAATATCTTTATCTACCTATAT-------CTTT-AA-----A-CCTATT--TCTGTGTAAAGAAATATTTCCCCAAATGC------TATTATAA-GCTA----GAC----ATATTTTATGCTTTAAACTTATTCCTTAAACAACTA-AATAA-AATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCGACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACCGGATAGTGTTGTTAATTT
gi|7                          :        TGTGTTAAATGGCACACGAATCATACGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--ACTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------TATTGTAA-GCTA----GAT----ATATTCTATACTTTAAACGTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC----TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAATATGTGA----CA--TACTTA--TTTCACA
gi|8                          :       gTGTGTTCAATGGTATGTGAATCATATTAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--ACTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------TATTATAA-GCTA----GAC----ATATTTTATACTTTAAACCTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATTA-TACTTT-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gATGTATTTCTGA--------GCTTTAAAATTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CTGAGTTATGTTGTCAGATTGTAATAACTCTACAGCC-----TTGTACATGCTGCGGTTT-C--TTAAAAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTTGTTAACGCTTTTTATAAATTTCGTAATGTTCACCATGTCTGAATAAAAACTTATATTGAAGAGTTTTTGTACCGTTCATTCAAATTTTGAATATAATTATCTCGCAGTCTTTGTTTTAATGTTGAAATAAATATATTTATAACGCACACTCCTTCCTTGTGCTAACCACACATAATAAGGTCTTAATTTAAATAGTAATGAATCTCTGACAAGCGAGGCTCAATAAATGGTATTTGCTGAGTTTTCTACATATTTAAACATCATTTAGTAAACATGATGCATATTCGATCGTAACAGTTCAATACTTTGAACCAGTGTTTAACAA






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consensus                     :        TGTGTTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGACGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGACNGTC-----TTATACATGCTGCGGTTT-C--T--AAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACGTCTTNTGTTATTATATGCACTGC
Reference ( family-249 )      :        TGTGTTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGACGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGACNGTC-----TTATACATGCTGCGGTTT-C--T--AAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACGTCTTNTGTTATTATATGCACTGC
gi|1                          :        TGTGTTCAATATCACGCGAATCGTATGAAATACCTT-ATATACCTATAT-------GTTT-AA-----A-CCTATT--CATGTGTAAAGAAACATTTCCCC----GC------CA--AAAATGATA----GGC----ATATTTTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-CA------TT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTTTGGATTGCTGTTTAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAGATATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGACTGTC-----TTATACAGGCTGCGGTTT-CTTT--AAAAATAAGGCTTTAAGTACTGACATCCTGTGTTATTATATA-ACTGC
gi|10                         :        TGTGTTCAATGGC-TGCGAATCGTATGAAAT--CTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--TCTGTGTAAAAATACATTTCCC-ATATGT------TATTATAA-GCAA----GAC----ATATTTTATACTTTAAACCTATTCCTTAAAC----A-AATAAAAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagtcttgttatggtcttctaaattttttaatgttcactatttcttaatatgactgaaaattaaatgtagaaaaagccctgtcaaaacgatgcccgtgaggagttatttaatcgttcattcaaattttgaatataataagcccgtagtctttgttcatcatcactgtttttgaaccaatatttta
gi|11                         :      tgTGTGTTCAATGGCACACGAATAGTATTACTTAT-TTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATTACCCTG------GATATATTTTCTTAA
gi|12                         :                                                tgtgtgTAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCACCAAATGC------TATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-GATAATAATAA-TAC--G-TTT-----------------TTtatttaactgaaaatttgactcgacctatagtaaaacagaatagttgta
gi|13                         :                                                                 TTT-AA-----AACCTATT--CCTGTGTTAAGAAATATTTCCCTAAATACATGTACCATTATTT-ACCA----GAC----AT--TCTATACTTTAAACGTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATg
gi|14                         :            TTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATATTTATCTGCCTTTAT-------ATTT-AA-----A-ACTAT-------------------TTTTCCAAAATGC------CA-TATAA-CTTA----GACTTAAATATT
gi|15                         :                                                atgtatctc-------ATTT-AA-----AACCTATT--CCTGTGTTAAGAAATATTTCCCTAAATAC------CATTATTT-ACCT----GAC------ATTCTATACTTTAAATGTATTCCTTAAAC----A-AATGATAATAA-
gi|16                         :        TATGTTCAATGGCGCGCG-----TTTGAAATATCTTTATCTACCTGTTT-------ATTTAAA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acatgtataTTTGTTATCAGACTATAATAACATGACAGTCTCAAGTTATACATGCTGCGGT--------------------TTTAAGCACTGATGTCTTCTGTTACTATATGCGCTGCtatatgtatatattaaac
gi|18                         :                                                                                TATT--CCTGTGTAAAGAAACGTTTTCCCAAATGC------CATTATAA-ACTA----GAC----AAATTCTTTACTTTAAACTTATTCCATAAAC----
gi|19                         :   ttaactaTGTTCAAAGGCATGCAAATCAAATGAAATA------------------------------------G-TCTATT--TCTGTGTAAAGAAACATTTCCCTCAATGC------TATTATAA-GCTA----GAT----A
gi|2                          :     gttTGTGTTCAATGTCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-CA-----A-CCTATT--CCTGTGAAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----AAATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATACTAA-TAC--G-TTT-----------------T--------GTCATAAGCTTTAGTTTGATTAGATGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTGTGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGTTTTGAATGTATATGTTGCTTAGTTTTAAAT------------CATTGTTTTGTTATCAGACTATAATAACTCGACCGTC-----TTATACATGCTGCAGTTTAC--T--AAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACATCTTATGTTATTATATGCACTGC
gi|20                         :        TGTGTTCAATAGCACGTGAATCATATGAAATATTTTTATTTCCCTATAT-------ACTatt
gi|3                          :                                           tgATCTGCCTGTATGATTATTATTT-AACGAGTA-CGTGTT--CCTATGTAAAGG----TTTTCCTAATTG---------TTATAA---T-------------TATGCTATATTTTAAAATT-TTAATTGATC----ATAATTATAATAAGTAT--T-CTTATTATTGATGCTGTTATTTTAAAGATGTTATAAGCTGTAGTATTATTTGCTGTTAAAGTTTAAATCCGCAT---A----CAGTTTTATGATTATTACAACAGGAGAATGTTGTTAG-TTTCAAAAATCAATGCATTTCTGACATTAAAATCTTTGAATGTGCACATTGCAAAGGCTTTAATACATGCAACAAACAGGTTTTTGTTTTCAGATTGAAATAGTTCGAgt
gi|5                          : tatcacaTGGGTTCAATGACACACGAATCATAT-------------CTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CTTGTGTAAAGACATATTTCCC-AAATGC------CATTATAA-GCTATATAGAC----ACATTCTATACTTTTAACTAATTCCTTATAA----A-GATAATAACAA-TAA--TATTT-----------------CTT-----TGTCAAAAG-----------TTTGTTGTTTGATGTTAAATCAACAC---AGACACAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCGAAAATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGCTTTGAATATATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTGCCAAACTGTtacatattatgcgaa
gi|6                          :         GTGTTCAATGACAAACGAATCATATAAAATATCTTTATCTACCTATAT-------CTTT-AA-----A-CCTATT--TCTGTGTAAAGAAATATTTCCCCAAATGC------TATTATAA-GCTA----GAC----ATATTTTATGCTTTAAACTTATTCCTTAAACAACTA-AATAA-AATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCGACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACCGGATAGTGTTGTTAATTT
gi|7                          :        TGTGTTAAATGGCACACGAATCATACGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--ACTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------TATTGTAA-GCTA----GAT----ATATTCTATACTTTAAACGTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC----TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAATATGTGA----CA--TACTTA--TTTCACA
gi|8                          :       gTGTGTTCAATGGTATGTGAATCATATTAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--ACTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------TATTATAA-GCTA----GAC----ATATTTTATACTTTAAACCTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATTA-TACTTT-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gATGTATTTCTGA--------GCTTTAAAATTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CTGAGTTATGTTGTCAGATTGTAATAACTCTACAGCC-----TTGTACATGCTGCGGTTT-C--TTAAAAAAT


blockSeqs                     :                                        TA               GATTATT    A  CGAGT A      AC                      T      ATGTAC        .    TATA   TTAA                               AACT T           G  CTTT    ATTATTGATGCTGTTAT   AAAGA                T                             AGACA                                                                 T                                       ACATGCAACAAA                                 A   TCAAG                TTCTTA                                C            C
blockSeqs                     :                                        TC               .          .  .     A      .                       C      .             .    .      .                                  .    .           .  ATA     .                   .                    A                             GTGA                                                                  C                                       .                                            C   .                    TTACT                                 A            C
blockSeqs                     :                                        TC               .          .  .     .      .                       T      .             .    .      .                                  .    .           .  CT      .                   .                    C                             A                                                                     T                                       .                                            A   .                    .                                                   
blockSeqs                     :                                        TT               .          .  .     .      .                       A      .             .    .      .                                  .    .           .  CG      .                   .                    C                             A                                                                     .                                       .                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                        TC               .          .  .     .      .                       T      .             .    .      .                                  .    .           .  CG      .                   .                    C                             A                                                                                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                        TC               .          .  .     .      .                       C      .             .    .      .                                  .    .           .  TT      .                   .                    .                                                                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                                        TC               .          .  .     .      .                       T      .             .    .      .                                  .    .           .  CT      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                        C                .          .  .     .      .                       C      .             .    .      .                                  .    .           .  C       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                        T                .          .  .     .      .                       T      .             .    .      .                                  .    .           .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                        .                .          .  .     .      .                       C      .             .    .      .                                  .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
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originalCons                  :        TGTGTTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGACGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGACNGTC-----TTATACATGCTGCGGTTT-C--T--AAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACGTCTTNTGTTATTATATGCACTGC
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTTGTTAACGCTTTTTATAAATTTCGTAATGTTCACCATGTCTGAATAAAAACTTATATTGAAGAGTTTTTGTACCGTTCATTCAAATTTTGAATATAATTATCTCGCAGTCTTTGTTTTAATGTTGAAATAAATATATTTATAACGCACACTCCTTCCTTGTGCTAACCACACATAATAAGGTCTTAATTTAAATAGTAATGAATCTCTGACAAGCGAGGCTCAATAAATGGTATTTGCTGAGTTTTCTACATATTTAAACATCATTTAGTAAACATGATGCATATTCGATCGTAACAGTTCAATACTTTGAACCAGTGTTTAACAA






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consensus                     :        TGTGTTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGACGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGACNGTC-----TTATACATGCTGCGGTTT-C--T--AAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACGTCTTNTGTTATTATATGCACTGC
Reference ( family-249 )      :        TGTGTTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGACGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGACNGTC-----TTATACATGCTGCGGTTT-C--T--AAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACGTCTTNTGTTATTATATGCACTGC
gi|1                          :        TGTGTTCAATATCACGCGAATCGTATGAAATACCTT-ATATACCTATAT-------GTTT-AA-----A-CCTATT--CATGTGTAAAGAAACATTTCCCC----GC------CA--AAAATGATA----GGC----ATATTTTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-CA------TT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTTTGGATTGCTGTTTAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAGATATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGCTTTGAATGTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTATCAGACTGTAATAACTCGACTGTC-----TTATACAGGCTGCGGTTT-CTTT--AAAAATAAGGCTTTAAGTACTGACATCCTGTGTTATTATATA-ACTGC
gi|10                         :        TGTGTTCAATGGC-TGCGAATCGTATGAAAT--CTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--TCTGTGTAAAAATACATTTCCC-ATATGT------TATTATAA-GCAA----GAC----ATATTTTATACTTTAAACCTATTCCTTAAAC----A-AATAAAAATAA-TAC--T-TTT-----------------TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagtcttgttatggtcttctaaattttttaatgttcactatttcttaatatgactgaaaattaaatgtagaaaaagccctgtcaaaacgatgcccgtgaggagttatttaatcgttcattcaaattttgaatataataagcccgtagtctttgttcatcatcactgtttttgaaccaatatttta
gi|11                         :      tgTGTGTTCAATGGCACACGAATAGTATTACTTAT-TTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATTACCCTG------GATATATTTTCTTAA
gi|12                         :                                                tgtgtgTAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAGAAACATTTCACCAAATGC------TATTATAA-GCTA----GAC----ATATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-GATAATAATAA-TAC--G-TTT-----------------TTtatttaactgaaaatttgactcgacctatagtaaaacagaatagttgta
gi|13                         :                                                                 TTT-AA-----AACCTATT--CCTGTGTTAAGAAATATTTCCCTAAATACATGTACCATTATTT-ACCA----GAC----AT--TCTATACTTTAAACGTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATg
gi|14                         :            TTCAATGGCACGCGAATCGTATGAAATATATTTATCTGCCTTTAT-------ATTT-AA-----A-ACTAT-------------------TTTTCCAAAATGC------CA-TATAA-CTTA----GACTTAAATATT
gi|15                         :                                                atgtatctc-------ATTT-AA-----AACCTATT--CCTGTGTTAAGAAATATTTCCCTAAATAC------CATTATTT-ACCT----GAC------ATTCTATACTTTAAATGTATTCCTTAAAC----A-AATGATAATAA-
gi|16                         :        TATGTTCAATGGCGCGCG-----TTTGAAATATCTTTATCTACCTGTTT-------ATTTAAA-----A-CCTATT--CCTGTGTAAAc
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acatgtataTTTGTTATCAGACTATAATAACATGACAGTCTCAAGTTATACATGCTGCGGT--------------------TTTAAGCACTGATGTCTTCTGTTACTATATGCGCTGCtatatgtatatattaaac
gi|18                         :                                                                                TATT--CCTGTGTAAAGAAACGTTTTCCCAAATGC------CATTATAA-ACTA----GAC----AAATTCTTTACTTTAAACTTATTCCATAAAC----
gi|19                         :   ttaactaTGTTCAAAGGCATGCAAATCAAATGAAATA------------------------------------G-TCTATT--TCTGTGTAAAGAAACATTTCCCTCAATGC------TATTATAA-GCTA----GAT----A
gi|2                          :     gttTGTGTTCAATGTCACGCGAATCGTATGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-CA-----A-CCTATT--CCTGTGAAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------CATTATAA-GCTA----GAC----AAATTCTATACTTTAAACTTATTCCTTAAAC----A-AATAATACTAA-TAC--G-TTT-----------------T--------GTCATAAGCTTTAGTTTGATTAGATGTTCAACTTTAAATCAACAC---A----CAGTTGTGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCAAAAATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGTTTTGAATGTATATGTTGCTTAGTTTTAAAT------------CATTGTTTTGTTATCAGACTATAATAACTCGACCGTC-----TTATACATGCTGCAGTTTAC--T--AAAAATAAGGCTTTAAGTACCGACATCTTATGTTATTATATGCACTGC
gi|20                         :        TGTGTTCAATAGCACGTGAATCATATGAAATATTTTTATTTCCCTATAT-------ACTatt
gi|3                          :                                           tgATCTGCCTGTATGATTATTATTT-AACGAGTA-CGTGTT--CCTATGTAAAGG----TTTTCCTAATTG---------TTATAA---T-------------TATGCTATATTTTAAAATT-TTAATTGATC----ATAATTATAATAAGTAT--T-CTTATTATTGATGCTGTTATTTTAAAGATGTTATAAGCTGTAGTATTATTTGCTGTTAAAGTTTAAATCCGCAT---A----CAGTTTTATGATTATTACAACAGGAGAATGTTGTTAG-TTTCAAAAATCAATGCATTTCTGACATTAAAATCTTTGAATGTGCACATTGCAAAGGCTTTAATACATGCAACAAACAGGTTTTTGTTTTCAGATTGAAATAGTTCGAgt
gi|5                          : tatcacaTGGGTTCAATGACACACGAATCATAT-------------CTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--CTTGTGTAAAGACATATTTCCC-AAATGC------CATTATAA-GCTATATAGAC----ACATTCTATACTTTTAACTAATTCCTTATAA----A-GATAATAACAA-TAA--TATTT-----------------CTT-----TGTCAAAAG-----------TTTGTTGTTTGATGTTAAATCAACAC---AGACACAGTTATGTAACTTTCACAACAGGAGAGTGTTGTTAATTTTCGAAAATGAATGTATTTCTGATGTCAAAAGCTTTGAATATATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CAGAGTTTTGTTGCCAAACTGTtacatattatgcgaa
gi|6                          :         GTGTTCAATGACAAACGAATCATATAAAATATCTTTATCTACCTATAT-------CTTT-AA-----A-CCTATT--TCTGTGTAAAGAAATATTTCCCCAAATGC------TATTATAA-GCTA----GAC----ATATTTTATGCTTTAAACTTATTCCTTAAACAACTA-AATAA-AATAA-TAC--T-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCGACAC---A----CAGTTATGTAACTTTCACAACCGGATAGTGTTGTTAATTT
gi|7                          :        TGTGTTAAATGGCACACGAATCATACGAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--ACTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------TATTGTAA-GCTA----GAT----ATATTCTATACTTTAAACGTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATAA-TAC----TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTAAATCAATATGTGA----CA--TACTTA--TTTCACA
gi|8                          :       gTGTGTTCAATGGTATGTGAATCATATTAAATATCTTTATCTACCTATAT-------ATTT-AA-----A-CCTATT--ACTGTGTAAAGAAACATTTCCCCAAATGC------TATTATAA-GCTA----GAC----ATATTTTATACTTTAAACCTATTCCTTAAAC----A-AATAATAATTA-TACTTT-TTT-----------------TTT-----TGTCATAAGCTTTAGTCTGATTTGCTGTTCAACTTTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gATGTATTTCTGA--------GCTTTAAAATTATATGTTGCTAAGTTTTTAAT------------CTGAGTTATGTTGTCAGATTGTAATAACTCTACAGCC-----TTGTACATGCTGCGGTTT-C--TTAAAAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TTTGTTAACGCTTTTTATAAATTTCGTAATGTTCACCATGTCTGAATAAAAACTTATATTGAAGAGTTTTTGTACCGTTCATTCAAATTTTGAATATAATTATCTCGCAGTCTTTGTTTTAATGTTGAAATAAATATATTTATAACGCACACTCCTTCCTTGTGCTAACCACACATAATAAGGTCTTAATTTAAATAGTAATGAATCTCTGACAAGCGAGGCTCAATAAATGGTATTTGCTGAGTTTTCTACATATTTAAACATCATTTAGTAAACATGATGCATATTCGATCGTAACAGTTCAATACTTTGAACCAGTGTTTAACAA