lowQualScore                  :                33  44           6666  1     2      5         2           6                     4           
lowQualScore                  :                ..  ..           ....  .     .      .         .           .                     .           
lowQualScore                  :                77  22           1111  8     7      6         9           6                     8           
consensus                     :  ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAA-ACCTCGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCC
Reference ( gi|6 )            :  ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCTAATTGGAAA-ACCTCGGTTCCCATTGGCCAATTCTAAAAATAGGTTTCCGATTCC
gi|2                          :  ACTTTCCAATTAAA-TTA--CACCGATATCA----ATGTTGGA-ACCCTCCAATTGGTAA-ACCTCGGTTCCCATTGGCCAATTCTAAAATTAGATTTCCGATTCC
gi|5                          :  ACTTTCCAATTAAA-TAG--CACCGTT-TCA----ATACTGGA-ACCTTCCAATAGGAAA-ACCTCGGTTCCCATTGACCAATTTTAAAAATAGGTTTCCGATTCCa
gi|7                          : cACTTTCCAATTAAA-TAG--CAATGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGG-AA-ATCTCTGTTCCCATTGGTCAATTTTAAAAATAGATTTCTGATTCC
gi|4                          :  ACTTTCCAATTAAAAGAA--CACCGATATCA----AT--TGGA-ACCCTCCAATTGGAAA-ACCTCAGTTCAAACTGGCTTGTTCTAAAAAAAGATTTCCGATTC
gi|13                         : cACATTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCT----------------CGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAAATTTCCGATTCa
gi|10                         :  ACTTTCCAATTAAA-AAT--CATAGATACCA----AT--TGGA-ACCCTCCAATTGGAAA-ACCTCGGTTCCAAATGGCCAATTTTAAAAATAGATTTTC
gi|9                          :  cCTTTCCAATTAAA--AA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATAGGAAA-ACCTCGGTTCCTATTGACCAATTCTAAAGATAGATTTTCGATCC
gi|8                          :    TTTCCAATTAAA-TAA--CACCGACATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAA-ACCTCGGTTCCAATGGGCCAATTCTAAAAATTGATTTCCGATTCC
gi|1                          :    TTTCCAATATAA-TAA--CACCGATATCAATCAATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAA-ACCTCGGTTCCCATTGGCTTATTCTAAAAACAGATTTCCGATTCC
gi|15                         :    TTTCAAATTAAA-AAAAACACTGATAT-A----A-ATTGGA-ATCCTCCAATTGGAAA-ACTTC
gi|3                          :     TTCCAATTAAA-TAA--CACTGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAA-ACCTCGGTTCGAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTC
gi|16                         :        ctcTTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCa
gi|12                         :    gtactatgccAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAA-ACCTCAGTTCCAAGTGGCAAATTCTAAAAACAGATTTCTGATT
gi|11                         :                             ATCA----AT---GGG-ACACTGT-----GAAACACCTCAGTTCCAATTGGATTATT-TAAAAATAGATTTCCGATTCC
gi|14                         :                tttttaattttaaactcattgtaATTGGGCACTCTCCAGTTGAATA-ACCTCGATACCAATTAGAATATTCTGAAAATAGATTTaa

lowQualScore                  :                          2   33           5555  1     2                           1                                 
lowQualScore                  :                          .   ..           ....  .     .                           .                                 
lowQualScore                  :                          9   99           7777  1     5                           4                                 
consensus                     :            ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCC
Reference ( family-2477 )     :            ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCC
gi|1                          :              TTTCCAATATAA-TAA--CACCGATATCAATCAATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCCATTGGCTTATTCTAAAAACAGATTTCCGATTCC
gi|10                         :            ACTTTCCAATTAAA-AAT--CATAGATACCA----AT--TGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAAATGGCCAATTTTAAAAATAGATTTTC
gi|11                         :                                      cATCA----AT---GGG-ACACTG----TGAAACACCTCAGTTCCAATTGGATTATT-TAAAAATAGATTTCCGATTCC
gi|12                         : tttttaattttaaactcattgtaAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCAGTTCCAAGTGGCAAATTCTAAAAACAGATTTCTGATTaa
gi|13                         :            ACATTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTC---------------GGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAAATTTCCGATTC
gi|14                         :                                                 ATTGGGCACTCTCCAGTTGAATAACCTCGATACCAATTAGAATATTCTGAAAATAGATTT
gi|15                         :           ggcTTTCAAATTAAA-AAAAACACTGATAT-A----A-ATTGGA-ATCCTCCAATTGGAAAACTTCatattctagattctaa
gi|16                         :                     TTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCC
gi|2                          :  gtactatgccACTTTCCAATTAAA-TTA--CACCGATATCA----ATGTTGGA-ACCCTCCAATTGGTAAACCTCGGTTCCCATTGGCCAATTCTAAAATTAGATTTCCGATTCC
gi|3                          :               TTCCAATTAAA-TAA--CACTGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCGAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCa
gi|4                          :         ctcACTTTCCAATTAAAAGAA--CACCGATATCA----AT--TGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCAGTTCAAACTGGCTTGTTCTAAAAAAAGATTTCCGATTCa
gi|5                          :           cACTTTCCAATTAAA-TAG--CACCGTT-TCA----ATACTGGA-ACCTTCCAATAGGAAAACCTCGGTTCCCATTGACCAATTTTAAAAATAGGTTTCCGATTCCa
gi|6                          :           cACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCTAATTGGAAAACCTCGGTTCCCATTGGCCAATTCTAAAAATAGGTTTCCGATTCC
gi|7                          :            ACTTTCCAATTAAA-TAG--CAATGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGG-AAATCTCTGTTCCCATTGGTCAATTTTAAAAATAGATTTCTGATTCC
gi|8                          :              TTTCCAATTAAA-TAA--CACCGACATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATGGGCCAATTCTAAAAATTGATTTCCGATTCC
gi|9                          :             CTTTCCAATTAAA--AA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATAGGAAAACCTCGGTTCCTATTGACCAATTCTAAAGATAGATTTTCGATCC

lowQualScore                  :                          2   33           5555  1     2                           1                                 
lowQualScore                  :                          .   ..           ....  .     .                           .                                 
lowQualScore                  :                          9   99           7777  1     5                           4                                 
consensus                     :            ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCC
Reference ( family-2477 )     :            ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCC
gi|1                          :              TTTCCAATATAA-TAA--CACCGATATCAATCAATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCCATTGGCTTATTCTAAAAACAGATTTCCGATTCC
gi|10                         :            ACTTTCCAATTAAA-AAT--CATAGATACCA----AT--TGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAAATGGCCAATTTTAAAAATAGATTTTC
gi|11                         :                                      cATCA----AT---GGG-ACACTG----TGAAACACCTCAGTTCCAATTGGATTATT-TAAAAATAGATTTCCGATTCC
gi|12                         : tttttaattttaaactcattgtaAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCAGTTCCAAGTGGCAAATTCTAAAAACAGATTTCTGATTaa
gi|13                         :            ACATTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTC---------------GGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAAATTTCCGATTC
gi|14                         :                                                 ATTGGGCACTCTCCAGTTGAATAACCTCGATACCAATTAGAATATTCTGAAAATAGATTT
gi|15                         :           ggcTTTCAAATTAAA-AAAAACACTGATAT-A----A-ATTGGA-ATCCTCCAATTGGAAAACTTCatattctagattctaa
gi|16                         :                     TTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCC
gi|2                          :  gtactatgccACTTTCCAATTAAA-TTA--CACCGATATCA----ATGTTGGA-ACCCTCCAATTGGTAAACCTCGGTTCCCATTGGCCAATTCTAAAATTAGATTTCCGATTCC
gi|3                          :               TTCCAATTAAA-TAA--CACTGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCGAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCa
gi|4                          :         ctcACTTTCCAATTAAAAGAA--CACCGATATCA----AT--TGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCAGTTCAAACTGGCTTGTTCTAAAAAAAGATTTCCGATTCa
gi|5                          :           cACTTTCCAATTAAA-TAG--CACCGTT-TCA----ATACTGGA-ACCTTCCAATAGGAAAACCTCGGTTCCCATTGACCAATTTTAAAAATAGGTTTCCGATTCCa
gi|6                          :           cACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCTAATTGGAAAACCTCGGTTCCCATTGGCCAATTCTAAAAATAGGTTTCCGATTCC
gi|7                          :            ACTTTCCAATTAAA-TAG--CAATGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGG-AAATCTCTGTTCCCATTGGTCAATTTTAAAAATAGATTTCTGATTCC
gi|8                          :              TTTCCAATTAAA-TAA--CACCGACATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATGGGCCAATTCTAAAAATTGATTTCCGATTCC
gi|9                          :             CTTTCCAATTAAA--AA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATAGGAAAACCTCGGTTCCTATTGACCAATTCTAAAGATAGATTTTCGATCC


blockSeqs                     :                          A   AA           .     A     C                           A
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           A
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           A
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           A
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           A
blockSeqs                     :                          .   .            .     G     .                           C
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           A
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           A
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           C
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           C
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           C
blockSeqs                     :                          .   .            .     A     .                           A
blockSeqs                     :                          .   .            .     .     .                           T
blockSeqs                     :                                           .     .     .                            
blockSeqs                     :                                                 .     .                            


blockSeqCons                  :                                           ****
originalCons                  :            ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCC
finalCons                     :            ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCC

lowQualScore                  :                          2   33           5555  1     2                           1                                 
lowQualScore                  :                          .   ..           ....  .     .                           .                                 
lowQualScore                  :                          9   99           7777  1     5                           4                                 
consensus                     :            ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCC
Reference ( family-2477 )     :            ACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCC
gi|1                          :              TTTCCAATATAA-TAA--CACCGATATCAATCAATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCCATTGGCTTATTCTAAAAACAGATTTCCGATTCC
gi|10                         :            ACTTTCCAATTAAA-AAT--CATAGATACCA----AT--TGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAAATGGCCAATTTTAAAAATAGATTTTC
gi|11                         :                                      cATCA----AT---GGG-ACACTG----TGAAACACCTCAGTTCCAATTGGATTATT-TAAAAATAGATTTCCGATTCC
gi|12                         : tttttaattttaaactcattgtaAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCAGTTCCAAGTGGCAAATTCTAAAAACAGATTTCTGATTaa
gi|13                         :            ACATTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTC---------------GGTTCCAATTGGCCAATTCTAAAAATAAATTTCCGATTC
gi|14                         :                                                 ATTGGGCACTCTCCAGTTGAATAACCTCGATACCAATTAGAATATTCTGAAAATAGATTT
gi|15                         :           ggcTTTCAAATTAAA-AAAAACACTGATAT-A----A-ATTGGA-ATCCTCCAATTGGAAAACTTCatattctagattctaa
gi|16                         :                     TTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCC
gi|2                          :  gtactatgccACTTTCCAATTAAA-TTA--CACCGATATCA----ATGTTGGA-ACCCTCCAATTGGTAAACCTCGGTTCCCATTGGCCAATTCTAAAATTAGATTTCCGATTCC
gi|3                          :               TTCCAATTAAA-TAA--CACTGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCGAATTGGCCAATTCTAAAAATAGATTTCCGATTCa
gi|4                          :         ctcACTTTCCAATTAAAAGAA--CACCGATATCA----AT--TGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCAGTTCAAACTGGCTTGTTCTAAAAAAAGATTTCCGATTCa
gi|5                          :           cACTTTCCAATTAAA-TAG--CACCGTT-TCA----ATACTGGA-ACCTTCCAATAGGAAAACCTCGGTTCCCATTGACCAATTTTAAAAATAGGTTTCCGATTCCa
gi|6                          :           cACTTTCCAATTAAA-TAA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCTAATTGGAAAACCTCGGTTCCCATTGGCCAATTCTAAAAATAGGTTTCCGATTCC
gi|7                          :            ACTTTCCAATTAAA-TAG--CAATGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGG-AAATCTCTGTTCCCATTGGTCAATTTTAAAAATAGATTTCTGATTCC
gi|8                          :              TTTCCAATTAAA-TAA--CACCGACATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATTGGAAAACCTCGGTTCCAATGGGCCAATTCTAAAAATTGATTTCCGATTCC
gi|9                          :             CTTTCCAATTAAA--AA--CACCGATATCA----ATATTGGA-ACCCTCCAATAGGAAAACCTCGGTTCCTATTGACCAATTCTAAAGATAGATTTTCGATCC