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Reference ( gi|2 ) : ACAACAATG-ACGGT-CGACTAT--GTTGAT--AA-AAAGATAAA-------CATAT--GTGCAATATGTCTGGC-A-----A-ATAGT--TTCTTT-ATTAACCAC---ATGAGTCTAGTA----A-----A---AAGTAAA---T---TT--GTGA------------GA-AA-------A---GACAC-----C-GA-A--TC-----T-A--------A--CT----T-----------T----T-------ATTA----GGGCTTTC-CCCAACGTA-----AAATTGACCAACCAAT-AATAATTGTGCTGCTACTATTGCTAGATTGTAGCCAATCGCCGTGCTCCTACCAATGTTATGTGACGTTTCCT----ATGACAATTT
gi|6 : ACAAAAATG-GTGGT-TAACTAT--GTTGAT--G--------------------CAT--GTGAAATATGACTTAC-A-----T-ATAGT--TACTTT-ATTCAGCAC---GTAA---TAACACCATA-----A---AGGTGAT---A---TT--GTGA------------GA-AA-------A---CATAT-----C-GG------------------------------------------------T-------GTTT----G-----------AACGTA-----AACCT---CA--CATT-TATAATTGTTCT--TGCTATTGCTAGAT-GTAGACAATATGCGCACTCCTACAATTGCAATGTGACATATCCT----A
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gi|1 : CAATGCACAGT-CAACTCT--GTGGAT--TC-AAAATTAAA-------CATATACGTGAAATACAACTATC-A-----G-GTTAT--TTCC-------ACCATG--AT-ACTTTA-TA----AACATTA---AGGTAAT---T---AT--GTGA------------GA-AATATAATCA---AATTC-----T-GA-A--CT-----T-A--------AACCTCAC-T-----------T----C-------ATTA----GGACTTT--CTTAACGT--------------CAATCAA--A------GTGTTTTTATTGCTGTTACATGGCAGTCAACTAATGTGCTCTTATCAATGTCACGTGATGGTTCCTAGCGAGGACAGTTTatttgtaaaccctaatttata
gi|9 : T--GTTGATTCAATCAAGATAAAA------CATAT--CTGAAAAATGACTCAC-ATAATGATATAGT--TTTTTTTATTCAAGGT---GTGACACTA-----------------AAGTTGT---T---TTTTGTGA------------GA-AA-------A---AATAT-----C-AA-A--T--------------------------T-----------T----T-------GT--------ACTTTAACCTGACATT-----AAATTGCCTGATCAGC-A-------TGCTCCTACTATTGCTGGATGGTAGCCAATCAGTGTGCTCggactgtttctaca
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gi|10 : aTATGACTGGCCA-----G-ATAGA--TTCCTT-ATTGAC---------AGTGTAACAT---A-----ACACAGGTAA---------T--ATGA------------TA-AG---------------T-----T-AA-A--CC-----T-C--------A--CA----T-----------T----A-------GTTA----TGGCTTT--CCCGACGTAGATCTAAA-TGACCAATCAgcggggagaactatgattgtttct
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gi|14 : caagacaaaacgtatgtgaaataagactcgcatatagtatttctttacacaccaggtgacGTGCTCCTACTATTGCCAGATGGTAA--------CGTGCTCCTACCTATGGCATGTTTCGGTCCCC----A--ACAAaataaaatcatctctatttgcagtttcta
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-2476 ) : ACAACAATG-GCGGTCGACTCTGTCGATNNAA---AGATAAAAC------ATAT--GTGAAATACGACTGGC-A----GATA--GTTTCTTT-ATTC-ACCACGTGA-C-CTA--ATA----A-----AA----------G--GTA-AN--T-T---T---G-TGAGAA--------A--A-A-T-ATC-GA-A-TT-------T--AA------CT----------T-----------T-----------T----ATTAG-GGCT--TTC-CCCAACGTNAA----ATTGACCGACCAATAAT--AG-CGTGCTCCTACTATTGCTAGATGGTAGCCAATCAGCGCGCTCCTACCAATGCNATGTGACGGTTCCTA-----GACAGTTT
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gi|18 : ata-TT-------T--AA------CTCACA------T-----------T-----------T----AT-AG-GACT--TTC-TC-AACATAAA----ATTAACTGAC----AATTCAG-CGTATTCGTACTATTGCTAGATGg
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gi|21 : TTACCAAATGGTAACCAATCAGCATGTTCCTACCAATGCTATGTGAAGGTT
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gi|5 : AAATACAGCCGGC-A----GATA--GTTTCATT-ACTC-ACAATGTAA-C---A--ATG----G-----AA----------A--GAATAC--A-T---T---G-TGAGGA--------AT-A-A-T-AT--GA-A-CT-------C--AAAC----CTCACA------T-----------T-----------T----ATTAG-GGGT--TT--CCCGACGTTAA----ACT-ACTGACCAAT--C--GG-TGTATTCCTTCCAATTCTAGAT-GTAGCCAATCAGTGTGCTCCGTCCAATACTATATGAC-GTTCCTA-----Gt
gi|6 : ACAAAAATG-GTGGTTAACTATGTTGATGCA----------------------T--GTGAAATATGACTTAC-A----TATA--GTTACTTT-ATTC-AGCACGTAA----TA--ACACCATA-----AA----------G--GTG-AT--A-T---T---G-TGAGAA--------A--ACA-T-ATC-GG-----------------------------------------------------------T----GTTTG--------------AACGTAAA----CCTCAC--ATTTATAAT-------TGTTCTTGCTATTGCTAGAT-GTAGACAATATGCGCACTCCTACAATTGCAATGTGACATATCCTA-----AACTGTcggggagaactatgattgtttct
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|2 : ACAACAATG-ACGGTCGACTATGTTGATAAAA---AGATAAA-C------ATAT--GTGCAATATGTCTGGC-A----AATA--GTTTCTTT-ATTA-ACCACA---TGAGTCTA-GTAAA-----A----------A--GTAA---AT--T---TGTGAGAA--------A--AGA-C-ACC-GA-A-TC-------T--AA------CT----------T-----------T-----------T----ATTAG-GGCT--TTC-CCCAACGTAAA-AT-TGACCAACCAATAATAATTGTGCTGCTACTATTGCTAGATTGTAGCCAATCGCCGTGCTCCTACCAATGTTATGTGACGTTTCCTAT----GACAATTTttaaa
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gi|4 : aggagagcgattgaaatacaaATAACAATT-G-GTTCGACGCTGTCGATTCAA----GATAAAACTTACTCGTAT--GTTTATTG-GACTGGT-T----AATA--GTTTCTTT-GTTC-ACCATG---TGACG--G-ATAA-----------------G--G-AA---TT--T---TGTTAGAA--------ATAA-A-T-ATA-GA-A-TT-------TTTAA------CTGAAA------T-----------C-----------TCACAATTAT-AGCT--T---CCCAGCGTTAA-AT-TAACTGTTG---AATTAGCGTGTTCTTACTATGACAGAATGGTAGGCAATAAGCGCGTTCCTACcgacaacaacagcaacggcta
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|20 : AACGTCAA-AT-CCGTTGATT---AATCAGCATGTTCCTGCTATTCCTGGATGGTTACCAAT
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blockSeqs : . A A ATAT A TAACTAGCAG . . . CATG ATGGAAAGAATACA G AAGAC C . . TAAACCTCGCGTTT TT . . CCC A . . GT CA A .
blockSeqs : . T . GTAT T CAGCCGGCAG . . . TATG ATAAAGGTAATTG G ATAAT T . . TAAACCTCACAATC TT . . CTC C . . AC TT A
blockSeqs : . T . ATAT A TGACTTACAT . . . ATTG AACACAGGTAAT T AACAT C . . CAAACCTCACATTT TA . . CTC C . . AC CC
blockSeqs : . G . ATA A AGACTCGCAT . . . CATA ATAAAGGTGATA T AATTT C . . TAACTCACATTT TT . . CCC T . . CC TG
blockSeqs : A . ACT A GACTGGTTA . . . CACA TTAAAATTGTTT T AAAAT T . . TCACATTA TT . . CCC T . . CC CC
blockSeqs : T . GA A TGTAAA . . . CATG ATTAAGTTATTA T AAAT A . . TAACTTTT GT . . TCC C . . G CT
blockSeqs : . T . CAA . . . CATG ATAAAGGTGATA T AAAC C . . TGAACGT T . . CCT C . . C CA
blockSeqs : T . C . . . AATG ATAAAAGAAATA A AAAT C . . TTGT . . . TT T . . A T
blockSeqs : . . . . . GGTG GATAAGGAATT C AAAT C . . T . . . . . . . A .
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blockSeqs : . . . .
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originalCons : ACAACAATG-GCGGTCGACTCTGTCGATNCAA---AGATAAAAC------ATAT--GTGAAATACGACTGGC-A----GATA--GTTTCTTT-ATTC-ACCACG---TGACACTA-ATAAA-----A----------G--GTAA---TT--T---TGTGAGAA--------A--A-A-T-ATC-GA-A-TT-------T--AA------CT----------T-----------T-----------T----ATTAG-GGCT--TTC-CCCAACGTCAA-AT-TAACTGACC---AATCAGCGTGTTCCTACTATTGCTAGATGGTAGCCAATCAGCGTGCTCCTACCAATGCNATGTGACGGTTCCTA-----GACAGTTT
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Reference ( family-2476 ) : ACAACAATG-GCGGTCGACTCTGTCGATNCAA----GATAAAAC------ATAT--GTGAAATACGACTGGC-A----GATA--GT--TTCTTT-ATTC-A-C-CGT-GTGACACTA-TA------AAG-GT-G-A---TNTT-GTGAGA-----------A--------A--A-A-T-AT-C-GA-ATT-------T--AA------CT-----------T-----------TT----ATTAG-GGCT--TTC-CCCAACGTCAA-AT-TAACTGACCAATCAG---CGTGTTCCTACTATTGCTAGATGGTAGCCAATCAGCGTGCTCCTACCAATGCNATGTGACGGTTCCTA-----GACAGTTT
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gi|16 : tATAAAAC------ATAC--GTT---TA---------------ATA--GT--TTCTAT-ATCC-A-C-ATT-GTAACACCA-TT------AAG-TT-A-T---TATG-GTGTGG-----------A--------A--A-A-TCATCC-AA-ATT-------A--AA------CTTGCATCTCACAT-----------TT----ATTAG-GGCT--TTC-C
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gi|18 : ataTT-------T--AA------CTCACA-------T-----------TT----AT-AG-GACT--TTC-TC-AACATAAA-AT-TAACTGACAATTCAG---CGTATTCGTACTATTGCTAGATGg
gi|19 : aacTCTGTCGGTACAA----GATAAAAT------AC-T--GTAAAATATAACGAGC-A----GATA-------TTTTT-ATTC-A-C-CAT-AAGATACTT-TA------AAc
gi|2 : ACAACAATG-ACGGTCGACTATGTTGATAAAAA---GATAAA-C------ATAT--GTGCAATATGTCTGGC-A----AATA--GT--TTCTTT-ATTA-A-C-CAC-ATGAGTCTAGTA------AAAAGT-A-A---ATTT-GTGAGA-----------A--------A--AGA-C-AC-C-GA-ATC-------T--AA------CT-----------T-----------TT----ATTAG-GGCT--TTC-CCCAACGTAAA-AT-TGACCAACCAATAATAATTGTGCTGCTACTATTGCTAGATTGTAGCCAATCGCCGTGCTCCTACCAATGTTATGTGACGTTTCCTAT----GACAATTT
gi|20 : AACGTCAA-AT-CCGTTGATTAATCAG---CATGTTCCTGCTATTCCTGGATGGTTACCAAT
gi|21 : ttTTACCAAATGGTAACCAATCAGCATGTTCCTACCAATGCTATGTGAAGGTT
gi|3 : ACAATAATG-GCGGTCGACTCTGTCGATTCAA----TGTAAAAC------G-A---GTGAAATATAACTAGC-A----GACA--AT--GTTTTT-ATTC-A-C-CAT-GTGACTTTA-AA------AAG-GT-T-ACTTTTTT-GTGAGA-----------A--------A--A-A-T-AA-T-GA-ATTGTGAATAT--AAACCGCACA-----------T-----------AT----ATAAG-GG-T--TTC-CCCAAT-TCAA-AT-TAACTGACCAATCAG---CAT-TTCCtatgg
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gi|6 : ACAAAAATG-GTGGTTAACTATGTTGATGCA----------------------T--GTGAAATATGACTTAC-A----TATA--GT--TACTTT-ATTC-AGCACGTAATAACACCA-TA------AAG-GT-G-A---TATT-GTGAGA-----------A--------A--ACA-T-AT-C-GGTGTT-------TG-AA------C------------------------GT----A------------------AACCTCAC-AT-TTA-----TAAT--------TGTTCTTGCTATTGCTAGAT-GTAGACAATATGCGCACTCCTACAATTGCAATGTGACATATCCTA-----AACTGTcggggagaactatgattgtttct
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gi|9 : TCTGTTGATTCAATCAAGATAAAAC------ATAT--CTGAAAAATGACTCAC-ATAATGATATAGT--TTTTTTTATTC-A-A-GGT-GTGACACTA---------AAG-TT-G-T---TTTTTGTGAGA-----------A--------A--A-AAT-AT-C-AA-ATT-------T-----------------------T-----------GT----A-------CT--TTAACCTGACATTAA-AT-TGCCTGA----TCAG---CATGCTCCTACTATTGCTGGATGGTAGCCAATCAGTGTGCTCcttatctaaataaaatcatctctatttgcagtttcta
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