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gi|43 : acgtatctatagaaaaaatagattttaatgattgttaacactcctaaacaatatgaaagtatacagtaaaa---GC-----TC----G----T----ATTCCTCT-G-TA-AA-ACA-ACTCGTCC--CAACTAATATGTTTTCATATATGTTCAGTTACCTAT
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gi|35 : acaaaaaaaggttactgagcatgtatggagagatattagccgggGTCC--CGGCTAATATCTCTCCATACATGCTCAGTAACCTacttaca
gi|15 : acaaaaaaTAATATTAATCCGTACACGTTCAGTAACCtcgttcaaatttatatttctctatacacgttcagtaacctatacttaca
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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lowQualScore : . . . ........ .......... . .... ...... .. .. ... . . . ....... .............. .. ... . . .. . .... . . . . .... ............................. ... . .. . . ....... ... . ... . ........ ... .. ... ..... . ... .... . .. . . . .... . . . . . . . .......... ... . ... . . . . . . .
lowQualScore : 1 1 2 66666666 3333333333 2 7777 666666 44 11 999 1 1 0 2222222 88888888888888 55 777 1 1 11 4 0000 2 6 4 4 3333 66666666666666666666666666666 444 9 22 1 1 1111111 666 3 333 0 22222222 777 99 000 33333 9 444 1111 4 44 7 7 9 7777 1 3 7 0 0 0 5 5555555555 000 2 000 0 0 7 0 0 4 1
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Reference ( family-246 ) : ATTATTGTATACTTTCATATTGTCCCTATAGTTT-TCTATAGA-GGAAG--------AGCGTGCAGTATTTTATGATATTGCACGCATTGATATTG----------CACGGGAACTTTAGCACGCGCAACGGAAGTAG----GAACTACTTTCGCCATCTTATCAAAGAACGT---G--CAA--TATAAA--TAAAA---AT-A-TCAATTTGGTTAC-------AT--TT-T-T-----ATATTTCGACCCAATGGGTCTTCATCAAGGATAAAATACAATTAGACA---CTACA-TCTCA-TTGATTGG--AATAAT-TCTGACACA----AATGACAGTTA-TGAAAG-TTATTTCTATG----CCG-G----------ACG--------T-----GACGTCAAC---GCAAC-GTTAAATTGCGAAATGACGTTGTACTATTTCCCGCGACG--TTACGTT-AGTATGATA---GC-GTTAGG---TAGTGTGTAACCAAATTATTAGT-TAT-AT-----G--AACAATTTATAG-A-AAAA--ATAGCATTTA---ATGAG--T-TTAACTG-GC----CTAAAC--AATATGAAAGT-ATACAATAA-AANGGTT----ACTGAACGTGTATGGANAAATA-TTAGTTGGGACNCGTTGTTTTGGC-G-GAGG----------AATA---CTCGCGA---GCTCGTATTCCTCC-G-CCAAA-ACAACNCGTCCCAACTAATATTTATCCATACACGTTCAGTAACCTAT
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gi|15 : atgtgctgcatgtagaataccattgaaatagttttacattagtaaaaattgCTATTTCCCGCGACG--TTACGTT-AATATGATA---GC-GTTAGG---TAGTGCGTAACCAAATAAATAGC-TAT-AT-----G--AACAATTTATAG-A-AAAA--ATAGCGTTTA---ATGAT--T-TAAACTG-GC----ATAA------------------ACAAT---------------TTGAAAGTATACAATAAAATGGTTACT--GAACGTGT-------AC-G-GATT----------AATATTACTCGCAA---GCTCGTATTCCTCC-G-CCAAA-ACAACTCGTCCCAACTAATATTTATTCATACACGTTCAGTAACCTAaggaaatacctgtattagaaaattttttttttcatttaattatggattaaaagtacaat
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gi|50 : aTATACTTTCACATTGTCCCTATAGTGT-TTTAgaaataattgttggaccacctagtacaacaactgtaccactacaagtaatttccaatcttgatgtacataaatatataatataaacctgcttaaataacttaaatacctt
gi|6 : TATCATATGCTTTCATATTGTTCCTATAGTTT-TCTAAAGA-AAAAT--------AGCCTATAGTATTTTATGATACTGCACAGATTGATATTG----------CACGTGAACTTTAGCAC---C--CAGAAGAAA----GAACTGCTTTCGTCAT------------CGT---------------------------AT-A-TTGATTTCGTTAC-------AT---T----CT-------ATATTTCGACCAAACGGGTCTCCGCCAAGGTTAAAGTACAATTAGTAA---CTGCA-CATCATTTGTTTGG--AACG---TTTG-C-CA----AATGAC-GTTG-T----A-CTATTTC--------CCGTG----------ACA--------T-----TGCGTTA
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gi|7 : agtgtaactttaatatgatatgctgacattttgccttagtgaatttccattgtatcatatgctttcatattgttcctatagttttctaaagaaaaatagcctatagtattttatgatactgcacagattgatattgcacgtgaactttagcacccagaagaaagaactgctttcgtcatcgtatattgatttcgttacattctatatttcgaccaaacgggtctccgccaaggttaaagtacaattagtaactgcacatcatttgtttggATTAGTGTATACTTTCGTAT-------ATA-------TATAG---GTAA--------AGCATGCAGTATTTCGTGATATTGCAGGCATTGATATTG----------CACGGGAACTTTAGCACGCACAACGGAAGTAA----GAAATATTTTCTCCATCTTATCAAAGAATAT---G--CAA--TATAAT--TAAAA---AT-A-ATAATTTGGTTAC-------GT---T-----T-T-----ATATTTCGTCCCATTAGATC---ATCAGGGATTAAATACGATAACACA---CTACA-TCTCA-TTGACTGT--AATAAT-TTTGGCACA----AATAACATTGG-TGAAAT-TTATTTTTATA----CCG-G----------ACA--------------------AAT-----AAA-GTTAAATTTGGAAATAACGTTCAACTATCTCCCTCGACG--TTACGTT-AGCATGATACATGTAGTTAGGAATTAGAGTGTAACCAAAATATTATG-TAT-AT-----C--AACAATGTATGG-T-AAAC--ATAGCATTTA---ATGAT--TGTTAACAC-CT----CTAAAC--AATATGGGTGT-ATaatcagcagcctatagtatcatccttcctttgatgtttcaccatacatgtctataatatgatgcatataaaataaatttagaatagaactttaatattattgatctaaaagcaataacactt
gi|8 : tATTATTGTTTACTTTCATATTGTCCCTATAGTTT-TCTATAGA-GGACG--------AGCGTGCAGTATTTTATGGTATTGCATGCATTGATATTG----------CACATGAACTTTAGCACGTGCAACGTTAGAAG----GAACTACTTTCGCCATCTTATCAAACAGCAT---T--CAA--TATAAA--TAAAA---AA-A-TAGATTTAATTAC-------A----T----AT-T-----ATATTTCGACCCAATGGGTCTTTATTAAAAATAAAATACAATTAGACA---CTACA-TCTCA-CTGATTGG--AATAAT-TCTGACACA----AATGACAGTTA-TGAAAGTTTTTTTCTATG---------------------------------------GTCAAC---GCAAC-GTTAAATAGCGAAATGACGTTATACTATTTCCCGCGAC-------------------------------G---TAGAGTGTAACCAAATTACTAGT-TAT-AT-----G--AACAATTCATAGAA-AAAA--ACAACATTTA---ATGAG--T-TTAACTG-GC----CTAAACAAAATATAAAA
gi|9 : TATTGCACGCATTGATATTA----------CACGGGAACTTTCGCATTCGCATTAGAATAAG----AAACTACTTTAGCCATCTCTTCAAAGAATGT---A--AAA--TATAAA--CAAAA---AT-A-TTAATTTTGTTAC-------AT---T-----T-T-----ATATTTTGACC-----------------------AATACAATCAGACA---CTACA-TCTCA-TTGAATGG--AATTAT-TCTGACAAA----AATAATATTCA-TGAAAG-TTATTTCTATG----TCG-G----------ACG--------T-----GATGCCAAC---GCAAC-GTTAAATTACGAGATGACTTTGTACTTTTTTCCACGACG--TTACGTT-AGTACGACA---GT-GTTA
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9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): TTATTTTTAAAATGTTAATAACGGTATAAAAAATAGCACACTATGTATATTTTAAAATATCAGATATTAATT
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Alignments
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Reference ( family-246 ) : ATTATTGTATACTTTCATATTGTCCCTATAGTTT-TCTATAGA-GGAAG--------AGCGTGCAGTATTTTATGATATTGCACGCATTGATATTG----------CACGGGAACTTTAGCACGCGCAACGGAAGTAG----GAACTACTTTCGCCATCTTATCAAAGAACGT---G--CAA--TATAAA--TAAAA---AT-A-TCAATTTGGTTACATN------TTA--------TA--TTTCGACCCAATGGGTCTTCATCAAGGATAAAATACAATTAGACA---CTACA-TCTCA-TTGATTGG--AATAAT-TCTGACACA----AATGACAGTTA-TGAAAG-TTATTTCTATG----CCG-G----------ACG--------T-----GACGTCAAC---GCAAC-GTTAAATTGCGAAATGACGTTGTACTATTTCCCGCGACG--TTACGTT-AGTATGATA---GC-GTTAGG---TAGTGTGTAACCAAATTATTAGT-TAT-AT-----G--AACAATTTATAG-A-AAAA--ATAGCATTTA---ATGAG--T-TTAACTG-GC----CTAAAC--AATATGAAAGT-ATACAATAA-AANGGTT----ACTGAACGTGTATGGATAAATATTAGTTGGGACTCGTTGTTTTGGC-G-GAGG----------AATACTCGCAA---GCTCGTATTCCTCC-G-CCAAA-ACAACTCGTCCCAACTAATATTTNTCCATACACGTTCAGTAACCTAT
gi|1 : ATTATTGTATACTTTCATACTGTCCCTATAGTTT-TCTATAGA-GGACC--------AGCATGCAATATTTTATTGTATTGCATGCATTGATATTG----------CACGGGAACTTTAGCATGTGCAACGGAAGTAG----GAACTACTTTCGTCATCTTATCAAAGAACAT---G--CAA--TATAAT--TAAAA---AT-A-TCAATTTGATTACATAATTA--TTA--------TA--TTTCAGCCCAATGGGTCTTCGTTAAGAATAAATTACAATTAGACA---CTACA-TCTGA-TTGATTAG--AATAAT-TCTGACACA----AATGAGAGTTA-TGAAAG-TTATTTCTATG----CCG-G----------ATG--------T-----GACGTCAAC---GCAAA-GTTAAATTGCAAAATGACGTTAAACTATTTCCCGCGACG--TCA-GTT-AATATGATA---GC-GTTAGG---TAGTGTGTAATCAAATTATTAGT-TAT-AT-----G--AATAATTTATAG-A-AAAA--ATAGCATTTA---ATGAG--T-TTAACTG-GC----CTTAAC--AATATGAAAGT-TTACAATAA-AATGGTT----ACTAAACGTGTATGGATAAATGTTAGTTGGGACTCGTTGTTTTGGT-G-GAAG----------AATACTCACAA---GCTCGTATTCCTCC-G-CCATT-ACAACTCGTGCCAACTAATTTTTATCCATACACGTTCAGTAACCTAT
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gi|14 : AGAC--AATATGAAAGT-ATACAATAACAATTTTT----ACT-AATGT
gi|14 : atgtgctgcatgtagaataccattgaaatagttttTTATTGTATACTTTCATATTGTCTCTATA-TTT-TCTATAGA-GGAAG--------AGCATGCAGTATTTTATGATATTGCACACATTGATATTG----------CACAGAAACTTTAGCATGTGCAACAGAAGTAG----GAACTATTTTCATCATCTTATCAAAGAATGT---G--CGATCTGTAAA--AGAGG---AG-A-TGGCTTTGGTctatattttctatagaggaagagcatgcagtattttatgatattgcacacattgatattgcacagaaactttagcatgtgcaacagaagtaggaactattttcatcatcttatcaaagaatgtgcgatctgtaaaagaggagatggctttggtaggaaatacctgtattagaaaattttttttttcatttaattatggattaaaagtacaat
gi|15 : atgtgctgcatgtagaataccattgaaatagttttacattagtaaaaattgCTATTTCCCGCGACG--TTACGTT-AATATGATA---GC-GTTAGG---TAGTGCGTAACCAAATAAATAGC-TAT-AT-----G--AACAATTTATAG-A-AAAA--ATAGCGTTTA---ATGAT--T-TAAACTG-GC----ATAAAC--AATTTGAAAGT-ATACAATAA-AATGGTT----ACTGAACGTGTACGGATTAATATT-------ACTCGC------------AAG---------------CTCG-----------TATTCCTCC-G-CCAAA-ACAACTCGTCCCAACTAATATTTATTCATACACGTTCAGTAACCTAaggaaatacctgtattagaaaattttttttttcatttaattatggattaaaagtacaat
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gi|3 : CAA---ACTTGTATTCCTCAAG-CCAAA-ACAATTCCTCCCcttgtattcctcaagccaaaacaattcctccctaaattctat
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