lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111
lowQualScore : 1 33 222 4444444444444444444444 1111111 222222222222222 22 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222 2222222 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 11 11111111 11 11111111 11111 1 1111111 5555555555555555555555555555555 22222222 22 22 111 222 66666666666666666666666 1111111 000000000000000000000 111 88888888888888888888888 11 2222222 4444444444444 1111111 1111 555
lowQualScore : 4 3 1 22 666 33 2 1111111111111111111111 6666666 6666666 6666666 2 4444444 888888888888888 55 55555 33 444 33 66 5555555 7 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 2 6666666666666666 4 777 6 2 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 3 33 888888 0 999999999999999 99999999 2 9999999 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888 9999999999 99 33333333 88 22222222 00000 4 44 7777 3 99 55 1111111 999 3 3 4 0000000000000000000000000000000 4 8 88888888 33 4 4 8 77 66 5 333 555 55555555555555555555555 6666666 7 222222222222222222222 4 0 4 7 999 1 00000000000000000000000 5 77 9999999 5 2222222222222 3333333 7 9999 777 66 6
lowQualScore : . . . .. ... .. . ...................... ....... ....... ....... . ....... ............... .. ..... .. ... .. .. ....... . . ............................................... . ................ . ... . . . .......................................................................................................... .... . .. ...... . ............... ........ . ....... ... .................................................................................................................................................. .......... .......... .. ........ .. ........ ..... . .. .... . .. .. ....... ... . . . ............................... . . ........ .. . . . .. .. . ... ... ....................... ....... . ..................... . . . . ... . ....................... . .. ....... . ............. ....... . .... ... .. .
lowQualScore : 5 6 7 00 777 77 5 0000000000000000000000 8888888 8888888 8888888 2 4444444 555555555555555 66 99999 55 111 22 11 1111111 8 3 22222222222222222222222222222222222222222222222 5 6666666666666666 9 777 5 7 7 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6666 2 99 333333 3 444444444444444 88888888 1 2222222 777 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 8888888888 66 22222222 55 11111111 11111 8 66 7777 6 77 00 8888888 333 6 6 0 9999999999999999999999999999999 0 0 55555555 22 0 0 0 66 11 2 444 444 22222222222222222222222 0000000 3 000000000000000000000 5 2 0 3 333 7 44444444444444444444444 7 99 7777777 7 0000000000000 3333333 5 0000 888 77 0
consensus : TGGAAA-GCCAACGGGGTCAAAATTC--TC--TT-GT----T--A--------------AATGCTT-------A-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-----TT--CAATTG-----AATATGCTTAATGT---TTAATTCTT--TA-TT----CCTATTTCTTANTTCTAAATGAT--T----AATT-------CAAAA----TCA-TT-------CAT----GCC-AAATG-------------CCTGATTCT--AAATGCTTGA-T-TATCA--TT--TG---AGTG---TAAA-T-TACA-TA-TT-T-T--AT-----A-TG---TT--C--TTATCA---TTTGTNCAC---AATTTGCATA--ATT--T---TTA--TTTTTAAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------A---A---ATTC----T---TCATGCCAA-TGA--ATGATT---AATTCT----T---T--------A----T-G-TT-C--AATG-T-AT--N----TTAAA--TA---GA------A---AATGC--TTA-GTN---T-TTA-TT----CTN-ATCG---CT-------TA--ACTCT-NA-------AT----TC----TT----AATAC-NT-------AATGTGTAATTCTTAT---GCCAATTGCTAT--------TTCTGTCTTGC----GAACAAAAA--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-GAATCTTA--G-------C-T-A-A-T-T------T-------AAC-------T------T-CAA-TA--------TTCC-A-AT-TACA-TTTTCGT--ATTTTGAT--AACAGAGGGCGCT-------------TC----G---AAC---C---GAACCGAACCGCATCGC--CAC-AA-CAAA-----TGCATGNAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTAC--CAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGA-AGACA-ATA-GGAAAAA----AGATGCTCTTGAG-CTTTA-A---ATATN--AGAAAAGNTGCCGATATGCTTGGTTTGTACAT-TTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
Reference ( gi|1 ) : TGGGAA-GCCAACGGGATCCTAATT---TC--TT-GT---GT--A--------------AATGCTT-------A-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-----TT--CAATTG-----AACCTGCTTAATGT---TTAATTCTT--TG-TT----TCCATTTCTTATTTCTAAATGAT--T----AGTT-------CAAAA----TCA-TT-------CAT----GCC-AAATG-------------CCTGATTCC--AAATACTTGA-T-TATCA--TT--TGC--AGTG-ACTGAA-T-TACA-TA-TT-T-T--AT-----A-TG---TT--C--TTGTCA---TTTGTACAC---AATTTGCATA-CATT--T---TTA--TCTTTAAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------A---C---ATTC----T---TCATGCCAATTGA--ATGATT---AATTCT----T---T--------A----T-A-TT-C--AATG-T-AT--A----TTAAA--CA---GA------A---AATGC--CTAGGTT---T-TTA-TT----CTG-GTCA---CT-------TA--ACTCT-AA-------AG----TC----TT----AATAC-CT-------AATGTGTAATTTCTAT---GCCAGTTAATAT--------TTCTGTCTTGC----AAACAAATA--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-AAATCTTA--G-------C-T-A-A-T-T------T-------AAC-------T------T-CAA-TA--------TTCT-A-AT-TACA-TTTT-GT--ACTTTGAT--TACAGTGTGCGCT-------------TC----A---AAC---C---AAACAGAACCGCATCATGTCACAAATCAAA-----TGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGACAGCACCGTTCAC--GAGGTCTTCACTACTGGC--GATAATTGT-TGACA-ATA-GGAACAA----AGATGCTCTTGAG-CTTTA-A---ACATT--AGAAAAGCTACCAATATGCTTGGCTTGTATTT-TTCTCGTATGTTTTATATGAATCTGTTTCGTCATCAA
gi|3 : TAGAAA-GCCATCGGG-TCAAAATTCT-TC--TT-AT----T--A--------------AATTCTT-------A-------AT-------GC-TAA-------ATTACAAAT--G-----TT--CAATTG-----AATATGCGTAATGT---TTAATTCTT--TA-TT----CTTATTTCTTAGTTCTAAATGAT--T----AATT-------CAAAA----TCT-GC-------CAT----GCC-AAATG-------------CCTGATTCT--AAATTCTTGA-C-TATCA--TT--T----AGAT-ACTG---T-TTTA-TT-CT-T-T--AT------------TT--C--TTTTTC---TTAGTTC-T---AA-TTG--------T--T---TTA--TTCTTAAT--
gi|4 : aTGAAAA-GCCATCGGTGTCAAAATTATGTT--TT-GT----T--A--------------AATTCTA-------A-------AT-------GC-TAACTTACATAT---------G-----TT--CAATTG-----AATATGCTTA-CGT---TTATTTCTT--TA-TT----CATATTTCTTAATTCTAAATGAT--T----CCTT-------TAAAA----TCC-GC-------CAT----CCC-AAATT-------------CCTGATTAT--AAATGCTTGG-A-TATCG--TT--TGT--A------TCAT-T-TGT--TA-TTCT-T--A------A-T----TT--C--TTCT-A---TTTCT---T---AGTTC---TA--ATTGCT---TTA--CTCTTAAT--TC---C--TAATACTTAATaccgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|7 : aTGGAAT-ACCATCGTGGTCAAAATTCT-TC--TT-GT---TA--A--------------AAT-TTT-------A-------AT-------GC-TAA-------ATTACAAA---G-----TTT-CAATTG-----AA------TAATGT---TTAATG-----TG-T-------AATTTTTTATT-CTAACTTAT--T----AGTT-------CAAAA----TCA-TT-------ATT----GTC-AAATG-------------CCTGATTCT--TAATGCTTGA-T-TATCA--TT--TGgtgtactacttaatatacggcgccctctgttatcaaagtacgaaactgtattttggaatattgaggttgcaataaatatttgctaaaattcttgcatcccacaattatagctagttctatttttgttcgcaagacagaaaaagcaatcgatgtccggtaaagcgtcgagctgaaccaaacagcaccgcatcacaaatgcataaaatacccaatccaaaatgtacgatagcaccgtttattaggtatttttgtccgcgaaaatggaaaacaatacgaaaaaaatatgctctttagtttttaatacatattagagaaaatatgtacaattctatgttttatatgaatccgtttcgtcattaat
gi|12 : aTGGAAA-GTCAACGAAGGCAAAATTCG-TC--TT-GTTCAGT--GCGT-----------AATGCTT-------A-------GT-------TA-CAT-------AT---------G-----TT--CATTTG-----AATA-ACTTAATGT---ATAATTCTT--TA-TTCGGTTCTATTTCTTAATTCATAATGAT--T----GATT-------TAAAA------A-----------------GTC-AAATT-------------CTTTATTCG--TAATGCTTGA-T-TACCA--TT--Tgccaatttctatttctgttttgcaaacgaaaatagaactcactatgaattgtgagatgcaagaattttagccaaatttaattgcaatgttcaatattccaaattacattttcatattttaattatagagggcactgtcgggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactccgaaccgaactgcattgctgacaaatgcctgaaatacactggtcaaaatgtataatagcatcatttacctgacattttttacctgtgataatggaagacacactgaaaaatagaagctcttgagcttttgagaaaagatgccgacatgcttggttggtacatttctatattttatacaaatccattccaccattaat
gi|16 : aTGGAAA-GCCAACAAAGTCAAAATT---CC--TC-AT---ACCCA--------------AA-GCTT-------A-------AT-------TC-TTA-------AT---------GA----TT--TAGTTG-----AATATGCTTAATGTCTCTTAATTATT--TA-TT----CCTATTTCTTTATTCTAAATGA---T----AAAT-------CAAAAT---TCA--T-------CAT----GCC-AAATG-------------ATT-ATTTCTTTACTTCTTGA-T-----A--CT--TAC--TGTT--TTAAACT-CAGA-TA-TG-T-TAAAT-----G-TG---TT--C--TTA-------TTGTA-AC---A----GCACA-Ccttattctttatttctatttctaagttcttattgatagattcttcatgccagataattaattctatatttcttaatatattttcaatagaaaatgcttattatgtttattataattgtttatctcttaactcttcttagtacatattgtgtgatgcgtat
gi|14 : aTGGAAA-ACCAATGGGG-CAAAAAT---TC--TTCAT---TC--A--------------AATGCTT-------A--------T-------TC-TAA-------AT--------------------AAT--------A-------AATGT---TCAATTCTT--TA-TT----CCTGTTTCTTAATTTTAAATGAT--A----AATT-------CAAAT----TTC-TT-------AAT----ATA-AAATG-------------CTTTATTCT--AAATGCTAAA-T-TGTCA--TT-------GGTG----------CAC--TA-TT-TGT--AT-----ACTG---TT-----TTATTC---TTTATTC-C---TATTT-CATGCCATT--TCTATTG--TCTTC-AT--CT---C--T
gi|18 : taTGAAAA-GCCGACGGGGTCAAAATTCC-TC--TT-GT----T--A--------------AATGCTT-------A-------ATCTTAAATTC-CAA-------AT---------G-----AT--CAGTTG-----ACTATGTTTAATGT---ATAATTCTT--TA-TT----CCTAcataatatcaaataattatgtt
gi|21 : TGAAAA-GCCAACAGGGTCAAAATT----C--TT-CT----T--A--------------AATGCTT-------A-------AT-------TC-TAA-------AT---------ggcttaaaaacaata
gi|22 : taTGGAAA-GTCAACAAG-TCGAAATTCT-TC--TT-GT----T--A--------------AATGCTT-------A-------TT-------Ttatgacaagaacaat
gi|2 : aGGAAA-GCCAACGGGGTCAAAATT---GCACTT-AT---TTTTA--------------AATGCTT-------A-------AT-------TG-TAATTACAAAAT---------G-----AT--CAATTG-----AATATGCTTAATGT---
gi|11 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaGAATGCCAACGGGGTCAAAATTCT-TC--TT-GT----T--A--------------AATGCTT-------A-------AT-------TC-TGA-------ATTATAGAAAAG-----TT--CAATTG-----ATTATGCGAAATGC---TTAATTCTT--Tagtacaaaaaaacatgattcttaatgcttgattatctttagtatacaattttagtgttttatcttaaatgtctgtcttagttctaaatgataagttattcgtgtcaaataattaaacagtgtttattacaatggtatataccttaaatagacgatgcttatgtgtttattacaatggtatacaccttaaatagacgatgcttatgtgtttattatagtcactacactcttaactgttaattcctaatacgctatgtgtaattcttatgtcgattgctatttctgtcttgcaacaaaaatagaactcgctatgtattatgggattcaaaaatcttaacttaattcaattgcaatttcaatatttcatattacattttcgtatttaagtaacagagtgtattcgggtaaagcgttaaactgaacctcattgcatcatactagcaaaaatgtacgatagcaccgtttactaggtattctttactcatgagaatgaagaca
gi|13 : ACGGGGTCAAAATT---CC--TC-GT---GTT-A--------------AATGCTT-------ATTTCTAAAT-------TC-TGA-------AT---------G-----TT--CAATTG-----AACATGCTTAATGT---TTA---CTA--TGCTT----TCCATattcctttttcttaatgccaaatgataagtataaaattcttaatgcctaattataagtgtttgattatttacatagtgttttatttttaatttctatttcttagctctaaatgataaattcttcatgccaaatgattaattatttgttatttctatatattttgaatagagattactaaggtgttgactcttaattctcaatacgtaatgtgtaattcttatgttaattgttattactgtcttgtgtcggaacaaaaatagaaatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaaattttaattacatcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgtt
gi|11 : ccctacggggcttAAAT---TC--TT-------------------------AATGCCT-------A-------AT-------TA-TAA-------GT---------G-----TT--TGATT-------ATTTACATAGTGT---TTTATTTTT--AA-TT----TCTATTTCTTAGCTCTAAATGAT--------------------AAA----TTC-TT-------CAT----GCC-AAATG-------------ATTAATTaaaacattttttaaaaaacgaataccgacatatctccggtattatgtaatttatactccatgtctttatttttttaaatcgatcgatttatcagataagtgctaccaatgatcacattcaccaaacaaattgcaataaccaa
gi|15 : gaatgccaacggggtcaaaattcttcttgttaaatgcttaattctgaattatagaaaagttcaattgattatgcgaaatgcttaattctttattcctttttcttaatgccaaatgataagtataATT---TC--TT-GT----T--A--------------AATATTT-------A-------AT-------TA-TAC-------AT----------------------TTG-----TATATGCTTAATGT---TTAATTCTT--TT-TT----CTTAATTTTTAGTTCAAAATAGT--A----AGTT-------TAAAA----TCC-TT-------AAT----ACC-AAATG-------------CCTGATTTT--AAATATTTGAGTATATAA--TT--TGT--A-------AAG-T-TATA-TACTC-T-T--A------A-TGCATTT--C--TTatttgttatttctatatattttgaatagagattactaaggtgttgactcttaattctcaatacgtaatgtgtaattcttatgttaattgttattactgtcttgtgtcggaacaaaaatagaaatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaaattttaattacatcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgtt
gi|8 : gctaacgcggtaaacatTT---TC--TC-AT---ATT-A--------------AATACTT-------A-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-----TT--CGTTTG-----AATATGCTAAATGT---TTAATTCTT--agttcgaaatgataaattcttcaaacctatcgcttaacttttaattactgtttct
gi|9 : gtgaact-GT---GT--AAATATCTCTTGTTAAATGCTTAATTCTAA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-----TT--CAATTG-----AATATGTTGAATAT---TTCATTATT--TA-TT----TCTATTTCTTAATTCTAAATAAT--A----AG---------------------------------T----GCCAAAATG-------------TATTATTCT--AAATACTTGA-T-TACCA--CT--TGT--A-------------TACA--A-TT-------T-----G-TA---TT--C--T----G---TTT---------AAT----------TC--T---TTA----TTTA------------TATTTATAAGTTCCAAATGAT-------A---A---ATTC----T---TCATACCCGTTGA--ATGATT---AAATCT----T---T--------ATTTCT-G-TT-T--AACA-T-AT--T----TTAAA--AA---GA------A---AATAC--CAAGGTG---T-TTA-TT----TT--ATCG---TT-------TA--ACTCT-TG-------AT----TC----TA----AATAC-GT-------AATGTGTAATGCTTAT---ACCAATTGTTAT--------TACTGTCGTGC----GATCAGAAA--TAGAAATCGCTAT----GAATTGTT-GGATGCAG-GCATCTTA--GCTAAATAC-T-A-A-T-TG-----C-------AAC-------T------T-CAA-TA--------TTC----AT-TACATTTTT-GT--ATTTTGAT--gaaaaatacgtgttttatatgcgattgtcatttgtacacaatgggtatagtgttttatctttaatttttagaacttagttctgaatgaaaaattcttcatgtcaaaggtatgattaattctttatttctacataatttattcgaaataaaaatgtcttattattcttagttctgtcttgtgaacataaataaaactcgctatgaattgtgagatgcatgattcttagctaaatttaaatgtaactaaacatttcaaattacattttcacattttgataatacagggcgctagtcagtaaatggtcgaaccgaacagcataacataaaaaatgcatgcaatacactagcaaaagcgtacgacagcaccgtttacctggacttctttacccgtgaaagtataggagaatacgaaagaagctgctcttgagctttaaatatgagaaaagctaaccatatgctttgtttgtgaacttgtttc
gi|6 : tatgaaaaggcagcaa--A--------------AATGCCT-------G-------AT-------TC-TAA-------AT---------AATTGATTAACAATTGTATATAATGTGTATACTGT---TTAATTCTT--AA-TT----CCTATTTCATAGTTTTAAACGAT--------------------AAA----TTC-TT-------CAT----GCC-AAATG-------------aaacaggtccgagttatcttaattcacattaactcctgtgatata
gi|5 : tcaacggggtcaaaacttttcttgttaattgatttaatataattaatgtgtaattcaaaagttcccattcattcgagcc--------------AATGCTA-------A-------AT-------TA-CAA-------AT---------A-----TT--CAATTA-----ATTATGTTTACTGT---ATAATTCTT--TA-TT----TC-------TATCTCT---TAAT--T------CT-------TAAGA----TTA-GT-------T--------C-AAAT-------------------TTTC--A-----TTCA-T--GTCA-----------AATG--CCAAA-T-T--------C-T-T--A------A-TG---CT--TGATTATCA---TTTGTATAC---AATTTGTATA-GAGT--T---TTA--TTCTTAAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATAAT-------A---A---ATTA----T---TCTT-----CTAA--ATGATT---AATTCTATATT---T--------C----T-G-TT-T--AATA-A-AT--T----TTGAA--TT---GA------A---AATAC--TTGTGTG---T-TTA-TT----ATA-ATTG---TT-------TA--ACTCTTAAT------AT----TC----TT----AATAT-AC-------AATGTGTAATTCGTAT---GCCAATTGCTAT--------TTCTGTCTTGC----GAACAAAAT--TAGAACTCGCTTT----GAATTGTG-GGATGCAA-TAGTCTTA--G-------C-T-A-A-T-T------TAAAACACAAT-------T------T-CAA-GA--------TTCCAA-AT-TACA-TTTT--TCAATTTTGAT--AACAGAGGGCGCT-------------aatggatcattatttatttctatgtaatatttttaaatagcaaatactaagatgtttattcttatcgctttagttttaattcgtaataagcggtatgaaattcttatgccaattgccatttctgtcttgcgaacaagaatagaactcgctatgaattgtaagatgcaagaatcttacggctatatttaattgcaacatcaatattccaacatatattttcgtcatttgataacaaagggcgttgtccgagaaagcgtcgaaccgaaccgaaccgcattgcatcacaaatgtatgcaatacaccaactaaaatgcacaataacaccgtttatcaggtcttctatacctgttagaatagaagacaatacggaaaatgatgctcttcagctttgaatatt
gi|10 : ctttttgatcaaccctt--------------AATGCT--------A-------AC-------TCACAA-------AT---------G-----TT--CAATTG-----AATAAGTTTAATGT---ATA-----C--TA-TT----TTTATTCCT-ATTTCT---TCATCCT----AGT-----------GA----TTAGTT-------CA---------AAGTT-------------TTTAATGTC--AAATGCCAGA-T-TCTTA----------------------------A-TG-TT-T-T--AT--------------------TATCA---ATTGTATAA---AATTTCTATA-GTGT--T---TTA--TTCTTACT--TT---T--TATGTCTTAGTTGTAAATGAT-------A---A---ATTA----G---TCATGCCAA------ATGATT---AATTCTATTTT---T--------T----T-A-TT-T--AATA-T-GT--T----TTAAA--TA---GA------A---AATGC--------T---T-TTC-TT----TTC-ATTG---CT-------TA--ATTCT-----------------------T----AATAC-AA-------AATGAGTAATTATTAT---TTCA------AT--------TGCT-------------ACAAAAA--TAGAAATCACAAT----AAATTGTG-GGATGCAA-TGCTCTTA--G-------C-T-A-A-A-T------T-------AAA-------T------TGCAATTATTAAATATTTCA-A-AT-TGCA-TTTTCGT--ATTTTGAT--TACAGgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtatgcatgaaatacactggtcaaaaagtacaatagcatcg
gi|11 : tAATTCTTCTTG-TT------AAATGCTTAATTCTGAATTAT--AGAAAAGTT-------CAAT-----TGA-TT--------AT----GCG-AAATG-------------CTTAATTCT--TTATTCCT---T-TTTC---TTAATGCCAAATG-A-TAAG-TATAAA--A-TTCT-T--A------A-TG---CC--TAATTATAAGTGTTTG---AT---TATTTACATA-GTGT--T---TTA--TTTTTAAT--TT---C--TATTTCTTAGCTCTAAATGAT-------A---A---ATTC----T---TCATGCCA----A--ATGATT---AATTAT----T---T--------GT---T-ATTT-C--TATA-T-AT--T----TTGAA--TA---GA------G---ATTAC--TAAGG------------------TG---------T-------TG--ACTCT-TA-------AT----TC----TC----AATAC-GT-------AATGTGTAATTCTTAT---GTTAATTGTTAT--------TACTGTCTTGTGTCGGAACAAAAA--TAGAAATCACCAT----GAATTGTA-GGATACAA-CAATCTTA--G-------C-TAA-A-T-T------T-------AA--------T------T-GAA--A--------TTTT-A-AT-TACA-Taagcgatgtccagtaaagctcaatgtgttttcctagattacgtcattagcttcgaatgatgccagtgcgtacctggcggtgacatagggataac
gi|8 : gaatgccaacggggtcaaTTTCTCATAT-TAAATACT--T----AATT-------CTAAA----T-G-TT-------CGT-----TT-GAAT------------------ATGCT--AAATGTTTAA-T-TCT---------------TG-A--AAA-A-TACG-TG-TT-T-T--AT-----A-TG---CG--A--TTGTCA---TTTGTACAC---AATGGGTATA-GTGT--T---TTA--TCTTTAAT--TT---T--TAGAACTTAG----------------------------------T---TC--------TGA--ATGAAA---AATTCT----T---C--------A----T-G-TC-A--AAGG-T-ATG-A----TTA----------------------AT---------TC---T-TTA-TTT---CTACATAA---TT-------TA---TTCG-AA-------A------------T----AA-A-----------AATGTCTTATT---AT---TC---TTAGT-----------TCTGTCTTGT----GAACATAAA--TAAAACTCGCTAT----GAATTGTG-AGATGCAT-GATTCTTA--G-------C-T-A-AAT-T------T-------AAA-------T------G-TAACTAAACAT---TTCA-A-AT-TACA-TTTTCAC--ATTTTGATAATACAG-G-GCGCTAG-----------TC----AGTAAATGGTC---GAACCGAACAGCATAA---CATAAA--AAA-----TGCATGCAATACACTAGCAAAAGCGTACGACAGCACCGTTTAC--CTGGACTTCTTTACCCGT--GA-AAGTATAGGAGA-ATA-CGAAAGA----AGCTGCTCTTGAG-CTTTA-A---ATATG--AGAAAAGCTAACCATATGCTTTGTTTGTcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgtt
gi|2 : gtgaactCTTATTTTTAAATGCT--T----AATTGTAATTACAAAA----TGA-TCAATTGAATAT----GCT-TAATGTAGTACAAAAAAACATGATTCT--TAATGCTTGA-T-TATC---TT--T----AGTATAC--AA-T-TTTAGTG-TT-T-T--ATCTTAAA-TG---TC------TGTC----TTAGTTCTA---AAT--G-ATA-AGTTA-T---TCG--TGTCAAATAATTAAACAGTGTTTATTA---C--AATGGT-------A---T---ATAC----C---TTA----AATAGACGATGCTT---ATGTGT----T---T--------A----T---TA-C--AATGGT-AT--ACACCTTAAA--TA---GA------C---GATGC--TTATGTG---T-TTA-TT----ATA-GTCA---CTACACTCTTA--ACTGT-TA-------AT----TC----CT----AATACGCT-------A-TGTGTAATTCTTAT---GTCGATTGCTAT--------TTCTGTCTTGC----AA-CAAAAA--TAGAACTCGCTAT----GTATTATG-GGATTCAA-AAATCTTA--A-------CTT-A-A-T-TCAATTGC-------AAT-------T------T-CAA-TA--------TTTC-ATAT-TACA-TTTTCGT--ATTTAAGT--AACAGAGTGTA-T-------------TCGGGTA---AAG---CGTTAAACTGAACC---TCAT------------------TGCAT----CATACTAGCAAAAATGTACGATAGCACCGTTTAC--TAGGTATTCTTTACTCAT--GAGAATgaacttgtttc
gi|6 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaggaaagccaacggggtcaaaattgcaAATGTG--T----AATT-------CAAAAGTTCCCA-TT-------CATTCGAGCC-AAATG-------------CCTGATTCT--AAATAATTGA-T-TA-----------------------------ACA--A-TT-G-T--AT-----A-TA---------------A---TGTGTATAC---TGTTTA------ATT--C---TT--------AAT--TC---C--TATTTCATAGTTTTAAACGAT-------A---A---ATTC----T---TCATGCCAAATGA--ATGGAT---CATTAT----T---T--------A----T---TT-C--TATG-TAAT--ATTT-TTAAA--TA---GC------A---AATAC--TAAGATG---T-TTA-TT----CTT-ATCG---CT-------TT--AGTTT-TA-------AT----TC----GT----AATAA-GC-------GGTATGAAATTCTTAT---GCCAATTGCCAT--------TTCTGTCTTGC----GAACAAGAA--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTA-AGATGCAA-GAATCTTACGG-------C-T-ATA-T-T------T-------AAT-------TGCAACAT-CAA-TA--------TTCC-A-ACATATA-TTTTCGT--CATTTGAT--AACAAAGGGCGTTGTCCGAGAAAGCGTC----G---AAC---C---GAACCGAACCGCATTGCATCA-----CAAA-----TGTATGCAATACACCAACTAAAATGCACAATAACACCGTTTAT--CAGGTCTTCTATACCTGT--TAGAATAGA-AGACA-ATACGGAA-AA----TGATGCTCTTCAG-CTTTG-A---ATATT--gaagaca
gi|3 : tcaacggggtcaaaacttttcttgttaattgatttaatataattTCA--AAATTCTTC--T-TATTAAATT--CTT--AATG--CTAAA-T-TACA------------A------A-TG---TT--C-------A---ATTG--------AATATGCGTA--ATG--T---TTAATTCTTTA-T--TC---T--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------T---A---ATTCAAAATCTGCCATGCCAAATGC--CTGATTCTAAATTCT----T---G--------AC---T-A-T-------------C--A----TT-----TA---GA------T---ACTGT--TTTATTC---T-TTA-TT----TCT-TTTT---CT-------TA--GTTCT-AATTGTTTTAT----TC----TT----AATAC-CG-------AAAGTGTAAT
gi|4 : atagaaagccatcgggA-TT-C-T--AA-----A-TG---CTAAC--TTA-CA---TATGTTCAATTGAATATGCTTA-CGTT--T---ATT--TCTTTA----TT---CA-TATTTCTTAATTCTAAATGATTCCTTTAA---A---ATCC----G---CCATCCCAAATTC--CTGATTATAAATGCT----TGGAT--------A----TCG-TT------TG-T-ATC-A----TTTGT--TATTCTT------A---ATTTCTTCTA--TT---TCTTAGTT----CTA-ATTG---CT-------TT--ACTCT-TA-------AT----TC----CT----AATAC-TT-------AATGTGTA----CTAC--------TTAATATACGGCGCCCTCTGTTAT-C----A---AAGTA--CGAAACT-G-TATTTTGGAATATTGAGGTTGCAATAAATATTT--G-------C-T-A-A-gtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|12 : atgaaaagccatcggtgtcaaaattatgttttgttaa-CATT--TC--TTA--TTCTTTAT--TT---C--TATTTCTAAGTTCTTATTGAT-------A---G---ATTC----T---TCATGCCA----G--ATAATT---AATTCT----A---T--------A----T---TT-CTTAATA-T-AT--T----TTCAA--TA---GA------A---AATGC--TTA--TTATGT-TTA-TTATAATTG-TTTATCTCT-------TA--ACTCT----------------TC----TT----AGTAC-AT-------ATTGTGTGATaattcttgcatcccacaattatagctagttctatttttgttcgcaagacagaaaaagcaatcgatgtccggtaaagcgtcgagctgaaccaaacagcaccgcatcacaaatgcataaaatacccaatccaaaatgtacgatagcaccgtttattaggtatttttgtccgcgaaaatggaaaacaatacgaaaaaaatatgctctttagtttttaatacatattagagaaaatatgtacaattctatgttttatatgaatccgtttcgtcattaat
gi|16 : atggaaagtcaacgaaggcaaaattcgtcttgttcagtgcgtaatgcttagttacatatgttcatttgaataacttaatgtataattctttattcggttctatttcttaattcataatgattgatttaaaaagtcaaattctttattcgtaatgcttgattac---TTA--TTT---AT--TC---C--TATTTCTTTATTCTAAATGAT-------AAATCAAAATTC----A---TCATGCCA----A--ATGATT---ATTTCT----T---TACTTCTTGA----T-A-CT-T--ACTG-T--T-------TTAAACTCA---GATATGTTA---AATGT------GTT---C-TTA-TT----gcgtat
gi|15 : atggaaagccaacaaagtcaaaattcctcatacccaaagcttaattcttaatgatttagttgaatatgcttaatgtctcttaaATTTCTTAGTTCGAAATGAT-------A---A---ATTC----T---TCAAACCTATCGgtaacagcacac
gi|7 : gctaacgcggtaaacatatttcttgttaaatatttaattatacatttgtatatgcttaatgtttaattcttttttcttaatttttagttcaaaatagtaagtttaaaatccttaataccaaatgcctgattttaaatatttgagtatataatttgtaaagttatatactcttaatgc---ATTC----T---TCTTGTTAA---A--ATT-TT---AATGCT-----------------A----A-A-TTAC--AAAG-T-TTCAA----TTGAA--TA---AT------GTTTAATGT--GTAATTT---T-TTA-TT----CTA----A---CT-------TATTAGTTC-AA-------AA----TCATTATTGTCAAATGC-CTGATTCTTAATGCTTGATTATCATTTGGCCAATTTCTAT--------TTCTGTTTTGC----AAACGAAAA--TAGAACTCACTAT----GAATTGTG-AGATGCAA-GAATTTTA--G-------C-CAA-A-T-T------T-------AATTGCAATGT------T-CAA-TA--------TTCCAA-AT-TACA-TTTTCAT--ATTTTAAT--TATAGAGGGCACT-------------cttaacttttaattactgtttct
gi|19 : atggaataccatcgtggtcaaaTCA---CT-------TA---CATT-AA-------AACTTTTC----TT----TACAC-CT-------TATGTGTAATTCGTAT---GCAAATTTCTAT--------TTCTGTCTTGT----GAACAAAAA--TAGAAgtcgggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactccgaaccgaactgcattgctgacaaatgcctgaaatacactggtcaaaatgtataatagcatcatttacctgacattttttacctgtgataatggaagacacactgaaaaatagaagctcttgagcttttgagaaaagatgccgacatgcttggttggtacatttctatattttatacaaatccattccaccattaat
gi|3 : aaatattgtaatcaagtataaCCAATTGCTAT--------TTCTGTGTTGC----GAACAAAAAAATAGAACTAGCTAT----GTTTTGTG-AGATGCAA-GAATTTTA--G-------CTT-A-A-T-T------TAATTGC-AAC-------T------T-CAA-TAT-------TTCA-A-AT-TACA-TTTTCAT--ATTTTGAT--AACAGAGGGTGCT-------------
gi|4 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacT--------TTCTGTCTTGC----GAACAAAAA--TAGAACTAGCTAT-----AATTGTG-GGATGCAA-GAATTTTA--G-------C-A-A-A-TAT------TTATTGC-AAC-------C------T-CAA-TA--------TTCCAA-AA-TACAGTTTC-GT--ACTTTGAT--AACAGAGGGCGCtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|3 : atgaaaagccatcggtgtcaaaattatgttttgttaaattctaaatgctaacttacatatgttcaattgaatatgcttacgtttatttctttattcatatttcttaattctaaatgattcctttaaaatccgccatcccaaattcctgattataaatgcttggatatcgtttgtatcatttgttattcttaatttcttctatttcttagttctaattgctttactcttaattcctaatacttaatgtgtactacttaatatacg---AAC---T---ATATAGCACCGCATCA----------CAAA-----TGCTTGCAAAACACTAACCAAAATGTACGATGGCACCATTTAT--TAGGCCTGCTATACCTGCTTTAGAATGGA-AGAAA-ATATGGAAACA----AGATGCTCTAGAG-CTTTATATACACGTTGGAGAAAAGTAGCTGATGTGCTTGGTTTGTACAT-TTC---TATGTTTTATATGAATCCATTTCGTCaagcaatcgatgtccggtaaagcgtcgagctgaaccaaacagcaccgcatcacaaatgcataaaatacccaatccaaaatgtacgatagcaccgtttattaggtatttttgtccgcgaaaatggaaaacaatacgaaaaaaatatgctctttagtttttaatacatattagagaaaatatgtacaattctatgttttatatgaatccgtttcgtcattaat
gi|4 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatgcgtcgtaatg---AAC---C---AAACAGCACCGCATCA----------CAAA-----TGCATAAAATACCCAATCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTAT--TAGGTATTT-TTGTCCGC--GAAAATGGA-AAACA-ATACGAAAAAA----ATATGCTCTTTAGTTTTTA-ATACATATT--AGAGAA------AATA---------TGTACAA-TTC---TATGTTTTATATGAATCCGTTTCGTCATTAAg
gi|7 : atgaaaagccatcggtgtcaaaattatgttttgttaaattctaaatgctaacttacatatgttcaattgaatatgcttacgtttatttctttattcatatttcttaattctaaatgattcctttaaaatccgccatcccaaattcctgattataaatgcttggatatcgtttgtatcatttgttattcttaatttcttctatttcttagttctaattgctttactcttaattcctaatacttaatgtgtactacttaatatacggcgccctctgttatcaaagtacgaaactgtattttggaatattgaggttgcaataaatatttgctaaaattcttgcatcccacaattatagctagttctatttttgttcgcaagacagaaaaagcaatcgatgtccggtaaagcgtcgagctgC---C---GAACCGAACTGCAT--TG---CTGA-CAAA-----TGCCTGAAATACACTGGTCAAAATGTATAATAGCATCATTTACCTGACATTTT--TTACCTGT--GATAATGGA-AGACACACT-GAAAAAT----AGAAGCTCTTGAG-CTTT---------TG--AGAAAAGATGCCGACATGCTTGGTTGGTACAT-TTC---TATATTTTATACAAATCCATTCCACCATTAAt
gi|17 : atggaataccatcgtggtcaaaattcttcttgttaaaattttaatgctaaattacaaagtttcaattgaataatgtttaatgtgtaattttttattctaacttattagttcaaaatcattattgtcaaatgcctgattcttaatgcttgattatcatttggccaatttctatttctgttttgcaaacgaaaatagaactcactatgaattgtgagatgcaagaattttagccaaatttaattgcaatgttcaatattccaaattacattttcatattttaattatagagggcactgtcgggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactAACCGCATCGCATCACAA--C--------TGCATGTAATACACTGGTTTAAATGTAAGATAGCATCGTTAAC--CAGATTTT--CTTC---------AA------GACA-ATA-TGAAAAAT---AGAAGCTTTTGAG-CTTC---------T----GAAAAAATGCCGACATGTTTGGTTTCTACAT-TTCTt
gi|5 : CAAACCAAAACGTATGCATGAAATACACTGGTCAAAAAGTACAATAGCATCGatccgtttcaccattatttc
gi|20 : ctttttgatcaacccttaatgctaaattacaaatattcaattaattatgtttactgtataattctttatttctatctcttaattcttaagattagttcaaattttcattcatgtcaaatgccaaattcttaatgcttgattatcatttgtatacaatttgtatagagttttattcttaatttctatttcttagttctaaataataaattattcttctaaatgattaattctatatttctgtttaataaattttgaattgaaaatacttgtgtgtttattataattgtttaactcttaatattcttaatatacaatgtgtaattcgtatgccaattgctatttctgtcttgcgaacaaaattagaactcgctttgaattgtgggatgcaatagtcttagctaatttaaaacacaatttcaagattccaaattacatttttcaattttgataacagagggcgctgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctcGACA-ATA-CAAACGCTTTTAGATGCTCTTGAT-CTTTA-A---ATATG--AG-AAAGCTGTCGATATGCTTGGTTTGAATTTATTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222 111111111111111 4444444444444444 11111 22222 11111111111 333333 1111111111111111 1111 1111111 66666666666666666666666666666666666 1 44444444444444444444444444 111 44444444444 11 2222222222222222 111
lowQualScore : 2 2 5 66666666 2 2 5 666666 7777777 7777777 2 444444444444444444 0 4444 33 2 7777 33 0 9999999 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555 44444444444444444444444444 777777777777777 5 33 1 8888888888 2 3333333333333333 55 4 00000 8888 77777 44 66666666666 6 3 666666 3 4444444444444444 3 4444 55 22 1 7777 44 55 1111111 999 3 3 3 55555555555555555555555555555555555 8 3 3 3 55 3 55 00000000000000000000000000 111 00000000000 66 0 2 1 2 7777 3 6 5 22 5 5 2222222222222222 3 444 0 4
lowQualScore : . . . ........ . . . ...... ....... ....... . .................. . .... .. . .... .. . ....... . ....................................................................................................................... ..... .......................... ............... . .. . .......... . ................ .. . ..... .... ..... .. ........... . . ...... . ................ . .... .. .. . .... .. .. ....... ... . . . ................................... . . . . .. . .. .......................... ... ........... .. . . . . .... . . . .. . . ................ . ... . .
lowQualScore : 7 7 3 88888888 7 7 3 888888 6666666 6666666 5 333333333333333333 9 8888 99 9 1111 66 2 3333333 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222 44444444444444444444444444 999999999999999 7 99 9 5555555555 5 1111111111111111 55 0 11111 5555 22222 55 22222222222 0 9 000000 8 2222222222222222 5 1111 00 99 1 1111 66 00 8888888 333 6 6 6 77777777777777777777777777777777777 2 6 6 6 00 6 55 77777777777777777777777777 777 66666666666 11 8 6 4 2 4444 4 5 0 11 0 0 4444444444444444 0 000 8 6
consensus : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T--C-TTGT-T-A------AATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT-------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---TTA--AT-TCTTTATTC----CTATTTCTTAATTCTAAATGATTAATT-------CAAAA-TCNTT-------CATGCCAAATG-------------CCTGATTC-TAAA-TGCTTGA---T-TATCATTT--AGT---TA-AA-TTACA-TA-TT-T-T--AT-----A-TG---TTC--TTATCAT--TTGTNC-ACAATTTGCAT-A--A-T--T--TTT---------------A-T--TCTTAAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGATAAATTCTTCA--TGC-CAA-T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----TTAT----GTTCAATG-TA----TT----TTAAATAGAAAATGCTNA--G-TGTTTATTNTNATCGCT-------TAACTCTTAA----T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTTATGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA--ATAGAACTCGCTATGAATTGTGGGATGCAAGAATCTTA--G-------C-T-A-A-T-T------T-------AA----C-------T------TCAATATTCCAA-A-T-TACATTTTCGTA--TTTTGAT-AACAGA--GGGCGCT-------------TCG----AAC---CG---AACCGAACCGCATC--GC--CATAA--CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGCG--AGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATATG------AGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
Reference ( family-2452 ) : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T--C-TTGT-T-A------AATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT-------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---TTA--AT-TCTTTATTC----CTATTTCTTANTTCTAAATGATTAATT-------CAAAA-TCATT-------CATGCCAAATG-------------CCTGATTC-TAAA-TGCTTGA---T-TATCATTTG-AGTG--TA-AA-TTACA-TA-TT-T-T--AT-----A-TG---TTC--TTATCAT--TTGTNC-ACAATTTGCAT-A--A-T--T--TTT---------------A-T--TTTTAAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGATAAATTCTTCA--TGC-CAA-T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----TTAT----GTTCAATG-TA----TN----TTAAATAGAAAATGCTTA--G-TNTTTATTCTNATCGCT-------TAACTCTNAA----T--TCTTAATACNTAATGTGTAATTCTTATGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA--ATAGAACTCGCTATGAATTGTGGGATGCAAGAATCTTA--G-------C-T-A-A-T-T------T-------AA----C-------T------TCAATATTCC-A-A-T-TACATTTTCGTA--TTTTGAT-AACAGA--GGGCGCT-------------TCG----AAC---CG---AACCGAACCGCATC--GC--CACAA--CAAATGCATGNAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGCG--AGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATATN------AGAAAAGNTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
gi|1 : TGGGAAGCCAACGGG-ATCCTAA-T-T-----T--C-TTGTGT-A------AATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT-------G-TTCAATTGAACCTGCTTAATGT---TTA--AT-TCTTTGTTT----CCATTTCTTATTTCTAAATGATTAGTT-------CAAAA-TCATT-------CATGCCAAATG-------------CCTGATTC-CAAA-TACTTGA---T-TATCATTTGCAGTGACTG-AA-TTACA-TA-TT-T-T--AT-----A-TG---TTC--TTGTCAT--TTGTAC-ACAATTTGCAT-AC-A-T--T--TTT---------------A-T--CTTTAAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGATACATTCTTCA--TGC-CAA-TTG---AATGAT--TAAT-TC----T----TTAT----ATTCAATG-TA----TA----TTAAACAGAAAATGCCTA--GGTTTTTATTCTGGTCACT-------TAACTCTAAA----G--TCTTAATACCTAATGTGTAATTTCTATGCCAGTTAATATTTCTGTCTTGC----AAACAAAT--ATAGAACTCGCTATGAATTGTGGGATGCAAAAATCTTA--G-------C-T-A-A-T-T------T-------AA----C-------T------TCAATATTCT-A-A-T-TACATTTT-GTA--CTTTGAT-TACAGT--GTGCGCT-------------TCA----AAC---CA---AACAGAACCGCATCATGT--CACAAATCAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGACAGCACCGTTCACGAGGTCTTCACTACTGGCG--ATAATTGTTGACA-ATA-GGAACAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ACATT------AGAAAAGCTACCAATATGCTTGGCTTGTATTTTTCTCGTATGTTTTATATGAATCTGTTTCGTCATCAA
gi|10 : ------AATGCT-A-------AC-------TCACAA-------AT-------G-TTCAATTGAATAAGTTTAATGT---ATA--CTATTTTTATTC----CTATTTCTTCATCCTAG-TGATTAGTT-------CAAAG-TTTTT--------------AATG-------------TC--------AAA-TGCCAGA---T-TCTTA---------------------A-TG-TT-T-T--AT------------------TATCAA--TTGTAT-AAAATTTCTAT-A--G-TG-T--TTT---------------A-T--TCTTACT--TT---T--TATGTCTTAGTTGTAAATGATAAATTAGTCA--TGC-CA--------AATGAT--TAAT-TCTATTT----TTTT----ATTTAATA-TG----TT----TTAAATAGAAAATGCT--------TTTCTTTTCATTGCT-------T-------AA----T--TCTTAATACAAAATGAGTAATTATTATTTCAATTGCT-------------------ACAAAA--ATAGAAATCACAATAAATTGTGGGATGCAATGCTCTTA--G-------C-T-A-A-A-T------T-------AAATTGCAATTA--T------TAAATATTTCAA-A-T-TGCATTTTCGTA--TTTTGAT-TACAGA--AG
gi|11 : tGAATGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-TT-C-TTGT-T-A------AATGCTTA-------AT-------TC-TGA-------A----------TT--ATAGAA-------AA-GT---TCA--AT-TGATTATGC----G--------------AAATGCTTAATT-------C--------TT-------TAT------T--------------CCTTTTTC-TTAA-TGCCAAA---T-GAT-----A-AGTA--TA-AA-----A-T--TC-T-T--A------A-TG---C-C--TAATTATAAGTGTTTGATTATTTACAT-A--G-TG-T--TTT---------------A-T--TTTTAAT--TT---C--TATTTCTTAGCTCTAAATGATAAATTCTTCA--TGC-CA--------AATGAT--TAAT-TA----T----TTGTTA--TTTCTATA-TA----TT----TTGAATAGAGATTACTAAG-G-TG--------------T-------TGACTCTTAA----T--TCTCAATACGTAATGTGTAATTCTTATGTTAATTGTTATTACTGTCTTGTGTCGGAACAAAA--ATAGAAATCACCATGAATTGTAGGATACAACAATCTTA--G-------C-TAA-A-T-T------T-------AA------------T------TGAA-ATTTT-A-A-T-TACATcgatgtccagtaaagctcaatgtgttttcctagattacgtcattagcttcgaatgatgccagtgcgtacctggcggtgacatagggataac
gi|12 : TGGAAAGTCAACGAA-GGCAAAA-T-T---CGT--C-TTGT-TCAGTGCGTAATGCTTA-------GT-------TA-CAT-------AT-------G-TTCATTTGAATA-ACTTAATGT---ATA--AT-TCTTTATTCGGTTCTATTTCTTAATTCATAATGATTGATT-------TAAAA---A------------GTCAAATT-------------CTTTATTC-GTAA-TGCTTGA---T-TACCATTT-----------------CT-TA-TT-C-T--TT-----A-T----TTC--T----AT--TTCTA--------------A--G-T--T--CTT---------------A-T--TGATAG------------A-TTCTTCATGCCAGATAATTAATTCTATA--TTT-C--------------T--TAA--------T----ATAT----TTTCAATA-GA------------AAAT-------GCTTATTA-TGTTTATTATAATTGTT-------TATCTCTTAACTC-T--TCTTAGTACATATTGTGTGATGCGTATcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgtt
gi|13 : aACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT--C-GTGT-T-A------AATGCTTATTTCTAAAT-------TC-TGA-------AT-------G-TTCAATTGAACATGCTTAATGT---TTACTAT-GCTTT
gi|14 : ccctacggggcttTGGAAAACCAATGGG-GCAAAAA-T-T---C-T----TCAT-TCA------AATGCTTA--------T-------TC-TAA-------AT-----------------AATA-----AATGT---TCA--AT-TCTTTATTC----CTGTTTCTTAATTTTAAATGATAAATT-------CAAAT-TTCTT-------AATATAAAATG-------------CTTTATTC-TAAA-TGCTAAA---T-TGTCATT---GGTG---------CAC--TA-TT-TGT--AT-----ACTG---TT---TTATTCT--TTATTC--CTATTT-CAT-GCCA-T--T--TCT---------------A-TTGTCTTCAT--CT---C--Tccataaaacattttttaaaaaacgaataccgacatatctccggtattatgtaatttatactccatgtctttatttttttaaatcgatcgatttatcagataagtgctaccaatgatcacattcaccaaacaaattgcaataaccaa
gi|15 : taGCTAACGCG-GTAAACA-TAT---T-T--C-TTGT-T-A------AATATTTA-------AT-------TA-TAC-------AT--------------TTGTATATGCTTAATGT---TTA--AT-TCTTTTTTC----TTAATTTTTAGTTCAAAATAGTAAGTT-------TAAAA-TCCTT-------AATACCAAATG-------------CCTGATTT-TAAA-TATTTGAG--TATATAATT-----TG--TA-AAGTTATA-TACTC-T-T--A------A-TGCATTTC--TTA--------GTTC-GAAA--TG-ATAA--A-T--T--CTTCAAACCTATCGCTTAA-C--TTTTAAT--TA---C--TGTTTCTcataatatcaaataattatgtt
gi|16 : TGGAAAGCCAACAAA-GTCAAAA-T-T---CCT--C-ATAC-C-C------AAAGCTTA-------AT-------TC-TTA-------AT-------GATTTAGTTGAATATGCTTAATGTCTCTTA--AT-TATTTATTC----CTATTTCTTTATTCTAAATGA-TAAAT-------CAAAATTCA-T-------CATGCCAAATG-------------ATTATTTCTTTAC-TTCTTGATACT-TACTGTTT--------TA-AACTCAGA-TA-TG-T-TAAAT-----G-TG---TTC--TTAT
gi|17 : aAACCGCATC--GCATCACAA--C---TGCATGTAATACACTGGTTTAAATGTAAGATAGCATCGTTAACCAGATTTTCTTC----------------AAGACA-ATA-TGAAAAATAGAAGCTTTTGAG-CTTC------T----------GAAAAAATGCCGACATGTTTGGTTTCTACATTTC---T-------------ATCCGTTTCACCATTAtgtaacagcacac
gi|18 : TGAAAAGCCGACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT--C-TTGT-T-A------AATGCTTA-------ATCTTAAATTC-CAA-------AT-------G-ATCAGTTGACTATGTTTAATGT---ATA--AT-TCTTTATTC----CTAtttc
gi|19 : TAATCACT-------TA-CATTAAAACTTT--TCTTTACACCTTATGTGTAATTCGTATGCAAATTTCTATTTCTGTCTTGT----GAACAAAA--ATAGAAggcttaaaaacaata
gi|2 : aaatattgtaatcaagtaGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-TGCAC-T--TATTTT-T-A------AATGCTTA-------AT-------TG-TAATTACAAAAT-------G-ATCAATTGAATATGCTTAATGT---
gi|2 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaCTTATTTTTAAATGCTTAATTGTAATTACAAAA-TGATCAATTGAATATGCTTAATGTAGTACAAAAAAACATGATTC-TTAA-TGCTTGA---T-TATC-TTT--AGTA--TACAA-TTTTAGTG-TT-T-T--ATCTTAAA-TG---TC----TGTC-T--TAGTTC-TAAAT--G-AT-A--AGT--TA-TTC---------------G-T--GTCAAATAATTAAACAGTGTTTATTA---C--AATGGTATATACCTTA-------AA-T-A---GACGATGCTTATGTG----T----TTAT-----TACAATGGTA----TACACCTTAAATAGACGATGCTTAT-G-TGTTTATTATAGTCACTACACTCTTAACTGTTAA----T--TCCTAATACGCTATGTGTAATTCTTATGTCGATTGCTATTTCTGTCTTGC-----AACAAAA--ATAGAACTCGCTATGTATTATGGGATTCAAAAATCTTA--A-------CTT-A-A-T-TCAATTGC-------AA----T-------T------TCAATATTTC-ATA-T-TACATTTTCGTA--TTTAAGT-AACAGA--GTGTA-T-------------TCGGGTAAAG---CGTTAAACTGAACCTCAT------------------TGCAT----CATACTAGCAAAAATGTACGATAGCACCGTTTACTAGGTATTCTTTACTCATG--AGAAT-GAAGACA-agtacaaaaaaacatgattcttaatgcttgattatctttagtatacaattttagtgttttatcttaaatgtctgtcttagttctaaatgataagttattcgtgtcaaataattaaacagtgtttattacaatggtatataccttaaatagacgatgcttatgtgtttattacaatggtatacaccttaaatagacgatgcttatgtgtttattatagtcactacactcttaactgttaattcctaatacgctatgtgtaattcttatgtcgattgctatttctgtcttgcaacaaaaatagaactcgctatgtattatgggattcaaaaatcttaacttaattcaattgcaatttcaatatttcatattacattttcgtatttaagtaacagagtgtattcgggtaaagcgttaaactgaacctcattgcatcatactagcaaaaatgtacgatagcaccgtttactaggtattctttactcatgagaatgaagaca
gi|20 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaggaaagccaacggggtcaaaattgca-AGATGCTCTTGAT-CTTTAA---ATATG------AG-AAAGCTGTCGATATGCTTGGTTTG
gi|21 : agacaatacaaacgcttttTGAAAAGCCAACAGG-GTCAAAA-T-------T--C-TTCT-T-A------AATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT-------aatttattcc
gi|22 : taTGGAAAGTCAACAAG--TCGAAA-T-T---C-TT-C-TTGT-T-A------AATGCTTA-------TT-------Ttatgacaagaacaat
gi|3 : aTAGAAAGCCATCGGG--TCAAAA-T-T---C-TT-C-TTAT-T-A------AATTCTTA-------AT-------GC-TAA-------ATTACAAATG-TTCAATTGAATATGCGTAATGT---TTA--AT-TCTTTATTC----TTATTTCTTAGTTCTAAATGATTAATT-------CAAAA-TCTGC-------CATGCCAAATG-------------CCTGATTC-TAAA-TTCTTGA---C-TATCATT---------TA-GA--TAC--TG-TT-T-T--AT------------TCT--TTATTTC--TTTTTC-TTAGTTC---T-A--A-TTGT--TTT---------------A-T--TCTTAAT--
gi|3 : aCCAATTGCTATTTCTGTGTTGC----GAACAAAAAAATAGAACTAGCTATGTTTTGTGAGATGCAAGAATTTTA--G-------CTT-A-A-T-T------TAATTGC-AA----C-------T------TCAATATTTCAA-A-T-TACATTTTCATA--TTTTGAT-AACAGA--GGGTGCT-------------accgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|3 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacACCGCATC----------A--CAAATGCTTGCAAAACACTAACCAAAATGTACGATGGCACCATTTATTAGGCCTGCTATACCTGCTTTAGAATGGAAGAAA-ATATGGAAACA-AGATGCTCTAGAG-CTTTAT---ATACACGTTGGAGAAAAGTAGCTGATGTGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATATGAATCCATTTCGTCtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|4 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcTGAAAAGCCATCGGT-GTCAAAA-T-T---A-TGTT-TTGT-T-A------AATTCTAA-------AT-------GC-TAACTTACATAT-------G-TTCAATTGAATATGCTTA-CGT---TTA--TT-TCTTTATTC----ATATTTCTTAATTCTAAATGATTCCTT-------TAAAA-TCCGC-------CATCCCAAATT-------------CCTGATTA-TAAA-TGCTTGG---A-TATCGTTT---GTA--TC-AT-TTGT--TA-TTCT-T--A------A-T----TTC--TTCT-AT--TTCTT----AGTTC---T-A--A-T--TGCTTT---------------A-C--TCTTAAT--TC---C--TAATACTTAATg
gi|4 : aCGATTGCTTTTTCTGTCTTGC----GAACAAAA--ATAGAACTAGCTAT-AATTGTGGGATGCAAGAATTTTA--G-------C-A-A-A-TAT------TTATTGC-AA----C-------C------TCAATATTCCAA-A-A-TACAGTTTCGTA--CTTTGAT-AACAGA--GGGCGCgtgtactacttaatatacggcgccctctgttatcaaagtacgaaactgtattttggaatattgaggttgcaataaatatttgctaaaattcttgcatcccacaattatagctagttctatttttgttcgcaagacagaaaaagcaatcgatgtccggtaaagcgtcgagctgaaccaaacagcaccgcatcacaaatgcataaaatacccaatccaaaatgtacgatagcaccgtttattaggtatttttgtccgcgaaaatggaaaacaatacgaaaaaaatatgctctttagtttttaatacatattagagaaaatatgtacaattctatgttttatatgaatccgtttcgtcattaat
gi|4 : atgaaaagccatcggtgtcaaaattatgttttgttaaattctaaatgctaacttacatatgttcaattgaatatgcttacgtttatttctttattcatatttcttaattctaaatgattcctttaaaatccgccatcccaaattcctgattataaatgcttggatatcgtttgtatcatttgttattcttaatttcttctatttcttagttctaattgctttactcttaattcctaatacttaatgtgtactacttaatatacgGCG-------------TCG----AGC---TG---AACCAAACAGCACC--GC---ATCA--CAAATGCATAAAATACCCAATCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTATTAGGTATT-TTTGTCCGCG--AAAATGGAAAACA-ATACGAAAAAA-ATATGCTCTTTAGTTTTTAATACATATT------AGAGAA------AATA---------TGTACAATTC---TATGTTTTATATGAATCCGTTTCGTCATTAAatgtccggtaaagcgtcgagctgaaccaaacagcaccgcatcacaaatgcataaaatacccaatccaaaatgtacgatagcaccgtttattaggtatttttgtccgcgaaaatggaaaacaatacgaaaaaaatatgctctttagtttttaatacatattagagaaaatatgtacaattctatgttttatatgaatccgtttcgtcattaat
gi|5 : atgaaaagccatcggtgtcaaaattatgttttgttaaattctaaatgctaacttacatatgttcaattgaatatgcttacgtttatttctttattcatatttcttaattctaaatgattcctttaaaatccgccatcccaaattcctgattataaatgcttggatatcgtttgtatcatttgttattcttaatttcttctatttcttagttctaattgctttactcttaattcctaatacttaatgtgtactacttaatatacggcgccctctgttatcaaagtacgaaactgtattttggaatattgaggttgcaataaatatttgctaaaattcttgcatcccacaattatagctagttctatttttgttcgcaagacagaaaaagcaatcgatgtccggtaaa------AATGCTAA-------AT-------TA-CAA-------AT-------A-TTCAATTAATTATGTTTACTGT---ATA--AT-TCTTTATTT----CTATCTCTTAATTCTTAA-GATTAGTT-------CAAAT-T--TT-------CATTC---ATG-------------TC--------AAA-TGCC-------------------------A-AA-TT--------C-T-T--A------A-TG---CTTGATTATCAT--TTGTAT-ACAATTTGTAT-AG-A-G--T--TTT---------------A-T--TCTTAAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATAATAAATTATTC---TTC-TAA--------ATGAT--TAAT-TC----TATATTTCT----GTTTAATA-AA----TT----TTGAATTGAAAATACTTGT-G-TGTTTATTATAATTGTT-------TAACTCTTAA----TATTCTTAATATACAATGTGTAATTCGTATGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA--TTAGAACTCGCTTTGAATTGTGGGATGCAATAGTCTTA--G-------C-T-A-A-T-T------TAAAACACAA----T-------T------TCAAGATTCCAA-A-T-TACATTTTTCAA--TTTTGAT-AACAGA--GGGCGCT-------------t
gi|5 : ctttttgatcaacccttC--CAAAA--CGTATGCATGAAATACACTGGTCAAAAAGTACAATAGCATCGgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtatgcatgaaatacactggtcaaaaagtacaatagcatcg
gi|6 : ctttttgatcaacccttaatgctaaattacaaatattcaattaattatgtttactgtataattctttatttctatctcttaattcttaagattagttcaaattttcattcatgtcaaatgccaaattcttaatgcttgattatcatttgtatacaatttgtatagagttttattcttaatttctatttcttagttctaaataataaattattcttctaaatgattaattctatatttctgtttaataaattttgaattgaaaatacttgtgtgtttattataattgtttaactcttaatattcttaatatacaatgtgtaattcgtatgccaattgctatttctgtcttgcgaacaaaattagaactcgctttgaattgtgggatgcaatagtcttagctaatttaaaacacaatttcaagattccaaattacatttttcaattttgataacagagggcgctgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaCAACGGG-GTCAAAACT-T---T-T--C-TTGT-T-A------ATTG------------------------------------------------ATTTAATATAATTAATGT---GTA--AT-TC
gi|6 : tTAATTGATT-------TAATA-TAATT--------------AATG-------------TGTAATTC-AAAAGTTCCC-A---T-T--CATTCG-AGC---CA-AA-TGCCT-GA-TT-C-T--AA-----A-TA---ATTGATTAACAA--TTGTAT-ATAATGTGTAT-A--C-T--G--TTT---------------AAT--TCTTAAT--TC---C--TATTTCATAGTTTTAAACGATAAATTCTTCA--TGC-CAAAT-G---AATGGA--TCAT-TA----T----TTAT-----TTCTATG-TAATATTT----TTAAATAGCAAATACTAA--GATGTTTATTCTTATCGCT-------TTAGTTTTAA----T--TCGTAATAAGCGGTATGAAATTCTTATGCCAATTGCCATTTCTGTCTTGC----GAACAAGA--ATAGAACTCGCTATGAATTGTAAGATGCAAGAATCTTACGG-------C-T-ATA-T-T------T-------AA----T-------TGCAACATCAATATTCC-A-A-CATATATTTTCGTC--ATTTGAT-AACAAA--GGGCGTTGTCCGAGAAAGCGTCG----AAC---CG---AACCGAACCGCATT--G---CATCA--CAAATGTATGCAATACACCAACTAAAATGCACAATAACACCGTTTATCAGGTCTTCTATACCTGTT--AGAATAGAAGACA-ATA-CGGAAAA-TGATGCTCTTCAG-CTTTGA---ATATaaaagttcccattcattcgagccaaatgcctgattctaaataattgattaacaattgtatataatgtgtatactgtttaattcttaattcctatttcatagttttaaacgataaattcttcatgccaaatgaatggatcattatttatttctatgtaatatttttaaatagcaaatactaagatgtttattcttatcgctttagttttaattcgtaataagcggtatgaaattcttatgccaattgccatttctgtcttgcgaacaagaatagaactcgctatgaattgtaagatgcaagaatcttacggctatatttaattgcaacatcaatattccaacatatattttcgtcatttgataacaaagggcgttgtccgagaaagcgtcgaaccgaaccgaaccgcattgcatcacaaatgtatgcaatacaccaactaaaatgcacaataacaccgtttatcaggtcttctatacctgttagaatagaagacaatacggaaaatgatgctcttcagctttgaatatt
gi|7 : tcaacggggtcaaaacttttcttgtCAA-A--A-T--T--CTT---------------C-T--TGTTAAA-----------ATTT--TAATGCTAAATTACAAAGT-TTCAATTGAATAA-T-GTTTAATGTG--TAAT-TT----T----TTAT-----TCTAACT-TA----TT-------AGTTCAAAAT---CA-------TTATTGTCA-------------AATGCCTGA----T--TCTTAATGCTTGAT-TATCATT--TG-GCCAATTTCTATTTCTGTTTTGC----AAACGAAA--ATAGAACTCACTATGAATTGTGAGATGCAAGAATTTTA--G-------C-CAA-A-T-T------T-------AA----TTGCAATGT------TCAATATTCCAA-A-T-TACATTTTCATA--TTTTAAT-TATAGA--GGGCACTG------------TCG----t
gi|7 : atggaataccatcgtggtTTGCGTACCTTGTGGT-AACTGAATGGG-----------------TAA----AACTC-CG---AACCGAACTGCATT--GC--TG--A--CAAATGCCTGAAATACACTGGTCAAAATGTATAATAGCATCATTTACCTGACATTTTTTACCTGTG--ATAATGGAAGACACACT-GAAAAAT-AGAAGCTCTTGAG-CTTT--------TG------AGAAAAGATGCCGACATGCTTGGTTGGTACATTTC---TATATTTTATACAAATCCATTCCACCATTAAggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactccgaaccgaactgcattgctgacaaatgcctgaaatacactggtcaaaatgtataatagcatcatttacctgacattttttacctgtgataatggaagacacactgaaaaatagaagctcttgagcttttgagaaaagatgccgacatgcttggttggtacatttctatattttatacaaatccattccaccattaat
gi|8 : atggaataccatcgtggtcaaaattcttcttgttaaaattttaatgctaaattacaaagtttcaattgaataatgtttaatgtgtaattttttattctaacttattagttcaaaatcattattgtcaaatgcctgattcttaatgcttgattatcatttggccaatttctatttctgttttgcaaacgaaaatagaactcactatgaattgtgagatgcaagaattttagccaaatttaattgcaatgttcaatattccaaattacattttcatattttaattatagagggcactgtcgggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgaTTTCTCATAT-TAAATACTTAATT-------CTAAA-T-GTT-------CGT-TTGAAT------------------ATGC-TAAA-TGTTTAA---T-T----CTTG-A------A-AA-ATACG-TG-TT-T-T--AT-----A-TG---CGA--TTGTCAT--TTGTAC-ACAATGGGTAT-A--G-TG-T--TTT---------------A-T--CTTTAAT--TT---T--TAGAACTTAGTTCTGAATGA---------------------------AA-------AAT-TC----T----TCAT----GTCAAAGG-TA----TG----ATTAAT----------------TCTTTATTTCTA---CA-------TAATTT---A----T--TCGAAATAAA-AATGT------CTTATT---ATTCTTAGTTCTGTCTTGT----GAACATAA--ATAAAACTCGCTATGAATTGTGAGATGCATGATTCTTA--G-------C-T-A-AAT-T------T-------AA----A-------TGTAAC-TAAACATTTC-A-AAT-TACATTTTCACA--TTTTGAT-AATACA--GGGCGCTAG-----------TCAGTA-AATGGTCG---AACCGAACAGCATA--AC---ATAA--AAAATGCATGCAATACACTAGCAAAAGCGTACGACAGCACCGTTTACCTGGACTTCTTTACCCGTG--AAAGTATAGGAGA-ATA-CGAAAGA-AGCTGCTCTTGAG-CTTTAA---ATATG------AGAAAAGCTAACCATATGCTTTGTTTGTt
gi|9 : gtgaactTGAAAAGGCAGCAAGTGT--AAA-TAT---C-T--C-TTGT-T-A------AATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------ATTCTAAATG-TTCAATTGAATATGTTGAATAT---TTC--AT-TATTTATTT----CTATTTCTT--------------AATT-------CTAAA-TAAT--------------AAGTG-------------CC--A-----AAA-TG----------TATTATTC--------TA-AA-T------A-CT-T-G--AT------------------TACCAC--TTGTAT-ACAATTTGTAT-T--C-T--G--TTT---------------AAT--TCTTTAT--TT---A--TATTTATAAGTTCCAAATGATAAATTCTTCA--TAC-CCG-TTG---AATGAT--TAAA-TC----T----TTATTTCTGTTTAACA-TA----TT----TTAAAAAGAAAATACCAA--GGTGTTTATT-TTATCGTT-------TAACTCTTGA----T--TCTAAATACGTAATGTGTAATGCTTATACCAATTGTTATTACTGTCGTGC----GATCAGAA--ATAGAAATCGCTATGAATTGTTGGATGCAGGCATCTTA--GCTAAATAC-T-A-A-T-TG-----C-------AA----C-------T------TCAATATTC----A-T-TACATTTTTGTA--TTTTGATAAACAGgaacttgtttc
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 2222222222222222222 111111111111111 11111111111111 11111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111 111111111 33333333 22222 222222 11111111111111 1111111 1 5555555555555555555555555555555555555555555 33333333333333333333333333 111 222222222 11 11111 111111 111
lowQualScore : 2 2 5 66666666 2 2 2 7777777 7777777 2 7777777777777777777 0 0 888888888888888 33 2 33 1 3 3 55 2 999999 33 0 4 5555 99999999999999 66666666666 555 2 22 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333 44444444444 999999999 5 33 6666 33 555555 2 55 4 88888888 55 4 8888 8888 99999 55 44 8888 8888 1 77 888888 2 99999999999999 3 2 7777 0 666 55 44 1 7777 44 55 1111111 3 0 3 3 7777777777777777777777777777777777777777777 0 55 3 55 66666666666666666666666666 000 1 666666666 66 2 1 2 7777 3 6 5 22 5 5 44444 444444 77 444 0 4
lowQualScore : . . . ........ . . . ....... ....... . ................... . . ............... .. . .. . . . .. . ...... .. . . .... .............. ........... ... . .. . .................................................................. ... ........... ......... . .. .... .. ...... . .. . ........ .. . .... .... ..... .. .. .... .... . .. ...... . .............. . . .... . ... .. .. . .... .. .. ....... . . . . ........................................... . .. . .. .......................... ... . ......... .. . . . .... . . . .. . . ..... ...... .. ... . .
lowQualScore : 7 7 3 88888888 7 7 7 6666666 6666666 5 8888888888888888888 5 3 888888888888888 77 7 77 4 1 1 33 7 333333 77 5 3 7777 99999999999999 33333333333 555 7 66 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333 11111111111 555555555 7 99 1111 99 999999 5 55 0 22222222 55 0 5555 5555 77777 55 55 5555 5555 2 99 444444 3 22222222222222 6 0 7777 5 444 00 55 1 1111 66 00 8888888 6 9 6 6 3333333333333333333333333333333333333333333 4 00 6 55 11111111111111111111111111 000 4 666666666 11 9 4 2 4444 4 5 0 11 0 0 11111 444444 33 000 8 6
consensus : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T--C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT-------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTA-AT-T-CTAAATGATT--AATTCAAAA----TCCTTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCTTGA---T-TA-TCGTTT--A-GT---TA-AA-TTACA-TA-TT-T-T--AT-----A-TG---TTC--TTATCATTTGTNCACAATTTGCATA--AT--T--TTTA-T--TCTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGATAAATTCTTCA--TGC-CAA-T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----TTAT----GTTC--AATG-TA----T----TTTAAATAGAAAATG-CTNA--G-TGTTTATTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTTATGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAAA--TAGAACTCGCTATGAATTGTGGGATGCAAGAATCTTA--G-------C-T-A-A-T-----T------T-------AA------C-------T------TCAATATTCCAAATTACATTTTCGTA--TTTTGAT-AACAGA--GGGCGCT-------------TCG----AAC---CG---AACCGAACCGCATC--GC-ATNA--CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGCG--AGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
Reference ( family-2452 ) : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T--C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT-------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTA-AT-T-CTAAATGATT--AATTCAAAA----TCNTTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCTTGA---T-TA-TCATTT--A-GT---TA-AA-TTACA-TA-TT-T-T--AT-----A-TG---TTC--TTATCATTTGTNCACAATTTGCATA--AT--T--TTTA-T--TCTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGATAAATTCTTCA--TGC-CAA-T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----TTAT----GTTC--AATG-TA----T----TTTAAATAGAAAATG-CTNA--G-TGTTTATTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTTATGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAAA--TAGAACTCGCTATGAATTGTGGGATGCAAGAATCTTA--G-------C-T-A-A-T-----T------T-------AA------C-------T------TCAATATTCCAAATTACATTTTCGTA--TTTTGAT-AACAGA--GGGCGCT-------------TCG----AAC---CG---AACCGAACCGCATC--GCCATAA--CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGCG--AGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
gi|1 : TGGGAAGCCAACGGG-ATCCTAA-T-T-----T--C-TTGTGT-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT-------G-TTCAATTGAACCTGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTGTTTCC-ATT-TCTTA-TT-T-CTAAATGATT--AGTTCAAAA----TCATTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-CAAA-TACTTGA---T-TA-TCATTTGCA-GTGACTG-AA-TTACA-TA-TT-T-T--AT-----A-TG---TTC--TTGTCATTTGTACACAATTTGCATAC-AT--T--TTTA-T--CTTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGATACATTCTTCA--TGC-CAATT-G---AATGAT--TAAT-TC----T----TTAT----ATTC--AATG-TA----T----ATTAAACAGAAAATGCCTAG--G-TTTTTATTCTGGTCACT-------TA-ACT----CTAAA---G--TCTTAATACCTAATGTGTAATTTCTATGCCAGTTAATATTTCTGTCTTGC----AAACAAATA--TAGAACTCGCTATGAATTGTGGGATGCAAAAATCTTA--G-------C-T-A-A-T-----T------T-------AA------C-------T------TCAATATTCT-AATTACATTTT-GTA--CTTTGAT-TACAGT--GTGCGCT-------------TCA----AAC---CA---AACAGAACCGCATCATGTCACAAATCAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGACAGCACCGTTCACGAGGTCTTCACTACTGGCG--ATAATTGTTGACA-ATA-GGAACAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ACAT------TAGAAAAGCTACCAATATGCTTGGCTTGTATTTTTCTCGTATGTTTTATATGAATCTGTTTCGTCATCAA
gi|10 : AATGCT-A-------AC-------TCACAA-------AT-------G-TTCAATTGAATAAGTTTAATGT---A-----------TA--CTAT--TTTTATTCCT-ATT-TCTTC-AT-C-CTAG-TGATT--AGTTCAAAG----TTTTT-----------AATG--TC-------------AAA-TGCCAGA---T-T-----CTT--A----------------A-TG-TT-T-T--AT------------------TATCAATTGTATAAAATTTCTATA--GTG-T--TTTA-T--TCTT----ACT--TT---T--TATGTCTTAGTTGTAAATGATAAATTAGTCA--TGC-CA--------AATGAT--TAAT-TCTATTT----TTTT----ATTT--AATA-TG----T----TTTAAATAGAAAATG-CT--------TTTCTTTTCATTG-------------------CTTAA---T--TCTTAATACAAAATGAGTAATTATTATTTCAATTGCT-------------------ACAAAAA--TAGAAATCACAATAAATTGTGGGATGCAATGCTCTTA--G-------C-T-A-A-A-----T------T-------AAATTG--CAATTA--T------TAAATATTTCAAATTGCATTTTCGTA--TTTTGAT-TACAGA--AG
gi|11 : tGAATGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-TT-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TGA-------AT----------T--ATAGAA-------AA-GT---T-----------CA--AT-T--GATTATGCGA-AAT-GCTTA-AT-T-CT---TTATT--CCTTT--------TTCTTAATGC----CAAATG--A-TA-----AGTA-TAAAATTCTTAA---T--------------GC---CT-AA-TTA-----------T--AA-----G-TG---TT------TGATT--------ATTTACATA--GTG-T--TTTA-T--TTTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGCTCTAAATGATAAATTCTTCA--TGC-CA--------AATGAT--TAAT-TA----T----TTGTTA--TTTC--TATA-TA----T----TTTGAATAGAGATTA-CTAAG-G-TG--------------T-------TG-ACT----CTTAA---T--TCTCAATACGTAATGTGTAATTCTTATGTTAATTGTTATTACTGTCTTGTGTCGGAACAAAAA--TAGAAATCACCATGAATTGTAGGATACAACAATCTTA--G-------C-TAA-A-T-----T------T-------AA------T-------T------GAAATTTT---AATTACATcgatgtccagtaaagctcaatgtgttttcctagattacgtcattagcttcgaatgatgccagtgcgtacctggcggtgacatagggataac
gi|12 : TGGAAAGTCAACGAA-GGCAAAA-T-T---CGT--C-TTGT-T-CAGTGCGTA-------AT-----------------------------G-CTTAGTTACATATGTTCA---T---T-----------TG--AA-TAACTTAATGTAT-AAT-TCTTT-AT-T-C-----GGTTCTATTTCTTAA----T---TCAT--------AATG--ATTG-----ATT--TAAA------------------A-----A-GT---CA-AA-TT-------CT-T-T--AT-------------TC--GTAATGCTTGATTAC------CAT----T--T--CTTA-T--TCTT----TAT--TT---C--TATTTCTAAGTTCTTATTGATAGATTCTTCA--TGC-CA--------GATAAT--TAAT-TC----T----ATAT-----TTCTTAATA-TA----T----TTTCAATAGAAAATG-CTTATTA-TGTTTATTATAATTGTT-------TA-TCT----CTTAACTCT--TCTTAGTACATATTGTGTGATGCGTATcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgtt
gi|13 : aACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT--C-GTGT-T-AAATGCTTATTTCTAAAT-------TC-TGA-------AT-------G-TTCAATTGAACATGCTTAATGT---T-----------TACTAT-G--CTTT
gi|14 : ccctacggggcttTGGAAAACCAATGGG-GCAAAAA-T-T---C-T----TCAT-TCAAATGCTTA--------T-------TC-TAA-------AT-----------------AATA-----AATGT---T-----------CA--AT-T--CTTTATTCCT-GTT-TCTTA-AT-T-TTAAATGATA--AATTCAAAT----TTCTTAATAT----AAAATG--CTTT-----ATTC-TAAA-TGCTAAA---T-TG-TCA-TT--G-G-----------TGCACTA-TT-TGT--AT-----ACTG---TT---TTATTCTTTATTC-CTATTT-CATGCCAT--T--TCTA-TTGTCTT----CAT--CT---C--Tccataaaacattttttaaaaaacgaataccgacatatctccggtattatgtaatttatactccatgtctttatttttttaaatcgatcgatttatcagataagtgctaccaatgatcacattcaccaaacaaattgcaataaccaa
gi|15 : taGCTAACGCG-GTAAACA-TAT---T-T--C-TTGT-T-AAATATTTA-------AT-------TA-TAC-------AT--------------TTGTATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTTTTCTT-AAT-TTTTA-GT-T-CAAAATAGTA--AGTTTAAAA----TCCTTAATAC----CAAATG--CCTG-----ATTT-TAAA-TATTTGAG--TATA-TAATTT----GT---AA-AG-TTATA-TACTC-T-T--A------A-TGCATTTC--TTA------GTTCGAAA--TG-ATA--A---------A-T--TCTT----CAA--AC---C--TATCGCTTAACTTTTAATcataatatcaaataattatgtt
gi|16 : TGGAAAGCCAACAAA-GTCAAAA-T-T---CCT--C-ATAC-C-CAAAGCTTA-------AT-------TC-TTA-------AT-------GATTTAGTTGAATATGCTTAATGTCTCT-----------TA--AT-T--ATTTATTCCT-ATT-TCTTT-AT-T-CTAAATGA-T--AAATCAAAA----TTCATCATGC----CAAATG--ATTA-----TTTCTTTAC-TTCTTGATACT-TA-CTGTT------T---TA-AACTCAGA-TA-TG-T-TAAAT-----G-TG---TTC--TTATtactgtttct
gi|17 : aAACCGCATC--GC-ATCA--CAACTGCATGTAATACACTGGTTTAAATGTAAGATAGCATCGTTAACCAGATTTTCTTC----------------AAGACA-ATA-TGAAAAATAGAAGCTTTTGAG-CTTC--------T------GAAAAAA--TGCCGACATGTTTGGTTTCTACATTTC---T-------------ATCCGTTTCACCATTAtgtaacagcacac
gi|18 : TGAAAAGCCGACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT--C-TTGT-T-AAATGCTTA-------ATCTTAAATTC-CAA-------AT-------G-ATCAGTTGACTATGTTTAATGT---A-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-Atttc
gi|19 : TATAATCACT-------TACATTAAAACTT-----T--TCTTTACACCTTATGTGTAATTCGTATGCAAATTTCTATTTCTGTCTTGT----GAACAAAAA--TAGAAggcttaaaaacaata
gi|2 : aaatattgtaatcaagGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-TGCAC-T--TATTTT-T-AAATGCTTA-------AT-------TG-TAATTACAAAAT-------G-ATCAATTGAATATGCTTAATGTAG-TACAAAAAAACATG--AT-T--CTTAATGCTTGATTATCTTT-AG-T-ATACA--ATT----TT---AG----TGTTTTATCT----TAAATG--TCTGTCTTAGTTC-TAAA-TGATAAG---T-TATTCGT------GT---CA-AA-T
gi|2 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaTA-AT-TACAAAATGATC--AATTGAATA----TGCTTAATGTAGTACAAAAAAACATG-----ATTC-TTAA-TGCTTGA---T-TA-TC-TTT--A-GTA--TACAA-TTTTAGTG-TT-T-T--ATCTTAAA-TG---TC----TGTC-TTAGTTCTAAAT--G-ATA--AG--T--T--A-T--TCGTGTCAAATAATTAAACAGTGTTTATTA---C--AATGGTATATACCTTA-------AA-T-A---GACGATGCTTATGTG----T----TTAT-----TAC--AATGGTA----TACACCTTAAATAGACGATG-CTTAT-G-TGTTTATTATAGTCACTACACTCTTA-ACT----GTTAA---T--TCCTAATACGCTATGTGTAATTCTTATGTCGATTGCTATTTCTGTCTTGC-----AACAAAAA--TAGAACTCGCTATGTATTATGGGATTCAAAAATCTTA--A-------CTT-A-A-T-----TCAATTGC-------AA------T-------T------TCAATATTTCATATTACATTTTCGTA--TTTAAGT-AACAGA--GTGTA-T-------------TCGGGTAAAG---CGTTAAACTGAACCTCAT----------------TGCAT----CATACTAGCAAAAATGTACGATAGCACCGTTTACTAGGTATTCTTTACTCATG--AGAAT-GAAGACA-aattaaacagtgtttattacaatggtatataccttaaatagacgatgcttatgtgtttattacaatggtatacaccttaaatagacgatgcttatgtgtttattatagtcactacactcttaactgttaattcctaatacgctatgtgtaattcttatgtcgattgctatttctgtcttgcaacaaaaatagaactcgctatgtattatgggattcaaaaatcttaacttaattcaattgcaatttcaatatttcatattacattttcgtatttaagtaacagagtgtattcgggtaaagcgttaaactgaacctcattgcatcatactagcaaaaatgtacgatagcaccgtttactaggtattctttactcatgagaatgaagaca
gi|20 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaggaaagccaacggggtcaaaattgcacttatttttaaatgcttaattg-AGATGCTCTTGAT-CTTTAA---ATAT------GAG-AAAGCTGTCGATATGCTTGGTTTG
gi|21 : agacaatacaaacgcttttTGAAAAGCCAACAGG-GTCAAAA-T-------T--C-TTCT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT-------aatttattcc
gi|22 : taTGGAAAGTCAACAAG--TCGAAA-T-T---C-TT-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------TT-------Ttatgacaagaacaat
gi|3 : aTAGAAAGCCATCGGG--TCAAAA-T-T---C-TT-C-TTAT-T-AAATTCTTA-------AT-------GC-TAA-------ATTACAAATG-TTCAATTGAATATGCGTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCTT-ATT-TCTTA-GT-T-CTAAATGATT--AATTCAAAA----TCTGCCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TTCTTGA---C-TA-TCATTT--A-G-----A-----TAC--TG-TT-T-T--AT------------TCT--TTATTTCTTTTTCTTAGTTC---TA--ATTGT--TTTA-T--TCTT----AAT--
gi|3 : aCCAATTGCTATTTCTGTGTTGC----GAACAAAAAAATAGAACTAGCTATGTTTTGTGAGATGCAAGAATTTTA--G-------C-TTA-A-T-----T------T-------AATTGCAAC-------T------TCAATATTTCAAATTACATTTTCATA--TTTTGAT-AACAGA--GGGTGCT-------------accgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|3 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacGCG-------------TCG----TAA---TG---AACTATATAGCACC--GC-ATCA--CAAATGCTTGCAAAACACTAACCAAAATGTACGATGGCACCATTTATTAGGCCTGCTATACCTGCTTTAGAATGGAAGAAA-ATATGGAAACA-AGATGCTCTAGAG-CTTTAT---ATACACGTTGGAGAAAAGTAGCTGATGTGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATATGAATCCATTTCGTCtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|4 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatTGAAAAGCCATCGGT-GTCAAAA-T-T---A-TGTT-TTGT-T-AAATTCTAA-------AT-------GC-TAACTTACATAT-------G-TTCAATTGAATATGCTTA-CGT---T-----------TA--TT-T--CTTTATTCAT-ATT-TCTTA-AT-T-CTAAATGATT--CCTTTAAAA----TCCGCCATCC----CAAATT--CCTG-----ATTA-TAAA-TGCTTGG---A-TA-TCGTTT----GTA--TC-AT-TTGT--TA-TTCT-T--A------A-T----TTC--TTCT-ATTTCTT---AGTTC---TA--AT--TGCTTTA-C--TCTT----AAT--TC---C--TAATACTTAATg
gi|4 : aCGATTGCTTTTTCTGTCTTGC----GAACAAAAA--TAGAACTAGCTAT-AATTGTGGGATGCAAGAATTTTA--G-------C-A-A-A-TATTTAT------TGC-----AA------C-------C------TCAATATTCCAAAATACAGTTTCGTA--CTTTGAT-AACAGA--GGGCGCgtgtactacttaatatacggcgccctctgttatcaaagtacgaaactgtattttggaatattgaggttgcaataaatatttgctaaaattcttgcatcccacaattatagctagttctatttttgttcgcaagacagaaaaagcaatcgatgtccggtaaagcgtcgagctgaaccaaacagcaccgcatcacaaatgcataaaatacccaatccaaaatgtacgatagcaccgtttattaggtatttttgtccgcgaaaatggaaaacaatacgaaaaaaatatgctctttagtttttaatacatattagagaaaatatgtacaattctatgttttatatgaatccgtttcgtcattaat
gi|4 : atgaaaagccatcggtgtcaaaattatgttttgttaaattctaaatgctaacttacatatgttcaattgaatatgcttacgtttatttctttattcatatttcttaattctaaatgattcctttaaaatccgccatcccaaattcctgattataaatgcttggatatcgtttgtatcatttgttattcttaatttcttctatttcttagttctaattgctttactcttaattcctaatacttaatgtgtactacttaatatacgGCG-------------TCG----AGC---TG---AACCAAACAGCACC--GC-ATCA--CAAATGCATAAAATACCCAATCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTATTAGGTATT-TTTGTCCGCG--AAAATGGAAAACA-ATACGAAAAAA-ATATGCTCTTTAGTTTTTAATACATAT------TAGAGAA------AATA---------TGTACAATTC---TATGTTTTATATGAATCCGTTTCGTCATTAAatgtccggtaaagcgtcgagctgaaccaaacagcaccgcatcacaaatgcataaaatacccaatccaaaatgtacgatagcaccgtttattaggtatttttgtccgcgaaaatggaaaacaatacgaaaaaaatatgctctttagtttttaatacatattagagaaaatatgtacaattctatgttttatatgaatccgtttcgtcattaat
gi|5 : atgaaaagccatcggtgtcaaaattatgttttgttaaattctaaatgctaacttacatatgttcaattgaatatgcttacgtttatttctttattcatatttcttaattctaaatgattcctttaaaatccgccatcccaaattcctgattataaatgcttggatatcgtttgtatcatttgttattcttaatttcttctatttcttagttctaattgctttactcttaattcctaatacttaatgtgtactacttaatatacggcgccctctgttatcaaagtacgaaactgtattttggaatattgaggttgcaataaatatttgctaaaattcttgcatcccacaattatagctagttctatttttgttcgcaagacagaaaaagcaatcgatgtccggtaaaAATGCTAA-------AT-------TA-CAA-------AT-------A-TTCAATTAATTATGTTTACTGT---A-----------TA--AT-T--CTTTA-------TT-TCT---ATCT-CT-------T--AATTC------------TTA--------AGAT-----TA-----GTTC--AAA-T---------T-T--TCATTC--ATGT---CA-AA-TGCCA-AA-TTCT-T--A------A-TG---CTTGATTATCATTTGTATACAATTTGTATAG-AG--T--TTTA-T--TCTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATAATAAATTATTC---TTC-TAA--------ATGAT--TAAT-TC----TATATTTCT----GTTT--AATA-AA----T----TTTGAATTGAAAATA-CTTGT-G-TGTTTATTATAATTGTT-------TA-ACT----CTTAA---TATTCTTAATATACAATGTGTAATTCGTATGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAAT--TAGAACTCGCTTTGAATTGTGGGATGCAATAGTCTTA--G-------C-T-A-A-T-----T------TAAAACACAA------T-------T------TCAAGATTCCAAATTACATTTTTCAA--TTTTGAT-AACAGA--GGGCGCT-------------t
gi|5 : ctttttgatcaacccttCCAAAA--CGTATGCATGAAATACACTGGTCAAAAAGTACAATAGCATCGgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtatgcatgaaatacactggtcaaaaagtacaatagcatcg
gi|6 : ctttttgatcaacccttaatgctaaattacaaatattcaattaattatgtttactgtataattctttatttctatctcttaattcttaagattagttcaaattttcattcatgtcaaatgccaaattcttaatgcttgattatcatttgtatacaatttgtatagagttttattcttaatttctatttcttagttctaaataataaattattcttctaaatgattaattctatatttctgtttaataaattttgaattgaaaatacttgtgtgtttattataattgtttaactcttaatattcttaatatacaatgtgtaattcgtatgccaattgctatttctgtcttgcgaacaaaattagaactcgctttgaattgtgggatgcaatagtcttagctaatttaaaacacaatttcaagattccaaattacatttttcaattttgataacagagggcgctgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaCAACGGG-GTCAAAACT-T---T-T--C-TTGT-T-AATTG------------------------------------------------ATTTAATATAATTAATGT---G-----------TA--AT-T--C
gi|6 : tTA-AT-T----AATGTGT--AATTCAAAAGTTCCCATTCATTC----GA---G--CC-------------AAA-TGCCTGA---T-T-------------C---TA-AA-TAA-------T-T-G--AT------------------TAACAATTGTATATAATGTGTATA--CT--G--TTTAAT--TCTT----AAT--TC---C--TATTTCATAGTTTTAAACGATAAATTCTTCA--TGC-CAAAT-G---AATGGA--TCAT-TA----T----TTAT-----TTC--TATG-TAATATT----TTTAAATAGCAAATA-CTAA--GATGTTTATTCTTATCGCT-------TT-AGT----TTTAA---T--TCGTAATAAGCGGTATGAAATTCTTATGCCAATTGCCATTTCTGTCTTGC----GAACAAGAA--TAGAACTCGCTATGAATTGTAAGATGCAAGAATCTTACGG-------C-T-ATA-T-----T------T-------AA------T-------TGCAACATCAATATTCCAACATATATTTTCGTC--ATTTGAT-AACAAA--GGGCGTTGTCCGAGAAAGCGTCG----AAC---CG---AACCGAACCGCATT--G-CATCA--CAAATGTATGCAATACACCAACTAAAATGCACAATAACACCGTTTATCAGGTCTTCTATACCTGTT--AGAATAGAAGACA-ATA-CGGAAAA-TGATGCTCTTCAG-CTTTGA---ATAT------aaaagttcccattcattcgagccaaatgcctgattctaaataattgattaacaattgtatataatgtgtatactgtttaattcttaattcctatttcatagttttaaacgataaattcttcatgccaaatgaatggatcattatttatttctatgtaatatttttaaatagcaaatactaagatgtttattcttatcgctttagttttaattcgtaataagcggtatgaaattcttatgccaattgccatttctgtcttgcgaacaagaatagaactcgctatgaattgtaagatgcaagaatcttacggctatatttaattgcaacatcaatattccaacatatattttcgtcatttgataacaaagggcgttgtccgagaaagcgtcgaaccgaaccgaaccgcattgcatcacaaatgtatgcaatacaccaactaaaatgcacaataacaccgtttatcaggtcttctatacctgttagaatagaagacaatacggaaaatgatgctcttcagctttgaatatt
gi|7 : tcaacggggtcaaaacttttcttgttaattgatttaataCAAA--AT--T--CTTC-T--TGTT----AAA-----------ATTT--TAATGCTAAATTACAAAGT-TTCAATTGAATAA-T-GTTTAATGTG--TAAT-TT----T----TTAT-----TCT--AACT-TA----T----T---AGTTCAAAAT----CA-------TTATTGTCA-------------A-ATG----CCTGA---T--TCTTAATGCTTGAT-TATCATT--TG-GCCAATTTCTATTTCTGTTTTGC----AAACGAAAA--TAGAACTCACTATGAATTGTGAGATGCAAGAATTTTA--G-------C-CAA-A-T-----T------T-------AA------TTGCAATGT------TCAATATTCCAAATTACATTTTCATA--TTTTAAT-TATAGA--GGGCACTG------------TCG----t
gi|7 : atggaataccatcgtggtTTGCGTACCTTGTGGT-AACTGAATGGG-----------------TAA----AACTC-CG---AACCGAACTGCATT--GC--TGA--CAAATGCCTGAAATACACTGGTCAAAATGTATAATAGCATCATTTACCTGACATTTTTTACCTGTG--ATAATGGAAGACACACT-GAAAAAT-AGAAGCTCTTGAG-CTTT--------T------GAGAAAAGATGCCGACATGCTTGGTTGGTACATTTC---TATATTTTATACAAATCCATTCCACCATTAAggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactccgaaccgaactgcattgctgacaaatgcctgaaatacactggtcaaaatgtataatagcatcatttacctgacattttttacctgtgataatggaagacacactgaaaaatagaagctcttgagcttttgagaaaagatgccgacatgcttggttggtacatttctatattttatacaaatccattccaccattaat
gi|8 : atggaataccatcgtggtcaaaattcttcttgttaaaattttaatgctaaattacaaagtttcaattgaataatgtttaatgtgtaattttttattctaacttattagttcaaaatcattattgtcaaatgcctgattcttaatgcttgattatcatttggccaatttctatttctgttttgcaaacgaaaatagaactcactatgaattgtgagatgcaagaattttagccaaatttaattgcaatgttcaatattccaaattacattttcatattttaattatagagggcactgtcgggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgaTT-TCTCATAT-T---AAATACTT--AATTCTAAA----T-GTTCGT-T----TGAAT------------ATGC-TAAA-TGTTTAA---T-T---C-TTG--A-------A-AA-ATACG-TG-TT-T-T--AT-----A-TG---CGA--TTGTCATTTGTACACAATGGGTATA--GTG-T--TTTA-T--CTTT----AAT--TT---T--TAGAACTTAGTTCTGAATG--AAA--------------------------------AAT-TC----T----TCAT----GTCA--AAGG-TA----T------------GA------TTAA--T-TCTTTATTTCTA---CA-------TA-A-------TTTA---T--TCGAAATAAA-AATGT------CTTATT---ATTCTTAGTTCTGTCTTGT----GAACATAAA--TAAAACTCGCTATGAATTGTGAGATGCATGATTCTTA--G-------C-T-A-AAT-----T------T-------AA------A-------TGTAAC-TAAACATTTCAAATTACATTTTCACA--TTTTGAT-AATACA--GGGCGCTAG-----------TCAGTA-AATGGTCG---AACCGAACAGCATA--AC-ATAA--AAAATGCATGCAATACACTAGCAAAAGCGTACGACAGCACCGTTTACCTGGACTTCTTTACCCGTG--AAAGTATAGGAGA-ATA-CGAAAGA-AGCTGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTAACCATATGCTTTGTTTGTt
gi|9 : gtgaactTGAAAAGGCAGCAAGTGT--AAA-TAT---C-T--C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------ATTCTAAATG-TTCAATTGAATATGTTGAATAT---T-----------TC--AT-T--ATTTATTTCT-ATT-TCTT-------------------AATTCTAAA----TAAT-----------AAGTG--CC-------A-----AAA-TG----------TA-TTATTC---------TA-AA-T------A-CT-T-G--AT------------------TACCACTTGTATACAATTTGTATT--CT--G--TTTAAT--TCTT----TAT--TT---A--TATTTATAAGTTCCAAATGATAAATTCTTCA--TAC-CCG-TTG---AATGAT--TAAA-TC----T----TTATTTCTGTTT--AACA-TA----T----TTTAAAAAGAAAATA-CCAA--GGTGTTTATTTT-ATCGTT-------TA-ACT----CTTGA---T--TCTAAATACGTAATGTGTAATGCTTATACCAATTGTTATTACTGTCGTGC----GATCAGAAA--TAGAAATCGCTATGAATTGTTGGATGCAGGCATCTTA--GCTAAATAC-T-A-A-T-----TG-----C-------AA------C-------T------TCAATATTC---ATTACATTTTTGTA--TTTTGATAAACAGgaacttgtttc
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 333333333333 222222222222222 1111 1111111 2222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 1111111 4444444444444 22222 1111 33333333 11111111111111 1111111 1 5555555555555555555555555555555555555 111111 6666666666666666666666666666666666666666 11111 11111 11 11111 111111 111
lowQualScore : 2 2 4444444 8 2 2 2 8888888 8888888 2 8888888 111111111111 222222222222222 33 2 33 3 3 0 7777777 44 1 0 44 5555 3 8888888 1111111111111111 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 11 9999999 9999 444444 5 33 2 6666 33 777777 1111111 1 55 0 3 3333333333333 55 3 7777 7777 666 99999 777 3 7777 2222 666 0 88 11111111 1 3 2 44444444444444 3 1 7777 555 44 44 0 3 88888 3 44 7777 3 44 55 1111111 3 0 3 3 4444444444444444444444444444444444444 0 3 3 55 1 55 444444 55 1 3333333333333333333333333333333333333333 0 22222 5 22222 2 1 2 888 3 6 5 22 5 5 44444 444444 77 444 0 4
lowQualScore : . . ....... . . . . ....... ....... . ....... ............ ............... .. . .. . . . ....... .. . . .. .... . ....... ................ . .................................................................................... . .. ....... .... ...... . .. . .... .. ...... ....... . .. . . ............. .. . .... .... ... ..... ... . .... .... ... . .. ........ . . . .............. . . .... ... .. .. . . ..... . .. .... . .. .. ....... . . . . ..................................... . . . .. . .. ...... .. . ........................................ . ..... . ..... . . . ... . . . .. . . ..... ...... .. ... . .
lowQualScore : 9 9 3333333 6 9 9 9 1111111 1111111 7 7777777 999999999999 555555555555555 99 9 99 3 6 7 0000000 22 3 6 22 9999 6 5555555 9999999999999999 9 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 99 4444444 3333 000000 7 99 9 1111 99 888888 8888888 4 00 5 6 8888888888888 00 6 7777 7777 444 77777 666 6 7777 7777 666 1 55 55555555 4 6 2 22222222222222 3 0 1111 888 66 77 2 3 11111 3 66 7777 6 88 00 8888888 6 9 6 6 5555555555555555555555555555555555555 4 6 6 00 2 00 111111 55 9 1111111111111111111111111111111111111111 4 55555 9 55555 9 4 2 000 4 5 0 11 0 0 11111 444444 33 000 8 6
consensus : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--TCC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---T-TA-T------CGTTT--AGT---T-----A-AA-TTA-A-TG-TTT-T--AT-----A-TG---TT--C--TTATCATTTGTNCAC---AATTTGCATA--AT--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAA-----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----GTTC--AATG-TA----T----TTTA--AATAGAAAATG-CT--NA--G-TGTTTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTT-ATGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-GAATCTTA--G-------C-T-A-A-TT------T-------AA------T-------T------TCAATATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTA--TTTTGAT------AACAGA--GGGCGC--------T-------------TCGG---AAN---CG---AACCGAACC-----GCATCGCATCA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
Reference ( family-2452 ) : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--TCC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---T-TA-T------CGTTT--AGT---T-----A-AA-TTACA-TA-TTT-T--AT-----A-TG---TT--C--TTATCATTTGTNCAC---AATTTGCATA--AT--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAA-----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----GTTC--AATG-TA----T----TTTA--AATAGAAAATG-CT--NA--G-TGTTTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTT-ATGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-GAATCTTA--G-------C-T-A-A-TT------T-------AA------C-------T------TCAATATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTA--TTTTGAT------AACAGA--GGGCGC--------T-------------TCG----AAC---CG---AACCGAACC-----GCATCGCATNA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
gi|1 : TGGGAAGCCAACGGG-ATCCTAA-T-T-----T-C-TTGTGT-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAACCTGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTGTTTCC-ATT-TCTTATTT-CTAAATGATT--AGTTCAAAA--TCA--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-CAAA-TACT----TGA---T-TA-T------CATTTGCAGTGACT-----G-AA-TTACA-TA-TTT-T--AT-----A-TG---TT--C--TTGTCATTTGTACAC---AATTTGCATAC-AT--TTTTA-T--C-TTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------ACATTCTTCA--TGC-CAAT----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----ATTC--AATG-TA----T----ATTA--AACAGAAAATGCCT--AG--G-TTTTTA-TTCTGGTCACT-------TA-ACT----CTAAA---G--TCTTAATACCTAATGTGTAATTTCT-ATGCCAGTTAATATTTCTGTCTTGC----AAACAAAT-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-AAATCTTA--G-------C-T-A-A-TT------T-------AA------C-------T------TCAATATTCT--AATTACA-TT--TT-GTA--CTTTGAT------TACAGT--GTGCGC--------T-------------TCA----AAC---CA---AACAGAACC-----GCATCATGTCACAAATCAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGACAGCACCGTTCACGAGGTCTTCACTACTGGC--GATAATTGTTGACA-ATA-GGAACAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ACAT------TAGAAAAGCTACCAATATGCTTGGCTTGTATTTTTCTCGTATGTTTTATATGAATCTGTTTCGTCATCAA
gi|10 : AATGCT-A-------AC-------TCACAA-------AT---------G-TTCAATTGAATAAGTTTAATGT---A-----------TA--CTAT--TTTTATTCCT-ATT-TCTTCATC-CTAG-TGATT--AGTTCAAAG--TTT--TT-----------AATG--TC-------------AAA-TGCC----AGA---T-T-----------CTT--A--------------------A-TG-TTT-T--AT--------------------TATCAATTGTATAA---AATTTCTATA--GTG-TTTTA-T--T-CTT----ACT--TT---T--TATGTCTTAGTTGTAAATGAT-------AAATTAGTCA--TGC-CA------------AATGAT--TAAT-TCTATTT----T---TTT----ATTT--AATA-TG----T----TTTA--AATAGAAAATG-CT----------TTTC-TTTTCATTG-------------------CTTAA---T--TCTTAATACAAAATGAGTAATTATT-ATTTCAATTGCT-------------------ACAAAA-A--TAGAAATCACAAT----AAATTGTG-GGATGCAA-TGCTCTTA--G-------C-T-A-A-AT------T-------AAATTG--CAATTA--T------TAAATATTTCA-AATTGCA-TT--TTCGTA--TTTTGAT------TACAGA--AG
gi|11 : tGAATGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-TTC-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TGA-------ATTATAGAAAAG-TTCAATTGATTATGCGAAATG------------------------------------------CTTAATT-CT---TTATT--CCTTT------TTC--TTAATGC----CAAATG--A-TA-----AGTA-TAAAATTCT----TAA---T------------GCCT--AAT---T-----A-----------------T--AA-----G-TG---TT--------TGATT-----------ATTTACATA--GTG-TTTTA-T--T-TTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGCTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CA------------AATGAT--TAAT-TA----T----T---TGTTA--TTTC--TATA-TA----T----TTTG--AATAGAGATTA-CT--AAG-G-TG---------------T-------TG-ACT----CTTAA---T--TCTCAATACGTAATGTGTAATTCTT-ATGTTAATTGTTATTACTGTCTTGTGTCGGAACAAAA-A--TAGAAATCACCAT----GAATTGTA-GGATACAA-CAATCTTA--G-------C-TAA-A-TT------T-------AA------T-------T------GAAATTTT----AATTACA-Tcgatgtccagtaaagctcaatgtgttttcctagattacgtcattagcttcgaatgatgccagtgcgtacctggcggtgacatagggataac
gi|12 : TGGAAAGTCAACGAA-GGCAAAA-T-T---CGT-C-TTGT-T-CAGTGCGTA-------AT-------------------------------G-CTTAGTTACATATGTTCA---T---T-----------TG--AA-TAACTTAATGTAT-AAT-TCTTTATT-C-----GGTTCTATTTCTTAA--T-----TCAT--------AATG--ATTG-----ATT--TAAA------------------A---------------AGT---C-----A-AA-TT-------CTT-T--AT-------------T--C--GTAATGCTTGATTAC---------CAT----T--TCTTA-T--T-CTT----TAT--TT---C--TATTTCTAAGTTCTTATTGAT-------AGATTCTTCA--TGC-CA------------GATAAT--TAAT-TC----T----A---TAT-----TTCTTAATA-TA----T----TTTC--AATAGAAAATG-CT--TATTA-TGTTTA-TTATAATTGTT-------TA-TCT----CTTAACTCT--TCTTAGTACATATTGTGTGATGCGT-ATcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgtt
gi|13 : aACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT-C-GTGT-T-AAATGCTTATTTCTAAAT-------TC-TGA-------AT---------G-TTCAATTGAACATGCTTAATGT---T-----------TACTAT-G--CTTT
gi|14 : ccctacggggcttTGGAAAACCAATGGG-GCAAAAA-T-T---C-T---TCAT-TCAAATGCTTA--------T-------TC-TAA-------AT-------------------AATA-----AATGT---T-----------CA--AT-T--CTTTATTCCT-GTT-TCTTAATT-TTAAATGATA--AATTCAAAT--TTC--TTAATAT----AAAATG--CTTT-----ATTC-TAAA-TGCT----AAA---T-TG-T------CA-TT--GG----------------TGCACTA-TTTGT--AT-----ACTG---TT-----TTATTCTTTATTC-C---TATTT-CATGCCAT--TTCTA-TTGT-CTT----CAT--CT---C--Tccataaaacattttttaaaaaacgaataccgacatatctccggtattatgtaatttatactccatgtctttatttttttaaatcgatcgatttatcagataagtgctaccaatgatcacattcaccaaacaaattgcaataaccaa
gi|15 : taGCTAACGCG-GTAAACA-TAT---T-T-C-TTGT-T-AAATATTTA-------AT-------TA-TAC-------AT----------------TTGTATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTTTTCTT-AAT-TTTTAGTT-CAAAATAGTA--AGTTTAAAA--TCC--TTAATAC----CAAATG--CCTG-----ATTT-TAAA-TATT----TGAG--TATA-T------AATTT---GT---A-----A-AG-TTATA-TACTCT-T--A------A-TGCATTT--C--TTA------GTTCGA---AA--TG-ATA--A-------A-T--T-CTT----CAA--AC---C--TATCGCTTAACTTTTAATcataatatcaaataattatgtt
gi|16 : TGGAAAGCCAACAAA-GTCAAAA-T-T---CCT-C-ATAC-C-CAAAGCTTA-------AT-------TC-TTA-------AT---------GATTTAGTTGAATATGCTTAATGTCTCT-----------TA--AT-T--ATTTATTCCT-ATT-TCTTTATT-CTAAATGA-T--AAATCAAAA--TTC--ATCATGC----CAAATG--ATTA-----TTTCTTTAC-TTCT----TGATACT-TA-C------TGTT-----T---T-----A-AACTCAGA-TA-TGT-TAAAT-----G-TG---TT--C--TTATtactgtttct
gi|17 : aAACC-----GCATCGCATCA-----CAACTGCATGTAATACACTGGTTTAAATGTAAGATAGCATCGTTAACCAGATTTTCTTC----------------AAGACA-ATA-TGAAAAATAGAAGCTTTTGAG-CTTC--------T------GAAAAAA--TGCCGACATGTTTGGTTTCTACATTTC---T-------------ATCCGTTTCACCATTAtgtaacagcacac
gi|18 : TGAAAAGCCGACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------ATCTTAAATTC-CAA-------AT---------G-ATCAGTTGACTATGTTTAATGT---A-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-Atttc
gi|19 : TATAATCACT-------TACATTAAAACTT-----T--TCTTTACACCTTATGTGTAATTCGT-ATGCAAATTTCTATTTCTGTCTTGT----GAACAAAA-A--TAGAAggcttaaaaacaata
gi|2 : aaatattgtaatcaagGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-TGCAC-T-TATTTT-T-AAATGCTTA-------AT-------TG-TAATTACAAAAT---------G-ATCAATTGAATATGCTTAATGTAG-TACAAAAAAACATG--AT-T--CTTAATGCTTGATTATCTTTAGT-ATACA--ATT----TT---AG--TGT--TTTATCT----TAAATG--TCTGTCTTAGTTC-TAAA-TGAT----AAG---T-TATT------CGT-----GT---C-----A-AA-T
gi|2 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaTAATTACAAAATGATC--AATTGAATA--TGC--TTAATGTAGTACAAAAAAACATG-----ATTC-TTAA-TGCT----TGA---T-TA-T------C-TTT--AGTA--T-----ACAA-TTTTAGTG-TTT-T--ATCTTAAA-TG---TC------TGTC-TTAGTTCTA---AAT--G-ATA--AG--TT--A-T--T-CGTGTCAAATAATTAAACAGTGTTTATTA---C--AATGGT-------ATATACCTTA-------AA-----T-A---GACGATGCTTATGTG----T----T---TAT-----TAC--AATGGTA----TACACCTTA--AATAGACGATG-CT--TAT-G-TGTTTA-TTATAGTCACTACACTCTTA-ACT----GTTAA---T--TCCTAATACGCTATGTGTAATTCTT-ATGTCGATTGCTATTTCTGTCTTGC-----AACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GTATTATG-GGATTCAA-AAATCTTA--A-------CTT-A-A-TTCAATTGC-------AA------T-------T------TCAATATTTCA-TATTACA-TT--TTCGTA--TTTAAGT------AACAGA--GTGTA---------T-------------TCGGGTAAAG---CGTTAAACTGAACC-----TCATTGCAT-------------CAT-------ACTAGCAAAAATGTACGATAGCACCGTTTACTAGGTATTCTTTACTCAT--GAGAAT-GAAGACA-aattaaacagtgtttattacaatggtatataccttaaatagacgatgcttatgtgtttattacaatggtatacaccttaaatagacgatgcttatgtgtttattatagtcactacactcttaactgttaattcctaatacgctatgtgtaattcttatgtcgattgctatttctgtcttgcaacaaaaatagaactcgctatgtattatgggattcaaaaatcttaacttaattcaattgcaatttcaatatttcatattacattttcgtatttaagtaacagagtgtattcgggtaaagcgttaaactgaacctcattgcatcatactagcaaaaatgtacgatagcaccgtttactaggtattctttactcatgagaatgaagaca
gi|20 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaggaaagccaacggggtcaaaattgcacttatttttaaatgcttaattg-AGATGCTCTTGAT-CTTTAA---ATAT------GAG-AAAGCTGTCGATATGCTTGGTTTG
gi|21 : agacaatacaaacgcttttTGAAAAGCCAACAGG-GTCAAAA-T-------T-C-TTCT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------aatttattcc
gi|22 : taTGGAAAGTCAACAAG--TCGAAA-T-T---C-TTC-TTGT-T-AAATGCTTA-------TT-------Ttatgacaagaacaat
gi|3 : aTAGAAAGCCATCGGG--TCAAAA-T-T---C-TTC-TTAT-T-AAATTCTTA-------AT-------GC-TAA-------ATTACAAAT--G-TTCAATTGAATATGCGTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCTT-ATT-TCTTAGTT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--TCT--GCCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TTCT----TGA---C-TA-T------CATTT--AG----------A-----TAC--TG-TTT-T--AT------------TC--T--TTATTTCTTTTTCTT---AGTTC---TA--ATTGTTTTA-T--T-CTT----AAT--
gi|3 : aCCAATTGCTATTTCTGTGTTGC----GAACAAAA-AAATAGAACTAGCTAT----GTTTTGTG-AGATGCAA-GAATTTTA--G-------C-TTA-A-TT------T-------AATTGCAAC-------T------TCAATATTTCA-AATTACA-TT--TTCATA--TTTTGAT------AACAGA--GGGTGC--------T-------------accgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|3 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacGC--------G-------------TCG----TAA---TG---AACTATATA-----GCACCGCATCA-----CAAATGCTTGCAAAACACTAACCAAAATGTACGATGGCACCATTTATTAGGCCTGCTATACCTGCTTTAGAATGGAAGAAA-ATATGGAAACA-AGATGCTCTAGAG-CTTTAT---ATACACGTTGGAGAAAAGTAGCTGATGTGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATATGAATCCATTTCGTCtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|4 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatA---T-TA-T-------GTTT--TGT---T-----A-AA-TT---------C-T--AA-----A-TG---CTAAC--TTA-CATATGTTCAATTGAATATGCTTA---C--GTTTA-T--TTCTT----TAT--TC---A--TATTTCTTAATTCTAAATGATTCCTTTAAAATCCGCCA--TCC-CAAATTCCT-G----ATTAT--AAAT-GC----T----TGGATATC---GTT-----TG-TA----TCA--TTTGTTATTCTTAATTT-CTTCTA--T-TTCTTAGTTCTAATTGCT-------TT-ACT----CTTAA---T--TCCTAATACTTAATGTGTACTACTTAATAT--ACGGCGCCCTCTGTT---------ATCAAAGTA--CGAAACT-G-TATTTTGGAATATTGAGGTTGCAATAAATATTT--G-------C-T-A-A-----------------AA------T-------T------CTTGCATCCCACAATTATAGCTAGTTC-TA--TTTTTGTTCGCAAGACAGA--AAAAGCAATCGATGT-------------CCGGTA-AAG---CGTCGAGCTGAACCAAACAGCACCGCATCA-----CAAATGCATAAAATACCCAATCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTATTAGGTATT-TTTGTCCGC--GAAAATGGAAAACA-ATACGAAAAAA-ATATGCTCTTTAGTTTTTAATACATAT------TAGAGAA------AATA---------TGTACAATTC---TATGTTTTATATGAATCCGTTTCGTCATTAAg
gi|5 : atgaaaagccatcggtgtcaaaAATGCTAA-------AT-------TA-CAA-------AT---------A-TTCAATTAATTATGTTTACTGT---A-----------TA--AT-T--CTTTATTTCT-ATC-TCTTAATT-CTTAA-GATT--AGTTCAAAT--T----TTCATTC-------ATG--TC-------------AAA-TGCC-----------------------------------------A-AA-TT--------CT-T--A------A-TG---CT--TGATTATCATTTGTATAC---AATTTGTATAG-AG--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATAAT-------AAATTATTC---TTC-TAA------------ATGAT--TAAT-TC----TATATT---TCT----GTTT--AATA-AA----T----TTTG--AATTGAAAATA-CT--TGT-G-TGTTTA-TTATAATTGTT-------TA-ACT----CTTAA---TATTCTTAATATACAATGTGTAATTCGT-ATGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-T--TAGAACTCGCTTT----GAATTGTG-GGATGCAA-TAGTCTTA--G-------C-T-A-A-TT------TAAAACACAA------T-------T------TCAAGATTCCA-AATTACA-TT--TTTCAA--TTTTGAT------AACAGA--GGGCGC--------T-------------t
gi|5 : ctttttgatcaacccttATGCATGAAATACACTGGTCAAAAAGTACAATAGCATCGgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtatgcatgaaatacactggtcaaaaagtacaatagcatcg
gi|6 : ctttttgatcaacccttaatgctaaattacaaatattcaattaattatgtttactgtataattctttatttctatctcttaattcttaagattagttcaaattttcattcatgtcaaatgccaaattcttaatgcttgattatcatttgtatacaatttgtatagagttttattcttaatttctatttcttagttctaaataataaattattcttctaaatgattaattctatatttctgtttaataaattttgaattgaaaatacttgtgtgtttattataattgtttaactcttaatattcttaatatacaatgtgtaattcgtatgccaattgctatttctgtcttgcgaacaaaattagaactcgctttgaattgtgggatgcaatagtcttagctaatttaaaacacaatttcaagattccaaattacatttttcaattttgataacagagggcgctgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtCAACGGG-GTCAAAACT-T---T-T-C-TTGT-T-AATTG--------------------------------------------------ATTTAATATAATTAATGT---G-----------TA--AT-T--C
gi|6 : tTAATT----AATGTGT--AATTCAAAAGTTCCCATTCATTC----GA---G--CC-------------AAA-TGCC----TGA---T-T------------------C---T-----A-AA-TAA-------TT-G--AT--------------------TAACAATTGTATAT---AATGTGTATA--CT--GTTTAAT--T-CTT----AAT--TC---C--TATTTCATAGTTTTAAACGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAAA----T-G---AATGGA--TCAT-TA----T----T---TAT-----TTC--TATG-TAATATT----TTTA--AATAGCAAATA-CT--AA--GATGTTTA-TTCTTATCGCT-------TT-AGT----TTTAA---T--TCGTAATAAGCGGTATGAAATTCTT-ATGCCAATTGCCATTTCTGTCTTGC----GAACAAGA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTA-AGATGCAA-GAATCTTACGG-------C-T-ATA-TT------T-------AA------T-------TGCAACATCAATATTCCA-ACATATA-TT--TTCGTC--ATTTGAT------AACAAA--GGGCGT--------TGTCCGAGAAAGCGTCG----AAC---CG---AACCGAACC-----GCATTGCATCA-----CAAATGTATGCAATACACCAACTAAAATGCACAATAACACCGTTTATCAGGTCTTCTATACCTGT--TAGAATAGAAGACA-ATA-CGGAAAA-TGATGCTCTTCAG-CTTTGA---ATAT------aaaagttcccattcattcgagccaaatgcctgattctaaataattgattaacaattgtatataatgtgtatactgtttaattcttaattcctatttcatagttttaaacgataaattcttcatgccaaatgaatggatcattatttatttctatgtaatatttttaaatagcaaatactaagatgtttattcttatcgctttagttttaattcgtaataagcggtatgaaattcttatgccaattgccatttctgtcttgcgaacaagaatagaactcgctatgaattgtaagatgcaagaatcttacggctatatttaattgcaacatcaatattccaacatatattttcgtcatttgataacaaagggcgttgtccgagaaagcgtcgaaccgaaccgaaccgcattgcatcacaaatgtatgcaatacaccaactaaaatgcacaataacaccgtttatcaggtcttctatacctgttagaatagaagacaatacggaaaatgatgctcttcagctttgaatatt
gi|7 : tcaacggggtcaaaacttttcttgttaattgatttaataCAAA--AT--TCTTC-T--T-GTT----AAA-----------ATTT--TAATGCTAAATTAC-------AAAGT-TTCAATTGAATAA-----T-GTTTAATGTG--TAAT-TT----T----T---TAT-----TCT--AACT-TA----T----T-----AGTTCAAAAT------CA-------TTA-TTGTCA-------------A-ATG----CCTGA---T--TCTTAATGCTTGAT-TATCATT--T-G-GCCAATTTCTATTTCTGTTTTGC----AAACGAAA-A--TAGAACTCACTAT----GAATTGTG-AGATGCAA-GAATTTTA--G-------C-CAA-A-TT------T-------AA------TTGCAATGT------TCAATATTCCA-AATTACA-TT--TTCATA--TTTTAAT------TATAGA--GGGCAC--------TG------------TCG----t
gi|7 : atggaataccatcgtggtT--TGCGTACCTTGTGGT------AACTGAATGGG-------------------------TAA----AACTC-CG---AACCGAACT-----GCATTGC-TGA-----CAAATGCCTGAAATACACTGGTCAAAATGTATAATAGCATCATTTACCTGACATTTTTTACCTGT--GATAATGGAAGACACACT-GAAAAAT-AGAAGCTCTTGAG-CTTT--------T------GAGAAAAGATGCCGACATGCTTGGTTGGTACATTTC---TATATTTTATACAAATCCATTCCACCATTAAggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactccgaaccgaactgcattgctgacaaatgcctgaaatacactggtcaaaatgtataatagcatcatttacctgacattttttacctgtgataatggaagacacactgaaaaatagaagctcttgagcttttgagaaaagatgccgacatgcttggttggtacatttctatattttatacaaatccattccaccattaat
gi|8 : atggaataccatcgtggtcaaaattcttcttgttaaaattttaatgctaaattacaaagtttcaattgaataatgtttaatgtgtaattttttattctaacttattagttcaaaatcattattgtcaaatgcctgattcttaatgcttgattatcatttggccaatttctatttctgttttgcaaacgaaaatagaactcactatgaattgtgagatgcaagaattttagccaaatttaattgcaatgttcaatattccaaattacattttcatattttaattatagagggcactgtcgggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgaTCATAT----TAAATA--CTTA-----ATTC-TAAA-TGTTCGTTTGA---A-TA-TGCTAAATGTTT--AAT---TCTTGAA-AA-ATACG-TG-TTT-T--AT-----A-TG---CG--A--TTGTCATTTGTACAC---AATGGGTATA--GTG-TTTTA-T--C-TTT----AAT--TT---T--TAGAACTTAGTTCTGAATG---------AAA------------------------------------AAT-TC----T----T---CAT----GTCA--AAGG-TA----T--------------GA------TT--AA--T-TCTTTA-TTTCTA---CA-------TA-A-------TTTA---T--TCGAAATAAA-AATGT------CTT-ATT---ATTCTTAGTTCTGTCTTGT----GAACATAA-A--TAAAACTCGCTAT----GAATTGTG-AGATGCAT-GATTCTTA--G-------C-T-A-AATT------T-------AA------A-------TGTAAC-TAAACATTTCA-AATTACA-TT--TTCACA--TTTTGAT------AATACA--GGGCGC--------TAG-----------TCAGTA-AATGGTCG---AACCGAACA-----GCATAACATAA-----AAAATGCATGCAATACACTAGCAAAAGCGTACGACAGCACCGTTTACCTGGACTTCTTTACCCGT--GAAAGTATAGGAGA-ATA-CGAAAGA-AGCTGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTAACCATATGCTTTGTTTGTt
gi|9 : gtgaacttttcTGAAAAGGCAGCAAGTGT--AAA-TAT---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------ATTCTAAAT--G-TTCAATTGAATATGTTGAATAT---T-----------TC--AT-T--ATTTATTTCT-AT--------TT-CT-------T--AATTCTAAA--TA------AT-------AAGTG--CC-------A-----AAA-TGT-------A---T-TA-T------T--------C---T-----A-AA-T------A-CTT-G--AT--------------------TACCACTTGTATAC---AATTTGTATT--CT--GTTTAAT--T-CTT----TAT--TT---A--TATTTATAAGTTCCAAATGAT-------AAATTCTTCA--TAC-CCG-----TTG---AATGAT--TAAA-TC----T----T---TATTTCTGTTT--AACA-TA----T----TTTA--AAAAGAAAATA-CC--AA--GGTGTTTA-TTTT-ATCGTT-------TA-ACT----CTTGA---T--TCTAAATACGTAATGTGTAATGCTT-ATACCAATTGTTATTACTGTCGTGC----GATCAGAA-A--TAGAAATCGCTAT----GAATTGTT-GGATGCAG-GCATCTTA--GCTAAATAC-T-A-A-TTG-----C-------AA------C-------T------TCAATATTC----ATTACA-TT--TTTGTA--TTTTGATA-----AACAGgaacttgtttc
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 333333333333 222222222222222 1111111 111111 1111111 2222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 1111111 444444444444 22222 1111 33333333 11111111111111 1 55555555555555555555555555555555555555555 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666 11111 11 11111 111111 111
lowQualScore : 2 2 4444444 8 2 2 2 8888888 8888888 2 8888888 111111111111 000000000000000 33 2 33 3 3 2 2222222 44 1 0 44 666666 3 4444444 0000000000000000 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 33 6666 9999999 9999 444444 5 33 2 6666 33 777777 1111111 1 55 0 3 111111111111 55 3 7777 7777 666 99999 777 3 7777 2222 666 0 88 11111111 1 3 2 44444444444444 3 1 7777 555 44 44 0 3 88888 3 44 7777 3 44 55 3 4 3 3 00000000000000000000000000000000000000000 0 3 3 55 2 5555555 77777777777777777777777777777777777777777777 1 22222 2 1 2 888 3 6 5 22 5 5 44444 444444 77 444 0 4
lowQualScore : . . ....... . . . . ....... ....... . ....... ............ ............... .. . .. . . . ....... .. . . .. ...... . ....... ................ . ........................................................................................ . .. .... ....... .... ...... . .. . .... .. ...... ....... . .. . . ............ .. . .... .... ... ..... ... . .... .... ... . .. ........ . . . .............. . . .... ... .. .. . . ..... . .. .... . .. .. . . . . ......................................... . . . .. . ....... ............................................ . ..... . . . ... . . . .. . . ..... ...... .. ... . .
lowQualScore : 9 9 3333333 6 9 9 9 1111111 1111111 7 7777777 999999999999 888888888888888 99 9 99 3 6 5 5555555 22 3 8 22 333333 6 3333333 8888888888888888 9 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 5555 4444444 3333 000000 7 99 9 1111 99 888888 8888888 4 00 5 6 333333333333 00 6 7777 7777 444 77777 666 6 7777 7777 666 1 55 55555555 4 6 2 22222222222222 3 0 1111 888 66 77 2 3 11111 3 66 7777 6 88 00 6 5 6 6 11111111111111111111111111111111111111111 4 6 6 55 3 8888888 11111111111111111111111111111111111111111111 4 55555 9 4 2 000 4 5 0 11 0 0 11111 444444 33 000 8 6
consensus : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--T--CC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---TTA-T------CGT-T----T--AGT---T-----A-AA-T-T--A---A-TGTTT-TAT-----A-TGTT--CTT-AT-CATTT----GTNCAC---AATTTGCATA--AT--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAA-----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----GTTC--AATG-TA----T----TTTA--AATAGAAAATG-CTN--A--G-TGTTTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTTA-TGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-GAATCTTA--GC-T-A-A-TT------T-------AAT-------T------TC--------AATATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTATTTTGAT------AACAGAGGGCGC--------T--TCG----------G---AAN---CG--------AACCGAACCGCATCGCATCA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
Reference ( family-2452 ) : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--T--CC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---TTA-T------CGT-T----T--AGT---T-----A-AA-T-T--A---A-TGTTT-TAT-----A-TGTT--CTT-AT-CATTT----GTNCAC---AATTTGCATA--AT--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAA-----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----GTTC--AATG-TA----T----TTTA--AATAGAAAATG-CTN--A--G-TGTTTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTTA-TGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-GAATCTTA--GC-T-A-A-TT------T-------AAT-------T------TC--------AATATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTATTTTGAT------AACAGAGGGCGC--------T--TCG----------G---AAN---CG--------AACCGAACCGCATCGCATCA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
gi|1 : TGGGAAGCCAACGGG-ATCCTAA-T-T-----T-C-TTGTGT-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAACCTGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTGTTTCC-ATT-TCTTATTT-CTAAATGATT--AGTTCAAAA--T--CA--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-CAAA-TACT----TGA---TTA-T------CAT-T----TGCAGTGACT-----G-AA-T-T--AC--A-TATTT-TAT-----A-TGTT--CTT-GT-CATTT----GTACAC---AATTTGCATAC-AT--TTTTA-T--C-TTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------ACATTCTTCA--TGC-CAAT----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----ATTC--AATG-TA----T----ATTA--AACAGAAAATGCCTA--G--G-TTTTTA-TTCTGGTCACT-------TA-ACT----CTAAA---G--TCTTAATACCTAATGTGTAATTTCTA-TGCCAGTTAATATTTCTGTCTTGC----AAACAAAT-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-AAATCTTA--GC-T-A-A-TT------T-------AAC-------T------TC--------AATATTCT--AATTACA-TT--TT-GTACTTTGAT------TACAGTGTGCGC--------T--TC-----------A---AAC---CA--------AACAGAACCGCATCATGTCACAAATCAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGACAGCACCGTTCACGAGGTCTTCACTACTGGC--GATAATTGTTGACA-ATA-GGAACAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ACAT------TAGAAAAGCTACCAATATGCTTGGCTTGTATTTTTCTCGTATGTTTTATATGAATCTGTTTCGTCATCAA
gi|10 : AATGCT-A-------AC-------TCACAA-------AT---------G-TTCAATTGAATAAGTTTAATGT---A-----------TA--CTAT--TTTTATTCCT-ATT-TCTTCATC-CTAG-TGATT--AGTTCAAAG--T--TT--TT-----------AATG--TC-------------AAA-TGCC----AGA---TT---------C----------------------------T-T--A---A-TGTTT-TAT---------------T-AT-CAATT----GTATAA---AATTTCTATA--GTG-TTTTA-T--T-CTT----ACT--TT---T--TATGTCTTAGTTGTAAATGAT-------AAATTAGTCA--TGC-CA------------AATGAT--TAAT-TCTATTT----T---TTT----ATTT--AATA-TG----T----TTTA--AATAGAAAATG-CT----------TTTC-TTTTCATTG-------------------CTTAA---T--TCTTAATACAAAATGAGTAATTATTA-TTTCAATTGCT-------------------ACAAAA-A--TAGAAATCACAAT----AAATTGTG-GGATGCAA-TGCTCTTA--GC-TAA-A-TT------A-------AAT-------T------GCAATTATTAAATATTTCA-AATTGCA-TT--TTCGTATTTTGAT------TACAGAAG
gi|11 : tGAATGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-TTC-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TGA-------ATTATAGAAAAG-TTCAATTGATTATGCGAAATGC---T-----------TA--AT-T--CTT------T-ATT-CCT--------------------TT-------T--TC--TTAATGC----CAAATG--A-TA-----AGTA-TAAAATTCT----TAA---T-----------GC-C----T--AAT---T-----A------T--A---AGTGTTT------------G------------ATT---------------ATTTACATA--GTG-TTTTA-T--T-TTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGCTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CA------------AATGAT--TAAT-TA----T----T---TGTTA--TTTC--TATA-TA----T----TTTG--AATAGAGATTA-CTA--AG-G-TG---------------T-------TG-ACT----CTTAA---T--TCTCAATACGTAATGTGTAATTCTTA-TGTTAATTGTTATTACTGTCTTGTGTCGGAACAAAA-A--TAGAAATCACCAT----GAATTGTA-GGATACAA-CAATCTTA--GC-TAA-A-TT------T-------AAT-------T------GA--------AATTTT----AATTACA-Tcgatgtccagtaaagctcaatgtgttttcctagattacgtcattagcttcgaatgatgccagtgcgtacctggcggtgacatagggataac
gi|12 : TGGAAAGTCAACGAA-GGCAAAA-T-T---CGT-C-TTGT-T-CAGTGCGTA-------AT-------------------------------G-CTTAGTTACATATGTTCA---T---T-----------TG--AA-TAACTTAATGTAT-AAT-TCTTTATT-C-----GGTTCTATTTCTTAA--T-------TCAT--------AATG--ATTG-----ATT--TAAA-----------------A--------------------AGT---C-----A-AA-T-T----------CTT-TAT----------T--CGT-AA-TGCTT----GATTAC---------CAT----T--TCTTA-T--T-CTT----TAT--TT---C--TATTTCTAAGTTCTTATTGAT-------AGATTCTTCA--TGC-CA------------GATAAT--TAAT-TC----T----A---TAT-----TTCTTAATA-TA----T----TTTC--AATAGAAAATG-CTT--ATTA-TGTTTA-TTATAATTGTT-------TA-TCT----CTTAACTCT--TCTTAGTACATATTGTGTGATGCGTA-Tcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgtt
gi|13 : aACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT-C-GTGT-T-AAATGCTTATTTCTAAAT-------TC-TGA-------AT---------G-TTCAATTGAACATGCTTAATGT---T-----------TACTAT-G--CTTT
gi|14 : ccctacggggcttTGGAAAACCAATGGG-GCAAAAA-T-T---C-T---TCAT-TCAAATGCTTA--------T-------TC-TAA-------AT-------------------AATA-----AATGT---T-----------CA--AT-T--CTTTATTCCT-GTT-TCTTAATT-TTAAATGATA--AATTCAAAT--T--TC--TTAATAT----AAAATG--CTTT-----ATTC-TAAA-TGCT----AAA---TTG-T------CAT-T--------GG---T-----G-CA-C-T--A-------TTTGTAT-----ACTGTT---TT-AT-TCTTT----ATTC-C---TATTT-CATGCCAT--TTCTA-TTGT-CTT----CAT--CT---C--Tccataaaacattttttaaaaaacgaataccgacatatctccggtattatgtaatttatactccatgtctttatttttttaaatcgatcgatttatcagataagtgctaccaatgatcacattcaccaaacaaattgcaataaccaa
gi|15 : taGCTAACGCG-GTAAACA-TAT---T-T-C-TTGT-T-AAATATTTA-------AT-------TA-TAC-------AT----------------TTGTATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTTTTCTT-AAT-TTTTAGTT-CAAAATAGTA--AGTTTAAAA--T--CC--TTAATAC----CAAATG--CCTG-----ATTT-TAAA-TATT----TGA---GTA-T------A--------T--AAT---T----------TGT--A---A-AG--T-TAT-----A-TACT--CTTAATGCATTTCTTAGTTCGA---AA--TG-ATA--A-------A-T--T-CTT----CAA--AC---C--TATCGCTTAACTTTTAATcataatatcaaataattatgtt
gi|16 : TGGAAAGCCAACAAA-GTCAAAA-T-T---CCT-C-ATAC-C-CAAAGCTTA-------AT-------TC-TTA-------AT---------GATTTAGTTGAATATGCTTAATGTCTCT-----------TA--AT-T--ATTTATTCCT-ATT-TCTTTATT-CTAAATGA-T--AAATCAAAA--T--TC--ATCATGC----CAAATG--ATTA-----TTTCTTTAC-TTCT----TGATACTTA-C------TGT-T---------T---T-----A-AACT-C--AGATA-TGTTA-AAT-----G-TGTT--CTT-AT-tactgtttct
gi|17 : aAACCGCATCGCATCA-----CAACTGCATGTAATACACTGGTTTAAATGTAAGATAGCATCGTTAACCAGATTTTCTTC----------------AAGACA-ATA-TGAAAAATAGAAGCTTTTGAG-CTTC--------T------GAAAAAA--TGCCGACATGTTTGGTTTCTACATTTC---T-------------ATCCGTTTCACCATTAtgtaacagcacac
gi|18 : TGAAAAGCCGACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------ATCTTAAATTC-CAA-------AT---------G-ATCAGTTGACTATGTTTAATGT---A-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-Atttc
gi|19 : TATAATCACT-------TACATTAAAACTT-----T--TCTTTACACCTTATGTGTAATTCGTA-TGCAAATTTCTATTTCTGTCTTGT----GAACAAAA-A--TAGAAggcttaaaaacaata
gi|2 : aaatattgtaatcaagGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-TGCAC-T-TATTTT-T-AAATGCTTA-------AT-------TG-TAATTACAAAAT---------G-ATCAATTGAATATGCTTAATGTAG-TACAAAAAAACATG--AT-T--CTTAATGCTTGATTATCTTTAGT-ATACA--ATT----TT---AG--T--GT--TTTATCT----TAAATG--TCTGTCTTAGTTC-TAAA-TGAT----AAG---TTATT------CGTGTCAAAT--AAT---T-----A-AA---C--A---G-TGTTT-
gi|2 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaTAATTACAAAATGATC--AATTGAATA--T--GC--TTAATGTAGTACAAAAAAACATG-----ATTC-TTAA-TGCT----TGA---TTA-T------C-T-T----T--AGTA--T-----ACAA-T-TTTA---G-TGTTT-TATCTTAAA-TGTC----T-GT-C-TTA----GTTCTA---AAT--G-ATA--AG--TT--A-T--T-CGTGTCAAATAATTAAACAGTGTTTATTA---C--AATGGT-------ATATACCTTA-------AA-----T-A---GACGATGCTTATGTG----T----T---TAT-----TAC--AATGGTA----TACACCTTA--AATAGACGATG-CTT--AT-G-TGTTTA-TTATAGTCACTACACTCTTA-ACT----GTTAA---T--TCCTAATACGCTATGTGTAATTCTTA-TGTCGATTGCTATTTCTGTCTTGC-----AACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GTATTATG-GGATTCAA-AAATCTTA--ACTT-A-A-TTCAATTGC-------AAT-------T------TC--------AATATTTCA-TATTACA-TT--TTCGTATTTAAGT------AACAGAGTGTA---------T--TCG----------GGTAAAG---CGTTA-----AACTGAACCTCATTGCATC--------------------ATACTAGCAAAAATGTACGATAGCACCGTTTACTAGGTATTCTTTACTCAT--GAGAAT-GAAGACA-attacaatggtatataccttaaatagacgatgcttatgtgtttattacaatggtatacaccttaaatagacgatgcttatgtgtttattatagtcactacactcttaactgttaattcctaatacgctatgtgtaattcttatgtcgattgctatttctgtcttgcaacaaaaatagaactcgctatgtattatgggattcaaaaatcttaacttaattcaattgcaatttcaatatttcatattacattttcgtatttaagtaacagagtgtattcgggtaaagcgttaaactgaacctcattgcatcatactagcaaaaatgtacgatagcaccgtttactaggtattctttactcatgagaatgaagaca
gi|20 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaggaaagccaacggggtcaaaattgcacttatttttaaatgcttaattg-AGATGCTCTTGAT-CTTTAA---ATAT------GAG-AAAGCTGTCGATATGCTTGGTTTG
gi|21 : agacaatacaaacgcttttTGAAAAGCCAACAGG-GTCAAAA-T-------T-C-TTCT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------aatttattcc
gi|22 : taTGGAAAGTCAACAAG--TCGAAA-T-T---C-TTC-TTGT-T-AAATGCTTA-------TT-------Ttatgacaagaacaat
gi|3 : aTAGAAAGCCATCGGG--TCAAAA-T-T---C-TTC-TTAT-T-AAATTCTTA-------AT-------GC-TAA-------ATTACAAAT--G-TTCAATTGAATATGCGTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCTT-ATT-TCTTAGTT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--T--CT--GCCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TTCT----TGA---CTA-T------CAT-T----T--AG----------A------T--A---C-TGTTT-TAT---------TC--TTT-AT-TTCTT----TTTCTT---AGTTC---TA--ATTGTTTTA-T--T-CTT----AAT--
gi|3 : aCCAATTGCTATTTCTGTGTTGC----GAACAAAA-AAATAGAACTAGCTAT----GTTTTGTG-AGATGCAA-GAATTTTA--GC-TTA-A-TT------T-------AAT-------TGCAACTTC--------AATATTTCA-AATTACA-TT--TTCATATTTTGAT------AACAGAGGGTGC--------T--GTG----------G---Aaccgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|3 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataaGC--------G--TCG----------T---AAT----G--------AACTATATAGCACCGCATCA-----CAAATGCTTGCAAAACACTAACCAAAATGTACGATGGCACCATTTATTAGGCCTGCTATACCTGCTTTAGAATGGAAGAAA-ATATGGAAACA-AGATGCTCTAGAG-CTTTAT---ATACACGTTGGAGAAAAGTAGCTGATGTGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATATGAATCCATTTCGTCtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|4 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatA---TTA-T-------GT-T----T--TGT---T-----A-AA-T-T------------C-TAA-----A-TGCTAACTT-A--CATAT----GTTCAATTGAATATGCTTA---C--GTTTA-T--TTCTT----TAT--TC---A--TATTTCTTAATTCTAAATGATTCCTTTAAAATCCGCCA--TCC-CAAATTCCT-G---A-TTAT--AAAT-GC----T----TGGATATC---GTT-----TG-TA----TCA--TTTGTTATTCTTAATTT-CTTCTA--T-TTCTTAGTTCTAATTGCT-------TT-ACT----CTTAA---T--TCCTAATACTTAATGTGTACTACTTAATAT--ACGGCGCCCTCTGTTAT---------CAAAGTA--CGAAACT-G-TATTTTGGAATATTGAGGTTGCAATAAATATTT--GC-T-A-A-----------------AAT-------T------CT--------TGCATCCCACAATTATAGCTAGTTC-TATTTTTGTTCGCAAGACAGAAAAAGCAATCGATGT--CCG----------GTA-AAG---CGTCGAGCTGAACCAAACAGCACCGCATCA-----CAAATGCATAAAATACCCAATCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTATTAGGTATT-TTTGTCCGC--GAAAATGGAAAACA-ATACGAAAAAA-ATATGCTCTTTAGTTTTTAATACATAT------TAGAGAA------AATA---------TGTACAATTC---TATGTTTTATATGAATCCGTTTCGTCATTAAg
gi|5 : atgaaaagccatcggtgtcaaaAATGCTAA-------AT-------TA-CAA-------AT---------A-TTCAATTAATTATGTTTACTGT---A-----------TA--AT-T--CTTTATTTCT-ATC-TCTTAATT-CTTAA-GATT--AGTTCAAAT--TTTCA--TTCATGT----CAAATG--CC-------------AAA-T-----------------T------C----------------------------T-T--A---A-TGCTT-GAT---------------T-AT-CATTT----GTATAC---AATTTGTATAG-AG--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATAAT-------AAATTATTC---TTC-TAA------------ATGAT--TAAT-TC----TATATT---TCT----GTTT--AATA-AA----T----TTTG--AATTGAAAATA-CTT--GT-G-TGTTTA-TTATAATTGTT-------TA-ACT----CTTAA---TATTCTTAATATACAATGTGTAATTCGTA-TGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-T--TAGAACTCGCTTT----GAATTGTG-GGATGCAA-TAGTCTTA--GC-T-A-A-TT------TAAAACACAAT-------T------TC--------AAGATTCCA-AATTACA-TT--TTTCAATTTTGAT------AACAGAGGGCGC--------T--t
gi|5 : ctttttgatcaacccttATGCATGAAATACACTGGTCAAAAAGTACAATAGCATCGgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtatgcatgaaatacactggtcaaaaagtacaatagcatcg
gi|6 : ctttttgatcaacccttaatgctaaattacaaatattcaattaattatgtttactgtataattctttatttctatctcttaattcttaagattagttcaaattttcattcatgtcaaatgccaaattcttaatgcttgattatcatttgtatacaatttgtatagagttttattcttaatttctatttcttagttctaaataataaattattcttctaaatgattaattctatatttctgtttaataaattttgaattgaaaatacttgtgtgtttattataattgtttaactcttaatattcttaatatacaatgtgtaattcgtatgccaattgctatttctgtcttgcgaacaaaattagaactcgctttgaattgtgggatgcaatagtcttagctaatttaaaacacaatttcaagattccaaattacatttttcaattttgataacagagggcgctgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtCAACGGG-GTCAAAACT-T---T-T-C-TTGT-T-AATTG--------------------------------------------------ATTTAATATAATTAATGT---G-----------TA--AT-T--C
gi|6 : tTAATT----AATGTGT--AATTCAAAAGTT--CCCATTCATTC----GA---G--CC-------------AAA-TGCC----TGA---TT-----------------------C---T-----A-AA-T----A---A-T---------------TG----ATT-AA-CAATT----GTATAT---AATGTGTATA--CT--GTTTAAT--T-CTT----AAT--TC---C--TATTTCATAGTTTTAAACGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAAA----T-G---AATGGA--TCAT-TA----T----T---TAT-----TTC--TATG-TAATATT----TTTA--AATAGCAAATA-CTA--A--GATGTTTA-TTCTTATCGCT-------TT-AGT----TTTAA---T--TCGTAATAAGCGGTATGAAATTCTTA-TGCCAATTGCCATTTCTGTCTTGC----GAACAAGA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTA-AGATGCAA-GAATCTTACGGC-T-ATA-TT------T-------AAT-------TGCAACATC--------AATATTCCA-ACATATA-TT--TTCGTCATTTGAT------AACAAAGGGCGTTG------T--CCGAGAAAGCGTCG---AAC---CG--------AACCGAACCGCATTGCATCA-----CAAATGTATGCAATACACCAACTAAAATGCACAATAACACCGTTTATCAGGTCTTCTATACCTGT--TAGAATAGAAGACA-ATA-CGGAAAA-TGATGCTCTTCAG-CTTTGA---ATAT------aaaagttcccattcattcgagccaaatgcctgattctaaataattgattaacaattgtatataatgtgtatactgtttaattcttaattcctatttcatagttttaaacgataaattcttcatgccaaatgaatggatcattatttatttctatgtaatatttttaaatagcaaatactaagatgtttattcttatcgctttagttttaattcgtaataagcggtatgaaattcttatgccaattgccatttctgtcttgcgaacaagaatagaactcgctatgaattgtaagatgcaagaatcttacggctatatttaattgcaacatcaatattccaacatatattttcgtcatttgataacaaagggcgttgtccgagaaagcgtcgaaccgaaccgaaccgcattgcatcacaaatgtatgcaatacaccaactaaaatgcacaataacaccgtttatcaggtcttctatacctgttagaatagaagacaatacggaaaatgatgctcttcagctttgaatatt
gi|7 : tcaacggggtcaaaacttttcttgttaattgatttaataCAAA--AT--TCTTC-T--T-GTT----AAA-----------ATTT--TAATGCTAAATTAC-------AAAGT-TTCAATTGAATAA-----T-GTTTAATGTG--TAAT-TT----T----T---TAT-----TCT--AACT-TA----T----T-----AGTTCAAAAT----C--A-------TTA-TTGTCA-------------A-ATG----CCTGA---T--TCTTAATGCTTGAT-TATCATT--TG--GCCAATTTCTATTTCTGTTTTGC----AAACGAAA-A--TAGAACTCACTAT----GAATTGTG-AGATGCAA-GAATTTTA--GC-CAA-A-TT------T-------AATTGCAATGT------TC--------AATATTCCA-AATTACA-TT--TTCATATTTTAAT------TATAGAGGGCAC--------TG-TCG----------G---t
gi|7 : atggaataccatcgtggt---CG--------AACCGAACTGCATTGC-TGA-----CAAATGCCTGAAATACACTGGTCAAAATGTATAATAGCATCATTTACCTGACATTTTTTACCTGT--GATAATGGAAGACACACT-GAAAAAT-AGAAGCTCTTGAG-CTTT--------T------GAGAAAAGATGCCGACATGCTTGGTTGGTACATTTC---TATATTTTATACAAATCCATTCCACCATTAAgtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactccgaaccgaactgcattgctgacaaatgcctgaaatacactggtcaaaatgtataatagcatcatttacctgacattttttacctgtgataatggaagacacactgaaaaatagaagctcttgagcttttgagaaaagatgccgacatgcttggttggtacatttctatattttatacaaatccattccaccattaat
gi|8 : atggaataccatcgtggtcaaaattcttcttgttaaaattttaatgctaaattacaaagtttcaattgaataatgtttaatgtgtaattttttattctaacttattagttcaaaatcattattgtcaaatgcctgattcttaatgcttgattatcatttggccaatttctatttctgttttgcaaacgaaaatagaactcactatgaattgtgagatgcaagaattttagccaaatttaattgcaatgttcaatattccaaattacattttcatattttaattatagagggcactgtcgggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactcTCATAT----TAAATA--CTTA-----ATTC-TAAA-TGTTCGTTTGA---ATA-TGCTAAATGT-T----T--AAT---TCTTGAA-AA-A-T--AC--G-TGTTT-TAT-----A-TGCG--ATT-GT-CATTT----GTACAC---AATGGGTATA--GTG-TTTTA-T--C-TTT----AAT--TT---T--TAGAACTTAGTTCTGAATG---------AAA------------------------------------AAT-TC----T----T---CAT----GTCA--AAGG-TA----T--------------GA------TTA--A--T-TCTTTA-TTTCTA---CA-------TA-A-------TTTA---T--TCGAAATAAA-AATGT------CTTA-TT---ATTCTTAGTTCTGTCTTGT----GAACATAA-A--TAAAACTCGCTAT----GAATTGTG-AGATGCAT-GATTCTTA--GC-T-A-AATT------T-------AAA-------TGTAAC-TA--------AACATTTCA-AATTACA-TT--TTCACATTTTGAT------AATACAGGGCGC--------TAGTCA----------GTA-AATGGTCG--------AACCGAACAGCATAACATAA-----AAAATGCATGCAATACACTAGCAAAAGCGTACGACAGCACCGTTTACCTGGACTTCTTTACCCGT--GAAAGTATAGGAGA-ATA-CGAAAGA-AGCTGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTAACCATATGCTTTGTTTGTt
gi|9 : gtgaacttttcTGAAAAGGCAGCAAGTGT--AAA-TAT---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------ATTCTAAAT--G-TTCAATTGAATATGTTGAATAT---T-----------TC--AT-T--ATTTATTTCT-ATT-TC---------------TT--AATTCTAAA--T--A------AT-------AAGTG--CC-------A-----AAA-TGT-------A---TTA-T--------T-C----T--A---------------------A---A-TACTT-GAT---------------T-AC-CACTT----GTATAC---AATTTGTATT--CT--GTTTAAT--T-CTT----TAT--TT---A--TATTTATAAGTTCCAAATGAT-------AAATTCTTCA--TAC-CCG-----TTG---AATGAT--TAAA-TC----T----T---TATTTCTGTTT--AACA-TA----T----TTTA--AAAAGAAAATA-CCA--A--GGTGTTTA-TTTT-ATCGTT-------TA-ACT----CTTGA---T--TCTAAATACGTAATGTGTAATGCTTA-TACCAATTGTTATTACTGTCGTGC----GATCAGAA-A--TAGAAATCGCTAT----GAATTGTT-GGATGCAG-GCATCTTA--GC-T-A-A-ATAC----T-------AATTGCAAC-T------TC--------AATATTC----ATTACA-TT--TTTGTATTTTGATA-----AACAGgaacttgtttc
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 333333333333 222222222222222 1111111 111111 1111111 2222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 1111111 444444444444 22222 1111 33333333 11111111111111 1 55555555555555555555555555555555555555555 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666 11111 11 11111 111111 111
lowQualScore : 2 2 4444444 8 2 2 2 8888888 8888888 2 8888888 111111111111 000000000000000 33 2 33 3 3 2 2222222 44 1 0 44 666666 3 4444444 0000000000000000 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 33 6666 9999999 9999 444444 5 33 2 6666 33 777777 1111111 1 55 0 3 111111111111 55 3 7777 7777 666 99999 777 3 7777 2222 666 0 88 11111111 1 3 2 44444444444444 3 1 7777 555 44 44 0 3 88888 3 44 7777 3 44 55 3 4 3 3 00000000000000000000000000000000000000000 0 3 3 55 2 5555555 77777777777777777777777777777777777777777777 1 22222 2 1 2 888 3 6 5 22 5 5 44444 444444 77 444 0 4
lowQualScore : . . ....... . . . . ....... ....... . ....... ............ ............... .. . .. . . . ....... .. . . .. ...... . ....... ................ . ........................................................................................ . .. .... ....... .... ...... . .. . .... .. ...... ....... . .. . . ............ .. . .... .... ... ..... ... . .... .... ... . .. ........ . . . .............. . . .... ... .. .. . . ..... . .. .... . .. .. . . . . ......................................... . . . .. . ....... ............................................ . ..... . . . ... . . . .. . . ..... ...... .. ... . .
lowQualScore : 9 9 3333333 6 9 9 9 1111111 1111111 7 7777777 999999999999 888888888888888 99 9 99 3 6 5 5555555 22 3 8 22 333333 6 3333333 8888888888888888 9 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 99 5555 4444444 3333 000000 7 99 9 1111 99 888888 8888888 4 00 5 6 333333333333 00 6 7777 7777 444 77777 666 6 7777 7777 666 1 55 55555555 4 6 2 22222222222222 3 0 1111 888 66 77 2 3 11111 3 66 7777 6 88 00 6 5 6 6 11111111111111111111111111111111111111111 4 6 6 55 3 8888888 11111111111111111111111111111111111111111111 4 55555 9 4 2 000 4 5 0 11 0 0 11111 444444 33 000 8 6
consensus : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--T--CC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---TTA-T------CGT-T----T--AGT---T-----A-AA-T-T--A---A-TGTTT-TAT-----A-TGTT--CTT-AT-CATTT----GTNCAC---AATTTGCATA--AT--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAA-----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----GTTC--AATG-TA----T----TTTA--AATAGAAAATG-CTN--A--G-TGTTTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTTA-TGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-GAATCTTA--GC-T-A-A-TT------T-------AAT-------T------TC--------AATATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTATTTTGAT------AACAGAGGGCGC--------T--TCG----------G---AAN---CG--------AACCGAACCGCATCGCATCA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
Reference ( family-2452 ) : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--T--CC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---TTA-T------CGT-T----T--AGT---T-----A-AA-T-T--A---A-TGTTT-TAT-----A-TGTT--CTT-AT-CATTT----GTNCAC---AATTTGCATA--AT--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAA-----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----GTTC--AATG-TA----T----TTTA--AATAGAAAATG-CTN--A--G-TGTTTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTTA-TGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-GAATCTTA--GC-T-A-A-TT------T-------AAT-------T------TC--------AATATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTATTTTGAT------AACAGAGGGCGC--------T--TCG----------G---AAN---CG--------AACCGAACCGCATCGCATCA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
gi|1 : TGGGAAGCCAACGGG-ATCCTAA-T-T-----T-C-TTGTGT-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAACCTGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTGTTTCC-ATT-TCTTATTT-CTAAATGATT--AGTTCAAAA--T--CA--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-CAAA-TACT----TGA---TTA-T------CAT-T----TGCAGTGACT-----G-AA-T-T--AC--A-TATTT-TAT-----A-TGTT--CTT-GT-CATTT----GTACAC---AATTTGCATAC-AT--TTTTA-T--C-TTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------ACATTCTTCA--TGC-CAAT----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----ATTC--AATG-TA----T----ATTA--AACAGAAAATGCCTA--G--G-TTTTTA-TTCTGGTCACT-------TA-ACT----CTAAA---G--TCTTAATACCTAATGTGTAATTTCTA-TGCCAGTTAATATTTCTGTCTTGC----AAACAAAT-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-AAATCTTA--GC-T-A-A-TT------T-------AAC-------T------TC--------AATATTCT--AATTACA-TT--TT-GTACTTTGAT------TACAGTGTGCGC--------T--TC-----------A---AAC---CA--------AACAGAACCGCATCATGTCACAAATCAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGACAGCACCGTTCACGAGGTCTTCACTACTGGC--GATAATTGTTGACA-ATA-GGAACAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ACAT------TAGAAAAGCTACCAATATGCTTGGCTTGTATTTTTCTCGTATGTTTTATATGAATCTGTTTCGTCATCAA
gi|10 : AATGCT-A-------AC-------TCACAA-------AT---------G-TTCAATTGAATAAGTTTAATGT---A-----------TA--CTAT--TTTTATTCCT-ATT-TCTTCATC-CTAG-TGATT--AGTTCAAAG--T--TT--TT-----------AATG--TC-------------AAA-TGCC----AGA---TT---------C----------------------------T-T--A---A-TGTTT-TAT---------------T-AT-CAATT----GTATAA---AATTTCTATA--GTG-TTTTA-T--T-CTT----ACT--TT---T--TATGTCTTAGTTGTAAATGAT-------AAATTAGTCA--TGC-CA------------AATGAT--TAAT-TCTATTT----T---TTT----ATTT--AATA-TG----T----TTTA--AATAGAAAATG-CT----------TTTC-TTTTCATTG-------------------CTTAA---T--TCTTAATACAAAATGAGTAATTATTA-TTTCAATTGCT-------------------ACAAAA-A--TAGAAATCACAAT----AAATTGTG-GGATGCAA-TGCTCTTA--GC-TAA-A-TT------A-------AAT-------T------GCAATTATTAAATATTTCA-AATTGCA-TT--TTCGTATTTTGAT------TACAGAAG
gi|11 : tGAATGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-TTC-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TGA-------ATTATAGAAAAG-TTCAATTGATTATGCGAAATGC---T-----------TA--AT-T--CTT------T-ATT-CCT--------------------TT-------T--TC--TTAATGC----CAAATG--A-TA-----AGTA-TAAAATTCT----TAA---T-----------GC-C----T--AAT---T-----A------T--A---AGTGTTT------------G------------ATT---------------ATTTACATA--GTG-TTTTA-T--T-TTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGCTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CA------------AATGAT--TAAT-TA----T----T---TGTTA--TTTC--TATA-TA----T----TTTG--AATAGAGATTA-CTA--AG-G-TG---------------T-------TG-ACT----CTTAA---T--TCTCAATACGTAATGTGTAATTCTTA-TGTTAATTGTTATTACTGTCTTGTGTCGGAACAAAA-A--TAGAAATCACCAT----GAATTGTA-GGATACAA-CAATCTTA--GC-TAA-A-TT------T-------AAT-------T------GA--------AATTTT----AATTACA-Tcgatgtccagtaaagctcaatgtgttttcctagattacgtcattagcttcgaatgatgccagtgcgtacctggcggtgacatagggataac
gi|12 : TGGAAAGTCAACGAA-GGCAAAA-T-T---CGT-C-TTGT-T-CAGTGCGTA-------AT-------------------------------G-CTTAGTTACATATGTTCA---T---T-----------TG--AA-TAACTTAATGTAT-AAT-TCTTTATT-C-----GGTTCTATTTCTTAA--T-------TCAT--------AATG--ATTG-----ATT--TAAA-----------------A--------------------AGT---C-----A-AA-T-T----------CTT-TAT----------T--CGT-AA-TGCTT----GATTAC---------CAT----T--TCTTA-T--T-CTT----TAT--TT---C--TATTTCTAAGTTCTTATTGAT-------AGATTCTTCA--TGC-CA------------GATAAT--TAAT-TC----T----A---TAT-----TTCTTAATA-TA----T----TTTC--AATAGAAAATG-CTT--ATTA-TGTTTA-TTATAATTGTT-------TA-TCT----CTTAACTCT--TCTTAGTACATATTGTGTGATGCGTA-Tcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgtt
gi|13 : aACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT-C-GTGT-T-AAATGCTTATTTCTAAAT-------TC-TGA-------AT---------G-TTCAATTGAACATGCTTAATGT---T-----------TACTAT-G--CTTT
gi|14 : ccctacggggcttTGGAAAACCAATGGG-GCAAAAA-T-T---C-T---TCAT-TCAAATGCTTA--------T-------TC-TAA-------AT-------------------AATA-----AATGT---T-----------CA--AT-T--CTTTATTCCT-GTT-TCTTAATT-TTAAATGATA--AATTCAAAT--T--TC--TTAATAT----AAAATG--CTTT-----ATTC-TAAA-TGCT----AAA---TTG-T------CAT-T--------GG---T-----G-CA-C-T--A-------TTTGTAT-----ACTGTT---TT-AT-TCTTT----ATTC-C---TATTT-CATGCCAT--TTCTA-TTGT-CTT----CAT--CT---C--Tccataaaacattttttaaaaaacgaataccgacatatctccggtattatgtaatttatactccatgtctttatttttttaaatcgatcgatttatcagataagtgctaccaatgatcacattcaccaaacaaattgcaataaccaa
gi|15 : taGCTAACGCG-GTAAACA-TAT---T-T-C-TTGT-T-AAATATTTA-------AT-------TA-TAC-------AT----------------TTGTATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTTTTCTT-AAT-TTTTAGTT-CAAAATAGTA--AGTTTAAAA--T--CC--TTAATAC----CAAATG--CCTG-----ATTT-TAAA-TATT----TGA---GTA-T------A--------T--AAT---T----------TGT--A---A-AG--T-TAT-----A-TACT--CTTAATGCATTTCTTAGTTCGA---AA--TG-ATA--A-------A-T--T-CTT----CAA--AC---C--TATCGCTTAACTTTTAATcataatatcaaataattatgtt
gi|16 : TGGAAAGCCAACAAA-GTCAAAA-T-T---CCT-C-ATAC-C-CAAAGCTTA-------AT-------TC-TTA-------AT---------GATTTAGTTGAATATGCTTAATGTCTCT-----------TA--AT-T--ATTTATTCCT-ATT-TCTTTATT-CTAAATGA-T--AAATCAAAA--T--TC--ATCATGC----CAAATG--ATTA-----TTTCTTTAC-TTCT----TGATACTTA-C------TGT-T---------T---T-----A-AACT-C--AGATA-TGTTA-AAT-----G-TGTT--CTT-AT-tactgtttct
gi|17 : aAACCGCATCGCATCA-----CAACTGCATGTAATACACTGGTTTAAATGTAAGATAGCATCGTTAACCAGATTTTCTTC----------------AAGACA-ATA-TGAAAAATAGAAGCTTTTGAG-CTTC--------T------GAAAAAA--TGCCGACATGTTTGGTTTCTACATTTC---T-------------ATCCGTTTCACCATTAtgtaacagcacac
gi|18 : TGAAAAGCCGACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------ATCTTAAATTC-CAA-------AT---------G-ATCAGTTGACTATGTTTAATGT---A-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-Atttc
gi|19 : TATAATCACT-------TACATTAAAACTT-----T--TCTTTACACCTTATGTGTAATTCGTA-TGCAAATTTCTATTTCTGTCTTGT----GAACAAAA-A--TAGAAggcttaaaaacaata
gi|2 : aaatattgtaatcaagGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-TGCAC-T-TATTTT-T-AAATGCTTA-------AT-------TG-TAATTACAAAAT---------G-ATCAATTGAATATGCTTAATGTAG-TACAAAAAAACATG--AT-T--CTTAATGCTTGATTATCTTTAGT-ATACA--ATT----TT---AG--T--GT--TTTATCT----TAAATG--TCTGTCTTAGTTC-TAAA-TGAT----AAG---TTATT------CGTGTCAAAT--AAT---T-----A-AA---C--A---G-TGTTT-
gi|2 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaTAATTACAAAATGATC--AATTGAATA--T--GC--TTAATGTAGTACAAAAAAACATG-----ATTC-TTAA-TGCT----TGA---TTA-T------C-T-T----T--AGTA--T-----ACAA-T-TTTA---G-TGTTT-TATCTTAAA-TGTC----T-GT-C-TTA----GTTCTA---AAT--G-ATA--AG--TT--A-T--T-CGTGTCAAATAATTAAACAGTGTTTATTA---C--AATGGT-------ATATACCTTA-------AA-----T-A---GACGATGCTTATGTG----T----T---TAT-----TAC--AATGGTA----TACACCTTA--AATAGACGATG-CTT--AT-G-TGTTTA-TTATAGTCACTACACTCTTA-ACT----GTTAA---T--TCCTAATACGCTATGTGTAATTCTTA-TGTCGATTGCTATTTCTGTCTTGC-----AACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GTATTATG-GGATTCAA-AAATCTTA--ACTT-A-A-TTCAATTGC-------AAT-------T------TC--------AATATTTCA-TATTACA-TT--TTCGTATTTAAGT------AACAGAGTGTA---------T--TCG----------GGTAAAG---CGTTA-----AACTGAACCTCATTGCATC--------------------ATACTAGCAAAAATGTACGATAGCACCGTTTACTAGGTATTCTTTACTCAT--GAGAAT-GAAGACA-attacaatggtatataccttaaatagacgatgcttatgtgtttattacaatggtatacaccttaaatagacgatgcttatgtgtttattatagtcactacactcttaactgttaattcctaatacgctatgtgtaattcttatgtcgattgctatttctgtcttgcaacaaaaatagaactcgctatgtattatgggattcaaaaatcttaacttaattcaattgcaatttcaatatttcatattacattttcgtatttaagtaacagagtgtattcgggtaaagcgttaaactgaacctcattgcatcatactagcaaaaatgtacgatagcaccgtttactaggtattctttactcatgagaatgaagaca
gi|20 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaggaaagccaacggggtcaaaattgcacttatttttaaatgcttaattg-AGATGCTCTTGAT-CTTTAA---ATAT------GAG-AAAGCTGTCGATATGCTTGGTTTG
gi|21 : agacaatacaaacgcttttTGAAAAGCCAACAGG-GTCAAAA-T-------T-C-TTCT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------aatttattcc
gi|22 : taTGGAAAGTCAACAAG--TCGAAA-T-T---C-TTC-TTGT-T-AAATGCTTA-------TT-------Ttatgacaagaacaat
gi|3 : aTAGAAAGCCATCGGG--TCAAAA-T-T---C-TTC-TTAT-T-AAATTCTTA-------AT-------GC-TAA-------ATTACAAAT--G-TTCAATTGAATATGCGTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCTT-ATT-TCTTAGTT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--T--CT--GCCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TTCT----TGA---CTA-T------CAT-T----T--AG----------A------T--A---C-TGTTT-TAT---------TC--TTT-AT-TTCTT----TTTCTT---AGTTC---TA--ATTGTTTTA-T--T-CTT----AAT--
gi|3 : aCCAATTGCTATTTCTGTGTTGC----GAACAAAA-AAATAGAACTAGCTAT----GTTTTGTG-AGATGCAA-GAATTTTA--GC-TTA-A-TT------T-------AAT-------TGCAACTTC--------AATATTTCA-AATTACA-TT--TTCATATTTTGAT------AACAGAGGGTGC--------T--GTG----------G---Aaccgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|3 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataaGC--------G--TCG----------T---AAT----G--------AACTATATAGCACCGCATCA-----CAAATGCTTGCAAAACACTAACCAAAATGTACGATGGCACCATTTATTAGGCCTGCTATACCTGCTTTAGAATGGAAGAAA-ATATGGAAACA-AGATGCTCTAGAG-CTTTAT---ATACACGTTGGAGAAAAGTAGCTGATGTGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATATGAATCCATTTCGTCtttccagtaatgcgtcgtaatgaactatatagcaccgcatcacaaatgcttgcaaaacactaaccaaaatgtacgatggcaccatttattaggcctgctatacctgctttagaatggaagaaaatatggaaacaagatgctctagagctttatatacacgttggagaaaagtagctgatgtgcttggtttgtacatttctatgttttatatgaatccatttcgtcg
gi|4 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcttattaaattcttaatgctaaattacaaatgttcaattgaatatgcgtaatgtttaattctttattcttatttcttagttctaaatgattaattcaaaatctgccatgccaaatgcctgattctaaattcttgactatcatttagatactgttttattctttatttctttttcttagttctaattgttttattcttaataccgaaagtgtaatgtataatccacagcaccctctgttatcaaaatatgaaaatgtaatttgaaatattgaagttgcaattaaattaagctaaaattcttgcatctcacaaaacatagctagttctatttttttgttcgcaacacagaaatagcaattggtttccagtaatA---TTA-T-------GT-T----T--TGT---T-----A-AA-T-T------------C-TAA-----A-TGCTAACTT-A--CATAT----GTTCAATTGAATATGCTTA---C--GTTTA-T--TTCTT----TAT--TC---A--TATTTCTTAATTCTAAATGATTCCTTTAAAATCCGCCA--TCC-CAAATTCCT-G---A-TTAT--AAAT-GC----T----TGGATATC---GTT-----TG-TA----TCA--TTTGTTATTCTTAATTT-CTTCTA--T-TTCTTAGTTCTAATTGCT-------TT-ACT----CTTAA---T--TCCTAATACTTAATGTGTACTACTTAATAT--ACGGCGCCCTCTGTTAT---------CAAAGTA--CGAAACT-G-TATTTTGGAATATTGAGGTTGCAATAAATATTT--GC-T-A-A-----------------AAT-------T------CT--------TGCATCCCACAATTATAGCTAGTTC-TATTTTTGTTCGCAAGACAGAAAAAGCAATCGATGT--CCG----------GTA-AAG---CGTCGAGCTGAACCAAACAGCACCGCATCA-----CAAATGCATAAAATACCCAATCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTATTAGGTATT-TTTGTCCGC--GAAAATGGAAAACA-ATACGAAAAAA-ATATGCTCTTTAGTTTTTAATACATAT------TAGAGAA------AATA---------TGTACAATTC---TATGTTTTATATGAATCCGTTTCGTCATTAAg
gi|5 : atgaaaagccatcggtgtcaaaAATGCTAA-------AT-------TA-CAA-------AT---------A-TTCAATTAATTATGTTTACTGT---A-----------TA--AT-T--CTTTATTTCT-ATC-TCTTAATT-CTTAA-GATT--AGTTCAAAT--TTTCA--TTCATGT----CAAATG--CC-------------AAA-T-----------------T------C----------------------------T-T--A---A-TGCTT-GAT---------------T-AT-CATTT----GTATAC---AATTTGTATAG-AG--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATAAT-------AAATTATTC---TTC-TAA------------ATGAT--TAAT-TC----TATATT---TCT----GTTT--AATA-AA----T----TTTG--AATTGAAAATA-CTT--GT-G-TGTTTA-TTATAATTGTT-------TA-ACT----CTTAA---TATTCTTAATATACAATGTGTAATTCGTA-TGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-T--TAGAACTCGCTTT----GAATTGTG-GGATGCAA-TAGTCTTA--GC-T-A-A-TT------TAAAACACAAT-------T------TC--------AAGATTCCA-AATTACA-TT--TTTCAATTTTGAT------AACAGAGGGCGC--------T--t
gi|5 : ctttttgatcaacccttATGCATGAAATACACTGGTCAAAAAGTACAATAGCATCGgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtatgcatgaaatacactggtcaaaaagtacaatagcatcg
gi|6 : ctttttgatcaacccttaatgctaaattacaaatattcaattaattatgtttactgtataattctttatttctatctcttaattcttaagattagttcaaattttcattcatgtcaaatgccaaattcttaatgcttgattatcatttgtatacaatttgtatagagttttattcttaatttctatttcttagttctaaataataaattattcttctaaatgattaattctatatttctgtttaataaattttgaattgaaaatacttgtgtgtttattataattgtttaactcttaatattcttaatatacaatgtgtaattcgtatgccaattgctatttctgtcttgcgaacaaaattagaactcgctttgaattgtgggatgcaatagtcttagctaatttaaaacacaatttcaagattccaaattacatttttcaattttgataacagagggcgctgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtCAACGGG-GTCAAAACT-T---T-T-C-TTGT-T-AATTG--------------------------------------------------ATTTAATATAATTAATGT---G-----------TA--AT-T--C
gi|6 : tTAATT----AATGTGT--AATTCAAAAGTT--CCCATTCATTC----GA---G--CC-------------AAA-TGCC----TGA---TT-----------------------C---T-----A-AA-T----A---A-T---------------TG----ATT-AA-CAATT----GTATAT---AATGTGTATA--CT--GTTTAAT--T-CTT----AAT--TC---C--TATTTCATAGTTTTAAACGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAAA----T-G---AATGGA--TCAT-TA----T----T---TAT-----TTC--TATG-TAATATT----TTTA--AATAGCAAATA-CTA--A--GATGTTTA-TTCTTATCGCT-------TT-AGT----TTTAA---T--TCGTAATAAGCGGTATGAAATTCTTA-TGCCAATTGCCATTTCTGTCTTGC----GAACAAGA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTA-AGATGCAA-GAATCTTACGGC-T-ATA-TT------T-------AAT-------TGCAACATC--------AATATTCCA-ACATATA-TT--TTCGTCATTTGAT------AACAAAGGGCGTTG------T--CCGAGAAAGCGTCG---AAC---CG--------AACCGAACCGCATTGCATCA-----CAAATGTATGCAATACACCAACTAAAATGCACAATAACACCGTTTATCAGGTCTTCTATACCTGT--TAGAATAGAAGACA-ATA-CGGAAAA-TGATGCTCTTCAG-CTTTGA---ATAT------aaaagttcccattcattcgagccaaatgcctgattctaaataattgattaacaattgtatataatgtgtatactgtttaattcttaattcctatttcatagttttaaacgataaattcttcatgccaaatgaatggatcattatttatttctatgtaatatttttaaatagcaaatactaagatgtttattcttatcgctttagttttaattcgtaataagcggtatgaaattcttatgccaattgccatttctgtcttgcgaacaagaatagaactcgctatgaattgtaagatgcaagaatcttacggctatatttaattgcaacatcaatattccaacatatattttcgtcatttgataacaaagggcgttgtccgagaaagcgtcgaaccgaaccgaaccgcattgcatcacaaatgtatgcaatacaccaactaaaatgcacaataacaccgtttatcaggtcttctatacctgttagaatagaagacaatacggaaaatgatgctcttcagctttgaatatt
gi|7 : tcaacggggtcaaaacttttcttgttaattgatttaataCAAA--AT--TCTTC-T--T-GTT----AAA-----------ATTT--TAATGCTAAATTAC-------AAAGT-TTCAATTGAATAA-----T-GTTTAATGTG--TAAT-TT----T----T---TAT-----TCT--AACT-TA----T----T-----AGTTCAAAAT----C--A-------TTA-TTGTCA-------------A-ATG----CCTGA---T--TCTTAATGCTTGAT-TATCATT--TG--GCCAATTTCTATTTCTGTTTTGC----AAACGAAA-A--TAGAACTCACTAT----GAATTGTG-AGATGCAA-GAATTTTA--GC-CAA-A-TT------T-------AATTGCAATGT------TC--------AATATTCCA-AATTACA-TT--TTCATATTTTAAT------TATAGAGGGCAC--------TG-TCG----------G---t
gi|7 : atggaataccatcgtggt---CG--------AACCGAACTGCATTGC-TGA-----CAAATGCCTGAAATACACTGGTCAAAATGTATAATAGCATCATTTACCTGACATTTTTTACCTGT--GATAATGGAAGACACACT-GAAAAAT-AGAAGCTCTTGAG-CTTT--------T------GAGAAAAGATGCCGACATGCTTGGTTGGTACATTTC---TATATTTTATACAAATCCATTCCACCATTAAgtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactccgaaccgaactgcattgctgacaaatgcctgaaatacactggtcaaaatgtataatagcatcatttacctgacattttttacctgtgataatggaagacacactgaaaaatagaagctcttgagcttttgagaaaagatgccgacatgcttggttggtacatttctatattttatacaaatccattccaccattaat
gi|8 : atggaataccatcgtggtcaaaattcttcttgttaaaattttaatgctaaattacaaagtttcaattgaataatgtttaatgtgtaattttttattctaacttattagttcaaaatcattattgtcaaatgcctgattcttaatgcttgattatcatttggccaatttctatttctgttttgcaaacgaaaatagaactcactatgaattgtgagatgcaagaattttagccaaatttaattgcaatgttcaatattccaaattacattttcatattttaattatagagggcactgtcgggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactcTCATAT----TAAATA--CTTA-----ATTC-TAAA-TGTTCGTTTGA---ATA-TGCTAAATGT-T----T--AAT---TCTTGAA-AA-A-T--AC--G-TGTTT-TAT-----A-TGCG--ATT-GT-CATTT----GTACAC---AATGGGTATA--GTG-TTTTA-T--C-TTT----AAT--TT---T--TAGAACTTAGTTCTGAATG---------AAA------------------------------------AAT-TC----T----T---CAT----GTCA--AAGG-TA----T--------------GA------TTA--A--T-TCTTTA-TTTCTA---CA-------TA-A-------TTTA---T--TCGAAATAAA-AATGT------CTTA-TT---ATTCTTAGTTCTGTCTTGT----GAACATAA-A--TAAAACTCGCTAT----GAATTGTG-AGATGCAT-GATTCTTA--GC-T-A-AATT------T-------AAA-------TGTAAC-TA--------AACATTTCA-AATTACA-TT--TTCACATTTTGAT------AATACAGGGCGC--------TAGTCA----------GTA-AATGGTCG--------AACCGAACAGCATAACATAA-----AAAATGCATGCAATACACTAGCAAAAGCGTACGACAGCACCGTTTACCTGGACTTCTTTACCCGT--GAAAGTATAGGAGA-ATA-CGAAAGA-AGCTGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTAACCATATGCTTTGTTTGTt
gi|9 : gtgaacttttcTGAAAAGGCAGCAAGTGT--AAA-TAT---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------ATTCTAAAT--G-TTCAATTGAATATGTTGAATAT---T-----------TC--AT-T--ATTTATTTCT-ATT-TC---------------TT--AATTCTAAA--T--A------AT-------AAGTG--CC-------A-----AAA-TGT-------A---TTA-T--------T-C----T--A---------------------A---A-TACTT-GAT---------------T-AC-CACTT----GTATAC---AATTTGTATT--CT--GTTTAAT--T-CTT----TAT--TT---A--TATTTATAAGTTCCAAATGAT-------AAATTCTTCA--TAC-CCG-----TTG---AATGAT--TAAA-TC----T----T---TATTTCTGTTT--AACA-TA----T----TTTA--AAAAGAAAATA-CCA--A--GGTGTTTA-TTTT-ATCGTT-------TA-ACT----CTTGA---T--TCTAAATACGTAATGTGTAATGCTTA-TACCAATTGTTATTACTGTCGTGC----GATCAGAA-A--TAGAAATCGCTAT----GAATTGTT-GGATGCAG-GCATCTTA--GC-T-A-A-ATAC----T-------AATTGCAAC-T------TC--------AATATTC----ATTACA-TT--TTTGTATTTTGATA-----AACAGgaacttgtttc
blockSeqs : T C TGCAC T A . C TTTCTAA CTTAAAT A TTACAAA TATAGAAAAGT AGTACAAAAAAACA CT A AA G A C ACAAAAT CT G GT TTCA A GTAGTAC TCTGTCTTAGTTC A GTTCGTTTGAATATGCTAAATGTTTAATTCTTGAAAAATACGTGTTTTATATGCGAT A TG CTTA TCAATTG TTCT CCAT A TG T GTCA AA AAACAG TCCTTTA A AT A AATTCCTG GC G TATT ATAT GGA TTCTG CTT G ATAT ACAC GTT G TATTA G G T AGTCACTACACTCT C C AAAA CTC AT AA A GTCGG T AA TTTG A TA CG T A T A AAATTGCAATTATTA C G AG G TCGCAAG AATCGATGTCCGGTAAAGCGTCGAGCTG C . T T C CTT G G C TG T T AATAC ACGTTG GC . T
blockSeqs : . . TCG T . . . . . . . TACAAATGT CTCT . . . . . T TTAAAT . T . CCCA C GCC AACATGATTC . GCTTGATTATCTTTAGTATACAATTTTAGTGTTTTATCTTAAATGTC . T . ATAA TTAC ATTG A . . . . T . C . . ATGTTT . . . . . TAT T . . CA A A TCTAT G . A AATTGTT . C . . . GT . G . . . . T . . A . . ACTAATTGCAACTTC . . . G AA TGTCCGAGAAAGCGTCGAACCG C . C A T T G G . CG . . AA . GT . T
blockSeqs : . . TCC T . . . . . . . TCTAAATGT A . . . . . A CAAAAT . A . TT A ATA ATTATTTCT . TCTTGATACTTACTGTTTTAAACTCAGATATGTTAAATGTGTTCT . A . TTAC ATGC GTG . . . . . C . C . . AATG . . . . . CG C . . . G G AAGG G . A AATCACT . T . . . AT . G . . . . C . . T . . TAAAACACAATTTC . . . A T TAGTCAGTAAATGGTCG A . A C C C A A . T . . AT . GA . C
blockSeqs : . . ATT . . . . . . . . GAT T . . . . . A CTAAAT . G . TC A ACC CTTTATTC . GCTAAATTGTCATTGGTGCACTATTTGTATACTGTTT . T . TCGA TTGT GTG . . . . . C . C . . GTTG . . . . . A C . . . C G TATG T . A AATTGCT . C . . . CT . G . . . . A . . A . . TAATTGCAATGTTC . . . C A TTCGGGTAAAGCGTTA A . A A T T G G . C . . GA . GC . .
blockSeqs : . . TCC . . . . . . . . GT T . . . . . T CTAAAT . A . TC C GCC CCTGATTT . ATTTGAGTATATAATTTGTAAAGTTATATACTCT . T . TCTA GTGT GAG . . . . . C . C . . ATA . . . . . G T . . . A T TGTG G . C AATTGTT . C . . . GC . G . . . . G . . . . . CAATTGCAATTTC . . . G A GTCGTAATG C . C C T T T A . G . . AA . .
blockSeqs : . . TCC . . . . . . . . GC T . . . . . T CTAGT . A . CC T CTT CCTGATTC . TCTTGACTATCATTTAGATACTGTTTTATTCTT . T . TCTT GGGT GTG . . . . . C . A . . A . . . . . G C . . . G A AAGA G . A TATCGCT . C . . . TT . A . . . . T . . . . . TAATTGCAACTTC . . . A A T . A A C T A . . C . . . . .
blockSeqs : . . ATC . . . . . . . . GT T . . . . . A ATACA . A . TC A GCC CTTAATTC . TCTTAATGCCTAATTATAAGTGTTTG . T . ATAC TTGT AG . . . . . A . C . . . . . . . . . T . . . A A AAGG C . C ATCGTT . G . . . AC . G . . . . G . . . . . TAATTGCAACATC . . . A A A . C C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TC . . . . . . . . GA T . . . . . A CTTAA . G . GT C GTC ATAAGTA . GCCAGATTCTTAATGTTTTAT . T . ATAT TTC CT . . . . . C . C . . . . . . . . . A . . . A A AAT G . G CATTG . T . . . GC . G . . . . G . . . . . TAAATGTAACTA . . . G T .
blockSeqs : . . TC . . . . . . . . GA A . . . . . A AAT . A . GC C TCG ATTGATT . GCCTGATTCTAAATAATTGAT . A . ACAC TG AT . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . CA . . T TACA . C . . . TT . . . . . . G . . . . . TAATTGA . . . . A
blockSeqs : . . TC . . . . . . . . AT T . . . . . A C . A . CT C ATT CCA . GTATTATTCTAAATACTTGAT . T . ATAC TC CT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T CA . . . . . GT . . . . . . G . . . . . AATTCT . .
blockSeqs : . . TC . . . . . . . . . A . . . . . . . . . A C . TC . AAGTCAAATTCTTTATTCG . C . TCC C T . . . . . A . T . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . TT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . CC . TCTTAATGCTTGAT . . . . G A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . CC . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TC***** AT**** ATG********* ***** G* NATG**** TAATTGCAACTTC**************************** TGTCGGTAAAGCGTCGGTG************************* ***** ***
originalCons : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--T--CC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---TTA-T------CGT-T----T--AGT---T-----A-AA-T-T--A---A-TGTTT-TAT-----A-TGTT--CTT-AT-CATTT----GTNCAC---AATTTGCATA--AT--TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAA-----T-G---AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT----GTTC--AATG-TA----T----TTTA--AATAGAAAATG-CTN--A--G-TGTTTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTTA-TGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-GAATCTTA--GC-T-A-A-TT------T-------AAT-------T------TC--------AATATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTATTTTGAT------AACAGAGGGCGC--------T--TCG----------G---AAN---CG--------AACCGAACCGCATCGCATCA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
finalCons : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-TTC-----T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--T--CC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---TTA-T------CGT-T----T--AGT---T-----A-AA-T-T--A---A-TGTTT-TAT-----A-TGTT--CTT-AT-CATTT----GTNCAC---AATTTGCATAAT----TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTCTTCA--TGC-CAATG---------AATGAT--TAAT-TC----T----T---TAT-----TTC--AATG-TA----T----TTTA--AATAGAAAATG-CTNATG----TGTTTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTAA---T--TCTTAATACGTAATGTGTAATTCTTA-TGCCAATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACAAAA-A--TAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGATGCAA-GAATCTTA--GC-T-A-A-TTTAATTGCAACTTC----------------------------AATATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTATTTTGAT------AACAGAGGGCGCTGTCGGTAAAGCGTCGGTG-------------------------AACCGAACCGCATCGCATCA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 222222222222 222222222222222 1111111 111111 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 22222 1111111 111111111 444444444444444444 222222222222 111111 11111111111111 1111111 111 1 111111 3333333333333333333333333333 4444444444 11111 11 11111 111111 111
lowQualScore : 3 3 6666666 6 3 3 3 8888888 8888888 2 9999999 666666666666 333333333333333 44 3 44 3 4 3 8888888 44 2 1 44 888888 4 7777777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6666 2222222 6 2 00000 8 33 2 77777 33 777777 0000000 111111111 44 3 333333333333333333 44 8888888 3 999999 555 3 3 222222222222 3 777777777 1 1 2 3 666666 2 3 3 2 44444444444444 3 1 6666 0000000 555 44 66 3 3 1 3 999999 44 3 7777 3 55 111 55 3 0 3 88 6666 88 44 55 44 4 55 2 55 444444 3333333333333333333333333333 1111111111 1 22222 2 1 2 888 3 6 5 22 5 5 44444 444444 77 444 0 4
lowQualScore : . . ....... . . . . ....... ....... . ....... ............ ............... .. . .. . . . ....... .. . . .. ...... . ....... ........................................................................................................................ .... ....... . . ..... . .. . ..... .. ...... ....... ......... .. . .................. .. ....... . ...... ... . . ............ . ......... . . . . ...... . . . . .............. . . .... ....... ... .. .. . . . . ...... .. . .... . .. ... .. . . . .. .... .. .. .. .. . .. . .. ...... ............................ .......... . ..... . . . ... . . . .. . . ..... ...... .. ... . .
lowQualScore : 1 1 8888888 2 1 1 1 7777777 7777777 9 3333333 333333333333 111111111111111 22 1 22 6 0 5 2222222 66 2 8 66 000000 7 7777777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555 9999999 2 9 11111 6 99 9 99999 99 777777 8888888 666666666 66 3 666666666666666666 66 1111111 3 666666 888 3 3 222222222222 3 222222222 7 4 3 7 777777 5 3 3 1 00000000000000 1 4 5555 0000000 444 22 66 1 1 0 3 777777 66 3 7777 6 00 333 00 6 9 6 66 9999 66 22 00 99 0 00 0 00 111111 2222222222222222222222222222 6666666666 4 55555 9 4 2 000 4 5 0 11 0 0 11111 444444 33 000 8 6
consensus : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AGTTCAAAA--T--CC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---TTA-T------CGT-T----T--AGT---T-----A-AA-T-T---A---A-TGTT---T-TAT-----A--TGTT--CTT-AT-CATTT----GTNCAC---AATTTGCATA--AT-TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTC------T-TCA--TGC-CAA-----------T-G---AATGAT--T---A---AT-TC------T---TTAT-T-TC-----AA-T-G-T-A----T----TTTAAATAGAAAATGCTN-A-TGTGT-TTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTA-------A---T--TCTTAATACNTAATGTGTAAT-TCTTA-TGCCA-ATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACA--AAA-ATAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGA--TGCAA--GAATCTTA--GC-T-A-A--TT--T-AATTGCAAC--TT-CAA--TATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTA--TTTTGAT------AACAGAGG----GC-----GC------T-GT-C-GGTAAAGCGTCG--A--CGAACCGAACCGCATCGCATCA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
Reference ( family-2452 ) : TGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-ATT-TCTTAATT-CTAAATGATT--AATTCAAAA--T--CC--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-TAAA-TGCT----TGA---TTA-T------CGT-T----T--AGT---T-----A-AA-T-T---A---A-TGTT---T-TAT-----A--TGTT--CTT-AT-CATTT----GTNCAC---AATTTGCATA--AT-TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------AAATTC------T-TCA--TGC-CAA-----------T-G---AATGAT--T---A---AT-TC------T---TTAT-T-TC-----AA-T-G-T-A----T----TTTAAATAGAAAATGCTN-A-TGTGT-TTA-TTNTNATCGCT-------TA-ACT----CTTA-------A---T--TCTTAATACGTAATGTGTAAT-TCTTA-TGCCA-ATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACA--AAA-ATAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGA--TGCAA--GAATCTTA--GC-T-A-A--TT--T-AATTGCAAC--TT-CAA--TATTCCA-AATTACA-TT--TTCGTA--TTTTGAT------AACAGAGG----GC-----GC------T-GT-C-GGTAAAGCGTCG--G--TGAACCGAACCGCATCGCATCA-----CAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTACCAGGTCTTCTTTACCCGC--GAGAATGGAAGACA-ATA-GGAAAAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTGCCGATATGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATACGAATCCGTTTCGTCATTAA
gi|1 : TGGGAAGCCAACGGG-ATCCTAA-T-T-----T-C-TTGTGT-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------G-TTCAATTGAACCTGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTGTTTCC-ATT-TCTTATTT-CTAAATGATT--AGTTCAAAA--T--CA--TTCATGC----CAAATG--CCTG-----ATTC-CAAA-TACT----TGA---TTA-T------CAT-T----TGCAGTGACT-----G-AA-T-T---AC--A-TATT---T-TAT-----A--TGTT--CTT-GT-CATTT----GTACAC---AATTTGCATAC-AT-TTTTA-T--C-TTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------ACATTC------T-TCA--TGC-CAA-----------TTG---AATGAT--T---A---AT-TC------T---TTATAT-TC-----AA-T-G-T-A----T----ATTAAACAGAAAATGCCT-A-GGTTT-TTA-TTCTGGTCACT-------TA-ACT----CTAA-------A---G--TCTTAATACCTAATGTGTAAT-TTCTA-TGCCA-GTTAATATTTCTGTCTTGC----AAACA--AAT-ATAGAACTCGCTAT----GAATTGTG-GGA--TGCAA--AAATCTTA--GC-T-A-A--TT--T-------AAC--TT-CAA--TATTCT--AATTACA-TT--TT-GTA--CTTTGAT------TACAGTGT----GC-----GC------T--T-C----AAACC----------AAACAGAACCGCATCATGTCACAAATCAAATGCATGCAATACACTAGCCAAAATGTACGACAGCACCGTTCACGAGGTCTTCACTACTGGC--GATAATTGTTGACA-ATA-GGAACAA-AGATGCTCTTGAG-CTTTAA---ACAT------TAGAAAAGCTACCAATATGCTTGGCTTGTATTTTTCTCGTATGTTTTATATGAATCTGTTTCGTCATCAA
gi|10 : AATGCT-A-------AC-------TCACAA-------AT---------G-TTCAATTGAATAAGTTTAATGT---A-----------TA--CTAT--TTTTATTCCT-ATT-TCTTCATC-CTAG-TGATT--AGTTCAAAG--T--TT--TT-----------AATG--TC-------------AAA-TGCC----AGA---TT---------C----------------------------T-T---A---A-TGTT---T-TAT----------------T-AT-CAATT----GTATAA---AATTTCTATA--GTGTTTTA-T--T-CTT----ACT--TT---T--TATGTCTTAGTTGTAAATGAT-------AAATTA------G-TCA--TGC-CA------------------AATGAT--T---A---AT-TCTATTTTT---TTAT-T-T------AA-T-A-T-G----T----TTTAAATAGAAAATGCT--------T-TTC-TTTTCATTG-------------------CTTA-------A---T--TCTTAATACAAAATGAGTAAT-TATTA-TTTCA-ATTGCT-------------------ACA--AAA-ATAGAAATCACAAT----AAATTGTG-GGA--TGCAA--TGCTCTTA--GC-TAA-A--TT--A-AATTGCAATTATT-AAA--TATTTCA-AATTGCA-TT--TTCGTA--TTTTGAT------TACAGA-A----GC-----GA------T-GTCC-AGTAAAGC-TCA--A--TG
gi|11 : tGAATGCCAACGGG-GTCAAAA-T-T---C-TTC-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TGA-------ATTATAGAAAAG-TTCAATTGATTATGCGAAATGC---T-----------TA--AT-T--CTT------T-ATT-CCT--------------------TT-------T--TC--TTAATGC----CAAATG--A-TA-----AGTA-TAAAATTCT----TAA---T-----------GC-C----T--AAT---T-----A------T---A---AGTGTT---T-------------G------------ATT---------------ATTTACATA--GTGTTTTA-T--T-TTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGCTCTAAATGAT-------AAATTC------T-TCA--TGC-CA------------------AATGAT--T---A---AT-TA------TTTGTTAT-T-TC-----TA-T-A-T-A----T----TTTGAATAGAGATTACTA-A-GGTG----------------T-------TG-ACT----CTTA-------A---T--TCTCAATACGTAATGTGTAAT-TCTTA-TGTTA-ATTGTTATTACTGTCTTGTGTCGGAACA--AAA-ATAGAAATCACCAT----GAATTGTA-GGA--TACAA--CAATCTTA--GC-TAA-A--TT--T-AATTGAAAT--TT-TAA--Ttgttttcctagattacgtcattagcttcgaatgatgccagtgcgtacctggcggtgacatagggataac
gi|12 : TGGAAAGTCAACGAA-GGCAAAA-T-T---CGT-C-TTGT-T-CAGTGCGTA-------AT-------------------------------G-CTTAGTTACATATGTTCA---T---T-----------TG--AA-TAACTTAATGTAT-AAT-TCTTTATT-C-----GGTTCTATTTCTTAA--T-------TCAT--------AATG--ATTG-----ATT--TAAA-----------------A--------------------AGT---C-----A-AA-T-T-----------CT---T-TAT-----------T--CGT-AA-TGCTT----GATTAC---------CAT----T-TCTTA-T--T-CTT----TAT--TT---C--TATTTCTAAGTTCTTATTGAT-------AGATTC------T-TCA--TGC-CA------------------GATAAT--T---A---AT-TC------T---ATAT-T-TCTT---AA-T-A-T-A----T----TTTCAATAGAAAATGCTT-ATTATGT-TTA-TTATAATTGTT-------TA-TCT----CTTA-------ACTCT--TCTTAGTACATATTGTGTGAT-GCGTA-Ttacatcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgtt
gi|13 : aACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT-C-GTGT-T-AAATGCTTATTTCTAAAT-------TC-TGA-------AT---------G-TTCAATTGAACATGCTTAATGT---T-----------TACTAT-G--CTTT
gi|14 : ccctacggggcttTGGAAAACCAATGGG-GCAAAAA-T-T---C-T---TCAT-TCAAATGCTTA--------T-------TC-TAA-------AT-------------------AATA-----AATGT---T-----------CA--AT-T--CTTTATTCCT-GTT-TCTTAATT-TTAAATGATA--AATTCAAAT--T--TC--TTAATAT----AAAATG--CTTT-----ATTC-TAAA-TGCT----AAA---TTG-T------CAT-T--------GG---T-----G-CA-C-T---A-------TT---TGTAT-----AC-TGTT---TT-AT-TCTTT----ATTC-C---TATTT-CATGCCAT-TTCTA-TTGT-CTT----CAT--CT---C--Tccataaaacattttttaaaaaacgaataccgacatatctccggtattatgtaatttatactccatgtctttatttttttaaatcgatcgatttatcagataagtgctaccaatgatcacattcaccaaacaaattgcaataaccaa
gi|15 : taGCTAACGCG-GTAAACA-TAT---T-T-C-TTGT-T-AAATATTTA-------AT-------TA-TAC-------AT----------------TTGTATATGCTTAATGT---T-----------TA--AT-T--CTTTTTTCTT-AAT-TTTTAGTT-CAAAATAGTA--AGTTTAAAA--T--CC--TTAATAC----CAAATG--CCTG-----ATTT-TAAA-TATT----TGA---GTA-T------A--------T--AAT---T----------TGT---A---A-AG-----T-TAT-----A--TACT--CTTAATGCATTTCTTAGTTCGA---AA--TG-ATA--A------A-T--T-CTT----CAA--AC---C--TATCGCTTAACTTTTAATcataatatcaaataattatgtt
gi|16 : TGGAAAGCCAACAAA-GTCAAAA-T-T---CCT-C-ATAC-C-CAAAGCTTA-------AT-------TC-TTA-------AT---------GATTTAGTTGAATATGCTTAATGTCTCT-----------TA--AT-T--ATTTATTCCT-ATT-TCTTTATT-CTAAATGA-T--AAATCAAAA--T--TC--ATCATGC----CAAATG--ATTA-----TTTCTTTAC-TTCT----TGATACTTA-C------TGT-T---------T---T-----A-AACT-C---AGATA-TGTT---A-AAT-----G--TGTT--CTT-AT-tactgtttct
gi|17 : aAACCGCATCGCATCA-----CAACTGCATGTAATACACTGGTTTAAATGTAAGATAGCATCGTTAACCAGATTTTCTTC----------------AAGACA-ATA-TGAAAAATAGAAGCTTTTGAG-CTTC--------T------GAAAAAA--TGCCGACATGTTTGGTTTCTACATTTC---T-------------ATCCGTTTCACCATTAtgtaacagcacac
gi|18 : TGAAAAGCCGACGGG-GTCAAAA-T-T---CCT-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------ATCTTAAATTC-CAA-------AT---------G-ATCAGTTGACTATGTTTAATGT---A-----------TA--AT-T--CTTTATTCCT-Atttc
gi|19 : TATAATCACT-------TACATTAAAACTT------------T--TCTTTACACCTTATGTGTAAT-TCGTA-TGCAA-ATTTCTATTTCTGTCTTGT----GAACA--AAA-ATAGAAggcttaaaaacaata
gi|2 : aaatattgtaatcaagGGAAAGCCAACGGG-GTCAAAA-T-TGCAC-T-TATTTT-T-AAATGCTTA-------AT-------TG-TAATTACAAAAT---------G-ATCAATTGAATATGCTTAATGTAG-TACAAAAAAACATG--AT-T--CTTAATGCTTGATTATCTTTAGT-ATACA--ATT----TT---AG--T--GT--TTTATCT----TAAATG--TCTGTCTTAGTTC-TAAA-TGAT----AAG---TTATT------CGTGTCAAAT--AAT---T-----A-AA---C---A---G-TGTT---T-
gi|2 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaTAATTACAAAATGATC--AATTGAATA--T--GC--TTAATGTAGTACAAAAAAACATG-----ATTC-TTAA-TGCT----TGA---TTA-T------C-T-T----T--AGTA--T-----ACAA-T-TTT-A---G-TGTT---T-TATCTTAAA--TGTC----T-GT-C-TTA----GTTCTA---AAT--G-ATA--AG-TT--A-T--T-CGTGTCAAATAATTAAACAGTGTTTATTA---C--AATGGT-------ATATAC------C-TTA-------AA-----------T-A---GACGATGCT---T---ATGTG------T---TTAT-T-AC-----AA-T-GGT-A----TACACCTTAAATAGACGATGCTT-A-TGTGT-TTA-TTATAGTCACTACACTCTTA-ACT----GTTA-------A---T--TCCTAATACGCTATGTGTAAT-TCTTA-TGTCG-ATTGCTATTTCTGTCTTGC-----AACA--AAA-ATAGAACTCGCTAT----GTATTATG-GGA--TTCAA--AAATCTTA--ACTT-A-A--TT--C-AATTGCAAT--TT-CAA--TATTTCA-TATTACA-TT--TTCGTA--TTTAAGT------AACAGAGT----GT-----AT---------T-CGGGTAAAGCGT-------TAAACTGAACCTCATTGCATC--------------------ATACTAGCAAAAATGTACGATAGCACCGTTTACTAGGTATTCTTTACTCAT--GAGAAT-GAAGACA-attacaatggtatataccttaaatagacgatgcttatgtgtttattacaatggtatacaccttaaatagacgatgcttatgtgtttattatagtcactacactcttaactgttaattcctaatacgctatgtgtaattcttatgtcgattgctatttctgtcttgcaacaaaaatagaactcgctatgtattatgggattcaaaaatcttaacttaattcaattgcaatttcaatatttcatattacattttcgtatttaagtaacagagtgtattcgggtaaagcgttaaactgaacctcattgcatcatactagcaaaaatgtacgatagcaccgtttactaggtattctttactcatgagaatgaagaca
gi|20 : attgatattcattttctaaaattacactgttgttaattttgaaatatcctggatcacaaggaaagccaacggggtcaaaattgcacttatttttaaatgcttaattg-AGATGCTCTTGAT-CTTTAA---ATAT------GAG-AAAGCTGTCGATATGCTTGGTTTG
gi|21 : agacaatacaaacgcttttTGAAAAGCCAACAGG-GTCAAAA-T-------T-C-TTCT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------AT---------aatttattcc
gi|22 : taTGGAAAGTCAACAAG--TCGAAA-T-T---C-TTC-TTGT-T-AAATGCTTA-------TT-------Ttatgacaagaacaat
gi|3 : a-T----T--A-T---T-----A-AA-T-TCTTA---A-TGCTAAAT-TAC-----AAATGTT--C-------AATT----G--------AATATGCGTA--AT-GTTTAAT--T-CTT----TAT--TC---T--TATTTCTTAGTTCTAAATGAT-------TAATTCAAAATCTGCCA--TGC-CAAA----------T-G---CCTGAT--TCTAA---AT-TC------T---TGAC-TATC-----A------------------TTTAGATAC----TGTTTTA-T-TCT-TTA-TTTCTTTTTCT-------TA-GTT----CTAATTGTTTTA---T--TCTTAATACCGAAAGTGTAATGTATAA-T-CCACA--GCACCCTCTGTTATCA----AAATATGAAA-ATGTAATT-----T----GAAATATT-GAAGTTGCAATTAAAT-TAA--GC-T-A-AAATT--C---TTGCATC--TCACAAAACATAGCT-AGTTCTA-TT--TTTTTG--TTC--GC------AACACAGAAATAGCAATTGGT------T-TC-C-AGTAATGCGTCGTAA--TGAACTATATAGCACCGCATCA-----CAAATGCTTGCAAAACACTAACCAAAATGTACGATGGCACCATTTATTAGGCCTGCTATACCTGCTTTAGAATGGAAGAAA-ATATGGAAACA-AGATGCTCTAGAG-CTTTAT---ATACACGTTGGAGAAAAGTAGCTGATGTGCTTGGTTTGTACATTTC---TATGTTTTATATGAATCCATTTCGTC
gi|4 : atagaaagccatcgggtcaaaattcttcA---TTA-T-------GT-T----T--TGT---T-----A-AA-T-T----------------C-TAA-----A--TGCTAACTT-A--CATAT----GTTCAATTGAATATGCTTA---C-GTTTA-T--TTCTT----TAT--TC---A--TATTTCTTAATTCTAAATGATTCCTTTAAAATCC------G-CCA--TCC-CAAATTCCTGATTAT-A---AATGCT--T---GGATAT-CG------T---TTGT-A-TC-----AT-TTG-TTA----T----TCTTAAT------TTCTT-C-TATTTCTTAGTTCTAATTGCT-------TT-ACT----CTTA-------A---T--TCCTAATACTTAATGTGTACT-ACTTAATAT---ACGGCGCCCTCTGTTAT---------CA--AAGTACGAAACT-G-TATTTTGGAATATTGAGGT--TGCAAT-AAATATTT--GC-T-A-A--------AATT----C--TT---G--CATCCCACAATTATAGCTAGTTC-TA--TTTTTGTTCGCAAGACAGAAA----AA-----GCAATCGAT-GT-CCGGTAAAGCGTCG--AGCTGAACCAAACAGCACCGCATCA-----CAAATGCATAAAATACCCAATCCAAAATGTACGATAGCACCGTTTATTAGGTATT-TTTGTCCGC--GAAAATGGAAAACA-ATACGAAAAAA-ATATGCTCTTTAGTTTTTAATACATAT------TAGAGAA------AATA---------TGTACAATTC---TATGTTTTATATGAATCCGTTTCGTCATTAAg
gi|5 : atgaaaagccatcggtgtcaaaAATGCTAA-------AT-------TA-CAA-------AT---------A-TTCAATTAATTATGTTTACTGT---A-----------TA--AT-T--CTTTATTTCT-ATC-TCTTAATT-CTTAA-GATT--AGTTCAAAT--TTTCA--TTCATGT----CAAATG--CC-------------AAA-T-----------------T------C----------------------------T-T---A---A-TGCT---T-GAT----------------T-AT-CATTT----GTATAC---AATTTGTATAG-AG-TTTTA-T--T-CTT----AAT--TT---C--TATTTCTTAGTTCTAAATAAT-------AAATTA------T-TC---TTC-TAA------------------ATGAT--T---A---AT-TC------T---ATAT-T-TCTGTTTAA-T-A-A-A----T----TTTGAATTGAAAATACTT-G-TGTGT-TTA-TTATAATTGTT-------TA-ACT----CTTA-------A---TATTCTTAATATACAATGTGTAAT-TCGTA-TGCCA-ATTGCTATTTCTGTCTTGC----GAACA--AAA-TTAGAACTCGCTTT----GAATTGTG-GGA--TGCAA--TAGTCTTA--GC-T-A-A--TT--TAAAACACAAT--TT-CAA--GATTCCA-AATTACA-TT--TTTCAA--TTTTGAT------AACAGAGG----GC-----GC------T-GC-C-t
gi|5 : ctttttgatcaacccttATGCATGAAATACACTGGTCAAAAAGTACAATAGCATCGctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtatgcatgaaatacactggtcaaaaagtacaatagcatcg
gi|6 : ctttttgatcaacccttaatgctaaattacaaatattcaattaattatgtttactgtataattctttatttctatctcttaattcttaagattagttcaaattttcattcatgtcaaatgccaaattcttaatgcttgattatcatttgtatacaatttgtatagagttttattcttaatttctatttcttagttctaaataataaattattcttctaaatgattaattctatatttctgtttaataaattttgaattgaaaatacttgtgtgtttattataattgtttaactcttaatattcttaatatacaatgtgtaattcgtatgccaattgctatttctgtcttgcgaacaaaattagaactcgctttgaattgtgggatgcaatagtcttagctaatttaaaacacaatttcaagattccaaattacatttttcaattttgataacagagggcgctgccctgtgttacttcagattacgtgattagctctgatttatgtcagtgcgtacctagtggtacaacaatggctaaagctccaaaccaaaacgtCAACGGG-GTCAAAACT-T---T-T-C-TTGT-T-AATTG--------------------------------------------------ATTTAATATAATTAATGT---G-----------TA--AT-T--C
gi|6 : tTAATT----AATGTGT--AATTCAAAAGTT--CCCATTCATTC----GA---G--CC-------------AAA-TGCC----TGA---TT-----------------------C---T-----A-AA-T-----A---A-T-------------------TG----ATT-AA-CAATT----GTATAT---AATGTGTATA--CT-GTTTAAT--T-CTT----AAT--TC---C--TATTTCATAGTTTTAAACGAT-------AAATTC------T-TCA--TGC-CAAA----------T-G---AATGGA--T---C---AT-TA------T---TTAT-T-TC-----TA-T-G-T-AATATT----TTTAAATAGCAAATACTA-A-GATGT-TTA-TTCTTATCGCT-------TT-AGT----TTTA-------A---T--TCGTAATAAGCGGTATGAAAT-TCTTA-TGCCA-ATTGCCATTTCTGTCTTGC----GAACA--AGA-ATAGAACTCGCTAT----GAATTGTA-AGA--TGCAA--GAATCTTACGGC-T-ATA--TT--T-AATTGCAAC--AT-CAA--TATTCCA-ACATATA-TT--TTCGTC--ATTTGAT------AACAAAGG----GC-----GT------T-GTCC-GAGAAAGCGTCG--AACCGAACCGAACCGCATTGCATCA-----CAAATGTATGCAATACACCAACTAAAATGCACAATAACACCGTTTATCAGGTCTTCTATACCTGT--TAGAATAGAAGACA-ATA-CGGAAAA-TGATGCTCTTCAG-CTTTGA---ATAT------aaaagttcccattcattcgagccaaatgcctgattctaaataattgattaacaattgtatataatgtgtatactgtttaattcttaattcctatttcatagttttaaacgataaattcttcatgccaaatgaatggatcattatttatttctatgtaatatttttaaatagcaaatactaagatgtttattcttatcgctttagttttaattcgtaataagcggtatgaaattcttatgccaattgccatttctgtcttgcgaacaagaatagaactcgctatgaattgtaagatgcaagaatcttacggctatatttaattgcaacatcaatattccaacatatattttcgtcatttgataacaaagggcgttgtccgagaaagcgtcgaaccgaaccgaaccgcattgcatcacaaatgtatgcaatacaccaactaaaatgcacaataacaccgtttatcaggtcttctatacctgttagaatagaagacaatacggaaaatgatgctcttcagctttgaatatt
gi|7 : tcaacggggtcaaaacttttcttgttaattgatttaataCAAA--AT-TCTTC-T--T-GTT----AAA-----------ATTT--TAATGCTAAATTAC-------AAAGT-------T-TCAATTGAATAA-----------T-GTTTAATGTG--T---A---AT-TT------T---TTAT-T-CT-----AA-C-T-T-A----T----T---AGTTCAAAAT---C-A-T------TA-TTGTCA-------------A-ATG----CCTG-------A---T--TCTTAATGCTTGAT-TATCAT-T--TG--GCCA-ATTTCTATTTCTGTTTTGC----AAACG--AAA-ATAGAACTCACTAT----GAATTGTG-AGA--TGCAA--GAATTTTA--GC-CAA-A--TT--T-AATTGCAATG-TT-CAA--TATTCCA-AATTACA-TT--TTCATA--TTTTAAT------TATAGAGG----GC-----AC------T-GT-CGGGTAAAGCt
gi|7 : atggaataccatcgtggtT--TGCGTACCTTGTGGT------AACTGAA--------------------T-G----GGTAAAAC-TC------CGAACCGAACTGCATTGC-TGA-----CAAATGCCTGAAATACACTGGTCAAAATGTATAATAGCATCATTTACCTGACATTTTTTACCTGT--GATAATGGAAGACACACT-GAAAAAT-AGAAGCTCTTGAG-CTTT--------T------GAGAAAAGATGCCGACATGCTTGGTTGGTACATTTC---TATATTTTATACAAATCCATTCCACCATTAAtgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgattgcgtaccttgtggtaactgaatgggtaaaactccgaaccgaactgcattgctgacaaatgcctgaaatacactggtcaaaatgtataatagcatcatttacctgacattttttacctgtgataatggaagacacactgaaaaatagaagctcttgagcttttgagaaaagatgccgacatgcttggttggtacatttctatattttatacaaatccattccaccattaat
gi|8 : atggaataccatcgtggtcaaaattcttcttgttaaaattttaatgctaaattacaaagtttcaattgaataatgtttaatgtgtaattttttattctaacttattagttcaaaatcattattgtcaaatgcctgattcttaatgcttgattatcatttggccaatttctatttctgttttgcaaacgaaaatagaactcactatgaattgtgagatgcaagaattttagccaaatttaattgcaatgttcaatattccaaattacattttcatattttaattatagagggcactgtcgggtaaagctgaatgtgtttccctagatggcatcattaactctgaTCATAT----TAAATA--CTTA-----ATTC-TAAA-TGTTCGTTTGA---ATA-TGCTAAATGT-T----T--AAT---TCTTGAA-AA-A-T---AC--G-TGTT---T-TAT-----A--TGCG--ATT-GT-CATTT----GTACAC---AATGGGTATA--GTGTTTTA-T--C-TTT----AAT--TT---T--TAGAACTTAGTTC----------------------------------------------------T-G---AATGAA--A---A---AT-TC------T---TCAT-G-TC-----AAAG-G-T-A----T------------GA-----TTA-A-T-TCT-TTA-TTTCTA---CA-------TA-A-------TTT-------A---T--TCGAAATAAA-AATGT-------CTTA-TT----ATTCTTAGTTCTGTCTTGT----GAACA--TAA-ATAAAACTCGCTAT----GAATTGTG-AGA--TGCAT--GATTCTTA--GC-T-A-AA-TT--T-AAATGTAAC--T--AAA--CATTTCA-AATTACA-TT--TTCACA--TTTTGAT------AATACAGG----GC-----GC------TAGT-C-AGTAAATGGTCG-------AACCGAACAGCATAACATAA-----AAAATGCATGCAATACACTAGCAAAAGCGTACGACAGCACCGTTTACCTGGACTTCTTTACCCGT--GAAAGTATAGGAGA-ATA-CGAAAGA-AGCTGCTCTTGAG-CTTTAA---ATAT------GAGAAAAGCTAACCATATGCTTTGTTTGTt
gi|9 : gtgaacttttcTGAAAAGGCAGCAAGTGT--AAA-TAT---C-T-C-TTGT-T-AAATGCTTA-------AT-------TC-TAA-------ATTCTAAAT--G-TTCAATTGAATATGTTGAATAT---T-----------TC--AT-T--ATTTATTTCT-ATT-TC---------------TT--AATTCTAAA--T--A------AT-------AAGTG--CC-------A-----AAA-TGT-------A---TTA-T--------T-C----T--A----------------------A---A-TACT---T-GAT----------------T-AC-CACTT----GTATAC---AATTTGTATT--CT-GTTTAAT--T-CTT----TAT--TT---A--TATTTATAAGTTCCAAATGAT-------AAATTC------T-TCA--TAC-CCG-----------TTG---AATGAT--T---A---AA-TC------T---TTAT-T-TCTGTTTAA-C-A-T-A----T----TTTAAAAAGAAAATACCA-A-GGTGT-TTA-TTTT-ATCGTT-------TA-ACT----CTTG-------A---T--TCTAAATACGTAATGTGTAAT-GCTTA-TACCA-ATTGTTATTACTGTCGTGC----GATCA--GAA-ATAGAAATCGCTAT----GAATTGTT-GGA--TGCAG--GCATCTTA--GC-T-A-A--ATACT-AATTGCAAC--TT-CAA--TATTC----ATTACA-TT--TTTGTA--TTTTGATA-----AACAGgaacttgtttc