lowQualScore : 11 222222 1 2222222222 1 11111111111 66666666666 1111111111111 1 1 11111 111111 333333333333 11 222 333333333333333333 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 88888888888888888888888888 11 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 1111111111111111 222222 222222222 1111 66666666666666666666 1 333333333 1 2 1
lowQualScore : 3 3 8 6 2 44 4 6 3 3 99 1 0 3 333333 2 4 3333333333 3 2 44 3 66666666666 5 4 33333333333 2222222222222 3 7 2 7 5555 0 55 00000 4 8 666666 66 222222222222 77 22 66 000 222222222222222222 3 44 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 222222222 3 3 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888888 88 1111 3 5 3 66666666666666666666666666 2 8 0 3 99 3 11 1 44 555 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 5 555 4 666666 7777777777777777 777 555 000000 33 1 000000000 1 1 77 0 333 0000 1 55555555555555555555 22 222 5555 2 5555 9999999 2 2 3 6 4 6 3 000000000 55 0 8 8 2 0 55 0
lowQualScore : . . . . . .. . . . . .. . . . ...... . . .......... . . .. . ........... . . ........... ............. . . . . .... . .. ..... . . ...... .. ............ .. .. .. ... .................. . .. . .................................................................. . ......... . . . ................................................... ........ .. .... . . . .......................... . . . . .. . .. . .. ... ........................................................ . . ... . ...... ................ ... ... ...... .. . ......... . . .. . ... .... . .................... .. ... .... . .... ....... . . . . . . . ......... .. . . . . . .. .
lowQualScore : 9 3 8 7 8 22 4 8 1 1 55 8 4 5 222222 9 8 0000000000 3 7 66 3 33333333333 9 8 00000000000 5555555555555 3 1 2 8 5555 4 55 00000 8 9 777777 11 000000000000 00 22 11 666 888888888888888888 3 00 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 222222222 3 3 5 111111111111111111111111111111111111111111111111111 88888888 55 9999 1 7 1 33333333333333333333333333 8 6 5 1 99 1 55 5 22 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 6 000 6 444444 1111111111111111 999 000 444444 99 7 444444444 0 5 33 6 999 8888 5 11111111111111111111 88 888 4444 1 8888 4444444 4 5 7 2 4 8 3 555555555 00 3 6 6 9 0 00 0
consensus : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGGCATTTTA-----ATTAAAAATGCCGGGAAT--CAT-A---TTATAT-AAT--TCCTGAAGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATACAT------A---TATATAC----A--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCAT-AA--A-AAAA--CAAG----AG----AGGNAATATGTTCT--GAT--CT-ANCTAA------------------ANTANATATAAAC-----T--AA--GGA--TAG----AAT----------A--AAAATT---ACTA---G-GA--GNCNATGAGG--------AAT-TA-GGGTGGTGG--------T-----G------G----AAATN----AGA-A---A------TGGTGACTCG---AA--A----AAA-TGCCACGTC-AA----GT----N-----T----C-TTGAGCATACGGTCAGA-A-CTG-AGAAACTGACTGGTT--ACCNCGTTCTG---T---T---A----T--T---TG-GGTCG---AGCG------CGT-T--CTT-TGCCCGGGNACC---AGTANAT-----NAAAGGTGAC---GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CT--NTACCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TTAC---A---TAT---CA-TA--TAA--ACTAC-AT----TTATGT-TACTTCGG--A-------TTT-AATAAAT-GATAAACAACGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACAACAAAACACGA--NG--TAAGTTGAAATGGGCATTTT-AA-T-TAAAAATGCCGGGAAT--TATATTATA
Reference ( gi|4 ) : GTTACTTCAGATTT-AATGAAT-GATGAACAATGGATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACATGATGTAAGTTGAAATGGGCATTTTT-----ATTAAAAAGGCCGAGAAT--TAT-C---TTATAT-ATT--TCCTGAAGAG-A---------T-ACATTAATTGCCAATACAT------AATTTATATAC----A--------TCAAAACATATCTTGGCATACCAAACTGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCAT-AA--A-ACAA--CAAG----TG----ACGTAATATGTTCT--AAT--CT-GACTAA------------------AATATATATAAAC-----T--AT--GGA--TAG----AAT----------A--AAAATT---ACTA---A-GA--GCCCATAAGG--------AAT-TA-GGGGGGTGT--------T-----G------G----AAATA----AGA-A---A------TGGTGACTCG---AA--A----AAA-TGCCATGTC-AA----G-----A-----T----C---AAGTATACAGTCAGA-A-TTG-AGAAACTGACTGGTT--ACCTTGTTCTG---T---T---A----T--T---TG-AGTCA---AACA------CAG-T--CAT-TGCCCGGGAATC---AATATAT-----TAAAGGCGAC---GCAG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CT--ATACCAGCCGGAATAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TTAC---A---TATG--CA-TG--TAA--ACTAC-AT----TTATGT-TACTTCAG--A-------TTT-AATAAAT-GATGAACAACGAATAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGTA-ACAACAAATCATGC--TG--TAAGTTGCAATGGGCATTTT-AA-T-T-AAAATGCCGGGAAT--TATTTTATAC
gi|7 : GTTACTTCGGATTT-AATACAT-GATGAACAATGAGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-AAA-ACAAAATATGATGTAAGCTGAAATGGTCATTTCA-----ATTAAAAATGCCGGAAAT--TAT-C---TTATAT-ATT--TCATGAAGAC-A---------T-ACATTAA-TACCAATACA-----------TATATAC----A--------TCAAAACATATCTGGGAATACAAAACTGCCAGAT--ACAAAGTAA--TAAAACAAGCAT-AA--A-ACAG--CAAA----AG----AGGTACAATGTTCT--AAT--CT-GACTAA------------------AATATATATAAAC-----T--AA--GGC--TAA----AAT----------A--AAAACA---ACTA---G-GA--GACCATTAGG--------AAT-TA-GGGTGGTGT--------T-----A------GAGTAAAATT----AAA-A---A------TGGTGACTCG---AA--A----AAA-TGCCACGTC-AA----AT----A-----T----CCTTGAGTATCCGGTCAGA-A-ATA-AGAAACTGACTTGTT--ACTGCGTTCTG---T---T---ATTACT--T---TG--GTCG---AGCG------CA-----CAT-CGCCCGGGAACC---TATATAT-----CAAAGGTGAC---AAAT---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CT--ATAACAGCCAGATTAAAACATAAATCCTCATACATGAAATATTTT---ATC----TTAC---A---TA-----------TAA--ACTCC-AT----TTAT
gi|8 : atGTTACTTCGTATTT-AATAAAT-GATGAACATTGAATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAATCACGATGTAAGTTGAAATGGG-ATTTTA-----ATAAAAAATGCCGGGAA-----------TTATAT-AAT--TCCTGAAGAT-A---------T-ACATTAATTACCAATACAT------AAATTATACAC----A--------ACAAAACATATATGGGAATACAAAACCGCCGGAT--ATAAAGTAA--T-----GATCATAAA--A-ACAA--CAAA----TG----AGGTAGTTTGTTTT--AAT--CT-ACCTAT------------------AATATATATAAAC-----T--AA--GGC--TAG----AAT----------A--AAAATT---ACAA---G-GA--TACAATGAGT--------AAT-TA-GGGTGGTGG--------T-----GATGGGTA----AAATT----AGA-A---A------TGGTGACTCG---AA--A----AAA-TGCCTCGTC-AA----GT----A-----T----CCTTGAGTATCCGATCAGA-A-CTG-AGAA----ACTGGTT--ACCGCGTTATGTTAT---T---A----T--T---TG-GGTCG---AGAG------CAC-T--TA----------AAGT---AATATAT-----TAAAGGTGAC---GCCG---AAAGAT---A---T--T--TTGGTAAA---CT--ATACCAGCCAGATTAGAA--------------CATAAAATACTTC---ATC----TTAC---------TG--AATTA--TAA--ACTAC-AT----TTActagatactgttttggttttgcctgaactttagattatattgaa
gi|10 : aagacacatagttcttcattatttctcatttctttttatttatGTTACTTCGGATTA-AATAAAT-GATAAACAATGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTATATGGTAAAGATAAA-ACA-ACAAAACACTATGTAAATTGAAATGGGCATTTTA-----ATTAAAAATGCCGGGAAT--TCT-A---TTATAT-AAT--TCCTAAAGAG-A---------TCAAATTAATTGCAAATACA-----------TATATAC----A--------TCAAAAC--ATCTGGGCATACAAAACCTACGAAT--ACAAAGTAA--T-----CAGCATAAA--A-ACAA--CAAA----AG----AGGTAATATGTTCT--AAT--CT-GCCTAA------------------CAGGT-TA-AGAC-----------------TAG----AAT----------C--AAATTT---ACAA---G-GA--ACCCATGAGG--------AAT-TA-GGATGGTG---------------G------G----TAATA----TGA-AAATA------TGGTGACTCG---AA--A----AGA-TGCCGCGTC-AA----GT----A-----C----CCTTGGGTATATGGTCAGA-A-CCT-AGAAACTGACTGGTT--AACGCATTCTA---T---T---A----T--TATCTG-GGTTG---AGCG------CAC-TTCCA-----CCGGGAACC---AATATAT-----TAAAGGTGAC---GCCGAATA---AT---A---T--T--TTGGTAAT---CT--ATACCGGCCAGAATAGCACATAAATTCTCGTATATAAAATACTTT---ATC----T
gi|2 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgatattgtGTTACTTCGGATTT-AATAAAA-GATTGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGTTGTGATTGGCATTTTA-----ATTGAAAATGCCGGGAAT--AAC-A---TTATCT-AAT--TCCAGAAGAGAA---------A-ACATAAAACACCCATACAT-------ATATATATAC----A--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--CAAAATTAA--T-----GAATAT-AAATA-AAAA--CAAG----AG----AGGACATATGTTCT--GAA--AT-AGCTTA------------------AGTAAGTA-AAAC-----TGAAA--GCA--AAG----AAG----------ATTAAAATT---AATA---A-AA----TTGTAAAAAAAAAAACAAT-TA-CAAA---AT--------C-----A------T----AAATG----AGG-A---AACAGGGTGGTG--TTGGGTAA--AATCAAAA-TGCCACGTC--A----G-----ACTTCTT----C---CAGCATATGGTTAGA-A-TTG-GGAAA--GACTTG-T--ACCTCATTCTA---T---TTAAA----A--A---TG-GGT-A---AGC---------G-T--TCTATGCCCGGGTACCAGTAATAAAT-----TAAGAGC-------CGG---AT--AT---A---A--T--TTAGTAA-----T--TTACAGGCCGAAACAGAACATAAATCTTCATATAT-AAATATTTTTTGATC----TTTC---A---TA-----------TAA--ACTTC-AT----TTAT
gi|5 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatggttatGTCACTTAAGATTT-AATAAAT-GATAAACAATGATTGGGATCGGCTGAAGTCGCGTGTATGGTATAGATGTAGACA-CCAAGA-ACGCTG---GT----ATGTGCATTTTA-----ATTAAAAATACCGGGAAT--CAT-A---TTATAT-AAT--TGCTGAAAAA-A---------T-ACATTAAATACAAATACATATAAAAAAATAATATAC----A--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCTGATAAAAAAAATAA--T-----GATCGT-AA--T-A-AA--CAAGAT--TG------GAAGTATGTTCT--GGC--AT-ATCTAA------------------ACTAAATATAAAC-----TTAGTCAAGATTTAGCTTTAATCTGAAGTGGAA--AAAATG---AATA---A---------ATGAGG--------AAA-TA-GGGTGGCGG--------T-----G------G------GTT----AAA-A---G------T----------------A----AAA-TGTCACGTC-AATCTTC-----C-----T----C---GAGAATACGGTTAGA-A-CTG-GTTAACTGACTGGTT--ACCACATTCTT---T---TC--A----TAAT---TG-GGTTA------G------CGT-T--CTT-AGCCCGGGTACC---AGTATAT-----AAAACTAGAT---GCCG---A---ATATAA---T--T--TTGG--GA---TC--CTACCGGCCACATCAGAACTTAAATTCTCATACATAAAATACTTT---GTC----TTTC---A---TAT---C--------A--ACTAC-AT----TTAc
gi|1 : ttttgcctatatactggttttccttttcagagttataaatatcgttactcgattgtatttaataatttatGTTACTTTGGATTT-GATAAAA-GATAGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCATTTGTATGGTGAAGATGCA-ACA-ACAAAACACCAATTAAGTTGTAATGGGCATTTTA-----ATTTAAAATACCTGGAAT--TAT-A---TTATCT-AAT--TCCTGAAGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATACAT------A---TATATACACAAA--------TCAAAACATATCTAGGCATAAAAAACTGCCAGAT--AAAAAATAA--T-----GAACAT-AA--A-AAAA--TAAG----AG----AGGACATATGTTCTGAAATACCTCAACTAAGTAAAACTTAAGGCATATAATATATATATATATATAT--AT--AAA--TAT----AA-----------A--AAAATT---TTT------------TTTTCAAG--------AAA-TA-GGGTGCTGG--------T-----G------G------GTA------A-A---A------T--T-------------A----AAA-TGCCGCGTC--A----GTCTTCC-----T----C---TAGCTTAGGGTTAGATA-TTGTAAAAA--GAC---TTAAACCTCACTCTA---T---TG--A----T--CAA-TG-AGT-A---AG---------AGTT--CTT-TGCCCGGGTACC---AGTATATATAAATAAAAGC--C---GAAT---A---AA---A---T--T--TT-GTAA-----T--CTACCGGCCGCAACGGACCATCAA-CCTCTTACATAAAAACCTTT---GTT----TTTC---A---TA-----------TAA--ACTTC-ATA---TTATAT-TG--TTAT--A-------TT---ATCAAT-GAccgaatgtcgaaaggtatttcatatacaatcaaattgtgt
gi|6 : gtatttgcaaaatttatggaaatttttttttcaataaaatgatcatttatctaaaatagttgttgatctattatttgctatgaacatcgcagcataccattgtaattgtatcaaaaaatttcagtactttatcacagtattaatcattacaaattgagtatcttattttacttgttataaataatctaaaaatgaaatgaaaaaatgaaatgaatcttaaagtgacatgaaattcttggaaagccaagtaaagtgtgaggacttttttcaactcgggtctaacgtgattaaaaaactaccgttgggcactagcaataaaaatatattattcataaaaatgtattaaataaataaaataatcaaaataacatttaaGTTATTTCGGATTT-AATAAAA-GATAGACAACGTTAAAGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAAATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGTTAGTTGTAATGTACATTTTA-----ATTTAAAATGCCGGGAATAACATGC---TT---T-AAT--TCCAGAAGGG-A---------A-ACATTAAATACCAATACAT------A---TATATAA----A--------TCAAAAGATATCTGGGCATACAAAACCACTAGAT---CAAAATAAACT-----GA-CAT-AA--ATAAAAACCAAG----AG----AGGACATATGTTCT--GAA--AT-ACCTAA------------------GCTAAGTA-AAAC-----T-------GA--AAGC---AAA----------G--AAAATTAGAATTA---ATGA--AATTGTAAAA--------AATATA-ATTTAATATTATATTTGT-----G------G----AAATA----GGGTG---G------CGGTGGGTAT---AATTA----AAA-TGCCACGTC-AATTTTC-----C-----T----C---TAGCTTACGGTTAGA-A-ATG-GGAAA--AACTGG-T--ACCTCACTC---------T---A----T--A---TA-AAACAGGGAAAG------CAT-T--CTT-TGTACGGGTACC---AGTA-AT-----TAAGATAGAA---GCCG---A---AT---A---TGAT--TTAGT--A---TT--TTACCGGCAGCAAAAGAACATAAATC------CATAAAAACCTTT---ATC----TTTC---A---TATA--C-----------ACTTC-AT----TTATGTATGATTCAA--ATGAATCCTTT-AAGAAAT-ctttgactatttaattcattatata
gi|9 : atacagaggtattattctgaagaactgaccaattaaataagtatgtttatGTTACTTCCGGTTT-AATAAAT-GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTA-CCA-ACAAAATACCATGTAAGTTGAAATGGGCATTTTA-----ATTAAAAATGCCGGGAAT--ACT-A---TTATAT-AAT--TCCTGAAGAG-ATAGTATTATT-ACATTAATTATCAATACAT------A---TATATAC----ATCAAAAATTCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCtcaataaat
gi|3 : catcatatcagatttgttatccaattacaaggtaaggtcgtataagttgtctttatGTTACTTCTGACTA-AATAAAAAGATACACAACGATTAGGATGG-------------------TAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGCAAGTTGCCATGGGAGTTTTA-----ATTTAAAATGCCAAGAAT--AAC-A---TTATCT-AAT--TCCAGAAGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATACAT------A---TATATAT----------------AAACATATCTTGGCATAAAAAACCGCCAGAT--TAAAATTAA--T-----GGACAT-AACTA-AAAA--CAGGAATATGTTCAACAT-ATATGTTCTCAAAT--CC---CTAG------------------ACTAAATA-AAAC-----TGAAA--GCA--AAGAA--AAT----------T--AGAATT---AATA---A-AATTGTAAAAAAAA--------AAT-TACAAAAATTAT--------TTTTGAG------G----AAATAGAGTGGC-A---A------TGG-G---CA---AA--ATTG-AAA-TGCCTAGT--AA----GCCTTCC-----T----C---TAGCTTACGGTTAGA-A-CTG-AGAAA--GACT-ATT--ACCTCACTC---------T---A----T--T---TA-A---A---AATAGGTAAGCGT-T--CTT-TGCCCGGGTATC---AGTAAAT-----AAAATATAA----GCCG---A---AT---A---TTAT--TTAGTAA-----T--TTACCGGCCGAAACAGAACAAAAATCCTCAAACATAAAAACCTTT---ATA----TTTC---A---TA-----------TAA--ACTTC-AT----TTACGT-catgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
gi|15 : acttagttgctgacatcacctttaggtttattttaaagaagccgacttgcttgtatattgattttGTTTCTTCAGATTTTGATAAAT-AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGGTATTTTA-----ATTAAAAATGACGGGAAT--TAT-TATATTATAT-AAT--TCTTTAAGAG-A---------T-ACATTTACTACAAGTATA-----------TACACAC----A--------TCAAAACATATCTGGGCatgtttatgcgcgtttattggctgttatttttgaatacatcgtctactgttgatcatgtgttgtcttgtttttgtat
gi|27 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgcctacatcaaatgttttatcaagtttaaactttgaatgaataacaattatgatgtagttatGTTACTGCATATTT-AATACAT-GATGAACAATAAATAGGATGGACCGAAGT
gi|21 : ttatTACTTCGGATTT-GAT-AATAGATAAACAACGAATAAAATGGACCAAAGTCGCCTGTATGGTAAA-ATTTA-ACA-ACAAAACA
gi|16 : aaaacactaaaagatccattataaGATGAACTGAAGTCGCTTGTAAGGTAAAGATATA-ACA----AAACATGATGTTAGTTGAAATGGGCATTTTA-----ATTAAAAATGCAGGGAAT--CAA-A---TTATAT-GAT--TCCTGAAGAG-A---------T-ACATTAATTACCAATACA-----------TATATAC----A--------GTAAAGCATATCTGAGCATACAAAACCGTC------ACAAAGccaagtatcttaacgtgacgtgtggctttaatataa
gi|11 : GTA-GCATACAAAACAT--TG-AAAT----ATGATCATCTTTTAATAACTAAAAAGGTGAGGAAT--CAT-A---TTATATCATTCTTCCAACAAAG-G---------T-ACATTAATTACCTATGCAT------A---TATTTAC----A--------TGAAAGCATATCTGGGAATACAAAACCACCATAT--ACAAAACAA--A-----GAGCAT-GG--T-A-AG--CAAG----AG----AGGTAATATGATCT--GAT--CT-G-CAGG------------------ACTATGTATAAAC-----T--AA--GGC--CAG----AAT----------A------TT----CTATAAG-GA--GTAAACGAGA--------AAT-TA-GGGTGGTGG--------G-----G------GTTA-AAGTA----A-A-A---C------TGTTGACTCA---AA--A-------------TGTC-AA----G-----C-----TTCCTC---AAGAACAC-GTTAGA-A----------CTAACTGGTT--CCCACGCTCTA---T---T---A----T--TATTTG-GGCTG---AGCA----------T--TTT-TGCCAGGGAACC---AGTAGAT-----AAAATGTAATAATGCGC---G---AT---ACTCT--T--TTGTTATC---TT--TTCCTGGCCAGATCAGAACACAAATATTCATACATAAAATACTTC---ATA----TTAC---A---TA----CA-AA--TAA--AATAT-Actgccagacaaagcaaacagcaaccgcccagacgacagaggtgcatcgtatgttaggaaacagtaaattgtctatgatcatcacgatctgttgtctacgataatcagatatc
gi|25 : aaccacatttaataatgcttgataagtaaaaacaggcacagtttggaaatgatcatgtgatatgggaagttttcaaaatttgAATTACCAATACAT------A---TATATAC----A--------TCAAAACATATCTGGGCATAC----CT----GAT--ACACAGTAA--T-----GAGCatatt
gi|13 : --GGC--TAG----AAT----------A--AAAATG---ACTA---G-AA--GCCCATGAGA--------AAT-TG-AGGTGATGG--------T-----G------GGTA-AAATT----A-A-A---A------TGGTGACTCG---AA--A----AAAATTCCACGTCTGC----T-----A-----T----CTTTGAGTATCCGGTCAGA-A-CTG-AGAAACTGACTGGTT--AACGCATTCTG---T---T---A----T--T------ATTTG---AGCG------CAT-T----T-CGACCGGGAACC---AATATAT-----TAAAGGTGAC---GCTG---A---AT---AACAT--T--TTGGTTAA---CT--ATACCAGCCAGATAAGAACATTAATCCTCGTACATAAAATACTTT---ATC----TTAC---A---TA-----------TAA--ACTAC-A------TATG---ACTTTGC--AT------TTT-AGTTTGT-GATTTATAACGAA
gi|12 : a--TAG----AAT----------T--AAACTA---AATA---G-AA--GTTAATGAGA--------AAC-TA-AGTTGGTGG--------T-----A------GGTA-AAATT----AGA-A---A------TGGCGACTGG---AA--A----AAA-ATCTACGTC-AA----GTTTA-A-----T----C---GAGAATACGGTGATA-ACTTG-A-AAACTGACTGGTT--ACCC-GCTCTG---TAATT---A----C--T---TGTAG--A---GA-A------CGT-T--CTT-TGCCAGGGAACC---AGTAGAT-----AGCATATAAT---ACGG---A---AT---A---T--T--TTTTTGAAATTTT--TTCTCGGCCAGATCAGAACATAATTCCTCATATATAAAATACTTT----------TTAT---------TG--CA-TA--GAA--ACTAC-A-----TAATAT-TATATCAA--A-------Tcta
gi|9 : ag--GCCCATGAGG--------AAT-TA-GGGTGGTGG--------T-----G------GGAC-AAATT----AAA-A---A------TGGAGACTCA---AA--A----AAA-TGCCACATC-AA----GT----A-----T----CCTTGAGTATACGACCAGA-A-CTT-AGAAACTGATTGGTC--ACCGCATTCTA---T---T---A----T-------A-AGTC------CA------C---T----T-CGCCCTGGAACC---AATACAT-----AAAAGTTGAC---ACCG---A---AT---A---ACAT--TTGGTAAC---CTCTATACCAGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TTAC---AG--TA-----A-TA--TAA--GCTAC-AT----ATATGcaaacatattaatatgtttcaaatatgctagcaacatagcaactaatactgagtttataatattattgtgatttattacaa
gi|22 : catcatatcagatttgttatccaattacaaggtaaggtcgtataagttgtctttatgttacttccggtttaataaatgataatcaatgattaggatggaccgaagttgcttctatggtaaagatgtaccaacaaaataccatgtaagttgaaatgggcattttaattaaaaatgccgggaatactattatataattcctgaagagatagtattattacattaattatcaatacatatatatacatcaaaaattcaaaacatatctgggcatacaaaacc-----G------G----AAATA----GGGCG---G------TGGTGGTTAA---AATAA----AAA-TGCCACTTC-A-----GTCTTCC-----T----C---TCGCTTACGGTTAGA-A-CTT-GGAAAAAGACTTAT---ACCTCATTCTT---T---TT--A----T--AAA-TG-GGT-A---AGCG------T---T--CTT-TGCCCGGGTACC---AATATAgacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
gi|18 : ta-TGCCCGGGTACC---AGTAAATAAGA-TAAAAG--AC---G------A---AT---A---T--TATTTAGTAA-----T--TTACCGGCCGAAACAGAACATTAATCCTCA-ACATAAAA-ACCT-----TT----TTAT---------TT--CA-TA--TAA--ACTTC-AT----CAGTAT-CA-TTC-GCTA-------TTT-AACAAA
gi|23 : ---GCCG---A---AT---A---TAAT--TTTGTAAT---CT--AT--CGGCCGTAACTGAACATAAA-CCTCATACATAAAAACCTTT---ATC----TT---------------CA-TA--TAA--AC-----T----TCATAT-TTCTCAAGT-A-------TT---ATAAAT-caaactaattgtatgtaaaattcaataaaacaattcataaaacgttttagcatctgattgttttaatgcaa
gi|26 : aaTAGCAGCCATATTAGAGCATAAATCCTCATACATAAAGTACTTT---ATC----TTAC---A---TA-----------TAA--ACTAC-cactttgatgtatttaactgataatatat
gi|15 : TACATCAAATGTTTT---ATCAAGTTTAA---AC--TTTG--AA-TGAATAACAATTATGATGTAGTTATGT-TTCTTCAG--A-------TTTTGATAAAT-AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACA-ACAACAAAACACCA--AG--TAAGCTAAAATGGGTATTTT-AA-T-TAAAAATGACGGGAAT--TATTATAT
gi|9 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgccTT---ATCCAA-TTAC---AAGGTAAGGTCG-TA--TAA--GTTGT-CT----TTATGT-TACTTCCG--G-------TTT-AATAAAT-GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTA-CCAACAAA--ATACCATG--TAAGTTGAAATGGGCATTTT-AA-T-TAAAAATGCCGGGAATACTATTATATAtatataattctttaagagatacatttactacaagtatatacacacatcaaaacatatctgggc
gi|5 : catcatatcagatttgT---ATCG---TTACTCGA---T-TG--TA-TT--TAA----TA--AT----TTATGT-CACTTAAG--A-------TTT-AATAAAT-GATAAACAATGATTGGGATCGGCTGAAGTCGCGTGTATGGTATAGATGTAGACACCAAG-AACGC--TG-----GT----ATGTGCATTTT-AA-T-TAAAAATACCGGGAAT--CATATTATAattcctgaagagatagtattattacattaattatcaatacatatatatacatcaaaaattcaaaacatatctgggcatacaaaaccgcccatgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
gi|3 : ttttgcctatatactggttttccttttcagagttataaaTG--CT-TG--TAT--ATTG--AT----TT-TGT-TACTTCTG--A-------CTA-AATAAAAAGATACACAACGATTAGGATGG-------------------TAAAGATGTA-ACAACAAAACACAA--AG--CAAGTTGCCATGGGAGTTTT-AATT-T-AAAATGCCAAGAAT--AACATTATtaattgctgaaaaaatacattaaatacaaatacatataaaaaaataatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaaccgcctgataaaaaaaataatgatcgtaataaacaagattggaagtatgttctggcatatctaaactaaatataaacttagtcaagatttagctttaatctgaagtggaaaaaatgaataaatgaggaaatagggtggcggtgggttaaaagtaaaatgtcacgtcaatcttcctcgagaatacggttagaactggttaactgactggttaccacattcttttcataattgggttagcgttcttagcccgggtaccagtatataaaactagatgccgaatataattttgggatcctaccggccacatcagaacttaaattctcatacataaaatactttgtctttcatatcaactacatttaccgaatgtcgaaaggtatttcatatacaatcaaattgtgt
gi|1 : acttagttgctgacatcacctttaggtttattttaaagaagccgactAA--ATAAC-AT----TTAAGT-TACTTTGG--A-------TTT-GATAAAA-GATAGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCATTTGTATGGTGAAGATGCA-ACAACAAAACA--C--CAATTAAGTTGTAATGGGCATTTT-AATT-T-AAAATACCTGGAAT--TATATTATctaattccagaagagaaacattaaataccaatacatatatatataaacatatcttggcataaaaaaccgccagattaaaattaatggacataactaaaaacaggaatatgttcaacatatatgttctcaaatccctagactaaataaaactgaaagcaaagaaaattagaattaataaaattgtaaaaaaaaaattacaaaaattatttttgaggaaatagagtggcaatgggcaaaattgaaatgcctagtaagccttcctctagcttacggttagaactgagaaagactattacctcactctatttaaaaataggtaagcgttctttgcccgggtatcagtaaataaaatataagccgaatattatttagtaatttaccggccgaaacagaacaaaaatcctcaaacataaaaacctttatatttcatataaacttcatttacgtatgtttatgcgcgtttattggctgttatttttgaatacatcgtctactgttgatcatgtgttgtcttgtttttgtat
gi|6 : gtatttgcaaaatttatggaaatttttttttcaataaaatgatcatttatctaaaatagttgttgatctattatttgctatgaacatcgcagcataccattgtaattgtatcaaaaaatttcagtactttatcacagtattaatcattacaaattgagtatcttattttacttgttataaataatctaaaaatgaaatgaaaaaatgaaatgaatcttaaagtgacatgaaattcttggaaagccaagtaaagtgtgaggacttttttcaactcgggtctaacgtgattaaaaaactaccgttgggcactagcaataaaaatatattattcataaaaatgtattaaataaataaaataatcaA--AGTAT-GT----TTATGT-TATTTCGG--A-------TTT-AATAAAA-GATAGACAACGTTAAAGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAAATGTA-ACAACAAAACACAA--AG--TTAGTTGTAATGTACATTTT-AATT-T-AAAATGCCGGGAAT--ctaattcctgaagagaaacattaaataccaatacatatatatacacaaatcaaaacatatctaggcataaaaaactgccagataaaaaataatgaacataaaaaaataagagaggacatatgttctgaaatacctcaactaagtaaaacttaaggcatataatatatatatatatatatataaatataaaaaaatttttttttcaagaaatagggtgctggtgggtaaaattaaaatgccgcgtcagtcttcctctagcttagggttagatattgtaaaaagacttaaacctcactctattgatcaatgagtaagagttctttgcccgggtaccagtatatataaataaaagccgaataaaattttgtaatctaccggccgcaacggaccatcaacctcttacataaaaacctttgtttttcatataaacttcatattatattgttatattatcaatgactttgactatttaattcattatata
gi|8 : atacagaggtattattctgaagaactgaccaattaaat-AT----TTATGT-TACTTCGT--A-------TTT-AATAAAT-GATGAACATTGAATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACAACAAATCACGA--TG--TAAGTTGAAATGGG-ATTTT-AA-TAA-AAAATGCCGGGAAT--TATaacatgctttaattccagaagggaaacattaaataccaatacatatatataaatcaaaagatatctgggcatacaaaaccactagatcaaaataaactgacataaataaaaaccaagagaggacatatgttctgaaatacctaagctaagtaaaactgaaagcaaagaaaattagaattaatgaaattgtaaaaaatataatttaatattatatttgtggaaatagggtggcggtgggtataattaaaatgccacgtcaattttcctctagcttacggttagaaatgggaaaaactggtacctcactctatataaaacagggaaagcattctttgtacgggtaccagtaattaagatagaagccgaatatgatttagtattttaccggcagcaaaagaacataaatccataaaaacctttatctttcatatacacttcatttatgtatgattcaaatgaatcctttaagaaattcaataaat
gi|10 : aagacacatagttcttcattatttctcatttcttttt----TTGTGT-TACTTCGG--A-------TTA-AATAAAT-GATAAACAATGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTATATGGTAAAGATAAA-ACAACAAAACACTA--TG--TAAATTGAAATGGGCATTTT-AA-T-TAAAAATGCCGGGAAT--TCTATTATAataattcctgaagatatacattaattaccaatacataaattatacacaacaaaacatatatgggaatacaaaaccgccggatataaagtaatgatcataaaaacaacaaatgaggtagtttgttttaatctacctataatatatataaactaaggctagaataaaaattacaaggatacaatgagtaattagggtggtggtgatgggtaaaattagaaatggtgactcgaaaaaatgcctcgtcaagtatccttgagtatccgatcagaactgagaaactggttaccgcgttatgttattatttgggtcgagagcacttaaagtaatatattaaaggtgacgccgaaagatattttggtaaactataccagccagattagaacataaaatacttcatcttactgaattataaactacattta
gi|2 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgata----TTATGT-TACTTCGG--A-------TTT-AATAAAA-GATTGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAGATGTA-ACAACAAAACACCA--AG--TAAGTTGTGATTGGCATTTT-AA-T-TGAAAATGCCGGGAAT--AACATTATtaattcctaaagagatcaaattaattgcaaatacatatatacatcaaaacatctgggcatacaaaacctacgaatacaaagtaatcagcataaaaacaacaaaagaggtaatatgttctaatctgcctaacaggttaagactagaatcaaatttacaaggaacccatgaggaattaggatggtgggtaatatgaaaatatggtgactcgaaaagatgccgcgtcaagtacccttgggtatatggtcagaacctagaaactgactggttaacgcattctattattatctgggttgagcgcacttccaccgggaaccaatatattaaaggtgacgccgaataatattttggtaatctataccggccagaatagcacataaattctcgtatataaaatactttatct
gi|21 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatgg----TTATAA-TACTTCGG--A-------TTT-GATAATA-GATAAACAACGAATAAAATGGACCAAAGTCGCCTGTATGGTAAA-ATTTA-ACAACAAAACActaattccagaagagaaaacataaaacacccatacatatatatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaaccgccagatcaaaattaatgaatataaataaaaacaagagaggacatatgttctgaaatagcttaagtaagtaaaactgaaagcaaagaagattaaaattaataaaattgtaaaaaaaaaaacaattacaaaatcataaatgaggaaacagggtggtgttgggtaaaatcaaaatgccacgtcagacttcttccagcatatggttagaattgggaaagacttgtacctcattctatttaaaaatgggtaagcgttctatgcccgggtaccagtaataaattaagagccggatataatttagtaatttacaggccgaaacagaacataaatcttcatatataaatattttttgatctttcatataaacttcatttatc
gi|27 : aaaacactaaaagatcca----TTATGT-TACTGCAT--A-------TTT-AATACAT-GATGAACAATAAATAGGATGGACCGAAGTccaagtatcttaacgtgacgtgtggctttaatataa
gi|7 : ATGT-TACTTCGG--A-------TTT-AATACAT-GATGAACAATGAGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-AAAACAAAATATGA--TG--TAAGCTGAAATGGTCATTTC-AA-T-TAAAAATGCCGGAAAT--TATCTTATA
gi|16 : GATGAACTGAAGTCGCTTGTAAGGTAAAGATATA-ACAA--AA-CATGA--TG--TTAGTTGAAATGGGCATTTT-AA-T-TAAAAATGCAGGGAAT--CAAATTATAtatttcatgaagacatacattaataccaatacatatatacatcaaaacatatctgggaatacaaaactgccagatacaaagtaataaaacaagcataaaacagcaaaagaggtacaatgttctaatctgactaaaatatatataaactaaggctaaaataaaaacaactaggagaccattaggaattagggtggtgttagagtaaaattaaaaatggtgactcgaaaaaatgccacgtcaaatatccttgagtatccggtcagaaataagaaactgacttgttactgcgttctgttattactttggtcgagcgcacatcgcccgggaacctatatatcaaaggtgacaaataatattttggtaaactataacagccagattaaaacataaatcctcatacatgaaatattttatcttacatataaactccatttatctagatactgttttggttttgcctgaactttagattatattgaa
gi|10 : GGCATTTTTAA-T-T-AAAATGCCtgattcctgaagagatacattaattaccaatacatatatacagtaaagcatatctgagcatacaaaaccgtcacaaagctgccagacaaagcaaacagcaaccgcccagacgacagaggtgcatcgtatgttaggaaacagtaaattgtctatgatcatcacgatctgttgtctacgataatcagatatc
gi|2 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgatattgtgttacttcggattaaataaatgataaacaatgaataggatggaccgaagtcgcttatatggtaaagataaaacaacaaaacactatgtaaattgaaatgGGCATTTTCAA-T-T-AAAATGCCgggaattctattatataattcctaaagagatcaaattaattgcaaatacatatatacatcaaaacatctgggcatacaaaacctacgaatacaaagtaatcagcataaaaacaacaaaagaggtaatatgttctaatctgcctaacaggttaagactagaatcaaatttacaaggaacccatgaggaattaggatggtgggtaatatgaaaatatggtgactcgaaaagatgccgcgtcaagtacccttgggtatatggtcagaacctagaaactgactggttaacgcattctattattatctgggttgagcgcacttccaccgggaaccaatatattaaaggtgacgccgaataatattttggtaatctataccggccagaatagcacataaattctcgtatataaaatactttatct
gi|9 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatggttatgttacttcggatttaataaaagattgacaacgattaggatggaccgaagtcgcttgtatagtaaagatgtaacaacaaaacaccaagtaagttgtgattGGCATTTTTAA-T-T-AAAATGCCgggaataacattatctaattccagaagagaaaacataaaacacccatacatatatatatacatcaaaacatatctgggcatacaaaaccgccagatcaaaattaatgaatataaataaaaacaagagaggacatatgttctgaaatagcttaagtaagtaaaactgaaagcaaagaagattaaaattaataaaattgtaaaaaaaaaaacaattacaaaatcataaatgaggaaacagggtggtgttgggtaaaatcaaaatgccacgtcagacttcttccagcatatggttagaattgggaaagacttgtacctcattctatttaaaaatgggtaagcgttctatgcccgggtaccagtaataaattaagagccggatataatttagtaatttacaggccgaaacagaacataaatcttcatatataaatattttttgatctttcatataaacttcatttatc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAATCATGATACACATATTTACAAAATTTATGAAACACAACTAATTCATGTTAAAATGATCATTTATCTAATATAATTATTGATCTTTACTTTGCTATGAACAATAGAAAGCCATTATATCACAAAATTTCAGTACCTAATCACAGTATTGATCATTACAAATTGAGTACCTTATTTTACTTAAATACCTATAATTACTTATAGTTTATAAGTTGAAAAAATAAGCTAAAGATGAAATAAAAGTGAATCGTAAAGTGAAATGAAATGCTTGGAATGCCCGGTCCAAAGACTTATTTCCACTCAGGGGTTCATATAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTTTTATTCAGCATGTATGTCATACAGTATATAAACGAATACAAAATTAATGTATACATGTATAAAATATGGCTATTTACATTAAAACGATTATTTATCTAAAAAATTATTGATCTATACATTGCTATGAACATCACAGAATATATCACAAAATTTCAGTCCATCGTTTAGTACCTTATTGTACTTATTTACTTACCATTAATAGTTTGTA
Unaligned ( gi|19 ): AATGCATAGTTACATACTGGTACCCCACCCATATATTACTTTAATACTTAATATTATTGATAGGTCATAGGTTTGAAAAAAAATACGCTAAAACTGAAATAAAAGTGAATCTTAAAGTGATACAAAACAGTCAAGCCAGAGGACTTATTTCTACTGGGGTCCATTATAACATGAATGCATCCTTTAAATATGTTGCTTTTTAATAA
Unaligned ( gi|20 ): CATGTATACATATCTTGACAAAAATATGAAAACAGATTATTACATTAAAATATTCATTTATCTCTACAACATCAAGTGTCATTATATTACAATATTTCAGTACATTATCACAGTATTTATAATTATTTAACAATTTAGTAACCTAATATTTAACTTGAATACTTATTATTCGTAGTACATACAGT
Unaligned ( gi|24 ): TTTATTCAATATACATATCATACAGTATATAAACACATATTATATGTTCAAAATTTATGAAAAACAGCTAATTATACCAAAATTATCATTTATCTAAAATAATTATTGATCTATATTTTGCCATGGACACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111111 11111111 11 11111111 3333333333333333333 2222222222222222222222222 1111 44444444444444444444 111111 111111111 22222222222222 111111111111 11111111111 4444444444444444444444 1111111 2222222222 11111 6666666666666666 1111 11111111111 222
lowQualScore : 3 44 0 0 3 3 4 2 0 44 44 555 555 5 44 3 3 44444444444 3 555 2222222222222 66666666 3 44 55 99999 3 0 11 4 8 55 4 33333333 55 8888888888 1111111111111111111 2 2 7 4444444444444444444444444 1111 33333333333333333333 9999999 0 111111 6666 111111111 33 88888888888888 3 6 2 2 888888 4 444444444444 6666 2 88888888888 77777 2 2 22 99 2 33 3 0 555 6666 555 2222222222222222222222 77 1 444 3 3 11 2 4444444 444 444 0000000000 33 0 99999 1 33 0 1 333 8888 5555555555555555 33 33 33 2 2 2222 3 66666666666 5 99 1 0 2 0 8 1 7 333
lowQualScore : . .. . . . . . . . .. .. ... ... . .. . . ........... . ... ............. ........ . .. .. ..... . . .. . . .. . ........ .. .......... ................... . . . ......................... .... .................... ....... . ...... .... ......... .. .............. . . . . ...... . ............ .... . ........... ..... . . .. .. . .. . . ... .... ... ...................... .. . ... . . .. . ....... ... ... .......... .. . ..... . .. . . ... .... ................ .. .. .. . . .... . ........... . .. . . . . . . . ...
lowQualScore : 6 11 2 3 1 1 0 8 7 22 22 444 444 8 22 1 1 44444444444 8 444 4444444444444 44444444 2 66 00 11111 5 8 00 0 0 55 0 22222222 55 9999999999 0000000000000000000 4 4 2 5555555555555555555555555 7777 99999999999999999999 8888888 2 000000 1111 444444444 99 99999999999999 0 4 9 9 222222 3 777777777777 1111 9 66666666666 44444 2 9 99 33 5 99 8 3 000 6666 000 1111111111111111111111 11 0 777 6 8 88 9 6666666 777 777 7777777777 77 9 55555 0 44 8 0 999 6666 2222222222222222 22 22 22 5 4 4444 6 66666666666 0 22 0 2 5 2 8 0 3 333
consensus : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GA----TCT-ANCTAA------------------ANTANATATAAAC-----T------AAG----GA----TAG----AAT-----------------A--AAAATTACT---AGGA--GNCNATGAGG----AAT---------T--AGGGTGGTGGTG------G----AA-ATTAGA-A-A------TGGTGACTCG---AA--A----AAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT---T---TGGGTCGAG-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAG---TATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TTA----A--------T-C--AT--ATAA--ACTNC-AT----TTATGT-TACTTCG-GA-------TTT-AATAAAT--GATAAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTAACAACAAAACACCANGTAAGTTGAAATGGGCATTTTAATTAAAAATGCCGGGA---ATTATATTATA
Reference ( family-2411 ) : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATCATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GA----TCT-ANCTAA------------------ANTANATATAAAC-----T------AAG----GA----TAG----AAT-----------------A--AAAATTACT---AGGA--GNCNATGAGG----AAT---------T--AGGGTGGTGGTG------G----AA-ATNAGA-A-A------TGGTGACTCG---AA--A----AAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TT-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT---T---TGGGTCGAGCGCGTTCTTTGCCCGGGNACCAG---TANATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TTAC---A---TA---T-C--AT--ATAA--ACTAC-AT----TTATGT-TACTTCG-GA-------TTT-AATAAAT--GATAAACAACGANTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTAACAACAAAACACGANGTAAGTTGAAATGGGCATTTTAATTAAAAATGCCGGGA---ATTATATTATA
gi|1 : GTTACTTTGGATTT-GATAAAA-GATAGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCATTTGTATGGTGAAGATGCA-ACA-ACAAAACACCAATTAAGTTGTAATGGG--CAT--TTTAAT---TTAAAATACCTGGA---ATTATATTATCTAATTC--CTGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATACACAAA----TCAAAACATATCTAGGCATAAAAAACTGCCAGAT--AAAAAATAA--T-----GAACATAA--A-AA-AA--TAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATACCTCAACTAAGTAAAACTTAAGGCATATAATATATATATATATATAT------ATA----AA----TAT----AA------------------A--AAAATTTTT-----------TTTTCAAG----AAA---------T--AGGGTGCTGGTG------G----GT-A----A-A-A------T------T---------A----AAA-TGCCGCGTCA--G--T-CTTCC-TC-TAGCTTAGGGTTAGATATTGTAAAAA--GACT---TAAACCTCACTC---TA---T---TG--AT---CAA-TGAGT--AA-GAGTTCTTTGCCCGGGTACCAG---TATATATAAATA-AA-----A-GCCG---A---ATAAAA---T--T--TT-GTAA-----TCTA--CCGGCCGCAACGGACCATCAA-CCTCTTACATAAAAACCTTT---GTT----TT--------------T-C--AT--ATAA--ACTTC-ATA---TTATAT-T
gi|10 : gtatttgcaaaatttatggaaatttttttttcaataaaatgatcatttatctaaaatagttgttgatctattatttgctatgaacatcgcagcataccattgtaattgtatcaaaaaatttcagtactttatcacagtattaatcattacaaattgagtatcttattttacttgttataaataatctaaaaatgaaatgaaaaaatgaaatgaatcttaaagtgacatgaaattcttggaaagccaagtaaagtgtgaggacttttttcaactcgggtctaacgtgattaaaaaactaccgttgggcactagcaataaaaatatattattcataaaaatgtattaaataaataaaataatcaaaataacatttaaGTTACTTCGGATTA-AATAAAT-GATAAACAATGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTATATGGTAAAGATAAA-ACA-ACAAAACACTATGTAAATTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATTCTATTATATAATTC--CTAA-AGAG-A---------TCAAATTAATTGCAAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAAC--ATCTGGGCATACAAAACCTACGAAT--ACAAAGTAA--T-----CAGCATAA--A-AACAA--CAAAAG-AGG--TA----ATATGTTCT--AA----TCT-GCCTA--------------------------ACAGGT-----T------AAG----AC----TAG----AAT-----------------C--AAATTTACA---AGGA--ACCCATGAGG----AAT---------T--AGGATGGTGG-G------T----AATATGAAA-ATA------TGGTGACTCG---AA--A----AGA-TGCCGCGTCAA-G--TACC--C-TT-GGGTATATGGTCAGA-ACCT-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TA---T---T---AT---TATCTGGGTTGAGCGCA--CTTCCACCGGGAACCAA---TATATTAAAGGT-GA-----C-GCCGAATA---AT---A---T--T--TTGGTAAT---CTATA--CCGGCCAGAATAGCACATAAATTCTCGTATATAAAATACTTT---ATC----Tgttatattatcaatgactttgactatttaattcattatata
gi|11 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgatattgtGTA-GCATACAAAACA---------TTGAAATATGATCATCTTTTAATAACTAAAAAGGTGAGGA---ATCATATTATATCATTCTTCCAACAAAG-G---------T-ACATTAATTACCTATGC--ATA---T---------ATTTACA--------TGAAAGCATATCTGGGAATACAAAACCACCATAT--ACAAAACAA--A-----GAGCAT-G--G-TA-AG--CAAGAG-AGG--TA----ATATGATCT--GA----TCT--GCAGG------------------ACTATGTATAAAC-----T------AAG----GC----CAG----AAT-----------------------ATT-CTATAAGGA--GTAAACGAGA----AAT---------T--AGGGTGGTGGGG------GTT--AA-AGTAAA-A-C------TGTTGACTC--------A----AAA-T-----GTCAA-GC-T-TC--C-TC-AAGAACAC-GTTAG----------AACTAACTGGTTC--CCACGCTCTATTA---T---T---AT---T---TGGGCTGAGCA---TTTTTGCCAGGGAACCAG---TAGATAAAATGT-AATAATGC-GC-----G---AT---ACTCT--T--TTGTTATC---TTTTC--CTGGCCAGATCAGAACACAAATATTCATACATAAAATACTTC---ATA----TTAC---A---TA-----C--AA--ATAA--AATAT-A
gi|12 : aaccacatttaataatgcttgataagtaaaaacaggcacagtttggaaatgatcatgtgatatgggaagttttcaaaatttg----TAG----AAT-----------------T--AAACTAAAT---AGAA--GTTAATGAGA----AAC---------T--AAGTTGGTGGTA------GGTA-AA-ATTAGA-A-A------TGGCGACTGG---AA--A----AAA-ATCTACGTCAA-G--T-TT--AATC-GAGAATACGGTGATA-ACTT-GAAAACTGACTGGTTA--CC-CGCTC---TG---TAATT---AC---T---TG--TAGAGAACGTTCTTTGCCAGGGAACCAG---TAGATAGCATAT-AA-----T-ACGG---A---AT---A---T--T--TTTTTGAAATTTTTTC--TCGGCCAGATCAGAACATAATTCCTCATATATAAAATACTTT---TTA----TTG---------------C--AT--AGAA--ACTAC-ATAATATTATAT-CAatatt
gi|13 : agAG----GC----TAG----AAT-----------------A--AAAATGACT---AGAA--GCCCATGAGA----AAT---------T--GAGGTGATGGTG------GGTA-AA-ATTA-A-A-A------TGGTGACTCG---AA--A----AAAATTCCACGTCTG-C--T-AT--C-TTTGAGTATCCGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TG---T---T---AT---TA--T---TTGAGCGCATT--TCGACCGGGAACCAA---TATATTAAAGGT-GA-----C-GCTG---A---AT---AACAT--T--TTGGTTAA---CTATA--CCAGCCAGATAAGAACATTAATCCTCGTACATAAAATACTTT---ATC----TTA---------------C--AT--ATAA--ACTAC-A------TATG---ACTTTG-CA-------TTT-aatcaaacatattaatatgtttcaaatatgctagcaacatagcaactaatactgagtttataatattattgtgatttattacaa
gi|15 : TACATCAAATGTTTT---ATCAAGTTTAA---A---CT---T-TGAATGAATAACAATTATGATGTAGTTATGT-TTCTTCA-GA-------TTTTGATAAAT--AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACAACAACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGGTATTTTAATTAAAAATGACGGGAATTATTATATTATAtagtttgtgatttataacgaacta
gi|15 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgccGTTTCTTCAGATTTTGATAAAT-AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGG--TAT--TTTAAT---TAAAAATGACGGGAATTATTATATTATATAATTC--TTTA-AGAG-A---------T-ACATTTACTACAAGT----ATA---T---------ACACACA--------TCAAAACATATCTGGGCtaattctttaagagatacatttactacaagtatatacacacatcaaaacatatctgggc
gi|16 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgcctacatcaaatgttttatcaagtttaaactttgaatgaataacaattatgatgtagttatGATGAACTGAAGTCGCTTGTAAGGTAAAGATATA-ACA-A---AACATGATGTTAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCAGGGA---ATCAAATTATATGATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTACCAATAC----A---T---------ATATACA--------GTAAAGCATATCTGAGCATACAAAACCGTC------ACAAAG
gi|18 : TGCCCGGGTACCAG---TAAAT--AAGAT-AA-----AAGACG---A---AT---A---T--TATTTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACATTAATCCTCA-ACATAAAA-ACCTT----------TT-T---A---TT---T-C--AT--ATAA--ACTTC-AT----CAGTAT-CA-TTCGCTA-------TTT-AACAAActgccagacaaagcaaacagcaaccgcccagacgacagaggtgcatcgtatgttaggaaacagtaaattgtctatgatcatcacgatctgttgtctacgataatcagatatc
gi|2 : GTTACTTCGGATTT-AATAAAA-GATTGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGTTGTGATTGG--CAT--TTTAAT---TGAAAATGCCGGGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAGAA---------A-ACATAAAACACCCATACATATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--CAAAATTAA--T-----GAATATAAATA-AA-AA--CAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GA----AAT-AGCTTA------------------AGTAAGTA-AAAC-----TGA----AAG----CA----AAG----AAG-----------------ATTAAAATTAAT---AAAATTGTAAAAAAAAAAACAAT---------TACAAAATCAT---------------AA-ATGAGG-A-AACAGGGTGGTG--TTGGGTAA--AATCAAAA-TGCCACGTCAG-A--C-TT--C-TTCCAGCATATGGTTAGA-ATTG-GGAAA--GACTTG-TA--CCTCATTC---TA---T---TTAAAA---A---TGGGT-AA--GCGTTCTATGCCCGGGTACCAGTAATAAATTAA-----GA-------GCCG---G---AT---A---TAAT--TTAGTAA-----TTTA--CAGGCCGAAACAGAACATAAATCTTCATATAT-AAATATTTTTTGATC----TT--------------T-C--AT--ATAA--ACTTC-AT----TTATcaaactaattgtatgtaaaattcaataaaacaattcataaaacgttttagcatctgattgttttaatgcaa
gi|21 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatggttat----TTATAA-TACTTCG-GA-------TTT-GATAATA--GATAAACAACGAATAAAATGGACCAAAGTCGCCTGTATGGTAAA-ATTTAACAACAAAACACCAAGTAc
gi|22 : aaaacactaaaagatccaAGG----AAA---------T--AGGGCGGTGGTG------G--------TTA-A-A-A------T-------------A--A----AAA-TGCCACTTCA--G--T-CTTCC-TC-TCGCTTACGGTTAGA-ACTT-GGAAAAAGACTTAT-A--CCTCATTC---TT---T---TT--AT---AAA-TGGGT--AA-GCGTTCTTTGCCCGGGTACCAA---TATAtcttaacgtgacgtgtggctttaatataa
gi|23 : t-GCCG---A---AT---A---TAAT--TTTGTAA-----TCTA--TCGGCCGTAACTGAACATAAA-CCTCATACATAAAAACCTTT---ATC----T---------------T-C--AT--ATAA--ACTTC-AT----
gi|25 : aaAATTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATA--------CCTGAT--ACACAGTAA--T-----GAGCatttctcaagtattataaatcactttgatgtatttaactgataatatat
gi|26 : TA--GCAGCCATATTAGAGCATAAATCCTCATACATAAAGTACTTT---ATC----TTA---------------C--AT--ATAA--ACTAC-
gi|27 : ----TTATGT-TACTGCA-TA-------TTT-AATACAT--GATGAACAATAAATAGGATGGACCGAAGT
gi|3 : GTTACTTCTGACTA-AATAAAAAGATACACAACGATTAGGATGG-------------------TAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGCAAGTTGCCATGGG--AGT--TTTAAT---TTAAAATGCCAAGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAT------------AAACATATCTTGGCATAAAAAACCGCCAGAT--TAAAATTAA--T-----GGACATAACTA-AA-AA--CAGGAATATGTTCAACATATATGTTCTCAAA----TC---CCTAG------------------ACTAAATA-AAAC-----TGAAAGCAAA----GAAAATTAG----AATTAATAAAATTGTAAAAAA--AAAATTACA---AAAATTATTTTTGAGG----AAA---------T--AGAGTGGCAATG------G----GC-A----A-A-A------T--TG-----------------AAA-TGCCTAGT-AA-GCCT-TC--C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-ACTG-AGAAA--GACT-ATTA--CCTCACTC---TA---T---TTAAAA---A---TAGGT-AA--GCGTTCTTTGCCCGGGTATCAG---TAAATAAAATAT-AA-------GCCG---A---AT---A---TTAT--TTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACAAAAATCCTCAAACATAAAAACCTTT---ATA----TT--------------T-C--AT--ATAA--ACTTC-AT----TTACGT-
gi|4 : acttagttgctgacatcacctttaggtttattttaaagaagccgacttgcttgtatattgattttGTTACTTCAGATTT-AATGAAT-GATGAACAATGGATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACATGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTTAT---TAAAAAGGCCGAGA---ATTATCTTATATATTTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTGCCAATAC--ATAATTT---------ATATACA--------TCAAAACATATCTTGGCATACCAAACTGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AC-AA--CAAGTG-ACG--TA----ATATGTTCT--AA----TCT-GACTAA------------------AATATATATAAAC-----T------ATG----GA----TAG----AAT-----------------A--AAAATTACT---AAGA--GCCCATAAGG----AAT---------T--AGGGGGGTGTTG------G----AA-ATAAGA-A-A------TGGTGACTCG---AA--A----AAA-TGCCATGTCAA-G----AT--C----AAGTATACAGTCAGA-ATTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCTTGTTC---TG---T---T---AT---T---TGAGTCAAACACAGTCATTGCCCGGGAATCAA---TATATTAAAGGC-GA-----C-GCAG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCGGAATAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TTAC---A---TA---TGC--AT--GTAA--ACTAC-AT----TTATGT-TACTTCA-GA-------TTT-AATAAAT--GATGAACAACGAATAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGTAACAACAAATCATGCTGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATT-AAAATGCCGGGA---ATTATTTTATAatgtttatgcgcgtttattggctgttatttttgaatacatcgtctactgttgatcatgtgttgtcttgtttttgtat
gi|5 : GTCACTTAAGATTT-AATAAAT-GATAAACAATGATTGGGATCGGCTGAAGTCGCGTGTATGGTATAGATGTAGACA-CCAAGA-ACGCTG---GT----ATGTG--CAT--TTTAAT---TAAAAATACCGGGA---ATCATATTATATAATTG--CTGA-AAAA-A---------T-ACATTAAATACAAATAC--ATA---TAAAAAAATAATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCTGATAAAAAAAATAA--T-----GATCGT-A--A-TA-AA--CAAGAT-TGG--AA----GTATGTTCT--GG----CAT-ATCTAA------------------ACTAAATATAAAC-----T------TAGTCAAGATT--TAGCTTTAATCTGAAGTGGA-------A--AAAAT---------GA--ATAAATGAGG----AAA---------T--AGGGTGGCGGTG------G-------GTTAAA-A-G------T----------------A----AAA-TGTCACGTCAATC--T-TC--C-TC-GAGAATACGGTTAGA-ACTG-GTTAACTGACTGGTTA--CCACATTC---TT---T---TC--ATAA-T---TGGGTTA---GCGTTCTTAGCCCGGGTACCAG---TATATAAAACTA-GA-----T-GCCG---A---ATATAA---T--T--TTGG--GA---TCCTA--CCGGCCACATCAGAACTTAAATTCTCATACATAAAATACTTT---GTC----TT--------------T-C--AT--ATCA--ACTAC-AT----TTAc
gi|6 : ttttgcctatatactggttttccttttcagagttataaatatcgttactcgattgtatttaataatttatGTTATTTCGGATTT-AATAAAA-GATAGACAACGTTAAAGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAAATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGTTAGTTGTAATGTA--CAT--TTTAAT---TTAAAATGCCGGGA---ATAACATGCTTTAATTC--CAGA-AGGG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAAA--------TCAAAAGATATCTGGGCATACAAAACCACTAGAT---CAAAATAAACT-----GA-CATAA--ATAA-AAACCAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GA----AAT-ACCTAA------------------GCTAAGTA-AAAC-----TGA----AAG----CA----AAGAA--AAT-----------------T--AGAATTA-----ATGA--AATTGTAAAA----AATATAATTTAAT--ATTATATTTGTG------G----AA-ATAGGGTG-G------CGGTGGGTAT---AATTA----AAA-TGCCACGTCAA-T--T-TTC-C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-AATG-GGAAA--AACTGG-TA--CCTCACTC---TA-------T---ATAAAA---CAGG--GAAAGCATTCTTTGTACGGGTACCAG---TA-ATT-AAGATAGA-----A-GCCG---A---AT---A---TGAT--TTAGT--A---TTTTA--CCGGCAGCAAAAGAACATAAATC------CATAAAAACCTTT---ATC----TT--------------T-C--AT--ATAC--ACTTC-AT----TTATGTATGATTCA-AATGAATCCTTT-AAGAAATTCAATAAAccgaatgtcgaaaggtatttcatatacaatcaaattgtgt
gi|7 : atacagaggtattattctgaagaactgaccaattaaataagtatgtttatGTTACTTCGGATTT-AATACAT-GATGAACAATGAGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-AAA-ACAAAATATGATGTAAGCTGAAATGGT--CAT--TTCAAT---TAAAAATGCCGGAA---ATTATCTTATATATTTC--ATGA-AGAC-A---------T-ACATTAA-TACCAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGAATACAAAACTGCCAGAT--ACAAAGTAA--TAAAACAAGCATAA--A-AC-AG--CAAAAG-AGG--TA----CAATGTTCT--AA----TCT-GACTAA------------------AATATATATAAAC-----T------AAG----GC----TAA----AAT-----------------A--AAAACAACT---AGGA--GACCATTAGG----AAT---------T--AGGGTGGTGTTA------GAGTAAA-ATTAAA-A-A------TGGTGACTCG---AA--A----AAA-TGCCACGTCAA-A--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGGTCAGA-AATA-AGAAACTGACTTGTTA--CTGCGTTC---TG---T---T---ATTACT---TTGGTCGAGCGCA--CATCGCCCGGGAACCTA---TATATCAAAGGT-GA-----C-AAAT---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--ACAGCCAGATTAAAACATAAATCCTCATACATGAAATATTTT---ATC----TTA---------------C--AT--ATAA--ACTCC-AT----TTATt
gi|8 : atGTTACTTCGTATTT-AATAAAT-GATGAACATTGAATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAATCACGATGTAAGTTGAAATGGG---AT--TTTAAT---AAAAAATGCCGGGA--------ATTATATAATTC--CTGA-AGAT-A---------T-ACATTAATTACCAATAC--ATAAATT---------ATACACA--------ACAAAACATATATGGGAATACAAAACCGCCGGAT--ATAAAGTAA--T-----GATCATAA--A-AACAA--CAAATG-AGG--TA----GTTTGTTTT--AA----TCT-ACCTAT------------------AATATATATAAAC-----T------AAG----GC----TAG----AAT-----------------A--AAAATTACA---AGGA--TACAATGAGT----AAT---------T--AGGGTGGTGGTGATGGGTA----AA-ATTAGA-A-A------TGGTGACTCG---AA--A----AAA-TGCCTCGTCAA-G--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGATCAGA-ACTG-AGAA----ACTGGTTA--CCGCGTTA---TGTTAT---T---AT---T---TGGGTCGAGAGCA--CTT-------AAAGTAA---TATATTAAAGGT-GA-----C-GCCG---AAAGAT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCAGATTAGA--------------ACATAAAATACTTC---ATC----TTACTGAA---T----------T--ATAA--ACTAC-AT----TTActagatactgttttggttttgcctgaactttagattatattgaa
gi|9 : aagacacatagttcttcattatttctcatttctttttatttatTT---ATCCAA-TTAC---AAGGTAAGGT-C--GT--ATAA--GTTGT-CT----TTATGT-TACTTCC-GG-------TTT-AATAAAT--GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTACCAACAAAATACCATGTAAGTTGAAATGGGCATTTTAATTAAAAATGCCGGGA---ATACTATTATA
gi|9 : catcatatcagatttgGTTACTTCCGGTTT-AATAAAT-GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTA-CCA-ACAAAATACCATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATACTATTATATAATTC--CTGA-AGAG-ATAGTATTATT-ACATTAATTATCAATAC--ATA---T---------ATATACATCAAAAATTCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCtaattcctgaagagatagtattattacattaattatcaatacatatatatacatcaaaaattcaaaacatatctgggcatacaaaaccgcccatgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
gi|9 : catcatatcagatttgttatccaattacaaggtaaggtcgtataagttgtctttat--GCCCATGAGG----AAT---------T--AGGGTGGTGGTG------GGAC-AA-ATTAAA-A-A------TGGAGACTCA---AA--A----AAA-TGCCACATCAA-G--T-AT--CCTT-GAGTATACGACCAGA-ACTT-AGAAACTGATTGGTCA--CCGCATTC---TA---T---T---AT--------AAGTCCA-------CTTCGCCCTGGAACCAA---TACATAAAAGTT-GA-----C-ACCG---A---AT---A---ACAT--TTGGTAAC---CTCTATACCAGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TTAC---A----G---T-A--AT--ATAA--GCTAC-AT----ATATGcatgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAATCATGATACACATATTTACAAAATTTATGAAACACAACTAATTCATGTTAAAATGATCATTTATCTAATATAATTATTGATCTTTACTTTGCTATGAACAATAGAAAGCCATTATATCACAAAATTTCAGTACCTAATCACAGTATTGATCATTACAAATTGAGTACCTTATTTTACTTAAATACCTATAATTACTTATAGTTTATAAGTTGAAAAAATAAGCTAAAGATGAAATAAAAGTGAATCGTAAAGTGAAATGAAATGCTTGGAATGCCCGGTCCAAAGACTTATTTCCACTCAGGGGTTCATATAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTTTTATTCAGCATGTATGTCATACAGTATATAAACGAATACAAAATTAATGTATACATGTATAAAATATGGCTATTTACATTAAAACGATTATTTATCTAAAAAATTATTGATCTATACATTGCTATGAACATCACAGAATATATCACAAAATTTCAGTCCATCGTTTAGTACCTTATTGTACTTATTTACTTACCATTAATAGTTTGTA
Unaligned ( gi|19 ): AATGCATAGTTACATACTGGTACCCCACCCATATATTACTTTAATACTTAATATTATTGATAGGTCATAGGTTTGAAAAAAAATACGCTAAAACTGAAATAAAAGTGAATCTTAAAGTGATACAAAACAGTCAAGCCAGAGGACTTATTTCTACTGGGGTCCATTATAACATGAATGCATCCTTTAAATATGTTGCTTTTTAATAA
Unaligned ( gi|20 ): CATGTATACATATCTTGACAAAAATATGAAAACAGATTATTACATTAAAATATTCATTTATCTCTACAACATCAAGTGTCATTATATTACAATATTTCAGTACATTATCACAGTATTTATAATTATTTAACAATTTAGTAACCTAATATTTAACTTGAATACTTATTATTCGTAGTACATACAGT
Unaligned ( gi|24 ): TTTATTCAATATACATATCATACAGTATATAAACACATATTATATGTTCAAAATTTATGAAAAACAGCTAATTATACCAAAATTATCATTTATCTAAAATAATTATTGATCTATATTTTGCCATGGACACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111111 11111111 11111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222222222 111111111 44444444444444444444444444444444444 22222222222 44444444444444444444444 1111111 2222222222 11111 444444444 1111 2222222 1 333
lowQualScore : 3 44 0 0 3 3 4 2 0 44 44 555 555 2 44 3 44444444444 3 3 1 2222222222222 33 66666666 6 44 55 99999 3 0 55 99 8 55 4 33333333 55 8888888888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 44 7777 00000000000000000000000000 222222222 3 44444444444444444444444444444444444 2 11111111111 5 2 44 2 2 22 99 2 33 3 0 555 6666 555 77777777777777777777777 2 11 4 1 5 3 11 2 4444444 444 444 0000000000 33 0 99999 1 33 0 1 444 5555 000000000 66666 33 33 33 1 2 3333 4 0 88 4444444 5 99 0 6 3 1 3 5 2 555 4
lowQualScore : . .. . . . . . . . .. .. ... ... . .. . ........... . . . ............. .. ........ . .. .. ..... . . .. .. . .. . ........ .. .......... ............................................................................................................ .. .... .......................... ......... . ................................... . ........... . . .. . . .. .. . .. . . ... .... ... ....................... . .. . . . . .. . ....... ... ... .......... .. . ..... . .. . . ... .... ......... ..... .. .. .. . . .... . . .. ....... . .. . . . . . . . ... .
lowQualScore : 6 11 2 3 1 1 0 8 7 22 22 444 444 1 22 1 44444444444 1 8 5 4444444444444 99 44444444 3 66 00 11111 5 8 55 55 0 55 0 22222222 55 9999999999 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 1111 22222222222222222222222222 333333333 2 44444444444444444444444444444444444 9 33333333333 7 9 11 2 9 99 33 5 99 8 3 000 6666 000 44444444444444444444444 9 77 5 0 2 8 11 9 6666666 777 777 7777777777 77 9 55555 0 44 8 0 111 0000 111111111 22222 44 44 44 0 5 1111 0 7 77 3333333 7 22 3 7 7 0 0 5 5 000 0
consensus : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAGA---------T-A-CATTAANTACCAATACATA---T---------ATATA--CA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A--AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GA----TCT-ANCT----------AA------------------ACT-----------ANATATAAAC-----T------AAG----GA-----TAG----AA-T-----------------AA--AAA----TT------ACT---AGGA--GTCN---AT---------GAGGAANTAGGGTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-T-C-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGAA-G-CGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TT--A--T---C-----A--T--ATAA--ACTNC-AT----TTATGT-TACTTCG-NA-------TTT-AATAAAT--GATAAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATNTAACAACAAAACACCAAGTAAGCTGNAATGGGCATTTTAATTAAAAATGNCGGGAATTATTATNTTATA
Reference ( family-2411 ) : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAGA---------T-A-CATTAANTACCAATACATA---T---------ATATA--CA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A--AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GA----TCT-ANCT----------AA------------------ANT-----------ANATATAAAC-----T------AAG----GA-----TAG----AA-T-----------------AA--AAA----TT------ACT---AGGA--GNCN---AT---------GAGGAATTAGGGTGGTGGTG------G----AA-ATTAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-T-C-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGAG-G-CGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TT--A-AT---C-----A--T--ATAA--ACTNC-AT----TTATGT-TACTTCG-GA-------TTT-AATAAAT--GATAAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTAACAACAAAACACCANGTAAGTTGAAATGGGCATTTTAATTAAAAATGCCGGGA---ATTATATTATA
gi|1 : GTTACTTTGGATTT-GATAAAA-GATAGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCATTTGTATGGTGAAGATGCA-ACA-ACAAAACACCAATTAAGTTGTAATGGG--CAT--TTTAAT---TTAAAATACCTGGA---ATTATATTATCTAATTC--CTGA-AGAGA---------A-A-CATTAAATACCAATACATA---T---------ATATA--CACAAA----TCAAAACATATCTAGGCATAAAAAACTGCCAGAT--AAAAAATAA--T-----GAACATAA--A--AA-AA--TAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATACCTCAACT----------AAGTAAAACTTAAGGCATATAAT-----------ATATATATATATATAT------ATA----AA-----TAT----AA-------------------AA--AAA----TT------TTT-----------TT---TT---------CAAGAAATAGGGTGCTGGTG------G----G----TA-AA-AT------T----AAAA-TGCCGCGTCA--G--T-CTTCC-T-C-TAGCTTAGGGTTAGATATTGTAAAAA--GACT---TAAACCTCACTC---TA---T---TG--AT----CAA-TGAGT--AA-G-AGTTCTTTGCCCGGGTACCAGTATATATAAATA-AA-----A-GCCG---A---ATAAAA---T--T--TT-GTAA-----TCTA--CCGGCCGCAACGGACCATCAA-CCTCTTACATAAAAACCTTT---GTT----TT-----T---C-----A--T--ATAA--ACTTC-ATA---TTATAT-T
gi|10 : gtatttgcaaaatttatggaaatttttttttcaataaaatgatcatttatctaaaatagttgttgatctattatttgctatgaacatcgcagcataccattgtaattgtatcaaaaaatttcagtactttatcacagtattaatcattacaaattgagtatcttattttacttgttataaataatctaaaaatgaaatgaaaaaatgaaatgaatcttaaagtgacatgaaattcttggaaagccaagtaaagtgtgaggacttttttcaactcgggtctaacgtgattaaaaaactaccgttgggcactagcaataaaaatatattattcataaaaatgtattaaataaataaaataatcaaaataacatttaaGTTACTTCGGATTA-AATAAAT-GATAAACAATGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTATATGGTAAAGATAAA-ACA-ACAAAACACTATGTAAATTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATTCTATTATATAATTC--CTAA-AGAGA---------TCA-AATTAATTGCAAATAC--A---T---------ATATA--CA--------TCAAAAC--ATCTGGGCATACAAAACCTACGAAT--ACAAAGTAA--T-----CAGCATAA--A--AACAA--CAAAAG-AGG--TA----ATATGTTCT--AA----TCT-GCCT----------A-------------------------------------ACAGGT-----T------AAG----AC-----TAG----AA-T-----------------CA--AAT----TT------ACA---AGGA--ACCC---AT---------GAGGAATTAGGATGGTGG-G------T----AATATGAAAATATGGTGACTCGAAAAGA-TGCCGCGTCAA-G--TACC--C-T-T-GGGTATATGGTCAGA-ACCT-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TA---T---T---AT----TATCTGGGTTGA--G-CGCACTTCCACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCGAATA---AT---A---T--T--TTGGTAAT---CTATA--CCGGCCAGAATAGCACATAAATTCTCGTATATAAAATACTTT---ATC----Tgttatattatcaatgactttgactatttaattcattatata
gi|11 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgatattgtGTA-GCATACAAAACA---------TTGAAATATGATCATCTTTTAATAACTAAAAAGGTGAGGA---ATCATATTATATCATTCTTCCAACAAAGG---------T-A-CATTAATTACCTATGCATA---T---------ATTTA--CA--------TGAAAGCATATCTGGGAATACAAAACCACCATAT--ACAAAACAA--A-----GAGCAT-G--G--TA-AG--CAAGAG-AGG--TA----ATATGATCT--GA----TCT--GCA----------GG------------------ACT-----------ATGTATAAAC-----T------AAG----GC-----CAG----AA-T-----------------------A----TT-------CTATAAGGA--GTAA---AC---------GAGAAATTAGGGTGGTGGGG------GTT--AA-AGTAAAA-CTGTTGACTC---AAAA-T-----GTCAA-GC-T-TC--C-T-C-AAGAACAC-GTTAG----------AACTAACTGGTTC--CCACGCTCTATTA---T---T---AT----T---TGGGCTGA--G-CATT-TTTGCCAGGGAACCAGTAGATAAAATGT-AATAATGC-GC-----G---AT---ACTCT--T--TTGTTATC---TTTTC--CTGGCCAGATCAGAACACAAATATTCATACATAAAATACTTC---ATA----TT--A------C-----A--T--ACAA--A
gi|12 : aaccacatttaataatgcttgataagtaaaaacaggcacagtttggaaatgatcatgtgatatgggaagttttcaaaatttg-----TAG----AA-T-----------------TA--AAC----TA------AAT---AGAA--GTTA---AT---------GAGAAACTAAGTTGGTGGTA------GGTA-AA-ATTAGAA-ATGGCGACTGGAAAAAA-ATCTACGTCAA-G--T-TT--AAT-C-GAGAATACGGTGATA-ACTT-GAAAACTGACTGGTTA--CC-CGCTC---TG---TAATT---AC----T---TG--TAGAG-AACGTTCTTTGCCAGGGAACCAGTAGATAGCATAT-AA-----T-ACGG---A---AT---A---T--T--TTTTTGAAATTTTTTC--TCGGCCAGATCAGAACATAATTCCTCATATATAAAATACTTT----------TT--A-TTG--C-----A--T--AGAA--ACTAC-ATAATATTATAT-CAtaaaatataatatt
gi|13 : agAG----GC-----TAG----AA-T-----------------AA--AAA----TG------ACT---AGAA--GCCC---AT---------GAGAAATTGAGGTGATGGTG------GGTA-AA-ATTA-AA-ATGGTGACTCGAAAAAAATTCCACGTCTG-C--T-AT--C-T-TTGAGTATCCGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TG---T---T---AT----T-----ATTTGAGCG-CAT--TTCGACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCTG---A---ATAACA---T--T--TTGGTTAA---CTATA--CCAGCCAGATAAGAACATTAATCCTCGTACATAAAATACTTT---ATC----TT--A------C-----A--T--ATAA--ACTAC-A------TATG---ACTTTG-CAT------TTT-AGTTTGT--GATTTATAACGAAaatcaaacatattaatatgtttcaaatatgctagcaacatagcaactaatactgagtttataatattattgtgatttattacaa
gi|15 : TACATCAAATGTTTT---ATCAAGTTT--A-AA---CTTTGAA--TGAATAACAATTATGATGTAGTTATGT-TTCTTCA-GA-------TTTTGATAAAT--AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACAACAACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGGTATTTTAATTAAAAATGACGGGAATTATTATATTATActa
gi|15 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgccGTTTCTTCAGATTTTGATAAAT-AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGG--TAT--TTTAAT---TAAAAATGACGGGAATTATTATATTATATAATTC--TTTA-AGAGA---------T-A-CATTTACTACAAGT--ATA---T---------ACACA--CA--------TCAAAACATATCTGGGCtaattctttaagagatacatttactacaagtatatacacacatcaaaacatatctgggc
gi|16 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgcctacatcaaatgttttatcaagtttaaactttgaatgaataacaattatgatgtagttatGATGAACTGAAGTCGCTTGTAAGGTAAAGATATA-ACA-A---AACATGATGTTAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCAGGGA---ATCAAATTATATGATTC--CTGA-AGAGA---------T-A-CATTAATTACCAATAC--A---T---------ATATA--CA--------GTAAAGCATATCTGAGCATACAAAACCGTC------ACAAAG
gi|18 : GCCCGGGTACCAGTAAAT--AAGAT-AA-----AAGACG---A---AT---A---T--TATTTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACATTAATCCTCA-ACATAAAAACCTTT---TTA----TT-----T---C-----A--T--ATAA--ACTTC-AT----CAGTAT-CA-TTCGCTA-------TTT-AACAAActgccagacaaagcaaacagcaaccgcccagacgacagaggtgcatcgtatgttaggaaacagtaaattgtctatgatcatcacgatctgttgtctacgataatcagatatc
gi|2 : tGTTACTTCGGATTT-AATAAAA-GATTGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGTTGTGATTGG--CAT--TTTAAT---TGAAAATGCCGGGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAGA---------A-AACATAAAACACCCATACATA---T---------ATATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--CAAAATTAA--T-----GAATATAA--ATAAA-AA--CAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GA----AAT-AGCTTAAGTAAGTAAA------------------ACTGAAAGCAAAGAAGATTAAAAT-----T------AAT----AAAATTGTAA----AA-A-----------------AA--AAAACAATT------ACA---A--A--ATCATAAAT---------GAGGAAACAGGGTGGTGTTG------G----G----TAAAA---------TC---AAAA-TGCCACGTCAG-A--C-TT--C-TTC-CAGCATATGGTTAGA-ATTG-GGAAA--GACTTGT-A--CCTCATTC---TA---T---TTAAAA----A---TGGGT--AA-G-CGTTCTATGCCCGGGTACCAGTA-ATAAATTAA-GA-------GCCG---G---AT---A---TAAT--TTAGTAA-----TTTA--CAGGCCGAAACAGAACATAAATCTTCATATAT-AAATATTTTTTGATC----TT-----T---C-----A--T--ATAA--ACTTC-AT----TTATcaaactaattgtatgtaaaattcaataaaacaattcataaaacgttttagcatctgattgttttaatgcaa
gi|21 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatggttatTCC-AT----T-ATAA-TACTTCG-GA-------TTT-GATAATA--GATAAACAACGAATAAAATGGACCAAAGTCGCCTGTATGGTAAA-ATTTAACAACAAAACACCAAGTAc
gi|22 : aaaacactaaaagaAGGAAATAGGGCGGTGGTG------G--------TTA-AA-AT----------AAAAA-TGCCACTTCA--G--T-CTTCC-T-C-TCGCTTACGGTTAGA-ACTT-GGAAAAAGACTTAT-A--CCTCATTC---TT---T---TT--AT----AAA-TGGGT--AA-G-CGTTCTTTGCCCGGGTACCAATATAtcttaacgtgacgtgtggctttaatataa
gi|23 : t-GCCG---A---AT---A---TAAT--TTTGTAA-----TCTA--TCGGCCGTAACTGAACATAAA-CCTCATACATAAAAACCTTT---ATC----T------T---C-----A--T--ATAA--ACTTC-AT----
gi|25 : aaAATTACCAATACATA---T---------ATATA--CA--------TCAAAACATATCTGGGCATA--------CCTGAT--ACACAGTAA--T-----GAGCatttctcaagtattataaatcactttgatgtatttaactgataatatat
gi|26 : TA--GCAGCCATATTAGAGCATAAATCCTCATACATAAAGTACTTT---ATC----TT--A------C-----A--T--ATAA--ACTAC-
gi|27 : ----TTATGT-TACTGCA-TA-------TTT-AATACAT--GATGAACAATAAATAGGATGGACCGAAGT
gi|3 : GTTACTTCTGACTA-AATAAAAAGATACACAACGATTAGGATGG-------------------TAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGCAAGTTGCCATGGG--AGT--TTTAAT---TTAAAATGCCAAGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAGA---------A-A-CATTAAATACCAATACATA---T---------ATATA--T------------AAACATATCTTGGCATAAAAAACCGCCAGAT--TAAAATTAA--T-----GGACATAACTA--AA-AA--CAGGAATATGTTCAACATATATGTTCTCAAA----TC---CCT----------AG------------------ACT-----------AAATA-AAAC-----TGAAAGCAAA----GAAAAT-TAG----AA-TTAATAAAATTGTAAAAAAA--AAA----TT------ACA---AAAATTATTT---TT---------GAGGAAATAGAGTGGCAATG------G----GC-A----AA-AT--TG--------AAA-TGCCTAGT-AA-GCCT-TC--C-T-C-TAGCTTACGGTTAGA-ACTG-AGAAA--GACT-ATTA--CCTCACTC---TA---T---TTAAAA----A---TAGGT--AA-G-CGTTCTTTGCCCGGGTATCAGTAAATAAAATAT-AA-------GCCG---A---AT---A---TTAT--TTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACAAAAATCCTCAAACATAAAAACCTTT---ATA----TT-----T---C-----A--T--ATAA--ACTTC-AT----TTACGT-
gi|4 : acttagttgctgacatcacctttaggtttattttaaagaagccgacttgcttgtatattgattttGTTACTTCAGATTT-AATGAAT-GATGAACAATGGATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACATGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTTAT---TAAAAAGGCCGAGA---ATTATCTTATATATTTC--CTGA-AGAGA---------T-A-CATTAATTGCCAATACATAATTT---------ATATA--CA--------TCAAAACATATCTTGGCATACCAAACTGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A--AC-AA--CAAGTG-ACG--TA----ATATGTTCT--AA----TCT-GACT----------AA------------------AAT-----------ATATATAAAC-----T------ATG----GA-----TAG----AA-T-----------------AA--AAA----TT------ACT---AAGA--GCCC---AT---------AAGGAATTAGGGGGGTGTTG------G----AA-ATAAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCATGTCAA-G--------A-T-C-AAGTATACAGTCAGA-ATTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCTTGTTC---TG---T---T---AT----T---TGAGTCAAACA-CAGTCATTGCCCGGGAATCAATATATTAAAGGC-GA-----C-GCAG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCGGAATAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TT--ACATATGC-----A--T--GTAA--ACTAC-AT----TTATGT-TACTTCA-GA-------TTT-AATAAAT--GATGAACAACGAATAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGTAACAACAAATCATGCTGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATT-AAAATGCCGGGA---ATTATTTTATAatgtttatgcgcgtttattggctgttatttttgaatacatcgtctactgttgatcatgtgttgtcttgtttttgtat
gi|5 : GTCACTTAAGATTT-AATAAAT-GATAAACAATGATTGGGATCGGCTGAAGTCGCGTGTATGGTATAGATGTAGACA-CCAAGA-ACGCTG---GT----ATGTG--CAT--TTTAAT---TAAAAATACCGGGA---ATCATATTATATAATTG--CTGA-AAAAA---------T-A-CATTAAATACAAATACATA---TAAAAAAATAATATA--CA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCTGATAAAAAAAATAA--T-----GATCGT-A--A--TA-AA--CAAGAT-TGG--AA----GTATGTTCT--GG----CAT-ATCT----------AA------------------ACT-----------AAATATAAAC-----T------TAGTCAAGATT---TAGCTTTAA-TCTGAAGTGGA-------AA--AAA----T---------------GA--ATAA---AT---------GAGGAAATAGGGTGGCGGTG------G-------GTTAAAA-GT-----------AAAA-TGTCACGTCAATC--T-TC--C-T-C-GAGAATACGGTTAGA-ACTG-GTTAACTGACTGGTTA--CCACATTC---TT---T---TC--ATAA--T---TGGGTT--A-G-CGTTCTTAGCCCGGGTACCAGTATATAAAACTA-GA-----T-GCCG---A---ATATAA---T--T--TTGG--GA---TCCTA--CCGGCCACATCAGAACTTAAATTCTCATACATAAAATACTTT---GTC----TT-----T---C-----A--T--ATCA--ACTAC-AT----TTAc
gi|6 : ttttgcctatatactggttttccttttcagagttataaatatcgttactcgattgtatttaataatttatGTTATTTCGGATTT-AATAAAA-GATAGACAACGTTAAAGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAAATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGTTAGTTGTAATGTA--CAT--TTTAAT---TTAAAATGCCGGGA---ATAACATGCTTTAATTC--CAGA-AGGGA---------A-A-CATTAAATACCAATACATA---T---------ATATA--AA--------TCAAAAGATATCTGGGCATACAAAACCACTAGAT---CAAAATAAACT-----GA-CATAA--AT-AA-AAACCAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GA----AAT-ACCT----------AA------------------GCT-----------AAGTA-AAAC-----TGAAAGCAAA----GAAAAT-TAG----AATT-----------------AATGAAA----TTGTAAAAAAT---ATAA--TTTA---ATATTATATTTGTGGAAATAGGGTGGCGGTG------G----GT-AT----A-AT--T--------AAAA-TGCCACGTCAA-T--T-TTC-C-T-C-TAGCTTACGGTTAGA-AATG-GGAAA--AACTGG-TA--CCTCACTC---TA-------T---ATAAAAC---AGGG--AAA-G-CATTCTTTGTACGGGTACCAGTA-ATT-AAGATAGA-----A-GCCG---A---AT---A---TGAT--TTAGT--A---TTTTA--CCGGCAGCAAAAGAACATAAATC------CATAAAAACCTTT---ATC----TT-----T---C-----A--T--ATAC--ACTTC-AT----TTATGTATGATTCA-AATGAATCCTTT-AAGAAATTCAATAAAccgaatgtcgaaaggtatttcatatacaatcaaattgtgt
gi|7 : atacagaggtattattctgaagaactgaccaattaaataagtatgtttatGTTACTTCGGATTT-AATACAT-GATGAACAATGAGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-AAA-ACAAAATATGATGTAAGCTGAAATGGT--CAT--TTCAAT---TAAAAATGCCGGAA---ATTATCTTATATATTTC--ATGA-AGACA---------T-A-CATTAA-TACCAATAC--A---T---------ATATA--CA--------TCAAAACATATCTGGGAATACAAAACTGCCAGAT--ACAAAGTAA--TAAAACAAGCATAA--A--AC-AG--CAAAAG-AGG--TA----CAATGTTCT--AA----TCT-GACT----------AA------------------AAT-----------ATATATAAAC-----T------AAG----GC-----TAA----AA-T-----------------AA--AAA----CA------ACT---AGGA--GACC---AT---------TAGGAATTAGGGTGGTGTTA------GAGTAAA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-A--T-ATC-C-T-T-GAGTATCCGGTCAGA-AATA-AGAAACTGACTTGTTA--CTGCGTTC---TG---T---T---ATTAC-T---TTGGTCGA--G-CGCACATCGCCCGGGAACCTATATATCAAAGGT-GA-----C-AAAT---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--ACAGCCAGATTAAAACATAAATCCTCATACATGAAATATTTT---ATC----TT--A------C-----A--T--ATAA--ACTCC-AT----TTATt
gi|8 : atGTTACTTCGTATTT-AATAAAT-GATGAACATTGAATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAATCACGATGTAAGTTGAAATGGG---AT--TTTAAT---AAAAAATGCCGGGA--------ATTATATAATTC--CTGA-AGATA---------T-A-CATTAATTACCAATACATAAATT---------ATACA--CA--------ACAAAACATATATGGGAATACAAAACCGCCGGAT--ATAAAGTAA--T-----GATCATAA--A--AACAA--CAAATG-AGG--TA----GTTTGTTTT--AA----TCT-ACCT----------AT------------------AAT-----------ATATATAAAC-----T------AAG----GC-----TAG----AA-T-----------------AA--AAA----TT------ACA---AGGA--TACA---AT---------GAGTAATTAGGGTGGTGGTGATGGGTA----AA-ATTAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCTCGTCAA-G--T-ATC-C-T-T-GAGTATCCGATCAGA-ACTG-AGAA----ACTGGTTA--CCGCGTTA---TGTTAT---T---AT----T---TGGGTCGAGAG-CA--CTT-------AAAGTAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCG---AAAGAT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCAGATTAGA--------------ACATAAAATACTTC---ATC----TT--A-CT---G-----AATT--ATAA--ACTAC-AT----TTActagatactgttttggttttgcctgaactttagattatattgaa
gi|9 : aagacacatagttcttcattatttctcatttctttttatttatGTTACTTCCGGTTT-AATAAAT-GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTA-CCA-ACAAAATACCATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATACTATTATATAATTC--CTGA-AGAGATAGTATTATT-A-CATTAATTATCAATACATA---T---------ATATA--CATCAAAAATTCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCC
gi|9 : catcatatcagatttgttatccaattacaaggtaaggtcgtataagttgtctttat--GCCC---AT---------GAGGAATTAGGGTGGTGGTG------GGAC-AA-ATTAAAA-ATGGAGACTCAAAAAAA-TGCCACATCAA-G--T-AT--CCT-T-GAGTATACGACCAGA-ACTT-AGAAACTGATTGGTCA--CCGCATTC---TA---T---T---AT---------AAGTCCA--------CTTCGCCCTGGAACCAATACATAAAAGTT-GA-----C-ACCG---A---AT---A---ACAT--TTGGTAAC---CTCTATACCAGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATC----TTACA-GT---A-----A--T--ATAA--GCTAC-AT----ATATGcatgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAATCATGATACACATATTTACAAAATTTATGAAACACAACTAATTCATGTTAAAATGATCATTTATCTAATATAATTATTGATCTTTACTTTGCTATGAACAATAGAAAGCCATTATATCACAAAATTTCAGTACCTAATCACAGTATTGATCATTACAAATTGAGTACCTTATTTTACTTAAATACCTATAATTACTTATAGTTTATAAGTTGAAAAAATAAGCTAAAGATGAAATAAAAGTGAATCGTAAAGTGAAATGAAATGCTTGGAATGCCCGGTCCAAAGACTTATTTCCACTCAGGGGTTCATATAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTTTTATTCAGCATGTATGTCATACAGTATATAAACGAATACAAAATTAATGTATACATGTATAAAATATGGCTATTTACATTAAAACGATTATTTATCTAAAAAATTATTGATCTATACATTGCTATGAACATCACAGAATATATCACAAAATTTCAGTCCATCGTTTAGTACCTTATTGTACTTATTTACTTACCATTAATAGTTTGTA
Unaligned ( gi|19 ): AATGCATAGTTACATACTGGTACCCCACCCATATATTACTTTAATACTTAATATTATTGATAGGTCATAGGTTTGAAAAAAAATACGCTAAAACTGAAATAAAAGTGAATCTTAAAGTGATACAAAACAGTCAAGCCAGAGGACTTATTTCTACTGGGGTCCATTATAACATGAATGCATCCTTTAAATATGTTGCTTTTTAATAA
Unaligned ( gi|20 ): CATGTATACATATCTTGACAAAAATATGAAAACAGATTATTACATTAAAATATTCATTTATCTCTACAACATCAAGTGTCATTATATTACAATATTTCAGTACATTATCACAGTATTTATAATTATTTAACAATTTAGTAACCTAATATTTAACTTGAATACTTATTATTCGTAGTACATACAGT
Unaligned ( gi|24 ): TTTATTCAATATACATATCATACAGTATATAAACACATATTATATGTTCAAAATTTATGAAAAACAGCTAATTATACCAAAATTATCATTTATCTAAAATAATTATTGATCTATATTTTGCCATGGACACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111111 11111111 11 11111111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 33333333333333333333333333333333333 2222222222222 4444444444444444444444 1111111 2222222222 11111 3333333333 1111111 1 4 777
lowQualScore : 3 44 0 0 3 3 4 2 0 44 44 555 555 2 44 3 3 44444444444 3 555 2222222222222 66666666 6 44 55 99999 3 0 11 4 8 55 4 33333333 55 0 33 7777777777 1 2 8888 2 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 00000000 9999999 99999999999999999999999999999999999 2 3333333333333 44 2 2 22 99 2 33 3 0 555 6666 555 5555555555555555555555 2 1 4 1 5 3 11 2 4444444 444 444 0000000000 33 0 99999 1 33 0 1 444 4444444444 33 1 2 8 7 777 55 8888888 99 2 4 5 1 4 999 6 1 0 1 000
lowQualScore : . .. . . . . . . . .. .. ... ... . .. . . ........... . ... ............. ........ . .. .. ..... . . .. . . .. . ........ .. . .. .......... . . .... . . .............................................................................................................. . ........ ....... ................................... . ............. .. . . .. .. . .. . . ... .... ... ...................... . . . . . . .. . ....... ... ... .......... .. . ..... . .. . . ... .......... .. . . . . ... .. ....... .. . . . . . ... . . . . ...
lowQualScore : 6 11 2 3 1 1 0 8 7 22 22 444 444 1 22 1 1 44444444444 8 444 4444444444444 44444444 3 66 00 11111 5 8 00 0 0 55 0 22222222 55 3 88 5555555555 5 5 5555 4 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 44444444 3333333 11111111111111111111111111111111111 9 4444444444444 11 2 9 99 33 5 99 8 3 000 6666 000 6666666666666666666666 9 1 5 0 2 8 11 9 6666666 777 777 7777777777 77 9 55555 0 44 8 0 444 9999999999 77 0 7 9 4 888 44 9999999 22 2 0 0 0 0 555 0 0 0 0 000
consensus : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCTACCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAAT--GATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATT-AAAATGCCGGGAATTATT---TTATA
Reference ( family-2411 ) : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCTANCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAAT--GATAAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATNTAACAACAAAACACCAAGTAAGCTGNAATGGGCATTTTAATTAAAAATGNCGGGAATTATTATNTTATA
gi|1 : GTTACTTTGGATTT-GATAAAA-GATAGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCATTTGTATGGTGAAGATGCA-ACA-ACAAAACACCAATTAAGTTGTAATGGG--CAT--TTTAAT---TTAAAATACCTGGA---ATTATATTATCTAATTC--CTGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATACACAAA----TCAAAACATATCTAGGCATAAAAAACTGCCAGAT--AAAAAATAA--T-----GAACATAA--A-AA-AA--TAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATACCTCAACTAAGTAAAACTTAAGGCATATAATAT------ATA----TA----TAT----ATATA-T-----------------A--T--AAATAT------A-----AAAA--AATTTTT-----------TTT---------TCAAGAAAT--------AGG-------GTGCTGGTG------G----G----TAAAA-TT-----------AAAA-TGCCGCGTCA--G--T-CTTCC-TC-TAGCTTAGGGTTAGATATTGTAAAAA--GACT---TAAACCTCACTC---TA---T---TG--AT----CAA-TGAGT--A-A-GAGTTCTTTGCCCGGGTACCAGTATATATAAATA-AA-----A-GCCG---A---ATAAAA---T--T--TT-GTAA-----TCTA--CCGGCCGCAACGGACCATCAA-CCTCTTACATAAAAACCTTT---GTTTT----T-----CA--TATAAACTTCATATTATAT-TG--T---TA-TA-------TT--ATCAAT--GA
gi|10 : gtatttgcaaaatttatggaaatttttttttcaataaaatgatcatttatctaaaatagttgttgatctattatttgctatgaacatcgcagcataccattgtaattgtatcaaaaaatttcagtactttatcacagtattaatcattacaaattgagtatcttattttacttgttataaataatctaaaaatgaaatgaaaaaatgaaatgaatcttaaagtgacatgaaattcttggaaagccaagtaaagtgtgaggacttttttcaactcgggtctaacgtgattaaaaaactaccgttgggcactagcaataaaaatatattattcataaaaatgtattaaataaataaaataatcaaaataacatttaaGTTACTTCGGATTA-AATAAAT-GATAAACAATGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTATATGGTAAAGATAAA-ACA-ACAAAACACTATGTAAATTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATTCTATTATATAATTC--CTAA-AGAG-A---------TCAAATTAATTGCAAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAAC--ATCTGGGCATACAAAACCTACGAAT--ACAAAGTAA--T-----CAGCATAA--A-AACAA--CAAAAG-AGG--TA----ATATGTTCT--AATCTGCCT----------A------------ACAGGTT------AAG----AC----TAG----A---A-T-----------------C--A--AATT-T------ACA---AGGA--A-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------ATGGTGG-G------T----AATATGAAAATATGGTGACTCGAAAAGA-TGCCGCGTCAA-G--TACC--C-TT-GGGTATATGGTCAGA-ACCT-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TA---T---T---AT----TATCTGGGTTG--A-GCGCACTTCCACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCGAATA---AT---A---T--T--TTGGTAAT---CTATA--CCGGCCAGAATAGCACATAAATTCTCGTATATAAAATACTTT---ATCTctttgactatttaattcattatata
gi|11 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgatattgtGTA-GCATACAAAACA---------TTGAAATATGATCATCTTTTAATAACTAAAAAGGTGAGGA---ATCATATTATATCATTCTTCCAACAAAG-G---------T-ACATTAATTACCTATGC--ATA---T---------ATTTACA--------TGAAAGCATATCTGGGAATACAAAACCACCATAT--ACAAAACAA--A-----GAGCAT-G--G-TA-AG--CAAGAG-AGG--TA----ATATGATCT--GATCT-GCA----------GGACT----ATGTATAAACT------AAG----GC----CAG----A---A-T-------------------------AT-T-------CTATAAGGA--G-----T-----------AAA---------CGAGAAATT--------AGG-------GTGGTGGGG------GTT--AA-AGTAAAA-CTGTTGACTC---AAAA-T-----GTCAA-GC-T-TC--C-TC-AAGAACAC-GTTAG----------AACTAACTGGTTC--CCACGCTCTATTA---T---T---AT----T---TGGGCTG--A-GCATT-TTTGCCAGGGAACCAGTAGATAAAATGT-AATAATGC-GC-----G---AT---ACTCT--T--TTGTTATC---TTTTC--CTGGCCAGATCAGAACACAAATATTCATACATAAAATACTTC---ATATTA---------CA--TACAAA
gi|12 : aaccacatttaataatgcttgataagtaaaaacaggcacagtttggaaatgatcatgtgatatgggaagttttcaaaatttg----TAG----A---A-T-----------------T--A--AACT-A------AAT---AGAA--G-----T-----------TAA---------TGAGAAACT--------AAG-------TTGGTGGTA------GGTA-AA-ATTAGAA-ATGGCGACTGGAAAAAA-ATCTACGTCAA-G--T-TT--AATC-GAGAATACGGTGATA-ACTT-GAAAACTGACTGGTTA--CC-CGCTC---TG---TAATT---AC----T---TG--TAGAGA-ACGTTCTTTGCCAGGGAACCAGTAGATAGCATAT-AA-----T-ACGG---A---AT---A---T--T--TTTTTGAAATTTTTTC--TCGGCCAGATCAGAACATAATTCCTCATATATAAAATACTTT------TTA---TTG---CA--TAGAAACTACA--TAATAT-TATAT---CA-AA-------Ttaaaatataatatt
gi|13 : agAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-G------ACT---AGAA--G-----C-----------CCA---------TGAGAAATT--------GAG-------GTGATGGTG------GGTA-AA-ATTAAAA--TGGTGACTCGAAAAAAATTCCACGTCTG-C--T-AT--C-TTTGAGTATCCGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TG---T---T---AT----T------ATTTG-A-GCGCATTTCGACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCTG---A---ATAACA---T--T--TTGGTTAA---CTATA--CCAGCCAGATAAGAACATTAATCCTCGTACATAAAATACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTACA---TATG---ACTT---TG-CAT------TTTAGTTTGT--GATTTATAACGAAcaaacatattaatatgtttcaaatatgctagcaacatagcaactaatactgagtttataatattattgtgatttattacaa
gi|15 : GTTTCTTCAGATTTTGATAAAT-AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGG--TAT--TTTAAT---TAAAAATGACGGGAATTATTATATTATATAATTC--TTTA-AGAG-A---------T-ACATTTACTACAAGT----ATA---T---------ACACACA--------TCAAAACATATCTGGGCcta
gi|16 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgcctacatcaaatgttttatcaagtttaaactttgaatgaataacaattatgatgtagttatGATGAACTGAAGTCGCTTGTAAGGTAAAGATATA-ACA-A---AACATGATGTTAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCAGGGA---ATCAAATTATATGATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTACCAATAC----A---T---------ATATACA--------GTAAAGCATATCTGAGCATACAAAACCGTC------ACAAAG
gi|18 : GCCCGGGTACCAGTAAAT--AAGAT-AA-----AAGACG---A---AT---A---T--TATTTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACATTAATCCTCA-ACATAAAAACCTTT---TTATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-CAGTAT-CA-TT---CGCTA-------TTTAACAAActgccagacaaagcaaacagcaaccgcccagacgacagaggtgcatcgtatgttaggaaacagtaaattgtctatgatcatcacgatctgttgtctacgataatcagatatc
gi|2 : tGTTACTTCGGATTT-AATAAAA-GATTGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGTTGTGATTGG--CAT--TTTAAT---TGAAAATGCCGGGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAGAA---------A-ACATAAAACACCCATACATATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--CAAAATTAA--T-----GAATATAAATA-AA-AA--CAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATAGCT----------TAAGT----AAGTA-AAACTGA----AAG----CA----AAG----A---A-G-----------------ATTA--AAAT-T------AAT---AAAATTG-----TAAAAAAAAAAACAA---------TTACAAAATCATAAATGAGGAAACAGGGTGGTGTTG------G----G----TAAAA---------TC---AAAA-TGCCACGTCAG-A--C-TT--CTTC-CAGCATATGGTTAGA-ATTG-GGAAA--GACTTG-TA--CCTCATTC---TA---T---TTAAAA----A---TGGGT--A-A-GCGTTCTATGCCCGGGTACCAGTA-ATAAATTAA-GA-------GCCG---G---AT---A---TAAT--TTAGTAA-----TTTA--CAGGCCGAAACAGAACATAAATCTTCATATAT-AAATATTTTTTGATCTT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTATcaaactaattgtatgtaaaattcaataaaacaattcataaaacgttttagcatctgattgttttaatgcaa
gi|21 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatggttatTCCAT-T-ATAA-TACTT---CG-GA-------TTTGATAATA--GATAAACAACGAATAAAATGGACCAAAGTCGCCTGTATGGTAAA-ATTTAACAACAAAACACCAAGTAc
gi|22 : aaaacactaaaagaAGGAAAT--------AGG-------GCGGTGGTG------G--------TTAAAA---------T---AAAAA-TGCCACTTCA--G--T-CTTCC-TC-TCGCTTACGGTTAGA-ACTT-GGAAAAAGACTTAT-A--CCTCATTC---TT---T---TT--AT----AAA-TGGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTACCAATATAtcttaacgtgacgtgtggctttaatataa
gi|23 : t-GCCG---A---AT---A---TAAT--TTTGTAA-----TCTA--TCGGCCGTAACTGAACATAAA-CCTCATACATAAAAACCTTT---ATCT-----T-----CA--TATAAACTTCAT-
gi|25 : aaAATTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATA--------CCTGAT--ACACAGTAA--T-----GAGCatttctcaagtattataaatcactttgatgtatttaactgataatatat
gi|26 : TA--GCAGCCATATTAGAGCATAAATCCTCATACATAAAGTACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTAC
gi|27 : -TTATGT-TACTG---CA-TA-------TTTAATACAT--GATGAACAATAAATAGGATGGACCGAAGT
gi|3 : GTTACTTCTGACTA-AATAAAAAGATACACAACGATTAGGATGG-------------------TAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGCAAGTTGCCATGGG--AGT--TTTAAT---TTAAAATGCCAAGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAT------------AAACATATCTTGGCATAAAAAACCGCCAGAT--TAAAATTAA--T-----GGACATAACTA-AA-AA--CAGGAATATGTTCAACATATATGTTCTCAAATC--CCT----------AGACT----AAATA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---A-TTAATAAAATTGTAAAAAA--A--AAAT-T------ACA---AAAATTA-----T-----------TTT---------TGAGGAAAT--------AGA-------GTGGCAATG------G----G----CAAAA-TTG-----------AAA-TGCCTAGT-AA-GCCT-TC--C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-ACTG-AGAAA--GACT-ATTA--CCTCACTC---TA---T---TTAAAA----A---TAGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTATCAGTAAATAAAATAT-AA-------GCCG---A---AT---A---TTAT--TTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACAAAAATCCTCAAACATAAAAACCTTT---ATATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTACGTATGTTTATGCG-CG-------TTTA
gi|4 : acttagttgctgacatcacctttaggtttattttaaagaagccgacttgcttgtatattgattttGTTACTTCAGATTT-AATGAAT-GATGAACAATGGATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACATGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTTAT---TAAAAAGGCCGAGA---ATTATCTTATATATTTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTGCCAATAC--ATAATTT---------ATATACA--------TCAAAACATATCTTGGCATACCAAACTGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AC-AA--CAAGTG-ACG--TA----ATATGTTCT--AATCTGACT----------AAAAT----ATATATAAACT------ATG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AAGA--G-----C-----------CCA---------TAAGGAATT--------AGG-------GGGGTGTTG------G----AA-ATAAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCATGTCAA-G--------A-TC-AAGTATACAGTCAGA-ATTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCTTGTTC---TG---T---T---AT----T---TGAGTCAA-ACACAGTCATTGCCCGGGAATCAATATATTAAAGGC-GA-----C-GCAG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCGGAATAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---CATATGCA--TGTAAACTACAT-TTATGT-TACTT---CA-GA-------TTTAATAAAT--GATGAACAACGAATAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGTAACAACAAATCATGCTGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATT-AAAATGCCGGGAATTATT---TTATAttggctgttatttttgaatacatcgtctactgttgatcatgtgttgtcttgtttttgtat
gi|5 : GTCACTTAAGATTT-AATAAAT-GATAAACAATGATTGGGATCGGCTGAAGTCGCGTGTATGGTATAGATGTAGACA-CCAAGA-ACGCTG---GT----ATGTG--CAT--TTTAAT---TAAAAATACCGGGA---ATCATATTATATAATTG--CTGA-AAAA-A---------T-ACATTAAATACAAATAC--ATA---TAAAAAAATAATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCTGATAAAAAAAATAA--T-----GATCGT-A--A-TA-AA--CAAGAT-TGG--AA----GTATGTTCT--GGCATATCT----------AAACT----AAATATAAACT------TAGTCAAGATT--TAGCTTTA---A-TCTGAAGTGGA-------A--A--AAAT----------------GA--A-----T-----------AAA---------TGAGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G-------GTTAAAA-GT-----------AAAA-TGTCACGTCAATC--T-TC--C-TC-GAGAATACGGTTAGA-ACTG-GTTAACTGACTGGTTA--CCACATTC---TT---T---TC--ATAA--T---TGGGTT---A-GCGTTCTTAGCCCGGGTACCAGTATATAAAACTA-GA-----T-GCCG---A---ATATAA---T--T--TTGG--GA---TCCTA--CCGGCCACATCAGAACTTAAATTCTCATACATAAAATACTTT---GTCTT----T-----CA--TATCAACTACAT-TTAc
gi|6 : ttttgcctatatactggttttccttttcagagttataaatatcgttactcgattgtatttaataatttatGTTATTTCGGATTT-AATAAAA-GATAGACAACGTTAAAGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAAATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGTTAGTTGTAATGTA--CAT--TTTAAT---TTAAAATGCCGGGA---ATAACATGCTTTAATTC--CAGA-AGGG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAAA--------TCAAAAGATATCTGGGCATACAAAACCACTAGAT---CAAAATAAACT-----GA-CATAA--ATAA-AAACCAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATACCT----------AAGCT----AAGTA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---ATT-----------------A--ATGAAAT-TGTAAAAAAT---ATAA--T-----T-----------TAATATTATATTTGTGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G----GT-AT----A-AT--T--------AAAA-TGCCACGTCAA-T--T-TTC-C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-AATG-GGAAA--AACTGG-TA--CCTCACTC---TA-------T---ATAAAAC---AGGG--AA-A-GCATTCTTTGTACGGGTACCAGTA-ATT-AAGATAGA-----A-GCCG---A---AT---A---TGAT--TTAGT--A---TTTTA--CCGGCAGCAAAAGAACATAAATC------CATAAAAACCTTT---ATCTT----T-----CA--TATACACTTCAT-TTATGTATGATT---CA-AATGAATCCTTTAAGAAATTCAATAAAccgaatgtcgaaaggtatttcatatacaatcaaattgtgt
gi|7 : atacagaggtattattctgaagaactgaccaattaaataagtatgtttatGTTACTTCGGATTT-AATACAT-GATGAACAATGAGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-AAA-ACAAAATATGATGTAAGCTGAAATGGT--CAT--TTCAAT---TAAAAATGCCGGAA---ATTATCTTATATATTTC--ATGA-AGAC-A---------T-ACATTAA-TACCAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGAATACAAAACTGCCAGAT--ACAAAGTAA--TAAAACAAGCATAA--A-AC-AG--CAAAAG-AGG--TA----CAATGTTCT--AATCTGACT----------AAAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAA----A---A-T-----------------A--A--AAAC-A------ACT---AGGA--G-----A-----------CCA---------TTAGGAATT--------AGG-------GTGGTGTTA------GAGTAAA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-A--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGGTCAGA-AATA-AGAAACTGACTTGTTA--CTGCGTTC---TG---T---T---ATTAC-T---TTGGTCG--A-GCGCACATCGCCCGGGAACCTATATATCAAAGGT-GA-----C-AAAT---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--ACAGCCAGATTAAAACATAAATCCTCATACATGAAATATTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTCCAT-TTATt
gi|8 : atGTTACTTCGTATTT-AATAAAT-GATGAACATTGAATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAATCACGATGTAAGTTGAAATGGG---AT--TTTAAT---AAAAAATGCCGGGA--------ATTATATAATTC--CTGA-AGAT-A---------T-ACATTAATTACCAATAC--ATAAATT---------ATACACA--------ACAAAACATATATGGGAATACAAAACCGCCGGAT--ATAAAGTAA--T-----GATCATAA--A-AACAA--CAAATG-AGG--TA----GTTTGTTTT--AATCTACCT----------ATAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACA---AGGA--T-----A-----------CAA---------TGAGTAATT--------AGG-------GTGGTGGTGATGGGTA----AA-ATTAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCTCGTCAA-G--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGATCAGA-ACTG-AGAA----ACTGGTTA--CCGCGTTA---TGTTAT---T---AT----T---TGGGTCGAGA-GCA--CTT-------AAAGTAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCG---AAAGAT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCAGATTAGA--------------ACATAAAATACTTC---ATCTTAC--T-----GAATTATAAACTACAT-TTActagatactgttttggttttgcctgaactttagattatattgaa
gi|9 : aagacacatagttcttcattatttctcatttctttttatttatGTTACTTCCGGTTT-AATAAAT-GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTA-CCA-ACAAAATACCATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATACTATTATATAATTC--CTGA-AGAG-ATAGTATTATT-ACATTAATTATCAATAC--ATA---T---------ATATACATCAAAAATTCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCC
gi|9 : catcatatcagatttgttatccaattacaaggtaaggtcgtataagttgtctttat--G-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------GTGGTGGTG------GGAC-AA-ATTAAAA-ATGGAGACTCAAAAAAA-TGCCACATCAA-G--T-AT--CCTT-GAGTATACGACCAGA-ACTT-AGAAACTGATTGGTCA--CCGCATTC---TA---T---T---AT---------AAGTCCA--------CTTCGCCCTGGAACCAATACATAAAAGTT-GA-----C-ACCG---A---AT---A---ACAT--TTGGTAAC---CTCTATACCAGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTACAGT-----AA--TATAAGCTACAT-ATATGcatgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAATCATGATACACATATTTACAAAATTTATGAAACACAACTAATTCATGTTAAAATGATCATTTATCTAATATAATTATTGATCTTTACTTTGCTATGAACAATAGAAAGCCATTATATCACAAAATTTCAGTACCTAATCACAGTATTGATCATTACAAATTGAGTACCTTATTTTACTTAAATACCTATAATTACTTATAGTTTATAAGTTGAAAAAATAAGCTAAAGATGAAATAAAAGTGAATCGTAAAGTGAAATGAAATGCTTGGAATGCCCGGTCCAAAGACTTATTTCCACTCAGGGGTTCATATAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTTTTATTCAGCATGTATGTCATACAGTATATAAACGAATACAAAATTAATGTATACATGTATAAAATATGGCTATTTACATTAAAACGATTATTTATCTAAAAAATTATTGATCTATACATTGCTATGAACATCACAGAATATATCACAAAATTTCAGTCCATCGTTTAGTACCTTATTGTACTTATTTACTTACCATTAATAGTTTGTA
Unaligned ( gi|19 ): AATGCATAGTTACATACTGGTACCCCACCCATATATTACTTTAATACTTAATATTATTGATAGGTCATAGGTTTGAAAAAAAATACGCTAAAACTGAAATAAAAGTGAATCTTAAAGTGATACAAAACAGTCAAGCCAGAGGACTTATTTCTACTGGGGTCCATTATAACATGAATGCATCCTTTAAATATGTTGCTTTTTAATAA
Unaligned ( gi|20 ): CATGTATACATATCTTGACAAAAATATGAAAACAGATTATTACATTAAAATATTCATTTATCTCTACAACATCAAGTGTCATTATATTACAATATTTCAGTACATTATCACAGTATTTATAATTATTTAACAATTTAGTAACCTAATATTTAACTTGAATACTTATTATTCGTAGTACATACAGT
Unaligned ( gi|24 ): TTTATTCAATATACATATCATACAGTATATAAACACATATTATATGTTCAAAATTTATGAAAAACAGCTAATTATACCAAAATTATCATTTATCTAAAATAATTATTGATCTATATTTTGCCATGGACACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111111 11111111 11 11111111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 33333333333333333333333333333333333 2222222222222 4444444444444444444444 1111111 2222222222 11111 3333333333 1111111 1
lowQualScore : 3 44 0 0 3 3 4 2 0 44 44 555 555 2 44 3 3 44444444444 3 555 2222222222222 66666666 6 44 55 99999 3 0 11 4 8 55 4 33333333 55 0 7777777777 1 2 8888 2 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 00000000 9999999 99999999999999999999999999999999999 2 3333333333333 44 2 2 22 99 2 33 3 0 555 6666 555 5555555555555555555555 2 1 4 1 5 3 11 2 4444444 444 444 0000000000 33 0 99999 1 33 0 1 444 4444444444 33 1 2 8 7 777 55 8888888 0 1 5 1 1 444
lowQualScore : . .. . . . . . . . .. .. ... ... . .. . . ........... . ... ............. ........ . .. .. ..... . . .. . . .. . ........ .. . .......... . . .... . . .............................................................................................................. . ........ ....... ................................... . ............. .. . . .. .. . .. . . ... .... ... ...................... . . . . . . .. . ....... ... ... .......... .. . ..... . .. . . ... .......... .. . . . . ... .. ....... . . . . . ...
lowQualScore : 6 11 2 3 1 1 0 8 7 22 22 444 444 1 22 1 1 44444444444 8 444 4444444444444 44444444 3 66 00 11111 5 8 00 0 0 55 0 22222222 55 3 5555555555 5 5 5555 4 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 44444444 3333333 11111111111111111111111111111111111 9 4444444444444 11 2 9 99 33 5 99 8 3 000 6666 000 6666666666666666666666 9 1 5 0 2 8 11 9 6666666 777 777 7777777777 77 9 55555 0 44 8 0 444 9999999999 77 0 7 9 4 888 44 9999999 2 0 0 0 0 555
consensus : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCTGCCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
Reference ( family-2411 ) : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCTACCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
gi|1 : GTTACTTTGGATTT-GATAAAA-GATAGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCATTTGTATGGTGAAGATGCA-ACA-ACAAAACACCAATTAAGTTGTAATGGG--CAT--TTTAAT---TTAAAATACCTGGA---ATTATATTATCTAATTC--CTGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATACACAAA----TCAAAACATATCTAGGCATAAAAAACTGCCAGAT--AAAAAATAA--T-----GAACATAA--A-AA-AA--TAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATACCTCAACTAAGTAAAACTTAAGGCATATAATAT------ATA----TA----TAT----ATATA-T-----------------A--T--AAATAT------A-----AAAA--AATTTTT-----------TTT---------TCAAGAAAT--------AGG-------GTGCTGGTG------G----G----TAAAA-TT-----------AAAA-TGCCGCGTCA--G--T-CTTCC-TC-TAGCTTAGGGTTAGATATTGTAAAAA--GACT---TAAACCTCACTC---TA---T---TG--AT----CAA-TGAGT--A-A-GAGTTCTTTGCCCGGGTACCAGTATATATAAATA-AA-----A-GCCG---A---ATAAAA---T--T--TT-GTAA-----TCTA--CCGGCCGCAACGGACCATCAA-CCTCTTACATAAAAACCTTT---GTTTT----T-----CA--TATAAACTTCATATTATAT-TG--T---TA-TA-------TT--ATCAATGA
gi|10 : gtatttgcaaaatttatggaaatttttttttcaataaaatgatcatttatctaaaatagttgttgatctattatttgctatgaacatcgcagcataccattgtaattgtatcaaaaaatttcagtactttatcacagtattaatcattacaaattgagtatcttattttacttgttataaataatctaaaaatgaaatgaaaaaatgaaatgaatcttaaagtgacatgaaattcttggaaagccaagtaaagtgtgaggacttttttcaactcgggtctaacgtgattaaaaaactaccgttgggcactagcaataaaaatatattattcataaaaatgtattaaataaataaaataatcaaaataacatttaaGTTACTTCGGATTA-AATAAAT-GATAAACAATGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTATATGGTAAAGATAAA-ACA-ACAAAACACTATGTAAATTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATTCTATTATATAATTC--CTAA-AGAG-A---------TCAAATTAATTGCAAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAAC--ATCTGGGCATACAAAACCTACGAAT--ACAAAGTAA--T-----CAGCATAA--A-AACAA--CAAAAG-AGG--TA----ATATGTTCT--AATCTGCCT----------A------------ACAGGTT------AAG----AC----TAG----A---A-T-----------------C--A--AATT-T------ACA---AGGA--A-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------ATGGTGG-G------T----AATATGAAAATATGGTGACTCGAAAAGA-TGCCGCGTCAA-G--TACC--C-TT-GGGTATATGGTCAGA-ACCT-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TA---T---T---AT----TATCTGGGTTG--A-GCGCACTTCCACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCGAATA---AT---A---T--T--TTGGTAAT---CTATA--CCGGCCAGAATAGCACATAAATTCTCGTATATAAAATACTTT---ATCTctttgactatttaattcattatata
gi|11 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgatattgtGTA-GCATACAAAACA---------TTGAAATATGATCATCTTTTAATAACTAAAAAGGTGAGGA---ATCATATTATATCATTCTTCCAACAAAG-G---------T-ACATTAATTACCTATGC--ATA---T---------ATTTACA--------TGAAAGCATATCTGGGAATACAAAACCACCATAT--ACAAAACAA--A-----GAGCAT-G--G-TA-AG--CAAGAG-AGG--TA----ATATGATCT--GATCTGCA-----------GGACT----ATGTATAAACT------AAG----GC----CAG----A---A-T-------------------------AT-T-------CTATAAGGA--G-----T-----------AAA---------CGAGAAATT--------AGG-------GTGGTGGGG------GTT--AA-AGTAAAA-CTGTTGACTC---AAAA-T-----GTCAA-GC-T-TC--C-TC-AAGAACAC-GTTAG----------AACTAACTGGTTC--CCACGCTCTATTA---T---T---AT----T---TGGGCTG--A-GCATT-TTTGCCAGGGAACCAGTAGATAAAATGT-AATAATGC-GC-----G---AT---ACTCT--T--TTGTTATC---TTTTC--CTGGCCAGATCAGAACACAAATATTCATACATAAAATACTTC---ATATTA---------CA--TACAAA
gi|12 : aaccacatttaataatgcttgataagtaaaaacaggcacagtttggaaatgatcatgtgatatgggaagttttcaaaatttg----TAG----A---A-T-----------------T--A--AACT-A------AAT---AGAA--G-----T-----------TAA---------TGAGAAACT--------AAG-------TTGGTGGTA------GGTA-AA-ATTAGAA-ATGGCGACTGGAAAAAA-ATCTACGTCAA-G--T-TT--AATC-GAGAATACGGTGATA-ACTT-GAAAACTGACTGGTTA--CC-CGCTC---TG---TAATT---AC----T---TG--TAGAGA-ACGTTCTTTGCCAGGGAACCAGTAGATAGCATAT-AA-----T-ACGG---A---AT---A---T--T--TTTTTGAAATTTTTTC--TCGGCCAGATCAGAACATAATTCCTCATATATAAAATACTTT------TTA---TTG---CA--TAGAAACTACA--TAATAT-TATAT---CA-AA-------Ttaaaatataatatt
gi|13 : agAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-G------ACT---AGAA--G-----C-----------CCA---------TGAGAAATT--------GAG-------GTGATGGTG------GGTA-AA-ATTAAAA--TGGTGACTCGAAAAAAATTCCACGTCTG-C--T-AT--C-TTTGAGTATCCGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TG---T---T---AT----T------ATTTG-A-GCGCATTTCGACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCTG---A---ATAACA---T--T--TTGGTTAA---CTATA--CCAGCCAGATAAGAACATTAATCCTCGTACATAAAATACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTACA---TATG---ACTT---TG-CAT------TTTAGTTTGTGATTTATAACGAAcaaacatattaatatgtttcaaatatgctagcaacatagcaactaatactgagtttataatattattgtgatttattacaa
gi|15 : GTTTCTTCAGATTTTGATAAAT-AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGG--TAT--TTTAAT---TAAAAATGACGGGAATTATTATATTATATAATTC--TTTA-AGAG-A---------T-ACATTTACTACAAGT----ATA---T---------ACACACA--------TCAAAACATATCTGGGCcta
gi|16 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgcctacatcaaatgttttatcaagtttaaactttgaatgaataacaattatgatgtagttatGATGAACTGAAGTCGCTTGTAAGGTAAAGATATA-ACA-A---AACATGATGTTAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCAGGGA---ATCAAATTATATGATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTACCAATAC----A---T---------ATATACA--------GTAAAGCATATCTGAGCATACAAAACCGTC------ACAAAG
gi|18 : GCCCGGGTACCAGTAAAT--AAGAT-AA-----AAGACG---A---AT---A---T--TATTTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACATTAATCCTCA-ACATAAAAACCTTT---TTATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-CAGTAT-CA-TT---CGCTA-------TTTAACAAActgccagacaaagcaaacagcaaccgcccagacgacagaggtgcatcgtatgttaggaaacagtaaattgtctatgatcatcacgatctgttgtctacgataatcagatatc
gi|2 : tGTTACTTCGGATTT-AATAAAA-GATTGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGTTGTGATTGG--CAT--TTTAAT---TGAAAATGCCGGGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAGAA---------A-ACATAAAACACCCATACATATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--CAAAATTAA--T-----GAATATAAATA-AA-AA--CAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATAGCT----------TAAGT----AAGTA-AAACTGA----AAG----CA----AAG----A---A-G-----------------ATTA--AAAT-T------AAT---AAAATTG-----TAAAAAAAAAAACAA---------TTACAAAATCATAAATGAGGAAACAGGGTGGTGTTG------G----G----TAAAA---------TC---AAAA-TGCCACGTCAG-A--C-TT--CTTC-CAGCATATGGTTAGA-ATTG-GGAAA--GACTTG-TA--CCTCATTC---TA---T---TTAAAA----A---TGGGT--A-A-GCGTTCTATGCCCGGGTACCAGTA-ATAAATTAA-GA-------GCCG---G---AT---A---TAAT--TTAGTAA-----TTTA--CAGGCCGAAACAGAACATAAATCTTCATATAT-AAATATTTTTTGATCTT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTATcaaactaattgtatgtaaaattcaataaaacaattcataaaacgttttagcatctgattgttttaatgcaa
gi|21 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatggttatTCCAT-T-ATAA-TACTT---CG-GA-------TTTGATAATAGATAAACAACGAATAAAATGGACCAAAGTCGCCTGTATGGTAAA-ATTTAACAACAAAACACCAAGTAc
gi|22 : aaaacactaaaagaAGGAAAT--------AGG-------GCGGTGGTG------G--------TTAAAA---------T---AAAAA-TGCCACTTCA--G--T-CTTCC-TC-TCGCTTACGGTTAGA-ACTT-GGAAAAAGACTTAT-A--CCTCATTC---TT---T---TT--AT----AAA-TGGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTACCAATATAtcttaacgtgacgtgtggctttaatataa
gi|23 : t-GCCG---A---AT---A---TAAT--TTTGTAA-----TCTA--TCGGCCGTAACTGAACATAAA-CCTCATACATAAAAACCTTT---ATCT-----T-----CA--TATAAACTTCAT-
gi|25 : aaAATTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATA--------CCTGAT--ACACAGTAA--T-----GAGCatttctcaagtattataaatcactttgatgtatttaactgataatatat
gi|26 : TA--GCAGCCATATTAGAGCATAAATCCTCATACATAAAGTACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTAC
gi|27 : -TTATGT-TACTG---CA-TA-------TTTAATACATGATGAACAATAAATAGGATGGACCGAAGT
gi|3 : GTTACTTCTGACTA-AATAAAAAGATACACAACGATTAGGATGG-------------------TAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGCAAGTTGCCATGGG--AGT--TTTAAT---TTAAAATGCCAAGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAT------------AAACATATCTTGGCATAAAAAACCGCCAGAT--TAAAATTAA--T-----GGACATAACTA-AA-AA--CAGGAATATGTTCAACATATATGTTCTCAAATC--CCT----------AGACT----AAATA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---A-TTAATAAAATTGTAAAAAA--A--AAAT-T------ACA---AAAATTA-----T-----------TTT---------TGAGGAAAT--------AGA-------GTGGCAATG------G----G----CAAAA-TTG-----------AAA-TGCCTAGT-AA-GCCT-TC--C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-ACTG-AGAAA--GACT-ATTA--CCTCACTC---TA---T---TTAAAA----A---TAGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTATCAGTAAATAAAATAT-AA-------GCCG---A---AT---A---TTAT--TTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACAAAAATCCTCAAACATAAAAACCTTT---ATATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTACGTATGTTTATGCG-CG-------TTTA
gi|4 : acttagttgctgacatcacctttaggtttattttaaagaagccgacttgcttgtatattgattttGTTACTTCAGATTT-AATGAAT-GATGAACAATGGATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACATGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTTAT---TAAAAAGGCCGAGA---ATTATCTTATATATTTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTGCCAATAC--ATAATTT---------ATATACA--------TCAAAACATATCTTGGCATACCAAACTGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AC-AA--CAAGTG-ACG--TA----ATATGTTCT--AATCTGACT----------AAAAT----ATATATAAACT------ATG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AAGA--G-----C-----------CCA---------TAAGGAATT--------AGG-------GGGGTGTTG------G----AA-ATAAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCATGTCAA-G--------A-TC-AAGTATACAGTCAGA-ATTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCTTGTTC---TG---T---T---AT----T---TGAGTCAA-ACACAGTCATTGCCCGGGAATCAATATATTAAAGGC-GA-----C-GCAG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCGGAATAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---CATATGCA--TGTAAACTACAT-TTATGT-TACTT---CA-GA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGTAACAACAAATCATGCTGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATAttggctgttatttttgaatacatcgtctactgttgatcatgtgttgtcttgtttttgtat
gi|5 : GTCACTTAAGATTT-AATAAAT-GATAAACAATGATTGGGATCGGCTGAAGTCGCGTGTATGGTATAGATGTAGACA-CCAAGA-ACGCTG---GT----ATGTG--CAT--TTTAAT---TAAAAATACCGGGA---ATCATATTATATAATTG--CTGA-AAAA-A---------T-ACATTAAATACAAATAC--ATA---TAAAAAAATAATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCTGATAAAAAAAATAA--T-----GATCGT-A--A-TA-AA--CAAGAT-TGG--AA----GTATGTTCT--GGCATATCT----------AAACT----AAATATAAACT------TAGTCAAGATT--TAGCTTTA---A-TCTGAAGTGGA-------A--A--AAAT----------------GA--A-----T-----------AAA---------TGAGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G-------GTTAAAA-GT-----------AAAA-TGTCACGTCAATC--T-TC--C-TC-GAGAATACGGTTAGA-ACTG-GTTAACTGACTGGTTA--CCACATTC---TT---T---TC--ATAA--T---TGGGTT---A-GCGTTCTTAGCCCGGGTACCAGTATATAAAACTA-GA-----T-GCCG---A---ATATAA---T--T--TTGG--GA---TCCTA--CCGGCCACATCAGAACTTAAATTCTCATACATAAAATACTTT---GTCTT----T-----CA--TATCAACTACAT-TTAc
gi|6 : ttttgcctatatactggttttccttttcagagttataaatatcgttactcgattgtatttaataatttatGTTATTTCGGATTT-AATAAAA-GATAGACAACGTTAAAGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAAATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGTTAGTTGTAATGTA--CAT--TTTAAT---TTAAAATGCCGGGA---ATAACATGCTTTAATTC--CAGA-AGGG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAAA--------TCAAAAGATATCTGGGCATACAAAACCACTAGAT---CAAAATAAACT-----GA-CATAA--ATAA-AAACCAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATACCT----------AAGCT----AAGTA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---ATT-----------------A--ATGAAAT-TGTAAAAAAT---ATAA--T-----T-----------TAATATTATATTTGTGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G----GT-AT----A-AT--T--------AAAA-TGCCACGTCAA-T--T-TTC-C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-AATG-GGAAA--AACTGG-TA--CCTCACTC---TA-------T---ATAAAAC---AGGG--AA-A-GCATTCTTTGTACGGGTACCAGTA-ATT-AAGATAGA-----A-GCCG---A---AT---A---TGAT--TTAGT--A---TTTTA--CCGGCAGCAAAAGAACATAAATC------CATAAAAACCTTT---ATCTT----T-----CA--TATACACTTCAT-TTATGTATGATT---CA-AATGAATCCTTTAAGAAATccgaatgtcgaaaggtatttcatatacaatcaaattgtgt
gi|7 : atacagaggtattattctgaagaactgaccaattaaataagtatgtttatGTTACTTCGGATTT-AATACAT-GATGAACAATGAGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-AAA-ACAAAATATGATGTAAGCTGAAATGGT--CAT--TTCAAT---TAAAAATGCCGGAA---ATTATCTTATATATTTC--ATGA-AGAC-A---------T-ACATTAA-TACCAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGAATACAAAACTGCCAGAT--ACAAAGTAA--TAAAACAAGCATAA--A-AC-AG--CAAAAG-AGG--TA----CAATGTTCT--AATCTGACT----------AAAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAA----A---A-T-----------------A--A--AAAC-A------ACT---AGGA--G-----A-----------CCA---------TTAGGAATT--------AGG-------GTGGTGTTA------GAGTAAA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-A--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGGTCAGA-AATA-AGAAACTGACTTGTTA--CTGCGTTC---TG---T---T---ATTAC-T---TTGGTCG--A-GCGCACATCGCCCGGGAACCTATATATCAAAGGT-GA-----C-AAAT---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--ACAGCCAGATTAAAACATAAATCCTCATACATGAAATATTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTCCAT-TTATtcaataaat
gi|8 : atGTTACTTCGTATTT-AATAAAT-GATGAACATTGAATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAATCACGATGTAAGTTGAAATGGG---AT--TTTAAT---AAAAAATGCCGGGA--------ATTATATAATTC--CTGA-AGAT-A---------T-ACATTAATTACCAATAC--ATAAATT---------ATACACA--------ACAAAACATATATGGGAATACAAAACCGCCGGAT--ATAAAGTAA--T-----GATCATAA--A-AACAA--CAAATG-AGG--TA----GTTTGTTTT--AATCTACCT----------ATAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACA---AGGA--T-----A-----------CAA---------TGAGTAATT--------AGG-------GTGGTGGTGATGGGTA----AA-ATTAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCTCGTCAA-G--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGATCAGA-ACTG-AGAA----ACTGGTTA--CCGCGTTA---TGTTAT---T---AT----T---TGGGTCGAGA-GCA--CTT-------AAAGTAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCG---AAAGAT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCAGATTAGA--------------ACATAAAATACTTC---ATCTTAC--T-----GAATTATAAACTACAT-TTActagatactgttttggttttgcctgaactttagattatattgaa
gi|9 : aagacacatagttcttcattatttctcatttctttttatttatGTTACTTCCGGTTT-AATAAAT-GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTA-CCA-ACAAAATACCATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATACTATTATATAATTC--CTGA-AGAG-ATAGTATTATT-ACATTAATTATCAATAC--ATA---T---------ATATACATCAAAAATTCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCC
gi|9 : catcatatcagatttgttatccaattacaaggtaaggtcgtataagttgtctttat--G-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------GTGGTGGTG------GGAC-AA-ATTAAAA-ATGGAGACTCAAAAAAA-TGCCACATCAA-G--T-AT--CCTT-GAGTATACGACCAGA-ACTT-AGAAACTGATTGGTCA--CCGCATTC---TA---T---T---AT---------AAGTCCA--------CTTCGCCCTGGAACCAATACATAAAAGTT-GA-----C-ACCG---A---AT---A---ACAT--TTGGTAAC---CTCTATACCAGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTACAGT-----AA--TATAAGCTACAT-ATATGcatgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAATCATGATACACATATTTACAAAATTTATGAAACACAACTAATTCATGTTAAAATGATCATTTATCTAATATAATTATTGATCTTTACTTTGCTATGAACAATAGAAAGCCATTATATCACAAAATTTCAGTACCTAATCACAGTATTGATCATTACAAATTGAGTACCTTATTTTACTTAAATACCTATAATTACTTATAGTTTATAAGTTGAAAAAATAAGCTAAAGATGAAATAAAAGTGAATCGTAAAGTGAAATGAAATGCTTGGAATGCCCGGTCCAAAGACTTATTTCCACTCAGGGGTTCATATAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTTTTATTCAGCATGTATGTCATACAGTATATAAACGAATACAAAATTAATGTATACATGTATAAAATATGGCTATTTACATTAAAACGATTATTTATCTAAAAAATTATTGATCTATACATTGCTATGAACATCACAGAATATATCACAAAATTTCAGTCCATCGTTTAGTACCTTATTGTACTTATTTACTTACCATTAATAGTTTGTA
Unaligned ( gi|19 ): AATGCATAGTTACATACTGGTACCCCACCCATATATTACTTTAATACTTAATATTATTGATAGGTCATAGGTTTGAAAAAAAATACGCTAAAACTGAAATAAAAGTGAATCTTAAAGTGATACAAAACAGTCAAGCCAGAGGACTTATTTCTACTGGGGTCCATTATAACATGAATGCATCCTTTAAATATGTTGCTTTTTAATAA
Unaligned ( gi|20 ): CATGTATACATATCTTGACAAAAATATGAAAACAGATTATTACATTAAAATATTCATTTATCTCTACAACATCAAGTGTCATTATATTACAATATTTCAGTACATTATCACAGTATTTATAATTATTTAACAATTTAGTAACCTAATATTTAACTTGAATACTTATTATTCGTAGTACATACAGT
Unaligned ( gi|24 ): TTTATTCAATATACATATCATACAGTATATAAACACATATTATATGTTCAAAATTTATGAAAAACAGCTAATTATACCAAAATTATCATTTATCTAAAATAATTATTGATCTATATTTTGCCATGGACACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111111 11111111 11 11111111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 33333333333333333333333333333333333 2222222222222 4444444444444444444444 1111111 2222222222 11111 3333333333 1111111 1
lowQualScore : 3 44 0 0 3 3 4 2 0 44 44 555 555 2 44 3 3 44444444444 3 555 2222222222222 66666666 6 44 55 99999 3 0 11 4 8 55 4 33333333 55 0 4 7777777777 1 5 8888 2 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 00000000 9999999 99999999999999999999999999999999999 2 3333333333333 44 2 2 22 99 2 33 3 0 555 6666 555 5555555555555555555555 2 1 4 1 5 3 11 2 4444444 444 444 0000000000 33 0 99999 1 33 0 1 444 4444444444 33 1 2 8 7 777 55 8888888 0 1 5 1 1 444
lowQualScore : . .. . . . . . . . .. .. ... ... . .. . . ........... . ... ............. ........ . .. .. ..... . . .. . . .. . ........ .. . . .......... . . .... . . .............................................................................................................. . ........ ....... ................................... . ............. .. . . .. .. . .. . . ... .... ... ...................... . . . . . . .. . ....... ... ... .......... .. . ..... . .. . . ... .......... .. . . . . ... .. ....... . . . . . ...
lowQualScore : 6 11 2 3 1 1 0 8 7 22 22 444 444 1 22 1 1 44444444444 8 444 4444444444444 44444444 3 66 00 11111 5 8 00 0 0 55 0 22222222 55 3 0 5555555555 5 0 5555 4 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 44444444 3333333 11111111111111111111111111111111111 9 4444444444444 11 2 9 99 33 5 99 8 3 000 6666 000 6666666666666666666666 9 1 5 0 2 8 11 9 6666666 777 777 7777777777 77 9 55555 0 44 8 0 444 9999999999 77 0 7 9 4 888 44 9999999 2 0 0 0 0 555
consensus : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCT-GCCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
Reference ( family-2411 ) : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCT-GCCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
gi|1 : GTTACTTTGGATTT-GATAAAA-GATAGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCATTTGTATGGTGAAGATGCA-ACA-ACAAAACACCAATTAAGTTGTAATGGG--CAT--TTTAAT---TTAAAATACCTGGA---ATTATATTATCTAATTC--CTGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATACACAAA----TCAAAACATATCTAGGCATAAAAAACTGCCAGAT--AAAAAATAA--T-----GAACATAA--A-AA-AA--TAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAAT-ACCTCAACTAAGTAAAACTTAAGGCATATAATAT------ATA----TA----TAT----ATATA-T-----------------A--T--AAATAT------A-----AAAA--AATTTTT-----------TTT---------TCAAGAAAT--------AGG-------GTGCTGGTG------G----G----TAAAA-TT-----------AAAA-TGCCGCGTCA--G--T-CTTCC-TC-TAGCTTAGGGTTAGATATTGTAAAAA--GACT---TAAACCTCACTC---TA---T---TG--AT----CAA-TGAGT--A-A-GAGTTCTTTGCCCGGGTACCAGTATATATAAATA-AA-----A-GCCG---A---ATAAAA---T--T--TT-GTAA-----TCTA--CCGGCCGCAACGGACCATCAA-CCTCTTACATAAAAACCTTT---GTTTT----T-----CA--TATAAACTTCATATTATAT-TG--T---TA-TA-------TT--ATCAATGA
gi|10 : gtatttgcaaaatttatggaaatttttttttcaataaaatgatcatttatctaaaatagttgttgatctattatttgctatgaacatcgcagcataccattgtaattgtatcaaaaaatttcagtactttatcacagtattaatcattacaaattgagtatcttattttacttgttataaataatctaaaaatgaaatgaaaaaatgaaatgaatcttaaagtgacatgaaattcttggaaagccaagtaaagtgtgaggacttttttcaactcgggtctaacgtgattaaaaaactaccgttgggcactagcaataaaaatatattattcataaaaatgtattaaataaataaaataatcaaaataacatttaaGTTACTTCGGATTA-AATAAAT-GATAAACAATGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTATATGGTAAAGATAAA-ACA-ACAAAACACTATGTAAATTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATTCTATTATATAATTC--CTAA-AGAG-A---------TCAAATTAATTGCAAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAAC--ATCTGGGCATACAAAACCTACGAAT--ACAAAGTAA--T-----CAGCATAA--A-AACAA--CAAAAG-AGG--TA----ATATGTTCT--AATCT-GCCT----------A------------ACAGGTT------AAG----AC----TAG----A---A-T-----------------C--A--AATT-T------ACA---AGGA--A-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------ATGGTGG-G------T----AATATGAAAATATGGTGACTCGAAAAGA-TGCCGCGTCAA-G--TACC--C-TT-GGGTATATGGTCAGA-ACCT-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TA---T---T---AT----TATCTGGGTTG--A-GCGCACTTCCACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCGAATA---AT---A---T--T--TTGGTAAT---CTATA--CCGGCCAGAATAGCACATAAATTCTCGTATATAAAATACTTT---ATCTctttgactatttaattcattatata
gi|11 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgatattgtGTA-GCATACAAAACA---------TTGAAATATGATCATCTTTTAATAACTAAAAAGGTGAGGA---ATCATATTATATCATTCTTCCAACAAAG-G---------T-ACATTAATTACCTATGC--ATA---T---------ATTTACA--------TGAAAGCATATCTGGGAATACAAAACCACCATAT--ACAAAACAA--A-----GAGCAT-G--G-TA-AG--CAAGAG-AGG--TA----ATATGATCT--GATCT-GCA-----------GGACT----ATGTATAAACT------AAG----GC----CAG----A---A-T-------------------------AT-T-------CTATAAGGA--G-----T-----------AAA---------CGAGAAATT--------AGG-------GTGGTGGGG------GTT--AA-AGTAAAA-CTGTTGACTC---AAAA-T-----GTCAA-GC-T-TC--C-TC-AAGAACAC-GTTAG----------AACTAACTGGTTC--CCACGCTCTATTA---T---T---AT----T---TGGGCTG--A-GCATT-TTTGCCAGGGAACCAGTAGATAAAATGT-AATAATGC-GC-----G---AT---ACTCT--T--TTGTTATC---TTTTC--CTGGCCAGATCAGAACACAAATATTCATACATAAAATACTTC---ATATTA---------CA--TACAAA
gi|12 : aaccacatttaataatgcttgataagtaaaaacaggcacagtttggaaatgatcatgtgatatgggaagttttcaaaatttg----TAG----A---A-T-----------------T--A--AACT-A------AAT---AGAA--G-----T-----------TAA---------TGAGAAACT--------AAG-------TTGGTGGTA------GGTA-AA-ATTAGAA-ATGGCGACTGGAAAAAA-ATCTACGTCAA-G--T-TT--AATC-GAGAATACGGTGATA-ACTT-GAAAACTGACTGGTTA--CC-CGCTC---TG---TAATT---AC----T---TG--TAGAGA-ACGTTCTTTGCCAGGGAACCAGTAGATAGCATAT-AA-----T-ACGG---A---AT---A---T--T--TTTTTGAAATTTTTTC--TCGGCCAGATCAGAACATAATTCCTCATATATAAAATACTTT------TTA---TTG---CA--TAGAAACTACA--TAATAT-TATAT---CA-AA-------Ttaaaatataatatt
gi|13 : agAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-G------ACT---AGAA--G-----C-----------CCA---------TGAGAAATT--------GAG-------GTGATGGTG------GGTA-AA-ATTAAAA--TGGTGACTCGAAAAAAATTCCACGTCTG-C--T-AT--C-TTTGAGTATCCGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TG---T---T---AT----T------ATTTG-A-GCGCATTTCGACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCTG---A---ATAACA---T--T--TTGGTTAA---CTATA--CCAGCCAGATAAGAACATTAATCCTCGTACATAAAATACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTACA---TATG---ACTT---TG-CAT------TTTAGTTTGTGATTTATAACGAAcaaacatattaatatgtttcaaatatgctagcaacatagcaactaatactgagtttataatattattgtgatttattacaa
gi|15 : GTTTCTTCAGATTTTGATAAAT-AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGG--TAT--TTTAAT---TAAAAATGACGGGAATTATTATATTATATAATTC--TTTA-AGAG-A---------T-ACATTTACTACAAGT----ATA---T---------ACACACA--------TCAAAACATATCTGGGCcta
gi|16 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgcctacatcaaatgttttatcaagtttaaactttgaatgaataacaattatgatgtagttatGATGAACTGAAGTCGCTTGTAAGGTAAAGATATA-ACA-A---AACATGATGTTAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCAGGGA---ATCAAATTATATGATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTACCAATAC----A---T---------ATATACA--------GTAAAGCATATCTGAGCATACAAAACCGTC------ACAAAG
gi|18 : GCCCGGGTACCAGTAAAT--AAGAT-AA-----AAGACG---A---AT---A---T--TATTTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACATTAATCCTCA-ACATAAAAACCTTT---TTATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-CAGTAT-CA-TT---CGCTA-------TTTAACAAActgccagacaaagcaaacagcaaccgcccagacgacagaggtgcatcgtatgttaggaaacagtaaattgtctatgatcatcacgatctgttgtctacgataatcagatatc
gi|2 : tGTTACTTCGGATTT-AATAAAA-GATTGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGTTGTGATTGG--CAT--TTTAAT---TGAAAATGCCGGGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAGAA---------A-ACATAAAACACCCATACATATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--CAAAATTAA--T-----GAATATAAATA-AA-AA--CAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATAGCTT----------AAG-T----AAGTA-AAACTGA----AAG----CA----AAG----A---A-G-----------------ATTA--AAAT-T------AAT---AAAATTG-----TAAAAAAAAAAACAA---------TTACAAAATCATAAATGAGGAAACAGGGTGGTGTTG------G----G----TAAAA---------TC---AAAA-TGCCACGTCAG-A--C-TT--CTTC-CAGCATATGGTTAGA-ATTG-GGAAA--GACTTG-TA--CCTCATTC---TA---T---TTAAAA----A---TGGGT--A-A-GCGTTCTATGCCCGGGTACCAGTA-ATAAATTAA-GA-------GCCG---G---AT---A---TAAT--TTAGTAA-----TTTA--CAGGCCGAAACAGAACATAAATCTTCATATAT-AAATATTTTTTGATCTT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTATcaaactaattgtatgtaaaattcaataaaacaattcataaaacgttttagcatctgattgttttaatgcaa
gi|21 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatggttatTCCAT-T-ATAA-TACTT---CG-GA-------TTTGATAATAGATAAACAACGAATAAAATGGACCAAAGTCGCCTGTATGGTAAA-ATTTAACAACAAAACACCAAGTAc
gi|22 : aaaacactaaaagaAGGAAAT--------AGG-------GCGGTGGTG------G--------TTAAAA---------T---AAAAA-TGCCACTTCA--G--T-CTTCC-TC-TCGCTTACGGTTAGA-ACTT-GGAAAAAGACTTAT-A--CCTCATTC---TT---T---TT--AT----AAA-TGGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTACCAATATAtcttaacgtgacgtgtggctttaatataa
gi|23 : t-GCCG---A---AT---A---TAAT--TTTGTAA-----TCTA--TCGGCCGTAACTGAACATAAA-CCTCATACATAAAAACCTTT---ATCT-----T-----CA--TATAAACTTCAT-
gi|25 : aaAATTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATA--------CCTGAT--ACACAGTAA--T-----GAGCatttctcaagtattataaatcactttgatgtatttaactgataatatat
gi|26 : TA--GCAGCCATATTAGAGCATAAATCCTCATACATAAAGTACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTAC
gi|27 : -TTATGT-TACTG---CA-TA-------TTTAATACATGATGAACAATAAATAGGATGGACCGAAGT
gi|3 : GTTACTTCTGACTA-AATAAAAAGATACACAACGATTAGGATGG-------------------TAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGCAAGTTGCCATGGG--AGT--TTTAAT---TTAAAATGCCAAGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAT------------AAACATATCTTGGCATAAAAAACCGCCAGAT--TAAAATTAA--T-----GGACATAACTA-AA-AA--CAGGAATATGTTCAACATATATGTTCTCAAATC---CCT----------AGACT----AAATA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---A-TTAATAAAATTGTAAAAAA--A--AAAT-T------ACA---AAAATTA-----T-----------TTT---------TGAGGAAAT--------AGA-------GTGGCAATG------G----G----CAAAA-TTG-----------AAA-TGCCTAGT-AA-GCCT-TC--C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-ACTG-AGAAA--GACT-ATTA--CCTCACTC---TA---T---TTAAAA----A---TAGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTATCAGTAAATAAAATAT-AA-------GCCG---A---AT---A---TTAT--TTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACAAAAATCCTCAAACATAAAAACCTTT---ATATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTACGTATGTTTATGCG-CG-------TTTA
gi|4 : acttagttgctgacatcacctttaggtttattttaaagaagccgacttgcttgtatattgattttGTTACTTCAGATTT-AATGAAT-GATGAACAATGGATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACATGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTTAT---TAAAAAGGCCGAGA---ATTATCTTATATATTTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTGCCAATAC--ATAATTT---------ATATACA--------TCAAAACATATCTTGGCATACCAAACTGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AC-AA--CAAGTG-ACG--TA----ATATGTTCT--AATCT-GACT----------AAAAT----ATATATAAACT------ATG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AAGA--G-----C-----------CCA---------TAAGGAATT--------AGG-------GGGGTGTTG------G----AA-ATAAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCATGTCAA-G--------A-TC-AAGTATACAGTCAGA-ATTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCTTGTTC---TG---T---T---AT----T---TGAGTCAA-ACACAGTCATTGCCCGGGAATCAATATATTAAAGGC-GA-----C-GCAG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCGGAATAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---CATATGCA--TGTAAACTACAT-TTATGT-TACTT---CA-GA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGTAACAACAAATCATGCTGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATAttggctgttatttttgaatacatcgtctactgttgatcatgtgttgtcttgtttttgtat
gi|5 : GTCACTTAAGATTT-AATAAAT-GATAAACAATGATTGGGATCGGCTGAAGTCGCGTGTATGGTATAGATGTAGACA-CCAAGA-ACGCTG---GT----ATGTG--CAT--TTTAAT---TAAAAATACCGGGA---ATCATATTATATAATTG--CTGA-AAAA-A---------T-ACATTAAATACAAATAC--ATA---TAAAAAAATAATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCTGATAAAAAAAATAA--T-----GATCGT-A--A-TA-AA--CAAGAT-TGG--AA----GTATGTTCT--GGCAT-ATCT----------AAACT----AAATATAAACT------TAGTCAAGATT--TAGCTTTA---A-TCTGAAGTGGA-------A--A--AAAT----------------GA--A-----T-----------AAA---------TGAGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G-------GTTAAAA-GT-----------AAAA-TGTCACGTCAATC--T-TC--C-TC-GAGAATACGGTTAGA-ACTG-GTTAACTGACTGGTTA--CCACATTC---TT---T---TC--ATAA--T---TGGGTT---A-GCGTTCTTAGCCCGGGTACCAGTATATAAAACTA-GA-----T-GCCG---A---ATATAA---T--T--TTGG--GA---TCCTA--CCGGCCACATCAGAACTTAAATTCTCATACATAAAATACTTT---GTCTT----T-----CA--TATCAACTACAT-TTAc
gi|6 : ttttgcctatatactggttttccttttcagagttataaatatcgttactcgattgtatttaataatttatGTTATTTCGGATTT-AATAAAA-GATAGACAACGTTAAAGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAAATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGTTAGTTGTAATGTA--CAT--TTTAAT---TTAAAATGCCGGGA---ATAACATGCTTTAATTC--CAGA-AGGG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAAA--------TCAAAAGATATCTGGGCATACAAAACCACTAGAT---CAAAATAAACT-----GA-CATAA--ATAA-AAACCAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAAT-ACCT----------AAGCT----AAGTA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---ATT-----------------A--ATGAAAT-TGTAAAAAAT---ATAA--T-----T-----------TAATATTATATTTGTGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G----GT-AT----A-AT--T--------AAAA-TGCCACGTCAA-T--T-TTC-C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-AATG-GGAAA--AACTGG-TA--CCTCACTC---TA-------T---ATAAAAC---AGGG--AA-A-GCATTCTTTGTACGGGTACCAGTA-ATT-AAGATAGA-----A-GCCG---A---AT---A---TGAT--TTAGT--A---TTTTA--CCGGCAGCAAAAGAACATAAATC------CATAAAAACCTTT---ATCTT----T-----CA--TATACACTTCAT-TTATGTATGATT---CA-AATGAATCCTTTAAGAAATccgaatgtcgaaaggtatttcatatacaatcaaattgtgt
gi|7 : atacagaggtattattctgaagaactgaccaattaaataagtatgtttatGTTACTTCGGATTT-AATACAT-GATGAACAATGAGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-AAA-ACAAAATATGATGTAAGCTGAAATGGT--CAT--TTCAAT---TAAAAATGCCGGAA---ATTATCTTATATATTTC--ATGA-AGAC-A---------T-ACATTAA-TACCAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGAATACAAAACTGCCAGAT--ACAAAGTAA--TAAAACAAGCATAA--A-AC-AG--CAAAAG-AGG--TA----CAATGTTCT--AATCT-GACT----------AAAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAA----A---A-T-----------------A--A--AAAC-A------ACT---AGGA--G-----A-----------CCA---------TTAGGAATT--------AGG-------GTGGTGTTA------GAGTAAA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-A--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGGTCAGA-AATA-AGAAACTGACTTGTTA--CTGCGTTC---TG---T---T---ATTAC-T---TTGGTCG--A-GCGCACATCGCCCGGGAACCTATATATCAAAGGT-GA-----C-AAAT---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--ACAGCCAGATTAAAACATAAATCCTCATACATGAAATATTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTCCAT-TTATtcaataaat
gi|8 : atGTTACTTCGTATTT-AATAAAT-GATGAACATTGAATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAATCACGATGTAAGTTGAAATGGG---AT--TTTAAT---AAAAAATGCCGGGA--------ATTATATAATTC--CTGA-AGAT-A---------T-ACATTAATTACCAATAC--ATAAATT---------ATACACA--------ACAAAACATATATGGGAATACAAAACCGCCGGAT--ATAAAGTAA--T-----GATCATAA--A-AACAA--CAAATG-AGG--TA----GTTTGTTTT--AATCT-ACCT----------ATAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACA---AGGA--T-----A-----------CAA---------TGAGTAATT--------AGG-------GTGGTGGTGATGGGTA----AA-ATTAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCTCGTCAA-G--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGATCAGA-ACTG-AGAA----ACTGGTTA--CCGCGTTA---TGTTAT---T---AT----T---TGGGTCGAGA-GCA--CTT-------AAAGTAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCG---AAAGAT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCAGATTAGA--------------ACATAAAATACTTC---ATCTTAC--T-----GAATTATAAACTACAT-TTActagatactgttttggttttgcctgaactttagattatattgaa
gi|9 : aagacacatagttcttcattatttctcatttctttttatttatGTTACTTCCGGTTT-AATAAAT-GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTA-CCA-ACAAAATACCATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATACTATTATATAATTC--CTGA-AGAG-ATAGTATTATT-ACATTAATTATCAATAC--ATA---T---------ATATACATCAAAAATTCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCC
gi|9 : catcatatcagatttgttatccaattacaaggtaaggtcgtataagttgtctttat--G-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------GTGGTGGTG------GGAC-AA-ATTAAAA-ATGGAGACTCAAAAAAA-TGCCACATCAA-G--T-AT--CCTT-GAGTATACGACCAGA-ACTT-AGAAACTGATTGGTCA--CCGCATTC---TA---T---T---AT---------AAGTCCA--------CTTCGCCCTGGAACCAATACATAAAAGTT-GA-----C-ACCG---A---AT---A---ACAT--TTGGTAAC---CTCTATACCAGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTACAGT-----AA--TATAAGCTACAT-ATATGcatgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAATCATGATACACATATTTACAAAATTTATGAAACACAACTAATTCATGTTAAAATGATCATTTATCTAATATAATTATTGATCTTTACTTTGCTATGAACAATAGAAAGCCATTATATCACAAAATTTCAGTACCTAATCACAGTATTGATCATTACAAATTGAGTACCTTATTTTACTTAAATACCTATAATTACTTATAGTTTATAAGTTGAAAAAATAAGCTAAAGATGAAATAAAAGTGAATCGTAAAGTGAAATGAAATGCTTGGAATGCCCGGTCCAAAGACTTATTTCCACTCAGGGGTTCATATAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTTTTATTCAGCATGTATGTCATACAGTATATAAACGAATACAAAATTAATGTATACATGTATAAAATATGGCTATTTACATTAAAACGATTATTTATCTAAAAAATTATTGATCTATACATTGCTATGAACATCACAGAATATATCACAAAATTTCAGTCCATCGTTTAGTACCTTATTGTACTTATTTACTTACCATTAATAGTTTGTA
Unaligned ( gi|19 ): AATGCATAGTTACATACTGGTACCCCACCCATATATTACTTTAATACTTAATATTATTGATAGGTCATAGGTTTGAAAAAAAATACGCTAAAACTGAAATAAAAGTGAATCTTAAAGTGATACAAAACAGTCAAGCCAGAGGACTTATTTCTACTGGGGTCCATTATAACATGAATGCATCCTTTAAATATGTTGCTTTTTAATAA
Unaligned ( gi|20 ): CATGTATACATATCTTGACAAAAATATGAAAACAGATTATTACATTAAAATATTCATTTATCTCTACAACATCAAGTGTCATTATATTACAATATTTCAGTACATTATCACAGTATTTATAATTATTTAACAATTTAGTAACCTAATATTTAACTTGAATACTTATTATTCGTAGTACATACAGT
Unaligned ( gi|24 ): TTTATTCAATATACATATCATACAGTATATAAACACATATTATATGTTCAAAATTTATGAAAAACAGCTAATTATACCAAAATTATCATTTATCTAAAATAATTATTGATCTATATTTTGCCATGGACACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111111 11111111 11 11111111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 33333333333333333333333333333333333 2222222222222 4444444444444444444444 1111111 2222222222 11111 3333333333 1111111 1
lowQualScore : 3 44 0 0 3 3 4 2 0 44 44 555 555 2 44 3 3 44444444444 3 555 2222222222222 66666666 6 44 55 99999 3 0 11 4 8 55 4 33333333 55 0 4 7777777777 1 5 8888 2 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 00000000 9999999 99999999999999999999999999999999999 2 3333333333333 44 2 2 22 99 2 33 3 0 555 6666 555 5555555555555555555555 2 1 4 1 5 3 11 2 4444444 444 444 0000000000 33 0 99999 1 33 0 1 444 4444444444 33 1 2 8 7 777 55 8888888 0 1 5 1 1 444
lowQualScore : . .. . . . . . . . .. .. ... ... . .. . . ........... . ... ............. ........ . .. .. ..... . . .. . . .. . ........ .. . . .......... . . .... . . .............................................................................................................. . ........ ....... ................................... . ............. .. . . .. .. . .. . . ... .... ... ...................... . . . . . . .. . ....... ... ... .......... .. . ..... . .. . . ... .......... .. . . . . ... .. ....... . . . . . ...
lowQualScore : 6 11 2 3 1 1 0 8 7 22 22 444 444 1 22 1 1 44444444444 8 444 4444444444444 44444444 3 66 00 11111 5 8 00 0 0 55 0 22222222 55 3 0 5555555555 5 0 5555 4 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 44444444 3333333 11111111111111111111111111111111111 9 4444444444444 11 2 9 99 33 5 99 8 3 000 6666 000 6666666666666666666666 9 1 5 0 2 8 11 9 6666666 777 777 7777777777 77 9 55555 0 44 8 0 444 9999999999 77 0 7 9 4 888 44 9999999 2 0 0 0 0 555
consensus : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCT-GCCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
Reference ( family-2411 ) : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCT-GCCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
gi|1 : GTTACTTTGGATTT-GATAAAA-GATAGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCATTTGTATGGTGAAGATGCA-ACA-ACAAAACACCAATTAAGTTGTAATGGG--CAT--TTTAAT---TTAAAATACCTGGA---ATTATATTATCTAATTC--CTGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATACACAAA----TCAAAACATATCTAGGCATAAAAAACTGCCAGAT--AAAAAATAA--T-----GAACATAA--A-AA-AA--TAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAAT-ACCTCAACTAAGTAAAACTTAAGGCATATAATAT------ATA----TA----TAT----ATATA-T-----------------A--T--AAATAT------A-----AAAA--AATTTTT-----------TTT---------TCAAGAAAT--------AGG-------GTGCTGGTG------G----G----TAAAA-TT-----------AAAA-TGCCGCGTCA--G--T-CTTCC-TC-TAGCTTAGGGTTAGATATTGTAAAAA--GACT---TAAACCTCACTC---TA---T---TG--AT----CAA-TGAGT--A-A-GAGTTCTTTGCCCGGGTACCAGTATATATAAATA-AA-----A-GCCG---A---ATAAAA---T--T--TT-GTAA-----TCTA--CCGGCCGCAACGGACCATCAA-CCTCTTACATAAAAACCTTT---GTTTT----T-----CA--TATAAACTTCATATTATAT-TG--T---TA-TA-------TT--ATCAATGA
gi|10 : gtatttgcaaaatttatggaaatttttttttcaataaaatgatcatttatctaaaatagttgttgatctattatttgctatgaacatcgcagcataccattgtaattgtatcaaaaaatttcagtactttatcacagtattaatcattacaaattgagtatcttattttacttgttataaataatctaaaaatgaaatgaaaaaatgaaatgaatcttaaagtgacatgaaattcttggaaagccaagtaaagtgtgaggacttttttcaactcgggtctaacgtgattaaaaaactaccgttgggcactagcaataaaaatatattattcataaaaatgtattaaataaataaaataatcaaaataacatttaaGTTACTTCGGATTA-AATAAAT-GATAAACAATGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTATATGGTAAAGATAAA-ACA-ACAAAACACTATGTAAATTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATTCTATTATATAATTC--CTAA-AGAG-A---------TCAAATTAATTGCAAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAAC--ATCTGGGCATACAAAACCTACGAAT--ACAAAGTAA--T-----CAGCATAA--A-AACAA--CAAAAG-AGG--TA----ATATGTTCT--AATCT-GCCT----------A------------ACAGGTT------AAG----AC----TAG----A---A-T-----------------C--A--AATT-T------ACA---AGGA--A-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------ATGGTGG-G------T----AATATGAAAATATGGTGACTCGAAAAGA-TGCCGCGTCAA-G--TACC--C-TT-GGGTATATGGTCAGA-ACCT-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TA---T---T---AT----TATCTGGGTTG--A-GCGCACTTCCACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCGAATA---AT---A---T--T--TTGGTAAT---CTATA--CCGGCCAGAATAGCACATAAATTCTCGTATATAAAATACTTT---ATCTctttgactatttaattcattatata
gi|11 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgatattgtGTA-GCATACAAAACA---------TTGAAATATGATCATCTTTTAATAACTAAAAAGGTGAGGA---ATCATATTATATCATTCTTCCAACAAAG-G---------T-ACATTAATTACCTATGC--ATA---T---------ATTTACA--------TGAAAGCATATCTGGGAATACAAAACCACCATAT--ACAAAACAA--A-----GAGCAT-G--G-TA-AG--CAAGAG-AGG--TA----ATATGATCT--GATCT-GCA-----------GGACT----ATGTATAAACT------AAG----GC----CAG----A---A-T-------------------------AT-T-------CTATAAGGA--G-----T-----------AAA---------CGAGAAATT--------AGG-------GTGGTGGGG------GTT--AA-AGTAAAA-CTGTTGACTC---AAAA-T-----GTCAA-GC-T-TC--C-TC-AAGAACAC-GTTAG----------AACTAACTGGTTC--CCACGCTCTATTA---T---T---AT----T---TGGGCTG--A-GCATT-TTTGCCAGGGAACCAGTAGATAAAATGT-AATAATGC-GC-----G---AT---ACTCT--T--TTGTTATC---TTTTC--CTGGCCAGATCAGAACACAAATATTCATACATAAAATACTTC---ATATTA---------CA--TACAAA
gi|12 : aaccacatttaataatgcttgataagtaaaaacaggcacagtttggaaatgatcatgtgatatgggaagttttcaaaatttg----TAG----A---A-T-----------------T--A--AACT-A------AAT---AGAA--G-----T-----------TAA---------TGAGAAACT--------AAG-------TTGGTGGTA------GGTA-AA-ATTAGAA-ATGGCGACTGGAAAAAA-ATCTACGTCAA-G--T-TT--AATC-GAGAATACGGTGATA-ACTT-GAAAACTGACTGGTTA--CC-CGCTC---TG---TAATT---AC----T---TG--TAGAGA-ACGTTCTTTGCCAGGGAACCAGTAGATAGCATAT-AA-----T-ACGG---A---AT---A---T--T--TTTTTGAAATTTTTTC--TCGGCCAGATCAGAACATAATTCCTCATATATAAAATACTTT------TTA---TTG---CA--TAGAAACTACA--TAATAT-TATAT---CA-AA-------Ttaaaatataatatt
gi|13 : agAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-G------ACT---AGAA--G-----C-----------CCA---------TGAGAAATT--------GAG-------GTGATGGTG------GGTA-AA-ATTAAAA--TGGTGACTCGAAAAAAATTCCACGTCTG-C--T-AT--C-TTTGAGTATCCGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TG---T---T---AT----T------ATTTG-A-GCGCATTTCGACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCTG---A---ATAACA---T--T--TTGGTTAA---CTATA--CCAGCCAGATAAGAACATTAATCCTCGTACATAAAATACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTACA---TATG---ACTT---TG-CAT------TTTAGTTTGTGATTTATAACGAAcaaacatattaatatgtttcaaatatgctagcaacatagcaactaatactgagtttataatattattgtgatttattacaa
gi|15 : GTTTCTTCAGATTTTGATAAAT-AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGG--TAT--TTTAAT---TAAAAATGACGGGAATTATTATATTATATAATTC--TTTA-AGAG-A---------T-ACATTTACTACAAGT----ATA---T---------ACACACA--------TCAAAACATATCTGGGCcta
gi|16 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgcctacatcaaatgttttatcaagtttaaactttgaatgaataacaattatgatgtagttatGATGAACTGAAGTCGCTTGTAAGGTAAAGATATA-ACA-A---AACATGATGTTAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCAGGGA---ATCAAATTATATGATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTACCAATAC----A---T---------ATATACA--------GTAAAGCATATCTGAGCATACAAAACCGTC------ACAAAG
gi|18 : GCCCGGGTACCAGTAAAT--AAGAT-AA-----AAGACG---A---AT---A---T--TATTTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACATTAATCCTCA-ACATAAAAACCTTT---TTATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-CAGTAT-CA-TT---CGCTA-------TTTAACAAActgccagacaaagcaaacagcaaccgcccagacgacagaggtgcatcgtatgttaggaaacagtaaattgtctatgatcatcacgatctgttgtctacgataatcagatatc
gi|2 : tGTTACTTCGGATTT-AATAAAA-GATTGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGTTGTGATTGG--CAT--TTTAAT---TGAAAATGCCGGGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAGAA---------A-ACATAAAACACCCATACATATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--CAAAATTAA--T-----GAATATAAATA-AA-AA--CAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATAGCTT----------AAG-T----AAGTA-AAACTGA----AAG----CA----AAG----A---A-G-----------------ATTA--AAAT-T------AAT---AAAATTG-----TAAAAAAAAAAACAA---------TTACAAAATCATAAATGAGGAAACAGGGTGGTGTTG------G----G----TAAAA---------TC---AAAA-TGCCACGTCAG-A--C-TT--CTTC-CAGCATATGGTTAGA-ATTG-GGAAA--GACTTG-TA--CCTCATTC---TA---T---TTAAAA----A---TGGGT--A-A-GCGTTCTATGCCCGGGTACCAGTA-ATAAATTAA-GA-------GCCG---G---AT---A---TAAT--TTAGTAA-----TTTA--CAGGCCGAAACAGAACATAAATCTTCATATAT-AAATATTTTTTGATCTT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTATcaaactaattgtatgtaaaattcaataaaacaattcataaaacgttttagcatctgattgttttaatgcaa
gi|21 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatggttatTCCAT-T-ATAA-TACTT---CG-GA-------TTTGATAATAGATAAACAACGAATAAAATGGACCAAAGTCGCCTGTATGGTAAA-ATTTAACAACAAAACACCAAGTAc
gi|22 : aaaacactaaaagaAGGAAAT--------AGG-------GCGGTGGTG------G--------TTAAAA---------T---AAAAA-TGCCACTTCA--G--T-CTTCC-TC-TCGCTTACGGTTAGA-ACTT-GGAAAAAGACTTAT-A--CCTCATTC---TT---T---TT--AT----AAA-TGGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTACCAATATAtcttaacgtgacgtgtggctttaatataa
gi|23 : t-GCCG---A---AT---A---TAAT--TTTGTAA-----TCTA--TCGGCCGTAACTGAACATAAA-CCTCATACATAAAAACCTTT---ATCT-----T-----CA--TATAAACTTCAT-
gi|25 : aaAATTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATA--------CCTGAT--ACACAGTAA--T-----GAGCatttctcaagtattataaatcactttgatgtatttaactgataatatat
gi|26 : TA--GCAGCCATATTAGAGCATAAATCCTCATACATAAAGTACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTAC
gi|27 : -TTATGT-TACTG---CA-TA-------TTTAATACATGATGAACAATAAATAGGATGGACCGAAGT
gi|3 : GTTACTTCTGACTA-AATAAAAAGATACACAACGATTAGGATGG-------------------TAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGCAAGTTGCCATGGG--AGT--TTTAAT---TTAAAATGCCAAGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAT------------AAACATATCTTGGCATAAAAAACCGCCAGAT--TAAAATTAA--T-----GGACATAACTA-AA-AA--CAGGAATATGTTCAACATATATGTTCTCAAATC---CCT----------AGACT----AAATA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---A-TTAATAAAATTGTAAAAAA--A--AAAT-T------ACA---AAAATTA-----T-----------TTT---------TGAGGAAAT--------AGA-------GTGGCAATG------G----G----CAAAA-TTG-----------AAA-TGCCTAGT-AA-GCCT-TC--C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-ACTG-AGAAA--GACT-ATTA--CCTCACTC---TA---T---TTAAAA----A---TAGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTATCAGTAAATAAAATAT-AA-------GCCG---A---AT---A---TTAT--TTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACAAAAATCCTCAAACATAAAAACCTTT---ATATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTACGTATGTTTATGCG-CG-------TTTA
gi|4 : acttagttgctgacatcacctttaggtttattttaaagaagccgacttgcttgtatattgattttGTTACTTCAGATTT-AATGAAT-GATGAACAATGGATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACATGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTTAT---TAAAAAGGCCGAGA---ATTATCTTATATATTTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTGCCAATAC--ATAATTT---------ATATACA--------TCAAAACATATCTTGGCATACCAAACTGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AC-AA--CAAGTG-ACG--TA----ATATGTTCT--AATCT-GACT----------AAAAT----ATATATAAACT------ATG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AAGA--G-----C-----------CCA---------TAAGGAATT--------AGG-------GGGGTGTTG------G----AA-ATAAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCATGTCAA-G--------A-TC-AAGTATACAGTCAGA-ATTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCTTGTTC---TG---T---T---AT----T---TGAGTCAA-ACACAGTCATTGCCCGGGAATCAATATATTAAAGGC-GA-----C-GCAG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCGGAATAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---CATATGCA--TGTAAACTACAT-TTATGT-TACTT---CA-GA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGTAACAACAAATCATGCTGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATAttggctgttatttttgaatacatcgtctactgttgatcatgtgttgtcttgtttttgtat
gi|5 : GTCACTTAAGATTT-AATAAAT-GATAAACAATGATTGGGATCGGCTGAAGTCGCGTGTATGGTATAGATGTAGACA-CCAAGA-ACGCTG---GT----ATGTG--CAT--TTTAAT---TAAAAATACCGGGA---ATCATATTATATAATTG--CTGA-AAAA-A---------T-ACATTAAATACAAATAC--ATA---TAAAAAAATAATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCTGATAAAAAAAATAA--T-----GATCGT-A--A-TA-AA--CAAGAT-TGG--AA----GTATGTTCT--GGCAT-ATCT----------AAACT----AAATATAAACT------TAGTCAAGATT--TAGCTTTA---A-TCTGAAGTGGA-------A--A--AAAT----------------GA--A-----T-----------AAA---------TGAGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G-------GTTAAAA-GT-----------AAAA-TGTCACGTCAATC--T-TC--C-TC-GAGAATACGGTTAGA-ACTG-GTTAACTGACTGGTTA--CCACATTC---TT---T---TC--ATAA--T---TGGGTT---A-GCGTTCTTAGCCCGGGTACCAGTATATAAAACTA-GA-----T-GCCG---A---ATATAA---T--T--TTGG--GA---TCCTA--CCGGCCACATCAGAACTTAAATTCTCATACATAAAATACTTT---GTCTT----T-----CA--TATCAACTACAT-TTAc
gi|6 : ttttgcctatatactggttttccttttcagagttataaatatcgttactcgattgtatttaataatttatGTTATTTCGGATTT-AATAAAA-GATAGACAACGTTAAAGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAAATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGTTAGTTGTAATGTA--CAT--TTTAAT---TTAAAATGCCGGGA---ATAACATGCTTTAATTC--CAGA-AGGG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAAA--------TCAAAAGATATCTGGGCATACAAAACCACTAGAT---CAAAATAAACT-----GA-CATAA--ATAA-AAACCAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAAT-ACCT----------AAGCT----AAGTA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---ATT-----------------A--ATGAAAT-TGTAAAAAAT---ATAA--T-----T-----------TAATATTATATTTGTGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G----GT-AT----A-AT--T--------AAAA-TGCCACGTCAA-T--T-TTC-C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-AATG-GGAAA--AACTGG-TA--CCTCACTC---TA-------T---ATAAAAC---AGGG--AA-A-GCATTCTTTGTACGGGTACCAGTA-ATT-AAGATAGA-----A-GCCG---A---AT---A---TGAT--TTAGT--A---TTTTA--CCGGCAGCAAAAGAACATAAATC------CATAAAAACCTTT---ATCTT----T-----CA--TATACACTTCAT-TTATGTATGATT---CA-AATGAATCCTTTAAGAAATccgaatgtcgaaaggtatttcatatacaatcaaattgtgt
gi|7 : atacagaggtattattctgaagaactgaccaattaaataagtatgtttatGTTACTTCGGATTT-AATACAT-GATGAACAATGAGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-AAA-ACAAAATATGATGTAAGCTGAAATGGT--CAT--TTCAAT---TAAAAATGCCGGAA---ATTATCTTATATATTTC--ATGA-AGAC-A---------T-ACATTAA-TACCAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGAATACAAAACTGCCAGAT--ACAAAGTAA--TAAAACAAGCATAA--A-AC-AG--CAAAAG-AGG--TA----CAATGTTCT--AATCT-GACT----------AAAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAA----A---A-T-----------------A--A--AAAC-A------ACT---AGGA--G-----A-----------CCA---------TTAGGAATT--------AGG-------GTGGTGTTA------GAGTAAA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-A--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGGTCAGA-AATA-AGAAACTGACTTGTTA--CTGCGTTC---TG---T---T---ATTAC-T---TTGGTCG--A-GCGCACATCGCCCGGGAACCTATATATCAAAGGT-GA-----C-AAAT---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--ACAGCCAGATTAAAACATAAATCCTCATACATGAAATATTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTCCAT-TTATtcaataaat
gi|8 : atGTTACTTCGTATTT-AATAAAT-GATGAACATTGAATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAATCACGATGTAAGTTGAAATGGG---AT--TTTAAT---AAAAAATGCCGGGA--------ATTATATAATTC--CTGA-AGAT-A---------T-ACATTAATTACCAATAC--ATAAATT---------ATACACA--------ACAAAACATATATGGGAATACAAAACCGCCGGAT--ATAAAGTAA--T-----GATCATAA--A-AACAA--CAAATG-AGG--TA----GTTTGTTTT--AATCT-ACCT----------ATAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACA---AGGA--T-----A-----------CAA---------TGAGTAATT--------AGG-------GTGGTGGTGATGGGTA----AA-ATTAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCTCGTCAA-G--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGATCAGA-ACTG-AGAA----ACTGGTTA--CCGCGTTA---TGTTAT---T---AT----T---TGGGTCGAGA-GCA--CTT-------AAAGTAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCG---AAAGAT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCAGATTAGA--------------ACATAAAATACTTC---ATCTTAC--T-----GAATTATAAACTACAT-TTActagatactgttttggttttgcctgaactttagattatattgaa
gi|9 : aagacacatagttcttcattatttctcatttctttttatttatGTTACTTCCGGTTT-AATAAAT-GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTA-CCA-ACAAAATACCATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATACTATTATATAATTC--CTGA-AGAG-ATAGTATTATT-ACATTAATTATCAATAC--ATA---T---------ATATACATCAAAAATTCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCC
gi|9 : catcatatcagatttgttatccaattacaaggtaaggtcgtataagttgtctttat--G-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------GTGGTGGTG------GGAC-AA-ATTAAAA-ATGGAGACTCAAAAAAA-TGCCACATCAA-G--T-AT--CCTT-GAGTATACGACCAGA-ACTT-AGAAACTGATTGGTCA--CCGCATTC---TA---T---T---AT---------AAGTCCA--------CTTCGCCCTGGAACCAATACATAAAAGTT-GA-----C-ACCG---A---AT---A---ACAT--TTGGTAAC---CTCTATACCAGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTACAGT-----AA--TATAAGCTACAT-ATATGcatgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
blockSeqs : T AA G T T T AT CT AAC ATT T TT C A TAGTATTATT T ATA TAAAAAAATA TCAAAAAT G AA AC AAAAC G AT T C AC T TTCAACAT CA A . G C . T C GAAAGCAAAGAAAATTAGAATTAATAAAATTGTAAAAAAAAAATTACAAAAATTATTTT T CATAAATG AAACAGG ATGGGTAAAATTAGAAATGGTGACTCGAA A AGCCTTCC TG T . T CT G . G TAT GTTA AAT ATTATCTGGGTTG C C C A T T GG A TAATGC AAT AAG ACTCT AT AATTT A TA A TTG ACATATG AT A . A T ATG CT TGAATCC T G G T GCT
blockSeqs : . T . . C A . . . . C . . . TC T A ATTT . A . . . G CT . C . . TA . . . A C . A T GAAAGCAAAGAAAATTAGAATTAATGAAATTGTAAAAAATATAATTTAATATTATATT T . . GAGTAAAATTAAAAATGGTGACTCGAA . AGTACCC G A . T CT G . A . A . ATAAAACAGGGAA . T T A G A TG . AA . . AACAT . TC T . T . ACAGT . A . A C . A T
blockSeqs : . T . . G T . . . . T . . . T C A AATT . A . . . A . . . . . TA . . . G A . A T GAAAGCAAAGAAGATTAAAATTAATAAAATTGTAAAAAAAAAAACAA C . . GGTAAAATTAGAAATGGCGACTGGAA . AGCTTCC A A . G CT G . G . A . ATTACTTTGGTCG . T T A G A TA . C . . ATAAT . CT T . T . ATTG . T . . C . C .
blockSeqs : . A . . C A . . . . C . . . T T A T . T . . . G . . . . . AC . . . A C . T T TAGTCAAGATTTAGCTTTAATCTGAAGTGGAAAAAATGAATAAA T . . GGACAAATTAAAAATGGAGACTCAAA . AGTTTAA G T . G CT G . T . G . TAAAAATGGGTA . C C A T T GG . T . . ATAA . AC A . T . ACT . T . . C . G .
blockSeqs : . T . . A A . . . . A . . . T A A T . A . . . A . . . . . TA . . . A C . A T AAGACTAGAATCAAATTTACAAGGAACCCA A . . TAATATGAAAATATGGTGACTCGAA . GACTTCT C C . T AA T . T . G . TATAAATGGGTA . T T T A A GA . C . . ATAA . AC T . A . A . C . . T . T .
blockSeqs : . T . . G T . . . . A . . . A T A T . G . . . G . . . . . AA . . . A A . A T ATGGATAGAATAAAAATTACTAAGAGCCCA A . . GGTAAAATTAAAATGGTGACTCGAA . GTCTTCC T C . G CT T . T . A . TAAAAATAGGTA . T T T T A TA . C . . ATTA . AT T . A . A . T . . C . C .
blockSeqs : . A . . G T . . . . T . . . A A A T . T . . . T . . . . . AC . . . A A . T . AAGGCTAAAATAAAAACAACTAGGAGACCA A . . GAAATAAGAAATGGTGACTCGAA . ATCTTCC T C . G CT G . T . T . CATAATTGGGTT . T T T A T TA . T . . ATGA . AT C . A . T . A . . A . G .
blockSeqs : . T . . A A . . . . C . . . T T A T . A . . . G . . . . . TA . . . T . . T . AAGGCTAGAATAAAAATTACAAGGATACAA T . . GTTAAAGTAAAACTGTTGACTC . ATTTTCC A T . G CT G . A . A . ATTTGGGTCGAG . G T T T A GG . A . . AACA . AC T . T . T . T . . . . A .
blockSeqs : . T . . G T . . . . A . . . T A A T . A . . . T . . . . . TA . . . . . . . . AAGGCCAGAATATTCTATAAGGAGTAAA A . . GGCAAAATTG . AATATCC G A . G CT G . T . G . ATTTGAGTCAA . T A A T T CT . C . . AT . AC A . A . T . A .
blockSeqs : . T . . G T . . . . T . . . A A A T . G . . . . A . . GGTTAAAAGT . AGTATCC T C . A . T . G . T . ATTTGGGCTG . T T T T C GA . C . . AT . CC C . A . A . A .
blockSeqs : . . C T . . . . A . . . T T . T . . . T . . GGTAAAATC . AGTATCC G T . G . G . G . A . ACTTGTAGAG . C C T T T GG . C . . AT . . T . T . T . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T T . T . T . . GTTAAAATA . GCTATC G T . T . G . G . G . ATAAGTCCA . . C A C A GG . . . . AT . . A . A . T . C .
blockSeqs : . . T . T . . GGTATAATT . AGA G T . . . . . . . A . ATTATTTG . . . A . . GT . . . . AT . . A . T . T . A .
blockSeqs : A . . . AT . . C . T . A . A .
blockSeqs : . T .
blockSeqCons : ******** ********** **** G* CT ** AT******** AC***
originalCons : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCT-GCCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
finalCons : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCT-GCCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---ATAT--------T--TTGGTAAAC---TNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAATCATGATACACATATTTACAAAATTTATGAAACACAACTAATTCATGTTAAAATGATCATTTATCTAATATAATTATTGATCTTTACTTTGCTATGAACAATAGAAAGCCATTATATCACAAAATTTCAGTACCTAATCACAGTATTGATCATTACAAATTGAGTACCTTATTTTACTTAAATACCTATAATTACTTATAGTTTATAAGTTGAAAAAATAAGCTAAAGATGAAATAAAAGTGAATCGTAAAGTGAAATGAAATGCTTGGAATGCCCGGTCCAAAGACTTATTTCCACTCAGGGGTTCATATAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTTTTATTCAGCATGTATGTCATACAGTATATAAACGAATACAAAATTAATGTATACATGTATAAAATATGGCTATTTACATTAAAACGATTATTTATCTAAAAAATTATTGATCTATACATTGCTATGAACATCACAGAATATATCACAAAATTTCAGTCCATCGTTTAGTACCTTATTGTACTTATTTACTTACCATTAATAGTTTGTA
Unaligned ( gi|19 ): AATGCATAGTTACATACTGGTACCCCACCCATATATTACTTTAATACTTAATATTATTGATAGGTCATAGGTTTGAAAAAAAATACGCTAAAACTGAAATAAAAGTGAATCTTAAAGTGATACAAAACAGTCAAGCCAGAGGACTTATTTCTACTGGGGTCCATTATAACATGAATGCATCCTTTAAATATGTTGCTTTTTAATAA
Unaligned ( gi|20 ): CATGTATACATATCTTGACAAAAATATGAAAACAGATTATTACATTAAAATATTCATTTATCTCTACAACATCAAGTGTCATTATATTACAATATTTCAGTACATTATCACAGTATTTATAATTATTTAACAATTTAGTAACCTAATATTTAACTTGAATACTTATTATTCGTAGTACATACAGT
Unaligned ( gi|24 ): TTTATTCAATATACATATCATACAGTATATAAACACATATTATATGTTCAAAATTTATGAAAAACAGCTAATTATACCAAAATTATCATTTATCTAAAATAATTATTGATCTATATTTTGCCATGGACACAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111111111 11111111 11 11111111 1111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 33333333333333333333333333333333333 2222222222222 4444444444444444444444 1111111 2222222222 11111 3333333333 1111111 1
lowQualScore : 3 44 0 0 3 3 4 2 0 44 44 555 555 2 44 3 3 44444444444 3 555 2222222222222 66666666 6 44 55 99999 3 0 11 4 8 55 4 33333333 55 0 4 7777777777 1 5 8888 2 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 00000000 9999999 99999999999999999999999999999999999 2 3333333333333 44 2 2 22 99 2 33 3 0 555 6666 555 5555555555555555555555 2 1 4 1 5 3 11 2 4444444 444 444 0000000000 33 0 99999 1 33 0 1 444 4444444444 33 1 2 8 7 777 55 8888888 0 1 5 1 1 444
lowQualScore : . .. . . . . . . . .. .. ... ... . .. . . ........... . ... ............. ........ . .. .. ..... . . .. . . .. . ........ .. . . .......... . . .... . . .............................................................................................................. . ........ ....... ................................... . ............. .. . . .. .. . .. . . ... .... ... ...................... . . . . . . .. . ....... ... ... .......... .. . ..... . .. . . ... .......... .. . . . . ... .. ....... . . . . . ...
lowQualScore : 6 11 2 3 1 1 0 8 7 22 22 444 444 1 22 1 1 44444444444 8 444 4444444444444 44444444 3 66 00 11111 5 8 00 0 0 55 0 22222222 55 3 0 5555555555 5 0 5555 4 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 44444444 3333333 11111111111111111111111111111111111 9 4444444444444 11 2 9 99 33 5 99 8 3 000 6666 000 6666666666666666666666 9 1 5 0 2 8 11 9 6666666 777 777 7777777777 77 9 55555 0 44 8 0 444 9999999999 77 0 7 9 4 888 44 9999999 2 0 0 0 0 555
consensus : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCT-GCCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
Reference ( family-2411 ) : GTTACTTCGGATTT-AATAAAT-GATAAACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATNATATTATATAATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAANTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AA-AA--CAAGAG-AGG--NA----ATATGTTCT--GATCT-GCCT----------AAACT----ANATATAAACT------AAG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AGGA--G-----T-----------CNA---------TGAGGAANT--------AGG-------GTGGTGGTG------G----AA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-G--T-NT--C-TC-GAGCATACGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCNCGTTC---TG---T---T---AT----T---TGGGTCGA-A-GCGTTCTTCGCCCGGGNACCAGTATATNAAAGGT-GA-----C-GCCG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTNTA--CCGGCCGGANCAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---T-----CA--TATAAACTNCAT-TTATGT-TACTT---CG-NA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACCGAAGTCGCCTGTNTGGTAAAGATNTAACAACAAANCACGNNGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATA
gi|1 : GTTACTTTGGATTT-GATAAAA-GATAGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCATTTGTATGGTGAAGATGCA-ACA-ACAAAACACCAATTAAGTTGTAATGGG--CAT--TTTAAT---TTAAAATACCTGGA---ATTATATTATCTAATTC--CTGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATACACAAA----TCAAAACATATCTAGGCATAAAAAACTGCCAGAT--AAAAAATAA--T-----GAACATAA--A-AA-AA--TAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAAT-ACCTCAACTAAGTAAAACTTAAGGCATATAATAT------ATA----TA----TAT----ATATA-T-----------------A--T--AAATAT------A-----AAAA--AATTTTT-----------TTT---------TCAAGAAAT--------AGG-------GTGCTGGTG------G----G----TAAAA-TT-----------AAAA-TGCCGCGTCA--G--T-CTTCC-TC-TAGCTTAGGGTTAGATATTGTAAAAA--GACT---TAAACCTCACTC---TA---T---TG--AT----CAA-TGAGT--A-A-GAGTTCTTTGCCCGGGTACCAGTATATATAAATA-AA-----A-GCCG---A---ATAAAA---T--T--TT-GTAA-----TCTA--CCGGCCGCAACGGACCATCAA-CCTCTTACATAAAAACCTTT---GTTTT----T-----CA--TATAAACTTCATATTATAT-TG--T---TA-TA-------TT--ATCAATGA
gi|10 : gtatttgcaaaatttatggaaatttttttttcaataaaatgatcatttatctaaaatagttgttgatctattatttgctatgaacatcgcagcataccattgtaattgtatcaaaaaatttcagtactttatcacagtattaatcattacaaattgagtatcttattttacttgttataaataatctaaaaatgaaatgaaaaaatgaaatgaatcttaaagtgacatgaaattcttggaaagccaagtaaagtgtgaggacttttttcaactcgggtctaacgtgattaaaaaactaccgttgggcactagcaataaaaatatattattcataaaaatgtattaaataaataaaataatcaaaataacatttaaGTTACTTCGGATTA-AATAAAT-GATAAACAATGAATAGGATGGACCGAAGTCGCTTATATGGTAAAGATAAA-ACA-ACAAAACACTATGTAAATTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATTCTATTATATAATTC--CTAA-AGAG-A---------TCAAATTAATTGCAAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAAC--ATCTGGGCATACAAAACCTACGAAT--ACAAAGTAA--T-----CAGCATAA--A-AACAA--CAAAAG-AGG--TA----ATATGTTCT--AATCT-GCCT----------A------------ACAGGTT------AAG----AC----TAG----A---A-T-----------------C--A--AATT-T------ACA---AGGA--A-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------ATGGTGG-G------T----AATATGAAAATATGGTGACTCGAAAAGA-TGCCGCGTCAA-G--TACC--C-TT-GGGTATATGGTCAGA-ACCT-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TA---T---T---AT----TATCTGGGTTG--A-GCGCACTTCCACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCGAATA---AT---A---T--T--TTGGTAAT---CTATA--CCGGCCAGAATAGCACATAAATTCTCGTATATAAAATACTTT---ATCTctttgactatttaattcattatata
gi|11 : tttaaactttgtagtatgtgaagttatattatcgatattgtGTA-GCATACAAAACA---------TTGAAATATGATCATCTTTTAATAACTAAAAAGGTGAGGA---ATCATATTATATCATTCTTCCAACAAAG-G---------T-ACATTAATTACCTATGC--ATA---T---------ATTTACA--------TGAAAGCATATCTGGGAATACAAAACCACCATAT--ACAAAACAA--A-----GAGCAT-G--G-TA-AG--CAAGAG-AGG--TA----ATATGATCT--GATCT-GCA-----------GGACT----ATGTATAAACT------AAG----GC----CAG----A---A-T-------------------------AT-T-------CTATAAGGA--G-----T-----------AAA---------CGAGAAATT--------AGG-------GTGGTGGGG------GTT--AA-AGTAAAA-CTGTTGACTC---AAAA-T-----GTCAA-GC-T-TC--C-TC-AAGAACAC-GTTAG----------AACTAACTGGTTC--CCACGCTCTATTA---T---T---AT----T---TGGGCTG--A-GCATT-TTTGCCAGGGAACCAGTAGATAAAATGT-AATAATGC-GC-----G---AT---ACTCT--T--TTGTTATC---TTTTC--CTGGCCAGATCAGAACACAAATATTCATACATAAAATACTTC---ATATTA---------CA--TACAAA
gi|12 : aaccacatttaataatgcttgataagtaaaaacaggcacagtttggaaatgatcatgtgatatgggaagttttcaaaatttg----TAG----A---A-T-----------------T--A--AACT-A------AAT---AGAA--G-----T-----------TAA---------TGAGAAACT--------AAG-------TTGGTGGTA------GGTA-AA-ATTAGAA-ATGGCGACTGGAAAAAA-ATCTACGTCAA-G--T-TT--AATC-GAGAATACGGTGATA-ACTT-GAAAACTGACTGGTTA--CC-CGCTC---TG---TAATT---AC----T---TG--TAGAGA-ACGTTCTTTGCCAGGGAACCAGTAGATAGCATAT-AA-----T-ACGG---A---AT---A---T--T--TTTTTGAAATTTTTTC--TCGGCCAGATCAGAACATAATTCCTCATATATAAAATACTTT------TTA---TTG---CA--TAGAAACTACA--TAATAT-TATAT---CA-AA-------Ttaaaatataatatt
gi|13 : agAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-G------ACT---AGAA--G-----C-----------CCA---------TGAGAAATT--------GAG-------GTGATGGTG------GGTA-AA-ATTAAAA--TGGTGACTCGAAAAAAATTCCACGTCTG-C--T-AT--C-TTTGAGTATCCGGTCAGA-ACTG-AGAAACTGACTGGTTA--ACGCATTC---TG---T---T---AT----T------ATTTG-A-GCGCATTTCGACCGGGAACCAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCTG---A---ATAACA---T--T--TTGGTTAA---CTATA--CCAGCCAGATAAGAACATTAATCCTCGTACATAAAATACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTACA---TATG---ACTT---TG-CAT------TTTAGTTTGTGATTTATAACGAAcaaacatattaatatgtttcaaatatgctagcaacatagcaactaatactgagtttataatattattgtgatttattacaa
gi|15 : GTTTCTTCAGATTTTGATAAAT-AATAAACAATGATTAGGATCGACCGAAGTCGCTTATATGGTTAAGATACA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGCTAAAATGGG--TAT--TTTAAT---TAAAAATGACGGGAATTATTATATTATATAATTC--TTTA-AGAG-A---------T-ACATTTACTACAAGT----ATA---T---------ACACACA--------TCAAAACATATCTGGGCcta
gi|16 : ttttcgttattaatctataaatataatttatgttttgcctacatcaaatgttttatcaagtttaaactttgaatgaataacaattatgatgtagttatGATGAACTGAAGTCGCTTGTAAGGTAAAGATATA-ACA-A---AACATGATGTTAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCAGGGA---ATCAAATTATATGATTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTACCAATAC----A---T---------ATATACA--------GTAAAGCATATCTGAGCATACAAAACCGTC------ACAAAG
gi|18 : GCCCGGGTACCAGTAAAT--AAGAT-AA-----AAGACG---A---AT---A---T--TATTTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACATTAATCCTCA-ACATAAAAACCTTT---TTATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-CAGTAT-CA-TT---CGCTA-------TTTAACAAActgccagacaaagcaaacagcaaccgcccagacgacagaggtgcatcgtatgttaggaaacagtaaattgtctatgatcatcacgatctgttgtctacgataatcagatatc
gi|2 : tGTTACTTCGGATTT-AATAAAA-GATTGACAACGATTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACCAAGTAAGTTGTGATTGG--CAT--TTTAAT---TGAAAATGCCGGGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAGAA---------A-ACATAAAACACCCATACATATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCAGAT--CAAAATTAA--T-----GAATATAAATA-AA-AA--CAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAATAGCTT----------AAG-T----AAGTA-AAACTGA----AAG----CA----AAG----A---A-G-----------------ATTA--AAAT-T------AAT---AAAATTG-----TAAAAAAAAAAACAA---------TTACAAAATCATAAATGAGGAAACAGGGTGGTGTTG------G----G----TAAAA---------TC---AAAA-TGCCACGTCAG-A--C-TT--CTTC-CAGCATATGGTTAGA-ATTG-GGAAA--GACTTG-TA--CCTCATTC---TA---T---TTAAAA----A---TGGGT--A-A-GCGTTCTATGCCCGGGTACCAGTA-ATAAATTAA-GA-------GCCG---G---AT---A---TAAT--TTAGTAA-----TTTA--CAGGCCGAAACAGAACATAAATCTTCATATAT-AAATATTTTTTGATCTT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTATcaaactaattgtatgtaaaattcaataaaacaattcataaaacgttttagcatctgattgttttaatgcaa
gi|21 : cttttcaaaattttagatttgatataggaatcaaacgaatcagctttttattttttcagattttaaaatagaatttgatagcttgtaccataaacacttaaacattttaactttggacattcaattataaattgaatatcagtattttataatggagcaaatagctgtgtaattaataatggttatTCCAT-T-ATAA-TACTT---CG-GA-------TTTGATAATAGATAAACAACGAATAAAATGGACCAAAGTCGCCTGTATGGTAAA-ATTTAACAACAAAACACCAAGTAc
gi|22 : aaaacactaaaagaAGGAAAT--------AGG-------GCGGTGGTG------G--------TTAAAA---------T---AAAAA-TGCCACTTCA--G--T-CTTCC-TC-TCGCTTACGGTTAGA-ACTT-GGAAAAAGACTTAT-A--CCTCATTC---TT---T---TT--AT----AAA-TGGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTACCAATATAtcttaacgtgacgtgtggctttaatataa
gi|23 : t-GCCG---A---AT---A---TAAT--TTTGTAA-----TCTA--TCGGCCGTAACTGAACATAAA-CCTCATACATAAAAACCTTT---ATCT-----T-----CA--TATAAACTTCAT-
gi|25 : aaAATTACCAATAC--ATA---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATA--------CCTGAT--ACACAGTAA--T-----GAGCatttctcaagtattataaatcactttgatgtatttaactgataatatat
gi|26 : TA--GCAGCCATATTAGAGCATAAATCCTCATACATAAAGTACTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTAC
gi|27 : -TTATGT-TACTG---CA-TA-------TTTAATACATGATGAACAATAAATAGGATGGACCGAAGT
gi|3 : GTTACTTCTGACTA-AATAAAAAGATACACAACGATTAGGATGG-------------------TAAAGATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGCAAGTTGCCATGGG--AGT--TTTAAT---TTAAAATGCCAAGA---ATAACATTATCTAATTC--CAGA-AGAG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAT------------AAACATATCTTGGCATAAAAAACCGCCAGAT--TAAAATTAA--T-----GGACATAACTA-AA-AA--CAGGAATATGTTCAACATATATGTTCTCAAATC---CCT----------AGACT----AAATA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---A-TTAATAAAATTGTAAAAAA--A--AAAT-T------ACA---AAAATTA-----T-----------TTT---------TGAGGAAAT--------AGA-------GTGGCAATG------G----G----CAAAA-TTG-----------AAA-TGCCTAGT-AA-GCCT-TC--C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-ACTG-AGAAA--GACT-ATTA--CCTCACTC---TA---T---TTAAAA----A---TAGGT--A-A-GCGTTCTTTGCCCGGGTATCAGTAAATAAAATAT-AA-------GCCG---A---AT---A---TTAT--TTAGTAA-----TTTA--CCGGCCGAAACAGAACAAAAATCCTCAAACATAAAAACCTTT---ATATT----T-----CA--TATAAACTTCAT-TTACGTATGTTTATGCG-CG-------TTTA
gi|4 : acttagttgctgacatcacctttaggtttattttaaagaagccgacttgcttgtatattgattttGTTACTTCAGATTT-AATGAAT-GATGAACAATGGATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTGTGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAAACATGATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTTAT---TAAAAAGGCCGAGA---ATTATCTTATATATTTC--CTGA-AGAG-A---------T-ACATTAATTGCCAATAC--ATAATTT---------ATATACA--------TCAAAACATATCTTGGCATACCAAACTGCCGGAT--ACAAAGTAA--T-----GAGCATAA--A-AC-AA--CAAGTG-ACG--TA----ATATGTTCT--AATCT-GACT----------AAAAT----ATATATAAACT------ATG----GA----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACT---AAGA--G-----C-----------CCA---------TAAGGAATT--------AGG-------GGGGTGTTG------G----AA-ATAAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCATGTCAA-G--------A-TC-AAGTATACAGTCAGA-ATTG-AGAAACTGACTGGTTA--CCTTGTTC---TG---T---T---AT----T---TGAGTCAA-ACACAGTCATTGCCCGGGAATCAATATATTAAAGGC-GA-----C-GCAG---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCGGAATAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTA---CATATGCA--TGTAAACTACAT-TTATGT-TACTT---CA-GA-------TTTAATAAATGATGAACAACGAATAGGATGGACTGAAGTCGCTTGTTTGGTAAAGATGTAACAACAAATCATGCTGTAAGTTGCAATGGGCATTTTAATTAAAATGCCGGGAATTATTTTATAttggctgttatttttgaatacatcgtctactgttgatcatgtgttgtcttgtttttgtat
gi|5 : GTCACTTAAGATTT-AATAAAT-GATAAACAATGATTGGGATCGGCTGAAGTCGCGTGTATGGTATAGATGTAGACA-CCAAGA-ACGCTG---GT----ATGTG--CAT--TTTAAT---TAAAAATACCGGGA---ATCATATTATATAATTG--CTGA-AAAA-A---------T-ACATTAAATACAAATAC--ATA---TAAAAAAATAATATACA--------TCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCCTGATAAAAAAAATAA--T-----GATCGT-A--A-TA-AA--CAAGAT-TGG--AA----GTATGTTCT--GGCAT-ATCT----------AAACT----AAATATAAACT------TAGTCAAGATT--TAGCTTTA---A-TCTGAAGTGGA-------A--A--AAAT----------------GA--A-----T-----------AAA---------TGAGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G-------GTTAAAA-GT-----------AAAA-TGTCACGTCAATC--T-TC--C-TC-GAGAATACGGTTAGA-ACTG-GTTAACTGACTGGTTA--CCACATTC---TT---T---TC--ATAA--T---TGGGTT---A-GCGTTCTTAGCCCGGGTACCAGTATATAAAACTA-GA-----T-GCCG---A---ATATAA---T--T--TTGG--GA---TCCTA--CCGGCCACATCAGAACTTAAATTCTCATACATAAAATACTTT---GTCTT----T-----CA--TATCAACTACAT-TTAc
gi|6 : ttttgcctatatactggttttccttttcagagttataaatatcgttactcgattgtatttaataatttatGTTATTTCGGATTT-AATAAAA-GATAGACAACGTTAAAGATGGACCGAAGTCGCTTGTATAGTAAAAATGTA-ACA-ACAAAACACAAAGTTAGTTGTAATGTA--CAT--TTTAAT---TTAAAATGCCGGGA---ATAACATGCTTTAATTC--CAGA-AGGG-A---------A-ACATTAAATACCAATAC--ATA---T---------ATATAAA--------TCAAAAGATATCTGGGCATACAAAACCACTAGAT---CAAAATAAACT-----GA-CATAA--ATAA-AAACCAAGAG-AGG--AC----ATATGTTCT--GAAAT-ACCT----------AAGCT----AAGTA-AAACTGAAAGCAAA----GAAAATTAG----A---ATT-----------------A--ATGAAAT-TGTAAAAAAT---ATAA--T-----T-----------TAATATTATATTTGTGGAAAT--------AGG-------GTGGCGGTG------G----GT-AT----A-AT--T--------AAAA-TGCCACGTCAA-T--T-TTC-C-TC-TAGCTTACGGTTAGA-AATG-GGAAA--AACTGG-TA--CCTCACTC---TA-------T---ATAAAAC---AGGG--AA-A-GCATTCTTTGTACGGGTACCAGTA-ATT-AAGATAGA-----A-GCCG---A---AT---A---TGAT--TTAGT--A---TTTTA--CCGGCAGCAAAAGAACATAAATC------CATAAAAACCTTT---ATCTT----T-----CA--TATACACTTCAT-TTATGTATGATT---CA-AATGAATCCTTTAAGAAATccgaatgtcgaaaggtatttcatatacaatcaaattgtgt
gi|7 : atacagaggtattattctgaagaactgaccaattaaataagtatgtttatGTTACTTCGGATTT-AATACAT-GATGAACAATGAGTAGGATGGACCGAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-AAA-ACAAAATATGATGTAAGCTGAAATGGT--CAT--TTCAAT---TAAAAATGCCGGAA---ATTATCTTATATATTTC--ATGA-AGAC-A---------T-ACATTAA-TACCAATAC----A---T---------ATATACA--------TCAAAACATATCTGGGAATACAAAACTGCCAGAT--ACAAAGTAA--TAAAACAAGCATAA--A-AC-AG--CAAAAG-AGG--TA----CAATGTTCT--AATCT-GACT----------AAAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAA----A---A-T-----------------A--A--AAAC-A------ACT---AGGA--G-----A-----------CCA---------TTAGGAATT--------AGG-------GTGGTGTTA------GAGTAAA-ATTAAAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCACGTCAA-A--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGGTCAGA-AATA-AGAAACTGACTTGTTA--CTGCGTTC---TG---T---T---ATTAC-T---TTGGTCG--A-GCGCACATCGCCCGGGAACCTATATATCAAAGGT-GA-----C-AAAT---A---AT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--ACAGCCAGATTAAAACATAAATCCTCATACATGAAATATTTT---ATCTTA---------CA--TATAAACTCCAT-TTATtcaataaat
gi|8 : atGTTACTTCGTATTT-AATAAAT-GATGAACATTGAATAGGATGGACCAAAGTCGCTTGTATGGTAAAGATGTA-ACA-ACAAATCACGATGTAAGTTGAAATGGG---AT--TTTAAT---AAAAAATGCCGGGA--------ATTATATAATTC--CTGA-AGAT-A---------T-ACATTAATTACCAATAC--ATAAATT---------ATACACA--------ACAAAACATATATGGGAATACAAAACCGCCGGAT--ATAAAGTAA--T-----GATCATAA--A-AACAA--CAAATG-AGG--TA----GTTTGTTTT--AATCT-ACCT----------ATAAT----ATATATAAACT------AAG----GC----TAG----A---A-T-----------------A--A--AAAT-T------ACA---AGGA--T-----A-----------CAA---------TGAGTAATT--------AGG-------GTGGTGGTGATGGGTA----AA-ATTAGAA-ATGGTGACTCGAAAAAA-TGCCTCGTCAA-G--T-ATC-C-TT-GAGTATCCGATCAGA-ACTG-AGAA----ACTGGTTA--CCGCGTTA---TGTTAT---T---AT----T---TGGGTCGAGA-GCA--CTT-------AAAGTAATATATTAAAGGT-GA-----C-GCCG---AAAGAT---A---T--T--TTGGTAAA---CTATA--CCAGCCAGATTAGA--------------ACATAAAATACTTC---ATCTTAC--T-----GAATTATAAACTACAT-TTActagatactgttttggttttgcctgaactttagattatattgaa
gi|9 : aagacacatagttcttcattatttctcatttctttttatttatGTTACTTCCGGTTT-AATAAAT-GATAATCAATGATTAGGATGGACCGAAGTTGCTTCTATGGTAAAGATGTA-CCA-ACAAAATACCATGTAAGTTGAAATGGG--CAT--TTTAAT---TAAAAATGCCGGGA---ATACTATTATATAATTC--CTGA-AGAG-ATAGTATTATT-ACATTAATTATCAATAC--ATA---T---------ATATACATCAAAAATTCAAAACATATCTGGGCATACAAAACCGCC
gi|9 : catcatatcagatttgttatccaattacaaggtaaggtcgtataagttgtctttat--G-----C-----------CCA---------TGAGGAATT--------AGG-------GTGGTGGTG------GGAC-AA-ATTAAAA-ATGGAGACTCAAAAAAA-TGCCACATCAA-G--T-AT--CCTT-GAGTATACGACCAGA-ACTT-AGAAACTGATTGGTCA--CCGCATTC---TA---T---T---AT---------AAGTCCA--------CTTCGCCCTGGAACCAATACATAAAAGTT-GA-----C-ACCG---A---AT---A---ACAT--TTGGTAAC---CTCTATACCAGCCAGATTAGAACATAAATCCTCATACATAAAATACTTT---ATCTTACAGT-----AA--TATAAGCTACAT-ATATGcatgaggaattagggtggtggtgggacaaattaaaaatggagactcaaaaaaatgccacatcaagtatccttgagtatacgaccagaacttagaaactgattggtcaccgcattctattataagtccacttcgccctggaaccaatacataaaagttgacaccgaataacatttggtaacctctataccagccagattagaacataaatcctcatacataaaatactttatcttacagtaatataagctacatatatggacggtcagttaagatatattggctttgtcattttcatcaaaacat
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATAATCATGATACACATATTTACAAAATTTATGAAACACAACTAATTCATGTTAAAATGATCATTTATCTAATATAATTATTGATCTTTACTTTGCTATGAACAATAGAAAGCCATTATATCACAAAATTTCAGTACCTAATCACAGTATTGATCATTACAAATTGAGTACCTTATTTTACTTAAATACCTATAATTACTTATAGTTTATAAGTTGAAAAAATAAGCTAAAGATGAAATAAAAGTGAATCGTAAAGTGAAATGAAATGCTTGGAATGCCCGGTCCAAAGACTTATTTCCACTCAGGGGTTCATATAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTTTTATTCAGCATGTATGTCATACAGTATATAAACGAATACAAAATTAATGTATACATGTATAAAATATGGCTATTTACATTAAAACGATTATTTATCTAAAAAATTATTGATCTATACATTGCTATGAACATCACAGAATATATCACAAAATTTCAGTCCATCGTTTAGTACCTTATTGTACTTATTTACTTACCATTAATAGTTTGTA
Unaligned ( gi|19 ): AATGCATAGTTACATACTGGTACCCCACCCATATATTACTTTAATACTTAATATTATTGATAGGTCATAGGTTTGAAAAAAAATACGCTAAAACTGAAATAAAAGTGAATCTTAAAGTGATACAAAACAGTCAAGCCAGAGGACTTATTTCTACTGGGGTCCATTATAACATGAATGCATCCTTTAAATATGTTGCTTTTTAATAA
Unaligned ( gi|20 ): CATGTATACATATCTTGACAAAAATATGAAAACAGATTATTACATTAAAATATTCATTTATCTCTACAACATCAAGTGTCATTATATTACAATATTTCAGTACATTATCACAGTATTTATAATTATTTAACAATTTAGTAACCTAATATTTAACTTGAATACTTATTATTCGTAGTACATACAGT
Unaligned ( gi|24 ): TTTATTCAATATACATATCATACAGTATATAAACACATATTATATGTTCAAAATTTATGAAAAACAGCTAATTATACCAAAATTATCATTTATCTAAAATAATTATTGATCTATATTTTGCCATGGACACAA