lowQualScore : 4 1 22 1 111111 1 11111111111111 11 11111111111 11 2222 1111111 11111
lowQualScore : 6 0 0 88 3 2 222222 3 1 1 2 55555555555555 2 2 33 11 2 00000000000 2 33 3 4444 22 1 0 3333 33 7 2 2 777777 2 7777777 2 77777 44444 77777 99999999999
lowQualScore : . . . .. . . ...... . . . . .............. . . .. .. . ........... . .. . .... .. . . .... .. . . . ...... . ....... . ..... ..... ..... ...........
lowQualScore : 0 0 5 88 5 0 888888 6 7 5 0 77777777777777 5 3 44 11 1 33333333333 4 22 3 1111 11 0 1 2222 44 8 7 7 777777 7 0000000 9 11111 33333 11111 00000000000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGCATTNTAAT-TCATTTNATTTA------GG-GAGACAGATTCACA--------------AAAGC-TGT--AAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATAAT------TGTA-TACGC--ATGTGTTAAT---TA-ATATGTGAT-A-T--TTTTCAATGTA-ATT-GTA------TA-C----AATTTG-T-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
Reference ( gi|2 ) : AGTATATGCAACAACACGTACATGCGTATGCGATATTTCTTTCCACTATTGCTTGAAAAACGGCCTTGTGC-TTCTAAT-TCATTTAACTTA------GG-GAGACAGCTTCACA--------------AAAGC-TAT--AAGCTTTTCTCTGAATCCCTTTCGTGAT------TGTA-TACGC--ATATGTTAAT---TT-ATATGTGAC-T-T--TTTCCAATGTA-ATT-GTA------TA-C----AAATTG-T-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
gi|1 : TTATGCATTATAA---CATTT--TTTA------GT-AAGAAATATTCATA--------------AAAGC-TAT--ATGCTTACTTCTGAATCCGTTTCATAAT------TGTA-TTCGA--ATAAGTTAAT---TC-ATATCTGAT-A-T--TTTTTATTGTA-ATT-GTA------TA-C----AATTTG-TCAATAG-----A-----AT-----C-----TGTTAAAAC
gi|7 : tttattgtcaaataatatgaatattatctaacagtcctttttaaacttagataatgtatatgtaTTTAATATCATATTATTTATCGATCGG-GAGACAGATT-ATC--------------AAATA-TAT--AAACTTTCTTCTAAACCACTTTCATAAT------TGTA-AACAC--ATGTGTTCAT---TA-CTATGTTGT-T-T--GTTTTAATGTA-ATT-GTA------TG-C----GATTTG-T-----GATTAAA-----AT-----A-----TG-TTAAAtaa
gi|4 : tatgcaatattttaaaaca-TCAATCGATTTA------GGAGAGA----TTTATA--------------AAAACCTAT--AATCTTTCTTCTGAATCGCTTTCATAAT------TGTG-TACAC----ATGTTTAT---CA-ATAAGTGAT-A-T--TTGTCAGTGTA-ATA-GTA------TG-T----AATCTG-T-----G-----A-----ATAAAACA-----TGTTTAAACtta
gi|6 : aatatatatatataatatatacaacatgtgtataatattatatcactgtcacatacttccAACTTC------TG-CAAACAGATTCACA--------------AAAGC-TAT--AAGCTTTCTTACGAATATATGTCATAAT------TGGA-TATGC--A------------TT-ATATA-------T--TTCCCAATGTA-ATT-GTA------TG-C----AATTTG-T-----G-----A-----AT-----A-----taa
gi|5 : aaacttacacaacatcatacatatagacattatgtaggaacatttctattaaaaaggtttactgtaatgTTA------GG-GAAACAGATTCACA--------------AATGC-TGT--AAACTATCTTCTGAATTCCTTTCATAAT------TTT--TACAC--ATGTGTT-AT---CT-AAAATTTAG-T-A--TTTTCAATGTA-ATT-GTA------TA-C----TATTTG-T-----G-----AATAAGAT-----A-----TGTTTAAACaaatatgctta
gi|10 : ttattgtcaatggatacagtctaaattgaacttggaaacaatataataaaattttattgtgTTA------GG--AGACATATTTATA--------------AAAGC-TAA--ACACTTTCTTCTGATTCCCTGTCAAAGG------TGTA-TGCGC--ATGCGTTAAT---TA-ATATGGGAT-A-T--GTTTCATTATACATTCGTA------TA-C----AATTT--------------------AT-----A-----TGTTTAAACtta
gi|8 : TA------AG-GAGACAGAT--A-A--------------AAAAT-TATGTAAGTTTTCTTCTGAATCACTTACATAATACTTATTGTA-TACAC--ATGTGTTAAC---TT-ATATTTTA-------TTTTCAATGTA-AAT-GTA------TA-C----taa
gi|13 : ggaatacatagatcattcaattaagaaagcgtttaataaaA------AG-GAAACAGATTCACAAAACTGTAAGCTCAAAAGC-TGT--AAGCTTTCTTCCGAGTCTCTTTGATAAT------TGTA-TACGC--ATGTGTTAAT---TA-ATATGTGAT-A-T--TTTCtatttttaataaaaaatattttaac
gi|11 : aA------GG-GAGACAGATTCTCA--------------AA---------------TCTTCTGAACTTTTTTTATAAT------TGTATTA-----ATATATTAATCAATTAATATGTGAT-A-T--GTTTCAATGTG-GTC-GTA------TA-C----AATTTG-T-----G-----A-----AT-----A-----
gi|16 : G-GACACAGATTCACA--------------GAATC-TTT--AAGCTTTCTTCTGAATCTCTTCCAAAAT------TGTA-TACAC--ATTTGTTAGA---TA-ATATGAGAaaatagattaaatct
gi|3 : -GAAACATATCTACA--------------AAAGC-TGC--ACTCATTCTTCTGAATCCCTTTCATAA-------TATA-TACGC--ATGCGTTAAT---TC-ATAT-T-AC-TAT--TTTTCAATGTA-ATT-GTA------TA-C-----CATTGAT-----G-----A-----AA-----A-----t
gi|18 : tttattagaaggtgaaaaaatagattttctggttgttcttaaactgtttatattggaaatacataatcattaccaaaccgttttaGAAAGCT--ACA--------------AAACC-TGT--AAGCTTTCTTTTGAATCTCTTTCATaataagttttgacta
gi|9 : tgcaatagtgcacactAGCTTCA----------------AAAAC-TGT--TAGCTTTCTTTTGAATCCATTTCATATT------TACA-TACACAAACATATTAAC---TA-CTATGTGAC-G-T--TTT-CAATGTA-ATT-GTA------TA-C----TACATG-T-----G-----A-----AT-----A-----cagagacatagacacat
gi|19 : aaacagttcacaaaagctgtaAGGTTCACT--------------AAAGC-TGT--CAGCTTTCTTCTAAATCCCTCTCATAGT------TCTA-CACGC--ATATCTTATA---TA-ATATGGGAaaataactgaacta
gi|14 : AGATTAATA--------------AAAGC-TTT--AAGCTTTCTTCT--------TTC--------------A-TAAG------TGTTAAT---TG-ATATATGAT-A-T--TTTTCAGTGTA-ATT-GTA------TA-C----AAGGTG-T-----G-----A-----Ata
gi|12 : tC-TGT--AAGCTTTTTTCTGAATCCCTTAAATAAT------TGTA-TACAC--ATGTGTTAAC---TA-ATATGTGGTAT-T--TTT--AATGCA-ACT-GTATAGGTCTA-C----TATTTG-T-----GAATAAA-----AT-----A-----TGTTTAAAgaaaatcaatttaaa
gi|15 : GAATCATCTTCATAAT------TGTA-TACAC--ATGTGCTACC---TA-ATATATAATAT-TCATTTCC-ATGTA-ATT-GTT------TG-C----AATTTG-T-----G-----A-----AT-----gt
gi|17 : -TACAC--ATGTGTTAAC---TA-ATATTTGAT-A-T--TTTTCAATGTA-ATT-GTA------TA-CTTTT---TTG-T-----G-----A-----AT-----A-----tagtgaataaaatat
gi|20 : cgTAAC---TA-ATATGTAAT-A-T--TT--CAATGCA-ATT-GT-------TATC----TAATTG-T-----G-----A-----AT-----AAAATGTGTTTAAACaaatatgattcaac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAATACATTTATGTATACACATATAATTGTATTACTGTCACATACTTAACAGATCCTGTTCAGG
Alignments
lowQualScore : 1 11 1111 111111 11111111111111 11111
lowQualScore : 7 4 77 7 7777 111111 2 33333333333333 4 1 666666 0 33 33 0 2 2 33 2 2 2 777777 44 66666 22222 66666 66666 77777
lowQualScore : . . .. . .... ...... . .............. . . ...... . .. .. . . . .. . . . ...... .. ..... ..... ..... ..... .....
lowQualScore : 3 0 33 5 5555 555555 8 88888888888888 4 4 888888 3 11 11 5 2 5 22 5 5 5 222222 11 22222 55555 22222 77777 11111
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGCATT-TAAT-TCATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAACTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
Reference ( family-2341 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATGCATTNTAAT-TCATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAATTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
gi|1 : TTATGCATTATAA---CATTT--TT----TA------GTAAGAAATATTCATAAA--------------AGC-TATATGCTTACTTCTGAATCCGTTTCATA------ATTGTATTCGA--ATAA--GTTAATTCATATCTGATATT--TTTTATTGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGTCAATAG-----A-----AT-----C-----TGTTAAAAC
gi|10 : tttattgtcaaataatatgaatattatctaacagtcctttttaaacttagataatgtatatgtaT----TA------GG-AGACATATTTATAAA--------------AGC-TAAACACTTTCTTCTGATTCCCTGTCAAA------GGTGTATGCGC--ATGC--GTTAATTAATATGGGATATG--TTTCATTATACATTCG-TA------TAC-AATTT-------------------AT-----A-----TGTTTAAACtaa
gi|11 : A------GGGAGACAGATTCTCAAA---------------------------TCTTCTGAACTTTTTTTATA------ATTGTATTAAT--ATATTAATCAATTAATATGTGATATG--TTTCAATGTG-GTC-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----taa
gi|12 : C-TGTAAGCTTTTTTCTGAATCCCTTAAATA------ATTGTATACAC--ATGT--GTTAACTAATATGTGGTATT--TTT-AATGCA-ACT-G-TATAGGTCTAC-TATTTGT-----GAATAAA-----AT-----A-----TGTTTAAAaaatagattaaatct
gi|13 : A------AGGAAACAGATTCACAAAACTGTAAGCTCAAAAGC-TGTAAGCTTTCTTCCGAGTCTCTTTGATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAATTAATATGTGATATT--TTgt
gi|14 : aAGATTAATAAA--------------AGC-TTTAAGCTTTCTT--------CTTTCATA------A--------------GT--GTTAATTGATATATGATATT--TTTCAGTGTA-ATT-G-TA------TAC-AAGGTGT-----G-----A-----Ac
gi|15 : tGAATCATCTTCATA------ATTGTATACAC--ATGT--GCTACCTAATATATAATATTCATTTCCATGTA-ATT-G-TT------TGC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----gaaaatcaatttaaa
gi|16 : GGACACAGATTCACAGA--------------ATC-TTTAAGCTTTCTTCTGAATCTCTTCCAAA------ATTGTATACAC--ATTT--GTTAGATAATATGAGATtagtgaataaaatat
gi|17 : TACAC--ATGT--GTTAACTAATATTTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TACTTTTTTGT-----G-----A-----AT-----A-----
gi|18 : cgACAAA--------------ACC-TGTAAGCTTTCTTTTGAATCTCTTTCATaaatatgattcaac
gi|19 : tgcaatagtgcacactgaaagctAGGTTCACTAA--------------AGC-TGTCAGCTTTCTTCTAAATCCCTCTCATA------GTTCTACACGC--ATAT--CTTATATAATATGGGATAcagagacatagacacat
gi|2 : TTGTGC-TTCTAAT-TCATTTAACT----TA------GGGAGACAGCTTCACAAA--------------AGC-TATAAGCTTTTCTCTGAATCCCTTTCGTG------ATTGTATACGC--ATAT--GTTAATTTATATGTGACTTT--TTCCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AAATTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
gi|20 : agtatatgcaacaacacgtacatgcgtatgcgatatttctttccactattgcttgaaaaacggccTAACTAATATGTAATA----TTTCAATGCA-ATT-GTTA------TCT-AA-TTGT-----G-----A-----AT-----AAAATGTGTTTAAAC
gi|3 : cTT----TA------G--AAACATATCTACAAA--------------AGC-TGCACTCATTCTTCTGAATCCCTTTCATA------A-TATATACGC--ATGC--GTTAATTCATAT-TACTATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-CATTGAT-----G-----A-----AA-----A-----taa
gi|4 : tttattagaaggtgaaaaaatagattttctggttgttcttaaactgtttatattggaaatacataatcattaccaaaccgt-TCAATCGATT----TA------GG-AGA--GATTTATAAA--------------AACCTATAATCTTTCTTCTGAATCGCTTTCATA------ATTGTGTACAC--ATGT---TT-ATCAATAAGTGATATT--TGTCAGTGTA-ATA-G-TA------TGT-AATCTGT-----G-----A-----ATAAAACA-----TGTTTAAACaataagttttgacta
gi|5 : aatatatatatataatatatacaacatgtgtataatattatatcactgtcacatacttccATTTTATTGTGTTA------GGGAAACAGATTCACAAA--------------TGC-TGTAAACTATCTTCTGAATTCCTTTCATA------ATTTT-TACAC--ATGT--GTTATCTAAAATTTAGTA-T--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-TATTTGT-----G-----AATAAGAT-----A-----TGTTTAAACtaa
gi|6 : ttattgtcaatggatacagtctaaattgaacttggaaacaatataataaaAAACAGATTCACAAA--------------AGC-TATAAGCTTTCTTACGAATATATGTCATA------ATTGGATATGC--AT-------------TAT---ATATT--TCCCAATGTA-ATT-G-TA------TGC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----tta
gi|7 : aaacttacacaacatcatacatatagacattatgtaggaacatttctattaaaaaggtttactgtaatgaacttctgcCATT-TAATATCATATTATT----TATCGATCGGGAGACAGATT-ATCAA--------------ATA-TATAAACTTTCTTCTAAACCACTTTCATA------ATTGTAAACAC--ATGT--GTTCATTACTATGTTGTTTG--TTTTAATGTA-ATT-G-TA------TGC-GATTTGT-----GATTAAA-----AT-----A-----TG-TTAAAaaatatgctta
gi|8 : tatgcaatattttaaaaCGTTTAATAAA--TA------AGGAGACAGAT--AAAAA--------------ATTATGTAAGTTTTCTTCTGAATCACTTACATAATACTTATTGTATACAC--ATGT--GTTAACTTATATTT--TA-T--TTTCAATGTA-AAT-G-TA------TAC-TATTT-T-----T-----A-----AT-----A-----tta
gi|9 : ggaatacatagatcattcaattaagaaagAAACAG-TTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTaaaaatattttaac
gi|9 : CAAA--------------AAC-TGTTAGCTTTCTTTTGAATCCATTTCATA------TTTACATACACAAACAT--ATTAACTACTATGTGACG-T--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-TACATGT-----G-----A-----AT-----A-----caaaaactgttagctttcttttgaatccatttcatatttacatacacaaacatattaactactatgtgacgttttcaatgtaattgtatactacatgtgaataaaataactgaacta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAATACATTTATGTATACACATATAATTGTATTACTGTCACATACTTAACAGATCCTGTTCAGG
Alignments
lowQualScore : 1 3333333333 1111 111111 11111111111111 11111
lowQualScore : 0 3333333333 7 7777 111111 2 33333333333333 4 1 666666 0 33 33 0 2 2 33 2 2 2 777777 44 66666 22222 66666 66666 77777
lowQualScore : . .......... . .... ...... . .............. . . ...... . .. .. . . . .. . . . ...... .. ..... ..... ..... ..... .....
lowQualScore : 0 0000000000 5 5555 555555 8 88888888888888 4 4 888888 3 11 11 7 2 5 22 5 5 5 222222 11 22222 55555 22222 77777 11111
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGCATT-TAAT-T-------CATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAACTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
Reference ( family-2341 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGCATT-TAAT-T-------CATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAACTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
gi|1 : TTATGCATTATAA----------CATTT--TT----TA------GTAAGAAATATTCATAAA--------------AGC-TATATGCTTACTTCTGAATCCGTTTCATA------ATTGTATTCGA--ATAA--GTTAATTCATATCTGATATT--TTTTATTGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGTCAATAG-----A-----AT-----C-----TGTTAAAAC
gi|10 : tttattgtcaaataatatgaatattatctaacagtcctttttaaacttagataatgtatatgtaT----TA------GG-AGACATATTTATAAA--------------AGC-TAAACACTTTCTTCTGATTCCCTGTCAAA------GGTGTATGCGC--ATGC--GTTAATTAATATGGGATATG--TTTCATTATACATTCG-TA------TAC-AATTT-------------------AT-----A-----TGTTTAAACtaa
gi|11 : A------GGGAGACAGATTCTCAAA---------------------------TCTTCTGAACTTTTTTTATA------ATTGTATTAAT--ATATTAATCAATTAATATGTGATATG--TTTCAATGTG-GTC-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----taa
gi|12 : C-TGTAAGCTTTTTTCTGAATCCCTTAAATA------ATTGTATACAC--ATGT--GTTAACTAATATGTGGTATT--TTT-AATGCA-ACT-G-TATAGGTCTAC-TATTTGT-----GAATAAA-----AT-----A-----TGTTTAAAaaatagattaaatct
gi|13 : A------AGGAAACAGATTCACAAAACTGTAAGCTCAAAAGC-TGTAAGCTTTCTTCCGAGTCTCTTTGATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAATTAATATGTGATATT--TTgt
gi|14 : aAGATTAATAAA--------------AGC-TTTAAGCTTTCTT--------CTTTCATA------A--------------GT--GTTAATTGATATATGATATT--TTTCAGTGTA-ATT-G-TA------TAC-AAGGTGT-----G-----A-----Ac
gi|15 : tGAATCATCTTCATA------ATTGTATACAC--ATGT--GCTACCTAATATATAATATTCATTTCCATGTA-ATT-G-TT------TGC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----gaaaatcaatttaaa
gi|16 : GGACACAGATTCACAGA--------------ATC-TTTAAGCTTTCTTCTGAATCTCTTCCAAA------ATTGTATACAC--ATTT--GTTAGATAATATGAGATtagtgaataaaatat
gi|17 : TACAC--ATGT--GTTAACTAATATTTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TACTTTTTTGT-----G-----A-----AT-----A-----
gi|18 : cgACAAA--------------ACC-TGTAAGCTTTCTTTTGAATCTCTTTCATaaatatgattcaac
gi|19 : tgcaatagtgcacactgaaagctAGGTTCACTAA--------------AGC-TGTCAGCTTTCTTCTAAATCCCTCTCATA------GTTCTACACGC--ATAT--CTTATATAATATGGGATAcagagacatagacacat
gi|2 : TTGTGCTTC-TAAT-T-------CATTTAACT----TA------GGGAGACAGCTTCACAAA--------------AGC-TATAAGCTTTTCTCTGAATCCCTTTCGTG------ATTGTATACGC--ATAT--GTTAATTTATATGTGACTTT--TTCCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AAATTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
gi|20 : agtatatgcaacaacacgtacatgcgtatgcgatatttctttccactattgcttgaaaaacggccTAACTAATATGTAATA----TTTCAATGCA-ATT-GTTA------TCT-AA-TTGT-----G-----A-----AT-----AAAATGTGTTTAAAC
gi|3 : cTT----TA------G--AAACATATCTACAAA--------------AGC-TGCACTCATTCTTCTGAATCCCTTTCATA------A-TATATACGC--ATGC--GTTAATTCATAT-TACTATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-CATTGAT-----G-----A-----AA-----A-----taa
gi|4 : tttattagaaggtgaaaaaatagattttctggttgttcttaaactgtttatattggaaatacataatcattaccaaaccgt-T-------CAATCGATT----TA------GG-AGA--GATTTATAAA--------------AACCTATAATCTTTCTTCTGAATCGCTTTCATA------ATTGTGTACAC--ATGT---TTATC-AATAAGTGATATT--TGTCAGTGTA-ATA-G-TA------TGT-AATCTGT-----G-----A-----ATAAAACA-----TGTTTAAACaataagttttgacta
gi|5 : aatatatatatataatatatacaacatgtgtataatattatatcactgtcacatacttccATTTTATTGTGTTA------GGGAAACAGATTCACAAA--------------TGC-TGTAAACTATCTTCTGAATTCCTTTCATA------ATTTT-TACAC--ATGT--GTTATCTAAAATTTAGTA-T--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-TATTTGT-----G-----AATAAGAT-----A-----TGTTTAAACtaa
gi|6 : ttattgtcaatggatacagtctaaattgaacttggaaacaatataataaaAAACAGATTCACAAA--------------AGC-TATAAGCTTTCTTACGAATATATGTCATA------ATTGGATATGC--AT-------------TAT---ATATT--TCCCAATGTA-ATT-G-TA------TGC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----tta
gi|7 : aaacttacacaacatcatacatatagacattatgtaggaacatttctattaaaaaggtttactgtaatgaacttctgcCATT-TAATAT-------CATATTATT----TATCGATCGGGAGACAGATT-ATCAA--------------ATA-TATAAACTTTCTTCTAAACCACTTTCATA------ATTGTAAACAC--ATGT--GTTCATTACTATGTTGTTTG--TTTTAATGTA-ATT-G-TA------TGC-GATTTGT-----GATTAAA-----AT-----A-----TG-TTAAAaaatatgctta
gi|8 : tatgcaatattttaaaaCATT-CAAT-TAAGAAAGCGTTTAATAAA--TA------AGGAGACAGAT--AAAAA--------------ATTATGTAAGTTTTCTTCTGAATCACTTACATAATACTTATTGTATACAC--ATGT--GTTAACTTATATTT--TA-T--TTTCAATGTA-AAT-G-TA------TAC-TATTT-T-----T-----A-----AT-----A-----tta
gi|9 : ggaatacatagatAAACAG-TTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTaaaaatattttaac
gi|9 : CAAA--------------AAC-TGTTAGCTTTCTTTTGAATCCATTTCATA------TTTACATACACAAACAT--ATTAACTACTATGTGACG-T--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-TACATGT-----G-----A-----AT-----A-----caaaaactgttagctttcttttgaatccatttcatatttacatacacaaacatattaactactatgtgacgttttcaatgtaattgtatactacatgtgaataaaataactgaacta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAATACATTTATGTATACACATATAATTGTATTACTGTCACATACTTAACAGATCCTGTTCAGG
Alignments
lowQualScore : 1 3333333333 1111 111111 11111111111111 11111
lowQualScore : 0 3333333333 7 7777 111111 2 33333333333333 4 1 666666 0 33 33 0 2 2 33 2 2 2 777777 44 66666 22222 66666 66666 77777
lowQualScore : . .......... . .... ...... . .............. . . ...... . .. .. . . . .. . . . ...... .. ..... ..... ..... ..... .....
lowQualScore : 0 0000000000 5 5555 555555 8 88888888888888 4 4 888888 3 11 11 7 2 5 22 5 5 5 222222 11 22222 55555 22222 77777 11111
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGCATT-TAAT-T-------CATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAACTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
Reference ( family-2341 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGCATT-TAAT-T-------CATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAACTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
gi|1 : TTATGCATTATAA----------CATTT--TT----TA------GTAAGAAATATTCATAAA--------------AGC-TATATGCTTACTTCTGAATCCGTTTCATA------ATTGTATTCGA--ATAA--GTTAATTCATATCTGATATT--TTTTATTGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGTCAATAG-----A-----AT-----C-----TGTTAAAAC
gi|10 : tttattgtcaaataatatgaatattatctaacagtcctttttaaacttagataatgtatatgtaT----TA------GG-AGACATATTTATAAA--------------AGC-TAAACACTTTCTTCTGATTCCCTGTCAAA------GGTGTATGCGC--ATGC--GTTAATTAATATGGGATATG--TTTCATTATACATTCG-TA------TAC-AATTT-------------------AT-----A-----TGTTTAAACtaa
gi|11 : A------GGGAGACAGATTCTCAAA---------------------------TCTTCTGAACTTTTTTTATA------ATTGTATTAAT--ATATTAATCAATTAATATGTGATATG--TTTCAATGTG-GTC-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----taa
gi|12 : C-TGTAAGCTTTTTTCTGAATCCCTTAAATA------ATTGTATACAC--ATGT--GTTAACTAATATGTGGTATT--TTT-AATGCA-ACT-G-TATAGGTCTAC-TATTTGT-----GAATAAA-----AT-----A-----TGTTTAAAaaatagattaaatct
gi|13 : A------AGGAAACAGATTCACAAAACTGTAAGCTCAAAAGC-TGTAAGCTTTCTTCCGAGTCTCTTTGATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAATTAATATGTGATATT--TTgt
gi|14 : aAGATTAATAAA--------------AGC-TTTAAGCTTTCTT--------CTTTCATA------A--------------GT--GTTAATTGATATATGATATT--TTTCAGTGTA-ATT-G-TA------TAC-AAGGTGT-----G-----A-----Ac
gi|15 : tGAATCATCTTCATA------ATTGTATACAC--ATGT--GCTACCTAATATATAATATTCATTTCCATGTA-ATT-G-TT------TGC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----gaaaatcaatttaaa
gi|16 : GGACACAGATTCACAGA--------------ATC-TTTAAGCTTTCTTCTGAATCTCTTCCAAA------ATTGTATACAC--ATTT--GTTAGATAATATGAGATtagtgaataaaatat
gi|17 : TACAC--ATGT--GTTAACTAATATTTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TACTTTTTTGT-----G-----A-----AT-----A-----
gi|18 : cgACAAA--------------ACC-TGTAAGCTTTCTTTTGAATCTCTTTCATaaatatgattcaac
gi|19 : tgcaatagtgcacactgaaagctAGGTTCACTAA--------------AGC-TGTCAGCTTTCTTCTAAATCCCTCTCATA------GTTCTACACGC--ATAT--CTTATATAATATGGGATAcagagacatagacacat
gi|2 : TTGTGCTTC-TAAT-T-------CATTTAACT----TA------GGGAGACAGCTTCACAAA--------------AGC-TATAAGCTTTTCTCTGAATCCCTTTCGTG------ATTGTATACGC--ATAT--GTTAATTTATATGTGACTTT--TTCCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AAATTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
gi|20 : agtatatgcaacaacacgtacatgcgtatgcgatatttctttccactattgcttgaaaaacggccTAACTAATATGTAATA----TTTCAATGCA-ATT-GTTA------TCT-AA-TTGT-----G-----A-----AT-----AAAATGTGTTTAAAC
gi|3 : cTT----TA------G--AAACATATCTACAAA--------------AGC-TGCACTCATTCTTCTGAATCCCTTTCATA------A-TATATACGC--ATGC--GTTAATTCATAT-TACTATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-CATTGAT-----G-----A-----AA-----A-----taa
gi|4 : tttattagaaggtgaaaaaatagattttctggttgttcttaaactgtttatattggaaatacataatcattaccaaaccgt-T-------CAATCGATT----TA------GG-AGA--GATTTATAAA--------------AACCTATAATCTTTCTTCTGAATCGCTTTCATA------ATTGTGTACAC--ATGT---TTATC-AATAAGTGATATT--TGTCAGTGTA-ATA-G-TA------TGT-AATCTGT-----G-----A-----ATAAAACA-----TGTTTAAACaataagttttgacta
gi|5 : aatatatatatataatatatacaacatgtgtataatattatatcactgtcacatacttccATTTTATTGTGTTA------GGGAAACAGATTCACAAA--------------TGC-TGTAAACTATCTTCTGAATTCCTTTCATA------ATTTT-TACAC--ATGT--GTTATCTAAAATTTAGTA-T--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-TATTTGT-----G-----AATAAGAT-----A-----TGTTTAAACtaa
gi|6 : ttattgtcaatggatacagtctaaattgaacttggaaacaatataataaaAAACAGATTCACAAA--------------AGC-TATAAGCTTTCTTACGAATATATGTCATA------ATTGGATATGC--AT-------------TAT---ATATT--TCCCAATGTA-ATT-G-TA------TGC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----tta
gi|7 : aaacttacacaacatcatacatatagacattatgtaggaacatttctattaaaaaggtttactgtaatgaacttctgcCATT-TAATAT-------CATATTATT----TATCGATCGGGAGACAGATT-ATCAA--------------ATA-TATAAACTTTCTTCTAAACCACTTTCATA------ATTGTAAACAC--ATGT--GTTCATTACTATGTTGTTTG--TTTTAATGTA-ATT-G-TA------TGC-GATTTGT-----GATTAAA-----AT-----A-----TG-TTAAAaaatatgctta
gi|8 : tatgcaatattttaaaaCATT-CAAT-TAAGAAAGCGTTTAATAAA--TA------AGGAGACAGAT--AAAAA--------------ATTATGTAAGTTTTCTTCTGAATCACTTACATAATACTTATTGTATACAC--ATGT--GTTAACTTATATTT--TA-T--TTTCAATGTA-AAT-G-TA------TAC-TATTT-T-----T-----A-----AT-----A-----tta
gi|9 : ggaatacatagatAAACAG-TTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTaaaaatattttaac
gi|9 : CAAA--------------AAC-TGTTAGCTTTCTTTTGAATCCATTTCATA------TTTACATACACAAACAT--ATTAACTACTATGTGACG-T--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-TACATGT-----G-----A-----AT-----A-----caaaaactgttagctttcttttgaatccatttcatatttacatacacaaacatattaactactatgtgacgttttcaatgtaattgtatactacatgtgaataaaataactgaacta
blockSeqs : . TTAAGAAAG A GTGT TCGATC G ACTGTAAGCTCAAA C C ATACTT AA TA G T CA C C T TAGGTC TT . AATAA ATAAG AAAAC AAATG
blockSeqs : . TAT G AA . G . A T . . . G T . . . . . A . ATTAA . . .
blockSeqs : . TT T . . G . . C . . . G T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : T . . G . . T . . . G T . . . . . T . . . . .
blockSeqs : A . . G . . A . . . A T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . G . . T . . . A T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . G . . T . . . G T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . T T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . G T . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . G T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . G . . . G T . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . C . . . G T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . T . . . T . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . A . . . G . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . A . . . T . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . C . . . G . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *****
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGCATT-TAAT-T-------CATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAACTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGCATT-TAAT-T-------CATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAACTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAATACATTTATGTATACACATATAATTGTATTACTGTCACATACTTAACAGATCCTGTTCAGG
Alignments
lowQualScore : 1 3333333333 1111 111111 11111111111111 11111
lowQualScore : 0 3333333333 7 7777 111111 2 33333333333333 4 1 666666 0 33 33 0 2 2 33 2 2 2 777777 44 66666 22222 66666 66666 77777
lowQualScore : . .......... . .... ...... . .............. . . ...... . .. .. . . . .. . . . ...... .. ..... ..... ..... ..... .....
lowQualScore : 0 0000000000 5 5555 555555 8 88888888888888 4 4 888888 3 11 11 7 2 5 22 5 5 5 222222 11 22222 55555 22222 77777 11111
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGCATT-TAAT-T-------CATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAACTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
Reference ( family-2341 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGCATT-TAAT-T-------CATTTNATT----TA------GGGAGACAGATTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTTCTTCTGAATCCCTTTCATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAACTAATATGTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
gi|1 : TTATGCATTATAA----------CATTT--TT----TA------GTAAGAAATATTCATAAA--------------AGC-TATATGCTTACTTCTGAATCCGTTTCATA------ATTGTATTCGA--ATAA--GTTAATTCATATCTGATATT--TTTTATTGTA-ATT-G-TA------TAC-AATTTGTCAATAG-----A-----AT-----C-----TGTTAAAAC
gi|10 : tttattgtcaaataatatgaatattatctaacagtcctttttaaacttagataatgtatatgtaT----TA------GG-AGACATATTTATAAA--------------AGC-TAAACACTTTCTTCTGATTCCCTGTCAAA------GGTGTATGCGC--ATGC--GTTAATTAATATGGGATATG--TTTCATTATACATTCG-TA------TAC-AATTT-------------------AT-----A-----TGTTTAAACtaa
gi|11 : A------GGGAGACAGATTCTCAAA---------------------------TCTTCTGAACTTTTTTTATA------ATTGTATTAAT--ATATTAATCAATTAATATGTGATATG--TTTCAATGTG-GTC-G-TA------TAC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----taa
gi|12 : C-TGTAAGCTTTTTTCTGAATCCCTTAAATA------ATTGTATACAC--ATGT--GTTAACTAATATGTGGTATT--TTT-AATGCA-ACT-G-TATAGGTCTAC-TATTTGT-----GAATAAA-----AT-----A-----TGTTTAAAaaatagattaaatct
gi|13 : A------AGGAAACAGATTCACAAAACTGTAAGCTCAAAAGC-TGTAAGCTTTCTTCCGAGTCTCTTTGATA------ATTGTATACGC--ATGT--GTTAATTAATATGTGATATT--TTgt
gi|14 : aAGATTAATAAA--------------AGC-TTTAAGCTTTCTT--------CTTTCATA------A--------------GT--GTTAATTGATATATGATATT--TTTCAGTGTA-ATT-G-TA------TAC-AAGGTGT-----G-----A-----Ac
gi|15 : tGAATCATCTTCATA------ATTGTATACAC--ATGT--GCTACCTAATATATAATATTCATTTCCATGTA-ATT-G-TT------TGC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----gaaaatcaatttaaa
gi|16 : GGACACAGATTCACAGA--------------ATC-TTTAAGCTTTCTTCTGAATCTCTTCCAAA------ATTGTATACAC--ATTT--GTTAGATAATATGAGATtagtgaataaaatat
gi|17 : TACAC--ATGT--GTTAACTAATATTTGATATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TACTTTTTTGT-----G-----A-----AT-----A-----
gi|18 : cgACAAA--------------ACC-TGTAAGCTTTCTTTTGAATCTCTTTCATaaatatgattcaac
gi|19 : tgcaatagtgcacactgaaagctAGGTTCACTAA--------------AGC-TGTCAGCTTTCTTCTAAATCCCTCTCATA------GTTCTACACGC--ATAT--CTTATATAATATGGGATAcagagacatagacacat
gi|2 : TTGTGCTTC-TAAT-T-------CATTTAACT----TA------GGGAGACAGCTTCACAAA--------------AGC-TATAAGCTTTTCTCTGAATCCCTTTCGTG------ATTGTATACGC--ATAT--GTTAATTTATATGTGACTTT--TTCCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-AAATTGT-----G-----A-----AT-----A-----TGTTTAAAC
gi|20 : agtatatgcaacaacacgtacatgcgtatgcgatatttctttccactattgcttgaaaaacggccTAACTAATATGTAATA----TTTCAATGCA-ATT-GTTA------TCT-AA-TTGT-----G-----A-----AT-----AAAATGTGTTTAAAC
gi|3 : cTT----TA------G--AAACATATCTACAAA--------------AGC-TGCACTCATTCTTCTGAATCCCTTTCATA------A-TATATACGC--ATGC--GTTAATTCATAT-TACTATT--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-CATTGAT-----G-----A-----AA-----A-----taa
gi|4 : tttattagaaggtgaaaaaatagattttctggttgttcttaaactgtttatattggaaatacataatcattaccaaaccgt-T-------CAATCGATT----TA------GG-AGA--GATTTATAAA--------------AACCTATAATCTTTCTTCTGAATCGCTTTCATA------ATTGTGTACAC--ATGT---TTATC-AATAAGTGATATT--TGTCAGTGTA-ATA-G-TA------TGT-AATCTGT-----G-----A-----ATAAAACA-----TGTTTAAACaataagttttgacta
gi|5 : aatatatatatataatatatacaacatgtgtataatattatatcactgtcacatacttccATTTTATTGTGTTA------GGGAAACAGATTCACAAA--------------TGC-TGTAAACTATCTTCTGAATTCCTTTCATA------ATTTT-TACAC--ATGT--GTTATCTAAAATTTAGTA-T--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-TATTTGT-----G-----AATAAGAT-----A-----TGTTTAAACtaa
gi|6 : ttattgtcaatggatacagtctaaattgaacttggaaacaatataataaaAAACAGATTCACAAA--------------AGC-TATAAGCTTTCTTACGAATATATGTCATA------ATTGGATATGC--AT-------------TAT---ATATT--TCCCAATGTA-ATT-G-TA------TGC-AATTTGT-----G-----A-----AT-----A-----tta
gi|7 : aaacttacacaacatcatacatatagacattatgtaggaacatttctattaaaaaggtttactgtaatgaacttctgcCATT-TAATAT-------CATATTATT----TATCGATCGGGAGACAGATT-ATCAA--------------ATA-TATAAACTTTCTTCTAAACCACTTTCATA------ATTGTAAACAC--ATGT--GTTCATTACTATGTTGTTTG--TTTTAATGTA-ATT-G-TA------TGC-GATTTGT-----GATTAAA-----AT-----A-----TG-TTAAAaaatatgctta
gi|8 : tatgcaatattttaaaaCATT-CAAT-TAAGAAAGCGTTTAATAAA--TA------AGGAGACAGAT--AAAAA--------------ATTATGTAAGTTTTCTTCTGAATCACTTACATAATACTTATTGTATACAC--ATGT--GTTAACTTATATTT--TA-T--TTTCAATGTA-AAT-G-TA------TAC-TATTT-T-----T-----A-----AT-----A-----tta
gi|9 : ggaatacatagatAAACAG-TTCACAAA--------------AGC-TGTAAGCTTaaaaatattttaac
gi|9 : CAAA--------------AAC-TGTTAGCTTTCTTTTGAATCCATTTCATA------TTTACATACACAAACAT--ATTAACTACTATGTGACG-T--TTTCAATGTA-ATT-G-TA------TAC-TACATGT-----G-----A-----AT-----A-----caaaaactgttagctttcttttgaatccatttcatatttacatacacaaacatattaactactatgtgacgttttcaatgtaattgtatactacatgtgaataaaataactgaacta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AAAATACATTTATGTATACACATATAATTGTATTACTGTCACATACTTAACAGATCCTGTTCAGG