lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 333333333333333333333 11111 11 111 1 111 11 999999999999999999999999999999999999999 1 1 1 3333333333333 111 222 1111111 2 22 111 22222 11 111 22222 1 1 222222 1111 222 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333 111 1 1 22222 111 1111 1111 1111
lowQualScore : 99 99 4444 999999999999999999999 6 66666 7 55 222 9 1 555 7777 1 3 44 6 6 333333333333333333333333333333333333333 6 5 7 6 5 8 0 7777777777777 444 0 1 999 4444444 44 3 6 0 3 9 8 22 5 11 0 8 3 0 9 000 6 55555 6 3 2 11 3 777 0 55555 3 6 2 0 888888 7777 0 8 6 222 22 0 6 1 1 99 6 555 6 4444 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 88 11111 8 8 222 1 6 0 3 0 77777 111 0 1 1111 4444 4 6 6666
lowQualScore : .. .. .... ..................... . ..... . .. ... . . ... .... . . .. . . ....................................... . . . . . . . ............. ... . . ... ....... .. . . . . . . .. . .. . . . . . ... . ..... . . . .. . ... . ..... . . . . ...... .... . . . ... .. . . . . .. . ... . .... . ........................................................................................ . .. ..... . . ... . . . . . ..... ... . . .... .... . . ....
lowQualScore : 22 22 2222 222222222222222222222 0 77777 8 88 555 9 7 777 8888 7 7 55 7 7 777777777777777777777777777777777777777 0 0 0 0 4 0 8 6666666666666 000 8 4 555 3333333 22 3 7 0 5 6 0 22 0 88 2 8 2 2 8 222 0 00000 0 2 5 88 2 555 2 00000 2 0 5 0 888888 0000 8 0 0 888 44 3 7 7 7 22 0 333 7 2222 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 88 00000 0 0 444 0 6 8 2 8 66666 777 7 0 8888 2222 2 7 5555
consensus : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAA------NTATT----CA----ATTTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAGGGT-GG----GG--GGGGGGTGGGGGNTGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGA-TTTTTTTTTTTAAAA---TTAAAGAGAAAAAA-CAATAACA--A----AAACAGATTATATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATCGA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCA-GAATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAANTTACCATTAATNTCAATTAAGTCGTTTATATNCNTTATGTCTTTATCATNCCAACTTTTAAGAAAAACNNTCTGTTTTCCAATC-AATATATGATGATTATAAAAAA-GTGGCATTTTAAGAA--AT-TT-TT-CGTAACTATCCACTTTGTTACTATTTAAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTT---TTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-NANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAAT---NGGTAT
Reference ( gi|1 ) : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAA------GAATT----CA----ATTTTGTAAATGTATAATACTTCA-----TAACTGTAT--ATATAT--CACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTTGGGATAAGGTGGG----GG--GGGGGGGGGGGGGTGGGAAAAAAGGGTGAAGCAAATAACAAAGACATATAAAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTTTTAAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACA--A----AAACAGACTATATATAAATACGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTGTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCCACCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTTAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATTATTACATT-----TGATAAAAGTTTTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATCAAAGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCACTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAACGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCA-ATATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AATATATGATGATTATAAAAAA-GTGGCATTTTAAGAA--A--TT-TT-CATAACTATTTACTTTGTAACTATTTAAAAAAGTTACATAAGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTT---TTATAGATTTTAATAATTTTTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AAATTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAAT---GAGTAT
gi|2 : AATTCACCACATTACCAAATTCATATATCTTTCATTCCTCAAA------TTAAT----CA----ATTTTGTAAATGTATAATAATTTA-----TAATTATAT--ATATATATTACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATACTAAAAACAAAA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATTATGATAATA-GAAA-ATATT----------------------------GGGGAGGTGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACCTTTACAGTC-CACATCCAAGTTTG---TTTGTTTTTTAAAAAAATTAAAAAGAAAA---CAATAACA--A----AAACAGATTATTTTTAAATATGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAG---AATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCGTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATG-GATTTTATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAATGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTTTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCCGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTT-----------ATGCATCATTACA
gi|14 : tAATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAA------GAATT----CA----ATTTTGTAAATGTATAACACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAGATAATTAAAA---AA-G-----AGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttatagtatatattccaatcattttcatttatatcatacattttattccatttattctgacttgttggtttctcattatttctatttaaaatgtcatatattggtttagtcccagttttgtttttcagaattggaaacacatgtgatggaatataaggatttggttcctttttatgttcacttttcagtttattaacttttttaaattgtttgattgttattgtcatatcgagcaaatgtagatagttaattttgatagctgtaattttctcaaaatcttcttttgtgtagaatttactattaatatcaattaagtcctttatatacattatgcctttatcatactaactttaagaaaaacactctgttttcgaatcaatatatgatgattataagaagtggcattttaagaatttttttcataactatctactttgttactatttaaaaaagttgcatatgagtttaaaacatctttccaaaagttgttttttatagattttaataatttctcttggtaatttttaccacaaattaaaaatttatttaaataaaaaaatgagttacacaagtgttgccacaacccatctgaatgtcgagtatgt
gi|16 : AGTTCATCACATT--CA--C-CAC----CGTTCGTCCTT------------ATTTTGTCA----ATTCTGTAAATGTATACTATTTTATAAATTAAATGTTTC-ATATAT--TTTCTGATCTCTTTTACGTATGAAGAAAAT---TTATAAAAA---
gi|9 : tATTCACCACAGT--CA--TTCAT----CTTTTATTCCTCAAA------GTATT----TA----ATTTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAATTGTATCTATATAC--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AAAGAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTTGG----GG--GAGGGGT------TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCGAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGAGTTTTTTTTT--AAAA---TAAAAGAGAAAAAA-CAATAACA--A----AAACAGATTATATATAAATATAC-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACT
gi|10 : TCACCACATT--CA--TTCAT----CATTCATACTTCTAT------TTGTT-----A----GTTCTGCAAATGCAAAATACTTTA-----TAA----AT--ACATAT--CTTCTGATCTCTATTAAGCATATGTAAAAT---T--TAAAAAG--AA-GAAAAGAGAAAGAAGAAGA-AA-AATTATA--AACA-AAAACATACTAGGAATAGGGT--------G--AGCCAATTGGGGTTGTCATAAGAGGTTGATGCAAATATCAACAACATAagc
gi|3 : CACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCTTCAAATTTTGTAAATG----TATAATACTTTATAACTGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAACAATAAAAA---AA--ATAAAATAAAGGTGAAGATAATAATAATA--AATAGAAAA-ATAT-------------------------GGGGGGCGGGGT--CAAAAGAGTCTGAATCAAATATCATAAACATATACAGTC-CACATCCAAGT---A------------AAAA---TCA--------------ATAACA--A----AAATAGATAACATAGAAATATGT-TATTATACAGATATAAGTTTAAGTATGATACACTAGTCTTCCCCAAATTTGTCAGATAGTCCATTCTGAACAGATAAACATCTTTTTATGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCATTTATAGGAAGGAGTTGCATTCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATAGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGGTAATGTTTTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTAAGTTTCGTTCTATTGTACTTGATTATTTAAATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAACATAAATTA-----CATTTTTCATTTGATATAATCTTTATCAATGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTTTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTTCAATCATTTCCATCT-ATATCATACATTGCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTATATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCA-GAATTGG-AAA-------ATGTGATGGAATGAAAGGATTGGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTATAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAAAAAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATTTCAATTAAGTCATTTATATTCATTATGTCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAAACTATCTGTTTTCCAATC-AATATATGATGGTCATAAAAAA--TAGCATTTTAAGAA--AT-TT-TT-CATAACTAT-----------CTATTTAAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAGGTTGTTTTTTTT---TTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAAAATTTATCACAAGTTAA-AACTGTATTTAAATCAAAA----TATTAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAAT---TGGTAT
gi|7 : AAGAATGGGGAGAATTAAAAAGAAAAA---AA-AAGAAAAGAAATGTGA-GATAACAA-----A-AATA-AAAA-ATATTGGGGAAAGGGTGGGCCCAGGCAGGGGTGTGGGGGTTGCCGAAAGAGGTTGAAGAAAAAATCAACAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTG------TTTTTTTAAAT---TTAAGAAGAATT------TAACA--A----AAACAGATTACATAGAAATATGT-TATTTTACAGATATAAGTTGAAGTATGATACTCCAGTCCTCCTCAAATTTGTCAGATGGTCAGTTCTTAACTGGTATACATCTTTTTAAGACAAACATG-GATTTCATA-------------CTTTATAGGAAAAAGTGTCATTCAAGCATCTACTTGTATAAATGCATTGTTTTATCTAAAAAATTATCAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTGTCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTG-GTTGCATTCCATTGTACTTGA--ATTTATTTCATTTAGATGCATCATTATATT-----TGATAAAAGgtc
gi|4 : AAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATATA--CACATATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACA--A----AAACAGACTATATATAAATACGT-TATTTTAGAGG-AAAAGTTTAAGAATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTATTTACGT---ATTTACGATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAAGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACATGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCAATTGTACTTGAATATTCATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAATA-----CATTTT-CATTTGATTTAATCTTTATCAAAGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGAACATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCA-GAATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTATAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTG
gi|12 : tgccAAAAAAAACCAACAACATCAGCTTACATAGAC-ATATATAATTATATATATATAACAGATATAAGTTTTAGTATGATACTACTGTCCTCTTCTAATTTATCAGACAGTCCATTCTTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATT-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTATATAGGA--GAGT-GCCACattatttaacattaatatatataccatttat
gi|11 : TTATTTAGATGTATCGTTGCATTAATTTTGATAAAAGTGCTTGTGTGTGAGAGCAATGCCAAAAGACATG----------------CGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTCTCATTTGATTTAATGTTTATCGA----AGGTACCTATTAGTGTGTGTGTTGGGGGATAGGGTCATTGTAGATGTCGATATTTGTAACCATTGGAG------GCACCTTGTTACTTTGAAAGGAACGTTAtca
gi|13 : AGATATGTTGCAATCTTTCTG--TGTTTCT-----------GTAATTTTCATTTTTTATTTGATTTGA
gi|15 : TTA-TG-G------GAAGAAT----TCGATGAAGAAATCGATA-TGGCGGCCATTGGAGTTTAATGTTTCTTGTTACACGAAATTGCATGTTATTTTATAATTTCCAATCACCTTCATCC-AGGTTATACA----A------ATTT-CTGTAACATGTTGGTTTCCGATTATTTCTATTTAAAATATCACATATTGGTTagttgattgtgtaaccatataagtaaaaagtctctggttacttggaaagaatgttttagtagacattccaaatacgttcatttgattcaaacattttgctccccatttactttgacttgtttgtttctca
gi|13 : AT----TTGATTT-GAAGTTGATT-GTGTAACCATATAAGTAAAAAGTCTCTGGTTACTTGGAAAG-AATGTTTTAGTAGACATTCCAAATACGTTCATTTGAT-TCAAACATTTTGCTCCCCATTTACTTTGACTTGTTTGTTTCTCAc
gi|2 : agatatgttgcaatctttctgtgtttctgtaattttcattttttTGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTTATT--CCATTTATTCTGACTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCA-GAATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATATAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTAACTTTTTTAAATTGTTTGATTGTTATTGTCATATCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATAGCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAG-AATTTACTATTAATATCAATTAAGTCCTTTATATACATTATGCCTTTATCATACTAACTTTAAGAAAAACACTCTGTTTTCGAATC-AATATATGATGATTAT-AAGAA-GTGGCATTTTAAGAATTT--TT-TT-CATAACTATCTACTTTGTTACTATTTAAAAAAGTTGCATATGAGTTTAAAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTT---TTATAGATTTTAATAATTTCTCTTGGTAATTTTTACCACAAATTAA-AAATTTATTTAAATAAAAA----AATGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAATGTCGAGTAT
gi|5 : taattcaccacattaccaaattcatatatctttcattcctcaaattaatcaattttgtaaatgtataataatttataattatatatatatattacttgatctctattaagaatggggagaattaatactaaaaacaaaagagaaaagaaaggtgaagataataattatgataatagaaaatattggggaggtgccaaaagaggttgaagcaaatatcaaaaacctttacagtccacatccaagtttgtttgttttttaaaaaaattaaaaagaaaacaataacaaaaacagattatttttaaatatgttattttacaggataagtttaagaatactccagtcttcctcaaatttgtcagatagtccgttcgtaacagatatacatctatttacgtcaaacatggattttatactcatcaggagtcctttataggaaggaatggcatccaagcatctacttgcataaatgtatcgttttatctcaagaattaacaagttctttgttaatgttcttttatcattttttgaaatcccaaatagaagccgagtttcattccattgtacttgaatatttatgcatcattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCATAT-ATATCATAGATTTCATT--TCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTTTTATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCA-GAATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAATGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTATGATTGCTGTTGCCATACTGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTTATTTTCTCAAAATCTTCATTTGTGTAGgt
gi|8 : aaggagaatagaatagagatatatcaatagTTGGTTTAGTC--AGTTTTGGTTTTCA-GAACCGG-GAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGTTTCACTTTTATGTTTACTTTTCAGTTGACTGATTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTTATACCAAG-AAATGTAGATAGTAAATCTTAATATCTGTTATTTCTTCAAAACCTTCTTTTGTGTATAAGTAACTATTAGTATCAATTAAATAATTCATATACCTTATGCCTTTATCATATCAACTTTTGAGAAAAACGCTCTGCTTTCCAATC-AATGGATAATGATTATAACGAA-GTGGCATTTTAAGAA--CTTTT-TT-CGTAACCGTCCACTTTGTCACTATCTAAAAAA----------AGTT----ACATTT------GAGTTG-----TTT---TGATAGATTTTAATAATAATTCTAGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-AATTTTATTTaatttaccattaatatcaattaagtcatttaaatacattatgcctttatcataccaactgttaagaaaaaatcaatatttgatgattataaaaaaagtggcattttaagaaatttttcataactatctactttgtaactatttaaaaaagttacatatgcgtttagaacatctttccaaaagttgtttttttttatagattttaataatttctctgggtaatgtttaccacaagttaagaatttatttaaatcaaaagacgagttacacaagtgttgccacaacccatctgaatgagta
gi|6 : GGTTTCGCCCAAGTTTTGTTTTCCAGACATCGATACACAATGTCATGTGATTGAATGAAAGAATCTGGTTCATGTTTATGTTTATTTTTCAGTTGATTGTTTTTTTTTAATGGTTTGATTGCTGTTGTTATACCCAGAAAATGCAGATAGATAATTTTAACATTTGAAGCTTCTTTCAAATCTTCTTTTCTGTAGAATTTACCATTAATATCAATTAAGTCGTTTATATACATTATATATTTATCATTCAAACTTTTAAGAAAATACGCTCTGTTTTTCAATCAATATATAATGGTTATAAAAT--GTGACATTTTAAGAA--A--CTATT-CGGTACTG-TCATTTTGTTATAACCTGAAAATGTTACATATGAGTTTAGACCAT-TTTTCAAAAGTTG-----TTT---GTATAGATTTTAATTTTTATTCCGAGTAGTTTTTATTACAAGTTAATTTCTTTATTTAAATAAAGA----TATGAGTTGCACAAATATTGCC-ACAACCAATCTGg
gi|5 : -AATATTTGATGATTATAAAAAAAGTGGCATTTTAAGAA--A--TT-TTTCATAACTATCTACTTTGTAACTATTTAAAAAAGTTACATATGCGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-GAATTTATTTAAATCAAAA----GACGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAAT---GAGTAtactgg
gi|17 : aaggagaatagaatagagatatatcaatagcatatatatcatagatttcatttcatttattctggcttgttggtttctcattatttctatttaaaatgttttatattggtttagtcccagttttgtttttcagaattggaaacacatgtgatggaatgaaatgatttggttcctttttatgttcacttttcagtttattgacttttttaaattgtatgattgctgttgccatactgagcaaatgtagatagttaattttgatatctgttattttctcaaaatcttcatttgtgtagaatttaccattaatatcaattaagtcatttaaatacattatgcctttatcataccaactgttaagaaaaaatcT---TTATTGATTA-AATAACTTTTCAGGGTAGTGTTTACCCCAAGATAA-TATATTATTTGTATCAAGAAAGTTATTTGTT----AAATGTTGCCAATATTCCATCTAAGT---
gi|18 : AAA----TATGAGTTGCACAGATGTTGTC-ACAACCCATCTGCAT---TGGTAT
Alignments
lowQualScore : 1111 1 222222222 11111 11 111 1 3333333333333333333333 222 111 11 22222222 1 22222 111 22222 22222 222222 1111 1111 11111 11 1111 11 22222 1111
lowQualScore : 77 77 2222 1 0 1 3 222222222 44444 5 33 77 2 6 000 5 0 1 2 5 5 777 0 7777777777777777777777 1 6 6 6 555 99 111 3 44 33 5 00000000 5 5 1 2 6 0 6 222 00000 0 5 0 444 00000 0 55555 8 333333 4444 6 2 5 0 0 77 5 1 5 2222 0 1 1 4 1 1 0 1 0 00000 0 44 4444 0 11 6 6 2 99999 66 1 2222 5 1
lowQualScore : .. .. .... . . . . ......... ..... . .. .. . . ... . . . . . . ... . ...................... . . . . ... .. ... . .. .. . ........ . . . . . . . ... ..... . . . ... ..... . ..... . ...... .... . . . . . .. . . . .... . . . . . . . . . ..... . .. .... . .. . . . ..... .. . .... . .
lowQualScore : 99 99 1111 0 6 4 0 999999999 33333 3 66 99 2 2 000 7 1 9 0 7 7 000 7 1111111111111111111111 3 7 7 7 555 88 777 5 22 33 0 77777777 7 7 7 2 7 8 0 888 00000 8 6 8 000 00000 8 55555 0 000000 2222 7 5 7 1 1 99 7 4 7 1111 7 0 0 0 0 0 2 0 8 22222 2 00 3333 7 55 2 7 5 00000 77 0 1111 7 0
consensus : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAATTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----GG--GGGG-GCGGGGGT-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACA-TCCAAGTTTGA-TTTTTTTTTT-AAAA---TTAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTNTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAATTAAGTCATTTATATACATTATGCCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACGCTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCGTAACTATCTACTTTGTNACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTAT
Reference ( family-2241 ) : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAANTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAGGGTGGG----GG--GGGG-GTGGGGGN-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACA-TCCAAGTTTGATTTTTTTTTTT-AAAA---TTAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-GA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAANTTACCATTAATNTCAATTAAGTCGTTTATATNCNTTATGTCTTTATCATNCCAACTTTTAAGAAAA-ACNNTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCGTAACTATCCACTTTGTTACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-NANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATNGGTAT
gi|1 : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAAGAAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTCA-----TAACTGTAT--ATATAT--CACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTTGGGATAAGGTGGG----GG--GGGG-GGGGGGGGGTGGGAAAAAAGGGTGAAGCAAATAACAAAGACATATAAAGTC-CACA-TCCAAGTTTGATTTTTTTTTTTTAAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACAAAAACAGACTA--------TATATAAATACGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTGTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCCACCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTTAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATTATTACATT-----TGATAAAAGTTTTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AAAGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCACTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAACGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAAT-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A--TTTTCATAACTATTTACTTTGTAACTATTT-AAAAAAGTTACATAAGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTTTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AAATTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATGAGTAT
gi|10 : TCACCACATT--CA--TTCAT----CATTCATACTTCTATTTGT-T-AGT---------TCTGCAAATGCAAAATACTTTA-----TAA----AT--ACATAT--CTTCTGATCTCTATTAAGCATATGTAAAATT--TAA--AAAG---AA-GAAAAGAGAAAGAAGAAGA-AA-AATTATAA--ACA-AAAACATACTAGGAATAGGGTGAG----CC--AA----TTGGGGT-TGTCATAAGAGGTTGATGCAAATATCAACAACATA
gi|11 : TTATTTAGATGTATCGTTGCATTAATTTTGATAAAAGTGCTTGTGTGTGAGAGCAATGCCAAAAGACATG----------------CGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTCTCATTTGATTTAATGTTTATC-GA----AGGTACCTATTAGTGTGTGTGTTGGGGGATAGGGTCATTGTAGATGTCGATATTTGTAACCATTGGAG------GCACCTTGTTACTTTGAAAGGAACGTTA
gi|12 : AAAAAAAA-C--CAACAACATCAGCTTACATAGACATATATAATTATATATATATAACAGATATAAGTTTTAGTATGATACTACTGTCCTCTTCTAATTTATCAGACAGTCCATTCTTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATT-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTATATAGGA--GAGTGCCACTCA
gi|13 : AGATATGTTGCAATCTTTCTG--TGTTTCT-----------GTAATTTTCATTTTTTATTTGATTTGA
gi|13 : AT----TTGATTT-GAAGTTGATT-GTGTAACCATATAAGTAAAAAGTCTCTGGTTACTTGGAAA-GAATGTTTTAGTAGACATTCCAAATACGTTCATTTGAT-TCAAACATTTTGCTCCCCATTTACTTTGACTTGTTTGTTTCTCAagttgattgtgtaaccatataagtaaaaagtctctggttacttggaaagaatgttttagtagacattccaaatacgttcatttgattcaaacattttgctccccatttactttgacttgtttgtttctca
gi|14 : agatatgttgcaatctttctgtgtttctgtaattttcattttttAATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAAGAAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAACACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAGATAATTAAAA---AA-G-----AGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----G
gi|15 : TTA-TG-G------GAAGAAT----TCGATGAAGAAATCGATA-TGGCGGCCATTGGAGTTTAATGTTTCTTGTTACACGAAATTGCATGTTATTTTATAATTTCCAATCACCTTCATCC-AGGTTATACA----A------ATTT-CTGTAACATGTTGGTTTCCGATTATTTCTATTTAAAATATCACATATTGGTT
gi|16 : AGTTCATCACATT--CA--C-CAC----CGTTCGTCCTT---ATTTTGTCAAT---------TCTGTAAATGTATACTATTTTATAAATTAAATGTTTC-ATATAT--TTTCTGATCTCTTTTACGTATGAAGAAAATTTATAA-AAAc
gi|17 : tTTTATTGATTA-AATAACTTTTCAGGGTAGTGTTTACCCCAAGATAA-TATATTATTTGTATCAAGAAAGTTATTTGTTA----AATGTTGCCAATATTCCATCTAAGT
gi|18 : AAA----TATGAGTTGCACAGATGTTGTC-ACAACCCATCTGCATTGGTAT
gi|2 : AATTCACCACATTACCAAATTCATATATCTTTCATTCCTCAAATTAA-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATAATTTA-----TAATTATAT--ATATATATTACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATACTAAAAACAAAA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATTATGATAATA-GAAA-ATATTGGGGA----------------------------GG-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACCTTTACAGTC-CACA-TCCAAGTTTG--TTTGTTTTTT-AAAAAAATTAAAAAGAAAA---CAATAACAAAAACAGATTA--------TTTTTAAATATGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAG---AATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCGTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATG-GATTTTATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAATGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTTTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCCGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTT-----------ATGCATCATTACAac
gi|2 : tTGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTTATT--CCATTTATTCTGACTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATATAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTAACTTTTTTAAATTGTTTGATTGTTATTGTCATATCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATAGCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACTATTAATATCAATTAAGTCCTTTATATACATTATGCCTTTATCATACTAAC-TTTAAGAAAA-ACACTCTGTTTTCGAATCAATATATGATGATTAT--AAGAAGTGGCATTTTAAGAATT-TTTTTCATAACTATCTACTTTGTTACTATTT-AAAAAAGTTGCATATGAGTTTAAAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTTGGTAATTTTTACCACAAATTAA-AAATTTATTTAAATAAAAA----AATGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttatagtatatattccaatcattttcatttatatcatacattttattccatttattctgacttgttggtttctcattatttctatttaaaatgtcatatattggtttagtcccagttttgtttttcagaattggaaacacatgtgatggaatataaggatttggttcctttttatgttcacttttcagtttattaacttttttaaattgtttgattgttattgtcatatcgagcaaatgtagatagttaattttgatagctgtaattttctcaaaatcttcttttgtgtagaatttactattaatatcaattaagtcctttatatacattatgcctttatcatactaactttaagaaaaacactctgttttcgaatcaatatatgatgattataagaagtggcattttaagaatttttttcataactatctactttgttactatttaaaaaagttgcatatgagtttaaaacatctttccaaaagttgttttttatagattttaataatttctcttggtaatttttaccacaaattaaaaatttatttaaataaaaaaatgagttacacaagtgttgccacaacccatctgaatgtcgagtatgt
gi|3 : taattcaccacattaccaaattcatatatctttcattcctcaaattaatcaattttgtaaatgtataataatttataattatatatatatattacttgatctctattaagaatggggagaattaatactaaaaacaaaagagaaaagaaaggtgaagataataattatgataatagaaaatattggggaggtgccaaaagaggttgaagcaaatatcaaaaacctttacagtccacatccaagtttgtttgttttttaaaaaaattaaaaagaaaacaataacaaaaacagattatttttaaatatgttattttacaggataagtttaagaatactccagtcttcctcaaatttgtcagatagtccgttcgtaacagatatacatctatttacgtcaaacatggattttatactcatcaggagtcctttataggaaggaatggcatccaagcatctacttgcataaatgtatcgttttatctcaagaattaacaagttctttgttaatgttcttttatcattttttgaaatcccaaatagaagccgagtttcattccattgtacttgaatatttatgcatcattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCTTCAAATTTTGTAAATGTATAATACTTTATAACTGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAACAATAAAAA---AA--ATAAAATAAAGGTGAAGATAATAATAATAA--ATAGAAAA-ATAT--------------------G--GGGG-GCGGGG-----TCAAAAGAGTCTGAATCAAATAT------CATAAACA-TA-TACAGTCCACATCC---------------AAG---T-------AAAAAT-CAATAACAAAAATAGATAA--------CATAGAAATATGT-TATTATACAGATATAAGTTTAAGTATGATACACTAGTCTTCCCCAAATTTGTCAGATAGTCCATTCTGAACAGATAAACATCTTTTTATGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCATTTATAGGAAGGAGTTGCATTCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATAGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGGTAATGTTTTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTAAGTTTCGTTCTATTGTACTTGATTATTTAAATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAACATAAATTA-----CATTTTTCATTTGATATAATCTTTATC-AATGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTTTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTTCAATCATTTCCATCT-ATATCATACATTGCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTATATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAA-------ATGTGATGGAATGAAAGGATTGGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTATAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAAAAAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATTTCAATTAAGTCATTTATATTCATTATGTCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACTATCTGTTTTCCAATCAATATATGATGGTCAT-AAAAAA-TAGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCATAACTAT-----------CTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAGGTTGTTTTTTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAAAATTTATCACAAGTTAA-AACTGTATTTAAATCAAAA----TATTAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTATgtcgagtatgt
gi|4 : -TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATATA--CACATA-TCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACAAAAACAGACTA--------TATATAAATACGT-TATTTTAGAGGAA-AAGTTTAAGAATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTATTTACGT---ATTTACGATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAAGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACATGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCAATTGTACTTGAATATTCATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAATA-----CA-TTTTCATTTGATTTAATCTTTATCAAA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGAACATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTATAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTG-ATTATTTAACATTAATATgtc
gi|5 : CATAT-ATATCATAGATTTCATT--TCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTTTTATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAATGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTATGATTGCTGTTGCCATACTGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTTATTTTCTCAAAATCTTCATTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAATTAAGTCATTTAAATACATTATGCCTTTATCATACCAACTGTTAAGAAAA---------------AATCAATATTTGATGATTATAAAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCATAACTATCTACTTTGTAACTATTT-AAAAAAGTTACATATGCGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTGTTT-TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-GAATTTATTTAAATCAAAA----GACGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAATGAGTAatataccatttat
gi|6 : aaggagaatagaatagagatatatcaatagGGTTTCGCCCAAGTTTTGTTTTCCAGACATCGATACACAATGTCATGTGATTGAATGAAAGAATCTGGTTCATGTTTATGTTTATTTTTCAGTTGATTGTTTTTTTTTAATGGTTTGATTGCTGTTGTTATACCCAGAAAATGCAGATAGATAATTTTAACATTTGAAGCTTCTTTCAAATCTTCTTTTCTGTAGAATTTACCATTAATATCAATTAAGTCGTTTATATACATTATATATTTATCATTCAAACTTTTAAGAAAATACGCTCTGTTTTTCAATCAATATATAATGGTTAT--AAAATGTGACATTTTAAGAA-A-CTATTCGGTACTGT-CATTTTGTTATAACCT-GAAAATGTTACATATGAGTTTAGACCAT-TTTTCAAAAGTTG-----TTTGTATAGATTTTAATTTTTATTCCGAGTAGTTTTTATTACAAGTTAATTTCTTTATTTAAATAAAGA----TATGAGTTGCACAAATATTGCC-ACAACCAATCTGTACTGG
gi|7 : AAGAATGGGGAGAATTAAAAAGAAAAA---AA-AAGAAAAGAAATGTGA-GATAACAA-----A-AATA-AAAA-ATATTGGGGAAAGGGTGGGCCCAGGCAGGGGTGTGGGGGT-TGCCGAAAGAGGTTGAAGAAAAAATCAACAACATATACAGTC-CACA-TCCAAGTTTG-----TTTTTTT-AAAT---TTAA---GAAGAAT-T--TAACAAAAACAGATTA--------CATAGAAATATGT-TATTTTACAGATATAAGTTGAAGTATGATACTCCAGTCCTCCTCAAATTTGTCAGATGGTCAGTTCTTAACTGGTATACATCTTTTTAAGACAAACATG-GATTTCATA-------------CTTTATAGGAAAAAGTGTCATTCAAGCATCTACTTGTATAAATGCATTGTTTTATCTAAAAAATTATCAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTGTCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTG-GTTGCATTCCATTGTACTTGA--ATTTATTTCATTTAGATGCATCATTATATT-----TGATAAAAG
gi|8 : TTGGTTTAGTC--AGTTTTGGTTTTCAGA-ACCGG-GAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGTTTCACTTTTATGTTTACTTTTCAGTTGACTGATTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTTATACCAAG-AAATGTAGATAGTAAATCTTAATATCTGTTATTTCTTCAAAACCTTCTTTTGTGTATAAGTAACTATTAGTATCAATTAAATAATTCATATACCTTATGCCTTTATCATATCAACTTTTGAGAAAA-ACGCTCTGCTTTCCAATCAATGGATAATGATTAT-AACGAAGTGGCATTTTAAGAA-CTTTTTTCGTAACCGTCCACTTTGTCACTATCTAAAAAAAGTTACATTTGAGTT--G------------------------TTTTGATAGATTTTAATAATAATTCTAGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-AATTTTATTT
gi|9 : ATTCACCACAGT--CA--TTCAT----CTTTTATTCCTCAAAGTAT-TTAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAATTGTATCTATATAC--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AAAGAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTTGG----GG--GAGG-G-----GT-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCGAAAACATATACAGTC-CACA-TCCAAGTTTGA-GTTTTTTTTT-AAAA---TAAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATAC-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACTg
Alignments
lowQualScore : 1111 1 222222222 11111 11 111 1 4444444444444444444 11 111 11 22222222 1 22222 111 22222 1 22 222222 1111 1111 11 1111 22222 1111
lowQualScore : 77 77 2222 1 0 1 3 222222222 44444 5 33 77 2 6 000 5 0 1 2 5 5 5 2 0 7777777777777777777 77 6 44 99 111 44 33 5 00000000 5 5 1 1 6 0 6 222 00000 0 5 0 444 00000 0 0 22 8 333333 4444 6 2 5 0 0 77 5 1 5 2222 0 5 0 77 33 0 44 4444 0 66 3 6 2 99999 66 1 2222 2 5 0
lowQualScore : .. .. .... . . . . ......... ..... . .. .. . . ... . . . . . . . . . ................... .. . .. .. ... .. .. . ........ . . . . . . . ... ..... . . . ... ..... . . .. . ...... .... . . . . . .. . . . .... . . . .. .. . .. .... . .. . . . ..... .. . .... . . .
lowQualScore : 99 99 1111 3 6 4 0 999999999 33333 3 66 99 2 2 000 7 1 9 0 7 7 1 1 7 5555555555555555555 11 7 33 22 777 22 33 0 77777777 7 7 7 0 7 8 0 888 00000 8 6 8 000 00000 8 0 55 0 000000 2222 7 5 7 1 1 99 7 4 7 1111 7 7 8 55 00 2 00 3333 7 77 3 7 5 00000 33 0 1111 3 7 6
consensus : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAATTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----GG--GGGG-GCG---GGGGT-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTNTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTATATACATTATGCCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACGCTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCGTAACTATCTACTTTGTNACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTAT
Reference ( family-2241 ) : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAATTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----GG--GGGG-GCG---GGGGT-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTNTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTATATACATTATGCCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACGCTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCGTAACTATCTACTTTGTNACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTAT
gi|1 : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAAGAAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTCA-----TAACTGTAT--ATATAT--CACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTTGGGATAAGGTGGG----GG--GGGG-GGG---GGGGGGTGGGAAAAAAGGGTGAAGCAAATAACAAAGACATATAAAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTTTTAAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACAAAAACAGACTA--------TATATAAATACGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTGTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCCACCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTTAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATTATTACATT-----TGATAAAAGTTTTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AAAGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCACTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAACGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAAT-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A--TTTTCATAACTATTTACTTTGTAACTATTT-AAAAAAGTTACATAAGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTTTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AAATTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATGAGTAT
gi|10 : TCACCACATT--CA--TTCAT----CATTCATACTTCTATTTGT-T-AGT---------TCTGCAAATGCAAAATACTTTA-----TAA----AT--ACATAT--CTTCTGATCTCTATTAAGCATATGTAAAATT--TAA--AAAG---AA-GAAAAGAGAAAGAAGAAGA-AA-AATTATAA--ACA-AAAACATACTAGGAATAGGGTGAG----C---------CAATTGGGGT-TGTCATAAGAGGTTGATGCAAATATCAACAACATA
gi|11 : TTATTTAGATGTATCGTTGCATTAATTTTGATAAAAGTGCTTGTGTGTGAGAGCAATGCCAAAAGACATG----------------CGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTCTCATTTGATTTAATGTTTATC-GA----AGGTACCTATTAGTGTGTGTGTTGGGGGATAGGGTCATTGTAGATGTCGATATTTGTAACCATTGGAG------GCACCTTGTTACTTTGAAAGGAACGTTA
gi|12 : AAAAAAAA-C--CAACAACATCAGCTTACATAGACATATATAATTATATATATATAACAGATATAAGTTTTAGTATGATACTACTGTCCTCTTCTAATTTATCAGACAGTCCATTCTTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATT-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTATATAGGA--GAGTGCCACTCA
gi|13 : AGATATGTTGCAATCTTTCTG--TGTTTCT-----------GTAATTTTCATTTTTTATTTGATTTGA
gi|13 : AT----TTGATTT-GAAGTTGATT-GTGTAACCATATAAGTAAAAAGTCTCTGGTTACTTGGAAA-GAATGTTTTAGTAGACATTCCAAATACGTTCATTTGAT-TCAAACATTTTGCTCCCCATTTACTTTGACTTGTTTGTTTCTCAagttgattgtgtaaccatataagtaaaaagtctctggttacttggaaagaatgttttagtagacattccaaatacgttcatttgattcaaacattttgctccccatttactttgacttgtttgtttctca
gi|14 : agatatgttgcaatctttctgtgtttctgtaattttcattttttAATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAAGAAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAACACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAGATAATTAAAA---AA-G-----AGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----G
gi|15 : TTA-TG-G------GAAGAAT----TCGATGAAGAAATCGATA-TGGCGGCCATTGGAGTTTAATGTTTCTTGTTACACGAAATTGCATGTTATTTTATAATTTCCAATCACCTTCATCC-AGGTTATACA----A------ATTT-CTGTAACATGTTGGTTTCCGATTATTTCTATTTAAAATATCACATATTGGTT
gi|16 : AGTTCATCACATT--CA--C-CAC----CGTTCGTCCTT---ATTTTGTCAAT---------TCTGTAAATGTATACTATTTTATAAATTAAATGTTTC-ATATAT--TTTCTGATCTCTTTTACGTATGAAGAAAATTTATAA-AAAc
gi|17 : tTTTATTGATTA-AATAACTTTTCAGGGTAGTGTTTACCCCAAGATAA-TATATTATTTGTATCAAGAAAGTTATTTGTT----AAATGTTGCCAATATTCCATCTAAGT
gi|18 : AAA----TATGAGTTGCACAGATGTTGTC-ACAACCCATCTGCATTGGTAT
gi|2 : AATTCACCACATTACCAAATTCATATATCTTTCATTCCTCAAATTAA-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATAATTTA-----TAATTATAT--ATATATATTACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATACTAAAAACAAAA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATTATGATAATA-GAAA-ATATTGGGGA------------------------------GGT--GCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACCTTTACAGTC-CACATCCAAGTTTG-TTTGTTTTTT--AAAAAAATTAAAAAGAAAA---CAATAACAAAAACAGATTA--------TTTTTAAATATGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAG---AATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCGTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATG-GATTTTATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAATGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTTTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCCGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTT-----------ATGCATCATTACAac
gi|2 : tTGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTTATT--CCATTTATTCTGACTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATATAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTAACTTTTTTAAATTGTTTGATTGTTATTGTCATATCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATAGCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACTATTAATATCAAT-TAAGTCCTTTATATACATTATGCCTTTATCATACTAAC-TTTAAGAAAA-ACACTCTGTTTTCGAATCAATATATGATGATTAT--AAGAAGTGGCATTTTAAGAATT-TTTTTCATAACTATCTACTTTGTTACTATTT-AAAAAAGTTGCATATGAGTTTAAAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTTGGTAATTTTTACCACAAATTAA-AAATTTATTTAAATAAAAA----AATGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttatagtatatattccaatcattttcatttatatcatacattttattccatttattctgacttgttggtttctcattatttctatttaaaatgtcatatattggtttagtcccagttttgtttttcagaattggaaacacatgtgatggaatataaggatttggttcctttttatgttcacttttcagtttattaacttttttaaattgtttgattgttattgtcatatcgagcaaatgtagatagttaattttgatagctgtaattttctcaaaatcttcttttgtgtagaatttactattaatatcaattaagtcctttatatacattatgcctttatcatactaactttaagaaaaacactctgttttcgaatcaatatatgatgattataagaagtggcattttaagaatttttttcataactatctactttgttactatttaaaaaagttgcatatgagtttaaaacatctttccaaaagttgttttttatagattttaataatttctcttggtaatttttaccacaaattaaaaatttatttaaataaaaaaatgagttacacaagtgttgccacaacccatctgaatgtcgagtatgt
gi|3 : taattcaccacattaccaaattcatatatctttcattcctcaaattaatcaattttgtaaatgtataataatttataattatatatatatattacttgatctctattaagaatggggagaattaatactaaaaacaaaagagaaaagaaaggtgaagataataattatgataatagaaaatattggggaggtgccaaaagaggttgaagcaaatatcaaaaacctttacagtccacatccaagtttgtttgttttttaaaaaaattaaaaagaaaacaataacaaaaacagattatttttaaatatgttattttacaggataagtttaagaatactccagtcttcctcaaatttgtcagatagtccgttcgtaacagatatacatctatttacgtcaaacatggattttatactcatcaggagtcctttataggaaggaatggcatccaagcatctacttgcataaatgtatcgttttatctcaagaattaacaagttctttgttaatgttcttttatcattttttgaaatcccaaatagaagccgagtttcattccattgtacttgaatatttatgcatcattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCTTCAAATTTTGTAAATGTATAATACTTTATAACTGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAACAATAAAAA---AA--ATAAAATAAAGGTGAAGATAATAATAATAA--ATAGAAAA-ATAT--------------------G--GGGG-GCG---GGG-----TCAAAAGAGTCTGAATCAAATATCATAAACATATACAGTC-CACATCCAAGT-------------------------------AAAAAT-CAATAACAAAAATAGATAA--------CATAGAAATATGT-TATTATACAGATATAAGTTTAAGTATGATACACTAGTCTTCCCCAAATTTGTCAGATAGTCCATTCTGAACAGATAAACATCTTTTTATGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCATTTATAGGAAGGAGTTGCATTCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATAGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGGTAATGTTTTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTAAGTTTCGTTCTATTGTACTTGATTATTTAAATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAACATAAATTA-----CATTTTTCATTTGATATAATCTTTATC-AATGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTTTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTTCAATCATTTCCATCT-ATATCATACATTGCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTATATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAA-------ATGTGATGGAATGAAAGGATTGGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTATAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAAAAAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATTTCAAT-TAAGTCATTTATATTCATTATGTCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACTATCTGTTTTCCAATCAATATATGATGGTCAT-AAAAAA-TAGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCATAACTAT-----------CTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAGGTTGTTTTTTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAAAATTTATCACAAGTTAA-AACTGTATTTAAATCAAAA----TATTAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTATgtcgagtatgt
gi|4 : -TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATATA--CACATATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACAAAAACAGACTA--------TATATAAATACGT-TATTTTAGAGGAA-AAGTTTAAGAATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTATTTACGT---ATTTACGATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAAGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACATGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCAATTGTACTTGAATATTCATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAATA-----CA-TTTTCATTTGATTTAATCTTTATCAAA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGAACATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTATAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTG-ATTATTTAACATTAATAT--ATATA--CCATTTATgtc
gi|5 : CATAT-ATATCATAGATTTCATT--TCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTTTTATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAATGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTATGATTGCTGTTGCCATACTGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTTATTTTCTCAAAATCTTCATTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTAAATACATTATGCCTTTATCATACCAACTGTTAAGAAAA---------------AATCAATATTTGATGATTATAAAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCATAACTATCTACTTTGTAACTATTT-AAAAAAGTTACATATGCGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTGTTT-TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-GAATTTATTTAAATCAAAA----GACGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAATGAGTA
gi|6 : aaggagaatagaatagagatatatcaatagGGTTTCGCCCAAGTTTTGTTTTCCAGACATCGATACACAATGTCATGTGATTGAATGAAAGAATCTGGTTCATGTTTATGTTTATTTTTCAGTTGATTGTTTTTTTTTAATGGTTTGATTGCTGTTGTTATACCCAGAAAATGCAGATAGATAATTTTAACATTTGAAGCTTCTTTCAAATCTTCTTTTCTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCGTTTATATACATTATATATTTATCATTCAAACTTTTAAGAAAATACGCTCTGTTTTTCAATCAATATATAATGGTTAT--AAAATGTGACATTTTAAGAA-A-CTATTCGGTACTGTC-ATTTTGTTATAACCT-GAAAATGTTACATATGAGTTTAGACCAT-TTTTCAAAAGTTG-----TTTGTATAGATTTTAATTTTTATTCCGAGTAGTTTTTATTACAAGTTAATTTCTTTATTTAAATAAAGA----TATGAGTTGCACAAATATTGCC-ACAACCAATCTGTACTGG
gi|7 : AAGAATGGGGAGAATTAAAAAGAAAAA---AA-AAGAAAAGAAATGTGA-GATAACAA-----A-AATA-AAAA-ATATTGGGGAAAGGGTGGGCCCAGGCAGGGGTGTG---GGGGT-TGCCGAAAGAGGTTGAAGAAAAAATCAACAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTG----TTTTTTT--AAAT---TTAA---GAAGAAT-T--TAACAAAAACAGATTA--------CATAGAAATATGT-TATTTTACAGATATAAGTTGAAGTATGATACTCCAGTCCTCCTCAAATTTGTCAGATGGTCAGTTCTTAACTGGTATACATCTTTTTAAGACAAACATG-GATTTCATA-------------CTTTATAGGAAAAAGTGTCATTCAAGCATCTACTTGTATAAATGCATTGTTTTATCTAAAAAATTATCAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTGTCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTG-GTTGCATTCCATTGTACTTGA--ATTTATTTCATTTAGATGCATCATTATATT-----TGATAAAAG
gi|8 : TTGGTTTAGTC--AGTTTTGGTTTTCAGA-ACCGG-GAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGTTTCACTTTTATGTTTACTTTTCAGTTGACTGATTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTTATACCAAG-AAATGTAGATAGTAAATCTTAATATCTGTTATTTCTTCAAAACCTTCTTTTGTGTATAAGTAACTATTAGTATCAAT-TAAATAATTCATATACCTTATGCCTTTATCATATCAACTTTTGAGAAAA-ACGCTCTGCTTTCCAATCAATGGATAATGATTAT-AACGAAGTGGCATTTTAAGAA-CTTTTTTCGTAACCGTCCACTTTGTCACTATCTAAAAAAAGTTACATTTGAGTT--G------------------------TTTTGATAGATTTTAATAATAATTCTAGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-AATTTTATTT
gi|9 : ATTCACCACAGT--CA--TTCAT----CTTTTATTCCTCAAAGTAT-TTAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAATTGTATCTATATAC--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AAAGAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTTGG----GG--GAGG-G--------GT-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCGAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGAGTTTTTTTTT--AAAA---TAAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATAC-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACTg
Alignments
lowQualScore : 1111 1 222222222 11111 11 111 1 4444444444444444444 11 111 11 22222222 1 22222 111 22222 1 22 222222 1111 1111 11 1111 22222 1111
lowQualScore : 77 77 2222 1 0 1 3 222222222 44444 5 33 77 2 6 000 5 0 1 2 5 5 5 2 0 7777777777777777777 77 6 44 99 111 44 33 5 00000000 5 5 1 1 6 0 6 222 00000 0 5 0 444 00000 0 0 22 8 333333 4444 6 2 5 0 0 77 5 1 5 2222 0 5 0 77 33 0 44 4444 0 66 3 6 2 99999 66 1 2222 2 5 0
lowQualScore : .. .. .... . . . . ......... ..... . .. .. . . ... . . . . . . . . . ................... .. . .. .. ... .. .. . ........ . . . . . . . ... ..... . . . ... ..... . . .. . ...... .... . . . . . .. . . . .... . . . .. .. . .. .... . .. . . . ..... .. . .... . . .
lowQualScore : 99 99 1111 3 6 4 0 999999999 33333 3 66 99 2 2 000 7 1 9 0 7 7 1 1 7 5555555555555555555 11 7 33 22 777 22 33 0 77777777 7 7 7 0 7 8 0 888 00000 8 6 8 000 00000 8 0 55 0 000000 2222 7 5 7 1 1 99 7 4 7 1111 7 7 8 55 00 2 00 3333 7 77 3 7 5 00000 33 0 1111 3 7 6
consensus : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAATTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----GG--GGGG-GCG---GGGGT-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTNTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTATATACATTATGCCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACGCTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCGTAACTATCTACTTTGTNACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTAT
Reference ( family-2241 ) : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAATTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----GG--GGGG-GCG---GGGGT-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTNTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTATATACATTATGCCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACGCTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCGTAACTATCTACTTTGTNACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTAT
gi|1 : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAAGAAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTCA-----TAACTGTAT--ATATAT--CACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTTGGGATAAGGTGGG----GG--GGGG-GGG---GGGGGGTGGGAAAAAAGGGTGAAGCAAATAACAAAGACATATAAAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTTTTAAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACAAAAACAGACTA--------TATATAAATACGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTGTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCCACCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTTAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATTATTACATT-----TGATAAAAGTTTTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AAAGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCACTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAACGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAAT-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A--TTTTCATAACTATTTACTTTGTAACTATTT-AAAAAAGTTACATAAGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTTTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AAATTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATGAGTAT
gi|10 : TCACCACATT--CA--TTCAT----CATTCATACTTCTATTTGT-T-AGT---------TCTGCAAATGCAAAATACTTTA-----TAA----AT--ACATAT--CTTCTGATCTCTATTAAGCATATGTAAAATT--TAA--AAAG---AA-GAAAAGAGAAAGAAGAAGA-AA-AATTATAA--ACA-AAAACATACTAGGAATAGGGTGAG----C---------CAATTGGGGT-TGTCATAAGAGGTTGATGCAAATATCAACAACATA
gi|11 : TTATTTAGATGTATCGTTGCATTAATTTTGATAAAAGTGCTTGTGTGTGAGAGCAATGCCAAAAGACATG----------------CGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTCTCATTTGATTTAATGTTTATC-GA----AGGTACCTATTAGTGTGTGTGTTGGGGGATAGGGTCATTGTAGATGTCGATATTTGTAACCATTGGAG------GCACCTTGTTACTTTGAAAGGAACGTTA
gi|12 : AAAAAAAA-C--CAACAACATCAGCTTACATAGACATATATAATTATATATATATAACAGATATAAGTTTTAGTATGATACTACTGTCCTCTTCTAATTTATCAGACAGTCCATTCTTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATT-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTATATAGGA--GAGTGCCACTCA
gi|13 : AGATATGTTGCAATCTTTCTG--TGTTTCT-----------GTAATTTTCATTTTTTATTTGATTTGA
gi|13 : AT----TTGATTT-GAAGTTGATT-GTGTAACCATATAAGTAAAAAGTCTCTGGTTACTTGGAAA-GAATGTTTTAGTAGACATTCCAAATACGTTCATTTGAT-TCAAACATTTTGCTCCCCATTTACTTTGACTTGTTTGTTTCTCAagttgattgtgtaaccatataagtaaaaagtctctggttacttggaaagaatgttttagtagacattccaaatacgttcatttgattcaaacattttgctccccatttactttgacttgtttgtttctca
gi|14 : agatatgttgcaatctttctgtgtttctgtaattttcattttttAATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAAGAAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAACACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAGATAATTAAAA---AA-G-----AGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----G
gi|15 : TTA-TG-G------GAAGAAT----TCGATGAAGAAATCGATA-TGGCGGCCATTGGAGTTTAATGTTTCTTGTTACACGAAATTGCATGTTATTTTATAATTTCCAATCACCTTCATCC-AGGTTATACA----A------ATTT-CTGTAACATGTTGGTTTCCGATTATTTCTATTTAAAATATCACATATTGGTT
gi|16 : AGTTCATCACATT--CA--C-CAC----CGTTCGTCCTT---ATTTTGTCAAT---------TCTGTAAATGTATACTATTTTATAAATTAAATGTTTC-ATATAT--TTTCTGATCTCTTTTACGTATGAAGAAAATTTATAA-AAAc
gi|17 : tTTTATTGATTA-AATAACTTTTCAGGGTAGTGTTTACCCCAAGATAA-TATATTATTTGTATCAAGAAAGTTATTTGTT----AAATGTTGCCAATATTCCATCTAAGT
gi|18 : AAA----TATGAGTTGCACAGATGTTGTC-ACAACCCATCTGCATTGGTAT
gi|2 : AATTCACCACATTACCAAATTCATATATCTTTCATTCCTCAAATTAA-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATAATTTA-----TAATTATAT--ATATATATTACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATACTAAAAACAAAA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATTATGATAATA-GAAA-ATATTGGGGA------------------------------GGT--GCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACCTTTACAGTC-CACATCCAAGTTTG-TTTGTTTTTT--AAAAAAATTAAAAAGAAAA---CAATAACAAAAACAGATTA--------TTTTTAAATATGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAG---AATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCGTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATG-GATTTTATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAATGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTTTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCCGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTT-----------ATGCATCATTACAac
gi|2 : tTGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTTATT--CCATTTATTCTGACTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATATAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTAACTTTTTTAAATTGTTTGATTGTTATTGTCATATCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATAGCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACTATTAATATCAAT-TAAGTCCTTTATATACATTATGCCTTTATCATACTAAC-TTTAAGAAAA-ACACTCTGTTTTCGAATCAATATATGATGATTAT--AAGAAGTGGCATTTTAAGAATT-TTTTTCATAACTATCTACTTTGTTACTATTT-AAAAAAGTTGCATATGAGTTTAAAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTTGGTAATTTTTACCACAAATTAA-AAATTTATTTAAATAAAAA----AATGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttatagtatatattccaatcattttcatttatatcatacattttattccatttattctgacttgttggtttctcattatttctatttaaaatgtcatatattggtttagtcccagttttgtttttcagaattggaaacacatgtgatggaatataaggatttggttcctttttatgttcacttttcagtttattaacttttttaaattgtttgattgttattgtcatatcgagcaaatgtagatagttaattttgatagctgtaattttctcaaaatcttcttttgtgtagaatttactattaatatcaattaagtcctttatatacattatgcctttatcatactaactttaagaaaaacactctgttttcgaatcaatatatgatgattataagaagtggcattttaagaatttttttcataactatctactttgttactatttaaaaaagttgcatatgagtttaaaacatctttccaaaagttgttttttatagattttaataatttctcttggtaatttttaccacaaattaaaaatttatttaaataaaaaaatgagttacacaagtgttgccacaacccatctgaatgtcgagtatgt
gi|3 : taattcaccacattaccaaattcatatatctttcattcctcaaattaatcaattttgtaaatgtataataatttataattatatatatatattacttgatctctattaagaatggggagaattaatactaaaaacaaaagagaaaagaaaggtgaagataataattatgataatagaaaatattggggaggtgccaaaagaggttgaagcaaatatcaaaaacctttacagtccacatccaagtttgtttgttttttaaaaaaattaaaaagaaaacaataacaaaaacagattatttttaaatatgttattttacaggataagtttaagaatactccagtcttcctcaaatttgtcagatagtccgttcgtaacagatatacatctatttacgtcaaacatggattttatactcatcaggagtcctttataggaaggaatggcatccaagcatctacttgcataaatgtatcgttttatctcaagaattaacaagttctttgttaatgttcttttatcattttttgaaatcccaaatagaagccgagtttcattccattgtacttgaatatttatgcatcattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCTTCAAATTTTGTAAATGTATAATACTTTATAACTGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAACAATAAAAA---AA--ATAAAATAAAGGTGAAGATAATAATAATAA--ATAGAAAA-ATAT--------------------G--GGGG-GCG---GGG-----TCAAAAGAGTCTGAATCAAATATCATAAACATATACAGTC-CACATCCAAGT-------------------------------AAAAAT-CAATAACAAAAATAGATAA--------CATAGAAATATGT-TATTATACAGATATAAGTTTAAGTATGATACACTAGTCTTCCCCAAATTTGTCAGATAGTCCATTCTGAACAGATAAACATCTTTTTATGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCATTTATAGGAAGGAGTTGCATTCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATAGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGGTAATGTTTTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTAAGTTTCGTTCTATTGTACTTGATTATTTAAATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAACATAAATTA-----CATTTTTCATTTGATATAATCTTTATC-AATGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTTTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTTCAATCATTTCCATCT-ATATCATACATTGCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTATATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAA-------ATGTGATGGAATGAAAGGATTGGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTATAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAAAAAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATTTCAAT-TAAGTCATTTATATTCATTATGTCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACTATCTGTTTTCCAATCAATATATGATGGTCAT-AAAAAA-TAGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCATAACTAT-----------CTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAGGTTGTTTTTTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAAAATTTATCACAAGTTAA-AACTGTATTTAAATCAAAA----TATTAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTATgtcgagtatgt
gi|4 : -TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATATA--CACATATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACAAAAACAGACTA--------TATATAAATACGT-TATTTTAGAGGAA-AAGTTTAAGAATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTATTTACGT---ATTTACGATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAAGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACATGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCAATTGTACTTGAATATTCATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAATA-----CA-TTTTCATTTGATTTAATCTTTATCAAA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGAACATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTATAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTG-ATTATTTAACATTAATAT--ATATA--CCATTTATgtc
gi|5 : CATAT-ATATCATAGATTTCATT--TCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTTTTATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAATGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTATGATTGCTGTTGCCATACTGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTTATTTTCTCAAAATCTTCATTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTAAATACATTATGCCTTTATCATACCAACTGTTAAGAAAA---------------AATCAATATTTGATGATTATAAAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCATAACTATCTACTTTGTAACTATTT-AAAAAAGTTACATATGCGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTGTTT-TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-GAATTTATTTAAATCAAAA----GACGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAATGAGTA
gi|6 : aaggagaatagaatagagatatatcaatagGGTTTCGCCCAAGTTTTGTTTTCCAGACATCGATACACAATGTCATGTGATTGAATGAAAGAATCTGGTTCATGTTTATGTTTATTTTTCAGTTGATTGTTTTTTTTTAATGGTTTGATTGCTGTTGTTATACCCAGAAAATGCAGATAGATAATTTTAACATTTGAAGCTTCTTTCAAATCTTCTTTTCTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCGTTTATATACATTATATATTTATCATTCAAACTTTTAAGAAAATACGCTCTGTTTTTCAATCAATATATAATGGTTAT--AAAATGTGACATTTTAAGAA-A-CTATTCGGTACTGTC-ATTTTGTTATAACCT-GAAAATGTTACATATGAGTTTAGACCAT-TTTTCAAAAGTTG-----TTTGTATAGATTTTAATTTTTATTCCGAGTAGTTTTTATTACAAGTTAATTTCTTTATTTAAATAAAGA----TATGAGTTGCACAAATATTGCC-ACAACCAATCTGTACTGG
gi|7 : AAGAATGGGGAGAATTAAAAAGAAAAA---AA-AAGAAAAGAAATGTGA-GATAACAA-----A-AATA-AAAA-ATATTGGGGAAAGGGTGGGCCCAGGCAGGGGTGTG---GGGGT-TGCCGAAAGAGGTTGAAGAAAAAATCAACAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTG----TTTTTTT--AAAT---TTAA---GAAGAAT-T--TAACAAAAACAGATTA--------CATAGAAATATGT-TATTTTACAGATATAAGTTGAAGTATGATACTCCAGTCCTCCTCAAATTTGTCAGATGGTCAGTTCTTAACTGGTATACATCTTTTTAAGACAAACATG-GATTTCATA-------------CTTTATAGGAAAAAGTGTCATTCAAGCATCTACTTGTATAAATGCATTGTTTTATCTAAAAAATTATCAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTGTCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTG-GTTGCATTCCATTGTACTTGA--ATTTATTTCATTTAGATGCATCATTATATT-----TGATAAAAG
gi|8 : TTGGTTTAGTC--AGTTTTGGTTTTCAGA-ACCGG-GAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGTTTCACTTTTATGTTTACTTTTCAGTTGACTGATTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTTATACCAAG-AAATGTAGATAGTAAATCTTAATATCTGTTATTTCTTCAAAACCTTCTTTTGTGTATAAGTAACTATTAGTATCAAT-TAAATAATTCATATACCTTATGCCTTTATCATATCAACTTTTGAGAAAA-ACGCTCTGCTTTCCAATCAATGGATAATGATTAT-AACGAAGTGGCATTTTAAGAA-CTTTTTTCGTAACCGTCCACTTTGTCACTATCTAAAAAAAGTTACATTTGAGTT--G------------------------TTTTGATAGATTTTAATAATAATTCTAGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-AATTTTATTT
gi|9 : ATTCACCACAGT--CA--TTCAT----CTTTTATTCCTCAAAGTAT-TTAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAATTGTATCTATATAC--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AAAGAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTTGG----GG--GAGG-G--------GT-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCGAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGAGTTTTTTTTT--AAAA---TAAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATAC-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACTg
blockSeqs : AC AA ATAT T G C GTATAATAC TAAAT C CT AT G T CAA A T T G C T G CCCAGGCAGGGGTGTG T A AT . AAA AA AA A CATAGACA A T T A C A AAA AATTT T CAT ATTTT A TG T TGTGTT AGGG T G G CC C T T ATGT A TA AC AA TTT CT T A C TTTTT TT T AAGT G A
blockSeqs : . . . G G C . . A C . T T . . A T . . T A GGGGGGCG T . AG . . AG A A . . T T A . T ATA . T . . . G . . . . T . . . T . . . A TA A CTT CT A . C TTTT T A . A .
blockSeqs : . . . T . C . . T . . A T . . T T . . A G GGGAGGG T . T . . AG T A . . A A T . A ATT . . . . . . . . . . G . . . T . . . A GC A AT CC T . C T A C . A .
blockSeqs : . . . T . A . . C . . A G . . A . . . T A CCAATT T . . . . . T A . . T T A . . . . . . . . . . . G . . . T . . . A GC . AT C C . . . A A . A .
blockSeqs : . . . T . T . . T . . A T . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . T T . . . . . . . C . . . . . . AC . . . . . G C . G .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . A T . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GGNAGGG************ T* ** N* AT** T****
originalCons : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAATTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----GG--GGGG-GCG---GGGGT-TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAA-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTNTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTATATACATTATGCCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACGCTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCGTAACTATCTACTTTGTNACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTAT
finalCons : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAATTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTAT--ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAA---AA-GAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATA-AAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGGGGNAGGG------------GGGGTT-GCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAN-CAATAACAAAAACAGATTA--------TATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTNTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTATATACATTATGCCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACGCTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAAAT--TTTTCGTAACTATCTACTTTGTNACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTGT----TTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTAT
Alignments
lowQualScore : 1111 1 222222222 11111 11 111 1 55555555555555555 1111 11 111 11 1111 1 22222 111 22222 1 22 222222 1111 1111 11 1111 22222 1111
lowQualScore : 77 77 2222 1 0 1 3 222222222 44444 5 77 5 77 2 11 000 0 1 2 5 1 5 22222222222222222 5555 6 44 99 111 44 44 77 2222 1 5 5 1 1 6 0 6 222 00000 0 5 0 444 00000 0 0 22 8 333333 4444 6 2 5 0 0 77 5 1 5 2222 0 5 0 77 33 0 44 4444 0 66 3 6 2 99999 66 1 2222 2 5 0
lowQualScore : .. .. .... . . . . ......... ..... . .. . .. . .. ... . . . . . . ................. .... . .. .. ... .. .. .. .... . . . . . . . . ... ..... . . . ... ..... . . .. . ...... .... . . . . . .. . . . .... . . . .. .. . .. .... . .. . . . ..... .. . .... . . .
lowQualScore : 99 99 1111 3 6 4 0 999999999 33333 3 99 7 99 2 22 000 1 9 0 7 7 7 55555555555555555 0000 7 33 22 777 22 44 99 1111 7 7 7 7 0 7 8 0 888 00000 8 6 8 000 00000 8 0 55 0 000000 2222 7 5 7 1 1 99 7 4 7 1111 7 7 8 55 00 2 00 3333 7 77 3 7 5 00000 33 0 1111 3 7 6
consensus : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAATTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTA--T-ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAAT-AAAAA---AAGAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATAAAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----GG-AGG-G-----GGGT---TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAN-CAATAACA--A----AAACAGACTATATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTNTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTATATACATTATGCCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACGCTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCGTAACTATCTACTTTGTNACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTAT
Reference ( family-2241 ) : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAATTAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAACTGTA--T-ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAAT-AAAAA---AAGAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATAAAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----GGNAGGGG-----GGGT---TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAN-CAATAACA--A----AAACAGATTATATATAAATATGT-TATTTTACAGGTATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTNTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATCGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTATATACATTATGCCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACGCTCTGTTTTCCAATCAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCGTAACTATCTACTTTGTNACTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AANTTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTAT
gi|1 : AATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAAGAAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTCA-----TAACTGTA--T-ATATAT--CACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAAATAAT-AAAAA---AAGAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATAAAAA-ATATTTGGGATAAGGTGGG----GGGGGGGG-----GGGGGGGTGGGAAAAAAGGGTGAAGCAAATAACAAAGACATATAAAGTC-CACATCCAAGTTTGATTTTTTTTTTTTAAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACA--A----AAACAGACTATATATAAATACGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTGTTTACGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAGTGGCCACCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTTAAGAATTAACAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTTATATTATTTAGATGCATTATTACATT-----TGATAAAAGTTTTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTTTCATTTGATTTAATCTTTATC-AAAGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCACTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAACGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAAT-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNAATATATGATGATTAT-AAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A--TTTTCATAACTATTTACTTTGTAACTATTT-AAAAAAGTTACATAAGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTTTCTGGGTAGTGTTTACCACAAGTTAA-AAATTTATTTAAATCAAAA----TATGAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATGAGTAT
gi|10 : TCACCACATT--CA--TTCAT----CATTCATACTTCTATTTGT-T-AGT---------TCTGCAAATGCAAAATACTTTA-----TAA----A--T-ACATAT--CTTCTGATCTCTATTAAGCATATGTAAAATT--TAA---AAAG---AAGAAAAGAGAAAGAAGAAGA-AA-AATTATAA--ACAAAAACATACTAGGAATAGGGTGAG----C-CAATTG-----GGGT---TGTCATAAGAGGTTGATGCAAATATCAACAACATA
gi|11 : TTATTTAGATGTATCGTTGCATTAATTTTGATAAAAGTGCTTGTGTGTGAGAGCAATGCCAAAAGACATG----------------CGTTTCTTACAA---AAAGTA-----CATTTCTCATTTGATTTAATGTTTATC-GA----AGGTACCTATTAGTGTGTGTGTTGGGGGATAGGGTCATTGTAGATGTCGATATTTGTAACCATTGGAG------GCACCTTGTTACTTTGAAAGGAACGTTA
gi|12 : AAAAAAAC-CAACAACATCAGCTTACATAGAC-ATATATAATTATATATATATAACAGATATAAGTTTTAGTATGATACTACTGTCCTCTTCTAATTTATCAGACAGTCCATTCTTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATT-GATTTCATACTCATCAGGAGTCCTATATAGGA--GAGTGCCACTCA
gi|13 : aAGATATGTTGCAATCTTTCTG--TGTTTCT-----------GTAATTTTCATTTTTTATTTGATTTGA
gi|13 : AT----TTGATTT-GAAGTTGATT-GTGTAACCATATAAGTAAAAAGTCTCTGGTTACTTGGAAA-GAATGTTTTAGTAGACATTCCAAATACGTTCATTTGAT-TCAAACATTTTGCTCCCCATTTACTTTGACTTGTTTGTTTCTCAagttgattgtgtaaccatataagtaaaaagtctctggttacttggaaagaatgttttagtagacattccaaatacgttcatttgattcaaacattttgctccccatttactttgacttgtttgtttctca
gi|14 : agatatgttgcaatctttctgtgtttctgtaattttcattttttAATTCACCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCCTCAAAGAAT-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAACACTTTA-----TAACTGTA--T-ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATAGATAAT-TAAAA---AAG-----AGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATAAAAA-ATATTGGGGATAAGGTGGG----G
gi|15 : TTA-TG-G------GAAGAAT----TCGATGAAGAAATCGATA-TGGCGGCCATTGGAGTTTAATGTTTCTTGTTACACGAAATTGCATGTTATTTTATAATTTCCAATCACCTTCATCC-AGGTTATACA----A------ATTT-CTGTAACATGTTGGTTTCCGATTATTTCTATTTAAAATATCACATATTGGTT
gi|16 : AGTTCATCACATT--CA--C-CAC----CGTTCGTCCTT---ATTTTGTCAAT---------TCTGTAAATGTATACTATTTTATAAATTAAATGTT--TCATATAT--TTTCTGATCTCTTTTACGTATGAAGAAAATTTATAA--AAAc
gi|17 : tTTTATTGATTA-AATAACTTTTCAGGGTAGTGTTTACCCCAAGATAA-TATATTATTTGTATCAAGAAAGTTATTTGTT----AAATGTTGCCAATATTCCATCTAAGT
gi|18 : AAA----TATGAGTTGCACAGATGTTGTC-ACAACCCATCTGCATTGGTAT
gi|2 : AATTCACCACATTACCAAATTCATATATCTTTCATTCCTCAAATTAA-TCAAT---------TTTGTAAATGTATAATAATTTA-----TAATTATA--T-ATATATATTACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATACT-AAAAACAAAAGAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATTATGATAATAGAAA-ATATTGGGGA---------------------------GGT----GCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACCTTTACAGTC-CACATCCAAGTTTG-TTTGTTTTTT--AAAAAAATTAAAAAGAAAA---CAATAACA--A----AAACAGATTATTTTTAAATATGT-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAG---AATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCGTAACAGATATACATCTATTTACGTCAAACATG-GATTTTATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAGGAATGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTTTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCCGAGTTTCATTCCATTGTACTTGAATATTT-----------ATGCATCATTACAac
gi|2 : tTGTTATAGTATATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTTATT--CCATTTATTCTGACTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATATAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTAACTTTTTTAAATTGTTTGATTGTTATTGTCATATCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATAGCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACTATTAATATCAAT-TAAGTCCTTTATATACATTATGCCTTTATCATACTAAC-TTTAAGAAAA-ACACTCTGTTTTCGAATCAATATATGATGATTAT--AAGAAGTGGCATTTTAAGAATT-TTTTTCATAACTATCTACTTTGTTACTATTT-AAAAAAGTTGCATATGAGTTTAAAACATCTTTCCAAAAGTTG----TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTTGGTAATTTTTACCACAAATTAA-AAATTTATTTAAATAAAAA----AATGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttatagtatatattccaatcattttcatttatatcatacattttattccatttattctgacttgttggtttctcattatttctatttaaaatgtcatatattggtttagtcccagttttgtttttcagaattggaaacacatgtgatggaatataaggatttggttcctttttatgttcacttttcagtttattaacttttttaaattgtttgattgttattgtcatatcgagcaaatgtagatagttaattttgatagctgtaattttctcaaaatcttcttttgtgtagaatttactattaatatcaattaagtcctttatatacattatgcctttatcatactaactttaagaaaaacactctgttttcgaatcaatatatgatgattataagaagtggcattttaagaatttttttcataactatctactttgttactatttaaaaaagttgcatatgagtttaaaacatctttccaaaagttgttttttatagattttaataatttctcttggtaatttttaccacaaattaaaaatttatttaaataaaaaaatgagttacacaagtgttgccacaacccatctgaatgtcgagtatgt
gi|3 : taattcaccacattaccaaattcatatatctttcattcctcaaattaatcaattttgtaaatgtataataatttataattatatatatatattacttgatctctattaagaatggggagaattaatactaaaaacaaaagagaaaagaaaggtgaagataataattatgataatagaaaatattggggaggtgccaaaagaggttgaagcaaatatcaaaaacctttacagtccacatccaagtttgtttgttttttaaaaaaattaaaaagaaaacaataacaaaaacagattatttttaaatatgttattttacaggataagtttaagaatactccagtcttcctcaaatttgtcagatagtccgttcgtaacagatatacatctatttacgtcaaacatggattttatactcatcaggagtcctttataggaaggaatggcatccaagcatctacttgcataaatgtatcgttttatctcaagaattaacaagttctttgttaatgttcttttatcattttttgaaatcccaaatagaagccgagtttcattccattgtacttgaatatttatgcatcattacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACATT--CA--TTCAT----CTTTCATTCTTCAAATTTTGTAAATGTATAATACTTTATAACTGTATAATACTTTA-----TAACTGTA--T-ATATAT--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAACAAT-AAAAA---AA-ATAAAATAAAGGTGAAGATAATAATAATAA--ATAGAAA-A--------ATA---TGGG----GG---GCG-----GGGT------CAAAAGAGTCTGAATCAAATATCATAAACATATACAGTC-CACATCCAAGT-------------------------------AAAAAT-CAATAACA--A----AAATAGATAACATAGAAATATGT-TATTATACAGATATAAGTTTAAGTATGATACACTAGTCTTCCCCAAATTTGTCAGATAGTCCATTCTGAACAGATAAACATCTTTTTATGTCAAACATG-GATTTCATACTCATCAGGAGTCATTTATAGGAAGGAGTTGCATTCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATAGTTTTATCTCAAGAATTAACAAGTTCTCTGGTAATGTTTTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTAAGTTTCGTTCTATTGTACTTGATTATTTAAATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAACATAAATTA-----CATTTTTCATTTGATATAATCTTTATC-AATGTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTTTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGTATATATTTCAATCATTTCCATCT-ATATCATACATTGCATT--CCATTTACTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTATATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAA-------ATGTGATGGAATGAAAGGATTGGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTATAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAAAAAGTTAATTTTGATATCTGTAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTGTAGAATTTACCATTAATTTCAAT-TAAGTCATTTATATTCATTATGTCTTTATCATACCAACTTTTAAGAAAA-ACTATCTGTTTTCCAATCAATATATGATGGTCAT-AAAAAA-TAGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCATAACTAT-----------CTATTT-AAAAAAGTTACATATGAGTTTAGAACATCTTTCCAAAGGTTGTTTTTTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAAAATTTATCACAAGTTAA-AACTGTATTTAAATCAAAA----TATTAGTTACACAAATGTTGCC-ACAACCCATCTGAATTGGTATgtcgagtatgt
gi|4 : ---TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCAAAAACATATATA--CACATATCCAAGTTTGATTTTTTTTTT--AAAA---TTAAAGAGAAAAAAACAATAACA--A----AAACAGACTATATATAAATACGT-TATTTTAGAGGAA-AAGTTTAAGAATGATACTCCAGTCTTCCTCAAATTTGTCAGATAGTCCGTTCTTAACAGATATACATCTATTTACGT---ATTTACGATTTCATACTCATCAGGAGTCCTTTATAGGAAAGAGTGGCATCCAAGCATCTACTTGCATAAATGTATCGTTTTATCTCAAGAATTAACATGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTATCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTGAGTTTCATTCAATTGTACTTGAATATTCATATTATTTAGATGCATCATTACATT-----TGATAAAAGTTCTTGTGTATGAGAGCAATGCCAAAAGATATGTTGCAATGTTTCTGTCTGTTTCTTACAA---AAAATA-----CA-TTTTCATTTGATTTAATCTTTATCAAA-GTGAGGTACCTATTAGTG-G------GGAGAAT----TCGATGTAGAAGTCGATA-TTGTAACCATTGGAGTTTAGTGTCTCTTGTTACTTGGAAAGGAATGTTATAGAACATATTCCAATCATTTTCATTT-ATATCATACATTTCATT--CCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTCATATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTCATACCGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTATAATTTTCTCAAAATCTTCTTTTGTG-ATTATTTAACATTAATAT--ATATA--CCATTTATgtc
gi|5 : CATAT-ATATCATAGATTTCATT--TCATTTATTCTGGCTTGTTGGTTTCTCATTATTTCTATTTAAAATGTTTTATATTGGTTTAGTCCCAGTTTTGTTTTTCAGA-ATTGG-AAACA----CATGTGATGGAATGAAATGATTTGGTTCCTTTTTATGTTCACTTTTCAGTTTATTGACTTTTTTAAATTGTATGATTGCTGTTGCCATACTGAGCAAATGTAGATAGTTAATTTTGATATCTGTTATTTTCTCAAAATCTTCATTTGTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCATTTAAATACATTATGCCTTTATCATACCAACTGTTAAGAAAA---------------AATCAATATTTGATGATTATAAAAAAAGTGGCATTTTAAGAA-A-TTTTTCATAACTATCTACTTTGTAACTATTT-AAAAAAGTTACATATGCGTTTAGAACATCTTTCCAAAAGTTGTTT-TTTTTTATAGATTTTAATAATTTCTCTGGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-GAATTTATTTAAATCAAAA----GACGAGTTACACAAGTGTTGCC-ACAACCCATCTGAATGAGTA
gi|6 : aaggagaatagaatagagatatatcaatagGGTTTCGCCCAAGTTTTGTTTTCCAGACATCGATACACAATGTCATGTGATTGAATGAAAGAATCTGGTTCATGTTTATGTTTATTTTTCAGTTGATTGTTTTTTTTTAATGGTTTGATTGCTGTTGTTATACCCAGAAAATGCAGATAGATAATTTTAACATTTGAAGCTTCTTTCAAATCTTCTTTTCTGTAGAATTTACCATTAATATCAAT-TAAGTCGTTTATATACATTATATATTTATCATTCAAACTTTTAAGAAAATACGCTCTGTTTTTCAATCAATATATAATGGTTAT--AAAATGTGACATTTTAAGAA-A-CTATTCGGTACTGTC-ATTTTGTTATAACCT-GAAAATGTTACATATGAGTTTAGACCAT-TTTTCAAAAGTTG-----TTTGTATAGATTTTAATTTTTATTCCGAGTAGTTTTTATTACAAGTTAATTTCTTTATTTAAATAAAGA----TATGAGTTGCACAAATATTGCC-ACAACCAATCTGTACTGG
gi|7 : AAGAATGGGGAGAATTAAAAAG-AAAAA---AAAAGAAAAGAAATGTGA-GATAACAA-----A-AATAAAAA-ATATTGGGGAAAGGGTGGGCCCAGGCAGGGGTGTGGGGGT---TGCCGAAAGAGGTTGAAGAAAAAATCAACAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTG----TTTTTTT--AAAT---TTAA---GAAGAAT-T--TAACA--A----AAACAGATTACATAGAAATATGT-TATTTTACAGATATAAGTTGAAGTATGATACTCCAGTCCTCCTCAAATTTGTCAGATGGTCAGTTCTTAACTGGTATACATCTTTTTAAGACAAACATG-GATTTCATA-------------CTTTATAGGAAAAAGTGTCATTCAAGCATCTACTTGTATAAATGCATTGTTTTATCTAAAAAATTATCAAGTTCTCTGTTAATGTTCTTTTGTCATTTTTTGAAATCCCAAATAGAAGCTG-GTTGCATTCCATTGTACTTGA--ATTTATTTCATTTAGATGCATCATTATATT-----TGATAAAAG
gi|8 : TTGGTTTAGTC--AGTTTTGGTTTTCAGA-ACCGG-GAACA----CATGTGATGGAATGAAAGGATTTGTTTCACTTTTATGTTTACTTTTCAGTTGACTGATTTTTTTAAATTGTTTGATTGCTGTTGTTATACCAAG-AAATGTAGATAGTAAATCTTAATATCTGTTATTTCTTCAAAACCTTCTTTTGTGTATAAGTAACTATTAGTATCAAT-TAAATAATTCATATACCTTATGCCTTTATCATATCAACTTTTGAGAAAA-ACGCTCTGCTTTCCAATCAATGGATAATGATTAT-AACGAAGTGGCATTTTAAGAA-CTTTTTTCGTAACCGTCCACTTTGTCACTATCTAAAAAAAGTTACATTTGAGTT--G------------------------TTTTGATAGATTTTAATAATAATTCTAGGTAATGTTTACCACAAGTTAA-AATTTTATTT
gi|9 : ATTCACCACAGT--CA--TTCAT----CTTTTATTCCTCAAAGTAT-TTAAT---------TTTGTAAATGTATAATACTTTA-----TAATTGTATCT-ATATAC--TACTTGATCTCTATTAAGAATGGGGAGAATTAATAATAAAAAA---AAGAGAAAAGAAAGGTGAAGATAATAATAATGATAATAAAAA-ATATTGGGGATAAGGTTGG----GGGA---G-----GGGT---TGCCAAAAGAGGTTGAAGCAAATATCGAAAACATATACAGTC-CACATCCAAGTTTGAGTTTTTTTTT--AAAA---TAAAAGAGAAAAAA-CAATAACA--A----AAACAGATTATATATAAATATAC-TATTTTACAGG-ATAAGTTTAAGTATGATACTg