lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111111111 111111 1111 111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333 11111111 1111111 11 22222222 1111111 444444444444444 2222222222 1111111 3333333333333333333333 11111111 111111111 222222222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111 44444444444444444444444444444444444 22222222222 999999999999999999999999999999999999999999 1111111 111 111111 1 33333333 111 1111111111111111111111 11111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444444444444444444444444444444444 333333333 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 1
lowQualScore : 4 55 9 7777777777 55 0 8888888 444444 444 6666 555 2222 999999999999 66666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 0 4 44 3 666 777777 55 77777777 1 999 22 5555555 8 3 555 22 3 55555555 33 2 444444 8 1 1111111 5555 666666666666666 55 2 33 2 888 666 1 5555555555 6666666 3 2 0000000000000000000000 3 3 555 44444444 999999 777777777 3 555 3 4 3 999999999999999999999 3 9 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222 2 8 66666 88888888888888888888888888888888888 4 2 77777777777 999999999999999999999999999999999999999999 2 22 3333333 55 8 4 4 1 444 6 2 777777 4 33333333 555 44 7777777777777777777777 33333333 666 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 5555555555555555555555555555555555 77777 3 3 111111111 1 1 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 66 3333 5 6 8
lowQualScore : . .. . .......... .. . ....... ...... ... .... ... .... ............ ............................................... . . . . .. . ... ...... .. ........ . ... .. ....... . . ... .. . ........ .. . ...... . . ....... .... ............... .. . .. . ... ... . .......... ....... . . ...................... . . ... ........ ...... ......... . ... . . . ..................... . . . ................................................................................................................ ........... . . ..... ................................... . . ........... .......................................... . .. ....... .. . . . . ... . . ...... . ........ ... .. ...................... ........ ... . .............................................................................................................................. . .................................. ..... . . ......... . . . ................................................................................................................................................................................................................................................................. . .. .... . . .
lowQualScore : 0 55 4 5555555555 55 4 8888888 555555 555 5555 444 8888 333333333333 33333333333333333333333333333333333333333333333 3 6 4 1 66 6 444 666666 00 77777777 8 222 22 9999999 1 0 444 77 1 77777777 99 9 222222 0 1 2222222 3333 555555555555555 88 4 99 4 222 444 9 8888888888 9999999 3 4 0000000000000000000000 1 1 444 88888888 666666 444444444 3 888 1 0 1 777777777777777777777 1 2 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 5 3 77777 55555555555555555555555555555555555 0 9 66666666666 555555555555555555555555555555555555555555 1 33 1111111 00 1 0 0 1 222 7 8 444444 4 77777777 888 66 3333333333333333333333 22222222 444 6 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 8888888888888888888888888888888888 77777 3 1 555555555 4 4 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 99 1111 0 0 0
consensus : GGTATGAC-TAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCG---CANTGGGCGCAATGT----CGAT---TAAAAAT--TAAAAT-----AACGT-NAAAAGTNA---TGA----------TTT-----AAA-A-T----N-------A-TTTATTTTAATTAAAAA--C-T---AT-TT--A--TATTA------ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-T----TTGCTTTTAANCGAATTA---AAT--T-TGTAA--------TC--TT-TAAA-CA--ATTTTAATTTTT-----C-AT----CGACATTGCGC--C--A-----ACGAATCG-CCATT-GCGC--CGTTGGTTAN--AAATA---TGAAAA--N--T-ATAATAACTTAAAAT--T----TTATTTT----G--TAA-------A---NT-C-ATTT---ATTT-----G--AAT------AAT-NA--A-NTA-TA---ATTAT-TAATGAAA-TA--AGT-A-T------------T-T-CC-GACCAT-A---------------A---------------A-TT--------------TGATNTGTTATC--AT---T--------------AAA-----AAT-----G----------ATAAT----------TTT-ANTTTTT-----CATCGACATTGCG-C---------CA--------ANA-----A-----ATCGNCA-TTGCGCCGTT-GG-TC---G-AAATATGAAAAT-TTAT-ATAA----NA--A---A--AAANTTTA---TA-TNTTTAAAT---T--CATT--TATT-T-GAAT--AANAAACTATA---ANTATTAATGAA------ATAA--GTAT--T-----------TT---------CCG--------ACCA---T-A---------------A--------------------ATT-T-----G--TTAT-------T-------AT-TAAA-----AAT-----GAC----AAT-----T------T-------N-------A-TCGACATTGCGC-T--------C--A--------A-A--AA-----ATC-----GNCA-TTGCGCCGTTGGTTA--G-A-A-ATATGAAAATT-TATAA-AA---AA----AA---------TAACTT-A--AAA----AT---A------T--------A-AANT--CAT--TTATT-T-GAAT--AANAAAC------------TATA---AT-TATT--AATG-AAAC----AA--GTAT-TTTCC-----------------GACCATAA-------TA-------TTT-GATA---CGA-------TTA--TAA---T--------TAAA-AA--TGACAA--------TTT--CATCGACATTGCGC---ACAACGAATCGTCA-TTGCGCCG
Reference ( gi|2 ) : GGTATGAC-TAA--AGTAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCG---CAATGGGCGCAATGT----CGAT---TAAAAAC--CAAAAT-----AATGT-GAAAAGTTA---TGA----------TTT-----AAA-A-T----A-------A-TTTATTTTAATTAAAAA--C-T---AT-TT--A--TATAA------ATAAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-T----TTGCTTTCAATCGAATTA---AAT--T-TGTAA--------TC--TT-TAAA-CA--ATTTTAATTTTT-----C-AT----CGACATTGCGC-TC--A-----ACGGATCG-CCATT-GCGC--CGTTGGTTAT--AAATA---TAAAAA--A--T-ATGATAACTTAAAAT--T----TTATTTT----G--TAA-------A---AT-C-ATTT---ATTT-----A--AAT------AAT-CA--A-GTA-TA---ATTAT-TAATGAAA-TA--TGT-A-T------------T-T-CC-GACCAT-A---------------A---------------A-TG--------------TGATATGTTATC--AT---T--------------AAA-----AAT-----G----------ATAAT----------TTT-ATTTTTT-----CATCGACATTGCG-C--------ACA--------AGG-----A-----ATCGTCA-TTGCGCCGTT-AG-TT---G-AAATATGAAAAT-TTAT-ATAA----AA--A---A--AAAATATA---TA-TATTTAAAC---T--CATT--TAAT-T-GAAT--GATAAACTGTA---AGTATAAATGTT------ATAA--TTAT--T-----------TT---------CCG--------ACCA---T-A---------------A--------------------ATT-T-----G--TTAT-------T-------AT-TAAA-----AAT-----GAC----AAT-----T------T-------C-------A-TCGACATTGCGC-T--------C--A--------A-G--GA-----ATC-----GTCA-TTGCGCCGTTGGTT---G-A-A-ATATGAAAATT-TATAAAAA---AA----AA---------TAA----A--AAA----A----A------T--------A-AACT--CAT--TTAAT-T-GAAT--GATAAAC------------TGTA---AT-TATA--AATG-TAAC----AA--TTAT-TTTTC-----------------AACCATA--------TA-------TTT-GATA---CG--------TTA--TAA---T--------TAAA-AA--TGACAA--------TCT--CATCGACATTGCGC---ACAAGGAATCGCCA-TTGCGCCG
gi|15 : GGTATGAC-TAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTC---------GGCG---CAATGGGCGCAATGT----CGAT---TAAAAAT--CAAAAT-----AACAT-GAAAAGTGA---TGA----------T
gi|13 : GGTATGACATAA--A-TAT----------ACAA--TGTCGATTTTTTGTCGCAATGAGCG---CAATGG-------------CGAT---TAAAAAT--TAAAAT-----AACTTAAAAAAGTGA---TT-----------TTT-----AAA-A-T----C-------ATTTTGTTCTGTTTAAAAA--
gi|16 : GGTATGAC-CAA--AA-AC----------ACAAAATGTTGATTTTTCAGCGCAATGGACG---CATTGG-------------CGAT---TACAAAT--TAAAAT-----A
gi|4 : cGGAACGAC-TAATAAATAC----------GCA----GACGATTTAACGGCGAAATAAGCG---CAACGGGCGCAATGCAATACAATTTATAACAACTTCAAAA-------------AAAA--TA---T------------CTT-----AAT-T-T----A-------A-TTCA---TAATCGATAA--C-CCAAAT-TTAAA--TATCA------ATAAATTGATTACTTACCGGCGATTA-A----TTGCTTTTGAATGAATTT---AAT--A-TTTAA--------TT--TG-TAAAGCA--A----AA---GT-----C-ATGTCCCG-CATTGTGC--C--A-----TTT--TCA-CCA---AGAC--CG----------AAATA---TGAAGT--C--T-ATAATAGTTTAAAAT--G----CAATATT----G--CAA-------T---TT-C-ATTT---ATTC-----AGTGAT------AATGCA--ATGTCTTG---ATT-T-CAGT-----TA--TTTGA-T------------T-TACC-GAC--------------------A---------------A-TT--------------TG--ATCTTATT--AT---TTTTAAAAAAAAAAAAAA-----AAT-----GTAATTTTTAAATTAT----------TTT-AATTTTA-----CATTGTCATTGCG----------------------GG----------------CA-TTGTGTCGTT-GGATC---G-AAATA
gi|11 : GGTATGAC-TAA--AATAC----------ACAA--TGACGATTTTT-GGCGCATTGAG
gi|5 : GTATGAC-TAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCG---------------------CAATGT----TGAT---TAAAAAT--TAAAAT-----AACTT-CAAAAGTGA---TGT----------TTT-----AAA-A-T----C-------A-TTTAATTAAATTAAAAAAAC-T---AT-TA--A--TATAATTATTTATGAAATAAGTATTGTCTGACCATAA-T----TTGCTTTGAAACGAATCA---AAT--T-TGTAA--------TC--TT-TAAG-CA--ATTT-AATTTTT-----C-AT----TGACATTGCGC-TC--A-----ACGAATCA-TCATT-GCTC--TGTTGGTTAT--AAATA---TAAAAA--AATT-GTGATGATTTAAAAT--T----TTATTTT----G--TAT-------A---TT-C-ATTCTTAATGT-----G--AAT------AAA-CA--A-TTA-TA---ATTAT-TAATAAAATTA--TAT---T------------T-T-CT-GACCAT-A---------------A---------------A-TT--------------TAAAATGTTATC--AT---T--------------AAA-----AAT-----G----------ATAAT----------TTT-Agataaaaatgaaaataacttattaatgcaatgtcttaaattcattcaacttcaactcttaatcaaataaatatgtgtccattaagca
gi|9 : GTATGAC-TAT--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTT-------TTGGCG---CA---------ATGT----CGAG---TAAAAAT--CAAAAT-----AACGT-GAAAAGTGA---TGA----------TTT-----AAA-A-T----C-------A-TTTGTTTTAATTAAAAA--C-T---AT-TT--A--TATTA------ATAAAACAAGTATTTTTTTATAGTGC-T----GTGCTTTTAATCAAATTA---AAT--T-TGTTA--------TC--TT-TAAA-CA--ATTTTAATTTTT-----C-AT----CGACATTGCGC-TC--A-----ACGAATCG-TCATT-GCGC--CGTGGGTa
gi|7 : GTATGAC-TAA--AATAC----------GCAT--CGTCGATTTTTCGGCG---------------------CAATGT----CGAT---TGAAA-------------------T-TAA----TA---TAA----------CTT-----------C----C-------A-TTTATTTGATTTACAAA--C-T---AA-AG--A--TATTA------ATGATATCAGTATTTTCCAACCATAC-T----TTACTTTTAAACGAATTT---GAT--T-TGTAA--------TC--TTCTATA-TA--AATATAACTTTT-------AT----CGACATTGCGC-AC--A-----ATAAATCG-TCATT-GCGC--CGTTGGTTAG--AAGTA---TGAA-------C-AT------TTATAAT---------ATCTT----------------------T-C--TTG---ATTA-----G--AAT------AAT-GA--A-CTA-TA---ACTAT-TGATGAAA-TAAGTTT-A-TTCTGACGGCGTAT-T-CT-GACCAT-A---------------A---------------ATTGCTTTTTAAACGAATTAATACGTTATC--TT---T--------------AAA-----
gi|1 : TATGAC-TAA--AATAC----------GCAA--TGTCTATTTTTCGGCGCAATGGACG---CAATGGGCGCAATGT----TGAT---TAAATAT--CAAAAT-----AACTT-GAAAAGTGA---TT-----------TTT-----AAA-A-C----C-------A-TTTATTTTAATTAAAAA--C-T---AT-TT--A--TATTA------ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-T----TTGCTTTTAATCGAATTA---AAT--T-TGTAA--------TC--TT-TAAA-CA--A-TTTAATTTTT-----C-----------------------A-----ACGTATCG-TCATT-GCGC--CGTGGATTAT--AAATA---TGAAAAT-T--T-ATAATAACATAAAAT--A----TTATTTT----G--TAA-------A---CT-C-ATTT---ATTT-----G--AAT------AAT-AA--G-GTA-CA---ATTAT-TAATGAAA-AA--AAT-ATT------------T-T-CC-GACCAT-A---------------A---------------A-TT--------------TGATATGTTATA--AT---T--------------AAA-----AAT-----A----------ACAA-------------------TTT-----CATCGACATTGCG------------A--------AG--------------------TT----TGTT-A-------C-AAATATGAACAT-TTAT-------------A---A--AAACTTTATTTTATTTTTTAAAC---T--CATT--TAGT-T-GAAT--AATAAATTGTT---TTTATTAATGAA------ATAA--GTAT--T-----------TT---------CTG--------ACCA---T-A---------------A--------------------ATT-TGATAAG--TTAT-------A-------AT-AAAA-----AAT-----GAC----AATATTAAT------T-------T-------T-TCGACATTGCGC-T--------A--A--------ATGATGA-----ATT-----GTCA-TTGCGCCGTTGGTT---T-ACATATATGAAAATT-TAT---AA---AA----AC---------TAA----A--AAA----A----ATTTTTTT--------T-AACT--CAT--TTATT-T-GATT--TAAAAAC------------TGTA---GG-TATT--AATG-AAAT----AA--GTAT-TTTCC-----------------GACCATA--------AA-------TTT-GATA---TG--------TTA--TAA------------TAAA-AA--TGACAATTTTAATTTTT--CATCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCA-TTGTGCCG
gi|6 : ATGAC-TAA--AATATCATATTATATGCAA--TGTTGATTTTTTG-CGCAATGGACA---CACTGGGTGCAATGC----CAAT---TTAAAAT--TAAAAT-----AATTT-TATCAGTAA---TGT----------TTT-----TAA-T-T----C-------A-TTTATTTGATTTACAAA--C-T---ATATT--AAGTATTA------ATGAAATAAGTAGTTTCCGACCATAA-T----TTGCTTTAAAACAAATTT---GAT--C-TGTAA--------TC--TT-TGAA-TA------TACTTTTT-----C-AT----CGACATTGCGC-AT--A-----ATGAATCG-TTATTTGTGC--TGTTGGTTAT--AAATA---TGAAAA--T--T-ATAATAACTCAAAAT--T----TTATTTT----T--TAA-------A---TT-C-CTGT---ATTT-----G--AAT------AAT--A--A-ATG-TA---ATAAT-TAATGAAA-TA--AGT-A-TA-----------T-T-Caaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtatttaaataatcaactatacatattaatgaaataagtatattctgacaatgaattgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|9 : aCGGCGCAATGA-CGATTCGTTGAGCGCAATGT----CGAT---GAAAAAT--TAAAAT-------TGT-TTAAAG--------A----------T-------AAC-A------A-------A-TTTAATTTGATTAAAAG--CAC---AG-CA--C--TATAA------A-AAAATACTTGTTTTATTAATATAA-A----TAGTTTTTAATTAAAACA---AATGAT-TTTAAATCA----TCACTT-TTCA-CGTTATTTTGATTTTT-----A-CT----CGACATTGCGC--CAAA-----AAAAATCG-ACATT-GCt
gi|7 : gtatgactataatatCGGCGCAATGA-CGATTTATTGTGCGCAATGT----CGA----TAAAAGT--TATATT-----TATAT-AGAAGATTA---CAAATCAAATTCGTTT-----AAA-AGT----A-------A----AGTATGGTTGGAAA--A-T---AC-TG--A--TATCA------TTAA------TATCTT-------TAG-T----TTG---TAAATCAAA-TA---AA-----TGGAA--------GT--T-----------ATATTAA--TTT-----CAAT----CGACATTGCGC--C--G-----AAAAATCG-ACGAT-GCGtgggt
gi|5 : gtatgactaaaataTGAGCGCAATGT----CAAT---GAAAAAT--TAAATTGCTTAAAGAT-TACAAATT----TGA----------TTCGTTTCAAA-G-C----A-------A-ATTAT---GGTCAGACA--A-T---AC-TT--A--TTTCA-------TAAA-TAATTATATT---A--ATAG-T----TT--TTTTAATTTAATTA---AATGAT-TTTAAAACATCACTT--TT-GAAG-TT--ATTTTAATTTTT-----A-AT----CAACATTGCGC--C--G-----AAAAATCG-ACATT-GCttggttagaagtatgaacatttataatatctttcttgattagaataatgaactataactattgatgaaataagtttattctgacggcgtattctgaccataaattgctttttaaacgaattaatacgttatctttaaa
gi|1 : gtatgactaaaatatGGCGCAATGA----CGAT------------------------ACGTTGAAAAATTAAATTG-----------TTT-----AAAGA-TTACAA-------A-TTTAATTCGATTAAAAG--C-A---AA-GT--A--TGGTC------AGAAAATACTTATTTCATTAATATAA-A----TAGTTTTTAATTAAAATA---AATGGT-TTTAAAAATCAC-TT--TT-CAAG-TT--ATTTTGATATTT-----A-AT----CAACATTGCGC-CC--A-----TTG---CGTCCATT-GCGC--CGacgaatcatcattgctctgttggttataaatataaaaaaattgtgatgatttaaaattttattttgtatattcattcttaatgtgaataaacaattataattattaataaaattatattttctgaccataaatttaaaatgttatcattaaaaatgataattttaa
gi|8 : tatgactaaaatacgcaatgtctattttt-----AATAC-GAAAA-TTAAAGTGA----------ATT-----AAA-A-T----ATAATGTCA-TTTTTTTTA--TAAAAA--C-T---AT-CT--A--TATTT------ATGTAATAAATA------AATCAAACATCAAATTGCTTTTTATTATATGAGATAAT--TATGTAA--------TC--TT-CAA--CA--A----AA--------------------AAATT-----TC--A----------TTG-CCATT-GCGC--TGTTGGTCAA--AAATA---TGAAAATTA--T-ATAAGAACTTAAAAT--G----TTACGTT-------TAA-------ATTTAT-C-ATTT---Agtggattataaatatgaaaatttataataacataaaatattattttgtaaactcatttatttgaataataaggtacaattattaatgaaaaaaatattttccgaccataaatttgatatgttataattaaaaataacaatttcatcgacattgcgaagtttgttacaaatatgaacatttataaaaactttattttattttttaaactcatttagttgaataataaattgtttttattaatgaaataagtattttctgaccataaatttgataagttataataaaaaatgacaatattaatttttcgacattgcgctaaatgatgaattgtcattgcgccgttggtttacatatatgaaaatttataaaaactaaaaaaaattttttttaactcatttatttgatttaaaaactgtaggtattaatgaaataagtattttccgaccataaatttgatatgttataataaaaatgacaattttaatttttcatctacattgcgctaaatgatgaatcgtcattgtgccgaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtatttaaataatcaactatacatattaatgaaataagtatattctgacaatgaattgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|14 : aattttactttttaattacattgacattgtgcaccatatatatatatcgtcattgcgccgtatgttacagaTGAAATAAGTATTTTCTGGCCATAA-T----TTGCTTTTAAACGAATTA---AAT--T-TGTAA--------TC--TA-TAAA-CA--A-TTTAATTTTT-----C-AT----CGACATT------------------------------GCAC--CGTTGGTTAT--AAA
gi|3 : attatATTTTCCAACCATAA-A----TTGCGTTTAAATGAATTT---GAC--T-TGTAA--------TC--TT-TAAA-TA--AATTAACTGTTT-----C-AT----C----------------------------G-CCATT-GCGC--CATCGAATAG--AAATA---TGGAAA--T--TTATAACAACTTGGAAT--T----TTATTTT----T--TAT-------A---TT-C-ATAT---ATTT-----G--AAT------AAT-GA--A-TTA-TA---ACTAT-TAAAGAAC-TA--AGT-ATT------------T-T-CC-AACTATAA---------------A---------------A-TGCATTTAAATAAAT-TGACTTGTAATC--TT---T--------------AA-------------------------ATAAA----------TTG-AATTTTT-----CATCGTCATTGC
gi|13 : aa--------TT--TT-TAAG-TT--ATTTTAATTTTT-----A-AT----CGCCATTGCGC-TC--A-----tcggatacaggcctaccggtatatgaacttgacattattaaataattccattttgaatattttacttcattaaccaaatatgaattaagataaaagaagctttgttaattttagaaaagggattgctacaaagtgttgttagttgttttttttgctgttgttttttcaattacaaatcaaaagtttttaaatttttgttaatcgcggcttctttaattgcacacttatgatactttaatctcatcagcagtttatcacacattatagaatgagacagtcatgtcatctcttaaacttagaagaattgataaaaaaaattgccatgtttaatc
gi|8 : ggtatgacataaatatacaatgtcgattttttgtcgcaaA--ATTTTACTTTTTAATTAC-AT----TGACATTGTGCACC--ATATATATATATCG-TCATT-GCGC--CGTATGTTACAGAAATA---CGAAAA--T--T-AAAGTGAATTAAAA--------------T----A--TAA-------T---GT-C-ATTT---TTTTTATAAA--AAC------TAT-C------TA-TA---TTTATGTAAT-AAA-TA--AAT---------------------C-AAACATCA---------------A---------------A-T---------------TGCT-TTTTATT--ATA--T--------------GA--------------G----------ATAA------------TT-ATGTAAT-----CTTCAACA-----------------A--------AAA-----AATTTCATTGCCA-TTGCGCTGTT-GG-TCA--A-AAATATGAAAA--TTAT-ATAA----GA--A---CTTAAAATGT----TA-CGTTTAAATTTAT--CATT--TAagtgatttttaaaatcattttgttctgtttaaaaa
gi|15 : --ATTTTGATTTTT-----A-AT----CGACATTGCGC--------------------CCATT-GCGC--CG
gi|10 : ggtatgactaaaatatgcaatgtcgatttttCATTGCGA-AC--A-----ATGAACAG-TAATT-GTGC---------TAT--AAGCA----AAATA--A--T-A--ACAACTCAAAAT--T----TGATGTC-------TAA-------G---TT-C-ATTT---AATT-----A--AGT------AAC-CA--A-CTA-CA---ACTCT-TAGAAAAA-TA--AGT-A-T------------T-TACT-AACTAT-G---------------A---------------A-T---------------TGATaacatgaaaagtgatgat
gi|5 : gt-GCGCAATGTTGATTAA--AAAT----TAAAA------------TAACTTCAAAA--G----TGATGTT----T--TAA-------A---AT-C-ATTT---AATT-----A--AATTAAAAAAAC-TATTA-ATA-TA---ATTAT-TTATGAAA-TA--AGT-A-T------------TGT-CT-GACCAT-A---------------A-----------------TT--------------TGCTTTGAAACG--AA---T--------------CAA-----ATT-----T----------GTAATCTTTAAGCAATTT-AATTTTT-----CATTGACATTGCG-C--------TCA--------ACG-----A-----ATCATCA-TTGCTCTGTT-GG-TT---ATAAATATAAAAAAATTGTGATGA----TT--T---A--AAATTTTA---TT-T-TGTATAT---T--CATTCTTAATGT-GAAT--AAACAATTATA---ATTATTAAT---------AAAA--TTATATT-----------TT---------CTG--------ACCA---T-A---------------A--------------------ATT-TAAAATG--TTAT-------C-------AT-TAAA-----AAT-----GAT----AAT-----T------T-------T-------A-tttaaataaatttaatataggcgtaatatttaaataaaataaaattttcatctgcattg
gi|9 : gtatgactaaaatatgcaatgtcgatttttcg--AAATAACGTGAAAA--G--T---GATGATTTAAAATCAT----TTGTTTT----AATTAA-------A---AA-CTATTT---ATAT-----T--AAT------AAAACA--A-GTA-T-----TTTT-TTAT--AG-TGC-TGT-G-C------------T-T-TT-AATCA------------------A---------------A-TT--------------AAATTTGTTATC--TT---T--------------AAA-------------------------CAAT----------TTT-AATTTTT-----CATCGACATTGCG-C--------TCA--------ACG-----A-----ATCGTCA-TTGCGCCGTa
gi|6 : gtatgactataatatgcaatgtcgattttttttggcgcaatgtcgagtaaaaatca-ATGCCAATTTAAAAT--TAAAATAATTTTATCAG--TAATGTTTTTA---ATTC-ATTT---ATTT-----G--ATT------TAC-AA--A-CTA-TATTAAGTAT-TAATGAAA-TA--AGT-AGT------------T-T-CC-GACCAT-A---------------ATTTGCTTTAAAACAAA-TT--------------TGATCTGTAATC--TT---T--------------GAA-------------------------TA--------------T-ACTTTTT-----CATCGACATTGCG-C--------ATA--------ATG-----A-----ATCGTTATTTGTGCTGTT-GG-TT---ATAAATATGAAAAT----T-ATAA----TA--ACTCA--AAATTTTA---T--TTTTTAAAT---T--CCTG--TATT-T-GAAT--AATAAA-TGTA---ATAATTAATGAA------ATAA--GTAT--A-----------TT---------Cgggt
gi|7 : aatgactaaaatatcatattatatgcaatgttgattttttgcgcaatggacacactgggtgca-C-ATTT---ATTT-----G--ATT------TAC-AA--A-CTA-AA---GATAT-TAATGATA-TC--AGT-A-T------------T-TTCC-AACCAT-ACTTTACTTTTAAACGA---------------A-TT--------------TGATTTGTAATC--TTCTAT--------------ATA-----AAT----------------ATAAC----------TTT-------------TATCGACATTGCG-C--------ACA--------ATA-----A-----ATCGTCA-TTGCGCCGTT-GG-TTA--G-AAGTATGAACAT-TTAT-A-------------------------A---TA-TCTTT------------CT--TGAT-TAGAAT--AATGAACTATA---ACTATTGATGAA------ATAAGTTTAT--TCTGACGGCGTATT---------CTG--------ACCA---T-A---------------A--------------------A-T-T-----G--CT-T-------T--------T-TAAA-----t
gi|14 : gtatgactaaaatacgcatcgtcgatttttcggcgcaatgtcgattgaaattaatataacttcAT-TATTGAAA-TA--AGT-A-T------------T-T-TCTGGCCAT-A---------------A-----------------TT--------------TGCT-TTTAAACGAAT---T--------------AAATTTGTAATCTATAA----------ACAAT----------TTA-ATTTT-T-----CATCGACATTGCA-C--------cgaattaatacgttatctttaaa
gi|11 : AT-G---------------A---------------A-TT--------------TAAGACATTG-C--AT---T--------------AAT-----AA------G----------TTATT----------TTC-ATTTTT-------ATCCTCAATGCG-C---------CA--------AA------A-----ATCGTCA-TTGTGcgttggttataaa
gi|8 : ggtatgactaaaataAAT----------TTT-ACTTTTTAATTACATTGACATTGTG-C--------ACC--------ATATATATAT----ATCGTCA-TTGCGCCGTA-TG-TTACAG-AAATACGAAAAT-T------AA----AGTGA---ATTAAAATATA----A-TGT------------CATT--TTTT-T-TA-T--AA-AAACTATC---TATATTTATGTA------ATAA--ATAA--A-----------T-----------CA--------AACA---TCA---------------A--------------------ATT-G-----C--TTTT-------T-------AT-TATA-----TGA-----GAT----AAT-----TATGTAAT-------C-------T-TCAACA-------------------A--------A-A--AA-----ATTTCATTGCCA-TTGCGCTGTTGGTCA--A-A-A-ATATGAAAATTATATAAGAACTTAA----AA---------Ttcaacttcaactcttaatcaaataaatatgtgtccattaagca
gi|5 : AT----------TTT-AATTTTT-----AATCAACATTGCG-C---------CG--------AAA-----A-----ATCGACA-TTGCgttacgtttaaatttatcattta
gi|9 : gtatgactaaaatatAT----------TTTGATTTTTA-----C-TCGACATTGCGCC--------AAA--------AAA-----A-----ATCGACA-TTGCaacttcaaaagtgatgttttaaaatcatttaattaaattaaaaaaactattaatataattatttatgaaataagtattgtctgaccataatttgctttgaaacgaatcaaatttgtaatctttaagcaatttaatttttcattgacattgcgctcaacgaatcatcattgctctgttggttataaatataaaaaaattgtgatgatttaaaattttattttgtatattcattcttaatgtgaataaacaattataattattaataaaattatattttctgaccataaatttaaaatgttatcattaaaaatgataattttaa
gi|15 : gtatgactataatatAT----------TTT-GATTTTT-----AATCGACATTGCG-C--------CCATTGCGCCGAAA-----A-----ATCGACA-TTGCaacgtgaaaagtgatgatttaaaatcatttgttttaattaaaaactatttatattaataaaacaagtatttttttatagtgctgtgcttttaatcaaattaaatttgttatctttaaacaattttaatttttcatcgacattgcgctcaacgaatcgtcattgcgccgtgggt
gi|13 : ggtatgactaaaatatAT----------TTT-AATTTTT-----AATCGCCATTGCG-CTCATTGCGACA--------AAA-----A-----ATCGACA-TTGaacatgaaaagtgatgat
gi|3 : ggtatgacataaatata-----ATCGCCA-TTGCGCCATCGAA-TA---G-AAATATGGAAAT-TT---ATAA----CA--ACTTG--GAATTTTA---T--TTTTTATAT---T--CATA--TATT-T-GAAT--AATGAATTATA---ACTATTAAAGAA------CTAA--GTAT--T-----------TT---------CCA--------ACTA---T-A---------------A--------------------Aaacttaaaaaagtgatttttaaaatcattttgttctgtttaaaaa
gi|5 : aaattttccaaccataaattgcgtttaaatgaatttgacttgtaatctttaaataaattaactgtttcG-TT---G-A--T-TAAAAAT-TAAA-ATAACTTCAA--A---A--GTGATGT---------TTTAAAA---T--CATT--TAAT-T-AAATTAAAAAAACTATT---AATATAATTATTTATGAAATAA--GTAT--T-----------GT---------CTG--------ACCA---T-A---------------A---------------------TT-T-----G--CT-T-------TGAAACGAAT-CAAATTTGTAATCTTTAAGC----AAT-----T------TAATTTTTC-------A-TTGACATTGCGC-T--------C--A--------A-C--GA-----ATC-----ATCA-TTGCTCTGTTGGT-----------TATAAA-----TATAAAAA---AATTGTGA---------TGATTT-A--AAATTTTATTTTG------T--------A-TATT--CATTCTTAATGT-GAAT--AAACAAT------------TATA---AT-TATT--AA---TAA-----AA--TTATATTTTCT----------------GACCATA--------AA-------TTT-AAAA---TG--------TTA--TCA---T--------TAAA-AA--TGATAA--------TTT--TAatgcatttaaataaattgacttgtaatctttaaataaattgaatttttcatcgtcattgctcggatacaggcctaccggtatatgaacttgacattattaaataattccattttgaatattttacttcattaaccaaatatgaattaagataaaagaagctttgttaattttagaaaagggattgctacaaagtgttgttagttgttttttttgctgttgttttttcaattacaaatcaaaagtttttaaatttttgttaatcgcggcttctttaattgcacacttatgatactttaatctcatcagcagtttatcacacattatagaatgagacagtcatgtcatctcttaaacttagaagaattgataaaaaaaattgccatgtttaatc
gi|7 : gtatgactaaaatatgcaatgtcgatttttcggcgcaatAAAT-TA----A-TAT---AAC---TTCCATT--TATT-T-GATT--TACAAACTAAA---GATATTAATGAT------ATCA--GTAT--T-----------TT---------CCA--------ACCA---T-ACTTTACTTTTAAACGA--------------------ATT-T-----GATTTGTAATCTTCT-------ATATAAA-----TAT-----AAC------T-----T------T-------T-------A-TCGACATTGCGC-A--------C--A--------A-T--AA-----ATC-----GTCA-TTGCGCCGTTGGTTA--G-A-A-GTATGAACATT-TAT--------------AA---------T---------------------A------T------------CT--TTC--TTGAT-TAGAAT--AATGAAC------------TATA---AC-TATT--GATG-AAAT----AAGTTTAT-TCTa
gi|9 : gtatgactaaaatacgcatcgtcgatttttcggcgcaatgtcgattgATTTAAAA---T--CATT--TGTT-T-TAAT--TAAAAACTATT---TATATTAATAAA------ACAA--GTAT--T-----------TTTTTATAGTGCTGTGCTTTTAATCAAATT-A---------------A--------------------ATT-T-----G--TTAT-------C-------TT-TAAAC----AAT-----TTT----AAT-----T------TTT-----C-------A-TCGACATTGCGC-T--------C--A--------A-C--GA-----ATC-----GTCA-TTGCGCCGTGGGTgacggcgtattctgaccataaattgctttttaaacgaattaatacgttatctttaaa
gi|6 : gtatgactataatatgcaatgtcgattttttttggcgcaatgtcgagtaaaaatcaaaataacgtgaaaagtgatgTTTTAAT---T--CATT--TATT-T-GATT--TACAAACTATATTAAGTATTAATGAA------ATAA--GTAG--T-----------TT---------CCG--------ACCA---T-A---------------ATTTGCTTTAAAACAAATTTGATC-T-----G--TAAT-------C-------TT-TGAA-----TAT------AC----TTT-----T------T-------C-------A-TCGACATTGCGC-A--------T--A--------A-T--GA-----ATC-----GTTATTTGTGCTGTTGGTT---ATA-A-ATATGAAAA-T-TAT--------------AA---------TAACT--C--AAA----ATTTTATTTTT-T--------A-AATT--CCT--GTATT-T-GAAT--AATAAA-------------TGTA---AT-AATT--AATG-AAAT----AA--GTAT-ATT
gi|14 : aatgactaaaatatcatattatatgcaatgttgattttttgcgcaatggacacactgggtgcaatgccaatttaaaattaaaataattttatcagtaatgt------ATAA--GTAT--T-----------TT---------CTG--------GCCA---T-----------------A--------------------ATT-T-----G--CTTT-------TAAACGA-AT-TAAATTTGTAATCTATAAAC----AAT-----T------T-------A-------A-T-----TT---T-T--------C--A---------------------TC-----GACA-TTGCACCGTTGGTT---ct
gi|3 : attattgaaAT--T-----------TT---------CCA--------ACCA---T-A---------------A--------------------ATTGC-----G--TT--------------------TAAATG---AATTT---GACTTGTAAT-----C------T-------TTAAATAAA-TTAAC--TGT-T-T--------C--A---------------------TC-----GCCA-TTGCGCCATCGAATA--G-A-A-ATATGGAAATT-TATAACAACTTGG----AATTTTATTTTT----------------------------T--------A-TATT--CAT--ATATT-T-GAAT--AATGAAT------------TATA---AC-TATT--AAAG--AACT---AA--GTAT-TTTCC-----------------AACTATAAAATG---CA-------TTTAAATAAATTGAC------TTG--TAATCTT--------TAAATAAATTGAATT--------TTT--CATCGTCATTGCataaa
gi|8 : aa----AAT-----T------A-------C-------A-TTGACATTGTGCAC--------C--A--------T-A--TATATATATC-----GTCA-TTGCGCCGTATGTTACAG-A-A-ATACGAAAATT------------AA----AG---------TGA----ATTAAA----AT---A------T--------A-ATGT--CAT--TT-TT-T-TTAT--AA-AAACTATCTATATTTATGTA---ATAAATA--AATC-AAACATCAAA--TTGC-TTTTT-----------------A---TTA--------TA-------TGA-GATA----A--------TTATGTAA---TCTTCAA--CAAA-AA------AA--------TTT--CATTGCCATTGCGC---tcggatacaggcctaccggtatatgaacttgacattattaaataattccattttgaatattttacttcattaaccaaatatgaattaagataaaagaagctttgttaattttagaaaagggattgctacaaagtgttgttagttgttttttttgctgttgttttttcaattacaaatcaaaagtttttaaatttttgttaatcgcggcttctttaattgcacacttatgatactttaatctcatcagcagtttatcacacattatagaatgagacagtcatgtcatctcttaaacttagaagaattgataaaaaaaattgccatgtttaatc
gi|5 : aattttactttttT-----T------T-------A-------A-TCAACATTGCGC----------C--G--------A-A--AA-----ATC-----GACA-TTGCtgttggtcaaaaatatgaaaattatataagaacttaaaatgttacgtttaaatttatcattta
gi|9 : gtatgactaaaatatT-----T------T-------T-------ACTCGACATTGCGC----------CAAA--------A-A--AA-----ATC-----GACA-TTGCaattaaaataacttcaaaagtgatgttttaaaatcatttaattaaattaaaaaaactattaatataattatttatgaaataagtattgtctgaccataatttgctttgaaacgaatcaaatttgtaatctttaagcaatttaatttttcattgacattgcgctcaacgaatcatcattgctctgttggttataaatataaaaaaattgtgatgatttaaaattttattttgtatattcattcttaatgtgaataaacaattataattattaataaaattatattttctgaccataaatttaaaatgttatcattaaaaatgataattttaa
gi|15 : gtatgactataatatT-----T------T-------A-------A-TCGACATTGCGC-C--------C--ATTGCGCCGA-A--AA-----ATC-----GACA-TTGCatcaaaataacgtgaaaagtgatgatttaaaatcatttgttttaattaaaaactatttatattaataaaacaagtatttttttatagtgctgtgcttttaatcaaattaaatttgttatctttaaacaattttaatttttcatcgacattgcgctcaacgaatcgtcattgcgccgtgggt
gi|13 : ggtatgactaaaatatT-----T------T-------A-------A-TCGCCATTGCGC-TCATTGCGAC--A--------A-A--AA-----ATC-----GACA-TTGaatcaaaataacatgaaaagtgatgat
gi|5 : ggtatgacataaatataTAAAAATT-AA----AA---------TAACTTCA--AAA----GTG--A------TGTTTT---A-AAAT--CAT--TTAAT-T-AAATTAAAAAAACTATTAA------TATA---AT-TATT--TATG-AAAT----AA--GTAT-TGTCT-----------------GACCATAATT-----TGC------TTT-GAAA---CGAATCAAATTTG--TAATCTT--------TAAGCAA--TT-TAATT------TTT--CATTGACATTGCGC---TCAACGAATCATCA-TTGCaattaaaataacttaaaaaagtgatttttaaaatcattttgttctgtttaaaaa
gi|9 : gtatgactaaaatatgcaatgtcgatttttcggcgcaatgttgatTAAAAATC-AA----AA---------TAACGT-G--AAA----A----G------TGATGATTTA-AAAT--CAT--TTGTT-T-TAAT--TAAAAAC------------TAT-----T-TATATTAATA-AAAC----AA--GTAT-TTTTTTATAGTGCTGTGCTTTTAATCA-A---------A-------TTA-AATT---TG--------TTA--TCT---T--------TAAACAA--TTTTAA--------TTTTTCATCGACATTGCGC---TCAACGAATCGTCA-TTGCGCCGtctgttggttataaatataaaaaaattgtgatgatttaaaattttattttgtatattcattcttaatgtgaataaacaattataattattaataaaattatattttctgaccataaatttaaaatgttatcattaaaaatgataattttaa
gi|7 : gtatgactataatatgcaatgtcgattttttttggcgcaatgtcgag----A----A------T--------ATAACTTCCAT--TTATT-T-GATT--TACAAAC------------TAAA---GA-TATT--AATGATATC----AG--T-AT-TTTCC-----------------AACCATACTT-----TAC------TTT-TAAA---CGAATTTGATTTG--TAA---TCTTCTATATAAA-TA--TAAC----------TTT--TATCGACATTGCGC---ACAATAAATCGTCA-TTGCGCCGtgggt
gi|6 : gtatgactaaaatacgcatcgtcgatttttcggcgcaatgtcgattgaaatt-AATT--CAT--TTATT-T-GATT--TACAAAC------------TATATTAAG-TATT--AATG-AAAT----AA--GTAG-TTTCC-----------------GACCATAATTTGCTTTAAAACAAATTT-GATC---TG--------TAA--TCT---T--------TGAA-TA--T-ACTT--------TTT--CATCGACATTGCGC---ATAATGAATCGTTATTTGTGCTGttggttagaagtatgaacatttataatatctttcttgattagaataatgaactataactattgatgaaataagtttattctgacggcgtattctgaccataaattgctttttaaacgaattaatacgttatctttaaa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TACGATAACAAATAGTCGAGCTAACAATATGATGTCCTTGTTTCATTTGTTTCAGTCACCAGCGATGAATCTTAATAAAATAAGTATTTACCAGCAATGAATTACTTTTAAATCATTT
Unaligned ( gi|17 ): TTGAGTAACCGTCGATACAGCTATATAAAATAAATATTTACCGGTGATGAATTGTTTTTAAATTGTTT
Unaligned ( gi|18 ): TGAAATCGTTCCATTCTATAACCAAAATATCTATTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 33333333333333333333 11111111 1 11 11111111 1111111111 1 22 1 111111111 22222222222222 1 555555555555555 3333333333333333333333333333333 77777777777777777777 2222222 3333333333333 222222222 111 111 11 33333 11 11 555555555555555555 666666666 666666666666 1 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 22222 2 77777777 333 1
lowQualScore : 55 5555555555 44 1 1 55555555555555555555 1 22222222 3 1 55555 2 55 0 3 1 4 44444444 666 55 4 4 55 777 3333333333 55 4 777 44 4 1 1 4 4 1 4 99999 7777 44 99999 1 4 3 2 55 2 55 55 55 2 0 0 4 22 777 777 55 4 1 666666666 4 666 55555555555555 2 4 4 222222222222222 22 0 5 0000000000000000000000000000000 5 77 3 66 3 55555555555555555555 3 3 1 2 6 3333333 0 0 4444444444444 1 777777777 8 0 111 6 4 4 4 11 000 11 33333 88 88 555555555555555555 444444444 1 888888888888 3 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 1 4 1 1 11 0 99999 3 7 22222222 2 555 0
lowQualScore : .. .......... .. . . .................... . ........ . . ..... . .. . . . . ........ ... .. . . .. ... .......... .. . ... .. . . . . . . . ..... .... .. ..... . . . . .. . .. .. .. . . . . .. ... ... .. . . ......... . ... .............. . . . ............... .. . . ............................... . .. . .. . .................... . . . . . ....... . . ............. . ......... . . ... . . . . .. ... .. ..... .. .. .................. ......... . ............ . . ........................................................ . . . . . .. . ..... . . ........ . ... .
lowQualScore : 00 9999999999 66 0 8 55555555555555555555 2 11111111 3 1 11111 3 22 9 4 0 0 55555555 333 55 0 0 55 888 8888888888 55 0 000 66 0 0 4 0 0 3 5 11111 7777 66 11111 5 7 6 0 66 4 55 55 00 0 8 8 1 55 000 000 55 9 0 000000000 0 222 99999999999999 0 4 4 222222222222222 00 2 0 9999999999999999999999999999999 7 11 3 55 2 55555555555555555555 3 2 0 5 7 0000000 8 8 2222222222222 0 444444444 0 8 777 7 0 4 0 66 222 00 33333 33 33 000000000000000000 000000000 0 333333333333 3 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 0 7 0 0 77 7 00000 7 3 55555555 5 000 5
consensus : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCG-CANTGGGCGCAATGTCGATTA--------AAAATTAA-AATAACTT-NA--AAAGTGATGNTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAAA-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-TTTAAACGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC--CA-----ACGAATCGTCATT-GCGCCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---T--GAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAAAATG----------ATAATT-T-TAATTTTTCATCGACATTGCGC--AA-----AA-----ATCGNCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAANTTTAT---ATNTTT-AAAC---TCA-TTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTT-----GTTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------T-TTCA----TCGACATTGCGCT-AAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TT-GAAATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAA--AA-------ATAA------A-AAAA----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATGA--TATTTGATACG-TTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
Reference ( family-2238 ) : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCG-CANTGGGCGCAATGTCGATTA--------AAAATTAA-AATAACGT-NA--AAAGTNATGATTTAAAATNA-TTTA--------TTT--TAAT--TAAA-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-TTTAANCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC--CA-----ACGAATCGCCATT-GCGCCGTTGGTTANA--AATAT--GAAAA-NT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAANTCATTT---ATT---T--GAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAAAATG----------ATAATT-T-TANTTTTTCATCGACATTGCGC-CAAN----AA-----ATCGNCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAN---AA---AAAANTTTAT---ATNTTT-AAAT---TCA-TTTATTTGAATAANAAACTATAANTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTT-----GTTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------T-TTNA----TCGACATTGCGCTCAAA----AAATCGNCATTGCGCCG------------TTGG-TTAGAAATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAA--AA-------ATAA---CTTA-AAAA----TATAAANTCATTTATTTGAATAANAAACTATAATTATTAATGAAACAAGTATTTTCCGACCATAA--TATTTGATACGATTATAATTAAAAATGACAA--------TTTCATCGACATTGCGC---ACAACGAATCGTCATTGCGCCG
gi|1 : TATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCTATTTTTCGGCGCAATGGACG-CAATGGGCGCAATGTTGATTA--------AATATCAA-AATAACTT-GA--AAAGTGATT-TTTAAAACCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAAA-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-TTTAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTT-AATTTTT-----CA-------------------------ACGTATCGTCATT-GCGCCGTGGATTATA--AATAT--GAAAA-TTTATAATAACATAAAATATTATTTTGTAAACTCATTT---ATT---T--GAATAATAAGGTAC---------AATTAT-TAATGAAAAAAA--TA-T------------TTTCC-GACCAT-AAAT---------------TTGATATGTTATAAT-T--------------AAAAATA----------ACAATT-T---------CATCGACATTGCG----------AA-----GT-------------TTGT-TA-CA-A-ATATGAACATTTATA-------------AAAACTTTATTTTATTTTTTAAAC---TCA-TTTAGTTGAATAATAAATTGTTTTTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAAATTTGATAAGTTA--TAAT--AAAAAATGACAA--------TATTAATTTTTCGACATTGCGCT-AAATGATGAATTGTCATTGCGCCG------------TTGGTTTACATATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAACTAA-------A---------A-AAAATTTTTTTTAACTCATTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA---ATTTGATATG-TTATAA-TAAAAATGACAATTTTAATTTTTCATCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGTGCCG
gi|1 : CAA--T-TTAATTTTTCAACGTA-T---CGTCATTG--CGCCGTG--GATTATAAATATGAAAATTTATAATAACAT-AA--AATATTATTTTGTAAACTCA-TTTA--------TTT--GAATAATAAG-GTA--CA---AT-T-----------A-TTA---ATGAAAAAAATATTTTCCGACCATAAATTTGATATGTTAT--AATTAAA-----AAT------AA-CAATTT-------------CAT----CGACATTGCG-------------AA--------------GTTTGTTACA--AATAT--GAACA-TTTATAAAAACTTTA--TTTTATTTTTTAAACTCATTT---AGT---T--GAATAATAAATTGT---------TTTTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-TCTGACCAT-AAAT---------------TTGATAAGTTATAAT-A--------------AAAAATG----------ACAATA-T-TAATTTTTC---GACATTGCGC-TAAATGATGA-----ATTGTCATTGCGCCGTTGG-TT-TACATATATGAAAATTTATA-AAAACTAAA---AAAAATTT------TTTTT-AA-C---TCA-TTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTT-----GATATGTTATAATAAAAATGACAATTTTAATTT-TTCA----TCTACATTGCGCT-AAATGATGAATCGTCATTGTGCCGAAATTTGATTAATTGG-TTTGAAATATGAAATTGAAATGTTTTAC-ATGTAATA--AAGTCTCTTATAATTCTTTATAGAA----TGTCAATTTCTGTATTTAAATAATCAACTATACATATTAATGAAATAAGTATATTCTGACAATGAATTGCTTTAAACGAATTTGATTaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtatttaaataatcaactatacatattaatgaaataagtatattctgacaatgaattgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|10 : tatgactaaaatacgcaatgtctatttttcggcgcaatggacgcaatgggcgcaatgttgattaaatatcaaaataacttgaaaagtgatttttaaaaccatttattttaattaaaaactatttatattaatgaaataagtattttctgaccatactttgcttttaatcgaattaaatttgtaatctttaaaCATTGCGAA-CA-----ATGAACAGTAATT-GTGC-------TATA--AGCA-----AAA-TA-ATAACAACTCAAAATTTGATGTC-TAAGTTCATTT---AAT---T--AAGTAACCAACTAC---------AACTCT-TAGAAAAATAAG--TA-T------------TTACT-AACTAT-GAA----------------TTGATTTtgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|11 : gtGGTATGACTAA--AATAC----------ACAA--TGACGATTTTT----------GGCG-CATTGAG---------GA-TA--------AAAATGAA-AATAAC-T-TATTAATGCAATGTCTTAAATTCA-TTCAACTTCAACTCT--TAAT--CAAATA-A--AT---AT-G--T--G--TCCA-TTA---Ataaataaatttaatataggcgtaatatttaaataaaataaaattttcatctgcattg
gi|12 : T---TCA-TTTGTTTCAGTCACCAGCGATGAATCTTA--ATAAAATAAGTATTTACCAGCAATGAATTgca
gi|13 : tacgataacaaatagtcgagctaacaatatgatgtccttgtGGTATGACATA--AATAT----------ACAA--TGTCGATTTTTTGTCGCAATGAGCG-CAATGG---------CGATTA--------AAAATTAA-AATAACTTAAA--AAAGTGATT-TTTAAAATCATTTTG--------TTC--TGTT--TAAA-A-A--acttttaaatcattt
gi|14 : --A-TTA---TTGAAATAAGTATTTTCTGGCCATAA-TTTGCT-TTTAAACGAATTAAATTTGTAATCTA-TAAA-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCAC--C
gi|15 : GGTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGG----------CGCAATGTCGATTA--------AAAATCAA-AATAACAT-GA--AAAGTGATGATgttggttataaa
gi|16 : GGTATGACCAA--AA-AC----------ACAAAATGTTGATTTTTCAGCGCAATGGACG-CATTGG---------CGATTA--------CAAATTAA-AATA
gi|2 : cGGTATGACTAA--AGTAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCG-CAATGGGCGCAATGTCGATTA--------AAAACCAA-AATAATGT-GA--AAAGTTATGATTTAAAATAA-TTTA--------TTT--TAAT--TAAA-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TAA---ATAAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-TTCAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCT-CA-----ACGGATCGCCATT-GCGCCGTTGGTTATA--AATAT--AAAAA-AT-ATGATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAAATCATTT---ATT---T--AAATAATCAAGTAT---------AATTAT-TAATGAAATATG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------GTGATATGTTATCAT-T--------------AAAAATG----------ATAATT-T-TATTTTTTCATCGACATTGCGCACAAG----GA-----ATCGTCATTGCGCCGTTAG-TT-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAAATATAT---ATATTT-AAAC---TCA-TTTAATTGAATGATAAACTGTAAGTATAA--ATGTTATAATTATTTTCCGACCATAAATTT-----GTTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------T-TTCA----TCGACATTGCGCTCAAG----GAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TT-GAAATATGAAA---A-----TTTATAA---AAAA--AA-------ATAA------A-AAAA-----ATAAACTCATTTAATTGAATGATAAACTGTAATTATAAATGTAACAATTATTTTTCAACCAT-A--TATTTGATACG-TTATAATTAAAAATGACAA--------TCTCATCGACATTGCGC---ACAAGGAATCGCCATTGCGCCG
gi|3 : ATTTTCCAACCATAA-ATTGCG-TTTAAATGAATTTGACTTGTAATCTT-TAAA-TAAATTAACTGTTT-----CAT----CGCCATTGCGC--CA-----TCGAAT--------------------AGA--AATAT--GGAAA-TTTATAACAACTTGGAATTTTATTTTTTATATTCATAT---ATT---T--GAATAATGAATTAT---------AACTAT-TAAAGAACTAAG--TATT------------TT-CC-AACTATAAAATGCATTTAAATAAA--TTGACTTGTAATCTT-T--------------AA---------------ATAAAT-T-GAATTTTTCATCGTCATTGCTC-GGAT----AC-----A--GGCCT---ACC---GG-T-------ATATG-AACTTGACATTATT---AA---ATAATTCCAT------TTT-GAAT-----ATTTTACTTCATTAACCAAATATGA--ATTAAGATAAAAGAAG
gi|4 : aaGGAACGACTAATAAATAC----------GCA----GACGATTTAACGGCGAAATAAGCG-CAACGGGCGCAATG-CAA-TA--------CAATTTAT-AACAACTT-CA--AAAAAAAT-ATCT----TAA-TTTA--------ATTCATAAT--CGAT-A-A--CCCAAAT-T--TAAA--T--A-TCA---ATAAATTGATTACTTACCGGCGATTA-ATTGCT-TTTGAATGAATTTAATATTTAATTTG-TAAAGCAA----AA---GT-----CATGTCCCG-CATTGTGC--CA-----TTT--TCACCA---AGACCG--------A--AATAT--GAAGT-CT-ATAATAGTTTAAAATGCAATATTGCAATTTCATTT---ATTCAGT--G-ATAATGCAATGTCTTGATTTCAGTTAT-T--TG----------A-T------------TTACC-GAC-----AAT---------------TTGATC--TTATTAT-TTTTAAAAAAAAAAAAAAAATGTAATTTTTAAATTATT-T-TAATTTTACATTGTCATTGCG--------------------GGCATTGTGTCGTTGGATC-GA-A-ATActttgttaattttagaaaagggattgctacaaagtgttgttagttgttttttttgctgttgttttttcaattacaaatcaaaagtttttaaatttttgttaatcgcggcttctttaattgcacacttatgatactttaatctcatcagcagtttatcacacattatagaatgagacagtcatgtcatctcttaaacttagaagaattgataaaaaaaattgccatgtttaatc
gi|5 : GTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATG-------------------TTGATTA--------AAAATTAA-AATAACTT-CA--AAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------ATT--AAAT--TAAA-A-AAACT---AT-TAAT--A--T--AATTATTTATGAAATAAGTATTGTCTGACCATAA-TTTGCT-TTGAAACGAATCAAATTTGTAATCTT-TAAG-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----TGACATTGCGCT-CA-----ACGAATCATCATT-GCTCTGTTGGTTATA--AATATAAAAAAA-TT-GTGATGATTTAAAATTTTATTTTGTATATTCATTCTTAATG---T--GAATAAACAATTAT---------AATTAT-TAATAAAATTA---TATT------------TT-CT-GACCAT-AAAT---------------TTAAAATGTTATCAT-T--------------AAAAATG----------ATAATT-T-TA
gi|6 : ATGACTAA--AATATCATATTATATGCAA--TGTTGATTTTTTG-CGCAATGGACA-CACTGGGTGCAATGCCAATTT--------AAAATTAA-AATAATTT-TA--TCAGTAATGTTTTTAATTCA-TTTA--------TTT--GATT--TACA-A-A--CT---ATAT--T--AAGT--A-TTA---ATGAAATAAGTAGTTTCCGACCATAA-TTTGCT-TTAAAACAAATTTGATCTGTAATCTT-TGAA-TA----TACTTTTT-----CAT----CGACATTGCGCA-TA-----ATGAATCGTTATTTGTGCTGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTCAAAATTTTATTTTTTAAATTCCTGT---ATT---T--GAATAAT-AAATGT---------AATAAT-TAATGAAATAAG--TA-TA-----------TT-Ca
gi|7 : aGTATGACTAA--AATAC----------GCAT--CGTCGATTTTTCGGCGCAATG-------------------TCGATTG--------AAA-TTAA-TATAACTT-C---------------------CA-TTTA--------TTT--GATT--TACA-A-A--CT---AA-A--G--A--T--A-TTA---ATGATATCAGTATTTTCCAACCATAC-TTTACT-TTTAAACGAATTTGATTTGTAATCTTCTATA-TAAATATAACTTTT------AT----CGACATTGCGCA-CA-----ATAAATCGTCATT-GCGCCGTTGGTTAGA--AGTAT--GAACATTT-ATAATATCTT---------TCTTG--------------ATT---A--GAATAATGAACTAT---------AACTAT-TGATGAAATAAGTTTA-TTCTGACGGCGTATT-CT-GACCAT-AAATTGCTTTTTAAACGAATTAATACGTTATCTT-T--------------AAAt
gi|8 : AATTTTACTTTTTAATTACAT----TGACATTGTGCACCATATATATATATCGTCATT-GCGCCGTATGTTACAGAAATAC--GAAAA-TT-AAAGTGAATTAAAA--------TATAATGTCATTT---TTT---TTATAAAAACTATCTAT---------ATTTATGTAAT-AAATAAA--T-------------------C-AAACAT-CAAA---------------TTGCTTT-TTATTATAT--------------GA----G----------ATAATTATGTAATCT----TCAACA--------AAA----AAATTTCATTGCCATTGCGCTGTTGG-TCAAA-A-ATATGAAAA-TTATA-TAAG---AACTTAAAATGT--T---ACGTTT-AAATTTATCA-TTTA
gi|9 : GTATGACTAT--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTT-----------------TTTGGCGCAATGTCGAGTA--------AAAATCAA-AATAACGT-GA--AAAGTGATGATTTAAAATCA-TTTG--------TTT--TAAT--TAAA-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATAAAACAAGTATTTTTTTATAGTGC-TGTGCT-TTTAATCAAATTAAATTTGTTATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCT-CA-----ACGAATCGTCATT-GCGCCGTGGGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGAGTAACCGTCGATACAGCTATATAAAATAAATATTTACCGGTGATGAATTGTTTTTAAATTGTTT
Unaligned ( gi|18 ): TGAAATCGTTCCATTCTATAACCAAAATATCTATTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 22222222222222222222222 11111111 11111111 1111111111111 1 222222222 1 111111111 22222222222222 1 555555555555555 3333333333333333333333333333333333 11111111 222222222 777777777777777777777 2222222 3333333333333 222222222 11111 11 33333 11 11 444444444444444444 666666666666 1 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 1 33333333 222
lowQualScore : 55 5555555555 44 1 1 66666666666666666666666 1 22222222 3 0 88 1 77 3 4 44444444 55 55 55 444 3 777 5555555555555 666 3 3 3 0 2 4 4 1 4 99999 7777 999999999 0 3 3 2 55 1 55 55 4 2 1 1 2 2 0 777 777 4 1 666666666 4 666 55555555555555 2 4 4 222222222222222 888 1 4 3333333333333333333333333333333333 88888888 5 88 222222222 5 1 0 333333333333333333333 3 3 1 2 6 3333333 0 0 4444444444444 1 777777777 8 55555 1 1 1 22 888 11 33333 88 88 999999999999999999 7 7 888888888888 3 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 22 666 5 66666666 1 111 1
lowQualScore : .. .......... .. . . ....................... . ........ . . .. . .. . . ........ .. .. .. ... . ... ............. ... . . . . . . . . . ..... .... ......... . . . . .. . .. .. . . . . . . . ... ... . . ......... . ... .............. . . . ............... ... . . .................................. ........ . .. ......... . . . ..................... . . . . . ....... . . ............. . ......... . ..... . . . .. ... .. ..... .. .. .................. . . ............ . ... ....................................................... . . .. ... . ........ . ... .
lowQualScore : 00 9999999999 66 8 8 33333333333333333333333 2 11111111 3 1 33 2 44 4 0 55555555 00 00 00 222 6 000 8888888888888 444 6 6 6 3 8 0 0 3 5 11111 7777 000000000 4 6 6 0 66 2 55 55 0 0 0 0 4 5 1 000 000 9 0 000000000 0 222 99999999999999 0 4 4 222222222222222 666 9 4 7777777777777777777777777777777777 11111111 0 44 999999999 1 4 6 555555555555555555555 3 2 0 5 7 0000000 8 8 4444444444444 0 444444444 0 77777 0 0 0 00 888 00 33333 33 33 777777777777777777 3 3 333333333333 3 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 00 777 5 55555555 0 555 0
consensus : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCG-CA-TGGGCGCAATGTCGATTA--------AAAATTAA-AATAACTT-NAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTNAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC--CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAAT---------TTTTCATCGACATTGCGC-A-AA-----AA------T-GNCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAANTTTAT---ATNTTT-AAAC---TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATGA-ATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
Reference ( family-2238 ) : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCG-CANTGGGCGCAATGTCGATTA--------AAAATTAA-AATAACTT-NAAAAGTGATGNTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC--CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAAT---------TTTTCATCGACATTGCGC-A-AA-----AA------TCGNCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAANTTTAT---ATNTTT-AAAC---TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATGATATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
gi|1 : TATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCTATTTTTCGGCGCAATGGACG-CAATGGGCGCAATGTTGATTA--------AATATCAA-AATAACTT-GAAAAGTGAT-TTTTAAAACCA-TTTA--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATTA---ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-T-TTAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTT-AATTTTT-----CA-------------------------ACGTATCGTCATT-GCG-CCGTGGATTATA--AATAT--GAAAA-TTTATAATAACATAAAATATTATTTTGTAAACTCATTT---ATT---TGAATAATAAGGTAC---------AATTAT-TAATGAAAAAAA--TA-T------------TTTCC-GACCAT-AAAT---------------TTGATATGTTATAAT-T--------------AAA---AATA----------ACA--------ATT-T------------------CATCGACATTGCG-----A-----AG------T-------------TTGT-TA-CA-A-ATATGAACATTTATA-------------AAAACTTTATTTTATTTTTTAAAC---TCATTTAGTTGAATAATAAATTGTTTTTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAAATTTGATAAGTTA--TAAT--AAAAAATGACAA--------TATTAATTTTTCGACATTGCGCTAAATGATGAATTGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTTACATATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAC---------TAA------A-AAAAATTTTTTTTAACTCATTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-ATTTGATATGTTATAAT-AAAAATGACAATTTTAATTTTTCATCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGTGCCG
gi|1 : CAA--T-TTAATTTTTCAACGTA-T---CGTCATTG--CGCCGTG--GATTATAAATATGAAAATTTATAATAACAT-AAAATATTATTTTGTAAACTCA-TTTA--------TTT--GAATAAT--AA-G-GTACA---AT-T-----------ATTA---ATGAAAAAAATATTTTCCGACCATAAATTTGATATGTTA---TAATTAAA-----AAT------AA-CAATTT-------------CAT----CGACATTGCG-------------AA---------------GTTTGTTACA--AATAT--GAACA-TTTATAAAAACTTTA--TTTTATTTTTTAAACTCATTT---AGT---TGAATAATAAATTGT---------TTTTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-TCTGACCAT-AAAT---------------TTGATAAGTTATAAT-A--------------AAA---AATG----------ACA--------ATA-T-TAAT---------TTTTC---GACATTGCGCTA-AATGATGAA------TTGTCATTGCGCCGTTGG-TT-TACATATATGAAAATTTATA-AAAACTAAA---AAAAATTT------TTTTT-AA-C---TCATTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----ATATGTTATAATAAAAATGACAATTTTAATTTTTCA-----TCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGTGCCGAAATTTGATTAATTGGTTTGA-A-ATATGAAATTGAAATGTTTTAC-ATGTAATAAAGTCTCTTATAATTCTTTATAGAA-----TGTCAATTTCTGTATTTAAATAATCAACTATACATATTAATGAAATAAGTATATTCTGACAATGA-ATTaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtatttaaataatcaactatacatattaatgaaataagtatattctgacaatgaattgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|1 : tatgactaaaatacgcaatgtctatttttcggcgcaatggacgcaatgggcgcaatgttgattaaatatcaaaataacttgaaaagtgatttttaaaaccatttattttaattaaaaactatttatattaatgaaataagtattttctgaccatactttgcttttaatcgaattaaatttgtaatctttaaaTT--TAAA--T--AATC-A-ACT---AT-A--C--A--T--ATTA---ATGAAATAAGTATATTCTGACAATGA-ATTGC--T-TTAAACGAATTTGATTTGTAAgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|10 : tatgactaaaatacgcaatgtctatttttcggcgcaatggacgcaatgggcgcaatgttgattaaatatcaaaataacttgaaaagtgatttttaaaaccatttattttaattaaaaactatttatattaatgaaataagtattttctgaccatactttgcttttaatcgaattaaatttgtaatctttaaacaatttaatttttcaacgtatcgtcattgcgccgtggattataaatatgaaaatttataataacataaaatattattttgtaaactcatttatttgaataataaggtacaattattaatgaaaaaaatattttccgaccataaatttgatatgttataattaaaaataacaatttcatcgacattgcgaagtttgttacaaatatgaacatttataaaaactttattttattttttaaactcatttagttgaataataaattgtttttattaatgaaataagtattttctgaccataaatttgataagttataataaaaaatgacaatattaatttttcgacattgcgctaaatgatgaattgtcattgcgccgttggtttacatatatgaaaatttataaaaactaaaaaaaattttttttaactcatttatttgatttaaaaactgtaggtattaatgaaataagtattttccgaccataaatttgatatgttataataaaaatgacaattttaatttttcatctacattgcgctaaatgatgaatcgtcattgtgccgaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtaCATTGCGAA-CA-----ATGAACAGTAATT-GTG-C-------TATA--AGCA-----AAA-TA-ATAACAACTCAAAATTTGATGTC-TAAGTTCATTT---AAT---TAAGTAACCAACTAC---------AACTCT-TAGAAAAATAAG--TA-T------------TTACT-AACTAT-GAA----------------TTGATT--TTA--AA-T--------------AAATTTAAT-----------ATAGGCGTAATATT-T-AAATAAAATAAAATTTTCATCTGCATTGacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|11 : gtGGTATGACTAA--AATAC----------ACAA--TGACGATTTTT----------GGCG-CATTGAG---------GA-TA--------AAAATGAA-AATAACTTATTAATGCAATGTCTTAAATTCA-TTCAACTTCAACTCT--TAAT--C--AA-ATA-AAT---AT-G--T--G--TCCATTA---A
gi|12 : ---TCATTTGTTTCAGTCACCAGCGATGAATCTTA--ATAAAATAAGTATTTACCAGCAATGAATTgca
gi|13 : tacgataacaaatagtcgagctaacaatatgatgtccttgttGGTATGACATA--AATAT----------ACAA--TGTCGATTTTTTGTCGCAATGAGCG-CAATGG---------CGATTA--------AAAATTAA-AATAACTTAAAAAAGTGAT-TTTTAAAATCATTTTG--------TTC--TGTT--T--AA-A-A-Aacttttaaatcattt
gi|14 : --ATTA---TTGAAATAAGTATTTTCTGGCCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTAAATTTGTAATCTA-TAAA-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCAC--C
gi|15 : GGTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAA----------TGGGCGCAATGTCGATTA--------AAAATCAA-AATAACAT-GAAAAGTGATGATgttggttataaa
gi|16 : GGTATGACCAA--AA-AC----------ACAAAATGTTGATTTTTCAGCGCAATGGACG-CATTGG---------CGATTA--------CAAATTAA-AATA
gi|2 : cGGTATGACTAA--AGTAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCG-CAATGGGCGCAATGTCGATTA--------AAAACCAA-AATAATGT-GAAAAGTTATGATTTAAAATAA-TTTA--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATAA---ATAAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-T-TCAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCT-CA-----ACGGATCGCCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--AAAAA-AT-ATGATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAAATCATTT---ATT---TAAATAATCAAGTAT---------AATTAT-TAATGAAATATG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------GTGATATGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TATT---------TTTTCATCGACATTGCGC-ACAAGG---AA------TCGTCATTGCGCCGTTAG-TT-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAAATATAT---ATATTT-AAAC---TCATTTAATTGAATGATAAACTGTAAGTATAA--ATGTTATAATTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTCAA-G--GAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTATAA---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA------ATAAACTCATTTAATTGAATGATAAACTGTAATTATAAATGTAACAATTATTTTTCAACCAT-ATATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAA--------TCTCATCGACATTGCGC---ACAAGGAATCGCCATTGCGCCG
gi|3 : ATTTTCCAACCATAA-ATTGCG-T-TTAAATGAATTTGACTTGTAATCTT-TAAA-TAAATTAACTGTTT-----CAT----CGCCATTGCGC--CA-----TCGAATAG---------------------A--AATAT--GGAAA-TTTATAACAACTTGGAATTTTATTTTTTATATTCATAT---ATT---TGAATAATGAATTAT---------AACTAT-TAAAGAACTAAG--TATT------------TT-CC-AACTATAAAATGCATTTAAATAAA--TTGACTTGTAATCTT-T--------------AA------------------ATA--------AAT-T-GAAT---------TTTTCATCGTCATTGCTC-G-GA-----TA------CAGGCCT---ACC---GG-T-------ATATG-AACTTGACATTATT---AA---ATAATTCCAT------TTT-GAA----TATTTTACTTCATTAACCAAATATGA--ATTAAGATAAAAGAAG
gi|4 : aaGGAACGACTAATAAATAC----------GCA----GACGATTTAACGGCGAAATAAGCG-CAACGGGCGCAATG-CAA-TA--------CAATTTAT-AACAACTT-CAAAAAAAATATCTTA-----A-TTTA--------ATTCATAAT--C--GA-T-A-ACCCAAAT-T--TAAA--T--ATCA---ATAAATTGATTACTTACCGGCGATTA-ATTGCT-T-TTGAATGAATTTAATATTTAATTTG-TAAAGCAA----AA---GT-----CATGTCCCG-CATTGTGC--C----------ATTTTCACC-AAGACCG--------A--AATAT--GAAGT-CT-ATAATAGTTTAAAATGCAATATTGCAATTTCATTT---ATTCAGTG-ATAATGCAATGTCTTGATTTCAGTTAT-T--TG----------A-T------------TTACC-GAC-----AAT---------------TTGATC--TTATTAT-TTTTAAAAAAAAAAAAAA---AATGTAATTTTTAAATT--------ATT-T-TAAT---------TTTACATTGTCATTGCG---------------------GGCATTGTGTCGTTGGATC-GA-A-ATActttgttaattttagaaaagggattgctacaaagtgttgttagttgttttttttgctgttgttttttcaattacaaatcaaaagtttttaaatttttgttaatcgcggcttctttaattgcacacttatgatactttaatctcatcagcagtttatcacacattatagaatgagacagtcatgtcatctcttaaacttagaagaattgataaaaaaaattgccatgtttaatc
gi|5 : GTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCG-------------------CAATGTTGATTA--------AAAATTAA-AATAACTT-CAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------ATT--AAAT--TAAAA-A-A-ACT---AT-TAAT--A--TA-ATTATTTATGAAATAAGTATTGTCTGACCATAA-TTTGCT-T-TGAAACGAATCAAATTTGTAATCTT-TAAG-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----TGACATTGCGCT-CA-----ACGAATCATCATT-GCT-CTGTTGGTTATA--AATATAAAAAAA-TT-GTGATGATTTAAAATTTTATTTTGTATATTCATTCTTAATG---TGAATAAACAATTAT---------AATTAT-TAATAAAATTA---TATT------------TT-CT-GACCAT-AAAT---------------TTAAAATGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAA
gi|6 : ATGACTAA--AATATCATATTATATGCAA--TGTTGATTTTTTG-CGCAATGGACA-CACTGGGTGCAATGCCAATTT--------AAAATTAA-AATAATTT-TATCAGTAATGTTTTTAATTCA-TTTA--------TTT--GATT--T--AC-A-A-ACT---ATAT--T--AAGT--ATTA---ATGAAATAAGTAGTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TAAAACAAATTTGATCTGTAATCTT-TGAA-TA----TACTTTTT-----CAT----CGACATTGCGCA-TA-----ATGAATCGTTATTTGTG-CTGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTCAAAATTTTATTTTTTAAATTCCTGT---ATT---TGAATAAT-AAATGT---------AATAAT-TAATGAAATAAG--TA-TA-----------TT-C
gi|7 : aGTATGACTAA--AATAC----------GCAT--CGTCGATTTTTCGGCGCAATG-------------------TCGATTG--------AAA-TTAA-TATAACTT-C-------------------CA-TTTA--------TTT--GATT--T--AC-A-A-ACT---AA-A--G--A--T--ATTA---ATGATATCAGTATTTTCCAACCATAC-TTTACT-T-TTAAACGAATTTGATTTGTAATCTTCTATA-TAAATATAACTTTT------AT----CGACATTGCGCA-CA-----ATAAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTAGA--AGTAT--GAACATTT-ATAATATCTT---------TCTTG--------------ATT---AGAATAATGAACTAT---------AACTAT-TGATGAAATAAGTTTA-TTCTGACGGCGTATT-CT-GACCAT-AAATTGCTTTTTAAACGAATTAATACGTTATCTT-T--------------AAA---t
gi|8 : AATTTTACTTTTTAATTACAT----TGACATTGTGCACCATATATATATATCGTCATT-GCG-CCGTATGTTACAGAAATAC--GAAAA-TT-AAAGTGAATTAAAATATAAT---GTCATTTTTTTT---AT------AAAAACTATCTAT---------ATTTATGTAAT-AAATAAA--T-------------------C-AAACAT-CAAA---------------TTGCTTT-TTATTATAT--------------GA-------G----------ATA--------ATTATGTAAT---------CTT----CAACA-------A-AA-----AAATTTCATTGCCATTGCGCTGTTGG-TCAAA-A-ATATGAAAA-TTATA-TAAG---AACTTAAAATGT--T---ACGTTT-AAATTTATCATTTA
gi|9 : GTATGACTAT--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTT-------TTGGCG----------CAATGTCGAGTA--------AAAATCAA-AATAACGT-GAAAAGTGATGATTTAAAATCA-TTTG--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATTA---ATAAAACAAGTATTTTTTTATAGTGC-TGTGCT-T-TTAATCAAATTAAATTTGTTATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCT-CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTGGGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGAGTAACCGTCGATACAGCTATATAAAATAAATATTTACCGGTGATGAATTGTTTTTAAATTGTTT
Unaligned ( gi|18 ): TGAAATCGTTCCATTCTATAACCAAAATATCTATTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 5555555555555555555 11111111 1111111111 1 222222222 1 111111111 22222222222222 1 555555555555555 3333333333333333333333333333333333 11111111 222222222 8888888888888888888888888 2222222 3333333333333 222222222 11111 11 33333 11 11 444444444444444444 666666666666 1 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 33333333 222
lowQualScore : 55 5555555555 55 0000000000000000000 1 0 88 1 5 3 4 44444444 55 55 444 3 55 777 3333333333 55 3 666 3 3 3 0 1 4 4 1 4 99999 7777 999999999 0 3 3 2 55 1 55 55 4 2 1 1 2 2 0 777 777 4 1 666666666 4 666 55555555555555 2 4 4 222222222222222 888 1 4 3333333333333333333333333333333333 88888888 5 88 222222222 5 1 0 4444444444444444444444444 2 6 3333333 0 0 4444444444444 1 777777777 8 55555 1 1 1 22 888 11 33333 88 88 999999999999999999 7 7 888888888888 3 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 22 0 5 66666666 1 111 1
lowQualScore : .. .......... .. ................... . . .. . . . . ........ .. .. ... . .. ... .......... .. . ... . . . . . . . . . ..... .... ......... . . . . .. . .. .. . . . . . . . ... ... . . ......... . ... .............. . . . ............... ... . . .................................. ........ . .. ......... . . . ......................... . . ....... . . ............. . ......... . ..... . . . .. ... .. ..... .. .. .................. . . ............ . ... ....................................................... . . .. . . ........ . ... .
lowQualScore : 00 9999999999 00 4444444444444444444 2 1 33 2 1 4 0 55555555 00 00 222 6 00 000 8888888888 00 6 444 6 6 6 3 0 0 0 3 5 11111 7777 000000000 4 6 6 0 66 2 55 55 0 0 0 0 4 5 1 000 000 9 0 000000000 0 222 99999999999999 0 4 4 222222222222222 666 9 4 7777777777777777777777777777777777 11111111 0 44 999999999 1 4 6 2222222222222222222222222 5 7 0000000 8 8 4444444444444 0 444444444 0 77777 0 0 0 00 888 00 33333 33 33 777777777777777777 3 3 333333333333 3 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 00 7 5 55555555 0 555 0
consensus : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCGCA-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATTAAAATAACTT-NAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTNAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC--CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAAT---------TTTTCATCGACATTGCGC-A-AA-----AA-------T-GNCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAANTTTAT---ATNTTT-AAAC---TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
Reference ( family-2238 ) : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCGCA-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATTAAAATAACTT-NAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTNAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC--CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAAT---------TTTTCATCGACATTGCGC-A-AA-----AA-------T-GNCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAANTTTAT---ATNTTT-AAAC---TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATGAATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
gi|1 : TATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCTATTTTTCGGCGCAATGGACGCAATGGGCGCAATGTTGATTAAATATCAAAATAACTT-GAAAAGTGAT-TTTTAAAACCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-T-TTAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTT-AATTTTT-----CA-------------------------ACGTATCGTCATT-GCG-CCGTGGATTATA--AATAT--GAAAA-TTTATAATAACATAAAATATTATTTTGTAAACTCATTT---ATT---TGAATAATAAGGTAC---------AATTAT-TAATGAAAAAAA--TA-T------------TTTCC-GACCAT-AAAT---------------TTGATATGTTATAAT-T--------------AAA---AATA----------ACA--------ATT-T------------------CATCGACATTGCG-----A-----AG-------T-------------TTGT-TA-CA-A-ATATGAACATTTATA-------------AAAACTTTATTTTATTTTTTAAAC---TCATTTAGTTGAATAATAAATTGTTTTTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAAATTTGATAAGTTA--TAAT--AAAAAATGACAA--------TATTAATTTTTCGACATTGCGCTAAATGATGAATTGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTTACATATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAC---------TAA------A-AAAAATTTTTTTTAACTCATTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATATGTTATAA-TAAAAATGACAATTTTAATTTTTCATCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGTGCCG
gi|1 : ATGAAAATTTATAATAACAT-AAAATATTATTTTGTAAACTCA-TTTA--------TTT--GAATAATAA-G-GTA--CA---AT-T-----------A-TTA---ATGAAAAAAATATTTTCCGACCATAAATTTGATATGTTA---TAATTAAA-----AAT------AA-CAATTT-------------CAT----CGACATTGCG-------------AA---------------GTTTGTTACA--AATAT--GAACA-TTTATAAAAACTTTA--TTTTATTTTTTAAACTCATTT---AGT---TGAATAATAAATTGT---------TTTTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-TCTGACCAT-AAAT---------------TTGATAAGTTATAAT-A--------------AAA---AATG----------ACA--------ATA-T-TAAT---------TTTTC---GACATTGCGCTA-AATGATGAA-------TTGTCATTGCGCCGTTGG-TT-TACATATATGAAAATTTATA-AAAACTAAA---AAAAATTT------TTTTT-AA-C---TCATTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----ATATGTTATAATAAAAATGACAATTTTAATTTTTCA-----TCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGTGCCGAAATTTGATTAATTGGTTTGA-A-ATATGAAATTGAAATGTTTTAC-ATGTAATAAAGTCTCTTATAATTCTTTATAGAA-----TGTCAATTTCTGTATTTAAATAATCAACTATACATATTAATGAAATAAGTATATTCTGACAATGAATTaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtatttaaataatcaactatacatattaatgaaataagtatattctgacaatgaattgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|1 : tatgactaaaatacgcaatgtctatttttcggcgcaatggacgcaatgggcgcaatgttgattaaatatcaaaataacttgaaaagtgatttttaaaaccatttattttaattaaaaactatttatattaatgaaataagtattttctgaccatactttgcttttaatcgaattaaatttgtaatctttaaacaatttaatttttcaacgtatcgtcattgcgccgtggattataaatTT--TAAA--TAATC-A-A--CT---AT-A--C--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATATTCTGACAATGA-ATTGC--T-TTAAACGAATTTGATTTGTAAgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|10 : tatgactaaaatacgcaatgtctatttttcggcgcaatggacgcaatgggcgcaatgttgattaaatatcaaaataacttgaaaagtgatttttaaaaccatttattttaattaaaaactatttatattaatgaaataagtattttctgaccatactttgcttttaatcgaattaaatttgtaatctttaaacaatttaatttttcaacgtatcgtcattgcgccgtggattataaatatgaaaatttataataacataaaatattattttgtaaactcatttatttgaataataaggtacaattattaatgaaaaaaatattttccgaccataaatttgatatgttataattaaaaataacaatttcatcgacattgcgaagtttgttacaaatatgaacatttataaaaactttattttattttttaaactcatttagttgaataataaattgtttttattaatgaaataagtattttctgaccataaatttgataagttataataaaaaatgacaatattaatttttcgacattgcgctaaatgatgaattgtcattgcgccgttggtttacatatatgaaaatttataaaaactaaaaaaaattttttttaactcatttatttgatttaaaaactgtaggtattaatgaaataagtattttccgaccataaatttgatatgttataataaaaatgacaattttaatttttcatctacattgcgctaaatgatgaatcgtcattgtgccgaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtaCATTGCGAA-CA-----ATGAACAGTAATT-GTG-C-------TATA--AGCA-----AAA-TA-ATAACAACTCAAAATTTGATGTC-TAAGTTCATTT---AAT---TAAGTAACCAACTAC---------AACTCT-TAGAAAAATAAG--TA-T------------TTACT-AACTAT-GAA----------------TTGATT--TTA--AA-T--------------AAATTTAAT-----------ATAGGCGTAATATT-T-AAATAAAATAAAATTTTCATCTGCATTGacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|11 : gtGGTATGACTAA--AATAC----------ACAA--TGACGATTTTT-GGCGCATTGAG------------------GA-TAAAAATGAAAATAACTTATTAATGCAATGTCTTAAATTCA-TTCAACTTCAACTCT--TAAT--CAA-ATA-A--AT---AT-G--T--G--TCCA-TTA---A
gi|12 : ---TCATTTGTTTCAGTCACCAGCGATGAATCTTA--ATAAAATAAGTATTTACCAGCAATGAATTgca
gi|13 : tacgataacaaatagtcgagctaacaatatgatgtccttgttGGTATGACATA--AATAT----------ACAA--TGTCGATTTTTTGTCGCAATGAGCGCA---------ATGGCGATTAAAAATTAAAATAACTTAAAAAAGTGAT-TTTTAAAATCATTTTG--------TTC--TGTT--TAA-A-A-A--acttttaaatcattt
gi|14 : --A-TTA---TTGAAATAAGTATTTTCTGGCCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTAAATTTGTAATCTA-TAAA-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCAC--C
gi|15 : GGTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCA--------A-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATCAAAATAACAT-GAAAAGTGATGgttggttataaa
gi|16 : GGTATGACCAA--AA-AC----------ACAAAATGTTGATTTTTCAGCGCAATGGACGCA-TTGG--------CGATTACAAATTAAAATAat
gi|2 : cGGTATGACTAA--AGTAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCGCAATGGGCGCAATGTCGATTAAAAACCAAAATAATGT-GAAAAGTTATGATTTAAAATAA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TAA---ATAAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-T-TCAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCT-CA-----ACGGATCGCCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--AAAAA-AT-ATGATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAAATCATTT---ATT---TAAATAATCAAGTAT---------AATTAT-TAATGAAATATG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------GTGATATGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TATT---------TTTTCATCGACATTGCGC-ACAAGG---AA-------TCGTCATTGCGCCGTTAG-TT-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAAATATAT---ATATTT-AAAC---TCATTTAATTGAATGATAAACTGTAAGTATAA--ATGTTATAATTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTCAA-G--GAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTATAA---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA------ATAAACTCATTTAATTGAATGATAAACTGTAATTATAAATGTAACAATTATTTTTCAACCATATATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAA--------TCTCATCGACATTGCGC---ACAAGGAATCGCCATTGCGCCG
gi|3 : ATTTTCCAACCATAA-ATTGCG-T-TTAAATGAATTTGACTTGTAATCTT-TAAA-TAAATTAACTGTTT-----CAT----CGCCATTGCGC--CA-----TCGAATAG---------------------A--AATAT--GGAAA-TTTATAACAACTTGGAATTTTATTTTTTATATTCATAT---ATT---TGAATAATGAATTAT---------AACTAT-TAAAGAACTAAG--TATT------------TT-CC-AACTATAAAATGCATTTAAATAAA--TTGACTTGTAATCTT-T--------------AA------------------ATA--------AAT-T-GAAT---------TTTTCATCGTCATTGCTC-G-GA-----TA-------C-AG----GC-CTACCGG-T-------ATATG-AACTTGACATTATT---AA---ATAATTCCAT------TTT-GAA----TATTTTACTTCATTAACCAAATATGA--ATTAAGATAAAAGAAG
gi|4 : aaGGAACGACTAATAAATAC----------GCA----GACGATTTAACGGCGAAATAAGCGCAACGGGCGCAATG-CAA-TACAATTTATAACAACTT-CAAAAAAAATATCTTA-----A-TTTA--------ATTCATAAT--CGA-T-A-A--CCCAAAT-T--TAAA--T--A-TCA---ATAAATTGATTACTTACCGGCGATTA-ATTGCT-T-TTGAATGAATTTAATATTTAATTTG-TAAAGCAA----AA---GT-----CATGTCCCG-CATTGTGC--C----------ATTTTCACC-AAGACCG--------A--AATAT--GAAGT-CT-ATAATAGTTTAAAATGCAATATTGCAATTTCATTT---ATTCAGTG-ATAATGCAATGTCTTGATTTCAGTTAT-T--TG----------A-T------------TTACC-GAC-----AAT---------------TTGATC--TTATTAT-TTTTAAAAAAAAAAAAAA---AATGTAATTTTTAAATT--------ATT-T-TAAT---------TTTACATTGTCATTGCG----------------------GGCATTGTGTCGTTGGATC-GA-A-ATActttgttaattttagaaaagggattgctacaaagtgttgttagttgttttttttgctgttgttttttcaattacaaatcaaaagtttttaaatttttgttaatcgcggcttctttaattgcacacttatgatactttaatctcatcagcagtttatcacacattatagaatgagacagtcatgtcatctcttaaacttagaagaattgataaaaaaaattgccatgtttaatc
gi|5 : GTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATG------------------TTGATTAAAAATTAAAATAACTT-CAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------ATT--AAAT--TAA-A-A-AAACT---AT-TAAT--A--T--AATTATTTATGAAATAAGTATTGTCTGACCATAA-TTTGCT-T-TGAAACGAATCAAATTTGTAATCTT-TAAG-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----TGACATTGCGCT-CA-----ACGAATCATCATT-GCT-CTGTTGGTTATA--AATATAAAAAAA-TT-GTGATGATTTAAAATTTTATTTTGTATATTCATTCTTAATG---TGAATAAACAATTAT---------AATTAT-TAATAAAATTA---TATT------------TT-CT-GACCAT-AAAT---------------TTAAAATGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAA
gi|6 : ATGACTAA--AATATCATATTATATGCAA--TGTTGATTTTTTG-CGCAATGGACACACTGGGTGCAATGCCAATTTAAAATTAAAATAATTT-TATCAGTAATGTTTTTAATTCA-TTTA--------TTT--GATT--TAC-A-A-A--CT---ATAT--T--AAGT--A-TTA---ATGAAATAAGTAGTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TAAAACAAATTTGATCTGTAATCTT-TGAA-TA----TACTTTTT-----CAT----CGACATTGCGCA-TA-----ATGAATCGTTATTTGTG-CTGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTCAAAATTTTATTTTTTAAATTCCTGT---ATT---TGAATAAT-AAATGT---------AATAAT-TAATGAAATAAG--TA-TA-----------TT-C
gi|7 : aGTATGACTAA--AATAC----------GCAT--CGTCGATTTTTCGGCGCAATG------------------TCGATTGAAA-TTAATATAACTT-C-------------------CA-TTTA--------TTT--GATT--TAC-A-A-A--CT---AA-A--G--A--T--A-TTA---ATGATATCAGTATTTTCCAACCATAC-TTTACT-T-TTAAACGAATTTGATTTGTAATCTTCTATA-TAAATATAACTTTT------AT----CGACATTGCGCA-CA-----ATAAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTAGA--AGTAT--GAACATTT-ATAATATCTT---------TCTTG--------------ATT---AGAATAATGAACTAT---------AACTAT-TGATGAAATAAGTTTA-TTCTGACGGCGTATT-CT-GACCAT-AAATTGCTTTTTAAACGAATTAATACGTTATCTT-T--------------AAA---t
gi|8 : AATTTTACTTTTTAATTACAT----TGACATTGTGCACCATATATATATATCGTCATT-GCG-CCGTATGTTACAGAAATAC--GAAAA-TT-AAAGTGAATTAAAATATAAT---GTCATTTTTTTT---AT------AAAAACTATCTAT---------ATTTATGTAAT-AAATAAA--T-------------------C-AAACAT-CAAA---------------TTGCTTT-TTATTATAT--------------GA-------G----------ATA--------ATTATGTAAT---------CTT----CAACA-------A-AA-----AAATTTCATT-GCCATTGCGCTGTTGG-TCAAA-A-ATATGAAAA-TTATA-TAAG---AACTTAAAATGT--T---ACGTTT-AAATTTATCATTTA
gi|9 : GTATGACTAT--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTT----------------TTGGCGCAATGTCGAGTAAAAATCAAAATAACGT-GAAAAGTGATGATTTAAAATCA-TTTG--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATAAAACAAGTATTTTTTTATAGTGC-TGTGCT-T-TTAATCAAATTAAATTTGTTATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCT-CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTGGGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGAGTAACCGTCGATACAGCTATATAAAATAAATATTTACCGGTGATGAATTGTTTTTAAATTGTTT
Unaligned ( gi|18 ): TGAAATCGTTCCATTCTATAACCAAAATATCTATTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 5555555555555555555 11111111 1111111111 1 222222222 1 111111111 22222222222222 1 555555555555555 3333333333333333333333333333333333 11111111 222222222 8888888888888888888888888 2222222 3333333333333 222222222 11111 11 33333 11 11 444444444444444444 666666666666 1 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 33333333 222
lowQualScore : 55 5555555555 55 0000000000000000000 1 0 88 1 5 3 4 44444444 55 55 444 3 55 777 3333333333 55 3 666 3 3 3 0 1 4 4 1 4 99999 7777 999999999 0 3 3 2 55 1 55 55 4 2 1 1 2 2 0 777 777 4 1 666666666 4 666 55555555555555 2 4 4 222222222222222 888 1 4 3333333333333333333333333333333333 88888888 5 88 222222222 5 1 0 4444444444444444444444444 2 6 3333333 0 0 4444444444444 1 777777777 8 55555 1 1 1 22 888 11 33333 88 88 999999999999999999 7 7 888888888888 3 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 22 5 66666666 1 111 1
lowQualScore : .. .......... .. ................... . . .. . . . . ........ .. .. ... . .. ... .......... .. . ... . . . . . . . . . ..... .... ......... . . . . .. . .. .. . . . . . . . ... ... . . ......... . ... .............. . . . ............... ... . . .................................. ........ . .. ......... . . . ......................... . . ....... . . ............. . ......... . ..... . . . .. ... .. ..... .. .. .................. . . ............ . ... ....................................................... . . .. . ........ . ... .
lowQualScore : 00 9999999999 00 4444444444444444444 2 1 33 2 1 4 0 55555555 00 00 222 6 00 000 8888888888 00 6 444 6 6 6 3 0 0 0 3 5 11111 7777 000000000 4 6 6 0 66 2 55 55 0 0 0 0 4 5 1 000 000 9 0 000000000 0 222 99999999999999 0 4 4 222222222222222 666 9 4 7777777777777777777777777777777777 11111111 0 44 999999999 1 4 6 2222222222222222222222222 5 7 0000000 8 8 4444444444444 0 444444444 0 77777 0 0 0 00 888 00 33333 33 33 777777777777777777 3 3 333333333333 3 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 00 5 55555555 0 555 0
consensus : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCGCA-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATTAAAATAACTT-NAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTNAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC--CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAAT---------TTTTCATCGACATTGCGC-A-AA-----AA-------T-GNCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAANTTTAT---ATNTTT-AAAC---TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
Reference ( family-2238 ) : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCGCA-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATTAAAATAACTT-NAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTNAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC--CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAAT---------TTTTCATCGACATTGCGC-A-AA-----AA-------T-GNCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAANTTTAT---ATNTTT-AAAC---TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
gi|1 : TATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCTATTTTTCGGCGCAATGGACGCAATGGGCGCAATGTTGATTAAATATCAAAATAACTT-GAAAAGTGAT-TTTTAAAACCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-T-TTAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTT-AATTTTT-----CA-------------------------ACGTATCGTCATT-GCG-CCGTGGATTATA--AATAT--GAAAA-TTTATAATAACATAAAATATTATTTTGTAAACTCATTT---ATT---TGAATAATAAGGTAC---------AATTAT-TAATGAAAAAAA--TA-T------------TTTCC-GACCAT-AAAT---------------TTGATATGTTATAAT-T--------------AAA---AATA----------ACA--------ATT-T------------------CATCGACATTGCG-----A-----AG-------T-------------TTGT-TA-CA-A-ATATGAACATTTATA-------------AAAACTTTATTTTATTTTTTAAAC---TCATTTAGTTGAATAATAAATTGTTTTTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAAATTTGATAAGTTA--TAAT--AAAAAATGACAA--------TATTAATTTTTCGACATTGCGCTAAATGATGAATTGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTTACATATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAC---------TAA------A-AAAAATTTTTTTTAACTCATTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATATGTTATAA-TAAAAATGACAATTTTAATTTTTCATCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGTGCCG
gi|1 : ATGAAAATTTATAATAACAT-AAAATATTATTTTGTAAACTCA-TTTA--------TTT--GAATAATAA-G-GTA--CA---AT-T-----------A-TTA---ATGAAAAAAATATTTTCCGACCATAAATTTGATATGTTA---TAATTAAA-----AAT------AA-CAATTT-------------CAT----CGACATTGCG-------------AA---------------GTTTGTTACA--AATAT--GAACA-TTTATAAAAACTTTA--TTTTATTTTTTAAACTCATTT---AGT---TGAATAATAAATTGT---------TTTTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-TCTGACCAT-AAAT---------------TTGATAAGTTATAAT-A--------------AAA---AATG----------ACA--------ATA-T-TAAT---------TTTTC---GACATTGCGCTA-AATGATGAA-------TTGTCATTGCGCCGTTGG-TT-TACATATATGAAAATTTATA-AAAACTAAA---AAAAATTT------TTTTT-AA-C---TCATTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----ATATGTTATAATAAAAATGACAATTTTAATTTTTCA-----TCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGTGCCGAAATTTGATTAATTGGTTTGA-A-ATATGAAATTGAAATGTTTTAC-ATGTAATAAAGTCTCTTATAATTCTTTATAGAA-----TGTCAATTTCTGTATTTAAATAATCAACTATACATATTAATGAAATAAGTATATTCTGACAATGAATTaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtatttaaataatcaactatacatattaatgaaataagtatattctgacaatgaattgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|1 : tatgactaaaatacgcaatgtctatttttcggcgcaatggacgcaatgggcgcaatgttgattaaatatcaaaataacttgaaaagtgatttttaaaaccatttattttaattaaaaactatttatattaatgaaataagtattttctgaccatactttgcttttaatcgaattaaatttgtaatctttaaacaatttaatttttcaacgtatcgtcattgcgccgtggattataaatTT--TAAA--TAATC-A-A--CT---AT-A--C--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATATTCTGACAATGA-ATTGC--T-TTAAACGAATTTGATTTGTAAgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|10 : tatgactaaaatacgcaatgtctatttttcggcgcaatggacgcaatgggcgcaatgttgattaaatatcaaaataacttgaaaagtgatttttaaaaccatttattttaattaaaaactatttatattaatgaaataagtattttctgaccatactttgcttttaatcgaattaaatttgtaatctttaaacaatttaatttttcaacgtatcgtcattgcgccgtggattataaatatgaaaatttataataacataaaatattattttgtaaactcatttatttgaataataaggtacaattattaatgaaaaaaatattttccgaccataaatttgatatgttataattaaaaataacaatttcatcgacattgcgaagtttgttacaaatatgaacatttataaaaactttattttattttttaaactcatttagttgaataataaattgtttttattaatgaaataagtattttctgaccataaatttgataagttataataaaaaatgacaatattaatttttcgacattgcgctaaatgatgaattgtcattgcgccgttggtttacatatatgaaaatttataaaaactaaaaaaaattttttttaactcatttatttgatttaaaaactgtaggtattaatgaaataagtattttccgaccataaatttgatatgttataataaaaatgacaattttaatttttcatctacattgcgctaaatgatgaatcgtcattgtgccgaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtaCATTGCGAA-CA-----ATGAACAGTAATT-GTG-C-------TATA--AGCA-----AAA-TA-ATAACAACTCAAAATTTGATGTC-TAAGTTCATTT---AAT---TAAGTAACCAACTAC---------AACTCT-TAGAAAAATAAG--TA-T------------TTACT-AACTAT-GAA----------------TTGATT--TTA--AA-T--------------AAATTTAAT-----------ATAGGCGTAATATT-T-AAATAAAATAAAATTTTCATCTGCATTGacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|11 : gtGGTATGACTAA--AATAC----------ACAA--TGACGATTTTT-GGCGCATTGAG------------------GA-TAAAAATGAAAATAACTTATTAATGCAATGTCTTAAATTCA-TTCAACTTCAACTCT--TAAT--CAA-ATA-A--AT---AT-G--T--G--TCCA-TTA---A
gi|12 : ---TCATTTGTTTCAGTCACCAGCGATGAATCTTA--ATAAAATAAGTATTTACCAGCAATGAATTgca
gi|13 : tacgataacaaatagtcgagctaacaatatgatgtccttgttGGTATGACATA--AATAT----------ACAA--TGTCGATTTTTTGTCGCAATGAGCGCA---------ATGGCGATTAAAAATTAAAATAACTTAAAAAAGTGAT-TTTTAAAATCATTTTG--------TTC--TGTT--TAA-A-A-A--acttttaaatcattt
gi|14 : --A-TTA---TTGAAATAAGTATTTTCTGGCCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTAAATTTGTAATCTA-TAAA-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCAC--C
gi|15 : GGTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCA--------A-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATCAAAATAACAT-GAAAAGTGATGgttggttataaa
gi|16 : GGTATGACCAA--AA-AC----------ACAAAATGTTGATTTTTCAGCGCAATGGACGCA-TTGG--------CGATTACAAATTAAAATAat
gi|2 : cGGTATGACTAA--AGTAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCGCAATGGGCGCAATGTCGATTAAAAACCAAAATAATGT-GAAAAGTTATGATTTAAAATAA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TAA---ATAAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-T-TCAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCT-CA-----ACGGATCGCCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--AAAAA-AT-ATGATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAAATCATTT---ATT---TAAATAATCAAGTAT---------AATTAT-TAATGAAATATG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------GTGATATGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TATT---------TTTTCATCGACATTGCGC-ACAAGG---AA-------TCGTCATTGCGCCGTTAG-TT-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAAATATAT---ATATTT-AAAC---TCATTTAATTGAATGATAAACTGTAAGTATAA--ATGTTATAATTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTCAA-G--GAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTATAA---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA------ATAAACTCATTTAATTGAATGATAAACTGTAATTATAAATGTAACAATTATTTTTCAACCATATATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAA--------TCTCATCGACATTGCGC---ACAAGGAATCGCCATTGCGCCG
gi|3 : ATTTTCCAACCATAA-ATTGCG-T-TTAAATGAATTTGACTTGTAATCTT-TAAA-TAAATTAACTGTTT-----CAT----CGCCATTGCGC--CA-----TCGAATAG---------------------A--AATAT--GGAAA-TTTATAACAACTTGGAATTTTATTTTTTATATTCATAT---ATT---TGAATAATGAATTAT---------AACTAT-TAAAGAACTAAG--TATT------------TT-CC-AACTATAAAATGCATTTAAATAAA--TTGACTTGTAATCTT-T--------------AA------------------ATA--------AAT-T-GAAT---------TTTTCATCGTCATTGCTC-G-GA-----TA-------C-AG----GC-CTACCGG-T-------ATATG-AACTTGACATTATT---AA---ATAATTCCAT------TTT-GAA----TATTTTACTTCATTAACCAAATATGA--ATTAAGATAAAAGAAG
gi|4 : aaGGAACGACTAATAAATAC----------GCA----GACGATTTAACGGCGAAATAAGCGCAACGGGCGCAATG-CAA-TACAATTTATAACAACTT-CAAAAAAAATATCTTA-----A-TTTA--------ATTCATAAT--CGA-T-A-A--CCCAAAT-T--TAAA--T--A-TCA---ATAAATTGATTACTTACCGGCGATTA-ATTGCT-T-TTGAATGAATTTAATATTTAATTTG-TAAAGCAA----AA---GT-----CATGTCCCG-CATTGTGC--C----------ATTTTCACC-AAGACCG--------A--AATAT--GAAGT-CT-ATAATAGTTTAAAATGCAATATTGCAATTTCATTT---ATTCAGTG-ATAATGCAATGTCTTGATTTCAGTTAT-T--TG----------A-T------------TTACC-GAC-----AAT---------------TTGATC--TTATTAT-TTTTAAAAAAAAAAAAAA---AATGTAATTTTTAAATT--------ATT-T-TAAT---------TTTACATTGTCATTGCG----------------------GGCATTGTGTCGTTGGATC-GA-A-ATActttgttaattttagaaaagggattgctacaaagtgttgttagttgttttttttgctgttgttttttcaattacaaatcaaaagtttttaaatttttgttaatcgcggcttctttaattgcacacttatgatactttaatctcatcagcagtttatcacacattatagaatgagacagtcatgtcatctcttaaacttagaagaattgataaaaaaaattgccatgtttaatc
gi|5 : GTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATG------------------TTGATTAAAAATTAAAATAACTT-CAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------ATT--AAAT--TAA-A-A-AAACT---AT-TAAT--A--T--AATTATTTATGAAATAAGTATTGTCTGACCATAA-TTTGCT-T-TGAAACGAATCAAATTTGTAATCTT-TAAG-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----TGACATTGCGCT-CA-----ACGAATCATCATT-GCT-CTGTTGGTTATA--AATATAAAAAAA-TT-GTGATGATTTAAAATTTTATTTTGTATATTCATTCTTAATG---TGAATAAACAATTAT---------AATTAT-TAATAAAATTA---TATT------------TT-CT-GACCAT-AAAT---------------TTAAAATGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAA
gi|6 : ATGACTAA--AATATCATATTATATGCAA--TGTTGATTTTTTG-CGCAATGGACACACTGGGTGCAATGCCAATTTAAAATTAAAATAATTT-TATCAGTAATGTTTTTAATTCA-TTTA--------TTT--GATT--TAC-A-A-A--CT---ATAT--T--AAGT--A-TTA---ATGAAATAAGTAGTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TAAAACAAATTTGATCTGTAATCTT-TGAA-TA----TACTTTTT-----CAT----CGACATTGCGCA-TA-----ATGAATCGTTATTTGTG-CTGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTCAAAATTTTATTTTTTAAATTCCTGT---ATT---TGAATAAT-AAATGT---------AATAAT-TAATGAAATAAG--TA-TA-----------TT-C
gi|7 : aGTATGACTAA--AATAC----------GCAT--CGTCGATTTTTCGGCGCAATG------------------TCGATTGAAA-TTAATATAACTT-C-------------------CA-TTTA--------TTT--GATT--TAC-A-A-A--CT---AA-A--G--A--T--A-TTA---ATGATATCAGTATTTTCCAACCATAC-TTTACT-T-TTAAACGAATTTGATTTGTAATCTTCTATA-TAAATATAACTTTT------AT----CGACATTGCGCA-CA-----ATAAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTAGA--AGTAT--GAACATTT-ATAATATCTT---------TCTTG--------------ATT---AGAATAATGAACTAT---------AACTAT-TGATGAAATAAGTTTA-TTCTGACGGCGTATT-CT-GACCAT-AAATTGCTTTTTAAACGAATTAATACGTTATCTT-T--------------AAA---t
gi|8 : AATTTTACTTTTTAATTACAT----TGACATTGTGCACCATATATATATATCGTCATT-GCG-CCGTATGTTACAGAAATAC--GAAAA-TT-AAAGTGAATTAAAATATAAT---GTCATTTTTTTT---AT------AAAAACTATCTAT---------ATTTATGTAAT-AAATAAA--T-------------------C-AAACAT-CAAA---------------TTGCTTT-TTATTATAT--------------GA-------G----------ATA--------ATTATGTAAT---------CTT----CAACA-------A-AA-----AAATTTCATT-GCCATTGCGCTGTTGG-TCAAA-A-ATATGAAAA-TTATA-TAAG---AACTTAAAATGT--T---ACGTTT-AAATTTATCATTTA
gi|9 : GTATGACTAT--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTT----------------TTGGCGCAATGTCGAGTAAAAATCAAAATAACGT-GAAAAGTGATGATTTAAAATCA-TTTG--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATAAAACAAGTATTTTTTTATAGTGC-TGTGCT-T-TTAATCAAATTAAATTTGTTATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCT-CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTGGGT
blockSeqs : TA CATATTATAT AA GGCGCAATGGGCGCAATGT T AT T T C T ACTTCAAC CA AA TC T AA CAA ATTAAG CC A TTT A A G A C G T T AATTA GTCC ACCATATAT T A C TT C GA AA T T T T T T TTA CAG A T CTTGATTTC G GTT TTCTGACGGCGTA A T A TGCTTTTTAAACGAA AAG A A TTTAAAAAAAAAAAAAAAATGTAATTTTTAA GGCGTAAT A GT AAAATAAAA T A CTAAATGATGAATTGTC G A TTACAT AAAACTAAA A TATATA . ATTTA T T T AA AGG AG . TG AA TTTTAATTTTTCA T A AAATTTGATTAA T A TTGAAATGTTTTACATGTAATAAAGTCTCTTATAATTCTTTATAGAATG C A CA T . G . G
blockSeqs : . . . GACACACTGGGTGCAATGC T AA A G T . . . . AT . . . TTAAA . . . . . . T . . T T . . ACA . . C TG T . . . T T G G G . . C C . . G TT A . . GCATTTAAATAAA ATG C . AAATTTAAT . . T . T A AAAAAATTTCATTGCC G . CAAAA TAAGAACTT A TACG . AC T G C CC GAA . . . . TTTCA . . . . A ATTTATAAAAAAAAATAAAAAAAA A G AT
blockSeqs : . . . AGCGCAACGGGCGCAATG T A G G A . . . . G . . . TAATA . . . . . . A . . A A . . TCA . . T TG T . . . . T T T T . . C G . . G TT . . . . TTG C . AAAAATG . . A . T A CACAAGGAATCGTC G . TGAA TTATTAA T TTT . C A A G TA AAG .
blockSeqs : . . . ATGGGCGCAATGT T G G G A . . . . A . . . ACA . . . . . . A . . A T . . TCA . . T TG T . . . . T T T G . . G T . . G TA . . . . ATG T . AAAAATG . . T . T A CGGATACAG G . CGAA TAAAAA T CAT . A C T A CC GA .
blockSeqs : . . . TTGGCGCAATGT T G T A A . . . . A . . . GTG . . . . . . T . . T T . . ATA . . C TG T . . . . G A A G . . G A . . G T . . . . ACG C . AAAAATG . . G . A . GGC . . .
blockSeqs : . . . AGCGCAATGG T C A G T . . . . T . . . TTA . . . . . . T . . T T . . ACA . . C AT G . . . . T T T T . . C T . . G T . . . . TT C . GAG . . T . . .
blockSeqs : . . . GACGCATTGG T C G G A . . . . A . . . AGA . . . . . . A . . . T . . TCA . . C GG C . . . . T T T G . . G A . . A T . . . . T T . AA . . T
blockSeqs : . . . AG T T A G . . . . . A . . . TTA . . . . . . T . . . T . . CA . . . . . . . . . A A C G . . T C . . . T . . . . C . .
blockSeqs : . . . T G C G . . . . . . A . . . T . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . T . G . . . . A . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AGCGCATGGGCGCAATGT* NCA****** T* CAGAGGATATTGCC*********** TAANCAA****** TATG***** A****
originalCons : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCGCA-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATTAAAATAACTT-NAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTNAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC--CA-----ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAAT---------TTTTCATCGACATTGCGC-A-AA-----AA-------T-GNCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATA-TAAA---AA---AAAANTTTAT---ATNTTT-AAAC---TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
finalCons : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGAGCGCATGGGCGCAATGT-CGATTAAAAATTAAAATAACTT-NAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--TAA-A-A-A--CT---AT-T--T--A--T--A-TTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTNAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCNCA------ACGAATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-TT-AAT---------TTTTCATCGACATTGCGCAGAGGATATTGCC-----------ATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATATAANCAA------AAAANTTTATG-----TTT-AAA----TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGAGTAACCGTCGATACAGCTATATAAAATAAATATTTACCGGTGATGAATTGTTTTTAAATTGTTT
Unaligned ( gi|18 ): TGAAATCGTTCCATTCTATAACCAAAATATCTATTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111 5555555555555555555 11111111 1111111111111 1 22222222222222 1 111111111 22222222222222 1 555555555555555 3333333333333333333333333333333333 11111111 222222222 777777777777777777 222222222 333333333333 1 222222 222222 11 33333 11 11 444444444444444444 666666666666 1 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 33333333 222
lowQualScore : 55 5555555555 55 2222222222222222222 1 0 88 1 5 3 4 44444444 55 55 55 444 3 777 5555555555555 666 3 3 3 0 1 4 4 1 4 99999 7777 00000000000000 0 3 3 1 33 0 55 55 4 2 1 1 2 2 0 777 777 4 1 666666666 4 666 55555555555555 2 4 4 222222222222222 888 1 4 3333333333333333333333333333333333 88888888 5 88 222222222 5 1 0 444444444444444444 6 444444444 0 0 666666666666 99 0 3 333333 666666 1 1 1 22 888 11 33333 88 88 999999999999999999 7 7 888888888888 3 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 22 5 66666666 1 111 1
lowQualScore : .. .......... .. ................... . . .. . . . . ........ .. .. .. ... . ... ............. ... . . . . . . . . . ..... .... .............. . . . . .. . .. .. . . . . . . . ... ... . . ......... . ... .............. . . . ............... ... . . .................................. ........ . .. ......... . . . .................. . ......... . . ............ .. . . ...... ...... . . . .. ... .. ..... .. .. .................. . . ............ . ... ....................................................... . . .. . ........ . ... .
lowQualScore : 00 9999999999 00 1111111111111111111 2 1 33 2 1 4 0 55555555 00 00 00 222 6 000 8888888888888 444 6 6 6 3 0 0 0 3 5 11111 7777 77777777777777 3 3 3 0 66 3 00 55 0 0 0 0 4 5 1 000 000 9 0 000000000 0 222 99999999999999 0 4 4 222222222222222 666 9 4 7777777777777777777777777777777777 11111111 0 44 999999999 1 4 6 555555555555555555 7 777777777 8 8 444444444444 00 8 2 000000 111111 0 0 0 00 888 00 33333 33 33 777777777777777777 3 3 333333333333 3 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 00 5 55555555 0 555 0
consensus : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCGCA-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATTAAAATAACTT-NAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTNAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGC-CAACG-----A-ATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAAT---------TTTTCATCGACATTGCGC-A-AAGGAT---ATTGTCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATATAAA---AA---AAAA-NTTTATNTT------TAA----A-TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
Reference ( family-2238 ) : GGTATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGAGCGCA-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATTAAAATAACTT-NAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATTA---ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTNAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCNCAACG-----A-ATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAATTCATTT---ATT---TGAATAATNAANTAT---------AATTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------TTGATNTGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAAT---------TTTTCATCGACATTGCGC-A-GAGGAT---ATTGCCATTGCGCCGTTGG-TC-GA-A-ATATGAAAATTTATATAANC--AA---AAAA-NTTTATGTT------TAA----A-TCATTTANTTGANTNACAAACTGTGAGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA-----TNTNAACTCATTTATTTGAATNATAAACTGTANNTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAATTTTAATTTCTCATCNACATTGCGCTAAACGANGAATCGCCATTGCGCCG
gi|1 : TATGACTAA--AATAC----------GCAA--TGTCTATTTTTCGGCGCAATGGACGCAATGGGCGCAATGTTGATTAAATATCAAAATAACTT-GAAAAGTGAT-TTTTAAAACCA-TTTA--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATTA---ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-T-TTAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTT-AATTTTT-----CA-------------------ACG-----T-ATCGTCATT-GCG-CCGTGGATTATA--AATAT--GAAAA-TTTATAATAACATAAAATATTATTTTGTAAACTCATTT---ATT---TGAATAATAAGGTAC---------AATTAT-TAATGAAAAAAA--TA-T------------TTTCC-GACCAT-AAAT---------------TTGATATGTTATAAT-T--------------AAA---AATA----------ACA--------ATT-T------------------CATCGACATTGCGA-A-G----T----TTG---TTAC-------------A-A-ATATGAACATTTATA------------AAAA-CTTTATTTTATTTTTTAA----ACTCATTTAGTTGAATAATAAATTGTTTTTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCTGACCATAAATTTGATAAGTTA--TAAT--AAAAAATGACAA--------TATTAATTTTTCGACATTGCGCTAAATGATGAATTGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTTACATATATGAAA---A-----TTTAT-A---AAAAC---------TAA------A-AAAAATTTTTTTTAACTCATTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTAATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTGATATGTTATAA-TAAAAATGACAATTTTAATTTTTCATCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGTGCCG
gi|1 : ATGAAAATTTATAATAACAT-AAAATATTATTTTGTAAACTCA-TTTA--------TTT--GAATAAT--AA-G-GTACA---AT-T-----------ATTA---ATGAAAAAAATATTTTCCGACCATAAATTTGATATGTTA---TAATTAAA-----AAT------AA-CAATTT-------------CAT----CGACATTGCG------------A-A---------------GTTTGTTACA--AATAT--GAACA-TTTATAAAAACTTTA--TTTTATTTTTTAAACTCATTT---AGT---TGAATAATAAATTGT---------TTTTAT-TAATGAAATAAG--TA-T------------TT-TCTGACCAT-AAAT---------------TTGATAAGTTATAAT-A--------------AAA---AATG----------ACA--------ATA-T-TAAT---------TTTTC---GACATTGCGCTA-AATGATGA-ATTGTCATTGCGCCGTTGG-TT-TACATATATGAAAATTTATAAAAACTAAA---AAAA-ATTT-TTTT------TAA----C-TCATTTATTTGATTTAAAAACTGTAGGTATTA--ATGAAATAAGTATTTTCCGACCATAAATTTG-----ATATGTTATAATAAAAATGACAATTTTAATTTTTCA-----TCTACATTGCGCTAAATGATGAATCGTCATTGTGCCGAAATTTGATTAATTGGTTTGA-A-ATATGAAATTGAAATGTTTTAC-ATGTAATAAAGTCTCTTATAATTCTTTATAGAA-----TGTCAATTTCTGTATTTAAATAATCAACTATACATATTAATGAAATAAGTATATTCTGACAATGAATTaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtatttaaataatcaactatacatattaatgaaataagtatattctgacaatgaattgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|1 : tatgactaaaatacgcaatgtctatttttcggcgcaatggacgcaatgggcgcaatgttgattaaatatcaaaataacttgaaaagtgatttttaaaaccatttattttaattaaaaactatttatattaatgaaataagtattttctgaccatactttgcttttaatcgaattaaatttgtaatctttaaacaatttaatttttcaacgtatcgtcattgcgccgtggattataaatTT--TAAA--T--AATC-A-ACT---AT-A--C--A--T--ATTA---ATGAAATAAGTATATTCTGACAATGA-ATTGC--T-TTAAACGAATTTGATTTGTAAgctttaaacgaatttgatttgtaaacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|10 : tatgactaaaatacgcaatgtctatttttcggcgcaatggacgcaatgggcgcaatgttgattaaatatcaaaataacttgaaaagtgatttttaaaaccatttattttaattaaaaactatttatattaatgaaataagtattttctgaccatactttgcttttaatcgaattaaatttgtaatctttaaacaatttaatttttcaacgtatcgtcattgcgccgtggattataaatatgaaaatttataataacataaaatattattttgtaaactcatttatttgaataataaggtacaattattaatgaaaaaaatattttccgaccataaatttgatatgttataattaaaaataacaatttcatcgacattgcgaagtttgttacaaatatgaacatttataaaaactttattttattttttaaactcatttagttgaataataaattgtttttattaatgaaataagtattttctgaccataaatttgataagttataataaaaaatgacaatattaatttttcgacattgcgctaaatgatgaattgtcattgcgccgttggtttacatatatgaaaatttataaaaactaaaaaaaattttttttaactcatttatttgatttaaaaactgtaggtattaatgaaataagtattttccgaccataaatttgatatgttataataaaaatgacaattttaatttttcatctacattgcgctaaatgatgaatcgtcattgtgccgaaatttgattaattggtttgaaatatgaaattgaaatgttttacatgtaataaagtctcttataattctttatagaatgtcaatttctgtaCATTGCGAACAATG-----A-ACAGTAATT-GTG-C-------TATA--AGCA-----AAA-TA-ATAACAACTCAAAATTTGATGTC-TAAGTTCATTT---AAT---TAAGTAACCAACTAC---------AACTCT-TAGAAAAATAAG--TA-T------------TTACT-AACTAT-GAA----------------TTGATT--TTA--AA-T--------------AAATTTAAT-----------ATAGGCGTAATATT-T-AAATAAAATAAAATTTTCATCTGCATTGacaaagtgttgttattttgttgttttaattacaaatcaaacatgatttgttaattgtgtcttctttaactgcacacttatgatactttaatttcaccagcagtttttcacacctgatagaatgagacagtcatgtcatcactttaacttggaagaatttatcaaaagaatcgccatgtttaaact
gi|11 : gtGGTATGACTAA--AATAC----------ACAA--TGACGATTTTT-GGCGCATTGAG------------------GA-TAAAAATGAAAATAACTTATTAATGCAATGTCTTAAATTCA-TTCAACTTCAACTCT--TAAT--C--AA-ATA-AAT---AT-G--T--G--TCCATTA---A
gi|12 : -TCATTTGTTTCAGTCACCAGCGATGAATCTTA--ATAAAATAAGTATTTACCAGCAATGAATTgca
gi|13 : tacgataacaaatagtcgagctaacaatatgatgtccttgttGGTATGACATA--AATAT----------ACAA--TGTCGATTTTTTGTCGCAATGAGCGCA---------ATGGCGATTAAAAATTAAAATAACTTAAAAAAGTGAT-TTTTAAAATCATTTTG--------TTC--TGTT--T--AA-A-A-Aacttttaaatcattt
gi|14 : --ATTA---TTGAAATAAGTATTTTCTGGCCATAA-TTTGCT-T-TTAAACGAATTAAATTTGTAATCTA-TAAA-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----CGA--------------------------CATT-GCA-CCGTTGGTTATA--AA
gi|15 : GGTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCA--------A-TGGGCGCAATGTCGATTAAAAATCAAAATAACAT-GAAAAGTGATG
gi|16 : GGTATGACCAA--AA-AC----------ACAAAATGTTGATTTTTCAGCGCAATGGACGCA-TTGG--------CGATTACAAATTAAAATAat
gi|2 : cGGTATGACTAA--AGTAC----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATGGGCGCAATGGGCGCAATGTCGATTAAAAACCAAAATAATGT-GAAAAGTTATGATTTAAAATAA-TTTA--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATAA---ATAAAATAAGTATTTTCTGACCATAC-TTTGCT-T-TCAATCGAATTAAATTTGTAATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCTCAACG-----G-ATCGCCATT-GCG-CCGTTGGTTATA--AATAT--AAAAA-AT-ATGATAACTTAAAATTTTATTTTGTAAAATCATTT---ATT---TAAATAATCAAGTAT---------AATTAT-TAATGAAATATG--TA-T------------TT-CC-GACCAT-AAAT---------------GTGATATGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TATT---------TTTTCATCGACATTGCGC-ACAAGGA----ATCGTCATTGCGCCGTTAG-TT-GA-A-ATATGAAAATTTATATAAAA--AA---AAAATATATATATT------TAA----ACTCATTTAATTGAATGATAAACTGTAAGTATAA--ATGTTATAATTATTTTCCGACCATAAATTTG-----TTA--TTAT--TAAAAATGACAA--------TTTCA-----TCGACATTGCGCTCAA-G--GAATCGTCATTGCGCCG------------TTGG-TTGA-A-ATATGAAA---A-----TTTATAA---AAAAAA-------ATAA------A-AAAA------ATAAACTCATTTAATTGAATGATAAACTGTAATTATAAATGTAACAATTATTTTTCAACCATATATTTGATACGTTATAATTAAAAATGACAA--------TCTCATCGACATTGCGC---ACAAGGAATCGCCATTGCGCCG
gi|3 : ATTTTCCAACCATAA-ATTGCG-T-TTAAATGAATTTGACTTGTAATCTT-TAAA-TAAATTAACTGTTT-----CAT----CGCCATTGCGC-CATCG-----A-ATAG---------------------A--AATAT--GGAAA-TTTATAACAACTTGGAATTTTATTTTTTATATTCATAT---ATT---TGAATAATGAATTAT---------AACTAT-TAAAGAACTAAG--TATT------------TT-CC-AACTATAAAATGCATTTAAATAAA--TTGACTTGTAATCTT-T--------------AA------------------ATA--------AAT-T-GAAT---------TTTTCATCGTCATTGCTC-----GGAT---ACAG-----GC-CTACCGG-T-------ATATG-AACTTGACATTATT--AA---ATAA-TTCCAT-TT------TGA----A-TATTTTACTTCATTAACCAAATATGA--ATTAAGATAAAAGAAG
gi|4 : aaGGAACGACTAATAAATAC----------GCA----GACGATTTAACGGCGAAATAAGCGCAACGGGCGCAATG-CAA-TACAATTTATAACAACTT-CAAAAAAAATATCTTA-----A-TTTA--------ATTCATAAT--C--GA-T-A-ACCCAAAT-T--TAAA--T--ATCA---ATAAATTGATTACTTACCGGCGATTA-ATTGCT-T-TTGAATGAATTTAATATTTAATTTG-TAAAGCAA----AA---GT-----CATGTCCCG-CATTGTGCC------------ATTTTCACC-AAGACCG--------A--AATAT--GAAGT-CT-ATAATAGTTTAAAATGCAATATTGCAATTTCATTT---ATTCAGTG-ATAATGCAATGTCTTGATTTCAGTTAT-T--TG----------A-T------------TTACC-GAC-----AAT---------------TTGATC--TTATTAT-TTTTAAAAAAAAAAAAAA---AATGTAATTTTTAAATT--------ATT-T-TAAT---------TTTACATTGTCATTGCG------GG----------CATTGTGTCGTTGGATC-GA-A-ATActttgttaattttagaaaagggattgctacaaagtgttgttagttgttttttttgctgttgttttttcaattacaaatcaaaagtttttaaatttttgttaatcgcggcttctttaattgcacacttatgatactttaatctcatcagcagtttatcacacattatagaatgagacagtcatgtcatctcttaaacttagaagaattgataaaaaaaattgccatgtttaatc
gi|5 : GTATGACTAA--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTCGGCGCAATG------------------TTGATTAAAAATTAAAATAACTT-CAAAAGTGATGTTTTAAAATCA-TTTA--------ATT--AAAT--TAAAA-A-A-ACT---AT-TAAT--A--TA-ATTATTTATGAAATAAGTATTGTCTGACCATAA-TTTGCT-T-TGAAACGAATCAAATTTGTAATCTT-TAAG-CAA-TTTAATTTTT-----CAT----TGACATTGCGCTCAACG-----A-ATCATCATT-GCT-CTGTTGGTTATA--AATATAAAAAAA-TT-GTGATGATTTAAAATTTTATTTTGTATATTCATTCTTAATG---TGAATAAACAATTAT---------AATTAT-TAATAAAATTA---TATT------------TT-CT-GACCAT-AAAT---------------TTAAAATGTTATCAT-T--------------AAA---AATG----------ATA--------ATT-T-TAA
gi|6 : ATGACTAA--AATATCATATTATATGCAA--TGTTGATTTTTTG-CGCAATGGACACACTGGGTGCAATGCCAATTTAAAATTAAAATAATTT-TATCAGTAATGTTTTTAATTCA-TTTA--------TTT--GATT--T--AC-A-A-ACT---ATAT--T--AAGT--ATTA---ATGAAATAAGTAGTTTCCGACCATAA-TTTGCT-T-TAAAACAAATTTGATCTGTAATCTT-TGAA-TA----TACTTTTT-----CAT----CGACATTGCGCATAATG-----A-ATCGTTATTTGTG-CTGTTGGTTATA--AATAT--GAAAA-TT-ATAATAACTCAAAATTTTATTTTTTAAATTCCTGT---ATT---TGAATAAT-AAATGT---------AATAAT-TAATGAAATAAG--TA-TA-----------TT-C
gi|7 : aGTATGACTAA--AATAC----------GCAT--CGTCGATTTTTCGGCGCAATG------------------TCGATTGAAA-TTAATATAACTT-C-------------------CA-TTTA--------TTT--GATT--T--AC-A-A-ACT---AA-A--G--A--T--ATTA---ATGATATCAGTATTTTCCAACCATAC-TTTACT-T-TTAAACGAATTTGATTTGTAATCTTCTATA-TAAATATAACTTTT------AT----CGACATTGCGCACAATA-----A-ATCGTCATT-GCG-CCGTTGGTTAGA--AGTAT--GAACATTT-ATAATATCTT---------TCTTG--------------ATT---AGAATAATGAACTAT---------AACTAT-TGATGAAATAAGTTTA-TTCTGACGGCGTATT-CT-GACCAT-AAATTGCTTTTTAAACGAATTAATACGTTATCTT-T--------------AAA---t
gi|8 : AATTTTACTTTTTAATTACAT----TGACATTGTGCACCATATATATATATCGTCATT-GCG-CCGTATGTTACAGAAATAC--GAAAA-TT-AAAGTGAATTAAAATATAAT---GTCATTTTTTTT---AT------AAAAACTATCTAT---------ATTTATGTAAT-AAATAAA--T-------------------C-AAACAT-CAAA---------------TTGCTTT-TTATTATAT--------------GA-------G----------ATA--------ATTATGTAAT---------CTT----CAACA-------A-AAAAATTTCATTGCCATTGCGCTGTTGG-TCAAA-A-ATATGAAAA-TTATATAAG---AACTTAAAA-TGTTACGTT------TAAATTTA-TCATTTA
gi|9 : GTATGACTAT--AATAT----------GCAA--TGTCGATTTTTT----------------TTGGCGCAATGTCGAGTAAAAATCAAAATAACGT-GAAAAGTGATGATTTAAAATCA-TTTG--------TTT--TAAT--T--AA-A-A-ACT---AT-T--T--A--T--ATTA---ATAAAACAAGTATTTTTTTATAGTGC-TGTGCT-T-TTAATCAAATTAAATTTGTTATCTT-TAAA-CAATTTTAATTTTT-----CAT----CGACATTGCGCTCAACG-----A-ATCGTCATT-GCG-CCGTGGGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTGAGTAACCGTCGATACAGCTATATAAAATAAATATTTACCGGTGATGAATTGTTTTTAAATTGTTT
Unaligned ( gi|18 ): TGAAATCGTTCCATTCTATAACCAAAATATCTATTG