lowQualScore                  :                     1111                                                    1                                             22222222                                                                                                                                                               1                                                               1                                                                        
lowQualScore                  :                  3  3333   0      33        5                        5555   2      4 2 2                   2     6    1   00000000  4444                      0                          3              4444    55555  4444      55555                     2  1      33  66666    0              2           3   2    66666    2 33 66666                        1    2                        2  6   2  7          2          444        
lowQualScore                  :                  .  ....   .      ..        .                        ....   .      . . .                   .     .    .   ........  ....                      .                          .              ....    .....  ....      .....                     .  .      ..  .....    .              .           .   .    .....    . .. .....                        .    .                        .  .   .  .          .          ...        
lowQualScore                  :                  3  8888   1      99        3                        0000   2      7 4 2                   0     2    9   77777777  0000                      5                          4              5555    33333  5555      33333                     5  4      44  22222    5              9           2   4    22222    4 11 77777                        6    5                        4  2   1  2          5          777        
consensus                     :        CTCCGGAATA-TT----AACGGTCTTT--TTGCGTTT-TACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGNTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCC
Reference ( gi|6 )            :        CTCCGGAATA-TT----AACAGTCTTT--TTGCGTTT-TACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTTACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTTGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGATGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCC
gi|5                          :        CTACAGAATA-TT----AACAGTCTTT--TTGCGTTT-TACATGTTACTGAGGCTTGAATGC----ATTTTCTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCAGAA-CAA--------AA----GGGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAGTAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TGTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTATTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACAAGTGCATTT-AACAGTTTTT---CCCGACCC
gi|4                          :        CTCCGGAATA-TTT---CCCGGTCTTT--TTGCATTT-TACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GTGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACATGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTCTCCATCTGGATGAGTATTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACGAGTGCTTTT-GAAAG-TTTT---CCTGACCCc
gi|7                          : tcccggtCTTCGGAATA-TT----AAAGGTCTTT--TTGCGTTT-TACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACAATT-T-A-AGTTTACCTCAAACTGTTT-GTATT-GGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACCTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACAGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTA-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATC---ACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGATAAGTGAGTTTTCCATCTGGACAAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACGGACGAGTGCTTTT-AACAGTTTTT---CACGAC
gi|10                         :        CTCCGGAATA-TT----AACAGTCTTT--TTGCATTT-TACATGTTACAGAGGCTTGAATGC----ATAAACTTTTTT-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----ACGATATATAAAAATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAATGGTTAAAGCTAGTGAT----GTAT-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGATTATCACAACGTGC-------------------TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTTGACAACTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACTAGTCCACTTGCCCCGACAGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCG
gi|2                          :  cccggtCTCCAGAAAA-TT----AATGGTCTTT--TTGCGTTT-TACATGAAACGGAGGCTTGAATGC----ATCAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTTTGTATTCGGAA-AAA--------AAAAAAGCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TTTAATACTGTA-----AATAAAGTAATAATACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTC-AAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTCAGTTTTCAATCTTGACGAGTATTTTCTACCAGTCCACTTG-CCAGACGGACCAATGCTTTT-AAAAGTTTTTCCCCCCGACCC
gi|11                         :   ccagtCTCCGGAATA-TT----AACAGTCTTT--TTACGTTT-CACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTT-ATCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAATGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-GAGGTAAG------------------ACAATGTGCTT-CAAAATAGACACTAT-TGTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGATTATTTTTTACCAGTCCACTTA-CCTGACc
gi|8                          :  cccggtCTTCAGAATA-TTTCCCAAC---CATT--TTGCATTT--ACATATTACGCAGGCTTGAATGC----ATCAACTTTT-TTA-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTGTTCA-AA-CAA--------AA----GCGATATACAAACATCAACACAATTAATTTTTATTGCATGATCATAACTTTTAAAGCTAGTGGT----GTAG-----TT----ACTGAC-----AATGAAGTAATAAAATCATTT-AA-ATAAGA--TA-----AGGTAATCATAACATGCTT-CAAAATAAACAACAT-TTCA----GTATA-AA-T-----ATTTTGGACAAGTGAATTTACCATCCGAACGAGTACTTCTTACAAGTTCACTTA-CC--------GAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCAACCccctgcattagaaagttt
gi|3                          :    ccggtTTCAGAATACTT----CCCAGTCTTT--TTGCGTTT-TACATGATACGGAGACTTGAA--C----ATTT-------T-A-TGTTTAGCCCAAACTGTTT-GTATTC--AATCAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAATGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACAGTACTT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAATTATTT-ACGGTAAGA--TA-----AGGTAATCACAACGTGCT-ACAAAATAGACAACAT-TTTAGACATTTTG-ACATAAAAATTTTTGGACAATTGAATTTTCTGTCAGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCTCTTG-CCAGATGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCTGACC
gi|1                          :   ccagtaTTCAGAATA-TTT---CCCGGTCTTT--TTGCGTTT-TACATGTTATGGAGGCTTGAATGCTTGAATTAACTTTT-T-AATGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAACGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAGTTGTTC-AAAGTAAGA--TA-----TGGTTATCACAATGTGCTT-CAAAACAGACAACAT-TTTA----GTATA-AT-T-----TTTTTGAACAAGTG
gi|15                         :           ttGAATC-TT----AACAGTCTTT--TTGCTTTT-TACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCGAATCTATTT-GTATTCAGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGACCATAATGGTTGAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAGAACTATTT-AA-GTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACCCTAT-TTTA----CTATA-caaattcattaaatcattggaataaaatttcttaattcatccaattagagctcagttttctgaaagagaaaaacattccagtattattttcc
gi|9                          :             aAATA-TT----AACAGTCTTT--TTGCGTTT-TACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTTACTTTT-T-A-TGTTTACCTCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGG---TCACAATGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACGAGTGCTTTT-AAAAGCTTTT---CCCGACCC
gi|22                         :                TG-TT----AAGAATATTTCCTGGTCTTTATACATGTTATAGAGGCTTG----C----A---ATTTTT-T-A-TGTTTACTCTAAGCTGTTT-GTTTTCGGAA-CAATTGTACACAA----GTGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTCATTGCATGATCATc
gi|23                         :                          ccaggCTTT--TTGCCTTT-TAT-------------TTGAATGC----ATTAATTTTTTT-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GCATTTGAAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGTATGATCATAACG
gi|19                         :                                 TT--TTGCATTT-TACATGTTTTGGAGGCTTGTATGT----ATTAATGTTT-T-A-TGTTTAACCCAATCTGTTT-GTATTCAGAA-CAA-------------------------------------TTAATGTTTTTTGCATGATCATAACGTTTTA----AGTGGT----GTAC-----CT----ACTGTA-----AA
gi|21                         :                     tatttcccagtccttgtaataTTTATACATGTTACGGAGGCTTG----C----A---ATTTTT-T-A-TGTTTACTCTAAGCTGTTT-GTTTTCGGAA-CAATTGTACACAA----GTGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTCATTGCATGATCA
gi|12                         :                    tccaggtgtttagaatatttcctggtcACATGTTACAGTGGCTTGAATGC----ATTAACTTTA-T-A-TGTTTACTCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-TAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACAGTTAAAGCTAGTGAT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTGATAAAATTATTTAAAGATAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTT-CAAAACAGACAACAT-TTCA----GCATA-AA-T-----CTTTTTGATAAGTGAATTTTCCATCAGGACAAGTACTTTTTACCAGTCAACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCAATC
gi|24                         :                                                             CTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTAACCCCAAGCTGTTT-GTATTCCGAA-CAA--------AA----GCGATATATA
gi|13                         :                                                          nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TGTTAACTCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAATATTACTGTTAACTGCATGATCATAACGTTTAAATCAAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAG-TATTT-AAAGTAAGA--TA-----AGGAAATAGCAACGTGCTT-CGAAACAGACAATAT-TTTA----GTACACAT-T-----TTTTTATCAAAGTGAATTTTCTATCTGAACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACAGAAGA-TGCTTTT-AAAAAAATTT---CCCGACCg
gi|18                         :                                                                                                        GTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACCTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGAT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-TATGTTAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCGTCAAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-
gi|20                         :                                                                                                         TTT-GTATTTGAAA-CAATTGTACACAA----GCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATCAACATAA---TTAATGTT----GT----GTAC-----TT----ACAGTA-----AATGAAGTAATGAA
gi|14                         :                                                                            agaatatttcctggtcatcggaattttcccggtcttcttgcat-CAA--------AA----GCGATATACAAACATCAACCAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAACTTTTAAAGCTAGTAGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAATCATTT-GATGTAAGAATTAAAATTAGGTTATCATAACGTACTT-CAAAATAGAC---AT-TTTC----GTATA-AA-------ATTTTGAGCAAGTGAATTTTCCATCCAGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCAGTGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTA---CCCGAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                         gTTGCATGATCAT---GATTAAAACTGGTGGT----TTAA-----TT----ACAGTAAAATTAATGAAGTAAT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                               AGCTAGTGGTCATGGTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAATAATAAGATTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTAATCACAGCGTGCTTT-AAAACGGACA--AT-TT-A----ATATA-AA-T-----TTT-TGGACAAGTGAATTATCTATCCAGAAGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCAACGGACGAGTGCTTTG-AAAAGTTTTT---TCAGACC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACTACATTTA----ATATA-AA-A-----TTTTCGGACAAGTGAATTTTCCATCAGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGAT--ACTATTGCTTGTAAAAAATTTTT---CAAAACCC
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        agatggcacagtgcatgtagtaatagaagtgaGAGTACTTTTTACCAGTCCAATTG-CCAGACAGACGAGT----------AGTTTTT---CCCGACCagtgcacagatctgtaaacgtttttttgaca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TACTTTTTACCAGTTCACTTG-CCCGACGTAC-AATGTTTTT-AAAAGTact
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ACTTTTTACCAGTCCAATTG-CCAGACAGACGAGT----------AGTTTTT---CCCGAC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ACTCAGGAGACACATGGTTCGACATTTTTGACA






Alignments
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consensus                     :                                       CTCCGGAATA-TT----AAC-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCC
Reference ( family-2140 )     :                                       CTCCGGAATA-TT----AAC-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGNTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCC
gi|1                          :                                        TTCAGAATA-TTT---CCC-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTATGGAGGCTTGAATGCTTGAATTAACTTTT-T-AATGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAACGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAGTTGTTC-AAAGTAAGA--TA-----TGGTTATCACAATGTGCTT-CAAAACAGACAACAT-TTTA----GTATA-AT-T-----TTTTTGAACAAGTG
gi|10                         :                                     ttCTCCGGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCATTTTACATGTTACAGAGGCTTGAATGC----ATAAACTTTTTT-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----ACGATATATAAAAATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAATGGTTAAAGCTAGTGAT----GTAT-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGATTATCACAACGTGC-------------------TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTTGACAACTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACTAGTCCACTTGCCCCGACAGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGcaaattcattaaatcattggaataaaatttcttaattcatccaattagagctcagttttctgaaagagaaaaacattccagtattattttcc
gi|11                         :                                 cccggtCTCCGGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTACGTTTCACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTT-ATCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAATGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-GAGGTAAG------------------ACAATGTGCTT-CAAAATAGACACTAT-TGTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGATTATTTTTTACCAGTCCACTTA-CCTGAC
gi|12                         :                                                                      cccggtACATGTTACAGTGGCTTGAATGC----ATTAACTTTA-T-A-TGTTTACTCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-TAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACAGTTAAAGCTAGTGAT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTGATAAAATTATTTAAAGATAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTT-CAAAACAGACAACAT-TTCA----GCATA-AA-T-----CTTTTTGATAAGTGAATTTTCCATCAGGACAAGTACTTTTTACCAGTCAACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCAATCccctgcattagaaagttt
gi|13                         :                                                                                                                     -TGTTAACTCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAATATTACTGTTAACTGCATGATCATAACGTTTAAATCAAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAG-TATTT-AAAGTAAGA--TA-----AGGAAATAGCAACGTGCTT-CGAAACAGACAATAT-TTTA----GTACACAT-T-----TTTTTATCAAAGTGAATTTTCTATCTGAACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACAGAAGA-TGCTTTT-AAAAAAATTT---CCCGACC
gi|14                         :                                                                                                                                                    -CAA--------AA----GCGATATACAAACATCAACCAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAACTTTTAAAGCTAGTAGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAATCATTT-GATGTAAGAATTAAAATTAGGTTATCATAACGTACTT-CAAAATAGAC---AT-TTTC----GTATA-AA-------ATTTTGAGCAAGTGAATTTTCCATCCAGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCAGTGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTA---CCCGAC
gi|15                         :                                           gGAATC-TT----AAC-AGTCTTTTTGCTTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCGAATCTATTT-GTATTCAGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGACCATAATGGTTGAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAGAACTATTT-AA-GTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACCCTAT-TTTA----CTATA-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                           aAGCTAGTGGTCATGGTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAATAATAAGATTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTAATCACAGCGTGCTTT-AAAACGGACA--AT-TT-A----ATATA-AA-T-----TTT-TGGACAAGTGAATTATCTATCCAGAAGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCAACGGACGAGTGCTTTG-AAAAGTTTTT---TCAGACC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACTACATTTA----ATATA-AA-A-----TTTTCGGACAAGTGAATTTTCCATCAGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGAT--ACTATTGCTTGTAAAAAATTTTT---CAAAACCC
gi|18                         :                                                                                                     agatggcacagtgcatgtagtaatagaagtgaGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACCTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGAT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-TATGTTAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCGTCAAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-agtgcacagatctgtaaacgtttttttgaca
gi|19                         :                                                                 TTTTGCATTTTACATGTTTTGGAGGCTTGTATGT----ATTAATGTTT-T-A-TGTTTAACCCAATCTGTTT-GTATTCAGAA-CAA-------------------------------------TTAATGTTTTTTGCATGATCATAACGTTTTA----AGTGGT----GTAC-----CT----ACTGTA-----AA
gi|2                          :                  tatttcccagtccttgtaataCTCCAGAAAA-TT----AAT-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGAAACGGAGGCTTGAATGC----ATCAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTTTGTATTCGGAA-AAA--------AAAAAAGCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TTTAATACTGTA-----AATAAAGTAATAATACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTC-AAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTCAGTTTTCAATCTTGACGAGTATTTTCTACCAGTCCACTTG-CCAGACGGACCAATGCTTTT-AAAAGTTTTTCCCCCCGACCC
gi|20                         :                                                                                                                                 ccagtTTT-GTATTTGAAA-CAATTGTACACAA----GCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATCAACATAA---TTAATGTT----GT----GTAC-----TT----ACAGTA-----AATGAAGTAATGAAc
gi|21                         : agaatatttcctggtcatcggaattttcccggtcttcttgcatGAATA-TT----TCCTGGTCTTTAT-------ACATGTTACGGAGGCTTG-----------CAATTTTT-T-A-TGTTTACTCTAAGCTGTTT-GTTTTCGGAA-CAATTGTACACAA----GTGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTCATTGCATGATCA
gi|22                         :                                tccaggtgtttaGAATA-TT----TCCTGGTCTTTAT-------ACATGTTATAGAGGCTTG-----------CAATTTTT-T-A-TGTTTACTCTAAGCTGTTT-GTTTTCGGAA-CAATTGTACACAA----GTGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTCATTGCATGATCAT
gi|23                         :                                                    ccaggtgttaaCTTTTTGCCTTTTAT-------------TTGAATGC----ATTAATTTTTTT-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GCATTTGAAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGTATGATCATAACG
gi|24                         :                                                                                          CTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTAACCCCAAGCTGTTT-GTATTCCGAA-CAA--------AA----GCGATATATA
gi|25                         :                                                                                                                                                                         nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGCATGATCAT---GATTAAAACTGGTGGT----TTAA-----TT----ACAGTAAAATTAATGAAGTAATg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GAGTACTTTTTACCAGTCCAATTG-CCAGACAGACGAGT----------AGTTTTT---CCCGACC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTTTTTACCAGTCCAATTG-CCAGACAGACGAGT----------AGTTTTT---CCCGACact
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTTTTACCAGTTCACTTG-CCCGACGTAC-AATGTTTTT-AAAAGT
gi|3                          :                                        TTCAGAATACTT----CCC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGATACGGAGACTTGAA--C----ATT------T-T-A-TGTTTAGCCCAAACTGTTT-GTATTC--AATCAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAATGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACAGTACTT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAATTATTT-ACGGTAAGA--TA-----AGGTAATCACAACGTGCT-ACAAAATAGACAACAT-TTTAGACATTTTG-ACATAAAAATTTTTGGACAATTGAATTTTCTGTCAGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCTCTTG-CCAGATGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCTGACC
gi|4                          :                                 ccagtaCTCCGGAATA-TTT---CCC-GGTCTTTTTGCATTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GTGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACATGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTCTCCATCTGGATGAGTATTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACGAGTGCTTTT-GAAAG-TTTT---CCTGACCC
gi|5                          :                                tcccggtCTACAGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACTGAGGCTTGAATGC----ATTTTCTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCAGAA-CAA--------AA----GGGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAGTAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TGTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTATTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACAAGTGCATTT-AACAGTTTTT---CCCGACCC
gi|6                          :                                       CTCCGGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTTACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTTGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGATGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCCc
gi|7                          :                                       CTTCGGAATA-TT----AAA-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACAATT-T-A-AGTTTACCTCAAACTGTTT-GTATT-GGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACCTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACAGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTA-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATC---ACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGATAAGTGAGTTTTCCATCTGGACAAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACGGACGAGTGCTTTT-AACAGTTTTT---CACGAC
gi|8                          :                                       CTTCAGAATA-TTTCCCAAC----CATTTTGCATTT-ACATATTACGCAGGCTTGAATGC----ATCAACTTTT-TTA-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTGTTCA-AA-CAA--------AA----GCGATATACAAACATCAACACAATTAATTTTTATTGCATGATCATAACTTTTAAAGCTAGTGGT----GTAG-----TT----ACTGAC-----AATGAAGTAATAAAATCATTT-AA-ATAAGA--TA-----AGGTAATCATAACATGCTT-CAAAATAAACAACAT-TTCA----GTATA-AA-T-----ATTTTGGACAAGTGAATTTACCATCCGAACGAGTACTTCTTACAAGTTCACTTA-C--------CGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCAACC
gi|9                          :                                        ccggtAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTTACTTTT-T-A-TGTTTACCTCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGG---TCACAATGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACGAGTGCTTTT-AAAAGCTTTT---CCCGACCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ACTCAGGAGACACATGGTTCGACATTTTTGACA






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consensus                     :                                       CTCCGGAATA-TT----AAC-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCC
Reference ( family-2140 )     :                                       CTCCGGAATA-TT----AAC-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCC
gi|1                          :                                        TTCAGAATA-TTT---CCC-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTATGGAGGCTTGAATGCTTGAATTAACTTTT-T-AATGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAACGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAGTTGTTC-AAAGTAAGA--TA-----TGGTTATCACAATGTGCTT-CAAAACAGACAACAT-TTTA----GTATA-AT-T-----TTTTTGAACAAGTG
gi|10                         :                                     ttCTCCGGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCATTTTACATGTTACAGAGGCTTGAATGC----ATAAACTTTTTT-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----ACGATATATAAAAATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAATGGTTAAAGCTAGTGAT----GTAT-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGATTATCACAACGTGC-------------------TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTTGACAACTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACTAGTCCACTTGCCCCGACAGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGcaaattcattaaatcattggaataaaatttcttaattcatccaattagagctcagttttctgaaagagaaaaacattccagtattattttcc
gi|11                         :                                 cccggtCTCCGGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTACGTTTCACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTT-ATCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAATGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-GAGGTAAG------------------ACAATGTGCTT-CAAAATAGACACTAT-TGTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGATTATTTTTTACCAGTCCACTTA-CCTGAC
gi|12                         :                                                                      cccggtACATGTTACAGTGGCTTGAATGC----ATTAACTTTA-T-A-TGTTTACTCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-TAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACAGTTAAAGCTAGTGAT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTGATAAAATTATTTAAAGATAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTT-CAAAACAGACAACAT-TTCA----GCATA-AA-T-----CTTTTTGATAAGTGAATTTTCCATCAGGACAAGTACTTTTTACCAGTCAACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCAATCccctgcattagaaagttt
gi|13                         :                                                                                                                     -TGTTAACTCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAATATTACTGTTAACTGCATGATCATAACGTTTAAATCAAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAG-TATTT-AAAGTAAGA--TA-----AGGAAATAGCAACGTGCTT-CGAAACAGACAATAT-TTTA----GTACACAT-T-----TTTTTATCAAAGTGAATTTTCTATCTGAACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACAGAAGA-TGCTTTT-AAAAAAATTT---CCCGACC
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gi|15                         :                                           gGAATC-TT----AAC-AGTCTTTTTGCTTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCGAATCTATTT-GTATTCAGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGACCATAATGGTTGAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAGAACTATTT-AA-GTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACCCTAT-TTTA----CTATA-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                           aAGCTAGTGGTCATGGTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAATAATAAGATTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTAATCACAGCGTGCTTT-AAAACGGACA--AT-TT-A----ATATA-AA-T-----TTT-TGGACAAGTGAATTATCTATCCAGAAGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCAACGGACGAGTGCTTTG-AAAAGTTTTT---TCAGACC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACTACATTTA----ATATA-AA-A-----TTTTCGGACAAGTGAATTTTCCATCAGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGAT--ACTATTGCTTGTAAAAAATTTTT---CAAAACCC
gi|18                         :                                                                                                     agatggcacagtgcatgtagtaatagaagtgaGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACCTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGAT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-TATGTTAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCGTCAAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-agtgcacagatctgtaaacgtttttttgaca
gi|19                         :                                                                 TTTTGCATTTTACATGTTTTGGAGGCTTGTATGT----ATTAATGTTT-T-A-TGTTTAACCCAATCTGTTT-GTATTCAGAA-CAA-------------------------------------TTAATGTTTTTTGCATGATCATAACGTTTTA----AGTGGT----GTAC-----CT----ACTGTA-----AA
gi|2                          :                  tatttcccagtccttgtaataCTCCAGAAAA-TT----AAT-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGAAACGGAGGCTTGAATGC----ATCAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTTTGTATTCGGAA-AAA--------AAAAAAGCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TTTAATACTGTA-----AATAAAGTAATAATACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTC-AAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTCAGTTTTCAATCTTGACGAGTATTTTCTACCAGTCCACTTG-CCAGACGGACCAATGCTTTT-AAAAGTTTTTCCCCCCGACCC
gi|20                         :                                                                                                                                 ccagtTTT-GTATTTGAAA-CAATTGTACACAA----GCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATCAACATAA---TTAATGTT----GT----GTAC-----TT----ACAGTA-----AATGAAGTAATGAAc
gi|21                         : agaatatttcctggtcatcggaattttcccggtcttcttgcatGAATA-TT----TCCTGGTCTTTAT-------ACATGTTACGGAGGCTTG-----------CAATTTTT-T-A-TGTTTACTCTAAGCTGTTT-GTTTTCGGAA-CAATTGTACACAA----GTGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTCATTGCATGATCA
gi|22                         :                                tccaggtgtttaGAATA-TT----TCCTGGTCTTTAT-------ACATGTTATAGAGGCTTG-----------CAATTTTT-T-A-TGTTTACTCTAAGCTGTTT-GTTTTCGGAA-CAATTGTACACAA----GTGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTCATTGCATGATCAT
gi|23                         :                                                    ccaggtgttaaCTTTTTGCCTTTTAT-------------TTGAATGC----ATTAATTTTTTT-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GCATTTGAAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGTATGATCATAACG
gi|24                         :                                                                                          CTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTAACCCCAAGCTGTTT-GTATTCCGAA-CAA--------AA----GCGATATATA
gi|25                         :                                                                                                                                                                         nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGCATGATCAT---GATTAAAACTGGTGGT----TTAA-----TT----ACAGTAAAATTAATGAAGTAATg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GAGTACTTTTTACCAGTCCAATTG-CCAGACAGACGAGT----------AGTTTTT---CCCGACC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTTTTTACCAGTCCAATTG-CCAGACAGACGAGT----------AGTTTTT---CCCGACact
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTTTTACCAGTTCACTTG-CCCGACGTAC-AATGTTTTT-AAAAGT
gi|3                          :                                        TTCAGAATACTT----CCC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGATACGGAGACTTGAA--C----ATT------T-T-A-TGTTTAGCCCAAACTGTTT-GTATTC--AATCAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAATGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACAGTACTT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAATTATTT-ACGGTAAGA--TA-----AGGTAATCACAACGTGCT-ACAAAATAGACAACAT-TTTAGACATTTTG-ACATAAAAATTTTTGGACAATTGAATTTTCTGTCAGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCTCTTG-CCAGATGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCTGACC
gi|4                          :                                 ccagtaCTCCGGAATA-TTT---CCC-GGTCTTTTTGCATTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GTGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACATGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTCTCCATCTGGATGAGTATTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACGAGTGCTTTT-GAAAG-TTTT---CCTGACCC
gi|5                          :                                tcccggtCTACAGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACTGAGGCTTGAATGC----ATTTTCTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCAGAA-CAA--------AA----GGGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAGTAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TGTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTATTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACAAGTGCATTT-AACAGTTTTT---CCCGACCC
gi|6                          :                                       CTCCGGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTTACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTTGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGATGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCCc
gi|7                          :                                       CTTCGGAATA-TT----AAA-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACAATT-T-A-AGTTTACCTCAAACTGTTT-GTATT-GGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACCTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACAGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTA-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATC---ACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGATAAGTGAGTTTTCCATCTGGACAAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACGGACGAGTGCTTTT-AACAGTTTTT---CACGAC
gi|8                          :                                       CTTCAGAATA-TTTCCCAAC----CATTTTGCATTT-ACATATTACGCAGGCTTGAATGC----ATCAACTTTT-TTA-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTGTTCA-AA-CAA--------AA----GCGATATACAAACATCAACACAATTAATTTTTATTGCATGATCATAACTTTTAAAGCTAGTGGT----GTAG-----TT----ACTGAC-----AATGAAGTAATAAAATCATTT-AA-ATAAGA--TA-----AGGTAATCATAACATGCTT-CAAAATAAACAACAT-TTCA----GTATA-AA-T-----ATTTTGGACAAGTGAATTTACCATCCGAACGAGTACTTCTTACAAGTTCACTTA-C--------CGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCAACC
gi|9                          :                                        ccggtAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTTACTTTT-T-A-TGTTTACCTCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGG---TCACAATGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACGAGTGCTTTT-AAAAGCTTTT---CCCGACCC


blockSeqs                     :                                                 C  TCCC   TG                                      .             T T .                   T          T   TTGTACAC  AAAA                                                 G              CATG    AGTAC  TAAT      AAATT                     A         AT  AAATT                   C           C   A    GACAT    C  A AAAAA                                                      .  T   G             A          CCC
blockSeqs                     :                                                 .  T      TG                                      .             T . .                   .          .   TTGTACAC  .                                                    T              .       .      .         .                         .         .   .                       T           A   .    C        .  . .                                                          .  C   A             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      A                                       .             . . .                   .          .   TTGTACAC  .                                                    G              .       .      .         .                         .         .   .                       C           A   .    C        .  . .                                                          .  C   G             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      A                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    T              .       .      .         .                         .         .   .                       C           C   .    G        .  . .                                                          .  C   G             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      A                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    T              .       .      .         .                         .         .   .                       A           C   .    G        .  . .                                                          .  C   G             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      G                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    G              .       .      .         .                         .         .   .                       C           C   .    G        .  . .                                                          .  C   A             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      A                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    G              .       .      .         .                         .         .   .                       C           C   .    C        .  . .                                                          .  A   A             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      G                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    T              .       .      .         .                         .         .   .                       C           A   .    A        .  . .                                                          .  A   G             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      A                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    T              .       .      .         .                         .         .   .                       C           C   .    A        .  . .                                                          .  A   G             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      A                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    A              .       .      .         .                         .         .   .                       C           C   .    C        .  . .                                                          .  C   A             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      G                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    T              .       .      .         .                         .         .   .                       .           C   .    C        .  . .                                                          .  A   A             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      A                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    G              .       .      .         .                         .         .   .                       .           C   .    C        .  . .                                                          .  T   A             .          .  
blockSeqs                     :                                                 .  .      .                                       .             . . .                   .          .   .         .                                                    G              .       .      .         .                         .         .   .                       .           A   .    C        .  . .                                                          .  T   G             .          .  
blockSeqs                     :                                                                                                   .             . . .                   .          .   .         .                                                    G              .       .      .         .                         .         .   .                       .           C   .    C        .  . .                                                          .  T   A             .          .  
blockSeqs                     :                                                                                                   .             . . .                   .          .   .         .                                                    G              .       .      .         .                         .         .   .                       .           .   .    C        .  . .                                                          .  T   .             .          .  
blockSeqs                     :                                                                                                   .             . . .                   .          .   .         .                                                    T              .       .      .         .                         .         .   .                       .           .   .    G        .                                                               .  T   .             .             
blockSeqs                     :                                                                                                   .             . . .                   .          .   .         .                                                    G              .       .      .         .                                                                           .   .    C        .                                                               .  .                               
blockSeqs                     :                                                                                                                     .                   .          .   .         .                                                    .              .       .      .         .                                                                                                                                                                                                
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Unaligned ( gi|29 ): ACTCAGGAGACACATGGTTCGACATTTTTGACA






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consensus                     :                                       CTCCGGAATA-TT----AAC-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCC
Reference ( family-2140 )     :                                       CTCCGGAATA-TT----AAC-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCC
gi|1                          :                                        TTCAGAATA-TTT---CCC-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTATGGAGGCTTGAATGCTTGAATTAACTTTT-T-AATGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAACGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAGTTGTTC-AAAGTAAGA--TA-----TGGTTATCACAATGTGCTT-CAAAACAGACAACAT-TTTA----GTATA-AT-T-----TTTTTGAACAAGTG
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gi|11                         :                                 cccggtCTCCGGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTACGTTTCACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTT-ATCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAATGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-GAGGTAAG------------------ACAATGTGCTT-CAAAATAGACACTAT-TGTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATCCGGACGATTATTTTTTACCAGTCCACTTA-CCTGAC
gi|12                         :                                                                      cccggtACATGTTACAGTGGCTTGAATGC----ATTAACTTTA-T-A-TGTTTACTCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-TAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACAGTTAAAGCTAGTGAT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTGATAAAATTATTTAAAGATAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTT-CAAAACAGACAACAT-TTCA----GCATA-AA-T-----CTTTTTGATAAGTGAATTTTCCATCAGGACAAGTACTTTTTACCAGTCAACTTG-CCCGACGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCAATCccctgcattagaaagttt
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gi|18                         :                                                                                                     agatggcacagtgcatgtagtaatagaagtgaGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACCTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGAT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-TATGTTAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCGTCAAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-agtgcacagatctgtaaacgtttttttgaca
gi|19                         :                                                                 TTTTGCATTTTACATGTTTTGGAGGCTTGTATGT----ATTAATGTTT-T-A-TGTTTAACCCAATCTGTTT-GTATTCAGAA-CAA-------------------------------------TTAATGTTTTTTGCATGATCATAACGTTTTA----AGTGGT----GTAC-----CT----ACTGTA-----AA
gi|2                          :                  tatttcccagtccttgtaataCTCCAGAAAA-TT----AAT-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGAAACGGAGGCTTGAATGC----ATCAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTTTGTATTCGGAA-AAA--------AAAAAAGCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGTTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TTTAATACTGTA-----AATAAAGTAATAATACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTC-AAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTCAGTTTTCAATCTTGACGAGTATTTTCTACCAGTCCACTTG-CCAGACGGACCAATGCTTTT-AAAAGTTTTTCCCCCCGACCC
gi|20                         :                                                                                                                                 ccagtTTT-GTATTTGAAA-CAATTGTACACAA----GCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATCAACATAA---TTAATGTT----GT----GTAC-----TT----ACAGTA-----AATGAAGTAATGAAc
gi|21                         : agaatatttcctggtcatcggaattttcccggtcttcttgcatGAATA-TT----TCCTGGTCTTTAT-------ACATGTTACGGAGGCTTG-----------CAATTTTT-T-A-TGTTTACTCTAAGCTGTTT-GTTTTCGGAA-CAATTGTACACAA----GTGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTCATTGCATGATCA
gi|22                         :                                tccaggtgtttaGAATA-TT----TCCTGGTCTTTAT-------ACATGTTATAGAGGCTTG-----------CAATTTTT-T-A-TGTTTACTCTAAGCTGTTT-GTTTTCGGAA-CAATTGTACACAA----GTGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTCATTGCATGATCAT
gi|23                         :                                                    ccaggtgttaaCTTTTTGCCTTTTAT-------------TTGAATGC----ATTAATTTTTTT-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GCATTTGAAA-CAA--------AA----GCGACATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGTATGATCATAACG
gi|24                         :                                                                                          CTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTAACCCCAAGCTGTTT-GTATTCCGAA-CAA--------AA----GCGATATATA
gi|25                         :                                                                                                                                                                         nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGCATGATCAT---GATTAAAACTGGTGGT----TTAA-----TT----ACAGTAAAATTAATGAAGTAATg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GAGTACTTTTTACCAGTCCAATTG-CCAGACAGACGAGT----------AGTTTTT---CCCGACC
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTTTTTACCAGTCCAATTG-CCAGACAGACGAGT----------AGTTTTT---CCCGACact
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTTTTACCAGTTCACTTG-CCCGACGTAC-AATGTTTTT-AAAAGT
gi|3                          :                                        TTCAGAATACTT----CCC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGATACGGAGACTTGAA--C----ATT------T-T-A-TGTTTAGCCCAAACTGTTT-GTATTC--AATCAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAAATTAATGTTTATTGCATGATCATAATGTTTAAAGCTAGTGGT----GTACAGTACTT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAATTATTT-ACGGTAAGA--TA-----AGGTAATCACAACGTGCT-ACAAAATAGACAACAT-TTTAGACATTTTG-ACATAAAAATTTTTGGACAATTGAATTTTCTGTCAGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCTCTTG-CCAGATGGACGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCTGACC
gi|4                          :                                 ccagtaCTCCGGAATA-TTT---CCC-GGTCTTTTTGCATTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GTGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACATGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTCTCCATCTGGATGAGTATTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACGAGTGCTTTT-GAAAG-TTTT---CCTGACCC
gi|5                          :                                tcccggtCTACAGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACTGAGGCTTGAATGC----ATTTTCTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTCAGAA-CAA--------AA----GGGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAGTAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TGTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTATTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACAAGTGCATTT-AACAGTTTTT---CCCGACCC
gi|6                          :                                       CTCCGGAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTTACTTTT-T-A-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTATTTGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATCACAACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGATGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCGACCCc
gi|7                          :                                       CTTCGGAATA-TT----AAA-GGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTAACAATT-T-A-AGTTTACCTCAAACTGTTT-GTATT-GGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACCTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACAGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTA-AAGGTAAGA--TA-----AGGTTATC---ACGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGATAAGTGAGTTTTCCATCTGGACAAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACGGACGAGTGCTTTT-AACAGTTTTT---CACGAC
gi|8                          :                                       CTTCAGAATA-TTTCCCAAC----CATTTTGCATTT-ACATATTACGCAGGCTTGAATGC----ATCAACTTTT-TTA-TGTTTACCCCAAGCTGTTT-GTGTTCA-AA-CAA--------AA----GCGATATACAAACATCAACACAATTAATTTTTATTGCATGATCATAACTTTTAAAGCTAGTGGT----GTAG-----TT----ACTGAC-----AATGAAGTAATAAAATCATTT-AA-ATAAGA--TA-----AGGTAATCATAACATGCTT-CAAAATAAACAACAT-TTCA----GTATA-AA-T-----ATTTTGGACAAGTGAATTTACCATCCGAACGAGTACTTCTTACAAGTTCACTTA-C--------CGAGTGCTTTT-AAAAGTTTTT---CCCAACC
gi|9                          :                                        ccggtAATA-TT----AAC-AGTCTTTTTGCGTTTTACATGTTACGGAGGCTTGAATGC----ATTTACTTTT-T-A-TGTTTACCTCAAGCTGTTT-GTATTCGGAA-CAA--------AA----GCGATATATAAACATCAACAAACTTAATGTTTATTGCATGATCATAACGGTTAAAGCTAGTGGT----GTAC-----TT----ACTGTA-----AATGAAGTAATAAAACTATTT-AAGGTAAGA--TA-----AGG---TCACAATGTGCTTCCAAAATAGACACTAT-TTTA----CTATA-AC-T-----TTTTTGGACAAGTGAGTTTTCCATACGGATGAGTACTTTTTACCAGTCCACTTG-CCTGACAGACGAGTGCTTTT-AAAAGCTTTT---CCCGACCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): ACTCAGGAGACACATGGTTCGACATTTTTGACA