lowQualScore : 1111111 2 3333 1111 1 1111 1 111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 1
lowQualScore : 6 5555555 0 55 3 7 3 6666 5 2222 7 7 9999 4 1 777 4 4 4 55 1 3 111111 4 8888 4 88888 2 6 4 999999999999999999999999999999999999999999999 1 6 7 0 4 3 2 44 33 4 2 7
lowQualScore : . ....... . .. . . . .... . .... . . .... . . ... . . . .. . . ...... . .... . ..... . . . ............................................. . . . . . . . .. .. . . .
lowQualScore : 0 2222222 5 00 1 4 6 9999 6 5555 5 0 6666 1 2 888 0 0 0 55 2 2 555555 0 5555 1 55555 4 0 0 444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 0 9 0 9 0 66 88 7 2 8
consensus : TACACTGAGAGACTTTAAAAA--CGC--AAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTG-GGTA-AGACGCATTAA-C--GCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCGCGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---AT-A-ATA-T--TTTCNAA------TAAAAT-TCACA----CANTTTGT---TNGGCTTATGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTATT-----NA-A----N--------------TTG-ATAAAT--ACA--AAACTTGTTTATTTTT-ACGAAGTCCG--AC-TTTTGCGTTTTTAAAGTCCCTCAGT
Reference ( gi|4 ) : TACACTGAGAGATTTTAAAAA--CAT--AATACTCCAA--TTGGGCATGTCTGGGATGAGTTG-GGTATAGACACATTAA-T--GCTGGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTGATGAGCTATCACACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAAATG---AT-A-ATA-T--TTCCCAA------TAAAAT-TCACA----CACTTTGT---GTGGCTTATATGTATGTTTATTGTTGCCAATTTTTATT-----TA-A----T--------------TTC-ATAAAT--TCA--AAACTTGTGTATTTTT-ACGAAATCTG--AC-TTTAGCGTTTTTGAAGTCCCTCAGT
gi|6 : TACACTGAGCGACTTTGAAAA--CGC--AAAACTCCAA--CTGAACATGTCTTGGATGAGTTG-GGTA--GACGCATTAAAT--GCTCGTCGGCTACCACCGAGAAATGTTCATGAGCTTTAGCCCGCCTTGGGTCAGGAGTAAAACAACATTTCTCAATGCTGTATT
gi|23 : TACAACGAGAGACTTTAAAAA--CGC--AAAACTTCAT--TCGAGCATGTCTGGGATGAGTT--GTTA-AGACTTATTAA-CCAACC--TCAGCTATCACCGAGAGAtcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaattctcaggcaattgaaaatagtttctaataaaattaacccaatttgtcaggcttatatgtttatttattgttgctaaatttcatttaagattgataaacacaaaacttgtttattataacgaaatctggcggttttaaagtccctcattg
gi|5 : gACACTGAGACACTTTAAAAA--CGC--AAAACTCCAA--TTGAGCATGTCAATGATGAGTTA-G--ATAGACACATTAA-C--GCTCGTCGGCTACCACCGAGAAACGTAAATGGGTTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACGCTGCAt
gi|18 : ACACTGAGAGACTTTAAAAA---ATGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCGTGGATGAGAAGAGG---AGACGCATTAA-C--GCTCGTCAGCCGCCACCGAGAAACATTAATGAGTTGTCCCGCACCTTAGGTCAGTATTGAA--AACATTTCTCAACACTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaatactcatgggattgataatattttccaataaagttcatacactttgtgtggcttatatgtatgtttattgtggccattttttattaactttgataaatactaaacttgtttatttttacgaaatctgacttttgatttagactctcagtg
gi|31 : ACACTGAGAGACTTTAAAAA--TGC--AAATTTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGT
gi|30 : ACACTGAGGGACTTTAAAAC--CGC--AAAACTCCAA--TTGAAAATGTCTTATATGGGTTG-GGg
gi|15 : CACTGAGAAACTTTAAAAA--TGC--AA-ATTCCAA--ATGGGCATGTCTGGGACGAGTTG-GGTA--GATGCATTAA-C--GCTCGTCGGCCACCATCGAGAAACGTTAATGAGCT-TCCCCCGCCTT-GGTCAGGAGTGGAACAACAATTCTCAACACTGTActgacgtatc
gi|8 : ttCACTGAGGGACGTTAAAAA--CAC--AAAACTCTTA--TTAAGAATGTCTGAGATGGGTTG-GG-A-AGACGCATTAT-C--GTTCGTCAGTCTGCACTGTGACACGTTACTGAGCTTCCCCACGCATTTGTTCAGGAGAAGAACAACATTTCCCATCAATGTAattgcaaggtttgtgctttcaacgatg
gi|24 : ACAGAGATACTCTGTAAA--CGC--AACAC--CAAACTTGAGCATGTCTTGGATGAGTTG-AG-A-AGATGCATTGT-C--GCTTGTCAGCCACCACCGAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagagagttgttactattttccaataaaactcacacaaagggttaggcttatgttgatgtttactgttgttgatttttattataatcgataagtaagatacttgtccggccattgcgtttttaaagtccctccgt
gi|7 : AGAGACTTTAAAAATGCAC--AA--CTCCAG--TTAGGCATGTTTTGAATGAGTTG---TGTAGATGCATTTA-C--ACTCATCAGCCAC---CGAGAAATGTTAAAAAGCTTTCCCACCCCTTGGGTCAGGAGTTGAACAGTATTTCTCAATACTGTA
gi|1 : catCTCCAA--TTCAGCATGTCTTGGATGAATTA-GG---AAACGCATAAA-C--GTTCGACAGCCATCACGAAGAAATGTTAATGAGCTTTTCCATGCCTTTTCTCAGTAGTTGAATAACATTCCCTAGCAATGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagggatttgataatattttcaaaaaaacatcacacactttgagtagcttatctctatatttgttgttgccaattttgattaaagttaataattacaaaacttgtttatttttacgaaatctgatttttgtctttttaaagtccc
gi|22 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtGGATGAGTTG-GCTA--GATGCATTAA-T--GCTCGTAGGCCACCACCAAGAAATATTAATGAGCTTTCTCATACCTTTGGTCAGGAGTGGAAGAACATTTCTCAACACTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcttaacaaattattaataatttcaaaaaaaagttcacacaatttgtttggctaatgtgaatgattattgctgtcaaattttattaaagttgattaacaataaaagttcgacttttgcgttttaaagtccctcagt
gi|29 : GTCACCACCAAAAAACGTTACTGGACTCTCCGGCGCCTTGGTTTAGGATAAAAACAGCAATTCCCAAC
gi|14 : CTTGGA-CAGGAGTGGGCTAATATCCCACAACACCTTATgt
gi|10 : actgctccagagttgggttgatctGTCAGGAGTGGGTTAACATTTCTCAACACTGTAagcaacactcattctccctatggggcacagaagaacattttatgcttacaagtggctcatacacatgtaatatgaagtgtgacataaggagttggactatatgttactggtagtgctgtacatttattagttctaa
gi|6 : aaTCTCAGGCAATTG---AA-A-ATA-G--TTTCTAA------TAAAAT-TAACC----CAATTTGT---CAGGCTTATATGTTTATTTATTGTTGCTAAATTTCATT-----TA-A----GA-------------TTG-ATAAAC--ACA--AAACTTGTTTATTATA-ACGAAATCTG---------GCGGTTTTAAAGTCCCTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagggaattgataatatttcccaataaaatccacacactttgtttagcttatgtgtatgtttattgttgccagttttaattaaaattcataaatacaaacttgtatatttttaacgaaatctgatgtttgcgtttccttcagtg
gi|10 : tacactgagcgactttgaaaacgcaaaactccaactgaacatgtcttggatgagttgggtagacgcattaaatgctcgtcggctaccaccgagaaatgttcatgagctttagcccgccttgggtcaggagtaaaacaacatttctcaatgctgtatttcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaatTCTCAGGGAATTG---AT-A-ATA-T--TTCCCAA------TAAAAT-CCACA----CACTTTGT---TTAGCTTATGTGTATGTTTATTGTTGCCAGTTTTAATT-----AA-A----A--------------TTC-ATAAAT--AC---AAACTTGTATATTTTTAACGAAATCTG--AT-GTTTGCGTT-------TCCTTCAGTttg
gi|7 : aagtcaggagtgggttaacatttctcaacactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCAGGGATTTG---AT-A-ATA-T--TTTCAAA-------AAAACATCACA----CACTTTGA---GTAGCTTATCTCTATATTTGTTGTTGCCAATTTTGATT-----AA-A----G--------------TTA-ATAATT--ACA--AAACTTGTTTATTTTT-ACGAAATCTG--AT-TTTTGTCTTTTTAAAGTCCCg
gi|8 : catagagactttaaaaatgcacaactccagttaggcatgttttgaatgagttgtgtagatgcatttacactcatcagccaccgagaaatgttaaaaagctttcccaccccttgggtcaggagttgaacagtatttctcaatactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTCAGAGAGTTG---TT-A-CTA-T--TTTCCAA------TAAAAC-TCACA----CAAAGGGT---TAGGCTTATGTTGATGTTTACTGTTGTTGATTTTTATTA----TA-A--------------------TCGATAAGT----A--AGA------TACTT--------GTCCG--GC-CATTGCGTTTTTAAAGTCCCTCCGT
gi|11 : cactgagggacgttaaaaacacaaaactcttattaagaatgtctgagatgggttgggaagacgcattatcgttcgtcagtctgcactgtgacacgttactgagcttccccacgcatttgttcaggagaagaacaacatttcccatcaatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTCAGAAAATTGTAAAT-ACATG-TAATTTATAA------TCAAAT-TCATA----CAATTTGT---TAGACTTATATGAATGTGTATTGTTGGCAAATTGTGTTAAAACTA-A----TAACTAAACGAGGAGCTG-ATAAA----CA--AGAAGAGT-TA-TTTT-AC-AACTGTGCCACTTTTTGCGTTTTTAAAGTCACTCAGT
gi|17 : ttggtcattatcaccgctactaattgggttgttgctgtttgaaacgtcaatTCTTAAGAAATTG---TT-A-ATA-T--TTTCAAA------TCAAAT-TCA-AGTTTCATTTTGTTAAGTAAC---TGTGAATGTTTACATTTGCTAATGTTTA--------AGA----C--------------TTG-GT-AAT--TAAG-AAATTTGTTTA-TTTT-ACAACGTCCT--AC-GTTTGCGTTTTg
gi|5 : CTCATGGGATTG---AT-A-ATA-T--TTTCCAA------TAAAGT-TCATA----CACTTTGT---GTGGCTTATATGTATGTTTATTGTGGCCATTTTTTATT-----AA-C----T--------------TTG-ATAAAT--ACT--AAACTTGTTTATTTTT-ACGAAATCTG--AC-TTTTG-ATTT----AGACTCTCAGTataagaatctca
gi|1 : acactgagacactttaaaaacgcaaaactccaattgagcatgtcaatgatgagttagatagacacattaacgctcgtcggctaccaccgagaaacgtaaatgggttttcccacgccttgggtcaggagtggaacaacatttctcaacgctgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaataAAATT---ATTA-ATAAT--TTCAAAA------AAAAGT-TCACA----CAATTTGT---TTGGCTAATGTGAATGATTATTGCTGTCAAATTTTATT-----AA-A----G--------------TTG-ATTAA----CA--A--------TA--------AAAGTTCG--AC-TTTTGCG-TTTTAAAGTCCCTCAGTg
gi|21 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtctccaattcagcatgtcttggatgaattaggaaacgcataaacgttcgacagccatcacgaagaaatgttaatgagcttttccatgccttttctcagtagttgaataacattccctagcaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcttaacAATG---A----GTT-T--TTCCCAAGCAATGTAAAAT-TTACA----CAATTTGT---TAGGCTTATGTGGATGTGTATTGTTGCCAAATGTTATT-----TA-A----A--------------TTT-ATAAA----CAAGAAACCTATTTA-TTTT-ACAAAGACCG--AC-TTTA
gi|16 : acattT-A-ATA-T--TTTCAAA------TCAAAT-TCATT----TACTGCGT---TAGGCTTATGTTGGTGTTTATTATTGCCAAATGCTATT-----TA-AAGTGT--------------TAA-ACAGATCATCAAGAAACTTCTTTA-TTAT-ACAAAGTCGT--AC-ATTTGCGATTTTAAAG-CCTTCAaattcc
gi|5 : atctAATTGG--AG-TTTTGCGTTTTTAAAGTGTCTCAGTttgt
gi|30 : acAATTGG--AG-TTTTGCGGTTTTAAAGTCCCTCAGTgagcatgtcaatgatgagttagatagacacattaacgctcgtcggctaccaccgagaaacgtaaatgggttttcccacgccttgggtcaggagtggaacaacatttctcaacgctgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaatactcatgggattgataatattttccaataaagttcatacactttgtgtggcttatatgtatgtttattgtggccattttttattaactttgataaatactaaacttgtttatttttacgaaatctgacttttgatttagactctcagtg
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GGCTTCGTGATGTTGGTTTACGGTGTAAAAGACCAAAGACGATTGCTGCATTGACCAACAGACATGAACATGCACGTGTAAATTTGGCGAGGAGGCAGCAGCGTTTCACACATAGTCCAATACATATCCAAGTTTAATGTCAGTTATGCTGATGGACGCATCCGCATTTATCGGACACGCGATGAACGTGTTTCCGAATGTTGTGTTCTAAAGCATAACAGGTGGGGTGGTGGTAGTGTTCACGTAAGGGCTGGTATAACTCAGTTCCACAAAACACAATTTTATTTCAACGAAATGTTAATGCACAGTCGTTTATCTTCCTTTTTAGGCCGTCACTTTCCTCGTGGCGGATCTTTACTTCAACATGATAATACGCCTGCGCATCGTACCAGACGTACCACGAATTTTCTCCAACAAAATAACATCGCTTGCTTGGAATGGCCTTCGCTTTCCTCAGACATGGCTCCTATTGAATATGTTTAGAACGAGCTTGGTCGTCGCGTTCGTTCCCGTGCTCCGCCAGTGCATGAACTTCGCCGTGCCCTCTTACAAGAATGGGCAAATATCCCACAGCATCGAATTGCCGCAGTCGTATTGTCTATGAGGCGTCGATGTCTTGCAGCTAATGGTTCATACAAACGATATTGAATTTTGTTAACTTAGTGTTTTGACCTAGTGACTTTGTAAGTATCGTAAATTACCTCAAATTGTTATGTATTAAAATAAAATTCATACAGATGATGTTTGTAATATTAATTATGCTCCAAATTTCATGAAATTTTAACATCGTCTTCTGTATTAAAATCATCAAAATATGACTGGTGCGTTTTCAAAGGTTTTGAGCGT
Unaligned ( gi|3 ): GTGTTCTCAAGCGAAACATGTGGGTGGTGGTAGCGTCCACGTATGAGCTGGCATCAATTCGCTAGAACACAGCTTGTTGTGTTGATCGGCGATGTAAGTGCTCAATCAGCCAGTGGTCCTCCCATTTTTGCGACATCATTTCCCCCCGTGGACGTTACGTTTTTCAGCATAATAGTGTTCTGCACAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATTGTGGGGTTTATGCGCACAACCACCTCCACATACAGTTCCAGAGTTACGTCATGTTCTTACACAGGAGTGGGCTAACATCCAACAACTCCGTATAGCAACAATTATCTCCTGTGTATGTGGAAATGGGTCATACACACGGTATGAGAAGTACGACCTGGGTAGTTCGACCATTCGTTACTGATAGTGCTGTGCTTCTGTTAATCATAAACGCTCATTATTGGTATTAACAAAGATTATTCAGATGATATTCAACTTTATACCTTGCTATTTTAAATGAAATATGTTGGCTAGAATTGAGCAAATTATGAAATTAATGACCTGTGCGTTTTCAAAGCTTTTTGGTGTA
Unaligned ( gi|9 ): AGATGAGCTTGGATGGCGGGCCGGTGTGCGTGTTCCACCACCCAGGACTGTACCCCAGCTCTGTCAGGCCCTCGTCCAGGAGTGGAACACCTTACTGCTGTAGCGTATTACCAACATTATTGCTCGATGAGACAAAGATGCATCGAGTGCATTCATGTTCAGGGTTCTTACACACATTATTAAAATGTGAATTGTACGTGCTTGGACTGCAACGTTACCTGAACACTGTAAAATCCTCAAATATTTATATTTTTTGATGAAATTTGTACGATTGTTTTGAGACAGACTATTGTGTATGGAATTTCAATAAATTTGAAGAGTGTAATCAGTGTTGATTTTAGTATTATATAACCTGTGCATTTTTTAAGTCTCTGAGGGTTGTAACGGTTTA
Unaligned ( gi|12 ): GGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAAA
Unaligned ( gi|13 ): GGGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAA
Unaligned ( gi|19 ): ATTGTGTTGCTGTTTGAAACATTAATTCTCAGTGAATTGTTATTTTCCTATTTGTTTGTCAAATGTGACTATATATTGTTGCCAAATTATTAAAACAAAAAAAGCACGTTCATTTTACAAAAGTCCAATTTATGCATTTTTAAAG
Unaligned ( gi|20 ): GTCACTTTCCTCTTGGTCGATGTATATACTAACATGACAATGCTCCCAGTCATCGAGCAAGATTGACTTTTGATTTTTTGCGTTAAAACATCGTAATTTGCATGGATTGGCCAAGACTATCCCCAGTTATGGCTCAAATTGAAC
Unaligned ( gi|25 ): TATATTTTTCGATGAACTGAGTAAGGTTGTTTTAAGATAGACTGTTGTTTGTGTGTAATGAATCTCAGTAAATTTGAAGGATGTTACCATT
Unaligned ( gi|26 ): TTACCTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): ACCCCAAGCTCCGCCAGGCCCTCGTTGAGGAGTGGAACTCTCTACCGCAGCAGCGTTTTGTCAACATAATTGCTTTGAT
Unaligned ( gi|28 ): TGTGTATGAAATTTCAAAACATTTGAAGGATGTCATCAGTGTCAATTTTAGCAATATATAACATGTGCGTTTTTTA
Unaligned ( gi|32 ): ACGAAGATTCTTGATGGATTTTATCATCTAATACAATAATAATTAGGCACGTAG
Unaligned ( gi|33 ): TATGACCAGAGTAGTTCGACCATATGTTACTGATATTGCTGTATTTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111 111111111111 1
lowQualScore : 3 44 1 55555 3 7 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888 3 3 44 1 999999 3 3 0 7777 2 1 44 1 1 1 77 1 888888888888888 44 1 777777777777 3 44 2 77 33 2 3 3
lowQualScore : . .. . ..... . . . ...................................................................................................................................... .... . . .. . ...... . . . .... . . .. . . . .. . ............... .. . ............ . .. . .. .. . . .
lowQualScore : 6 66 2 77777 6 1 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9999 3 3 66 0 666666 3 3 2 1111 2 0 66 0 0 0 66 0 111111111111111 66 0 111111111111 4 66 9 99 88 2 6 6
consensus : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGG-TA-AGACGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTATTAAA-ATTGATAAAT--A---CG-----A--AACTTGT------------TTATTTTT-ACGAA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
Reference ( family-2070 ) : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGG-TA-AGACGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCGCGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCNAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTATTNAA-NTTGATAAAT--A---CA-----A--AACTTGT------------TTATTTTT-ACGAA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
gi|1 : CTCCAA--TTCAGCATGTCTTGGATGAATTAGG----AAACGCATA-AACGTTCGACAGCCATCACGAAGAAATGTTAATGAGCTTTTCCATGCCTTTTCTCAGTAGTTGAATAACATTCCCTAGCAATGCA
gi|1 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtTCTTAACAAATTA---TTA-A-TAA--TTTCAAA------AAAAAGT-TCACA----CAATTTGTTTGGCTAA--TGTGAATGATTATTGCTGTCAAATTTTATTAAA-GTTGATTA----A---CA-----A----------------------TA--------AAA--GTTCGAC-TTTTGCG-TTT-TAA-AGTCCCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcttaacaaattattaataatttcaaaaaaaagttcacacaatttgtttggctaatgtgaatgattattgctgtcaaattttattaaagttgattaacaataaaagttcgacttttgcgttttaaagtccctcagt
gi|10 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtctccaattcagcatgtcttggatgaattaggaaacgcataaacgttcgacagccatcacgaagaaatgttaatgagcttttccatgccttttctcagtagttgaataacattccctagcaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGTCAGGAGTGGGTTAACATTTCTCAACACTGTA
gi|10 : aaTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTCCCAA------TAAAA-T-CCACA----CACTTTGTTTAGCTTA--TGTGTATGTTTATTGTTGCCAGTTTTAATTAAA-ATTCATAAAT--A---C------A--AACTTGT------------ATATTTTTAACGAA--ATCTGAT-GTTTGCGTT---------TCCTTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagggaattgataatatttcccaataaaatccacacactttgtttagcttatgtgtatgtttattgttgccagttttaattaaaattcataaatacaaacttgtatatttttaacgaaatctgatgtttgcgtttccttcagtg
gi|11 : aagtcaggagtgggttaacatttctcaacactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTCAGAAAATTGTAAATACA-TGTAATTTATAA------TCAAA-T-TCATA----CAATTTGTTAGACTTA--TATGAATGTGTATTGTTGGCAAATTGTGTTAAA-ACTAATAACTAAA---CG-----AGGAGCTGATAAACAAGAAGAGTTA-TTTT-AC-AACTGTGCCACTTTTTGCGTTTT-TAA-AGTCACTCAGTg
gi|14 : ttggtcattatcaccgctactaattgggttgttgctgtttgaaacgtcaatCTTGGA-CAGGAGTGGGCTAATATCCCACAACACCTTATg
gi|15 : actgctccagagttgggttgatctCACTGAGAAACTTTAAAAA-TGCAAA-TTCCAA--ATGGGCATGTCTGGGACGAGTTGGG-TA--GATGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCATCGAGAAACGTTAATGAGCTTCCCC-CGCCTT-GGTCAGGAGTGGAACAACAATTCTCAACACTGTAagcaacactcattctccctatggggcacagaagaacattttatgcttacaagtggctcatacacatgtaatatgaagtgtgacataaggagttggactatatgttactggtagtgctgtacatttattagttctaa
gi|16 : ttTA-A-TAT--TTTCAAA------TCAAA-T-TCATT----TACTGCGTTAGGCTTA--TGTTGGTGTTTATTATTGCCAAATGCTATTTAA-AGTGTTAAAC--AGATCATCAAGA--AACTTCT------------TTA-TTAT-ACAAA--GTCGTAC-ATTTGCGATTT-TAA-AG-CCTTCAattgcaaggtttgtgctttcaacgatg
gi|17 : atctTCTTAAGAAATTG---TTA-A-TAT--TTTCAAA------TCAAA-T-TCA-AGTTTCATTTTGTTAAG--TAACTGTGAATGTTTACATTTGCTAATGTTTA--AGA-CTTGGTAATT--A---AG-----A--AATTTGT------------TTA-TTTT-ACAAC--GTCCTAC-GTTTGCGTTTTATAAGAATCTCttgt
gi|18 : ACACTGAGAGACTTTAAAAAATGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCGTGGATGAGAAGAG--G-AGACGCATT-AACGCTCGTCAGCCGCCACCGAGAAACATTAATGAGTTGTCCCGCACCTTAGGTCAGTATTGAA--AACATTTCTCAACACTGa
gi|19 : TCTCAGTGAATTG----T----TAT--TTTCC--------TA------------------TTTGTTTGTCAAA--TGTGACTATATATTGTTGCCAAATT--ATTAAA-----ACAAA---A----A-----A--AGCACGT------------TCATTTT--ACAAAA-GTCCAAT-TTATGCATTTT-TAA-AG
gi|21 : attgtgttgctgtttgaaacattaatATTA---ATG-AGTTT--TTCCCAAGCAATGTAAAA-T-TTACA----CAATTTGTTAGGCTTA--TGTGGATGTGTATTGTTGCCAAATGTTATTTAA-ATTTATAAAC--A---AG-----A--AACCTAT------------TTA-TTTT-ACAAA--GACCGAC-TTT
gi|22 : acGGATGAGTTGGC-TA--GATGCATT-AATGCTCGTAGGCCACCACCAAGAAATATTAATGAGCTTTCTCATACCTTTGGTCAGGAGTGGAAGAACATTTCTCAACACTaaattcc
gi|23 : TACAACGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTTCAT--TCGAGCATGTCTGGGATGAGTT-GT-TA-AGACTTATT-AACCAACCTCAGCTATCACCGAGAGA
gi|24 : gACAGAGATACTCTGTAAA-CGCAACAC--CAAACTTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGAG--A-AGATGCATT-GTCGCTTGTCAGCCACCACCGAAAAAt
gi|29 : GTCACCACCAAAAAACGTTACTGGACTCTCCGGCGCCTTGGTTTAGGATAAAAACAGCAATTCCCAAC
gi|30 : ACACTGAGGGACTTTAAAAC-CGCAAAACTCCAA--TTGAAAATGTCTTATATGGGTTGGGCT---GACGTATgt
gi|31 : ACACTGAGAGACTTTAAAAA-TGCAAATTTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTc
gi|4 : TACACTGAGAGATTTTAAAAA-CATAATACTCCAA--TTGGGCATGTCTGGGATGAGTTGGG-TATAGACACATT-AATGCTGGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTGATGAGCTATCACACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAAATG---ATA-A-TAT--TTCCCAA------TAAAA-T-TCACA----CACTTTGTGTGGCTTA--TATGTATGTTTATTGTTGCCAATTTTTATTTAA-TTTCATAAAT--T---CA-----A--AACTTGT------------GTATTTTT-ACGAA--ATCTGAC-TTTAGCGTTTT-TGA-AGTCCCTCAGTg
gi|5 : ACACTGAGACACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCAATGATGAGTTAGA-TA--GACACATT-AACGCTCGTCGGCTACCACCGAGAAACGTAAATGGGTTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACGCTGCA
gi|5 : CTCATGGGATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAG-T-TCATA----CACTTTGTGTGGCTTA--TATGTATGTTTATTGTGGCCATTTTTTATTAAC-TTTGATAAAT--A---CT-----A--AACTTGT------------TTATTTTT-ACGAA--ATCTGAC-TTTTGA---TT-TAG-A--CTCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaatactcatgggattgataatattttccaataaagttcatacactttgtgtggcttatatgtatgtttattgtggccattttttattaactttgataaatactaaacttgtttatttttacgaaatctgacttttgatttagactctcagtg
gi|6 : acactgagacactttaaaaacgcaaaactccaattgagcatgtcaatgatgagttagatagacacattaacgctcgtcggctaccaccgagaaacgtaaatgggttttcccacgccttgggtcaggagtggaacaacatttctcaacgctgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaataTACACTGAGCGACTTTGAAAA-CGCAAAACTCCAA--CTGAACATGTCTTGGATGAGTTGGG-T--AGACGCATTAAATGCTCGTCGGCTACCACCGAGAAATGTTCATGAGCTTTAGCCCGCCTTGGGTCAGGAGTAAAACAACATTTCTCAATGCTGTATTg
gi|6 : TCTCAGGCAATTG---AAA-A-TAG--TTTCTAA------TAAAA-T-TAACC----CAATTTGTCAGGCTTA--TATGTTTATTTATTGTTGCTAAATTTCATTTAAGATTGATAAAC--A---CA-----A--AACTTGT------------TTATTATA-ACGAA--ATCTG-------GCGGTTT-TAA-AGTCCCTCAtcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaattctcaggcaattgaaaatagtttctaataaaattaacccaatttgtcaggcttatatgtttatttattgttgctaaatttcatttaagattgataaacacaaaacttgtttattataacgaaatctggcggttttaaagtccctcattg
gi|7 : tacactgagcgactttgaaaacgcaaaactccaactgaacatgtcttggatgagttgggtagacgcattaaatgctcgtcggctaccaccgagaaatgttcatgagctttagcccgccttgggtcaggagtaaaacaacatttctcaatgctgtatttcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaatAGAGACTTTAAAAA-TGCACAACTCCAG--TTAGGCATGTTTTGAATGAGTTGTG-TA--GATGCATT-TACACTCATCAGCCAC---CGAGAAATGTTAAAAAGCTTTCCCACCCCTTGGGTCAGGAGTTGAACAGTATTTCTCAATACTGTAttg
gi|7 : catTTTCAGGGATTTG---ATA-A-TAT--TTTCAAA-------AAAA-CATCACA----CACTTTGAGTAGCTTA--TCTCTATATTTGTTGTTGCCAATTTTGATTAAA-GTTAATAATT--A---CA-----A--AACTTGT------------TTATTTTT-ACGAA--ATCTGAT-TTTTGTCTTTT-TAA-AGTCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagggatttgataatattttcaaaaaaacatcacacactttgagtagcttatctctatatttgttgttgccaattttgattaaagttaataattacaaaacttgtttatttttacgaaatctgatttttgtctttttaaagtccc
gi|8 : catagagactttaaaaatgcacaactccagttaggcatgttttgaatgagttgtgtagatgcatttacactcatcagccaccgagaaatgttaaaaagctttcccaccccttgggtcaggagttgaacagtatttctcaatactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTGAGGGACGTTAAAAA-CACAAAACTCTTA--TTAAGAATGTCTGAGATGGGTTGGG--A-AGACGCATT-ATCGTTCGTCAGTCTGCACTGTGACACGTTACTGAGCTTCCCCACGCATTTGTTCAGGAGAAGAACAACATTTCCCATCAATGTA
gi|8 : TCTCAGAGAGTTG---TTA-C-TAT--TTTCCAA------TAAAA-C-TCACA----CAAAGGGTTAGGCTTA--TGTTGATGTTTACTGTTGTTGATTTTTATTATA-ATCGATAAGT--A---AG-----A--TACTT------------------------------GTCCGGC-CATTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCCGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagagagttgttactattttccaataaaactcacacaaagggttaggcttatgttgatgtttactgttgttgatttttattataatcgataagtaagatacttgtccggccattgcgtttttaaagtccctccgt
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GGCTTCGTGATGTTGGTTTACGGTGTAAAAGACCAAAGACGATTGCTGCATTGACCAACAGACATGAACATGCACGTGTAAATTTGGCGAGGAGGCAGCAGCGTTTCACACATAGTCCAATACATATCCAAGTTTAATGTCAGTTATGCTGATGGACGCATCCGCATTTATCGGACACGCGATGAACGTGTTTCCGAATGTTGTGTTCTAAAGCATAACAGGTGGGGTGGTGGTAGTGTTCACGTAAGGGCTGGTATAACTCAGTTCCACAAAACACAATTTTATTTCAACGAAATGTTAATGCACAGTCGTTTATCTTCCTTTTTAGGCCGTCACTTTCCTCGTGGCGGATCTTTACTTCAACATGATAATACGCCTGCGCATCGTACCAGACGTACCACGAATTTTCTCCAACAAAATAACATCGCTTGCTTGGAATGGCCTTCGCTTTCCTCAGACATGGCTCCTATTGAATATGTTTAGAACGAGCTTGGTCGTCGCGTTCGTTCCCGTGCTCCGCCAGTGCATGAACTTCGCCGTGCCCTCTTACAAGAATGGGCAAATATCCCACAGCATCGAATTGCCGCAGTCGTATTGTCTATGAGGCGTCGATGTCTTGCAGCTAATGGTTCATACAAACGATATTGAATTTTGTTAACTTAGTGTTTTGACCTAGTGACTTTGTAAGTATCGTAAATTACCTCAAATTGTTATGTATTAAAATAAAATTCATACAGATGATGTTTGTAATATTAATTATGCTCCAAATTTCATGAAATTTTAACATCGTCTTCTGTATTAAAATCATCAAAATATGACTGGTGCGTTTTCAAAGGTTTTGAGCGT
Unaligned ( gi|3 ): GTGTTCTCAAGCGAAACATGTGGGTGGTGGTAGCGTCCACGTATGAGCTGGCATCAATTCGCTAGAACACAGCTTGTTGTGTTGATCGGCGATGTAAGTGCTCAATCAGCCAGTGGTCCTCCCATTTTTGCGACATCATTTCCCCCCGTGGACGTTACGTTTTTCAGCATAATAGTGTTCTGCACAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATTGTGGGGTTTATGCGCACAACCACCTCCACATACAGTTCCAGAGTTACGTCATGTTCTTACACAGGAGTGGGCTAACATCCAACAACTCCGTATAGCAACAATTATCTCCTGTGTATGTGGAAATGGGTCATACACACGGTATGAGAAGTACGACCTGGGTAGTTCGACCATTCGTTACTGATAGTGCTGTGCTTCTGTTAATCATAAACGCTCATTATTGGTATTAACAAAGATTATTCAGATGATATTCAACTTTATACCTTGCTATTTTAAATGAAATATGTTGGCTAGAATTGAGCAAATTATGAAATTAATGACCTGTGCGTTTTCAAAGCTTTTTGGTGTA
Unaligned ( gi|9 ): AGATGAGCTTGGATGGCGGGCCGGTGTGCGTGTTCCACCACCCAGGACTGTACCCCAGCTCTGTCAGGCCCTCGTCCAGGAGTGGAACACCTTACTGCTGTAGCGTATTACCAACATTATTGCTCGATGAGACAAAGATGCATCGAGTGCATTCATGTTCAGGGTTCTTACACACATTATTAAAATGTGAATTGTACGTGCTTGGACTGCAACGTTACCTGAACACTGTAAAATCCTCAAATATTTATATTTTTTGATGAAATTTGTACGATTGTTTTGAGACAGACTATTGTGTATGGAATTTCAATAAATTTGAAGAGTGTAATCAGTGTTGATTTTAGTATTATATAACCTGTGCATTTTTTAAGTCTCTGAGGGTTGTAACGGTTTA
Unaligned ( gi|12 ): GGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAAA
Unaligned ( gi|13 ): GGGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAA
Unaligned ( gi|20 ): GTCACTTTCCTCTTGGTCGATGTATATACTAACATGACAATGCTCCCAGTCATCGAGCAAGATTGACTTTTGATTTTTTGCGTTAAAACATCGTAATTTGCATGGATTGGCCAAGACTATCCCCAGTTATGGCTCAAATTGAAC
Unaligned ( gi|25 ): TATATTTTTCGATGAACTGAGTAAGGTTGTTTTAAGATAGACTGTTGTTTGTGTGTAATGAATCTCAGTAAATTTGAAGGATGTTACCATT
Unaligned ( gi|26 ): TTACCTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): ACCCCAAGCTCCGCCAGGCCCTCGTTGAGGAGTGGAACTCTCTACCGCAGCAGCGTTTTGTCAACATAATTGCTTTGAT
Unaligned ( gi|28 ): TGTGTATGAAATTTCAAAACATTTGAAGGATGTCATCAGTGTCAATTTTAGCAATATATAACATGTGCGTTTTTTA
Unaligned ( gi|32 ): ACGAAGATTCTTGATGGATTTTATCATCTAATACAATAATAATTAGGCACGTAG
Unaligned ( gi|33 ): TATGACCAGAGTAGTTCGACCATATGTTACTGATATTGCTGTATTTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111 2222222222222222
lowQualScore : 3 44 1 55555 3 1 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888 3 3 44 1 999999 3 3 0 7777 2 1 44 1 1 3 1 444 9999999999 44 1 2222222222222222 3 77 44 33 2 3 3
lowQualScore : . .. . ..... . . . ................................................................................................................................ .... . . .. . ...... . . . .... . . .. . . . . ... .......... .. . ................ . .. .. .. . . .
lowQualScore : 6 66 2 77777 6 3 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9999 3 3 66 0 666666 3 3 2 1111 2 0 66 0 0 3 0 777 0000000000 66 0 9999999999999999 3 00 66 88 2 6 6
consensus : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGG-TA-AGACGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTA-TTAAAATTGATAAAT--A---C-----GA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
Reference ( family-2070 ) : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGG-TA-AGACGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTA-TTAAAATTGATAAAT--A---C-----GA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
gi|1 : CTCCAA--TTCAGCATGTCTTGGATGAATTAGG----AAACGCATA-AACGTTCGACAGCCATCACGAAGAAATGTTAATGAGCTTTTCCATGCCTTTTCTCAGTAGTTGAATAACATTCCCTAGCAATGCA
gi|1 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtTCTTAACAAATTA---TTA-A-TAA--TTTCAAA------AAAAAGT-TCACA----CAATTTGTTTGGCTAA--TGTGAATGATTATTGCTGTCAAATTTTA-TTAAAGTTGATTAAC--A---A-----TA--A-------------------------------AA--GTTCGAC-TTTTGCG-TTT-TAA-AGTCCCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcttaacaaattattaataatttcaaaaaaaagttcacacaatttgtttggctaatgtgaatgattattgctgtcaaattttattaaagttgattaacaataaaagttcgacttttgcgttttaaagtccctcagt
gi|10 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtctccaattcagcatgtcttggatgaattaggaaacgcataaacgttcgacagccatcacgaagaaatgttaatgagcttttccatgccttttctcagtagttgaataacattccctagcaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGTCAGGAGTGGGTTAACATTTCTCAACACTGTA
gi|10 : aaTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTCCCAA------TAAAA-T-CCACA----CACTTTGTTTAGCTTA--TGTGTATGTTTATTGTTGCCAGTTTTAA-TTAAAATTCATAAAT--A---C------A--AACTTGT------------ATATTTTTAAC-GAA--ATCTGAT-GTTTGCGTT---------TCCTTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagggaattgataatatttcccaataaaatccacacactttgtttagcttatgtgtatgtttattgttgccagttttaattaaaattcataaatacaaacttgtatatttttaacgaaatctgatgtttgcgtttccttcagtg
gi|11 : aagtcaggagtgggttaacatttctcaacactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTCAGAAAATTGTAAATACA-TGTAATTTATAA------TCAAA-T-TCATA----CAATTTGTTAGACTTA--TATGAATGTGTATTGTTGGCAAATTGTG-TTAAAACTAATAACTAAA---C-----GAGGAGCTGATAAACAAGAAGAGTTA-TTTT-AC--AACTGTGCCACTTTTTGCGTTTT-TAA-AGTCACTCAGTg
gi|14 : ttggtcattatcaccgctactaattgggttgttgctgtttgaaacgtcaatCTTGGA-CAGGAGTGGGCTAATATCCCACAACACCTTATg
gi|15 : actgctccagagttgggttgatctCACTGAGAAACTTTAAAAA-TGCAAA-TTCCAA--ATGGGCATGTCTGGGACGAGTTGGG-TA--GATGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCATCGAGAAACGTTAATGAGCTTCCCC-CGCCTT-GGTCAGGAGTGGAACAACAATTCTCAACACTGTAagcaacactcattctccctatggggcacagaagaacattttatgcttacaagtggctcatacacatgtaatatgaagtgtgacataaggagttggactatatgttactggtagtgctgtacatttattagttctaa
gi|16 : ttTA-A-TAT--TTTCAAA------TCAAA-T-TCATT----TACTGCGTTAGGCTTA--TGTTGGTGTTTATTATTGCCAAATGCTA-TTTAAAGTGTTAAAC--AGATCATCAAGA--AACTTCT------------TTA-TTAT-AC-AAA--GTCGTAC-ATTTGCGATTT-TAA-AG-CCTTCAattgcaaggtttgtgctttcaacgatg
gi|17 : atctTCTTAAGAAATTG---TTA-A-TAT--TTTCAAA------TCAAA-T-TCA-AGTTTCATTTTGTTAAG--TAACTGTGAATGTTTACATTTGCTAATGTTTA---AGACTTGGTAATT--A---A-----GA--AATTTGT------------TTA-TTTT-AC-AAC--GTCCTAC-GTTTGCGTTTTATAAGAATCTCttgt
gi|18 : ACACTGAGAGACTTTAAAAAATGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCGTGGATGAGAAGAG--G-AGACGCATT-AACGCTCGTCAGCCGCCACCGAGAAACATTAATGAGTTGTCCCGCACCTTAGGTCAGTATTGAA--AACATTTCTCAACACTGa
gi|19 : TCTCAGTGAATTG----T----TAT--TTTCC--------TA------------------TTTGTTTGTCAAA--TGTGACTATATATTGTTGCCAAA--TTA-TTAAAAC--AAAAA--------------A--AGCACGT------------TCA-TTTT-ACAAAA--GTCCAAT-TTATGCATTTT-TAA-AG
gi|21 : attgtgttgctgtttgaaacattaatATTA---ATG-AGTTT--TTCCCAAGCAATGTAAAA-T-TTACA----CAATTTGTTAGGCTTA--TGTGGATGTGTATTGTTGCCAAATGTTA-TTTAAATTTATAAAC--A---A-----GA--AACCTAT------------TTA-TTTT-AC-AAA--GACCGAC-TTT
gi|22 : acGGATGAGTTGGC-TA--GATGCATT-AATGCTCGTAGGCCACCACCAAGAAATATTAATGAGCTTTCTCATACCTTTGGTCAGGAGTGGAAGAACATTTCTCAACACTaaattcc
gi|23 : TACAACGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTTCAT--TCGAGCATGTCTGGGATGAGTT-GT-TA-AGACTTATT-AACCAACCTCAGCTATCACCGAGAGA
gi|24 : gACAGAGATACTCTGTAAA-CGCAACAC--CAAACTTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGAG--A-AGATGCATT-GTCGCTTGTCAGCCACCACCGAAAAAt
gi|29 : GTCACCACCAAAAAACGTTACTGGACTCTCCGGCGCCTTGGTTTAGGATAAAAACAGCAATTCCCAAC
gi|30 : ACACTGAGGGACTTTAAAAC-CGCAAAACTCCAA--TTGAAAATGTCTTATATGGGTTGGGCT---GACGTATgt
gi|31 : ACACTGAGAGACTTTAAAAA-TGCAAATTTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTc
gi|4 : TACACTGAGAGATTTTAAAAA-CATAATACTCCAA--TTGGGCATGTCTGGGATGAGTTGGG-TATAGACACATT-AATGCTGGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTGATGAGCTATCACACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAAATG---ATA-A-TAT--TTCCCAA------TAAAA-T-TCACA----CACTTTGTGTGGCTTA--TATGTATGTTTATTGTTGCCAATTTTTA-TTTAATTTCATAAAT--T---C-----AA--AACTTGT------------GTATTTTT-AC-GAA--ATCTGAC-TTTAGCGTTTT-TGA-AGTCCCTCAGTg
gi|5 : ACACTGAGACACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCAATGATGAGTTAGA-TA--GACACATT-AACGCTCGTCGGCTACCACCGAGAAACGTAAATGGGTTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACGCTGCA
gi|5 : CTCATGGGATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAG-T-TCATA----CACTTTGTGTGGCTTA--TATGTATGTTTATTGTGGCCATTTTTTA-TTAACTTTGATAAAT--A---C-----TA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--ATCTGAC-TTTTGA---TT-TAG-A--CTCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaatactcatgggattgataatattttccaataaagttcatacactttgtgtggcttatatgtatgtttattgtggccattttttattaactttgataaatactaaacttgtttatttttacgaaatctgacttttgatttagactctcagtg
gi|6 : acactgagacactttaaaaacgcaaaactccaattgagcatgtcaatgatgagttagatagacacattaacgctcgtcggctaccaccgagaaacgtaaatgggttttcccacgccttgggtcaggagtggaacaacatttctcaacgctgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaataTACACTGAGCGACTTTGAAAA-CGCAAAACTCCAA--CTGAACATGTCTTGGATGAGTTGGG-T--AGACGCATTAAATGCTCGTCGGCTACCACCGAGAAATGTTCATGAGCTTTAGCCCGCCTTGGGTCAGGAGTAAAACAACATTTCTCAATGCTGTATTg
gi|6 : TCTCAGGCAATTG---AAA-A-TAG--TTTCTAA------TAAAA-T-TAACC----CAATTTGTCAGGCTTA--TATGTTTATTTATTGTTGCTAAATTTCATTTAAGATTGATAAAC--A---C-----AA--AACTTGT------------TTATTATA-AC-GAA--ATCTG-------GCGGTTT-TAA-AGTCCCTCAtcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaattctcaggcaattgaaaatagtttctaataaaattaacccaatttgtcaggcttatatgtttatttattgttgctaaatttcatttaagattgataaacacaaaacttgtttattataacgaaatctggcggttttaaagtccctcattg
gi|7 : tacactgagcgactttgaaaacgcaaaactccaactgaacatgtcttggatgagttgggtagacgcattaaatgctcgtcggctaccaccgagaaatgttcatgagctttagcccgccttgggtcaggagtaaaacaacatttctcaatgctgtatttcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaatAGAGACTTTAAAAA-TGCACAACTCCAG--TTAGGCATGTTTTGAATGAGTTGTG-TA--GATGCATT-TACACTCATCAGCCAC---CGAGAAATGTTAAAAAGCTTTCCCACCCCTTGGGTCAGGAGTTGAACAGTATTTCTCAATACTGTAttg
gi|7 : catTTTCAGGGATTTG---ATA-A-TAT--TTTCAAA-------AAAA-CATCACA----CACTTTGAGTAGCTTA--TCTCTATATTTGTTGTTGCCAATTTTGA-TTAAAGTTAATAATT--A---C-----AA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--ATCTGAT-TTTTGTCTTTT-TAA-AGTCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagggatttgataatattttcaaaaaaacatcacacactttgagtagcttatctctatatttgttgttgccaattttgattaaagttaataattacaaaacttgtttatttttacgaaatctgatttttgtctttttaaagtccc
gi|8 : catagagactttaaaaatgcacaactccagttaggcatgttttgaatgagttgtgtagatgcatttacactcatcagccaccgagaaatgttaaaaagctttcccaccccttgggtcaggagttgaacagtatttctcaatactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTGAGGGACGTTAAAAA-CACAAAACTCTTA--TTAAGAATGTCTGAGATGGGTTGGG--A-AGACGCATT-ATCGTTCGTCAGTCTGCACTGTGACACGTTACTGAGCTTCCCCACGCATTTGTTCAGGAGAAGAACAACATTTCCCATCAATGTA
gi|8 : TCTCAGAGAGTTG---TTA-C-TAT--TTTCCAA------TAAAA-C-TCACA----CAAAGGGTTAGGCTTA--TGTTGATGTTTACTGTTGTTGATTTTTA-TTATAATCGATAAGT--A---A-----GA--TACTT-------------------------------GTCCGGC-CATTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCCGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagagagttgttactattttccaataaaactcacacaaagggttaggcttatgttgatgtttactgttgttgatttttattataatcgataagtaagatacttgtccggccattgcgtttttaaagtccctccgt
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GGCTTCGTGATGTTGGTTTACGGTGTAAAAGACCAAAGACGATTGCTGCATTGACCAACAGACATGAACATGCACGTGTAAATTTGGCGAGGAGGCAGCAGCGTTTCACACATAGTCCAATACATATCCAAGTTTAATGTCAGTTATGCTGATGGACGCATCCGCATTTATCGGACACGCGATGAACGTGTTTCCGAATGTTGTGTTCTAAAGCATAACAGGTGGGGTGGTGGTAGTGTTCACGTAAGGGCTGGTATAACTCAGTTCCACAAAACACAATTTTATTTCAACGAAATGTTAATGCACAGTCGTTTATCTTCCTTTTTAGGCCGTCACTTTCCTCGTGGCGGATCTTTACTTCAACATGATAATACGCCTGCGCATCGTACCAGACGTACCACGAATTTTCTCCAACAAAATAACATCGCTTGCTTGGAATGGCCTTCGCTTTCCTCAGACATGGCTCCTATTGAATATGTTTAGAACGAGCTTGGTCGTCGCGTTCGTTCCCGTGCTCCGCCAGTGCATGAACTTCGCCGTGCCCTCTTACAAGAATGGGCAAATATCCCACAGCATCGAATTGCCGCAGTCGTATTGTCTATGAGGCGTCGATGTCTTGCAGCTAATGGTTCATACAAACGATATTGAATTTTGTTAACTTAGTGTTTTGACCTAGTGACTTTGTAAGTATCGTAAATTACCTCAAATTGTTATGTATTAAAATAAAATTCATACAGATGATGTTTGTAATATTAATTATGCTCCAAATTTCATGAAATTTTAACATCGTCTTCTGTATTAAAATCATCAAAATATGACTGGTGCGTTTTCAAAGGTTTTGAGCGT
Unaligned ( gi|3 ): GTGTTCTCAAGCGAAACATGTGGGTGGTGGTAGCGTCCACGTATGAGCTGGCATCAATTCGCTAGAACACAGCTTGTTGTGTTGATCGGCGATGTAAGTGCTCAATCAGCCAGTGGTCCTCCCATTTTTGCGACATCATTTCCCCCCGTGGACGTTACGTTTTTCAGCATAATAGTGTTCTGCACAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATTGTGGGGTTTATGCGCACAACCACCTCCACATACAGTTCCAGAGTTACGTCATGTTCTTACACAGGAGTGGGCTAACATCCAACAACTCCGTATAGCAACAATTATCTCCTGTGTATGTGGAAATGGGTCATACACACGGTATGAGAAGTACGACCTGGGTAGTTCGACCATTCGTTACTGATAGTGCTGTGCTTCTGTTAATCATAAACGCTCATTATTGGTATTAACAAAGATTATTCAGATGATATTCAACTTTATACCTTGCTATTTTAAATGAAATATGTTGGCTAGAATTGAGCAAATTATGAAATTAATGACCTGTGCGTTTTCAAAGCTTTTTGGTGTA
Unaligned ( gi|9 ): AGATGAGCTTGGATGGCGGGCCGGTGTGCGTGTTCCACCACCCAGGACTGTACCCCAGCTCTGTCAGGCCCTCGTCCAGGAGTGGAACACCTTACTGCTGTAGCGTATTACCAACATTATTGCTCGATGAGACAAAGATGCATCGAGTGCATTCATGTTCAGGGTTCTTACACACATTATTAAAATGTGAATTGTACGTGCTTGGACTGCAACGTTACCTGAACACTGTAAAATCCTCAAATATTTATATTTTTTGATGAAATTTGTACGATTGTTTTGAGACAGACTATTGTGTATGGAATTTCAATAAATTTGAAGAGTGTAATCAGTGTTGATTTTAGTATTATATAACCTGTGCATTTTTTAAGTCTCTGAGGGTTGTAACGGTTTA
Unaligned ( gi|12 ): GGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAAA
Unaligned ( gi|13 ): GGGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAA
Unaligned ( gi|20 ): GTCACTTTCCTCTTGGTCGATGTATATACTAACATGACAATGCTCCCAGTCATCGAGCAAGATTGACTTTTGATTTTTTGCGTTAAAACATCGTAATTTGCATGGATTGGCCAAGACTATCCCCAGTTATGGCTCAAATTGAAC
Unaligned ( gi|25 ): TATATTTTTCGATGAACTGAGTAAGGTTGTTTTAAGATAGACTGTTGTTTGTGTGTAATGAATCTCAGTAAATTTGAAGGATGTTACCATT
Unaligned ( gi|26 ): TTACCTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): ACCCCAAGCTCCGCCAGGCCCTCGTTGAGGAGTGGAACTCTCTACCGCAGCAGCGTTTTGTCAACATAATTGCTTTGAT
Unaligned ( gi|28 ): TGTGTATGAAATTTCAAAACATTTGAAGGATGTCATCAGTGTCAATTTTAGCAATATATAACATGTGCGTTTTTTA
Unaligned ( gi|32 ): ACGAAGATTCTTGATGGATTTTATCATCTAATACAATAATAATTAGGCACGTAG
Unaligned ( gi|33 ): TATGACCAGAGTAGTTCGACCATATGTTACTGATATTGCTGTATTTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111 2222222222222222
lowQualScore : 3 44 1 55555 3 1 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888 3 3 44 1 999999 3 3 0 7777 2 1 44 1 1 3 1 444 9999999999 44 1 2222222222222222 3 77 44 33 2 3 3
lowQualScore : . .. . ..... . . . ................................................................................................................................ .... . . .. . ...... . . . .... . . .. . . . . ... .......... .. . ................ . .. .. .. . . .
lowQualScore : 6 66 2 77777 6 3 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9999 3 3 66 0 666666 3 3 2 1111 2 0 66 0 0 3 0 777 0000000000 66 0 9999999999999999 3 00 66 88 2 6 6
consensus : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGG-TA-AGACGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTA-TTAAAATTGATAAAT--A---C-----GA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
Reference ( family-2070 ) : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGG-TA-AGACGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTA-TTAAAATTGATAAAT--A---C-----GA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
gi|1 : CTCCAA--TTCAGCATGTCTTGGATGAATTAGG----AAACGCATA-AACGTTCGACAGCCATCACGAAGAAATGTTAATGAGCTTTTCCATGCCTTTTCTCAGTAGTTGAATAACATTCCCTAGCAATGCA
gi|1 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtTCTTAACAAATTA---TTA-A-TAA--TTTCAAA------AAAAAGT-TCACA----CAATTTGTTTGGCTAA--TGTGAATGATTATTGCTGTCAAATTTTA-TTAAAGTTGATTAAC--A---A-----TA--A-------------------------------AA--GTTCGAC-TTTTGCG-TTT-TAA-AGTCCCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcttaacaaattattaataatttcaaaaaaaagttcacacaatttgtttggctaatgtgaatgattattgctgtcaaattttattaaagttgattaacaataaaagttcgacttttgcgttttaaagtccctcagt
gi|10 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtctccaattcagcatgtcttggatgaattaggaaacgcataaacgttcgacagccatcacgaagaaatgttaatgagcttttccatgccttttctcagtagttgaataacattccctagcaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGTCAGGAGTGGGTTAACATTTCTCAACACTGTA
gi|10 : aaTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTCCCAA------TAAAA-T-CCACA----CACTTTGTTTAGCTTA--TGTGTATGTTTATTGTTGCCAGTTTTAA-TTAAAATTCATAAAT--A---C------A--AACTTGT------------ATATTTTTAAC-GAA--ATCTGAT-GTTTGCGTT---------TCCTTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagggaattgataatatttcccaataaaatccacacactttgtttagcttatgtgtatgtttattgttgccagttttaattaaaattcataaatacaaacttgtatatttttaacgaaatctgatgtttgcgtttccttcagtg
gi|11 : aagtcaggagtgggttaacatttctcaacactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTCAGAAAATTGTAAATACA-TGTAATTTATAA------TCAAA-T-TCATA----CAATTTGTTAGACTTA--TATGAATGTGTATTGTTGGCAAATTGTG-TTAAAACTAATAACTAAA---C-----GAGGAGCTGATAAACAAGAAGAGTTA-TTTT-AC--AACTGTGCCACTTTTTGCGTTTT-TAA-AGTCACTCAGTg
gi|14 : ttggtcattatcaccgctactaattgggttgttgctgtttgaaacgtcaatCTTGGA-CAGGAGTGGGCTAATATCCCACAACACCTTATg
gi|15 : actgctccagagttgggttgatctCACTGAGAAACTTTAAAAA-TGCAAA-TTCCAA--ATGGGCATGTCTGGGACGAGTTGGG-TA--GATGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCATCGAGAAACGTTAATGAGCTTCCCC-CGCCTT-GGTCAGGAGTGGAACAACAATTCTCAACACTGTAagcaacactcattctccctatggggcacagaagaacattttatgcttacaagtggctcatacacatgtaatatgaagtgtgacataaggagttggactatatgttactggtagtgctgtacatttattagttctaa
gi|16 : ttTA-A-TAT--TTTCAAA------TCAAA-T-TCATT----TACTGCGTTAGGCTTA--TGTTGGTGTTTATTATTGCCAAATGCTA-TTTAAAGTGTTAAAC--AGATCATCAAGA--AACTTCT------------TTA-TTAT-AC-AAA--GTCGTAC-ATTTGCGATTT-TAA-AG-CCTTCAattgcaaggtttgtgctttcaacgatg
gi|17 : atctTCTTAAGAAATTG---TTA-A-TAT--TTTCAAA------TCAAA-T-TCA-AGTTTCATTTTGTTAAG--TAACTGTGAATGTTTACATTTGCTAATGTTTA---AGACTTGGTAATT--A---A-----GA--AATTTGT------------TTA-TTTT-AC-AAC--GTCCTAC-GTTTGCGTTTTATAAGAATCTCttgt
gi|18 : ACACTGAGAGACTTTAAAAAATGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCGTGGATGAGAAGAG--G-AGACGCATT-AACGCTCGTCAGCCGCCACCGAGAAACATTAATGAGTTGTCCCGCACCTTAGGTCAGTATTGAA--AACATTTCTCAACACTGa
gi|19 : TCTCAGTGAATTG----T----TAT--TTTCC--------TA------------------TTTGTTTGTCAAA--TGTGACTATATATTGTTGCCAAA--TTA-TTAAAAC--AAAAA--------------A--AGCACGT------------TCA-TTTT-ACAAAA--GTCCAAT-TTATGCATTTT-TAA-AG
gi|21 : attgtgttgctgtttgaaacattaatATTA---ATG-AGTTT--TTCCCAAGCAATGTAAAA-T-TTACA----CAATTTGTTAGGCTTA--TGTGGATGTGTATTGTTGCCAAATGTTA-TTTAAATTTATAAAC--A---A-----GA--AACCTAT------------TTA-TTTT-AC-AAA--GACCGAC-TTT
gi|22 : acGGATGAGTTGGC-TA--GATGCATT-AATGCTCGTAGGCCACCACCAAGAAATATTAATGAGCTTTCTCATACCTTTGGTCAGGAGTGGAAGAACATTTCTCAACACTaaattcc
gi|23 : TACAACGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTTCAT--TCGAGCATGTCTGGGATGAGTT-GT-TA-AGACTTATT-AACCAACCTCAGCTATCACCGAGAGA
gi|24 : gACAGAGATACTCTGTAAA-CGCAACAC--CAAACTTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGAG--A-AGATGCATT-GTCGCTTGTCAGCCACCACCGAAAAAt
gi|29 : GTCACCACCAAAAAACGTTACTGGACTCTCCGGCGCCTTGGTTTAGGATAAAAACAGCAATTCCCAAC
gi|30 : ACACTGAGGGACTTTAAAAC-CGCAAAACTCCAA--TTGAAAATGTCTTATATGGGTTGGGCT---GACGTATgt
gi|31 : ACACTGAGAGACTTTAAAAA-TGCAAATTTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTc
gi|4 : TACACTGAGAGATTTTAAAAA-CATAATACTCCAA--TTGGGCATGTCTGGGATGAGTTGGG-TATAGACACATT-AATGCTGGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTGATGAGCTATCACACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAAATG---ATA-A-TAT--TTCCCAA------TAAAA-T-TCACA----CACTTTGTGTGGCTTA--TATGTATGTTTATTGTTGCCAATTTTTA-TTTAATTTCATAAAT--T---C-----AA--AACTTGT------------GTATTTTT-AC-GAA--ATCTGAC-TTTAGCGTTTT-TGA-AGTCCCTCAGTg
gi|5 : ACACTGAGACACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCAATGATGAGTTAGA-TA--GACACATT-AACGCTCGTCGGCTACCACCGAGAAACGTAAATGGGTTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACGCTGCA
gi|5 : CTCATGGGATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAG-T-TCATA----CACTTTGTGTGGCTTA--TATGTATGTTTATTGTGGCCATTTTTTA-TTAACTTTGATAAAT--A---C-----TA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--ATCTGAC-TTTTGA---TT-TAG-A--CTCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaatactcatgggattgataatattttccaataaagttcatacactttgtgtggcttatatgtatgtttattgtggccattttttattaactttgataaatactaaacttgtttatttttacgaaatctgacttttgatttagactctcagtg
gi|6 : acactgagacactttaaaaacgcaaaactccaattgagcatgtcaatgatgagttagatagacacattaacgctcgtcggctaccaccgagaaacgtaaatgggttttcccacgccttgggtcaggagtggaacaacatttctcaacgctgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaataTACACTGAGCGACTTTGAAAA-CGCAAAACTCCAA--CTGAACATGTCTTGGATGAGTTGGG-T--AGACGCATTAAATGCTCGTCGGCTACCACCGAGAAATGTTCATGAGCTTTAGCCCGCCTTGGGTCAGGAGTAAAACAACATTTCTCAATGCTGTATTg
gi|6 : TCTCAGGCAATTG---AAA-A-TAG--TTTCTAA------TAAAA-T-TAACC----CAATTTGTCAGGCTTA--TATGTTTATTTATTGTTGCTAAATTTCATTTAAGATTGATAAAC--A---C-----AA--AACTTGT------------TTATTATA-AC-GAA--ATCTG-------GCGGTTT-TAA-AGTCCCTCAtcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaattctcaggcaattgaaaatagtttctaataaaattaacccaatttgtcaggcttatatgtttatttattgttgctaaatttcatttaagattgataaacacaaaacttgtttattataacgaaatctggcggttttaaagtccctcattg
gi|7 : tacactgagcgactttgaaaacgcaaaactccaactgaacatgtcttggatgagttgggtagacgcattaaatgctcgtcggctaccaccgagaaatgttcatgagctttagcccgccttgggtcaggagtaaaacaacatttctcaatgctgtatttcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaatAGAGACTTTAAAAA-TGCACAACTCCAG--TTAGGCATGTTTTGAATGAGTTGTG-TA--GATGCATT-TACACTCATCAGCCAC---CGAGAAATGTTAAAAAGCTTTCCCACCCCTTGGGTCAGGAGTTGAACAGTATTTCTCAATACTGTAttg
gi|7 : catTTTCAGGGATTTG---ATA-A-TAT--TTTCAAA-------AAAA-CATCACA----CACTTTGAGTAGCTTA--TCTCTATATTTGTTGTTGCCAATTTTGA-TTAAAGTTAATAATT--A---C-----AA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--ATCTGAT-TTTTGTCTTTT-TAA-AGTCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagggatttgataatattttcaaaaaaacatcacacactttgagtagcttatctctatatttgttgttgccaattttgattaaagttaataattacaaaacttgtttatttttacgaaatctgatttttgtctttttaaagtccc
gi|8 : catagagactttaaaaatgcacaactccagttaggcatgttttgaatgagttgtgtagatgcatttacactcatcagccaccgagaaatgttaaaaagctttcccaccccttgggtcaggagttgaacagtatttctcaatactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTGAGGGACGTTAAAAA-CACAAAACTCTTA--TTAAGAATGTCTGAGATGGGTTGGG--A-AGACGCATT-ATCGTTCGTCAGTCTGCACTGTGACACGTTACTGAGCTTCCCCACGCATTTGTTCAGGAGAAGAACAACATTTCCCATCAATGTA
gi|8 : TCTCAGAGAGTTG---TTA-C-TAT--TTTCCAA------TAAAA-C-TCACA----CAAAGGGTTAGGCTTA--TGTTGATGTTTACTGTTGTTGATTTTTA-TTATAATCGATAAGT--A---A-----GA--TACTT-------------------------------GTCCGGC-CATTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCCGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagagagttgttactattttccaataaaactcacacaaagggttaggcttatgttgatgtttactgttgttgatttttattataatcgataagtaagatacttgtccggccattgcgtttttaaagtccctccgt
blockSeqs : A AC G TATA A G G TAAA C G AA C GCAATG . A GTTT C T AC T T T C TAA GATCATCAAG GG G AAACAAGAAGAGTTA A AA CT TT T A G
blockSeqs : . . T TAA . A A A . . . T . . . . A A . A A . A T CG . A ATAT . G . G T . .
blockSeqs : . . G TA . G T T . . . A . . . . C A . G A . G C AG . C GTAT . A . A A . .
blockSeqs : . . T GA . A G A . . . A . . . . T A . A T . G T AG . G TTAT . A . G T . .
blockSeqs : . . T TA . A G A . . . C . . . . A T . A A . T C CA . G TTAT . A . T T . .
blockSeqs : . . T AA . C G A . . . C . . . . C A . G A . C T CT . A TTAT . G . T T . .
blockSeqs : . . G CT . A G A . . . C . . . . C T . T T . G T CA . G TTA . G . T G . .
blockSeqs : . . A TA . A G A . . . C . . . . A T . T T . G C CA . G TTA . G . T T . .
blockSeqs : . . T TA . . T T . . . T . . . . C A . T A . A T AG . G TCA . G . T T . .
blockSeqs : . . T TA . . . . . . A . . . . A T . T T . G T C . G TTA . . . C . . .
blockSeqs : . G AA . . . C . . . . . A . G T . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TA*** TTAT************ G*
originalCons : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGG-TA-AGACGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTA-TTAAAATTGATAAAT--A---C-----GA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
finalCons : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGGTA---GACGCATT-AACGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTA-TTAAAATTGATAAAT--A---C-----GA--AACTTGTTTAT------------TTTT-ACG-AA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GGCTTCGTGATGTTGGTTTACGGTGTAAAAGACCAAAGACGATTGCTGCATTGACCAACAGACATGAACATGCACGTGTAAATTTGGCGAGGAGGCAGCAGCGTTTCACACATAGTCCAATACATATCCAAGTTTAATGTCAGTTATGCTGATGGACGCATCCGCATTTATCGGACACGCGATGAACGTGTTTCCGAATGTTGTGTTCTAAAGCATAACAGGTGGGGTGGTGGTAGTGTTCACGTAAGGGCTGGTATAACTCAGTTCCACAAAACACAATTTTATTTCAACGAAATGTTAATGCACAGTCGTTTATCTTCCTTTTTAGGCCGTCACTTTCCTCGTGGCGGATCTTTACTTCAACATGATAATACGCCTGCGCATCGTACCAGACGTACCACGAATTTTCTCCAACAAAATAACATCGCTTGCTTGGAATGGCCTTCGCTTTCCTCAGACATGGCTCCTATTGAATATGTTTAGAACGAGCTTGGTCGTCGCGTTCGTTCCCGTGCTCCGCCAGTGCATGAACTTCGCCGTGCCCTCTTACAAGAATGGGCAAATATCCCACAGCATCGAATTGCCGCAGTCGTATTGTCTATGAGGCGTCGATGTCTTGCAGCTAATGGTTCATACAAACGATATTGAATTTTGTTAACTTAGTGTTTTGACCTAGTGACTTTGTAAGTATCGTAAATTACCTCAAATTGTTATGTATTAAAATAAAATTCATACAGATGATGTTTGTAATATTAATTATGCTCCAAATTTCATGAAATTTTAACATCGTCTTCTGTATTAAAATCATCAAAATATGACTGGTGCGTTTTCAAAGGTTTTGAGCGT
Unaligned ( gi|3 ): GTGTTCTCAAGCGAAACATGTGGGTGGTGGTAGCGTCCACGTATGAGCTGGCATCAATTCGCTAGAACACAGCTTGTTGTGTTGATCGGCGATGTAAGTGCTCAATCAGCCAGTGGTCCTCCCATTTTTGCGACATCATTTCCCCCCGTGGACGTTACGTTTTTCAGCATAATAGTGTTCTGCACAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATTGTGGGGTTTATGCGCACAACCACCTCCACATACAGTTCCAGAGTTACGTCATGTTCTTACACAGGAGTGGGCTAACATCCAACAACTCCGTATAGCAACAATTATCTCCTGTGTATGTGGAAATGGGTCATACACACGGTATGAGAAGTACGACCTGGGTAGTTCGACCATTCGTTACTGATAGTGCTGTGCTTCTGTTAATCATAAACGCTCATTATTGGTATTAACAAAGATTATTCAGATGATATTCAACTTTATACCTTGCTATTTTAAATGAAATATGTTGGCTAGAATTGAGCAAATTATGAAATTAATGACCTGTGCGTTTTCAAAGCTTTTTGGTGTA
Unaligned ( gi|9 ): AGATGAGCTTGGATGGCGGGCCGGTGTGCGTGTTCCACCACCCAGGACTGTACCCCAGCTCTGTCAGGCCCTCGTCCAGGAGTGGAACACCTTACTGCTGTAGCGTATTACCAACATTATTGCTCGATGAGACAAAGATGCATCGAGTGCATTCATGTTCAGGGTTCTTACACACATTATTAAAATGTGAATTGTACGTGCTTGGACTGCAACGTTACCTGAACACTGTAAAATCCTCAAATATTTATATTTTTTGATGAAATTTGTACGATTGTTTTGAGACAGACTATTGTGTATGGAATTTCAATAAATTTGAAGAGTGTAATCAGTGTTGATTTTAGTATTATATAACCTGTGCATTTTTTAAGTCTCTGAGGGTTGTAACGGTTTA
Unaligned ( gi|12 ): GGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAAA
Unaligned ( gi|13 ): GGGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAA
Unaligned ( gi|20 ): GTCACTTTCCTCTTGGTCGATGTATATACTAACATGACAATGCTCCCAGTCATCGAGCAAGATTGACTTTTGATTTTTTGCGTTAAAACATCGTAATTTGCATGGATTGGCCAAGACTATCCCCAGTTATGGCTCAAATTGAAC
Unaligned ( gi|25 ): TATATTTTTCGATGAACTGAGTAAGGTTGTTTTAAGATAGACTGTTGTTTGTGTGTAATGAATCTCAGTAAATTTGAAGGATGTTACCATT
Unaligned ( gi|26 ): TTACCTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): ACCCCAAGCTCCGCCAGGCCCTCGTTGAGGAGTGGAACTCTCTACCGCAGCAGCGTTTTGTCAACATAATTGCTTTGAT
Unaligned ( gi|28 ): TGTGTATGAAATTTCAAAACATTTGAAGGATGTCATCAGTGTCAATTTTAGCAATATATAACATGTGCGTTTTTTA
Unaligned ( gi|32 ): ACGAAGATTCTTGATGGATTTTATCATCTAATACAATAATAATTAGGCACGTAG
Unaligned ( gi|33 ): TATGACCAGAGTAGTTCGACCATATGTTACTGATATTGCTGTATTTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111 2222222222222222
lowQualScore : 3 44 1 4 44 3 1 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888 3 3 44 1 999999 3 3 0 7777 2 1 44 1 1 3 1 444 9999999999 44 1 2222222222222222 3 77 44 33 2 3 3
lowQualScore : . .. . . .. . . . ................................................................................................................................ .... . . .. . ...... . . . .... . . .. . . . . ... .......... .. . ................ . .. .. .. . . .
lowQualScore : 6 66 2 8 66 6 3 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9999 3 3 66 0 666666 3 3 2 1111 2 0 66 0 0 3 0 777 0000000000 66 0 9999999999999999 3 00 66 88 2 6 6
consensus : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGGTA--GACGCATTAA-CGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTA-TTAAAATTGATAAAT--A---C-----GA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
Reference ( family-2070 ) : TACACTGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGGGTA--GACGCATTAA-CGCTCGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTAATGAGCTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAA-T-TCACA----CANTTTGTTNGGCTTA--TGTGNATGTTTATTGTTGCCAANTTTTA-TTAAAATTGATAAAT--A---C-----GA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--GTCCGAC-TTTTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCAGT
gi|1 : CTCCAA--TTCAGCATGTCTTGGATGAATTAGG-A--AACGCATAAA-CGTTCGACAGCCATCACGAAGAAATGTTAATGAGCTTTTCCATGCCTTTTCTCAGTAGTTGAATAACATTCCCTAGCAATGCA
gi|1 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtTCTTAACAAATTA---TTA-A-TAA--TTTCAAA------AAAAAGT-TCACA----CAATTTGTTTGGCTAA--TGTGAATGATTATTGCTGTCAAATTTTA-TTAAAGTTGATTAAC--A---A-----TA--A-------------------------------AA--GTTCGAC-TTTTGCG-TTT-TAA-AGTCCCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcttaacaaattattaataatttcaaaaaaaagttcacacaatttgtttggctaatgtgaatgattattgctgtcaaattttattaaagttgattaacaataaaagttcgacttttgcgttttaaagtccctcagt
gi|10 : acttcgtgacgttggactacaatgccacagaccaaaaaagggtctattcgacagacagacacaatgctacgagactcacttgggcaagagcacattttcggtggaaccgtagacaatgggaatcagttttgttctccaacgagtcaaaagtcaatgttcagaatcctgataggtgcgtgcgtgtatcgtgaaacaggtgaacgataactagacaaatgtgtgaataaatgtaaccgtggacgtggggagagtgtgcacgtgtgggcaggtatacctcaacttcacaaaacagagcttgttaagacttaatggctatttgactgctaggtcttacagtgacaacgttttatgtcccgtcccactcccgtttttatatgggaggtaatcttgccttttaacatgataatgcttcggcacatggtgctcgcctcaccacaggttttcttcaagccaatatttggtcgtcgttgtccccagacatgtctccaattcagcatgtcttggatgaattaggaaacgcataaacgttcgacagccatcacgaagaaatgttaatgagcttttccatgccttttctcagtagttgaataacattccctagcaatgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGTCAGGAGTGGGTTAACATTTCTCAACACTGTA
gi|10 : aaTCTCAGGGAATTG---ATA-A-TAT--TTCCCAA------TAAAA-T-CCACA----CACTTTGTTTAGCTTA--TGTGTATGTTTATTGTTGCCAGTTTTAA-TTAAAATTCATAAAT--A---C------A--AACTTGT------------ATATTTTTAAC-GAA--ATCTGAT-GTTTGCGTT---------TCCTTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagggaattgataatatttcccaataaaatccacacactttgtttagcttatgtgtatgtttattgttgccagttttaattaaaattcataaatacaaacttgtatatttttaacgaaatctgatgtttgcgtttccttcagtg
gi|11 : aagtcaggagtgggttaacatttctcaacactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCTCAGAAAATTGTAAATACA-TGTAATTTATAA------TCAAA-T-TCATA----CAATTTGTTAGACTTA--TATGAATGTGTATTGTTGGCAAATTGTG-TTAAAACTAATAACTAAA---C-----GAGGAGCTGATAAACAAGAAGAGTTA-TTTT-AC--AACTGTGCCACTTTTTGCGTTTT-TAA-AGTCACTCAGTg
gi|14 : ttggtcattatcaccgctactaattgggttgttgctgtttgaaacgtcaatCTTGGA-CAGGAGTGGGCTAATATCCCACAACACCTTATg
gi|15 : actgctccagagttgggttgatctCACTGAGAAACTTTAAAAA-TGCAAA-TTCCAA--ATGGGCATGTCTGGGACGAGTTGGGTA--GATGCATTAA-CGCTCGTCGGCCACCATCGAGAAACGTTAATGAGCTTCCCC-CGCCTT-GGTCAGGAGTGGAACAACAATTCTCAACACTGTAagcaacactcattctccctatggggcacagaagaacattttatgcttacaagtggctcatacacatgtaatatgaagtgtgacataaggagttggactatatgttactggtagtgctgtacatttattagttctaa
gi|16 : ttTA-A-TAT--TTTCAAA------TCAAA-T-TCATT----TACTGCGTTAGGCTTA--TGTTGGTGTTTATTATTGCCAAATGCTA-TTTAAAGTGTTAAAC--AGATCATCAAGA--AACTTCT------------TTA-TTAT-AC-AAA--GTCGTAC-ATTTGCGATTT-TAA-AG-CCTTCAattgcaaggtttgtgctttcaacgatg
gi|17 : atctTCTTAAGAAATTG---TTA-A-TAT--TTTCAAA------TCAAA-T-TCA-AGTTTCATTTTGTTAAG--TAACTGTGAATGTTTACATTTGCTAATGTTTA---AGACTTGGTAATT--A---A-----GA--AATTTGT------------TTA-TTTT-AC-AAC--GTCCTAC-GTTTGCGTTTTATAAGAATCTCttgt
gi|18 : ACACTGAGAGACTTTAAAAAATGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCGTGGATGAGAAGAGGA--GACGCATTAA-CGCTCGTCAGCCGCCACCGAGAAACATTAATGAGTTGTCCCGCACCTTAGGTCAGTATTGAA--AACATTTCTCAACACTGa
gi|19 : TCTCAGTGAATTG----T----TAT--TTTCC--------TA------------------TTTGTTTGTCAAA--TGTGACTATATATTGTTGCCAAA--TTA-TTAAAAC--AAAAA--------------A--AGCACGT------------TCA-TTTT-ACAAAA--GTCCAAT-TTATGCATTTT-TAA-AG
gi|21 : attgtgttgctgtttgaaacattaatATTA---ATG-AGTTT--TTCCCAAGCAATGTAAAA-T-TTACA----CAATTTGTTAGGCTTA--TGTGGATGTGTATTGTTGCCAAATGTTA-TTTAAATTTATAAAC--A---A-----GA--AACCTAT------------TTA-TTTT-AC-AAA--GACCGAC-TTT
gi|22 : acGGATGAGTTGGCTA--GATGCATTAA-TGCTCGTAGGCCACCACCAAGAAATATTAATGAGCTTTCTCATACCTTTGGTCAGGAGTGGAAGAACATTTCTCAACACTaaattcc
gi|23 : TACAACGAGAGACTTTAAAAA-CGCAAAACTTCAT--TCGAGCATGTCTGGGATGAGTTGTTAA--GACTTATTAA-CCAACCTCAGCTATCACCGAGAGA
gi|24 : gACAGAGATACTCTGTAAA-CGCAACAC--CAAACTTGAGCATGTCTTGGATGAGTTGAGAA--GATGCATTGT-CGCTTGTCAGCCACCACCGAAAAAt
gi|29 : GTCACCACCAAAAAACGTTACTGGACTCTCCGGCGCCTTGGTTTAGGATAAAAACAGCAATTCCCAAC
gi|30 : ACACTGAGGGACTTTAAAAC-CGCAAAACTCCAA--TTGAAAATGTCTTATATGGGTTGGGCT--GACGTATgt
gi|31 : ACACTGAGAGACTTTAAAAA-TGCAAATTTCCAA--TTGAGCATGTCTTGGATGAGTc
gi|4 : TACACTGAGAGATTTTAAAAA-CATAATACTCCAA--TTGGGCATGTCTGGGATGAGTTGGGTATAGACACATTAA-TGCTGGTCGGCCACCACCGAGAAACGTTGATGAGCTATCACACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACACTGTATTATGTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAGGGAAATG---ATA-A-TAT--TTCCCAA------TAAAA-T-TCACA----CACTTTGTGTGGCTTA--TATGTATGTTTATTGTTGCCAATTTTTA-TTTAATTTCATAAAT--T---C-----AA--AACTTGT------------GTATTTTT-AC-GAA--ATCTGAC-TTTAGCGTTTT-TGA-AGTCCCTCAGTg
gi|5 : ACACTGAGACACTTTAAAAA-CGCAAAACTCCAA--TTGAGCATGTCAATGATGAGTTAGATA--GACACATTAA-CGCTCGTCGGCTACCACCGAGAAACGTAAATGGGTTTTCCCACGCCTTGGGTCAGGAGTGGAACAACATTTCTCAACGCTGCA
gi|5 : CTCATGGGATTG---ATA-A-TAT--TTTCCAA------TAAAG-T-TCATA----CACTTTGTGTGGCTTA--TATGTATGTTTATTGTGGCCATTTTTTA-TTAACTTTGATAAAT--A---C-----TA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--ATCTGAC-TTTTGA---TT-TAG-A--CTCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaatactcatgggattgataatattttccaataaagttcatacactttgtgtggcttatatgtatgtttattgtggccattttttattaactttgataaatactaaacttgtttatttttacgaaatctgacttttgatttagactctcagtg
gi|6 : acactgagacactttaaaaacgcaaaactccaattgagcatgtcaatgatgagttagatagacacattaacgctcgtcggctaccaccgagaaacgtaaatgggttttcccacgccttgggtcaggagtggaacaacatttctcaacgctgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagtgaataTACACTGAGCGACTTTGAAAA-CGCAAAACTCCAA--CTGAACATGTCTTGGATGAGTTGGGTA--GACGCATTAAATGCTCGTCGGCTACCACCGAGAAATGTTCATGAGCTTTAGCCCGCCTTGGGTCAGGAGTAAAACAACATTTCTCAATGCTGTATTg
gi|6 : TCTCAGGCAATTG---AAA-A-TAG--TTTCTAA------TAAAA-T-TAACC----CAATTTGTCAGGCTTA--TATGTTTATTTATTGTTGCTAAATTTCATTTAAGATTGATAAAC--A---C-----AA--AACTTGT------------TTATTATA-AC-GAA--ATCTG-------GCGGTTT-TAA-AGTCCCTCAtcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaattctcaggcaattgaaaatagtttctaataaaattaacccaatttgtcaggcttatatgtttatttattgttgctaaatttcatttaagattgataaacacaaaacttgtttattataacgaaatctggcggttttaaagtccctcattg
gi|7 : tacactgagcgactttgaaaacgcaaaactccaactgaacatgtcttggatgagttgggtagacgcattaaatgctcgtcggctaccaccgagaaatgttcatgagctttagcccgccttgggtcaggagtaaaacaacatttctcaatgctgtatttcaaatattgtgctttcaacgatgtgttacctgcattgctgtaaatggtagttacaacagctactaattgcaaagttggtgatttagggtatctctgtttgaaacgttaatAGAGACTTTAAAAA-TGCACAACTCCAG--TTAGGCATGTTTTGAATGAGTTGTGTA--GATGCATTTA-CACTCATCAG---CCACCGAGAAATGTTAAAAAGCTTTCCCACCCCTTGGGTCAGGAGTTGAACAGTATTTCTCAATACTGTAttg
gi|7 : catTTTCAGGGATTTG---ATA-A-TAT--TTTCAAA-------AAAA-CATCACA----CACTTTGAGTAGCTTA--TCTCTATATTTGTTGTTGCCAATTTTGA-TTAAAGTTAATAATT--A---C-----AA--AACTTGT------------TTATTTTT-AC-GAA--ATCTGAT-TTTTGTCTTTT-TAA-AGTCCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagggatttgataatattttcaaaaaaacatcacacactttgagtagcttatctctatatttgttgttgccaattttgattaaagttaataattacaaaacttgtttatttttacgaaatctgatttttgtctttttaaagtccc
gi|8 : catagagactttaaaaatgcacaactccagttaggcatgttttgaatgagttgtgtagatgcatttacactcatcagccaccgagaaatgttaaaaagctttcccaccccttgggtcaggagttgaacagtatttctcaatactgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTGAGGGACGTTAAAAA-CACAAAACTCTTA--TTAAGAATGTCTGAGATGGGTTGGGAA--GACGCATTAT-CGTTCGTCAGTCTGCACTGTGACACGTTACTGAGCTTCCCCACGCATTTGTTCAGGAGAAGAACAACATTTCCCATCAATGTA
gi|8 : TCTCAGAGAGTTG---TTA-C-TAT--TTTCCAA------TAAAA-C-TCACA----CAAAGGGTTAGGCTTA--TGTTGATGTTTACTGTTGTTGATTTTTA-TTATAATCGATAAGT--A---A-----GA--TACTT-------------------------------GTCCGGC-CATTGCGTTTT-TAA-AGTCCCTCCGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctcagagagttgttactattttccaataaaactcacacaaagggttaggcttatgttgatgtttactgttgttgatttttattataatcgataagtaagatacttgtccggccattgcgtttttaaagtccctccgt
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GGCTTCGTGATGTTGGTTTACGGTGTAAAAGACCAAAGACGATTGCTGCATTGACCAACAGACATGAACATGCACGTGTAAATTTGGCGAGGAGGCAGCAGCGTTTCACACATAGTCCAATACATATCCAAGTTTAATGTCAGTTATGCTGATGGACGCATCCGCATTTATCGGACACGCGATGAACGTGTTTCCGAATGTTGTGTTCTAAAGCATAACAGGTGGGGTGGTGGTAGTGTTCACGTAAGGGCTGGTATAACTCAGTTCCACAAAACACAATTTTATTTCAACGAAATGTTAATGCACAGTCGTTTATCTTCCTTTTTAGGCCGTCACTTTCCTCGTGGCGGATCTTTACTTCAACATGATAATACGCCTGCGCATCGTACCAGACGTACCACGAATTTTCTCCAACAAAATAACATCGCTTGCTTGGAATGGCCTTCGCTTTCCTCAGACATGGCTCCTATTGAATATGTTTAGAACGAGCTTGGTCGTCGCGTTCGTTCCCGTGCTCCGCCAGTGCATGAACTTCGCCGTGCCCTCTTACAAGAATGGGCAAATATCCCACAGCATCGAATTGCCGCAGTCGTATTGTCTATGAGGCGTCGATGTCTTGCAGCTAATGGTTCATACAAACGATATTGAATTTTGTTAACTTAGTGTTTTGACCTAGTGACTTTGTAAGTATCGTAAATTACCTCAAATTGTTATGTATTAAAATAAAATTCATACAGATGATGTTTGTAATATTAATTATGCTCCAAATTTCATGAAATTTTAACATCGTCTTCTGTATTAAAATCATCAAAATATGACTGGTGCGTTTTCAAAGGTTTTGAGCGT
Unaligned ( gi|3 ): GTGTTCTCAAGCGAAACATGTGGGTGGTGGTAGCGTCCACGTATGAGCTGGCATCAATTCGCTAGAACACAGCTTGTTGTGTTGATCGGCGATGTAAGTGCTCAATCAGCCAGTGGTCCTCCCATTTTTGCGACATCATTTCCCCCCGTGGACGTTACGTTTTTCAGCATAATAGTGTTCTGCACAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGATTGTGGGGTTTATGCGCACAACCACCTCCACATACAGTTCCAGAGTTACGTCATGTTCTTACACAGGAGTGGGCTAACATCCAACAACTCCGTATAGCAACAATTATCTCCTGTGTATGTGGAAATGGGTCATACACACGGTATGAGAAGTACGACCTGGGTAGTTCGACCATTCGTTACTGATAGTGCTGTGCTTCTGTTAATCATAAACGCTCATTATTGGTATTAACAAAGATTATTCAGATGATATTCAACTTTATACCTTGCTATTTTAAATGAAATATGTTGGCTAGAATTGAGCAAATTATGAAATTAATGACCTGTGCGTTTTCAAAGCTTTTTGGTGTA
Unaligned ( gi|9 ): AGATGAGCTTGGATGGCGGGCCGGTGTGCGTGTTCCACCACCCAGGACTGTACCCCAGCTCTGTCAGGCCCTCGTCCAGGAGTGGAACACCTTACTGCTGTAGCGTATTACCAACATTATTGCTCGATGAGACAAAGATGCATCGAGTGCATTCATGTTCAGGGTTCTTACACACATTATTAAAATGTGAATTGTACGTGCTTGGACTGCAACGTTACCTGAACACTGTAAAATCCTCAAATATTTATATTTTTTGATGAAATTTGTACGATTGTTTTGAGACAGACTATTGTGTATGGAATTTCAATAAATTTGAAGAGTGTAATCAGTGTTGATTTTAGTATTATATAACCTGTGCATTTTTTAAGTCTCTGAGGGTTGTAACGGTTTA
Unaligned ( gi|12 ): GGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAAA
Unaligned ( gi|13 ): GGGAATGGGCCAACATTCCACAGAGACATATTGCTGCTGAAACAGTATCAATGAGGCGTCGATACATTACTTACATGGACGCTAATGAGATACATGAGATATTAATTTGTGAAAACAAATTATTGCGGTAGTGTGATGTTATTGTTCTTAGATTCTTTATTAAGATTTATCCCATGAAAATTACACAGATGTTGTGTATTATATTGACCATTCTATAA
Unaligned ( gi|20 ): GTCACTTTCCTCTTGGTCGATGTATATACTAACATGACAATGCTCCCAGTCATCGAGCAAGATTGACTTTTGATTTTTTGCGTTAAAACATCGTAATTTGCATGGATTGGCCAAGACTATCCCCAGTTATGGCTCAAATTGAAC
Unaligned ( gi|25 ): TATATTTTTCGATGAACTGAGTAAGGTTGTTTTAAGATAGACTGTTGTTTGTGTGTAATGAATCTCAGTAAATTTGAAGGATGTTACCATT
Unaligned ( gi|26 ): TTACCTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): ACCCCAAGCTCCGCCAGGCCCTCGTTGAGGAGTGGAACTCTCTACCGCAGCAGCGTTTTGTCAACATAATTGCTTTGAT
Unaligned ( gi|28 ): TGTGTATGAAATTTCAAAACATTTGAAGGATGTCATCAGTGTCAATTTTAGCAATATATAACATGTGCGTTTTTTA
Unaligned ( gi|32 ): ACGAAGATTCTTGATGGATTTTATCATCTAATACAATAATAATTAGGCACGTAG
Unaligned ( gi|33 ): TATGACCAGAGTAGTTCGACCATATGTTACTGATATTGCTGTATTTTTGT