lowQualScore : 1111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 44 1 55555 1 11 0000000000000000000000000 11 2 22 66666666666 999999999999999 333333333333333333333333333 111 22222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 22222222222 4 1 4444444 999999999999999999999999999999999999999999 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 1
lowQualScore : 66 2 5 3 3 00000 4 88 4 6 7 3 6 4 6 1 88 8888888888888888888888888 88 44 0 66 33333333333 777777777777777 22 44 44 4 555 3 3 999999999999999999999999999 6 4 5 5 333 22222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 000 33333333333 0 0 7 3333333 3 1 111111111111111111111111111111111111111111 33 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999999 6 6 1
lowQualScore : .. . . . . ..... . .. . . . . . . . . .. ......................... .. .. . .. ........... ............... .. .. .. . ... . . ........................... . . . . ... ..... ............................................................................................................................................... . ... ........... . . . ....... . . .......................................... .. . ................................................................... ...... . . .
lowQualScore : 00 5 0 0 0 00000 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0000000000000000000000000 00 55 0 00 00000000000 777777777777777 66 66 88 6 444 1 1 666666666666666666666666666 0 0 0 0 888 55555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 222 55555555555 0 8 0 3333333 0 4 222222222222222222222222222222222222222222 00 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555555 7 6 4
consensus : NNNNAATGGTTTNTTGTATAAAGTCTCCAANCTNATATACAAAAAGANGCNTNCGATATTCGTNAAGCNATTTTGGATGATTTAATTA--CTTACGCTATAAAAGNCGANTGANATGNNTGTTGNNTANNTTAGTACCGTATATTATAACATTATCATCATTTTGTAGTTGCAT--TAAC-CGNTG--GCGAACCCACGTGAC-CTTATGCTAT---GGAGTGGTGC-AA-A--A---A--C-GGCGGAAAAGTGC---CCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGAT----AACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAACCGGTTA----TATNAAGTGAC-----CAT-G---AAAA--A--TT-CGTATT----TTTTGCAAAAA-A------CGGTGCAACGGCGTT-T-TGNN-CTNAGTTGAGACAGTTATGGTATGGAGCGGTGCAA-TT----ANAAAAAAACAT---CCGTTGTACTTTTG--CAAATNATACGGATTTGTTT-ATGCCCACTTGATATCAC-CG--NTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNANAGTTATCTGC----AAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
Reference ( gi|1 ) : CAATAATG-CTTGTTGTATAAAGTCTCAAAATTTAT-----AAAAGATGTCTTCAAAATTCGTAAAACTACTTTGAATAATTTAATTA--CTTATACTAT-----C--ATTGAAATACCTGTTGTTTATTTT-GTAT-ATATATT-TAAT-TTAT-ATTATTTTGTAATTGTATATTAAT-TGCTG--GCGAACCCACGTGAC-TTTATGCTAT---GGAGTGGTGC-AA-A--A---A--T-GGTGGAAAAGAAA---CCGCCTCGGGTAGC-ATTT-TT---GCAGAT----TACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGTTTA----TATAAAATGAC-----CAT-G---AAAA--A--CT-TGTAAT----TTTTGCAAAAAAACAACAACAGTACAATAACGTT-T-TGAT-CTCAGTTG-GACAATTATGTTATGGAGCGGTGCAA--T----AAAAAAAAACATACGCCGTTTTCCTTTTT--CAAATAACATGGTTTTGTCTCATGCCCATATAATATCAC-CGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTATCTGC----ATAAAT-GTAACCTGAAGCGGGCTC
gi|3 : AATGGTTTCTTGTATAAAGTCTCCAAACTGAT-----AAAAAAAGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGGATGATTTAATTA--CTAAT-CTATAAAAGG--AATGATATGTGTGTTGTTTATATT-GTAC-A
gi|10 : aaaaacaagttatgctatgaggattattaagataaaattaacaattatagtttaagaaaattaatttccagcttgagattaaacttacatgtatactatcgaaatagaaacgggtagatataatcgaattgaccgttcgaacagattttgtgaatattttactcgtaatgtgttcgaaacggaatatcacttcttagtacgttgtaccaagtattctgatattcgactgacataaatacttaggccatcaagtgcgtccctccttaaataaattgaattcttaTGTTGTATAAAGTCTCCAACTTTATATACAAAAAGATGCATACGATATTCGTCAAGCAATTTTAAATGATTAAATTT--TTTA
gi|2 : acttcttattttgttgtatcaagtaaacaaatattcgaaataaacacttaggccatcaagcgcggtcctcatttaacactttaatgatataatggctttcataataaacatgTAATTTGGTCATGCTTACG-TAT-----CCGATT--AATAAC-ATTGAATAGCTTAGTACCGTATATTATAACATTATCATCATTTTATA---------TAACACGGTT--GCGAACCCACGTGAC-TTTATGTTAT---GTAGTGGTGC-AACA--A---A--T-GGAAGTAAAGTGC---CCACTTCAGGTAACGA--T-TT---GCAGAT----AACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCTGTGA----TATCAAGTGCG-----CAT-G---AAAA--AATCTATCCAA------TTTGCAGAAataaaatgaatta
gi|7 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtttttttgcaaacggtgcaacggcattttgtgctgaattgagacaagtatagtatgaagcggtgtaatttacaaaaagaaacaTATTTTGTAGTTGCAT--------GCGGCAGCGAATCGACGTGAC-CTGATACTAT---GGAGTGGTGT-AA-A--A---A--T-aataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|11 : tcgTAATAAC-GGC-G--GCGAACCCACATGGCGTTT------T---GGAGTGGTGC-AA-A--A---AATC-GG-----AAGAAA---Ccttgcaatcgctaaaatccacattcaatttcaacgatgaacacgccccctaaacccatttaattaaatgaaaacgtacgaggaacgtgcgatataattgttaccaaccaaactgtgataacgcacacgcgctcgtgattgtgtttgtcaatcactgttcgtttctttcatgggcttaattctataaattagaattatgcaacgagac
gi|12 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgagacattatggtatggagcggtgcaatttacataaaaacattgatgcacttgatatcacc-TGGTG--GCAAACACACGTGAC-TCTATGCAAT---GGAGTGGTGC-A-----------------GAGAGAGA---------TTCGG--AG--ATTT-TTC--GCAGAT----AACTactgggattgaa
gi|15 : cttcacattaccggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTG--GCGAACCAACGTGAT-TTAATGCTAT---GGAGTGGTGC-AA-A--AT--A--TCGGTGGAAAAGTGC---CCGCtcactgagtgata
gi|8 : agTG--GCGGTCCCACGTGAT-CTAATGCTATGCCGGAGTGGTCT-AA-A--T---A--T---CGGAGAAAAAATGTCCACTTCAGGCAAC-ATTT-TT---GCAGAt
gi|6 : cgtattgtgctcagttgaaacaatcatggcatgaagcaagattaacaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagattTG--GAGAACCCACGTGGT-CTAATGCTAT---TGAGTAATGT-AA-A--GCCTC--T-GA-GTAAAAGTGC---CCTCTTCAGATAAC-ATTTATTTTGGCAGAT----AACT
gi|16 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaagaaTG--ACGAACCGACGTGAC-CTTGTGCTAT---AGA--GATGA-AC-A--A---A--C-GGtcgagtcatgagatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
gi|4 : G--GCGAACACACGTGAC-TT-ATGTTAT---GGAGTGGTCC-AA-A--A---AATC-AGCGGAATGGTGC---CCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGAT----AACT--GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCGGTGA----TATTAAGTAGG-----CAT-A---AACA--A--TC-CGTATT----ATTTACAAAAGTACAACAatcgtgtaaacaatgataatg
gi|9 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctacaaaacaacacG--ACGAGCCCACGTGCC-GTTATGCTAT---GGAGCGGTGTGAA-A--A---A--A-GGTG--------C---CCGCTTTAAGTAGC-ATTT-TT---GCAGA-----TACT-TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAATC-TTTGGTGCTATGAAGAGGC-----CAT-G---CAAA--A--CC-CTTATT----TTATGCAAAgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|14 : --GCGAGCCCACGTGAC-CTTATGCTAA---CGGGTGGTGT-GA-A--A---AACT-GGAGGAAATGTGT---CCGCTTTAAGTAAT-ATTT-TT---tttatcaagcagctgttttattaagaacacgtttaca
gi|13 : --GCAAATCCATGTAAC-CTAACGCTAT---TGAGTGGTAC-AA-AACA---A--T-GGTGGAAAAG
gi|11 : tcatgtgtatattcatttcttctattatacggttGAC-ATTATGGTAT---GGAGCGGTGC-AA-t
gi|5 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgaGGAAAAATGC---CTGCTTCAGGTGGC-ATAT-T----GCAGATGACTTACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTGTT-A----TATAAAATGACATTGCTATTG---AAGA------T-TGTATT----TTTTGCAAAAA----------GCGCGACGGCATT-T-TGTG-CTAAGTTGAGACAGTTATGGTAAGGAGTGGGTCAAGTT----ACATAAAAAT----GCCGTTGTACTTTTTTGCAAATGATACG---TTGT---ATGCCCACTTGATATCAC-CG--GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTATCCGC----AAAAAT-tttacataaaaacattgatgcacttgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|11 : gcaaagtcaaggCGGTTA----TATAAAATGAC-----CAT-G------------------------------CAAAAAAA--------GTGCACCGGCGTT-T-T-ATGCTCAATTGAGACA-TTATGGTATGGAGCGGTGCAATTT----ACATAAAAACAT
gi|4 : TTA----TATAAAGTTAC-----CAT-GCAAAAAAGGA--TT-T----T----TTTTGCAAA----------TAGTGAAACGCCGTTATGTGAT-C--AGTTAAGACAGTTATGGTATGGCGCAGTGCAGCCT----ACAAAACAACA----CTGTTGTACTTTTG--TAAATAATACGGATT-GTTT-ATGCCTACTTAATATCAC-CGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTTATCTGC----AAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGCtgatgcacttgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|2 : g---AAAA--G--TTATGTAATGTTTTTTTGCAAA----------CGGTGCAACGGCATT-T-TGTG-CTGAATTGAGACAAGTATAGTATGAAGCGGTGTAA--TTTACAAAAAGAAACAT-------------TCTG--CAAATTGGATAGATTT-TTTCATGCGCACTTGATATCACAGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGAAAGTTATCTGC------AAATCGTTACCTGAAGTGGGCaccattccgctgattttttggaccactccataacataagtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|4 : atctatgttgtagtttttatacacTTATGTTATGGAGTGGTCCAA-------AAAAactttacttccatttgttgcaccactacataacataaagtcacgtgggttcgcaaccgtgttatataaaatgatgataatgttataatatacggtactaagctattcaatgttattaatcggatacgtaagcatgaccaaattaaataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|2 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctacaaaacaacactgttgtacttttgtaaataatacggattgtttatgcctacttaatatcaccggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacagttatctgcaaaaatgttacctgaagcgggcaccattccgctgaTTATGTTATGTAGTGGTGCAA--C----AAAgtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|5 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtttttttgcaaacggtgcaacggcattttgtgctgaattgagacaagtatagtatgaagcggtgtaatttacaaaaagaaacattctgcaaattggatagattttttcatgcgcacttgatatcacaggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaaagttatctgcaaatcgttacctgaagtgggcactttacttccaAGTCATCTGC----A-ATAT-GCCACCTGAAGCAGGCagtcacgtgggttcgcaaccgtgttatataaaatgatgataatgttataatatacggtactaagctattcaatgttattaatcggatacgtaagcatgaccaaattaaataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|6 : gcaaagtcaaggggaaaaatAGTTATCTGCCAAAATAAAT-GTTATCTGAAGAGGGCtacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgttatataaaatgacattgctattgaagattgtattttttgcaaaaagcgcgacggcattttgtgctaagttgagacagttatggtaaggagtgggtcaagttacataaaaatgccgttgtacttttttgcaaatgatacgttgtatgcccacttgatatcaccggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttatccgcaaaaat
gi|8 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaagaaTCTGC----AAAAAT-GTTGCCTGAAGTGGACacttttactcagaggctttacattactcaatagcattagaccacgtgggttctccatcgagtcatgagatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
Alignments
lowQualScore : 1 55555 77777777777777777777777777 1111 2 1 1 333333333333333 2222222 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111 11111 22222222222 444444444444 222222 222222222222222 111 11 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111
lowQualScore : 5 1 11 1 11111 1 1 1 1 1 0 33333333333333333333333333 1 1 7777 22 22 3 5 5 7 6 6 3 555555555555555 1 3 4 2 555 3 3 44 3 6666666 0 4 4 222 5 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 55555555 3 1 44444 77 22222222222 66 333333333333 22 1 6 3 444444 1 333333333333333 1 0 222 00 11 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 7777 11 8
lowQualScore : . . .. . ..... . . . . . . .......................... . . .... .. .. . . . . . . . ............... . . . . ... . . .. . ....... . . . ... . ........................................................ . ........ . . ..... .. ........... .. ............ .. . . . ...... . ............... . . ... .. .. . .......................................................... . . .... .. .
lowQualScore : 0 0 77 0 33333 0 0 0 0 0 7 11111111111111111111111111 0 0 7777 00 00 7 0 5 3 7 5 2 333333333333333 0 3 5 7 444 1 1 22 1 5555555 5 4 4 222 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 88888888 2 0 33333 00 99999999999 99 555555555555 00 0 3 2 333333 0 777777777777777 0 8 888 88 00 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0000 88 0
consensus : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-------ACTTATGCTATAAAA--CGATTGATATGCGCGTTGTTTATNTT-GTACCGTATATTATAACATTATCATCATTTTGTA-TTGCAT--TAAN-CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-GGNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANT-CGTA----TTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGGCGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGCAA-TT---ANAAAAAAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT--CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNANAGTTA----TCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
Reference ( family-2019 ) : NNNNAATGGTTTNTTGTATAAAGTCTCCAANCTNATATACAAAAAGANGCNTNCGATATTCGTNAAGCNATTTTGGATGATTTAATT-------ACTTACGCTATAAAAGNCGANTGANATGNNTGTTGNNTANNTTAGTACCGTATATTATAACATTATCATCATTTTGTAGTTGCAT--TAAC-CGNT-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-GGCGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAACC---G----GTTATATNAAGTGAC-----CATG-AAAAATT-CGTA----TTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGGCGTTTTGNNCTNAGTTGAGACAGTTATGGTATGGAGCGGTGCAA-TT---ANAAAAAAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TTATGCCCACTTGATAT--CACCGNT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNANAGTTA----TCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
gi|1 : AATG-CTTGTTGTATAAAGTCTCAAAATTTATA-----AAAGATGTCTTCAAAATTCGTAAAACTACTTTGAATAATTTAATT-------ACTTATACTAT------C-ATTGAAATACCTGTTGTTTATTTT-GTAT-ATATATT-TAAT-TTAT-ATTATTTTGTAATTGTATATTAAT-TGCT-GGCGAACCCACGTGACTTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--T-GGTGGAAAAGAAACCGCCTCGGGTAGC-ATTT-TT---GCAGATTACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC---G----TTTATATAAAATGAC-----CATG-AAAAACT-TGTA----ATT--TTTGCAAAAAAACAACAACAGTACAATAACGTTTTGATCTCAGTTG-GACAATTATGTTATGGAGCGGTGCAA--T---AAAAAAAAACATACGCCGTTTTCC--TTTTTCAAATAACATGGTTTTGTCTCATGCCCATATAATAT--CACCGTTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTA----TCTGCATAAAT-GTAACCTGAAGCGGGC
gi|10 : caatTGTTGTATAAAGTCTCCAACTTTATATACAAAAAGATGCATACGATATTCGTCAAGCAATTTTAAATGATTAAATT-------TTTTA----ATAAAAtc
gi|11 : acttcttattttgttgtatcaagtaaacaaatattcgaaataaacacttaggccatcaagcgcggtcctcatttaacactttaatgatataatggctttcataataaacatgC---G----GTTATATAAAATGAC-----CATG--------------------------CAAAA-------AA-AGTGCACCGGCGTTTTATGCTCAATTGAGACA-TTATGGTATGGAGCGGTGCAATTT---ACATAAAAACAT----TGATGCAC--TTtgaatta
gi|11 : --TAAC--GGC-GGCGAACCCACATGGC-----GTTTTG---GAGTGGTGC-AA-A--A-AATC-GGAAGAAAgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|12 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgagacattatggtatggagcggtgcaatttacataaaaacattgatgcacttgatatcaccgGGT-GGCAAACACACGTGACTCTATGCAATG---GAGTGGTGC-AG-A--G-A--------GAGA---------TTCGG---AG-ATTT-TTC--GCAGATAAC--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTAATGTGAAGttaactgggattgaa
gi|13 : TCATTTC----TTCTAT--TATA-CGGT-TGCAAATCCATGTAACCTAACGCTATT---GAGTGGTAC-AA-AACA-A--T-GGTGGAAAAGTatcactgagtgata
gi|14 : tcatgtgtatatGCGAGCCCACGTGACCTTATGCTAAC---GGGTGGTGTGAA-A--A-A--CTGGAGGAAATGTGTCCGCTTTAAGTAAT-ATTT-TT---
gi|15 : T-GGCGAACCAACGTGATTTAATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--ATAT-C-GGTGGAAAAGTGCCCGCT
gi|16 : agCATTATCAT-----TGT--TTACA--------CGATTGACGAACCGACGTGACCTTGTGCTATA---GA--GATGA-AC-A--A-A--C-GG
gi|2 : -AAAAGTTATGTAATGTTTT--TTTGCAAA----------CGGTGCAACGGCATTTTGTGCTGAATTGAGACAAGTATAGTATGAAGCGGTGTAA-TTTACAAAAAGAAACAT---TC------------TGCAAATTGGATAGATTTTT-TCATGCGCACTTGATAT--CACAGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGAAAGTTA----TCTGC--AAATCGTTACCTGAAGTGGGC
gi|2 : atctatgttgtagtttttatacacATTTAATTTGGTCATGCTTACG-TAT-----CCGATTAATA---ACATTGAATAGCTTAGTACCGTATATTATAACATTATCATCATTTTATA---------TAACACGGT-TGCGAACCCACGTGACTTTATGTTATG---TAGTGGTGC-AACA--A-A--T-GGAAGTAAAGTGCCCACTTCAGGTAACGA--T-TT---GCAGATAACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACC---T----GTGATATCAAGTGCG-----CATG-AAAAAAT-C-TA----TCCAATTTGCAGAA-------actttacttccatttgttgcaccactacataacataaagtcacgtgggttcgcaaccgtgttatataaaatgatgataatgttataatatacggtactaagctattcaatgttattaatcggatacgtaagcatgaccaaattaaataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|3 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtttttttgcaaacggtgcaacggcattttgtgctgaattgagacaagtatagtatgaagcggtgtaatttacaaaaagaaacaAATGGTTTCTTGTATAAAGTCTCCAAACTGATA-----AAAAAAGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGGATGATTTAATT-------ACTAAT-CTATAAAAG--GAATGATATGTGTGTTGTTTATATT-GTACaaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|4 : aaaaacaagttatgctatgaggattattaagataaaattaacaattatagtttaagaaaattaatttccagcttgagattaaacttacatgtatactatcgaaatagaaacgggtagatataatcgaattgaccgttcgaacagattttgtgaatattttactcgtaatgtgttcgaaacggaatatcacttcttagtacgttgtaccaagtattctgatattcgactgacataaatacttaggccatcaagtgcgtccctccttaaataaattgaattctta----GTTATATAAAGTTAC-----CATGCAAAAAAG-GATT----TTT--TTTGCAAAT-------A---GTGAAACGCCGTTATGTGATCAGTTAAGACAGTTATGGTATGGCGCAGTGCAGCCT---ACAAAACAACA----CTGTTGTAC--TTTTGTAAATAATACGGA-TTGT-TTATGCCTACTTAATAT--CACCGGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTTA----TCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGCa
gi|4 : AAA-CGGC-GGCGAACACACGTGAC-TTATGTTATG---GAGTGGTCC-AA-A--A-AATC-AGCGGAATGGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-GT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTGATATTAAGTAGG-----CATA-AACAATC-CGTA----TTA--TTTACAAAA-----------GTACAACAGTGTTaccattccgctgattttttggaccactccataacataagtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|5 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctacaaaacGGAAAAATGCCTGCTTCAGGTGGC-ATAT-T----GCAGATGACT-TACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NAATTGTTATATAAAATGACATTGCTATT-GAAGATT--GTA----TTT--TTTGCAAAA-------AGCG---CGACGGCATTTTGTGCTAAGTTGAGACAGTTATGGTAAGGAGTGGGTCAAGTT---ACATAAAAATG----CCGTTGTACTTTTTTGCAAATGATACG---TTG---TATGCCCACTTGATAT--CACCGGT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTA----TCCGCAAAAAT-tgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|6 : gcaaagtcaaggCAT--GACT-CGAT-GGAGAACCCACGTGGTCTAATGCTATT---GAGTAATGT-AA-A--G-CCTC-TGAGTAAAAGTGCCCTCTTCAGATAAC-ATTTATTTTGGCAGATAACT-TTC
gi|7 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaaATTTTGTAGTTGCAT--G----CGGC-AGCGAATCGACGTGACCTGATACTATG---GAGTGGTGT-AA-A--A-A--agatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
gi|8 : tcgaCGTATTGTGCTCAGTTGAAACAATCATGGCATGAAGCAA---GA-TT---AACAAAANNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCAGT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGATTTCTGCAAAAAT-GTTGCCTGAAGTGGACacttgcaatcgctaaaatccacattcaatttcaacgatgaacacgccccctaaacccatttaattaaatgaaaacgtacgaggaacgtgcgatataattgttaccaaccaaactgtgataacgcacacgcgctcgtgattgtgtttgtcaatcactgttcgtttctttcatgggcttaattctataaattagaattatgcaacgagac
gi|8 : T-GGCGGTCCCACGTGATCTAATGCTATGCCGGAGTGGTCT-AA-A--T-AT-C-GGAGAAAAAATGTCCACTTCAGGCAAC-ATTT-TT---GCAGAAATCT-Tattttttctccgatatttagaccactccggcatagcattagatcacgtgggaccgcca
gi|9 : cgtattgtgctcagttgaaacaatcatggcatgaagcaagattaacaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-GACGAGCCCACGTGCCGTTATGCTATG---GAGCGGTGT-GA-A--A-A----------AAGGTGCCCGCTTTAAGTAGC-ATTT-TT---GCAGATACTT-TNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAATCTTTG----GTGCTATGAAGAGGC-----CATG-CAAAACC-CTTA----TTT--TATGCAAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333 111 333333333333333 11111 1 1 111 1 11 3333333333333333333 222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 1111 444444444444 111 111111 222222222222222 111 111 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 5 33333 111 1 000000000000000 99999 0 44 0 555 7 5 8 11 6666666666666666666 44 4 2 555 2 2 33 2 333333 3 0 4 4 222 5 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55555555 1 1 44444 99 8888 66 333333333333 000 0 1 5 888888 1 333333333333333 1 0 222 111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 8
lowQualScore : . ..... ... . ............... ..... . .. . ... . . . .. ................... .. . . ... . . .. . ...... . . . . ... . .. ..................................................... . ........ . . ..... .. .... .. ............ ... . . . ...... . ............... . . ... ... .. ................................................................. .. .
lowQualScore : 0 33333 555 2 555555555555555 00000 0 55 0 777 3 5 8 22 7777777777777777777 55 5 7 444 9 9 99 9 333333 3 5 4 4 222 0 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 88888888 0 0 33333 33 3333 99 555555555555 000 1 4 7 333333 0 777777777777777 0 8 888 222 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 0
consensus : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTTGTTT-ANNTT-GTACCGTATATTATAACATTATCAT-CATTT-CGT-A-TCG--CATTANACGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT---ACAAAAAAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT--CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
Reference ( family-2019 ) : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTTGTTT-ATNTT-GTACCGTATATTATAACATTATCAT-CATTT-TGT-A-TTG--CATTAANCGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT---ANAAAAAAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT--CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--NAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
gi|1 : AATG-CTTGTTGTATAAAGTCTCAAAATTTATA-----AAAGATGTCTTCAAAATTCGTAAAACTACTTTGAATAATTTAATT-ACTTATACTAT-------C-ATTGAAATACCTGTTGTTT-ATTTT-GTA-TATATATT-TAAT-TTAT-AT-TATTT-TGTAA-TTGTATATTAATTGCT-GGCGAACCCACGTGACTTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--T-G-GTGGAAAAGAAACCGCCTCGGGTAGC-ATTT-TT---GCAGATTACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC---G----TTTATATAAAATGAC-----CATG-AAAAACTTGTAATT--TTTGCAAAAAAACAACAACAGTACAATAA---CGTTTTGATCTCAGTTG-GACAATTATGTTATGGAGCGGTGC-AA--T---AAAAAAAAACATACGCCGTTTTCC--TTTTTCAAATAACATGGTTTTGTCTCATGCCCATATAATAT--CACCGTTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCTGCATAAAT-GTAACCTGAAGCGGGC
gi|10 : caatTGTTGTATAAAGTCTCCAACTTTATATACAAAAAGATGCATACGATATTCGTCAAGCAATTTTAAATGATTAAATT-TTTTA----ATA---AAATGAtc
gi|11 : acttcttattttgttgtatcaagtaaacaaatattcgaaataaacacttaggccatcaagcgcggtcctcatttaacactttaatgatataatggctttcataataaacatgC---G----GTTATATAAAATGAC-----CATG---------------------CAAAA-------AA-AGTGCACCGG---CGTTTTATGCTCAATTGAGAC-ATTATGGTATGGAGCGGTGC-AATTT---ACATAAAAACAT----TGATGCAC--TTatta
gi|11 : AACGGC-GGCGAACCCACATGGC-----GTTTTG---GAGTGGTGC-AA-A--A-AATC-G-GAAGAAAgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|12 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgagacattatggtatggagcggtgcaatttacataaaaacattgatgcacttgatatcaccgGGT-GGCAAACACACGTGACTCTATGCAATG---GAGTGGTGC-AG-A--G-A---------GAGA---------TTCGG---AG-ATTT-TTC--GCAGATAAC--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTAATGTGAAGattaactgggattgaa
gi|13 : T-CATTT-C-----TTC--TATTATACGGT-TGCAAATCCATGTAACCTAACGCTATT---GAGTGGTAC-AA-AACA-A--T-G-GTGGAAAAGTatcactgagtgata
gi|14 : tcatgtgtatatGCGAGCCCACGTGACCTTATGCTAAC---GGGTGGTGTGAA-A--A-A--CTG-GAGGAAATGTGTCCGCTTTAAGTAAT-ATTT-TT---
gi|15 : GT-GGCGAACCAACGTGATTTAATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--ATAT-C-G-GTGGAAAAGTGCCCGCT
gi|16 : aCATTATCAT-------TGT----------TTACACGATTGACGAACCGACGTGACCTTGTGCTATA---GA--GATGA-AC-A--A-A--C-G-G
gi|2 : TTT--TTTGCAAA----------CGGTGCAACGG---CATTTTGTGCTGAATTGAGACAAGTATAGTATGAAGCGGTGT-AA-TTTACAAAAAGAAACAT---TC------------TGCAAATTGGATAGATTTTT-TCATGCGCACTTGATAT--CACAGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGA--AAGTTATCTGC--AAATCGTTACCTGAAGTGGGC
gi|2 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtATTTAATTTGGTCATGCT-TACGTATCCGATTAATA---ACATTGAAT-AGCTTAGTACCGTATATTATAACATTATCAT-CATTT-TAT-A-TAA--CA-----CGGT-TGCGAACCCACGTGACTTTATGTTATG---TAGTGGTGC-AACA--A-A--T-G-GAAGTAAAGTGCCCACTTCAGGTAACGA--T-TT---GCAGATAACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACC---T----GTGATATCAAGTGCG-----CATG-AAAAAATC-TATCCAATTTGCAGAA-------actttacttccatttgttgcaccactacataacataaagtcacgtgggttcgcaaccgtgttatataaaatgatgataatgttataatatacggtactaagctattcaatgttattaatcggatacgtaagcatgaccaaattaaataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|3 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtttttttgcaaacggtgcaacggcattttgtgctgaattgagacaagtatagtatgaagcggtgtaatttacaaaaagaaacaAATGGTTTCTTGTATAAAGTCTCCAAACTGATA-----AAAAAAGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGGATGATTTAATT-ACTAAT-CTATA---AAAGGAATGATATGTGTGTTGTTT-ATATT-GTACaaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|4 : aaaaacaagttatgctatgaggattattaagataaaattaacaattatagtttaagaaaattaatttccagcttgagattaaacttacatgtatactatcgaaatagaaacgggtagatataatcgaattgaccgttcgaacagattttgtgaatattttactcgtaatgtgttcgaaacggaatatcacttcttagtacgttgtaccaagtattctgatattcgactgacataaatacttaggccatcaagtgcgtccctccttaaataaattgaattctta----GTTATATAAAGTTAC-----CATGCAAAAAAGGATTTTT--TTTGCAAAT-------A---GTGAAACGC---CGTTATGTGATCAGTTAAGACAGTTATGGTATGGCGCAGTGC-AGCCT---ACAAAACAACA----CTGTTGTAC--TTTTGTAAATAATACGGA-TTGT-TTATGCCTACTTAATAT--CACCGGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--CAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGCa
gi|4 : AAACGGC-GGCGAACACACGTGAC-TTATGTTATG---GAGTGGTCC-AA-A--A-AATC-A-GCGGAATGGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-GT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTGATATTAAGTAGG-----CATA-AACAATCCGTATTA--TTTACAAAA-----------GTACAACAGTGTTGTTTTGTaccattccgctgattttttggaccactccataacataagtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|5 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctGC-AA-A--G-T--C-AAGGGGAAAAATGCCTGCTTCAGGTGGC-ATAT-T----GCAGATGACT-TACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NAATTGTTATATAAAATGACATTGCTATT-GAAGATT-GTATTT--TTTGCAAAA-------AGCG---CGACGG---CATTTTGTGCTAAGTTGAGACAGTTATGGTAAGGAGTGGGTC-AAGTT---ACATAAAAATG----CCGTTGTACTTTTTTGCAAATGATACG---TTGT---ATGCCCACTTGATAT--CACCGGT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCCGCAAAAAT-tgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|6 : CAGTTGAAATGATTATGGTATGGAAAGGTGTAAA-TT---ACA
gi|6 : TTGTTTTAAATT-GT---GTATCTTACAAC----TGATACATGTACAT-A-TCT--CATGACTCGAT-GGAGAACCCACGTGGTCTAATGCTATT---GAGTAATGT-AA-A--G-CCTC-T-GAGTAAAAGTGCCCTCTTCAGATAAC-ATTTATTTTGGCAGATAACT-TTCTTctgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaagaaagttatctgccaaaataaatgttatctgaagagggcacttttactcagaggctttacattactcaatagcattagaccacgtgggttctccatcgagtcatgagatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
gi|7 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcATTT-TGT-AGTTG--CAT---GCGGC-AGCGAATCGACGTGACCTGATACTATG---GAGTGGTGT-AA-A--A-A--agaaa
gi|8 : tcga---CGTATTGTGCTCAGTTGAAACAATCATGGCATGAAGCAA----GA-TT---AACAAAANNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCAGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGATTTCTGCAAAAAT-GTTGCCTGAAGTGGACacttgcaatcgctaaaatccacattcaatttcaacgatgaacacgccccctaaacccatttaattaaatgaaaacgtacgaggaacgtgcgatataattgttaccaaccaaactgtgataacgcacacgcgctcgtgattgtgtttgtcaatcactgttcgtttctttcatgggcttaattctataaattagaattatgcaacgagac
gi|8 : -GGCGGTCCCACGTGATCTAATGCTATGCCGGAGTGGTCT-AA-A--T-AT-C-G-GAGAAAAAATGTCCACTTCAGGCAAC-ATTT-TT---GCAGAAATCT-Tattttttctccgatatttagaccactccggcatagcattagatcacgtgggaccgcca
gi|9 : cgtattgtgctcagttgaaacaatcatggcatgaagcaagattaacaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-GACGAGCCCACGTGCCGTTATGCTATG---GAGCGGTGT-GA-A--A-A-----------AAGGTGCCCGCTTTAAGTAGC-ATTT-TT---GCAGATACTT-TNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAATCTTTG----GTGCTATGAAGAGGC-----CATG-CAAAACCCTTATTT--TATGCAAAa
Alignments
lowQualScore : 1 33333 111 333333333333333 11111 1111 1111 22 1 444444444444444 222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 1111 444444444444 111 22 222222222222222 111 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 5 33333 111 1 000000000000000 00000 7777 8 22 8 5555 9 55 3 6 555555555555555 5 888 44 4 2 555 2 2 33 2 333333 3 0 4 4 222 5 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55555555 1 1 44444 99 8888 66 333333333333 000 0 1 5 33 5 99 333333333333333 1 0 222 111 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 8
lowQualScore : . ..... ... . ............... ..... .... . .. . .... . .. . . ............... . ... .. . . ... . . .. . ...... . . . . ... . .. ..................................................... . ........ . . ..... .. .... .. ............ ... . . . .. . .. ............... . . ... ... . ................................................................ .. .
lowQualScore : 0 33333 555 2 555555555555555 11111 0000 0 00 0 8888 8 55 2 7 111111111111111 1 999 55 5 7 444 9 9 99 9 333333 3 5 4 4 222 0 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 88888888 0 0 33333 33 3333 99 555555555555 000 1 4 7 00 7 22 777777777777777 0 8 888 222 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 0
consensus : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATTT-CGT-A-TC---CA-TTAN--ACGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
Reference ( family-2019 ) : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANNTT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATCAT-CATTT-CGT-A-TCG--CA-TTAN--ACGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
gi|1 : AATG-CTTGTTGTATAAAGTCTCAAAATTTATA-----AAAGATGTCTTCAAAATTCGTAAAACTACTTTGAATAATTTAATT-ACTTATACTAT-------C-ATTGAAATACCTGTT----GTTT-ATTTT-GTA-TATATATT-TAAT--TTAT-AT-TATTT-TGTAA-TTGTATA-TTAA--TTGCT-GGCGAACCCACGTGACTTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--T-G-GTGGAAAAGAAACCGCCTCGGGTAGC-ATTT-TT---GCAGATTACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC---G----TTTATATAAAATGAC-----CATG-AAAAACTTGTAATT--TTTGCAAAAAAACAACAACAGTACAATAA---CGTTTTGATCTCAGTTG-GACAATTATGTTATGGAGCGGTGC-AA--T-AAAAAA--AAACATACGCCGTTTTCC--TTTTTCAAATAACATGGTTTTGTCTCATGCCCATATAATAT-CACCGTTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCTGCATAAAT-GTAACCTGAAGCGGGC
gi|10 : caatTGTTGTATAAAGTCTCCAACTTTATATACAAAAAGATGCATACGATATTCGTCAAGCAATTTTAAATGATTAAATT-TTTTA----ATA---AAATGAtc
gi|11 : acttcttattttgttgtatcaagtaaacaaatattcgaaataaacacttaggccatcaagcgcggtcctcatttaacactttaatgatataatggctttcataataaacatgC---G----GTTATATAAAATGAC-----CATG---------------------CAAAA-------AA-AGTGCACCGG---CGTTTTATGCTCAATTGAGAC-ATTATGGTATGGAGCGGTGC-AATTT-ACATAA--AAACAT----TGATGCAC--TTatta
gi|11 : -A-TCC--CAGTTAATAACGGC-GGCGAACCCACATGGC-----GTTTTG---GAGTGGTGC-AA-A--A-AATC-G-GAAGAAAgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|12 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgagacattatggtatggagcggtgcaatttacataaaaacattgatgcacttgatatcaccg--ATGGT-GGCAAACACACGTGACTCTATGCAATG---GAGTGGTGC-AG-A--G-A---------GAGA---------TTCGG---AG-ATTT-TTC--GCAGATAAC--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTAATGTGAAGtgaa
gi|13 : T-CATTT-CTT-C-T-----A-TTAT--ACGGT-TGCAAATCCATGTAACCTAACGCTATT---GAGTGGTAC-AA-AACA-A--T-G-GTGGAAAAGTcactgagtgata
gi|14 : tcatgtgtatatGCGAGCCCACGTGACCTTATGCTAAC---GGGTGGTGTGAA-A--A-A--CTG-GAGGAAATGTGTCCGCTTTAAGTAAT-ATTT-TT---
gi|15 : GT-GGCGAACCAACGTGATTTAATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--ATAT-C-G-GTGGAAAAGTGCCCGCT
gi|16 : aATTAT-CATT---GT-----------TTAC--ACGATTGACGAACCGACGTGACCTTGTGCTATA---GA--GATGA-AC-A--A-A--C-G-G
gi|2 : TTT--TTTGCAAA----------CGGTGCAACGG---CATTTTGTGCTGAATTGAGACAAGTATAGTATGAAGCGGTGT-AATTT-ACAAAAAGAAACAT---TC------------TGCAAATTGGATAGATTTTT-TCATGCGCACTTGATAT-CACAGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGA--AAGTTATCTGC--AAATCGTTACCTGAAGTGGGCg
gi|2 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtATTTAATTTGGTCATGCT-TACGTATCCGATTAATA---ACATT----GAAT-AGCTTAGTACCGTATATTATAAC-ATTATCAT-CATTT---T-A-T-----A-TAAC--ACGGT-TGCGAACCCACGTGACTTTATGTTATG---TAGTGGTGC-AACA--A-A--T-G-GAAGTAAAGTGCCCACTTCAGGTAACGA--T-TT---GCAGATAACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACC---T----GTGATATCAAGTGCG-----CATG-AAAAAATC-TATCCAATTTGCAGAA-------actttacttccatttgttgcaccactacataacataaagtcacgtgggttcgcaaccgtgttatataaaatgatgataatgttataatatacggtactaagctattcaatgttattaatcggatacgtaagcatgaccaaattaaataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|3 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtttttttgcaaacggtgcaacggcattttgtgctgaattgagacaagtatagtatgaagcggtgtaatttacaaaaagaaacaAATGGTTTCTTGTATAAAGTCTCCAAACTGATA-----AAAAAAGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGGATGATTTAATT-ACTAAT-CTATA---AAAGGAATGATATGTGTGTT----GTTT-ATATT-GTACaaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|4 : aaaaacaagttatgctatgaggattattaagataaaattaacaattatagtttaagaaaattaatttccagcttgagattaaacttacatgtatactatcgaaatagaaacgggtagatataatcgaattgaccgttcgaacagattttgtgaatattttactcgtaatgtgttcgaaacggaatatcacttcttagtacgttgtaccaagtattctgatattcgactgacataaatacttaggccatcaagtgcgtccctccttaaataaattgaattctta----GTTATATAAAGTTAC-----CATGCAAAAAAGGATTTTT--TTTGCAAAT-------A---GTGAAACGC---CGTTATGTGATCAGTTAAGACAGTTATGGTATGGCGCAGTGC-AGCCT-ACAAAA--CAACA----CTGTTGTAC--TTTTGTAAATAATACGGA-TTGT-TTATGCCTACTTAATAT-CACCGGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--CAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGCa
gi|4 : AA--ACGGC-GGCGAACACACGTGAC-TTATGTTATG---GAGTGGTCC-AA-A--A-AATC-A-GCGGAATGGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-GT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTGATATTAAGTAGG-----CATA-AACAATCCGTATTA--TTTACAAAA-----------GTACAACAGTGTTGTTTTGTaccattccgctgattttttggaccactccataacataagtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|5 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctGC-AA-A--G-T--C-AAGGGGAAAAATGCCTGCTTCAGGTGGC-ATAT-T----GCAGATGACT-TACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NAATTGTTATATAAAATGACATTGCTATT-GAAGATT-GTATTT--TTTGCAAAA-------AGCG---CGACGG---CATTTTGTGCTAAGTTGAGACAGTTATGGTAAGGAGTGGGTC-AAGTT-ACATAA--AAATG----CCGTTGTACTTTTTTGCAAATGATACG---TTGT---ATGCCCACTTGATAT-CACCGGT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCCGCAAAAAT-tgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|6 : CAGTTGAAATGATTATGGTATGGAAAGGTGTAAA-TT-ACA
gi|6 : TT----GTTTTAAATT-GT---GTATCTTACAAC-----TGATACATGTACAT-A-TCT--CA-TGAC--TCGAT-GGAGAACCCACGTGGTCTAATGCTATT---GAGTAATGT-AA-A--G-CCTC-T-GAGTAAAAGTGCCCTCTTCAGATAAC-ATTTATTTTGGCAGATAACT-TTCTTctgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaagaaagttatctgccaaaataaatgttatctgaagagggcacttttactcagaggctttacattactcaatagcattagaccacgtgggttctccatcgagtcatgagatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
gi|7 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcGCGTGTTCATCGTTG-AAATT-G-AATGTGGATTTTAGCGATTGCAAG-TATTT-TGT-AGTTG--CA-T-----GCGGC-AGCGAATCGACGTGACCTGATACTATG---GAGTGGTGT-AA-A--A-A--agaaa
gi|8 : tcga---CGTATTGTGCTCAGTTGAAACAATCATGGCATGAAGCAA----GA-TTAACAAAA--NNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCAGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGATTTCTGCAAAAAT-GTTGCCTGAAGTGGACcccctaaacccatttaattaaatgaaaacgtacgaggaacgtgcgatataattgttaccaaccaaactgtgataacgcacacgcgctcgtgattgtgtttgtcaatcactgttcgtttctttcatgggcttaattctataaattagaattatgcaacgagac
gi|8 : -GGCGGTCCCACGTGATCTAATGCTATGCCGGAGTGGTCT-AA-A--T-AT-C-G-GAGAAAAAATGTCCACTTCAGGCAAC-ATTT-TT---GCAGAAATCT-Tattttttctccgatatttagaccactccggcatagcattagatcacgtgggaccgcca
gi|9 : cgtattgtgctcagttgaaacaatcatggcatgaagcaagattaacaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-GACGAGCCCACGTGCCGTTATGCTATG---GAGCGGTGT-GA-A--A-A-----------AAGGTGCCCGCTTTAAGTAGC-ATTT-TT---GCAGATACTT-TNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAATCTTTG----GTGCTATGAAGAGGC-----CATG-CAAAACCCTTATTT--TATGCAAAa
Alignments
lowQualScore : 1 33333 111 333333333333333 11111 1111 1111 22 5555555555555 222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 1111 444444444444 111 22 222222222222222 111 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 5 33333 111 1 000000000000000 00000 7777 8 22 8 5555 9 55 7 6 7777777777777 7 3 44 4 2 555 2 2 33 2 333333 3 0 4 4 222 5 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55555555 1 1 44444 99 8888 66 333333333333 000 0 1 5 33 5 99 333333333333333 1 0 222 111 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 8
lowQualScore : . ..... ... . ............... ..... .... . .. . .... . .. . . ............. . . .. . . ... . . .. . ...... . . . . ... . .. ..................................................... . ........ . . ..... .. .... .. ............ ... . . . .. . .. ............... . . ... ... . ................................................................ .. .
lowQualScore : 0 33333 555 2 555555555555555 11111 0000 0 00 0 8888 8 55 5 7 5555555555555 5 0 55 5 7 444 9 9 99 9 333333 3 5 4 4 222 0 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 88888888 0 0 33333 33 3333 99 555555555555 000 1 4 7 00 7 22 777777777777777 0 8 888 222 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 0
consensus : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATTT-CGTA----T--CATTACACGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
Reference ( family-2019 ) : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATTT-CGTA----TC-CATTANACGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
gi|1 : AATG-CTTGTTGTATAAAGTCTCAAAATTTATA-----AAAGATGTCTTCAAAATTCGTAAAACTACTTTGAATAATTTAATT-ACTTATACTAT-------C-ATTGAAATACCTGTT----GTTT-ATTTT-GTA-TATATATT-TAAT--TTAT-AT-TATTT-TGTAATTGTA-TATTAATTGCT-GGCGAACCCACGTGACTTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--T-G-GTGGAAAAGAAACCGCCTCGGGTAGC-ATTT-TT---GCAGATTACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC---G----TTTATATAAAATGAC-----CATG-AAAAACTTGTAATT--TTTGCAAAAAAACAACAACAGTACAATAA---CGTTTTGATCTCAGTTG-GACAATTATGTTATGGAGCGGTGC-AA--T-AAAAAA--AAACATACGCCGTTTTCC--TTTTTCAAATAACATGGTTTTGTCTCATGCCCATATAATAT-CACCGTTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCTGCATAAAT-GTAACCTGAAGCGGGC
gi|10 : caatTGTTGTATAAAGTCTCCAACTTTATATACAAAAAGATGCATACGATATTCGTCAAGCAATTTTAAATGATTAAATT-TTTTA----ATA---AAATGAtc
gi|11 : acttcttattttgttgtatcaagtaaacaaatattcgaaataaacacttaggccatcaagcgcggtcctcatttaacactttaatgatataatggctttcataataaacatgC---G----GTTATATAAAATGAC-----CATG---------------------CAAAA-------AA-AGTGCACCGG---CGTTTTATGCTCAATTGAGAC-ATTATGGTATGGAGCGGTGC-AATTT-ACATAA--AAACAT----TGATGCAC--TTatta
gi|11 : ACGGC-GGCGAACCCACATGGC-----GTTTTG---GAGTGGTGC-AA-A--A-AATC-G-GAAGAAAgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|12 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgagacattatggtatggagcggtgcaatttacataaaaacattgatgcacttgatatcaccgATGGT-GGCAAACACACGTGACTCTATGCAATG---GAGTGGTGC-AG-A--G-A---------GAGA---------TTCGG---AG-ATTT-TTC--GCAGATAAC--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTAATGTGAAGtattaactgggattgaa
gi|13 : TATATT-CATTT-C-T-----TC-TATTATACGGT-TGCAAATCCATGTAACCTAACGCTATT---GAGTGGTAC-AA-AACA-A--T-G-GTGGAAAAGTcactgagtgata
gi|14 : tcatgtgGCGAGCCCACGTGACCTTATGCTAAC---GGGTGGTGTGAA-A--A-A--CTG-GAGGAAATGTGTCCGCTTTAAGTAAT-ATTT-TT---
gi|15 : GT-GGCGAACCAACGTGATTTAATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--ATAT-C-G-GTGGAAAAGTGCCCGCT
gi|16 : aATTAT-CATT---GT----------TTACACGATTGACGAACCGACGTGACCTTGTGCTATA---GA--GATGA-AC-A--A-A--C-G-G
gi|2 : TTT--TTTGCAAA----------CGGTGCAACGG---CATTTTGTGCTGAATTGAGACAAGTATAGTATGAAGCGGTGT-AATTT-ACAAAAAGAAACAT---TC------------TGCAAATTGGATAGATTTTT-TCATGCGCACTTGATAT-CACAGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGA--AAGTTATCTGC--AAATCGTTACCTGAAGTGGGCg
gi|2 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtATTTAATTTGGTCATGCT-TACGTATCCGATTAATA---ACATT----GAAT-AGCTTAGTACCGTATATTATAAC-ATTATCAT-CATTT---TA----T---ATAACACGGT-TGCGAACCCACGTGACTTTATGTTATG---TAGTGGTGC-AACA--A-A--T-G-GAAGTAAAGTGCCCACTTCAGGTAACGA--T-TT---GCAGATAACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACC---T----GTGATATCAAGTGCG-----CATG-AAAAAATC-TATCCAATTTGCAGAA-------actttacttccatttgttgcaccactacataacataaagtcacgtgggttcgcaaccgtgttatataaaatgatgataatgttataatatacggtactaagctattcaatgttattaatcggatacgtaagcatgaccaaattaaataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|3 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtttttttgcaaacggtgcaacggcattttgtgctgaattgagacaagtatagtatgaagcggtgtaatttacaaaaagaaacaAATGGTTTCTTGTATAAAGTCTCCAAACTGATA-----AAAAAAGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGGATGATTTAATT-ACTAAT-CTATA---AAAGGAATGATATGTGTGTT----GTTT-ATATT-GTACaaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|4 : aaaaacaagttatgctatgaggattattaagataaaattaacaattatagtttaagaaaattaatttccagcttgagattaaacttacatgtatactatcgaaatagaaacgggtagatataatcgaattgaccgttcgaacagattttgtgaatattttactcgtaatgtgttcgaaacggaatatcacttcttagtacgttgtaccaagtattctgatattcgactgacataaatacttaggccatcaagtgcgtccctccttaaataaattgaattctta----GTTATATAAAGTTAC-----CATGCAAAAAAGGATTTTT--TTTGCAAAT-------A---GTGAAACGC---CGTTATGTGATCAGTTAAGACAGTTATGGTATGGCGCAGTGC-AGCCT-ACAAAA--CAACA----CTGTTGTAC--TTTTGTAAATAATACGGA-TTGT-TTATGCCTACTTAATAT-CACCGGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--CAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGCa
gi|4 : AAACGGC-GGCGAACACACGTGAC-TTATGTTATG---GAGTGGTCC-AA-A--A-AATC-A-GCGGAATGGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-GT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTGATATTAAGTAGG-----CATA-AACAATCCGTATTA--TTTACAAAA-----------GTACAACAGTGTTGTTTTGTaccattccgctgattttttggaccactccataacataagtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|5 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctGC-AA-A--G-T--C-AAGGGGAAAAATGCCTGCTTCAGGTGGC-ATAT-T----GCAGATGACT-TACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NAATTGTTATATAAAATGACATTGCTATT-GAAGATT-GTATTT--TTTGCAAAA-------AGCG---CGACGG---CATTTTGTGCTAAGTTGAGACAGTTATGGTAAGGAGTGGGTC-AAGTT-ACATAA--AAATG----CCGTTGTACTTTTTTGCAAATGATACG---TTGT---ATGCCCACTTGATAT-CACCGGT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCCGCAAAAAT-tgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|6 : CAGTTGAAATGATTATGGTATGGAAAGGTGTAAA-TT-ACA
gi|6 : TT----GTTTTAAATT-GT---GTATCTTACAAC-----TGATACATGTACATA----TCTCATGACTCGAT-GGAGAACCCACGTGGTCTAATGCTATT---GAGTAATGT-AA-A--G-CCTC-T-GAGTAAAAGTGCCCTCTTCAGATAAC-ATTTATTTTGGCAGATAACT-TTCTTctgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaagaaagttatctgccaaaataaatgttatctgaagagggcacttttactcagaggctttacattactcaatagcattagaccacgtgggttctccatcgagtcatgagatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
gi|7 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcGCGTGTTCATCGTTG-AAATT-G-AATGTGGATTTTAGCGATTGCAAG-TATTT-TGTAGT--TG-CAT---GCGGC-AGCGAATCGACGTGACCTGATACTATG---GAGTGGTGT-AA-A--A-A--agaaa
gi|8 : tcga---CGTATTGTGCTCAGTTGAAACAATCATGGCATGAAGCAA----GA-TTAACAAAA--NNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCAGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGATTTCTGCAAAAAT-GTTGCCTGAAGTGGACcccctaaacccatttaattaaatgaaaacgtacgaggaacgtgcgatataattgttaccaaccaaactgtgataacgcacacgcgctcgtgattgtgtttgtcaatcactgttcgtttctttcatgggcttaattctataaattagaattatgcaacgagac
gi|8 : -GGCGGTCCCACGTGATCTAATGCTATGCCGGAGTGGTCT-AA-A--T-AT-C-G-GAGAAAAAATGTCCACTTCAGGCAAC-ATTT-TT---GCAGAAATCT-Tattttttctccgatatttagaccactccggcatagcattagatcacgtgggaccgcca
gi|9 : cgtattgtgctcagttgaaacaatcatggcatgaagcaagattaacaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-GACGAGCCCACGTGCCGTTATGCTATG---GAGCGGTGT-GA-A--A-A-----------AAGGTGCCCGCTTTAAGTAGC-ATTT-TT---GCAGATACTT-TNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAATCTTTG----GTGCTATGAAGAGGC-----CATG-CAAAACCCTTATTT--TATGCAAAa
Alignments
lowQualScore : 1 33333 111 333333333333333 11111 1111 1111 22 66666666666666 222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 1111 444444444444 111 22 222222222222222 111 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 5 33333 111 1 000000000000000 00000 7777 8 22 8 5555 9 55 7 6 00000000000000 1 66 6 4 2 555 2 2 33 2 333333 3 0 4 4 222 5 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55555555 1 1 44444 99 8888 66 333333333333 000 0 1 5 33 5 99 333333333333333 1 0 222 111 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 8
lowQualScore : . ..... ... . ............... ..... .... . .. . .... . .. . . .............. . .. . . . ... . . .. . ...... . . . . ... . .. ..................................................... . ........ . . ..... .. .... .. ............ ... . . . .. . .. ............... . . ... ... . ................................................................ .. .
lowQualScore : 0 33333 555 2 555555555555555 11111 0000 0 00 0 8888 8 55 5 7 55555555555555 0 11 7 5 7 444 9 9 99 9 333333 3 5 4 4 222 0 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 88888888 0 0 33333 33 3333 99 555555555555 000 1 4 7 00 7 22 777777777777777 0 8 888 222 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 0
consensus : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATTT-CGT-AT-------ATTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
Reference ( family-2019 ) : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATTT-CGT-AT----C--ATTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
gi|1 : AATG-CTTGTTGTATAAAGTCTCAAAATTTATA-----AAAGATGTCTTCAAAATTCGTAAAACTACTTTGAATAATTTAATT-ACTTATACTAT-------C-ATTGAAATACCTGTT----GTTT-ATTTT-GTA-TATATATT-TAAT--TTAT-AT-TATTT-TGTAATTGTAT--ATTA-A--TTGCTGGCGAACCCACGTGACTTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--T-G-GTGGAAAAGAAACCGCCTCGGGTAGC-ATTT-TT---GCAGATTACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC---G----TTTATATAAAATGAC-----CATG-AAAAACTTGTAATT--TTTGCAAAAAAACAACAACAGTACAATAA---CGTTTTGATCTCAGTTG-GACAATTATGTTATGGAGCGGTGC-AA--T-AAAAAA--AAACATACGCCGTTTTCC--TTTTTCAAATAACATGGTTTTGTCTCATGCCCATATAATAT-CACCGTTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCTGCATAAAT-GTAACCTGAAGCGGGC
gi|10 : caatTGTTGTATAAAGTCTCCAACTTTATATACAAAAAGATGCATACGATATTCGTCAAGCAATTTTAAATGATTAAATT-TTTTA----ATA---AAATGAtc
gi|11 : acttcttattttgttgtatcaagtaaacaaatattcgaaataaacacttaggccatcaagcgcggtcctcatttaacactttaatgatataatggctttcataataaacatgC---G----GTTATATAAAATGAC-----CATG---------------------CAAAA-------AA-AGTGCACCGG---CGTTTTATGCTCAATTGAGAC-ATTATGGTATGGAGCGGTGC-AATTT-ACATAA--AAACAT----TGATGCAC--TTatta
gi|11 : A--CGGC-GGCGAACCCACATGGC-----GTTTTG---GAGTGGTGC-AA-A--A-AATC-G-GAAGAAAgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|12 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgagacattatggtatggagcggtgcaatttacataaaaacattgatgcacttgatatcaccgA--TGGT-GGCAAACACACGTGACTCTATGCAATG---GAGTGGTGC-AG-A--G-A---------GAGA---------TTCGG---AG-ATTT-TTC--GCAGATAAC--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTAATGTGAAGtattaactgggattgaa
gi|13 : TATATT-CATTT-CTT-CT-------ATTATA--CGGT-TGCAAATCCATGTAACCTAACGCTATT---GAGTGGTAC-AA-AACA-A--T-G-GTGGAAAAGTcactgagtgata
gi|14 : tcatgtgGCGAGCCCACGTGACCTTATGCTAAC---GGGTGGTGTGAA-A--A-A--CTG-GAGGAAATGTGTCCGCTTTAAGTAAT-ATTT-TT---
gi|15 : GT-GGCGAACCAACGTGATTTAATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--ATAT-C-G-GTGGAAAAGTGCCCGCT
gi|16 : aATTAT-CATT---GT-----------TTACA--CGATTGACGAACCGACGTGACCTTGTGCTATA---GA--GATGA-AC-A--A-A--C-G-G
gi|2 : TTT--TTTGCAAA----------CGGTGCAACGG---CATTTTGTGCTGAATTGAGACAAGTATAGTATGAAGCGGTGT-AATTT-ACAAAAAGAAACAT---TC------------TGCAAATTGGATAGATTTTT-TCATGCGCACTTGATAT-CACAGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGA--AAGTTATCTGC--AAATCGTTACCTGAAGTGGGCg
gi|2 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtATTTAATTTGGTCATGCT-TACGTATCCGATTAATA---ACATT----GAAT-AGCTTAGTACCGTATATTATAAC-ATTATCAT-CATTT---T-AT-------ATAACA--CGGT-TGCGAACCCACGTGACTTTATGTTATG---TAGTGGTGC-AACA--A-A--T-G-GAAGTAAAGTGCCCACTTCAGGTAACGA--T-TT---GCAGATAACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACC---T----GTGATATCAAGTGCG-----CATG-AAAAAATC-TATCCAATTTGCAGAA-------actttacttccatttgttgcaccactacataacataaagtcacgtgggttcgcaaccgtgttatataaaatgatgataatgttataatatacggtactaagctattcaatgttattaatcggatacgtaagcatgaccaaattaaataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|3 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtttttttgcaaacggtgcaacggcattttgtgctgaattgagacaagtatagtatgaagcggtgtaatttacaaaaagaaacaAATGGTTTCTTGTATAAAGTCTCCAAACTGATA-----AAAAAAGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGGATGATTTAATT-ACTAAT-CTATA---AAAGGAATGATATGTGTGTT----GTTT-ATATT-GTACaaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|4 : aaaaacaagttatgctatgaggattattaagataaaattaacaattatagtttaagaaaattaatttccagcttgagattaaacttacatgtatactatcgaaatagaaacgggtagatataatcgaattgaccgttcgaacagattttgtgaatattttactcgtaatgtgttcgaaacggaatatcacttcttagtacgttgtaccaagtattctgatattcgactgacataaatacttaggccatcaagtgcgtccctccttaaataaattgaattctta----GTTATATAAAGTTAC-----CATGCAAAAAAGGATTTTT--TTTGCAAAT-------A---GTGAAACGC---CGTTATGTGATCAGTTAAGACAGTTATGGTATGGCGCAGTGC-AGCCT-ACAAAA--CAACA----CTGTTGTAC--TTTTGTAAATAATACGGA-TTGT-TTATGCCTACTTAATAT-CACCGGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--CAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGCa
gi|4 : A--CGGC-GGCGAACACACGTGAC-TTATGTTATG---GAGTGGTCC-AA-A--A-AATC-A-GCGGAATGGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-GT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTGATATTAAGTAGG-----CATA-AACAATCCGTATTA--TTTACAAAA-----------GTACAACAGTGTTGTTTTGTaccattccgctgattttttggaccactccataacataagtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|5 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctGC-AA-A--G-T--C-AAGGGGAAAAATGCCTGCTTCAGGTGGC-ATAT-T----GCAGATGACT-TACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NAATTGTTATATAAAATGACATTGCTATT-GAAGATT-GTATTT--TTTGCAAAA-------AGCG---CGACGG---CATTTTGTGCTAAGTTGAGACAGTTATGGTAAGGAGTGGGTC-AAGTT-ACATAA--AAATG----CCGTTGTACTTTTTTGCAAATGATACG---TTGT---ATGCCCACTTGATAT-CACCGGT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCCGCAAAAAT-tttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|6 : CAGTTGAAATGATTATGGTATGGAAAGGTGTAAA-TT-ACA
gi|6 : TT----GTTTTAAATT-GT---GTATCTTACAAC-----TGATACATGTACAT-AT----CTCATGACT--CGAT-GGAGAACCCACGTGGTCTAATGCTATT---GAGTAATGT-AA-A--G-CCTC-T-GAGTAAAAGTGCCCTCTTCAGATAAC-ATTTATTTTGGCAGATAACT-TTCTTctgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaagaaagttatctgccaaaataaatgttatctgaagagggcacttttactcagaggctttacattactcaatagcattagaccacgtgggttctccatcgagtcatgagatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
gi|7 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcGCGTGTTCATCGTTG-AAATT-G-AATGTGGATTTTAGCGATTGCAAG-TATTT-TGT-A--------GTTGCATGCGGC-AGCGAATCGACGTGACCTGATACTATG---GAGTGGTGT-AA-A--A-A--agaaa
gi|8 : tcga---CGTATTGTGCTCAGTTGAAACAATCATGGCATGAAGCAA----GA-TTAACAAAA--NNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCAGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGATTTCTGCAAAAAT-GTTGCCTGAAGTGGACcccctaaacccatttaattaaatgaaaacgtacgaggaacgtgcgatataattgttaccaaccaaactgtgataacgcacacgcgctcgtgattgtgtttgtcaatcactgttcgtttctttcatgggcttaattctataaattagaattatgcaacgagac
gi|8 : -GGCGGTCCCACGTGATCTAATGCTATGCCGGAGTGGTCT-AA-A--T-AT-C-G-GAGAAAAAATGTCCACTTCAGGCAAC-ATTT-TT---GCAGAAATCT-Tattttttctccgatatttagaccactccggcatagcattagatcacgtgggaccgcca
gi|9 : cgtattgtgctcagttgaaacaatcatggcatgaagcaagattaacaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-GACGAGCCCACGTGCCGTTATGCTATG---GAGCGGTGT-GA-A--A-A-----------AAGGTGCCCGCTTTAAGTAGC-ATTT-TT---GCAGATACTT-TNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAATCTTTG----GTGCTATGAAGAGGC-----CATG-CAAAACCCTTATTT--TATGCAAAa
Alignments
lowQualScore : 1 33333 111 333333333333333 11111 1111 1111 22 4444444444444444 222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 1111 444444444444 111 22 222222222222222 111 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 5 33333 111 1 000000000000000 00000 7777 8 22 8 5555 9 55 7 6 2222222222222222 1 66 6 4 2 555 2 2 33 2 333333 3 0 4 4 222 5 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55555555 1 1 44444 99 8888 66 333333333333 000 0 1 5 33 5 99 333333333333333 1 0 222 111 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 8
lowQualScore : . ..... ... . ............... ..... .... . .. . .... . .. . . ................ . .. . . . ... . . .. . ...... . . . . ... . .. ..................................................... . ........ . . ..... .. .... .. ............ ... . . . .. . .. ............... . . ... ... . ................................................................ .. .
lowQualScore : 0 33333 555 2 555555555555555 11111 0000 0 00 0 8888 8 55 5 7 8888888888888888 0 11 7 5 7 444 9 9 99 9 333333 3 5 4 4 222 0 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 88888888 0 0 33333 33 3333 99 555555555555 000 1 4 7 00 7 22 777777777777777 0 8 888 222 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 0
consensus : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATT------T-CGTAT---ATTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
Reference ( family-2019 ) : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATT------T-CGTAT---ATTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
gi|1 : AATG-CTTGTTGTATAAAGTCTCAAAATTTATA-----AAAGATGTCTTCAAAATTCGTAAAACTACTTTGAATAATTTAATT-ACTTATACTAT-------C-ATTGAAATACCTGTT----GTTT-ATTTT-GTA-TATATATT-TAAT--TTAT-AT-TATTTTGTAAT-TGTAT---ATTA-A--TTGCTGGCGAACCCACGTGACTTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--T-G-GTGGAAAAGAAACCGCCTCGGGTAGC-ATTT-TT---GCAGATTACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC---G----TTTATATAAAATGAC-----CATG-AAAAACTTGTAATT--TTTGCAAAAAAACAACAACAGTACAATAA---CGTTTTGATCTCAGTTG-GACAATTATGTTATGGAGCGGTGC-AA--T-AAAAAA--AAACATACGCCGTTTTCC--TTTTTCAAATAACATGGTTTTGTCTCATGCCCATATAATAT-CACCGTTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCTGCATAAAT-GTAACCTGAAGCGGGC
gi|10 : caatTGTTGTATAAAGTCTCCAACTTTATATACAAAAAGATGCATACGATATTCGTCAAGCAATTTTAAATGATTAAATT-TTTTA----ATA---AAATGAtc
gi|11 : acttcttattttgttgtatcaagtaaacaaatattcgaaataaacacttaggccatcaagcgcggtcctcatttaacactttaatgatataatggctttcataataaacatgC---G----GTTATATAAAATGAC-----CATG---------------------CAAAA-------AA-AGTGCACCGG---CGTTTTATGCTCAATTGAGAC-ATTATGGTATGGAGCGGTGC-AATTT-ACATAA--AAACAT----TGATGCAC--TTatta
gi|11 : A--CGGC-GGCGAACCCACATGGC-----GTTTTG---GAGTGGTGC-AA-A--A-AATC-G-GAAGAAAgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|12 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgagacattatggtatggagcggtgcaatttacataaaaacattgatgcacttgatatcaccgA--TGGT-GGCAAACACACGTGACTCTATGCAATG---GAGTGGTGC-AG-A--G-A---------GAGA---------TTCGG---AG-ATTT-TTC--GCAGATAAC--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTAATGTGAAGtattaactgggattgaa
gi|13 : TATATT-CATT------T-CTTCT---ATTATA--CGGT-TGCAAATCCATGTAACCTAACGCTATT---GAGTGGTAC-AA-AACA-A--T-G-GTGGAAAAGTcactgagtgata
gi|14 : tcatgtgGCGAGCCCACGTGACCTTATGCTAAC---GGGTGGTGTGAA-A--A-A--CTG-GAGGAAATGTGTCCGCTTTAAGTAAT-ATTT-TT---
gi|15 : GT-GGCGAACCAACGTGATTTAATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--ATAT-C-G-GTGGAAAAGTGCCCGCT
gi|16 : aATTAT-CATT---------GT------TTACA--CGATTGACGAACCGACGTGACCTTGTGCTATA---GA--GATGA-AC-A--A-A--C-G-G
gi|2 : TTT--TTTGCAAA----------CGGTGCAACGG---CATTTTGTGCTGAATTGAGACAAGTATAGTATGAAGCGGTGT-AATTT-ACAAAAAGAAACAT---TC------------TGCAAATTGGATAGATTTTT-TCATGCGCACTTGATAT-CACAGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGA--AAGTTATCTGC--AAATCGTTACCTGAAGTGGGCg
gi|2 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtATTTAATTTGGTCATGCT-TACGTATCCGATTAATA---ACATT----GAAT-AGCTTAGTACCGTATATTATAAC-ATTATCAT-CATT------T---TAT---ATAACA--CGGT-TGCGAACCCACGTGACTTTATGTTATG---TAGTGGTGC-AACA--A-A--T-G-GAAGTAAAGTGCCCACTTCAGGTAACGA--T-TT---GCAGATAACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACC---T----GTGATATCAAGTGCG-----CATG-AAAAAATC-TATCCAATTTGCAGAA-------actttacttccatttgttgcaccactacataacataaagtcacgtgggttcgcaaccgtgttatataaaatgatgataatgttataatatacggtactaagctattcaatgttattaatcggatacgtaagcatgaccaaattaaataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|3 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtttttttgcaaacggtgcaacggcattttgtgctgaattgagacaagtatagtatgaagcggtgtaatttacaaaaagaaacaAATGGTTTCTTGTATAAAGTCTCCAAACTGATA-----AAAAAAGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGGATGATTTAATT-ACTAAT-CTATA---AAAGGAATGATATGTGTGTT----GTTT-ATATT-GTACaaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|4 : aaaaacaagttatgctatgaggattattaagataaaattaacaattatagtttaagaaaattaatttccagcttgagattaaacttacatgtatactatcgaaatagaaacgggtagatataatcgaattgaccgttcgaacagattttgtgaatattttactcgtaatgtgttcgaaacggaatatcacttcttagtacgttgtaccaagtattctgatattcgactgacataaatacttaggccatcaagtgcgtccctccttaaataaattgaattctta----GTTATATAAAGTTAC-----CATGCAAAAAAGGATTTTT--TTTGCAAAT-------A---GTGAAACGC---CGTTATGTGATCAGTTAAGACAGTTATGGTATGGCGCAGTGC-AGCCT-ACAAAA--CAACA----CTGTTGTAC--TTTTGTAAATAATACGGA-TTGT-TTATGCCTACTTAATAT-CACCGGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--CAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGCa
gi|4 : A--CGGC-GGCGAACACACGTGAC-TTATGTTATG---GAGTGGTCC-AA-A--A-AATC-A-GCGGAATGGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-GT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTGATATTAAGTAGG-----CATA-AACAATCCGTATTA--TTTACAAAA-----------GTACAACAGTGTTGTTTTGTaccattccgctgattttttggaccactccataacataagtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|5 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctGC-AA-A--G-T--C-AAGGGGAAAAATGCCTGCTTCAGGTGGC-ATAT-T----GCAGATGACT-TACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NAATTGTTATATAAAATGACATTGCTATT-GAAGATT-GTATTT--TTTGCAAAA-------AGCG---CGACGG---CATTTTGTGCTAAGTTGAGACAGTTATGGTAAGGAGTGGGTC-AAGTT-ACATAA--AAATG----CCGTTGTACTTTTTTGCAAATGATACG---TTGT---ATGCCCACTTGATAT-CACCGGT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCCGCAAAAAT-tttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|6 : CAGTTGAAATGATTATGGTATGGAAAGGTGTAAA-TT-ACA
gi|6 : TT----GTTTTAAATT-GT---GTATCTTACAAC-----TGATACATG------TACATATCTCATGACT--CGAT-GGAGAACCCACGTGGTCTAATGCTATT---GAGTAATGT-AA-A--G-CCTC-T-GAGTAAAAGTGCCCTCTTCAGATAAC-ATTTATTTTGGCAGATAACT-TTCTTctgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaagaaagttatctgccaaaataaatgttatctgaagagggcacttttactcagaggctttacattactcaatagcattagaccacgtgggttctccatcgagtcatgagatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
gi|7 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcGCGTGTTCATCGTTG-AAATT-G-AATGTGGATTTTAGCGATTGCAAG-TATT------T-TGTA----GTTGCATGCGGC-AGCGAATCGACGTGACCTGATACTATG---GAGTGGTGT-AA-A--A-A--agaaa
gi|8 : tcga---CGTATTGTGCTCAGTTGAAACAATCATGGCATGAAGCAA----GA-TTAACAAAA--NNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCAGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGATTTCTGCAAAAAT-GTTGCCTGAAGTGGACcccctaaacccatttaattaaatgaaaacgtacgaggaacgtgcgatataattgttaccaaccaaactgtgataacgcacacgcgctcgtgattgtgtttgtcaatcactgttcgtttctttcatgggcttaattctataaattagaattatgcaacgagac
gi|8 : -GGCGGTCCCACGTGATCTAATGCTATGCCGGAGTGGTCT-AA-A--T-AT-C-G-GAGAAAAAATGTCCACTTCAGGCAAC-ATTT-TT---GCAGAAATCT-Tattttttctccgatatttagaccactccggcatagcattagatcacgtgggaccgcca
gi|9 : cgtattgtgctcagttgaaacaatcatggcatgaagcaagattaacaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-GACGAGCCCACGTGCCGTTATGCTATG---GAGCGGTGT-GA-A--A-A-----------AAGGTGCCCGCTTTAAGTAGC-ATTT-TT---GCAGATACTT-TNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAATCTTTG----GTGCTATGAAGAGGC-----CATG-CAAAACCCTTATTT--TATGCAAAa
Alignments
lowQualScore : 1 33333 111 333333333333333 11111 1111 1111 22 4444444444444444 222222 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 1111 444444444444 111 22 222222222222222 111 111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 5 33333 111 1 000000000000000 00000 7777 8 22 8 5555 9 55 7 6 2222222222222222 1 66 6 4 2 555 2 2 33 2 333333 3 0 4 4 222 5 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55555555 1 1 44444 99 8888 66 333333333333 000 0 1 5 33 5 99 333333333333333 1 0 222 111 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 8
lowQualScore : . ..... ... . ............... ..... .... . .. . .... . .. . . ................ . .. . . . ... . . .. . ...... . . . . ... . .. ..................................................... . ........ . . ..... .. .... .. ............ ... . . . .. . .. ............... . . ... ... . ................................................................ .. .
lowQualScore : 0 33333 555 2 555555555555555 11111 0000 0 00 0 8888 8 55 5 7 8888888888888888 0 11 7 5 7 444 9 9 99 9 333333 3 5 4 4 222 0 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 88888888 0 0 33333 33 3333 99 555555555555 000 1 4 7 00 7 22 777777777777777 0 8 888 222 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 0
consensus : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATT------T-CGTAT---ATTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
Reference ( family-2019 ) : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATT------T-CGTAT---ATTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
gi|1 : AATG-CTTGTTGTATAAAGTCTCAAAATTTATA-----AAAGATGTCTTCAAAATTCGTAAAACTACTTTGAATAATTTAATT-ACTTATACTAT-------C-ATTGAAATACCTGTT----GTTT-ATTTT-GTA-TATATATT-TAAT--TTAT-AT-TATTTTGTAAT-TGTAT---ATTA-A--TTGCTGGCGAACCCACGTGACTTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--T-G-GTGGAAAAGAAACCGCCTCGGGTAGC-ATTT-TT---GCAGATTACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC---G----TTTATATAAAATGAC-----CATG-AAAAACTTGTAATT--TTTGCAAAAAAACAACAACAGTACAATAA---CGTTTTGATCTCAGTTG-GACAATTATGTTATGGAGCGGTGC-AA--T-AAAAAA--AAACATACGCCGTTTTCC--TTTTTCAAATAACATGGTTTTGTCTCATGCCCATATAATAT-CACCGTTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCTGCATAAAT-GTAACCTGAAGCGGGC
gi|10 : caatTGTTGTATAAAGTCTCCAACTTTATATACAAAAAGATGCATACGATATTCGTCAAGCAATTTTAAATGATTAAATT-TTTTA----ATA---AAATGAtc
gi|11 : acttcttattttgttgtatcaagtaaacaaatattcgaaataaacacttaggccatcaagcgcggtcctcatttaacactttaatgatataatggctttcataataaacatgC---G----GTTATATAAAATGAC-----CATG---------------------CAAAA-------AA-AGTGCACCGG---CGTTTTATGCTCAATTGAGAC-ATTATGGTATGGAGCGGTGC-AATTT-ACATAA--AAACAT----TGATGCAC--TTatta
gi|11 : A--CGGC-GGCGAACCCACATGGC-----GTTTTG---GAGTGGTGC-AA-A--A-AATC-G-GAAGAAAgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|12 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgagacattatggtatggagcggtgcaatttacataaaaacattgatgcacttgatatcaccgA--TGGT-GGCAAACACACGTGACTCTATGCAATG---GAGTGGTGC-AG-A--G-A---------GAGA---------TTCGG---AG-ATTT-TTC--GCAGATAAC--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTAATGTGAAGtattaactgggattgaa
gi|13 : TATATT-CATT------T-CTTCT---ATTATA--CGGT-TGCAAATCCATGTAACCTAACGCTATT---GAGTGGTAC-AA-AACA-A--T-G-GTGGAAAAGTcactgagtgata
gi|14 : tcatgtgGCGAGCCCACGTGACCTTATGCTAAC---GGGTGGTGTGAA-A--A-A--CTG-GAGGAAATGTGTCCGCTTTAAGTAAT-ATTT-TT---
gi|15 : GT-GGCGAACCAACGTGATTTAATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--ATAT-C-G-GTGGAAAAGTGCCCGCT
gi|16 : aATTAT-CATT---------GT------TTACA--CGATTGACGAACCGACGTGACCTTGTGCTATA---GA--GATGA-AC-A--A-A--C-G-G
gi|2 : TTT--TTTGCAAA----------CGGTGCAACGG---CATTTTGTGCTGAATTGAGACAAGTATAGTATGAAGCGGTGT-AATTT-ACAAAAAGAAACAT---TC------------TGCAAATTGGATAGATTTTT-TCATGCGCACTTGATAT-CACAGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGA--AAGTTATCTGC--AAATCGTTACCTGAAGTGGGCg
gi|2 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtATTTAATTTGGTCATGCT-TACGTATCCGATTAATA---ACATT----GAAT-AGCTTAGTACCGTATATTATAAC-ATTATCAT-CATT------T---TAT---ATAACA--CGGT-TGCGAACCCACGTGACTTTATGTTATG---TAGTGGTGC-AACA--A-A--T-G-GAAGTAAAGTGCCCACTTCAGGTAACGA--T-TT---GCAGATAACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACC---T----GTGATATCAAGTGCG-----CATG-AAAAAATC-TATCCAATTTGCAGAA-------actttacttccatttgttgcaccactacataacataaagtcacgtgggttcgcaaccgtgttatataaaatgatgataatgttataatatacggtactaagctattcaatgttattaatcggatacgtaagcatgaccaaattaaataaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|3 : atctatgttgtagtttttatacacaaaagttatgtaatgtttttttgcaaacggtgcaacggcattttgtgctgaattgagacaagtatagtatgaagcggtgtaatttacaaaaagaaacaAATGGTTTCTTGTATAAAGTCTCCAAACTGATA-----AAAAAAGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGGATGATTTAATT-ACTAAT-CTATA---AAAGGAATGATATGTGTGTT----GTTT-ATATT-GTACaaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|4 : aaaaacaagttatgctatgaggattattaagataaaattaacaattatagtttaagaaaattaatttccagcttgagattaaacttacatgtatactatcgaaatagaaacgggtagatataatcgaattgaccgttcgaacagattttgtgaatattttactcgtaatgtgttcgaaacggaatatcacttcttagtacgttgtaccaagtattctgatattcgactgacataaatacttaggccatcaagtgcgtccctccttaaataaattgaattctta----GTTATATAAAGTTAC-----CATGCAAAAAAGGATTTTT--TTTGCAAAT-------A---GTGAAACGC---CGTTATGTGATCAGTTAAGACAGTTATGGTATGGCGCAGTGC-AGCCT-ACAAAA--CAACA----CTGTTGTAC--TTTTGTAAATAATACGGA-TTGT-TTATGCCTACTTAATAT-CACCGGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--CAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGCa
gi|4 : A--CGGC-GGCGAACACACGTGAC-TTATGTTATG---GAGTGGTCC-AA-A--A-AATC-A-GCGGAATGGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-GT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTGATATTAAGTAGG-----CATA-AACAATCCGTATTA--TTTACAAAA-----------GTACAACAGTGTTGTTTTGTaccattccgctgattttttggaccactccataacataagtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|5 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctGC-AA-A--G-T--C-AAGGGGAAAAATGCCTGCTTCAGGTGGC-ATAT-T----GCAGATGACT-TACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NAATTGTTATATAAAATGACATTGCTATT-GAAGATT-GTATTT--TTTGCAAAA-------AGCG---CGACGG---CATTTTGTGCTAAGTTGAGACAGTTATGGTAAGGAGTGGGTC-AAGTT-ACATAA--AAATG----CCGTTGTACTTTTTTGCAAATGATACG---TTGT---ATGCCCACTTGATAT-CACCGGT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCCGCAAAAAT-tttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|6 : CAGTTGAAATGATTATGGTATGGAAAGGTGTAAA-TT-ACA
gi|6 : TT----GTTTTAAATT-GT---GTATCTTACAAC-----TGATACATG------TACATATCTCATGACT--CGAT-GGAGAACCCACGTGGTCTAATGCTATT---GAGTAATGT-AA-A--G-CCTC-T-GAGTAAAAGTGCCCTCTTCAGATAAC-ATTTATTTTGGCAGATAACT-TTCTTctgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaagaaagttatctgccaaaataaatgttatctgaagagggcacttttactcagaggctttacattactcaatagcattagaccacgtgggttctccatcgagtcatgagatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
gi|7 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcGCGTGTTCATCGTTG-AAATT-G-AATGTGGATTTTAGCGATTGCAAG-TATT------T-TGTA----GTTGCATGCGGC-AGCGAATCGACGTGACCTGATACTATG---GAGTGGTGT-AA-A--A-A--agaaa
gi|8 : tcga---CGTATTGTGCTCAGTTGAAACAATCATGGCATGAAGCAA----GA-TTAACAAAA--NNNNNN---NNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCAGTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGATTTCTGCAAAAAT-GTTGCCTGAAGTGGACcccctaaacccatttaattaaatgaaaacgtacgaggaacgtgcgatataattgttaccaaccaaactgtgataacgcacacgcgctcgtgattgtgtttgtcaatcactgttcgtttctttcatgggcttaattctataaattagaattatgcaacgagac
gi|8 : -GGCGGTCCCACGTGATCTAATGCTATGCCGGAGTGGTCT-AA-A--T-AT-C-G-GAGAAAAAATGTCCACTTCAGGCAAC-ATTT-TT---GCAGAAATCT-Tattttttctccgatatttagaccactccggcatagcattagatcacgtgggaccgcca
gi|9 : cgtattgtgctcagttgaaacaatcatggcatgaagcaagattaacaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-GACGAGCCCACGTGCCGTTATGCTATG---GAGCGGTGT-GA-A--A-A-----------AAGGTGCCCGCTTTAAGTAGC-ATTT-TT---GCAGATACTT-TNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAATCTTTG----GTGCTATGAAGAGGC-----CATG-CAAAACCCTTATTT--TATGCAAAa
blockSeqs : G TACAA TGG T TGCTTACGTATCCG TGTGT CATC T GC A TACC A GA A A TACATATCTC T TG T T T CCG G C AC T ATCG A G A TTG . NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N NAATT T A ATTGC CA AGGA AA AAGCG TGT T A TT A AG CCGTTGTACTT T GAT TC G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT AA C
blockSeqs : . TT C TCTATAAAAGG AC . . TA . AAT A A T . TCTTCT C . . C A . . . . . ATCA T . . C . CG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C TTTG A G . A TCCG . AAAA . T . TT . . NNNNNNNNNN A NNN TT . GCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGA AA .
blockSeqs : AC A ATAAAATG . . AA . T T . C . TTGTA C . . C T . . . . . CTCT A . . . . CC NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N G G C . A CCCT . CG . T . CC . . TTGATGCAC G GA NN . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA AA .
blockSeqs : . . AA . G . TTAT C . . T A . . . . . CTG T . . . . CT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N G T A . G ATC . TA . G . GT . . CTGTTGTAC N . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . .
blockSeqs : A . GT C . . C T . . . . . TCG A . . . . NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A T G T . C TTG . A . T . T . . TTC
blockSeqs : . . T T . . . . . CAA C . . . . A G T A . . . . . . . T .
blockSeqs : . . C T . . . . . TCG G . . . . G G .
blockSeqs : . . C A . . . . . TG A . . .
blockSeqs : . C G . . . . . CG A
blockSeqs : . G A . . . . . TG .
blockSeqs : . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TCTGT*********** TCG*** NA********** TT TTGNTGCAC****** TC*
originalCons : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATT------T-CGTAT---ATTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-A--C-G-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAAA-------AACGGTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AA-TT-ACAAAA--AAACAT---CCGTTGTAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
finalCons : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATNAT-CATTTCTGT-----------ATTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-ATCG---GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCAAANA----------GTGCAACGG---CGTTTTGTGCTCAGTTGAGACAATTATGGTATGGAGCGGTGC-AATTT-ACAAAA--AAACATTGNTGCAC------TTTTGCAAATNATACGGATTTGTTC-ATGCCCACTTGATAT-CACCGGTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAAT-GTTACCTGAAGCGGGC
Alignments
lowQualScore : 1 33333 111 333333333333333 11111 1111 1111 22 1111111 44444444444 1 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111 2222 22222222222222222222222 1111 1111 111 1111 1111 222 111 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 5 33333 111 1 000000000000000 00000 7777 8 22 8 5555 9 55 6666666 44444444444 6 1 66 6 0 2 555 0 3 44 6 777 3 0 4 4 222 5 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55555555 1 1 44444 5 1111 888 99999999999999999999999 4444 1111 5 1 2 000 1 0000 4444 1 44 99 1 333 888 0 33 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : . ..... ... . ............... ..... .... . .. . .... . .. ....... ........... . . .. . . . ... . . .. . ... . . . . ... . .. ..................................................... . ........ . . ..... . .... ... ....................... .... .... . . . ... . .... .... . .. .. . ... ... . .. ................................................................
lowQualScore : 0 33333 555 2 555555555555555 11111 0000 0 00 0 8888 8 55 2222222 77777777777 7 0 11 7 7 7 444 0 1 22 2 999 3 5 4 4 222 0 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 88888888 0 0 33333 7 9999 111 66666666666666666666666 2222 0000 7 7 3 000 4 4444 2222 0 22 22 0 000 888 8 88 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
consensus : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATA-AT---CATTTC-------TG-TA-TTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-ATCG-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCA----------AAAAG--------TGCA----ACGG---CGTTTTGTGCT-CAGTTGAGACAATTATGGTATGGAG---CGGTGCA--ANTTACAAAAAAACAT----CGTTGTAC--TTTTGCAAATAATACGGNTTTGT-TCATGCCCACTTAATAT--CACCGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--NAGTTATCTGCAAAAATGTTACCTGAAGCGGGC
Reference ( family-2019 ) : NNNNAATGGCTTGTTGTATAAAGTCTCCAAATTTATA-----AAAGATGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGAATGATTTAATT-ACTTATGCTATA---AAACGATTGATATGCGCGTT----GTTT-ANATT-GTACCGTATATTATAAC-ATTATN-AT---CATTTC-------TG-TA-TTACA--CGGC-GGCGAACCCACGTGACCTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-ATCG-GNGGAAAAGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-TTCNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGNACC---G----GTNATATAAAGTGAC-----CATG-AAAAANTCGTATTT--TTTGCA----------AANAG--------TGCA----ACGG---CGTTTTGTGCT-CAGTTGAGACAATTATGGTATGGAG---CGGTGCA--ATTTACAAAAAAACAT----TGNTGCAC--TTTTGCAAATNATACGGATTTGT-TCATGCCCACTTGATAT--CACCGGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNA--AAGTTATCTGCAAAAATGTTACCTGAAGCGGGC
gi|1 : AATG-CTTGTTGTATAAAGTCTCAAAATTTATA-----AAAGATGTCTTCAAAATTCGTAAAACTACTTTGAATAATTTAATT-ACTTATACTAT-------C-ATTGAAATACCTGTT----GTTT-ATTTT-GTA-TATATATT-TAAT--TTAT--AT---TATTTTGTAATTGTA-TA-TTA-A--TTGCTGGCGAACCCACGTGACTTTATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--A-AT-G-GTGGAAAAGAAACCGCCTCGGGTAGC-ATTT-TT---GCAGATTACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC---G----TTTATATAAAATGAC-----CATG-AAAAACTTGTAATT--TTTGCAAAAAAACAACAACAG--------TACA----ATAA---CGTTTTGATCT-CAGTTG-GACAATTATGTTATGGAG---CGGTGCA--A--TAAAAAAAAACATACGCCGTTTTCC--TTTTTCAAATAACATGGTTTTGTCTCATGCCCATATAATAT--CACCGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCTGCATAAATGTAACCTGAAGCGGGC
gi|10 : caatTGTTGTATAAAGTCTCCAACTTTATATACAAAAAGATGCATACGATATTCGTCAAGCAATTTTAAATGATTAAATT-TTTTA----ATA---AAATGAtc
gi|11 : acttcttattttgttgtatcaagtaaacaaatattcgaaataaacacttaggccatcaagcgcggtcctcatttaacactttaatgatataatggctttcataataaacatgC---G----GTTATATAAAATGAC-----CATG-CAAAA----------------------------AAAG--------TGCA----CCGG---CGTTTTATGCT-CAATTGAGACA-TTATGGTATGGAG---CGGTGCA--ATTTACATAAAAACAT----TGATGCAC--TTatta
gi|11 : A--CGGC-GGCGAACCCACATGGC-----GTTTTG---GAGTGGTGCAAA-A--A-ATCG-GAAGAAAgatatcaccgtttcttccgattttttgcaccactccaaaacgccatgtgggttcgccgccgttattaactgggattgaa
gi|12 : cggttatataaaatgaccatgcaaaaaaagtgcaccggcgttttatgctcaattgagacattatggtatggagcggtgcaatttacataaaaacattgatgcacttgatatcaccgA--TGGT-GGCAAACACACGTGACTCTATGCAATG---GAGTGGTGC-AG-A--G-A-------GAGA---------TTCGG---AG-ATTT-TTC--GCAGATAAC--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTAATGTGAAGtattaactgggattgaa
gi|13 : TATA-TT---CATTTC-------TTCTA-TTATA--CGGT-TGCAAATCCATGTAACCTAACGCTATT---GAGTGGTAC-AA-AACA-AT-G-GTGGAAAAGTcactgagtgata
gi|14 : tcatgtgGCGAGCCCACGTGACCTTATGCTAAC---GGGTGGTGTGAA-A--A-ACTG-GAGGAAATGTGTCCGCTTTAAGTAAT-ATTT-TT---
gi|15 : GT-GGCGAACCAACGTGATTTAATGCTATG---GAGTGGTGC-AA-A--ATATCG-GTGGAAAAGTGCCCGCT
gi|16 : aATT-AT---CATT----------G-T--TTACA--CGATTGACGAACCGACGTGACCTTGTGCTATA---GAG
gi|2 : ccgtttgttcatATTTAATTTGGTCATGCT-TACGTATCCGATTAATA---ACATT----GAAT-AGCTTAGTACCGTATATTATAAC-ATTATC-AT---CATTT--------TA-TA-TAACA--CGGT-TGCGAACCCACGTGACTTTATGTTATG---TAGTGGTGC-AACA--A-AT-G-GAAGTAAAGTGCCCACTTCAGGTAACGA--T-TT---GCAGATAACT-TTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACC---T----GTGATATCAAGTGCG-----CATG-AAAAAATC-TATCCAATTTGCA----------GAATGTTTCTTTTTGTAAATTACAC---CGCTTCATACTATACTTGTCTCAATT-CAGCACAAAATGCCGTTGCACCGTTTGCAAAAAAACAT----TACATAAC--TTTTGg
gi|3 : atctatgttgtagtttttatacaAATGGTTTCTTGTATAAAGTCTCCAAACTGATA-----AAAAAAGCCTTCGATATTCGTAAAGCTATTTTGGATGATTTAATT-ACTAAT-CTATA---AAAGGAATGATATGTGTGTT----GTTT-ATATT-GTACaaaaagaaatgatatttgaataattgtccaatcagagcatactcacaggtaacatagtgttcggctaaataattatcttagtccatttaacacgtgtttctgtttgtttttttc
gi|4 : aaaaacaagttatgctatgaggattattaagataaaattaacaattatagtttaagaaaattaatttccagcttgagattaaacttacatgtatactatcgaaatagaaacgggtagatataatcgaattgaccgttcgaacagattttgtgaatattttactcgtaatgtgttcgaaacggaatatcacttcttagtacgttgtaccaagtattctgatattcgactgacataaatacttaggccatcaagtgcgtccctccttaaataaattgaattctta----GTTATATAAAGTTAC-----CATGCAAAAAAGGATTTTT--TTTGCA----------AATAG--------TGAA----ACGC---CGTTATGTGAT-CAGTTAAGACAGTTATGGTATGGCG---CAGTGCA--GCCTACAAAACAACAC----TGTTGTAC--TTTTGTAAATAATACGGA-TTGT-TTATGCCTACTTAATAT--CACCGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA--CAGTTATCTGCAAAAATGTTACCTGAAGCGGGCa
gi|4 : A--CGGC-GGCGAACACACGTGA-CTTATGTTATG---GAGTGGTCCAAA-A--A-ATCA-GCGGAATGGTGCCCGCTTCAGGTAAC-ATTT-TT---GCAGATAACT-GT-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC---G----GTGATATTAAGTAGG-----CATA-AACAATCCGTATTA--TTTACA----------AA-AG--------TACA----ACAGTGTTGTTTTGTaccattccgctgattttttggaccactccataacataagtcacgtgtgttcgccgccgttttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|5 : gttatataaagttaccatgcaaaaaaggattttttttgcaaatagtgaaacgccgttatgtgatcagttaagacagttatggtatggcgcagtgcagcctA-A--A-GTCAAGGGGAAAAATGCCTGCTTCAGGTGGC-ATAT-T----GCAGATGACT-TACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NAATTGTTATATAAAATGACATTGCTATT-GAAGATT-GTATTT--TTTGCA----------AAAAG--------CGCG----ACGG---CATTTTGTGCT-AAGTTGAGACAGTTATGGTAAGGAG---TGGGTCA--AGTTACATAAAAATGC----CGTTGTACTTTTTTGCAAATGATACG---TTGT---ATGCCCACTTGATAT--CACCGGT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NAGTTATCCGCAAAAATtttgttggaaaacgattttctagcaatatatgagcttcttgccagggttca
gi|6 : gc-CAGTTGAAATGATTATGGTATGGAA---AGGTGTA--AATTACA
gi|6 : TT----GTTTTAAATT-GT---GTATCTTACAAC--TGATACATGTACATATC-------T--CA-TGACT--CGAT-GGAGAACCCACGTGGTCTAATGCTATT---GAGTAATGT-AA-A--GCCTCT-GAGTAAAAGTGCCCTCTTCAGATAAC-ATTTATTTTGGCAGATAACT-TTCTTctgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcaagaaagttatctgccaaaataaatgttatctgaagagggcacttttactcagaggctttacattactcaatagcattagaccacgtgggttctccatcgagtcatgagatatgtacatgtatcagttgtaagatacacaatttaaaacaaagaaa
gi|7 : cagttgaaatgattatggtatggaaaggtgtaaattacactgtttgccaatggaacgagttttacatgagaatgtgatagcatcaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttaattcGCGTGTTCATCGTTG-AAATT-G-AATGTGGATTTTAGCGATTGCA-AG---TATTT--------TG-TAGTTGCATGCGGC-AGCGAATCGACGTGACCTGATACTATG---GAGTGGTGT-AA-A--A-ATCG-agaaa
gi|8 : t---CGTATTGTGCT-CAGTTGAAACAATCATGGCATGAAG---CAA---G--ATTAACAAAANNNNNN----NNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAGATTTCTGCAAAAATGTTGCCTGAAGTGGACcccctaaacccatttaattaaatgaaaacgtacgaggaacgtgcgatataattgttaccaaccaaactgtgataacgcacacgcgctcgtgattgtgtttgtcaatcactgttcgtttctttcatgggcttaattctataaattagaattatgcaacgagac
gi|8 : -GGCGGTCCCACGTGATCTAATGCTATGCCGGAGTGGTCT-AA-A--T-ATCG-GAGAAAAAATGTCCACTTCAGGCAAC-ATTT-TT---GCAGAAATCT-Tattttttctccgatatttagaccactccggcatagcattagatcacgtgggaccgcca
gi|9 : cgtattgtgctcagttgaaacaatcatggcatgaagcaagattaacaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaccagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt-GACGAGCCCACGTGCCGTTATGCTATG---GAGCGGTGT-GA-A--A-A---------AAGGTGCCCGCTTTAAGTAGC-ATTT-TT---GCAGATACTT-TNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGAATCTTTG----GTGCTATGAAGAGGC-----CATG-CAAAACCCTTATTT--TATGCA----------AAa