lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 111 22 1 11 11 1 4444444 33 22 11 1 222 999999999 2222 88888888888888888888888888888888 33 11 1 5555555555 1 333333 222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 222 1 222 22 1 111 33333 1 2222222 11 1111 44444444444444 222 1 11 111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 111 222 1 1 222 1 2 2222222 11111 7777777777 1 1 33333
lowQualScore : 6 666666666 5 1 77 555 1 1 44 1 6 00 11 0 4 5 6 6 0000000 2 22 4 7 33 6 99 5 6 333 7 111111111 6 1111 0 22222222222222222222222222222222 11 6 88 0 55 6 5 0000000000 2 5 5 999 2 2 2 2 5 4 7 0 7 888888 888888 3 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 4 7 333 6 5 0 3 2 3 333 3 22 7 5 4 777 6 9 11111 6 7 4 55 5 6 6666666 11 0 7777 99999999999999 777 3 77 11 6 666666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 333 111 5 111 1 0 0 3 6 3 6 666 3 6 6 1 6 2222222 2 55555 0 0000000000 0 0 0 0 1 7 33333 11
lowQualScore : . ......... . . .. ... . . .. . . .. .. . . . . . ....... . .. . . .. . .. . . ... . ......... . .... . ................................ .. . .. . .. . . .......... . . . ... . . . . . . . . . ...... ...... . . .......................................................................................................................... . . . ... . . . . . . ... . .. . . . ... . . ..... . . . .. . . ....... .. . .... .............. ... . .. .. . ...... ...................................................... . ... ... . ... . . . . . . . ... . . . . . ....... . ..... . .......... . . . . . . ..... ..
lowQualScore : 0 888888888 3 6 99 111 6 7 33 3 0 44 00 8 8 0 0 0 0000000 2 55 0 0 77 7 77 0 0 333 3 777777777 0 0000 7 33333333333333333333333333333333 77 0 33 7 33 3 7 7777777777 7 7 7 777 7 7 7 7 7 0 0 7 3 333333 222222 2 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 0 0 000 0 6 0 2 5 5 555 2 88 2 0 0 555 0 0 55555 0 0 5 55 0 0 0000000 00 6 0000 00000000000000 666 3 99 00 0 444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 333 777 8 222 2 8 8 6 6 3 7 222 3 0 0 2 4 6666666 2 88888 8 2222222222 8 6 8 0 5 0 88888 33
consensus : AACTTTCGATATCGGTGTCG-CGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATA--AACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTA---TATGTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTGGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGAT---ATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTAT-A-AATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACACTTTT-T--AAA--CGC-ACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTTGGGATTTCTTGTGACTGTACATATTCTGGNNNNNNACACGGTTATTTATATCATTGTTATGACGCCCGCCCAGGGGGATTATTGGGGACATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATNAAGCAATTTAAATTGTGTTATGGGGTAAAATACGTAC------ACGCACATAGAATTGCTTA-----AAATTTAT-T---AAAAAAA-------ATN---------CT--AT--G--GTCATTGTGTTTA----T----NTN-----T-----TTATTAAGTA--TTAGGAATTA----AGAA--AGT----TA---TTATGCGTAAGACTTCTTNAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAA-AAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTA-NAACGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTNTGCAGACGTT---TCGCGTGACGACGTCGAATTACATA-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGATACA--TTTTTTAA----TTA----G----T-TGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA--ATAATGCATCGGTCA------CATTTGGC--T-CTCATCCTG----GAGGATA-CC-TACTGTGG--T----------NTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGANACTCGTTTTTTNAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGAAAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACTA-TTATTTTAATCATAC---TTTTTTTTT-AAAA-AATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATT--A--CTGATTG
Reference ( gi|2 ) : AACTTTCAATATAGTTGTCA-CGTGAAAATCTGATAATATTTTTACTATA--AACAAAGAAGTAAGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATTCTGTTTAAAATGTCCTCTGCAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTCAAATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGATTTAACACAATCACTCAATTCCTCTATATTATGTTTTATACAAAATGAAG-ATTTTTTTGGAGAATCTGGATATTTTATCTCCAACACAATATTTCAACCACATTATTCAGAACTTGTACTTATCAGCATAACAAGAT---ATTTTATTAAGC-------TGACATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTCATCTTTTTGGTCC-TT---AAACATCTTTTT--AAA--CACAACTATA--TTTTTCT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCAGGATTTCTAGTGACTTTACATATTACAGATTACCACATGGTGATTTATATGATTTTAATGATGCCCACCCGGGGAGATTATTGGGGAGATTTTATTGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAATTTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATTTATTT---TAAAAAA-------ATG---------CT--A---G--GTCATTGTATTTA----T----TTA-----T-----TTAT---GTA--TTA--AA--A----AGGA--AGT----TG---TTATGCATAAGACTTCTTTAGTAGGAATATAGAACTGTTATTGTAAA-AAAAAATGAATCAAAAGTTTTATAAAATATTTCTGTA-GAACATTTGTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGTGTAACGACGTAGAATTACATAGTATTTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTTACGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGCAAATGCCAATA---A---CATAACACA--TTTTTTAA----TTA----G----T----ACATCTGAATCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACTA--ATGTTGCATTGGTCA------CATTTAGCAATATTCATACTGAACTGAAAGTA-CTGTCCTGGAG--T----------TTACTATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGATTTTTAAAATAATTTTCTAAATTGGCGCTATAGTGCCCATAATATAATTTCAGTTTCTCAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGTACATTTTGAATAGAATAACAAGAGACTT-TTAGTTTAATTATAC---TTTTTTTTTTAAAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAAGCCTTTTAATCCTTTGTTGTAAATGCTGGCTGATAATT--T--CTGGCTG
gi|4 : AACTTTCGATATCGGTGCCG-CATGAAAATCAGATAATATTTTTACTATA--AACAAAGAAGGACGATTTGAGTTTAATATTCATAAATCAATAACCATTTAAACTATCATATTTTTACTTATCATAAAATGTTGTTT-AAATGTTCTCAACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATT-----------TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATTACCCAATTTCTC-----TCTGTTTTATACAAAATGAAGAAATTTTTGGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCTTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATTAGCATAACAAGAT---ATTTTATTAAGCTTTCCATTGATATAACTTTTATAACAATAAGAGTTTATCTCTTTGGTCCTTT---TTACACTTTTATAGAAA--CGCTACTATAT-TTTTTTT--ACAAG-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTCTTTATTTCTGGTCTTTTCATGAAGTTAAAAAGCAATTTAAATTGTGCTAAAGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTT------AAATTT-TTT---AAAAAAA-------ATA---------ATTCA---ATTCTCATTGTATTTA----T----ATT-----T-----TTAT---GTATTTTATTAA--GTATTAGGA--A-T----TA---ACA-GTGTGAGACTTATTTAGAAAAAAAAAATAGCTGTCATTAT-AA-AAAAAATGAATCATTAGTTTTATAAAATATTTCTGTA-GAACATTTCTTCAAACTCTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGACGACATCGAATTACATAATATCTTGTAACAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTCAAAACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAGTA---A---
gi|3 : cAACGTTCGATATCGT-GTCG-CGTGAAAATCTGATAATAGTTTTACTATA--AACAAAGAAAGACGATTTGAGTTTAATATTCATCAACCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCACAAAATAATGTTTAAAATGTCCTCTACGAGTTGATTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAA-----------TTTTAAAATTTAAGACAATCAACCAATTTCTCTA---TATGTTCTGTACAAAATGAA--ATTT
gi|16 : acctAACTTTCGATATCGGTGTCG-CGTGAAACTCCGATAATATTTT-ACTATA--AACAAAGAAGGAAGATTTTAGTTTAATCTTCATCGATCAATAACCGTTTAGAATATCAAATCTGTACTTATCATAAAATGTTG-TTAAAATGTCCTCTACAA----GTTATTTTTTCATAATATGAGATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGATcaaatgatattattttcattaaaataagagtttatctttttggtcctttttaaatttttttaaaaacacaaccatattttttttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttatttcttgtattttcctgaagttatgaagcaatttaaattgagttatggggtaaataagtacacgcacatagaattgcttatcaacaaatttataaaaaaataacacaacaattatatggtcattgtgtttatatttttatatattttattaagtattaggaataaaaaagtatggtattatgcataagacttcttaagaaggaataaataactgttattataaaaaaagaaactatagtttaataaaatatttctttataaacgtttcttccaacacaggtgtttatgcagacgtttcgcgtaacgacgtcgaattacatatcttataacaattaatcgcagccttcaggattaagacagaaactatggtttcatttggttaatgccaataagtacatgatacatgttttaattagtttgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaacaatgcaacggtcacatttagcctctcctggtggatacctactatgttattatctgttttgtttctctagcctctgtctcgcatat
gi|18 : acccAACTTTCGAT---GTTG-----GTGAAAACCCGATGATAATTTTACTATA--AACAAAGAAGGAAGACTTTAGTTGAATCTTAATGAATCAATAACCGT
gi|19 : acccAACTTTCGATATCGGTGTCG-CATGAAAATCCGATAATATTTTTACTATA--AGCAAAGAAGGACGAT
gi|17 : cccAACCTTCGATAACGGTG-CATCGTGAAAATCCGTTAAACGTCTTACTATAGCGAC-------TA----TTAAGTTGAATTTTAATAAATAAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACGTATCACAAAA---TGTT----ATGCCCTC
gi|13 : acctGATAATATTTTTACTATA--AACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAAAAGCCGTTTAAAATATCATATTTGTACTAATCATAAAATGTTGTTT-AAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCCTAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTTGTCCTTTTTAAGAACTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATATT---TCCTATACAAAATGAAGAATTTTTTTGGAGAAACTGGATATTTTATCTCAAACACCATATTGCAACCACATTATTcattataatttt
gi|8 : CAAAGAACGACGATTTTAATTTAACTTTCATAAATCAATAACCTTTTAAAATATCAAGTTTGTACATATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCGCCTACAAGTTGGTCATTTTTTCATAATTTTAAATTAAATTTAATTTTTGCTCCTTTTTAAGATTGAAGACAATCGCCCAATTTCTCTA---TATGTTCTATACAAAATGAAGAAATTATTGGGAGA--CAG--TATTGTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCAAATTTATACTTATCAGCATAACAAGAT---ATTTTATTAAGCCTTTCATTGATATTATTTTTA--------------CACTTTTTTAG---------AAACACCT----------------CTATAATTTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTTGGGATTTCTTGTGACTGTACATATTCTGG------ACACGGTTATTTATATCATTGTTATGACGCCCGCCCAGGGGGATTATTGGGGACATTTTATCGTCATTACTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATCAATCAATTTAAATTGTGTTATGGGATAAAATACGTACATATATATGCACATTGAACTGCTTA-----AAA-TTATATAAAAAAAAAA-------ATT---------CT--AT--G--GTCATTGTATTTATATTT----TTATGTATT-----TTATTAAGTA--TTAGGAATTA----AAAA--AGT----TGTTATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGAAATAAATAACTGTTACTATA
gi|3 : ACAAAATGAAATTTCA--AA---------TGATATTATTTTCATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TTTTTAAA--TTTTTTT--AAAAACACAACCATA--TTTTTTTTAACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTTGTATTTTCCTGAAGTTATGAAGCAATTTAAATTGAGTTATGGGGTAAA-TAAGTAC------ACGCACATAGAATTGCTTATCAACAAATTTAT------AAAAAA-------ATAACACAACAATT--ATATG--GTCATTGTGTTTA----TATTTTTA-----TATATTTTATTAAGTA--TTAGGAAT-A----AAAA--AGTATGGTA---TTATGCATAAGACTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAA-AAAA---GAAACTATAGTTTAATAAAATATTTCTTTATAAACGTTTCTTCCAACACAGGTGTTTATGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACATA---TCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACTATGGTTTCATTTGGTTAATGCCAATA---AGTACATGATACA--TGTTTTAA----TTA----G----TTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA--ACAATGCAACGGTCA------CATTTAGC----CTC-TCCTGG--TGGA--TA-CC-TACT--AT--G----------TTATTATCTGTTTTGTTTCTCTAGC---CTC---TGTCTCGCATAT
gi|10 : acctaacgttcgatatcgtgtcgcgtgaaaatctgataatagttttactataaacaaagaaagacgatttgagtttaatattcatcaaccaataaccgtttaaaatatcaaatttgtacttatcacaaaataatgtttaaaatgtcctctacgagttgattattttttcataattttaaattaattaattttaaaatttaagacaatcaaccaatttctctatatgttctgtTTGCTTA-----AAATTTAT------AAAAAACACAAAAATT---------CT--AT--G--GTGATTGTGTTTA----T----GTT-----T-----TGAT---GTA--TTT--TATTA----AGTATTAGA----AA---TTATGCATAAGCCTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATCAACAAAAAAT--------AGTTTTATAAAATATTTCTGTA-TAACTTTTCTTCAAACACTGGTGTTTATGAAGACGTTCAGTCGCGTAACGACGTCGAATTACA---TATCTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATACCGATATGTA---CATAACACA--TGTTTTAATAAGTTT----G----T----ACATTTAGTCCTAACTAATCTAT----AATC-ACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA--ATAATGCATCGGTCA------CATTTGG
gi|5 : TATA-AAAAAATGAATCAATAGTTTTATATAATAC--CGGTA------TTTCTTCAAATACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGATGACGTAAAATTACATA---TCTT-------TTAATCGCAGCCTTTAGTCTCAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAGTGCCAATAAGTA---CATGCTACATTTTTTTTAA----TTAGTTTG----T----ATATCCGGTTCTAACTAATCAATGTGCAATTAACAGGTGAGCGTGAGGTGTGA-TAATATGTTGCATCTGTCA------CATTTAGCAATATTCATACTGAATGGAAAGTGCCTGTCCTGGAGGATACCTACTATGTTAATATCTGTCTTGTCTCTCTAGT---CAT---TGTTTAGCAAATATGATCAATTGTGAGACTTGTTTTTTTTAATAATTTTCTAAATTGGCACAATAGTGTCCATAATATAATTTCATTTTCTTAATAA-A-TACA-GTTTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACTA-TTATTTTAATTATAC-----TTTTTTTGAAAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAA-TTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAAtctctcctg
gi|12 : TTAAGACAGAAACCATGTTTTCTTTTCTTAAATGCCAAGT---A---CATAACACT--TTTTTTAA----TTA----GCTTGT----ACATCT-------ACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGCGGTGTGACAA--ATAATGTATCGGTCA------CATTTGGC----CTC-TCCTG----GAGGATA-CC-TACTATGG--T----------GTA--ATATGTATTTTCTCTCTAGT---GTCTTTTGTCTAGCATATATGATCAAATGT---------TTTTT-AAATAATTTTCTAAATTGGCGCCAAAGTGCCCTTGATATAATTTTAGTTTTCCAAAAATATAACA-GATTT-AGCGCATATTTTAAATAGAATggacttatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggcggataattactgattggctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : gga---A---CATGATACA--CTTTTAAA----TTA----G----TGTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA--ATGTTACATCGGTCAGGAGGATACCTA-CTATAT--ATATT----TTA---TA-CTAT------G--T----------T-GTTATCTGTAATGTCTC--TAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTAATTTTTTAAAATAATTTTCTAAATTTGCGCGATTGTGCCAATAATATAATTTCAGTTTCTTAATGA-ATTACA-ATTTT-AGTGCACATGTAAACTAGAATTACAAGAAACTA-TTATTTTAATCATAT---TTTTTT----------------------TAAATGGTTTTAATCCTATTGCAATTTAAGAAAATTATTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAA
gi|9 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtATGACCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA--ATAATGCATCAGTCA------CATTTGGCC-TCTCCA----G----GAGGATA-CC-TACTGTGG--T----------GTA--ATCTGTATT-TTTCTCTTGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATGATCAAACGTGAAACTCGTTTTTTTAAAAAATTT-CTAAATTGGCTTGAAAGTACCCACGATAAAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTTGAGTGCATATTTTAAATAGAA--ATAAAA--CTTGTTATTTTAATAATAC---TTTATTTTT------AATTTCCAATTTATAAATAATTTTAATCCTATTGCAATTGAAATAAATTGTTCATCTAATCTTTTCAATCCGTAGAAGTAAATGCTGGCTGTTAATT--A--CTGggaattatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggctgataattactgattggctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|1 : AATTAACAGGTGAGGGTGAGGTGTGACAA--ATAATGCATCGGTCA------CAGTTGGC----CTC-TCCTG----GAGAATA-CC-TACTATGG--T----------GTA--ATCTGTATTTTCTCTCTAGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATTATCAAATGTGATACTTGTTTTTTAAA-TAATTTTTAAAATTGACGCGAAAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACATT-TTT-AGTGCATATTTTAAATAGAAT----TGAAAC------------TCATAC---TATTTTTT-------AATTTCTAATTTATAAATGATTGTAATCCTATTGCAATTGAAGTAAATTATTCATCTAATCTTTTCAATCCGTTGAAGTAAATGCTGTCTGATAATT--A--CTGattaactgacaatttttatatttgggaattaaagggaagcggcaaatgtcataagggcaattctccactgggtgttgggataaagtgtacataaat
gi|7 : TTTTTTAATAA-ATTACA-A-TTTTGGTTCACATTCTAAATAGATTTACAAGAGACTA-TTATTTTAATTATACATATTCTTTTTTTAAAAT---TTCTAATTCATGAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCA-CTAAGCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAAGGCTGGCTTATAATTAATGACTGGCTGatttactgacaacttgtatatttgggaattaaagggaagcgccaaatatcctaagggtaattctccacgaggtgttgggataaagtgtgcataaatgatatacattttgatggtttattgcatgaacaatatgttaaaattatgaacgtttgctatgatataaatcgtatcttataattttgtaaagaatattgttcgcatggtaaatgtatgtaattgaggcacatatgcattattatataatattttatacttctttctgtatttccatatatataagaagtacgtccaaatatatcacatgcttgattatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatggtggtggtggtggtgatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaacattacatgttctgttacttaataaatccttaattacattcaatacaattcattagaaatatttgttaccttaaacaaaacgtgttatatcttattcaaattttggatatatttattattattctatttggttaaactgtattatgtatatcgatatcacgcaaactaaaataaaataaaaatagcaataataggcgaaatgaactgattgtagtttttggggtgaacttttcttttacgatttaaagaatcaaagaatgtttgtatgtttattaacagttccagagaatatagttgtttaatatatatatggacataccatttgtaattaaaccaccgatataaactgtcacatgttctattaaccaaagaacccctacccctgctgcgaaagcgttaacagtaaaatatggccccaagatatgttcatagcatggggtatgttattttaatcccagtatccccataagtcacacaatcagacatgttttatgacttttgtgtatgctatattttttgtagttctaattgagaaatttggtacaaataatttgtttatgtgtgagggtttcattaacgaggtgaaatgagttattttataaactacatatatactggaacgataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacacatgtaataatgaattttatttctgcgcaagttaattataaattgtcttaatatctgagtatatatttttatgaaatatatttaaagtattttcgtccttttttatagttgttcacaagcactatcagatttaaacagcatcctcgtaaatgataacttaaatatggatacatcaatgtctcgggggtcatagcaatttaaagggatgtatacgacaatgtcgcaaaccgagtttacccgttccagtataaaaacaatctttacagctgtggacataacacgctgtgtgacgccatagtgtaaaaagttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnata
gi|20 : CCTTTTAATCCCTTGTAAGAAATGAAGGCTGATAATT--A--CTGATTGacagtttgtacctatgggaattgaagggaagtggcaaatgtcttaggggtaattttccacggggatgttggcgataaactgtacataaataatatatattgtgacgagttattgcatgacaatatgtttaaattatgaacatttgctatgatataaatcatatcttgtaatattgtaaagaattgtgtttacgtggtaaatgtatataagtgaggcatatatgcattatataatattttgtacttttttctgtaatcccatataagaggtatgtctaaatatatcatcacactgacacatgcttgattatactagatagagagagagagatcaagagagagagcgagagagcgaaagcaataaagatgatgatttttatgtaagttctctactatagtaaatttttattaaacagtagattatcaaatatagactattaccatgattcagatataacattacatgttcttttacttaataaatccataatgcattttcaaaacaaattggaagcaactaataattttgtcatcaaaataattcttatacca
gi|6 : GTAAATGCTGGCTGATAATT--A--CTGATTGgcagacaatttctttatt
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TATATGCATTATTATATAATATTTTATACTTCTTTCTGTAATCCCATATATATAAGAAGTACGTTTAAATATATTATCACACCGTCACATGCTTGATTAAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATGGTGGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAGATAGAACATTACATGTTCTGTTATGTAATAAATCCATAACTACATTCAATAAAATTCATTAGAATTATTTGTTACCTTAAATAAAACGTGTTCAATC
Unaligned ( gi|14 ): TACTCCTAAATGATATATATTTTGATGGTTTGTTGCATGAATAATATGTTTAAATTATGAATGTTTGCTATAACATAAATCGTATCTTGTAATATTGTAAAGATTATTGTCCGCATGGTAAATGTATGTAAGTGAGGCGCATATGCATCATTTTATAATATTTTATATTTCTTTGTGTAATCTCATATATATAAGAAGTACGTCTAAATATATACACAC
Unaligned ( gi|15 ): AATGAAGATTTTTTATATAAGTTCTCTACTATAGATTTTTTTTATTAAACAGTAAATTATTAAATATAGACTATTACCATGATTAAGATATAACATTACATGTTCTTTTACTTAATAAATCCATGATTACATTCAATAAAATTCATAAGAATTATTTGTTACCTTTAATAAAACGTGTATTTAATTCAAATTATGGATGTACCTCTACTGATA
Unaligned ( gi|21 ): GTAACAAGGAATTACATAAAGATACAAGTCCTTGATGGTA
Unaligned ( gi|22 ): AAGGAATTATATAGAGATATGCAAGTCCTTGCTTGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1 333333 222222 11 44444444444444444 22 11 333333 222222 222222 111 444444444444444 111 7777777777777777777777777777777 44444444444 111 11 2222222 22222 9999999999999999999999999999 1111 55555555555555555 222 111 222 1 1111 3333333333
lowQualScore : 0 2 0 3 0 1 5 99 444 0 3 1 2 2 4 2 22 3 555555 0 3 111111 33 99999999999999999 33 33 2 1 1 333333 2 1 1 2 1 9 1 3 888888 2 000000 8 8 777 333333333333333 1 444 0 1 6666666666666666666666666666666 3 66 22 0 00000000000 2 1 3 0 5 1 1 0 999999 1 444 0 8 8 11 3 1 22 1111111 99 33333 1 5 0 1111111111111111111111111111 0000 5 1 1 55555555555555555 4 000 000 3 3 7 1 4 5 111 1 2 88 2 4444 8888888888
lowQualScore : . . . . . . . .. ... . . . . . . . .. . ...... . . ...... .. ................. .. .. . . . ...... . . . . . . . . ...... . ...... . . ... ............... . ... . . ............................... . .. .. . ........... . . . . . . . . ...... . ... . . . .. . . .. ....... .. ..... . . . ............................ .... . . . ................. . ... ... . . . . . . ... . . .. . .... ..........
lowQualScore : 7 3 2 1 2 4 0 22 000 8 2 0 5 5 2 0 88 5 555555 8 2 555555 22 55555555555555555 88 88 5 8 8 222222 0 8 8 5 8 2 0 2 888888 0 888888 0 0 666 000000000000000 0 000 8 0 0000000000000000000000000000000 2 44 22 8 88888888888 8 0 2 8 6 0 0 8 888888 0 000 8 0 0 22 8 4 00 0000000 22 33333 0 0 8 8888888888888888888888888888 6666 7 4 0 66666666666666666 3 000 000 3 7 5 0 0 7 000 4 5 55 2 2222 7777777777
consensus : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTA---TATGTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAA--AATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACA-CTTTT-T--AAA--CGC-A-CTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCT---ATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTT----TAT---------TAAGTATTAGGAATTAAGAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACA--TTTTTTAATTAGTT-T-GTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC--T-CTC---------------------TCCTG----GAGGATACC-TACTATGGTGTA----------------TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
Reference ( family-2008 ) : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTA---TATGTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTGGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTAT--A--AATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACA-CTTTT-T--AAA--CGC-A-CTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTTGGGATTTCTTGTGACTGTACATATTCTGGNNNNNNACACGGTTATTTATATCATTGTTATGACGCCCGCCCAGGGGGATTATTGGGGACATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATNAAGCAATTTAAATTGTGTTATGGGGTAAAATACGTAC------ACGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--TAAAAA-----A---------AATNCT---ATGGTCATTGTGTTTATNT---------NTT----TAT---------TAAGTATTAGGAATTAAGAAA---GT----TATTATGCGTAAGACTTCTTNAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTNTGCAGACGTT---TCGCGTGACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGATACA--TTTTTTAATTAG-T-T-GTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC--T-CTCA--------------------TCCTG----GAGGATACC-TACTGTGGTNTA----------------TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGANACTCGTTTTTTNAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGAAAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATCATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
gi|1 : AATTAACAGGTGAGGGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACAGTTGGC----CTC---------------------TCCTG----GAGAATACC-TACTATGGTGTA-----------------ATCTGTATTTTCTCTCTAGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATTATCAAATGTGATACTTGTTTTTT-AAATAATTTTTAAAATTGACGCGAAAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACATT-TTT-AGTGCATATTTTAAATAGAATT----GAAAC------------TCATAC----TATTTTTT-------AATTTCTAATTTATAAATGATTGTAATCCTATTGCAATTGAAGTAAATTATTCATCTAATCTTTTCAATCCGTTGAAGTAAATGCTGTCTGATAATTACTGATT
gi|10 : TTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAACACAAA---------AATTCT---ATGGTGATTGTGTTTATGT---------TTTGATGTAT---------T--TTATTAAGTATTA-GAAA-----------TTATGCATAAGCCTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATCAACAAAAA-------ATAGTTTTATAAAATATTTCTGTATAA-CTTTTCTTCAAACACTGGTGTTTATGAAGACGTTCAGTCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATACCGATATGTA---CATAACACA--TGTTTTAATAAGTT-T-GTACATTTAGTCCTAACTAATCTAT----AATC-ACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGG---T-CTC---------------------TCCTG----tactgacaacttgtatatttgggaattaaagggaagcgccaaatatcctaagggtaattctccacgaggtgttgggataaagtgtgcataaatgatatacattttgatggtttattgcatgaacaatatgttaaaattatgaacgtttgctatgatataaatcgtatcttataattttgtaaagaatattgttcgcatggtaaatgtatgtaattgaggcacatatgcattattatataatattttatacttctttctgtatttccatatatataagaagtacgtccaaatatatcacatgcttgattatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatggtggtggtggtggtgatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaacattacatgttctgttacttaataaatccttaattacattcaatacaattcattagaaatatttgttaccttaaacaaaacgtgttatatcttattcaaattttggatatatttattattattctatttggttaaactgtattatgtatatcgatatcacgcaaactaaaataaaataaaaatagcaataataggcgaaatgaactgattgtagtttttggggtgaacttttcttttacgatttaaagaatcaaagaatgtttgtatgtttattaacagttccagagaatatagttgtttaatatatatatggacataccatttgtaattaaaccaccgatataaactgtcacatgttctattaaccaaagaacccctacccctgctgcgaaagcgttaacagtaaaatatggccccaagatatgttcatagcatggggtatgttattttaatcccagtatccccataagtcacacaatcagacatgttttatgacttttgtgtatgctatattttttgtagttctaattgagaaatttggtacaaataatttgtttatgtgtgagggtttcattaacgaggtgaaatgagttattttataaactacatatatactggaacgataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacacatgtaataatgaattttatttctgcgcaagttaattataaattgtcttaatatctgagtatatatttttatgaaatatatttaaagtattttcgtccttttttatagttgttcacaagcactatcagatttaaacagcatcctcgtaaatgataacttaaatatggatacatcaatgtctcgggggtcatagcaatttaaagggatgtatacgacaatgtcgcaaaccgagtttacccgttccagtataaaaacaatctttacagctgtggacataacacgctgtgtgacgccatagtgtaaaaagttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnata
gi|12 : GGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCTTTTCTTAAATGCCAAGT---A---CATAACACT--TTTTTTAATTAGCT-T-GTACATCT-------ACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGCGGTGTGACAA-ATAATGTATCGGTCACATTTGGC----CTC---------------------TCCTG----GAGGATACC-TACTATGGTGTA-----------------ATATGTATTTTCTCTCTAGT---GTCTTTTGTCTAGCATATATGATCAAATG----------TTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCCAAAGTGCCCTTGATATAATTTTAGTTTTCCAAAAATATAACA-GATTT-AGCGCATATTTTAAATAGAAT
gi|13 : GATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAAAAGCCGTTTAAAATATCATATTTGTACTAATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCCTAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTTGTCCTTTTTAAGAACTAAGACAATCACCCAATTTCTCTA---TATTTCCTATACAAAATGAAGAATTTTTTTGGAGAAACTGGATATTTTATCTCAAACACCATATTGCAACCACATTATT
gi|16 : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAACTCCGATAATATTTT-ACTATAAACAAAGAAGGAAGATTTTAGTTTAATCTTCATCGATCAATAACCGTTTAGAATATCAAATCTGTACTTATCATAAAATGTTG-TTAAAATGTCCTCTACAA----GTTATTTTTTCATAATATGAGATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGAT
gi|17 : acccAACCTTCGATAACGGTGCATCGTGAAAATCCGTTAAACGTCTTACTATAG-C-------GACTATTA-AGTTGAATTTTAATAAATAAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACGTATCACAAAATGTT-------ATGCCCTCCA
gi|18 : acctAACTTTCGATGTTGGTG-------AAAACCCGATGATAATTTTACTATAAACAAAGAAGGAAGACTTTAGTTGAATCTTAATGAATCAATAACCGTttataatttt
gi|19 : acccAACTTTCGATATCGGTGTCGCATGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAGCAAAGAAGGACGAT
gi|2 : cccAACTTTCAATATAGTTGTCACGTGAAAATCTGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGTAAGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATTCTGTTTAAAATGTCCTCTGCAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTCAAATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGATTTAACACAATCACTCAATTCCTCTATATTATGTTTTATACAAAATGAAG-ATTTTTTTGGAGAATCTGGATATTTTATCTCCAACACAATATTTCAACCACATTATTCAGAACTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGC-------TGACATTATTTTTATTAA--AATAAGAGTTCATCTTTTTGGTCC-TT---AAACATCTTTT-T--AAA--CACAA-CTATA--TTTTTCT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCAGGATTTCTAGTGACTTTACATATTACAGATTACCACATGGTGATTTATATGATTTTAATGATGCCCACCCGGGGAGATTATTGGGGAGATTTTATTGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAATTTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TATT--TTAAAA-----A---------AATGCT---A-GGTCATTGTATTTATTT---------ATT----TAT------------GTATTA--AA--AAGGAA---GT----TGTTATGCATAAGACTTCTTTAGTAGGAATATAGAACTGTTATTGTAAAAAAAAATGAATCAAAAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTGTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGTGTAACGACGTAGAATTACAT-AGTATTTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTTACGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGCAAATGCCAATA---A---CATAACACA--TTTTTTAATTA------GTACATCTGAATCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACTA-ATGTTGCATTGGTCACATTTAGCAATATTCA--------------------TACTGAACTGAAAGTACTGTCCTGGAGTTTAC---------------TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGATTTTTAAAATAATTTTCTAAATTGGCGCTATAGTGCCCATAATATAATTTCAGTTTCTCAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGTACATTTTGAATAGAATAACAAGAGACT-TTTAGTTTAATTATAC----TTTTTTTTTTAAAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAAGCCTTTTAATCCTTTGTTGTAAATGCTGGCTGATAATTTCTGGCTG
gi|20 : CCTTTTAATCCCTTGTAAGAAATGAAGGCTGATAATTACTGATTG
gi|3 : AACGTTCGATATCG-TGTCGCGTGAAAATCTGATAATAGTTTTACTATAAACAAAGAAAGACGATTTGAGTTTAATATTCATCAACCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCACAAAATAATGTTTAAAATGTCCTCTACGAGTTGATTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAA-----------TTTTAAAATTTAAGACAATCAACCAATTTCTCTA---TATGTTCTGTACAAAATGAAgcagacaatttctttatt
gi|3 : acctTTCAAATGATATTATTTTCATTAA--AATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TTTTTAAAT--TTTTT-T--AAAAACAC-AACCATA--TTTTTTTTAACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTTGTATTTTCCTGAAGTTATGAAGCAATTTAAATTGAGTTATGGGGTAAA-TAAGTAC------ACGCACATAGAATTGCTTATCAACAAATT-TA-T--AAAAAA-----ATAACACAACAATTAT---ATGGTCATTGTGTTTATAT---------TTT----TATATATTTTATTAAGTATTAGGAAT-AAAAAA---GTATGGTATTATGCATAAGACTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAA---GAAACTATAGTTTAATAAAATATTTCTTTATAAACGTTTCTTCCAACACAGGTGTTTATGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACTATGGTTTCATTTGGTTAATGCCAATA---AGTACATGATACA--TGTTTTAATTAG-T-TTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ACAATGCAACGGTCACATTTAGC----CTC---------------------TCCTG----GTGGATACC-TACTATGTTAT-----------------TATCTGTTTTGTTTCTCTAGC---CTC---TGTCTCGCATATatttcaaatgatattattttcattaaaataagagtttatctttttggtcctttttaaatttttttaaaaacacaaccatattttttttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttatttcttgtattttcctgaagttatgaagcaatttaaattgagttatggggtaaataagtacacgcacatagaattgcttatcaacaaatttataaaaaaataacacaacaattatatggtcattgtgtttatatttttatatattttattaagtattaggaataaaaaagtatggtattatgcataagacttcttaagaaggaataaataactgttattataaaaaaagaaactatagtttaataaaatatttctttataaacgtttcttccaacacaggtgtttatgcagacgtttcgcgtaacgacgtcgaattacatatcttataacaattaatcgcagccttcaggattaagacagaaactatggtttcatttggttaatgccaataagtacatgatacatgttttaattagtttgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaacaatgcaacggtcacatttagcctctcctggtggatacctactatgttattatctgttttgtttctctagcctctgtctcgcatat
gi|4 : acctaacgttcgatatcgtgtcgcgtgaaaatctgataatagttttactataaacaaagaaagacgatttgagtttaatattcatcaaccaataaccgtttaaaatatcaaatttgtacttatcacaaaataatgtttaaaatgtcctctacgagttgattattttttcataattttaaattaattaattttaaaatttaagacaatcaaccaatttctctatatgttctgtacaaaatgaaatAACTTTCGATATCGGTGCCGCATGAAAATCAGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTGAGTTTAATATTCATAAATCAATAACCATTTAAACTATCATATTTTTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTTCTCAACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAA-----------TTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATTACCCAATTTCTCTC---T--GTTTTATACAAAATGAAGAAATTTTTGGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCTTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATTAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCTTTCCATTGATATAACTTTTAT--AACAATAAGAGTTTATCTCTTTGGTCCTTT---TTACA-CTTTTATAGAAA--CGCTA-CTATAT-TTTTTTT--ACAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-GTCTTTATTTCTGGTCTTTTCATGAAGTTAAAAAGCAATTTAAATTGTGCTAAAGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTT------AAATT-TT-T--TAAAAA-----A---------AATAATTCAATTCTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTT----TAT---------TAAGTATTAGGAATTAACA-----------------GTGTGAGACTTATTTAGAAAAAAAAAATAGCTGTCATTAT-AAAAAAAATGAATCATTAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTCTTCAAACTCTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGACGACATCGAATTACATAA-TATCTTGTAACAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTCAAAACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAGTA---A---
gi|5 : cTATAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATATAATAC--CGGTA------TTTCTTCAAATACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGATGACGTAAAATTAC---A-TATCTT-------TTAATCGCAGCCTTTAGTCTCAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAGTGCCAATAAGTA---CATGCTACATTTTTTTTAATTAGTT-T-GTATATCCGGTTCTAACTAATCAATGTGCAATTAACAGGTGAGCGTGAGGTGTGATAATATGTTGCATCTGTCACATTTAGCAATATTCATACTGAATGGAAAGTGCCTGTCCTG----GAGGATACC-TACTATGTTA-A----------------TATCTGTCTTGTCTCTCTAGT---CAT---TGTTTAGCAAATATGATCAATTGTGAGACTTGTTTTTTTTAATAATTTTCTAAATTGGCACAATAGTGTCCATAATATAATTTCATTTTCTTAATAA-A-TACA-GTTTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTGA--AAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAA-TTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAA
gi|5 : TTTGTAGTAAATGCTGGCGGATAATTACTGATTGggacttatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggcggataattactgattggctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : tataaaaaaatgaatcaatagttttatataataccggtatttcttcaaatactggtgtttttgcagacgtttcgcgtgatgacgtaaaattacatatcttttaatcgcagcctttagtctcaagacagaaaccatgttttcatttggtaagtgccaataagtacatgctacattttttttaattagtttgtatatccggttctaactaatcaatgtgcaattaacaggtgagcgtgaggtgtgataatatgttgcatctgtcacatttagcaatattcatactgaatggaaagtgcctgtcctggaggatacctactatgttaatatctgtcttgtctctctagtcattgtttagcaaatatgatcaattgtgagacttgttttttttaataattttctaaattggcacaatagtgtccataatataatttcattttcttaataaatacagttttagtgcacattttaaatagaattacaagagactattattttaattatactttttttgaaaaaaaattctaatttataaatgattttaatcctattgcaattaagtaaattgttcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggacttatataaagatacaagtccttg---A---CATGATACA--CTTTTAAATTAG-TGT-GTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATGTTACATCGGTCA----------------------------------------G----GAGGATACC-TACTAT-ATATATTTTATACTATGTTGTTATCTGTAATG--TCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTAATTTTTTAAAATAATTTTCTAAATTTGCGCGATTGTGCCAATAATATAATTTCAGTTTCTTAATGA-ATTACA-ATTTT-AGTGCACATGTAAACTAGAATTACAAGAAACT-ATTATTTTAATCATAT----TTTTTT----------------------TAAATGGTTTTAATCCTATTGCAATTTAAGAAAATTATTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAAgctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTGggaattatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggctgataattactgattggctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|7 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtacatgatacacttttaaattagtgtgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaatgttacatcggtcaggaggatacctactatatatattttatactatgttgttatctgtaatgtctctagtctctgtctagcatatatgatcaaatgtgatactaattttttaaaataattttctaaatttgcgcgattgtgccaataatataatttcagtttcttaatgaattacaattttagtgcacatgtaaactagaattacaagaaactattattttaatcatattttttttaaatggttttaatcctattgcaatttaagaaaattattcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggaattatataaagatacaagtccttgTTTTTTAATAA-ATTACA-A-TTTTGGTTCACATTCTAAATAGATTTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATACATATTCTTTTTTT--AAAA--TTTCTAATTCATGAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCA-CTAAGCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAAGGCTGGCTTATAATTAATGACTGgctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|8 : CAAAGAACGACGATTTTAATTTAACTTTCATAAATCAATAACCTTTTAAAATATCAAGTTTGTACATATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCGCCTACAAGTTGGTCATTTTTTCATAATTTTAAATTAAATTTAATTTTTGCTCCTTTTTAAGATTGAAGACAATCGCCCAATTTCTCTA---TATGTTCTATACAAAATGAAGAAATTATTGGGAGACA----GTATTGTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCAAATTTATACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTTCATTGATATTATTTTTAC--A--------------CTTTTTTAG---------AAACA-CCT-----------------CTATAATTTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTTGGGATTTCTTGTGACTGTACATATTCTGG------ACACGGTTATTTATATCATTGTTATGACGCCCGCCCAGGGGGATTATTGGGGACATTTTATCGTCATTACTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATCAATCAATTTAAATTGTGTTATGGGATAAAATACGTACATATATATGCACATTGAACTGCTTA-----AAATTATA-TAAAAAAAA-----A---------AATTCT---ATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTT----TAT---------TAAGTATTAGGAATTAAAAAAGTTGT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGAAATAAATAACTGTTACTATAgctgacagtttgtacctatgggaattgaagggaagtggcaaatgtcttaggggtaattttccacggggatgttggcgataaactgtacataaataatatatattgtgacgagttattgcatgacaatatgtttaaattatgaacatttgctatgatataaatcatatcttgtaatattgtaaagaattgtgtttacgtggtaaatgtatataagtgaggcatatatgcattatataatattttgtacttttttctgtaatcccatataagaggtatgtctaaatatatcatcacactgacacatgcttgattatactagatagagagagagagatcaagagagagagcgagagagcgaaagcaataaagatgatgatttttatgtaagttctctactatagtaaatttttattaaacagtagattatcaaatatagactattaccatgattcagatataacattacatgttcttttacttaataaatccataatgcattttcaaaacaaattggaagcaactaataattttgtcatcaaaataattcttatacca
gi|9 : ATGACCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCAGTCACATTTGGC----CTC---------------------TCCAG----GAGGATACC-TACTGTGGTGTA-----------------ATCTGTATT-TTTCTCTTGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATGATCAAACGTGAAACTCGTTTTTTTAAAAAATTT-CTAAATTGGCTTGAAAGTACCCACGATAAAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTTGAGTGCATATTTTAAATAGAAATA----AAACTTGTTATTTTAATAATAC----TTTATTTTT--AA----TTTCCAATTTATAAATAATTTTAATCCTATTGCAATTGAAATAAATTGTTCATCTAATCTTTTCAATCCGTAGAAGTAAATGCTGGCTGTTAATTACTGATT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TATATGCATTATTATATAATATTTTATACTTCTTTCTGTAATCCCATATATATAAGAAGTACGTTTAAATATATTATCACACCGTCACATGCTTGATTAAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATGGTGGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAGATAGAACATTACATGTTCTGTTATGTAATAAATCCATAACTACATTCAATAAAATTCATTAGAATTATTTGTTACCTTAAATAAAACGTGTTCAATC
Unaligned ( gi|14 ): TACTCCTAAATGATATATATTTTGATGGTTTGTTGCATGAATAATATGTTTAAATTATGAATGTTTGCTATAACATAAATCGTATCTTGTAATATTGTAAAGATTATTGTCCGCATGGTAAATGTATGTAAGTGAGGCGCATATGCATCATTTTATAATATTTTATATTTCTTTGTGTAATCTCATATATATAAGAAGTACGTCTAAATATATACACAC
Unaligned ( gi|15 ): AATGAAGATTTTTTATATAAGTTCTCTACTATAGATTTTTTTTATTAAACAGTAAATTATTAAATATAGACTATTACCATGATTAAGATATAACATTACATGTTCTTTTACTTAATAAATCCATGATTACATTCAATAAAATTCATAAGAATTATTTGTTACCTTTAATAAAACGTGTATTTAATTCAAATTATGGATGTACCTCTACTGATA
Unaligned ( gi|21 ): GTAACAAGGAATTACATAAAGATACAAGTCCTTGATGGTA
Unaligned ( gi|22 ): AAGGAATTATATAGAGATATGCAAGTCCTTGCTTGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1 222222 11 44444444444444444 22 11 111111 222222 22222 11 555555555555555 4444444444444444444 111 22 2222222 7777777777777777777777777 1111 3333333333333333 222 222 111 222 1 1111 3333333333
lowQualScore : 0 2 0 3 0 1 5 99 0 444 44 1 2 4 2 22 3 9 3 0 3 111111 33 99999999999999999 33 33 1 1 1 777777 1 1 1 1 1 9 0 3 888888 00000 8 8 11 444444444444444 0 0 0 0 66 9999999999999999999 1 3 0 5 1 1 0 999999 1 444 8 8 55 3 1 22 1111111 99 1 5 0 9999999999999999999999999 0000 5 7777777777777777 0 222 4 000 000 3 3 1 1 5 111 1 2 88 0 4444 8888888888
lowQualScore : . . . . . . . .. . ... .. . . . . .. . . . . . ...... .. ................. .. .. . . . ...... . . . . . . . . ...... ..... . . .. ............... . . . . .. ................... . . . . . . . ...... . ... . . .. . . .. ....... .. . . . ......................... .... . ................ . ... . ... ... . . . . . ... . . .. . .... ..........
lowQualScore : 7 3 2 1 2 4 0 22 8 000 22 0 5 2 0 88 5 8 0 8 2 555555 22 55555555555555555 88 88 0 0 0 888888 0 0 0 0 0 2 8 2 888888 00000 0 0 00 000000000000000 8 8 8 8 44 8888888888888888888 4 2 8 6 0 0 8 888888 4 000 0 0 88 8 4 00 0000000 22 0 0 8 1111111111111111111111111 6666 7 9999999999999999 7 777 3 000 000 3 7 0 0 7 000 4 5 55 3 2222 7777777777
consensus : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACA-CTTTT-T--AAA--CGC-AACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTCTCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
Reference ( family-2008 ) : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACA-CTTTT-T--AAA--CGC-A-CTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAGAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC------------------------TCTCTCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
gi|1 : AATTAACAGGTGAGGGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACAGTTGGC-------------------------CTCTCCTG----GAGAATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATCTGTATTTTCTCTCTAGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATTATCAAATGTGATACTTGTTTT-TTAAATAATTTTTAAAATTGACGCGAAAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACATT-TTT-AGTGCATATTTTAAATAGAATT----GAAAC------------TCATAC----TATTTTTT-------AATTTCTAATTTATAAATGATTGTAATCCTATTGCAATTGAAGTAAATTATTCATCTAATCTTTTCAATCCGTTGAAGTAAATGCTGTCTGATAATTACTGATT
gi|10 : TTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAACACAAA---------AATTCTATGGTGATTGTGTTTATGTTTTGATGTATTTTATTAAGTATTAGAAATTA-------------------TGCATAAGCCTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATCAACAAAAA-------ATAGTTTTATAAAATATTTCTGTATAA-CTTTTCTTCAAACACTGGTGTTTATGAAGACGTTCAGTCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATACCGATATGTA---CATAACACATGTT--TTAATAAGTTTGTACATTTAGTCCTAACTAATCTAT----AATC-ACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGG-------------------------TCTCTCCTG----tactgacaacttgtatatttgggaattaaagggaagcgccaaatatcctaagggtaattctccacgaggtgttgggataaagtgtgcataaatgatatacattttgatggtttattgcatgaacaatatgttaaaattatgaacgtttgctatgatataaatcgtatcttataattttgtaaagaatattgttcgcatggtaaatgtatgtaattgaggcacatatgcattattatataatattttatacttctttctgtatttccatatatataagaagtacgtccaaatatatcacatgcttgattatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatggtggtggtggtggtgatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaacattacatgttctgttacttaataaatccttaattacattcaatacaattcattagaaatatttgttaccttaaacaaaacgtgttatatcttattcaaattttggatatatttattattattctatttggttaaactgtattatgtatatcgatatcacgcaaactaaaataaaataaaaatagcaataataggcgaaatgaactgattgtagtttttggggtgaacttttcttttacgatttaaagaatcaaagaatgtttgtatgtttattaacagttccagagaatatagttgtttaatatatatatggacataccatttgtaattaaaccaccgatataaactgtcacatgttctattaaccaaagaacccctacccctgctgcgaaagcgttaacagtaaaatatggccccaagatatgttcatagcatggggtatgttattttaatcccagtatccccataagtcacacaatcagacatgttttatgacttttgtgtatgctatattttttgtagttctaattgagaaatttggtacaaataatttgtttatgtgtgagggtttcattaacgaggtgaaatgagttattttataaactacatatatactggaacgataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacacatgtaataatgaattttatttctgcgcaagttaattataaattgtcttaatatctgagtatatatttttatgaaatatatttaaagtattttcgtccttttttatagttgttcacaagcactatcagatttaaacagcatcctcgtaaatgataacttaaatatggatacatcaatgtctcgggggtcatagcaatttaaagggatgtatacgacaatgtcgcaaaccgagtttacccgttccagtataaaaacaatctttacagctgtggacataacacgctgtgtgacgccatagtgtaaaaagttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnata
gi|12 : GGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCTTTTCTTAAATGCCAAGT---A---CATAACACTTTTT--TTAATTAGCTTGTACATCT-------ACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGCGGTGTGACAA-ATAATGTATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTCTCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATATGTATTTTCTCTCTAGT---GTCTTTTGTCTAGCATATATGATCAAATG----------TTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCCAAAGTGCCCTTGATATAATTTTAGTTTTCCAAAAATATAACA-GATTT-AGCGCATATTTTAAATAGAAT
gi|13 : GATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAAAAGCCGTTTAAAATATCATATTTGTACTAATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCCTAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTTGTCCTTTTTAAGAACTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---TTCCTATACAAAATGAAGAATTTTTTTGGAGAAACTGGATATTTTATCTCAAACACCATATTGCAACCACATTATT
gi|16 : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAACTCCGATAATATTTT-ACTATAAACAAAGAAGGAAGATTTTAGTTTAATCTTCATCGATCAATAACCGTTTAGAATATCAAATCTGTACTTATCATAAAATGTTG-TTAAAATGTCCTCTACAA----GTTATTTTTTCATAATATGAGATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGAT
gi|17 : acccAACCTTCGATAACGGTGCATCGTGAAAATCCGTTAAACGTCTTACTATAG-C-------GACTATTA-AGTTGAATTTTAATAAATAAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACGTATCACAAAATGTT-------ATGCCCTCCA
gi|18 : acctAACTTTCGATGTTGGTG-------AAAACCCGATGATAATTTTACTATAAACAAAGAAGGAAGACTTTAGTTGAATCTTAATGAATCAATAACCGTttataatttt
gi|19 : acccAACTTTCGATATCGGTGTCGCATGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAGCAAAGAAGGACGAT
gi|2 : cccAACTTTCAATATAGTTGTCACGTGAAAATCTGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGTAAGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATTCTGTTTAAAATGTCCTCTGCAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTCAAATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGATTTAACACAATCACTCAATTCCTCTATATTATGTTTTATACAAAATGAAGA-TTTTTTTGGAGAATCTGGATATTTTATCTCCAACACAATATTTCAACCACATTATTCAGAACTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGC-------TGACATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTCATCTTTTTGGTCC-TT---AAACATCTTTT-T--AAA--CAC-AACTATA--TTTTTCT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCAGGATTTCTAGTGACTTTACATATTACAGATTACCACATGGTGATTTATATGATTTTAATGATGCCCACCCGGGGAGATTATTGGGGAGATTTTATTGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAATTTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TATT--TTAAAA-----A---------AATGCTA-GGTCATTGTATTTA----TTTA-----TTTAT---GTATTA--AA--AAGGAA---GT----TGTTATGCATAAGACTTCTTTAGTAGGAATATAGAACTGTTATTGTAAAAAAAAATGAATCAAAAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTGTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGTGTAACGACGTAGAATTACAT-AGTATTTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTTACGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGCAAATGCCAATA---A---CATAACACATTTT--TTAATTA----GTACATCTGAATCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACTA-ATGTTGCATTGGTCACATTTAGCAATA--------------------TTCATACTGAACTGAAAGTACTGTCCTG----------------GAGTTTACTATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGATTTTTAAAATAATTTTCTAAATTGGCGCTATAGTGCCCATAATATAATTTCAGTTTCTCAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGTACATTTTGAATAGAATAACAAGAGACT-TTTAGTTTAATTATAC----TTTTTTTTTTAAAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAAGCCTTTTAATCCTTTGTTGTAAATGCTGGCTGATAATTTCTGGCTG
gi|20 : CCTTTTAATCCCTTGTAAGAAATGAAGGCTGATAATTACTGATTG
gi|3 : AACGTTCGATATCG-TGTCGCGTGAAAATCTGATAATAGTTTTACTATAAACAAAGAAAGACGATTTGAGTTTAATATTCATCAACCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCACAAAATAATGTTTAAAATGTCCTCTACGAGTTGATTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAA-----------TTTTAAAATTTAAGACAATCAACCAATTTCTCTATAT---GTTCTGTACAAAATGAAgcagacaatttctttatt
gi|3 : acctTTCAAATGATATTATTTTCATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TTTTTAAAT--TTTTT-T--AAAAACAC-AACCATA--TTTTTTTTAACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTTGTATTTTCCTGAAGTTATGAAGCAATTTAAATTGAGTTATGGGGTAAA-TAAGTAC------ACGCACATAGAATTGCTTATCAACAAATT-TA-T--AAAAAA-----ATAACACAACAATTATATGGTCATTGTGTTTATATTTTTATATATTTTATTAAGTATTAGGAAT-AAAAAA---GTATGGTATTATGCATAAGACTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAA---GAAACTATAGTTTAATAAAATATTTCTTTATAAACGTTTCTTCCAACACAGGTGTTTATGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACTATGGTTTCATTTGGTTAATGCCAATA---AGTACATGATACATGTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ACAATGCAACGGTCACATTTAGC-------------------------CTCTCCTG----GTGGATACC-TACTA----------------TGTTAT--TATCTGTTTTGTTTCTCTAGC---CTC---TGTCTCGCATATatttcaaatgatattattttcattaaaataagagtttatctttttggtcctttttaaatttttttaaaaacacaaccatattttttttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttatttcttgtattttcctgaagttatgaagcaatttaaattgagttatggggtaaataagtacacgcacatagaattgcttatcaacaaatttataaaaaaataacacaacaattatatggtcattgtgtttatatttttatatattttattaagtattaggaataaaaaagtatggtattatgcataagacttcttaagaaggaataaataactgttattataaaaaaagaaactatagtttaataaaatatttctttataaacgtttcttccaacacaggtgtttatgcagacgtttcgcgtaacgacgtcgaattacatatcttataacaattaatcgcagccttcaggattaagacagaaactatggtttcatttggttaatgccaataagtacatgatacatgttttaattagtttgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaacaatgcaacggtcacatttagcctctcctggtggatacctactatgttattatctgttttgtttctctagcctctgtctcgcatat
gi|4 : acctaacgttcgatatcgtgtcgcgtgaaaatctgataatagttttactataaacaaagaaagacgatttgagtttaatattcatcaaccaataaccgtttaaaatatcaaatttgtacttatcacaaaataatgtttaaaatgtcctctacgagttgattattttttcataattttaaattaattaattttaaaatttaagacaatcaaccaatttctctatatgttctgtacaaaatgaaatAACTTTCGATATCGGTGCCGCATGAAAATCAGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTGAGTTTAATATTCATAAATCAATAACCATTTAAACTATCATATTTTTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTTCTCAACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAA-----------TTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATTACCCAATTTCTCTCT-----GTTTTATACAAAATGAAGAAATTTTTGGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCTTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATTAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCTTTCCATTGATATAACTTTTATAACAATAAGAGTTTATCTCTTTGGTCCTTT---TTACA-CTTTTATAGAAA--CGCTA-CTATAT-TTTTTTT--ACAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-GTCTTTATTTCTGGTCTTTTCATGAAGTTAAAAAGCAATTTAAATTGTGCTAAAGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AATTT-TT-T--AAAAAA-----AAT-------AATTCAATTCTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAACA-----------------GTGTGAGACTTATTTAGAAAAAAAAAATAGCTGTCATTAT-AAAAAAAATGAATCATTAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTCTTCAAACTCTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGACGACATCGAATTACATAA-TATCTTGTAACAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTCAAAACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAGTA---A---
gi|5 : cTATAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATATAATAC--CGGTA------TTTCTTCAAATACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGATGACGTAAAATTACAT-A-T--CTT-------TTAATCGCAGCCTTTAGTCTCAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAGTGCCAATA---AGTACATGCTACATTTTTTTTAATTAGTTTGTATATCCGGTTCTAACTAATCAATGTGCAATTAACAGGTGAGCGTGAGGTGTGATAATATGTTGCATCTGTCACATTTAGCAATATTCATACTGAATGGAAAGTGCCTGTCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGTTA-A-TATCTGTCTTGTCTCTCTAGT---CAT---TGTTTAGCAAATATGATCAATTGTGAGACTTGTTTTTTTTAATAATTTTCTAAATTGGCACAATAGTGTCCATAATATAATTTCATTTTCTTAATAA-A-TACA-GTTTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTGA--AAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAA-TTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAA
gi|5 : TTTGTAGTAAATGCTGGCGGATAATTACTGATTGggacttatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggcggataattactgattggctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : tataaaaaaatgaatcaatagttttatataataccggtatttcttcaaatactggtgtttttgcagacgtttcgcgtgatgacgtaaaattacatatcttttaatcgcagcctttagtctcaagacagaaaccatgttttcatttggtaagtgccaataagtacatgctacattttttttaattagtttgtatatccggttctaactaatcaatgtgcaattaacaggtgagcgtgaggtgtgataatatgttgcatctgtcacatttagcaatattcatactgaatggaaagtgcctgtcctggaggatacctactatgttaatatctgtcttgtctctctagtcattgtttagcaaatatgatcaattgtgagacttgttttttttaataattttctaaattggcacaatagtgtccataatataatttcattttcttaataaatacagttttagtgcacattttaaatagaattacaagagactattattttaattatactttttttgaaaaaaaattctaatttataaatgattttaatcctattgcaattaagtaaattgttcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggacttatataaagatacaagtccttg---A---CATGATACACTTT--TAAATTAGTGTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATGTTACATCGGTCA----------------------------------------G----GAGGATACC-TACTATATATATTTTATACTATGTTGT--TATCTGTAATGTCTC--TAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTAATTTTTTAAAATAATTTTCTAAATTTGCGCGATTGTGCCAATAATATAATTTCAGTTTCTTAATGA-ATTACA-ATTTT-AGTGCACATGTAAACTAGAATTACAAGAAACT-ATTATTTTAATCATAT----TTTTTT----------------------TAAATGGTTTTAATCCTATTGCAATTTAAGAAAATTATTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAAgctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTGggaattatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggctgataattactgattggctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|7 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtacatgatacacttttaaattagtgtgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaatgttacatcggtcaggaggatacctactatatatattttatactatgttgttatctgtaatgtctctagtctctgtctagcatatatgatcaaatgtgatactaattttttaaaataattttctaaatttgcgcgattgtgccaataatataatttcagtttcttaatgaattacaattttagtgcacatgtaaactagaattacaagaaactattattttaatcatattttttttaaatggttttaatcctattgcaatttaagaaaattattcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggaattatataaagatacaagtccttgTTTTTTAATAA-ATTACA-A-TTTTGGTTCACATTCTAAATAGATTTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATACATATTCTTTTTTT--AAAA--TTTCTAATTCATGAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCA-CTAAGCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAAGGCTGGCTTATAATTAATGACTGgctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|8 : CAAAGAACGACGATTTTAATTTAACTTTCATAAATCAATAACCTTTTAAAATATCAAGTTTGTACATATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCGCCTACAAGTTGGTCATTTTTTCATAATTTTAAATTAAATTTAATTTTTGCTCCTTTTTAAGATTGAAGACAATCGCCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAAATTATTGGGAGACA----GTATTGTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCAAATTTATACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTTCATTGATATTATTTTTAC--------------ACTTTTTTAG---------AAACA-CCT-----------------CTATAATTTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTTGGGATTTCTTGTGACTGTACATATTCTGGA------CACGGTTATTTATATCATTGTTATGACGCCCGCCCAGGGGGATTATTGGGGACATTTTATCGTCATTACTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATCAATCAATTTAAATTGTGTTATGGGATAAAATACGTACATATATATGCACATTGAACTGCTTA-----AAATTATA-TAAAAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAAGTTGT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGAAATAAATAACTGTTACTATAgctgacagtttgtacctatgggaattgaagggaagtggcaaatgtcttaggggtaattttccacggggatgttggcgataaactgtacataaataatatatattgtgacgagttattgcatgacaatatgtttaaattatgaacatttgctatgatataaatcatatcttgtaatattgtaaagaattgtgtttacgtggtaaatgtatataagtgaggcatatatgcattatataatattttgtacttttttctgtaatcccatataagaggtatgtctaaatatatcatcacactgacacatgcttgattatactagatagagagagagagatcaagagagagagcgagagagcgaaagcaataaagatgatgatttttatgtaagttctctactatagtaaatttttattaaacagtagattatcaaatatagactattaccatgattcagatataacattacatgttcttttacttaataaatccataatgcattttcaaaacaaattggaagcaactaataattttgtcatcaaaataattcttatacca
gi|9 : ATGACCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCAGTCACATTTGGC-------------------------CTCTCCAG----GAGGATACC-TACTG----------------TGGTGTA--ATCTGTATT-TTTCTCTTGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATGATCAAACGTGAAACTCGTTTTTTTAAAAAATTT-CTAAATTGGCTTGAAAGTACCCACGATAAAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTTGAGTGCATATTTTAAATAGAAATA----AAACTTGTTATTTTAATAATAC----TTTATTTTT--AA----TTTCCAATTTATAAATAATTTTAATCCTATTGCAATTGAAATAAATTGTTCATCTAATCTTTTCAATCCGTAGAAGTAAATGCTGGCTGTTAATTACTGATT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TATATGCATTATTATATAATATTTTATACTTCTTTCTGTAATCCCATATATATAAGAAGTACGTTTAAATATATTATCACACCGTCACATGCTTGATTAAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATGGTGGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAGATAGAACATTACATGTTCTGTTATGTAATAAATCCATAACTACATTCAATAAAATTCATTAGAATTATTTGTTACCTTAAATAAAACGTGTTCAATC
Unaligned ( gi|14 ): TACTCCTAAATGATATATATTTTGATGGTTTGTTGCATGAATAATATGTTTAAATTATGAATGTTTGCTATAACATAAATCGTATCTTGTAATATTGTAAAGATTATTGTCCGCATGGTAAATGTATGTAAGTGAGGCGCATATGCATCATTTTATAATATTTTATATTTCTTTGTGTAATCTCATATATATAAGAAGTACGTCTAAATATATACACAC
Unaligned ( gi|15 ): AATGAAGATTTTTTATATAAGTTCTCTACTATAGATTTTTTTTATTAAACAGTAAATTATTAAATATAGACTATTACCATGATTAAGATATAACATTACATGTTCTTTTACTTAATAAATCCATGATTACATTCAATAAAATTCATAAGAATTATTTGTTACCTTTAATAAAACGTGTATTTAATTCAAATTATGGATGTACCTCTACTGATA
Unaligned ( gi|21 ): GTAACAAGGAATTACATAAAGATACAAGTCCTTGATGGTA
Unaligned ( gi|22 ): AAGGAATTATATAGAGATATGCAAGTCCTTGCTTGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1 22222222 11 33333 11 22 11 111111 222222 22222 11 555555555555555 4444444444444444444 111 22 2222222 6666666666666666666666666 1111 3333333333333333 222 222 111 222 1 1111 3333333333
lowQualScore : 0 2 0 3 0 1 5 99 0 444 44 1 2 4 2 22 3 66 0 0 3 3 3 88888888 33 22222 33 2 3 33 33 1 1 1 777777 1 1 1 1 1 9 0 3 888888 00000 8 8 11 444444444444444 0 0 0 0 66 7777777777777777777 1 3 0 5 1 1 0 999999 1 444 8 8 55 3 1 22 1111111 99 1 5 0 0000000000000000000000000 5 0000 5 7777777777777777 0 222 4 000 000 3 888 1 1 5 111 1 2 88 0 4444 8888888888
lowQualScore : . . . . . . . .. . ... .. . . . . .. . .. . . . . . ........ .. ..... .. . . .. .. . . . ...... . . . . . . . . ...... ..... . . .. ............... . . . . .. ................... . . . . . . . ...... . ... . . .. . . .. ....... .. . . . ......................... . .... . ................ . ... . ... ... . ... . . . ... . . .. . .... ..........
lowQualScore : 7 3 2 1 2 4 0 22 8 000 22 0 5 2 0 88 5 88 8 8 5 0 2 55555555 22 22222 88 0 5 88 88 0 0 0 888888 0 0 0 0 0 2 8 2 888888 00000 0 0 00 000000000000000 8 8 8 8 44 0000000000000000000 4 2 8 6 0 0 8 888888 4 000 0 0 88 8 4 00 0000000 22 0 0 8 6666666666666666666666666 0 6666 7 9999999999999999 7 777 3 000 000 3 000 0 0 7 000 4 5 55 3 2222 7777777777
consensus : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACA-CTTTT-T-G-AAA--CACNACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
Reference ( family-2008 ) : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACA-CTTTT-T---AAA--CGCAACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
gi|1 : AATTAACAGGTGAGGGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACAGTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGAATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATCTGTATTTTCTCTCTAGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATTATCAAATGTGATACTTG-TTTTTTAAATAATTTTTAAAATTGACGCGAAAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACATT-TTT-AGTGCATATTTTAAATAGAATT----GAAAC------------TCATAC----TATTTTTT-------AATTTCTAATTTATAAATGATTGTAATCCTATTGCAATTGAAGTAAATTATTCATCTAATCTTTTCAATCCGTTGAAGTAAATGCTGTCTGATAATTACTGATT
gi|10 : TTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAACACAAA---------AATTCTATGGTGATTGTGTTTATGTTTTGATGTATTTTATTAAGTATTAGAAATTA-------------------TGCATAAGCCTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATCAACAAAAA-------ATAGTTTTATAAAATATTTCTGTATAA-CTTTTCTTCAAACACTGGTGTTTATGAAGACGTTCAGTCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATACCGATATGTA---CATAACACATGTT--TTAATAAGTTTGTACATTTAGTCCTAACTAATCTAT----AATC-ACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGT-------------------------CTC-TCCTG----tactgacaacttgtatatttgggaattaaagggaagcgccaaatatcctaagggtaattctccacgaggtgttgggataaagtgtgcataaatgatatacattttgatggtttattgcatgaacaatatgttaaaattatgaacgtttgctatgatataaatcgtatcttataattttgtaaagaatattgttcgcatggtaaatgtatgtaattgaggcacatatgcattattatataatattttatacttctttctgtatttccatatatataagaagtacgtccaaatatatcacatgcttgattatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatggtggtggtggtggtgatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaacattacatgttctgttacttaataaatccttaattacattcaatacaattcattagaaatatttgttaccttaaacaaaacgtgttatatcttattcaaattttggatatatttattattattctatttggttaaactgtattatgtatatcgatatcacgcaaactaaaataaaataaaaatagcaataataggcgaaatgaactgattgtagtttttggggtgaacttttcttttacgatttaaagaatcaaagaatgtttgtatgtttattaacagttccagagaatatagttgtttaatatatatatggacataccatttgtaattaaaccaccgatataaactgtcacatgttctattaaccaaagaacccctacccctgctgcgaaagcgttaacagtaaaatatggccccaagatatgttcatagcatggggtatgttattttaatcccagtatccccataagtcacacaatcagacatgttttatgacttttgtgtatgctatattttttgtagttctaattgagaaatttggtacaaataatttgtttatgtgtgagggtttcattaacgaggtgaaatgagttattttataaactacatatatactggaacgataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacacatgtaataatgaattttatttctgcgcaagttaattataaattgtcttaatatctgagtatatatttttatgaaatatatttaaagtattttcgtccttttttatagttgttcacaagcactatcagatttaaacagcatcctcgtaaatgataacttaaatatggatacatcaatgtctcgggggtcatagcaatttaaagggatgtatacgacaatgtcgcaaaccgagtttacccgttccagtataaaaacaatctttacagctgtggacataacacgctgtgtgacgccatagtgtaaaaagttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnata
gi|12 : GGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCTTTTCTTAAATGCCAAGT---A---CATAACACTTTTT--TTAATTAGCTTGTACATCT-------ACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGCGGTGTGACAA-ATAATGTATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATATGTATTTTCTCTCTAGT---GTCTTTTGTCTAGCATATATGATCAAATG----------TTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCCAAAGTGCCCTTGATATAATTTTAGTTTTCCAAAAATATAACA-GATTT-AGCGCATATTTTAAATAGAAT
gi|13 : GATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAAAAGCCGTTTAAAATATCATATTTGTACTAATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCCTAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTTGTCCTTTTTAAGAACTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---TTCCTATACAAAATGAAGAATTTTTTTGGAGAAACTGGATATTTTATCTCAAACACCATATTGCAACCACATTATT
gi|16 : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAACTCCGATAATATTTT-ACTATAAACAAAGAAGGAAGATTTTAGTTTAATCTTCATCGATCAATAACCGTTTAGAATATCAAATCTGTACTTATCATAAAATGTTG-TTAAAATGTCCTCTACAA----GTTATTTTTTCATAATATGAGATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGAT
gi|17 : acccAACCTTCGATAACGGTGCATCGTGAAAATCCGTTAAACGTCTTACTATAG-C-------GACTATTA-AGTTGAATTTTAATAAATAAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACGTATCACAAAATGTT-------ATGCCCTCCA
gi|18 : acctAACTTTCGATGTTGGTG-------AAAACCCGATGATAATTTTACTATAAACAAAGAAGGAAGACTTTAGTTGAATCTTAATGAATCAATAACCGTttataatttt
gi|19 : acccAACTTTCGATATCGGTGTCGCATGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAGCAAAGAAGGACGAT
gi|2 : cccAACTTTCAATATAGTTGTCACGTGAAAATCTGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGTAAGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATTCTGTTTAAAATGTCCTCTGCAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTCAAATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGATTTAACACAATCACTCAATTCCTCTATATTATGTTTTATACAAAATGAAGA-TTTTTTTGGAGAATCTGGATATTTTATCTCCAACACAATATTTCAACCACATTATTCAGAACTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGC-------TGACATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTCATCTTTTTGGTCC-TT---AAACATCTTTT-T---AAA--CACAACTATA--TTTTTCT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCAGGATTTCTAGTGACTTTACATATTACAGATTACCACATGGTGATTTATATGATTTTAATGATGCCCACCCGGGGAGATTATTGGGGAGATTTTATTGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAATTTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TATT--TTAAAA-----A---------AATGCTA-GGTCATTGTATTTA----TTTA-----TTTAT---GTATTA--AA--AAGGAA---GT----TGTTATGCATAAGACTTCTTTAGTAGGAATATAGAACTGTTATTGTAAAAAAAAATGAATCAAAAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTGTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGTGTAACGACGTAGAATTACAT-AGTATTTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTTACGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGCAAATGCCAATA---A---CATAACACATTTT--TTAATTA----GTACATCTGAATCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACTA-ATGTTGCATTGGTCACATTTAGCAATA---------------------TTCATACTGAACTGAAAGTACTGTCCTG----------------GAGTTTACTATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGATTTTTAAAATAATTTTCTAAATTGGCGCTATAGTGCCCATAATATAATTTCAGTTTCTCAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGTACATTTTGAATAGAATAACAAGAGACT-TTTAGTTTAATTATAC----TTTTTTTTTTAAAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAAGCCTTTTAATCCTTTGTTGTAAATGCTGGCTGATAATTTCTGGCTG
gi|20 : CCTTTTAATCCCTTGTAAGAAATGAAGGCTGATAATTACTGATTG
gi|3 : AACGTTCGATATCG-TGTCGCGTGAAAATCTGATAATAGTTTTACTATAAACAAAGAAAGACGATTTGAGTTTAATATTCATCAACCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCACAAAATAATGTTTAAAATGTCCTCTACGAGTTGATTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAA-----------TTTTAAAATTTAAGACAATCAACCAATTTCTCTATAT---GTTCTGTACAAAATGAAgcagacaatttctttatt
gi|3 : acctTTCAAATGATATTATTTTCATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TTTTTAAAT--TTTTT-T---AAAAACACAACCATA--TTTTTTTTAACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTTGTATTTTCCTGAAGTTATGAAGCAATTTAAATTGAGTTATGGGGTAAA-TAAGTAC------ACGCACATAGAATTGCTTATCAACAAATT-TA-T--AAAAAA-----ATAACACAACAATTATATGGTCATTGTGTTTATATTTTTATATATTTTATTAAGTATTAGGAAT-AAAAAA---GTATGGTATTATGCATAAGACTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAA---GAAACTATAGTTTAATAAAATATTTCTTTATAAACGTTTCTTCCAACACAGGTGTTTATGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACTATGGTTTCATTTGGTTAATGCCAATA---AGTACATGATACATGTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ACAATGCAACGGTCACATTTAGC-------------------------CTC-TCCTG----GTGGATACC-TACTA----------------TGTTAT--TATCTGTTTTGTTTCTCTAGC---CTC---TGTCTCGCATATatttcaaatgatattattttcattaaaataagagtttatctttttggtcctttttaaatttttttaaaaacacaaccatattttttttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttatttcttgtattttcctgaagttatgaagcaatttaaattgagttatggggtaaataagtacacgcacatagaattgcttatcaacaaatttataaaaaaataacacaacaattatatggtcattgtgtttatatttttatatattttattaagtattaggaataaaaaagtatggtattatgcataagacttcttaagaaggaataaataactgttattataaaaaaagaaactatagtttaataaaatatttctttataaacgtttcttccaacacaggtgtttatgcagacgtttcgcgtaacgacgtcgaattacatatcttataacaattaatcgcagccttcaggattaagacagaaactatggtttcatttggttaatgccaataagtacatgatacatgttttaattagtttgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaacaatgcaacggtcacatttagcctctcctggtggatacctactatgttattatctgttttgtttctctagcctctgtctcgcatat
gi|4 : acctaacgttcgatatcgtgtcgcgtgaaaatctgataatagttttactataaacaaagaaagacgatttgagtttaatattcatcaaccaataaccgtttaaaatatcaaatttgtacttatcacaaaataatgtttaaaatgtcctctacgagttgattattttttcataattttaaattaattaattttaaaatttaagacaatcaaccaatttctctatatgttctgtacaaaatgaaatAACTTTCGATATCGGTGCCGCATGAAAATCAGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTGAGTTTAATATTCATAAATCAATAACCATTTAAACTATCATATTTTTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTTCTCAACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAA-----------TTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATTACCCAATTTCTCTCT-----GTTTTATACAAAATGAAGAAATTTTTGGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCTTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATTAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCTTTCCATTGATATAACTTTTATAACAATAAGAGTTTATCTCTTTGGTCCTTT---TTACA-CTTTTATAG-AAA--CGCTACTATAT-TTTTTTT--ACAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-GTCTTTATTTCTGGTCTTTTCATGAAGTTAAAAAGCAATTTAAATTGTGCTAAAGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AATTT-TT-T--AAAAAA-----AAT-------AATTCAATTCTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAACA-----------------GTGTGAGACTTATTTAGAAAAAAAAAATAGCTGTCATTAT-AAAAAAAATGAATCATTAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTCTTCAAACTCTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGACGACATCGAATTACATAA-TATCTTGTAACAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTCAAAACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAGTA---A---
gi|5 : cTATAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATATAATAC--CGGTA------TTTCTTCAAATACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGATGACGTAAAATTACAT-A-T--CTT-------TTAATCGCAGCCTTTAGTCTCAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAGTGCCAATA---AGTACATGCTACATTTTTTTTAATTAGTTTGTATATCCGGTTCTAACTAATCAATGTGCAATTAACAGGTGAGCGTGAGGTGTGATAATATGTTGCATCTGTCACATTTAGCAATATTCATACTGAATGGAAAGTGCCTG-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGTTA-A-TATCTGTCTTGTCTCTCTAGT---CAT---TGTTTAGCAAATATGATCAATTGTGAGACTTGTTTTTTTTAATAATTTTCTAAATTGGCACAATAGTGTCCATAATATAATTTCATTTTCTTAATAA-A-TACA-GTTTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTGA--AAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAA-TTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAA
gi|5 : TTTGTAGTAAATGCTGGCGGATAATTACTGATTGggacttatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggcggataattactgattggctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : tataaaaaaatgaatcaatagttttatataataccggtatttcttcaaatactggtgtttttgcagacgtttcgcgtgatgacgtaaaattacatatcttttaatcgcagcctttagtctcaagacagaaaccatgttttcatttggtaagtgccaataagtacatgctacattttttttaattagtttgtatatccggttctaactaatcaatgtgcaattaacaggtgagcgtgaggtgtgataatatgttgcatctgtcacatttagcaatattcatactgaatggaaagtgcctgtcctggaggatacctactatgttaatatctgtcttgtctctctagtcattgtttagcaaatatgatcaattgtgagacttgttttttttaataattttctaaattggcacaatagtgtccataatataatttcattttcttaataaatacagttttagtgcacattttaaatagaattacaagagactattattttaattatactttttttgaaaaaaaattctaatttataaatgattttaatcctattgcaattaagtaaattgttcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggacttatataaagatacaagtccttg---A---CATGATACACTTT--TAAATTAGTGTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATGTTACATCGGTCA-----------------------------------------G----GAGGATACC-TACTATATATATTTTATACTATGTTGT--TATCTGTAATGTCTC--TAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTAATTTTTTAAAATAATTTTCTAAATTTGCGCGATTGTGCCAATAATATAATTTCAGTTTCTTAATGA-ATTACA-ATTTT-AGTGCACATGTAAACTAGAATTACAAGAAACT-ATTATTTTAATCATAT----TTTTTT----------------------TAAATGGTTTTAATCCTATTGCAATTTAAGAAAATTATTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAAgctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTGggaattatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggctgataattactgattggctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|7 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtacatgatacacttttaaattagtgtgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaatgttacatcggtcaggaggatacctactatatatattttatactatgttgttatctgtaatgtctctagtctctgtctagcatatatgatcaaatgtgatactaattttttaaaataattttctaaatttgcgcgattgtgccaataatataatttcagtttcttaatgaattacaattttagtgcacatgtaaactagaattacaagaaactattattttaatcatattttttttaaatggttttaatcctattgcaatttaagaaaattattcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggaattatataaagatacaagtccttgTTTTTTAATAA-ATTACA-A-TTTTGGTTCACATTCTAAATAGATTTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATACATATTCTTTTTTT--AAAA--TTTCTAATTCATGAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCA-CTAAGCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAAGGCTGGCTTATAATTAATGACTGgctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|8 : CAAAGAACGACGATTTTAATTTAACTTTCATAAATCAATAACCTTTTAAAATATCAAGTTTGTACATATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCGCCTACAAGTTGGTCATTTTTTCATAATTTTAAATTAAATTTAATTTTTGCTCCTTTTTAAGATTGAAGACAATCGCCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAAATTATTGGGAGACA----GTATTGTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCAAATTTATACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTTCATTGATA----------------------TTATTTTT---------------ACA-CTTTT-TTAGAAA--CACCTCTATAATTTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTTGGGATTTCTTGTGACTGTACATATTCTGGA------CACGGTTATTTATATCATTGTTATGACGCCCGCCCAGGGGGATTATTGGGGACATTTTATCGTCATTACTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATCAATCAATTTAAATTGTGTTATGGGATAAAATACGTACATATATATGCACATTGAACTGCTTA-----AAATTATA-TAAAAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAAGTTGT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGAAATAAATAACTGTTACTATAgctgacagtttgtacctatgggaattgaagggaagtggcaaatgtcttaggggtaattttccacggggatgttggcgataaactgtacataaataatatatattgtgacgagttattgcatgacaatatgtttaaattatgaacatttgctatgatataaatcatatcttgtaatattgtaaagaattgtgtttacgtggtaaatgtatataagtgaggcatatatgcattatataatattttgtacttttttctgtaatcccatataagaggtatgtctaaatatatcatcacactgacacatgcttgattatactagatagagagagagagatcaagagagagagcgagagagcgaaagcaataaagatgatgatttttatgtaagttctctactatagtaaatttttattaaacagtagattatcaaatatagactattaccatgattcagatataacattacatgttcttttacttaataaatccataatgcattttcaaaacaaattggaagcaactaataattttgtcatcaaaataattcttatacca
gi|9 : ATGACCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCAGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCAG----GAGGATACC-TACTG----------------TGGTGTA--ATCTGTATT-TTTCTCTTGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATGATCAAACGTGAAACTCGTTTTTTTAAAAAATTT-CTAAATTGGCTTGAAAGTACCCACGATAAAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTTGAGTGCATATTTTAAATAGAAATA----AAACTTGTTATTTTAATAATAC----TTTATTTTT--AA----TTTCCAATTTATAAATAATTTTAATCCTATTGCAATTGAAATAAATTGTTCATCTAATCTTTTCAATCCGTAGAAGTAAATGCTGGCTGTTAATTACTGATT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TATATGCATTATTATATAATATTTTATACTTCTTTCTGTAATCCCATATATATAAGAAGTACGTTTAAATATATTATCACACCGTCACATGCTTGATTAAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATGGTGGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAGATAGAACATTACATGTTCTGTTATGTAATAAATCCATAACTACATTCAATAAAATTCATTAGAATTATTTGTTACCTTAAATAAAACGTGTTCAATC
Unaligned ( gi|14 ): TACTCCTAAATGATATATATTTTGATGGTTTGTTGCATGAATAATATGTTTAAATTATGAATGTTTGCTATAACATAAATCGTATCTTGTAATATTGTAAAGATTATTGTCCGCATGGTAAATGTATGTAAGTGAGGCGCATATGCATCATTTTATAATATTTTATATTTCTTTGTGTAATCTCATATATATAAGAAGTACGTCTAAATATATACACAC
Unaligned ( gi|15 ): AATGAAGATTTTTTATATAAGTTCTCTACTATAGATTTTTTTTATTAAACAGTAAATTATTAAATATAGACTATTACCATGATTAAGATATAACATTACATGTTCTTTTACTTAATAAATCCATGATTACATTCAATAAAATTCATAAGAATTATTTGTTACCTTTAATAAAACGTGTATTTAATTCAAATTATGGATGTACCTCTACTGATA
Unaligned ( gi|21 ): GTAACAAGGAATTACATAAAGATACAAGTCCTTGATGGTA
Unaligned ( gi|22 ): AAGGAATTATATAGAGATATGCAAGTCCTTGCTTGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1 22222222 33333 22 11 111111 222222 22222 11 555555555555555 4444444444444444444 111 22 2222222 6666666666666666666666666 1111 3333333333333333 222 222 111 222 1 1111 3333333333
lowQualScore : 0 2 0 3 0 1 5 99 0 444 44 1 2 4 2 22 3 66 0 0 3 3 3 88888888 11111 1 33 33 1 1 1 777777 1 1 1 1 1 9 0 3 888888 00000 8 8 11 444444444444444 0 0 0 0 66 7777777777777777777 1 3 0 5 1 1 0 999999 1 444 8 8 55 3 1 22 1111111 99 1 5 0 0000000000000000000000000 5 0000 5 7777777777777777 0 222 4 000 000 3 888 1 1 5 111 1 2 88 0 4444 8888888888
lowQualScore : . . . . . . . .. . ... .. . . . . .. . .. . . . . . ........ ..... . .. .. . . . ...... . . . . . . . . ...... ..... . . .. ............... . . . . .. ................... . . . . . . . ...... . ... . . .. . . .. ....... .. . . . ......................... . .... . ................ . ... . ... ... . ... . . . ... . . .. . .... ..........
lowQualScore : 7 3 2 1 2 4 0 22 8 000 22 0 5 2 0 88 5 88 8 8 5 0 2 55555555 55555 0 88 88 0 0 0 888888 0 0 0 0 0 2 8 2 888888 00000 0 0 00 000000000000000 8 8 8 8 44 0000000000000000000 4 2 8 6 0 0 8 888888 4 000 0 0 88 8 4 00 0000000 22 0 0 8 6666666666666666666666666 0 6666 7 9999999999999999 7 777 3 000 000 3 000 0 0 7 000 4 5 55 3 2222 7777777777
consensus : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACACTTTT-T--GAAACACNACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
Reference ( family-2008 ) : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACACTTTT-T--GAAACACNACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
gi|1 : AATTAACAGGTGAGGGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACAGTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGAATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATCTGTATTTTCTCTCTAGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATTATCAAATGTGATACTTG-TTTTTTAAATAATTTTTAAAATTGACGCGAAAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACATT-TTT-AGTGCATATTTTAAATAGAATT----GAAAC------------TCATAC----TATTTTTT-------AATTTCTAATTTATAAATGATTGTAATCCTATTGCAATTGAAGTAAATTATTCATCTAATCTTTTCAATCCGTTGAAGTAAATGCTGTCTGATAATTACTGATT
gi|10 : TTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAACACAAA---------AATTCTATGGTGATTGTGTTTATGTTTTGATGTATTTTATTAAGTATTAGAAATTA-------------------TGCATAAGCCTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATCAACAAAAA-------ATAGTTTTATAAAATATTTCTGTATAA-CTTTTCTTCAAACACTGGTGTTTATGAAGACGTTCAGTCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATACCGATATGTA---CATAACACATGTT--TTAATAAGTTTGTACATTTAGTCCTAACTAATCTAT----AATC-ACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGT-------------------------CTC-TCCTG----tactgacaacttgtatatttgggaattaaagggaagcgccaaatatcctaagggtaattctccacgaggtgttgggataaagtgtgcataaatgatatacattttgatggtttattgcatgaacaatatgttaaaattatgaacgtttgctatgatataaatcgtatcttataattttgtaaagaatattgttcgcatggtaaatgtatgtaattgaggcacatatgcattattatataatattttatacttctttctgtatttccatatatataagaagtacgtccaaatatatcacatgcttgattatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatggtggtggtggtggtgatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaacattacatgttctgttacttaataaatccttaattacattcaatacaattcattagaaatatttgttaccttaaacaaaacgtgttatatcttattcaaattttggatatatttattattattctatttggttaaactgtattatgtatatcgatatcacgcaaactaaaataaaataaaaatagcaataataggcgaaatgaactgattgtagtttttggggtgaacttttcttttacgatttaaagaatcaaagaatgtttgtatgtttattaacagttccagagaatatagttgtttaatatatatatggacataccatttgtaattaaaccaccgatataaactgtcacatgttctattaaccaaagaacccctacccctgctgcgaaagcgttaacagtaaaatatggccccaagatatgttcatagcatggggtatgttattttaatcccagtatccccataagtcacacaatcagacatgttttatgacttttgtgtatgctatattttttgtagttctaattgagaaatttggtacaaataatttgtttatgtgtgagggtttcattaacgaggtgaaatgagttattttataaactacatatatactggaacgataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacacatgtaataatgaattttatttctgcgcaagttaattataaattgtcttaatatctgagtatatatttttatgaaatatatttaaagtattttcgtccttttttatagttgttcacaagcactatcagatttaaacagcatcctcgtaaatgataacttaaatatggatacatcaatgtctcgggggtcatagcaatttaaagggatgtatacgacaatgtcgcaaaccgagtttacccgttccagtataaaaacaatctttacagctgtggacataacacgctgtgtgacgccatagtgtaaaaagttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnata
gi|12 : GGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCTTTTCTTAAATGCCAAGT---A---CATAACACTTTTT--TTAATTAGCTTGTACATCT-------ACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGCGGTGTGACAA-ATAATGTATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATATGTATTTTCTCTCTAGT---GTCTTTTGTCTAGCATATATGATCAAATG----------TTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCCAAAGTGCCCTTGATATAATTTTAGTTTTCCAAAAATATAACA-GATTT-AGCGCATATTTTAAATAGAAT
gi|13 : GATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAAAAGCCGTTTAAAATATCATATTTGTACTAATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCCTAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTTGTCCTTTTTAAGAACTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---TTCCTATACAAAATGAAGAATTTTTTTGGAGAAACTGGATATTTTATCTCAAACACCATATTGCAACCACATTATT
gi|16 : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAACTCCGATAATATTTT-ACTATAAACAAAGAAGGAAGATTTTAGTTTAATCTTCATCGATCAATAACCGTTTAGAATATCAAATCTGTACTTATCATAAAATGTTG-TTAAAATGTCCTCTACAA----GTTATTTTTTCATAATATGAGATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGAT
gi|17 : acccAACCTTCGATAACGGTGCATCGTGAAAATCCGTTAAACGTCTTACTATAG-C-------GACTATTA-AGTTGAATTTTAATAAATAAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACGTATCACAAAATGTT-------ATGCCCTCCA
gi|18 : acctAACTTTCGATGTTGGTG-------AAAACCCGATGATAATTTTACTATAAACAAAGAAGGAAGACTTTAGTTGAATCTTAATGAATCAATAACCGTttataatttt
gi|19 : acccAACTTTCGATATCGGTGTCGCATGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAGCAAAGAAGGACGAT
gi|2 : cccAACTTTCAATATAGTTGTCACGTGAAAATCTGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGTAAGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATTCTGTTTAAAATGTCCTCTGCAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTCAAATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGATTTAACACAATCACTCAATTCCTCTATATTATGTTTTATACAAAATGAAGA-TTTTTTTGGAGAATCTGGATATTTTATCTCCAACACAATATTTCAACCACATTATTCAGAACTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGC-------TGACATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTCATCTTTTTGGTCC-TT---AAACATCTTT-T--TAAACACAACTATA--TTTTTCT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCAGGATTTCTAGTGACTTTACATATTACAGATTACCACATGGTGATTTATATGATTTTAATGATGCCCACCCGGGGAGATTATTGGGGAGATTTTATTGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAATTTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TATT--TTAAAA-----A---------AATGCTA-GGTCATTGTATTTA----TTTA-----TTTAT---GTATTA--AA--AAGGAA---GT----TGTTATGCATAAGACTTCTTTAGTAGGAATATAGAACTGTTATTGTAAAAAAAAATGAATCAAAAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTGTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGTGTAACGACGTAGAATTACAT-AGTATTTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTTACGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGCAAATGCCAATA---A---CATAACACATTTT--TTAATTA----GTACATCTGAATCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACTA-ATGTTGCATTGGTCACATTTAGCAATA---------------------TTCATACTGAACTGAAAGTACTGTCCTG----------------GAGTTTACTATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGATTTTTAAAATAATTTTCTAAATTGGCGCTATAGTGCCCATAATATAATTTCAGTTTCTCAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGTACATTTTGAATAGAATAACAAGAGACT-TTTAGTTTAATTATAC----TTTTTTTTTTAAAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAAGCCTTTTAATCCTTTGTTGTAAATGCTGGCTGATAATTTCTGGCTG
gi|20 : CCTTTTAATCCCTTGTAAGAAATGAAGGCTGATAATTACTGATTG
gi|3 : AACGTTCGATATCG-TGTCGCGTGAAAATCTGATAATAGTTTTACTATAAACAAAGAAAGACGATTTGAGTTTAATATTCATCAACCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCACAAAATAATGTTTAAAATGTCCTCTACGAGTTGATTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAA-----------TTTTAAAATTTAAGACAATCAACCAATTTCTCTATAT---GTTCTGTACAAAATGAAgcagacaatttctttatt
gi|3 : acctTTCAAATGATATTATTTTCATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TTTTTAAATTTTTTT-A--AAAACACAACCATA--TTTTTTTTAACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTTGTATTTTCCTGAAGTTATGAAGCAATTTAAATTGAGTTATGGGGTAAA-TAAGTAC------ACGCACATAGAATTGCTTATCAACAAATT-TA-T--AAAAAA-----ATAACACAACAATTATATGGTCATTGTGTTTATATTTTTATATATTTTATTAAGTATTAGGAAT-AAAAAA---GTATGGTATTATGCATAAGACTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAA---GAAACTATAGTTTAATAAAATATTTCTTTATAAACGTTTCTTCCAACACAGGTGTTTATGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACTATGGTTTCATTTGGTTAATGCCAATA---AGTACATGATACATGTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ACAATGCAACGGTCACATTTAGC-------------------------CTC-TCCTG----GTGGATACC-TACTA----------------TGTTAT--TATCTGTTTTGTTTCTCTAGC---CTC---TGTCTCGCATATatttcaaatgatattattttcattaaaataagagtttatctttttggtcctttttaaatttttttaaaaacacaaccatattttttttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttatttcttgtattttcctgaagttatgaagcaatttaaattgagttatggggtaaataagtacacgcacatagaattgcttatcaacaaatttataaaaaaataacacaacaattatatggtcattgtgtttatatttttatatattttattaagtattaggaataaaaaagtatggtattatgcataagacttcttaagaaggaataaataactgttattataaaaaaagaaactatagtttaataaaatatttctttataaacgtttcttccaacacaggtgtttatgcagacgtttcgcgtaacgacgtcgaattacatatcttataacaattaatcgcagccttcaggattaagacagaaactatggtttcatttggttaatgccaataagtacatgatacatgttttaattagtttgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaacaatgcaacggtcacatttagcctctcctggtggatacctactatgttattatctgttttgtttctctagcctctgtctcgcatat
gi|4 : acctaacgttcgatatcgtgtcgcgtgaaaatctgataatagttttactataaacaaagaaagacgatttgagtttaatattcatcaaccaataaccgtttaaaatatcaaatttgtacttatcacaaaataatgtttaaaatgtcctctacgagttgattattttttcataattttaaattaattaattttaaaatttaagacaatcaaccaatttctctatatgttctgtacaaaatgaaatAACTTTCGATATCGGTGCCGCATGAAAATCAGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTGAGTTTAATATTCATAAATCAATAACCATTTAAACTATCATATTTTTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTTCTCAACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAA-----------TTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATTACCCAATTTCTCTCT-----GTTTTATACAAAATGAAGAAATTTTTGGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCTTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATTAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCTTTCCATTGATATAACTTTTATAACAATAAGAGTTTATCTCTTTGGTCCTTT---TTACACTTTTATA-GAAACGCTACTATAT-TTTTTTT--ACAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-GTCTTTATTTCTGGTCTTTTCATGAAGTTAAAAAGCAATTTAAATTGTGCTAAAGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AATTT-TT-T--AAAAAA-----AAT-------AATTCAATTCTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAACA-----------------GTGTGAGACTTATTTAGAAAAAAAAAATAGCTGTCATTAT-AAAAAAAATGAATCATTAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTCTTCAAACTCTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGACGACATCGAATTACATAA-TATCTTGTAACAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTCAAAACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAGTA---A---
gi|5 : cTATAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATATAATAC--CGGTA------TTTCTTCAAATACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGATGACGTAAAATTACAT-A-T--CTT-------TTAATCGCAGCCTTTAGTCTCAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAGTGCCAATA---AGTACATGCTACATTTTTTTTAATTAGTTTGTATATCCGGTTCTAACTAATCAATGTGCAATTAACAGGTGAGCGTGAGGTGTGATAATATGTTGCATCTGTCACATTTAGCAATATTCATACTGAATGGAAAGTGCCTG-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGTTA-A-TATCTGTCTTGTCTCTCTAGT---CAT---TGTTTAGCAAATATGATCAATTGTGAGACTTGTTTTTTTTAATAATTTTCTAAATTGGCACAATAGTGTCCATAATATAATTTCATTTTCTTAATAA-A-TACA-GTTTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTGA--AAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAA-TTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAA
gi|5 : TTTGTAGTAAATGCTGGCGGATAATTACTGATTGggacttatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggcggataattactgattggctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : tataaaaaaatgaatcaatagttttatataataccggtatttcttcaaatactggtgtttttgcagacgtttcgcgtgatgacgtaaaattacatatcttttaatcgcagcctttagtctcaagacagaaaccatgttttcatttggtaagtgccaataagtacatgctacattttttttaattagtttgtatatccggttctaactaatcaatgtgcaattaacaggtgagcgtgaggtgtgataatatgttgcatctgtcacatttagcaatattcatactgaatggaaagtgcctgtcctggaggatacctactatgttaatatctgtcttgtctctctagtcattgtttagcaaatatgatcaattgtgagacttgttttttttaataattttctaaattggcacaatagtgtccataatataatttcattttcttaataaatacagttttagtgcacattttaaatagaattacaagagactattattttaattatactttttttgaaaaaaaattctaatttataaatgattttaatcctattgcaattaagtaaattgttcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggacttatataaagatacaagtccttg---A---CATGATACACTTT--TAAATTAGTGTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATGTTACATCGGTCA-----------------------------------------G----GAGGATACC-TACTATATATATTTTATACTATGTTGT--TATCTGTAATGTCTC--TAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTAATTTTTTAAAATAATTTTCTAAATTTGCGCGATTGTGCCAATAATATAATTTCAGTTTCTTAATGA-ATTACA-ATTTT-AGTGCACATGTAAACTAGAATTACAAGAAACT-ATTATTTTAATCATAT----TTTTTT----------------------TAAATGGTTTTAATCCTATTGCAATTTAAGAAAATTATTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAAgctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTGggaattatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggctgataattactgattggctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|7 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtacatgatacacttttaaattagtgtgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaatgttacatcggtcaggaggatacctactatatatattttatactatgttgttatctgtaatgtctctagtctctgtctagcatatatgatcaaatgtgatactaattttttaaaataattttctaaatttgcgcgattgtgccaataatataatttcagtttcttaatgaattacaattttagtgcacatgtaaactagaattacaagaaactattattttaatcatattttttttaaatggttttaatcctattgcaatttaagaaaattattcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggaattatataaagatacaagtccttgTTTTTTAATAA-ATTACA-A-TTTTGGTTCACATTCTAAATAGATTTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATACATATTCTTTTTTT--AAAA--TTTCTAATTCATGAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCA-CTAAGCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAAGGCTGGCTTATAATTAATGACTGgctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|8 : CAAAGAACGACGATTTTAATTTAACTTTCATAAATCAATAACCTTTTAAAATATCAAGTTTGTACATATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCGCCTACAAGTTGGTCATTTTTTCATAATTTTAAATTAAATTTAATTTTTGCTCCTTTTTAAGATTGAAGACAATCGCCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAAATTATTGGGAGACA----GTATTGTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCAAATTTATACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTTCATTGATA----------------------TTATTTTT---------------ACACTTTT-TTAGAAACACCTCTATAATTTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTTGGGATTTCTTGTGACTGTACATATTCTGGA------CACGGTTATTTATATCATTGTTATGACGCCCGCCCAGGGGGATTATTGGGGACATTTTATCGTCATTACTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATCAATCAATTTAAATTGTGTTATGGGATAAAATACGTACATATATATGCACATTGAACTGCTTA-----AAATTATA-TAAAAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAAGTTGT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGAAATAAATAACTGTTACTATAgctgacagtttgtacctatgggaattgaagggaagtggcaaatgtcttaggggtaattttccacggggatgttggcgataaactgtacataaataatatatattgtgacgagttattgcatgacaatatgtttaaattatgaacatttgctatgatataaatcatatcttgtaatattgtaaagaattgtgtttacgtggtaaatgtatataagtgaggcatatatgcattatataatattttgtacttttttctgtaatcccatataagaggtatgtctaaatatatcatcacactgacacatgcttgattatactagatagagagagagagatcaagagagagagcgagagagcgaaagcaataaagatgatgatttttatgtaagttctctactatagtaaatttttattaaacagtagattatcaaatatagactattaccatgattcagatataacattacatgttcttttacttaataaatccataatgcattttcaaaacaaattggaagcaactaataattttgtcatcaaaataattcttatacca
gi|9 : ATGACCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCAGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCAG----GAGGATACC-TACTG----------------TGGTGTA--ATCTGTATT-TTTCTCTTGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATGATCAAACGTGAAACTCGTTTTTTTAAAAAATTT-CTAAATTGGCTTGAAAGTACCCACGATAAAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTTGAGTGCATATTTTAAATAGAAATA----AAACTTGTTATTTTAATAATAC----TTTATTTTT--AA----TTTCCAATTTATAAATAATTTTAATCCTATTGCAATTGAAATAAATTGTTCATCTAATCTTTTCAATCCGTAGAAGTAAATGCTGGCTGTTAATTACTGATT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TATATGCATTATTATATAATATTTTATACTTCTTTCTGTAATCCCATATATATAAGAAGTACGTTTAAATATATTATCACACCGTCACATGCTTGATTAAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATGGTGGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAGATAGAACATTACATGTTCTGTTATGTAATAAATCCATAACTACATTCAATAAAATTCATTAGAATTATTTGTTACCTTAAATAAAACGTGTTCAATC
Unaligned ( gi|14 ): TACTCCTAAATGATATATATTTTGATGGTTTGTTGCATGAATAATATGTTTAAATTATGAATGTTTGCTATAACATAAATCGTATCTTGTAATATTGTAAAGATTATTGTCCGCATGGTAAATGTATGTAAGTGAGGCGCATATGCATCATTTTATAATATTTTATATTTCTTTGTGTAATCTCATATATATAAGAAGTACGTCTAAATATATACACAC
Unaligned ( gi|15 ): AATGAAGATTTTTTATATAAGTTCTCTACTATAGATTTTTTTTATTAAACAGTAAATTATTAAATATAGACTATTACCATGATTAAGATATAACATTACATGTTCTTTTACTTAATAAATCCATGATTACATTCAATAAAATTCATAAGAATTATTTGTTACCTTTAATAAAACGTGTATTTAATTCAAATTATGGATGTACCTCTACTGATA
Unaligned ( gi|21 ): GTAACAAGGAATTACATAAAGATACAAGTCCTTGATGGTA
Unaligned ( gi|22 ): AAGGAATTATATAGAGATATGCAAGTCCTTGCTTGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1 22222222 33333 22 11 111111 222222 22222 11 555555555555555 4444444444444444444 111 22 2222222 6666666666666666666666666 1111 3333333333333333 222 222 111 222 1 1111 3333333333
lowQualScore : 0 2 0 3 0 1 5 99 0 444 44 1 2 4 2 22 3 66 0 0 3 3 3 88888888 11111 1 33 33 1 1 1 777777 1 1 1 1 1 9 0 3 888888 00000 8 8 11 444444444444444 0 0 0 0 66 7777777777777777777 1 3 0 5 1 1 0 999999 1 444 8 8 55 3 1 22 1111111 99 1 5 0 0000000000000000000000000 5 0000 5 7777777777777777 0 222 4 000 000 3 888 1 1 5 111 1 2 88 0 4444 8888888888
lowQualScore : . . . . . . . .. . ... .. . . . . .. . .. . . . . . ........ ..... . .. .. . . . ...... . . . . . . . . ...... ..... . . .. ............... . . . . .. ................... . . . . . . . ...... . ... . . .. . . .. ....... .. . . . ......................... . .... . ................ . ... . ... ... . ... . . . ... . . .. . .... ..........
lowQualScore : 7 3 2 1 2 4 0 22 8 000 22 0 5 2 0 88 5 88 8 8 5 0 2 55555555 55555 0 88 88 0 0 0 888888 0 0 0 0 0 2 8 2 888888 00000 0 0 00 000000000000000 8 8 8 8 44 0000000000000000000 4 2 8 6 0 0 8 888888 4 000 0 0 88 8 4 00 0000000 22 0 0 8 6666666666666666666666666 0 6666 7 9999999999999999 7 777 3 000 000 3 000 0 0 7 000 4 5 55 3 2222 7777777777
consensus : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACACTTTT-T--GAAACACNACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
Reference ( family-2008 ) : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACACTTTT-T--GAAACACNACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
gi|1 : AATTAACAGGTGAGGGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACAGTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGAATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATCTGTATTTTCTCTCTAGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATTATCAAATGTGATACTTG-TTTTTTAAATAATTTTTAAAATTGACGCGAAAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACATT-TTT-AGTGCATATTTTAAATAGAATT----GAAAC------------TCATAC----TATTTTTT-------AATTTCTAATTTATAAATGATTGTAATCCTATTGCAATTGAAGTAAATTATTCATCTAATCTTTTCAATCCGTTGAAGTAAATGCTGTCTGATAATTACTGATT
gi|10 : TTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAACACAAA---------AATTCTATGGTGATTGTGTTTATGTTTTGATGTATTTTATTAAGTATTAGAAATTA-------------------TGCATAAGCCTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATCAACAAAAA-------ATAGTTTTATAAAATATTTCTGTATAA-CTTTTCTTCAAACACTGGTGTTTATGAAGACGTTCAGTCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATACCGATATGTA---CATAACACATGTT--TTAATAAGTTTGTACATTTAGTCCTAACTAATCTAT----AATC-ACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGT-------------------------CTC-TCCTG----tactgacaacttgtatatttgggaattaaagggaagcgccaaatatcctaagggtaattctccacgaggtgttgggataaagtgtgcataaatgatatacattttgatggtttattgcatgaacaatatgttaaaattatgaacgtttgctatgatataaatcgtatcttataattttgtaaagaatattgttcgcatggtaaatgtatgtaattgaggcacatatgcattattatataatattttatacttctttctgtatttccatatatataagaagtacgtccaaatatatcacatgcttgattatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatggtggtggtggtggtgatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaacattacatgttctgttacttaataaatccttaattacattcaatacaattcattagaaatatttgttaccttaaacaaaacgtgttatatcttattcaaattttggatatatttattattattctatttggttaaactgtattatgtatatcgatatcacgcaaactaaaataaaataaaaatagcaataataggcgaaatgaactgattgtagtttttggggtgaacttttcttttacgatttaaagaatcaaagaatgtttgtatgtttattaacagttccagagaatatagttgtttaatatatatatggacataccatttgtaattaaaccaccgatataaactgtcacatgttctattaaccaaagaacccctacccctgctgcgaaagcgttaacagtaaaatatggccccaagatatgttcatagcatggggtatgttattttaatcccagtatccccataagtcacacaatcagacatgttttatgacttttgtgtatgctatattttttgtagttctaattgagaaatttggtacaaataatttgtttatgtgtgagggtttcattaacgaggtgaaatgagttattttataaactacatatatactggaacgataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacacatgtaataatgaattttatttctgcgcaagttaattataaattgtcttaatatctgagtatatatttttatgaaatatatttaaagtattttcgtccttttttatagttgttcacaagcactatcagatttaaacagcatcctcgtaaatgataacttaaatatggatacatcaatgtctcgggggtcatagcaatttaaagggatgtatacgacaatgtcgcaaaccgagtttacccgttccagtataaaaacaatctttacagctgtggacataacacgctgtgtgacgccatagtgtaaaaagttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnata
gi|12 : GGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCTTTTCTTAAATGCCAAGT---A---CATAACACTTTTT--TTAATTAGCTTGTACATCT-------ACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGCGGTGTGACAA-ATAATGTATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATATGTATTTTCTCTCTAGT---GTCTTTTGTCTAGCATATATGATCAAATG----------TTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCCAAAGTGCCCTTGATATAATTTTAGTTTTCCAAAAATATAACA-GATTT-AGCGCATATTTTAAATAGAAT
gi|13 : GATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAAAAGCCGTTTAAAATATCATATTTGTACTAATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCCTAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTTGTCCTTTTTAAGAACTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---TTCCTATACAAAATGAAGAATTTTTTTGGAGAAACTGGATATTTTATCTCAAACACCATATTGCAACCACATTATT
gi|16 : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAACTCCGATAATATTTT-ACTATAAACAAAGAAGGAAGATTTTAGTTTAATCTTCATCGATCAATAACCGTTTAGAATATCAAATCTGTACTTATCATAAAATGTTG-TTAAAATGTCCTCTACAA----GTTATTTTTTCATAATATGAGATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGAT
gi|17 : acccAACCTTCGATAACGGTGCATCGTGAAAATCCGTTAAACGTCTTACTATAG-C-------GACTATTA-AGTTGAATTTTAATAAATAAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACGTATCACAAAATGTT-------ATGCCCTCCA
gi|18 : acctAACTTTCGATGTTGGTG-------AAAACCCGATGATAATTTTACTATAAACAAAGAAGGAAGACTTTAGTTGAATCTTAATGAATCAATAACCGTttataatttt
gi|19 : acccAACTTTCGATATCGGTGTCGCATGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAGCAAAGAAGGACGAT
gi|2 : cccAACTTTCAATATAGTTGTCACGTGAAAATCTGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGTAAGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATTCTGTTTAAAATGTCCTCTGCAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTCAAATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGATTTAACACAATCACTCAATTCCTCTATATTATGTTTTATACAAAATGAAGA-TTTTTTTGGAGAATCTGGATATTTTATCTCCAACACAATATTTCAACCACATTATTCAGAACTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGC-------TGACATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTCATCTTTTTGGTCC-TT---AAACATCTTT-T--TAAACACAACTATA--TTTTTCT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCAGGATTTCTAGTGACTTTACATATTACAGATTACCACATGGTGATTTATATGATTTTAATGATGCCCACCCGGGGAGATTATTGGGGAGATTTTATTGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAATTTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TATT--TTAAAA-----A---------AATGCTA-GGTCATTGTATTTA----TTTA-----TTTAT---GTATTA--AA--AAGGAA---GT----TGTTATGCATAAGACTTCTTTAGTAGGAATATAGAACTGTTATTGTAAAAAAAAATGAATCAAAAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTGTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGTGTAACGACGTAGAATTACAT-AGTATTTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTTACGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGCAAATGCCAATA---A---CATAACACATTTT--TTAATTA----GTACATCTGAATCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACTA-ATGTTGCATTGGTCACATTTAGCAATA---------------------TTCATACTGAACTGAAAGTACTGTCCTG----------------GAGTTTACTATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGATTTTTAAAATAATTTTCTAAATTGGCGCTATAGTGCCCATAATATAATTTCAGTTTCTCAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGTACATTTTGAATAGAATAACAAGAGACT-TTTAGTTTAATTATAC----TTTTTTTTTTAAAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAAGCCTTTTAATCCTTTGTTGTAAATGCTGGCTGATAATTTCTGGCTG
gi|20 : CCTTTTAATCCCTTGTAAGAAATGAAGGCTGATAATTACTGATTG
gi|3 : AACGTTCGATATCG-TGTCGCGTGAAAATCTGATAATAGTTTTACTATAAACAAAGAAAGACGATTTGAGTTTAATATTCATCAACCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCACAAAATAATGTTTAAAATGTCCTCTACGAGTTGATTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAA-----------TTTTAAAATTTAAGACAATCAACCAATTTCTCTATAT---GTTCTGTACAAAATGAAgcagacaatttctttatt
gi|3 : acctTTCAAATGATATTATTTTCATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TTTTTAAATTTTTTT-A--AAAACACAACCATA--TTTTTTTTAACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTTGTATTTTCCTGAAGTTATGAAGCAATTTAAATTGAGTTATGGGGTAAA-TAAGTAC------ACGCACATAGAATTGCTTATCAACAAATT-TA-T--AAAAAA-----ATAACACAACAATTATATGGTCATTGTGTTTATATTTTTATATATTTTATTAAGTATTAGGAAT-AAAAAA---GTATGGTATTATGCATAAGACTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAA---GAAACTATAGTTTAATAAAATATTTCTTTATAAACGTTTCTTCCAACACAGGTGTTTATGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACTATGGTTTCATTTGGTTAATGCCAATA---AGTACATGATACATGTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ACAATGCAACGGTCACATTTAGC-------------------------CTC-TCCTG----GTGGATACC-TACTA----------------TGTTAT--TATCTGTTTTGTTTCTCTAGC---CTC---TGTCTCGCATATatttcaaatgatattattttcattaaaataagagtttatctttttggtcctttttaaatttttttaaaaacacaaccatattttttttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttatttcttgtattttcctgaagttatgaagcaatttaaattgagttatggggtaaataagtacacgcacatagaattgcttatcaacaaatttataaaaaaataacacaacaattatatggtcattgtgtttatatttttatatattttattaagtattaggaataaaaaagtatggtattatgcataagacttcttaagaaggaataaataactgttattataaaaaaagaaactatagtttaataaaatatttctttataaacgtttcttccaacacaggtgtttatgcagacgtttcgcgtaacgacgtcgaattacatatcttataacaattaatcgcagccttcaggattaagacagaaactatggtttcatttggttaatgccaataagtacatgatacatgttttaattagtttgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaacaatgcaacggtcacatttagcctctcctggtggatacctactatgttattatctgttttgtttctctagcctctgtctcgcatat
gi|4 : acctaacgttcgatatcgtgtcgcgtgaaaatctgataatagttttactataaacaaagaaagacgatttgagtttaatattcatcaaccaataaccgtttaaaatatcaaatttgtacttatcacaaaataatgtttaaaatgtcctctacgagttgattattttttcataattttaaattaattaattttaaaatttaagacaatcaaccaatttctctatatgttctgtacaaaatgaaatAACTTTCGATATCGGTGCCGCATGAAAATCAGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTGAGTTTAATATTCATAAATCAATAACCATTTAAACTATCATATTTTTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTTCTCAACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAA-----------TTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATTACCCAATTTCTCTCT-----GTTTTATACAAAATGAAGAAATTTTTGGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCTTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATTAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCTTTCCATTGATATAACTTTTATAACAATAAGAGTTTATCTCTTTGGTCCTTT---TTACACTTTTATA-GAAACGCTACTATAT-TTTTTTT--ACAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-GTCTTTATTTCTGGTCTTTTCATGAAGTTAAAAAGCAATTTAAATTGTGCTAAAGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AATTT-TT-T--AAAAAA-----AAT-------AATTCAATTCTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAACA-----------------GTGTGAGACTTATTTAGAAAAAAAAAATAGCTGTCATTAT-AAAAAAAATGAATCATTAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTCTTCAAACTCTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGACGACATCGAATTACATAA-TATCTTGTAACAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTCAAAACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAGTA---A---
gi|5 : cTATAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATATAATAC--CGGTA------TTTCTTCAAATACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGATGACGTAAAATTACAT-A-T--CTT-------TTAATCGCAGCCTTTAGTCTCAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAGTGCCAATA---AGTACATGCTACATTTTTTTTAATTAGTTTGTATATCCGGTTCTAACTAATCAATGTGCAATTAACAGGTGAGCGTGAGGTGTGATAATATGTTGCATCTGTCACATTTAGCAATATTCATACTGAATGGAAAGTGCCTG-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGTTA-A-TATCTGTCTTGTCTCTCTAGT---CAT---TGTTTAGCAAATATGATCAATTGTGAGACTTGTTTTTTTTAATAATTTTCTAAATTGGCACAATAGTGTCCATAATATAATTTCATTTTCTTAATAA-A-TACA-GTTTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTGA--AAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAA-TTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAA
gi|5 : TTTGTAGTAAATGCTGGCGGATAATTACTGATTGggacttatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggcggataattactgattggctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : tataaaaaaatgaatcaatagttttatataataccggtatttcttcaaatactggtgtttttgcagacgtttcgcgtgatgacgtaaaattacatatcttttaatcgcagcctttagtctcaagacagaaaccatgttttcatttggtaagtgccaataagtacatgctacattttttttaattagtttgtatatccggttctaactaatcaatgtgcaattaacaggtgagcgtgaggtgtgataatatgttgcatctgtcacatttagcaatattcatactgaatggaaagtgcctgtcctggaggatacctactatgttaatatctgtcttgtctctctagtcattgtttagcaaatatgatcaattgtgagacttgttttttttaataattttctaaattggcacaatagtgtccataatataatttcattttcttaataaatacagttttagtgcacattttaaatagaattacaagagactattattttaattatactttttttgaaaaaaaattctaatttataaatgattttaatcctattgcaattaagtaaattgttcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggacttatataaagatacaagtccttg---A---CATGATACACTTT--TAAATTAGTGTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATGTTACATCGGTCA-----------------------------------------G----GAGGATACC-TACTATATATATTTTATACTATGTTGT--TATCTGTAATGTCTC--TAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTAATTTTTTAAAATAATTTTCTAAATTTGCGCGATTGTGCCAATAATATAATTTCAGTTTCTTAATGA-ATTACA-ATTTT-AGTGCACATGTAAACTAGAATTACAAGAAACT-ATTATTTTAATCATAT----TTTTTT----------------------TAAATGGTTTTAATCCTATTGCAATTTAAGAAAATTATTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAAgctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTGggaattatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggctgataattactgattggctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|7 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtacatgatacacttttaaattagtgtgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaatgttacatcggtcaggaggatacctactatatatattttatactatgttgttatctgtaatgtctctagtctctgtctagcatatatgatcaaatgtgatactaattttttaaaataattttctaaatttgcgcgattgtgccaataatataatttcagtttcttaatgaattacaattttagtgcacatgtaaactagaattacaagaaactattattttaatcatattttttttaaatggttttaatcctattgcaatttaagaaaattattcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggaattatataaagatacaagtccttgTTTTTTAATAA-ATTACA-A-TTTTGGTTCACATTCTAAATAGATTTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATACATATTCTTTTTTT--AAAA--TTTCTAATTCATGAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCA-CTAAGCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAAGGCTGGCTTATAATTAATGACTGgctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|8 : CAAAGAACGACGATTTTAATTTAACTTTCATAAATCAATAACCTTTTAAAATATCAAGTTTGTACATATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCGCCTACAAGTTGGTCATTTTTTCATAATTTTAAATTAAATTTAATTTTTGCTCCTTTTTAAGATTGAAGACAATCGCCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAAATTATTGGGAGACA----GTATTGTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCAAATTTATACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTTCATTGATA----------------------TTATTTTT---------------ACACTTTT-TTAGAAACACCTCTATAATTTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTTGGGATTTCTTGTGACTGTACATATTCTGGA------CACGGTTATTTATATCATTGTTATGACGCCCGCCCAGGGGGATTATTGGGGACATTTTATCGTCATTACTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATCAATCAATTTAAATTGTGTTATGGGATAAAATACGTACATATATATGCACATTGAACTGCTTA-----AAATTATA-TAAAAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAAGTTGT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGAAATAAATAACTGTTACTATAgctgacagtttgtacctatgggaattgaagggaagtggcaaatgtcttaggggtaattttccacggggatgttggcgataaactgtacataaataatatatattgtgacgagttattgcatgacaatatgtttaaattatgaacatttgctatgatataaatcatatcttgtaatattgtaaagaattgtgtttacgtggtaaatgtatataagtgaggcatatatgcattatataatattttgtacttttttctgtaatcccatataagaggtatgtctaaatatatcatcacactgacacatgcttgattatactagatagagagagagagatcaagagagagagcgagagagcgaaagcaataaagatgatgatttttatgtaagttctctactatagtaaatttttattaaacagtagattatcaaatatagactattaccatgattcagatataacattacatgttcttttacttaataaatccataatgcattttcaaaacaaattggaagcaactaataattttgtcatcaaaataattcttatacca
gi|9 : ATGACCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCAGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCAG----GAGGATACC-TACTG----------------TGGTGTA--ATCTGTATT-TTTCTCTTGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATGATCAAACGTGAAACTCGTTTTTTTAAAAAATTT-CTAAATTGGCTTGAAAGTACCCACGATAAAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTTGAGTGCATATTTTAAATAGAAATA----AAACTTGTTATTTTAATAATAC----TTTATTTTT--AA----TTTCCAATTTATAAATAATTTTAATCCTATTGCAATTGAAATAAATTGTTCATCTAATCTTTTCAATCCGTAGAAGTAAATGCTGGCTGTTAATTACTGATT
blockSeqs : C T T A AT TAT AA T C A T CA A TT T A T TTTTTAA ATAG A AT TA N N N NNNNNN N N N N N N A ATATAT TCAAC A T AA ATAACACAAC TT AAAAAGTATGGTATTA T A T T A TAAACG T . A G AT A T GA AGTA TT G T AATATTCATACTGAATGGAAAGTGC A AACT G TATATATTTTATACTA ACT T GTC TTT T CGA C A T GA T C TG ATAT TTAAAAAAAA
blockSeqs : T T T A . . AA G C T C CC T TA A C T TTTTT TTAG T T . N N N NNNNNN N N N N N C A . . . . . AAT TT AAAAAGTTGTTATTA A A T A T GAACA A . . . AT A C TC AGTA . G . AATA . . . . AT G . . G TGT T T . GT G C T . AAAAAAAA
blockSeqs : T T T A . . T G . G TC T . . . . . AA C . . T G C . T C G T C . . . . . . . A T AGGAAGTTGTTA T A T T A GAACA T . . . . G C GA A . G . . . . . . A G . . T AAT A T . AT . C A . TAAAAT
blockSeqs : T G T A . . . . . . A . ACA T A . T A . T . . . . . . TC A . G . . . . . . T G . . A CGT G T . G . C A . TAAT
blockSeqs : C G . A . . TC A . . . . . . . . T G . . . . G A . A . . A . .
blockSeqs : . T . . A . . . . . . A . . . . G .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : A************** AGGAAGTTGTCA******* *** A****** *** CGT GT* A* TAAAAT****
originalCons : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACACTTTT-T--GAAACACNACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAA---GT----TATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACA-G-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTT--AAAAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
finalCons : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACACTTTT-T--GAAACACNACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAAA--------------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAGGAAGTTGTCA-------TGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATAA------CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACAGT-TTT-AGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACTA-TTATTTTAATTATAC----TTTTTTTTTAAAAT----TTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TATATGCATTATTATATAATATTTTATACTTCTTTCTGTAATCCCATATATATAAGAAGTACGTTTAAATATATTATCACACCGTCACATGCTTGATTAAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATGGTGGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAGATAGAACATTACATGTTCTGTTATGTAATAAATCCATAACTACATTCAATAAAATTCATTAGAATTATTTGTTACCTTAAATAAAACGTGTTCAATC
Unaligned ( gi|14 ): TACTCCTAAATGATATATATTTTGATGGTTTGTTGCATGAATAATATGTTTAAATTATGAATGTTTGCTATAACATAAATCGTATCTTGTAATATTGTAAAGATTATTGTCCGCATGGTAAATGTATGTAAGTGAGGCGCATATGCATCATTTTATAATATTTTATATTTCTTTGTGTAATCTCATATATATAAGAAGTACGTCTAAATATATACACAC
Unaligned ( gi|15 ): AATGAAGATTTTTTATATAAGTTCTCTACTATAGATTTTTTTTATTAAACAGTAAATTATTAAATATAGACTATTACCATGATTAAGATATAACATTACATGTTCTTTTACTTAATAAATCCATGATTACATTCAATAAAATTCATAAGAATTATTTGTTACCTTTAATAAAACGTGTATTTAATTCAAATTATGGATGTACCTCTACTGATA
Unaligned ( gi|21 ): GTAACAAGGAATTACATAAAGATACAAGTCCTTGATGGTA
Unaligned ( gi|22 ): AAGGAATTATATAGAGATATGCAAGTCCTTGCTTGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1 22222222 33333 22 11 111111 222222 22222 11 555555555555555 666666666666666666 111 22 2222222 6666666666666666666666666 1111 3333333333333333 222 222 111 1111 333333333333
lowQualScore : 0 2 0 3 0 1 5 99 0 444 44 1 2 4 2 22 3 66 0 0 3 3 3 88888888 11111 1 33 33 1 1 1 777777 1 1 1 1 1 9 0 3 888888 00000 8 8 11 444444444444444 0 0 0 0 66 000000000000000000 0 1 3 0 5 1 1 0 999999 1 444 8 8 55 3 1 22 1111111 99 1 5 0 0000000000000000000000000 5 0000 5 7777777777777777 0 222 4 000 000 3 3 1 1 5 1 2 88 0 4444 444444444444
lowQualScore : . . . . . . . .. . ... .. . . . . .. . .. . . . . . ........ ..... . .. .. . . . ...... . . . . . . . . ...... ..... . . .. ............... . . . . .. .................. . . . . . . . . ...... . ... . . .. . . .. ....... .. . . . ......................... . .... . ................ . ... . ... ... . . . . . . . .. . .... ............
lowQualScore : 7 3 2 1 2 4 0 22 8 000 22 0 5 2 0 88 5 88 8 8 5 0 2 55555555 55555 0 88 88 0 0 0 888888 0 0 0 0 0 2 8 2 888888 00000 0 0 00 000000000000000 8 8 8 8 44 444444444444444444 8 4 2 8 6 0 0 8 888888 4 000 0 0 88 8 4 00 0000000 22 0 0 8 6666666666666666666666666 0 6666 7 9999999999999999 7 777 3 000 000 3 7 0 0 7 7 5 55 3 2222 777777777777
consensus : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACACTTTT-T--GAAACACNACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAAGT----TG---TTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACAGTTTTAGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTT--T----AAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
Reference ( family-2008 ) : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAANTTTTTNGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTCCATTGATATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TT---AAACACTTTT-T--GAAACACNACTATA--TTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCGGGATTTCTNGTGACTNTACATATTNCGGATTACCACACGGTNATTTATATNATTNTNATGACGCCCGCCCGGGGGGATTATTGGGGANATTTTATCGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAAATTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAGGAAGT----TG---TCATGCATAAGACTTCTTTAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATAAAATATTTCTGTANAA-CGTTTCTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-TATCTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGNNTTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAATA---A---CATGACACATTTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA-TATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGTTTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCGANAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACAGTTTTAGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTT--T----AAAATTTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTG
gi|1 : AATTAACAGGTGAGGGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACAGTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGAATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATCTGTATTTTCTCTCTAGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATTATCAAATGTGATACTTGTTTT-TTAAATAATTTTTAAAATTGACGCGAAAGTGCCCATGATATAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACATTTTTAGTGCATATTTTAAATAGAATT----GAAAC------------TCATAC----TATTTTTT---------AATTTCTAATTTATAAATGATTGTAATCCTATTGCAATTGAAGTAAATTATTCATCTAATCTTTTCAATCCGTTGAAGTAAATGCTGTCTGATAATTACTGATT
gi|10 : TTGCTTA-----AAATT-TA-T--AAAAAACACAAA---------AATTCTATGGTGATTGTGTTTATGTTTTGATGTATTTTATTAAGTATTAGAAATTA-------------------TGCATAAGCCTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATCAACAAAAA-------ATAGTTTTATAAAATATTTCTGTATAA-CTTTTCTTCAAACACTGGTGTTTATGAAGACGTTCAGTCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATACCGATATGTA---CATAACACATGTT--TTAATAAGTTTGTACATTTAGTCCTAACTAATCTAT----AATC-ACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCGGTCACATTTGGT-------------------------CTC-TCCTG----tactgacaacttgtatatttgggaattaaagggaagcgccaaatatcctaagggtaattctccacgaggtgttgggataaagtgtgcataaatgatatacattttgatggtttattgcatgaacaatatgttaaaattatgaacgtttgctatgatataaatcgtatcttataattttgtaaagaatattgttcgcatggtaaatgtatgtaattgaggcacatatgcattattatataatattttatacttctttctgtatttccatatatataagaagtacgtccaaatatatcacatgcttgattatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaatggtggtggtggtggtgatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaacattacatgttctgttacttaataaatccttaattacattcaatacaattcattagaaatatttgttaccttaaacaaaacgtgttatatcttattcaaattttggatatatttattattattctatttggttaaactgtattatgtatatcgatatcacgcaaactaaaataaaataaaaatagcaataataggcgaaatgaactgattgtagtttttggggtgaacttttcttttacgatttaaagaatcaaagaatgtttgtatgtttattaacagttccagagaatatagttgtttaatatatatatggacataccatttgtaattaaaccaccgatataaactgtcacatgttctattaaccaaagaacccctacccctgctgcgaaagcgttaacagtaaaatatggccccaagatatgttcatagcatggggtatgttattttaatcccagtatccccataagtcacacaatcagacatgttttatgacttttgtgtatgctatattttttgtagttctaattgagaaatttggtacaaataatttgtttatgtgtgagggtttcattaacgaggtgaaatgagttattttataaactacatatatactggaacgataaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacacatgtaataatgaattttatttctgcgcaagttaattataaattgtcttaatatctgagtatatatttttatgaaatatatttaaagtattttcgtccttttttatagttgttcacaagcactatcagatttaaacagcatcctcgtaaatgataacttaaatatggatacatcaatgtctcgggggtcatagcaatttaaagggatgtatacgacaatgtcgcaaaccgagtttacccgttccagtataaaaacaatctttacagctgtggacataacacgctgtgtgacgccatagtgtaaaaagttttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnata
gi|12 : GGATTAAGACAGAAACCATGTTTTCTTTTCTTAAATGCCAAGT---A---CATAACACTTTTT--TTAATTAGCTTGTACATCT-------ACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGCGGTGTGACAA-ATAATGTATCGGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGGTGTA--ATATGTATTTTCTCTCTAGT---GTCTTTTGTCTAGCATATATGATCAAATG----------TTTTTTAAATAATTTTCTAAATTGGCGCCAAAGTGCCCTTGATATAATTTTAGTTTTCCAAAAATATAACAGATTTAGCGCATATTTTAAATAGAAT
gi|13 : GATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAAAAGCCGTTTAAAATATCATATTTGTACTAATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTCCTCTACAAGTTGGTTATTTTTTCCTAATTTTAAATTAA--TTAATTTTTTGTCCTTTTTAAGAACTAAGACAATCACCCAATTTCTCTATAT---TTCCTATACAAAATGAAGAATTTTTTTGGAGAAACTGGATATTTTATCTCAAACACCATATTGCAACCACATTATT
gi|16 : AACTTTCGATATCGGTGTCGCGTGAAACTCCGATAATATTTT-ACTATAAACAAAGAAGGAAGATTTTAGTTTAATCTTCATCGATCAATAACCGTTTAGAATATCAAATCTGTACTTATCATAAAATGTTG-TTAAAATGTCCTCTACAA----GTTATTTTTTCATAATATGAGATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGAT
gi|17 : acccAACCTTCGATAACGGTGCATCGTGAAAATCCGTTAAACGTCTTACTATAG-C-------GACTATTA-AGTTGAATTTTAATAAATAAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACGTATCACAAAATGTT-------ATGCCCTCCA
gi|18 : acctAACTTTCGATGTTGGTG-------AAAACCCGATGATAATTTTACTATAAACAAAGAAGGAAGACTTTAGTTGAATCTTAATGAATCAATAACCGTttataatttt
gi|19 : acccAACTTTCGATATCGGTGTCGCATGAAAATCCGATAATATTTTTACTATAAGCAAAGAAGGACGAT
gi|2 : cccAACTTTCAATATAGTTGTCACGTGAAAATCTGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGTAAGATTTTAGTTTAATCTTCATAAATCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCATAAAATTCTGTTTAAAATGTCCTCTGCAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTCAAATTAA--TTAATTTTTGGTCTTTTTTAAGATTTAACACAATCACTCAATTCCTCTATATTATGTTTTATACAAAATGAAGA-TTTTTTTGGAGAATCTGGATATTTTATCTCCAACACAATATTTCAACCACATTATTCAGAACTTGTACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGC-------TGACATTATTTTTATTAAAATAAGAGTTCATCTTTTTGGTCC-TT---AAACATCTTT-T--TAAACACAACTATA--TTTTTCT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTCAGGATTTCTAGTGACTTTACATATTACAGATTACCACATGGTGATTTATATGATTTTAATGATGCCCACCCGGGGAGATTATTGGGGAGATTTTATTGTCTTTATTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATAAAGCAATTTAATTTGTGCTATGGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AAATT-TATT--TTAAAA-----A---------AATGCTA-GGTCATTGTATTTA----TTTA-----TTTAT---GTATTA--AA--AAGGAAGT----TG---TTATGCATAAGACTTCTTTAGTAGGAATATAGAACTGTTATTGTAAAAAAAAATGAATCAAAAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTGTTCAAACACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGTGTAACGACGTAGAATTACAT-AGTATTTTATAATAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTTACGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGCAAATGCCAATA---A---CATAACACATTTT--TTAATTA----GTACATCTGAATCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACTA-ATGTTGCATTGGTCACATTTAGCAATA---------------------TTCATACTGAACTGAAAGTACTGTCCTG----------------GAGTTTACTATCTGTATTGTCTCTCTAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTCGATTTTTAAAATAATTTTCTAAATTGGCGCTATAGTGCCCATAATATAATTTCAGTTTCTCAATAA-ATTACAG-TTTAGTGTACATTTTGAATAGAATAACAAGAGACT-TTTAGTTTAATTATAC----TTTTTTTT--TTAAAAAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCATCTAAGCCTTTTAATCCTTTGTTGTAAATGCTGGCTGATAATTTCTGGCTG
gi|20 : CCTTTTAATCCCTTGTAAGAAATGAAGGCTGATAATTACTGATTG
gi|3 : AACGTTCGATATCG-TGTCGCGTGAAAATCTGATAATAGTTTTACTATAAACAAAGAAAGACGATTTGAGTTTAATATTCATCAACCAATAACCGTTTAAAATATCAAATTTGTACTTATCACAAAATAATGTTTAAAATGTCCTCTACGAGTTGATTATTTTTTCATAATTTTAAATTAA--TTAA-----------TTTTAAAATTTAAGACAATCAACCAATTTCTCTATAT---GTTCTGTACAAAATGAAgcagacaatttctttatt
gi|3 : acctTTCAAATGATATTATTTTCATTAAAATAAGAGTTTATCTTTTTGGTCC-TTTTTAAATTTTTTT-A--AAAACACAACCATA--TTTTTTTTAACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTTATTTCTTGTATTTTCCTGAAGTTATGAAGCAATTTAAATTGAGTTATGGGGTAAA-TAAGTAC------ACGCACATAGAATTGCTTATCAACAAATT-TA-T--AAAAAA-----ATAACACAACAATTATATGGTCATTGTGTTTATATTTTTATATATTTTATTAAGTATTAGGAAT-AAAAAAGTATGGTA---TTATGCATAAGACTTCTTAAGAAGGAATAAATAACTGTTATTATAAAAAAA---GAAACTATAGTTTAATAAAATATTTCTTTATAAACGTTTCTTCCAACACAGGTGTTTATGCAGACGTT---TCGCGTAACGACGTCGAATTACAT-A-T--CTTATAACAATTAATCGCAGCCTTCAGGATTAAGACAGAAACTATGGTTTCATTTGGTTAATGCCAATA---AGTACATGATACATGTT--TTAATTAGTTTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ACAATGCAACGGTCACATTTAGC-------------------------CTC-TCCTG----GTGGATACC-TACTA----------------TGTTAT--TATCTGTTTTGTTTCTCTAGC---CTC---TGTCTCGCATATatttcaaatgatattattttcattaaaataagagtttatctttttggtcctttttaaatttttttaaaaacacaaccatattttttttaacaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctttatttcttgtattttcctgaagttatgaagcaatttaaattgagttatggggtaaataagtacacgcacatagaattgcttatcaacaaatttataaaaaaataacacaacaattatatggtcattgtgtttatatttttatatattttattaagtattaggaataaaaaagtatggtattatgcataagacttcttaagaaggaataaataactgttattataaaaaaagaaactatagtttaataaaatatttctttataaacgtttcttccaacacaggtgtttatgcagacgtttcgcgtaacgacgtcgaattacatatcttataacaattaatcgcagccttcaggattaagacagaaactatggtttcatttggttaatgccaataagtacatgatacatgttttaattagtttgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaacaatgcaacggtcacatttagcctctcctggtggatacctactatgttattatctgttttgtttctctagcctctgtctcgcatat
gi|4 : acctaacgttcgatatcgtgtcgcgtgaaaatctgataatagttttactataaacaaagaaagacgatttgagtttaatattcatcaaccaataaccgtttaaaatatcaaatttgtacttatcacaaaataatgtttaaaatgtcctctacgagttgattattttttcataattttaaattaattaattttaaaatttaagacaatcaaccaatttctctatatgttctgtacaaaatgaaatAACTTTCGATATCGGTGCCGCATGAAAATCAGATAATATTTTTACTATAAACAAAGAAGGACGATTTGAGTTTAATATTCATAAATCAATAACCATTTAAACTATCATATTTTTACTTATCATAAAATGTTGTTTAAA-TGTTCTCAACAAGTTGGTTATTTTTTCATAATTTTAA-----------TTTTTGGTCCTTTTTAAGATTTAAGACAATTACCCAATTTCTCTCT-----GTTTTATACAAAATGAAGAAATTTTTGGGAGAAACTGGATATTTTATCTCCAACACCTTATTTCAACCACATTATTCCGAATTTGTACTTATTAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCTTTCCATTGATATAACTTTTATAACAATAAGAGTTTATCTCTTTGGTCCTTT---TTACACTTTTATA-GAAACGCTACTATAT-TTTTTTT--ACAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-GTCTTTATTTCTGGTCTTTTCATGAAGTTAAAAAGCAATTTAAATTGTGCTAAAGGGTAAAATACGTAC------ATGCACATAGAATTGCTTA-----AATTT-TT-T--AAAAAA-----AAT-------AATTCAATTCTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAA----------------CA-GTGTGAGACTTATTTAGAAAAAAAAAATAGCTGTCATTAT-AAAAAAAATGAATCATTAGTTTTATAAAATATTTCTGTAGAA-CATTTCTTCAAACTCTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGACGACATCGAATTACATAA-TATCTTGTAACAATTAATCGCAGCCTTCAGTCTCAAAACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAATGCCAGTA---A---
gi|5 : cTATAAAAAAATGAATCAATAGTTTTATATAATAC--CGGTA------TTTCTTCAAATACTGGTGTTTTTGCAGACGTT---TCGCGTGATGACGTAAAATTACAT-A-T--CTT-------TTAATCGCAGCCTTTAGTCTCAAGACAGAAACCATGTTTTCATTTGGTAAGTGCCAATA---AGTACATGCTACATTTTTTTTAATTAGTTTGTATATCCGGTTCTAACTAATCAATGTGCAATTAACAGGTGAGCGTGAGGTGTGATAATATGTTGCATCTGTCACATTTAGCAATATTCATACTGAATGGAAAGTGCCTG-TCCTG----GAGGATACC-TACTA----------------TGTTA-A-TATCTGTCTTGTCTCTCTAGT---CAT---TGTTTAGCAAATATGATCAATTGTGAGACTTGTTTTTTTTAATAATTTTCTAAATTGGCACAATAGTGTCCATAATATAATTTCATTTTCTTAATAA-A-TACAGTTTTAGTGCACATTTTAAATAGAATTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATAC----TTTTTTTGAAA----AAAAATTCTAATTTATAAATGATTTTAATCCTATTGCAA-TTAAGTAAATTGTTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAA
gi|5 : TTTGTAGTAAATGCTGGCGGATAATTACTGATTGggacttatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggcggataattactgattggctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : tataaaaaaatgaatcaatagttttatataataccggtatttcttcaaatactggtgtttttgcagacgtttcgcgtgatgacgtaaaattacatatcttttaatcgcagcctttagtctcaagacagaaaccatgttttcatttggtaagtgccaataagtacatgctacattttttttaattagtttgtatatccggttctaactaatcaatgtgcaattaacaggtgagcgtgaggtgtgataatatgttgcatctgtcacatttagcaatattcatactgaatggaaagtgcctgtcctggaggatacctactatgttaatatctgtcttgtctctctagtcattgtttagcaaatatgatcaattgtgagacttgttttttttaataattttctaaattggcacaatagtgtccataatataatttcattttcttaataaatacagttttagtgcacattttaaatagaattacaagagactattattttaattatactttttttgaaaaaaaattctaatttataaatgattttaatcctattgcaattaagtaaattgttcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggacttatataaagatacaagtccttg---A---CATGATACACTTT--TAAATTAGTGTGTACATCTGGTTCTAACTAATCAATGAGCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATGTTACATCGGTCA-----------------------------------------G----GAGGATACC-TACTATATATATTTTATACTATGTTGT--TATCTGTAATGTCTC--TAGT---CTC---TGTCTAGCATATATGATCAAATGTGATACTAATTTTTTAAAATAATTTTCTAAATTTGCGCGATTGTGCCAATAATATAATTTCAGTTTCTTAATGA-ATTACAATTTTAGTGCACATGTAAACTAGAATTACAAGAAACT-ATTATTTTAATCATAT----TTTTTT------------------------TAAATGGTTTTAATCCTATTGCAATTTAAGAAAATTATTCATCTAATCCTTTTAATCCTTTGTAGCAAgctgacaatttgtatattttggaattaaagggaagtggcaaatgtcctaggggggatttctccacagggtgatggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattgcacgaacaatatg
gi|6 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtTTTGTAGTAAATGCTGGCTGATAATTACTGATTGggaattatataaagatacaagtccttgtttgtagtaaatgctggctgataattactgattggctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|7 : ctacaatttgaatcaattaaaaagtcacatgagtacatgatacacttttaaattagtgtgtacatctggttctaactaatcaatgagcaattaacaggtgagtgtgaggtgtgacaaatgttacatcggtcaggaggatacctactatatatattttatactatgttgttatctgtaatgtctctagtctctgtctagcatatatgatcaaatgtgatactaattttttaaaataattttctaaatttgcgcgattgtgccaataatataatttcagtttcttaatgaattacaattttagtgcacatgtaaactagaattacaagaaactattattttaatcatattttttttaaatggttttaatcctattgcaatttaagaaaattattcatctaatccttttaatcctttgtagcaaggaattatataaagatacaagtccttgTTTTTTAATAA-ATTACAATTTTGGTTCACATTCTAAATAGATTTACAAGAGACT-ATTATTTTAATTATACATATTCTTTTTT--T----AAAATTTCTAATTCATGAATGATTTTAATCCTATTGCAATTTAAGTAAATTGTTCA-CTAAGCCTTTTAATCCTTTGTAGTAAAGGCTGGCTTATAATTAATGACTGgctgacaatttatatattttggaattaaaaggaagtgacaaatgtcctagggacaattcttcacggggtgttggcgataaagtgtacataaataatatatattgtgatggtttattacatgaacaatatgtttacattatgaacatttgctacgatataaatcgtatcttgtaatattgtaaaggattgtgtttgcacggtgcatatgcattataatatgatattttgtacttctttctgtaatcccatataagatgtacctctaaataaattatcacaccggcgacacatgcttgattaa
gi|8 : CAAAGAACGACGATTTTAATTTAACTTTCATAAATCAATAACCTTTTAAAATATCAAGTTTGTACATATCATAAAATGTTGTTTAAAATGTCGCCTACAAGTTGGTCATTTTTTCATAATTTTAAATTAAATTTAATTTTTGCTCCTTTTTAAGATTGAAGACAATCGCCCAATTTCTCTATAT---GTTCTATACAAAATGAAGAAATTATTGGGAGACA----GTATTGTATCTCCAACACCGTATTTCAACCACATTATTCCAAATTTATACTTATCAGCATAACAAGATATTTTATTAAGCCTTTCATTGATA----------------------TTATTTTT---------------ACACTTTT-TTAGAAACACCTCTATAATTTTTTTT--ACAAGTCGGCAAACATCGGCAACCTTTGGGATTTCTTGTGACTGTACATATTCTGGA------CACGGTTATTTATATCATTGTTATGACGCCCGCCCAGGGGGATTATTGGGGACATTTTATCGTCATTACTTCTTGTCTTTTCATGAAGTTATCAATCAATTTAAATTGTGTTATGGGATAAAATACGTACATATATATGCACATTGAACTGCTTA-----AAATTATA-TAAAAAAAA-----A---------AATTCTATGGTCATTGTATTTATATTTTTATGTATTTTATTAAGTATTAGGAATTAAAAAAGT----TGTTATTATGCATAAGACTTCTTTAGAAGAAATAAATAACTGTTACTATAgctgacagtttgtacctatgggaattgaagggaagtggcaaatgtcttaggggtaattttccacggggatgttggcgataaactgtacataaataatatatattgtgacgagttattgcatgacaatatgtttaaattatgaacatttgctatgatataaatcatatcttgtaatattgtaaagaattgtgtttacgtggtaaatgtatataagtgaggcatatatgcattatataatattttgtacttttttctgtaatcccatataagaggtatgtctaaatatatcatcacactgacacatgcttgattatactagatagagagagagagatcaagagagagagcgagagagcgaaagcaataaagatgatgatttttatgtaagttctctactatagtaaatttttattaaacagtagattatcaaatatagactattaccatgattcagatataacattacatgttcttttacttaataaatccataatgcattttcaaaacaaattggaagcaactaataattttgtcatcaaaataattcttatacca
gi|9 : ATGACCAATTAACAGGTGAGTGTGAGGTGTGACAA-ATAATGCATCAGTCACATTTGGC-------------------------CTC-TCCAG----GAGGATACC-TACTG----------------TGGTGTA--ATCTGTATT-TTTCTCTTGTGTCTTC---TGTCTAGCATATATGATCAAACGTGAAACTCGTTTTTTTAAAAAATTT-CTAAATTGGCTTGAAAGTACCCACGATAAAATTTCAGTTTCTTAATAA-ATTACAGTTTGAGTGCATATTTTAAATAGAAATA----AAACTTGTTATTTTAATAATAC----TTTATTTT--T----AA--TTTCCAATTTATAAATAATTTTAATCCTATTGCAATTGAAATAAATTGTTCATCTAATCTTTTCAATCCGTAGAAGTAAATGCTGGCTGTTAATTACTGATT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TATATGCATTATTATATAATATTTTATACTTCTTTCTGTAATCCCATATATATAAGAAGTACGTTTAAATATATTATCACACCGTCACATGCTTGATTAAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAATGGTGGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTAGATAGAACATTACATGTTCTGTTATGTAATAAATCCATAACTACATTCAATAAAATTCATTAGAATTATTTGTTACCTTAAATAAAACGTGTTCAATC
Unaligned ( gi|14 ): TACTCCTAAATGATATATATTTTGATGGTTTGTTGCATGAATAATATGTTTAAATTATGAATGTTTGCTATAACATAAATCGTATCTTGTAATATTGTAAAGATTATTGTCCGCATGGTAAATGTATGTAAGTGAGGCGCATATGCATCATTTTATAATATTTTATATTTCTTTGTGTAATCTCATATATATAAGAAGTACGTCTAAATATATACACAC
Unaligned ( gi|15 ): AATGAAGATTTTTTATATAAGTTCTCTACTATAGATTTTTTTTATTAAACAGTAAATTATTAAATATAGACTATTACCATGATTAAGATATAACATTACATGTTCTTTTACTTAATAAATCCATGATTACATTCAATAAAATTCATAAGAATTATTTGTTACCTTTAATAAAACGTGTATTTAATTCAAATTATGGATGTACCTCTACTGATA
Unaligned ( gi|21 ): GTAACAAGGAATTACATAAAGATACAAGTCCTTGATGGTA
Unaligned ( gi|22 ): AAGGAATTATATAGAGATATGCAAGTCCTTGCTTGTA