lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 1 11111 1111111 1111 1 333333333 1111111111111111111111111111111111 333333333333333 11 2222222222 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444444444444444444444444444444 11111 1111111111111 22222222 111 11111111111111111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 6666 5 3 1 2 7 2 2 66 9999 2 88888 5555 55555 2 2 2 6 2 88 2 4 1111111 2 99 8888 2 4 2 5 333333333 33 1111111111111111111111111111111111 33 000000000000000 2 33 55 44 2 22 22 1111111111 1 2222 333 22 1 3 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 77 33333 22 1 1 22 22 33333 4 666666666666666666666666666666 00000 1 1 6666666 4444444444444 1 55555555 333 1 888 444 1 55555555555555555555555555 1 7777777777 4444444444444444444444444444444444444444444444 4444
lowQualScore : .... . . . . . . . .. .... . ..... .... ..... . . . . . .. . . ....... . .. .... . . . . ......... .. .................................. .. ............... . .. .. .. . .. .. .......... . .... ... .. . . . ................................................................................ .. ..... .. . . .. .. ..... . .............................. ..... . . ....... ............. . ........ ... . ... ... . .......................... . .......... .............................................. ....
lowQualScore : 0000 0 1 4 9 9 1 9 88 2222 7 66666 0000 99999 4 4 4 1 4 88 4 7 4444444 4 55 4444 4 4 7 8 111111111 55 9999999999999999999999999999999999 11 444444444444444 6 11 66 88 0 11 88 7777777777 8 5555 333 22 5 1 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 66666 00 4 4 00 00 77777 6 333333333333333333333333333333 66666 1 7 1111111 0000000000000 8 44444444 000 8 444 444 6 66666666666666666666666666 6 0000000000 5555555555555555555555555555555555555555555555 2222
consensus : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT-TTATATATTCGG-GA--T---NA-AAAAT--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A-A--A----T-GCCAATTCAGTGAACCATTT---CAAAAC-TTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCAT-AAGTTCCAGAGCCCA--------GGCTCA--TAACAATTA------G--TTCATAAC--TTN-C---TT---TG--ATATA--T--CAC-TGT-TT-G--T-------N--T-TAC---A--CG--CATT-GTC-A-AA--------A-------T-A-----------C----A--T----A---------------------TTC------------TTGTAC-C-----TA--A-AAT-CGAT--G--A-----AT-A----N--T--T-TAT-T--TAC--------TGT-----TATT-GTT-----TTT--T-------G--T-TTT--C-ATGTG---ACT-GTG--T---T-ATTTAGCGC------AT-------T-----GA-TG----------TA--------A--------------N-----T--------N-------T----ATGTTTGAGGGCCTCGTGGAAGATTGA
Reference ( gi|4 ) : CAAATCACGCGTTATTGAGAAG-ATCTT-TTGTATATTCTG-GA--T---AA-AAGGT--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAATG-T--AA-A-A--A----T-GCCAATTCAGTGAATTATTA---CAAAAC-TTGGTA-TTTGTGATGGGTTAAAGGAT-AAGCTCCAGAGCCCAGGG--CCTGGCTCA--AAACTATTA------G--TTCATAAC--TTT-C---TT---TA--ACATA--T--CAC-GGT-TT-G--T-------T--T-TAA---A--TG--CATT-GTC-A-AA--------A-------T-A-----------C----A--T----A---------------G-----TTC------------TTGTAT-C-----TA--A-AAT-CGAT--G--A-----AT-A----T--T--T-TAT-T--TAA--------TGT-----TACT-GTT-----TTT--T-------G--T-TTT--CAATATG---ACT-GTC--T---T-ATTTAACAC------GT-------T-----TA-TG----------TA--------A--------------C-----T--------T-------T----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATTGA
gi|7 : CAAACAATGAATTAATTAGATG-ATATT-TTATATATACGG-GA--T---CA-AACCT--TTGAAACAG----TTT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A-AAAA----T-GCCAATACAGCGAACCATTT---CCAAAC-TTTGTA-TTTGCGGCGGGTTAATGTAT-AAATTCCAGAACCCA
gi|32 : aggtcttcatctagcctaactgtatatactccccgacCAAATAATGAATTGTATAGAAT-ATCTT-TAATGTATTCAG-GA--T---GA-AATAC--TTGGAATAG----ACT-----T-CCAA-T-AAATG-TA-AA-A-A--A----T-GCTAATTCAGTGAACCATTT---CAAAAC-CTacgttataattactctacattgccaaaatacatttatattctgatacctaaaatcgacgaacaacttcatttactgttattgattttgtttttcatgtgactttgttatttaatgcattgatgtaaat
gi|33 : tcatcttacctaaatacatgtactccacgacCAAACCATACATTAATTAGAAATATCAT-TTATATATTCAG-TACCT---TA-AACAT--TTGGAATAG----TC------T-CCAT-TCAAACA-TAAAA-A-A--A----T-GCAAAt
gi|44 : ttagattttcaccaaaccaaatgtaaatctttcccgacCAAATCATTCCTTATTTGGAAA-A-CAT-TCATATATTCGG-GG--TTAAAA-AAGCG--TTGAAATAA----TTT-----T-
gi|1 : tatactctctaacAAGTCATGAATTATTTAGAAG-ATATT-TTATATATTCGG-GAT-T---AA-AAA-----TAGACTAG----CCT-----T-CGAA-T-A-------------------------CGATTTAGAGAACCGTCA---CG-----TTTAAA-TCT--------TTA-----T-AAGCTCCGGAGACCA--------GGCTCA--TAACAATAC------G--TTTATTAC--TTA-C---TT---TG--ATATA--T--CAC-TGT-AA-G---------------TAAAACA--TG--CATT-GTC-ACAA--------A-------C-A-----------C----A--T--------------------------TTC------------TTGTAC-C-----CA--A-AAT-TGGT--G--A-----AC-A----A--C--G-TATATAGTAAAATAC---TGG-----TATT-G-T-----TTT--T-------G--T-TTT--TCATGGG---ACT-GTG--T---T--TTTAGCGT------AT-------T-----GA-TG----------TA--------A--------------gtttaaaaacc
gi|11 : ggcaaattgtaatttagaaactaaacttataagattaaaaaatcaaataagatcctgaaaaaaaaatacaccttttgttaaacgatttacagaacaggattaaattactttccctaaaagggaagcatttcaaaaagcatttcttctgtataaaacattacataaccttgctccgttgtatcttgtggatgtatgtattctaggtattgatattcatccaagaacgtaaagatcttcatcttacttaaacgtatacgttaaatgtataactatactctccgaccggcaAAATCATGAATTATTTAGAAA-ATCCT-GTATATATTCGG-AA--T---CA-AAAATAAGTAGAAC-G----T-T-----T-CCTT-T-TAATG-T--AA-A-A--A----T-TGCAGTTCAGTGAACCATTT---CAAATC-TTatg
gi|8 : gtttgcaaaactatattggatttcctgaaatggagaaatttcaaaaagcagttctgtataaaacgttacattgctctgtcgtatcttagagaggcatttttctaaataccgatattttatatcttcattttaccttaacatatatattccccgacaATCATGATTTATTTAAAAT-ATTAT-TTATACAT------A--T---CA-GAAAT--TTGGAATAT----TCT-----T-CTAAAT-TAAGG-T--AATA-A--A----A-GTCAATTCAGTGAACTATTT---TTAAAC-TTTATA-TTTGCGATTGGCTAAAGCATAAAGTTGCATAGTCCAGGG--TC-AGATCA--TGACAATTA------G--TTTAT-AC--TTTAC---TT---TG--ATATA--T--CGC-TGT-TA-G--C-------G--T-TAC---A--GG--CAGT-GTC-A-AAG-------G-------T-A-----------C----ATTT----ATAACTCGT-------A-----TCC------------TTGTAC-C-----TA--A-ATT-AAAT--T--A-----CT-A----TA-TAAT-CAT-A--TAC--------TGT-----TACT-GTT-----Ttacata
gi|3 : atGTTATTTAGGAG-ATCTT-TTATATATTCAG-AA--T---AACAAAAT--C--GAATAGGCTTCCT-----T-CCTG-T-GCTTG-T--AA-A-A--A----T-GCCTATCCAGTGAACTATTT---CAAAAC-TTTGTA-TGAGCGATAGGTAAAAG--------TCCAG---------------GCTCA--TAACAATTACATGTAG--TTTATAAC--TT--C---TC---TA--ATATA--TATCAC-TGT-TT-G--T-------A--T-TAC---A--CG--CATG-TTT-A-AA--------A-------T-ATATTTGTTATTC----A--T----A---------------------TTC------------GTGTAC-C-----TA--C-GGT-CGAG--G--A-----AT-A----T--T--T-C-T-T--T-A--------TGT-----TGTC-GTG-----T---------------T-TTT--CTATGTA---ACT-GTC--T---T-ATTTAGCAT------AT-------T-----GG-TG----------TA--------A--------------gatttt
gi|10 : agggatgtatttattctaaatcctgatattcattcaaaaaatttaagatccttgtctcacctaaatgcatatactctccgactacatatttaTCATTTAGAAT-ATCTT-CTTTATATTCGG-GA--T---AA-ATAAA--TTGGAATAG----TCT-----T-CAAA-T-AATGG-C--AA-A-AT-A----T-GCAAATTCAGTGAACCATTT---CAAAAC-TTTGTA-TTTGCGATGGATTgtaat
gi|18 : GAAG-ATATT-TTATATATTCGG-GA--T---AA-AAAAT--TTGGAATAG----TCT-----T-TCCA-T-ACATG-TTAAA-A-A--A----T-GCCAATTCAGTGAACTCTTG---CAAAAC----GTA-TTTGTAATGGGTTAAAG---------CCA-AGT-------------CTCA--TAACATTTA------A--TTTATAAC--TTC-CAGAT--------ATATA--T--CAC-TGT-TT-G--T-------A--T-TAC---A--CA--CACT-GTC-A-AA--------A-------T-GTATT-------T----A--T----A---------------A-----TTC------------ATATA--C-----TAGCA-CAT-TGAT--GTAA-----AT-A----cataacttactttgatatcactattagtaatacacgcattgtcaaaatatatttgtaattcataatacatgtattgtacctaaatcgatgaataaattgatgctgttattgttttggtttttcacttgactgtgtcattgagcgcattgatgaaaat
gi|39 : GAAG-ATATTGTTTTATATATAG-GA--T---AG-CAAAT--TTTGATTTG----TTT-----T-CAAA-A-AGAGT-T--AA-A-A--C----T-GTCAATTCAGTGAACCGTTGAGTCAAAACGTTG
gi|2 : taattttAAG-ATTTA-TCATATTTTCTG-GA--T---CA-AATAT--TTGGACAAG----TCT-----T-TAGG-T-CAAGG-T--AA-ACA--A----T-GCCAACTCAGAGAATCATTT---CAAAAC-TT--T--------ATGG---------------TCCAGAGCTCA--------GGCTCA--TAACAATTA------A--TTCATAAC--GCA-C---TC---TG--TTATA--T--CAC-TGT-TA-G--T-------A--T-TAC---A--CG--AAGT-GTC-ATTA--------G-------T-A-----------CATCTA--T----A---------------T-----TTCATATTG------CTGTA--C-----TG--A-AACATAAT--G--A-----AG-A----A--C--T-TAC-A--TAACCACATACTGT-----TATT-G-T-----TTT--T-------G--T-TTT--TCATGTG---ACT-GCA--T---T-ATTTTGTGC------AT-------T-----GA-TA----------TAGATAATGTA--------------CATGTAT--------A-------T----ATGTTTGAAGGCTGCATGAAAAATTGAttg
gi|6 : tagcgatgattttattctaatttctgatattcgttaaaaagattcatccaactctatatgcatatacttccagaccaG-ATTTT-TTATATAAT-TGCGA--T---CA-ACATT--TCGCAAAAG----CTTGAAGTT-CCAA-T-AAAGA-T--AA-A-A--AAAAAT--CTGATTCAGTGAACCATTT---CAAAAC-TTTGCA-TTTGCAATGAGCTATAGCAT-AAATTCCAGAATCTActtgtgcaaaagagttttccgttaaaa
gi|5 : TT-TCTTATATTCGG-GA--T---CA-AACAT--TTT-AAT-G----ACG-----C-AAAA-T-AAGTG-T--AA------------------TTCAGTGAACCATTT---CAAAA---------------ATAGATTAAA-----ACG-TCCAGAGGACAGG--------CTCAT-AAA--AATA------G--TTCATAGC--CAC-T---GT---TA--GTATA--A--CAT-AAT-TT-G--T-------------------------CACT-G---------------A-------T-A----------------A--T--------------------------TTG------------TTGTAC-C-----TA--A-AAT-TGCT--G--A-----AT-A----C--G--T-TAT------A--------TGTCTCA-TGCT-GTTATTGCTTT--T-------G--T-CTA--TTGTGTG---ACT-ATG--T---T-ATTTAGTGA------TT-------T-----GA-TG----------TA--------A--------------A----------------------T----ATGTATAAGAGTCTCacctcataattactttgcatactcaaagatatattaacatttttgtatctgaagttgatgaacagattcgtttactgttattttattcattttcatgtgactttgttgttttacgcatcgaaatattgtatatacatgtatgttaaaaggccttatttgacccttgttcaattgagttatctcgtgat
gi|14 : gaaacaA-AAAAT--TTGCAACAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-C-AC-A----T-GTCAATTCAGTGTACCATTT---CAGAAC-TTCGTA-TTTGCGATAGGTTAAAGCAG-GAGTTGCAGAGCACA--A--CC----------------------------TCATAAT--T----------------AC-TA--TG-CA------TT-G--T-------T--G-AAA---A--TA--TATT-------------------------T-A-----------T----A--T---------------------------TC------------CTGTAC-C-----TT--A-AAT-CGAT--G--A-----ACAA----C--T--T-CAT-T--CAC--------TGT-----TACC-G-T-----TTT--T-------G--T-TCC--TTATGTG---ACgcaaaacttggcttgtttaaacaagttatctcgttaaaaaaaggctgtgttattaatatt
gi|49 : actttcataattacttcagtgtagtAACGG----TCT-----TGCCGT-C-AAAGGCT--AA-ATA--A----T-TCCAGTCAAGTGAACCATTT---CAAAAC-TATATA-TTTGCAATGG
gi|16 : tttAG----TGT-----T-TCTG-T-CAATG-T--TA-A-A--G----TTGCCAATTCCGTAAACGATTT---CAAAGC-TTTATA-GTTGCGA
gi|36 : -T-AAAAG-T--AA-A-AT-A----T-GCCAATTCAGTGAACAATAT---CAAAAC----ATATTTTATGACGGATTAG-----------TCAATGTCAA-------TGG-TCA--TAACAATTA------G--TTCATAAC--TTaactaacttttatacatcactttaagtattacactcattgtcaaaattatttatattcatattagtttacctaaaactgatggataccttgatatataatcatattctgttattataattcagttgtatttacttagcatatactgtaatgtaattttatgcttggt
gi|15 : tttattcgagattaaaaatcctt-TTAGTA-TTTGCGATTGGTTAAAGCAC-AAGCTCGAGAGTCCAGG-----------------CTA---------------ATAACAGTTT--------------ACA-A--T--CAC-TGT-TT-G--T-------A--T-TAC---A--TA--TATT-GTCAA-AA--------A-------T-A-----------T----A--T----A---------------------TTC------------CTGTAC-C-----T---A-AAT-CGAT--G--A-----ATAA----T--T--T-CCT-A--TGC--------TAT-----TATT-GCT-----TTT--G-------G--T-ATT--C-ATGTA---ACT-GT---T---T-ACTTAGCACAATGATGT-------TAATAATG-TA----------TA--------A--------------T-----T--------A-------T----ATGTTTGAGGG-CTCATGGAAGATT
gi|48 : GTA-TTTGCGATGGGATGAAACGT-AAGCTCCAGAGCACA--------GGCTAA--TAACAATAA------G--TTGAAAAC--TTA-C---TT---TA--GTATA--tactggttc
gi|23 : TTGCGATGGATTAAATCAC-CAGTTATAGATCTCAGAGTTCATAGC------AACT--TA------AACTTCGTTAC--TGT-----TT---TG--ATATG--C--CAC-GTT-TTTA--C-------T--T-CA-------TG--CATT-GTA-A-AA--------ACATT---T-A-----------C----AATT----G---------------G-----TAT------------TCATATGC-----CA--A-TAT-AGAT--G--A-----
gi|28 : GGTTAAAGCAT-AAGCTACAGAGTCCA-----------T-----AACAATTA------G--TTCATAGC--TTA-C---TC---TAATATATA--T--CAC-TGT-AT-G--TA------TA-T-TAC---A--CG--CATT-GTC-A-AA--------A-------T-ATATTTATAATTC----A--T----A---------------------TTC------------TTGTAC-C-----TA--A-AAT-CGAG--G--G-----AT-AAGT-T--C--T-TA-----TGC--------TGT-----TATT-Gctttgtcataatatataatcatacacttttattgattgtttttgt
gi|9 : -AAGTTTCAGAGCCCAAA--------TTCATAAAA-----A------A--ATCATAAC--TT---------------ACATG--T--CAC-TGT-AA-G--T-------A--T-TAT---A--CG--TATT-GCC-A-AA--------AACACATTT-A-----------C----T--T----ACTTAGTATGATTTGTG-----TTC------------TTGTAC-C-----CA--A-AAG-CTAC--C--T-----AA-A----C--T--C-CAT-T--CAC--------TGT-----TATT-GTT-----TCTCAT-------G--T-TGT--TATTAAGCCCACTAGTG--TAAATAATGTAA---------AT-------A-----TA-TG----------CA-----------------------------T--------G-------T----ATGTTTGACGGTCTCATTGAA
gi|24 : GGTTCA--TAACCATTA------G--TTTTTAA---TTT-C---TCAGGTAT-ATAAA--T--CAC-TGT-TT-G--TACGAGTAT--TATAC---A--CG--CATT-GTC-A-AA--------A-------T-ATATCTATAATTC----A--T----A---------------------TTC------------TTGTAC-C-----TA--A-AGT-CGAG--G--A-----AT-A----A--T--T-TCT-GA-TGC--------TGT-----TATT-GCT-----TTT--T----------T-TT-----ATGTA---ACT-G----C---T-ATTTAGCAC------AT-------T-----GA-TG----------TA--------A--------------agtagactttttcaaatgagttgtatcgttaaatgaaaacttattatcatgatttatatatattat
gi|35 : ctaTTA------G--TTCATAAC--TTA-C---TT---T----CATACCT--CAC-TAT-TA-G--A-------A--T-TAC---A--CG--CATT-GTC-A-A-------------------A-----------C----A--T-----------------------------------------TTG--T-C-----TA--A-TAT-Cata
gi|29 : aatacttttacagatttgg------G--TTCATAAC--TTA-C---TT---GA--ACGTA--T--CAC-TTC-TT-G--T-------A--T-TAA---A--TA--CAT---------A--------A-------T---------------------T----A---------------------TTC------------TTGTAC-CTTCGTTA--T-GAT-CGAT--G--A-----TT-A----G--C--T-TCT-TA-TGC--------TGT-----TGTT-GTT-----TTTG-T-------T--T-TTT--CACT-TG---AAG-GTG--T---T-GTTTAGCAC------AT-------T-----GA-TG----------CA--------A--------------atcaagcgtttgaacctgaaaatctgaaaaaa
gi|10 : --TTCATAAC--TTA-C---TT---TG--A--TA--T--CAC-TAT-TA-G--T-------A--A-TAC---A--CG--CATT-GTC-A-AA--------A-------T-A-----------T----A--TTTGTA---------------A-----TTCATAATACATGTATTGTAC-C-----TA--A-A-T-CGAT--G--A-----AT-A-------------AA-T--TGA--------TGC-----TGTT-ATTG----TTT--T-------GGTT-TTT--CACT-TG---ACT-GTG--T---C-ATTGAGCGC------AT-------T-----GA-TG----------AA--------A--------------at
gi|40 : tcatttagaatatcttctttatattcgggataaataaattggaatagtcttcaaataatggcaaaatatgcaaattcagtgaaccatttcaaaactttgtatttgcgatggaTCATAAC--TTG-C---AT---TG--CTATA--T--TAC-TGT-TA-GCAT-------T--T-CAA-------G--TATT-GTC-A-AAAGTATATTA-------T-A-----------T----A--T----A---------------A-----TTCGTATTT------TTATAC-A-----TA--A-ACT-CGAT--G--A-----AT-A----at
gi|19 : c--ACACA--C--CACTAGTGTT-G--T-------TGCT-TAG---A--TATACATT---C-A-TA--------G-------T-T-----------T----A--T----A---------------------TCT------------TTGTGC-C-----TA--A-GAT-TGATTGG--ATGGGTAT-A----TAAT--TATAT-A--TAA--------CACATA--TACT-GGT-----TT-----------A--T-TT--------------CT-GTG--T---T-GTTTAGTGC------AT-------T-----GA-TG----------AA--------A--------------G-----TAATATGTAT-------A----ATGTTTGAGGACCTCAAGGAAGATTGAa
gi|20 : ttacagctaatacgGT-TT-G--T-------A--T-TGC---A--CG--CATT-GTC-A-AA--------A-------TTA-----------C----G--T--------------------T-----TTC------------TTGTAC-T-----TA--A-AAT-TGAT--G--A-----AT-G----A--T--T-TCT-CA-TGC--------TGT-----TATT-GTT-----TAT----------G--T-T------ATTTG---G---GTCATT---T-GTGTAA-A----------------T-----AA-TG----------TA-----------------------------T--------T-------A----ATGTTTAATAGCCTCGTGGAAGATctagttaaaataaattctccagttagataa
gi|26 : ttT-TT-G--T-------A--T-TAC---A--CG--TGTT-GCC-ATAA--------A-------T-A-----------C----A--T----A---------------------TTC------------TTGTAC-C-----TA--A-CAT-TGAT--T--A-----AT-A----G--T--T-TAT-A--TAC--------TAT-----AATT-GTT-----TTTG-T-------G--T-TTT----ATGTG---ACT-GTA--T---T-ATTTAGCAC------AT-------T-----GA-TA----------TA--------AATAATG--------T-----T--------TA------T----ATGCTTGAGGACCTCGGGGAAGATTGaaacaggttcagttgtgtctctagttaaataaaaacttattattattatttatttattattac
gi|22 : -TT-G--T-------T--T-TAA---AAATG--CATTTGTT-G-------------------T-C-----------C----A--A----A---------------G-----T-C------------TTGTAC-C-----TT--ATCAT-TAAT--G--A-----AT-A----T--A--T-TAT------A--------TATAAACATACT-GTT-----GTT--T-------G--G-TT-----ATTTG---TTT-GC-------T-ATTTAGTGT------GT-------T-----GA-TGGTAAATACTCTAC-------A--------------T-----T--------T-------T----ATGCTTGAGGGCCTCATCGAAGATTGAgcatgttca
gi|17 : ataccactttgagtaagacaataa--T-TAA---A--C-----TT-GTC-A-AA--------A-------T-A-----------C----A--T----A---------------GATATGTTC------------TTGTAC-A-----TA--A-AAT-CGAT--G--A-----AT-A-------------AT-T--T--------------------CTCGTG-----CTT--T-------GG-T-TTT--CA-CGTG---ATT-GTG--T---T-ATTTAGCAC------AT-------T-----GA-TG----------TA--------AATAATGTATATA--CA----T--------G-------T----ATGTTTGAGGACCTCACGGAAGATTGcttatttaaa
gi|25 : ataatacttaaaaaacctgcagatg--T-TAC---A--CA--CATC-ATC-A-AA--------AA------T-AAATT-------T----A--T----A---------------A-----TTCATATTG------CTGTAC-T-----TA--A-AAT-CGAA--G---------------------------------A--------TGT-----TATT-GTG-----TTT-------------T-TTT--C-ATGTG---ACT------TA--T-ATTTAGCAC------AT-------T-----GA-TG----------TA--------A--------------A-----TAA------TGTATATAT----ATATTTGAGGGCCTCATAAAAGAATGAgtttgttcagtcatcatcatcattattattattatcattcacatact
gi|7 : --TA--CATT-GCC-A-AA--------A-------T-A-----------C----A--TTT--AT--------------A-----TTC------------TGATAC-C-----TA--A-AAT-CGAC--G--A-----ACAA----C--T--T-CAT-T--TAC--------TGT-----TATT-G-A-----TTT--T-------G--T-TTT--TCATGTG---ACT-TTG--T---T-ATTTAATGC------AT-------T-----GA-TG----------TA--------A--------------cttgttcaaatgagttagcttgtaaaataaaga
gi|6 : aggtcttcatctagcctaactgtatatactccccgaccaaacaatgaattaattagatgatattttatatatacgggatcaaacctttgaaacagttttccaataaaggtaaaaaaatgccaatacagcgaaccatttccaaactttgtatttgcggcgggttaatgtataaattccagaacccaacgttataattactc--TG--CATA-CTC-A-AAG-------A-------T-A-----------T----A--TTA--AC--------------A-----TTT------------TTGTAT-C-----TG--A-AGT-TGAT--G--A-----AC-A----GA-T--T-CGT-T--TAC--------TGT-----TATT--TT-----ATT--C-------A--T-TTT--C-ATGTG---ACT-TTG--T---T-GTTTTACGC------ATCGAAATAT-----TG-TA----------TAT-------A--------------CA----T--------G-------T----ATGTTAAAAGGCCTTATat
gi|34 : gattttttatataattgcgatcaacatttcgcaaaagcttgaagttccaataaagataaaaaaaaatctgattcagtgaaccatttcaaaactttgcatttgcaatgagctatagcataaattccagaatctaacctcataattactt--TG--CATT-GTCTA-AA--------A------------------------------------------------------------------------TGTGT-C-----TA--A-AAG-C-------------------------------AT-T--TAC--------TGT-----TTTT-G-T-----TTT--T-------G--T-TTT--TCATGTG---TCT-TTG--T---T-ATTTGACGC------AT-------G-----GA-TG----------TA--------A--------------ttgacccttgttcaattgagttatctcgtgat
gi|56 : gtataagagccggaacccaaaactcacaattacttTT-GTC-A-AA--------AT------T-A-----------C----A--C----A---------------------TTC------------TTGTAC-T-----TA--A-AAT-CGAC--G--A-----AT-A----A--T--T-Tataat
gi|46 : tattacaccctTC------------TTGTAC-C-----TA--A-AGT-CGAT--G--A-----AT-ATCGTT--T--T-TGT-T--TAA---------GT-----Tcgtatgctgtt
gi|27 : ataaTC------------ATGTTC-C-----TT--A-AAT-CGAT--A--A-----AT-A----A--C--T-TAA-T---AA--------TAT------ACT-GTT-----TTT--TTGTTGTTG--T-TTTTTCA-CGTG---ACT-GTG--T---T-ATTTAATGC------AT-------T-----GA-TG----------CA--------A--------------ttcatgtgaatgagttatcgagtacattgattaa
gi|31 : ataggcttattactattttgctctgcggtgaagacgatatctttgtaactatagcaata--------TGT-----TGTT-GTT-----TTA--T-------C--T-TTT----ATGCA---ACT-GTG--T---A-ATTTAGTGC------AT-------T-----AA-TG----------TA--------AATAA----------C-----G--------TATAAACAC----ATGTTTGAGTGCCTCATGTAAGATGGAata
gi|38 : ttgataaatacatgttc-----TTT--T-------G--TATGT--GTATGTG---ACT-GT-------T-ATTTAGCAC------GT-------A-----CA-TG----------TA--------A--------------A-----TAAATGTA-TA------T----ATGTTTG-GGGCCTCGTGGTAGATTGActtgttcaaatgagttgaataaatactttatta
gi|43 : atctatggaatcacttcgcattatagTGTA---ACT-GTG--T---T-ATTCA----------GT-------G-----TAATA----------TG--------A--------------CA----T--------TGTA----T----ATGTTTGAGGGTCTCATGGAAGATTGA
gi|45 : c--T---T-ATTTAACGC------AT-------T-----GG-TA----------TA--------AGTACTAT-------C-----T--------A-------T----ATGATTGAGGGCCTCATGGAAGATTGActtgttaaataaagactttattattg
gi|57 : aatgtagtactcgttcttgataaaacga--T---T-ATTTAGCAT------GC-------G-----TA-TG----------TA--------AACAATATATATATAT-----T--------TA------T----ATGTTTGAGGGCCTTGTTGAAGACTg
gi|52 : tg---T-ATTTAGCAC------TT-------T-----TA-TG----------TAGAT-----A--------------A-----T--------A-------TAAACATGTTTGAGGTCATCACAGAATATT
gi|59 : tgtga-------T----ACGTTTGAGGGCCTCATGGAAGACTGAtacttgtaca
gi|62 : tttaaagctttgatataataatgcata-------T----ATGTTTGAGGGCCCAGTGGAAGATTGAa
gi|60 : a-------T----GTGTCTGAGGTCCTTATGGAAGATTGActagttcaaatgagttttgtcgt
gi|61 : tgtaTTTGAGGGCCTCGTGAAAGACTGActcgctcaaacactttgttatt
gi|54 : TTGAGGACCTCATGGAAGATTGActtgttcaaatgaattctgccattaaac
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCAGAACCAAGTTTACATTACCTTCCCTGAAATTGTTAAAATTCAATAATCCATTTTCTATGACTTATCATCACTACGACCTTGCTACCTTTGTATCTTAAGGATGCATTTTCTTTAAAAACCAATATTCATTTAAGAAATTTAAAGTTTCTATCTGACCTAAATTTGTATACTCCAAAACTAAATCACGAATTATTTAAAACGCCATTCAGATATTCGAGGTATTAAATAAATAGATACAGTACCCTTTAAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GCAAGTTCGGGAATTTAAAAACGTAAACTTAATCAAATATTTAACATACCGTGTGTTGAACTGTTTGCAGAACTTGAAATAAGATTTATTTTCCCGAAAGAAGTAAATTACCAAAGGCATTGTTATGCATAAAGCGTTCAATAACCTTGCTCCGTCGTATCTTAGTGATGTATTTATTCTTAATACATAATATTCATTTTAGAAATTGATGAGCTCCATCTAACCTTAATGTGTATTGTCAAAAATACATTTATATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTTGCAGCACTCGGCTGGATAACTTTCCAAGTGTAAACTTACTGAAGGCAGTTTTTTATGTATAAAATGTTACATAACCTTGCTCCGTCGTTTCTTACAGAGATGCATTTATTCTAAATACTGATATCCACTCAAGACATTTAACATCTTCATCTAACCTAAATATATACGCCCCGACCAAATAGTGAAGTACTGAGA
Unaligned ( gi|30 ): AAGAATAAAAAGAAGACTGATACAAAAAATCGATAAACCTTCTGTTGAACATTTTGTAAAACTGAATTTTACTTTTTCTGAAAGGGTAAATGTTCTTATATACAGCATAGCCTTGCTCCCTAATGTCTTAAAGATGAATTTGTT
Unaligned ( gi|37 ): CATAGACATTTATTATTCAAGTTCGTGTACCCAAAATCGATGAAAAGTTTCAAATGATATTATTTCACGTGATTGAGTTATTTTGCCCATTGTCATGTAAATAATGATA
Unaligned ( gi|41 ): AATAATTTAAAAAACAGATTTTATGTTTAAAACGTTACAGCACCTTGCTCCGTCGTATTTTTAATAGGGATGTATTAATTTCAAAATGATATTCAT
Unaligned ( gi|42 ): ACGTTAAATAACCACGACCCGTTGTATACTAGGGATGCATTTATTTTAAATATTGATATTCTTTCAAGAAAGTTCAAGTCCTCATCCAAG
Unaligned ( gi|47 ): GATGAATAATTTCTATTGCTTTTATTGTTTTTGATTTGTTTGTGGTTGTGTTATTTAGCATATTGATGTAAATATTGTA
Unaligned ( gi|50 ): ATGTTTGAAGGCCTCATGTGCGGCTGACTTGTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAAGACAATACTTTGTTAT
Unaligned ( gi|51 ): AACGTTACATAACCGTGCCCCGTCGTATCTTACTGATGCATTTACTCTAAAACCTGATACTAGCCATTCAAT
Unaligned ( gi|53 ): AAATCGTTATATATCCTACTCTGTCATATTTAAGGAATGAATTTATTCTTAATACTGATATACATTCAAG
Unaligned ( gi|55 ): TTGAGGGCCTCAATGAAGACTGACGTGTTGAAATGAATTCTCTCGGTAGATACAAACTTTATTATAA
Unaligned ( gi|58 ): AACTAACGCAGGATGAGAATAGCATTTAAGGCATTTAAAGAAAAAGTGATATTTCTGATTAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111111111 111111111111 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 444444444444444444444444444 22222 11111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 2 444 33 2 33 444 2 444 33 4444 55555 2 2 2 0 2 88 2 1111111111 5555 444 1 2 0 1 444444 4 0 444444444444444 2 666666 22 44 1 0 4 888888888888 0000 1 1 333 77777777 22 1 22 1 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222 222 33333 11 1 1 11 11 0000000 2 111111111111111111111111111 11 222 11 5555 11111 6666666 1 3333 1 1 11 1 2222 777777777 55555555555 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 0
lowQualScore : . ... .. . .. ... . ... .. .... ..... . . . . . .. . .......... .... ... . . . . ...... . . ............... . ...... .. .. . . . ............ .... . . ... ........ .. . .. . . ....................................................................... ... ... ..... .. . . .. .. ....... . ........................... .. ... .. .... ..... ....... . .... . . .. . .... ......... ........... . ...................................................... . .
lowQualScore : 9 444 22 4 22 222 4 111 22 5555 33333 1 2 2 6 2 33 2 1111111111 0000 111 4 4 6 1 888888 2 1 444444444444444 2 111111 88 55 9 3 4 777777777777 5555 9 7 000 44444444 00 5 00 4 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333 333 22222 88 3 3 77 77 8888888 5 444444444444444444444444444 88 333 88 1111 44444 3333333 5 6666 4 4 88 3 8888 222222222 00000000000 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7
consensus : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCAT-AAGTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT--CATA-ACTTAC---TTTG-----ATATAT----CACT-GT-TTGTA--T--------TA--C-A--CGCATT-GTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACCT-----A--A-A-ATCGAT--G--A-------AT-ANT------T-T-AT-----T-------TA--CTGT---TATT--G-T--TTT-T--GTT-------T-T--C-ATGTGA-CTGTG-TTATTTAGC--GC-AT----TG---------ATG-----------TA-A-----------------A---------------T-----------A--------TA-TGTTTGAGGGCCTCGTGGAAGATTGA
Reference ( family-1926 ) : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCAT-AAGTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT--CATA-ACTTNC---TTTG-----ATATAT----CACT-GT-TTGTN--T--------TA--C-A--CGCATT-GTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACCT-----A--A-A-ATCGAT--G--A-------AT-ANT------T-T-AT-----T-------TA--CTGT---TATT--G-T--TTT-T-TGTT-------T-T--C-ATGTGA-CTGTG-TTATTTAGC--GC-AT----TG---------ATG-----------TA-A-----------------N---------------T-----------N--------TA-TGTTTGAGGGCCTCGTGGAAGATTGA
gi|1 : AAGTCATGAATTATTTAGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TT--A-AAAA---T----AGACTAG----CCT-----T-CGAA-T-A-------------------------CGATTTAGAGAACCGTCACGT---TTAAATCTTT----------------------AT-AAGCTCCGGAGACCA------G-G--C---TCATAACAA-T------ACG--TT--TATT-ACTTAC---TTTG-----ATATAT----CACT-GT-AAGTA--A--------AA--C-A--TGCATT-GTC-AC-A-A---------A---------C-A--------------CA-----T----------------------TTC---TTG---TACCC-----A--A-A-ATTGGT--G--A-------AC-AAC------G-T-ATA----TAGTAAAATA--CTGG---TATT--G-T--TTT-T-GTTT-------T-T--C-ATGGGA-CTGTG-TT-TTTAGC--GT-AT----TG---------ATG-----------TA-A-----------------A---------------T-----------
gi|10 : ggcaaattgtaatttagaaactaaacttataagattaaaaaatcaaataagatcctgaaaaaaaaatacaccttttgttaaacgatttacagaacaggattaaattactttccctaaaagggaagcatttcaaaaagcatttcttctgtataaaacattacataaccttgctccgttgtatcttgtggatgtatgtattctaggtattgatattcatccaagaacgtaaagatcttcatcttacttaaacgtatacgttaaatgtataactatactctccgaccggcaTCATTTAGAAT-ATCTT---CTTTA--TA-TTCGGGA--TA--A-ATAA---A--TTGGAATAG----TCT-----T-CAAA-T-AATGG-C--AA-A--AT-A----TGCAAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGATT----CAT-AACTT-----ACTTT------G-A-------TATCACTA-T------TAG---T--AATACAC--GC---ATTGTCAAAATATA-----------T-TTGTA-----------------------AT---TC-A--T-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----G-----------------TA---TTG---TACCT--------A-A-ATCGAT--G--A-------AT-AA-----------AT-----TGA-----TG--CTGT---TATT--G-T--TTT-G-GTTT-------T-T--C-ACTTGA-CTGTG-TCATTGAGC--GC-AT----TG---------ATG-----------AA-A-----------------A---------------T-----------g
gi|11 : AAATCATGAATTATTTAGAAA-ATCCT---GTATA--TA-TTCGGAA--TC--A-AAAA---TAAGTAGAAC-G----T-T-----T-CCTT-T-TAATG-T--AA-A--A--A----TTGCAGTTCAGTGAACCAT----T---TCAAATCTTTACA-T
gi|14 : gtttgcaaaactatattggatttcctgaaatggagaaatttcaaaaagcagttctgtataaaacgttacattgctctgtcgtatcttagagaggcatttttctaaataccgatattttatatcttcattttaccttaacatatatattccccgacaCTT---TCATAATTACTTCAGTG--TAGTA-AAAA---T--TTGCAACAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-C--AC-A----TGTCAATTCAGTGTACCAT----T---TCAGAACTTCGTA-TTTGCGATAGGTTAAAGCAG-GAGTTGCAGAGCACA------A-C--C---TCATAAa
gi|14 : a--T--------TA--CTA--TGCATT-GTTGA--A-A---------A---------T-A--------------TA-----TTTAT-A----------------TTC---CTG---TACCT-----T--A-A-ATCGAT--G--A-------ACAACT------T-C-AT-----T-------CA--CTGT---TACC--G----TTT-T-TGTTC------C-T--T-ATGTGA-Cttactatgcattgttgaaaatatatttatattcctgtaccttaaatcgatgaacaacttcattcactgttaccgtttttgttccttatgtgac
gi|15 : actttcataattacttcagtgtagtaaaaatttgcaacagtcttccaataaaggtaacacatgtcaattcagtgtaccatttcagaacttcgtatttgcgataggttaaagcaggagttgcagagcacaacctcataaTTAGTA-TTTGCGATTGGTTAAAGCAC-AAGCTCGAGAGTCCA------G-G--C---TAATAACA-----------G--TT--TACA-A----------------------T----CACT-GT-TTGTA--T--------TA--C-A--TATATT-GTC-A--A-A---------AA--------T-A--------------TA-----T-----A----------------TTC---CTG---TACCT--------A-A-ATCGAT--G--A-------AT-AAT------T-T-CC-----TA------TG--CTAT---TATT--G-C--TTT-T-GGTA-------T-T--C-ATGTAA-CTGT--TTACTTAGC--AC-AA----TG---------ATGTTAATAATGTATA-A-----------------T---------------T-----------A--------TA-TGTTTGAGGG-CTCATGGAAGATT
gi|16 : ----TCT-----G-TCAA-T----GT-T--AA-A--G--T----TGCCAATTCCGTAAACGAT----T---TCAAAGCTTTATA-GTTGCGAtactggttc
gi|16 : agtgtt------TAG--TTG-CGAA-ACTAAC---TTTT-----ATACAT----CACT-TT-AAGTA--T--------TA--C-A--CTCATT-GTC-A--A-A---------AT--------T-ATT------------TA-----T-----A----------------TTCATATTAGTTTACCT-----A--A-A-ACTGAT--G--G-------AT-ACC------T-TGAT-----A-------TA-----T---AATC--A-T--ATT-C-TGTTATTATAAT-T--C-A-GT----TGTATTTACTTAGC--AT-ATACTGTA---------ATG-----------TA-A-----------------T---------------T-----------T--------TA-TGCTTGaactaacttttatacatcactttaagtattacactcattgtcaaaattatttatattcatattagtttacctaaaactgatggataccttgatatataatcatattctgttattataattcagttgtatttacttagcatatactgtaatgtaattttatgcttggt
gi|17 : agtgtttctgtcaatgttaaagttgccaattccgtaaacgatttcaaagctttaTG--T--------TA--A-A--C---TT-GTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AGATATG----------TTC---TTG---TACAT-----A--A-A-ATCGAT--G--A-------AT-AAT------T-T-CT-----CG------TG--CT-------TT--G-----------GTT-------T-T--C-ACGTGA-TTGTG-TTATTTAGC--AC-AT----TG---------ATG-----------TA-AATAATGTATATAC----A---------------T-----------G--------TA-TGTTTGAGGACCTCACGGAAGATTGgt
gi|18 : ataatacttaaaaaacctgcagaGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TA--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-TCCA-T-ACATG-TTAAA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACTCT----T---GCAAAAC---GTA-TTTGTAATGGGTTAAAGC-C-AAGT----------------------C---TCATAACAT-T------TAA--TT--TATA-ACTTCCAGAT--------ATATAT----CACT-GT-TTGTA--T--------TA--C-A--CACACT-GTC-A--A-A---------A---------T-G--------------TA-----TTTATAA----------------TTC---ATA---TA-CT-----AGCA-C-ATTGAT--GTAA-------AT-Agtttgttcagtcatcatcatcattattattattatcattcacatact
gi|19 : G-----ACACAC----CACTAGTGTTGTTGCT--------TAGAT-A--TACATT---C-A--T-A---------G---------T-T--------------TA-----T-----A----------------TCT---TTG---TGCCT-----A--A-G-ATTGATTGG--ATGGGTATAT-AAT------TAT-AT-----A-------TA--ACACATATACT--G-G--TTT----ATT-------T-------------CTGTG-TTGTTTAGT--GC-AT----TG---------ATGAAAG-------TA-A-----------------TATG------------T-----------A--------TAATGTTTGAGGACCTCAAGGAAGATTGA
gi|2 : ttacagctaatacAAG-ATTTA---TCATA--TT-TTCTGGA--TC--A-AATA---T--TTGGACAAG----TCT-----T-TAGG-T-CAAGG-T--AA-AC-A--A----TGCCAACTCAGAGAATCAT----T---TCAAAACTTT----------ATGG---------------TCCAGAGCTCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAA--TT--CATA-ACGCAC---TCTG-----TTATAT----CACT-GT-TAGTA--T--------TA--C-A--CGAAGT-GTC-ATTA-GTACATCT--A---------T-ATTT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACTG-----A--A-ACAT-AAT--G--A-------AG-AAC------T-T-ACA----TAACCACATA--CTGT---TATT--G-T--TTT-T-GTTT-------T-T--C-ATGTGA-CTGCA-TTATTTTGT--GC-AT----TG---------ATA-----------TA-GATAATGTACATGT----A---------------T-----------A--------TA-TGTTTGAAGGCTGCATGAAAAATTGActagttaaaataaattctccagttagataa
gi|20 : tagcgatgattttattctaatttctgatattcgttaaaaagattcatccaactctatatgcatatacttccagaccaT-GT-TTGTA--T--------TG--C-A--CGCATT-GTC-A--A-A---------A---------TTA--------------CG-----T-----T----------------TTC---TTG---TACTT-----A--A-A-ATTGAT--G--A-------AT-GAT------T-T-CT-----CA------TG--CTGT---TATT--G-T--TT----------------------ATGTTATTTGGG-TCATTT-GT--GTAAA----TA---------ATG-----------TA-----------------------------------T-----------T--------AA-TGTTTAATAGCCTCGTGGAAGATcttgtgcaaaagagttttccgttaaaa
gi|22 : t-TTGTT--T--------TA--A-AAATGCATTTGTT-G------------------------T-C--------------CA-----A-----A----------------GTC---TTG---TACCT-----T--ATC-ATTAAT--G--A-------AT-ATA------T-T-ATATA--TAAACA--TA--CTGT---TGTTTGG-T--TAT-T-TGTT-------T-----------------G-CTATTTAGT--GT-GT----TG---------ATGGTAAATACTC-TACA-----------------T---------------T-----------T--------TA-TGCTTGAGGGCCTCATCGAAGATTGAaaacaggttcagttgtgtctctagttaaataaaaacttattattattatttatttattattac
gi|23 : ataccactttgagtaagacaataaTTGCGATGGATTAAATCAC-CAGTTATAGATCTCA------GAG--T---TCATAGCAACT------TAAACTT--CGTT-AC-TGT---TTTG-----ATATGC----CAC--GT-TTTTA--C--------TT--C-A--TGCATT-GTA-A--A-A---------ACATT-----T-A--------------CAATTGGT-----A----------------TTC---ATA---TGCC------A--A-T-ATAGAT--G--ACTTTGTCAT-AATATATAAT-C-AT-----A-------CA--CTTT---TATT--GATTGTTT-T-TGTcttatttaaa
gi|24 : CTA------G-G--T---TCATAACCA-T------TAG--TT--TTTA-A-TTTC---TCAG-----GTATATAAATCACT-GT-TTGTA--CGAGTATTATA--C-A--CGCATT-GTC-A--A-A---------A---------T-ATATCTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACCT-----A--A-A-GTCGAG--G--A-------AT-AAT------T-T-CT-----GA------TG--CTGT---TATT--G-C--TTT-----TT-------T-T--T-ATGTAA-C--TG-CTATTTAGC--AC-AT----TG---------ATG-----------TA-A-----------------A---------------T-----------
gi|25 : --T--------TA--C-A--CACATC-ATC-A--A-A---------AATAAATTTAT-AATT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACTT-----A--A-A-ATCGAA--G--A-------------------------------------------TGT---TATT--G-T--GTT-T---TT-------T-T--C-ATGTGA-CT-TA--TATTTAGC--AC-AT----TG---------ATG-----------TA-AATAATGTAT--------A---------------T-----------A--------TA-TATTTGAGGGCCTCATAAAAGAATGAa
gi|26 : T-TTGTA--T--------TA--C-A--CGTGTT-GCC-AT-A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACCT-----A--A-C-ATTGAT--T--A-------AT-AGT------T-T-AT-----A-------TA--CTAT---AATT--G-T--TTT-TGTGTT-------T-T----ATGTGA-CTGTA-TTATTTAGC--AC-AT----TG---------ATA-----------TA-AATAATGT----------T---------------T-----------A--------TA-TGCTTGAGGACCTCGGGGAAGATTGcttgttcaaatgagttagcttgtaaaataaaga
gi|27 : A-----T-----A----------------T-C---ATG---TTCCT-----T--A-A-ATCGAT--A--A-------AT-AAC------T-T-AA-----TAATA---TA--CTGT---TTTT--T-T--GTTGT-TGTT-------T-TTTC-ACGTGA-CTGTG-TTATTTAAT--GC-AT----TG---------ATG-----------CA-A-----------------A---------------T-----------gcatgttca
gi|28 : ataggcttattactattttgctctgcggtgaagacgatatctttgtaactatagcaGGTTAAAGCAT-AAGCTACAGAGTCCA------------------TAACAA-T------TAG--TT--CATA-GCTTAC---TCTA-----ATATATAT--CACT-GT-ATGTA--TAT------TA--C-A--CGCATT-GTC-A--A-A---------A---------T-ATATTTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACCT-----A--A-A-ATCGAG--G--G-------AT-AAG------T-T-CT-----TA------TG--CTGT---TATT--G-a
gi|29 : G--TT--CATA-ACTTAC---TTGA-----ACGTAT----CACT-TC-TTGTA--T--------TA--A-A--TACAT-----------A---------A---------T-----------------------T-----A----------------TTC---TTG---TACCTTCGTTA--T-G-ATCGAT--G--A-------TT-AGC------T-T-CT-----TA------TG--CTGT---TGTT--G-T--TTT-TGTTTT-------T-T--C-ACTTGA-AGGTG-TTGTTTAGC--AC-AT----TG---------ATG-----------CA-A-----------------A---------------T-----------
gi|3 : AGTTATTTAGGAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCAGAA--TA--ACAAAA---T--C--GAATAGGCTTCCT-----T-CCTG-T-GCTTG-T--AA-A--A--A----TGCCTATCCAGTGAACTAT----T---TCAAAACTTTGTA-TGAGCGATAGG-TAAA--------------AGTCCA------G-G--C---TCATAACAA-TTACATGTAG--TT--TATA-ACTT-C---TCTAAT---ATATAT----CACT-GT-TTGTA--T--------TA--C-A--CGCATG-TTT-A--A-A---------A---------T-ATATTTGTTATT---CA-----T-----A----------------TTC---GTG---TACCT-----A--C-G-GTCGAG--G--A-------AT-A-T------T-T-CT-----T-------TA---TGT---TGTC--G-T--GTT-----TT-------T-C--T-ATGTAA-CTGTC-TTATTTAGC--AT-AT----TG---------GTG-----------TA-A-----------------G---------------T-----------
gi|31 : agggatgtatttattctaaatcctgatattcattcaaaaaatttaagatccttgtctcacctaaatgcatatactctccgactacatatttTTGAT--A--A-------AT-AC-----------AT-----G-------TT--CTGT---TGTT--G-T--TTT-A-TCTT-------T-T----ATGCAA-CTGTG-TAATTTAGT--GC-AT----TA---------ATG-----------TA-A-----------------A---------------TAACGTATAAACA--------CA-TGTTTGAGTGCCTCATGTAAGATGGAaat
gi|32 : CAAATAATGAATTGTATAGAAT-ATCTT---TAATG--TA-TTCAGGA--TG--A-AATA---C--TTGGAATAG----ACT-----T-CCAA-T-AAATG-TA-AA-A--A--A----TGCTAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACCTTcttgttcaaatgagttgaataaatactttatta
gi|33 : tcatcttacctaaatacatgtactccacgacCAAACCATACATTAATTAGAAATATCAT---TTATA--TA-TTCAGTACCTT--A-AACA---T--TTGGAATAG----TC------T-CCAT-TCAAACA-TAAAA-A--A--A----TGCAAA
gi|34 : ttagattttcaccaaaccaaatgtaaatctttcccgacGCATT-GTCTA--A-A---------A---------T------------------------------------------------------G---TGTCT-----A--A-A-AGC--------------------------------AT-----T-------TA--CTGT---TTTT--G-T--TTT-T-GTTT-------T-T--C-ATGTGT-CTTTG-TTATTTGAC--GC-AT----GG---------ATG-----------TA-A-----------------A---------------T-----------
gi|35 : gtataagagccggaacccaaaactcacaattacttt-T------TAG--TT--CATA-ACTTAC---TTTC-----ATACCT----CACT-AT-TAGAA--T--------TA--C-A--CGCATT-GTC-A--A-----------------------A--------------CA-----T----------------------------TTG---T--CT-----A--A-T-ATCaat
gi|36 : aatacttttacagatttgg--TA-TTCGAGA--TT--A-AAAA---T--C-------------CT-----T------T-AAAAG-T--AA-A--AT-A----TGCCAATTCAGTGAACAAT----A---TCAAAAC---ATATTTTATGACGGATT---------AGT--CAATGTCAA------T-G--G---TCATAACAA-T------TAG--TT--CATA-ACTTatcaagcgtttgaacctgaaaatctgaaaaaa
gi|37 : tt----------------TTC---GTG---TACCC-----A--A-A-ATCGAT--G--A-------AA-AGT------T-TCA---------------A--ATGA---TATT--A-------------T-------T-T--C-ACGTGA-TTGAG-TTATTTTGC--CC-AT----TGTC-------ATG-----------TA-A-----------------A---------------T-----------A---------A-TG
gi|38 : catagacatttattattcaagT---TATA--G-T--TTT-G-TATG-------T-G--T-ATGTGA-CTGT---TATTTAGC--AC-GT----AC---------ATG-----------TA-A-----------------A---------------T-----------AAATGTATATA-TGTTTG-GGGCCTCGTGGTAGATTGAata
gi|39 : atctatggaatcacttcgcaATTTTGAAG-ATATTGTTTTATA--TA-T--AGGA--TA--G-CAAA---T--TTTGATTTG----TTT-----T-CAAA-A-AGAGT-T--AA-A--A--C----TGTCAATTCAGTGAACCGT----TGAGTCAAAACGTTGT
gi|4 : taCAAATCACGCGTTATTGAGAAG-ATCTT---TTGTA--TA-TTCTGGA--TA--A-AAGG---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAATG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAATTAT----T---ACAAAACTTGGTA-TTTGTGATGGGTTAAAGGAT-AAGCTCCAGAGCCCAGGGCCTG-G--C---TCAAAACTA-T------TAG--TT--CATA-ACTTTC---TTTA-----ACATAT----CACG-GT-TTGTT--T--------TA--A-A--TGCATT-GTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AG---------------TTC---TTG---TATCT-----A--A-A-ATCGAT--G--A-------AT-ATT------T-T-AT-----T-------TA--ATGT---TACT--G-T--TTT-T-TGTT-------T-T--CAATATGA-CTGTC-TTATTTAAC--AC-GT----TT---------ATG-----------TA-A-----------------C---------------T-----------T--------TA-TGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATTGAtg
gi|40 : T--CATA-ACTTGC---ATTG-----CTATAT----TACT-GT-TAGCA--T--------TT--C-A--AGTATT-GTC-A--A-A---------AG--------T-ATATTATATATAATTCG-----T-----A----------------TTT---TTA---TACAT-----A--A-A-CTCGAT--G--A-------AT-A
gi|43 : cTGTAA-CTGTG-TTATTCAGT--GT-A----------------ATA-----------TG-A-----------------CATTG-----------T-----------A--------TA-TGTTTGAGGGTCTCATGGAAGATTGAa
gi|44 : cCAAATCATTCCTTATTTGGAAA-A-CAT---TCATA--TA-TTCGGGG--TT--A-AAAAAGCG--TTGAAATAA----TTT-----T-cttgttaaataaagactttattattg
gi|45 : tatactctctaac-TTATTTAAC--GC-AT----TG---------GTA-----------TA-A-----------------G---------------T-----------ACTATCTA-TA-TGATTGAGGGCCTCATGGAAGATTGAgtttaaaaacc
gi|46 : aatgtagtactcgttcttgataaaacgaA-----T-----A----------------ATC---TTG---TACCT-----A--A-A-GTCGAT--G--A-------AT-AT-------------------------------CGT---TTTT--G----TTT-A-AGTT-------T-T--C-ATGTGA-ATGAG-TTATCGAGT--AC-AT----TG---------AT------------TA-A-----------------g
gi|47 : GAT--G--A-------AT-AAT------T-T-CTA----T-------TG--CTTT---TATT--G-T--TTT-T-GATT-------T-G--T-TTGTGG-TTGTG-TTATTTAGC--AT-AT----TG---------ATG-----------TA-A-----------------A---------------T-----------A--------T--TGT
gi|48 : GTA-TTTGCGATGGGATGAAACGT-AAGCTCCAGAGCACA------G-G--C---TAATAACAA-T------AAG--TT--GAAA-ACTTAC---TTTA-----GTATAa
gi|49 : AACGG----TCT-----TGCCGT-C-AAAGGCT--AA-AT-A--A----TTCCAGTCAAGTGAACCAT----T---TCAAAACTATATA-TTTGCAATGG
gi|5 : tttTT---TCTTA--TA-TTCGGGA--TC--A-AACA---T--TT----------------------TAA-T-GACGC-A--AA-ATAA--G----TGT-AATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAA--------------ATAGATTAAAACGT------CCAGAGGACA------G-G--C---TCATAAAAA-T-------AG--TT--CATA-GC--------------------------CACT-GT-TAGTA--T--------AA--C-A--TAATTT-GTC-A--CTG---------A---------T-A---------------A-----T----------------------TTG---TTG---TACCT-----A--A-A-ATTGCT--G--A-------AT-ACG------T-T-ATATGTCT-------CATGCTGT---TATT--G-C--TTT-T--GTC-------TAT--T-GTGTGA-CTATG-TTATTTAGT--GA-TT----TG---------ATG-----------TA-A---------------------------------------------A--------TA-TGTATAAGAGTCTCG
gi|54 : gaaacaTTGAGGACCTCATGGAAGATTGAcaaaacttggcttgtttaaacaagttatctcgttaaaaaaaggctgtgttattaatatt
gi|56 : TA--T--------TA--C-A--CCCTTT-GTC-A--A-A---------A---------TTA--------------CA-----C-----A----------------TTC---TTG---TACTT-----A--A-A-ATCGAC--G--A-------AT-AAT------T-TCGT-----A-------TG--CTGT---Tcttgttcaaatgaatgcacttgttatataaatacttgattattat
gi|57 : TG-TTATTTAGCATGC-GT---------------ATG-----------TA-A-----------------ACAATATATATATATTT-----------A--------TA-TGTTTGAGGGCCTTGTTGAAGACT
gi|59 : TTTAAA--GC-TT----TG---------ATA-----------TA-A-----------------TAATGCA---------T-----------A--------TA-CGTTTGAGGGCCTCATGGAAGACTGA
gi|6 : G-ATTTT---TTATA--TA-ATTGCGA--TC--A-ACAT---T--TCGCAAAAG----CTTGAAGTT-CCAA-T-AAAGA-T--AA-A--A--AAAAAT-CTGATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGCA-TTTGCAATGAGCTATAGCAT-AAATTCCAGAATCTA------A-C--C---TCAT---AA-T------TAC--TTTGCAT--ACTCAA-----AG-----ATATATTAA-CATT--T-TTGTA--T--------CT--G-A--AG--TT-GAT-G--A-----------------------A--------------CA-----G-----A----------------TTC---GTT---TAC-------------------T--G----------TT-ATT------T-T-AT-----T-------CA--TT---------------------------------T-T--C-ATGTGA-CTTTG-TTGTTTTAC--GC-AT----CGAAATATTGTATA-----------TA-C-----------------A---------------T-----------G--------TA-TGTTAAAAGGCCTa
gi|60 : ---------------T-----------A--------TG-TGTCTGAGGTCCTTATGGAAGATTGAtatttgacccttgttcaattgagttatctcgtgat
gi|61 : tgTTTGAGGGCCTCGTGAAAGACTGActcgctcaaacactttgttatt
gi|62 : --------TA-TGTTTGAGGGCCCAGTGGAAGATTGActtgttcaaatgaattctgccattaaac
gi|7 : aCAAACAATGAATTAATTAGATG-ATATT---TTATA--TA-TACGGGA--TC--A-AACC---T--TTGAAACAG----TTT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--AAAA----TGCCAATACAGCGAACCAT----T---TCCAAACTTTGTA-TTTGCGGCGGGTTAATGTAT-AAATTCCAGAACCCA------A---------CGTTATAA-T------TAC--TC--TACA---TTGC-----CA-----AAATA-----CA----T-TTATA--T--------T------------CT-G------------------A---------T-A--------------CC-----T-----A--------------------------------------A--A-A--TCGAC--G--A-------ACAACT------T-C-AT-----T-------TA--CTGT---TATT--G-A--TTT-T-GTTT-------T-T--C-ATGTGA-CTTTG-TTATTTAAT--GC-AT----TG---------ATG-----------TA-A-----------------A---------------T-----------ctagttcaaatgagttttgtcgt
gi|8 : aggtcttcatctagcctaactgtatatactccccgacATCATGATTTATTTAAAAT-ATTAT---TTATA--CA-T-----A--TC--A-GAAA---T--TTGGAATAT----TCT-----T-CTAAAT-TAAGG-T--AATA--A--A----AGTCAATTCAGTGAACTAT----T---TTTAAACTTTATA-TTTGCGATTGGCTAAAGCATAAAGTTGCATAGTCCA------G-GGTCAGATCATGACAA-T------TAG--TT--TATA-CTTTAC---TTTG-----ATATAT----CGCT-GT-TAGCG--T--------TA--C-A--GGCAGT-GTC-A--A-AGGTACATTTA---------T-AACT-----------CG-----T-----A----------------TCC---TTG---TACCT-----A--A-A-TTAAAT--T--ACTAT---AT-AA-------T-C-AT-----A-------TA--CTGT---TACT--G-T--TT
gi|9 : at-AAGTTTCAGAGCCCA------A-A--T---TCATAAAAA---------AA--T---CATA-ACTTAC--------------ATGT----CACT-GT-AAGTA--T--------TA--T-A--CGTATT-GCC-A--A-A---------AACACATT--T-A--------------CT-----T-----ACTTAGTATGATTTGTGTTC---TTG---TACCC-----A--A-A-AGCTAC--C--T-------AA-ACT------C-C-AT-----T-------CA--CTGT---TATT--G-T----------TT-------C-T--C-ATGT------TG-TTATTAAGC--CC-AC----TA---------GTG-----------TA-AATAATGTAAATATATGCA---------------T-----------G--------TA-TGTTTGACGGTCTCATTGAAgatttt
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCAGAACCAAGTTTACATTACCTTCCCTGAAATTGTTAAAATTCAATAATCCATTTTCTATGACTTATCATCACTACGACCTTGCTACCTTTGTATCTTAAGGATGCATTTTCTTTAAAAACCAATATTCATTTAAGAAATTTAAAGTTTCTATCTGACCTAAATTTGTATACTCCAAAACTAAATCACGAATTATTTAAAACGCCATTCAGATATTCGAGGTATTAAATAAATAGATACAGTACCCTTTAAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GCAAGTTCGGGAATTTAAAAACGTAAACTTAATCAAATATTTAACATACCGTGTGTTGAACTGTTTGCAGAACTTGAAATAAGATTTATTTTCCCGAAAGAAGTAAATTACCAAAGGCATTGTTATGCATAAAGCGTTCAATAACCTTGCTCCGTCGTATCTTAGTGATGTATTTATTCTTAATACATAATATTCATTTTAGAAATTGATGAGCTCCATCTAACCTTAATGTGTATTGTCAAAAATACATTTATATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTTGCAGCACTCGGCTGGATAACTTTCCAAGTGTAAACTTACTGAAGGCAGTTTTTTATGTATAAAATGTTACATAACCTTGCTCCGTCGTTTCTTACAGAGATGCATTTATTCTAAATACTGATATCCACTCAAGACATTTAACATCTTCATCTAACCTAAATATATACGCCCCGACCAAATAGTGAAGTACTGAGA
Unaligned ( gi|30 ): AAGAATAAAAAGAAGACTGATACAAAAAATCGATAAACCTTCTGTTGAACATTTTGTAAAACTGAATTTTACTTTTTCTGAAAGGGTAAATGTTCTTATATACAGCATAGCCTTGCTCCCTAATGTCTTAAAGATGAATTTGTT
Unaligned ( gi|41 ): AATAATTTAAAAAACAGATTTTATGTTTAAAACGTTACAGCACCTTGCTCCGTCGTATTTTTAATAGGGATGTATTAATTTCAAAATGATATTCAT
Unaligned ( gi|42 ): ACGTTAAATAACCACGACCCGTTGTATACTAGGGATGCATTTATTTTAAATATTGATATTCTTTCAAGAAAGTTCAAGTCCTCATCCAAG
Unaligned ( gi|50 ): ATGTTTGAAGGCCTCATGTGCGGCTGACTTGTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAAGACAATACTTTGTTAT
Unaligned ( gi|51 ): AACGTTACATAACCGTGCCCCGTCGTATCTTACTGATGCATTTACTCTAAAACCTGATACTAGCCATTCAAT
Unaligned ( gi|52 ): TGTGATATTTAGCACTTTTATGTAGATAATATAAACATGTTTGAGGTCATCACAGAATATTTACTTGTACA
Unaligned ( gi|53 ): AAATCGTTATATATCCTACTCTGTCATATTTAAGGAATGAATTTATTCTTAATACTGATATACATTCAAG
Unaligned ( gi|55 ): TTGAGGGCCTCAATGAAGACTGACGTGTTGAAATGAATTCTCTCGGTAGATACAAACTTTATTATAA
Unaligned ( gi|58 ): AACTAACGCAGGATGAGAATAGCATTTAAGGCATTTAAAGAAAAAGTGATATTTCTGATTAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111111111 11111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 4444444444444444444444444444444444 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 2 444 33 2 33 444 2 444 33 4444 55555 2 2 2 0 2 88 2 1111111111 5555 444 1 2 0 1 2 000 2 4 0 333333333333333 0 888888888 22 33 1 1 55555555555 1 4444 1 1 2 22 22 55555555 22 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 222 33333 11 1 1 11 11 0000000 2 6666666666666666666666666666666666 11 1 222 2222 33 1 1 44444 2 3 1 22 1 1 11 2222 11 33333 77777777777 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 0
lowQualScore : . ... .. . .. ... . ... .. .... ..... . . . . . .. . .......... .... ... . . . . . ... . . . ............... . ......... .. .. . . ........... . .... . . . .. .. ........ .. . . ....................................................................... ... ... ..... .. . . .. .. ....... . .................................. .. . ... .... .. . . ..... . . . .. . . .. .... .. ..... ........... ... .................................................................. .... .
lowQualScore : 9 444 22 4 22 222 4 111 22 5555 33333 1 2 2 6 2 33 2 1111111111 0000 111 4 4 6 1 9 777 4 2 1 555555555555555 6 555555555 66 00 8 8 44444444444 8 0000 8 7 1 33 33 88888888 22 1 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 333 22222 88 3 3 77 77 8888888 5 5555555555555555555555555555555555 88 3 333 8888 77 3 4 33333 9 0 5 00 5 3 88 7777 88 22222 44444444444 555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 9
consensus : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGAT--G--A-------AT-A-ATT-T-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
Reference ( family-1926 ) : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGAT--G--A-------AT-A-NTT-T-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
gi|1 : AAGTCATGAATTATTTAGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TT--A-AAAA---T----AGACTAG----CCT-----T-CGAA-T-A-------------------------CGATTTAGAGAACCGTCACGT---TTAAATCTTT----------------------ATAA-GCTCCGGAGACCA------G-G--C---TCATAACAA-T------ACG--TT-TATT-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-AAG--T--AA--------AA--CATGCATTGTC-AC-A-A---------A---------C-A--------------CA-----T----------------------TTC---TTG---TACC-----CA--A-A-ATTGGT--G--A-------AC-A-ACG-T-A------------TA----TAGTAAAATA--CT-GG---TAT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGGGACTGTG-TT-TTTAGC--GTAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------
gi|10 : ggcaaattgtaatttagaaactaaacttataagattaaaaaatcaaataagatcctgaaaaaaaaatacaccttttgttaaacgatttacagaacaggattaaattactttccctaaaagggaagcatttcaaaaagcatttcttctgtataaaacattacataaccttgctccgttgtatcttgtggatgtatgtattctaggtattgatattcatccaagaacgtaaagatcttcatcttacttaaacgtatacgttaaatgtataactatactctccgaccggcaTCATTTAGAAT-ATCTT---CTTTA--TA-TTCGGGA--TA--A-ATAA---A--TTGGAATAG----TCT-----T-CAAA-T-AATGG-C--AA-A--AT-A----TGCAAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGATT----CATAA-CTT-----ACTTT------G-A-------TATCACTA-T------TAG---T-AATACACGCAT---TGTCA--AAATA---------T-AT-TTG--T--A------------------AT--TC-A--T-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----G-----------------TA---TTG---TACC-----T---A-A-ATCGAT--G--A-------AT-A-A-----A------------T-----TGA-----TG--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-GGT-T-T-T-T--C-ACTTGACTGTG-TCATTGAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------AA---A-------------A---------------T-----------g
gi|11 : AAATCATGAATTATTTAGAAA-ATCCT---GTATA--TA-TTCGGAA--TC--A-AAAA---TAAGTAGAAC-G----T-T-----T-CCTT-T-TAATG-T--AA-A--A--A----TTGCAGTTCAGTGAACCAT----T---TCAAATCTTTACA-T
gi|14 : gtttgcaaaactatattggatttcctgaaatggagaaatttcaaaaagcagttctgtataaaacgttacattgctctgtcgtatcttagagaggcatttttctaaataccgatattttatatcttcattttaccttaacatatatattccccgacaCTT---TCATAATTACTTCAGTG--TAGTA-AAAA---T--TTGCAACAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-C--AC-A----TGTCAATTCAGTGTACCAT----T---TCAGAACTTCGTA-TTTGCGATAGGTTAAAGCAGGA-GTTGCAGAGCACA------A-C--C---TCATAA--------------------------TTAC---T-ATG-------------CATT-GT-TGA--A--AA--------TA------TATT-----------------------------T-A--------------TA-----T-----------------------TC---CTG---TACC-----TT--A-A-ATCGAT--G--A-------ACAA-CTT-C-A------------T-----T-------CA--CT-GT---TAC----C--G-TT-TT-TG--T-TCC-T--T-ATGTGACa
gi|15 : aTTAGTA-TTTGCGATTGGTTAAAGCACAA-GCTCGAGAGTCCA------G-G--C---TAATAACA-----------G--TT-TACA-A---------------------T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CATATATTGTCAA--A-A---------A---------T-A--------------TA-----T-----A----------------TTC---CTG---TACC-----T---A-A-ATCGAT--G--A-------AT-A-ATT-T-C------------C-----TA------TG--CT-AT---TAT----T--G-CT-TT-TG--G-TAT-T--C-ATGTAACTGT--TTACTTAGC--ACAA----TG--A-----TGTTAATAATGTATA---A-------------T---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGG-CTCATGGAAGATT
gi|16 : ----TCT-----G-TCAA-T----GT-T--AA-A--G--T----TGCCAATTCCGTAAACGAT----T---TCAAAGCTTTATA-GTTGCGAtactggttc
gi|16 : agtgtt------TAG--TTGCGAA-ACTAAC---T-TTT--ATACA-T----CACT-TT-AAG--T--AT--------TA--CACTCATTGTC-A--A-A---------AT--------T-ATT------------TA-----T-----A----------------TTCATATTAGTTTACC-----TA--A-A-ACTGAT--G--G-------AT-A-CCT-TGA------------T-----A-------TA--TA-AT---CATATTCT--G-TT-AT-TA--TAA-T-T--C-A-GT---TGTATTTACTTAGC--ATATACTGTA--A-----TG-----------TA---A-------------T---------------T-----------T-----------------T------ATGCTTG----aactaacttttatacatcactttaagtattacactcattgtcaaaattatttatattcatattagtttacctaaaactgatggataccttgatatataatcatattctgttattataattcagttgtatttacttagcatatactgtaatgtaattttatgcttggt
gi|17 : agtgtttctgtcaatgttaaagttgccaattccgtaaacgatttcaaagctttaTTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AGATATG----------TTC---TTG---TACA-----TA--A-A-ATCGAT--G--A-------AT-A-ATT-T--------------------------------CTCGT-------------G-CT-TT-GG--T-T-T-T--C-ACGTGATTGTG-TTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------AATGTATATACATG----T------ATGTTTG----AGGACCTCACGGAAGATTGgt
gi|18 : ataatacttaaaaaacctgcagatgttaaacGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TA--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-TCCA-T-ACATG-TTAAA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACTCT----T---GCAAAAC---GTA-TTTGTAATGGGTTAAAGC-CAA-GT----------------------C---TCATAACAT-T------TAA--TT-TATA-ACTTCCAGAT------ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACACACTGTC-A--A-A---------A---------T-G--------------TA-----TTTATAA----------------TTC---ATA---TA-C-----TAGCA-C-ATTGAT--GTAA-------AT-A-gtttgttcagtcatcatcatcattattattattatcattcacatact
gi|19 : G--ACACA-C----CACTAGTGTTG--TTGCT--------TAGATATACATT--C-A--T-A---------G---------T-T--------------TA-----T-----A----------------TCT---TTG---TGCC-----TA--A-G-ATTGATTGG--ATGGGTATAT-A-ATTAT-A------------T-----A-------TA--AC-ACATATAC----T--G-GT-TT--A--T-T-T------------CTGTG-TTGTTTAGT--GCAT----TG--A-----TG-----------AAAGTA-------------A---------------T-----------A-----------------TGTATA-ATGTTTG----AGGACCTCAAGGAAGATTGA
gi|2 : ttacagctaatacAAG-ATTTA---TCATA--TT-TTCTGGA--TC--A-AATA---T--TTGGACAAG----TCT-----T-TAGG-T-CAAGG-T--AA-AC-A--A----TGCCAACTCAGAGAATCAT----T---TCAAAACTTT----------ATGG---------------TCCAGAGCTCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAA--TT-CATA-ACGCAC---T-CTG--TTATA-T----CACT-GT-TAG--T--AT--------TA--CACGAAGTGTC-ATTA-GTACATCT--A---------T-ATTT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACT-----GA--A-ACAT-AAT--G--A-------AG-A-ACT-T-A------------CA----TAACCACATA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGACTGCA-TTATTTTGT--GCAT----TG--A-----TA-----------TA---GATAATGTACATGTA---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AAGGCTGCATGAAAAATTGActagttaaaataaattctccagttagataa
gi|20 : tagcgatgattttattctaatttctgatattcgttaaaaagattcatccaactctatatgcatatacttccagaccaT-GT-TTG--T--AT--------TG--CACGCATTGTC-A--A-A---------AT--------T-A--------------CG-----T-----T----------------TTC---TTG---TACT-----TA--A-A-ATTGAT--G--A-------AT-G-ATT-T-C------------T-----CA------TG--CT-GT---TAT----T--G-TT--------------------------TATG-TTATTTGGG--TCAT----TT--G-----TG-----------TA---A-------------A---------------TA----------A-----------------TGTATTAATGTTTA----ATAGCCTCGTGGAAGATcttgtgcaaaagagttttccgttaaaa
gi|22 : tTC---TTG---TACC-----TT--ATC-ATTAAT--G--A-------AT-A-TAT-T-A------------TATA--TAAACA--TA--CT-GT---TGT----TTGG-TTATT-TG--T-T-T----------------G-CTATTTAGT--GTGT----TG--A-----TGG----------TA---A-------------A---------------T-----------ACTCTACATTT-------T------ATGCTTG----AGGGCCTCATCGAAGATTGAaaacaggttcagttgtgtctctagttaaataaaaacttattattattatttatttattattac
gi|23 : ataccactttgagtaagacaataattgttttaaaaatgcatttgttgtccaaagTTGCGATGGATTAAATCACCA-GTTATAGATCTCA------GAG--T---TCATAGCAACT------TAAACTT-CGTT-AC-TGT---T-TTG--ATATG-C----CAC--GT-TTT--T--AC--------TT--CATGCATTGTA-A--A-A---------ACATT-----T-A--------------CAATTGGT-----A----------------TTC---ATA---TGCC------A--A-T-ATAGAT--G--ACTTTGTCAT-A-ATA-T-ATAATCATACACTT-----T-------TA--TT-G-----AT----T--G-TT-TT-TG--T-cttatttaaa
gi|24 : CTA------G-G--T---TCATAACCA-T------TAG--TT-TTTA-ATTT-C---T-CAG--GTATA-TAAATCACT-GT-TTG--T--ACGAGTATTATA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-ATATCTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-GTCGAG--G--A-------AT-A-ATT-T-C------------T-----GA------TG--CT-GT---TAT----T--G-CT-TT-----T-T-T-T--T-ATGTAAC--TG-CTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------
gi|25 : T--------TA--CACACATCATC-A--A-A---------AATAAATTTAT-AATT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACT-----TA--A-A-ATCGAA--G--A--------------------------------------------------T-GT---TAT----T--G-TG-TT-T---T-T-T-T--C-ATGTGACT-TA--TATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---AATAATGTAT----A---------------T-----------A-----------------T------ATATTTG----AGGGCCTCATAAAAGAATGA
gi|26 : T-TTG--T--AT--------TA--CACGTGTTGCC-AT-A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-C-ATTGAT--T--A-------AT-A-GTT-T-A------------T-----A-------TA--CT-AT---AAT----T--G-TT-TT-TG--TGT-T-T--T-ATGTGACTGTA-TTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TA-----------TA---A-------------ATAATGTT--------T-----------A-----------------T------ATGCTTG----AGGACCTCGGGGAAGATTGcttgttcaaatgagttagcttgtaaaataaaga
gi|27 : A-----T-----A----------------T-C---ATG---TTCC-----TT--A-A-ATCGAT--A--A-------AT-A-ACT-T-A------------A-----TAATA---TA--CT-GT---TTT----TTTG-TT-GT-TG--T-T-T-TTTC-ACGTGACTGTG-TTATTTAAT--GCAT----TG--A-----TG-----------CA---A-------------A---------------T-----------A-----------------gcatgttca
gi|28 : ataggcttattactattttgctctgcggtgaagacgatatctttgtaactatagcaGGTTAAAGCATAA-GCTACAGAGTCCA------------------TAACAA-T------TAG--TT-CATA-GCTTAC---T-CTAATATATA-T----CACT-GT-ATGTAT--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-ATATTTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGAG--G--G-------AT-A-AGT-T-C------------T-----TA------TG--CT-GT---TAT----T--G-
gi|29 : G--TT-CATA-ACTTAC---T-TGA--ACGTA-T----CACT-TC-TTG--T--AT--------TA--AATACAT----------A---------A---------T-----------------------T-----A----------------TTC---TTG---TACCTTCGTTA--T-G-ATCGAT--G--A-------TT-A-GCT-T-C------------T-----TA------TG--CT-GT---TGT----T--G-TT-TT-TGTTT-T-T-T--C-ACTTGAAGGTG-TTGTTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------CA---A-------------A---------------T-----------
gi|3 : AGTTATTTAGGAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCAGAA--TA--ACAAAA---T--C--GAATAGGCTTCCT-----T-CCTG-T-GCTTG-T--AA-A--A--A----TGCCTATCCAGTGAACTAT----T---TCAAAACTTTGTA-TGAGCGATAGG-TAAA--------------AGTCCA------G-G--C---TCATAACAA-TTACATGTAG--TT-TATA-ACTT-C---T-CTAATATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATGTTT-A--A-A---------A---------T-ATATTTGTTATT---CA-----T-----A----------------TTC---GTG---TACC-----TA--C-G-GTCGAG--G--A-------AT-A--TT-T-C------------T-----T-------TA---T-GT---TGT----C--G-TG-TT-----T-T-T-C--T-ATGTAACTGTC-TTATTTAGC--ATAT----TG--G-----TG-----------TA---A-------------G---------------T-----------A-----------------
gi|31 : agggatgtatttattctaaatcctgatattcattcaaaaaatttaagatccttgtctcacctaaatgcatatactctccgactacatatttTTGAT--A--A-------AT-A-C-----A------------T-----G-------TT--CT-GT---TGT----T--G-TT-TT-AT--C-T-T-T--T-ATGCAACTGTG-TAATTTAGT--GCAT----TA--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------TAACGTATAAACA-----------------C------ATGTTTG----AGTGCCTCATGTAAGATGGAat
gi|32 : CAAATAATGAATTGTATAGAAT-ATCTT---TAATG--TA-TTCAGGA--TG--A-AATA---C--TTGGAATAG----ACT-----T-CCAA-T-AAATG-TA-AA-A--A--A----TGCTAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACCTTcttgttcaaatgagttgaataaatactttatta
gi|33 : tcatcttacctaaatacatgtactccacgacCAAACCATACATTAATTAGAAATATCAT---TTATA--TA-TTCAGTACCTT--A-AACA---T--TTGGAATAG----TC------T-CCAT-TCAAACA-TAAAA-A--A--A----TGCAAA
gi|34 : ttagattttcaccaaaccaaatgtaaatctttcccgacGCATTGTCTA--A-A---------A---------T------------------------------------------------------G---TGTC-----TA--A-A-AGC---------------------------A------------T-----T-------TA--CT-GT---TTT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGTCTTTG-TTATTTGAC--GCAT----GG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------
gi|35 : gtataagagccggaacccaaaactcacaattacttt-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTC--ATACC-T----CACT-AT-TAG--A--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-----------------------A--------------CA-----T----------------------------TTG---T--C-----TA--A-T-ATCat
gi|36 : aatacttttacagatttgg--TA-TTCGAGA--TT--A-AAAA---T--C-------------CT-----T------T-AAAAG-T--AA-A--AT-A----TGCCAATTCAGTGAACAAT----A---TCAAAAC---ATATTTTATGACGGATT--------A-GT--CAATGTCAA------T-G--G---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTatcaagcgtttgaacctgaaaatctgaaaaaa
gi|37 : tt----------------TTC---GTG---TACC-----CA--A-A-ATCGAT--G--A-------AA-A-GTT-TCA---------------------------A--AT-GA---TAT----T--A-------------T-T-T--C-ACGTGATTGAG-TTATTTTGC--CCAT----TGTCA-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A------------------------ATG
gi|38 : catagacatttattattcaagT---TAT----A--G-TT-TTGTA--T-G-T-G--T-ATGTGACTGT---TATTTAGC--ACGT----AC--A-----TG-----------TA---AATAAATGT-----A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG-----GGGCCTCGTGGTAGATTGAata
gi|39 : atctatggaatcacttcgcaATTTTGAAG-ATATTGTTTTATA--TA-T--AGGA--TA--G-CAAA---T--TTTGATTTG----TTT-----T-CAAA-A-AGAGT-T--AA-A--A--C----TGTCAATTCAGTGAACCGT----TGAGTCAAAACGTTGT
gi|4 : taCAAATCACGCGTTATTGAGAAG-ATCTT---TTGTA--TA-TTCTGGA--TA--A-AAGG---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAATG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAATTAT----T---ACAAAACTTGGTA-TTTGTGATGGGTTAAAGGATAA-GCTCCAGAGCCCAGGGCCTG-G--C---TCAAAACTA-T------TAG--TT-CATA-ACTTTC---T-TTA--ACATA-T----CACG-GT-TTG--T--TT--------TA--AATGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AG---------------TTC---TTG---TATC-----TA--A-A-ATCGAT--G--A-------AT-A-TTT-T-A------------T-----T-------TA--AT-GT---TAC----T--GTTT-TT-TG--T-T-T-T--CAATATGACTGTC-TTATTTAAC--ACGT----TT--A-----TG-----------TA---A-------------C---------------T-----------T-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCATGGAAGATTGAtg
gi|40 : T-CATA-ACTTGC---A-TTG--CTATA-T----TACT-GT-TAG--C--AT--------TT--CAAGTATTGTC-A--A-A---------AG--------T-ATATTATATATAATTCG-----T-----A----------------TTT---TTA---TACA-----TA--A-A-CTCGAT--G--A-------AT-A-
gi|43 : cTGTAACTGTG-TTATTCAGT--GTA---------A-----TA-----------TG---ACATT---------G---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGTCTCATGGAAGATTGAa
gi|44 : cCAAATCATTCCTTATTTGGAAA-A-CAT---TCATA--TA-TTCGGGG--TT--A-AAAAAGCG--TTGAAATAA----TTT-----T-cttgttaaataaagactttattattg
gi|45 : tatactctctaac-TTATTTAAC--GCAT----TG--G-----TA-----------TA---A-------------G---------------T-----------ACTATCTA----------T------ATGATTG----AGGGCCTCATGGAAGATTGAgtttaaaaacc
gi|46 : aatgtagtactcgttcttgataaaacgaA-----T-----A----------------ATC---TTG---TACC-----TA--A-A-GTCGAT--G--A-------AT-A-TC--------------------------------------GT---TTT----T--G-TT-TA-AG--T-T-T-T--C-ATGTGAATGAG-TTATCGAGT--ACAT----TG--A-----T------------TA---A-------------g
gi|47 : GAT--G--A-------AT-A-ATT-T-C------------TA----T-------TG--CT-TT---TAT----T--G-TT-TT-TGA-T-T-T-G--T-TTGTGGTTGTG-TTATTTAGC--ATAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T-------TGT
gi|48 : GTA-TTTGCGATGGGATGAAACGTAA-GCTCCAGAGCACA------G-G--C---TAATAACAA-T------AAG--TT-GAAA-ACTTAC---T-TTA--GTATA-a
gi|49 : AACGG----TCT-----TGCCGT-C-AAAGGCT--AA-AT-A--A----TTCCAGTCAAGTGAACCAT----T---TCAAAACTATATA-TTTGCAATGG
gi|5 : tttTT---TCTTA--TA-TTCGGGA--TC--A-AACA---T--TT----------------------TAA-T-GACGC-A--AA-ATAA--G----TGT-AATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAA--------------ATAGATTAAAACGT------CCAGAGGACA------G-G--C---TCATAAAAA-T-------AG--TT-CATA-GC-------------------------CACT-GT-TAG--T--AT--------AA--CATAATTTGTC-A--CTG---------A---------T-A---------------A-----T----------------------TTG---TTG---TACC-----TA--A-A-ATTGCT--G--A-------AT-A-CGT-T-A------------TATGTCT-------CATGCT-GT---TAT----T--G-CT-TT-TG--T-C-TAT--T-GTGTGACTATG-TTATTTAGT--GATT----TG--A-----TG-----------TA---A-----------------------------------------A-----------------T------ATGTATA----AGAGTCTCG
gi|52 : gaaacaTGTG-ATATTTAGC--ACTT----TT--A-----TG-----------TAGATA-------------A---------------T-----------A-----------------TAAAC--ATGTTTG----AGGTCATCACAGAATATTcaaaacttggcttgtttaaacaagttatctcgttaaaaaaaggctgtgttattaatatt
gi|54 : TTG----AGGACCTCATGGAAGATTGAtacttgtaca
gi|56 : --T--AT--------TA--CACCCTTTGTC-A--A-A---------A---------TTA--------------CA-----C-----A----------------TTC---TTG---TACT-----TA--A-A-ATCGAC--G--A-------AT-A-ATT-TCG------------T-----A-------TG--CT-GT---Tcttgttcaaatgaatgcacttgttatataaatacttgattattat
gi|57 : TG-TTATTTAGCATGCGT--------A-----TG-----------TA---A-------------ACAATATATATATATTT-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTTGTTGAAGACT
gi|59 : TTTAAA--GCTT----TG--A-----TA-----------TA---ATAATGC-------A---------------T-----------A-----------------T------ACGTTTG----AGGGCCTCATGGAAGACTGA
gi|6 : G-ATTTT---TTATA--TA-ATTGCGA--TC--A-ACAT---T--TCGCAAAAG----CTTGAAGTT-CCAA-T-AAAGA-T--AA-A--A--AAAAAT-CTGATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGCA-TTTGCAATGAGCTATAGCATAA-ATTCCAGAATCTA------A-C--C---TCATAA--------------------------TTAC---T-TTG---CATACT----CAAA-G--ATA--T--AT--------TA-----------------------------------------A--------------CA----------------------------TTT---TTG---TATC-----TG--A-A-GTTGAT--G--A-------AC-AGATT-C-G------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--T-TA-TT-CA--T-T-T-T--C-ATGTGACTTTG-TTGTTTTAC--GCAT----CG--AAATATTG-----------TA---T-------------A---------------T-----------A-----------------C------ATGTATGTTAAAAGGCCTa
gi|60 : ---------------T-----------A-----------------T------GTGTCTG----AGGTCCTTATGGAAGATTGAtatttgacccttgttcaattgagttatctcgtgat
gi|61 : tgTTTG----AGGGCCTCGTGAAAGACTGActcgctcaaacactttgttatt
gi|62 : -----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCCAGTGGAAGATTGActtgttcaaatgaattctgccattaaac
gi|7 : CAAACAATGAATTAATTAGATG-ATATT---TTATA--TA-TACGGGA--TC--A-AACC---T--TTGAAACAG----TTT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--AAAA----TGCCAATACAGCGAACCAT----T---TCCAAACTTTGTA-TTTGCGGCGGGTTAATGTATAA-ATTCCAGAACCC--------------------AAC------------G--TT--ATA-A-TTAC---T-C-----TACA-T----TGCC-A---------------------A--AATACATT-----------------------------T-A--------------TA----------------------------TTC---TGA---TACC-----TA--A-A-ATCGAC--G--A-------ACAA-CTT-C-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-AT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGACTTTG-TTATTTAAT--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------ctagttcaaatgagttttgtcgt
gi|8 : aggtcttcatctagcctaactgtatatactccccgacATCATGATTTATTTAAAAT-ATTAT---TTATA--CA-T-----A--TC--A-GAAA---T--TTGGAATAT----TCT-----T-CTAAAT-TAAGG-T--AATA--A--A----AGTCAATTCAGTGAACTAT----T---TTTAAACTTTATA-TTTGCGATTGGCTAAAGCATAAAGTTGCATAGTCCA------G-GGTCAGATCATGACAA-T------TAG--TT-TATA-CTTTAC---T-TTG--ATATA-T----CGCT-GT-TAG--C--GT--------TA--CAGGCAGTGTC-A--A-AGGTACATTTA---------T-AACT-----------CG-----T-----A----------------TCC---TTG---TACC-----TA--A-A-TTAAAT--T--ACTAT---AT-A-A-T-C-A------------T-----A-------TA--CT-GT---TAC----T--G-TT-T
gi|9 : atAA-GTTTCAGAGCCCA------A-A--T---TCATAAAAA---------AA--T--CATA-ACTTAC------------ATG-T----CACT-GT-AAG--T--AT--------TA--TACGTATTGCC-A--A-A---------AACACATT--T-A--------------CT-----T-----ACTTAGTATGATTTGTGTTC---TTG---TACC-----CA--A-A-AGCTAC--C--T-------AA-A-CTC-C-A------------T-----T-------CA--CT-GT---TAT----T--G-T---------T-T-C-T--C-ATGT-----TG-TTATTAAGC--CCAC----TA--G-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------AATGTAAATATATGCATGT------ATGTTTG----ACGGTCTCATTGAAgatttt
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCAGAACCAAGTTTACATTACCTTCCCTGAAATTGTTAAAATTCAATAATCCATTTTCTATGACTTATCATCACTACGACCTTGCTACCTTTGTATCTTAAGGATGCATTTTCTTTAAAAACCAATATTCATTTAAGAAATTTAAAGTTTCTATCTGACCTAAATTTGTATACTCCAAAACTAAATCACGAATTATTTAAAACGCCATTCAGATATTCGAGGTATTAAATAAATAGATACAGTACCCTTTAAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GCAAGTTCGGGAATTTAAAAACGTAAACTTAATCAAATATTTAACATACCGTGTGTTGAACTGTTTGCAGAACTTGAAATAAGATTTATTTTCCCGAAAGAAGTAAATTACCAAAGGCATTGTTATGCATAAAGCGTTCAATAACCTTGCTCCGTCGTATCTTAGTGATGTATTTATTCTTAATACATAATATTCATTTTAGAAATTGATGAGCTCCATCTAACCTTAATGTGTATTGTCAAAAATACATTTATATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTTGCAGCACTCGGCTGGATAACTTTCCAAGTGTAAACTTACTGAAGGCAGTTTTTTATGTATAAAATGTTACATAACCTTGCTCCGTCGTTTCTTACAGAGATGCATTTATTCTAAATACTGATATCCACTCAAGACATTTAACATCTTCATCTAACCTAAATATATACGCCCCGACCAAATAGTGAAGTACTGAGA
Unaligned ( gi|30 ): AAGAATAAAAAGAAGACTGATACAAAAAATCGATAAACCTTCTGTTGAACATTTTGTAAAACTGAATTTTACTTTTTCTGAAAGGGTAAATGTTCTTATATACAGCATAGCCTTGCTCCCTAATGTCTTAAAGATGAATTTGTT
Unaligned ( gi|41 ): AATAATTTAAAAAACAGATTTTATGTTTAAAACGTTACAGCACCTTGCTCCGTCGTATTTTTAATAGGGATGTATTAATTTCAAAATGATATTCAT
Unaligned ( gi|42 ): ACGTTAAATAACCACGACCCGTTGTATACTAGGGATGCATTTATTTTAAATATTGATATTCTTTCAAGAAAGTTCAAGTCCTCATCCAAG
Unaligned ( gi|50 ): ATGTTTGAAGGCCTCATGTGCGGCTGACTTGTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAAGACAATACTTTGTTAT
Unaligned ( gi|51 ): AACGTTACATAACCGTGCCCCGTCGTATCTTACTGATGCATTTACTCTAAAACCTGATACTAGCCATTCAAT
Unaligned ( gi|53 ): AAATCGTTATATATCCTACTCTGTCATATTTAAGGAATGAATTTATTCTTAATACTGATATACATTCAAG
Unaligned ( gi|55 ): TTGAGGGCCTCAATGAAGACTGACGTGTTGAAATGAATTCTCTCGGTAGATACAAACTTTATTATAA
Unaligned ( gi|58 ): AACTAACGCAGGATGAGAATAGCATTTAAGGCATTTAAAGAAAAAGTGATATTTCTGATTAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111111111 11111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 44444444444444444444444444444444444 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 2 444 33 2 33 444 2 444 33 4444 55555 2 2 2 0 2 88 2 1111111111 5555 444 1 2 0 1 2 000 2 4 0 333333333333333 0 888888888 22 33 1 1 55555555555 1 4444 1 1 2 22 22 55555555 22 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 222 33333 11 1 1 11 11 11 0000000 22222222222222222222222222222222222 11 1 222 2222 33 1 1 44444 2 3 1 22 1 1 11 2222 11 33333 77777777777 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 0
lowQualScore : . ... .. . .. ... . ... .. .... ..... . . . . . .. . .......... .... ... . . . . . ... . . . ............... . ......... .. .. . . ........... . .... . . . .. .. ........ .. . . ....................................................................... ... ... ..... .. . . .. .. .. ....... ................................... .. . ... .... .. . . ..... . . . .. . . .. .... .. ..... ........... ... .................................................................. .... .
lowQualScore : 9 444 22 4 22 222 4 111 22 5555 33333 1 2 2 6 2 33 2 1111111111 0000 111 4 4 6 1 9 777 4 2 1 555555555555555 6 555555555 66 00 8 8 44444444444 8 0000 8 7 1 33 33 88888888 22 1 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 333 22222 88 3 3 77 77 77 8888888 22222222222222222222222222222222222 88 3 333 8888 77 3 4 33333 9 0 5 00 5 3 88 7777 88 22222 44444444444 555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 9
consensus : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A-TT-T-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
Reference ( family-1926 ) : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A-TT-T-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
gi|1 : AAGTCATGAATTATTTAGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TT--A-AAAA---T----AGACTAG----CCT-----T-CGAA-T-A-------------------------CGATTTAGAGAACCGTCACGT---TTAAATCTTT----------------------ATAA-GCTCCGGAGACCA------G-G--C---TCATAACAA-T------ACG--TT-TATT-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-AAG--T--AA--------AA--CATGCATTGTC-AC-A-A---------A---------C-A--------------CA-----T----------------------TTC---TTG---TACC-----CA--A-A-ATTGG--T--G--A-------ACA-A-CG-T-A------------TA----TAGTAAAATA--CT-GG---TAT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGGGACTGTG-TT-TTTAGC--GTAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------
gi|10 : ggcaaattgtaatttagaaactaaacttataagattaaaaaatcaaataagatcctgaaaaaaaaatacaccttttgttaaacgatttacagaacaggattaaattactttccctaaaagggaagcatttcaaaaagcatttcttctgtataaaacattacataaccttgctccgttgtatcttgtggatgtatgtattctaggtattgatattcatccaagaacgtaaagatcttcatcttacttaaacgtatacgttaaatgtataactatactctccgaccggcaTCATTTAGAAT-ATCTT---CTTTA--TA-TTCGGGA--TA--A-ATAA---A--TTGGAATAG----TCT-----T-CAAA-T-AATGG-C--AA-A--AT-A----TGCAAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGATT----CATAA-CTT-----ACTTT------G-A-------TATCACTA-T------TAG---T-AATACACGCAT---TGTCA--AAATA---------T-AT-TTG--T--A------------------AT--TC-A--T-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----G-----------------TA---TTG---TACC-----T---A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A------A------------T-----TGA-----TG--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-GGT-T-T-T-T--C-ACTTGACTGTG-TCATTGAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------AA---A-------------A---------------T-----------g
gi|11 : AAATCATGAATTATTTAGAAA-ATCCT---GTATA--TA-TTCGGAA--TC--A-AAAA---TAAGTAGAAC-G----T-T-----T-CCTT-T-TAATG-T--AA-A--A--A----TTGCAGTTCAGTGAACCAT----T---TCAAATCTTTACA-T
gi|14 : gtttgcaaaactatattggatttcctgaaatggagaaatttcaaaaagcagttctgtataaaacgttacattgctctgtcgtatcttagagaggcatttttctaaataccgatattttatatcttcattttaccttaacatatatattccccgacaCTT---TCATAATTACTTCAGTG--TAGTA-AAAA---T--TTGCAACAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-C--AC-A----TGTCAATTCAGTGTACCAT----T---TCAGAACTTCGTA-TTTGCGATAGGTTAAAGCAGGA-GTTGCAGAGCACA------A-C--C---TCATAA--------------------------TTAC---T-ATG-------------CATT-GT-TGA--A--AA--------TA------TATT-----------------------------T-A--------------TA-----T-----------------------TC---CTG---TACC-----TT--A-A-ATCGA--T--G--A-------ACA-ACTT-C-A------------T-----T-------CA--CT-GT---TAC----C--G-TT-TT-TG--T-TCC-T--T-ATGTGACa
gi|15 : aTTAGTA-TTTGCGATTGGTTAAAGCACAA-GCTCGAGAGTCCA------G-G--C---TAATAACA-----------G--TT-TACA-A---------------------T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CATATATTGTCAA--A-A---------A---------T-A--------------TA-----T-----A----------------TTC---CTG---TACC-----T---A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A-TT-T-C------------C-----TA------TG--CT-AT---TAT----T--G-CT-TT-TG--G-TAT-T--C-ATGTAACTGT--TTACTTAGC--ACAA----TG--A-----TGTTAATAATGTATA---A-------------T---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGG-CTCATGGAAGATT
gi|16 : ----TCT-----G-TCAA-T----GT-T--AA-A--G--T----TGCCAATTCCGTAAACGAT----T---TCAAAGCTTTATA-GTTGCGAtactggttc
gi|16 : agtgtt------TAG--TTGCGAA-ACTAAC---T-TTT--ATACA-T----CACT-TT-AAG--T--AT--------TA--CACTCATTGTC-A--A-A---------AT--------T-ATT------------TA-----T-----A----------------TTCATATTAGTTTACC-----TA--A-A-ACTGA--T--G--G-------ATA-C-CT-TGA------------T-----A-------TA--TA-AT---CATATTCT--G-TT-AT-TA--TAA-T-T--C-A-GT---TGTATTTACTTAGC--ATATACTGTA--A-----TG-----------TA---A-------------T---------------T-----------T-----------------T------ATGCTTG----aactaacttttatacatcactttaagtattacactcattgtcaaaattatttatattcatattagtttacctaaaactgatggataccttgatatataatcatattctgttattataattcagttgtatttacttagcatatactgtaatgtaattttatgcttggt
gi|17 : agtgtttctgtcaatgttaaagttgccaattccgtaaacgatttcaaagctttaTTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AGATATG----------TTC---TTG---TACA-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A-TT-T--------------------------------CTCGT-------------G-CT-TT-GG--T-T-T-T--C-ACGTGATTGTG-TTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------AATGTATATACATG----T------ATGTTTG----AGGACCTCACGGAAGATTGgt
gi|18 : ataatacttaaaaaacctgcagatgttaaacGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TA--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-TCCA-T-ACATG-TTAAA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACTCT----T---GCAAAAC---GTA-TTTGTAATGGGTTAAAGC-CAA-GT----------------------C---TCATAACAT-T------TAA--TT-TATA-ACTTCCAGAT------ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACACACTGTC-A--A-A---------A---------T-G--------------TA-----TTTATAA----------------TTC---ATA---TA-C-----TAGCA-C-ATTGA--T--GTAA-------ATA-gtttgttcagtcatcatcatcattattattattatcattcacatact
gi|19 : G--ACACA-C----CACTAGTGTTG--TTGCT--------TAGATATACATT--C-A--T-A---------G---------T-T--------------TA-----T-----A----------------TCT---TTG---TGCC-----TA--A-G-ATTGA--TTGG--ATGGGTATATA-A-TTAT-A------------T-----A-------TA--AC-ACATATAC----T--G-GT-TT--A--T-T-T------------CTGTG-TTGTTTAGT--GCAT----TG--A-----TG-----------AAAGTA-------------A---------------T-----------A-----------------TGTATA-ATGTTTG----AGGACCTCAAGGAAGATTGA
gi|2 : ttacagctaatacAAG-ATTTA---TCATA--TT-TTCTGGA--TC--A-AATA---T--TTGGACAAG----TCT-----T-TAGG-T-CAAGG-T--AA-AC-A--A----TGCCAACTCAGAGAATCAT----T---TCAAAACTTT----------ATGG---------------TCCAGAGCTCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAA--TT-CATA-ACGCAC---T-CTG--TTATA-T----CACT-GT-TAG--T--AT--------TA--CACGAAGTGTC-ATTA-GTACATCT--A---------T-ATTT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACT-----GA--A-ACAT-AA--T--G--A-------AGA-A-CT-T-A------------CA----TAACCACATA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGACTGCA-TTATTTTGT--GCAT----TG--A-----TA-----------TA---GATAATGTACATGTA---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AAGGCTGCATGAAAAATTGActagttaaaataaattctccagttagataa
gi|20 : tagcgatgattttattctaatttctgatattcgttaaaaagattcatccaactctatatgcatatacttccagaccaT-GT-TTG--T--AT--------TG--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------TTA--------------CG-----T-----T----------------TTC---TTG---TACT-----TA--A-A-ATTGA--T--G--A-------ATG-A-TT-T-C------------T-----CA------TG--CT-GT---TAT----T--G-TT--------------------------TATG-TTATTTGGG--TCAT----TT--G-----TG-----------TA---A-------------A---------------TA----------A-----------------TGTATTAATGTTTA----ATAGCCTCGTGGAAGATcttgtgcaaaagagttttccgttaaaa
gi|22 : tTC---TTG---TACC-----TT--ATC-ATTAA--T--G--A-------ATATA-TTAT-A------------TA----TAAACA--TA--CT-GT---TGT----TTGG-TTATT-TG--T-T-T----------------G-CTATTTAGT--GTGT----TG--A-----TGG----------TA---A-------------A---------------T-----------ACTCTACATTT-------T------ATGCTTG----AGGGCCTCATCGAAGATTGAaaacaggttcagttgtgtctctagttaaataaaaacttattattattatttatttattattac
gi|23 : ataccactttgagtaagacaataattgttttaaaaatgcatttgttgtccaaagTTGCGATGGATTAAATCACCA-GTTATAGATCTCA------GAG--T---TCATAGCAACT------TAAACTT-CGTT-AC-TGT---T-TTG--ATATG-C----CAC--GT-TTT--T--AC--------TT--CATGCATTGTA-A--A-A---------ACATT-----T-A--------------CAATTGGT-----A----------------TTC---ATA---TGCC------A--A-T-ATAGA--T--G--ACTTTGTCATA-A-TA-T-ATAATCATACACTT-----T-------TA--TT-G-----AT----T--G-TT-TT-TG--T-cttatttaaa
gi|24 : CTA------G-G--T---TCATAACCA-T------TAG--TT-TTTA-ATTT-C---T-CAG--GTATA-TAAATCACT-GT-TTG--T--ACGAGTATTATA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-ATATCTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-GTCGA--G--G--A-------ATA-A-TT-T-C------------T-----GA------TG--CT-GT---TAT----T--G-CT-TT-----T-T-T-T--T-ATGTAAC--TG-CTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------
gi|25 : T--------TA--CACACATCATC-A--A-A---------AATAAATTTAT-AATT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACT-----TA--A-A-ATCGA--A--G--A--------------------------------------------------T-GT---TAT----T--G-TG-TT-T---T-T-T-T--C-ATGTGACT-TA--TATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---AATAATGTAT----A---------------T-----------A-----------------T------ATATTTG----AGGGCCTCATAAAAGAATGA
gi|26 : T-TTG--T--AT--------TA--CACGTGTTGCC-AT-A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-C-ATTGA--T--T--A-------ATA-G-TT-T-A------------T-----A-------TA--CT-AT---AAT----T--G-TT-TT-TG--TGT-T-T--T-ATGTGACTGTA-TTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TA-----------TA---A-------------ATAATGTT--------T-----------A-----------------T------ATGCTTG----AGGACCTCGGGGAAGATTGcttgttcaaatgagttagcttgtaaaataaaga
gi|27 : A-----T-----A----------------T-C---ATG---TTCC-----TT--A-A-ATCGA--T--A--A-------ATA-A-CT-T-A------------A-----TAATA---TA--CT-GT---TTT----TTTG-TT-GT-TG--T-T-T-TTTC-ACGTGACTGTG-TTATTTAAT--GCAT----TG--A-----TG-----------CA---A-------------A---------------T-----------A-----------------gcatgttca
gi|28 : ataggcttattactattttgctctgcggtgaagacgatatctttgtaactatagcaGGTTAAAGCATAA-GCTACAGAGTCCA------------------TAACAA-T------TAG--TT-CATA-GCTTAC---T-CTAATATATA-T----CACT-GT-ATGTAT--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-ATATTTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGA--G--G--G-------ATA-A-GT-T-C------------T-----TA------TG--CT-GT---TAT----T--G-
gi|29 : G--TT-CATA-ACTTAC---T-TGA--ACGTA-T----CACT-TC-TTG--T--AT--------TA--AATACAT----------A---------A---------T-----------------------T-----A----------------TTC---TTG---TACCTTCGTTA--T-G-ATCGA--T--G--A-------TTA-G-CT-T-C------------T-----TA------TG--CT-GT---TGT----T--G-TT-TT-TGTTT-T-T-T--C-ACTTGAAGGTG-TTGTTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------CA---A-------------A---------------T-----------
gi|3 : AGTTATTTAGGAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCAGAA--TA--ACAAAA---T--C--GAATAGGCTTCCT-----T-CCTG-T-GCTTG-T--AA-A--A--A----TGCCTATCCAGTGAACTAT----T---TCAAAACTTTGTA-TGAGCGATAGG-TAAA--------------AGTCCA------G-G--C---TCATAACAA-TTACATGTAG--TT-TATA-ACTT-C---T-CTAATATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATGTTT-A--A-A---------A---------T-ATATTTGTTATT---CA-----T-----A----------------TTC---GTG---TACC-----TA--C-G-GTCGA--G--G--A-------AT--A-TT-T-C------------T-----T-------TA---T-GT---TGT----C--G-TG-TT-----T-T-T-C--T-ATGTAACTGTC-TTATTTAGC--ATAT----TG--G-----TG-----------TA---A-------------G---------------T-----------A-----------------
gi|31 : agggatgtatttattctaaatcctgatattcattcaaaaaatttaagatccttgtctcacctaaatgcatatactctccgactacatatttTTGA--T--A--A-------ATA------C-A------------T-----G-------TT--CT-GT---TGT----T--G-TT-TT-AT--C-T-T-T--T-ATGCAACTGTG-TAATTTAGT--GCAT----TA--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------TAACGTATAAACA-----------------C------ATGTTTG----AGTGCCTCATGTAAGATGGAat
gi|32 : CAAATAATGAATTGTATAGAAT-ATCTT---TAATG--TA-TTCAGGA--TG--A-AATA---C--TTGGAATAG----ACT-----T-CCAA-T-AAATG-TA-AA-A--A--A----TGCTAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACCTTcttgttcaaatgagttgaataaatactttatta
gi|33 : tcatcttacctaaatacatgtactccacgacCAAACCATACATTAATTAGAAATATCAT---TTATA--TA-TTCAGTACCTT--A-AACA---T--TTGGAATAG----TC------T-CCAT-TCAAACA-TAAAA-A--A--A----TGCAAA
gi|34 : ttagattttcaccaaaccaaatgtaaatctttcccgacGCATTGTCTA--A-A---------A---------T------------------------------------------------------G---TGTC-----TA--A-A-AGC-----------------------------A------------T-----T-------TA--CT-GT---TTT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGTCTTTG-TTATTTGAC--GCAT----GG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------
gi|35 : gtataagagccggaacccaaaactcacaattacttt-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTC--ATACC-T----CACT-AT-TAG--A--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-----------------------A--------------CA-----T----------------------------TTG---T--C-----TA--A-T-ATCat
gi|36 : aatacttttacagatttgg--TA-TTCGAGA--TT--A-AAAA---T--C-------------CT-----T------T-AAAAG-T--AA-A--AT-A----TGCCAATTCAGTGAACAAT----A---TCAAAAC---ATATTTTATGACGGATT--------A-GT--CAATGTCAA------T-G--G---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTatcaagcgtttgaacctgaaaatctgaaaaaa
gi|37 : tt----------------TTC---GTG---TACC-----CA--A-A-ATCGA--T--G--A-------AAA-G-TT-TCA---------------------------A--AT-GA---TAT----T--A-------------T-T-T--C-ACGTGATTGAG-TTATTTTGC--CCAT----TGTCA-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A------------------------ATG
gi|38 : catagacatttattattcaagT---TAT----A--G-TT-TTGTA--T-G-T-G--T-ATGTGACTGT---TATTTAGC--ACGT----AC--A-----TG-----------TA---AATAAATGT-----A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG-----GGGCCTCGTGGTAGATTGAata
gi|39 : atctatggaatcacttcgcaATTTTGAAG-ATATTGTTTTATA--TA-T--AGGA--TA--G-CAAA---T--TTTGATTTG----TTT-----T-CAAA-A-AGAGT-T--AA-A--A--C----TGTCAATTCAGTGAACCGT----TGAGTCAAAACGTTGT
gi|4 : taCAAATCACGCGTTATTGAGAAG-ATCTT---TTGTA--TA-TTCTGGA--TA--A-AAGG---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAATG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAATTAT----T---ACAAAACTTGGTA-TTTGTGATGGGTTAAAGGATAA-GCTCCAGAGCCCAGGGCCTG-G--C---TCAAAACTA-T------TAG--TT-CATA-ACTTTC---T-TTA--ACATA-T----CACG-GT-TTG--T--TT--------TA--AATGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AG---------------TTC---TTG---TATC-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-T-TT-T-A------------T-----T-------TA--AT-GT---TAC----T--GTTT-TT-TG--T-T-T-T--CAATATGACTGTC-TTATTTAAC--ACGT----TT--A-----TG-----------TA---A-------------C---------------T-----------T-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCATGGAAGATTGAtg
gi|40 : T-CATA-ACTTGC---A-TTG--CTATA-T----TACT-GT-TAG--C--AT--------TT--CAAGTATTGTC-A--A-A---------AG--------T-ATATTATATATAATTCG-----T-----A----------------TTT---TTA---TACA-----TA--A-A-CTCGA--T--G--A-------ATA-A-
gi|43 : cTGTAACTGTG-TTATTCAGT--GTA---------A-----TA-----------TG---ACATT---------G---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGTCTCATGGAAGATTGA
gi|44 : cCAAATCATTCCTTATTTGGAAA-A-CAT---TCATA--TA-TTCGGGG--TT--A-AAAAAGCG--TTGAAATAA----TTT-----T-cttgttaaataaagactttattattg
gi|45 : tatactctctaac-TTATTTAAC--GCAT----TG--G-----TA-----------TA---A-------------G---------------T-----------ACTATCTA----------T------ATGATTG----AGGGCCTCATGGAAGATTGAgtttaaaaacc
gi|46 : aatgtagtactcgttcttgataaaacgaA-----T-----A----------------ATC---TTG---TACC-----TA--A-A-GTCGA--T--G--A-------ATA----T-C-G------------T-----T-------T-------------T----T--G-TT-TA-AG--T-T-T-T--C-ATGTGAATGAG-TTATCGAGT--ACAT----TG--A-----T------------TA---A-------------g
gi|47 : GA--T--G--A-------ATA-A-TT-T-C------------TA----T-------TG--CT-TT---TAT----T--G-TT-TT-TGA-T-T-T-G--T-TTGTGGTTGTG-TTATTTAGC--ATAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T-------TGT
gi|48 : GTA-TTTGCGATGGGATGAAACGTAA-GCTCCAGAGCACA------G-G--C---TAATAACAA-T------AAG--TT-GAAA-ACTTAC---T-TTA--GTATA-a
gi|49 : AACGG----TCT-----TGCCGT-C-AAAGGCT--AA-AT-A--A----TTCCAGTCAAGTGAACCAT----T---TCAAAACTATATA-TTTGCAATGG
gi|5 : tttTT---TCTTA--TA-TTCGGGA--TC--A-AACA---T--TT----------------------TAA-T-GACGC-A--AA-ATAA--G----TGT-AATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAA--------------ATAGATTAAAACGT------CCAGAGGACA------G-G--C---TCATAAAAA-T-------AG--TT-CATA-GC-------------------------CACT-GT-TAG--T--AT--------AA--CATAATTTGTC-A--CTG---------A---------T-A---------------A-----T----------------------TTG---TTG---TACC-----TA--A-A-ATTGC--T--G--A-------ATA-C-GT-T-A------------TATGTCT-------CATGCT-GT---TAT----T--G-CT-TT-TG--T-C-TAT--T-GTGTGACTATG-TTATTTAGT--GATT----TG--A-----TG-----------TA---A-----------------------------------------A-----------------T------ATGTATA----AGAGTCTCG
gi|52 : gaaacaTGTG-ATATTTAGC--ACTT----TT--A-----TG-----------TAGATA-------------A---------------T-----------A-----------------TAAAC--ATGTTTG----AGGTCATCACAGAATATTcaaaacttggcttgtttaaacaagttatctcgttaaaaaaaggctgtgttattaatatt
gi|54 : TTG----AGGACCTCATGGAAGATTGAtacttgtaca
gi|56 : --T--AT--------TA--CACCCTTTGTC-A--A-A---------A---------TTA--------------CA-----C-----A----------------TTC---TTG---TACT-----TA--A-A-ATCGA--C--G--A-------ATA-A-TT-TCG------------T-----A-------TG--CT-GT---Tcttgttcaaatgaatgcacttgttatataaatacttgattattat
gi|57 : TG-TTATTTAGCATGCGT--------A-----TG-----------TA---A-------------ACAATATATATATATTT-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTTGTTGAAGACT
gi|59 : TTTAAA--GCTT----TG--A-----TA-----------TA---ATAATGC-------A---------------T-----------A-----------------T------ACGTTTG----AGGGCCTCATGGAAGACTGA
gi|6 : G-ATTTT---TTATA--TA-ATTGCGA--TC--A-ACAT---T--TCGCAAAAG----CTTGAAGTT-CCAA-T-AAAGA-T--AA-A--A--AAAAAT-CTGATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGCA-TTTGCAATGAGCTATAGCATAA-ATTCCAGAATCTA------A-C--C---TCATAA--------------------------TTAC---T-TTG---CATACT----CAAA-G--ATA--T--AT--------TA-----------------------------------------A--------------CA----------------------------TTT---TTG---TATC-----TG--A-A-GTTGA--T--G--A-------ACAGA-TT-C-G------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--T-TA-TT-CA--T-T-T-T--C-ATGTGACTTTG-TTGTTTTAC--GCAT----CG--AAATATTG-----------TA---T-------------A---------------T-----------A-----------------C------ATGTATGTTAAAAGGCCTa
gi|60 : ---------------T-----------A-----------------T------GTGTCTG----AGGTCCTTATGGAAGATTGAtatttgacccttgttcaattgagttatctcgtgat
gi|61 : tgTTTG----AGGGCCTCGTGAAAGACTGActcgctcaaacactttgttatt
gi|62 : -----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCCAGTGGAAGATTGActtgttcaaatgaattctgccattaaac
gi|7 : CAAACAATGAATTAATTAGATG-ATATT---TTATA--TA-TACGGGA--TC--A-AACC---T--TTGAAACAG----TTT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--AAAA----TGCCAATACAGCGAACCAT----T---TCCAAACTTTGTA-TTTGCGGCGGGTTAATGTATAA-ATTCCAGAACCC--------------------AAC------------G--TT--ATA-A-TTAC---T-C-----TACA-T----TGCC-A---------------------A--AATACATT-----------------------------T-A--------------TA----------------------------TTC---TGA---TACC-----TA--A-A-ATCGA--C--G--A-------ACA-ACTT-C-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-AT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGACTTTG-TTATTTAAT--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------ctagttcaaatgagttttgtcgt
gi|8 : aggtcttcatctagcctaactgtatatactccccgacATCATGATTTATTTAAAAT-ATTAT---TTATA--CA-T-----A--TC--A-GAAA---T--TTGGAATAT----TCT-----T-CTAAAT-TAAGG-T--AATA--A--A----AGTCAATTCAGTGAACTAT----T---TTTAAACTTTATA-TTTGCGATTGGCTAAAGCATAAAGTTGCATAGTCCA------G-GGTCAGATCATGACAA-T------TAG--TT-TATA-CTTTAC---T-TTG--ATATA-T----CGCT-GT-TAG--C--GT--------TA--CAGGCAGTGTC-A--A-AGGTACATTTA---------T-AACT-----------CG-----T-----A----------------TCC---TTG---TACC-----TA--A-A-TTAAA--T--T--ACTAT---ATA-A--T-C-A------------T-----A-------TA--CT-GT---TAC----T--G-TT-T
gi|9 : atAA-GTTTCAGAGCCCA------A-A--T---TCATAAAAA---------AA--T--CATA-ACTTAC------------ATG-T----CACT-GT-AAG--T--AT--------TA--TACGTATTGCC-A--A-A---------AACACATT--T-A--------------CT-----T-----ACTTAGTATGATTTGTGTTC---TTG---TACC-----CA--A-A-AGCTACCT--A--A-------AC----TC-C-A------------T-----T-------CA--CT-GT---TAT----T--G-T---------T-T-C-T--C-ATGT-----TG-TTATTAAGC--CCAC----TA--G-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------AATGTAAATATATGCATGT------ATGTTTG----ACGGTCTCATTGAAgatttt
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCAGAACCAAGTTTACATTACCTTCCCTGAAATTGTTAAAATTCAATAATCCATTTTCTATGACTTATCATCACTACGACCTTGCTACCTTTGTATCTTAAGGATGCATTTTCTTTAAAAACCAATATTCATTTAAGAAATTTAAAGTTTCTATCTGACCTAAATTTGTATACTCCAAAACTAAATCACGAATTATTTAAAACGCCATTCAGATATTCGAGGTATTAAATAAATAGATACAGTACCCTTTAAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GCAAGTTCGGGAATTTAAAAACGTAAACTTAATCAAATATTTAACATACCGTGTGTTGAACTGTTTGCAGAACTTGAAATAAGATTTATTTTCCCGAAAGAAGTAAATTACCAAAGGCATTGTTATGCATAAAGCGTTCAATAACCTTGCTCCGTCGTATCTTAGTGATGTATTTATTCTTAATACATAATATTCATTTTAGAAATTGATGAGCTCCATCTAACCTTAATGTGTATTGTCAAAAATACATTTATATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTTGCAGCACTCGGCTGGATAACTTTCCAAGTGTAAACTTACTGAAGGCAGTTTTTTATGTATAAAATGTTACATAACCTTGCTCCGTCGTTTCTTACAGAGATGCATTTATTCTAAATACTGATATCCACTCAAGACATTTAACATCTTCATCTAACCTAAATATATACGCCCCGACCAAATAGTGAAGTACTGAGA
Unaligned ( gi|30 ): AAGAATAAAAAGAAGACTGATACAAAAAATCGATAAACCTTCTGTTGAACATTTTGTAAAACTGAATTTTACTTTTTCTGAAAGGGTAAATGTTCTTATATACAGCATAGCCTTGCTCCCTAATGTCTTAAAGATGAATTTGTT
Unaligned ( gi|41 ): AATAATTTAAAAAACAGATTTTATGTTTAAAACGTTACAGCACCTTGCTCCGTCGTATTTTTAATAGGGATGTATTAATTTCAAAATGATATTCAT
Unaligned ( gi|42 ): ACGTTAAATAACCACGACCCGTTGTATACTAGGGATGCATTTATTTTAAATATTGATATTCTTTCAAGAAAGTTCAAGTCCTCATCCAAG
Unaligned ( gi|50 ): ATGTTTGAAGGCCTCATGTGCGGCTGACTTGTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAAGACAATACTTTGTTAT
Unaligned ( gi|51 ): AACGTTACATAACCGTGCCCCGTCGTATCTTACTGATGCATTTACTCTAAAACCTGATACTAGCCATTCAAT
Unaligned ( gi|53 ): AAATCGTTATATATCCTACTCTGTCATATTTAAGGAATGAATTTATTCTTAATACTGATATACATTCAAG
Unaligned ( gi|55 ): TTGAGGGCCTCAATGAAGACTGACGTGTTGAAATGAATTCTCTCGGTAGATACAAACTTTATTATAA
Unaligned ( gi|58 ): AACTAACGCAGGATGAGAATAGCATTTAAGGCATTTAAAGAAAAAGTGATATTTCTGATTAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111111111 11111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 44444444444444444444444444444444444 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 2 444 33 2 33 444 2 444 33 4444 55555 2 2 2 0 2 88 2 1111111111 5555 444 1 2 0 1 2 000 2 4 0 333333333333333 0 888888888 22 33 1 1 55555555555 1 4444 1 1 2 22 22 55555555 22 0 3 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 222 33333 11 1 1 11 11 11 0000000 22222222222222222222222222222222222 11 1 222 2222 33 1 1 44444 2 3 1 22 1 1 11 2222 11 33333 77777777777 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 0
lowQualScore : . ... .. . .. ... . ... .. .... ..... . . . . . .. . .......... .... ... . . . . . ... . . . ............... . ......... .. .. . . ........... . .... . . . .. .. ........ .. . . ....................................................................... ... ... ..... .. . . .. .. .. ....... ................................... .. . ... .... .. . . ..... . . . .. . . .. .... .. ..... ........... ... .................................................................. .... .
lowQualScore : 9 444 22 4 22 222 4 111 22 5555 33333 1 2 2 6 2 33 2 1111111111 0000 111 4 4 6 1 9 777 4 2 1 555555555555555 6 555555555 66 00 8 8 44444444444 8 0000 8 7 1 33 33 88888888 22 1 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 333 22222 88 3 3 77 77 77 8888888 22222222222222222222222222222222222 88 3 333 8888 77 3 4 33333 9 0 5 00 5 3 88 7777 88 22222 44444444444 555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 9
consensus : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A-TT-T-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
Reference ( family-1926 ) : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A-TT-T-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
gi|1 : AAGTCATGAATTATTTAGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TT--A-AAAA---T----AGACTAG----CCT-----T-CGAA-T-A-------------------------CGATTTAGAGAACCGTCACGT---TTAAATCTTT----------------------ATAA-GCTCCGGAGACCA------G-G--C---TCATAACAA-T------ACG--TT-TATT-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-AAG--T--AA--------AA--CATGCATTGTC-AC-A-A---------A---------C-A--------------CA-----T----------------------TTC---TTG---TACC-----CA--A-A-ATTGG--T--G--A-------ACA-A-CG-T-A------------TA----TAGTAAAATA--CT-GG---TAT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGGGACTGTG-TT-TTTAGC--GTAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------
gi|10 : ggcaaattgtaatttagaaactaaacttataagattaaaaaatcaaataagatcctgaaaaaaaaatacaccttttgttaaacgatttacagaacaggattaaattactttccctaaaagggaagcatttcaaaaagcatttcttctgtataaaacattacataaccttgctccgttgtatcttgtggatgtatgtattctaggtattgatattcatccaagaacgtaaagatcttcatcttacttaaacgtatacgttaaatgtataactatactctccgaccggcaTCATTTAGAAT-ATCTT---CTTTA--TA-TTCGGGA--TA--A-ATAA---A--TTGGAATAG----TCT-----T-CAAA-T-AATGG-C--AA-A--AT-A----TGCAAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGATT----CATAA-CTT-----ACTTT------G-A-------TATCACTA-T------TAG---T-AATACACGCAT---TGTCA--AAATA---------T-AT-TTG--T--A------------------AT--TC-A--T-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----G-----------------TA---TTG---TACC-----T---A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A------A------------T-----TGA-----TG--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-GGT-T-T-T-T--C-ACTTGACTGTG-TCATTGAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------AA---A-------------A---------------T-----------g
gi|11 : AAATCATGAATTATTTAGAAA-ATCCT---GTATA--TA-TTCGGAA--TC--A-AAAA---TAAGTAGAAC-G----T-T-----T-CCTT-T-TAATG-T--AA-A--A--A----TTGCAGTTCAGTGAACCAT----T---TCAAATCTTTACA-T
gi|14 : gtttgcaaaactatattggatttcctgaaatggagaaatttcaaaaagcagttctgtataaaacgttacattgctctgtcgtatcttagagaggcatttttctaaataccgatattttatatcttcattttaccttaacatatatattccccgacaCTT---TCATAATTACTTCAGTG--TAGTA-AAAA---T--TTGCAACAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-C--AC-A----TGTCAATTCAGTGTACCAT----T---TCAGAACTTCGTA-TTTGCGATAGGTTAAAGCAGGA-GTTGCAGAGCACA------A-C--C---TCATAA--------------------------TTAC---T-ATG-------------CATT-GT-TGA--A--AA--------TA------TATT-----------------------------T-A--------------TA-----T-----------------------TC---CTG---TACC-----TT--A-A-ATCGA--T--G--A-------ACA-ACTT-C-A------------T-----T-------CA--CT-GT---TAC----C--G-TT-TT-TG--T-TCC-T--T-ATGTGACa
gi|15 : aTTAGTA-TTTGCGATTGGTTAAAGCACAA-GCTCGAGAGTCCA------G-G--C---TAATAACA-----------G--TT-TACA-A---------------------T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CATATATTGTCAA--A-A---------A---------T-A--------------TA-----T-----A----------------TTC---CTG---TACC-----T---A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A-TT-T-C------------C-----TA------TG--CT-AT---TAT----T--G-CT-TT-TG--G-TAT-T--C-ATGTAACTGT--TTACTTAGC--ACAA----TG--A-----TGTTAATAATGTATA---A-------------T---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGG-CTCATGGAAGATT
gi|16 : ----TCT-----G-TCAA-T----GT-T--AA-A--G--T----TGCCAATTCCGTAAACGAT----T---TCAAAGCTTTATA-GTTGCGAtactggttc
gi|16 : agtgtt------TAG--TTGCGAA-ACTAAC---T-TTT--ATACA-T----CACT-TT-AAG--T--AT--------TA--CACTCATTGTC-A--A-A---------AT--------T-ATT------------TA-----T-----A----------------TTCATATTAGTTTACC-----TA--A-A-ACTGA--T--G--G-------ATA-C-CT-TGA------------T-----A-------TA--TA-AT---CATATTCT--G-TT-AT-TA--TAA-T-T--C-A-GT---TGTATTTACTTAGC--ATATACTGTA--A-----TG-----------TA---A-------------T---------------T-----------T-----------------T------ATGCTTG----aactaacttttatacatcactttaagtattacactcattgtcaaaattatttatattcatattagtttacctaaaactgatggataccttgatatataatcatattctgttattataattcagttgtatttacttagcatatactgtaatgtaattttatgcttggt
gi|17 : agtgtttctgtcaatgttaaagttgccaattccgtaaacgatttcaaagctttaTTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AGATATG----------TTC---TTG---TACA-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A-TT-T--------------------------------CTCGT-------------G-CT-TT-GG--T-T-T-T--C-ACGTGATTGTG-TTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------AATGTATATACATG----T------ATGTTTG----AGGACCTCACGGAAGATTGgt
gi|18 : ataatacttaaaaaacctgcagatgttaaacGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TA--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-TCCA-T-ACATG-TTAAA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACTCT----T---GCAAAAC---GTA-TTTGTAATGGGTTAAAGC-CAA-GT----------------------C---TCATAACAT-T------TAA--TT-TATA-ACTTCCAGAT------ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACACACTGTC-A--A-A---------A---------T-G--------------TA-----TTTATAA----------------TTC---ATA---TA-C-----TAGCA-C-ATTGA--T--GTAA-------ATA-gtttgttcagtcatcatcatcattattattattatcattcacatact
gi|19 : G--ACACA-C----CACTAGTGTTG--TTGCT--------TAGATATACATT--C-A--T-A---------G---------T-T--------------TA-----T-----A----------------TCT---TTG---TGCC-----TA--A-G-ATTGA--TTGG--ATGGGTATATA-A-TTAT-A------------T-----A-------TA--AC-ACATATAC----T--G-GT-TT--A--T-T-T------------CTGTG-TTGTTTAGT--GCAT----TG--A-----TG-----------AAAGTA-------------A---------------T-----------A-----------------TGTATA-ATGTTTG----AGGACCTCAAGGAAGATTGA
gi|2 : ttacagctaatacAAG-ATTTA---TCATA--TT-TTCTGGA--TC--A-AATA---T--TTGGACAAG----TCT-----T-TAGG-T-CAAGG-T--AA-AC-A--A----TGCCAACTCAGAGAATCAT----T---TCAAAACTTT----------ATGG---------------TCCAGAGCTCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAA--TT-CATA-ACGCAC---T-CTG--TTATA-T----CACT-GT-TAG--T--AT--------TA--CACGAAGTGTC-ATTA-GTACATCT--A---------T-ATTT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACT-----GA--A-ACAT-AA--T--G--A-------AGA-A-CT-T-A------------CA----TAACCACATA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGACTGCA-TTATTTTGT--GCAT----TG--A-----TA-----------TA---GATAATGTACATGTA---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AAGGCTGCATGAAAAATTGActagttaaaataaattctccagttagataa
gi|20 : tagcgatgattttattctaatttctgatattcgttaaaaagattcatccaactctatatgcatatacttccagaccaT-GT-TTG--T--AT--------TG--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------TTA--------------CG-----T-----T----------------TTC---TTG---TACT-----TA--A-A-ATTGA--T--G--A-------ATG-A-TT-T-C------------T-----CA------TG--CT-GT---TAT----T--G-TT--------------------------TATG-TTATTTGGG--TCAT----TT--G-----TG-----------TA---A-------------A---------------TA----------A-----------------TGTATTAATGTTTA----ATAGCCTCGTGGAAGATcttgtgcaaaagagttttccgttaaaa
gi|22 : tTC---TTG---TACC-----TT--ATC-ATTAA--T--G--A-------ATATA-TTAT-A------------TA----TAAACA--TA--CT-GT---TGT----TTGG-TTATT-TG--T-T-T----------------G-CTATTTAGT--GTGT----TG--A-----TGG----------TA---A-------------A---------------T-----------ACTCTACATTT-------T------ATGCTTG----AGGGCCTCATCGAAGATTGAaaacaggttcagttgtgtctctagttaaataaaaacttattattattatttatttattattac
gi|23 : ataccactttgagtaagacaataattgttttaaaaatgcatttgttgtccaaagTTGCGATGGATTAAATCACCA-GTTATAGATCTCA------GAG--T---TCATAGCAACT------TAAACTT-CGTT-AC-TGT---T-TTG--ATATG-C----CAC--GT-TTT--T--AC--------TT--CATGCATTGTA-A--A-A---------ACATT-----T-A--------------CAATTGGT-----A----------------TTC---ATA---TGCC------A--A-T-ATAGA--T--G--ACTTTGTCATA-A-TA-T-ATAATCATACACTT-----T-------TA--TT-G-----AT----T--G-TT-TT-TG--T-cttatttaaa
gi|24 : CTA------G-G--T---TCATAACCA-T------TAG--TT-TTTA-ATTT-C---T-CAG--GTATA-TAAATCACT-GT-TTG--T--ACGAGTATTATA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-ATATCTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-GTCGA--G--G--A-------ATA-A-TT-T-C------------T-----GA------TG--CT-GT---TAT----T--G-CT-TT-----T-T-T-T--T-ATGTAAC--TG-CTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------
gi|25 : T--------TA--CACACATCATC-A--A-A---------AATAAATTTAT-AATT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACT-----TA--A-A-ATCGA--A--G--A--------------------------------------------------T-GT---TAT----T--G-TG-TT-T---T-T-T-T--C-ATGTGACT-TA--TATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---AATAATGTAT----A---------------T-----------A-----------------T------ATATTTG----AGGGCCTCATAAAAGAATGA
gi|26 : T-TTG--T--AT--------TA--CACGTGTTGCC-AT-A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-C-ATTGA--T--T--A-------ATA-G-TT-T-A------------T-----A-------TA--CT-AT---AAT----T--G-TT-TT-TG--TGT-T-T--T-ATGTGACTGTA-TTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TA-----------TA---A-------------ATAATGTT--------T-----------A-----------------T------ATGCTTG----AGGACCTCGGGGAAGATTGcttgttcaaatgagttagcttgtaaaataaaga
gi|27 : A-----T-----A----------------T-C---ATG---TTCC-----TT--A-A-ATCGA--T--A--A-------ATA-A-CT-T-A------------A-----TAATA---TA--CT-GT---TTT----TTTG-TT-GT-TG--T-T-T-TTTC-ACGTGACTGTG-TTATTTAAT--GCAT----TG--A-----TG-----------CA---A-------------A---------------T-----------A-----------------gcatgttca
gi|28 : ataggcttattactattttgctctgcggtgaagacgatatctttgtaactatagcaGGTTAAAGCATAA-GCTACAGAGTCCA------------------TAACAA-T------TAG--TT-CATA-GCTTAC---T-CTAATATATA-T----CACT-GT-ATGTAT--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-ATATTTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGA--G--G--G-------ATA-A-GT-T-C------------T-----TA------TG--CT-GT---TAT----T--G-
gi|29 : G--TT-CATA-ACTTAC---T-TGA--ACGTA-T----CACT-TC-TTG--T--AT--------TA--AATACAT----------A---------A---------T-----------------------T-----A----------------TTC---TTG---TACCTTCGTTA--T-G-ATCGA--T--G--A-------TTA-G-CT-T-C------------T-----TA------TG--CT-GT---TGT----T--G-TT-TT-TGTTT-T-T-T--C-ACTTGAAGGTG-TTGTTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------CA---A-------------A---------------T-----------
gi|3 : AGTTATTTAGGAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCAGAA--TA--ACAAAA---T--C--GAATAGGCTTCCT-----T-CCTG-T-GCTTG-T--AA-A--A--A----TGCCTATCCAGTGAACTAT----T---TCAAAACTTTGTA-TGAGCGATAGG-TAAA--------------AGTCCA------G-G--C---TCATAACAA-TTACATGTAG--TT-TATA-ACTT-C---T-CTAATATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATGTTT-A--A-A---------A---------T-ATATTTGTTATT---CA-----T-----A----------------TTC---GTG---TACC-----TA--C-G-GTCGA--G--G--A-------AT--A-TT-T-C------------T-----T-------TA---T-GT---TGT----C--G-TG-TT-----T-T-T-C--T-ATGTAACTGTC-TTATTTAGC--ATAT----TG--G-----TG-----------TA---A-------------G---------------T-----------A-----------------
gi|31 : agggatgtatttattctaaatcctgatattcattcaaaaaatttaagatccttgtctcacctaaatgcatatactctccgactacatatttTTGA--T--A--A-------ATA------C-A------------T-----G-------TT--CT-GT---TGT----T--G-TT-TT-AT--C-T-T-T--T-ATGCAACTGTG-TAATTTAGT--GCAT----TA--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------TAACGTATAAACA-----------------C------ATGTTTG----AGTGCCTCATGTAAGATGGAat
gi|32 : CAAATAATGAATTGTATAGAAT-ATCTT---TAATG--TA-TTCAGGA--TG--A-AATA---C--TTGGAATAG----ACT-----T-CCAA-T-AAATG-TA-AA-A--A--A----TGCTAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACCTTcttgttcaaatgagttgaataaatactttatta
gi|33 : tcatcttacctaaatacatgtactccacgacCAAACCATACATTAATTAGAAATATCAT---TTATA--TA-TTCAGTACCTT--A-AACA---T--TTGGAATAG----TC------T-CCAT-TCAAACA-TAAAA-A--A--A----TGCAAA
gi|34 : ttagattttcaccaaaccaaatgtaaatctttcccgacGCATTGTCTA--A-A---------A---------T------------------------------------------------------G---TGTC-----TA--A-A-AGC-----------------------------A------------T-----T-------TA--CT-GT---TTT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGTCTTTG-TTATTTGAC--GCAT----GG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------
gi|35 : gtataagagccggaacccaaaactcacaattacttt-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTC--ATACC-T----CACT-AT-TAG--A--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-----------------------A--------------CA-----T----------------------------TTG---T--C-----TA--A-T-ATCat
gi|36 : aatacttttacagatttgg--TA-TTCGAGA--TT--A-AAAA---T--C-------------CT-----T------T-AAAAG-T--AA-A--AT-A----TGCCAATTCAGTGAACAAT----A---TCAAAAC---ATATTTTATGACGGATT--------A-GT--CAATGTCAA------T-G--G---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTatcaagcgtttgaacctgaaaatctgaaaaaa
gi|37 : tt----------------TTC---GTG---TACC-----CA--A-A-ATCGA--T--G--A-------AAA-G-TT-TCA---------------------------A--AT-GA---TAT----T--A-------------T-T-T--C-ACGTGATTGAG-TTATTTTGC--CCAT----TGTCA-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A------------------------ATG
gi|38 : catagacatttattattcaagT---TAT----A--G-TT-TTGTA--T-G-T-G--T-ATGTGACTGT---TATTTAGC--ACGT----AC--A-----TG-----------TA---AATAAATGT-----A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG-----GGGCCTCGTGGTAGATTGAata
gi|39 : atctatggaatcacttcgcaATTTTGAAG-ATATTGTTTTATA--TA-T--AGGA--TA--G-CAAA---T--TTTGATTTG----TTT-----T-CAAA-A-AGAGT-T--AA-A--A--C----TGTCAATTCAGTGAACCGT----TGAGTCAAAACGTTGT
gi|4 : taCAAATCACGCGTTATTGAGAAG-ATCTT---TTGTA--TA-TTCTGGA--TA--A-AAGG---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAATG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAATTAT----T---ACAAAACTTGGTA-TTTGTGATGGGTTAAAGGATAA-GCTCCAGAGCCCAGGGCCTG-G--C---TCAAAACTA-T------TAG--TT-CATA-ACTTTC---T-TTA--ACATA-T----CACG-GT-TTG--T--TT--------TA--AATGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AG---------------TTC---TTG---TATC-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-T-TT-T-A------------T-----T-------TA--AT-GT---TAC----T--GTTT-TT-TG--T-T-T-T--CAATATGACTGTC-TTATTTAAC--ACGT----TT--A-----TG-----------TA---A-------------C---------------T-----------T-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCATGGAAGATTGAtg
gi|40 : T-CATA-ACTTGC---A-TTG--CTATA-T----TACT-GT-TAG--C--AT--------TT--CAAGTATTGTC-A--A-A---------AG--------T-ATATTATATATAATTCG-----T-----A----------------TTT---TTA---TACA-----TA--A-A-CTCGA--T--G--A-------ATA-A-
gi|43 : cTGTAACTGTG-TTATTCAGT--GTA---------A-----TA-----------TG---ACATT---------G---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGTCTCATGGAAGATTGA
gi|44 : cCAAATCATTCCTTATTTGGAAA-A-CAT---TCATA--TA-TTCGGGG--TT--A-AAAAAGCG--TTGAAATAA----TTT-----T-cttgttaaataaagactttattattg
gi|45 : tatactctctaac-TTATTTAAC--GCAT----TG--G-----TA-----------TA---A-------------G---------------T-----------ACTATCTA----------T------ATGATTG----AGGGCCTCATGGAAGATTGAgtttaaaaacc
gi|46 : aatgtagtactcgttcttgataaaacgaA-----T-----A----------------ATC---TTG---TACC-----TA--A-A-GTCGA--T--G--A-------ATA----T-C-G------------T-----T-------T-------------T----T--G-TT-TA-AG--T-T-T-T--C-ATGTGAATGAG-TTATCGAGT--ACAT----TG--A-----T------------TA---A-------------g
gi|47 : GA--T--G--A-------ATA-A-TT-T-C------------TA----T-------TG--CT-TT---TAT----T--G-TT-TT-TGA-T-T-T-G--T-TTGTGGTTGTG-TTATTTAGC--ATAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T-------TGT
gi|48 : GTA-TTTGCGATGGGATGAAACGTAA-GCTCCAGAGCACA------G-G--C---TAATAACAA-T------AAG--TT-GAAA-ACTTAC---T-TTA--GTATA-a
gi|49 : AACGG----TCT-----TGCCGT-C-AAAGGCT--AA-AT-A--A----TTCCAGTCAAGTGAACCAT----T---TCAAAACTATATA-TTTGCAATGG
gi|5 : tttTT---TCTTA--TA-TTCGGGA--TC--A-AACA---T--TT----------------------TAA-T-GACGC-A--AA-ATAA--G----TGT-AATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAA--------------ATAGATTAAAACGT------CCAGAGGACA------G-G--C---TCATAAAAA-T-------AG--TT-CATA-GC-------------------------CACT-GT-TAG--T--AT--------AA--CATAATTTGTC-A--CTG---------A---------T-A---------------A-----T----------------------TTG---TTG---TACC-----TA--A-A-ATTGC--T--G--A-------ATA-C-GT-T-A------------TATGTCT-------CATGCT-GT---TAT----T--G-CT-TT-TG--T-C-TAT--T-GTGTGACTATG-TTATTTAGT--GATT----TG--A-----TG-----------TA---A-----------------------------------------A-----------------T------ATGTATA----AGAGTCTCG
gi|52 : gaaacaTGTG-ATATTTAGC--ACTT----TT--A-----TG-----------TAGATA-------------A---------------T-----------A-----------------TAAAC--ATGTTTG----AGGTCATCACAGAATATTcaaaacttggcttgtttaaacaagttatctcgttaaaaaaaggctgtgttattaatatt
gi|54 : TTG----AGGACCTCATGGAAGATTGAtacttgtaca
gi|56 : --T--AT--------TA--CACCCTTTGTC-A--A-A---------A---------TTA--------------CA-----C-----A----------------TTC---TTG---TACT-----TA--A-A-ATCGA--C--G--A-------ATA-A-TT-TCG------------T-----A-------TG--CT-GT---Tcttgttcaaatgaatgcacttgttatataaatacttgattattat
gi|57 : TG-TTATTTAGCATGCGT--------A-----TG-----------TA---A-------------ACAATATATATATATTT-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTTGTTGAAGACT
gi|59 : TTTAAA--GCTT----TG--A-----TA-----------TA---ATAATGC-------A---------------T-----------A-----------------T------ACGTTTG----AGGGCCTCATGGAAGACTGA
gi|6 : G-ATTTT---TTATA--TA-ATTGCGA--TC--A-ACAT---T--TCGCAAAAG----CTTGAAGTT-CCAA-T-AAAGA-T--AA-A--A--AAAAAT-CTGATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGCA-TTTGCAATGAGCTATAGCATAA-ATTCCAGAATCTA------A-C--C---TCATAA--------------------------TTAC---T-TTG---CATACT----CAAA-G--ATA--T--AT--------TA-----------------------------------------A--------------CA----------------------------TTT---TTG---TATC-----TG--A-A-GTTGA--T--G--A-------ACAGA-TT-C-G------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--T-TA-TT-CA--T-T-T-T--C-ATGTGACTTTG-TTGTTTTAC--GCAT----CG--AAATATTG-----------TA---T-------------A---------------T-----------A-----------------C------ATGTATGTTAAAAGGCCTa
gi|60 : ---------------T-----------A-----------------T------GTGTCTG----AGGTCCTTATGGAAGATTGAtatttgacccttgttcaattgagttatctcgtgat
gi|61 : tgTTTG----AGGGCCTCGTGAAAGACTGActcgctcaaacactttgttatt
gi|62 : -----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCCAGTGGAAGATTGActtgttcaaatgaattctgccattaaac
gi|7 : CAAACAATGAATTAATTAGATG-ATATT---TTATA--TA-TACGGGA--TC--A-AACC---T--TTGAAACAG----TTT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--AAAA----TGCCAATACAGCGAACCAT----T---TCCAAACTTTGTA-TTTGCGGCGGGTTAATGTATAA-ATTCCAGAACCC--------------------AAC------------G--TT--ATA-A-TTAC---T-C-----TACA-T----TGCC-A---------------------A--AATACATT-----------------------------T-A--------------TA----------------------------TTC---TGA---TACC-----TA--A-A-ATCGA--C--G--A-------ACA-ACTT-C-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-AT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGACTTTG-TTATTTAAT--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------ctagttcaaatgagttttgtcgt
gi|8 : aggtcttcatctagcctaactgtatatactccccgacATCATGATTTATTTAAAAT-ATTAT---TTATA--CA-T-----A--TC--A-GAAA---T--TTGGAATAT----TCT-----T-CTAAAT-TAAGG-T--AATA--A--A----AGTCAATTCAGTGAACTAT----T---TTTAAACTTTATA-TTTGCGATTGGCTAAAGCATAAAGTTGCATAGTCCA------G-GGTCAGATCATGACAA-T------TAG--TT-TATA-CTTTAC---T-TTG--ATATA-T----CGCT-GT-TAG--C--GT--------TA--CAGGCAGTGTC-A--A-AGGTACATTTA---------T-AACT-----------CG-----T-----A----------------TCC---TTG---TACC-----TA--A-A-TTAAA--T--T--ACTAT---ATA-A--T-C-A------------T-----A-------TA--CT-GT---TAC----T--G-TT-T
gi|9 : atAA-GTTTCAGAGCCCA------A-A--T---TCATAAAAA---------AA--T--CATA-ACTTAC------------ATG-T----CACT-GT-AAG--T--AT--------TA--TACGTATTGCC-A--A-A---------AACACATT--T-A--------------CT-----T-----ACTTAGTATGATTTGTGTTC---TTG---TACC-----CA--A-A-AGCTACCT--A--A-------AC----TC-C-A------------T-----T-------CA--CT-GT---TAT----T--G-T---------T-T-C-T--C-ATGT-----TG-TTATTAAGC--CCAC----TA--G-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------AATGTAAATATATGCATGT------ATGTTTG----ACGGTCTCATTGAAgatttt
blockSeqs : T GTT AT C CC AGT C AGC AA GCTT GAAGT G A C C TA T AAAAAA . GAG G T A G A G GGGCCTGGC TTACATGT AC GC C A TCTAATA C AAAT A G T TA TG GAGTATTA GA A AAAACACATTTACTTACTTAGTATGATTTGTG ATA GTT TTCGT GC T C CC TG TA TGGGTAT ATATATAATCATACACTTT TG C ATA ATTC TG T A TGTT A C A TT A T AT ACTG TC AATAT TTAATAATGTA AGT ATAATGTAAATATATGCATGT TTAA
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . AA . TAAG . . A . A G . C GGGTCAGA CTT . A . A TCTAATA . . . . G . . . . T AAAGTATATTATATATAATTCGTA . . . . . . . . . CTTTGTC ACTTACATAACCACA . . . . TT . . GGT G A . . . . . . . . G GAT ACAATATATATATATTTAT .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . A . AAAA . . G . A G . C GAGT TT . T . A TGTCAA . . . . T . . . . . TTAGTACATCTATATTTCATA . . . . . . . . . CTAT TATTATATATAAACA . . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . ATAATGTATATACATGT .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . ATA . . G . A T . A ACC TT . T . C TTTTA . . . . A . . . . . AAAATAAATTTATAATTCATA . . . . . . . . . . CGTTATATGTCT . . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . ATAATGTACATGTATAT .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . . . ACA . . A . A G . A GGC TT . C . A AGATA . . . . T . . . . . AAGGTACATTTATAACTCGTA . . . . . . . . . . ACTTAATAATA . . . . . . . GTA . . . . . . . . . . . . ATAACGTATAAACAC .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . CAA . . G . A G . C GGC TT . C . G TCTGT . . . . T . . . . . AAATATATCTATAATTCATA . . . . . . . . . . ACTTCATT . . . . . . . TGA . . . . . . . . . . . . ATACTCTACATTTT .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . ATA . . G . A A . C GGT TT . T . A TTTGA . . . . A . . . . . AAATATATTTATAATTCATA . . . . . . . . . . ATTTCCTA . . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . ATAATGTATATAT .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . TAA . . A . G A . C GGC TT . C . A TCAGG . . . . T . . . . . AAATATATTTGTTATTCATA . . . . . . . . . . CCTTGATA . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . ATAAATGTATAT .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . AA . . G . A G . C TGG TT . C . A TTGAA . . . . T . . . . . AAACATTTACAATTGGTA . . . . . . . . . . ATTATATA . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . ATAATGTATTA .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . GT . . G . A G . C GGC TT . T . T TTTCA . . . . T . . . . . AAATACATAGATATG . . . . . . . . . . ATTTCTCA . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . ATAATGTTTAT .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . AA . . G . A G . G GGC TA . C . G TTTAA . . . . T . . . . . AAATGTATTTATAA . . . . . . . . . . ATTTCTGA . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . GTACTATCTAT .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . AA . . A . A . . T ACC TT . C . A ATTGC . . . . T . . . . . AAATTATTTATA . . . . . . . . . . AGTTCTTA . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . TAATGCATAT .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . . . AA . . G . . . . . AAT T . C . A TTTAG . . . . T . . . . . AAATTACGTT . . . . . . . . . . GCTTCTTA . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . ATATGTATA .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . AA . . G . . . . . GA . . C . A TTTGA . . . . T . . . . . TAAATACATA . . . . . . . . . . ATTTCTAT . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . CATTGTAT .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . AC . . A . . . . . C . . G . A TATG . . . . A . . . . . AAATACATAG . . . . . . . . . . ATTTCGTA . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . ATATAAAC .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . C . A TTTG . . . . T . . . . . AAATTACACA . . . . . . . . . . GATTCGTT . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . TTTT .
blockSeqs : . . . . . . . . AA . . . . T . . TC . . . . A . . . . . TAATACATG . . . . . . . . . . ACTTCATT . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . CTTT .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . A . . . . . AAATATATA . . . . . . . . . . GTTTATA . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . ATAT .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . TAGTTTATA . . . . . . . . . . ATTTCTT . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . ATAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . CTGATAAT . . . . . . . . . . TTTTATT . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . ATA .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . TATAT . . . . . . . . . . AATTGA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . AATTA . . . . . . . . . . GTTTCA . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AACAT . . . . . . . . . . ATCATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAAT . . . . . . . . . . TCCATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TATA . . . . . . . . . . TCGTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . ACA . . . . . . . . . . ATTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CATG . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AA******** **** ATTTCATA*************************** TG***
originalCons : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATA-A-TT-T-A------------T-----T-------TA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
finalCons : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-AAA--------TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTG--T--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGA--T--G--A-------ATAATTTCATA---------------------------TA--CT-GT---TAT----T--G-TT-TTTG---T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCAGAACCAAGTTTACATTACCTTCCCTGAAATTGTTAAAATTCAATAATCCATTTTCTATGACTTATCATCACTACGACCTTGCTACCTTTGTATCTTAAGGATGCATTTTCTTTAAAAACCAATATTCATTTAAGAAATTTAAAGTTTCTATCTGACCTAAATTTGTATACTCCAAAACTAAATCACGAATTATTTAAAACGCCATTCAGATATTCGAGGTATTAAATAAATAGATACAGTACCCTTTAAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GCAAGTTCGGGAATTTAAAAACGTAAACTTAATCAAATATTTAACATACCGTGTGTTGAACTGTTTGCAGAACTTGAAATAAGATTTATTTTCCCGAAAGAAGTAAATTACCAAAGGCATTGTTATGCATAAAGCGTTCAATAACCTTGCTCCGTCGTATCTTAGTGATGTATTTATTCTTAATACATAATATTCATTTTAGAAATTGATGAGCTCCATCTAACCTTAATGTGTATTGTCAAAAATACATTTATATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTTGCAGCACTCGGCTGGATAACTTTCCAAGTGTAAACTTACTGAAGGCAGTTTTTTATGTATAAAATGTTACATAACCTTGCTCCGTCGTTTCTTACAGAGATGCATTTATTCTAAATACTGATATCCACTCAAGACATTTAACATCTTCATCTAACCTAAATATATACGCCCCGACCAAATAGTGAAGTACTGAGA
Unaligned ( gi|30 ): AAGAATAAAAAGAAGACTGATACAAAAAATCGATAAACCTTCTGTTGAACATTTTGTAAAACTGAATTTTACTTTTTCTGAAAGGGTAAATGTTCTTATATACAGCATAGCCTTGCTCCCTAATGTCTTAAAGATGAATTTGTT
Unaligned ( gi|41 ): AATAATTTAAAAAACAGATTTTATGTTTAAAACGTTACAGCACCTTGCTCCGTCGTATTTTTAATAGGGATGTATTAATTTCAAAATGATATTCAT
Unaligned ( gi|42 ): ACGTTAAATAACCACGACCCGTTGTATACTAGGGATGCATTTATTTTAAATATTGATATTCTTTCAAGAAAGTTCAAGTCCTCATCCAAG
Unaligned ( gi|50 ): ATGTTTGAAGGCCTCATGTGCGGCTGACTTGTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAAGACAATACTTTGTTAT
Unaligned ( gi|51 ): AACGTTACATAACCGTGCCCCGTCGTATCTTACTGATGCATTTACTCTAAAACCTGATACTAGCCATTCAAT
Unaligned ( gi|53 ): AAATCGTTATATATCCTACTCTGTCATATTTAAGGAATGAATTTATTCTTAATACTGATATACATTCAAG
Unaligned ( gi|55 ): TTGAGGGCCTCAATGAAGACTGACGTGTTGAAATGAATTCTCTCGGTAGATACAAACTTTATTATAA
Unaligned ( gi|58 ): AACTAACGCAGGATGAGAATAGCATTTAAGGCATTTAAAGAAAAAGTGATATTTCTGATTAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111111111111 11111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111111111111111111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 2 444 33 2 33 444 2 444 33 4444 55555 2 2 2 0 2 88 2 1111111111 5555 444 1 2 0 1 2 000 2 4 0 333333333333333 0 888888888 22 33 1 1 22222222222 1 6666 1 1 2 22 88888888 22 0 0 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 222 33333 11 1 1 11 33 0000000 555555555 2222 333333333333333333333 4444444 222 2222 2222 33 1 1 22222 2 3 1 33 1 1 11 2222 11 33333 77777777777 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333 0
lowQualScore : . ... .. . .. ... . ... .. .... ..... . . . . . .. . .......... .... ... . . . . . ... . . . ............... . ......... .. .. . . ........... . .... . . . .. ........ .. . . . ....................................................................... ... ... ..... .. . . .. .. ....... ......... .... ..................... ....... ... .... .... .. . . ..... . . . .. . . .. .... .. ..... ........... ... .................................................................. .... .
lowQualScore : 9 444 22 4 22 222 4 111 22 5555 33333 1 2 2 6 2 33 2 1111111111 0000 111 4 4 6 1 9 777 4 2 1 555555555555555 6 555555555 66 00 8 8 99999999999 8 7777 8 7 1 33 00000000 22 1 2 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 333 33333 88 3 3 77 00 8888888 999999999 8888 111111111111111111111 3333333 333 7777 8888 77 3 4 99999 9 0 5 55 5 3 88 7777 88 22222 44444444444 555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 9
consensus : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTGT--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGAT--G--A-------ATA------AT-T----T-------C-AT------A---TA------CTGT---T----AT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
Reference ( family-1926 ) : CAAATCATGAATTATTTAGAAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCGGGA--TN--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGGTTAAAGCATAA-GTTCCAGAGCCCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-TTGT--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGAT--G--A-------ATA------AT-T----T-------C-AT------A---TA------CTGT---T----AT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-T--C-ATGTGACTGTG-TTATTTAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCGTGGAAGATTGA
gi|1 : AAGTCATGAATTATTTAGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TT--A-AAAA---T----AGACTAG----CCT-----T-CGAA-T-A-------------------------CGATTTAGAGAACCGTCACGT---TTAAATCTTT----------------------ATAA-GCTCCGGAGACCA------G-G--C---TCATAACAA-T------ACG--TT-TATT-ACTTAC---T-TTG--ATATA-T----CACT-GT-AAGT--AA--------AA--CATGCATTGTC-AC-A-A---------A---------C-A--------------CA-----T----------------------TTC---TTG---TACC-----CA--A-A-ATTGGT--G--A-------ACA------AC-G----TA------T-ATAGTAAAA---TA------CTGG---T----AT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGGGACTGTG-TT-TTTAGC--GTAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------
gi|10 : ggcaaattgtaatttagaaactaaacttataagattaaaaaatcaaataagatcctgaaaaaaaaatacaccttttgttaaacgatttacagaacaggattaaattactttccctaaaagggaagcatttcaaaaagcatttcttctgtataaaacattacataaccttgctccgttgtatcttgtggatgtatgtattctaggtattgatattcatccaagaacgtaaagatcttcatcttacttaaacgtatacgttaaatgtataactatactctccgaccggcaTCATTTAGAAT-ATCTT---CTTTA--TA-TTCGGGA--TA--A-ATAA---A--TTGGAATAG----TCT-----T-CAAA-T-AATGG-C--AA-A--AT-A----TGCAAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGTA-TTTGCGATGGATT----CATAA-CTT-----ACTTT------G-A-------TATCACTA-T------TAG---T-AATACACGCAT---TGTCA--AAATA---------T-AT-TTGT--A------------------AT--TC-A--T-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----G-----------------TA---TTG---TACC-----T---A-A-ATCGAT--G--A-------ATA------AA-T----T----------G------A---TG------CTGT---T----AT----T--G-TT-TT-GGT-T-T-T-T--C-ACTTGACTGTG-TCATTGAGC--GCAT----TG--A-----TG-----------AA---A-------------A---------------T-----------g
gi|11 : AAATCATGAATTATTTAGAAA-ATCCT---GTATA--TA-TTCGGAA--TC--A-AAAA---TAAGTAGAAC-G----T-T-----T-CCTT-T-TAATG-T--AA-A--A--A----TTGCAGTTCAGTGAACCAT----T---TCAAATCTTTACA-T
gi|14 : gtttgcaaaactatattggatttcctgaaatggagaaatttcaaaaagcagttctgtataaaacgttacattgctctgtcgtatcttagagaggcatttttctaaataccgatattttatatcttcattttaccttaacatatatattccccgacaCTT---TCATAATTACTTCAGTG--TAGTA-AAAA---T--TTGCAACAG----TCT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-C--AC-A----TGTCAATTCAGTGTACCAT----T---TCAGAACTTCGTA-TTTGCGATAGGTTAAAGCAGGA-GTTGCAGAGCACA------A-C--C---TCATAA--------------------------TTAC---T-ATG-------------CATT-GT-TGAA--AA--------TA------TATT-----------------------------T-A--------------TA-----T-----------------------TC---CTG---TACC-----TT--A-A-ATCGAT--G--A-------ACA------AC-T----T-------C-AT------T---CA------CTGT---T----AC----C--G-TT-TT-TG--T-TCC-T--T-ATGTGACa
gi|15 : aTTAGTA-TTTGCGATTGGTTAAAGCACAA-GCTCGAGAGTCCA------G-G--C---TAATAACA-----------G--TT-TACA-A---------------------T----CACT-GT-TTGT--AT--------TA--CATATATTGTCAA--A-A---------A---------T-A--------------TA-----T-----A----------------TTC---CTG---TACC-----T---A-A-ATCGAT--G--A-------ATA------AT-T----T-------C-CT------A---TG------CTAT---T----AT----T--G-CT-TT-TG--G-TAT-T--C-ATGTAACTGT--TTACTTAGC--ACAA----TG--A-----TGTTAATAATGTATA---A-------------T---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGG-CTCATGGAAGATT
gi|16 : ----TCT-----G-TCAA-T----GT-T--AA-A--G--T----TGCCAATTCCGTAAACGAT----T---TCAAAGCTTTATA-GTTGCGAtactggttc
gi|16 : agtgtt------TAG--TTGCGAA-ACTAAC---T-TTT--ATACA-T----CACT-TT-AAGT--AT--------TA--CACTCATTGTC-A--A-A---------AT--------T-ATT------------TA-----T-----A----------------TTCATATTAGTTTACC-----TA--A-A-ACTGAT--G--G-------ATA------CC-T----T-------G-AT------A---TA------TAAT---C----ATATTCT--G-TT-AT-TA--TAA-T-T--C-A-GT---TGTATTTACTTAGC--ATATACTGTA--A-----TG-----------TA---A-------------T---------------T-----------T-----------------T------ATGCTTG----aactaacttttatacatcactttaagtattacactcattgtcaaaattatttatattcatattagtttacctaaaactgatggataccttgatatataatcatattctgttattataattcagttgtatttacttagcatatactgtaatgtaattttatgcttggt
gi|17 : agtgtttctgtcaatgttaaagttgccaattccgtaaacgatttcaaagctttaTTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AGATATG----------TTC---TTG---TACA-----TA--A-A-ATCGAT--G--A-------ATA------AT-T----T-------C----------------------------T----CG----T--G-CT-TT-GG--T-T-T-T--C-ACGTGATTGTG-TTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------AATGTATATACATG----T------ATGTTTG----AGGACCTCACGGAAGATTGgt
gi|18 : ataatacttaaaaaacctgcagatgttaaacGAAG-ATATT---TTATA--TA-TTCGGGA--TA--A-AAAA---T--TTGGAATAG----TCT-----T-TCCA-T-ACATG-TTAAA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAACTCT----T---GCAAAAC---GTA-TTTGTAATGGGTTAAAGC-CAA-GT----------------------C---TCATAACAT-T------TAA--TT-TATA-ACTTCCAGAT------ATATA-T----CACT-GT-TTGT--AT--------TA--CACACACTGTC-A--A-A---------A---------T-G--------------TA-----TTTATAA----------------TTC---ATA---TA-C-----TAGCA-C-ATTGAT--GTAA-------ATA------gtttgttcagtcatcatcatcattattattattatcattcacatact
gi|19 : G--ACACA-C----CACTAGTGTTGTTGCT--------TAGATATACATT--C-A--T-A---------G---------T-T--------------TA-----T-----A----------------TCT---TTG---TGCC-----TA--A-G-ATTGATTGG--ATGGGTATATA------AT-T----A-------T-AT------A---TA------ACACATAT----AC----T--G-GT-TT--A--T-T-T------------CTGTG-TTGTTTAGT--GCAT----TG--A-----TG-----------AAAGTA-------------A---------------T-----------A-----------------TGTATA-ATGTTTG----AGGACCTCAAGGAAGATTGA
gi|2 : ttacagctaatacAAG-ATTTA---TCATA--TT-TTCTGGA--TC--A-AATA---T--TTGGACAAG----TCT-----T-TAGG-T-CAAGG-T--AA-AC-A--A----TGCCAACTCAGAGAATCAT----T---TCAAAACTTT----------ATGG---------------TCCAGAGCTCA------G-G--C---TCATAACAA-T------TAA--TT-CATA-ACGCAC---T-CTG--TTATA-T----CACT-GT-TAGT--AT--------TA--CACGAAGTGTC-ATTA-GTACATCT--A---------T-ATTT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACT-----GA--A-ACAT-AAT--G--A-------AGA------AC-T----TACATAACC-AC------A---TA------CTGT---T----AT----T--G-TT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGACTGCA-TTATTTTGT--GCAT----TG--A-----TA-----------TA---GATAATGTACATGTA---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AAGGCTGCATGAAAAATTGActagttaaaataaattctccagttagataa
gi|20 : tagcgatgattttattctaatttctgatattcgttaaaaagattcatccaactctatatgcatatacttccagaccaT-GT-TTGT--AT--------TG--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------TTA--------------CG-----T-----T----------------TTC---TTG---TACT-----TA--A-A-ATTGAT--G--A-------ATG------AT-T----T-------C-TC------A---TG------CTGT---T----AT----T--G-TT--------------------------TATG-TTATTTGGG--TCAT----TT--G-----TG-----------TA---A-------------A---------------TA----------A-----------------TGTATTAATGTTTA----ATAGCCTCGTGGAAGATcttgtgcaaaagagttttccgttaaaa
gi|22 : tTC---TTG---TACC-----TT--ATC-ATTAAT--G--A-------ATAT-----AT-T----A-------T-AT------A---TAAACATACTGT---T----GT----TTGG-TTATT-TG--T-T-T----------------G-CTATTTAGT--GTGT----TG--A-----TGG----------TA---A-------------A---------------T-----------ACTCTACATTT-------T------ATGCTTG----AGGGCCTCATCGAAGATTGAaaacaggttcagttgtgtctctagttaaataaaaacttattattattatttatttattattac
gi|23 : ataccactttgagtaagacaataattgttttaaaaatgcatttgttgtccaaagTTGCGATGGATTAAATCACCA-GTTATAGATCTCA------GAG--T---TCATAGCAACT------TAAACTT-CGTT-AC-TGT---T-TTG--ATATG-C----CAC--GT-TTTT--AC--------TT--CATGCATTGTA-A--A-A---------ACATT-----T-A--------------CAATTGGT-----A----------------TTC---ATA---TGCC------A--A-T-ATAGAT--G--ACTTTGTCATA------ATATATAAT-------C-AT------A---CA------CTTT---TATTGAT----T--G-TT-TT-TG--T-cttatttaaa
gi|24 : CTA------G-G--T---TCATAACCA-T------TAG--TT-TTTA-ATTT-C---T-CAG--GTATA-TAAATCACT-GT-TTGT--ACGAGTATTATA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-ATATCTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-GTCGAG--G--A-------ATA------AT-T----T-------C-TG------A---TG------CTGT---T----AT----T--G-CT-TT-----T-T-T-T--T-ATGTAAC--TG-CTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------
gi|25 : T--------TA--CACACATCATC-A--A-A---------AATAAATTTAT-AATT-----------CA-----T-----A----------------TTG---CTG---TACT-----TA--A-A-ATCGAA--G--A-------------------------------------------------------TGT---T----AT----T--G-TG-TT-T---T-T-T-T--C-ATGTGACT-TA--TATTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------TA---AATAATGTAT----A---------------T-----------A-----------------T------ATATTTG----AGGGCCTCATAAAAGAATGA
gi|26 : T-TTGT--AT--------TA--CACGTGTTGCC-AT-A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-C-ATTGAT--T--A-------ATA------GT-T----T---------AT------A---TA------CTAT---A----AT----T--G-TT-TT-TG--TGT-T-T--T-ATGTGACTGTA-TTATTTAGC--ACAT----TG--A-----TA-----------TA---A-------------ATAATGTT--------T-----------A-----------------T------ATGCTTG----AGGACCTCGGGGAAGATTGcttgttcaaatgagttagcttgtaaaataaaga
gi|27 : A-----T-----A----------------T-C---ATG---TTCC-----TT--A-A-ATCGAT--A--A-------ATA------AC-T----T-------A-AT------AATATA------CTGT---T----TT----TTTG-TT-GT-TG--T-T-T-TTTC-ACGTGACTGTG-TTATTTAAT--GCAT----TG--A-----TG-----------CA---A-------------A---------------T-----------A-----------------gcatgttca
gi|28 : ataggcttattactattttgctctgcggtgaagacgatatctttgtaactatagcaGGTTAAAGCATAA-GCTACAGAGTCCA------------------TAACAA-T------TAG--TT-CATA-GCTTAC---T-CTA--ATATA-TAT--CACT-GT-ATGT--ATAT------TA--CACGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-ATATTTATAATT---CA-----T-----A----------------TTC---TTG---TACC-----TA--A-A-ATCGAG--G--G-------ATA------AG-T----T-------C-TT------A---TG------CTGT---T----AT----T--G-
gi|29 : G--TT-CATA-ACTTAC---T-TGA--ACGTA-T----CACT-TC-TTGT--AT--------TA--AATACAT----------A---------A---------T-----------------------T-----A----------------TTC---TTG---TACCTTCGTTA--T-G-ATCGAT--G--A-------TTA------GC-T----T-------C-TT------A---TG------CTGT---T----GT----T--G-TT-TT-TGTTT-T-T-T--C-ACTTGAAGGTG-TTGTTTAGC--ACAT----TG--A-----TG-----------CA---A-------------A---------------T-----------
gi|3 : AGTTATTTAGGAG-ATCTT---TTATA--TA-TTCAGAA--TA--ACAAAA---T--C--GAATAGGCTTCCT-----T-CCTG-T-GCTTG-T--AA-A--A--A----TGCCTATCCAGTGAACTAT----T---TCAAAACTTTGTA-TGAGCGATAGG-TAAA--------------AGTCCA------G-G--C---TCATAACAA-TTACATGTAG--TT-TATA-ACTT-C---T-CTAATATATA-T----CACT-GT-TTGT--AT--------TA--CACGCATGTTT-A--A-A---------A---------T-ATATTTGTTATT---CA-----T-----A----------------TTC---GTG---TACC-----TA--C-G-GTCGAG--G--A-------AT-------AT-T----T-------C--T------T---TA-------TGT---T----GT----C--G-TG-TT-----T-T-T-C--T-ATGTAACTGTC-TTATTTAGC--ATAT----TG--G-----TG-----------TA---A-------------G---------------T-----------A-----------------
gi|31 : agggatgtatttattctaaatcctgatattcattcaaaaaatttaagatccttgtctcacctaaatgcatatactctccgactacatatttTTGAT--A--A-------ATA----------------------C-AT------G---TT------CTGT---T----GT----T--G-TT-TT-AT--C-T-T-T--T-ATGCAACTGTG-TAATTTAGT--GCAT----TA--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------TAACGTATAAACA-----------------C------ATGTTTG----AGTGCCTCATGTAAGATGGAat
gi|32 : CAAATAATGAATTGTATAGAAT-ATCTT---TAATG--TA-TTCAGGA--TG--A-AATA---C--TTGGAATAG----ACT-----T-CCAA-T-AAATG-TA-AA-A--A--A----TGCTAATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACCTTcttgttcaaatgagttgaataaatactttatta
gi|33 : tcatcttacctaaatacatgtactccacgacCAAACCATACATTAATTAGAAATATCAT---TTATA--TA-TTCAGTACCTT--A-AACA---T--TTGGAATAG----TC------T-CCAT-TCAAACA-TAAAA-A--A--A----TGCAAA
gi|34 : ttagattttcaccaaaccaaatgtaaatctttcccgac-------C-AT------T---TA------CTGT---T----TT----T--G-TT-TT-TG--T-T-T-TT-C-ATGTGTCTTTG-TTATTTGAC--GCAT----GG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------
gi|35 : gtataagagccggaacccaaaactcacaattactttgcattgtctaaaatgtgtctaaaag-T------TAG--TT-CATA-ACTTAC---T-TTC--ATACC-T----CACT-AT-TAGA--AT--------TA--CACGCATTGTC-A--A-----------------------A--------------CA-----T----------------------------TTG---T--C-----TA--A-T-ATCat
gi|36 : aatacttttacagatttgg--TA-TTCGAGA--TT--A-AAAA---T--C-------------CT-----T------T-AAAAG-T--AA-A--AT-A----TGCCAATTCAGTGAACAAT----A---TCAAAAC---ATATTTTATGACGGATT--------A-GT--CAATGTCAA------T-G--G---TCATAACAA-T------TAG--TT-CATA-ACTTatcaagcgtttgaacctgaaaatctgaaaaaa
gi|37 : tt----------------TTC---GTG---TACC-----CA--A-A-ATCGAT--G--A-------AAA------GT-T----T-------C-AA------A---TG------ATAT---T----A----------------------T-T-T--C-ACGTGATTGAG-TTATTTTGC--CCAT----TGTCA-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A------------------------ATG
gi|38 : catagacatttattattcaag-ATCTAT--GG-A-------ATC------AC-T----T-------C-GC------A---T--------------T----AT----A--G-TT-TTGTA--T-G-T-G--T-ATGTGACTGT---TATTTAGC--ACGT----AC--A-----TG-----------TA---AATAAATGT-----A---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG-----GGGCCTCGTGGTAGATTGAata
gi|39 : ATTTTGAAG-ATATTGTTTTATA--TA-T--AGGA--TA--G-CAAA---T--TTTGATTTG----TTT-----T-CAAA-A-AGAGT-T--AA-A--A--C----TGTCAATTCAGTGAACCGT----TGAGTCAAAACGTTGT
gi|4 : taCAAATCACGCGTTATTGAGAAG-ATCTT---TTGTA--TA-TTCTGGA--TA--A-AAGG---T--TTGGAATAG----TCT-----T-CCAA-T-AAATG-T--AA-A--A--A----TGCCAATTCAGTGAATTAT----T---ACAAAACTTGGTA-TTTGTGATGGGTTAAAGGATAA-GCTCCAGAGCCCAGGGCCTG-G--C---TCAAAACTA-T------TAG--TT-CATA-ACTTTC---T-TTA--ACATA-T----CACG-GT-TTGT--TT--------TA--AATGCATTGTC-A--A-A---------A---------T-A--------------CA-----T-----AG---------------TTC---TTG---TATC-----TA--A-A-ATCGAT--G--A-------AT-------AT-T----T-------T-AT------T---TA------ATGT---T----AC----T--GTTT-TT-TG--T-T-T-T--CAATATGACTGTC-TTATTTAAC--ACGT----TT--A-----TG-----------TA---A-------------C---------------T-----------T-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTCATGGAAGATTGAtg
gi|40 : T-CATA-ACTTGC---A-TTG--CTATA-T----TACT-GT-TAGC--AT--------TT--CAAGTATTGTC-A--A-A---------AG--------T-ATATTATATATAATTCG-----T-----A----------------TTT---TTA---TACA-----TA--A-A-CTCGAT--G--A-------ATA------A
gi|43 : cTGTAACTGTG-TTATTCAGT--GTA---------A-----TA-----------TG---ACATT---------G---------------T-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGTCTCATGGAAGATTGA
gi|44 : cCAAATCATTCCTTATTTGGAAA-A-CAT---TCATA--TA-TTCGGGG--TT--A-AAAAAGCG--TTGAAATAA----TTT-----T-cttgttaaataaagactttattattg
gi|45 : tatactctctaac-TTATTTAAC--GCAT----TG--G-----TA-----------TA---A-------------G---------------T-----------ACTATCTA----------T------ATGATTG----AGGGCCTCATGGAAGATTGAgtttaaaaacc
gi|46 : aatgtagtactcgttcttgataaaacgaA-----T-----A----------------ATC---TTG---TACC-----TA--A-A-GTCGAT--G--A-------ATA--------------T-------C-----------------------GT---T----TT----T--G-TT-TA-AG--T-T-T-T--C-ATGTGAATGAG-TTATCGAGT--ACAT----TG--A-----T------------TA---A-------------g
gi|47 : GAT--G--A-------ATA------AT-T----T-------CTAT----------TG------CTTT---T----AT----T--G-TT-TT-TGA-T-T-T-G--T-TTGTGGTTGTG-TTATTTAGC--ATAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------A-----------------T-------TGT
gi|48 : GTA-TTTGCGATGGGATGAAACGTAA-GCTCCAGAGCACA------G-G--C---TAATAACAA-T------AAG--TT-GAAA-ACTTAC---T-TTA--GTATA-a
gi|49 : AACGG----TCT-----TGCCGT-C-AAAGGCT--AA-AT-A--A----TTCCAGTCAAGTGAACCAT----T---TCAAAACTATATA-TTTGCAATGG
gi|5 : tttTT---TCTTA--TA-TTCGGGA--TC--A-AACA---T--TT----------------------TAA-T-GACGC-A--AA-ATAA--G----TGT-AATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAA--------------ATAGATTAAAACGT------CCAGAGGACA------G-G--C---TCATAAAAA-T-------AG--TT-CATA-GC-------------------------CACT-GT-TAGT--AT--------AA--CATAATTTGTC-A--CTG---------A---------T-A---------------A-----T----------------------TTG---TTG---TACC-----TA--A-A-ATTGCT--G--A-------ATACGTTATAT-G----T-------C-TC------A---TG------CTGT---T----AT----T--G-CT-TT-TG--T-C-TAT--T-GTGTGACTATG-TTATTTAGT--GATT----TG--A-----TG-----------TA---A-----------------------------------------A-----------------T------ATGTATA----AGAGTCTCG
gi|52 : gaaacaTGTG-ATATTTAGC--ACTT----TT--A-----TG-----------TAGATA-------------A---------------T-----------A-----------------TAAAC--ATGTTTG----AGGTCATCACAGAATATTcaaaacttggcttgtttaaacaagttatctcgttaaaaaaaggctgtgttattaatatt
gi|54 : TTG----AGGACCTCATGGAAGATTGAtacttgtaca
gi|56 : T--AT--------TA--CACCCTTTGTC-A--A-A---------A---------TTA--------------CA-----C-----A----------------TTC---TTG---TACT-----TA--A-A-ATCGAC--G--A-------ATA------AT-T----T-------C-GT------A---TG------CTGT---T----cttgttcaaatgaatgcacttgttatataaatacttgattattat
gi|57 : TG-TTATTTAGCATGCGT--------A-----TG-----------TA---A-------------ACAATATATATATATTT-----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCTTGTTGAAGACT
gi|59 : TTTAAA--GCTT----TG--A-----TA-----------TA---ATAATGC-------A---------------T-----------A-----------------T------ACGTTTG----AGGGCCTCATGGAAGACTGA
gi|6 : G-ATTTT---TTATA--TA-ATTGCGA--TC--A-ACAT---T--TCGCAAAAG----CTTGAAGTT-CCAA-T-AAAGA-T--AA-A--A--AAAAAT-CTGATTCAGTGAACCAT----T---TCAAAACTTTGCA-TTTGCAATGAGCTATAGCATAA-ATTCCAGAATCTA------A-C--C---TCATAA--------------------------TTAC---T-TTG---CATACT----CAAA-G--ATAT--AT--------TA-----------------------------------------A--------------CA----------------------------TTT---TTG---TATC-----TG--A-A-GTTGAT--G--A-------ACA------GA-T----T-------C-GT------T---TA------CTGT---T----AT----T--T-TA-TT-CA--T-T-T-T--C-ATGTGACTTTG-TTGTTTTAC--GCAT----CG--AAATATTG-----------TA---T-------------A---------------T-----------A-----------------C------ATGTATGTTAAAAGGCCTa
gi|60 : ---------------T-----------A-----------------T------GTGTCTG----AGGTCCTTATGGAAGATTGAtatttgacccttgttcaattgagttatctcgtgat
gi|61 : tgTTTG----AGGGCCTCGTGAAAGACTGActcgctcaaacactttgttatt
gi|62 : -----------A-----------------T------ATGTTTG----AGGGCCCAGTGGAAGATTGActtgttcaaatgaattctgccattaaac
gi|7 : CAAACAATGAATTAATTAGATG-ATATT---TTATA--TA-TACGGGA--TC--A-AACC---T--TTGAAACAG----TTT-----T-CCAA-T-AAAGG-T--AA-A--AAAA----TGCCAATACAGCGAACCAT----T---TCCAAACTTTGTA-TTTGCGGCGGGTTAATGTATAA-ATTCCAGAACCC--------------------AAC------------G--TT--ATA-A-TTAC---T-C-----TACA-T----TGCC-A-------------------A--AATACATT-----------------------------T-A--------------TA----------------------------TTC---TGA---TACC-----TA--A-A-ATCGAC--G--A-------ACA------AC-T----T-------C-AT------T---TA------CTGT---T----AT----T--G-AT-TT-TGT-T-T-T-T--C-ATGTGACTTTG-TTATTTAAT--GCAT----TG--A-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------ctagttcaaatgagttttgtcgt
gi|8 : aggtcttcatctagcctaactgtatatactccccgacATCATGATTTATTTAAAAT-ATTAT---TTATA--CA-T-----A--TC--A-GAAA---T--TTGGAATAT----TCT-----T-CTAAAT-TAAGG-T--AATA--A--A----AGTCAATTCAGTGAACTAT----T---TTTAAACTTTATA-TTTGCGATTGGCTAAAGCATAAAGTTGCATAGTCCA------G-GGTCAGATCATGACAA-T------TAG--TT-TATA-CTTTAC---T-TTG--ATATA-T----CGCT-GT-TAGC--GT--------TA--CAGGCAGTGTC-A--A-AGGTACATTTA---------T-AACT-----------CG-----T-----A----------------TCC---TTG---TACC-----TA--A-A-TTAAAT--T--ACTAT---ATA------A-------T-------C-AT------A---TA------CTGT---T----AC----T--G-TT-T
gi|9 : atAA-GTTTCAGAGCCCA------A-A--T---TCATAAAAA---------AA--T--CATA-ACTTAC------------ATG-T----CACT-GT-AAGT--AT--------TA--TACGTATTGCC-A--A-A---------AACACATT--T-A--------------CT-----T-----ACTTAGTATGATTTGTGTTC---TTG---TACC-----CA--A-A-AGCTAC--C--T-------A-A------AC-T----C-------C-AT------T---CA------CTGT---T----AT----T--G-T---------T-T-C-T--C-ATGT-----TG-TTATTAAGC--CCAC----TA--G-----TG-----------TA---A-------------A---------------T-----------AATGTAAATATATGCATGT------ATGTTTG----ACGGTCTCATTGAAgatttt
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCAGAACCAAGTTTACATTACCTTCCCTGAAATTGTTAAAATTCAATAATCCATTTTCTATGACTTATCATCACTACGACCTTGCTACCTTTGTATCTTAAGGATGCATTTTCTTTAAAAACCAATATTCATTTAAGAAATTTAAAGTTTCTATCTGACCTAAATTTGTATACTCCAAAACTAAATCACGAATTATTTAAAACGCCATTCAGATATTCGAGGTATTAAATAAATAGATACAGTACCCTTTAAACATAAAAAT
Unaligned ( gi|13 ): GCAAGTTCGGGAATTTAAAAACGTAAACTTAATCAAATATTTAACATACCGTGTGTTGAACTGTTTGCAGAACTTGAAATAAGATTTATTTTCCCGAAAGAAGTAAATTACCAAAGGCATTGTTATGCATAAAGCGTTCAATAACCTTGCTCCGTCGTATCTTAGTGATGTATTTATTCTTAATACATAATATTCATTTTAGAAATTGATGAGCTCCATCTAACCTTAATGTGTATTGTCAAAAATACATTTATATTTT
Unaligned ( gi|21 ): TTTGCAGCACTCGGCTGGATAACTTTCCAAGTGTAAACTTACTGAAGGCAGTTTTTTATGTATAAAATGTTACATAACCTTGCTCCGTCGTTTCTTACAGAGATGCATTTATTCTAAATACTGATATCCACTCAAGACATTTAACATCTTCATCTAACCTAAATATATACGCCCCGACCAAATAGTGAAGTACTGAGA
Unaligned ( gi|30 ): AAGAATAAAAAGAAGACTGATACAAAAAATCGATAAACCTTCTGTTGAACATTTTGTAAAACTGAATTTTACTTTTTCTGAAAGGGTAAATGTTCTTATATACAGCATAGCCTTGCTCCCTAATGTCTTAAAGATGAATTTGTT
Unaligned ( gi|41 ): AATAATTTAAAAAACAGATTTTATGTTTAAAACGTTACAGCACCTTGCTCCGTCGTATTTTTAATAGGGATGTATTAATTTCAAAATGATATTCAT
Unaligned ( gi|42 ): ACGTTAAATAACCACGACCCGTTGTATACTAGGGATGCATTTATTTTAAATATTGATATTCTTTCAAGAAAGTTCAAGTCCTCATCCAAG
Unaligned ( gi|50 ): ATGTTTGAAGGCCTCATGTGCGGCTGACTTGTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAAGACAATACTTTGTTAT
Unaligned ( gi|51 ): AACGTTACATAACCGTGCCCCGTCGTATCTTACTGATGCATTTACTCTAAAACCTGATACTAGCCATTCAAT
Unaligned ( gi|53 ): AAATCGTTATATATCCTACTCTGTCATATTTAAGGAATGAATTTATTCTTAATACTGATATACATTCAAG
Unaligned ( gi|55 ): TTGAGGGCCTCAATGAAGACTGACGTGTTGAAATGAATTCTCTCGGTAGATACAAACTTTATTATAA
Unaligned ( gi|58 ): AACTAACGCAGGATGAGAATAGCATTTAAGGCATTTAAAGAAAAAGTGATATTTCTGATTAACA