lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 1111111111111 11111 1 7777777777777777777777777777777 2222
lowQualScore : 555 33 4444444444444 33 7 888 5 6 5 3 2 2 2 9999999 44444 33 888888 0 6666 2 33 1 1 77777 5 8888888888888888888888888888888 6 0000 0 2
lowQualScore : ... .. ............. .. . ... . . . . . . . ....... ..... .. ...... . .... . .. . . ..... . ............................... . .... . .
lowQualScore : 000 99 1111111111111 44 8 666 3 3 0 1 9 9 9 3333333 11111 99 222222 8 1111 7 99 3 3 11111 7 7777777777777777777777777777777 7 7777 7 5
consensus : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAATTT---------TTTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----TACA-AG-------------T-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG-AA-AGTTTATGATATTGAGTCCTTATNTTTGCTGG
Reference ( gi|1 ) : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAATTTTTTTAGATTTTTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTTTCTCCCACATA-----TACA-AG-------------T-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
gi|3 : CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATAATTT----------TTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATGCAAGTCTTTTT---------------GACA-AA-------------T-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAAAGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGG
gi|2 : gtcaaCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAATTTTTTTAGATTTTTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTTTCTCCCACATA-----TACA-AG-------------T-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|9 : CAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAATTT----------TTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----TAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATAATTT----------TTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----TA
gi|7 : tcaatCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATAATTT----------TTT--AGATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACATA-----TA
gi|11 : tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAAT-------G---TTTT--AGGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----TA
gi|10 : tCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA---------ATTTTC---AGAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCATGTA-----TA
gi|12 : tcaatCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGA-AATTTTT---------TT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TAT
gi|5 : gtcaatCAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATAA-------A----CTTT--AGACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTG-TGTG--GGTTA---TCTCCCATGTA-----TGTG-AGGGA----------T-------------ATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAGcag
gi|16 : tCAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA------CA----TTTT--AGGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCta
gi|13 : tCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATAATTTTTT------------AGACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTG-T
gi|6 : tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATAAACTTTTT-GACTAT-----GACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC---TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTA-----Tt
gi|18 : atCAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAACT------GATTTCTTAAAGGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|4 : aaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAAT-------G---TTTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTG-TATG--GGTTATAATCTCCCACGTA-----TACA-AGTCTGTTTGACAAAT-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|14 : TTT--AAACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTG-TATA--GGTTATTATCTCCCGCATA-----TGTA-A
gi|15 : TTT--AAACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTG-TATA--GGTTATTATCTCCCGCATA-----T
gi|17 : TTTCTTA-ATTGGTATA--AATTGTTTTCTCCCATATATGTTTTAGAGAG-------------T-------------A---TTAATGTGCTTAGTTATT-TAATCATTTGTAAATAAG----AGTTTGTAATATAGAgta
gi|19 : ATG--GGTTATTATCTCCCATGTA-----TACA-AA-------------TCTATTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 111 1111111111111 4444444444444 111 333333
lowQualScore : 444 33 33 33 222222222222222 2 33 5 1 2 2 2 8888888 222 33 777777 0 5555 2 33 66666 4444444444444 5 1111111111111 000 5 888888 1 0
lowQualScore : ... .. .. .. ............... . .. . . . . . ....... ... .. ...... . .... . .. ..... ............. . ............. ... . ...... . .
lowQualScore : 777 77 77 77 111111111111111 4 44 0 0 7 7 7 7777777 444 77 777777 1 7777 5 77 77777 7777777777777 0 4444444444444 000 7 888888 0 7
consensus : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------ACA-AG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG--AAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
Reference ( family-1865 ) : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------ACA-AG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG--AA--AGTTTATGATATTGAGTCCTTATNTTTGCTGG
gi|1 : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTTTCTCCCACATA-----T-------------ACA-AG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG--AAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|10 : CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--AT--TTT---------C----A-GAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCATGTA-----T-------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11 : tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------A
gi|12 : tCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGA-AA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TAT
gi|13 : gtcaatCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------T----A-GACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTG-Tcag
gi|14 : tT---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTG-TATA--GGTTATTATCTCCCGCATA-----T-------------GTA-At
gi|15 : T---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTG-TATA--GGTTATTATCTCCCGCATA-----T-------------
gi|16 : CAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--CA--TTT---------T----A-GGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCgta
gi|17 : tTTTCTTA-ATTGGTATA--AATTGTTTTCTCCCATATATGTTTT-------------AGAGAG-------------TA---TTAATGTGCTTAGTTATT-TAATCATTTGTAAATAAG------AGTTTGTAATATAGA
gi|18 : CAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAA--CTGATTT---------CTTAAA-GGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|19 : aaATG--GGTTATTATCTCCCATGTA-----TACAAATCTATTTGACA-AA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA
gi|2 : CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTTTCTCCCACATA-----T-------------ACA-AG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG--AAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGccc
gi|3 : CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATGCAAGTCTTTTT-------G---------------------ACA-AA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAA--AGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : gtcaaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTG-TATG--GGTTATAATCTCCCACGTA-----T-------------ACA-AGTCTGTTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|5 : CAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATAA--AC--TTT--------------A-GACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTG-TGTG--GG---TTATCTCCCATGTA-----T-------------GTG-AGGGA----------TATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAG--
gi|6 : tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATAAACTT--TTTGA-------CT---ATGACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC---TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTA-----T-------------ta
gi|7 : atCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACATA-----T-------------A
gi|8 : tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------A
gi|9 : tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------A
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 111 1111111111111 4444444444444 111
lowQualScore : 444 33 33 33 222222222222222 2 33 5 1 2 2 2 8888888 222 33 777777 0 5555 33 5555555555555 8888888888888 111 6
lowQualScore : ... .. .. .. ............... . .. . . . . . ....... ... .. ...... . .... .. ............. ............. ... .
lowQualScore : 777 77 77 77 111111111111111 4 44 0 0 7 7 7 7777777 444 77 777777 1 7777 99 7777777777777 3333333333333 777 7
consensus : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
Reference ( family-1865 ) : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|1 : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|10 : CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--AT--TTT---------C----A-GAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCATGTAT-------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11 : tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|12 : tCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGA-AA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTAT
gi|13 : gtcaatCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------T----A-GACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTGTcag
gi|14 : tT---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------GTAAt
gi|15 : T---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------
gi|16 : CAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--CA--TTT---------T----A-GGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCgta
gi|18 : tCAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAA--CTGATTT---------CTTAAA-GGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|19 : aaATG--GGTTATTATCTCCCATGTATACAAATCTATTTGACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA
gi|2 : CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGccc
gi|3 : CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATGCAAGTCTTTTT-------G----------------ACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAAAGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : gtcaaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTGTATG--GGTTATAATCTCCCACGTAT-------------ACAAGTCTGTTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|5 : CAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATAA--AC--TTT--------------A-GACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTGTGTG--GG---TTATCTCCCATGTAT-------------GTGAGGGA----------TATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAG
gi|6 : tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATAAACTT--TTTGA-------CT---ATGACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC--TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTAT-------------ta
gi|7 : atCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACATAT-------------A
gi|8 : tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|9 : tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCTTAATTGGTATAAATTGTTTTCTCCCATATATGTTTTAGAGAGTATTAATGTGCTTAGTTATTTAATCATTTGTAAATAAGAGTTTGTAATATAGA
Alignments
lowQualScore : 333333333333333 111 1111111111111 4444444444444 111
lowQualScore : 444 33 33 33 222222222222222 2 33 5 1 2 2 2 8888888 222 33 777777 0 5555 33 5555555555555 8888888888888 111 6
lowQualScore : ... .. .. .. ............... . .. . . . . . ....... ... .. ...... . .... .. ............. ............. ... .
lowQualScore : 777 77 77 77 111111111111111 4 44 0 0 7 7 7 7777777 444 77 777777 1 7777 99 7777777777777 3333333333333 777 7
consensus : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
Reference ( family-1865 ) : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|1 : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|10 : CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--AT--TTT---------C----A-GAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCATGTAT-------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11 : tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|12 : tCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGA-AA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTAT
gi|13 : gtcaatCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------T----A-GACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTGTcag
gi|14 : tT---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------GTAAt
gi|15 : T---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------
gi|16 : CAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--CA--TTT---------T----A-GGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCgta
gi|18 : tCAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAA--CTGATTT---------CTTAAA-GGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|19 : aaATG--GGTTATTATCTCCCATGTATACAAATCTATTTGACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA
gi|2 : CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGccc
gi|3 : CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATGCAAGTCTTTTT-------G----------------ACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAAAGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : gtcaaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTGTATG--GGTTATAATCTCCCACGTAT-------------ACAAGTCTGTTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|5 : CAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATAA--AC--TTT--------------A-GACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTGTGTG--GG---TTATCTCCCATGTAT-------------GTGAGGGA----------TATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAG
gi|6 : tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATAAACTT--TTTGA-------CT---ATGACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC--TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTAT-------------ta
gi|7 : atCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACATAT-------------A
gi|8 : tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|9 : tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
blockSeqs : AGA TT AC GA TTTAGATTTTTT T AT T T T T G TTTGATT GCC GA TGAAGA ACAT CA ACAAATCTATTTG TCTGTTTGACAAA TAT A
blockSeqs : . . . . TCTTAA . . T A . . . . TT . . . . . GGA . .
blockSeqs : . . . . TGACT . . . A . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTT . . . T . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTT . . . T . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTT . . . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . TC . . . T . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . T . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . A . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . A . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : TT . . . A
blockSeqs : T .
blockSeqCons : TT*************
originalCons : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
finalCons : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTT-------------A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCTTAATTGGTATAAATTGTTTTCTCCCATATATGTTTTAGAGAGTATTAATGTGCTTAGTTATTTAATCATTTGTAAATAAGAGTTTGTAATATAGA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 111 1111111111111 4444444444444 111
lowQualScore : 444 33 5555 33 0000000000 444 33 2 33 5 1 2 2 2 8888888 222 33 777777 0 5555 33 5555555555555 8888888888888 111 6
lowQualScore : ... .. .... .. .......... ... .. . .. . . . . . ....... ... .. ...... . .... .. ............. ............. ... .
lowQualScore : 777 77 7777 77 6666666666 111 22 4 44 0 0 7 7 7 7777777 444 77 777777 1 7777 99 7777777777777 3333333333333 777 7
consensus : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
Reference ( family-1865 ) : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|1 : CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTTTTTTAGATTTTT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|10 : CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--ATT----------TT---C--A-GAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCATGTAT-------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11 : tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TGT----------TT---T--A-GGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|12 : tCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGAAA----T--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTAT
gi|13 : gtcaatCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTGTcag
gi|14 : t----------TT---T--A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------GTAAt
gi|15 : ----------TT---T--A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------
gi|16 : CAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--CAT----------TT---T--A-GGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCgta
gi|18 : tCAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAACTGA--TTT----------CT---TAAA-GGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|19 : aaATG--GGTTATTATCTCCCATGTATACAAATCTATTTGACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA
gi|2 : CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTTTTTTAGATTTTT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGccc
gi|3 : CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATGCAAGTCTTTTT-------G----------------ACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAAAGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4 : gtcaaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TGT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTGTATG--GGTTATAATCTCCCACGTAT-------------ACAAGTCTGTTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|5 : CAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATA----A--ACT----------TT------A-GACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTGTGTG--GG---TTATCTCCCATGTAT-------------GTGAGGGA----------TATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAG
gi|6 : tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATA----AACTTT----------TTGACT--ATGACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC--TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTAT-------------ta
gi|7 : atCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACATAT-------------A
gi|8 : tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|9 : tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCTTAATTGGTATAAATTGTTTTCTCCCATATATGTTTTAGAGAGTATTAATGTGCTTAGTTATTTAATCATTTGTAAATAAGAGTTTGTAATATAGA