lowQualScore                  :                                                       1111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
lowQualScore                  :                                                       1111111111111                                                                                                                                 11111                                                                    1                       7777777777777777777777777777777                                     2222                                
lowQualScore                  :                             555            33         4444444444444   33                                7                     888       5     6       5             3          2    2   2 9999999   44444   33  888888    0                 6666               2    33       1        1  77777    5  8888888888888888888888888888888                  6                  0000        0              2        
lowQualScore                  :                             ...            ..         .............   ..                                .                     ...       .     .       .             .          .    .   . .......   .....   ..  ......    .                 ....               .    ..       .        .  .....    .  ...............................                  .                  ....        .              .        
lowQualScore                  :                             000            99         1111111111111   44                                8                     666       3     3       0             1          9    9   9 3333333   11111   99  222222    8                 1111               7    99       3        3  11111    7  7777777777777777777777777777777                  7                  7777        7              5        
consensus                     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAATTT---------TTTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----TACA-AG-------------T-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG-AA-AGTTTATGATATTGAGTCCTTATNTTTGCTGG
Reference ( gi|1 )            :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAATTTTTTTAGATTTTTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTTTCTCCCACATA-----TACA-AG-------------T-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT
gi|3                          :      CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATAATTT----------TTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATGCAAGTCTTTTT---------------GACA-AA-------------T-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAAAGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGG
gi|2                          :  gtcaaCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAATTTTTTTAGATTTTTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTTTCTCCCACATA-----TACA-AG-------------T-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|9                          :       CAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAATTT----------TTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----TAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8                          :  tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATAATTT----------TTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----TA
gi|7                          :  tcaatCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATAATTT----------TTT--AGATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACATA-----TA
gi|11                         :  tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAAT-------G---TTTT--AGGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----TA
gi|10                         :      tCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA---------ATTTTC---AGAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCATGTA-----TA
gi|12                         :  tcaatCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGA-AATTTTT---------TT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TAT
gi|5                          : gtcaatCAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATAA-------A----CTTT--AGACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTG-TGTG--GGTTA---TCTCCCATGTA-----TGTG-AGGGA----------T-------------ATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAGcag
gi|16                         :      tCAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA------CA----TTTT--AGGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCta
gi|13                         :      tCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATAATTTTTT------------AGACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTG-T
gi|6                          :      tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATAAACTTTTT-GACTAT-----GACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC---TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTA-----Tt
gi|18                         :     atCAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAACT------GATTTCTTAAAGGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|4                          :        aaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAAT-------G---TTTT--AGATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTG-TATG--GGTTATAATCTCCCACGTA-----TACA-AGTCTGTTTGACAAAT-------------A---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|14                         :                                                                    TTT--AAACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTG-TATA--GGTTATTATCTCCCGCATA-----TGTA-A
gi|15                         :                                                                    TTT--AAACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTG-TATA--GGTTATTATCTCCCGCATA-----T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCTTA-ATTGGTATA--AATTGTTTTCTCCCATATATGTTTTAGAGAG-------------T-------------A---TTAATGTGCTTAGTTATT-TAATCATTTGTAAATAAG----AGTTTGTAATATAGAgta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  ATG--GGTTATTATCTCCCATGTA-----TACA-AA-------------TCTATTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                               333333333333333                                                                                                                               111                                                                                      1111111111111      4444444444444  111                                     333333                                
lowQualScore                  :                             444            33         33  33  222222222222222 2                                                      33       5                           1          2    2   2 8888888     222   33  777777    0                 5555               2    33                   66666 4444444444444   5  1111111111111  000                  5                  888888                       1   0    
lowQualScore                  :                             ...            ..         ..  ..  ............... .                                                      ..       .                           .          .    .   . .......     ...   ..  ......    .                 ....               .    ..                   ..... .............   .  .............  ...                  .                  ......                       .   .    
lowQualScore                  :                             777            77         77  77  111111111111111 4                                                      44       0                           0          7    7   7 7777777     444   77  777777    1                 7777               5    77                   77777 7777777777777   0  4444444444444  000                  7                  888888                       0   7    
consensus                     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------ACA-AG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG--AAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
Reference ( family-1865 )     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------ACA-AG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG--AA--AGTTTATGATATTGAGTCCTTATNTTTGCTGG
gi|1                          :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTTTCTCCCACATA-----T-------------ACA-AG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG--AAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|10                         :       CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--AT--TTT---------C----A-GAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCATGTA-----T-------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11                         :  tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------A
gi|12                         :      tCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGA-AA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TAT
gi|13                         : gtcaatCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------T----A-GACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTG-Tcag
gi|14                         :                                                              tT---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTG-TATA--GGTTATTATCTCCCGCATA-----T-------------GTA-At
gi|15                         :                                                               T---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTG-TATA--GGTTATTATCTCCCGCATA-----T-------------
gi|16                         :       CAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--CA--TTT---------T----A-GGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCgta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                         tTTTCTTA-ATTGGTATA--AATTGTTTTCTCCCATATATGTTTT-------------AGAGAG-------------TA---TTAATGTGCTTAGTTATT-TAATCATTTGTAAATAAG------AGTTTGTAATATAGA
gi|18                         :       CAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAA--CTGATTT---------CTTAAA-GGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      aaATG--GGTTATTATCTCCCATGTA-----TACAAATCTATTTGACA-AA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA
gi|2                          :       CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTTTCTCCCACATA-----T-------------ACA-AG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAG--AAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGccc
gi|3                          :      CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATGCAAGTCTTTTT-------G---------------------ACA-AA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAA--AGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4                          :     gtcaaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTG-TATG--GGTTATAATCTCCCACGTA-----T-------------ACA-AGTCTGTTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|5                          :       CAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATAA--AC--TTT--------------A-GACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTG-TGTG--GG---TTATCTCCCATGTA-----T-------------GTG-AGGGA----------TATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAG--
gi|6                          :      tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATAAACTT--TTTGA-------CT---ATGACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC---TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTA-----T-------------ta
gi|7                          :     atCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACATA-----T-------------A
gi|8                          :  tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------A
gi|9                          :  tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTG-TATG--GGTTATTATCTCCCACGTA-----T-------------A





Alignments
lowQualScore                  :                                                               333333333333333                                                                                                                               111                                                                                1111111111111     4444444444444  111                                                                         
lowQualScore                  :                             444            33         33  33  222222222222222 2                                                      33       5                           1          2    2   2 8888888     222   33  777777    0                 5555                   33                    5555555555555     8888888888888  111                  6                                                      
lowQualScore                  :                             ...            ..         ..  ..  ............... .                                                      ..       .                           .          .    .   . .......     ...   ..  ......    .                 ....                   ..                    .............     .............  ...                  .                                                      
lowQualScore                  :                             777            77         77  77  111111111111111 4                                                      44       0                           0          7    7   7 7777777     444   77  777777    1                 7777                   99                    7777777777777     3333333333333  777                  7                                                      
consensus                     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
Reference ( family-1865 )     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|1                          :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|10                         :       CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--AT--TTT---------C----A-GAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCATGTAT-------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11                         :  tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|12                         :      tCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGA-AA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTAT
gi|13                         : gtcaatCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------T----A-GACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTGTcag
gi|14                         :                                                              tT---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------GTAAt
gi|15                         :                                                               T---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------
gi|16                         :       CAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--CA--TTT---------T----A-GGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCgta
gi|18                         :      tCAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAA--CTGATTT---------CTTAAA-GGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     aaATG--GGTTATTATCTCCCATGTATACAAATCTATTTGACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA
gi|2                          :       CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGccc
gi|3                          :      CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATGCAAGTCTTTTT-------G----------------ACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAAAGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4                          :     gtcaaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTGTATG--GGTTATAATCTCCCACGTAT-------------ACAAGTCTGTTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|5                          :       CAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATAA--AC--TTT--------------A-GACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTGTGTG--GG---TTATCTCCCATGTAT-------------GTGAGGGA----------TATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAG
gi|6                          :      tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATAAACTT--TTTGA-------CT---ATGACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC--TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTAT-------------ta
gi|7                          :     atCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACATAT-------------A
gi|8                          :  tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|9                          :  tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCTTAATTGGTATAAATTGTTTTCTCCCATATATGTTTTAGAGAGTATTAATGTGCTTAGTTATTTAATCATTTGTAAATAAGAGTTTGTAATATAGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                               333333333333333                                                                                                                               111                                                                                1111111111111     4444444444444  111                                                                         
lowQualScore                  :                             444            33         33  33  222222222222222 2                                                      33       5                           1          2    2   2 8888888     222   33  777777    0                 5555                   33                    5555555555555     8888888888888  111                  6                                                      
lowQualScore                  :                             ...            ..         ..  ..  ............... .                                                      ..       .                           .          .    .   . .......     ...   ..  ......    .                 ....                   ..                    .............     .............  ...                  .                                                      
lowQualScore                  :                             777            77         77  77  111111111111111 4                                                      44       0                           0          7    7   7 7777777     444   77  777777    1                 7777                   99                    7777777777777     3333333333333  777                  7                                                      
consensus                     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
Reference ( family-1865 )     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|1                          :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|10                         :       CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--AT--TTT---------C----A-GAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCATGTAT-------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11                         :  tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|12                         :      tCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGA-AA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTAT
gi|13                         : gtcaatCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------T----A-GACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTGTcag
gi|14                         :                                                              tT---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------GTAAt
gi|15                         :                                                               T---------TT---A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------
gi|16                         :       CAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--CA--TTT---------T----A-GGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCgta
gi|18                         :      tCAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAA--CTGATTT---------CTTAAA-GGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                     aaATG--GGTTATTATCTCCCATGTATACAAATCTATTTGACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA
gi|2                          :       CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTTTAGATTTTTT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGccc
gi|3                          :      CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATGCAAGTCTTTTT-------G----------------ACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAAAGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4                          :     gtcaaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TG--TTT---------T----A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTGTATG--GGTTATAATCTCCCACGTAT-------------ACAAGTCTGTTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|5                          :       CAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATAA--AC--TTT--------------A-GACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTGTGTG--GG---TTATCTCCCATGTAT-------------GTGAGGGA----------TATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAG
gi|6                          :      tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATAAACTT--TTTGA-------CT---ATGACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC--TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTAT-------------ta
gi|7                          :     atCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACATAT-------------A
gi|8                          :  tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|9                          :  tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TT----------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A


blockSeqs                     :                             AGA            TT         AC  GA  TTTAGATTTTTT    T                                                      AT       T                           T          T    T   G TTTGATT     GCC   GA  TGAAGA                      ACAT                   CA                    ACAAATCTATTTG     TCTGTTTGACAAA  TAT                  A
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TCTTAA          .                                                      .        T                           A          .    .   . .           TT    .   .                           .                      .                     .                 GGA            .                    .
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TGACT           .                                                      .        .                           A          .    .   . .           T     .   .                           .                      .                     .                 .              .                    .
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TTT             .                                                      .        .                           T          .    .   . .           T     .   .                           .                      .                     .                 .              .                    .
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TTT             .                                                      .        .                           T          .    .   . .           T     .   .                           .                      .                     .                 .              .                    .
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TTT             .                                                      .        .                           T          .    .   . .           T     .   .                           .                      .                     .                                                      
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TC              .                                                      .        .                           T          .    .   . .           T     .   .                           .                      .                     .                                                      
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TT              .                                                      .        .                           T          .    .   . .           C     .   .                           .                      .                     .                                                      
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TT              .                                                      .        .                           A          .    .   . .           T     .   .                           .                      .                     .                                                      
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TT              .                                                      .        .                           A          .    .   . .           T     .   .                           .                      .                     .                                                      
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TT              .                                                      .        .                           T          .    .   . .           .     .   .                           .                      .                     .                                                      
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TT              .                                                      .        .                           T          .    .   . .           .     .   .                           .                      .                     .                                                      
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TT              .                                                      .        .                           A          .    .   . .           .     .   .                           .                      .                     .                                                      
blockSeqs                     :                             .              .          .   .   TT              .                                                      .        .                           A          .    .   . .           .     .   .                           .                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                               TT              .                                                      .        .                           A                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                               T               .                                                                                                                                                                                                                                                                       


blockSeqCons                  :                                                               TT*************
originalCons                  :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTT---------TT---A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
finalCons                     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATAA--TT--TTTT-------------A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCTTAATTGGTATAAATTGTTTTCTCCCATATATGTTTTAGAGAGTATTAATGTGCTTAGTTATTTAATCATTTGTAAATAAGAGTTTGTAATATAGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                2222222222                                                                                                                                       111                                                                                1111111111111     4444444444444  111                                                                         
lowQualScore                  :                             444            33        5555 33   0000000000  444 33 2                                                      33       5                           1          2    2   2 8888888     222   33  777777    0                 5555                   33                    5555555555555     8888888888888  111                  6                                                      
lowQualScore                  :                             ...            ..        .... ..   ..........  ... .. .                                                      ..       .                           .          .    .   . .......     ...   ..  ......    .                 ....                   ..                    .............     .............  ...                  .                                                      
lowQualScore                  :                             777            77        7777 77   6666666666  111 22 4                                                      44       0                           0          7    7   7 7777777     444   77  777777    1                 7777                   99                    7777777777777     3333333333333  777                  7                                                      
consensus                     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
Reference ( family-1865 )     :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGANCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|1                          :      CCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTTTTTTAGATTTTT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGG
gi|10                         :       CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--ATT----------TT---C--A-GAATATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGGATTTTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-CAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGATCCTTTGTAAA-G--C-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTATA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCATGTAT-------------Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|11                         :  tcaatCAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TGT----------TT---T--A-GGTTATTTTAGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAAGCAGAT--TGTTCCA-TAAAACTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA---TTT--TT------AACATATAACTTTCCATTTACA----ACACTCCTTATACGGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|12                         :      tCAAACAGTTTATTTC------A----AATTAAGTTTC--AAAAGAAA----T--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATTGAATTCTGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAGAGAATGTTTGTAAA-GCTC-TAT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTAT
gi|13                         : gtcaatCAAACAGTCTA------ATTAA---CAGTTATGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GACTGTTTTTGAAGCTGTAAAGGCCTGGTGATGATCGAATTTCAGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAATTGATCGTTTGTAAA-GTTCTTGTGT-------TTTGG--TTTTGATTTGAAGAAACAT-TTGATGTACATTTG-A----ACA--CTTTACATTGTcag
gi|14                         :                                                               t----------TT---T--A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------GTAAt
gi|15                         :                                                                ----------TT---T--A-AACTGATTTTGAATTTGTATAGACTGGGTAATGATCAAACTTCAGTAGGCAGAT--TGTTCCATTAAAAGTGACAAAGAATAATGAAATAATTGTTTGTAAA-GCTC-TTT-C-------TTCGG-----T--TG------AACA--------------TACA----ACATTCCTTATACTGTATA--GGTTATTATCTCCCGCATAT-------------
gi|16                         :       CAAACAGTCTTTTTCCCATTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--CAT----------TT---T--A-GGTTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGAATGAATTTCGGTAGGTAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATATTGAAATGATCgta
gi|18                         :      tCAAACATTCTATTTCCAGATAAAGACAGTTGAGATTC--AGAAGATAACTGA--TTT----------CT---TAAA-GGCTGTTTTTGAAGCTGT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         aaATG--GGTTATTATCTCCCATGTATACAAATCTATTTGACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGCAATT-TAA
gi|2                          :       CAAACAGTCTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTTTTTTAGATTTTT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGACGATCGAATTTCGGTAGGCAGAC--TGTTCCA-TAAAAATGACCCAAAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTAA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTTTCTCCCACATAT-------------ACAAG-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGAAACAGTTTATGGTATTGAGTCCTTATCTTTACTGGccc
gi|3                          :      CCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CCATTTAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTCAGAAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAATTGGCCCAGAATAATGAAATGAACGTCTGTAAA-GCTC-TGT-CTTTGATTTTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATGCAAGTCTTTTT-------G----------------ACAAA-------------TA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCATTTATAGACAAGTAAAAGTTTATGATTTTGAATCCTTATATTTGCTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|4                          :     gtcaaACAGTCAATTTCCAAATAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TGT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGATTTGGTGATGATTGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAAAAATGAAATGAATGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AAC--ATAAATTTCCATTTACA----ACAATCCTTATACTGTATG--GGTTATAATCTCCCACGTAT-------------ACAAGTCTGTTTGACAAATA---TTCAGGTGCCTGGGAATT-TAAGCA
gi|5                          :       CAACCAATCTACTTCAAACTAA---CAATTCAGTTTC--AAATGATA----A--ACT----------TT------A-GACTGCTTTTGAGCCTGTATAGACTGGGTGG-------------------AGAT--TGTTCCA-TGAAGGTGACCCAGAATAATGAAATGATCGTTTGTAAA-GCTC-TGT-T-------TTGGA--CTTT--TG------TGCATATAAATTTCCATTTACA----ACATTTCTTTTACTGTGTG--GG---TTATCTCCCATGTAT-------------GTGAGGGA----------TATATTTCAGGTGCCTGGGCATTATAAACATTTATAGACAAG
gi|6                          :      tCAAACAGT----TTCCACTTAG---CATTTGAGTTTTTTAGAAGATA----AACTTT----------TTGACT--ATGACTATTTTTGAGGTTATATTGACTGGGTGAAGATCAAATTTCAGCAGGCAGATATTGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATTCAATGATCAGTTGTAAATGC-C-TGT-C-------TTTGGGCCTTT--TC------AACACATAAATCTCAATTTACAACATACATTCTTTAGAC--TCTG--GGTTATTATCTCTTATGTAT-------------ta
gi|7                          :     atCAAACATTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AAAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTAAAGCTGTATAGACTTGGTGATGATCGAATTTGGGTAGGCAGAT--TGTTTCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTA-TGT-C-------TTTGAT-TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACATAT-------------A
gi|8                          :  tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CATTTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACATTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----GCATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
gi|9                          :  tcaatCAAACAGTTTATTTCCAACTAA---CAATTAAGTTTC--AGAAGATA----A--TTT----------TT---T--A-GATTATTTTTGAAGCTGTATAGGCTTGGTGATGATCGAATTTCGGTAGGCAGAT--TGTTCCA-TAAAAGTGACCCAGAATAATGAAATGAACGTTTGTAAA-GCTC-TGT-C-------TTTGA--TTTT--TT------AACATATAAATTTCCATTTACA----ACATTCCTTATACTGTATG--GGTTATTATCTCCCACGTAT-------------A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTTCTTAATTGGTATAAATTGTTTTCTCCCATATATGTTTTAGAGAGTATTAATGTGCTTAGTTATTTAATCATTTGTAAATAAGAGTTTGTAATATAGA