lowQualScore                  :                                                  3333333333333333333333            111111111                                                        1111          1                       11              11111      6666666666666666666666666666666666666666666666666666                      2222222222222222222222222             11111        222222              11111               2222222222          666666666666666                                                                                        1111111111                                            2            2222222                                      9999999999999999999999999999                                                                                   2222                                 1     11                  
lowQualScore                  :                 4444       6   7  777777         3333333333333333333333 2   44  22 999999999           4444 4444 333           333     22 77  999   7777 55  222  6  33  0  99999 33   33 44  3 9         99999   4  9999999999999999999999999999999999999999999999999999   777777         8   6666666666666666666666666   2  66     22222        111111      66      11111    66      0  0000000000 55       888888888888888    4    44     3333                    3       44       1 4  8888               5      8888888888           22 77  44   44   22   1      1   4        22  6666666            44  55555 2 8888    22    8888888888888888888888888888      22  777777777  1 0  444          4444       0     6666       22       1 3    1111   1 1  6       9999999999       4     22    2      2 3    
lowQualScore                  :                 ....       .   .  ......         ...................... .   ..  .. .........           .... .... ...           ...     .. ..  ...   .... ..  ...  .  ..  .  ..... ..   .. ..  . .         .....   .  ....................................................   ......         .   .........................   .  ..     .....        ......      ..      .....    ..      .  .......... ..       ...............    .    ..     ....                    .       ..       . .  ....               .      ..........           .. ..  ..   ..   ..   .      .   .        ..  .......            ..  ..... . ....    ..    ............................      ..  .........  . .  ...          ....       .     ....       ..       . .    ....   . .  .       ..........       .     ..    .      . .    
lowQualScore                  :                 7777       0   8  888888         1111111111111111111111 0   88  88 333333333           2222 2222 777           555     88 55  444   1111 88  999  6  11  9  77777 77   77 77  5 3         00000   0  1111111111111111111111111111111111111111111111111111   555555         0   5555555555555555555555555   7  11     44444        777777      11      11111    11      8  8888888888 44       444444444444444    7    66     9999                    8       11       9 6  0000               9      6666666666           55 55  66   55   66   9      9   0        88  2222222            88  00000 0 5555    99    0000000000000000000000000000      66  777777777  9 6  999          0000       9     8888       55       8 3    0000   9 9  5       4444444444       4     33    1      7 9    
consensus                     :   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--A--NTG-------GT-C-CA-GGT--CA--ANC-TGT--TCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-GCCAT-GANC--CC-A-GCCTG--TTGCT----AG--AAA--G--TGACATGATTTAAA--C-NTTT-CG---TGTAT---------A---G----------T------T--------T-GATGA--G---TTGACCGGT-GTG--------TCC-----CAC------GGACCA--CATGT-ACCGCCATGCTCNAA--GCAGTCA--ATCAAA-----CGTC--CGCACGAAAG------GGCTC-GTGCGTA-TTT------TT--CAGGGAGATA--ATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTAC-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAAN---GTCACGATGAAATATGATTGTTCA-TTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-TGGACA-CTTTAGTCAGAC--TG--GGG--AGATTCGGACAG--AG-----A-C----TCGG--AGAG----GG--------CTCAG-GAGG-G--GTCTCT--TACG-------GA-GTGGG--CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGAATT--AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAGTAA-TGCCAT
Reference ( gi|3 )            :   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTGAT------GTGTATTGAG--A--ATG-------GC-C-TA-GGT--CA--ACT-TGC--CCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-ACCAT-TAAC--CC-A-GCATG--TTGCT----AG--AAA--G--TGGCATGATTTAAA--T-CTTT-CG---GGTAT---------A---G----------T------T--------T-GGTGA--G---TTGACCGGT-GTG--------TTC-----TAT------GGACCA--CATGT-GCCACCATGCTCTTA--CCAGTCA--ATCAAA-----CATC--CACATGAAAG------AGCTT-GTGCGTA-TAA------TG--AAGGGGGATA--ATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTAC-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAAT---GTCACGATGAAATATGATTGTTCA-TAACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-TGGACA-CTTAAGTCAGAC--TG--GGG--AGATTCGGACAG--AG-----A-C----TCGG--AGAG----AG-A------CTCAGAGAGG-GC-GTCTCT--TATG-------GA-GTGGG--CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGAAAT--AAA-G-TATTGTTTGTA---------AAACCACTTGTTTA-TCTT-AAGTAA-TACCAT
gi|4                          :   GTAAGTATCGGTCA----TCATA-------AT------GTGTATTGAA--A--CTG-------GT-C------------------------CATATGCGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-GCCAT-GACT--CT-A-GCATG--TTGCT----AG--AAG--G--TGGCATGATTTAAA--C-CTTT-CG---TGTAT---------A---G----------T------T--------T-GATGA--G---TTGACCGGT-GTG--------TAA-----CAA------GGAACA--CATGT-ACCGCCGTGATCCAA--ACAGTCA--ATCAAA-----TATC--CACATGAATG------GGTTC-GTGCATA-T-T------TT--CAGGGAGATA--ATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTAC-AGGTTAG-CAGCTCCA-TTAAA---GTCACGATGAAATATCATCGTTCA-GTTTTATT-ATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-GGGACG-CTTTAACCAGTC--AT--AGC--AGACTTGAGCGG--AC-----A-T----ACAG--AGAG----AGCACAAAGTCTCGGAGAGG-GA-GTTTCT-----------------------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTATTGT-TAAGAATTA-AAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCAAGAGTTTG-TTCT-AAGTA
gi|11                         :   GTTAATATCGATCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--T--TTG-------GT-C-CA-GGT--CA--AAC-TGT--TCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-GAGAT-GACC--CC-A-AC--------CT-----G--AAA--GCTTGACA-GATTTttgcaatagtag
gi|14                         : gtGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAA--T--TTG-------GT-C-CA-GGT--CA--AAC-TGT--TCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACT--T--TA-GAGAT-GACC--CC-A-AC--------CT-----G--AAA--GCTTGAC-TGATTTgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgtttattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagagacagagagagattcggacagagactcggagaggcagtctctcacggagtgggtactctggtctgtcgcttggcatcttgctaactgttgctaagaagtaaagtactgtttgttgaaccacgtgtttgtcttaagtaattgtcatagtagc
gi|13                         : gtGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAA--T--TTG-------GT-C-CA-GGT--CA--AAC-TGT--TCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACT--T--TA-GAGAT-GACC--CC-A-AC--------CT-----G--AAA--GCTTGAC-TGATTTgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|12                         : gtGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--T--TTG-------GT-C-CA-GGT--CA--AAC-TGT--TCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-gtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|1                          : gtGTTGATATCAATTA----ATCTGTTTACTACT------GTGTATTGAATTA--A-G-------GC-C--A-CATTGCA--ACTATAG--CTCATATAGGTA----A----A---AGTG-ACCT-----TCCCTGGT--TA---TGT-TGTC--C----GTCTG--TTATT----AG--AAA--G--TGACTTGATTTACA--C-ATCT-CG---TGTATTTCGCTGAAG---G----------T------TC-------T-GATGA--T---TTGATTGTT-GTGGCCCCAGCTTCACATGTATAGGCAGGGATCAAACATGA-ACAGTTACACTCAGA--GTAGTCA--AGTAAA-----CGTC--CGCACAAATG------A---T-ATGTGCA-TGA------TATTCAGGGAGGTA--ATGGT----AGCTTGATTGAGCTGTTTAC-AAAACAG-GAGCTCC----AATACAGTCAGGATGAAAT---ATTGTTTA-C-ACTTAACGTGATGTGGAAA--GG--TTT--ATA--AAC-TGGAGA-TTT-TGTTGGAC--GG--ATC--AGACTTGGACA---AG-----A-CAGTTTCAT--AT-G----AG-T------CTCA-----G-GCAGTCTCT--GA-GAGAGAGAGA-GAGAG--CACTCTGGTTAGTGTGTTCCTAGCCA----CTTGCTGT--CTGTTAC-T-AGAATTA-AAA-G-TACTATTTGTAAAAGTTCTTAAACCATTTGTTTGTTTTT-AAGTgagatgactcaaacctgaaagcttgactgatttgtttacaagttagcaactccatgaatgtcacgatggaatatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagaaattcggacatagactcggagaggcagtctcttacggagtgggtactctagtctgtcgtttggcatcttgccatctgttgcttagaattaaagtactgtttgttaaaccacatgtttgtcttaagtaaatgtcatagaagca
gi|25                         :   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--T--TTG-------GT-C-CA-GGT--CA----C-TGT--TCCTTGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TTACT--T--TA-GAGAT-GACC--CC-A-AC--------CT-----G--AAA--GCTTGAC-TGATTTcttgtcaaagtagtac
gi|28                         :  tGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GAGTATTGAA--T--TTG-------AT-C-CA-GGT--CA--AAC-TGT--TCCATGTGGATC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-GCCA--TGAC--CC-A-ACCTG--gtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaattatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacaggacattttagagatg
gi|20                         :  tGTTATTATCCATTA----ATCTGTTTACTACT------TTGTATTGA---ATTACG-------GC-CACA-GTG--CA--ACTATAG--TTCATAAAGGTA----A----AAATG-TGTATGTCA---CC-TT--TCCTG-GCCAT---ACCGCC-C-GTATG--TTGCT----AG--AGA--G--TGACTTGATTTAAA--C-ACTT-TG---TGTAT---------ACCTG----------TGAAAGAT--------T--GTGAGGG---TTGTTTAGTAGTG--------CCC-----TCC------TAATAA--CATGTAGTCACC--GGTCTGAACCCAGACATCCTCAAAGTAACCAAT--CGAATGAAAGCACGTAAGGTC-ATGCATGCTTT------TT--CAGGGAGGTA--ATGGA----AGCTTGAaaagcttgattgatttgtttacaagttagaagctccacgaatgccacgataa
gi|16                         :   tTTAATATCGGTCA----GTA---------AT------GTATATTGAA--T--TTG-------AT-A-CA-AGT--CA--AAC-TGT--TCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-GCCAT-GACC--CC-A-ACCTG--
gi|22                         :   aTTAATATCGGTCA----TCGTATT-ACTAAC------GTGTATTGAA--A--CTG-------GT-C-CA-GGT--CA--ATC-TGA--TCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCAAT--T--TA-GCCAT-GACC--CC-A-GCCTGATTTGTTTACAAGTTAAA--G--T--CATGATcaagcttgactgatttgtttacaagttagcagctacattaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcgcgatgtaggggctttataaactggacactttagtcagacagcggagagattcggacagagactcggacagacagtctcttacggagtggcactctggtctgtcgcttggcacattgctatctgttgctaaaaaataaagtactttttgtagaacgacgtgtttgtcttaagtaaaagtcatagtagca
gi|5                          :    TTAATATCAAATA----ACATGTTTAC--ATT-----GTGTATTTAGGTA--ATGTTACAGTGC-A-TA-AGT--CATGAAT-TGTAGTTCATATAGGTG----A----A---G----AC--CA---TCACT--G--CACACCCT-C--C--TC------TG--TTACT----AG--AAACAG--TG-------TTGAA--G-GTTG-TG------AT---------A---G-------------------------------AA--G---GTGGCTGGTTGTG--------TCC-----CCT------AGATAA--CATGT-A--GCCATACTTTTA--GTAGCCA--ATCAAA-----TGACAGCACGTG---T------GGTTC-GTGCGTA-CTT------TT--CAGGAAGATA--ATGAA----AGGTTGATTA--------GC-GAATTAGAAAACTCAA-TTAAA---GTCACAATGAAAT---GTTG------------CCGTGAAGAGG--G--AATGTTT--ATA--AAC-TGGATA-TTT-GGTTGAAC--AG--AGC--AT-TTCGGATAG--AGTGAGCA-C----TCGG--Agaaataacattgtccattactgttcgtgatgttgggcctttataaactggacgctttagtcagattgagaaagattcggacaaagactcggaggggcccggattcttacggagcgtctcgtacggagggagcactctg
gi|23                         :   taTAATATCGGTCA----GCATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--A--CTG-------GTGC-T--GGT--CA--ATC-TAT--GTCTTGTGGGCC----A----tctggtgctagtcacatgctatctgttgctaggattaaaagtactatttgtaaaccacgtgtttgttttaaatcattgccgtaaaggtacaaatggaaattatctcacgatgattccattata
gi|15                         :   tggAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAA--A--TTG-------GC-C-CA-GGT--CG--ACT-TGC--CCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-GCCAT-GACC--CC-A-ACCTG--tgaccccagcctggaagcttgattgatttgtttacaagttaacagccccatcaaagtcacgatgaaatatcatcggcattaacgtcgtgatgttggacctttataaactggacgcttgagtcagactgaggcagattcggacagcgactccgagagggagtttcgaacgattctcttacgaagagggcact
gi|24                         :      AATATCGGTCAGTCAACATGTT-ACTAAT------GTATAACGA---A--CTG-------GT-A-CA-GGA--CA--ACT-TGC--CCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TG-GCCAT-TAAC--CC-AAGCATG--TTGCT----AG--AAA--G--TTGCAAGAATTAAA--C-CGTT-TG---TATGT---------A---G----------T------T--------T-TGTGA--G---TTGACCGGT-GTG--------TTC-----CAT------GGACCA--CATGT-GCCGCCATGCTCTAA--CCAaaagcttgattgatttgttaacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcatgatgtgggggctttataaaatggacattttagtcagactggggggagattcgaacagagacctggagaggcagtctcttactgagtggcactctggtctgtcgcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaatgtaatgtttgtaaacccacatgtttgtcttaagtaatataccgtaatagta
gi|2                          :             GTTA----TCATGCT-ACTAATTATAATGTGTATTGAC--A--CTG-------GC-C-CA-GGT--CA--ATC-TGT--TCCATGTGGGTC----A----A---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-GGCAT-AATC--CC-A-GTCTG--TTGCT----AG--AAA--G--TGGCATGATCTAACCTT-CTCT-TGCAAAGTGTTGAA-----G---G----------T------T--------TCAATGA--G---TTGACCAGT-GTG--------TCC-----CAC------GAAACA--CATGT-ACTGCCATATTCAAA--GTAGTCA--ATCAAA-----TGTT--AACATGAAAG------GGCTC-GTGCATA-TT-------TT--CAGGGAGATA--ATGA------------CTGATTTGTTTAC-AAGTTAG-CGGCTCCA-TTAAA---CTCACAATGAAATATCACTGTCCA-TTATTGTTCGTGATG-GT--G--GGC-TTTTGCCA--GACTTGGACAGCCTCATTCA-----------G--AGACACGGAGAG--GG-----AGT----TTGG--AACGC---AG-T------CTC-----GG-TCAGTCCCT--TATG-------GA-GAGGG--AACTTTGGTC----TGTAGATAAGCAC---CTTGCTAT--TTGTTGCTTAAGAATT--A------ACTATTTGTA---------AAACCATGTGTTTG-TTCT-AAGTAT-TGCCATcatacatactgtatcgtactaattcaatgaatggggtc
gi|8                          :  gtgtgtacagctTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA-------G-------AC-C-TA----------------C--TCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-GCCAT-TAAC--CCCA-GCATG--TTGCT----AG--AAA--G--TGGCATGATTTAAA--C-GTTT-CG---TGTAT---------A---G----------T------T--------C-TGTGA--G---TTGACCGGT-GTG--------TTC-----CAT------GGACCA--CATGT-GCCGCCATGCTTTAA--CCAGTCA--ATCAAG-----TATC--CACATGGAAA------GGCTC-GTGCATA-T-T------TT--TATGGAGATA--ATGAA----AGCTTGATTGATTTTTTTAC-AAGTTA--CAATTCCATTAAAG---GTCAC-AT------------TTTA-T--------GTGGTGTCA--G--GCC-TTT--ATA--AAC-TAGGCG-TTT---T--GAC--CA--GAG--A-----GGAC----AG-----T-C----TCTT--A-------------------CGGAGTGG-GC-A-CTCT-----------------------------GGTC----TGTCACTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGAATTA-AAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TTCT-TAGTAT-TGCCATagtagta
gi|17                         :                 ----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAA--T--TTG-------GT-C-CA-GGT--CA--AAC-TGT--TCCATGTGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACT--T--TA-GCCA--TGAC--CC-A-agtag
gi|21                         :                         GTT-ACTACT------GTGTATTG-G--A--ATA-------------A-GGA--CA--G---TGC--GACATATAGGTA----AAAGTG---TGTGTGTGTCA---TCTTT--TC-TA-GTCAT-AAAC--CC-A-GCCTG--TTGCT----AG--AAA--G--TGGCATGATTTAAA--C-TTCT-CG---TGTAT---------A---GCGCTGAAGGTT------T--------T-GATGA--G---TTGACCGTT-GTG--------TCC-----CAC------AGATCA--CATGT-AGAGTCGCACACAAA--GTAGTCG--ATCAAA-----CGTC--CGCATGAAA----------TT-GTTCGTG-TAAAACCTTTT--TAGGGAGATA--ATGAA----AGCTTGATTGAGCTGTTaacctgaaagcttgactgatttgtttagcagctccatgaatgacacgatgaaatatgattgttcataactgttcgtgatgcaggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagaaagattcagacagagtttcttacagacagtctcttacggagtggtactctggtctgtcgcttggcacgttgctatttgttgctaagaataaaagtactgtttgtaaaaccacatgtttgtctgaagtaaatgtcatagtagta
gi|7                          :                       aataT-ACTTCT------GTGTATTGAACTA--A-G-------GT---TACAGTG-CA--ACTATAG--TTCATATAGGTAGAGAA----G---GGTGTGCGTCACCTTCGCT------G-GTCATATCGT--CC---GCCTG--TTACT----AG--AAA--G--TGACTTGATTTACA--C-ACCT-CG---TGTTT---------A---------------------T--------T-GTTGA--GGTTTTGGATGAT-TTG--------TTT-----GAC------GG
gi|9                          :                                                                                                          caattaaccagtaTGTATGTCA---CC-TT--TCCTG-GTCAT--AGCATCC-A-TC-TG--TTACC----AG--AAA--G--TGAATTGATTTACA--CACTTTATG---TATAC---------A---G----------T------TGAAGGTATT-AATAA--T---TTGACTGTT-GTG--------TCC-----TCA------AGACCA--TATGT-ACAGTCATACACAAA--GTAGCCA--ATCAAA-----CATC--CACAC-AAAT------AGTTC-ATG--TA-CA-------------GGGAGATA--ATGAA----GGCTTGACTGAGCTGTTTAC-AAATTAG-AAGCTCTA-TTAAA---GTCATGATGACATATG-TT------TAA-----TGTGATATGG--GAAGG--TTT--ATA--AAC-TGGAGA-TTT------GGC--TG--GAC--AG--TCGGG-AG--AG-----G-CGGATTCGG--AGA-----------------CAGGGAGA----GTCTCGGATATA-------GACAT-----CACTTGGGTC----TGCCGCTAGCCA----CTTGATGT--CTGTTGC-T-AGAATT--AAA-ATTACTATTTGTA---------ttttccccagcgcgaaatggtttgtgtatgcttttcagggatattacgaaagcttgatgagctgtgtacaaattaagacattcgtataaggcacacagaaatattgttaacgcgatgtgggagagtttataaactggagatttggctgaacaggcaggctgggagagagagagcacaaggagatatgctctgatagagagagcatcctagtctgttgctagccacttgctacagctgttgctagaattaaaagtgctatttgtaaaatcacatgtttgttttcaagtgttgcta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      agttcatataggtaaaagtgAGT-A--GTCAAA-----CAAG--TGAACGCAAG------ACCTTTGTTCGTG-CTT------TT--AAGGGAGATA--ATGAA----AGCTCGAGTGTACTGTTTACAAAATCAG-GAACTCCA-TTTAG---GTCACAATGAAATAT-ATT------TAA-----CGTGATGTGG--GAAGG--TTC--ATA--AAC-TTGGGA-TTT------GAC--TG-----------TCTGACAT--AT-----A-C----GCTG--AGA-----AG-A------CTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gtgtatatcgttgaagggtacgatgattcaattgttgtgcacccaccccccccccccccccctgtttcacatgtacaggcacaggtcgaaattaaatgaactgtcatactcaa--AAGGGAGATA--ATGAA----AGCTCGAGTGTACCGTTTACAAAATCAG-GAACTCCA-TTAAA---GTCACAATGAAATAT-ATT------TAA-----CGTGATGTGG--GAAAG--TTC--ATA--AAC-TGGGGA-TTT--GGCTGTC--TG--ATG---TATACGGAGAGA-AG-----A-C----TCtggtatatcgctatccacttgctatctgttgctagaattgaaagtactatttgtcaaaccacgtgtttgtttttaaatattgccatagtag
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         catgtacaggcacaggtcgaaattaaatgaacagtcatactcaaagaagccaaacaagtgaacgcacgacctttgttcgtgcttttGGGAGATA--ATGAATCAAAGCTTTATTGAATTATTTAC-TAGGGAA-AAGCTCCA-TTAAA---GTCGCTATGAAATA-G--TGTT-------TTTTTGTGGTGTGA--G--AGC-tggtatatcgctaaccacttgctatctgttgctagaagtaaaagtactatttgtcaaaccacgtgtttgtttttaagtattgccatagtagt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             ataccttgatttaaacactacgtttgttcctttgaaatgtttcgggggttgctcggaaccatcggtcagaacccagtcaacatcaaagtagccaatcagatcaaagcagggaaggtcgtgcttgcttttcccGGGATATTACGAA----AGCTTGAT-GAGCTGTGTAC-AAATTAA-GACATTCG-TATAA---GGCACACAGAAATAT---TGTT----AAC-----GCGATGTGG--G--AGAGTTT--ATA--AAC-TGGAGA-TTT------GGC--TG--A------------ACAGGCAG-----G-C----TGGG--AGAG----AG-AGAG---CACAAGGAGATAT-G-CTCT--GATA-------GA-GAGAG--CATCCTAGTC----TGTTGCTAGCCAC----TTGCTACAGCTGTTGC-T-AGAATTA-AAA-G-TGCTATTTGTA---------AAATCACATGTTTG-TTTTCAAGTactctggtctgtcgctagccacatgctatatattgctagaatattaaaagtactgtttgtaaaaccacgtgtttgtattatgctgtgaaca
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                    caattaaccagtatacttctgtgtattgaactaaggttacagtgcaactatagttcatataggtagagaagggtgtgcgtcaccttcgctggtcatatcgtccgcctgttactagaaagtgacttgatttacacacctcgtgtttattgttgaggttttggatgatttgtttgacggttttccccagcgcgaaatggtttgtgtatgcttttcaTGAA----AGCTTGACAGATTTGTTTAC-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAAT---GTCACGATGAAATATGATTGTTTA-TTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-GGGACA-TTTTAGTCAGAC--TG--CAG--AGAGACAGAGAG--AG-----A-T----TCGG--ACAG----AG-A------CTCGGAGAGG-CA-GTCTCT--CACG-------GA-GTGGG--TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAT---CTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGAAGT--AAA-G-TACTGTTTGTT---------GAACCACGTGTTTG-TCTT-AAGTAA-Tgttgcta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtgttaatatcgatcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgaccccaaccTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTAC-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAAT---GTCACGATGAAATATGATTGTTCA-TTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-TGGACA-CTTTAGTCAGA---TG--GGAT-AGATTCGGACAG--AG-----A-C----TCGT--AGAG----G-----------CAG----------TCTCT--TGCG-------GA-GTGGG--CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGAATT--AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAGTAA-Ttgtcatagtagc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTAC-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAAT---GTCACGATGAAATATGATTGTTCA-TTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-TGGACA-CTTTAGTCAGA---TG--GGAT-AGATTCGGACAG--AG-----A-C----TCGT--AGAG----G-----------CAG----------TCTCT--TGCG-------GA-GTGGG--CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGAATT--AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAGTAA-Ttgtcatagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccTGAA----AGCTTGATTGATTTGTTAAC-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAAT---GTCACGATGAAATATGATTGTTCA-TTATTGTTCATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAA-TGGACA-TTTTAGTCAGAC--TG--GGGGGAGATTCGAACAG--AG-----A-C----CTGG--AGAG----G-----------CAG----------TCTCT--TACT-------GA-GTGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGAATT--AAT-G-TAATGTTTGTA---------AACCCACATGTTTG-TCTT-AAGTAA-TAtgtcatagtagcac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatatcggtcaacatgttactaatgtgtactgaaattggcccaggtcgacttgccccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaaccTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTAC-AAGTTAG-CAACTCCA-TGAAT---GTCACGATGGAATATGATTGTTCA-TTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-GGGACA-TTTTAGTCAGAC--TGCAGAG--AAATTCGGACAT--AG-----A-C----TCGG--AGAG----G-----------CA----------GTCTCT--TACG-------GA-GTGGG--TACTCTAGTC----TGTCGTTTGGCAT---CTTGCCAT--CTGTTGC-TTAGAATT--AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGTTTG-TCTT-AAGTAA-taccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gtgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgactcaaaccTGCA----AGCTTGACTGATTTGTTTAC-AAGTTAG-CAGCTACA-TTAAT---GTCACGATGAAATATGATTGTTCA-TTATTGTTCGCGATGTAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-TGGACA-CTTTAGTCAGACAGCG--GAG--AGATTCGGACAG--AG-----A-C----TCGG--ACAG----A-----------CA----------GTCTCT--TACG-------GA-GT-GG--CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---ATTGCTAT--CTGTTGC-TAAAAAAT--AAA-G-TACTTTTTGTA---------GAACGACGTGTTTG-TCTT-AAGTAA-atgtcatagaagca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         attaatatcggtcagtaatgtatattgaatttgatacaagtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaaccTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA--------G-CAGCTCCA-TGAAT---GACACGATGAAATATGATTGTTCA-TAACTGTTCGTGATGCAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-GGGACA-TTTTAGTCAGAC--TGCAGAA--AGATTCAGACAG--AG-----T-T----TCTT--ACAG----A-----------CAG----------TCTCT--TACG-------GA-GTGG---TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---GTTGCTAT--TTGTTGC-TAAGAATA--AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACATGTTTG-TCTG-AAGTAA-aagtcatagtagca
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               acatgttactaatgtgtactgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaaccTGGA----AGCTTGATTGATTTGTTTAC-AAGTTAA-CAGCCCCA-TCAAA---GTCACGATGAAATATCATCG-GCATTAAC-G-TCGTGATGTTG--G--ACC-TTT--ATA--AAC-TGGACG-CTTGAGTCAGAC--TG--AGGC-AGATTCGGACAG--CG-----A-C----TCCG--AGAG----GG-AGT----TTC---GAAC-GA-TTCTCT--TACG-------AA-GAGGG--CACTatgtcatagtagta
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tggtaatatcggtcagcatgttactaatgtgtattgaaactggtgctggtcaatctatgtcttgtgggccatgaccccagccTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTAC-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAAT---GTCACGATGAATTATGATTGTTCA-TTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-AGGACA-TTTTAG
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcactgttccttgtgggtcaggctgtacgtcattactttagagatgaccccaaccTGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTAC-AAGTTAG-AAGCTCCA-CGAAT---GCCACGATAAagatg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgttaatatcggtcaacatgttactaatgagtattgaatttgatccaggtcaaactgttccatgtggatcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaccTGATTTGTTTAC-AAGTTA-------------AA----GTCATGATGAAATAACATTGTCCA-TTACTGTTCGTGATGTTG--G--GCC-TTT--ATA--AAC-TGGACG-CTTTAGTCAGAT--TGA-GAA--AGATTCGGACAA--AG-----A-C----TCGG--AGGGGCCCGG-A------TTCTTACGGA-GC-GTCTCG--TACG-------GA-GGGAG--CACTCTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttaatatcggtcatcgtattactaacgtgtattgaaactggtccaggtcaatctgatccatgtgggtcaggctgtacgtcatcaatttagccatgaccccagccT---GTCACTATTAAATA--AT-GTT--------GTTTTTAGTGTGG--G--CGC-TTTT-ATA--AAC-TGTACA-CTTTAGCCAA----TG--AGATTAGATTCGGACAG--AG-----A-C----TCGGGAAGGG----AG-T------CTCTTACAGG-TA-GTTTCT--TACG-------GA-GTAGA--CACTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---GTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGAATT--AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACTACGTGTTTG-TCTT-AAGTAATTGCCAT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                            gaaactaacccatgtcagtctgtatcgtaatagatcaagatatagatcgttactaaactataaactcgatatgatgctgaaggaacaccttgatttatacacttcgtgtgcacctcctgaaagcttataggtttcgcccatgcaattaacatgggagttgccatttaaaacaaagtcatcactaagggagacaatcggatttgaccagtgaagggcgtacgtgatcttctttccgggagattgaaacctGATGAAATATGATTGTTCA-TTATTGTTCGTGATGTGG--G--GAC-TTT--ATATAAAC-TGGACA-CTTTAGTCAGAC--TG--GGGG-AGATTCGGACAG--AG-----A-T----TCGG--AGAG----G-----------CAG----------TCACT--TACG-------GA-GTGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGAATT--AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAaga
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGAAAGT-GA-GTCTCT--TACA-------GA-GTGGG--CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---ATTGTTAT--CTGTAGC-TAAGA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gAGA-GC-ATTTCG--GATA-------GA-GTGAG--CACTCGGATC----TGGTGCTAGTCAC---AT-GCTAT--CTGTTGC-TAGGATTA--AAA-G-TACTATTTGT----------AAACCACGTGTTTG-TTTT-AAATCA-T
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tattaatatcaaataacatgtttacattgtgtatttaggtaatgttacagtgcataagtcatgaattgtagttcatataggtgaagaccatcactgcacaccctcctctgttactagaaacagtgttgaaggttgtgatagaaggtggctggttgtgtcccctagataacatgtagccatacttttagtagccaatcaaatgacagcacgtgtggttcgtgcgtacttttcaggaagataatgaaaggttgattagcgaattagaaaactcaattaaagtcacaatgaaatgttgccgtgaagagggaatgtttataaactggatatttggttgaacTTTTT--TGTG-------GT-GTGAGAGCACTCTGGTC----TGTCGCTAGCCAC---AT-GCTAT--ATATTGC-TAGAATATTAAAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TATT-Atgccgtaaaggtacaaatggaaattatctcacgatgattccattata
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ataccttgatttaaacactacgtttgttcctttgaaatgtttcgggggttgctcggaaccatcggtcagaacccagtcaacatcaaagtagccaatcagatcaaagcagggaaggtcgtgcttgcttttcccgggagataatgaatcaaagctttattgaattatttactagggaaaagctccattaaagtcgctatgaaatagtgt--TACG-------GA-GAGAA--GACTCTGGTA----TATCGCTAACCAC----TTGCTAT--CTGTTGC-T-AGAAGTA-AAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAGTAT-TGCCATtgctgtgaaca
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              catgtacaggcacaggtcgaaattaaatgaacagtcatactcaaagaagccaaacaagtgaacgcacgacctttgttcgtgcttttaagggagataatgaaagctcgagtgtaccgtttacaaaatcaggaactccattaaagtcacaatgaaatatatttaacgtgatgtgggaaagttcataaactggggatttggctgtctgatgtaACTCTGGTA----TATCGCTATCCAC----TTGCTAT--CTGTTGC-T-AGAATTG-AAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAATAT-TGCCATagtagt
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gtgtatatcgttgaagggtacgatgattcaattgttgtgcacccaccccccccccccccccctgtttcacatgtacaggcacaggtcgaaattaaatgaactgtcatactcaaagtagtcaaacaagtgaacgcaagacctttgttcgtgcttttaagggagataatgaaagctcgagtgtactgtttacaaaatcaggaactccatttaggtcacaatgaaatatatttaacgtgatgtgggaaggttcataaacttgggatttgactgtctgacatatacgctgagaagC----TGTT--TTAGCACATTCTTGGTAT--CGGTTGA-TA-TAATT--AAA-G-TACTATTTGTA---------AA-CCACGTGTTTG-TTTT-GAGTCA-Tagtag
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tttcttaaaagacaaagcttcgC---CTTGCTAT--CTGTTAC-TAAGAATT--AAAAG-TACTATTTGTA---------AAACAACGTGTTTG-TTCT-TAGTAT-TGCCATtgccgtag
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CGTGTTTGTCTTAAGTTAATGTCATAGTAGCACAAATATACATCATATTTCTTGAACATCATTTATTTATAGAAGTTAAGTCAGCTTGTAATATCTACTGAATTTCTCAAACATTTTTTCCTGAATTGAGGAATGTGCATACATATCAGTTTCACTGTTCTTTACATATAATGGGA
Unaligned ( gi|30 ): AATTTAAACATGATTCCAACCTCGTTCACAAGTTAATATCAGCATATACTGCAATAGTATTGTACATTATTTTTCTGTGGGGTGCCGTTTTATA
Unaligned ( gi|31 ): ATTAACATGATTGCTGTGTATGGAAAAAAGGACAGAGCAACCTATTTAATAAACTAATTAAAAGTGTGTGCATCACCATTTCTGGTCATAACC
Unaligned ( gi|34 ): ATCATTTAACCTGTTTTCTACTACATATTGAATTAAGGTTACAGTGAAGCTGTAGTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      11111111111111111111111111                                                                                                                                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    1111                                                                                                      2222222222222         22    1111                     666666666666666666666666666666666666666666666666666                           222222222222222222222                     1111111111111                                                      11111                                                                                                    1111111                                                           22222222222222222222222                                      00000000000000000000000000                                                                                                                                                   11      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  4444       5      555555          4444     1   5555555  22  22 9    99      1      3333 6666 333 0         333      66       55 2 44   22   7777777777777 22   22 22    7777          1          111111111111111111111111111111111111111111111111111   55 666         7      3 888888888888888888888   1  55     7777  3 5555555555555   1   1   1           4   444        6666666  2    1 66666 2   1 2    2   555  22    3333       2           1 3       33       1 1  1              333      0 0000000           22 88  22   44   22   1 22     77   0     4444  66666666666666666666666            1  44444  4444 22       2 22222222222222222222222222  2        5555555  1 0   8888888  333        3333       0     6666       22       1 0   1   9   3 1          8888888888              5    1   2 4 33      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ....       .      ......          ....     .   .......  ..  .. .    ..      .      .... .... ... .         ...      ..       .. . ..   ..   ............. ..   .. ..    ....          .          ...................................................   .. ...         .      . .....................   .  ..     ....  . .............   .   .   .           .   ...        .......  .    . ..... .   . .    .   ...  ..    ....       .           . .       ..       . .  .              ...      . .......           .. ..  ..   ..   ..   . ..     ..   .     ....  .......................            .  .....  .... ..       . ..........................  .        .......  . .   .......  ...        ....       .     ....       ..       . .   .   .   . .          ..........              .    .   . . ..      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  5555       7      555555          8888     8   9999999  55  55 4    66      7      7777 1111 222 2         222      88       66 8 33   55   5555555555555 55   55 55    8888          0          999999999999999999999999999999999999999999999999999   00 444         3      6 555555555555555555555   4  55     1111  1 8888888888888   4   0   8           2   666        9999999  9    6 99999 9   2 9    9   000  44    7777       8           8 6       55       8 6  0              222      8 2222222           44 99  22   33   55   8 55     11   4     0000  66666666666666666666666            9  88888  0000 66       1 66666666666666666666666666  0        9999999  8 3   4444444  000        9999       5     1111       44       7 7   7   1   6 8          6666666666              7    9   0 0 22      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--NTTGGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GACC--CCA-GCCTG--TTGCT----AG--AAA--GCTTGACA---TGATTTAAACNTTTCGTGTAT---------A---------G----------T------T-TG---------ATGA--G---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGACCA--CATGT----ACCG--C----------CATACTCAAAGTAGTCAATCAAACGTCC--GCACGAAAG-GGC--TC-GTGCGT-G--CT-TTTCA-GGGA-GAT---AA--TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTTAGTCAG----AC--T--G------------GGG--AGATTCGGACAG-AG-----AC----T--CGGAGAG-GG-----C-C-AG--------------GT-CTCTTACG-------GA-GTGGG-------CA---CTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
Reference ( family-1832 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--ANTGGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GANC--CCA-GCCTG--TTGCT----AG--AAA--G--TGACA---TGATTTAAACNTTTCGTGTAT---------A---------G----------T------T-TG---------ATGA--G---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGACCA--CATGT----ACCG--C----------CATGCTCNAAGCAGTCAATCAAACGTCC--GCACGAAAG-GGC--TC-GTGCGT-A--TT-TTTCA-GGGA-GAT---AA--TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTTAGTCAG----AC--T--G------------GGG--AGATTCGGACAG-AG-----AC----T--CGGAGAG-GG-----CTC-AG--------GAGGG-GT-CTCTTACG-------GA-GTGGG-------CA---CTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTGATATCAATTA----ATCTGTTTACTACT------GTGTATTGAA--TTAAGGC-CAC-------ATTGCA--A-CTATAGCTCATA-TAGGTA----A----A---AGTG-ACCT-----TCCCT----GGTTAT-GTTG--TCC-GTCTG--TTATT----AG--AAA--G--TGACT---TGATTTACACATCTCGTGTATTTCGCTGAAG---------G----------T------TCTG---------ATGA--T---TTGATTGTT-GTGGCC-CCAGCTTCACATGTATAGGCAGGGATCAAACATGA----ACAG--T----------TACACTCAGAGTAGTCAAGTAAACGTCC--GCAC-AAAT-GAT--AT-GTGCAT-G--AT-ATTCA-GGGA-GGT---AA--TGGT----AGCTTGATTGAGCTGTTTA-C-AAAACAG-GAGCTCCA-ATACAGTCAGGATGAAAT----ATTGTTTA-CACTTAACGTGATGTGGAAA--GG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA-TTTT-GTTGG----AC--G--G------------ATC--AGACTTGGACA--AG-----ACAGTTT--CATATGA-GT-----CTC-AG----------GCA-GT-CTCTGA-GAGAGAGAGA-GAGAG-------CA---CTCTGGTTAGTGTGTTCCTAGCCA----CTTGCTGT--CTGTTAC-T-AGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTAAAAGTTCTTAAACCATTTGTTTGTTTTT-AAG-T-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATGA----ACTG--T----------CATACTCAAAGTAGTCAAACAA--GT----GAACGCAAG-ACC--TTTGTTCGT-G--CT-TTTAA-GGGA-GAT---AA--TGAA----AGCTCGAGTGTACTGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTTAGGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAGG--TTC--ATA--AAC-TTGGGA----TTT-----G----AC--T--G---------------------TCTGACAT-AT-----AC----G--CTGAGAA-GA-----CTC-TG--------Gcttgtcaaagtagtac
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtgtatatcgttgaagggtacgatgattcaattgttgtgcacccaccccccccccccccccctgtttcacatgtacaggcacaggtcgaaattaaA---CTCTGGTA----TATCGCTATCCAC----TTGCTAT--CTGTTGC-T-AGA-ATTGAAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAA-T-AT-TGCCATtatatcgctatccacttgctatctgttgctagaattgaaagtactatttgtcaaaccacgtgtttgtttttaaatattgccatagtag
gi|11                         :                 gtgtatatcgttgaagggtacgatgattcaattgttgtgcacccaccccccccccccccccctgtttcacatgtacaggcacaggtcgaaattaaatgaactgtcatactcaaagtagtcaaacaagtgaacgcaagacctttgttcgtgcttttaagggagataatgaaagctcgagtgtactgtttacaaaatcaggaactccatttaggtcacaatgaaatatatttaacgtgatgtgggaaggttcataaacttgggatttgactgtctgacatatacgctgagaagGTTAATATCGATCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--TTTGGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GACC--CCA-ACCT-------------G--AAA--GCTTGACA----GATTTagtag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gt--TGAA----AGCTTGACAGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTTATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTTTAGTCAG----AC--T--GCAGAGAGACAGAGAG--AGATTCGGACAG-AG-----AC----T--CGGAGAG-G--------C-A---------------GT-CTCTCACG-------GA-GTGGG-------TA---CTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAT---CTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-AGT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------GAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgtttattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagagacagagagagattcggacagagactcggagaggcagtctctcacggagtgggtactctggtctgtcgcttggcatcttgctaactgttgctaagaagtaaagtactgtttgttgaaccacgtgtttgtcttaagtaattgtcatagtagc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                         gtgttaatatcgatcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--TTTGGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GACT--CAA-ACCT-------------G--AAA--GCTTGAC----TGATTTagtagc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gt--TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAACTCCA-TGAATGTCACGATGGAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTTTAGTCAG----AC--T--GCA----------GAG--AAATTCGGACAT-AG-----AC----T--CGGAGAG-G--------C-A---------------GT-CTCTTACG-------GA-GTGGG-------TA---CTCTAGTC----TGTCGTTTGGCAT---CTTGCCAT--CTGTTGC-TTAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGTTTG-TCTT-AAG-TAAA-TGTCATgtttacaagttagcaactccatgaatgtcacgatggaatatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagaaattcggacatagactcggagaggcagtctcttacggagtgggtactctagtctgtcgtttggcatcttgccatctgttgcttagaattaaagtactgtttgttaaaccacatgtttgtcttaagtaaatgtcatagaagca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                         gtgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgactcaaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAA--TTTGGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GACC--CCA-ACCT-------------G--AAA--GCTTGAC----TGATTTagaagca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gt--TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTTAGTCAG----A---T--G------------GGAT-AGATTCGGACAG-AG-----AC----T--CGTAGAG-G--------C-A---------------GT-CTCTTGCG-------GA-GTGGG-------CA---CTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                         gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAA--TTTGGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GACC--CCA-ACCT-------------G--AAA--GCTTGAC----TGATTTagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gt--TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTTAGTCAG----A---T--G------------GGAT-AGATTCGGACAG-AG-----AC----T--CGTAGAG-G--------C-A---------------GT-CTCTTGCG-------GA-GTGGG-------CA---CTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                            gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAA--ATTGGCC-CAG-------GT--CG--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GACC--CCA-ACCT-------------G--AAA--GCTTGAT----TGATTTagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --TGAA----AGCTTGATTGATTTGTTAA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAA-T--GGACA-TTTTAGTCAG----AC--TGGG------------GGG--AGATTCGAACAG-AG-----AC----C--TGGAGAG-G--------C-A---------------GT-CTCTTACT-------GA-GT-GG-------CA---CTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAT-G-TAATGTTTGTA---------AACCCACATGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gttaacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcatgatgtgggggctttataaaatggacattttagtcagactggggggagattcgaacagagacctggagaggcagtctcttactgagtggcactctggtctgtcgcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaatgtaatgtttgtaaacccacatgtttgtcttaagtaatataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                               aatatcggtcaacatgttactaatgtgtactgaaattggcccaggtcgacttgccccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaaccTTAATATCGGTCA----G---------TAAT------GTATATTGAA--TTTGATA-CAA-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GACC--CCA-ACCTG--C-------------AA--GCTTGAC----TGATTTataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       a--TGCA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTACA-TTAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGCGATGTAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTTAGTCAG----ACAGC--G------------GAG--AGATTCGGACAG-AG-----AC----T--CGGACAG-A--------C-A---------------GT-CTCTTACG-------GA-GT-GG-------CA---CTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---ATTGCTAT--CTGTTGC-TAAAA-AAT-AAA-G-TACTTTTTGTA---------GAACGACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gtttacaagttagcagctacattaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcgcgatgtaggggctttataaactggacactttagtcagacagcggagagattcggacagagactcggacagacagtctcttacggagtggcactctggtctgtcgcttggcacattgctatctgttgctaaaaaataaagtactttttgtagaacgacgtgtttgtcttaagtaaaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                 attaatatcggtcagtaatgtatattgaatttgatacaagtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaacc----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAA--TTTGGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GACC--CAA-ACCT-------------G--AAA--GCTTGAC----TGATTTaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA---------G-CAGCTCCA-TGAATGACACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGCAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTTTAGTCAG----AC--T--GCA----------GAA--AGATTCAGACAG-AG-----TT----T--CTTACAG-A--------C-AG---------------T-CTCTTACG-------GA-GTGG--------TA---CTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---GTTGCTAT--TTGTTGC-TAAGA-ATA-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACATGTTTG-TCTG-AAG-TAAA-TGTCATgtttagcagctccatgaatgacacgatgaaatatgattgttcataactgttcgtgatgcaggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagaaagattcagacagagtttcttacagacagtctcttacggagtggtactctggtctgtcgcttggcacgttgctatttgttgctaagaataaaagtactgtttgtaaaaccacatgtttgtctgaagtaaatgtcatagtagta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    acatgttactaatgtgtactgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaaccATGA----ACAG--T----------CATACTCAAAGAAGCCAAACAAGTGAAC--GCACGA------CCTTT-GTTCGT-G--CT-TTTAA-GGGA-GAT---AA--TGAA----AGCTCGAGTGTACCGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTAAAGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAAG--TTC--ATA--AAC-T--GGGGA--TTTGG-CTG----TC--T--G------------ATG---TATACGGAGAGAAG-----AC----T--Cagtagta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             catgtacaggcacaggtcgaaattaaTACG-------GA-GAGAA-------GA---CTCTGGTA----TATCGCTAACCAC----TTGCTAT--CTGTTGC-TAGAA-GTA-AAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAG-T-AT-TGCCATtggtatatcgctaaccacttgctatctgttgctagaagtaaaagtactatttgtcaaaccacgtgtttgtttttaagtattgccatagtagt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgtacaggcacaggtcgaaattaaatgaacagtcatactcaaagaagccaaacaagtgaacgcacgacctttgttcgtgcttttaagggagataatgaaagctcgagtgtaccgtttacaaaatcaggaactccattaaagtcacaatgaaatatatttaacgtgatgtgggaaagttcataaactggggatttggctgtctgatgtaTCAAAGTAGCCAATCAGA--TCAAAGCAGGGAAG-G----TC-GTGCTT-G--CT-TTTCCCGGGA-GAT---AA--TGAATCAAAGCTTTATTGAATTATTTA-C-TAGGGAA-AAGCTCCA-TTAAAGTCGCTATGAAATA--G--TGTT--TT----TTTGTGGTGTGA--G--AGC-agtagt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ataccttgatttaaacactacgtttgttcctttgaaatgtttcgggggttgctcggaaccatcggtcagaacccagtcaacaT-TTTTTGTG-------GT-GTGAGAG-----CA---CTCTGGTC----TGTCGCTAGCCAC---AT-GCTAT--ATATTGC-TAGAATATT-AAAAG-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TATT-Aactctggtctgtcgctagccacatgctatatattgctagaatattaaaagtactgtttgtaaaaccacgtgtttgtattatgctgtgaaca
gi|2                          :                                                                                                               ataccttgatttaaacactacgtttgttcctttgaaatgtttcgggggttgctcggaaccatcggtcagaacccagtcaacatcaaagtagccaatcagatcaaagcagggaaggtcgtgcttgcttttcccgggagataatgaatcaaagctttattgaattatttactagggaaaagctccattaaagtcgctatgaaatagtgtGTTA----TCATGCT-ACTAATTATAATGTGTATTGAC--ACTGGCC-CAG-------GT--CA--ATCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----A---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGGCAT-AATC--CCA-GTCTG--TTGCT----AG--AAA--G--TGGCA---TGATCTAACCTTCTCTTGCAA---------A---------G----------TG-----T-TGAAGGTTTCAATGA--G---TTGACCAGT-GTGTCC-C-------AC------------GAAACA--CATGT----ACTG--C----------CATATTCAAAGTAGTCAATCAAATGTTA--ACATGAAAG-GGC--TC-GTGCAT-A---T-TTTCA-GGGA-GAT---AA--------------TGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CGGCTCCA-TTAAACTCACAATGAAATA-TCACTGTCCATTATTGTTCGTGATG-GT--G--GGC-TTTTGCCA--GACTT--GGACAGCCTCATTCAGAGACAC--G--GAGA---------GGG--AGTTTGGAACGC-AG-----TC----T--CGG-------------TC-A---------------GT-CCCTTATG-------GA-GAGGG-------AA---CTTTGGTC----TGTAGATAAGCAC---CTTGCTAT--TTGTTGCTTAAGA-ATT-A------ACTATTTGTA---------AAACCATGTGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCCATtgctgtgaaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtgtgtacagctGTTATTATCCATTA----ATCTGTTTACTACT------TTGTATTGAATTAC-GGCCACAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-AAGGTA----A----AAATG-TGTATGTCA---CC-TTTCCTGGCCAT--ACCG-CCC-GTATG--TTGCT----AG--AGA--G--TGACT---TGATTTAAACACTTTGTGTAT---------ACCT------G----------TGAAAGAT-TG----------TGAGGG---TTGTTTAGTAGTGCCC-T-------CC------------TAATAA--CATGTAGTCACCGGTCTGAACCCAGACATCCTCAAAGTAACCAATCGAATGAAA--GCACGTAAG-G----TC-ATGCAT-GC-TT-TTTCA-GGGA-GGT---AA--TGGA----AGCTTGAagtagta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tGTT-ACTACT------GTGTATTGGA--AT------AAG-------GA--CA--G--TGC--GACATA-TAGGTA----AAAGTG---TGTGTGTGTCA---TCTTTTC-TAGTCAT-AAAC--CCA-GCCTG--TTGCT----AG--AAA--G--TGGCA---TGATTTAAACTTCTCGTGTAT---------A---------GCGCTGAAGGTT------T-TG---------ATGA--G---TTGACCGTT-GTGTCC-C-------AC------------AGATCA--CATGT----AGAG--T----------CGCACACAAAGTAGTCGATCAAACGTCC--GCATGAAAT-TGT--TC-GTGTAA-AACCT-TTTTA-GGGA-GAT---AA--TGAA----AGCTTGATTGAGCTGTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aataTTAATATCGGTCA----TCGTATT-ACTAAC------GTGTATTGAA--ACTGGTC-CAG-------GT--CA--ATCTGA--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCAATT--TAGCCAT-GACC--CCA-GCCTGATTTGTTTACAAGTTAAA--G--T--CA---TGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CTGATTTGTTTA-C-AAGTTA--------------AAGTCATGATGAAATA-ACATTGTCCATTACTGTTCGTGATGTTG--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTTTAGTCAG----AT--T--GA-----------GAA--AGATTCGGACAA-AG-----AC----T--CGGAG-G-GG-----CCC-GGATTCTTACGGAGC-GT-CTCGTACG-------GA-GGGAG-------CA---CTCTGgaaataacattgtccattactgttcgtgatgttgggcctttataaactggacgctttagtcagattgagaaagattcggacaaagactcggaggggcccggattcttacggagcgtctcgtacggagggagcactctg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                               ttaatatcggtcatcgtattactaacgtgtattgaaactggtccaggtcaatctgatccatgtgggtcaggctgtacgtcatcaatttagccatgaccccagcTAATATCGGTCA----GCATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--ACTGGTG-CTG-------GT--CA--ATCTAT--GTCTTG-TGGGCC----A----
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgg--TGGA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAA-CAGCCCCA-TCAAAGTCACGATGAAATA-TCATCG-GCATTAACG-TCGTGATGTTG--G--ACC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTTGAGTCAG----AC--T--G------------AGGC-AGATTCGGACAG-CG-----AC----T--CCGAGAG-GGAGT--TTC--G--------AACGA-TT-CTCTTACG-------AA-GAGGG-------CA---CTtgaccccagcctggaagcttgattgatttgtttacaagttaacagccccatcaaagtcacgatgaaatatcatcggcattaacgtcgtgatgttggacctttataaactggacgcttgagtcagactgaggcagattcggacagcgactccgagagggagtttcgaacgattctcttacgaagagggcact
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                     tggtaatatcggtcagcatgttactaatgtgtattgaaactggtgctggtcaatctatgtcttgtgggccatgaccccagccAATATCGGTCAGTCAACATGTT-ACTAAT------GTATAACGAA---CTGGTA-CAG-------GA--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TGGCCAT-TAAC--CCAAGCATG--TTGCT----AG--AAA--G--TTGCA---AGAATTAAACCGTTTGTATGT---------A---------G----------T------T-TT---------GTGA--G---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGACCA--CATGT----GCCG--C----------CATGCTCTAACCA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--TTTGGTC-CAG-------GT--CA----CTGT--TCCTTG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TTACTT--TAGAGAT-GACC--CCA-ACCT-------------G--AAA--GCTTGAC----TGATTTcatacatactgtatcgtactaattcaatgaatggggtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              t-GGC--T--GTACGTCA--TTACTTTA-GAGATGACCCCAACCTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAATTA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-A--GGACA-TTTTAGgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaattatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacaggacattttagagatg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcactgttccttgtgggtcaGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGTGATGTGG--G--GAC-TTT--ATATAAAC-T--GGACA-CTTTAGTCAG----AC--T--G------------GGGG-AGATTCGGACAG-AG-----AT----T--CGGAGAG-G--------C-AG---------------T-CACTTACG-------GA-GTGG--------CA---CTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAagatg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CGTGTTTG-TCTT-AAGTT-AA-TGTCAT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GAGTATTGAA--TTTGATC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGATC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GA-C--CCA-ACCT-------------G--AAA--GCTTGAT----TGATTTagtagcacaaatatacatcatatttcttgaacatcatttatttatagaagttaagtcagcttgtaatatctactgaatttctcaaacattttttcctgaattgaggaatgtgcatacatatcagtttcactgttctttacatataatggga
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       t--TGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-AAGCTCCA-CGAATGCCACGATAAgtttacaagttagaagctccacgaatgccacgataa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgttaatatcggtcaacatgttactaatgagtattgaatttgatccaggtcaaactgttccatgtggatcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaccC----TGTT--TTAGCACATTCTTGGTAT--CGGTTGA-TA-TA-ATT-AAA-G-TACTATTTGTA---------AA-CCACGTGTTTG-TTTT-GAG-T-CATTGCCGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttcttaaaagacaaagcttcgGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTGAT------GTGTATTGAG--AATGGCC-TAG-------GT--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAACCAT-TAAC--CCA-GCATG--TTGCT----AG--AAA--G--TGGCA---TGATTTAAATCTTTCGGGTAT---------A---------G----------T------T-TG---------GTGA--G---TTGACCGGT-GTGTTC-T-------AT------------GGACCA--CATGT----GCCA--C----------CATGCTCTTACCAGTCAATCAAACATCC--ACATGAAAG-AGC--TT-GTGCGT-A--TA-ATGAA-GGGG-GAT---AA--TGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTAAGTCAG----AC--T--G------------GGG--AGATTCGGACAG-AG-----AC----T--CGGAGAGAGA-----CTC-AGA-------GAGGGCGT-CTCTTATG-------GA-GTGGG-------CA---CTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-AAT-AAA-G-TATTGTTTGTA---------AAACCACTTGTTTA-TCTT-AAG-T-AA-TACCATag
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GA-GT-CTCTTACA-------GA-GTGGG-------CA---CTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---ATTGTTAT--CTGTAGC-TAAGA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gagaaagtC---CTTGCTAT--CTGTTAC-TAAGA-ATT-AAAAG-TACTATTTGTA---------AAACAACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GTAAGTATCGGTCA----TCAT-------AAT------GTGTATTGAA--ACTGGTC-CA----------------------------TA-TGCGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GACT--CTA-GCATG--TTGCT----AG--AAG--G--TGGCA---TGATTTAAACCTTTCGTGTAT---------A---------G----------T------T-TG---------ATGA--G---TTGACCGGT-GTGTAA-C-------AA------------GGAACA--CATGT----ACCG--C----------CGTGATCCAAACAGTCAATCAAATATCC--ACATGAATG-GGT--TC-GTGCAT-A---T-TTTCA-GGGA-GAT---AA--TGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AGGTTAG-CAGCTCCA-TTAAAGTCACGATGAAATA-TCATCGTTCAGTTTTATT-ATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACG-CTTTAACCAG----TC--A--T------------AGC--AGACTTGAGCGG-AC-----AT----A--CAGAGAG-AG-----CAC-A------------AA-GT-CT----CG-------GA-GAGGGAGTTTCTCA---CTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTATTGT-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCAAGAGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTAATATCAAATA----ACATGTTTAC-ATT------GTGTATTTAGGTAATGTTA-CAGTGCATAAGT--CATGAATTGTAGTTCATA-TAGGTG----A----A---G----AC--CA---TCACT-----GC-AC--ACC--CTC-CTCTG--TTACT----AG--AAACAG--TG----------TTGAAGGTT--GTG-AT---------A---------G--------------------------------AA--G---GTGGCTGGTTGTGTCC-C-------CT------------AGATAA--CATGT----A--G--C----------CATACTTTTAGTAGCCAATCAAATGACA--GCACGT--GTGGT--TC-GTGCGT-A--CT-TTTCA-GGAA-GAT---AA--TGAA----AGGTTGA---------TTAGC-GAATTAGAAAACTCAA-TTAAAGTCACAATGAAAT----GTTG-----------CCGTGAAGAGG--G--AATGTTT--ATA--AAC-T--GGATA--TTTGGTTGA----AC--A--G------------AGC--AT-TTCGGATAG-AGTGAGCAC----T--CGGAagtag
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ta-------GA-GTGAG-------CA---CTCGGATC----TGGTGCTAGTCAC---AT-GCTAT--CTGTTGC-TAGGA-TTA-AAA-G-TACTATTTGT----------AAACCACGTGTTTG-TTTT-AAA-T-CATTGCCGTtctggtgctagtcacatgctatctgttgctaggattaaaagtactatttgtaaaccacgtgtttgttttaaatcattgccgtaaaggtacaaatggaaattatctcacgatgattccattata
gi|6                          : tattaatatcaaataacatgtttacattgtgtatttaggtaatgttacagtgcataagtcatgaattgtagttcatataggtgaagaccatcactgcacaccctcctctgttactagaaacagtgttgaaggttgtgatagaaggtggctggttgtgtcccctagataacatgtagccatacttttagtagccaatcaaatgacagcacgtgtggttcgtgcgtacttttcaggaagataatgaaaggttgattagcgaattagaaaactcaattaaagtcacaatgaaatgttgccgtgaagagggaatgtttataaactggatatttggttgaacagagcatttcggataGAA--ACTAACC-CAT-------GT--CA--GTCTGT--ATCGTAATAGATC----A----A---GATATAGATCG---TTACTA---AACTAT-AAAC--TCG-ATATG--ATGCT-----G--AAG--G---AACACCTTGATTTATACACTTCGTGTaaaggtacaaatggaaattatctcacgatgattccattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTCACTATTAAATAATG-TTGTTT-TTA---------GTGTGG--G--CGC-TTTT-ATA--AAC-T--GTACA-CTTTAGCCAA--------T--G------------AGATTAGATTCGGACAG-AG-----AC----T--CGGGAAG-GGAGTCTCTT-AC--------AGGTA-GT-TTCTTACG-------GA-GTAGA-------CA---CTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---GTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACTACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGCCATgcacctcctgaaagcttataggtttcgcccatgcaattaacatgggagttgccatttaaaacaaagtcatcactaagggagacaatcggatttgaccagtgaagggcgtacgtgatcttctttccgggagattgaaaccttgtcactattaaataatgttgtttttagtgtgggcgcttttataaactgtacactttagccaatgagattagattcggacagagactcgggaagggagtctcttacaggtagtttcttacggagtagacactctggtctgtcacttggcacgttgctaactgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaactacgtgtttgtcttaagtaattgccataga
gi|7                          :                                                                                  gaaactaacccatgtcagtctgtatcgtaatagatcaagatatagatcgttactaaactataaactcgatatgatgctgaaggaacaccttgatttatacacttcgtgtgcacctcctgaaagcttataggtttcgcccatgcaattaacatgggagttgccatttaaaacaaagtcatcactaagggagacaatcggatttgaccagtgaagggcgtacgtgatcttctttccgggagattgaaaccttT-ACTTCT------GTGTATTGAACTAAGGTTA-CAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-TAGGTAGAGAA----G---GGTGTGCGTCACCTTCGCT----GGTCAT--ATCGTCC--GCCTG--TTACT----AG--AAA--G--TGACT---TGATTTACACACCTCGTGTTT---------A---------------------------T-TG---------TTGA--GGTTTTGGATGAT-TTGTTT-G-------AC------------GGaga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       caattaaccagta--GCGCGAAAT-GGT--TT-GTGTAT-G--CT-TTTCA-GGGA-TAT---TA--CGAA----AGCTTGA-TGAGCTGTGTA-C-AAATTAA-GACATTCG-TATAAGGCACACAGAAAT----ATTGTTAA--------CGCGATGTGG--GA-GAG-TTT--ATA--AAC-T--GGAGA--TTTGGCTGA----AC-----A------------GGC--AGGCT-GG---G-AG-----A----------GAGAG-AG-----CACAAG--------GAGAT-ATGCTCTGATA-------GA-GAGAG-------CA---TCCTAGTC----TGTTGCTAGCCA----CTTGCTACAGCTGTTGC-T-AGA-ATTAAAA-G-TGCTATTTGTA---------AAATCACATGTTTG-TTTTCAAG-T-GT-TGCTAttttccccagcgcgaaatggtttgtgtatgcttttcagggatattacgaaagcttgatgagctgtgtacaaattaagacattcgtataaggcacacagaaatattgttaacgcgatgtgggagagtttataaactggagatttggctgaacaggcaggctgggagagagagagcacaaggagatatgctctgatagagagagcatcctagtctgttgctagccacttgctacagctgttgctagaattaaaagtgctatttgtaaaatcacatgtttgttttcaagtgttgcta
gi|8                          :                                                                                                                                     caattaaccagtatacttctgtgtattgaactaaggttacagtgcaactatagttcatataggtagagaagggtgtgcgtcaccttcgctggtcatatcgtccgcctgttactagaaagtgacttgatttacacacctcgtgtttattgttgaggttttggatgatttgtttgacggttttccccaTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAA--G-------------------------ACCTAC--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCATTAACC--CCA-GCATG--TTGCT----AG--AAA--G--TGGCA---TGATTTAAACGTTTCGTGTAT---------A---------G----------T------T-CT---------GTGA--G---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGACCA--CATGT----GCCG--C----------CATGCTTTAACCAGTCAATCAAGTATCC--ACATGGAAA-GGC--TC-GTGCAT-A--TT-TTT-A-TGGA-GAT---AA--TGAA----AGCTTGATTGATTTTTTTA-C-AAGTTA--CAATTCCATTAAAGGTCAC------------ATT-----TTA-----TGTGGTGTCA--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--AGGCG-TTTT-----G----AC--C--A------------GAG--A-----GGACAG-TC-----TC----TTACGGAGTG-GG-------C-A------------------CTCT---G-------G--------------------TCT---------GTCACTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --TTCATA-TAGGTA----AAA--G---TGTGTATGTCA---CC-TTTCCTGGTCATAGCAT--CCA--TCTG--TTACC----AG--AAA--G--TGAAT---TGATTTACACACTTTATGTAT---------ACAGTTGAAGG----------TA-----T-TA---------ATAA--T---TTGACTGTT-GTGTCCTC-------A-------------AGACCA--TATGT----ACAG--T----------CATACACAAAGTAGCCAATCAAACATCC--ACAC-AAAT-AGT--TC-ATG--T-A--------CA-GGGA-GAT---AA--TGAA----GGCTTGACTGAGCTGTTTA-C-AAATTAG-AAGCTCTA-TTAAAGTCATGATGACATA-TGTTTA---AT--------GTGATATGG--GAAGG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA--TTTGGCTGG----ACAGT--C------------GGG--AGAGGCGGAT----------------T--CGGAGA-----------C-AG--------GGAGA-GT-CTC----G-------GATATAGA-------CATCACTTGGGTC----TGCCGCTAGCCAC----TTGATGT--CTGTTGC-T-AGA-ATT-AAA-ATTACTATTTGTA---------agtag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): AATTTAAACATGATTCCAACCTCGTTCACAAGTTAATATCAGCATATACTGCAATAGTATTGTACATTATTTTTCTGTGGGGTGCCGTTTTATA
Unaligned ( gi|31 ): ATTAACATGATTGCTGTGTATGGAAAAAAGGACAGAGCAACCTATTTAATAAACTAATTAAAAGTGTGTGCATCACCATTTCTGGTCATAACC
Unaligned ( gi|34 ): ATCATTTAACCTGTTTTCTACTACATATTGAATTAAGGTTACAGTGAAGCTGTAGTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             222222222     11       1111                       5555555555555555555555555555555555555555555555555555                           222222222222222222222                333333333333333333333333333333333333333                                                           1111                                                                                                                                                                        22222222222222222222222                                  666666666666666666666                            1111111                                                                                                               11      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 4444       5      555555          1 5555    3   5555555  22  22 9    99      1      3333 6666 333 0         333      66       33  1 1   0   999999999     99   333 9999          1      44    3333333333333333333333333333333333333333333333333333   44 555         6      3 444444444444444444444   777  44   33 111111111111111111111111111111111111111   2  2  0               7777777 33       22 9999  2    1  6666 33     2             3333       2           1 3       33       1 1  1              333      0 99999999          22 88  22   44   22   1 22     55  5555555       4444  99999999999999999999999         22   1  1  4444     2    999999999999999999999  333        5555555  1 00  1111111          3333       0    3333        22       1 0   1   9   3 1          8888888888              5    1   2 4 33      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 ....       .      ......          . ....    .   .......  ..  .. .    ..      .      .... .... ... .         ...      ..       ..  . .   .   .........     ..   ... ....          .      ..    ....................................................   .. ...         .      . .....................   ...  ..   .. .......................................   .  .  .               ....... ..       .. ....  .    .  .... ..     .             ....       .           . .       ..       . .  .              ...      . ........          .. ..  ..   ..   ..   . ..     ..  .......       ....  .......................         ..   .  .  ....     .    .....................  ...        .......  . ..  .......          ....       .    ....        ..       . .   .   .   . .          ..........              .    .   . . ..      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 5555       7      555555          0 7777    6   9999999  55  55 4    66      7      7777 1111 000 9         000      55       88  7 7   2   333333333     77   000 3333          0      22    5555555555555555555555555555555555555555555555555555   22 444         2      1 444444444444444444444   555  66   99 999999999999999999999999999999999999999   9  9  1               7777777 99       99 8888  9    6  1111 99     9             5555       8           8 6       55       8 6  0              222      8 22222222          44 99  22   33   55   8 55     66  9999999       0000  66666666666666666666666         66   9  9  0000     0    777777777777777777777  222        7777777  7 66  6666666          9999       5    1111        44       7 7   7   1   6 8          6666666666              7    9   0 0 22      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNCTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGA--G---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGA--NCA--CAT--G-----T----ACC------------G--C----------CAT-AC-TCAAAGTAGCCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--C-T--TTTCA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------TAGTCAG----AC--T--G------------GGG--AGATTCGGA--CAG-AG-AC----TCGGA-GAGG----------C-A--------GT---CTCTTACG-------GA-GTGGG-------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
Reference ( family-1832 )     :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNTTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGA--G---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGA--CCA--CAT--G-----T----ACC------------G--C----------CAT-AC-TCAAAGTAGTCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--C-T--TTTCA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------TAGTCAG----AC--T--G------------GGG--AGATTCGGA--CAG-AG-AC----TCGGA-GAGGG-----C---C-AG-------GT---CTCTTACG-------GA-GTGGG-------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                   GTTGATATCAATTA----ATCTGTTTACTACT------GTGTATTGAATT--A-AGGC-CAC-------ATTGCA--A-CTATAGCTCATA-TAGGTA----A----A---AGTG-ACCT-----TCCCT----GGTTAT-GTT-G-TCCGTCTG--TTATTAGAAAG--TGA---CT---TGATTTACACATCTCGT--GTATTTCGCTGAAG---------G----------T------TC-TG---------ATGA--T---TTGATTGTT-GTGGCC-CCAGCTTCACATGTATAGGCAGGGA--TCAAACAT--G-----A----ACA------------G--T----------TAC-AC-TCAGAGTAGTCAAGTAAACGTCC--G--CAC-AAAT-GAT--AT-GTGCATG--A-T--ATTCA-GGGAGGTAATGGT----AGCTTGATTGAGCTGTTTA-C-AAAACAG-GAGCTCCA-ATACAGTCAGGATGAAAT----ATTGTTTA-CACTTAACGTGATGTGGAAA--GG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA-TTT-------T-GTTGG----AC--G--G------------ATC--AGACTTGGA--CA--AG-ACAGTTTCATATGAGTC-----T---C-AGGCA----GT---CTCTGA-GAGAGAGAGA-GAGAG-------CACTCTGGTTAGTGTGTTCCTAGCCA----CTTGCTGT--CTGTTAC-T-AGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTAAAAGTTCTTAAACCATTTGTTTGTTTTT-AAG-T-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AT--G-----A----ACT------------G--T----------CAT-AC-TCAAAGTAGTCAAACAA--GT----G--AACGCAAG-ACC--TTTGTTCGTG--C-T--TTTAA-GGGAGATAATGAA----AGCTCGAGTGTACTGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTTAGGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAGG--TTC--ATA--AAC-TTGGGA----TT-------T-----G----AC--T--G---------------------TCTGA--CAT-AT-AC----GCTGA-GAAG---------------------------------------------------------ACTCTGGTA----TATCGCTATCCA----CTTGCTAT--CTGTTGC-T-AGA-ATTGAAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAA-T-AT-TGCCATcttgtcaaagtagtac
gi|11                         :                                                                                                                                    gtgtatatcgttgaagggtacgatgattcaattgttgtgcacccaccccccccccccccccctgtttcacatgtacaggcacaggtcgaaattaaGTTAATATCGATCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---CA----GATTTagtag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtTGAA----AGCTTGACAGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTTATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTT-------TAGTCAG----AC--T--GCAGAGAGACAGAGAG--AGATTCGGA--CAG-AG-AC----TCGGA-GAGG----------C-A--------GT---CTCTCACG-------GA-GTGGG-------TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAT---CTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-AGT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------GAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgtttattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagagacagagagagattcggacagagactcggagaggcagtctctcacggagtgggtactctggtctgtcgcttggcatcttgctaactgttgctaagaagtaaagtactgtttgttgaaccacgtgtttgtcttaagtaattgtcatagtagc
gi|12                         :                                                                                                                        gtgttaatatcgatcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-T-CAAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagtagc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAACTCCA-TGAATGTCACGATGGAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTT-------TAGTCAG----AC--T--GCA----------GAG--AAATTCGGA--CAT-AG-AC----TCGGA-GAGG----------C-A--------GT---CTCTTACG-------GA-GTGGG-------TACTCTAGTC----TGTCGTTTGGCAT---CTTGCCAT--CTGTTGC-TTAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGTTTG-TCTT-AAG-TAAA-TGTCATgtttacaagttagcaactccatgaatgtcacgatggaatatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagaaattcggacatagactcggagaggcagtctcttacggagtgggtactctagtctgtcgtttggcatcttgccatctgttgcttagaattaaagtactgtttgttaaaccacatgtttgtcttaagtaaatgtcatagaagca
gi|13                         :                                                                                                                        gtgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgactcaaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagaagca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------TAGTCAG----A---T--G------------GGAT-AGATTCGGA--CAG-AG-AC----TCGTA-GAGG----------C-A--------GT---CTCTTGCG-------GA-GTGGG-------CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                        gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------TAGTCAG----A---T--G------------GGAT-AGATTCGGA--CAG-AG-AC----TCGTA-GAGG----------C-A--------GT---CTCTTGCG-------GA-GTGGG-------CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                           gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAAAT--T-GGCC-CAG-------GT--CG--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---T----TGATTTagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGAA----AGCTTGATTGATTTGTTAA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAA-T--GGACA-TTT-------TAGTCAG----AC--TGGG------------GGG--AGATTCGAA--CAG-AG-AC----CTGGA-GAGG----------C-A--------GT---CTCTTACT-------GA-GT-GG-------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAT-G-TAATGTTTGTA---------AACCCACATGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gttaacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcatgatgtgggggctttataaaatggacattttagtcagactggggggagattcgaacagagacctggagaggcagtctcttactgagtggcactctggtctgtcgcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaatgtaatgtttgtaaacccacatgtttgtcttaagtaatataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                              aatatcggtcaacatgttactaatgtgtactgaaattggcccaggtcgacttgccccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaaccTTAATATCGGTCA----G---------TAAT------GTATATTGAATT--T-GATA-CAA-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAACCTG--C-------AAGCTTGA---C----TGATTTataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aTGCA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTACA-TTAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGCGATGTAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------TAGTCAG----ACAGC--G------------GAG--AGATTCGGA--CAG-AG-AC----TCGGA-CAGA----------C-A--------GT---CTCTTACG-------GA-GT-GG-------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---ATTGCTAT--CTGTTGC-TAAAA-AAT-AAA-G-TACTTTTTGTA---------GAACGACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gtttacaagttagcagctacattaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcgcgatgtaggggctttataaactggacactttagtcagacagcggagagattcggacagagactcggacagacagtctcttacggagtggcactctggtctgtcgcttggcacattgctatctgttgctaaaaaataaagtactttttgtagaacgacgtgtttgtcttaagtaaaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                attaatatcggtcagtaatgtatattgaatttgatacaagtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaacc----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CAAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA---------G-CAGCTCCA-TGAATGACACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGCAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTT-------TAGTCAG----AC--T--GCA----------GAA--AGATTCAGA--CAG-AG-TT----TCTTA-CAGA----------C-A--------GT---CTCTTACG-------GA-GT-GG-------TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---GTTGCTAT--TTGTTGC-TAAGA-ATA-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACATGTTTG-TCTG-AAG-TAAA-TGTCATgtttagcagctccatgaatgacacgatgaaatatgattgttcataactgttcgtgatgcaggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagaaagattcagacagagtttcttacagacagtctcttacggagtggtactctggtctgtcgcttggcacgttgctatttgttgctaagaataaaagtactgtttgtaaaaccacatgtttgtctgaagtaaatgtcatagtagta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acatgttactaatgtgtactgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaaccAT--G-----A----ACA------------G--T----------CAT-AC-TCAAAGAAGCCAAACAAGTGAAC--G--CACGA------CCTTT-GTTCGTG--C-T--TTTAA-GGGAGATAATGAA----AGCTCGAGTGTACCGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTAAAGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAAG--TTC--ATA--AAC-T--GGGGA--TT-------TGG-CTG----TC--T--G------------ATG---TATACGGA--GAGAAG-AC----TCagtagta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              catgtacaggcacaggtcgaaattaaTACG-------GA-GAGAA-------GACTCTGGTA----TATCGCTAACCAC----TTGCTAT--CTGTTGC-TAGAA-GTA-AAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAG-T-AT-TGCCATtggtatatcgctaaccacttgctatctgttgctagaagtaaaagtactatttgtcaaaccacgtgtttgtttttaagtattgccatagtagt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                   catgtacaggcacaggtcgaaattaaatgaacagtcatactcaaagaagccaaacaagtgaacgcacgacctttgttcgtgcttttaagggagataatgaaagctcgagtgtaccgtttacaaaatcaggaactccattaaagtcacaatgaaatatatttaacgtgatgtgggaaagttcataaactggggatttggctgtctgatgta---TGATTTAAACACTACGTTTGT-T---------C---------C----------T------T--TG---------AAAT--G---TT--TCGGG-G-GTTG-C-------TC------------GGA--AC---CATCGG-----TCAGAACCCA----------G--T----------CA--ACATCAAAGTAGCCAATCAGA--TCAAAG--CAGGGAAG-G----TC-GTGCTTG--C-T--TTTCCCGGGAGATAATGAATCAAAGCTTTATTGAATTATTTA-C-TAGGGAA-AAGCTCCA-TTAAAGTCGCTATGAAATA--G--TGTT--TT----TTTGTGGTGTGA--G--AGC-agtagt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atacctT---TTTTTGTG-------GT-GTGAGAG-----CACTCTGGTC----TGTCGCTAGCCAC---AT-GCTAT--ATATTGC-TAGAATATT-AAAAG-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TATT-Aactctggtctgtcgctagccacatgctatatattgctagaatattaaaagtactgtttgtaaaaccacgtgtttgtattatgctgtgaaca
gi|2                          :                              ataccttgatttaaacactacgtttgttcctttgaaatgtttcgggggttgctcggaaccatcggtcagaacccagtcaacatcaaagtagccaatcagatcaaagcagggaaggtcgtgcttgcttttcccgggagataatgaatcaaagctttattgaattatttactagggaaaagctccattaaagtcgctatgaaatagtgtGTTA----TCATGCT-ACTAATTATAATGTGTATTGACAC--T-GGCC-CAG-------GT--CA--ATCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----A---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGGCAT-AAT-C-CCAGTCTG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATCTAACCTTCTCTT--GCAA---------A---------G----------TG-----T--TGAAGGTTTCAATGA--G---TTGACCAGT-GTGTCC-C-------AC------------GAA--ACA--CAT--G-----T----ACT------------G--C----------CAT-AT-TCAAAGTAGTCAATCAAATGTTA--A--CATGAAAG-GGC--TC-GTGCATA----T--TTTCA-GGGAGATAA------------TGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CGGCTCCA-TTAAACTCACAATGAAATA-TCACTGTCCATTATTGTTCGTGATG-GT--G--GGC-TTTTGCCA--GACTT--GGACAGCCT-------CATTCAGAGACAC--G--GAGA---------GGG--AGTTTGGAA--CGC-AG-TC----TC-------GG-----T---C-A--------GT---CCCTTATG-------GA-GAGGG-------AACTTTGGTC----TGTAGATAAGCAC---CTTGCTAT--TTGTTGCTTAAGA-ATT-A------ACTATTTGTA---------AAACCATGTGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCCATtgctgtgaaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                       gtgtgtacagctGTTATTATCCATTA----ATCTGTTTACTACT------TTGTATTGAATTA-C-GGCCACAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-AAGGTA----A----AAATG-TGTATGTCA---CC-TTTCCTGGCCAT--AC-CGCCCGTATG--TTGCTAGAGAG--TGA---CT---TGATTTAAACACTTTGT--GTAT---------ACCT------G----------TGAAAGAT--TG----------TGAGGG---TTGTTTAGTAGTGCCC-T-------CC------------TAA--TAA--CAT--G-----TAGTCACC------------GGTCTGAACCCAGACAT-CC-TCAAAGTAACCAATCGAATGAAA--G--CACGTAAG-G----TC-ATGCATG--CTT--TTTCA-GGGAGGTAATGGA----AGCTTGAagtagta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                        tGTT-ACTACT------GTGTATTGGAAT---------AAG-------GA--CA--G--TGC--GACATA-TAGGTA----AAAGTG---TGTGTGTGTCA---TCTTTTC-TAGTCAT-AAA-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAACTTCTCGT--GTAT---------A---------GCGCTGAAGGTT------T--TG---------ATGA--G---TTGACCGTT-GTGTCC-C-------AC------------AGA--TCA--CAT--G-----T----AGA------------G--T----------CGC-AC-ACAAAGTAGTCGATCAAACGTCC--G--CATGAAAT-TGT--TC-GTGTAAAACC-T--TTTTA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGAGCTGTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                aataTTAATATCGGTCA----TCGTATT-ACTAAC------GTGTATTGAAAC--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ATCTGA--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCAATT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTGATTTGTTTACAAG-TTAAAGTCA---TGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CTGATTTGTTTA-C-AAGTTA--------------AAGTCATGATGAAATA-ACATTGTCCATTACTGTTCGTGATGTTG--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTT-------TAGTCAG----AT--T--GA-----------GAA--AGATTCGGA--CAA-AG-AC----TCGGA-G-GGG-----C---C-CG-------GA---TTCTTACG-------GA-GCGgaaataacattgtccattactgttcgtgatgttgggcctttataaactggacgctttagtcagattgagaaagattcggacaaagactcggaggggcccggattcttacggagcgtctcgtacggagggagcactctg
gi|23                         :                                                                                                                              ttaatatcggtcatcgtattactaacgtgtattgaaactggtccaggtcaatctgatccatgtgggtcaggctgtacgtcatcaatttagccatgaccccagcTAATATCGGTCA----GCATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAAAC--T-GGTG-CTG-------GT--CA--ATCTAT--GTCTTG-TGG----------------------------------------GCCAT-GAC-C-CCAGCCT---------GGAAGCTTGA---T----TGATTTtctcgtacggagggagcactctg
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tggTGGA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAA-CAGCCCCA-TCAAAGTCACGATGAAATA-TCATCGG-CATTAACGT-CGTGATGTTG--G--ACC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTT-------GAGTCAG----AC--T--G------------AGGC-AGATTCGGA--CAG-CG-AC----TCCGA-GAGGGAGTTTCGAAC-GA-------TT---CTCTTACG-------AA-GAGGG-------CACTgtttacaagttaacagccccatcaaagtcacgatgaaatatcatcggcattaacgtcgtgatgttggacctttataaactggacgcttgagtcagactgaggcagattcggacagcgactccgagagggagtttcgaacgattctcttacgaagagggcact
gi|24                         :                                                                                                                                                    tggtaatatcggtcagcatgttactaatgtgtattgaaactggtgctggtcaatctatgtcttgtgggccatgaccccagccAATATCGGTCAGTCAACATGTT-ACTAAT------GTATAACGAACT----GGTA-CAG-------GA--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TGGCCATTAAC-C-CAAGCATG--TTGCTAGAAAG-TTG----CA---AGAATTAAACCGTTTGT--ATGT---------A---------G----------T------T--TT---------GTGA--G---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGA--CCA--CAT--G-----T----GCC------------G--C----------CAT-GC-TCTAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA----CTGT--TCCTTG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TTACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTccacatacatactgtatcgtactaattcaatgaatggggtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAATTA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-A--GGACA-TTT-------TAGgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaattatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacaggacattttagagatg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcactgttccttgtgggtcaggctgtacgtcattactttagagatgaccccaaccGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGTGATGTGG--G--GAC-TTT--ATATAAAC-T--GGACA-CTT-------TAGTCAG----AC--T--G------------GGGG-AGATTCGGA--CAG-AG-AT----TCGGA-GAGG----------C-AG--------T---CACTTACG-------GA-GTGG--------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAagatg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CGTGTTTG-TCTT-AAGTT-AA-TGTCAT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GAGTATTGAATT--T-GATC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGATC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GA--C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---T----TGATTTagtagcacaaatatacatcatatttcttgaacatcatttatttatagaagttaagtcagcttgtaatatctactgaatttctcaaacattttttcctgaattgaggaatgtgcatacatatcagtttcactgttctttacatataatggga
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tTGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-AAGCTCCA-CGAATGCCACGATAAgtttacaagttagaagctccacgaatgccacgataa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgttaatatcggtcaacatgttactaatgagtattgaatttgatccaggtcaaactgttccatgtggatcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaccC----TGTT--TTAGCACATTCTTGGTAT--CGGTTGA-TA-TA-ATT-AAA-G-TACTATTTGTA---------AA-CCACGTGTTTG-TTTT-GAG-T-CATTGCCGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                             tttcttaaaagacaaagcttcgGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTGAT------GTGTATTGAGAA--T-GGCC-TAG-------GT--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAACCAT-TAA-C-CCAGCATG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAATCTTTCGG--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------GTGA--G---TTGACCGGT-GTGTTC-T-------AT------------GGA--CCA--CAT--G-----T----GCC------------A--C----------CAT-GC-TCTTACCAGTCAATCAAACATCC--A--CATGAAAG-AGC--TT-GTGCGTA--T-A--ATGAA-GGGGGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------AAGTCAG----AC--T--G------------GGG--AGATTCGGA--CAG-AG-AC----TCGGA-GAGAGAC---T---C-AGAGAGGGCGT---CTCTTATG-------GA-GTGGG-------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-AAT-AAA-G-TATTGTTTGTA---------AAACCACTTGTTTA-TCTT-AAG-T-AA-TACCATag
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -------GT---CTCTTACA-------GA-GTGGG-------CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---ATTGTTAT--CTGTAGC-TAAGA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gagaaagtgaC---CTTGCTAT--CTGTTAC-TAAGA-ATT-AAAAG-TACTATTTGTA---------AAACAACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                   GTAAGTATCGGTCA----TCAT-------AAT------GTGTATTGAAAC--T-GGTC-CA----------------------------TA-TGCGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-T-CTAGCATG--TTGCTAGAAGG--TGG---CA---TGATTTAAACCTTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGA--G---TTGACCGGT-GTGTAA-C-------AA------------GGA--ACA--CAT--G-----T----ACC------------G--C----------CGT-GA-TCCAAACAGTCAATCAAATATCC--A--CATGAATG-GGT--TC-GTGCATA----T--TTTCA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AGGTTAG-CAGCTCCA-TTAAAGTCACGATGAAATA-TCATCGTTCAGTTTTATT-ATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACG-CTT-------TAACCAG----TC--A--T------------AGC--AGACTTGAG--CGG-AC-AT----ACAGA-GAGAG-----CA--CAAA-------GT---CT----CG-------GA-GAGGGAGTTTCTCACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTATTGT-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCAAGAGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    TTAATATCAAATA----ACATGTTTAC-ATT------GTGTATTTAGGTAAT-GTTA-CAGTGCATAAGT--CATGAATTGTAGTTCATA-TAGGTG----A----A---G----AC--CA---TCACT-----GC-AC--AC-C-CTCCTCTG--TTACTAGAAA---------CAG--TG--TTGAAGGTT--GT--G-AT---------A---------G---------------------------------AA--G---GTGGCTGGTTGTGTCC-C-------CT------------AGA--TAA--CAT--G-----T----A--------------G--C----------CAT-AC-TTTTAGTAGCCAATCAAATGACA--G--CACGT--GTGGT--TC-GTGCGTA--C-T--TTTCA-GGAAGATAATGAA----AGGTTGA---------TTAGC-GAATTAGAAAACTCAA-TTAAAGTCACAATGAAAT----GTTG-----------CCGTGAAGAGG--G--AATGTTT--ATA--AAC-T--GGATA--TT-------TGGTTGA----AC--A--G------------AGC--AT-TTCGGA--TAG-AG-------T--GA-G-------------C-A-------------CT----CG-------GA----------------TCTGGT---------GCTAGTCAC---A-TGCTAT--CTGTTGC-TAGGA-TTA-AAA-G-TACTATTTGT----------AAACCACGTGTTTG-TTTT-AAA-T-CATTGCCGTagtag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                              taGAAAC--T-AACC-CAT-------GT--CA--GTCTGT--ATCGTAATAGATC----A----A---GATATAGATCG---TTACTA---AACTAT-AAA-C-TCGATATG--ATGCT-GAAGG---AA---CACCTTGATTTATACACTTCGT--GTGC---------A---------C----------C------TCCTG---------A-AA--G---CTTATAGGT-TTCGCC-C-------AT------------GCAATTAA--CAT--GGGAGTT----GCCATTTAAAACAAAG--T----------CATCAC-T-AAGGGAGACAATCGGA--TTT--GACCAGTGAAG-GG----C-GTACGTGATC-TTCTTTCC-GGGAGAT--TGAA----ACCTTGaaaggtacaaatggaaattatctcacgatgattccattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTCACTATTAAATAATG-TTGTTT-TTA---------GTGTGG--G--CGC-TTTT-ATA--AAC-T--GTACA-CTT-------TAGCCAA--------T--G------------AGATTAGATTCGGA--CAG-AG-AC----TCGGG-AAGGGAGTCTCTTAC-AG-------GTAGTTTCTTACG-------GA-GTAGA-------CACTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---GTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACTACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGCCATtcactattaaataatgttgtttttagtgtgggcgcttttataaactgtacactttagccaatgagattagattcggacagagactcgggaagggagtctcttacaggtagtttcttacggagtagacactctggtctgtcacttggcacgttgctaactgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaactacgtgtttgtcttaagtaattgccataga
gi|7                          : gaaactaacccatgtcagtctgtatcgtaatagatcaagatatagatcgttactaaactataaactcgatatgatgctgaaggaacaccttgatttatacacttcgtgtgcacctcctgaaagcttataggtttcgcccatgcaattaacatgggagttgccatttaaaacaaagtcatcactaagggagacaatcggatttgaccagtgaagggcgtacgtgatcttctttccgggagattgaaaccttT-ACTTCT------GTGTATTGAACT--AAGGTTACAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-TAGGTAGAGAA----G---GGTGTGCGTCACCTTCGCT----GGTCAT-ATC-G-TCCGCCTG--TTACTAGAAAG--TGA---CT---TGATTTACACACCTCGT--GTTT---------A---------------------------T--TG---------TTGA--GGTTTTGGATGAT-TTGTTT-G-------AC------------GGaga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caattaaccagta--G--CGCGAAAT-GGT--TT-GTGTATG--C-T--TTTCA-GGGATATTACGAA----AGCTTGA-TGAGCTGTGTA-C-AAATTAA-GACATTCG-TATAAGGCACACAGAAAT----ATTGTTAA--------CGCGATGTGG--GA-GAG-TTT--ATA--AAC-T--GGAGA-TTTGGCTGAACAGGCAG----GC--T---------------GGG--AGA----GA--GAG-AGCAC----AAGGA-GA------------T-AT-------G----CTCTGATA-------GA-GAGAG-------CATCCTAGTC----TGTTGCTAGCCA----CTTGCTACAGCTGTTGC-T-AGA-ATTAAAA-G-TGCTATTTGTA---------AAATCACATGTTTG-TTTTCAAG-T-GT-TGCTAttttccccagcgcgaaatggtttgtgtatgcttttcagggatattacgaaagcttgatgagctgtgtacaaattaagacattcgtataaggcacacagaaatattgttaacgcgatgtgggagagtttataaactggagatttggctgaacaggcaggctgggagagagagagcacaaggagatatgctctgatagagagagcatcctagtctgttgctagccacttgctacagctgttgctagaattaaaagtgctatttgtaaaatcacatgtttgttttcaagtgttgcta
gi|8                          :                                                    caattaaccagtatacttctgtgtattgaactaaggttacagtgcaactatagttcatataggtagagaagggtgtgcgtcaccttcgctggtcatatcgtccgcctgttactagaaagtgacttgatttacacacctcgtgtttattgttgaggttttggatgatttgtttgacggttttccccaTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAAG----------------------------ACCTAC--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCATTAAC-C-CCAGCATG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAACGTTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--CT---------GTGA--G---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGA--CCA--CAT--G-----T----GCC------------G--C----------CAT-GC-TTTAACCAGTCAATCAAGTATCC--A--CATGGAAA-GGC--TC-GTGCATA----T--TTTTA-TGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTTTTTA-C-AAGTTA--CAATTCCATTAAAGGTCAC------------ATT-----TTA-----TGTGGTGTCA--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--AGGCG-TTT-------T-----G----AC----------------------------------CAG-AG-A-------GGA---------------C-A--------GT---CTCTTACG-------GA-GTGGG-------CACTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --TTCATA-TAGGTA----AAA--G---TGTGTATGTCA---CC-TTTCCTGGTCAT-AGCAT-CCA-TCTG--TTACCAGAAAG--TGA---AT---TGATTTACACACTTTAT--GTAT---------ACAGTTGAAGG----------TA-----T--TA---------ATAA--T---TTGACTGTT-GTGTCCTC-------A-------------AGA--CCA--TAT--G-----T----ACA------------G--T----------CAT-AC-ACAAAGTAGCCAATCAAACATCC--A--CAC-AAAT-AGT--TC-ATG------------TACA-GGGAGATAATGAA----GGCTTGACTGAGCTGTTTA-C-AAATTAG-AAGCTCTA-TTAAAGTCATGATGACATA-TGTTTA---AT--------GTGATATGG--GAAGG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA--TT-------TGGCTGG----ACAGT--C------------GGG--AGAGGCGGATTCGG-AG-AC----AGGGA-GA-----------------------GT---CT----CG-------GATATAGACAT----CACTTGGGTC----TGCCGCTAGCCA----CTTGATGT--CTGTTGC-T-AGA-ATT-AAA-ATTACTATTTGTA---------agtag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): AATTTAAACATGATTCCAACCTCGTTCACAAGTTAATATCAGCATATACTGCAATAGTATTGTACATTATTTTTCTGTGGGGTGCCGTTTTATA
Unaligned ( gi|31 ): ATTAACATGATTGCTGTGTATGGAAAAAAGGACAGAGCAACCTATTTAATAAACTAATTAAAAGTGTGTGCATCACCATTTCTGGTCATAACC
Unaligned ( gi|34 ): ATCATTTAACCTGTTTTCTACTACATATTGAATTAAGGTTACAGTGAAGCTGTAGTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             222222222     11       1111                       5555555555555555555555555555555555555555555555555555                         222222222222222222222                3333333333333333333333333333333333333333333                                                           111                                                                                                1111111                                                                           333333333333333333333333                                 11111111111111111111111111111111111111111111111  11111111111                                                                                                                                          11      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 4444       5      555555          1 5555    3   5555555  22  22 9    99      1      3333 6666 333 0         333      66       33  1 1   0   999999999     99   333 9999          11     44    3333333333333333333333333333333333333333333333333333    999         6      3 444444444444444444444   1 44 44   33 1111111111111111111111111111111111111111111   2  2  0      0        7777777 33       22 9999  2    1  333 33   2  2             3333       2           1 3       33       1 1  1              333      0 0000000           22 88  22   44   22   1 22     44  6666666666666  44444   4444  444444444444444444444444  1      6666666 22       4444   99999999999999999999999999999999999999999999999  00000000000       0 5555555  1  1  555          3333       0    5555        22       1 0   1   9   3 1          8888888888              5    1   2 4 33      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 ....       .      ......          . ....    .   .......  ..  .. .    ..      .      .... .... ... .         ...      ..       ..  . .   .   .........     ..   ... ....          ..     ..    ....................................................    ...         .      . .....................   . .. ..   .. ...........................................   .  .  .      .        ....... ..       .. ....  .    .  ... ..   .  .             ....       .           . .       ..       . .  .              ...      . .......           .. ..  ..   ..   ..   . ..     ..  .............  .....   ....  ........................  .      ....... ..       ....   ...............................................  ...........       . .......  .  .  ...          ....       .    ....        ..       . .   .   .   . .          ..........              .    .   . . ..      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 5555       7      555555          0 7777    6   9999999  55  55 4    66      7      7777 1111 000 9         000      55       88  7 7   2   333333333     77   000 3333          55     22    5555555555555555555555555555555555555555555555555555    666         2      1 444444444444444444444   0 66 66   99 9999999999999999999999999999999999999999999   9  9  1      5        7777777 99       99 8888  9    6  333 99   9  9             5555       8           8 6       55       8 6  0              222      8 2222222           44 99  22   33   55   8 55     00  8888888888888  88888   0000  888888888888888888888888  9      2222222 66       0000   55555555555555555555555555555555555555555555555  77777777777       4 7777777  7  2  444          9999       5    3333        44       7 7   7   1   6 8          6666666666              7    9   0 0 22      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNCTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGANC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CAT-AC-TCAAAGTAGCCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--CT--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---G------------GGG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
Reference ( family-1832 )     :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNCTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGANC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CAT-AC-TCAAAGTAGCCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--CT--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---G------------GGG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                   GTTGATATCAATTA----ATCTGTTTACTACT------GTGTATTGAATT--A-AGGC-CAC-------ATTGCA--A-CTATAGCTCATA-TAGGTA----A----A---AGTG-ACCT-----TCCCT----GGTTAT-GTT-G-TCCGTCTG--TTATTAGAAAG--TGA---CT---TGATTTACACATCTCGT--GTATTTCGCTGAAG---------G----------T------TC-TG---------ATGAT---TTGATTGTT-GTGGCC-CCAGCTTCACATGTATAGGCAGGGATC--AAACAT--G-----A----A----CA------------G---------T---TAC-AC-TCAGAGTAGTCAAGTAAACGTCC--G--CAC-AAAT-GAT--AT-GTGCATG--AT--ATT-CA-GGGAGGTAATGGT----AGCTTGATTGAGCTGTTTA-C-AAAACAG-GAGCTCCA-ATACAGTCAGGATGAAAT----ATTGTTTA-CACTTAACGTGATGTGGAAA--GG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA-TTT-------T-----GT-----TGG----AC--G---G------------ATC--AG-ACTTGG-------A--CA-AGACAGTTTCATAT---------G------AGTCTC----AGGC--------------AG-----------TCTCTGA-GAGAGAGAGA-GAGAG---CACTCTGGTTAGTGTGTTCCTAGCCA----CTTGCTGT--CTGTTAC-T-AGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTAAAAGTTCTTAAACCATTTGTTTGTTTTT-AAG-T-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AT--G-----A----A----CT------------G---------T---CAT-AC-TCAAAGTAGTCAAACAA--GT----G--AACGCAAG-ACC--TTTGTTCGTG--CT--TTT-AA-GGGAGATAATGAA----AGCTCGAGTGTACTGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTTAGGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAGG--TTC--ATA--AAC-TTGGGA----TT-------T--------------G----AC--T---G----------------------TCTG-------A--CATATAC----GCT------------G------AG--------AAG--------------------------------------------------------ACTCTGGTA----TATCGCTATCCA----CTTGCTAT--CTGTTGC-T-AGA-ATTGAAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAA-T-AT-TGCCATcttgtcaaagtagtac
gi|11                         :                                                                                                                                    gtgtatatcgttgaagggtacgatgattcaattgttgtgcacccaccccccccccccccccctgtttcacatgtacaggcacaggtcgaaattaaGTTAATATCGATCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---CA----GATTTagtag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACAGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTTATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---GCAGAGAGACAGAGAG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTCACG-------GA-GTGGG---TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAT---CTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-AGT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------GAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgtttattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagagacagagagagattcggacagagactcggagaggcagtctctcacggagtgggtactctggtctgtcgcttggcatcttgctaactgttgctaagaagtaaagtactgtttgttgaaccacgtgtttgtcttaagtaattgtcatagtagc
gi|12                         :                                                                                                                        gtgttaatatcgatcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-T-CAAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagtagc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAACTCCA-TGAATGTCACGATGGAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---GCA----------GAG--AA-ATTCGG-------A--CATAGAC----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---TACTCTAGTC----TGTCGTTTGGCAT---CTTGCCAT--CTGTTGC-TTAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGTTTG-TCTT-AAG-TAAA-TGTCATgtttacaagttagcaactccatgaatgtcacgatggaatatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagaaattcggacatagactcggagaggcagtctcttacggagtgggtactctagtctgtcgtttggcatcttgccatctgttgcttagaattaaagtactgtttgttaaaccacatgtttgtcttaagtaaatgtcatagaagca
gi|13                         :                                                                                                                        gtgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgactcaaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagaagca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----A---T---G------------GGAT-AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------T------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTGCG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                        gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----A---T---G------------GGAT-AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------T------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTGCG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                           gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAAAT--T-GGCC-CAG-------GT--CG--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---T----TGATTTagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGAA----AGCTTGATTGATTTGTTAA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAA-T--GGACA-TTT-------T----AGT-----CAG----AC--TGG-G------------GGG--AG-ATTCGA-------A--CAGAGAC----CTG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTACT-------GA-GT-GG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAT-G-TAATGTTTGTA---------AACCCACATGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gttaacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcatgatgtgggggctttataaaatggacattttagtcagactggggggagattcgaacagagacctggagaggcagtctcttactgagtggcactctggtctgtcgcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaatgtaatgtttgtaaacccacatgtttgtcttaagtaatataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                              aatatcggtcaacatgttactaatgtgtactgaaattggcccaggtcgacttgccccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaaccTTAATATCGGTCA----G---------TAAT------GTATATTGAATT--T-GATA-CAA-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAACCTG--C-------AAGCTTGA---C----TGATTTataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTGCA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTACA-TTAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGCGATGTAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----ACAGC---G------------GAG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------G------AC--------AGAC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GT-GG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---ATTGCTAT--CTGTTGC-TAAAA-AAT-AAA-G-TACTTTTTGTA---------GAACGACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gtttacaagttagcagctacattaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcgcgatgtaggggctttataaactggacactttagtcagacagcggagagattcggacagagactcggacagacagtctcttacggagtggcactctggtctgtcgcttggcacattgctatctgttgctaaaaaataaagtactttttgtagaacgacgtgtttgtcttaagtaaaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                attaatatcggtcagtaatgtatattgaatttgatacaagtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaacc----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CAAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA---------G-CAGCTCCA-TGAATGACACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGCAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---GCA----------GAA--AG-ATTCAG-------A--CAGAGTT----TCT------------T------AC--------AGAC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGG----TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---GTTGCTAT--TTGTTGC-TAAGA-ATA-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACATGTTTG-TCTG-AAG-TAAA-TGTCATgtttagcagctccatgaatgacacgatgaaatatgattgttcataactgttcgtgatgcaggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagaaagattcagacagagtttcttacagacagtctcttacggagtggtactctggtctgtcgcttggcacgttgctatttgttgctaagaataaaagtactgtttgtaaaaccacatgtttgtctgaagtaaatgtcatagtagta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 acatgttactaatgtgtactgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaaccAT--G-----A----A----CA------------G---------T---CAT-AC-TCAAAGAAGCCAAACAAGTGAAC--G--CACGA------CCTTT-GTTCGTG--CT--TTT-AA-GGGAGATAATGAA----AGCTCGAGTGTACCGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTAAAGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAAG--TTC--ATA--AAC-T--GGGGA-TTT----------------------G----GC--T---G----------------------TCTG-------A--TGTATA------CG------------G------AG--------AGA---------------AG-----------ACT----------------------------CTGGTA----TATCGCTAACCA----CTTGCTAT--CTGTTGC-TAGAA-GTA-AAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAG-T-AT-TGCCATagtagta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgtacaggcacaggtcgaaattaa---TGATTTAAACACTACGTTTGT-T---------C---------C----------T------T--TG---------AAATG---TT--TCGGG-G-GTTG-C-------TC------------GGAAC-----CATCGG-----TCAGAA----CCCA----------G---------T---CA--ACATCAAAGTAGCCAATCAGA--TCAAAG--CAGGGAAG-G----TC-GTGCTTG--CT--TTT-CCCGGGAGATAATGAATCAAAGCTTTATTGAATTATTTA-C-TAGGGAA-AAGCTCCA-TTAAAGTCGCTATGAAATA--G--TGTT--TT----TTTGTGGTGTGA--G--AGC-agtagt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atacct-----------TTTTTTGTG-------GT-GTGAGAG-CACTCTGGTC----TGTCGCTAGCCAC---AT-GCTAT--ATATTGC-TAGAATATT-AAAAG-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TATT-Aactctggtctgtcgctagccacatgctatatattgctagaatattaaaagtactgtttgtaaaaccacgtgtttgtattatgctgtgaaca
gi|2                          :                              ataccttgatttaaacactacgtttgttcctttgaaatgtttcgggggttgctcggaaccatcggtcagaacccagtcaacatcaaagtagccaatcagatcaaagcagggaaggtcgtgcttgcttttcccgggagataatgaatcaaagctttattgaattatttactagggaaaagctccattaaagtcgctatgaaatagtgtGTTA----TCATGCT-ACTAATTATAATGTGTATTGACAC--T-GGCC-CAG-------GT--CA--ATCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----A---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGGCAT-AAT-C-CCAGTCTG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATCTAACCTTCTCTT--GCAA---------A---------G----------TG-----T--TGAAGGTTTCAATGAG---TTGACCAGT-GTGTCC-C-------AC------------GAAAC--A--CAT--G-----T----A----CT------------G---------C---CAT-AT-TCAAAGTAGTCAATCAAATGTTA--A--CATGAAAG-GGC--TC-GTGCATA---T--TTT-CA-GGGAGATAA------------TGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CGGCTCCA-TTAAACTCACAATGAAATA-TCACTGTCCATTATTGTTCGTGATG-GT--G--GGC-TTTTGCCA--GACTT--GGACAGCCT-------C----ATT-----CAGAGACAC--G---GAGA---------GGG--AG-TTTGGA-------A--CGCAGTC----TCG------------------------------GTC--------------AG-----------TCCCTTATG-------GA-GAGGG---AACTTTGGTC----TGTAGATAAGCAC---CTTGCTAT--TTGTTGCTTAAGA-ATT-A------ACTATTTGTA---------AAACCATGTGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCCATtgctgtgaaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                       gtgtgtacagctGTTATTATCCATTA----ATCTGTTTACTACT------TTGTATTGAATTA-C-GGCCACAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-AAGGTA----A----AAATG-TGTATGTCA---CC-TTTCCTGGCCAT--AC-CGCCCGTATG--TTGCTAGAGAG--TGA---CT---TGATTTAAACACTTTGT--GTAT---------ACCT------G----------TGAAAGAT--TG----------TGAGGG-TTGTTTAGTAGTGCCC-T-------CC------------TAATA--A--CAT--G-----T----AGTCACC------------GGTCTGAACCCAGACAT-CC-TCAAAGTAACCAATCGAATGAAA--G--CACGTAAG-G----TC-ATGCATG--CT--TTTTCA-GGGAGGTAATGGA----AGCTTGAagtagta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                        tGTT-ACTACT------GTGTATTGGAAT---------AAG-------GA--CA--G--TGC--GACATA-TAGGTA----AAAGTG---TGTGTGTGTCA---TCTTTTC-TAGTCAT-AAA-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAACTTCTCGT--GTAT---------A---------GCGCTGAAGGTT------T--TG---------ATGAG---TTGACCGTT-GTGTCC-C-------AC------------AGATC--A--CAT--G-----T----A----GA------------G---------T---CGC-AC-ACAAAGTAGTCGATCAAACGTCC--G--CATGAAAT-TGT--TC-GTGTAAAACCT--TTT-TA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGAGCTGTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                aataTTAATATCGGTCA----TCGTATT-ACTAAC------GTGTATTGAAAC--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ATCTGA--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCAATT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTGATTTGTTTACAAG-TTAAAGTCA---TGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CTGATTTGTTTA-C-AAGTT--------------AAAGTCATGATGAAATA-ACATTGTCCATTACTGTTCGTGATGTTG--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTT-------T----AGT-----CAG----AT--T---GA-----------GAA--AG-ATTCGG-------A--CAAAGAC----TCG------------G------AG--------GGGCCCGGATTCTTACGGAGCG---------TCTCGTACG-------GA-GGGAG---CACTCTGgaaataacattgtccattactgttcgtgatgttgggcctttataaactggacgctttagtcagattgagaaagattcggacaaagactcggaggggcccggattcttacggagcgtctcgtacggagggagcactctg
gi|23                         :                                                                                                                              ttaatatcggtcatcgtattactaacgtgtattgaaactggtccaggtcaatctgatccatgtgggtcaggctgtacgtcatcaatttagccatgaccccagcTAATATCGGTCA----GCATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAAAC--T-GGTG-CTG-------GT--CA--ATCTAT--GTCTTG-TGG----------------------------------------GCCAT-GAC-C-CCAGCCT---------GGAAGCTTGA---T----TGATTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tggTGGA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAA-CAGCCCCA-TCAAAGTCACGATGAAATA-TCATCG-GCATTAACG-TCGTGATGTTG--G--ACC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTT-------G----AGT-----CAG----AC--T---G------------AGGC-AG-ATTCGG-------A--CAGCGAC----TCC------------G------AG--------AGGG--------------AGTTTCGAACGATTCTCTTACG-------AA-GAGGG---CACTgtttacaagttaacagccccatcaaagtcacgatgaaatatcatcggcattaacgtcgtgatgttggacctttataaactggacgcttgagtcagactgaggcagattcggacagcgactccgagagggagtttcgaacgattctcttacgaagagggcact
gi|24                         :                                                                                                                                                    tggtaatatcggtcagcatgttactaatgtgtattgaaactggtgctggtcaatctatgtcttgtgggccatgaccccagccAATATCGGTCAGTCAACATGTT-ACTAAT------GTATAACGAACT----GGTA-CAG-------GA--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TGGCCATTAAC-C-CAAGCATG--TTGCTAGAAAG-TTG----CA---AGAATTAAACCGTTTGT--ATGT---------A---------G----------T------T--TT---------GTGAG---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGACC--A--CAT--G-----T----G----CC------------G---------C---CAT-GC-TCTAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA----CTGT--TCCTTG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TTACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTccacatacatactgtatcgtactaattcaatgaatggggtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAATTA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-A--GGACA-TTT-------T----AGgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaattatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacaggacattttagagatg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcactgttccttgtgggtcaggctgtacgtcattactttagagatgaccccaaccGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGTGATGTGG--G--GAC-TTT--ATATAAAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----AC--TG--G------------GGG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAT----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCACTTACG-------GA-GT-GG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAagatg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGTGTTTG-TCTT-AAGTT-AA-TGTCAT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GAGTATTGAATT--T-GATC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGATC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GA--C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---T----TGATTTagtagcacaaatatacatcatatttcttgaacatcatttatttatagaagttaagtcagcttgtaatatctactgaatttctcaaacattttttcctgaattgaggaatgtgcatacatatcagtttcactgttctttacatataatggga
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tTGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-AAGCTCCA-CGAATGCCACGATAAgtttacaagttagaagctccacgaatgccacgataa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgttaatatcggtcaacatgttactaatgagtattgaatttgatccaggtcaaactgttccatgtggatcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaccC----TGTT--TTAGCACATTCTTGGTAT--CGGTTGA-TA-TA-ATT-AAA-G-TACTATTTGTA---------AA-CCACGTGTTTG-TTTT-GAG-T-CATTGCCGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                             tttcttaaaagacaaagcttcgGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTGAT------GTGTATTGAGAA--T-GGCC-TAG-------GT--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAACCAT-TAA-C-CCAGCATG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAATCTTTCGG--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------GTGAG---TTGACCGGT-GTGTTC-T-------AT------------GGACC--A--CAT--G-----T----G----CC------------A---------C---CAT-GC-TCTTACCAGTCAATCAAACATCC--A--CATGAAAG-AGC--TT-GTGCGTA--TA--ATG-AA-GGGGGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------A----AGT-----CAG----AC--T---G------------GGG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCGGAGAGAGACTCAG------AG--------AGGG--------------CG-----------TCTCTTATG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-AAT-AAA-G-TATTGTTTGTA---------AAACCACTTGTTTA-TCTT-AAG-T-AA-TACCATag
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ------------G------AA--------AGTG--------------AG-----------TCTCTTACA-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---ATTGTTAT--CTGTAGC-TAAGA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gaC---CTTGCTAT--CTGTTAC-TAAGA-ATT-AAAAG-TACTATTTGTA---------AAACAACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                   GTAAGTATCGGTCA----TCAT-------AAT------GTGTATTGAAAC--T-GGTC-CA----------------------------TA-TGCGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-T-CTAGCATG--TTGCTAGAAGG--TGG---CA---TGATTTAAACCTTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTAA-C-------AA------------GGAAC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CGT-GA-TCCAAACAGTCAATCAAATATCC--A--CATGAATG-GGT--TC-GTGCATA---T--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AGGTTAG-CAGCTCCA-TTAAAGTCACGATGAAATA-TCATCGTTCAGTTTTATT-ATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACG-CTT-------TAACCAGTCATAGCAG----AC--TTGAG------------CGG--AC-ATACAGAGAGAGCA--CAAAGTC----TCG------------G------AG--------AGGG--------------AG-----------TTTCT----------------------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTATTGT-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCAAGAGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    TTAATATCAAATA----ACATGTTTAC-ATT------GTGTATTTAGGTAAT-GTTA-CAGTGCATAAGT--CATGAATTGTAGTTCATA-TAGGTG----A----A---G----AC--CA---TCACT-----GC-AC--AC-C-CTCCTCTG--TTACTAGAAA---------CAG--TG--TTGAAGGTT--GT--G-AT---------A---------G---------------------------------AAG---GTGGCTGGTTGTGTCC-C-------CT------------AGATA--A--CAT--G-----T----A------------------G---------C---CAT-AC-TTTTAGTAGCCAATCAAATGACA--G--CACGT--GTGGT--TC-GTGCGTA--CT--TTT-CA-GGAAGATAATGAA----AGGTTGA---------TTAGC-GAATTAGAAAACTCAA-TTAAAGTCACAATGAAAT----GTTG-----------CCGTGAAGAGG--G--AATGTTT--ATA--AAC-T--GGATA--TT-------T----GGT-----TGA----AC--------------------AG--AGCATT------------------------TCG------------G------A---------------------------------------------TA---------GA-GTGAG---CACTCGGATC----TGGTGCTAGTCAC---A-TGCTAT--CTGTTGC-TAGGA-TTA-AAA-G-TACTATTTGT----------AAACCACGTGTTTG-TTTT-AAA-T-CATTGCCGTagtag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                              taGAAAC--T-AACC-CAT-------GT--CA--GTCTGT--ATCGTAATAGATC----A----A---GATATAGATCG---TTACTA---AACTAT-AAA-C-TCGATATG--ATGCT-GAAGG---AA---CACCTTGATTTATACACTTCGT--GTGC---------A---------C----------C------TCCTG---------A-AAG---CTTATAGGT-TTCGCC-C-------AT------------GCAATTAA--CAT--GGGAGTT----G----CCATTTAAAACAAAG---------T---CATCAC-T-AAGGGAGACAATCGGA--TTT--GACCAGTGAAG-GG----C-GTACGTGATCTTCTTT-CC-GGGAGAT--TGAA----ACCTTGaaaggtacaaatggaaattatctcacgatgattccattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTCACTATTAAATAATG-TTGTTT-TTA---------GTGTGG--G--CGC-TTTT-ATA--AAC-T--GTACA-CTT-------T----AGC-----CAA--------T---G------------AGATTAG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------GGAAGGGAGTCTCTTACAGGT--------------AG-----------TTTCTTACG-------GA-GTAGA---CACTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---GTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACTACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGCCATtcactattaaataatgttgtttttagtgtgggcgcttttataaactgtacactttagccaatgagattagattcggacagagactcgggaagggagtctcttacaggtagtttcttacggagtagacactctggtctgtcacttggcacgttgctaactgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaactacgtgtttgtcttaagtaattgccataga
gi|7                          : gaaactaacccatgtcagtctgtatcgtaatagatcaagatatagatcgttactaaactataaactcgatatgatgctgaaggaacaccttgatttatacacttcgtgtgcacctcctgaaagcttataggtttcgcccatgcaattaacatgggagttgccatttaaaacaaagtcatcactaagggagacaatcggatttgaccagtgaagggcgtacgtgatcttctttccgggagattgaaaccttT-ACTTCT------GTGTATTGAACT--AAGGTTACAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-TAGGTAGAGAA----G---GGTGTGCGTCACCTTCGCT----GGTCAT-ATC-G-TCCGCCTG--TTACTAGAAAG--TGA---CT---TGATTTACACACCTCGT--GTTT---------A---------------------------T--TG---------TTGAGGTTTTGGATGAT-TTGTTT-G-------AC------------GGaga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caattaaccagta--G--CGCGAAAT-GGT--TT-GTGTATG--CT--TTT-CA-GGGATATTACGAA----AGCTTGA-TGAGCTGTGTA-C-AAATTAA-GACATTCG-TATAAGGCACACAGAAAT----ATTGTTAA--------CGCGATGTGG--GA-GAG-TTT--ATA--AAC-T--GGAGA-TTTGGCTGAAC----AGG-----CAG----GC--T----------------GGG--AG-A----G-------A--GAGAG-C----ACA------------A------GG--------AGAT--------------AT-----------GCTCTGATA-------GA-GAGAG---CATCCTAGTC----TGTTGCTAGCCA----CTTGCTACAGCTGTTGC-T-AGA-ATTAAAA-G-TGCTATTTGTA---------AAATCACATGTTTG-TTTTCAAG-T-GT-TGCTAttttccccagcgcgaaatggtttgtgtatgcttttcagggatattacgaaagcttgatgagctgtgtacaaattaagacattcgtataaggcacacagaaatattgttaacgcgatgtgggagagtttataaactggagatttggctgaacaggcaggctgggagagagagagcacaaggagatatgctctgatagagagagcatcctagtctgttgctagccacttgctacagctgttgctagaattaaaagtgctatttgtaaaatcacatgtttgttttcaagtgttgcta
gi|8                          :                                                    caattaaccagtatacttctgtgtattgaactaaggttacagtgcaactatagttcatataggtagagaagggtgtgcgtcaccttcgctggtcatatcgtccgcctgttactagaaagtgacttgatttacacacctcgtgtttattgttgaggttttggatgatttgtttgacggttttccccaTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAAG----------------------------ACCTAC--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCATTAAC-C-CCAGCATG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAACGTTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--CT---------GTGAG---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGACC--A--CAT--G-----T----G----CC------------G---------C---CAT-GC-TTTAACCAGTCAATCAAGTATCC--A--CATGGAAA-GGC--TC-GTGCATA---T--TTT-TA-TGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTTTTTA-C-AAGTTA--CAATTCCATTAAAGGTCAC------------ATT-----TTA-----TGTGGTGTCA--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--AGGCG-TTT-------T--------------G----AC-------------------------------------------CAGAGA-------G------------G------A------------C--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --TTCATA-TAGGTA----AAA--G---TGTGTATGTCA---CC-TTTCCTGGTCAT-AGCAT-CCA-TCTG--TTACCAGAAAG--TGA---AT---TGATTTACACACTTTAT--GTAT---------ACAGTTGAAGG----------TA-----T--TA---------ATAAT---TTGACTGTT-GTGTCCTC-------A-------------AGACC--A--TAT--G-----T----A----CA------------G---------T---CAT-AC-ACAAAGTAGCCAATCAAACATCC--A--CAC-AAAT-AGT--TC-ATG-----------TA-CA-GGGAGATAATGAA----GGCTTGACTGAGCTGTTTA-C-AAATTAG-AAGCTCTA-TTAAAGTCATGATGACATA-TGTTTA---AT--------GTGATATGG--GAAGG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA--TT-------T----GGC-----TGG----ACAGT---C------------GGG--AG-AGGCGG-------ATTCGGAGAC----AGG------------G------AG--------------------------AG-----------TCT----CG-------GATATAGACATCACTTGGGTC----TGCCGCTAGCCA----CTTGATGT--CTGTTGC-T-AGA-ATT-AAA-ATTACTATTTGTA---------agtag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): AATTTAAACATGATTCCAACCTCGTTCACAAGTTAATATCAGCATATACTGCAATAGTATTGTACATTATTTTTCTGTGGGGTGCCGTTTTATA
Unaligned ( gi|31 ): ATTAACATGATTGCTGTGTATGGAAAAAAGGACAGAGCAACCTATTTAATAAACTAATTAAAAGTGTGTGCATCACCATTTCTGGTCATAACC
Unaligned ( gi|34 ): ATCATTTAACCTGTTTTCTACTACATATTGAATTAAGGTTACAGTGAAGCTGTAGTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             222222222     11       1111                       5555555555555555555555555555555555555555555555555555                         222222222222222222222                3333333333333333333333333333333333333333333                                                           111                                                                                                1111111                                                                           333333333333333333333333                                 11111111111111111111111111111111111111111111111  11111111111                                                                                                                                          11      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 4444       5      555555          1 5555    3   5555555  22  22 9    99      1      3333 6666 333 0         333      66       33  1 1   0   999999999     99   333 9999          11     44    3333333333333333333333333333333333333333333333333333    999         6      3 444444444444444444444   1 44 44   33 1111111111111111111111111111111111111111111   2  2  0      0        7777777 33       22 9999  2    1  333 33   2  2             3333       2           1 3       33       1 1  1              333      0 0000000           22 88  22   44   22   1 22     44  6666666666666  44444   4444  444444444444444444444444  1      6666666 22       4444   99999999999999999999999999999999999999999999999  00000000000       0 5555555  1  1  555          3333       0    5555        22       1 0   1   9   3 1          8888888888              5    1   2 4 33      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 ....       .      ......          . ....    .   .......  ..  .. .    ..      .      .... .... ... .         ...      ..       ..  . .   .   .........     ..   ... ....          ..     ..    ....................................................    ...         .      . .....................   . .. ..   .. ...........................................   .  .  .      .        ....... ..       .. ....  .    .  ... ..   .  .             ....       .           . .       ..       . .  .              ...      . .......           .. ..  ..   ..   ..   . ..     ..  .............  .....   ....  ........................  .      ....... ..       ....   ...............................................  ...........       . .......  .  .  ...          ....       .    ....        ..       . .   .   .   . .          ..........              .    .   . . ..      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 5555       7      555555          0 7777    6   9999999  55  55 4    66      7      7777 1111 000 9         000      55       88  7 7   2   333333333     77   000 3333          55     22    5555555555555555555555555555555555555555555555555555    666         2      1 444444444444444444444   0 66 66   99 9999999999999999999999999999999999999999999   9  9  1      5        7777777 99       99 8888  9    6  333 99   9  9             5555       8           8 6       55       8 6  0              222      8 2222222           44 99  22   33   55   8 55     00  8888888888888  88888   0000  888888888888888888888888  9      2222222 66       0000   55555555555555555555555555555555555555555555555  77777777777       4 7777777  7  2  444          9999       5    3333        44       7 7   7   1   6 8          6666666666              7    9   0 0 22      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNCTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGANC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CAT-AC-TCAAAGTAGCCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--CT--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---G------------GGG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
Reference ( family-1832 )     :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNCTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGANC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CAT-AC-TCAAAGTAGCCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--CT--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---G------------GGG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                   GTTGATATCAATTA----ATCTGTTTACTACT------GTGTATTGAATT--A-AGGC-CAC-------ATTGCA--A-CTATAGCTCATA-TAGGTA----A----A---AGTG-ACCT-----TCCCT----GGTTAT-GTT-G-TCCGTCTG--TTATTAGAAAG--TGA---CT---TGATTTACACATCTCGT--GTATTTCGCTGAAG---------G----------T------TC-TG---------ATGAT---TTGATTGTT-GTGGCC-CCAGCTTCACATGTATAGGCAGGGATC--AAACAT--G-----A----A----CA------------G---------T---TAC-AC-TCAGAGTAGTCAAGTAAACGTCC--G--CAC-AAAT-GAT--AT-GTGCATG--AT--ATT-CA-GGGAGGTAATGGT----AGCTTGATTGAGCTGTTTA-C-AAAACAG-GAGCTCCA-ATACAGTCAGGATGAAAT----ATTGTTTA-CACTTAACGTGATGTGGAAA--GG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA-TTT-------T-----GT-----TGG----AC--G---G------------ATC--AG-ACTTGG-------A--CA-AGACAGTTTCATAT---------G------AGTCTC----AGGC--------------AG-----------TCTCTGA-GAGAGAGAGA-GAGAG---CACTCTGGTTAGTGTGTTCCTAGCCA----CTTGCTGT--CTGTTAC-T-AGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTAAAAGTTCTTAAACCATTTGTTTGTTTTT-AAG-T-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AT--G-----A----A----CT------------G---------T---CAT-AC-TCAAAGTAGTCAAACAA--GT----G--AACGCAAG-ACC--TTTGTTCGTG--CT--TTT-AA-GGGAGATAATGAA----AGCTCGAGTGTACTGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTTAGGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAGG--TTC--ATA--AAC-TTGGGA----TT-------T--------------G----AC--T---G----------------------TCTG-------A--CATATAC----GCT------------G------AG--------AAG--------------------------------------------------------ACTCTGGTA----TATCGCTATCCA----CTTGCTAT--CTGTTGC-T-AGA-ATTGAAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAA-T-AT-TGCCATcttgtcaaagtagtac
gi|11                         :                                                                                                                                    gtgtatatcgttgaagggtacgatgattcaattgttgtgcacccaccccccccccccccccctgtttcacatgtacaggcacaggtcgaaattaaGTTAATATCGATCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---CA----GATTTagtag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACAGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTTATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---GCAGAGAGACAGAGAG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTCACG-------GA-GTGGG---TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAT---CTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-AGT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------GAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgtttattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagagacagagagagattcggacagagactcggagaggcagtctctcacggagtgggtactctggtctgtcgcttggcatcttgctaactgttgctaagaagtaaagtactgtttgttgaaccacgtgtttgtcttaagtaattgtcatagtagc
gi|12                         :                                                                                                                        gtgttaatatcgatcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-T-CAAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagtagc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAACTCCA-TGAATGTCACGATGGAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---GCA----------GAG--AA-ATTCGG-------A--CATAGAC----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---TACTCTAGTC----TGTCGTTTGGCAT---CTTGCCAT--CTGTTGC-TTAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGTTTG-TCTT-AAG-TAAA-TGTCATgtttacaagttagcaactccatgaatgtcacgatggaatatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagaaattcggacatagactcggagaggcagtctcttacggagtgggtactctagtctgtcgtttggcatcttgccatctgttgcttagaattaaagtactgtttgttaaaccacatgtttgtcttaagtaaatgtcatagaagca
gi|13                         :                                                                                                                        gtgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgactcaaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagaagca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----A---T---G------------GGAT-AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------T------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTGCG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                        gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----A---T---G------------GGAT-AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------T------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTGCG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                           gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAAAT--T-GGCC-CAG-------GT--CG--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---T----TGATTTagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGAA----AGCTTGATTGATTTGTTAA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAA-T--GGACA-TTT-------T----AGT-----CAG----AC--TGG-G------------GGG--AG-ATTCGA-------A--CAGAGAC----CTG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTACT-------GA-GT-GG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAT-G-TAATGTTTGTA---------AACCCACATGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gttaacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcatgatgtgggggctttataaaatggacattttagtcagactggggggagattcgaacagagacctggagaggcagtctcttactgagtggcactctggtctgtcgcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaatgtaatgtttgtaaacccacatgtttgtcttaagtaatataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                              aatatcggtcaacatgttactaatgtgtactgaaattggcccaggtcgacttgccccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaaccTTAATATCGGTCA----G---------TAAT------GTATATTGAATT--T-GATA-CAA-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAACCTG--C-------AAGCTTGA---C----TGATTTataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTGCA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTACA-TTAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGCGATGTAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----ACAGC---G------------GAG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------G------AC--------AGAC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GT-GG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---ATTGCTAT--CTGTTGC-TAAAA-AAT-AAA-G-TACTTTTTGTA---------GAACGACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gtttacaagttagcagctacattaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcgcgatgtaggggctttataaactggacactttagtcagacagcggagagattcggacagagactcggacagacagtctcttacggagtggcactctggtctgtcgcttggcacattgctatctgttgctaaaaaataaagtactttttgtagaacgacgtgtttgtcttaagtaaaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                attaatatcggtcagtaatgtatattgaatttgatacaagtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaacc----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CAAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA---------G-CAGCTCCA-TGAATGACACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGCAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---GCA----------GAA--AG-ATTCAG-------A--CAGAGTT----TCT------------T------AC--------AGAC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGG----TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---GTTGCTAT--TTGTTGC-TAAGA-ATA-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACATGTTTG-TCTG-AAG-TAAA-TGTCATgtttagcagctccatgaatgacacgatgaaatatgattgttcataactgttcgtgatgcaggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagaaagattcagacagagtttcttacagacagtctcttacggagtggtactctggtctgtcgcttggcacgttgctatttgttgctaagaataaaagtactgtttgtaaaaccacatgtttgtctgaagtaaatgtcatagtagta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 acatgttactaatgtgtactgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaaccAT--G-----A----A----CA------------G---------T---CAT-AC-TCAAAGAAGCCAAACAAGTGAAC--G--CACGA------CCTTT-GTTCGTG--CT--TTT-AA-GGGAGATAATGAA----AGCTCGAGTGTACCGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTAAAGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAAG--TTC--ATA--AAC-T--GGGGA-TTT----------------------G----GC--T---G----------------------TCTG-------A--TGTATA------CG------------G------AG--------AGA---------------AG-----------ACT----------------------------CTGGTA----TATCGCTAACCA----CTTGCTAT--CTGTTGC-TAGAA-GTA-AAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAG-T-AT-TGCCATagtagta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgtacaggcacaggtcgaaattaa---TGATTTAAACACTACGTTTGT-T---------C---------C----------T------T--TG---------AAATG---TT--TCGGG-G-GTTG-C-------TC------------GGAAC-----CATCGG-----TCAGAA----CCCA----------G---------T---CA--ACATCAAAGTAGCCAATCAGA--TCAAAG--CAGGGAAG-G----TC-GTGCTTG--CT--TTT-CCCGGGAGATAATGAATCAAAGCTTTATTGAATTATTTA-C-TAGGGAA-AAGCTCCA-TTAAAGTCGCTATGAAATA--G--TGTT--TT----TTTGTGGTGTGA--G--AGC-agtagt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atacct-----------TTTTTTGTG-------GT-GTGAGAG-CACTCTGGTC----TGTCGCTAGCCAC---AT-GCTAT--ATATTGC-TAGAATATT-AAAAG-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TATT-Aactctggtctgtcgctagccacatgctatatattgctagaatattaaaagtactgtttgtaaaaccacgtgtttgtattatgctgtgaaca
gi|2                          :                              ataccttgatttaaacactacgtttgttcctttgaaatgtttcgggggttgctcggaaccatcggtcagaacccagtcaacatcaaagtagccaatcagatcaaagcagggaaggtcgtgcttgcttttcccgggagataatgaatcaaagctttattgaattatttactagggaaaagctccattaaagtcgctatgaaatagtgtGTTA----TCATGCT-ACTAATTATAATGTGTATTGACAC--T-GGCC-CAG-------GT--CA--ATCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----A---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGGCAT-AAT-C-CCAGTCTG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATCTAACCTTCTCTT--GCAA---------A---------G----------TG-----T--TGAAGGTTTCAATGAG---TTGACCAGT-GTGTCC-C-------AC------------GAAAC--A--CAT--G-----T----A----CT------------G---------C---CAT-AT-TCAAAGTAGTCAATCAAATGTTA--A--CATGAAAG-GGC--TC-GTGCATA---T--TTT-CA-GGGAGATAA------------TGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CGGCTCCA-TTAAACTCACAATGAAATA-TCACTGTCCATTATTGTTCGTGATG-GT--G--GGC-TTTTGCCA--GACTT--GGACAGCCT-------C----ATT-----CAGAGACAC--G---GAGA---------GGG--AG-TTTGGA-------A--CGCAGTC----TCG------------------------------GTC--------------AG-----------TCCCTTATG-------GA-GAGGG---AACTTTGGTC----TGTAGATAAGCAC---CTTGCTAT--TTGTTGCTTAAGA-ATT-A------ACTATTTGTA---------AAACCATGTGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCCATtgctgtgaaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                       gtgtgtacagctGTTATTATCCATTA----ATCTGTTTACTACT------TTGTATTGAATTA-C-GGCCACAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-AAGGTA----A----AAATG-TGTATGTCA---CC-TTTCCTGGCCAT--AC-CGCCCGTATG--TTGCTAGAGAG--TGA---CT---TGATTTAAACACTTTGT--GTAT---------ACCT------G----------TGAAAGAT--TG----------TGAGGG-TTGTTTAGTAGTGCCC-T-------CC------------TAATA--A--CAT--G-----T----AGTCACC------------GGTCTGAACCCAGACAT-CC-TCAAAGTAACCAATCGAATGAAA--G--CACGTAAG-G----TC-ATGCATG--CT--TTTTCA-GGGAGGTAATGGA----AGCTTGAagtagta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                        tGTT-ACTACT------GTGTATTGGAAT---------AAG-------GA--CA--G--TGC--GACATA-TAGGTA----AAAGTG---TGTGTGTGTCA---TCTTTTC-TAGTCAT-AAA-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAACTTCTCGT--GTAT---------A---------GCGCTGAAGGTT------T--TG---------ATGAG---TTGACCGTT-GTGTCC-C-------AC------------AGATC--A--CAT--G-----T----A----GA------------G---------T---CGC-AC-ACAAAGTAGTCGATCAAACGTCC--G--CATGAAAT-TGT--TC-GTGTAAAACCT--TTT-TA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGAGCTGTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                aataTTAATATCGGTCA----TCGTATT-ACTAAC------GTGTATTGAAAC--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ATCTGA--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCAATT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTGATTTGTTTACAAG-TTAAAGTCA---TGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CTGATTTGTTTA-C-AAGTT--------------AAAGTCATGATGAAATA-ACATTGTCCATTACTGTTCGTGATGTTG--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTT-------T----AGT-----CAG----AT--T---GA-----------GAA--AG-ATTCGG-------A--CAAAGAC----TCG------------G------AG--------GGGCCCGGATTCTTACGGAGCG---------TCTCGTACG-------GA-GGGAG---CACTCTGgaaataacattgtccattactgttcgtgatgttgggcctttataaactggacgctttagtcagattgagaaagattcggacaaagactcggaggggcccggattcttacggagcgtctcgtacggagggagcactctg
gi|23                         :                                                                                                                              ttaatatcggtcatcgtattactaacgtgtattgaaactggtccaggtcaatctgatccatgtgggtcaggctgtacgtcatcaatttagccatgaccccagcTAATATCGGTCA----GCATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAAAC--T-GGTG-CTG-------GT--CA--ATCTAT--GTCTTG-TGG----------------------------------------GCCAT-GAC-C-CCAGCCT---------GGAAGCTTGA---T----TGATTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tggTGGA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAA-CAGCCCCA-TCAAAGTCACGATGAAATA-TCATCG-GCATTAACG-TCGTGATGTTG--G--ACC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTT-------G----AGT-----CAG----AC--T---G------------AGGC-AG-ATTCGG-------A--CAGCGAC----TCC------------G------AG--------AGGG--------------AGTTTCGAACGATTCTCTTACG-------AA-GAGGG---CACTgtttacaagttaacagccccatcaaagtcacgatgaaatatcatcggcattaacgtcgtgatgttggacctttataaactggacgcttgagtcagactgaggcagattcggacagcgactccgagagggagtttcgaacgattctcttacgaagagggcact
gi|24                         :                                                                                                                                                    tggtaatatcggtcagcatgttactaatgtgtattgaaactggtgctggtcaatctatgtcttgtgggccatgaccccagccAATATCGGTCAGTCAACATGTT-ACTAAT------GTATAACGAACT----GGTA-CAG-------GA--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TGGCCATTAAC-C-CAAGCATG--TTGCTAGAAAG-TTG----CA---AGAATTAAACCGTTTGT--ATGT---------A---------G----------T------T--TT---------GTGAG---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGACC--A--CAT--G-----T----G----CC------------G---------C---CAT-GC-TCTAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA----CTGT--TCCTTG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TTACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTccacatacatactgtatcgtactaattcaatgaatggggtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAATTA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-A--GGACA-TTT-------T----AGgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaattatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacaggacattttagagatg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcactgttccttgtgggtcaggctgtacgtcattactttagagatgaccccaaccGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGTGATGTGG--G--GAC-TTT--ATATAAAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----AC--TG--G------------GGG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAT----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCACTTACG-------GA-GT-GG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAagatg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGTGTTTG-TCTT-AAGTT-AA-TGTCAT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GAGTATTGAATT--T-GATC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGATC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GA--C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---T----TGATTTagtagcacaaatatacatcatatttcttgaacatcatttatttatagaagttaagtcagcttgtaatatctactgaatttctcaaacattttttcctgaattgaggaatgtgcatacatatcagtttcactgttctttacatataatggga
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tTGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-AAGCTCCA-CGAATGCCACGATAAgtttacaagttagaagctccacgaatgccacgataa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgttaatatcggtcaacatgttactaatgagtattgaatttgatccaggtcaaactgttccatgtggatcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaccC----TGTT--TTAGCACATTCTTGGTAT--CGGTTGA-TA-TA-ATT-AAA-G-TACTATTTGTA---------AA-CCACGTGTTTG-TTTT-GAG-T-CATTGCCGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                             tttcttaaaagacaaagcttcgGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTGAT------GTGTATTGAGAA--T-GGCC-TAG-------GT--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAACCAT-TAA-C-CCAGCATG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAATCTTTCGG--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------GTGAG---TTGACCGGT-GTGTTC-T-------AT------------GGACC--A--CAT--G-----T----G----CC------------A---------C---CAT-GC-TCTTACCAGTCAATCAAACATCC--A--CATGAAAG-AGC--TT-GTGCGTA--TA--ATG-AA-GGGGGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------A----AGT-----CAG----AC--T---G------------GGG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCGGAGAGAGACTCAG------AG--------AGGG--------------CG-----------TCTCTTATG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-AAT-AAA-G-TATTGTTTGTA---------AAACCACTTGTTTA-TCTT-AAG-T-AA-TACCATag
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ------------G------AA--------AGTG--------------AG-----------TCTCTTACA-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---ATTGTTAT--CTGTAGC-TAAGA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gaC---CTTGCTAT--CTGTTAC-TAAGA-ATT-AAAAG-TACTATTTGTA---------AAACAACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                   GTAAGTATCGGTCA----TCAT-------AAT------GTGTATTGAAAC--T-GGTC-CA----------------------------TA-TGCGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-T-CTAGCATG--TTGCTAGAAGG--TGG---CA---TGATTTAAACCTTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTAA-C-------AA------------GGAAC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CGT-GA-TCCAAACAGTCAATCAAATATCC--A--CATGAATG-GGT--TC-GTGCATA---T--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AGGTTAG-CAGCTCCA-TTAAAGTCACGATGAAATA-TCATCGTTCAGTTTTATT-ATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACG-CTT-------TAACCAGTCATAGCAG----AC--TTGAG------------CGG--AC-ATACAGAGAGAGCA--CAAAGTC----TCG------------G------AG--------AGGG--------------AG-----------TTTCT----------------------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTATTGT-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCAAGAGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    TTAATATCAAATA----ACATGTTTAC-ATT------GTGTATTTAGGTAAT-GTTA-CAGTGCATAAGT--CATGAATTGTAGTTCATA-TAGGTG----A----A---G----AC--CA---TCACT-----GC-AC--AC-C-CTCCTCTG--TTACTAGAAA---------CAG--TG--TTGAAGGTT--GT--G-AT---------A---------G---------------------------------AAG---GTGGCTGGTTGTGTCC-C-------CT------------AGATA--A--CAT--G-----T----A------------------G---------C---CAT-AC-TTTTAGTAGCCAATCAAATGACA--G--CACGT--GTGGT--TC-GTGCGTA--CT--TTT-CA-GGAAGATAATGAA----AGGTTGA---------TTAGC-GAATTAGAAAACTCAA-TTAAAGTCACAATGAAAT----GTTG-----------CCGTGAAGAGG--G--AATGTTT--ATA--AAC-T--GGATA--TT-------T----GGT-----TGA----AC--------------------AG--AGCATT------------------------TCG------------G------A---------------------------------------------TA---------GA-GTGAG---CACTCGGATC----TGGTGCTAGTCAC---A-TGCTAT--CTGTTGC-TAGGA-TTA-AAA-G-TACTATTTGT----------AAACCACGTGTTTG-TTTT-AAA-T-CATTGCCGTagtag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                              taGAAAC--T-AACC-CAT-------GT--CA--GTCTGT--ATCGTAATAGATC----A----A---GATATAGATCG---TTACTA---AACTAT-AAA-C-TCGATATG--ATGCT-GAAGG---AA---CACCTTGATTTATACACTTCGT--GTGC---------A---------C----------C------TCCTG---------A-AAG---CTTATAGGT-TTCGCC-C-------AT------------GCAATTAA--CAT--GGGAGTT----G----CCATTTAAAACAAAG---------T---CATCAC-T-AAGGGAGACAATCGGA--TTT--GACCAGTGAAG-GG----C-GTACGTGATCTTCTTT-CC-GGGAGAT--TGAA----ACCTTGaaaggtacaaatggaaattatctcacgatgattccattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTCACTATTAAATAATG-TTGTTT-TTA---------GTGTGG--G--CGC-TTTT-ATA--AAC-T--GTACA-CTT-------T----AGC-----CAA--------T---G------------AGATTAG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------GGAAGGGAGTCTCTTACAGGT--------------AG-----------TTTCTTACG-------GA-GTAGA---CACTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---GTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACTACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGCCATtcactattaaataatgttgtttttagtgtgggcgcttttataaactgtacactttagccaatgagattagattcggacagagactcgggaagggagtctcttacaggtagtttcttacggagtagacactctggtctgtcacttggcacgttgctaactgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaactacgtgtttgtcttaagtaattgccataga
gi|7                          : gaaactaacccatgtcagtctgtatcgtaatagatcaagatatagatcgttactaaactataaactcgatatgatgctgaaggaacaccttgatttatacacttcgtgtgcacctcctgaaagcttataggtttcgcccatgcaattaacatgggagttgccatttaaaacaaagtcatcactaagggagacaatcggatttgaccagtgaagggcgtacgtgatcttctttccgggagattgaaaccttT-ACTTCT------GTGTATTGAACT--AAGGTTACAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-TAGGTAGAGAA----G---GGTGTGCGTCACCTTCGCT----GGTCAT-ATC-G-TCCGCCTG--TTACTAGAAAG--TGA---CT---TGATTTACACACCTCGT--GTTT---------A---------------------------T--TG---------TTGAGGTTTTGGATGAT-TTGTTT-G-------AC------------GGaga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caattaaccagta--G--CGCGAAAT-GGT--TT-GTGTATG--CT--TTT-CA-GGGATATTACGAA----AGCTTGA-TGAGCTGTGTA-C-AAATTAA-GACATTCG-TATAAGGCACACAGAAAT----ATTGTTAA--------CGCGATGTGG--GA-GAG-TTT--ATA--AAC-T--GGAGA-TTTGGCTGAAC----AGG-----CAG----GC--T----------------GGG--AG-A----G-------A--GAGAG-C----ACA------------A------GG--------AGAT--------------AT-----------GCTCTGATA-------GA-GAGAG---CATCCTAGTC----TGTTGCTAGCCA----CTTGCTACAGCTGTTGC-T-AGA-ATTAAAA-G-TGCTATTTGTA---------AAATCACATGTTTG-TTTTCAAG-T-GT-TGCTAttttccccagcgcgaaatggtttgtgtatgcttttcagggatattacgaaagcttgatgagctgtgtacaaattaagacattcgtataaggcacacagaaatattgttaacgcgatgtgggagagtttataaactggagatttggctgaacaggcaggctgggagagagagagcacaaggagatatgctctgatagagagagcatcctagtctgttgctagccacttgctacagctgttgctagaattaaaagtgctatttgtaaaatcacatgtttgttttcaagtgttgcta
gi|8                          :                                                    caattaaccagtatacttctgtgtattgaactaaggttacagtgcaactatagttcatataggtagagaagggtgtgcgtcaccttcgctggtcatatcgtccgcctgttactagaaagtgacttgatttacacacctcgtgtttattgttgaggttttggatgatttgtttgacggttttccccaTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAAG----------------------------ACCTAC--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCATTAAC-C-CCAGCATG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAACGTTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--CT---------GTGAG---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGACC--A--CAT--G-----T----G----CC------------G---------C---CAT-GC-TTTAACCAGTCAATCAAGTATCC--A--CATGGAAA-GGC--TC-GTGCATA---T--TTT-TA-TGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTTTTTA-C-AAGTTA--CAATTCCATTAAAGGTCAC------------ATT-----TTA-----TGTGGTGTCA--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--AGGCG-TTT-------T--------------G----AC-------------------------------------------CAGAGA-------G------------G------A------------C--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --TTCATA-TAGGTA----AAA--G---TGTGTATGTCA---CC-TTTCCTGGTCAT-AGCAT-CCA-TCTG--TTACCAGAAAG--TGA---AT---TGATTTACACACTTTAT--GTAT---------ACAGTTGAAGG----------TA-----T--TA---------ATAAT---TTGACTGTT-GTGTCCTC-------A-------------AGACC--A--TAT--G-----T----A----CA------------G---------T---CAT-AC-ACAAAGTAGCCAATCAAACATCC--A--CAC-AAAT-AGT--TC-ATG-----------TA-CA-GGGAGATAATGAA----GGCTTGACTGAGCTGTTTA-C-AAATTAG-AAGCTCTA-TTAAAGTCATGATGACATA-TGTTTA---AT--------GTGATATGG--GAAGG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA--TT-------T----GGC-----TGG----ACAGT---C------------GGG--AG-AGGCGG-------ATTCGGAGAC----AGG------------G------AG--------------------------AG-----------TCT----CG-------GATATAGACATCACTTGGGTC----TGCCGCTAGCCA----CTTGATGT--CTGTTGC-T-AGA-ATT-AAA-ATTACTATTTGTA---------agtag


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 GTCA       T      TATAAT          T AAT     A   TGCATAA  .   TG A    AG      A      GAGA AAGT AAT           CCT      CC       TA  A G       GATTTGTTT     CT   AGT ACCT          AC     TT    AGTGTTGAAGGTTTCAA                                       GTT         A      T TC                      A TA .    CG GGAGTTGCCATTTAAAACAAAGT                       C  A                  TGAAC   AC       GT CCT   T    G  ACC TC   T  C             TCAA       G           G A       AA       T T  G              ATG        TTACTGT           .  AA  TG   TG   TA   T TG     GC  GGCTGAACA      CATAG   AGAC  TGCAGAGAGACAGAGAG         C      AGAGAGC TT       .      GAGGGGCCCGGATTCTTACGG                            TTTCGAACGAT         .        T  G  CAT          .               CATT        AG       T     T   G   A T          C                       T    C   T A AT
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          T      .               T AC      A   .        .   .  A    AG      .      .    AA   .             .        CC       TA  . .       GTTGCTA       CT   .   AG            TT     .     AGCGCTGAAGGTTTTGA                                       GG          T      . AC                      A .  .    .  TAGTCACCGGTCTGAACCCAGA                        .  .                  TCAAA   .        G  CC    .    G  ATC .    .  .             .          C           . A       G        . G  T              TG         TTACTGT           .  AA  C    T    .    . .      T   TAACCA         .       .     GGAGAGGG                  .      .       .        .      GGAAGGGAGTCTCTTACAGGT                            CG                  .        .  G  AG           .               T           .        .     .   A   A .          T                       T    .   . A AT
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               T AA      .   .        .   .  A    AG      .      .    .    .             .        C        G   . .       GTTGCTA       CT   .   A             AC     .     ACAGTTGAAGGTATTAA                                       .           .      . CC                      T .  .    .  TCAGAACCCAGT                                  .  .                  TGTTA   .        G  GC    .    T  C   .    .  .             .          C           . .       C        . G  T              TG         TTATTGT           .  AA  C    .    .    . .      T   TA             .       .     TTGAGCGG                  .      .       .        .      GAGAGAGACTCAGAGAGGG                              .                   .        .  G  .            .               T           .        .     .   A   . .          T                       .    .   . . AT
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               T T       .   .        .   .  A    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       GTTGCTA       CT   .   A             TT     .     ACCTGTGAAAGATTG                                         .           .      . AC                      T .  .    .  AACTGT                                        .  .                  TGAAA   .        G  GT    .    A  C   .    .  .             .          C           . .       C        . G  T              TG         TTATTGT           .  A   C    .    .    . .      C   TA             .       .     TGCAGAG                   .      .       .        .      GAGAGGC                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   A   . .          T                       .    .   . . AT
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               A T       .   .        .   .  C    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       GTTGCTA       CT   .   T             CG     .     ACCTCCTGA                                               .           .      . AT                      C .  .    .  AACAGT                                        .  .                  CGTCC   .        G  GC    .    A  C   .    .  .             .          C           . .       T        . G  T              TG         TTATTGT           .  .   C    .    .    . .      C   TA             .       .     TGGGGGG                   .      .       .        .      GAGAGGC                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          T                       .    .   . . AT
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               T T       .   .        .   .  A    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       GTTGCTA       CT   .   A             CT     .     CCTTTGA                                                 .           .      . AT                      C .  .    .  TACTGC                                        .  .                  CATCC   .        T  GT    .    A  C   .    .  .             .          T           . .       T        . G  T              TG         TTATTGT           .  .   C    .    .    . .      T   TA             .       .     AGCGGAG                   .      .       .        .      TAGAGGC                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . AT
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               T T       .   .        .   .  A    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       GTTGCTA       CT   .   A             CT     .     AGTTTTG                                                 .           .      . AA                      A .  .    .  TAGAGT                                        .  .                  TATCC   .        G  GT    .    G  T   .    .  .             .          C           . .       C        . T  T              TG         TAACTGT           .  .   C    .    .    . .      C   TA             .       .     TGCAGAA                   .      .       .        .      TAGAGGC                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               A T       .   .        .   .  T    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       GTTACTA       CT   .   A             GT     .     AGTTTGG                                                 .           .      . CT                      T .  .    .  TGCCGC                                        .  .                  TGACA   .        G  GT    .    A  C   .    .  .             .          C           . .       C        . G  T              TG         TTATTGT           .  .   C    .    .    . .      T   TA             .       .     TGAGATT                   .      .       .        .      GAGAGGC                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               T T       .   .        .   .  T    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       GTTACTA       CT   .   A             AC     .     AGTTTGA                                                 .           .      . AT                      A .  .    .  TGCCAC                                        .  .                  TATCC   .        G  GC    .    G  C   .    .  .             .          G           . .       C        . T  A              TC         TTACTGT           .  .   C    .    .    . .      T   TA             .       .     AGTCGGG                   .      .       .        .      GACAGAC                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          C                       .    .   . . A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               A T       .   .        .   .  T    .       .      .    .    .             .        .        A   . .       GTTGCTA       CT   .   A             AC     .     AGTTCTG                                                 .           .      . AC                      C .  .    .  TACCGC                                        .  .                  CATCC   .        T  GT    .    G  .   .    .  .             .          T           . .       G        . T  A              AC         TTACTGT           .  .   C    .    .    . .      C   CA             .       .     TGGGAT                    .      .       .        .      TACAGAC                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               A T       .   .        .   .  C    .       .      .    .    .             .        .        A   . .       GTTACCA       T    .   T             GT     .     ATTGT                                                   .           .      . AT                      C .  .    .  TGCCGC                                        .  .                  TTT     .        A  G     .    A  .   .    .  .             .          C           . .       A        . T  A              TC         TTATTGT           .  .   C    .    .    . .      C   TA             .       .     TGGGAT                    .      .       .        .      GAGAGGG                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . T 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               A T       .   .        .   .  A    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       GATGCT        T    .   A             AC     .     AG                                                      .           .      . A                                 .  TACAGT                                        .  .                  GT      .        T  .     .    A  .   .    .  .             .          T           . .       C        . C  A              TG         TAACTGT           .  .   C    .    .    . .      T   GA             .       .     TGAGAA                    .      .       .        .      GAGAGGC                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . T 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               C T       .   .        .   .  C    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       GC            .    .   T                                                                                                                                         .  TAGC                                          .  .                          .        .  .     .    .  .   .    .  .             .          C           . .       C        . G  A              TG         GTTTTAT           .  .   C    .    .    . .      C   TA             .       .     TGAGGC                    .      .       .        .      GAAAGTG                                          .                   .        .  A  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               T T       .   .        .   .  A    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       .             .    .   .                                                                                                                                                                                                                                                                            .          T           . .       C        . G  T              TG         TTAACG            .  .   C    .    .    . .      C   TA             .       .     TGGGGG                    .      .       .        .      GAGAGGG                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . A 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               T T       .   .        .   .  T    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       .             .    .   .                                                                                                                                                                                                                                                                            .          C           . .       A        . G  T              TC         TTT               .  .   C    .    .    . .      C   AA             .       .     TGGGG                     .      .       .        .      AGGAGAT                                          .                   .        .  G  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . T 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               A T       .   .        .   .  C    .       .      .    .    .             .        .        T   . .       .             .    .   .                                                                                                                                                                                                                                                                            .          T           . .       C        . T  T              TG         TTA               .  .   C    .    .    . .      C   TG             .       .     TGGG                      .      .       .        .      GAGAAG                                           .                   .        .  A  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . T 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               A T       .   .        .   .  .    .       .      .    .    .             .        .        G   . .       .             .    .   .                                                                                                                                                                                                                                                                            .          T           . .       C        . T  A              T          TTA               .  .   C    .    .    . .      T   TA             .       .     TG                        .      .       .        .      GAGAGA                                           .                   .        .  .  .            .               C           .        .     .   .   . .          T                       .    .   . . T 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .          .      .               G T       .   .        .   .  .    .       .      .    .    .             .        .        A   . .       .             .    .   .                                                                                                                                                                                                                                                                            .          T           . .       G        . A  A              T          T                 .  .   G    .    .    . .      T   TG             .       .     TG                        .      .       .        .      GTC                                              .                   .        .  .  .            .               C           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . . T 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                            .      .               A .       .   .        .   .  .    .       .      .    .    .             .        .        A   . .       .             .    .   .                                                                                                                                                                                                                                                                            .          T           . .       C        . A  A              G          .                 .  .   C    .    .    . .      .   T              .       .     AG                        .      .       .        .      GAC                                              .                   .        .  .  .            .               .           .        .     .   .   . .          A                       .    .   . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                            .      .               C .       .   .        .   .  .    .       .      .    .    .             .        .        A   . .       .             .    .   .                                                                                                                                                                                                                                                                            .          C           . .       A        . T  G              .          .                 .  .   .    .    .    . .      .   T              .       .     .                         .      .       .        .      GAG                                              .                   .        .  .  .            .               .           .        .     .   .   . .          A                       .    .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                   G .       .   .        .   .  .    .       .      .    .    .             .        .        .   . .       .             .    .   .                                                                                                                                                                                                                                                                            .          .           . .       .        . .  A              .          .                 .  .   .    .    .    . .      .   .                                                                                     GA                                               .                   .        .  .  .            .               .           .        .     .   .   . .          .                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .       .      .    .    .             .        .        .   . .       .             .    .   .                                                                                                                                                                                                                                                                            .          .                                                  .          .                 .  .   .                                                                                                                                                                  .                   .        .  .  .                            .           .        .     .                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          **          **                                                                                                                                                                                                    AC*******************        **                                                                                                                                                                                                    TG*        TTACTGT           **     C*                          TA***********                TGAGGG******************                          ****   GAGAGGC****************************************                      *******                     ****            C***                                            A*********
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNCTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGANC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CAT-AC-TCAAAGTAGCCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--CT--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTT-------T----AGT-----CAG----AC--T---G------------GGG--AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCG------------G------AG--------AGGC--------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNCTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTCC-CAC-------------------GGANC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CAT-AC-TCAAAGTAGCCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--CT--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATATG-ATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTTA-----------GT-----CAG----ACTGAGGG------------------AG-ATTCGG-------A--CAGAGAC----TCGGAGAGGC----------------------------------------AG-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): AATTTAAACATGATTCCAACCTCGTTCACAAGTTAATATCAGCATATACTGCAATAGTATTGTACATTATTTTTCTGTGGGGTGCCGTTTTATA
Unaligned ( gi|31 ): ATTAACATGATTGCTGTGTATGGAAAAAAGGACAGAGCAACCTATTTAATAAACTAATTAAAAGTGTGTGCATCACCATTTCTGGTCATAACC
Unaligned ( gi|34 ): ATCATTTAACCTGTTTTCTACTACATATTGAATTAAGGTTACAGTGAAGCTGTAGTTCA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             222222222     11       1111                       5555555555555555555555555555555555555555555555555555                         222222222222222222222                3333333333333333333333333333333333333333333                                                           111                                                                                                                                                                                222222222222222222                                     2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                    1                                                     11      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 4444       5      555555          1 5555    3   5555555  22  22 9    99      1      3333 6666 333 0         333      66       33  1 1   0   999999999     99   333 9999          11     44    3333333333333333333333333333333333333333333333333333    999         6      3 444444444444444444444   1 44 44   33 1111111111111111111111111111111111111111111   2  2  0      0        7777777 33       22 9999  2    1  333 33   2  2             3333       2           1 3       33       1 1  1              333      0 99999999          22 88  22   44   22   1 22     77   44444  44444   4444  6666 444444444444444444        6666666 22   1  1 555 4444   3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333         5555555  1  3  555          3333            4444        22       1 1   1   0   3 1          8888888888              5    1   2 4 33      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 ....       .      ......          . ....    .   .......  ..  .. .    ..      .      .... .... ... .         ...      ..       ..  . .   .   .........     ..   ... ....          ..     ..    ....................................................    ...         .      . .....................   . .. ..   .. ...........................................   .  .  .      .        ....... ..       .. ....  .    .  ... ..   .  .             ....       .           . .       ..       . .  .              ...      . ........          .. ..  ..   ..   ..   . ..     ..   .....  .....   ....  .... ..................        ....... ..   .  . ... ....   .............................................................         .......  .  .  ...          ....            ....        ..       . .   .   .   . .          ..........              .    .   . . ..      
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                 5555       7      555555          0 7777    6   9999999  55  55 4    66      7      7777 1111 000 9         000      55       88  7 7   2   333333333     77   000 3333          55     22    5555555555555555555555555555555555555555555555555555    666         2      1 444444444444444444444   0 66 66   99 9999999999999999999999999999999999999999999   9  9  1      5        7777777 99       99 8888  9    6  333 99   9  9             5555       8           8 6       55       8 6  0              222      8 22222222          44 99  22   33   55   8 55     11   33333  88888   0000  9999 333333333333333333        2222222 66   9  9 222 0000   7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777         7777777  7  3  444          9999            2222        44       7 7   7   9   6 8          6666666666              7    9   0 0 22      
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNCTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGANC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CAT-AC-TCAAAGTAGCCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--CT--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTT----AGT-----CAG----AC-T--G-----------AG-G-G-AGATTCGG-------A--CAG-AG-A---C----TCG------------G------AG--------AGGC--------------A-G-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
Reference ( family-1832 )     :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAANT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ANCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAGCTTGA---CA---TGATTTAAACNCTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTCC-C-------AC------------GGANC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CAT-AC-TCAAAGTAGCCAATCAAACGTCC--G--CACGAAAG-GGC--TC-GTGCGTG--CT--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TNAANGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTT----AGT-----CAG----AC-T--G-----------AG-G-G-AGATTCGG-------A--CAG-AG-A---C----TCG------------G------AG--------AGGC--------------A-G-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-TGCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                   GTTGATATCAATTA----ATCTGTTTACTACT------GTGTATTGAATT--A-AGGC-CAC-------ATTGCA--A-CTATAGCTCATA-TAGGTA----A----A---AGTG-ACCT-----TCCCT----GGTTAT-GTT-G-TCCGTCTG--TTATTAGAAAG--TGA---CT---TGATTTACACATCTCGT--GTATTTCGCTGAAG---------G----------T------TC-TG---------ATGAT---TTGATTGTT-GTGGCC-CCAGCTTCACATGTATAGGCAGGGATC--AAACAT--G-----A----A----CA------------G---------T---TAC-AC-TCAGAGTAGTCAAGTAAACGTCC--G--CAC-AAAT-GAT--AT-GTGCATG--AT--ATT-CA-GGGAGGTAATGGT----AGCTTGATTGAGCTGTTTA-C-AAAACAG-GAGCTCCA-ATACAGTCAGGATGAAAT----ATTGTTTA-CACTTAACGTGATGTGGAAA--GG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA-TTTT-----GT-----TGG----AC-G--G-----------A--T-C-AGACTTGG-------A--CA--AG-A---CAGTTTCATAT---------G------AGTCTC----AGGC--------------A-G-----------TCTCTGA-GAGAGAGAGA-GAGAG---CACTCTGGTTAGTGTGTTCCTAGCCA----CTTGCTGT--CTGTTAC-T-AGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTAAAAGTTCTTAAACCATTTGTTTGTTTTT-AAG-T-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AT--G-----A----A----CT------------G---------T---CAT-AC-TCAAAGTAGTCAAACAA--GT----G--AACGCAAG-ACC--TTTGTTCGTG--CT--TTT-AA-GGGAGATAATGAA----AGCTCGAGTGTACTGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTTAGGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAGG--TTC--ATA--AAC-TTGGGA----TTT--------------G----AC-T--G----------------------TCTG-------A--CAT-AT-A---C----GCT------------G------AG--------AAG---------------------------------------------------------ACTCTGGTA----TATCGCTATCCA----CTTGCTAT--CTGTTGC-T-AGA-ATTGAAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAA-T-AT-TGCCATcttgtcaaagtagtac
gi|11                         :                                                                                                                                    gtgtatatcgttgaagggtacgatgattcaattgttgtgcacccaccccccccccccccccctgtttcacatgtacaggcacaggtcgaaattaaGTTAATATCGATCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---CA----GATTTagtag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACAGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTTATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTTT----AGT-----CAG----AC-T--GCAGAGAGACAGAG-A-G-AGATTCGG-------A--CAG-AG-A---C----TCG------------G------AG--------AGGC--------------A-G-----------TCTCTCACG-------GA-GTGGG---TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAT---CTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-AGT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------GAACCACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgtttattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagagacagagagagattcggacagagactcggagaggcagtctctcacggagtgggtactctggtctgtcgcttggcatcttgctaactgttgctaagaagtaaagtactgtttgttgaaccacgtgtttgtcttaagtaattgtcatagtagc
gi|12                         :                                                                                                                        gtgttaatatcgatcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-T-CAAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagtagc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAACTCCA-TGAATGTCACGATGGAATA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTTT----AGT-----CAG----AC-T--GC----------AG-A-G-AAATTCGG-------A--CAT-AG-A---C----TCG------------G------AG--------AGGC--------------A-G-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---TACTCTAGTC----TGTCGTTTGGCAT---CTTGCCAT--CTGTTGC-TTAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGTTTG-TCTT-AAG-TAAA-TGTCATgtttacaagttagcaactccatgaatgtcacgatggaatatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagagaaattcggacatagactcggagaggcagtctcttacggagtgggtactctagtctgtcgtttggcatcttgccatctgttgcttagaattaaagtactgtttgttaaaccacatgtttgtcttaagtaaatgtcatagaagca
gi|13                         :                                                                                                                        gtgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagagatgactcaaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagaagca
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTT----AGT-----CAG----A--T--G-----------GG-A-T-AGATTCGG-------A--CAG-AG-A---C----TCG------------T------AG--------AGGC--------------A-G-----------TCTCTTGCG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                        gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccGTTAATATTGGTCA----ACGTGTT-ATTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTATGTCA---TCACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTagtagcac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-TAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCTTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTT----AGT-----CAG----A--T--G-----------GG-A-T-AGATTCGG-------A--CAG-AG-A---C----TCG------------T------AG--------AGGC--------------A-G-----------TCTCTTGCG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACCACATGGTTG-TCTT-AAG-T-AATTGTCATgtttacaagttagtagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcttgatgtgggggctttataaactggacactttagtcagatgggatagattcggacagagactcgtagaggcagtctcttgcggagtgggcactctggtctgtagcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaaccacatggttgtcttaagtaattgtcatagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                           gtgttaatattggtcaacgtgttattaatgtgtattgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtatgtcatcactttagagatgaccccaaccAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAAAT--T-GGCC-CAG-------GT--CG--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---T----TGATTTagtagcac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGAA----AGCTTGATTGATTTGTTAA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAA-T--GGACA-TTTT----AGT-----CAG----AC-TG-G-----------GG-G-G-AGATTCGA-------A--CAG-AG-A---C----CTG------------G------AG--------AGGC--------------A-G-----------TCTCTTACT-------GA-GT-GG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAT-G-TAATGTTTGTA---------AACCCACATGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gttaacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcatgatgtgggggctttataaaatggacattttagtcagactggggggagattcgaacagagacctggagaggcagtctcttactgagtggcactctggtctgtcgcttggcaccttgctatctgttgctaagaattaatgtaatgtttgtaaacccacatgtttgtcttaagtaatataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                              aatatcggtcaacatgttactaatgtgtactgaaattggcccaggtcgacttgccccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaaccTTAATATCGGTCA----G---------TAAT------GTATATTGAATT--T-GATA-CAA-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CCAACCTG--C-------AAGCTTGA---C----TGATTTataccgtaatagta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aTGCA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTACA-TTAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGCGATGTAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTT----AGT-----CAG----AC-A--G-----------CG-GAG-AGATTCGG-------A--CAG-AG-A---C----TCG------------G------AC--------AGAC--------------A-G-----------TCTCTTACG-------GA-GT-GG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---ATTGCTAT--CTGTTGC-TAAAA-AAT-AAA-G-TACTTTTTGTA---------GAACGACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AA-gtttacaagttagcagctacattaatgtcacgatgaaatatgattgttcattattgttcgcgatgtaggggctttataaactggacactttagtcagacagcggagagattcggacagagactcggacagacagtctcttacggagtggcactctggtctgtcgcttggcacattgctatctgttgctaaaaaataaagtactttttgtagaacgacgtgtttgtcttaagtaaaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                attaatatcggtcagtaatgtatattgaatttgatacaagtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgaccccaacc----ACATGTT-ACTAAT------GTGTACTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-C-CAAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTaagtcatagtagca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA---------G-CAGCTCCA-TGAATGACACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGCAG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACA-TTTT----AGT-----CAG----AC-T--GC----------AG-A-A-AGATTCAG-------A--CAG-AG-T---T----TCT------------T------AC--------AGAC--------------A-G-----------TCTCTTACG-------GA-GT-GG---TACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---GTTGCTAT--TTGTTGC-TAAGA-ATA-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAACCACATGTTTG-TCTG-AAG-TAAA-TGTCATgtttagcagctccatgaatgacacgatgaaatatgattgttcataactgttcgtgatgcaggggctttataaacgggacattttagtcagactgcagaaagattcagacagagtttcttacagacagtctcttacggagtggtactctggtctgtcgcttggcacgttgctatttgttgctaagaataaaagtactgtttgtaaaaccacatgtttgtctgaagtaaatgtcatagtagta
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 acatgttactaatgtgtactgaatttggtccaggtcaaactgttccatgtgggtcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaaccAT--G-----A----A----CA------------G---------T---CAT-AC-TCAAAGAAGCCAAACAAGTGAAC--G--CACGA------CCTTT-GTTCGTG--CT--TTT-AA-GGGAGATAATGAA----AGCTCGAGTGTACCGTTTA-CAAAATCAG-GAACTCCA-TTAAAGTCACAATGAAATA-T-AT--TTAA--------CGTGATGTGG--GAAAG--TTC--ATA--AAC-T--GGGGA--TTT----GG------CTG----TC-T--G-----------AT-G-T-ATA--CGG-------A--GAGAAG-A---C----TCT------------------------------GGT--------------ATA-----------TCGCTAAC-------------------CACT-TG--C----TATC---TG--------TTGCTA--------------GA-AGTAAAA-G-TACTATTTGTC---------AAACCACGTGTTTGTTTTT-AAG-T-AT-TGCCATagtagta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           catgtacaggcacaggtcgaaattaa---TGATTTAAACACTACGTTTGT-T---------C---------C----------T------T--TG---------AAATG---TT--TCGGG-G-GTTG-C-------TC------------GGAAC-----CATCGG-----TCAGAA----CCCA----------G---------T---CA--ACATCAAAGTAGCCAATCAGA--TCAAAG--CAGGGAAG-G----TC-GTGCTTG--CT--TTT-CCCGGGAGATAATGAATCAAAGCTTTATTGAATTATTTA-C-TAGGGAA-AAGCTCCA-TTAAAGTCGCTATGAAATA--G--TGTT--TT----TTTGTGGTGTGA--G--AGC-agtagt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atacct-----------TTTTTTGTG-------GT-GTGAGAG-CACTCTGGTC----TGTCGCTAGCCAC---AT-GCTAT--ATATTGC-TAGAATATT-AAAAG-TACTGTTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TATT-Aactctggtctgtcgctagccacatgctatatattgctagaatattaaaagtactgtttgtaaaaccacgtgtttgtattatgctgtgaaca
gi|2                          :                              ataccttgatttaaacactacgtttgttcctttgaaatgtttcgggggttgctcggaaccatcggtcagaacccagtcaacatcaaagtagccaatcagatcaaagcagggaaggtcgtgcttgcttttcccgggagataatgaatcaaagctttattgaattatttactagggaaaagctccattaaagtcgctatgaaatagtgtGTTA----TCATGCT-ACTAATTATAATGTGTATTGACAC--T-GGCC-CAG-------GT--CA--ATCTGT--TCCATG-TGGGTC----A----A---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGGCAT-AAT-C-CCAGTCTG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATCTAACCTTCTCTT--GCAA---------A---------G----------TG-----T--TGAAGGTTTCAATGAG---TTGACCAGT-GTGTCC-C-------AC------------GAAAC--A--CAT--G-----T----A----CT------------G---------C---CAT-AT-TCAAAGTAGTCAATCAAATGTTA--A--CATGAAAG-GGC--TC-GTGCATA---T--TTT-CA-GGGAGATAA------------TGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CGGCTCCA-TTAAACTCACAATGAAATA-TCACTGTCCATTATTGTTCGTGATG-GT--G--GGC-TTTTGCCA--GACTT--GGACAGCCTC----ATT-----CAGAGACAC-GGAG-----------AG-G-G-AGTTTGGA-------A--CGC-AG-T---C----TCG------------------------------GTC--------------A-G-----------TCCCTTATG-------GA-GAGGG---AACTTTGGTC----TGTAGATAAGCAC---CTTGCTAT--TTGTTGCTTAAGA-ATT-A------ACTATTTGTA---------AAACCATGTGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCCATtgctgtgaaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                       gtgtgtacagctGTTATTATCCATTA----ATCTGTTTACTACT------TTGTATTGAATTA-C-GGCCACAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-AAGGTA----A----AAATG-TGTATGTCA---CC-TTTCCTGGCCAT--AC-CGCCCGTATG--TTGCTAGAGAG--TGA---CT---TGATTTAAACACTTTGT--GTAT---------ACCT------G----------TGAAAGAT--TG----------TGAGGG-TTGTTTAGTAGTGCCC-T-------CC------------TAATA--A--CAT--G-----T----AGTCACC------------GGTCTGAACCCAGACAT-CC-TCAAAGTAACCAATCGAATGAAA--G--CACGTAAG-G----TC-ATGCATG--CT--TTTTCA-GGGAGGTAATGGA----AGCTTGAagtagta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                        tGTT-ACTACT------GTGTATTGGAAT---------AAG-------GA--CA--G--TGC--GACATA-TAGGTA----AAAGTG---TGTGTGTGTCA---TCTTTTC-TAGTCAT-AAA-C-CCAGCCTG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAACTTCTCGT--GTAT---------A---------GCGCTGAAGGTT------T--TG---------ATGAG---TTGACCGTT-GTGTCC-C-------AC------------AGATC--A--CAT--G-----T----A----GA------------G---------T---CGC-AC-ACAAAGTAGTCGATCAAACGTCC--G--CATGAAAT-TGT--TC-GTGTAAAACCT--TTT-TA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGAGCTGTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                aataTTAATATCGGTCA----TCGTATT-ACTAAC------GTGTATTGAAAC--T-GGTC-CAG-------GT--CA--ATCTGA--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCAATT--TAGCCAT-GAC-C-CCAGCCTGATTTGTTTACAAG-TTAAAGTCA---TGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CTGATTTGTTTA-C-AAGTT--------------AAAGTCATGATGAAATA-ACATTGTCCATTACTGTTCGTGATGTTG--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTTT----AGT-----CAG----AT-T--G-----------AG-A-A-AGATTCGG-------A--CAA-AG-A---C----TCG------------G------AG--------GGGCCCGGATTCTTACGGA-GCG---------TCTCGTACG-------GA-GGGAG---CACTCTGgaaataacattgtccattactgttcgtgatgttgggcctttataaactggacgctttagtcagattgagaaagattcggacaaagactcggaggggcccggattcttacggagcgtctcgtacggagggagcactctg
gi|23                         :                                                                                                                              ttaatatcggtcatcgtattactaacgtgtattgaaactggtccaggtcaatctgatccatgtgggtcaggctgtacgtcatcaatttagccatgaccccagcTAATATCGGTCA----GCATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAAAC--T-GGTG-CTG-------GT--CA--ATCTAT--GTCTTG-TGG----------------------------------------GCCAT-GAC-C-CCAGCCT---------GGAAGCTTGA---T----TGATTT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tggTGGA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAA-CAGCCCCA-TCAAAGTCACGATGAAATA-TCATCGG-CATTAACGT-CGTGATGTTG--G--ACC-TTT--ATA--AAC-T--GGACG-CTTG----AGT-----CAG----AC-T--G-----------AG-G-C-AGATTCGG-------A--CAG-CG-A---C----TCC------------G------AG--------AGGG--------------A-GTTTCGAACGATTCTCTTACG-------AA-GAGGG---CACTgtttacaagttaacagccccatcaaagtcacgatgaaatatcatcggcattaacgtcgtgatgttggacctttataaactggacgcttgagtcagactgaggcagattcggacagcgactccgagagggagtttcgaacgattctcttacgaagagggcact
gi|24                         :                                                                                                                                                    tggtaatatcggtcagcatgttactaatgtgtattgaaactggtgctggtcaatctatgtcttgtgggccatgaccccagccAATATCGGTCAGTCAACATGTT-ACTAAT------GTATAACGAACT----GGTA-CAG-------GA--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TGGCCATTAAC-C-CAAGCATG--TTGCTAGAAAG-TTG----CA---AGAATTAAACCGTTTGT--ATGT---------A---------G----------T------T--TT---------GTGAG---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGACC--A--CAT--G-----T----G----CC------------G---------C---CAT-GC-TCTAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAATT--T-GGTC-CAG-------GT--CA----CTGT--TCCTTG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TTACTT--TAGAGAT-GAC-C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---C----TGATTTccacatacatactgtatcgtactaattcaatgaatggggtc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tTGAA----AGCTTGACTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAATTA-TGATTGTTCATTACTGTTCGTGATGCGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-A--GGACA-TTTT----AGgtttacaagttagcagctccatgaatgtcacgatgaattatgattgttcattactgttcgtgatgcgggggctttataaacaggacattttagagatg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgttaatatcggtcaacatgttactaatgtgtattgaatttggtccaggtcactgttccttgtgggtcaggctgtacgtcattactttagagatgaccccaaccGATGAAATA-TGATTGTTCATTATTGTTCGTGATGTGG--G--GAC-TTT--ATATAAAC-T--GGACA-CTTT----AGT-----CAG----AC-T--G-----------GG-G-G-AGATTCGG-------A--CAG-AG-A---T----TCG------------G------AG--------AGGC--------------A-G-----------TCACTTACG-------GA-GT-GG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTA---------AAagatg
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CGTGTTTG-TCTT-AAGTT-AA-TGTCAT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                   GTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTAAT------GAGTATTGAATT--T-GATC-CAG-------GT--CA--AACTGT--TCCATG-TGGATC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GA--C-CCAACCT---------GAAAGCTTGA---T----TGATTTagtagcacaaatatacatcatatttcttgaacatcatttatttatagaagttaagtcagcttgtaatatctactgaatttctcaaacattttttcctgaattgaggaatgtgcatacatatcagtttcactgttctttacatataatggga
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tTGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-AAGCTCCA-CGAATGCCACGATAAgtttacaagttagaagctccacgaatgccacgataa
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tgttaatatcggtcaacatgttactaatgagtattgaatttgatccaggtcaaactgttccatgtggatcaggctgtacgtcatcactttagccatgacccaaccC----TGTT--TTAGCACATTCTTGGTAT--CGGTTGA-TA-TA-ATT-AAA-G-TACTATTTGTA---------AA-CCACGTGTTTG-TTTT-GAG-T-CATTGCCGT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                             tttcttaaaagacaaagcttcgGTTAATATCGGTCA----ACATGTT-ACTGAT------GTGTATTGAGAA--T-GGCC-TAG-------GT--CA--ACTTGC--CCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAACCAT-TAA-C-CCAGCATG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAATCTTTCGG--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------GTGAG---TTGACCGGT-GTGTTC-T-------AT------------GGACC--A--CAT--G-----T----G----CC------------A---------C---CAT-GC-TCTTACCAGTCAATCAAACATCC--A--CATGAAAG-AGC--TT-GTGCGTA--TA--ATG-AA-GGGGGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AAGTTAG-CAGCTCCA-TGAATGTCACGATGAAATA-TGATTGTTCATAACTGTTCGTGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-T--GGACA-CTTA----AGT-----CAG----AC-T--G------------G-G-G-AGATTCGG-------A--CAG-AG-A---C----TCGGAGAGAGACTCAG------AG--------AGGG--------------C-G-----------TCTCTTATG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-AAT-AAA-G-TATTGTTTGTA---------AAACCACTTGTTTA-TCTT-AAG-T-AA-TACCATag
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ------------G------AA--------AGTG--------------A-G-----------TCTCTTACA-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTAGCTTGGCAC---ATTGTTAT--CTGTAGC-TAAGA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gaC---CTTGCTAT--CTGTTAC-TAAGA-ATT-AAAAG-TACTATTTGTA---------AAACAACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                   GTAAGTATCGGTCA----TCAT-------AAT------GTGTATTGAAAC--T-GGTC-CA----------------------------TA-TGCGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCAT-GAC-T-CTAGCATG--TTGCTAGAAGG--TGG---CA---TGATTTAAACCTTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--TG---------ATGAG---TTGACCGGT-GTGTAA-C-------AA------------GGAAC--A--CAT--G-----T----A----CC------------G---------C---CGT-GA-TCCAAACAGTCAATCAAATATCC--A--CATGAATG-GGT--TC-GTGCATA---T--TTT-CA-GGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTGTTTA-C-AGGTTAG-CAGCTCCA-TTAAAGTCACGATGAAATA-TCATCGTTCAGTTTTATT-ATGATGTGG--G--GGC-TTT--ATA--AAC-G--GGACG-CTTTAACCAGTCATAGCAG----ACTT--G-----------AGCG-G-ACATACAGAGAGAGCA--CAA-AG-T---C----TCG------------G------AG--------AGGG--------------A-G-----------TTTCT----------------------CACTCTGGTC----TGTCGCTTGGCAC---CTTGCTAT--CTATTGT-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCAAGAGTTTG-TTCT-AAG-T-AT-TGCAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                    TTAATATCAAATA----ACATGTTTAC-ATT------GTGTATTTAGGTAAT-GTTA-CAGTGCATAAGT--CATGAATTGTAGTTCATA-TAGGTG----A----A---G----AC--CA---TCACT-----GC-AC--AC-C-CTCCTCTG--TTACTAGAAA---------CAG--TG--TTGAAGGTT--GT--G-AT---------A---------G---------------------------------AAG---GTGGCTGGTTGTGTCC-C-------CT------------AGATA--A--CAT--G-----T----A------------------G---------C---CAT-AC-TTTTAGTAGCCAATCAAATGACA--G--CACGT--GTGGT--TC-GTGCGTA--CT--TTT-CA-GGAAGATAATGAA----AGGTTGA---------TTAGC-GAATTAGAAAACTCAA-TTAAAGTCACAATGAAAT----GTTG-----------CCGTGAAGAGG--G--AATGTTT--ATA--AAC-T--GGATA--TTT----GGT---------------T--G-----------A---------------------A--CAG-AGCAT--T----TCG------------G------A----------------------------------------------TA---------GA-GTGAG---CACTCGGATC----TGGTGCTAGTCAC---A-TGCTAT--CTGTTGC-TAGGA-TTA-AAA-G-TACTATTTGT----------AAACCACGTGTTTG-TTTT-AAA-T-CATTGCCGTagtag
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                              taGAAAC--T-AACC-CAT-------GT--CA--GTCTGT--ATCGTAATAGATC----A----A---GATATAGATCG---TTACTA---AACTAT-AAA-C-TCGATATG--ATGCT-GAAGG---AA---CACCTTGATTTATACACTTCGT--GTGC---------A---------C----------C------TCCTG---------A-AAG---CTTATAGGT-TTCGCC-C-------AT------------GCAATTAA--CAT--GGGAGTT----G----CCATTTAAAACAAAG---------T---CATCAC-T-AAGGGAGACAATCGGA--TTT--GACCAGTGAAG-GG----C-GTACGTGATCTTCTTT-CC-GGGAGAT--TGAA----ACCTTGaaaggtacaaatggaaattatctcacgatgattccattata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTCACTATTAAATAATG-TTGTTT-TTA---------GTGTGG--G--CGC-TTTT-ATA--AAC-T--GTACA-CTTT----AGC-----CAA-------T--G-----------AG-A-TTAGATTCGG-------A--CAG-AG-A---C----TCG------------GGAAGGGAGTCTCTTACAGGT--------------A-G-----------TTTCTTACG-------GA-GTAGA---CACTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---GTTGCTAA--CTGTTGC-TAAGA-ATT-AAA-G-TACTGTTTGTT---------AAACTACGTGTTTG-TCTT-AAG-T-AATTGCCATtcactattaaataatgttgtttttagtgtgggcgcttttataaactgtacactttagccaatgagattagattcggacagagactcgggaagggagtctcttacaggtagtttcttacggagtagacactctggtctgtcacttggcacgttgctaactgttgctaagaattaaagtactgtttgttaaactacgtgtttgtcttaagtaattgccataga
gi|7                          : gaaactaacccatgtcagtctgtatcgtaatagatcaagatatagatcgttactaaactataaactcgatatgatgctgaaggaacaccttgatttatacacttcgtgtgcacctcctgaaagcttataggtttcgcccatgcaattaacatgggagttgccatttaaaacaaagtcatcactaagggagacaatcggatttgaccagtgaagggcgtacgtgatcttctttccgggagattgaaaccttT-ACTTCT------GTGTATTGAACT--AAGGTTACAG-------TG--CA--A-CTATAGTTCATA-TAGGTAGAGAA----G---GGTGTGCGTCACCTTCGCT----GGTCAT-ATC-G-TCCGCCTG--TTACTAGAAAG--TGA---CT---TGATTTACACACCTCGT--GTTT---------A---------------------------T--TG---------TTGAGGTTTTGGATGAT-TTGTTT-G-------AC------------GGaga
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caattaaccagta--G--CGCGAAAT-GGT--TT-GTGTATG--CT--TTT-CA-GGGATATTACGAA----AGCTTGA-TGAGCTGTGTA-C-AAATTAA-GACATTCG-TATAAGGCACACAGAAAT----ATTGTTAA--------CGCGATGTGG--GA-GAG-TTT--ATA--AAC-T--GGAGA--TTT----GGC-----TGA----AC----------------AG-G-C-AGGCTGGG-------A--GAG-AG-AGAGC----ACA------------A------GG--------AGAT--------------A-T-----------GCTCTGATA-------GA-GAGAG---CATCCTAGTC----TGTTGCTAGCCA----CTTGCTACAGCTGTTGC-T-AGA-ATTAAAA-G-TGCTATTTGTA---------AAATCACATGTTTG-TTTTCAAG-T-GT-TGCTAttttccccagcgcgaaatggtttgtgtatgcttttcagggatattacgaaagcttgatgagctgtgtacaaattaagacattcgtataaggcacacagaaatattgttaacgcgatgtgggagagtttataaactggagatttggctgaacaggcaggctgggagagagagagcacaaggagatatgctctgatagagagagcatcctagtctgttgctagccacttgctacagctgttgctagaattaaaagtgctatttgtaaaatcacatgtttgttttcaagtgttgcta
gi|8                          :                                                    caattaaccagtatacttctgtgtattgaactaaggttacagtgcaactatagttcatataggtagagaagggtgtgcgtcaccttcgctggtcatatcgtccgcctgttactagaaagtgacttgatttacacacctcgtgtttattgttgaggttttggatgatttgtttgacggttttccccaTCA----ACATGTT-ACTAAT------GTGTATTGAAG----------------------------ACCTAC--TCCATG-TGGGTC----A----G---GCTGTACGTCA---TCACTT--TAGCCATTAAC-C-CCAGCATG--TTGCTAGAAAG--TGG---CA---TGATTTAAACGTTTCGT--GTAT---------A---------G----------T------T--CT---------GTGAG---TTGACCGGT-GTGTTC-C-------AT------------GGACC--A--CAT--G-----T----G----CC------------G---------C---CAT-GC-TTTAACCAGTCAATCAAGTATCC--A--CATGGAAA-GGC--TC-GTGCATA---T--TTT-TA-TGGAGATAATGAA----AGCTTGATTGATTTTTTTA-C-AAGTTA--CAATTCCATTAAAGGTCAC------------ATT-----TTA-----TGTGGTGTCA--G--GCC-TTT--ATA--AAC-T--AGGCG-TTTT--------------G----AC-----------------------------------------CAG-AG-A----------G------------G------A------------C--------------A-G-----------TCTCTTACG-------GA-GTGGG---CACTCTGGTC----TGTCACTTGGCAC---CTTGCTAT--CTGTTGC-TAAGA-ATTAAAA-G-TACTATTTGTA---------AAACCACGTGTTTG-TTCT-TAG-T-AT-TGCCAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --TTCATA-TAGGTA----AAA--G---TGTGTATGTCA---CC-TTTCCTGGTCAT-AGCAT-CCA-TCTG--TTACCAGAAAG--TGA---AT---TGATTTACACACTTTAT--GTAT---------ACAGTTGAAGG----------TA-----T--TA---------ATAAT---TTGACTGTT-GTGTCCTC-------A-------------AGACC--A--TAT--G-----T----A----CA------------G---------T---CAT-AC-ACAAAGTAGCCAATCAAACATCC--A--CAC-AAAT-AGT--TC-ATG-----------TA-CA-GGGAGATAATGAA----GGCTTGACTGAGCTGTTTA-C-AAATTAG-AAGCTCTA-TTAAAGTCATGATGACATA-TGTTTA---AT--------GTGATATGG--GAAGG--TTT--ATA--AAC-T--GGAGA--TTT----GGC-----TGG----AC-A--GT----------CG-G-G-AGAGGCGG-------ATTCGG-AG-A---C----AGG------------G------AG--------------------------A-G-----------TCT----CG-------GATATAGACATCACTTGGGTC----TGCCGCTAGCCA----CTTGATGT--CTGTTGC-T-AGA-ATT-AAA-ATTACTATTTGTA---------agtag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): AATTTAAACATGATTCCAACCTCGTTCACAAGTTAATATCAGCATATACTGCAATAGTATTGTACATTATTTTTCTGTGGGGTGCCGTTTTATA
Unaligned ( gi|31 ): ATTAACATGATTGCTGTGTATGGAAAAAAGGACAGAGCAACCTATTTAATAAACTAATTAAAAGTGTGTGCATCACCATTTCTGGTCATAACC
Unaligned ( gi|34 ): ATCATTTAACCTGTTTTCTACTACATATTGAATTAAGGTTACAGTGAAGCTGTAGTTCA