lowQualScore                  :                                                                   22222222222222222                                                     
lowQualScore                  :                   4       0 0      222  1111 11  0  7 0 111 11 11 66666666666666666 0 11 88888888888888  7          0 11 0              
lowQualScore                  :                   .       . .      ...  .... ..  .  . . ... .. .. ................. . .. ..............  .          . .. .              
lowQualScore                  :                   1       8 8      999  7777 11  9  2 8 333 00 88 77777777777777777 7 00 55555555555555  6          7 00 7              
consensus                     :             TGTTCACCATAATG-A-GACAAC---GT----T--TGATCAC-A---G--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----CGGGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
Reference ( gi|20 )           :             TGTTCATCATAATG-A-GACAAC---GT----T--TGATCGC-A---G--G--T----AT---G----G-GC-T--G------A-----CGGGTTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|39                         :             TGTTTATCATAATG-A-GACAAC---AT----T--TGGTCAC-A---G--G--T----TT---G----A-AC-T--G------G-----------CGACATTGT-A--G-CCATTGGGCATCTA
gi|13                         :             TGTCCACCATAATG-A-GACAAC---GT----T--TGGTCAC-A---G--G--T----CT---G----T-AC-T--A------G-----AGGACTCGGCATTGA-A--G-TCCTCGGGCATTT
gi|27                         :       cataaaTGTTCACCATAATG-A-GACAAT---GT----T--TGATCTC-A---G--G----------------------T--G------G-----CAGGATCACCTTTGT-A--G-CCATTGGGCATCTA
gi|8                          :        ataaaTGTTCACCATTATG-A-GACAAT---GT----T--CAATTTC-A---G--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----CTGGCTTCACATAGT-A--G-TCCTTGGGCATCTA
gi|25                         :       cacaaaTGTTCACCATAATG-A-GAT------GT----T--TGATCAC-A---T--G--T----TT---G----T-AC-T--G------G-----TGGGC-CGACATTAT-A--G-CCTTTGGGCATC
gi|16                         :        ataaaTGTTCACCATAATG-A-GGCAAC---GC----T--AGCTCAC-A---G--G--T----CT-----------C-T--G------AACATGCAGACTCTACATTGT-A--G-CCCTTGGACATC
gi|14                         :          aagTGTTCACTTTGATG-A-AACAAT---GT----T--TGGCC-C-A---AATG--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----TGGGTTCGACATTGT-A--G-CTCTTGGGCACCT
gi|7                          :        acaaaTGTTCACCATAATT-T---TAAC---AT----T--CGATCAC-A---G--G--T----GT---G----T-AC-TCCG------G-----CAAGTTTAACATCAT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|6                          :       aacaaaTGTTTATCATAATG-A-GATACT---GT----T--TGCTCAC-A---A--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----CTGGCTTTATATTGC-A--G-ACTTTGGGCATCa
gi|9                          :    caaaattagTGTTTATCATAATG-A-GACAAC---ATAATTT--TGGTCAT-A---G--G--TG---AT---G----T--C-T--GTATTGGA-----TGGCTT-GACATTGT-A--G-CCCCTGGGCA
gi|35                         :            tTGTTCACAATAAAA-A-GACATC---AT----T--TGATCAC-A---G--G--T----AT---G---------T--A------A-----C----TCAATATTGT-A--A-CCTTTTGGCATCTA
gi|3                          :           aaTGATCACCGTAATG-A-GACAGC---GT----T--TCGTCAC-A---G--T--T----CT---G----T-AC-T--G------A-----CAGGCTTGACATTGT-A--G-C
gi|4                          :          acaTGTTCATCATAAC------CAAC---GT----T--CGATCTC-ATCCA--A--T----ATTCTA----T-CC-T--A------G-----CGGGCTCGGCGTTGT-A--G-CCCTTGGACATCTAattgaatgagcctcttgtt
gi|41                         :       aacaaaTGTTCACCATAAAG-A-GACAAA---AT----T--TTATCAC-A---G--G--T----CT---G----T-AA-T--G------A-----AAGGCTCAACATTGT-A--G-CC
gi|21                         :          aaaTGTTCACCATGATG-A-GACTAT---TT----T--TAATCAC-A---G--G--G----GT---G----T-AA-T--G------G-----CAGGCTTAACATTGT-A--A-CTCCTTGGCATCaa
gi|31                         :            aTGTTCACTATAATG-T-GACA------T----T--TGATCAC-T---A--G--T----CT---G----T-AC-A--G------A-----TGGGCTCGACATTGT------CCCTTGACCATCTc
gi|38                         :            aTGTTCAATATGATG-A-GA--AC---AT----T------CAC-A---T--G--T----CT---T----T-AC-T--G------G-----CGGGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTTGGCATCt
gi|12                         :           aaTGTTCACCGTAATG-A-GACAAC---AT----T--CACTGGC-A---G--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----TGCGACCGATGTTTT-T--G-CCCTTAGGCATC
gi|23                         :      caacacaTGTTCGCCATAAC------CAAC---GT----T--CGATCTC-G---T--C--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----CAAGCTCGACATTGT-A--G-CCATTGGACATC
gi|44                         :       ctcaaaTGTTCTTCATAATG-A-G---AC---GT----T--TGATCAC-A---G--G--TCAGCAA---G----G-GC-----------------CAGAT--GACATTGT-A--A-CCCTT
gi|34                         :       cacaaaTATTCACCATAATG-T-GACAAT---GT----T--TGCTCCC-A---G--G--T----TT---G----A-A--T--G------A------------GAC--TGT-G--A-CCCTTGGGCATCCA
gi|33                         :         taaaTATTCACCATAATG-T-GACAAT---GT----T--TGCTCCC-A---G--G--T-----T---C----G-AA-T--G------A------------GAC--TGT-G--A-CCCTTGGGCATCCAg
gi|49                         :        ataaaTGTTCACAATGATG-A-GACAAC---AT----T--CAAACAC-A---G--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----CAGGCTTGACATT
gi|30                         :        acaaaTGTTCACCATAATG-A-GATG-----GT----T--TTATCAC-A---G--C--T----CT---A----T-AC-T--A------G-----GGGGATGAACATTGT-A--G-CGCTTAGGCA
gi|36                         :          aaaTGTTCA--AGAA-G-ATGACAAC----T----T--TG-------------G--T----A------------C-T--G------G-----CAGGCTTGACATTGT-A--G-TCCTTGGGCATTTA
gi|50                         :       cataaaTGTTCACCATAATG-A-G---AT---GC----T--TGATCAC-A---G--G--T----CT---G----T-AC-T--T------G-----GGGGATCAACATTG--A--G-Cgt
gi|1                          :         taaaTGTTCACCATAATA-A-GACAAT---GT----TGGTGA--GC-T---G--G--T----CC---A----T-AC-T--G------G-----CAGGCTC---ATTGTCATTG-CCCTATGGCATCTA
gi|40                         :      ccgcaaaTGTTCACCGTAATA-G-GA--A----GT----T--TGATCAT-A---G--T--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----CGGG-TCGGTATTGT-A--A-CCATTGgt
gi|52                         :       cacaaaTGTTCACCATAATG-A-GACAAC---GT----T--CGCTTGC-A---T--G--T----
gi|46                         : atgtgcaacagtTGTTCACCATATTG-A-GACAAC---TT----T--TA----------------------------------C-T--G------A----------------TTGT-A--G-CTCTTGGGCATCTAcggacagtactggt
gi|24                         :   cgtgtcacacaGTTCACCATAATG-A-GACAAT---GT----T--GGATCGC-A---G--G--T----AT---G----T-GCTT--G------A-----CAGGTTCGACATTGT-A--G-CCCTAGGGCATCTgtat
gi|22                         :               TTCACCATAAAG-A-GACA------T----T--TGATTAC-A---G--A--T----CT---G----A-AT-T--G------A-----TGGGCTCAACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|28                         :          aaatcTTCACCATCATG-A-GACAAC---AT----T--TGATTAC-A---T--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----TGGGGTCAACATTGT-C--G-CCCTTGGGCAT
gi|19                         :            attTTTATCATAAT------TGAC---GT----T--TGCTTAC-A---G--ACCT----AC---T----T-GT-C--G------A-----C----TCGACATTGT-G--A-TCCTAGGGCATCTA
gi|18                         :              cTTCATTACAATG-A-GTCGAG---AT----T--CACTCAT-A---G--G--T----CT---G----T-AC-A--G------------TGGGCATGACATAGT-G--G-CCCTTTGGCATCTttttattta
gi|51                         :         ccaattTTCACCATAATG-A-GACACCATTAT----T--TGA---C-A---G--G--T----CT---G----T-AG-T--G------G-----TAGGCTCTTCGTTGT-A--A-C
gi|54                         :             atTTCACCATAATG-A-GACACCTTTAT----T--TGA---C-A---G--G--T----CT---G----T-AG-T--G------G-----TAGGCTCTTCATTG
gi|26                         :             catTTATCATAATG-A-GATGAT---GT----T--TACTCAC-A---G--G--T----CT---G----T-AG-T--G------A-----CTCACTCAGCATGGT-A--A-CAATTTGGCTTCT
gi|43                         :                 CACCGTAACG-A-GACAAC---GT----T--TCATCAC-A---G--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----CAGGCTCTACATTGT-A--A-CCATTGGGCATggt
gi|37                         :                    CATAATG-A----AAT---GT----T--TGAACTC-A---G--GC-T----A----G----T-AC-T--G------A-----TGGGCTTGACATTGT-A--G-CCATTGGGCATC
gi|55                         :              taaatgCATAGTG-A-AACAAC---GT----T--CCCACAC-A---G--G--T----AT---G----T-AC-T--T------G-----CCAGTTCGACAT
gi|47                         :                tgccaATGATG-A-GACAAC---GT----T--TGATCAC-A---A--G--T----AT---G----T-AC-T--G------G-----CGGGCTCGACATTGT-A--G-CCTTTGCACAT
gi|15                         :                     ATAACG-A-GACA------T----T--TTACTAC-A---G--A--T----CT---G----T-AC-T--GGTGCC-A-----TGGGATCAACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCT
gi|32                         :            aatttgcacaTAATG-A-AACAAC---GT----T--CAAACAC-A---G--G--T-----C---G----T-AC-T--G------G-----CGAGCTCGACATAGT-T--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|2                          :                  cgaatAATA-A-GACAAC---AT----T--TTATCAC-A---G--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----TGGGCTAGACATTGT-A--GTCCTTTGGGCATCTA
gi|29                         :     gaagtgttaacaatatcgAATGGA-GACAAT---GT----T--TACTCATTA---T--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----CAGACTCGACATTGT-A--G-CCATTAGCCATATA
gi|48                         :                   ccacaATG-A-GACAAT---GT----T--TGATCAT-A---A--G--T----GT---GTATTG-GC-T--G------A-----C----TTGACATTGT-A--G-CCCTTAGGCATC
gi|42                         :                      ttATG-A-GACAAT---GT----C--TGTTCAG-A---G--G--T----CT---G----T-AC-T--G------G-----CGGGCTCGACATGGT-A--G-TCCTTGGGCGTCTA
gi|53                         :                         aaat-GACAAC---GT----T--TGATCTG-A---G--G--T-----T---G----GTAC-T--G------G-----CGAACTCGATATAGT-A--G-CCTTTGAATATCT
gi|11                         :                                                   TCAC-A---C--G--T----AT---G----T-AC-T--T------G-----CAGGATCGACATCAT-A--G-CTCTTGGGCATATA
gi|62                         :                                 aatgtgcaacataaagcccCGC-A---G--G--T----AC---A----T-AC-C--G------G-----TGAGCTTGACATTGT-G--G-CCTTTGGATATtttttaaattttgt
gi|58                         :                                                       -A---G--G--T----TT---G----T-AC-T--G------A-----TGGGCTCGATATTGT-A--G-CCCTTTGACAGCTA
gi|57                         :                                                       -A---G--G--T----TT---G----T-AC-T--G------A-----TGGGCTCGATATTGT-A--G-CCCTTTGACAGCTAgtc
gi|63                         :                                                                                    C-T--G------G-----CGGGCTCGACATTGC-A--G-CCCTTGGGCATCTgtc
gi|60                         :                                                                             gtctataC-T--G------G-----CGGGCTCCACATTGC-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|61                         :                                                                             gtctataC-T--G------A-----CAGGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTAGTCATCTgt
gi|64                         :                                                                              tctgtaC-T--G------G-----TGGGGTCAACATTGT-A--G-CCTTTGGTCAtgtt
gi|59                         :                                                                                   ta-T--G------G-----CGGGCTCGAC---GT-A--G-CCCTTGGACATATAac
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): CATTAAATATTCGCCATAATCGGACAACATTCACGCGTAGGTCTGTATTGGTAGGCTCAACGCTGTGGCCCTTAAGCATCTG
Unaligned ( gi|10 ): CCATAATTGTTCAGCATATTGAGAAAAATGGTCATGTGCAGGTTTGTACTGGTGACTTGACATTTTTACTCTTCAGCATCT
Unaligned ( gi|17 ): GCTACAAATGTTCACATTAATCAAAGTTCGATCTCATATCTATACTTGCGGTCTCGGCGTTGTATCCGTTGGACATCT
Unaligned ( gi|45 ): CATAAATGTTCACCATTAAGAGATAACATTTGCTCACAGGTCCTATTGGCGAATTTGTCATTGCAT
Unaligned ( gi|56 ): TATAAGTATTCACCATATCCAGAAAACAGGTCTGTACTCGTGGGGTTGACGTT






Alignments
lowQualScore                  :                               1111   0      2222  1111 11  1  11 1111 0 111111   11111  1111 0 00  0 00  2222222             0 00 0              
lowQualScore                  :                               ....   .      ....  .... ..  .  .. .... . ......   .....  .... . ..  . ..  .......             . .. .              
lowQualScore                  :                               6666   8      2222  6666 00  2  77 5555 7 999999   66666  4444 6 99  6 99  7777777             7 99 7              
consensus                     :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
Reference ( family-1817 )     :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|1                          :                    TGTTCACCATA----ATA-AGACAAT---GT----TGGTGA----G----C-T------GGT-----CC----A-T--AC-T--GGCA-----GGCT---CATTGTCATTG-CCCTATGGCATCTA
gi|10                         :             ccgcaaaTGTTCAGCATA----TTG-AGAAAAA------------TGGTC--ATGTGC-A------GGT-----TT----G-T--AC-T--GGT------GACTTGACATTTT-T--A-CTCTTCAGCATCTgt
gi|11                         :                                                      ccataatTC--A----C-A------CGT-----AT----G-T--AC-T--TGCA-----GGATCGACATCAT-A--G-CTCTTGGGCATATA
gi|12                         : aatgtgcaacataaagcccTGTTCACCGTA----ATG-AGACAAC---AT----T--CACTG--G----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----CGACCGATGTTTT-T--G-CCCTTAGGCATCtttttaaattttgt
gi|13                         :             caacacaTGTCCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGGTC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--AGAG-----GACTCGGCATTGA-A--G-TCCTCGGGCATTT
gi|14                         :              cataaaTGTTCACTTTG----ATG-AAACAAT---GT----T--TGGCCC-A----A-A------TGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----GGTTCGACATTGT-A--G-CTCTTGGGCACCT
gi|15                         :                   acaaaCACAATA----ACG-AGACA------T----T--TTACT--A----C-A------GAT-----CT----G-T--AC-T--GGTGCCATGGGATCAACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCT
gi|16                         :              aatttgTGTTCACCATA----ATG-AGGCAAC---GC----T--AGCTC--A----C-A------GGT-----CT----C-TGAAC-A--TGCA-----GACTCTACATTGT-A--G-CCCTTGGACATC
gi|18                         :                   aagTTCATTACA----ATG-AGTCGAG---AT----T--CACTC--A----T-A------GGT-----CT----G-T--AC----AGTG-----GGCATGACATAGT-G--G-CCCTTTGGCATCT
gi|19                         :                ccaattTTTATCATA----AT-----TGAC---GT----T--TGCTT--A----C-A------GAC-----CT---------AC-T--TGTC-----GACTCGACATTGT-G--A-TCCTAGGGCATCTA
gi|2                          :                   cTGTTAACAATATCGAATA-AGACAAC---AT----T--TTATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----GGCTAGACATTGT-A--GTCCTTTGGGCATCTAttttattta
gi|20                         :                gaagTGTTCATCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--G----C-A------GGT-----AT----G-G--GC-T--GACG-----GGTTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|21                         :                    TGTTCACCATG----ATG-AGACTAT---TT----T--TAATC--A----C-A------GGG-----GT----G-T--AA-T--GGCA-----GGCTTAACATTGT-A--A-CTCCTTGGCATC
gi|22                         :                     aTTCACCATA----AAG-AGACA------T----T--TGATT--A----C-A------GAT-----CT----G-A--AT-T--GATG-----GGCTCAACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTAc
gi|23                         :               aaatcTGTTCGCCATA----AC-----CAAC---GT----T--CGATC--T----C-G------TCT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----AGCTCGACATTGT-A--G-CCATTGGACATC
gi|24                         :               ctcaaaGTTCACCATA----ATG-AGACAAT---GT----T--GGATC--G----C-A------GGT-----AT----G-T--GCTT--GACA-----GGTTCGACATTGT-A--G-CCCTAGGGCATCT
gi|25                         :                    TGTTCACCATA----ATG-AGAT------GT----T--TGATC--A----C-A------TGT-----TT----G-T--AC-T--GGTG-----GGC-CGACATTAT-A--G-CCTTTGGGCATC
gi|26                         :                  ataaaTTATCATA----ATG-AGATGAT---GT----T--TACTC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AG-T--GACT-----CACTCAGCATGGT-A--A-CAATTTGGCTTCT
gi|27                         :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAT---GT----T--TGATC--T----C-A------GG--------------------T--GGCA-----GGATCACCTTTGT-A--G-CCATTGGGCATCTAggt
gi|28                         :                 ataaaTTCACCATC----ATG-AGACAAC---AT----T--TGATT--A----C-A------TGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----GGGTCAACATTGT-C--G-CCCTTGGGCAT
gi|29                         :                           attA----ATGGAGACAAT---GT----T--TACTC--A----TTA------TGT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----GACTCGACATTGT-A--G-CCATTAGCCATATA
gi|3                          :               ccacaTGATCACCGTA----ATG-AGACAGC---GT----T--TCGTC--A----C-A------GTT-----CT----G-T--AC-T--GACA-----GGCTTGACATTGT-A--G-C
gi|30                         :                 acaTGTTCACCATA----ATG-AGATG-----GT----T--TTATC--A----C-A------GCT-----CT----A-T--AC-T--AGGG-----GGATGAACATTGT-A--G-CGCTTAGGCAattgaatgagcctcttgtt
gi|31                         :                 aaaTGTTCACTATA----ATG-TGACA------T----T--TGATC--A----C-T------AGT-----CT----G-T--AC-A--GATG-----GGCTCGACATTGT------CCCTTGACCATCT
gi|32                         :                            aTA----ATG-AAACAAC---GT----T--CAAAC--A----C-A------GGT-----C-----G-T--AC-T--GGCG-----AGCTCGACATAGT-T--G-CCCTTGGGCATCTAt
gi|33                         :               cgaatTATTCACCATA----ATG-TGACAAT---GT----T--TGCTC--C----C-A------GGT-----TC----G----AA-T--GA------------GAC--TGT-G--A-CCCTTGGGCATCCA
gi|34                         :               ataaaTATTCACCATA----ATG-TGACAAT---GT----T--TGCTC--C----C-A------GGT-----TT----G----AA-T--GA------------GAC--TGT-G--A-CCCTTGGGCATCCA
gi|35                         :                taaaTGTTCACAATA----AAA-AGACATC---AT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----AT----G-T--A---------------ACTCAATATTGT-A--A-CCTTTTGGCATCTAg
gi|36                         :                                                         aaGATG--A----C-A------ACT-----TT----GGT--AC-T--GGCA-----GGCTTGACATTGT-A--G-TCCTTGGGCATTTA
gi|37                         :           cataaatgttcaagaaCATA----ATG-A---AAT---GT----T--TGAAC--T----C-A------GGC-----TA----G-T--AC-T--GATG-----GGCTTGACATTGT-A--G-CCATTGGGCATCgt
gi|38                         :              taaatgTGTTCAATATG----ATG-AGA--AC---AT----T------C--A----C-A------TGT-----CT----T-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTTGGCATC
gi|39                         :                  aaTGTTTATCATA----ATG-AGACAAC---AT----T--TGGTC--A----C-A------GGT-----TT----G-A--AC-T--GG-----------CGACATTGT-A--G-CCATTGGGCATCTA
gi|4                          :                    TGTTCATCATA----AC-----CAAC---GT----T--CGATC--T----C-ATCCAATATT-----CT----A-T--CC-T--AGCG-----GGCTCGGCGTTGT-A--G-CCCTTGGACATCTA
gi|40                         :              aacaaaTGTTCACCGTA----ATA-GGA--A----GT----T--TGATC--A----T-A------GTT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GG-TCGGTATTGT-A--A-CCATTG
gi|41                         :              cacaaaTGTTCACCATA----AAG-AGACAAA---AT----T--TTATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AA-T--GAAA-----GGCTCAACATTGT-A--G-CC
gi|42                         :                            aaa----ATG-AGACAAT---GT----C--TGTTC--A----G-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATGGT-A--G-TCCTTGGGCGTCTAaa
gi|43                         :                    aaatCACCGTA----ACG-AGACAAC---GT----T--TCATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----GGCTCTACATTGT-A--A-CCATTGGGCAT
gi|44                         :                    TGTTCTTCATA----ATG-AGAC------GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CA----G-C--AA-G--GGCC-----AGAT-GACATTGT-A--A-CCCTT
gi|45                         :              cacaaaTGTTCACCATT----AAG-AGATAAC---AT----T--TGCTC--A----C-A------GGT-----CC------T--AT-T--GGCG-----AATTTGTCATTGC-A--
gi|46                         :              cataaaTGTTCACCATA----TTG-AGACAAC----T----T--T------------------------------------T--AC-T--G----------------ATTGT-A--G-CTCTTGGGCATCTAt
gi|47                         :                 cgtgtcacacaATG----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------AGT-----AT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCTTTGCACATgtat
gi|48                         :                               ----ATG-AGACAAT---GT----T--TGATC--A----T-A------AGT-----GT----G-T--AT-T--GGCT-----GACTTGACATTGT-A--G-CCCTTAGGCATC
gi|49                         :                  ttTGTTCACAATG----ATG-AGACAAC---AT----T--CAAAC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----GGCTTGACATT
gi|5                          :               acaaaTATTCGCCATA----ATC-GGACAAC---AT----T--CACGC--G----T-A------GGT-----CT----G-T--AT-T--GGTA-----GGCTCAACGCTGT-G--G-CCCTTAAGCATCT
gi|50                         :             cattaaaTGTTCACCATA----ATG-AGAT------GC----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--TGGG-----GGATCAACATTG--A--G-Cg
gi|51                         :                  taaaTTCACCATA----ATG-AGACACC---AT----T----ATTTGA----C-A------GGT-----CT----G-T--AG-T--GGTA-----GGCTCTTCGTTGT-A--A-C
gi|52                         :                  atTGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--CGCTT--G----C-A------TGT-----CGGACAG-T--AC-T--GG
gi|53                         :                            atgtgcaacagtGACAAC---GT----T--TGATC--T----G-A------GGT-----TG----G-T--AC-T--GGCG-----AACTCGATATAGT-A--G-CCTTTGAATATCTt
gi|54                         :                      TTCACCATA----ATG-AGACACCTTTAT----T--TG-----A----C-A------GGT-----CT----G-T--AG-T--GGTA-----GGCTCTTCATTG
gi|55                         :                        catCATA----GTG-AAACAAC---GT----T--CCCAC--A----C-A------GGT-----AT----G-T--AC-T--TGCC-----AGTTCGACAT
gi|56                         :               tgccaTATTCACCATA----TCC-AGA-AA--------------------A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--CGTG-----GGGTTGACGTT
gi|57                         :                                                                 tataag-A------GGT-----TT----G-T--AC-T--GATG-----GGCTCGATATTGT-A--G-CCCTTTGACAGCTA
gi|58                         :                                                                       -A------GGT-----TT----G-T--AC-T--GATG-----GGCTCGATATTGT-A--G-CCCTTTGACAGCTAgtc
gi|59                         :                                                             TC--A----T-A--------T-----CT----A-T--AT-T--GGCG-----GGCTCGAC---GT-A--G-CCCTTGGACATATAgtc
gi|6                          :                   cTGTTTATCATA----ATG-AGATACT---GT----T--TGCTC--A----C-A------AGT-----CT----G-T--AC-T--GGCT-----GGCTTTATATTGC-A--G-ACTTTGGGCATCttt
gi|60                         :                                                                       caaaattagGT-----CT----A-T--AC-T--GGCG-----GGCTCCACATTGC-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|61                         :                                                                                 T-----CT----G-T--AC-T--GACA-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTAGTCATCTgt
gi|62                         :                                                              C--G----C-A------GGT-----AC----A-T--AC-C--GGTG-----AGCTTGACATTGT-G--G-CCTTTGGATATtgtt
gi|63                         :                                                                                GT-----CT----A-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGC-A--G-CCCTTGGGCATCT
gi|64                         :                                                                                              -T--AC-T--GGTG-----GGGTCAACATTGT-A--G-CCTTTGGTCA
gi|7                          :                    TGTTCACCATA----ATT-T--TAAC---AT----T--CGATC--A----C-A------GGT-----GT----G-T--AC-TCCGGCA-----AGTTTAACATCAT-A--G-CCCTTGGGCATCTAac
gi|8                          :              aacaaaTGTTCACCATT----ATG-AGACAAT---GT----T--CAATT--T----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCT-----GGCTTCACATAGT-A--G-TCCTTGGGCATCTAa
gi|9                          :              cacaaaTGTTTATCATA----ATG-AGACAAC---ATAATTT--TGGTC--A----T-A------GGTGATGTCT----G-T--AT-T--GGAT-----GGCTTGACATTGT-A--G-CCCCTGGGCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GCTACAAATGTTCACATTAATCAAAGTTCGATCTCATATCTATACTTGCGGTCTCGGCGTTGTATCCGTTGGACATCT






Alignments
lowQualScore                  :                               1111   0      2222  1111 11  1  11 1111 0 111111   11111  1111 0 00  0 00  2222222             0 00 0              
lowQualScore                  :                               ....   .      ....  .... ..  .  .. .... . ......   .....  .... . ..  . ..  .......             . .. .              
lowQualScore                  :                               6666   8      2222  6666 00  2  77 5555 7 999999   66666  4444 6 99  6 99  7777777             7 99 7              
consensus                     :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
Reference ( family-1817 )     :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|1                          :                    TGTTCACCATA----ATA-AGACAAT---GT----TGGTGA----G----C-T------GGT-----CC----A-T--AC-T--GGCA-----GGCT---CATTGTCATTG-CCCTATGGCATCTA
gi|10                         :             ccgcaaaTGTTCAGCATA----TTG-AGAAAAA------------TGGTC--ATGTGC-A------GGT-----TT----G-T--AC-T--GGT------GACTTGACATTTT-T--A-CTCTTCAGCATCTgt
gi|11                         :                                                      ccataatTC--A----C-A------CGT-----AT----G-T--AC-T--TGCA-----GGATCGACATCAT-A--G-CTCTTGGGCATATA
gi|12                         : aatgtgcaacataaagcccTGTTCACCGTA----ATG-AGACAAC---AT----T--CACTG--G----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----CGACCGATGTTTT-T--G-CCCTTAGGCATCtttttaaattttgt
gi|13                         :             caacacaTGTCCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGGTC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--AGAG-----GACTCGGCATTGA-A--G-TCCTCGGGCATTT
gi|14                         :              cataaaTGTTCACTTTG----ATG-AAACAAT---GT----T--TGGCCC-A----A-A------TGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----GGTTCGACATTGT-A--G-CTCTTGGGCACCT
gi|15                         :                   acaaaCACAATA----ACG-AGACA------T----T--TTACT--A----C-A------GAT-----CT----G-T--AC-T--GGTGCCATGGGATCAACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCT
gi|16                         :              aatttgTGTTCACCATA----ATG-AGGCAAC---GC----T--AGCTC--A----C-A------GGT-----CT----C-TGAAC-A--TGCA-----GACTCTACATTGT-A--G-CCCTTGGACATC
gi|18                         :                   aagTTCATTACA----ATG-AGTCGAG---AT----T--CACTC--A----T-A------GGT-----CT----G-T--AC----AGTG-----GGCATGACATAGT-G--G-CCCTTTGGCATCT
gi|19                         :                ccaattTTTATCATA----AT-----TGAC---GT----T--TGCTT--A----C-A------GAC-----CT---------AC-T--TGTC-----GACTCGACATTGT-G--A-TCCTAGGGCATCTA
gi|2                          :                   cTGTTAACAATATCGAATA-AGACAAC---AT----T--TTATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----GGCTAGACATTGT-A--GTCCTTTGGGCATCTAttttattta
gi|20                         :                gaagTGTTCATCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--G----C-A------GGT-----AT----G-G--GC-T--GACG-----GGTTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|21                         :                    TGTTCACCATG----ATG-AGACTAT---TT----T--TAATC--A----C-A------GGG-----GT----G-T--AA-T--GGCA-----GGCTTAACATTGT-A--A-CTCCTTGGCATC
gi|22                         :                     aTTCACCATA----AAG-AGACA------T----T--TGATT--A----C-A------GAT-----CT----G-A--AT-T--GATG-----GGCTCAACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTAc
gi|23                         :               aaatcTGTTCGCCATA----AC-----CAAC---GT----T--CGATC--T----C-G------TCT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----AGCTCGACATTGT-A--G-CCATTGGACATC
gi|24                         :               ctcaaaGTTCACCATA----ATG-AGACAAT---GT----T--GGATC--G----C-A------GGT-----AT----G-T--GCTT--GACA-----GGTTCGACATTGT-A--G-CCCTAGGGCATCT
gi|25                         :                    TGTTCACCATA----ATG-AGAT------GT----T--TGATC--A----C-A------TGT-----TT----G-T--AC-T--GGTG-----GGC-CGACATTAT-A--G-CCTTTGGGCATC
gi|26                         :                  ataaaTTATCATA----ATG-AGATGAT---GT----T--TACTC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AG-T--GACT-----CACTCAGCATGGT-A--A-CAATTTGGCTTCT
gi|27                         :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAT---GT----T--TGATC--T----C-A------GG--------------------T--GGCA-----GGATCACCTTTGT-A--G-CCATTGGGCATCTAggt
gi|28                         :                 ataaaTTCACCATC----ATG-AGACAAC---AT----T--TGATT--A----C-A------TGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----GGGTCAACATTGT-C--G-CCCTTGGGCAT
gi|29                         :                           attA----ATGGAGACAAT---GT----T--TACTC--A----TTA------TGT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----GACTCGACATTGT-A--G-CCATTAGCCATATA
gi|3                          :               ccacaTGATCACCGTA----ATG-AGACAGC---GT----T--TCGTC--A----C-A------GTT-----CT----G-T--AC-T--GACA-----GGCTTGACATTGT-A--G-C
gi|30                         :                 acaTGTTCACCATA----ATG-AGATG-----GT----T--TTATC--A----C-A------GCT-----CT----A-T--AC-T--AGGG-----GGATGAACATTGT-A--G-CGCTTAGGCAattgaatgagcctcttgtt
gi|31                         :                 aaaTGTTCACTATA----ATG-TGACA------T----T--TGATC--A----C-T------AGT-----CT----G-T--AC-A--GATG-----GGCTCGACATTGT------CCCTTGACCATCT
gi|32                         :                            aTA----ATG-AAACAAC---GT----T--CAAAC--A----C-A------GGT-----C-----G-T--AC-T--GGCG-----AGCTCGACATAGT-T--G-CCCTTGGGCATCTAt
gi|33                         :               cgaatTATTCACCATA----ATG-TGACAAT---GT----T--TGCTC--C----C-A------GGT-----TC----G----AA-T--GA------------GAC--TGT-G--A-CCCTTGGGCATCCA
gi|34                         :               ataaaTATTCACCATA----ATG-TGACAAT---GT----T--TGCTC--C----C-A------GGT-----TT----G----AA-T--GA------------GAC--TGT-G--A-CCCTTGGGCATCCA
gi|35                         :                taaaTGTTCACAATA----AAA-AGACATC---AT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----AT----G-T--A---------------ACTCAATATTGT-A--A-CCTTTTGGCATCTAg
gi|36                         :                                                         aaGATG--A----C-A------ACT-----TT----GGT--AC-T--GGCA-----GGCTTGACATTGT-A--G-TCCTTGGGCATTTA
gi|37                         :           cataaatgttcaagaaCATA----ATG-A---AAT---GT----T--TGAAC--T----C-A------GGC-----TA----G-T--AC-T--GATG-----GGCTTGACATTGT-A--G-CCATTGGGCATCgt
gi|38                         :              taaatgTGTTCAATATG----ATG-AGA--AC---AT----T------C--A----C-A------TGT-----CT----T-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTTGGCATC
gi|39                         :                  aaTGTTTATCATA----ATG-AGACAAC---AT----T--TGGTC--A----C-A------GGT-----TT----G-A--AC-T--GG-----------CGACATTGT-A--G-CCATTGGGCATCTA
gi|4                          :                    TGTTCATCATA----AC-----CAAC---GT----T--CGATC--T----C-ATCCAATATT-----CT----A-T--CC-T--AGCG-----GGCTCGGCGTTGT-A--G-CCCTTGGACATCTA
gi|40                         :              aacaaaTGTTCACCGTA----ATA-GGA--A----GT----T--TGATC--A----T-A------GTT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GG-TCGGTATTGT-A--A-CCATTG
gi|41                         :              cacaaaTGTTCACCATA----AAG-AGACAAA---AT----T--TTATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AA-T--GAAA-----GGCTCAACATTGT-A--G-CC
gi|42                         :                            aaa----ATG-AGACAAT---GT----C--TGTTC--A----G-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATGGT-A--G-TCCTTGGGCGTCTAaa
gi|43                         :                    aaatCACCGTA----ACG-AGACAAC---GT----T--TCATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----GGCTCTACATTGT-A--A-CCATTGGGCAT
gi|44                         :                    TGTTCTTCATA----ATG-AGAC------GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CA----G-C--AA-G--GGCC-----AGAT-GACATTGT-A--A-CCCTT
gi|45                         :              cacaaaTGTTCACCATT----AAG-AGATAAC---AT----T--TGCTC--A----C-A------GGT-----CC------T--AT-T--GGCG-----AATTTGTCATTGC-A--
gi|46                         :              cataaaTGTTCACCATA----TTG-AGACAAC----T----T--T------------------------------------T--AC-T--G----------------ATTGT-A--G-CTCTTGGGCATCTAt
gi|47                         :                 cgtgtcacacaATG----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------AGT-----AT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCTTTGCACATgtat
gi|48                         :                               ----ATG-AGACAAT---GT----T--TGATC--A----T-A------AGT-----GT----G-T--AT-T--GGCT-----GACTTGACATTGT-A--G-CCCTTAGGCATC
gi|49                         :                  ttTGTTCACAATG----ATG-AGACAAC---AT----T--CAAAC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----GGCTTGACATT
gi|5                          :               acaaaTATTCGCCATA----ATC-GGACAAC---AT----T--CACGC--G----T-A------GGT-----CT----G-T--AT-T--GGTA-----GGCTCAACGCTGT-G--G-CCCTTAAGCATCT
gi|50                         :             cattaaaTGTTCACCATA----ATG-AGAT------GC----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--TGGG-----GGATCAACATTG--A--G-Cg
gi|51                         :                  taaaTTCACCATA----ATG-AGACACC---AT----T----ATTTGA----C-A------GGT-----CT----G-T--AG-T--GGTA-----GGCTCTTCGTTGT-A--A-C
gi|52                         :                  atTGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--CGCTT--G----C-A------TGT-----CGGACAG-T--AC-T--GG
gi|53                         :                            atgtgcaacagtGACAAC---GT----T--TGATC--T----G-A------GGT-----TG----G-T--AC-T--GGCG-----AACTCGATATAGT-A--G-CCTTTGAATATCTt
gi|54                         :                      TTCACCATA----ATG-AGACACCTTTAT----T--TG-----A----C-A------GGT-----CT----G-T--AG-T--GGTA-----GGCTCTTCATTG
gi|55                         :                        catCATA----GTG-AAACAAC---GT----T--CCCAC--A----C-A------GGT-----AT----G-T--AC-T--TGCC-----AGTTCGACAT
gi|56                         :               tgccaTATTCACCATA----TCC-AGA-AA--------------------A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--CGTG-----GGGTTGACGTT
gi|57                         :                                                                 tataag-A------GGT-----TT----G-T--AC-T--GATG-----GGCTCGATATTGT-A--G-CCCTTTGACAGCTA
gi|58                         :                                                                       -A------GGT-----TT----G-T--AC-T--GATG-----GGCTCGATATTGT-A--G-CCCTTTGACAGCTAgtc
gi|59                         :                                                             TC--A----T-A--------T-----CT----A-T--AT-T--GGCG-----GGCTCGAC---GT-A--G-CCCTTGGACATATAgtc
gi|6                          :                   cTGTTTATCATA----ATG-AGATACT---GT----T--TGCTC--A----C-A------AGT-----CT----G-T--AC-T--GGCT-----GGCTTTATATTGC-A--G-ACTTTGGGCATCttt
gi|60                         :                                                                       caaaattagGT-----CT----A-T--AC-T--GGCG-----GGCTCCACATTGC-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|61                         :                                                                                 T-----CT----G-T--AC-T--GACA-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTAGTCATCTgt
gi|62                         :                                                              C--G----C-A------GGT-----AC----A-T--AC-C--GGTG-----AGCTTGACATTGT-G--G-CCTTTGGATATtgtt
gi|63                         :                                                                                GT-----CT----A-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGC-A--G-CCCTTGGGCATCT
gi|64                         :                                                                                              -T--AC-T--GGTG-----GGGTCAACATTGT-A--G-CCTTTGGTCA
gi|7                          :                    TGTTCACCATA----ATT-T--TAAC---AT----T--CGATC--A----C-A------GGT-----GT----G-T--AC-TCCGGCA-----AGTTTAACATCAT-A--G-CCCTTGGGCATCTAac
gi|8                          :              aacaaaTGTTCACCATT----ATG-AGACAAT---GT----T--CAATT--T----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCT-----GGCTTCACATAGT-A--G-TCCTTGGGCATCTAa
gi|9                          :              cacaaaTGTTTATCATA----ATG-AGACAAC---ATAATTT--TGGTC--A----T-A------GGTGATGTCT----G-T--AT-T--GGAT-----GGCTTGACATTGT-A--G-CCCCTGGGCA


blockSeqs                     :                               TCGA          CTTT  AATT .   G  TG TGTG   TCCAAT   GATGT  GACA             TGCCATG
blockSeqs                     :                               .             A     .    .   C  C  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   G  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   G  .  .      .        .      .                AG     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   C  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             G     .    .   C  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   C  .  .      .        .      .                TC     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   C  .  .      .        .      .                CT     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   C  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   G  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                GG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   C  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   C  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             A     .    .   A  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   G  .  .      .        .      .                AA     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                CC     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   T  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                CT     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   C  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                TA     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                GG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                TA     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   C  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   A  .  .      .        .      .                TA     
blockSeqs                     :                               .             T     .    .   A  .  .      .        .      .                CC     
blockSeqs                     :                               .             C     .    .   C  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             .     .    .   A  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             .     .    .   C  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             .     .    .   C  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             .     .    .   A  .  .      .        .      .                CT     
blockSeqs                     :                               .             .     .    .   A  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                               .             .     .    .   G  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                               .             .     .    .   .  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                               .             .     .    .   .  .  .      .        .      .                CG     
blockSeqs                     :                                             .     .    .   .  .  .      .        .      .                TG     
blockSeqs                     :                                                            .  .  .      .        .      .                CA     
blockSeqs                     :                                                               .  .      .        .      .                CT     
blockSeqs                     :                                                               .  .      .        .      .                AT     
blockSeqs                     :                                                               .  .      .        .      .                T      
blockSeqs                     :                                                                         .        .      .                .      
blockSeqs                     :                                                                         .        .      .                .      
blockSeqs                     :                                                                                  .      .                .      
blockSeqs                     :                                                                                  .      .                .      
blockSeqs                     :                                                                                  .      .                .      


blockSeqCons                  :                                                        **
originalCons                  :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
finalCons                     :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GCTACAAATGTTCACATTAATCAAAGTTCGATCTCATATCTATACTTGCGGTCTCGGCGTTGTATCCGTTGGACATCT






Alignments
lowQualScore                  :                               1111   0      2222  1111 11  1  11 1111 0 111111   11111  1111 0 00  0 00  2222222             0 00 0              
lowQualScore                  :                               ....   .      ....  .... ..  .  .. .... . ......   .....  .... . ..  . ..  .......             . .. .              
lowQualScore                  :                               6666   8      2222  6666 00  2  77 5555 7 999999   66666  4444 6 99  6 99  7777777             7 99 7              
consensus                     :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
Reference ( family-1817 )     :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|1                          :                    TGTTCACCATA----ATA-AGACAAT---GT----TGGTGA----G----C-T------GGT-----CC----A-T--AC-T--GGCA-----GGCT---CATTGTCATTG-CCCTATGGCATCTA
gi|10                         :             ccgcaaaTGTTCAGCATA----TTG-AGAAAAA------------TGGTC--ATGTGC-A------GGT-----TT----G-T--AC-T--GGT------GACTTGACATTTT-T--A-CTCTTCAGCATCTgt
gi|11                         :                                                      ccataatTC--A----C-A------CGT-----AT----G-T--AC-T--TGCA-----GGATCGACATCAT-A--G-CTCTTGGGCATATA
gi|12                         : aatgtgcaacataaagcccTGTTCACCGTA----ATG-AGACAAC---AT----T--CACTG--G----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----CGACCGATGTTTT-T--G-CCCTTAGGCATCtttttaaattttgt
gi|13                         :             caacacaTGTCCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGGTC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--AGAG-----GACTCGGCATTGA-A--G-TCCTCGGGCATTT
gi|14                         :              cataaaTGTTCACTTTG----ATG-AAACAAT---GT----T--TGGCCC-A----A-A------TGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----GGTTCGACATTGT-A--G-CTCTTGGGCACCT
gi|15                         :                   acaaaCACAATA----ACG-AGACA------T----T--TTACT--A----C-A------GAT-----CT----G-T--AC-T--GGTGCCATGGGATCAACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCT
gi|16                         :              aatttgTGTTCACCATA----ATG-AGGCAAC---GC----T--AGCTC--A----C-A------GGT-----CT----C-TGAAC-A--TGCA-----GACTCTACATTGT-A--G-CCCTTGGACATC
gi|18                         :                   aagTTCATTACA----ATG-AGTCGAG---AT----T--CACTC--A----T-A------GGT-----CT----G-T--AC----AGTG-----GGCATGACATAGT-G--G-CCCTTTGGCATCT
gi|19                         :                ccaattTTTATCATA----AT-----TGAC---GT----T--TGCTT--A----C-A------GAC-----CT---------AC-T--TGTC-----GACTCGACATTGT-G--A-TCCTAGGGCATCTA
gi|2                          :                   cTGTTAACAATATCGAATA-AGACAAC---AT----T--TTATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----GGCTAGACATTGT-A--GTCCTTTGGGCATCTAttttattta
gi|20                         :                gaagTGTTCATCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--G----C-A------GGT-----AT----G-G--GC-T--GACG-----GGTTCGACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|21                         :                    TGTTCACCATG----ATG-AGACTAT---TT----T--TAATC--A----C-A------GGG-----GT----G-T--AA-T--GGCA-----GGCTTAACATTGT-A--A-CTCCTTGGCATC
gi|22                         :                     aTTCACCATA----AAG-AGACA------T----T--TGATT--A----C-A------GAT-----CT----G-A--AT-T--GATG-----GGCTCAACATTGT-A--G-CCCTTGGGCATCTAc
gi|23                         :               aaatcTGTTCGCCATA----AC-----CAAC---GT----T--CGATC--T----C-G------TCT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----AGCTCGACATTGT-A--G-CCATTGGACATC
gi|24                         :               ctcaaaGTTCACCATA----ATG-AGACAAT---GT----T--GGATC--G----C-A------GGT-----AT----G-T--GCTT--GACA-----GGTTCGACATTGT-A--G-CCCTAGGGCATCT
gi|25                         :                    TGTTCACCATA----ATG-AGAT------GT----T--TGATC--A----C-A------TGT-----TT----G-T--AC-T--GGTG-----GGC-CGACATTAT-A--G-CCTTTGGGCATC
gi|26                         :                  ataaaTTATCATA----ATG-AGATGAT---GT----T--TACTC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AG-T--GACT-----CACTCAGCATGGT-A--A-CAATTTGGCTTCT
gi|27                         :                    TGTTCACCATA----ATG-AGACAAT---GT----T--TGATC--T----C-A------GG--------------------T--GGCA-----GGATCACCTTTGT-A--G-CCATTGGGCATCTAggt
gi|28                         :                 ataaaTTCACCATC----ATG-AGACAAC---AT----T--TGATT--A----C-A------TGT-----CT----G-T--AC-T--GGTG-----GGGTCAACATTGT-C--G-CCCTTGGGCAT
gi|29                         :                           attA----ATGGAGACAAT---GT----T--TACTC--A----TTA------TGT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----GACTCGACATTGT-A--G-CCATTAGCCATATA
gi|3                          :               ccacaTGATCACCGTA----ATG-AGACAGC---GT----T--TCGTC--A----C-A------GTT-----CT----G-T--AC-T--GACA-----GGCTTGACATTGT-A--G-C
gi|30                         :                 acaTGTTCACCATA----ATG-AGATG-----GT----T--TTATC--A----C-A------GCT-----CT----A-T--AC-T--AGGG-----GGATGAACATTGT-A--G-CGCTTAGGCAattgaatgagcctcttgtt
gi|31                         :                 aaaTGTTCACTATA----ATG-TGACA------T----T--TGATC--A----C-T------AGT-----CT----G-T--AC-A--GATG-----GGCTCGACATTGT------CCCTTGACCATCT
gi|32                         :                            aTA----ATG-AAACAAC---GT----T--CAAAC--A----C-A------GGT-----C-----G-T--AC-T--GGCG-----AGCTCGACATAGT-T--G-CCCTTGGGCATCTAt
gi|33                         :               cgaatTATTCACCATA----ATG-TGACAAT---GT----T--TGCTC--C----C-A------GGT-----TC----G----AA-T--GA------------GAC--TGT-G--A-CCCTTGGGCATCCA
gi|34                         :               ataaaTATTCACCATA----ATG-TGACAAT---GT----T--TGCTC--C----C-A------GGT-----TT----G----AA-T--GA------------GAC--TGT-G--A-CCCTTGGGCATCCA
gi|35                         :                taaaTGTTCACAATA----AAA-AGACATC---AT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----AT----G-T--A---------------ACTCAATATTGT-A--A-CCTTTTGGCATCTAg
gi|36                         :                                                         aaGATG--A----C-A------ACT-----TT----GGT--AC-T--GGCA-----GGCTTGACATTGT-A--G-TCCTTGGGCATTTA
gi|37                         :           cataaatgttcaagaaCATA----ATG-A---AAT---GT----T--TGAAC--T----C-A------GGC-----TA----G-T--AC-T--GATG-----GGCTTGACATTGT-A--G-CCATTGGGCATCgt
gi|38                         :              taaatgTGTTCAATATG----ATG-AGA--AC---AT----T------C--A----C-A------TGT-----CT----T-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTTGGCATC
gi|39                         :                  aaTGTTTATCATA----ATG-AGACAAC---AT----T--TGGTC--A----C-A------GGT-----TT----G-A--AC-T--GG-----------CGACATTGT-A--G-CCATTGGGCATCTA
gi|4                          :                    TGTTCATCATA----AC-----CAAC---GT----T--CGATC--T----C-ATCCAATATT-----CT----A-T--CC-T--AGCG-----GGCTCGGCGTTGT-A--G-CCCTTGGACATCTA
gi|40                         :              aacaaaTGTTCACCGTA----ATA-GGA--A----GT----T--TGATC--A----T-A------GTT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GG-TCGGTATTGT-A--A-CCATTG
gi|41                         :              cacaaaTGTTCACCATA----AAG-AGACAAA---AT----T--TTATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AA-T--GAAA-----GGCTCAACATTGT-A--G-CC
gi|42                         :                            aaa----ATG-AGACAAT---GT----C--TGTTC--A----G-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATGGT-A--G-TCCTTGGGCGTCTAaa
gi|43                         :                    aaatCACCGTA----ACG-AGACAAC---GT----T--TCATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----GGCTCTACATTGT-A--A-CCATTGGGCAT
gi|44                         :                    TGTTCTTCATA----ATG-AGAC------GT----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CA----G-C--AA-G--GGCC-----AGAT-GACATTGT-A--A-CCCTT
gi|45                         :              cacaaaTGTTCACCATT----AAG-AGATAAC---AT----T--TGCTC--A----C-A------GGT-----CC------T--AT-T--GGCG-----AATTTGTCATTGC-A--
gi|46                         :              cataaaTGTTCACCATA----TTG-AGACAAC----T----T--T------------------------------------T--AC-T--G----------------ATTGT-A--G-CTCTTGGGCATCTAt
gi|47                         :                 cgtgtcacacaATG----ATG-AGACAAC---GT----T--TGATC--A----C-A------AGT-----AT----G-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCTTTGCACATgtat
gi|48                         :                               ----ATG-AGACAAT---GT----T--TGATC--A----T-A------AGT-----GT----G-T--AT-T--GGCT-----GACTTGACATTGT-A--G-CCCTTAGGCATC
gi|49                         :                  ttTGTTCACAATG----ATG-AGACAAC---AT----T--CAAAC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCA-----GGCTTGACATT
gi|5                          :               acaaaTATTCGCCATA----ATC-GGACAAC---AT----T--CACGC--G----T-A------GGT-----CT----G-T--AT-T--GGTA-----GGCTCAACGCTGT-G--G-CCCTTAAGCATCT
gi|50                         :             cattaaaTGTTCACCATA----ATG-AGAT------GC----T--TGATC--A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--TGGG-----GGATCAACATTG--A--G-Cg
gi|51                         :                  taaaTTCACCATA----ATG-AGACACC---AT----T----ATTTGA----C-A------GGT-----CT----G-T--AG-T--GGTA-----GGCTCTTCGTTGT-A--A-C
gi|52                         :                  atTGTTCACCATA----ATG-AGACAAC---GT----T--CGCTT--G----C-A------TGT-----CGGACAG-T--AC-T--GG
gi|53                         :                            atgtgcaacagtGACAAC---GT----T--TGATC--T----G-A------GGT-----TG----G-T--AC-T--GGCG-----AACTCGATATAGT-A--G-CCTTTGAATATCTt
gi|54                         :                      TTCACCATA----ATG-AGACACCTTTAT----T--TG-----A----C-A------GGT-----CT----G-T--AG-T--GGTA-----GGCTCTTCATTG
gi|55                         :                        catCATA----GTG-AAACAAC---GT----T--CCCAC--A----C-A------GGT-----AT----G-T--AC-T--TGCC-----AGTTCGACAT
gi|56                         :               tgccaTATTCACCATA----TCC-AGA-AA--------------------A----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--CGTG-----GGGTTGACGTT
gi|57                         :                                                                 tataag-A------GGT-----TT----G-T--AC-T--GATG-----GGCTCGATATTGT-A--G-CCCTTTGACAGCTA
gi|58                         :                                                                       -A------GGT-----TT----G-T--AC-T--GATG-----GGCTCGATATTGT-A--G-CCCTTTGACAGCTAgtc
gi|59                         :                                                             TC--A----T-A--------T-----CT----A-T--AT-T--GGCG-----GGCTCGAC---GT-A--G-CCCTTGGACATATAgtc
gi|6                          :                   cTGTTTATCATA----ATG-AGATACT---GT----T--TGCTC--A----C-A------AGT-----CT----G-T--AC-T--GGCT-----GGCTTTATATTGC-A--G-ACTTTGGGCATCttt
gi|60                         :                                                                       caaaattagGT-----CT----A-T--AC-T--GGCG-----GGCTCCACATTGC-A--G-CCCTTGGGCATCTA
gi|61                         :                                                                                 T-----CT----G-T--AC-T--GACA-----GGCTCGACATTGT-A--G-CCCTTAGTCATCTgt
gi|62                         :                                                              C--G----C-A------GGT-----AC----A-T--AC-C--GGTG-----AGCTTGACATTGT-G--G-CCTTTGGATATtgtt
gi|63                         :                                                                                GT-----CT----A-T--AC-T--GGCG-----GGCTCGACATTGC-A--G-CCCTTGGGCATCT
gi|64                         :                                                                                              -T--AC-T--GGTG-----GGGTCAACATTGT-A--G-CCTTTGGTCA
gi|7                          :                    TGTTCACCATA----ATT-T--TAAC---AT----T--CGATC--A----C-A------GGT-----GT----G-T--AC-TCCGGCA-----AGTTTAACATCAT-A--G-CCCTTGGGCATCTAac
gi|8                          :              aacaaaTGTTCACCATT----ATG-AGACAAT---GT----T--CAATT--T----C-A------GGT-----CT----G-T--AC-T--GGCT-----GGCTTCACATAGT-A--G-TCCTTGGGCATCTAa
gi|9                          :              cacaaaTGTTTATCATA----ATG-AGACAAC---ATAATTT--TGGTC--A----T-A------GGTGATGTCT----G-T--AT-T--GGAT-----GGCTTGACATTGT-A--G-CCCCTGGGCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GCTACAAATGTTCACATTAATCAAAGTTCGATCTCATATCTATACTTGCGGTCTCGGCGTTGTATCCGTTGGACATCT