lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 2 4444444444444444444444444444444 1111111 55555555555555555 11 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11 222 44444444444444444444444444444444444444 222222222222222222222 1111111111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777777777777777777777777777777777 444444444444 2 1
lowQualScore : 2 4 0 0 0 4444444444444444444444444444444 3 3 66 0000000 99999999999999999 77 2 2 55 11111 3333333333333333333333333333333333333333333333333 9 222 2 0 77777777 77 55555 1 111 33 7 4 2 11111111111111111111111111111111111111 4444 9999 4444 777777777777777777777 444 99999999 1 6666666666666666666666 333 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666666666666666666666666666666666 0 999999999999 3 7
lowQualScore : . . . . . ............................... . . .. ....... ................. .. . . .. ..... ................................................. . ... . . ........ .. ..... . ... .. . . . ...................................... .... .... .... ..................... ... ........ . ...................... ... . . ..................................................................................................................................................... ................................... . ............ . .
lowQualScore : 3 0 2 2 0 1111111111111111111111111111111 3 3 88 6666666 99999999999999999 33 4 4 11 88888 8888888888888888888888888888888888888888888888888 8 777 2 1 66666666 66 66666 6 222 11 6 2 2 33333333333333333333333333333333333333 2222 8888 5555 444444444444444444444 777 33333333 8 7777777777777777777777 777 2 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555555555555555555555555555555 8 111111111111 3 0
consensus : NATT-CGCCATCANCGAGC-CCCA---CTCCTT--A--AT------------AAAA-AGG-AAAGCGCGATGGCCAACTG-T--AAA--TG-GC---GGT----CAACCA-CCAAA-CATGCAGTACGTT----GCAGAATCA-A--T----CAAAG-G-AT--CATA-A--CC--TT-TT-TTGATA-AACNTCTT-N-A-TATGTTTA--------GCAAATA-----AGGTTTT-AA--AGTGACAA-TGAC-CC-GGAAT--T---TN--C--G-AANC--------TTGTA----AA----TCACATCACCATAA----AAGC--C--A-GG-TAAAG--ACAAAC-CATGTCG-----CAAAAGT----------GTTTT--TN---AA--TCGGTGTTGTA-TTTGCAA-ATGAGAG-GGGAA--TG-CGG-T-AG-TA-GATG--T--AA-A---------A-----AAACGCCTTACGTAATNT--GTGATAACGGTAGCC--CTGT-TTTNA-GA-----TTG-T-T---T------TAGTN--ATAA--A--G---AT--TACGTTTATTAAAATCCACAACG--GAGCTGC-ATCG---T-T-CTAC--AGTAAAACGAATA-AT-TTGNGA--TGCAAACCCA-TATGATGTAGCT
Reference ( gi|2 ) : GATTACGCCATCATTGAGC-CCGA---CTCCTT--A--AT------------GAAA-AGG-AAAGTATGATGGCCAATTG-T--AAAT-TG-GC---GGC----CAATCA-CCAAA-CATGCATCACGTT----ACAGAATCA-A--TAA--CAAAG-G-AT--CGTA-A--CC--TT-TC-CTGAGG-AACGTCTT-T-A-TATGTTTA--------GCAGTTA-----AGGTTCG-AA--AATGACGA-TGAC-CC-GGAAT-AT---TT--C--G-AATC--------CTGTA----AA----TCACATCACCATAA----AAGT--T--A-GG-TAAAG--ATTAAC-CATGTCG-----CAAAAGT----------GTTTT--TT---AA--TTGGTGTTGTA-TTTGCAA-ATGAGAGCGAAAA--TG-CAG-T-AGCTA-AATG--T--AA-AC--------A-----AAACGCCATACGTAATTT--TTGATAACCGTAGCC--CTGT-TTCTA-GA----CTTG-T-T---T------TAGTT--ATAA--A--G---GT--CACGTTTATTAAAATGCACAAAG--GAGTTGC-ATCG---TATACTAG--AGTAAAACGAATA-AT-CTGAGATTTGCAAACCCAGTATGTTGTAGCT
gi|10 : ATT-CACCATCATTTAAT-CCT----TTGCCC--A--ATT-----------GAAG-TAT-AAAGCGTGATGGTCAACTT-C--AAA---G-G----GGT----CAACCA-CCAAG-CATGTGGTAAGTT----GTAGAAT---G--TAA------G-G-AG--CATA-A--CA--TA-TT-TTCACA-AACGTCT-------------A--------ACAAATA-----AAGTTGT-GA--AATGACAA-TGACTCC-G----------TT--C--G-AGTCAACGATGCTTGTA----AA----TCACATCACAATAACACCAAGA--CAAA-GA-TAAAG--ACGAAC-CTTATCG-----CAAA
gi|13 : tttaaagcttgaggaaggaATT-CGCCATCAACAAGTTCCAA---CTCCTTCCA--ATCATCACGCTGTCAAAG-AGA-AAAACATGGTGACCAACTG-C--AAAA-TA-GC----------CAAGAA-CCAAA-CATTCATTACG-------CAGTAT-A-A--T----CAAAG-T-AT--CATA-T--CC--CTGTT-CTGATT-AACGTTTC-TGA-TA
gi|28 : ggttgaATTTCGCCATCAATGAGCGCCCAGTGCTGCTT--A--TT------------AAAA-TGG-AAAGACCGGTAACCATCTG-T--A--C-TG-GA---GGTTAAGCAACCA-TCAAA-CAAACAGTATATT----ACAGATTCA-G--Taggattgtatagtatcgccatgcaagtcaggtaaaaaataaaacatgtcgcattttttctttaatcggtgttgtatttgcaaat
gi|1 : TCGATC-CCCA---CTC-----A--AT------------AAAA-AGG-AAAGCATGAT---CAACAG-T--AAA---A-GT---TGT----CAATCA-CCAAA-CATGCAGTACGTT----GCAGAATCA-A----------AG-A-AT---GT----------T-T---TGATA-AAC-TTTT-T-ACTTTGTTTA--------GCAAATA-----AGGGT-A-AA--AGTCACAA-TATT-AC-G--AT-AT---TA--C--A-AAAC--------TTGTA----AA----TTACATCACCCTCA----ATCC--C--A-GG-TAGAG--ACAAAC-AATGTCG-------AAAGT----------ATTTT--TG---AA--TTGATGTTGCA-TTTGCAA-ATGTGAAGAGAAA--TG-T-G-TGGGTTA-AAT---TAAAA-AA--------A-----AAACGACTTTAGTAATTC--ATGATAATAA-AATT--CTGT-TT-TA-G-----------------------TAATTAAATAA--A--GAT-AT--TACGTTTATTTAACTCAACA--------CTGA-GTCG---TGTCCTCT--TGTAAAAAGAATACGT-TTGTAA-CTGTAAATCCTGTATAATGTAG
gi|24 : gaaagtctcctttcttttcgaaagtctcctttctttTCCTT--ACAAT------------TAAAGAGG-AAAA-ACAATGGCCAGC-------AGT-TGTGCCGAGGT----TAAGCA-CGAAA-CAGGAAGTACGTT----ACAGAATAA-A--tgctgagcacaacaatataagaaaaagtta
gi|33 : ggataattttctttcattaagtcctcagttcactgtttaaTC--A--AT------------AAAA-GTGCAAAGCATGATGGCCAA--G-C--AAA-----GA---GGT----CAA-CA-TCAAAACATGCAGTACGTT----GTAGAAACA-ggaa
gi|3 : attcatT------------AAAA-CGG-CAAGCGCGATGGCCAAC-G-T--AAA-----GT---GGT----CAACTA-CCGAA-CATGCAGTTCGTT----AAAGAA--A-A---AAGTCAAGT-G-TT--CATC-A--TC--TC-TT-TTGAT--AACGTTTT-G-A-T-TGTTTA--------ACAAATA-----AGATTCG-AA--CGTCACAA-TAAC-----GAACGAT---CTAAC--G-AA------------GTAGAATAA----TCCCATCATCA--------AGT--TC-A-GG-TGAAG--ATAAAT-AAAGTCG-----CAAAAGT----------GTTTT--GA---AA--TCGGTATTACA-TT--AAA-GTGAGA--GGAGA--CG--AG-T-A-CTA----G--T--GA-ACTCACTTGTA-----AAGCGCC-----TAATGTCATTGGTTACCA--------TGT-TTA-A-GA-----TAG-T-T---TATAAAATAATC---TAA--A--GCA-AT--TACTTTCATCAAAATACACAACG--GAGCTGC-CTCAAGTTAT-CT----AGTAAAAttgtagcattatttgacaaactg
gi|27 : ccccacccacaacT------------AAAG-AGG-AAAGTGCGATAGCCAATTG-C--AAA-----GA---GGT----TAACCA-CCAGA-TATGCAGGACGTTGTTCATAGAAT-----------CAAAG-G----------A--CC--TT-T--TTGATG-AGTGTCTT-T-A-TATATATA--------ACgtcgtaaagaattt
gi|37 : T------------AAAG-ATG-AAAGCGCGATGGCCAATTA-T--AAAT-----A---GAC----CAACCA-t
gi|6 : ccaagtcattccggtcgttgcgcaatAAA-GGG-AGA--ATGACGGCCAACAA-T--AAATATA--------T----CAACAA-CCAAA-CATACATTATGTT----TCAGAAT-----------CAAAT-G-ATCACATA-A--CG--TC-TC-TTGATA-AACTTATT-G-A-TACATCTA--------GCAAATA-----AGATTTT-AA--AGTGACAA-TGACTCT-GGA---------------G-AATC--------C-ATC----AA----TGACATCAACA-AA----AAAT-------GG-T-------TTAA---------------------------------------T---A---TTGCTGTTGTA-TTTGTAA-ATG
gi|14 : AGA-AAG-AAA-TACTATGGTCAACTG-TTAAAAG-TG--------T----CAACAA-CTAAA-CATGCATTACGCT----ATTTAATCATA--TAA--TA-----------GT---------TT-TT-AT-AGT-AAA--CCC-A-A-TTCGT-----------GCAAATA-----AGGATTT-AA--AGTGAAAC-TGGT-CC-GGAA--------T--C--G-GACC--------TTGTA----AAGG--TCAGTT--CTATAA----AGGT--A--A-AG-T-GAG--TCAAAC-CATGT---------AAAAT----------AGTTT--AA---GA--TATGTGCTGGA--ATGCAA-TTGAGAcaaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|5 : tcggtcgtcacacaaagaa-AGG-AAAGCGTGATGTTCAACTGCT--AAA-----G----AGT----CAGTCA-TTAAA-CTTACAGTACGTT-----CGTAATCA-A--------AGAG-GTAT--GATC-A--CT--AT-TT-TCG----------TT-T-A-TATGGTT-------------TTA-----AAGTGAG-AG--AGTAATA--------C-AGAAT-A-------------GATC--------TTGTG----AAGCTTTCAAATGACCATAA----AAG---------G-TACA------AAC---------------AACGT----------GTATT--TT---A---TTGGTGGTGTACTTTGTAG-ATTAGAAGAGGAA--TA-CGG-CGAATTACGGTA--T--TA-AC--------ATCTATAAACGCCTCATGTAAGTT--GTAATAAa
gi|15 : AAGTATGATGGCCAGTTG-T--AAAA-TG-GC----TT----TA--CA-CTA----ATGCAATACGAT----GTAGAA--A-A--------AAAG-G-CT--CATAGA--CCAATT-----TGATA-AACCTCAT-G-A-TATGTTTAATTACTTTGCAGT--------AGTT---AA--AGTGACAATTGAA-CA-TGAGT--T---TG--T--G-AAGC--------TTGAC----TA----TTATATCACCATGA----AA----C--A-GGTTAAAGTTATTAA--CAT------------AAAT----------GTT-------------TTGG------A-TTTACAA-ATGA-AATGAGAA--Tagaaagtcattaaagagtttttcagtaataaagaa
gi|9 : gC---GAC----TAAT-A-C---A-CAAGCATTCCATT----GTAG---CA----TAA----AAG-G-AG--TATA-A--CA--TT-TT--TGATA-CACTTTTC-A-A-TATGTTTA--------GCAAAAA-----AGTGTCT-TT--AGTGACAA-CGGT-CC-AGCAT-CT---TA--C--A-AAGC--------TTGTA----CA----TCAATTCACCCTCA----ATGT--C--A-CT-CAAAG--A-CAAA-CATGTCG-----TACAA------------------------AA--TTTGTGTTGTA-TTTGTCA-ATGAGAA-GAGAA--TGACTG-T-AG
gi|29 : tC---GAC----CAATAAACTAAA-CATGCA----GTTT---GCAACAT-A-A--T----TAAAG-G-AT--TAAA-A--CT--TC-TT-TTTATA-AATTTCTTGT-T-TA-GTTCA--------GAAATTA-----TTGTTAG-AA--AGTGACAA-TGAC-CC-tacaattatgtttttattctaagttttttagtttaaagtaaatgaataaattacggtcatt
gi|16 : GT----CAACAA-CCAAG-CCTGCAGTGCATC----GTAGAATCA-A----------AG-A-CT--CATC-A--CC--TG-TT-TTGATA-AATGTCTT-A-A--AGG------------GCAAATA-----AGATTTT-AA--AGTGACAG-TGAC-------AT-ACGACCT--CAGG-AAGC--------ATGTA----AT----TCAAATTCCTTTGA----AAGT--C--A-AG-TAGAG--GCAGAC-CATGT--------AAAAGTTTTCGCCAAAGTTTT--TT---AAAATCGGTGTTGCC-GTTGCAA-ATG
gi|21 : ttACCA-TCAAA-TATACTGCACGTT----GTAGAATC------------AAGTG-AT--GATA-G--CC--GT-CT-TTAATA-AACTTCTT-G-A-TATG-TTA--------ACAAATA-----AATCTTT-AA--AGCGAAAA-TGAT-CCAGGAAC--T---TA--T--G-AGGT--------TTGTA----AA----TCACAACAcggcagtaa
gi|8 : aaatgattgCAAA-TATGCAGTAGGAA----GAAGAATCA-AGATAT--CATAG-C-CT--CACA-G--TT--TC-TT-TTGAAATAAAATCTT-G-A-TATGTTTA--------ACAAGTA-----ATATTTT-AAAGAGTGACAA-TGAT-CC-AGGAT-CT---AA--C--A-AATC--------TTGTA----AAAC--TTACAT
gi|4 : tattagtcatcaacgagtccacagtccttcaggtcccagcaccattaaatagggaatcgtgattgtcagcgaaaaagggtcagcctgTCACACT----GCAGAAGCA-A--------AGGG-G-AG--CATA-ATTCC--TT-TTGCCAA---AACCTCTC-G-G-TACGTTTA--------GTAAATA-----AGGATTT-AT--GGTGAAGA-TGAT-AC-GGTAT-CT---TG--C--G-AATA--------ATGTA----AA----TCACATCACCATAA----AA----T--ACCC-TAAAG--ATAAAC-TTTGTCT-----CAGGGGT----------GGTTT--TA---AA--TTGATGCCATA-TTTAGAA-AAATGAATGAAAAATCG-CGG-C-AA-TA-GATT--T------T--------A-----GAA----------AATCT--TTATTTACAGTAG----CTGTATTTTATGA----GTTT-T-T---TAGAC--TAGTA--ATAA--ACCG---AT--AACGTTTATTAAAATCGACAATA--TAGCTGC-ATCC---T---CCA-----TAAAACG-ATA-ATGTTGTGA----CCAGCTCA-TATGATGTAACTttaaatacctagcgcaggaaattatgtcacgagcatcttcaggattggtgcgcatt
gi|20 : tTGATA-AACCTCTT-A-A-AATGTTTA--------ATTAATA-----ATGTTTATAA--AGTGATAA-CTAT-AC-AGGAT-AT---AA--C--ATAAT---------CTGTG----GA----TCTGATCCCAATCA----AAGC--C--A-TG-TTAAT--ACAAAC-CGAGTCG-----AAGAAGT----------G--AT--TG---GA--CCAGTGCTGCA-TTTACAAGATGGGAcgagcgataatgtcagataagtta
gi|11 : ttt-A-TATGATTA--------GCAACAATGAACAGGTAAG-AA--G-TGACAA-TGAA-CC-GGA-T-AA---AG--C--G-AAGC--------TTGTT----CA----TCACTGCACCATAA----TAGA--A--A-GG-CACAA--ATAAAC-CATTTCG-----CAAAAGC----------TTTTT--Taaagaa
gi|19 : tg-A-TATGTTTA--------GCAAATA-----AGTTTTT-AG--AGTGACAA-CGAC-CC-AGctttttttttttttttctttttttttggaaataggtgtttttgaaaatgagagaactgcagtagaaaactaagaaaattcttacctactttgtagccttgtttaatccttgtttaatcagttttaa
gi|7 : tccttccgtagtcgcgcattttcaaacgtggatagccacttgtaataaatagtcatccaattaacatgcagtgtgatgtagaatcatagttttgataattacaatgATGTTCA--------GCAAATA-----AGA------------GACAA-TGAC-CA-AGATT-TT---TG--C--A-AAGA--------TTGTA----AA----TTAAATTACCACTA----AAATCAT--A-AG---AAA--ACCAAC-CGTGTCATATGCCACAAAC----------ATGCT--TT---AA--ATATAATTGTA-TTTGCAA-ATGAGAG-GAGAAT-TA-CGG-A-AG-TG-AATT--T--AG-----------A-----AAACGGCTTACACAATAT--GCAATAACGGTAAAC--CTGT-TTTAA-AA-------GAT-T---T------TAACA--ATAAACA--T---AT--TACGTTTGTTAAAACCTGCAATG--GAGATAC-ATT--------CTAC--AAC-AAACGAATA-CC-CTTAGAgttctcacgaagcgtata
gi|30 : TTTG--------GCAAATA-----AGGATTT-AG--AGTAATGA-TGAC-CC-AAGAT-CT---TA--T--G-AGAC--------ATGTA----AA----TCACATCGCCGTAA----AAaactt
gi|17 : a--C--G-AAGC--------TGGTG----AA----AAGCATTACTATAA----AGGC--C--A-GGGTAACGC-A--AAC-TGTGTCA-----CAAAAGT----------GTGCT--TA---AT--TTGGTGTTGTA-TTTGCAA-AAGAGAGGGTTAT--CA-CAGAT-A--CG-GATG--T--AA-G---------A-----AAATGCATTACACAATTT--GTGTTAATGGAAGCT--CTGT-TTTAA-GAAGGTTTTG-T-T---T------T-TTT--ATTA--A--GTAAAT--GACGTTTATTcagaatatgtttgactcagtgatgtatttgtaa
gi|22 : --C--G-AATA--------GTATA----AA----CCACACCACCATAA----AAAA--C--A-GG-TATGA--ACGAAG-AAAGTCA-----CAGAAAT----------GTTTT--TA---AT--TTGGTGTTGTA-ATTGCAC-ACGAGAG-GAGAG--TA-C-G-T-A---A-GAGGAAT--AA-AG--------A-----AAATTCCGT
gi|34 : ataTGTA----AA----TCCCATTACCATAA----AGGC--A--A-CA-TAAAT--CCAAAT-CATGTAG-----CAAAAAT----------ATCTT--TA---AA--TTGGTGTTTTA---TGCAA-ACCAGAGAAGAAA--TA-CGG-T-A
gi|25 : tA----GA----TCACATCACCATAA----AGGC--C--A-AT-TAAAG--ACAATT-CATATCG-----CAGACGT----------GTTTT--GG---AA--TGAGCAGTGTA-TTTGTTA-ATATGAGAGGAAT--TA-TAG-T-ATCCG-AATG--C--AA-
gi|13 : attatgaaacttcaATCGCCATGC----AAGT--C--A-GG-TAAAA--AATAAAACATGTCG-----CA----T----------TTTTTCTTT---AA--TCGGTGTTGTA-TTTGCAA-AT
gi|12 : ggttgaattcgccatcaacaagttccaactccttccaatcatcacgctgtcaaagagaaaaacatggtgaccaactgcaaaatagccaagaaccaaacattcattacgcagtataatcaaagtatcatatccctgttctgattaacgtttctgataaggattgtatagtGTCA-----TAAAGGC----------GTTTT--A----AA--TCGGTATTGTA-TTTGCAG-ACGA---C-AAAA--TG--------GTTA-AA-G--T--AGCAG--------A-----CAATGTCTTGCGTAATAT--GTCATGACAGTAGCT--CTGT-CTTCA--------TTA-CGT---T------TA-TT--A-AA------------------TTATTAAAAT-CA-AAAGCAGAGCGAC-ATCC---T---CTAGCAAATAAA--GAGTA-AA-TTGAAGAATGCAAACCCA-TATGATATAGCT
gi|11 : TTTT--TTGGAAA--TAGGTGTT----TTTGAAA-ATGAGAG---AAC--TG-CAG-T-AG--A-AAAC--T--AA-G---------A-----AAATTCT-TACCTACTTT-----------GTAGCC--TTGT-TTA-A-TC----CTTG-T-TTAAT------CAGTT--TTAA--cagggcacatgcccactcatatgacacaattaacaacatcgaaata
gi|23 : tgatatgattagcaacaatgaacaggtaagaagtgacaatgaaccggataaagcgaagcttgttcatcactgcaccataatagaaaggcacaaataaaccatttcgcaaaagcttttttctttttttttttttttctttCGCAATAT--GTGGTAACTGTAGACGTCTGT-TT-TA-AAAGC-CTTA-C-C-----------AGTA--ATAC--A--G---ATAATACGTTTATTAAAATCCATAGCG--AAGCTACAAGCG---C-TGCTCC--AGCAAAACAAATA-A
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GGACATTTCATTCATTGAGTTCCTTGTCCTTCATGTTGACGTACGGTTTAAAAGGACAGCGTGGTGCTTAACTATAAAATGATCAACAATAAACATCAAAACTGATGCAAAAATTACCATACATAGTCTTTTAACTACTTGACATGTTTAGGAAATAATATTTTGAGTTGCAAAGATCAAGGATCT
Unaligned ( gi|26 ): TAGATCATCATAGTTTAAACATAAAGTATAATATAGCACCGGTGGATCATAGTTTTAACAACTCTAGATATATTTATCAACTAGCGATTTAAAGTGACACTGACCCCGGATCTTA
Unaligned ( gi|31 ): TTTGAGGTTTTAGGAGGAATTCAGCATCATTGAATGAGTGTCCAGTTCTTTCCGTTGTCGTACAATTCAAGACGAAAGCATGATGGTTGACTGTAAGGGTACCAAC
Unaligned ( gi|32 ): GTGTCCCAAGTCCTTCCGGTCGTCACACAATTAAAGAGGAAAGCGCGACGGCCGACATCAGAGGGTATCAATCACCAGCCATAAATTACACTGTGGACTCAAAT
Unaligned ( gi|35 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAAC
Unaligned ( gi|36 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAA
Unaligned ( gi|38 ): ACATACATTTATTTAATTATAATAATTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 111 333333333333333333333333333 444444444444 333333333333333333333333333333333 222222222222 111111111111111111 1111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111 4444444444444444444444444444444444 222222 3333333333333 33333333 1 1
lowQualScore : 8 1 5 5 555 66 66 222222222222222222222222222 5 1 2 3 2 2 000000000000 4444 1 22 444444444444444444444444444444444 1 22 22 1 1 0 1 1 66666666 22 66666666 1 55 22 1 3 77777 333 555555555555 2 1 3333 55 4444 5555 22 1 4 22 22 1 333333333333333333 0 8888888 5 2 2 33 2 2 666 00000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 1 222222222 777 0 1 4444444444444444444444444444444444 66 444444 999 3 5 1 7777777777777 1 77 77 5 8 00000000 0 0
lowQualScore : . . . . ... .. .. ........................... . . . . . . ............ .... . .. ................................. . .. .. . . . . . ........ .. ........ . .. .. . . ..... ... ............ . . .... .. .... .... .. . . .. .. . .................. . ....... . . . .. . . ... .................................................. . . . ......... ... . . .................................. .. ...... ... . . . ............. . .. .. . . ........ . .
lowQualScore : 0 0 7 7 777 11 11 888888888888888888888888888 0 7 2 6 2 1 222222222222 0000 7 44 888888888888888888888888888888888 9 66 66 9 7 7 9 7 66666666 66 44444444 9 22 66 9 8 11111 999 555555555555 9 4 9999 22 0000 1111 99 3 2 99 55 3 333333333333333333 1 7777777 9 1 2 11 2 5 999 66666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 0 888888888 111 7 0 2222222222222222222222222222222222 11 444444 000 0 7 4 7777777777777 7 99 99 7 0 88888888 0 0
consensus : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAACTG-T-AAA-T-G-G----GGT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG--CAGAATCAA----T---AAAG-G-ATCA--TAGCCTT-TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT---A-CGAAGCTTGTA----AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T-A--AATCGGTG-TTGTA-TTT--GCAA-ATGAG-AG-GAGAA---T-G-C-G-G--T--AG--TA-GATG-TA--AG---------A-----AAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA-----T--TG-T-TT------TA---GT-----AATAA--A--G---AT--TACGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGC-ATC--GT-T-CTN-C-AGTAAAA--CG--AATA-AT-TTG--NGAC-TGCAAA-CCCG-TATGATGTAGCT
Reference ( family-1801 ) : NATT-CGCCATCANCGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAACTG-T-AAA-T-G-GC---GGT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG--CAGAATCAA----T--CAAAG-G-ATCA--TAACCTT-TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TNATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT---N-CGAANCTTGTA----AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T-N--AATCGGTG-TTGTA-TTT--GCAA-ATGAG-AG-GGGAA---T-G-C-G-G--T--AG--TA-GATG-TA--AA---------A-----AAACGCCTTACGTAATNTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTNAGA-----T--TG-T-TT------TA---GT-----NATAA--A--G---AT--TACGTTTATTAAAATCCACAACGGAGCTGC-ATC--GT-T-CTA-C-AGTAAAA--CG--AATA-AT-TTG--NGA--TGCAAA-CCCA-TATGATGTAGCT
gi|1 : CGATC-CC-CA---CTC-----A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCATG-AT---CAACAG-T-AAA---A-GT---TGT----CAATCACCAAACATGCAGTAC-GTTG--CAGAATCAA----------AG-A-ATG-----------TTT-TGA--TAA--A-CTTTT-TACTTTGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GG-TA--AA--AGT--CACAA-TATT-AC-G-------ATA----TT---A-CAAAACTTGTA----AA--TTACATCACCCTCA----AT-CC-C--AGG-TAG--AGA-CAAACAATGT---------CG---------AAAGTATTTT--T-G--AATTGATG-TTGCA-TTT--GCAA-ATGTG-AA-GAGAAATGT-G-T-G-GGTT--AAATTA-AA----A--AA---------A-----AAACGACTTTAGTAATTCATGATAA----------------TAAAA-----TTCTG-T-TT------TA---GTAATTAAATAA--A--GAT-AT--TACGTTTATTTAACTCAAC-ACTGAGTCGT-GTC--CT-C-TT-----GTAAAA--AG--AATACGT-TTG--TAAC-TGTAAATCCTG-TATAATGTAG
gi|10 : gaaagtctcctttcttttcgaaagtctcctttcttttATT-CACCATCATTTAAT-CC-T----TTGCCC--A--A--------------T------------TGAAGTATAAAGCGTG-ATGGTCAACTT-C-AAA---G-G----GGT----CAACCACCAAGCATGTGGTAA-GTTG--TAGAAT--G----T----AAG-G-AGCA--TAACATA-TTT-TCA--CAA--A-CGTC-----------TA--------ACAA--ATAA---A-GT-TG-TGA--AAT--GACAA-TGACTCC-GTTCGA--GT-----CA---A-CGATGCTTGTA----AA--TCACATCACAATAACACCAA-GA-CAAAGA-TAA--AGA-CGAACCTTAT---------CG-------CAAAtgctgagcacaacaatataagaaaaagtta
gi|11 : tttaaagcttgaggaagga-TGATATGATTA--------GCAACAATGAACAG-GT-----AAGAAGT--GACAA-TGAA-CC-G---GA----------TAAAG-CGAAGCTTGTT----CA--TCACTGCACCATAA----TA-GA-A--AGG-CAC--AAA-TAAACCATTT---------CG-------CAAAAGCTTTTT--T-
gi|11 : TTTT--T-GGAAATAGGTG-TT----TTT--GAAA-ATGAG-A---GAAC---T-G-C-A-G--T--AG--AA-AAC--TA--AG---------A-----AAAT-TCTTACCTACTTT---------GTAGCC--TTGTTTctttttttttttttttctttttttttggaaataggtgtttttgaaaatgagagaactgcagtagaaaactaagaaaattcttacctactttgtagccttgtttaatccttgtttaatcagttttaa
gi|12 : tgatatgattagcaacaatgaacaggtaagaagtgacaatgaaccggataaagcgaagcttgttcatcactgcaccataatagaaaggcacaaataaaccatttcgcaaaagcttttttctttttttttttttttcttttGT---------CA-------TAAAGGCGTTTT----A--AATCGGTA-TTGTA-TTT--GCAG-ACGAC-AA----AA---T-G-----G--T------TA-AA-G-TAGCAG---------A-----CAATGTCTTGCGTAATATGTCATGACAGTAGCT--CTGTCTTC--A-----T--TA-CGTT------TA----T-------TAA--A---------------TTATTAAAATCAAAAGCAGAGCGAC-ATC---C-T-CTAGCAAATAAA----G--AGTA-AA-TTGAAGAA--TGCAAA-CCCA-TATGATATAGCTaatccttgtttaatcagttttaa
gi|13 : ATT-CGCCATCAACAAGT-TC-CAA--CTCCTTCCA--A--------------TCATCACGCTGTCAAAGAGA-AAAACATG-GTGACCAACTG-CAAAA-T-A-GC----------CAAGAACCAAACATTCATTAC----G--CAGTAT-AA----T--CAAAG-T-ATCA--TATCCCTGTTC-TGA--TTA--A-CGTTTCTGATAcagggcacatgcccactcatatgacacaattaacaacatcgaaata
gi|13 : ggttgaATCGCCATGC----AA-GT-C--AGG-TAA--AAAATAAAACATGT---------CG-------CA----TTTTTTCTT-T--AATCGGTG-TTGTA-TTT--GCAA-ATaggattgtatagtatcgccatgcaagtcaggtaaaaaataaaacatgtcgcattttttctttaatcggtgttgtatttgcaaat
gi|14 : ggttgaattcgccatcaacaagttccaactccttccaatcatcacgctgtcaaagagaaaaacatggtgaccaactgcaaaatagccaagaaccaaacattcattacgcagtataatcaaagtatcatatccctgttctgattaacgtttctgataaggattgtatagt------------AAGAAAG-AAA-TACT-ATGGTCAACTG-T-TAA-A-A-GT---G-T----CAACAACTAAACATGCATTAC-GCT------ATTTAA----T--CA----T-ATAA--TAG--TT-TTTATAG--TAA--A-CCC----AATTCGT-----------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAA--AGT--GAAAC-TGGT-CC-G---GA--AT------------CGGACCTTGTA----AAGGTCAGTT--CTATAA----AG-GT-A--AAG-T-G--AGT-CAAACCATGT--------------------AAAATAGTTT--A-A--GATATGTG-CTGGA--AT--GCAA-TTGAG-A
gi|15 : tcggtcgtcacacaaagaAAGTATG-ATGGCCAGTTG-T-AAAAT-G-GC---T-T----TA--CACTAA---TGCAATAC-GATG--TAGAA--AA--------AAAG-G-CTCA--TAGACCA-ATT-TGA--TAA--A-CCTCA-TGATATGTTTAATTACTTTGC-A--GTAG---------T-TAA--AGT--GACAATTGAA-CA-T---GA--GT-----TT---G-TGAAGCTTGAC----TA--TTATATCACCATGA----AA----C--AGGTTAA--AG------TTAT-T---------AA-------CATAAATGTTTT-----------GG-------A-TTT--ACAA-ATGAA-AT-GAGAA---T-a
gi|16 : gGT----CAACAACCAAGCCTGCAGTGC-ATCG--TAGAATCAA----------AG-A-CTCA--TCACCTG-TTT-TGA--TAA--A-TGTCT-TAA-AGG------------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGT--GACAG-TGAC-AT-AC--GA--CC-----TC---A-GGAAGCATGTA----AT--TCAAATTCCTTTGA----AA-GT-C--AAG-TAG--AGG-CAGACCATGTAAAAGTTTTCG-------CCAAAGTTTTTT--A-A--AATCGGTG-TTGCC-GTT--GCAA-ATG
gi|17 : tt-CGAAGCTGGTG----AA--AAGCATTACTATAA----AG-GC-C--AGGGTAA--CG--CAAACTGTGT---------CA-------CAAAAGTGTGCT--T-A--ATTTGGTG-TTGTA-TTT--GCAA-AAGAG-AG-GGTTA---TCA-CAG-A--T--A---CG-GATG-TA--AG---------A-----AAATGCATTACACAATTTGTGTTAATGGAAGCT--CTGTTTTAAGAAGGTTT--TG-T-TT------T----TT-----TATTA--A--GTAAAT--GACGTTTATTcggcagtaa
gi|18 : AAAAGG-ACAGCGTG-GTGCTTAACTA-T-AAA-----AT---GAT----CAACAAT-AAACAT-CAAAACTGATG--CAAAAATTA----C--CATA------CA--TAGTCTT-TT---------A--A-CTACT-TGACATGTTTA--------GGAA--ATAA---T-AT-TT-T-G--AGT--TGCAA-AGAT-CA-A---GG--AT-----CT---
gi|19 : ggacatttcattcattgagttccttgtccttcatgttgacgtacggtttAAACGTGGATAGCCACTTG-T-AAT-A-A-AT---AGT----CATCCAATTAACATGCAGTGT-GATG--TAGAATCA----------------------TAG-----TTT-TGA--TAATTA-CAA---TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-TT-TT-TAG--AGT--GACAA-CGAC-CC-A---GG--TTC----TC---A-CGAAGCGTATA----
gi|2 : tccttccgtagtcgcgcattttcATTACGCCATCATTGAGC-CC-GA---CTCCTT--A--A--------------T------------GAAAAGG-AAAGTATG-ATGGCCAATTG-T-AAA-TTG-GC---GGC----CAATCACCAAACATGCATCAC-GTTA--CAGAATCAA----TAACAAAG-G-ATCG--TAACCTT-TCC-TGA--GGA--A-CGTCT-TTATATGTTTA--------GCAG--TTAA---G-GT-TC-GAA--AAT--GACGA-TGAC-CC-G---GA--ATA----TT---T-CGAATCCTGTA----AA--TCACATCACCATAA----AA-GT-T--AGG-TAA--AGA-TTAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T-T--AATTGGTG-TTGTA-TTT--GCAA-ATGAG-AGCGAAAA---T-G-C-A-G--T--AGC-TA-AATG-TA--AAC--------A-----AAACGCCATACGTAATTTTTGATAACCGTAGCC--CTGTTTCTAGAC----T--TG-T-TT------TA---GT-----TATAA--A--G---GT--CACGTTTATTAAAATGCACAAAGGAGTTGC-ATC--GTATACTA-G-AGTAAAA--CG--AATA-AT-CTG--AGATTTGCAAA-CCCAGTATGTTGTAGCT
gi|20 : g-TTT-TGA--TAA--A-CCTCT-TAAAATGTTTA--------ATTA--ATAA---T-GT-TTATAA--AGT--GATAA-CTAT-AC-A---GG--AT-----AT---AACATAATCTGTG----GA--TCTGATCCCAATCA----AA-GC-C--ATG-TTA--ATA-CAAACCGAGT---------CG-------AAGAAGTG--AT--T-G--GACCAGTG-CTGCA-TTT--ACAAGATGGG-AA-AAGAA---
gi|21 : -AAA-T-G-A------T----TGACCATCAAATATACTGCAC-GTTG--TAGAATCAA-----------GTG-ATGA--TAGCCGT-CTT-TAA--TAA--A-CTTCT-TGATATGTT-A--------ACAA--ATAA---A-TC-TT-TAA--AGC--GAAAA-TGAT-CCAG---GA--AC-----TT---A-TGAGGTTTGTA----AA--TCACAACA
gi|22 : T---A-CGAATAGTATA----AA--CCACACCACCATAA----AA-AA-C--AGG-TAT--GAA-CGAAGAAAGT---------CA-------CAGAAATGTTTT--T-A--ATTTGGTG-TTGTA-ATT--GCAC-ACGAG-AG-GAGAG---T-A-C---G--T--AA--GA-GGAA-TA--AA---------G-----AAA
gi|23 : aCGCAATATGTGGTAACTGTAGACGTCTGTTTTAAAA---------G-C-CT------TACCAGT-----AATAC--A--G---ATAATACGTTTATTAAAATCCATAGCGAAGCTACAAGC--GC-TGCTC-C-AGCAAAA--CA--AATA-Aattccgt
gi|24 : TCCTT--ACAA--------------TT-----------AAAGAGG-AAAA-ACA-ATGGCCAGCAG-T-----T-GTGCCGAGGT----TAAGCACGAAACAGGAAGTAC-GTTA--CAGAAT-----------AAAG-G-Aatggaaacgtcaata
gi|25 : ggataattttctttcattaagtcctcagttcactgtttaa-----TT---A-TGAAACTTCAA----GA--TCACATCACCATAA----AG-GC-C--AAT-TAA--AGA-CAATTCATAT---------CG-------CAGACGTGTTTT--G-G--AATGAGCA-GTGTA-TTT--GTTA-ATATG-AG-AGGAA---T-a
gi|26 : aAAACATAAAGTAT-AATA--TAGCACCGG----T------G-G-ATCA--TAG-----TTT-TAA--CAA-----CTCT-AGATATATTTA--------TCAA--CTAG---C-GA-TT-TAA--AGT--GACAC-TGAC-CC-C---GG--AT-----CT---tatagtatccgaatgcaa
gi|27 : tagatcatcatagttt--------------T------------AAAGAGG-AAAGTGCG-ATAGCCAATTG-C-AAA-----GA---GGT----TAACCACCAGATATGCAGGAC-GTTGTTCATAG--AA----T--CAAAG-G-A---------CCT-TTT-TGA--TGA--G-TGTCT-TTATATATATA--------ACta
gi|28 : TT-CGCCATCAATGAGCGCC-CAGTGCTGCTT--A--T--------------T------------AAAATGG-AAAGACCG-GTAACCATCTG-T--AC-T-G-GA---GGTTAAGCAACCATCAAACAAACAGTAT-ATTA--CAGATTCAG----T--t
gi|29 : atACTAAACATGCAGT----TTG--CAACAT-AA----T--TAAAG-G-ATTA--AAACTTC-TTT-TTA--TAA--A-TTTCT-TGTTTAGTTCA--------GAAA--TTAT---T-GT-TA-GAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-
gi|3 : cgaccaataaC-CC-CA---C-CCAC--A--AC-------------T------------AAAACGG-CAAGCGCG-ATGGCCAAC-G-T-AAA-----GT---GGT----CAACTACCGAACATGCAGTTC-GTTA--AAGAAAAAAG---T--CAAGT-G-TTCA--TCATCTC-TTT-TGA--TAA----CGTTT-TGAT-TGTTTA--------ACAA--ATAA---G-AT-TC-GAA--CGT--CACAA-TAAC----G---AACGAT-----CT---AACGAA----GTAGAATAA--TCCCATCATCA--------A-GTTC--AGG-TGA--AGA-TAAATAAAGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--G-A--AATCGGTA-TTACA-TT----AAA-GTGAG-AG-GAGA--------C-GAG--T--AC--TA----G-TG--AACTCACTTGTA-----AAGCGCCTAATGTCATT---------GGTTACC--ATG-TTTAAGA-----T--AG-T-TTATAAAATA---AT-----C-TAA--A--GCA-AT--TACTTTCATCAAAATACACAACGGAGCTGC-CTCAAGT-T-ATC-T-AGTAAAAGTCGTAAAGA-AT-TT
gi|30 : TTTG--------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAG--AGT--AATGA-TGAC-CC-A---AG--ATC----TT---A-TGAGACATGTA----AA--TCACATCGCCGTAA----AA-
gi|32 : a--------------T------------AAAGAGG-AAAGCGCG-ACGGCCGACAT-C-AGA-G-G-GT----AT----CAATCACCAGCCATAAATTAC-ACTG--TGGACTCAA----cagaatatgtttgactcagtgatgtatttgtaa
gi|33 : gtgtcccaagtccttccggtcgtcacacaatTC--A--A--------------T------------AAAAGTGCAAAGCATG-ATGGCCAA--G-C-AAA-----GA---GGT----CAACATCAAAACATGCAGTAC-GTTG--TAGAAAC-----------------ATTG--TAGCATT-ATT-TGA--CAA--A-Cat
gi|34 : attcatTTGTA----AA--TCCCATTACCATAA----AG-GC-A--ACA-TAA--ATC-CAAATCATGT---------AG-------CAAAAATATCTT--T-A--AATTGGTG-TTTTA---T--GCAA-ACCAG-AGAAGAAA---T-A-C-G-G--T--Atg
gi|37 : --------------T------------AAAGATG-AAAGCGCG-ATGGCCAATTA-T-AAA-T-A------GAC----CAACCA
gi|4 : ccaagtcattccggtcgttgcgcaatAC-ACTG--CAGAAGCAA--------AGGG-G-AGCA--TAATTCC-TTT-TGC--CAA--AACCTCT-CGGTACGTTTA--------GTAA--ATAA---G-GA-TT-TAT--GGT--GAAGA-TGAT-AC-G---GT--ATC----TT---G-CGAATAATGTA----AA--TCACATCACCATAA----AATAC-C----C-TAA--AGA-TAAACTTTGT---------CT-------CAGGGGTGGTTT--T-A--AATTGATG-CCATA-TTTAGAAAA-ATGAA-TG-AAAAA---TCG-C-G-G--C--AA--TA-GATT-TT--AG---------A-----AAAT-CTTT-----ATTT------ACAGTAGCT--GTATTTTATGAG----T--TT-T-TTAGAC--TA---GT-----AATAA--ACCG---AT--AACGTTTATTAAAATCGACAATATAGCTGC-ATC-------CTC-C-A-TAAAA--CG---ATA-ATGTTG--TGA----CCAG-CTCA-TATGATGTAACT
gi|5 : ttcAGG-AAAGCGTG-ATGTTCAACTGCT-AAA---G------AGT----CAGTCATTAAACTTACAGTAC-GTT---CGTAATCAA--------AGAG-GTATGA--TCACTAT-TTT-CG--------------T-TTATAT--------------------------G-GT-TT-TAA--AGTGAGAGAG-TAAT-AC-A---GA--ATAGATCTT---G-TGAAGCTT-----------TCAAATGACCATAA----A--------AGG-T------A-CAAACAACGT-----------------------GTATTTT--------ATTGGTG-GTGTACTTT--GTAG-ATTAGAAG-AGGAA---T-A-C-G-G--CGAAT--TACGGTATTA--AC---------ATCTATAAACGCCTCATGTAAGTTGTAATAAAGAAAGTC--A---TTAAAGA-----G--TT-T-TT------CA---GT-----AATAA--A--G---Acgagcgataatgtcagataagtta
gi|6 : AAAGGG-AGAATG---ACGGCCAACAA-T-AAA-T-A-T-----AT----CAACAACCAAACATACATTAT-GTTT--CAGAATCAA----------AT-G-ATCACATAACGTC-TCT-TGA--TAA--A-CTTAT-TGATACATCTA--------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGACTCT-G---GA-----------------GAATC-CATC----AA--TGACATCAACAAAA----AA-a
gi|7 : ATGTTCA--------GCAA--ATAA---G-A---------------GACAA-TGAC-CA-A---GA--TT-----TT---TGCAAAGATTGTA----AA--TTAAATTACCACTA----AA-AT-C--A---TAAGAAAA-CCAACCGTGT---------CATATGCCACAAACATGCTTT----A--AAT--ATAATTGTA-TTT--GCAA-ATGAG-AG-GAGAAT--T-A-C-G-G--A--AG--TG-AATT-T---AG---------A-----AAACGGCTTACACAATATGCAATAACGGTAAAC--CTGTTTTAAAA---------GAT-TT------TA---AC-----AATAAACA--T---AT--TACGTTTGTTAAAACCTGCAATGGAGATAC-A-----T-T-CTA-C-AAC-AAA--CG--AATA-tggtttaatattgctgttgtatttgtaaatgcaaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|8 : ATT-AGTCATCAACGAGT-CCACA---GTCCTT--C--AGGTCCCAGCACCATT------------AAATAGG-GAATCGTG-ATTGTCAGC-G-A-AAA-A-G-G-----GT----CAGCCTGCAAATATGCAGTAG-GAAG--AAGAATCAAGATAT--CATAG-C-CTCA--CAGTTTC-TTT-TGAAATAA--A--ATCT-TGATATGTTTA--------ACAA--GTAA---T-AT-TT-TAAAGAGT--GACAA-TGAT-CC-A---GG--AT-----CTA--A-CAAATCTTGTA----AAACTTACATT----TAA----AT-AC-C--TAG-CGC--AGG--AAATTATGT---------CA-------C--GAGCATCTT--CAG--GATTGGTG-cccttagaaactt
gi|9 : tT----CGACTAATACACAAGCATTCC-ATTG--TAG---CA-----T--AAAAG-G-AGTA--TAACATT-TTT--GA--TAC--A-CTTTT-CAATATGTTTA--------GCAA--AAAA---GTGTCTT-TA----GT--GACAA-CGGT-CC-A---GC--ATC----TT---A-CAAAGCTTGTA----CA--TCAATTCACCCTCA----AT-GT-C--ACT-CAA--AGA-CAAAC-ATGT---------CGTA-----CAAAA-----TT--T---------GTG-TTGTA-TTT--GTCA-ATGAG-AA-GAGAA---T-GAC-T-G--T--AG--TA-cgcatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTTGAGGTTTTAGGAGGAATTCAGCATCATTGAATGAGTGTCCAGTTCTTTCCGTTGTCGTACAATTCAAGACGAAAGCATGATGGTTGACTGTAAGGGTACCAAC
Unaligned ( gi|35 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAAC
Unaligned ( gi|36 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAA
Unaligned ( gi|38 ): ACATACATTTATTTAATTATAATAATTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 1 111 333333333333333333333333333333333 2222222 444444444444444444444444444444444444 222222222222 111111111111111111 1111111 444444444444444444444444444444444444 11111 111111111 33333333333333333333333333333333 22222222 4444444 11 11 1 1
lowQualScore : 0 6 6 888 888888888888888888888888888888888 2 1 2 6666 2 333 8888888 4444 1 44444 1 999999999999999999999999999999999999 1 22 22 1 1 1 66666666 22 77777777 1 55 22 1 3 77777 333 000000000000 0 0 1 55 4444 5555 22 2 4 22 22 1 333333333333333333 0 5555555 6 2 2 2 4 22 2 777 2 777 000000000000000000000000000000000000 4 00000 1 0 222222222 777 0 55555555555555555555555555555555 66 11111111 999 1 5 1 0000000 66 77 77 77 5 8 11 00 22 0 0
lowQualScore : . . . ... ................................. . . . .... . ... ....... .... . ..... . .................................... . .. .. . . . ........ .. ........ . .. .. . . ..... ... ............ . . . .. .... .... .. . . .. .. . .................. . ....... . . . . . .. . ... . ... .................................... . ..... . . ......... ... . ................................ .. ........ ... . . . ....... .. .. .. .. . . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 7 7 333 444444444444444444444444444444444 5 7 2 0000 2 777 5555555 0000 7 22222 7 555555555555555555555555555555555555 9 66 66 9 0 9 66666666 66 66666666 9 22 66 9 8 11111 999 888888888888 2 3 8 22 0000 1111 99 6 2 99 55 3 333333333333333333 1 0000000 0 0 1 1 2 99 7 333 9 999 888888888888888888888888888888888888 0 00000 1 7 888888888 111 7 00000000000000000000000000000000 11 77777777 000 0 7 4 0000000 33 99 99 99 7 0 00 22 88 0 0
consensus : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA---A-T-GG-GGT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TCA--A-TAA---AG-GATCA--TAGCCTT--------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-GA---G-AA---T-G-C-GG--T--AG--TA-A--A------TG-TA--AG-A-----AAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA-----T--TG-TTT----T--A---GT-----AA--TAA--A--G--AT--TACGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGC-ATC--GT-T-CTCCAGCAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-NGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
Reference ( family-1801 ) : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA---A-T-GG-GGT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TCA--A-TAA---AG-GATCA--TAGCCTT--------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-GA---G-AA---T-G-C-GG--T--AG--TA-G--A------TG-TA--AG-A-----AAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA-----T--TG-TTT----T--A---GT-----AA--TAA--A--G--AT--TACGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGC-ATC--GT-T-CTNCAGTAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-NGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
gi|1 : CGATC-CC-CA---CTC-----A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCATG-AT---CAAC---AG-TAA---A-A-GT-TGT----CAATCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TC------AA---AG-AAT------G------------TTT-TGA--TAA--A-CTTTT-TACTTTGTTTA--------GCAA--ATAA---G-G--GT-AAA--AGT--CACAA-TATT-AC-G-------ATA----TT-A---CAAAACTTGTA-AA--TTACATCACCCTCA----AT-CC-C--AGG-TAG--AGA-CAAACAATGT---------CG---------AAAGTATTTT--T--G-AATTGATG-TTGCA-TTTG-CAA-A--TGTGAA-GA---G-AAATGT-G-T-GGGTT--AAATTA-A--A----------A--AA-A-----AAACGACTTTAGTAATTCATGATAA----------------TAAAA-----TTCTG-TTT----T--A---GTAATTAAA--TAA--A--GATAT--TACGTTTATTTAACTCAAC-ACTGAGTCGT-GTC---C-T-CTT--GTAA--AA--AG--AATACGT-TTG-TAA-CTGTAAATCCT-GTATAATGTAG
gi|10 : gaaagtctcctttcttttcgaaagtctcctttctttt-AAAGCGTG-ATGGTCAAC---TT-CAA---A---GG-GGT----CAACCACCAAGCATGTGGTAA-GTTG----TAGAA-T----G-TAA----G-GAGCA--TAACATA--------TTT-TCA--CAA--A-CGTCT-----------A--------ACAA--ATAA---A-GT-TG-TGA--AAT--GACAA-TGACTCC-GTTCGA--GT-----CA-A---CGATGCTTGTA-AA--TCACATCACAATAACACCAA-GA-CAAAGA-TAA--AGA-CGAACCTTAT---------CG-------CAAAtgctgagcacaacaatataagaaaaagtta
gi|11 : tttaaagcttgaggaaggaattcaccatcatttaatcctttgcccaattgaagtat-TGATATGATTA--------GCAACAATGAACAG-GT-----AAGAAGT--GACAA-TGAA-CC-G---GA----------T-AAAGCGAAGCTTGTT-CA--TCACTGCACCATAA----TA-GA-A--AGG-CAC--AAA-TAAACCATTT---------CG-------CAAAAGCTTTTT--T--
gi|11 : TTTT--TGGA-AATAGGTG-TT----TTTG-AAA-A--TGAGAG------A-AC---T-G-C-AG--T--AG--AA-A--A------C--TA--AG-A-----AAAT-TCTTACCTACTTT---------GTAGCC--TTGTTTctttttttttttttttctttttttttggaaataggtgtttttgaaaatgagagaactgcagtagaaaactaagaaaattcttacctactttgtagccttgtttaatccttgtttaatcagttttaa
gi|12 : tgatatgattagcaacaatgaacaggtaagaagtgacaatgaaccggataaagcgaagcttgttcatcactgcaccataatagaaaggcacaaataaaccatttcgcaaaagcttttttctttttttttttttttcttttGT---------CA-------TAAAGGCGTTTT-----A-AATCGGTA-TTGTA-TTTG-CAG-A--CGA----CA---A-AA---T-----GG--T------TA-A--A-------G-TAGCAG-A-----CAATGTCTTGCGTAATATGTCATGACAGTAGCT--CTGTCTT--CA-----T--TA-CGT----T-------T-----AT--TAA--A--------------TTATTAAAATCAAAAGCAGAGCGAC-ATC-------CTCTAGCAAATAA--AG--AGTA-AA-TTGAAGA-ATGCAAA-CCC-ATATGATATAGCTaatccttgtttaatcagttttaa
gi|13 : ATT-CGCCATCAACAAGT-TC-CAA--CTCCTTCCA--A--------------TCATCACGCTGTCAAAGAGA-AAAACATG-GTGACCAAC---TG-CAA---A---AT-AGC----CAAGAACCAAACATTCATTAC-GCAG----TATAA-TC------AA---AG-TATCA--TATCCCTG-------TTC-TGA--TTA--A-CGTTTCTGATAcagggcacatgcccactcatatgacacaattaacaacatcgaaata
gi|13 : ggttgaATCGCCATGC----AA-GT-C--AGG-TAA--AAAATAAAACATGT---------CG-------CA----TTTTTTCTT--T-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--Taggattgtatagtatcgccatgcaagtcaggtaaaaaataaaacatgtcgcattttttctttaatcggtgttgtatttgcaaat
gi|14 : ggttgaattcgccatcaacaagttccaactccttccaatcatcacgctgtcaaagagaaaaacatggtgaccaactgcaaaatagccaagaaccaaacattcattacgcagtataatcaaagtatcatatccctgttctgattaacgtttctgataaggattgtatagt------------AAGAAAG-AAA-TACT-ATGGTCAAC---TG-TTA---A-A-AG-TGT----CAACAACTAAACATGCATTAC-GCTA----TTTAA-TCAT-A-TA-----------A--TAG--TT--------TTTATAG--TAA--A-CC----CAATTCGT-----------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAA--AGT--GAAAC-TGGT-CC-G---GA--AT------------CGGACCTTGTA-AAGGTCAGTT--CTATAA----AG-GT-A--AAG-T-G--AGT-CAAACCATGT--------------------AAAATAGTTT--A--A-GATATGTG-CTGGA--ATG-CAA-T--TGAGA
gi|15 : tcggtcgtcacacaaagaAAGTATG-ATGGCCAGT---TG-TAA---AAT-GG-CTT----TA--CACTAA---TGCAATAC-GATG----TAGAA---A--A--AA---AG-GCTCA--TAGACCA--------ATT-TGA--TAA--A-CCTCA-TGATATGTTTAATTACTTTGC-A--GTAG---------T-TAA--AGT--GACAATTGAA-CA-T---GA--GT-----TT-G---TGAAGCTTGAC-TA--TTATATCACCATGA----AA----C--AGGTTAA--AG------TTAT-T---------AA-------CATAAATGTTTT-----------GG-------A-TTTA-CAA-A--TGAAAT-GA---G-AA---T-a
gi|16 : gGT----CAACAACCAAGCCTGCAGTGC-ATCG----TAGAA-TCA--A-------AG-ACTCA--TCACCTG--------TTT-TGA--TAA--A-TGTCT-TAA-AGG------------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGT--GACAG-TGAC-AT-AC--GA--CC-----TC-A---GGAAGCATGTA-AT--TCAAATTCCTTTGA----AA-GT-C--AAG-TAG--AGG-CAGACCATGTAAAAGTTTTCG-------CCAAAGTTTTTT--A--A-AATCGGTG-TTGCC-GTTG-CAA-A--TG
gi|17 : tt---CGAAGCTGGTG-AA--AAGCATTACTATAA----AG-GC-C--AGGGTAA--CG--CAAACTGTGT---------CA-------CAAAAGTGTGCT--T--A-ATTTGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--AGAGAG-GG---T-TA---TCA-CAGA--T--A---CG-G--A------TG-TA--AG-A-----AAATGCATTACACAATTTGTGTTAATGGAAGCT--CTGTTTTAAGAAGGTTT--TG-TTT----T--T---TT-----AT--TAAGTA--A--AT--GACGTTTATTcggcagtaa
gi|18 : AAAAGG-ACAGCGTG-GTGCTTAAC---TA-TAA---AAT-GA---T----CAACAAT-AAACAT-CAAAACTGATG----CAAAAATTACCA-TA----------CA--TAGTCTT--------TT---------A--A-CTACT-TGACATGTTTA--------GGAA--ATAA---T-AT-TT-T-G--AGT--TGCAA-AGAT-CA-A---GG--AT-----CT-
gi|19 : ggacatttcattcattgagttccttgtccttcatgttgacgtacggtttAAACGTGGATAGCCACT---TG-TAATAAA-T-AG---T----CATCCAATTAACATGCAGTGT-GATG----TAGAA-TCA--------------------TAG------------TTT-TGA--TAATTA-CAA---TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-TT-TT-TAG--AGT--GACAA-CGAC-CC-A---GG--TTC----TC-A---CGAAGCGTATA-
gi|2 : tccttccgtagtcgcgcattttcATTACGCCATCATTGAGC-CC-GA---CTCCTT--A--A--------------T------------GAAAAGG-AAAGTATG-ATGGCCAAT---TG-TAA---A-TTGGCGGC----CAATCACCAAACATGCATCAC-GTTA----CAGAA-TCA--A-TAACAAAG-GATCG--TAACCTT--------TCC-TGA--GGA--A-CGTCT-TTATATGTTTA--------GCAG--TTAA---G-GT-TC-GAA--AAT--GACGA-TGAC-CC-G---GA--ATA----TT-T---CGAATCCTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GT-T--AGG-TAA--AGA-TTAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--T-AATTGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAGCGA---A-AA---T-G-C-AG--T--AGC-TA-A--A------TG-TA--AACA-----AAACGCCATACGTAATTTTTGATAACCGTAGCC--CTGTTTCTAGAC----T--TG-TTT----T--A---GT-----TA--TAA--A--G--GT--CACGTTTATTAAAATGCACAAAGGAGTTGC-ATC--GTATACTAGAGTAA--AA--CG--AATA-AT-CTG-AGATTTGCAAA-CCCAGTATGTTGTAGCT
gi|20 : g--------TTT-TGA--TAA--A-CCTCT-TAAAATGTTTA--------ATTA--ATAA---T-GT-TTATAA--AGT--GATAA-CTAT-AC-A---GG--ATA----TA-A---CATAATCTGTG-GA--TCTGATCCCAATCA----AA-GC-C--ATG-TTA--ATA-CAAACCGAGT---------CG-------AAGAAGTG--AT--T--G-GACCAGTG-CTGCA-TTTA-CAAGA--TGGGAA-AA---G-AA---
gi|21 : AA---A-T-GA---T----TGACCATCAAATATACTGCAC-GTTG----TAGAA-TCA--A--------GTGATGA--TAGCCGT--------CTT-TAA--TAA--A-CTTCT-TGATATG-TTA--------ACAA--ATAA---A-TC-TT-TAA--AGC--GAAAA-TGAT-CCAG---GA--AC-----TT-A---TGAGGTTTGTA-AA--TCACAACA
gi|22 : T-A---CGAATAGTATA-AA--CCACACCACCATAA----AA-AA-C--AGG-TAT--GAA-CGAAGAAAGT---------CA-------CAGAAATGTTTT--T--A-ATTTGGTG-TTGTA-ATTG-CAC-A--CGAGAG-GA---G-AG---T-A-C--G--T--AA--GA-GGAA------TA--A--AG-A-----AAA
gi|23 : aCGCAATATGTGGTAACTGTAGACGTCTGTTTTAAAA---------G-CCT----T--ACCAGT-----AA--TAC--A--G--ATAATACGTTTATTAAAATCCATAGCGAAGCTACAAGC--GC-TGCTCCAGCAA--AA--CA--AATA-Attccgt
gi|24 : TCCTT--ACAA--------------TT-----------AAAGAGG-AAAA-ACA-ATGGCCAGCAGTTG-TGC-----C-GA-GGT----TAAGCACGAAACAGGAAGTAC-GTTA----CAG-----A--A-TAA---AG-GAatggaaacgtcaata
gi|25 : ggataattttctttcattaagtcctcagttcactgtttaa-----TT-A---TGAAACTTCAA-GA--TCACATCACCATAA----AG-GC-C--AAT-TAA--AGA-CAATTCATAT---------CG-------CAGACGTGTTTT--G--G-AATGAGCA-GTGTA-TTTGTTAATA--TGAGAG-GA---a
gi|26 : aAAACATAAAGTAT-AATA----TAGCA-CCG--G-T------G-GATCA--TAG------------TTT-TAA--CAA-----CTCT-AGATATATTTA--------TCAA--CTAG---C-GA-TT-TAA--AGT--GACAC-TGAC-CC-C---GG--AT-----CT-attatagtatccgaatgcaa
gi|27 : tagatcatcatagttt--------------T------------AAAGAGG-AAAGTGCG-ATAGCCAAT---TG-CAA---A---GA-GGT----TAACCACCAGATATGCAGGAC-GTTGTTCATAGAA-TC------AA---AG-GA---------CCT--------TTT-TGA--TGA--G-TGTCT-TTATATATATA--------ACta
gi|28 : TT-CGCCATCAATGAGCGCC-CAGTGCTGCTT--A--T--------------T------------AAAATGG-AAAGACCG-GTAACCATC---TG-T-A---C-T-GGAGGTTAAGCAACCATCAAACAAACAGTAT-ATTA----CAGAT-TCA--G-Tt
gi|29 : atACTAAACATGCAGT----TTG----CAACA-TAA--T-TAA---AG-GATTA--AAACTTC--------TTT-TTA--TAA--A-TTTCT-TGTTTAGTTCA--------GAAA--TTAT---T-GT-TA-GAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-
gi|3 : cgaccaataaC-CC-CA---C-CCAC--A--AC-------------T------------AAAACGG-CAAGCGCG-ATGGCCAAC----G-TAA---A---GT-GGT----CAACTACCGAACATGCAGTTC-GTTA----AAGAA-AAA--AGTCA---AGTGTTCA--TCATCTC--------TTT-TGA--TAA----CGTTT-TGAT-TGTTTA--------ACAA--ATAA---G-AT-TC-GAA--CGT--CACAA-TAAC----G---AACGAT-----CT-AA--CGAAG-TAGAATAA--TCCCATCATCA--------A-GTTC--AGG-TGA--AGA-TAAATAAAGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--G--A-AATCGGTA-TTACA-TT---AAA-G--TGAGAG-GAGACG-AG---T-A-C-----T--AG--TG-A--ACTCACTTG-T------A-----AAGCGCCTAATGTCATT---------GGTTACC--ATG-TTTAAGA-----T--AG-TTTA---TAAA---AT-----AATCTAA--A--GCAAT--TACTTTCATCAAAATACACAACGGAGCTGC-CTCAAGT-T-ATCTAGTAA--AAGTCGTAAAGA-AT-TT
gi|30 : TTTG--------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAG--AGT--AATGA-TGAC-CC-A---AG--ATC----TT-A---TGAGACATGTA-AA--TCACATCGCCGTAA----AA-
gi|32 : a--------------T------------AAAGAGG-AAAGCGCG-ACGGCCGAC---AT-CAG---A-G-GG-TAT----CAATCACCAGCCATAAATTAC-ACTG----TGGAC-TCA--A-cagaatatgtttgactcagtgatgtatttgtaa
gi|33 : gtgtcccaagtccttccggtcgtcacacaatTC--A--A--------------T------------AAAAGTGCAAAGCATG-ATGGCCAA-----G-CAA---A---GA-GGT----CAACATCAAAACATGCAGTAC-GTTG----TAGAA-AC---------------ATTG--TAGCATT--------ATT-TGA--CAA--A-Cat
gi|34 : attcatTTGTA-AA--TCCCATTACCATAA----AG-GC-A--ACA-TAA--ATC-CAAATCATGT---------AG-------CAAAAATATCTT--T--A-AATTGGTG-TTTTA---TG-CAA-A--CCAGAG-AA---GAAA---T-A-C-GG--T--Atg
gi|37 : --------------T------------AAAGATG-AAAGCGCG-ATGGCCAAT---TA-TAA---A-T--A-GAC----CAACCA
gi|4 : ccaagtcattccggtcgttgcgcaatAC-ACTG----CAGAA-GCA--A--AG---GG-GAGCA--TAATTCC--------TTT-TGC--CAA--AACCTCT-CGGTACGTTTA--------GTAA--ATAA---G-GA-TT-TAT--GGT--GAAGA-TGAT-AC-G---GT--ATC----TT-G---CGAATAATGTA-AA--TCACATCACCATAA----AATAC-C--C---TAA--AGA-TAAACTTTGT---------CT-------CAGGGGTGGTTT--T--A-AATTGATG-CCATA-TTTA-GAA-AAATGAATG-AA---A-AA---TCG-C-GG--C--AA--TA-G--A------TT-TT--AG-A-----AAAT-CTTTA-----TTT------ACAGTAGCT--GTATTTTATGAG----T--TT-TTTAGACT--A---GT-----AA--TAA--ACCG--AT--AACGTTTATTAAAATCGACAATATAGCTGC-ATC-------CTCCA-TAA--AA--CG---ATA-ATGTTG-TGA-CC---AG-CTC-ATATGATGTAACT
gi|5 : ttcAGG-AAAGCGTG-ATGTTCAAC---TGCTAA---A----G-AGT----CAGTCATTAAACTTACAGTAC-GTT-----CGTAA-TCA--A--AG---AG-G------TA-----------------TGA--TCA--C-TATTT-T----CGTTT---------------ATAT---G-GT-TT-TAA--AGTGAGAGAG-TAAT-AC-A---GA--ATAGATCTT-G---TGAAGCTT--------TCAAATGACCATAA----A--------AGG-T------A-CAAACAACGT-----------------------GTATTTT--------ATTGGTG-GTGTACTTTG-TAG-A--TTAGAA-GAG--G-AA---T-A-C-GG--CGAAT--TACG--G------TATTA--AC-ATCTATAAACGCCTCATGTAAGTTGTAATAAAGAAAGTC--A---TTAAAGA-----G--TT-TTT----C--A---GT-----AA--TAA--A--G--Acgagcgataatgtcagataagtta
gi|6 : AAAGGG-AGAATG---ACGGCCAAC---AA-TAA---A-T-AT-A-T----CAACAACCAAACATACATTAT-GTTT----CAGAA-TCA--A-------AT-GATCACATAACGTC--------TCT-TGA--TAA--A-CTTAT-TGATACATCTA--------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGACTCT-G---GA-----------------GAATC-CATC-AA--TGACATCAACAAAA----AA-a
gi|6 : TGGTTT--A--A-TATTGCTG-TTGTA-TTTG-TAA-A--TGtggtttaatattgctgttgtatttgtaaatgcaaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|7 : aaagggagaatgacggccaacaataaatatatcaacaaccaaacatacattatgtttcagaatcaaatgatcacataacgtctcttgataaacttattgatacatctagcaaataagattttaaagtgacaatgactctggagaatccatcaatgacatcaacaaaaaaATGTTCA--------GCAA--ATAA---G-A---------------GACAA-TGAC-CA-A---GA--TT-----TTTG---CAAAGATTGTA-AA--TTAAATTACCACTA----AA-AT-C--A---TAAGAAAA-CCAACCGTGT---------CATATGCCACAAACATGCTTT-----A-AAT--ATAATTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-GA---G-AAT--T-A-C-GG--A--AG--TG-A--A------TT-T---AG-A-----AAACGGCTTACACAATATGCAATAACGGTAAAC--CTGTTTTAAAA---------GATTT----T--A---AC-----AA--TAAACA--T--AT--TACGTTTGTTAAAACCTGCAATGGAGATAC-A-----T-T-CTACAAC-A--AA--CG--AATA-caaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|8 : ATT-AGTCATCAACGAGT-CCACA---GTCCTT--C--AGGTCCCAGCACCATT------------AAATAGG-GAATCGTG-ATTGTCAGC----G-AAA---A---AG-GGT----CAGCCTGCAAATATGCAGTAG-GAAG----AAGAA-TCA--A-GA-------TATCA--TAGCCTCACAGTTTCTTT-TGAAATAA--A--ATCT-TGATATGTTTA--------ACAA--GTAA---T-AT-TT-TAAAGAGT--GACAA-TGAT-CC-A---GG--AT-----CTAA---CAAATCTTGTA-AAACTTACATT----TAA----AT-AC-C--TAG-CGC--AGG--AAATTATGT---------CA-------C--GAGCATCTT--C--AGGATTGGTG-cccttagaaactt
gi|9 : tT----CGACTAATACACAAGCATTCC-ATTG----TAGCA-T----A--AA---AG-GAGTA--TAACATT--------TTT--GA--TAC--A-CTTTT-CAATATGTTTA--------GCAA--AAAA---GTGTCTT-TA----GT--GACAA-CGGT-CC-A---GC--ATC----TT-A---CAAAGCTTGTA-CA--TCAATTCACCCTCA----AT-GT-C--ACT-CAA--AGA-CAAAC-ATGT---------CGTA-----CAAAA-----TT--T---------GTG-TTGTA-TTTG-TCA-A--TGAGAA-GA---G-AA---T-GAC-TG--T--AG--TA-cgcatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTTGAGGTTTTAGGAGGAATTCAGCATCATTGAATGAGTGTCCAGTTCTTTCCGTTGTCGTACAATTCAAGACGAAAGCATGATGGTTGACTGTAAGGGTACCAAC
Unaligned ( gi|35 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAAC
Unaligned ( gi|36 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAA
Unaligned ( gi|38 ): ACATACATTTATTTAATTATAATAATTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 1 111 333333333333333333333333333333333 2222222 444444444444444444444444444444444444 222222222222 111111111111111111 1111111 1111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 33333333333333333333333333333333 22222222 33333333333 11 11 1 1
lowQualScore : 0 6 6 888 888888888888888888888888888888888 2 1 2 6666 2 333 8888888 4444 1 44444 1 999999999999999999999999999999999999 1 22 22 1 1 1 66666666 22 77777777 1 55 22 1 3 77777 333 000000000000 0 0 1 55 4444 5555 22 2 4 22 22 1 333333333333333333 0 5555555 6 2 2 2 4 22 0000000000 444 2 77777777777777777777777777777777777777777777777 1 0 222222222 777 0 55555555555555555555555555555555 66 11111111 999 1 77777777777 0 77 77 77 5 8 11 00 22 0 0
lowQualScore : . . . ... ................................. . . . .... . ... ....... .... . ..... . .................................... . .. .. . . . ........ .. ........ . .. .. . . ..... ... ............ . . . .. .... .... .. . . .. .. . .................. . ....... . . . . . .. .......... ... . ............................................... . . ......... ... . ................................ .. ........ ... . ........... . .. .. .. . . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 7 7 333 444444444444444444444444444444444 5 7 2 0000 2 777 5555555 0000 7 22222 7 555555555555555555555555555555555555 9 66 66 9 0 9 66666666 66 66666666 9 22 66 9 8 11111 999 888888888888 2 3 8 22 0000 1111 99 6 2 99 55 3 333333333333333333 1 0000000 0 0 1 1 2 99 5555555555 777 9 11111111111111111111111111111111111111111111111 1 7 888888888 111 7 00000000000000000000000000000000 11 77777777 000 0 11111111111 4 99 99 99 7 0 00 22 88 0 0
consensus : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA---A-T-GG-GGT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TCA--A-TAA---AG-GATCA--TAGCCTT--------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-G--------A---G-AA-----------T-G-CGG--TAG--TA--A-A------TGTA--AG-AAAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA-----T--TG-TTT----T--A---GT-----AA--TAA--A--G--AT--TACGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGC-ATC--GT-T-CTCCAGCAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-NGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
Reference ( family-1801 ) : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA---A-T-GG-GGT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TCA--A-TAA---AG-GATCA--TAGCCTT--------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-G--------A---G-AA-----------T-G-CGG--TAG--TA--A-A------TGTA--AG-AAAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA-----T--TG-TTT----T--A---GT-----AA--TAA--A--G--AT--TACGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGC-ATC--GT-T-CTCCAGCAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-NGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
gi|1 : CGATC-CC-CA---CTC-----A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCATG-AT---CAAC---AG-TAA---A-A-GT-TGT----CAATCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TC------AA---AG-AAT------G------------TTT-TGA--TAA--A-CTTTT-TACTTTGTTTA--------GCAA--ATAA---G-G--GT-AAA--AGT--CACAA-TATT-AC-G-------ATA----TT-A---CAAAACTTGTA-AA--TTACATCACCCTCA----AT-CC-C--AGG-TAG--AGA-CAAACAATGT---------CG---------AAAGTATTTT--T--G-AATTGATG-TTGCA-TTTG-CAA-A--TGTGAA-G--------A---G-AAATG--------T-G-TGGGTTAAATTA--A-A---------A--AA-AAAACGACTTTAGTAATTCATGATAA----------------TAAAA-----TTCTG-TTT----T--A---GTAATTAAA--TAA--A--GATAT--TACGTTTATTTAACTCAAC-ACTGAGTCG----T--GT-C-CTCTTGTAA--AA--AG--AATACGT-TTG-TAA-CTGTAAATCCT-GTATAATGTAG
gi|10 : gaaagtctcctttcttttcgaaagtctcctttctttt-AAAGCGTG-ATGGTCAAC---TT-CAA---A---GG-GGT----CAACCACCAAGCATGTGGTAA-GTTG----TAGAA-T----G-TAA----G-GAGCA--TAACATA--------TTT-TCA--CAA--A-CGTCT-----------A--------ACAA--ATAA---A-GT-TG-TGA--AAT--GACAA-TGACTCC-GTTCGA--GT-----CA-A---CGATGCTTGTA-AA--TCACATCACAATAACACCAA-GA-CAAAGA-TAA--AGA-CGAACCTTAT---------CG-------CAAAtgctgagcacaacaatataagaaaaagtta
gi|11 : tttaaagcttgaggaaggaattcaccatcatttaatcctttgcccaattgaagtat-TGATATGATTA--------GCAACAATGAACAG-GT-----AAGAAGT--GACAA-TGAA-CC-G---GA----------T-AAAGCGAAGCTTGTT-CA--TCACTGCACCATAA----TA-GA-A--AGG-CAC--AAA-TAAACCATTT---------CG-------CAAAAGCTTTTT--T--
gi|11 : TTTT--TGGA-AATAGGTG-TT----TTTG-AAA-A--TGAGAG--------------A-AC-----------T-G-CAG--TAG--AA--A-A------C-TA--AG-AAAAT-TCTTACCTACTTT---------GTAGCC--TTGTTTctttttttttttttttctttttttttggaaataggtgtttttgaaaatgagagaactgcagtagaaaactaagaaaattcttacctactttgtagccttgtttaatccttgtttaatcagttttaa
gi|12 : tgatatgattagcaacaatgaacaggtaagaagtgacaatgaaccggataaagcgaagcttgttcatcactgcaccataatagaaaggcacaaataaaccatttcgcaaaagcttttttctttttttttttttttcttttGT---------CA-------TAAAGGCGTTTT-----A-AATCGGTA-TTGTA-TTTG-CAG-A--CGA----C--------A---A-AA-----------T----GG--T----TA--A-A-------GTAGCAG-ACAATGTCTTGCGTAATATGTCATGACAGTAGCT--CTGTCTT--CA-----T--TA-CGT----T-------T-----AT--TAA--A--------------TTATTAAAATCAAAAGCAGAGCGAC-ATC-------CTCTAGCAAATAA--AG--AGTA-AA-TTGAAGA-ATGCAAA-CCC-ATATGATATAGCTaatccttgtttaatcagttttaa
gi|13 : ATT-CGCCATCAACAAGT-TC-CAA--CTCCTTCCA--A--------------TCATCACGCTGTCAAAGAGA-AAAACATG-GTGACCAAC---TG-CAA---A---AT-AGC----CAAGAACCAAACATTCATTAC-GCAG----TATAA-TC------AA---AG-TATCA--TATCCCTG-------TTC-TGA--TTA--A-CGTTTCTGATAcagggcacatgcccactcatatgacacaattaacaacatcgaaata
gi|13 : ggttgaATCGCCATGC----AA-GT-C--AGG-TAA--AAAATAAAACATGT---------CG-------CA----TTTTTTCTT--T-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--Taggattgtatagtatcgccatgcaagtcaggtaaaaaataaaacatgtcgcattttttctttaatcggtgttgtatttgcaaat
gi|14 : ggttgaattcgccatcaacaagttccaactccttccaatcatcacgctgtcaaagagaaaaacatggtgaccaactgcaaaatagccaagaaccaaacattcattacgcagtataatcaaagtatcatatccctgttctgattaacgtttctgataaggattgtatagt------------AAGAAAG-AAA-TACT-ATGGTCAAC---TG-TTA---A-A-AG-TGT----CAACAACTAAACATGCATTAC-GCTA----TTTAA-TCAT-A-TA-----------A--TAG--TT--------TTTATAG--TAA--A-CC----CAATTCGT-----------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAA--AGT--GAAAC-TGGT-CC-G---GA--AT------------CGGACCTTGTA-AAGGTCAGTT--CTATAA----AG-GT-A--AAG-T-G--AGT-CAAACCATGT--------------------AAAATAGTTT--A--A-GATATGTG-CTGGA--ATG-CAA-T--TGAGA
gi|15 : tcggtcgtcacacaaagaAAGTATG-ATGGCCAGT---TG-TAA---AAT-GG-CTT----TA--CACTAA---TGCAATAC-GATG----TAGAA---A--A--AA---AG-GCTCA--TAGACCA--------ATT-TGA--TAA--A-CCTCA-TGATATGTTTAATTACTTTGC-A--GTAG---------T-TAA--AGT--GACAATTGAA-CA-T---GA--GT-----TT-G---TGAAGCTTGAC-TA--TTATATCACCATGA----AA----C--AGGTTAA--AG------TTAT-T---------AA-------CATAAATGTTTT-----------GG-------A-TTTA-CAA-A--TGAAAT-G--------A---G-AA-----------T-a
gi|16 : gGT----CAACAACCAAGCCTGCAGTGC-ATCG----TAGAA-TCA--A-------AG-ACTCA--TCACCTG--------TTT-TGA--TAA--A-TGTCT-TAA-AGG------------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGT--GACAG-TGAC-AT-AC--GA--CC-----TC-A---GGAAGCATGTA-AT--TCAAATTCCTTTGA----AA-GT-C--AAG-TAG--AGG-CAGACCATGTAAAAGTTTTCG-------CCAAAGTTTTTT--A--A-AATCGGTG-TTGCC-GTTG-CAA-A--TG
gi|17 : tt---CGAAGCTGGTG-AA--AAGCATTACTATAA----AG-GC-C--AGGGTAA--CG--CAAACTGTGT---------CA-------CAAAAGTGTGCT--T--A-ATTTGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--AGAGAG-GGTTATCACA---G--A-----------T-A-CGG-------------A------TGTA--AG-AAAATGCATTACACAATTTGTGTTAATGGAAGCT--CTGTTTTAAGAAGGTTT--TG-TTT----T--T---TT-----AT--TAAGTA--A--AT--GACGTTTATTcggcagtaa
gi|18 : AAAAGG-ACAGCGTG-GTGCTTAAC---TA-TAA---AAT-GA---T----CAACAAT-AAACAT-CAAAACTGATG----CAAAAATTACCA-TA----------CA--TAGTCTT--------TT---------A--A-CTACT-TGACATGTTTA--------GGAA--ATAA---T-AT-TT-T-G--AGT--TGCAA-AGAT-CA-A---GG--AT-----CT-
gi|19 : ggacatttcattcattgagttccttgtccttcatgttgacgtacggtttAAACGTGGATAGCCACT---TG-TAATAAA-T-AG---T----CATCCAATTAACATGCAGTGT-GATG----TAGAA-TCA--------------------TAG------------TTT-TGA--TAATTA-CAA---TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-TT-TT-TAG--AGT--GACAA-CGAC-CC-A---GG--TTC----TC-A---CGAAGCGTATA-
gi|2 : tccttccgtagtcgcgcattttcATTACGCCATCATTGAGC-CC-GA---CTCCTT--A--A--------------T------------GAAAAGG-AAAGTATG-ATGGCCAAT---TG-TAA---A-TTGGCGGC----CAATCACCAAACATGCATCAC-GTTA----CAGAA-TCA--A-TAACAAAG-GATCG--TAACCTT--------TCC-TGA--GGA--A-CGTCT-TTATATGTTTA--------GCAG--TTAA---G-GT-TC-GAA--AAT--GACGA-TGAC-CC-G---GA--ATA----TT-T---CGAATCCTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GT-T--AGG-TAA--AGA-TTAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--T-AATTGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAGCG--------A---A-AA-----------T-G-CAG--TAGC-TA--A-A------TGTA--AACAAAACGCCATACGTAATTTTTGATAACCGTAGCC--CTGTTTCTAGAC----T--TG-TTT----T--A---GT-----TA--TAA--A--G--GT--CACGTTTATTAAAATGCACAAAGGAGTTGC-ATC--GTATACTAGAGTAA--AA--CG--AATA-AT-CTG-AGATTTGCAAA-CCCAGTATGTTGTAGCT
gi|20 : g--------TTT-TGA--TAA--A-CCTCT-TAAAATGTTTA--------ATTA--ATAA---T-GT-TTATAA--AGT--GATAA-CTAT-AC-A---GG--ATA----TA-A---CATAATCTGTG-GA--TCTGATCCCAATCA----AA-GC-C--ATG-TTA--ATA-CAAACCGAGT---------CG-------AAGAAGTG--AT--T--G-GACCAGTG-CTGCA-TTTA-CAAGA--TGGGAA-A--------A---G-AA-----------
gi|21 : AA---A-T-GA---T----TGACCATCAAATATACTGCAC-GTTG----TAGAA-TCA--A--------GTGATGA--TAGCCGT--------CTT-TAA--TAA--A-CTTCT-TGATATG-TTA--------ACAA--ATAA---A-TC-TT-TAA--AGC--GAAAA-TGAT-CCAG---GA--AC-----TT-A---TGAGGTTTGTA-AA--TCACAACA
gi|22 : T-A---CGAATAGTATA-AA--CCACACCACCATAA----AA-AA-C--AGG-TAT--GAA-CGAAGAAAGT---------CA-------CAGAAATGTTTT--T--A-ATTTGGTG-TTGTA-ATTG-CAC-A--CGAGAG-G--------A---G-AG-----------T-A-C-G--TAA--GAGGA-A------TA-A--AG-AAAA
gi|23 : aCGCAATATGTGGTAACTGTAGACGTCTGTTTTAAAA---------G-CCT----T--ACCAGT-----AA--TAC--A--G--ATAATACGTTTATTAAAATCCATAGCGAAGCTACAAGC--GC-TGCTCCAGCAA--AA--CA--AATA-Attccgt
gi|24 : TCCTT--ACAA--------------TT-----------AAAGAGG-AAAA-ACA-ATGGCCAGCAGTTG-TGC-----C-GA-GGT----TAAGCACGAAACAGGAAGTAC-GTTA----CAG-----A--A-TAA---AG-GAatggaaacgtcaata
gi|25 : ggataattttctttcattaagtcctcagttcactgtttaa-----TT-A---TGAAACTTCAA-GA--TCACATCACCATAA----AG-GC-C--AAT-TAA--AGA-CAATTCATAT---------CG-------CAGACGTGTTTT--G--G-AATGAGCA-GTGTA-TTTGTTAATA--TGAGAG-G--------A---a
gi|26 : aAAACATAAAGTAT-AATA----TAGCA-CCG--G-T------G-GATCA--TAG------------TTT-TAA--CAA-----CTCT-AGATATATTTA--------TCAA--CTAG---C-GA-TT-TAA--AGT--GACAC-TGAC-CC-C---GG--AT-----CT-attatagtatccgaatgcaa
gi|27 : tagatcatcatagttt--------------T------------AAAGAGG-AAAGTGCG-ATAGCCAAT---TG-CAA---A---GA-GGT----TAACCACCAGATATGCAGGAC-GTTGTTCATAGAA-TC------AA---AG-GA---------CCT--------TTT-TGA--TGA--G-TGTCT-TTATATATATA--------ACta
gi|28 : TT-CGCCATCAATGAGCGCC-CAGTGCTGCTT--A--T--------------T------------AAAATGG-AAAGACCG-GTAACCATC---TG-T-A---C-T-GGAGGTTAAGCAACCATCAAACAAACAGTAT-ATTA----CAGAT-TCA--G-Tt
gi|29 : atACTAAACATGCAGT----TTG----CAACA-TAA--T-TAA---AG-GATTA--AAACTTC--------TTT-TTA--TAA--A-TTTCT-TGTTTAGTTCA--------GAAA--TTAT---T-GT-TA-GAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-
gi|3 : cgaccaataaC-CC-CA---C-CCAC--A--AC-------------T------------AAAACGG-CAAGCGCG-ATGGCCAAC----G-TAA---A---GT-GGT----CAACTACCGAACATGCAGTTC-GTTA----AAGAA-AAA--AGTCA---AGTGTTCA--TCATCTC--------TTT-TGA--TAA----CGTTT-TGAT-TGTTTA--------ACAA--ATAA---G-AT-TC-GAA--CGT--CACAA-TAAC----G---AACGAT-----CT-AA--CGAAG-TAGAATAA--TCCCATCATCA--------A-GTTC--AGG-TGA--AGA-TAAATAAAGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--G--A-AATCGGTA-TTACA-TT---AAA-G--TGAGAG-G--------AGACG-AG-----------T-A-C----TAG--TG--A-ACTCACTTGT------AAAGCGCCTAATGTCATT---------GGTTACC--ATG-TTTAAGA-----T--AG-TTTA---TAAA---AT-----AATCTAA--A--GCAAT--TACTTTCATCAAAATACACAACGGAGCTGC-CTCAAGT-T-ATCTAGTAA--AAGTCGTAAAGA-AT-TT
gi|30 : TTTG--------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAG--AGT--AATGA-TGAC-CC-A---AG--ATC----TT-A---TGAGACATGTA-AA--TCACATCGCCGTAA----AA-
gi|32 : a--------------T------------AAAGAGG-AAAGCGCG-ACGGCCGAC---AT-CAG---A-G-GG-TAT----CAATCACCAGCCATAAATTAC-ACTG----TGGAC-TCA--A-cagaatatgtttgactcagtgatgtatttgtaa
gi|33 : gtgtcccaagtccttccggtcgtcacacaatTC--A--A--------------T------------AAAAGTGCAAAGCATG-ATGGCCAA-----G-CAA---A---GA-GGT----CAACATCAAAACATGCAGTAC-GTTG----TAGAA-AC---------------ATTG--TAGCATT--------ATT-TGA--CAA--A-Cat
gi|34 : attcatTTGTA-AA--TCCCATTACCATAA----AG-GC-A--ACA-TAA--ATC-CAAATCATGT---------AG-------CAAAAATATCTT--T--A-AATTGGTG-TTTTA---TG-CAA-A--CCAGAG-A--------A---GAAA-----------T-A-CGG--TAtg
gi|37 : --------------T------------AAAGATG-AAAGCGCG-ATGGCCAAT---TA-TAA---A-T--A-GAC----CAACCA
gi|4 : ccaagtcattccggtcgttgcgcaatAC-ACTG----CAGAA-GCA--A--AG---GG-GAGCA--TAATTCC--------TTT-TGC--CAA--AACCTCT-CGGTACGTTTA--------GTAA--ATAA---G-GA-TT-TAT--GGT--GAAGA-TGAT-AC-G---GT--ATC----TT-G---CGAATAATGTA-AA--TCACATCACCATAA----AATAC-C--C---TAA--AGA-TAAACTTTGT---------CT-------CAGGGGTGGTTT--T--A-AATTGATG-CCATA-TTTA-GAA-AAATGAATG-A--------A---A-AA-----------TCG-CGG--CAA--TA--G-A------TTTT--AG-AAAAT-CTTTA-----TTT------ACAGTAGCT--GTATTTTATGAG----T--TT-TTTAGACT--A---GT-----AA--TAA--ACCG--AT--AACGTTTATTAAAATCGACAATATAGCTGC-ATC-------CTCCA-TAA--AA--CG---ATA-ATGTTG-TGA-CC---AG-CTC-ATATGATGTAACT
gi|5 : ttcAGG-AAAGCGTG-ATGTTCAAC---TGCTAA---A----G-AGT----CAGTCATTAAACTTACAGTAC-GTT-----CGTAA-TCA--A--AG---AG-G------TA-----------------TGA--TCA--C-TATTT-T----CGTTT---------------ATAT---G-GT-TT-TAA--AGTGAGAGAG-TAAT-AC-A---GA--ATAGATCTT-G---TGAAGCTT--------TCAAATGACCATAA----A--------AGG-T------A-CAAACAACGT-----------------------GTATTTT--------ATTGGTG-GTGTACTTTG-TAG-A--TTAGAA-G--------A---G-GAATACGGCGAATT-A-CGG--TAT--TA--ACA------TCTA-----TAAACGCCTCATGTAAGTTGTAATAAAGAAAGTC--A---TTAAAGA-----G--TT-TTT----C--A---GT-----AA--TAA--A--G--Acgagcgataatgtcagataagtta
gi|6 : AAAGGG-AGAATG---ACGGCCAAC---AA-TAA---A-T-AT-A-T----CAACAACCAAACATACATTAT-GTTT----CAGAA-TCA--A-------AT-GATCACATAACGTC--------TCT-TGA--TAA--A-CTTAT-TGATACATCTA--------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGACTCT-G---GA-----------------GAATC-CATC-AA--TGACATCAACAAAA----AA-a
gi|6 : TGGTTT--A--A-TATTGCTG-TTGTA-TTTG-TAA-A--TGtggtttaatattgctgttgtatttgtaaatgcaaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|7 : aaagggagaatgacggccaacaataaatatatcaacaaccaaacatacattatgtttcagaatcaaatgatcacataacgtctcttgataaacttattgatacatctagcaaataagattttaaagtgacaatgactctggagaatccatcaatgacatcaacaaaaaaATGTTCA--------GCAA--ATAA---G-A---------------GACAA-TGAC-CA-A---GA--TT-----TTTG---CAAAGATTGTA-AA--TTAAATTACCACTA----AA-AT-C--A---TAAGAAAA-CCAACCGTGT---------CATATGCCACAAACATGCTTT-----A-AAT--ATAATTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-G--------A---G-AAT----------T-A-CGG--AAG--TG--A-A------TTT---AG-AAAACGGCTTACACAATATGCAATAACGGTAAAC--CTGTTTTAAAA---------GATTT----T--A---AC-----AA--TAAACA--T--AT--TACGTTTGTTAAAACCTGCAATGGAGATAC-A-----T-T-CTACAAC-A--AA--CG--AATA-caaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|8 : ATT-AGTCATCAACGAGT-CCACA---GTCCTT--C--AGGTCCCAGCACCATT------------AAATAGG-GAATCGTG-ATTGTCAGC----G-AAA---A---AG-GGT----CAGCCTGCAAATATGCAGTAG-GAAG----AAGAA-TCA--A-GA-------TATCA--TAGCCTCACAGTTTCTTT-TGAAATAA--A--ATCT-TGATATGTTTA--------ACAA--GTAA---T-AT-TT-TAAAGAGT--GACAA-TGAT-CC-A---GG--AT-----CTAA---CAAATCTTGTA-AAACTTACATT----TAA----AT-AC-C--TAG-CGC--AGG--AAATTATGT---------CA-------C--GAGCATCTT--C--AGGATTGGTG-cccttagaaactt
gi|9 : tT----CGACTAATACACAAGCATTCC-ATTG----TAGCA-T----A--AA---AG-GAGTA--TAACATT--------TTT--GA--TAC--A-CTTTT-CAATATGTTTA--------GCAA--AAAA---GTGTCTT-TA----GT--GACAA-CGGT-CC-A---GC--ATC----TT-A---CAAAGCTTGTA-CA--TCAATTCACCCTCA----AT-GT-C--ACT-CAA--AGA-CAAAC-ATGT---------CGTA-----CAAAA-----TT--T---------GTG-TTGTA-TTTG-TCA-A--TGAGAA-G--------A---G-AA-----------T-GACTG--TAG--TAC-A-A------Tcgcatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTTGAGGTTTTAGGAGGAATTCAGCATCATTGAATGAGTGTCCAGTTCTTTCCGTTGTCGTACAATTCAAGACGAAAGCATGATGGTTGACTGTAAGGGTACCAAC
Unaligned ( gi|35 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAAC
Unaligned ( gi|36 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAA
Unaligned ( gi|38 ): ACATACATTTATTTAATTATAATAATTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 1 111 333333333333333333333333333333333 2222222 444444444444444444444444444444444444 222222222222 111111111111111111 1111111 1111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 33333333333333333333333333333333 22222222 33333333333 11 11 1 1
lowQualScore : 0 6 6 888 888888888888888888888888888888888 2 1 2 6666 2 333 8888888 4444 1 44444 1 999999999999999999999999999999999999 1 22 22 1 1 1 66666666 22 77777777 1 55 22 1 3 77777 333 000000000000 0 0 1 55 4444 5555 22 2 4 22 22 1 333333333333333333 0 5555555 6 2 2 2 4 22 0000000000 444 2 77777777777777777777777777777777777777777777777 1 0 222222222 777 0 55555555555555555555555555555555 66 11111111 999 1 77777777777 0 77 77 77 5 8 11 00 22 0 0
lowQualScore : . . . ... ................................. . . . .... . ... ....... .... . ..... . .................................... . .. .. . . . ........ .. ........ . .. .. . . ..... ... ............ . . . .. .... .... .. . . .. .. . .................. . ....... . . . . . .. .......... ... . ............................................... . . ......... ... . ................................ .. ........ ... . ........... . .. .. .. . . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 7 7 333 444444444444444444444444444444444 5 7 2 0000 2 777 5555555 0000 7 22222 7 555555555555555555555555555555555555 9 66 66 9 0 9 66666666 66 66666666 9 22 66 9 8 11111 999 888888888888 2 3 8 22 0000 1111 99 6 2 99 55 3 333333333333333333 1 0000000 0 0 1 1 2 99 5555555555 777 9 11111111111111111111111111111111111111111111111 1 7 888888888 111 7 00000000000000000000000000000000 11 77777777 000 0 11111111111 4 99 99 99 7 0 00 22 88 0 0
consensus : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA---A-T-GG-GGT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TCA--A-TAA---AG-GATCA--TAGCCTT--------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-G--------A---G-AA-----------T-G-CGG--TAG--TA--A-A------TGTA--AG-AAAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA-----T--TG-TTT----T--A---GT-----AA--TAA--A--G--AT--TACGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGC-ATC--GT-T-CTCCAGCAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-NGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
Reference ( family-1801 ) : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA---A-T-GG-GGT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TCA--A-TAA---AG-GATCA--TAGCCTT--------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-G--------A---G-AA-----------T-G-CGG--TAG--TA--A-A------TGTA--AG-AAAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA-----T--TG-TTT----T--A---GT-----AA--TAA--A--G--AT--TACGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGC-ATC--GT-T-CTCCAGCAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-NGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
gi|1 : CGATC-CC-CA---CTC-----A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCATG-AT---CAAC---AG-TAA---A-A-GT-TGT----CAATCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TC------AA---AG-AAT------G------------TTT-TGA--TAA--A-CTTTT-TACTTTGTTTA--------GCAA--ATAA---G-G--GT-AAA--AGT--CACAA-TATT-AC-G-------ATA----TT-A---CAAAACTTGTA-AA--TTACATCACCCTCA----AT-CC-C--AGG-TAG--AGA-CAAACAATGT---------CG---------AAAGTATTTT--T--G-AATTGATG-TTGCA-TTTG-CAA-A--TGTGAA-G--------A---G-AAATG--------T-G-TGGGTTAAATTA--A-A---------A--AA-AAAACGACTTTAGTAATTCATGATAA----------------TAAAA-----TTCTG-TTT----T--A---GTAATTAAA--TAA--A--GATAT--TACGTTTATTTAACTCAAC-ACTGAGTCG----T--GT-C-CTCTTGTAA--AA--AG--AATACGT-TTG-TAA-CTGTAAATCCT-GTATAATGTAG
gi|10 : gaaagtctcctttcttttcgaaagtctcctttctttt-AAAGCGTG-ATGGTCAAC---TT-CAA---A---GG-GGT----CAACCACCAAGCATGTGGTAA-GTTG----TAGAA-T----G-TAA----G-GAGCA--TAACATA--------TTT-TCA--CAA--A-CGTCT-----------A--------ACAA--ATAA---A-GT-TG-TGA--AAT--GACAA-TGACTCC-GTTCGA--GT-----CA-A---CGATGCTTGTA-AA--TCACATCACAATAACACCAA-GA-CAAAGA-TAA--AGA-CGAACCTTAT---------CG-------CAAAtgctgagcacaacaatataagaaaaagtta
gi|11 : tttaaagcttgaggaaggaattcaccatcatttaatcctttgcccaattgaagtat-TGATATGATTA--------GCAACAATGAACAG-GT-----AAGAAGT--GACAA-TGAA-CC-G---GA----------T-AAAGCGAAGCTTGTT-CA--TCACTGCACCATAA----TA-GA-A--AGG-CAC--AAA-TAAACCATTT---------CG-------CAAAAGCTTTTT--T--
gi|11 : TTTT--TGGA-AATAGGTG-TT----TTTG-AAA-A--TGAGAG--------------A-AC-----------T-G-CAG--TAG--AA--A-A------C-TA--AG-AAAAT-TCTTACCTACTTT---------GTAGCC--TTGTTTctttttttttttttttctttttttttggaaataggtgtttttgaaaatgagagaactgcagtagaaaactaagaaaattcttacctactttgtagccttgtttaatccttgtttaatcagttttaa
gi|12 : tgatatgattagcaacaatgaacaggtaagaagtgacaatgaaccggataaagcgaagcttgttcatcactgcaccataatagaaaggcacaaataaaccatttcgcaaaagcttttttctttttttttttttttcttttGT---------CA-------TAAAGGCGTTTT-----A-AATCGGTA-TTGTA-TTTG-CAG-A--CGA----C--------A---A-AA-----------T----GG--T----TA--A-A-------GTAGCAG-ACAATGTCTTGCGTAATATGTCATGACAGTAGCT--CTGTCTT--CA-----T--TA-CGT----T-------T-----AT--TAA--A--------------TTATTAAAATCAAAAGCAGAGCGAC-ATC-------CTCTAGCAAATAA--AG--AGTA-AA-TTGAAGA-ATGCAAA-CCC-ATATGATATAGCTaatccttgtttaatcagttttaa
gi|13 : ATT-CGCCATCAACAAGT-TC-CAA--CTCCTTCCA--A--------------TCATCACGCTGTCAAAGAGA-AAAACATG-GTGACCAAC---TG-CAA---A---AT-AGC----CAAGAACCAAACATTCATTAC-GCAG----TATAA-TC------AA---AG-TATCA--TATCCCTG-------TTC-TGA--TTA--A-CGTTTCTGATAcagggcacatgcccactcatatgacacaattaacaacatcgaaata
gi|13 : ggttgaATCGCCATGC----AA-GT-C--AGG-TAA--AAAATAAAACATGT---------CG-------CA----TTTTTTCTT--T-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--Taggattgtatagtatcgccatgcaagtcaggtaaaaaataaaacatgtcgcattttttctttaatcggtgttgtatttgcaaat
gi|14 : ggttgaattcgccatcaacaagttccaactccttccaatcatcacgctgtcaaagagaaaaacatggtgaccaactgcaaaatagccaagaaccaaacattcattacgcagtataatcaaagtatcatatccctgttctgattaacgtttctgataaggattgtatagt------------AAGAAAG-AAA-TACT-ATGGTCAAC---TG-TTA---A-A-AG-TGT----CAACAACTAAACATGCATTAC-GCTA----TTTAA-TCAT-A-TA-----------A--TAG--TT--------TTTATAG--TAA--A-CC----CAATTCGT-----------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAA--AGT--GAAAC-TGGT-CC-G---GA--AT------------CGGACCTTGTA-AAGGTCAGTT--CTATAA----AG-GT-A--AAG-T-G--AGT-CAAACCATGT--------------------AAAATAGTTT--A--A-GATATGTG-CTGGA--ATG-CAA-T--TGAGA
gi|15 : tcggtcgtcacacaaagaAAGTATG-ATGGCCAGT---TG-TAA---AAT-GG-CTT----TA--CACTAA---TGCAATAC-GATG----TAGAA---A--A--AA---AG-GCTCA--TAGACCA--------ATT-TGA--TAA--A-CCTCA-TGATATGTTTAATTACTTTGC-A--GTAG---------T-TAA--AGT--GACAATTGAA-CA-T---GA--GT-----TT-G---TGAAGCTTGAC-TA--TTATATCACCATGA----AA----C--AGGTTAA--AG------TTAT-T---------AA-------CATAAATGTTTT-----------GG-------A-TTTA-CAA-A--TGAAAT-G--------A---G-AA-----------T-a
gi|16 : gGT----CAACAACCAAGCCTGCAGTGC-ATCG----TAGAA-TCA--A-------AG-ACTCA--TCACCTG--------TTT-TGA--TAA--A-TGTCT-TAA-AGG------------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGT--GACAG-TGAC-AT-AC--GA--CC-----TC-A---GGAAGCATGTA-AT--TCAAATTCCTTTGA----AA-GT-C--AAG-TAG--AGG-CAGACCATGTAAAAGTTTTCG-------CCAAAGTTTTTT--A--A-AATCGGTG-TTGCC-GTTG-CAA-A--TG
gi|17 : tt---CGAAGCTGGTG-AA--AAGCATTACTATAA----AG-GC-C--AGGGTAA--CG--CAAACTGTGT---------CA-------CAAAAGTGTGCT--T--A-ATTTGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--AGAGAG-GGTTATCACA---G--A-----------T-A-CGG-------------A------TGTA--AG-AAAATGCATTACACAATTTGTGTTAATGGAAGCT--CTGTTTTAAGAAGGTTT--TG-TTT----T--T---TT-----AT--TAAGTA--A--AT--GACGTTTATTcggcagtaa
gi|18 : AAAAGG-ACAGCGTG-GTGCTTAAC---TA-TAA---AAT-GA---T----CAACAAT-AAACAT-CAAAACTGATG----CAAAAATTACCA-TA----------CA--TAGTCTT--------TT---------A--A-CTACT-TGACATGTTTA--------GGAA--ATAA---T-AT-TT-T-G--AGT--TGCAA-AGAT-CA-A---GG--AT-----CT-
gi|19 : ggacatttcattcattgagttccttgtccttcatgttgacgtacggtttAAACGTGGATAGCCACT---TG-TAATAAA-T-AG---T----CATCCAATTAACATGCAGTGT-GATG----TAGAA-TCA--------------------TAG------------TTT-TGA--TAATTA-CAA---TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-TT-TT-TAG--AGT--GACAA-CGAC-CC-A---GG--TTC----TC-A---CGAAGCGTATA-
gi|2 : tccttccgtagtcgcgcattttcATTACGCCATCATTGAGC-CC-GA---CTCCTT--A--A--------------T------------GAAAAGG-AAAGTATG-ATGGCCAAT---TG-TAA---A-TTGGCGGC----CAATCACCAAACATGCATCAC-GTTA----CAGAA-TCA--A-TAACAAAG-GATCG--TAACCTT--------TCC-TGA--GGA--A-CGTCT-TTATATGTTTA--------GCAG--TTAA---G-GT-TC-GAA--AAT--GACGA-TGAC-CC-G---GA--ATA----TT-T---CGAATCCTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GT-T--AGG-TAA--AGA-TTAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--T-AATTGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAGCG--------A---A-AA-----------T-G-CAG--TAGC-TA--A-A------TGTA--AACAAAACGCCATACGTAATTTTTGATAACCGTAGCC--CTGTTTCTAGAC----T--TG-TTT----T--A---GT-----TA--TAA--A--G--GT--CACGTTTATTAAAATGCACAAAGGAGTTGC-ATC--GTATACTAGAGTAA--AA--CG--AATA-AT-CTG-AGATTTGCAAA-CCCAGTATGTTGTAGCT
gi|20 : g--------TTT-TGA--TAA--A-CCTCT-TAAAATGTTTA--------ATTA--ATAA---T-GT-TTATAA--AGT--GATAA-CTAT-AC-A---GG--ATA----TA-A---CATAATCTGTG-GA--TCTGATCCCAATCA----AA-GC-C--ATG-TTA--ATA-CAAACCGAGT---------CG-------AAGAAGTG--AT--T--G-GACCAGTG-CTGCA-TTTA-CAAGA--TGGGAA-A--------A---G-AA-----------
gi|21 : AA---A-T-GA---T----TGACCATCAAATATACTGCAC-GTTG----TAGAA-TCA--A--------GTGATGA--TAGCCGT--------CTT-TAA--TAA--A-CTTCT-TGATATG-TTA--------ACAA--ATAA---A-TC-TT-TAA--AGC--GAAAA-TGAT-CCAG---GA--AC-----TT-A---TGAGGTTTGTA-AA--TCACAACA
gi|22 : T-A---CGAATAGTATA-AA--CCACACCACCATAA----AA-AA-C--AGG-TAT--GAA-CGAAGAAAGT---------CA-------CAGAAATGTTTT--T--A-ATTTGGTG-TTGTA-ATTG-CAC-A--CGAGAG-G--------A---G-AG-----------T-A-C-G--TAA--GAGGA-A------TA-A--AG-AAAA
gi|23 : aCGCAATATGTGGTAACTGTAGACGTCTGTTTTAAAA---------G-CCT----T--ACCAGT-----AA--TAC--A--G--ATAATACGTTTATTAAAATCCATAGCGAAGCTACAAGC--GC-TGCTCCAGCAA--AA--CA--AATA-Attccgt
gi|24 : TCCTT--ACAA--------------TT-----------AAAGAGG-AAAA-ACA-ATGGCCAGCAGTTG-TGC-----C-GA-GGT----TAAGCACGAAACAGGAAGTAC-GTTA----CAG-----A--A-TAA---AG-GAatggaaacgtcaata
gi|25 : ggataattttctttcattaagtcctcagttcactgtttaa-----TT-A---TGAAACTTCAA-GA--TCACATCACCATAA----AG-GC-C--AAT-TAA--AGA-CAATTCATAT---------CG-------CAGACGTGTTTT--G--G-AATGAGCA-GTGTA-TTTGTTAATA--TGAGAG-G--------A---a
gi|26 : aAAACATAAAGTAT-AATA----TAGCA-CCG--G-T------G-GATCA--TAG------------TTT-TAA--CAA-----CTCT-AGATATATTTA--------TCAA--CTAG---C-GA-TT-TAA--AGT--GACAC-TGAC-CC-C---GG--AT-----CT-attatagtatccgaatgcaa
gi|27 : tagatcatcatagttt--------------T------------AAAGAGG-AAAGTGCG-ATAGCCAAT---TG-CAA---A---GA-GGT----TAACCACCAGATATGCAGGAC-GTTGTTCATAGAA-TC------AA---AG-GA---------CCT--------TTT-TGA--TGA--G-TGTCT-TTATATATATA--------ACta
gi|28 : TT-CGCCATCAATGAGCGCC-CAGTGCTGCTT--A--T--------------T------------AAAATGG-AAAGACCG-GTAACCATC---TG-T-A---C-T-GGAGGTTAAGCAACCATCAAACAAACAGTAT-ATTA----CAGAT-TCA--G-Tt
gi|29 : atACTAAACATGCAGT----TTG----CAACA-TAA--T-TAA---AG-GATTA--AAACTTC--------TTT-TTA--TAA--A-TTTCT-TGTTTAGTTCA--------GAAA--TTAT---T-GT-TA-GAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-
gi|3 : cgaccaataaC-CC-CA---C-CCAC--A--AC-------------T------------AAAACGG-CAAGCGCG-ATGGCCAAC----G-TAA---A---GT-GGT----CAACTACCGAACATGCAGTTC-GTTA----AAGAA-AAA--AGTCA---AGTGTTCA--TCATCTC--------TTT-TGA--TAA----CGTTT-TGAT-TGTTTA--------ACAA--ATAA---G-AT-TC-GAA--CGT--CACAA-TAAC----G---AACGAT-----CT-AA--CGAAG-TAGAATAA--TCCCATCATCA--------A-GTTC--AGG-TGA--AGA-TAAATAAAGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--G--A-AATCGGTA-TTACA-TT---AAA-G--TGAGAG-G--------AGACG-AG-----------T-A-C----TAG--TG--A-ACTCACTTGT------AAAGCGCCTAATGTCATT---------GGTTACC--ATG-TTTAAGA-----T--AG-TTTA---TAAA---AT-----AATCTAA--A--GCAAT--TACTTTCATCAAAATACACAACGGAGCTGC-CTCAAGT-T-ATCTAGTAA--AAGTCGTAAAGA-AT-TT
gi|30 : TTTG--------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAG--AGT--AATGA-TGAC-CC-A---AG--ATC----TT-A---TGAGACATGTA-AA--TCACATCGCCGTAA----AA-
gi|32 : a--------------T------------AAAGAGG-AAAGCGCG-ACGGCCGAC---AT-CAG---A-G-GG-TAT----CAATCACCAGCCATAAATTAC-ACTG----TGGAC-TCA--A-cagaatatgtttgactcagtgatgtatttgtaa
gi|33 : gtgtcccaagtccttccggtcgtcacacaatTC--A--A--------------T------------AAAAGTGCAAAGCATG-ATGGCCAA-----G-CAA---A---GA-GGT----CAACATCAAAACATGCAGTAC-GTTG----TAGAA-AC---------------ATTG--TAGCATT--------ATT-TGA--CAA--A-Cat
gi|34 : attcatTTGTA-AA--TCCCATTACCATAA----AG-GC-A--ACA-TAA--ATC-CAAATCATGT---------AG-------CAAAAATATCTT--T--A-AATTGGTG-TTTTA---TG-CAA-A--CCAGAG-A--------A---GAAA-----------T-A-CGG--TAtg
gi|37 : --------------T------------AAAGATG-AAAGCGCG-ATGGCCAAT---TA-TAA---A-T--A-GAC----CAACCA
gi|4 : ccaagtcattccggtcgttgcgcaatAC-ACTG----CAGAA-GCA--A--AG---GG-GAGCA--TAATTCC--------TTT-TGC--CAA--AACCTCT-CGGTACGTTTA--------GTAA--ATAA---G-GA-TT-TAT--GGT--GAAGA-TGAT-AC-G---GT--ATC----TT-G---CGAATAATGTA-AA--TCACATCACCATAA----AATAC-C--C---TAA--AGA-TAAACTTTGT---------CT-------CAGGGGTGGTTT--T--A-AATTGATG-CCATA-TTTA-GAA-AAATGAATG-A--------A---A-AA-----------TCG-CGG--CAA--TA--G-A------TTTT--AG-AAAAT-CTTTA-----TTT------ACAGTAGCT--GTATTTTATGAG----T--TT-TTTAGACT--A---GT-----AA--TAA--ACCG--AT--AACGTTTATTAAAATCGACAATATAGCTGC-ATC-------CTCCA-TAA--AA--CG---ATA-ATGTTG-TGA-CC---AG-CTC-ATATGATGTAACT
gi|5 : ttcAGG-AAAGCGTG-ATGTTCAAC---TGCTAA---A----G-AGT----CAGTCATTAAACTTACAGTAC-GTT-----CGTAA-TCA--A--AG---AG-G------TA-----------------TGA--TCA--C-TATTT-T----CGTTT---------------ATAT---G-GT-TT-TAA--AGTGAGAGAG-TAAT-AC-A---GA--ATAGATCTT-G---TGAAGCTT--------TCAAATGACCATAA----A--------AGG-T------A-CAAACAACGT-----------------------GTATTTT--------ATTGGTG-GTGTACTTTG-TAG-A--TTAGAA-G--------A---G-GAATACGGCGAATT-A-CGG--TAT--TA--ACA------TCTA-----TAAACGCCTCATGTAAGTTGTAATAAAGAAAGTC--A---TTAAAGA-----G--TT-TTT----C--A---GT-----AA--TAA--A--G--Acgagcgataatgtcagataagtta
gi|6 : AAAGGG-AGAATG---ACGGCCAAC---AA-TAA---A-T-AT-A-T----CAACAACCAAACATACATTAT-GTTT----CAGAA-TCA--A-------AT-GATCACATAACGTC--------TCT-TGA--TAA--A-CTTAT-TGATACATCTA--------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGACTCT-G---GA-----------------GAATC-CATC-AA--TGACATCAACAAAA----AA-a
gi|6 : TGGTTT--A--A-TATTGCTG-TTGTA-TTTG-TAA-A--TGtggtttaatattgctgttgtatttgtaaatgcaaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|7 : aaagggagaatgacggccaacaataaatatatcaacaaccaaacatacattatgtttcagaatcaaatgatcacataacgtctcttgataaacttattgatacatctagcaaataagattttaaagtgacaatgactctggagaatccatcaatgacatcaacaaaaaaATGTTCA--------GCAA--ATAA---G-A---------------GACAA-TGAC-CA-A---GA--TT-----TTTG---CAAAGATTGTA-AA--TTAAATTACCACTA----AA-AT-C--A---TAAGAAAA-CCAACCGTGT---------CATATGCCACAAACATGCTTT-----A-AAT--ATAATTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-G--------A---G-AAT----------T-A-CGG--AAG--TG--A-A------TTT---AG-AAAACGGCTTACACAATATGCAATAACGGTAAAC--CTGTTTTAAAA---------GATTT----T--A---AC-----AA--TAAACA--T--AT--TACGTTTGTTAAAACCTGCAATGGAGATAC-A-----T-T-CTACAAC-A--AA--CG--AATA-caaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|8 : ATT-AGTCATCAACGAGT-CCACA---GTCCTT--C--AGGTCCCAGCACCATT------------AAATAGG-GAATCGTG-ATTGTCAGC----G-AAA---A---AG-GGT----CAGCCTGCAAATATGCAGTAG-GAAG----AAGAA-TCA--A-GA-------TATCA--TAGCCTCACAGTTTCTTT-TGAAATAA--A--ATCT-TGATATGTTTA--------ACAA--GTAA---T-AT-TT-TAAAGAGT--GACAA-TGAT-CC-A---GG--AT-----CTAA---CAAATCTTGTA-AAACTTACATT----TAA----AT-AC-C--TAG-CGC--AGG--AAATTATGT---------CA-------C--GAGCATCTT--C--AGGATTGGTG-cccttagaaactt
gi|9 : tT----CGACTAATACACAAGCATTCC-ATTG----TAGCA-T----A--AA---AG-GAGTA--TAACATT--------TTT--GA--TAC--A-CTTTT-CAATATGTTTA--------GCAA--AAAA---GTGTCTT-TA----GT--GACAA-CGGT-CC-A---GC--ATC----TT-A---CAAAGCTTGTA-CA--TCAATTCACCCTCA----AT-GT-C--ACT-CAA--AGA-CAAAC-ATGT---------CGTA-----CAAAA-----TT--T---------GTG-TTGTA-TTTG-TCA-A--TGAGAA-G--------A---G-AA-----------T-GACTG--TAG--TAC-A-A------Tcgcatt
blockSeqs : A G A GTG CCAATCATCACGCTGTC C T G AGTT C TAA TTGGCG TAAG T TTCAT A AAGATATCATAGCCTCACAGTTTC A AA TT A G C ATTACTTT CA ACAGGT A GA GA T T GTTC CGA AGATCTTG T GG CACC GTT AA G T GA AA C AAAAGTTTTCG TGGA A A C T G AA GGTTATCAC GAC A ATACGGCGAATTACGGTATTAACATCTA G GTCATGACA GTC AGGTTTTGTTTTTTT TC GTAA AAT A ATCGTATA AT GT TA . G AA TT GC . A
blockSeqs : . . . A CAGGTCCCAGCACCATT . T . T . . ATGGC . . T . AATAACAAAGGATCGTAACCTT . . . . G . . . GTGTC . AG . . T AC G TAAAG . AC . TAC . G G . A C CATATGCCA CTTT C . . . T . CG . . TGCAGTAGCTAAATGTAAAC G GTGTTAATG T GTTTTTTAGACTAGT . AGCA G C AAGCGCTG . . . . . A A GC . .
blockSeqs : . . . . ACAATT . C . T . . TGGAG . . T . AAGTCAAGTGTTCATCATCTC . . . . C . . . AGT . . . . . AG A CTCA . . . GA . G . . A C CGTA CAG C . . . . . C . . TACTAGTGAACTCACTTGT G TTGATAACC C TAGTTTATAAAAT . ACCG C C CTCAAGTT . . . . . T C . . .
blockSeqs : . . . AACT . T . T . . AAGT . . T . ATTAAAGGATTAAAACTTC . . . . C . . . GGA . . . . . G G ATTT . . . GA . A . . T C CG AA A . . . . . G . . TCGCGGCAATAGATTTTAG G GTGGTAACT C CTTGTTTTAGT . ACAT T C ATC . . . . .
blockSeqs : . . . AAT . T . T . . ATGA . . T . AAAAAGGCTCATAGACCA . . . . G . . . GAT . . . . . G C ATAA . . . GT . G . . G T CG AA C . . . . . A . . TACGTAAGAGGAATAAAG G GTAATAAAG C GCCTTACCAGT . AG A G ATC . . . .
blockSeqs : ATT . T . T . . CGAG . . T . AAAGGGGAGCATAATTCC . . . . T . . . TAT . . . . . T A CTAA . . . GT . A . . A C CA TA T . . . . . G . . TTACGGAAGTGAATTTAG G GCAATAACG A GTTTTTCAGT . AG T T ATT . . . .
blockSeqs : AAT . T . T . . GGGT . . C . AAATGATCACATAACGTC . . . . A . . . GTT . . . . . A T CTTA . . . GT . G . . A T CG TT T . . . . . G . . TGCAGTAGAAAACTAAG . ACA G GATTTTAAC . AG .
blockSeqs : . C . T . . TATA . . T . GTAAGGAGCATAACATA . . . . G . . . GGT . . . . . A A CTTG . . . GC . G . . A C AA TG C . . . . . G . . TGGTTAAAGTAGCAG . G A TTACGTTT . A
blockSeqs : . C . T . . GGG . . C . AAAGTATCATATCCCTG . . . . C . . . TGT . . . . . G A TTTG . . . GT . T . . A C CA TA T . . . . . A . . TACGGATGTAAG . C
blockSeqs : . C . T . . ATA . . T . AAAAGGAGTATAACATT . . . . T . . . ATC . . . . . A A CTAA . . . GC . G . . A A CG GG G . . . . . A . .
blockSeqs : . C . A . . TAG . . C . AAAGACTCATCACCTG . . . . C . . . CGA . . . . . C A CTTA . . . AA . A . . C C CG GA C . . . . . G . .
blockSeqs : . C . T . . TGA . . T . AAGTGATGATAGCCGT . . . . G . . . TGT . . . . . G A CAA . . . GC . G . . A A CA TA T . . . . . G . .
blockSeqs : . T . T . . GAG . . C . ACCATACATAGTCTT . . . . T . . . GAT . . . . . A A TTG . . . GC . C . . A C CG TA T . . . . . G . .
blockSeqs : . C . A . . GTG . . C . GGTGGATCATAG . . . . G . . . GGA . . . . . G A TCA . . . AT . G . . A T CG AA T . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . GAG . . A . ATATAATAGTT . . . . C . . . GGA . . . . . A T TTA . . . AC . A . . G A AG A T . . . . .
blockSeqs : T . . . . TAG . . T . ATTGTAGCATT . . . . A . . . GGT . . . . . G A TTA . . . GT . C . . A C CT A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . AGG . . T . AAAGGACCT . . . . T . . . GAT . . . . . A A . . . . . . . . . . T CA T . . . . . .
blockSeqs : . GA . . C . AAAGAGGTA . . . . A . . . TAT . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . ATAG . . . . T . . . GA . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . .
blockSeqs : . T .
blockSeqCons : GAG**** AAAGGANCATAACNTC******************** GGT***** TGCGGNAGTAAATNNAG****************************** GTGATAACG C** GTTTTTTAGT********************** ATCT*******
originalCons : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA---A-T-GG-GGT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TCA--A-TAA---AG-GATCA--TAGCCTT--------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-G--------A---G-AA-----------T-G-CGG--TAG--TA--A-A------TGTA--AG-AAAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA-----T--TG-TTT----T--A---GT-----AA--TAA--A--G--AT--TACGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGC-ATC--GT-T-CTCCAGCAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-NGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
finalCons : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA---AGAG----GT----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAGAA-TCAAAGGANCATAACNTC--------------------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAAGGT-----TT-TAA--AGT--GACAA-TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATGT---------CG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTTG-CAA-A--TGAGAG-G--------A---G-AATGCGGNAGTAAATNNAG------------------------------AAAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCCC--TGTTTTAAGAGTTTTTTAGT----------------------AA--TAA--A--G--AT--TACGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGCATCT-------CTCCAGCAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-NGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTTGAGGTTTTAGGAGGAATTCAGCATCATTGAATGAGTGTCCAGTTCTTTCCGTTGTCGTACAATTCAAGACGAAAGCATGATGGTTGACTGTAAGGGTACCAAC
Unaligned ( gi|35 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAAC
Unaligned ( gi|36 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAA
Unaligned ( gi|38 ): ACATACATTTATTTAATTATAATAATTATCACAT
Alignments
lowQualScore : 1 111 333333333333333333333333333333333 222222222222222 222222222222 1111111 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 22222222222222222222222222 11 1111111111111 44444444 1 1 1
lowQualScore : 0 6 6 888 888888888888888888888888888888888 2 1 2 6666 2 4 777777 66 22 4444 1 44444 333 44444 555555 55555 22 333333333333333 1 22 22 1 1 1 66666666 22 77777777 1 55 44 3 77777 444 000000000000 0 0 1 55 4444 1 55 22 2 4 22 33 1 888888888 9999999 0 5555555 6 2 2 22 2 4 2 0000000000 00000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 1111 33 1 55 1 1 77777777777777777777777777 22 4 55 7777777777777 4 1 3 00 888 44444444 1 66 66 66 0 6 99 88 22 0 0
lowQualScore : . . . ... ................................. . . . .... . . ...... .. .. .... . ..... ... ..... ...... ..... .. ............... . .. .. . . . ........ .. ........ . .. .. . ..... ... ............ . . . .. .... . .. .. . . .. .. . ......... ....... . ....... . . . .. . . . .......... .................................................. . . .... .. . .. . . .......................... .. . .. ............. . . . .. ... ........ . .. .. .. . . .. .. .. . .
lowQualScore : 0 7 7 333 444444444444444444444444444444444 5 7 2 0000 2 4 555555 88 66 0000 7 22222 000 33333 222222 11111 88 666666666666666 9 66 66 9 0 9 66666666 66 66666666 9 22 55 8 11111 000 888888888888 2 3 8 22 0000 9 99 99 6 2 99 77 3 000000000 2222222 1 0000000 0 0 1 99 1 2 1 5555555555 11111111111111111111111111111111111111111111111111 1 0 8888 00 1 55 0 9 33333333333333333333333333 22 0 55 9999999999999 4 0 2 55 888 99999999 1 99 99 99 0 7 00 22 88 0 0
consensus : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA-A---GA-G--G--T----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAG---AA-----TCAA------AGG--ATCA--TA-ACC-TC--------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGTGACAA--TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATG---------TCG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTT--G-CAA-A-TGAGAG-G--------AG-A---A-----------T-G-CG--GNAG-TA-A-A-T---NNA---G--AAAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA--G--------TT-T---T-T-----TAG-TAA-T--AA--A--G--AT--TA-CGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGCG---TC----T---CTCCAGCAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-AGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
Reference ( family-1801 ) : NATT-CGCCATCAACGAGC-CC-CA---CTCCTT--A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCGCG-ATGGCCAAC---TG-TAA-A---GA-G--G--T----CAACCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAG---AA-----TCAA------AGG--ANCA--TA-ACN-TC--------TTT-TGA--TAA--A-CNTCT-TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-GT-TT-TAA--AGTGACAA--TGAC-CC-G---GA--AT-----TT-A---CGAAGCTTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GC-C--AGG-TAA--AGA-CAAACCATG---------TCG-------CAAAAGTGTTTT--T--A-AATCGGTG-TTGTA-TTT--G-CAA-A-TGAGAG-G--------AG-A---A-----------T-G-CG--GNAG-TA-A-A-T---NNA---G--AAAACGCCTTACGTAATTTGTGATAACGGTAGCC--CTGTTTTAAGA--G--------TT-T---T-T-----TAG-TAA-T--AA--A--G--AT--TA-CGTTTATTAAAATCNACAACGGAGCTGCA---TC----T---CTCCAGCAA--AA--CG--AATA-AT-TTG-NGA-CTGCAAA-CCC-GTATGATGTAGCT
gi|1 : CGATC-CC-CA---CTC-----A--A--------------T------------AAAAAGG-AAAGCATG-AT---CAAC---AG-TAA-A----A-GTTG--T----CAATCACCAAACATGCAGTAC-GTTG----CAG---AA-----TCAA------AGA--A------------TG--------TTT-TGA--TAA--A-CTTTT-TACTTTGTTTA--------GCAA--ATAA---G-G--GT-AAA--AGTCACAA--TATT-AC-G-------ATA----TT-A---CAAAACTTGTA-AA--TTACATCACCCTCA----AT-CC-C--AGG-TAG--AGA-CAAACAATG---------TCG---------AAAGTATTTT--T--G-AATTGATG-TTGCA-TTT--G-CAA-A-TGTGAA-G--------AGAA---A-----------T-G-TGT-GGGT-TA-A-A-TTAAAAA---A--AAAACGACTTTAGTAATTCATGATAATAA-AATT--CTGTTTTAGTA--A-----------------T-----TA---AA-T--AA--A--GATAT--TA-CGTTTATTTAACTCAAC-ACTGAGTCGTG---TC--------CTCTTGTAA--AA--AG--AATACGT-TTG-TAA-CTGTAAATCCT-GTATAATGTAG
gi|10 : gaaagtctcctttcttttcgaaagtctcctttctttt-AAAGCGTG-ATGGTCAAC---TT-CAA-A---GG-G--G--T----CAACCACCAAGCATGTGGTAA-GTTG----TAG---AA-----TGTA------AGG--AGCA--TA-ACA-TA--------TTT-TCA--CAA--A-CGTC-----------TA--------ACAA--ATAA---A-GT-TG-TGA--AATGACAA--TGACTCC-GTTCGA--GT-----CA-A---CGATGCTTGTA-AA--TCACATCACAATAACACCAA-GA-CAAAGA-TAA--AGA-CGAACCTTA---------TCG-------CAAAtgctgagcacaacaatataagaaaaagtta
gi|11 : tttaaagcttgaggaaggaattcaccatcatttaatcctttgcccaattgaagtat-TGATATGATTA--------GCAACAATGAACAG-GT-----AAGAAGTGACAA--TGAA-CC-G---GA----------T-AAAGCGAAGCTTGTT-CA--TCACTGCACCATAA----TA-GA-A--AGG-CAC--AAA-TAAACCATT---------TCG-------CAAAAGCTTTTT--T--
gi|11 : TTTT--TGGA-AATAGGTG-TT----TTT--G-AAA-A-TGAGAG-----------A-A---C-----------T-G-CA--GTAG-AA-A-A-C---TAA---G--AAAAT-TCTTACCTACTTT---------GTAGCC--TTGTTTctttttttttttttttctttttttttggaaataggtgtttttgaaaatgagagaactgcagtagaaaactaagaaaattcttacctactttgtagccttgtttaatccttgtttaatcagttttaa
gi|12 : tgatatgattagcaacaatgaacaggtaagaagtgacaatgaaccggataaagcgaagcttgttcatcactgcaccataatagaaaggcacaaataaaccatttcgcaaaagcttttttctttttttttttttttcttttG---------TCA-------TAAAGGCGTTTT-----A-AATCGGTA-TTGTA-TTT--G-CAG-A-CGA----C--------AA-A---A-----------T-G--GTTAAAG-TA---------GCA---G--ACAATGTCTTGCGTAATATGTCATGACAGTAGCT--CTGTCTTCA--------------T-TACGT-T-----TA--T---T--AA--A---------------TTATTAAAATCAAAAGCAGAGCGACA---TC--------CTCTAGCAAATAA--AG--AGTA-AA-TTGAAGA-ATGCAAA-CCC-ATATGATATAGCTaatccttgtttaatcagttttaa
gi|13 : ATT-CGCCATCAACAAGT-TC-CAA--CTCCTTCCA--A--------------TCATCACGCTGTCAAAGAGA-AAAACATG-GTGACCAAC---TG-CAA-A---AT-A--G--C----CAAGAACCAAACATTCATTAC-GCAG----TAT---AA-----TCAA------AGT--ATCA--TATCCC-TG--------TTC-TGA--TTA--A-CGTTTCTGATAcagggcacatgcccactcatatgacacaattaacaacatcgaaata
gi|13 : ggttgaATCGCCATGC----AA-GT-C--AGG-TAA--AAAATAAAACATG---------TCG-------CA----TTTTTTCTT--T-AATCGGTG-TTGTA-TTT--G-CAA-A-Taggattgtatagtatcgccatgcaagtcaggtaaaaaataaaacatgtcgcattttttctttaatcggtgttgtatttgcaaat
gi|14 : ggttgaattcgccatcaacaagttccaactccttccaatcatcacgctgtcaaagagaaaaacatggtgaccaactgcaaaatagccaagaaccaaacattcattacgcagtataatcaaagtatcatatccctgttctgattaacgtttctgataaggattgtatagt------------AAGAAAG-AAA-TACT-ATGGTCAAC---TG-TTA-A---AA-GT-G--T----CAACAACTAAACATGCATTAC-GCTA----TTT---AA-----TCA--------------TA--TA-ATAGTT--------TTTATAG--TAA--A-CCC----AATTCGT-----------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAA--AGTGAAAC--TGGT-CC-G---GA--AT------------CGGACCTTGTA-AAGGTCAGTT--CTATAA----AG-GT-A--AAG-T-G--AGT-CAAACCATG---------T-----------AAAATAGTTT--A--A-GATATGTG-CTGGA--AT--G-CAA-T-TGAGA
gi|15 : tcggtcgtcacacaaagaAAGTATG-ATGGCCAGT---TG-TAA-A---AT-G--GCTT----TA--CACTAA---TGCAATAC-GATG----TAG---AA-----AAAA------AGG--CTCA--TA-GAC-CA--------ATT-TGA--TAA--A-CCTCA-TGATATGTTTAATTACTTTGC-A--GTAG---------T-TAA--AGTGACAAT-TGAA-CA-T---GA--GT-----TT-G---TGAAGCTTGAC-TA--TTATATCACCATGA----AA----C--AGGTTAA--AG------TTAT----------TAA-------CATAAATGTTTT-----------GG-------A-TTT--A-CAA-A-TGAAAT-G--------AG-A---A-----------T-a
gi|16 : g--G--T----CAACAACCAAGCCTGCAGTGC-ATCG----TAG---AA-----TCAA------AGA--CTCA--TC-ACC-TG--------TTT-TGA--TAA--A-TGTCT-TAA-AGG------------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGTGACAG--TGAC-AT-AC--GA--CC-----TC-A---GGAAGCATGTA-AT--TCAAATTCCTTTGA----AA-GT-C--AAG-TAG--AGG-CAGACCATGTAAAAGTTTTCG-------CCAAAGTTTTTT--A--A-AATCGGTG-TTGCC-GTT--G-CAA-A-TG
gi|17 : tt---CGAAGCTGGTG-AA--AAGCATTACTATAA----AG-GC-C--AGGGTAA--CG--CAAACTGTG---------TCA-------CAAAAGTGTGCT--T--A-ATTTGGTG-TTGTA-TTT--G-CAA-A-AGAGAG-GGTTATCACAG-----A-----------T-A-CG--GATG-TA-----------A---G--AAAATGCATTACACAATTTGTGTTAATGGAAGCT--CTGTTTTAAGA--AGGTTTTGTTT-T---T-T-----TAT-TAAGT--AA--------AT--GA-CGTTTATTcggcagtaa
gi|18 : AAAAGG-ACAGCGTG-GTGCTTAAC---TA-TAA-A---AT-G--A--T----CAACAAT-AAACAT-CAAAACTGATG----CAA---AA---------------ATT--ACCA--TACATAGTC--------TTT-T------A--A-CTACT-TGACATGTTTA--------GGAA--ATAA---T-AT-TT-T-G--AGTTGCAA--AGAT-CA-A---GG--AT-----CT-
gi|19 : ggacatttcattcattgagttccttgtccttcatgttgacgtacggtttAAACGTGGATAGCCACT---TG-TAATA---AATA--G--T----CATCCAATTAACATGCAGTGT-GATG----TAG---AA-----TCAT------AG--------------------------TTT-TGA--TAATTA-CAA---TGATATGTTTA--------GCAA--ATAA---G-TT-TT-TAG--AGTGACAA--CGAC-CC-A---GG--TTC----TC-A---CGAAGCGTATA-
gi|2 : tccttccgtagtcgcgcattttcATTACGCCATCATTGAGC-CC-GA---CTCCTT--A--A--------------T------------GAAAAGG-AAAGTATG-ATGGCCAAT---TG-TAA-ATTGGC-G--G--C----CAATCACCAAACATGCATCAC-GTTA----CAG---AA-----TCAATAACAAAGG--ATCG--TA-ACC-TT--------TCC-TGA--GGA--A-CGTCT-TTATATGTTTA--------GCAG--TTAA---G-GT-TC-GAA--AATGACGA--TGAC-CC-G---GA--ATA----TT-T---CGAATCCTGTA-AA--TCACATCACCATAA----AA-GT-T--AGG-TAA--AGA-TTAACCATG---------TCG-------CAAAAGTGTTTT--T--T-AATTGGTG-TTGTA-TTT--G-CAA-A-TGAGAGCG--------AA-A---A-----------T-G-CA--GTAGCTA-A-A-T---GTA---AACAAAACGCCATACGTAATTTTTGATAACCGTAGCC--CTGTTTCTAGA--C--------TTGT---T-T-----TAG-TTA-T--AA--A--G--GT--CA-CGTTTATTAAAATGCACAAAGGAGTTGCA---TCG---TATACTAGAGTAA--AA--CG--AATA-AT-CTG-AGATTTGCAAA-CCCAGTATGTTGTAGCT
gi|20 : g--------TTT-TGA--TAA--A-CCTCT-TAAAATGTTTA--------ATTA--ATAA---T-GT-TTATAA--AGTGATAA--CTAT-AC-A---GG--ATA----TA-A---CATAATCTGTG-GA--TCTGATCCCAATCA----AA-GC-C--ATG-TTA--ATA-CAAACCGAG---------TCG-------AAGAAGTG--AT--T--G-GACCAGTG-CTGCA-TTT--A-CAAGA-TGGGAA-A--------AG-A---A-----------
gi|21 : -G--A--T----TGACCATCAAATATACTGCAC-GTTG----TAG---AA-----TCAA------GTG--ATGA--TA-GCC-GT--------CTT-TAA--TAA--A-CTTCT-TGATATG-TTA--------ACAA--ATAA---A-TC-TT-TAA--AGCGAAAA--TGAT-CCAG---GA--AC-----TT-A---TGAGGTTTGTA-AA--TCACAACA
gi|22 : aaatT-A---CGAATAGTATA-AA--CCACACCACCATAA----AA-AA-C--AGG-TAT--GAA-CGAAGAAAG---------TCA-------CAGAAATGTTTT--T--A-ATTTGGTG-TTGTA-ATT--G-CAC-A-CGAGAG-G--------AG-A---G-----------T-A-CG--TAAGAGG-A-A-T---AAA---G--AAAA
gi|23 : aCGCAATATGTGGTAACTGTAGACGTCTGTTTTAAAA--G--------CC-T---TAC-----CAG-TAA-T--AC--A--G--ATAATA-CGTTTATTAAAATCCATAGCGAAGCTACAAGCGC----TG--CTCCAGCAA--AA--CA--AATA-Attccgt
gi|24 : TCCTT--ACAA--------------TT-----------AAAGAGG-AAAA-ACA-ATGGCCAGCAGTTG-TGC-C---GA-G--G--T----TAAGCACGAAACAGGAAGTAC-GTTA----CAG---AA-----T-AA------AGG--Aatggaaacgtcaata
gi|25 : ggataattttctttcattaagtcctcagttcactgtttaa-----TT-A---TGAAACTTCAA-GA--TCACATCACCATAA----AG-GC-C--AAT-TAA--AGA-CAATTCATA---------TCG-------CAGACGTGTTTT--G--G-AATGAGCA-GTGTA-TTT--GTTAATA-TGAGAG-G--------Aa
gi|26 : aAAACATAAAGTAT-AATA----TAG---CA-----CCGG------TGG--ATCA--TA-G-------------TTT-TAA--CAA-----CTCT-AGATATATTTA--------TCAA--CTAG---C-GA-TT-TAA--AGTGACAC--TGAC-CC-C---GG--AT-----CT-attatagtatccgaatgcaa
gi|27 : tagatcatcatagttt--------------T------------AAAGAGG-AAAGTGCG-ATAGCCAAT---TG-CAA-A---GA-G--G--T----TAACCACCAGATATGCAGGAC-GTTGTTCATAG---AA-----TCAA------AGG--ACC-----------T--------TTT-TGA--TGA--G-TGTCT-TTATATATATA--------ACta
gi|28 : TT-CGCCATCAATGAGCGCC-CAGTGCTGCTT--A--T--------------T------------AAAATGG-AAAGACCG-GTAACCATC---TG-TACTG---GA-G--G--TTAAGCAACCATCAAACAAACAGTAT-ATTA----CAG---AT-----TCAt
gi|29 : atACTAAACATGCAGT----TTG----CAACATAA-----TTAA------AGG--ATTA--AA-ACT-TC--------TTT-TTA--TAA--A-TTTCT-TGTTTAGTTCA--------GAAA--TTAT---T-GT-TA-GAA--AGTGACAA--TGAC-CC-gt
gi|3 : cgaccaataaC-CC-CA---C-CCAC--A--AC-------------T------------AAAACGG-CAAGCGCG-ATGGCCAAC----G-TAA-A---GT-G--G--T----CAACTACCGAACATGCAGTTC-GTTA----AAG---AAAAAAGTCAA------GTG--TTCA--TC-ATC-TC--------TTT-TGA--TAA----CGTTT-TGAT-TGTTTA--------ACAA--ATAA---G-AT-TC-GAA--CGTCACAA--TAAC----G---AACGAT-----CT-AA--CGAAG-TAGAATAA--TCCCATCATCA--------A-GTTC--AGG-TGA--AGA-TAAATAAAG---------TCG-------CAAAAGTGTTTT--G--A-AATCGGTA-TTACA-TT------AA-AGTGAGAG-G--------AG-ACGAG-----------T-A-C----TAG-TG-A-A-C---TCACTTGT-AAAGCGCCTAATGTCATT---------GGTTACC--ATGTTT-AAGATAG--------TT-T---A-T-----AAAATAA-TCTAA--A--GCAAT--TA-CTTTCATCAAAATACACAACGGAGCTGCC---TCAAGTT---ATCTAGTAA--AAGTCGTAAAGA-AT-TT
gi|30 : TTTG--------GCAA--ATAA---G-GA-TT-TAG--AGTAATGA--TGAC-CC-A---AG--ATC----TT-A---TGAGACATGTA-AA--TCACATCGCCGTAA----AA-
gi|32 : a--------------T------------AAAGAGG-AAAGCGCG-ACGGCCGAC---AT-CAG-A---GG-GT-A--T----CAATCACCAGCCATAAATTAC-ACTG----TGG---AC-----TCAA------Acagaatatgtttgactcagtgatgtatttgtaa
gi|33 : gtgtcccaagtccttccggtcgtcacacaatTC--A--A--------------T------------AAAAGTGCAAAGCATG-ATGGCCAA-----G-CAA-A---GA-G--G--T----CAACATCAAAACATGCAGTAC-GTTG----TAG---AA-----AC-------------ATTG--TA-GCA-TT--------ATT-TGA--CAA--A-Ct
gi|34 : attcatTTGTA-AA--TCCCATTACCATAA----AG-GC-A--ACA-TAA--ATC-CAAATCATG---------TAG-------CAAAAATATCTT--T--A-AATTGGTG-TTTTA---T--G-CAA-A-CCAGAG-A--------AGAA---A-----------T-A-CG--GTAtg
gi|37 : --------------T------------AAAGATG-AAAGCGCG-ATGGCCAAT---TA-TAA-A---TA-G--A--C----CAACCA
gi|4 : ccaagtcattccggtcgttgcgcaatAC-ACTG----CAG---AA-----GCAA------AGGGGAGCA--TA-ATT-CC--------TTT-TGC--CAA--AACCTCT-CGGTACGTTTA--------GTAA--ATAA---G-GA-TT-TAT--GGTGAAGA--TGAT-AC-G---GT--ATC----TT-G---CGAATAATGTA-AA--TCACATCACCATAA----AATAC-C----C-TAA--AGA-TAAACTTTG---------TCT-------CAGGGGTGGTTT--T--A-AATTGATG-CCATA-TTTAGA-AAA-A-TGAATG-A--------AA-A---A-----------TCG-CG--GCAA-TA-G-ATT---TTA---G--AAAAT-CTTT-----ATTT------ACAGTAGCT--GTATTTTATGA--G--------TT-T---T-TTAGACTAG-TAA-T--AA--ACCG--AT--AA-CGTTTATTAAAATCGACAATATAGCTGCA---TC--------CTCCA-TAA--AA--CG---ATA-ATGTTG-TGA-CC---AG-CTC-ATATGATGTAACT
gi|5 : ttcAGG-AAAGCGTG-ATGTTCAAC---TGCTAA-A---GA-G-----T----CAGTCATTAAACTTACAGTAC-GTT-----CGT---AA-----TCAA------AGA--GGTA--TG-ATC-AC--------TAT-T------------TTC--------GTTTA---------------TAT---G-GT-TT-TAA--AGTGAGAGAGTAAT-AC-A---GA--ATAGATCTT-G---TGAAGCTT--------TCAAATGACCATAA----AA-G-------G-TA-------CAAACAACG---------T--------------GTATTTT--------ATTGGTG-GTGTACTTT--G-TAG-A-TTAGAA-G--------AG-G---AATACGGCGAATT-A-CG--GTAT-TA-ACA-T---CTA---T--AAA-CGCCTCATGTAAGTTGTAATAAAGAAAGTC--AT---TAAAGA--G--------TT-T---T-T-----CAG-TAA-T--AA--A--G--Acgagcgataatgtcagataagtta
gi|6 : AAAGGG-AGAATG---ACGGCCAAC---AA-TAA-A---TA-T--A--T----CAACAACCAAACATACATTAT-GTTT----CAG---AA-----TCAA------ATG--ATCACATA-ACG-TC--------TCT-TGA--TAA--A-CTTAT-TGATACATCTA--------GCAA--ATAA---G-AT-TT-TAA--AGTGACAA--TGACTCT-G---GA-----------------GAATC-CATC-AA--TGACATCAACAAAA----AA-a
gi|6 : TGGTTT--A--A-TATTGCTG-TTGTA-TTT--G-TAA-A-TGtggtttaatattgctgttgtatttgtaaatgcaaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|6 : aaagggagaatgacggccaacaataaatatatcaacaaccaaacatacattatgtttcagaatcaaatgatcacataacgtctcttgataaacttattgatacatctagcaaataagattttaaagtgacaatgactctggagaatccatcaatgacatcaacaaaaaa--G--------TT-T---T-T-----TAC-TAT-T--GC--A--G--ATA-TGGCGTTTATTAATACTTAC----GTGTTGCG---TC--------CTTTAGCAA--AG--TG--AATACGT-TTG-AAA-caaattacttcagttaatgttttttactattgcagatatggcgtttattaatacttacgtgttgcgtcctttagcaaagtgaatacgtttgaaat
gi|7 : aaagggagaatgacggccaacaataaatatatcaacaaccaaacatacattatgtttcagaatcaaatgatcacataacgtctcttgataaacttattgatacatctagcaaataagattttaaagtgacaatgactctggagaatccatcaatgacatcaacaaaaaatggtttaatattgctgttgtatttgtaaatgcaaattacttcagttaatATGTTCA--------GCAA--ATAA---G-A-------------GACAA--TGAC-CA-A---GA--TT-----TTTG---CAAAGATTGTA-AA--TTAAATTACCACTA----AA-AT-C--A---TAAGAAAA-CCAACCGTG---------TCATATGCCACAAACATGCTTT-----A-AAT--ATAATTGTA-TTT--G-CAA-A-TGAGAG-G--------AG-A---AT----------T-A-CG--GAAG-TG-A-A-T---TTA---G--AAAACGGCTTACACAATATGCAATAACGGTAAAC--CTGTTTTAAAA--G---------A-T---T-T-----TAA-CAA-T--AAACA--T--AT--TA-CGTTTGTTAAAACCTGCAATGGAGATACA---T-----T---CTACAAC-A--AA--CG--AATA-t
gi|8 : ATT-AGTCATCAACGAGT-CCACA---GTCCTT--C--AGGTCCCAGCACCATT------------AAATAGG-GAATCGTG-ATTGTCAGC----G-AAA-A---AG-G--G--T----CAGCCTGCAAATATGCAGTAG-GAAG----AAG---AA-----TCAA------GAT--ATCA--TA-GCC-TCACAGTTTCTTT-TGAAATAA--A--ATCT-TGATATGTTTA--------ACAA--GTAA---T-AT-TT-TAAAGAGTGACAA--TGAT-CC-A---GG--AT-----CTAA---CAAATCTTGTA-AAACTTACATT----TAA----AT-AC-C--TAG-CGC--AGG--AAATTATG---------TCA-------C--GAGCATCTT--C--AGGATTGGTG-cccttagaaactt
gi|9 : t--T----CGACTAATACACAAGCATTCC-ATTG----TAG---CA-----TAAA------AGG--AGTA--TA-ACA-T---------TTT-TGA--TAC--A-CTTTT-CAATATGTTTA--------GCAA--AAAA---GTGTCTT-TA----GTGACAA--CGGT-CC-A---GC--ATC----TT-A---CAAAGCTTGTA-CA--TCAATTCACCCTCA----AT-GT-C--ACT-CAA--AGA-CAAAC-ATG---------TCGTA-----CAAAA-----TT--T---------GTG-TTGTA-TTT--G-TCA-A-TGAGAA-G--------AG-A---A-----------T-GACT--GTAG-TACA-A-T---cgcatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTTGAGGTTTTAGGAGGAATTCAGCATCATTGAATGAGTGTCCAGTTCTTTCCGTTGTCGTACAATTCAAGACGAAAGCATGATGGTTGACTGTAAGGGTACCAAC
Unaligned ( gi|35 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAAC
Unaligned ( gi|36 ): GATTTAGGAGGAATTCACCATTATTTACAGTCCATTCCTTCCCGGTTATCGCGCAATTAAAGAGGAACACGTTATTGCCAACTGCAGACCAA
Unaligned ( gi|38 ): ACATACATTTATTTAATTATAATAATTATCACAT