lowQualScore                  :                                                                                                                      1111111                                               1111                                                                                                                                                                                                                                                                                   1111                                                                1111                                                                                                                                                                            1111  4444444444444444                                                      1                                                      11111        11111      111                                                                                                                                                              111111                                                              222222    555555                                                                    
lowQualScore                  :                                                                  4            66                                     4444444                                               0000                                                           66                               4                               4                                                                                           8888   4                                   5               0000               3   3      5   5                                 2222 77        5                                               8                                                         5                5  2                      66          9999  4444444444444444                  5    8                              6                       3      3    1                  66666    7   66666      111        3                   3          1      6      99     777  6                       7                0                                    3     7 3      777777   44                         2                      4        111111    111111                8           3                               6       
lowQualScore                  :                                                                  .            ..                                     .......                                               ....                                                           ..                               .                               .                                                                                           ....   .                                   .               ....               .   .      .   .                                 .... ..        .                                               .                                                         .                .  .                      ..          ....  ................                  .    .                              .                       .      .    .                  .....    .   .....      ...        .                   .          .      .      ..     ...  .                       .                .                                    .     . .      ......   ..                         .                      .        ......    ......                .           .                               .       
lowQualScore                  :                                                                  4            11                                     4444444                                               6666                                                           44                               0                               0                                                                                           5555   0                                   7               6666               2   1      0   0                                 1111 99        7                                               3                                                         0                0  2                      99          4444  6666666666666666                  6    0                              0                       0      5    7                  77777    3   77777      777        2                   5          0      7      22     888  0                       3                8                                    6     3 5      444444   55                         8                      4        777777    111111                0           2                               0       
consensus                     :  TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTA--TGTGTGTGAG----GG-------------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAANCTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTTT-----AAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TNTAATATAAACAGATANACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATCTCT-CTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
Reference ( gi|3 )            :  TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTA--TGTGTGTAAG----GG-------------AAGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTTT-----AAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AACGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATAT------TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGTCTCTTCC
gi|2                          :  TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CGTCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTTGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTA--TGTGTGTAAG----GG-------------AA--GGGGGGGGGGGGGGGGTAACAATTTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTTT-----AAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGTTCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTTCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGAAGGAGAGATAT------TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|1                          : cTATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCATTTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTA--TGTGTGTAAG----GG-------------AA----------GGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTTT-----AAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGCCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATAT------TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCCt
gi|4                          :  TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTGAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTTTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATTCCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAATATTGATACAC----AAAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGTGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTTATGTTTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATGTGTGTGTAAG----GG-------------AAGGGGGGGGGGG---------ACAA-TTTTTGTAATTAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTAGACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTTT-----AAAGTC---ACATTAT--TGATGTTTACAGAACTCTGATC-AAAAACACCTACCA-ATCGAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATGCATATTCGTCAAGAGAATAGCATTTTTCTTTCACAATGCAG-AAAAATTGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGG-TTTCCATTATTCGCAGGAGAGATAT------TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATACGCAGTGACAGTGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCCctctatgaaacagagcaattaaataaacatttatttttattttctattattttacaattttattgaaaaaaaacatgacattcatattaccagaaaatgtcattgtcaaattaaacattttattaccaaaatggaacgatccatatccggaaagaatatttttaaataaggagccattataaatcattgatattgaaaaggccattaaaaaaacttgacttatattttttttaaaaaatcattgaagactaaatgttttatcaatttaccaaagttaaatcatttgttttacggaaagaagtgatgactcaatatttctctatattgatttctattatat
gi|5                          : cTATATATATAGTTGACATACAGAATGAATGATTGTATGCAAGTATTTAAATATTCTTTATTTTT-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAAATTTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATAAGCCATATATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTG-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATATGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGAACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAATAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCGATTTAATGCGGTGTATAATTTTGATGATTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTA--TGTGTGTGGGTTTTGGTGTGTGT------GTGTGGGGGGGGGGGGGGGGT---AA-TTTTTGTGATGAAGGTATGTAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAACCTAAAA-----GAACTCTGAGCGA-AAAACATCTACAAA--TC-----AATGTCTAAATGTTATT-TCTCCTTCACAA-----TG-TAGAAAAATA--TAATATAT--ATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAG-AAAAATCTAATa
gi|7                          : cTATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAGTTTGC--CTTACAGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTGAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTTACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCATGTGTAAAGCTAAGAAAGCATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAATACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATAT-------------------TCTATAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGC
gi|11                         : cTATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAATTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATTGAAACTAAATAGGGTT-AAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTATTGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCGTTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTT-GAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATCAAT
gi|15                         : cTATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAG
gi|10                         :                                ATTGTATGCAATTATTT---------TTATTTTG-A-----ATCTACATCTCACTGAATGGAAATTAAATGGGGTTTTGAA-GTTTTCAAAAAATAACTTACAATTTGCTTAA--AT-GTTAAATTTGTATAAATGAGCC----ACATTT-------AG------AACAAAAGTCTACTTCATTGCACAATTAAAAGTTTTTAT-----------ATGAAAAATTAATGGAAGCCT-GTCAGTTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTAGAAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAG----------------ACTTCCTGTGTCAAGCTAA-AAAATATTATC----TCT-TTTCTGTAT-----AT-------ATAAAAAACATATTTAATATTGATACACACTGAGAAGTTACACAACA------AATGT-TTTAAAACCACTCTTTAATTAATATAAACACAAACAAACAGTTACACTGTCA-TTTTTT-TCAAAGAGTAAACTTATATAGAGATTGCAGT
gi|13                         :                                                        CCTTATTTTTTATTTCAATCTGC--CTTACTGAATGGAAACTATATAGGGTTTAAAAAATTT-------ATAAGTTAAAAATTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATTAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTAAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCCTTA-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGCCC-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGACCTGA-CATCTCACTCCTTGAAGGAGTTTgcaagcctttaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                               GTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCATTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGACAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATAT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATATAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGT-CATTGTAATGTGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTA--TGTGTGTGGGTTT-GGTGTGTGTGTGTGTGGGGGAGGGGGGGGGGGGGG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 AATAGAAGTTTTATCATTTTGTCTAAGGCTAGATTTTAACTGATCA-CTAACTCTATGC-GGAGCTTGTACTTTCTTGTACTCCGAAGACTTTCTCCCTGATATATTTTCTGTGTCATGCTAGACAAGTATTACCGGCGCCTATTTCTGTA-TTAAAACTT-TATATT--------TTTTTAAT-----TATAT----AAA---CACAGAACA------AATGTGTTT-AAATCACCATTGAATGAATATcgttgtgttaatccaatccagtccttcacaatgtagaaaaatataatatatattcgtcaagagaatattatttctacttcacaatgcagaaaaaatctaatataaacgtcaag
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atcTAGACTTCCTGTGTAAAACTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAAgtatcactttgatcaatacacaaacaaac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTCA-TGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTA--TGTGTGTAAG----GG-------------AAGGGGGTGGG---------TAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACGTTGTTATACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACACCCACTGGTAAAAC-----CAAA------------GTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTAATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATGTATATTTGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAGTGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATAT------TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATG----------GGAGAACCTTCTTAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATCTGTTTGTGGGTGAGGTGCATTTTAATGCGGTGTAATATTTAGATGTTTTTGCTTTTTTAATTCTTATAA-TGGCAGTTTCACATACATGTTTGAA--TGTG----AG----GG-------------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGC-TTTTGGTTTCCTGTGAGTGACGGTTGCATATA------TGTG--TGTGTGTGGG----GG-------------GGGGGGGGGGGGGGGGg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATACTCA-AAAAAAC----ATTGAC---CTCCCACTGATAAAAC-----CAAATTTTCACATAAAGTC---ACATAATTATGATATTTACAGAACCCT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGAACTCTGAGCGAAAAACATCTACAA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TCTAAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                        ctatatatatagttgacatacagaatgaatgattgtatgcaagtatttaaatattctttatttttatttcaatttgccttactgaatggaaactaaatagggtttaaaaagtttataagttaaaatttgcttaatgtttgtcttatttgtataaataagccatatatatttcataccaaatattttaaccaaagtccacatcattgcacaattgaaagcctttgtatgaaaaagtaatggaagtctatcaatatgtccaaggtcagacttgaactgacatctcactccttggaggagtttatactttcttgaactacaaagactttctccctgatagacttcctgtgtaaagttaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataataaccacaattaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatgttttaaaccactctttaataagtataaatacaaacaatcactgtcattttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttatagatctgtttgtgggtggggtgcgatttaatgcggtgtataattttgatgattttgcttttaaactcttataatggtagtttcatatacatgtttgtatgtgtgtgggttttggtgtgtgtgtgtggggggggggggggggtaatttttgtgatgaaggtatgtaagttatcgatttacattgttatactcataaaaacctaaa---AATATTATTTCTACTTCACAATGCAGAAAAAATCTAATATAAA--CGTCAAG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gtaatggaagtctatcaatttgtccaaggtcagacttgaactgacatctcattccttggaggagtttatactttcttgtactacaaagactttctccctgacagacttcctgtgtaaagttaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataaaaaccacaattaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatattttaaaccactctttaataagtataaatataaacaatcactgtcattttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttatagatctgtttgtgggtggggtcattgtaatgtggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatggtagtttcatatacatgtttgtatgtgtgtgggtttggtgtgtgtgtgtgtgggggaggggggggggggggcgttgtgttaatccaatccagtccttcacaatgtagaaaaatataatatatattcgtcaagag---AATATTATTTCTACTTCACAATGCAGAAAAAATCTAATATAAA--CGTCAAGA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tccttcacaatgtagaaaaatataatatatattcgtcaagag---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TCTAAaggttcaatactctccaaaaatagaggtttgggtttttcatattcgcagcagagatattgcgaatatgaaaaaagtattgatcatgtgcagtgacagggaaccttcttgataaatagcctcttccat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAGAAAAAA-TCTAATATAAAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gtaatggaagtctatcaatttgtccaaggtcagacttgaactgacatctcattccttggaggagtttatactttcttgtactacaaagactttctccctgacagacttcctgtgtaaagttaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataaaaaccacaattaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatattttaaaccactctttaataagtataaatataaacaatcactgtcattttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttatagatctgtttgtgggtggggtcattgtaatgtggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatggtagtttcatatacatgtttgtatgtgtgtgggtttggtgtgtgtgtgtgtgggggaggggggggggggggcgttgtgttaatccaatccagTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAG-AAAAAATCTAATATAA--------ACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATAGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGCAGAGATAT------TGCGAATATGAAAAAAGTATTGATCATGTGCAGTGACA-GGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCCgtcaag
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAA-TATAATAT------ATATTCGTCAAGAat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                           ctatatatatagttgacatacagaatgaatgattgtatgcaagtatttaaatattctttatttttatttcaatttgccttactgaatggaaactaaatagggtttaaaaagtttataagttaaaatttgcttaatgtttgtcttatttgtataaataagccatatatatttcataccaaatattttaaccaaagtccacatcattgcacaattgaaagcctttgtatgaaaaagtaatggaagtctatcaatatgtccaaggtcagacttgaactgacatctcactccttggaggagtttatactttcttgaactacaaagactttctccctgatagacttcctgtgtaaagttaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataataaccacaattaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatgttttaaaccactctttaataagtataaatacaaacaatcactgtcattttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttatagatctgtttgtgggtggggtgcgatttaatgcggtgtataattttgatgattttgcttttaaactcttataatggtagtttcatatacatgtttgtatgtgtgtgggttttggtgtgtgtgtgtggggggggggggggggtaatttttgtgatgaaggtatgtaagttatcgatttacattgttatactcataaaaacctaaaagaactctgagcgaaaaacatctacaaatcaatgtctaAATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAA-TATAATAT------ATATTCGTCAAGAgaatattatttctccttcacaatgcagaaaaatctaat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCCTTCACAATGTAG-AAAAA-TATAATAT------ATATTCGTCAAGAgaatattatttctccttcacaatgcagaaaaatctaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gtaatggaagtctatcaatttgtccaaggtcagacttgaactgacatctcattccttggaggagtttatactttcttgtactacaaagactttctccctgacagacttcctgtgtaaagttaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataaaaaccacaattaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatattttaaaccactctttaataagtataaatataaacaatcactgtcattttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttatagatctgtttgtgggtggggtcattgtaatgtggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatggtagtttcatatacatgtttgtatgtgtgtgggtttggtgtgtgtgtgtgtgggggaggggggggggggggcgttgtgttaatccaatccagTTTTTCA-TATTCGCA------ATATCTCTCCTTCGAATATGAAAAAgaatattatttctacttcacaatgcagaaaaaatctaatataaacgtcaag
gi|1                          :                                                                                 ctatatatatagttgacatacagactgaatgattgtatgcaagtatttcaatattctttattttcatttcaatttgccttactgaatggaaactaaatagggtttaaaaagtttataagttaaactttgcttaatgattgtcttatttgtataaataagccttatttcataccaaatattttaaccaaagtccacatcattgcacaattgaaagcctttattatatatcattatgaaaaagtaatggaagtctatcaatttgtccaaggtcagacttgaactgacgtctcactccttggaggagtttgtactttcttgtactacaaagactttctccctgatagacttcctgtgtaaagctaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataaaaaacacacttaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatgttttaaaccactctttaataaatataaatacaaacaatcactgtcattttttcttgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttaaagatctgtttgtgggtggggtgcattttaatgcggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatgacagttccatatacatgtttgtatgtgtgtaagggaaggggggggggggggggtaacaattttttgtaatgaaggtatataagttatcgattacattgttatactcataaaaaactaaaaataacaaactcccactggtaaaaccaaattttaaagtcacattattatgatatttacagaactctgttcgaaaaacacctaccaatcaatgtctaaatgttatttctccttcacaatgtagaaaaatataatgtatattcgtcaagagaatatcattttttcttcacaatgcagaaaaatgtaatataaacagataaacgtcaagaaggttcaatactctccaaaaatggaggtttgggTTTTTCA-TATTCGCA------ATATCTCTCCTGCGAATATGAAAAAatattgatcatgcgcagtgacaggggaaccttcttgataaatagcctcttcct
gi|8                          :                                                                                          tatatatatagttgacatacagactgaatgattgtatgcaagtatttcaatattctttattttcatttcaatttgccttactgaatggaaactaaatagggtttaaaaagtttataagttaaactttgcttaatgattgtcttatttgtataaataagccatatttcataccaaatattttaaccaaagtccacatcattgcacaattgaaagcctttattatatatcattatgaaaaagtaatggaagtctatcaatttgtccaaggtcagacttgaactgacatctcactccttggaggagtttgtactttcttgtactacaaagactttctccctgatagacttcctgtgtaaagctaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataaaaaacacacttaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatgttttaaaccactctttaataaatataaatacaaacaatcactgtcatttttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttaaagatctgtttgtgggtggggtgcattttaatgcggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatggcagttccatatacatgtttgtatgtgtgtaagggaaggggggggtaacaatttttgtaatgaaggtatataagttatcgattacattgttatactcataaaaaactaaaaataacaaactcccactggtaaaaccaaattttaaagtcacattattatgatatttacagaactctgatcgaaaaacacctaccaatcaatgtctaaatgttatttctccttcacaatgtagaaaaatataatgtatattcgtcaagagaatatcatttttccttcacaatgcagaaaaatgtaatataaacagataaacgccaagaaggttcaatactctccagaaatggaggtttgggTTTTTCA-TATTCGCA------ATATCTCTCCTGCGAATATGAAAAAatattgatcatgcgcagtgacaggggaaccttcttgataaatagcctcttccctctatgaaacagagcaattaaataaacatttatttttattttctattattttacaattttattgaaaaaaaacatgacattcatattaccagaaaatgtcattgtcaaattaaacattttattaccaaaatggaacgatccatatccggaaagaatatttttaaataaggagccattataaatcattgatattgaaaaggccattaaaaaaacttgacttatattttttttaaaaaatcattgaagactaaatgttttatcaatttaccaaagttaaatcatttgttttacggaaagaagtgatgactcaatatttctctatattgatttctattatat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tatactgttatagatctgtttgtgggtggggtgcatttcatgcggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatggcagttccatatacatgtttgtatgtgtgtaagggaagggggtgggtaacaatttttgtaatgaaggtatataagttatcgattacgttgttatactcataaaaacctaaaaataacaaacacccactggtaaaaccaaagtcacattattatgatatttacagaactctaatcgaaaaacacctaccaatcaatgtctaaatgttatttctccttcacaatgtagaaaaatataatgtatatttgtcaagagaatatcatttttccttcacagtgcagaaaaatgtaatataaacagataaacgtcaagaaggttcaatactctccaaaaatggaggtttgggTTTTTCA-TATTCGCA------ATATCTCTGCTGCGAATATGAAAAAatattgatcatgggagaaccttcttaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTTTTACCAAGGAATTATATATAAGTCCTTGATTTTACGAAATTGACTTTTTTTAAGAAAAAGAGCAATTAAATCAAAATGTCTTTATTTTGACATTTTTTATTATGTTTTTATTGAAAATACCTTTAAATAAAACTTACATACGTATTTTCAGAAAATGTCATCGTCAAATTAATGGTTTATTACCAAAACGAAAGTATCCATATCTGGAAATAGGAAATTGGTTAAATTACGAAAAGGACCATTTTTAAGACAAGGCGCGATTAAATCAAAATGTTAGAAAATGTTTTCAGAAAATTCCATCGTCAAATTATTGTTTAACTTGTATTGCCAAAATGAAATTATTCATTTCTTGAAATAAAAAAAACTTTTTTTAAAGAAAAGGAGCAATTAAAACAATATTTCTTTATTTTGACATTTCATATTTATTGAAAAGAACATACGAATTTTTAAAGAAACATAATGCTAACAAACAAATGTTTT
Unaligned ( gi|17 ): CAGTTTATACTGTGTGTGTGGGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGATATGGTATTAATATCATGTTTTTGCAAAGTTGGGAGAATAATATCAAAGAATATT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   11111                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1111                                                                                                                                                                  33333333333333333      1111111111111111                                                         1                                                      11111       11111       111                                                            111                                                                               1                                                                                            00000                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           4            55                                     3333333                                               9999                                                           33                               3                               3                                                                                           7777   3                                   1               9999               1   1      4   4                                 0000 66        5                                               2                                                              4           4                           11111111111111111      9999999999999999 0                   3    6                              5                       1      1    0                  44444    5  44444       000        1                   3                 6      99     000                                     0                    0                    0     5 1               3                                                 6                  00000                6           1                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            ..                                     .......                                               ....                                                           ..                               .                               .                                                                                           ....   .                                   .               ....               .   .      .   .                                 .... ..        .                                               .                                                              .           .                           .................      ................ .                   .    .                              .                       .      .    .                  .....    .  .....       ...        .                   .                 .      ..     ...                                     .                    .                    .     . .               .                                                 .                  .....                .           .                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0            55                                     0000000                                               4444                                                           77                               6                               6                                                                                           7777   6                                   0               4444               9   8      4   4                                 6666 99        0                                               1                                                              4           4                           11111111111111111      6666666666666666 9                   2    7                              5                       0      7    1                  33333    0  33333       000        4                   5                 7      22     000                                     4                    4                    0     0 0               3                                                 7                  00000                7           0                                       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATAT-----TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
Reference ( family-177 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAANCTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TNTAATATAAACAGATANACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATCTCTCTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCATTTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-A---------------------GGGAAGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGCCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATAT-----TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTGTATGCAATTATTT---------TTATTTTG-A-----ATCTACATCTCACTGAATGGAAATTAAATGGGGTTTTGAA-GTTTTCAAAAAATAACTTACAATTTGCTTAA--AT-GTTAAATTTGTATAAATGAGCC----ACATTT-------AG------AACAAAAGTCTACTTCATTGCACAATTAAAAGTTTTTAT-----------ATGAAAAATTAATGGAAGCCT-GTCAGTTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTAGAAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAA----------------AGACTTCCTGTGTCAAGCTAA-AAAATATTATC----TCT-TTTCTGTAT-----AT-------ATAAAAAACATATTTAATATTGATACACACTGAGAAGTTACACAACA------AATGT-TTTAAAACCACTCTTTAATTAATATAAACACAAACAAACAGTTACACTGTCA-TTTTTT-TCAAAGAGTAAACTTATATAGAGATTGCAGTctctatgaaacagagcaattaaataaacatttatttttattttctattattttacaattttattgaaaaaaaacatgacattcatattaccagaaaatgtcattgtcaaattaaacattttattaccaaaatggaacgatccatatccggaaagaatatttttaaataaggagccattataaatcattgatattgaaaaggccattaaaaaaacttgacttatattttttttaaaaaatcattgaagactaaatgttttatcaatttaccaaagttaaatcatttgttttacggaaagaagtgatgactcaatatttctctatattgatttctattatat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAATTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATTGAAACTAAATAGGGTT-AAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTATTGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCGTTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTT-GAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATCAATgcaagcctttaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cAATAGAAGTTTTATCATTTTGTCTAAGGCTAGATTTTAACTGATCA-CTAACTCTATGC-GGAGCTTGTACTTTCTTGTACTCCGAAGACTTTCTCCCTGATATATTTTCTGTGTCATGCTAGACAAGTATTACCGGCGCCTATTTCTGTA-TTAAAACTT-TATATT--------TTTTTAAT-----TATAT----AAA---CACAGAACA------AATGTGTTT-AAATCACCATTGAATGAATAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atcCCTTATTTTTTATTTCAATCTGC--CTTACTGAATGGAAACTATATAGGGTTTAAAAAATTT-------ATAAGTTAAAAATTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATTAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTAAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCCTTA-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGCCC-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGACCTGA-CATCTCACTCCTTGAAGGAGTTTgtatcactttgatcaatacacaaacaaac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAGAAAAAA-TCTAATATAA--------ACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATAGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGCAGAGATAT-----TGCGAATATGAAAAAAGTATTGATCATGTGCAGTGACA-GGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATCTGTTTGTGGGTGAGGTGCATTTTAATGCGGTGTAATATTTAGATGTTTTTGCTTTTTTAATTCTTATAA-TGGCAGTTTCACATACATGTTTGAA---------------------TGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TCTAAg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATACTCA-AAAAAAC----ATTGAC---CTCCCACTGATAAAAC-----CAAATTTTCACATAAAGTC---ACATAATTATGATATTTACAGAACCCT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CGTCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTTGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-A------G-------GGAAGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAATTTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGTTCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTTCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGAAGGAGAGATAT-----TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTAGACTTCCTGTGTAAAACTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCTTTTG-GTTTCCTGTGAGTGACGGTTGCATATA------TGTGTG-----------------TGTGTG-GG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-AG----GG-------AAGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AACGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATAT-----TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGTCTCTTCC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTGAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTTTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATTCCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAATATTGATACAC----AAAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGTGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTTATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTGTAA----GG-------GAAGGGGGGGGGGG--------ACAA-TTTTTGTAATTAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTAGACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTAT--TGATGTTTACAGAACTCTGATC-AAAAACACCTACCA-ATCGAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGCATATTCGTCAAGAGAATAGCATTTTTCTTTCACAATGCAG-AAAAATTGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGG-TTTCCATTATTCGCAGGAGAGATAT-----TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATACGCAGTGACAGTGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTATATATATAGTTGACATACAGAATGAATGATTGTATGCAAGTATTTAAATATTCTTTATTTTT-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAAATTTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATAAGCCATATATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTG-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATATGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGAACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAATAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCGATTTAATGCGGTGTATAATTTTGATGATTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-GGTTTTGGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGT---AA-TTTTTGTGATGAAGGTATGTAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAACCTAAAA-----GAACTCTGAGCGA-AAAACATCTACAAA--T-----CAATGTCTAAATGTTATT-TCTCCTTCACAA-----TG-TAGAAAAATA--TAATATAT--ATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAGAAAAATCTAATa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCATTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGACAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATAT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATATAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGT-CATTGTAATGTGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTATGTGTGTGGGTTTGGTGTGTGTGTG-TG----TG-------GGGGAGGGGGGGGGGGGGG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAGAAAAAA-TCTAATATAAACcgttgtgttaatccaatccagtccttcacaatgtagaaaaatataatatatattcgtcaagagaatattatttctacttcacaatgcagaaaaaatctaatataaacgtcaag
gi|7                          : gtaatggaagtctatcaatttgtccaaggtcagacttgaactgacatctcattccttggaggagtttatactttcttgtactacaaagactttctccctgacagacttcctgtgtaaagttaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataaaaaccacaattaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatattttaaaccactctttaataagtataaatataaacaatcactgtcattttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttatagatctgtttgtgggtggggtcattgtaatgtggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatggtagtttcatatacatgtttgtatgtgtgtgggtttggtgtgtgtgtgtgtgggggaggggggggggggggcgttgtgttaatccaatccagTATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAGTTTGC--CTTACAGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTGAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTTACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCATGTGTAAAGCTAAGAAAGCATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAATACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATAT-------------------TCTATAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCgtcaag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTCA-TGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-AG----GG-------AAGGGGGTGGG---------TAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATT-ACGTTGTTATACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACACCCACTGGTAAAAC-----CAAA------------GTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTAATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTTGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAGTGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATAT-----TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATG----------GGAGAACCTTCTTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTTTTACCAAGGAATTATATATAAGTCCTTGATTTTACGAAATTGACTTTTTTTAAGAAAAAGAGCAATTAAATCAAAATGTCTTTATTTTGACATTTTTTATTATGTTTTTATTGAAAATACCTTTAAATAAAACTTACATACGTATTTTCAGAAAATGTCATCGTCAAATTAATGGTTTATTACCAAAACGAAAGTATCCATATCTGGAAATAGGAAATTGGTTAAATTACGAAAAGGACCATTTTTAAGACAAGGCGCGATTAAATCAAAATGTTAGAAAATGTTTTCAGAAAATTCCATCGTCAAATTATTGTTTAACTTGTATTGCCAAAATGAAATTATTCATTTCTTGAAATAAAAAAAACTTTTTTTAAAGAAAAGGAGCAATTAAAACAATATTTCTTTATTTTGACATTTCATATTTATTGAAAAGAACATACGAATTTTTAAAGAAACATAATGCTAACAAACAAATGTTTT
Unaligned ( gi|17 ): CAGTTTATACTGTGTGTGTGGGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGATATGGTATTAATATCATGTTTTTGCAAAGTTGGGAGAATAATATCAAAGAATATT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1111                                                                                                                                                                  33333333333333333      1111111111111111                                                         1                                                      11111       11111       111                                                            111                                                                                     1                                                                                                                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           4            55                                     3333333                                               9999                                                           33                               3                               3                                                                                           7777   3                                   1               9999               1   1      4   4                                 0000 66        5                                               1                                                              4           4                           11111111111111111      9999999999999999 0                   3    6                              5                       1      1    0                  44444    5  44444       000        1                   3                 6      99     000                                                                               5     0                                                                   6                                  6           1                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            ..                                     .......                                               ....                                                           ..                               .                               .                                                                                           ....   .                                   .               ....               .   .      .   .                                 .... ..        .                                               .                                                              .           .                           .................      ................ .                   .    .                              .                       .      .    .                  .....    .  .....       ...        .                   .                 .      ..     ...                                                                               .     .                                                                   .                                  .           .                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0            55                                     0000000                                               4444                                                           77                               6                               6                                                                                           7777   6                                   0               4444               9   8      4   4                                 6666 99        0                                               0                                                              4           4                           11111111111111111      6666666666666666 9                   2    7                              5                       3      7    1                  33333    0  33333       000        4                   5                 7      22     000                                                                               0     0                                                                   7                                  7           0                                       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
Reference ( family-177 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCATTTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-A---------------------GGGAAGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGCCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTGTATGCAATTATTT---------TTATTTTG-A-----ATCTACATCTCACTGAATGGAAATTAAATGGGGTTTTGAA-GTTTTCAAAAAATAACTTACAATTTGCTTAA--AT-GTTAAATTTGTATAAATGAGCC----ACATTT-------AG------AACAAAAGTCTACTTCATTGCACAATTAAAAGTTTTTAT-----------ATGAAAAATTAATGGAAGCCT-GTCAGTTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTAGAAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAA----------------AGACTTCCTGTGTCAAGCTAA-AAAATATTATC----TCT-TTTCTGTAT-----AT-------ATAAAAAACATATTTAATATTGATACACACTGAGAAGTTACACAACA------AATGT-TTTAAAACCACTCTTTAATTAATATAAACACAAACAAACAGTTACACTGTCA-TTTTTT-TCAAAGAGTAAACTTATATAGAGATTGCAGTctctatgaaacagagcaattaaataaacatttatttttattttctattattttacaattttattgaaaaaaaacatgacattcatattaccagaaaatgtcattgtcaaattaaacattttattaccaaaatggaacgatccatatccggaaagaatatttttaaataaggagccattataaatcattgatattgaaaaggccattaaaaaaacttgacttatattttttttaaaaaatcattgaagactaaatgttttatcaatttaccaaagttaaatcatttgttttacggaaagaagtgatgactcaatatttctctatattgatttctattatat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAATTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATTGAAACTAAATAGGGTT-AAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTATTGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCGTTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTT-GAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATCAATgcaagcctttaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cAATAGAAGTTTTATCATTTTGTCTAAGGCTAGATTTTAACTGATCA-CTAACTCTATGC-GGAGCTTGTACTTTCTTGTACTCCGAAGACTTTCTCCCTGATATATTTTCTGTGTCATGCTAGACAAGTATTACCGGCGCCTATTTCTGTA-TTAAAACTT-TATATT--------TTTTTAAT-----TATAT----AAA---CACAGAACA------AATGTGTTT-AAATCACCATTGAATGAATAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atcCCTTATTTTTTATTTCAATCTGC--CTTACTGAATGGAAACTATATAGGGTTTAAAAAATTT-------ATAAGTTAAAAATTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATTAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTAAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCCTTA-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGCCC-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGACCTGA-CATCTCACTCCTTGAAGGAGTTTgtatcactttgatcaatacacaaacaaac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAG-AAAAAATCTAATATAA--------ACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATAGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGCAGAGATATTGCGAATATGAAAAAAGTATTGATCATGTGCAGTGACA-GGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATCTGTTTGTGGGTGAGGTGCATTTTAATGCGGTGTAATATTTAGATGTTTTTGCTTTTTTAATTCTTATAA-TGGCAGTTTCACATACATGTTTGAA---------------------TGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TCTAAg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATACTCA-AAAAAAC----ATTGAC---CTCCCACTGATAAAAC-----CAAATTTTCACATAAAGTC---ACATAATTATGATATTTACAGAACCCT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CGTCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTTGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-A------G-------GGAAGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAATTTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGTTCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTTCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGAAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTAGACTTCCTGTGTAAAACTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCTTTTG-GTTTCCTGTGAGTGACGGTTGCATATA------TGTGTG-----------------TGTGTG-GG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-AG----GG-------AAGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AACGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGTCTCTTCC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTGAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTTTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATTCCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAATATTGATACAC----AAAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGTGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTTATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTGTAA----GG-------GAAGGGGGGGGGGG--------ACAA-TTTTTGTAATTAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTAGACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTAT--TGATGTTTACAGAACTCTGATC-AAAAACACCTACCA-ATCGAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGCATATTCGTCAAGAGAATAGCATTTTTCTTTCACAATGCAG-AAAAATTGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGG-TTTCCATTATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATACGCAGTGACAGTGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTATATATATAGTTGACATACAGAATGAATGATTGTATGCAAGTATTTAAATATTCTTTATTTTT-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAAATTTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATAAGCCATATATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTG-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATATGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGAACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAATAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCGATTTAATGCGGTGTATAATTTTGATGATTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-GGTTTTGGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGT---AA-TTTTTGTGATGAAGGTATGTAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAACCTAAAA-----GAACTCTGAGCGA-AAAACATCTACAAA--T-----CAATGTCTAAATGTTATT-TCTCCTTCACAA-----TG-TAGAAAAATA--TAATATAT--ATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAGAAAAATCTAATa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCATTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGACAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATAT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATATAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGT-CATTGTAATGTGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTATGTGTGTGGGTTTGGTGTGTGTGTG-TG----TG-------GGGGAGGGGGGGGGGGGGG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAGAAAAAA-TCTAATATAAACcgttgtgttaatccaatccagtccttcacaatgtagaaaaatataatatatattcgtcaagagaatattatttctacttcacaatgcagaaaaaatctaatataaacgtcaag
gi|7                          : gtaatggaagtctatcaatttgtccaaggtcagacttgaactgacatctcattccttggaggagtttatactttcttgtactacaaagactttctccctgacagacttcctgtgtaaagttaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataaaaaccacaattaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatattttaaaccactctttaataagtataaatataaacaatcactgtcattttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttatagatctgtttgtgggtggggtcattgtaatgtggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatggtagtttcatatacatgtttgtatgtgtgtgggtttggtgtgtgtgtgtgtgggggaggggggggggggggcgttgtgttaatccaatccagTATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAGTTTGC--CTTACAGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTGAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTTACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCATGTGTAAAGCTAAGAAAGCATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAATACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATAT-------------------TCTATAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCgtcaag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTCA-TGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-AG----GG-------AAGGGGGTGGG---------TAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATT-ACGTTGTTATACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACACCCACTGGTAAAAC-----CAAA------------GTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTAATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTTGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAGTGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATG----------GGAGAACCTTCTTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTTTTACCAAGGAATTATATATAAGTCCTTGATTTTACGAAATTGACTTTTTTTAAGAAAAAGAGCAATTAAATCAAAATGTCTTTATTTTGACATTTTTTATTATGTTTTTATTGAAAATACCTTTAAATAAAACTTACATACGTATTTTCAGAAAATGTCATCGTCAAATTAATGGTTTATTACCAAAACGAAAGTATCCATATCTGGAAATAGGAAATTGGTTAAATTACGAAAAGGACCATTTTTAAGACAAGGCGCGATTAAATCAAAATGTTAGAAAATGTTTTCAGAAAATTCCATCGTCAAATTATTGTTTAACTTGTATTGCCAAAATGAAATTATTCATTTCTTGAAATAAAAAAAACTTTTTTTAAAGAAAAGGAGCAATTAAAACAATATTTCTTTATTTTGACATTTCATATTTATTGAAAAGAACATACGAATTTTTAAAGAAACATAATGCTAACAAACAAATGTTTT
Unaligned ( gi|17 ): CAGTTTATACTGTGTGTGTGGGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGATATGGTATTAATATCATGTTTTTGCAAAGTTGGGAGAATAATATCAAAGAATATT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1111                                                                                                                                                                  33333333333333333      1111111111111111                                                         1                                                      11111       11111       111                                                            111                                                                                     1                                                                                                                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           4            55                                     3333333                                               9999                                                           33                               3                               3                                                                                           7777   3                                   1               9999               1   1      4   4                                 0000 66        5                                               1                                                              4           4                           11111111111111111      9999999999999999 0                   3    6                              5                       1      1    0                  44444    5  44444       000        1                   3                 6      99     000                                                                               5     0                                                                   6                                  6           1                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            ..                                     .......                                               ....                                                           ..                               .                               .                                                                                           ....   .                                   .               ....               .   .      .   .                                 .... ..        .                                               .                                                              .           .                           .................      ................ .                   .    .                              .                       .      .    .                  .....    .  .....       ...        .                   .                 .      ..     ...                                                                               .     .                                                                   .                                  .           .                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0            55                                     0000000                                               4444                                                           77                               6                               6                                                                                           7777   6                                   0               4444               9   8      4   4                                 6666 99        0                                               0                                                              4           4                           11111111111111111      6666666666666666 9                   2    7                              5                       3      7    1                  33333    0  33333       000        4                   5                 7      22     000                                                                               0     0                                                                   7                                  7           0                                       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
Reference ( family-177 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCATTTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-A---------------------GGGAAGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGCCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTGTATGCAATTATTT---------TTATTTTG-A-----ATCTACATCTCACTGAATGGAAATTAAATGGGGTTTTGAA-GTTTTCAAAAAATAACTTACAATTTGCTTAA--AT-GTTAAATTTGTATAAATGAGCC----ACATTT-------AG------AACAAAAGTCTACTTCATTGCACAATTAAAAGTTTTTAT-----------ATGAAAAATTAATGGAAGCCT-GTCAGTTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTAGAAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAA----------------AGACTTCCTGTGTCAAGCTAA-AAAATATTATC----TCT-TTTCTGTAT-----AT-------ATAAAAAACATATTTAATATTGATACACACTGAGAAGTTACACAACA------AATGT-TTTAAAACCACTCTTTAATTAATATAAACACAAACAAACAGTTACACTGTCA-TTTTTT-TCAAAGAGTAAACTTATATAGAGATTGCAGTctctatgaaacagagcaattaaataaacatttatttttattttctattattttacaattttattgaaaaaaaacatgacattcatattaccagaaaatgtcattgtcaaattaaacattttattaccaaaatggaacgatccatatccggaaagaatatttttaaataaggagccattataaatcattgatattgaaaaggccattaaaaaaacttgacttatattttttttaaaaaatcattgaagactaaatgttttatcaatttaccaaagttaaatcatttgttttacggaaagaagtgatgactcaatatttctctatattgatttctattatat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAATTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATTGAAACTAAATAGGGTT-AAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTATTGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCGTTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTT-GAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATCAATgcaagcctttaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cAATAGAAGTTTTATCATTTTGTCTAAGGCTAGATTTTAACTGATCA-CTAACTCTATGC-GGAGCTTGTACTTTCTTGTACTCCGAAGACTTTCTCCCTGATATATTTTCTGTGTCATGCTAGACAAGTATTACCGGCGCCTATTTCTGTA-TTAAAACTT-TATATT--------TTTTTAAT-----TATAT----AAA---CACAGAACA------AATGTGTTT-AAATCACCATTGAATGAATAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atcCCTTATTTTTTATTTCAATCTGC--CTTACTGAATGGAAACTATATAGGGTTTAAAAAATTT-------ATAAGTTAAAAATTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATTAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTAAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCCTTA-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGCCC-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGACCTGA-CATCTCACTCCTTGAAGGAGTTTgtatcactttgatcaatacacaaacaaac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAG-AAAAAATCTAATATAA--------ACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATAGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGCAGAGATATTGCGAATATGAAAAAAGTATTGATCATGTGCAGTGACA-GGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATCTGTTTGTGGGTGAGGTGCATTTTAATGCGGTGTAATATTTAGATGTTTTTGCTTTTTTAATTCTTATAA-TGGCAGTTTCACATACATGTTTGAA---------------------TGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TCTAAg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATACTCA-AAAAAAC----ATTGAC---CTCCCACTGATAAAAC-----CAAATTTTCACATAAAGTC---ACATAATTATGATATTTACAGAACCCT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CGTCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTTGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-A------G-------GGAAGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAATTTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGTTCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTTCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGAAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTAGACTTCCTGTGTAAAACTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCTTTTG-GTTTCCTGTGAGTGACGGTTGCATATA------TGTGTG-----------------TGTGTG-GG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-AG----GG-------AAGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AACGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGTCTCTTCC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTGAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTTTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATTCCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAATATTGATACAC----AAAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGTGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTTATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTGTAA----GG-------GAAGGGGGGGGGGG--------ACAA-TTTTTGTAATTAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTAGACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTAT--TGATGTTTACAGAACTCTGATC-AAAAACACCTACCA-ATCGAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGCATATTCGTCAAGAGAATAGCATTTTTCTTTCACAATGCAG-AAAAATTGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGG-TTTCCATTATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATACGCAGTGACAGTGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTATATATATAGTTGACATACAGAATGAATGATTGTATGCAAGTATTTAAATATTCTTTATTTTT-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAAATTTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATAAGCCATATATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTG-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATATGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGAACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAATAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCGATTTAATGCGGTGTATAATTTTGATGATTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-GGTTTTGGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGT---AA-TTTTTGTGATGAAGGTATGTAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAACCTAAAA-----GAACTCTGAGCGA-AAAACATCTACAAA--T-----CAATGTCTAAATGTTATT-TCTCCTTCACAA-----TG-TAGAAAAATA--TAATATAT--ATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAGAAAAATCTAATa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCATTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGACAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATAT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATATAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGT-CATTGTAATGTGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTATGTGTGTGGGTTTGGTGTGTGTGTG-TG----TG-------GGGGAGGGGGGGGGGGGGG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAGAAAAAA-TCTAATATAAACcgttgtgttaatccaatccagtccttcacaatgtagaaaaatataatatatattcgtcaagagaatattatttctacttcacaatgcagaaaaaatctaatataaacgtcaag
gi|7                          : gtaatggaagtctatcaatttgtccaaggtcagacttgaactgacatctcattccttggaggagtttatactttcttgtactacaaagactttctccctgacagacttcctgtgtaaagttaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataaaaaccacaattaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatattttaaaccactctttaataagtataaatataaacaatcactgtcattttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttatagatctgtttgtgggtggggtcattgtaatgtggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatggtagtttcatatacatgtttgtatgtgtgtgggtttggtgtgtgtgtgtgtgggggaggggggggggggggcgttgtgttaatccaatccagTATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAGTTTGC--CTTACAGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTGAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTTACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCATGTGTAAAGCTAAGAAAGCATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAATACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATAT-------------------TCTATAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCgtcaag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTCA-TGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-AG----GG-------AAGGGGGTGGG---------TAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATT-ACGTTGTTATACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACACCCACTGGTAAAAC-----CAAA------------GTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTAATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTTGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAGTGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATG----------GGAGAACCTTCTTAA


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T            AT                                     TCAAAAA                                               ATAT                                                           TT                               T                               T                                                                                           GGCG   A                                   T               ACTG               A   T      G   A                                 ACAG TA        .                                               A                                                              T           G                           TGTGTGGGTTTGGTGTG      GGTTTTGGTGTGTGT                      A    T                              T                       A      T                       ATCTA    T  TCACA       TAA        A                   T                 T      TC     GAG                                                                               A     A                                                                   T                                  G           T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            .                                      .                                                     .                                                              TT                               .                               .                                                                                           .      .                                   A               .                  A   T      .   .                                 .    .         .                                               A                                                              .           .                           .                      TAAGG                                A    .                              T                       A      A                       .        T  .           .          A                   A                 .      .      .                                                                                 .     T                                                                   .                                  .           C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            .                                      .                                                     .                                                              TT                               .                               .                                                                                           .      .                                   T               .                  A   T      .   .                                 .    .         .                                               T                                                              .           .                           .                      AGGG                                 A    .                              T                       A      A                       .        T  .           .          A                   A                 .      .      .                                                                                 .     .                                                                   .                                  .           C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            .                                      .                                                     .                                                              TT                               .                               .                                                                                           .      .                                   C               .                  A   T      .   .                                 .    .         .                                               T                                                              .           .                           .                      GGGG                                 .    .                              .                       C      A                       .        T  .           .          A                   A                 .      .      .                                                                                 .     .                                                                   .                                  .           C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            .                                      .                                                     .                                                              TT                               .                               .                                                                                           .      .                                   A               .                  A   T      .   .                                 .    .         .                                               T                                                              .           .                           .                      AGGG                                 .    .                              .                       C      A                       .        .  .           .          .                   .                 .      .      .                                                                                 .     .                                                                   .                                  .           .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            .                                      .                                                     .                                                              T                                .                               .                                                                                           .      .                                   C               .                  A   .      .   .                                 .    .         .                                               T                                                              .           .                           .                      TGTG                                                                                             C      .                       .        .  .           .          .                                                   .                                                                                 .     .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            .                                      .                                                     .                                                              .                                .                               .                                                                                           .      .                                   A               .                  .   .      .   .                                 .    .         .                                                                                                              .           .                           .                      AGGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .     .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            .                                      .                                                     .                                                              .                                .                               .                                                                                           .      .                                   A               .                  .   .      .   .                                                                                                                                                               .           .                           .                      AG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            .                                      .                                                                                                                                                     .                               .                                                                                           .      .                                   A                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                               .                                                                                           .      .                                   C                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGGG************
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTGAGGG------------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTTTTACCAAGGAATTATATATAAGTCCTTGATTTTACGAAATTGACTTTTTTTAAGAAAAAGAGCAATTAAATCAAAATGTCTTTATTTTGACATTTTTTATTATGTTTTTATTGAAAATACCTTTAAATAAAACTTACATACGTATTTTCAGAAAATGTCATCGTCAAATTAATGGTTTATTACCAAAACGAAAGTATCCATATCTGGAAATAGGAAATTGGTTAAATTACGAAAAGGACCATTTTTAAGACAAGGCGCGATTAAATCAAAATGTTAGAAAATGTTTTCAGAAAATTCCATCGTCAAATTATTGTTTAACTTGTATTGCCAAAATGAAATTATTCATTTCTTGAAATAAAAAAAACTTTTTTTAAAGAAAAGGAGCAATTAAAACAATATTTCTTTATTTTGACATTTCATATTTATTGAAAAGAACATACGAATTTTTAAAGAAACATAATGCTAACAAACAAATGTTTT
Unaligned ( gi|17 ): CAGTTTATACTGTGTGTGTGGGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGATATGGTATTAATATCATGTTTTTGCAAAGTTGGGAGAATAATATCAAAGAATATT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1111                                                                                                                                                                  33333333333333333      1111111111111111                                                         1                                                      11111       11111       111                                                            111                                                                                     1                                                                                                                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           4            55                                     3333333                                               9999                                                           33                               3                               3                                                                                           7777   3                                   1               9999               1   1      4   4                                 0000 66        5                                               1                                                              4           4                           11111111111111111      9999999999999999 0                   3    6                              5                       1      1    0                  44444    5  44444       000        1                   3                 6      99     000                                                                               5     0                                                                   6                                  6           1                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .            ..                                     .......                                               ....                                                           ..                               .                               .                                                                                           ....   .                                   .               ....               .   .      .   .                                 .... ..        .                                               .                                                              .           .                           .................      ................ .                   .    .                              .                       .      .    .                  .....    .  .....       ...        .                   .                 .      ..     ...                                                                               .     .                                                                   .                                  .           .                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           0            55                                     0000000                                               4444                                                           77                               6                               6                                                                                           7777   6                                   0               4444               9   8      4   4                                 6666 99        0                                               0                                                              4           4                           11111111111111111      6666666666666666 9                   2    7                              5                       3      7    1                  33333    0  33333       000        4                   5                 7      22     000                                                                               0     0                                                                   7                                  7           0                                       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
Reference ( family-177 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCATTTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-A---------------------GGGAAGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGCCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTGTATGCAATTATTT---------TTATTTTG-A-----ATCTACATCTCACTGAATGGAAATTAAATGGGGTTTTGAA-GTTTTCAAAAAATAACTTACAATTTGCTTAA--AT-GTTAAATTTGTATAAATGAGCC----ACATTT-------AG------AACAAAAGTCTACTTCATTGCACAATTAAAAGTTTTTAT-----------ATGAAAAATTAATGGAAGCCT-GTCAGTTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTAGAAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAA----------------AGACTTCCTGTGTCAAGCTAA-AAAATATTATC----TCT-TTTCTGTAT-----AT-------ATAAAAAACATATTTAATATTGATACACACTGAGAAGTTACACAACA------AATGT-TTTAAAACCACTCTTTAATTAATATAAACACAAACAAACAGTTACACTGTCA-TTTTTT-TCAAAGAGTAAACTTATATAGAGATTGCAGTctctatgaaacagagcaattaaataaacatttatttttattttctattattttacaattttattgaaaaaaaacatgacattcatattaccagaaaatgtcattgtcaaattaaacattttattaccaaaatggaacgatccatatccggaaagaatatttttaaataaggagccattataaatcattgatattgaaaaggccattaaaaaaacttgacttatattttttttaaaaaatcattgaagactaaatgttttatcaatttaccaaagttaaatcatttgttttacggaaagaagtgatgactcaatatttctctatattgatttctattatat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAATTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATTGAAACTAAATAGGGTT-AAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTATTGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCGTTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTT-GAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATCAATgcaagcctttaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cAATAGAAGTTTTATCATTTTGTCTAAGGCTAGATTTTAACTGATCA-CTAACTCTATGC-GGAGCTTGTACTTTCTTGTACTCCGAAGACTTTCTCCCTGATATATTTTCTGTGTCATGCTAGACAAGTATTACCGGCGCCTATTTCTGTA-TTAAAACTT-TATATT--------TTTTTAAT-----TATAT----AAA---CACAGAACA------AATGTGTTT-AAATCACCATTGAATGAATAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atcCCTTATTTTTTATTTCAATCTGC--CTTACTGAATGGAAACTATATAGGGTTTAAAAAATTT-------ATAAGTTAAAAATTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATTAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTAAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCCTTA-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGCCC-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGACCTGA-CATCTCACTCCTTGAAGGAGTTTgtatcactttgatcaatacacaaacaaac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAG-AAAAAATCTAATATAA--------ACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATAGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGCAGAGATATTGCGAATATGAAAAAAGTATTGATCATGTGCAGTGACA-GGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATCTGTTTGTGGGTGAGGTGCATTTTAATGCGGTGTAATATTTAGATGTTTTTGCTTTTTTAATTCTTATAA-TGGCAGTTTCACATACATGTTTGAA---------------------TGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TCTAAg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATACTCA-AAAAAAC----ATTGAC---CTCCCACTGATAAAAC-----CAAATTTTCACATAAAGTC---ACATAATTATGATATTTACAGAACCCT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CGTCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTTGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-A------G-------GGAAGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAATTTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGTTCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTTCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGAAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cTAGACTTCCTGTGTAAAACTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAAt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TGCTTTTG-GTTTCCTGTGAGTGACGGTTGCATATA------TGTGTG-----------------TGTGTG-GG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-AG----GG-------AAGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AACGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGTCTCTTCC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTGAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTTTCTTATTTGTATAAATAAGCC----TTATTTCATTCCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACAATTAATATTGATACAC----AAAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGTGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTTATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTGTAA----GG-------GAAGGGGGGGGGGG--------ACAA-TTTTTGTAATTAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTAGACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTAT--TGATGTTTACAGAACTCTGATC-AAAAACACCTACCA-ATCGAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGCATATTCGTCAAGAGAATAGCATTTTTCTTTCACAATGCAG-AAAAATTGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGG-TTTCCATTATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATACGCAGTGACAGTGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cTATATATATAGTTGACATACAGAATGAATGATTGTATGCAAGTATTTAAATATTCTTTATTTTT-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAAATTTGCTTAATGTTTGTCTTATTTGTATAAATAAGCCATATATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTG-----------TATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATATGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGAACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAATAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCGATTTAATGCGGTGTATAATTTTGATGATTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-GGTTTTGGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGGGGGT---AA-TTTTTGTGATGAAGGTATGTAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAACCTAAAA-----GAACTCTGAGCGA-AAAACATCTACAAA--T-----CAATGTCTAAATGTTATT-TCTCCTTCACAA-----TG-TAGAAAAATA--TAATATAT--ATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTCCTTCACAATGCAGAAAAATCTAATa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCATTCCTTGGAGGAGTTTATACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGACAGACTTCCTGTGTAAAGTTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAACCACAATTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATAT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATATAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGT-CATTGTAATGTGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGTAGTTTCATATACATGTTTGTATGTGTGTGGGTTTGGTGTGTGTGTG-TG----TG-------GGGGAGGGGGGGGGGGGGG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATATATATTCGTCAAGAGAATATTATTTCTACTTCACAATGCAGAAAAAA-TCTAATATAAACcgttgtgttaatccaatccagtccttcacaatgtagaaaaatataatatatattcgtcaagagaatattatttctacttcacaatgcagaaaaaatctaatataaacgtcaag
gi|7                          : gtaatggaagtctatcaatttgtccaaggtcagacttgaactgacatctcattccttggaggagtttatactttcttgtactacaaagactttctccctgacagacttcctgtgtaaagttaagaaagtattacctcttttctgtatttacaatttctacaataaaaaccacaattaatattgatacacagaagttacagaacaatatttaatattttaaaccactctttaataagtataaatataaacaatcactgtcattttttctcgaagagtaaacgtttgttgagactgcagtatactgttatagatctgtttgtgggtggggtcattgtaatgtggtgtattattttgatgtttttgcttttaaactcttataatggtagtttcatatacatgtttgtatgtgtgtgggtttggtgtgtgtgtgtgtgggggaggggggggggggggcgttgtgttaatccaatccagTATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAGTTTGC--CTTACAGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTGAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTTACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCATGTGTAAAGCTAAGAAAGCATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAATACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATAT-------------------TCTATAATAAGTATAAATAGAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCgtcaag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cTATACTGTTATAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTCA-TGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTA-AG----GG-------AAGGGGGTGGG---------TAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATT-ACGTTGTTATACTCATAAAAACCTAAAAATAACAAACACCCACTGGTAAAAC-----CAAA------------GTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTAATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTTGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAGTGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATG----------GGAGAACCTTCTTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AATGTTTTACCAAGGAATTATATATAAGTCCTTGATTTTACGAAATTGACTTTTTTTAAGAAAAAGAGCAATTAAATCAAAATGTCTTTATTTTGACATTTTTTATTATGTTTTTATTGAAAATACCTTTAAATAAAACTTACATACGTATTTTCAGAAAATGTCATCGTCAAATTAATGGTTTATTACCAAAACGAAAGTATCCATATCTGGAAATAGGAAATTGGTTAAATTACGAAAAGGACCATTTTTAAGACAAGGCGCGATTAAATCAAAATGTTAGAAAATGTTTTCAGAAAATTCCATCGTCAAATTATTGTTTAACTTGTATTGCCAAAATGAAATTATTCATTTCTTGAAATAAAAAAAACTTTTTTTAAAGAAAAGGAGCAATTAAAACAATATTTCTTTATTTTGACATTTCATATTTATTGAAAAGAACATACGAATTTTTAAAGAAACATAATGCTAACAAACAAATGTTTT
Unaligned ( gi|17 ): CAGTTTATACTGTGTGTGTGGGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGATATGGTATTAATATCATGTTTTTGCAAAGTTGGGAGAATAATATCAAAGAATATT