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Reference ( gi|3 ) : TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGACAGTTCCATATACATGTTTGTA--TGTGTGTAAG----GG-------------AAGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTTT-----AAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AACGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATAT------TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGTCTCTTCC
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gi|1 : cTATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACACTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAATATAAATACAAACAA----T--CACTGTCATTTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTAAAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGC-TTTTAAACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTA--TGTGTGTAAG----GG-------------AA----------GGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGA-TTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTTT-----AAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAG-AAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGCCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAGAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATAT------TGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCCt
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Reference ( family-177 ) : TATATATATAGTTGACATACAGACTGAATGATTGTATGCAAGTATTTCAATATTCTTTATTTTC-ATTTCAATTTGC--CTTACTGAATGGAAACTAAATAGGGTTTAAAAAGTTT-------ATAAGTTAAACTTTGCTTAATGATTGTCTTATTTGTATAAATAAGCC----ATATTTCATACCAAATATTTTAACCAAAGTCCACATCATTGCACAATTGAAAGCCTTTATTATATATCATTATGAAAAAGTAATGGAAGTCT-ATCAATTTGTCCAAGGTCAGACTTGAACTGA-CATCTCACTCCTTGGAGGAGTTTGTACTTTCTTGTACTACAAAGACTTTCTCCCTGATAGACTTCCTGTGTAAAGCTAAGAAAGTATTACC----TCT-TTTCTGTATTTACAATTTCTACAATAAAAAACACANTTAATATTGATACAC----AGAAGTTACAGAACAATATTTAATGT-TTT-AAACCACTCTTTAATAAGTATAAATACAAACAA----T--CACTGTCA-TTTTTTCTCGAAGAGTAAACGTTTGTTGAGACTGCAGTATACTGTTANAGATCTGTTTGTGGGTGGGGTGCATTTTAATGCGGTGTATTATTTTGATGTTTTTGCTTTTA-AACTCTTATAA-TGGCAGTTCCATATACATGTTTGTATG-----------------TGTGTG-AG----GG-------GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAACAA-TTTTTGTAATGAAGGTATATAAGTTATCGATTTACATTGTTATACTCATAAAAAACTAAAAATAACAAACTCCCACTGGTAAAAC-----CAAATTT-----TAAAGTC---ACATTATTATGATATTTACAGAACTCTGATCGAAAAACACCTACCA-ATCAAT--GTCTA---AATGTTATTTCTCCTTCACAATGTAGAAAAATATAATGTATATTCGTCAAGAGAATATCATTTTTCCTTCACAATGCAG-AAAAA-TGTAATATAAACAGATAAACGTCAAGAAGGTTCAATACTCTCCAAAAATGGAGGTTTGGGTTTTTCA-TATTCGCAGGAGAGATATTGCGAATATGAAAAAA-TATTGATCATGCGCAGTGACAGGGGAACCTTCTTGATAAATAGCCTCTTCC
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Unaligned ( gi|17 ): CAGTTTATACTGTGTGTGTGGGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGGATATGGTATTAATATCATGTTTTTGCAAAGTTGGGAGAATAATATCAAAGAATATT