lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 444444444444444444444444444444 1111111111 111 1 333333333333 1111111111 3333333333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333333 111111 222222 222 1111
lowQualScore : 7 0 777 888888888888888888888888888888 4444444444 888 0 55 3 999999999999 6666666666 7777777777777777777 777 88888 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 888888888888 222222 4 4 4 999999 0 4 2 666 77 6666
lowQualScore : . . ... .............................. .......... ... . .. . ............ .......... ................... ... ..... ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ............ ...... . . . ...... . . . ... .. ....
lowQualScore : 3 7 444 666666666666666666666666666666 6666666666 444 3 55 2 333333333333 6666666666 5555555555555555555 555 33333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 444444444444 666666 0 0 0 111111 2 1 0 333 11 0000
consensus : AACTCCATTTTGTAAAC-----ACA---AACTATT----TA-TT-ATTTAGTG----TTNAACNTAATTTTCGACCAA--CCACTGGNA--ATG---NCAT--CA------TTCTN-----------A----GCGTC--AGTAT-----GCAAATGAAG---NG-CCC----A--AGCTCAC--NANACTT-T-T----TT--TC-ATT-AA----ATG-----CA---A------AATG-AAGCGTT----C-G-A-G-T--TCA-TGAC---N-TAATTATT-T--G--T--T------T-GTN-----AC-GTGATGTNTG--GTNTGATG-T-CTA-TC-CGCC-T--TTCAGC---GTTCT----TG---TCTGAACNCT--AAA-CGAA---------ACAAT-AT----------TGCT----------TT---AACAG-AAAC---T-CAATA--TNA-C-TGTGTTTTAACGAAATAA--ATTN---ATACAAAA-TTTGAA-A-A-TC-AAGG-CAATCTGATTGGATAGAAAA-TTAGA---TTGAACACT
Reference ( gi|1 ) : AACTCCACTTTATAAAC-----ACA---AACTATT----TA-TT-ATTTATTA----TTTAACTTTATTTTCGATCAA--CCACTGAAA--ACG---ACAT--TA------TTCTT-----------A----ATGTC--AGTAT-----GCAAATGAAA---TG-CCC----A--AGCTAAC--TATACCT-T-T----TT--TC-ATT-AA----ATG-----CA---A------AATG-AAGCGTT----C-A-A-G-T--TCA-TGAC---C-TAATTATT-T--A--T--T------T-GTG-----AC-GTGGTGTCTG--GTTTGTTG-T-TTA-TCGTGCC-T--TTCGGT---GTTCT----TT---TCTGAACACT--AAA-CGAA---------ACAATGAT----------TGCT----------TT---AATAG-AAAC---C-CAATA--TCA-CATGTGTTTTAACGAAACAG--GTAG---ATACAGAA-CTTGAA-A-A-TC-TAGC-CAATCTAACTGGCTCGAAAA-CTAGA---CTGAACACT
gi|8 : AACTGCACTTAATAAAT-----AC---------------TA----ATTTAT-A----TAGAA-----TTTTCGACCAA--CAATTG-------G---TCATGCCA------TTCTG-----------A----GAATT--GGTTT-----GCAAATGAAG---TG-TTA----C--AGCT--C--TGTATAT-TAC----TT--GC-ATTCAATG--ATG-----CA---G------A-TG-AAGCGTT----T-A-A-G-T--TGA-TAAC---T-T-TTTATT-T--T--T--T------T-GTC-----AG-ATGATGTATG--GTGTGATGTT-TTA-TC-TGCC----TTCAGC---GTTCT----TG---TCTGAGGTCT--GAA-CAAA---------ATA--GAG----------TGCTTGATTTAAAATT---AATAGAAAAC---T-GAAAA--AAA-C-TGTGTTTTAAC
gi|12 : AAC-CCATTTTG-AAACTGTTAACA---AACTATT----AC-TTCAGTTACTAAGTTTTCAATTTAATTTTCAAGCAA--TTGTTGGCA--ATG---ACAT--AT------TTTTT-----------A----GCGTC--AGTAT-----GCAAATGAAC---CG-CAC----A--ATTAAAC--TGTACTT-------------------------ATG-----C----A------GTTG-AAGCGGTGAAAC-A-ACG-C--T---TGGC---A-TAGTTATC-T--G--T--TTTGCTAT-GTT-----AT-GTGATATCTA--GTTTGTCG-T-ttaattagttcatacaa
gi|9 : ttAACTCAATTT----AAC-----ACATGTAAATATTAACTTA-TA-GTTTATTG----TTTATCCAAATTTTCAACAGA--CCACCGGCT--CTT---GCAT--CA------TTCTT-----------ATCTTTTGTA--GGAAT-----GCAAATAAAT---TG-TTCTAGTG--AGTTCCC--TAGATTTCT-T----TT--TA-ATC-AAAATTATG-----CA---A------AAT--AAGCATT----C-A-A-GCC--CCA-TGAC---C-TAATTATTAT--A--T--T------T--TG------C-ATGA-G-CTG-----TGATG-T-CAA-GCCCACC----TTCAGT---GTTGT----TA---TCTGAACCCT--A
gi|4 : gttggTGTAAGC-----ACT---GACTGAC----TG-CT--CTTAGTA----TTAAACCTAATTTTAGACCAA--CCACTGTGGCTACGT--GCAT--TGACTTAGTTCTG-----------A----TCATT--GGTAT-----GCAAATGAAG---AG-CCC----T--AGCTCTC--GAGAC----------------------------------------A------AATG-AGGTGTT----C-AGA-C-TCATCA-TGAC---A-TCGTGATG-T--G--T--T------T---------ACTGTGATGTCTA--AAT----------A-TCCTGCC-T--TTTGGC---ATTC-----------CTGA---TT--TAG-TGGA----------CAA--AT----------T--------------T---A-CAA-AAGT---TGCAAT---TCA-------TTTTAACGAAATAA--GTTT---ATACAAAA-TTTGAA-A-A-TC-AAGA-CAAACTGATTGAACAGAAAA-TTAGA---TTAAACACT
gi|6 : tttgttaaatcttcaataataccTAAA--------A---AAATATTGGA-TA-TT-GTTTGTTA-------AACTT-ATGTTCGTCCAA--CCACTGGCA--ATG---TCAT--CA------TTCTTTGCCAGCCGGAA----ATCTC--ATCATTCATTACAAACGAAGCATTA-TCT---------CTCAC--CAAACCC-T-T----AT--TC-AAT-GAT---ATA-----CA---A------A-TA-AAGCGTT----C-G-A-T-T--TCATTGA----G-TAGCTATC-T--G--TTAT------T-GAC-----AC-GTGGAGTATT--GCATGAAG-T-GTAGTC-CGAT-T--TTAAGT---GGTCT----TG---TCTAAAC-C-------CGAA---------ATAAT-AT----------AGTG----------TTGAAGATAA-AAA------CGACA--TAA-CCTGTATTT--ACACAATAG--ATGT---ATTCATCA-TTTAAA-A-A-T
gi|5 : TAAAC-----ACT---AACC-------TA-TT---TTAGTG----GTTAAAATACTTTTCGA-CAAATCCACTGGAA--ATG---TCAT--CA------CTCTC-----------G----TCGT---AGTAT-----GCAAAGAAAA---GA-TCC----A--CGC
gi|2 : ttgttaaaacgtatattagctgtt-----ATA---AA-TACT----CACTT-ATTTAGTG----TTGAACATAATATCTGACCAA--TCACTGGAA--ATG---TCAT--CA------TTCTA-----------A----GCATT--ATTAT-----TTAAATGGAG---TA-TCC----A--AGTAAAC--AAGATTT-C-TTCCATT--TA-ATT-AT----ATG-----C----A------AATA-AAGCAT------------------A-TGAT---A-TAATTATTAG--A--T--TC-----T-ATAGAATCAC-AATATGCATA--ATGTGATG-T-CTA-AC---CCATA-TTCAGT---GTTCT----TA---TTTAAATTCT--AAATCAAATACACACCGACATTAATCTAGTAATAATGTT----------TT---AACGG-AA-------TAATAGTTCATCATAACATTTAACAAAATAA--ATTC---ATACAAAT-AATGAT-A-A-TC-AAAG-CAATCTGACTGGcccgttaattacttataacgtggctcctggctagatgttatgtgacttaaagtccggtatgagcgttcatgacgttgctgcatgtctgaattttaggtaaacaaaatacaagaaaaagtgacaattctgtgtgttagcgaactaagttgacacaagagctgtgaatcaaaccaacctgctttgatggaccgttagattgaa
gi|13 : ttaTATA----TACTT-ATTTAGTG----TTAAACTTTAGTCTCACCCAA--CTACCGGTG--ATG----CAT--CA------TTCT-----------------GTGTCTTATTAT-----GCAAATGAAG---GG-TCA----C--AGTTCAA--AAGACAT-T-T----TCAATC-AAT-AAG---ATA-----C----A------CATG-AAGTGT
gi|17 : tgaagatttaacaaaatataacctcaaacgtagtgattgtaaggaactagaatggctacttcactcaaT-ATTTGGTT----TTTAGCGTAATTTTCGACCAA--CGACTGTTA--ATT---ACGT--CA------TTCTT-----------A----ACGTC--ACGAT-----GCAAATGAAT---CGTCCC----A--AGc
gi|7 : ttaaaaatcaactttaggagtcttaacgAACCCCATTGTCGGCCAA--C-------A--ATGTTTATAT--TA------GTCTG-----------C----ACTTT--AGTAT-----GCAGCTGAAG---AG-CTT----A--AGCTCACCACATATCTAT-T----TT--TCAAAT-AT----ATG-----CA---T------ACGGTATGCATA----CGA-A-G-T--TCA-TAACGTAG-TAATTATT-T--C--T------------TG-----AC-GTAATGTATG--A--TG------TCA-TAATGTC-T-----AGA---GTTTT----TG---TCTTACCACT--AAT-CAAA---------CC----AT----------TACT----------TA---ATTTG-ACACATTT-TGATA--TAA-ACTGTATTTT--------AT--GTTT---GTACTAAA-TTCGAA-A-ACTC-AAGG-CAATCTGGTTAGACAGAAAATTTAGG---TTGACCA
gi|3 : ACTGGTA--AAG---ACAT--CC------TTTTG-----------A----GCGTC--AGTAT-----GCAAATGAGG---TA-CCC----A--A--CATC--TATA-TT-T-C----TC--CC-ATT-CA----AT-------A---ATATGTCAATG-TATCTTT----C-G-T-A-C--TCA-TGAT---CATA--TATT-T--AT-T--T------T-GTC-----AC-GTGATGCACGAAGCTC-TCC-C-TTA-TCGT----T--ATGGATTGGGTTCT----T--------AACAAT--ATA--G-------------AATGTT----------TGAT----------TT---AATAG-AGA----------A--TC----T-TGTTTTAA----------GTTG---ATATACAA-TTTAAACA-A-Tataa
gi|10 : tattttggttaaactagatttagaatatgtagtacatttacttttaattagtgtttggacaaattgtctacaaggaTT--AGTAT-----GCAAACGAA-----G-CCT----ACCAGCTTGC--TA-AATT-T-C----TT--AC-ATT-AA----ATGTTAAACA---A------AA-G-CAGCGTT----T-G-ATC-T--TTATTGAA---C-T--TTATT-T--ATTT--T------T-GTT-----AC-GTGATGTCCT--ATACGATG-TCTTG-TC-CGCC-T--TTTAGC---ATTAT----CG---TCTGA-------------AA---------ACAG--------------TGCT----------TG---AACGT-A--------CAAAA--TC----TGTATTTTAAAGAAATTGTTTTAA---A-AC--AA-TATGAA-A-A-TCATGACACTCTCTGATTGGTTATACAA-TTAGA---TTGAACaagaagttatgcttttagagttaattaatttaaac
gi|11 : --TC-ATT-TAT---ATG-----CA---A------CA-G-AAGTGAT----G-A-A-G----------AC---G-TAACTTTT-TTAA--G--T------T-GC------AC-GTGATGTTTG--ATATGTTT-T-CTA-TC---CC-GAGTTCAGT---GTTCTGATCTTGGCTCTAAATAGC--AAT-CGAA---------TAAAT-AT----------TACT----------TT---GGAAA-TAAC---C-TAAT-----A-CGT---TTTTAATGAAATAA--ATTC---ACACTG---TTTGAA-ATA-TT-TAGG-CCATTTAATAGGGTTAAACA-TTCAG---TTGAACACT
gi|18 : C-ATT-CA----ATGA----TAGGCA------AATG-AGTCATT----C-A-A-G-T--TCA-TGAT---T-TAATAATT-T--C--T--T------TCGTC-----AC-CTGACGACTG--GTGTTATG-T-CTA-TCACATC-T--TCCAGT---GTTTT----TT---TCTGAAa
gi|14 : -TATTTATT-T--G--T--T------T-TTGTC---AC-GTGATATATG--GT-----------A-TAGCCCA-TA-TTCAAC---GTTCT----TG---T--GAAAATTGTAAA-CAAA---------GAAGAGTT----------TGAT----------TC---AAAAGCAAAC---T-GAA-A--TAA-CTTGTGTTTTAACGAAA-AA--ATAGTTTATAAATAA-CTT--------T---------ATCTGATTGGATAGAACA-TTATA---TCGAACA
gi|15 : cgT---GTTCT----AG---TCCGAACTCT--AAA-TAAA---------ATAAT---------------------------TT---GACA--AAAC---C---ATG--TTT-TA---ATTTTAA-AAAATAA--ATTA---ATACAAAATCTTACA-A-T-TC-AAAG-CAATCTGACAGGATAGAAAA-CTAGA---TGAAACACT
gi|20 : tttgtcattctGTTTAGACGAAAT-G--ACCG---ATACGAAA-TTTGAA-A-A-TC-AAAG-CAATCTGATTGGAT--AAAA-CAAAAAATTTAAACACT
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AATTAAAATTTGGCGACAATTGTCAGGAATTAAAAAGAAATCCTTTGCATCTAAATGAAAATAAGAGGTAGCCACGCATTCATTGTCCACATCTATTGTTCTCTCATTCAAT
Unaligned ( gi|19 ): TTCATTTAATAACTTCTGATTTAGTGTTAAACTTAGTCTTCTGGTCAGTGCTTCATTCGGGGCGTTGTTATACTAATGAAGCGCTCCTGGTCAC
Unaligned ( gi|21 ): TTGACGATATTAATTGATATGATGCTTAAAATCAAGTCACTCTGGTTGAACAGAATATTAAGTTGAGCACACTAA
Unaligned ( gi|22 ): AACGAAATAAAGTTATGTCAAATTTGAAAGTCAAGGCAATTTGATTGGACAAACAATGAGGCTGAGCATT
Unaligned ( gi|23 ): TGAAGTTTTGACAAAACATAGTTATCATAGGGAGTAAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 111111 22222222222222 111111111111 1111111111 1111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222 22222222222222222 222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 333333 444444 4 66666666666666 1 2 3 2 3 4 222222222222 4 555 0 77777 5555555555 3 77777 3 2 555 2222222 44 2 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 444444444444444 0 3 3 2 1 9999 2 44 888 99999999999999999 2 3 2 555 3 333333333333 33 888 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 33 2 1 1 1 3 3 3 1 44 2 3 3
lowQualScore : . ...... ...... . .............. . . . . . . ............ . ... . ..... .......... . ..... . . ... ....... .. . . .................................................... . . ............... . . . . . .... . .. ... ................. . . . ... . ............ .. ... ....................................................................................... . .. . . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 2 000000 222222 0 55555555555555 7 2 1 1 1 0 555555555555 0 444 2 55555 5555555555 4 11111 8 9 000 6666666 88 2 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 9 222222222222222 8 1 1 9 0 8888 9 66 999 11111111111111111 9 0 0 000 1 666666666666 66 555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 77 7 6 9 2 1 1 1 0 66 1 6 6
consensus : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACNAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTN----AGC----G-----TCGGTAT-----GCAAATGAAGCG-C---CC----A--AGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CNTA---ATTATT-TG-T---T------T-------GTCAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTCT-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CA-ATATAA-C-TGTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-T-CAAGGCAATCT--GATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
Reference ( family-1757 ) : AACTCCATTT------TGTAAAC-----ACAAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTN----AGC----G-----TCAGTAT-----GCAAATGAAGNG-C---CC----A--AGCTCA-CNANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CNTA---ATTATT-TG-T---T------T-------GTNAC-GTGATGTNTGGTNT---GA-TGTCT-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACNCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CA-ATATNA-C-TGTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-T-CAAGGCAATCT--GATTGGATAGAAAA-TTAGA-TTGAACACT
gi|1 : AACTCCACTT------TATAAAC-----ACAAACTATT----TA---TTATTTATTATTTA-ACTTTATTTTCGATCAA-CCACTG---------AA-AACGAC---ATTATTCTT----AAT----G-----TCAGTAT-----GCAAATGAAATG-C---CC----A--AGCTAA-CTATA---CCT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-AA-G-T--TCA-T-GA-CCTA---ATTATT-TA-T---T------T-------GTGAC-GTGGTGTCTGGTTT---GT-TGTTT-A-TCGTGCCT-TTCGGTGTTCTTTTCTGAACACTAAA------------CGA---------AAC--AATGA--T--TGCT----------TTAATAG-A-----AACC--CA-ATATCA-CATGTGTTTTAA--CGAAACA-GGTAGATACAGAACTTGAAA-A-T-CTAGCCAATCT--AACTGGCTCGAAAA-CTAGA-CTGAACACT
gi|10 : -----TTAGTAT-----GCAAACGAAG---C---CT----ACCAGCTTG-CTAAA----TT-TC----TT--ACAT-T-AA----ATGTTAAACA---A------AA-GC-A-GCGTT----T-GA-TCT--TTA-TTGA-ACT-----TTATT-TA-T---T------TTT-----GTTAC-GTGATGTCCTATAC---GA-TGTCTTG-TC-CGCCT-TTTAGCATTATCGTCTGAA-------------------------------AAC--AGT--------GCT----------TGAACGT-A-----------CA-AAAT---C-TGTATTTTAA--AGAAATT-GTTTTA-AAACAATATGAAA-A-T-CATGACACTCTCTGATTGGTTATACAA-TTAGA-TTGAAC
gi|11 : --TCAT-T-TAT---ATG-----CA---A------CA-GA-A-GTGAT------GA-A----------GA-CGTA---ACT-TT-TT-TAAGT------T-------G-CAC-GTGATGTTTGATAT---GT-TTTCT-A-TC-CCGAG-TTCAGTGTTCTGATCTTGGCTCTAAATAGCAAT-----CGA---------ATA--AAT-A--T--TACT----------TTGGAAA-T-----AACC--TA-ATA------CGT-TTTTAA--TGAAATA-AATTCACAC--TGTTTGAAATA-T-TTAGGCCATTT--AATAGGGTTAAACA-TTCAG-TTGAACACT
gi|12 : AAC-CCATTT------TG-AAACTGTTAACAAACTATTACTTCAG--TTACTAAGTTTTCA-ATTTAATTTTCAAGCAA-TTGTTG---------GC-AATGAC---ATATTTTTT----AGC----G-----TCAGTAT-----GCAAATGAACCG-C---AC----A-------A-TTAAA---CTG-TA----CT--T------------ATG-----C----A------GTTGA-A-GCGGTGAAAC-AACG-C--T---T-GG-CATA---GTTATC-TG-T---TTTGCTAT-------GTTAT-GTGATATCTAGTTT---Ga
gi|13 : ttTATA----TAC--TTATTTAGTGTTAA-ACTTTAGTCTCACCCAA-CTACCG---------GT-GATG-C---ATCATTCTG----TGT----C-----TTATTAT-----GCAAATGAAGGG-T---CA----C--AGTTCA-AAAGA---CAT-TT----TCAATCAA-T-AAG---ATA-----C----A------CATGA-A-GTGTtcgt
gi|14 : tgaagatttaacaaaatataacctcaaacgtagtgattgtaaggaactagaatggctacttcactcaa-CGTA---TTTATT-TG-T---T------TTT-----GTCAC-GTGATATATGGTAT---A---GCCC-A-TA-------TTCAACGTTCTTGTGAAAATTGTAAA------------C-A---------AAG--AAG-AGTT--TGAT----------TCAAAAGCA-----AACT--GA-A-ATAA-CTTGTGTTTTAA--CGAAA-A-AAT--------AGTTTATAA-A-T--AACTTTATCT--GATTGGATAGAACA-TTATA-TCGAACAc
gi|15 : GTTCTAGTCCGAACTCTAAA------------TAA---------AAT--AAT---------------------TTGACA--A-----AAC---CATGTTTTA------ATTTTAA---AAAATA-AATTAATACAAAATCTTACA-A-TTCAAAGCAATCT--GACAGGATAGAAAA-CTAGA-TGAAACACT
gi|17 : tttgtcattcttTATTTGGTTTTTA-GCGTAATTTTCGACCAA-CGACTG---------TT-AATTAC---GTCATTCTT----AAC----G-----TCACGAT-----GCAAATGAATCGTC---CC----A--AG
gi|18 : ttaaaaatcaactttaggagtcttaacgCAT-T-CA----ATGA----TAGGCA------AATGA-G-TCATT----C-AA-G-T--TCA-T-GA-TTTA---ATAATT-TC-T---T------TC------GTCAC-CTGACGACTGGTGT---TA-TGTCT-A-TCACATCT-TCCAGTGTTTTTTTCTGAA
gi|19 : ATTTAGTGTTAA-ACTTAGTCTTC-----------TG---------GTCAGTGCT----TCATTCGG----GGC----G-----TTGTTAT-----ACTAATGAAGCG-C---TC----C--TGGTCA-C
gi|2 : ttcatttaataacttctg-----ATAAA-TACT----CAC--TTATTTAGTGTTGA-ACATAATATCTGACCAA-TCACTG---------GA-AATGTC---ATCATTCTA----AGC----A-----TTATTAT-----TTAAATGGAGTA-T---CC----A--AGTAAA-CAAGA---TTT-CTTCCATT--TAAT-T-AT----ATG-----C----A------AATAA-A-GCAT-----------------A-T-GA-TATA---ATTATT-AG-A---T------TCTATAGAATCAC-AATATGCATAATGT---GA-TGTCT-A-AC-C-CATATTCAGTGTTCTTATTTAAATTCTAAATCAAATACACACCGACATTAATCTAGT--AAT-A--A--TGTT----------TTAACGG-AATAATAGTT--CA-TCATAA-C-----ATTTAA--CAAAATA-AATTCATACAAATAATGATA-A-T-CAAAGCAATCT--GACTGG
gi|20 : ttaGTTTAGA--CGAAATG-A-CCGATACGAAATTTGAAA-A-T-CAAAGCAATCT--GATTGGATAAAACA-AAAAATTTAAACACT
gi|21 : acccaTTGA--CGATATT-AATTGATATGATGCTT-AAA-A-T-CAAGTCACTCT--GGTTGAACAGAATA-TTAAG-TTGAGCACaa
gi|22 : AA--CGAAATA-AAGTTATGTCAAATTTGAAA-G-T-CAAGGCAATTT--GATTGGACAAACAA-TGAGG-CTGAGCATTactaa
gi|3 : ATT----TACTTTTAATTAGTGTTTGGACA-AATTGTCTACAAG-GAACTG---------GT-AAAGAC---ATCCTTTTG----AGC----G-----TCAGTAT-----GCAAATGAGGTA-C---CC----A--A---CATCTATA----TT-TC----TC--CCAT-T-CA----AT-------A---ATATGTCAATGT-A-TCTTT----C-GT-A-C--TCA-T-GATCATA-----TATT-TATT---T------T-------GTCAC-GTGAT-----GCAC---GA-AG-CT-C-TC---CCT-T--ATCGTTATGGATTGGGTTCTTAA------------CAA---------TATAGAAT-GT-T--TGAT----------TTAATAG-A-----G------A-AT-----C-T-TGTTTTAAGTTGATATACAATTTAAACAA
gi|4 : tattttggttaaactagatttagaatatgtagtac------TGTAAGC-----ACTGACTGAC----TG---CT-CTTAGTATTAA-ACCTAATTTTAGACCAA-CCACTGTGGCTACGTGC-ATTGAC---TTAGTTCTG----ATC----A-----TTGGTAT-----GCAAATGAAGAG-C---CC----T--AGCTCT-CGAGA---C---------------------------------------A------AATGA-G-GTGTT----CAGA-C-TCATCA-T-GA-CATC---GTGATG-TG-T---T------T----------ACTGTGATGTCTAA-------A-TATC-----C-TGCCT-TTTGGCATTCCTGATTTAG---TGGA------------CAA---------A-----------------T----------TTA-CAA-A-----AGTTG-CA-AT-TCA-------TTTTAA--CGAAATA-AGTTTATACAAAATTTGAAA-A-T-CAAGACAAACT--GATTGAACAGAAAA-TTAGA-TTAAACACTtaagaagttatgcttttagagttaattaatttaaac
gi|5 : tttgttaaatcttcaataataccTAAAC-----ACTAACC-------TA---TT--TTAGTGGTTA-AAATACTTTTCGACAAATCCACTG---------GA-AATGTC---ATCACTCTC----GTC----G-----T-AGTAT-----GCAAAGAAAAGA-T---CC----A--CGCCC-------------------------CGT-T-AA----TTA-----C-------------TTATA-ACGT--------G-G-C--TCC-T-GG-CTAG---AT------G-T---TA-----T-------GTGAC-TTAAAGTCCGGTAT---GAGCGTTC-A-T---GACG-TT--GC-TGCATGTCTGAATTTTAGG------------T-A---------AAC--AA--A--A--TAC-------------AAGAA-A-----AAGTGACA-AT-T---C-TGTGTGTTAG--CGAACTA-AGTTGACACAAGAGCTGTGA-A-T-CAAACCAACCT--GCTTTGATGGACCG-TTAGA-TTGAA
gi|6 : ttgttaaaacgtatattagctgttTAAA--------AAAATATTGGA-TA---TTGTTT---GTTAA-ACTTA-TGTTCGTCCAA-CCACTG---------GC-AATGTC---ATCATTCTTTGCCAGCCG--GAAATCTCATCATTCATTACAAACGAAGCA-TTATCT---------CTCA-CCAAA---CCC-TT----AT--TCAA-T-GAT---ATA-----CA---A------A-TAA-A-GCGTT----C-GA-T-T--TCATT-GA--GTA---GCTATC-TG-TTA-T------T-------GACAC-GTGGAGTATTGCAT---GA-AGTGT-AGTC-CGATT-TTAAGTGGTCTTGTCTAAACC-----------------CGA---------AAT--AAT-A--TAGTG-T----------TGAAGAT-A-----AAAA--CG-ACATAACC-TGTATTT--A--CACAATA-GATGTATTCATCATTTAAAA-A-T-
gi|7 : A-ACCCCATTGTCGGCCAA-C-----------------AATGTTTATATTAGTCTG----CAC----T-----TTAGTAT-----GCAGCTGAAGAG-C---TT----A--AGCTCA-CCACATATCTA-TT----TT--TCAAAT-AT----ATG-----CA---T------ACGGT-ATGCATA----C-GAAG-T--TCA-T-AA-CGTAGTAATTATT-TC-T---T----------------GAC-GTAATGTATGATGTCATAA-TGTCT-A--------------GAGTTTTTGTCTTACCACTAAT------------CAA---------ACC--ATT-AC-T--TAAT----------TTGACAC-A-----T-TT--TG-ATATAAAC-TGTATTTTA---TG--------TTTGTACTAAATTCGAAA-ACT-CAAGGCAATCT--GGTTAGACAGAAAATTTAGG-TTGACCA
gi|8 : AACTGCACTT------AATAAAT-----ACTAA---TT----TA---T-AT--AG-----------AATTTTCGACCAA-CAATTG---------GT-CATGCC---AT---TCTG----AGA----A-----TTGGTTT-----GCAAATGAAGTG-T---TA----C--AGCTCT-GTATA----TT-AC----TT--GCAT-TCAATG--ATG-----CA---G------A-TGA-A-GCGTT----T-AA-G-T--TGA-T-AA-CTTT----TTATT-TT-T---T------T-------GTCAG-ATGATGTATGGTGT---GA-TGTTTTA-TC-TGCCT-T-CAGCGTTCTTGTCTGAGGTCTGAA------------CAA---------AAT--AG--A--G--TGCTTGATTTAAAATTAATAGAA-----AACT--GA-AAAAAA-C-TGTGTTTTAA--CTTAATT-AGTTCATACAAataa
gi|9 : AACTCAATTTAACACATGTAAAT-----ATTAACT-------TA---TAGTTTATTGTTTA-TCCAAATTTTCAACAGA-CCACCG---------GC-TCTTGC---ATCATTCTT----ATCTTTTG-----TAGGAAT-----GCAAATAAATTG-T---TCTAGTG--AGTTCC-CTAGA---TTTCTT----TT--TAAT-C-AAAATTATG-----CA---A------AAT-A-A-GCATT----C-AA-GCC--CCA-T-GA-CCTA---ATTATTATA-T---T---------------TTGC-ATGA-----GCTGT---GA-TGTCA-A-GC-CCACC-TTCAGTGTTGTTATCTGAACCCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AATTAAAATTTGGCGACAATTGTCAGGAATTAAAAAGAAATCCTTTGCATCTAAATGAAAATAAGAGGTAGCCACGCATTCATTGTCCACATCTATTGTTCTCTCATTCAAT
Unaligned ( gi|23 ): TGAAGTTTTGACAAAACATAGTTATCATAGGGAGTAAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 222222222222 111111111111 1111 11111111111111 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222 2222222222222222222222222 22222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 3 333333 44444 1 3 555555555555 1 2 3 2 3 4 222222222222 4 555 0 4 0000 33 66666666666666 2 55555 00000 44 1 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 3333333333333333333 2 1 9999 2 4444444444444444444444444 2 3 2 555 3 22222222222222 33 33 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 1 1 1 3 6 1 44 1 3 3
lowQualScore : . ...... ..... . . ............ . . . . . . ............ . ... . . .... .. .............. . ..... ..... .. . . ...................................................... . . ................... . . .... . ......................... . . . ... . .............. .. .. . .......................................................................................... .. . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 2 000000 33333 0 9 555555555555 7 2 1 1 1 0 555555555555 0 444 2 0 8888 99 88888888888888 9 99999 44444 88 8 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 9 6666666666666666666 9 0 8888 9 4444444444444444444444444 9 6 2 000 1 77777777777777 66 66 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 7 6 9 2 1 2 0 66 0 6 6
consensus : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACTAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTGAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----AAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA--A----TG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-GT--TC-A-TGA-CNTA---ATTATT-TG--T---T------T-------GTCAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTC-T-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCA--ATCTGATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
Reference ( family-1757 ) : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACNAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTNAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----AAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA--A----TG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-GT--TC-A-TGA-CNTA---ATTATT-TG--T---T------T-------GTCAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTC-T-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCA--ATCTGATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
gi|1 : AACTCCACTT------TATAAAC-----ACAAACTATT----TA---TTATTTATTATTTA-ACTTTATTTTCGATCAA-CCACTG---------AA-AACGAC---ATTATTCTTAAT----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAAATG-C---CC----AAGCTAA-CTATA---CCT-TT----TT--TCAT-T-AA--A----TG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-AA-GT--TC-A-TGA-CCTA---ATTATT-TA--T---T------T-------GTGAC-GTGGTGTCTGGTTT---GT-TGTT-T-A-TCGTGCCT-TTCGGTGTTCTTTTCTGAACACTAAA------------CGA---------AAC--AATGA--T--TGCT----------TTAATAG-A-----AACC--CAATATCA-CAT-GTGTTTTAA--CGAAACA-GGTAGATACAGAACTTGAAA-A-TCTAGCCA--ATCTAACTGGCTCGAAAA-CTAGA-CTGAACACT
gi|10 : --GTA--------------TGCAAACGAAGCC-T---AC----CAGCTTG-CTAAA----TT-TC----TT--ACAT-T-AA--A----TGTTAAACA---A------AA-GC-A-GCGTT----T-GATCT--TT-ATTGA-ACT-----TTATT-TATTT---T------T-------GTTAC-GTGATGTCCTATAC---GA-TGTCTT-G-TC-CGCCT-TTTAGCATTATCGTCTGA----------------------A---------AAC--AG--------TGCT----------TGAACGT-A-----------CAAAAT---C-T-GTATTTTAA--AGAAATT-GTTTTA-AAACAATATGAAA-A-TCATGACACTCTCTGATTGGTTATACAA-TTAGA-TTGAAC
gi|11 : tta--TCAT-T-TAT-A----TG-----CA---A------CA-GA-A-GTGAT------GA-A---------GA-CGTA---ACT-TT-TT--TAAGT------T-------G-CAC-GTGATGTTTGATAT---GT-TTTC-T-A-TC-CCGAG-TTCAGTGTTCTGATCTTGGCTCTAAATAGCAAT-----CGA---------ATA--AAT-A--T--TACT----------TTGGAAA-T-----AACC--TAATA------C-GT-TTTTAA--TGAAATA-AATTCACAC--TGTTTGAAATA-TTTAGGCC--ATTTAATAGGGTTAAACA-TTCAG-TTGAACACT
gi|12 : AAC-CCATTT------TG-AAACTGTTAACAAACTATTACTTCAG--TTACTAAGTTTTCA-ATTTAATTTTCAAGCAA-TTGTTG---------GC-AATGAC---ATATTTTTTAGC----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAACCG-C---AC----A-----A-TTAAA---CTG-TA----CT--T----------A----TG-----C----A------GTTGA-A-GCGGTGAAAC-AACGC--T----TGG-CATA---GTTATC-TG--T---TTTGCTAT-------GTTAT-GTGATATCTAGTTT---Ga
gi|13 : ttC-----ACTCAATATA----TAC--TTATTTAGTGTTAA-ACTTTAGTCTCACCCAA-CTACCG---------GT-GATG-C---ATCATTCTGTGT----CTTA--TTA--------------TGCAAATGAAGGG-T---CA----CAGTTCA-AAAGA---CAT-TT----TCAATCAA-T-AAG-A----TA-----C----A------CATGA-A-GTGTtcgt
gi|14 : tgaagatttaacaaaatataacctcaaacgtagtgattgtaaggaactagaatggctactt-CGTA---TTTATT-TG--T---T------TTT-----GTCAC-GTGATATATGGTAT---A---GCC-C-A-TA-------TTCAACGTTCTTGTGAAAATTGTAAA------------C-A---------AAG--AAG-AGTT--TGAT----------TCAAAAGCA-----AACT--GAA-ATAA-C-TTGTGTTTTAA--CGAAA-A-AAT--------AGTTTATAA-A-T-AACTTT--ATCTGATTGGATAGAACA-TTATA-TCGAACAc
gi|15 : GTTCTAGTCCGAACTCTAAA------------TAA---------AAT--AA-----------T----------TTGACAA-A-----ACCA--TGTTTTAA--------TTTTAA---AAAATA-AATTAATACAAAATCTTACA-ATTCAAAGCA--ATCTGACAGGATAGAAAA-CTAGA-TGAAACACT
gi|17 : tttgtcattcttTATTTGGTTTTTA-GCGTAATTTTCGACCAA-CGACTG---------TT-AATTAC---GTCATTCTTAAC----GTCA--CGA--------------TGCAAATGAATCGTC---CC----AAG
gi|18 : ttaaaaatcaactttaggagtcttaacgCAT-T-CA--A----TGA----TAGGCA------AATGA-G-TCATT----C-AA-GT--TC-A-TGA-TTTA---ATAATT-TC--T---T------TC------GTCAC-CTGACGACTGGTGT---TA-TGTC-T-A-TCACATCT-TCCAGTGTTTTTTTCTGAA
gi|19 : ATTTAGTGTTAA-ACTTAGTCTTC-----------TG---------GTCAGTGCT----TCATTCGGGGC----GTTG--TTA--------------TACTAATGAAGCG-C---TC----CTGGTCA-C
gi|2 : ttcatttaataacttctgAAATACT----CAC--TTATTTAGTGTTGA-ACATAATATCTGACCAA-TCACTG---------GA-AATGTC---ATCATTCTAAGC----ATTA--TTA--------------TTTAAATGGAGTA-T---CC----AAGTAAA-CAAGA---TTT-CTTCCATT--TAAT-T-AT--A----TG-----C----A------AATAA-A-GCAT-----------------A-TGA-TATA---ATTATT-AG--A---T------TCTATAGAATCAC-AATATGCATAATGT---GA-TGTC-T-A-AC-C-CATATTCAGTGTTCTTATTTAAATTCTAAATCAAATACACACCGACATTAATCTAGT--AAT-A--A--TGTT----------TTAACGG-AATAATAGTT--CATCATAA-C------ATTTAA--CAAAATA-AATTCATACAAATAATGATA-A-TCAAAGCA--ATCTGACTGG
gi|20 : ttaatGTTTAGA--CGAAATG-A-CCGATACGAAATTTGAAA-A-TCAAAGCA--ATCTGATTGGATAAAACA-AAAAATTTAAACACT
gi|21 : acccaTTGA--CGATATT-AATTGATATGATGCTT-AAA-A-TCAAGTCA--CTCTGGTTGAACAGAATA-TTAAG-TTGAGCACaa
gi|22 : AA--CGAAATA-AAGTTATGTCAAATTTGAAA-G-TCAAGGCA--ATTTGATTGGACAAACAA-TGAGG-CTGAGCATTactaa
gi|3 : ATT----TACTTTTAATTAGTGTTTGGACA-AATTGTCTACAAG-GAACTG---------GT-AAAGAC---ATCCTTTTGAGC----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAGGTA-C---CC----AA---CATCTATA----TT-TC----TC--CCAT-T-CA--A----T-------A---ATATGTCAATGT-A-TCTTT----C-GT-AC--TC-A-TGATCATA-----TATT-TAT-T---T------T-------GTCAC-GTGAT-----GCAC---GA-AG-C-T-C-TC---CCT-T--ATCGTTATGGATTGGGTTCTTAA------------CAA---------TATAGAAT-GT-T--TGAT----------TTAATAG-A-----G------AAT-----C-T--TGTTTTAAGTTGATATACAATTTAAACAA
gi|4 : tattttggttaaactagatttagaatatgtagtac------TGTAAGC-----ACTGACTGAC----TG---CT-CTTAGTATTAA-ACCTAATTTTAGACCAA-CCACTGTGGCTACGTGC-ATTGAC---TTAGTTCTGATC----ATTG--GTA--------------TGCAAATGAAGAG-C---CC----TAGCTCT-CGAGA---C-----------------------------------------A------AATGA-G-GTGTT----CAGA-CTCATC-A-TGA-CATC---GTGATG-TG--T---T------T----------ACTGTGATGTCTAA-------A-TATC------C-TGCCT-TTTGGCATTC----CTGA--TTTAGT------------GGA-----------C--AA--A--T--T--------------TA-CAA-A-----AGTTG-CAATTCA---------TTTTAA--CGAAATA-AGTTTATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGACA--AACTGATTGAACAGAAAA-TTAGA-TTAAACACTtaagaagttatgcttttagagttaattaatttaaac
gi|5 : tttgttaaatcttcaataataccTAAAC-----ACTAACC-------TA---TT--TTAGTGGTTA-AAATACTTTTCGACAAATCCACTG---------GA-AATGTC---ATCACTCT---C----GTCGTAGTA--------------TGCAAAGAAAAGA-T---CC----ACGCCC-------------------------CGT-T-AA--T----TA-----C-------------TTATA-ACGT--------G-GC--TC-C-TGG-CTAG---AT------G--T---TA-----T-------GTGAC-TTAAAGTCCGGTAT---GAGCGTT-C-A-T---GACG-TT--GC-TGCATGTCTGAATTTTAGG------------T-A---------AAC--AA--A--A--TAC-------------AAGAA-A-----AAGTGACAAT-T---C-T-GTGTGTTAG--CGAACTA-AGTTGACACAAGAGCTGTGA-A-TCAAACCA--ACCTGCTTTGATGGACCG-TTAGA-TTGAA
gi|6 : ttgttaaaacgtatattagctgttAAATATTGGA-TA---TTGTTT---GTTAA-ACTTA-TGTTCGTCCAA-CCACTG---------GC-AATGTC---ATCATTCTTTGCCA--GCCG--GAAATCTCATCATTCATTACAAACGAAGCA-TTATCT-------CTCA-CCAAA---CCC-TT----AT--TCAA-T-GAT-A----TA-----CA---A------A-TAA-A-GCGTT----C-GA-TT--TC-ATTGA--GTA---GCTATC-TG--TTA-T------T-------GACAC-GTGGAGTATTGCAT---GA-AGTG-T-AGTC-CGATT-TTAAGTGGTCTTGTCTAAACC-----------------CGA---------AAT--AAT-A--TAGTG-T----------TGAAGAT-A-----AAAA--CGACATAACC-T-GTATTT--A--CACAATA-GATGTATTCATCATTTAAAA-A-T
gi|7 : taaaaA-ACCCCATTGTCGGCCAA-C-----------------AATGTTTATATTAGTCTGCAC----TTTA--GTA--------------TGCAGCTGAAGAG-C---TT----AAGCTCA-CCACATATCTA-TT----TT--TCAAAT-AT--A----TG-----CA---T------ACGGT-ATGCATA----C-GAAGT--TC-A-TAA-CGTAGTAATTATT-T---C---T------T-------G--AC-GTAATGTATGATGTCATAA-TGTC-T-A--------------GAGTTTTTGTCTTACCACTAAT------------CAA---------ACC--ATT-AC-T--TAAT----------TTGACAC-A-----T-TT--TGATATAAAC-T-GTATTTTA---TG--------TTTGTACTAAATTCGAAA-ACTCAAGGCA--ATCTGGTTAGACAGAAAATTTAGG-TTGACCA
gi|8 : AACTGCACTT------AATAAAT-----ACTAA---TT----TA---T-AT--AG-----------AATTTTCGACCAA-CAATTG---------GT-CATGCC---AT---TCTGAGA----ATTG--GTT--------------TGCAAATGAAGTG-T---TA----CAGCTCT-GTATA----TT-AC----TT--GCAT-TCAATGA----TG-----CA---G------A-TGA-A-GCGTT----T-AA-GT--TG-A-TAA-CTTT----TTATT-TT--T---T------T-------GTCAG-ATGATGTATGGTGT---GA-TGTT-TTA-TC-TGCCT-T-CAGCGTTCTTGTCTGAGGTCTGAA------------CAA---------AAT--AG--A--G--TGCTTGATTTAAAATTAATAGAA-----AACT--GAAAAAAA-C-T-GTGTTTTAA--CTTAATT-AGTTCATACAAataa
gi|9 : AACTCAATTTAACACATGTAAAT-----ATTAACT-------TA---TAGTTTATTGTTTA-TCCAAATTTTCAACAGA-CCACCG---------GC-TCTTGC---ATCATTCTTATCTTTTGTAG--GAA--------------TGCAAATAAATTG-T---TCTAGTGAGTTCC-CTAGA---TTTCTT----TT--TAAT-C-AA--AATTATG-----CA---A------AAT-A-A-GCATT----C-AA-GC--CCCA-TGA-CCTA---ATTATTATA--T---T------T---------TGC-ATGA-----GCTGT---GA-TGTC-A-A-GC-CCACC-TTCAGTGTTGTTATCTGAACCCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AATTAAAATTTGGCGACAATTGTCAGGAATTAAAAAGAAATCCTTTGCATCTAAATGAAAATAAGAGGTAGCCACGCATTCATTGTCCACATCTATTGTTCTCTCATTCAAT
Unaligned ( gi|23 ): TGAAGTTTTGACAAAACATAGTTATCATAGGGAGTAAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 222222222222 111111111111 1111 11111111111111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222 222222222222222222222 222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 3 333333 22222 1 999999999999 1 2 3 2 3 4 222222222222 4 555 0 4 0000 33 66666666666666 2 55555 00000 44 1 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 444444444444444 0 3 3 2 1 9999 2 555555555555555555555 22 2 3 2 555 3 333333333333 33 2 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 1 1 1 3 6 1 44 1 3 3
lowQualScore : . ...... ..... . ............ . . . . . . ............ . ... . . .... .. .............. . ..... ..... .. . . .................................................... . . ............... . . . . . .... . ..................... .. . . . ... . ............ .. . . .......................................................................................... .. . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 2 000000 55555 6 555555555555 7 2 1 1 1 0 555555555555 0 444 2 7 8888 99 88888888888888 9 99999 44444 88 8 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 9 222222222222222 8 1 1 9 0 8888 9 888888888888888888888 11 9 6 2 000 1 666666666666 66 6 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 7 6 9 2 1 2 0 66 0 6 6
consensus : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACTAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTGAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----AAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CNTA---ATTATT-TG-T---T------T-------GTCAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTCT-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCAATCT--GATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
Reference ( family-1757 ) : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACTAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTGAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----AAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CNTA---ATTATT-TG-T---T------T-------GTCAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTCT-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCAATCT--GATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
gi|1 : AACTCCACTT------TATAAAC-----ACAAACTATT----TA---TTATTTATTATTTA-ACTTTATTTTCGATCAA-CCACTG---------AA-AACGAC---ATTATTCTTAAT----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAAATG-C---CC----AAGCTAA-CTATA---CCT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-AA-G-T--TCA-T-GA-CCTA---ATTATT-TA-T---T------T-------GTGAC-GTGGTGTCTGGTTT---GT-TGTTT-A-TCGTGCCT-TTCGGTGTTCTTTTCTGAACACTAAA------------CGA---------AAC--AATGA--T--TGCT----------TTAATAG-A-----AACC--CAATATCA-CAT-GTGTTTTAA--CGAAACA-GGTAGATACAGAACTTGAAA-A-TCTAGCCAATCT--AACTGGCTCGAAAA-CTAGA-CTGAACACT
gi|10 : --GTA--------------TGCAAACGAAGCC-T---AC----CAGCTTG-CTAAA----TT-TC----TT--ACAT-T-AA----ATGTTAAACA---A------AA-GC-A-GCGTT----T-GA-TCT--TTA-TTGA-ACT-----TTATT-TA-T---T------TTT-----GTTAC-GTGATGTCCTATAC---GA-TGTCTTG-TC-CGCCT-TTTAGCATTATCGTCTGAA-------------------------------AAC--AGT--------GCT----------TGAACGT-A-----------CAAAAT---C-T-GTATTTTAA--AGAAATT-GTTTTA-AAACAATATGAAA-A-TCATGACACTCTCTGATTGGTTATACAA-TTAGA-TTGAAC
gi|11 : tta--TCAT-T-TAT---ATG-----CA---A------CA-GA-A-GTGAT------GA-A----------GA-CGTA---ACT-TT-TT-TAAGT------T-------G-CAC-GTGATGTTTGATAT---GT-TTTCT-A-TC-CCGAG-TTCAGTGTTCTGATCTTGGCTCTAAATAGCAAT-----CGA---------ATA--AAT-A--T--TACT----------TTGGAAA-T-----AACC--TAATA------C-GT-TTTTAA--TGAAATA-AATTCACAC--TGTTTGAAATA-TTTAGGCCATTT--AATAGGGTTAAACA-TTCAG-TTGAACACT
gi|12 : AAC-CCATTT------TG-AAACTGTTAACAAACTATTACTTCAG--TTACTAAGTTTTCA-ATTTAATTTTCAAGCAA-TTGTTG---------GC-AATGAC---ATATTTTTTAGC----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAACCG-C---AC----A-----A-TTAAA---CTG-TA----CT--T------------ATG-----C----A------GTTGA-A-GCGGTGAAAC-AACG-C--T---T-GG-CATA---GTTATC-TG-T---TTTGCTAT-------GTTAT-GTGATATCTAGTTT---Ga
gi|13 : ttC-----ACTCAATATA----TAC--TTATTTAGTGTTAA-ACTTTAGTCTCACCCAA-CTACCG---------GT-GATG-C---ATCATTCTGTGT----CTTA--TTA--------------TGCAAATGAAGGG-T---CA----CAGTTCA-AAAGA---CAT-TT----TCAATCAA-T-AAG---ATA-----C----A------CATGA-A-GTGTtcgt
gi|14 : tgaagatttaacaaaatataacctcaaacgtagtgattgtaaggaactagaatggctactt-CGTA---TTTATT-TG-T---T------TTT-----GTCAC-GTGATATATGGTAT---A---GCCC-A-TA-------TTCAACGTTCTTGTGAAAATTGTAAA------------C-A---------AAG--AAG-AGTT--TGAT----------TCAAAAGCA-----AACT--GAA-ATAA-C-TTGTGTTTTAA--CGAAA-A-AAT--------AGTTTATAA-A-T-AACTTTATCT--GATTGGATAGAACA-TTATA-TCGAACAc
gi|15 : GTTCTAGTCCGAACTCTAAA------------TAA---------AAT--AA-----------T----------TTGACAA-A-----ACCA--TGTTTTAA--------TTTTAA---AAAATA-AATTAATACAAAATCTTACA-ATTCAAAGCAATCT--GACAGGATAGAAAA-CTAGA-TGAAACACT
gi|17 : tttgtcattcttTATTTGGTTTTTA-GCGTAATTTTCGACCAA-CGACTG---------TT-AATTAC---GTCATTCTTAAC----GTCA--CGA--------------TGCAAATGAATCGTC---CC----AAG
gi|18 : ttaaaaatcaactttaggagtcttaacgCAT-T-CA----ATGA----TAGGCA------AATGA-G-TCATT----C-AA-G-T--TCA-T-GA-TTTA---ATAATT-TC-T---T------TC------GTCAC-CTGACGACTGGTGT---TA-TGTCT-A-TCACATCT-TCCAGTGTTTTTTTCTGAA
gi|19 : TAATAACT----TC---TGATTTAGTGTTAA-ACTTAGTCTTC-----------TG---------GTCAGTGCT----TCATTCGGGGC----GTTG--TTA--------------TACTAATGAAGCG-C---TC----CTGGTCA-C
gi|2 : ttcattTAAAT-----ACTCACT-------------TATTTAGTGTTGA-ACATAATATCTGACCAA-TCACTG---------GA-AATGTC---ATCATTCTAAGC----ATTA--TTA--------------TTTAAATGGAGTA-T---CC----AAGTAAA-CAAGA---TTT-CTTCCATT--TAAT-T-AT----ATG-----C----A------AATAA-A-GCAT-----------------A-T-GA-TATA---ATTATT-AG-A---T------TCTATAGAATCAC-AATATGCATAATGT---GA-TGTCT-A-AC-C-CATATTCAGTGTTCTTATTTAAATTCTAAATCAAATACACACCGACATTAATCTAGT--AAT-A--A--TGTT----------TTAACGG-AATAATAGTT--CATCATAA-C------ATTTAA--CAAAATA-AATTCATACAAATAATGATA-A-TCAAAGCAATCT--GACTGG
gi|20 : ttaaGTTTAGA--CGAAATG-A-CCGATACGAAATTTGAAA-A-TCAAAGCAATCT--GATTGGATAAAACA-AAAAATTTAAACACT
gi|21 : acccaTTGA--CGATATT-AATTGATATGATGCTT-AAA-A-TCAAGTCACTCT--GGTTGAACAGAATA-TTAAG-TTGAGCACaa
gi|22 : AA--CGAAATA-AAGTTATGTCAAATTTGAAA-G-TCAAGGCAATTT--GATTGGACAAACAA-TGAGG-CTGAGCATTactaa
gi|3 : ATT----TACTTTTAATTAGTGTTTGGACA-AATTGTCTACAAG-GAACTG---------GT-AAAGAC---ATCCTTTTGAGC----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAGGTA-C---CC----AA---CATCTATA----TT-TC----TC--CCAT-T-CA----AT-------A---ATATGTCAATGT-A-TCTTT----C-GT-A-C--TCA-T-GATCATA-----TATT-TATT---T------T-------GTCAC-GTGAT-----GCAC---GA-AG-CT-C-TC---CCT-T--ATCGTTATGGATTGGGTTCTTAA------------CAA---------TATAGAAT-GT-T--TGAT----------TTAATAG-A-----G------AAT-----C-T--TGTTTTAAGTTGATATACAATTTAAACAA
gi|4 : tattttggttaaactagatttagaatatgtagtac------TGTAAGC-----ACTGACTGAC----TG---CT-CTTAGTATTAA-ACCTAATTTTAGACCAA-CCACTGTGGCTACGTGC-ATTGAC---TTAGTTCTGATC----ATTG--GTA--------------TGCAAATGAAGAG-C---CC----TAGCTCT-CGAGA---C---------------------------------------A------AATGA-G-GTGTT----CAGA-C-TCATCA-T-GA-CATC---GTGATG-TG-T---T------T----------ACTGTGATGTCTAA-------A-TATC-----C-TGCCT-TTTGGCATTC----CTGA--TTTAGT------------GGA-----------C--AA--A--T--T--------------TA-CAA-A-----AGTTG-CAATTCA---------TTTTAA--CGAAATA-AGTTTATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGACAAACT--GATTGAACAGAAAA-TTAGA-TTAAACACTtaagaagttatgcttttagagttaattaatttaaac
gi|5 : tttgttaaatcttcaataataccTAAAC-----ACTAACC-------TA---TT--TTAGTGGTTA-AAATACTTTTCGACAAATCCACTG---------GA-AATGTC---ATCACTCT---C----GTCGTAGTA--------------TGCAAAGAAAAGA-T---CC----ACGCCC-------------------------CGT-T-AA----TTA-----C-------------TTATA-ACGT--------G-G-C--TCC-T-GG-CTAG---AT------G-T---TA-----T-------GTGAC-TTAAAGTCCGGTAT---GAGCGTTC-A-T---GACG-TT--GC-TGCATGTCTGAATTTTAGG------------T-A---------AAC--AA--A--A--TAC-------------AAGAA-A-----AAGTGACAAT-T---C-T-GTGTGTTAG--CGAACTA-AGTTGACACAAGAGCTGTGA-A-TCAAACCAACCT--GCTTTGATGGACCG-TTAGA-TTGAA
gi|6 : ttgttaaaacgtatattagctgttAAATATTGGA-TA---TTGTTT---GTTAA-ACTTA-TGTTCGTCCAA-CCACTG---------GC-AATGTC---ATCATTCTTTGCCA--GCCG--GAAATCTCATCATTCATTACAAACGAAGCA-TTATCT-------CTCA-CCAAA---CCC-TT----AT--TCAA-T-GAT---ATA-----CA---A------A-TAA-A-GCGTT----C-GA-T-T--TCATT-GA--GTA---GCTATC-TG-TTA-T------T-------GACAC-GTGGAGTATTGCAT---GA-AGTGT-AGTC-CGATT-TTAAGTGGTCTTGTCTAAACC-----------------CGA---------AAT--AAT-A--TAGTG-T----------TGAAGAT-A-----AAAA--CGACATAACC-T-GTATTT--A--CACAATA-GATGTATTCATCATTTAAAA-A-T
gi|7 : taaaaA-ACCCCATTGTCGGCCAA-C-----------------AATGTTTATATTAGTCTGCAC----TTTA--GTA--------------TGCAGCTGAAGAG-C---TT----AAGCTCA-CCACATATCTA-TT----TT--TCAAAT-AT----ATG-----CA---T------ACGGT-ATGCATA----C-GAAG-T--TCA-T-AA-CGTAGTAATTATT-T--C---T------T-------G--AC-GTAATGTATGATGTCATAA-TGTCT-A--------------GAGTTTTTGTCTTACCACTAAT------------CAA---------ACC--ATT-AC-T--TAAT----------TTGACAC-A-----T-TT--TGATATAAAC-T-GTATTTTA---TG--------TTTGTACTAAATTCGAAA-ACTCAAGGCAATCT--GGTTAGACAGAAAATTTAGG-TTGACCA
gi|8 : AACTGCACTT------AATAAAT-----ACTAA---TT----TA---T-AT--AG-----------AATTTTCGACCAA-CAATTG---------GT-CATGCC---AT---TCTGAGA----ATTG--GTT--------------TGCAAATGAAGTG-T---TA----CAGCTCT-GTATA----TT-AC----TT--GCAT-TCAATG--ATG-----CA---G------A-TGA-A-GCGTT----T-AA-G-T--TGA-T-AA-CTTT----TTATT-TT-T---T------T-------GTCAG-ATGATGTATGGTGT---GA-TGTTTTA-TC-TGCCT-T-CAGCGTTCTTGTCTGAGGTCTGAA------------CAA---------AAT--AG--A--G--TGCTTGATTTAAAATTAATAGAA-----AACT--GAAAAAAA-C-T-GTGTTTTAA--CTTAATT-AGTTCATACAAataa
gi|9 : AACTCAATTTAACACATGTAAAT-----ATTAACT-------TA---TAGTTTATTGTTTA-TCCAAATTTTCAACAGA-CCACCG---------GC-TCTTGC---ATCATTCTTATCTTTTGTAG--GAA--------------TGCAAATAAATTG-T---TCTAGTGAGTTCC-CTAGA---TTTCTT----TT--TAAT-C-AAAATTATG-----CA---A------AAT-A-A-GCATT----C-AA-GCC--CCA-T-GA-CCTA---ATTATTATA-T---T---------------TTGC-ATGA-----GCTGT---GA-TGTCA-A-GC-CCACC-TTCAGTGTTGTTATCTGAACCCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AATTAAAATTTGGCGACAATTGTCAGGAATTAAAAAGAAATCCTTTGCATCTAAATGAAAATAAGAGGTAGCCACGCATTCATTGTCCACATCTATTGTTCTCTCATTCAAT
Unaligned ( gi|23 ): TGAAGTTTTGACAAAACATAGTTATCATAGGGAGTAAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 222222222222 111111111111 1111 11111111111111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222222222222 222222222222222222222 222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 3 333333 22222 1 999999999999 1 2 3 2 3 4 222222222222 4 555 0 4 0000 33 66666666666666 2 55555 00000 44 1 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 444444444444444 0 3 3 2 1 9999 2 555555555555555555555 22 2 3 2 555 3 333333333333 33 2 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 2 1 1 1 3 6 1 44 1 3 3
lowQualScore : . ...... ..... . ............ . . . . . . ............ . ... . . .... .. .............. . ..... ..... .. . . .................................................... . . ............... . . . . . .... . ..................... .. . . . ... . ............ .. . . .......................................................................................... .. . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 2 000000 55555 6 555555555555 7 2 1 1 1 0 555555555555 0 444 2 7 8888 99 88888888888888 9 99999 44444 88 8 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 9 222222222222222 8 1 1 9 0 8888 9 888888888888888888888 11 9 6 2 000 1 666666666666 66 6 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 7 6 9 2 1 2 0 66 0 6 6
consensus : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACTAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTGAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----AAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CNTA---ATTATT-TG-T---T------T-------GTCAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTCT-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCAATCT--GATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
Reference ( family-1757 ) : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACTAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTGAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----AAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CNTA---ATTATT-TG-T---T------T-------GTCAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTCT-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCAATCT--GATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
gi|1 : AACTCCACTT------TATAAAC-----ACAAACTATT----TA---TTATTTATTATTTA-ACTTTATTTTCGATCAA-CCACTG---------AA-AACGAC---ATTATTCTTAAT----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAAATG-C---CC----AAGCTAA-CTATA---CCT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-AA-G-T--TCA-T-GA-CCTA---ATTATT-TA-T---T------T-------GTGAC-GTGGTGTCTGGTTT---GT-TGTTT-A-TCGTGCCT-TTCGGTGTTCTTTTCTGAACACTAAA------------CGA---------AAC--AATGA--T--TGCT----------TTAATAG-A-----AACC--CAATATCA-CAT-GTGTTTTAA--CGAAACA-GGTAGATACAGAACTTGAAA-A-TCTAGCCAATCT--AACTGGCTCGAAAA-CTAGA-CTGAACACT
gi|10 : --GTA--------------TGCAAACGAAGCC-T---AC----CAGCTTG-CTAAA----TT-TC----TT--ACAT-T-AA----ATGTTAAACA---A------AA-GC-A-GCGTT----T-GA-TCT--TTA-TTGA-ACT-----TTATT-TA-T---T------TTT-----GTTAC-GTGATGTCCTATAC---GA-TGTCTTG-TC-CGCCT-TTTAGCATTATCGTCTGAA-------------------------------AAC--AGT--------GCT----------TGAACGT-A-----------CAAAAT---C-T-GTATTTTAA--AGAAATT-GTTTTA-AAACAATATGAAA-A-TCATGACACTCTCTGATTGGTTATACAA-TTAGA-TTGAAC
gi|11 : tta--TCAT-T-TAT---ATG-----CA---A------CA-GA-A-GTGAT------GA-A----------GA-CGTA---ACT-TT-TT-TAAGT------T-------G-CAC-GTGATGTTTGATAT---GT-TTTCT-A-TC-CCGAG-TTCAGTGTTCTGATCTTGGCTCTAAATAGCAAT-----CGA---------ATA--AAT-A--T--TACT----------TTGGAAA-T-----AACC--TAATA------C-GT-TTTTAA--TGAAATA-AATTCACAC--TGTTTGAAATA-TTTAGGCCATTT--AATAGGGTTAAACA-TTCAG-TTGAACACT
gi|12 : AAC-CCATTT------TG-AAACTGTTAACAAACTATTACTTCAG--TTACTAAGTTTTCA-ATTTAATTTTCAAGCAA-TTGTTG---------GC-AATGAC---ATATTTTTTAGC----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAACCG-C---AC----A-----A-TTAAA---CTG-TA----CT--T------------ATG-----C----A------GTTGA-A-GCGGTGAAAC-AACG-C--T---T-GG-CATA---GTTATC-TG-T---TTTGCTAT-------GTTAT-GTGATATCTAGTTT---Ga
gi|13 : ttC-----ACTCAATATA----TAC--TTATTTAGTGTTAA-ACTTTAGTCTCACCCAA-CTACCG---------GT-GATG-C---ATCATTCTGTGT----CTTA--TTA--------------TGCAAATGAAGGG-T---CA----CAGTTCA-AAAGA---CAT-TT----TCAATCAA-T-AAG---ATA-----C----A------CATGA-A-GTGTtcgt
gi|14 : tgaagatttaacaaaatataacctcaaacgtagtgattgtaaggaactagaatggctactt-CGTA---TTTATT-TG-T---T------TTT-----GTCAC-GTGATATATGGTAT---A---GCCC-A-TA-------TTCAACGTTCTTGTGAAAATTGTAAA------------C-A---------AAG--AAG-AGTT--TGAT----------TCAAAAGCA-----AACT--GAA-ATAA-C-TTGTGTTTTAA--CGAAA-A-AAT--------AGTTTATAA-A-T-AACTTTATCT--GATTGGATAGAACA-TTATA-TCGAACAc
gi|15 : GTTCTAGTCCGAACTCTAAA------------TAA---------AAT--AA-----------T----------TTGACAA-A-----ACCA--TGTTTTAA--------TTTTAA---AAAATA-AATTAATACAAAATCTTACA-ATTCAAAGCAATCT--GACAGGATAGAAAA-CTAGA-TGAAACACT
gi|17 : tttgtcattcttTATTTGGTTTTTA-GCGTAATTTTCGACCAA-CGACTG---------TT-AATTAC---GTCATTCTTAAC----GTCA--CGA--------------TGCAAATGAATCGTC---CC----AAG
gi|18 : ttaaaaatcaactttaggagtcttaacgCAT-T-CA----ATGA----TAGGCA------AATGA-G-TCATT----C-AA-G-T--TCA-T-GA-TTTA---ATAATT-TC-T---T------TC------GTCAC-CTGACGACTGGTGT---TA-TGTCT-A-TCACATCT-TCCAGTGTTTTTTTCTGAA
gi|19 : TAATAACT----TC---TGATTTAGTGTTAA-ACTTAGTCTTC-----------TG---------GTCAGTGCT----TCATTCGGGGC----GTTG--TTA--------------TACTAATGAAGCG-C---TC----CTGGTCA-C
gi|2 : ttcattTAAAT-----ACTCACT-------------TATTTAGTGTTGA-ACATAATATCTGACCAA-TCACTG---------GA-AATGTC---ATCATTCTAAGC----ATTA--TTA--------------TTTAAATGGAGTA-T---CC----AAGTAAA-CAAGA---TTT-CTTCCATT--TAAT-T-AT----ATG-----C----A------AATAA-A-GCAT-----------------A-T-GA-TATA---ATTATT-AG-A---T------TCTATAGAATCAC-AATATGCATAATGT---GA-TGTCT-A-AC-C-CATATTCAGTGTTCTTATTTAAATTCTAAATCAAATACACACCGACATTAATCTAGT--AAT-A--A--TGTT----------TTAACGG-AATAATAGTT--CATCATAA-C------ATTTAA--CAAAATA-AATTCATACAAATAATGATA-A-TCAAAGCAATCT--GACTGG
gi|20 : ttaaGTTTAGA--CGAAATG-A-CCGATACGAAATTTGAAA-A-TCAAAGCAATCT--GATTGGATAAAACA-AAAAATTTAAACACT
gi|21 : acccaTTGA--CGATATT-AATTGATATGATGCTT-AAA-A-TCAAGTCACTCT--GGTTGAACAGAATA-TTAAG-TTGAGCACaa
gi|22 : AA--CGAAATA-AAGTTATGTCAAATTTGAAA-G-TCAAGGCAATTT--GATTGGACAAACAA-TGAGG-CTGAGCATTactaa
gi|3 : ATT----TACTTTTAATTAGTGTTTGGACA-AATTGTCTACAAG-GAACTG---------GT-AAAGAC---ATCCTTTTGAGC----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAGGTA-C---CC----AA---CATCTATA----TT-TC----TC--CCAT-T-CA----AT-------A---ATATGTCAATGT-A-TCTTT----C-GT-A-C--TCA-T-GATCATA-----TATT-TATT---T------T-------GTCAC-GTGAT-----GCAC---GA-AG-CT-C-TC---CCT-T--ATCGTTATGGATTGGGTTCTTAA------------CAA---------TATAGAAT-GT-T--TGAT----------TTAATAG-A-----G------AAT-----C-T--TGTTTTAAGTTGATATACAATTTAAACAA
gi|4 : tattttggttaaactagatttagaatatgtagtac------TGTAAGC-----ACTGACTGAC----TG---CT-CTTAGTATTAA-ACCTAATTTTAGACCAA-CCACTGTGGCTACGTGC-ATTGAC---TTAGTTCTGATC----ATTG--GTA--------------TGCAAATGAAGAG-C---CC----TAGCTCT-CGAGA---C---------------------------------------A------AATGA-G-GTGTT----CAGA-C-TCATCA-T-GA-CATC---GTGATG-TG-T---T------T----------ACTGTGATGTCTAA-------A-TATC-----C-TGCCT-TTTGGCATTC----CTGA--TTTAGT------------GGA-----------C--AA--A--T--T--------------TA-CAA-A-----AGTTG-CAATTCA---------TTTTAA--CGAAATA-AGTTTATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGACAAACT--GATTGAACAGAAAA-TTAGA-TTAAACACTtaagaagttatgcttttagagttaattaatttaaac
gi|5 : tttgttaaatcttcaataataccTAAAC-----ACTAACC-------TA---TT--TTAGTGGTTA-AAATACTTTTCGACAAATCCACTG---------GA-AATGTC---ATCACTCT---C----GTCGTAGTA--------------TGCAAAGAAAAGA-T---CC----ACGCCC-------------------------CGT-T-AA----TTA-----C-------------TTATA-ACGT--------G-G-C--TCC-T-GG-CTAG---AT------G-T---TA-----T-------GTGAC-TTAAAGTCCGGTAT---GAGCGTTC-A-T---GACG-TT--GC-TGCATGTCTGAATTTTAGG------------T-A---------AAC--AA--A--A--TAC-------------AAGAA-A-----AAGTGACAAT-T---C-T-GTGTGTTAG--CGAACTA-AGTTGACACAAGAGCTGTGA-A-TCAAACCAACCT--GCTTTGATGGACCG-TTAGA-TTGAA
gi|6 : ttgttaaaacgtatattagctgttAAATATTGGA-TA---TTGTTT---GTTAA-ACTTA-TGTTCGTCCAA-CCACTG---------GC-AATGTC---ATCATTCTTTGCCA--GCCG--GAAATCTCATCATTCATTACAAACGAAGCA-TTATCT-------CTCA-CCAAA---CCC-TT----AT--TCAA-T-GAT---ATA-----CA---A------A-TAA-A-GCGTT----C-GA-T-T--TCATT-GA--GTA---GCTATC-TG-TTA-T------T-------GACAC-GTGGAGTATTGCAT---GA-AGTGT-AGTC-CGATT-TTAAGTGGTCTTGTCTAAACC-----------------CGA---------AAT--AAT-A--TAGTG-T----------TGAAGAT-A-----AAAA--CGACATAACC-T-GTATTT--A--CACAATA-GATGTATTCATCATTTAAAA-A-T
gi|7 : taaaaA-ACCCCATTGTCGGCCAA-C-----------------AATGTTTATATTAGTCTGCAC----TTTA--GTA--------------TGCAGCTGAAGAG-C---TT----AAGCTCA-CCACATATCTA-TT----TT--TCAAAT-AT----ATG-----CA---T------ACGGT-ATGCATA----C-GAAG-T--TCA-T-AA-CGTAGTAATTATT-T--C---T------T-------G--AC-GTAATGTATGATGTCATAA-TGTCT-A--------------GAGTTTTTGTCTTACCACTAAT------------CAA---------ACC--ATT-AC-T--TAAT----------TTGACAC-A-----T-TT--TGATATAAAC-T-GTATTTTA---TG--------TTTGTACTAAATTCGAAA-ACTCAAGGCAATCT--GGTTAGACAGAAAATTTAGG-TTGACCA
gi|8 : AACTGCACTT------AATAAAT-----ACTAA---TT----TA---T-AT--AG-----------AATTTTCGACCAA-CAATTG---------GT-CATGCC---AT---TCTGAGA----ATTG--GTT--------------TGCAAATGAAGTG-T---TA----CAGCTCT-GTATA----TT-AC----TT--GCAT-TCAATG--ATG-----CA---G------A-TGA-A-GCGTT----T-AA-G-T--TGA-T-AA-CTTT----TTATT-TT-T---T------T-------GTCAG-ATGATGTATGGTGT---GA-TGTTTTA-TC-TGCCT-T-CAGCGTTCTTGTCTGAGGTCTGAA------------CAA---------AAT--AG--A--G--TGCTTGATTTAAAATTAATAGAA-----AACT--GAAAAAAA-C-T-GTGTTTTAA--CTTAATT-AGTTCATACAAataa
gi|9 : AACTCAATTTAACACATGTAAAT-----ATTAACT-------TA---TAGTTTATTGTTTA-TCCAAATTTTCAACAGA-CCACCG---------GC-TCTTGC---ATCATTCTTATCTTTTGTAG--GAA--------------TGCAAATAAATTG-T---TCTAGTGAGTTCC-CTAGA---TTTCTT----TT--TAAT-C-AAAATTATG-----CA---A------AAT-A-A-GCATT----C-AA-GCC--CCA-T-GA-CCTA---ATTATTATA-T---T---------------TTGC-ATGA-----GCTGT---GA-TGTCA-A-GC-CCACC-TTCAGTGTTGTTATCTGAACCCTA
blockSeqs : T AACACA TGTTA C ATTACTTCAG A C G T T T TGGCTACGTGC A TAT T TTTT TA ATCTCATCATTCAT C TTAT TAGTG AT T A TTTCTTTTTAATCAAAATTATGCAAAA T T TGAAACAACGC T T T C GTAA A GATTCTATAGA TT T C A CAT G TGTCCGCCT TT C ATCAAATACACACCGACATTAATCTAGTAATAATGTTTTAACGGAATAATAGTTCATCATAAC GT C T T A T T A CT A T T
blockSeqs : T . . A ATTTACTT A A . T . T GTC A . G CA . . C TC C G T A TTTCTTACATTAAATGTTAAACAAAA . . TCAGACTCA . . . G A . GTTTTGCTAT TT . T A . . ATCACATCT TC T ACAAAATAGAGTGCTTGATTTAAAATTAATAGAAAACTGAAAAAAACTGTG . . A C A . C G . C . .
blockSeqs : . . . T ATTGGATA A T . G . G GC C . T . . . G T A A A G TATCTATTTTTCAAATATATGCATAC . . TTGATCT . . . A G . TTAAGTT TC . C T . . AGTCCGATT TC C ATAGCAATCGAATAAATATTACTTTGGAAATAACCTAATACGT . . A A A . . T . C . .
blockSeqs : . . C ATATAC A A . T . C GT T . G . . . C C C A A G TTTCTTCCATTTAATTATATGCAAA . . ACGAAGT . . . G T . ATTTTT TC . A A . . TATCTGCCT CC T ACAAAGAAGAGTTTGATTCAAAAGCAAACTGAAATAACTTGTG . . A C G . . G . A . .
blockSeqs : . C ACTTC A G . A . A TT A . A . . . C T A A T T TTTCTCCCATTCAATAATATGTCAA . . TCAAGCC . . . T A . GTTTTT TC . C G . . ATCCCGAG TC T CGAAATAATATAGTGTTGAAGATAAAAACGACATAACCTGTA . . A G G . . G . C . .
blockSeqs : . C GACTG A T . A . C GA A . G . . . T C C A G G CATTTTCAATCAATAAGATACACA . . TCAAGT . . . A A . GTTATT TC . A G . . AACCCATA TT T TCAAACCATTACTTAATTTGACACATTTTGATATAAACTGTA . . A G C . . G . T . .
blockSeqs : . A TTTA G A . C . C GT T . G . . . T T A T C A TTACTTGCATTCAATGATGCAGA . . TCGTAC . . . A G . CTTTC TG . C A . . AGCCCACC TA C ACAATATAGAATGTTTGATTTAATAGAGAATCTTG . . A T A . . T . A . .
blockSeqs : C TA A T . A . C GA T . T . . . A C A A C C CCCTTATTCAATGATATACAAA . . TCGATT . . . A A . ATTTT AC . C A . . CTCCCT TC C GTAAACAAAATACAAGAAAAAGTGACAATTCTGTG . . A T A . . G . A . .
blockSeqs : . TA G A . T . A GC T . G . . . G C T A T T CTGTACTTATGCAGT . . TTAAGT . . . T G . GTTAT TC . A A . . CTGCCT T G ATAAAATAATTTGACAAAACCATGTTTTAA . . G T A . . A . C . .
blockSeqs : . . T . C . C GT C . G . . . C T A T T G CGTTAATTAC . . TGAA . . . G A . GTTT TT . A G . . ATGACG C C AACAGTGCTTGAACGTACAAAATCTGTA . . G G A . . C . A . .
blockSeqs : . . . C . . GC G . T . . . A C A C . . CAAA . . GGC . . . G . . TTTT C . A G . . ATA . . TGGACAAATTTACAAAAGTTGCAATTCA . . A T T . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T T C . . . . . . . T . . CTT . . . G . . A . . . . G T A . .
blockSeqs : . . T T . . . . C . . ATT . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ATTTA******* GTTTTT***************
originalCons : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACTAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTGAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----AAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CNTA---ATTATT-TG-T---T------T-------GTCAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTCT-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCAATCT--GATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
finalCons : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACTAACTATTTA-------TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTGAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----AAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGA-A-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CNTA---ATTATT-TGTTTTT---------------GTCAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTCT-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCAATCT--GATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AATTAAAATTTGGCGACAATTGTCAGGAATTAAAAAGAAATCCTTTGCATCTAAATGAAAATAAGAGGTAGCCACGCATTCATTGTCCACATCTATTGTTCTCTCATTCAAT
Unaligned ( gi|23 ): TGAAGTTTTGACAAAACATAGTTATCATAGGGAGTAAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 222222222222 111111111111 1111 11111111111111 111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222 11 1111111111 22222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 3 333333 22222 1 999999999999 1 2 3 2 3 4 222222222222 4 555 0 4 0000 33 66666666666666 1 222222222222 0 3 0 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555 22 3 33333333333333 1 3 3 3 1 7 3 00 4444444444 555 2 3 2 555 3 22222222222222 33 33 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 1 1 1 3 6 1 44 1 3 3
lowQualScore : . ...... ..... . ............ . . . . . . ............ . ... . . .... .. .............. . ............ . . . . .................................................. .. . .............. . . . . . . . .. .......... ... . . . ... . .............. .. .. . .......................................................................................... .. . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 2 000000 55555 6 555555555555 7 2 1 1 1 0 555555555555 0 444 2 7 8888 99 88888888888888 9 888888888888 2 3 6 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888 88 1 00000000000000 8 3 3 1 0 0 1 00 4444444444 111 9 6 2 000 1 77777777777777 66 66 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 7 6 9 2 1 2 0 66 0 6 6
consensus : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACTAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTGAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----NAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGAA-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CGTAGTTATT-TGTTTT----T-----GT--CAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTC-T-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCA--ATCTGATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
Reference ( family-1757 ) : AACTCCACTT------TGTAAAC-----ACTAACTATT----TA---TTATTTAGTGTTNA-ACNTAATTTTCGACCAA-CCACTG---------GN-AATGNC---ATCATTCTGAGC----GTCG--GTA--------------TGCAAATGAAGCG-C---CC----AAGCTCA-CTANA---CTT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGAA-GCGTT----C-GA-G-T--TCA-T-GA-CNTAATTATT-TGTTTT----T-----GT--CAC-GTGATGTCTGGTGT---GA-TGTC-T-A-TC-CGCCT-TTCAGCGTTCTTGTCTGAACTCTAAA------------CGA---------AAC--AAT-A--T--TGCT----------TTAACAG-A-----AACT--CAATATAA-C-T-GTGTTTTAA--CGAAATA-AATTNATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGGCA--ATCTGATTGGATAGAANA-TTAGA-TTGAACACT
gi|1 : AACTCCACTT------TATAAAC-----ACAAACTATT----TA---TTATTTATTATTTA-ACTTTATTTTCGATCAA-CCACTG---------AA-AACGAC---ATTATTCTTAAT----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAAATG-C---CC----AAGCTAA-CTATA---CCT-TT----TT--TCAT-T-AA----ATG-----CA---A------AATGAA-GCGTT----C-AA-G-T--TCA-T-GA-CCTAATTATT-TA--TT----T-----GT--GAC-GTGGTGTCTGGTTT---GT-TGTT-T-A-TCGTGCCT-TTCGGTGTTCTTTTCTGAACACTAAA------------CGA---------AAC--AATGA--T--TGCT----------TTAATAG-A-----AACC--CAATATCA-CAT-GTGTTTTAA--CGAAACA-GGTAGATACAGAACTTGAAA-A-TCTAGCCA--ATCTAACTGGCTCGAAAA-CTAGA-CTGAACACT
gi|10 : --GTA--------------TGCAAACGAAGCC-T---AC----CAGCTTG-CTAAA----TT-TC----TT--ACAT-T-AA----ATGTTAAACA---A------AA-GCA-GCGTT----T-GA-TCT--TTA-TTGA-ACT--TTATT-TATTTT----T-----GT--TAC-GTGATGTCCTATAC---GA-TGTCTT-G-TC-CGCCT-TTTAGCATTATCGTCTGA----------------------A---------AAC--AG--------TGCT----------TGAACGT-A-----------CAAAAT---C-T-GTATTTTAA--AGAAATT-GTTTTA-AAACAATATGAAA-A-TCATGACACTCTCTGATTGGTTATACAA-TTAGA-TTGAAC
gi|11 : tta--TCAT-T-TAT---ATG-----CA---A------CA-GAA-GTGAT------GA-A----------GA-CGTAACT------TTTT----TAA---GTTGCAC-GTGATGTTTGATAT---GT-TTTC-T-A-TC-CCGAG-TTCAGTGTTCTGATCTTGGCTCTAAATAGCAAT-----CGA---------ATA--AAT-A--T--TACT----------TTGGAAA-T-----AACC--TAATA------C-GT-TTTTAA--TGAAATA-AATTCACAC--TGTTTGAAATA-TTTAGGCC--ATTTAATAGGGTTAAACA-TTCAG-TTGAACACT
gi|12 : AAC-CCATTT------TG-AAACTGTTAACAAACTATTACTTCAG--TTACTAAGTTTTCA-ATTTAATTTTCAAGCAA-TTGTTG---------GC-AATGAC---ATATTTTTTAGC----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAACCG-C---AC----A-----A-TTAAA---CTG-TA----CT--T------------ATG-----C----A------GTTGAA-GCGGTGAAAC-AACG-C--T---T-GG-CATAGTTATC-TGTTTTGCTAT-----GT--TAT-GTGATATCTAGTTT---Ga
gi|13 : ttC-----ACTCAATATA----TAC--TTATTTAGTGTTAA-ACTTTAGTCTCACCCAA-CTACCG---------GT-GATG-C---ATCATTCTGTGT----CTTA--TTA--------------TGCAAATGAAGGG-T---CA----CAGTTCA-AAAGA---CAT-TT----TCAATCAA-T-AAG---ATA-----C----A------CATGAA-GTGTtcgt
gi|14 : tgaagatttaacaaaatataacctcaaacgtagtgattgtaaggaactagaatggctactt-CGTATTTATT-TGTTTT----T-----GT--CAC-GTGATATATGGTAT---A---GCC-C-A-TA-------TTCAACGTTCTTGTGAAAATTGTAAA------------C-A---------AAG--AAG-AGTT--TGAT----------TCAAAAGCA-----AACT--GAA-ATAA-C-TTGTGTTTTAA--CGAAA-A-AAT--------AGTTTATAA-A-T-AACTTT--ATCTGATTGGATAGAACA-TTATA-TCGAACAc
gi|15 : GTTCTAGTCCGAACTCTAAA------------TAA---------AAT--AA-----------T----------TTGACAA-A-----ACCA--TGTTTTAA--------TTTTAA---AAAATA-AATTAATACAAAATCTTACA-ATTCAAAGCA--ATCTGACAGGATAGAAAA-CTAGA-TGAAACACT
gi|17 : tttgtcattcttTATTTGGTTTTTA-GCGTAATTTTCGACCAA-CGACTG---------TT-AATTAC---GTCATTCTTAAC----GTCA--CGA--------------TGCAAATGAATCGTC---CC----AAG
gi|18 : ttaaaaatcaactttaggagtcttaacgCAT-T-CA----ATGA----TAGGCA------AATGAG-TCATT----C-AA-G-T--TCA-T-GA-TTTAATAATT-T-CTTT----C-----GT--CAC-CTGACGACTGGTGT---TA-TGTC-T-A-TCACATCT-TCCAGTGTTTTTTTCTGAA
gi|19 : TAATAACT----TC---TGATTTAGTGTTAA-ACTTAGTCTTC-----------TG---------GTCAGTGCT----TCATTCGGGGC----GTTG--TTA--------------TACTAATGAAGCG-C---TC----CTGGTCA-C
gi|2 : ttcattTAAAT-----ACTCACT-------------TATTTAGTGTTGA-ACATAATATCTGACCAA-TCACTG---------GA-AATGTC---ATCATTCTAAGC----ATTA--TTA--------------TTTAAATGGAGTA-T---CC----AAGTAAA-CAAGA---TTT-CTTCCATT--TAAT-T-AT----ATG-----C----A------AATAAA-GCAT-----------------A-T-GA-TATAATTATT-AGATTC----TATAGAAT--CAC-AATATGCATAATGT---GA-TGTC-T-A-AC-C-CATATTCAGTGTTCTTATTTAAATTCTAAATCAAATACACACCGACATTAATCTAGT--AAT-A--A--TGTT----------TTAACGG-AATAATAGTT--CATCATAA-C------ATTTAA--CAAAATA-AATTCATACAAATAATGATA-A-TCAAAGCA--ATCTGACTGG
gi|20 : ttaaGTTTAGA--CGAAATG-A-CCGATACGAAATTTGAAA-A-TCAAAGCA--ATCTGATTGGATAAAACA-AAAAATTTAAACACT
gi|21 : acccaTTGA--CGATATT-AATTGATATGATGCTT-AAA-A-TCAAGTCA--CTCTGGTTGAACAGAATA-TTAAG-TTGAGCACaa
gi|22 : AA--CGAAATA-AAGTTATGTCAAATTTGAAA-G-TCAAGGCA--ATTTGATTGGACAAACAA-TGAGG-CTGAGCATTactaa
gi|3 : ATT----TACTTTTAATTAGTGTTTGGACA-AATTGTCTACAAG-GAACTG---------GT-AAAGAC---ATCCTTTTGAGC----GTCA--GTA--------------TGCAAATGAGGTA-C---CC----AA---CATCTATA----TT-TC----TC--CCAT-T-CA----AT-------A---ATATGTCAATGTA-TCTTT----C-GT-A-C--TCA-T-GATCATA--TATT-TA-TTT----T-----GT--CAC-GTGAT-----GCAC---GA-AG-C-T-C-TC---CCT-T--ATCGTTATGGATTGGGTTCTTAA------------CAA---------TATAGAAT-GT-T--TGAT----------TTAATAG-A-----G------AAT-----C-T--TGTTTTAAGTTGATATACAATTTAAACAA
gi|4 : tattttggttaaactagatttagaatatgtagtac------TGTAAGC-----ACTGACTGAC----TG---CT-CTTAGTATTAA-ACCTAATTTTAGACCAA-CCACTGTGGCTACGTGC-ATTGAC---TTAGTTCTGATC----ATTG--GTA--------------TGCAAATGAAGAG-C---CC----TAGCTCT-CGAGA---C---------------------------------------A------AATGAG-GTGTT----CAGA-C-TCATCA-T-GA-CATCGTGATG-TGTTT----------------ACTGTGATGTCTAA-------A-TATC------C-TGCCT-TTTGGCATTC----CTGA--TTTAGT------------GGA-----------C--AA--A--T--T--------------TA-CAA-A-----AGTTG-CAATTCA---------TTTTAA--CGAAATA-AGTTTATACAAAATTTGAAA-A-TCAAGACA--AACTGATTGAACAGAAAA-TTAGA-TTAAACACTtaagaagttatgcttttagagttaattaatttaaac
gi|5 : tttgttaaatcttcaataataccTAAAC-----ACTAACC-------TA---TT--TTAGTGGTTA-AAATACTTTTCGACAAATCCACTG---------GA-AATGTC---ATCACTCT---C----GTCGTAGTA--------------TGCAAA-GAA
gi|5 : ttgttaaaacgtatattagctgttTTA----T-----GT--GAC-TTAAAGTCCGGTAT---GAGCGTT-C-A-T---GACG-TT--GC-TGCATGTCTGAATTTTAGG------------T-A---------AAC--AAA-A--T---AC-------------AAGAA-A-----AAGTGACAAT-T---C-T-GTGTGTTAG--CGAACTA-AGTTGACACAAGAGCTGTGA-A-TCAAACCA--ACCTGCTTTGATGGACCG-TTAGA-TTGAAaagatccacgccccgttaattacttataacgtggctcctggctagatgttatgtgacttaaagtccggtatgagcgttcatgacgttgctgcatgtctgaattttaggtaaacaaaatacaagaaaaagtgacaattctgtgtgttagcgaactaagttgacacaagagctgtgaatcaaaccaacctgctttgatggaccgttagattgaa
gi|6 : ttgttaaaacgtatattagctgtttaaacactaacctattttagtggttaaaatacttttcgacaaatccactggaaatgtcatcactctcgtcgtagtatgcaaagaaaagatccacgccccgttaattacttataacgtggctcctggctagatgAAATATTGGA-TA---TTGTTT---GTTAA-ACTTA-TGTTCGTCCAA-CCACTG---------GC-AATGTC---ATCATTCTTTGCCA--GCCG--GAAATCTCATCATTCATTACAAACGAAGCA-TTATCT-------CTCA-CCAAA---CCC-TT----AT--TCAA-T-GAT---ATA-----CA---A------A-TAAA-GCGTT----C-GA-T-T--TCATT-GA--GTAGCTATC-TGTTAT----T-----GA--CAC-GTGGAGTATTGCAT---GA-AGTG-T-AGTC-CGATT-TTAAGTGGTCTTGTCTAAACC-----------------CGA---------AAT--AAT-A--TAGTG-T----------TGAAGAT-A-----AAAA--CGACATAACC-T-GTATTT--A--CACAATA-GATGTATTCATCATTTAAAA-A-T
gi|7 : taaaaA-ACCCCATTGTCGGCCAA-C-----------------AATGTTTATATTAGTCTGCAC----TTTA--GTA--------------TGCAGCTGAAGAG-C---TT----AAGCTCA-CCACATATCTA-TT----TT--TCAAAT-AT----ATG-----CA---T------ACGGTATGCATA----C-GAAG-T--TCA-T-AA-CGTAGTAATT-ATTTCT----T-----G----AC-GTAATGTATGATGTCATAA-TGTC-T-A--------------GAGTTTTTGTCTTACCACTAAT------------CAA---------ACC--ATT-AC-T--TAAT----------TTGACAC-A-----T-TT--TGATATAAAC-T-GTATTTTA---TG--------TTTGTACTAAATTCGAAA-ACTCAAGGCA--ATCTGGTTAGACAGAAAATTTAGG-TTGACCA
gi|8 : AACTGCACTT------AATAAAT-----ACTAA---TT----TA---T-AT--AG-----------AATTTTCGACCAA-CAATTG---------GT-CATGCC---AT---TCTGAGA----ATTG--GTT--------------TGCAAATGAAGTG-T---TA----CAGCTCT-GTATA----TT-AC----TT--GCAT-TCAATG--ATG-----CA---G------A-TGAA-GCGTT----T-AA-G-T--TGA-T-AA-CTTT-TTATT-T--TTT----T-----GT--CAG-ATGATGTATGGTGT---GA-TGTT-TTA-TC-TGCCT-T-CAGCGTTCTTGTCTGAGGTCTGAA------------CAA---------AAT--AG--A--G--TGCTTGATTTAAAATTAATAGAA-----AACT--GAAAAAAA-C-T-GTGTTTTAA--CTTAATT-AGTTCATACAAataa
gi|9 : AACTCAATTTAACACATGTAAAT-----ATTAACT-------TA---TAGTTTATTGTTTA-TCCAAATTTTCAACAGA-CCACCG---------GC-TCTTGC---ATCATTCTTATCTTTTGTAG--GAA--------------TGCAAATAAATTG-T---TCTAGTGAGTTCC-CTAGA---TTTCTT----TT--TAAT-C-AAAATTATG-----CA---A------AAT-AA-GCATT----C-AA-GCC--CCA-T-GA-CCTAATTATTATATTTT---------------GC-ATGA-----GCTGT---GA-TGTC-A-A-GC-CCACC-TTCAGTGTTGTTATCTGAACCCTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AATTAAAATTTGGCGACAATTGTCAGGAATTAAAAAGAAATCCTTTGCATCTAAATGAAAATAAGAGGTAGCCACGCATTCATTGTCCACATCTATTGTTCTCTCATTCAAT
Unaligned ( gi|23 ): TGAAGTTTTGACAAAACATAGTTATCATAGGGAGTAAGC