lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 666666666666666666666666666666 111 111111 111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 3 2 2 2 4 77 4 1 33 33 222222222222222222222222222222 6 888 444 33 777 5 66 111 111111 1 777777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6
lowQualScore : . . . . . .. . . .. .. .............................. . ... ... .. ... . .. ... ...... . ...... ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .
lowQualScore : 4 1 1 1 2 55 2 6 11 11 111111111111111111111111111111 1 888 777 77 999 5 99 777 222222 1 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0
consensus : CCCCCGCTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-T-GTAG-CAAT-GCCATT--TG--AC------T---AATGAGTT---T---T---TAGTG---A---C--A---GTAGTACT--ACTACAGAGATGACA-ATATGCA----C-AACTG-----AACTTN-ATATT-CATACC---CT-------CAAGTTTGACCAAA--ATCAGTTGA----AAAGTTTTAAGAGG-----AAGA---C-N--GCT-GATACAAA-TTC-A-TCATTNAAAATAATTAAAGGGNCATAA--CTA----C-GA-AATAAGT--CGATGGACC---A---A--TGATGACGAT-ATGNGC--AACT-AGACTTCATACT-ATACNC---CCT-GGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTT-TAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAG---TTA---ATGAC-A----------GATTTACCATTTAAAAT-AANTAAAGGGCCACAANTCNACCAAAAATAAAT-GATGAACTGGAACGCAA-GATGCAATCTG----ACTTCCTACTCATACCTAAGCAATTTTGG------TTAAAATCGGTTGTAGGTTTGAGAGTAGCATAGCTGTCAAGAAAGAAACATGACATGTGCGTTCGG--------ACAGACGGACAATGGC-ATA-TTTA-CGTATA--GCTACAAC
Reference ( gi|1 ) : CCTCCGCTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-T-GTAA-CAAT-GTCATT--TG--AT-----GT---AATTAGTT---T---T---TAGTG---A---C--A---GTAGCACT--ACTACAGAGATGACA-ACATGCA----C-AACTA-----AACTTT-CTATT-TATACT---TTTC---AGCAAGTTTGATCATT--ATCTGTTGA----ATAGTTTTAAGAAG-----AAGA---CAG--GCT-GACACAAA-CT--A-TCATTAAAAATCATCAAAAGGACATAA--CTA----T-GA-AATAAGT--TGATGGACC---AC-CA--TAATGACAAT-ATGGGT--AACT-AG-TTTCATTCCGATACTC---CCT-GGCAATTTTGATGAAGATCGGTT-TAGAATCTTAGGAAGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAG---T-----ATGAC-A----------GATTTACCATTAAAAAT-AAATAAAGGGTCATTACTCTGCCAAAAACAAATAGACAAA----AATACAATGATG--GTTTGCACAACTCCAT-TTCATG---AAATTAGTTTGAGAAGTTTTAGAGGGGGTGGTGGG---GGGA--AG---AGTTGACAAGAAAG---TGTGACAATTACGTACAGGAGCACGTACGGACCGACAAGGGCAACACTTTATCATACACCACTGCAAC
gi|3 : CCCCAACTATGC-TTGTAGTCCTTAT-T-GTAG-CAAT-GTCATT--TG--A------GTTTCAACTAGTG---AA--G---TAGT----A---C--AT--GTTGTACT--ACTACAGAGATGACA-TTATGCA----C-AAATG-----CACTTCGCTA------ACT--------------GGTTGGATCACA--ATCAGTAGAGAAGA-AGTGCCGAGAAG-----GAGAATCCCA--ACTAAATACGAA-CTCCG-TCATTA------GCCAAACGAGCA--------------GATAATAA----TGATG-----------A--TAATGA-------GAGC--AACT-GGACTTCATACTTATATAC---CCC-GAAAAGTTTGGTCGAAATCAGTT-GAGAAGTGTAGGAGGA-G----ATTTACAATTAAAA---TTATTGATGACAA----------GAGTTGCCATCTAAAATAAAATAA---------ACTCAACCAAAAA
gi|11 : tgcctgtctacaccaatgCCCCCACTGTGC-CTGTAG-CCGTAT-T-GTAA-CAAT-GCCATT--TG--AC------T---AATGAGTT---T---TGACTAGTG---A---CTTACACATAGTACC--ACTACAGAGag
gi|18 : gccaacacttatgCCTCTGCTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-T-GTAG-CAAT-GCCATC--TG--AC------T---AATT--TC---T---T---TA-TGTCTA---C--A---GTGACAta
gi|17 : gtgtgcctgacaacacgaatgCCTCTGCTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-T-GCAG-CAAT-GCCATC--TG--AC------T---AATT--TC---T---T---TA-TGTCTA---C--A---GTGACA
gi|21 : gtgtgcctgacaacacgaatgCCCCCTCTGTGC-CTGTAA-CCTTAA-T-GTAG-CAAT-GCCATT--TA--AC-----A----AATGAGTTTCAT---T---TAATG---A---C--
gi|13 : aatgtctttgttgacaagaatgCCACCGTTATGC-CTGTAG-CCTTAC-T-GTAG-CAAA-GTCATA--CG--AC------T---AATTAGTT---T---TGACTAGTG---
gi|8 : atgtgacagtccacaagaatgcccccccccccaccccCTTCCACCCTGG-CTGTAG-CCTTAT-T-ATAAGAAAT-GCTATT--TG--AC-----TT---TACGTGTT---TCAAT---AAGAG---A---G--A---GTAGTACT--GCTGCAGAAATGACGTACAGACAATGGC-AACT
gi|4 : atgtgtctgttcaccaaaaatgCCCCTGCTTCGC-CTGTAG-CAATAT-C---AG-CAAT-GTCATT--TGACAC-----GT---GGGTATCG---A---C---TACTG---A---C--A---GTATTTCT--ACTAAAAAAATGAGG-AAATGCA----CAAACT------GACTTA-ATACT-GATACC---CT----------GTT--ACCAAA--ATCAGCCGA----GACGTTT------------AGGA---CTGTTGCT-GCCA-AGA-TTC-A-CCATTGAAAATAATTAAAGGGCTATAAATCCA----T-CA-A--AATT--CGATGGttata
gi|29 : acatgtatgCCCCCACTGTGC-CTGTAG-CCCTATAT-GTA
gi|23 : tcaacacaaatgCCCCAACTATGT-TTGTAG-CCATAT-T-ATAAGTAAT-GTCATT--AG--A
gi|6 : tgccaacatctacCCCTGCTGTGTGCTA-AG-CCTTAT-T-GTAG-CAATTGT-ACTACCG--ATTACGAGC---AACGA----------C---CAGTG---AGCAT--A---GTACCACT--TCTACAGATATGATA-TTATGCA----C-AAATG-----AATTTctactgtgtttcaaccagtgaaagt
gi|16 : gaaatgtgcctgtcgacatgaatgtCCCCACTGTAT-CTATAG-CCTTAT-T-GTAG-CTAT-GCCACT--TG--AC-----TT----ATGAGTT---cgtactga
gi|10 : aatcagtctgtctgtaacactaatgtCCCCGGTATGC--TGCAG-TCTTGT-T-GCAG-CAAT-GCCATG--AG--AC------T---ATTGAGGT---T---T-------------------------G------ACTGCAGTGATGAC---TATGCA----C-AACTG-----AGCacgactaatggc
gi|19 : tgcctgtcgacacgaatgaCGTTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAATAG-CAAT-GCCG-T--TG--AC-----CT---AATGGGTT---TTGGT---TATGG---A---C--A---GTAGa
gi|20 : tacctgccaacacaaatgttctCGTTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAATAG-CAAT-GCCG-T--TG--AC-----CT---AATGGGTT---TTGGT---TATGG---A---C--A---GTA
gi|22 : tacctgccaacacaaatgttctCACTCTCC-CTGTAG-CTTTAT-----AC-CAAT-GACATT--TG--AT------T---AATGGGTT---TCAAC---TATTG---A---C--A---GTAG
gi|9 : caatatgaatgcccaCTGAAC-CTGTAA-ACTTAT-T-GTAG-CAAT-GCCATT--TG--A------GT---GCTGAGTT---T---CAACTAGTG---A---C--A---GTAGTACT--ACTACAGAGATGACA-ACATTCA----C-ATCTA-----AACTTtgtgt
gi|24 : tgtcaacaccaatgccctgaTGTGC-CTGTAG-CTTTAT-T-GTAG-CAAT-ACCATT--TC--AC------T---CGTGAGTT---T---TGACTAGTG---A---C--A---
gi|26 : aTGTAC-CTGTAG-CCTTAT-T-GTCG-CAAT-acac
gi|2 : tgaagtgtgcctgtcgacaagaatgatcgccttAA-CAATAGTCATT--TA--A-----------AATTA----------T---TAATA---A---C-------TAAAACTGAACTAAATAT-TGATATAC-TGCA------AA-TAGGTCGAACTTG-AT-TT-CATACTAATTCTCCCTAGCAAG-TTGACCAAT--ATCGGTTTA----AAAG-TTTAAGAGGAGTAAAAAA---AAT--GTT-AATATAAATTT--A-TTATTTAAGATAAATATAGAGTCACAATTCTA----CAAA-AATAAA---TGATGAACTGGAACGCA--AGATG-CAAT-CTG------AC----------TTCC--TACTCATACCTAAGCAATTTTGGTTAAAATCGGTTGTAGG--TTTGAGAGTA-GCATAGCTGTCAA-GAAAGAAAC-----ATGAC-A----------
gi|14 : tgAGTGATGATA-GTAAGAG----T-AACTG-----AACTTT---ATTATACACC---CT-----GACAAGTTTGGTCAAA--ATCAGTTGA------AG-TTTAAGTGA-----AAAA---------CT-GACAtgtgcgttcggacagacggacaatggcatatttacgtatagctacaacccaataagtaacaggagcgtatcaacaataaacataacctggttatacggtttagaataaatac
gi|15 : cagaaACA-ATATGCA----C-AACTA-----GAC-------TT-CATA--------------CAAGTTTGGC--TTAAATCAGTTCA----AAAGTCT--AGGAG-----AAG------T--GCT-GATAat
gi|2 : aataaatgggccataacaaaT-GA-ACAA---T--AGTCATTTAAAATTATTAA-------TAA--CTAAAACT-GA-ACTAAATATTGAT------------A--TACTG-CAA--ATAGGTCGAACT-TGATTTCATACTAATTCTC---CCT-AGCAAGTT-GACCAATATCGGTT-TAAAAGTTTAAGAGGA-GTAAA------AA-AAATG---TTA---AT-AT-A----------AATTTATTATTTAAGAT-AAATATAGAGTCACAATTCTA-CAAAAATAAAT-GATGAACTGGAACGCAA-GATGCAATCTG----ACTTCCTACTCATACCTAAGCAATTTTGG------TTAAAATCGGTTGTAGGTTTGAGAGTAGCATAGCTGTCAAGAAAGAAACATGACATGTGCGTTCGG--------ACAGACGGACAATGGC-ATA-TTTA-CGTATA--GCTACAAC
gi|5 : ATTAAAAATAATTAAAAGGCCGTAA--CTC----C-----ATAAGT--CGATGGAGC---AG-AAAGTGATGATGAT-AAGAGC--AGCccaataagtaacaggagcgtatcaacaataaacataacctggttatacggtttagaataaatac
gi|12 : ttgggcataatcagtttacgaggagaagcgatgtcaagaagcatttcaAAGGGTATAA--CTAAG--T-CA-AAT--GT--AGATGGACC---G-------AAT-ACAGCGATGG-T--AG----G-CTTCGTACCGATACTC---CCT-TGCAAGTTTGGCTTAAATTGCTT-TAgttactgggtttcttacttacacaccccacaaaat
gi|15 : -AATAA------ATGGGCC---AT-AA--CAA-AACAAT-ATGCAC--AACT-AGACTTCAT------------------ACAAGTTTGGCTTAAATCAGTT-CAAAAGTCTAGGAGAA-GT---GCTGATAatttt
gi|14 : --TGATGATAGT-AAGAGT--AACTGAA-CTTTATT---ATACAC---CCT-GACAAGTTTGGTCAAAATCAGTT---GAAGTTTA---AGT-GAAAAACTGACAA-
gi|7 : cagaaagATGATGAT-ATGCAT--AACT-AGACTTCAAACTGATAGAC---TCT---------------AAATCAGTT-CAGAAGTTTGGAAAAAAGTGAACCTGACAA-GAAAG---T-----ATGAT-GTATGTATATTAATTTACCATTCAAAAT-AACTAAAAGt
gi|4 : atattcaaagggcc-A----------GATTCACCATTGAAAAT-AATTAAAGGGCTATAAATCCATCAAAA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAATGTGATTATCGACACGAATTCACTTGCTGTGTATAGGTTTACCGTTGCAATGCCAT
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAAACACAAAAACTGGAAATGTGTCTGTCGATACGAATGTCCC
Unaligned ( gi|28 ): AGAGTAGAATATGATGATGATAAGAGCAACTGGACTTCATACTT
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 11 11 1111 666666666 1 222 111 33333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444 11111 222 11111 44444444444444444444 1 111111111 2 2222 2 11 4444 1 222 555555 222 11 222 222 77777777 22222 2 22
lowQualScore : 2 2 2 2 4 2 2 666666 2 2 1111111 2 2 2 333 8888888 888 2 33 777 888 11 00 77 0 22 4444 222222222 5 0 7 4 1 333 000 4 22222222222222222222222222222 3 11 5 66 88 99 22222222222222222222222222222222 2 1 7 1 3 11111 0 222 5 2 999 1 999 5 6 44444 88 44444444444444444444 1 0 1 555555555 1 1 6 0 3333 0 88 2222 2 5 000 4 3 777777 55 3 111 88 111 4 111 66 4 22222222 2 3 00000 0 77
lowQualScore : . . . . . . . ...... . . ....... . . . ... ....... ... . .. ... ... .. .. .. . .. .... ......... . . . . . ... ... . ............................. . .. . .. .. .. ................................ . . . . . ..... . ... . . ... . ... . . ..... .. .................... . . . ......... . . . . .... . .. .... . . ... . . ...... .. . ... .. ... . ... .. . ........ . . ..... . ..
lowQualScore : 2 0 0 0 0 0 0 111111 2 2 7777777 2 2 2 999 0000000 222 5 44 333 888 11 00 99 1 88 3333 333333333 3 7 7 7 0 333 888 2 00000000000000000000000000000 8 88 8 88 55 22 77777777777777777777777777777777 2 7 9 0 7 11111 6 000 0 8 000 4 777 7 7 77777 22 88888888888888888888 2 0 0 666666666 0 0 7 0 0000 0 00 5555 5 5 555 0 0 555555 55 0 555 00 000 0 555 55 0 55555555 5 0 55555 0 55
consensus : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCACAA-CTG--AACTTCGTACT-ATACCTT------GGTT-GATCANAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----C-NGCTGN-CAC--GAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAA--CTA----CG--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAG-GAGGAGTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
Reference ( family-1707 ) : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACAATATGCACAA-CTG--AACTTNATATTCATACCCT----CAAGTTTGACCAAAATCAGTTGAAAAG---TTTTAAGAGGAAGA----C-NGCTGA-TAC--AAA----TTC-ATCATTNAAAATAATTAAAGGGNCATAA--CTA----CG--AAATAAGTCGATGGACC----A--ATGATGACGATATGNGCA-----ACTAGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAG-GAGGAGTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AANTAAAGGGCCACAANTCNACCAAAAATAAAT-GATGAACTGGAACGCAA-GATGCAATCTG----ACTTCCTACTCATACCTAAGCAATTTTGG------TTAAAATCGGTTGTAGGTTTGAGAGTAGCATAGCTGTCAAGAAAGAAACATGACATGTGCGTTCGG--------ACAGACGGACAATGGC-ATA-TTTA-CGTATA--GCTACAAC
gi|1 : CCTCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-ACAAT------GTC-ATT-TGA-------TGTA-ATTA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGCACTACT---ACAGAGATGACAACATGCACAA-CTA--AACTTTCTATTTATACTTTTCAGCAAGTTTGATCATTATCTGTTGAATAG---TTTTAAGAAGAAGA----CAGGCTGA-CAC--AAA----CT--ATCATTAAAAATCATCAAAAGGACATAA--CTA----TG--AAATAAGTTGATGGACC----ACCATAATGACAATATGGGTA-----ACTAG-TTTCATTC-CGA-TACTCCCTGGCAATTTTGATGAAGATCGGTTTAGAATCTTAG-GAAGAGTAAAGCTGACAA-GAAAGT------ATG-----AC-A--GATTTACCATTAAAAAT-AAATAAAGGGTCATTACTCTGCCAAAAACAAATAGACAAA----AATACAATGATG--GTTTGCACAACTCCAT-TTCATG---AAATTAGTTTGAGAAGTTTTAGAGGGGGTGGTGGG---GGGA--AG---AGTTGACAAGAAAG---TGTGACAATTACGTACAGGAGCACGTACGGACCGACAAGGGCAACACTTTATCATACACCACTGCAAC
gi|10 : CCCCG-GTATGC--TGCAG-TCTTGT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATG-AGA-------C-TA-TTGA-GGT---T---T-----G----------------------ACT---GCAGTGATGAC--TATGCACAA-CTG--AGC
gi|11 : tgcctgtcgacacgaatgaCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCGTAT-TG-T-A-ACAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-CTTACACATAGTACCACT---ACAGAGa
gi|12 : gccaacacttatgAAGGGT-ATAA--CTA----AGTCAAAT--GTAGATGGACCG---A--AT-ACAGCGAT---GG---------TAGGCTTCGTAC-CGA-TACTCCCTTGCAAGTTTGGCTTAAATTGCTTTAta
gi|13 : CCACCG-TTATGC-CTGTAG-CCTTAC-TG-T-A-GCAAA------GTC-ATA-CGA-------C-TA-ATTA-GTT---T---TGACTAGTG---atttt
gi|14 : atgtgacagtccacaagaatgcccccccccccacccc----A--GTGATGATAGTAAGAGTA-----ACTGAACTTTAT---T-A-TACACCCTGACAAGTTTGGTCAAAATCAGTT--GAAGTTTAA-GTGA---AAAACTGACAA-
gi|15 : cagaaAATAA----ATGGGCC----ATAACAA-AACAATATGCACA-----ACTAGACTTCATAC----------------AAGTTTGGCTTAAATCAGTTCAAAAGTCTAG-GAGAAGT---GCTGATAt
gi|16 : CCCCA-CTGTAT-CTATAG-CCTTAT-TG-T-A-GCTAT------GCC-ACT-TGA-------C-TT-ATGA-GTT---
gi|17 : aatcagtctgtctgtaacactaatgtCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTacgactaatggc
gi|18 : gtgtgcctgacaacacgaatgCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTgaca
gi|19 : gtgtgcctgacaacacgaatgCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAGgaca
gi|2 : tacctgccaacacaaatgttTCATTTAAAATTATTAA-------TAA--CTAAAACTG--AACTAAAT--ATTGAT--------ATACTGCAAATAGGTCGA-----ACTTGATTTCATAC-T-AATTCTCCCTAGCAAGTT-GACCAATATCGGTTTAAAAGTTTAA-GAGGAGTAAA------AA-AAATGT-TA---AT------AT-A--AATTTATTATTTAAGAT-AAATATAGAGTCACAATTCTAC-AAAAATAAAT-GATGAACTGGAACGCAA-GATGCAATCTG----ACTTCCTACTCATACCTAAGCAATTTTGG------TTAAAATCGGTTGTAGGTTTGAGAGTAGCATAGCTGTCAAGAAAGAAACATGACATGTGCGTTCGG--------ACAGACGGACAATGGC-ATA-TTTA-CGTATA--GCTACAAC
gi|20 : tgaacaatagCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAccaataagtaacaggagcgtatcaacaataaacataacctggttatacggtttagaataaatac
gi|21 : tacctgccaacacaaatgttCCCCCT-CTGTGC-CTGTAA-CCTTAA-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TAA-------C-AA-ATGA-GTTTCAT---T---TAATG---A-C--
gi|22 : aatgtctttgttgacaagaatgCCCACA-CTCTCC-CTGTAG-CTTTAT------A-CCAAT------GAC-ATT-TGA-------T-TA-ATGG-GTT---TCAAC---TATTG---A-C--A---GTAGT
gi|23 : caatatgaatgCCCCAA-CTATGT-TTGTAG-CCATAT-TA-TAA-GTAAT------GTC-ATT-AGA-------C-TA-CTGT-GTT---TCAAC---CAGTG---A-A--A---GTgtgt
gi|24 : tgccaacatctacTGTGC-CTGTAG-CTTTAT-TG-T-A-GCAAT------ACC-ATT-TCA-------C-TC-GTGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-C--A---
gi|26 : aTGTAC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-C-GCAAT------acac
gi|28 : tgaagtgtgcctgtcgacaagaatgatcgcctt--ATGATGATGATAAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-
gi|29 : agagtagaatCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCCTATATG-T-A-t
gi|3 : tcaacacaaatgCCCCAA-CTATGC-TTGTAGTCCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GTC-ATT-TGAGTTTCAAC-TA-GTGAAGT-------------AGT----A-C--AT--GTTGTACTACT---ACAGAGATGACATTATGCACAA-ATG--CACTTCGC-----TAACT-------GGTTGGATCACAATCAGTAGAGAAGAAGTGCCGAGAAGGAGAATCCC-AACTAAATAC--GAA----CTCCGTCATTA--------------GCCA-AA--CGA----GC--AGATAA----------T----A--ATGATGATAATGAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-TTA-TATACCCCGAAAAGTTTGGTCGAAATCAGTTGAGAAGTGTAG-GAGGAG----ATTTACAATTAAAAT-TATTGATG-----ACAA--GAGTTGCCATCTAAAATAAAATA---------AACTCAACCAAAAA
gi|4 : tgcctgtctacaccaatgCCCCTG-CTTCGC-CTGTAG-CAATAT-C----A-GCAAT------GTC-ATT-TGA-------C-AC-GTGG-GTA---T---CGACTACTG---A-C--A---GTATTTCTACT---AAAAAAATGAGGAAATGCACAAACTG--A-CTTAATACTGATACCCT-------GTT--ACCAAAATCAGCCGAGACG---TTT-------AGGA----C-TGTTGC-TGCCAAGA----TTC-ACCATTGAAAATAATTAAAGGGCTATAAATCCAT---CA--AAAT---TCGATGGag
gi|5 : acatgtatgTTTACGAGGAGAA----G-CGATGT-CAA--GAAGCATTTC-A--ATTAAAAATAATTAAAAGGCCGTAA--CTC----C-----ATAAGTCGATGGAGCAGAAA--GTGATGATGATAAGAGCAGCGTTACTGGGTTTCTTACTT-A-CACACCC
gi|6 : ttgggcataatcagCCCTG-CTGTGTGCTA-AG-CCTTAT-TG-T-A-GCAATTGTACTACCGATTACGA-------G-CA-ACGA-----------C---CAGTG---AGC--A----TAGTACCACTTCTACAGATATGATATTATGCACAA-ATG--AATTTCGTACTcacaaaat
gi|7 : gaaatgtgcctgtcgacatgaatgtATGATGATATGCATA-----ACTAGACTTCAAAC-TGA-TAGACTCT--------------AAATCAGTTCAGAAGTTTGGAAAAAAGTGAACCTGACAA-GAAAGTATG---ATGTATGTAT-ATTAATTTACCATTCAAAAT-AACTAAAAGga
gi|8 : atattcaaagggccCCA-CCCTGG-CTGTAG-CCTTAT-TA-T-AAGAAAT------GCT-ATT-TGA-------C-TTTACGT-GTT---TCAAT---AAGAG---A-G--A---GTAGTACTGCT---GCAGAAATGAC-GTACAGACAA--TGGCAACTTTATA
gi|9 : atgtgtctgttcaccaaaaatgcttCCCTGACTGAAC-CTGTAA-ACTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------G-TG-CTGA-GTT---T---CAACTAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACAACATTCACAT-CTA--AACTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAATGTGATTATCGACACGAATTCACTTGCTGTGTATAGGTTTACCGTTGCAATGCCAT
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAAACACAAAAACTGGAAATGTGTCTGTCGATACGAATGTCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 11 11 2 555555555555 11 3333333333333333 4444444444 1 222222222 55555555555555555555555555555555 11111 222 1111111 44444444444444444444 1 1 2222 1 11 2222 1 222 222222 222 11 222 222 33333333 1 1 1 11
lowQualScore : 2 2 2 2 4 2 2 666666 2 2 1111111 2 2 2 333 8888888 888 2 33 777 888 00 00 77 0 333 0 7 555555555555 22 0 1 2222222222222222 0 0000000000 0 1 2 666666666 3 0 3 66 66 55555555555555555555555555555555 2 1 1 2 0 11111 222 5 2 999 1 999 5 5555555 88 44444444444444444444 1 0 9 00 3 6 5 3333 5 88 3333 1 5 000 1 1 999999 22 1 111 88 111 1 111 22 1 44444444 1 1 5 5 5 77
lowQualScore : . . . . . . . ...... . . ....... . . . ... ....... ... . .. ... ... .. .. .. . ... . . ............ .. . . ................ . .......... . . . ......... . . . .. .. ................................ . . . . . ..... ... . . ... . ... . ....... .. .................... . . . .. . . . .... . .. .... . . ... . . ...... .. . ... .. ... . ... .. . ........ . . . . . ..
lowQualScore : 2 0 0 0 0 0 0 111111 2 2 7777777 2 2 2 999 0000000 222 5 44 333 888 11 00 99 1 666 0 3 333333333333 55 8 0 0000000000000000 8 0000000000 0 0 5 000000000 8 8 8 88 22 99999999999999999999999999999999 2 7 0 6 9 11111 000 0 8 000 4 777 7 5555555 22 88888888888888888888 2 0 8 55 7 7 5 0000 5 00 5555 0 5 555 0 0 555555 00 0 555 00 000 0 555 00 0 00000000 0 0 5 0 5 55
consensus : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCACAA-CTG--AACTTCGTACT-ATACCCT-------G-TT-GATCATAATCAGTCG---AGAAGTTTTAAGAAGAGGA----CNG---CT-GNCACGAA----CT-CATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTA----NG--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
Reference ( family-1707 ) : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCACAA-CTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GGTT-GATCANAATCAGTCG---AGAAGTTTTAAGAAGAGGA----CNG---CT-GNCACGAA----CT-CATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTA----CG--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
gi|1 : CCTCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-ACAAT------GTC-ATT-TGA-------TGTA-ATTA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGCACTACT---ACAGAGATGACAACATGCACAA-CTA--AACTTTCTATTTATACTTTTCAGCAAGTTT-GATCATTATCTGTTG---AATAGTTTTAAGAAGAAGA----CAGG--CT-GACACAAA----CT--ATCATTAAAAATCATCAAAAGGACATAACTA----TG--AAATAAGTTGATGGACC----ACCATAATGACAATATGGGTA-----ACTAG-TTTCATTC-CGA-TACTCCCTGGCAATTTTGATGAAGATCGGTTTAGAATCTTAGGAAGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT------ATG-----AC-A--GATTTACCATTAAAAAT-AAATAAAGGGTCATTACTCTGCCAAAAACAAATAGACAAA----AATACAATGATG--GTTTGCACAACTCCAT-TTCATG---AAATTAGTTTGAGAAGTTTTAGAGGGGGTGGTGGG---GGGA--AG---AGTTGACAAGAAAG---TGTGACAATTACGTACAGGAGCACGTACGGACCGACAAGGGCAACACTTTATCATACACCACTGCAAC
gi|10 : CCCCG-GTATGC--TGCAG-TCTTGT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATG-AGA-------C-TA-TTGA-GGT---T---T-----G----------------------ACT---GCAGTGATGAC--TATGCACAA-CTG--AGC
gi|11 : tgcctgtcgacacgaatgaCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCGTAT-TG-T-A-ACAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-CTTACACATAGTACCACT---ACAGAGa
gi|12 : gccaacacttatgAAGGGT-ATAACTA----AGTCAAAT--GTAGATGGACCG---A--AT-ACAGCGATGG------------TAGGCTTCGTAC-CGA-TACTCCCTTGCAAGTTTGGCTTAAATTGCTTTAta
gi|13 : CCACCG-TTATGC-CTGTAG-CCTTAC-TG-T-A-GCAAA------GTC-ATA-CGA-------C-TA-ATTA-GTT---T---TGACTAGTG---atttt
gi|14 : atgtgacagtccacaagaatgcccccccccccacccc----A--GTGATGATAGTAAGAGTA-----ACTGAACTTTAT---T-A-TACACCCTGACAAGTTTGGTCAAAATCAGTT--GAAGTTTAAGTGA----AAAACTGACAA-
gi|15 : cagaaAATAA----ATGGGCC----ATAACAA-AACAATATGCACA-----ACTAGACTTCATAC----------------AAGTTTGGCTTAAATCAGTTCAAAAGTCTAGGAGAA-GT---GCTGATAt
gi|16 : CCCCA-CTGTAT-CTATAG-CCTTAT-TG-T-A-GCTAT------GCC-ACT-TGA-------C-TT-ATGA-GTT---
gi|17 : aatcagtctgtctgtaacactaatgtCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTacgactaatggc
gi|18 : gtgtgcctgacaacacgaatgCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTgaca
gi|19 : gtgtgcctgacaacacgaatgCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAGgaca
gi|2 : tacctgccaacacaaatgttTCATTTAAAATTATTAA-------TAACTAAAACTG--AACTAAAT--ATTGAT--------ATACTGCAAATAGGTCGA-----ACTTGATTTCATAC-T-AATTCTCCCTAGCAAGTT-GACCAATATCGGTTTAAAAGTTTAAGAGGA-GTAAA------AA-AAATGT-TA---AT------AT-A--AATTTATTATTTAAGAT-AAATATAGAGTCACAATTCTAC-AAAAATAAAT-GATGAACTGGAACGCAA-GATGCAATCTG----ACTTCCTACTCATACCTAAGCAATTTTGG------TTAAAATCGGTTGTAGGTTTGAGAGTAGCATAGCTGTCAAGAAAGAAACATGACATGTGCGTTCGG--------ACAGACGGACAATGGC-ATA-TTTA-CGTATA--GCTACAAC
gi|20 : tgaacaatagCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAccaataagtaacaggagcgtatcaacaataaacataacctggttatacggtttagaataaatac
gi|21 : tacctgccaacacaaatgttCCCCCT-CTGTGC-CTGTAA-CCTTAA-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TAA-------C-AA-ATGA-GTTTCAT---T---TAATG---A-C--
gi|22 : aatgtctttgttgacaagaatgCCCACA-CTCTCC-CTGTAG-CTTTAT------A-CCAAT------GAC-ATT-TGA-------T-TA-ATGG-GTT---TCAAC---TATTG---A-C--A---GTAGT
gi|23 : caatatgaatgCCCCAA-CTATGT-TTGTAG-CCATAT-TA-TAA-GTAAT------GTC-ATT-AGA-------C-TA-CTGT-GTT---TCAAC---CAGTG---A-A--A---GTgtgt
gi|24 : tgccaacatctacTGTGC-CTGTAG-CTTTAT-TG-T-A-GCAAT------ACC-ATT-TCA-------C-TC-GTGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-C--A---
gi|26 : aTGTAC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-C-GCAAT------acac
gi|28 : tgaagtgtgcctgtcgacaagaatgatcgcctt--ATGATGATGATAAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-
gi|29 : agagtagaatCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCCTATATG-T-A-t
gi|3 : tcaacacaaatgCCCCAA-CTATGC-TTGTAGTCCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GTC-ATT-TGAGTTTCAAC-TA-GTGAAGT-------------AGT----A-C--AT--GTTGTACTACT---ACAGAGATGACATTATGCACAA-ATG--CACTTCG--CT-A-AC--T-------GGTTGGATCACAATCAGTAGAGAAGAAGTGCCGAGAAGGAGAATCCCAA---CTAAATACGAA----CTCCGTCATTA--------------GCCA-AACGA----GC--AGATAA----------T----A--ATGATGATAATGAGAGCA-----ACTGGACTTCATACTT-A-TATACCCCGAAAAGTTTGGTCGAAATCAGTTGAGAAGTGTAGGAGGA-G----ATTTACAATTAAAAT-TATTGATG-----ACAA--GAGTTGCCATCTAAAATAAAATA---------AACTCAACCAAAAA
gi|4 : tgcctgtctacaccaatgCCCCTG-CTTCGC-CTGTAG-CAATAT-C----A-GCAAT------GTC-ATT-TGA-------C-AC-GTGG-GTA---T---CGACTACTG---A-C--A---GTATTTCTACT---AAAAAAATGAGGAAATGCACAAACTG--A-CTTAATACTGATACCCT-------G-TT--ACCAAAATCAGCCG---AGACGTTT-------AGGA----CTGTTGCT-GCCAAGA-----TT-CACCATTGAAAATAATTAAAGGGCTATAAag
gi|5 : acatgtatgTT-GGGCATAATCAGT------------TTACGAGGAGAA----GCG---AT-GTCAAGAAGCATTT-CA--ATTAAAAATAATTAAAAGGCCGTAACTC----C-----ATAAGTCGATGGAGCAGAAA--GTGATGATGATAAGAGCAGCGTTACTGGGTTTCTTACTT-A-CACACCCatccatcaaaattcgatgg
gi|6 : CCCTG-CTGTGTGCTA-AG-CCTTAT-TG-T-A-GCAATTGTACTACCGATTACGA-------G-CA-ACGA-----------C---CAGTG---AGC--A----TAGTACCACTTCTACAGATATGATATTATGCACAA-ATG--AATTTCGTACT-cacaaaat
gi|7 : gaaatgtgcctgtcgacatgaatgtATGATGATATGCATA-----ACTAGACTTCAAAC-TGA-TAGACTCT--------------AAATCAGTTCAGAAGTTTGGAAAAAAGTGAACCTGACAA-GAAAGTATG---ATGTATGTAT-ATTAATTTACCATTCAAAAT-AACTAAAAGga
gi|8 : atattcaaagggccCCA-CCCTGG-CTGTAG-CCTTAT-TA-T-AAGAAAT------GCT-ATT-TGA-------C-TTTACGT-GTT---TCAAT---AAGAG---A-G--A---GTAGTACTGCT---GCAGAAATGAC-GTACAGACAA--TGGCAACTTTATA
gi|9 : atgtgtctgttcaccaaaaatgcttCCCTGACTGAAC-CTGTAA-ACTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------G-TG-CTGA-GTT---T---CAACTAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACAACATTCACAT-CTA--AACTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAATGTGATTATCGACACGAATTCACTTGCTGTGTATAGGTTTACCGTTGCAATGCCAT
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAAACACAAAAACTGGAAATGTGTCTGTCGATACGAATGTCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 11 2 4444444 222 3333333333333333 44444444444 11 22222222 55555555555555555555555555555555 11111 222 1111111 44444444444444444444 1 1 2222 1 11 2222 1 222 222222 222 11 222 222 33333333 1 1 1 11
lowQualScore : 2 2 2 2 4 2 2 666666 2 2 1111111 2 2 2 333 8888888 888 2 33 777 888 00 5 4 999 22 11 0 0 3333333 222 0 1 2222222222222222 0 00000000000 11 2 3 22222222 3 0 3 66 66 00000000000000000000000000000000 2 1 1 2 0 11111 222 5 2 999 1 999 5 5555555 88 44444444444444444444 1 0 9 00 3 6 5 3333 5 88 3333 1 5 000 1 1 999999 22 1 111 88 111 1 111 22 1 44444444 1 1 5 5 5 77
lowQualScore : . . . . . . . ...... . . ....... . . . ... ....... ... . .. ... ... .. . . ... .. .. . . ....... ... . . ................ . ........... .. . . ........ . . . .. .. ................................ . . . . . ..... ... . . ... . ... . ....... .. .................... . . . .. . . . .... . .. .... . . ... . . ...... .. . ... .. ... . ... .. . ........ . . . . . ..
lowQualScore : 2 0 0 0 0 0 0 111111 2 2 7777777 2 2 2 999 0000000 222 5 44 333 888 11 7 3 333 88 11 0 7 3333333 555 8 2 0000000000000000 8 00000000000 00 5 2 88888888 8 8 8 88 22 55555555555555555555555555555555 2 7 0 6 9 11111 000 0 8 000 4 777 7 5555555 22 88888888888888888888 2 0 8 55 7 7 5 0000 5 00 5555 0 5 555 0 0 555555 00 0 555 00 000 0 555 00 0 00000000 0 0 5 0 5 55
consensus : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCAC-AACTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----C---NG-CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAN----G--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
Reference ( family-1707 ) : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCAC-AACTG--AACTTCGTACT-ATACCCT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----C---NG-CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAN----G--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
gi|1 : CCTCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-ACAAT------GTC-ATT-TGA-------TGTA-ATTA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGCACTACT---ACAGAGATGACAACATGCAC-AACTA--AACTTTCTATTTATACTTTTCAGCAAGTTTG-ATCATTATCTGTTGAATAG---TTTTAAGAAGAAGA----C---AGGCTGA-CACAAA----CT--ATCATTAAAAATCATCAAAAGGACATAACTAT----G--AAATAAGTTGATGGACC----ACCATAATGACAATATGGGTA-----ACTAG-TTTCATTC-CGA-TACTCCCTGGCAATTTTGATGAAGATCGGTTTAGAATCTTAGGAAGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT------ATG-----AC-A--GATTTACCATTAAAAAT-AAATAAAGGGTCATTACTCTGCCAAAAACAAATAGACAAA----AATACAATGATG--GTTTGCACAACTCCAT-TTCATG---AAATTAGTTTGAGAAGTTTTAGAGGGGGTGGTGGG---GGGA--AG---AGTTGACAAGAAAG---TGTGACAATTACGTACAGGAGCACGTACGGACCGACAAGGGCAACACTTTATCATACACCACTGCAAC
gi|10 : CCCCG-GTATGC--TGCAG-TCTTGT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATG-AGA-------C-TA-TTGA-GGT---T---T-----G----------------------ACT---GCAGTGATGAC--TATGCAC-AACTG--AGC
gi|11 : tgcctgtcgacacgaatgaCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCGTAT-TG-T-A-ACAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-CTTACACATAGTACCACT---ACAGAGa
gi|12 : gccaacacttatgAAGGGT-ATAACTAA----GTCAAAT--GTAGATGGACCG---A--AT-ACAGCGATGG------------TAGGCTTCGTAC-CGA-TACTCCCTTGCAAGTTTGGCTTAAATTGCTTTAta
gi|13 : CCACCG-TTATGC-CTGTAG-CCTTAC-TG-T-A-GCAAA------GTC-ATA-CGA-------C-TA-ATTA-GTT---T---TGACTAGTG---atttt
gi|14 : atgtgacagtccacaagaatgcccccccccccacccc----A--GTGATGATAGTAAGAGTA-----ACTGAACTTTAT---T-A-TACACCCTGACAAGTTTGGTCAAAATCAGTT--GAAGTTTAAGTGA----AAAACTGACAA-
gi|15 : cagaaAATAA----ATGGGCC----ATAACAA-AACAATATGCACA-----ACTAGACTTCATAC----------------AAGTTTGGCTTAAATCAGTTCAAAAGTCTAGGAGAA-GT---GCTGATAt
gi|16 : CCCCA-CTGTAT-CTATAG-CCTTAT-TG-T-A-GCTAT------GCC-ACT-TGA-------C-TT-ATGA-GTT---
gi|17 : aatcagtctgtctgtaacactaatgtCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTacgactaatggc
gi|18 : gtgtgcctgacaacacgaatgCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTgaca
gi|19 : gtgtgcctgacaacacgaatgCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAGgaca
gi|2 : tacctgccaacacaaatgttTCATTTAAAATTATTAA-------TAACTAAAACTG--AACTAAAT--ATTGAT--------ATACTGCAAATAGGTCGA-----ACTTGATTTCATAC-T-AATTCTCCCTAGCAAGTT-GACCAATATCGGTTTAAAAGTTTAAGAGGA-GTAAA------AA-AAATGT-TA---AT------AT-A--AATTTATTATTTAAGAT-AAATATAGAGTCACAATTCTAC-AAAAATAAAT-GATGAACTGGAACGCAA-GATGCAATCTG----ACTTCCTACTCATACCTAAGCAATTTTGG------TTAAAATCGGTTGTAGGTTTGAGAGTAGCATAGCTGTCAAGAAAGAAACATGACATGTGCGTTCGG--------ACAGACGGACAATGGC-ATA-TTTA-CGTATA--GCTACAAC
gi|20 : tgaacaatagCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAccaataagtaacaggagcgtatcaacaataaacataacctggttatacggtttagaataaatac
gi|21 : tacctgccaacacaaatgttCCCCCT-CTGTGC-CTGTAA-CCTTAA-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TAA-------C-AA-ATGA-GTTTCAT---T---TAATG---A-C--
gi|22 : aatgtctttgttgacaagaatgCCCACA-CTCTCC-CTGTAG-CTTTAT------A-CCAAT------GAC-ATT-TGA-------T-TA-ATGG-GTT---TCAAC---TATTG---A-C--A---GTAGT
gi|23 : caatatgaatgCCCCAA-CTATGT-TTGTAG-CCATAT-TA-TAA-GTAAT------GTC-ATT-AGA-------C-TA-CTGT-GTT---TCAAC---CAGTG---A-A--A---GTgtgt
gi|24 : tgccaacatctacTGTGC-CTGTAG-CTTTAT-TG-T-A-GCAAT------ACC-ATT-TCA-------C-TC-GTGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-C--A---
gi|26 : aTGTAC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-C-GCAAT------acac
gi|28 : tgaagtgtgcctgtcgacaagaatgatcgcctt--ATGATGATGATAAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-
gi|29 : agagtagaatCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCCTATATG-T-A-t
gi|3 : tcaacacaaatgCCCCAA-CTATGC-TTGTAGTCCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GTC-ATT-TGAGTTTCAAC-TA-GTGAAGT-------------AGT----A-C--AT--GTTGTACTACT---ACAGAGATGACATTATGCAC-AAATG--CACTTCGC-----TAACTG-------GTT-GGATCACAATCAGTAGAGAAGAAGTGCCGAGAAGGAGAATCCC---AA-CTAAATACGAA----CTCCGTCATTA--------------GCCA-AACGAG----C--AGATAA----------T----A--ATGATGATAATGAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-TTA-TATACCCCGAAAAGTTTGGTCGAAATCAGTTGAGAAGTGTAGGAGGA-G----ATTTACAATTAAAAT-TATTGATG-----ACAA--GAGTTGCCATCTAAAATAAAATA---------AACTCAACCAAAAA
gi|4 : tgcctgtctacaccaatgCCCCTG-CTTCGC-CTGTAG-CAATAT-C----A-GCAAT------GTC-ATT-TGA-------C-AC-GTGG-GTA---T---CGACTACTG---A-C--A---GTATTTCTACT---AAAAAAATGAGGAAATGCACAAACTG---ACTTAATACTGATACCCT-------GTT---ACCAAAATCAGCCGAGACG---TTT-------AGGA----CTGTTG-CTGC-CAAG-A----TTC-ACCATTGAAAATAATTAAAGGGCTATAAag
gi|5 : acatgtatgTT-G-GGCATAATCAGT------------TTACGAGGAGAA----G---CG-ATGT-CAAGAAGCATTTC-A--ATTAAAAATAATTAAAAGGCCGTAACTCC---------ATAAGTCGATGGAGCAGAAA--GTGATGATGATAAGAGCAGCGTTACTGGGTTTCTTACTT-A-CACACCCatccatcaaaattcgatgg
gi|6 : CCCTG-CTGTGTGCTA-AG-CCTTAT-TG-T-A-GCAATTGTACTACCGATTACGA-------G-CA-ACGA-----------C---CAGTG---AGC--A----TAGTACCACTTCTACAGATATGATATTATGCAC-AAATG--AATTTCGTACT-cacaaaat
gi|7 : gaaatgtgcctgtcgacatgaatgtATGATGATATGCATA-----ACTAGACTTCAAAC-TGA-TAGACTCT--------------AAATCAGTTCAGAAGTTTGGAAAAAAGTGAACCTGACAA-GAAAGTATG---ATGTATGTAT-ATTAATTTACCATTCAAAAT-AACTAAAAGga
gi|8 : atattcaaagggccCCA-CCCTGG-CTGTAG-CCTTAT-TA-T-AAGAAAT------GCT-ATT-TGA-------C-TTTACGT-GTT---TCAAT---AAGAG---A-G--A---GTAGTACTGCT---GCAGAAATGAC-GTACAGAC-AA-TGGCAACTTTATA
gi|9 : atgtgtctgttcaccaaaaatgcttCCCTGACTGAAC-CTGTAA-ACTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------G-TG-CTGA-GTT---T---CAACTAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACAACATTCAC-ATCTA--AACTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAATGTGATTATCGACACGAATTCACTTGCTGTGTATAGGTTTACCGTTGCAATGCCAT
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAAACACAAAAACTGGAAATGTGTCTGTCGATACGAATGTCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 11 11 2 4444444 222 3333333333333333 4444444444 11 222222222 55555555555555555555555555555555 11111 222 1111111 44444444444444444444 1 1 2222 1 11 2222 1 222 222222 222 11 222 222 33333333 1 1 1 11
lowQualScore : 2 2 2 2 4 2 2 666666 2 2 1111111 2 2 2 333 8888888 888 2 33 777 888 00 00 77 0 22 11 0 3333333 222 0 1 2222222222222222 0 0000000000 11 2 666666666 3 0 3 66 66 00000000000000000000000000000000 2 1 1 2 0 11111 222 5 2 999 1 999 5 5555555 88 44444444444444444444 1 0 9 00 3 6 5 3333 5 88 3333 1 5 000 1 1 999999 22 1 111 88 111 1 111 22 1 44444444 1 1 5 5 5 77
lowQualScore : . . . . . . . ...... . . ....... . . . ... ....... ... . .. ... ... .. .. .. . .. .. . ....... ... . . ................ . .......... .. . ......... . . . .. .. ................................ . . . . . ..... ... . . ... . ... . ....... .. .................... . . . .. . . . .... . .. .... . . ... . . ...... .. . ... .. ... . ... .. . ........ . . . . . ..
lowQualScore : 2 0 0 0 0 0 0 111111 2 2 7777777 2 2 2 999 0000000 222 5 44 333 888 11 00 99 1 88 11 0 3333333 555 8 2 0000000000000000 8 0000000000 00 5 000000000 8 8 8 88 22 55555555555555555555555555555555 2 7 0 6 9 11111 000 0 8 000 4 777 7 5555555 22 88888888888888888888 2 0 8 55 7 7 5 0000 5 00 5555 0 5 555 0 0 555555 00 0 555 00 000 0 555 00 0 00000000 0 0 5 0 5 55
consensus : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCACAA-CTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----CNG---CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAN----G--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
Reference ( family-1707 ) : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCACAA-CTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----CNG---CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAN----G--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
gi|1 : CCTCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-ACAAT------GTC-ATT-TGA-------TGTA-ATTA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGCACTACT---ACAGAGATGACAACATGCACAA-CTA--AACTTTCTATTTATACTTTTCAGCAAGTTTG-ATCATTATCTGTTGAATAG---TTTTAAGAAGAAGA----CAGG--CTGA-CACAAA----CT--ATCATTAAAAATCATCAAAAGGACATAACTAT----G--AAATAAGTTGATGGACC----ACCATAATGACAATATGGGTA-----ACTAG-TTTCATTC-CGA-TACTCCCTGGCAATTTTGATGAAGATCGGTTTAGAATCTTAGGAAGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT------ATG-----AC-A--GATTTACCATTAAAAAT-AAATAAAGGGTCATTACTCTGCCAAAAACAAATAGACAAA----AATACAATGATG--GTTTGCACAACTCCAT-TTCATG---AAATTAGTTTGAGAAGTTTTAGAGGGGGTGGTGGG---GGGA--AG---AGTTGACAAGAAAG---TGTGACAATTACGTACAGGAGCACGTACGGACCGACAAGGGCAACACTTTATCATACACCACTGCAAC
gi|10 : CCCCG-GTATGC--TGCAG-TCTTGT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATG-AGA-------C-TA-TTGA-GGT---T---T-----G----------------------ACT---GCAGTGATGAC--TATGCACAA-CTG--AGC
gi|11 : tgcctgtcgacacgaatgaCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCGTAT-TG-T-A-ACAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-CTTACACATAGTACCACT---ACAGAGa
gi|12 : gccaacacttatgAAGGGT-ATAACTAA----GTCAAAT--GTAGATGGACCG---A--AT-ACAGCGATGG------------TAGGCTTCGTAC-CGA-TACTCCCTTGCAAGTTTGGCTTAAATTGCTTTAta
gi|13 : CCACCG-TTATGC-CTGTAG-CCTTAC-TG-T-A-GCAAA------GTC-ATA-CGA-------C-TA-ATTA-GTT---T---TGACTAGTG---atttt
gi|14 : atgtgacagtccacaagaatgcccccccccccacccc----A--GTGATGATAGTAAGAGTA-----ACTGAACTTTAT---T-A-TACACCCTGACAAGTTTGGTCAAAATCAGTT--GAAGTTTAAGTGA----AAAACTGACAA-
gi|15 : cagaaAATAA----ATGGGCC----ATAACAA-AACAATATGCACA-----ACTAGACTTCATAC----------------AAGTTTGGCTTAAATCAGTTCAAAAGTCTAGGAGAA-GT---GCTGATAt
gi|16 : CCCCA-CTGTAT-CTATAG-CCTTAT-TG-T-A-GCTAT------GCC-ACT-TGA-------C-TT-ATGA-GTT---
gi|17 : aatcagtctgtctgtaacactaatgtCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTacgactaatggc
gi|18 : gtgtgcctgacaacacgaatgCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTgaca
gi|19 : gtgtgcctgacaacacgaatgCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAGgaca
gi|2 : tacctgccaacacaaatgttTCATTTAAAATTATTAA-------TAACTAAAACTG--AACTAAAT--ATTGAT--------ATACTGCAAATAGGTCGA-----ACTTGATTTCATAC-T-AATTCTCCCTAGCAAGTT-GACCAATATCGGTTTAAAAGTTTAAGAGGA-GTAAA------AA-AAATGT-TA---AT------AT-A--AATTTATTATTTAAGAT-AAATATAGAGTCACAATTCTAC-AAAAATAAAT-GATGAACTGGAACGCAA-GATGCAATCTG----ACTTCCTACTCATACCTAAGCAATTTTGG------TTAAAATCGGTTGTAGGTTTGAGAGTAGCATAGCTGTCAAGAAAGAAACATGACATGTGCGTTCGG--------ACAGACGGACAATGGC-ATA-TTTA-CGTATA--GCTACAAC
gi|20 : tgaacaatagCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAccaataagtaacaggagcgtatcaacaataaacataacctggttatacggtttagaataaatac
gi|21 : tacctgccaacacaaatgttCCCCCT-CTGTGC-CTGTAA-CCTTAA-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TAA-------C-AA-ATGA-GTTTCAT---T---TAATG---A-C--
gi|22 : aatgtctttgttgacaagaatgCCCACA-CTCTCC-CTGTAG-CTTTAT------A-CCAAT------GAC-ATT-TGA-------T-TA-ATGG-GTT---TCAAC---TATTG---A-C--A---GTAGT
gi|23 : caatatgaatgCCCCAA-CTATGT-TTGTAG-CCATAT-TA-TAA-GTAAT------GTC-ATT-AGA-------C-TA-CTGT-GTT---TCAAC---CAGTG---A-A--A---GTgtgt
gi|24 : tgccaacatctacTGTGC-CTGTAG-CTTTAT-TG-T-A-GCAAT------ACC-ATT-TCA-------C-TC-GTGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-C--A---
gi|26 : aTGTAC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-C-GCAAT------acac
gi|28 : tgaagtgtgcctgtcgacaagaatgatcgcctt--ATGATGATGATAAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-
gi|29 : agagtagaatCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCCTATATG-T-A-t
gi|3 : tcaacacaaatgCCCCAA-CTATGC-TTGTAGTCCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GTC-ATT-TGAGTTTCAAC-TA-GTGAAGT-------------AGT----A-C--AT--GTTGTACTACT---ACAGAGATGACATTATGCACAA-ATG--CACTTCGC-----TAACTG-------GTT-GGATCACAATCAGTAGAGAAGAAGTGCCGAGAAGGAGAATCCCAA---CTAAATACGAA----CTCCGTCATTA--------------GCCA-AACGAG----C--AGATAA----------T----A--ATGATGATAATGAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-TTA-TATACCCCGAAAAGTTTGGTCGAAATCAGTTGAGAAGTGTAGGAGGA-G----ATTTACAATTAAAAT-TATTGATG-----ACAA--GAGTTGCCATCTAAAATAAAATA---------AACTCAACCAAAAA
gi|4 : tgcctgtctacaccaatgCCCCTG-CTTCGC-CTGTAG-CAATAT-C----A-GCAAT------GTC-ATT-TGA-------C-AC-GTGG-GTA---T---CGACTACTG---A-C--A---GTATTTCTACT---AAAAAAATGAGGAAATGCACAAACTG--A-CTTAATACTGATACCCT-------GTT---ACCAAAATCAGCCGAGACG---TTT-------AGGA----CTGTTGCTGC-CAAGA-----TTC-ACCATTGAAAATAATTAAAGGGCTATAAag
gi|5 : acatgtatgTT-G-GGCATAATCAGT------------TTACGAGGAGAA----GCG---ATGT-CAAGAAGCATTTC-A--ATTAAAAATAATTAAAAGGCCGTAACTCC---------ATAAGTCGATGGAGCAGAAA--GTGATGATGATAAGAGCAGCGTTACTGGGTTTCTTACTT-A-CACACCCatccatcaaaattcgatgg
gi|6 : CCCTG-CTGTGTGCTA-AG-CCTTAT-TG-T-A-GCAATTGTACTACCGATTACGA-------G-CA-ACGA-----------C---CAGTG---AGC--A----TAGTACCACTTCTACAGATATGATATTATGCACAA-ATG--AATTTCGTACT-cacaaaat
gi|7 : gaaatgtgcctgtcgacatgaatgtATGATGATATGCATA-----ACTAGACTTCAAAC-TGA-TAGACTCT--------------AAATCAGTTCAGAAGTTTGGAAAAAAGTGAACCTGACAA-GAAAGTATG---ATGTATGTAT-ATTAATTTACCATTCAAAAT-AACTAAAAGga
gi|8 : atattcaaagggccCCA-CCCTGG-CTGTAG-CCTTAT-TA-T-AAGAAAT------GCT-ATT-TGA-------C-TTTACGT-GTT---TCAAT---AAGAG---A-G--A---GTAGTACTGCT---GCAGAAATGAC-GTACAGACAA--TGGCAACTTTATA
gi|9 : atgtgtctgttcaccaaaaatgcttCCCTGACTGAAC-CTGTAA-ACTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------G-TG-CTGA-GTT---T---CAACTAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACAACATTCACAT-CTA--AACTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAATGTGATTATCGACACGAATTCACTTGCTGTGTATAGGTTTACCGTTGCAATGCCAT
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAAACACAAAAACTGGAAATGTGTCTGTCGATACGAATGTCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111 3333333 11 11 2 4444444 222 3333333333333333 4444444444 11 222222222 55555555555555555555555555555555 11111 222 1111111 44444444444444444444 1 1 2222 1 11 2222 1 222 222222 222 11 222 222 33333333 1 1 1 11
lowQualScore : 2 2 2 2 4 2 2 666666 2 2 1111111 2 2 2 333 8888888 888 2 33 777 888 00 00 77 0 22 11 0 3333333 222 0 1 2222222222222222 0 0000000000 11 2 666666666 3 0 3 66 66 00000000000000000000000000000000 2 1 1 2 0 11111 222 5 2 999 1 999 5 5555555 88 44444444444444444444 1 0 9 00 3 6 5 3333 5 88 3333 1 5 000 1 1 999999 22 1 111 88 111 1 111 22 1 44444444 1 1 5 5 5 77
lowQualScore : . . . . . . . ...... . . ....... . . . ... ....... ... . .. ... ... .. .. .. . .. .. . ....... ... . . ................ . .......... .. . ......... . . . .. .. ................................ . . . . . ..... ... . . ... . ... . ....... .. .................... . . . .. . . . .... . .. .... . . ... . . ...... .. . ... .. ... . ... .. . ........ . . . . . ..
lowQualScore : 2 0 0 0 0 0 0 111111 2 2 7777777 2 2 2 999 0000000 222 5 44 333 888 11 00 99 1 88 11 0 3333333 555 8 2 0000000000000000 8 0000000000 00 5 000000000 8 8 8 88 22 55555555555555555555555555555555 2 7 0 6 9 11111 000 0 8 000 4 777 7 5555555 22 88888888888888888888 2 0 8 55 7 7 5 0000 5 00 5555 0 5 555 0 0 555555 00 0 555 00 000 0 555 00 0 00000000 0 0 5 0 5 55
consensus : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCACAA-CTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----CNG---CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAN----G--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
Reference ( family-1707 ) : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCACAA-CTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----CNG---CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAN----G--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
gi|1 : CCTCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-ACAAT------GTC-ATT-TGA-------TGTA-ATTA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGCACTACT---ACAGAGATGACAACATGCACAA-CTA--AACTTTCTATTTATACTTTTCAGCAAGTTTG-ATCATTATCTGTTGAATAG---TTTTAAGAAGAAGA----CAGG--CTGA-CACAAA----CT--ATCATTAAAAATCATCAAAAGGACATAACTAT----G--AAATAAGTTGATGGACC----ACCATAATGACAATATGGGTA-----ACTAG-TTTCATTC-CGA-TACTCCCTGGCAATTTTGATGAAGATCGGTTTAGAATCTTAGGAAGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT------ATG-----AC-A--GATTTACCATTAAAAAT-AAATAAAGGGTCATTACTCTGCCAAAAACAAATAGACAAA----AATACAATGATG--GTTTGCACAACTCCAT-TTCATG---AAATTAGTTTGAGAAGTTTTAGAGGGGGTGGTGGG---GGGA--AG---AGTTGACAAGAAAG---TGTGACAATTACGTACAGGAGCACGTACGGACCGACAAGGGCAACACTTTATCATACACCACTGCAAC
gi|10 : CCCCG-GTATGC--TGCAG-TCTTGT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATG-AGA-------C-TA-TTGA-GGT---T---T-----G----------------------ACT---GCAGTGATGAC--TATGCACAA-CTG--AGC
gi|11 : tgcctgtcgacacgaatgaCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCGTAT-TG-T-A-ACAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-CTTACACATAGTACCACT---ACAGAGa
gi|12 : gccaacacttatgAAGGGT-ATAACTAA----GTCAAAT--GTAGATGGACCG---A--AT-ACAGCGATGG------------TAGGCTTCGTAC-CGA-TACTCCCTTGCAAGTTTGGCTTAAATTGCTTTAta
gi|13 : CCACCG-TTATGC-CTGTAG-CCTTAC-TG-T-A-GCAAA------GTC-ATA-CGA-------C-TA-ATTA-GTT---T---TGACTAGTG---atttt
gi|14 : atgtgacagtccacaagaatgcccccccccccacccc----A--GTGATGATAGTAAGAGTA-----ACTGAACTTTAT---T-A-TACACCCTGACAAGTTTGGTCAAAATCAGTT--GAAGTTTAAGTGA----AAAACTGACAA-
gi|15 : cagaaAATAA----ATGGGCC----ATAACAA-AACAATATGCACA-----ACTAGACTTCATAC----------------AAGTTTGGCTTAAATCAGTTCAAAAGTCTAGGAGAA-GT---GCTGATAt
gi|16 : CCCCA-CTGTAT-CTATAG-CCTTAT-TG-T-A-GCTAT------GCC-ACT-TGA-------C-TT-ATGA-GTT---
gi|17 : aatcagtctgtctgtaacactaatgtCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-C-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTacgactaatggc
gi|18 : gtgtgcctgacaacacgaatgCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATC-TGA-------C-TA-AT----TT---C---T---TTATGTCTA-C--A---GTgaca
gi|19 : gtgtgcctgacaacacgaatgCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAGgaca
gi|2 : tacctgccaacacaaatgttTCATTTAAAATTATTAA-------TAACTAAAACTG--AACTAAAT--ATTGAT--------ATACTGCAAATAGGTCGA-----ACTTGATTTCATAC-T-AATTCTCCCTAGCAAGTT-GACCAATATCGGTTTAAAAGTTTAAGAGGA-GTAAA------AA-AAATGT-TA---AT------AT-A--AATTTATTATTTAAGAT-AAATATAGAGTCACAATTCTAC-AAAAATAAAT-GATGAACTGGAACGCAA-GATGCAATCTG----ACTTCCTACTCATACCTAAGCAATTTTGG------TTAAAATCGGTTGTAGGTTTGAGAGTAGCATAGCTGTCAAGAAAGAAACATGACATGTGCGTTCGG--------ACAGACGGACAATGGC-ATA-TTTA-CGTATA--GCTACAAC
gi|20 : tgaacaatagCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAAT------GCC-G-T-TGAC------C-TA-ATGG-GTT---TTGGT---TATGG---A-C--A---GTAccaataagtaacaggagcgtatcaacaataaacataacctggttatacggtttagaataaatac
gi|21 : tacctgccaacacaaatgttCCCCCT-CTGTGC-CTGTAA-CCTTAA-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TAA-------C-AA-ATGA-GTTTCAT---T---TAATG---A-C--
gi|22 : aatgtctttgttgacaagaatgCCCACA-CTCTCC-CTGTAG-CTTTAT------A-CCAAT------GAC-ATT-TGA-------T-TA-ATGG-GTT---TCAAC---TATTG---A-C--A---GTAGT
gi|23 : caatatgaatgCCCCAA-CTATGT-TTGTAG-CCATAT-TA-TAA-GTAAT------GTC-ATT-AGA-------C-TA-CTGT-GTT---TCAAC---CAGTG---A-A--A---GTgtgt
gi|24 : tgccaacatctacTGTGC-CTGTAG-CTTTAT-TG-T-A-GCAAT------ACC-ATT-TCA-------C-TC-GTGA-GTT---T---TGACTAGTG---A-C--A---
gi|26 : aTGTAC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-C-GCAAT------acac
gi|28 : tgaagtgtgcctgtcgacaagaatgatcgcctt--ATGATGATGATAAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-
gi|29 : agagtagaatCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCCTATATG-T-A-t
gi|3 : tcaacacaaatgCCCCAA-CTATGC-TTGTAGTCCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GTC-ATT-TGAGTTTCAAC-TA-GTGAAGT-------------AGT----A-C--AT--GTTGTACTACT---ACAGAGATGACATTATGCACAA-ATG--CACTTCGC-----TAACTG-------GTT-GGATCACAATCAGTAGAGAAGAAGTGCCGAGAAGGAGAATCCCAA---CTAAATACGAA----CTCCGTCATTA--------------GCCA-AACGAG----C--AGATAA----------T----A--ATGATGATAATGAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-TTA-TATACCCCGAAAAGTTTGGTCGAAATCAGTTGAGAAGTGTAGGAGGA-G----ATTTACAATTAAAAT-TATTGATG-----ACAA--GAGTTGCCATCTAAAATAAAATA---------AACTCAACCAAAAA
gi|4 : tgcctgtctacaccaatgCCCCTG-CTTCGC-CTGTAG-CAATAT-C----A-GCAAT------GTC-ATT-TGA-------C-AC-GTGG-GTA---T---CGACTACTG---A-C--A---GTATTTCTACT---AAAAAAATGAGGAAATGCACAAACTG--A-CTTAATACTGATACCCT-------GTT---ACCAAAATCAGCCGAGACG---TTT-------AGGA----CTGTTGCTGC-CAAGA-----TTC-ACCATTGAAAATAATTAAAGGGCTATAAag
gi|5 : acatgtatgTT-G-GGCATAATCAGT------------TTACGAGGAGAA----GCG---ATGT-CAAGAAGCATTTC-A--ATTAAAAATAATTAAAAGGCCGTAACTCC---------ATAAGTCGATGGAGCAGAAA--GTGATGATGATAAGAGCAGCGTTACTGGGTTTCTTACTT-A-CACACCCatccatcaaaattcgatgg
gi|6 : CCCTG-CTGTGTGCTA-AG-CCTTAT-TG-T-A-GCAATTGTACTACCGATTACGA-------G-CA-ACGA-----------C---CAGTG---AGC--A----TAGTACCACTTCTACAGATATGATATTATGCACAA-ATG--AATTTCGTACT-cacaaaat
gi|7 : gaaatgtgcctgtcgacatgaatgtATGATGATATGCATA-----ACTAGACTTCAAAC-TGA-TAGACTCT--------------AAATCAGTTCAGAAGTTTGGAAAAAAGTGAACCTGACAA-GAAAGTATG---ATGTATGTAT-ATTAATTTACCATTCAAAAT-AACTAAAAGga
gi|8 : atattcaaagggccCCA-CCCTGG-CTGTAG-CCTTAT-TA-T-AAGAAAT------GCT-ATT-TGA-------C-TTTACGT-GTT---TCAAT---AAGAG---A-G--A---GTAGTACTGCT---GCAGAAATGAC-GTACAGACAA--TGGCAACTTTATA
gi|9 : atgtgtctgttcaccaaaaatgcttCCCTGACTGAAC-CTGTAA-ACTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------G-TG-CTGA-GTT---T---CAACTAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACAACATTCACAT-CTA--AACTT
blockSeqs : A G T A A A A TGTACT G A GTTTCAA . T A TCA TGAC TCT G TT CAC TCT AT AC GC CG AC G . GG C AGAGAAGAAGTGCCGA ATCCCAA AA C AGCATTTC T T AG CC AGTCAAATGTAGATGGACCGA G C G A GCGTT CG A T TGC T CTT T AGTGAAC TT ATGATGTATGTATATT T A T C C . CTGG . CA . C A CCT A T . TC T TTT GT CAT T AAA TG T . G T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . C . . . . TGAC TCT . . T . GA C . AA AC . . G A CGAGACGTTT CTGTTG C A ACTCC T A AG CT CATAAGTCGATGGAGCAGAAA A T A C . TT . A GAC T TCA C GTAAA A TATTGATGACAA T . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . TGGT . . . . . AT A . CG . . . T TTAC GCG T A TTC C A AA CC AAACTGAACTAAATATTGAT A C T T . TT . T AGC T CTT T AAAA G TAATATA C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TGGT . . . . . AA A . TA . . . T GCAGATAATA G A G A . TG . A GAA T CCA G GTG
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CAAC . . . . . G C . . . G T A A . T . A . . TCG C GA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CAAC . . . . . . . . G T A A . T . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TGAC . . . . . . T A C . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CGAC . . . . T T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CAAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . CAAC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : CGAC*** GCANATGTGATACGA***************** GTGAA**
originalCons : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---T---T---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCACAA-CTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----CNG---CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAN----G--AAATAAGT-GATGGACC----A--ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAAGCTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
finalCons : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAAT------GCC-ATT-TGA-------C-TA-ATGA-GTT---TCGAC---TAGTG---A-C--A---GTAGTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCACAA-CTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----CNG---CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAGCANATGTGATACGA-----------------ATGATGACGATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGAGTGAA--CTGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAATGTGATTATCGACACGAATTCACTTGCTGTGTATAGGTTTACCGTTGCAATGCCAT
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAAACACAAAAACTGGAAATGTGTCTGTCGATACGAATGTCCC
Alignments
lowQualScore : 111111 11 2 4444444 222 3333333333333333 44444444444 11 22222222 999999999999999999999999999999999999 11111 222 222222222 44444444444444444444 1 1 2222 1 11 2222 1 222 222222 222 11 222 222 33333333 1 1 1 11
lowQualScore : 2 2 2 2 4 2 2 33 4 2 33 66 33 555 000000 888 00 5 4 999 22 11 0 3333333 222 0 1 2222222222222222 0 00000000000 11 2 3 22222222 3 0 3 66 66 666666666666666666666666666666666666 4 9999 1 2 0 11111 222 5 2 999 1 999 5 222222222 88 44444444444444444444 1 0 9 00 3 6 5 3333 5 88 3333 1 5 000 1 1 999999 22 1 111 88 111 1 111 22 1 44444444 1 1 5 5 5 77
lowQualScore : . . . . . . . .. . . .. .. .. ... ...... ... .. . . ... .. .. . ....... ... . . ................ . ........... .. . . ........ . . . .. .. .................................... . .... . . . ..... ... . . ... . ... . ......... .. .................... . . . .. . . . .... . .. .... . . ... . . ...... .. . ... .. ... . ... .. . ........ . . . . . ..
lowQualScore : 2 0 0 0 0 0 0 11 4 2 11 33 77 444 555555 888 11 7 3 333 88 00 0 3333333 555 8 2 0000000000000000 8 00000000000 00 5 2 88888888 8 8 8 88 22 222222222222222222222222222222222222 4 4444 0 6 9 11111 000 0 8 000 4 777 7 888888888 22 88888888888888888888 2 0 8 55 7 7 5 0000 5 00 5555 0 5 555 0 0 555555 00 0 555 00 000 0 555 00 0 00000000 0 0 5 0 5 55
consensus : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAATGCCATT--TGA-C-TA-ATGAGTTTCGACTAGTGA--C--A---GTA------GTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCAC-AACTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----C---NG-CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAN--CAAATG---T-GATGG-A---C-NA--A----TGATG-AC----GATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTAAA-C-TGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
Reference ( family-1707 ) : CCCCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-GCAATGCCATT--TGA-C-TA-ATGAGTTTCGACTAGTGA--C--A---GTA------GTACTACT---ACAGAGATGACANTATGCAC-AACTG--AACTTCGTACT-ATACCTT-------GTT-G-ATCATAATCAGTCGAGAAG---TTTTAAGAAGAGGA----C---NG-CTGN-CACGAA----CTC-ATCATTAAAAATNATTAAAGGGCCATAACTAG--CANATG---T-GAT---A---C-GA--A----TGATG-AC----GATANGNGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-A-TACNCCCTGGCAAGTTTGGCCGAAATCGGTTTAGAAGTTTAGGAGGA-GTGAA-C-TGACAA-GAAAGT-TA---ATG-----AC-A--GATTTACCATTTAAAAT-AAATAAAGGGTCACAACTCTACCAAAAACAAATAGACGAACTGGAACGCAATGATGCAGTCTGCACAACTCCNTACTCATGCCTAAGCNANTTTGGGAAGTTTTAGAGNNGGTNGTGGGTTTGGGAGTAGCATAGCTGNCAAGAAAGAAACGTGACANNTGCGTNCGGGAGCACGTACGGACNGACAANGGCAACACTTTATCGTACACCGCTGCAAC
gi|1 : CCTCCG-CTGTGC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-A-ACAATGTCATT--TGA-TGTA-ATTAGTTTT---TAGTGA--C--A---GTA------GCACTACT---ACAGAGATGACAACATGCAC-AACTA--AACTTTCTATTTATACTTTTCAGCAAGTTTG-ATCATTATCTGTTGAATAG---TTTTAAGAAGAAGA----C---AGGCTGA-CACAAA----CT--ATCATTAAAAATCATCAAAAGGACATAACTAT--GAAATAAGTT-GATGG-A---C-CACCA----TAATG-AC----AATATGGGTA-----ACTAG-TTTCATTC-CGA-TACTCCCTGGCAATTTTGATGAAGATCGGTTTAGAATCTTAGGAAGA-GTAAAGC-TGACAA-GAAAGT------ATG-----AC-A--GATTTACCATTAAAAAT-AAATAAAGGGTCATTACTCTGCCAAAAACAAATAGACAAA----AATACAATGATG--GTTTGCACAACTCCAT-TTCATG---AAATTAGTTTGAGAAGTTTTAGAGGGGGTGGTGGG---GGGA--AG---AGTTGACAAGAAAG---TGTGACAATTACGTACAGGAGCACGTACGGACCGACAAGGGCAACACTTTATCATACACCACTGCAAC
gi|10 : CCCCG-GTATGC--TGCAG-TCTTGT-TG-C-A-GCAATGCCATG--AGA-C-TA-TTGAGGTTTGACT----G--C--A---GT-----------------------GATGAC--TATGCAC-AACTG--AGC
gi|11 : tgcctgtcgacacgaatgaCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCGTAT-TG-T-A-ACAATGCCATT--TGA-C-TA-ATGAGTTTTGACTAGTGA--CTTACACATA------GTACCACT---ACAGAGa
gi|12 : gccaacacttatgAAGGGT-ATAACTAAGTCAAATG---TAGAT---GGACC-GA--A----T-ACA-GC----GATGG------------TAGGCTTCGTAC-CGA-TACTCCCTTGCAAGTTTGGCTTAAATTGCTTTAta
gi|13 : CCACCG-TTATGC-CTGTAG-CCTTAC-TG-T-A-GCAAAGTCATA--CGA-C-TA-ATTAGTTTTGACTAGTGatttt
gi|14 : atgtgacagtccacaagaatgcccccccccccaccccA--G----TGATG-AT----AGTAAGAGTA-----ACTGAACTTTAT---T-A-TACACCCTGACAAGTTTGGTCAAAATCAGTT--GAAGTTTAAGTGAA---AAA-C-TGACAA-
gi|15 : cagaa-AC----AATATGCACA-----ACTAGACTTCATAC----------------AAGTTTGGCTTAAATCAGTTCAAAAGTCTAGGAGAA-GTG---C-TGATAt
gi|16 : aataaatgggccataacaaaCCCCA-CTGTAT-CTATAG-CCTTAT-TG-T-A-GCTATGCCACT--TGA-C-TT-ATGAGTTACGACTAATGG--C--
gi|17 : aatcagtctgtctgtaacactaatgtCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-C-A-GCAATGCCATC--TGA-C-TA-AT
gi|18 : gtgtgcctgacaacacgaatgCCTCTG-CTGTGC-CTGTAG-TTTTAT-TG-T-A-GCAATGCCATC--TGA-C-TA-ATttctttatgtctacagtgaca
gi|19 : gtgtgcctgacaacacgaatgCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAATGCCG-T--TGACC-TA-ATGGGTTTTGGTTATGGA--C--A---GTA------Gttctttatgtctacagtgaca
gi|2 : tacctgccaacacaaatgttTCATTTAAAATTATTAA-------TAACTA----AAAC----T-GA----A---C-TA--AATATTGATATACTGCAAATAGGTCGA-----ACTTGATTTCATAC-T-AATTCTCCCTAGCAAGTT-GACCAATATCGGTTTAAAAGTTTAAGAGGA-GTAAA-------AA-AAATGT-TA---AT------AT-A--AATTTATTATTTAAGAT-AAATATAGAGTCACAATTCTAC-AAAAATAAAT-GATGAACTGGAACGCAA-GATGCAATCTG----ACTTCCTACTCATACCTAAGCAATTTTGG------TTAAAATCGGTTGTAGGTTTGAGAGTAGCATAGCTGTCAAGAAAGAAACATGACATGTGCGTTCGG--------ACAGACGGACAATGGC-ATA-TTTA-CGTATA--GCTACAAC
gi|20 : tgaacaatagCTCG-TTCTGC-CTGTAG-CCTTAT-TAAT-A-GCAATGCCG-T--TGACC-TA-ATGGGTTTTGGTTATGGA--C--A---GTA------ccaataagtaacaggagcgtatcaacaataaacataacctggttatacggtttagaataaatac
gi|21 : tacctgccaacacaaatgttCCCCCT-CTGTGC-CTGTAA-CCTTAA-TG-T-A-GCAATGCCATT--TAA-C-AA-ATGAGTTTCATTTAATGA--C--
gi|22 : aatgtctttgttgacaagaatgCCCACA-CTCTCC-CTGTAG-CTTTAT------A-CCAATGACATT--TGA-T-TA-ATGGGTTTCAACTATTGA--C--A---GTA------GT
gi|23 : caatatgaatgCCCCAA-CTATGT-TTGTAG-CCATAT-TA-TAA-GTAATGTCATT--AGA-C-TA-CTGTGTTTCAACCAGTGA--A--A---GTgtgt
gi|24 : tgccaacatctacTGTGC-CTGTAG-CTTTAT-TG-T-A-GCAATACCATT--TCA-C-TC-GTGAGTTTTGACTAGTGA--C--A---
gi|26 : aTGTAC-CTGTAG-CCTTAT-TG-T-C-GCAATacac
gi|28 : tgaagtgtgcctgtcgacaagaatgatcgcctt--A----TGATG-AT----GATAAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-T-
gi|29 : agagtagaatCCCCCA-CTGTGC-CTGTAG-CCCTATATG-T-A-t
gi|3 : tcaacacaaatgCCCCAA-CTATGC-TTGTAGTCCTTAT-TG-T-A-GCAATGTCATT--TGA----------GTTTCAACTAGTGAAGT--A---GTACATGTTGTACTACT---ACAGAGATGACATTATGCAC-AAATG--CACTTCGC-----TAACTG-------GTT-GGATCACAATCAGTAGAGAAGAAGTGCCGAGAAGGAGAATCCC---AA-CTAAATACGAA----CTCCGTCATTA--------------GCCA-AACGAG--CAGATA------AT---A---------A----TGATG-AT----AATGAGAGCA-----ACTGGACTTCATAC-TTA-TATACCCCGAAAAGTTTGGTCGAAATCAGTTGAGAAGTGTAGGAGGA-G---A-T-TTACAATTAAAAT-TATTGATG-----ACAA--GAGTTGCCATCTAAAATAAAATA---------AACTCAACCAAAAA
gi|4 : tgcctgtctacaccaatgCCCCTG-CTTCGC-CTGTAG-CAATAT-C----A-GCAATGTCATT--TGA-C-AC-GTGGGTATCGACTACTGA--C--A---GTA------TTTCTACT---AAAAAAATGAGGAAATGCACAAACTG---ACTTAATACTGATACCCT-------GTT---ACCAAAATCAGCCGAGACG---TTT-------AGGA----CTGTTG-CTGC-CAAG-A----TTC-ACCATTGAAAATAATTAAAGGGCTATAAag
gi|5 : acatgtatgTT-G-GGCATAATCAGT------------TTACGAGGAGAA----G---CG-ATGT-CAAGAAGCATTTC-A--ATTAAAAATAATTAAAAGGCCGTAACT-C--CATAAG---TCGATGGAG---CAGA--AAG--TGATG-AT----GATAAGAGCAGCGTTACTGGGTTTCTTACTT-A-CACACCCatccatcaaaattcgatgg
gi|6 : CCCTG-CTGTGTGCTA-AG-CCTTAT-TG-T-A-GCAATTGTACTACCGA-T-TA--CGAGCAACGACCAGTGAG-C--A----TA------GTACCACTTCTACAGATATGATATTATGCAC-AAATG--AATTTCGTACT-cacaaaat
gi|7 : gaaatgtgcctgtcgacatgaatgtATG-AT----GATATGCATA-----ACTAGACTTCAAAC-TGA-TAGACTCT--------------AAATCAGTTCAGAAGTTTGGAAAAAAGTGAA-CCTGACAA-GAAAGTATG---ATGTATGTAT-ATTAATTTACCATTCAAAAT-AACTAAAAGga
gi|8 : atattcaaagggccCCA-CCCTGG-CTGTAG-CCTTAT-TA-T-AAGAAATGCTATT--TGA-C-TTTACGTGTTTCAATAAGAGA--G--A---GTA------GTACTGCT---GCAGAAATGAC-GTACAGAC-AA-TGGCAACTTTATA
gi|9 : atgtgtctgttcaccaaaaatgcttCCCTGACTGAAC-CTGTAA-ACTTAT-TG-T-A-GCAATGCCATT--TGA-G-TG-CTGAGTTTCAACTAGTGA--C--A---GTA------GTACTACT---ACAGAGATGACAACATTCAC-ATCTA--AACTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAATGTGATTATCGACACGAATTCACTTGCTGTGTATAGGTTTACCGTTGCAATGCCAT
Unaligned ( gi|27 ): GAAAAAACACAAAAACTGGAAATGTGTCTGTCGATACGAATGTCCC