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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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originalCons : ATA-A-AAT-AATAATAATAATAATGTCTTTATTTAGAGAGGGTAAA-CTCATTAAGTTTTATATACAATATAAATCTTATTTTC-------AATGAGG-----CC--C-T-CTGAATAACACATTTAA-AA--TCA-ATAAT--ATC---AAGATTACA--A--T-GTT-TTACAT-A-AA-CAATATTTGGAGCAGAT------A-----ACCT----GCTAA------------------AATCAAT-A----CAATGTTAACAATG----AC--AAA---GTGCAA------TATTT----------TA---TTTTCATGCGAAAG--------ATGTTTT---AGTAAT--CAGA----AATTCTTTGTACA---CATAT---T--TAAAAGTAGCNACGTTAT--------TCAGTTTTCTG-A--TTG--TTGAAGGTATATTGTTCCAGACTTCCATAGCAGAATAAGAAAATGCACGTTTAAGAAGTTCAGTTTTAACCTTTGGATG--CATAATGTCCTTGTTT-GAAATTGAGCGTAGATTATAGCGAGTGTTAATGGGTATCTTAATAAGGTTACA----TATATATGAAGGTACTAAATTATTAATTGC--------TTTAAATACAAAAATGCCAATATGACATTTTATTCTGTCAGGAAAT--GATAACCGTCTAAGTTCTTTAAAAAGTTTAAAAGAAGGCGTTTTATATGGTGCATNCAATATGAGTCTAGCAGC---TTTCTTCTG-TATTTTAAGTATCTTATTAGTATTAGAAAGTGTACCAGTACCCCAAATAGTCGAGCAATAGTCCAATGTAGGCTGAATATACGCATTGT-AGAATAAAAGTTTCATTTCAAGATTTAAGTATT---TAGATATACGTCTAAAN-AGATATAATTTTGAATTTAGTTTATCACATACTTTACTGACTTGTGTGTTCCAACTTAATGTTTCATCAATGAATAAGCCAA--GTAGGTTNTGANANCTTNCATGTTTGATTTGTNNATTGTTGACTGGAATACATCATTTTGTAATTTTGTTTCAATTTGCCACAAGTGACAATCACTAACATGAATAGTAGAATCATCGGCGTACATGTC
finalCons : ATA-A-AAT-AATAATAATAATAATGTCTTTATTTAGAGAGGGTAAA-CTCATTAAGTTTTATATACAATATAAATCTTATTTTC-------AATGAGG-----CC--C-T-CTGAATAACACATTTAA-AA--TCA-ATAAT--ATC---AAGATTACA--A--T-GTT-TTACAT-A-AA-CAATATTTGGAGCAGAT------A-----ACCT----GCTAA------------------AATCAAT-A----CAATGTTAACAATG----AC--AAA---GTGCAA------TATTT----------TA---TTTTCATGCGAAAG--------ATGTTTT---AGTAAT--CAGA----AATTCTTTGTACA---CATAT---T--TAAAAGTAGCNACGTTAT--------TCAGTTTTCTG-A--TTG--TTGAAGGTATATTGTTCCAGACTTCCATAGCAGAATAAGAAAATGCACGTTTAAGAAGTTCAGTTTTAACCTTTGGATG--CATAATGTCCTTGTTT-GAAATTGAGCGTAGATTATAGCGAGTGTTAATGGGTATCTTAATAAGGTTACA----TATATATGAAGGTACTAAATTATTAATTGC--------TTTAAATACAAAAATGCCAATATGACATTTTATTCTGTCAGGAAAT--GATAACCGTCTAAGTTCTTTAAAAAGTTTAAAAGAAGGCGTTTTATATGGTGCATNCAATATGAGTCTAGCAGC---TTTCTTCTG-TATTTTAAGTATCTTATTAGTATTAGAAAGTGTACCAGTACCCCAAATAGTCGAGCAATAGTCCAATGTAGGCTGAATATACGCATTGT-AGAATAAAAGTTTCATTTCAAGATTTAAGTATT---TAGATATACGTCTAAAN-AGATATAATTTTGAATTTAGTTTATCACATACTTTACTGACTTGTGTGTTCCAACTTAATGTTTCATCAATGAATAAGCCAA--GTAGGTTNTGANANCTTNCATGTTTGATTTGTNNATTGTTGACTGGAATACATCATTTTGTAATTTTGTTTCAATTTGCCACAAGTGACAATCACTAACATGAATAGTAGAATCATCGGCGTACATGTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATACCATGATTAATGCTACTGTTAATGAAATTTGAGATTTCTTGTGTAACAGTGTCTGAGCACAGTTTTAAAATACGTGGACTGATACCATCTTGACCGGTAGATTTTCTTATATTCAGTGAACCATAAATTTCTTAACCTCAAAAGGGGTGATTTAATTGATTGAAAATTCCCTCTCTTTGAGTTTGTTATCTAAAGACGTTTTCAGATTTTTAAATATGTGTTTCTGTAAAGGCAATTTCGTAATAATGTCTGTCACATTTATGAAATGACAATTCAGTAAATTTACAATGTCCTGTAAATCGGTCTTGACATGTGTACCAATGCTAAGTTTATTGACACTGGTACTGCCCTTATTGTTATCTGCAGATGCGATTTTTTCATGTGCTTCCAT
Unaligned ( gi|19 ): ATCCGATTGGCGCTCATTTAATATGTTGGTTTTCTTAAAATCTTTACTCAACTGATTAGCAACATGTCTTTCAATTATTTCAACTGTGTGTGTAACAACGAAATTGGCCTATAATTATTAAGATAATCTTTTCTTCAACTTATATGAAGGGTGATGTCTGGGAAAATACCAGAAAATAATTATTAA
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Unaligned ( gi|36 ): TTTATACTACTACATGTACTACCTATAATAA
Alignments
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lowQualScore : 6 5 4 22 7777777 55555 33 2 2 2 33 2 33 444 33 33 2 2 2 2 2 2222222222222 5555 4 777777777777777777 2 5555 5555 33 444 000000 1111111111 777 99999999 555 44 1 9999 555 555 44 1 22222222 3 44 77 1 66 1 4 0 8888 0 88888888 1 99 0 1 3 0 11 0 6 0 0 1 111 6 6 7 111 77 0 9 0 88 1 1 1 1 22 7
lowQualScore : . . . .. ....... ..... .. . . . .. . .. ... .. .. . . . . . ............. .... . .................. . .... .... .. ... ...... .......... ... ........ ... .. . .... ... ... .. . ........ . .. .. . .. . . . .... . ........ . .. . . . . .. . . . . . ... . . . ... .. . . . .. . . . . .. .
lowQualScore : 7 7 4 99 2222222 66666 11 2 2 5 44 4 22 111 22 22 4 4 5 5 7 6666666666666 3333 2 444444444444444444 4 0000 3333 44 444 666666 7777777777 333 77777777 444 22 4 6666 444 888 66 0 11111111 3 66 99 2 11 0 4 9 5555 4 11111111 6 22 8 4 8 8 66 8 4 6 8 0 777 7 7 9 777 77 8 2 2 33 0 0 0 0 00 3
consensus : ATA-A-AAT-AATAATAATAATAATGTCTTTATTTAGAGAGGGTAAA-CTCATTAAGTTTTATATACAATATAAATCTTATTTTC-------AATGAGG-----CC--C-T-CTGAATAACACATTTAA-AA--TCA-ATAAT--ATC---AAGATTACA--A--T-GTT-TTACAT-A-AA-CAATATTTGGAGCAGAT------A-----ACCT----GCTAA------------------AATCAAT-A----CAATGTTAACAATG----AC--AAA---GTGCAA------TATTT----------TA---TTTTCATGCGAAAG--------ATGTTTT---AGTAAT--CAGA----AATTCTTTGTACA---CATAT---T--TAAAAGTAGCNACGTTAT--------TCAGTTTTCTG-A--TTG--TTGAAGGTATATTGTTCCAGACTTCCATAGCAGAATAAGAAAATGCACGTTTAAGAAGTTCAGTTTTAACCTTTGGATG--CATAATGTCCTTGTTT-GAAATTGAGCGTAGATTATAGCGAGTGTTAATGGGTATCTTAATAAGGTTACA----TATATATGAAGGTACTAAATTATTAATTGC--------TTTAAATACAAAAATGCCAATATGACATTTTATTCTGTCAGGAAAT--GATAACCGTCTAAGTTCTTTAAAAAGTTTAAAAGAAGGCGTTTTATATGGTGCATNCAATATGAGTCTAGCAGC---TTTCTTCTG-TATTTTAAGTATCTTATTAGTATTAGAAAGTGTACCAGTACCCCAAATAGTCGAGCAATAGTCCAATGTAGGCTGAATATACGCATTGT-AGAATAAAAGTTTCATTTCAAGATTTAAGTATT---TAGATATACGTCTAAAN-AGATATAATTTTGAATTTAGTTTATCACATACTTTACTGACTTGTGTGTTCCAACTTAATGTTTCATCAATGAATAAGCCAA--GTAGGTTNTGANANCTTNCATGTTTGATTTGTNNATTGTTGACTGGAATACATCATTTTGTAATTTTGTTTCAATTTGCCACAAGTGACAATCACTAACATGAATAGTAGAATCATCGGCGTACATGTC
Reference ( family-1704 ) : ATA-A-AAT-AATAATAATAATAATGTCTTTATTTAGAGAGGGTAAA-CTCATTAAGTTTTATATACAATATAAATCTTATTTTC-------AATGAGG-----CC--C-T-CTGAATAACACATTTAA-AA--TCA-ATAAT--ATC---AAGATTACA--A--T-GTT-TTACAT-A-AA-CAATATTTGGAGCAGAT------A-----ACCT----GCTAA------------------AATCAAT-A----CAATGTTAACAATG----AC--AAA---GTGCAA------TATTT----------TA---TTTTCATGCGAAAG--------ATGTTTT---AGTAAT--CAGA----AATTCTTTGTACA---CATAT---T--TAAAAGTAGCNACGTTAT--------TCAGTTTTCTG-A--TTG--TTGAAGGTATATTGTTCCAGACTTCCATAGCAGAATAAGAAAATGCACGTTTAAGAAGTTCAGTTTTAACCTTTGGATG--CATAATGTCCTTGTTT-GAAATTGAGCGTAGATTATAGCGAGTGTTAATGGGTATCTTAATAAGGTTACA----TATATATGAAGGTACTAAATTATTAATTGC--------TTTAAATACAAAAATGCCAATATGACATTTTATTCTGTCAGGAAAT--GATAACCGTCTAAGTTCTTTAAAAAGTTTAAAAGAAGGCGTTTTATATGGTGCATNCAATATGAGTCTAGCAGC---TTTCTTCTG-TATTTTAAGTATCTTATTAGTATTAGAAAGTGTACCAGTACCCCAAATAGTCGAGCAATAGTCCAATGTAGGCTGAATATACGCATTGT-AGAATAAAAGTTTCATTTCAAGATTTAAGTATT---TAGATATACGTCTAAAN-AGATATAATTTTGAATTTAGTTTATCACATACTTTACTGACTTGTGTGTTCCAACTTAATGTTTCATCAATGAATAAGCCAA--GTAGGTTNTGANANCTTNCATGTTTGATTTGTNNATTGTTGACTGGAATACATCATTTTGTAATTTTGTTTCAATTTGCCACAAGTGACAATCACTAACATGAATAGTAGAATCATCGGCGTACATGTC
gi|1 : TCATTTTGTAATTTTGTTTCAATTTGCCACAAGTGACAATCACTAACATGAATAGTAGAATCATCGGCGTACATGTC
gi|11 : TTTCAAGATTTAAGTATT---TAGATATACGTCTAAAT-AGATATACTTTTGAATTTAGTTTATCACATACTTTACTGAC-----TGCTCCAACTTAATGTTTCATCAATAAATACGCCAA--GTAGGTTTTGAAATCTTTTATGTTTGATTTGTGTATTGTTGATTGGAATACATAATTTTaacacttgagtcatcaacaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacgaaaacgactgtactgtacgtacagtaaaatgatagagtacaatttatgtaaaagaatatcgtggtctactaaatcaaatgccttatgtagatccaaaaatacaattcctacaagttttccagaatcaacttccttcatccatttgttagggcagtttggtaagagagttttttactgaatccagattgagttgtatgtaagacgtcagtgtgttcaaaatatgtatgtaactggtaacatatatgtctttcaaatatctttgataatgttgacaaaatagaaataggtctataattactaggatcgtctttaggtccatctttatgaattggtaatcgggaaatataccatgattaattaagtttgagattgtttgtgtaacagtgtctgagcatagttttaaaatacgtggaccgataccatctggaccagtatattttctaatattcaatgaatccatatttttcttgacctcaaaaggggtgattcaattgatgaaaaattcactctcttcgagttatctaaagacgttttcagatttttaaatgtgtgtttctgtaaaggcaatttcgtaatcatgtctgccacatttatgaaatgacaattcagtaaatttacaatttcctgtaaatcagtcgtgacatgattaccaacgttatgtttattgacactggtactgcccttattgttatctgcagatgagatttttttctcatgtgcaacca
gi|11 : ACATCATTTTGTAATTTTGTTTCAATTTGCCACAAGTGACAATCACTAACAccagaatgttaacttttattatatgtaccaataatcatacatgtagttttgttaggatttagagccatatcatttttttacaccgacttttataacatcattttgtaattttgtttcaatttgccacaagtgacaatcactaaca
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gi|13 : aat-A-AATCAATAACAATAACAGTGTCGTTATTTAGAGAGGGTAAA-CTCATAAAGTTTTATATACAATATAAATTTTATTTTC-------AATGAGG-----CC--C-T-CCGAATAACACATTTAC-AA--TCA-ATAAT--ATC---AAGACTACG--A--T-TTT-TTGC-T-A-AA-T-----------------------------CCT----GTT-A------------------AATCAATAA----AAATGTTAACAAAG----GCAAAAA---ATGTAAAC----TATTT----------TA---ATTTCATTAGAAAG--------ATGTGCT---AATAAT--CA-A----TTTTCTTTGAACA---CATAT---T--TAAAAGTAGCGATGTCAT--------GCAGTTTTCTG-A--TTG--ATGAAGGTATAGTGTT
gi|14 : ATC-A-AAT-A-TAATGATAAAAATGTCTTTA----GAGAAGGTA---------------------CAGCATAAATCTTATTTTT-------AATTAGG-----CC--C-T-CTATATAATA--TTTGA-AT--TCA-ATAAT--ATT---AATATTGCA--T--TCATTATTACAT-A-AA-CACTGTTTTGAGCAGCT------A------CCT----GCTAA------------------AATCAAT-A----CAATGTTACCAATG----AC--AAA---GTACAA------TATTT----------CA---TTTTCATGAGAAAG--------ATATTTT---AATAAT--CCGA----AACTCTTTTTGCT---CATATACATTATAAAAGTAGTGACGTT-T--------TCAGCTTTTTG-A--TTG--ATGAAGtgag
gi|15 : aatTTTTTACTTAGAAAGGGTAA--------------TATATACAATACAAGTCT------C-------AATGAGG-----CT--T-T-CTGAATAACAAATATAA-AA--TCA-AAAAC--ATC---AACTTTACA--A--T-GTT-TTATAT-A-AA-CGATATTTATAGCTGAT------A-----ACG-----GCTAA------------------AGTCAGT-T----CAAAATGAACAATT----AC--AAA---GTACAA------TATGT----------AA---TTTTAATGAGAAAT--------GTGTTTT---AGTAAT--CAAA----AAATCTTTGTTCA---AATAT---T--TGAAAGTAGCAACGTTGT--------TCAGTTTTCCGAA--TTAGTTTGA--GTAT
gi|16 : aTCTTTACTTAAAAAGGATAA--------------TATACACACTTCAAGTCT-GTTATC-------AATGAGG-----CT--C-T-CTGAATAACAAATTTAA-AA--TCA-ATAAC--ATC---AACATTACA--A--T-GTT-TTATAT-G-AA-TAATATTTAGAGCAGAT------------ATCG----GCT---------------------ATCATT-A----CAATGTTAACAACA----AT--AAA---GTACAA------TATGT----------CA---TTTTCATGTGAATT--------ATGTTTT---AGTTAT--CATAC---AGTATTTTGTACA---CATAC---T--TGAAAGTAGCAAAGTTAT--------TCAGTTTTCTG-AATTTGT-TTGA--GTATtagttag
gi|17 : ATATA-AAT-AATAATATTAATAATGTCTTTATTTAGAGAGGTTAA---TT-TTAAGTTTTATAAACAATAAAAATCTTATTTTC-------AATGAGG-----CC--C-T-ACGAATAACACATTTAA-AA--TCA-ATAAT--ATC---AAGATTACA--A--T-GTT-TTACAT-A-AA-CAACATTTGGAGAAGAT------------ACCT----GCTTA------------------AATTAAT-A----CAATCTTAACAATG----AC--AAA---GTGCAA------TATTT----------TG---ATTTCATGCCAAAG--------ATGTTTT---AGTAAT--TTGA----AATTCTTTGTAAA---C
gi|18 : ataACA-A-AAA-AA-AATAATAATAATGTCTTTATTTAGAAAGGGTAAA-CTCATTAAGTTTTATATACAAAATGAATCTTATTTTC-------CATGAGG-----CC--C-T-CTGAATAACACATTTAA-AA--TCA-TTAAT--ATC---AAGATTACA--A--T-GTT-TTACATCA-AA-CAATATTTGGAGCAGGT------------ACCT----GCTAA------------------AATCAAT-A----CAAT
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gi|20 : A-ATAAT--ATC---AAAATTACA--A--G-GTT-TTACATAA-AA-CAATATTTGGAGCAGAC------------ACCT----GCCAA------------------AATCTGT-A----CAATGTTAACAATG----AC--AAA---GTGCAATACATGTATTT----------TA---TTTTCATGCGAGAG--------AT
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gi|22 : taAAGTTTA-TTTTAAATTCTGTTTAAACACGATGACATTGTTT-GAAATCGAGCGTAGATTGTAGCCAGTGTTAATGGGTATCTTAATAAGATTACA----TATATATAACGGTACTTAATTATTAATTGC--------TTTAAATACAAAAATGCCAATATGACAATTTATTCTG
gi|23 : AGTTTCATGTCAAGATTTAAGTATTAATTAGATAT-CGTTTAAAAGAGATATAATTTTGAAATTAGTTTATCACATACCTTACTGACTTGTGTGTTCCAATTTAATGATTAATCAATGAATAAGCCAAGTGTAGGTTATG
gi|24 : TTT-------AATGAGGGTAAACT--CAT-CTGAATAGCACATTGAA-AA--TCA-ATAAT--ATC---AAGATTACA--A--T-GTT-TGACATAA-AA-CAATATTTGGAGCAGAT------------GCCT----GCTAA------------------AATCAAT-A----CAATGTTACCAATG----AC--AAT---GTGC-A------TATTtgtaggttctggagctaacaa
gi|25 : T-AATAATAATAATAATGTTTTTATTTAGGACAGGTAAA-TTCATTAAGTTTTATATACAACATAATACTTATTTTC-------AATGAGG-----CCAAC-A-CTGTATGTCAGA--TAA-CATGTCAGATAATGAATCGGTAATATTGCATTC--T-GTT-TTATAcaaagtatcacaagctcagatgtt
gi|26 : acataaacatat-AGAATAAAA-TTTCATTTCAAGATTTAAGTATC---TAGATATAAGTCTAAAA-AGATATAATTTTGAATTTAGTCTATCACATACTTTA
gi|27 : -AAT-AATAGTAATAATAATGTCTTTATTTACAGAGGGTAAA-CTCATTATGTGTTATATATTATATTTATCTTAATTTC-------AATGAGG-----CA--C-T-CTGAACAACACATTTAA-AA--TCA-AAAAT--ATC---AAGATTACA--A--T--TT-TTACAT-A-Atcataatgcataatacaattgttttcatttttatttataatttttttaataatgaaattattgtttttgttt
gi|28 : atagtTATGTGTCTAGCAGT---TTTCTTCTG-TATTTTAAGTATTTGATTAGTATTAG------------TACTCCAAATAGTTAAGCAATAGTCCAATGTAGGCTGAATATACCCATTGT-AAAACAAAAGTTTCATTTCAAG
gi|3 : ATGATAATGATAAAGTCTTT-TTTAGAGAGGGTAAA-CTCATTAAGTTTTATATACTATATAAAACTTATTTTT-------AATGAGG-----CC--C-T-CTGAATAACACATTTAA-AA--TCA-ATAAT--ATC---AAGATTACA--A--T-GTT-TTACATAA-AA-CAATATTTGGAGTAGAT------ACATGTACCT----GCTAA------------------AATCCAT-A----CAATGTTAACAATG----AC--AAA---GTGCAA------TATTT----------TATATTTTTCATACGAAAA--------A
gi|3 : acaacgataattttTAA------------------AATCAAT-AATATCAAGATTA-CAATGTTTTAC--ATA---AAACAA------TATTTGGAGTAGATACA---TGTACCTGCTAAAATCCATACAATGTT-----AACAATGACAAAGTGCAATATTTTATATTTTTCATAC---G--AAAAAGTAGCTACGTTAT--------TCAGTTTTCTG-A--TTG--TTGAAAGTATATTGTTCCAGACTTCCATAGCAGAATAAGAAAATGCACGTTTAAGAAGTTCAGTTTCAACCTTTGAATG--CATAATGTCTTTGATT-GACATCGAGCGTATGTTATAGCGAGTGTTAATGTGTATCTTAATAAGATTACA----TATATAT-----------------AATTAC--------TTTAGATACAAAAATGCCAATATGATAGTTTATTCTGTCAGAAAATATGATAACCGTCTAAGTTCTT-AAAAAGTTTTAAATAAGGCGTTTTATATGGTGTATCCACTATGAGTCGAGCAAC---TTTCTTCTG-TATTTTAAGTATCTTGTTAGTATTAGAAAGTGTACCAGTAACCCAAATAGTTGGGCAATAGTCGAATGTAGGCTGAATACACGTACTGT-AGAATAAAA-TTTCATTTCAAGATTTAAGTATC---TAGATATACGTCTAAAA-AGATATAATTTTGAATTTAGTCTATCACAgtagctacgttattcagttttctgattgttgaaagtatattgttccagacttccatagcagaataagaaaatgcacgtttaagaagttcagtttcaacctttgaatgcataatgtctttgattgacatcgagcgtatgttatagcgagtgttaatgtgtatcttaataagattacatatatataattactttagatacaaaaatgccaatatgatagtttattctgtcagaaaatatgataaccgtctaagttcttaaaaagttttaaataaggcgttttatatggtgtatccactatgagtcgagcaactttcttctgtattttaagtatcttgttagtattagaaagtgtaccagtaacccaaatagttgggcaatagtcgaatgtaggctgaatacacgtactgtagaataaaatttcatttcaagatttaagtatctagatatacgtctaaaaagatataattttgaatttagtctatcacaaa
gi|30 : acaacgataattttatgataatgataaagtcttttttagagagggtaaactcattaagttttatatactatataaaacttatttttaatgaggccctctgaataacacattATGTCTTTATGAAGAGAAGATACA-CTCATTAAGTTTTATATTCAATATAAATCTTATTTTC-------AATGAGG-----CC--C-T-TTGAATAACAaa
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