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gi|5 : gtaataaggcgatcaattccaaATATTATTTCTTAAAATTTAC-ATCAT-TATGT-TCA--TTCTCATGATTTT-GTTGATG----ACACAAC-TACTCAGTAAAATGTTTATAAA-------AT--GATTT---TAACATCTT-T--T-ATT--GCAGAGATC----------AATTTGAAGTAAATAGCATACCTGTCA--TATTATGAAATAT-T---TG-ATATTT----------------A------TA-A-ATAT----GTATAT--G---AAGACGAGAAACTGTATATAGTTTA-AGTCAAT---ATTT--T---TT-----TTATGTC-TATGT
gi|6 : ttagttcgaaATATTATTTCTTAAAATGTGC-TTTAT-TATGT-TCA--TTCTCATGATTTTTGTTAATG----ACACAAA-TATT---TATAATTTTTATGAA-------AT--GATTA---TAACATCTT-T--A-ATT--ACAGATATC----------AATTTAAAGTAAGTAGCATACCTGTCA--TGTAATGAAATCT-T---TGTTTATTT----------------A------TATACATAT----GTATAT--G---ATAACGAGAAACTGTATATAGTTTA-AGTCAATAAAATGT--CT--TT-----TTATGTCTTATGTTca
gi|7 : ATATTATTTCTTAAAATGTGC-TTTAT-TATGT-TCA--TTCTCATGATTTTTGTTAATG----ACACAAA-TATT---TATAATTTTTATGAA-------AT--GATTA---TAACATCTT-T--A-ATT--ACAGATATC----------AATTTAAAGTAAGTAGCATACCTGTCA--TGTAATGAAATCT-T---TGTTTATTT----------------A------TATACATAT----GTATAT--G---ATAACGAGAAACTGTATATAGTTTA-AGTCAATAAAATGT--CT--TT-----TTATGTCTT
gi|8 : aATATTATTTCTTAAAATTTGA-ATTAT-TATGT-TCA--TTCTCATGATTTTTTTT-ATG----ACACAAA-TATT---T-------TTATAAA-------AT--GATTATTATAACATCTT-T--G-ATT--GTTGAGATC----------AATTTAAAATAAGTAGAATACCTGTCA--TGTAATGAAATAC-T---TGTTTATAT----------------G------TATA
gi|9 : taattaagtcgattaattccaaATATTTTTTCTTAAAATTTGA-ATTAT-TATGT-TCA--TTCTCATGATTTTTTTTGATG----ACATCAA-TATT---T-------TTATAAA-------AT--GATTATTATAACATCTT-T--G-ATT--GTAGAGATC----------AATTTAAAATAAGCAGCATACCTGTCA--TGTAATGAAATAC-T---TGTT--TCT----------------A------TATA-ATAT----GGAGAT--A---ATtggagataattatttgtgcaattttgggcatcaaaaaatctcatt
blockSeqs : . . A . CACA C CAG AATTAAT . TTA . AAT . . TT G TAA TTT A GNNNNNNNNNNNNNNNN T ATGT GCTT T . TTATATC
blockSeqs : . . . . . . . . . TTA . TC . . . . . TTT A ATATATG C . ACA . . TTA
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originalCons : ATATTATTTCTTAAAATGTGC-ATTAT-TATGT-TCA--TTCTCATGATTTTTGTTGATG----ACACAAA-TATT---TATAATTTTTATGAA-------AT--GATTA---TAACATCTT-T--T-ATT--ACAGAGATC----------AATTTAAAGTAAATAGCATACCTGTCA--TGTAATGAAATAT-T---TGTTTATTT----------------A------TATACATAT----GTATAT--G---ATGACGAGAAACTGTATATAGTTTA-AGTCAATAAAATGT--C---TT-----TTATGTCTTATGTT
finalCons : ATATTATTTCTTAAAATGTGC-ATTAT-TATGT-TCA--TTCTCATGATTTTTGTTGATG----ACACAAA-TATT---TATAATTTTTATGAA-------AT--GATTA---TAACATCTT-T--T-ATT--ACAGAGATC----------AATTTAAAGTAAATAGCATACCTGTCA--TGTAATGAAATAT-T---TGTTTATTT----------------A------TATACATAT----GTATAT--G---ATGACGAGAAACTGTATATAGTTTA-AGTCAATAAAATGT--CTT--------TTATGTCTTATGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ACGTAAAACAATTAAATATAGTTTAATAATATATATATAAGTGATACTTTTAAATATACAATACCTCAACTTTAAAAAAGTTTTGCGTTTTTTTTATAGCAGAATACTTTGCACTTCTGGGTATTTGGC
Alignments
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lowQualScore : . . . .. . .... . ... . ....... .. ... . .... .. .......... . .. . ... ... . ....................... . .... ...... . .. ..........
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consensus : ATATTATTTCTTAAAATGTGC-ATTAT-TATGT-TCA--TTCTCATGATTTTTGTTGATG----ACACAAA-TATT---TATAATTTTTATGAA-------AT--GATTA---TAACATCTT-T--T-ATT--ACAGAGATC----------AATTTAAAGTAAATAGCATACCTGTCA--TGTAATGAAATAT-T---TGTTTATTT----------------A------TATACATAT----GTATAT--G---ATGACGAGAAACTGTATATAGTTTA-AGTCAATAAAATGT--C---TT-----TTATGTCTTATGTT
Reference ( family-1701 ) : ATATTATTTCTTAAAATGTGC-ATTAT-TATGT-TCA--TTCTCATGATTTTTGTTGATG----ACACAAA-TATT---TATAATTTTTATGAA-------AT--GATTA---TAACATCTT-T--T-ATT--ACAGAGATC----------AATTTAAAGTAAATAGCATACCTGTCA--TGTAATGAAATAT-T---TGTTTATTT----------------A------TATACATAT----GTATAT--G---ATGACGAGAAACTGTATATAGTTTA-AGTCAATAAAATGT--C---TT-----TTATGTCTTATGTT
gi|1 : ATATTATTTCTTAATTTGCGCTATTGTGTATGT-TAAGTTTCTCATGATTTTTGTAATTG----ACACGAA--ATT---TATTATATTAATTAA-------ATATGATTA---TAACATTTTAT--T-ATTTTATAGAGTTCCAAGTTTCAGAGTTTAAAGTTA-TAGCATACCTGTCA--TGTAATAAGATA------TG---A-CA----------------A------TAT-CATTT----ATGTAT--G---ATGACGAGAAACTG
gi|1 : gtaatgtgagaccatatatccaaaGAGAAACTGAAT-CAGTTTG-AGTCAATAAAATGCAACACGTG-----TTATGTCTatgcaatactattcgtaccctgttcgtttcgtaccctgagaaactgaatcagtttgagtcaataaaatgcaacacgtgttatgtct
gi|10 : gtaatgtgagaccatatatccaaaatattatttcttaatttgcgctattgtgtatgttaagtttctcatgatttttgtaattgacacgaaatttattatattaattaaatatgattataacattttattattttatagagttccaagtttcagagtttaaagttatagcatacctgtcatgtaataagatatgacaatatcatttatgtatgatgacgagaaactgatgcaatactattcgtaccctgttcgtttcgtaccctATCAATTCTTAA----------TAT-TAT--------TTCTTAAAATTT--GCTGATG----ACACAAA-TATT---TATAATTTGTATAAA-------AT--GATTAAA-TAACATCTT-T--T-ATT--ATAGAGTTC----------AATTTAAAGTAAATAGTATACCTGTCA--TGTAATGAAATAT-TTAATATTTATATATAA------------A------TATATATAT----TTATATACA---ATGACAAGAAACTGTATAT--TATATAGTCAATAAAAGGT--C----------TTATGTCTTAT
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