lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 4 2 88888888888888888888888888888888888 11111 111 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 1 1111 111111111 222222 1111
lowQualScore : 8888 6 0 0 99999999999999999999999999999999999 22222 3 555 555 11 1 111 333 1 111 1 3333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 66 1 222222 11 1 1 1 44 444444 444 2 33 333 555555555555555555555555555555555555555555555555 3 888888 1 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 33 4 4 4 0 55 33 66 444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333 22 333333 1 8 5 0 0 1 1 6666 2222 555555555 666666 11 222 1 11 3 11 44 1 3 6 2 9999 4
lowQualScore : .... . . . ................................... ..... . ... ... .. . ... ... . ... . .... ................................................................................. . .. . ...... .. . . . .. ...... ... . .. ... ................................................ . ...... . . ............................................................. . .. . . . . .. .. .. ... .................................................................................................................................... ... .. ...... . . . . . . . .... .... ......... ...... .. ... . .. . .. .. . . . . .... .
lowQualScore : 0000 0 0 0 11111111111111111111111111111111111 44444 7 111 999 33 0 888 999 0 777 0 0000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 00 0 888888 44 0 0 0 55 111111 444 1 11 999 333333333333333333333333333333333333333333333333 9 333333 1 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 99 4 0 0 6 55 22 99 111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 77 666666 3 1 7 7 4 2 2 5555 6666 666666666 888888 77 222 2 77 3 77 44 7 9 0 0 9999 4
consensus : GCAGTAAACATGATTGAGTACACAACTATGCC-TAAA-TTATTT--TAT--TTGCCTAC-ATA---ATCACGGCGGC---GAACCCAC-G-T--GA-CC--T--NAT-GCTAT---G-G----AGTGGTG-----T---------A----A---A--------N-------A-------AT---------A-----------G--------TGCCCG-CTTCAGG------TAA--C-A-TTT-TTGCA--G------ATAA--CTT-TCTTAAT--ATTTC---A--TGA-A---A-ATNC-ACNAA-A---GA-CA--AAT-GCCAT----NTATA-ATAATGNACCATCGATGCTANCNAGTGACNTCGAGNNNCCNANNNCTNNNNANNNANNNCAACGGNGNNTT-------T-TTTGTAAA-TTGCACC-ACTC-CATACCATA--ANCTTTTC--AACTGAGCAAAATACGTCGTTAAATTATTGCCAAAACAACAGACGAATTTTGGCTGGCCACTTGATAGCTCCGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAANG-GCAAAAAT-GTT------ACCTGAAGCGGGCACTTTTCCTCC-GA-T---TTT----T----CAC--ACC-ACT-CCA--TA---GCA--TNAGG--TCAC-GTGGGTTCGCC-A-CCN--TG-ATA
Reference ( gi|3 ) : GCAGTAAATGTCACTG-GTA-ACAA-TATGCCCTAAAGTTATTT--TAT-CTTGCCTAC-ATA---ACCACAGTGGC---GAACCCAC-T-T--GA-CA--T--AAT-GCTAT---G-G----AGTGGTG-----T---------A----A---A--------C-------A-------AT---------A-----------G--------TGCTCA-CTTCAGG------TAA--C-A-TTT-TTGCA--G------ATAA--CTT-TCTTAAT--ATTTC---A--GCA-A---A-ATGC-ACCAA-A---GA-CA--AAT-GCCAT----GTATA-ATAATGAACCATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------T-TTTACAAA-TTGCACC-ACTC-CATACCATA--AACTTTTC--ATTGGAGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCACCAAT------GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAAAG-GCAAAAAA-GTT------ACATGGAGCAGGCACTTTTCCTTC-GA-T---CTT----T----CAT--ACC-GTT-GCA--TA---GTA--TTAGG--TCAC-ATGGGTTCACC-A-CGT--TG-ATA
gi|9 : GCAGTAAACATGATTGAGTACACAA----G---TAAA-TTCTTT--CA------------ATA----TCATGGTGGC---AAACCCAT-A-T--GA-CC--T--TAT-GCTAT---G-G----AATGGTG-----T---------A----A---A----------------A-------ATTGGAAGAAAA-----------G--------TGCCTG-CTCCAAG------TTA--C-A-TTT-ATGCA--G------ATAA--CT--------N--NNNNN---N--NNN-N---N-NNNN-NNNNN-N---NN-NN--NNN-NNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNTGTCCCATCTGTGTTTTTAGTGGCCAAATTCTCAATATTTATCCAAACAGAGAAAT-------T-TTGGTAAA-TTGCACC-ACTCGCA-GCCATAGCAA--TTTC--AACTGAGCAAA
gi|23 : tgaaccttA-ACAACTATGTCC---ATTTACTT--T----TT-CCTAC-GTATTTGTCATGGTGGC---AATCCCAC-G-T--GA-CC--T--AAT-GCTAT---G-G----AGTGGTG-----C---------AT---A---A--------A-------A-------ATCAGAAGAAAA-----------G--------TGACCG-CTTCAGA------TAA--C-A-TTT-CTGCA--G------ATAA--TTT-TCTAAAT--ATTTC---A--ctacgttgttgaactttttgcaaaaaatataag
gi|42 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgGCCGTGAA-TTGTTC--AAT-ATCGCTT-T-ATA-----CAAGATGGC---GAACCCAC-C-T--GA-CA--T--TAC-GCTAT---G-G----AGTAGTG-----C---------A----A---A--------A-------A-------ATCGGAGGTAAA-----------G--------TAC-CG-CTTCAGG------TAA--C-A-TTT-TTGCC--G------Attaataaatcgattaa
gi|48 : TAAAAGTATTGAATGT-TTTGCT----ATT---ATCACGAAGGC---GAACCAAC-G-T--AA-CT--T--TAT-GCTAT---G-G----AGT-GTG-----T---------A----A---A--------
gi|5 : ttTTT--TATACTTG--TAT-TGA---ATCACGTTGGC---GAACCCAT-G-T--GA-CCCCT--TAT-GGTAT---G-G----AGTGGTG-----C---------A----A---A----------------A-------ATTGGA-----G-----------G--------TG-TCAGCTTCAGG------TAA--C-A-TTT-TTGTA--G------ATAA----T-TNNNNNN--NNNNN---N--NNN-N---N-NNNN-NNNNN-N---NN-NN--NNN-NNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNTG---ATAGGTGCTATCAAGTTACCATGCATTTTACAATAACAGCAACAGTATATT-------T-TTTA-AAA-TTGCACC-AGTC-CCTACCATA--AATTTTTC--AACTGAGCa
gi|38 : agtatctctgtCTACCATA---TGCACGGTGGC---GAATTCAC-G-T--GG-CA--T--AAT-GCTAT---G-G----GGTGGTG-----C--------------A---A--------C-------A-------Acttcacactttttgtaaaaaaatatgagttttgcataccggtaccaggtagtcatttgattgccaggaaggttcttatctatagacaccatttgtctttgttttatgttttttcaggaaaagtttagaaagttatctgcaataatgttacctgcagcgggcacttttcatccatttctttttaaaccaatccataccagtaaatcacgtta
gi|23 : ttttatcggatAC-ATA---CTCACAGTGGC---GAACCCAC-G-T--GA-CC--T--TAT-GCTAT---G-G----AGTGACG-----C---------A----A---A--------ttggtaatggaataagtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|7 : tcctctaccttgaaaacaccaattacAC-GTG---ATCACTGTGGC---GAACTCAC-G-T--GA-CT--T--ACT-GTTAT---G-T----AATGGTG-----T---------A----A---A--------CAGAG---A-------AA---------A-----------C--------TACACA-CTGCAGATGGATCTAA--CTA-TTT-TT-CA--G------ATAA--TTattcggagaaaatgtgaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|44 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaaattttaattacatcactccctaccataacttttttcaaatgatcaaaagaagccgttacagcattttttataaaagaatacgaattttgcttgataacttcatagcatcgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-ATA---ATCACAGTGGC---AAGCCCAC-A-T--GA-TC--T--AAT-GCT------------AGTGGTG-----C---------A----A---G--------A-------A-------AT---------gttcttgttga
gi|13 : ccagtcagC-ATA---A----AGTGGC---AAAACCAC-CGT--GA-CT--T--AGT-GCTAT---G-G----AGTGGTG-----TAGC------A----A---A--------CAGAG---A-------AA---------A-----------G--------TGCCTG-CTTCAGG------TAA--G-A-TTC-TTGCA--A------A-AA--Ctgatgatgcaaaaatgttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|16 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATA---AC-ACGGTGAC---GAGCCCAT-G-T--GAACA-----AAT-GATAT---T-G----AGTGGTG-----TTA-------A----A---A--------TCGGAGG-A-------AA---------A-----------G--------TGCCCA-CTCC-GT------CAA--T-G-TTTCCTGCA--atatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|43 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaTG---ATCATGGCGGC---GAGCCAAC-C-T--GA-CA--T--AAT-TCTGT---G-G----AGTGGTG-----T---------G----A---A--------A-------A-------ATGGAGAAAA-A-----------G--------TGCCCG-CTTCATG------Tttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|34 : TA---AC-ACGGCGGT---GAACCCAC-G-T--GA-CC--T--TGT-GCTAT---G-T----AGTGGTG-----T---------A----A---A--------A-------A-------ATCGATAAAAAA-----------A--------TGCCCT-CT--------------------TTT-TTACA--G------ATAA--AGT-TCTTAAA--CTTTC---A--TGA-A---A-Acagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|32 : A---AACACGTTGGC---AAACTCAC-G-T--AA-CC--T--AAT-GCTAT-----G----AGT-TTG-----T---------A----A---A--------A-------A-------ATCGAAGGAAAA-----------G--------TGCCCG-TTTTAG--------------------TTGCAC-T------ATAA--GTGACCTTAGT--ATTTC---gtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|37 : tatttaatgaaaa---ATCACGATGGC---AAACACAC-G-T--GA-CT--T--TAT-ACTAT---G-G----AAAGGTG-----C---------AC---A---A--------A-------A-------ATCTGAAC---A-----------G--------TGCCCG-CTTCAGG------TAA--C-A-TTT-TTGCA--G------ctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|1 : ---ATCACGGCGGC---GAACCCAT-G-T--TA-CC--T--AAT-GCTAT---T-G----AGTGGTGCAA--T---------A----A---A--------TCGGAGG-A-------AA---------A-----------G--------TGCCCG-TATTAGG------TAA--C-A-TTT-TTcttaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|12 : tgcattgataatttattaatttactaaaaaaagtcggtgctatatatgtataaagatgagtcatcgatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtaaattgcacctactccataccataatcgtttcaactgagcaaaaaaacacggttacactttttgcaaataaaaatatttttacaagatttgcatggctttttgatatcaccgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaaagcat---ATCACGGTGGC---GAACCAAC-G-T--AA-CT--T--TATTGTTTT---G-G----TGTGGTA-----A---------A----A---A--------C-------A-------AC---------G-----------GAAGAAAAATGCCTG-CTTCAGG------TAATTC-A-TTT---GCA--G------ATAA--CTgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|24 : ttgagagtagcttcgcagtCACGGTGGC---GAACCCAC-G-T--GA-CC--T--AAT-GCTAT---G-G----AGCGGTG-----A---------A----A---A--------A-------A-------ATC--------AAAGGACAT---G--------TGCCCA-CTTCAGG------TAA--C-A-TTT-TTGCA--GCTAGCAATAA--C-------AATAAATTTC---G--GCATATTTA-ATA----TAA-G---GAGTA--AAT----AT----GT-TA-ATAATAGA-TACTGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|6 : aaagaaaCACGGTGGC---GAAGCACC-G-T--GA-CT--T--TTT-GCTAT---G-G----AGTGGTGCTATAT---------ATCGGA---G--------G-------A-------AA---------A-----------G--------TGCTCG-CTTCTGG------TAA--C-T-TTT-TTGTC--G------ATAA--CTT-TCTTAAT--AGTTC---G--TGA-A---A-ATaaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|4 : CACGTTGGC---GAAGCACC-G-T--GA-CT--T--TAT-GCTAT---G-G----TGTGGTG-----C---------A----ATATA--------TCAGAGG-A-------AA---------A-----------G--------TGCCCG-CTTCAGG------TCA--C-T-TTC-TTGTC--G------AAAA--CTT-TCTTAAT--ATTTC---G--TGA-A---A-ATGaaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|16 : CACGGTGGC---AAATCCAC------GC-CA--TTTAAT-GATAT---G-G----AGTAGTA-----T---------A----A---AATTGCAGGC-------A-------A----------A-----------G--------TTTCCG-CTCCTTG------TTA--T-A-TGG-TTGCA--G------ATGA--CTT-TCTTAGT--AATAT---A--TGA-A---A-ATGC-Aaaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|12 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaatgtttccCACGGTGGC---AAATCCAC-G-T--AA-CT--T--------TAT---G-G----ACTGGAG-----A---------A----A---A--------T-------A-------GT---------G-----------GGATGGAAACGCCTG-CTTCAGA------TTA--T-C-TTT-TTACA--G------ATTG--ATT-CTTTAAT--ATTTC---A--TGA-A---A-ATTC-ACGAA------A-CA--AATCACCAG----TTATA-aataaaac
gi|2 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgACGGTGGC---GAACCC-----TAGGA-CC--C--AAT-GCTAT---G-G----AATGGTG-----T---------A----A---AATAA----CGGAGG--A-------AA---------A-----------G--------TGCCCG-CTTTAGG------TAA--T-A-TTT-TTTCA--A------ATAA--CTT-TCCTATT--ATTTC---ATGACA-A---T-ATTT-AACAATA---AA-CA--Aa
gi|36 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaatttatatgcactgtttcctgACAGTCACTT-GAACCCAC-G-T--GG-CC--T--ATT-GGTAT---G-G----AGCGGAGA----TCG-------G----A---G--------G-------A-------AA---------A-----------G--------TGCCCG-CTTC----------------------TTGCT--G------ATAAAACTT-TCTTAAT--ATTTC---A--TTA-A---A-ATTT-ACGAA-ACTGGG-CA--AAT-
gi|18 : tggtgtggtgatcaacgacgaaCGGCAGC---GAATCGAC-G-T--GA-CC--T--GAT-ACCAT---G-G----ACTGGTG-----TGAAAATCG-A----A---A--------G-------A-------AA---------A-----------G--------TGCCTT-CTACATG------TAA--C-T-TTT-TTGCacaaat
gi|45 : attaCGGCAGC---GAATTGAC-G-T--GA-CC--T--GAT-ACTAT---G-G----ACTGATG-----TGAAATTCG-A----A---A--------G-------A-------AA---------A-----------G--------TGTCCG-CTACAGG------TAA--C-A-TAT-TTGCcacgcaactacaaaatgatcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|25 : attaCGGCAGC---AAATCGAC-G-T--GA-CC--T--GGT-ACTAT---G-G----AGAGGTG-----T---------A----A---A----------------A-------AT---------
gi|14 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgatcattttgtagttgcatgAGCAGT---GAATCCAC-G-T--GA-TC--T--GAT-ATTAT---G-G----ACTGGTG-----T---------G----A---A----------------A-------ATCGAAAGAA-A-----------G--------TGTCCG-CTTCAGG------TAA--C-A-TTT-Tcgaaataaaagtgccc
gi|35 : tagcGTGGCAGTGAATCGAC-G-T--GT-CC--T--GAT-ACTAT---G-G----ACTGGTG-----TGAAAATTG-A----A---A--------G-------A-------AA---------A-----------G--------TGTCCA-CTACAGG------TAA--C-A-TGT-TTGCacatgcaactacaaaataatcgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|17 : actaGTGGC---GTACCCGCGT-T--AA-CA-----ACT-GGTAT---G-GG---AATGGTG-----T---------A----ACC-A--------C-------A-------GT---------ACCGCAGAAAATG--------TGCCCG-CTTCAGT------TAA--C-A-ATT-TTGCA--G------TTAA--CTatgcaactacaaaatgattgcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|33 : ttcactccctaccataactttttcatctgagcaaaatacgtcgttaaattattgccaaaacaacagacgaattttggctggccacttgatagctccgattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGGC---AAACCCGC-G-T--CA-CC--C--AAT-GCCAC---ATG----AGTGGCG-----TGA-------A----A---A--------CTTGGAGGA-------AA---------G-----------G--------TGCTCG-CTGCAGG------TAA--C-A-TTT-TTGCA--accgtgtgctatactttaaaactttaccag
gi|21 : GTGAC---GAACAAAT-G-T--CA-CC--T--AAT-GTTAT---G-T----ATTGGTA-----T---------A----A---A--------A-------A-------ATCGGGGGGA-A-----------A--------TATCCG-CTACAGG------TAA--T-A-TTT-TCACA--G------GTAA-------CANNNN--NNNNN---N--NNN-N---N-NNNN-NNNNN-N---NN-NN--NNN-NNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNATCGGTGCTAGCAAGTGACGTCGCAAAACTTACACCCATTGTGAAAGTCCAACGGTGATTTATATATAT-TTTTTAAA-TTGCACC-ACCC-CCTACCATA--TTTTTTTC--AACTGAGCActtgccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|15 : gGTGGCAGTGAATCGAC-G-T--TA-TG--T--GAT-ACTATTATG-G----ACTGGTG-----TGAAAATCGGA----A---A--------G-------A-------AC---------A-----------G--------TGCCCG-CTTCAGG------TAA--C-A-TTT-cttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|31 : ccGC---GAACCCTC-G-T--GA-CT--T--GAT-GCTAT---G-G----AGTAGTG-----C---------A----A---A--------A-------AC------ATCGG------A-----------GGTAAT---TGTCCG-CTTCA--------TA---------T-TTGCA--G------ATAA--CGT-TCTTAAT--ATTTC---A--TAA-AT--A-ATTC-ACGAA-A---aagcaactaaaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|22 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagctgGC---GAATCGAC-G-T--GA-CC--T--TAT-GCTAT---G-G----ACTGGTG-----T---------A----A---A----------------A-------ATCGAAAGAAAA-----------G--------TGTCCG-CTACAGG------TAA--T-A-TTT-Tgctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|19 : attagcGC---GAATCGGC-G-T--GA-CC--T--GAT-ATTAA---G-G----GCTGGTA-----T---------G----A---A----------------A-------ATCGAACGAAAA-----------G--------TGC-CG-CTACAGG------TAA--T-G-TTT-TTGCtgtcgcatgctactacataatgatcgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|11 : tttaGC---GAATCGAC-A-T--GA-CC--T--GAT-ACTAT---G-A----ACTGGTG-----T---------A----A---A----------------A-------ATTGAGAGAAAA-----------A--------TGTCCG-CTACGGT------TAA--C-A-TTT-TTtgcaacagacaacaacaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|10 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtggcaGC---GAATCGAC-A-T--GA-CC--T--GAT-ACTAT---G-A----ACTGGTG-----T---------A----A---A----------------A-------ATTGAGAGAAAA-----------A--------TGTCCG-CTACGGT------TAA--C-A-TTT-TTct
gi|47 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtggcaCAC-T-T--CA-GG--T--AAT-GNNNN---N-NNNNNAGTGGTG-----T---------A----A---A--------C-------A-------ATCGTAGGAAAA-----------G--------TGTCCG-CTTCAGG------TAA--T-A-TTT-TTGCA--G------ATAA--ct
gi|5 : tAC-G-T--GA-TT--T--ACT-GGTAT---G-G----ATTGGTT-----T---------A----A---A--------A-------AGAAATGGATGAAA-----A-----------G--------TGCCCG-CTGCAGG------TAA--C-A-TTA-TTGCA--G------ATAA--CTT-TCTAAAC--TTTTCCTGA--AAA-A---ACATAA-AACAA-A---GA-CA--AAT-GGTGT----CTATAGATAA-GAACCTTC
gi|20 : agtatctctgtttttatacttgtattgaatcacgttggcgaacccatgtgaccccttatggtatggagtggtgcaaaaattggaggtgtcagcttcaggtaacatttttgtagataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgataggtgctatcaagttaccatgcattttacaataacagcaacagtatattttttaaaattgcaccagtccctaccataaatttttcaactgagccttcacactttttgtaaaaaaatatgagttttgcataccggtaccaggtagtcatttgattgccag-T--GA-CA--T--A----CTAT---G-G----ACTGGTG-----TGAAAATCG-A----A---A--------G-------A-------AA---------A-----------G--------TGTTCG-CTACAGG------TAA--C-A-TTT-Tta
gi|51 : tgattagcA-CA--T--AAT-GCTAT---A-G----GGTGGTG-----------------------------------------------------------------------------------CCCT-CTTCAGG------TAC--C-ATTTT-TTGCA--G------AAAA--CTgatcacgtcgctttcgctgccgcatgcaactacaaaatgattgcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|28 : G-----T---------A----A---A--------A-------A-------GT---------AAA---------G--------TGCCTG-CTTCAGG------TAA--C-A-TTT-TTGCA--G------ACAA--CTT-TCTCAAC--ATTTC---A--TGA-A---A-AAGTAACCAA-
gi|44 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtg---------A----A---G--------C-------A-------A----------A-----------C--------TGCCTG-CTTCATG------CAA--C-A-TTT-TTGCAT-C------ATCA--ATT-TCTT
gi|30 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgc-------A-------AA---------A-----------G--------TGCCCG-TTTCAGG------TAA--C-G-CTT-TTGTA--G------ATAA--Cc
gi|26 : accgttacactttttgtaaataatacgagtttgtttcatgcccatgtgatatcatccatgctccattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAGT------TAG--C-A-TTT-TTGCA--G------A-AA--ATT-TC--AAT--ACTTC---A--AGA-A---C-ACTC-ACAAA-A---CA-CACGAAC-ACCAT----CTCTG--TA-TGTACCATTGATGCTATCTAGTGACTGCAAAACTCGTATTTTTTGTGAAGTGAAACCGTGTGCTGTA-------TGTTTGTAAA-TTGCACC-ACTC-CATACCACT--AACTTTTC--Acctccgttt
gi|1 : TGCATTG------ATAA---TT-TATTAAT-----TT---A--CTA-A---A-A-------AA-A---GT-CG--G-T-GCTATATATGTATA-AAGATGAGTCATCGATGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------N-TTTGTAAA-TTGCACCTACTC-CATACCATA--ATCGTTTC--AACTGAGCAAAactgatc
gi|13 : -------T-TTTATAAAATTGCACT-TCTC-CATATCA-G--AACTTTTTTAACT-GAGCAAAaaaacacggttacactttttgcaaataaaaatatttttacaagatttgcatggctttttgatatcaccgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtaaagcataaaaatgttacctaatacgggcacttttcctccgatttattgcaccactcaatagcattaggtaacatgggttcgccgccgtgatgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|39 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttt-------T-TTTGTAAA-TTGCATT-ACTC-CATACCATA--ATCTTTTC--ACATGAGCAAAatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|49 : ctagctatcaagtgaccatgtaaaaaattgttttgcaaaaaaaaaagcaacagcataa-------T-TTTGTAAA-TTGCACT-ACTC-CCTATCAT---AACTTTatacgccattacaccactccaa
gi|5 : catattttttgcatgaagtacaccgacttaat-TTGCACC-ACTC-CATACCATA--A
gi|17 : agtatctctgtttttatacttgtattgaatcacgttggcgaacccatgtgaccccC-ACTC-CCTACCATA--ACTTTTTC--ATCTGAGCAAAATACGTCGTTAAATTATTGCCAAAACAACAGACGAATTTTGGCTGGCCACTTGATAGCTCCGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAACT-GCAAAATT-GTT------AACTGAAGCGGGCACATTTTCTGC-GG-T---ACTGTGGT----TAC--ACC-ATTCCCA--TA---CCA--GTTGT--TAAC-GCGGGTACGCC-A-Caaattggaggtgtcagcttcaggtaacatttttgtagataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgataggtgctatcaagttaccatgcattttacaataacagcaacagtatattttttaaaattgcaccagtccctaccataaatttttcaactgagccttcacactttttgtaaaaaaatatgagttttgcataccggtaccaggtagtcatttgattgccaggaaggttcttatctatagacaccatttgtctttgttttatgttttttcaggaaaagtttagaaagttatctgcaataatgttacctgcagcgggcacttttcatccatttctttttaaaccaatccataccagtaaatcacgtta
gi|6 : ttAGTTATCG-ACAAAAAA-GTT------ACCAGAAGCGAGCACTTTTCCTCC-GA-T---ATA----T----AGC--ACC-ACT-CCA--TA---GCA--AAAAG--TCAC-GGTGCTTCGCC-A-Caccgtgtgctatactttaaaactttaccag
gi|1 : attttcacgaactattaagaaTAAAGCATAAAAAT-GTT------ACCTAATACGGGCACTTTTCCTCC-GA-T---TTA----T----TGC--ACC-ACT-CAA--TA---GCA--TTAGG--TAAC-ATGGGTTCGCC-G-CCG--TG-ATcgtgaaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|16 : tgcattgataatttattaatttactaaaaaaagtcggtgctatatatgtataaagatgagtcatcgatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtaaattgcacctactccataccataatcgtttcaactgagcaaaaaaacacggttacactttttgcaaataaaaatatttttacaagatttgcatggctttttgatatcaccgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagAAAT-GCAGGAAACATT------G-ACGGAGTGGGCACTTTTCCTCC-GA-T----TT----T----AAC--ACC-ACT-CAA--TA---TCA--TTTGT--TCAC-ATGGGCTCGTC-A-Cgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|42 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacgG-GCAAAAAT-GTT------ACCTGAAGC-GGTACTTTACCTCC-GA-T---TTT----T----TGC--ACT-ACT-CCA--TA---GCG--TAATG--TCAG-GTGGGTTCGCC-A-TCT--TGTATAtcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|4 : tcG-ACAAGAAA-GTG------ACCTGAAGCGGGCACTTTTCCTCT-GA-T---ATA----T----TGC--ACC-ACA-CCA--TA---GCA--TAAAG--TCAC-GGTGCTTCGCCAA-CGT--aagcgatattgaacaattcacggc
gi|23 : cattttcacgaaatattaagaaagttttc-GCAGAAAT-GTT------ATCTGAAGCGGTCACTTTTCTTCT-GA-T---TTT----T-----ATGCACC-ACT-CCA--TA---GCA--TTAGG--TCAC-GTGGGATTGCC-A-Cgaaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|5 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgtgaaatatttagaaaattatct-GCAATAAT-GTT------ACCTGCAGCGGGCACTTTTCATCC--A-TTTCTTT----T----TAA--ACC-AAT-CCA--TA---CCA--GTAAA--TCAC-GTcatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|24 : agtatctctgtttttatacttgtattgaatcacgttggcgaacccatgtgaccccttatggtatggagtggtgcaaaaattggaggtgtcagcttcaggtaacatttttgtagataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgataggtgctatcaagttaccatgcattttacaataacagcaacagtatattttttaaaattgcaccagtccctaccataaatttttcaactgagccttcacactttttgtaaaaaaatatgagttttgcataccggtaccaggtagtcatttgattgccaggaaggttcttatctatagacaccatttgtctttgttttatgttttttcaggaaaagtttagaaagttatct-GCAAAAAT-GTT------ACCTGAAGTGGGCACATGTCCTTT-GA-T---TTT----T----TTC--ACC-GCT-CCA--TA---GCA--TTAGG--TCAC-GTGGGTTCGCC-A-Cta
gi|18 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttattgctagct-GCAAAAAA-GTT------ACATGTAGAAGGCACTTTTCTTTC-GA-T----TT----T----CAC--ACC-AGT-CCA--TG---GTA--TCAGG--TCAC-GTCGATTCGCcgtgaaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|9 : atta-GCATAAAT-GTA------ACTTGGAGCAGGCACTTTTCTTCC-AA-T---TTT----T-----AC--ACC-ATT-CCA--TA---GCA--TAAGG--TCAT-ATGGGTTTGCC-A-CCA--TG-ATAtgccgcacgcaactacaaaatgatcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|13 : tgaaccttgcagtaaacatgattgagtacacaagtaaattctttcaa-GCAAGAAT-CTT------ACCTGAAGCAGGCACTTTTC--TC-TG-T---TTG----C----TAC--ACC-ACT-CCA--TA---GCA--CTAAG--TCACGGTGGTTTTGCC-A-CTTTATG-ATAagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcccatctgtgtttttagtggccaaattctcaatatttatccaaacagagaaattttggtaaattgcaccactcgcagccatagcaatttcaactgagcaaactacgttgttgaactttttgcaaaaaatataag
gi|37 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttttt-GCAAAAAT-GTT------ACCTGAAGCGGGCACTGTTC---A-GA-T---TTT----TG---TGC--ACC-TTT-CCA--TA---GTA--TAAAG--TCAC-GTGTGTTTGCC-ATCG---TG-ATtcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|28 : ct-GCAAAAAT-GTT------ACCTGAAGCAGGCACTTTACTTTcttaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|35 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtct-GCAAACAT-GTT------ACCTGTAGTGGACACTTTTCTTTC-AA-T----TT----T----CAC--ACC-AGT-CCA--TA---GTA--TCAGG--ACAC-GTCGATTCACttac
gi|22 : acta-GCAAAATA--TT------ACCTGTAGCGGACACTTTTCTTTC-GA-T----TT----T----TAC--ACC-AGT-CCA--TA---GCA--TAAGG--TCAC-GTCGATTCGCtgccacatgcaactacaaaatgattgcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|47 : atta-GCAAAAAT-ATT------ACCTGAAGCGGACACTTTTCCTAC-GA-T---TGT----T----TAC--ACC-tgtcgcatgctactacataatgatcgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|45 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnagt-GCAAATAT-GTT------ACCTGTAGCGGACACTTTTCTTTC-GA-----ATT----T----CAC--ATC-AGT-CCA--TA---GTA--TCAGG--TCAC-GTCAATTCGCagataa
gi|19 : atta-GCAAAAAC-ATT------ACCTGTAGC-GGCACTTTTCGTTC-GA-T----TT----T----CAT--ACC-AGC-CCT--TA---ATA--TCAGG--TCAC-GCCGATTCGCtgccg
gi|12 : ttta-GCAAATGA-ATT------ACCTGAAGCAGGCATTTTTCTTCC-GT-T---GTT----TTTACCAC--ACC-A---AAA--CA---ATA----AAG--TTAC-GTTGGTTCGCC-A-CCG--TG-ATAtgcaacagacaacaacaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|33 : ttgagagtagcttcgcag-GCAAAAAT-GTT------ACCTGCAGCGAGCACCTTTCCTCC-AA-G---TTT----T----CAC--GCC-ACT--CATGTG---GCA--TTGGG--TGAC-GCGGGTTTGCC-G-CCT--TG-agataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|44 : t-GCAAAAAT-GTT------GCATGAAGCAGGCAGTTTccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|5 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgcaagaaattgatgatCAAAAAT-GTT------ACCTGAAGCTGACAC-----CTCC-AA-T---TTT----T-----GC--ACC-ACT-CCA--TA---CCA--TAAGGGGTCAC-ATGGGTTCGCCAA-CG---TG-ATgcttc
gi|30 : agtatctctgtttttatacttgtattgaCAAAAGC-GTT------ACCTGAAACGGGCACTTTTCCTCC-Gtagataattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgataggtgctatcaagttaccatgcattttacaataacagcaacagtatattttttaaaattgcaccagtccctaccataaatttttcaactgagccttcacactttttgtaaaaaaatatgagttttgcataccggtaccaggtagtcatttgattgccaggaaggttcttatctatagacaccatttgtctttgttttatgttttttcaggaaaagtttagaaagttatctgcaataatgttacctgcagcgggcacttttcatccatttctttttaaaccaatccataccagtaaatcacgtta
gi|2 : accgttacactttttgtaaataatacgagtttgtttcatgcccatgtgatatcatccatgctccattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttatctaAAAAAATATT------ACCTAAAGCGGGCACTTTTCCTCC-GT-T---ATT----T----TAC--ACC-ATT-CCA--TA---GCA--TTGGG--TCCT-A-GGGTTCGCC-A-Cttt
gi|36 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaatttatatgcactgtttcctgttgtttattgttaaatattgtcatgaaataataggaaagttatttgAAGAAA-GTTTTATCAGCAAGAAGCGGGCACTTTTCCTCC-GA-T---CT----------------CC-GCT-CCA--TA---CCA--ATAGG--CCAC-GTGGGTTCAcgt
gi|11 : tggtgtggtgatcaacgacgaaatttgcccagtttcgtaaattttaatgaaatattAAAAAT-GTT------AACCGTAGCGGACATTTTTCTCTC-AA-T---TTT----T-----AC--ACCAGTT--CA--TA---GTA--TCAGG--TCAT-GTCGATTCGCagtgactgtacaaat
gi|10 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtggcaAAAAAT-GTT------AACCGTAGCGGACATTTTTCTCTC-AA-T---TTT----T-----AC--ACCAGTT--CA--TA---GTA--TCAGG--TCAT-GTCGATTCGCct
gi|20 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtggcaAAAAT-GTT------ACCTGTAGCGAACACTTTTCTTTC-GA-T----TT----T----CAC--ACC-AGT-CCA--TA---GTATGTCAGA--TCAC-GTct
gi|21 : tgattagcAAAAT-ATT------ACCTGTAGCGGATA-TTTCCCCCC-GA-T---TTT----T----TAT--ACC-AAT-ACA--TA---ACA--TTAGG--TGAC-ATTTGTTCGTC-A-Ccgctttcgctgccgcatgcaactacaaaatgattgcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|15 : gAAAT-GTT------ACCTGAAGCGGGCACTGTTCTTTCCGA-T----TT----T----CAC--ACC-AGT-CCA--TAATAGTA--TCACA--TAAC-GTCGATTCACcacaggtaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcggtgctagcaagtgacgtcgcaaaacttacacccattgtgaaagtccaacggtgatttatatatattttttaaattgcaccaccccctaccatatttttttcaactgagcacttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|43 : cc------ACATGAAGCGGGCACTTTTTCTCC--A-T---TTT----T----CAC--ACC-ACT-CCA--CA---GAA--TTATG--TCAG-GTTGGCTCGCC-G-CCA--TG-ATtgccacaagcaactaaaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|32 : AACGGGCACTTTTCCTTC-GA-T---TTT----TTA--CAA--ACT------CA--TA---GCA--TTAGG--TTAC-GTGAGTTTGCCAA-CGT--cacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|34 : tatttaatgaaaagaaatactaaggtcacttatagtgcaactaaGGCATTTTTTTATC-GA-T---TTT----T----TAC--ACC-ACT-ACA--TA---GCA--CAAGG--TCAC-GTGGGTTCACC-G-Cgtttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|25 : ttttcatgaaagtttaagaactttatctgtaaaaaagagGGCACTTTTATTTC-GA-T---TTT----T-----AC--ACC-TCT-CCA--TA---GTA--CCAGG--TCAC-GTCGATTcgtgttagtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|23 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgatcattttgtagttgcatgcggcagcaCACATTTTCTCC-GAAT---TTT----G----CGT----C-ACT-CCA--TA---GCA--TAAGG--TCAC-GTGGGTTCGCC-A-Cc
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|46 ): GTGCTATCAAGCGGCCATGCAAAACTCAATTAGTGCAACGGCGTACTTTTGTGAATTGCATCACTCCCTTTTCAACAGACCAA
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|52 ): ACATTTCTTATTATGTCATGAATATTCACAAACCAAATTCGAACGCCATT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 33333333 44444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 1111111111 11111111 11 44444444444444444444444444444444 1111111 111111 3333333 11111 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 1111111
lowQualScore : 2 5 5 33333333 5 0 99999999999999999999999 3 2 22 2 22 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 88888 00000000000 2 2 33 4444 2 2 1 555 1 2222222222 888888 4 1 77777777 00 3 7777 88888888888888888888888888888888 333 1 1 333 4444444 555 11 3 3 6666 3 3 4 5 3 777 66 222 555555 7 777 5 7 3333333 99999 99 777 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222 1 22 444444 2 111 11 11 2222 0000000 2 1 1 222 1 22 1 1 22 555 22 1 2
lowQualScore : . . . ........ . . ....................... . . .. . .. ......................................................... .. ..... ........... . . .. .... . . . ... . .......... ...... . . ........ .. . .... ................................ ... . . ... ....... ... .. . . .... . . . . . ... .. ... ...... . ... . . ....... ..... .. ... . ...................................................................... ..... . .. ...... . ... .. .. .... ....... . . . ... . .. . . .. ... .. . .
lowQualScore : 5 5 0 11111111 7 9 99999999999999999999999 8 0 66 9 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 99999 00000000000 0 2 22 7777 4 5 0 888 0 1111111111 000000 4 0 77777777 77 0 4444 44444444444444444444444444444444 000 9 0 222 2222222 888 44 3 1 5555 1 1 0 1 3 888 11 222 444444 3 999 7 2 8888888 88888 00 666 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00000 7 33 666666 5 666 88 99 7777 9999999 1 4 5 666 5 00 0 5 11 444 44 0 9
consensus : GCAGTAAACGTNACTGAGTACACAA-TATGCC-TAAA-TTATTTTAT--TTGC--CTAC-AT--A---ATCACGGTGGCGAACCC-ACGTGACC--TNA--TGCTATGGAGTGGTG-----T--------A--------A---------AA---------A-AT---------A--G-----TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTTTTGCA-GATAA--CT----T-TCTTAATATTTCATGAA-AATTC---ACGAA--A---AA--CA--A---AC-GCCATNTATG-ATAA---TGNACCATCGATGCTATCNAGTGACNTCG-AAANACCN---ANNNCTCGANAATAAGNGCAACGGCGNANT-------T---TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCATAACCTTTT-CAACTGAGCAAAA---TAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AAAAATA-----ACGAGTTTTG---NCTGGCNACTTGATAGC--ACCGATT-CCNGGGNGG-TTCTTATCTATAGACACCATTTGTCTTTGTTTTATGTTTTTTCAGGAAAAGTTTAGAAAGTTANCN--GCAAAAAT-G--TT------ACCTGNAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT----T-CACACCACT-C-C---ATAGC-A--TCAGGTCAC-GT-GGGTTC---GCCGC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACATGATTGAGTACACAACTATGCC-TAAA-TTATTTTAT--TTGC--CTAC-AT--A---ATCACGGCGGCGAACCC-ACGTGACC--TNA--TGCTATGGAGTGGTG-----T--------A--------A---------AN---------A-AT---------A--G-----TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTTTTGCA-GATAA--CT----T-TCTTAATATTTCATGAA-AATNC---ACNAA--A---GA--CA--A---AT-GCCATNTATA-ATAA---TGNACCATCGATGCTANCNAGTGACNTCG-AGNNNCCN---ANNNCTNNNNANNNANNNCAACGGNGNNTT-------T---TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCATAANCTTTT-CAACTGAGCAAAA---TAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTTTG---GCTGGCCACTTGATAGC--TCCGATT-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAANG--GCAAAAAT-G--TT------ACCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT----T-CACACCACT-C-C---ATAGC-A--TNAGGTCAC-GT-GGGTTC---GCCAC--CNTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA---TTT---ACTAA--A---AA--AA--GTCGGT-GCTATATATGTATAAAGATGAGTCATCGATG-TNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------N---TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCATAATCGTTT-CAACTGAGCAAAAAAACAC--G--GTTA-C--ACTTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATTTG---CATGGCTTTTTGATATC--ACCG-----TTNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAAAGC--ATAAAAAT-G--TT------ACCTAATACGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTA----T-TGCACCACT-C-A---ATAGC-A--TTAGGTAAC-AT-GGGTTC---GCCGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaAAAAAT-G--TT------AACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CA--AT---TTT----T--ACACCAGT-T-C---ATAGT-A--TCAGGTCAT-GT-CGATTC---GCTGC--Cgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtAAAAAT-G--TT------AACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CA--AT---TTT----T--ACACCAGT-T-C---ATAGT-A--TCAGGTCAT-GT-CGATTC---GCTGC--Cct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtAGTTATCT--GCAAA--T-GAATT------ACCTGAAGCAGGCATTTTTC-T-TC--CGTTGT---TTT----T----ACCACA-C-C---AAAACAA--TAAAGTTAC-GT-TGGTTC---GCCAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagTCACGGTGGCAAATCC-ACGTAACT--T-------TATGGACTGG----------------A--------G---------AA---------A-AT---------A--G-----TGGGATGGAAACGCCTGCTTCAGATTATC-TTTTTACA-GATTG--AT----T-CTTTAATATTTCATGAA-AATTC---ACGAA-------A--CA--A---ATCACCAGTTATA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgTT-------T---TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCAGAACTTTTT-TAACTGAGCAAAA---TAC--
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttt--GCAAGAAT-C--TT------ACCTGAAGCAGGCACTTTT--C-TC--TG---T---TTG----C-TACACCACT-C-C---ATAGC-A--CTAAGTCACGGT-GGTTTT---GCCACTTTATG-ATAtcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttAAAAT-G--TT------ACCTGAAGCGGACACTTT-C-T-TT--CG--AT---TTT------CACACCAGT-C-C---ATAAT-A--TCAGATCAC-GT-GGATTC---ACtcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tagcA-TTATTTTGTAGTTGC----AT-GT--A---------GCAGTGAATCC-ACGTGATC--TGA--TATTATGGACTGGTG-----TGAAAATCGA--------A---------AG---------A-A----------A--G-----TG-----------TCCGCTTCAGGTAACA-TTTTtgctacatgcaactacaaaataatcgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|15 : tagcAAAT-G--TT------ACCTGAAGCGGGCACTGTTCTT-TC--CG--A----TTT----T-CACACCAGT-C-CATAATAGT-A--TCACATAAC-GT-CGATTCACTGCCAC--cgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|16 : ccGGAGTGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT------AACACCACT-C-A---ATATC-A--TTTGTTCAC-AT-GGGCTC---GTCAC--CGTG-TTAaagcaactaaaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaT--A---TTCACGGTGGCAAATCC-ACGCCATT--TAA--TGATATGGAGTAGTA-----T--------A--------A---------AATTGCAGGC-A-A----------A--G-----TT-----------TCCGCTCCTTGTTATA-TGGTTGCA-GATGA--CT----T-TCTTAGTAATATATGAA-AATGC---AGGAA--A---gtcaatgtttcctgcattttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaatgC-A----CT-C-CCTACCATAACTTTTT-CATCTGAGCAAAA---TAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTTTG---GCTGGCCACTTGATAGC--TCCGATT-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAACT--GCAAAATT-G--TT------AACTGAAGCGGGCACATTTT-C-TG--CG--GT---ACTGTGGT-TACACCATTCC-C---ATACC-A--GTTGTTAAC-GC-GGGTAC---GCCAC--aaac
gi|18 : tt--GCAAAAAA-G--TT------ACATGTAGAAGGCACTTTTC-T-TT--CG--AT---TTT------CACACCAGT-C-C---ATGGT-A--TCAGGTCAC-GT-CGATTC---GCTGC--Caccgtgtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : atta--GCAAAAAC-A--TT------ACCTGTAGCGG-CACTTTTC-G-TT--CG--AT---TTT------CATACCAGC-C-C---TTAAT-A--TCAGGTCAC-GC-CGATTC---GCgcacgcaactacaaaatgatcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|2 : tttaACGGTGGCGAACCC-TAG-GACC--CAA--TGCTATGGAATGGTG-----T--------A--------A---------AATAACGGAGGA-AA---------A--G-----TG-----------CCCGCTTTAGGTAATA-TTTTTTCA-AATAA--CT----T-TCCTATTATTTCATGAC-AATATTTAACAAT--A---AA--CA--A---tgcaacagacaacaacaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaatttatatgcactgtttcctgAAAAT-G--TT------ACCTGTAGCGAACACTTTTC-T-TT--CG--A----TTT----T-CACACCAGT-C-C---ATAGT-ATGTCAGATCAC-GTCGCTTTC---GCTGC--C
gi|20 : tgattagcAA-TCATTTTGTAGTTGC---------------AT-GCGGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTATGGACTGGTG-----TGAAAATCGA--------A---------AG---------A-AA---------A--G-----TG-----------TTCGCTACAGGTAACA-TTTTgcatgcaactacaaaatgattgcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|21 : tgattagcGGTGACGAACAA-ATGTCACC--TAA--TGTTATGTATTGGTA-----T--------A--------A---------AA---------A-ATCGGGGGGA-A--A-----TA-----------TCCGCTACAGGTAATA-TTTTCACA-GGTAA--CA----N-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNN--N---NN--NN--N---NN-NNNNNNNNNN-NNNN---NN----ATCGGTGCTAGCAAGTGACGTCG-CAAAACTT---ACACCCATTGTGAAAGTCCAACGGTGATTTATATATAT---TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCATATTTTTTT-CAACTGAGCAgcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : AAAAT-A--TT------ACCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CG--AT---TTT----T--ACACCAGT-C-C---ATAGC-A--TAAGGTCAC-GT-CGATTC---GCcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|23 : attagcCACATTTT-C-TC--CG--AA---TTT----T--GCGTCACT-C-C---ATAGC-A--TAAGGTCAC-GT-GGGTTC---GCCAC--TGTG-tgtcgcatgctactacataatgatcgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacACAACTATGTC-CAT--TTACTTT----TT-C--CTAC-GT--ATTTGTCATGGTGGCAATCCC-ACGTGACC--TAA--TGCTATGGAGTGGTG-----C--------AT-------A---------AA---------A-ATCAGAAGAAAA--G-----TG-----------ACCGCTTCAGATAACA-TTTCTGCA-GATAA--TT----T-TCTAAATATTTCAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatg--GCAAAAAT-G--TT------ACCTGAAGTGGGCACATGTC-C-TT--TG--AT---TTT----T-TTCACCGCT-C-C---ATAGC-A--TTAGGTCAC-GT-GGGTTC---GCCAC--CGTG-tttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttattgctagctGGGCACTTTTA-T-TT--CG--AT---TTT----T--ACACCTCT-C-C---ATAGT-A--CCAGGTCAC-GT-CGATTT---GCTGC--Caagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgatcattttgtagttgcatgcCAGTTAGCA-TTTTTGCA-GA-AA--AT----T-TC--AATACTTCAAGAA-CACTC---ACAAA--A---CA--CACGA---AC-ACCATCTCTG--TA----TGTACCATTGATGCTATCTAGTGACTGCA-AAACTCGT---ATTTTTTGTGA---AGTGAAACCGTGTGCTG------TATGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAACTTTT-CAACTGA
gi|28 : GTAACTT-------T---TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCATAATCCACT-CAAATGAGCAAAA---TATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : G-----T--------A--------A---------AA---------A-GT---------AAAG-----TG-----------CCTGCTTCAGGTAACA-TTTTTGCA-GACAA--CT----T-TCTCAACATTTCATGAA-AAggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactGCAGTAAATGTCACTG-GTA-ACAA-TATGCCCTAAAGTTATTTTATC-TTGC--CTAC-AT--A---ACCACAGTGGCGAACCC-ACTTGACA--TAA--TGCTATGGAGTGGTG-----T--------A--------A---------AC---------A-AT---------A--G-----TG-----------CTCACTTCAGGTAACA-TTTTTGCA-GATAA--CT----T-TCTTAATATTTCAGCAA-AATGC---ACCAA--A---GA--CA--A---AT-GCCATGTATA-ATAA---TGAACCATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------T---TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCATAAACTTTT-CATTGGAGCAAAN---NNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNNN----NNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNGC--ACCAAT-------GTNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTAAAG--GCAAAAAA-G--TT------ACATGGAGCAGGCACTTTTC-C-TT--CG--AT---CTT----T-CATACCGTT-G-C---ATAGT-A--TTAGGTCAC-AT-GGGTTC---ACCAC--GTTG-ATA
gi|30 : CAAAAGC-G--TT------ACCTGAAACGGGCACTTTTC-C-TC--CG---T---TT
gi|31 : accgttacactttttgtaaataatacgagtttgtttcatgcccatgtgatatcatccatgctccattaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttatctaGCGAACCC-TCGTGACT--TGA--TGCTATGGAGTAGTG-----C--------A--------A---------AA---------ACATCGG------A--GGTAATTG-----------TCCGCTTCA--TA------TTTGCA-GATAA--CG----T-TCTTAATATTTCATAAATAATTC---ACGAA--A---
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagctg--A---AACACGTTGGCAAACTC-ACGTAACC--TAA--TGCTAT-GAGT-TTG-----T--------A--------A---------AA---------A-ATCGAAGGAAAA--G-----TG-----------CCCGTTTTAG----------TTGCACTATAA--GT----GACCTTAGTATTTCgctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|32 : tatttaatgaaaaCTAAAACGGGCACTTTTC-C-TT--CG--AT---TTT----T-TACA-AACT---C---ATAGC-A--TTAGGTTAC-GT-GAGTTT---GCCAA--CGTG-ctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|33 : tatttaatgaaaagaaatactaaggtcacttatagtgcaa--GCAAAAAT-G--TT------ACCTGCAGCGAGCACCTTTC-C-TC--CA--AG---TTT----T-CACGCCACT-CAT---GTGGC-A--TTGGGTGAC-GC-GGGTTT---GCCGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|34 : tT--A---A-CACGGCGGTGAACCC-ACGTGACC--TTG--TGCTATGTAGTGGTG-----T--------A--------A---------AA---------A-ATCGATAAAAAA--A-----TG-----------CCCTCT-----------TTTTTACA-GATAA--AG----T-TCTTAAACTTTCATGAA-AAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|35 : --GCAAACAT-G--TT------ACCTGTAGTGGACACTTTTC-T-TT--CA--A----TTT----T-CACACCAGT-C-C---ATAGT-A--TCAGGACAC-GT-CGATTCACTGCCAC--gtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|36 : actaGAACCC-ACGTGGCC--TAT--TGGTATGGAGCGGAGA----TCG------G--------A---------GG---------A-AA---------A--G-----TG-----------CCCGCTTC------------TTGCT-GATAAAACT----T-TCTTAATATTTCATTAA-AATTT---ACGAA--ACTGGG--CA--A---AT-atgcaactacaaaatgattgcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaa--GCAAAAAT-G--TT------ACCTGAAGCGGGCACTGT-----TC--AG--AT---TTT----TGTGCACCTTT-C-C---ATAGT-A--TAAAGTCAC-GT-GTGTTT---GCCAT--CGTG-ATaagtgactgtacaaat
gi|38 : ct-TTATTCCAT--TACCAACTACCAT--A---TGCACGGTGGCGAATTC-ACGTGGCA--TAA--TGCTATGGGGTGGTG-----C--------A--------A---------CA---------A-AT---------cttaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : ttttatcggGCTATCAAGTGACCATGTAAAAAATT---GTTTTGCAAAAAAAAAAGCAACAGCATAAT-------T---TT-GTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCATAATCTTTT-CACATGAGCAAAA---TAC--GCCATTA-C--A-CCACT-CCAA-gtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : ctaTCACGTTGGCGAAGCA-CCGTGACT--TTA--TGCTATGGTGTGGTG-----C--------A--------ATATATCAGAGG---------A-AA---------A--G-----TG-----------CCCGCTTCAGGTCACT-TTCTTGTC-GAAAA--CT----T-TCTTAATATTTCGTGAA-AAT
gi|42 : cGCCGTGAA-TTGTTCAATA-TCGC--TT-T-AT--A-----CAAGATGGCGAACCC-ACCTGACA--TTA--CGCTATGGAGTAGTG-----C--------A--------A---------AA---------A-ATCGGAGGTAAA--G-----TA------------CCGCTTCAGGTAACA-TTTTTGCC-GAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|42 : G--GCAAAAAT-G--TT------ACCTGAAGCGG-TACTTTAC-C-TC--CG--AT---TTT----T-TGCACTACT-C-C---ATAGC-G--TAATGTCAG-GT-GGGTTC---GCCAT--CTTGTATA
gi|43 : tc------ACATGAAGCGGGCACTTTTT-C-TC--C---AT---TTT----T-CACACCACT-C-C---ACAGA-A--TTATGTCAG-GT-TGGCTC---GCCGC--CATG-ATaagcgatattgaacaattcacggc
gi|44 : AC-AT--A---ATCACAGTGGCAAGCCC-ACATGATC--TAA--TGCT----AGTGGTG-----C--------A--------A---------GA---------A-AT---------cacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagCATTTTTG-CATCATCA--AT---TTC----T-TGCACCAC---------TAGC-A--TTAGATCAT-GT-GGGCTT---GCCAC--TGTG-ATtgatgatgcaaaaatgttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|44 : ccagtcagacataAATTGATGATGCAAAAAT-G--TT------GCATGAAGCAGGCAGTTTGC-T-TC--ttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgcaaga--GCAAATAT-G--TT------ACCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CG--A----ATT----T-CACATCAGT-C-C---ATAGT-A--TCAGGTCAC-GT-CAATTC---GCTGC--C
gi|46 : attaGTGCTATCA-AGCGGCCATGCAAAACTC---AATTAGTGCAACGGCGTACT-------T---TT-GTGAA-TTGCATC-A----CT-C-C----------CTTTT-CAACAGACCAAg
gi|47 : --GCAAAAAT-A--TT------ACCTGAAGCGGACACTTTTC-C-TA--CG--AT---TGT----T-TACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnT--TTGC--T----AT--T---ATCACGAAGGCGAACCA-ACGTAACT--TTA--TGCTATGGAGT-GTG-----T--------A--------A---------Aagataa
gi|49 : tttaaaagtattgaatgtT-------T---TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCATAA-CTTTa
gi|5 : catattttttgcatgaagtacaccgacttaaTTTTAT----AC--TTGT-ATTGA---ATCACGTTGGCGAACCC-ATGTGACCCCTTA--TGGTATGGAGTGGTG-----C--------A--------A---------AA---------A-TT---------G--GAGG--TG-----------TCAGCTTCAGGTAACA-TTTTTGTA-GATAA--------T-TNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNN--N---NN--NN--N---NN-NNNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNNNTGATAG---GTGCTATCA-AGTTACCA---TGCATTTTACAATAACAGCAACAGTATATT-------T---TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCATAAATTTTT-CAACTGAGC---------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTTTGCATACCGG-TACCAGGTAGTCATTTGATTGCCAGGAAGG-TTCTTATCTATAGACACCATTTGTCTTTGTTTTATGTTTTTTCAGGAAAAGTTTAGAAAGTTATCT--GCAATAAT-G--TT------ACCTGCAGCGGGCACTTTTC-A-TC--C---ATTTCTTT----T-TAAACCAAT-C-C---ATACC-A--GTAAATCAC-GT-
gi|51 : agtatctctgtACA--TAA--TGCTATAGGGTGGTG-------------------------------------------------------------------------------CCCTCTTCAGGTACCATTTTTTGCA-GAAAA--CT----ta
gi|52 : T----T-TCTTATTATGTCATGAA-TATTC---ACAAACCA---AATTCG--A---AC-GCCAT
gi|6 : acaTCACGGTGGCGAAGCA-CCGTGACT--TTT--TGCTATGGAGTGGTGCTATAT--------ATCGG----A---------GG---------A-AA---------A--G-----TG-----------CTCGCTTCTGGTAACT-TTTTTGTC-GATAA--CT----T-TCTTAATAGTTCGTGAA-AATt
gi|7 : -------T---TTT---AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCATAACTTTTTTCAAATGATCAAAA---GAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAATA------CGAATTTTG---CTTGATAACTTCATAGC--ATCGATN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-TTATCT--G-AAAAATAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTT--C-TC--TG---------T----T-TACACCATT-A-C---ATAAC-A--GTAAGTCAC-GT-GAGTTC---GCCAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaaaGCAGTAAACATGATTGAGTACACAA----G---TAAA-TTCTTTCA--------------AT--A----TCATGGTGGCAAACCC-ATATGACC--TTA--TGCTATGGAATGGTG-----T--------AAAAATTGGA---------AG---------A-AA---------A--G-----TG-----------CCTGCTCCAAGTTACA-TTTATGCA-GATAA--CTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNN--N---NN--NN--N---NN-NNNNNNNNNN-NNNN---TGTCCCATCTGTGTT-TTTAGTG-----------GCCA---AATTCTCAATATTTATCCAAACAGAGAAAT-------T---TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCATAGCAATTT-CAACTGAGCAAAC---TAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAcacgtgttcttgttga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 111111 11 33333 11111 55555555555555555555555 66666666666666666666666666666 2222222222222222222 6666666666666666666666666666666 1111111 111111111111111 222222 111111 44444444444444444
lowQualScore : 1 888888 6 33 33333 00000 777 0 00000000000000000000000 1 22 2 22 3333 8888888888 3 99999999999999999999999999999 22 88888 99999999999 1 1 4 33 5555 2 44 555 0 44 66 66 5 888 1 8888888888888888888 1 6666666666666666666666666666666 1 0 0 1 1 6666666 3 5 3 3 6666 3 3 2 3 55 666 4 999999999999999 99 5 1 666666 6 888888 33 6 6 55555555555555555 4 7 66 4 1 1 1 22 444444 1 1 1 11 11 222 888888 0 1 1 222 33 2 1 33 22 22 2
lowQualScore : . ...... . .. ..... ..... ... . ....................... . .. . .. .... .......... . ............................. .. ..... ........... . . . .. .... . .. ... . .. .. .. . ... . ................... . ............................... . . . . . ....... . . . . .... . . . . .. ... . ............... .. . . ...... . ...... .. . . ................. . . .. . . . . .. ...... . . . .. .. ... ...... . . . ... .. . . .. .. .. .
lowQualScore : 0 777777 7 22 22222 33333 000 4 00000000000000000000000 9 55 8 55 9999 5555555555 5 33333333333333333333333333333 99 55555 55555555555 9 9 4 77 3333 7 00 444 9 66 11 11 0 888 0 7777777777777777777 0 0000000000000000000000000000000 0 6 6 0 0 7777777 3 2 3 1 5555 1 1 1 1 77 444 4 000000000000000 33 7 7 444444 7 000000 88 7 7 00000000000000000 4 8 88 0 9 0 5 00 111111 5 2 2 77 88 333 999999 8 3 4 444 33 7 4 00 00 00 4
consensus : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAA-TATGCC---TAA---A-TTATT---TCGT--TTGC--CTAC-AT--A---ATCACGGTGGCGAACCC-ACGTGACC--TAA--TGCTATGGAGTGG----TG-T--------A-AAA---------A--------AT---------A--G-----TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-GATAA--CT----T-TCTTAATATTTCATGAA-AA---TTCACGAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGCTATCAAGTGACCGCG-NAAAACCTANTTT--TCGANAATAAGTGCAACGGCGTANT-------T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAC-CTTTTCAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATAGACACCATTTGTCTTTGTTTTATGTTTTTTCACGAAATGTTN-AG-AAAGTTATCNGCAAAAAT-G--TT------ACCTGNAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT----TCACACCACT-C-C---ATAGCA--TCAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAA-TATGCC---TAA---A-TTATT---TTAT--TTGC--CTAC-AT--A---ATCACGGTGGCGAACCC-ACGTGACC--TNA--TGCTATGGAGTGG----TG-T--------A-AAA---------A--------AT---------A--G-----TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-GATAA--CT----T-TCTTAATATTTCATGAA-AA---TTCACGAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGATGCTATCNAGTGACNTCG-AAANACCNANNNC--TCGANAATAAGNGCAACGGCGNANT-------T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAC-CTTTTCAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AAAAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCNACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCNGGGNGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCTTTGTTTTATGTTTTTTCAGGAAAAGTTT-AG-AAAGTTANCNGCAAAAAT-G--TT------ACCTGNAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT----TCACACCACT-C-C---ATAGCA--TCAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA------TTTACTAA--AAA--AA--GT-CGGTGCTATATATGTATAAAGATGAGTC-----ATCGATG-TNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------N-TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCA-TAAT-CGTTTCAACTGAGCAAAAAA-ACAC--G--GTTACA--C-TTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATT-TG---CA-TGGCTTTTTGATAT-CA-CCGTT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AGTAAAG-----CATAAAAAT-G--TT------ACCTAATACGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTA----TTGCACCACT-C-A---ATAGCA--TTAGGTAAC-AT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaAAAAAT-G--TT------AACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CA--AT---TTT----T-ACACCAGT-T-C---ATAGTA--TCAGGTCAT-GT-CGATTCGC--TGC--Cgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtAAAAAT-G--TT------AACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CA--AT---TTT----T-ACACCAGT-T-C---ATAGTA--TCAGGTCAT-GT-CGATTCGC--TGC--Cct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtAGTTATCTGCAAA--T-GAATT------ACCTGAAGCAGGCATTTTTC-T-TC--CGTTGT---TTT----T---ACCACA-C-C---AAAACAA-TAAAGTTAC-GT-TGGTTCGC--CAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagTCACGGTGGCAAATCC-ACGTAACT--T-------TATGGACTGG----------------A-GAA---------A--------AT---------A--G-----TGGGATGGAAACGCCTGCTTCAGATTATC-TTT-TTACA-GATTG--AT----T-CTTTAATATTTCATGAA-AA---TTCACG----AAA--CA--AATCA---CCAGTTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtT-------T-TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCA-GAAC-TTTTTTAACTGAGC---AAA-ATAC---TC-----A--C-TTTTTGC
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttGCAAGAAT-C--TT------ACCTGAAGCAGGCACTTTT--C-TC--TG---T---TTG----CTACACCACT-C-C---ATAGCA--CTAAGTCACGGT-GGTTTTGC--CACTTTATG-ATAacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttAAAAT-G--TT------ACCTGAAGCGGACACTTT-C-T-TT--CG--AT---TTT-----CACACCAGT-C-C---ATAATA--TCAGATCAC-GT-GGATTCAC--TGC--tcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tagc---A-TTATT---TTGTAGTTGC----AT-GT--A---------GCAGTGAATCC-ACGTGATC--TGA--TATTATGGACTGG----TG-T--------G-AAA---------ATCGAAAG-AA---------A--G-----TG-----------TCCGCTTCAGGTAACA-TTT-Ttacatgcaactacaaaataatcgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|15 : tagcAAAT-G--TT------ACCTGAAGCGGGCACTGTTCTT-TC--CG--A----TTT----TCACACCAGT-C-CATAATAGTA--TCACATAAC-GT-CGATTCAC--TGC--Ccgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|16 : ccGTGAACGTAATGCT-ATTACAGGA-TATGCAATATAACGTA-GTGTTCAGTCAT--ACGT--CTTA-AT--A---A-CACGGTGACGAGCCC-ATGTGAAC--AAA--TGATATTGAGTGG----TGTT--------A-AAATCGGAGG--A--------AA---------A--G-----TG-----------CCCACTCC-GTCAATG-TTTCCTGCA-acaagcaactaaaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttG-AAAAT--GCAGGAAACAT----TG------AC--GGAGTGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT-----AACACCACT-C-A---ATATCA--TTTGTTCAC-AT-GGGCTCGT--CAC--CGTG-TTAttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaT--A---TTCACGGTGGCAAATCC-ACGCCATT--TAA--TGATATGGAGTAG----TA-T--------A-AAATTGCAGGC-A--------A----------A--G-----TT-----------TCCGCTCCTTGTTATA-TGG-TTGCA-GATGA--CT----T-TCTTAGTAATATATGAA-AA---TGCAGGAA--Aatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaatgC-A----CT-C-CCTACCA-TAAC-TTTTTCATCTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTT-TG---GC-TGGCCACTTGATAG-CT-CCGAT--T-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNAGTTAACTGCAAAATT-G--TT------AACTGAAGCGGGCACATTTT-C-TG--CG--GT---ACTGTGGTTACACCATTCC-C---ATACCA--GTTGTTAAC-GC-GGGTACGCCACAC--CGTG-aaac
gi|18 : ttATTAGCAAAAAA-G--TT------ACATGTAGAAGGCACTTTTC-T-TT--CG--AT---TTT-----CACACCAGT-C-C---ATGGTA--TCAGGTCAC-GT-CGATTCGC--TGC--CGtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : GCAAAAAC-A--TT------ACCTGTAGCGG-CACTTTTC-G-TT--CG--AT---TTT-----CATACCAGC-C-C---TTAATA--TCAGGTCAC-GC-CGATTCGC--TGC--cacgcaactacaaaatgatcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|2 : tttaACGGTGGCGAACCC-TAG-GACC--CAA--TGCTATGGAATGG----TG-T--------A-AAATAACGGAGGA--------AA---------A--G-----TG-----------CCCGCTTTAGGTAATA-TTT-TTTCA-AATAA--CT----T-TCCTATTATTTCATGAC-AATATTTAACAAT--AAA--CA--Aaacagacaacaacaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaatttatatgcactgtttcctgAAAAT-G--TT------ACCTGTAGCGAACACTTTTC-T-TT--CG--A----TTT----TCACACCAGT-C-C---ATAGTATGTCAGATCAC-GTCGCTTTCGC--TGC--CG
gi|20 : tgattagcA---A-TCATT---TTGTAGTTGC---------------AT-GCGGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTATGGACTGG----TG-T--------G-AAA---------ATCGAAAGAAA---------A--G-----TG-----------TTCGCTACAGGTAACA-TTT-Tcatgcaactacaaaatgattgcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|21 : tgattagcGGTGACGAACAA-ATGTCACC--TAA--TGTTATGTATTGG----TA-T--------A-AAA---------A--------ATCGGGGGGA-A--A-----TA-----------TCCGCTACAGGTAATA-TTT-TCACA-GGTAA--CA----N-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NN---------ATCGGTGCTAGCAAGTGACGTCG-CAAAACTTACACCCATTGTGAA--AGTCCAACGGTGATTTATATATAT-TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCA-TATT-TTTTTCAACTGAGC---Agcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : AAAAT-A--TT------ACCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CG--AT---TTT----T-ACACCAGT-C-C---ATAGCA--TAAGGTCAC-GT-CGATTCGC--TGT--CGcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|23 : attagcAC-AT--A---CTCACAGTGGCGAACCC-ACGTGACC--TTA--TGCTATGGAGTGA----CG-C--------A-AAA---------catgctactacataatgatcgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacCACATTTT-C-TC--CG--AA---TTT----T-GCGTCACT-C-C---ATAGCA--TAAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CAC--TGTG-ttcggagaaaatgtgaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacACAACTATGTC---CAT-----TTACT---TT----TT-C--CTAC-GT--ATTTGTCATGGTGGCAATCCC-ACGTGACC--TAA--TGCTATGGAGTGG----TG-C--------ATAAA---------A--------ATCAGAAGAAAA--G-----TG-----------ACCGCTTCAGATAACA-TTT-CTGCA-GATAA--TT----T-TCTAAATATTTCAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgGCTAGCTGCAAAAAT-G--TT------ACCTGAAGTGGGCACATGTC-C-TT--TG--AT---TTT----TTTCACCGCT-C-C---ATAGCA--TTAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CAC--CGTG-tttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttattGGGCACTTTTA-T-TT--CG--AT---TTT----T-ACACCTCT-C-C---ATAGTA--CCAGGTCAC-GT-CGATTTGC--TGC--CGaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgatcattttgtagttgcatgCAGTTAGCA-TTT-TTGCA-GA-AA--AT----T-TC--AATACTTCAAGAA-CA---CTCACAAA--ACA--CACGAA-CA---CCATCTCTG--TA----TGTACC-----ATTGATGCTATCTAGTGACTGCA-AAACTCGTATTTT--TTGTGAA---GTGAAACCGTGTGCTGTA----TGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAA--CTTTTCAACTGA
gi|28 : T-------T-TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCA-TAAT-CCACTCAAATGAGC---AAA-ATATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : gtaactG-T--------A-AAA---------A--------GT---------AAAG-----TG-----------CCTGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-GACAA--CT----T-TCTCAACATTTCATGAA-AA---ggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactGCAGTAAATGTCA--CTG-GTA-ACAA-TATGCCC--TAA---AGTTATT---TTATC-TTGC--CTAC-AT--A---ACCACAGTGGCGAACCC-ACTTGACA--TAA--TGCTATGGAGTGG----TG-T--------A-AAC---------A--------AT---------A--G-----TG-----------CTCACTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-GATAA--CT----T-TCTTAATATTTCAGCAA-AA---TGCACCAA--AGA--CA--AA-TG---CCATGTATA-ATAA---TGAACC-----ATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------T-TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAA-CTTTTCATTGGAGC---AAANNNNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNN-NN---NN-NNNNNNNNNNNNNG-CA-CCAAT---------GTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNAGTTAAAGGCAAAAAA-G--TT------ACATGGAGCAGGCACTTTTC-C-TT--CG--AT---CTT----TCATACCGTT-G-C---ATAGTA--TTAGGTCAC-AT-GGGTTCAC--CAC--GTTG-ATA
gi|30 : CGTTA-C--ACTTTTTGT--A-AATAATA------CGAGTTTGTT---TCATGCCCATGTGATAT-CA-TCCATGCT-CCA------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNNGTTATCTACAAAAGC-G--TT------ACCTGAAACGGGCACTTTTC-C-TC--CG---T---TT
gi|31 : acGCGAACCC-TCGTGACT--TGA--TGCTATGGAGTAG----TG-C--------A-AAA---------AC-------ATCGG------A--GGTAATTG-----------TCCGCTTCA--TA------T-TTGCA-GATAA--CG----T-TCTTAATATTTCATAAATAA---TTCACGAA--A
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagctg--A---AACACGTTGGCAAACTC-ACGTAACC--TAA--TGCTAT-GAGT-T----TG-T--------A-AAA---------A--------ATCGAAGGAAAA--G-----TG-----------CCCGTTTTAG-----------TTGCACTATAA--GT----GACCTTAGTATTTCgctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|32 : tatttaatgaaaaCTAAAACGGGCACTTTTC-C-TT--CG--AT---TTT----TTACA-AACT---C---ATAGCA--TTAGGTTAC-GT-GAGTTTGC--CAA--CGTG-ctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|33 : tatttaatgaaaagaaatactaaggtcacttatagtgcaaGCAAAAAT-G--TT------ACCTGCAGCGAGCACCTTTC-C-TC--CA--AG---TTT----TCACGCCACT-CAT---GTGGCA--TTGGGTGAC-GC-GGGTTTGC--CGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|34 : tTTTTCATGAAA-GTTTAAG-AACTTTATCTGTAAAAA-------------------AGAGGGCATTTTTT-T-AT--CG--AT---TTT----TTACACCACT-A-C---ATAGCA--CAAGGTCAC-GT-GGGTTCAC--CGC--CGTG-TTAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|35 : ACTAGCAAACAT-G--TT------ACCTGTAGTGGACACTTTTC-T-TT--CA--A----TTT----TCACACCAGT-C-C---ATAGTA--TCAGGACAC-GT-CGATTCAC--TGC--Cgtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|35 : A---A-TCATT---TTGTAGTTGC---------------AT-GTGGCAGTGAATCG-ACGTGTCC--TGA--TACTATGGACTGG----TG-TGAAAATTGA-AAG---------A--------AA---------A--G-----TG-----------TCCACTACAGGTAACA-TGT-TTGCacatgcaactacaaaatgattgcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|36 : actaGAACCC-ACGTGGCC--TAT--TGGTATGGAGCGGAGATCG-G--------A-GGA---------A--------A----------A--G-----TG-----------CCCGCTTC-------------TTGCT-GATAAAACT----T-TCTTAATATTTCATTAA-AA---TTTACGAA--Agcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaaatttgcccag---ATCACGATGGCAAACAC-ACGTGACT--TTA--TACTATGGAAAGG----TG-C--------ACAAA---------A--------ATCTGAAC---A--G-----TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-Gaagtgactgtacaaat
gi|38 : -TTATT---CCAT--TACCAACTACCAT--A---TGCACGGTGGCGAATTC-ACGTGGCA--TAA--TGCTATGGGGTGG----TG-C--------A-ACA---------A--------AT---------cttaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : ttttatcggGCTATCAAGTGACCATGTAAAAAATTGTTTT--GCAAAAAAAAAAGCAACAGCATAAT-------T-TT-GTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCA-TAAT-CTTTTCACATGAGC---AAA-ATAC--GCCATTA-gtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : ctaTTTTCACGAAATATTA-AG-AAAGTTTTCGACAAGAAA-G--TG------ACCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--TG--AT---ATA----TTGCACCACA-C-C---ATAGCA--TAAAGTCAC-GG-TGCTTCGC--CAA--CGTG-caccactccaa
gi|42 : caGCCG--TGA---A-TTGTT---CAATA-TCGC--TT-T-AT--A-----CAAGATGGCGAACCC-ACCTGACA--TTA--CGCTATGGAGTAG----TG-C--------A-AAA---------A--------ATCGGAGGTAAA--G-----TA------------CCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCC-GAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|42 : CGGCAAAAAT-G--TT------ACCTGAAGCGG-TACTTTAC-C-TC--CG--AT---TTT----TTGCACTACT-C-C---ATAGCG--TAATGTCAG-GT-GGGTTCGC--CAT--CTTGTATA
gi|43 : t------ACATGAAGCGGGCACTTTTT-C-TC--C---AT---TTT----TCACACCACT-C-C---ACAGAA--TTATGTCAG-GT-TGGCTCGC--CGC--CATG-ATaagcgatattgaacaattcacggc
gi|44 : AC-AT--A---ATCACAGTGGCAAGCCC-ACATGATC--TAA--TGCT----AGTGG----TG-C--------A-AGA---------A--------AT---------cacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagCATTTTTG-CATCATCA--AT---TTC----TTGCACCAC---------TAGCA--TTAGATCAT-GT-GGGCTTGC--CAC--TGTG-ATtgatgatgcaaaaatgttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|44 : ccagtcagacata-----TG-----------CCTGCTTCATGCAACA-TTT-TTGCATCATCA--AT----T-TCTTttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|44 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgcGCAAAAAT-G--TT------GCATGAAGCAGGCAGTTTGC-T-TC--gtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgcaagaaattgatgatATTAGCAAATAT-G--TT------ACCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CG--A----ATT----TCACATCAGT-C-C---ATAGTA--TCAGGTCAC-GT-CAATTCGC--TGC--CG
gi|46 : TGCTATCAAGCGGCCATG-CAAAAC---------TC---AATTAGTGCAACGGCGTACT-------T-TT-GTGAA-TTGCATC-A----CT-C------------C-CTTTTCAACAGACC---AA
gi|47 : gTTATCTGCAAAAAT-A--TT------ACCTGAAGCGGACACTTTTC-C-TA--CG--AT---TGT----TTACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnT--TTGC--T----AT--T---ATCACGAAGGCGAACCA-ACGTAACT--TTA--TGCTATGGAGT-G----TG-T--------A-AAA---------
gi|49 : tttaaaagtattgaatgtAAGTACACCGACTTAAT-------T-TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCA-TAAC-TTT
gi|5 : catattttttgcatgTT---TTAT----AC--TTGT-ATTGA---ATCACGTTGGCGAACCC-ATGTGACCCCTTA--TGGTATGGAGTGG----TG-C--------A-AAA---------A--------TT---------G--GAGG--TG-----------TCAGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGTA-GATAA--TT----N-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNTGATAGGTGCTATCAAGT-----------TACCATGCAT--TTTACAATAACAGCAACAGTATATT-------T-TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCA-TAAA-TTTTTCAACTGAGC----------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTT-TGCATAC-CGG-TACCAGGTAGTCATTTGAT--TGCCAGGAAGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCTTTGTTTTATGTTTTTTCAGGAAAAGTTT-AG-AAAGTTATCTGCAATAAT-G--TT------ACCTGCAGCGGGCACTTTTC-A-TC--C---ATTTCTTT----TTAAACCAAT-C-C---ATACCA--GTAAATCAC-GT-
gi|51 : agtatctctgtACA--TAA--TGCTATAGGGTGG----TG------------------------------------------------------------------CCCTCTTCAGGTACCATTTT-TTGCA-GAAAA--CT----ta
gi|52 : T----T-TCTTATTATGTCATGAA-TA---TTCACAAACCAAATTCG--AA-CG---CCAT
gi|6 : acaTTTTCACGAACTATTA-AG-AAAGTTATCGACAAAAAA-G--TT------ACCAGAAGCGAGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---ATA----TAGCACCACT-C-C---ATAGCA--AAAAGTCAC-GG-TGCTTCGC--CAC--CGTG-t
gi|7 : aGAAAT-------T-TT----AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTTTCAAATGATC---AAA-AGAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAAT------ACGAATTT-TG---CT-TGATAACTTCATAG-CA-TCGAT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-NNAATTATCTG-AAAAATAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTT--C-TC--TG---------T----TTACACCATT-A-C---ATAACA--GTAAGTCAC-GT-GAGTTCGC--CAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattGCAGTAAACATGA--TTGAGTACACAA----G-----TAA---A-TTCTT---TCA--------------AT--A----TCATGGTGGCAAACCC-ATATGACC--TTA--TGCTATGGAATGG----TG-T--------A-AAAATTGGAAG-A--------AA---------A--G-----TG-----------CCTGCTCCAAGTTACA-TTT-ATGCA-GATAA--CTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---TGTCCC-----ATCTGTGTT-TTTAGTG-----------GCCAAATTC--TCAATATTTATCCAAACAGAGAAAT-------T-TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCA-TAGC-AATTTCAACTGAGC---AAA-CTAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAATATA-----Acacgtgttcttgttga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 111111 11 33333 6666666666666666666666666666666 6666666666666666666666666666 11111111111 11111111111111 2222222222222222222 666666666666666666666666666666666 1111111 111111111111111 222222 111111 44444444444444444 11111 1111111
lowQualScore : 1 888888 6 33 33333 88888 5555555555555555555555555555555 2 22 3 22 4444 8888888888 3 44444 5555555555555555555555555555 22 88888 00000000000 2 2 2 44 6666 3 0 55 0 55 00000000000000 1 8888888888888888888 888888888888888888888888888888888 2 4 0 0 4444444 1 555 3 1 3 3 6666 3 3 2 3 2 3 99999 999999999999999 99 5 1 666666 6 888888 44 6 6 11111111111111111 0 11 00 77777 33 00000 1 33 1 3 33 1 22 444444 1 111 11 11 222 2222222 0 1 1 222 33 2 1 22 11 11 2
lowQualScore : . ...... . .. ..... ..... ............................... . .. . .. .... .......... . ..... ............................ .. ..... ........... . . . .. .... . . .. . .. .............. . ................... ................................. . . . . ....... . ... . . . . .... . . . . . . ..... ............... .. . . ...... . ...... .. . . ................. . .. .. ..... .. ..... . .. . . .. . .. ...... . ... .. .. ... ....... . . . ... .. . . .. .. .. .
lowQualScore : 0 777777 7 22 22222 22222 5555555555555555555555555555555 0 66 1 66 0000 6666666666 6 55555 2222222222222222222222222222 99 99999 00000000000 1 1 5 22 1111 1 3 11 5 00 22222222222222 0 7777777777777777777 333333333333333333333333333333333 6 4 6 6 4444444 0 888 3 2 3 1 5555 1 1 1 1 6 3 77777 555555555555555 33 7 0 444444 7 000000 22 7 7 22222222222222222 1 77 44 00000 77 00000 2 22 0 3 33 4 00 000000 5 999 66 77 111 5555555 6 2 3 333 11 9 3 11 88 88 2
consensus : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAA-TATGCC---TAA---A-TTATT-----TCGT-GTTGC--CTAC-ATA---ATCACGGCGGCGAACCC-ACGTGACC--TAA--TGCTATGGAGTGG----TG-T--------A-AA-----A--------A--------AT---------A--G-----TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-GATAA--CT----T-TCTTAATATTTCATGAA-AATTCACGAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGCTATCAAGTGACCGCGCAAAACT--TAN-----TTTT-CGANAA-AAGTGC-AACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGCAAA-A---TAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTNNTGTT-----TTTTCACGAAATATTAAG-AAAGTTATCN-GCAAAAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT----T-CACACCACT-C-C---ATAGCA--TCAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAA-TATGCC---TAA---A-TTATT-----TCGT--TTGC--CTAC-ATA---ATCACGGTGGCGAACCC-ACGTGACC--TAA--TGCTATGGAGTGG----TG-T--------A-AA-----A--------A--------AT---------A--G-----TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-GATAA--CT----T-TCTTAATATTTCATGAA-AATTCACGAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGCTATCAAGTGACCGCGNAAAACC--TAN-----TTTT-CGANAATAAGTGC-AACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGCAAA-A---TAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATAGACACCATTTGTCT-TTGTTTTATGTT-----TTTTCACGAAATGTTNAG-AAAGTTATCN-GCAAAAAT-G--TTA------CCTGNAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT----T-CACACCACT-C-C---ATAGCA--TCAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA---TTTACTAA--AAA--AA--GT-CGGTGCTATATATGTATAAAGATGAGTC-----ATCGATG-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN-----NNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-------NNNN---N-TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCA-TAATCGTTT-CAACTGAGCAAA-AAAACAC--G--GTTA-C--ACTTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATT-TG---CA-TGGCTTTTTGATAT-CA-CCGTT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNAGTAAAGC-AT-----AAAAAT-G--TTA------CCTAATACGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTA----T-TGCACCACT-C-A---ATAGCA--TTAGGTAAC-AT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaAAAAAT-G--TTA------ACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CA--AT---TTT----T--ACACCAGT-T-C---ATAGTA--TCAGGTCAT-GT-CGATTCGC--TGC--Cgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtAAAAAT-G--TTA------ACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CA--AT---TTT----T--ACACCAGT-T-C---ATAGTA--TCAGGTCAT-GT-CGATTCGC--TGC--Cct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtAGTTATCT-GCAAA--T-GAATTA------CCTGAAGCAGGCATTTTTC-T-TC--CGTTGT---TTT----T----ACCACA-C-C---AAAACAA-TAAAGTTAC-GT-TGGTTCGC--CAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagTCACGGTGGCAAATCC-ACGTAACT--T-------TATGGACTGG----------------A-GA-----A--------A--------AT---------A--G-----TGGGATGGAAACGCCTGCTTCAGATTATC-TTT-TTACA-GATTG--AT----T-CTTTAATATTTCATGAA-AATTCACG----AAA--CA--AATCA---CCAGTTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtT---T-TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCA-GAACTTTTT-TAACTGAGCAAA-A---TAC---TC-----A--C-TTTTTGC
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttGTT-TTT-GCAAGAAT-C--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTT--C-TC--TG---T---TTG----C-TACACCACT-C-C---ATAGCA--CTAAGTCACGGT-GGTTTTGC--CACTTTATG-ATAacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGACACTTT-C-T-TT--CG--AT---TTT------CACACCAGT-C-C---ATAATA--TCAGATCAC-GT-GGATTCAC--TGC--tcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tagc---A-TTATT-----TTGTAGTTGC----AT-GTA---------GCAGTGAATCC-ACGTGATC--TGA--TATTATGGACTGG----TG-T--------G-AA-----A--------ATCGAAAG-AA---------A--G-----TG-----------TCCGCTTCAGGTAACA-TTT-Ttacatgcaactacaaaataatcgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|15 : tagcAAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTGTTCTT-TC--CG--A----TTT----T-CACACCAGT-C-CATAATAGTA--TCACATAAC-GT-CGATTCAC--TGC--Ccgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|16 : ccGTGAACGTAATGCT-ATTACAGGA-TATGCAATATAACGTA-GTGTTCAG--TCAT--ACGT--CTTA-ATA---A-CACGGTGACGAGCCC-ATGTGAAC--AAA--TGATATTGAGTGG----TGTT--------A-AA-----ATCGGAGG-A--------AA---------A--G-----TG-----------CCCACTCC-GTCAATG-TTTCCTGCA-acaagcaactaaaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttGGAGTGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT------AACACCACT-C-A---ATATCA--TTTGTTCAC-AT-GGGCTCGT--CAC--CGTG-TTAttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaTA---TTCACGGTGGCAAATCC-ACGCCATT--TAA--TGATATGGAGTAG----TA-T--------A-AA-----ATTGCAGGCA--------A----------A--G-----TT-----------TCCGCTCCTTGTTATA-TGG-TTGCA-GATGA--CT----T-TCTTAGTAATATATGAA-AATGCAGGAA--Agtcaatgtttcctgcattttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaatgC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTT-CATCTGAGCAAA-A---TAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTT-TG---GC-TGGCCACTTGATAG-CT-CCGAT--T-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNAGTTAACT-GCAAAATT-G--TTA------ACTGAAGCGGGCACATTTT-C-TG--CG--GT---ACTGTGGT-TACACCATTCC-C---ATACCA--GTTGTTAAC-GC-GGGTACGCCACAC--CGTG-aaac
gi|18 : ttATTA-GCAAAAAA-G--TTA------CATGTAGAAGGCACTTTTC-T-TT--CG--AT---TTT------CACACCAGT-C-C---ATGGTA--TCAGGTCAC-GT-CGATTCGC--TGC--CGtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : TTA-GCAAAAAC-A--TTA------CCTGTAGCGG-CACTTTTC-G-TT--CG--AT---TTT------CATACCAGC-C-C---TTAATA--TCAGGTCAC-GC-CGATTCGC--TGC--cacgcaactacaaaatgatcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|2 : tATTTATATGCACTGTTT-CCTGTTGTTTATTGTTAAATATTGTCATGAAATAATAGG-AAAGTTATTT-GAAAAAAT-A--TTA------CCTAAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--TT---ATT----T-TACACCATT-C-C---ATAGCA--TTGGGTC-C-TA-GGGTTCGC--CAC--CGTaacagacaacaacaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaATTA-GCAAAA-T-G--TTA------CCTGTAGCGAACACTTTTC-T-TT--CG--A----TTT----T-CACACCAGT-C-C---ATAGTATGTCAGATCAC-GTCGCTTTCGC--TGC--CG
gi|20 : tgA---A-TCATT-----TTGTAGTTGC-------------AT-GCGGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTATGGACTGG----TG-T--------G-AA-----A--------ATCGAAAGAAA---------A--G-----TG-----------TTCGCTACAGGTAACA-TTT-Tcatgcaactacaaaatgattgcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|21 : tgattagcGGTGACGAACAA-ATGTCACC--TAA--TGTTATGTATTGG----TA-T--------A-AA-----A--------A--------ATCGGGGGGA-A--A-----TA-----------TCCGCTACAGGTAATA-TTT-TCACA-GGTAA--CA----N-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NN---------ATCGGTGCTAGCAAGTGACGTCGCAAAACT--TACACCCATTGT--GA----AAGTCC-AACGGTGATTTATATATA---T-TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCA-TATTTTTTT-CAACTGAGCAgcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : ATTA-GCAAAA-T-A--TTA------CCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CG--AT---TTT----T--ACACCAGT-C-C---ATAGCA--TAAGGTCAC-GT-CGATTCGC--TGT--CGcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|23 : CACATTTT-C-TC--CG--AA---TTT----T--GCGTCACT-C-C---ATAGCA--TAAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CAC--TGTG-catgctactacataatgatcgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacACAACTATGTC---CAT-----TTACT-----T--T--TT-C--CTAC-GTATTTGTCATGGTGGCAATCCC-ACGTGACC--TAA--TGCTATGGAGTGG----TG-C--------ATAA-----A--------A--------ATCAGAAGAAAA--G-----TG-----------ACCGCTTCAGATAACA-TTT-CTGCA-GATAA--TT----T-TCTAAATATTTCAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgGAAATATTTAG-AAAATTATCT-GCAGAAAT-G--TTA------TCTGAAGCGGTCACTTTTC-T-TC--TG--AT---TTT----TATGCACCACT-C-C---ATAGCA--TTAGGTCAC-GT-GGGATTGC--CAC--CATG-ACAtttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgtGCTAGCT-GCAAAAAT-G--TTA------CCTGAAGTGGGCACATGTC-C-TT--TG--AT---TTT----T-TTCACCGCT-C-C---ATAGCA--TTAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CAC--CGTG-aatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttatt---A-TCATT-----TTGTAGTTGC-------------AT-GCGGCAGCAAATCG-ACGTGACC--TGG--TACTATGGAGAGG----TG-T--------A-AAAATCGA--------A--------ATAAA------A--G-----TG-----------CCCaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|25 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgGGGCACTTTTA-T-TT--CG--AT---TTT----T--ACACCTCT-C-C---ATAGTA--CCAGGTCAC-GT-CGATTTGC--TGC--CG
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgatcattttgtagttgcatgCAGTTAGCA-TTT-TTGCA-GA-AA--AT----T-TC--AATACTTCAAGAA-CACTCACAAA--ACA--CACGAA-CA---CCATCTCTG--TA----TGTACC-----ATTGATGCTATCTAGTGACTGC--AAAACTCGTAT-----TTTT-TGTGAA---GTGA-AACCGTG-------TGCTGTATGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAA-CTTTT-CAACTGA
gi|28 : T---T-TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCA-TAATCCACT-CAAATGAGCAAA-A---TATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : gtaactG-T--------A-AA-----A--------A--------GT---------AAAG-----TG-----------CCTGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-GACAA--CT----T-TCTCAACATTTCATGAA-AAggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactGCAGTAAATGTCA--CTG-GTA-ACAA-TATGCCC--TAA---AGTTATT-----TTATC-TTGC--CTAC-ATA---ACCACAGTGGCGAACCC-ACTTGACA--TAA--TGCTATGGAGTGG----TG-T--------A-AA-----C--------A--------AT---------A--G-----TG-----------CTCACTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-GATAA--CT----T-TCTTAATATTTCAGCAA-AATGCACCAA--AGA--CA--AA-TG---CCATGTATA-ATAA---TGAACC-----ATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN-----NNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-------NNNN---T-TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAACTTTT-CATTGGAGCAAANN---NNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNN-NN---NN-NNNNNNNNNNNNNG-CA-CCAAT---------GTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNAGTTAAAG-GCAAAAAA-G--TTA------CATGGAGCAGGCACTTTTC-C-TT--CG--AT---CTT----T-CATACCGTT-G-C---ATAGTA--TTAGGTCAC-AT-GGGTTCAC--CAC--GTTG-ATA
gi|30 : CGTTA-C--ACTTTTTGT--A-AATAATA------CGAGTTTGTT---TCATGCCCATGTGATAT-CA-TCCATGCT-CCA------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNGTTATCT-ACAAAAGC-G--TTA------CCTGAAACGGGCACTTTTC-C-TC--CG---T---TT
gi|31 : acGCGAACCC-TCGTGACT--TGA--TGCTATGGAGTAG----TG-C--------A-AA-----A--------AC-------ATCGG------A--GGTAATTG-----------TCCGCTTCA--TA------T-TTGCA-GATAA--CG----T-TCTTAATATTTCATAAATAATTCACGAA--A
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagctgA---AACACGTTGGCAAACTC-ACGTAACC--TAA--TGCTAT-GAGT-T----TG-T--------A-AA-----A--------A--------ATCGAAGGAAAA--G-----TG-----------CCCGTTTTAG-----------TTGCACTATAA--GT----GACCTTAGTATTTCgctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|32 : tatttaatgaaaaCTAAAACGGGCACTTTTC-C-TT--CG--AT---TTT----T-TACA-AACT---C---ATAGCA--TTAGGTTAC-GT-GAGTTTGC--CAA--CGTG-ctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|33 : tatttaatgaaaagaaatactaaggtcacttatagtgcaa-GCAAAAAT-G--TTA------CCTGCAGCGAGCACCTTTC-C-TC--CA--AG---TTT----T-CACGCCACT-CAT---GTGGCA--TTGGGTGAC-GC-GGGTTTGC--CGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|34 : t-----TTTTCATGAAAGTTTAAG-AACTTTATCT-GTAAAAA-------------------AGAGGGCATTTTTT-T-AT--CG--AT---TTT----T-TACACCACT-A-C---ATAGCA--CAAGGTCAC-GT-GGGTTCAC--CGC--CGTG-TTAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|35 : -GCAAACAT-G--TTA------CCTGTAGTGGACACTTTTC-T-TT--CA--AT---TTT------CACACCAGT-C-C---ATAGTA--TCAGGACAC-GT-CGATTCAC--TGC--Cgtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|35 : actaA---A-TCATT-----TTGTAGTTGC-------------AT-GTGGCAGTGAATCG-ACGTGTCC--TGA--TACTATGGACTGG----TG-TGAAAATTGA-AA-----G--------A--------AA---------A--G-----TG-----------TCCACTACAGGTAACA-TGT-TTGCacatgcaactacaaaatgattgcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|36 : actaGAACCC-ACGTGGCC--TAT--TGGTATGGAGCGGAGATCG-G--------A-GG-----A--------A--------A----------A--G-----TG-----------CCCGCTTC-------------TTGCT-GATAAAACT----T-TCTTAATATTTCATTAA-AATTTACGAA--Agcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaaatttgcccag---ATCACGATGGCAAACAC-ACGTGACT--TTA--TACTATGGAAAGG----TG-C--------ACAA-----A--------A--------ATCTGAAC---A--G-----TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCA-Gaagtgactgtacaaat
gi|38 : -TTATT-----CCAT--TACCAACTACCATA---TGCACGGTGGCGAATTC-ACGTGGCA--TAA--TGCTATGGGGTGG----TG-C--------A-AC-----A--------A--------AT---------cttaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : ttttatcggGCTATCAAGTGACCATGTAAAAAA--TTG-----TTTTGCAAAAAAAAAAGC-AACAGCA-------TAA----T-TTTGTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCA-TAATCTTTT-CACATGAGCAAA-A---TAC--GCCATTA-gtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : cta-----TTTTCACGAAATATTAAG-AAAGTTTTCG-ACAAGAAA-G--TGA------CCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--TG--AT---ATA----T-TGCACCACA-C-C---ATAGCA--TAAAGTCAC-GG-TGCTTCGC--CAA--CGTG-caccactccaa
gi|42 : caTCG-GCAAAAAT-G--TTA------CCTGAAGCGG-TACTTTAC-C-TC--CG--AT---TTT----T-TGCACTACT-C-C---ATAGCG--TAATGTCAG-GT-GGGTTCGC--CAT--CTTGTATAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|42 : GCCG--TGA---A-TTGTTCAATATCGC--TT-----TAT-ACA---A----GATGGCGAACCC-ACCTGACA--TTA--CGCTATGGAGTAG----TG-C--------A-AA-----A--------A--------ATCGGAGGTAAA--G-----TA------------CCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCC-GAaagcgatattgaacaattcacggc
gi|43 : A------CATGAAGCGGGCACTTTTT-C-TC--C---AT---TTT----T-CACACCACT-C-C---ACAGAA--TTATGTCAG-GT-TGGCTCGC--CGC--CATG-AT
gi|44 : AC-ATA---ATCACAGTGGCAAGCCC-ACATGATC--TAA--TGCT----AGTGG----TG-C--------A-AG-----A--------A--------AT---------cacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagCATTTTTG-CATCATCA--AT---TTC----T-TGCACCAC---------TAGCA--TTAGATCAT-GT-GGGCTTGC--CAC--TGTG-ATtgatgatgcaaaaatgttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|44 : ccagtcagacataAG-AAATTGATGATGCAAAAAT-G--TTG------CATGAAGCAGGCAGTTTGC-T-TC--ttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgcaATTA-GCAAATAT-G--TTA------CCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CG--AA---TTT------CACATCAGT-C-C---ATAGTA--TCAGGTCAC-GT-CAATTCGC--TGC--CG
gi|46 : GTGCTATCAAGCGGCCATGCAAAACT--CAA-----TT-----------AGTGC-AACGGCG-------TACT---T-TT-GTGAA-TTGCATC-A----CT-C------------CCTTTT-CAACAGACCAA
gi|47 : TTATCT-GCAAAAAT-A--TTA------CCTGAAGCGGACACTTTTC-C-TA--CG--AT---TGT----T-TACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnT--TTGC--T----ATT---ATCACGAAGGCGAACCA-ACGTAACT--TTA--TGCTATGGAGT-G----TG-T--------A-AA-----A--------
gi|49 : tttaaaagtattgaatgt--TAT-----TTTT-TG-CATGAAGTAC-ACCGACT-------TAAT---T-TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCA-TAACTTT
gi|5 : caA---ATCACGTTGGCGAACCC-ATGTGACCCCTTA--TGGTATGGAGTGG----TG-C--------A-AA-----A--------A--------TT---------G--GAGG--TG-----------TCAGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGTA-GATAA--TT----N-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNTGATAGGTGCTATCAAGTTACCATGCA---------------TTTT---ACAATAACAGC-AACAGTA-------TATT---T-TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCA-TAAATTTTT-CAACTGAGC----------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTT-TGCATAC-CGG-TACCAGGTAGTCATTTGAT--TGCCAGGAAGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCT-TTGTTTTATGTT-----TTTTCAGGAAAAGTTTAG-AAAGTTATCT-GCAATAAT-G--TTA------CCTGCAGCGGGCACTTTTC-A-TC--C---ATTTCTTT----T-TAAACCAAT-C-C---ATACCA--GTAAATCAC-GT-
gi|51 : agtatctctgtttttatacttgtattgACA--TAA--TGCTATAGGGTGG----TG----------------------------------------------------------------------CCCTCTTCAGGTACCATTTT-TTGCA-GAAAA--CT----ta
gi|52 : T----T-TCTTATTATGTCATGAA-TATTCACAAACCAAATTCG--AA-CG---CCAT
gi|6 : aca-----TTTTCACGAACTATTAAG-AAAGTTATCG-ACAAAAAA-G--TTA------CCAGAAGCGAGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---ATA----T-AGCACCACT-C-C---ATAGCA--AAAAGTCAC-GG-TGCTTCGC--CAC--CGTG-t
gi|7 : aAAT---T-TT----AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTTTCAAATGATCAAA-A---GAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAATA------CGAATTT-TG---CT-TGATAACTTCATAG-CA-TCGAT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNAATTATCT-G-AAAAATAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTTC---TC--TG---------T----T-TACACCATT-A-C---ATAACA--GTAAGTCAC-GT-GAGTTCGC--CAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaGCAGTAAACATGA--TTGAGTACACAA----G-----TAA---A-TTCTT-----TCA--------------AT----ATCATGGTGGCAAACCC-ATATGACC--TTA--TGCTATGGAATGG----TG-T--------A-AA-----AATTGGAAGA--------AA---------A--G-----TG-----------CCTGCTCCAAGTTACA-TTT-ATGCA-GATAA--CTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---TGTCCC-----ATCTGTGTT-TTTAGTGGCC----AAA-------------TTCT-CAATATTTA-TCCAAACAGAG-------AAAT---T-TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCA-TAGCAATTT-CAACTGAGCAAA-C---TAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAATATA-----Acacgtgttcttgttga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 111111 11 222 5555555555555555555555555555555 6666666666666666666666666666 111111111111 11111111111111 11111111 11111 5555555555555555555555555555555555555 1111111 111111111111111 222222 111111 44444444444444444 111111111 1111111
lowQualScore : 1 888888 6 33 444 4 4 7777777777777777777777777777777 1 2 33 5 33 0 9999999999 4 55555 1111111111111111111111111111 33 444 444444444444 2 2 1 4 8888 11 5 99999 00000000000000 1 88888888 11 66666 5 2222222222222222222222222222222222222 0 0 4444444 1 555 3 1 3 3 6666 3 3 2 3 2 3 666 4 999999999999999 99 5 1 666666 6 888888 44 6 6 11111111111111111 0 11 00 3 666 22 333333333 0 5 2 2 22 44 1 1 11 333333 0 1 1 11 11 333 3333333 1 1 222 1 11 2 1 1 11 11 2
lowQualScore : . ...... . .. ... . . ............................... . . .. . .. . .......... . ..... ............................ .. ... ............ . . . . .... .. . ..... .............. . ........ .. ..... . ..................................... . . ....... . ... . . . . .... . . . . . . ... . ............... .. . . ...... . ...... .. . . ................. . .. .. . ... .. ......... . . . . .. .. . . .. ...... . . . .. .. ... ....... . . ... . .. . . . .. .. .
lowQualScore : 0 777777 7 22 222 0 0 0000000000000000000000000000000 8 4 11 1 11 1 3333333333 2 33333 4444444444444444444444444444 44 444 777777777777 5 5 0 7 5555 00 3 99999 22222222222222 0 77777777 88 77777 0 5555555555555555555555555555555555555 6 6 4444444 0 888 3 2 3 1 5555 1 1 1 1 6 3 444 4 000000000000000 33 7 0 444444 7 000000 22 7 7 22222222222222222 1 11 33 1 444 00 000000000 4 0 4 4 22 88 2 2 77 444444 6 1 1 55 55 111 8888888 1 2 111 2 66 7 2 2 77 88 1
consensus : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAA-TATGCC-TAA-A-TCATTTTGT-GTT--GCC-TAC-GT---A---AT--CACGGCGGCGAACCC-ACGTGACC--TNA--TGCTATGGAGTGGTG-T--------A-AA-----A--------A--------AT---------A--G---TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCATGAAAATTCACNAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----T--ATTTTTCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCNTG--TT-----TTTTCATGAAATATTAAG-A-AAGTT--ATCN-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT----T-TACACCACT-C-C---ATAGC-A--TCAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAA-TATGCC-TAA-A-TTATTTCGT-GTT--GCC-TAC-AT---A---AT--CACGGCGGCGAACCC-ACGTGACC--TAA--TGCTATGGAGTGGTG-T--------A-AA-----A--------A--------AT---------A--G---TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCATGAAAATTCACGAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----T--ANTTTTCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTNNTG--TT-----TTTTCACGAAATATTAAG-A-AAGTT--ATCN-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT----T-CACACCACT-C-C---ATAGC-A--TCAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA--TTTACTAA--AAA--AA--GT-CGGTGCTATATATGTATAAAGATGAGTC-----ATCGATGT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---N-TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCA-TAATCGTTT-CAACTGAGCAAAAAA-ACAC--G--GTTACA--C-TTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATT-TG---CA-TGGCTTTTTGATAT-CA-CCGTT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNAGTA-AAG-C--AT-----AA-AAAT-G--TTA------CCTAATACGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTA----T-TGCACCACT-C-A---ATAGC-A--TTAGGTAAC-AT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaAA-AAAT-G--TTA------ACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CA--AT---TTT----T--ACACCAGT-T-C---ATAGT-A--TCAGGTCAT-GT-CGATTCGC--TGC--Cgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtAA-AAAT-G--TTA------ACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CA--AT---TTT----T--ACACCAGT-T-C---ATAGT-A--TCAGGTCAT-GT-CGATTCGC--TGC--Cct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtAGTT--ATCT-GCAA-A--T-GAATTA------CCTGAAGCAGGCATTTTTC-T-TC--CGTTGT---TTT----T----ACCACA-C-C---AAAACAA--TAAAGTTAC-GT-TGGTTCGC--CAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagT--CACGGTGGCAAATCC-ACGTAACT--T-------TATGGACTGG------------A-GA-----A--------A--------AT---------A--G---TGGGATGGAAACGCCTGCTTCAGATTATC-TTT-TTACAGATTGAT----TCTTTAATATTTCATGAAAATTCACG----AAA--CA--AATCA---CCAGTTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtT---T-TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCA-GAACTTTTT-TAACTGAGC---AAA-ATAC---TC-----A--C-TTTTTGC
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttGTT---TTT-GCAA-GAAT-C--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTT--C-TC--TG---T---TTG----C-TACACCACT-C-C---ATAGC-A--CTAAGTCACGGT-GGTTTTGC--CACTTTATG-ATAacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGACACTTT-C-T-TT--CG--AT---TTT------CACACCAGT-C-C---ATAAT-A--TCAGATCAC-GT-GGATTCAC--TGC--tcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tagc-A-TTATTTTGTAGTT--GC---AT-GT---A-----------GCAGTGAATCC-ACGTGATC--TGA--TATTATGGACTGGTG-T--------G-AA-----A--------ATCGAAAG-AA---------A--G---TG-----------TCCGCTTCAGGTAACA-TTT-Ttacatgcaactacaaaataatcgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|15 : tagc-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTGTTCTT-TC--CG--A----TTT----T-CACACCAGT-C-CATAATAGT-A--TCACATAAC-GT-CGATTCAC--TGC--Ccgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|16 : ccGTGAACGTAATGCT-ATTACAGGA-TATGC---AATA-TAACGTAGT-GTTCAGTCATAC-GTCTTA---ATAACACGGTGACGAGCCC-ATGTGAAC--AAA--TGATATTGAGTGGTGTT--------A-AA-----ATCGGAGG-A--------AA---------A--G---TG-----------CCCACTCC-GTCAATG-TTTCCTGCAacaagcaactaaaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttT-----TTCTTA-GTAATAT-ATG-A-AAAT--------GCAGGAAAC-A--TTG------AC-GGAGTGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---TTT------AACACCACT-C-A---ATATC-A--TTTGTTCAC-AT-GGGCTCGT--CAC--CGTG-TTAttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaTGTTTCCTG--CA-----TTTTCATATATTACTAAG-A-AAGTC--ATCT-GCAA-CCAT-A--TAA------CAAGGAGCGGAAACTTTGC-C-TG--CA--AT---TTT-------ATACTACT-C-C---ATATC-A--TTAAATGGC-GT-GGATTTGC--CAC--CGTG-gtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaaC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTT-CATCTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTT-TG---GC-TGGCCACTTGATAG-CT-CCGAT--T-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAGTT--AACT-GCAA-AATT-G--TTA------ACTGAAGCGGGCACATTTT-C-TG--CG--GT---ACTGTGGT-TACACCATTCC-C---ATACC-A--GTTGTTAAC-GC-GGGTACGCCACAC--CGTG-ataaaac
gi|18 : tt--ATTA-GCAA-AAAA-G--TTA------CATGTAGAAGGCACTTTTC-T-TT--CG--AT---TTT------CACACCAGT-C-C---ATGGT-A--TCAGGTCAC-GT-CGATTCGC--TGC--CGtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : TTA-GCAA-AAAC-A--TTA------CCTGTAGCGG-CACTTTTC-G-TT--CG--AT---TTT------CATACCAGC-C-C---TTAAT-A--TCAGGTCAC-GC-CGATTCGC--TGC--cacgcaactacaaaatgatcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|19 : t-A-TCATTTTGTTGTT--GTC-TGT-----------T------GCAGCGAATCG-GCGTGACC--TGA--TATTAAGGGCTGGTA-T--------G-AA-----AATCGAACGA--------AA---------A--G---TG------------CCGCTACAGGTAATG-TTT-TTGCaacagacaacaacaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|2 : tttaATTTATATGCACTGTTT-CCTGTTGTTTATTG--TTAAATATTGTCATGAAATAATAGG-A-AAGTT--ATTT-GAAA-AAAT-A--TTA------CCTAAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--TT---ATT----T-TACACCATT-C-C---ATAGC-A--TTGGGTC-C-TA-GGGTTCGC--CAC--CGTcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatca--ATTA-GCAA-AA-T-G--TTA------CCTGTAGCGAACACTTTTC-T-TT--CG--A----TTT----T-CACACCAGT-C-C---ATAGT-ATGTCAGATCAC-GTCGCTTTCGC--TGC--CG
gi|20 : tgA-A-TCATTTTGTAGTT--GC---------------AT---GCGGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTATGGACTGGTG-T--------G-AA-----A--------ATCGAAAGAAA---------A--G---TG-----------TTCGCTACAGGTAACA-TTT-Tcatgcaactacaaaatgattgcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|21 : tgattagcGGTGACGAACAA-ATGTCACC--TAA--TGTTATGTATTGGTA-T--------A-AA-----A--------A--------ATCGGGGGGA-A--A---TA-----------TCCGCTACAGGTAATA-TTT-TCACAGGTAA--------CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NNNNNN-----ATCGGTGC-TAGCAAGTGACGTCGCAAAAC-T-----TACACCCATTG-TGAAAGT-CCAACGGTGATTTATATATA---T-TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCA-TATTTTTTT-CAACTGAGC---Agcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : --ATTA-GCAA-AA-T-A--TTA------CCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CG--AT---TTT----T--ACACCAGT-C-C---ATAGC-A--TAAGGTCAC-GT-CGATTCGC--TGT--CGcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|23 : CACATTTT-C-TC--CG--AA---TTT----T--GCGTCACT-C-C---ATAGC-A--TAAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CAC--TGTG-catgctactacataatgatcgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacACAACTATGTC-CAT---TTACTT-----TT--TCC-TAC-GT---ATTTGT--CATGGTGGCAATCCC-ACGTGACC--TAA--TGCTATGGAGTGGTG-C--------ATAA-----A--------A--------ATCAGAAGAAAA--G---TG-----------ACCGCTTCAGATAACA-TTT-CTGCAGATAATT----TTCTAAATATTTCAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgGAAATATTTAG-A-AAATT--ATCT-GCAG-AAAT-G--TTA------TCTGAAGCGGTCACTTTTC-T-TC--TG--AT---TTT----TATGCACCACT-C-C---ATAGC-A--TTAGGTCAC-GT-GGGATTGC--CAC--CATG-ACAtttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgtGCT--AGCT-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGTGGGCACATGTC-C-TT--TG--AT---TTT----T-TTCACCGCT-C-C---ATAGC-A--TTAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CAC--CGTG-aatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttatt-A-TCATTTTGTAGTT--GC---------------AT---GCGGCAGCAAATCG-ACGTGACC--TGG--TACTATGGAGAGGTG-T--------A-AAAATCGA--------A--------ATAAA------A--G---TG-----------CCCaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|25 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgGGGCACTTTTA-T-TT--CG--AT---TTT----T--ACACCTCT-C-C---ATAGT-A--CCAGGTCAC-GT-CGATTTGC--TGC--CG
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgatcattttgtagttgcatgCAGTTAGCA-TTT-TTGCAGA-AAAT----TTC--AATACTTCAAGAACACTCACAAA--ACA--CACGAA-CA---CCATCTCTG--TA----TGTACC-----ATTGATGC-TATCTAGTGACTGC--AAAAC-TCG---T--ATTTTTTGTGAA--GT-GAAACCGTG-------TGCTGTATGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAA-CTTTT-CAACTGA
gi|28 : T---T-TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCA-TAATCCACT-CAAATGAGC---AAA-ATATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : gtaactG-T--------A-AA-----A--------A--------GT---------AAAG---TG-----------CCTGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCAGACAACT----TTCTCAACATTTCATGAAAAggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactGCAGTAAATGTCA--CTG-GTA-ACAA-TATGCCCTAA-AGTTATTTTAT-CTT--GCC-TAC-AT---A---AC--CACAGTGGCGAACCC-ACTTGACA--TAA--TGCTATGGAGTGGTG-T--------A-AA-----C--------A--------AT---------A--G---TG-----------CTCACTTCAGGTAACA-TTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCAGCAAAATGCACCAA--AGA--CA--AA-TG---CCATGTATA-ATAA---TGAACC-----ATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----N--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---T-TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAACTTTT-CATTGGAGC---AAANNNNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNN-NN---NN-NNNNNNNNNNNNNG-CA-CCAAT---------GTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAGTT--AAAG-GCAA-AAAA-G--TTA------CATGGAGCAGGCACTTTTC-C-TT--CG--AT---CTT----T-CATACCGTT-G-C---ATAGT-A--TTAGGTCAC-AT-GGGTTCAC--CAC--GTTG-ATA
gi|30 : CGTTA-C--ACTTTTTGT--A-AATAATA------CGAGTTTGTT---TCATGCCCATGTGATAT-CA-TCCATGCT-CCA------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNGTT--ATCT-ACAA-AAGC-G--TTA------CCTGAAACGGGCACTTTTC-C-TC--CG---T---TT
gi|31 : acTGTTTCGTGAATT-----ATTT-ATGAAATATTAAG-A-ACGTT--ATCT-GCAA-A--------TA--------TGAAGCGGACAATTA-C-C-TC--CG--ATG--TTT----T-TGCACTACT-C-C---ATAGC-A--TCAAGTCAC-GA-GGGTTCGC--
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagcGAAATACTAAG-GTCACTT--ATAGTGCAA-------------------CTAAAACGGGCACTTTTC-C-TT--CG--AT---TTT----T-TACA-AACT---C---ATAGC-A--TTAGGTTAC-GT-GAGTTTGC--CAA--CGTG-gctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|33 : tatttaatgaaaa-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGCAGCGAGCACCTTTC-C-TC--CA--AG---TTT----T-CACGCCACT-CAT---GTGGC-A--TTGGGTGAC-GC-GGGTTTGC--CGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|34 : t-----TTTTCATGAAAGTTTAAG-A-ACTTT--ATCT-GTAA-AA-------------------AAGAGGGCATTTTTT-T-AT--CG--AT---TTT----T-TACACCACT-A-C---ATAGC-A--CAAGGTCAC-GT-GGGTTCAC--CGC--CGTG-TTAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|35 : -GCAA-ACAT-G--TTA------CCTGTAGTGGACACTTTTC-T-TT--CA--AT---TTT------CACACCAGT-C-C---ATAGT-A--TCAGGACAC-GT-CGATTCAC--TGC--Cgtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|35 : actaA-A-TCATTTTGTAGTT--GC---------------AT---GTGGCAGTGAATCG-ACGTGTCC--TGA--TACTATGGACTGGTG-TGAAAATTGA-AA-----G--------A--------AA---------A--G---TG-----------TCCACTACAGGTAACA-TGT-TTGCacatgcaactacaaaatgattgcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|36 : actaTTTGCCC-A-GTTTCGTA--AA-----TTTTAATGAAATATTAAG-A-AAGTTTTATCA-GCAA---------------------GAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---CT-----------CCGCT-C-C---ATACC-A--ATAGGCCAC-GT-GGGTTCgcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaaa---AT--CACGATGGCAAACAC-ACGTGACT--TTA--TACTATGGAAAGGTG-C--------ACAA-----A--------A--------ATCTGAAC---A--G---TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCAGaagtgactgtacaaat
gi|38 : C-TACCAT---A---TG--CACGGTGGCGAATTC-ACGTGGCA--TAA--TGCTATGGGGTGGTG-C--------A-AC-----A--------A--------AT---------cttaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : ttttatcggGC-TATCAAGTGACCATGTAAAAAAT-----T--GTTTTGCAAAAAAAAAAGCAACAGCA-------TAAT---T-TT-GTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCA-TAATCTTTT-CACATGAGC---AAA-ATAC--GCCATTA-ttggtaatggaataagtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : cta-----TTTTCACGAAATATTAAG-A-AAGTT--TTCG-ACAA-GAAA-G--TGA------CCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--TG--AT---ATA----T-TGCACCACA-C-C---ATAGC-A--TAAAGTCAC-GG-TGCTTCGC--CAA--CGTG-caccactccaa
gi|42 : caTCG-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGG-TACTTTAC-C-TC--CG--AT---TTT----T-TGCACTACT-C-C---ATAGC-G--TAATGTCAG-GT-GGGTTCGC--CAT--CTTGTATAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|42 : GCCGTGA-A-TTGTTCAAT-ATC--GCT-T-T-AT---A-------CAAGATGGCGAACCC-ACCTGACA--TTA--CGCTATGGAGTAGTG-C--------A-AA-----A--------A--------ATCGGAGGTAAA--G---TA------------CCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCCGAaagcgatattgaacaattcacggc
gi|43 : A------CATGAAGCGGGCACTTTTT-C-TC--C---AT---TTT----T-CACACCACT-C-C---ACAGA-A--TTATGTCAG-GT-TGGCTCGC--CGC--CATG-AT
gi|44 : AC-AT---A---AT--CACAGTGGCAAGCCC-ACATGATC--TAA--TGCT----AGTGGTG-C--------A-AG-----A--------A--------AT---------cacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagCATTTTTG-CATCATCA--AT---TTC----T-TGCACCAC---------TAGC-A--TTAGATCAT-GT-GGGCTTGC--CAC--TGTG-ATtgatgatgcaaaaatgttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|44 : ccagtcagacataAAG-A-AATTG--ATGATGCAA-AAAT-G--TTG------CATGAAGCAGGCAGTTTGC-T-TC--ttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgc--ATTA-GCAA-ATAT-G--TTA------CCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CG--AA---TTT------CACATCAGT-C-C---ATAGT-A--TCAGGTCAC-GT-CAATTCGC--TGC--CG
gi|46 : GTGC-TATCAAGCGGCCATGCAAAAC-T-----C--AATT---------AGT-GCAACGGCG-------TAC----T-TTTGTGAA-TTGCATC-A----CT-C------------CCTTTT-CAACAGACC---AA
gi|47 : TT--ATCT-GCAA-AAAT-A--TTA------CCTGAAGCGGACACTTTTC-C-TA--CG--AT---TGT----T-TACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnGT-TTT--GCT-----AT---T---AT--CACGAAGGCGAACCA-ACGTAACT--TTA--TGCTATGGAGT-GTG-T--------A-AA-----A--------
gi|49 : tttaaaagtattgaat-----T--ATTTTTTGCATGAAGT-ACACCGACT-------TAAT---T-TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCA-TAACTTT
gi|5 : ca---A---AT--CACGTTGGCGAACCC-ATGTGACCCCTTA--TGGTATGGAGTGGTG-C--------A-AA-----A--------A--------TT---------G--GAGGTG-----------TCAGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGTAGATAATT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNTGATAGGTGC-TATCAAGTTACCATGCA---------------TTTTACAATAACAG---CAACAGTA-------TATT---T-TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCA-TAAATTTTT-CAACTGAGC----------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTT-TGCATAC-CGG-TACCAGGTAGTCATTTGAT--TGCCAGGAAGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCT-TTGTTTTATG--TT-----TTTTCAGGAAAAGTTTAG-A-AAGTT--ATCT-GCAA-TAAT-G--TTA------CCTGCAGCGGGCACTTTTC-A-TC--C---ATTTCTTT----T-TAAACCAAT-C-C---ATACC-A--GTAAATCAC-GT-
gi|51 : agtatctctgtttttatacttgtattgACA--TAA--TGCTATAGGGTGGTG--------------------------------------------------------------------CCCTCTTCAGGTACCATTTT-TTGCAGAAAACT----ta
gi|52 : T----TTCTTATTATGTCATGAATATTCACAAACCAAATTCG--AA-CG---CCAT
gi|6 : aca-----TTTTCACGAACTATTAAG-A-AAGTT--ATCG-ACAA-AAAA-G--TTA------CCAGAAGCGAGCACTTTTC-C-TC--CG--AT---ATA----T-AGCACCACT-C-C---ATAGC-A--AAAAGTCAC-GG-TGCTTCGC--CAC--CGTG-t
gi|7 : aAAT---T-TT----AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTTTCAAATGATC---AAA-AGAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAATA------CGAATTT-TG---CT-TGATAACTTCATAG-CA-TCGAT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAATT--ATCT-G-AA-AAATAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTTC---TC--TG---------T----T-TACACCATT-A-C---ATAAC-A--GTAAGTCAC-GT-GAGTTCGC--CAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaGCAGTAAACATGA--TTGAGTACACAA----G---TAA-A-TTCTTTCA---------------AT---A----T--CATGGTGGCAAACCC-ATATGACC--TTA--TGCTATGGAATGGTG-T--------A-AA-----AATTGGAAGA--------AA---------A--G---TG-----------CCTGCTCCAAGTTACA-TTT-ATGCAGATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---TGTCCC-----ATCTGTGT-T-TTTAGTGGCC-----AAAT-TCTCAAT--ATTTATCCA----------AACAGAG-------AAAT---T-TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCA-TAGCAATTT-CAACTGAGC---AAA-CTAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAATATA-----Acacgtgttcttgttga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 111111 11 44444 77777777777777777777777777777 77777777777777777777777777777 111111111111 11111111111111 2222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111111 111111111111111 222222 111111 44444444444444444 111111111
lowQualScore : 1 888888 6 33 11111 3 3 11111111111111111111111111111 33 22 3 22 333 3 2 77777777 4 55555 44444444444444444444444444444 33 333 000000000000 1 2 2 1 8888 0 5 11 66 00000000000000 1 8888888888888888888 5 9999999999999999999999999999999999999 0 0 4444444 1 555 3 1 3 3 6666 3 3 2 3 2 3 666 4 999999999999999 99 5 1 666666 6 888888 44 6 6 11111111111111111 0 11 00 3 666 1 111111111 1 2 2 22 44 1 1 11 333333 0 111 11 333 7777777 1 1 222 1 11 2 1 1 11 11 4
lowQualScore : . ...... . .. ..... . . ............................. .. .. . .. ... . . ........ . ..... ............................. .. ... ............ . . . . .... . . .. .. .............. . ................... . ..................................... . . ....... . ... . . . . .... . . . . . . ... . ............... .. . . ...... . ...... .. . . ................. . .. .. . ... . ......... . . . .. .. . . .. ...... . ... .. ... ....... . . ... . .. . . . .. .. .
lowQualScore : 0 777777 7 22 00000 3 3 55555555555555555555555555555 33 99 1 99 777 5 0 22222222 0 00000 99999999999999999999999999999 11 999 999999999999 9 2 2 0 5555 5 3 99 99 22222222222222 0 7777777777777777777 0 3333333333333333333333333333333333333 6 6 4444444 0 888 3 2 3 1 5555 1 1 1 1 6 3 444 4 000000000000000 33 7 0 444444 7 000000 22 7 7 22222222222222222 1 11 33 1 444 0 777777777 1 4 4 22 88 2 2 77 444444 6 333 44 000 8888888 1 1 000 1 66 8 1 1 77 77 0
consensus : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAA-TATGC---AA-A-TCATTTTGTAGTT--GCC-TACGT---A---AT--CACGGCGGCGAACCC-ACGTGACC--TGA--TGCTAT---GGANTGGTG-T--------A-AA-----A--------A---------AN---------A--G---TG-----------CCCGCTNCAGGTAACA-TTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCATGAAAATTCACNAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCNTG--TT-----TTTTCATGAAATATTAAG-A-AAGTT--ATCN-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CGAT---TTT----T-TACACCACT-C-C---ATAGC-A--TTAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAA-TATGCC-TAA-A-TCATTTTGT-GTT--GCC-TACGT---A---AT--CACGGCGGCGAACCC-ACGTGACC--TNA--TGCTAT---GGAGTGGTG-T--------A-AA-----A--------A---------AT---------A--G---TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCATGAAAATTCACNAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCNTG--TT-----TTTTCATGAAATATTAAG-A-AAGTT--ATCN-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CGAT---TTT----T-TACACCACT-C-C---ATAGC-A--TCAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA--TTTACTAA--AAA--AA--GT-CGGTGCTATATATGTATAAAGATGAGTC-----ATCGATGT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---N-TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCA-TAATCGTTT-CAACTGAGCAAAAAA-ACAC--G--GTTACA--C-TTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATT-TG---CA-TGGCTTTTTGATAT-CA-CCGTT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNAGTA-AAG-C--AT-----AA-AAAT-G--TTA------CCTAATACGGGCACTTTTC-C-TC--CGAT---TTA----T-TGCACCACT-C-A---ATAGC-A--TTAGGTAAC-AT-GGGTTCGC--CGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaATGC----A-A-TCTTTTTGTAGTT--GC---ATGT--------------GGCAGCGAATCG-ACATGACC--TGA--TACTAT---GAACTGGTG-T--------A-AA-----AATTGAGAGA---------AA---------A--A---TG-----------TCCGCTACGGTTAACA-TTT-TTgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|10 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaAA-AAAT-G--TTA------ACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CAAT---TTT------TACACCAGT-T-C---ATAGT-A--TCAGGTCAT-GT-CGATTCGC--TGC--Cct
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtATGC----A-A-TCTTTTTGTAGTT--GC---ATGT--------------GGCAGCGAATCG-ACATGACC--TGA--TACTAT---GAACTGGTG-T--------A-AA-----AATTGAGAGA---------AA---------A--A---TG-----------TCCGCTACGGTTAACA-TTT-TTct
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaAA-AAAT-G--TTA------ACCGTAGCGGACATTTTTC-T-CT--CAAT---TTT------TACACCAGT-T-C---ATAGT-A--TCAGGTCAT-GT-CGATTCGC--TGC--Cct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaatgcaatctttttgtagttgcatgtAGTT--ATCT-GCAA-A--T-GAATTA------CCTGAAGCAGGCATTTTTC-T-TC--CG-T---TGT----T-TTTACCACA-C-C---AAAACAA--TAAAGTTAC-GT-TGGTTCGC--CAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagT--CACGGTGGCAAATCC-ACGTAACT--T-------TAT---GGACTGG------------A-GA-----A--------A---------AT---------A--G---TGGGATGGAAACGCCTGCTTCAGATTATC-TTT-TTACAGATTGAT----TCTTTAATATTTCATGAAAATTCACG----AAA--CA--AATCA---CCAGTTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtT---T-TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCA-GAACTTTTT-TAACTGAGC---AAA-ATAC---TC-----A--C-TTTTTGC
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttGTT---TTT-GCAA-GAAT-C--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTT--C-TC--TG-T---TTG----C-TACACCACT-C-C---ATAGC-A--CTAAGTCACGGT-GGTTTTGC--CACTTTATG-ATAacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGACACTTT-C-T-TT--CGAT---TTT----C--ACACCAGT-C-C---ATAAT-A--TCAGATCAC-GT-GGATTCAC--TGC--tcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tagc-A-TTATTTTGTAGTT--GC---ATGT---A-----------GCAGTGAATCC-ACGTGATC--TGA--TATTAT---GGACTGGTG-T--------G-AA-----A--------ATCGAAAG--AA---------A--G---TG-----------TCCGCTTCAGGTAACA-TTT-Ttacatgcaactacaaaataatcgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|15 : tagc-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTGTTCTT-TC--CGA----TTT----T-CACACCAGT-C-CATAATAGT-A--TCACATAAC-GT-CGATTCAC--TGC--Ccgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|15 : cc-A-TCATTTTTTAGTT--GCT-T--GT--------------GGCAGTGAATCG-ACGTTATG--TGA--TACTATTATGGACTGGTG-T--------G-AA-----A--------ATCGGAAAGAAC---------A--G---TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-acaagcaactaaaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : ccGTGAACGTAATGCT-ATTACAGGA-TATGC---AATA-TAACGTAGT-GTTCAGTCATACGTCTTA---ATAACACGGTGACGAGCCC-ATGTGAAC--AAA--TGATAT---TGAGTGGTGTT--------A-AA-----ATCGGAGG-A---------AA---------A--G---TG-----------CCCACTCC-GTCAATG-TTTCCTGCAcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgcctt--TT-----TCTTAGTAATATAT---G-A-AAAT--------GCAGGAAAC-A--TTG------AC-GGAGTGGGCACTTTTC-C-TC--CGAT---TTT----A--ACACCACT-C-A---ATATC-A--TTTGTTCAC-AT-GGGCTCGT--CAC--CGTG-TTAttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaTGTTTCCTG--CA-----TTTTCATATATTACTAAG-A-AAGTC--ATCT-GCAA-CCAT-A--TAA------CAAGGAGCGGAAACTTTGC-C-TG--CAA-----TT----T-TATACTACT-C-C---ATATC-A--TTAAATGGC-GT-GGATTTGC--CAC--CGTG-gtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaaC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTT-CATCTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTT-TG---GC-TGGCCACTTGATAG-CT-CCGAT--T-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAGTT--AACT-GCAA-AATT-G--TTA------ACTGAAGCGGGCACATTTT-C-TG--CGGT---ACTGTGGT-TACACCATTCC-C---ATACC-A--GTTGTTAAC-GC-GGGTACGCCACAC--CGTG-ataaaac
gi|18 : tt--ATTA-GCAA-AAAA-G--TTA------CATGTAGAAGGCACTTTTC-T-TT--CGAT---TTT----C--ACACCAGT-C-C---ATGGT-A--TCAGGTCAC-GT-CGATTCGC--TGC--CGtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : TTA-GCAA-AAAC-A--TTA------CCTGTAGCGG-CACTTTTC-G-TT--CGAT---TTT----C--ATACCAGC-C-C---TTAAT-A--TCAGGTCAC-GC-CGATTCGC--TGC--cacgcaactacaaaatgatcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|19 : t-A-TCATTTTGTTGTT--GTC-T--GT--------T------GCAGCGAATCG-GCGTGACC--TGA--TATTAA---GGGCTGGTA-T--------G-AA-----AATCGAACGA---------AA---------A--G---TG------------CCGCTACAGGTAATG-TTT-TTGCaacagacaacaacaaaatgatcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|2 : tttaATTTATATGCACTGTTT-CCTGTTGTTTATTG--TTAAATATTGTCATGAAATAATAGG-A-AAGTT--ATTT-GAAA-AAAT-A--TTA------CCTAAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CGTT---ATT----T-TACACCATT-C-C---ATAGC-A--TTGGGTC-C-TA-GGGTTCGC--CAC--CGTcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatca--ATTA-GCAA-AA-T-G--TTA------CCTGTAGCGAACACTTTTC-T-TT--CGA----TTT----T-CACACCAGT-C-C---ATAGT-ATGTCAGATCAC-GTCGCTTTCGC--TGC--CG
gi|20 : tgA-A-TCATTTTGTAGTT--GC---ATG--------------CGGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTAT---GGACTGGTG-T--------G-AA-----A--------ATCGAAAGA-AA---------A--G---TG-----------TTCGCTACAGGTAACA-TTT-Tcatgcaactacaaaatgattgcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|21 : tgattagcGGTGACGAACAA-ATGTCACC--TAA--TGTTAT---GTATTGGTA-T--------A-AA-----A--------A---------ATCGGGGGGA-A--A---TA-----------TCCGCTACAGGTAATA-TTT-TCACAGGTAACA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NN---------ATCGGTGC-TAGCAAGTGACGTCGCAAAAC-T-----TACACCCATTG-TGAAAGT-CCAACGGTGATTTATATATA---T-TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCA-TATTTTTTT-CAACTGAGC---Agcaatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : --ATTA-GCAA-AA-T-A--TTA------CCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CGAT---TTT------TACACCAGT-C-C---ATAGC-A--TAAGGTCAC-GT-CGATTCGC--TGT--CGcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|23 : CACATTTT-C-TC--CGAA---TTT----T--GCGTCACT-C-C---ATAGC-A--TAAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CAC--TGTG-catgctactacataatgatcgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacTGAAATATTTAG-A-AAATT--ATCT-GCAG-AAAT-G--TTA------TCTGAAGCGGTCACTTTTC-T-TC--TGAT---TTT----TATGCACCACT-C-C---ATAGC-A--TTAGGTCAC-GT-GGGATTGC--CAC--CATG-ACAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgACAACTATGTC--------CATTTACT-TTT--TCC-TACGT---ATTTGT--CATGGTGGCAATCCC-ACGTGACC--TAA--TGCTAT---GGAGTGGTG-C--------ATAA-----A--------A---------ATCAGAAGAAAA--G---TG-----------ACCGCTTCAGATAACA-TTT-CTGCAGATAATT----TTCTAAATATTTCAaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgGCT--AGCT-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGTGGGCACATGTC-C-TT--TGAT---TTT----T-TTCACCGCT-C-C---ATAGC-A--TTAGGTCAC-GT-GGGTTCGC--CAC--CGTG-tttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttatt-A-TCATTTTGTAGTT--GC---ATG--------------CGGCAGCAAATCG-ACGTGACC--TGG--TACTAT---GGAGAGGTG-T--------A-AAAATCGA--------A---------ATAAA------A--G---TG-----------CCCaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|25 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgGGGCACTTTTA-T-TT--CGAT---TTT----T--ACACCTCT-C-C---ATAGT-A--CCAGGTCAC-GT-CGATTTGC--TGC--CG
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgatcattttgtagttgcatgCAGTTAGCA-TTT-TTGCAGA-AAAT----TTC--AATACTTCAAGAACACTCACAAA--ACA--CACGAA-CA---CCATCTCTG--TA----TGTACC-----ATTGATGC-TATCTAGTGACTGC--AAAAC-TCG---TATTTT--TTGTGAA--GT-GAAACCGTG-------TGCTGTATGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAA-CTTTT-CAACTGA
gi|28 : T---T-TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCA-TAATCCACT-CAAATGAGC---AAA-ATATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : gtaactG-T--------A-AA-----A--------A---------GT---------AAAG---TG-----------CCTGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCAGACAACT----TTCTCAACATTTCATGAAAAggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactGCAGTAAATGTCA--CTG-GTA-ACAA-TATGCCCTAA-AGTTATTTTAT-CTT--GCC-TACAT---A---AC--CACAGTGGCGAACCC-ACTTGACA--TAA--TGCTAT---GGAGTGGTG-T--------A-AA-----C--------A---------AT---------A--G---TG-----------CTCACTTCAGGTAACA-TTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCAGCAAAATGCACCAA--AGA--CA--AA-TG---CCATGTATA-ATAA---TGAACC-----ATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---T-TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAACTTTT-CATTGGAGC---AAANNNNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNN-NN---NN-NNNNNNNNNNNNNG-CA-CCAAT---------GTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAGTT--AAAG-GCAA-AAAA-G--TTA------CATGGAGCAGGCACTTTTC-C-TT--CGAT---CTT----T-CATACCGTT-G-C---ATAGT-A--TTAGGTCAC-AT-GGGTTCAC--CAC--GTTG-ATA
gi|30 : CGTTA-C--ACTTTTTGT--A-AATAATA------CGAGTTTGTT---TCATGCCCATGTGATAT-CA-TCCATGCT-CCA------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNGTT--ATCT-ACAA-AAGC-G--TTA------CCTGAAACGGGCACTTTTC-C-TC--CG-T---TT
gi|31 : acTGTTTCGTGAATT-----ATTT-ATGAAATATTAAG-A-ACGTT--ATCT-GCAA-A--------TA--------TGAAGCGGACAATTA-C-C-TC--CGATG--TTT----T-TGCACTACT-C-C---ATAGC-A--TCAAGTCAC-GA-GGGTTCGC--
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagcGAAATACTAAG-GTCACTT--ATAGTGCAA-------------------CTAAAACGGGCACTTTTC-C-TT--CGAT---TTT----T-TACA-AACT---C---ATAGC-A--TTAGGTTAC-GT-GAGTTTGC--CAA--CGTG-gctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|33 : tatttaatgaaaa-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGCAGCGAGCACCTTTC-C-TC--CAAG---TTT----T-CACGCCACT-CAT---GTGGC-A--TTGGGTGAC-GC-GGGTTTGC--CGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|34 : t-----TTTTCATGAAAGTTTAAG-A-ACTTT--ATCT-GTAA-AA-------------------AAGAGGGCATTTTTT-T-AT--CGAT---TTT----T-TACACCACT-A-C---ATAGC-A--CAAGGTCAC-GT-GGGTTCAC--CGC--CGTG-TTAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|35 : -GCAA-ACAT-G--TTA------CCTGTAGTGGACACTTTTC-T-TT--CAAT---TTT----C--ACACCAGT-C-C---ATAGT-A--TCAGGACAC-GT-CGATTCAC--TGC--Cgtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|35 : actaA-A-TCATTTTGTAGTT--GC---ATGT--------------GGCAGTGAATCG-ACGTGTCC--TGA--TACTAT---GGACTGGTG-TGAAAATTGA-AA-----G--------A---------AA---------A--G---TG-----------TCCACTACAGGTAACA-TGT-TTGCacatgcaactacaaaatgattgcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|36 : actaTTTGCCC-A-GTTTCGTA--AA-----TTTTAATGAAATATTAAG-A-AAGTTTTATCA-GCAA---------------------GAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--CGAT---CT-----------CCGCT-C-C---ATACC-A--ATAGGCCAC-GT-GGGTTCgcaatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaaa---AT--CACGATGGCAAACAC-ACGTGACT--TTA--TACTAT---GGAAAGGTG-C--------ACAA-----A--------A---------ATCTGAAC---A--G---TG-----------CCCGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGCAGaagtgactgtacaaat
gi|38 : TTTT-A-TC--GGAT---TTG----T-TGCACCACC-C-C---ATAGC-A--TTATGCCAC-GT-GAATTCGC--CAC--CGTGCATActtaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : GC-TATCAAGTGACCATGTAAAAAAT-----TGTTTT--GCAAAAAAAAAAGCAACAGCA-------TAAT---T-TT-GTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCA-TAATCTTTT-CACATGAGC---AAA-ATAC--GCCATTA-tggtagttggtaatggaataagtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : cta-----TTTTCACGAAATATTAAG-A-AAGTT--TTCG-ACAA-GAAA-G--TGA------CCTGAAGCGGGCACTTTTC-C-TC--TGAT---ATA----T-TGCACCACA-C-C---ATAGC-A--TAAAGTCAC-GG-TGCTTCGC--CAA--CGTG-caccactccaa
gi|42 : caTCG-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGG-TACTTTAC-C-TC--CGAT---TTT----T-TGCACTACT-C-C---ATAGC-G--TAATGTCAG-GT-GGGTTCGC--CAT--CTTGTATAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|43 : A------CATGAAGCGGGCACTTTTT-C-TC--C-AT---TTT----T-CACACCACT-C-C---ACAGA-A--TTATGTCAG-GT-TGGCTCGC--CGC--CATG-ATaagcgatattgaacaattcacggc
gi|44 : ACAT---A---AT--CACAGTGGCAAGCCC-ACATGATC--TAA--TGCT-------AGTGGTG-C--------A-AG-----A--------A---------AT---------cacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagCATTTTTG-CATCATCAAT---TTC----T-TGCACCAC---------TAGC-A--TTAGATCAT-GT-GGGCTTGC--CAC--TGTG-ATtgatgatgcaaaaatgttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|44 : ccagtcagacataAAG-A-AATTG--ATGATGCAA-AAAT-G--TTG------CATGAAGCAGGCAGTTTGC-T-TC--ttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgc--ATTA-GCAA-ATAT-G--TTA------CCTGTAGCGGACACTTTTC-T-TT--CGAA---TTT----C--ACATCAGT-C-C---ATAGT-A--TCAGGTCAC-GT-CAATTCGC--TGC--CG
gi|46 : GTGC-TATCAAGCGGCCATGCAAAAC-T-----CAATT-----------AGT-GCAACGGCG-------TAC----T-TTTGTGAA-TTGCATC-A----CT-C------------CCTTTT-CAACAGACC---AA
gi|47 : TT--ATCT-GCAA-AAAT-A--TTA------CCTGAAGCGGACACTTTTC-C-TA--CGAT---TGT----T-TACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnTGT-TTT--GC--TA--T---T---AT--CACGAAGGCGAACCA-ACGTAACT--TTA--TGCTAT---GGAGT-GTG-T--------A-AA-----A--------
gi|49 : tttaaaagtattgaa-----TATTTT--TTGCATGAAGT-ACACCGACT-------TAAT---T-TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCA-TAACTTT
gi|5 : caTTGT-ATT--G-----------A---AT--CACGTTGGCGAACCC-ATGTGACCCCTTA--TGGTAT---GGAGTGGTG-C--------A-AA-----A--------A---------TT---------G--GAGGTG-----------TCAGCTTCAGGTAACA-TTT-TTGTAGATAATT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNTGATAGGTGC-TATCAAGTTACCATGCA-------------TTTT--ACAATAACAG---CAACAGTA-------TATT---T-TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCA-TAAATTTTT-CAACTGAGC----------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTT-TGCATAC-CGG-TACCAGGTAGTCATTTGAT--TGCCAGGAAGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCT-TTGTTTTATG--TT-----TTTTCAGGAAAAGTTTAG-A-AAGTT--ATCT-GCAA-TAAT-G--TTA------CCTGCAGCGGGCACTTTTC-A-TC--C-ATTTCTTT----T-TAAACCAAT-C-C---ATACC-A--GTAAATCAC-GT-
gi|51 : agtatctctgtttttatacACA--TAA--TGCTAT---AGGGTGGTG---------------------------------------------------------------------CCCTCTTCAGGTACCATTTT-TTGCAGAAAACT----ta
gi|52 : T----TTCTTATTATGTCATGAATATTCACAAACCAAATTCG--AA-CG---CCAT
gi|6 : aca-----TTTTCACGAACTATTAAG-A-AAGTT--ATCG-ACAA-AAAA-G--TTA------CCAGAAGCGAGCACTTTTC-C-TC--CGAT---ATA----T-AGCACCACT-C-C---ATAGC-A--AAAAGTCAC-GG-TGCTTCGC--CAC--CGTG-t
gi|7 : aAAT---T-TT----AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTTTCAAATGATC---AAA-AGAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAATA------CGAATTT-TG---CT-TGATAACTTCATAG-CA-TCGAT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAATT--ATCT-G-AA-AAATAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTTC---TC--TG-------T----T-TACACCATT-A-C---ATAAC-A--GTAAGTCAC-GT-GAGTTCGC--CAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaGCAGTAAACATGA--TTGAGTACACAA----G---TAA-A-TTCTTT-----------C-AAT---------AT--CATGGTGGCAAACCC-ATATGACC--TTA--TGCTAT---GGAATGGTG-T--------A-AA-----AATTGGAAGA---------AA---------A--G---TG-----------CCTGCTCCAAGTTACA-TTT-ATGCAGATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---TGTCCC-----ATCTGTGT-T-TTTAGTGGCC-----AAAT-TCTCAATATTTA--TCCA----------AACAGAG-------AAAT---T-TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCA-TAGCAATTT-CAACTGAGC---AAA-CTAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAATATA-----Acacgtgttcttgttga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111 0000000000000000000000000 7777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 11111111111111 2222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111111 111111111111111 222222 111111 44444444444444444 111111111
lowQualScore : 1 888888 6 7 5 0000 88 2 444 33 1111111111111111111111111 0 55 33 1 33 333 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000 3 4 1 0 8888 3 11 66 00000000000000 1 8888888888888888888 5 9999999999999999999999999999999999999 0 0 4444444 1 555 3 1 3 3 6666 3 3 2 3 2 3 666 4 999999999999999 99 5 1 666666 6 888888 44 6 6 11111111111111111 0 11 00 3 666 1 111111111 1 2 2 22 55 1 1 22 444444 1 11 333 2222 2 1 1 1 0 1 22 2 22 3
lowQualScore : . ...... . . . .... .. . ... .. ......................... . .. .. . .. ... . ................................................. ........... . . . . .... . .. .. .............. . ................... . ..................................... . . ....... . ... . . . . .... . . . . . . ... . ............... .. . . ...... . ...... .. . . ................. . .. .. . ... . ......... . . . .. .. . . .. ...... . .. ... .... . . . . . . .. . .. .
lowQualScore : 0 777777 7 0 0 6666 99 7 777 77 1111111111111111111111111 9 66 11 9 11 999 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444 00000000000 2 2 0 1 5555 9 99 99 22222222222222 0 7777777777777777777 0 3333333333333333333333333333333333333 6 6 4444444 0 888 3 2 3 1 5555 1 1 1 1 6 3 444 4 000000000000000 33 7 0 444444 7 000000 22 7 7 22222222222222222 1 11 33 1 444 0 777777777 1 4 4 44 22 5 5 11 333333 3 88 888 9999 8 4 4 4 4 4 11 5 22 6
consensus : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAATATG-C----AA-ATCATT-TTGTAGT---T--GC-------TATG--T--------CACGGCGGCGAATCG-ACGTGACC--TGA--TGCTAT---GGACTGGTGT--------AA---------AA---G----A---------AA--------AGTG-----------CCCGCTNCAGGTAACATTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCATGAAAATTCACNAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCNTG--TT-----TTTTCATGAAATATTAAG-A-AAGTT--ATCT-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TACACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAATATG-C----AA-ATCATT-TTGTAGT---T--GCC------TACG--T---AAT--CACGGCGGCGAACCC-ACGTGACC--TGA--TGCTAT---GGANTGGTGT--------AA---------AA--------A---------AN--------AGTG-----------CCCGCTNCAGGTAACATTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCATGAAAATTCACNAA--AAA--CA--AA-CG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCNTG--TT-----TTTTCATGAAATATTAAG-A-AAGTT--ATCN-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TACACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CGC--CGTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA--TTTACTAA--AAA--AA--GT-CGGTGCTATATATGTATAAAGATGAGTC-----ATCGATGT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---N-TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCA-TAATCGTTT-CAACTGAGCAAAAAA-ACAC--G--GTTACA--C-TTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATT-TG---CA-TGGCTTTTTGATAT-CA-CCGTT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNAGTA-AAG-C--AT-----AA-AAAT-G--TTA------CCTAATACGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTA----T-TGCACCACT-C-AATAGC-ATTAGGTAAC-ATGGGTTCGC--CGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaATG-C----AA--TCTTT-TTGTAGT---T--GC--------ATG--T-----------GGCAGCGAATCG-ACATGACC--TGA--TACTAT---GAACTGGTGT--------AA---------AAATTGAGAGA---------AA--------AATG-----------TCCGCTACGGTTAACATTT-TTgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaATG-C----AA--TCTTT-TTGTAGT---T--GC--------ATG--T-----------GGCAGCGAATCG-ACATGACC--TGA--TACTAT---GAACTGGTGT--------AA---------AAATTGAGAGA---------AA--------AATG-----------TCCGCTACGGTTAACATTT-TTct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaAGTT--ATCT-GCAA-A--T-GAATTA------CCTGAAGCAGGCATTTTTCT-TC--CG-T---TGT----T-TTTACCACA-C-CAAAACAATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagT--CACGGTGGCAAATCC-ACGTAACT--T-------TAT---GGACTGG-----------AG---------AA--------A---------AT--------AGTGGGATGGAAACGCCTGCTTCAGATTATCTTT-TTACAGATTGAT----TCTTTAATATTTCATGAAAATTCACG----AAA--CA--AATCA---CCAGTTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtT---T-TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCA-GAACTTTTT-TAACTGAGC---AAA-ATAC---TC-----A--C-TTTTTGC
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttGTT---TTT-GCAA-GAAT-C--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTTC--TC--TG-T---TTG----C-TACACCACT-C-CATAGC-ACTAAGTCACGGTGGTTTTGC--CACTTTATG-ATAacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATTATT-TTGTAGT---T--GC--------ATG--T---A--------GCAGTGAATCC-ACGTGATC--TGA--TATTAT---GGACTGGTGT--------GA---------AA--------ATCGAAAG--AA--------AGTG-----------TCCGCTTCAGGTAACATTT-Ttcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|15 : tagc-ATCATT-TTTTAGT---T--GCT------T--G--T-----------GGCAGTGAATCG-ACGTTATG--TGA--TACTATTATGGACTGGTGT--------GA---------AA--------ATCGGAAAGAAC--------AGTG-----------CCCGCTTCAGGTAACATTT-cgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|16 : ccGTGAACGTAATGCT-ATTACAGGATATG-C----AATATAACG-TAGT-GT---TCAGTCA-----TACG--TCTTAATAACACGGTGACGAGCCC-ATGTGAAC--AAA--TGATAT---TGAGTGGTGTT-------AA---------AATCGGAGG-A---------AA--------AGTG-----------CCCACTCC-GTCAATGTTTCCTGCAcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgcctt--TT-----TCTTAGTAATATAT---G-A-AAAT--------GCAGGAAAC-A--TTG------AC-GGAGTGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----A--ACACCACT-C-AATATC-ATTTGTTCAC-ATGGGCTCGT--CAC--CGTG-TTAttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaTGTTTCCTG--CA-----TTTTCATATATTACTAAG-A-AAGTC--ATCT-GCAA-CCAT-A--TAA------CAAGGAGCGGAAACTTTGCC-TG--CAA-----TT----T-TATACTACT-C-CATATC-ATTAAATGGC-GTGGATTTGC--CAC--CGTG-gtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaaC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTT-CATCTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTT-TG---GC-TGGCCACTTGATAG-CT-CCGAT--T-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAGTT--AACT-GCAA-AATT-G--TTA------ACTGAAGCGGGCACATTTTC-TG--CGGT---ACTGTGGT-TACACCATTCC-CATACC-AGTTGTTAAC-GCGGGTACGCCACAC--CGTG-ataaaac
gi|18 : tt-ATCATT-TTGTAGT---T--GC----------G--T---G------CGGCAGCGAATCG-ACGTGACC--TGA--TACCAT---GGACTGGTGTGAAAATCGAA---------AG--------A---------AA--------AGTG-----------CCTTCTACATGTAACTTTT-TTGCtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : atta-ATCATT-TTGTTGT---T--GTC------T--G--T-----T------GCAGCGAATCG-GCGTGACC--TGA--TATTAA---GGGCTGGTAT--------GA---------AAATCGAACGA---------AA--------AGTG------------CCGCTACAGGTAATGTTT-TTGCcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|2 : tttaATTTATATGCACTGTTT-CCTGTTGTTTATTG--TTAAATATTGTCATGAAATAATAGG-A-AAGTT--ATTT-GAAA-AAAT-A--TTA------CCTAAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGTT---ATT----T-TACACCATT-C-CATAGC-ATTGGGTC-C-TAGGGTTCGC--CAC--CGTcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaTG-C----AA--TCATT-TTGTAGT---T--GC--------ATG-------------CGGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTAT---GGACTGGTGT--------GA---------AA--------ATCGAAAGA-AA--------AGTG-----------TTCGCTACAGGTAACATTT-T
gi|21 : tgattagcGGTGACGAACAA-ATGTCACC--TAA--TGTTAT---GTATTGGTAT--------AA---------AA--------A---------ATCGGGGGGAAATA-----------TCCGCTACAGGTAATATTT-TCACAGGTAACA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NN---------ATCGGTGC-TAGCAAGTGACGTCGCAAAAC-T-----TACACCCATTG-TGAAAGT-CCAACGGTGATTTATATATA---T-TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCA-TATTTTTTT-CAACTGAGC---Aatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : --ATTA-GCAA-AA-T-A--TTA------CCTGTAGCGGACACTTTTCT-TT--CGAT---TTT------TACACCAGT-C-CATAGC-ATAAGGTCAC-GTCGATTCGC--TGT--CGcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|22 : -ATCATT-ATGTAGT---A--GC--------ATG-------------CGACAGCGAATCG-ACGTGACC--TTA--TGCTAT---GGACTGGTGT--------AA---------AAATCGAAAGA---------AA--------AGTG-----------TCCGCTACAGGTAATATTT-Tcatgctactacataatgatcgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : attagcCACATTTTC-TC--CGAA---TTT----T--GCGTCACT-C-CATAGC-ATAAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--TGTG-cgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacTGAAATATTTAG-A-AAATT--ATCT-GCAG-AAAT-G--TTA------TCTGAAGCGGTCACTTTTCT-TC--TGAT---TTT----TATGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGATTGC--CAC--CATG-ACAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgGCT--AGCT-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGTGGGCACATGTCC-TT--TGAT---TTT----T-TTCACCGCT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-aatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttatt-ATCATT-TTGTAGT---T--GC--------ATG-------------CGGCAGCAAATCG-ACGTGACC--TGG--TACTAT---GGAGAGGTGT--------AA---------AAATCGAAATA---------AA--------AGTG-----------CCCaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgCAGTTAGCATTT-TTGCAGA-AAAT----TTC--AATACTTCAAGAACACTCACAAA--ACA--CACGAA-CA---CCATCTCTG--TA----TGTACC-----ATTGATGC-TATCTAGTGACTGC--AAAAC-TCG---TATTTT--TTGTGAA--GT-GAAACCGTG-------TGCTGTATGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAA-CTTTT-CAACTGA
gi|28 : T---T-TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCA-TAATCCACT-CAAATGAGC---AAA-ATATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : gtaactGT--------AA---------AA--------AGT-------AA--------AGTG-----------CCTGCTTCAGGTAACATTT-TTGCAGACAACT----TTCTCAACATTTCATGAAAAggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactGCAGTAAATGTCA--CTG-GTA-ACAATATG-CCCTAAA-GTTATT-TTATC-T---T--GCC------TACA--T---AAC--CACAGTGGCGAACCC-ACTTGACA--TAA--TGCTAT---GGAGTGGTGT--------AA---------AC--------A---------AT--------AGTG-----------CTCACTTCAGGTAACATTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCAGCAAAATGCACCAA--AGA--CA--AA-TG---CCATGTATA-ATAA---TGAACC-----ATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---T-TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAACTTTT-CATTGGAGC---AAANNNNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNN-NN---NN-NNNNNNNNNNNNNG-CA-CCAAT---------GTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAGTT--AAAG-GCAA-AAAA-G--TTA------CATGGAGCAGGCACTTTTCC-TT--CGAT---CTT----T-CATACCGTT-G-CATAGT-ATTAGGTCAC-ATGGGTTCAC--CAC--GTTG-ATA
gi|30 : CGTTA-C--ACTTTTTGT--A-AATAATA------CGAGTTTGTT---TCATGCCCATGTGATAT-CA-TCCATGCT-CCA------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNGTT--ATCT-ACAA-AAGC-G--TTA------CCTGAAACGGGCACTTTTCC-TC--CG-T---TT
gi|31 : acTGTTTCGTGAATT-----ATTT-ATGAAATATTAAG-A-ACGTT--ATCT-GCAA-A--------TA--------TGAAGCGGACAATTA-CC-TC--CGATG--TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-ATCAAGTCAC-GAGGGTTCGC--
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagcGAAATACTAAG-GTCACTT--ATAGTGCAA-------------------CTAAAACGGGCACTTTTCC-TT--CGAT---TTT----T-TACA-AACT---CATAGC-ATTAGGTTAC-GTGAGTTTGC--CAA--CGTG-gctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|33 : tatttaatgaaaa-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGCAGCGAGCACCTTTCC-TC--CAAG---TTT----T-CACGCCACT-CATGTGGC-ATTGGGTGAC-GCGGGTTTGC--CGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|34 : t-----TTTTCATGAAAGTTTAAG-A-ACTTT--ATCT-GTAA-AA-------------------AAGAGGGCATTTTTTT-AT--CGAT---TTT----T-TACACCACT-A-CATAGC-ACAAGGTCAC-GTGGGTTCAC--CGC--CGTG-TTAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|34 : CAACATGAC----AA-ATGATGATTATAGACAAT--GCCAAAGGCTATGACT---AA---CACGGCGGTGAACCC-ACGTGACC--TTG--TGCTAT---GTAGTGGTGT--------AAAAAATCGATAA--------A---------AA--------AATG-----------CCCTCT----------TTT-TTACAGATAAAG----TTCTTAAACTTTCATGAAAAgtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|35 : TG-C----AA--TCATT-TTGTAGT---T--GC--------ATG--T-----------GGCAGTGAATCG-ACGTGTCC--TGA--TACTAT---GGACTGGTGTGAAAATTGAA---------AG--------A---------AA--------AGTG-----------TCCACTACAGGTAACATGT-TTGCaccca
gi|36 : actaTTTGCCC-A-GTTTCGTA--AA-----TTTTAATGAAATATTAAG-A-AAGTTTTATCA-GCAA---------------------GAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---CT-----------CCGCT-C-CATACC-AATAGGCCAC-GTGGGTTCatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaaaCT-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTGT----TC--AGAT---TTT----TGTGCACCTTT-C-CATAGT-ATAAAGTCAC-GTGTGTTTGC--CAT--CGTG-ATaagtgactgtacaaat
gi|38 : TTTTA-TC--GGAT---TTG----T-TGCACCACC-C-CATAGC-ATTATGCCAC-GTGAATTCGC--CAC--CGTGCATActtaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : GC-TATCAAGTGACCATGTAAAAAAT-----TGTTTT--GCAAAAAAAAAAGCAACAGCA-------TAAT---T-TT-GTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCA-TAATCTTTT-CACATGAGC---AAA-ATAC--GCCATTA-tggtagttggtaatggaataagtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : cta-----TTTTCACGAAATATTAAG-A-AAGTT--TTCG-ACAA-GAAA-G--TGA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--TGAT---ATA----T-TGCACCACA-C-CATAGC-ATAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAA--CGTG-caccactccaa
gi|42 : caTCG-GCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGG-TACTTTACC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-GTAATGTCAG-GTGGGTTCGC--CAT--CTTGTATAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|43 : A------CATGAAGCGGGCACTTTTTC-TC--C-AT---TTT----T-CACACCACT-C-CACAGA-ATTATGTCAG-GTTGGCTCGC--CGC--CATG-ATaagcgatattgaacaattcacggc
gi|44 : CATTTTTGCATCATCAAT---TTC----T-TGCACCACT------AGC-ATTAGATCAT-GTGGGCTTGC--CAC--TGTG-ATcacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagacataAAG-A-AATTG--ATGATGCAA-AAAT-G--TTG------CATGAAGCAGGCAGTTTGCT-TC--ttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgc--ATTA-GCAA-ATAT-G--TTA------CCTGTAGCGGACACTTTTCT-TT--CGA----ATT----T-CACATCAGT-C-CATAGT-ATCAGGTCAC-GTCAATTCGC--TGC--CG
gi|46 : GTGC-TATCAAGCGGCCATGCAAAAC-T-----CAATT-----------AGT-GCAACGGCG-------TAC----T-TTTGTGAA-TTGCATC-A----CT-C------------CCTTTT-CAACAGACC---AA
gi|47 : TT--ATCT-GCAA-AAAT-A--TTA------CCTGAAGCGGACACTTTTCC-TA--CGAT---TGT----T-TACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnTT----T-TACAC-ACT-C-CATAGC-ATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CTT--CGTG-ATA
gi|49 : tttaaaagtattgaatgttttgctat-----TATTTT--TTGCATGAAGT-ACACCGACT-------TAAT---T-TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCA-TAACTTT
gi|5 : caTT-TTATACT---T--G--------TATT--G---AAT--CACGTTGGCGAACCC-ATGTGACCCCTTA--TGGTAT---GGAGTGGTGC--------AA---------AA--------ATTG------GA--------GGTG-----------TCAGCTTCAGGTAACATTT-TTGTAGATAATT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNTGATAGGTGC-TATCAAGTTACCATGCA-------------TTTT--ACAATAACAG---CAACAGTA-------TATT---T-TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCA-TAAATTTTT-CAACTGAGC----------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTT-TGCATAC-CGG-TACCAGGTAGTCATTTGAT--TGCCAGGAAGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCT-TTGTTTTATG--TT-----TTTTCAGGAAAAGTTTAG-A-AAGTT--ATCT-GCAA-TAAT-G--TTA------CCTGCAGCGGGCACTTTTCA-TC--C-ATTTCTTT----T-TAAACCAAT-C-CATACC-AGTAAATCAC-GT
gi|51 : agtatctctgtACA--TAA--TGCTAT---AG---GGTG---------------------------------------------------GTG-----------CCCTCTTCAGGTACCATTTTTTGCAGAAAACT----ta
gi|52 : T----TTCTTATTATGTCATGAATATTCACAAACCAAATTCG--AA-CG---CCAT
gi|6 : aca-----TTTTCACGAACTATTAAG-A-AAGTT--ATCG-ACAA-AAAA-G--TTA------CCAGAAGCGAGCACTTTTCC-TC--CGAT---ATA----T-AGCACCACT-C-CATAGC-AAAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAC--CGTG-t
gi|7 : aAAT---T-TT----AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTTTCAAATGATC---AAA-AGAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAATA------CGAATTT-TG---CT-TGATAACTTCATAG-CA-TCGAT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAATT--ATCT-G-AA-AAATAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTTC--TC--TG-------T----T-TACACCATT-A-CATAAC-AGTAAGTCAC-GTGAGTTCGC--CAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaGCAGTAAACATGA--TTGAGTACACAA---G-T----AA-ATTCTT-TC--AAT--------------------------AT--CATGGTGGCAAACCC-ATATGACC--TTA--TGCTAT---GGAATGGTGT--------AA---------AAATTGGAAGA---------AA--------AGTG-----------CCTGCTCCAAGTTACATTT-ATGCAGATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NN-NN---NNNNNNNNN-NNNN---TGTCCC-----ATCTGTGT-T-TTTAGTGGCC-----AAAT-TCTCAATATTTA--TCCA----------AACAGAG-------AAAT---T-TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCA-TAGCAATTT-CAACTGAGC---AAA-CTAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAATATA-----Acacgtgttcttgttga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 5555555555555555555555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1111111111111 2222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111111 111111111111111 222222 111111 44444444444444444 111111111
lowQualScore : 1 888888 6 7 2222 88 33 33 2 7777777777777777777777777 0 2 33 33 333 2 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 4444 0 1 4 3 0000 0 11 7 1 77 0 1111111111111 1 8888888888888888888 5 9999999999999999999999999999999999999 0 0 4444444 1 555 3 1 3 3 6666 3 3 2 3 2 3 666 4 999999999999999 99 5 1 666666 6 888888 44 6 6 11111111111111111 0 11 00 3 4 1 666666666 2 2 22 3 1 11 22 444444 2 11 333 3333 2 1 1 1 0 1 22 22 3
lowQualScore : . ...... . . .... .. .. .. . ......................... . . .. .. ... . . ........................................................ ... .... . . . . .... . .. . . .. . ............. . ................... . ..................................... . . ....... . ... . . . . .... . . . . . . ... . ............... .. . . ...... . ...... .. . . ................. . .. .. . . . ......... . . .. . . .. .. ...... . .. ... .... . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 0 777777 7 3 1111 99 77 77 7 9999999999999999999999999 4 4 11 11 999 2 6 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 5555 2 0 2 9 6666 9 44 1 0 99 9 9999999999999 0 7777777777777777777 0 3333333333333333333333333333333333333 6 6 4444444 0 888 3 2 3 1 5555 1 1 1 1 6 3 444 4 000000000000000 33 7 0 444444 7 000000 22 7 7 22222222222222222 1 11 33 1 4 0 444444444 4 4 66 2 6 77 22 444444 8 99 999 0000 9 4 5 5 1 5 22 33 5
consensus : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACGATATGC----AA-ATCATTT--TGT--AGT-TG-C-TAT---GT---C---------CGGCGGCGAA-TCGACGTGACC--TGA--TGCTAT---G-GACTGGTG-------T-------G-------A-------A-------A--------G-------A---AA----AGTGCCCGCTNCAGGTAACATTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCATGAANATTCACNAA--ANA--CA--AACG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCGTG--NN-----TTTTCATGAAATATTAAG-A-AAGTT--ATC-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACAATATGC----AA-ATCATTT--TGT--AGT-TG-C-TAT---GT---C--------ACGGCGGCGAA-TCGACGTGACC--TGA--TGCTAT---G-GACTGGTG-------T-------A-------A-------A-------A--------G-------A---AA----AGTGCCCGCTNCAGGTAACATTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCATGAAAATTCACNAA--AAA--CA--AACG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCNTG--TT-----TTTTCATGAAATATTAAG-A-AAGTT--ATC-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TACACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA--TTTACTAA--AAA--AA--GTCGGTGCTATATATGTATAAAGATGAGTC-----ATCGATGT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---N-TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCA-TAATCGTTT-CAACTGAGCAAAAAA-ACAC--G--GTTACA--C-TTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATT-TG---CA-TGGCTTTTTGATAT-CA-CCGTT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNAGTA-AAG-C--AT-----AA-AAAT-G--TTA------CCTAATACGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTA----T-TGCACCACT-C-AATAGC-ATTAGGTAAC-ATGGGTTCGC--CGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaATGC----AA--TCTTTT--TGT--AGT-TG-C--AT---GT--------------GGCAGCGAA-TCGACATGACC--TGA--TACTAT---G-AACTGGTG-------T-------A-------A-------AAATTGAGA--------G-------A---AA----AATGTCCGCTACGGTTAACATTT-TTgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaATGC----AA--TCTTTT--TGT--AGT-TG-C--AT---GT--------------GGCAGCGAA-TCGACATGACC--TGA--TACTAT---G-AACTGGTG-------T-------A-------A-------AAATTGAGA--------G-------A---AA----AATGTCCGCTACGGTTAACATTT-TTct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaAGTT--ATC-TGC---AAAT-GAATTA------CCTGAAGCAGGCATTTTTCT-TC--CG-T---TGT----T-TTTACCACA-C-CAAAACAATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagT-TTGTTTCGTG--AA-----TTTTCATGAAATATTAAA-G-AATCA--ATC-TGTAA-AAAG-A--TAA------TCTGAAGCAGGCG--TTTCCATC--CCAC---TAT----T-TTCTCCAGT-C-CATA------AAGTTAC-GTGGATTTGC--CAC--CGTG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgaT---T-TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCA-GAACTTTTT-TAACTGAGC---AAA-ATAC---TC-----A--C-TTTTTGC
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttGTT---TT-TGCAA-GAAT-C--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTT-C-TC--TG-T---TTG----C-TACACCACT-C-CATAGC-ACTAAGTCACGGTGGTTTTGC--CACTTTATG-ATAacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATTATTT--TGT--AGT-TG-C--AT---GT--------------AGCAGTGAA-TCCACGTGATC--TGA--TATTAT---G-GACTGGTG-------T-------G-------A-------A-------AATC-----G-------AAAGAA----AGTGTCCGCTTCAGGTAACATTT-Ttcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|15 : tagc-ATCATTT--TTT--AGT-TG-C-T-T---GT--------------GGCAGTGAA-TCGACGTTATG--TGA--TACTATTATG-GACTGGTG-------T-------G-------A-------A-------AATCG----G-------A---AAGAACAGTGCCCGCTTCAGGTAACATTT-cgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|16 : ccGTGAACGTAATGCT-ATTACAGGATATGC----AATATAACGTAGTGTTCAGT-CA---TAC---GT---CTTAATAACACGGTGACGAG-CCCATGTGAAC--AAA--TGATAT---T-GAGTGGTG-------TT------A-------A-------A-------ATCGGAG--G-------A---AA----AGTGCCCACTCC-GTCAATGTTTCCTGCAcgcaatccctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgcctt-TGCAGGAAAC-A--TTG------AC-GGAGTGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----A--ACACCACT-C-AATATC-ATTTGTTCAC-ATGGGCTCGT--CAC--CGTG-TTAttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaTGTTTCCTG--CA-----TTTTCATATATTACTAAG-A-AAGTC--ATC-TGCAA-CCAT-A--TAA------CAAGGAGCGGAAACTTTGCC-TG--CAA-----TT----T-TATACTACT-C-CATATC-ATTAAATGGC-GTGGATTTGC--CAC--CGTG-ttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaaC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTT-CATCTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTT-TG---GC-TGGCCACTTGATAG-CT-CCGAT--T-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAGTT--AAC-TGCAA-AATT-G--TTA------ACTGAAGCGGGCACATTTTC-TG--CGGT---ACTGTGGT-TACACCATTCC-CATACC-AGTTGTTAAC-GCGGGTACGCCACAC--CGTG-ataaaac
gi|18 : tt-ATCATTT--TGT--AGT-TG-C-------GT------------GCGGCAGCGAA-TCGACGTGACC--TGA--TACCAT---G-GACTGGTG-------TGAAAATCG-------A-------A-------A--------G-------A---AA----AGTGCCTTCTACATGTAACTTTT-TTGCtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : atta-ATCATTT--TGT--TGT-TG---TCT---GT---T-----------GCAGCGAA-TCGGCGTGACC--TGA--TATTAA---G-GGCTGGTA-------T-------G-------A-------A-------AATCGAAC-G-------A---AA----AGTG-CCGCTACAGGTAATGTTT-TTGCcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|2 : tttaATTTATATGCACTGTTT-CCTGTTGTTTATTG--TTAAATATTGTCATGAAATAATAGG-A-AAGTT--ATT-TGAAA-AAAT-A--TTA------CCTAAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGTT---ATT----T-TACACCATT-C-CATAGC-ATTGGGTC-C-TAGGGTTCGC--CAC--CGTcgcaatccctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaTGC----AA--TCATTT--TGT--AGT-TG-C--AT---G--------------CGGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTAT---G-GACTGGTG-------T-------G-------A-------A-------AATCGAAA-G-------A---AA----AGTGTTCGCTACAGGTAACATTT-T
gi|21 : tgattagcGGTGACGAA-CAAATGTCACC--TAA--TGTTAT---G-TATTGGTA-------T-------A-------A-------A-------AAATCGGG-G-------G---GA----AATATCCGCTACAGGTAATATTT-TCACAGGTAACA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNN---NN---------ATCGGTGC-TAGCAAGTGACGTCGCAAAAC-T-----TACACCCATTG-TGAAAGT-CCAACGGTGATTTATATATA---T-TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCA-TATTTTTTT-CAACTGAGC---Aatctctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : -ATCATTA--TGT--AGT-AG-C--AT---G--------------CGACAGCGAA-TCGACGTGACC--TTA--TGCTAT---G-GACTGGTG-------T-------AAAAATCGA-------A-------A--------G-------A---AA----AGTGTCCGCTACAGGTAATATTT-Tcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|23 : attagcCACATTTTC-TC--CGAA---TTT----T--GCGTCACT-C-CATAGC-ATAAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--TGTG-cgcaatccctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacTGAAATATTTAG-A-AAATT--ATC-TGCAG-AAAT-G--TTA------TCTGAAGCGGTCACTTTTCT-TC--TGAT---TTT----TATGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGATTGC--CAC--CATG-ACAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgGCT--AGC-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGTGGGCACATGTCC-TT--TGAT---TTT----T-TTCACCGCT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-aatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttatt-ATCATTT--TGT--AGT-TG-C--AT---G--------------CGGCAGCAAA-TCGACGTGACC--TGG--TACTAT---G-GAGAGGTG-------T-------A-------A-------A-------A--------ATCGAAATA---AA----AGTGCCCaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagcgattgcgCAGTTAGCATTT-TTGCAGA-AAAT----TTC--AATACTTCAAGAACACTCACAAA--ACA--CACGAACA---CCATCTCTG--TA----TGTACC-----ATTGATGC-TATCTAGTGACTGC--AAAAC-TCG---TATTTT--TTGTGAA--GT-GAAACCGTG-------TGCTGTATGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAA-CTTTT-CAACTGA
gi|28 : T---T-TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCA-TAATCCACT-CAAATGAGC---AAA-ATATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : gtaact-------A-------A-------A-------A--------G-------T---AA----AGTGCCTGCTTCAGGTAACATTT-TTGCAGACAACT----TTCTCAACATTTCATGAAAAggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactGCAGTAAATGTCA--CTG-GTA-ACAATATGCCCTAAA-GTTATTT--TAT--C-T-TG-CCTAC---ATAACC--------ACAGTGGCGAA-CCCACTTGACA--TAA--TGCTAT---G-GAGTGGTG-------T-------A-------A-------A-------C----------------A---AT----AGTGCTCACTTCAGGTAACATTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCAGCAAAATGCACCAA--AGA--CA--AATG---CCATGTATA-ATAA---TGAACC-----ATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---T-TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAACTTTT-CATTGGAGC---AAANNNNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNN-NN---NN-NNNNNNNNNNNNNG-CA-CCAAT---------GTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAGTT--AAA-GGCAA-AAAA-G--TTA------CATGGAGCAGGCACTTTTCC-TT--CGAT---CTT----T-CATACCGTT-G-CATAGT-ATTAGGTCAC-ATGGGTTCAC--CAC--GTTG-ATAtac
gi|30 : CGTTA-C--ACTTTTTGT--A-AATAATA------CGAGTTTGTT---TCATGCCCATGTGATAT-CA-TCCATGCT-CCA------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNGTT--ATC-TACAA-AAGC-G--TTA------CCTGAAACGGGCACTTTTCC-TC--CG-T---TT
gi|31 : acTGTTTCGTGAATT-----ATTT-ATGAAATATTAAG-A-ACGTT--ATC-TGCAA-A--------TA--------TGAAGCGGACAATTA-CC-TC--CGATG--TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-ATCAAGTCAC-GAGGGTTCGC--
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagcGAAATACTAAG-GTCACTT--ATAGTGCAA-------------------CTAAAACGGGCACTTTTCC-TT--CGAT---TTT----T-TACA-AACT---CATAGC-ATTAGGTTAC-GTGAGTTTGC--CAA--CGTG-gctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|33 : tatttaatgaaaa-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGCAGCGAGCACCTTTCC-TC--CAAG---TTT----T-CACGCCACT-CATGTGGC-ATTGGGTGAC-GCGGGTTTGC--CGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|33 : -ATCATCT--CTT--GGTGTATC-TGT---GG---C--------AAGGCGGCAAA-CCCGCGTCACC--CAA--TGCCAC---ATGAGTGGCG-------T-------G-------A-------A-------AACTTGGAGG-------A---AA----GGTGCTCGCTGCAGGTAACATTT-TTGCAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|34 : -----TTTTCATGAAAGTTTAAG-A-ACTTT--ATC-TGTAA-AA-------------------AAGAGGGCATTTTTTT-AT--CGAT---TTT----T-TACACCACT-A-CATAGC-ACAAGGTCAC-GTGGGTTCAC--CGC--CGTG-TTAaggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|35 : TGC----AA--TCATTT--TGT--AGT-TG-C--AT---GT--------------GGCAGTGAA-TCGACGTGTCC--TGA--TACTAT---G-GACTGGTGTGAAAATT-------G-------A-------A-------A--------G-------A---AA----AGTGTCCACTACAGGTAACATGT-TTGCgtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|36 : actaTTTGCCC-A-GTTTCGTA--AA-----TTTTAATGAAATATTAAG-A-AAGTTTTATC-AGCAA---------------------GAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---CT-----------CCGCT-C-CATACC-AATAGGCCAC-GTGGGTTCatccctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaaaC-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTGT----TC--AGAT---TTT----TGTGCACCTTT-C-CATAGT-ATAAAGTCAC-GTGTGTTTGC--CAT--CGTG-ATaagtgactgtacaaat
gi|38 : TTTTA-TC--GGAT---TTG----T-TGCACCACC-C-CATAGC-ATTATGCCAC-GTGAATTCGC--CAC--CGTGCATActtaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : GC-TATCAAGTGACCATGTAAAAAAT-----TGTTTT--GCAAAAAAAAAAGCAACAGCA-------TAAT---T-TT-GTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCA-TAATCTTTT-CACATGAGC---AAA-ATAC--GCCATTA-tggtagttggtaatggaataagtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : cta-----TTTTCACGAAATATTAAG-A-AAGTT--TTC-GACAA-GAAA-G--TGA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--TGAT---ATA----T-TGCACCACA-C-CATAGC-ATAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAA--CGTG-caccactccaa
gi|42 : caTC-GGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGG-TACTTTACC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-GTAATGTCAG-GTGGGTTCGC--CAT--CTTGTATAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|43 : A------CATGAAGCGGGCACTTTTTC-TC--C-AT---TTT----T-CACACCACT-C-CACAGA-ATTATGTCAG-GTTGGCTCGC--CGC--CATG-ATaagcgatattgaacaattcacggc
gi|44 : CATTTTTGCATCATCAAT---TTC----T-TGCACCACT------AGC-ATTAGATCAT-GTGGGCTTGC--CAC--TGTG-ATcacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagacataAAG-A-AATTG--ATGATGCAA-AAAT-G--TTG------CATGAAGCAGGCAGTTTGCT-TC--ttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgcCGGCAGCGAA-TTGACGTGACC--TGA--TACTAT---G-GACTGATG-------TGAAATTCG-------A-------A-------A--------G-------A---AA----AGTGTCCGCTACAGGTAACATAT-TTGC
gi|46 : attaGTGC-TATCAAGCGGCCATGCAAAAC-T-----CAATT-----------AGT-GCAACGGCG-------TAC----T-TTTGTGAA-TTGCATC-A----CT-C------------CCTTTT-CAACAGACC---AA
gi|47 : TT--ATC-TGCAA-AAAT-A--TTA------CCTGAAGCGGACACTTTTCC-TA--CGAT---TGT----T-TACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnTT----T-TACAC-ACT-C-CATAGC-ATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CTT--CGTG-ATA
gi|49 : tttaaaagtattgaatgttttgctat-----TATTTT--TTGCATGAAGT-ACACCGACT-------TAAT---T-TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCA-TAACTTT
gi|5 : caTTT--TAT--ACT-TG---TATTGAAT---C--------ACGTTGGCGAA-CCCATGTGACCCCTTA--TGGTAT---G-GAGTGGTG-------C-------A-------A-------A-------A--------ATT-----G---GA----GGTGTCAGCTTCAGGTAACATTT-TTGTAGATAATT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNTGATAGGTGC-TATCAAGTTACCATGCA-------------TTTT--ACAATAACAG---CAACAGTA-------TATT---T-TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCA-TAAATTTTT-CAACTGAGC----------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTT-TGCATAC-CGG-TACCAGGTAGTCATTTGAT--TGCCAGGAAGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCT-TTGTTTTATG--TT-----TTTTCAGGAAAAGTTTAG-A-AAGTT--ATC-TGCAA-TAAT-G--TTA------CCTGCAGCGGGCACTTTTCA-TC--C-ATTTCTTT----T-TAAACCAAT-C-CATACC-AGTAAATCAC-GT
gi|51 : agtatctctgtACA--TAA--TGCTAT---A-G---GGTG-------------------------------------------------------------------GTGCCCTCTTCAGGTACCATTTTTTGCAGAAAACT----ta
gi|52 : T----TTCTTATTATGTCATGAATATTCACAAACCAAATTCG--AACG---CCAT
gi|6 : aca-----TTTTCACGAACTATTAAG-A-AAGTT--ATC-GACAA-AAAA-G--TTA------CCAGAAGCGAGCACTTTTCC-TC--CGAT---ATA----T-AGCACCACT-C-CATAGC-AAAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAC--CGTG-t
gi|7 : aAAT---T-TT----AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTTTCAAATGATC---AAA-AGAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAATA------CGAATTT-TG---CT-TGATAACTTCATAG-CA-TCGAT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--NN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAATT--ATC-TG-AA-AAATAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTTC--TC--TG-------T----T-TACACCATT-A-CATAAC-AGTAAGTCAC-GTGAGTTCGC--CAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaGCAGTAAACATGA--TTGAGTACACAA---GT----AA-ATTCTTT--------------C-AAT---AT---C--------ATGGTGGCAAA-CCCATATGACC--TTA--TGCTAT---G-GAATGGTG-------T-------A-------AAAATTGGA-------A--------G-------A---AA----AGTGCCTGCTCCAAGTTACATTT-ATGCAGATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNN---TGTCCC-----ATCTGTGT-T-TTTAGTGGCC-----AAAT-TCTCAATATTTA--TCCA----------AACAGAG-------AAAT---T-TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCA-TAGCAATTT-CAACTGAGC---AAA-CTAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAATATA-----Acacgtgttcttgttga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 111111 1 22 555555555555555555555555 77777777777777777777777777 1111 1111111111111 2222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111111 111111111111111 222222 111111 44444444444444444
lowQualScore : 1 888888 6 9 7777 55 33 33 999999999999999999999999 1 2 33 33 444 33333333333333333333333333 33 444 5555 1 1 4 3 2222 2 1 44 6 1 77 1 1111111111111 1 8888888888888888888 5 9999999999999999999999999999999999999 0 0 4444444 1 555 3 1 3 3 6666 3 3 2 3 2 3 99999 999999999999999 99 5 1 666666 6 888888 44 6 6 11111111111111111 0 11 00 3 4 1 8888888 2 2 2 22 3 1 1 22 444444 2 11 333 3333 333 1 1 1 0 1 22 22 3
lowQualScore : . ...... . . .... .. .. .. ........................ . . .. .. ... .......................... .. ... .... . . . . .... . . .. . . .. . ............. . ................... . ..................................... . . ....... . ... . . . . .... . . . . . . ..... ............... .. . . ...... . ...... .. . . ................. . .. .. . . . ....... . . . .. . . . .. ...... . .. ... .... ... . . . . . .. .. .
lowQualScore : 0 777777 7 9 7777 44 99 99 777777777777777777777777 0 5 22 22 111 33333333333333333333333333 22 111 0000 4 0 7 5 1111 3 1 33 6 0 99 0 9999999999999 0 7777777777777777777 0 3333333333333333333333333333333333333 6 6 4444444 0 888 3 2 3 1 5555 1 1 1 1 6 3 77777 555555555555555 33 7 0 444444 7 000000 22 7 7 22222222222222222 1 11 33 1 4 0 7777777 7 2 2 55 1 5 5 11 333333 8 99 999 0000 555 4 5 5 1 5 22 33 5
consensus : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACGAT-TGC----GA--TCATTT--TGT--AGTTGC--AT---GT-------------CGGCGGCGAA-TCGACGTGACC--TGA--TACTAT---GGACTGGTG-------T-------GAAA-------G--A---AA----AGTGCCCGCTNCAGGTAACATTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATANTTCANNAANATTCACNAA--ANA--CA--AACG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGCAAA-A---TAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCGTGNN-----TT-TTCATGAAATATTAAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACGTNA--CTGAGTACACGATATGC----AA-ATCATTT--TGT--AGTTGC-TAT---GT---C---------CGGCGGCGAA-TCGACGTGACC--TGA--TGCTAT---GGACTGGTG-------T-------GAAA-------G--A---AA----AGTGCCCGCTNCAGGTAACATTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCATGAANATTCACNAA--ANA--CA--AACG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGCAAA-A---TAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCGTGNN-----TT-TTCATGAAATATTAAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA--TTTACTAA--AAA--AA--GTCGGTGCTATATATGTATAAAGATGAGTC-----ATCGATGT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---N-TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCA-TAATCGTTT-CAACTGAGCAAA-AAAACAC--G--GTTA-C--ACTTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATT-TG---CA-TGGCTTTTTGATAT-CA-CCGTT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNAGTA-AAG--C-AT-----AA-AAAT-G--TTA------CCTAATACGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTA----T-TGCACCACT-C-AATAGC-ATTAGGTAAC-ATGGGTTCGC--CGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaATGC----AA--TCTTTT--TGT--AGTTGC--AT---GT--------------GGCAGCGAA-TCGACATGACC--TGA--TACTAT---GAACTGGTGTAAAAATT-------GAGA-------G--A---AA----AATGTCCGCTACGGTTAACATTT-TTgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaATGC----AA--TCTTTT--TGT--AGTTGC--AT---GT--------------GGCAGCGAA-TCGACATGACC--TGA--TACTAT---GAACTGGTGTAAAAATT-------GAGA-------G--A---AA----AATGTCCGCTACGGTTAACATTT-TTct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttgggaAG--TTATC-TGC---AAAT-GAATTA------CCTGAAGCAGGCATTTTTCT-TC--CG-T---TGT----T-TTTACCACA-C-CAAAACAATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagT-TTGTTTCGTGAA-----TT-TTCATGAAATATTAAA-G-AAT--CAATC-TGTAA-AAAG-A--TAA------TCTGAAGCAGGCG--TTTCCATC--CCAC---TAT----T-TTCTCCAGT-C-CATA------AAGTTAC-GTGGATTTGC--CAC--CGTG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgaT---T-TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCA-GAACTTTTT-TAACTGAGCAAA-A---TAC---TC-----A--C-TTTTTGC
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttG--TT-TT-TGCAA-GAAT-C--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTT-C-TC--TG-T---TTG----C-TACACCACT-C-CATAGC-ACTAAGTCACGGTGGTTTTGC--CACTTTATG-ATAacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-ATTATTT--TGT--AGTTGC--AT---GT--------------AGCAGTGAA-TCCACGTGATC--TGA--TATTAT---GGACTGGTG-------T-------GAAAATC----G--AAAGAA----AGTGTCCGCTTCAGGTAACATTT-Ttcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|15 : tagcGAT-TGC----GA--TCATTT--TTT--AGTTGC-T-T---GT--------------GGCAGTGAA-TCGACGTTATG--TGA--TACTATTATGGACTGGTG-------T-------GAAAATCG---G--A---AAGAACAGTGCCCGCTTCAGGTAACATTT-cgtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|16 : ccGTGAACGTAATGCT-ATTACAGGATATGC----AATATAACGTAGTGTTCAGTCA--TAC---GT---CTTAATAACACGGTGACGAG-CCCATGTGAAC--AAA--TGATAT---TGAGTGGTG-------T-------TAAAATCGGAGG--A---AA----AGTGCCCACTCC-GTCAATGTTTCCTGCAcctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgcctt-TGCAGGAAAC-A--TTG------AC-GGAGTGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----A--ACACCACT-C-AATATC-ATTTGTTCAC-ATGGGCTCGT--CAC--CGTG-TTAttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaTGTTTCCTGCA-----TT-TTCATATATTACTAAG-A-AAG--TCATC-TGCAA-CCAT-A--TAA------CAAGGAGCGGAAACTTTGCC-TG--CAAT---TTT----A-T--ACTACT-C-CATATC-ATTAAATGGC-GTGGATTTGC--CAC--CGTG-ttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaaC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTT-CATCTGAGCAAA-A---TAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTT-TG---GC-TGGCCACTTGATAG-CT-CCGAT--T-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAG--TTAAC-TGCAA-AATT-G--TTA------ACTGAAGCGGGCACATTTTC-TG--CGGT---ACTGTGGT-TACACCATTCC-CATACC-AGTTGTTAAC-GCGGGTACGCCACAC--CGTG-ataaaac
gi|18 : tt-ATCATTT--TGT--AGTTGC-------GT---G---------CGGCAGCGAA-TCGACGTGACC--TGA--TACCAT---GGACTGGTG-------TGAAAATCGAAA-------G--A---AA----AGTGCCTTCTACATGTAACTTTT-TTGCtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : attaGAT-TGC----GA--TCATTT--TGT--TGTTG--TCT---GT---T-----------GCAGCGAA-TCGGCGTGACC--TGA--TATTAA---GGGCTGGTA-------T-------GAAAATCGAACG--A---AA----AGTG-CCGCTACAGGTAATGTTT-TTGCcgcaattcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|2 : tttaATTTATATGCACTGTTT-CCTGTTGTTTATTGTTAAATATT-GTCATGAAATAATAGG-A-AAG--TTATT-TGAAA-AAAT-A--TTA------CCTAAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGTT---ATT----T-TACACCATT-C-CATAGC-ATTGGGTC-C-TAGGGTTCGC--CAC--CGTcctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaGAT-TGC----AA--TCATTT--TGT--AGTTGC--AT---G--------------CGGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTAT---GGACTGGTG-------T-------GAAAATCGAAAG--A---AA----AGTGTTCGCTACAGGTAACATTT-T
gi|21 : tgattagcGGTGACGAA-CAAATGTCACC--TAA--TGTTAT---GTATTGGTA-------T-------AAAAAATCGGGG--G---GA----AATATCCGCTACAGGTAATATTT-TCACAGGTAACA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNN---NN---------ATCGGTGC-TAGCAAGTGACGTCGCAAAAC-T-----TACACCCATTG-TGAAAGT-CCAACGGTGATTTATATATA---T-TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCA-TATTTTTTT-CAACTGAGCAtctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : GAT-TGC----GA--TCATTA--TGT--AGTAGC--AT---G--------------CGACAGCGAA-TCGACGTGACC--TTA--TGCTAT---GGACTGGTG-------TAAAAATCGAAA-------G--A---AA----AGTGTCCGCTACAGGTAATATTT-Tcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|23 : attagcCACATTTTC-TC--CGAA---TTT----T--GCGTCACT-C-CATAGC-ATAAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--TGTG-cctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacTGAAATATTTAG-A-AAA--TTATC-TGCAG-AAAT-G--TTA------TCTGAAGCGGTCACTTTTCT-TC--TGAT---TTT----TATGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGATTGC--CAC--CATG-ACAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgG--CTAGC-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGTGGGCACATGTCC-TT--TGAT---TTT----T-TTCACCGCT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-aatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttattCGAT-TGC----GA--TCATTT--TGT--AGTTGC--AT---G--------------CGGCAGCAAA-TCGACGTGACC--TGG--TACTAT---GGAGAGGTG-------TAAAAATCGAAA-------T--A---AA----AGTGCCCaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagCAGTTAGCATTT-TTGCAGA-AAAT----TTC--AATACTTCAAGAACACTCACAAA--ACA--CACGAACA---CCATCTCTG--TA----TGTACC-----ATTGATGC-TATCTAGTGACTGC--AAAAC-TCG---TATTTT--TTGTGAA--GT-GAAACCGTG-------TGCTGTATGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAA-CTTTT-CAACTGA
gi|28 : T---T-TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCA-TAATCCACT-CAAATGAGCAAA-A---TATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : gtaactTACT-----TT-TTCATGAAATGTTGAG-A-AAG--TTGTC-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggtGCAGTAAATGTCA--CTG-GTA-ACAATATGCCCTAAA-GTTATTT--TAT--C-TTGCCTAC---ATAACCA--------CAGTGGCGAA-CCCACTTGACA--TAA--TGCTAT---GGAGTGGTG-------T--------AAA-------C--A---AT----AGTGCTCACTTCAGGTAACATTT-TTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCAGCAAAATGCACCAA--AGA--CA--AATG---CCATGTATA-ATAA---TGAACC-----ATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---T-TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAACTTTT-CATTGGAGCAAANN---NNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNN-NN---NN-NNNNNNNNNNNNNG-CA-CCAAT---------GTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAG--TTAAA-GGCAA-AAAA-G--TTA------CATGGAGCAGGCACTTTTCC-TT--CGAT---CTT----T-CATACCGTT-G-CATAGT-ATTAGGTCAC-ATGGGTTCAC--CAC--GTTG-ATAactttttac
gi|30 : CGTTA-C--ACTTTTTGT--A-AATAATA------CGAGTTTGTT---TCATGCCCATGTGATAT-CA-TCCATGCT-CCA------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNG--TTATC-TACAA-AAGC-G--TTA------CCTGAAACGGGCACTTTTCC-TC--CG-T---TT
gi|31 : acTGTTTCGTGAA-----TTATTTATGAAATATTAAG-A-ACG--TTATC-TGCAA-A--------TA--------TGAAGCGGACAATTA-CC-TC--CGATG--TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-ATCAAGTCAC-GAGGGTTCGC--
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagcGAAATACTAAG-GTCAC--TTATAGTGCAA-------------------CTAAAACGGGCACTTTTCC-TT--CGAT---TTT----T-TACA-AACT---CATAGC-ATTAGGTTAC-GTGAGTTTGC--CAA--CGTG-gctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|33 : tatttaatgaaaa-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGCAGCGAGCACCTTTCC-TC--CAAG---TTT----T-CACGCCACT-CATGTGGC-ATTGGGTGAC-GCGGGTTTGC--CGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|34 : -----TT-TTCATGAAAGTTTAAG-A-ACT--TTATC-TGTAA-AA-------------------AAGAGGGCATTTTTTT-AT--CGAT---TTT----T-TACACCACT-A-CATAGC-ACAAGGTCAC-GTGGGTTCAC--CGC--CGTG-TTAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|35 : GAT-TGC----AA--TCATTT--TGT--AGTTGC--AT---GT--------------GGCAGTGAA-TCGACGTGTCC--TGA--TACTAT---GGACTGGTGTGAAAATT-------GAAA-------G--A---AA----AGTGTCCACTACAGGTAACATGT-TTGCgtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|36 : actaTTTGCCC-A-GTTTCGTAAA-----TT-TTAATGAAATATTAAG-A-AAGTTTTATC-AGCAA---------------------GAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---CT-----------CCGCT-C-CATACC-AATAGGCCAC-GTGGGTTCcctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaaaC-TGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTGTTCA------GAT---TTT----TGTGCACCTTT-C-CATAGT-ATAAAGTCAC-GTGTGTTTGC--CAT--CGTG-ATaagtgactgtacaaat
gi|38 : TTTTA-TC--GGAT---TTG----T-TGCACCACC-C-CATAGC-ATTATGCCAC-GTGAATTCGC--CAC--CGTGCATActtaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : GC-TATCAAGTGACCATGTAAAAAAT-----TGTTTT--GCAAAAAAAAAAGCAACAGCA-------TAAT---T-TT-GTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCA-TAATCTTTT-CACATGAGCAAA-A---TAC--GCCATTA-tggtagttggtaatggaataagtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : cta-----TT-TTCACGAAATATTAAG-A-AAG--TTTTC-GACAA-GAAA-G--TGA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--TGAT---ATA----T-TGCACCACA-C-CATAGC-ATAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAA--CGTG-caccactccaa
gi|42 : caTC-GGCAA-AAAT-G--TTA------CCTGAAGCGG-TACTTTACC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-GTAATGTCAG-GTGGGTTCGC--CAT--CTTGTATAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|43 : A------CATGAAGCGGGCACTTTTTC-TC--C-AT---TTT----T-CACACCACT-C-CACAGA-ATTATGTCAG-GTTGGCTCGC--CGC--CATG-ATaagcgatattgaacaattcacggc
gi|44 : CATTTTTGCATCATCAAT---TTC----T-TGCACCACT------AGC-ATTAGATCAT-GTGGGCTTGC--CAC--TGTG-ATcacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagacataAAG-A-AAT--TGATGATGCAA-AAAT-G--TTG------CATGAAGCAGGCAGTTTGCT-TC--ttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgc---------CGGCAGCGAA-TTGACGTGACC--TGA--TACTAT---GGACTGATG-------TGAAATTCGAAA-------G--A---AA----AGTGTCCGCTACAGGTAACATAT-TTGC
gi|46 : attaGTGC-TATCAAGCGGCCATGCAAAAC-T-----CAATT-----------AGT-GCAACGGCG-------TAC----T-TTTGTGAA-TTGCATC-A----CT-C------------CCTTTT-CAACAGACCAA
gi|47 : --TTATC-TGCAA-AAAT-A--TTA------CCTGAAGCGGACACTTTTCC-TA--CGAT---TGT----T-TACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnTT----T-TACAC-ACT-C-CATAGC-ATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CTT--CGTG-ATA
gi|49 : tttaaaagtattgaatgttttgctat-----TATTTT--TTGCATGAAGT-ACACCGACT-------TAAT---T-TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCA-TAACTTT
gi|5 : caTTT--TAT--ACTTG--TATTGAAT---CA--------CGTTGGCGAA-CCCATGTGACCCCTTA--TGGTAT---GGAGTGGTG-------C-------AAAA-------ATTG---GA----GGTGTCAGCTTCAGGTAACATTT-TTGTAGATAATT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNTGATAGGTGC-TATCAAGTTACCATGCA-------------TTTT--ACAATAACAG---CAACAGTA-------TATT---T-TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCA-TAAATTTTT-CAACTGAGC----------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTT-TGCATAC-CGG-TACCAGGTAGTCATTTGAT--TGCCAGGAAGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCT-TTGTTTTATGTT-----TT-TTCAGGAAAAGTTTAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-TAAT-G--TTA------CCTGCAGCGGGCACTTTTCA-TC--C-ATTTCTTT----T-TAAACCAAT-C-CATACC-AGTAAATCAC-GT
gi|51 : agtatctctgtACA--TAA--TGCTAT---AG---GGTG----------------------------------------GTGCCCTCTTCAGGTACCATTTTTTGCAGAAAACT----ta
gi|52 : T----TTCTTATTATGTCATGAATATTCACAAACCAAATTCG--AACG---CCAT
gi|6 : aca-----TT-TTCACGAACTATTAAG-A-AAG--TTATC-GACAA-AAAA-G--TTA------CCAGAAGCGAGCACTTTTCC-TC--CGAT---ATA----T-AGCACCACT-C-CATAGC-AAAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAC--CGTG-t
gi|7 : aAAT---T-TT----AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTTTCAAATGATCAAA-A---GAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAATA------CGAATTT-TG---CT-TGATAACTTCATAG-CA-TCGAT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAA--TTATC-TG-AA-AAATAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTTC--TC--TG-------T----T-TACACCATT-A-CATAAC-AGTAAGTCAC-GTGAGTTCGC--CAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaGCAGTAAACATGA--TTGAGTACACAA---GT----AA-ATTCTTT------------C-AAT---AT---CA--------TGGTGGCAAA-CCCATATGACC--TTA--TGCTAT---GGAATGGTG-------TAAAAATTGGAA-------G--A---AA----AGTGCCTGCTCCAAGTTACATTT-ATGCAGATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNN---TGTCCC-----ATCTGTGT-T-TTTAGTGGCC-----AAAT-TCTCAATATTTA--TCCA----------AACAGAG-------AAAT---T-TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCA-TAGCAATTT-CAACTGAGCAAA-C---TAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAATATA-----Acacgtgttcttgttga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 1 1 222222222 777777777777777 2222222 1111 1111111111111 2222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111111 111111111111111 222222 111111 44444444444444444
lowQualScore : 1 5 5 3 77777 2 33 888888888 2 2 33 33 444 000000000000000 7777777 33 444 5555 2 1 0 4444 2 1 22 6 1 77 1 1111111111111 1 8888888888888888888 5 9999999999999999999999999999999999999 0 0 4444444 1 555 3 1 3 3 6666 3 3 2 3 2 3 666 4 999999999999999 99 5 1 666666 6 888888 44 6 6 11111111111111111 0 11 00 3 4 1 8888888 2 2 2 22 3 1 222 22 444444 2 11 333 3333 333 1 1 1 0 1 22 22 3
lowQualScore : . . . . ..... . .. ......... . . .. .. ... ............... ....... .. ... .... . . . .... . . .. . . .. . ............. . ................... . ..................................... . . ....... . ... . . . . .... . . . . . . ... . ............... .. . . ...... . ...... .. . . ................. . .. .. . . . ....... . . . .. . . ... .. ...... . .. ... .... ... . . . . . .. .. .
lowQualScore : 0 5 0 3 77777 9 99 222222222 0 7 77 77 777 000000000000000 7777777 77 777 7777 9 0 8 2222 3 0 00 6 0 99 0 9999999999999 0 7777777777777777777 0 3333333333333333333333333333333333333 6 6 4444444 0 888 3 2 3 1 5555 1 1 1 1 6 3 444 4 000000000000000 33 7 0 444444 7 000000 22 7 7 22222222222222222 1 11 33 1 4 0 7777777 7 2 2 44 0 5 444 00 111111 8 99 999 0000 555 4 5 5 1 5 22 33 5
consensus : GCAGTAAACGTNACTGAGTACACGAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--ATGT-----C--GGCGGCG-AATCGACGTGACC--TG--ATACTAT---GGACTGGTG-------T-AAA-TCGAAA-------G--A---AA----AGTGTCCGCTACAGGTAACATTTTTGCAGATAACT----TTCTTAATANTTCANNAANATTCACNAA--ANA--CA--AACG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCGTGNN-----TT-TTCATGAAATATTAAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACGTNACTGAGTACACGAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--ATGT-----C--GGCGGCG-AATCGACGTGACC--TG--ATACTAT---GGACTGGTG-------T-------GAAA-------G--A---AA----AGTGCCCGCTNCAGGTAACATTTTTGCAGATAACT----TTCTTAATANTTCANNAANATTCACNAA--ANA--CA--AACG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCGTGNN-----TT-TTCATGAAATATTAAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA--TTTACTAA--AAA--AA--GTCGGTGCTATATATGTATAAAGATGAGTC-----ATCGATGT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---N-TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCA-TAATCGTTT-CAACTGAGCAAAAAA-ACAC--G--GTTACA--C-TTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATT-TG---CA-TGGCTTTTTGATAT-CA-CCGTT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNAGTA-AAG---CAT-----AA-AAA-T-G--TTA------CCTAATACGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTA----T-TGCACCACT-C-AATAGC-ATTAGGTAAC-ATGGGTTCGC--CGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaGAA-TGC-----AATCTTTT-TGTAGTTGC--ATGT--------GGCAGCG-AATCGACATGACC--TG--ATACTAT---GAACTGGTGTAAAAATT-------GAGA-------G--A---AA----AATGTCCGCTACGGTTAACATTTTTgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttggGAA-TGC-----AATCTTTT-TGTAGTTGC--ATGT--------GGCAGCG-AATCGACATGACC--TG--ATACTAT---GAACTGGTGTAAAAATT-------GAGA-------G--A---AA----AATGTCCGCTACGGTTAACATTTTTct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttggAG--TTATC-TGC---AAA-T-GAATTA------CCTGAAGCAGGCATTTTTCT-TC--CG-T---TGT----T-TTTACCACA-C-CAAAACAATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagT-TTGTTTCGTGAA-----TT-TTCATGAAATATTAAA-G-AAT--CAATC-TGTAA-AAA-G-A--TAA------TCTGAAGCAGGCG--TTTCCATC--CCAC---TAT----T-TTCTCCAGT-C-CATA------AAGTTAC-GTGGATTTGC--CAC--CGTG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgaT---T-TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCA-GAACTTTTT-TAACTGAGC---AAA-ATAC---TC-----A--C-TTTTTGC
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttG--TT-TT-TGCAA-GAA-T-C--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTT-C-TC--TG-T---TTG----C-TACACCACT-C-CATAGC-ACTAAGTCACGGTGGTTTTGC--CACTTTATG-ATAacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-----GATTATTT-TGTAGTTGC--ATGT--------AGCAGTG-AATCCACGTGATC--TG--ATATTAT---GGACTGGTG-------T-------GAAAATC----G--AAAGAA----AGTGTCCGCTTCAGGTAACATTTTtcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tagcGAT-TGC-----GAT-ATTTGTGAAGTTTC--ATG------C--GGCAGCtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|15 : tagcaaaatgttacctgaagcggacactttctttcgattttcacaccagtccataatatcagatcacgtggattcactgctacatgcaactacaaaataatcgtgGAT-TGC-----GATCATTT-TTTAGTTGC--TTGT--------GGCAGTG-AATCGACGTTATG--TG--ATACTATTATGGACTGGTG-------T-------GAAAATCG---G--A---AAGAACAGTGCCCGCTTCAGGTAACATTTcctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|16 : cc-TGCAGGAAA-C-A--TTG------AC-GGAGTGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----A--ACACCACT-C-AATATC-ATTTGTTCAC-ATGGGCTCGT--CAC--CGTG-TTAcctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaTGTTTCCTGCA-----TT-TTCATATATTACTAAG-A-AAG--TCATC-TGCAA-CCA-T-A--TAA------CAAGGAGCGGAAACTTTGCC-TG--CAAT---TTT----A-T--ACTACT-C-CATATC-ATTAAATGGC-GTGGATTTGC--CAC--CGTG-ttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaaC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTT-CATCTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTT-TG---GC-TGGCCACTTGATAG-CT-CCGAT--T-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAG--TTAAC-TGCAA-AAT-T-G--TTA------ACTGAAGCGGGCACATTTTC-TG--CGGT---ACTGTGGT-TACACCATTCC-CATACC-AGTTGTTAAC-GCGGGTACGCCACAC--CGTG-ataaaac
gi|18 : ttAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--GTG------C--GGCAGCG-AATCGACGTGACC--TG--ATACCAT---GGACTGGTG-------TGAAAATCGAAA-------G--A---AA----AGTGCCTTCTACATGTAACTTTTTTGCtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : attaGAT-TGC-----GATCATTT-TGTTGTTGT--CTGT-----T--G-CAGCG-AATCGGCGTGACC--TG--ATATTAA---GGGCTGGTA-------T-------GAAAATCGAACG--A---AA----AGTG-CCGCTACAGGTAATGTTTTTGCtcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|2 : tttaATTTATATGCACTGTTT-CCTGTTGTTTATTGTTAAATATT-GTCATGAAATAATAGG-A-AAG--TTATT-TGAAA-AAA-T-A--TTA------CCTAAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGTT---ATT----T-TACACCATT-C-CATAGC-ATTGGGTC-C-TAGGGTTCGC--CAC--CGTcctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaGAT-TGC-----AATCATTT-TGTAGTTGC--ATG------C--GGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTAT---GGACTGGTG-------TGAAAATCGAAA-------G--A---AA----AGTGTTCGCTACAGGTAACATTTT
gi|21 : tgattagc--GGTGACG-AACAAATGTCACC--TA--ATGTTAT---GTATTGGTA-------T-------AAAAAATCGGGG--G---GA----AATATCCGCTACAGGTAATATTTTCACAGGTAACA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNN---NN---------ATCGGTGC-TAGCAAGTGACGTCGCAAAAC-T-----TACACCCATTG-TGAAAGT-CCAACGGTGATTTATATATA---T-TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCA-TATTTTTTT-CAACTGAGC---Atctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : GAT-TGC-----GATCATTA-TGTAGTAGC--ATG------C--GACAGCG-AATCGACGTGACC--TT--ATGCTAT---GGACTGGTG-------TAAAAATCGAAA-------G--A---AA----AGTGTCCGCTACAGGTAATATTTTcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|23 : attagcCACATTTTC-TC--CGAA---TTT----T--GCGTCACT-C-CATAGC-ATAAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--TGTG-cctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacTGAAATATTTAG-A-AAA--TTATC-TGCAG-AAA-T-G--TTA------TCTGAAGCGGTCACTTTTCT-TC--TGAT---TTT----TATGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGATTGC--CAC--CATG-ACAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgG--CTAGC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGTGGGCACATGTCC-TT--TGAT---TTT----T-TTCACCGCT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-aatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttattCGAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--ATG------C--GGCAGCA-AATCGACGTGACC--TG--GTACTAT---GGAGAGGTG-------TAAAAATCGAAA-------T--A---AA----AGTGCCCaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagCAGTTAGCATTTTTGCAGA-AAAT----TTC--AATACTTCAAGAACACTCACAAA--ACA--CACGAACA---CCATCTCTG--TA----TGTACC-----ATTGATGC-TATCTAGTGACTGC--AAAAC-TCG---TATTTT--TTGTGAA--GT-GAAACCGTG-------TGCTGTATGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAA-CTTTT-CAACTGA
gi|28 : T---T-TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCA-TAATCCACT-CAAATGAGC---AAA-ATATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : gtaactTACT-----TT-TTCATGAAATGTTGAG-A-AAG--TTGTC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggtGCAGTAAATGTCACTG-GTA-ACAATATGCCCTAAAGTTATTT-TATC-TTGCCTACATAACCAC--AGTGGCG-AACCCACTTGACA--TA--ATGCTAT---GGAGTGGTG-------T--------AAA-------C--A---AT----AGTGCTCACTTCAGGTAACATTTTTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCAGCAAAATGCACCAA--AGA--CA--AATG---CCATGTATA-ATAA---TGAACC-----ATCGATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-----NNNNNN--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NNNN---T-TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAACTTTT-CATTGGAGC---AAANNNNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNN-NN---NN-NNNNNNNNNNNNNG-CA-CCAAT---------GTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAG--TTAAA-GGCAA-AAA-A-G--TTA------CATGGAGCAGGCACTTTTCC-TT--CGAT---CTT----T-CATACCGTT-G-CATAGT-ATTAGGTCAC-ATGGGTTCAC--CAC--GTTG-ATAactttttac
gi|30 : CGTTA-C--ACTTTTTGT--A-AATAATA------CGAGTTTGTT---TCATGCCCATGTGATAT-CA-TCCATGCT-CCA------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNG--TTATC-TACAA-AAG-C-G--TTA------CCTGAAACGGGCACTTTTCC-TC--CG-T---TT
gi|31 : acTGTTTCGTGAA-----TTATTTATGAAATATTAAG-A-ACG--TTATC-TGCAA-A---------TA--------TGAAGCGGACAATTA-CC-TC--CGATG--TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-ATCAAGTCAC-GAGGGTTCGC--
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagcGAAATACTAAG-GTCAC--TTATAGTGCAA--------------------CTAAAACGGGCACTTTTCC-TT--CGAT---TTT----T-TACA-AACT---CATAGC-ATTAGGTTAC-GTGAGTTTGC--CAA--CGTG-gctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|33 : tatttaatgaaaa-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGCAGCGAGCACCTTTCC-TC--CAAG---TTT----T-CACGCCACT-CATGTGGC-ATTGGGTGAC-GCGGGTTTGC--CGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|34 : -----TT-TTCATGAAAGTTTAAG-A-ACT--TTATC-TGTAA-AA--------------------AAGAGGGCATTTTTTT-AT--CGAT---TTT----T-TACACCACT-A-CATAGC-ACAAGGTCAC-GTGGGTTCAC--CGC--CGTG-TTAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|35 : GAT-TGC-----AATCATTT-TGTAGTTGC--ATGT--------GGCAGTG-AATCGACGTGTCC--TG--ATACTAT---GGACTGGTGTGAAAATT-------GAAA-------G--A---AA----AGTGTCCACTACAGGTAACATGTTTGCgtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|36 : actaTTTGCCC-A-GTTTCGTAAA-----TT-TTAATGAAATATTAAG-A-AAGTTTTATC-AGCAA----------------------GAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---CT-----------CCGCT-C-CATACC-AATAGGCCAC-GTGGGTTCcctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaaaC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTGTTCA------GAT---TTT----TGTGCACCTTT-C-CATAGT-ATAAAGTCAC-GTGTGTTTGC--CAT--CGTG-ATaagtgactgtacaaat
gi|38 : TTTTA-TC--GGAT---TTG----T-TGCACCACC-C-CATAGC-ATTATGCCAC-GTGAATTCGC--CAC--CGTGCATActtaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : GC-TATCAAGTGACCATGTAAAAAAT-----TGTTTT--GCAAAAAAAAAAGCAACAGCA-------TAAT---T-TT-GTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCA-TAATCTTTT-CACATGAGC---AAA-ATAC--GCCATTA-tggtagttggtaatggaataagtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : cta-----TT-TTCACGAAATATTAAG-A-AAG--TTTTC-GACAA-GAA-A-G--TGA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--TGAT---ATA----T-TGCACCACA-C-CATAGC-ATAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAA--CGTG-caccactccaa
gi|42 : caTC-GGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGG-TACTTTACC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-GTAATGTCAG-GTGGGTTCGC--CAT--CTTGTATAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|43 : A------CATGAAGCGGGCACTTTTTC-TC--C-AT---TTT----T-CACACCACT-C-CACAGA-ATTATGTCAG-GTTGGCTCGC--CGC--CATG-ATaagcgatattgaacaattcacggc
gi|44 : CATTTTTGCATCATCAAT---TTC----T-TGCACCACT------AGC-ATTAGATCAT-GTGGGCTTGC--CAC--TGTG-ATcacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagacataAAG-A-AAT--TGATGATGCAA-AAA-T-G--TTG------CATGAAGCAGGCAGTTTGCT-TC--ttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgc-----C--GGCAGCG-AATTGACGTGACC--TG--ATACTAT---GGACTGATG-------TGAAATTCGAAA-------G--A---AA----AGTGTCCGCTACAGGTAACATATTTGC
gi|46 : attaGTGC-TATCAAGCGGCCATGCAAAAC-T-----CAATT-----------AGT-GCAACGGCG-------TAC----T-TTTGTGAA-TTGCATC-A----CT-C------------CCTTTT-CAACAGACC---AA
gi|47 : --TTATC-TGCAA-AAA-T-A--TTA------CCTGAAGCGGACACTTTTCC-TA--CGAT---TGT----T-TACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnTT----T-TACAC-ACT-C-CATAGC-ATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CTT--CGTG-ATA
gi|49 : tttaaaagtattgaatgttttgctat-----TATTTT--TTGCATGAAGT-ACACCGACT-------TAAT---T-TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCA-TAACTTT
gi|5 : caT-TGTA-TTGA--ATCA-----C--GTTGGCG-AACCCATGTGACCCCTT--ATGGTAT---GGAGTGGTG-------C-------AAAA-------ATTG---GA----GGTGTCAGCTTCAGGTAACATTTTTGTAGATAATT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNN---NNNNNNNNNTGATAGGTGC-TATCAAGTTACCATGCA-------------TTTT--ACAATAACAG---CAACAGTA-------TATT---T-TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCA-TAAATTTTT-CAACTGAGC----------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTT-TGCATAC-CGG-TACCAGGTAGTCATTTGAT--TGCCAGGAAGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCT-TTGTTTTATGTT-----TT-TTCAGGAAAAGTTTAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-TAA-T-G--TTA------CCTGCAGCGGGCACTTTTCA-TC--C-ATTTCTTT----T-TAAACCAAT-C-CATACC-AGTAAATCAC-GT
gi|51 : agtatctctgtttttatacAG--TTTTC-TGCAA-AAAAT-G--GTA------CCTGAAGAGGGCACta
gi|52 : acataatgctatagggtgT----TTCTTATTATGTCATGAATATTCACAAACCAAATTCG--AACG---CCAT
gi|6 : aca-----TT-TTCACGAACTATTAAG-A-AAG--TTATC-GACAA-AAA-A-G--TTA------CCAGAAGCGAGCACTTTTCC-TC--CGAT---ATA----T-AGCACCACT-C-CATAGC-AAAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAC--CGTG-t
gi|7 : aAAT---T-TT----AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTTTCAAATGATC---AAA-AGAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAATA------CGAATTT-TG---CT-TGATAACTTCATAG-CA-TCGAT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAA--TTATC-TG-AA-AAA-TAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTTC--TC--TG-------T----T-TACACCATT-A-CATAAC-AGTAAGTCAC-GTGAGTTCGC--CAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaGCAGTAAACATGATTGAGTACACAA---GT-----AA--ATTC-T----TTCA--ATAT-----CATGGTGGCA-AACCCATATGACC--TT--ATGCTAT---GGAATGGTG-------TAAAAATTGGAA-------G--A---AA----AGTGCCTGCTCCAAGTTACATTTATGCAGATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNN--NN--NNNN---NNNNNNNNN-NNNN---TGTCCC-----ATCTGTGT-T-TTTAGTGGCC-----AAAT-TCTCAATATTTA--TCCA----------AACAGAG-------AAAT---T-TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCA-TAGCAATTT-CAACTGAGC---AAA-CTAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAATATA-----Acacgtgttcttgttga
blockSeqs : G A C A CCTAA G CT TAACCAC A A CC AC TAT TAAAAATT ATCGAAC TT AAG GAAC T A NNNN N N NN N N CC N CACGAACA N NNNNNNNNNNNNNTG N ATGTAAAAAATTGTTTTGCAAAAAAAAAAG ATTTATA T GTA G T A . ATTT A G A C C T . N GCCGTTACAGCA CC . C GA G CATAC CC T T TGCCAGGAAGGTTC NN N G G TTAAATA A . T TT G G AT AA GATCCA A AT TTC GTGG ATG C A A G CA TT C
blockSeqs : . . . . TCAT A . . . . TGAAAATC AATCGGG . . . T T . T C AG C A . C TTCGAACG C ATAATGAACC . TCGCAAAACTTACACCCATTGTGAAAGTC . C . . T . . . . . C . C . . . GAGTTTTAAA NN . N N . TCA NN . . TNNNNNNNNNNNN TG N . C AA . . . . A . TA . . A . G . GTG . . . . . . T
blockSeqs : . . . . TT A . . . . TGAAAATC ATCG . . . C T . N T GC A C . G NNNNNN G NNNNTGTCCC . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . N . . T . . . . . C . T . . . GTTGTTGAAC AT . T A . GC CC . . NNNNNNNNNNNNN NN N . N CA . . . . . . T . . . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AC A . . . . TAAAAATC ATC . . . C A . T N NN N N . N CAAATG N TATGTACC . GCAAAACTCGTATTTTTTGTGAAGTG . A . . T . . . . . A . T . . . GTCGTTAAA CA . A A . NN TA . . GCTCCATTAA NN G . T NN . . . . . . G . . . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . TAAAAATC . . . . T A . N T TG T A . A NNNNNN N NNNNNN . AAATTCTCAATATTTATCCA . C . . T . . . . . A . A . . . NNNNNNNNN T . G . . CT T . . GTNNNNN GA G . N CT . . . . . . T . . . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . TGAAAATT . . . . T A . N NN N N . N NNNNNN . ATGCAAAACTCAATTAGTG . A . . T . . . . . A . T . . . TTCACAC T . A . NN N . N NN . . . . . . C . . . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C A . . . . TGAAATTC . . . . T A . ATGCATTTTACAATAACAG . T . . T . . . . . A . C . . . TCAC . . G NN . . . . . . T . . . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . TAAAAATT . . . . C A . A . . T . . . . . C . C . . . . G AA . . . . . . T . . . . . . TT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C A . . . . T . . . . C T A . . G . . . . . C . A . . A AA . . . . . . T . . . . . . CA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C A . . . . T . . . . T A . . . . . . . . C . C . . N TT . . . . . . T . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C G . . . . T . . . . T A . . . . . . . . A . C . NN . . . . . . T . . . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . C A . . . . T . . . . T T . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . CA . . . . . . .
blockSeqs : . . T A . . . . T . . . . C C . . . . . . A . . . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . C . . . . . . . . . . . C . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . T . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . CA . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . TG . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . AG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CAAATG******* NNAATGNACC********* ACGCAAAACTCAATTANCG****************** *** GTCGTTAAA****** A*****
originalCons : GCAGTAAACGTNACTGAGTACACGAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--ATGT-----C--GGCGGCG-AATCGACGTGACC--TG--ATACTAT---GGACTGGTG-------T-AAA-TCGAAA-------G--A---AA----AGTGTCCGCTACAGGTAACATTTTTGCAGATAACT----TTCTTAATANTTCANNAANATTCACNAA--ANA--CA--AACG---CCATNTATG-ATAA---TGNACC-----ATCGGTGC-TATCAAGTGACCGCGCAAAAC-T-----TATTTT--TCGANAAAAGT-GCAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCGTGNN-----TT-TTCATGAAATATTAAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
finalCons : GCAGTAAACGTNACTGAGTACACGAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--ATGT-----C--GGCGGCG-AATCGACGTGACC--TG--ATACTAT---GGACTGGTG-------T-AAA-TCGAAA-------G--A---AA----AGTGTCCGCTACAGGTAACATTTTTGCAGATAACT----TTCTTAATANTTCANNAANATTCACNAA--ANACAAATG-------CCATNTATGNNAATGNACC---------ATCGGTGC-TATCAAGTGACCACGCAAAACTCAATTANCG------------------CAACGGCG-------TANT---T-TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGC---AAA-ATACGTCGTTAAA------TTTTTGCNAA-AANAATAA-----CGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCGTGNN-----TT-TTCATGAAATATTAAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA
Alignments
lowQualScore : 1 1 222222222 33 111 1111 111111 3333333333333333333 33333333333333333333 777777777777777777777777777777 1111111 111111111111111 222222 111111 44444444444444444
lowQualScore : 1 5 5 3 77777 2 33 888888888 2 2 33 33 444 66 222 2 0 0 7777 4 1 22 7 1 1 999999 1 1111111111111111111 55555555555555555555 888 1 222222222222222222222222222222 66 0 0 4444444 1 3 555 1 3 3 6666 3 3 2 3 2 3 99999 999999999999999 99 5 1 666666 6 888888 44 6 6 11111111111111111 0 11 22 4 0 8888888 2 2 2 22 3 1 222 22 444444 2 11 333 3333 333 1 1 1 0 1 22 22 3
lowQualScore : . . . . ..... . .. ......... . . .. .. ... .. ... . . . .... . . .. . . . ...... . ................... .................... ... . .............................. .. . . ....... . . ... . . . .... . . . . . . ..... ............... .. . . ...... . ...... .. . . ................. . .. .. . . ....... . . . .. . . ... .. ...... . .. ... .... ... . . . . . .. .. .
lowQualScore : 0 5 0 3 77777 9 99 222222222 0 7 77 77 777 77 000 7 1 8 0000 2 0 00 5 0 0 333333 0 2222222222222222222 22222222222222222222 999 0 000000000000000000000000000000 00 6 6 4444444 0 3 888 2 3 1 5555 1 1 1 1 6 3 77777 555555555555555 33 7 0 444444 7 000000 22 7 7 22222222222222222 1 11 33 0 1 2222222 5 1 1 44 0 5 444 00 111111 8 99 999 0000 555 4 5 5 1 5 22 33 5
consensus : GCAGTAAACGTNACTGAGTACACGAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--ATGT-----C--GGCGGCGAA-TCGACGTGACC--TGA--TACTAT---GGACTGGTGTGAAAA---TCG-AAAGAAAAGTGTCCGCTACAGGTAACATTTTTGCAGATAACT----TTCTTAATANTTCANNAANATTCACNAAANACA--A---ACGCCATNTATGTN----GATGNACC-----ATCGGTG---------C----------TATCAAGTGACCATGCAAAACT---CA-----A---TT-T------------AGNGCAACGGCG-------TANT-T---TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGCAAA-A---TAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCGTGNA-----TT-TTCATGAAATATTAAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
Reference ( family-1667 ) : GCAGTAAACGTNACTGAGTACACGAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--ATGT-----C--GGCGGCGAA-TCGACGTGACC--TGA--TACTAT---GGACTGGTGT--AAA---TCG-AAAGAAAAGTGTCCGCTACAGGTAACATTTTTGCAGATAACT----TTCTTAATANTTCANNAANATTCACNAAANACA--A---ATGCCATNTATGNN----AATGNACC-----ATCGGTG---------C----------TATCAAGTGACCACGCAAAACT---CA-----A---TT--------------ANCGCAACGGCG-------TANT-T---TTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAACCTTTT-CAACTGAGCAAA-A---TAC--GTCGTTA-A--A-TTTTTGCNAA-AANAATA-----ACGAGTTT-TG---NC-TGGCCACTTGATAG-CA-CCGAT--T-CCAGGGNGGTTN-TTATCTATANGCACCGTTTGCCT-TTGTTTCGTGNN-----TT-TTCATGAAATATTAAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-ATA
gi|1 : TTGATAATTTATTAA--TTTACTAAAAAAA--GTCGGTGCTATATATGTATAAAGATGAGTC-----ATCGATGTNNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN-----N---NN--------------NNNNNNNNNNNN-------NNNN-N---TTTGTAAA-TTGCACCTA----CT-C-CATACCA-TAATCGTTT-CAACTGAGCAAA-AAAACAC--G--GTTA-C--ACTTTTTGCAAATAAAAATATTTTTACAAGATT-TG---CA-TGGCTTTTTGATAT-CA-CCGTT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNAGTA-AAG--C-AT-----AA-AAA-T-G--TTA------CCTAATACGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTA----T-TGCACCACT-C-AATAGC-ATTAGGTAAC-ATGGGTTCGC--CGC--CGTG-AT
gi|10 : tgcaGAA-TGC-----AATCTTTT-TGTAGTTGC--ATGT--------GGCAGCGAA-TCGACATGACC--TGA--TACTAT---GAACTGGTGTAAAAA---TTG-AGAGAAAAATGTCCGCTACGGTTAACATTTTTgaacaaacgtaataaaacagagaattctatgttttttagtttattgcgctttgtgcttccaattcattattttataataaatatctctatctacactgtctacaatgtggtattataacaaaatagaattatttacgatca
gi|11 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttggGAA-TGC-----AATCTTTT-TGTAGTTGC--ATGT--------GGCAGCGAA-TCGACATGACC--TGA--TACTAT---GAACTGGTGTAAAAA---TTG-AGAGAAAAATGTCCGCTACGGTTAACATTTTTct
gi|12 : catggttttgttgcataatttttatttatagaattaagtctatgaaagacacaaacattgactgacagacacaaatatgagcatgtgcgcgttagcactgttcgtttaaataaatattagtaagtagcaccgtttgtttaaataaatattagtaagttttcattggattaaatggatttagggggtgtaagcaaatcatcactgaggttgagtgtgaatttttggAG--TTATC-TGC---AAA-T-GAATTA------CCTGAAGCAGGCATTTTTCT-TC--CG-T---TGT----T-TTTACCACA-C-CAAAACAATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CAC--CGTG-ATAct
gi|12 : ttgagagtagcttcgcagT-TTGTTTCGTGAA-----TT-TTCATGAAATATTAAA-G-AAT--CAATC-TGTAA-AAA-G-A--TAA------TCTGAAGCAGGCG--TTTCCATC--CCAC---TAT----T-TTCTCCAGT-C-CATA------AAGTTAC-GTGGATTTGC--CAC--CGTG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgatttgtttcgtgaattttcatgaaatattaaagaatcaatctgtaaaaagataatctgaagcaggcgtttccatcccactattttctccagtccataaagttacgtggatttgccaccgtga
gi|13 : ttgagagtagcttcgcagtatcacggtggcgaaccaacgtaactttattgttttggtgtggtaaaaacaacggaagaaaaatgcctgcttcaggtaattcatttgcagataactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgaaaaccagttttgtaaagtggctttgtataactggtgaT-T---TTTATAAAATTGCACT-T----CT-C-CATATCA-GAACTTTTT-TAACTGAGCAAA-A---TAC---TC-----A--C-TTTTTGC
gi|13 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagtttttG--TT-TT-TGCAA-GAA-T-C--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTT-C-TC--TG-T---TTG----C-TACACCACT-C-CATAGC-ACTAAGTCACGGTGGTTTTGC--CACTTTATG-ATAacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtttttgcaagaatcttacctgaagcaggcacttttctctgtttgctacaccactccatagcactaagtcacggtggttttgccactttatgatatcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tatctcactacatattacacaaagtaacagtgtctgagttttttttttataaaattgcacttctccatatcagaacttttttaactgagcaaaatactcactttttgcacctattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-----GATTATTT-TGTAGTTGC--ATGT--------AGCAGTGAA-TCCACGTGATC--TGA--TATTAT---GGACTGGTGTGAAAA---TCG-AAAG-AAAGTGTCCGCTTCAGGTAACATTTTtcaatggtattttaaatgataaaggaatgaacctacatg
gi|14 : tagcGAT-TGC-----GAT-ATTTGTGAAGTTTC--ATG------C--GGCAGCtggctgccgcatgaaacttcacaaatatcgcaatccctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|15 : tagcaaaatgttacctgaagcggacactttctttcgattttcacaccagtccataatatcagatcacgtggattcactgctacatgcaactacaaaataatcgtgGAT-TGC-----GATCATTT-TTTAGTTGC--TTGT--------GGCAGTGAA-TCGACGTTATG--TGA--TACTATTATGGACTGGTGTGAAAA---TCGGAAAGAACAGTGCCCGCTTCAGGTAACATTTcctcaaattcacactcatcttcaatgataaacacgccccctaaattcatttaatccaatgaaaacccacgaggagcacgcgaagtatttattgtgaaacaaactgtcaatcaatgtttgtgtctatcaagggcttaattctataaatacaaattatgcaataagacg
gi|16 : cc-TGCAGGAAA-C-A--TTG------AC-GGAGTGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---TTT----A--ACACCACT-C-AATATC-ATTTGTTCAC-ATGGGCTCGT--CAC--CGTG-TTAcctcaaattcacactcaacttcaatgatgcccactaaatccatttaatccaatgaacacttacgaggagcgcgcgaaagatttatatattttaaaacaaacagtgctaacgcgaacgcgcccatgtttgtgtctgtcaatcagtgtttgtttattttatgggcttaattttgaaaatataaattatgtaa
gi|16 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaaTGTTTCCTGCA-----TT-TTCATATATTACTAAG-A-AAG--TCATC-TGCAA-CCA-T-A--TAA------CAAGGAGCGGAAACTTTGCC-TG--CAAT---TTT----A-T--ACTACT-C-CATATC-ATTAAATGGC-GTGGATTTGC--CAC--CGTG-ttttcatatattactaagaaagtcatctgcaaccatataacaaggagcggaaactttgcctgcaattttatactactccatatcattaaatggcgtggatttgccaccgtgaataaaac
gi|17 : gcaaatttcgtgcaggatcaatcaaatgccttgtgaacgtaatgctattacaggatatgcaatataacgtagtgttcagtcatacgtcttaataacacggtgacgagcccatgtgaacaaatgatattgagtggtgttaaaatcggaggaaaagtgcccactccgtcaaC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTT-CATCTGAGCAAA-A---TAC--GTCGTTA-A--A-TTATTGCCAA-AACAACAG----ACGAATTT-TG---GC-TGGCCACTTGATAG-CT-CCGAT--T-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAG--TTAAC-TGCAA-AAT-T-G--TTA------ACTGAAGCGGGCACATTTTC-TG--CGGT---ACTGTGGT-TACACCATTCC-CATACC-AGTTGTTAAC-GCGGGTACGCCACAC--CGTG-ataaaac
gi|18 : ttAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--GTG------C--GGCAGCGAA-TCGACGTGACC--TGA--TACCAT---GGACTGGTGTGAAAA---TCG-AAAGAAAAGTGCCTTCTACATGTAACTTTTTTGCtgctatactttaaaactttaccag
gi|19 : attaGAT-TGC-----GATCATTT-TGTTGTTGT--CTGT-----T--G-CAGCGAA-TCGGCGTGACC--TGA--TATTAA---GGGCTGGTATGAAAA---TCG-AACGAAAAGTG-CCGCTACAGGTAATGTTTTTGCtcctccaattcatactcaattcaagtgacgaacacgcccccttaatccgtttaatataatgaaaacttacgaggagcgcgtgaaataatttattttgaaacaaactgtgctaacgcgcacgcgctcatatttgtgtctgtcaatcaatgtttgtgtctttcatataaataaaagtg
gi|2 : tttaATTTATATGCACTGTTT-CCTGTTGTTTATTGTTAAATATT-GTCATGAAATAATAGG-A-AAG--TTATT-TGAAA-AAA-T-A--TTA------CCTAAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGTT---ATT----T-TACACCATT-C-CATAGC-ATTGGGTC-C-TAGGGTTCGC--CAC--CGTcctcaaattcacactcaaattcagtgaggaacacgccccctaaatccatttaatccaatgaaaacttacgaggagcgcgcgaaatagtatattttaatacaaactgctaacgcacaagcgctcatgtttcatgcgctaattctataaataagaattttgcaacaagacactgact
gi|20 : tgattatttaatttataaatattattcttaataaccaaactggcgtggtaatcaagtttagacgaattatgtatggatttattccattctttgataaattgattacgtaaatacgtgtatatttgttttgttgtagaaaactacgaaacttggccgtgtatgatatattgatgcagctcaagtgtggaagaaatcacaagcctgcatattttgtaaagtttgtgctttaaaagacaccccccccccccacacacacacacgcacaaacttttagcataaacatcagtatgattatgaatgcaaaatgacttctgaaaccagtaaaagacagcctatacatgctggttaccgccaaagaagcttagtttttataaataaaaatcaGAT-TGC-----AATCATTT-TGTAGTTGC--ATG------C--GGCAGCGAAAGCGACGTGATC--TGACATACTAT---GGACTGGTGTGAAAA---TCG-AAAGAAAAGTGTTCGCTACAGGTAACATTTT
gi|21 : tgattagc--GGTGACGAA-CAAATGTCACC--TAA--TGTTAT---GTATTGGTAT--AAAAAATCG-GGGGGAAA-TATCCGCTACAGGTAATATTTTCACAGGTAACA----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNN----NNNN---------ATCGGTG---------C----------TAGCAAGTGACGTCGCAAAACT---TACACCCA---TTGTGAA---------AGTCCAACGGTGATTTATATATA-T---TTTTTAAA-TTGCACC-A----CC-C-CCTACCA-TATTTTTTT-CAACTGAGCAtctcaaattcacactcatcttcactgatgaacacgctgcactaagtctatttaatccaatgaaaacttatttatttattttgaaacgcgtacttgctcaattctgtcagtcaatgtttgtgtcttttatgggcttcattctatagataaaaaatatgcaaaaagacgat
gi|22 : GAT-TGC-----GATCATTA-TGTAGTAGC--ATG------C--GACAGCGAA-TCGACGTGACC--TTA--TGCTAT---GGACTGGTGTAAAAA---TCG-AAAGAAAAGTGTCCGCTACAGGTAATATTTTcttttttcttcttcaaaaatacgcgtttt
gi|23 : attagcCACATTTTC-TC--CGAA---TTT----T--GCGTCACT-C-CATAGC-ATAAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--TGTG-cctgacttcacaatcaaccccagtactgaccacgcccccttaatcgatttaatccaatgaaaacaaacaaacagtgctaacgcgcacgcgctcgtgtttgtgtttgtttatcaatgtttgtgtctttcatcggcttaattctataaataaaaaattatgtaacaagaccatga
gi|23 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatacTGAAATATTTAG-A-AAA--TTATC-TGCAG-AAA-T-G--TTA------TCTGAAGCGGTCACTTTTCT-TC--TGAT---TTT----TATGCACCACT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGATTGC--CAC--CATG-ACAaaatatttagaaaattatctgcagaaatgttatctgaagcggtcacttttcttctgatttttatgcaccactccatagcattaggtcacgtgggattgccaccatgacaaatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|24 : tcctctaccttgaaaacaccaattacacatactcacagtggcgaacccacgtgaccttatgctatggagtgacgcaaaattcggagaaaatgG--CTAGC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGTGGGCACATGTCC-TT--TGAT---TTT----T-TTCACCGCT-C-CATAGC-ATTAGGTCAC-GTGGGTTCGC--CAC--CGTG-aatacgtaggaaaaagtaaatggacatagttgttttaataaatcgattaa
gi|25 : aaagaaacatcagtatctattattaacatatttactccttatattaaatatgccgaaatttattgttattCGAT-TGC-----GATCATTT-TGTAGTTGC--ATG------C--GGCAGCAAA-TCGACGTGACC--TGG--TACTAT---GGAGAGGTGTAAAAA---TCG-AAATAAAAGTGCCCaagactggtttgatgggcggacatgagtgaatccctttcatatgttaagacttatttcttcagtt
gi|26 : acaaacacgggcgcatgtgcgttagcactgtttgtttgattataattttaattatttcgcgatctcctcgtaagttttcattggactaaatggatttaagggacgtgttcatcaatgaaattgaatgcgaatttgagCAGTTAGCATTTTTGCAGA-AAAT----TTC--AATACTTCAAGAACACTCACAAAACACACGA---ACACCATCTCTGT------ATGTACC-----ATTGATG---------C----------TATCTAGTGAC--TGCAAAACT---CGT----A---TTTTTTGTGA------AGTGAAACCGTG-------TGCTGTATGTTTGTAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCACTAA-CTTTT-CAACTGA
gi|28 : T-T---TTTGTAAA-TTGTATC-AATTTCTAC-CAT-TCA-TAATCCACT-CAAATGAGCAAA-A---TATGAGTT-TTA-A--A-Ttc
gi|28 : gtaactTACT-----TT-TTCATGAAATGTTGAG-A-AAG--TTGTC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCAGGCACTTTggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggttactttttcatgaaatgttgagaaagttgtctgcaaaaatgttacctgaagcaggcactttactttttac
gi|3 : gtaacttttttgtaaattgtatcaatttctaccattcataatccactcaaatgagcaaaatatgagttttaaatggatggttcagctgtatgaagagacagtgttggtGCAGTAAATGTCACTG-GTA-ACAATATGCCCTAAAGTTATTT-TATC-TTGCCTACATAACCAC--AGTGGCGAA-CCCACTTGACA--TAA--TGCTAT---GGAGTGGTGT--AAA---C-------AATAGTGCTCACTTCAGGTAACATTTTTGCAGATAACT----TTCTTAATATTTCAGCAAAATGCACCAAAGACA--A---ATGCCATGTATAAT----AATGAACC-----ATCGATG---------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN-----N---NN--------------NNNNNNNNNNNN-------NNNN-T---TTTACAAA-TTGCACC-A----CT-C-CATACCA-TAAACTTTT-CATTGGAGCAAANN---NNN--NNNNNNN-N--N-NNNNNNNNNN-NNNNNNN-----NNNNNNNN-NN---NN-NNNNNNNNNNNNNG-CA-CCAAT---------GTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAG--TTAAA-GGCAA-AAA-A-G--TTA------CATGGAGCAGGCACTTTTCC-TT--CGAT---CTT----T-CATACCGTT-G-CATAGT-ATTAGGTCAC-ATGGGTTCAC--CAC--GTTG-ATAactttttac
gi|30 : CGTTA-C--ACTTTTTGT--A-AATAATA------CGAGTTTGTT---TCATGCCCATGTGATAT-CA-TCCATGCT-CCA------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNG--TTATC-TACAA-AAG-C-G--TTA------CCTGAAACGGGCACTTTTCC-TC--CG-T---TT
gi|31 : acTGTTTCGTGAA-----TTATTTATGAAATATTAAG-A-ACG--TTATC-TGCAA-A---------TA--------TGAAGCGGACAATTA-CC-TC--CGATG--TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-ATCAAGTCAC-GAGGGTTCGC--
gi|32 : tttgtgaaggggggggggaagcttgtgagcGAAATACTAAG-GTCAC--TTATAGTGCAA--------------------CTAAAACGGGCACTTTTCC-TT--CGAT---TTT----T-TACA-AACT---CATAGC-ATTAGGTTAC-GTGAGTTTGC--CAA--CGTG-gctccttgtgtcccgcgactttggcttt
gi|33 : tatttaatgaaaa-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGCAGCGAGCACCTTTCC-TC--CAAG---TTT----T-CACGCCACT-CATGTGGC-ATTGGGTGAC-GCGGGTTTGC--CGC--CTTG-tttctcctgaaataaagaaaagcaataatatctaaattatagctctagtacact
gi|34 : -----TT-TTCATGAAAGTTTAAG-A-ACT--TTATC-TGTAA-AA--------------------AAGAGGGCATTTTTTT-AT--CGAT---TTT----T-TACACCACT-A-CATAGC-ACAAGGTCAC-GTGGGTTCAC--CGC--CGTG-TTAccacagatacaccaagagatgataggtcaatgtctcttttttaaacaacacactggagcatctatagccatgctga
gi|35 : GAT-TGC-----AATCATTT-TGTAGTTGC--ATGT--------GGCAGTGAA-TCGACGTGTCC--TGA--TACTAT---GGACTGGTGTGAAAA---TTG-AAAGAAAAGTGTCCACTACAGGTAACATGTTTGCgtcatagcctttggcattgtctataatcatcatttgtcatgttgaccca
gi|36 : actaTTTGCCC-A-GTTTCGTAAA-----TT-TTAATGAAATATTAAG-A-AAGTTTTATC-AGCAA----------------------GAAGCGGGCACTTTTCC-TC--CGAT---CT-----------CCGCT-C-CATACC-AATAGGCCAC-GTGGGTTCcctcaacttcagtgatgaacacgccccctaaatccattta
gi|37 : tggtgtggtgatcaacgacgaaaC-TGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGGGCACTGTTCA------GAT---TTT----TGTGCACCTTT-C-CATAGT-ATAAAGTCAC-GTGTGTTTGC--CAT--CGTG-ATaagtgactgtacaaat
gi|38 : TTTTA-TC--GGAT---TTG----T-TGCACCACC-C-CATAGC-ATTATGCCAC-GTGAATTCGC--CAC--CGTGCATActtaaaacgagttgtacttggacaaggaatcagggggtcaaaatcgaaaata
gi|39 : G---------C----------TATCAAGTGACCATGTAAAA------A-----A---TTGTTTTGCAAAAAAAAAAGCAACAGCA-------TAAT-T---TT-GTAAA-TTGCATT-A----CT-C-CATACCA-TAATCTTTT-CACATGAGCAAA-A---TAC--GCCATTA-tggtagttggtaatggaataagtgttttatcgttaaagaacctcttcaatcatcgcaatttttacccttaactt
gi|4 : cta-----TT-TTCACGAAATATTAAG-A-AAG--TTTTC-GACAA-GAA-A-G--TGA------CCTGAAGCGGGCACTTTTCC-TC--TGAT---ATA----T-TGCACCACA-C-CATAGC-ATAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAA--CGTG-caccactccaa
gi|42 : caTC-GGCAA-AAA-T-G--TTA------CCTGAAGCGG-TACTTTACC-TC--CGAT---TTT----T-TGCACTACT-C-CATAGC-GTAATGTCAG-GTGGGTTCGC--CAT--CTTGTATAaatacttaatataaattggagatgaaacttttttaaatacatatttgaactttgagaccgacttctttgacttcttttttatatcaaaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaatataatgaatactgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaaatgttcttgttctt
gi|43 : A------CATGAAGCGGGCACTTTTTC-TC--C-AT---TTT----T-CACACCACT-C-CACAGA-ATTATGTCAG-GTTGGCTCGC--CGC--CATG-ATaagcgatattgaacaattcacggc
gi|44 : CATTTTTGCATCATCAAT---TTC----T-TGCACCACT------AGC-ATTAGATCAT-GTGGGCTTGC--CAC--TGTG-ATcacagtttacgtgcatatagcgtaggacttattttttt
gi|44 : ccagtcagacataAAG-A-AAT--TGATGATGCAA-AAA-T-G--TTG------CATGAAGCAGGCAGTTTGCT-TC--ttgcatgaagcaggcagtttgcttc
gi|45 : ccagtcagacataatcacagtggcaagcccacatgatctaatgctagtggtgc-----C--GGCAGCGAA-TTGACGTGACC--TGA--TACTAT---GGACTGATGT--GAAAT-TCG-AAAGAAAAGTGTCCGCTACAGGTAACATATTTGC
gi|46 : attaGTG---------C----------TATCAAGCGGCCATGCAAAACT---CA-----A---TT--------------AGTGCAACGGCG-------TAC--T---TTTGTGAA-TTGCATC-A----CT-C------------CCTTTT-CAACAGACCAA
gi|47 : --TTATC-TGCAA-AAA-T-A--TTA------CCTGAAGCGGACACTTTTCC-TA--CGAT---TGT----T-TACACCACT-
gi|48 : tcacttcaggtaatgnnnnnnnnnnTT----T-TACAC-ACT-C-CATAGC-ATAAAGTTAC-GTTGGTTCGC--CTT--CGTG-ATA
gi|49 : tttaaaagtattgaatgttttgctatCACCGACT-------TAAT-T---TTTGTAAA-TTGCACT-A----CT-C-CCTATCA-TAACTTT
gi|5 : catattttttgcatgaagtaT-TGTA-TTGA--ATCA-----C--GTTGGCGAA-CCCATGTGACCCCTTA--TGGTAT---GGAGTGGTGC--AAA-------AATTGGAGGTGTCAGCTTCAGGTAACATTTTTGTAGATAATT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNTGATAGGTG---------C----------TATCAAGTTACCATGCA---TTTTACA-----A---TA--------------ACAGCAACAGTA-------TATT-T---TTTA-AAA-TTGCACC-A----GT-C-CCTACCA-TAAATTTTT-CAACTGAGC----------C--TTCAC---A--C-TTTTTG-TAA-AAAAAT------ATGAGTTT-TGCATAC-CGG-TACCAGGTAGTCATTTGAT--TGCCAGGAAGGTTC-TTATCTATAGACACCATTTGTCT-TTGTTTTATGTT-----TT-TTCAGGAAAAGTTTAG-A-AAG--TTATC-TGCAA-TAA-T-G--TTA------CCTGCAGCGGGCACTTTTCA-TC--C-ATTTCTTT----T-TAAACCAAT-C-CATACC-AGTAAATCAC-GT
gi|51 : agtatctctgtttttatacAG--TTTTC-TGCAA-AAAAT-G--GTA------CCTGAAGAGGGCACta
gi|52 : acataatgctatagggtgCGTTCGAAT-TTGGTTTGTGAA-----TA-TTCATGACATAATAAG-A-AA
gi|6 : aca-----TT-TTCACGAACTATTAAG-A-AAG--TTATC-GACAA-AAA-A-G--TTA------CCAGAAGCGAGCACTTTTCC-TC--CGAT---ATA----T-AGCACCACT-C-CATAGC-AAAAAGTCAC-GGTGCTTCGC--CAC--CGTG-ccatt
gi|7 : aAAT-T---TT----AA-TTACATC-A----CT-C-CCTACCA-TAACTTTTTTCAAATGATCAAA-A---GAA--GCCGTTACAGCA-TTTTTTATAA-AAGAATA------CGAATTT-TG---CT-TGATAACTTCATAG-CA-TCGAT--N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-----NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-N-NAA--TTATC-TG-AA-AAA-TAG--TTAGATCCATCTGCAGTGTGTAGTTTTC--TC--TG-------T----T-TACACCATT-A-CATAAC-AGTAAGTCAC-GTGAGTTCGC--CAC--AGTG-ATaatacattatataaattggagatggaacttttttaaatacataattgaacttggagactgacttcttttttatatcaaaggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaacgctgggatatatgtaccaagaggtagatgtaacttatagattatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttct
gi|9 : aatcaccatgaattgtaggatacaacaatcttagctaaatttaattgaGCAGTAAACATGATTGAGTACACAA---GT-----AA--ATTC-T----TTCA--ATAT-----CATGGTGGCAAA-CCCATATGACC--TTA--TGCTAT---GGAATGGTGT--AAAAA-TTG-GAAGAAAAGTGCCTGCTCCAAGTTACATTTATGCAGATAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---NNNNNNNNNNNNNN----NNTGTCCC-----ATCTGTG---------T----------T-TTTAGTGGCCA---AATTCT---CA-----ATATTT--------------ATCCAAACAGAG-------AAAT-T---TTGGTAAA-TTGCACC-A----CT-CGCA-GCCA-TAGCAATTT-CAACTGAGCAAA-C---TAC--GTTGTTG-A--ACTTTTTGCAAA-AAATATA-----Acacgtgttcttgttga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GACTTCTTTTTTATATCAAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATATAATGAATACTGCTGGGATATATGTACCAAGAGGTAGATGTAACTTATAGATTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCAAATGTTCTTGTTCTTC
Unaligned ( gi|27 ): CGTACATACATTTTCATCATAAATATCATTATTATTATTATAGATGTAAAATGATTTGTAAAACCAGTCAAAGTACCCTATACAGTAAAATTACCTTATACATAATTACGACTGCCAAGAGAGCTTATTGTATTATAAAACAATCATATAAAATGCACTGTATTCTGTGATTTGTTGTCA
Unaligned ( gi|29 ): TTCAGTGATGAACACGTCCCTTCAATCCATTTAATCAAATAAAAACTTACAGGGAGCGCGAGAATTATTTATTTTGAAATTAACAGTGGTAACACGCACGCGCTCGTGTTTGTGTCTGTCAATCAATGTTTGTGTCTTTCATGGGCTTTATCCTATCAATAAAAAATATGCAACAAG
Unaligned ( gi|40 ): ATATCAAAAGGTGAGGTGAGTTACCTTGAGACGGCTCCTTGGAACGCTCGATATCGCGGGAACCCAAATATAATGAATAATGCTGAGATCTATGTACCAAGAGGCAGCTGTAGCTGATGTATT
Unaligned ( gi|41 ): ACCAGCAATCAAAAAGATTCGGATATATTCCTCCTTTATTTTACGACTGTGAACGACATTCATGGCTCCGAACGCCACGAGAATTTTCGTTTTTGTTTTTTGTTTGTATTTTTGCTAAATT
Unaligned ( gi|50 ): CAACTTCTGAAGCTGCAAAAACTACAAAATCCATTCAATCCACTGAAAACTTACGAGGAGTGT
Unaligned ( gi|53 ): AGTCATGGTATTGTTGCATATTTTCTATTTCTAGAGTTA