lowQualScore : 11 111 11 11 111 1 9999999999999999999999999 111111111
lowQualScore : 3 11 3 4 2 444 8 5 11 8 3 5 6 5 55 4 0 5 8 8 333 1 1 2 5555555555555555555555555 66 1 0 4 9999 66 777 3 77 5 1 4 0 666666666 0 3 7 2 55 3 3 999 3 2 6 3 3
lowQualScore : . .. . . . ... . . .. . . . . . .. . . . . . ... . . . ......................... .. . . . .... .. ... . .. . . . . ......... . . . . .. . . ... . . . . .
lowQualScore : 2 00 0 0 5 000 0 0 00 0 2 9 0 7 11 4 1 0 3 9 777 9 0 2 0000000000000000000000000 11 7 7 4 4444 11 888 9 00 1 9 0 7 777777777 7 6 3 4 00 6 6 222 3 2 4 1 1
consensus : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTG-TCTGTAGCGAATTTGC-A-NTTTGAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAGATAATA---C-C-------CA----------TTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCTTGTT---AATGCATGCAAGTGTGCATATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTTAATAT-T-GCGCATATGT--GATTTCTTTCTT-G-CACAC--TTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
Reference ( gi|2 ) : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGAGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-A-TGTTGAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAGATAATA-------------CA----------TTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCTTATT---AATGCATGCAAGTGTGTATATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTTAATAT-T-GCGCATATGT--GATTTCTTTCTT-G-CACAT--TTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|4 : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATTTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTATCAATGATTGGCAAATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGTTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-A-AGTTGAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAGATAATA-------------CA----------TTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCTTGTT---AATGTATGTAAGTGTGTATATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTTAATAT-T-GCGCATATGT--GATTTCTTTCTT-G-CAC
gi|1 : TATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAATGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-A-TGTTGAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAGATAATA-------------CA----------TTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCTTATT---AATGCATGCAAGTGTGTATATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTTAATAT-T-GCGCATATGT--GATTTCTTTCTT-G-CACAT--TTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|3 : TATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGGAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-A-TGTTGAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAGATAATA-------------CA----------TTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCTTATT---AATGCATGCAAGTGTGTATATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTTAATAT-T-GCGCATATGT--GATTTCTTTCTT-G-CACAT--TTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-at
gi|19 : TATGGTAATAGTACTTTTCAATCTAAGATAGAATGGACGAAA-T-ACGCGAAAACTCAAATTTGTCAACAGG
gi|13 : tacAATAGTATTTCTCCATCAAAATCGAAATGTTAGAATAAGGTGGGAAA--CAAAATGTGT---------------GATC-------ACGCATAGTATCTGTTAAATTTGACCGTTT---CA-GACTTGTTCATTGTGGATATCACATGGGTGAAATTTGGCAGTATACCTTTAAATATCCCAAACATTCAA
gi|18 : GTTACCCCTGATTGGCAGATAGGCGTAGCATCAGCTGAAGTTGA-CATTTGCCCACGATTTGCAGAT
gi|25 : aagttgaacTTACTCACGATTGGCAGATACGCGTAGCAAGAGCTGAAGTTGAACGTT
gi|7 : GAAATTTGGCGGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTGTTTGGTAATGTTTAC--CTG-ACAAATCATTTTCGAATAGATTGTGTCGAAATGTATACGTCACGTCAGATGTTGTTGAGAAAAATGAGTCTTACATTTGCTCAAGATGCAGTCACGTGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGATATTGGGTATTAAAAGCCCGACACTCGTAACTGTGTCAAACTCTAGATATGATGAATTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAAAAAACATTAGTTACTCCAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATG
gi|21 : AAACTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAACATTTGATATTTTTTAAAACTATTGTAAAA
gi|17 : GTGTTAATGAAATTTGTATAAAATGCAAAACACTCTTTGGTAATATTTGCAATTGTACA-ATCAT
gi|5 : tgtaaacttttaaaaatcgaaagtaagtgtgaATGTCAGGTGTTGTTGAAAAAAATGAAACTAACATTTGGTCAAGATGCAGTCACATGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTAAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTATGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTTGGCTTATATAATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGATTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC--TTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TATGTAGCGAATTTGC-A-ATTTGAATAATACATGTTATAATGAGAAACTAATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAGATAATGCACTGCAAAC---CA----------TTGTTAGCG--CTAATCAAAT-ATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GTTTGTT---AATGCA---A---GTGCATATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---T-ATGTTAATAT-T-GCGCATATGT--GATTTCTTTCTT-G-CACAC--TTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAA---TCTTATTGGAGGAAATA-AAGAAATTATT
gi|11 : GATGCAGTCACGTACATCGCCATTATGAACAGAAAGTAAGTGGTAAATATGGTTTTGGGCATTAAAAGACGGACACTTATAACTGTGTTCAACACTGGGTTTGATGATTTTGCTCGGCTTACATGTTCCCA-TACTCACTGGGCATGGGCAAAATATATGTCTCACTAAACATTAGATAAACTAGTAATTCACCAAACCATGCATTAATATTT
gi|6 : taATGCAGTCACGTGCATCCCTCATATGGACAGAAACACAGTGGTGAATATGGTCTTGGGTATTAAAAGCTCGACACTTGTAACAGTGTTTAAGACTAGGTTTGATGACTTCGTTAGGCTTAAATTTTTCCACTATCT-CTTGGCATGGGC-AAATATGTGCATCAATAATCATTAGTTACATTAGTAATTTACCAAGTCATGCATTTAAAG-----------TTTCG----------------TTTC-----GGTAAGAGTCG-TCTGTAGAGAATTTGCAA-TTTTCAATACTTCGTGTTATAATGAG-AATTTTTATTCATGCAATAGAGCGATAGCGAAGATAATAATACACCACAAAGCA----------TTGTTAGTG--CTTATCACATAATAAATGTTAACATACT-TGTGATTATTCGATATAAC-----TATGTTTCTGTATATAT--GATTGAG---AATGCATGTAA--GTCCATATGGTCAT-GTAACATATACTTGTATATATGTTGATATTCT-------------------------CACATTTGT--GGTTTCTTTGTT-G-CACAA--TTGTACAAAATGTA-TGTTATCAT-GTTGTAATTTTCTTATCTGAGGAAATA-AAGATATTATTtcattcaaaaatcttcctcagggaagtaaccat
gi|9 : gtctaaAATAGTTGCTA-TTTTTTTTGTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAAA-----TC-------AATTTAC-A-ATTTGAATTATACATGTTATAATGA-AAACTCATATTAATACAATAGAGTGATGGCGAAGATAATAATGCATTGCAAACCA----------TTGTTAGTG--CTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATCTTATATAAT----ATACGCTTCCGTATGCAT--GCTTATT---AATGCATGCAA--GTGCATATGGTCATTGTAACTTGCACTTGTATATATG------------------------TTAATAT-T-GCGCATTTGT--GATTTATTTCTT-G-CACAC--TTGTATAAACTGTA-TGCTATCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAAATAGTATT
gi|8 : TTGCTC-TGTATT-CGTTGTTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTATGAGTCGGTCTGTAGCGAATTTGA-AATTTTAAATATTACATGTTATAATTTGAAATTCATTTTAA----ATCAA-------CGAAGATAATAATGCACTGCAAACTA----------TTGTTAATG--TTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATTTAATATTAT----ATTCGTTTTCGTGTGCAT--TAATGTT---AATGCATGCAAGTGC--ATATGGTCATTGTAACTTACTCTTGTTAATATGTT-ATGTTCTTGTATATATATATGTTAATGT-TTGCGAATATGT--GATTTCTTTCTT-G-CACAC--TTGTATAAACTGTA-TGTTGCCAT-GTTGTAATCTTCATACTGGAGGAAATA-TAGATATTAT
gi|16 : TTCGTTGTTTTATTCTT-----TCGTT-CGGTAAGAGTTG-TCCGTAGCAAATTTGCGA-TTTTGAATTATACATGTTATAATGAG-AATTCATATAAATGCAAT
gi|10 : taTATAGCGAATTTGC-A-ATTTGAAAAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGTGAAGATAATA-------------CACTGCAAACCATTGTAAGTG--CTAATCACATAA----CGTTCACATACT-TACGGTTATCTAATATGAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--ACTTGTT---AATGCATGCAAGTGC--ATATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTTAATAT-T-GCGCATATGT--GATTTCTTTCTT-G-CACAC--TTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATATTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|12 : AACA-------------CA----------TT---AGCGATCTAGT--AATAGGTAAAATCCG-GTACTGCAAGGTTGAATAGTATAATTTTCACACGTTTTTG---GCCTTCGCT-ATTGTGAAAGCGTGTAAGTGTATATA--GACGTTATAACTGATATTTGT-------TT-AT----------------ATGTTA---T-T--------TGT--GATTTCTTTGTT-G-CATAC--TCGTATAACTCGTA-TGTAGCCAT-GTTGCAATCTTCTTATTGGTAGGATTACAATATATTATT
gi|15 : aATGTT-ATGTTCTTG-------A-A----AATAT-TCGAGAAT-TTT--GCTTTCTTTTTTTG-CACAA--TTGTATAAATTGTA-TGTTATCTT-GTTGTAATTTCTTTATTGGAAGAAATA-AAGGTATTAat
gi|14 : TTGATATAT-GTATATATGTTTAATATTTTCTTT-GTCTCATGATTGTATAAACTGAA-TGTTGTCATAGTT-TGATCTGCTTGCTGGAGGAAATA-AAGATGTTATata
gi|22 : gcatcatgtttgcaaaacgtaattgtaaGTATAAACTGTAGTG-TGTCAT-GCTATGGTCTCCTCGATGGAGG--ATA-TAGATATTATT
gi|24 : TGTA-CGTTATCAT-ATTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTAT
gi|26 : TCCAT-GTTGTAACCTCCTTGACGGAGGAAATA-AAGATATTA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATAAAACTAGTAATGTCACACAAGTTACTTTATTTTCATTCAAAAGTCTTCCTCAGGGAAGTAATCATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAACTAAAATGTTATATTTTCATTCAAAAATCTTCCTCAGGGAAGTAACCATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 000000000000000000000000000000 11111
lowQualScore : 1 99 1 1 1 0 111 6 3 99 6 1 1 5 0 1 66 1 8 11 4 0 999999999999999999999999999999 55 0 4 8888 55 55 2 22 3 2 2 2 3 00000 3 77 3 3 1 3 1 1 2 2
lowQualScore : . .. . . . . ... . . .. . . . . . . .. . . .. . . .............................. .. . . .... .. .. . .. . . . . . ..... . .. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 22 3 4 0 7 777 7 0 22 7 0 0 0 0 9 11 4 0 66 0 8 999999999999999999999999999999 55 6 0 5555 55 55 5 22 6 5 2 2 3 77777 3 11 4 3 2 1 2 0 9 9
consensus : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAANTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAGATAAT-----A--------CA-------C------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
Reference ( family-1665 ) : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTG-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAGATAAT-----A--------C--------C------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|1 : TATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAATGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAGATAAT-----A------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|10 : TATAGCGAATTTGC-AATTT-GAAAAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGTGAAGATAAT-----A--------CACTGCAAAC------CATTGTAAGTG--CTAATCACATAA----CGTTCACATACT-TACGGTTATCTAATATGAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--ACT--TGTTAATGCATGCAAGTG--CAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATATTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATTat
gi|11 : GATGCAGTCACGTACATCGCCATTATGAACAGAAAGTAAGTGGTAAATATGGTTTTGGGCATTAAAAGACGGACACTTATAACTGTGTTCAACACTGGGTTTGATGATTTTGCTCGGCTTACATGTTCCCA-TACTCACTGGGCATGGGCAAAATATATGTCTCACTAAACATTAGATAAACTAGTAATTCACCAAACCATGCATTAATATTT
gi|12 : taTTAGCGATCTAGT--AATAGGTAAAATCCG-GTACTGCAAGGTTGAATAGTATAATTTTCACACGTTTTTG---GCCTTCGCTATTGTGAAAGCGTGTAAGTGT--AT-ATAGACGTTATAACTGATATTTGT-------TT-AT----------------ATGTT-A---TT--------TGTGATTTCTTTGTT-GCATACTCGTATAACTCGTA-TGTAGCCAT-GTTGCAATCTTCTTATTGGTAGGATTACAATATATTATTtcattcaaaaatcttcctcagggaagtaaccat
gi|13 : aaacacaAATAGTATTTCTCCATCAAAATCGAAATGTTAGAATAAGGTGGGAAA--CAAAATGTGT---------------GATC-------ACGCATAGTATCTGTTAAATTTGACCGTTT---CA-GACTTGTTCATTGTGGATATCACATGGGTGAAATTTGGCAGTATACCTTTAAATATCCCAAACATTCAAat
gi|14 : GCATCATGTTTGCAA-AACGTA--ATTGTA-AT-TGAT-ATAT----GTATA---T-ATGTTTAATATT--------------TTCTTTGTC-TCATGATTGTATAAACTGAA-TGTTGTCATAGTT-TGATCTGCTTGCTGGAGGAAATA-AAGATGTTAT
gi|15 : ATGTT-ATGTTCTTG-------A-A-----AATATTCGAGAAT-TTTGCTTTCTTTTTTTGCACAATTGTATAAATTGTA-TGTTATCTT-GTTGTAATTTCTTTATTGGAAGAAATA-AAGGTATTA
gi|16 : TTCGTTGTTTTATTCTT-----TCGTT-CGGTAAGAGTTG-TCCGTAGCAAATTTGCGATTTT-GAATTATACATGTTATAATGAG-AATTCATATAAATGCAATata
gi|17 : taGTGTTAATGAAATTTGTATAAAATGCAAAACACTCTTTGGTAATATTTGCAATTGTACA-ATCAT
gi|18 : tgtaaacttttaaaaatcgaaagtaagtgtgaGTTACCCCTGATTGGCAGATAGGCGTAGCATCAGCTGAAGTTGA-CATTTGCCCACGATTTGCAGAT
gi|19 : aagttgaacTATGGTAATAGTACTTTTCAATCTAAGATAGAATGGACGAAA-T-ACGCGAAAACTCAAATTTGTCAACAGG
gi|2 : tacTTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGAGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAGATAAT-----A------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|21 : AAACTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAACATTTGATATTTTTTAAAACTATTGTAAAA
gi|22 : GTATAAACTGTAGTG-TGTCAT-GCTATGGTCTCCTCGATGGAGG--ATA-TAGATATTATT
gi|24 : TGTA-CGTTATCAT-ATTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTAT
gi|25 : TTACTCACGATTGGCAGATACGCGTAGCAAGAGCTGAAGTTGAACGTT
gi|26 : CAT-GTTGTAACCTCCTTGACGGAGGAAATA-AAGATATTA
gi|3 : tcTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGGAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAGATAAT-----A------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-gta
gi|4 : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATTTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTATCAATGATTGGCAAATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGTTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-AAGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAGATAAT-----A------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGTATGTAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCAC
gi|5 : ATGTCAGGTGTTGTTGAAAAAAATGAAACTAACATTTGGTCAAGATGCAGTCACATGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTAAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTATGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTTGGCTTATATAATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGATTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC--TTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TATGTAGCGAATTTGC-AATTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTAATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAGATAAT-----G--------CACTGCAAAC------CATTGTTAGCG--CTAATCAAAT-ATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GTT--TGTTAATGCA---A---GTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---T-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAA---TCTTATTGGAGGAAATA-AAGAAATTATT
gi|6 : ATGCAGTCACGTGCATCCCTCATATGGACAGAAACACAGTGGTGAATATGGTCTTGGGTATTAAAAGCTCGACACTTGTAACAGTGTTTAAGACTAGGTTTGATGACTTCGTTAGGCTTAAATTTTTCCACTATCT-CTTGGCATGGGC-AAATATGTGCATCAATAATCATTAGTTACATTAGTAATTTACCAAGTCATGCATTTAAAG-----------TTTCG----------------TTTCG-----GTAAGAGTCG-TCTGTAGAGAATTTGCAATTTT-CAATACTTCGTGTTATAATGAG-AATTTTTATTCATGCAATAGAGCGATAGCGAAGATAATAATACA--------C--------CACAAAGCATTGTTAGTG--CTTATCACATAATAAATGTTAACATACT-TGTGATTATTCGATATAAC-----TATGTTTCTGTATATAT--GAT--TGAGAATGCATGTAA--GTCCAT-ATGGTCAT-GTAACATATACTTGTATATATGTTGATATTCT-------------------------CACATTTGTGGTTTCTTTGTT-GCACAATTGTACAAAATGTA-TGTTATCAT-GTTGTAATTTTCTTATCTGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|7 : gtctaaGAAATTTGGCGGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTGTTTGGTAATGTTTAC--CTG-ACAAATCATTTTCGAATAGATTGTGTCGAAATGTATACGTCACGTCAGATGTTGTTGAGAAAAATGAGTCTTACATTTGCTCAAGATGCAGTCACGTGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGATATTGGGTATTAAAAGCCCGACACTCGTAACTGTGTCAAACTCTAGATATGATGAATTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAAAAAACATTAGTTACTCCAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATG
gi|8 : TTGCTCTGTATT--CGTTGTTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTATGAGTCGGTCTGTAGCGAATTTGA-AATTTTAAATATTACATGTTATAATTTGAAATTCATTTTAAATCAA-----------CGAAGATAAT-----AATGCACTGCAAA-----C------TATTGTTAATG--TTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATTTAATATTAT----ATTCGTTTTCGTGTGCAT--TAA--TGTTAATGCATGCAAGTG--CAT-ATGGTCATTGTAACTTACTCTTGTTAATATGTT-ATGTTCTTGTATATATATATGTT-AATGTTTGCGAATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGTTGCCAT-GTTGTAATCTTCATACTGGAGGAAATA-TAGATATTAT
gi|9 : AATAGTTGCTATTTTTTTT-GTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAAA-----TC-------AATTTAC-AATTT-GAATTATACATGTTATAATGA-AAACTCATATTAATACAATAGAGTGATGGCGAAGATAAT-----AATG-----CATTGCAAAC------CATTGTTAGTG--CTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATCTTATATAAT----ATACGCTTCCGTATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAA--GTGCAT-ATGGTCATTGTAACTTGCA--------------------CTTGTATA---T-ATGTT-AATATT-GCGCATTTGTGATTTATTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTATCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAAATAGTATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATAAAACTAGTAATGTCACACAAGTTACTTTATTTTCATTCAAAAGTCTTCCTCAGGGAAGTAATCATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAACTAAAATGTTATATTTTCATTCAAAAATCTTCCTCAGGGAAGTAACCATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 000000000000000000000000000 11111
lowQualScore : 1 99 1 1 1 0 111 6 1 99 6 1 1 5 0 3 4 1 8 11 4 0 777 222222222222222222222222222 55 0 4 8888 55 55 2 22 3 2 2 2 3 00000 3 77 3 3 1 3 1 1 2 2
lowQualScore : . .. . . . . ... . . .. . . . . . . . . . .. . . ... ........................... .. . . .... .. .. . .. . . . . . ..... . .. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 22 3 4 0 7 777 7 0 22 7 0 0 0 0 0 4 4 0 66 0 8 888 888888888888888888888888888 55 6 0 5555 55 55 5 22 6 5 2 2 3 77777 3 11 4 3 2 1 2 0 9 9
consensus : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAANTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA--------C-------A--C-------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
Reference ( family-1665 ) : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAANTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA--------C-------A--C-------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|1 : TATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAATGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAG---ATAATA---------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|10 : TATAGCGAATTTGC-AATTT-GAAAAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGTGAAG---ATAATA--------C-------A--CTGCAAACCATTGTAAGTG--CTAATCACATAA----CGTTCACATACT-TACGGTTATCTAATATGAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--ACT--TGTTAATGCATGCAAGTG--CAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATATTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATTat
gi|11 : GATGCAGTCACGTACATCGCCATTATGAACAGAAAGTAAGTGGTAAATATGGTTTTGGGCATTAAAAGACGGACACTTATAACTGTGTTCAACACTGGGTTTGATGATTTTGCTCGGCTTACATGTTCCCA-TACTCACTGGGCATGGGCAAAATATATGTCTCACTAAACATTAGATAAACTAGTAATTCACCAAACCATGCATTAATATTT
gi|12 : taTTAGCGATCTAGT--AATAGGTAAAATCCG-GTACTGCAAGGTTGAATAGTATAATTTTCACACGTTTTTG---GCCTTCGCTATTGTGAAAGCGTGTAAGTGT--AT-ATAGACGTTATAACTGATATTTGT-------TT-AT----------------ATGTT-A---TT--------TGTGATTTCTTTGTT-GCATACTCGTATAACTCGTA-TGTAGCCAT-GTTGCAATCTTCTTATTGGTAGGATTACAATATATTATTtcattcaaaaatcttcctcagggaagtaaccat
gi|13 : aaacacaAATAGTATTTCTCCATCAAAATCGAAATGTTAGAATAAGGTGGGAAA--CAAAATGTGT---------------GATC-------ACGCATAGTATCTGTTAAATTTGACCGTTT---CA-GACTTGTTCATTGTGGATATCACATGGGTGAAATTTGGCAGTATACCTTTAAATATCCCAAACATTCAAat
gi|14 : GCATCATGTTTGCAA-AACGTA--ATTGTA-AT-TGAT-ATAT----GTATA---T-ATGTTTAATATT--------------TTCTTTGTC-TCATGATTGTATAAACTGAA-TGTTGTCATAGTT-TGATCTGCTTGCTGGAGGAAATA-AAGATGTTAT
gi|15 : ATGTT-ATGTTCTTG-------A-A-----AATATTCGAGAAT-TTTGCTTTCTTTTTTTGCACAATTGTATAAATTGTA-TGTTATCTT-GTTGTAATTTCTTTATTGGAAGAAATA-AAGGTATTA
gi|16 : TTCGTTGTTTTATTCTT-----TCGTT-CGGTAAGAGTTG-TCCGTAGCAAATTTGCGATTTT-GAATTATACATGTTATAATGAG-AATTCATATAAATGCAATata
gi|17 : taGTGTTAATGAAATTTGTATAAAATGCAAAACACTCTTTGGTAATATTTGCAATTGTACA-ATCAT
gi|18 : tgtaaacttttaaaaatcgaaagtaagtgtgaGTTACCCCTGATTGGCAGATAGGCGTAGCATCAGCTGAAGTTGA-CATTTGCCCACGATTTGCAGAT
gi|19 : aagttgaacTATGGTAATAGTACTTTTCAATCTAAGATAGAATGGACGAAA-T-ACGCGAAAACTCAAATTTGTCAACAGG
gi|2 : tacTTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGAGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAG---ATAATA---------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|21 : AAACTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAACATTTGATATTTTTTAAAACTATTGTAAAA
gi|22 : GTATAAACTGTAGTG-TGTCAT-GCTATGGTCTCCTCGATGGAGG--ATA-TAGATATTATT
gi|24 : TGTA-CGTTATCAT-ATTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTAT
gi|25 : TTACTCACGATTGGCAGATACGCGTAGCAAGAGCTGAAGTTGAACGTT
gi|26 : CAT-GTTGTAACCTCCTTGACGGAGGAAATA-AAGATATTA
gi|3 : tcTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGGAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAG---ATAATA---------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-gta
gi|4 : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATTTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTATCAATGATTGGCAAATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGTTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-AAGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA---------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGTATGTAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCAC
gi|5 : ATGTCAGGTGTTGTTGAAAAAAATGAAACTAACATTTGGTCAAGATGCAGTCACATGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTAAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTATGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTTGGCTTATATAATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGATTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC--TTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TATGTAGCGAATTTGC-AATTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTAATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATG--------CACTGCAAA--C-------CATTGTTAGCG--CTAATCAAAT-ATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GTT--TGTTAATGCA---A---GTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---T-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAA---TCTTATTGGAGGAAATA-AAGAAATTATT
gi|6 : ATGCAGTCACGTGCATCCCTCATATGGACAGAAACACAGTGGTGAATATGGTCTTGGGTATTAAAAGCTCGACACTTGTAACAGTGTTTAAGACTAGGTTTGATGACTTCGTTAGGCTTAAATTTTTCCACTATCT-CTTGGCATGGGC-AAATATGTGCATCAATAATCATTAGTTACATTAGTAATTTACCAAGTCATGCATTTAAAG-----------TTTCG----------------TTTCG-----GTAAGAGTCG-TCTGTAGAGAATTTGCAATTTT-CAATACTTCGTGTTATAATGAG-AATTTTTATTCATGCAATAGAGCGATAGCGAAGATAATAATA--------C-------A--CCACAAAGCATTGTTAGTG--CTTATCACATAATAAATGTTAACATACT-TGTGATTATTCGATATAAC-----TATGTTTCTGTATATAT--GAT--TGAGAATGCATGTAA--GTCCAT-ATGGTCAT-GTAACATATACTTGTATATATGTTGATATTCT-------------------------CACATTTGTGGTTTCTTTGTT-GCACAATTGTACAAAATGTA-TGTTATCAT-GTTGTAATTTTCTTATCTGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|7 : gtctaaGAAATTTGGCGGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTGTTTGGTAATGTTTAC--CTG-ACAAATCATTTTCGAATAGATTGTGTCGAAATGTATACGTCACGTCAGATGTTGTTGAGAAAAATGAGTCTTACATTTGCTCAAGATGCAGTCACGTGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGATATTGGGTATTAAAAGCCCGACACTCGTAACTGTGTCAAACTCTAGATATGATGAATTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAAAAAACATTAGTTACTCCAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATG
gi|8 : TTGCTCTGTATT--CGTTGTTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTATGAGTCGGTCTGTAGCGAATTTGA-AATTTTAAATATTACATGTTATAATTTGAAATTCATTTTAAATCAA-----------CGAAG---ATAATAATGCACTGC-------AAAC-------TATTGTTAATG--TTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATTTAATATTAT----ATTCGTTTTCGTGTGCAT--TAA--TGTTAATGCATGCAAGTG--CAT-ATGGTCATTGTAACTTACTCTTGTTAATATGTT-ATGTTCTTGTATATATATATGTT-AATGTTTGCGAATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGTTGCCAT-GTTGTAATCTTCATACTGGAGGAAATA-TAGATATTAT
gi|9 : AATAGTTGCTATTTTTTTT-GTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAAA-----TC-------AATTTAC-AATTT-GAATTATACATGTTATAATGA-AAACTCATATTAATACAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATAATGCATTGC-------AAAC-------CATTGTTAGTG--CTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATCTTATATAAT----ATACGCTTCCGTATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAA--GTGCAT-ATGGTCATTGTAACTTGCA--------------------CTTGTATA---T-ATGTT-AATATT-GCGCATTTGTGATTTATTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTATCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAAATAGTATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATAAAACTAGTAATGTCACACAAGTTACTTTATTTTCATTCAAAAGTCTTCCTCAGGGAAGTAATCATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAACTAAAATGTTATATTTTCATTCAAAAATCTTCCTCAGGGAAGTAACCATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 000000000000000000000000000 11111
lowQualScore : 1 99 1 1 1 0 111 6 1 99 6 1 1 5 0 3 4 1 8 11 4 0 777 222222222222222222222222222 55 0 4 8888 55 55 2 22 3 2 2 2 3 00000 3 77 3 3 1 3 1 1 2 2
lowQualScore : . .. . . . . ... . . .. . . . . . . . . . .. . . ... ........................... .. . . .... .. .. . .. . . . . . ..... . .. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 22 3 4 0 7 777 7 0 22 7 0 0 0 0 0 4 4 0 66 0 8 888 888888888888888888888888888 55 6 0 5555 55 55 5 22 6 5 2 2 3 77777 3 11 4 3 2 1 2 0 9 9
consensus : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAANTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA--------C-------A--C-------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
Reference ( family-1665 ) : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAANTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA--------C-------A--C-------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|1 : TATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAATGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAG---ATAATA---------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|10 : TATAGCGAATTTGC-AATTT-GAAAAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGTGAAG---ATAATA--------C-------A--CTGCAAACCATTGTAAGTG--CTAATCACATAA----CGTTCACATACT-TACGGTTATCTAATATGAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--ACT--TGTTAATGCATGCAAGTG--CAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATATTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATTat
gi|11 : GATGCAGTCACGTACATCGCCATTATGAACAGAAAGTAAGTGGTAAATATGGTTTTGGGCATTAAAAGACGGACACTTATAACTGTGTTCAACACTGGGTTTGATGATTTTGCTCGGCTTACATGTTCCCA-TACTCACTGGGCATGGGCAAAATATATGTCTCACTAAACATTAGATAAACTAGTAATTCACCAAACCATGCATTAATATTT
gi|12 : taTTAGCGATCTAGT--AATAGGTAAAATCCG-GTACTGCAAGGTTGAATAGTATAATTTTCACACGTTTTTG---GCCTTCGCTATTGTGAAAGCGTGTAAGTGT--AT-ATAGACGTTATAACTGATATTTGT-------TT-AT----------------ATGTT-A---TT--------TGTGATTTCTTTGTT-GCATACTCGTATAACTCGTA-TGTAGCCAT-GTTGCAATCTTCTTATTGGTAGGATTACAATATATTATTtcattcaaaaatcttcctcagggaagtaaccat
gi|13 : aaacacaAATAGTATTTCTCCATCAAAATCGAAATGTTAGAATAAGGTGGGAAA--CAAAATGTGT---------------GATC-------ACGCATAGTATCTGTTAAATTTGACCGTTT---CA-GACTTGTTCATTGTGGATATCACATGGGTGAAATTTGGCAGTATACCTTTAAATATCCCAAACATTCAAat
gi|14 : GCATCATGTTTGCAA-AACGTA--ATTGTA-AT-TGAT-ATAT----GTATA---T-ATGTTTAATATT--------------TTCTTTGTC-TCATGATTGTATAAACTGAA-TGTTGTCATAGTT-TGATCTGCTTGCTGGAGGAAATA-AAGATGTTAT
gi|15 : ATGTT-ATGTTCTTG-------A-A-----AATATTCGAGAAT-TTTGCTTTCTTTTTTTGCACAATTGTATAAATTGTA-TGTTATCTT-GTTGTAATTTCTTTATTGGAAGAAATA-AAGGTATTA
gi|16 : TTCGTTGTTTTATTCTT-----TCGTT-CGGTAAGAGTTG-TCCGTAGCAAATTTGCGATTTT-GAATTATACATGTTATAATGAG-AATTCATATAAATGCAATata
gi|17 : taGTGTTAATGAAATTTGTATAAAATGCAAAACACTCTTTGGTAATATTTGCAATTGTACA-ATCAT
gi|18 : tgtaaacttttaaaaatcgaaagtaagtgtgaGTTACCCCTGATTGGCAGATAGGCGTAGCATCAGCTGAAGTTGA-CATTTGCCCACGATTTGCAGAT
gi|19 : aagttgaacTATGGTAATAGTACTTTTCAATCTAAGATAGAATGGACGAAA-T-ACGCGAAAACTCAAATTTGTCAACAGG
gi|2 : tacTTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGAGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAG---ATAATA---------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|21 : AAACTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAACATTTGATATTTTTTAAAACTATTGTAAAA
gi|22 : GTATAAACTGTAGTG-TGTCAT-GCTATGGTCTCCTCGATGGAGG--ATA-TAGATATTATT
gi|24 : TGTA-CGTTATCAT-ATTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTAT
gi|25 : TTACTCACGATTGGCAGATACGCGTAGCAAGAGCTGAAGTTGAACGTT
gi|26 : CAT-GTTGTAACCTCCTTGACGGAGGAAATA-AAGATATTA
gi|3 : tcTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGGAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAG---ATAATA---------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-gta
gi|4 : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATTTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTATCAATGATTGGCAAATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGTTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-AAGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA---------------------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGTATGTAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCAC
gi|5 : ATGTCAGGTGTTGTTGAAAAAAATGAAACTAACATTTGGTCAAGATGCAGTCACATGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTAAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTATGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTTGGCTTATATAATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGATTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC--TTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TATGTAGCGAATTTGC-AATTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTAATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATG--------CACTGCAAA--C-------CATTGTTAGCG--CTAATCAAAT-ATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GTT--TGTTAATGCA---A---GTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---T-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAA---TCTTATTGGAGGAAATA-AAGAAATTATT
gi|6 : ATGCAGTCACGTGCATCCCTCATATGGACAGAAACACAGTGGTGAATATGGTCTTGGGTATTAAAAGCTCGACACTTGTAACAGTGTTTAAGACTAGGTTTGATGACTTCGTTAGGCTTAAATTTTTCCACTATCT-CTTGGCATGGGC-AAATATGTGCATCAATAATCATTAGTTACATTAGTAATTTACCAAGTCATGCATTTAAAG-----------TTTCG----------------TTTCG-----GTAAGAGTCG-TCTGTAGAGAATTTGCAATTTT-CAATACTTCGTGTTATAATGAG-AATTTTTATTCATGCAATAGAGCGATAGCGAAGATAATAATA--------C-------A--CCACAAAGCATTGTTAGTG--CTTATCACATAATAAATGTTAACATACT-TGTGATTATTCGATATAAC-----TATGTTTCTGTATATAT--GAT--TGAGAATGCATGTAA--GTCCAT-ATGGTCAT-GTAACATATACTTGTATATATGTTGATATTCT-------------------------CACATTTGTGGTTTCTTTGTT-GCACAATTGTACAAAATGTA-TGTTATCAT-GTTGTAATTTTCTTATCTGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|7 : gtctaaGAAATTTGGCGGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTGTTTGGTAATGTTTAC--CTG-ACAAATCATTTTCGAATAGATTGTGTCGAAATGTATACGTCACGTCAGATGTTGTTGAGAAAAATGAGTCTTACATTTGCTCAAGATGCAGTCACGTGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGATATTGGGTATTAAAAGCCCGACACTCGTAACTGTGTCAAACTCTAGATATGATGAATTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAAAAAACATTAGTTACTCCAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATG
gi|8 : TTGCTCTGTATT--CGTTGTTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTATGAGTCGGTCTGTAGCGAATTTGA-AATTTTAAATATTACATGTTATAATTTGAAATTCATTTTAAATCAA-----------CGAAG---ATAATAATGCACTGC-------AAAC-------TATTGTTAATG--TTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATTTAATATTAT----ATTCGTTTTCGTGTGCAT--TAA--TGTTAATGCATGCAAGTG--CAT-ATGGTCATTGTAACTTACTCTTGTTAATATGTT-ATGTTCTTGTATATATATATGTT-AATGTTTGCGAATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGTTGCCAT-GTTGTAATCTTCATACTGGAGGAAATA-TAGATATTAT
gi|9 : AATAGTTGCTATTTTTTTT-GTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAAA-----TC-------AATTTAC-AATTT-GAATTATACATGTTATAATGA-AAACTCATATTAATACAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATAATGCATTGC-------AAAC-------CATTGTTAGTG--CTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATCTTATATAAT----ATACGCTTCCGTATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAA--GTGCAT-ATGGTCATTGTAACTTGCA--------------------CTTGTATA---T-ATGTT-AATATT-GCGCATTTGTGATTTATTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTATCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAAATAGTATT
blockSeqs : A AC C A T GCC C A AA T G T C T T G T G AT T ATA ATGCACTGCAAAC AT G TTTC TC AT G TG C A A T G TATAT T CG A T C G C T A C
blockSeqs : G . A G T . . C . . G A . T C . T A TT . . ATGCATTGCAAAC . . . . . G TG . T T T . A . TG A . C . T G . .
blockSeqs : G . C A A . . C . . G A . T C . A . TG . . CACTGCAAAC . . . . . G TG . A A T . T . G A . A . T G . .
blockSeqs : G . A G T . . A . . A A . T C . A . TG . . CACTGCAAAC . . . . . G TG . A A T . A . G A . A . T A . .
blockSeqs : . . A A A . . A . . . T . . T . A . AG . . CACCACAAAG . . . . . G TC . A A T . A . G A . T . C T . .
blockSeqs : . A A T . . T . T . AT . . . . . . . . G TG . A A T . A . G T . T . T G . .
blockSeqs : T . . T . T . TT . . . . . . . . . T . A A A . A . G A . C . C A . .
blockSeqs : . T . T . AT . . . . . . . . . . . T C . . T . G T . A . C T . .
blockSeqs : . T . AT . . . . . . . . . T C . . T . . . . C . T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . T A . .
blockSeqs : . . . . . . . C G . .
blockSeqs : . . A . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CACCGCAAAC*****************
originalCons : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAANTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA--------C-------A--C-------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
finalCons : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAANTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATACACCGCAAAC-----------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA---A-ATGTT-AATATT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATAAAACTAGTAATGTCACACAAGTTACTTTATTTTCATTCAAAAGTCTTCCTCAGGGAAGTAATCATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAACTAAAATGTTATATTTTCATTCAAAAATCTTCCTCAGGGAAGTAACCATAT
Alignments
lowQualScore : 111 1 5555555555555 11111
lowQualScore : 1 99 1 1 1 0 111 6 1 99 6 1 1 5 0 3 4 1 8 11 4 0 777 3333333333333 55 0 4 8888 55 55 88 3 2 2 2 3 00000 3 3 33 3 3 1 3 1 1 2 2
lowQualScore : . .. . . . . ... . . .. . . . . . . . . . .. . . ... ............. .. . . .... .. .. .. . . . . . ..... . . .. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 22 3 4 0 7 777 7 0 22 7 0 0 0 0 0 4 4 0 66 0 8 888 4444444444444 55 6 0 5555 55 55 11 6 5 2 2 3 77777 3 3 88 4 3 2 1 2 0 9 9
consensus : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAANTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA---CACTGCAAACCATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA-A---ATGTT-AATA-TT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
Reference ( family-1665 ) : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCGTAGCATCAGCNGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAANTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGCCAANATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATTTGC-ANTTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA---CACCGCAAACCATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGCATGCAAGTGTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA-A---ATGTT-AATA-TT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTNTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|1 : TATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAATGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAG---ATAATA-------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA-A---ATGTT-AATA-TT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|10 : TATAGCGAATTTGC-AATTT-GAAAAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGTGAAG---ATAATA---CACTGCAAACCATTGTAAGTG--CTAATCACATAA----CGTTCACATACT-TACGGTTATCTAATATGAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--ACT--TGTTAATGCATGCAAGTG--CAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA-A---ATGTT-AATA-TT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATATTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATTat
gi|11 : GATGCAGTCACGTACATCGCCATTATGAACAGAAAGTAAGTGGTAAATATGGTTTTGGGCATTAAAAGACGGACACTTATAACTGTGTTCAACACTGGGTTTGATGATTTTGCTCGGCTTACATGTTCCCA-TACTCACTGGGCATGGGCAAAATATATGTCTCACTAAACATTAGATAAACTAGTAATTCACCAAACCATGCATTAATATTT
gi|12 : taTTAGCGATCTAGT--AATAGGTAAAATCCG-GTACTGCAAGGTTGAATAGTATAATTTTCACACGTTTTTG---GCCTTCGCTATTGTGAAAGCGTGTAAGTGT--AT-ATAGACGTTATAACTGATATTTGT-------TT-AT----------------ATGTT-A----TT--------TGTGATTTCTTTGTT-GCATACTCGTATAACTCGTA-TGTAGCCAT-GTTGCAATCTTCTTATTGGTAGGATTACAATATATTATTtcattcaaaaatcttcctcagggaagtaaccat
gi|13 : aaacacaAATAGTATTTCTCCATCAAAATCGAAATGTTAGAATAAGGTGGGAAA--CAAAATGTGT---------------GATC-------ACGCATAGTATCTGTTAAATTTGACCGTTT---CA-GACTTGTTCATTGTGGATATCACATGGGTGAAATTTGGCAGTATACCTTTAAATATCCCAAACATTCAAat
gi|14 : GCATCATGTTTGCAA-AACGTA--ATTGTA-AT-TGAT-ATAT----GTATA-T---ATGTTTAATA-TT--------------TTCTTTGTC-TCATGATTGTATAAACTGAA-TGTTGTCATAGTT-TGATCTGCTTGCTGGAGGAAATA-AAGATGTTAT
gi|15 : ATGTT-ATGTTCTTG-----A---A-----AATA-TTCGAGAAT-TTTGCTTTCTTTTTTTGCACAATTGTATAAATTGTA-TGTTATCTT-GTTGTAATTTCTTTATTGGAAGAAATA-AAGGTATTA
gi|16 : TTCGTTGTTTTATTCTT-----TCGTT-CGGTAAGAGTTG-TCCGTAGCAAATTTGCGATTTT-GAATTATACATGTTATAATGAG-AATTCATATAAATGCAATata
gi|17 : taGTGTTAATGAAATTTGTATAAAATGCAAAACACTCTTTGGTAATATTTGCAATTGTACA-ATCAT
gi|18 : tgtaaacttttaaaaatcgaaagtaagtgtgaGTTACCCCTGATTGGCAGATAGGCGTAGCATCAGCTGAAGTTGA-CATTTGCCCACGATTTGCAGAT
gi|19 : aagttgaacTATGGTAATAGTACTTTTCAATCTAAGATAGAATGGACGAAA-T-ACGCGAAAACTCAAATTTGTCAACAGG
gi|2 : tacTTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGAGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAG---ATAATA-------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA-A---ATGTT-AATA-TT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|21 : AAACTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAACATTTGATATTTTTTAAAACTATTGTAAAA
gi|22 : GTATAAACTGTAGTG-TGTCAT-GCTATGGTCTCCTCGATGGAGG--ATA-TAGATATTATT
gi|24 : TGTA-CGTTATCAT-ATTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAGATATTAT
gi|25 : TTACTCACGATTGGCAGATACGCGTAGCAAGAGCTGAAGTTGAACGTT
gi|26 : CAT-GTTGTAACCTCCTTGACGGAGGAAATA-AAGATATTA
gi|3 : tcTATGTAAATAGTACTTTTCCATCTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTACCAATGATTGGCAGATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAACTCTGTATAAAATGGAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-ATGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCTTATTAATGCTATAGAGTGATGGCAAAG---ATAATA-------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCATATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA-A---ATGTT-AATA-TT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACATTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-gta
gi|4 : TTATGTAAATAGTACTTTTCCATTTAAGTTAGAATGGAAGAAAGTGATGAGAAA--TAGAATTTGTCAACAGGTTATCAATGATTGGCAAATACGCATAGCATCAGCAGAATTTGACCGTTT---CA-GATCTGTACATTGCGAATTTCAAGTGGGCGAAATTTGGCAGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTTTTTGGTAATGTTTGC--CTG-ACAGATCATTTTCTAATAGATTGTGTCGAAATGCATACGTCACGTCAGGTGTTGTTGAGAAAAATGAGACTTACATTTGGTCACGATGCAGTCACGTGTATCGTCAAAATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTGTGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTGGGTTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTCTTTTTTTTCGCTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TCTGTAGCGAATATGC-AAGTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTCATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATA-------------CATTGTTAGCG--CTAATCAAATAATTAACGCTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GCT--TGTTAATGTATGTAAGTGTGTAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA-A---ATGTT-AATA-TT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCAC
gi|5 : ATGTCAGGTGTTGTTGAAAAAAATGAAACTAACATTTGGTCAAGATGCAGTCACATGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTAAATGTGGTCTTGGGTATTAAAAGCCCGACACTTGTAACTATGTTAAACTCTAGATATGATGACTTTGTTTGGCTTATATAATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAATAAACATTAGTTACTCTAGTAGATTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC--TTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAGAGTTA-TATGTAGCGAATTTGC-AATTT-GAATAATACATGTTATAATGAGAAACTAATATTAATGCAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATG---CACTGCAAACCATTGTTAGCG--CTAATCAAAT-ATTAACGTTCACATACT-TATGGTTATCTAATATAAT----ATACGTTTCCGTATGCAT--GTT--TGTTAATGCA---A---GTGCAT-ATGGTCATAATAACTTACAATTGTATACATGTT-ATGTTCTTGTATA-T---ATGTT-AATA-TT-GCGCATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTTTCAT-GTTGTAA---TCTTATTGGAGGAAATA-AAGAAATTATT
gi|6 : ATGCAGTCACGTGCATCCCTCATATGGACAGAAACACAGTGGTGAATATGGTCTTGGGTATTAAAAGCTCGACACTTGTAACAGTGTTTAAGACTAGGTTTGATGACTTCGTTAGGCTTAAATTTTTCCACTATCT-CTTGGCATGGGC-AAATATGTGCATCAATAATCATTAGTTACATTAGTAATTTACCAAGTCATGCATTTAAAG-----------TTTCG----------------TTTCG-----GTAAGAGTCG-TCTGTAGAGAATTTGCAATTTT-CAATACTTCGTGTTATAATGAG-AATTTTTATTCATGCAATAGAGCGATAGCGAAGATAATAATA---CACCACAAAGCATTGTTAGTG--CTTATCACATAATAAATGTTAACATACT-TGTGATTATTCGATATAAC-----TATGTTTCTGTATATAT--GAT--TGAGAATGCATGTAA--GTCCAT-ATGGTCAT-GTAACATATACTTGTATATATGTTGATATTCT--------------------------CACATTTGTGGTTTCTTTGTT-GCACAATTGTACAAAATGTA-TGTTATCAT-GTTGTAATTTTCTTATCTGAGGAAATA-AAGATATTATT
gi|7 : gtctaaGAAATTTGGCGGTATGCCTTTAAATATCCGAAGCATTTAATATTTTGTAAAACTATTGTAAAACTCATTGCCAATTTGACACGTATTAATGAAATCTGTATAAAATGCAAAACATTGTTTGGTAATGTTTAC--CTG-ACAAATCATTTTCGAATAGATTGTGTCGAAATGTATACGTCACGTCAGATGTTGTTGAGAAAAATGAGTCTTACATTTGCTCAAGATGCAGTCACGTGTATCGCCAATATGGACAGAAATTCAGTGGTGAATGTGATATTGGGTATTAAAAGCCCGACACTCGTAACTGTGTCAAACTCTAGATATGATGAATTTGTTGGGCTTATATTATCCCA-TACCCACTGGGCATGGGCAAAATATGTGTCTCAAAAAACATTAGTTACTCCAGTAGTTTACCAAGTCATGCATTAATAGTTGCTC-TTTTTTTCGTTGCTTGATTCTTATG
gi|8 : TTGCTCTGTATT--CGTTGTTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTATGAGTCGGTCTGTAGCGAATTTGA-AATTTTAAATATTACATGTTATAATTTGAAATTCATTTTAAATCAA-----------CGAAG---ATAATAATGCACTGCAAACTATTGTTAATG--TTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATTTAATATTAT----ATTCGTTTTCGTGTGCAT--TAA--TGTTAATGCATGCAA--GTGCAT-ATGGTCATTGTAACTTACTCTTGTTAATATGTT-ATGTTCTTGTATATATATATGTT-AATGTTT-GCGAATATGTGATTTCTTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGTTGCCAT-GTTGTAATCTTCATACTGGAGGAAATA-TAGATATTAT
gi|9 : AATAGTTGCTATTTTTTTT-GTTGCTTGATTCTTATGTTTCGTTTCGGTAAAA-----TC-------AATTTAC-AATTT-GAATTATACATGTTATAATGA-AAACTCATATTAATACAATAGAGTGATGGCGAAG---ATAATAATGCATTGCAAACCATTGTTAGTG--CTAATCACATAATTAACGTTCACATACT-TGTGGTTATCTTATATAAT----ATACGCTTCCGTATGCAT--GCT--TATTAATGCATGCAA--GTGCAT-ATGGTCATTGTAACTTGCA--------------------CTTGTATA-T---ATGTT-AATA-TT-GCGCATTTGTGATTTATTTCTT-GCACACTTGTATAAACTGTA-TGCTATCAT-GTTGTAATCTTCTTATTGGAGGAAATA-AAAATAGTATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATAAAACTAGTAATGTCACACAAGTTACTTTATTTTCATTCAAAAGTCTTCCTCAGGGAAGTAATCATATT
Unaligned ( gi|23 ): AAAACTAAAATGTTATATTTTCATTCAAAAATCTTCCTCAGGGAAGTAACCATAT