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lowQualScore                  :            44444   22       0  111111111  3      1    8   3 99999999999999999999          222222222   888888888  777     5555555555555555555555555555555555555     444 33  3  444   2   77777777     6       0000    7777  5555 555555  6666  555  5   5     
lowQualScore                  :            .....   ..       .  .........  .      .    .   . ....................          .........   .........  ...     .....................................     ... ..  .  ...   .   ........     .       ....    ....  .... ......  ....  ...  .   .     
lowQualScore                  :            88888   00       1  999999999  6      8    6   6 44444444444444444444          777777777   000000000  888     0000000000000000000000000000000000000     111 44  8  111   4   00000000     6       3333    0000  3333 111111  5555  444  2   6     
consensus                     :     NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTNCTAT--GTAA-TATTCTGACCTCTGC-T-CGANTAGTA-----CGAAACATGTGCTAT---TTCNTNTTT--A--AG-NGG-G-AAATA---------NAAA-A---NTACG----TCAGT-C--CGCACAC--C--TTGCT---ATC-GAT----T---AGCCAATCAAAAT-ACGGCTTA-C-AA----A-AATN-GA----TC---ATCTGAGCCTGT
Reference ( gi|9 )            :     CACTCTCAATTACATTTGTCATAAATTGCTAT--ATAA-TATTCTGACCTTTGC-T-GGACTAGAA-----TGAAGCATGTGCTAT---TGCAGATTT--A--AG-AGG-G-AAATA---------CAAA-A---TTAAG----TCAGT-T--TGCACAC--C--TTACT---ATC-AAT----T---AGCCAGTCAAAAT-GTGGCTTA-C-AA----ACAATG-GA----TC---ATTTGAACCTGTTTTA
gi|7                          :      ACTTTCCATTGCATCGGTCATAAGTT----------------CTGGCCTCTGC-T-TAAATAGTT-----TGAA--ATGAGCTAT---TCTCTTTTTTTA--CC-AGA-A-AAGTA----------AAT-A---GTACA----CCAGT-C--AGCACAT--C--TTACT---ATCAAAC----T---A-CCAATCAGAAT-ACAGCTGATC-AA----AAGGT--GA----TC---ACCTGATCCTGT
gi|17                         : ttttatCTCTC-----CATCGGTCTTAAATTTCTCT--GAAA-TATTTTTGCCTCTGC-T-CAAGTAGGA-----CAATACTTGTGCTAT---Tcacaacagttaataaaagtgacaaaataatactgtttctaatataagtaactacattgtataagtgaatatgaacactgaa
gi|15                         :            tcTTGCATCAATAATAAATTATCAG--ACAA-TATTCTAA--TATG----GGAC-AGTA-----CAAAACATGTGCTAT--------ATCT--A--AA-AGG---AAATG---------GGAA-A---TTA-----------------CATGC--C--TTGCT---ATC-AAT----T---AATCAATCAtctcttattttaaaaaaatatgtttgtt
gi|3                          :               TGCATCAGTCATAAATTTCTAT--GTAA-CAGTTTTA----TGC-T-TCACTACA-------GAA-CATGTGCTAT---TTCA-ATTT--------AGGTG-AAA-A---------CAAAGA---T-----------GT-T--TGCACAT--C--ATGCT---ATT-AAT----GAAAAGTTAATCAAA--------CTA-CAAA----ATAATG-TAATTGTCACAATTTGAACCAGT
gi|2                          :              atctcctcGTCATAAATAACTG---AGAACTATTTTAACATCTGC-T-CGACTGATT-----TGAAACGTATGCTTT---TTCATTTTT--A--AG-CGG-G-GAAAA---------C----------CCG----TC--T-TCCTGCACAC--T--TTGTT---AAC-GTT----T---AGCCATTTGAAAA-ACGACTTG-C-AA----A-AAGC-AA----TC---ATGTCAGCCTGcataataatattcgaattaaactaaagtaatacatttctatgctttaattgtattagtacatgtgaccacttttgacaaatgaaaaaagtcaacatgtctaataagttatttgtcaaatccatag
gi|6                          :                       aCAAAAAGTGC-ATGAACAA-TTTTCTAACCACTGC-T-TA--TATAA-----TGT-GTATGTACTAT---TTCTATTTT--A--AG-TGG-GTAAATA---------AAAA-GAATTTAA-------AAT-T--CACACACATT--TTATT---ATT-ATT----T---AGCCAATCAAAAC-ACAGCTTA-C-AA----AACATT-GA----TC---ATCTGAGCATGTccatatcagaaaacaaaaatgaagaaatgatatgtttctatttatgattatagtaccgatcagtaaatatgactgttatcgaccgatgtgaatgatgccatgtgtcgtgtggcgattgaaaaggccatagtaaaa
gi|5                          :                      tgCATAA-TTACTAC--GTAA-TATTTTGACCTCTGC-T-CAAATTGTT-----CAAAACATGTATTAT---TTC-TATTT--A--GGAAGG-A-AAATT---------GAGA-A---ATGCG----TAAGC-T--TGCATAT--C--ATGGT---ATG-GATCTAAT---AGCTGATAAAATT-ATGGCTTA-C-AA----A-AATG-cataatagccataaaattaatgataacaataaatggtacagtttcttatagcaatgataagtaaatgtgaccactttatgccacaagttgatgctgta
gi|13                         :                    tcctttgcatcaaaTAT--GTAA-TATCCTAACGTCAGC-T-CAAATAGTA-----CTGATCCTGTGATAT---TCTATGTTT--G--AT-GAG-A-AAATA---------AAGG-A---ATACA----CCAGC-C--TGCAAGT--C--ATGTT---AAA-GAT----A---AGTCAATAAAAAT-GTACCTT--C-AA----A-AATG-taatagtcttccataacaataaacatgaagtagtgcatttttatttttctaattttagtaatagatagaacatgtgaccattatcgaccaataaaaatgtgtcttataaatgttac
gi|11                         :                                  tat--ATAA--ATTCTGACCTCAGC-TCAAATTAT-A-----TGAAACATA-ACTATTTCTGTATTTTT--AGCAG-GGG-G-AAATA----------GAG-A---CTATG----CCAGT-C--AGCTCAC--CTGTCAC----ATC-AAT----C---AGCCAATAAAAAT-ACAGCTTA-T-AA----A-AATtactcttctt
gi|12                         :                                   attgaccA-TATTCTACCCTCTGC-CCAGA-TAGAACAAACTTAAGCATGTGCTAT---TTCTATTTT--T--AG-CAT-G-AAATA---------AAAT-A---TTAAGATATTCGGCAC--AGCACAT--C--TTGCT---ATT-AAT----T-----------AAAAT-GCTGCTTA---AA----AT-----GA----CT---ATCTGAGTCTGcttagcaaatccaagcagtaatgataataataatgtaataata
gi|18                         :             tgtttttgcaccaattcatttcatcagatA-TATTCTGACCTGTGCTT-GGA-TACTA-----CAAAGCATAAGCTAT---T
gi|1                          :                                                                           tgagttCATATGCTGT---TTCC-ATTT--T--AG-TGG-G-AAATAGATATACGTCAAACA---ATAAT----TCAGT-C--CAAATGT--C--TTGCT---ATC-GAT----A---AGCCAATCAAAAT-ACGAC-TA-C-GC----TTAGT--AA----CC---ATCGGAGCCTGTtctactttttgcagtaaaataaaaaa
gi|10                         :                                                                                                       catacataacttggtaatatcattgcccaagttgcaatactG----TCAGT-C--CACAAAG--C--GTCCT---ATC-GAT----T---AGCCAATCAAGTT-ACGGCTTA-A-AAAGTTACCATC-GA----AC---ATTTcaaaccaacatgtacaaatggagtgtttcatttttggtttctaatatgtttatatataaccgttatctgccaataaaaaaatggtgttatgtatcgataggcgatttaacaggttttaaggagacgtttcattcaataagttggcaagtggtgcaatatgtatatatattactgaa
gi|16                         :                                                                                                                                               ac----TTAGT-C--CGCAAAC--C--TTGCT---ATC-GAC----A---AGCCAATCAAAAC-ACGGCTTA-C-AA----AATATGTAA----TC---Acatagcaatgaatcaaaatgacgttatactttatcttatataaatagttttagtcaaatatgtacattggactattatggacatattattggtgtaatgtatcggtaggcg
gi|8                          :                                                                                                                                                                CACAA--C--TTGCT---ATT-GAT----T---AGCCAATCAAAAT-ATGACTT----AA----ATAAGT-CA----TC---ATCTGacactgtaaaataaaatgatgtaatgattatgttactattttta
gi|14                         :                                                                                                                                                                 aCAC--C--TTGCTTATATC-AAT----T---AGTCAATCATGAT-ATGGCTTT-C-AA----GAAAGT-GA----TC---ACCTGGGCCTGTccacaatgaaaaacacaatagacgtaatatgtgtttctgtctctaacattagtaatagttagcacatcacacatgacagttgactgctattgatcaataaaatatagtgtcatttatcgttatgcgatttgataacattaaagtacaaaaagccactacaagagtcagcgggcgagttaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                     --C--TTGTT---ATT-GAT----T---AGCCAATCAAAATAGT-GCATG-C-AA----AAAAGT-GA----TC---ATCTGCGCCTGTgataacagtgtacaaaaattacatagtaatatattgtatgtttaatatatttcttaccaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                        --TTGTT---ATC-GAT----T---AGTCAGTCAAAGT-ACTACT---C-TA----AAAAGG-GA----TT---ATAAGAGCCTGTcataactgtatgattatacttttctgtttctgaatatggcatagtcataataagttcaatgtcatgtgatttgcttttgaccaatattttttggtgatttaacaaagtcatgtagaaatattgacctcaataagtcagcgggtaattaaggtataaaaaaagcgaggaaatcatcctttgagtggggaaccaaactttaaacataatggtgcaagtatctttctga
gi|20                         :                                                                                                                                                                              T---ATT-GAT----T---CGCCATTCAAAAT-AGGGCATT-T-AA----A-AATA-AA----TC---ATCTGAGTCTATcataa





Alignments
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lowQualScore                  :                          1       2          5  44          5         33 1      0  77777  44          3  555555   222222222222   0 1 222222222  00 1 2222222222     444     0     666      2 77777777                    9999  2 2 2 777               
lowQualScore                  :                          .       .          .  ..          .         .. .      .  .....  ..          .  ......   ............   . . .........  .. . ..........     ...     .     ...      . ........                    ....  . . . ...               
lowQualScore                  :                          4       2          3  44          8         22 0      5  77777  22          1  222222   555555555555   4 0 333333333  44 0 7777777777     555     8     111      2 44444444                    6666  5 5 5 222               
consensus                     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TCN---NNTTTA--AG-CGG-G-AAATAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
Reference ( family-1632 )     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTNCTATGTAATATTCTGACCTCTGCTCGANTAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TCN---TNTTTA--AG-NGG-G-AAATANA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATNGATCATCTGAGCCTGT
gi|1                          :                                     CATACATAACTTGGTAATATCAT------TGCCCAAGT--TGCAAT-----ACTCATATGCTGTT-TCC---ATTTTA---G-TGG-G-AAATAGATATACGTCAAAC-AAT---AAT----TCAGT-CCAAATGTCTTGC---TATCGA-T----A---AGCCAATCAAAATACGAC-TA-C-GC-T-T-AGTAACCATCGGAGCCTGT
gi|10                         :                                                                                                                                                     ---ACG----TCAGT-CCACAAAGCGTCC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAGTTACGGCTTA---AA-A-A-GTT-ACCATCcaaaccaacatgtacaaatggagtgtttcatttttggtttctaatatgtttatatataaccgttatctgccaataaaaaaatggtgttatgtatcgataggcgatttaacaggttttaaggagacgtttcattcaataagttggcaagtggtgcaatatgtatatatattactgaa
gi|11                         :                                                   TAA-ATTCTGACCTCAGCTCAAATTATATGAA-----AC--ATA-ACTATT-TCTGTATTTTTAGCAG-GGG-G-AAATAG----------AG--ACT---ATG----CCAGT-CAGCTCACCTGTCA--CATCAA-T----C---AGCCAATAAAAATACAGCTTA-T-AA-A-A-ATgaacatttcatagcaatgaatcaaaatgacgttatactttatcttatataaatagttttagtcaaatatgtacattggactattatggacatattattggtgtaatgtatcggtaggcg
gi|12                         :                                             attgaccaATATTCTACCCTCTGCCCAGATAGAACAAACTTAAGC--ATGTGCTATT-TCT---ATTTTT--AG-CAT-G-AAATAAA---------AT--ATT---AAGATATTCGGCACAGCACATCTTGC---TAT----------------TAATTAAAATGCTGCTT-----A-A-A-AT-GACTATCTGAGTCTGcttagcaaatccaagcagtaatgataataataatgtaataata
gi|13                         :               tgtttttgcaccaattcatttcatcagatTATTATGTAATATCCTAACGTCAGCTCAAATAGTACTGA-----TC--CTGTGATATT-CTA---TGTTTG--AT-GAG-A-AAATAAA---------GG--AAT---ACA----CCAGC-CTGCAAGTCATGT---TAAAGA-T----A---AGTCAATAAAAATGTACCTT--C-AA-A-A-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                          CACCTTGCTTATATCAA-T----T---AGTCAATCATGATATGGCTTT-C-AAGA-A-AGTGATCACCTGGGCCTGTgtactcttctt
gi|15                         :                           TTGCATCAATAATAAATTATCAGACAATATTCTAA--TATG---GGACAGTACAAA-----AC--ATGTGCTATA-TC--------TA--AA-AGG---AAATGGG---------AA--ATT---ACA----T-----------GCCTTGC---TATCAA-T----T---AATCAATCAgataacagtgtacaaaaattacatagtaatatattgtatgtttaatatatttcttaccaa
gi|16                         :                                                                                                                                                           ----TTAGT-CCGCAAACCTTGC---TATCGA-C----A---AGCCAATCAAAACACGGCTTA-C-AA-A-A-
gi|17                         :                    CTCTCCAT-----CGGTCTTAAATTTCTCTGAAATATTTTTGCCTCTGCTCAAGTAGGACAAT-----AC--TTGTGCTATT-TCTCT-TATTT---------------TAAA---------AA--AAT---ATG----Ttatgtaatcaacactgtaaaataaaatgatgtaatgattatgttactattttta
gi|18                         :                                                tcGTTATATTCTGACCTGTGCTTGGATACTACAAA-----GC--ATAAGCTATT-TCT---ACTTTT--TG-CAGTA-AAATAAA---------AA--Attgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                           tgaTTGT---TATCGA-T----T---AGTCAGTCAAAGTACTACTC--T-AA-A-A-AGGGATTATAAGAGCCTGT
gi|2                          :                                   GTCATAAATAACTGAGAACTATTTTAACATCTGCTCGACTGATTTGAA-----AC--GTATGCTTTT-TCA---TTTTTA--AG-CGG-G------GA---------AA--ACC----CG----TCTTC-CTGCACACTTTGT---TAACGT-T----T---AGCCATTTGAAAAACGACTTG-C-AA-A-A-AGCAATCATGTCAGCCTGcataa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                 a---TATTGA-T----T---CGCCATTCAAAATAGGGCATT-T-AA-A-A-ATAAATCATCTGAGTCTATccatatcagaaaacaaaaatgaagaaatgatatgtttctatttatgattatagtaccgatcagtaaatatgactgttatcgaccgatgtgaatgatgccatgtgtcgtgtggcgattgaaaaggccatagtaaaa
gi|3                          :                  tctTCTCCTCTGCATCAGTCATAAATTTCTATGTAACAGTTT----TATGCT---TCACTACAGA-----AC--ATGTGCTATT-TCA----ATTTA--GG-T---G-AAA-ACA---------AA--GAT-------------GT-TTGCACATCATGC---TATTAA-T----GAAAAGTTAATCAAACTACcgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                            aCTTGT---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATAGTGCATG-CAAA-A-A-AGTGATCATCTGCGCCTGTaaaataatgtaattgtcacaatttgaaccagtcataataatattcgaattaaactaaagtaatacatttctatgctttaattgtattagtacatgtgaccacttttgacaaatgaaaaaagtcaacatgtctaataagttatttgtcaaatccatag
gi|5                          :                       TCCTTTGCATCAAACATAA-TTACTACGTAATATTTTGACCTCTGCTCAAATTGTTCAAA-----AC--ATGTATTATT-TC----TATTTA--GGAAGG-A-AAATTGA---------GA--AAT---GCG----TAAGC-TTGCATATCATGG---TATGGA-TCTAAT---AGCTGATAAAATTATGGCTTA-C-AA-A-A-ATcataactgtatgattatacttttctgtttctgaatatggcatagtcataataagttcaatgtcatgtgatttgcttttgaccaatattttttggtgatttaacaaagtcatgtagaaatattgacctcaataagtcagcgggtaattaaggtataaaaaaagcgaggaaatcatcctttgagtggggaaccaaactttaaacataatggtgcaagtatctttctga
gi|6                          :                                                    AATTTTCTAACCACTGCTTATATAATGTG--------T--ATGTACTATT-TCT---ATTTTA--AG-TGG-GTAAATAAA---------AAGAATTTAAAAT----TCA----CACACATTTTAT---TATTAT-T----T---AGCCAATCAAAACACAGCTTA-C-AA-A-ACATTGATCATCTGAGCATGTgtaatagtcttccataacaataaacatgaagtagtgcatttttatttttctaattttagtaatagatagaacatgtgaccattatcgaccaataaaaatgtgtcttataaatgttac
gi|7                          : tgcaaaaagtgcatgaacACTTTCCATTGCATCGGTCATAAGTT-------------CTGGCCTCTGCTTAAATAGTTTGAA-----A----TGAGCTATTCTCT---TTTTTT--AC-CAG-A-AAA-GTA---------AAT-AGT---ACA----CCAGT-CAGCACATCTTAC---TATCAAAC----T---A-CCAATCAGAATACAGCTGATC-AA-A-A-GGTGATCACCTGATCCTGTcataatagccataaaattaatgataacaataaatggtacagtttcttatagcaatgataagtaaatgtgaccactttatgccacaagttgatgctgta
gi|8                          :                                                                                                                                                                  ttttatCACAACTTGC---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATATGACTTA-A-AT-A-A-GTC-ATCATCTGcacaacagttaataaaagtgacaaaataatactgtttctaatataagtaactacattgtataagtgaatatgaacactgaa
gi|9                          :                  aACTCTCAATTACATTTGTCATAAATTGCTATATAATATTCTGACCTTTGCTGGACTAGAATGAA-----GC--ATGTGCTATT-GCA---GATTTA--AG-AGG-G-AAATACA---------AA--ATT---AAG----TCAGT-TTGCACACCTTAC---TATCAA-T----T---AGCCAGTCAAAATGTGGCTTA-C-AA-ACA-ATGGATCATTTGAACCTGTccacaatgaaaaacacaatagacgtaatatgtgtttctgtctctaacattagtaatagttagcacatcacacatgacagttgactgctattgatcaataaaatatagtgtcatttatcgttatgcgatttgataacattaaagtacaaaaagccactacaagagtcagcgggcgagttaa





Alignments
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lowQualScore                  :                          1       2          3  33          5          3        0  77777  44          3  999999999    44  111 3 3   3  3 333333333  77 1 4444444444     444     0     666      2 77777777                    9999  2 2 2 999               
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lowQualScore                  :                          4       2          9  88          8          7        5  77777  22          1  888888888    22  444 3 3   3  7 333333333  99 0 8888888888     555     8     111      2 44444444                    6666  5 5 5 999               
consensus                     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---TAN---TTTA--AG-CGG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
Reference ( family-1632 )     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---NNN---TTTA--AG-CGG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
gi|1                          :                                     CATACATAACTTGGTAATATCAT------TGCCCAAGT--TGCAAT-----ACTCATATGCTGTT-TC---CAT---TTTA---G-TGG-G-AAA-TAGATATACGTCAAAC-AAT---AAT----TCAGT-CCAAATGTCTTGC---TATCGA-T----A---AGCCAATCAAAATACGAC-TA-C-GC-T-T-AGTAACCATCGGAGCCTGT
gi|10                         :                                                                                                                                                         ---ACG----TCAGT-CCACAAAGCGTCC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAGTTACGGCTTA---AA-A-A-GTT-ACCATCcaaaccaacatgtacaaatggagtgtttcatttttggtttctaatatgtttatatataaccgttatctgccaataaaaaaatggtgttatgtatcgataggcgatttaacaggttttaaggagacgtttcattcaataagttggcaagtggtgcaatatgtatatatattactgaa
gi|11                         :                                                   TAA-ATTCTGACCTCAGCTCAAATTATATGAA-----AC--ATA-ACTATT-TC---TGTATTTTTAGCAG-GGG-G-AAA-TAG----------AG--ACT---ATG----CCAGT-CAGCTCACCTGTCA--CATCAA-T----C---AGCCAATAAAAATACAGCTTA-T-AA-A-A-ATCgaacatttcatagcaatgaatcaaaatgacgttatactttatcttatataaatagttttagtcaaatatgtacattggactattatggacatattattggtgtaatgtatcggtaggcg
gi|12                         :                                             attgaccaATATTCTACCCTCTGCCCAGATAGAACAAACTTAAGC--ATGTGCTATT-TC---TAT---TTTT--AG-CAT-G-AAA-TAAA---------AT--ATT---AAGATATTCGGCACAGCACATCTTGC---TAT----------------TAATTAAAATGCTGCTT-----A-A-A-AT-GACTATCTGAGTCTGttagcaaatccaagcagtaatgataataataatgtaataata
gi|13                         :               tgtttttgcaccaattcatttcatcagatTATTATGTAATATCCTAACGTCAGCTCAAATAGTACTGA-----TC--CTGTGATATT-CT---ATG---TTTG--AT-GAG-A-AAA-TAAA---------GG--AAT---ACA----CCAGC-CTGCAAGTCATGT---TAAAGA-T----A---AGTCAATAAAAATGTACCTT--C-AA-A-A-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                              CACCTTGCTTATATCAA-T----T---AGTCAATCATGATATGGCTTT-C-AAGA-A-AGTGATCACCTGGGCCTGTgtactcttctt
gi|15                         :                           TTGCATCAATAATAAATTATCAGACAATATTCTAA--TATG---GGACAGTACAAA-----AC--ATGTGCTATA-TC---TAA------A--AG-----G-AAA-TGGG---------AA--ATT---ACA----T-----------GCCTTGC---TATCAA-T----T---AATCAATCAgataacagtgtacaaaaattacatagtaatatattgtatgtttaatatatttcttaccaa
gi|16                         :                                                                                                                                                               ----TTAGT-CCGCAAACCTTGC---TATCGA-C----A---AGCCAATCAAAACACGGCTTA-C-AA-A-A-
gi|17                         :                    CTCTCCAT-----CGGTCTTAAATTTCTCTGAAATATTTTTGCCTCTGCTCAAGTAGGACAAT-----AC--TTGTGCTATT-TCTCTTAT---TTTA--Atatgtaatcaacactgtaaaataaaatgatgtaatgattatgttactattttta
gi|18                         :                                             tcTGAGTTATATTCTGACCTGTGCTTGGATACTACAAA-----GC--ATAAGCTATT-TC---TAC---TTTT--TG-CAGTA-AAA-TAAA---------AA--Aaaaaatatgtttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                  TTGT---TATCGA-T----T---AGTCAGTCAAAGTACTACTC--T-AA-A-A-AGGGATTATAAGAGCCTGT
gi|2                          :                                   GTCATAAATAACTGAGAACTATTTTAACATCTGCTCGACTGATTTGAA-----AC--GTATGCTTTT-TC---ATT---TTTA--AG-CGG-G-------GA---------AA--ACC----CG----TCTTC-CTGCACACTTTGT---TAACGT-T----T---AGCCATTTGAAAAACGACTTG-C-AA-A-A-AGCAATCATGTCAGCCTGcataa
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gi|3                          :                  tctTCTCCTCTGCATCAGTCATAAATTTCTATGTAACAGTTT----TATGCTT---CACTACAGA-----AC--ATGTGCTATT-TC----AA---TTTA--GG-T---G-AAA--ACA---------AA--GAT-------------GT-TTGCACATCATGC---TATTAA-T----GAAAAGTTAATCAAACTACcgtaa
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gi|5                          :                       TCCTTTGCATCAAACATAA-TTACTACGTAATATTTTGACCTCTGCTCAAATTGTTCAAA-----AC--ATGTATTATT-TC----TA---TTTA--GGAAGG-A-AAA-TTGA---------GA--AAT---GCG----TAAGC-TTGCATATCATGG---TATGGA-TCTAAT---AGCTGATAAAATTATGGCTTA-C-AA-A-A-ATcataactgtatgattatacttttctgtttctgaatatggcatagtcataataagttcaatgtcatgtgatttgcttttgaccaatattttttggtgatttaacaaagtcatgtagaaatattgacctcaataagtcagcgggtaattaaggtataaaaaaagcgaggaaatcatcctttgagtggggaaccaaactttaaacataatggtgcaagtatctttctga
gi|6                          :                                                    AATTTTCTAACCACTGCTTATATAATGTG--------T--ATGTACTATT-TC---TAT---TTTA--AG-TGG-GTAAA-TAAA---------AAGAATTTAAAAT----TCA----CACACATTTTAT---TATTAT-T----T---AGCCAATCAAAACACAGCTTA-C-AA-A-ACATTGATCATCTGAGCATGTgtaatagtcttccataacaataaacatgaagtagtgcatttttatttttctaattttagtaatagatagaacatgtgaccattatcgaccaataaaaatgtgtcttataaatgttac
gi|7                          : tgcaaaaagtgcatgaacACTTTCCATTGCATCGGTCATAAGTT-------------CTGGCCTCTGCTTAAATAGTTTGAA-----A----TGAGCTATTCTC---TTT---TTTT--AC-CAG-A-AAAGTA-A---------AT--AGT---ACA----CCAGT-CAGCACATCTTAC---TATCAAAC----T---A-CCAATCAGAATACAGCTGATC-AA-A-A-GGTGATCACCTGATCCTGTcataatagccataaaattaatgataacaataaatggtacagtttcttatagcaatgataagtaaatgtgaccactttatgccacaagttgatgctgta
gi|8                          :                                                                                                                                                                      ttttatCACAACTTGC---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATATGACTTA-A-AT-A-A-GTC-ATCATCTGcacaacagttaataaaagtgacaaaataatactgtttctaatataagtaactacattgtataagtgaatatgaacactgaa
gi|9                          :                  aACTCTCAATTACATTTGTCATAAATTGCTATATAATATTCTGACCTTTGCTGGACTAGAATGAA-----GC--ATGTGCTATT-GC---AGA---TTTA--AG-AGG-G-AAA-TACA---------AA--ATT---AAG----TCAGT-TTGCACACCTTAC---TATCAA-T----T---AGCCAGTCAAAATGTGGCTTA-C-AA-ACA-ATGGATCATTTGAACCTGTccacaatgaaaaacacaatagacgtaatatgtgtttctgtctctaacattagtaatagttagcacatcacacatgacagttgactgctattgatcaataaaatatagtgtcatttatcgttatgcgatttgataacattaaagtacaaaaagccactacaagagtcagcgggcgagttaa





Alignments
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lowQualScore                  :                          1       2          3  33          5          3        0  77777  44          3  222222222   0  333333 3 3   3  3 333333333  77 1 9999999999     444     0     666      2 77777777                    9999  2 2 2 999               
lowQualScore                  :                          .       .          .  ..          .          .        .  .....  ..          .  .........   .  ...... . .   .  . .........  .. . ..........     ...     .     ...      . ........                    ....  . . . ...               
lowQualScore                  :                          4       2          9  88          8          7        5  77777  22          1  888888888   2  111111 3 3   3  7 333333333  99 0 7777777777     555     8     111      2 44444444                    6666  5 5 5 999               
consensus                     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---T--A-TTTTAAG-C---GG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
Reference ( family-1632 )     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---T--A-NTTTAAG-C---GG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
gi|1                          :                                     CATACATAACTTGGTAATATCAT------TGCCCAAGT--TGCAAT-----ACTCATATGCTGTT-TC---C--A-TTTTA-G-T---GG-G-AAA-TAGATATACGTCAAAC-AAT---AAT----TCAGT-CCAAATGTCTTGC---TATCGA-T----A---AGCCAATCAAAATACGAC-TA-C-GC-T-T-AGTAACCATCGGAGCCTGT
gi|10                         :                                                                                                                                                          ---ACG----TCAGT-CCACAAAGCGTCC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAGTTACGGCTTA---AA-A-A-GTT-ACCATCcaaaccaacatgtacaaatggagtgtttcatttttggtttctaatatgtttatatataaccgttatctgccaataaaaaaatggtgttatgtatcgataggcgatttaacaggttttaaggagacgtttcattcaataagttggcaagtggtgcaatatgtatatatattactgaa
gi|11                         :                                                   TAA-ATTCTGACCTCAGCTCAAATTATATGAA-----AC--ATA-ACTATT-TC---TGTA-TTTTTAG-CAGGGG-G-AAA-TAG----------AG--ACT---ATG----CCAGT-CAGCTCACCTGTCA--CATCAA-T----C---AGCCAATAAAAATACAGCTTA-T-AA-A-A-ATCgaacatttcatagcaatgaatcaaaatgacgttatactttatcttatataaatagttttagtcaaatatgtacattggactattatggacatattattggtgtaatgtatcggtaggcg
gi|12                         :                                             attgaccaATATTCTACCCTCTGCCCAGATAGAACAAACTTAAGC--ATGTGCTATT-TC---T--A-TTTTTAG-C---AT-G-AAA-TAAA---------AT--ATT---AAGATATTCGGCACAGCACATCTTGC---TAT----------------TAATTAAAATGCTGCTT-----A-A-A-AT-GACTATCTGAGTCTGttagcaaatccaagcagtaatgataataataatgtaataata
gi|13                         :               tgtttttgcaccaattcatttcatcagatTATTATGTAATATCCTAACGTCAGCTCAAATAGTACTGA-----TC--CTGTGATA-T-TC---T--ATGTTTGAT-G---AG-A-AAA-TAAA---------GG--AAT---ACA----CCAGC-CTGCAAGTCATGT---TAAAGA-T----A---AGTCAATAAAAATGTACCTT--C-AA-A-A-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                               CACCTTGCTTATATCAA-T----T---AGTCAATCATGATATGGCTTT-C-AAGA-A-AGTGATCACCTGGGCCTGTgtactcttctt
gi|15                         :                           TTGCATCAATAATAAATTATCAGACAATATTCTAA--TATG---GGACAGTACAAA-----AC--ATGTGCTATA-TC---T--A-A---AA-------G-G-AAA-TGGG---------AA--ATT---A---------------CATGCCTTGC---TATCAA-T----T---AATCAATCAgataacagtgtacaaaaattacatagtaatatattgtatgtttaatatatttcttaccaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                ----TTAGT-CCGCAAACCTTGC---TATCGA-C----A---AGCCAATCAAAACACGGCTTA-C-AA-A-A-
gi|17                         :                    CTCTCCAT-----CGGTCTTAAATTTCTCTGAAATATTTTTGCCTCTGCTCAAGTAGGACAAT-----AC--TTGTGCTATT-TCTCTT--A-TTTTAAtatgtaatcaacactgtaaaataaaatgatgtaatgattatgttactattttta
gi|18                         :                                             tcTGAGTTATATTCTGACCTGTGCTTGGATACTACAAA-----GC--ATAAGCTATT-TC---T--A-CTTTTTG-C---AGTA-AAA-TAAA---------AA--Aaaaaatatgtttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                   TTGT---TATCGA-T----T---AGTCAGTCAAAGTACTACTC--T-AA-A-A-AGGGATTATAAGAGCCTGT
gi|2                          :                                   GTCATAAATAACTGAGAACTATTTTAACATCTGCTCGACTGATTTGAA-----AC--GTATGCTTTT-TC---A--T-TTTTAAG-C---GG-G-------GA---------AA--ACC----CG----TCTTC-CTGCACACTTTGT---TAACGT-T----T---AGCCATTTGAAAAACGACTTG-C-AA-A-A-AGCAATCATGTCAGCCTGcataa
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gi|3                          :                  tctTCTCCTCTGCATCAGTCATAAATTTCTATGTAACAGTTT----TATGCTT---CACTACAGA-----AC--ATGTGCTATT-TC------A-ATTTAGG-T------G-AAA--ACA---------AA--GAT-------------GT-TTGCACATCATGC---TATTAA-T----GAAAAGTTAATCAAACTACcgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                 aCTTGT---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATAGTGCATG-CAAA-A-A-AGTGATCATCTGCGCCTGTaaaataatgtaattgtcacaatttgaaccagtcataataatattcgaattaaactaaagtaatacatttctatgctttaattgtattagtacatgtgaccacttttgacaaatgaaaaaagtcaacatgtctaataagttatttgtcaaatccatag
gi|5                          :                       TCCTTTGCATCAAACATAA-TTACTACGTAATATTTTGACCTCTGCTCAAATTGTTCAAA-----AC--ATGTATTATT-TC---T--A--TTTAGGAA---GG-A-AAA-TTGA---------GA--AAT---GCG----TAAGC-TTGCATATCATGG---TATGGA-TCTAAT---AGCTGATAAAATTATGGCTTA-C-AA-A-A-ATcataactgtatgattatacttttctgtttctgaatatggcatagtcataataagttcaatgtcatgtgatttgcttttgaccaatattttttggtgatttaacaaagtcatgtagaaatattgacctcaataagtcagcgggtaattaaggtataaaaaaagcgaggaaatcatcctttgagtggggaaccaaactttaaacataatggtgcaagtatctttctga
gi|6                          :                                                    AATTTTCTAACCACTGCTTATATAATGTG--------T--ATGTACTATT-TC---T--A-TTTTAAG-T---GG-GTAAA-TAAA---------AAGAATTTAAAAT----TCA----CACACATTTTAT---TATTAT-T----T---AGCCAATCAAAACACAGCTTA-C-AA-A-ACATTGATCATCTGAGCATGTgtaatagtcttccataacaataaacatgaagtagtgcatttttatttttctaattttagtaatagatagaacatgtgaccattatcgaccaataaaaatgtgtcttataaatgttac
gi|7                          : tgcaaaaagtgcatgaacACTTTCCATTGCATCGGTCATAAGTT-------------CTGGCCTCTGCTTAAATAGTTTGAA-----A----TGAGCTATTCTC---T--T-TTTTTAC-C---AG-A-AAAGTA-A---------AT--AGT---ACA----CCAGT-CAGCACATCTTAC---TATCAAAC----T---A-CCAATCAGAATACAGCTGATC-AA-A-A-GGTGATCACCTGATCCTGTcataatagccataaaattaatgataacaataaatggtacagtttcttatagcaatgataagtaaatgtgaccactttatgccacaagttgatgctgta
gi|8                          :                                                                                                                                                                       ttttatCACAACTTGC---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATATGACTTA-A-AT-A-A-GTC-ATCATCTGcacaacagttaataaaagtgacaaaataatactgtttctaatataagtaactacattgtataagtgaatatgaacactgaa
gi|9                          :                  aACTCTCAATTACATTTGTCATAAATTGCTATATAATATTCTGACCTTTGCTGGACTAGAATGAA-----GC--ATGTGCTATT-GC---A--G-ATTTAAG-A---GG-G-AAA-TACA---------AA--ATT---AAG----TCAGT-TTGCACACCTTAC---TATCAA-T----T---AGCCAGTCAAAATGTGGCTTA-C-AA-ACA-ATGGATCATTTGAACCTGTccacaatgaaaaacacaatagacgtaatatgtgtttctgtctctaacattagtaatagttagcacatcacacatgacagttgactgctattgatcaataaaatatagtgtcatttatcgttatgcgatttgataacattaaagtacaaaaagccactacaagagtcagcgggcgagttaa





Alignments
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lowQualScore                  :                          1       2          3  33          5          3        0  77777  44          3  777777  3   1111111  3 3   3  3 333333333  77 1 9999999999     444     0     666      2 77777777                    9999  2 2 2 999               
lowQualScore                  :                          .       .          .  ..          .          .        .  .....  ..          .  ......  .   .......  . .   .  . .........  .. . ..........     ...     .     ...      . ........                    ....  . . . ...               
lowQualScore                  :                          4       2          9  88          8          7        5  77777  22          1  888888  1   7777777  3 3   3  7 333333333  99 0 7777777777     555     8     111      2 44444444                    6666  5 5 5 999               
consensus                     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTNAGC---GG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
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gi|1                          :                                     CATACATAACTTGGTAATATCAT------TGCCCAAGT--TGCAAT-----ACTCATATGCTGTT-TC---C--AT-TTTA-GT---GG-G-AAA-TAGATATACGTCAAAC-AAT---AAT----TCAGT-CCAAATGTCTTGC---TATCGA-T----A---AGCCAATCAAAATACGAC-TA-C-GC-T-T-AGTAACCATCGGAGCCTGT
gi|10                         :                                                                                                                                                         ---ACG----TCAGT-CCACAAAGCGTCC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAGTTACGGCTTA---AA-A-A-GTT-ACCATCcaaaccaacatgtacaaatggagtgtttcatttttggtttctaatatgtttatatataaccgttatctgccaataaaaaaatggtgttatgtatcgataggcgatttaacaggttttaaggagacgtttcattcaataagttggcaagtggtgcaatatgtatatatattactgaa
gi|11                         :                                                   TAA-ATTCTGACCTCAGCTCAAATTATATGAA-----AC--ATA-ACTATT-TC---TGTAT-TTTTAGCAGGGG-G-AAA-TAG----------AG--ACT---ATG----CCAGT-CAGCTCACCTGTCA--CATCAA-T----C---AGCCAATAAAAATACAGCTTA-T-AA-A-A-ATCgaacatttcatagcaatgaatcaaaatgacgttatactttatcttatataaatagttttagtcaaatatgtacattggactattatggacatattattggtgtaatgtatcggtaggcg
gi|12                         :                                             attgaccaATATTCTACCCTCTGCCCAGATAGAACAAACTTAAGC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTTAGC---AT-G-AAA-TAAA---------AT--ATT---AAGATATTCGGCACAGCACATCTTGC---TAT----------------TAATTAAAATGCTGCTT-----A-A-A-AT-GACTATCTGAGTCTGttagcaaatccaagcagtaatgataataataatgtaataata
gi|13                         :               tgtttttgcaccaattcatttcatcagatTATTATGTAATATCCTAACGTCAGCTCAAATAGTACTGA-----TC--CTGTGATA-T-TC---T--ATGTTTGATG---AG-A-AAA-TAAA---------GG--AAT---ACA----CCAGC-CTGCAAGTCATGT---TAAAGA-T----A---AGTCAATAAAAATGTACCTT--C-AA-A-A-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                              CACCTTGCTTATATCAA-T----T---AGTCAATCATGATATGGCTTT-C-AAGA-A-AGTGATCACCTGGGCCTGTgtactcttctt
gi|15                         :                           TTGCATCAATAATAAATTATCAGACAATATTCTAA--TATG---GGACAGTACAAA-----AC--ATGTGCTATA-TC---T--A-----AA-----AG-G-AAA-TGGG---------AA--ATT---A---------------CATGCCTTGC---TATCAA-T----T---AATCAATCAgataacagtgtacaaaaattacatagtaatatattgtatgtttaatatatttcttaccaa
gi|16                         :                                                                                                                                                               ----TTAGT-CCGCAAACCTTGC---TATCGA-C----A---AGCCAATCAAAACACGGCTTA-C-AA-A-A-
gi|17                         :                    CTCTCCAT-----CGGTCTTAAATTTCTCTGAAATATTTTTGCCTCTGCTCAAGTAGGACAAT-----AC--TTGTGCTATT-TCTCTT--AT-TTTAAtatgtaatcaacactgtaaaataaaatgatgtaatgattatgttactattttta
gi|18                         :                                             tcTGAGTTATATTCTGACCTGTGCTTGGATACTACAAA-----GC--ATAAGCTATT-TC---T--AC-TTTTTGC---AGTA-AAA-TAAA---------AA--Aaaaaatatgtttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                  TTGT---TATCGA-T----T---AGTCAGTCAAAGTACTACTC--T-AA-A-A-AGGGATTATAAGAGCCTGT
gi|2                          :                                   GTCATAAATAACTGAGAACTATTTTAACATCTGCTCGACTGATTTGAA-----AC--GTATGCTTTT-TC---A--TT-TTTAAGC---GG-G-------GA---------AA--ACC----CG----TCTTC-CTGCACACTTTGT---TAACGT-T----T---AGCCATTTGAAAAACGACTTG-C-AA-A-A-AGCAATCATGTCAGCCTGcataa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                     a---TATTGA-T----T---CGCCATTCAAAATAGGGCATT-T-AA-A-A-ATAAATCATCTGAGTCTATccatatcagaaaacaaaaatgaagaaatgatatgtttctatttatgattatagtaccgatcagtaaatatgactgttatcgaccgatgtgaatgatgccatgtgtcgtgtggcgattgaaaaggccatagtaaaa
gi|3                          :                  tctTCTCCTCTGCATCAGTCATAAATTTCTATGTAACAGTTT----TATGCTT---CACTACAGA-----AC--ATGTGCTATT-TC---A--AT-TT--AG----GT-G-AAA--ACA---------AA--GAT-------------GT-TTGCACATCATGC---TATTAA-T----GAAAAGTTAATCAAACTACcgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                aCTTGT---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATAGTGCATG-CAAA-A-A-AGTGATCATCTGCGCCTGTaaaataatgtaattgtcacaatttgaaccagtcataataatattcgaattaaactaaagtaatacatttctatgctttaattgtattagtacatgtgaccacttttgacaaatgaaaaaagtcaacatgtctaataagttatttgtcaaatccatag
gi|5                          :                       TCCTTTGCATCAAACATAA-TTACTACGTAATATTTTGACCTCTGCTCAAATTGTTCAAA-----AC--ATGTATTATT-TC---T--AT-TTAGGAA---GG-A-AAA-TTGA---------GA--AAT---GCG----TAAGC-TTGCATATCATGG---TATGGA-TCTAAT---AGCTGATAAAATTATGGCTTA-C-AA-A-A-ATcataactgtatgattatacttttctgtttctgaatatggcatagtcataataagttcaatgtcatgtgatttgcttttgaccaatattttttggtgatttaacaaagtcatgtagaaatattgacctcaataagtcagcgggtaattaaggtataaaaaaagcgaggaaatcatcctttgagtggggaaccaaactttaaacataatggtgcaagtatctttctga
gi|6                          :                                                    AATTTTCTAACCACTGCTTATATAATGTG--------T--ATGTACTATT-TC---T--AT-TTTAAGT---GG-GTAAA-TAAA---------AAGAATTTAAAAT----TCA----CACACATTTTAT---TATTAT-T----T---AGCCAATCAAAACACAGCTTA-C-AA-A-ACATTGATCATCTGAGCATGTgtaatagtcttccataacaataaacatgaagtagtgcatttttatttttctaattttagtaatagatagaacatgtgaccattatcgaccaataaaaatgtgtcttataaatgttac
gi|7                          : tgcaaaaagtgcatgaacACTTTCCATTGCATCGGTCATAAGTT-------------CTGGCCTCTGCTTAAATAGTTTGAA-----A----TGAGCTATTCTC---T--TT-TTTTACC---AG-A-AAAGTA-A---------AT--AGT---ACA----CCAGT-CAGCACATCTTAC---TATCAAAC----T---A-CCAATCAGAATACAGCTGATC-AA-A-A-GGTGATCACCTGATCCTGTcataatagccataaaattaatgataacaataaatggtacagtttcttatagcaatgataagtaaatgtgaccactttatgccacaagttgatgctgta
gi|8                          :                                                                                                                                                                      ttttatCACAACTTGC---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATATGACTTA-A-AT-A-A-GTC-ATCATCTGcacaacagttaataaaagtgacaaaataatactgtttctaatataagtaactacattgtataagtgaatatgaacactgaa
gi|9                          :                  aACTCTCAATTACATTTGTCATAAATTGCTATATAATATTCTGACCTTTGCTGGACTAGAATGAA-----GC--ATGTGCTATT-GC---A--GA-TTTAAGA---GG-G-AAA-TACA---------AA--ATT---AAG----TCAGT-TTGCACACCTTAC---TATCAA-T----T---AGCCAGTCAAAATGTGGCTTA-C-AA-ACA-ATGGATCATTTGAACCTGTccacaatgaaaaacacaatagacgtaatatgtgtttctgtctctaacattagtaatagttagcacatcacacatgacagttgactgctattgatcaataaaatatagtgtcatttatcgttatgcgatttgataacattaaagtacaaaaagccactacaagagtcagcgggcgagttaa





Alignments
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lowQualScore                  :                          1       2          3  33          5          3        0  77777  44          3  777777  3   5  1111  3 3   3  3 333333333  77 1 9999999999     444     0     666      2 77777777                    9999  2 2 2 999               
lowQualScore                  :                          .       .          .  ..          .          .        .  .....  ..          .  ......  .   .  ....  . .   .  . .........  .. . ..........     ...     .     ...      . ........                    ....  . . . ...               
lowQualScore                  :                          4       2          9  88          8          7        5  77777  22          1  888888  1   1  0000  3 3   3  7 333333333  99 0 7777777777     555     8     111      2 44444444                    6666  5 5 5 999               
consensus                     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTNAGC---GG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
Reference ( family-1632 )     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTNAGC---GG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
gi|1                          :                                     CATACATAACTTGGTAATATCAT------TGCCCAAGT--TGCAAT-----ACTCATATGCTGTT-TC---C--AT-TTT-AGT---GG-G-AAA-TAGATATACGTCAAAC-AAT---AAT----TCAGT-CCAAATGTCTTGC---TATCGA-T----A---AGCCAATCAAAATACGAC-TA-C-GC-T-T-AGTAACCATCGGAGCCTGT
gi|10                         :                                                                                                                                                         ---ACG----TCAGT-CCACAAAGCGTCC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAGTTACGGCTTA---AA-A-A-GTT-ACCATCcaaaccaacatgtacaaatggagtgtttcatttttggtttctaatatgtttatatataaccgttatctgccaataaaaaaatggtgttatgtatcgataggcgatttaacaggttttaaggagacgtttcattcaataagttggcaagtggtgcaatatgtatatatattactgaa
gi|11                         :                                                   TAA-ATTCTGACCTCAGCTCAAATTATATGAA-----AC--ATA-ACTATT-TC---TGTAT-TTTTAGCAGGGG-G-AAA-TAG----------AG--ACT---ATG----CCAGT-CAGCTCACCTGTCA--CATCAA-T----C---AGCCAATAAAAATACAGCTTA-T-AA-A-A-ATCgaacatttcatagcaatgaatcaaaatgacgttatactttatcttatataaatagttttagtcaaatatgtacattggactattatggacatattattggtgtaatgtatcggtaggcg
gi|12                         :                                             attgaccaATATTCTACCCTCTGCCCAGATAGAACAAACTTAAGC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTTAGC---AT-G-AAA-TAAA---------AT--ATT---AAGATATTCGGCACAGCACATCTTGC---TAT----------------TAATTAAAATGCTGCTT-----A-A-A-AT-GACTATCTGAGTCTGttagcaaatccaagcagtaatgataataataatgtaataata
gi|13                         :               tgtttttgcaccaattcatttcatcagatTATTATGTAATATCCTAACGTCAGCTCAAATAGTACTGA-----TC--CTGTGATA-T-TC---T--ATGTTTGATG---AG-A-AAA-TAAA---------GG--AAT---ACA----CCAGC-CTGCAAGTCATGT---TAAAGA-T----A---AGTCAATAAAAATGTACCTT--C-AA-A-A-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                              CACCTTGCTTATATCAA-T----T---AGTCAATCATGATATGGCTTT-C-AAGA-A-AGTGATCACCTGGGCCTGTgtactcttctt
gi|15                         :                           TTGCATCAATAATAAATTATCAGACAATATTCTAA--TATG---GGACAGTACAAA-----AC--ATGTGCTATA-TC---T--A-----AA-----AG-G-AAA-TGGG---------AA--ATT---A---------------CATGCCTTGC---TATCAA-T----T---AATCAATCAgataacagtgtacaaaaattacatagtaatatattgtatgtttaatatatttcttaccaa
gi|16                         :                                                                                                                                                               ----TTAGT-CCGCAAACCTTGC---TATCGA-C----A---AGCCAATCAAAACACGGCTTA-C-AA-A-A-
gi|17                         :                    CTCTCCAT-----CGGTCTTAAATTTCTCTGAAATATTTTTGCCTCTGCTCAAGTAGGACAAT-----AC--TTGTGCTATT-TCTCTT--AT-TTTAAtatgtaatcaacactgtaaaataaaatgatgtaatgattatgttactattttta
gi|18                         :                                             tcTGAGTTATATTCTGACCTGTGCTTGGATACTACAAA-----GC--ATAAGCTATT-TC---T--AC-TTTTTGC---AGTA-AAA-TAAA---------AA--Aaaaaatatgtttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                  TTGT---TATCGA-T----T---AGTCAGTCAAAGTACTACTC--T-AA-A-A-AGGGATTATAAGAGCCTGT
gi|2                          :                                   GTCATAAATAACTGAGAACTATTTTAACATCTGCTCGACTGATTTGAA-----AC--GTATGCTTTT-TC---A--TT-TTTAAGC---GG-G-------GA---------AA--ACC----CG----TCTTC-CTGCACACTTTGT---TAACGT-T----T---AGCCATTTGAAAAACGACTTG-C-AA-A-A-AGCAATCATGTCAGCCTGcataa
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gi|3                          :                  tctTCTCCTCTGCATCAGTCATAAATTTCTATGTAACAGTTT----TATGCTT---CACTACAGA-----AC--ATGTGCTATT-TC---A--AT-TT--AG----GT-G-AAA--ACA---------AA--GAT-------------GT-TTGCACATCATGC---TATTAA-T----GAAAAGTTAATCAAACTACcgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                aCTTGT---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATAGTGCATG-CAAA-A-A-AGTGATCATCTGCGCCTGTaaaataatgtaattgtcacaatttgaaccagtcataataatattcgaattaaactaaagtaatacatttctatgctttaattgtattagtacatgtgaccacttttgacaaatgaaaaaagtcaacatgtctaataagttatttgtcaaatccatag
gi|5                          :                       TCCTTTGCATCAAACATAA-TTACTACGTAATATTTTGACCTCTGCTCAAATTGTTCAAA-----AC--ATGTATTATT-TC---T--AT-TTAGGAA---GG-A-AAA-TTGA---------GA--AAT---GCG----TAAGC-TTGCATATCATGG---TATGGA-TCTAAT---AGCTGATAAAATTATGGCTTA-C-AA-A-A-ATcataactgtatgattatacttttctgtttctgaatatggcatagtcataataagttcaatgtcatgtgatttgcttttgaccaatattttttggtgatttaacaaagtcatgtagaaatattgacctcaataagtcagcgggtaattaaggtataaaaaaagcgaggaaatcatcctttgagtggggaaccaaactttaaacataatggtgcaagtatctttctga
gi|6                          :                                                    AATTTTCTAACCACTGCTTATATAATGTG--------T--ATGTACTATT-TC---T--AT-TTTAAGT---GG-GTAAA-TAAA---------AAGAATTTAAAAT----TCA----CACACATTTTAT---TATTAT-T----T---AGCCAATCAAAACACAGCTTA-C-AA-A-ACATTGATCATCTGAGCATGTgtaatagtcttccataacaataaacatgaagtagtgcatttttatttttctaattttagtaatagatagaacatgtgaccattatcgaccaataaaaatgtgtcttataaatgttac
gi|7                          : tgcaaaaagtgcatgaacACTTTCCATTGCATCGGTCATAAGTT-------------CTGGCCTCTGCTTAAATAGTTTGAA-----A----TGAGCTATTCTC---T--TT-TTTTACC---AG-A-AAAGTA-A---------AT--AGT---ACA----CCAGT-CAGCACATCTTAC---TATCAAAC----T---A-CCAATCAGAATACAGCTGATC-AA-A-A-GGTGATCACCTGATCCTGTcataatagccataaaattaatgataacaataaatggtacagtttcttatagcaatgataagtaaatgtgaccactttatgccacaagttgatgctgta
gi|8                          :                                                                                                                                                                      ttttatCACAACTTGC---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATATGACTTA-A-AT-A-A-GTC-ATCATCTGcacaacagttaataaaagtgacaaaataatactgtttctaatataagtaactacattgtataagtgaatatgaacactgaa
gi|9                          :                  aACTCTCAATTACATTTGTCATAAATTGCTATATAATATTCTGACCTTTGCTGGACTAGAATGAA-----GC--ATGTGCTATT-GC---A--GA-TTTAAGA---GG-G-AAA-TACA---------AA--ATT---AAG----TCAGT-TTGCACACCTTAC---TATCAA-T----T---AGCCAGTCAAAATGTGGCTTA-C-AA-ACA-ATGGATCATTTGAACCTGTccacaatgaaaaacacaatagacgtaatatgtgtttctgtctctaacattagtaatagttagcacatcacacatgacagttgactgctattgatcaataaaatatagtgtcatttatcgttatgcgatttgataacattaaagtacaaaaagccactacaagagtcagcgggcgagttaa


blockSeqs                     :                          T       G          A  AT          G          A           CTTAA  .           C  TCTT    G   T  CAGG  T T   G  G .          GA C AAGATAT        ACA           TTA      A CTAAT                       GCA   G C C GTG
blockSeqs                     :                          T       A          A  AG          A          A           .      .           .  TGT     .   T  C     . .   .  A .          .  T TAAAAT         CC            A        . GAAA                        ATC   . . . GGG
blockSeqs                     :                          A       A          T  CT          A          A           .      .           .  T       .   G  G     . .   .  A .          .  A ACG            CA            .        . T                           AT    . . . GCA
blockSeqs                     :                          A       G          A  GA          A          G           .      .           .  T       .   A  C     . .   .  G .          .  T ATG            CT            .        . C                           TC    . . . TAA
blockSeqs                     :                                  T          T  GA          T          A           .      .           .  T       .   A  C     . .   .  A .          .  C ACA            CC            .        . A                           AC    . . . GTG
blockSeqs                     :                                             A  AT          G          G           .      .           .  T       .   T  A     . .   .  G .          .  A GCG            CT            .        . T                           GC    . . . TTG
blockSeqs                     :                                             G  AC          A          G           .      .           .  A       .   A  T     . .   .  C .          .  A ACA            TT            .        . T                           TT    . . . GTG
blockSeqs                     :                                             .  AT          G          A           .      .           .  A       .   G  C     . .   .  G .          .  T AAG            TT            .        . A                           AC    . . . TGG
blockSeqs                     :                                                .           A          A           .      .           .  T       .   A  A     . .   .  A .          .  G CG             CA            .        . T                           AC    . . . TT 
blockSeqs                     :                                                            G          A           .      .           .  T       .   T  .     . .   .  C .          .  T A              TT            .        . T                           AA    . . . TG 
blockSeqs                     :                                                            G          G           .      .           .  T       .   A  .     . .   .  . .          .    .              C             .        . T                           AC    . . . TC 
blockSeqs                     :                                                            .          .           .      .           .  A       .   .                                                  .             .        . T                           A     . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                      .        . T                           C     . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                      .        . T                           T     . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                      .        . T                           .     . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                      .        . T                                          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                      .        . .                                          


blockSeqCons                  :                                                                                          **                                             *********  **
originalCons                  :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTNAGC---GG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
finalCons                     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTNAGC---GG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT





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lowQualScore                  :                          1       2          3  33          5          3        0  77777  44          3  777777  3   5  1111  3 3   3  3 333333333  77 1 9999999999     444     0     666      2 77777777                    9999  2 2 2 999               
lowQualScore                  :                          .       .          .  ..          .          .        .  .....  ..          .  ......  .   .  ....  . .   .  . .........  .. . ..........     ...     .     ...      . ........                    ....  . . . ...               
lowQualScore                  :                          4       2          9  88          8          7        5  77777  22          1  888888  1   1  0000  3 3   3  7 333333333  99 0 7777777777     555     8     111      2 44444444                    6666  5 5 5 999               
consensus                     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTNAGC---GG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
Reference ( family-1632 )     :                  NACTCTCCATTGCATCGGTCATAAATTACTANGTAATATTCTGACCTCTGCTCGAATAGTACGAA-----AC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTNAGC---GG-G-AAA-TAGA---------AA--ANT---ACG----TCAGT-CCGCACACCTTGC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAAATACGGCTTA-C-AA-A-A-ATCGATCATCTGAGCCTGT
gi|1                          :                                     CATACATAACTTGGTAATATCAT------TGCCCAAGT--TGCAAT-----ACTCATATGCTGTT-TC---C--AT-TTT-AGT---GG-G-AAA-TAGATATACGTCAAAC-AAT---AAT----TCAGT-CCAAATGTCTTGC---TATCGA-T----A---AGCCAATCAAAATACGAC-TA-C-GC-T-T-AGTAACCATCGGAGCCTGT
gi|10                         :                                                                                                                                                         ---ACG----TCAGT-CCACAAAGCGTCC---TATCGA-T----T---AGCCAATCAAGTTACGGCTTA---AA-A-A-GTT-ACCATCcaaaccaacatgtacaaatggagtgtttcatttttggtttctaatatgtttatatataaccgttatctgccaataaaaaaatggtgttatgtatcgataggcgatttaacaggttttaaggagacgtttcattcaataagttggcaagtggtgcaatatgtatatatattactgaa
gi|11                         :                                                   TAA-ATTCTGACCTCAGCTCAAATTATATGAA-----AC--ATA-ACTATT-TC---TGTAT-TTTTAGCAGGGG-G-AAA-TAG----------AG--ACT---ATG----CCAGT-CAGCTCACCTGTCA--CATCAA-T----C---AGCCAATAAAAATACAGCTTA-T-AA-A-A-ATCgaacatttcatagcaatgaatcaaaatgacgttatactttatcttatataaatagttttagtcaaatatgtacattggactattatggacatattattggtgtaatgtatcggtaggcg
gi|12                         :                                             attgaccaATATTCTACCCTCTGCCCAGATAGAACAAACTTAAGC--ATGTGCTATT-TC---T--AT-TTTTAGC---AT-G-AAA-TAAA---------AT--ATT---AAGATATTCGGCACAGCACATCTTGC---TAT----------------TAATTAAAATGCTGCTT-----A-A-A-AT-GACTATCTGAGTCTGttagcaaatccaagcagtaatgataataataatgtaataata
gi|13                         :               tgtttttgcaccaattcatttcatcagatTATTATGTAATATCCTAACGTCAGCTCAAATAGTACTGA-----TC--CTGTGATA-T-TC---T--ATGTTTGATG---AG-A-AAA-TAAA---------GG--AAT---ACA----CCAGC-CTGCAAGTCATGT---TAAAGA-T----A---AGTCAATAAAAATGTACCTT--C-AA-A-A-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                              CACCTTGCTTATATCAA-T----T---AGTCAATCATGATATGGCTTT-C-AAGA-A-AGTGATCACCTGGGCCTGTgtactcttctt
gi|15                         :                           TTGCATCAATAATAAATTATCAGACAATATTCTAA--TATG---GGACAGTACAAA-----AC--ATGTGCTATA-TC---T--A-----AA-----AG-G-AAA-TGGG---------AA--ATT---A---------------CATGCCTTGC---TATCAA-T----T---AATCAATCAgataacagtgtacaaaaattacatagtaatatattgtatgtttaatatatttcttaccaa
gi|16                         :                                                                                                                                                               ----TTAGT-CCGCAAACCTTGC---TATCGA-C----A---AGCCAATCAAAACACGGCTTA-C-AA-A-A-
gi|17                         :                    CTCTCCAT-----CGGTCTTAAATTTCTCTGAAATATTTTTGCCTCTGCTCAAGTAGGACAAT-----AC--TTGTGCTATT-TCTCTT--AT-TTTAAtatgtaatcaacactgtaaaataaaatgatgtaatgattatgttactattttta
gi|18                         :                                             tcTGAGTTATATTCTGACCTGTGCTTGGATACTACAAA-----GC--ATAAGCTATT-TC---T--AC-TTTTTGC---AGTA-AAA-TAAA---------AA--Aaaaaatatgtttgtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                  TTGT---TATCGA-T----T---AGTCAGTCAAAGTACTACTC--T-AA-A-A-AGGGATTATAAGAGCCTGT
gi|2                          :                                   GTCATAAATAACTGAGAACTATTTTAACATCTGCTCGACTGATTTGAA-----AC--GTATGCTTTT-TC---A--TT-TTTAAGC---GG-G-------GA---------AA--ACC----CG----TCTTC-CTGCACACTTTGT---TAACGT-T----T---AGCCATTTGAAAAACGACTTG-C-AA-A-A-AGCAATCATGTCAGCCTGcataa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                     a---TATTGA-T----T---CGCCATTCAAAATAGGGCATT-T-AA-A-A-ATAAATCATCTGAGTCTATccatatcagaaaacaaaaatgaagaaatgatatgtttctatttatgattatagtaccgatcagtaaatatgactgttatcgaccgatgtgaatgatgccatgtgtcgtgtggcgattgaaaaggccatagtaaaa
gi|3                          :                  tctTCTCCTCTGCATCAGTCATAAATTTCTATGTAACAGTTT----TATGCTT---CACTACAGA-----AC--ATGTGCTATT-TC---A--AT-TT--AG----GT-G-AAA--ACA---------AA--GAT-------------GT-TTGCACATCATGC---TATTAA-T----GAAAAGTTAATCAAACTACcgtaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                aCTTGT---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATAGTGCATG-CAAA-A-A-AGTGATCATCTGCGCCTGTaaaataatgtaattgtcacaatttgaaccagtcataataatattcgaattaaactaaagtaatacatttctatgctttaattgtattagtacatgtgaccacttttgacaaatgaaaaaagtcaacatgtctaataagttatttgtcaaatccatag
gi|5                          :                       TCCTTTGCATCAAACATAA-TTACTACGTAATATTTTGACCTCTGCTCAAATTGTTCAAA-----AC--ATGTATTATT-TC---T--AT-TTAGGAA---GG-A-AAA-TTGA---------GA--AAT---GCG----TAAGC-TTGCATATCATGG---TATGGA-TCTAAT---AGCTGATAAAATTATGGCTTA-C-AA-A-A-ATcataactgtatgattatacttttctgtttctgaatatggcatagtcataataagttcaatgtcatgtgatttgcttttgaccaatattttttggtgatttaacaaagtcatgtagaaatattgacctcaataagtcagcgggtaattaaggtataaaaaaagcgaggaaatcatcctttgagtggggaaccaaactttaaacataatggtgcaagtatctttctga
gi|6                          :                                                    AATTTTCTAACCACTGCTTATATAATGTG--------T--ATGTACTATT-TC---T--AT-TTTAAGT---GG-GTAAA-TAAA---------AAGAATTTAAAAT----TCA----CACACATTTTAT---TATTAT-T----T---AGCCAATCAAAACACAGCTTA-C-AA-A-ACATTGATCATCTGAGCATGTgtaatagtcttccataacaataaacatgaagtagtgcatttttatttttctaattttagtaatagatagaacatgtgaccattatcgaccaataaaaatgtgtcttataaatgttac
gi|7                          : tgcaaaaagtgcatgaacACTTTCCATTGCATCGGTCATAAGTT-------------CTGGCCTCTGCTTAAATAGTTTGAA-----A----TGAGCTATTCTC---T--TT-TTTTACC---AG-A-AAAGTA-A---------AT--AGT---ACA----CCAGT-CAGCACATCTTAC---TATCAAAC----T---A-CCAATCAGAATACAGCTGATC-AA-A-A-GGTGATCACCTGATCCTGTcataatagccataaaattaatgataacaataaatggtacagtttcttatagcaatgataagtaaatgtgaccactttatgccacaagttgatgctgta
gi|8                          :                                                                                                                                                                      ttttatCACAACTTGC---TATTGA-T----T---AGCCAATCAAAATATGACTTA-A-AT-A-A-GTC-ATCATCTGcacaacagttaataaaagtgacaaaataatactgtttctaatataagtaactacattgtataagtgaatatgaacactgaa
gi|9                          :                  aACTCTCAATTACATTTGTCATAAATTGCTATATAATATTCTGACCTTTGCTGGACTAGAATGAA-----GC--ATGTGCTATT-GC---A--GA-TTTAAGA---GG-G-AAA-TACA---------AA--ATT---AAG----TCAGT-TTGCACACCTTAC---TATCAA-T----T---AGCCAGTCAAAATGTGGCTTA-C-AA-ACA-ATGGATCATTTGAACCTGTccacaatgaaaaacacaatagacgtaatatgtgtttctgtctctaacattagtaatagttagcacatcacacatgacagttgactgctattgatcaataaaatatagtgtcatttatcgttatgcgatttgataacattaaagtacaaaaagccactacaagagtcagcgggcgagttaa