lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222 1 1 222222222222 11 000000000000000000000000000000000000 1 1 5555555555555555555555555555555555 1 111111 5555555555555 111 1111111 11111 11111111 3333333333 22222222222222 11 222222222 111111 44444 33333333333333333 1
lowQualScore : 444 99 0 444 66 4 4 1 2 8 666666666666 4 888 0 22 777 222222222222222222222222222222222222 3 3 4 66 4 0 4 9999 2 9999 3 3 4 2 7 4 1111111111111111111111111111111111 0 4 1 444444 0 4 1111111111111 333 5 3333333 2 00000 4 8 2 4 77 2 3 11111111 5555555555 2 55 77777777777777 11 33 0 4 7777 22 888888888 55 111111 5 6 00000 2 77777777777777777 7 3
lowQualScore : ... .. . ... .. . . . . . ............ . ... . .. ... .................................... . . . .. . . . .... . .... . . . . . . .................................. . . . ...... . . ............. ... . ....... . ..... . . . . .. . . ........ .......... . .. .............. .. .. . . .... .. ......... .. ...... . . ..... . ................. . .
lowQualScore : 000 22 8 000 11 4 3 3 2 9 333333333333 9 000 1 22 888 777777777777777777777777777777777777 4 4 4 11 4 3 4 4444 0 7777 0 9 4 9 8 4 8888888888888888888888888888888888 1 5 8 444444 1 1 4444444444444 111 4 7777777 5 00000 0 0 9 7 33 8 3 77777777 0000000000 9 55 00000000000000 99 11 7 0 7777 88 999999999 55 555555 2 7 66666 0 55555555555555555 3 3
consensus : ATATCC---AA--GAAAAGTT-GCAAAATATAT--G-TTCAACGCTTATCATATTAGAAGAAATGTTA-TT--NATT-A-TGGACATTGATAT--ATGAT--ATTGA---TA----CA---T--AACA------------C-------TTTCATGC-TATTTGCT--CAATT-AACTTT-T----AAATTGATTTCATTCA-TACACAAATAT-ATAA-----AAT--A-AT-TAAG-AAT----AAT----TTCATGAAGTCANTTATA------GCCACAAGTTATATAAT--ATTATTAC-CACTCAACCCATTCATGTGTAC--AT-TGTATATACTT-----TG-ATGTGTTACAACTACT-NTNTAATTG-TAGGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGC------TATTTA---------TTTNTC--TTT------TTTG---TATCGTGCTTCT-TTGTCATG---TATGTCATGC-------A--CATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACNTTACTTAC------TCACTTA--ACACAATAC-ATGTA
Reference ( gi|2 ) : ATATCC---AA--AAAAAGTT-TAAAAATATAT--G-TTCAACACTTATAATATTAGACGAAATATTA-TT--AATT-A-TCAACATTGATAT--ATGAT--ATTGA---TA----CA---T--AACA------------C-------TTCCGTGC-TATTTGCT--CAATT-AACTTT-T----AAATCGATTTTATTCA-TACACAACTAT-ATAA----GAAT--A-ATTTAAG-AAT----GAT----TTCATGAAGTCAATTATA------GCCACAAATTATATAAT-AATTATTAT-CACTCAACCTTTTTATGTGTAC--AT-TGTATATACTT-----TG-ATGTGTCACAACTACT-TTTTAATTG-TAGGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGC------TTTTTA---------GTTATC--TTT------TATG---AATCATGCTTCT-TTGTCATG---TATGCCATAG-------A--CATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCGTACCTAT------TCATTTA--A-ACAATAC-ATGTACATTTATTTTATA
gi|3 : ATATCC---AAGAAAAAAATT-GCAAAATATAT--G-GTCAACGCATATCCTATTAGAAGAAATATTA-TTTTATTT-A-TGGACATTGATAT--ATGAT--ATTAA---TA----CA---T--------------------------------------TTGCT--CATTT-GACTTT-T----AAATTGATCGCATTCA-TACACAA--AT-AT----------------------AAT----GAT----TTCATGAAGTTATCTATA------GCCACACGTTATATAA--A--TATTAC-CACTCAACCTATCCATATGTAC--AT-TGTATATACTT-----TG-ATGTGTTACAACAGCT-ATTT-ATTG-TAGACGACGTATAGGCCAGTTATGCCGGGGGC------TATTTATTCATAGTTGTTGTT--TTT------T-TT---CACCGTGTTTCT-TTGTCATG---AATGTCATGC-------A--CATGTCA------CTTTAATAAAATAT
gi|9 : tatacttataaaactcttcaagtttgtgaaaaaaaatgttatatttgatgcatatgcATGTCC---AA--GAAAAGTT-GCAAAATATAT--G-TTCAACGCTTATAATATTAGAAGACATATTA-TT-----T-A-TGAACATTGATGT--ATTAT--ATTGT---TA----CA---T--TACT------------T-------TTTCATGC-TATTTACT--CAATT-A-CTTTAC----AAA--AA--------A-GAGATAAATAT-ATAA-----AAT--ACAT--AAA-AAT----GAT----TTCATGAGGTCAATTATA------GGCACAAGTTATATAAT-A--TA--AC-CACTCAACCCATTCATGTGTAC--AC-TGTATATAATT-----TG-ATGTGTTACAACTGCTATATTTATAG-TAGGTGATTTAAAGGCCCAT
gi|1 : tacATATCG---AA--GAAAAGAT-GCAAAATATGT--T-GTCATTGCTTATCACATTAGAAGAGATGTTA-TT--TATT-AATTTAC-CTGA-AT--ATGGTCTACCGA---TATGATCA---T--GGCAAACTGAATTTATC-------TTTCGTTC-CATTTGTT--CAATTGAACTTT-T----AAATTTATTTCATTCA-TCCATAAATATTATAGT---GGAG--A-A----AG-AAT----AATA---TTCAT--------CTATA------AACATAAGCTATACAAT-T-TTA--AC-CACTCAACTCATTCATGTGTA----------TGTACTT-----TG-ATATGTTACAACTAAT-CTATAATTG-TAGGTGACCTAATGGCCCTTT-------ACGC------TTTTTA---------CTTTTC--TTG------TATG---TATTATG-------TATTAT------TGTCATAC-------A--CATGTCA------CTTAAATAAAATATTTACTAA-CCT-CCTTGCTTAC------TCACTCAATA-AC-ATAC-
gi|11 : acatatatttatgaaaatcacatctgtcgaggatgatttgcactttttattcaactgtgaacttgatatgcatttaagagaaaatacatttgttgacaattgtgataatcttagttgtaaaactctttaaatttgtgaaaaattgtcatattaaatgcatgaATATCCTAGAA--ATAATATC-CAAGAAAAAAT--GCTTCGACGCTTATCATATAAGAAGAAATG--A-TT--AA---A-T-AATATTAATAT----GATCAATTG----------CA---A--AATA------------CAATTTTTTTTCATGT-TATTTGCT--CACTT-ACCTTT-TTTAAAAATTGATTTTATT---TACACAAATAT-ATAAATCTGAATTAA-ATTGAAA-GATATAAAATCAAATTCATG-----AATT-TA------GCTCCAAATCATATACG-TATTACCACACGCTCA---TTCATGTGTATAC--ATCTACATACACTT-----TG-ATGTGTcaatattttcataaacaac
gi|4 : TATCC---TA--GAAATGTT-GTGAAATATAT--G-TTCAATGGTTATCATATTAGAAGAAATATTA-TT--TATTTA-TGAACATCGATTT--ATGAT--ATTAA---TA----CA------ATTA------------T-------CTTCATGC-CATTTGCT--TAATA-ATTTTT-T----TTATTGACTTCATTCA-AACGCA-CTTT-ATCA----AGCT--A----TAAG-ACT----AAT----TTTATGAAGTCAGTTATA------ACCACAAGTTGTAGAGC----TATTAC-CACTCAACCTATTCATGTGTAC--AT-GGTTTATACGTGTGTGTGTGTGTGTGATAACTACT-CTATAATTG-TAGGTGACCTATATGCCCATTGGTCCTTGTGCTATTTATTTTTA---------TTCATC--TTG------TTTG---TACTTTGCTTTT-CTATCATG---TGAGCCATGC-------A--TATGCCA------CTATACTAAAATATGTATTTA-CTAACT-TACTTAC------TTAt
gi|13 : A--AATAAGCTCTAAAAATATATTTG-TTCACTACTTATCATATTGGAAGAAATGCTA-TT--TATTTA-TGGACTTTGATCCCCATTAT--ACGTA---TAA---CA---T--A-CAATTAT-------C-------TTTCAAGC-TATTTGCT--CATTC-A------T----ACATAGA---TAT--A-TATACAG--AT-ATAA-----AAT--A-CTTT--T-TAT----GAA----TTCATc
gi|8 : tgtatacttggtagAAAAATT-GGAAAATATAT--G-TCGAATGCTTATCATATTAGAGGAGATATTATTT--ATTT-A-TGAACATGGTTAT--ATACT--ATTGA---TAGAATCATAGT--AACATACAATGAT---C-------TTTCATGC-TATTTACT--TTAGT-AACTTT-T----AAATTTAGTTGATTCA-TA---AA-GAT-ATAA----AAAT--A-ATTTctaaa
gi|17 : atatgtttcaggtaacggaacatatatgtgacagattctgagacttgccgtctattcaagacaaaatgcacattttacctaactgtaaacttcataatgatttaagagaaaatgcatttttcatgaaagttgatatatttgatgcAAATGTT-GCAAAATATAT--G-TTCAACGCTTGTGATATTAGACAAAATATTATTT--ATTT-A-TGGGCTTTGCTAT-----AT--ATGGAGCGTA----TA---TGGAACG------------C-------TTCCATt
gi|5 : acttgaaaatgATATAT--C-TT-ATTGCTTATCATATTAAAAGAAATGTTA-TT--TATTTA-TGGACCTTGATAT--ATGAT--ATTAA---TA----C---------------------------------CTGTTCATAGTTACAAACAATT-ATTTTT-T----A---TG-CTTTATTAAGT---TAACT-T-G-AA----TAAC--A-AT--AAG-ACT----ACT----TTCATGAATTCA-TCGT-------GCCACAAGCTATATACT-------TAT-CAC--AA-----------------AT--GTATATGATT-----TG-ATGTGTAAGAACTATT-TTATAATTG-TAGGTGACATAAAGACTTATAGGGCCGATTGC------TATTTA---------TTTTTC--TTT------TCTG---CATGATGCATTT-TTGCCAAA---CATATCATGT-------A--CATGTCA------ATATAACAAAATATTTACTTATCTTATGTTATTTATATTTTCCCATCTA--ACACAATAC-aactcttacgt
gi|7 : -TATATGCT--CAATA-AACTTT-T----AAATTGATTTCATTCA-TACACAGATAT-ATAA----CAAT--A----TAAGAAAA----AAT----TTCATGAACTCATTTATA------GTCACAAGTTTTATAGTAAACTATTAC-CACTCAACCCATTCATGTGTAA--AT-TTTACA----T-----TG-ATGTGTTACAACTGTT-ACAAAATT----AATGAATTATAGGTCCATTGGA-CGGGTGT------TATTTA---------TTTATC--TTT------TTTG---TATCATGCGTCT-TTGTCTTG---TCTGTCATAC-------ATTTATATAA------CT-TACTGACTTACTTACTTA-CTTGCtaatgcgtttcaataccacatgt
gi|6 : tgaacataggttctatgaatgatagtttataattagttgataga--A-ATGTTAG-AAC----ACT----TTTATGAAATCATTTATACATTTGGCC-CGAGCTTTATAA---AT-ATCAA-CACTAAACCCATTCATGTGCA----------TAAACTT-----TG-ATGTTTTA-ATTTA-T-TTTTAATTA-TAGGTGACTTATCAGTCCACCGAGCCGAGCGC------TATTTAT--------GTTTTC--CTC------TTTG---CATTATGC-TGT-TTGTCATG---CAC--------------A--CATGTCA------CTATGACAAAACACTTACTt
gi|16 : ttaaatatatctcataacattgttttacttaaatttggaccagtcttaatattatacaATTCGACACTTTCATGTGTACCTAC-CGTGTAT--TT-----CG-ATGTGTTAGAACTAAT-CTATCACTA-TAGGACACTTATGAGCCCATTATGCTGcgcacataatttgtactgaaacactttgcaattattaaggacttaaaagaattattttataaaatattatt
gi|14 : TTCATGTGTAC--AT-TGTTTATACGT-----TG-ATGTGTTACAACTACT-ATTAAATTG-TATTTGATTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGC------TATTTA---------TTCTTC--TTT------TTTG---TATCGTGTTTCT-TTGTCATT---TAAGTCATGC-------A--CATGTCACTAATTCTATAATCAAATATTTACTTA-Cttcacactatgatgcacatttcactttgataaattattt
gi|20 : a-TTTTAATCAATAGGTGACTTATAAGCCAA-TGGGCCGGGTGC------TATTTcggcat
gi|10 : gatgTTGAATTA--AGGTGACTTATAGGCCCAATGGGCCGGGTGC------TCTTTA-----------TATTTGTTT------TGTGTTCTATTGTA-TTGT-TTGTTATAAATTATGC------------A--CATGTCA------CTTTAATAAAATATcataatgttgcgtgt
gi|15 : gatactgtaaTG-TAGGTAATT---AGACCCATTGGGACTG-TGC------TATCTA---------TTTATC--TTTAATATCTATT---TATCATGTTTCT-TTGGCATG---TATGCTATAC-------A--CATTTCA------CTGCAATAAAATATTTACTTT-CT-----TACCTAT------TTACTTG--ATACACTACTATGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtataacataggtctttcaccgtctcgttgtcaagtggtaatttgattgcagcagattaaatgttaagtgataaagtattacaatgtaatgaacaaaaatagtttattaatcaa
gi|19 : cttacgATTGGGCCGGGTGC------TCTTTA-----------TATT--TGT------TTTG--------TG-TTCTATTGTTGTG---TTTGTTACAAATTATGCA--CATGCCA------CTATAATAAAATACTTA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CGGACAGATACGTCGGAGAAAAACCGGAGCAAAGACTGAAGGTTCGGCGAAATGCAGTCTGTTGAGGATGAAATACACGTTTTATTATACTATGAACTGTACATGCATTTAAGAGAACAAACATTTGGTGATATTATTGATAACAATACTTATAAAAATCTTCTAAATGAAAAAAATGTCATATTTGATGCATACATATTTAAGAAAAGTTGCAAACGATATGTTATTTACGCTTATGA
Unaligned ( gi|18 ): TATTATACTGTGAATTGTATATGCATTTTAGAGAAAATACATTTGGTGATATCTCTGATGACAATACTTATAGACCTTCAAACTCATATGC
Unaligned ( gi|21 ): TGCTAACTATAAAGATATATTCAATTAAGGCACTCACTAATTTAATTTAT
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111 6666666666666666666666666666666666666666 4444444444444444444444 111111 33333333 1111111111111111 111111 11 1111111 111111 11 111111 1111 1 1
lowQualScore : 66 55 1 666 8888 8 3333333 0 2 2 4 55 777 6666666666666666666666666666666666666666 44 0 55 4 6 4 8888 1 777 3 2 2 4444 8888888888888888888888 4 4 55 4 8888 6 6 222222 77777777 4 55 666 44 3 99999 1 3 1 44 888 3 3 5555555555555555 000000 6 666 11 00 3 2 1111111 1 000000 5 0 33 77 666666 2222 0 0
lowQualScore : .. .. . ... .... . ....... . . . . .. ... ........................................ .. . .. . . . .... . ... . . . .... ...................... . . .. . .... . . ...... ........ . .. ... .. . ..... . . . .. ... . . ................ ...... . ... .. .. . . ....... . ...... . . .. .. ...... .... . .
lowQualScore : 11 00 4 444 3333 0 0000000 5 4 4 0 55 000 8888888888888888888888888888888888888888 00 7 55 0 1 0 5555 6 000 2 5 3 8888 0000000000000000000000 0 0 55 0 5555 6 3 888888 33333333 6 00 444 88 6 11111 6 2 0 33 555 1 6 6666666666666666 555555 1 444 44 22 6 5 8888888 2 555555 0 1 66 99 444444 1111 5 0
consensus : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAATATTATTT-ATTT-A-------TGGACATTGATATA-TGAT--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TTCATGCTATTTGCT--CAATT-ANCTTT-T----AAATTGATT---TCATTCATACACAAATAT-AT-A---A-----AAT--AAT--T--AAG-A-AT--AA-T----TTCATGAAGTCATTTATA------GCCACAAGTTATATAAT--A-TTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TNTG---TATCGTGCTTCT-TTGTCATGTATG-------TCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCTTACT--TA------CT----CACTTAATACAATAC-ATGTA
Reference ( family-1611 ) : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAATGTTATTN-A-TT-A-------TGGACATTGATATA-TGAT--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TTCATGCTATTTGCT--CAATT-AACTTT-T----AAATTGATT---TCATTCATACACAAATAT-AT-A---A-----AAT--AAT--T--AAG-A-AT--AA-T----TTCATGAAGTCANTTATA------GCCACAAGTTATATAAT--A-TTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TTTG---TATCGTGCTTCT-TTGTCATGTATG-------TCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACNTTACT--TA------CT----CACTTAACACAATAC-ATGTA
gi|1 : ATATCGAAGAAAAG--ATGCAAAATATGT--TGTCA---TTGCTTATCACATTAGAAGAGATGTTATTT-A-TT-AATTTACCTGAATA-TGGTCTACCGAT--A-TGA---T-----C--A---T--GGCAAACTGAATTTATC-------T-TTCGTTCCATTTGTT--CAATTGAACTTT-T----AAATTTATT---TCATTCATCCATAAATAT--T-A---T-----AGTG-GAG--A--AAG-A-AT--AA-T-------AT----TCATCTATA------AACATAAGCTATACAAT--T-TTA--ACCACTCAACTCATTCATG------------TGTATGTAC-TTTG-----ATATGTTACAACTAATCT-ATAATTG---TA-GGTGACCTAATGGCCCTTT-------ACGCTTTTTAC-TT------TT--------CTTG------TATG---TATTATG-------TATTAT---TG-------TCATACACATGTCA------CTTAAATAAAATATTTACTAA-CCT-CCTTGCT--TA------CT----CACTCAATAACATAC-
gi|10 : acatatatttatgaaaatcacatctgtcgaggatgatttgcactttttattcaactgtgaacttgatatgcatttaagagaaaatacatttgttgacaattgtgataatcttagttgtaaaactctttaaatttgtgaaaaattgtcatattaaatgcatgaT-GTAATTGAATTAAGGTGACTTATAGGCCCAATGGGCCGGGTGCTCTTTAT-AT------TT--------GTTT------TGTGTTCTATTGTA-TTGT-TTGT--TATAAA-------TTATGCACATGTCA------CTTTAATAAAATATcaatattttcataaacaac
gi|11 : gatacATATCCAAGAAAAA--ATGC------------TTCG---ACGCTTATCATATAAGAAGAAATG--ATTA-A-AT-A----------ATATTA--ATA-TGATCAATTG----------C--A---A--AATA------------CAATTTTTT-TTCATGTTATTTGCT--CACTT-ACCTTT-TTTAAAAATTGATT---TTATT--TACACAAATAT-AT-A---AATCTGAATTAAAT--TGAAAG-ATATAAAA-TCAAATTCATGAA-----TT-TA------GCTCCAAATCATATA----C-GTATTACCACAC-GCTCATTCATGTGTATAC--ATCTACATACAC-TTTG-----ATGTGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtataacataggtctttcaccgtctcgttgtcaagtggtaatttgattgcagcagattaaatgttaagtgataaagtattacaatgtaatgaacaaaaatagtttattaatcaa
gi|12 : atatcctagaaataATATTTAAGAAAAG--TTGCAAACGATAT--GTT-ATTTACGCTTAT
gi|13 : cggacagatacgtcggagaaaaaccggagcaaagactgaaggttcggcgaaatgcagtctgttgaggatgaaatacacgttttattatactatgaactgtacatgcatttaagagaacaaacatttggtgatattattgataacaatacttataaaaatcttctaaatgaaaaaaatgtcatatttgatgcatacAAAATATATTTGTTCA---CTACTTATCATATTGGAAGAAATGCTATTT-ATTT-A-------TGGACTTTGAT----CCCC--ATT-A---TA----CGTA---T--AACA-----------------------------TA--------CAATT-ATCTTT-C----AAGCT-ATTTGCTCATTCATACATAGATAT-AT-ATACA-----GAT--A----T--AA--A-AT--ACTT----TTTATGAATTCATCTAga
gi|14 : tgtatacttggtagaaataagctctaATTCATGTG--TAC--AT-TGTTTATAC-GTTG-----ATGTGTTACAACTACTAT-TAAATTG---TA-TTTGATTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TC------TT--------CTTT------TTTG---TATCGTGTTTCT-TTGTCATTTAAG-------TCATGCACATGTCACTAATTCTATAATCAAATATTTACTTA-Caa
gi|15 : TG---TA-GGTAATT---AGACCCATTGGGACTG-TGCTATCTAT-TT------AT--------CTTTAATATCTATT---TATCATGTTTCT-TTGGCATGTATG-------CTATACACATTTCA------CTGCAATAAAATATTTACTTT-CTTACC-------TA------TT----TACTTGATACACTACTATGTAcggcat
gi|16 : cttacgATTCGACACTTTCATGTG--TACCTAC-CGTGTAT---TTCG-----ATGTGTTAGAACTAATCT-ATCACTA---TA-GGACACTTATGAGCCCATTATGCTG
gi|17 : GAAATG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTGTGATATTAGACAAAATATTATTT-ATTT-A-------TGGGCTTTGCTAT----AT--ATGGAGCGTA----T--A---TGGAACG------------C-------T-TCCATttcacactatgatgcacatttcactttgataaattattt
gi|19 : acttgaaaatATTGGGCCGGGTGCTCTTTAT-AT------TT--------GTTT------T----------GTG-TTCTATTGTTGTGTTTGTTACAAATTATGCACATGCCA------CTATAATAAAATACTTAaactcttacgt
gi|2 : ATATCCAAAAAAAG--TTTAAAAATATAT--GTTCA---ACACTTATAATATTAGACGAAATATTATTA-A-TT-A-------TCAACATTGATATA-TGAT--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TCCGTGCTATTTGCT--CAATT-AACTTT-T----AAATCGATT---TTATTCATACACAACTAT-AT-A---AG----AAT--AAT--TT-AAG-A-AT--GA-T----TTCATGAAGTCAATTATA------GCCACAAATTATATAAT--AATTATTATCACTCAACCTTTTTATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTCACAACTACTTT-TTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTTTTTAG-TT------AT--------CTTT------TATG---AATCATGCTTCT-TTGTCATGTATG-------CCATAGACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCGTACC--TA------TT----CATTTAA-ACAATAC-ATGTAa
gi|20 : T-TTAATCAA--TA-GGTGACTTATAAGCCAAT-GGGCCGGGTGCTATTTcatttattttata
gi|3 : gatgtATATCCAAGAAAAAAATTGCAAAATATAT--GGTCA---ACGCATATCCTATTAGAAGAAATATTATTTTA-TTTA-------TGGACATTGATATA-TGAT--ATTAA---TA----C--A---T--------------------------------------TTGCT--CATTT-GACTTT-T----AAATTGATC---GCATTCATACACAAATAT-A-------------------------------AT--GA-T----TTCATGAAGTTATCTATA------GCCACACGTTATATAA---A-T-ATTACCACTCAACCTATCCATATG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACAGCTAT-TT-ATTG---TA-GACGACGTATAGGCCAGTTATGCCGGGGGCTATTTAT-TC------ATAGTTGTTGTTTT------TTTT---CACCGTGTTTCT-TTGTCATGAATG-------TCATGCACATGTCA------CTTTAATAAAATATcataatgttgcgtgt
gi|4 : tatacttataaaactcttcaagtttgtgaaaaaaaatgttatatttgatgcatatgcTATCCTAGAAATG--TTGTGAAATATAT--GTTCA---ATGGTTATCATATTAGAAGAAATATTATTT-ATTT-A-------TGAACATCGATTTA-TGAT--ATTAA---TA----C--A------ATTA------------T-------C-TTCATGCCATTTGCT--TAATA-ATTTTT-T----TTATTGACT---TCATTCAAACGC-ACTTT-ATCA---A-----GCT--A----T--AAG-A-CT--AA-T----TTTATGAAGTCAGTTATA------ACCACAAGTTGTAGA----G-CTATTACCACTCAACCTATTCATGTG--TAC--AT-GGTTTATACGTGTGTGTGTGTGTGTGATAACTACTCT-ATAATTG---TA-GGTGACCTATATGCCCATTGGTCCTTGTGCTATTTAT-TTTTATTCAT--------CTTG------TTTG---TACTTTGCTTTT-CTATCATGTGAG-------CCATGCATATGCCA------CTATACTAAAATATGTATTTA-CTAAC-TTACT--TA------CT----TAC
gi|5 : ATATAT--CTT-A---TTGCTTATCATATTAAAAGAAATGTTATTT-A-TTTA-------TGGACCTTGATATA-TGAT--ATTAA---TA----C-------------------------C-------TGTTCAT---AGTTACAAACAATT-ATTTTT-T----A---TGCTT---T-ATT-------AAGT----T-A---ACTTG-AAT--AACAAT--AAG-A-CT--AC-T----TTCATGAATTCA-TCGT-------GCCACAAGCTATATACT--------TATCAC--AA-------------------AT--GTATATGA-TTTG-----ATGTGTAAGAACTATTTT-ATAATTG---TA-GGTGACATAAAGACTTATAGGGCCGATTGCTATTTAT-TT------TT--------CTTT------TCTG---CATGATGCATTT-TTGCCAAACATA-------TCATGTACATGTCA------ATATAACAAAATATTTACTTATCTTATGTTATT--TATATTTTCC----CATCTAACACAATAC-
gi|6 : AATATTAT-AC--A-----AAT--G-T--T--A-G-A-AC--AC-T----TTTATGAAATCATTTATACATTTGGCC-CGAGCTTTATAA---A-T-ATCAACACTAAACCCATTCATGTG--CA----------TAAAC-TTTG-----ATGTTTTA-ATTTA-TTT-TTAATTA---TA-GGTGACTTATCAGTCCACCGAGCCGAGCGCTATTTATGTT------TT--------CCTC------TTTG---CATTATGC-TGT-TTGTCATGCA--------------CACATGTCA------CTATGACAAAACACTTACTCG-C--ACATAATTTGTA------CTGAAACACTTtaatgcgtttcaataccacatgt
gi|7 : ttaaatatatctcataacattgttttacttaaatttggaccagtcttTATATGCT--CAATA-AACTTT-T----AAATTGATT---TCATTCATACACAGATAT-AT-A---AC----AAT--A----T--AAGAA-AA--AA-T----TTCATGAACTCATTTATA------GTCACAAGTTTTATAGTAAA-CTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAA--AT-TTTACA-----TTG-----ATGTGTTACAACTGTTAC-AAAATT-------AATGAATTATAGGTCCATTGGA-CGGGTGTTATTTAT-TT------AT--------CTTT------TTTG---TATCATGCGTCT-TTGTCTTGTCTG-------TCAT--ACAT----------TTAT-ATAACTTACTGACTTA-CTTAC-TTACT--TG------CT----tgcaattattaaggacttaaaagaattattttataaaatattatt
gi|8 : tgaacataggttctatgaatgatagtttataattagttgatagaAAAAA--TTGGAAAATATAT--GTCGA---ATGCTTATCATATTAGAGGAGATATTATTT-ATTT-A-------TGAACATGGTTATA-TACT--ATTGA---TAGAATC--ATAGT--AACATACAATGAT---C-------T-TTCATGCTATTTACT--TTAGT-AACTTT-T----AAATTTAGT---TGATTCATA-A-AGATAT-A--A---A-----AAT--AAT--T--
gi|9 : atatgtttcaggtaacggaacatatatgtgacagattctgagacttgccgtctattcaagacaaaatgcacattttacctaactgtaaacttcataatgatttaagagaaaatgcatttttcatgaaagttgatatatttgatgcATGTCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATAATATTAGAAGACATATTATT-----T-A-------TGAACATTGATGTA-TTAT--ATTGT---TA----C--A---T--TACT------------T-------T-TTCATGCTATTTACT--CAATT-A-CTTTAC----AAA--AA-----------AGAGATAAATAT-AT-A---A-----AAT--ACA--T--AAA-A-AT--GA-T----TTCATGAGGTCAATTATA------GGCACAAGTTATATAAT--A-T-A--ACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AC-TGTATATAA-TTTG-----ATGTGTTACAACTGCTATATTTATAG---TA-GGTGATTTAAAGGCCCATtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATTATACTGTGAATTGTATATGCATTTTAGAGAAAATACATTTGGTGATATCTCTGATGACAATACTTATAGACCTTCAAACTCATATGC
Unaligned ( gi|21 ): TGCTAACTATAAAGATATATTCAATTAAGGCACTCACTAATTTAATTTAT
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444444 111111 33333333 1111111111111111 111111 111 11 111111 111111 1
lowQualScore : 66 55 1 666 4 4 3 1 3 0 55 55 777 5555555555555555555555555555555555555555 44 0 55 4 1 8888 1 777 3 2 2 4444 8888888888888888888888 4 4 4 4 777 222222 77777777 4 55 666 44 3 99999 1 3 1 44 888 3 3 5555555555555555 000000 1 222 44 22 2 0 1 4 1 000000 5 1 5 3 999999 7 0
lowQualScore : .. .. . ... . . . . . . .. .. ... ........................................ .. . .. . . .... . ... . . . .... ...................... . . . . ... ...... ........ . .. ... .. . ..... . . . .. ... . . ................ ...... . ... .. .. . . . . . ...... . . . . ...... . .
lowQualScore : 11 00 4 444 0 0 3 4 5 9 55 55 000 3333333333333333333333333333333333333333 00 7 55 0 0 5555 6 000 2 5 3 8888 0000000000000000000000 0 0 0 1 000 888888 33333333 6 00 444 88 6 11111 6 2 0 33 555 1 6 6666666666666666 555555 0 777 66 44 0 5 2 9 2 555555 7 7 2 2 222222 0 0
consensus : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TTCATGCTATTTGCT--CAATT-ANCTTTT----AAATTGATT---TCATTCATACACAAATAT-AT-A---A-----AAT--AAT--T--AAG-A-ATAA-TTTCATGAANTCAT---TTATA------GCCACAAGTTATATAAT--A-TTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TNTG---TATCG-TGCTTCTTTGTCATGTATGTCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCTTACTTA------CTCACTTAATACAATAC-ATGTA
Reference ( family-1611 ) : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TTCATGCTATTTGCT--CAATT-ANCTTTT----AAATTGATT---TCATTCATACACAAATAT-AT-A---A-----AAT--AAT--T--AAG-A-ATAA-TTTCATGAAGTCAT---TTATA------GCCACAAGTTATATAAT--A-TTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TNTG---TATCG-TGCTTCTTTGTCATGTATGTCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCTTACTTA------CTCACTTAATACAATAC-ATGTA
gi|1 : ATATCGAAGAAAAG--ATGCAAAATATGT--TGTCA---TTGCTTATCACATTAGAAGAGAT-GTTATTT-ATTAATTTAC-CTGA-ATATGGTCT--ACCGA---TATGATC--A---T--GGCAAACTGAATTTATC-------T-TTCGTTCCATTTGTT--CAATTGAACTTTT----AAATTTATT---TCATTCATCCATAAATAT--T-A---T-----AGTG-GAG--A--AAG-A-ATAA-T---AT----TCAT---CTATA------AACATAAGCTATACAAT--T-TTA--ACCACTCAACTCATTCATG------------TGTATGTAC-TTTG-----ATATGTTACAACTAATCT-ATAATTG---TA-GGTGACCTAATGGCCCTTT-------ACGCTTTTTAC-TT------TT--------CTTG------TATG---TATTA-TG------TATTAT---TGTCATACACATGTCA------CTTAAATAAAATATTTACTAA-CCT-CCTTGCTTA------CTCACTCAATAACATAC-
gi|10 : acatatatttatgaaaatcacatctgtcgaggatgatttgcactttttattcaactgtgaacttgatatgcatttaagagaaaatacatttgttgacaattgtgataatcttagttgtaaaactctttaaatttgtgaaaaattgtcatattaaatgcatgaT-GTAATTGAATTAAGGTGACTTATAGGCCCAATGGGCCGGGTGCTCTTTAT-AT------TT--------GTTT------TGTGTTCTATTG-TA-TTGTTTGT--TATAAATTATGCACATGTCA------CTTTAATAAAATATcaatattttcataaacaac
gi|11 : gatacATATCCAAGAAAAA--ATGC------------TTCG---ACGCTTATCATATAAGAAGAAATGATTAAAT-A-------ATATTA--ATATGA--TCAATTG----------C--A---A--AATA------------CAATTTTTT-TTCATGTTATTTGCT--CACTT-ACCTTTTTTAAAAATTGATT---TTATT--TACACAAATAT-AT-A---AATCTGAATTAAAT--TGAAAG-ATATAA-AATCA--AATTCATGAATT-TA------GCTCCAAATCATATA----C-GTATTACCACAC-GCTCATTCATGTGTATAC--ATCTACATACAC-TTTG-----ATGTGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtataacataggtctttcaccgtctcgttgtcaagtggtaatttgattgcagcagattaaatgttaagtgataaagtattacaatgtaatgaacaaaaatagtttattaatcaa
gi|12 : atatcctagaaataATATTTAAGAAAAG--TTGCAAACGATAT--GTT-ATTTACGCTTAT
gi|13 : cggacagatacgtcggagaaaaaccggagcaaagactgaaggttcggcgaaatgcagtctgttgaggatgaaatacacgttttattatactatgaactgtacatgcatttaagagaacaaacatttggtgatattattgataacaatacttataaaaatcttctaaatgaaaaaaatgtcatatttgatgcatacAAAATATATTTGTTCA---CTACTTATCATATTGGAAGAAAT-GCTATTT-ATTTATGGACTTTGAT---CCC--C--ATT-A---TA----CGTA---T--AACA-----------------------------TA--------CAATT-ATCTTTC----AAGCT-ATTTGCTCATTCATACATAGATAT-AT-ATACA-----GAT--A----T--AA--A-ATACTTTTTATGAATTCAT---CTAga
gi|14 : tgtatacttggtagaaataagctctaATTCATGTG--TAC--AT-TGTTTATAC-GTTG-----ATGTGTTACAACTACTAT-TAAATTG---TA-TTTGATTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TC------TT--------CTTT------TTTG---TATCG-TGTTTCTTTGTCATTTAAGTCATGCACATGTCACTAATTCTATAATCAAATATTTACTTA-Caa
gi|15 : TG---TA-GGTAATT---AGACCCATTGGGACTG-TGCTATCTAT-TT------AT--------CTTTAATATCTATT---TATCA-TGTTTCTTTGGCATGTATGCTATACACATTTCA------CTGCAATAAAATATTTACTTT-CTTACC-----TA------TTTACTTGATACACTACTATGTAcggcat
gi|16 : cttacgATTCGACACTTTCATGTG--TACCTAC-CGTGTAT---TTCG-----ATGTGTTAGAACTAATCT-ATCACTA---TA-GGACACTTATGAGCCCATTATGCTG
gi|17 : GAAATG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTGTGATATTAGACAAAAT-ATTATTT-ATTTATGGGCTTTGCTAT---A--T--ATGGAGCGTA----T--A---TGGAACG------------C-------T-TCCATttcacactatgatgcacatttcactttgataaattattt
gi|19 : acttgaaaatATTGGGCCGGGTGCTCTTTAT-AT------TT--------GTTT------TGTGTTCTATTGTTG--TGTTTGT--TACAAATTATGCACATGCCA------CTATAATAAAATACTTAaactcttacgt
gi|2 : ATATCCAAAAAAAG--TTTAAAAATATAT--GTTCA---ACACTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTA-ATT-ATCAACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TCCGTGCTATTTGCT--CAATT-AACTTTT----AAATCGATT---TTATTCATACACAACTAT-AT-A---AG----AAT--AAT--TT-AAG-A-ATGA-TTTCATGAAGTCAA---TTATA------GCCACAAATTATATAAT--AATTATTATCACTCAACCTTTTTATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTCACAACTACTTT-TTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTTTTTAG-TT------AT--------CTTT------TATG---AATCA-TGCTTCTTTGTCATGTATGCCATAGACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCGTACCTA------TTCATTTAA-ACAATAC-ATGTAa
gi|20 : T-TTAATCAA--TA-GGTGACTTATAAGCCAAT-GGGCCGGGTGCTATTTcatttattttata
gi|3 : gatgtATATCCAAGAAAAAAATTGCAAAATATAT--GGTCA---ACGCATATCCTATTAGAAGAAAT-ATTATTTTATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTAA---TA----C--A---T--------------------------------------TTGCT--CATTT-GACTTTT----AAATTGATC---GCATTCATACACAAATAT-A-------------------------------ATGA-TTTCATGAAGTTAT---CTATA------GCCACACGTTATATAA---A-T-ATTACCACTCAACCTATCCATATG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACAGCTAT-TT-ATTG---TA-GACGACGTATAGGCCAGTTATGCCGGGGGCTATTTAT-TC------ATAGTTGTTGTTTT------TTTT---CACCG-TGTTTCTTTGTCATGAATGTCATGCACATGTCA------CTTTAATAAAATATcataatgttgcgtgt
gi|4 : tatacttataaaactcttcaagtttgtgaaaaaaaatgttatatttgatgcatatgcTATCCTAGAAATG--TTGTGAAATATAT--GTTCA---ATGGTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGAACATCGATTTATGA--T--ATTAA---TA----C--A------ATTA------------T-------C-TTCATGCCATTTGCT--TAATA-ATTTTTT----TTATTGACT---TCATTCAAACGC-ACTTT-ATCA---A-----GCT--A----T--AAG-A-CTAA-TTTTATGAAGTCAG---TTATA------ACCACAAGTTGTAGA----G-CTATTACCACTCAACCTATTCATGTG--TAC--AT-GGTTTATACGTGTGTGTGTGTGTGTGATAACTACTCT-ATAATTG---TA-GGTGACCTATATGCCCATTGGTCCTTGTGCTATTTAT-TTTTATTCAT--------CTTG------TTTG---TACTT-TGCTTTTCTATCATGTGAGCCATGCATATGCCA------CTATACTAAAATATGTATTTA-C-TAACTTACTTA------CTTAC
gi|5 : ATATAT--CTT-A---TTGCTTATCATATTAAAAGAAAT-GTTATTT-ATTTATGGACCTTGATATATGA--T--ATTAA---TA----C-------------------------C-------TGTTCAT---AGTTACAAACAATT-ATTTTTT----A---TGCTT---T-ATT-------AAGT----T-A---ACTTG-AAT--AACAAT--AAG-A-CTAC-TTTCATGAATTCAT---C-GT-------GCCACAAGCTATATACT--------TATCAC--AA-------------------AT--GTATATGA-TTTG-----ATGTGTAAGAACTATTTT-ATAATTG---TA-GGTGACATAAAGACTTATAGGGCCGATTGCTATTTAT-TT------TT--------CTTT------TCTG---CATGA-TGCATTTTTGCCAAACATATCATGTACATGTCA------ATATAACAAAATATTTACTTATCTTATGTTATTTATATTTTCCCATCTAACACAATAC-
gi|6 : AATATTAT-AC--A-----AAT--G-T--T--A-G-A-ACAC-TTTTATGAAATCAT---TTATACATTTGGCC-CGAGCTTTATAA---A-T-ATCAACACTAAACCCATTCATGTG--CA----------TAAAC-TTTG-----ATGTTTTA-ATTTA-TTT-TTAATTA---TA-GGTGACTTATCAGTCCACCGAGCCGAGCGCTATTTATGTT------TT--------CCTC------TTTG---CATTA-TGC-TGTTTGTCATGCA-------CACATGTCA------CTATGACAAAACACTTACTtaatgcgtttcaataccacatgt
gi|7 : ttaaatatatctcataacattgttttacttaaatttggaccagtcttTATATGCT--CAATA-AACTTTT----AAATTGATT---TCATTCATACACAGATAT-AT-A---AC----AAT--A----T--AAGAA-AAAA-TTTCATGAACTCAT---TTATA------GTCACAAGTTTTATAGTAAA-CTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAA--AT-TTTACA-----TTG-----ATGTGTTACAACTGTTAC-AAAATT-------AATGAATTATAGGTCCATTGGA-CGGGTGTTATTTAT-TT------AT--------CTTT------TTTG---TATCA-TGCGTCTTTGTCTTGTCTGTCAT--ACAT----------TTAT-ATAACTTACTGACTTA-CTTA-CTTACTTG------CTcgcacataatttgtactgaaacactttgcaattattaaggacttaaaagaattattttataaaatattatt
gi|8 : tgaacataggttctatgaatgatagtttataattagttgatagaAAAAA--TTGGAAAATATAT--GTCGA---ATGCTTATCATATTAGAGGAGAT-ATTATTT-ATTTATGAACATGGTTATATAC--T--ATTGA---TAGAATC--ATAGT--AACATACAATGAT---C-------T-TTCATGCTATTTACT--TTAGT-AACTTTT----AAATTTAGT---TGATTCATA-A-AGATAT-A--A---A-----AAT--AAT--T--
gi|9 : atatgtttcaggtaacggaacatatatgtgacagattctgagacttgccgtctattcaagacaaaatgcacattttacctaactgtaaacttcataatgatttaagagaaaatgcatttttcatgaaagttgatatatttgatgcATGTCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATAATATTAGAAGACAT-ATTATTT-AT----GAACATTGATGTATTA--T--ATTGT---TA----C--A---T--TACT------------T-------T-TTCATGCTATTTACT--CAATT-ACTTTAC----AAA--AA-----------AGAGATAAATAT-AT-A---A-----AAT--ACA--T--AAA-A-ATGA-TTTCATGAGGTCAA---TTATA------GGCACAAGTTATATAAT--A-T-A--ACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AC-TGTATATAA-TTTG-----ATGTGTTACAACTGCTATATTTATAG---TA-GGTGATTTAAAGGCCCATtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATTATACTGTGAATTGTATATGCATTTTAGAGAAAATACATTTGGTGATATCTCTGATGACAATACTTATAGACCTTCAAACTCATATGC
Unaligned ( gi|21 ): TGCTAACTATAAAGATATATTCAATTAAGGCACTCACTAATTTAATTTAT
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444444 111111 33333333 1111111111111111 111111 111 11 111111 111111 1
lowQualScore : 66 55 1 666 4 4 3 1 3 0 55 55 777 5555555555555555555555555555555555555555 44 0 55 4 1 8888 1 777 3 2 2 4444 8888888888888888888888 4 4 4 1 777 222222 77777777 4 55 666 44 3 99999 1 3 1 44 888 3 3 5555555555555555 000000 1 222 44 22 2 0 1 4 1 000000 5 1 5 3 999999 7 0
lowQualScore : .. .. . ... . . . . . . .. .. ... ........................................ .. . .. . . .... . ... . . . .... ...................... . . . . ... ...... ........ . .. ... .. . ..... . . . .. ... . . ................ ...... . ... .. .. . . . . . ...... . . . . ...... . .
lowQualScore : 11 00 4 444 0 0 3 4 5 9 55 55 000 3333333333333333333333333333333333333333 00 7 55 0 0 5555 6 000 2 5 3 8888 0000000000000000000000 0 0 0 0 000 888888 33333333 6 00 444 88 6 11111 6 2 0 33 555 1 6 6666666666666666 555555 0 777 66 44 0 5 2 9 2 555555 7 7 2 2 222222 0 0
consensus : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TTCATGCTATTTGCT--CAATT-ANCTTTT----AAATTGATT---TCATTCATACACAAATAT-AT-A---A-----AAT--AAT--T--AAG-A-ATAA-TTTCATGAANTCAT---TTATA------GCCACAAGTTATATAAT--A-TTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TNTG---TATCG-TGCTTCTTTGTCATGTATGTCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCTTACTTA------CTCACTTAATACAATAC-ATGTA
Reference ( family-1611 ) : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TTCATGCTATTTGCT--CAATT-ANCTTTT----AAATTGATT---TCATTCATACACAAATAT-AT-A---A-----AAT--AAT--T--AAG-A-ATAA-TTTCATGAANTCAT---TTATA------GCCACAAGTTATATAAT--A-TTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TNTG---TATCG-TGCTTCTTTGTCATGTATGTCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCTTACTTA------CTCACTTAATACAATAC-ATGTA
gi|1 : ATATCGAAGAAAAG--ATGCAAAATATGT--TGTCA---TTGCTTATCACATTAGAAGAGAT-GTTATTT-ATTAATTTAC-CTGA-ATATGGTCT--ACCGA---TATGATC--A---T--GGCAAACTGAATTTATC-------T-TTCGTTCCATTTGTT--CAATTGAACTTTT----AAATTTATT---TCATTCATCCATAAATAT--T-A---T-----AGTG-GAG--A--AAG-A-ATAA-T-------ATTCAT---CTATA------AACATAAGCTATACAAT--T-TTA--ACCACTCAACTCATTCATG------------TGTATGTAC-TTTG-----ATATGTTACAACTAATCT-ATAATTG---TA-GGTGACCTAATGGCCCTTT-------ACGCTTTTTAC-TT------TT--------CTTG------TATG---TATTA-TG------TATTAT---TGTCATACACATGTCA------CTTAAATAAAATATTTACTAA-CCT-CCTTGCTTA------CTCACTCAATAACATAC-
gi|10 : acatatatttatgaaaatcacatctgtcgaggatgatttgcactttttattcaactgtgaacttgatatgcatttaagagaaaatacatttgttgacaattgtgataatcttagttgtaaaactctttaaatttgtgaaaaattgtcatattaaatgcatgaT-GTAATTGAATTAAGGTGACTTATAGGCCCAATGGGCCGGGTGCTCTTTAT-AT------TT--------GTTT------TGTGTTCTATTG-TA-TTGTTTGT--TATAAATTATGCACATGTCA------CTTTAATAAAATATcaatattttcataaacaac
gi|11 : gatacATATCCAAGAAAAA--ATGC------------TTCG---ACGCTTATCATATAAGAAGAAATGATTAAAT-A-------ATATTA--ATATGA--TCAATTG----------C--A---A--AATA------------CAATTTTTT-TTCATGTTATTTGCT--CACTT-ACCTTTTTTAAAAATTGATT---TTATT--TACACAAATAT-AT-A---AATCTGAATTAAAT--TGAAAG-ATATAA-AATCA--AATTCATGAATT-TA------GCTCCAAATCATATA----C-GTATTACCACAC-GCTCATTCATGTGTATAC--ATCTACATACAC-TTTG-----ATGTGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtataacataggtctttcaccgtctcgttgtcaagtggtaatttgattgcagcagattaaatgttaagtgataaagtattacaatgtaatgaacaaaaatagtttattaatcaa
gi|12 : atatcctagaaataATATTTAAGAAAAG--TTGCAAACGATAT--GTT-ATTTACGCTTAT
gi|13 : cggacagatacgtcggagaaaaaccggagcaaagactgaaggttcggcgaaatgcagtctgttgaggatgaaatacacgttttattatactatgaactgtacatgcatttaagagaacaaacatttggtgatattattgataacaatacttataaaaatcttctaaatgaaaaaaatgtcatatttgatgcatacAAAATATATTTGTTCA---CTACTTATCATATTGGAAGAAAT-GCTATTT-ATTTATGGACTTTGAT---CCC--C--ATT-A---TA----CGTA---T--AACA-----------------------------TA--------CAATT-ATCTTTC----AAGCT-ATTTGCTCATTCATACATAGATAT-AT-ATACA-----GAT--A----T--AA--A-ATACTTTTTATGAATTCAT---CTAga
gi|14 : tgtatacttggtagaaataagctctaATTCATGTG--TAC--AT-TGTTTATAC-GTTG-----ATGTGTTACAACTACTAT-TAAATTG---TA-TTTGATTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TC------TT--------CTTT------TTTG---TATCG-TGTTTCTTTGTCATTTAAGTCATGCACATGTCACTAATTCTATAATCAAATATTTACTTA-Caa
gi|15 : TG---TA-GGTAATT---AGACCCATTGGGACTG-TGCTATCTAT-TT------AT--------CTTTAATATCTATT---TATCA-TGTTTCTTTGGCATGTATGCTATACACATTTCA------CTGCAATAAAATATTTACTTT-CTTACC-----TA------TTTACTTGATACACTACTATGTAcggcat
gi|16 : cttacgATTCGACACTTTCATGTG--TACCTAC-CGTGTAT---TTCG-----ATGTGTTAGAACTAATCT-ATCACTA---TA-GGACACTTATGAGCCCATTATGCTG
gi|17 : GAAATG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTGTGATATTAGACAAAAT-ATTATTT-ATTTATGGGCTTTGCTAT---A--T--ATGGAGCGTA----T--A---TGGAACG------------C-------T-TCCATttcacactatgatgcacatttcactttgataaattattt
gi|19 : acttgaaaatATTGGGCCGGGTGCTCTTTAT-AT------TT--------GTTT------TGTGTTCTATTGTTG--TGTTTGT--TACAAATTATGCACATGCCA------CTATAATAAAATACTTAaactcttacgt
gi|2 : ATATCCAAAAAAAG--TTTAAAAATATAT--GTTCA---ACACTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTA-ATT-ATCAACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TCCGTGCTATTTGCT--CAATT-AACTTTT----AAATCGATT---TTATTCATACACAACTAT-AT-A---AG----AAT--AAT--TT-AAG-A-ATGA-TTTCATGAAGTCAA---TTATA------GCCACAAATTATATAAT--AATTATTATCACTCAACCTTTTTATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTCACAACTACTTT-TTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTTTTTAG-TT------AT--------CTTT------TATG---AATCA-TGCTTCTTTGTCATGTATGCCATAGACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCGTACCTA------TTCATTTAA-ACAATAC-ATGTAa
gi|20 : T-TTAATCAA--TA-GGTGACTTATAAGCCAAT-GGGCCGGGTGCTATTTcatttattttata
gi|3 : gatgtATATCCAAGAAAAAAATTGCAAAATATAT--GGTCA---ACGCATATCCTATTAGAAGAAAT-ATTATTTTATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTAA---TA----C--A---T--------------------------------------TTGCT--CATTT-GACTTTT----AAATTGATC---GCATTCATACACAAATAT-A-------------------------------ATGA-TTTCATGAAGTTAT---CTATA------GCCACACGTTATATAA---A-T-ATTACCACTCAACCTATCCATATG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACAGCTAT-TT-ATTG---TA-GACGACGTATAGGCCAGTTATGCCGGGGGCTATTTAT-TC------ATAGTTGTTGTTTT------TTTT---CACCG-TGTTTCTTTGTCATGAATGTCATGCACATGTCA------CTTTAATAAAATATcataatgttgcgtgt
gi|4 : tatacttataaaactcttcaagtttgtgaaaaaaaatgttatatttgatgcatatgcTATCCTAGAAATG--TTGTGAAATATAT--GTTCA---ATGGTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGAACATCGATTTATGA--T--ATTAA---TA----C--A------ATTA------------T-------C-TTCATGCCATTTGCT--TAATA-ATTTTTT----TTATTGACT---TCATTCAAACGC-ACTTT-ATCA---A-----GCT--A----T--AAG-A-CTAA-TTTTATGAAGTCAG---TTATA------ACCACAAGTTGTAGA----G-CTATTACCACTCAACCTATTCATGTG--TAC--AT-GGTTTATACGTGTGTGTGTGTGTGTGATAACTACTCT-ATAATTG---TA-GGTGACCTATATGCCCATTGGTCCTTGTGCTATTTAT-TTTTATTCAT--------CTTG------TTTG---TACTT-TGCTTTTCTATCATGTGAGCCATGCATATGCCA------CTATACTAAAATATGTATTTA-C-TAACTTACTTA------CTTAC
gi|5 : ATATAT--CTT-A---TTGCTTATCATATTAAAAGAAAT-GTTATTT-ATTTATGGACCTTGATATATGA--T--ATTAA---TA----C-------------------------C-------TGTTCAT---AGTTACAAACAATT-ATTTTTT----A---TGCTT---T-ATT-------AAGT----T-A---ACTTG-AAT--AACAAT--AAG-A-CTAC-TTTCATGAATTCAT---C-GT-------GCCACAAGCTATATACT--------TATCAC--AA-------------------AT--GTATATGA-TTTG-----ATGTGTAAGAACTATTTT-ATAATTG---TA-GGTGACATAAAGACTTATAGGGCCGATTGCTATTTAT-TT------TT--------CTTT------TCTG---CATGA-TGCATTTTTGCCAAACATATCATGTACATGTCA------ATATAACAAAATATTTACTTATCTTATGTTATTTATATTTTCCCATCTAACACAATAC-
gi|6 : AATATTAT-AC--A-----AAT--G-T--T--A-G-A-ACAC-TTTTATGAAATCAT---TTATACATTTGGCC-CGAGCTTTATAA---A-T-ATCAACACTAAACCCATTCATGTG--CA----------TAAAC-TTTG-----ATGTTTTA-ATTTA-TTT-TTAATTA---TA-GGTGACTTATCAGTCCACCGAGCCGAGCGCTATTTATGTT------TT--------CCTC------TTTG---CATTA-TGC-TGTTTGTCATGCA-------CACATGTCA------CTATGACAAAACACTTACTtaatgcgtttcaataccacatgt
gi|7 : ttaaatatatctcataacattgttttacttaaatttggaccagtcttTATATGCT--CAATA-AACTTTT----AAATTGATT---TCATTCATACACAGATAT-AT-A---AC----AAT--A----T--AAGAA-AAAA-TTTCATGAACTCAT---TTATA------GTCACAAGTTTTATAGTAAA-CTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAA--AT-TTTACA-----TTG-----ATGTGTTACAACTGTTAC-AAAATT-------AATGAATTATAGGTCCATTGGA-CGGGTGTTATTTAT-TT------AT--------CTTT------TTTG---TATCA-TGCGTCTTTGTCTTGTCTGTCAT--ACAT----------TTAT-ATAACTTACTGACTTA-CTTA-CTTACTTG------CTcgcacataatttgtactgaaacactttgcaattattaaggacttaaaagaattattttataaaatattatt
gi|8 : tgaacataggttctatgaatgatagtttataattagttgatagaAAAAA--TTGGAAAATATAT--GTCGA---ATGCTTATCATATTAGAGGAGAT-ATTATTT-ATTTATGAACATGGTTATATAC--T--ATTGA---TAGAATC--ATAGT--AACATACAATGAT---C-------T-TTCATGCTATTTACT--TTAGT-AACTTTT----AAATTTAGT---TGATTCATA-A-AGATAT-A--A---A-----AAT--AAT--T--
gi|9 : atatgtttcaggtaacggaacatatatgtgacagattctgagacttgccgtctattcaagacaaaatgcacattttacctaactgtaaacttcataatgatttaagagaaaatgcatttttcatgaaagttgatatatttgatgcATGTCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATAATATTAGAAGACAT-ATTATTT-AT----GAACATTGATGTATTA--T--ATTGT---TA----C--A---T--TACT------------T-------T-TTCATGCTATTTACT--CAATT-ACTTTAC----AAA--AA-----------AGAGATAAATAT-AT-A---A-----AAT--ACA--T--AAA-A-ATGA-TTTCATGAGGTCAA---TTATA------GGCACAAGTTATATAAT--A-T-A--ACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AC-TGTATATAA-TTTG-----ATGTGTTACAACTGCTATATTTATAG---TA-GGTGATTTAAAGGCCCATtt
blockSeqs : AA TT C TTT G T T G A . CA GCG GAATCATAGTAACATACAATGATCT GT AA . C TTAA G TGC T C C ATC AATCTGAATTAAATTGA A T T T GAA CATTTG GTAAACT T TA CCT CT G TGTGT C C A AT AAT A G ATAGTTGTTG AATATC G TTC GT TT G A A G CTAATT T T C G TATTTT T T
blockSeqs : . . C . . . T G T . . . CAAAATACAATTTTTT GC . . T . G . C C T TAT ACTTGAATAACAAT . . . T . . ATAATT T . C T . . G A C G A . . TTATTCAT . T TTC G TT C T A G . . T C T . C .
blockSeqs : . . C . . . T A T . . . TATGGAACGCT GC . . A . G . T C C AT AGAATAATTT . . . G . . ATAT T . C C . . C C T T . . . TT . A . G CT C G T A . . T A T . . .
blockSeqs : . . C . . . T G A . . . CGTATAACA GC . . A . G . C C C AT TACAGATAT . . . G . . CGT T . C T . . C C A A . . . TT . G . A TT G A A G . . T T T .
blockSeqs : . . C . . . T A A . . . CATAACACT GC . . T . G . C C C AT CAAATGTT . . . G . . AAT T . C T . . T C C T . . . AT . A . A CT C G T A . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . T G A . . . CATTACTTT . . . T . G . C C C AT AAATAATT . . . T . . GCT T . C G . . G T T T . . . TT . T . G CA C G T G . .
blockSeqs : . . G . . . . A C . . . CAATTATC . . . A . T . G . T AT AAATACAT . . . A . . AAT . . A T . . C T T T . . . AT . T . T CG T G A G .
blockSeqs : . . C . . . . A A . . . CCTG . . . A . A . . . . A ACAATAT . . . C . . CT . . C T . . C C A A . . . TT . C . A T T A T G .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . CAT . . C . . . . . . T AGCTAT . . . G . . . . . . . . A A . . . TT . T . A C G G T . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . T . . . AT . T . A . C G . . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** CATAACACT******************************* AT** AAATAT**************** AAT***** C** CT
originalCons : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TTCATGCTATTTGCT--CAATT-ANCTTTT----AAATTGATT---TCATTCATACACAAATAT-AT-A---A-----AAT--AAT--T--AAG-A-ATAA-TTTCATGAANTCAT---TTATA------GCCACAAGTTATATAAT--A-TTATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TNTG---TATCG-TGCTTCTTTGTCATGTATGTCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCTTACTTA------CTCACTTAATACAATAC-ATGTA
finalCons : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTGA---TACATAACACT-------------------------------TTCATGCTATTTGCT--CAATT-ANCTTTT----AAATTGATT---TCATTCATACACAAATATAT--AAAATAT----------------AAG-A-ATAA-TTTCATGAANTCAT---TTATA------GCCACAAGTTATATAAAT-----ATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TNTG---TATCG-TGCTTCTTTGTCATGTATGTCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCTTACTTA------CTCACTTAATACAATAC-ATGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATTATACTGTGAATTGTATATGCATTTTAGAGAAAATACATTTGGTGATATCTCTGATGACAATACTTATAGACCTTCAAACTCATATGC
Unaligned ( gi|21 ): TGCTAACTATAAAGATATATTCAATTAAGGCACTCACTAATTTAATTTAT
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777 55555555555555555555555555555555 111111 1111 1111111111111111 111111 111 11 111111 111111 1
lowQualScore : 66 55 1 666 4 4 3 1 3 3 55 55 777 5555555555555555555555555555555555555555 44 0 55 4 1 8888 1 777 3 55 2 55 444 77777777777777777777777777777777 44 3 1 1 222222 66 4 9999 4 55 666 44 3 99999 1 3 1 44 888 3 3 5555555555555555 000000 1 222 44 22 2 0 1 4 1 000000 5 1 5 3 999999 7 0
lowQualScore : .. .. . ... . . . . . . .. .. ... ........................................ .. . .. . . .... . ... . .. . .. ... ................................ .. . . . ...... .. . .... . .. ... .. . ..... . . . .. ... . . ................ ...... . ... .. .. . . . . . ...... . . . . ...... . .
lowQualScore : 11 00 4 444 0 0 3 4 5 2 55 55 000 3333333333333333333333333333333333333333 00 7 55 0 0 5555 6 000 2 55 5 55 999 22222222222222222222222222222222 88 6 0 0 888888 11 4 7777 4 00 444 88 6 11111 6 2 0 33 555 1 6 6666666666666666 555555 0 777 66 44 0 5 2 9 2 555555 7 7 2 2 222222 0 0
consensus : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TTCATGCTATTTGCT--CAATT-ANCTTTT----AAATTGATT---TCATTCA--TACAC--AAATA-T-ATA----A-A------------------A-TA---TAAG-AATAA-TTTCATGAANTCATCTATA------GCCACAAG--TTATA-TAA--A-T-ATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TNTG---TATCG-TGCTTCTTTGTCATGTATGTCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCTTACTTA------CTCACTTAATACAATAC-ATGTA
Reference ( family-1611 ) : ATATCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TTCATGCTATTTGCT--CAATT-ANCTTTT----AAATTGATT---TCATTCA--TACAC--AAATA-T-ATA----A-A------------------A-TA---TAAG-AATAA-TTTCATGAANTCATTTATA------GCCACAAG--TTATA-TAA--A-T-ATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACTACTNT-NTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TT------NT--------CTTT------TNTG---TATCG-TGCTTCTTTGTCATGTATGTCATGCACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCTTACTTA------CTCACTTAATACAATAC-ATGTA
gi|1 : ATATCGAAGAAAAG--ATGCAAAATATGT--TGTCA---TTGCTTATCACATTAGAAGAGAT-GTTATTT-ATTAATTTAC-CTGA-ATATGGTCT--ACCGA---TATGATC--A---T--GGCAAACTGAATTTATC-------T-TTCGTTCCATTTGTT--CAATTGAACTTTT----AAATTTATT---TCATTCA--TCCAT--AAATATT-ATAGTGGA-G------------------A-------AAG-AATAA-T-------ATTCATCTATA------AACATAAG--CTATA-CAA--T-T-TTAACCACTCAACTCATTCATG------------TGTATGTAC-TTTG-----ATATGTTACAACTAATCT-ATAATTG---TA-GGTGACCTAATGGCCCTTT-------ACGCTTTTTAC-TT------TT--------CTTG------TATG---TATTA-TG------TATTAT---TGTCATACACATGTCA------CTTAAATAAAATATTTACTAA-CCT-CCTTGCTTA------CTCACTCAATAACATAC-
gi|10 : acatatatttatgaaaatcacatctgtcgaggatgatttgcactttttattcaactgtgaacttgatatgcatttaagagaaaatacatttgttgacaattgtgataatcttagttgtaaaactctttaaatttgtgaaaaattgtcatattaaatgcatgaT-GTAATTGAATTAAGGTGACTTATAGGCCCAATGGGCCGGGTGCTCTTTAT-AT------TT--------GTTT------TGTGTTCTATTG-TA-TTGTTTGT--TATAAATTATGCACATGTCA------CTTTAATAAAATATcaatattttcataaacaac
gi|11 : gatacATATCCAAGAAAAA--ATGC------------TTCG---ACGCTTATCATATAAGAAGAAATGATTAAAT-A-------ATATTAATAT--GA--TCAATTG----------C--A---A--AATA------------CAATTTTTT-TTCATGTTATTTGCT--CACTT-ACCTTTTTTAAAAATTGATT---TTATT----TACAC--AAATA-T-ATA----A-ATCTGAATTAAATTGAAAGA-TA---TAAA-ATCAA-ATTCATGAATT------TA------GCTCCAAA--TCATA-TAC--G-T-ATTACCACAC-GCTCATTCATGTGTATAC--ATCTACATACAC-TTTG-----ATGTGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtataacataggtctttcaccgtctcgttgtcaagtggtaatttgattgcagcagattaaatgttaagtgataaagtattacaatgtaatgaacaaaaatagtttattaatcaa
gi|12 : atatcctagaaataATATTTAAGAAAAG--TTGCAAACGATAT--GTT-ATTTACGCTTAT
gi|13 : cggacagatacgtcggagaaaaaccggagcaaagactgaaggttcggcgaaatgcagtctgttgaggatgaaatacacgttttattatactatgaactgtacatgcatttaagagaacaaacatttggtgatattattgataacaatacttataaaaatcttctaaatgaaaaaaatgtcatatttgatgcatacAAAATATATTTGTTCA---CTACTTATCATATTGGAAGAAAT-GCTATTT-ATTTATGGACTTTGAT---CCC--C--ATT-A---TA----CGTA---T--AACA-----------------------------TA--------CAATT-ATCTTTC----AAGCT-ATTTGCTCATTCA--TACAT--AGATA-T-ATATAC-A-G------------------A-TA---TAA--AATACTTTTTATGAATTCATCTAga
gi|14 : tgtatacttggtagaaataagctctaATTCATGTG--TAC--AT-TGTTTATAC-GTTG-----ATGTGTTACAACTACTAT-TAAATTG---TA-TTTGATTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTATTTAT-TC------TT--------CTTT------TTTG---TATCG-TGTTTCTTTGTCATTTAAGTCATGCACATGTCACTAATTCTATAATCAAATATTTACTTA-Caa
gi|15 : TG---TA-GGTAATT---AGACCCATTGGGACTG-TGCTATCTAT-TT------AT--------CTTTAATATCTATT---TATCA-TGTTTCTTTGGCATGTATGCTATACACATTTCA------CTGCAATAAAATATTTACTTT-CTTACC-----TA------TTTACTTGATACACTACTATGTAcggcat
gi|16 : cttacgATTCGACACTTTCATGTG--TACCTAC-CGTGTAT---TTCG-----ATGTGTTAGAACTAATCT-ATCACTA---TA-GGACACTTATGAGCCCATTATGCTG
gi|17 : GAAATG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTGTGATATTAGACAAAAT-ATTATTT-ATTTATGGGCTTTGCTAT---A--T--ATGGAGCGTA----T--A---TGGAACG------------C-------T-TCCATttcacactatgatgcacatttcactttgataaattattt
gi|19 : acttgaaaatATTGGGCCGGGTGCTCTTTAT-AT------TT--------GTTT------TGTGTTCTATTGTTG--TGTTTGT--TACAAATTATGCACATGCCA------CTATAATAAAATACTTAaactcttacgt
gi|2 : ATATCCAAAAAAAG--TTTAAAAATATAT--GTTCA---ACACTTATAATATTAGACGAAAT-ATTATTA-ATT-ATCAACATTGATATATGA--T--ATTGA---TA----C--A---T--AACA------------C-------T-TCCGTGCTATTTGCT--CAATT-AACTTTT----AAATCGATT---TTATTCA--TACAC--AACTA-T-ATA----AGA------------------A-TAATTTAAG-AATGA-TTTCATGAAGTCAATTATA------GCCACAAA--TTATA-TAATAA-TTATTATCACTCAACCTTTTTATGTG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTCACAACTACTTT-TTAATTG---TA-GGTGACTTATAGGCCCATTGGGCCGGGTGCTTTTTAG-TT------AT--------CTTT------TATG---AATCA-TGCTTCTTTGTCATGTATGCCATAGACATGTCA------CTATAATAAAATATTTACTTA-CTTACCGTACCTA------TTCATTTAA-ACAATAC-ATGTAa
gi|20 : T-TTAATCAA--TA-GGTGACTTATAAGCCAAT-GGGCCGGGTGCTATTTcatttattttata
gi|3 : gatgtATATCCAAGAAAAAAATTGCAAAATATAT--GGTCA---ACGCATATCCTATTAGAAGAAAT-ATTATTTTATTTATGGACATTGATATATGA--T--ATTAA---TA----C--A---T--------------------------------------TTGCT--CATTT-GACTTTT----AAATTGATC---GCATTCA--TACAC--AAATA-T-A----------------------------------------ATGA-TTTCATGAAGTTATCTATA------GCCACACG--TTATA-TAA--A-T-ATTACCACTCAACCTATCCATATG--TAC--AT-TGTATATAC-TTTG-----ATGTGTTACAACAGCTAT-TT-ATTG---TA-GACGACGTATAGGCCAGTTATGCCGGGGGCTATTTAT-TC------ATAGTTGTTGTTTT------TTTT---CACCG-TGTTTCTTTGTCATGAATGTCATGCACATGTCA------CTTTAATAAAATATcataatgttgcgtgt
gi|4 : tatacttataaaactcttcaagtttgtgaaaaaaaatgttatatttgatgcatatgcTATCCTAGAAATG--TTGTGAAATATAT--GTTCA---ATGGTTATCATATTAGAAGAAAT-ATTATTT-ATTTATGAACATCGATTTATGA--T--ATTAA---TA----C--A------ATTA------------T-------C-TTCATGCCATTTGCT--TAATA-ATTTTTT----TTATTGACT---TCATTCA--AACGC--ACTT--T-ATC----A-A------------------GCTA---TAAG-ACTAA-TTTTATGAAGTCAGTTATA------ACCACAAG--TTGTA-GAG--C-T-ATTACCACTCAACCTATTCATGTG--TAC--AT-GGTTTATACGTGTGTGTGTGTGTGTGATAACTACTCT-ATAATTG---TA-GGTGACCTATATGCCCATTGGTCCTTGTGCTATTTAT-TTTTATTCAT--------CTTG------TTTG---TACTT-TGCTTTTCTATCATGTGAGCCATGCATATGCCA------CTATACTAAAATATGTATTTA-C-TAACTTACTTA------CTTAC
gi|5 : ATATAT--CTT-A---TTGCTTATCATATTAAAAGAAAT-GTTATTT-ATTTATGGACCTTGATATATGA--T--ATTAA---TA----C-------------------------C-------TGTTCAT---AGTTACAAACAATT-ATTTTTT----A---TGCTT---T-ATTAAGTTA-ACTTGAATA---ACA----A---------------------------TAAG-ACTAC-TTTCATGAATTCATC-GT-------GCCACAAG--CTATA-TAC-------TTATCAC--AA-------------------AT--GTATATGA-TTTG-----ATGTGTAAGAACTATTTT-ATAATTG---TA-GGTGACATAAAGACTTATAGGGCCGATTGCTATTTAT-TT------TT--------CTTT------TCTG---CATGA-TGCATTTTTGCCAAACATATCATGTACATGTCA------ATATAACAAAATATTTACTTATCTTATGTTATTTATATTTTCCCATCTAACACAATAC-
gi|6 : AATA-TTATAC---A-A------------------A-TG---TTAG-AACAC-TTTTATGAAATCATTTATACATTTGGCC-CGAG--CTTTA-TAA--A-T-ATCAACACTAAACCCATTCATGTG--CA----------TAAAC-TTTG-----ATGTTTTA-ATTTA-TTT-TTAATTA---TA-GGTGACTTATCAGTCCACCGAGCCGAGCGCTATTTATGTT------TT--------CCTC------TTTG---CATTA-TGC-TGTTTGTCATGCA-------CACATGTCA------CTATGACAAAACACTTACTtaatgcgtttcaataccacatgt
gi|7 : ttaaatatatctcataacattgttttacttaaatttggaccagtcttTATATGCT--CAATA-AACTTTT----AAATTGATT---TCATTCA--TACAC--AGATA-T-ATA----ACA------------------A-TA---TAAGAAAAAA-TTTCATGAACTCATTTATA------GTCACAAGTTTTATAGTAA--ACT-ATTACCACTCAACCCATTCATGTG--TAA--AT-TTTACA-----TTG-----ATGTGTTACAACTGTTAC-AAAATT-------AATGAATTATAGGTCCATTGGA-CGGGTGTTATTTAT-TT------AT--------CTTT------TTTG---TATCA-TGCGTCTTTGTCTTGTCTGTCAT--ACAT----------TTAT-ATAACTTACTGACTTA-CTTA-CTTACTTG------CTcgcacataatttgtactgaaacactttgcaattattaaggacttaaaagaattattttataaaatattatt
gi|8 : tgaacataggttctatgaatgatagtttataattagttgatagaAAAAA--TTGGAAAATATAT--GTCGA---ATGCTTATCATATTAGAGGAGAT-ATTATTT-ATTTATGAACATGGTTATATAC--T--ATTGA---TAGAATC--ATAGT--AACATACAATGAT---C-------T-TTCATGCTATTTACT--TTAGT-AACTTTT----AAATTTAGT---TGATTCA--TA---------------A----A-G------------------A-TA---TAAA-AATAA-TTT
gi|9 : atatgtttcaggtaacggaacatatatgtgacagattctgagacttgccgtctattcaagacaaaatgcacattttacctaactgtaaacttcataatgatttaagagaaaatgcatttttcatgaaagttgatatatttgatgcATGTCCAAGAAAAG--TTGCAAAATATAT--GTTCA---ACGCTTATAATATTAGAAGACAT-ATTATTT-AT----GAACATTGATGTATTA--T--ATTGT---TA----C--A---T--TACT------------T-------T-TTCATGCTATTTACT--CAATT-ACTTTAC----AAA--AA-----------A--GAGAT--AAATA-T-ATA----A-A------------------A-TACA-TAAA-AATGA-TTTCATGAGGTCAATTATA------GGCACAAG--TTATA-TAA----T-ATAACCACTCAACCCATTCATGTG--TAC--AC-TGTATATAA-TTTG-----ATGTGTTACAACTGCTATATTTATAG---TA-GGTGATTTAAAGGCCCATt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATTATACTGTGAATTGTATATGCATTTTAGAGAAAATACATTTGGTGATATCTCTGATGACAATACTTATAGACCTTCAAACTCATATGC
Unaligned ( gi|21 ): TGCTAACTATAAAGATATATTCAATTAAGGCACTCACTAATTTAATTTAT