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Reference ( gi|6 )            :                                                                                                                              TGCAAATGAT--GTATTTGAAGT-T-T-GATGTACA--TATCCACTTTG-C--T-----T-T--AC--T-GCTG-C-ATTG-CAGTT-TCTTC-TT-GCAG----TCC---C-AT----CACCAGTCCTAAAA-CTT-G-CCAGT-TTT-GAACA-TTAAAA-ATA-----AG-A-TT---A-ATTA-ATAATA----AGATCAAT-CTC--ACAATTGTA----------TGA-----GAGG-G----G--G--A-A-ATA------G-----------TTT---TT--C---C--C--CA------A-A-----AAATAAATTCTAGT-T--AA--TATTGGCTGTCTAA--TGTAGAAAAATTTT
gi|1                          :                                                                                                                              TGCAA-CGAT--TGATGTGGAGCCT-T-TATGTGCA--TATCTTCTTTG-C--T-----T-T---T--T-GGTG-C-ATTG-TAGTT-T-TTC-TT-GCAG----CCC---CCAT----CTCTAGTCCTAAAT-CTC-C-CCAGT-TTT-GAACA-TTTACA-ATA--------A-CT---------------------------T-CTC--ACAATTGTG----------TGA-----GGAG-G----A--A--A-C-ATA------G-----------------TT--A---C--T--TA------A-A-----AAAAACATTCTAGT-T--
gi|3                          :         acattccgattcattgttttttggccagctgatggccaattaaattttccaaaataaaatcttgcatgttttttttctccacaactgacaaccatgtttcgctaaaactggctgctgTGCAAATGAT--CGCTGTGAAGC-T-T-CATGTATA--TATCCGCTTTG-C--C-----T-T---CGAT-CCTG----TTG-CAGTT---TTG-TT-GCCT----CCC---T-AT----CCTCGGGCAT-AAA-CTC-G-CCTGC-TTT-GAACA-TTAATG-ATA-----GC-A-TT---G-----------A----AGATAATT-TTC--ACAATAATA----------TGA-----ttaattgcgaatatatttgtaactggtgtgtaacatacatgtatctataataagtgtta
gi|19                         :               tttgcatatcacttttgcattccagtgattttttggcactttcaatttttcttttaaaaatattgccaattttcttcactgcaaccaacatcatgttttaactaaacttgcTGCGGATGCT--CGATGTGAAGA-CAT-GATGTGCA--TATCCACTT------T-----T-T--GG--T-GCT----ATTG-CAGTT-T-TTC-Ttgtcagacatatttttttc
gi|50                         :                                                                                             acaaccaaagatgatgttttgataaaaatgtatTGTGAATGATC-AAAGTGGAACC-T-T-GATGTGCA--TATCCACTCTG-C--T-----T-ccactgttataaacattaacattttctttcatgttcatatgaggtggagacagttttttccggaaaagcaaattctagttga
gi|49                         :                                                                                                                             cTGTGAATGATC-AAAGTGGAACC-T-T-GATGTGCA--TATCCACTCTG-C--T-----T-
gi|24                         :                                                                                                                             cTGTGAATGATCAGTAT--GAAACCT-T-GATGCACA--TATTCACTTTG-
gi|45                         : tgttgacatctttctgtagttatgtgagacatattgtttttgcgctttcaatctgtttgtctgtctgtcaaaaaattttgcccatgttttttccacaagcaaagaccatgttttgacaaatttgcTGCAAATGAT--CAATGTGAAACCT-T-GATATGAA--TATCCATTTT
gi|12                         :                                                                                                            accatgttttaacaaaacttgcAATGAT--CGATTTGAAAC-T-C-GGTGTGCA--AATCCACTTTG-C----------T--AC--TCGGTGCC-ATTG-TAGTT-TTTTC-TT-TAAG----CAC---T-GC----CAATAGTCCTTAAA-TTC-C-CTAGTGTTT---------------TA-----CG---TT---A-ATTA-ATAATA----AGATAATT-CTC--ACAATTGTG----------TGA-----GTTG-G----T--G--A-C-GTA------G-----------TAT---TT--C---G--C--TG------A-T-----ACATAATTTCTGGT-T--TA--CAT
gi|4                          :                                                                                                                                   tTGAT--GTA----AAGCAT-T-AATGTACA--CATCCACTTTT-C--T-----T-TTCAG--T-GC---C-ATTG-CTATT-TTTTG-AT---AG----ACC---T-AT----AACCAGTCTTAAAA-CTC-G-CCAGT-TTC-GAACA-TTAACATATA-----GG-A-TA---A-AT--------------------T-CTC--ACAATTGTA----------TGA-----GACG-G----A--G--A-C-ATA------G-----------TTT---TT-------------A------A-AAAAACAAACAAATTCTActaaactctacttacttgt
gi|7                          :                                                                                                      caaacaaccaagttttgacaaaattttcggataatagtATTGGATGT-T-T-AATGTGCA--TATCTGTTTCGAC--T-----T-T--TC--A-GTTC-A-ATTG-GAGTTATC--C-CT-GCAG----CCC---C-AT----CACCAGCCCTAAAA-CTC-G-CCA-T-TTT-AAACA-TTAACA-ATACATGCAGCA-TT---G-----------A----AGATAATT-CTT--ACAGTTGTA----------TGA-----GGAA-G----A--G--A-C-ATA------G-----------TTT---TT--C---C--C--CG------A-A-----AATAAAATTCTAGTAT--AAATTATTttgtttttaaaaataggttttgaaattgtaatt
gi|23                         :                                                                                                                                             tgTGAAGC-C-TCGATGTTCA--TAGAAACTTTG-C--T-----T-T--TC----GATG-CGATCG-T-GTG-TTTTCTTT-GCAA----CCC---A-GT----GACCAGTACTAAAA-CAA-G-CAATT-TCT-GAACC-TTAACA-ATG-----AT-A-TC---A-----------A----AGATGATT-CTC--ACAATTGCA----------CGA-----GTGG-G----A--T--A-C-ATA------T-----------TTT---attatttttataatatttaataatatatcttaagt
gi|9                          :                                                                                                                                                  gGT-T-T---TGTGCA--GATCAACTTTG-C--T-----T-T------T------C-AATG-CAAT----TTC-TT-GTAT----TTCTATC-AT----CATTATTCCT--GA-CTC-C-CCAGT-TTT-GAGCgaaattcaaattaag
gi|17                         :                                                       ttgaatttttgagggaaaaaaatatcttgcccatacttattccatgtacaatgttttgatatgaatggtcgatgtgaaggattgatgacaatct-T-T-GATGTGCA--TATCCTCTTTG-T--T-----T-TC-AG--T-AC---C-ATAA-CAGTT-T-TTC-TT-GCAA----CCC---C-AC----CACCAATCCTAAAA-CTtgtaacttaaattcaataattgtcacaatgaagggcagac
gi|20                         :                                                                                                               ccacaaccaacgaccatgttttgataacttttgcgaatga-T-GATGTGCAA-TATTCACTGTG-C--T-----T-T---T--T-G--G-C------CAATT-TTTTT-TTTGCTG----TTC---C-GT----CACCAGTCCTAAAA-CTC-C-CCAGT-TCT-GAATA-TTAACA-TTA-----AC-A-T--------------ATA----AGATAATT-CTC--ACAATTGTA----------TGA-----GAGG-G----A--G--A-C-ATA------GCAACCCCCCCCCCC---CC--C---C--C--CA------C-C-----CAACAAATTCTAGT-T--AA--TATccttggttgtcacaatggcatgataaggaaacaatgttgttgccccctcccccctcaaaaaaaaaacaaattctg
gi|25                         :                                                                                                                                                           ATGCATAATTATCCACTTTG-C--T-----TAT--A-----GGTG-C------CA----TTTTT-TT-GCAG----CCA---C-AT----CACCAGTCGTAAAA-CTG-G-ACAGT-TTT-GAACA-TTAACA-GTA-----------T---A-GTT------TA----AGA--AAA-CTCATACAATTATA----------TGA-----G
gi|10                         :                                                                                                                                           tgaagtgaagccacaacTGTGAA--TATCCACTTTC-C--T-----T-T--GC----GATGTC-ATTG-CAGTT-T--TC-TT-GCAG----CCC---T-AT----CACCATTTATAAAA-CTG-GGCCAGT-TTTTGAATA-TTAACA-AAA-----AC-A-TT--------------TA----AGATAATT-CTC--ACAACTGTA----------TGA-----GTGG-G----A--G--A-C-AAA------G-----------TTT---TT--T---TTGC--TG------A-A-----AAACTATTTCTAGT-T--gaaaaaacattgttt
gi|5                          :                                                                                                                                                            cGTCCA--TATCTACAATG-A--T-----T-T--TC--A-G-TGTC-ATTG-CAGTT-T-TTC-TT-GCAG----TCC-----AT----CAACAGTTATAAAA-AT--G-CCAGT-TTT-GAACAGTTACAC-AT--------------------------GTA----AGATAAGT-CGT--ACGTTTGTA----------CAT-----GTGA-G----G--G--A-G-ACA------G-----------TTT---TT--A---C--T--CG------A-A-----AATTAAGTTCTAGTGT--GA--TAtccaattaaatctcaatttaagacatttcatatttttcaagtta
gi|33                         :                                                                                                       aaaaaccaacgaattgacaaatgttgctgtgaacgatcagtaagaagcctcaaaGTGCA--TATCTACTTTG-C--TATTGAT-C--AA--T-GC---C-ATTG-CAGTT-T-TTC-TT-TCAG----TCC---T-GT----TACCAGTCattatttttgaatttggtccctggaa
gi|48                         :                                                                                                                         aaaacttattgtgaatgattgtagtgcagccacaaaGTGCA--TACCCACTTTG-C--A-----T-T--TC--T-ACAT-C-ACTG-CAGTT-T-TTC-TT-GCAG----TCC---atggacattaactataattttca
gi|14                         :                                                                                                                                                              TGCA--TATCAATTATG-C--T-----T-C--TCGGT-GC---C-ATTG-CAGTT-TTTTC-TT-AAAA----------C-ATTGA-CACAATTTATAAAA-CCC-A-CCAGT-TTT-GAACA-TTAACG-AT---------A-T----------------------------T-CTC--ACAATTGCA----------T-------GAGG-A----A--G--A-C-ACA------G-----------TTT---TC--C---C--CT-TA------A-A-----AAATAt
gi|8                          :                                                                                                                           aggaaacacttattttgacaaaacttactgcgatagact--TATCCACTATC-CATT-----T-T--AG--T-GCTA-G-ATTG-CAGTT-T-TTC-AT-GCAA----CCC---C-AT----CACCAGTCCTTAAA-CTC-A-CCAGT-TTT-GAACA-TTTACA-ATA-----GT-A-T--------------ATA----AGATAAGA-GTC--ACAATTGTA----------TGA-----GGGG-G----A--A--A-C-ATA------G-----------TTT---TTCCC---C--C--CA------A-A-----AGA-AAATTtttcacatttgttaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                        gacTTTG-C--T-----T-T--GC--G-GTTC-C-ATTG-CAGTT-T-TTC-TT-GCAGGGAACCC---C-AT----CTCCAGTAAAAAAAACTC-G-CCGGT-TTT-GAACA-TTAACA-GAA-----AC-A-T------------GAATG----AGATGATT-GTC--ACAACTGTA----------TGA-----GAGA-C----A--G--A-C-AAA------G-----------TCT---TT--aaaagttttcatatgtcttattacgaaaattaaggtgtgaaaacataacatgcagttaagtgtaaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                             TG-C--T-----T-TTCAT--T-GC---C-ATTG-TAGTT-T-TTC-TT-TCAG----TCC---T-AC----CACCAGTCCTAAAG-CTT-G-TCAGT-TTT-GAACA-TTAGCA-ATA-----AT-A-TT--------------TA----AGATGAAT-GCC--AC-ATTGTA----------TGA-----GTGG-A----A--G--T-T-ATA------G-----------TTT---TT--T---C--C--TG------A-T-----AAGTAATTTCTAGT-T--At
gi|29                         :                                                                                                                      ccagcaaccatattttgacaaacattgtggcgaataatagatgagaaaccttgatgG-C--T-----T-T------T-GGTG-CTATTG-CAGTT-T--TA-TT-GCAG----CCC---C-GT----CACCAGTCCTTTAA-CAT-T-CCTGT-TTT-GAATA-TTTCCA-AT---------A-CT---A-TTCA-A-GATAT---ACATGTAT-CTC--AC-ATTGCT----------TAA-----GTGG-G----A--G--A-T-ATA------G-----------TTT---Ttgttt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                     gTG-C-ATTG-CAGTT-T-TAC-TT-GTGG----TCC---C-AT----CAGCAGTCCTCAAA-CTC-A-TCAGT-GTT-AGACA-TTAACA-ATA-----AC-ATTT---A-AGCA-ATAACT----AAAT-ACC-CTC--ACAGTTGTATATCGGAGTCTGA-----GAGG-G----G--G--G-ACATA------G-----------TTT---TT--T---C--C--CG------ATG-----AAACAAATTCTTGT-T--Actcag
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                        -C-ATTG-CAGT----TTG-TC-GCAG----TCCCATC-AT----CACCGGTTCTAAAA-CTC-G-CCAGT-TTT-GAACA-TAAACA-ATA-----AT-A-TT---A-A--AGATAATA----A---------TC--ACAGTTGTA----------TTA-----GGGA-G----A--G--A-C-AAA------G-----------TTT---TA--T---C--C--AAC-----A-A-----AAACAAATTTAAGT-T--TA--TAcattacaaaacaaatccattgtagccaaaaccaga
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                      ac-C-ATTG-TAGTT-TTCAC-TT-ACAG----CCA---C-AT----CATCAGTCCTAAAT-CTC-T-CCAGA-TTT-GAACA-T-------TA-----AC-A-TT--------------TA----AAATGAAT-CTC--ACAATTGT-----------TG------GAGG-G----GTAG--A-A-ATA------T-----------TTT---TT--T---C--T--CA------A-A-----TAACAA----TACT-TGAAA--TATTgaataaaacaaaaatgcaactagaattccat
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                           cTTGTCAGTT-T--TC-TA-TCAG----CCT---C-ATTGATCACCAGTCCTAGAA-CTA-T-CCAGA-TTT-GAACA-C---AA-ACA--------A-TT---ACATT------TA----AGATAATT-CTC--ACAGTtcagtatctacatacacatttttattgtctttttaacaaatataaa
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                            TTA-CAGTT-TAT-C-TG-GCAG----TCC---A-GT----CATCAGTCCTTAAT-GTC-G-TCACT-TTT-AAACA-Tg
gi|26                         :                                                                                                                                    aaaccaatgaccaaataattttgacaaaacttgctgtgagtgatgaatgtgatgcctcgatgtgatgagtgcctG-CAGTT--ATTC-AT-TCAG----CCT---C-AT----CACCAGTTCTAAAG-CT---------------AA-A-TTAACA-ACA-----T----TT---A---TG-ATAAT------------T-CTC--ACAACTGTA----------TGA-----GGGG-G----A--G--A-A-A--------------------TTG---TC--C---C--C--CACTCCTCA-A-----AAACAAATTCTAGT-
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                     -TTTTC-TT-ACAG----CCC---C-AT----CAGCAGTCCTAAA--CTGAG-CCAGT-TTT-GAACA-TTAGCC-ATA-----AC-ATTT---A-A--A-ATAAT------------T-CTC--AGAAATGTA----------TGAAGGAGGAGG-GGTGAG--G--A-C-ATA------A------------TT---TC--C---C--C--CT------G-A-----AAATGAATTT---C-T--AA--TATTatccttgattttttttgtca
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                              attgcaaatttgagaT-GCAG----CAT---C-AT----CAATAGTCCTAATA-CTC-A-CCAGT-TTT-GAACC-TTAA-----------------C---A-ATTA------A----AGATAATT-CTC--ACCATTGTA----------ttaaataaaatcaaagtttgatga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                 AG----CTC---C-AT----CACCAGTTCTGAAA-CTT-A-CCACT-TTT-CAACCTTTAACA-ATA-----AC-A-TT---G-A-TG-ACAAT------------T-CTC--ACAATTGTA----------TGA-----AGGA-G----A--C--A-A-ATaaaa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                 ----CACCAGTCGTAAAA-CTC-T-CCAGT-TCT-GAACA-GTAACC-TTG-----AC-A-TT-------TA--TAAT------------T-CTC--ACATTTGTA----------TGA-----T-GG-G----T--GCTA-T-GTA------G-----------TTTA--TTG-C---G--C--TA------A-A-----AAA-----TCTAGT-T--AA--GA--GGTCATTTGAGTTTTAGAAGAGTTTTtt
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                        CAGTTCTTAAA-CTA-T-CGAGT-TTT-GAACA-TTAACA-ATA-----AT-A-TTTC-A-GTTA-AT---------------T-CTT--ACAATTGTT----------T-------GATG-G----G--G--A-ATATA------G-----------TTT---TT--C---A--T--TG------A-A-----AATT--GTCTTAGT-T--A
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                             tcagtgatgttaAGTTCTGAAA-CTT-A--------TT-GACCA-TTTACA-ATA-----AC-A-TT---A-AA-A-ATAAT------------T-CTC--AAAATCGTA----------TGA-----AGGG-GA---G--G--A-C-ATA------G-----------TTT---TT--C---T--A--AA------C-A-----AAAT-GATTCAAGG-T--AA--CTTTG-----CTCA--TGTGCAAAAATCTcagaccgtttgtc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       -G-CCACT-TTT-GAATA-TTAACG-ATA-----AC-A-TT--------------TC----AGATAATT-CTC--ACAA----A----------TGT-----GAGT-G----A--G--A-G-ATATTTAAGG-----------TTT---TT--T---A--TGACA------A-ACTC--AAACAATTTCTAGTAT--AA---ATT
gi|35                         :                                                                               tttgcatatcccttctgcatttcagatttagttatggttgtttgatttcattttgaattaaaaagcttgcccattttcttgttgacgaccaaagaccatgctttaataacttgctgtgaatgactgatgtgtaacctgcagaataatctacttgcttttcattaccaaactacttgcagccacatttgCAGT-TTT-GAACA-TAAATA-CTA-----AT-A-TT--------------TA----AGAT-AAT-TT---GCAATCCTT----------TCT-----GAGG-G----A--G--A-C-ATA------G-----------TTT---TT--A---C--C--CAG-----A-A-----AAACAAATTCTTGT-T--AA------GACTATGTAA--Ttttg
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             GT-TTT-GAACA-TTA-------------------------TTA-ATAACAT---AGATTATT-CTC--ACAATTGC-----------TGA-----GGTG-G----A--G--ACA-GTA------G-----------TTT---TT--T---C--T--GA------A-A-----A---ACATTCTAAT-t
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               -TTT-GAACA-TTAACA-ATA-----AC-A-TTTACA-ATAC-ATTGTA------ATC----CTC--GCAGTTGTT----------TAA-----GCTG-G----A--G--A-C-ATA------A-----------TTT---TT--CGTAC--A--AA------A-A-----AAACAATTTTTTGT-T--atgcacaatcaaat
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T---A-AACA-ATAACATTGAAGA-CAATTCTC--ACAAATGTA----------TGA-----GTGA-G----T--G--A-T-ATT------G-----------TTC---TT--C---C--A--CA------A-T-----AAACAAATTCTAtaaatcaacctgaat
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TA----AGATAATT-CTC--AGAACTGTA----------TGA-----GTGGAA----A--G--A-T-ATAG-----G-----------TTTTAGTT--C---T--T--TG------A-A-----AATCAAATTCTAGT-T--A
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gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aA----------TGT-----GGGG-G----A--G--A-T-ATA------G-----------TTT---TT--C---G--C--CA------A-A-----AAATAATTTCTGGT-T--GA--TGTttttaattttctt
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|16 ): AACGCTGTAGTTTACGTTAATTGTAAATAATGTATATGTATAACCTGCATGTTAGTACATGTATGTGAAAGCAACTGTCCAAACGTGTTTGTATTTGTTGATTTTCATTACTGTATCGATTTTCAGCGAATTGTGAAGAAAAAATGTAGCTTTAAATATTGCTTCAGATATACGATTGCATTTACAAA
Unaligned ( gi|40 ): ATTTATTGATTTTCATTTTTATACTTGTTTTCCAGCAAATTTTGAGAACAAAAATGAGTCAATATGTATCTTCAACAATT
Unaligned ( gi|46 ): ACTGTTTTTGTGCTTTCTGTCTGTTCATCCGTCTGTCTGTCACAGAATTTTGACCAGTGTTT
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Reference ( family-1515 )     :                                                                                                                   TGCGAATGATCGATNTG-AAG-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTTTG-C--T-----T-TNC--TGCTG-C-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG----CCC---CAT----CA---CCAGTCCTAAAA-CT-C-GCCAG-TTTTGAACA-TTAACAATA------ACA-TTA---A------ATA---AG--AT-A-------A--T-C-TC--ACAATTGT--AT----GA-----G-------NGGG----A-G--ACA-T----AG-----------TTT--T-T-C---C--C--C-G------A-A-----AAACAA----ATTCTAGT-T--AA--TATTGGCCATNTNA--TNTGNAAGAGTCTT
gi|1                          :                                                                                                                   TGC-AACGATTGATGTG-GAG-CCT-T-T-ATG-------------TGCA-TA----TCTTCTTTG-C--T-----T-TT---TGGTG-C-A---TTG-TA-G-TTT-TT-CTTG-CAGC---CCC---CAT----CT---CTAGTCCTAAAT-CT-C-CCCAG-TTTTGAACA-TTTACAATA------AC--T------------------------------------T-C-TC--ACAATTGT--GT----GA-----G-------GAGG----A-A--ACA-T----AG----------------T-T-A---C--T--T-A------A-A-----AAAAAC----ATTCTAGT-T--
gi|10                         :                             acattccgattcattgttttttggccagctgatggccaattaaattttccaaaataaaatcttgcatgttttttttctccacaactgacaaccatgtttcgctaaaactggctgctgTG-------------TGAA-TA----TCCACTTTC-C--T-----T-TGC---GATGTC-A---TTG-CA-G-TTT-T--CTTG-CAG----CCC---TAT----CA---CCATTTATAAAA-CTGG-GCCAGTTTTTGAATA-TTAACAAAA------ACA-TT------------TA---AG--AT-A-------AT-T-C-TC--ACAACTGT--AT----GA-----G-------TGGG----A-G--ACA-A----AG-----------TTT--T-T-T---TTGC--T-G------A-A-----AAACTA----TTTCTAGT-T--ttaattgcgaatatatttgtaactggtgtgtaacatacatgtatctataataagtgtta
gi|11                         :                                                                                                                   cGCGAATAATAGATGAG-AAA-CCT-T-G-ATG-------------TGC--TT----TTCA--TTG-C---------------------C-A---TTG-TA-G-TTT-TT-CTTT-CAG----TCC---TAC----CA---CCAGTCCTAAAG-CT-T-GTCAG-TTTTGAACA-TTAGCAATA------ATA-TT------------TA---AG--ATGA-------A--T-G-CC--AC-ATTGT--AT----GA-----G-------TGGA----A-G--TTA-T----AG-----------TTT--T-T-T---C--C--T-G------A-T-----AAGTAA----TTTCTAGT-T--Atccaattaaatctcaatttaagacatttcatatttttcaagtta
gi|12                         :                                                                                          ccagcaaccatattttgacaaacattgtgAATGATCGATTTG-AAA-C-T-C-G-GTG-------------TGCA-AA----TCCACTTTG-C--TAC---T-CGG--TGC---C-A---TTG-TA-GTTTT-TT-CTTT-AAG----CAC---TGC----CA---ATAGTCCTTAAA-TT-C-CCTAG-TGTTTTACG-TTAAT--TA------AT--------A------ATA---AG--AT-A-------AT-T-C-TC--ACAATTGT--GT----GA-----G-------TTGG----T-G--ACG-T----AG-----------TAT--T-T-C---G--C--T-G------A-T-----ACATAA----TTTCTGGT-T--TA--CATtgttt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                        tTG-C-A---TTG-CA-G-TTT-TA-CTTG-TGG----TCC---CAT----CA---GCAGTCCTCAAA-CT-C-ATCAG-TGTTAGACA-TTAACAATA------ACATTTAAGCA------ATAACTAA--AT-A-------C--C-C-TC--ACAGTTGT--ATATCGGA-----GTCTGAGAGGGG----G-G--ACA-T----AG-----------TTT--T-T-T---C--C--C-G------ATG-----AAACAA----ATTCTTGT-T--Actaaactctacttacttgt
gi|14                         :                                                                                                                                                    -------------TGCA-TA----TCAATTATG-C--T-----T-CTCGGTGC---C-A---TTG-CA-G-TTT-TTTCTTA-AAA----CAT---TGA----CA---CAATTTATAAAA-CC-C-ACCAG-TTTTGAACA-TTAAC----------------------------------G--AT-A-------T--T-C-TC--ACAATTGC--AT----GA--------------GGA----A-G--ACA-C----AG-----------TTT--T-C-C---C--C--T-T------A-A-----AAAcattacaaaacaaatccattgtagccaaaaccaga
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gi|18                         :                                                                                                                                                                            ccacaaccaacgaccatgttttgataacttt-C-A---TTG-TA-G-TTT-TCACTTA-CAG----CCA---CAT----CA---TCAGTCCTAAAT-CT-C-TCCAG-ATTTGAACA-T------TA------ACA-TT------------TA---AA--ATGA-------A--T-C-TC--ACAATTGT--TG----GA-----G-------GGGT----A-G--AAA-T----AT-----------TTT--T-T-T---C--T--C-A------A-A-----TAACAA--------TACT-TGAAA--TATTcttggttgtcacaatggcatgataaggaaacaatgttgttgccccctcccccctcaaaaaaaaaacaaattctg
gi|19                         :                                                                                                                  cTGCGGATGCTCGATGTG-AAGAC-A-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTTT-----------T-TGG--TGCT----A---TTG-CA-G-TTT-TT-C---------------------------------TCC----A-CT-------G-TTATAAACA-TTAACATT-----------TTC----------------------------------T-T-TC--ATGTTCAT--AT----GA-----G-------GTGG----A-G--ACA-------G-----------TTT--T-T-T---C--C--G-G------A-A-----AAGCAA----ATTCTAGT-T--GA--tcagtatctacatacacatttttattgtctttttaacaaatataaa
gi|2                          :                                                                                  acaaccaaagatgatgttttgataaaaatgtatTGTGAATGACTGATGTG-TAA-C-C-T-GCA----------------GAA-TAA---TCTACTT-G-C--T-----T-TTC----------A---TTA-CC-A-AAC-TA-CTTG-CAG----CCA---CAT----T------------------T-G-GCCAC-TTTTGAATA-TTAACGATA------ACA-TT------------TC---AG--AT-A-------AT-T-C-TC--ACAAATG----T----GA-----G-------TGAG----A-G--ATA-TTTAAGG-----------TTT--T-T-T---A--TGAC-A------A-ACTC--AAACAA----TTTCTAGTAT--AA---ATT
gi|20                         :                          tttgcatatcccttctgcatttcagatttagttatggttgtttgatttcattttgaattaaaaagcttgcccattttcttgttgacgaccaaagaccatgctttaataacttgc-T-G-ATG-------------TGCAATA----TTCACTGTG-C--T-----T-TTT--GGCCA---A---TT-------TTT-TT-TTTG-CTG----TTC---CGT----CA---CCAGTCCTAAAA-CT-C-CCCAG-TTCTGAATA-TTAACATTA------ACA-T------------ATA---AG--AT-A-------AT-T-C-TC--ACAATTGT--AT----GA-----G-------AGGG----A-G--ACA-T----AGCAACCCCCCCCCCC--C-C-C---C--C--C-A------C-C-----CAACAA----ATTCTAGT-T--AA--TATtttg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                         TG-C-AAATTTG--A-G-ATT-TT-CTTA-CAG----CCC---CAT----CA---GCAGTCCTAAA--CT-GAGCCAG-TTTTGAACA-TTAGCCATA------ACA-TT------------TA---AA--AT-A-------AT-T-C-TC--AGAAATGT--AT----GAAGGAGG-------AGGGGTGAG-G--ACA-T----AA-----------TTT--C-C-C---C--C--T-G------A-A-----AATGAA----TTTC-----T--AA--TATT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                         at-C-A---TTG-CA-G-TTT-GT-C--G-CAG----TCC---CAT----CATCACCGGTTCTAAAA-CT-C-GCCAG-TTTTGAACA-TAAACAATA------ATA-TTA------------A---AG--AT-A-------A--TAA-TC--ACAGTTGT--AT----TA-----G-------GGAG----A-G--ACA-A----AG-----------TTT--TAT-C---C--A--A-C------A-A-----AAACAA----ATTTAAGT-T--TA--TAttaaataaaatcaaagtttgatga
gi|23                         :                                                                                                                                acTG-AAG-C-C-TCG-ATG-------------TTCA-TA----GAAACTTTG-C--T-----T-TTC---GATG-CGA---TCG-TGTG-TTT-TC-TTTG-CAA----CCC---AGT----GA---CCAGTACTAAAA-CA-A-GCAAT-TTCTGAACC-TTAACAATG------ATA-TCA---A------AGA---TG--AT------------T-C-TC--ACAATTGC--AC----GA-----G-------TGGG----A-T--ACA-T----A------------TTT--T---------------G------A-A-----ATTCAA----ATTgaataaaacaaaaatgcaactagaattccat
gi|24                         :                                                                                                                  gTGTGAATGATCAGTATG-AAA-CCT-T-G-ATG-------------CACA-TA----TTCACTTTG-aag
gi|25                         : tgttgacatctttctgtagttatgtgagacatattgtttttgcgctttcaatctgtttgtctgtctgtcaaaaaattttgcccatgttttttccacaagcaaagaccatgttttgacaaatttgcGAAGTG-AAG-C-CAC-A-ACA-------------TGCA-TAATTATCCACTTTG-C--T-----TATA----GGTG-C---------CA----TT-TT-TTTG-CAG----CCA---CAT----CA---CCAGTCGTAAAA-CT-G-GACAG-TTTTGAACA-TTAACAGTA------TAG-TT------------TA---AG--A--A-------A--A-C-TCATACAATTAT--AT----GA-----G-------GAAA----A-A--ACA-T----TG-----------TTT--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                   tG-CA-G-TTA-TT-CATT-CAG----CCT---CAT----CA---CCAGTTCTAAAG-CT--------------AA-A-TTAACAA---------CA-TT------------TA---TG--AT-A-------A--TTC-TC--ACAACTGT--AT----GA-----G-------GGGG----A-G--A--------AA-----------TTG--T-C-C---C--C--C-ACTCCTCA-A-----AAACAA----ATTCTAGT-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                 TTTG-C--T-----T-TGC--GGTTC-C-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAGGGAACCC---CAT----CT---CCAGTAAAAAAAACT-C-GCCGG-TTTTGAACA-TTAACAGAA------ACA--TG---A------ATG---AG--AT-G-------A--T-TGTC--ACAACTGT--AT----GA-----G-------AGAC----A-G--ACA-A----AG-----------TCT--T-T-atccttgattttttttgtca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA---CCAGTCGTAAAA-CT-C-TCCAG-TTCTGAACA-GTAACCTTG------ACA-TT------------T--------AT-A-------AT-T-C-TC--ACATTTGT--AT----GA-------------TGGG----T-GCTATG-T----AG-----------TTTA-T-T-G---C--G--C-T------A-A-----AAA-A-------TCTAGT-T--AA--GA--GGTCATTTGAGTTTTAGAAGAGTTTTt
gi|29                         :                                                                                                                                                                                    G-C--T-----T-T----TGGTG-CTA---TTG-CA-G-TTT-T--ATTG-CAG----CCC---CGT----CA---CCAGTCCTTTAA-CA-T-TCCTG-TTTTGAATA-TTTCCAATA------CTA-TT------------CA---AG--AT-ATACATGTA--T-C-TC--AC-ATTGC--TT----AA-----G-------TGGG----A-G--ATA-T----AG-----------TTT--T-
gi|3                          :                                                                                                                  gTGCAAATGATCGCTGTG-AAG-C-T-T-C-ATG-------------TATA-TA----TCCGCTTTGCC--T-----T-CGA--TCCTG-------TTG-CA-G--TT-TT-GTTG-CCT----CCC---TAT----CC---TCGGGCAT-AAA-CT-C-GCCTG-CTTTGAACA-TTAATGATA------GCA-TTG------------A---AG--AT-A-------AT-T-T-TC--ACAATAAT--AT----GA-------------TGTC----A-G--ACA-T----AT-----------TTT--T-T-T---C--ctcag
gi|30                         :                                                                                                                                                  tttgcatatcacttttgcattccagtgattttttggcactttcaatttttcttttaaaaatattgccaattttcttcactgcaaccaacatcatgttttaactaaacttgcCAGTTCTTAAA-CT-A-TCGAG-TTTTGAACA-TTAACAATA------ATA-TT------------TC---AG--TT-A-------AT-T-C-TT--ACAATTGT--TT----GA-----T-------GGGG----A----ATA-T----AG-----------TTT--T-T-C---A--T--T-G------A-A-----AA
gi|31                         :                                                                                                       tcagtgatgttaTGTGAGTGATGAATGTG-ATG-C-C-TCG-ATG-------------TG-A-TG--------------------------AG--TGC---C-T---TTA-CA-G-TTT-AT-CTGG-CAG----TCC---AGT----CA---TCAGTCCTTAAT-GT-C-GTCAC-TTTTAAACA-Tttgtcttagttacagaccgtttgtc
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                aaaccaatgaccaaataattttgacaaaacttgcAGTTCTGAAA-CT---------TATTGACCA-TTTACAATA------ACA-TTA------------A---AA--AT-A-------AT-T-C-TC--AAAATCGT--AT----GA-----A-------GGGG----AGG--ACA-T----AG-----------TTT--T-T-C---T----------------------AAACAAAATGATTCAAGG-T--AA--CTTTG-----CTCA--TGTGCAAAAATCT
gi|33                         :                                                                                                                   TGTGAATGATTGTAGTG-CAG-C-CAC-A-AAG-------------TGCA-TA----TCTACTTTG-C--TATTGAT-CAA--TGC---C-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTT-CAG----TCC---TGT----TA---CCAGTC
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                aaaacttatTTTGAACA-TTAACAATA------ACATTTAC--A------ATA---CATTGT-A-------A--TCC-TC--GCAGTTGT--TT----AA-----G-------CTGG----A-G--ACA-T----AA-----------TTT--T-T-CGTAC--A--A-A------A-A-----AAACAA----TTTTTTGT-T--atggacattaactataattttca
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    CAG-TTTTGAACA-TAAATACTA------ATA-TT------------TA---AG--AT-A-------A--T-T-T---GCAATCCT--TT----CT-----G-------AGGG----A-G--ACA-T----AG-----------TTT--T-T-A---C--C--CAG------A-A-----AAACAA----ATTCTTGT-T--AA------GACTATGTAA--Ttaaatcaacctgaat
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CA-TT------------TA---AG--AT-A-------A--TTC-TC--AGAACTGT--AT----GA-----G-------TGGA----AAG--ATA-T----AGGT---------TTTAGT-T-C---T--T--T-G------A-A-----AATCAA----ATTCTAGT-T--At
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      G-TTTTGAACA-TTATTAATA------ACA--TA---G------AT---------T-A-------T--T-C-TC--ACAATTGC---T----GA-----G-------GTGG----A-G--ACAGT----AG-----------TTT--T-T-----T--C--T-G------A-A-----AAAC------ATTCTAAT-tttcattatttttgtcagatttca
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                        AG----CTC---CAT----CA---CCAGTTCTGAAA-CT-T-ACCAC-TTTTCAACCTTTAACAATA------ACA-TT----G------AT-----G--AC-A-------AT-T-C-TC--ACAATTGT--AT----GA--------------AGG----A-G--ACA------AA-----------TTT--atgcacaatcaaat
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                               ---TTGTCA-G-TTT-T--CTAT-CAG----CCT---CATTGATCA---CCAGTCCTAGAA-CT-A-TCCAG-ATTTGAACA-CAAACAATT------ACA-TT------------TA---AG--AT-A-------AT-T-C-TC--ACAGT
gi|4                          :                                                                                                                       AATAGTTGATGTA-AAG-CAT-T-A-ATG-------------TACA-CA----TCCACTTTT-C--T-----T-TTCAGTGC---C-A---TTG-CT-A-TTT-TT---TGATAG----ACC---TAT----AA---CCAGTCTTAAAA-CT-C-GCCAG-TTTCGAACA-TTAAC-AT------------------------ATA---GG--AT-A-------AATT-C-TC--ACAATTGT--AT----GA-----G-------ACGG----A-G--ACA-T----AG-----------TTT--T-T-------------A------A-AAAAACAAACAA----ATTCTAg
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                    caaacaaccaagttttgacaaaattttcggatTG-CAG----CAT---CAT----CA---ATAGTCCTAATA-CT-C-ACCAG-TTTTGAACC-TTAACA-----------A-TTA------------A---AG--AT-A-------AT-T-C-TC--ACCATTGT--Attgtttttaaaaataggttttgaaattgtaatt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AACAATA------ACA-TTG---A------A------G--AC-A-------A--TTC-TC--ACAAATGT--AT----GA-----G-------TGAG----T-G--ATA-T----TG-----------TTC--T-T-C---C--A--C-A------A-T-----AAACAA----ATTCTAaaaa
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gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --T-C-TC--ACAAATGT--AT----GA-----G-------TGAG----T-G--ATA-T----TG-----------TTC--T-T-C---C--A--C-A------A-T-----AAACAA----ATTCTATT-T--agatgttaaagactctaaaatatttg
gi|45                         :                                                                                                              acaatTGCAAATGATCAATGTG-AAA-CCT-T-G-ATA-------------TGAA-TA----TCCATTTTttttaattttctt
gi|48                         :                                                                                                                             accatgttttaacaaaacttgcG-------------TGCA-TA----CCCACTTTG-C--A-----T-TTC--TACAT-C-A---CTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG----TCC---
gi|49                         :                                                                                                                   TGTGAATGATCAAAGTGGAAC-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTCTG-C--T-----T-t
gi|5                          :                                                                                                                  cTGTGAACGATCAGTAAG-AAG-C-C-TCA-AAG-------------TCCA-TA----TCTACAATG-A--T-----T-TTC--AG-TGTC-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG-----TC---CAT----CA---ACAGTTATAAAA-AT---GCCAG-TTTTGAACA-GTTAC----------ACA-T------------GTA---AG--AT-A-------AG-T-C-GT--ACGTTTGTACAT----GT-----G-------AGGG----A-G--AC-------AG-----------TTT--T-T-A---C--T--C-G------A-A-----AATTAA----GTTCTAGTGT--GA--TA
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gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         c--AT----GT-----G-------GGGG----A-G--ACA-T----GG-----------TTT--T-T-T---TTGC--C-A------A-A-----AAGCAA----TTTCTAG
gi|6                          :                                                                                                                   TGCAAATGATGTATTTG-AAG-T-T-T-G-ATG-------------TACA-TA----TCCACTTTG-C--T-----T-TAC--TGCTG-C-A---TTG-CA-G-TTTCTT-CTTG-CAG----TCC---CAT----CA---CCAGTCCTAAAA-CT-T-GCCAG-TTTTGAACA-TTAAAAATA------AGA-TTA---ATTAATAATA---AG--ATCA-------A--T-C-TC--ACAATTGT--AT----GA-----G-------AGGG----G-G--AAA-T----AG-----------TTT--T-T-C---C--C--C-A------A-A-----AAATAA----ATTCTAGT-T--AA--TATTGGCTGTCTAA--TGTAGAAAAATTTT
gi|7                          :                                                                                                                              GATTGG-ATG-T-T-T-A-ATG-------------TGCA-TA----TCTGTTTCGAC--T-----T-TTC--AGTTC-A-A---TTG-GA-G-TTA-TC-CCTG-CAG----CCC---CAT----CA---CCAGCCCTAAAA-CT-C-GCCA--TTTTAAACA-TTAACAATACATGCAGCA-TTG---A------A------G--AT-A-------A--TTC-TT--ACAGTTGT--AT----GA-----G-------GAAG----A-G--ACA-T----AG-----------TTT--T-T-C---C--C--C-G------A-A-----AATAAA----ATTCTAGTAT--AAATTATT
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gi|9                          :                                                                                                                   gacGAATGGTCGATGTG-AAG-GAT-T-G-ATGACAATCTGTTTTGTGCA-GA----TCAACTTTG-C--T-----T-TT---------C-A---ATG-CA-A---T-TT-CTTG-TAT----TTCTATCAT----CA---TTATTCCT--GA-CT-C-CCCAG-TTTTGAGCT-GTAAC--------------TTA---A------ATT---CA--AT-A-------A--T-TGTC--ACA-------AT----GA-----A-------GGGC----A-G--ACaaaagttttcatatgtcttattacgaaaattaaggtgtgaaaacataacatgcagttaagtgtaaata
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1515 )     :                                                                                                                   TGCGAATGATCG-ATGTG-AA-G-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTTTG-C--T-----T-TNC--TGCTG-C-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG----CCC---CAT----CA---CCAGTCCTAAAA-CTC-G-CCAGTTTT-GAACA-TTAACAATA------ACA-TT-A--------TAAG--A-----T-A-------A--------T-C-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A-G-------GGGGA--------GACA-T----AG-----------TTT--T-T-C---C--C--CG------A-A-----AAACAA----ATTCTAGT-T--AA--TATT--GGCTATCTAA--TGTAGAAAAATTTT
gi|1                          :                                                                                                                   TGC-AACGATTG-ATGTG-GA-G-CCT-T-T-ATG-------------TGCA-TA----TCTTCTTTG-C--T-----T-TT---TGGTG-C-A---TTG-TA-G-TTT-TT-CTTG-CAGC---CCC---CAT----CT---CTAGTCCTAAAT-CTC-C-CCAGTTTT-GAACA-TTTACAATA------AC--T------------------------------------------T-C-TC--ACAAT--TGT--GT----G-A-G-------GAGGA--------AACA-T----AG----------------T-T-A---C--T--TA------A-A-----AAAAAC----ATTCTAGT-T--
gi|10                         :                               acattccgattcattgttttttggccagctgatggccaattaaattttccaaaataaaatcttgcatgttttttttctccacaactgacaaccatgtttcgctaaaactggctgctgTG-------------TGAA-TA----TCCACTTTC-C--T-----T-TGC---GATGTC-A---TTG-CA-G-TTT-T--CTTG-CAG----CCC---TAT----CA---CCATTTATAAAA-CTG-GGCCAGTTTTTGAATA-TTAACAAAA------ACA-TT----------TAAG--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACAAC--TGT--AT----G-A-G-------TGGGA--------GACA-A----AG-----------TTT--T-T-T---TTGC--TG------A-A-----AAACTA----TTTCTAGT-T--ttaattgcgaatatatttgtaactggtgtgtaacatacatgtatctataataagtgtta
gi|11                         :                                                                                                                   cGCGAATAATAG-ATGAG-AA-A-CCT-T-G-ATG-------------TGC--TT----TTCA--TTG-C---------------------C-A---TTG-TA-G-TTT-TT-CTTT-CAG----TCC---TAC----CA---CCAGTCCTAAAG-CTT-G-TCAGTTTT-GAACA-TTAGCAATA------ATA-TT----------TAAG--A-----TGA-------A--------T-G-CC--AC-AT--TGT--AT----G-A-G-------TGGAA--------GTTA-T----AG-----------TTT--T-T-T---C--C--TG------A-T-----AAGTAA----TTTCTAGT-T--Atccaattaaatctcaatttaagacatttcatatttttcaagtta
gi|12                         :                                                                                          ccagcaaccatattttgacaaacattgtgAATGATCG-ATTTG-AA-A-C-T-C-G-GTG-------------TGCA-AA----TCCACTTTG-C--TAC---T-CGG--TGC---C-A---TTG-TA-GTTTT-TT-CTTT-AAG----CAC---TGC----CA---ATAGTCCTTAAA-TTC-C-CTAGTGTT-TTACG-TTAAT--TA------ATA----A--------TAAG--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACAAT--TGT--GT----G-A-G-------TTGGT--------GACG-T----AG-----------TAT--T-T-C---G--C--TG------A-T-----ACATAA----TTTCTGGT-T--TA--CATtgttt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                          tTG-C-A---TTG-CA-G-TTT-TA-CTTG-TGG----TCC---CAT----CA---GCAGTCCTCAAA-CTC-A-TCAGTGTT-AGACA-TTAACAATA------ACA-TT----------TAAGCAA-----T-A-------ACTAAATACC-C-TC--ACAGT--TGT--ATATCGG-A-GTCTGAGAGGGGG--------GACA-T----AG-----------TTT--T-T-T---C--C--CG------ATG-----AAACAA----ATTCTTGT-T--Actaaactctacttacttgt
gi|14                         :                                                                                                                                                      -------------TGCA-TA----TCAATTATG-C--T-----T-CTCGGTGC---C-A---TTG-CA-G-TTT-TTTCTTA-AAA----CAT---TGA----CA---CAATTTATAAAA-CCC-A-CCAGTTTT-GAACA-TTAAC-----------------------------G--A-----T-A-------T--------T-C-TC--ACAAT--TGC--AT----G-A----------GGAA--------GACA-C----AG-----------TTT--T-C-C---C--C--TT------A-A-----AAAcattacaaaacaaatccattgtagccaaaaccaga
gi|17                         :                                                                                          aggaaacacttattttgacaaaacttactgcgatagactTGCG-AATG-A-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCTCTTTG----T-----T-TTC--AGTAC-C-A---TAA-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAA----CCC---CAC----CA---CCAATCCTAAAA-CTC-C-TTGG--TT-G------TCACAATG------GCA-TG-A--------TAAG--atatttcacatttgttaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                              ccacaaccaacgaccatgttttgataacttt-C-A---TTG-TA-G-TTT-TCACTTA-CAG----CCA---CAT----CA---TCAGTCCTAAAT-CTC-T-CCAGATTT-GAACA-T------TA------ACA-TT----------TAAA--A-----TGA-------A--------T-C-TC--ACAAT--TGT--TG----G-A-G-------GGGTA--------GAAA-T----AT-----------TTT--T-T-T---C--T--CA------A-A-----TAACAA--------TACT-TGAAA--TATTTCAG-TATCTAgaaacaatgttgttgccccctcccccctcaaaaaaaaaacaaattctg
gi|19                         :                                                                                                                  cTGCGGATGCTCG-ATGTG-AA-GAC-A-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTT------T-----T-TGG--TGCT----A---TTG-CA-G-TTT-TT-CT------------C---CA----------------CT--------------GTTAT-AAACA-T------TA------ACA-TT----------------------T-T-------C--------T-T-TC--ATGTT--CAT--AT----G-A-G-------GTGGA--------GAC-------AG-----------TTT--T-T-T---C--C--GG------A-A-----AAGCAA----ATTCTAGT-T--GA--catacacatttttattgtctttttaacaaatataaa
gi|2                          :                                                                                  acaaccaaagatgatgttttgataaaaatgtatTGTGAATGACTG-ATGTG-TA-A-C-C-T-GCA----------------GAA-TAA---TCTACTT-G-C--T-----T-TTC----------A---TTA-CC-A-AAC-TA-CTTG-CAG----CCA---CAT----T------------------TG-G-CCACTTTT-GAATA-TTAACGATA------ACA-TT----------TCAG--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACAAA--TG----T----G-A-G-------TGAGA--------GATA-TTTAAGG-----------TTT--T-T-T---A--TGACA------A-ACTC--AAACAA----TTTCTAGTAT--AA---ATT--
gi|20                         :                            tttgcatatcccttctgcatttcagatttagttatggttgtttgatttcattttgaattaaaaagcttgcccattttcttgttgacgaccaaagaccatgctttaataacttgc-T-G-ATG-------------TGCAATA----TTCACTGTG-C--T-----T-TTT--GGCCA---A---TT-------TTT-TT-TTTG-CTG----TTC---CGT----CA---CCAGTCCTAAAA-CTC-C-CCAGTTCT-GAATA-TTAACATTA------ACA--T-A--------TAAG--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A-G-------AGGGA--------GACA-T----AGCAACCCCCCCCCCC--C-C-C---C--C--CA------C-C-----CAACAA----ATTCTAGT-T--AA--TATtttg
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                           TG-C-AAATTTG--A-G-ATT-TT-CTTA-CAG----CCC---CAT----CA---GCAGTCCTAAA--CTGAG-CCAGTTTT-GAACA-TTAGCCATA------ACA-TT----------TAAA--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--AGAAA--TGT--AT----GAA-G-------GAGGAGGGGTGAGGACA-T----AA-----------TTT--C-C-C---C--C--TG------A-A-----AATGAA----TTTC-----T--AA--TATT--
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                           at-C-A---TTG-CA-G-TTT-GT-C--G-CAG----TCC---CAT----CATCACCGGTTCTAAAA-CTC-G-CCAGTTTT-GAACA-TAAACAATA------ATA-TT-A---------AAG--A-----T-A-------A--------TAA-TC--ACAGT--TGT--AT----T-A-G-------GGAGA--------GACA-A----AG-----------TTT--TAT-C---C--A--AC------A-A-----AAACAA----ATTTAAGT-T--TA--TAttaaataaaatcaaagtttgatga
gi|23                         :                                                                                                                                acGTG-AA-G-C-C-TCG-ATG-------------TTCA-TA----GAAACTTTG-C--T-----T-TTC---GATG-CGA---TCG-TGTG-TTT-TC-TTTG-CAA----CCC---AGT----GA---CCAGTACTAAAA-CAA-G-CAATTTCT-GAACC-TTAACAATG------ATA-TC-A---------AAG--A-----T-G-------A--------TTC-TC--ACAAT--TGC--AC----G-A-G-------TGGGA--------TACA-T----A------------TTT--T--------------G------A-A-----ATTCAA----ATTgaataaaacaaaaatgcaactagaattccat
gi|24                         :                                                                                                                   TGTGAATGATCA-GTATG-AA-A-CCT-T-G-ATG-------------CACA-TA----TTCACTTTG-aag
gi|25                         : tgttgacatctttctgtagttatgtgagacatattgtttttgcgctttcaatctgtttgtctgtctgtcaaaaaattttgcccatgttttttccacaagcaaagaccatgttttgacaaatttgcG-AAGTG-AA-G-C-CAC-A-ACA-------------TGCA-TAATTATCCACTTTG-C--T-----TATA----GGTG-C---------CA----TT-TT-TTTG-CAG----CCA---CAT----CA---CCAGTCGTAAAA-CTG-G-ACAGTTTT-GAACA-TTAACAGT-------ATA-GT-T--------TAAG--A-------A-------A--------A-C-TCATACAAT--TAT--AT----G-A-G-------GAAAA--------AACA-T----TG-----------TTT--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                     tG-CA-G-TTA-TT-CATT-CAG----CCT---CAT----CA---CCAGTTCTAAAG-CT--------------AA-A-TTAACAA---------CA-TT----------TATG--A-----T-A-------A--------TTC-TC--ACAAC--TGT--AT----G-A-G-------GGGGA--------GA--------AA-----------TTG--T-C-C---C--C--CACTCCTCA-A-----AAACAA----ATTCTAGT-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                   TTTG-C--T-----T-TGC--GGTTC-C-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAGGGAACCC---CAT----CT---CCAGTAAAAAAAACTC-G-CCGGTTTT-GAACA-TTAACAGAA------ACA-TGAA--------TGAG--A-----T-G-------A--------T-TGTC--ACAAC--TGT--AT----G-A-G-------AGACA--------GACA-A----AG-----------TCT--T-T-atccttgattttttttgtca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                         ----CA---CCAGTCGTAAAA-CTC-T-CCAGTTCT-GAACA-GTAACCTTG------ACA-TT----------T-----A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACATT--TGT--AT----G-ATG-------GGTGC--------TATG-T----AG-----------TTTA-T-T-G---C--G--CT------A-A-----AAA-A-------TCTAGT-T--AA--GA----GGTCATTTGAGTTTTAGAAGAGTTTTt
gi|29                         :                                                                                                                                                                                      G-C--T-----T-T----TGGTG-CTA---TTG-CA-G-TTT-T--ATTG-CAG----CCC---CGT----CA---CCAGTCCTTTAA-CAT-T-CCTGTTTT-GAATA-TTTCCAATA------CTA-TT----------CAAG--A-----T-ATACATGTA--------T-C-TC--AC-AT--TGC--TT----A-A-G-------TGGGA--------GATA-T----AG-----------TTT--T-
gi|3                          :                                                                                                                  gTGCAAATGATCG-CTGTG-AA-G-C-T-T-C-ATG-------------TATA-TA----TCCGCTTTGCC--T-----T-CGA--TCCTG-------TTG-CA-G--TT-TT-GTTG-CCT----CCC---TAT----CC---TCGGGCAT-AAA-CTC-G-CCTGCTTT-GAACA-TTAATGATA------GCA-TT-G---------AAG--A-----T-A-------AT-------T-T-TC--ACAAT--AAT--AT----G-A---------TGTCA--------GACA-T----AT-----------TTT--T-T-T---C--ctcag
gi|30                         :                                                                                                                                                    tttgcatatcacttttgcattccagtgattttttggcactttcaatttttcttttaaaaatattgccaattttcttcactgcaaccaacatcatgttttaactaaacttgcCAGTTCTTAAA-CTA-T-CGAGTTTT-GAACA-TTAACAATA------ATA-TT----------TCAG--T-----T-A-------AT-------T-C-TT--ACAAT--TGT--TT----G-A-T-------GGGGA---------ATA-T----AG-----------TTT--T-T-C---A--T--TG------A-A-----AA
gi|31                         :                                                                                                       tcagtgatgttaTGTGAGTGATGA-ATGTG-AT-G-C-C-TCG-ATG-------------TG-A-TG--------------------------AG--TGC---C-T---TTA-CA-G-TTT-AT-CTGG-CAG----TCC---AGT----CA---TCAGTCCTTAAT-GTC-G-TCACTTTT-AAACA-Tttgtcttagttacagaccgtttgtc
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                  aaaccaatgaccaaataattttgacaaaacttgcAGTTCTGAAA-CT--------TATT-GACCA-TTTACAATA------ACA-TT-A---------AAA--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--AAAAT--CGT--AT----G-A-A-------GGGGAG-------GACA-T----AG-----------TTT--T-T-C---T---------------------AAACAAAATGATTCAAGG-T--AA--CTTT--G-----CTCA--TGTGCAAAAATCT
gi|33                         :                                                                                                                   TGTGAATGATTG-TAGTG-CA-G-C-CAC-A-AAG-------------TGCA-TA----TCTACTTTG-C--TATTGAT-CAA--TGC---C-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTT-CAG----TCC---TGT----TA---CCAGTC
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 aaaacttatTTT-GAACA-TTAACAATA------ACATTT-A--------CAAT--ACATTGT-A-------A--------TCC-TC--GCAGT--TGT--TT----A-A-G-------CTGGA--------GACA-T----AA-----------TTT--T-T-CGTAC--A--AA------A-A-----AAACAA----TTTTTTGT-T--atggacattaactataattttca
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAGTTTT-GAACA-TAAATACTA------ATA-TT----------TAAG--A-----T-A-------A--------T-T-T---GCAATCCTTT--CT----G-A-G-------GG--A--------GACA-T----AG-----------TTT--T-TAC---C--C--AG------A-A-----AAACAA----ATTCTTGT-T--AA--------GACTATGTAA--taaatcaacctgaat
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CA-TT----------TAAG--A-----T-A-------A--------TTC-TC--AGAAC--TGT--AT----G-A-GT------GGAAA--------GATA-T----AGGT---------TTTAGT-T-C---T--T--TG------A-A-----AATCAA----ATTCTAGT-T--At
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTTTT-GAACA-TTATTAATA------ACA-T-------------AG--AT----T-A-------T--------T-C-TC--ACAAT--TGC---T----G-A-G-------GTGGA--------GACAGT----AG-----------TTT--T-T-----T--C--TG------A-A-----AAAC------ATTCTAAT-tttcattatttttgtcagatttca
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                          AG----CTC---CAT----CA---CCAGTTCTGAAA-CTT-A-CCACTTTT-CAACCTTTAACAATA------ACA-TTGA--------T--G--A-----C-A-------AT-------T-C-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A----------AGGA--------GACA------AA-----------TTT--atgcacaatcaaat
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                 ---TTGTCA-G-TTT-T--CTAT-CAG----CCT---CATTGATCA---CCAGTCCTAGAA-CTA-T-CCAGATTT-GAACA-CAAACAATT------ACA-TT----------TAAG--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACAGT--
gi|4                          :                                                                                                                       AATAGTTG-ATGTA-AA-G-CAT-T-A-ATG-------------TACA-CA----TCCACTTTT-C--T-----T-TTCAGTGC---C-A---TTG-CT-A-TTT-TT---TGATAG----ACC---TAT----AA---CCAGTCTTAAAA-CTC-G-CCAGTTTC-GAACA-TTAACA--------------T-A--------TAGG--A-----T-A-------AAT------T-C-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A-G-------ACGGA--------GACA-T----AG-----------TTT--T-T------------A------A-AAAAACAAACAA----ATTCTAg
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                      caaacaaccaagttttgacaaaattttcggatTG-CAG----CAT---CAT----CA---ATAGTCCTAATA-CTC-A-CCAGTTTT-GAACC-TTAACA-----------A-TT-A---------AAG--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACCAT--TGT--Attgtttttaaaaataggttttgaaattgtaatt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AACAATA------ACA-TT-G---------AAG--A-----C-A-------AT-------T-C-TC--ACAAA--TGT--AT----G-A-G-------TGAGT--------GATA-T----TG-----------TTC--T-T-C---C--A--CA------A-T-----AAACAA----ATTCTAaaaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ta--AT----G-T-G-------GGGGA--------GATA-T----AG-----------TTT--T-T-C---G--C--CA------A-A-----AAATAA----TTTCTGGT-T--GA--TGT
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --------T-C-TC--ACAAA--TGT--AT----G-A-G-------TGAGT--------GATA-T----TG-----------TTC--T-T-C---C--A--CA------A-T-----AAACAA----ATTCTATT-T--agatgttaaagactctaaaatatttg
gi|45                         :                                                                                                              acaatTGCAAATGATCA-ATGTG-AA-ACC-T-T-G-ATA-------------TGAA-TA----TCCATTTTttttaattttctt
gi|48                         :                                                                                                                               accatgttttaacaaaacttgcG-------------TGCA-TA----CCCACTTTG-C--A-----T-TTC--TACAT-C-A---CTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG----TCC---
gi|49                         :                                                                                                                   TGTGAATGATCA-AAGTGGAA-C-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTCTG-C--T-----T-t
gi|5                          :                                                                                                                  cTGTGAACGATCA-GTAAG-AA-G-C-C-TCA-AAG-------------TCCA-TA----TCTACAATG-A--T-----T-TTC--AG-TGTC-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG-----TC---CAT----CA---ACAGTTATAAAA-AT--G-CCAGTTTT-GAACA-GTTAC----------ACA--T-G--------TAAG--A-----T-A-------AG-------T-C-GT--ACGTT--TGTACAT----G-T-G-------AGGGA--------GAC-------AG-----------TTT--T-T-A---C--T--CG------A-A-----AATTAA----GTTCTAGTGT--GA--TA
gi|50                         :                                                                                        aaaaaccaacgaattgacaaatgttgcTGTGAATGATCA-AAGTGGAA-C-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTCTG-C--T-----T-attatttttgaatttggtccctggaa
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   c--AT----G-T-G-------GGGGA--------GACA-T----GG-----------TTT--T-T-T---TTGC--CA------A-A-----AAGCAA----TTTCTAG
gi|6                          :                                                                                                                   TGCAAATGATGT-ATTTG-AA-G-T-T-T-G-ATG-------------TACA-TA----TCCACTTTG-C--T-----T-TAC--TGCTG-C-A---TTG-CA-G-TTTCTT-CTTG-CAG----TCC---CAT----CA---CCAGTCCTAAAA-CTT-G-CCAGTTTT-GAACA-TTAAAAATA------AGA-TT-AATTAATAATAAG--A-----TCA-------A--------T-C-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A-G-------AGGGG--------GAAA-T----AG-----------TTT--T-T-C---C--C--CA------A-A-----AAATAA----ATTCTAGT-T--AA--TATT--GGCTGTCTAA--TGTAGAAAAATTTT
gi|7                          :                                                                                                                         TGATTGGATGT---------T-T-A-ATG-------------TGCA-TA----TCTGTTTCGAC--T-----T-TTC--AGTTC-A-A---TTG-GA-G-TTA-TC-CCTG-CAG----CCC---CAT----CA---CCAGCCCTAAAA-CTC-G-CCA-TTTT-AAACA-TTAACAATACATGCAGCA-TT-G---------AAG--A-----T-A-------A--------TTC-TT--ACAGT--TGT--AT----G-A-G-------GAAGA--------GACA-T----AG-----------TTT--T-T-C---C--C--CG------A-A-----AATAAA----ATTCTAGTAT--AAATTATT--
gi|8                          :                                                                                                                                                                       -TA----TCCACTATC-CATT-----T-TAG--TGCTA-G-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CATG-CAA----CCC---CAT----CA---CCAGTCCTTAAA-CTC-A-CCAGTTTT-GAACA-TTTACAATA------GTA--T-A--------TAAG--A-----T-A-------A--------GAG-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A-G-------GGGGA--------AACA-T----AG-----------TTT--T-TCC---C--C--CC------A-A-----AAGAAA----ATTattatttttataatatttaataatatatcttaagt
gi|9                          :                                                                                                                   gacGAATGGTCG-ATGTG-AA-G-GAT-T-G-ATGACAATCTGTTTTGTGCA-GA----TCAACTTTG-C--T-----T-TT---------C-A---ATG-CA-A---T-TT-CTTG-TAT----TTCTATCAT----CA---TTATTCCT--GA-CTC-C-CCAGTTTT-GAGCT-GTAAC-TTA------A-A-TT----------CA----A-----T-A-------A--------T-TGTC--ACA---------AT----G-A-A-------GGGCA--------GACaaaagttttcatatgtcttattacgaaaattaaggtgtgaaaacataacatgcagttaagtgtaaata
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTTTGACAAAGTAATGACCCTTTAAATTTGCCGAATTAAATATCTTGACCGTGCTTGTTTTGCAACAACCAGCGATAATGTTTTGACACAGATACCGCTAATGACAAAAGTGAAACTTTGATATACCTATCAACATATTTTAGTGCCACTGTAGCTTCTTTCAGTTCCGCCACTAGTCTTAAACCTTG
Unaligned ( gi|16 ): AACGCTGTAGTTTACGTTAATTGTAAATAATGTATATGTATAACCTGCATGTTAGTACATGTATGTGAAAGCAACTGTCCAAACGTGTTTGTATTTGTTGATTTTCATTACTGTATCGATTTTCAGCGAATTGTGAAGAAAAAATGTAGCTTTAAATATTGCTTCAGATATACGATTGCATTTACAAA
Unaligned ( gi|40 ): ATTTATTGATTTTCATTTTTATACTTGTTTTCCAGCAAATTTTGAGAACAAAAATGAGTCAATATGTATCTTCAACAATT
Unaligned ( gi|46 ): ACTGTTTTTGTGCTTTCTGTCTGTTCATCCGTCTGTCTGTCACAGAATTTTGACCAGTGTTT
Unaligned ( gi|47 ): TTGTGTTTCATCTCTCTCAAAGAGACATATTGTTTTTGTGCTTTCTGTCTGTT
Unaligned ( gi|52 ): GGTATATAACATTAATATACTACATCAAAAGTGTTTA






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Reference ( family-1515 )     :                                                                                                                   TGCGAATGATCG-ATGTG-AA-G-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTTTG-C--T-----T-TNC--TGCTG-C-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG----CCC---CAT----CA---CCAGTCCTAAAA-CTC-G-CCAGTTTT-GAACA-TTAACAATA------ACA-TT-A--------TAAG--A-----T-A-------A--------T-C-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A-G-------GGGGA--------GACA-T----AG-----------TTT--T-T-C---C--C--CG------A-A-----AAACAA----ATTCTAGT-T--AA--TATT--GGCTATCTAA--TGTAGAAAAATTTT
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                     tG-CA-G-TTA-TT-CATT-CAG----CCT---CAT----CA---CCAGTTCTAAAG-CT--------------AA-A-TTAACAA---------CA-TT----------TATG--A-----T-A-------A--------TTC-TC--ACAAC--TGT--AT----G-A-G-------GGGGA--------GA--------AA-----------TTG--T-C-C---C--C--CACTCCTCA-A-----AAACAA----ATTCTAGT-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                   TTTG-C--T-----T-TGC--GGTTC-C-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAGGGAACCC---CAT----CT---CCAGTAAAAAAAACTC-G-CCGGTTTT-GAACA-TTAACAGAA------ACA-TGAA--------TGAG--A-----T-G-------A--------T-TGTC--ACAAC--TGT--AT----G-A-G-------AGACA--------GACA-A----AG-----------TCT--T-T-atccttgattttttttgtca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                         ----CA---CCAGTCGTAAAA-CTC-T-CCAGTTCT-GAACA-GTAACCTTG------ACA-TT----------T-----A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACATT--TGT--AT----G-ATG-------GGTGC--------TATG-T----AG-----------TTTA-T-T-G---C--G--CT------A-A-----AAA-A-------TCTAGT-T--AA--GA----GGTCATTTGAGTTTTAGAAGAGTTTTt
gi|29                         :                                                                                                                                                                                      G-C--T-----T-T----TGGTG-CTA---TTG-CA-G-TTT-T--ATTG-CAG----CCC---CGT----CA---CCAGTCCTTTAA-CAT-T-CCTGTTTT-GAATA-TTTCCAATA------CTA-TT----------CAAG--A-----T-ATACATGTA--------T-C-TC--AC-AT--TGC--TT----A-A-G-------TGGGA--------GATA-T----AG-----------TTT--T-
gi|3                          :                                                                                                                  gTGCAAATGATCG-CTGTG-AA-G-C-T-T-C-ATG-------------TATA-TA----TCCGCTTTGCC--T-----T-CGA--TCCTG-------TTG-CA-G--TT-TT-GTTG-CCT----CCC---TAT----CC---TCGGGCAT-AAA-CTC-G-CCTGCTTT-GAACA-TTAATGATA------GCA-TT-G---------AAG--A-----T-A-------AT-------T-T-TC--ACAAT--AAT--AT----G-A---------TGTCA--------GACA-T----AT-----------TTT--T-T-T---C--ctcag
gi|30                         :                                                                                                                                                    tttgcatatcacttttgcattccagtgattttttggcactttcaatttttcttttaaaaatattgccaattttcttcactgcaaccaacatcatgttttaactaaacttgcCAGTTCTTAAA-CTA-T-CGAGTTTT-GAACA-TTAACAATA------ATA-TT----------TCAG--T-----T-A-------AT-------T-C-TT--ACAAT--TGT--TT----G-A-T-------GGGGA---------ATA-T----AG-----------TTT--T-T-C---A--T--TG------A-A-----AA
gi|31                         :                                                                                                       tcagtgatgttaTGTGAGTGATGA-ATGTG-AT-G-C-C-TCG-ATG-------------TG-A-TG--------------------------AG--TGC---C-T---TTA-CA-G-TTT-AT-CTGG-CAG----TCC---AGT----CA---TCAGTCCTTAAT-GTC-G-TCACTTTT-AAACA-Tttgtcttagttacagaccgtttgtc
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                  aaaccaatgaccaaataattttgacaaaacttgcAGTTCTGAAA-CT--------TATT-GACCA-TTTACAATA------ACA-TT-A---------AAA--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--AAAAT--CGT--AT----G-A-A-------GGGGAG-------GACA-T----AG-----------TTT--T-T-C---T---------------------AAACAAAATGATTCAAGG-T--AA--CTTT--G-----CTCA--TGTGCAAAAATCT
gi|33                         :                                                                                                                   TGTGAATGATTG-TAGTG-CA-G-C-CAC-A-AAG-------------TGCA-TA----TCTACTTTG-C--TATTGAT-CAA--TGC---C-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTT-CAG----TCC---TGT----TA---CCAGTC
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 aaaacttatTTT-GAACA-TTAACAATA------ACATTT-A--------CAAT--ACATTGT-A-------A--------TCC-TC--GCAGT--TGT--TT----A-A-G-------CTGGA--------GACA-T----AA-----------TTT--T-T-CGTAC--A--AA------A-A-----AAACAA----TTTTTTGT-T--atggacattaactataattttca
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAGTTTT-GAACA-TAAATACTA------ATA-TT----------TAAG--A-----T-A-------A--------T-T-T---GCAATCCTTT--CT----G-A-G-------GG--A--------GACA-T----AG-----------TTT--T-TAC---C--C--AG------A-A-----AAACAA----ATTCTTGT-T--AA--------GACTATGTAA--taaatcaacctgaat
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CA-TT----------TAAG--A-----T-A-------A--------TTC-TC--AGAAC--TGT--AT----G-A-GT------GGAAA--------GATA-T----AGGT---------TTTAGT-T-C---T--T--TG------A-A-----AATCAA----ATTCTAGT-T--At
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        GTTTT-GAACA-TTATTAATA------ACA-T-------------AG--AT----T-A-------T--------T-C-TC--ACAAT--TGC---T----G-A-G-------GTGGA--------GACAGT----AG-----------TTT--T-T-----T--C--TG------A-A-----AAAC------ATTCTAAT-tttcattatttttgtcagatttca
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                          AG----CTC---CAT----CA---CCAGTTCTGAAA-CTT-A-CCACTTTT-CAACCTTTAACAATA------ACA-TTGA--------T--G--A-----C-A-------AT-------T-C-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A----------AGGA--------GACA------AA-----------TTT--atgcacaatcaaat
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                 ---TTGTCA-G-TTT-T--CTAT-CAG----CCT---CATTGATCA---CCAGTCCTAGAA-CTA-T-CCAGATTT-GAACA-CAAACAATT------ACA-TT----------TAAG--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACAGT--
gi|4                          :                                                                                                                       AATAGTTG-ATGTA-AA-G-CAT-T-A-ATG-------------TACA-CA----TCCACTTTT-C--T-----T-TTCAGTGC---C-A---TTG-CT-A-TTT-TT---TGATAG----ACC---TAT----AA---CCAGTCTTAAAA-CTC-G-CCAGTTTC-GAACA-TTAACA--------------T-A--------TAGG--A-----T-A-------AAT------T-C-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A-G-------ACGGA--------GACA-T----AG-----------TTT--T-T------------A------A-AAAAACAAACAA----ATTCTAg
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                      caaacaaccaagttttgacaaaattttcggatTG-CAG----CAT---CAT----CA---ATAGTCCTAATA-CTC-A-CCAGTTTT-GAACC-TTAACA-----------A-TT-A---------AAG--A-----T-A-------AT-------T-C-TC--ACCAT--TGT--Attgtttttaaaaataggttttgaaattgtaatt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AACAATA------ACA-TT-G---------AAG--A-----C-A-------AT-------T-C-TC--ACAAA--TGT--AT----G-A-G-------TGAGT--------GATA-T----TG-----------TTC--T-T-C---C--A--CA------A-T-----AAACAA----ATTCTAaaaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ta--AT----G-T-G-------GGGGA--------GATA-T----AG-----------TTT--T-T-C---G--C--CA------A-A-----AAATAA----TTTCTGGT-T--GA--TGT
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --------T-C-TC--ACAAA--TGT--AT----G-A-G-------TGAGT--------GATA-T----TG-----------TTC--T-T-C---C--A--CA------A-T-----AAACAA----ATTCTATT-T--agatgttaaagactctaaaatatttg
gi|45                         :                                                                                                              acaatTGCAAATGATCA-ATGTG-AA-ACC-T-T-G-ATA-------------TGAA-TA----TCCATTTTttttaattttctt
gi|48                         :                                                                                                                               accatgttttaacaaaacttgcG-------------TGCA-TA----CCCACTTTG-C--A-----T-TTC--TACAT-C-A---CTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG----TCC---
gi|49                         :                                                                                                                   TGTGAATGATCA-AAGTGGAA-C-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTCTG-C--T-----T-t
gi|5                          :                                                                                                                  cTGTGAACGATCA-GTAAG-AA-G-C-C-TCA-AAG-------------TCCA-TA----TCTACAATG-A--T-----T-TTC--AG-TGTC-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG-----TC---CAT----CA---ACAGTTATAAAA-AT--G-CCAGTTTT-GAACA-GTTAC----------ACA--T-G--------TAAG--A-----T-A-------AG-------T-C-GT--ACGTT--TGTACAT----G-T-G-------AGGGA--------GAC-------AG-----------TTT--T-T-A---C--T--CG------A-A-----AATTAA----GTTCTAGTGT--GA--TA
gi|50                         :                                                                                        aaaaaccaacgaattgacaaatgttgcTGTGAATGATCA-AAGTGGAA-C-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTCTG-C--T-----T-attatttttgaatttggtccctggaa
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   c--AT----G-T-G-------GGGGA--------GACA-T----GG-----------TTT--T-T-T---TTGC--CA------A-A-----AAGCAA----TTTCTAG
gi|6                          :                                                                                                                   TGCAAATGATGT-ATTTG-AA-G-T-T-T-G-ATG-------------TACA-TA----TCCACTTTG-C--T-----T-TAC--TGCTG-C-A---TTG-CA-G-TTTCTT-CTTG-CAG----TCC---CAT----CA---CCAGTCCTAAAA-CTT-G-CCAGTTTT-GAACA-TTAAAAATA------AGA-TT-AATTAATAATAAG--A-----TCA-------A--------T-C-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A-G-------AGGGG--------GAAA-T----AG-----------TTT--T-T-C---C--C--CA------A-A-----AAATAA----ATTCTAGT-T--AA--TATT--GGCTGTCTAA--TGTAGAAAAATTTT
gi|7                          :                                                                                                                         TGATTGGATGT---------T-T-A-ATG-------------TGCA-TA----TCTGTTTCGAC--T-----T-TTC--AGTTC-A-A---TTG-GA-G-TTA-TC-CCTG-CAG----CCC---CAT----CA---CCAGCCCTAAAA-CTC-G-CCA-TTTT-AAACA-TTAACAATACATGCAGCA-TT-G---------AAG--A-----T-A-------A--------TTC-TT--ACAGT--TGT--AT----G-A-G-------GAAGA--------GACA-T----AG-----------TTT--T-T-C---C--C--CG------A-A-----AATAAA----ATTCTAGTAT--AAATTATT--
gi|8                          :                                                                                                                                                                       -TA----TCCACTATC-CATT-----T-TAG--TGCTA-G-A---TTG-CA-G-TTT-TT-CATG-CAA----CCC---CAT----CA---CCAGTCCTTAAA-CTC-A-CCAGTTTT-GAACA-TTTACAATA------GTA--T-A--------TAAG--A-----T-A-------A--------GAG-TC--ACAAT--TGT--AT----G-A-G-------GGGGA--------AACA-T----AG-----------TTT--T-TCC---C--C--CC------A-A-----AAGAAA----ATTattatttttataatatttaataatatatcttaagt
gi|9                          :                                                                                                                   gacGAATGGTCG-ATGTG-AA-G-GAT-T-G-ATGACAATCTGTTTTGTGCA-GA----TCAACTTTG-C--T-----T-TT---------C-A---ATG-CA-A---T-TT-CTTG-TAT----TTCTATCAT----CA---TTATTCCT--GA-CTC-C-CCAGTTTT-GAGCT-GTAAC-TTA------A-A-TT----------CA----A-----T-A-------A--------T-TGTC--ACA---------AT----G-A-A-------GGGCA--------GACaaaagttttcatatgtcttattacgaaaattaaggtgtgaaaacataacatgcagttaagtgtaaata


blockSeqs                     :                                                                                                                               G     G  T A CT  C C   ACAATCTGTTTTG    A  ATTA         C AT ATTGA A GCGATGTC     AAT   T  T T   C  T    A   GGAA   TAT   TGAT  TCA        A   A  GGG         T     T     AA  CATGCA   T  AATTAATAAT    CA CATTG G TACATGT CTAAATACC  G  AT     CC   AC  ATCG A T TCTGAGAG    GGGGTGAG    G TTAA  CAACCCCCCCC   AG A CCCCACTCCTC         T AAAAC      AATGA       A GA  ATT   GGT         . 
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     G  . C CT  C .   .                .  A            A .  AC    . TCGGTGCC     .     .  . .   .  A    .   .      .     .     .          A   .  GAG         .     .     AA  .        .  AAT           .  T     G .       ATT        G  .      .    .   .    . . TG          G           . .     GT            A  . CGTACAAA            . CTC        T           G .   T     GAC         . 
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . CA  C .   .                .  .            . .  .     . TCAGTACC     .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          T   .  TG          .     .     AA  .        .  GAT           .  .     C .       TT         .  .      .    .   .    . . T           .           . .     .             .  . TTTGCTG             . .          T           A .   T     GGC         . 
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . CA  . .   .                .  .            . .  .     . TCGATGCG     .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          C   .  CC          .     .     AA  .        .  AT            .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . T           .           . .     .             .  . TATGACA             . .          T           . .   T     G             
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . AT  . .   .                .  .            . .  .     . GCGGTTCC     .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CA          .     .     GA  .        .  AT            .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . T           .           . .     .             .  . TTTGCCA             . .          A           . .   T                   
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . AT  . .   .                .  .            . .  .     . TCAGTGCC     .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CA          .     .     AT  .        .  AT            .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . ACCCAG              . .          A           . .   G                   
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . T   . .   .                .  .            . .  .     . TCTACATC     .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CC          .     .     CA  .        .  TT            .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . CCCCCC              . .          T           . .   C                   
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . T   . .   .                .  .            . .  .     . TCAGTGTC     .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CT          .     .     AA  .        .  AC            .  .     . .       TA         .  .      .    .   .    . . T           .           . .     .             .  . TCCTG               . .          A           . .   T                   
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . A   . .   .                .  .            . .  .     . ACTGCTGC     .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  GG          .     .     AA  .        .  AT            .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . A           .           . .     .             .  . CGCTG               . .          T           . .   T                   
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . C   . .   .                .  .            . .  .     . TCAGTTCA     .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CC          .     .     AG  .        .  GT            .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . TCCCG               . .          A           . .   T                   
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . C   . .   .                .  .            . .  .     . AGTGCTAG     .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CG          .     .     AA  .        .  AT            .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . CCCTT               . .          A           . .   .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . T   . .   .                .  .            . .  .     . TTGGCCA      .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  AG          .     .     AG  .        .  T             .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . T           .           . .     .             .  . TCTCA               . .          A           . .   .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . C   . .   .                .  .            . .  .     . TGGTGCT      .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  GG          .     .     CT  .        .  T             .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . TCCGG               . .          T           . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . T   . .   .                .  .            . .  .     . GATCCTG      .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CG          .     .     AA  .        .  T             .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . CCCCA               . .          A           . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . T   . .   .                .  .            . .  .     . GGTGCC       .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CT          .     .     GA  .        .  T             .  .     . .       TC         .  .      .    .   .    . . A           .           . .     .             .  . CCCTG               . .          A           . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . C   . .   .                .  .            . .  .     . GGTGCT       .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          T   .  TT          .     .     AA  .        .  T             .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . CCAAC               . .          A           . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                               .     .  . . T   . .   .                .  .            . .  .     . AGGTGC       .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          T   .  CG          .     .     AA  .        .  T             .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . T           .           . .     .             .  . GCGCT               . .          A           . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .  . . T   . .   .                .  .            . .  .     . AGTGCC       .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          T   .  AT          .     .     AA  .        .  A             .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . T           .           . .     .             .  . CATTG               . .          A           . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .  . . T   . .   .                .  .            . .  .     . AATGCC       .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          G   .  CG          .     .     AC  .        .  A             .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . CTTTG               . .          T           . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                . .   .                .  .            . .  .     . TC           .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          G   .  TA          .     .     AA  .        .  T             .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . CCACA               . .          A           . .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .                .  .            . .  .     . TC           .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  AT          .     .     AA  .        .  T             .  .     . .       GT         .  .      .    .   .    . . C           .           . .     .             .  . CGCCA               . .          G           .                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .                .  .            . .  .     . C            .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CG          .     .     AA  .        .  C             .  .     . .       TT         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . CCACA               . .          T           .                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                      .                .  .            . .  .     .              .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CA          .     .     AA  .        .  G             .  .     . .       GA         .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . ACTCG               . .          A                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                       .  .            . .  .     .              .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  TG          .     .     AA  .        .  T             .  .     . .       T          .  .      .    .   .    . . A           .           . .     .             .  . CCCCA               . .          A                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                       .                         .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CG          .     .     AA  .        .  A             .  .     . .       T          .  .      .    .   .    . . T           .           . .     .             .  . CCCCG               . .          A                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          A   .  CA          .     .     AA  .        .  T             .  .     . .       T          .  .      .    .   .    . . G           .           . .     .             .  . TCTG                . .          .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .     .  . .   .  .    .   .      .     .     .          T   .  CC          .     .     A   .        .  T             .  .     . .       T          .  .      .    .   .    . . T           .           . .     .             .  . CT                  . .          .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                       .  . .   .  .    .   .      .     .     .          .   .  G           .     .     A   .        .  T             .  .     . .       A          .  .      .    .   .    . . A           .           . .     .             .  . G                   . .                                                
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1515 )     :                                                                                                                   TGCGAATGATCG-ATGTG-AA-G-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTTTG-CT-TT--TCGGTGC--CA--TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG----CCC---CAT----CA---CCAGT-CCTAAAACTC-G-CCAGTTTT-GAACATT-AA-CAATA------ACATT---------TAAG--A-------T-A---AT---T-------CTCACAAT--TGT--AT----G-A-G-------GGGGA--------GACA-T----A-G-----------TTT---T-T-C---C--C--CG------A-A-----AAACAA----ATTCTAGT-T--AA--TATT--GGCTATCTAA--TGTAGAAAAATTTT
gi|1                          :                                                                                                                   TGC-AACGATTG-ATGTG-GA-G-CCT-T-T-ATG-------------TGCA-TA----TCTTCTTTG-CT-TT--TTGGTG---CA--TTG-TA-G-TTT-TT-CTTG-CAGC---CCC---CAT----CT---CTAGT-CCTAAATCTC-C-CCAGTTTT-GAACATT-TA-CAATA------AC---------------------------------T---T-------CTCACAAT--TGT--GT----G-A-G-------GAGGA--------AACA-T----A-G-----------------T-T-A---C--T--TA------A-A-----AAAAAC----ATTCTAGT-T--
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gi|12                         :                                                                                          ccagcaaccatattttgacaaacattgtgAATGATCG-ATTTG-AA-A-C-T-C-G-GTG-------------TGCA-AA----TCCACTTTG-CT-AC--TCGGTGC--CA--TTG-TA-GTTTT-TT-CTTT-AAG----CAC---TGC----CA---ATAGT-CCTTAAATTC-C-CTAGTGTT-TTACGTT-AATTAATA------A-------------TAAG--A-------T-A---AT---T-------CTCACAAT--TGT--GT----G-A-G-------TTGGT--------GACG-T----A-G-----------TAT---T-T-C---G--C--TG------A-T-----ACATAA----TTTCTGGT-T--TA--CATtgttt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                     t--CA--TTG-CA-G-TTT-TA-CTTG-TGG----TCC---CAT----CA---GCAGT-CCTCAAACTC-A-TCAGTGTT-AGACATT-AA-CAATA------ACATT---------TAAGCAA-------T-A---AC---TAAATACCCTCACAGT--TGT--ATATCGG-A-GTCTGAGAGGGGG--------GACA-T----A-G-----------TTT---T-T-T---C--C--CG------ATG-----AAACAA----ATTCTTGT-T--Actaaactctacttacttgt
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gi|2                          :                                                                                  acaaccaaagatgatgttttgataaaaatgtatTGTGAATGACTG-ATGTG-TA-A-C-C-T-GCA----------------GAA-TAA---TCTACTT-G-CT-TT--TCATTAC--CA-------A-A-CTA----CTTG-CAG----CCA---CAT----T------------------TG-G-CCACTTTT-GAATATT-AA-CGATA------ACATT---------TCAG--A-------T-A---AT---T-------CTCACAAA--TG----T----G-A-G-------TGAGA--------GATA-TTTAAG-G-----------TTT---T-T-T---A--TGACA------A-ACTC--AAACAA----TTTCTAGTAT--AA---ATT--
gi|20                         :                            tttgcatatcccttctgcatttcagatttagttatggttgtttgatttcattttgaattaaaaagcttgcccattttcttgttgacgaccaaagaccatgctttaataacttgc-T-G-ATG-------------TGCAATA----TTCACTGTG-CT-TT--TTGG--C--CAA-TT-------TTT-TT-TTTG-CTG----TTC---CGT----CA---CCAGT-CCTAAAACTC-C-CCAGTTCT-GAATATT-AA-CATTA------ACATA---------TAAG--A-------T-A---AT---T-------CTCACAAT--TGT--AT----G-A-G-------AGGGA--------GACA-T----A-GCAACCCCCCCCCCC---C-C-C---C--C--CA------C-C-----CAACAA----ATTCTAGT-T--AA--TATtttg
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gi|23                         :                                                                                                                                 aGTG-AA-G-C-C-TCG-ATG-------------TTCA-TA----GAAACTTTG-CT-TT--TCGATGC--GA--TCG-TGTG-TTT-TC-TTTG-CAA----CCC---AGT----GA---CCAGT-ACTAAAACAA-G-CAATTTCT-GAACCTT-AA-CAATG------ATATC---------AAAG--A-------T-G---AT---T-------CTCACAAT--TGC--AC----G-A-G-------TGGGA--------TACA-T----A-------------TTT---T--------------G------A-A-----ATTCAA----ATTgaataaaacaaaaatgcaactagaattccat
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gi|25                         : tgttgacatctttctgtagttatgtgagacatattgtttttgcgctttcaatctgtttgtctgtctgtcaaaaaattttgcccatgttttttccacaagcaaagaccatgttttgacaaatttgcG-AAGTG-AA-G-C-CAC-A-ACA-------------TGCA-TAATTATCCACTTTG-CT-TA--TAGGTGC--CA--TT-----------TT-TTTG-CAG----CCA---CAT----CA---CCAGT-CGTAAAACTG-G-ACAGTTTT-GAACATT-AA-CAGTA------TAGTT---------TAAG--A-------A-A---AC---T-------CATACAAT--TAT--AT----G-A-G-------GAAAA--------AACA-T----T-G-----------TTT---
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                             tG-CA-G-TTA-TT-CATT-CAG----CCT---CAT----CA---CCAGT-TCTAAAGCT--------------AA-ATT-AA-CAA---------CATT---------TATG--A-------T-A---AT---T-------CTCACAAC--TGT--AT----G-A-G-------GGGGA--------GA--------A-A-----------TTG---T-C-C---C--C--CACTCCTCA-A-----AAACAA----ATTCTAGT-
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gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                 ----CA---CCAGT-CGTAAAACTC-T-CCAGTTCT-GAACAGT-AA-CCTTG------ACATT---------T-----A-------T-A---AT---T-------CTCACATT--TGT--AT----G-ATG-------GGTGC--------TATG-T----A-G-----------TTTA--T-T-G---C--G--CT------A-A-----AAA-A-------TCTAGT-T--AA--GA----GGTCATTTGAGTTTTAGAAGAGTTTTt
gi|29                         :                                                                                                                                                                                      G-CT-TT--T-GGTGC--TA--TTG-CA-G-TTT-T--ATTG-CAG----CCC---CGT----CA---CCAGT-CCTTTAACAT-T-CCTGTTTT-GAATATT-TC-CAATA------CTATT---------CAAG--A-------T-ATACATGTAT-------CTCAC-AT--TGC--TT----A-A-G-------TGGGA--------GATA-T----A-G-----------TTT---T-
gi|3                          :                                                                                                                  gTGCAAATGATCG-CTGTG-AA-G-C-T-T-C-ATG-------------TATA-TA----TCCGCTTTG-CC-TT---CGATCC--TG--TTG-CA-G-TTT-TG--TTG-CCT----CCC---TAT----CC---TCGGG-CATAAA-CTC-G-CCTGCTTT-GAACATT-AA-TGATA------GCATT---------GAAG--A-------T-A---AT---T-------TTCACAAT--AAT--AT----G-A---------TGTCA--------GACA-T----A-T-----------TTT---T-T-T---C--ctcag
gi|30                         :                                                                                                                                            tttgcatatcacttttgcattccagtgattttttggcactttcaatttttcttttaaaaatattgccaattttcttcactgcaaccaacatcatgttttaactaaacttgcCAGT-TCTTAAACTA-T-CGAGTTTT-GAACATT-AA-CAATA------ATATT---------TCAG--T-------T-A---AT---T-------CTTACAAT--TGT--TT----G-A-T-------GGGGA---------ATA-T----A-G-----------TTT---T-T-C---A--T--TG------A-A-----AA
gi|31                         :                                                                                                       tcagtgatgttaTGTGAGTGATGA-ATGTG-AT-G-C-C-TCG-ATG-------------TG-A-TG-----------------------AGTGC--CT--TTA-CA-G-TTT-AT-CTGG-CAG----TCC---AGT----CA---TCAGT-CCTTAATGTC-G-TCACTTTT-AAACATttgtcttagttacagaccgtttgtc
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                          aaaccaatgaccaaataattttgacaaaacttgcAGT-TCTGAAACT--------TATT-GACCATT-TA-CAATA------ACATT---------AAAA--A-------T-A---AT---T-------CTCAAAAT--CGT--AT----G-A-A-------GGGGAG-------GACA-T----A-G-----------TTT---T-T-C---T---------------------AAACAAAATGATTCAAGG-T--AA--CTTT--G-----CTCA--TGTGCAAAAATCT
gi|33                         :                                                                                                                   TGTGAATGATTG-TAGTG-CA-G-C-CAC-A-AAG-------------TGCA-TA----TCTACTTTG-CTATTGATCAATGC--CA--TTG-CA-G-TTT-TT-CTTT-CAG----TCC---TGT----TA---CCAGT-C
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         aaaacttatTTT-GAACATT-AA-CAATA------ACATT---------TACA--ATACATTGT-A---AT---C-------CTCGCAGT--TGT--TT----A-A-G-------CTGGA--------GACA-T----A-A-----------TTT---T-T-CGTAC--A--AA------A-A-----AAACAA----TTTTTTGT-T--atggacattaactataattttca
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              CAGTTTT-GAACATA-AA-TACTA------ATATT---------TAAG--A-------T-A---AT------------TTGCAATCCTTT--CT----G-A----------GGGA--------GACA-T----A-G-----------TTT---T-TAC---C--C--AG------A-A-----AAACAA----ATTCTTGT-T--AA--------GACTATGTAA--taaatcaacctgaat
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CATT---------TAAG--A-------T-A---AT---T-------CTCAGAAC--TGT--AT----G-A-GT------GGAAA--------GATA-T----AGG-----------TTTTAGT-T-C---T--T--TG------A-A-----AATCAA----ATTCTAGT-T--At
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                GTTTT-GAACATT-AT-TAATA------ACAT------------AG--A-------T-T---AT---T-------CTCACAAT--TGC---T----G-A-G-------GTGGA--------GACAGT----A-G-----------TTT---T-T-----T--C--TG------A-A-----AAAC------ATTCTAAT-tttcattatttttgtcagatttca
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                  AG----CTC---CAT----CA---CCAGT-TCTGAAACTT-A-CCACTTTT-CAACCTTTAA-CAATA------ACATT---------GATG--A-------C-A---AT---T-------CTCACAAT--TGT--AT----G-A----------AGGA--------GACA------A-A-----------TTT---atgcacaatcaaat
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                          --TTGTCA-G-TTT-T--CTAT-CAG----CCT---CATTGATCA---CCAGT-CCTAGAACTA-T-CCAGATTT-GAACACA-AA-CAATT------ACATT---------TAAG--A-------T-A---AT---T-------CTCACAGT--
gi|4                          :                                                                                                                       AATAGTTG-ATGTA-AA-G-CAT-T-A-ATG-------------TACA-CA----TCCACTTTT-CT-TT--TCAGTGC--CA--TTG-CT-A-TTT-TT---TGATAG----ACC---TAT----AA---CCAGT-CTTAAAACTC-G-CCAGTTTC-GAACATT-AA-C-ATA--------------------TAGG--A-------TAA---AT---T-------CTCACAAT--TGT--AT----G-A-G-------ACGGA--------GACA-T----A-G-----------TTT---T-T------------A------A-AAAAACAAACAA----ATTCTAg
gi|41                         :                                                                                                                                                                                              caaacaaccaagttttgacaaaattttcggatTG-CAG----CAT---CAT----CA---ATAGT-CCTAATACTC-A-CCAGTTTT-GAACCTT-AA-CA-----------ATT---------AAAG--A-------T-A---AT---T-------CTCACCAT--TGT--Attgtttttaaaaataggttttgaaattgtaatt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             -AA-CAATA------ACATT---------GAAG--A-------C-A---AT---T-------CTCACAAA--TGT--AT----G-A-G-------TGAGT--------GATA-T----T-G-----------TTC---T-T-C---C--A--CA------A-T-----AAACAA----ATTCTAaaaa
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ta--AT----G-T-G-------GGGGA--------GATA-T----A-G-----------TTT---T-T-C---G--C--CA------A-A-----AAATAA----TTTCTGGT-T--GA--TGT
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --A-------C-A---AT---T-------CTCACAAA--TGT--AT----G-A-G-------TGAGT--------GATA-T----T-G-----------TTC---T-T-C---C--A--CA------A-T-----AAACAA----ATTCTATT-T--agatgttaaagactctaaaatatttg
gi|45                         :                                                                                                                   TGCAAATGATCA-ATGTG-AA-ACC-T-T-G-ATA-------------TGAA-TA----TCCATTTTttttaattttctt
gi|48                         :                                                                                                                               accatgttttaacaaaacttgcG-------------TGCA-TA----CCCACTTTG-CA-TT--TCTACAT--CA--CTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG----TCC---
gi|49                         :                                                                                                                   TGTGAATGATCA-AAGTGGAA-C-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTCTG-CT-Tt
gi|5                          :                                                                                                                  cTGTGAACGATCA-GTAAG-AA-G-C-C-TCA-AAG-------------TCCA-TA----TCTACAATG-AT-TT--TCAGTGT--CA--TTG-CA-G-TTT-TT-CTTG-CAG-----TC---CAT----CA---ACAGT-TATAAAAAT--G-CCAGTTTT-GAACAGT-TA-C----------ACATG---------TAAG--A-------T-A---AG---T-------CGTACGTT--TGTACAT----G-T-G-------AGGGA--------GAC-------A-G-----------TTT---T-T-A---C--T--CG------A-A-----AATTAA----GTTCTAGTGT--GA--TA
gi|50                         :                                                                                        aaaaaccaacgaattgacaaatgttgcTGTGAATGATCA-AAGTGGAA-C-C-T-T-G-ATG-------------TGCA-TA----TCCACTCTG-CT-Tattatttttgaatttggtccctggaa
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       c--AT----G-T-G-------GGGGA--------GACA-T----G-G-----------TTT---T-T-T---TTGC--CA------A-A-----AAGCAA----TTTCTAG
gi|6                          :                                                                                                                   TGCAAATGATGT-ATTTG-AA-G-T-T-T-G-ATG-------------TACA-TA----TCCACTTTG-CT-TT--AC--TGCTGCA--TTG-CA-G-TTTCTT-CTTG-CAG----TCC---CAT----CA---CCAGT-CCTAAAACTT-G-CCAGTTTT-GAACATT-AA-AAATA------AGATTAATTAATAATAAG--A-------T-C---AA---T-------CTCACAAT--TGT--AT----G-A-G-------AGGGG--------GAAA-T----A-G-----------TTT---T-T-C---C--C--CA------A-A-----AAATAA----ATTCTAGT-T--AA--TATT--GGCTGTCTAA--TGTAGAAAAATTTT
gi|7                          :                                                                                                                         TGATTGGATGT---------T-T-A-ATG-------------TGCA-TA----TCTGTTTCGACT-TT--TCAGTTC--AA--TTG-GA-G-TTA-TC-CCTG-CAG----CCC---CAT----CA---CCAGC-CCTAAAACTC-G-CCA-TTTT-AAACATT-AA-CAATACATGCAGCATT---------GAAG--A-------T-A---AT---T-------CTTACAGT--TGT--AT----G-A-G-------GAAGA--------GACA-T----A-G-----------TTT---T-T-C---C--C--CG------A-A-----AATAAA----ATTCTAGTAT--AAATTATT--
gi|8                          :                                                                                                                                                                       -TA----TCCACTATC-CA-TT--TTAGTGC--TAGATTG-CA-G-TTT-TT-CATG-CAA----CCC---CAT----CA---CCAGT-CCTTAAACTC-A-CCAGTTTT-GAACATT-TA-CAATA------GTATA---------TAAG--A-------T-A---AG---A-------GTCACAAT--TGT--AT----G-A-G-------GGGGA--------AACA-T----A-G-----------TTT---T-TCC---C--C--CC------A-A-----AAGAAA----ATTattatttttataatatttaataatatatcttaagt
gi|9                          :                                                                                                                   gacGAATGGTCG-ATGTG-AA-G-GAT-T-G-ATGACAATCTGTTTTGTGCA-GA----TCAACTTTG-CT-TT--TCAATGC--AA-------------T-TT-CTTG-TAT----TTCTATCAT----CA---TTATT-CCT--GACTC-C-CCAGTTTT-GAGCTGT-AA-C-TTA------A-ATT---------CA----A-------T-A---AT---T-------GTCACA---------AT----G-A-A-------GGGCA--------GACaaaagttttcatatgtcttattacgaaaattaaggtgtgaaaacataacatgcagttaagtgtaaata
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTTTGACAAAGTAATGACCCTTTAAATTTGCCGAATTAAATATCTTGACCGTGCTTGTTTTGCAACAACCAGCGATAATGTTTTGACACAGATACCGCTAATGACAAAAGTGAAACTTTGATATACCTATCAACATATTTTAGTGCCACTGTAGCTTCTTTCAGTTCCGCCACTAGTCTTAAACCTTG
Unaligned ( gi|16 ): AACGCTGTAGTTTACGTTAATTGTAAATAATGTATATGTATAACCTGCATGTTAGTACATGTATGTGAAAGCAACTGTCCAAACGTGTTTGTATTTGTTGATTTTCATTACTGTATCGATTTTCAGCGAATTGTGAAGAAAAAATGTAGCTTTAAATATTGCTTCAGATATACGATTGCATTTACAAA
Unaligned ( gi|40 ): ATTTATTGATTTTCATTTTTATACTTGTTTTCCAGCAAATTTTGAGAACAAAAATGAGTCAATATGTATCTTCAACAATT
Unaligned ( gi|46 ): ACTGTTTTTGTGCTTTCTGTCTGTTCATCCGTCTGTCTGTCACAGAATTTTGACCAGTGTTT
Unaligned ( gi|47 ): TTGTGTTTCATCTCTCTCAAAGAGACATATTGTTTTTGTGCTTTCTGTCTGTT
Unaligned ( gi|52 ): GGTATATAACATTAATATACTACATCAAAAGTGTTTA