lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111
lowQualScore : 00 55555 000 55 22 9 333 4444 55 2 99999999 333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222 22 33 1
lowQualScore : .. ..... ... .. .. . ... .... .. . ........ ... ................................................................................................................................. .............. .. .. .
lowQualScore : 22 66666 666 00 99 4 777 5555 88 1 99999999 999 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444444444444 99 22 6
consensus : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC--A--ATTTTAT---TTACTTGGT----AAC--GGA-TTCG------TTGGT---CTTAGGGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
Reference ( gi|6 ) : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTAAATCC--A--ATTCTAT---TTACTTGGT----AAC--GGA-TTAG------TTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGATGA
gi|10 : GAGACCATTTTA-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC--A--ATTTTAT---TTACTTGGT----AAC--GAA-TAAG------TTGGT---CTTAG-GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGCGCAAAGGCGTAGC--AGTTGTGGCGG
gi|17 : GAGTCCATTTG--ATATA-----AGTTGGATACAGTTATTCA--A--ATTTTAT---TTACGTGGT----AAC--GGC-TTCG------TTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTA
gi|20 : tGAGTCCATTTTTTATATA-----GGTTGG-TGCCGTACCTTC--A--AT---AT---TTACTTGGT----AAC--GGA-TTCG------TTGGT---CTTAG
gi|2 : GAGTCCATTTTT-ATATC-----GGCTGGATACCGTTATTCC--A--ATTGTAT---TTACTTGTT----AAC--GGA-TTtgtattatttaata
gi|7 : tAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTAAATCC--A--ATTCTAT---TTACTTGGT----AAC--GGA-TTAG------TTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGATGAtttcgttggggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaacgtgattttctgtacacatgagagcaaatgcgtaacagccggagcgggatgac
gi|9 : AGTCCATTTT--ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC--A--TTTTTAT---TTACTTGGT----TAC--GGA-TAAG------TTGGT---CTTAG-GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGTAAACAAA--------------CACAT--GAGGGCGAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGAT
gi|22 : AGTCCATTTTT-ATATACTTTAGGTTGGATACCGTTACTCT--A--ATTTTATCATTTACTTGGT----AAC--GGA-TTAT------TTGGT---CTTa
gi|23 : AGTCCATTTTT-ATATT-----GGTTGGATGCCGTTACTCC--A--ATTGTAT---TT------------AC--AGA-TTCG------TTGGT----TTAAGG
gi|4 : GTTCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCATTAATCC--A--ATT-TAT---TTACTTGGT----AAC--GGA-TTCG------TTGGT---CTTAG-GGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAATGGTATTTTCTGTGCTCAT--GATAGCAAAGGCGTGGC--AGCTGGGGAGGGAT
gi|14 : gGTCCATTTC--ATATA-----GGTTGGATACCGTTACCCC--A--ATTTTAT---TTACTTGGT----AAC--GGA-TTTG------TTGGT---TTTAGGG
gi|21 : GTCCATTATT-GCAAA-----GGTTGGACACCGTTACTCC--A--ATTTTAT---TTACTTGG------ACTTGGA-CAAGGCGTTCTTGAT---CTTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaacacatgagagcaaaggcgtggcagtcgg
gi|12 : gcagTCCATTTT--ATATA-----GATTGGATACAGTTACTCC--A--ATTGTAT---TTACTTGGT----AAC--GGG-TTCG------TTGGT---TTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCAGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCATAGC--AGTCAGAGC
gi|13 : TCCATTTA--ATATT-----GGTTGGATACAGTTACTCCC-A--ATTCTAT---TTACTTGGT----AAC--GGA-TTCG------TTGGT---TTAAGGG
gi|3 : TTCATTTTT-ATATA-----GGATGGATACCACTACTCC--A--ATTGTAT---TTACTTGGT----AA---GGATTTCT------TTGGT---CTTATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaacacatgagaccaaaggcgtagcagtcggagat
gi|15 : aCCATTATT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCA--A--AATTTAT---TTACTTGGT----AAC--GGA-TTAG------TTGGT---CTTAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTGATAAA--------------TACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttaataaatgttattttctgtacacatgagagcaaaagcatagcagtcggtgcgac
gi|5 : gtggTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCTTTATTCC--A--ATTTTAT---TTACTTGGT----TAC--GGA-TTCA------TTGTT---CATAGGG
gi|11 : TTC-ATATA-----AGTTAGATATCGTTACTTT--ATTACTTTAT---TTACTTGAT----AAC--GGA-TTCT------TTGGTATCCTTAGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaatgttattttctgtactcattagagcaaaggtgtacaagccgggccgggatgac
gi|8 : -----GGTTGGATACCGTTA--CCAAA--ATTGCAT---TTACTTAGT----AAC--GGA-TTCG------TTGGT---CTTAGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttttgtacacatgagagcaaaagtgtagcagccgtggcgggatgt
gi|1 : ATACCGTTACTTC--A--ATTGCAT---TCACTTGGTCTTAGACAAGGA-TCCC------TTGGT---GTGAGGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaatcttattttttctgtacatatgagagccagtgcgtagcagccggggagggatg
gi|13 : gtgaggacggttttttatcgattgtatcgatatcCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGACCAAAGGCGTAGC--AGTCGGAGtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgttattttctgcacatttgaaagcaaagactaacagccggggcgggatgag
gi|19 : tccatttaatattggttggatacagttactcccaattctatttacttggtaacggattcgttggtttaagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGCTTAATTGGGGTGTGATGat
gi|14 : ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTGGC--AGTCGG
gi|27 : gtccatttcatataggttggataccgttaccccaattttatttacttggtaacggatttgttggttttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTAATAAA--------------CACAT--GAGAACAAAAGCGTAGC--AGTCGGGGCGGGATG
gi|2 : A--------------CACAT--GAGAGCAAATGCGTAAC--AGCCGGAGCGGGATGA
gi|5 : tgagtccatttttatatcggctggataccgttattccaattgtatttacttgttaacggatttttcgttggggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaacgtgattttctgtA--------------CTCAT--TAGAGCAAAGGTGTACA--AGCCGGGCCGGGATGAc
gi|3 : ttttatataggttggatacctttattccaattttatttacttggttacggattcattgttcatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaatgttattttctgtA--------------CACAT--GAGAGCAAAAGCATAGC--AGTCGGTGCGc
gi|8 : attcatttttatataggatggataccactactccaattgtatttacttggtaaggatttctttggtcttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttaataaatgttattttctgtA--------------CATAT--GAGAGCCAGTGCGTAGC--AGCCGGGGAGGGATGac
gi|11 : ggttggataccgttaccaaaattgcatttacttagtaacggattcgttggtcttaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaatcttattttttctgtA--------------CACAT--GAGAGCAAAAGTGTAGC--AGCCGTGGCGGGATG
gi|24 : ttcatataagttagatatcgttactttattactttatttacttgataacggattctttggtatccttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttttgtA--------------CACAT--GGAAGCAAAGGCATAGC--AGCCGGGGCGGGATGAt
gi|25 : gttaaaaaatatgattttctgtA--------------CATAT--GAAAGCAAAGGCGTAGG--AGCCACAGTGGGTTGA
gi|1 : ataaatgttattttctgc--------------CACATTTGAAAGCAAAGAC-TAAC--AGCCGGGGCGGGATGA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAATAAACATTATTTTCTGTTCACATGCGTAGTAGCCGTGGCAAGATGACCNNN
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111
lowQualScore : 99 55555 2 22 1 333 4444 55 2222222 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 22 33
lowQualScore : .. ..... . .. . ... .... .. ....... ... .................................................................................................................................. .............. .. ..
lowQualScore : 11 33333 0 88 6 555 2222 55 0000000 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88888888888888 88 11
consensus : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGGGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
Reference ( family-1493 ) : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGGGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
gi|1 : ATACCGTTACTTC-A--ATTGC---ATTCACTTGGTCTTAGACAAGGA-------TCCCTTGGT---GTGAGGG
gi|1 : gtgaggacggttttttatcgattgtatcgatatc--------------CACATTTGAAAGCAAAGAC-TAAC--AGCCGGGGCGGGATGAtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgttattttctgcacatttgaaagcaaagactaacagccggggcgggatgag
gi|10 : gtgaggacggttttttatcgattgtatcgatatcataccgttacttcaattgcattcacttggtcttagacaaggatcccttggtgtgagggtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgttattttctgGAGACCATTTTA-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GAA-------TAAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-GTTAATAAA--------------CACAT--GAGCGCAAAGGCGTAGC--AGTTGTGGCGGg
gi|11 : TTC-ATATA-----AGTTAGATATCGTTACTTT-ATTACTTT---ATTTACTTGAT----AAC--GGA-------TTCTTTGGTATCCTTAGGG
gi|11 : A--------------CACAT--GAGAGCAAAAGTGTAGC--AGCCGTGGCGGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttttgtacacatgagagcaaaagtgtagcagccgtggcgggatgt
gi|12 : ttcatataagttagatatcgttactttattactttatttacttgataacggattctttggtatccttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttttgtTCCATTTT--ATATA-----GATTGGATACAGTTACTCC-A--ATTGT---ATTTACTTGGT----AAC--GGG-------TTCGTTGGT---TTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCAGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCATAGC--AGTCAGAGCt
gi|13 : TCCATTTA--ATATT-----GGTTGGATACAGTTACTCCCA--ATTCT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT----TTAAGG---GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGACCAAAGGCGTAGC--AGTCGGAG
gi|14 : GTCCATTTC--ATATA-----GGTTGGATACCGTTACCCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTTGTTGGT---TTTAGGGat
gi|14 : GTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTGGC--AGTCGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaacacatgagagcaaaggcgtggcagtcgg
gi|15 : gtccatttcatataggttggataccgttaccccaattttatttacttggtaacggatttgttggttttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCCATTATT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCA-A--AATTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTAGTTGGT---CTTAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTGATAAA--------------TACAT--GAGAGCAAAGGCGTAG
gi|17 : gtggGAGTCCATTTG--ATATA-----AGTTGGATACAGTTATTCA-A--ATTTT---ATTTACGTGGT----AAC--GGC-------TTCGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTA
gi|19 : tCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGCTTAATTGGGGTGTGATG
gi|2 : ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgGAGTCCATTTTT-ATATC-----GGCTGGATACCGTTATTCC-A--ATTGT---ATTTACTTGTT----AAC--GGATTT----TTCGTTGG
gi|2 : tA--------------CACAT--GAGAGCAAATGCGTAAC--AGCCGGAGCGGGATGAggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaacgtgattttctgtacacatgagagcaaatgcgtaacagccggagcgggatgac
gi|20 : tgagtccatttttatatcggctggataccgttattccaattgtatttacttgttaacggatttttcgttggggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaacgtgattttctgtGAGTCCATTTTTTATATA-----GGTTGG-TGCCGTACCTTC-A--AT------ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGc
gi|21 : GTCCATTATT-GCAAA-----GGTTGGACACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGG------ACTTGGACAAGGCGTTC-TTGAT---CTTAGtgtattatttaata
gi|22 : gcagAGTCCATTTTT-ATATACTTTAGGTTGGATACCGTTACTCT-A--ATTTTATCATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTATTTGGT---CTT
gi|23 : AGTCCATTTTT-ATATT-----GGTTGGATGCCGTTACTCC-A--ATTGT---ATTT------------AC--AGA-------TTCGTTGGT----TTAAGG
gi|24 : A--------------CACAT--GGAAGCAAAGGCATAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
gi|25 : gttaaaaaatatgattttctgtA--------------CATAT--GAAAGCAAAGGCGTAGG--AGCCACAGTGGGTTGA
gi|27 : ataaatgttattttctgcTAATAAA--------------CACAT--GAGAACAAAAGCGTAGC--AGTCGGGGCGGGATG
gi|3 : TTCATTTTT-ATATA-----GGATGGATACCACTACTCC-A--ATTGT---ATTTACTTGGT----AA---GGAT------TTCTTTGGT---CTTATGG
gi|3 : aA--------------CACAT--GAGAGCAAAAGCATAGC--AGTCGGTGCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttaataaatgttattttctgtacacatgagagcaaaagcatagcagtcggtgcgac
gi|4 : attcatttttatataggatggataccactactccaattgtatttacttggtaaggatttctttggtcttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttaataaatgttattttctgtGTTCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCATTAATCC-A--ATTT----ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTA-GGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAATGGTATTTTCTGTGCTCAT--GATAGCAAAGGCGTGGC--AGCTGGGGAGGGATac
gi|5 : gTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCTTTATTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----TAC--GGA-------TTCATTGTT---CATAGGG
gi|5 : A--------------CTCAT--TAGAGCAAAGGTGTACA--AGCCGGGCCGGGATGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaatgttattttctgtactcattagagcaaaggtgtacaagccgggccgggatgac
gi|6 : ttttatataggttggatacctttattccaattttatttacttggttacggattcattgttcatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaatgttattttctgtGAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTAAATCC-A--ATTCT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGATGAc
gi|7 : AGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTAAATCC-A--ATTCT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGATGA
gi|8 : -----GGTTGGATACCGTTACCAA-A--ATTGC---ATTTACTTAGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGG
gi|8 : A--------------CATAT--GAGAGCCAGTGCGTAGC--AGCCGGGGAGGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaatcttattttttctgtacatatgagagccagtgcgtagcagccggggagggatg
gi|9 : ggttggataccgttaccaaaattgcatttacttagtaacggattcgttggtcttaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaatcttattttttctgtAGTCCATTTT--ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--TTTTT---ATTTACTTGGT----TAC--GGA-------TAAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC-GTAAACAAA--------------CACAT--GAGGGCGAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAATAAACATTATTTTCTGTTCACATGCGTAGTAGCCGTGGCAAGATGACCNNN
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111
lowQualScore : 99 55555 2 22 1 333 4444 55 2222222 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 22 33
lowQualScore : .. ..... . .. . ... .... .. ....... ... .................................................................................................................................. .............. .. ..
lowQualScore : 11 33333 0 88 6 555 2222 55 0000000 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88888888888888 88 11
consensus : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGGGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
Reference ( family-1493 ) : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGGGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
gi|1 : ATACCGTTACTTC-A--ATTGC---ATTCACTTGGTCTTAGACAAGGA-------TCCCTTGGT---GTGAGGG
gi|1 : gtgaggacggttttttatcgattgtatcgatatc--------------CACATTTGAAAGCAAAGAC-TAAC--AGCCGGGGCGGGATGAtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgttattttctgcacatttgaaagcaaagactaacagccggggcgggatgag
gi|10 : gtgaggacggttttttatcgattgtatcgatatcataccgttacttcaattgcattcacttggtcttagacaaggatcccttggtgtgagggtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgttattttctgGAGACCATTTTA-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GAA-------TAAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-GTTAATAAA--------------CACAT--GAGCGCAAAGGCGTAGC--AGTTGTGGCGGg
gi|11 : TTC-ATATA-----AGTTAGATATCGTTACTTT-ATTACTTT---ATTTACTTGAT----AAC--GGA-------TTCTTTGGTATCCTTAGGG
gi|11 : A--------------CACAT--GAGAGCAAAAGTGTAGC--AGCCGTGGCGGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttttgtacacatgagagcaaaagtgtagcagccgtggcgggatgt
gi|12 : ttcatataagttagatatcgttactttattactttatttacttgataacggattctttggtatccttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttttgtTCCATTTT--ATATA-----GATTGGATACAGTTACTCC-A--ATTGT---ATTTACTTGGT----AAC--GGG-------TTCGTTGGT---TTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCAGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCATAGC--AGTCAGAGCt
gi|13 : TCCATTTA--ATATT-----GGTTGGATACAGTTACTCCCA--ATTCT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT----TTAAGG---GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGACCAAAGGCGTAGC--AGTCGGAG
gi|14 : GTCCATTTC--ATATA-----GGTTGGATACCGTTACCCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTTGTTGGT---TTTAGGGat
gi|14 : GTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTGGC--AGTCGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaacacatgagagcaaaggcgtggcagtcgg
gi|15 : gtccatttcatataggttggataccgttaccccaattttatttacttggtaacggatttgttggttttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCCATTATT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCA-A--AATTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTAGTTGGT---CTTAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTGATAAA--------------TACAT--GAGAGCAAAGGCGTAG
gi|17 : gtggGAGTCCATTTG--ATATA-----AGTTGGATACAGTTATTCA-A--ATTTT---ATTTACGTGGT----AAC--GGC-------TTCGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTA
gi|19 : tCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGCTTAATTGGGGTGTGATG
gi|2 : ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgGAGTCCATTTTT-ATATC-----GGCTGGATACCGTTATTCC-A--ATTGT---ATTTACTTGTT----AAC--GGATTT----TTCGTTGG
gi|2 : tA--------------CACAT--GAGAGCAAATGCGTAAC--AGCCGGAGCGGGATGAggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaacgtgattttctgtacacatgagagcaaatgcgtaacagccggagcgggatgac
gi|20 : tgagtccatttttatatcggctggataccgttattccaattgtatttacttgttaacggatttttcgttggggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaacgtgattttctgtGAGTCCATTTTTTATATA-----GGTTGG-TGCCGTACCTTC-A--AT------ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGc
gi|21 : GTCCATTATT-GCAAA-----GGTTGGACACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGG------ACTTGGACAAGGCGTTC-TTGAT---CTTAGtgtattatttaata
gi|22 : gcagAGTCCATTTTT-ATATACTTTAGGTTGGATACCGTTACTCT-A--ATTTTATCATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTATTTGGT---CTT
gi|23 : AGTCCATTTTT-ATATT-----GGTTGGATGCCGTTACTCC-A--ATTGT---ATTT------------AC--AGA-------TTCGTTGGT----TTAAGG
gi|24 : A--------------CACAT--GGAAGCAAAGGCATAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
gi|25 : gttaaaaaatatgattttctgtA--------------CATAT--GAAAGCAAAGGCGTAGG--AGCCACAGTGGGTTGA
gi|27 : ataaatgttattttctgcTAATAAA--------------CACAT--GAGAACAAAAGCGTAGC--AGTCGGGGCGGGATG
gi|3 : TTCATTTTT-ATATA-----GGATGGATACCACTACTCC-A--ATTGT---ATTTACTTGGT----AA---GGAT------TTCTTTGGT---CTTATGG
gi|3 : aA--------------CACAT--GAGAGCAAAAGCATAGC--AGTCGGTGCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttaataaatgttattttctgtacacatgagagcaaaagcatagcagtcggtgcgac
gi|4 : attcatttttatataggatggataccactactccaattgtatttacttggtaaggatttctttggtcttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttaataaatgttattttctgtGTTCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCATTAATCC-A--ATTT----ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTA-GGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAATGGTATTTTCTGTGCTCAT--GATAGCAAAGGCGTGGC--AGCTGGGGAGGGATac
gi|5 : gTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCTTTATTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----TAC--GGA-------TTCATTGTT---CATAGGG
gi|5 : A--------------CTCAT--TAGAGCAAAGGTGTACA--AGCCGGGCCGGGATGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaatgttattttctgtactcattagagcaaaggtgtacaagccgggccgggatgac
gi|6 : ttttatataggttggatacctttattccaattttatttacttggttacggattcattgttcatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaatgttattttctgtGAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTAAATCC-A--ATTCT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGATGAc
gi|7 : AGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTAAATCC-A--ATTCT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGATGA
gi|8 : -----GGTTGGATACCGTTACCAA-A--ATTGC---ATTTACTTAGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGG
gi|8 : A--------------CATAT--GAGAGCCAGTGCGTAGC--AGCCGGGGAGGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaatcttattttttctgtacatatgagagccagtgcgtagcagccggggagggatg
gi|9 : ggttggataccgttaccaaaattgcatttacttagtaacggattcgttggtcttaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaatcttattttttctgtAGTCCATTTT--ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--TTTTT---ATTTACTTGGT----TAC--GGA-------TAAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC-GTAAACAAA--------------CACAT--GAGGGCGAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGAT
blockSeqs : TT CTTTA C TT T ATC . TT CAAGGCG ATC NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCA TGGTATTTTCTGTG . TT
blockSeqs : C . . . T . . . TTT . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC . . .
blockSeqs : T . . . G . . . T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT . . .
blockSeqs : T . . . C . . . . . GCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC . . .
blockSeqs : T . . . T . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC . . .
blockSeqs : T . . . T . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC . . .
blockSeqs : T . . . T . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC . . .
blockSeqs : T . . . G . . . . . GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC . . .
blockSeqs : T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ** **
originalCons : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGGGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
finalCons : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGGGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAATAAACATTATTTTCTGTTCACATGCGTAGTAGCCGTGGCAAGATGACCNNN
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111
lowQualScore : 99 55555 2 22 1 333 4444 55 2222222 333 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 22 33
lowQualScore : .. ..... . .. . ... .... .. ....... ... .................................................................................................................................. .............. .. ..
lowQualScore : 11 33333 0 88 6 555 2222 55 0000000 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88888888888888 88 11
consensus : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGGGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
Reference ( family-1493 ) : GAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGGGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
gi|1 : ATACCGTTACTTC-A--ATTGC---ATTCACTTGGTCTTAGACAAGGA-------TCCCTTGGT---GTGAGGG
gi|1 : gtgaggacggttttttatcgattgtatcgatatc--------------CACATTTGAAAGCAAAGAC-TAAC--AGCCGGGGCGGGATGAtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgttattttctgcacatttgaaagcaaagactaacagccggggcgggatgag
gi|10 : gtgaggacggttttttatcgattgtatcgatatcataccgttacttcaattgcattcacttggtcttagacaaggatcccttggtgtgagggtattatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgttattttctgGAGACCATTTTA-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GAA-------TAAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-GTTAATAAA--------------CACAT--GAGCGCAAAGGCGTAGC--AGTTGTGGCGGg
gi|11 : TTC-ATATA-----AGTTAGATATCGTTACTTT-ATTACTTT---ATTTACTTGAT----AAC--GGA-------TTCTTTGGTATCCTTAGGG
gi|11 : A--------------CACAT--GAGAGCAAAAGTGTAGC--AGCCGTGGCGGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttttgtacacatgagagcaaaagtgtagcagccgtggcgggatgt
gi|12 : ttcatataagttagatatcgttactttattactttatttacttgataacggattctttggtatccttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattttttgtTCCATTTT--ATATA-----GATTGGATACAGTTACTCC-A--ATTGT---ATTTACTTGGT----AAC--GGG-------TTCGTTGGT---TTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCAGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCATAGC--AGTCAGAGCt
gi|13 : TCCATTTA--ATATT-----GGTTGGATACAGTTACTCCCA--ATTCT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT----TTAAGG---GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGACCAAAGGCGTAGC--AGTCGGAG
gi|14 : GTCCATTTC--ATATA-----GGTTGGATACCGTTACCCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTTGTTGGT---TTTAGGGat
gi|14 : GTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTGGC--AGTCGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaacacatgagagcaaaggcgtggcagtcgg
gi|15 : gtccatttcatataggttggataccgttaccccaattttatttacttggtaacggatttgttggttttagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCCATTATT-ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCA-A--AATTT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTAGTTGGT---CTTAGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTGATAAA--------------TACAT--GAGAGCAAAGGCGTAG
gi|17 : gtggGAGTCCATTTG--ATATA-----AGTTGGATACAGTTATTCA-A--ATTTT---ATTTACGTGGT----AAC--GGC-------TTCGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTA
gi|19 : tCCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGCTTAATTGGGGTGTGATG
gi|2 : ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgGAGTCCATTTTT-ATATC-----GGCTGGATACCGTTATTCC-A--ATTGT---ATTTACTTGTT----AAC--GGATTT----TTCGTTGG
gi|2 : tA--------------CACAT--GAGAGCAAATGCGTAAC--AGCCGGAGCGGGATGAggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaacgtgattttctgtacacatgagagcaaatgcgtaacagccggagcgggatgac
gi|20 : tgagtccatttttatatcggctggataccgttattccaattgtatttacttgttaacggatttttcgttggggttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaacgtgattttctgtGAGTCCATTTTTTATATA-----GGTTGG-TGCCGTACCTTC-A--AT------ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGc
gi|21 : GTCCATTATT-GCAAA-----GGTTGGACACCGTTACTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGG------ACTTGGACAAGGCGTTC-TTGAT---CTTAGtgtattatttaata
gi|22 : gcagAGTCCATTTTT-ATATACTTTAGGTTGGATACCGTTACTCT-A--ATTTTATCATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTATTTGGT---CTT
gi|23 : AGTCCATTTTT-ATATT-----GGTTGGATGCCGTTACTCC-A--ATTGT---ATTT------------AC--AGA-------TTCGTTGGT----TTAAGG
gi|24 : A--------------CACAT--GGAAGCAAAGGCATAGC--AGCCGGGGCGGGATGA
gi|25 : gttaaaaaatatgattttctgtA--------------CATAT--GAAAGCAAAGGCGTAGG--AGCCACAGTGGGTTGA
gi|27 : ataaatgttattttctgcTAATAAA--------------CACAT--GAGAACAAAAGCGTAGC--AGTCGGGGCGGGATG
gi|3 : TTCATTTTT-ATATA-----GGATGGATACCACTACTCC-A--ATTGT---ATTTACTTGGT----AA---GGAT------TTCTTTGGT---CTTATGG
gi|3 : aA--------------CACAT--GAGAGCAAAAGCATAGC--AGTCGGTGCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttaataaatgttattttctgtacacatgagagcaaaagcatagcagtcggtgcgac
gi|4 : attcatttttatataggatggataccactactccaattgtatttacttggtaaggatttctttggtcttatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttaataaatgttattttctgtGTTCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCATTAATCC-A--ATTT----ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTA-GGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAATGGTATTTTCTGTGCTCAT--GATAGCAAAGGCGTGGC--AGCTGGGGAGGGATac
gi|5 : gTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCTTTATTCC-A--ATTTT---ATTTACTTGGT----TAC--GGA-------TTCATTGTT---CATAGGG
gi|5 : A--------------CTCAT--TAGAGCAAAGGTGTACA--AGCCGGGCCGGGATGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaatgttattttctgtactcattagagcaaaggtgtacaagccgggccgggatgac
gi|6 : ttttatataggttggatacctttattccaattttatttacttggttacggattcattgttcatagggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgttaataaatgttattttctgtGAGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTAAATCC-A--ATTCT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGATGAc
gi|7 : AGTCCATTTTT-ATATA-----GGTTGGATACCGTAAATCC-A--ATTCT---ATTTACTTGGT----AAC--GGA-------TTAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTTAATAAA--------------CACAT--GAGAGCAAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGATGA
gi|8 : -----GGTTGGATACCGTTACCAA-A--ATTGC---ATTTACTTAGT----AAC--GGA-------TTCGTTGGT---CTTAGG
gi|8 : A--------------CATAT--GAGAGCCAGTGCGTAGC--AGCCGGGGAGGGATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaatcttattttttctgtacatatgagagccagtgcgtagcagccggggagggatg
gi|9 : ggttggataccgttaccaaaattgcatttacttagtaacggattcgttggtcttaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgttaataaatcttattttttctgtAGTCCATTTT--ATATA-----GGTTGGATACCGTTACTCC-A--TTTTT---ATTTACTTGGT----TAC--GGA-------TAAGTTGGT---CTTAGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC-GTAAACAAA--------------CACAT--GAGGGCGAAGGCGTAGC--AGTTGGGGCGGGAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA
Unaligned ( gi|26 ): GTTAATAAACATTATTTTCTGTTCACATGCGTAGTAGCCGTGGCAAGATGACCNNN