lowQualScore : 1 1 44444444444 3333333333333 11111111111 66666666666666666666666 111 1
lowQualScore : 4 2 4 1 0 333 00000000000 5555555 22 1 1 1 333 1 333 9999999999999 9 3 555555 7 77777777777 88888888888888888888888 777 0 4 3
lowQualScore : . . . . . ... ........... ....... .. . . . ... . ... ............. . . ...... . ........... ....................... ... . . .
lowQualScore : 7 0 5 9 3 000 00000000000 9999999 55 8 8 7 000 7 000 5555555555555 7 8 888888 1 77777777777 55555555555555555555555 555 1 1 6
consensus : TTTCTTAAAG-GTCTGTTTG-TCTCAGTTTATCAAAT---C-----------A-------TT--AAACT-T-GTT-TT---T-A---TAAATAGGCC--------ATTATACTGTCTCTAAACATTA------CAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACGAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
Reference ( gi|8 ) : TTTCCTAAAG-GTCTGATTG-TCTCAGTTTATCCAAT---C-----------A-------TT--AAACT-T-GTT-TT---T-A---TAAATTTGCA--------ATTATACTGTCTCTTAATATTA------CAGCGATATCAGCTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAAAGATATGCGGACTTGTCTATTTTAATACAC
gi|14 : TTTTTTATAT-GTCTGCTTG-TATCAGTTTATCAAAT---C-----------A-------TT--AAACTAC-GTC------------------------------ATTATAATGTCTCTAAACCTTA------CAGCGTTATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CATGACACCAAAAG--ATGCGGACAGGTCTATT
gi|6 : TTTCTTGTAG-GTCTGTTTG-CCTCAGTTTATCAAAT---C-----------A-------TT--AAACT-T-GGT-TT---T-A---TAAATAGGCC--------ATTTTACTGTCTCTAAACATTA------CAGTGATATCAGTTaattacg
gi|19 : tTTTCTTAAAG--TTAGGTAACTCTCAATTTATCAAAT---C-----------A-------------ACT-G-GTT-TTTTTT-A---TAAATAGGCC--------ATTGTACTGTCTCTAAACATTA------CAGTGATATTAGTTGGCGCT-----atggaacggtcgtaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgatacacagg
gi|10 : tTTTCTTAAAT-GTCAGAT-G-TCACAGTTTA-CCAAC---C--------------------------CT-T-GCTGTC---T-AACGTACATAGGCT--------ATCATACC--------ATATTC------AAACATTATCAGTTGACGCT-----ATGGAAACGTC------AAA--------------GATGAT---CAAGA-TACGAAAGGTATGTGCATCAGTCTATTTCAACATAtttaaacggtcgtaa
gi|25 : TTTCTTAAAG-GTCTGTTTG-TGACAATTTATCAAAT---T-----------A-------TT--AAACT-T-GTT-TT---T-A---TAAAT
gi|24 : TTTTCTAAAAAGTATGTTTG-TCTCAGTTTATCAAAT---C-----------agtc
gi|5 : TCCTTAAAA-GTCTGTTTA-TCTCAGTTTATCAAAT---C-----------A-------TT--TAACT-T-GTT-AT---T-G---TAAATAGGTC--------ATAGTACTGTCCCTAAACAGTA------CAGTGATATCAGTTGATGCTTTTGAA-----CGGTCATAATAGGACGTTAGCAAGTGTCGGTGATGATCAAGACTACGAAAGCTATGATGACGAGTCTATTTTAATACACtcactgcatagttaaacccctttgttt
gi|4 : TTCTTAAAA-GTCTGTTTA-TCTCAGTTTATCAAAT---C-----------A-------TT--TAACT-T-GTT-AT---T-G---TAAATAGGTC--------ATAGTACTGTCCCTAAACAGTA------CAGTGATATCAGTTGATGCTTTTGAA-----CGGTCATAATAGGACATTAGCAAGTGTCGGTGATGATCAAGACTGCGAAAGCTATGATGACGAGTCTATTTTAATACACag
gi|18 : TTCTTAAAG-ATCTGTTTG-TTGAAGTTTATCAAACTTAC-----------ATCCCAGTTT--CAACT-TAGTT-TT---T-A---TTAATAAACT--------ATTACAACGTATGTAAATATAA------CAGCAATATCTGTTTGCACT-----A-----ag
gi|16 : TCTTAAAG-GTCTGTTTG-TCTCAGTTCATCAAAT---CTTTCTTCCTAAA-------TT--AAACT-T-GTT-TA---T-A---T---TTTATATAAAGGTCATTATATTGTATCTTAACATTAACATTACAGtggaaaggtc
gi|22 : TCTTTAAG-TTCTGCTTG-TCTACGTTTATC-------------------A-------TT--AAACT-T-GTT------------------------------GTTATACTGTCTCTTAACATTA------CAGCtaacaagtctattttaatacacag
gi|11 : CTTAAAT-GTCTGCTAG-TCTCAGTTTATTATAT---C-----------A-------TT--AAACT-A-G---------------------GCC--------ATTATACTGTCTA--AACATTA------CACCGATATCAGTTTGCGCT-----A-----GTGTT------GGA--------------GATGAC---CAAGGTTAAAAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATATACa
gi|15 : cTAAAG-GTCTGCTGG-TCTCAATTTATCCAAT---C-----------A-------------ACT-T-GTT-TT---T-A---TAAATAGGCC--------ATTATACTGTCTCTTAACATTA------CAGCA--------------T-----A-----GTGTT------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAAAGATATGCAGACTAGTCTATTTTAATACACag
gi|12 : tTAAAG-GTCTGCTTG-TCTCTGTTTATCAAAT---C-----------A-------TT--GTACT-A-G---------------------GCC--------ATAATACTCTCTCTAAACATTA------CAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAACGATATGCAGACTAGTCTATTTTGATATACag
gi|1 : tAAAC-GTCTGTTTG-TCTCAGTTTATCAAAT---CTTACATCCTA-A-------TTTAAAACA-T--TT-TT---T-A---TAAATAGGCC--------ATTTTAC-AACAGTAAACATAA------CAGCGATATCAGTTGGCACT-----------GTGa
gi|13 : aAAG-GTCTGCTTG-TCTCAGTTTATCCAAT---C-----------A-------AT--AAACT-T-GTT-TT---T-A---TAAATAGGCC--------ATTACACTGTCTCTCAACATTA------CAGCG--------------T-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CAACAATACAAAAGATATGCGAACTAGTCTATTTTAATACACgaacggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagatatgcggacttgtctattttaatataca
gi|2 : ctttAAG-GTATGTTTG-TCTCAGTTGATCACAT---CTTACGTCCTAAA-------TT--AAACC-T-GTT-TT---T-A---TAAATAGGCC--------ATTATACTCTCTCTAAACATTA------CAGCGATATa
gi|3 : ttcAAG-GTATGTTTG-TCTCAATTGATCACAT---CTTACGTCCTAAA-------TT--AAACC-T-GTT-TT---T-A---TAAATAGGCC--------ATTATACTCATTCTAAACATTA------CAGCGATATggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatatgcagactagtctgttttaatacacag
gi|23 : cttcAAG-GTCTGTTTG-TCTCAGATCATCAAAT---CTTACTTCTAA-A-------TT--AAACT-T-GTT-TT---T-A---Tggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatatgcagactagtctgttttaatacaca
gi|7 : AG-GTCTGTTTG-TCTCAGTTTATCAAAT---C-----------A-------TT--AAACT-T-GTT-TT---C-A---TAAATAGGTC--------ATT-------------ACATTA------CAGCGATATCAGTTGGAGCT-----A-----TTGtatactaga
gi|26 : atTTG-TCTCAGTTTATCCAGT---C-----------A-------TT--AATCT-T-GTT-TT---T-A---TAAATaacggtcataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaagatatgcggactagtctattttaatacacag
gi|20 : CAGTTTATCCAAC---C-----------A-------TT--AAACT-T-GTT-TT---T-A---TAAATAGGCC--------ATTATACTGT
gi|21 : GTTTATCTCAT---C-----------A-------TT--AAACT-T-GTT-TT---TCA---TAAATAGGTC--------ATTGTACTGTCCCTAAACAGTA------AAGAGATATCAGTTtggagactatgaaagatattcagacttgtctattttaatacac
gi|9 : ttcttaaagttatTT-TT---T-A---TAAATATGTA--------ATTGTACTGTCCCTTAACATTA------CAATGAAATCAGTTGGCGCT-----
gi|27 : TAATGTT-------CAGCGATATCAGTTGGTGCT-----A-----tttgaacggtcgtaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagctatgcggactagtctattttgatacacag
gi|20 : acaAGACTATGAAAGATATTCAGACTTGTCTATTTTAATACACtggaacgg
gi|7 : cagtttatccaaccattaaacttgtttttataaataggccattatactgttggAAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
gi|2 : ataggtctgtttgtctcagtttatcaaatcattaaacttgttttcataaataggtcattacattacagcgatatcagttggagctattgaacggtcataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGATATGCAGACTAGTCTGTTTTAATACACag
gi|9 : ttcaaggtatgtttgtctcagttgatcacatcttacgtcctaaattaaacctgtttttataaataggccattatactctctctaaacattacagcgatatggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGCTATGCGGACTAGTCTATTTTGATACACag
gi|3 : tttttataaatatgtaattgtactgtcccttaacattacaatgaaatcagttggcgcttttgaacggtcgtaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGATATGCAGACTAGTCTGTTTTAATACACag
gi|1 : cttcaaggtatgtttgtctcaattgatcacatcttacgtcctaaattaaacctgtttttataaataggccattatactcattctaaacattacagcgatatggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGATATGCGGACTTGTCTATTTTAATATACa
gi|28 : aaaacgtctgtttgtctcagtttatcaaatcttacatcctaatttaaaacattttttataaataggccattttacaacagtaaacataacagcgatatcagttggcactgtggaacggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAAAG-TATGCGGACTAGTCTATTTTAATACACa
gi|17 : AAAGCTATGCGGACTAATTTATTTTAATACACag
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111111111 55555555555555555555555 111
lowQualScore : 66666666 88888888888 22 22 1 44444 1 222 1 222 55555555555 77777777777777777777777 555 3
lowQualScore : ........ ........... .. .. . ..... . ... . ... ........... ....................... ... .
lowQualScore : 00000000 33333333333 44 44 7 22222 7 999 7 999 88888888888 77777777777777777777777 666 3
consensus : TTTCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACGAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
Reference ( family-1492 ) : TTTCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACGAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
gi|1 : AAACGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------CTTACATCCTA-A--TTTAAAACAT--T-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTTTAC-AACAGTAAACATAACAGCGATATCAGTTGGCACT-----------GTG
gi|1 : aGAAAGATATGCGGACTTGTCTATTTTAATATACgaacggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagatatgcggacttgtctattttaatataca
gi|10 : aaaacgtctgtttgtctcagtttatcaaatcttacatcctaatttaaaacattttttataaataggccattttacaacagtaaacataacagcgatatcagttggcactgtggaacggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCTTAAATGTCAGAT-GTCACAGTTTACCAA-C--------C---------------------CTT-GC-----TGTC---T-AACGTACATAGGCTATCATACCATATTCAAACATTA--------TCAGTTGACGCT-----ATGGAAACGTC------AAA--------------GATGAT---CAAGA-TACGAAAGGTATGTGCATCAGTCTATTTCAACATAa
gi|11 : CTTAAATGTCTGCTAGTCTCAGTTTATTATAT--------C-----------A--TT--AAACT---------------------------AGGCCATTATACTGTCT--AAACATTACACCGATATCAGTTTGCGCT-----A-----GTGTT------GGA--------------GATGAC---CAAGGTTAAAAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATATAC
gi|12 : cTTAAAGGTCTGCTTGTCTCTGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--GTACT---------------------------AGGCCATAATACTCTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAACGATATGCAGACTAGTCTATTTTGATATACag
gi|13 : CTTTAAGGTCTGCTTGTCTCAGTTTATCCAAT--------C-----------A--AT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTACACTGTCTCTCAACATTACAGCG--------------T-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CAACAATACAAAAGATATGCGAACTAGTCTATTTTAATACACa
gi|14 : TTTTTTATATGTCTGCTTGTATCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACT---------------------------ACGTCATTATAATGTCTCTAAACCTTACAGCGTTATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CATGACACCAAAAG--ATGCGGACAGGTCTATTa
gi|15 : TTAAAGGTCTGCTGGTCTCAATTTATCCAAT--------C-----------A--------ACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTTAACATTACAGCA--------------T-----A-----GTGTT------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAAAGATATGCAGACTAGTCTATTTTAATACACaattacg
gi|16 : TCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTCATCAAAT--------CTTTCTTCCTAAA--TT--AAACTT-GTTTATAT-TT---T-A---TATAAAGGTCATTATATTGTATCTTAACATTAag
gi|16 : ACAAGTCTATTTTAATACACacattacagtaacaagtctattttaatacacag
gi|17 : tcttaaaggtctgtttgtctcagttcatcaaatctttcttcctaaattaaacttgtttatattttatataaaggtcattatattgtatcttaacattaacattacagtaAAAGCTATGCGGACTAATTTATTTTAATACACag
gi|18 : gtcattatacaaaacattatagtgatatcaaacggttgtgagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTTAAAGATCTGTTTGTTGAAGTTTATCAAACTTACATCCC-----------AGTTT--CAACTTAGT-----T-TT---T-A---TTAATAAACTATTACAACGTATGTAAATATAACAGCAATATCTGTTTGCACT-----A-----ag
gi|19 : TTTCTTAAAGTTAGGTAACTCTCAATTTATCAAAT--------C-----------A--------ACTG-GT-----T-TTTTTT-A---TAAATAGGCCATTGTACTGTCTCTAAACATTACAGTGATATTAGTTGGCGCT-----tggaaaggtc
gi|2 : tTTCAAGGTATGTTTGTCTCAGTTGATCACAT--------CTTACGTCCTAAA--TT--AAACCT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTCTCTCTAAACATTACAGCGATATtttaaacggtcgtaa
gi|2 : AAAGATATGCAGACTAGTCTGTTTTAATACACggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatatgcagactagtctgttttaatacacag
gi|20 : ttcaaggtatgtttgtctcagttgatcacatcttacgtcctaaattaaacctgtttttataaataggccattatactctctctaaacattacagcgatatggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAGTTTATCCAAC--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTag
gi|20 : AGACTATGAAAGATATTCAGACTTGTCTATTTTAATACACtggagactatgaaagatattcagacttgtctattttaatacac
gi|21 : cagtttatccaaccattaaacttgtttttataaataggccattatactgttggTTCTTAAAGTTATGTTTATCTCA----------T--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---TCA---TAAATAGGTCATTGTACTGTCCCTAAACAGTAAAGAGATATCAGTT
gi|22 : TCTTTAAGTTCTGCTTGTCTACGTTTATCA--------------------------TT--AAACTT-GT-----T----------------------GTTATACTGTCTCTTAACATTACAGC
gi|23 : AAGGTCTGTTTGTCTCAGATCATCAAAT--------CTTACTTCTAA-A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---Ta
gi|24 : TTTCTAAAAAGTATGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------tatactaga
gi|25 : tTTTCTTAAAGGTCTGTTTGTGACAATTTATCAAAT--------T-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGtcactgcatagttaaacccctttgttt
gi|26 : TTGTCTCAGTTTATCCAGT--------C-----------A--TT--AATCTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATtc
gi|27 : CAGCGATATCAGTTGGTGCT-----A-----
gi|28 : acataatgttAAAG-TATGCGGACTAGTCTATTTTAATACACtggaacgg
gi|3 : CTTCAAGGTATGTTTGTCTCAATTGATCACAT--------CTTACGTCCTAAA--TT--AAACCT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTCATTCTAAACATTACAGCGATATag
gi|3 : AAAGATATGCAGACTAGTCTGTTTTAATACACggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatatgcagactagtctgttttaatacaca
gi|4 : cttcaaggtatgtttgtctcaattgatcacatcttacgtcctaaattaaacctgtttttataaataggccattatactcattctaaacattacagcgatatggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTTAAAAGTCTGTTTATCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--TAACTT-GT-----T-AT---T-G---TAAATAGGTCATAGTACTGTCCCTAAACAGTACAGTGATATCAGTTGATGCTTTTGAA-----CGGTCATAATAGGACATTAGCAAGTGTCGGTGATGATCAAGACTGCGAAAGCTATGATGACGAGTCTATTTTAATACACa
gi|5 : TCCTTAAAAGTCTGTTTATCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--TAACTT-GT-----T-AT---T-G---TAAATAGGTCATAGTACTGTCCCTAAACAGTACAGTGATATCAGTTGATGCTTTTGAA-----CGGTCATAATAGGACGTTAGCAAGTGTCGGTGATGATCAAGACTACGAAAGCTATGATGACGAGTCTATTTTAATACACag
gi|6 : TTTCTTGTAGGTCTGTTTGCCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GG-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTTTACTGTCTCTAAACATTACAGTGATATCAGTTag
gi|7 : tAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---C-A---TAAATAGGTCATT-------------ACATTACAGCGATATCAGTTGGAGCT-----A-----TTGatggaacggtcgtaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgatacacagg
gi|7 : atAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACACaacggtcataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaagatatgcggactagtctattttaatacacag
gi|8 : ataggtctgtttgtctcagtttatcaaatcattaaacttgttttcataaataggtcattacattacagcgatatcagttggagctattgaacggtcataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTTCCTAAAGGTCTGATTGTCTCAGTTTATCCAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATTTGCAATTATACTGTCTCTTAATATTACAGCGATATCAGCTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAAAGATATGCGGACTTGTCTATTTTAATACACag
gi|9 : T-----T-TT---T-A---TAAATATGTAATTGTACTGTCCCTTAACATTACAATGAAATCAGTTGGCGCT-----
gi|9 : AAAGCTATGCGGACTAGTCTATTTTGATACACtttgaacggtcgtaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagctatgcggactagtctattttgatacacag
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111111111 55555555555555555555555 111
lowQualScore : 66666666 88888888888 22 22 1 44444 1 222 1 222 55555555555 77777777777777777777777 555 3
lowQualScore : ........ ........... .. .. . ..... . ... . ... ........... ....................... ... .
lowQualScore : 00000000 33333333333 44 44 7 22222 7 999 7 999 88888888888 77777777777777777777777 666 3
consensus : TTTCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACGAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
Reference ( family-1492 ) : TTTCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACGAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
gi|1 : AAACGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------CTTACATCCTA-A--TTTAAAACAT--T-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTTTAC-AACAGTAAACATAACAGCGATATCAGTTGGCACT-----------GTG
gi|1 : aGAAAGATATGCGGACTTGTCTATTTTAATATACgaacggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagatatgcggacttgtctattttaatataca
gi|10 : aaaacgtctgtttgtctcagtttatcaaatcttacatcctaatttaaaacattttttataaataggccattttacaacagtaaacataacagcgatatcagttggcactgtggaacggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCTTAAATGTCAGAT-GTCACAGTTTACCAA-C--------C---------------------CTT-GC-----TGTC---T-AACGTACATAGGCTATCATACCATATTCAAACATTA--------TCAGTTGACGCT-----ATGGAAACGTC------AAA--------------GATGAT---CAAGA-TACGAAAGGTATGTGCATCAGTCTATTTCAACATAa
gi|11 : CTTAAATGTCTGCTAGTCTCAGTTTATTATAT--------C-----------A--TT--AAACT---------------------------AGGCCATTATACTGTCT--AAACATTACACCGATATCAGTTTGCGCT-----A-----GTGTT------GGA--------------GATGAC---CAAGGTTAAAAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATATAC
gi|12 : cTTAAAGGTCTGCTTGTCTCTGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--GTACT---------------------------AGGCCATAATACTCTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAACGATATGCAGACTAGTCTATTTTGATATACag
gi|13 : CTTTAAGGTCTGCTTGTCTCAGTTTATCCAAT--------C-----------A--AT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTACACTGTCTCTCAACATTACAGCG--------------T-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CAACAATACAAAAGATATGCGAACTAGTCTATTTTAATACACa
gi|14 : TTTTTTATATGTCTGCTTGTATCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACT---------------------------ACGTCATTATAATGTCTCTAAACCTTACAGCGTTATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CATGACACCAAAAG--ATGCGGACAGGTCTATTa
gi|15 : TTAAAGGTCTGCTGGTCTCAATTTATCCAAT--------C-----------A--------ACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTTAACATTACAGCA--------------T-----A-----GTGTT------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAAAGATATGCAGACTAGTCTATTTTAATACACaattacg
gi|16 : TCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTCATCAAAT--------CTTTCTTCCTAAA--TT--AAACTT-GTTTATAT-TT---T-A---TATAAAGGTCATTATATTGTATCTTAACATTAag
gi|16 : ACAAGTCTATTTTAATACACacattacagtaacaagtctattttaatacacag
gi|17 : tcttaaaggtctgtttgtctcagttcatcaaatctttcttcctaaattaaacttgtttatattttatataaaggtcattatattgtatcttaacattaacattacagtaAAAGCTATGCGGACTAATTTATTTTAATACACag
gi|18 : gtcattatacaaaacattatagtgatatcaaacggttgtgagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTTAAAGATCTGTTTGTTGAAGTTTATCAAACTTACATCCC-----------AGTTT--CAACTTAGT-----T-TT---T-A---TTAATAAACTATTACAACGTATGTAAATATAACAGCAATATCTGTTTGCACT-----A-----ag
gi|19 : TTTCTTAAAGTTAGGTAACTCTCAATTTATCAAAT--------C-----------A--------ACTG-GT-----T-TTTTTT-A---TAAATAGGCCATTGTACTGTCTCTAAACATTACAGTGATATTAGTTGGCGCT-----tggaaaggtc
gi|2 : tTTCAAGGTATGTTTGTCTCAGTTGATCACAT--------CTTACGTCCTAAA--TT--AAACCT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTCTCTCTAAACATTACAGCGATATtttaaacggtcgtaa
gi|2 : AAAGATATGCAGACTAGTCTGTTTTAATACACggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatatgcagactagtctgttttaatacacag
gi|20 : ttcaaggtatgtttgtctcagttgatcacatcttacgtcctaaattaaacctgtttttataaataggccattatactctctctaaacattacagcgatatggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAGTTTATCCAAC--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTag
gi|20 : AGACTATGAAAGATATTCAGACTTGTCTATTTTAATACACtggagactatgaaagatattcagacttgtctattttaatacac
gi|21 : cagtttatccaaccattaaacttgtttttataaataggccattatactgttggTTCTTAAAGTTATGTTTATCTCA----------T--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---TCA---TAAATAGGTCATTGTACTGTCCCTAAACAGTAAAGAGATATCAGTT
gi|22 : TCTTTAAGTTCTGCTTGTCTACGTTTATCA--------------------------TT--AAACTT-GT-----T----------------------GTTATACTGTCTCTTAACATTACAGC
gi|23 : AAGGTCTGTTTGTCTCAGATCATCAAAT--------CTTACTTCTAA-A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---Ta
gi|24 : TTTCTAAAAAGTATGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------tatactaga
gi|25 : tTTTCTTAAAGGTCTGTTTGTGACAATTTATCAAAT--------T-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGtcactgcatagttaaacccctttgttt
gi|26 : TTGTCTCAGTTTATCCAGT--------C-----------A--TT--AATCTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATtc
gi|27 : CAGCGATATCAGTTGGTGCT-----A-----
gi|28 : acataatgttAAAG-TATGCGGACTAGTCTATTTTAATACACtggaacgg
gi|3 : CTTCAAGGTATGTTTGTCTCAATTGATCACAT--------CTTACGTCCTAAA--TT--AAACCT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTCATTCTAAACATTACAGCGATATag
gi|3 : AAAGATATGCAGACTAGTCTGTTTTAATACACggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatatgcagactagtctgttttaatacaca
gi|4 : cttcaaggtatgtttgtctcaattgatcacatcttacgtcctaaattaaacctgtttttataaataggccattatactcattctaaacattacagcgatatggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTTAAAAGTCTGTTTATCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--TAACTT-GT-----T-AT---T-G---TAAATAGGTCATAGTACTGTCCCTAAACAGTACAGTGATATCAGTTGATGCTTTTGAA-----CGGTCATAATAGGACATTAGCAAGTGTCGGTGATGATCAAGACTGCGAAAGCTATGATGACGAGTCTATTTTAATACACa
gi|5 : TCCTTAAAAGTCTGTTTATCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--TAACTT-GT-----T-AT---T-G---TAAATAGGTCATAGTACTGTCCCTAAACAGTACAGTGATATCAGTTGATGCTTTTGAA-----CGGTCATAATAGGACGTTAGCAAGTGTCGGTGATGATCAAGACTACGAAAGCTATGATGACGAGTCTATTTTAATACACag
gi|6 : TTTCTTGTAGGTCTGTTTGCCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GG-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTTTACTGTCTCTAAACATTACAGTGATATCAGTTag
gi|7 : tAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---C-A---TAAATAGGTCATT-------------ACATTACAGCGATATCAGTTGGAGCT-----A-----TTGatggaacggtcgtaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgatacacagg
gi|7 : atAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACACaacggtcataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaagatatgcggactagtctattttaatacacag
gi|8 : ataggtctgtttgtctcagtttatcaaatcattaaacttgttttcataaataggtcattacattacagcgatatcagttggagctattgaacggtcataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTTCCTAAAGGTCTGATTGTCTCAGTTTATCCAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATTTGCAATTATACTGTCTCTTAATATTACAGCGATATCAGCTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAAAGATATGCGGACTTGTCTATTTTAATACACag
gi|9 : T-----T-TT---T-A---TAAATATGTAATTGTACTGTCCCTTAACATTACAATGAAATCAGTTGGCGCT-----
gi|9 : AAAGCTATGCGGACTAGTCTATTTTGATACACtttgaacggtcgtaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagctatgcggactagtctattttgatacacag
blockSeqs : TTACATCC TTTCTTCCTAA GT . A TTATA G TTT C ACG ATGGAA ATAATAGGACATTAGCAAGTGTC GAT G
blockSeqs : . TTACGTCCTAA . . . . . . . . TTTGAA ATAATAGGACGTTAGCAAGTGTC GAT A
blockSeqs : . TTACGTCCTAA . . . . . . . . TTTGAA GGA . A
blockSeqs : . TTACTTCTAA . . . . . . . . A AGA . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . A AGA . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . A AGA . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . A GGA . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . A GGA . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . A C
blockSeqs : . . . . . . . . . . A C
blockSeqs : . . . . . . . . . . A A
blockSeqs : . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : *********** ** A**********
originalCons : TTTCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACGAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
finalCons : TTTCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCTA----------GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACGAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111111111 55555555555555555555555 111
lowQualScore : 66666666 88888888888 22 22 1 44444 1 222 1 222 55555555555 77777777777777777777777 555 3
lowQualScore : ........ ........... .. .. . ..... . ... . ... ........... ....................... ... .
lowQualScore : 00000000 33333333333 44 44 7 22222 7 999 7 999 88888888888 77777777777777777777777 666 3
consensus : TTTCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACGAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
Reference ( family-1492 ) : TTTCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACGAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACAC
gi|1 : AAACGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------CTTACATCCTA-A--TTTAAAACAT--T-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTTTAC-AACAGTAAACATAACAGCGATATCAGTTGGCACT-----------GTG
gi|1 : aGAAAGATATGCGGACTTGTCTATTTTAATATACgaacggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagatatgcggacttgtctattttaatataca
gi|10 : aaaacgtctgtttgtctcagtttatcaaatcttacatcctaatttaaaacattttttataaataggccattttacaacagtaaacataacagcgatatcagttggcactgtggaacggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTCTTAAATGTCAGAT-GTCACAGTTTACCAA-C--------C---------------------CTT-GC-----TGTC---T-AACGTACATAGGCTATCATACCATATTCAAACATTA--------TCAGTTGACGCT-----ATGGAAACGTC------AAA--------------GATGAT---CAAGA-TACGAAAGGTATGTGCATCAGTCTATTTCAACATAa
gi|11 : CTTAAATGTCTGCTAGTCTCAGTTTATTATAT--------C-----------A--TT--AAACT---------------------------AGGCCATTATACTGTCT--AAACATTACACCGATATCAGTTTGCGCT-----A-----GTGTT------GGA--------------GATGAC---CAAGGTTAAAAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATATAC
gi|12 : cTTAAAGGTCTGCTTGTCTCTGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--GTACT---------------------------AGGCCATAATACTCTCTCTAAACATTACAGCGATATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAACGATATGCAGACTAGTCTATTTTGATATACag
gi|13 : CTTTAAGGTCTGCTTGTCTCAGTTTATCCAAT--------C-----------A--AT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTACACTGTCTCTCAACATTACAGCG--------------T-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CAACAATACAAAAGATATGCGAACTAGTCTATTTTAATACACa
gi|14 : TTTTTTATATGTCTGCTTGTATCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACT---------------------------ACGTCATTATAATGTCTCTAAACCTTACAGCGTTATCAGTTGGCGCT-----A-----GTGTC------AGA--------------GATGAT---CATGACACCAAAAG--ATGCGGACAGGTCTATTa
gi|15 : TTAAAGGTCTGCTGGTCTCAATTTATCCAAT--------C-----------A--------ACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTCTCTTAACATTACAGCA--------------T-----A-----GTGTT------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAAAGATATGCAGACTAGTCTATTTTAATACACaattacg
gi|16 : TCTTAAAGGTCTGTTTGTCTCAGTTCATCAAAT--------CTTTCTTCCTAAA--TT--AAACTT-GTTTATAT-TT---T-A---TATAAAGGTCATTATATTGTATCTTAACATTAag
gi|16 : ACAAGTCTATTTTAATACACacattacagtaacaagtctattttaatacacag
gi|17 : tcttaaaggtctgtttgtctcagttcatcaaatctttcttcctaaattaaacttgtttatattttatataaaggtcattatattgtatcttaacattaacattacagtaAAAGCTATGCGGACTAATTTATTTTAATACACag
gi|18 : gtcattatacaaaacattatagtgatatcaaacggttgtgagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTTAAAGATCTGTTTGTTGAAGTTTATCAAACTTACATCCC-----------AGTTT--CAACTTAGT-----T-TT---T-A---TTAATAAACTATTACAACGTATGTAAATATAACAGCAATATCTGTTTGCACT-----A-----ag
gi|19 : TTTCTTAAAGTTAGGTAACTCTCAATTTATCAAAT--------C-----------A--------ACTG-GT-----T-TTTTTT-A---TAAATAGGCCATTGTACTGTCTCTAAACATTACAGTGATATTAGTTGGCGCT-----tggaaaggtc
gi|2 : tTTCAAGGTATGTTTGTCTCAGTTGATCACAT--------CTTACGTCCTAAA--TT--AAACCT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTCTCTCTAAACATTACAGCGATATtttaaacggtcgtaa
gi|2 : AAAGATATGCAGACTAGTCTGTTTTAATACACggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatatgcagactagtctgttttaatacacag
gi|20 : ttcaaggtatgtttgtctcagttgatcacatcttacgtcctaaattaaacctgtttttataaataggccattatactctctctaaacattacagcgatatggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAGTTTATCCAAC--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTGTag
gi|20 : AGACTATGAAAGATATTCAGACTTGTCTATTTTAATACACtggagactatgaaagatattcagacttgtctattttaatacac
gi|21 : cagtttatccaaccattaaacttgtttttataaataggccattatactgttggTTCTTAAAGTTATGTTTATCTCA----------T--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---TCA---TAAATAGGTCATTGTACTGTCCCTAAACAGTAAAGAGATATCAGTT
gi|22 : TCTTTAAGTTCTGCTTGTCTACGTTTATCA--------------------------TT--AAACTT-GT-----T----------------------GTTATACTGTCTCTTAACATTACAGC
gi|23 : AAGGTCTGTTTGTCTCAGATCATCAAAT--------CTTACTTCTAA-A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---Ta
gi|24 : TTTCTAAAAAGTATGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------tatactaga
gi|25 : tTTTCTTAAAGGTCTGTTTGTGACAATTTATCAAAT--------T-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGtcactgcatagttaaacccctttgttt
gi|26 : TTGTCTCAGTTTATCCAGT--------C-----------A--TT--AATCTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATtc
gi|27 : CAGCGATATCAGTTGGTGCT-----A-----
gi|28 : acataatgttAAAG-TATGCGGACTAGTCTATTTTAATACACtggaacgg
gi|3 : CTTCAAGGTATGTTTGTCTCAATTGATCACAT--------CTTACGTCCTAAA--TT--AAACCT-GT-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTATACTCATTCTAAACATTACAGCGATATag
gi|3 : AAAGATATGCAGACTAGTCTGTTTTAATACACggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagatatgcagactagtctgttttaatacaca
gi|4 : cttcaaggtatgtttgtctcaattgatcacatcttacgtcctaaattaaacctgtttttataaataggccattatactcattctaaacattacagcgatatggaacggacgtgagactgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTTAAAAGTCTGTTTATCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--TAACTT-GT-----T-AT---T-G---TAAATAGGTCATAGTACTGTCCCTAAACAGTACAGTGATATCAGTTGATGCTTTTGAA-----CGGTCATAATAGGACATTAGCAAGTGTCGGTGATGATCAAGACTGCGAAAGCTATGATGACGAGTCTATTTTAATACACa
gi|5 : TCCTTAAAAGTCTGTTTATCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--TAACTT-GT-----T-AT---T-G---TAAATAGGTCATAGTACTGTCCCTAAACAGTACAGTGATATCAGTTGATGCTTTTGAA-----CGGTCATAATAGGACGTTAGCAAGTGTCGGTGATGATCAAGACTACGAAAGCTATGATGACGAGTCTATTTTAATACACag
gi|6 : TTTCTTGTAGGTCTGTTTGCCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GG-----T-TT---T-A---TAAATAGGCCATTTTACTGTCTCTAAACATTACAGTGATATCAGTTag
gi|7 : tAGGTCTGTTTGTCTCAGTTTATCAAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---C-A---TAAATAGGTCATT-------------ACATTACAGCGATATCAGTTGGAGCT-----A-----TTGatggaacggtcgtaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgatacacagg
gi|7 : atAAAGATATGCGGACTAGTCTATTTTAATACACaacggtcataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaagatatgcggactagtctattttaatacacag
gi|8 : ataggtctgtttgtctcagtttatcaaatcattaaacttgttttcataaataggtcattacattacagcgatatcagttggagctattgaacggtcataagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTTTCCTAAAGGTCTGATTGTCTCAGTTTATCCAAT--------C-----------A--TT--AAACTT-GT-----T-TT---T-A---TAAATTTGCAATTATACTGTCTCTTAATATTACAGCGATATCAGCTGGCGCT-----A-----GTGTC------GGA--------------GATGAT---CAAGACTACAAAAGATATGCGGACTTGTCTATTTTAATACACag
gi|9 : T-----T-TT---T-A---TAAATATGTAATTGTACTGTCCCTTAACATTACAATGAAATCAGTTGGCGCT-----
gi|9 : AAAGCTATGCGGACTAGTCTATTTTGATACACtttgaacggtcgtaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaagctatgcggactagtctattttgatacacag