lowQualScore                  :                 1   2          4   3    6     11                       0     77         33333     11       4       
lowQualScore                  :                 .   .          .   .    .     ..                       .     ..         .....     ..       .       
lowQualScore                  :                 3   6          5   4    1     88                       4     44         44444     99       5       
consensus                     :      TGAAACGGACA-TCTNTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-NTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGNACCTCGT
Reference ( gi|12 )           :      TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGTGTTTCTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCGT
gi|6                          :      TGAAACAGACA-TCTTTTTATTAGCGCATGTGTTTCTAATA--AAGCCTAAAACAGTATTTGACCATAATTC-ATTTTTAACA-----ACTTA--TTTTAAGTACTTCGT
gi|14                         :    ttTGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|7                          :      TGAAACAGACA-TCTGTATATTAGCGGATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTC
gi|4                          :    ttTGAAACAGACA-CCTTTATATTAGCGCAAGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCGa
gi|20                         : ttgttTGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGTCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|11                         :      TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGCATTTGACCAAAATCT-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGAACCTCGT
gi|9                          :      TGAAACAGACAATCTTTATATTAGCGCATGCATTTTTGATA--AAGCCTAAAACAGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACTTCG
gi|2                          :     tTGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATTTGTTTTTAATA--AAGCCTAAGATGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACGTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|8                          : ttgttTGAAATAGACA-TCTTTATATTAACGCTTGCGTTTTTAATA--AAGCTTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACATCG
gi|1                          :    ttTGAAACAGACA-TCTGTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATATAAAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAAGTC-TTTGTTAACA-----ACTTC--TTTCAAGAACCTCGT
gi|19                         : ttgttTGAAACAAA-A-TCTTAATATAAGCGCATGTGTTTCTGATA--AAGCCTAAAATGATACTTGACCATAATTC-GTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCG
gi|22                         :      TGAAACGGACA-TCTGTATATTAG------TGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|5                          :    ttTGAAAAAGACT-TCTGTACATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTTACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACTTC
gi|17                         : ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAACCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|15                         : ttggtTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAACCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|16                         : ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTTAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|23                         : ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTCTTTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCG
gi|21                         :    ttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATGATTC-TTTTTTAACA-----ATTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|18                         :    ttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATGATTC-TTTTTTAACA-----ATTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|25                         : ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAG
gi|3                          :    ttTGAACCAAACA-TCATTACATTTGCGCATGCGTTTTCAATA--AAGCCTAAAACGGTAATTGACCAAAACCC-ATTTTTAAAA-----ACTTC--TTTTTAGTACCTCGaa
gi|30                         : ttgttTAAAACGGACA-TCTGTATATTAACG------TTTTTGATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC---TTTTAAGA-----ACCTC--
gi|32                         :   gttTGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAg
gi|33                         : ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG
gi|10                         : tttgttGAAGCAGACA-TCTGTATATTAGCGCATATGTTTTCAATA--AAGCCTAAAACGGTAGTTTACCATAATTC---TTTAAACACTTATACTTC--TTTTAAGAACCACGtttaata
gi|13                         :         AACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACTGTATTTGACCATAATAC-ATTTTTAACA-----ACTTCTTTTTTAAGTACCTCAT
gi|29                         :         AACAGG-----TTTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAACCGATATTTGACCATAATTG-AT
gi|24                         :            AGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCGTaccacgtaattaaagaatcacgt
gi|27                         :              ACA-TCTTTATATTAACGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTAATAGACAA-AATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTC
gi|26                         :               CA-TCTGTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCTTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCCCG
gi|28                         :               CA-TCTTTAAATTAGAGCATGAAATT-TAAGA--AAGTCTAAAACGGTATTTGACCTTAATTC-ATTTTTAAGA-----ACTTC--TTTTAAGTACTT
gi|31                         :                        gATTAGCGCATGTATTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTTG





Alignments
lowQualScore                  :             0    1   1          66666          11                       0     44         33333     11       1       
lowQualScore                  :             .    .   .          .....          ..                       .     ..         .....     ..       .       
lowQualScore                  :             1    3   0          55555          77                       1     99         33333     88       0       
consensus                     :       TGAAACGGACA-TCTNTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-NTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGNACCTCGT
Reference ( family-1454 )     :       TGAAACGGACA-TCTNTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-NTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGNACCTCGT
gi|1                          :       TGAAACAGACA-TCTGTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATATAAAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAAGTC-TTTGTTAACA-----ACTTC--TTTCAAGAACCTCGT
gi|10                         :   ttgttGAAGCAGACA-TCTGTATATTAGCGCATATGTTTTCAATA--AAGCCTAAAACGGTAGTTTACCATAATTC---TTTAAACACTTATACTTC--TTTTAAGAACCACG
gi|11                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGCATTTGACCAAAATCT-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGAACCTCGT
gi|12                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGTGTTTCTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCGT
gi|13                         :          AACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACTGTATTTGACCATAATAC-ATTTTTAACA-----ACTTCTTTTTTAAGTACCTCAT
gi|14                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|15                         :       TGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAACCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|16                         :  ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTTAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|17                         :  ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAACCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|18                         :  ttggtTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATGATTC-TTTTTTAACA-----ATTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|19                         :  ttgttTGAAACAAA-A-TCTTAATATAAGCGCATGTGTTTCTGATA--AAGCCTAAAATGATACTTGACCATAATTC-GTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCG
gi|2                          :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATTTGTTTTTAATA--AAGCCTAAGATGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACGTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|20                         :  ttgttTGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGTCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|21                         :       TGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATGATTC-TTTTTTAACA-----ATTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|22                         :     ttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGTG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|23                         :     ttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTCTTTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCG
gi|24                         :            ttGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCGT
gi|25                         :      aTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGA
gi|26                         :              ttCA-TCTGTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCTTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCCCG
gi|27                         :               ACA-TCTTTATATTAACGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTAATAGACAA-AATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTC
gi|28                         :                CA-TCTTTAAATTAGAGCATGAAATTT-AAGA--AAGTCTAAAACGGTATTTGACCTTAATTC-ATTTTTAAGA-----ACTTC--TTTTAAGTACTT
gi|29                         :                    gTTTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAACCGATATTTGACCATAATT
gi|3                          : aacaggTGAACCAAACA-TCATTACATTTGCGCATGCGTTTTCAATA--AAGCCTAAAACGGTAATTGACCAAAACCC-ATTTTTAAAA-----ACTTC--TTTTTAGTACCTCGgataccacgtaattaaagaatcacgt
gi|30                         :  ttgttTAAAACGGACA-TCTGTATATTAACG------TTTTTGATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC---TTTTAAGA-----ACCTC--
gi|31                         :                       gttATTAGCGCATGTATTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTTGg
gi|32                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAA
gi|33                         :  ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG--------TTTAATA--
gi|4                          : tttgttTGAAACAGACA-CCTTTATATTAGCGCAAGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|5                          :  ttgttTGAAAAAGACT-TCTGTACATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTTACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACTTC
gi|6                          :  ttgttTGAAACAGACA-TCTTTTTATTAGCGCATGTGTTTCTAATA--AAGCCTAAAACAGTATTTGACCATAATTC-ATTTTTAACA-----ACTTA--TTTTAAGTACTTCGT
gi|7                          :     ttTGAAACAGACA-TCTGTATATTAGCGGATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTC
gi|8                          :     ttTGAAATAGACA-TCTTTATATTAACGCTTGCGTTTTTAATA--AAGCTTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACATCGa
gi|9                          :     ttTGAAACAGACAATCTTTATATTAGCGCATGCATTTTTGATA--AAGCCTAAAACAGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACTTCG





Alignments
lowQualScore                  :             0    1   1          66666          11                       0     44         33333     11       1       
lowQualScore                  :             .    .   .          .....          ..                       .     ..         .....     ..       .       
lowQualScore                  :             1    3   0          55555          77                       1     99         33333     88       0       
consensus                     :       TGAAACGGACA-TCTNTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-NTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGNACCTCGT
Reference ( family-1454 )     :       TGAAACGGACA-TCTNTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-NTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGNACCTCGT
gi|1                          :       TGAAACAGACA-TCTGTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATATAAAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAAGTC-TTTGTTAACA-----ACTTC--TTTCAAGAACCTCGT
gi|10                         :   ttgttGAAGCAGACA-TCTGTATATTAGCGCATATGTTTTCAATA--AAGCCTAAAACGGTAGTTTACCATAATTC---TTTAAACACTTATACTTC--TTTTAAGAACCACG
gi|11                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGCATTTGACCAAAATCT-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGAACCTCGT
gi|12                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGTGTTTCTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCGT
gi|13                         :          AACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACTGTATTTGACCATAATAC-ATTTTTAACA-----ACTTCTTTTTTAAGTACCTCAT
gi|14                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|15                         :       TGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAACCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|16                         :  ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTTAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|17                         :  ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAACCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|18                         :  ttggtTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATGATTC-TTTTTTAACA-----ATTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|19                         :  ttgttTGAAACAAA-A-TCTTAATATAAGCGCATGTGTTTCTGATA--AAGCCTAAAATGATACTTGACCATAATTC-GTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCG
gi|2                          :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATTTGTTTTTAATA--AAGCCTAAGATGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACGTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|20                         :  ttgttTGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGTCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|21                         :       TGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATGATTC-TTTTTTAACA-----ATTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|22                         :     ttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGTG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|23                         :     ttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTCTTTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCG
gi|24                         :            ttGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCGT
gi|25                         :      aTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGA
gi|26                         :              ttCA-TCTGTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCTTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCCCG
gi|27                         :               ACA-TCTTTATATTAACGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTAATAGACAA-AATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTC
gi|28                         :                CA-TCTTTAAATTAGAGCATGAAATTT-AAGA--AAGTCTAAAACGGTATTTGACCTTAATTC-ATTTTTAAGA-----ACTTC--TTTTAAGTACTT
gi|29                         :                    gTTTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAACCGATATTTGACCATAATT
gi|3                          : aacaggTGAACCAAACA-TCATTACATTTGCGCATGCGTTTTCAATA--AAGCCTAAAACGGTAATTGACCAAAACCC-ATTTTTAAAA-----ACTTC--TTTTTAGTACCTCGgataccacgtaattaaagaatcacgt
gi|30                         :  ttgttTAAAACGGACA-TCTGTATATTAACG------TTTTTGATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC---TTTTAAGA-----ACCTC--
gi|31                         :                       gttATTAGCGCATGTATTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTTGg
gi|32                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAA
gi|33                         :  ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG--------TTTAATA--
gi|4                          : tttgttTGAAACAGACA-CCTTTATATTAGCGCAAGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|5                          :  ttgttTGAAAAAGACT-TCTGTACATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTTACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACTTC
gi|6                          :  ttgttTGAAACAGACA-TCTTTTTATTAGCGCATGTGTTTCTAATA--AAGCCTAAAACAGTATTTGACCATAATTC-ATTTTTAACA-----ACTTA--TTTTAAGTACTTCGT
gi|7                          :     ttTGAAACAGACA-TCTGTATATTAGCGGATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTC
gi|8                          :     ttTGAAATAGACA-TCTTTATATTAACGCTTGCGTTTTTAATA--AAGCTTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACATCGa
gi|9                          :     ttTGAAACAGACAATCTTTATATTAGCGCATGCATTTTTGATA--AAGCCTAAAACAGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACTTCG


blockSeqs                     :                  A   G          CATAT          .                              TT         CTTAT     TT       A
blockSeqs                     :                  .   T          CATGC          .                              A          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   T          CATGT          .                              A          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          CATGT          .                              A          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          CATGC          .                              A          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   G          CATGT          .                              T          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   G          CATTT          .                              T          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   G          CATGC          .                              T          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   G          CATGC          .                              T          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   T          CATGT          .                              G          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          CATGC          .                              A          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          CATGA          .                              A          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   G          CATGT          .                              T          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   G          CATGC          .                              T          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   G          CATGT          .                              A          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   T          CATGC          .                              T          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   G          CAAGC          .                              T          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   G          CATGC          .                              A          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   T          CATGT          .                              A          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          GATGT          .                              A          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          CTTGC          .                              T          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          CATGC          .                              A          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   G          .              .                              T          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          .              .                              A          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   G          .              .                              T          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          .              .                              A          .         .        A
blockSeqs                     :                  .   G          .              .                              A          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   T          .              .                              .          .         .        T
blockSeqs                     :                  .   G          .              .                              .          .         .         
blockSeqs                     :                  .   T          .              .                                                             
blockSeqs                     :                      T          .              .                                                             
blockSeqs                     :                                 .              .                                                             


blockSeqCons                  :                                                **
originalCons                  :       TGAAACGGACA-TCTNTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-NTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGNACCTCGT
finalCons                     :       TGAAACGGACA-TCTNTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-NTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGNACCTCGT





Alignments
lowQualScore                  :             0    1   1          66666          11                       0     44         33333     11       1       
lowQualScore                  :             .    .   .          .....          ..                       .     ..         .....     ..       .       
lowQualScore                  :             1    3   0          55555          77                       1     99         33333     88       0       
consensus                     :       TGAAACGGACA-TCTNTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-NTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGNACCTCGT
Reference ( family-1454 )     :       TGAAACGGACA-TCTNTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-NTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGNACCTCGT
gi|1                          :       TGAAACAGACA-TCTGTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATATAAAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAAGTC-TTTGTTAACA-----ACTTC--TTTCAAGAACCTCGT
gi|10                         :   ttgttGAAGCAGACA-TCTGTATATTAGCGCATATGTTTTCAATA--AAGCCTAAAACGGTAGTTTACCATAATTC---TTTAAACACTTATACTTC--TTTTAAGAACCACG
gi|11                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGCATTTGACCAAAATCT-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGAACCTCGT
gi|12                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGTGTTTCTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCGT
gi|13                         :          AACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACTGTATTTGACCATAATAC-ATTTTTAACA-----ACTTCTTTTTTAAGTACCTCAT
gi|14                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|15                         :       TGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAACCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|16                         :  ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTTAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|17                         :  ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAACCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|18                         :  ttggtTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATGATTC-TTTTTTAACA-----ATTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|19                         :  ttgttTGAAACAAA-A-TCTTAATATAAGCGCATGTGTTTCTGATA--AAGCCTAAAATGATACTTGACCATAATTC-GTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCG
gi|2                          :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATTTGTTTTTAATA--AAGCCTAAGATGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACGTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|20                         :  ttgttTGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGTCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|21                         :       TGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATGATTC-TTTTTTAACA-----ATTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|22                         :     ttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGTG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCGT
gi|23                         :     ttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTCTTTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTCG
gi|24                         :            ttGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACCTCGT
gi|25                         :      aTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG------TTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGA
gi|26                         :              ttCA-TCTGTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCTTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCCCG
gi|27                         :               ACA-TCTTTATATTAACGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTAATAGACAA-AATCC-A-TTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTC
gi|28                         :                CA-TCTTTAAATTAGAGCATGAAATTT-AAGA--AAGTCTAAAACGGTATTTGACCTTAATTC-ATTTTTAAGA-----ACTTC--TTTTAAGTACTT
gi|29                         :                    gTTTATATTAGCGCATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAACCGATATTTGACCATAATT
gi|3                          : aacaggTGAACCAAACA-TCATTACATTTGCGCATGCGTTTTCAATA--AAGCCTAAAACGGTAATTGACCAAAACCC-ATTTTTAAAA-----ACTTC--TTTTTAGTACCTCGgataccacgtaattaaagaatcacgt
gi|30                         :  ttgttTAAAACGGACA-TCTGTATATTAACG------TTTTTGATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC---TTTTAAGA-----ACCTC--
gi|31                         :                       gttATTAGCGCATGTATTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTTGg
gi|32                         :       TGAAACAGACA-TCTTTATATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAA
gi|33                         :  ttgttTGAAACGGACA-TCTGTATATTAGCG--------TTTAATA--
gi|4                          : tttgttTGAAACAGACA-CCTTTATATTAGCGCAAGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTAAAGTACCTCG
gi|5                          :  ttgttTGAAAAAGACT-TCTGTACATTAGCGCATGCGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTTACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACTTC
gi|6                          :  ttgttTGAAACAGACA-TCTTTTTATTAGCGCATGTGTTTCTAATA--AAGCCTAAAACAGTATTTGACCATAATTC-ATTTTTAACA-----ACTTA--TTTTAAGTACTTCGT
gi|7                          :     ttTGAAACAGACA-TCTGTATATTAGCGGATGTGTTTTTAATA--AAGCCTAAAACGGTATTTGACCATAATTC-TTTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGAACCTC
gi|8                          :     ttTGAAATAGACA-TCTTTATATTAACGCTTGCGTTTTTAATA--AAGCTTAAAACGGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACATCGa
gi|9                          :     ttTGAAACAGACAATCTTTATATTAGCGCATGCATTTTTGATA--AAGCCTAAAACAGTATTTGACCAAAATCC-ATTTTTAACA-----ACTTC--TTTTAAGTACTTCG