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gi|25                         :                                                                                                                                                                                                      ttaaattcatccaacttttgactttaagaaca-A--------GACTCAGA-CTC-A-AAA-T-----------------T---AT-G-CAATATG---CATT--AA-AA-----------C----AC--T---TTGTTA----------------AA----AC--------A--A-ATTGACA-TC-A-TTTTCTGTCCCCCCACCCTCACTC---CA-AA---A-AAAA--A-AGTCCACAG-TTCCAATGTT-A------C-ATTATCAGAAGGT-ATC--T-----A-----AAA---A--TATGTT---C-----------A--------ACA---A--T-TAAA-CG--T-T-T-G-C-AAT------T-----AA--A---------------------------------A-CG---------T-A-------T---------C--T-AA---A------A---A--T-CGACAAGTT---G----A-GTT--G-G-AGT--CTAGA--CTacagtttttctga
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Reference ( family-1412 )     :                                                                                                                            TATTCATCAAAGTTT--TGAG--------TC--TA--AAN-C-TCA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AATNAA----C--A-ACATTTTC----------------C----T-AC----A-AAAA-----C-AA---T-C---AATTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--AA-A--AA----AT-T----G-CA-TT---T-N--T----AA--------C------TAA-A--------T--A----T--T-TTGCT-A---TT--T--AA---A----A---GT-NT-T----AAAT---T-GGCA-ATTCTNAG-T-TTG---------A--GTC-T-GGG-T--TTT-AGAC--TCA-------A-ANGTTTGA--TGAAT
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gi|25                         :                                                                                                                                                                 agacgtaaA--------GACTCAGA-CTCA-AAAT--------------T--A--T-GC-AATATG---CATT-A-AAA--------------C----A----------C--T---T-TGTTAA--A------A-CA----AATTGA----C--A-TCATTTTCTGTCCCCCCACCCTCAC----T-CC----A-AAAA-----A-AAAAGT-CCACAGTTCCAATGTT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--G---G-TAT-C--TA-A--AA----AT---------A-TG---T-T--C----AA--------CAAT---TAA-A--------C--G-------T-TTGCA-A---TT--A--AA---A----C---GT-AT-CTAA-AAAT---C-GACA-AGT-TGAG-T-TGG---------A--GTC-T-AGc
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gi|27                         :                                                                                                                                                                 ctaaattaatttaatacgtCTAAGA-CTAG-AAAT-TT--CA--A--AAT--T--T-GT-AATTAG---CATT-A-AAA-----------A--CCAAAA----------A--TA--TGT--TAC--A------A-GA----AATTAA----TTAA-AAACTT---------------------------------AAAA-----T-AA-----C---AAATTCAATGAT-A------C--T---T-TA-------A---T--A-A--A---ACTAT-C--TC-A--AA----AT-C----A-CA-TTTTAT-T--T----AA--------T------CAA-A--------T--G----T--T-----------TT--T--AC---A----A---AT-CT----------------GCA-GTTTATAG-T-TTA---------A----------G-T--TTT-AGGT--TCA-------A-AAGTTTTA--TGAAT
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gi|35                         :                                                                                                                                                                             acttcatccgAAA-CTGA-ACAT-TT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-T-AAA--------------C----A----------A--T---T-T--TAC--A------C-AA----AA--AA----A--A-ACATTTTC----------------T----T-AC----A-AAAA-----T-AA---T-C---AATTTAAATGAA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A--A--------------------T----G-TA-TTC--T-G--T----TA--------T------TAA-A-----------A----T--T-----T-A---TT--C--AA---A----A---GT-C----------------GACA-ATTCTGAG-T-TTC---------A--GTC-T-GGA-T--TTT-A-------------------ATTTGA--TGAATct
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gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                         -GT-AATTTG---CAT--A-AAA-----------A--A----A----------A--T---T-T---AC--A------A-GA----A-TTAA----C--A--TATTTTC----------------T----T-GC----A-AAAA-----C-AG---T-A---AATTTTAATGTA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-A--TA-A--AA----ATAT----A-TG-TT---TAG--T----AA--------C------TAA-A--------C-------C--T-TTGCT-A---TG--A--AA---T----A---AT-AT-T----AAA---------A------GAG---TTG---------A--GT--------T--TCT-AGAC--TCA-------G-ATATctta
gi|43                         :                                                                                                                             ATTCATCAAACTTC--TTTG--------TC--AA--AAA-T-TC------------TTAAA-CTCA-AAAT-AT--GA--AT-GTT--T--T-AT-TATTTA---CATT---AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAT--A------A-TA----AATTAA----C--A-TCATTTGC----------------T----G-GCA---A-AAAA-----C-AG---T-C---AATTCCACTTTT-A------C--AATGT-CAAC-----A---A--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----a
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cttaa----A-AAAA-----CTCA---TAC---AATTTCACTGAT-A------A--A---T-TATC-----A---A--A-A--G---A-TAT-C--TA-A--AATATGAT-T---------TT---T-A--T----AA--------C------TTA-A--------T-------T--T-TTGCT-A---TT-----AA---ATTCTA---TT-TT-G----AAAT---C-GGCA-ATTTCGAG-T-TTG---------A--GTC-T-GAT-T--TTT-AGAC--TCA-------A-AACTGTGA--TGAcataat
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgcg-GA----ACTCAA----C--A-ACATTTTC----------------T----A-GC----A-AATA-----T-AG---A-T---GATTGCAATGTT-A------C--A---C-TAGC-----A---G--ATG--A---A-TGT------------------------G-T--TT---T-A--T----GA--------C------TAA-G-----------A----C--T-T-GCT-A---TT--T-------------------CTGT----AAAT---C-GACA-----T----T-TTG---------A--GTT-A-GGG-T--CTG-AG-CTTTTA-------A-AAGTTTCG--TGAAT
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gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cttaaatccgaA-TC---T-G--A----AA--------C------TAA-A--------C--G----CCGT-CTGCT-A---TA--A--AA---T----A---AT-AT-TTAA-AAAT---T-GACA-G------G-T-TTG---------A--GTC-T-AAG-T--TTTTAGAC--ACA-------A-ACATTTTA--TGAATggtttgagtctaagtttttagacacaaacattttatgaatt
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gi|50                         :                                                                                                                         ctgaATTCATCAGACTTT--TGAG--------TC--TC--AAA-A-TCA--------GACTCAAA-TTCA-AACT-C------------------------GTTTG---ACTT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AATTAA----C--A-AGGTTTTC----------------T----T-GC----A-AAAA-----C-AG---T-C---CATGTTAATGTG-A------C--A---T-TATtt
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cttaT-T----AAAA---T-GACG-ATTTTAAG-T-TTG---------A--CTC-C-GAG-C--TTT-AGCC--TCT-------A-ACGTTTGG--TGAGTg
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  atactttaactgaaacaaaaaaaaaacattaacataattacagtgccg---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-CT-AA-A--AA----AA-T----G-T--TT---C-A--T----GA--------C------TAA-A--------C-------C--T-TTGCC-A---AT--A--GA---T----A---TT-AT-TTAC-AAAT---T-GGCA-GTTTTGAG-T-TTG---------A--ATC-T-GAG-t
gi|57                         :                                                                                                                                              GAG--------TC--TG--AA--C-TCA---------ACTTGGA-CTCG-TTAT-TT--TC--A--AAT--T--T-GT-AATTTC---CATT-T-TGA-----------A--T----A----------A--T---T-T--AAC--A------A-GA----AATTAA----C--A------TTC----------------C----T-GC----A-AAAA-----acttt
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10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1412 )     :                                                                                                                           TATTCATCAAANTTT--TGAG--------TC--TA--AAN-C-TCA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----C--A-ACATTTTC----------------C----TGC--A-AAAA-----C-AA---T-C---AATTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--AA-A--AA----AT-T----G-C---------A-T-T---T-NT----AAC------TAA-AT--------A----T--T-TTGC--TATTNAAAA--GTA--TTT--A-AA-A-T---CGGCAATTTTGAG-TTTG---------A--GTC-T-GGG-T--TTTAGACTCA-------A-ANGTTTGA--TGAAT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tttaaAA----C--A-A-AGTTTC----------------A----AAC--A-GAAA-----C-AC---T-C---AATTTCAAT--------------------TACC-----A---G--A-A--ATA-A-TAT-T--AA-A--AA------------G-C---------A-C-T---T-TT----AAC------TAA-CA--------A----T--T-TTGC--TGTTAAAAA--GTA--TTT--ACAA-A-T---TGACAATTCCTAG-TTTA---------A--GTC-T-TGG-T--TTTAGA--CA-------A-ATATATAA--TGAAt
gi|16                         :                                               caaattcacattattgtaatttaaatgttagttgctttaaataaaagtcctgggccctataaatcaaactaaaaaagATTCATCCAACGTT--TGAACCAAAAAATC--TA--AAT-A-TTA--------CACTCAAA-CTCA-AATT-CT--GC--A--ATT--T--T-GT-AA-TTG---CATT-A-AAA-----------A-------A----------ATTT---T-T--TAC--C------A-GC----AAT-TAG----C--A-ATATTTTC----------------T----TATAAA-AAAA-----C-AG---C-C---AATTTGAAT-ATAA------C--A---C-TATC-----C---A--T-A--A---A-TAT------------------------------------------------------C------TAA-AC-------------T--T-TTGC--TATT-------GTT--TTTA-A-AA-A-T---TGAGGATTTTGAG-TTTG---------A--ATctta
gi|17                         :                                                                                                                                ttaaAAATTTGCTGAG--------TA--TA--AAA-TGTCA-----------------CTCA-AAAT-TT--GA--A--ATT--T--T-GTTAATTTC---TGTT-A-AAA-----------T--C----A----------A--T---T-G--TAC--A------A-CA----AAT-TAATGTAC--A-ACATTTTC----------------C----TTC--A-AACA-----T-AA---T-A---AATTACAATGAT-A---------------TATC-----A---G--A-A--A---G-TAT-A--AA-A--AA----AT-C----A-C---------A-A-T---T-TT----GTC------TAA-AT--------A----T--T-TTGC--TATTAAAAA--GTA--TTT--------------------TTT-AG-TTCG---------A--GCC-G-GGG-C--TTTAGACTCA-------A-AAGTTTGC--TGAATtatcagtttggtgagtttaa
gi|18                         :                                                                                                                          ctATTCATCAAACTTT--TGAG--------TT--TT--AAT-A-TCA--------GACTCAGA-CTAA-ATAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CCTT---AGC-----------A--C----A----------A--TCAGT-T--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----C----ATGTTTTT----------------TTTTGTGC--A-AAAC-----C-AG---T-C---AATTTCAGTGTT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAC-C--TA-A--AA-------T----G-C-----------------------------------------------------T--T-TTGC--TATTAAATA--GTA--TTTAAA-AA-A-T---CGACAATTTTGAG-T-------------------------T--TTTAAACTCA-------A-AAGTtt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                       taaaTCA-ATAT-CT--GA--A--ACT--T--T-GT-ACTTTG---CTTT-A-AAA--------------C----A----------A--T---T-T--AAC--A------T-AT----ATT-TAA----C--A-ACATTTGC----------------T----TGC--A-ACAA-----C-AA---T-C---AATGTCAATG-T-G------A--A---T-TATC-----T---C--T-T--A---A-TAT-C--AATA--AA----AA-C----A-T---------A-T-TATAT-AT----AGT------TAATAT--------A----T--TATTGCATTAATAAATA--ATA--TTT--AGAA-A-T---CTGTAATTCTGAA-TTTG---------A--GTC-T-GTG-A--TTAAGACTCA-------A-AAGTATGA--
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gi|26                         :                                                                                                                                                                   -C-TCA--------GACTCAAA-CTAT-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--TTGT-ATTTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T----------------------G----------AA----C--A-ATATTTTA----------------C----TAT----AAAA-----C-AA---T-G---AATTTCAATAAC-A------T------T-TATCCAT--A---GTCA-A--A---A-TATAT--AA-T--AA----AA-T----G-C---------A-T-T---T-TTA---AAC------TAA-AT--------A----C--T-TCAC--TTTTAAAAT--GTA--TTTA-A-AA-A-T---TGGCCATTact
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gi|33                         :                                                                                                                                                                                           TCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---TATT-A-AA--------------------A----------T--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAT--------G--A-ACATTTTT----------------C----AAC--A-AAAA-----C-AA---T-A---AATTTCAAT-AT-----------------------------------A--A---A-TA---------------------------C---------A-T-T---T-TT----ATC------TAA-AT--------A----T--T-TCGC--AATTA----------------A-AA-A-T---TGGCAATTCTGAG-TTTA---------A--GTC-T-GGA-T--TTTAGACTAA-------A-AATATTGA--CAAAT
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gi|35                         :                                                                                                                                                                            acttcatccgAAA-CTGA-ACAT-TT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-T-AAA--------------C----A----------A--T---T-T--TAC--A------C-AA----AA---AA----A--A-ACATTTTC----------------T----TAC--A-AAAA-----T-AA---T-C---AATTTAAATGAA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A--AT-----------------------------------------------------------------GT--------A----T--T-CTGT--TATTAAAAT--TTA--TTC--A-AA-AGT---CGACAATTCTGAG-TTTC---------A--GTC-T-GGA-T--TTTA-----------------ATTTGA--TGAATct
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gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ---CGGCAGTGCTGAG-TTCG---------A--GTC-A-GAG-T--TATAGATTCA-------A-ATGTTTGA--TAAccggcagtgctgagttcgagtcagagttatagattcaaatgtttgataa
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gi|4                          :                                                                                                                       atgtaATTCAT-AAATTTT--TTAG--------TC--TT--AAA-C-TTT--------GACTCAAA-TTCA-AAAT-CT--GA--A--ATA--TAAT-AT-AATTTA---CACC-A-AAA-----------A--T----A----------A--T---C-T--TAC--A------A-GA----AAT-TTA----C--A-ACATGTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----T-TG---T-C---AATTTTAATGTT-A------A--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----ATAT----G-T---------A---T---T-AT----AAC------TAA-AT-------------T--T-TTGT--TATTAGATG--ATA--TTTA-A-AA-A-T---CAACAACTTTGA
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gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AG-TTTG---------A--GTA-T-TGA-T--TTTAGACTAA-------A-ATGTTTGA--TGAagtttgagtattgattttagactaaaatgtttgatgactta
gi|42                         :                                                                                   tcagactcaaatttaaaatctgaaatattatcatttgcatttaaaacaatttggcaaaaatatttcctacagaaacaattaatttcaatgattcattttcagaaaatataaagtaatacattttaaaaatctt-GT-AATTTG---CAT--A-AAA-----------A--A----A----------A--T---T-T---AC--A------A-GA----A-T-TAA----C--A--TATTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-A---AATTTTAATGTA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-A--TA-A--AA----ATAT----A-T---------G-T-T---TAGT----AAC------TAA-AC-------------C--T-TTGC--TATGAAATA--ATA---TT--A-AA-A---------------GAG--TTG---------A--GT--------T--TCTAGACTCA-------G-ATATctta
gi|43                         :                                                                                                                            ATTCATCAAACTTC--TTTG--------TC--AA--AAA-T-TC------------TTAAA-CTCA-AAAT-AT--GA--AT-GTT--T--T-AT-TATTTA---CATT---AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAT--A------A-TA----AAT-TAA----C--A-TCATTTGC----------------T----GGCA-A-AAAA-----C-AG---T-C---AATTCCACTTTT-A------C--AATGT-CAAC-----A---A--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----a
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gi|61                         :                                                                                                                       aacctATTCATCAATATTT--TGAGG-------TT--TA--GAT---TGA--------GCCTTAAA-CTCA-AAAT-GTCAAA--A--ATT--T--C-A--GATTCA---AATT-A-Atgtcaaaaatttcagattcaaattaa
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gi|66                         :                                                                                                                                                                   cttaaA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ACT--T--T-GT-AATT
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9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1412 )     :                                                                                                                           TATTCATCAAANTTT--TGAG--------TC--TA--AAN-C-TCA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----C--A-ACATTTTC----------------C----TGC--A-AAAA-----C-AA---T-C---AATTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--AA-A--AA----AT-T----G-C---------A-T-T---T-NT----AAC------TAA-AT--------A----T--T-TTGC--TATT--AAAAAGTA--TTT--A-AA-A-T---CGGCAATTTTGAG-TTTG---------A--GTC-T-GGG-T--TTTAGACTCA-------A-ANGTTTGA--TGAAT
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gi|21                         :                                                                                                                        tttaATTCATCAATGTTT--TGAT--------TC--CA--TAT-C-TCA--------GACGCAAA-CTCA-AAAT-TT---A--A--ATT--T--T-CA-AATTTA---AAGT-A-ATA-----------A--C----A----------C--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAT-TAC----C--A-ATATCTTC----------------A----TGC--A-AAAA-----C--A---T-C---CATTTCAATGAT-A------C--A---T-AATC-----A---G--A-A--A---A--------AA-A--AA-------T----A-C---------ATT-T---T-AC----AAC------TGA-GT--------C----G--T-TTAC--T--------CAGTC--TTT--A-AA-A-A---CAATAATTTTGAG-TTTA---------A--GT-----GT-T--TTTAAAt
gi|22                         :                                                                                                                                                                taa-C-TCA--------GACTCAAA-CTAT-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--T-GT-ATTTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T----------------------G----------AA----C--A-ATATTTTA----------------C----TAT--A-AAAA-----C-AA---C-G---AATTTTAATAAC-ATTTACCC--A---T-AGTC-----A---A--A-A--T---A-TAT-A--AT-A--AA----A--T----G-C---------A-T-T---T-TTA---AAC------TAA-AT--------A----T--T-TCAC--TTTT--AAAATGTA--TTTA-A-AA-A-T---TGGCCATTC---------------------ATC-T-GCG-T--TTTAGA
gi|23                         :                                                                                                                                       ggacctaaattaatttaatacgt--AAT-A-TCA--------GACTCGAA-CTCA-AAAT-TT--GA--A--CTT--T--T-GT-AATTCG---AATT-A-AAA--------------C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GT----ATT-TAA----C--A-ACATTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-TG---T-C---AATTTTAATGTT-A------C--A---T-AGTC-----A---G--A-A--A---C-TAT-C--AA-A--AG----ATAT----G-C-----------T-T---T-AT----TAC------AAA-AC-------------T--T-TGGC--TATC--AAATAGTA--TCT--A-AA-A-T---TAGCATTTTTGAG-TTTG---------A--GTC-T-GGG-T--TTTA
gi|24                         :                                                                                                                        tcatATTCAT-AAAGTGT--TGCC--------GC--TA--AA--C-TCA--------GATTCAATTCTCA-A----TT--GA--C--AAT--T--T-GT-AATTTG---CAT--A-AAA-----------A--C----A----------A--T---G-T--TAC--A----------------T-GAA----C--A-GCGTTTTC----------------A----TAC--A-AGAT-----C-AG---T-C---AATATCAATGAT-A------C--A---G-TATC-----A---G--A-A--T---A-TTT-C--AA-A--GA----AT-A----G-C---------A-T-T---G-A---------------------------------------------ATT--AAAA--------T--A-AA-A-----CGGCAGTTCTGAG-TTTG---------AACACT-T-GGA-TAACTTAAACTCtgaa
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gi|26                         :                                                                                                                                                                   -C-TCA--------GACTCAAA-CTAT-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--TTGT-ATTTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T----------------------G----------AA----C--A-ATATTTTA----------------C----TAT----AAAA-----C-AA---T-G---AATTTCAATAAC-A------T------T-TATCCAT--A---GTCA-A--A---A-TATAT--AA-T--AA----AA-T----G-C---------A-T-T---T-TTA---AAC------TAA-AT--------A----C--T-TCAC--TTTT--AAAATGTA--TTTA-A-AA-A-T---TGGCCATTact
gi|27                         :                                                                                                                                                                ctaaattaatttaatacgtCTAAGA-CTAG-AAAT-TT--CA--A--AAT--T--T-GT-AATTAG---CATT-A-AAA-----------A--CCAAAA----------A--TA--TGT--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----TTAA-AAACTT------------------------------AAAA-----T-AA-----C---AAATTCAATGAT-A------C--T---T-TA-------A---T--A-A--A---ACTAT-C--TC-A--AA----AT-C----A-C---------A-T-T---T---------------------T--------A----T--T-------TAAT--CAAATGTT--TTT--ACAA-A-T---CTGCAGTTTATAG-TTTA---------A----------G-T--TTTAGGTTCA-------A-AAGTTTTA--TGAATcatctttgttttaga
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gi|3                          :                                                                                                                       atagatgctgtacctaTTT--TGAG--------TA--TA--AAA-A-TCA--------TATTCGGA-CTTC-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT---AGT-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GACAAGAAC-TAA----A--A-ACATTTTC----------------T----GGC--A-AAAA-----C-AG---T-C---AATTGCAATGTT-A------C--A---T-CATCG----G---G--A-A--A---A-AAT-C--TA-A--AA----AA-T----A-T---------A-T-T---TGAT----AAC------TAA-AT--------A-------T-TTGC--CA----AGATAATT--TTA--A-AA-A-T---CATCAATTTTGAG-TTTG---------A--GTT-TCGAGTT--TTTAGACTCA-------A-AAGTTCCA--TGAatgaatctaagccacaaattt
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gi|31                         :                                                                                                                           tATTCATCAA-GTTT--TAAG--------TA--TA--AAA-A-ACA--------TACACAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--AGAA---------GA-AAAT-G---CATT-A-AAA-----------T--C----A----------A--T---T-T--TGC--A------T-GA----AAA-TGA----T--A-ACATTCTCTA--------------C----CCC--A-AAAAG----C-AG---T-C---AATTTCAAT-ATAA------C--A---A-TATC-----A---G--A-A--A---A-TGT-T--AG-A--AA----ATAT----G-T-----------T-T---T-AT----AAC------TAA-A---------G----G--T-TTGC--TATT--ATACAGTA--TTT--A-gaat
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gi|37                         :                                                                                                                                                                                         -CTAA-AAAT-CA--GA--A--ATT--G--T-GT-TATTCG---CACC-A-AAA-----------A--C----ATTTTATTTAAA--T---T-T--TAT--A--------GA----AAT-TGA----C--T-TTTTTTTT----------------C----TTA--C-AAAA-----C-AA---T-A---AATTTCAATGAT-A------T--A---T-TTTC-----A---G-----------------------A--AA----AT-T----A-C---------ATT-T---T-AC----AAC------TAA-AT--------AT---T--T-TTGC--TTTT--AGAACGTA--TCT--A-AA-G-T---CTA-AATTTTGAG-TTTta
gi|38                         :                                                                                                                                 TCAAAGTGT--TGAG--------TC--TA--AAT-C-TCA-------------AGA-TTCA-AATT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-TATTTG---CATT-A-AAA-----------T--C----A----------A--T---T-C--TAA--A------A-GA----AAT-CAA----C--A-TCATTTTC----------------C----TAT--A-TAAA-----C-AA---T-C---AGTTTCAATTAT-A------C--A---T-TGTC-----A---G--A-A--A---A-TAT-T--TA-A--Atatgtttaaacata
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ---CGGCAGTGCTGAG-TTCG---------A--GTC-A-GAG-T--TATAGATTCA-------A-ATGTTTGA--TAAccggcagtgctgagttcgagtcagagttatagattcaaatgtttgataa
gi|39                         : tcaaagtgttgagtctaaatctcaagattcaaattctgaaattttgttatttgcattaaaatcaattctaaaagaaatcaacatcattttcctatataaacaatcagtttcaattatacattgtcagaaaatatttaaacGAG--------TC--TA--TTA-T-TCA--------GACTAAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--GTT--T--T-AT-GATTTG---CATT-A-AAA-----------A--T----A----------A--T---A-T--TAC--A------T-GA----AAT-GAA----T--A-CTATTTTC----------------C----AAC--A-AAAA-----C-GA---T-C---ACTTTTATTGAA-A------A--A---G-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--AA-A--AA----AT-T----T-C---------A-T-T---T-TT----AAT------TGA-AT--------A----A--T-TTGT--TATT--AAAAAGTA--TTT--A-AA-
gi|4                          :                                                                                                                       atgtaATTCAT-AAATTTT--TTAG--------TC--TT--AAA-C-TTT--------GACTCAAA-TTCA-AAAT-CT--GA--A--ATA--TAAT-AT-AATTTA---CACC-A-AAA-----------A--T----A----------A--T---C-T--TAC--A------A-GA----AAT-TTA----C--A-ACATGTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----T-TG---T-C---AATTTTAATGTT-A------A--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----ATAT----G-T---------A---T---T-AT----AAC------TAA-AT-------------T--T-TTGT--TATT--AGATGATA--TTTA-A-AA-A-T---CAACAACTTTGA
gi|40                         :                                                                                                                                                                 ttaa-TCA--------GACTCAAA-TTTA-AAAT-CT--GA--A--ATA--T--T-AT-CATTTG---CATT-T-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--GGC--A------A-AA----A---TA--------------TTTC----------------C----TAC--A-GAAA-----C-AA---T-T---AATTTCAATGAT-T------C--A---T-TTTC-----A---G--A-A--A---A-TAT-A--AA-G--TA----A--T----A-C---------A-T-T---T--T----AA--------AA-AT--------C----T--T-ctgtatacttttagatatttttatgaaatt
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AG-TTTG---------A--GTA-T-TGA-T--TTTAGACTAA-------A-ATGTTTGA--TGAagtttgagtattgattttagactaaaatgtttgatgactta
gi|42                         :                                                                                   tcagactcaaatttaaaatctgaaatattatcatttgcatttaaaacaatttggcaaaaatatttcctacagaaacaattaatttcaatgattcattttcagaaaatataaagtaatacattttaaaaatctt-GT-AATTTG---CAT--A-AAA-----------A--A----A----------A--T---T-T---AC--A------A-GA----A-T-TAA----C--A--TATTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-A---AATTTTAATGTA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-A--TA-A--AA----ATAT----A-T---------G-T-T---TAGT----AAC------TAA-AC-------------C--T-TTGC--TATG--AAATAATA---TT--A-AA-A---------------GAG--TTG---------A--GT--------T--TCTAGACTCA-------G-ATATctta
gi|43                         :                                                                                                                            ATTCATCAAACTTC--TTTG--------TC--AA--AAA-T-TC------------TTAAA-CTCA-AAAT-AT--GA--AT-GTT--T--T-AT-TATTTA---CATT---AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAT--A------A-TA----AAT-TAA----C--A-TCATTTGC----------------T----GGCA-A-AAAA-----C-AG---T-C---AATTCCACTTTT-A------C--AATGT-CAAC-----A---A--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----a
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cttaa----TGCG-A-AAAA-----CTCA---TAC---AATTTCACTGAT-A------A--A---T-TATC-----A---A--A-A--G---A-TAT-C--TA-A--AATATGAT-T------------------T-T---T-AT----AAC------TTA-AT-------------T--T-TTGC--TATT--AAATTCTA--TTTT-G-AA-A-T---CGGCAATTTCGAG-TTTG---------A--GTC-T-GAT-T--TTTAGACTCA-------A-AACTGTGA--TGAcataat
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -GA----ACT-CAA----C--A-ACATTTTC----------------T----AGC--A-AATA-----T-AG---A-T---GATTGCAATGTT-A------C--A---C-TAGC-----A---G--ATG--A---A-TG--------------------T----G-T-----------T-T---T-AT----GAC------TAA-G---------A-------C-TTGC--TATT--------TC--TGT----AA-A-T---CGAC-ATTTTGAG-TTAG---------G--GTC-T-GAG-C--TT-----TTA-------A-AAGTTTCG--TGAAT
gi|46                         :                                                                                                                      agactcATTCATCA--TTTT--TTAG--------TC--TA--AAT-A-TCA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--GTT--T--T-GT-AATTTG---CAC--A-CAC-----------A--C----G----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAC-TGA----C--A-ATACTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-T---ATTTTAAATATT-A------T--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAt
gi|47                         :                                                                                                                                                                                         caaCA-AAA--CT--GA--A--CTT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAT-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----TTT-GGA----C--A-ACATTTCA----------------C----TGC--A-AAAAAAACCC-AA---T-A---AATTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---T--A-A--A---A-T-T-T--AA-A--
gi|48                         :                                                                                                        acctgaattcattcaagtattgggtcCAAACGTT--TAAG--------TAAATA--AA----TCA--------GGCTCAAA-CTCA-TAAT-CT--GA--A--ACTAAA--C-GC-CGTCTG---C--T-ATAAA-----------A--T----A----------A--TA--T-T--T-----------A-AA----AAT-TGA----C--A-
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cttaaatccga---------A-T-C---T-GA----AAC------TAA-AC--------G----CCGT-CTGC--TATA--AAATAATA--TTT--A-AA-AAT---TGACAGGTTTGAG-TCTA---------A--GT--------T--TTTAGACACA-------A-ACATTTTA--TGAATggtttgagtctaagtttttagacacaaacattttatgaatt
gi|49                         :                                                                                                                                            cttaaatccgacaaacgtttaagtaaataaatcaggctcaaactcataCA-AAAT-CT--GT--A--AAT--T--T-GT-TCTTTG---CATT-A-AAA-------------------A----------A--TTG-T-T--TAC--AAGTCTTA-GA----AAT-GAA----C--A-GTATTTTC----------------G----T------ATAA-----C-AA--------------CAATGAT-A------C--A---T-TGCC-----A---G--A-A--A---A-TAT----AA-A--G---------------------------------T-AT----AAC-------AA-------------------T-TTGC--TATT---ACAAGTA--CTT--t
gi|5                          :                                                                                                                            ATTCATCA--GTGT--TGAG--------AC--TT--CAA-C-TCT--------GACTCAAT-TTCA-AA-T-AT--GA--A--CTT--C--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAA-----------T--C----A----------A--T---T-T--TAT--A------A-GA----AAT-AAA----C--A-ACAATTTC----------------A----TAT--A-AAAA-----C-AA---T-C---AGTTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--AAC-A-TAT-G--AA-AAGAA----AT------------------A-A-T---T-TT----AAC------T-A-AT--------A----T--T-TTGC--TATT--AAAAA-------T--G-A----------GTAATTCTGAG-TTTG---------A--GTC-A-GGG-T--TTTAGACTCA-------A-ATGTTTGA--TGAAT
gi|50                         :                                                                                                                        ctgaATTCATCAGACTTT--TGAG--------TC--TC--AAA-A-TCA--------GACTCAAA-TTCA-AACT-C------------------------GTTTG---ACTT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----C--A-AGGTTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-C---CATGTTAATGTG-A------C--A---T-TATtt
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9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1412 )     :                                                                                                                           TATTCATCAAANTTT--TGAG--------TC--TA--AAN-C-TCA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----C--A-ACATTTTC----------------C----TGC--A-AAAA-----C-AA---T-C---AATTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--AA-A--AA----AT-T----G-C---------A-T-T---T-NT----AAC------TAA-AT--------A----T--T-TTGC--TATT--AAAAAGTA--TTT--A-AA-A-T---CGGCAATTTTGAG-TTTG---------A--GTC-T-GGG-T--TTTAGACTCA-------A-ANGTTTGA--TGAAT
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gi|26                         :                                                                                                                                                                   -C-TCA--------GACTCAAA-CTAT-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--TTGT-ATTTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T----------------------G----------AA----C--A-ATATTTTA----------------C----TAT----AAAA-----C-AA---T-G---AATTTCAATAAC-A------T------T-TATCCAT--A---GTCA-A--A---A-TATAT--AA-T--AA----AA-T----G-C---------A-T-T---T-TTA---AAC------TAA-AT--------A----C--T-TCAC--TTTT--AAAATGTA--TTTA-A-AA-A-T---TGGCCATTact
gi|27                         :                                                                                                                                                                ctaaattaatttaatacgtCTAAGA-CTAG-AAAT-TT--CA--A--AAT--T--T-GT-AATTAG---CATT-A-AAA-----------A--CCAAAA----------A--TA--TGT--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----TTAA-AAACTT------------------------------AAAA-----T-AA-----C---AAATTCAATGAT-A------C--T---T-TA-------A---T--A-A--A---ACTAT-C--TC-A--AA----AT-C----A-C---------A-T-T---T---------------------T--------A----T--T-------TAAT--CAAATGTT--TTT--ACAA-A-T---CTGCAGTTTATAG-TTTA---------A----------G-T--TTTAGGTTCA-------A-AAGTTTTA--TGAATcatctttgttttaga
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                   catcaaggag--ATT--C--T-GT-ATTTT-----AGT-A-AAC-----------A--C----T----------A--T---T-T--TAC--A------T-CA----ATG-TAA-------A-ACATGC-C----------------C----TAC--ATAGAA-----C-AT---T-C---AATTTCAATGAC-A------C--A---T-TATC-----A---T--T-A--G---A-TTT-C-----A--AA----ATCT----A-T---------A-T-C---T-TA----AAC------TAA-ATCA------A----T--T-T--C--TTTT--AAAACATATCTTC--C-AA-A-T---CGGCAACTCTGAG-TTTG---------A--G------------CTTAG-CT------------TGTTTGA--TGAAT
gi|29                         :                                                                                                             attcatatgactgcTATTCATCAAAATGT--TTCG--------TC--TA--AAT-C-TCAAAACTCGAGACTTGAA-CTCT-AAAT-CT--AA--A--CTT--T--TTGT-AATTTGTTGCATT-A-AAA-----------A--C----A----------A-------------------------GA----AAT-TAA----C--A-ACATTTTC----------------C----TAC--A-GAAA-----C-AA---T-A---AACTTCAATGAT-A------C--A---T-CATC-----ATTGG--A-ATTA---G-TCT-C--GA-A--AG----TT-T----G-ttaacc
gi|3                          :                                                                                                                       atagatgctgtacctaTTT--TGAG--------TA--TA--AAA-A-TCA--------TATTCGGA-CTTC-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT---AGT-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GACAAGAAC-TAA----A--A-ACATTTTC----------------T----GGC--A-AAAA-----C-AG---T-C---AATTGCAATGTT-A------C--A---T-CATCG----G---G--A-A--A---A-AAT-C--TA-A--AA----AA-T----A-T---------A-T-T---TGAT----AAC------TAA-AT--------A-------T-TTGC--CA----AGATAATT--TTA--A-AA-A-T---CATCAATTTTGAG-TTTG---------A--GTT-TCGAGTT--TTTAGACTCA-------A-AAGTTCCA--TGAatgaatctaagccacaaattt
gi|30                         :                                                                                                                                        taaattcG--------TT--TA--AGTGC-CCA--------GACTCAAA-ATCA-AAGT-AT--GA--A--ATT--T--T-AT-AATTTG---CATT-A-ACA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TGC--A------A-GA----CAT-GAA---------------------------------------------------------A---T------GTTTCAATGAT-A------T--A---T-TTTTTTTTAA---A--A-A--G---A-AAC-G--AA-A--AA----A-----------------------------AT----AAC------TGG-AT--------A----T--T-TCGC--TATT--AAAAAGTA--TTT--GCAA-A-T---TGACAATTCTCAG-TTAG---------A--ATC-T-TGG-T--TTCATATTTA-------A-
gi|31                         :                                                                                                                           tATTCATCAA-GTTT--TAAG--------TA--TA--AAA-A-ACA--------TACACAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--AGAA---------GA-AAAT-G---CATT-A-AAA-----------T--C----A----------A--T---T-T--TGC--A------T-GA----AAA-TGA----T--A-ACATTCTCTA--------------C----CCC--A-AAAAG----C-AG---T-C---AATTTCAAT-ATAA------C--A---A-TATC-----A---G--A-A--A---A-TGT-T--AG-A--AA----ATAT----G-T-----------T-T---T-AT----AAC------TAA-A---------G----G--T-TTGC--TATT--ATACAGTA--TTT--A-gaat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                         cttaa-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAA-----------AAAC----A----------AA-C---T-T--TAC--A------A-GA----AAT-GAT----C--A-ACATTTTC----------------C----AAC--A-AAAC-----C-AA---T-C---AATTTCAATGAT-ACAG---C--A---T-TCTC-----A---G--A-A--ATATA-TAT-A--AA-A--AA----AG-T------------------T-T---T-TT----AAC------TAA-AA--------A----T--T-TTGC--TATT--AAAAGGTA--TTT--A-AA-A---------AAT----AG----G---------A--ATA-T--AG-T--TTTAGA-TTA-------A-AATTTTGG--TGc
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gi|38                         :                                                                                                                                 TCAAAGTGT--TGAG--------TC--TA--AAT-C-TCA-------------AGA-TTCA-AATT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-TATTTG---CATT-A-AAA-----------T--C----A----------A--T---T-C--TAA--A------A-GA----AAT-CAA----C--A-TCATTTTC----------------C----TAT--A-TAAA-----C-AA---T-C---AGTTTCAATTAT-A------C--A---T-TGTC-----A---G--A-A--A---A-TAT-T--TA-A--Atatgtttaaacata
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gi|40                         :                                                                                                                                                                 ttaa-TCA--------GACTCAAA-TTTA-AAAT-CT--GA--A--ATA--T--T-AT-CATTTG---CATT-T-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--GGC--A------A-AA----A---TA--------------TTTC----------------C----TAC--A-GAAA-----C-AA---T-T---AATTTCAATGAT-T------C--A---T-TTTC-----A---G--A-A--A---A-TAT-A--AA-G--TA----A--T----A-C---------A-T-T---T--T----AA--------AA-AT--------C----T--T-ctgtatacttttagatatttttatgaaatt
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AG-TTTG---------A--GTA-T-TGA-T--TTTAGACTAA-------A-ATGTTTGA--TGAagtttgagtattgattttagactaaaatgtttgatgactta
gi|42                         :                                                                                   tcagactcaaatttaaaatctgaaatattatcatttgcatttaaaacaatttggcaaaaatatttcctacagaaacaattaatttcaatgattcattttcagaaaatataaagtaatacattttaaaaatctt-GT-AATTTG---CAT--A-AAA-----------A--A----A----------A--T---T-T---AC--A------A-GA----A-T-TAA----C--A--TATTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-A---AATTTTAATGTA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-A--TA-A--AA----ATAT----A-T---------G-T-T---TAGT----AAC------TAA-AC-------------C--T-TTGC--TATG--AAATAATA---TT--A-AA-A---------------GAG--TTG---------A--GT--------T--TCTAGACTCA-------G-ATATctta
gi|43                         :                                                                                                                            ATTCATCAAACTTC--TTTG--------TC--AA--AAA-T-TC------------TTAAA-CTCA-AAAT-AT--GA--AT-GTT--T--T-AT-TATTTA---CATT---AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAT--A------A-TA----AAT-TAA----C--A-TCATTTGC----------------T----GGCA-A-AAAA-----C-AG---T-C---AATTCCACTTTT-A------C--AATGT-CAAC-----A---A--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----a
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cttaa----TGCG-A-AAAA-----CTCA---TAC---AATTTCACTGAT-A------A--A---T-TATC-----A---A--A-A--G---A-TAT-C--TA-A--AATATGAT-T------------------T-T---T-AT----AAC------TTA-AT-------------T--T-TTGC--TATT--AAATTCTA--TTTT-G-AA-A-T---CGGCAATTTCGAG-TTTG---------A--GTC-T-GAT-T--TTTAGACTCA-------A-AACTGTGA--TGAcataat
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -GA----ACT-CAA----C--A-ACATTTTC----------------T----AGC--A-AATA-----T-AG---A-T---GATTGCAATGTT-A------C--A---C-TAGC-----A---G--ATG--A---A-TG--------------------T----G-T-----------T-T---T-AT----GAC------TAA-G---------A-------C-TTGC--TATT--------TC--TGT----AA-A-T---CGAC-ATTTTGAG-TTAG---------G--GTC-T-GAG-C--TT-----TTA-------A-AAGTTTCG--TGAAT
gi|46                         :                                                                                                                      agactcATTCATCA--TTTT--TTAG--------TC--TA--AAT-A-TCA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--GTT--T--T-GT-AATTTG---CAC--A-CAC-----------A--C----G----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAC-TGA----C--A-ATACTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-T---ATTTTAAATATT-A------T--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAt
gi|47                         :                                                                                                                                                                                         caaCA-AAA--CT--GA--A--CTT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAT-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----TTT-GGA----C--A-ACATTTCA----------------C----TGC--A-AAAAAAACCC-AA---T-A---AATTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---T--A-A--A---A-T-T-T--AA-A--
gi|48                         :                                                                                                        acctgaattcattcaagtattgggtcCAAACGTT--TAAG--------TAAATA--AA----TCA--------GGCTCAAA-CTCA-TAAT-CT--GA--A--ACTAAA--C-GC-CGTCTG---C--T-ATAAA-----------A--T----A----------A--TA--T-T--T-----------A-AA----AAT-TGA----C--A-
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cttaaatccga---------A-T-C---T-GA----AAC------TAA-AC--------G----CCGT-CTGC--TATA--AAATAATA--TTT--A-AA-AAT---TGACAGGTTTGAG-TCTA---------A--GT--------T--TTTAGACACA-------A-ACATTTTA--TGAATggtttgagtctaagtttttagacacaaacattttatgaatt
gi|49                         :                                                                                                                                            cttaaatccgacaaacgtttaagtaaataaatcaggctcaaactcataCA-AAAT-CT--GT--A--AAT--T--T-GT-TCTTTG---CATT-A-AAA-------------------A----------A--TTG-T-T--TAC--AAGTCTTA-GA----AAT-GAA----C--A-GTATTTTC----------------G----T------ATAA-----C-AA--------------CAATGAT-A------C--A---T-TGCC-----A---G--A-A--A---A-TAT----AA-A--G---------------------------------T-AT----AAC-------AA-------------------T-TTGC--TATT---ACAAGTA--CTT--t
gi|5                          :                                                                                                                            ATTCATCA--GTGT--TGAG--------AC--TT--CAA-C-TCT--------GACTCAAT-TTCA-AA-T-AT--GA--A--CTT--C--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAA-----------T--C----A----------A--T---T-T--TAT--A------A-GA----AAT-AAA----C--A-ACAATTTC----------------A----TAT--A-AAAA-----C-AA---T-C---AGTTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--AAC-A-TAT-G--AA-AAGAA----AT------------------A-A-T---T-TT----AAC------T-A-AT--------A----T--T-TTGC--TATT--AAAAA-------T--G-A----------GTAATTCTGAG-TTTG---------A--GTC-A-GGG-T--TTTAGACTCA-------A-ATGTTTGA--TGAAT
gi|50                         :                                                                                                                        ctgaATTCATCAGACTTT--TGAG--------TC--TC--AAA-A-TCA--------GACTCAAA-TTCA-AACT-C------------------------GTTTG---ACTT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----C--A-AGGTTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-C---CATGTTAATGTG-A------C--A---T-TATtt
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cttaTT--A-AA-A-T----GACGATTTTAAG-TTTG---------A--CTC-C-GAG-C--TTTAGCCTCT-------A-ACGTTTGG--TGAGTg
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atactttaactgaaacaaaaaaaaaacattaacataattacagtgccg---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-CT-AA-A--AA----AA-T----G-T-----------T-T---C-AT----GAC------TAA-AC-------------C--T-TTGC--CAAT--AGATATTA--TTT--ACAA-A-T---TGGCAGTTTTGAG-TTTG---------A--ATC-T-GAG-t
gi|57                         :                                                                                                                                             GAG--------TC--TG--AA--C-TCA---------ACTTGGA-CTCG-TTAT-TT--TC--A--AAT--T--T-GT-AATTTC---CATT-T-TGA-----------A--T----A----------A--T---T-T--AAC--A------A-GA----AAT-TAA----C--A------TTC----------------C----TGC--A-AAAA-----acttt
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gi|6                          :                                                                                                                     aattatTATTCA----ACGTT--TGAG--------TC--TA--AAA-A-TCA--------GTCTCAAA-ATCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-GATTTG---CCTT---AAA-----------A--T----A----------T--T---T-T--TAC--A------A-AA----A-----------------ATTTTC----------------T----T-C--A-AAAA-----A-AA---------AA-TTCAATGTA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-CT-CA-A--AT----ATAT----G-T-----------T-T---T-ATATTGAAC------TAG-----------A----T--T-TTGC--TATT--AACTTATA--TTT--A-AA-ATT---CGATAATATTTAT-TTTC---------A--ATC-T-GAG-A--TTTAGACTCA-------A-ATATTTTA--TGA
gi|61                         :                                                                                                                               cttaaactTTT--TGAG--------TT--TA--AGG-C-TCA--------ATCTAAAC-CTCA-AAATATT--GATGA--ATT--T--
gi|61                         :                                                                                                                       aacctATTCATCAATATTT--TGAGG-------TT--TA--GAT---TGA--------GCCTTAAA-CTCA-AAAT-GTCAAA--A--ATT--T--C-A--GATTCA---AATT-A-Atgtcaaaaatttcagattcaaattaa
gi|63                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aacctaa-AA-A-T---CGACAATTTTGAG-T------------A--GTC-T-G------TTTA
gi|64                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttttgcTGAG-TTCG---------A--GTC-T-AAT-T--CTTACACTCA-------A-ATGTTTGA--TGAATttaaagtatataaaatggtgaattt
gi|66                         :                                                                                                                                                                   cttaaA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ACT--T--T-GT-AATT
gi|7                          :                                                                                                                      aaaataATGCATCGAACATA--TGAG--------AC--TATCAAT-C-------------GCTTAAA-CCGA-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CTTT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------ATAA----AAT-TTA----C--A-ATAATTTT----------------A----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-CA--AATGTCGATGTA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----ATAT----G-T---------A---T---T-AT----AAC------TAA-AC-------------T--T-TTGC--CTTT--AAATAATA--TTTA-A-AA-A-T---CGTAAATTTTTAGTTTTG---------A--GTCTT-AAG-T--TTT
gi|8                          :                                                                                                                                                                               ttcaCTAAAA-TCCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATTTA-AAA-----------A--CCCCAA----------A--C---T-T--TAC--T------A-GT----AAA-GGA----C--A-ACATTTTC--------------------------------------------------------AATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A-----TA--A--AA-A--AA----AT-C----ATC---------A-T-T---T-TTT---AAC------TAA-ATTTTTTTTTA----T--G-TTGC--CATT--AAAAAGTA--CTT--A-AA-AAT---CAGCAATTTAAAG-TTTG---------A--GTT-A-ATG-T--TTTACACTCA-------A-AAGCTTCA--TGAATt
gi|9                          :                                                                                                      taaattgttcaatgcgctgattATTCATCCAACTTT--TGAC--------TT--TA--AGA-A-CAA--------GACTCGAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAAAATTGTTATATA--T----A----------A--T---A-T--TAT--A------A-GA----TA--TAA----C--A-ACATTTTC----------------T----CAC--A-AAAG-----C-AG---T----------------T-A------C--A---T-TATC-----A---A--A-A--A---A-TAT-CTGAA-G--AAT---GT-T----T-T---------A-T-T---TCTT----AAC-------------------------T--T-TTGC--TATT--AAATAATA--TTCA-A-AA-A-T---CAGCAATTTTGAG-TTTG---------A--GTT-A-CAG-T--TTT


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blockSeqs                     :                                                                                                                                      G   .     .         .   .   TC     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CTT                     .       .        .   C              T . .      .  .        .     .   .    .  .       AA      .   ATCACAATTTTGTCTAAATAT                                                   .    .     .    ATG  .    AC    . . .                    .         .    TGCG    .           .       . T      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                      A   .     .         .   .   TA     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TTG                     .       .        .   A              A . .      .  .        .     .   .    .  .       CT      .   ATTGCATTTGTAGCTAAATAT                                                   .    .     .    TAG  .    GC    . . .                    .         .    TGGG    .           .       . A      . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                      T   .     .         .   .   AA     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           ATG                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       AA      .   ATTTCATTTTTAATTGAATAA                                                   .    .     .    ATG  .    AC    . . .                    .         .    TGGA    .           .       . T      . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                      T   .     .         .   .   AT     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TTG                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       CA      .   GTCACAGTGATAGGTGAACA                                                    .    .     .    TAA  .    AA    . . .                    .         .    TGGA    .           .       . T      . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                      G   .     .         .   .   AT     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CTA                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       CT      .   ATATGCTTTATTACAAAACT                                                    .    .     .    CAG  .    A     . . .                    .         .    TTGA    .           .       . A      . 
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blockSeqs                     :                                                                                                                                      C   .     .         .   .   AC     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CTA                     .       .        .   G              T . .      .  .        .     .   .    .  .       CT      .   ATATGTTTTATAACTAAAGG                                                    .    .     .    AAG  .    A     . . .                    .         .    TGAG    .           .       . C      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                      C   .     .         .   .   AA     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TGG                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       GA      .   ATATGTTTTATAACTTAAAT                                                    .    .     .    ATT  .    A     . . .                    .         .    AGGG    .           .       . T      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                      A   .     .         .   .   AC     .                            .   .  .    .  .  .         .            T              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CAA                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       TA      .   ATATGTATTATAACTAAATT                                                    .    .     .    AAA  .    A     . . .                    .         .    CGAG    .           .       . C      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                      C   .     .         .   .   AA     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CAA                     .       .        .   A              A . .      .  .        .     .   .    .  .       AA      .   ATATGTATTATAACTAAACT                                                    .    .     .    ACG  .    C     . . .                    .         .    TGAG    .           .       . T      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                      C   .     .         .   .   GC     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TTA                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       CA      .   AATGTTTCATGACTAAACC                                                     .    .     .    AAG  .    A     . . .                    .         .    TGAG    .           .       . T      . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .     .         .   .   TC     .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TTG                     .       .        .   C              G . .      .  .        .     .   .    .  .       TT      .   GCACTTTTAACTAACAAT                                                      .    .     .    TGA  .    A     . . .                    .         .    TAAT    .           .       . A        
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .     .         .   .   AA     .                            .   .  .    .  .  .         .            T              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CTT                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       CA      .   AGTTTTTTAACTAAAAAT                                                      .    .     .    TAA  .    A     . . .                    .         .    AATG    .           .       . .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .         .   .   C      .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CTA                     .       .        .   A              T . .      .  .        .     .   .    .  .       CT      .   CATTTTTATCTAAATAT                                                       .    .     .    TTC  .    A     . . .                    .         .    ACAG    .           .       .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .         .   .   C      .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CAA                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       AA      .   ATACATTTTAAAAATCT                                                       .    .     .    TAA  .    A     . . .                    .         .    TAG     .           .       .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .         .   .   C      .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TTG                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       AT      .   ATAATTTTAACTAATAT                                                       .    .     .    AAG  .    A     . . .                    .         .    AC      .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                          .   .   T      .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CTA                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       CT      .   TGTTTTATTTCTTAACT                                                       .    .     .    TAT  .    A     . . .                    .         .    GT      .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                              .   .      .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TTG                     .       .        .   A              T . .      .  .        .     .   .    .  .       CT      .   TGTTTTATGACTAAGA                                                        .    .     .    TTA  .    A     . . .                    .         .    TG      .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                         .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TGG                     .       .        .   C              A . .      .  .        .     .   .    .  .       TA      .   AATAACTGGATAT                                                           .    .     .    TAA  .    A     . . .                    .         .    G       .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                         .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TAG                     .       .        .   C              T . .      .  .        .     .   .    .  .       GA      .   AAATTTGAATAT                                                            .    .     .    AAG  .    A     . . .                    .         .    .       .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                         .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TTG                     .       .        .   C              T . .      .  .        .     .   .    .  .       CT      .   ATCACATTTTAT                                                            .    .     .    TAA  .    A     . . .                    .         .    .       .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                         .                            .   .  .    .  .  .         .            T              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CTG                     .       .        .   T              A . .      .  .        .     .   .    .  .       AA      .   ATACATTTAAT                                                             .    .     .    AG   .    G     . . .                    .         .    .       .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                         .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           ATA                     .       .        .   A              T . .      .  .        .     .   .    .  .       C       .   ATAGCATTGA                                                              .    .     .    AG   .    A     . . .                    .         .    .       .                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                         .                            .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TTG                     .       .        .   C              T . .      .  .        .     .   .    .  .       A       .   TATTATAT                                                                .    .     .    AA   .    A     . . .                    .         .    .                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .   .  .    .  .  .         .            C              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           CTG                     .       .        .   T              A . .      .  .        .     .   .    .  .       A       .   TATAACAA                                                                .    .     .    AA   .    A     . . .                    .         .                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           ATG                     .       .        .   T              A . .      .  .        .     .   .    .  .       C       .   CTAAACT                                                                 .    .     .    G    .    .     . . .                    .         .                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TCA                     .       .        .   A              A . .      .  .        .     .   .    .  .       A       .   ATATGT                                                                  .    .     .    A    .    .     . . .                    .         .                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .   .  .    .  .  .         .            A              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           TG                      .       .        .   C              T . .      .  .        .     .   .    .  .       .       .   TGCT                                                                    .    .     .    .    .    .     . . .                    .         .                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      .   .  .    .  .  .         .            .              .    .          .  .     .    .  .      .  .          .    .           GT                      .       .        .   C              T . .      .  .        .     .   .    .  .       .       .   GTAT                                                                    .    .     .    .    .    .     .   .                                                                          
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9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|51 ): TACAGGCTTTCAGCACAGTGTTAGGTTAGTATAGAATATACTGGAGTTTAATTATGCAAAATCCATTGACGAGAATTGGTAATTTTAAGACAAATTTTTGCCAAAAAGTAGTGGACACTTTTTGT
Unaligned ( gi|52 ): ACATGATCAGAAATATCACAGGCTATCGGATTGCCTAGACCGATACTGAGATTTAAGTACACAAAAAACATTGATAATTGAAGAAAAACCTGATGGTCAAGAAGCGCTGAACATTTTTG
Unaligned ( gi|53 ): ACATGACTAATCACGGGCTATCGTTAAAGATTGTACAGACTTATACTGGGTTTATTAAAAAAGTTGATAATTAAGAAAAAACCTTACCAAGAAGTCCAATCTCTCAACATTTT
Unaligned ( gi|54 ): ATGAATTTAATAATAAACTTGTATCTAACGATTCTACACGAAGGACGTAAAAATTGGCAATTTTGTTCAAGTGCGACTCGTCATTTTGTTAACAAAGAATCGTGACATT
Unaligned ( gi|59 ): CATACGCAGGCTTTCGGCACAATGTTTAACCTATAATTGGTTTAAATTATGCATAAACTGAGTTCATAGTAAAATGTTGAAGAA
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Reference ( family-1412 )     :                                                                                                                           TATTCATCAAANTTT--TGAG--------TC--TA--AAN-C-TCA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----C--A-ACATTTTC----------------C----TGC--A-AAAA-----C-AA---T-C---AATTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--AA-A--AA----AT-T----G-C---------A-T-T---T-NT----AAC------TAA-AT--------A----T--T-TTGC--TATT--AAANAGTA--TTT--A-AA-A-T---CGGCAATTTTGAG-TTTG---------A--GTC-T-GGG-T--TTTAGACTCA-------A-ANGTTTGA--TGAAT
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gi|23                         :                                                                                                                                       ggacctaaattaatttaatacgt--AAT-A-TCA--------GACTCGAA-CTCA-AAAT-TT--GA--A--CTT--T--T-GT-AATTCG---AATT-A-AAA--------------C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GT----ATT-TAA----C--A-ACATTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-TG---T-C---AATTTTAATGTT-A------C--A---T-AGTC-----A---G--A-A--A---C-TAT-C--AA-A--AG----ATAT----G-C-----------T-T---T-AT----TAC------AAA-AC-------------T--T-TGGC--TATC--AAATAGTA--TCT--A-AA-A-T---TAGCATTTTTGAG-TTTG---------A--GTC-T-GGG-T--TTTA
gi|24                         :                                                                                                                        tcatATTCAT-AAAGTGT--TGCC--------GC--TA--AA--C-TCA--------GATTCAATTCTCA-A----TT--GA--C--AAT--T--T-GT-AATTTG---CAT--A-AAA-----------A--C----A----------A--T---G-T--TAC--A----------------T-GAA----C--A-GCGTTTTC----------------A----TAC--A-AGAT-----C-AG---T-C---AATATCAATGAT-A------C--A---G-TATC-----A---G--A-A--T---A-TTT-C--AA-A--GA----AT-A----G-C---------A-T-T---G-A---------------------------------------------ATT--AAAA--------T--A-AA-A-----CGGCAGTTCTGAG-TTTG---------AACACT-T-GGA-TAACTTAAACTCtgaa
gi|25                         :                                                                                                                                                                agacgtaaA--------GACTCAGA-CTCA-AAAT--------------T--A--T-GC-AATATG---CATT-A-AAA--------------C----A----------C--T---T-TGTTAA--A------A-CA----AAT-TGA----C--A-TCATTTTCTGTCCCCCCACCCTCAC----TCC--A-AAAA-----A-AAAAGT-CCACAGTTCCAATGTT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--G---G-TAT-C--TA-A--AA----AT------------------A-T-G---T-TC----AACAAT---TAA-AC--------G-------T-TTGC--AATT--AAAACGTA--TCTA-A-AA-A-T---CGACAA-GTTGAG-TTGG---------A--GTC-T-AGc
gi|26                         :                                                                                                                                                                   -C-TCA--------GACTCAAA-CTAT-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--TTGT-ATTTTG---CATT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T----------------------G----------AA----C--A-ATATTTTA----------------C----TAT----AAAA-----C-AA---T-G---AATTTCAATAAC-A------T------T-TATCCAT--A---GTCA-A--A---A-TATAT--AA-T--AA----AA-T----G-C---------A-T-T---T-TTA---AAC------TAA-AT--------A----C--T-TCAC--TTTT--AAAATGTA--TTTA-A-AA-A-T---TGGCCATTact
gi|27                         :                                                                                                                                                                ctaaattaatttaatacgtCTAAGA-CTAG-AAAT-TT--CA--A--AAT--T--T-GT-AATTAG---CATT-A-AAA-----------A--CCAAAA----------A--TA--TGT--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----TTAA-AAACTT------------------------------AAAA-----T-AA-----C---AAATTCAATGAT-A------C--T---T-TA-------A---T--A-A--A---ACTAT-C--TC-A--AA----AT-C----A-C---------A-T-T---T---------------------T--------A----T--T-T-----AATC--AAAT-GTT--TTT--ACAA-A-T---CTGCAGTTTATAG-TTTA---------A----------G-T--TTTAGGTTCA-------A-AAGTTTTA--TGAATcatctttgttttaga
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gi|3                          :                                                                                                                       atagatgctgtacctaTTT--TGAG--------TA--TA--AAA-A-TCA--------TATTCGGA-CTTC-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT---AGT-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GACAAGAAC-TAA----A--A-ACATTTTC----------------T----GGC--A-AAAA-----C-AG---T-C---AATTGCAATGTT-A------C--A---T-CATCG----G---G--A-A--A---A-AAT-C--TA-A--AA----AA-T----A-T---------A-T-T---TGAT----AAC------TAA-AT--------A-------T-TTGC--CA----AGATAATT--TTA--A-AA-A-T---CATCAATTTTGAG-TTTG---------A--GTT-TCGAGTT--TTTAGACTCA-------A-AAGTTCCA--TGAatgaatctaagccacaaattt
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gi|31                         :                                                                                                                           tATTCATCAA-GTTT--TAAG--------TA--TA--AAA-A-ACA--------TACACAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--AGAA---------GA-AAAT-G---CATT-A-AAA-----------T--C----A----------A--T---T-T--TGC--A------T-GA----AAA-TGA----T--A-ACATTCTCTA--------------C----CCC--A-AAAAG----C-AG---T-C---AATTTCAAT-ATAA------C--A---A-TATC-----A---G--A-A--A---A-TGT-T--AG-A--AA----ATAT----G-T-----------T-T---T-AT----AAC------TAA-A---------G----G--T-TTGC--TATT--ATACAGTA--TTT--A-gaat
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gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ---CGGCAGTGCTGAG-TTCG---------A--GTC-A-GAG-T--TATAGATTCA-------A-ATGTTTGA--TAAccggcagtgctgagttcgagtcagagttatagattcaaatgtttgataa
gi|39                         : tcaaagtgttgagtctaaatctcaagattcaaattctgaaattttgttatttgcattaaaatcaattctaaaagaaatcaacatcattttcctatataaacaatcagtttcaattatacattgtcagaaaatatttaaacGAG--------TC--TA--TTA-T-TCA--------GACTAAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--GTT--T--T-AT-GATTTG---CATT-A-AAA-----------A--T----A----------A--T---A-T--TAC--A------T-GA----AAT-GAA----T--A-CTATTTTC----------------C----AAC--A-AAAA-----C-GA---T-C---ACTTTTATTGAA-A------A--A---G-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--AA-A--AA----AT-T----T-C---------A-T-T---T-TT----AAT------TGA-AT--------A----A--T-TTGT--TATT--AAAAAGTA--TTT--A-AA-
gi|4                          :                                                                                                                       atgtaATTCAT-AAATTTT--TTAG--------TC--TT--AAA-C-TTT--------GACTCAAA-TTCA-AAAT-CT--GA--A--ATA--TAAT-AT-AATTTA---CACC-A-AAA-----------A--T----A----------A--T---C-T--TAC--A------A-GA----AAT-TTA----C--A-ACATGTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----T-TG---T-C---AATTTTAATGTT-A------A--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----ATAT----G-T---------A---T---T-AT----AAC------TAA-AT-------------T--T-TTGT--TATT--AGATGATA--TTTA-A-AA-A-T---CAACAACTTTGA
gi|40                         :                                                                                                                                                                 ttaa-TCA--------GACTCAAA-TTTA-AAAT-CT--GA--A--ATA--T--T-AT-CATTTG---CATT-T-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--GGC--A------A-AA----A---TA--------------TTTC----------------C----TAC--A-GAAA-----C-AA---T-T---AATTTCAATGAT-T------C--A---T-TTTC-----A---G--A-A--A---A-TAT-A--AA-G--TA----A--T----A-C---------A-T-T---T--T----AA--------AA-AT--------C----T--T-ctgtatacttttagatatttttatgaaatt
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AG-TTTG---------A--GTA-T-TGA-T--TTTAGACTAA-------A-ATGTTTGA--TGAagtttgagtattgattttagactaaaatgtttgatgactta
gi|42                         :                                                                                   tcagactcaaatttaaaatctgaaatattatcatttgcatttaaaacaatttggcaaaaatatttcctacagaaacaattaatttcaatgattcattttcagaaaatataaagtaatacattttaaaaatctt-GT-AATTTG---CAT--A-AAA-----------A--A----A----------A--T---T-T---AC--A------A-GA----A-T-TAA----C--A--TATTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-A---AATTTTAATGTA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-A--TA-A--AA----ATAT----A-T---------G-T-T---TAGT----AAC------TAA-AC-------------C--T-TTGC--TATG--AAATAATA---TT--A-AA-A---------------GAG--TTG---------A--GT--------T--TCTAGACTCA-------G-ATATctta
gi|43                         :                                                                                                                            ATTCATCAAACTTC--TTTG--------TC--AA--AAA-T-TC------------TTAAA-CTCA-AAAT-AT--GA--AT-GTT--T--T-AT-TATTTA---CATT---AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAT--A------A-TA----AAT-TAA----C--A-TCATTTGC----------------T----GGCA-A-AAAA-----C-AG---T-C---AATTCCACTTTT-A------C--AATGT-CAAC-----A---A--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----a
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cttaa----TGCG-A-AAAA-----CTCA---TAC---AATTTCACTGAT-A------A--A---T-TATC-----A---A--A-A--G---A-TAT-C--TA-A--AATATGAT-T------------------T-T---T-AT----AAC------TTA-AT-------------T--T-TTGC--TATT--AAATTCTA--TTTT-G-AA-A-T---CGGCAATTTCGAG-TTTG---------A--GTC-T-GAT-T--TTTAGACTCA-------A-AACTGTGA--TGAcataat
gi|45                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -GA----ACT-CAA----C--A-ACATTTTC----------------T----AGC--A-AATA-----T-AG---A-T---GATTGCAATGTT-A------C--A---C-TAGC-----A---G--ATG--A---A-TG--------------------T----G-T-----------T-T---T-AT----GAC------TAA-G---------A-------C-TTGC--TATT--------TC--TGT----AA-A-T---CGAC-ATTTTGAG-TTAG---------G--GTC-T-GAG-C--TT-----TTA-------A-AAGTTTCG--TGAAT
gi|46                         :                                                                                                                      agactcATTCATCA--TTTT--TTAG--------TC--TA--AAT-A-TCA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--GTT--T--T-GT-AATTTG---CAC--A-CAC-----------A--C----G----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAC-TGA----C--A-ATACTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-T---ATTTTAAATATT-A------T--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAt
gi|47                         :                                                                                                                                                                                         caaCA-AAA--CT--GA--A--CTT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAT-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----TTT-GGA----C--A-ACATTTCA----------------C----TGC--A-AAAAAAACCC-AA---T-A---AATTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---T--A-A--A---A-T-T-T--AA-A--
gi|48                         :                                                                                                        acctgaattcattcaagtattgggtcCAAACGTT--TAAG--------TAAATA--AA----TCA--------GGCTCAAA-CTCA-TAAT-CT--GA--A--ACTAAA--C-GC-CGTCTG---C--T-ATAAA-----------A--T----A----------A--TA--T-T--T-----------A-AA----AAT-TGA----C--A-
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cttaaatccga---------A-T-C---T-GA----AAC------TAA-AC--------G----CCGT-CTGC--TATA--AAATAATA--TTT--AAAA-A-T---TGACAGGTTTGAG-TCTA---------A--GT--------T--TTTAGACACA-------A-ACATTTTA--TGAATggtttgagtctaagtttttagacacaaacattttatgaatt
gi|49                         :                                                                                                                                            cttaaatccgacaaacgtttaagtaaataaatcaggctcaaactcataCA-AAAT-CT--GT--A--AAT--T--T-GT-TCTTTG---CATT-A-AAA-------------------A----------A--TTG-T-T--TAC--AAGTCTTA-GA----AAT-GAA----C--A-GTATTTTC----------------G----T------ATAA-----C-AA--------------CAATGAT-A------C--A---T-TGCC-----A---G--A-A--A---A-TAT----AA-A--G---------------------------------T-AT----AAC-------AA-------------------T-TTGC--TATT--ACA-AGTA--CTT--t
gi|5                          :                                                                                                                            ATTCATCA--GTGT--TGAG--------AC--TT--CAA-C-TCT--------GACTCAAT-TTCA-AA-T-AT--GA--A--CTT--C--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAA-----------T--C----A----------A--T---T-T--TAT--A------A-GA----AAT-AAA----C--A-ACAATTTC----------------A----TAT--A-AAAA-----C-AA---T-C---AGTTTCAATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--AAC-A-TAT-G--AA-AAGAA----AT------------------A-A-T---T-TT----AAC------T-A-AT--------A----T--T-TTGC--TATT--A--------------A-AA-A-T---GAGTAATTCTGAG-TTTG---------A--GTC-A-GGG-T--TTTAGACTCA-------A-ATGTTTGA--TGAAT
gi|50                         :                                                                                                                        ctgaATTCATCAGACTTT--TGAG--------TC--TC--AAA-A-TCA--------GACTCAAA-TTCA-AACT-C------------------------GTTTG---ACTT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------A-GA----AAT-TAA----C--A-AGGTTTTC----------------T----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-C---CATGTTAATGTG-A------C--A---T-TATtt
gi|55                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cttaTT--A-AA-A-T----GACGATTTTAAG-TTTG---------A--CTC-C-GAG-C--TTTAGCCTCT-------A-ACGTTTGG--TGAGTg
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atactttaactgaaacaaaaaaaaaacattaacataattacagtgccg---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-CT-AA-A--AA----AA-T----G-T-----------T-T---C-AT----GAC------TAA-AC-------------C--T-TTGC--CAAT--AGATATTA--TTT--ACAA-A-T---TGGCAGTTTTGAG-TTTG---------A--ATC-T-GAG-t
gi|57                         :                                                                                                                                             GAG--------TC--TG--AA--C-TCA---------ACTTGGA-CTCG-TTAT-TT--TC--A--AAT--T--T-GT-AATTTC---CATT-T-TGA-----------A--T----A----------A--T---T-T--AAC--A------A-GA----AAT-TAA----C--A------TTC----------------C----TGC--A-AAAA-----acttt
gi|58                         :                                                                                                                                ATCAAACTTT--TTAG--------TC--TA--AAA-C-TCT--------G------A-CTCA-GAAT-TT--TA--A--AAT--T--T-GT-ATTCTG---CATT-T-AAA-----------C--C----A----------A--A---T-T--TTCTAA------A-GA----AAT-atatt
gi|6                          :                                                                                                                     aattatTATTCA----ACGTT--TGAG--------TC--TA--AAA-A-TCA--------GTCTCAAA-ATCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-GATTTG---CCTT---AAA-----------A--T----A----------T--T---T-T--TAC--A------A-AA----A-----------------ATTTTC----------------T----T-C--A-AAAA-----A-AA---------AA-TTCAATGTA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-CT-CA-A--AT----ATAT----G-T-----------T-T---T-ATATTGAAC------TAG-----------A----T--T-TTGC--TATT--AACTTATA--TTT--A-AA-ATT---CGATAATATTTAT-TTTC---------A--ATC-T-GAG-A--TTTAGACTCA-------A-ATATTTTA--TGA
gi|61                         :                                                                                                                               cttaaactTTT--TGAG--------TT--TA--AGG-C-TCA--------ATCTAAAC-CTCA-AAATATT--GATGA--ATT--T--
gi|61                         :                                                                                                                       aacctATTCATCAATATTT--TGAGG-------TT--TA--GAT---TGA--------GCCTTAAA-CTCA-AAAT-GTCAAA--A--ATT--T--C-A--GATTCA---AATT-A-Atgtcaaaaatttcagattcaaattaa
gi|63                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aacctaa-AA-A-T---CGACAATTTTGAG-T------------A--GTC-T-G------TTTA
gi|64                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttttgcTGAG-TTCG---------A--GTC-T-AAT-T--CTTACACTCA-------A-ATGTTTGA--TGAATttaaagtatataaaatggtgaattt
gi|66                         :                                                                                                                                                                   cttaaA--------GACTCAAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ACT--T--T-GT-AATT
gi|7                          :                                                                                                                      aaaataATGCATCGAACATA--TGAG--------AC--TATCAAT-C-------------GCTTAAA-CCGA-AAAT-AT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CTTT-A-AAA-----------A--C----A----------A--T---T-T--TAC--A------ATAA----AAT-TTA----C--A-ATAATTTT----------------A----TGC--A-AAAA-----C-AG---T-CA--AATGTCGATGTA-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A---A-TAT-C--TA-A--AA----ATAT----G-T---------A---T---T-AT----AAC------TAA-AC-------------T--T-TTGC--CTTT--AAATAATA--TTTA-A-AA-A-T---CGTAAATTTTTAGTTTTG---------A--GTCTT-AAG-T--TTT
gi|8                          :                                                                                                                                                                               ttcaCTAAAA-TCCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATTTA-AAA-----------A--CCCCAA----------A--C---T-T--TAC--T------A-GT----AAA-GGA----C--A-ACATTTTC--------------------------------------------------------AATGAT-A------C--A---T-TATC-----A---G--A-A--A-----TA--A--AA-A--AA----AT-C----ATC---------A-T-T---T-TTT---AAC------TAA-ATTTTTTTTTA----T--G-TTGC--CATT--AAAAAGTA--CTT--A-AA-AAT---CAGCAATTTAAAG-TTTG---------A--GTT-A-ATG-T--TTTACACTCA-------A-AAGCTTCA--TGAATt
gi|9                          :                                                                                                      taaattgttcaatgcgctgattATTCATCCAACTTT--TGAC--------TT--TA--AGA-A-CAA--------GACTCGAA-CTCA-AAAT-CT--GA--A--ATT--T--T-GT-AATTTG---CATT-A-AAAAATTGTTATATA--T----A----------A--T---A-T--TAT--A------A-GA----TA--TAA----C--A-ACATTTTC----------------T----CAC--A-AAAG-----C-AG---T----------------T-A------C--A---T-TATC-----A---A--A-A--A---A-TAT-CTGAA-G--AAT---GT-T----T-T---------A-T-T---TCTT----AAC-------------------------T--T-TTGC--TATT--AAATAATA--TTCA-A-AA-A-T---CAGCAATTTTGAG-TTTG---------A--GTT-A-CAG-T--TTT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): GATGCAGGCTTTTGGCACCGGATACTTTGCACCTATAATAGGTTTAAATTATGCAAAAACATTGACAATTAAAGAAAAACACTTGCCAAGAAGTTCTGCACACCTTTTGTGACCATCACACATTTCTGATATATAAAACATATAAGAACATTGAGTTATTTATCAAAAA
Unaligned ( gi|51 ): TACAGGCTTTCAGCACAGTGTTAGGTTAGTATAGAATATACTGGAGTTTAATTATGCAAAATCCATTGACGAGAATTGGTAATTTTAAGACAAATTTTTGCCAAAAAGTAGTGGACACTTTTTGT
Unaligned ( gi|52 ): ACATGATCAGAAATATCACAGGCTATCGGATTGCCTAGACCGATACTGAGATTTAAGTACACAAAAAACATTGATAATTGAAGAAAAACCTGATGGTCAAGAAGCGCTGAACATTTTTG
Unaligned ( gi|53 ): ACATGACTAATCACGGGCTATCGTTAAAGATTGTACAGACTTATACTGGGTTTATTAAAAAAGTTGATAATTAAGAAAAAACCTTACCAAGAAGTCCAATCTCTCAACATTTT
Unaligned ( gi|54 ): ATGAATTTAATAATAAACTTGTATCTAACGATTCTACACGAAGGACGTAAAAATTGGCAATTTTGTTCAAGTGCGACTCGTCATTTTGTTAACAAAGAATCGTGACATT
Unaligned ( gi|59 ): CATACGCAGGCTTTCGGCACAATGTTTAACCTATAATTGGTTTAAATTATGCATAAACTGAGTTCATAGTAAAATGTTGAAGAA
Unaligned ( gi|60 ): AATCCCTGCTTAGGTCCTGCATTTTTATGACCAACACCCATTTCTAGTATACATATGTAATTTTATGTTATTTATCAGAAATGG
Unaligned ( gi|62 ): CACAGGCTTTTGGCACAATGTTACGATGATATACACCCACAGTGGGTTTAAATTATACAAA
Unaligned ( gi|65 ): TCAACGTTTTCAGTTTGAAACACTAACTTAAAAGTTAAA