lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 66666666666666666666666666 222222 1111111 33333333333333333 1 3333333 11111111111111 11 333333333333333333 1111111111111 444444444444444 222222 1 11 1111 4444444 55555
lowQualScore : 3 2 88888888888888888888888888 666666 9999 9999999 4 9 3 66666666666666666 5 3 3 5 44 3 3 55 2 2 5555555 22222222222222 44 7777 77 22 444444444444444444 7777777777777 5 55 000000000000000 1 222222 55 2 66 9999 4 4 3333333 7 0 33333
lowQualScore : . . .......................... ...... .... ....... . . . ................. . . . . .. . . .. . . ....... .............. .. .... .. .. .................. ............. . .. ............... . ...... .. . .. .... . . ....... . . .....
lowQualScore : 2 2 33333333333333333333333333 111111 4444 2222222 1 6 6 33333333333333333 9 3 1 4 22 1 1 44 5 9 5555555 00000000000000 66 7777 11 00 222222222222222222 2222222222222 7 55 666666666666666 9 555555 55 5 33 3333 0 4 7777777 0 7 00000
consensus : NNATTACAAATGTTTTAAAA-----NANT-----TTTTTACG-AACTGAAAC---AA-AT----TTATTT----ATTTAAA-GTTCAACATTCAA--------CCTCAG-ATGTT-T-T-GT--A-AAGTG-AAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACTGCCGT-GTTATTTGAACGTACAACC--C-C---C--AATTTAT--TTGGTACCC----TGC-GCGCGGTT---G-TNT-TTNA-C---ATTC-----CTACA---TTCAA--TGTG-C------------CCTTT--N--ACTCA--AATATTG-CATCTT-AA-CACCATT-AAACAAGCCT-TATTTCGTACGAACCTAAAC-TAACACCTTC
Reference ( gi|2 ) : AAATTACAAATATTTTA--------CACT-----TTTGTACA-AACTGAAAC---TA-AT----TTAATT----ATTTACA-GTTCAACATTCAG--------CCTCGG-ATGTT-T-T-GT--A-AAGTG-AAACTCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACAACTGA-GTTATTTGAACGTACAATTGGCGTG-GC--AATTTAT--TTGGTACCC----TGC-GCGAGGTT---G-TGT-TTCA-T---ATTC-----CTGTA---TTCAA--TGTA-T------------CCTTT--G--ACTCA--AATAGTG-TATCGT-AA-CACCATT-AAACAATCCTTTGTTTCGTACAAACCCAAACATAA-ACCTTCTTATT
gi|8 : ATAATAAATGTTTTA--------GAATAAA--TTT--ACG-AACTGAAACAGATATAT----TTA-TTCAAAATTCATA-ATTTAACATTCAA--------CCTTA--ATGTT-T-TTGT--A-AAGTG-AAAGGCACTAAA-TAAAAATACTCC-GAACCGC------------AACGTA-AA------------------AT--TTGGTACCC----TGT-GTGCGTTT---A-ATT-TTAA-A---ATTT-----CTACA---ATTAA--TGCG---------------CTTT--AACACTCC--AGTATTG-CATCTT-AA-CATTATC-AAACAAGCCTC--TTTCGT
gi|14 : cATT-CAAATGTTTTAAAA-----TATT-----TTTTT-CAGAACTGAAA----TATAT----CTATTT----ATT-AAA-ATTCAACATGCAGTATACAGTCGCCGT-GTTTT-T-T-GT--A-AAGTG-AAGCCCGCAAAA-GGAAAGT
gi|10 : atcATTACAAATGCTTTA--------AAATAATTGTTTTTAAG-AAATGAAAC---AA-AT----CTACCT----TTTTAAG-GGTTAACATTCA----------------ATATT-C-C-AT--CTCAGTT-AAAGTCTCAACA-GAAAAGTACCCC-TTACTAGCAATGTTATTTGAACATA----TGGC-CC-AT--AATTTAT--GTGGT
gi|13 : aatttttttattattcTTACAGATATTTTAAAACAATACGTT-----TTTAAACG-AACTGATAC---AG-AT----TTA---------------GTTCAA-ATTAAA--------CGTCC--ATGTT-T-TTGT--A-AGGTG-AAACCCGCAAAA-G
gi|5 : aaataatgttttattaacataacattTTTA--------CACT-----TTATCATA-AATT-ACCC---TT-ATACCCTTTATT----GATAACAAGCTCAACATTCAA--------CCTCAG--TGTT-TGT-GA--A-AAGTG-AAACAGGCAGAA-GGTAAAAACTTC-AGTTTATCGT-GTTATTTGAACGCACA-----CCCC-AC--AATTAAT--TTGGAACCC----TCCAGCA--GTT---GATAT-TAC--C---ATTC-----CTACA---CTCAA--TATG-C------------CATTT--C--ACCCA--AAAATTG-CATCTTTAATCACCATTCAAAGAAT---TTATTTCGTAC-AACCTAAAT-TAACACCTTC
gi|7 : T-----TTTTTACT-AACTGAAAC---AG-AT----TTATTT----ATTCAAA-GGTCAACACACAA--------CATCAGTAT-TT-T-T-GT--A-AAGTA-AAACCAGCAAAA-GGTAACTACTCCTGAAT-GCCAT-GTAATTTGTACGTACA----GCCTGTAC--A--TTAT--TTGGTACCT----TGC-GCTAGGTT-----CAT-TTTC-C---ATTC-----TTTCA---TTGAA--TATA-C------------CGTT--------TCA--AATATTG-AATCTC-AA-CACCa
gi|3 : ttttattttccattgtgaaaatgttaaaatgagtTAAAAC---AT-AT----TTATTT----ATTTAAA-GTTTA-TATTCAA--------CTTCTG--CGTT-T-TAGC--A-AAGTG-AAACCTGCAAAA-GGAAAGTATTCC-GAACTGCCGT-GTTAATCGAACGTACAA----CCCA-G---AATTGAT--TTGGTACCCAGCTTGC-G-GATGTT---A-TTTATTCA-TTTAATTC-----TTACA---TT--A--TATA-TG-----------CCTTTTCG--AC-CA--AA-ACTGCCATCTT-AA-TACCATT-ATACAA
gi|4 : ttttgaataacaaatgtttTGAAAC---AA-AT----TTATTG----AGTTAAA-GTTCAATATTCAT--------ACTCAG--T-TT-T-T-GTTCA-AAATGTCAACT-------------GCACT--------GTCGC-GTTATTTGGACATACGACC--CGT------AATTTATATTCAGTACCT----TGC--CGGTGTTTATA-TGT-TTTGCT---ATTC------TAAA---TTCAG--TGGG--------------CCTTT--A--CTTCA--AATGTTA-CATCAG-AA-CACTTTT-AAACAAACATATG--TCGTACGAACCCAAACactatatcacaagaaccaaaaacttacgctttcatgccctttaattacct
gi|1 : caaaatgtctatttaacaactcactcata-AT----TTTTTT----ATTTAGA-ATTCAACATTCAA--------CCTCAG--TGTT-T-TTGT--A-AGGTG-AAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-AAA-GGCTGT-TTTATTTGAACGTACAACC--C----GC--AATGTAT--TTGGTACCT----AGT-ACGTAGTT---G--GT-TTTACT---ATTC-----CTACT---TTAAA--TGGGCT------------CTTTT--G-----CAGCAATATTG-GATCTC-AA-CAACAAT-AATCAA--GTATGTTTCTTATAAACtttgttcactctatttgtcgcctcct
gi|16 : acccttttaattattcgttacaacatatgttttaaaat----ATTCAAA-GTTCAACTTTCAA--------CCTCTG--TGTTCT-T-GT--A-AAGTG-AAACCCCCAAAA-GAAgttcaccttcattttctctaatcgccacctcc
gi|20 : aacccctataatggtttttattattcatgttttaaaattcagctgttaatgttctgaTACA--TTTAACATTGAA--------CCTCA--ATGTT-T-TTGT--A-AAGTG-AACCCTGCAAAACGGCAAGTATTCC-GAACAGC
gi|15 : ATGCAA--------CCTCCGTAT-TT-T-T-GA--A-GGGTG-AAACCCGCAA---GGAAAGTACTCT-GAACTGCCGT-GTTGTTGGAACGCATAACC--------CAAAATTTAT--TTGGTACCC----TAC-GCGTAGTT---A-Tc
gi|18 : gaccag-T-GT--A-AAGTG-AAACCCGCAAAA-ATAAAGTACTCC-GAATTGCCAT-GTTATTTGATCATACAATtt
gi|12 : aGCAAAA-GGAGAGTACTTC-AAACTGCAAT-GTTATTTCAACGTGCAA--ACCGT------AATTTAT--TTGGTACCG----TGC-ACGCAGTT---G--GT-Tccgttagttagttgatccttagt
gi|17 : aaataacacattttatcattgatttcaaatatttagaaataagatttttaggattttaggtgatataatA-GGAAACAACGTC-AAATGAC-GT-GTTATTTGAACGTACAACCCGCG--------ATTTAT--GTGGTACAC----TCC-ACGAGGTT---G-TTT-TTAC-C---ATTC-----CGACA---TTTAA--TGcta
gi|9 : ac-GAAAAGTTCTCC-AAACTACCTA-GTTAATTTAACATACAACCAGC--------AGTCTAT--TTGGTGCCC----ACC-TCGTGGTT---G-CTT-TTAC-C---ATTCCTAGACTACA---TTCAAATTGTA-TATATATATGTGCCCTTT--C--TCTCA--AATATTG-----------CACCACT-AAACAAACC--TATTTCGGACAAATTTAAAC-TAACACCTTC
gi|6 : GTACCGT-GAACAGCCAT-GTTATTTGAAC---CA-----------C--AATTCAT--TTGTTACTC----TGC-TCGCAGT--------T-TTAATT---ATTC-----CTACA---CTCAG--TGTC-C------------CTTTT--T--ACTAA--AATATTG-GATCTC-AA-CACTATT-AAACAatttcctttaattgc
gi|19 : ttttaaaaaacatgtttaaatattcataacaaaggttttaaaattatttctatcacaaactgaaacagattcaaaattcaacctcaacgtttttGGTT---G-T-T-TTTA-T---TTTT-----TTTTAAAATCAAA--TATG-T------------TGTTT--C--ACTCA--AATTGTG-CATCTT-TA-CATCAAT-AAACAAGCC--TATTTCcaaacacaaatgtcctataattagcaccgtctttaa
gi|21 : TT--T--ACTCA--AATATTG-CATCTT--G-CATCATT-AAACAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GAATTTTATCTCGGTGTTTTTATAAGGTTAAACCAGCAAAAAGAAAGTTCTCTGAACTACCGTGTTATTGGAACCTATAATCTCGCGGTAGTTTTTACACTTTCTTTATTTATATAATTATAAAGGTTATATTCTATATGCCCTTTTACACAGATATTGCATCTTAATACT
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111 333333333333 1 22222222 2222222222 1111111 11111111111111 222222 11
lowQualScore : 888 66 0000000 66 55 9999 4 3 1 44 44 0000000 2 000000000000 2 2 5 33 2 2 2 11111111 33 0 66 1 77777 222 3 5555555555 44 9999999 44 1 99999999999999 4 666 3 55 3 3 4 888888 0 6 00 8 2
lowQualScore : ... .. ....... .. .. .... . . . .. .. ....... . ............ . . . .. . . . ........ .. . .. . ..... ... . .......... .. ....... .. . .............. . ... . .. . . . ...... . . .. . .
lowQualScore : 888 00 9999999 99 11 6666 6 5 1 66 66 0000000 7 999999999999 7 5 0 44 1 5 5 55555555 99 8 66 4 11111 666 1 7777777777 66 2222222 66 0 66666666666666 3 888 3 11 3 3 0 999999 9 3 22 0 5
consensus : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT-AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAACC--C---G-CAATT--TATTTGGTACCCTGCGCGCGGT-----TGTTT-TTNNC-------AT--TC-------CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
Reference ( family-141 ) : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAN-AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAAATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAACC--C---C-CAATT--TATTTGGTACCCTGCGCGCGGT-----TGTNT-TTNAC-------AT--TC-------CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--NAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-TAAAC-TAACACCTTC
gi|1 : TTACAACATATGTTTTAAAAT-AT--T---T--TT-TTA------------------------TT--TAG--AATTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-AAAG--GCTGTTTTATTTGAACGTACAACC--C---G-CAATG--TATTTGGTACCTAGTACGTAGT-----TG-GT-TTTACT------AT--TC-------CT--ACTTTAA--------------ATGGGCTCTTT--TGC-AGCAATATTG-GATC-TCAA-CAACAAT-AATCAAG---TATGTTTCTTATAAAC
gi|10 : acccttttaattattcgATTACAA---ATGCTTTAAAAT-AA--T---TGTTT-TTA--AGAAATGAAACAAATCTACCTTTT--TAA--GGGTTA-------ACATTCAATAT-TCC-----ATC--TC-----------AGTTAAAGTCTCAACA-GAAAAGTACCCC-TTACTAGCAATGTTATTTGAACATATGGCC--C---A-TAATT--TATGTGGTgttcaccttcattttctctaatcgccacctcc
gi|11 : aatttttttattattcATTTTATCT-CGG------TG--TT-T-TTAT--AAGGTTAAACCAGCAAAA-AGAAAGTTCTCT-GAACT-ACCGTGTTATTGGAACCTATAATC--T---CGCGG----TAGTTTTTACACT--------T-----TCTTTATTTAT-------ATAATTATAAAGGTT--ATATTCT--------------ATATGCCCTTT--TAC-ACAGATATTG-CATC-TTAA-TAC
gi|12 : gaGCAAAA-GGAGAGTACTTC-AAACT-GCAATGTTATTTCAACGTGCAAAC--C---G-TAATT--TATTTGGTACCGTGCACGCAGT-----TGt
gi|13 : aaataacacattttatcattgatttcaaatatttagaaataagatttttaggattttaggtgatataatTTACAG---ATATTTTAAAAC-AA--TACGT--TT-TTAAACGAACTGATACAGATTTA--------------GTTCA-------A-ATTAAACGT-CC------ATG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-Ggttcta
gi|14 : aaataatgttttattaacataacattATT-CAA---ATGTTTTAAAAT-AT--T---T--TT-TTC--AGAACTGAAATATATCTATTTA-T--TAA--AATTCA-------ACATGCAGTATACAGTCGCCGTGTTTT-T-T-GT--AAAGTGAAGCCCGCAAAA-GGAAAGT
gi|15 : atcATGCAACCT-CCGT----AT---TT-T-T-GA--AGGGTGAAACCCGCAA---GGAAAGTACTCT-GAACT-GCCGTGTTGTTGGAACGCATAACC--C---A-AAATT--TATTTGGTACCCTACGCGTAGT-----TATTT-
gi|16 : gaccagATT--CAA--AGTTCA-------ACTTTCAACCT-CTG------TG--TTCT-T-GT--AAAGTGAAACCCCCAAAA-GAA
gi|17 : aacccctataatggtttttattattcatgttttaaaattcagctgttaatgttctgaA-GGAAACAACGTC-AAA-T-GACGTGTTATTTGAACGTACAACC--C---G-CGATT--TATGTGGTACACTCCACGAGGT-----TGTTT-TTACC-------AT--TC-------CG--ACATTTA--------------ATG
gi|18 : ac-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-ATAAAGTACTCC-GAATT-GCCATGTTATTTGATCATACAATC--C---
gi|19 : aGGT-----TGTTT-TTATT-------TT--TT-------TTTAAAATCAA--------------ATATGTTGTTT--CAC-TCAAATTGTG-CATC-TTTA-CATCAAT-AAACAAGCC---TATTTCgttagttagttgatccttagt
gi|2 : ATTACAA---ATATTTTA---C-AC--T---T--TT-GTA--CAAACTGAAACTAATTTAATTATT--TAC--AGTTCA-------ACATTCAGCCT-CGG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACTCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACA-ACTGAGTTATTTGAACGTACAATTGGCGTGG-CAATT--TATTTGGTACCCTGCGCGAGGT-----TGTGT-TTCAT-------AT--TC-------CT--GTATTCA--------------ATGTATCCTTT--GAC-TCAAATAGTG-TATC-GTAA-CACCATT-AAACAATCCTT-TGTTTCGTACAAACC-CAAACATAA-ACCTTC
gi|20 : aaTTTA-------ACATTGAACCT-CA------ATG--TT-T-TTGT--AAAGTGAACCCTGCAAAACGGCAAGTATTCC-GAACA-GCCttatt
gi|21 : tacaTT--TAC-TCAAATATTG-CATC-TT-G-CATCATT-AAACAAGC
gi|3 : ttgttttatctttccaacaTAAAACATATTTATTTATT--TAA--AGTTTA--------TATTCAACTT-CTG------CG--TT-T-TAGC--AAAGTGAAACCTGCAAAA-GGAAAGTATTCC-GAACT-GCCGTGTTAATCGAACGTACAACC--C---A-GAATT--GATTTGGTACCCAGCTTGCGGA-----TGTTA-TTTATTCATTTAAT--TC-------TT--ACATTAT--------------ATATGCCTTTT--CGA-CCAAA-ACTGCCATC-TTAA-TACCATT-ATACAAAC----TATATCACAAGAACCAAAAAC-TTACGCTTTCata
gi|4 : ttttgaataacaaatgtttTGAAACAAATTTATTGAGT--TAA--AGTTCA-------ATATTCATACT-CAG------T---TT-T-T-GTTCAAAATG------TCAA-------------CT-GCACT-GTCGCGTTATTTGGACATACGACC--C---G-TAATTTATATTCAGTACCTTGC---CGGTGTTTATATGT-TTTGCT------AT--T--------CT--AAATTCA--------------GTGGGCC--TT--TACTTCAAATGTTA-CATC-AGAA-CACTTTT-AAACAAACA---TATGTCGTACGAACC-CAAAC-Tatgccctttaattacct
gi|5 : caaaatgtctatttaacaactcactcataTTTATTGATAACAAGCTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-TGT-GA--AAAGTGAAACAGGCAGAA-GGTAAAAACTTC-AGTTT-ATCGTGTTATTTGAACGCACACCC--C---A-CAATT--AATTTGGAACCCTCCA-GCAGT-----TGATA-TTACC-------AT--TC-------CT--ACACTCA--------------ATATGCCATTT--CAC-CCAAAAATTG-CATCTTTAATCACCATTCAAAGAA--T-T-TATTTCGTAC-AACC-TAAAT-TAACACCTTCttgttcactctatttgtcgcctcct
gi|6 : tttacactttatcataaattacccttatacccATAACAA---AGGTTTTAAAATTAT--T---T--CTATCA--CAAACTGAAACAGATT-------------------CA-------AAATTCAACCT-CA------ACG--TT-T-TTGT--A---------CCGT------------------GAACA-GCCATGTTATTTGAAC---CA-----------CAATT--CATTTGTTACTCTGCTCGCAGT-----TTTAA-TT----------AT--TC-------CT--ACACTCA--------------GTGTCCCTTTT--TAC-TAAAATATTG-GATC-TCAA-CACTATT-AAACAa
gi|7 : ttttaaaaaacatgtttaaatattcAA---ATGTT--AAAAT-GAGTT---T--TT-TTA--CTAACTGAAACAGATTTATTTATT--CAA--AGGTCA-------ACACACAACAT-CAGT----AT---TT-T-T-GT--AAAGTAAAACCAGCAAAA-GGTAACTACTCCTGAA-T-GCCATGTAATTTGTACGTACAGCC--T---G-TACAT--TATTTGGTACCTTGCGCTAGGT-----T-CAT-TTTCC-------AT--TC-------TT--TCATTGA--------------ATATACCGTT-------TCAAATATTG-AATC-TCAA-CACCcaaacacaaatgtcctataattagcaccgtctttaa
gi|8 : ttttattttccattgtgaATAATAA---ATGTTTTAGAAT-AA--A---T--TT---A--CGAACTGAAACAGATATATTTATT--CAA--AATTCATAATTTAACATTCAACCT-TA------ATGT-TT-T-T-GT--AAAGTGAAAGGCACTAAA-TAAAAATACTCC-GAACC-GC-----------AACGTA-AA------------------ATTTGGTACCCTGTGTGCGTT-----TAATT-TTAAA-------AT--TT-------CT--ACAATTA--------------ATGCG--CTTTAACAC-TCCAGTATTG-CATC-TTAA-CATTATC-AAACAAGCC-T-C-TTTCGT
gi|9 : c-GAAAAGTTCTCC-AAACT-ACCTAGTTAATTTAACATACAACC--A---G-CAGTC--TATTTGGTGCCCACCTCGTGGT-----TGCTT-TTACC-------AT--TCCTAGA--CT--ACATTCAAATTGTATATATATATGTGCCCTTT--CTC-TCAAATATTG-----------CACCACT-AAACAAACC---TATTTCGGACAAATT-TAAAC-TAACACCTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111 333333333333 1 111111111 111111111111 11111111111111 222222
lowQualScore : 777 3333333333 66 4 999 3 0 88888 44 44 0000000 2 000000000000 2 2 5 33 2 2 2 2 33 444 0 33 3 66 2 7777 2 777777777 666666666666 44 1 99999999999999 4 555 3 55 3 3 4 888888 0 6 99 8 2
lowQualScore : ... .......... .. . ... . . ..... .. .. ....... . ............ . . . .. . . . . .. ... . .. . .. . .... . ......... ............ .. . .............. . ... . .. . . . ...... . . .. . .
lowQualScore : 888 7777777777 11 4 000 5 5 00000 66 66 0000000 7 999999999999 7 5 0 44 1 5 5 7 77 777 3 77 1 66 6 8888 9 000000000 888888888888 66 0 66666666666666 3 444 3 11 3 3 0 999999 9 3 44 0 5
consensus : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTGN---T-TTTACT------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
Reference ( family-141 ) : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTGT---T-TTTNNC------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
gi|1 : TTACAACATATGTTTTAAAAT--AT--T---T--TT-TTA------------------------TT--TAG--AATTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-AAAG--GCTGTTTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATG--TATTTGGTAC-CTAGTACGTAGTTGG---T-TTTACT------ATT------C-----CT--ACTTTAA--------------ATGGGCTCTTT--TGC-AGCAATATTG-GATC-TCAA-CAACAAT-AATCAAG---TATGTTTCTTATAAAC
gi|10 : acccttttaattattcgATTACAA---ATGCTTTAAAAT--AA--T---TGTTT-TTA--AGAAATGAAACAAATCTACCTTTT--TAA--GGGTTA-------ACATTCAATAT-TCC-----ATC--TC-----------AGTTAAAGTCTCAACA-GAAAAGTACCCC-TTACTAGCAATGTTATTTGAACATATGG-CC--C---ATAATT--TATGTGGTgttcaccttcattttctctaatcgccacctcc
gi|11 : aatttttttattattcATTTTATCT-CGG------TG--TT-T-TTAT--AAGGTTAAACCAGCAAAA-AGAAAGTTCTCT-GAACT-ACCGTGTTATTGGAACCTATAATCT--C---GCGG----TAGTTTTTACACTTTC-----TTTAT---T-TATATA------ATTATAAAGG-----TT--ATATTCT--------------ATATGCCCTTT--TAC-ACAGATATTG-CATC-TTAA-TAC
gi|12 : gaGCAAAA-GGAGAGTACTTC-AAACT-GCAATGTTATTTCAACGTGCAA-AC--C---GTAATT--TATTTGGTAC-CGTGCACGCAGTTGG---T-TCTt
gi|13 : aaataacacattttatcattgatttcaaatatttagaaataagatttttaggattttaggtgatataatTTACAG---ATATTTTAAAAC--AA--TACGT--TT-TTAAACGAACTGATACAGATTTA--------------GTTCA-------A-ATTAAACGT-CC------ATG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-Ga
gi|14 : aaataatgttttattaacataacattATT-CAA---ATGTTTTAAAAT--AT--T---T--TT-TTC--AGAACTGAAATATATCTATTTA-T--TAA--AATTCA-------ACATGCAGTATACAGTCGCCGTGTTTT-T-T-GT--AAAGTGAAGCCCGCAAAA-GGAAAGT
gi|15 : atcATGCAACCT-CCGT----AT---TT-T-T-GA--AGGGTGAAACCCGCAA---GGAAAGTACTCT-GAACT-GCCGTGTTGTTGGAACGCATAA-CC--C---AAAATT--TATTTGGTAC-CCTACGCGTAGTTAT---T-T
gi|16 : gaccag---ATGTTTTAAAATTCAG--C---T--GT-TAA--TGTTCTGAA-------------TT--CAA--AGTTCA-------ACTTTCAACCT-CTG------TG--TTCT-T-GT--AAAGTGAAACCCCCAAAA-GAA
gi|17 : aacccctataatggtttttattattcA-GGAAACAACGTC-AAA-T-GACGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCGATT--TATGTGGTAC-ACTCCACGAGGTTGT---T-TTTACC------ATT------C-----CG--ACATTTA--------------ATG
gi|18 : ac-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-ATAAAGTACTCC-GAATT-GCCATGTTATTTGATCATACAA-TC--C---GTTAGT--TAGTTGAT
gi|19 : aGGTTGT---T-TTTATT------TTT------T-----TTTAAAATCAA--------------ATATGTTGTTT--CAC-TCAAATTGTG-CATC-TTTA-CATCAAT-AAACAAGCC---TATTTCccttagt
gi|2 : ATTACAA---ATATTTTA---C--AC--T---T--TT-GTA--CAAACTGAAACTAATTTAATTATT--TAC--AGTTCA-------ACATTCAGCCT-CGG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACTCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACA-ACTGAGTTATTTGAACGTACAA-TTGGCGTGGCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGAGGTTGT---G-TTTCAT------ATT------C-----CT--GTATTCA--------------ATGTATCCTTT--GAC-TCAAATAGTG-TATC-GTAA-CACCATT-AAACAATCCTT-TGTTTCGTACAAACC-CAAACATAA-ACCTTC
gi|20 : aaTTTA-------ACATTGAACCT-CA------ATG--TT-T-TTGT--AAAGTGAACCCTGCAAAACGGCAAGTATTCC-GAACA-GCCttatt
gi|21 : tacaTT--TAC-TCAAATATTG-CATC-TT-G-CATCATT-AAACAAGC
gi|3 : ttgttttatctttccaacaTAAAACATATTTATTTATT--TAA--AGTTTA--------TATTCAACTT-CTG------CG--TT-T-TAGC--AAAGTGAAACCTGCAAAA-GGAAAGTATTCC-GAACT-GCCGTGTTAATCGAACGTACAA-CC--C---AGAATT--GATTTGGTAC-CCAGCTTGCGGATGT---TATTTATTCATTTAATT------C-----TT--ACATTAT--------------ATATGCCTTTT--CGA-CCAAA-ACTGCCATC-TTAA-TACCATT-ATACAAAC----TATATCACAAGAACCAAAAAC-TTACGCTTTCata
gi|4 : ttttgaataacaaatgtttTGAAACAAATTTATTGAGT--TAA--AGTTCA-------ATATTCATACT-CAG------T---TT-T-T-GTTCAAAATG------TCAA-------------CT-GCACT-GTCGCGTTATTTGGACATACGA-CC--C---GTAATTTATATTCAGTAC-CTTGCCGGTGTTTATATGT-TTTGCT------ATT------------CT--AAATTCA--------------GTGGGCC--TT--TACTTCAAATGTTA-CATC-AGAA-CACTTTT-AAACAAACA---TATGTCGTACGAACC-CAAAC-Tatgccctttaattacct
gi|5 : caaaatgtctatttaacaactcactcataTTTATTGATAACAAGCTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-TGT-GA--AAAGTGAAACAGGCAGAA-GGTAAAAACTTC-AGTTT-ATCGTGTTATTTGAACGCACAC-CC--C---ACAATT--AATTTGGAAC-CCTCCA-GCAGTTGA---T-ATTACC------ATT------C-----CT--ACACTCA--------------ATATGCCATTT--CAC-CCAAAAATTG-CATCTTTAATCACCATTCAAAGAA--T-T-TATTTCGTAC-AACC-TAAAT-TAACACCTTCttgttcactctatttgtcgcctcct
gi|6 : tttacactttatcataaattacccttatacccATAACAA---AGGTTTTAAAATT-AT--T---T--CTATCA--CAAACTGAAACAGATT-------------------CA-------AAATTCAACCT-CA------ACG--TT-T-TTGT--A---------CCGT------------------GAACA-GCCATGTTATTTGAAC-----------C---ACAATT--CATTTGTTAC-TCTGCTCGCAGTT-------TTAATT------ATT------C-----CT--ACACTCA--------------GTGTCCCTTTT--TAC-TAAAATATTG-GATC-TCAA-CACTATT-AAACAa
gi|7 : ttttaaaaaacatgtttaaatattcAA---ATGTT--AAAAT--GAGTT---T--TT-TTA--CTAACTGAAACAGATTTATTTATT--CAA--AGGTCA-------ACACACAACAT-CAGT----AT---TT-T-T-GT--AAAGTAAAACCAGCAAAA-GGTAACTACTCCTGAA-T-GCCATGTAATTTGTACGTACAG-CC--T---GTACAT--TATTTGGTAC-CTTGCGCTAGGTTCA---T-TTT-CC------ATT------C-----TT--TCATTGA--------------ATATACCGTT-------TCAAATATTG-AATC-TCAA-CACCcaaacacaaatgtcctataattagcaccgtctttaa
gi|8 : ttttattttccattgtgaATAATAA---ATGTTTTAGAAT--AA--A---T--TT---A--CGAACTGAAACAGATATATTTATT--CAA--AATTCATAATTTAACATTCAACCT-TA------ATGT-TT-T-T-GT--AAAGTGAAAGGCACTAAA-TAAAAATACTCC-GAACC-GC-----------AACGTA-AA------------------ATTTGGTAC-CCTGTGTGCGTTTAA---T-TTTAAA------ATT------T-----CT--ACAATTA--------------ATGCG--CTTTAACAC-TCCAGTATTG-CATC-TTAA-CATTATC-AAACAAGCC-T-C-TTTCGT
gi|9 : c-GAAAAGTTCTCC-AAACT-ACCTAGTTAATTTAACATACAA-CC--A---GCAGTC--TATTTGGTGC-CCACCTCGTGGTTGC---T-TTTACC------ATT------CCTAGACT--ACATTCAAATTGTATATATATATGTGCCCTTT--CTC-TCAAATATTG-----------CACCACT-AAACAAACC---TATTTCGGACAAATT-TAAAC-TAACACCTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111 333333333333 1 111111111111 11111111111111 222222
lowQualScore : 777 3333333333 66 4 999 3 0 88888 44 44 0000000 2 000000000000 2 2 5 33 2 2 2 2 33 444 0 33 3 66 2 77777 2 3 9999999 666666666666 44 1 99999999999999 4 555 3 55 3 3 4 888888 0 6 99 8 2
lowQualScore : ... .......... .. . ... . . ..... .. .. ....... . ............ . . . .. . . . . .. ... . .. . .. . ..... . . ....... ............ .. . .............. . ... . .. . . . ...... . . .. . .
lowQualScore : 888 7777777777 11 4 000 5 5 00000 66 66 0000000 7 999999999999 7 5 0 44 1 5 5 7 77 777 3 77 1 66 6 66666 9 1 9999999 888888888888 66 0 66666666666666 3 444 3 11 3 3 0 999999 9 3 44 0 5
consensus : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTG---NT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
Reference ( family-141 ) : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTG---NT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
gi|1 : TTACAACATATGTTTTAAAAT--AT--T---T--TT-TTA------------------------TT--TAG--AATTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-AAAG--GCTGTTTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATG--TATTTGGTAC-CTAGTACGTAGTTG---GT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACTTTAA--------------ATGGGCTCTTT--TGC-AGCAATATTG-GATC-TCAA-CAACAAT-AATCAAG---TATGTTTCTTATAAAC
gi|10 : acccttttaattattcgATTACAA---ATGCTTTAAAAT--AA--T---TGTTT-TTA--AGAAATGAAACAAATCTACCTTTT--TAA--GGGTTA-------ACATTCAATAT-TCC-----ATC--TC-----------AGTTAAAGTCTCAACA-GAAAAGTACCCC-TTACTAGCAATGTTATTTGAACATATGG-CC--C---ATAATT--TATGTGGTgttcaccttcattttctctaatcgccacctcc
gi|11 : aatttttttattattcATTTTATCT-CGG------TG--TT-T-TTAT--AAGGTTAAACCAGCAAAA-AGAAAGTTCTCT-GAACT-ACCGTGTTATTGGAACCTATAATCT--C---GCGG----TAGTTTTTACACTTTC------TTT---AT-TTATATA------ATTATAAAGG-----TT--ATATTCT--------------ATATGCCCTTT--TAC-ACAGATATTG-CATC-TTAA-TAC
gi|12 : gaGCAAAA-GGAGAGTACTTC-AAACT-GCAATGTTATTTCAACGTGCAA-AC--C---GTAATT--TATTTGGTAC-CGTGCACGCAGTTG---GT-TC-TAt
gi|13 : aaataacacattttatcattgatttcaaatatttagaaataagatttttaggattttaggtgatataatTTACAG---ATATTTTAAAAC--AA--TACGT--TT-TTAAACGAACTGATACAGATTTA--------------GTTCA-------A-ATTAAACGT-CC------ATG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-G
gi|14 : aaataatgttttattaacataacattATT-CAA---ATGTTTTAAAAT--AT--T---T--TT-TTC--AGAACTGAAATATATCTATTTA-T--TAA--AATTCA-------ACATGCAGTATACAGTCGCCGTGTTTT-T-T-GT--AAAGTGAAGCCCGCAAAA-GGAAAGT
gi|15 : atcATGCAACCT-CCGT----AT---TT-T-T-GA--AGGGTGAAACCCGCAA---GGAAAGTACTCT-GAACT-GCCGTGTTGTTGGAACGCATAA-CC--C---AAAATT--TATTTGGTAC-CCTACGCGTAGTTA---TT-T
gi|16 : gaccag---ATGTTTTAAAATTCAG--C---T--GT-TAA--TGTTCTGAA-------------TT--CAA--AGTTCA-------ACTTTCAACCT-CTG------TG--TTCT-T-GT--AAAGTGAAACCCCCAAAA-GAA
gi|17 : aacccctataatggtttttattattcA-GGAAACAACGTC-AAA-T-GACGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCGATT--TATGTGGTAC-ACTCCACGAGGTTG---TT-TT-TACC------ATT------C-----CG--ACATTTA--------------ATG
gi|18 : ac-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-ATAAAGTACTCC-GAATT-GCCATGTTATTTGATCATACAA-TC--C---GTTAGT--TAGTTGAT
gi|19 : aGGTTG---TT-TT-TATT------TTT------T-----TTTAAAATCAA--------------ATATGTTGTTT--CAC-TCAAATTGTG-CATC-TTTA-CATCAAT-AAACAAGCC---TATTTCccttagt
gi|2 : ATTACAA---ATATTTTA---C--AC--T---T--TT-GTA--CAAACTGAAACTAATTTAATTATT--TAC--AGTTCA-------ACATTCAGCCT-CGG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACTCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACA-ACTGAGTTATTTGAACGTACAA-TTGGCGTGGCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGAGGTTG---TG-TT-TCAT------ATT------C-----CT--GTATTCA--------------ATGTATCCTTT--GAC-TCAAATAGTG-TATC-GTAA-CACCATT-AAACAATCCTT-TGTTTCGTACAAACC-CAAACATAA-ACCTTC
gi|20 : aaTTTA-------ACATTGAACCT-CA------ATG--TT-T-TTGT--AAAGTGAACCCTGCAAAACGGCAAGTATTCC-GAACA-GCCttatt
gi|21 : tacaTT--TAC-TCAAATATTG-CATC-TT-G-CATCATT-AAACAAGC
gi|3 : ttgttttatctttccaacaTAAAACATATTTATTTATT--TAA--AGTTTA--------TATTCAACTT-CTG------CG--TT-T-TAGC--AAAGTGAAACCTGCAAAA-GGAAAGTATTCC-GAACT-GCCGTGTTAATCGAACGTACAA-CC--C---AGAATT--GATTTGGTAC-CCAGCTTGCGGATG---TTATT-TATTCATTTAATT------C-----TT--ACATTAT--------------ATATGCCTTTT--CGA-CCAAA-ACTGCCATC-TTAA-TACCATT-ATACAAAC----TATATCACAAGAACCAAAAAC-TTACGCTTTCata
gi|4 : ttttgaataacaaatgtttTGAAACAAATTTATTGAGT--TAA--AGTTCA-------ATATTCATACT-CAG------T---TT-T-T-GTTCAAAATG------TCAA-------------CT-GCACT-GTCGCGTTATTTGGACATACGA-CC--C---GTAATTTATATTCAGTAC-CTTGCCGGTGTTTATATGT-TT-TGCT------ATT------------CT--AAATTCA--------------GTGGGCC--TT--TACTTCAAATGTTA-CATC-AGAA-CACTTTT-AAACAAACA---TATGTCGTACGAACC-CAAAC-Tatgccctttaattacct
gi|5 : caaaatgtctatttaacaactcactcataTTTATTGATAACAAGCTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-TGT-GA--AAAGTGAAACAGGCAGAA-GGTAAAAACTTC-AGTTT-ATCGTGTTATTTGAACGCACAC-CC--C---ACAATT--AATTTGGAAC-CCTCCA-GCAGTTG---AT-AT-TACC------ATT------C-----CT--ACACTCA--------------ATATGCCATTT--CAC-CCAAAAATTG-CATCTTTAATCACCATTCAAAGAA--T-T-TATTTCGTAC-AACC-TAAAT-TAACACCTTCttgttcactctatttgtcgcctcct
gi|6 : tttacactttatcataaattacccttatacccATAACAA---AGGTTTTAAAATT-AT--T---T--CTATCA--CAAACTGAAACAGATT-------------------CA-------AAATTCAACCT-CA------ACG--TT-T-TTGT--A---------CCGT------------------GAACA-GCCATGTTATTTGAAC-----------C---ACAATT--CATTTGTTAC-TCTGCTCGCAGTT-------TT-AATT------ATT------C-----CT--ACACTCA--------------GTGTCCCTTTT--TAC-TAAAATATTG-GATC-TCAA-CACTATT-AAACAa
gi|7 : ttttaaaaaacatgtttaaatattcAA---ATGTT--AAAAT--GAGTT---T--TT-TTA--CTAACTGAAACAGATTTATTTATT--CAA--AGGTCA-------ACACACAACAT-CAGT----AT---TT-T-T-GT--AAAGTAAAACCAGCAAAA-GGTAACTACTCCTGAA-T-GCCATGTAATTTGTACGTACAG-CC--T---GTACAT--TATTTGGTAC-CTTGCGCTAGGTTC---AT-TT-T-CC------ATT------C-----TT--TCATTGA--------------ATATACCGTT-------TCAAATATTG-AATC-TCAA-CACCcaaacacaaatgtcctataattagcaccgtctttaa
gi|8 : ttttattttccattgtgaATAATAA---ATGTTTTAGAAT--AA--A---T--TT---A--CGAACTGAAACAGATATATTTATT--CAA--AATTCATAATTTAACATTCAACCT-TA------ATGT-TT-T-T-GT--AAAGTGAAAGGCACTAAA-TAAAAATACTCC-GAACC-GC-----------AACGTA-AA------------------ATTTGGTAC-CCTGTGTGCGTTTA---AT-TT-TAAA------ATT------T-----CT--ACAATTA--------------ATGCG--CTTTAACAC-TCCAGTATTG-CATC-TTAA-CATTATC-AAACAAGCC-T-C-TTTCGT
gi|9 : c-GAAAAGTTCTCC-AAACT-ACCTAGTTAATTTAACATACAA-CC--A---GCAGTC--TATTTGGTGC-CCACCTCGTGGTTG---CT-TT-TACC------ATT------CCTAGACT--ACATTCAAATTGTATATATATATGTGCCCTTT--CTC-TCAAATATTG-----------CACCACT-AAACAAACC---TATTTCGGACAAATT-TAAAC-TAACACCTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111 333333333333 1 111111111111 11111111111111 222222
lowQualScore : 777 3333333333 66 4 999 3 0 88888 44 44 0000000 2 000000000000 2 2 5 33 2 2 2 2 33 444 0 33 3 66 2 77777 2 3 9999999 666666666666 44 1 99999999999999 4 555 3 55 3 3 4 888888 0 6 99 8 2
lowQualScore : ... .......... .. . ... . . ..... .. .. ....... . ............ . . . .. . . . . .. ... . .. . .. . ..... . . ....... ............ .. . .............. . ... . .. . . . ...... . . .. . .
lowQualScore : 888 7777777777 11 4 000 5 5 00000 66 66 0000000 7 999999999999 7 5 0 44 1 5 5 7 77 777 3 77 1 66 6 66666 9 1 9999999 888888888888 66 0 66666666666666 3 444 3 11 3 3 0 999999 9 3 44 0 5
consensus : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTG---NT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
Reference ( family-141 ) : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTG---NT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
gi|1 : TTACAACATATGTTTTAAAAT--AT--T---T--TT-TTA------------------------TT--TAG--AATTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-AAAG--GCTGTTTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATG--TATTTGGTAC-CTAGTACGTAGTTG---GT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACTTTAA--------------ATGGGCTCTTT--TGC-AGCAATATTG-GATC-TCAA-CAACAAT-AATCAAG---TATGTTTCTTATAAAC
gi|10 : acccttttaattattcgATTACAA---ATGCTTTAAAAT--AA--T---TGTTT-TTA--AGAAATGAAACAAATCTACCTTTT--TAA--GGGTTA-------ACATTCAATAT-TCC-----ATC--TC-----------AGTTAAAGTCTCAACA-GAAAAGTACCCC-TTACTAGCAATGTTATTTGAACATATGG-CC--C---ATAATT--TATGTGGTgttcaccttcattttctctaatcgccacctcc
gi|11 : aatttttttattattcATTTTATCT-CGG------TG--TT-T-TTAT--AAGGTTAAACCAGCAAAA-AGAAAGTTCTCT-GAACT-ACCGTGTTATTGGAACCTATAATCT--C---GCGG----TAGTTTTTACACTTTC------TTT---AT-TTATATA------ATTATAAAGG-----TT--ATATTCT--------------ATATGCCCTTT--TAC-ACAGATATTG-CATC-TTAA-TAC
gi|12 : gaGCAAAA-GGAGAGTACTTC-AAACT-GCAATGTTATTTCAACGTGCAA-AC--C---GTAATT--TATTTGGTAC-CGTGCACGCAGTTG---GT-TC-TAt
gi|13 : aaataacacattttatcattgatttcaaatatttagaaataagatttttaggattttaggtgatataatTTACAG---ATATTTTAAAAC--AA--TACGT--TT-TTAAACGAACTGATACAGATTTA--------------GTTCA-------A-ATTAAACGT-CC------ATG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-G
gi|14 : aaataatgttttattaacataacattATT-CAA---ATGTTTTAAAAT--AT--T---T--TT-TTC--AGAACTGAAATATATCTATTTA-T--TAA--AATTCA-------ACATGCAGTATACAGTCGCCGTGTTTT-T-T-GT--AAAGTGAAGCCCGCAAAA-GGAAAGT
gi|15 : atcATGCAACCT-CCGT----AT---TT-T-T-GA--AGGGTGAAACCCGCAA---GGAAAGTACTCT-GAACT-GCCGTGTTGTTGGAACGCATAA-CC--C---AAAATT--TATTTGGTAC-CCTACGCGTAGTTA---TT-T
gi|16 : gaccag---ATGTTTTAAAATTCAG--C---T--GT-TAA--TGTTCTGAA-------------TT--CAA--AGTTCA-------ACTTTCAACCT-CTG------TG--TTCT-T-GT--AAAGTGAAACCCCCAAAA-GAA
gi|17 : aacccctataatggtttttattattcA-GGAAACAACGTC-AAA-T-GACGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCGATT--TATGTGGTAC-ACTCCACGAGGTTG---TT-TT-TACC------ATT------C-----CG--ACATTTA--------------ATG
gi|18 : ac-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-ATAAAGTACTCC-GAATT-GCCATGTTATTTGATCATACAA-TC--C---GTTAGT--TAGTTGAT
gi|19 : aGGTTG---TT-TT-TATT------TTT------T-----TTTAAAATCAA--------------ATATGTTGTTT--CAC-TCAAATTGTG-CATC-TTTA-CATCAAT-AAACAAGCC---TATTTCccttagt
gi|2 : ATTACAA---ATATTTTA---C--AC--T---T--TT-GTA--CAAACTGAAACTAATTTAATTATT--TAC--AGTTCA-------ACATTCAGCCT-CGG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACTCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACA-ACTGAGTTATTTGAACGTACAA-TTGGCGTGGCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGAGGTTG---TG-TT-TCAT------ATT------C-----CT--GTATTCA--------------ATGTATCCTTT--GAC-TCAAATAGTG-TATC-GTAA-CACCATT-AAACAATCCTT-TGTTTCGTACAAACC-CAAACATAA-ACCTTC
gi|20 : aaTTTA-------ACATTGAACCT-CA------ATG--TT-T-TTGT--AAAGTGAACCCTGCAAAACGGCAAGTATTCC-GAACA-GCCttatt
gi|21 : tacaTT--TAC-TCAAATATTG-CATC-TT-G-CATCATT-AAACAAGC
gi|3 : ttgttttatctttccaacaTAAAACATATTTATTTATT--TAA--AGTTTA--------TATTCAACTT-CTG------CG--TT-T-TAGC--AAAGTGAAACCTGCAAAA-GGAAAGTATTCC-GAACT-GCCGTGTTAATCGAACGTACAA-CC--C---AGAATT--GATTTGGTAC-CCAGCTTGCGGATG---TTATT-TATTCATTTAATT------C-----TT--ACATTAT--------------ATATGCCTTTT--CGA-CCAAA-ACTGCCATC-TTAA-TACCATT-ATACAAAC----TATATCACAAGAACCAAAAAC-TTACGCTTTCata
gi|4 : ttttgaataacaaatgtttTGAAACAAATTTATTGAGT--TAA--AGTTCA-------ATATTCATACT-CAG------T---TT-T-T-GTTCAAAATG------TCAA-------------CT-GCACT-GTCGCGTTATTTGGACATACGA-CC--C---GTAATTTATATTCAGTAC-CTTGCCGGTGTTTATATGT-TT-TGCT------ATT------------CT--AAATTCA--------------GTGGGCC--TT--TACTTCAAATGTTA-CATC-AGAA-CACTTTT-AAACAAACA---TATGTCGTACGAACC-CAAAC-Tatgccctttaattacct
gi|5 : caaaatgtctatttaacaactcactcataTTTATTGATAACAAGCTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-TGT-GA--AAAGTGAAACAGGCAGAA-GGTAAAAACTTC-AGTTT-ATCGTGTTATTTGAACGCACAC-CC--C---ACAATT--AATTTGGAAC-CCTCCA-GCAGTTG---AT-AT-TACC------ATT------C-----CT--ACACTCA--------------ATATGCCATTT--CAC-CCAAAAATTG-CATCTTTAATCACCATTCAAAGAA--T-T-TATTTCGTAC-AACC-TAAAT-TAACACCTTCttgttcactctatttgtcgcctcct
gi|6 : tttacactttatcataaattacccttatacccATAACAA---AGGTTTTAAAATT-AT--T---T--CTATCA--CAAACTGAAACAGATT-------------------CA-------AAATTCAACCT-CA------ACG--TT-T-TTGT--A---------CCGT------------------GAACA-GCCATGTTATTTGAAC-----------C---ACAATT--CATTTGTTAC-TCTGCTCGCAGTT-------TT-AATT------ATT------C-----CT--ACACTCA--------------GTGTCCCTTTT--TAC-TAAAATATTG-GATC-TCAA-CACTATT-AAACAa
gi|7 : ttttaaaaaacatgtttaaatattcAA---ATGTT--AAAAT--GAGTT---T--TT-TTA--CTAACTGAAACAGATTTATTTATT--CAA--AGGTCA-------ACACACAACAT-CAGT----AT---TT-T-T-GT--AAAGTAAAACCAGCAAAA-GGTAACTACTCCTGAA-T-GCCATGTAATTTGTACGTACAG-CC--T---GTACAT--TATTTGGTAC-CTTGCGCTAGGTTC---AT-TT-T-CC------ATT------C-----TT--TCATTGA--------------ATATACCGTT-------TCAAATATTG-AATC-TCAA-CACCcaaacacaaatgtcctataattagcaccgtctttaa
gi|8 : ttttattttccattgtgaATAATAA---ATGTTTTAGAAT--AA--A---T--TT---A--CGAACTGAAACAGATATATTTATT--CAA--AATTCATAATTTAACATTCAACCT-TA------ATGT-TT-T-T-GT--AAAGTGAAAGGCACTAAA-TAAAAATACTCC-GAACC-GC-----------AACGTA-AA------------------ATTTGGTAC-CCTGTGTGCGTTTA---AT-TT-TAAA------ATT------T-----CT--ACAATTA--------------ATGCG--CTTTAACAC-TCCAGTATTG-CATC-TTAA-CATTATC-AAACAAGCC-T-C-TTTCGT
gi|9 : c-GAAAAGTTCTCC-AAACT-ACCTAGTTAATTTAACATACAA-CC--A---GCAGTC--TATTTGGTGC-CCACCTCGTGGTTG---CT-TT-TACC------ATT------CCTAGACT--ACATTCAAATTGTATATATATATGTGCCCTTT--CTC-TCAAATATTG-----------CACCACT-AAACAAACC---TATTTCGGACAAATT-TAAAC-TAACACCTTC
blockSeqs : . AATACG GT A AAC A CCTTT GA CA TAATTTA A AGTCGCCGTGTT C G T TC C T A T GG GTG TA A AC C ATATG A A TCATTTA ATAAAGG TA C AATTGTATATATAT C AAC T CC T T C TCCTT A AA . C
blockSeqs : . TCAGC . . A G ATTAT . . . . CCATC . . T . . . . . . . . . GC T TA . . A CCTAGA . T . G T . C . . . GCCT G C . C
blockSeqs : . GAGTT . . A T TTTAT . . . . CGTAT . . T . . . . . . . . . AC A GG . . C C . A . C C . C . . . GCC G T . C
blockSeqs : . TATT . . T A TTGAG . . . . GGATG . . A . . . . . . . . . GC A AT . . T T . C . T G . T . . . ACA A T .
blockSeqs : . AAT . . C T TTTAT . . . . AGTAT . . T . . . . . . . . . TT C GT . . T C . A . A T . C . . . ACC .
blockSeqs : . ATT . . C A TTTAT . . . . AATGT . . . . . . . . . . . . CG T GT . . T C . C . T C . C . . . AC
blockSeqs : . ACT . . C G TTTAT . . . . GGTG . . . . . . . . . . . . TC C GT . . C C . C . G T . C . . . TT
blockSeqs : . AAA . . C G TTTA . . . . CATG . . . . . . . . . . . . GC C GT . . T C . C . C C . G . . .
blockSeqs : G T . . . . TGTG . . . . . . . . . . . . GT A GA . . C C . G . C T . A . . .
blockSeqs : . . . . . . AATG . . . . . . . . . . . . TC C CA . . A T . T . . C . C . .
blockSeqs : . . . . . TGCG . . . . . . . . . . . . A T AA . . C . . C . . . . . .
blockSeqs : . . AGTG . . . . . . . . . . . . . . GC . .
blockSeqs : . AACG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AGT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *** C** TTTAT
originalCons : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTG---NT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
finalCons : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTAC--GAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTG---NT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111 333333333333 1 111111111111 11111111111111 222222
lowQualScore : 777 3333333333 66 4 999 3 0 88888 44 44 0000000 2 000000000000 2 2 5 33 2 2 2 2 33 444 0 33 3 66 2 77777 2 3 9999999 666666666666 44 1 99999999999999 4 555 3 55 3 3 4 888888 0 6 99 8 2
lowQualScore : ... .......... .. . ... . . ..... .. .. ....... . ............ . . . .. . . . . .. ... . .. . .. . ..... . . ....... ............ .. . .............. . ... . .. . . . ...... . . .. . .
lowQualScore : 888 7777777777 11 4 000 5 5 00000 66 66 0000000 7 999999999999 7 5 0 44 1 5 5 7 77 777 3 77 1 66 6 66666 9 1 9999999 888888888888 66 0 66666666666666 3 444 3 11 3 3 0 999999 9 3 44 0 5
consensus : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTG---NT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
Reference ( family-141 ) : NNATTACAA---ATGTTTTAAAAT--AN--T---T--TT-TTA--CGAACTGAAACAGATTTATTTATT--TAA--AGTTCA-------ACATTCAACCT-CAG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACT-GCCGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGCGGTTG---NT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACATTCA--------------ATGTGCCCTTT--CAC-TCAAATATTG-CATC-TTAA-CACCATT-AAACAAGCC-T-TATTTCGTACGAACC-CAAAC-TAACACCTTC
gi|1 : TTACAACATATGTTTTAAAAT--AT--T---T--TT-TTA------------------------TT--TAG--AATTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-AAAG--GCTGTTTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCAATG--TATTTGGTAC-CTAGTACGTAGTTG---GT-TT-TACT------ATT------C-----CT--ACTTTAA--------------ATGGGCTCTTT--TGC-AGCAATATTG-GATC-TCAA-CAACAAT-AATCAAG---TATGTTTCTTATAAAC
gi|10 : acccttttaattattcgATTACAA---ATGCTTTAAAAT--AA--T---TGTTT-TTA--AGAAATGAAACAAATCTACCTTTT--TAA--GGGTTA-------ACATTCAATAT-TCC-----ATC--TC-----------AGTTAAAGTCTCAACA-GAAAAGTACCCC-TTACTAGCAATGTTATTTGAACATATGG-CC--C---ATAATT--TATGTGGTgttcaccttcattttctctaatcgccacctcc
gi|11 : aatttttttattattcATTTTATCT-CGG------TG--TT-T-TTAT--AAGGTTAAACCAGCAAAA-AGAAAGTTCTCT-GAACT-ACCGTGTTATTGGAACCTATAATCT--C---GCGG----TAGTTTTTACACTTTC------TTT---AT-TTATATA------ATTATAAAGG-----TT--ATATTCT--------------ATATGCCCTTT--TAC-ACAGATATTG-CATC-TTAA-TAC
gi|12 : gaGCAAAA-GGAGAGTACTTC-AAACT-GCAATGTTATTTCAACGTGCAA-AC--C---GTAATT--TATTTGGTAC-CGTGCACGCAGTTG---GT-TC-TAt
gi|13 : aaataacacattttatcattgatttcaaatatttagaaataagatttttaggattttaggtgatataatTTACAG---ATATTTTAAAAC--AA--TACGT--TT-TTAAACGAACTGATACAGATTTA--------------GTTCA-------A-ATTAAACGT-CC------ATG--TT-T-TTGT--AAGGTGAAACCCGCAAAA-G
gi|14 : aaataatgttttattaacataacattATT-CAA---ATGTTTTAAAAT--AT--T---T--TT-TTC--AGAACTGAAATATATCTATTTA-T--TAA--AATTCA-------ACATGCAGTATACAGTCGCCGTGTTTT-T-T-GT--AAAGTGAAGCCCGCAAAA-GGAAAGT
gi|15 : atcATGCAACCT-CCGT----AT---TT-T-T-GA--AGGGTGAAACCCGCAA---GGAAAGTACTCT-GAACT-GCCGTGTTGTTGGAACGCATAA-CC--C---AAAATT--TATTTGGTAC-CCTACGCGTAGTTA---TT-T
gi|16 : gaccag---ATGTTTTAAAATTCAG--C---T--GT-TAA--TGTTCTGAA-------------TT--CAA--AGTTCA-------ACTTTCAACCT-CTG------TG--TTCT-T-GT--AAAGTGAAACCCCCAAAA-GAA
gi|17 : aacccctataatggtttttattattcA-GGAAACAACGTC-AAA-T-GACGTGTTATTTGAACGTACAA-CC--C---GCGATT--TATGTGGTAC-ACTCCACGAGGTTG---TT-TT-TACC------ATT------C-----CG--ACATTTA--------------ATG
gi|18 : ac-T-GT--AAAGTGAAACCCGCAAAA-ATAAAGTACTCC-GAATT-GCCATGTTATTTGATCATACAA-TC--C---GTTAGT--TAGTTGAT
gi|19 : aGGTTG---TT-TT-TATT------TTT------T-----TTTAAAATCAA--------------ATATGTTGTTT--CAC-TCAAATTGTG-CATC-TTTA-CATCAAT-AAACAAGCC---TATTTCccttagt
gi|2 : ATTACAA---ATATTTTA---C--AC--T---T--TT-GTA--CAAACTGAAACTAATTTAATTATT--TAC--AGTTCA-------ACATTCAGCCT-CGG-----ATG--TT-T-T-GT--AAAGTGAAACTCGCAAAA-GGAAAGTACTCC-GAACA-ACTGAGTTATTTGAACGTACAA-TTGGCGTGGCAATT--TATTTGGTAC-CCTGCGCGAGGTTG---TG-TT-TCAT------ATT------C-----CT--GTATTCA--------------ATGTATCCTTT--GAC-TCAAATAGTG-TATC-GTAA-CACCATT-AAACAATCCTT-TGTTTCGTACAAACC-CAAACATAA-ACCTTC
gi|20 : aaTTTA-------ACATTGAACCT-CA------ATG--TT-T-TTGT--AAAGTGAACCCTGCAAAACGGCAAGTATTCC-GAACA-GCCttatt
gi|21 : tacaTT--TAC-TCAAATATTG-CATC-TT-G-CATCATT-AAACAAGC
gi|3 : ttgttttatctttccaacaTAAAACATATTTATTTATT--TAA--AGTTTA--------TATTCAACTT-CTG------CG--TT-T-TAGC--AAAGTGAAACCTGCAAAA-GGAAAGTATTCC-GAACT-GCCGTGTTAATCGAACGTACAA-CC--C---AGAATT--GATTTGGTAC-CCAGCTTGCGGATG---TTATT-TATTCATTTAATT------C-----TT--ACATTAT--------------ATATGCCTTTT--CGA-CCAAA-ACTGCCATC-TTAA-TACCATT-ATACAAAC----TATATCACAAGAACCAAAAAC-TTACGCTTTCata
gi|4 : ttttgaataacaaatgtttTGAAACAAATTTATTGAGT--TAA--AGTTCA-------ATATTCATACT-CAG------T---TT-T-T-GTTCAAAATG------TCAA-------------CT-GCACT-GTCGCGTTATTTGGACATACGA-CC--C---GTAATTTATATTCAGTAC-CTTGCCGGTGTTTATATGT-TT-TGCT------ATT------------CT--AAATTCA--------------GTGGGCC--TT--TACTTCAAATGTTA-CATC-AGAA-CACTTTT-AAACAAACA---TATGTCGTACGAACC-CAAAC-Tatgccctttaattacct
gi|5 : caaaatgtctatttaacaactcactcataTTTATTGATAACAAGCTCA-------ACATTCAACCT-CAG------TG--TT-TGT-GA--AAAGTGAAACAGGCAGAA-GGTAAAAACTTC-AGTTT-ATCGTGTTATTTGAACGCACAC-CC--C---ACAATT--AATTTGGAAC-CCTCCA-GCAGTTG---AT-AT-TACC------ATT------C-----CT--ACACTCA--------------ATATGCCATTT--CAC-CCAAAAATTG-CATCTTTAATCACCATTCAAAGAA--T-T-TATTTCGTAC-AACC-TAAAT-TAACACCTTCttgttcactctatttgtcgcctcct
gi|6 : tttacactttatcataaattacccttatacccATAACAA---AGGTTTTAAAATT-AT--T---T--CTATCA--CAAACTGAAACAGATT-------------------CA-------AAATTCAACCT-CA------ACG--TT-T-TTGT--A---------CCGT------------------GAACA-GCCATGTTATTTGAAC-----------C---ACAATT--CATTTGTTAC-TCTGCTCGCAGTT-------TT-AATT------ATT------C-----CT--ACACTCA--------------GTGTCCCTTTT--TAC-TAAAATATTG-GATC-TCAA-CACTATT-AAACAa
gi|7 : ttttaaaaaacatgtttaaatattcAA---ATGTT--AAAAT--GAGTT---T--TT-TTA--CTAACTGAAACAGATTTATTTATT--CAA--AGGTCA-------ACACACAACAT-CAGT----AT---TT-T-T-GT--AAAGTAAAACCAGCAAAA-GGTAACTACTCCTGAA-T-GCCATGTAATTTGTACGTACAG-CC--T---GTACAT--TATTTGGTAC-CTTGCGCTAGGTTC---AT-TT-T-CC------ATT------C-----TT--TCATTGA--------------ATATACCGTT-------TCAAATATTG-AATC-TCAA-CACCcaaacacaaatgtcctataattagcaccgtctttaa
gi|8 : ttttattttccattgtgaATAATAA---ATGTTTTAGAAT--AA--A---T--TT---A--CGAACTGAAACAGATATATTTATT--CAA--AATTCATAATTTAACATTCAACCT-TA------ATGT-TT-T-T-GT--AAAGTGAAAGGCACTAAA-TAAAAATACTCC-GAACC-GC-----------AACGTA-AA------------------ATTTGGTAC-CCTGTGTGCGTTTA---AT-TT-TAAA------ATT------T-----CT--ACAATTA--------------ATGCG--CTTTAACAC-TCCAGTATTG-CATC-TTAA-CATTATC-AAACAAGCC-T-C-TTTCGT
gi|9 : c-GAAAAGTTCTCC-AAACT-ACCTAGTTAATTTAACATACAA-CC--A---GCAGTC--TATTTGGTGC-CCACCTCGTGGTTG---CT-TT-TACC------ATT------CCTAGACT--ACATTCAAATTGTATATATATATGTGCCCTTT--CTC-TCAAATATTG-----------CACCACT-AAACAAACC---TATTTCGGACAAATT-TAAAC-TAACACCTTC