lowQualScore                  :                                  1 3               
lowQualScore                  :                                  . .               
lowQualScore                  :                                  9 8               
consensus                     :     CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
Reference ( gi|8 )            :     CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|6                          :     CAATTCAAATTTACTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|17                         :     CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACAT
gi|4                          :     CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-AATATACAACATATA
gi|1                          :    tCAATTAAAATTTATTCAGGTATATAAAAT-CAATTATACAACATGTA
gi|13                         : gtttCAATTCAAATTTATTCAG-TATATAAAAT-C-ATTTTACAACATAT
gi|12                         :     tAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|9                          :      AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|7                          :      AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|15                         :      AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATt
gi|11                         :      AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATA
gi|2                          :      AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-CAATTATACAACATAT
gi|16                         :   ttaAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTTTACAACATAT
gi|14                         :      AATTCAAATTTATTCAGGCATATAAGAT-C-ATTATACAGCATAT
gi|3                          :     aAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTTTACAACATA
gi|19                         :   ttaAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAGCaa
gi|5                          :   tttAATTCAAAATTATTCAGTTATATAAGATCC-ATTATACAACATAT
gi|10                         :     ttATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|18                         :       tTTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|20                         :              TTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATA
gi|22                         :              TTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTt
gi|21                         :               TTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATA





Alignments
lowQualScore                  :                                 1 3               
lowQualScore                  :                                 . .               
lowQualScore                  :                                 8 6               
consensus                     :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
Reference ( family-1403 )     :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|1                          :    CAATTAAAATTTATTCAGGTATATAAAAT-CAATTATACAACATGTA
gi|10                         :  gtttATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|11                         :    tAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATA
gi|12                         :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|13                         :    CAATTCAAATTTATTCAG-TATATAAAAT-C-ATTTTACAACATAT
gi|14                         :    tAATTCAAATTTATTCAGGCATATAAGAT-C-ATTATACAGCATAT
gi|15                         :    aAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATAT
gi|16                         :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTTTACAACATAT
gi|17                         :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACAT
gi|18                         :       TTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|19                         :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAGC
gi|2                          :  tttAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-CAATTATACAACATAT
gi|20                         :          ttaTTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATA
gi|21                         :              TTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATAt
gi|22                         :             TTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTt
gi|3                          :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTTTACAACATA
gi|4                          : ttaCAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-AATATACAACATATAaa
gi|5                          :    tAATTCAAAATTATTCAGTTATATAAGATCC-ATTATACAACATAT
gi|6                          :  ttCAATTCAAATTTACTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|7                          :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|8                          :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATAt
gi|9                          :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA





Alignments
lowQualScore                  :                                 1 3               
lowQualScore                  :                                 . .               
lowQualScore                  :                                 8 6               
consensus                     :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
Reference ( family-1403 )     :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|1                          :    CAATTAAAATTTATTCAGGTATATAAAAT-CAATTATACAACATGTA
gi|10                         :  gtttATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|11                         :    tAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATA
gi|12                         :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|13                         :    CAATTCAAATTTATTCAG-TATATAAAAT-C-ATTTTACAACATAT
gi|14                         :    tAATTCAAATTTATTCAGGCATATAAGAT-C-ATTATACAGCATAT
gi|15                         :    aAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATAT
gi|16                         :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTTTACAACATAT
gi|17                         :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACAT
gi|18                         :       TTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|19                         :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAGC
gi|2                          :  tttAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-CAATTATACAACATAT
gi|20                         :          ttaTTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATA
gi|21                         :              TTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATAt
gi|22                         :             TTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTt
gi|3                          :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTTTACAACATA
gi|4                          : ttaCAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-AATATACAACATATAaa
gi|5                          :    tAATTCAAAATTATTCAGTTATATAAGATCC-ATTATACAACATAT
gi|6                          :  ttCAATTCAAATTTACTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|7                          :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|8                          :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATAt
gi|9                          :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA


blockSeqs                     :                                 C A
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .
blockSeqs                     :                                 . .


blockSeqCons                  :    
originalCons                  :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
finalCons                     :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA





Alignments
lowQualScore                  :                                 1 3               
lowQualScore                  :                                 . .               
lowQualScore                  :                                 8 6               
consensus                     :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
Reference ( family-1403 )     :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|1                          :    CAATTAAAATTTATTCAGGTATATAAAAT-CAATTATACAACATGTA
gi|10                         :  gtttATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|11                         :    tAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATA
gi|12                         :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|13                         :    CAATTCAAATTTATTCAG-TATATAAAAT-C-ATTTTACAACATAT
gi|14                         :    tAATTCAAATTTATTCAGGCATATAAGAT-C-ATTATACAGCATAT
gi|15                         :    aAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATAT
gi|16                         :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTTTACAACATAT
gi|17                         :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACAT
gi|18                         :       TTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|19                         :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAGC
gi|2                          :  tttAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-CAATTATACAACATAT
gi|20                         :          ttaTTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATA
gi|21                         :              TTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTATAt
gi|22                         :             TTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACGTt
gi|3                          :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTTTACAACATA
gi|4                          : ttaCAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-AATATACAACATATAaa
gi|5                          :    tAATTCAAAATTATTCAGTTATATAAGATCC-ATTATACAACATAT
gi|6                          :  ttCAATTCAAATTTACTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|7                          :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA
gi|8                          :    CAATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATAt
gi|9                          :     AATTCAAATTTATTCAGGTATATAAGAT-C-ATTATACAACATATA