lowQualScore                  :                                             222                1                                                                                                       1111111111                                     11111                    2222222222                                                                 111111                                                                                                 11       
lowQualScore                  :                                             333 3              5               5        3 2          5555 33 777           666666  444       999  2  2    2   0   2    6666666666    6666      2 333               22 55555  1    22   222     4444444444           1   1   3333 22    333 66    33  1  22  3333       0  000000  22       0        5       0      3   3              2    2      2 2 2    2   4  3       2      88       
lowQualScore                  :                                             ... .              .               .        . .          .... .. ...           ......  ...       ...  .  .    .   .   .    ..........    ....      . ...               .. .....  .    ..   ...     ..........           .   .   .... ..    ... ..    ..  .  ..  ....       .  ......  ..       .        .       .      .   .              .    .      . . .    .   .  .       .      ..       
lowQualScore                  :                                             222 3              0               8        4 7          3333 44 444           888888  111       444  5  5    5   3   5    7777777777    0000      2 555               55 55555  8    55   222     2222222222           4   4   0000 00    555 33    55  5  00  0000       1  000000  66       5        1       4      3   1              1    7      9 9 9    9   8  1       4      66       
consensus                     :                                        GCAGC-G-T-GGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGATCC----C--CGG-CCGGGTCATAC------CA---AAGACTT--NAA-AA-ATGG-TACTAGA-AGCT----------TCCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGAGG--AT----AG-TTCT--AGG-T-CTGGTCGG---CCC-GGTGTCAGTAT-AAT-GTG----A--CTGG--GT-GGGGT--AT-CA--TA----CCATGTGTCTGCG---GC--ATGATACTCCAGTGTGGCAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCT-AAACACCA
Reference ( gi|2 )            :                                        GCAGC-A-T-GGTCTAGTGGTAGACCGTCCGCCTCGCATGTGGAAGGTCATGGGTTCGATCC----C--CAA-CCGGGTCATAC------CA---AAGACTT--TAA-AA-ATGG-TACTAGA-AGCT----------TCCT---TGCTTGGTG---CTCAGCATTTAGAGG--AG----AG-TTCT--AGG-T-CTGGTCAG---CTG-GGTGTCAGTAT-AAT-GTG----A--CTGG--GT-AGGGT--AT-CA--TA----CCATGTGTCTGTG---GC--ATGATACTCCAGTGTGACAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGTGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGTGACGCT-TAACACCA
gi|4                          :                                        GCAGC-GGT-GGTTTAGTGGT-GAAGGTTCGCCTCGCATGTGGAACGTCGTGGATTCGATTC----C--CAG-CCGGATCCTAC------AA---AAGCCTT--GAA-AA-ATGG-TACTAGA-AGCT----------TCCT---TGTTTGGCG---CTCAGCATTTAGAGG--AG----TG-TTCT--AGG-T-CTGGTCGG---CCC-GGTGTCAGTAT-AAT-GTG----A--CTGG--AT-GGGGT--AT-CA--TA----CTATGTGTCTTTG---GC--ATGATAGTCCAGTGTGGCAG----------------------GTAGACACTGTCGCGATATG-A-CTTGAA-AAA-TG-TTGAAAGCGACGCT-AAACATCA
gi|6                          :                                     accGCAGC-GGT-GGTTTAGCGGTGTAGCGCCCGTCTCGCTTGCGGAAGATTGTGGGTTCGATCC----C--CGG-CGGGGTCACAC------CA---AAGACTT--TAG-AA-ATAG-TATTAGA-AGTT----------TCCT---CGCTTGGCG---CTGAGCATTTAGAGG--AT----AG-TTCT--AGG-T-CTGGTCGA---CCC-GATGTCAATAT-AAT-GGG----A--CTGG--GT-CGGGT--AT-CA--CA----CTA----------------------AC------GTGGCAGCACTCAGAATA-CTA-TATCATGTAGACACTCTGGCCATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCT-AAGCACC
gi|9                          :                                       cGCAGC-G-T-GGTCTAGTTGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTTGGTTCAATCC----C--CGA-CCGGGTCATAC------CA---AAGACTT--TAA-AA-ATGA-TACTAGA-AGTT----------TACC---CGCTTGACG---CTCAGCATTTAGAGG--AA----AG-TTCT--AGG-T-CTTGTCGG---CCC-GGTGTCAGTAT-AAT-GTG----A--GTGG--GT-GGGGT--AT-CA--TA----C-------CTGCG---GC--ATGATA
gi|5                          : attaaacacgcacattatgtttcaacatgtccgaagaccGCAG----T-GGTATAGTGGTAGAGAGTTTGTCTTGCATG-----ATTCAT-----TGAT---------------GGGTCATAC------TG---AAAACTT--GAA-AA-CTGT-TTCCAAA-AGCT----------TCTC---CGCTTGGTG---TTCAGCATTTAGAGG--AC----AG-TTCT--TGG-T-CTGGTTGA---CCC-AGTGTCAGTAT-AAT-GTA----A--CTGG--GT-GGGGT--AT-CA--TA----CCATGTGCCTGCA---GC--ATGATACTAAAGTGTGCCAGCACTTAGAATA-CTG-TCGCAAGTACACACCATTCCGATATG-A-A-TAAA-AAAATG-TTGAAAGTGAAGCT-AAGCACTAg
gi|43                         :                                        GCAGCGA-T-GGCCTAGTGGTAGAGCGTCc
gi|29                         :                   gtttcagttatttcaaaagaccCAGCTG-T-GATCTAGGGGTAGAGTGTCTGCTTTGTATGTGGAAGGTTGTGGGTTCAATCA----C--CAG-CCAGGTCATAT------CA---AAGACTT--GAA-AA-
gi|21                         :                                         CAGCGA-T-GTTCTAGTGGTAGAGCGTCTGC------TGTG----------------ATCC----C--CGG-CCGAGTCATTC------CA---AATACTT--GAA-AA-AAAGTTACTTGC-AGCT----------TCTT---CACTCGGTT---CTTAGTATTGAGAGG--A
gi|38                         :                                           GC-A-TTGGTCTAGTGATAG--TGTCCGCCTCACTTGCAGGAGGTTATGGGTTt
gi|10                         :                                         tacatg-T-GGTCTAGTGGTAGAGAGTTCACTTCATATGCAGAATGTTGTCGGGTCTATCC----C--CGG-TCGGGTCATAT------CT---AAAACAT--GAA-AAAATGG-TACAAGA-AACT----------TACT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGAGA--AT----AA-TTCT--AGG-T-CAGGTCGA---CCG-GTTGTTATCAT-AAT-ATG----A--CTGG--AT-GTGGT--TA-CA--TA----CCATGTGTCTGCG---GC--ATGGTTCTCttat
gi|13                         :                                            cag-T-GGTCTAGTGTTAGAGCATCCACCTTGCA--------GTCTTGGATTTGATCT----A---GG-CTGTCTCATAC------CA---AAGATTT--GAA-AA-ATGG-TATAAGA-AGCT----------TCCT---CGCTTGGTG---CTCAGCATTTAGAGG--AT----AGTTTCT--AGG-T-CTTAT-AGACCCCC-GGTGTCCGTAT-AAT-GTG----A--
gi|39                         :                                      ccacagtgg-T-GGTTTAGTGGTAAAGCGTTCGTCTCGCATG-GGAAGGTCGCGGGTTCG
gi|41                         :                                     aacaccgcgg-T-GATCTTGTGGTAGAGCATCCGCC-CGCACGTG
gi|1                          :                                                    cagatgGGTAAAGCCTCCGCTTCGCATGC---AGGTCTAGGGTTCGATCC----T--CGG-CTGTGTCATAC------CA---AATACTT--ATA-AA-ATGG-TAC-AAA-AGCT----------TCCT---CGCTTAGCG---CTCAACATTTAGAGG--AT----AG-TTCT--AGG-T-CTGGTTGG---CAT-GGCGCCAGTAT-AAT-GTG----A--CTGG--GT--GGGTA-AT-AA--TA----CCA-GTG---------------------------TGGCAGTGCTCAAATTA-CTG-TCTCCAGTAGACACCATTGAGATATG-A-C-TGAA-AAA-GG-TTGAAAGCGACGCT-AAATACCAatccctggccgcatcat
gi|35                         :                      cagtatgtgacaagtgtctaaatctgcatgactgcagtgtataCATCTGTTTTGTATGTGGGAGGTTGCAAGTTTGATCT----CTACAA-TCAGGTCATAC------CA---GAGtaaagcaacaacaaa
gi|37                         :                                                                 agTCCACCTTGCATGGGGAAGATCATCGGCTAGATCC----C--CGG-CCGGGTCATAC------TA---AATACTT--
gi|3                          :                                                                    CCGTCTAACATGCGGAAGGAGGTTGGTTCGATCC----C--CGA-TGGGATCATAA------CA---AAGACTT--TAA-AA-ATGG-TACTAGA-AGCTCT--------TCAT---TGCTTGAAG---CTCAGCATTCAGAGG--AA----AG-TTCT--AGG-T-CTGGTCGG---CCC-AGTGTCAGTAT-AAT-GTG----A--CTGG--GT-GGGGT--AT-CA--TA----CCATGTGCCTGCA---GC--ATGATACTCCAGTGTGTCAGTGCTCAGAACA-CTG-TCTCAAGTAGACACTGTCGGGATATA-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCAACGGT-AAACACTA
gi|7                          :                                                                          CGCATGTGGAAGGTCATGGGTTCGATAC----C--CGA-CCGG-TTATAT------AA---AAGACTT---GA-AA-ATGA-TACTAGA-AGCA----------CCTT---TGCTTGGCG---TTCAGCATTTAGAGG--AT----AG-TTCT--AGG-T-CTGATCGG---CCC-GCAGTCAGTAA-AAT-GGG----A--CTGG---T-GCTGT--TT-CA--TA----CTATATGCCTGTG---GC--ATGACACTCCAGTGTGGCAGCGCTTAAAATA-TTG-TCTCAAGTGGACACCGTCGCGATATA-A-A-TGAA-ACACTG-TTGAAA-TGACGCTATAACACtacaacca
gi|18                         :                                                                                    AAGTTGTTGGTTCG-TCC----C--CAAGTTGAGCCATTC------TA---AAGA-TT--TAA--------------GA-AGCT----------TCCTAAAGGTTTGATG---CTCAGTACCTGCAGG--AC----AG-TTCTTAAGG-A-CTGGaat
gi|8                          :                                                                             cgtctgcaatTCATGGGTTCGGTGCTGTAC--CA--CTGGACCACGCGCTCTACACTTAATACTTACTAG-AA-AT----ACTAGA-AGCT----------GTCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTGAGAGG--AT----AG-TTCT--ATG-T-CTGGT---------------------------TG----A--TTGG---T-GAAGT--AT-AA--TG----CCATTTGTCTGAG---GC--ATGGTACTCCGGTATGGCAGCGCTTAGAATG-TTG-TCTCAAGTACACACTGTCGTGATATA-G-C-TGAA-AATTTG-ACGAAAGCGACGCT-AAACACCAgagacccagtg
gi|53                         :                                                                                                 aATCC----C--CGA-TCGGGTCATAC------CA---AAGGTTT--TAA-AA-ATGG-tgc
gi|28                         :                                                                                                                            ------CA---AAGTTCT--GAA-AA-ATGC-TA-TAGA-TGTTTGAGATAGAATCCT---AGTTTGTTGAGTCTCGGCATTTAGAAGATAGATGTAG-TTCT--AGG-A-CT
gi|16                         :                                                                                                                                              --TAATAA-ATGG-TACTAGA-AACT----------TTCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGAGG--AT----AG-TTCT--AGG-T-CTGGTCGA---TCC-GGTGTCAGTAT-AAT-GTG----A--CTGG--GT-GGGGT--AT-CA--TA----CCATGTAT
gi|20                         :                                                                                                                            tctgtcctcgattttattatacaacaagtaa-TATTAAACAGCT----------TTGT---TGTTTGGCC---CTCAATCTGTATACG--AA----TG-TCTT--A---T-CTCACCA----C---AGTGTAAATAT-AAT-GTGTGTGA--CTAC--AT-ATG-T--AG-CA--TA----ACATGTGTCTTCG---AC--A
gi|40                         :                                                                                                                                                                 GA-AGCTAAG-------TCCT---TGTTTGGTC---CTCAGCATTCAGAAG--AT----AG-TT
gi|14                         :                                                                                                                                                                       T----------TACT---TGCTGGATG---CTCTGGGTTTCGAGG--AT----GG-T-CT--AGGAT-ATGA-CAG---C--------CAGTAT-AAT-GTG----A--CGGG--AT-GGTGA--GA-CA--TG----TCA--TGCCT-TG---GC--Atgtggcattgttgac
gi|44                         :                                                                                                     ttcacctctgcaggggttatctgtttcaatcactgtcttacaaatattgtacaaattgaacacattT----------TTCT---CACTTGA-G---CTCAGTAATTAC-GG--AT----AG-TTCT--AGG-A-CTGGTCatatga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                          atTTGATG---CTCAGCATTTAGAGG--A--------------------CTGCTAAA---AT---GT-TC--TAC--AT--TA----A--CTGG--CT-GGGGT--AG-CAATTA----CCTTGTGTTTGCT---GC--ATGATg
gi|31                         :                                                                                                                                     ctgcaggaactgatgggttacatgtctaaagttgtaaatatttgtccttattttaTTGGCG---CTAAGCGTGAAGAGG--AT----AA-TTCT--AGG-C-CTGATctatggtagcactta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                    cttcatCATTGAGAGA--AA----TG-TG-T--AAA-TACAGGTCAG---CAC-ATTGCCAGTAT-A-T--TG----A--CTGATTGT-AG--T--AT-TA--TG----CCATGTGTC--CG---GT--ATAGT----CAGTGTGGCAGTG-GCACTATA-CCACTTTGAAGCAGACGCTATTGTTGTATGCATC-TGAA-tgacaacgcgtaatgtcgggatataa
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                acGG--AA----AA-TTTT--A-----CTGGTAAA---CCG-AGTTTAAGTATTGAT--TG----A--CTGG--AT-GGGGT--AT-CA--TA----ACA
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                        ----AG-TTTT--AAG-A-CTGGTAGG---CCG-GTT-TCAGAAT-TAT-GTG----A--CTAG--GT-GCAGA--AT-CA--TA----AGATGTGT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                 at--AGG-T-CTG--C-----CTGCAATGTTAGTAT-AAT-GTG----A--TTGT--AT-GGGCT--CTGCG--TG------ACGTGCCTTAG---GC--ATGATGC
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                        gatcTGATCAA---CCC-AGTGTCAGTAT-GAT-ATG----A--CAGG--GCGAGTGTTGAT-CA---A----CCCAGTGTCAGT--------ATGATatttgtgtaagtgtcaaa
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                           GTGTAAGTAT-AAT-GTG----A--CTGG--AT-GGGCT--AT-CA--TA----
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                           aTGTTAGTAC-AAT-ATG----A--CTGG--AA-AGGCT--AT-CA--TA----CTATGTGT
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                            TGTAAGTGC-AAT-GTG----T--CTGG--GT-GTTGT--AT-CA--TA----CCATGTGCCTt
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                               CACTGT-AATAGTA----AGTCTGG--AT-GGGAA--AT-CA--TA----CCATGTACTTGTATCTGCAAAAAATACTACAGTGTGtca
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                        agtcggtaAGTAC-AAT-GTG----A--CTGG--GT-ACAGT--AT-TG--TACAATCCATGTCTCTCTG---GT--GTGTTACACCAGTttattgctaaca
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                               tAGTTT-AAT-GTG----A--CTGG--GT-GTGGC--AT-CA--TA----CCATGT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  TAA-AAT-TTG----A--CTAA--CT-GGGAA--AT-CA--GA----TCATGTGTCT---------------ACTCCAGTGAGGCAGCGCTATGAATAGGTT-TCTCAAGTA-----------GATATG-A-C-TGAT-CACTTT-TTGAAAG
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   AT-AAT-ATG----A--CTGG--GT-GGGTT--AT-CA--TA----CCATGTGTCTGCG---GC--cta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   AT-AAA-ATG----A--CTGG--AT-GGGGT--AT-TT--CA----CCCTGTATTTGTG---AT--ATGATA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A--TA----CCATGTGACTGCA---TT--ATGATACTCCATTGTGACAGCACTTAGAATA-CTG-TCTGAAGTAGACACTATCTCAATTTG-A-C-AGAACAAAATA-T-GAAAGTGACGCT-AAACACCAtatgtacgttagtgcggcaatactgtgataaaactgcgaaaatgctg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTGTGACAGCACTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACTGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTCAAAGCGACGCT-AAACACCAtacaacaa
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A-CTA-TCTCAAGTAGCCACTGTCTTGAAATG-G-T-TAAA-AAATTGCTTGAAAtacaaca
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       c-TCTCAAGCAGACACCATCGTGATAGA-G-A-TGGA-GAGCTG-TTGAA---GACG
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttCTGTCGTGATATG-A-C-TGAA-ATATTG-TTGAAatataaaacatggtattttat
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GGTCACATGGTAGACATTAATAAACTAAATGTACTACAAGTTTCCTCACTTGGGAGTTTGAATTGAAGGGATATTTGTAGGCCTGTTCTGCCTGGACTAATTGTAGTGTGTCTCAATGTGGTAGCGTGCCCTGCCACATTCAGTGTGGAAGACTATAAGCAGACAATGTTAGTATTGAAGAATTGTCAAAAATAAAGTTAAAC
Unaligned ( gi|12 ): AATTATATACTATAAATTATATTTGTTCGATATCGTAGCTGTGGTTCAATGATGGGATGTCCGCCCTGTGTGCGAGAGGTGTTGTCAGGTAGCTCATACCAAATACTTAATATCACTGACAAAATAATGCCAATCTTTGAACTCTGTATTTGGATGAAAGTCTATGTCTTG
Unaligned ( gi|23 ): AACACCGCAGCAGGTAGGGCACCCGCCTTGTATGCAACAGGTCGTTGGTTTTATCCCCTGCAGGGTGTAAATATTACAGAATTTTGTCACATATCATACT
Unaligned ( gi|45 ): ACATAACACTTCAATATGGTAGTGCTTAAATTATTGGCTCAATGTGG
Unaligned ( gi|47 ): CTGGTTGACCCATTGTCAGTACAAGCTATCATACCATGTGCCTG
Unaligned ( gi|48 ): TGGTTGACCCATTGTCAGTACAAGTTATCATACCATGTGCCTA
Unaligned ( gi|52 ): TAACACCATGCTATATTTTTTATTTGTACCGATGGTGAC
Unaligned ( gi|55 ): TTAGGATCATGTATATTGTTTATGGATCTGAAACG
Unaligned ( gi|57 ): CAACAATCCTCTACCAATGAGACTTACATAATCTG
Unaligned ( gi|58 ): CTGCAGCTGTGTTCTAGGGGGTAGAGAATCTGCC






Alignments
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lowQualScore                  :                                            2 4                               22 9    5  9        888888  0 88  0 0     4444  0           1  111 22222222222222222     11       1    11111111111111   222       8 000             7      7    44   7         33  4 22    5     3 3  3   7777 88    5    3  88  3  88  7777   888888       4        555555   9            9   1      9   7              6    2      5 5 5    5   0  7               1       
consensus                     :                                       GCAGC-G-TGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTN--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGA------TACTCCAGTGTGGCAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AACACCA
Reference ( family-1393 )     :                                       GCAGC-G-TGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTN--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGA------TACTCCAGTGTGGCAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AACACCA
gi|1                          :                                                        GGTAAAGCCTCCGCTTCGCATGC---AGGTCTAGGGTTCGAT------CC-T--CG-G-CTGTG----TC-ATACCAAATAC-TTA--T----------A------AAATGG-TAC-AAA-AGCT---T----------CCT---CGCTTAGCG---CTCAACATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTTGG--CATG--GCGCCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGT-GG-GT--A---------------------------------ATAA------TA--CCAGTGTGGCAGTGCTCAAATTA-CTG-TCTCCAGTAGACACCATTGAGATATG-A-C-TGAA-AAA-GG-TTGAAAGCGACGCTA-AATACCA
gi|10                         : cagtatgtgacaagtgtctaaatctgcatgactgcagtgtata-G-TGGTCTAGTGGTAGAGAGTTCACTTCATATGCAGAATGTTGTCGGGTCTAT------CC-C--CG-G-TCGGG----TC-ATATCTAAAACATGA--A----------A------AAATGG-TACAAGA-AACT---T----------ACT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GAATAA-TTCT--AGG-TCAGGTCGA--CCGG--TTGTTATCAT-A-AT-ATG----A--CTGGATGTG-GT--TA-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGG------TTCTCtaaagcaacaacaaa
gi|11                         :                                                                                                                    caGG----TC-ACATGGTAGAC-ATT--A----------ATAAACTAAATG--TACTACA-AGTT---T----------CCT---CACTTGGGA---GTTTGAATTGAAG-GGATAT-TTGT--AGG-CCTGTTCTG--CCTG--GACTAATTGT-A-GT-GTG----T--CTCAATGTG-GT--AG-CG--TG----CC------------CTGCCACAT------------TCAGTGTGGAAG----------A-CTA-T---AAGCAGACAATGT-----TAGT-A-T-TGAA-GAATTG-TCAAAAATAAAGTTA-AAC
gi|12                         :                                       GTAGCTG-TGGTTCAATGATGGGATGTCCGCCCTGTGTGCGAGAGGT-----GTT-------------------G-TCAGGTAGCTC-ATACCAAATAC-TTA--ATATCACTGACA------AAATAA-TGCC--A-ATCT-----------------------TTGA-A---CTCTGTATTTGGA-TGAAAG--TCT--ATG-TCT
gi|13                         :          aattatatactataaattatatttgttcgatatc-G-TGGTCTAGTGTTAGAGCATCCACCTTGCA--------GTCTTGGATTTGAT------CT-A---G-G-CTGTC----TC-ATACCAAAGAT-TTG--A----------A------AAATGG-TATAAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGTG---CTCAGCATTTAGA-GGATAGTTTCT--AGG-TCTTATAGACCCCCG--GTGTCCGTAT-A-AT-GTG----A--tg
gi|14                         :                                                                                                                                                                            ccacagtgT---T----------ACT---TGCTGGATG---CTCTGGGTTTCGA-GGATGG-T-CT--AGGATATGA-CAG--CC---------AGTAT-A-AT-GTG----A--CGGGATGGT-GA--GA-CA--TG----TCA------TGCCTTGGCAATATGA------
gi|15                         :                                                                                                                                          ttcacctctgcaggggttatctgtttcaatcactgtcttacaaatattgtacaaattgaacacattTTGATG---CTCAGCATTTAGA-GGAC---TGCT--AAA------------------ATGT---TCT-ACAT--TA----A--CTGGCTGGG-GT--AG-CAATTA----CCT------TGTGTTTGCTGCATGA------T-C-----TATGGTAGCACTTA
gi|16                         :                                                                                                     ctgcaggaactgatgggttacatgtctaaagttgtaaatatttgtccttatttta------AAATGG-TACTAGA-AACT---T----------TCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGA--TCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                    tctgtcctcgattttattatacaacaagtaataatGGTCAG--CACA--TTGCCAGTAT-A--T--TG----A--CTGATTGTA-GT--AT-TA--TG----CCA------TGTGTC--CGGTATAG------T----CAGTGTGGCAGTG-GCACTATA-CCACTTTGAAGCAGACGCTATTGTTGTATGCATC-TGAA-
gi|18                         :                                                        accattgagagaaatgtgtaaatacaAAGTTGTTGGTTCG-T------CC-C--CAAG-TTGAG----CC-ATTCTAAAGAT-TTA--A-----------------------------GA-AGCT---T----------CCTAAAGGTTTGATG---CTCAGTACCTGCA-GGACAG-TTCTTAAGG-ACTGGGAGA--CCCA--GTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cgtctgcaatA--TA----CCA------TGTGACTGCATTATGA------TACTCCATTGTGACAGCACTTAGAATA-CTG-TCTGAAGTAGACACTATCTCAATTTG-A-C-AGAACAAAATA-T-GAAAGTGACGCTA-AACACCA
gi|2                          :                                       GCAGC-A-TGGTCTAGTGGTAGACCGTCCGCCTCGCATGTGGAAGGTCATGGGTTCGAT------CC-C--CA-A-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTT--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---TGCTTGGTG---CTCAGCATTTAGA-GGAGAG-TTCT--AGG-TCTGGTCAG--CTGG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTAGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGTGGCATGA------TACTCCAGTGTGACAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGTGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGTGACGCTT-AACACCAtacaacaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                        -TATTAAACAGCT---T----------TGT---TGTTTGGCC---CTCAATCTGTATACGAAT-G-TCTT--A---TCT---CAC--CACA--GTGTAAATAT-A-AT-GTGTGTGA--CTACATATG--T--AG-CA--TA----ACA------TGTGTCTTCGACA
gi|21                         :                                        CAGC-GATGTTCTAGTGGTAGAGCGTCTGCT--------------------GT--GAT------CC-C--CG-G-CCGAG----TC-ATTCCAAATAC-TTG--A----------A------AAAAAGTTACTTGC-AGCT---T----------CTT---CACTCGGTT---CTTAGTATTGAGA-GGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            TAA-A-AT-TTG----A--CTAACTGGG-AA--AT-CA--GA----TCA------TGTGTCT----------------ACTCCAGTGAGGCAGCGCTATGAATAGGTT-TCTCAAGTA-----------GATATG-A-C-TGAT-CACTTT-TTGAAAGC
gi|23                         :                                                        GGTAGGGCACCCGCCTTGTATGCAACAGGTCGTTGGTTTTAT------CC-C--CT-G-CAGGG----Tta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 aacaccgcagcaAT-A-AA-ATG----A--CTGGATGGG-GT--AT-TT--CA----CCC------TGTATTTGTGATATGATATATGTACGTTAGTGCGGCAATACTgtaaatattacagaattttgtcacatatcatact
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                 GA-TCAGGTCTG--CCTGCAATGTTAGTAT-A-AT-GTG----A--TTGTATGGG-CT--CTGCG--TG------A------CGTGCCTTAGGCATGA------TGCgtgataaaactgcgaaaatgctg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTGTGACAGCACTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACTGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTCAAAGCGACGCTA-AACACCAatttgtgtaagtgtcaaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 CG--GTA-CACTGT-A-ATAGTA----AGTCTGGATGGG-AA--AT-CA--TA----CCATGTACTTGTATCTGCAAAA-AA------TACTACAGTGTGtacaaca
gi|28                         :                                                                                                                                agtCAAAGTT-CTG--A----------A------AAATGC-TA-TAGA-TGTT---TGAGATAGAATCCT---AGTTTGTTGAGTCTCGGCATTTAGA-AGATAG-ATGT--AGT-TCTAGttattgctaaca
gi|29                         :                                        CAGCTG-TGATCTAGGGGTAGAGTGTCTGCTTTGTATGTGGAAGGTTGTGGGTTCAAT------CA-C--CA-G-CCAGG----TC-ATATCAAAGAC-TTG--A----------A------AAgact
gi|3                          :                                                                  CCGTCTAACATGCGGAAGGAGGTTGGTTCGAT------CC-C--CG-A-TGGGA----TC-ATAACAAAGAC-TTT--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCTCT-T----------CAT---TGCTTGAAG---CTCAGCATTCAGA-GGAAAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCA--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCTGCAGCATGA------TACTCCAGTGTGTCAGTGCTCAGAACA-CTG-TCTCAAGTAGACACTGTCGGGATATA-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCAACGGTA-AACACTA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TCTCAAGCAGACACCATCGTGATAGA-G-A-TGGA-GAGCTG-TTGAAGACGATATAA-AACAtacaacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                       tt----------CTT---CATTTGGCG---CTAAGCGTGAAGA-GGATAA-TTCT--AGG-CCTGATTGA--Ctggtattttat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                     ATAG-TTTT--AAG-ACTGGTAGG--CC-G--GTTTCAGAAT-T-AT-GTG----A--CTAGGTGCA-GA--AT-CA--TA----AGA------TGTGTaacgcgtaatgtcgggatataa
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                      TGATCAA--CCCA--GTGTCAGTAT-G-AT-ATG----A--CAGGGCGAGTGTTGAT-CA---A----CCC------AGTGT---CAGTATGA------T
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTAC-A-AT-GTG----A--CTGGGTACA-GT--AT-TG--TACAATCCA------TGTCTCTCTGGTGTGT------TACACCAGT
gi|35                         :                                                            tAGCATCTGTTTTGTATGTGGGAGGTTGCAAGTTTGAT------CT-CTACA-A-TCAGG----TC-ATACCAGAG
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                  -GGAAAA-TTTT--A----CTGGTAAA--CCGA--GTTTAAGTATTG-AT--TG----A--CTGGATGGG-GT--AT-CA--TA----ACA------
gi|37                         :                                                                 TCCACCTTGCATGGGGAAGATCATCGGCTAGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACTAAATAC-TT
gi|38                         :                                              -TGGTCTAGTGATAG--TGTCCGCCTCACTTGCAGGAGGTTATGGGTT
gi|39                         :                                  tacatggcat-G-TGGTTTAGTGGTAAAGCGTTCGTCTCGCATG-GGAAGGTCGCGGGTTCGttat
gi|4                          :                              aacaccgcgGCAGC-GGTGGTTTAGTGGTGAAG-GTTCGCCTCGCATGTGGAACGTCGTGGATTCGAT------TC-C--CA-G-CCGGA----TC-CTACAAAAGCC-TTG--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---TGTTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGAGTG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGATGGG-GT--AT-CA--TA----CTA------TGTGTCTTTGGCATGA------TAGTCCAGTGTGGCAG----------------------GTAGACACTGTCGCGATATG-A-CTTGAA-AAA-TG-TTGAAAGCGACGCTA-AACATCA
gi|40                         :                                                                                                                                                                           accGA-AGCTAAGT----------CCT---TGTTTGGTC---CTCAGCATTCAGA-AGATAG-TT
gi|41                         :                                            -G-TGATCTTGTGGTAGAGCATCCGCC-CGCA----------CGT------GAT------CC-C--TG-G-CCGCA----TC-ATtgtggcattgttgac
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cagatA-CTA-TCTCAAGTAGCCACTGTCTTGAAATG-G-T-TAAA-AAATTGCTTGAAA
gi|43                         :                                      cGCAGC-GATGGCCTAGTGGTAGAGCGTC
gi|44                         :                                                                                                                                                              gtttcagttatttcaaaagaccT---T----------TCT---CACTTGA-G---CTCAGTAATTAC--GGATAG-TTCT--AGG-ACTGGTCG
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    atTGTAAGTGC-A-AT-GTG----T--CTGGGTGTT-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCT
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                     CTGGTTGA--CCCA--TTGTCAGTAC-A-A--------------------G-CT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCTGtca
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      TGTTAGTAC-A-AT-ATG----A--CTGGAAAGG-CT--AT-CA--TA----CTA------TGTGT
gi|5                          :                                            -G-TGGTATAGTGGTAGAGAGTTTGTCTTGCATG-------------ATTC-AT------T--------G-ATGGG----TC-ATACTGAAAAC-TTG--A----------A------AACTGT-TTCCAAA-AGCT---T----------CTC---CGCTTGGTG---TTCAGCATTTAGA-GGACAG-TTCT--TGG-TCTGGTTGA--CCCA--GTGTCAGTAT-A-AT-GTA----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCTGCAGCATGA------TACTAAAGTGTGCCAGCACTTAGAATA-CTG-TCGCAAGTACACACCATTCCGATATG-A-A-TAAA-AAAATG-TTGAAAGTGAAGCTA-AGCACTAt
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcaCTGTCGTGATATG-A-C-TGAA-ATATTG-TTGAACACAATGGTA-AAc
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             AT-A-AT-ATG----A--CTGGGTGGG-TT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGC
gi|53                         :                                                                                                AT------CC-C--CG-A-TCGGG----TC-ATACCAAAGGT-TTT--A----------A------AAATGG-
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   --GTGTAAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGATGGG-CT--AT-CA--TA----
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         aAGTTT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGTG-GC--AT-CA--TA----CCA------TGT
gi|6                          :                                       GCAGC-GGTGGTTTAGCGGTGTAGCGCCCGTCTCGCTTGCGGAAGATTGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CGGGG----TC-ACACCAAAGAC-TTT--A----------G------AAATAG-TATTAGA-AGTT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTGAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGA--CCCG--ATGTCAATAT-A-AT-GGG----A--CTGGGTCGG-GT--AT-CA--CA----CTA-----------------------------AC------GTGGCAGCACTCAGAATA-CTA-TATCATGTAGACACTCTGGCCATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AGCACC
gi|7                          :                                                                       cCGCATGTGGAAGGTCATGGGTTCGAT------AC-C--CG-A-CCGG-----TT-ATATAAAAGAC-TTG--A----------A------AA-TGA-TACTAGA-AGCA---C----------CTT---TGCTTGGCG---TTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGATCGG--CCCG--CAGTCAGTAA-A-AT-GGG----A--CTGG-TGCT-GT--TT-CA--TA----CTA------TATGCCTGTGGCATGA------CACTCCAGTGTGGCAGCGCTTAAAATA-TTG-TCTCAAGTGGACACCGTCGCGATATA-A-A-TGAA-ACACTG-TTGAAA-TGACGCTATAACAC
gi|8                          :                                                                                     TCATGGGTTCGGTGCTGTACCAC--TG-GACCACGCGC-TCTACACTTAATAC-TTACTA----------G------AAAT----ACTAGA-AGCT---G----------TCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTGAGA-GGATAG-TTCT--ATG-TCTGGT----------------------------TG----A--TTGG-TGAA-GT--AT-AA--TG----CCA------TTTGTCTGAGGCATGG------TACTCCGGTATGGCAGCGCTTAGAATG-TTG-TCTCAAGTACACACTGTCGTGATATA-G-C-TGAA-AATTTG-ACGAAAGCGACGCTA-AACACCAaat
gi|9                          :                                      aGCAGC-G-TGGTCTAGTTGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTTGGTTCAAT------CC-C--CG-A-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTT--A----------A------AAATGA-TACTAGA-AGTT---T----------ACC---CGCTTGACG---CTCAGCATTTAGA-GGAAAG-TTCT--AGG-TCTTGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--GTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----C-------------CTGCGGCATGA------TAtgc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): ACATAACACTTCAATATGGTAGTGCTTAAATTATTGGCTCAATGTGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGTTGACCCATTGTCAGTACAAGTTATCATACCATGTGCCTA
Unaligned ( gi|52 ): TAACACCATGCTATATTTTTTATTTGTACCGATGGTGAC
Unaligned ( gi|55 ): TTAGGATCATGTATATTGTTTATGGATCTGAAACG
Unaligned ( gi|57 ): CAACAATCCTCTACCAATGAGACTTACATAATCTG
Unaligned ( gi|58 ): CTGCAGCTGTGTTCTAGGGGGTAGAGAATCTGCC






Alignments
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lowQualScore                  :                                            . .                               .. .    .  .        ......  . ..  . .     ....  .           .  ... .................     ..       .    ..............   ...       . ...             .      .    ..   .         ..  . ..    .     . .  .   .... ..    .    .  ..  .  ..  ....   ......       .        ......   .            .   .      .   .              .    .      . . .    .   .  .               .       
lowQualScore                  :                                            2 4                               22 9    5  9        888888  0 88  0 0     4444  0           1  111 22222222222222222     11       1    11111111111111   222       8 000             7      7    44   7         33  4 22    5     3 3  3   7777 88    5    3  88  3  88  7777   888888       4        555555   9            9   1      9   7              6    2      5 5 5    5   0  7               1       
consensus                     :                                       GCAGC-G-TGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTN--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGA------TACTCCAGTGTGGCAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AACACCA
Reference ( family-1393 )     :                                       GCAGC-G-TGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTN--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGA------TACTCCAGTGTGGCAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AACACCA
gi|1                          :                                                        GGTAAAGCCTCCGCTTCGCATGC---AGGTCTAGGGTTCGAT------CC-T--CG-G-CTGTG----TC-ATACCAAATAC-TTA--T----------A------AAATGG-TAC-AAA-AGCT---T----------CCT---CGCTTAGCG---CTCAACATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTTGG--CATG--GCGCCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGT-GG-GT--A---------------------------------ATAA------TA--CCAGTGTGGCAGTGCTCAAATTA-CTG-TCTCCAGTAGACACCATTGAGATATG-A-C-TGAA-AAA-GG-TTGAAAGCGACGCTA-AATACCA
gi|10                         : cagtatgtgacaagtgtctaaatctgcatgactgcagtgtata-G-TGGTCTAGTGGTAGAGAGTTCACTTCATATGCAGAATGTTGTCGGGTCTAT------CC-C--CG-G-TCGGG----TC-ATATCTAAAACATGA--A----------A------AAATGG-TACAAGA-AACT---T----------ACT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GAATAA-TTCT--AGG-TCAGGTCGA--CCGG--TTGTTATCAT-A-AT-ATG----A--CTGGATGTG-GT--TA-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGG------TTCTCtaaagcaacaacaaa
gi|11                         :                                                                                                                    caGG----TC-ACATGGTAGAC-ATT--A----------ATAAACTAAATG--TACTACA-AGTT---T----------CCT---CACTTGGGA---GTTTGAATTGAAG-GGATAT-TTGT--AGG-CCTGTTCTG--CCTG--GACTAATTGT-A-GT-GTG----T--CTCAATGTG-GT--AG-CG--TG----CC------------CTGCCACAT------------TCAGTGTGGAAG----------A-CTA-T---AAGCAGACAATGT-----TAGT-A-T-TGAA-GAATTG-TCAAAAATAAAGTTA-AAC
gi|12                         :                                       GTAGCTG-TGGTTCAATGATGGGATGTCCGCCCTGTGTGCGAGAGGT-----GTT-------------------G-TCAGGTAGCTC-ATACCAAATAC-TTA--ATATCACTGACA------AAATAA-TGCC--A-ATCT-----------------------TTGA-A---CTCTGTATTTGGA-TGAAAG--TCT--ATG-TCT
gi|13                         :          aattatatactataaattatatttgttcgatatc-G-TGGTCTAGTGTTAGAGCATCCACCTTGCA--------GTCTTGGATTTGAT------CT-A---G-G-CTGTC----TC-ATACCAAAGAT-TTG--A----------A------AAATGG-TATAAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGTG---CTCAGCATTTAGA-GGATAGTTTCT--AGG-TCTTATAGACCCCCG--GTGTCCGTAT-A-AT-GTG----A--tg
gi|14                         :                                                                                                                                                                            ccacagtgT---T----------ACT---TGCTGGATG---CTCTGGGTTTCGA-GGATGG-T-CT--AGGATATGA-CAG--CC---------AGTAT-A-AT-GTG----A--CGGGATGGT-GA--GA-CA--TG----TCA------TGCCTTGGCAATATGA------
gi|15                         :                                                                                                                                          ttcacctctgcaggggttatctgtttcaatcactgtcttacaaatattgtacaaattgaacacattTTGATG---CTCAGCATTTAGA-GGAC---TGCT--AAA------------------ATGT---TCT-ACAT--TA----A--CTGGCTGGG-GT--AG-CAATTA----CCT------TGTGTTTGCTGCATGA------T-C-----TATGGTAGCACTTA
gi|16                         :                                                                                                     ctgcaggaactgatgggttacatgtctaaagttgtaaatatttgtccttatttta------AAATGG-TACTAGA-AACT---T----------TCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGA--TCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTAT
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gi|18                         :                                                        accattgagagaaatgtgtaaatacaAAGTTGTTGGTTCG-T------CC-C--CAAG-TTGAG----CC-ATTCTAAAGAT-TTA--A-----------------------------GA-AGCT---T----------CCTAAAGGTTTGATG---CTCAGTACCTGCA-GGACAG-TTCTTAAGG-ACTGGGAGA--CCCA--GTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cgtctgcaatA--TA----CCA------TGTGACTGCATTATGA------TACTCCATTGTGACAGCACTTAGAATA-CTG-TCTGAAGTAGACACTATCTCAATTTG-A-C-AGAACAAAATA-T-GAAAGTGACGCTA-AACACCA
gi|2                          :                                       GCAGC-A-TGGTCTAGTGGTAGACCGTCCGCCTCGCATGTGGAAGGTCATGGGTTCGAT------CC-C--CA-A-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTT--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---TGCTTGGTG---CTCAGCATTTAGA-GGAGAG-TTCT--AGG-TCTGGTCAG--CTGG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTAGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGTGGCATGA------TACTCCAGTGTGACAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGTGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGTGACGCTT-AACACCAtacaacaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                        -TATTAAACAGCT---T----------TGT---TGTTTGGCC---CTCAATCTGTATACGAAT-G-TCTT--A---TCT---CAC--CACA--GTGTAAATAT-A-AT-GTGTGTGA--CTACATATG--T--AG-CA--TA----ACA------TGTGTCTTCGACA
gi|21                         :                                        CAGC-GATGTTCTAGTGGTAGAGCGTCTGCT--------------------GT--GAT------CC-C--CG-G-CCGAG----TC-ATTCCAAATAC-TTG--A----------A------AAAAAGTTACTTGC-AGCT---T----------CTT---CACTCGGTT---CTTAGTATTGAGA-GGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            TAA-A-AT-TTG----A--CTAACTGGG-AA--AT-CA--GA----TCA------TGTGTCT----------------ACTCCAGTGAGGCAGCGCTATGAATAGGTT-TCTCAAGTA-----------GATATG-A-C-TGAT-CACTTT-TTGAAAGC
gi|23                         :                                                        GGTAGGGCACCCGCCTTGTATGCAACAGGTCGTTGGTTTTAT------CC-C--CT-G-CAGGG----Tta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 aacaccgcagcaAT-A-AA-ATG----A--CTGGATGGG-GT--AT-TT--CA----CCC------TGTATTTGTGATATGATATATGTACGTTAGTGCGGCAATACTgtaaatattacagaattttgtcacatatcatact
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                 GA-TCAGGTCTG--CCTGCAATGTTAGTAT-A-AT-GTG----A--TTGTATGGG-CT--CTGCG--TG------A------CGTGCCTTAGGCATGA------TGCgtgataaaactgcgaaaatgctg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTGTGACAGCACTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACTGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTCAAAGCGACGCTA-AACACCAatttgtgtaagtgtcaaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 CG--GTA-CACTGT-A-ATAGTA----AGTCTGGATGGG-AA--AT-CA--TA----CCATGTACTTGTATCTGCAAAA-AA------TACTACAGTGTGtacaaca
gi|28                         :                                                                                                                                agtCAAAGTT-CTG--A----------A------AAATGC-TA-TAGA-TGTT---TGAGATAGAATCCT---AGTTTGTTGAGTCTCGGCATTTAGA-AGATAG-ATGT--AGT-TCTAGttattgctaaca
gi|29                         :                                        CAGCTG-TGATCTAGGGGTAGAGTGTCTGCTTTGTATGTGGAAGGTTGTGGGTTCAAT------CA-C--CA-G-CCAGG----TC-ATATCAAAGAC-TTG--A----------A------AAgact
gi|3                          :                                                                  CCGTCTAACATGCGGAAGGAGGTTGGTTCGAT------CC-C--CG-A-TGGGA----TC-ATAACAAAGAC-TTT--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCTCT-T----------CAT---TGCTTGAAG---CTCAGCATTCAGA-GGAAAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCA--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCTGCAGCATGA------TACTCCAGTGTGTCAGTGCTCAGAACA-CTG-TCTCAAGTAGACACTGTCGGGATATA-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCAACGGTA-AACACTA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TCTCAAGCAGACACCATCGTGATAGA-G-A-TGGA-GAGCTG-TTGAAGACGATATAA-AACAtacaacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                       tt----------CTT---CATTTGGCG---CTAAGCGTGAAGA-GGATAA-TTCT--AGG-CCTGATTGA--Ctggtattttat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                     ATAG-TTTT--AAG-ACTGGTAGG--CC-G--GTTTCAGAAT-T-AT-GTG----A--CTAGGTGCA-GA--AT-CA--TA----AGA------TGTGTaacgcgtaatgtcgggatataa
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                      TGATCAA--CCCA--GTGTCAGTAT-G-AT-ATG----A--CAGGGCGAGTGTTGAT-CA---A----CCC------AGTGT---CAGTATGA------T
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTAC-A-AT-GTG----A--CTGGGTACA-GT--AT-TG--TACAATCCA------TGTCTCTCTGGTGTGT------TACACCAGT
gi|35                         :                                                            tAGCATCTGTTTTGTATGTGGGAGGTTGCAAGTTTGAT------CT-CTACA-A-TCAGG----TC-ATACCAGAG
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                  -GGAAAA-TTTT--A----CTGGTAAA--CCGA--GTTTAAGTATTG-AT--TG----A--CTGGATGGG-GT--AT-CA--TA----ACA------
gi|37                         :                                                                 TCCACCTTGCATGGGGAAGATCATCGGCTAGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACTAAATAC-TT
gi|38                         :                                              -TGGTCTAGTGATAG--TGTCCGCCTCACTTGCAGGAGGTTATGGGTT
gi|39                         :                                  tacatggcat-G-TGGTTTAGTGGTAAAGCGTTCGTCTCGCATG-GGAAGGTCGCGGGTTCGttat
gi|4                          :                              aacaccgcgGCAGC-GGTGGTTTAGTGGTGAAG-GTTCGCCTCGCATGTGGAACGTCGTGGATTCGAT------TC-C--CA-G-CCGGA----TC-CTACAAAAGCC-TTG--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---TGTTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGAGTG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGATGGG-GT--AT-CA--TA----CTA------TGTGTCTTTGGCATGA------TAGTCCAGTGTGGCAG----------------------GTAGACACTGTCGCGATATG-A-CTTGAA-AAA-TG-TTGAAAGCGACGCTA-AACATCA
gi|40                         :                                                                                                                                                                           accGA-AGCTAAGT----------CCT---TGTTTGGTC---CTCAGCATTCAGA-AGATAG-TT
gi|41                         :                                            -G-TGATCTTGTGGTAGAGCATCCGCC-CGCA----------CGT------GAT------CC-C--TG-G-CCGCA----TC-ATtgtggcattgttgac
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cagatA-CTA-TCTCAAGTAGCCACTGTCTTGAAATG-G-T-TAAA-AAATTGCTTGAAA
gi|43                         :                                      cGCAGC-GATGGCCTAGTGGTAGAGCGTC
gi|44                         :                                                                                                                                                              gtttcagttatttcaaaagaccT---T----------TCT---CACTTGA-G---CTCAGTAATTAC--GGATAG-TTCT--AGG-ACTGGTCG
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    atTGTAAGTGC-A-AT-GTG----T--CTGGGTGTT-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCT
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                     CTGGTTGA--CCCA--TTGTCAGTAC-A-A--------------------G-CT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCTGtca
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      TGTTAGTAC-A-AT-ATG----A--CTGGAAAGG-CT--AT-CA--TA----CTA------TGTGT
gi|5                          :                                            -G-TGGTATAGTGGTAGAGAGTTTGTCTTGCATG-------------ATTC-AT------T--------G-ATGGG----TC-ATACTGAAAAC-TTG--A----------A------AACTGT-TTCCAAA-AGCT---T----------CTC---CGCTTGGTG---TTCAGCATTTAGA-GGACAG-TTCT--TGG-TCTGGTTGA--CCCA--GTGTCAGTAT-A-AT-GTA----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCTGCAGCATGA------TACTAAAGTGTGCCAGCACTTAGAATA-CTG-TCGCAAGTACACACCATTCCGATATG-A-A-TAAA-AAAATG-TTGAAAGTGAAGCTA-AGCACTAt
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcaCTGTCGTGATATG-A-C-TGAA-ATATTG-TTGAACACAATGGTA-AAc
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             AT-A-AT-ATG----A--CTGGGTGGG-TT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGC
gi|53                         :                                                                                                AT------CC-C--CG-A-TCGGG----TC-ATACCAAAGGT-TTT--A----------A------AAATGG-
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   --GTGTAAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGATGGG-CT--AT-CA--TA----
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         aAGTTT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGTG-GC--AT-CA--TA----CCA------TGT
gi|6                          :                                       GCAGC-GGTGGTTTAGCGGTGTAGCGCCCGTCTCGCTTGCGGAAGATTGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CGGGG----TC-ACACCAAAGAC-TTT--A----------G------AAATAG-TATTAGA-AGTT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTGAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGA--CCCG--ATGTCAATAT-A-AT-GGG----A--CTGGGTCGG-GT--AT-CA--CA----CTA-----------------------------AC------GTGGCAGCACTCAGAATA-CTA-TATCATGTAGACACTCTGGCCATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AGCACC
gi|7                          :                                                                       cCGCATGTGGAAGGTCATGGGTTCGAT------AC-C--CG-A-CCGG-----TT-ATATAAAAGAC-TTG--A----------A------AA-TGA-TACTAGA-AGCA---C----------CTT---TGCTTGGCG---TTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGATCGG--CCCG--CAGTCAGTAA-A-AT-GGG----A--CTGG-TGCT-GT--TT-CA--TA----CTA------TATGCCTGTGGCATGA------CACTCCAGTGTGGCAGCGCTTAAAATA-TTG-TCTCAAGTGGACACCGTCGCGATATA-A-A-TGAA-ACACTG-TTGAAA-TGACGCTATAACAC
gi|8                          :                                                                                     TCATGGGTTCGGTGCTGTACCAC--TG-GACCACGCGC-TCTACACTTAATAC-TTACTA----------G------AAAT----ACTAGA-AGCT---G----------TCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTGAGA-GGATAG-TTCT--ATG-TCTGGT----------------------------TG----A--TTGG-TGAA-GT--AT-AA--TG----CCA------TTTGTCTGAGGCATGG------TACTCCGGTATGGCAGCGCTTAGAATG-TTG-TCTCAAGTACACACTGTCGTGATATA-G-C-TGAA-AATTTG-ACGAAAGCGACGCTA-AACACCAaat
gi|9                          :                                      aGCAGC-G-TGGTCTAGTTGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTTGGTTCAAT------CC-C--CG-A-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTT--A----------A------AAATGA-TACTAGA-AGTT---T----------ACC---CGCTTGACG---CTCAGCATTTAGA-GGAAAG-TTCT--AGG-TCTTGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--GTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----C-------------CTGCGGCATGA------TAtgc


blockSeqs                     :                                            T A                               CA         C        GCTGTA  A TA  A A     TAGC  T           A  ACT TATCACTGACA           GT       C    TGAGATAGAAT      AAA       C AGT             C      T    TA   A         CC  G CA          T C  A   TGTG GT    A    T  TG  G  AT  CAAT   TGTACT                TATATG   T                T      G   C              T    T      C T T    C   T  C               T
blockSeqs                     :                                            T G                               CG         G        .       . .   . .     CGC   .           .  A   ATAAACT               G        .    AAGT             .         G .               .      .    .    .         .   T .           . .  .   .    .     A    .  .   .  .   .      .                     .        T                C      .   .              T    C      . . .    .   A  .               .
blockSeqs                     :                                            . A                               TG         T        .       . .   . .     .     .           .  T   A                     A        .    CTT              .         T .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     A    .  .   .  .   .      .                     .        T                T      .   .              T    T      . . .    .   T  .               .
blockSeqs                     :                                            . G                               CA         G        .       . .   . .     .     .           .  A   A                     G        .    T                .         T .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     C    .  .   .  .   .      .                     .        T                C      .   .              C    C      . . .    .   T  .               .
blockSeqs                     :                                            . .                               TG         T        .       . .   . .     .     .           .  G   A                     G        .    T                .         T .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     G    .  .   .  .   .      .                     .        G                A      .   .              T    G      . . .    .   T  .               .
blockSeqs                     :                                            . .                               CG         G        .       . .   . .     .     .           .  A   A                     G        .    T                .         C .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     T    .  .   .  .   .      .                     .        T                C      .   .              T    T      . . .    .   T  .               .
blockSeqs                     :                                            . .                               TG         T        .       . .   . .     .     .           .  T   A                     C        .    T                .         T .               .      .    .    .         .   G .           . .  .   .    .     G    .  .   .  .   .      .                     .        T                C      .   .              C    C      . . .    .   C  .               .
blockSeqs                     :                                            . .                               GG         A        .       . .   . .     .     .           .  G   A                     G        .    T                .         T .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     A    .  .   .  .   .      .                     .        A                T      .   .              T    T      . . .    .   T  .               .
blockSeqs                     :                                            . .                               CA         C        .       . .   . .     .     .           .  G   A                     G        .    T                .         C .               .      .    .    .         .   T .           . .  .   .    .     C    .  .   .  .   .      .                     .        T                C      .   .              T    C      . . .    .   A  .               .
blockSeqs                     :                                            . .                               TG         G        .       . .   . .     .     .           .  G   A                     T        .    T                .         T .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     A    .  .   .  .   .      .                     .        T                T      .   .              C    T      . . .    .   T  .               .
blockSeqs                     :                                            . .                               CG         G        .       . .   . .     .     .           .  T   A                     G        .    T                .         T .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     A    .  .   .  .   .      .                     .        T                T      .   .              T    C      . . .    .   T  .               .
blockSeqs                     :                                            . .                               TG         G        .       . .   . .     .     .           .  G   A                     G        .    T                .         A .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     A    .  .   .  .   .      .                     .        T                .      .   .              T    C      . . .    .   C  .               .
blockSeqs                     :                                              .                               CG         G        .       . .   . .     .     .           .  G   G                     A        .    T                .         C .               .      .    .    .         .   G .           . .  .   .    .     G    .  .   .  .   .      .                     .        .                .      .   .              C    T      . . .    .   T  .                
blockSeqs                     :                                                                              G          G        .       . .   . .     .     .           .  T   A                     A        .    T                .         C .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     G    .  .   .  .   .      .                     .        .                           .              T    .      . . .    .   .  .                
blockSeqs                     :                                                                              .          G        .       . .   . .     .     .           .  T   G                     .        .    T                .         T .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     G    .  .   .  .   .      .                     .        .                                          .    .      . . .    .                       
blockSeqs                     :                                                                              .          T        .       . .   . .     .     .           .  G   A                     .        .    T                .         T .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     G    .  .   .  .   .      .                     .        .                                                                                       
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blockSeqs                     :                                                                              .          .        .       . .   . .     .     .           .                                     .    G                .         C .               .      .    .    .         .   C .           . .  .   .    .     A    .  .   .  .   .      .                     .                                                                                                
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finalCons                     :                                       GCAGC-G-TGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTN--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGA------TACTCCAGTGTGGCAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AACACCA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): ACATAACACTTCAATATGGTAGTGCTTAAATTATTGGCTCAATGTGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGTTGACCCATTGTCAGTACAAGTTATCATACCATGTGCCTA
Unaligned ( gi|52 ): TAACACCATGCTATATTTTTTATTTGTACCGATGGTGAC
Unaligned ( gi|55 ): TTAGGATCATGTATATTGTTTATGGATCTGAAACG
Unaligned ( gi|57 ): CAACAATCCTCTACCAATGAGACTTACATAATCTG
Unaligned ( gi|58 ): CTGCAGCTGTGTTCTAGGGGGTAGAGAATCTGCC






Alignments
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lowQualScore                  :                                            2 4                               22 9    5  9        888888  0 88  0 0     4444  0           1  111 22222222222222222     11       1    11111111111111   222       8 000             7      7    44   7         33  4 22    5     3 3  3   7777 88    5    3  88  3  88  7777   888888       4        555555   9            9   1      9   7              6    2      5 5 5    5   0  7               1       
consensus                     :                                       GCAGC-G-TGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTN--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGA------TACTCCAGTGTGGCAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AACACCA
Reference ( family-1393 )     :                                       GCAGC-G-TGGTCTAGTGGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTN--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGA------TACTCCAGTGTGGCAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AACACCA
gi|1                          :                                                        GGTAAAGCCTCCGCTTCGCATGC---AGGTCTAGGGTTCGAT------CC-T--CG-G-CTGTG----TC-ATACCAAATAC-TTA--T----------A------AAATGG-TAC-AAA-AGCT---T----------CCT---CGCTTAGCG---CTCAACATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTTGG--CATG--GCGCCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGT-GG-GT--A---------------------------------ATAA------TA--CCAGTGTGGCAGTGCTCAAATTA-CTG-TCTCCAGTAGACACCATTGAGATATG-A-C-TGAA-AAA-GG-TTGAAAGCGACGCTA-AATACCA
gi|10                         : cagtatgtgacaagtgtctaaatctgcatgactgcagtgtata-G-TGGTCTAGTGGTAGAGAGTTCACTTCATATGCAGAATGTTGTCGGGTCTAT------CC-C--CG-G-TCGGG----TC-ATATCTAAAACATGA--A----------A------AAATGG-TACAAGA-AACT---T----------ACT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GAATAA-TTCT--AGG-TCAGGTCGA--CCGG--TTGTTATCAT-A-AT-ATG----A--CTGGATGTG-GT--TA-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGCATGG------TTCTCtaaagcaacaacaaa
gi|11                         :                                                                                                                    caGG----TC-ACATGGTAGAC-ATT--A----------ATAAACTAAATG--TACTACA-AGTT---T----------CCT---CACTTGGGA---GTTTGAATTGAAG-GGATAT-TTGT--AGG-CCTGTTCTG--CCTG--GACTAATTGT-A-GT-GTG----T--CTCAATGTG-GT--AG-CG--TG----CC------------CTGCCACAT------------TCAGTGTGGAAG----------A-CTA-T---AAGCAGACAATGT-----TAGT-A-T-TGAA-GAATTG-TCAAAAATAAAGTTA-AAC
gi|12                         :                                       GTAGCTG-TGGTTCAATGATGGGATGTCCGCCCTGTGTGCGAGAGGT-----GTT-------------------G-TCAGGTAGCTC-ATACCAAATAC-TTA--ATATCACTGACA------AAATAA-TGCC--A-ATCT-----------------------TTGA-A---CTCTGTATTTGGA-TGAAAG--TCT--ATG-TCT
gi|13                         :          aattatatactataaattatatttgttcgatatc-G-TGGTCTAGTGTTAGAGCATCCACCTTGCA--------GTCTTGGATTTGAT------CT-A---G-G-CTGTC----TC-ATACCAAAGAT-TTG--A----------A------AAATGG-TATAAGA-AGCT---T----------CCT---CGCTTGGTG---CTCAGCATTTAGA-GGATAGTTTCT--AGG-TCTTATAGACCCCCG--GTGTCCGTAT-A-AT-GTG----A--tg
gi|14                         :                                                                                                                                                                            ccacagtgT---T----------ACT---TGCTGGATG---CTCTGGGTTTCGA-GGATGG-T-CT--AGGATATGA-CAG--CC---------AGTAT-A-AT-GTG----A--CGGGATGGT-GA--GA-CA--TG----TCA------TGCCTTGGCAATATGA------
gi|15                         :                                                                                                                                          ttcacctctgcaggggttatctgtttcaatcactgtcttacaaatattgtacaaattgaacacattTTGATG---CTCAGCATTTAGA-GGAC---TGCT--AAA------------------ATGT---TCT-ACAT--TA----A--CTGGCTGGG-GT--AG-CAATTA----CCT------TGTGTTTGCTGCATGA------T-C-----TATGGTAGCACTTA
gi|16                         :                                                                                                     ctgcaggaactgatgggttacatgtctaaagttgtaaatatttgtccttatttta------AAATGG-TACTAGA-AACT---T----------TCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGA--TCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTAT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                    tctgtcctcgattttattatacaacaagtaataatGGTCAG--CACA--TTGCCAGTAT-A--T--TG----A--CTGATTGTA-GT--AT-TA--TG----CCA------TGTGTC--CGGTATAG------T----CAGTGTGGCAGTG-GCACTATA-CCACTTTGAAGCAGACGCTATTGTTGTATGCATC-TGAA-
gi|18                         :                                                        accattgagagaaatgtgtaaatacaAAGTTGTTGGTTCG-T------CC-C--CAAG-TTGAG----CC-ATTCTAAAGAT-TTA--A-----------------------------GA-AGCT---T----------CCTAAAGGTTTGATG---CTCAGTACCTGCA-GGACAG-TTCTTAAGG-ACTGGGAGA--CCCA--GTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cgtctgcaatA--TA----CCA------TGTGACTGCATTATGA------TACTCCATTGTGACAGCACTTAGAATA-CTG-TCTGAAGTAGACACTATCTCAATTTG-A-C-AGAACAAAATA-T-GAAAGTGACGCTA-AACACCA
gi|2                          :                                       GCAGC-A-TGGTCTAGTGGTAGACCGTCCGCCTCGCATGTGGAAGGTCATGGGTTCGAT------CC-C--CA-A-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTT--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---TGCTTGGTG---CTCAGCATTTAGA-GGAGAG-TTCT--AGG-TCTGGTCAG--CTGG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTAGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGTGGCATGA------TACTCCAGTGTGACAGCGCTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACCGTCGTGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGTGACGCTT-AACACCAtacaacaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                        -TATTAAACAGCT---T----------TGT---TGTTTGGCC---CTCAATCTGTATACGAAT-G-TCTT--A---TCT---CAC--CACA--GTGTAAATAT-A-AT-GTGTGTGA--CTACATATG--T--AG-CA--TA----ACA------TGTGTCTTCGACA
gi|21                         :                                        CAGC-GATGTTCTAGTGGTAGAGCGTCTGCT--------------------GT--GAT------CC-C--CG-G-CCGAG----TC-ATTCCAAATAC-TTG--A----------A------AAAAAGTTACTTGC-AGCT---T----------CTT---CACTCGGTT---CTTAGTATTGAGA-GGAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            TAA-A-AT-TTG----A--CTAACTGGG-AA--AT-CA--GA----TCA------TGTGTCT----------------ACTCCAGTGAGGCAGCGCTATGAATAGGTT-TCTCAAGTA-----------GATATG-A-C-TGAT-CACTTT-TTGAAAGC
gi|23                         :                                                        GGTAGGGCACCCGCCTTGTATGCAACAGGTCGTTGGTTTTAT------CC-C--CT-G-CAGGG----Tta
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 aacaccgcagcaAT-A-AA-ATG----A--CTGGATGGG-GT--AT-TT--CA----CCC------TGTATTTGTGATATGATATATGTACGTTAGTGCGGCAATACTgtaaatattacagaattttgtcacatatcatact
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                 GA-TCAGGTCTG--CCTGCAATGTTAGTAT-A-AT-GTG----A--TTGTATGGG-CT--CTGCG--TG------A------CGTGCCTTAGGCATGA------TGCgtgataaaactgcgaaaatgctg
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GTGTGACAGCACTCAGAATA-CTG-TCTCAAGTAGACACTGTCGCGATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTCAAAGCGACGCTA-AACACCAatttgtgtaagtgtcaaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 CG--GTA-CACTGT-A-ATAGTA----AGTCTGGATGGG-AA--AT-CA--TA----CCATGTACTTGTATCTGCAAAA-AA------TACTACAGTGTGtacaaca
gi|28                         :                                                                                                                                agtCAAAGTT-CTG--A----------A------AAATGC-TA-TAGA-TGTT---TGAGATAGAATCCT---AGTTTGTTGAGTCTCGGCATTTAGA-AGATAG-ATGT--AGT-TCTAGttattgctaaca
gi|29                         :                                        CAGCTG-TGATCTAGGGGTAGAGTGTCTGCTTTGTATGTGGAAGGTTGTGGGTTCAAT------CA-C--CA-G-CCAGG----TC-ATATCAAAGAC-TTG--A----------A------AAgact
gi|3                          :                                                                  CCGTCTAACATGCGGAAGGAGGTTGGTTCGAT------CC-C--CG-A-TGGGA----TC-ATAACAAAGAC-TTT--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCTCT-T----------CAT---TGCTTGAAG---CTCAGCATTCAGA-GGAAAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCA--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCTGCAGCATGA------TACTCCAGTGTGTCAGTGCTCAGAACA-CTG-TCTCAAGTAGACACTGTCGGGATATA-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCAACGGTA-AACACTA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TCTCAAGCAGACACCATCGTGATAGA-G-A-TGGA-GAGCTG-TTGAAGACGATATAA-AACAtacaacca
gi|31                         :                                                                                                                                                                                       tt----------CTT---CATTTGGCG---CTAAGCGTGAAGA-GGATAA-TTCT--AGG-CCTGATTGA--Ctggtattttat
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                     ATAG-TTTT--AAG-ACTGGTAGG--CC-G--GTTTCAGAAT-T-AT-GTG----A--CTAGGTGCA-GA--AT-CA--TA----AGA------TGTGTaacgcgtaatgtcgggatataa
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                      TGATCAA--CCCA--GTGTCAGTAT-G-AT-ATG----A--CAGGGCGAGTGTTGAT-CA---A----CCC------AGTGT---CAGTATGA------T
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTAC-A-AT-GTG----A--CTGGGTACA-GT--AT-TG--TACAATCCA------TGTCTCTCTGGTGTGT------TACACCAGT
gi|35                         :                                                            tAGCATCTGTTTTGTATGTGGGAGGTTGCAAGTTTGAT------CT-CTACA-A-TCAGG----TC-ATACCAGAG
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                  -GGAAAA-TTTT--A----CTGGTAAA--CCGA--GTTTAAGTATTG-AT--TG----A--CTGGATGGG-GT--AT-CA--TA----ACA------
gi|37                         :                                                                 TCCACCTTGCATGGGGAAGATCATCGGCTAGAT------CC-C--CG-G-CCGGG----TC-ATACTAAATAC-TT
gi|38                         :                                              -TGGTCTAGTGATAG--TGTCCGCCTCACTTGCAGGAGGTTATGGGTT
gi|39                         :                                  tacatggcat-G-TGGTTTAGTGGTAAAGCGTTCGTCTCGCATG-GGAAGGTCGCGGGTTCGttat
gi|4                          :                              aacaccgcgGCAGC-GGTGGTTTAGTGGTGAAG-GTTCGCCTCGCATGTGGAACGTCGTGGATTCGAT------TC-C--CA-G-CCGGA----TC-CTACAAAAGCC-TTG--A----------A------AAATGG-TACTAGA-AGCT---T----------CCT---TGTTTGGCG---CTCAGCATTTAGA-GGAGTG-TTCT--AGG-TCTGGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGATGGG-GT--AT-CA--TA----CTA------TGTGTCTTTGGCATGA------TAGTCCAGTGTGGCAG----------------------GTAGACACTGTCGCGATATG-A-CTTGAA-AAA-TG-TTGAAAGCGACGCTA-AACATCA
gi|40                         :                                                                                                                                                                           accGA-AGCTAAGT----------CCT---TGTTTGGTC---CTCAGCATTCAGA-AGATAG-TT
gi|41                         :                                            -G-TGATCTTGTGGTAGAGCATCCGCC-CGCA----------CGT------GAT------CC-C--TG-G-CCGCA----TC-ATtgtggcattgttgac
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cagatA-CTA-TCTCAAGTAGCCACTGTCTTGAAATG-G-T-TAAA-AAATTGCTTGAAA
gi|43                         :                                      cGCAGC-GATGGCCTAGTGGTAGAGCGTC
gi|44                         :                                                                                                                                                              gtttcagttatttcaaaagaccT---T----------TCT---CACTTGA-G---CTCAGTAATTAC--GGATAG-TTCT--AGG-ACTGGTCG
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    atTGTAAGTGC-A-AT-GTG----T--CTGGGTGTT-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCT
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                     CTGGTTGA--CCCA--TTGTCAGTAC-A-A--------------------G-CT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCTGtca
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      TGTTAGTAC-A-AT-ATG----A--CTGGAAAGG-CT--AT-CA--TA----CTA------TGTGT
gi|5                          :                                            -G-TGGTATAGTGGTAGAGAGTTTGTCTTGCATG-------------ATTC-AT------T--------G-ATGGG----TC-ATACTGAAAAC-TTG--A----------A------AACTGT-TTCCAAA-AGCT---T----------CTC---CGCTTGGTG---TTCAGCATTTAGA-GGACAG-TTCT--TGG-TCTGGTTGA--CCCA--GTGTCAGTAT-A-AT-GTA----A--CTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----CCA------TGTGCCTGCAGCATGA------TACTAAAGTGTGCCAGCACTTAGAATA-CTG-TCGCAAGTACACACCATTCCGATATG-A-A-TAAA-AAAATG-TTGAAAGTGAAGCTA-AGCACTAt
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gcaCTGTCGTGATATG-A-C-TGAA-ATATTG-TTGAACACAATGGTA-AAc
gi|51                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             AT-A-AT-ATG----A--CTGGGTGGG-TT--AT-CA--TA----CCA------TGTGTCTGCGGC
gi|53                         :                                                                                                AT------CC-C--CG-A-TCGGG----TC-ATACCAAAGGT-TTT--A----------A------AAATGG-
gi|54                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   --GTGTAAGTAT-A-AT-GTG----A--CTGGATGGG-CT--AT-CA--TA----
gi|56                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         aAGTTT-A-AT-GTG----A--CTGGGTGTG-GC--AT-CA--TA----CCA------TGT
gi|6                          :                                       GCAGC-GGTGGTTTAGCGGTGTAGCGCCCGTCTCGCTTGCGGAAGATTGTGGGTTCGAT------CC-C--CG-G-CGGGG----TC-ACACCAAAGAC-TTT--A----------G------AAATAG-TATTAGA-AGTT---T----------CCT---CGCTTGGCG---CTGAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGGTCGA--CCCG--ATGTCAATAT-A-AT-GGG----A--CTGGGTCGG-GT--AT-CA--CA----CTA-----------------------------AC------GTGGCAGCACTCAGAATA-CTA-TATCATGTAGACACTCTGGCCATATG-A-C-TGAA-AAATTG-TTGAAAGCGACGCTA-AGCACC
gi|7                          :                                                                       cCGCATGTGGAAGGTCATGGGTTCGAT------AC-C--CG-A-CCGG-----TT-ATATAAAAGAC-TTG--A----------A------AA-TGA-TACTAGA-AGCA---C----------CTT---TGCTTGGCG---TTCAGCATTTAGA-GGATAG-TTCT--AGG-TCTGATCGG--CCCG--CAGTCAGTAA-A-AT-GGG----A--CTGG-TGCT-GT--TT-CA--TA----CTA------TATGCCTGTGGCATGA------CACTCCAGTGTGGCAGCGCTTAAAATA-TTG-TCTCAAGTGGACACCGTCGCGATATA-A-A-TGAA-ACACTG-TTGAAA-TGACGCTATAACAC
gi|8                          :                                                                                     TCATGGGTTCGGTGCTGTACCAC--TG-GACCACGCGC-TCTACACTTAATAC-TTACTA----------G------AAAT----ACTAGA-AGCT---G----------TCT---CGCTTGGCG---CTCAGCATTGAGA-GGATAG-TTCT--ATG-TCTGGT----------------------------TG----A--TTGG-TGAA-GT--AT-AA--TG----CCA------TTTGTCTGAGGCATGG------TACTCCGGTATGGCAGCGCTTAGAATG-TTG-TCTCAAGTACACACTGTCGTGATATA-G-C-TGAA-AATTTG-ACGAAAGCGACGCTA-AACACCAaat
gi|9                          :                                      aGCAGC-G-TGGTCTAGTTGTAGAGCGTCCGCCTCGCATGCGGAAGGTCGTTGGTTCAAT------CC-C--CG-A-CCGGG----TC-ATACCAAAGAC-TTT--A----------A------AAATGA-TACTAGA-AGTT---T----------ACC---CGCTTGACG---CTCAGCATTTAGA-GGAAAG-TTCT--AGG-TCTTGTCGG--CCCG--GTGTCAGTAT-A-AT-GTG----A--GTGGGTGGG-GT--AT-CA--TA----C-------------CTGCGGCATGA------TAtgc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): ACATAACACTTCAATATGGTAGTGCTTAAATTATTGGCTCAATGTGG
Unaligned ( gi|48 ): TGGTTGACCCATTGTCAGTACAAGTTATCATACCATGTGCCTA
Unaligned ( gi|52 ): TAACACCATGCTATATTTTTTATTTGTACCGATGGTGAC
Unaligned ( gi|55 ): TTAGGATCATGTATATTGTTTATGGATCTGAAACG
Unaligned ( gi|57 ): CAACAATCCTCTACCAATGAGACTTACATAATCTG
Unaligned ( gi|58 ): CTGCAGCTGTGTTCTAGGGGGTAGAGAATCTGCC