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Alignments
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gi|15 : aactcctcttaaattgctacaatattttgtgtttagctgttcaaatcgacatcaaactttccattttgccttttatctgatatcagtcattttactgctcaatctttggatttgttacagaccattgctgaatagtttaatgacagtttaAAACTCCTGTTAAATTGCTACGATATTTTGTGTTTAGCTGTTCAAATGGACATCAAACTTTCCATTTTGCC---TTTTATCTTACAT----CAGTCATTTTAATTTTACTGCTCAATATTTGGATTTCTC---GATCATTGCTGAATA-GTTAAATGACAGTTTAGATGTTAAAAAATAAATGGTATACCAATGCTGT--------AAAAAAAAGAGGAACAAGACATTGTACTGTGGCATAATTATATTGA--CTTA---ACTGCA-CAATA--T-----GGAAGT
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gi|16 : aaactcctgttaaattgctacgatattttgtgtttagctgttcaaatggacatcaaactttccattttgccttttatcttacatcagtcattttaattttactgctcaatatttggatttctcgatcattgctgaatagttaaatgacagtttagatgttaaaaaataaatggtataccaatgctgtaaaaaaaagaggaacaagacattgtactgtggcataattatattgacttaAAACTCCTGTAAAATTGCTACAATATTTTGTGTTTAGCTGTTCAAATGGACATTGAACTTTCCATTTTGCC---TTTTATCTTATAT----CAATC------ATTTTACTGCTCAATCTTTGGATTTCTTACAGACCATTGCTGAATA-GTTAAATGACAGTTTAGATGTTAAAAAATAAATGGTATACCAATGTTGTA------G---AAAAATAGGAACAAGACATTGTACTGTGGCATAATAATATTGA--CTTA-TTAATACA-CAAAA--TTG---GCAAGTTTTCTGCTACTTATTCGTTCTTGGCATGTATGTCATAACTGACC-AAAATGCAATCAGAATAAGTACAAAAATATAGTTTTAGCATACACAATGCACAATATcta
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Reference ( family-1373 ) : AAACTCCTGTTAAATTGCTACGATATTTTGTGTTTAGCTGTTCAAATGGACATCGAACTTTCCATTTTGCC---TTTTATCTTATAT----CAGTC------ATTTTACTGCTCAATCTTTGGATTTCTTACAGACCATTGCTGAATA-GTTAAATGACAGTTTAGATGTTAAAAAATAAATGGTATACCAATGCTGTA------GAAAAAAAATAGGAACAAGACATTGTACTGTGGCATAATTATATTGA--CTTA-TTAGTACA-CAAAA--TTA---GCAAGTTTTCTGCTGCTTATTCGTTCTTGGCATGTATGTCATAACTGACC-AAAATGCAATCAGAATAAGTACAAAAATATAGTTTTAGCATACACACTGCACAATATGGAAGTCATTTAATGCAGTATGT-----GACATTAAT-TTTTTNTGAACNTGGCNNC-NGNNCANNNA-CTTTTCNATTGTTA-A-TT--AAATTTCTCAAATTATG------TAATC---AT--TTT-TTTAGCATAATTTGCTTTCAAAATGAACATAATTTT
gi|1 : AAACTCCTGTTAAATTGCTATGATATTTTGTGTTAAGCTGTTCAAATGGACATCAAATTTTCCATTTTGCC---TTTTATCTTATAT----CAGTC------ATTTTACTGCTCAATCTTTGGATTTGTTACAGACCACTGCTGAATA-GTTAAATGACAGTTTAGATGTTAAAAAATAAATGGTATACCAATGCTGTA------AAAAAAAAATGGGAACAAAACATTGTACTGTGGCATAATTATATTGA--CTTA-TTAGTACA-CAAAA--TTA---GCAAGTTTTCTGCTGTTTATTCATTCTTGGCATGTATGTCATAACTGACC-AAAATGCAATCAGAATAAGTACAAAAATATAGTTTTAGCATACATACTGCACAATATGGAAGTCATTTAATGCAGAATGT-----GACA-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-A-TT--AAATTTCTCAAATTATGTATAATTAATC---AT--TTT-TTGAGCATAATTTGCTTTCAAAATGAACATAATTTT
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gi|12 : aattcctgttaaattgctacaataatttgtgtttagctgttcaaatggacattgaactttccattttgccttttatgttttatcagtcattttactgctcaatctatgtatttcttactgAACTCCTGTTAAAATGCTACAATATTTTGTGTTTAGCTGTTCAAATAAACATCAAACTTTTTATTTTGCC---TTTTATATTATAT----CAGTC------ATTTTACTGCTCAATCTTTGGATTTCTTACAGACCATTGCTGAATA-GCT-AATGACAGTTTAGATGTTAAAAAATAGATGGTATACCAAcc
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gi|13 : aactcctgttaaaatgctacaatattttgtgtttagctgttcaaataaacatcaaactttttattttgccttttatattatatcagtcattttactgctcaatctttggatttcttacagaccattgctgaatagctaatgacagtttagatgttaaaaaatagatggGCC---TTTTATCTTATAT----CAGTC------ATTTTACTGCTCAATCTTTGGATTTTTTACAGACCATTGCTGAATA-GTTGAATGACAGTTTAGATGTTAAAAATTAA-TGGTATACCAATGCTGTA------GAAAA---ATAGGAACAAGACATTGTACTGTGGCATAATTATATTGA--CTTA-TTAGTACA-CAAAA--TTA---GCAAGTTTTCTACTGGTTATTCATTCTTGGCATGTATCTCAAAACTTGCC--AAATGCAATCAGAATAAGTACAAAAATATAGTTTTAGCATACACACTACACAATAGGGAAGTCATTTGGTGCAGTATGTNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-A-TT--ACATTTCTCAAGTTATG------TATTC---AT--TTT-TTTAGCATAATTTGCTTTCAAAATGAACATCATTTT
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gi|15 : aactcctcttaaattgctacaatattttgtgtttagctgttcaaatcgacatcaaactttccattttgccttttatctgatatcagtcattttactgctcaatctttggatttgttacagaccattgctgaatagtttaatgacagtttaAAACTCCTGTTAAATTGCTACGATATTTTGTGTTTAGCTGTTCAAATGGACATCAAACTTTCCATTTTGCC---TTTTATCTTACAT----CAGTCATTTTAATTTTACTGCTCAATATTTGGATTTCTC---GATCATTGCTGAATA-GTTAAATGACAGTTTAGATGTTAAAAAATAAATGGTATACCAATGCTGT--------AAAAAAAAGAGGAACAAGACATTGTACTGTGGCATAATTATATTGA--CTTA---ACTGCA-CAATA--T-----GGAAGT
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gi|15 : aactcctcttaaattgctacaatattttgtgtttagctgttcaaatcgacatcaaactttccattttgccttttatctgatatcagtcattttactgctcaatctttggatttgttacagaccattgctgaatagtttaatgacagtttaAAACTCCTGTTAAATTGCTACGATATTTTGTGTTTAGCTGTTCAAATGGACATCAAACTTTCCATTTTGCC---TTTTATCTTACAT----CAGTCATTTTAATTTTACTGCTCAATATTTGGATTTCTC---GATCATTGCTGAATA-GTTAAATGACAGTTTAGATGTTAAAAAATAAATGGTATACCAATGCTGT--------AAAAAAAAGAGGAACAAGACATTGTACTGTGGCATAATTATATTGA--CTTA---ACTGCA-CAATA--T-----GGAAGT
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gi|11 : ACCATTGCTGTATATGTTGGAGAAAAATAGGAACAATGCATTGTACTGTGGCATAATTATATTGA--CATA-TTAGTACA-CAATA--TTA---GCAAGTTTTCTGCTGCTTATTCGTTCTTGGCATGTATGTCATAACTGA-C-AAAATGCAATCAGAATAAATACAAAA--ATAATTTTAGCATACACACTGCACAATATAGAAGTCATTTAATGCAGTATCT-----GACATTAAT-TTTTTATGAACATGGCCAC-AGAGCCATGATCTTTTCTATTGTTA-C-TT--AAAATTCTCAAATTATG------TAATC---AT--ATT-TTTAGCATAATTTGCTTTCAAAATGATCATAACTTggagaaaaataggaacaatgcattgtactgtggcataattatattgacatattagtacacaatattagcaagttttctgctgcttattcgttcttggcatgtatgtcataactgacaaaatgcaatcagaataaatacaaaaataattttagcatacacactgcacaatatagaagtcatttaatgcagtatctgacattaattttttatgaacatggccacagagccatgatcttttctattgttacttaaaattctcaaattatgtaatcatatttttagcataatttgctttcaaaatgatcataacttcc
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gi|23 : AACTCTTGTTAAATTGCTACAGTATTTTGTGTT-AGCTGTTCAAATGGACATCAAACTTTCCATTTTGCCACCTTTTATCTTATAT----CAGTC------ATGCTATTGCTCAATCTTTGGATTTCATATAGACCATTGCTGAgggtagttaaat
gi|24 : AATTCCTGTTAAATTGCTAAGATATTTTGAGTTTAGCTGTTCAAATGGACATCAAACTTTCCATTTTGCC---TTTTATCTTTTAT----CAGTC------ATTTTACTTCTCAATCTTTGGATTga
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gi|3 : AAACTCTTGTTAAATTGCTACAATATTTTGTGTTAAGCTGGTCAAATGGACATTGAACTTTCCATTTTGCC---TTTTATCTTATAT----CAGTC------ATTGTACTGCTCAATCTTTGTATTTCTTACAGACCATTGCTGAATA-GTTAAATGACAGTTTAGATGTTAAAAAATATATGGTATACCAATGCTGTA------GAAAAA---TAGAAACAAGACATTGTACTGTGGCATAATCATATTGA--CTTA-TTAGTACA-CAAAA--TTA---GCAAATTTTCTGCTGCTTATTCGTTCTTGGCATGTATGTCATAACTGACC-AAAATGCAACCAGAATAAGTACAAAAATATAGTTTTAGCATACACACTGCACAATATGGAAGCCATTTAATGCAGTGTGT-----GACATAAAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-N-CTAAAAATTTCTCAAATTATG------TAATC---AT--TTT-TTTTGCATAATTTGCTTTCAACATGAACATAATTTT
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