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lowQualScore : . .... .. .... . ... .. . . . . . . . .. . . . . ... . ...... .. ............. . .... . . . . . . ... ..... . . ...
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Reference ( gi|2 ) : TTGGTGTACAGTACGCATGAAAACCTACCCGGGCAAACCCCACTTTCTGTTCTAAACAG----TGGGGTTTGCT-CGGGTACAGCGTATGAAGAAATATGACGAAAGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATATT-TTTTGGTTAATTGATTCA-AATATATTAAAGATTAATTAAA--AAAAGTAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACGTGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAC---CACCCATCAGAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCT-------------CAAAATACTTTAT-TT----A-AAGTC-AAAA-GGTGTATTAAATAATTCTATAATTGAGAATATAAATTACTTTGCTTGGAATAAAGAGTTTAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCAGCGTCATTTTAGAAGTTACTGTCAATGATGTCAGATGTATTTTAGATAATTTAATAACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGGG
gi|1 : GTGTACAGTACGCATGAAAGCCTACCCGGGCAAACCCCACTTTCTGTTCTAAACAG----TGGGGTTTGCT-CGGGAACAGCGTATGAAGAAATATGATGAAAGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATATT-TTTTGGTTAATCGATTCA-AATATATTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGTAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGACAATTACTGCGCCAACATGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCACCATCACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCT-------------CAAAATACTTTAT-TT----A-AAGTC-AAAA-GGTGTATTAAATAATTCTATAATTTAGAATATAAAATACTTTGCTTGGAATAACGGGTTTAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTACTGTCAATGATGTCAGATGTATTTTAGATAATTCAATAACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGG
gi|3 : acGTGTACAGTTCGCATGAAAACCTACCCGGGCAAACCACAGTTTTTGTTCTAAACAG----TGGGATTTGCT-CGGGTACGGCGTATGAAGAAATATGACGAAATAGTTCT---TAAACCAAA---------AATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTTTATT-TTTTAGTTAATTGATTTA-AATATGGTAAAGTTTACTTTAA--AAAA--AAGTG--AAACATTATAAAAATAAAAGTTTATTATGTTTAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACATGCAATCCTTA-AACTATTGCTCCAC---CACCCATCAAACTAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCT-------------CAAAACACTTAAT-TT----TTAAGTC-AAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAATTAAAAATATAAGATACTTTGCTTTGAATAACGAGTTTATTTATTCGCGTAGTAATGCATCGAATTATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTTCTGTCAAGGGTGTCAGATTTATTTTAGATAATCTTATTACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGGG
gi|5 : acGTGTACAGTACGCACGAAATCCTACCCGGGCAAACCCCAGTTTCTGTTCTTTACAG----TGGGGTTTGCT-CGTATACAGCGTATGAAGAAATATGACGAAAGAGTTCC---TACACCGAACTGGTTAAAAATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATATTCTTTTGATTAATTGATTTA-AATATGTTAAAGTTTAATAAAA--AAAAATAAATACTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAATTTACTGCGCCAACGTGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAT---CACCCATCAAAATAT------A--GTGTAATATTCATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTCTGTTCT-------------CAAAATACTTTAT-TT----A-AAGTCAAAAA-GGTGTATTAAATAAATCTATAATTAAGAACATAAAATACTTTGCTTGGAATAACGTGTTTAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATAAAGACATAAAGAAGCTACTGCTaa
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gi|8 : acgtgtacagttcgcatgaaaaccTAACCGAGCAAACCCCGCC----GTTTAGAACAGAAACTGGGGTTTGCT-CTGGTAcggcgtatgaagaaatatgacgaaatagttcttaaaccaaaaataacgttgttatcaaatatttatgcttattctttattttttagttaattgatttaaatatggtaaagtttactttaaaaaaaagtgaaacattataaaaataaaagtttattatgtttaataaccatgaaaattactgcgccaacatgcaatccttaaactattgctccaccacccatcaaactatagtgcgatatttatgtgattaatttagctaaaatcaaagtatttttgttctcaaaacacttaatttttaagtcaaaaaggtgtattaaataattctataattaaaaatataagatactttgctttgaataacgagtttatttattcgcgtagtaatgcatcgaattataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagtttctgtcaagggtgtcagatttattttagataatcttattactaagtaagccggaaaatgcactttgttgggaa
gi|6 : acatgtacagtatgcatgaaaaccTACCCGAGCAAACCCCACC----GTTTAGAACAGAAACTGGGGTTTGCT-CGGGTAcagcgtatgaagaaatatgacgaaaaagttcctaaaccaaaccggttaaatataacgttgttatcaaatatttatgcttattctatactttttggttaattgatttaaatatgttaaagtttaattaaaaaaagcaaatgttaaacattataaaagtaaaagtttattatggtaaataaccatgaaaattactgcgccaacgtgcaatccttacactgtcgcttcaccacccatcaaaatatagtgcgatatttatgtgattaatttagctaaaatcaaagtatttttattctcaaaatactttatttaaagtcaaaaaggtgtattaaataattctataaataagaatataaaatactttgcttggaaaaacgagtt
gi|14 : gtacagtatgcatgaaaacaTACCTGAGCAAACCCCA----CTGTTTAGAACAGAAACTGGGGGTTGCC-CAGGTcagtgaatgaagaaatatgaagaaagagtttctaaaccaaaccggttaaaaataatgttgttatcaaatatttatgcttactctatactttttggttagttgatttaaatatgtttattatggtaaataaccatgaaaattactgcaccaacatgcaatccttaacactgtggcgtcaccacccatcaaaatatagtgcgatatttatgtgattaatttaactaaaatcaaagtatttttgttctataattaagaacataaaatactttgcttggaataatgagttcagttattcgcaaagtaatacatcaagtcataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagtttctgtcaatggtgtcagatgtattttagatgatttaataactaagtaagccagaaaatgcactttgttggg
gi|13 : TACCTGAGCAAACCCCA----CTGTTTAGAACAGAAACTGGGGGTTGCC-CAGGTACAGCATATGAAGAAATATGACGAAGGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACTTTGTTATC--AAATATTTATGcagcatatgaagaaatatgacgaaggagttcctaaaccaaaccggttaaaaataactttgttatcaaatatttatg
gi|13 : TACCTGGGCAACCCCCAGTTTCTGTTCTAAACAG----TGGGGTTTGCT-CAGGTA
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gi|1 : CCCGAGCAAACCCCACT----GTTTAGAACAGAAAGTGGGGTTTGCC-CGGGTA
gi|5 : acgtgtacagtacgcatgaaagccCGAGCAAACCCCA----CTGTAAAGAACAGAAACTGGGGTTTGCC-CGGGTAaacagcgtatgaagaaatatgatgaaagagttcctaaaccaaaccggttaaaaataacgttgttatcaaatatttatgcttattctatattttttggttaatcgattcaaatatattaaagtttaattaaaaaaagtaaatgttaaacattataaaagtaaaagtttattatggtaaataaccatgacaattactgcgccaacatgcaatccttacactgtcgcttcaccatcacccatcaaaatatagtgcgatatttatgtgattaatttagctaaaatcaaagtatttttgttctcaaaatactttatttaaagtcaaaaggtgtattaaataattctataatttagaatataaaatactttgcttggaataacgggtttagttattcgcgtagtaatacatcgaatcataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagttactgtcaatgatgtcagatgtattttagataattcaataactaagtaagccggaaaatgcactttgttgg
gi|12 : cgtgtacagtacgcacgaaatccCAG----TAGGGTTTGCT-CGGGTACAGCGTATGAAGAAATATGACGAAAGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACGATGTTATC--AACTATTTATATTTGTTCTATATT-TTTTGGGTAATTGACTTA-AATATTTTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGTAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAATGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACATGCAATCATTA-CACTGTCGCTTAAC---CACCCATCAAAATAtatacagcgtatgaagaaatatgacgaaagagttcctacaccgaactggttaaaaataacgttgttatcaaatatttatgcttattctatattcttttgattaattgatttaaatatgttaaagtttaataaaaaaaaataaatactaaacattataaaagtaaaagtttattatggtaaataaccatgaaatttactgcgccaacgtgcaatccttacactgtcgcttcatcacccatcaaaatatagtgtaatattcatgtgattaatttagctaaaatcaaagtatttctgttctcaaaatactttatttaaagtcaaaaaggtgtattaaataaatctataattaagaacataaaatactttgcttggaataacgtgtttagttattcgcgtagtaatacatcgaatcataaagacataaagaagctactgct
gi|11 : GGGTTTGCT-CGGGTATGGCGTATGAAGAAATATGACGAAAAAGTTCC---TATATCAAACCGGTTAAAAATAGCGTTGTAATC--AAATATTTATGCTTATTCCATATA-GTTTGGTTAATTGATATA-AATATGTTTAAGTTTGATT-AA--AAAAGTAAATGCTAAACATTATAAAAGTGAAAGTTGATTATTGTTAATAATCATGAAAATTACTGCGCCAACATGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAA---CA
gi|6 : GTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCACCAACATGCAATCCTTAACACTGTGGCGTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAACTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTATAATTAAGAACATAAAATACTTTGC-TT----tatcgacgatgacgctataatttaattacgtgat
gi|16 : gtacagtatgcatgaaaacatacccgagcaaaccccagtttctgttctaaacggtggggtttgctcgggtacagtgaatgaagaaatatgaagaaagagtttctaaaccaaaccggttaaaaataatgttgttatcaaatatttatgcttactctatactttttggttagttgatttaaatatGTTTACGCTAACAAATAATCACGTAAATTACTACGCCAAggaataatgagttcagttattcgcaaagtaatacatcaagtcataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagtttctgtcaatggtgtcagatgtattttagatgatttaataactaagtaagccagaaaatgcactttgttggg
gi|9 : ttgttgaaattttcACTGCGCCAGCATGCAATCCTTT-CACTGTTGCTTCAC---CACCCATCAAAATATCAAAATATTGTGCAATATTTATGTGATCAAATTAGCTAAAATCAAAGTATTTTGGTTCT-------------CAAAACATTTTAT-TT----A-AAGTC-AAAAAGGTGTATTAAATAATTCTGTAAATAAGAATATAAAATACTCGGCTTGGAATAATGAGTTTAGTTATTTTCGTAATAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTTCTGCTGTCTACCTGCGCCATTTTAGAAGTTAATGTCAATGGTGTCAGATGTATTTTAGATAATTTAATAACTAAGTTAACCGGAAAATGCACTTTGTTGGGt
gi|10 : CAAAATAT------A--GTGCGATATTTTTGGGATTAATTTAGCTTAAATCAAAGTATTTTTGTTCT-------------CAAAACACTTTAT-TT----A-TAGTC-AAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAATTAAAAATATCAAATAGTTTGCTTGGAATAACGAGTTCAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTACTGTCAAGCATGTCAGATGTATTTTAGATAATTTAATAACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGGa
gi|6 : TAATTTAA-CT----A-AAATC-AAA-----GTATTT--TTGTTCTATAATTAAGAACATAAAATACTTTGCTTGGAATAATGAGTTCAGTTATTCGCAAAGTAATACATCAAGTCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTTCTGTCAATGGTGTCAGATGTATTTTAGATGATTTAATAACTAAGTAAGCCAGAAAATGCACTTTGTTGGGaaa
gi|15 : gtacagtatgcatgaaaacatacccgagcaaaccccagtttctgttctaaacggtggggtttgctcgggtacagtgaatgaagaaatatgaagaaagagtttctaaaccaaaccggttaaaaataatgttgttatcaaatatttatgcttactctatactttttggttagttgatttaaatatgtttattatggtaaataaccatgaaaattactgcaccaacatgcaatccttaacactgtggcgtcaccacccatcaaaatatagtgcgatatttatgtgatTCTATCGGC-TCAATGTACAAGTTAATGTCAA-----------GTATTTTAGATAATTTAATAACTATGTAAGCCAATAAATGCAATTT
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lowQualScore : . . .. .... . . ... .. . . . .. . . ... ...... .. . . .... . . ... ..... .
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Reference ( family-1345 ) : NNNGTGTACAGTACGCATGAAAACCTACCCGAGCAAACCCCANTTTCTGTTCNGAACAGAAA-TGGGGTTTGCT-CGGGTACGGCGTATGAAGAAATATGACGAAAGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATATT-TTTTGGTTAATTGATTTA-AATATGTTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGTAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACATGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTCAAAACACTTTA-T-TT----AAAGTCAAAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAATTAAGAATATAAAATACTTTGCTTGGAATAACGAGTTTAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTACTGTCAANGGTGTCAGATGTATTTTAGATAATTTAATAACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGGG
gi|1 : GTGTACAGTACGCATGAAAGCCTACCCGGGCAAACCCCACTTTCTGTTCTAAACAG----TGGGGTTTGCT-CGGGAACAGCGTATGAAGAAATATGATGAAAGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATATT-TTTTGGTTAATCGATTCA-AATATATTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGTAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGACAATTACTGCGCCAACATGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCACCATCACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTCAAAATACTTTA-T-TT----AAAGTC--AAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAATTTAGAATATAAAATACTTTGCTTGGAATAACGGGTTTAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTACTGTCAATGATGTCAGATGTATTTTAGATAATTCAATAACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGG
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gi|3 : ttgGTGTACAGTTCGCATGAAAACCTACCCGGGCAAACCACAGTTTTTGTTCTAAACAG----TGGGATTTGCT-CGGGTACGGCGTATGAAGAAATATGACGAAATAGTTCT---TAAACCAAA---------AATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTTTATT-TTTTAGTTAATTGATTTA-AATATGGTAAAGTTTACTTTAA--AAAA--AAGTG--AAACATTATAAAAATAAAAGTTTATTATGTTTAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACATGCAATCCTTA-AACTATTGCTCCAC---CACCCATCAAACTAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTCAAAACACTTAATT-TT----TAAGTC-AAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAATTAAAAATATAAGATACTTTGCTTTGAATAACGAGTTTATTTATTCGCGTAGTAATGCATCGAATTATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTTCTGTCAAGGGTGTCAGATTTATTTTAGATAATCTTATTACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGGG
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gi|6 : GTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCACCAACATGCAATCCTTAACACTGTGGCGTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAACTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTtattatggtaaataaccatgaaaattactgcaccaacatgcaatccttaacactgtggcgtcaccacccatcaaaatatagtgcgatatttatgtgattaatttaactaaaatcaaagtatttttgttctataattaagaacataaaatactttgcttggaataatgagttcagttattcgcaaagtaatacatcaagtcataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagtttctgtcaatggtgtcagatgtattttagatgatttaataactaagtaagccagaaaatgcactttgttggg
gi|6 : gtacagtatgcatgaaaacatacccgagcaaaccccagtttctgttctaaacggtggggtttgctcgggtacagtgaatgaagaaatatgaagaaagagtttctaaaccaaaccggttaaaaataatgttgttatcaaatatttatgcttactctatactttttggttagttgatttaaatatTATTTATGTGATTAA-----TTTA-A-CT----AAAATCAAA------GTATTT--TTGTTCTATAATTAAGAACATAAAATACTTTGCTTGGAATAATGAGTTCAGTTATTCGCAAAGTAATACATCAAGTCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTTCTGTCAATGGTGTCAGATGTATTTTAGATGATTTAATAACTAAGTAAGCCAGAAAATGCACTTTGTTGGGataattaagaacataaaatactttgcttggaataatgagttcagttattcgcaaagtaatacatcaagtcataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagtttctgtcaatggtgtcagatgtattttagatgatttaataactaagtaagccagaaaatgcactttgttggg
gi|7 : gtacagtatgcatgaaaacatacccgagcaaaccccagtttctgttctaaacggtggggtttgctcgggtacagtgaatgaagaaatatgaagaaagagtttctaaaccaaaccggttaaaaataatgttgttatcaaatatttatgcttactctatactttttggttagttgatttaaatatgtttattatggtaaataaccatgaaaattactgcaccaacatgcaatccttaacactgtggcgtcaccacccatcaaaatatagtgcgaGTGTACAGTCCCTATGAAAATATACCC--CCAG--TCCATTTTTTGGTCTATACGG----TGATGTTT--TAAGGGTATGGCGTACGAA-AAAT-TAA---------TCCTTTTAAAATAGATT--TTTAAGAT--CGTTGTTAGCTGCAATA--CGTGTTTTGTGTATA-T-TTTTAGTTAAT--ATATATGATAT-TT----TTTAATTATATGAGAA--AAATGTCAAACAACATATAAAT
gi|8 : gattttatcgatttaagtgtctgaggtagtttctgcgatatgcttaccagtgactctaatgattgtaaaattgcctattgtatatgtccgagaatgtcttatactaaataacaacacatgaacttcattttcgggagaaaattgattttgtacacggtgttatggttcggaaatgtatgtactggttctgcgttgcatgttgtggttcggctgcaatgaaaccctctcgttttaaaacatttttatgtttgcccattacTGTACAGTATGCATGAAAACCTACCAGAGCAAACCCCAGTTTCTGTTCTAAACGG----CGGGGTTTGCT-CGGTTACAGCGTATGAAGAAATATGACGAAAAAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAATATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATACT-TTTTGGTTAATTGATTTA-AATATGTTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGCAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACGTGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTATTCTCAAAATACTTTA-T-TT----AAAGTC-AAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAAATAAGAATATAAAATACTTTGCTTGGAAAAACGAGTT
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Reference ( family-1345 ) : NNNGTGTACAGTACGCATGAAAACCTACCCGGGCAAACCCCAGTTTCTGTTCTAAACGG----TGGGGTTTGCT-CGGGTACGGCGTATGAAGAAATATGACGAAAGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATATT-TTTTGGTTAATTGATTTA-AATATGTTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGTAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACGTGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTCAAAACACTTTAT-TT----A-AAGTCAAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAATTAAGAATATAAAATACTTTGCTTGGAATAACGAGTTTAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTACTGTCAATGGTGTCAGATGTATTTTAGATAATTTAATAACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGGG
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gi|5 : GTGTACAGTACGCACGAAATCCTACCCGGGCAAACCCCAGTTTCTGTTCTTTACAG----TGGGGTTTGCT-CGTATACAGCGTATGAAGAAATATGACGAAAGAGTTCC---TACACCGAACTGGTTAAAAATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATATTCTTTTGATTAATTGATTTA-AATATGTTAAAGTTTAATAAAA--AAAAATAAATACTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAATTTACTGCGCCAACGTGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAT---CACCCATCAAAATAT------A--GTGTAATATTCATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTCTGTTCTCAAAATACTTTAT-TT----A-AAGTCAAAAAGGTGTATTAAATAAATCTATAATTAAGAACATAAAATACTTTGCTTGGAATAACGTGTTTAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATAAAGACATAAAGAAGCTACTGCT
gi|6 : cGTACAGTATGCATGAAAACATACCCGAGCAAACCCCAGTTTCTGTTCTAAACGG----TGGGGTTTGCT-CGGGTACAGTGAATGAAGAAATATGAAGAAAGAGTTTC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAATGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTACTCTATACT-TTTTGGTTAGTTGATTTA-AATATGTT
gi|6 : GTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCACCAACATGCAATCCTTAACACTGTGGCGTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAACTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTtattatggtaaataaccatgaaaattactgcaccaacatgcaatccttaacactgtggcgtcaccacccatcaaaatatagtgcgatatttatgtgattaatttaactaaaatcaaagtatttttgttctataattaagaacataaaatactttgcttggaataatgagttcagttattcgcaaagtaatacatcaagtcataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagtttctgtcaatggtgtcagatgtattttagatgatttaataactaagtaagccagaaaatgcactttgttggg
gi|6 : gtacagtatgcatgaaaacatacccgagcaaaccccagtttctgttctaaacggtggggtttgctcgggtacagtgaatgaagaaatatgaagaaagagtttctaaaccaaaccggttaaaaataatgttgttatcaaatatttatgcttactctatactttttggttagttgatttaaatatTATTTATGTGATTAA-----TTTAA-CT----A-AAATCAAA-----GTATTT--TTGTTCTATAATTAAGAACATAAAATACTTTGCTTGGAATAATGAGTTCAGTTATTCGCAAAGTAATACATCAAGTCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTTCTGTCAATGGTGTCAGATGTATTTTAGATGATTTAATAACTAAGTAAGCCAGAAAATGCACTTTGTTGGGataattaagaacataaaatactttgcttggaataatgagttcagttattcgcaaagtaatacatcaagtcataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagtttctgtcaatggtgtcagatgtattttagatgatttaataactaagtaagccagaaaatgcactttgttggg
gi|7 : gtacagtatgcatgaaaacatacccgagcaaaccccagtttctgttctaaacggtggggtttgctcgggtacagtgaatgaagaaatatgaagaaagagtttctaaaccaaaccggttaaaaataatgttgttatcaaatatttatgcttactctatactttttggttagttgatttaaatatgtttattatggtaaataaccatgaaaattactgcaccaacatgcaatccttaacactgtggcgtcaccacccatcaaaatatagtgcgaGTGTACAGTCCCTATGAAAATATACCC--CCAG--TCCATTTTTTGGTCTATACGG----TGATGTTT--TAAGGGTATGGCGTACGAA-AAAT-TAA---------TCCTTTTAAAATAGATT--TTTAAGAT--CGTTGTTAGCTGCAATA--CGTGTTTTGTGTATA-T-TTTTAGTTAAT--ATATATGATAT-TT----TTTAATTATATGAGAA--AAATGTCAAACAACATATAAAT
gi|8 : gattttatcgatttaagtgtctgaggtagtttctgcgatatgcttaccagtgactctaatgattgtaaaattgcctattgtatatgtccgagaatgtcttatactaaataacaacacatgaacttcattttcgggagaaaattgattttgtacacggtgttatggttcggaaatgtatgtactggttctgcgttgcatgttgtggttcggctgcaatgaaaccctctcgttttaaaacatttttatgtttgcccattacTGTACAGTATGCATGAAAACCTACCAGAGCAAACCCCAGTTTCTGTTCTAAACGG----CGGGGTTTGCT-CGGTTACAGCGTATGAAGAAATATGACGAAAAAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAATATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATACT-TTTTGGTTAATTGATTTA-AATATGTTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGCAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACGTGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTATTCTCAAAATACTTTAT-TT----A-AAGTCAAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAAATAAGAATATAAAATACTTTGCTTGGAAAAACGAGTT
gi|9 : acaACTGCGCCAGCATGCAATCCTTT-CACTGTTGCTTCAC---CACCCATCAAAATATCAAAATATTGTGCAATATTTATGTGATCAAATTAGCTAAAATCAAAGTATTTTGGTTCTCAAAACATTTTAT-TT----A-AAGTCAAAAAGGTGTATTAAATAATTCTGTAAATAAGAATATAAAATACTCGGCTTGGAATAATGAGTTTAGTTATTTTCGTAATAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTTCTGCTGTCTACCTGCGCCATTTTAGAAGTTAATGTCAATGGTGTCAGATGTATTTTAGATAATTTAATAACTAAGTTAACCGGAAAATGCACTTTGTTGGG
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Alignments
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Reference ( family-1345 ) : NNNGTGTACAGTACGCATGAAAACCTACCCGGGCAAACCCCAGTTTCTGTTCTAAACGG----TGGGGTTTGCT-CGGGTACGGCGTATGAAGAAATATGACGAAAGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATATT-TTTTGGTTAATTGATTTA-AATATGTTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGTAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACGTGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTCAAAACACTTTAT-TT----A-AAGTCAAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAATTAAGAATATAAAATACTTTGCTTGGAATAACGAGTTTAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTACTGTCAATGGTGTCAGATGTATTTTAGATAATTTAATAACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGGG
gi|1 : GTGTACAGTACGCATGAAAGCCTACCCGGGCAAACCCCACTTTCTGTTCTAAACAG----TGGGGTTTGCT-CGGGAACAGCGTATGAAGAAATATGATGAAAGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATATT-TTTTGGTTAATCGATTCA-AATATATTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGTAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGACAATTACTGCGCCAACATGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCACCATCACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTCAAAATACTTTAT-TT----A-AAGTC-AAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAATTTAGAATATAAAATACTTTGCTTGGAATAACGGGTTTAGTTATTCGCGTAGTAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTACTGTCAATGATGTCAGATGTATTTTAGATAATTCAATAACTAAGTAAGCCGGAAAATGCACTTTGTTGG
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gi|11 : GGGTTTGCT-CGGGTATGGCGTATGAAGAAATATGACGAAAAAGTTCC---TATATCAAACCGGTTAAAAATAGCGTTGTAATC--AAATATTTATGCTTATTCCATATA-GTTTGGTTAATTGATATA-AATATGTTTAAGTTTGATT-AA--AAAAGTAAATGCTAAACATTATAAAAGTGAAAGTTGATTATTGTTAATAATCATGAAAATTACTGCGCCAACATGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAA---CAaaa
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gi|14 : ACCTGGGCAACCCCCAGTTTCTGTTCTAAACAG----TGGGGTTTGCT-CAGGTACAGCATATGAAGAAATATGACGAAGGAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAAAATAACTTTGTTATC--AAATATTTATG
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gi|4 : acGTGTACAGTACGCATGAAA----ACCT------ACCCGGGC---------AAAC---------------CT-AGGGTACGGAGTATGAAGAAATATGACGGAAGTGTTCC---TAAACCAAACCGGATAAAA-TAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCAATATT-TTCTGGTTAATCGATATA-AATATGTTAAAGTTTAATTAAA--ATA-GTAAATGTTAAATATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGCAAATAATCATGAAAATTATTACGCCAACATGCAATCCTAA-CACCGTCGCTTCAC---CAACCAACAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTAAGCTAAAATTAACGTATTCTTTTTCTCAAAACACTTTATGTTTAACA-AAGTCAAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATGATTAAGAATATAAAATATTTTGCTAGGAATAACGAGTTTAATCATTCGCGTTGTAATACATCTAATCATA---AC-----GAAGCTGCTGATGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTACTGTCAAGGGTGTCAGATGTAaa
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gi|6 : GTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCACCAACATGCAATCCTTAACACTGTGGCGTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAACTAAAATCAAAGTATTTTTGTTCTtattatggtaaataaccatgaaaattactgcaccaacatgcaatccttaacactgtggcgtcaccacccatcaaaatatagtgcgatatttatgtgattaatttaactaaaatcaaagtatttttgttctataattaagaacataaaatactttgcttggaataatgagttcagttattcgcaaagtaatacatcaagtcataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagtttctgtcaatggtgtcagatgtattttagatgatttaataactaagtaagccagaaaatgcactttgttggg
gi|6 : gtacagtatgcatgaaaacatacccgagcaaaccccagtttctgttctaaacggtggggtttgctcgggtacagtgaatgaagaaatatgaagaaagagtttctaaaccaaaccggttaaaaataatgttgttatcaaatatttatgcttactctatactttttggttagttgatttaaatatTATTTATGTGATTAA-----TTTAA-CT----A-AAATCAAA-----GTATTT--TTGTTCTATAATTAAGAACATAAAATACTTTGCTTGGAATAATGAGTTCAGTTATTCGCAAAGTAATACATCAAGTCATA---AC-----GAAGCTACTGCTGTCTGTCCGCGCCATTTTAGAAGTTTCTGTCAATGGTGTCAGATGTATTTTAGATGATTTAATAACTAAGTAAGCCAGAAAATGCACTTTGTTGGGataattaagaacataaaatactttgcttggaataatgagttcagttattcgcaaagtaatacatcaagtcataacgaagctactgctgtctgtccgcgccattttagaagtttctgtcaatggtgtcagatgtattttagatgatttaataactaagtaagccagaaaatgcactttgttggg
gi|7 : gtacagtatgcatgaaaacatacccgagcaaaccccagtttctgttctaaacggtggggtttgctcgggtacagtgaatgaagaaatatgaagaaagagtttctaaaccaaaccggttaaaaataatgttgttatcaaatatttatgcttactctatactttttggttagttgatttaaatatgtttattatggtaaataaccatgaaaattactgcaccaacatgcaatccttaacactgtggcgtcaccacccatcaaaatatagtgcgaGTGTACAGTCCCTATGAAAATATACCC--CCAG--TCCATTTTTTGGTCTATACGG----TGATGTTT--TAAGGGTATGGCGTACGAA-AAAT-TAA---------TCCTTTTAAAATAGATT--TTTAAGAT--CGTTGTTAGCTGCAATA--CGTGTTTTGTGTATA-T-TTTTAGTTAAT--ATATATGATAT-TT----TTTAATTATATGAGAA--AAATGTCAAACAACATATAAAT
gi|8 : gattttatcgatttaagtgtctgaggtagtttctgcgatatgcttaccagtgactctaatgattgtaaaattgcctattgtatatgtccgagaatgtcttatactaaataacaacacatgaacttcattttcgggagaaaattgattttgtacacggtgttatggttcggaaatgtatgtactggttctgcgttgcatgttgtggttcggctgcaatgaaaccctctcgttttaaaacatttttatgtttgcccattacTGTACAGTATGCATGAAAACCTACCAGAGCAAACCCCAGTTTCTGTTCTAAACGG----CGGGGTTTGCT-CGGTTACAGCGTATGAAGAAATATGACGAAAAAGTTCC---TAAACCAAACCGGTTAAATATAACGTTGTTATC--AAATATTTATGCTTATTCTATACT-TTTTGGTTAATTGATTTA-AATATGTTAAAGTTTAATTAAA--AAAAGCAAATGTTAAACATTATAAAAGTAAAAGTTTATTATGGTAAATAACCATGAAAATTACTGCGCCAACGTGCAATCCTTA-CACTGTCGCTTCAC---CACCCATCAAAATAT------A--GTGCGATATTTATGTGATTAATTTAGCTAAAATCAAAGTATTTTTATTCTCAAAATACTTTAT-TT----A-AAGTCAAAAAGGTGTATTAAATAATTCTATAAATAAGAATATAAAATACTTTGCTTGGAAAAACGAGTT
gi|9 : acaACTGCGCCAGCATGCAATCCTTT-CACTGTTGCTTCAC---CACCCATCAAAATATCAAAATATTGTGCAATATTTATGTGATCAAATTAGCTAAAATCAAAGTATTTTGGTTCTCAAAACATTTTAT-TT----A-AAGTCAAAAAGGTGTATTAAATAATTCTGTAAATAAGAATATAAAATACTCGGCTTGGAATAATGAGTTTAGTTATTTTCGTAATAATACATCGAATCATA---AC-----GAAGCTTCTGCTGTCTACCTGCGCCATTTTAGAAGTTAATGTCAATGGTGTCAGATGTATTTTAGATAATTTAATAACTAAGTTAACCGGAAAATGCACTTTGTTGGG