lowQualScore : 11111111111 1111 2222222222 1111111 11111 1 55555555555555 111111111 666666666666666666666 11111111111
lowQualScore : 2 5 11111111111 2 2 33 33 5555 55 2 333 2 888 44 2 22 2 2 5555555555 2 666 2 1111111 444 77777 66666 2 0 2 2 444 99 2 7 11111111111111 33 2 2 8888 333 333333333 22 111111111111111111111 4444 55555 44444444444 2
lowQualScore : . . ........... . . .. .. .... .. . ... . ... .. . .. . . .......... . ... . ....... ... ..... ..... . . . . ... .. . . .............. .. . . .... ... ......... .. ..................... .... ..... ........... .
lowQualScore : 9 7 99999999999 5 5 22 11 6666 66 1 999 2 222 11 2 99 1 1 1111111111 4 999 5 6666666 444 88888 22222 5 5 9 5 444 44 7 8 77777777777777 44 5 1 9999 777 555555555 99 999999999999999999999 2222 00000 44444444444 0
consensus : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCACT--G-AAAA-TT---GG-AC--ACAAT-GTTAAAC-GATCATTT--T-A-TTTT------A-ATAAAA-CATAACAACG--ATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AG----CCA-----TA-ACAGTTAC-AAT---AAGGT-AACCC-TAAAAT----C--A----A--GTCACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAATA-C--CG-AG--TG--T----G-----C-C-----T----G-----TGCCCT-N------ATGAC-TGCAGTACACCTGGA
Reference ( gi|9 ) : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCACA--G-GAAA-TT---GG-AC--GCAAT-ATTAAAT-GATCATTT--T-A-TTTC------G-ATAAAA-CATAACAACA--ATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AG----ACA-----TA-ACAGTAAC-AAT---AAGGT-GACCC-TGAAGT----C--T----A--GTCACA-TA-ATGAAT---AC---ATCAACA-C--TG-AG--TG--T----G-----T-C-----T----G-----TGCACT-T------ATGAC-TGCAGTACACCTGGA
gi|5 : TTTTTTGTT-AT-CTCTGTCAT-----------ATA-TTG-ACA--CATT--TCACT--G-AAAA-TT---GA-AC--ACAAT-GTTACAT-CATTATTT--T-A-TTTT------TTATAAAAACATAAGAATG--AAAACAATCGGACAT-A-------ATTTAATCA---AG----TCA-----TA-GTAGTTAC-AAT---AAGGT-AACCC-AAACAT----C--A----A--GTCACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAATA-CAATT-AT--TG--CCA--C-----C-C-----T----G-----TGC-CTAA------ATGCC-TGCAGTACAC
gi|2 : tatatttaaccacttttttaactccacacttgggtgttTTTGTTGTT-AAACACTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCACT--G-AAAA-TT---GG-AT--ACAAT-GCTAAAT-GATCACTT--T-T-TTTT------A-ATAAAA-C--AACAATG--ATACTTATCGGGCGT-T-------GTTTTATTG---AG----CCA-----TA-GCAATTAC-AAT---AACGT-AACCT-TCAAAT----CA-A----A--GCCACA-TA-ATGAAT---GC---ATAAGCA-C--CG-AG--TGT-T----G-----T-CGCCA-T----G-----CGCCCG-C------ATGAC-CAGAATACAC
gi|6 : ttatttcactcaaaacgcctatgtgtacttatcaatttgttTTTGTTGTT-AC-GTCTGTTAA-----------TTA-TTG-ACA--CATT---CGCT--G-AAAA-TT---AG-AC--ACATT-GATAAAT-GATC------T-A-TTTT------A-ATAAAT-CATAAGAACG--ATAACAACCGGACAT-T-------ATTTTATTG---AT----CTA-----TA-ACAGTTAC-AAT---AAGGTAAAACT-TTAAAT----A--TAAA-A--GTCACA-TA-ACGAAT---GC---ATTGATG-C--TA-AG--TG--T----GGTCGCC-C-----T----G-----TGTCCT-T------ATGAG-TGCAGTACATCtgacatagaacgcattggaatgatg
gi|8 : taaacttaacaactatcctaactccccaattgggaTTTATTGTT-AT-CTCTGTCA---------------------------TT--TCACT--G-AAAG-TT---GG-AC--AAAAT-GTTAAAT-GATCATTT--T-A-TTTTTATTCTA-ATAAAA-CTTAACAACG--ATATCAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AG----CCA-----TA-ACTGTTAA-AAG---ACGTT-TACCA-TATAAT----CAAA----A--GTCACG-TG-ACAAAT---GC---CCCTGTATC--CG-A---TG--T----G-----A-CAGCATT----G-----TGCTCT-T------ATGAC-TGCAGTACAC
gi|3 : tgtagtacatattgtgttttttTTTGTTGTTGATATTTTGTAAA-----------TTA-TTG-ACA--TATT--TC-CAT-G-AAAA-TT---GG-AC--ACAAT-GCCAAAT-T-TCATTT--T-ATTTTC------A-ATAAAG-TATAACAACG--ATAACAATCGGACGT-A-------ACTTCATTG---AG----CCT-----TA-GCAGATAT-GAT---AATGT-ACTCC-TAAAAT----CAAA----A--GTCATGCTACATGTAT---ACCAGATCACTA-T--TT-AG--CA--G----G-------------T----A-----CGCA-T-T------A-----TGCAGTACACCgcgaa
gi|4 : cgtacgtagtagtatatactgtacttaacaacttgcttaaacagaatttgttTTTGTTGTT-AT-CTATGTCAATTGAAAATCTTATA-TTG-ACA--CATTCTTTGCT--G-AAAA-TT---GG-AA--ATGATGATT-AAT-GATCCTTT--T-A-TTTT------G-AT---A-CGT----------T----ATTGGAAATAA-------ATGTCATTG---GGTAATACATTTTTTA-ACAATTAC-AATATAAAGAT-AACTC-TAAAATGAAAA--TAAA-A--AACACA-TA-ATGAAT---TT---TTCA--A-G--TGCAG--T---C----A-----C-C-----T----G-----TGCTCT-A------ATGAC-aagaat
gi|17 : tatacttataaacaattgttctaattctacacttgggttTTTGTT--T-GT-TTTTGT---------------TA-TCT-ACC--TATT--TCAGACTG-AAAA-TT---GA-AC--ACCAT-GTAAAAC-GATTATTT--C-A-CTTTTAAATTA-ATGAAA-CAT--CAAGATTATAACAAGCGGACGT-A-------AATTC-CTG---AG----CCA-----TATACCTTAACTAAT---
gi|19 : gtaattcatcaTTTGTTGTT-AT-ATCTGACAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--CCA-A--T-GAAA-
gi|1 : gataactattctaacccacatttgctttTGTGGTT-AT-CTCAGTCAG-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCGCA--GAAAAA-CT---GG-AC--ACAAT-GTTACAT-GATCATTT--T-A-CT------------------ATAACAACG--ATAACAATCGGGCGT-A-------gttaacaatcgggcgtcatttcattgcaacata
gi|7 : tatttaacatttaactccacatttgtgttaatatgtttagttattgcTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TAAT--TCACT--G-AAAA-TT---GG-AC--ACATT-GTTAAATCGATCAATT--T-A-TCTC------A-ATAAAA-CATAACAATG--CTAACAATCATACGT-ACATTGTGATTTCATTG---AG----CCG-----TA-ACAGTTAC-AGT---AAGGC-AAACC-CAAAAG----C--A----A--ATCACA-TA-ATGCAT---GC---ATTAATA-C--CC-GA--TGT-T----GCCAC-C-C-----T----G-----TGCCCT-A------ATGACTTGC-GTACACCcaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattgagcccaaacagtaactaaaaggtaacattaaaatcgagtcacataatgaatgcatcagtatggagagagagtgcacgtgtcccaattactgcagtatatatatgg
gi|13 : cacacttggttttatcGTT-AT-CTCTGCCAA-----------ATA-TTA-ACA--TATT--TCATT--G-AAAA-TT---AG-AC--ACAAT-GTTAAAC-GATCATTT--T-A-TTTA------A-ATACAA-CATAACAACA--ATATCAATTAAACaagaac
gi|10 : ctgatcaactttcctaatatcacaattggtttttagttacaaT-AT-CTCTATCAC-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCACT--G-AAAA-C-------AC--GC--T-GTTAAAC-AATCATTT--T-G-TTTA------A-ATAAAA-CATAACAACT--ATAACCATTGGACAT-A-------GTTTCATTG---AG----TCA-----TA-ACAGTTAA-AAA---ATCGC-AACCC-TTAAAT----CAAA----A--GTTACA-TA-CTGAAA---GC---AGCAATT-C--CA-AA--TGT-T----GCCGT-T-C-----C----G-----AGTTCT-A------ATGAA-TGTAATACACATAGAagttaaactcagataaccctatatcacatgcgtcagtagtgagtgtggccac
gi|11 : T-AT-TTTTATCAA-----------AGAATTGTATA--TATC--T-ACT--T-GAGT-TTTCAGA-ACTCACAAT-GTTACAT-GATCATTT--T-A-TCTT------G-ATAAA----------TG--ATAACAATTGGATGT-A-------ATTTCATTG---AG----AAA-----TA-ACCTTCAA-AAT---AATGT-TACCA-TATAAT----C--A----T--GTCACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAGTATC--GG-GG--TAT-T----G-----C-CACCA-T----G-----TGTCCT-A------ATGAC-TGAAGTA---CTGGAacgag
gi|12 : T-AT-CTTTGTCAA-----------ATA-TAA-AAAAATATC--TCA-A--T-GAGT-TT---TATGC--ACAAT-GTTAACT-GATCATTT--T-A-TTAC------A-AGAACA-CATGACAATA--ATAACGATCGGGTGC-A-------ATATCAATGCTCAG-----CA-----CA---AGTAAC-AAC---AGGAC-AACCCGTAAAGT----T--TAA--A--GTCACA-AA-ATatgcttg
gi|22 : tatacctaacggcttttcaaactccacacttggttttttgcataCTGTCCA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCATT--G-AAAA-TT---GA-AC--ACAAT-ATTACAC-GATCATTA--A-A-TTT
gi|21 : CTGTCCA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCATT--G-AAAA-TT---GA-AC--ACAAT-ATTACAC-GATCATTA--A-A-TTTttagttaattgatactaacaa
gi|15 : A--TATT--TGACT--G-AAAA-TT---AA-AC--ACACT-ATAAGAT-GTTCATTTGTT-A-TT--------G-ATTAAA-CATAATAACG--ACAATAAAAGGGCCT-A-------CTTTCATTG---AG----------------------C-AAT---GATGC-AACCC-TAAA-----------------------------------------ATCAAGA-----G-GG--TG--T----T-----C-C-----T----G-----TACCCT-A------ATGAC-TGCAGTACAACTAGAttagttaattgatactaacaa
gi|16 : gttacttaacaactttttgagctctgtaTT--TCATT--G-AAAAATT---TA-AC--ACAAT-ATTAAAT-GATCGTTT--T-G-TTTT------A-ATAAAA-CATAACAAac
gi|14 : agtatacttaacaacactttgattttttgttttaattttataatAA-TT---TG-AC--ACAAT-GTTGAAT-TATCATTT--C-A-ATTT------A-ATAAAA-CATGACAATG--ATTACAATATAACGT-A-------ATTCCATTG---AT----TAA-----TA-ACAGT--T-AGT---TAGGT-AGCTA-TAAAAT----C--A----AACGTCACA-TG-ATGAAT---GC---ACCAATA-C--CG-AGAATGGCT----G-----CAC-----T----G-----TGCCCT-A------ATGAC-TGCAGTACACCagatgaacctaataatgaatacaccaatgccgagtgtggcggcacgttgcactaatgactgcagtacaactacaacg
gi|16 : gacATAATTT--TCA-TT--------G-A-AAAA-TTTAACA-CA--ATATTAAATGATCGT-TTT-----GTTTTAATA---AA----ACA-----TA-ACA------------AAGAT-GAACC-TAA-------------------------TA-ATGAAT---AC---ACCAATG-C--CG-AG--TG--T----G-----G-C-----G----GCACGTTGCACT-A------ATGAC-TGCAGTACAACTaagaatgc
gi|19 : agtatacttaacaacactttgattttttgttttaattttTAACAATCGGGCGT-C-------ATTTCATTG---CA----ACA-----TA-acaacg
gi|1 : gataactattctaacccacatttgcttttttgttgttatatctgacaaatattgacatattccaatgaaagtATTG---AG----CCC-----AA-ACAGTAAC-TAA---AAGGT-AACAT-TAAAAT----C--G----A--GTCACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAGTA-T--GG-AG--AG--A----G-------------A----G-----TGCACG-TGTCCCAATTAC-TGCAGTATA
gi|20 : tatttaacatttaactccacatttgtgttaatatgtttagttattgctgtggttatctcagtcagatattgacatatttcgcagaaaaactggacacaatgttacatgatcattttactataacaacgataacaatcgggcgtacaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaC-AAT---ATGGT-TACCC-TAAA------C--TTAAAA--GTCGAA-TA-ATGAAT---GC---TCCAATA-C--CA-AG--TG--T----GGCCGCT-C-----T----G-----TGCCCT-T------ATGAT-TGAAGAACACTTtatatgg
gi|18 : ----A--ATCACA-AA-GTGAATCTTGC---ATCAATA-C--CA-TG--TG--TTGCCGC----T-C-----T----G-----TGCTCA-A------ATGAC-CGCAAT
gi|25 : attgtgttctttgaacgttacgtcacgtattggacacatcaacA-GTGAAT---GC---ATCAATA-C------G--TG--TT---G-----T-CACCC-T----G-----TGTCCT-T------ATGAC-TGCAGTACACCTttagttagaacgcat
gi|26 : A-GTGAAT---GC---ATCAATA-C------G--TG--TT---G-----T-CACCC-T----G-----TGTCCT-T------ATGAC-TGCAGTACACC
gi|23 : A-ATGATC---AG---CTCAATA-C--CG-AT--TA--T----G-----T-CCGCCCT----G-----AGCTCT-G------ATGAC-TGCAGTACACCTGGA
gi|24 : aAT---TC---ATCAATA-T--CG-AG--TA--TT---G-----C-C-----TCTATG-----TGTCCT-A------ATGAC-TGCAGAACACCTa
gi|27 : -C-----T----G-----TGCGTT-T------ATGAC-TGCAGTatgac
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111 111111111111 11111111 444444444444444444444444
lowQualScore : 2 5 11111111111 2 2 33 22 22 2 2 333 0 22 22 333 777777 88888888 333 2 2 0000000 444 000000000000 444 33 2 2 66666666 666666 2 2 333 333 1 1 888888 22 333333333333333333333333 4444 55555 55555 1 2
lowQualScore : . . ........... . . .. .. .. . . ... . .. .. ... ...... ........ ... . . ....... ... ............ ... .. . . ........ ...... . . ... ... . . ...... .. ........................ .... ..... ..... . .
lowQualScore : 7 3 22222222222 4 4 11 99 99 0 0 555 6 88 44 333 444444 44444444 999 2 4 9999999 111 999999999999 111 22 4 2 44444444 444444 2 0 555 555 9 9 555555 66 888888888888888888888888 2222 00000 00000 7 0
consensus : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTAT---T------TT------A-AT---AAAA-CATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-TAAA-AT-C--AA--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAA-TA-C----C-GAG--TG--T----G-----C----C-----T----G-----TGCC-----CTAATGAC-TGCAGTACACCTGGA
Reference ( family-1326 ) : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTAT---T------TT------A-AT---AAAA-CATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-TAAA-AT-C--AA--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAA-TA-C----C-GAG--TG--T----G-----C----C-----T----G-----TGCC-----CTNATGAC-TGCAGTACACCTGGA
gi|1 : TGTGGTT-AT-CTCAGTCAG-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCG--CAGAAAAA-CT---GGAC--ACAATGTTACA-TGATCATTTTAC---T---------------------------ATAACAACGATAACAATCGGGCGT-A-------
gi|1 : tatttaacatttaactccacatttgtgttaatatgtttagttattgcATTG---AGC----CC-----AAACAGTAACTAA---AAGGT--AACAT-TAAA-AT-C--GA--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAG-TA-TGGAGA-GAG--AG--T----G-----C----A-----C----G-----TGTC-----CCAATTAC-TGCAGTATAcaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattgagcccaaacagtaactaaaaggtaacattaaaatcgagtcacataatgaatgcatcagtatggagagagagtgcacgtgtcccaattactgcagtatatatatgg
gi|10 : tatttaacatttaactccacatttgtgttaatatgtttagttattgctgtggttatctcagtcagatattgacatatttcgcagaaaaactggacacaatgttacatgatcattttactataacaacgataacaatcgggcgtacaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaT-AT-CTCTATCAC-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA---------C--ACGCTGTTAAA-CAATCATTTTGT---T------TA------A-AT---AAAA-CATAACAACTATAACCATTGGACAT-A-------GTTTCATTG---AGT----CA-----TAACAGTTAAAAA---ATCGC--AACCC-TTAA-AT-CAAAA--GT------TACA-TA-CTGAAA---GC---AGCAA-TT-C----C-AAA--TGT-T----G-----C----C----------G-----TTCCGAGTTCTAATGAA-TGTAATACACATAGAtatatgg
gi|11 : T-AT-TTTTATCAA-----------AGAATTGTATA--TATC--T-A--CTT-GAGT-TTTCAGAACTCACAATGTTACA-TGATCATTTTAT---C------TT------G-AT---AAA----------TGATAACAATTGGATGT-A-------ATTTCATTG---AGA----AA-----TAACCTTCAAAAT---AATGT--TACCA-TATA-AT-C--AT--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAG-TA-T----CGGGG--TAT-T----G-----C----CACCA-T----G-----TGTC-----CTAATGAC-TGAAGTA---CTGGAacgag
gi|12 : T-AT-CTTTGTCAA-----------ATA-TAA-AAAAATATC--TCA--ATG-AGTT-TT---ATGC--ACAATGTTAAC-TGATCATTTTAT---T------AC------A-AG---AACA-CATGACAATAATAACGATCGGGTGC-A-------ATATCAATGCTCAG-----CA-----CA--AGTAACAAC---AGGAC--AACCCGTAAA-GT-TTAAA--GT------CACA-AA-ATatgcttg
gi|13 : tatacctaacggcttttcaaactccacacttggttttttgcataGTT-AT-CTCTGCCAA-----------ATA-TTA-ACA--TATT--TCA--TTG-AAAA-TT---AGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTAT---T------TA------A-AT---ACAA-CATAACAACAATATCAAT------T-A----------------------------------AACAGTTAAACT---CAGAT--AACCC-TATA------------T------CAC---------AT---GC---GTCAG-TA-G----T-GAG--TG--T----G-----
gi|14 : ctgatcaactttcctaatatcacaattggtttttagttacaaG-ACAA-TT---TGAC--ACAATGTTGAA-TTATCATTTCAA---T------TT------A-AT---AAAA-CATGACAATGATTACAATATAACGT-A-------ATTCCATTG---ATT----AA-----TAACAGTT--AGT---TAGGT--AGCTA-TAAA-AT-C--AAACGT------CACA-TG-ATGAAT---GC---ACCAA-TA-C----C-GAGAATGGCT----G-----CA---C-----T----G-----TGCC-----CTAATGAC-TGCAGTACACCgccac
gi|15 : A--TATT--TGA--CTG-AAAA-TT---AAAC--ACACTATAAGA-TGTTCATTT-GT---TA-----TT------G-AT---TAAA-CATAATAACGACAATAAAAGGGCCT-A-------CTTTCATTG---AG---------------------CAAT---GATGC--AACCC-TAAA-AT-C--AA--G--------A------------------------------------GGG--TG--T----T-----C----C-----T----G-----TACC-----CTAATGAC-TGCAGTACAACTAGAaagaatgc
gi|16 : gttacttaacaactttttgagctctgtaATTTTATAATT------TT------C-ATTGAAAAA-TTTAACA-CAATATTAAATGATCGT-TTT-----GTTTTAATA---AAA----CA-----TAACA-----------AAGAT--GAACC-TAA-------------------------TA-ATGAAT---AC---ACCAA-TG-C----C-GAG--TG--T----G-----G----C-----G----GCACGTTGCA-----CTAATGAC-TGCAGTACAACTac
gi|16 : agtatacttaacaacactttgattttttgttttaTT--TCA--TTG-AAAAATT---TAAC--ACAATATTAAA-TGATCGTTTTGT---T------TT------A-AT---AAAA-CATAACAAAGATGAacaacg
gi|17 : agtatacttaacaacactttgattttttgttttaattttataatTTTGTT--T-GT-TTTTGT---------------TA-TCT-ACC--TATT--TCAGACTG-AAAA-TT---GAAC--ACCATGTAAAA-CGATTATTTCAC---TTTTAAATT------A-AT---GAAA-CATCAAGATTATAACAAGCGGACGT-A-------AATTC-CTG---AGC----CA-----TAacctaataatgaatacaccaatgccgagtgtggcggcacgttgcactaatgactgcagtacaactacaacg
gi|18 : gtaattcatca-AT-C--AACAAT------CACA-AA-GTGAATCTTGC---ATCAA-TA-C----C-ATG--TGT-T----G-----CCGCTC-----T----G-----TGCT-----CAAATGAC-CGCAATtaccttaactaat
gi|19 : attgtgttctttgaacgttacgtcacgtattggacacTTTGTTGTT-AT-ATCTGACAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--CCA--ATG-AAAG-TT---A-----ACAA--TCGGG-CG-TCATTTCAT---T------ttagttagaacgcat
gi|2 : gataactattctaacccacatttgctttTTTGTTGTT-AAACACTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAT--ACAATGCTAAA-TGATCACTTTTT---T------TT------A-AT---AAAA-C--AACAATGATACTTATCGGGCGT-T-------GTTTTATTG---AGC----CA-----TAGCAATTACAAT---AACGT--AACCT-TCAA-AT-CA-AA--GC------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATAAG-CA-C----C-GAG--TG--TTGTCG-----C----CA----T----G-----CGCC-----CGCATGAC-CAGAATACACgcaacata
gi|20 : ttatttcactcaaaacgcctatgtgtacttatcaatttgttCAAT---ATGGT--TACCC-TAAA-CT-T--AAAAGT------CGAA-TA-ATGAAT---GC---TCCAA-TA-C----C-AAG--TG--T----GGCCGCT----C-----T----G-----TGCC-----CTTATGAT-TGAAGAACACTTtgacatagaacgcattggaatgatg
gi|21 : CTGTCCA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--TTG-AAAA-TT---GAAC--ACAATATTACA-CGATCATTAAAT---T------TT------
gi|22 : CTGTCCA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--TTG-AAAA-TT---GAAC--ACAATATTACA-CGATCATTAAAT---T------TT------tagttaattgatactaacaa
gi|23 : TCAA-TA-C----C-GAT--TA--T----GTCCGCC----C-----T----G-----AGCT-----CTGATGAC-TGCAGTACACCTGGAtagttaattgatactaacaa
gi|24 : aaatgatcagcAT---TC---ATCAA-TA-T----C-GAG--TA--TT---G-----C----C-----TCTATG-----TGTC-----CTAATGAC-TGCAGAACACCTa
gi|25 : A-GTGAAT---GC---ATCAA-TA-C--------G--TG--TT---GTCAC-C----C-----T----G-----TGTC-----CTTATGAC-TGCAGTACACCTatgac
gi|26 : A-GTGAAT---GC---ATCAA-TA-C--------G--TG--TT---GTCAC-C----C-----T----G-----TGTC-----CTTATGAC-TGCAGTACACC
gi|3 : TTTGTTGTTGATATTTTGTAAA-----------TTA-TTG-ACA--TATT--TCC--ATG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGCCAAA-TT-TCATTTTAT---T------TTC-----A-AT---AAAG-TATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ACTTCATTG---AGC----CT-----TAGCAGATATGAT---AATGT--ACTCC-TAAA-AT-CAAAA--GT------CATGCTACATGTAT---ACCAGATCAC-TA-T----T-TAG--CA--G----G----------------T----A-----CGC---------ATTA--TGCAGTACACC
gi|4 : cgtacgtagtagtatatactgtacttaacaacttgcttaaacagaatttgttTTTGTTGTT-AT-CTATGTCAATTGAAAATCTTATA-TTG-ACA--CATTCTTTG--CTG-AAAA-TT---GGAA--ATGATGATTAA-TGATCCTTTTAT---T------TT------G-AT---------------ACGTT----ATTGGAAATAA-------ATGTCATTG---GGTAATACATTTTTTAACAATTACAATATAAAGAT--AACTC-TAAA-ATGA--AA--ATAAAAAACACA-TA-ATGAAT---TT---TTCAAGTG-C-------AG--T---C----A-----C----C-----T----G-----TGCT-----CTAATGAC-aagaat
gi|5 : tatacttataaacaattgttctaattctacacttgggttTTTTTTGTT-AT-CTCTGTCAT-----------ATA-TTG-ACA--CATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GAAC--ACAATGTTACA-TCATTATTTTAT---T------TT------TTAT---AAAAACATAAGAATGAAAACAATCGGACAT-A-------ATTTAATCA---AGT----CA-----TAGTAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-AAAC-AT-C--AA--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAA-TA------C-AAT--TAT-T----GCCAC-C----C-----T----G-----TGCC-----TAAATGCC-TGCAGTACAC
gi|6 : tatatttaaccacttttttaactccacacttgggtgttTTTGTTGTT-AC-GTCTGTTAA-----------TTA-TTG-ACA--CATT---CG--CTG-AAAA-TT---AGAC--ACATTGATAAA-TGATC----TAT---T------TT------A-AT---AAAT-CATAAGAACGATAACAACCGGACAT-T-------ATTTTATTG---ATC----TA-----TAACAGTTACAAT---AAGGTAAAACTT-TAAATATAA--AA--GT------CACA-TA-ACGAAT---GC---ATTGA-TG-C----T-AAG--TG--T----GGTCGCC----C-----T----G-----TGTC-----CTTATGAG-TGCAGTACATC
gi|7 : taaacttaacaactatcctaactccccaattgggaTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TAAT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACATTGTTAAATCGATCAATTTAT---C------TC------A-AT---AAAA-CATAACAATGCTAACAATCATACGT-ACATTGTGATTTCATTG---AGC----CG-----TAACAGTTACAGT---AAGGC--AAACC-CAAA-AG-C--AA--AT------CACA-TA-ATGCAT---GC---ATTAA-TA-C----C-CGA--TGT-T----GCCAC-C----C-----T----G-----TGCC-----CTAATGACTTGC-GTACACC
gi|8 : cacacttggttttatcTTTATTGTT-AT-CTCTGTCA---------------------------TT--TCA--CTG-AAAG-TT---GGAC--AAAATGTTAAA-TGATCATTTTAT---T------TTTATTCTA-AT---AAAA-CTTAACAACGATATCAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACTGTTAAAAG---ACGTT--TACCA-TATA-AT-CAAAA--GT------CACG-TG-ACAAAT---GC---CCCTG-TATC----C-GA---TG--T----G-----A----CAGCATT----G-----TGCT-----CTTATGAC-TGCAGTACACaagaac
gi|9 : tgtagtacatattgtgttttttTTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CAG-GAAA-TT---GGAC--GCAATATTAAA-TGATCATTTTAT---T------TC------G-AT---AAAA-CATAACAACAATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGA----CA-----TAACAGTAACAAT---AAGGT--GACCC-TGAA-GT-C--TA--GT------CACA-TA-ATGAAT---AC---ATCAA-CA-C----T-GAG--TG--T----G-----T----C-----T----G-----TGCA-----CTTATGAC-TGCAGTACACCTGGAgcgaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGTGCGTTTATGACTGCAGTTTATCCAGAATG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111 111111111111 11111111 444444444444444444444444
lowQualScore : 2 5 11111111111 2 2 33 22 22 2 2 333 0 22 22 333 777777 88888888 333 2 2 0000000 444 000000000000 444 33 2 2 66666666 666666 2 2 333 333 1 1 888888 22 333333333333333333333333 4444 55555 55555 0 2
lowQualScore : . . ........... . . .. .. .. . . ... . .. .. ... ...... ........ ... . . ....... ... ............ ... .. . . ........ ...... . . ... ... . . ...... .. ........................ .... ..... ..... . .
lowQualScore : 7 3 22222222222 4 4 11 99 99 0 0 555 6 88 44 333 444444 44444444 999 2 4 9999999 111 999999999999 111 22 4 2 44444444 444444 2 0 555 555 9 9 555555 66 888888888888888888888888 2222 00000 00000 8 0
consensus : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTAT---T------TT------A-AT---AAAA-CATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-TAAA-AT-C--AA--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAA-TA-C----C-GAG--TG--T----G-----C----C-----T----G-----TGCC-----CTAATGAC-TGCAGTACACCTGGA
Reference ( family-1326 ) : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTAT---T------TT------A-AT---AAAA-CATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-TAAA-AT-C--AA--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAA-TA-C----C-GAG--TG--T----G-----C----C-----T----G-----TGCC-----CTAATGAC-TGCAGTACACCTGGA
gi|1 : TGTGGTT-AT-CTCAGTCAG-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCG--CAGAAAAA-CT---GGAC--ACAATGTTACA-TGATCATTTTAC---T---------------------------ATAACAACGATAACAATCGGGCGT-A-------
gi|1 : tatttaacatttaactccacatttgtgttaatatgtttagttattgcATTG---AGC----CC-----AAACAGTAACTAA---AAGGT--AACAT-TAAA-AT-C--GA--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAG-TA-TGGAGA-GAG--AG--T----G-----C----A-----C----G-----TGTC-----CCAATTAC-TGCAGTATAcaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattgagcccaaacagtaactaaaaggtaacattaaaatcgagtcacataatgaatgcatcagtatggagagagagtgcacgtgtcccaattactgcagtatatatatgg
gi|10 : tatttaacatttaactccacatttgtgttaatatgtttagttattgctgtggttatctcagtcagatattgacatatttcgcagaaaaactggacacaatgttacatgatcattttactataacaacgataacaatcgggcgtacaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaT-AT-CTCTATCAC-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA---------C--ACGCTGTTAAA-CAATCATTTTGT---T------TA------A-AT---AAAA-CATAACAACTATAACCATTGGACAT-A-------GTTTCATTG---AGT----CA-----TAACAGTTAAAAA---ATCGC--AACCC-TTAA-AT-CAAAA--GT------TACA-TA-CTGAAA---GC---AGCAA-TT-C----C-AAA--TGT-T----G-----C----C----------G-----TTCCGAGTTCTAATGAA-TGTAATACACATAGAtatatgg
gi|11 : T-AT-TTTTATCAA-----------AGAATTGTATA--TATC--T-A--CTT-GAGT-TTTCAGAACTCACAATGTTACA-TGATCATTTTAT---C------TT------G-AT---AAA----------TGATAACAATTGGATGT-A-------ATTTCATTG---AGA----AA-----TAACCTTCAAAAT---AATGT--TACCA-TATA-AT-C--AT--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAG-TA-T----CGGGG--TAT-T----G-----C----CACCA-T----G-----TGTC-----CTAATGAC-TGAAGTA---CTGGAacgag
gi|12 : T-AT-CTTTGTCAA-----------ATA-TAA-AAAAATATC--TCA--ATG-AGTT-TT---ATGC--ACAATGTTAAC-TGATCATTTTAT---T------AC------A-AG---AACA-CATGACAATAATAACGATCGGGTGC-A-------ATATCAATGCTCAG-----CA-----CA--AGTAACAAC---AGGAC--AACCCGTAAA-GT-TTAAA--GT------CACA-AA-ATatgcttg
gi|13 : tatacctaacggcttttcaaactccacacttggttttttgcataGTT-AT-CTCTGCCAA-----------ATA-TTA-ACA--TATT--TCA--TTG-AAAA-TT---AGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTAT---T------TA------A-AT---ACAA-CATAACAACAATATCAAT------T-A----------------------------------AACAGTTAAACT---CAGAT--AACCC-TATA------------T------CAC---------AT---GC---GTCAG-TA-G----T-GAG--TG--T----G-----
gi|14 : ctgatcaactttcctaatatcacaattggtttttagttacaaG-ACAA-TT---TGAC--ACAATGTTGAA-TTATCATTTCAA---T------TT------A-AT---AAAA-CATGACAATGATTACAATATAACGT-A-------ATTCCATTG---ATT----AA-----TAACAGTT--AGT---TAGGT--AGCTA-TAAA-AT-C--AAACGT------CACA-TG-ATGAAT---GC---ACCAA-TA-C----C-GAGAATGGCT----G-----CA---C-----T----G-----TGCC-----CTAATGAC-TGCAGTACACCgccac
gi|15 : A--TATT--TGA--CTG-AAAA-TT---AAAC--ACACTATAAGA-TGTTCATTT-GT---TA-----TT------G-AT---TAAA-CATAATAACGACAATAAAAGGGCCT-A-------CTTTCATTG---AG---------------------CAAT---GATGC--AACCC-TAAA-AT-C--AA--G--------A------------------------------------GGG--TG--T----T-----C----C-----T----G-----TACC-----CTAATGAC-TGCAGTACAACTAGAaagaatgc
gi|16 : gttacttaacaactttttgagctctgtaATTTTATAATT------TT------C-ATTGAAAAA-TTTAACA-CAATATTAAATGATCGT-TTT-----GTTTTAATA---AAA----CA-----TAACA-----------AAGAT--GAACC-TAA-------------------------TA-ATGAAT---AC---ACCAA-TG-C----C-GAG--TG--T----G-----G----C-----G----GCACGTTGCA-----CTAATGAC-TGCAGTACAACTac
gi|16 : agtatacttaacaacactttgattttttgttttaTT--TCA--TTG-AAAAATT---TAAC--ACAATATTAAA-TGATCGTTTTGT---T------TT------A-AT---AAAA-CATAACAAAGATGAacaacg
gi|17 : agtatacttaacaacactttgattttttgttttaattttataatTTTGTT--T-GT-TTTTGT---------------TA-TCT-ACC--TATT--TCAGACTG-AAAA-TT---GAAC--ACCATGTAAAA-CGATTATTTCAC---TTTTAAATT------A-AT---GAAA-CATCAAGATTATAACAAGCGGACGT-A-------AATTC-CTG---AGC----CA-----TAacctaataatgaatacaccaatgccgagtgtggcggcacgttgcactaatgactgcagtacaactacaacg
gi|18 : gtaattcatca-AT-C--AACAAT------CACA-AA-GTGAATCTTGC---ATCAA-TA-C----C-ATG--TGT-T----G-----CCGCTC-----T----G-----TGCT-----CAAATGAC-CGCAATtaccttaactaat
gi|19 : attgtgttctttgaacgttacgtcacgtattggacacTTTGTTGTT-AT-ATCTGACAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--CCA--ATG-AAAG-TT---A-----ACAA--TCGGG-CG-TCATTTCAT---T------ttagttagaacgcat
gi|2 : gataactattctaacccacatttgctttTTTGTTGTT-AAACACTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAT--ACAATGCTAAA-TGATCACTTTTT---T------TT------A-AT---AAAA-C--AACAATGATACTTATCGGGCGT-T-------GTTTTATTG---AGC----CA-----TAGCAATTACAAT---AACGT--AACCT-TCAA-AT-CA-AA--GC------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATAAG-CA-C----C-GAG--TG--TTGTCG-----C----CA----T----G-----CGCC-----CGCATGAC-CAGAATACACgcaacata
gi|20 : ttatttcactcaaaacgcctatgtgtacttatcaatttgttCAAT---ATGGT--TACCC-TAAA-CT-T--AAAAGT------CGAA-TA-ATGAAT---GC---TCCAA-TA-C----C-AAG--TG--T----GGCCGCT----C-----T----G-----TGCC-----CTTATGAT-TGAAGAACACTTtgacatagaacgcattggaatgatg
gi|21 : CTGTCCA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--TTG-AAAA-TT---GAAC--ACAATATTACA-CGATCATTAAAT---T------TT------
gi|22 : CTGTCCA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--TTG-AAAA-TT---GAAC--ACAATATTACA-CGATCATTAAAT---T------TT------tagttaattgatactaacaa
gi|23 : TCAA-TA-C----C-GAT--TA--T----GTCCGCC----C-----T----G-----AGCT-----CTGATGAC-TGCAGTACACCTGGAtagttaattgatactaacaa
gi|24 : aaatgatcagcAT---TC---ATCAA-TA-T----C-GAG--TA--TT---G-----C----C-----TCTATG-----TGTC-----CTAATGAC-TGCAGAACACCTa
gi|25 : A-GTGAAT---GC---ATCAA-TA-C--------G--TG--TT---GTCAC-C----C-----T----G-----TGTC-----CTTATGAC-TGCAGTACACCTatgac
gi|26 : A-GTGAAT---GC---ATCAA-TA-C--------G--TG--TT---GTCAC-C----C-----T----G-----TGTC-----CTTATGAC-TGCAGTACACC
gi|3 : TTTGTTGTTGATATTTTGTAAA-----------TTA-TTG-ACA--TATT--TCC--ATG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGCCAAA-TT-TCATTTTAT---T------TTC-----A-AT---AAAG-TATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ACTTCATTG---AGC----CT-----TAGCAGATATGAT---AATGT--ACTCC-TAAA-AT-CAAAA--GT------CATGCTACATGTAT---ACCAGATCAC-TA-T----T-TAG--CA--G----G----------------T----A-----CGCA-----TTA------TGCAGTACACC
gi|4 : cgtacgtagtagtatatactgtacttaacaacttgcttaaacagaatttgttTTTGTTGTT-AT-CTATGTCAATTGAAAATCTTATA-TTG-ACA--CATTCTTTG--CTG-AAAA-TT---GGAA--ATGATGATTAA-TGATCCTTTTAT---T------TT------G-AT---------------ACGTT----ATTGGAAATAA-------ATGTCATTG---GGTAATACATTTTTTAACAATTACAATATAAAGAT--AACTC-TAAA-ATGA--AA--ATAAAAAACACA-TA-ATGAAT---TT---TTCAAGTG-C-------AG--T---C----A-----C----C-----T----G-----TGCT-----CTAATGAC-aagaat
gi|5 : tatacttataaacaattgttctaattctacacttgggttTTTTTTGTT-AT-CTCTGTCAT-----------ATA-TTG-ACA--CATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GAAC--ACAATGTTACA-TCATTATTTTAT---T------TT------TTAT---AAAAACATAAGAATGAAAACAATCGGACAT-A-------ATTTAATCA---AGT----CA-----TAGTAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-AAAC-AT-C--AA--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAA-TA------C-AAT--TAT-T----GCCAC-C----C-----T----G-----TGCC-----TAAATGCC-TGCAGTACAC
gi|6 : tatatttaaccacttttttaactccacacttgggtgttTTTGTTGTT-AC-GTCTGTTAA-----------TTA-TTG-ACA--CATT---CG--CTG-AAAA-TT---AGAC--ACATTGATAAA-TGATC----TAT---T------TT------A-AT---AAAT-CATAAGAACGATAACAACCGGACAT-T-------ATTTTATTG---ATC----TA-----TAACAGTTACAAT---AAGGTAAAACTT-TAAATATAA--AA--GT------CACA-TA-ACGAAT---GC---ATTGA-TG-C----T-AAG--TG--T----GGTCGCC----C-----T----G-----TGTC-----CTTATGAG-TGCAGTACATC
gi|7 : taaacttaacaactatcctaactccccaattgggaTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TAAT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACATTGTTAAATCGATCAATTTAT---C------TC------A-AT---AAAA-CATAACAATGCTAACAATCATACGT-ACATTGTGATTTCATTG---AGC----CG-----TAACAGTTACAGT---AAGGC--AAACC-CAAA-AG-C--AA--AT------CACA-TA-ATGCAT---GC---ATTAA-TA-C----C-CGA--TGT-T----GCCAC-C----C-----T----G-----TGCC-----CTAATGACTTGC-GTACACC
gi|8 : cacacttggttttatcTTTATTGTT-AT-CTCTGTCA---------------------------TT--TCA--CTG-AAAG-TT---GGAC--AAAATGTTAAA-TGATCATTTTAT---T------TTTATTCTA-AT---AAAA-CTTAACAACGATATCAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACTGTTAAAAG---ACGTT--TACCA-TATA-AT-CAAAA--GT------CACG-TG-ACAAAT---GC---CCCTG-TATC----C-GA---TG--T----G-----A----CAGCATT----G-----TGCT-----CTTATGAC-TGCAGTACACaagaac
gi|9 : tgtagtacatattgtgttttttTTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CAG-GAAA-TT---GGAC--GCAATATTAAA-TGATCATTTTAT---T------TC------G-AT---AAAA-CATAACAACAATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGA----CA-----TAACAGTAACAAT---AAGGT--GACCC-TGAA-GT-C--TA--GT------CACA-TA-ATGAAT---AC---ATCAA-CA-C----T-GAG--TG--T----G-----T----C-----T----G-----TGCA-----CTTATGAC-TGCAGTACACCTGGAgcgaa
blockSeqs : G A TTGAAAATCTT A T AA CT GA . A TCA TC TC AAT TTTAAA TATTCTA TGA A A CATTGTG CTC TAATACATTTTT ATA AA G T CAAAA AAAAAA C C CTT CAG G T CG AA TTGCCACCA CTAT CACGT GAGTT T
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . C . A CA . . . TT . TCA . . . . TTAAA . . . . . . . C . TTGCCGCTC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . TT . . . . . AAA . . . . CAAAC . . . . . . . T . TTGTCGCCA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . TAA . . . . CAACA . . . . . . . C . TGGCCGCTC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . G . . . . . ACA . . . . TAAAA . . . . . . . C . TGTCCGCCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . CCA . . . . CAAAA . . . . . . . C . TTGTCACCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . CCA . . . . CAAAA . . . . . . . C . TTGTCACCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . CCT . . . . CAAA . . . . . . . C . TTGCCACCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . G . . . . . TCA . . . . GAAA . . . . . . . C . TGGTCGCCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . . CTA . . . . AAAA . . . . . . . C . TTGCCACCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . CCG . . . . CAT . . . . . . . T . TGACAGCAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . A . . . . . CCA . . . . CAA . . . . . . . C . GCTGCAC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . A . . . . . ACA . . . . CAA . . . . . . . T . TTGCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . G . . . . . CA . . . . CAA . . . . . . . C . TTGCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . CTA . . . . . . . C . TTCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TGGC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . . . . CACC . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . TGTC . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . GG . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : A******* CAAAA*** C***** TTGCCGCCC***************
originalCons : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTAT---T------TT------A-AT---AAAA-CATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-TAAA-AT-C--AA--GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAA-TA-C----C-GAG--TG--T----G-----C----C-----T----G-----TGCC-----CTAATGAC-TGCAGTACACCTGGA
finalCons : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTAT---T------TTA-------AT---AAAA-CATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-TAAA-ATCAAAA---GT------CACA-TA-ATGAAT---GC---ATCAA-TA-CC-----GAG--TGTTGCCGCCC---------------T----G-----TGCC-----CTAATGAC-TGCAGTACACCTGGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGTGCGTTTATGACTGCAGTTTATCCAGAATG
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111111111111
lowQualScore : 2 5 11111111111 2 2 33 22 22 2 2 333 0 22 22 2 88888888888888 2 2 8888888 444 000000000000 1 444 33 2 2 9999999 333 3333 1 1 2
lowQualScore : . . ........... . . .. .. .. . . ... . .. .. . .............. . . ....... ... ............ . ... .. . . ....... ... .... . . .
lowQualScore : 7 3 22222222222 4 4 11 99 99 0 0 555 6 88 44 0 22222222222222 4 5 1111111 444 222222222222 9 444 44 5 4 5555555 777 8888 9 3 1
consensus : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTA-TT------TT------AAT-AAAACATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-TAAA-AT-----CAAAAGTCACATAATGAAT---GCATCAATA-CC-GAGTGTTGCCGCCCTGTGCCCTAATGAC-TGCAGTACACCTGGA
Reference ( family-1326 ) : TTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTA-TT------TT------AAT-AAAACATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-TAAA-AT-----CAAAAGTCACATAATGAAT---GCATCAATA-CC-GAGTGTTGCCGCCCTGTGCCCTAATGAC-TGCAGTACACCTGGA
gi|1 : TGTGGTT-AT-CTCAGTCAG-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCG--CAGAAAAA-CT---GGAC--ACAATGTTACA-TGATCATTTTA-CT-----------------------ATAACAACGATAACAATCGGGCGT-A-------
gi|1 : tatttaacatttaactccacatttgtgttaatatgtttagttattgcATTG---AGC----CC-----AAACAGTAACTAA---AAGGT--AACAT-TAAA-AT-----CGA--GTCACATAATGAAT---GCATCAGTA-TG-GAGAGAGAGTGCAC-GTGTCCCAATTAC-TGCAGTATAcaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaattgagcccaaacagtaactaaaaggtaacattaaaatcgagtcacataatgaatgcatcagtatggagagagagtgcacgtgtcccaattactgcagtatatatatgg
gi|10 : tatttaacatttaactccacatttgtgttaatatgtttagttattgctgtggttatctcagtcagatattgacatatttcgcagaaaaactggacacaatgttacatgatcattttactataacaacgataacaatcgggcgtacaattaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaT-AT-CTCTATCAC-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA---------C--ACGCTGTTAAA-CAATCATTTTG-TT------TA------AAT-AAAACATAACAACTATAACCATTGGACAT-A-------GTTTCATTG---AGT----CA-----TAACAGTTAAAAA---ATCGC--AACCC-TTAA-AT-----CAAAAGTTACATACTGAAA---GCAGCAATT-CC-AAATGTTGCCGTTCCGAGTTCTAATGAA-TGTAATACACATAGAtatatgg
gi|11 : T-AT-TTTTATCAA-----------AGAATTGTATA--TATC--T-A--CTT-GAGT-TTTCAGAACTCACAATGTTACA-TGATCATTTTA-TC------TT------GAT-AAA---------TGATAACAATTGGATGT-A-------ATTTCATTG---AGA----AA-----TAACCTTCAAAAT---AATGT--TACCA-TATA-AT-----C--ATGTCACATAATGAAT---GCATCAGTA-TCGGGGTATTGCCACCATGTGTCCTAATGAC-TGAAGTA---CTGGAacgag
gi|12 : T-AT-CTTTGTCAA-----------ATA-TAA-AAAAATATC--TCA--ATG-AGTT-TT---ATGC--ACAATGTTAAC-TGATCATTTTA-TT------AC------AAG-AACACATGACAATAATAACGATCGGGTGC-A-------ATATCAATGCTCAG-----CA-----CA--AGTAACAAC---AGGAC--AACCCGTAAA-GT-----TTAAAGTCACAAAATatgcttg
gi|13 : tatacctaacggcttttcaaactccacacttggttttttgcataGTT-AT-CTCTGCCAA-----------ATA-TTA-ACA--TATT--TCA--TTG-AAAA-TT---AGAC--ACAATGTTAAA-CGATCATTTTA-TT------TA------AAT-ACAACATAACAACAATATCAAT------T-A----------------------------------AACAGTTAAACT---CAGAT--AACCC-TATA--------------TCAC-------AT---GCGTCAGTA-GT-GAGTGTGGCCAC
gi|14 : ctgatcaactttcctaatatcacaattggtttttagttacaaG-ACAA-TT---TGAC--ACAATGTTGAA-TTATCATTTCA-AT------TT------AAT-AAAACATGACAATGATTACAATATAACGT-A-------ATTCCATTG---ATT----AA-----TAACAGTTA--GT---TAGGT--AGCTA-TAAA-AT-----CAAACGTCACATGATGAAT---GCACCAATA-CC-GAGAATGGCTGCACTGTGCCCTAATGAC-TGCAGTACACC
gi|15 : A--TATT--TGA--CTG-AAAA-TT---AAAC--ACACTATAAGA-TGTTCATTT-G-TTA-----TT------GAT-TAAACATAATAACGACAATAAAAGGGCCT-A-------CTTTCATTG---AGC---------------------AAT---GATGC--AACCC-TAAA-AT-----CAAGA------------------------------GGGTGTT-----CCTGTACCCTAATGAC-TGCAGTACAACTAGAaagaatgc
gi|16 : gttacttaacaactttttgagctctgtaTT--TCA--TTG-AAAAATT---TAAC--ACAATATTAAA-TGATCGTTTTG-TT------TT------AAT-AAAACATAACAAAGATGAac
gi|16 : agtatacttaacaacactttgattttttgttttaattttataatATAATGAAT---ACACCAATG-CC-GAGTGTGGCGGCACGTTGCACTAATGAC-TGCAGTACAACTacctaataatgaatacaccaatgccgagtgtggcggcacgttgcactaatgactgcagtacaactacaacg
gi|17 : agtatacttaacaacactttgattttttgttttaattttataattttcattgaaaaatttaacacaatattaaatgatcgttttgttttaataaaacataacaaagatgaacctaTTTGTT--T-GT-TTTTGT---------------TA-TCT-ACC--TATT--TCAGACTG-AAAA-TT---GAAC--ACCATGTAAAA-CGATTATTTCA-CTTTTAAATT------AAT-GAAACATCAAGATTATAACAAGCGGACGT-A-------AATTC-CTG---AGC----CA-----TAacaacg
gi|18 : gtaattcatca-AT-----CAACAATCACAAAGTGAATCTTGCATCAATA-CC-ATGTGTTGCCGCTCTGTGCTCAAATGAC-CGCAATtaccttaactaat
gi|19 : attgtgttctttgaacgttacgtcacgtattggacacTTTGTTGTT-AT-ATCTGACAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--CCA--ATG-AAAG-TT---A-----ACAA--TCGGG-CG-TCATTTCA-TT------ttagttagaacgcat
gi|2 : gataactattctaacccacatttgctttTTTGTTGTT-AAACACTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAT--ACAATGCTAAA-TGATCACTTTT-TT------TT------AAT-AAAAC--AACAATGATACTTATCGGGCGT-T-------GTTTTATTG---AGC----CA-----TAGCAATTACAAT---AACGT--AACCT-TCAA-AT-----C-AAAGCCACATAATGAAT---GCATAAGCA-CC-GAGTGTTGTCGCCATGCGCCCGCATGAC-CAGAATACACgcaacata
gi|20 : ttatttcactcaaaacgcctatgtgtacttatcaatttgttCAAT---ATGGT--TACCC-TAAA-CT-----TAAAAGTCGAATAATGAAT---GCTCCAATA-CC-AAGTGTGGCCGCTCTGTGCCCTTATGAT-TGAAGAACACTTtgacatagaacgcattggaatgatg
gi|21 : CTGTCCA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--TTG-AAAA-TT---GAAC--ACAATATTACA-CGATCATTAAA-TT------TT------
gi|22 : CTGTCCA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--TTG-AAAA-TT---GAAC--ACAATATTACA-CGATCATTAAA-TT------TT------tagttaattgatactaacaa
gi|23 : TCAATA-CC-GATTATGTCCGCCCTGAGCTCTGATGAC-TGCAGTACACCTGGAtagttaattgatactaacaa
gi|24 : aaatgatcagcAT---TCATCAATA-TC-GAGTATTGCCTCTATGTGTCCTAATGAC-TGCAGAACACCTa
gi|25 : AGTGAAT---GCATCAATA-C----GTGTTGTCACCCTGTGTCCTTATGAC-TGCAGTACACCTatgac
gi|26 : AGTGAAT---GCATCAATA-C----GTGTTGTCACCCTGTGTCCTTATGAC-TGCAGTACACC
gi|3 : TTTGTTGTTGATATTTTGTAAA-----------TTA-TTG-ACA--TATT--TCC--ATG-AAAA-TT---GGAC--ACAATGCCAAA-TT-TCATTTTA-TT------TTC-----AAT-AAAGTATAACAACGATAACAATCGGACGT-A-------ACTTCATTG---AGC----CT-----TAGCAGATATGAT---AATGT--ACTCC-TAAA-AT-----CAAAAGTCA
gi|4 : cgtacgtagtagtatatactgtacttaacaacttgcttaaacagaatttgttTTTGTTGTT-AT-CTATGTCAATTGAAAATCTTATA-TTG-ACA--CATTCTTTG--CTG-AAAA-TT---GGAA--ATGATGATTAA-TGATCCTTTTA-TT------TT------GAT------------ACGTT----ATTGGAAATAA-------ATGTCATTG---GGTAATACATTTTTTAACAATTACAATATAAAGAT--AACTC-TAAA-ATGAAAATAAAAAACACATAATGAAT---TTTTCA--------AGTGCAGTCA-CCTGTGCTCTAATGAC-tgctacatgtataccagatcactatttagcaggtacgcattatgcagtacaccaagaat
gi|5 : tatacttataaacaattgttctaattctacacttgggttTTTTTTGTT-AT-CTCTGTCAT-----------ATA-TTG-ACA--CATT--TCA--CTG-AAAA-TT---GAAC--ACAATGTTACA-TCATTATTTTATTT------TT------TATAAAAACATAAGAATGAAAACAATCGGACAT-A-------ATTTAATCA---AGT----CA-----TAGTAGTTACAAT---AAGGT--AACCC-AAAC-AT-----C--AAGTCACATAATGAAT---GCATCAATA--C-AATTATTGCCACCCTGTGCCTAAATGCC-TGCAGTACAC
gi|6 : tatatttaaccacttttttaactccacacttgggtgttTTTGTTGTT-AC-GTCTGTTAA-----------TTA-TTG-ACA--CATT---CG--CTG-AAAA-TT---AGAC--ACATTGATAAA-TGATC----TA-TT------TT------AAT-AAATCATAAGAACGATAACAACCGGACAT-T-------ATTTTATTG---ATC----TA-----TAACAGTTACAAT---AAGGTAAAACTT-TAAATAT------AAAAGTCACATAACGAAT---GCATTGATG-CT-AAGTGTGGTCGCCCTGTGTCCTTATGAG-TGCAGTACATC
gi|7 : taaacttaacaactatcctaactccccaattgggaTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TAAT--TCA--CTG-AAAA-TT---GGAC--ACATTGTTAAATCGATCAATTTA-TC------TC------AAT-AAAACATAACAATGCTAACAATCATACGT-ACATTGTGATTTCATTG---AGC----CG-----TAACAGTTACAGT---AAGGC--AAACC-CAAA-AG-----CAAA--TCACATAATGCAT---GCATTAATA-CC-CGATGTTGCCACCCTGTGCCCTAATGACTTGC-GTACACC
gi|8 : cacacttggttttatcTTTATTGTT-AT-CTCTGTCA---------------------------TT--TCA--CTG-AAAG-TT---GGAC--AAAATGTTAAA-TGATCATTTTA-TT------TTTATTCTAAT-AAAACTTAACAACGATATCAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGC----CA-----TAACTGTTAAAAG---ACGTT--TACCA-TATA-AT-----CAAAAGTCACGTGACAAAT---GCCCCTGTATCC-GA-TGTGACAGCATTGTGCTCTTATGAC-TGCAGTACACaagaac
gi|9 : tgtagtacatattgtgttttttTTTGTTGTT-AT-CTCTGTCAA-----------ATA-TTG-ACA--TATT--TCA--CAG-GAAA-TT---GGAC--GCAATATTAAA-TGATCATTTTA-TT------TC------GAT-AAAACATAACAACAATAACAATCGGACGT-A-------ATTTCATTG---AGA----CA-----TAACAGTAACAAT---AAGGT--GACCC-TGAA-GT-----C--TAGTCACATAATGAAT---ACATCAACA-CT-GAGTG-TG----TCTGTGCACTTATGAC-TGCAGTACACCTGGAgcgaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CTGTGCGTTTATGACTGCAGTTTATCCAGAATG